src/MEDSPLITTER/medsplitter_para.cxx

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   2 //
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  10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
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  14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  16 //
  17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  18 //
  19
  20 //  MED medsplitter : tool to split n MED files into p separate
  21 //                    MED files with a partitioning specified
  22 //                    by an external tool
  23 //  File   : medsplitter.cxx
  24 //  Module : MED
  25 //
  26
  27 #include "MEDSPLITTER_MESHCollection.hxx"
  28 #include "MEDSPLITTER_Topology.hxx"
  29 #include "MEDSPLITTER_ParaDomainSelector.hxx"
  30
  31 #include "MEDMEM_STRING.hxx"
  32
  33 #include <mpi.h>
  34
  35 #include <fstream>
  36
  37 #ifdef BOOST_PROGRAM_OPTIONS_LIB
  38 #include <boost/program_options.hpp>
  39 namespace po=boost::program_options;
  40 #endif
  41
  42 using namespace std;
  43
  44
  45
  46 int main(int argc, char** argv)
  47 {
  48 #ifndef MED_ENABLE_PARMETIS
  49 #ifndef ENABLE_PTSCOTCH
  50   cout << "Sorry, no one split method is available. Please, compile with ParMETIS or PT-SCOTCH."<<endl;
  51   return 1;
  52 #endif
  53 #endif
  54
  55   // Defining options
  56   // by parsing the command line
  57   //bool mesh_only = false;
  58   //bool is_sequential = true;
  59   bool xml_output_master=true;
  60   bool creates_boundary_faces=false;
  61   bool split_family=false;
  62   bool empty_groups=false;
  63   bool mesure_memory=false;
  64
  65   string input;
  66   string output;
  67   string meshname;
  68   string library;
  69   int ndomains;
  70
  71 #ifdef BOOST_PROGRAM_OPTIONS_LIB
  72
  73   // Use boost::program_options for command-line options parsing
  74
  75   po::options_description desc("Available options");
  76   desc.add_options()
  77     ("help","produces this help message")
  78     //("mesh-only","prevents the splitter from creating the fields contained in the original file(s)")
  79     //("distributed","specifies that the input file is distributed")
  80     ("input-file",po::value<string>(),"name of the input MED file")
  81     ("output-file",po::value<string>(),"name of the resulting file")
  82     //("meshname",po::value<string>(),"name of the input mesh")
  83 #ifdef MED_ENABLE_PARMETIS
  84 #ifdef ENABLE_PTSCOTCH
  85     ("split-method",po::value<string>(&library)->default_value("metis"),"name of the splitting library (metis,scotch)")
  86 #endif
  87 #endif
  88     ("ndomains",po::value<int>(&ndomains)->default_value(1),"number of subdomains in the output file")
  89     ("plain-master","creates a plain masterfile instead of an XML file")
  90     ("creates-boundary-faces","creates the necessary faces so that faces joints are created in the output files")
  91     ("family-splitting","preserves the family names instead of focusing on the groups")
  92     ("empty-groups","creates empty groups in zones that do not contain a group from the original domain")
  93     ("dump-cpu-memory","dumps passed CPU time and maximal increase of used memory");
  94
  95   po::variables_map vm;
  96   po::store(po::parse_command_line(argc,argv,desc),vm);
  97   po::notify(vm);
  98
  99   if (vm.count("help"))
 100   {
 101     cout<<desc<<"\n";
 102     return 1;
 103   }
 104
 105   if (!vm.count("ndomains"))
 106   {
 107     cout << "ndomains must be specified !"<<endl;
 108     return 1;
 109   }
 110
 111   ndomains = vm["ndomains"].as<int>();
 112   if (!vm.count("input-file") || !vm.count("output-file"))
 113   {
 114     cout << "input-file and output-file names must be specified"<<endl;
 115     return 1;
 116   }
 117
 118 //   if (!vm.count("distributed") && !vm.count("meshname") )
 119 //   {
 120 //     cout << "MEDSPLITTER : for a serial MED file, mesh name must be selected with --meshname=..."<<endl;
