src/MEDPartitioner/medpartitioner.cxx

   1 // Copyright (C) 2007-2012  CEA/DEN, EDF R&D
   2 //
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   7 //
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   9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
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  12 //
  13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  16 //
  17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  18 //
  19
  20 /*
  21   examples of launch
  22   export verb=1
  23   medpartitioner --input-file=blade.med --output-file=ttmp1_ --ndomains=2 --dump-cpu-memory --verbose=$verb
  24   medpartitioner --input-file=medpartitioner_blade.xml --output-file=ttmp1_ --ndomains=2 --dump-cpu-memory --verbose=$verb
  25   medpartitioner --input-file=ttmp1_.xml --output-file=tttmp1_ --ndomains=4 --dump-cpu-memory --verbose=$verb
  26 */
  27
  28 /*
  29 #include "MEDPARTITIONER_Graph.hxx"
  30 #include "MEDPARTITIONER_Topology.hxx"
  31 #include "MEDPARTITIONER_ParaDomainSelector.hxx"
  32 #include "MEDPARTITIONER_MeshCollection.hxx"
  33 #include "MEDPARTITIONER_Utils.hxx"
  34 */
  35
  36 #include "MEDPARTITIONER_MeshCollection.hxx"
  37 #include "MEDPARTITIONER_ParallelTopology.hxx"
  38 #include "MEDPARTITIONER_ParaDomainSelector.hxx"
  39 #include "MEDPARTITIONER_Utils.hxx"
  40
  41 #include <string>
  42 #include <fstream>
  43 #include <cstring>
  44 #include <cstdlib>
  45 #include <iostream>
  46
  47 using namespace std;
  48 using namespace MEDPARTITIONER;
  49
  50 int main(int argc, char** argv)
  51 {
  52 #if !defined(MED_ENABLE_METIS) && !defined(MED_ENABLE_SCOTCH)
  53   std::cout << "Sorry, no one split method is available. Please, compile with METIS or SCOTCH." << std::endl;
  54   return 1;
  55 #else
  56
  57   // Defining options
  58   // by parsing the command line
  59
  60   bool split_family=false;
  61   bool empty_groups=false;
  62   bool mesure_memory=false;
  63   bool filter_face=true;
  64
  65   string input;
  66   string output;
  67   string meshname;
  68   string library="metis";  //default
  69   int ndomains;
  70   int help=0;
  71
  72   //sequential : no MPI
  73   MyGlobals::_World_Size=1;
  74   MyGlobals::_Rank=0;
  75
  76   // Primitive parsing of command-line options
  77   string desc ("Available options of medpartitioner V1.0:\n"
  78                "\t--help                   : produces this help message\n"
  79                "\t--verbose                : echoes arguments\n"
  80                "\t--input-file=<string>    : name of the input .med file or .xml master file\n"
  81                "\t--output-file=<string>   : name of the resulting file (without extension)\n"
  82                "\t--ndomains=<number>      : number of subdomains in the output file, default is 1\n"
  83 #if defined(MED_ENABLE_METIS) && defined(MED_ENABLE_SCOTCH)
  84   //user can choose!
  85                "\t--split-method=<string>  : name of the splitting library (metis/scotch), default is metis\n"
  86 #endif
  87 //               "\t--creates-boundary-faces : creates boundary faces mesh in the output files\n"
  88                "\t--dump-cpu-memory        : dumps passed CPU time and maximal increase of used memory\n"
  89                );
  90
  91   if (argc<=1) help=1;
  92   string value;
  93   for (int i = 1; i < argc; i++)
  94     {
  95       if (strlen(argv[i]) < 3)
  96         {
  97           cerr << "bad argument : "<< argv[i] << endl;
  98           return 1;
  99         }
 100
 101       if (TestArg(argv[i],"--verbose",value))
 102         {
 103           MyGlobals::_Verbose=1;
 104           if (value!="") MyGlobals::_Verbose = atoi(value.c_str());
 105         }
 106       else if (TestArg(argv[i],"--help",value)) help=1;
 107 //      else if (TestArg(argv[i],"--test",value)) test=1;
 108       else if (TestArg(argv[i],"--input-file",value)) input=value;
 109       else if (TestArg(argv[i],"--output-file",value)) output=value;
 110       else if (TestArg(argv[i],"--split-method",value)) library=value;
 111       else if (TestArg(argv[i],"--ndomains",value)) ndomains=atoi(value.c_str());
