src/MEDWrapper/V2_1/Core/MEDdatasetNumLire.cxx

   1 /*************************************************************************
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  16 *
  17 *************************************************************************/
  18
  19 #include "med.hxx"
  20 #include "med_outils.hxx"
  21 #include <stdlib.h>
  22 #include "hdf5_version2api.hxx"
  23
  24 /*
  25  * - Nom de la fonction : _MEDdatasetNumLire
  26  * - Description : lecture d'un dataset tableau numerique
  27  * - Parametres :
  28  *     - pere (IN)     : l'ID de l'objet HDF pere ou placer l'attribut
  29  *     - nom  (IN)     : le nom du dataset
  30  *     - type (IN)     : type numerique MED
  31  *     - interlace (IN) : Choix du type d'entrelacement demandé par l'appelant { MED_FULL_INTERLACE(x1,y1,z1,x2,...)) , MED_NO_INTERLACE(x1,x2,y1,y2,z1,z2) }
  32  *       - nbdim   (IN) : Dimension des éléments
  33  *       - fixdim  (IN) : MED_ALL ou n° de la dimension a enregistrer à partir de 1..oo
  34  *     - psize     (IN) : Taille du profil à utiliser, MED_NOPF si pas de profil
  35  *       - pfltab  (IN) : Tableau contenant les n° déléments à traiter (1....oo)
  36  *       - pflmod  (IN) : PARAMETRE A AJOUTER : Indique comment lire les informations en mémoire { MED_COMPACT, MED_GLOBALE }.
  37  *       - ngauss  (IN) : Nombre de points de GAUSS par élément
  38  *     - val  (OUT)    : valeurs du tableau
  39  * - Resultat : 0 en cas de succes, -1 sinon
  40  *  Equivalent à l'ancienne routine si .....,MED_NO_INTERLACE,1,MED_ALL,MED_NOPF,0,1 (peu importe),....
  41  */
  42
  43 namespace med_2_1{
  44
  45 med_err
  46 _MEDdatasetNumLire(med_idt pere,char *nom,med_type_champ type,
  47                    med_mode_switch interlace, med_size nbdim, med_size fixdim,
  48                    med_size psize, med_ssize * pfltab, med_int ngauss,
  49                    unsigned char *val)
  50 {
  51   med_idt    dataset, dataspace = 0, memspace = 0;
  52 #ifdef HDF_NEW_API
  53   med_size  start_mem[1],start_data[1],*pflmem=0,*pfldsk=0;
  54 #else
  55   med_ssize  start_mem[1],start_data[1],*pflmem=0,*pfldsk=0;
  56 #endif
  57   med_size   stride[1],count[1],pcount[1],size[1],pflsize[1];
  58   med_err    ret;
  59   int        i,j,index,type_hdf;
  60   hid_t      datatype;
  61   size_t     typesize;
  62   int        dim, firstdim, dimutil, lastdim;
  63   med_mode_profil pflmod;
  64
  65   /* Verify fixdim is between [0, nbdim] ( 0 is MED_ALL ) */
  66   if ( ( fixdim < 0 ) || ( fixdim > nbdim ) )
  67     return -1;
  68
  69   /* block pflmod to MED_COMPACT (until med2.2) */
  70   pflmod = MED_COMPACT;
  71
  72   switch(type)
  73     {
  74     case MED_REEL64 :
  75       /* 1) IA32 is LE but due to an (?HDF convertion BUG?) when using H5T_NATIVE_DOUBLE/MED_REEL64? under PCLINUX
  76             the file read under SGI is incorrect
  77          2) Compaq OSF/1 is LE, since we force SGI64,SUN4SOL2,HP to write double in LE even if they are BE, mips OSF/1 must be BE
  78          REM  : Be careful of compatibility between MED files when changing this (med2.2)
  79          3) PPRO_NT is added for med2.1.6 support under Win32 */
  80 #if defined(PCLINUX) || defined(OSF1) || defined(PPRO_NT) || defined(PCLINUX64) || defined(PCLINUX64_32)