 121 //     return 1;
 122 //   }
 123
 124   input = vm["input-file"].as<string>();
 125   output = vm["output-file"].as<string>();
 126
 127 //   if (vm.count("mesh-only"))
 128 //     mesh_only=true;
 129
 130 //   if (vm.count("distributed"))
 131 //     is_sequential=false;
 132
 133 //   if (is_sequential)
 134 //     meshname = vm["meshname"].as<string>();
 135
 136   if (vm.count("plain-master"))
 137     xml_output_master=false;
 138
 139   if (vm.count("creates-boundary-faces"))
 140     creates_boundary_faces=true;
 141
 142   if (vm.count("split-families"))
 143     split_family=true;
 144
 145   if (vm.count("empty-groups"))
 146     empty_groups=true;
 147
 148   if (vm.count("dump-cpu-memory"))
 149     mesure_memory=true;
 150
 151 #else // BOOST_PROGRAM_OPTIONS_LIB
 152
 153   // Primitive parsing of command-line options
 154
 155   string desc ("Available options:\n"
 156                "\t--help                  : produces this help message\n"
 157                //"\t--mesh-only            : do not create the fields contained in the original file(s)\n"
 158                //"\t--distributed          : specifies that the input file is distributed\n"
 159                "\t--input-file=<string>   : name of the input MED file\n"
 160                "\t--output-file=<string>  : name of the resulting file\n"
 161                //"\t--meshname=<string>    : name of the input mesh (not used with --distributed option)\n"
 162                "\t--ndomains=<number>     : number of subdomains in the output file, default is 1\n"
 163 #ifdef MED_ENABLE_PARMETIS
 164 #ifdef ENABLE_PTSCOTCH
 165                "\t--split-method=<string> : name of the splitting library (metis/scotch), default is metis\n"
 166 #endif
 167 #endif
 168                "\t--plain-master          : creates a plain masterfile instead of an XML file\n"
 169                "\t--creates-boundary-faces: creates the necessary faces so that faces joints are created in the output files\n"
 170                "\t--family-splitting      : preserves the family names instead of focusing on the groups\n"
 171                "\t--dump-cpu-memory       : dumps passed CPU time and maximal increase of used memory\n"
 172                );
 173
 174   if (argc < 4) {
 175     cout << desc.c_str() << endl;
 176     return 1;
 177   }
 178
 179   for (int i = 1; i < argc; i++) {
 180     if (strlen(argv[i]) < 3) {
 181       cout << desc.c_str() << endl;
 182       return 1;
 183     }
 184
 185 /*    if (strncmp(argv[i],"--m",3) == 0) {
 186       if (strcmp(argv[i],"--mesh-only") == 0) {
 187         mesh_only = true;
 188         cout << "\tmesh-only = " << mesh_only << endl; // tmp
 189       }
 190       else if (strlen(argv[i]) > 11) { // "--meshname="
 191         meshname = (argv[i] + 11);
 192         cout << "\tmeshname = " << meshname << endl; // tmp
 193       }
 194     }
 195     else if (strncmp(argv[i],"--d",3) == 0) {
 196       is_sequential = false;
 197       cout << "\tis_sequential = " << is_sequential << endl; // tmp
 198     }
 199     else */if (strncmp(argv[i],"--i",3) == 0) {
 200       if (strlen(argv[i]) > 13) { // "--input-file="
 201         input = (argv[i] + 13);
 202         cout << "\tinput-file = " << input << endl; // tmp
 203       }
 204     }
 205     else if (strncmp(argv[i],"--o",3) == 0) {
 206       if (strlen(argv[i]) > 14) { // "--output-file="
 207         output = (argv[i] + 14);
 208         cout << "\toutput-file = " << output << endl; // tmp
 209       }
 210     }
 211     else if (strncmp(argv[i],"--s",3) == 0) {
 212       if (strlen(argv[i]) > 15) { // "--split-method="
 213         library = (argv[i] + 15);
 214         cout << "\tsplit-method = " << library << endl; // tmp
 215       }
 216     }
 217     else if (strncmp(argv[i],"--f",3) == 0) { //"--family-splitting"
 218       split_family=true;