 112 //      else if (TestArg(argv[i],"--creates-boundary-faces",value)) MyGlobals::_Creates_Boundary_Faces=1;
 113       else if (TestArg(argv[i],"--dump-cpu-memory",value)) mesure_memory=true;
 114       else
 115         {
 116           cerr << "unknown argument : "<< argv[i] << endl;
 117           return 1;
 118         }
 119     }
 120
 121   MyGlobals::_Is0verbose=MyGlobals::_Verbose;
 122
 123 //no choice
 124 #if defined(MED_ENABLE_METIS) && !defined(MED_ENABLE_SCOTCH)
 125   library = "metis";
 126 #endif
 127 #if !defined(MED_ENABLE_METIS) && defined(MED_ENABLE_SCOTCH)
 128   library = "scotch";
 129 #endif
 130 //user choice
 131 #if defined(MED_ENABLE_METIS) && defined(MED_ENABLE_SCOTCH)
 132   if ((library!="metis") && (library!="scotch"))
 133     {
 134       cerr << "split-method only available : metis, scotch" << endl;
 135       return 1;
 136     }
 137 #endif
 138
 139   if (help==1)
 140     {
 141       cout<<desc<<"\n";
 142       return 0;
 143     }
 144
 145   if (MyGlobals::_Is0verbose)
 146     {
 147       cout << "medpartitioner V1.0 :" << endl;
 148       cout << "  input-file = " << input << endl;
 149       cout << "  output-file = " << output << endl;
 150       cout << "  split-method = " << library << endl;
 151       cout << "  ndomains = " << ndomains << endl;
 152 //      cout << "  creates_boundary_faces = " << MyGlobals::_Creates_Boundary_Faces << endl;
 153       cout << "  dump-cpu-memory = " << mesure_memory<< endl;
 154       cout << "  verbose = " << MyGlobals::_Verbose << endl;
 155     }
 156   //testing whether it is possible to write a file at the specified location
 157   if (MyGlobals::_Rank==0)
 158     {
 159       string outputtest = output + ".testioms.";
 160       ofstream testfile (outputtest.c_str());
 161       if (testfile.fail())
 162         {
 163           cerr << "output-file directory does not exist or is in read-only access" << endl;
 164           return 1;
 165         }
 166       //deletes test file
 167       remove(outputtest.c_str());
 168     }
 169
 170   // Beginning of the computation
 171
 172   // Loading the mesh collection
 173   if (MyGlobals::_Is0verbose) cout << "Reading input files "<<endl;
 174
 175   try
 176     {
 177       /*MEDPARTITIONER::ParaDomainSelector parallelizer(mesure_memory);
 178       MEDPARTITIONER::MeshCollection collection(input,parallelizer);
 179       MEDPARTITIONER::ParallelTopology* aPT = (MEDPARTITIONER::ParallelTopology*) collection.getTopology();
 180       aPT->setGlobalNumerotationDefault(collection.getParaDomainSelector());
 181       //int nbfiles=MyGlobals::_fileMedNames->size(); //nb domains
 182       //to have unique valid fields names/pointers/descriptions for partitionning
 183       collection.prepareFieldDescriptions();
 184       //int nbfields=collection.getFieldDescriptions().size(); //on all domains
 185       //cout<<ReprVectorOfString(collection.getFieldDescriptions());
 186
 187       if (MyGlobals::_Is0verbose)
 188         {
 189           cout<<"fileNames :"<<endl
 190               <<ReprVectorOfString(MyGlobals::_File_Names);
 191           cout<<"fieldDescriptions :"<<endl
 192               <<ReprFieldDescriptions(collection.getFieldDescriptions()," "); //cvwat07
 193           cout<<"familyInfo :\n"
 194               <<ReprMapOfStringInt(collection.getFamilyInfo())<<endl;
 195           cout<<"groupInfo :\n"
 196               <<ReprMapOfStringVectorOfString(collection.getGroupInfo())<<endl;
 197         }*/
 198       MEDPARTITIONER::ParaDomainSelector parallelizer(mesure_memory);
 199       MEDPARTITIONER::MeshCollection collection(input,parallelizer);
 200       MEDPARTITIONER::ParallelTopology* aPT = (MEDPARTITIONER::ParallelTopology*) collection.getTopology();
 201       aPT->setGlobalNumerotationDefault(collection.getParaDomainSelector());
 202       //to have unique valid fields names/pointers/descriptions for partitionning
 203       collection.prepareFieldDescriptions();
 204
 205       //MEDPARTITIONER::MeshCollection collection(input);
 206
 207       //Creating the graph and partitioning it