  81       type_hdf = H5T_IEEE_F64BE;
  82 #else
  83       type_hdf = H5T_IEEE_F64LE;
  84 #endif
  85       break;
  86
  87     case MED_INT32 :
  88       type_hdf = H5T_NATIVE_INT;
  89       break;
  90
  91     case MED_INT64 :
  92       type_hdf = H5T_NATIVE_LONG;
  93       break;
  94
  95     default :
  96       return -1;
  97     }
  98
  99   /* Ouverture du Dataset à lire */
 100   if ((dataset = H5Dopen(pere,nom)) < 0)
 101     return -1;
 102
 103   /* Interrogation de la taille du dataset */
 104   if ( (datatype  = H5Dget_type(dataset )) < 0) return -1;
 105   if ( (typesize  = H5Tget_size(datatype)) < 0) return -1;
 106   size[0] = H5Dget_storage_size(dataset) / typesize;
 107   if ( H5Tclose(datatype) < 0) return -1;
 108
 109   /* Create dataspace */
 110   if ((dataspace = H5Screate_simple(1,size,NULL)) < 0)
 111     return -1;
 112
 113   switch(interlace)
 114     {
 115     case MED_FULL_INTERLACE :
 116
 117       /*Initialisation des indices de boucle du traitement de l'entrelacement en fonction de la dimension fixee*/
 118       if ( fixdim != MED_ALL)
 119         {
 120           firstdim = (int)fixdim-1;
 121           lastdim  = (int)fixdim;
 122           dimutil  = 1;
 123         } else  {
 124           firstdim = 0;
 125           lastdim = (int)nbdim;
 126           dimutil  = (int)nbdim;
 127         }
 128
 129       count [0] = (*size)/(nbdim);
 130
 131
 132       /*rem: Pas de vérification de l'assertion (*size)=n*nbdim */
 133       if ( psize == MED_NOPF ) {
 134
 135       /* Creation d'un data space mémoire de dimension 1, de longeur size, et de longeur maxi size */
 136       if ( (memspace = H5Screate_simple (1, size, NULL)) <0)
 137         return -1;
 138
 139         stride[0] = nbdim;
 140
 141         for (dim=firstdim; dim < lastdim; dim++) {
 142
 143           start_mem[0] = dim;
 144           if ( (ret = H5Sselect_hyperslab (memspace, H5S_SELECT_SET, start_mem, stride,
 145                                            count, NULL)) <0)
 146             return -1;
 147
 148           start_data[0] = dim*count[0];
 149           if ( (ret = H5Sselect_hyperslab (dataspace, H5S_SELECT_SET, start_data, NULL,
 150                                            count, NULL)) <0)
 151             return -1;
 152
 153           if ((ret = H5Dread(dataset,type_hdf,memspace,dataspace,
 154                              H5P_DEFAULT, val)) < 0)
 155             return -1;
 156         }
 157
 158       } else {
 159
 160         pflsize [0] = psize*ngauss*nbdim;
 161         pcount  [0] = psize*ngauss*dimutil;
 162 #ifdef HDF_NEW_API
 163         pflmem     = (med_size *) malloc (sizeof(med_size)*(size_t)pcount[0]);
 164         pfldsk     = (med_size *) malloc (sizeof(med_size)*(size_t)pcount[0]);
 165 #else
 166         pflmem     = (med_ssize *) malloc (sizeof(med_ssize)*(size_t)pcount[0]);
 167         pfldsk     = (med_ssize *) malloc (sizeof(med_ssize)*(size_t)pcount[0]);
 168 #endif
 169
 170         switch(pflmod)
 171           { /* switch pflmod pour FULL_INTERLACE*/
 172           case MED_GLOBALE :
 173
 174             /* Creation d'un data space mémoire de dimension 1, de longeur size, et de longeur maxi size */
 175             if ( (memspace = H5Screate_simple (1, size, NULL)) <0)