 219       cout << "\tfamily-splitting true" << endl; // tmp
 220     }
 221     else if (strncmp(argv[i],"--n",3) == 0) {
 222       if (strlen(argv[i]) > 11) { // "--ndomains="
 223         ndomains = atoi(argv[i] + 11);
 224         cout << "\tndomains = " << ndomains << endl; // tmp
 225       }
 226     }
 227     else if (strncmp(argv[i],"--p",3) == 0) { // "--plain-master"
 228       xml_output_master = false;
 229       cout << "\txml_output_master = " << xml_output_master << endl; // tmp
 230     }
 231     else if (strncmp(argv[i],"--c",3) == 0) { // "--creates-boundary-faces"
 232       creates_boundary_faces = true;
 233       cout << "\tcreates_boundary_faces = " << creates_boundary_faces << endl; // tmp
 234     }
 235     else if (strncmp(argv[i],"--e",3) == 0) { // "--empty-groups"
 236       empty_groups = true;
 237       cout << "\tempty_groups = true" << endl; // tmp
 238     }
 239     else if (strncmp(argv[i],"--d",3) == 0) { // "--dump-cpu-memory"
 240       mesure_memory = true;
 241       cout << "\tdump-cpu-memory = true" << endl; // tmp
 242     }
 243     else {
 244       cout << desc.c_str() << endl;
 245       return 1;
 246     }
 247   }
 248
 249 //   if (is_sequential && meshname.empty()) {
 250 //     cout << "Mesh name must be given for sequential(not distributed) input file." << endl;
 251 //     cout << desc << endl;
 252 //     return 1;
 253 //   }
 254
 255 #endif // BOOST_PROGRAM_OPTIONS_LIB
 256
 257
 258   //testing whether it is possible to write a file at the specified location
 259   string outputtest = output + ".testioms.";
 260   ofstream testfile (outputtest.c_str());
 261   if (testfile.fail())
 262   {
 263     cout << "MEDSPLITTER : output-file directory does not exist or is in read-only access" << endl;
 264     return 1;
 265   }
 266   //deletes test file
 267   remove(outputtest.c_str());
 268
 269   // Beginning of the computation
 270
 271   MPI_Init(&argc,&argv);
 272
 273
 274   // Loading the mesh collection
 275   cout << "MEDSPLITTER - reading input files "<<endl;
 276   MEDSPLITTER::ParaDomainSelector parallelizer(mesure_memory);
 277   MEDSPLITTER::MESHCollection collection(input,parallelizer);
 278
 279   // Creating the graph and partitioning it
 280   cout << "MEDSPLITTER - computing partition "<<endl;
 281 #ifdef MED_ENABLE_PARMETIS
 282 #ifndef ENABLE_PTSCOTCH
 283   library = "metis";
 284 #endif
 285 #else
 286   library = "scotch";
 287 #endif
 288   cout << "\tsplit-method = " << library << endl; // tmp
 289
 290   auto_ptr< MEDSPLITTER::Topology > new_topo;
 291   if (library == "metis")
 292     new_topo.reset( collection.createPartition(ndomains,MEDSPLITTER::Graph::METIS));
 293   else
 294     new_topo.reset( collection.createPartition(ndomains,MEDSPLITTER::Graph::SCOTCH));
 295   parallelizer.evaluateMemory();
 296
 297   // Creating a new mesh collection from the partitioning
 298   cout << "MEDSPLITTER - creating new meshes"<<endl;
 299   MEDSPLITTER::MESHCollection new_collection(collection,new_topo.get(),split_family,empty_groups);
 300   parallelizer.evaluateMemory();
 301
 302   if (!xml_output_master)
 303     new_collection.setDriverType(MEDSPLITTER::MedAscii);
 304
 305   new_collection.setSubdomainBoundaryCreates(creates_boundary_faces);
 306
 307   cout << "MEDSPLITTER - writing output files "<<endl;
 308   new_collection.write(output);
 309
 310   if ( mesure_memory )
 311     if ( parallelizer.isOnDifferentHosts() || parallelizer.rank()==0 )
 312     {
 313       MEDMEM::STRING text("proc ");
 314       text << parallelizer.rank() << ": elapsed time = " << parallelizer.getPassedTime()
 315            << ", max memory usage = " << parallelizer.evaluateMemory() << " KB";
 316       cout << text << endl;
 317     }
 318   // Casting the fields on the new collection
 319 //   if (!mesh_only)
 320 //     new_collection.castAllFields(*collection);
 321
 322   MPI_Finalize();
 323
 324   return 0;
 325 }