 208       if (MyGlobals::_Is0verbose) cout << "Computing partition with " << library << endl;
 209
 210       auto_ptr< MEDPARTITIONER::Topology > new_topo;
 211       if (library == "metis")
 212         new_topo.reset( collection.createPartition(ndomains,MEDPARTITIONER::Graph::METIS));
 213       else
 214         new_topo.reset( collection.createPartition(ndomains,MEDPARTITIONER::Graph::SCOTCH));
 215       parallelizer.evaluateMemory();
 216
 217       //Creating a new mesh collection from the partitioning
 218       if (MyGlobals::_Is0verbose)  cout << "Creating new meshes"<< endl;
 219       MEDPARTITIONER::MeshCollection new_collection(collection,new_topo.get(),split_family,empty_groups);
 220
 221       if (filter_face) new_collection.filterFaceOnCell();
 222
 223       //to get infos on all procs
 224
 225       //see meshName
 226       vector<string> finalInformations;
 227       vector<string> r1,r2;
 228       //r1=AllgathervVectorOfString(MyGlobals::_General_Informations);
 229       r1=MyGlobals::_General_Informations;
 230       //if (MyGlobals::_Is0verbose>1000) cout << "generalInformations : \n"<<ReprVectorOfString(r1);
 231       r2=SelectTagsInVectorOfString(r1,"ioldDomain=");
 232       r2=SelectTagsInVectorOfString(r2,"meshName=");
 233       if (r2.size()==(collection.getMesh()).size())
 234         {
 235           for (std::size_t i=0; i<r2.size(); i++)
 236             r2[i]=EraseTagSerialized(r2[i],"ioldDomain=");
 237           r2=DeleteDuplicatesInVectorOfString(r2);
 238           if (r2.size()==1)
 239             {
 240               string finalMesh="finalMeshName="+ExtractFromDescription(r2[0], "meshName=");
 241               finalInformations.push_back(SerializeFromString(finalMesh));
 242             }
 243         }
 244       if (finalInformations.size()==0)
 245         {
 246           if (MyGlobals::_Rank==0)
 247             cerr<<"Problem on final meshName : set at 'Merge'"<<endl;
 248           finalInformations.push_back(SerializeFromString("finalMeshName=Merge"));
 249         }
 250
 251       //see field info nbComponents & componentInfo (if fields present)
 252       r2=SelectTagsInVectorOfString(r1,"fieldName=");
 253       r2=SelectTagsInVectorOfString(r2,"nbComponents=");
 254       //may be yes? or not?
 255       for (std::size_t i=0; i<r2.size(); i++)
 256         r2[i]=EraseTagSerialized(r2[i],"ioldFieldDouble=");
 257       r2=DeleteDuplicatesInVectorOfString(r2);
 258       for (std::size_t i=0; i<r2.size(); i++)
 259         finalInformations.push_back(r2[i]);
 260
 261       MyGlobals::_General_Informations=finalInformations;
 262       if (MyGlobals::_Is0verbose)
 263         cout << "generalInformations : \n"<<ReprVectorOfString(finalInformations);
 264
 265       //new_collection.setSubdomainBoundaryCreates(creates_boundary_faces);
 266       if (MyGlobals::_Is0verbose) cout << "Writing "<<ndomains<<" output files "<<output<<"xx.med"<<" and "<<output<<".xml"<<endl;
 267       new_collection.write(output);
 268
 269       /*if ( mesure_memory )
 270         if ( parallelizer.isOnDifferentHosts() || MyGlobals::_Rank==0 )
 271           {
 272             cout << "Elapsed time = " << parallelizer.getPassedTime()
 273                  << ", max memory usage = " << parallelizer.evaluateMemory() << " KB"
 274                  << endl;
 275           }*/
 276
 277       if (MyGlobals::_Is0verbose>0) cout<<"OK END"<< endl;
 278       return 0;
 279     }
 280   catch(const char *mess)
 281     {
 282       cerr<<mess<<endl;
 283       fflush(stderr);
 284       return 1;
 285     }
 286   catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
 287     {
 288       cerr<<"INTERP_KERNEL_Exception : "<<e.what()<<endl;
 289       fflush(stderr);
 290       return 1;
 291     }
 292   catch(std::exception& e)
 293     {
 294       cerr<<"std_Exception : "<<e.what()<<endl;
 295       fflush(stderr);
 296       return 1;
 297     }
 298   catch(...)
 299     {
 300       cerr<<"an unknown type exception error was occured"<<endl;
 301       fflush(stderr);
 302       return 1;
 303     }
 304 #endif
 305 }