 176               return -1;
 177
 178             for (dim=firstdim; dim < lastdim; dim++) {
 179
 180               for (i=0; i < psize; i++)              /* i balaye les élements du profil */
 181                 for (j=0; j < ngauss; j++) {
 182                   index = i*ngauss+j + (dim-firstdim)*((int)psize*ngauss);
 183                   pflmem[index] = (pfltab[i]-1)*ngauss*nbdim + j*nbdim+dim;
 184                   pfldsk[index] = dim*count[0] + (pfltab[i]-1)*ngauss+j;
 185                 }
 186             }
 187
 188 #ifdef HDF_NEW_API2
 189             if ( (ret = H5Sselect_elements(memspace ,H5S_SELECT_SET, (size_t)pcount[0], (const hsize_t *) pflmem ) ) <0)
 190               return -1;
 191
 192             if ( (ret = H5Sselect_elements(dataspace,H5S_SELECT_SET, (size_t)pcount[0], (const hsize_t *) pfldsk ) ) <0)
 193               return -1;
 194 #elif defined HDF_NEW_API
 195             if ( (ret = H5Sselect_elements(memspace ,H5S_SELECT_SET, (size_t)pcount[0], (const hsize_t **) pflmem ) ) <0)
 196               return -1;
 197
 198             if ( (ret = H5Sselect_elements(dataspace,H5S_SELECT_SET, (size_t)pcount[0], (const hsize_t **) pfldsk ) ) <0)
 199               return -1;
 200 #else
 201             if ( (ret = H5Sselect_elements(memspace ,H5S_SELECT_SET, (size_t)pcount[0], (const hssize_t **) pflmem ) ) <0)
 202               return -1;
 203
 204             if ( (ret = H5Sselect_elements(dataspace,H5S_SELECT_SET, (size_t)pcount[0], (const hssize_t **) pfldsk ) ) <0)
 205               return -1;
 206 #endif
 207
 208             break;
 209
 210           case MED_COMPACT :
 211
 212             /* Creation d'un data space mémoire de dimension 1, de la longeur du profil          */
 213             /* La dimension utilisée est ici nbdim, même pour un profil compact on suppose       */
 214             /*  que l'utilisateur a toutes les coordonées stockées, même si il en demande qu'une */
 215
 216             if ( (memspace = H5Screate_simple (1, pflsize, NULL)) <0)
 217               return -1;
 218
 219             for (dim=firstdim; dim < lastdim; dim++) {
 220
 221               for (i=0; i < psize; i++)              /* i balaye les élements du profil */
 222                 for (j=0; j < ngauss; j++) {
 223                   index = i*ngauss+j + (dim-firstdim)*((int)psize*ngauss);
 224                   pflmem[index] = i*ngauss*nbdim + j*nbdim+dim;
 225                   pfldsk[index] = dim*count[0] + (pfltab[i]-1)*ngauss+j;
 226                 }
 227             }
 228
 229 #ifdef HDF_NEW_API2
 230             if ( (ret = H5Sselect_elements(memspace ,H5S_SELECT_SET, (size_t)pcount[0], (const hsize_t *) pflmem ) ) <0)
 231               return -1;
 232
 233             if ( (ret = H5Sselect_elements(dataspace,H5S_SELECT_SET, (size_t)pcount[0], (const hsize_t *) pfldsk ) ) <0)
 234               return -1;
 235 #elif defined HDF_NEW_API
 236             if ( (ret = H5Sselect_elements(memspace ,H5S_SELECT_SET, (size_t)pcount[0], (const hsize_t **) pflmem ) ) <0)
 237               return -1;
 238
 239             if ( (ret = H5Sselect_elements(dataspace,H5S_SELECT_SET, (size_t)pcount[0], (const hsize_t **) pfldsk ) ) <0)
 240               return -1;
 241 #else
 242             if ( (ret = H5Sselect_elements(memspace ,H5S_SELECT_SET, (size_t)pcount[0], (const hssize_t **) pflmem ) ) <0)
 243               return -1;
 244
 245             if ( (ret = H5Sselect_elements(dataspace,H5S_SELECT_SET, (size_t)pcount[0], (const hssize_t **) pfldsk ) ) <0)
 246               return -1;
 247 #endif
 248
 249             break;
 250
 251           default :
 252             return -1;
 253           }
 254
 255         if ((ret = H5Dread(dataset,type_hdf,memspace,dataspace,H5P_DEFAULT, val)) < 0)
 256           return -1;
 257
 258         free(pflmem);
 259         free(pfldsk);
 260       }
 261
 262       break;
 263
 264     case MED_NO_INTERLACE :
 265
 266       /*Initialisation des indices de boucle du traitement de l'entrelacement en fonction de la dimension fixee*/
 267
 268       count[0] = (*size)/nbdim;
 269
 270       if ( psize == MED_NOPF ) {
 271
 272         if ( fixdim != MED_ALL)
 273           start_data[0] = (fixdim-1)*count[0];
 274         else {
 275           count[0] = *size;
 276           start_data[0] =  0;
 277         };
 278
 279         if ( (ret = H5Sselect_hyperslab (dataspace, H5S_SELECT_SET, start_data, NULL,
 280                                          count, NULL)) <0)
 281           return -1;
 282
 283         if ((ret = H5Dread(dataset,type_hdf,dataspace,dataspace,
 284                            H5P_DEFAULT, val)) < 0)
 285           return -1;
 286
 287       } else {
 288
 289         if ( fixdim != MED_ALL)
 290           {
 291             firstdim = (int)fixdim-1;
 292             lastdim  = (int)fixdim;
 293             dimutil  = 1;
 294           } else        {
 295             firstdim = 0;
 296             lastdim  = (int)nbdim;
 297             dimutil  = (int)nbdim;
 298           }
 299
 300         pflsize [0] = psize*ngauss*nbdim;
 301         pcount  [0] = psize*ngauss*dimutil; /* nom pas très coherent avec count !!! A revoir */
 302 #ifdef HDF_NEW_API
 303         pfldsk      = (med_size *) malloc(sizeof(med_size)*(size_t)pcount[0]);
 304 #else
 305         pfldsk      = (med_ssize *) malloc(sizeof(med_ssize)*(size_t)pcount[0]);
 306 #endif
 307
 308         switch(pflmod)
 309           { /*switch plfmod pour NO_INTERLACE */
 310           case MED_GLOBALE :
 311
 312             for (dim=firstdim; dim < lastdim; dim++) {
 313
 314               for (i=0; i < psize; i++)              /* i balaye le nbre d'élements du profil                */
 315                 for (j=0; j < ngauss; j++) {
 316                   index = i*ngauss+j + (dim-firstdim)*((int)psize*ngauss);
 317                   pfldsk[index] = dim*count[0]+(pfltab[i]-1)*ngauss+j;
 318                 }
 319             }
 320
 321 #ifdef HDF_NEW_API2
 322             if ( (ret = H5Sselect_elements(dataspace,H5S_SELECT_SET,(size_t)pcount[0], (const hsize_t *) pfldsk ) ) <0)
 323               return -1;
 324 #elif defined HDF_NEW_API
 325             if ( (ret = H5Sselect_elements(dataspace,H5S_SELECT_SET,(size_t)pcount[0], (const hsize_t **) pfldsk ) ) <0)
 326               return -1;
 327 #else
 328             if ( (ret = H5Sselect_elements(dataspace,H5S_SELECT_SET,(size_t)pcount[0], (const hssize_t **) pfldsk ) ) <0)
 329               return -1;
 330 #endif
 331
 332             if ((ret = H5Dread(dataset,type_hdf,dataspace,dataspace,H5P_DEFAULT, val)) < 0)
 333               return -1;
 334
 335             break;
 336
 337           case MED_COMPACT :
 338
 339             /* Creation d'un data space mémoire de dimension 1, de la longeur du profil          */
 340             /* La dimension utilisée est ici nbdim, même pour un profil compact on suppose       */
 341             /*  que l'utilisateur a toutes les coordonées stockées, même si il en demande qu'une */
 342
 343             if ( (memspace = H5Screate_simple (1, pflsize, NULL)) <0)
 344               return -1;
 345
 346 #ifdef HDF_NEW_API
 347             pflmem     = (med_size *) malloc (sizeof(med_size)*(size_t)pcount[0]);
 348 #else
 349             pflmem     = (med_ssize *) malloc (sizeof(med_ssize)*(size_t)pcount[0]);
 350 #endif
 351
 352             /* Le profil COMPACT est contigüe, mais il est possible que l'on selectionne uniquemenent une dimension*/
 353
 354             index = 0;
 355             for (dim=firstdim; dim < lastdim; dim++) {
 356
 357               for (i=0; i < psize; i++)              /* i balaye le nbre d'élements du profil                */
 358                 for (j=0; j < ngauss; j++) {
 359 //                index = i*ngauss+j + (dim-firstdim)*(psize*ngauss);
 360 //                pflmem[index] = dim*(psize*ngauss) + (pfltab[i]-1)*ngauss+j;
 361 //                pfldsk[index] = dim*count[0]  + (pfltab[i]-1)*ngauss+j;
 362                   pflmem[index] = ( (dim*psize) + i )*ngauss + j;
 363                   pfldsk[index] = dim*count[0]  + (pfltab[i]-1)*ngauss+j;
 364                   index++;
 365                 }
 366             }
 367
 368 #ifdef HDF_NEW_API2
 369             if ( (ret = H5Sselect_elements(memspace ,H5S_SELECT_SET, (size_t)pcount[0], (const hsize_t *) pflmem ) ) <0)
 370               return -1;
 371
 372             if ( (ret = H5Sselect_elements(dataspace,H5S_SELECT_SET,(size_t)pcount[0], (const hsize_t *) pfldsk ) ) <0)
 373               return -1;
 374 #elif defined HDF_NEW_API
 375             if ( (ret = H5Sselect_elements(memspace ,H5S_SELECT_SET, (size_t)pcount[0], (const hsize_t **) pflmem ) ) <0)
 376               return -1;
 377
 378             if ( (ret = H5Sselect_elements(dataspace,H5S_SELECT_SET,(size_t)pcount[0], (const hsize_t **) pfldsk ) ) <0)
 379               return -1;
 380 #else
 381             if ( (ret = H5Sselect_elements(memspace ,H5S_SELECT_SET, (size_t)pcount[0], (const hssize_t **) pflmem ) ) <0)
 382               return -1;
 383
 384             if ( (ret = H5Sselect_elements(dataspace,H5S_SELECT_SET,(size_t)pcount[0], (const hssize_t **) pfldsk ) ) <0)
 385               return -1;
 386 #endif
 387
 388             if ((ret = H5Dread(dataset,type_hdf,memspace,dataspace,H5P_DEFAULT, val)) < 0)
 389               return -1;
 390
 391             break;
 392
 393           default :
 394             return -1;
 395
 396           }
 397
 398         free(pfldsk);
 399
 400       };
 401
 402       break;
 403
 404     default :
 405       return -1;
 406     }
 407
 408
 409
 410   if (memspace)
 411     if ((ret = H5Sclose(memspace)) < 0)
 412       return -1;
 413
 414   if ((ret = H5Sclose(dataspace)) < 0)
 415     return -1;
 416
 417   if ((ret = H5Dclose(dataset)) < 0)
 418     return -1;
 419
 420   return 0;
 421 }
 422
 423 }