src/MEDPartitioner/medpartitioner.cxx

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   2 //
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  12 //
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  14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  16 //
  17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  18 //
  19
  20 /*
  21   examples of launch
  22   export verb=1
  23   medpartitioner --input-file=blade.med --output-file=ttmp1_ --ndomains=2 --dump-cpu-memory --verbose=$verb
  24   medpartitioner --input-file=medpartitioner_blade.xml --output-file=ttmp1_ --ndomains=2 --dump-cpu-memory --verbose=$verb
  25   medpartitioner --input-file=ttmp1_.xml --output-file=tttmp1_ --ndomains=4 --dump-cpu-memory --verbose=$verb
  26 */
  27
  28 /*
  29 #include "MEDPARTITIONER_Graph.hxx"
  30 #include "MEDPARTITIONER_Topology.hxx"
  31 #include "MEDPARTITIONER_ParaDomainSelector.hxx"
  32 #include "MEDPARTITIONER_MeshCollection.hxx"
  33 #include "MEDPARTITIONER_Utils.hxx"
  34 */
  35
  36 #include "MEDPARTITIONER_MeshCollection.hxx"
  37 #include "MEDPARTITIONER_ParallelTopology.hxx"
  38 #include "MEDPARTITIONER_ParaDomainSelector.hxx"
  39 #include "MEDPARTITIONER_Utils.hxx"
  40
  41 #include <string>
  42 #include <fstream>
  43 #include <cstring>
  44 #include <cstdlib>
  45 #include <iostream>
  46
  47 using namespace std;
  48 using namespace MEDPARTITIONER;
  49
  50 int main(int argc, char** argv)
  51 {
  52 #if !defined(MED_ENABLE_METIS) && !defined(MED_ENABLE_SCOTCH)
  53   std::cout << "Sorry, no one split method is available. Please, compile with METIS or SCOTCH." << std::endl;
  54   return 1;
  55 #else
  56
  57   // Defining options
  58   // by parsing the command line
  59
  60   bool split_family=false;
  61   bool empty_groups=false;
  62   bool mesure_memory=false;
  63   bool filter_face=true;
  64
  65   string input;
  66   string output;
  67   string meshname;
  68   string library="metis";  //default
  69   int ndomains;
  70   int help=0;
  71
  72   //sequential : no MPI
  73   MyGlobals::_World_Size=1;
  74   MyGlobals::_Rank=0;
  75   MyGlobals::_Creates_Boundary_Faces=0;
  76
  77   // Primitive parsing of command-line options
  78   string desc ("Available options of medpartitioner V1.0:\n"
  79                "\t--help                   : produces this help message\n"
  80                "\t--verbose                : echoes arguments\n"
  81                "\t--input-file=<string>    : name of the input .med file or .xml master file\n"
  82                "\t--output-file=<string>   : name of the resulting file (without extension)\n"
  83                "\t--ndomains=<number>      : number of subdomains in the output file, default is 1\n"
  84 #if defined(MED_ENABLE_METIS) && defined(MED_ENABLE_SCOTCH)
  85   //user can choose!
  86                "\t--split-method=<string>  : name of the splitting library (metis/scotch), default is metis\n"
  87 #endif
  88                "\t--creates-boundary-faces : creates boundary faces mesh in the output files\n"
  89                "\t--dump-cpu-memory        : dumps passed CPU time and maximal increase of used memory\n"
  90                );
  91
  92   if (argc<=1) help=1;
  93   string value;
  94   for (int i = 1; i < argc; i++)
  95     {
  96       if (strlen(argv[i]) < 3)
  97         {
  98           cerr << "bad argument : "<< argv[i] << endl;
  99           return 1;
 100         }
 101
 102       if (TestArg(argv[i],"--verbose",value))
 103         {
 104           MyGlobals::_Verbose=1;
 105           if (value!="") MyGlobals::_Verbose = atoi(value.c_str());
 106         }
 107       else if (TestArg(argv[i],"--help",value)) help=1;
 108 //      else if (TestArg(argv[i],"--test",value)) test=1;
 109       else if (TestArg(argv[i],"--input-file",value)) input=value;
 110       else if (TestArg(argv[i],"--output-file",value)) output=value;
 111       else if (TestArg(argv[i],"--split-method",value)) library=value;
 112       else if (TestArg(argv[i],"--ndomains",value)) ndomains=atoi(value.c_str());
 113       else if (TestArg(argv[i],"--creates-boundary-faces",value)) MyGlobals::_Creates_Boundary_Faces=1;
 114       else if (TestArg(argv[i],"--dump-cpu-memory",value)) mesure_memory=true;
 115       else
 116         {
 117           cerr << "unknown argument : "<< argv[i] << endl;
 118           return 1;
 119         }
 120     }
 121
 122   MyGlobals::_Is0verbose=MyGlobals::_Verbose;
 123
 124 //no choice
 125 #if defined(MED_ENABLE_METIS) && !defined(MED_ENABLE_SCOTCH)
 126   library = "metis";
 127 #endif
 128 #if !defined(MED_ENABLE_METIS) && defined(MED_ENABLE_SCOTCH)
 129   library = "scotch";
 130 #endif
 131 //user choice
 132 #if defined(MED_ENABLE_METIS) && defined(MED_ENABLE_SCOTCH)
 133   if ((library!="metis") && (library!="scotch"))
 134     {
 135       cerr << "split-method only available : metis, scotch" << endl;
 136       return 1;
 137     }
 138 #endif
 139
 140   if (help==1)
 141     {
 142       cout<<desc<<"\n";
 143       return 0;
 144     }
 145
 146   if (MyGlobals::_Is0verbose)
 147     {
 148       cout << "medpartitioner V1.0 :" << endl;
 149       cout << "  input-file = " << input << endl;
 150       cout << "  output-file = " << output << endl;
 151       cout << "  split-method = " << library << endl;
 152       cout << "  ndomains = " << ndomains << endl;
 153       cout << "  creates_boundary_faces = " << MyGlobals::_Creates_Boundary_Faces << endl;
 154       cout << "  dump-cpu-memory = " << mesure_memory<< endl;
 155       cout << "  verbose = " << MyGlobals::_Verbose << endl;
 156     }
 157   //testing whether it is possible to write a file at the specified location
 158   if (MyGlobals::_Rank==0)
 159     {
 160       string outputtest = output + ".testioms.";
 161       ofstream testfile (outputtest.c_str());
 162       if (testfile.fail())
 163         {
 164           cerr << "output-file directory does not exist or is in read-only access" << endl;
 165           return 1;
 166         }
 167       //deletes test file
 168       remove(outputtest.c_str());
 169     }
 170
 171   // Beginning of the computation
 172
 173   // Loading the mesh collection
 174   if (MyGlobals::_Is0verbose) cout << "Reading input files "<<endl;
 175
 176   try
 177     {
 178       /*MEDPARTITIONER::ParaDomainSelector parallelizer(mesure_memory);
 179       MEDPARTITIONER::MeshCollection collection(input,parallelizer);
 180       MEDPARTITIONER::ParallelTopology* aPT = (MEDPARTITIONER::ParallelTopology*) collection.getTopology();
 181       aPT->setGlobalNumerotationDefault(collection.getParaDomainSelector());
 182       //int nbfiles=MyGlobals::_fileMedNames->size(); //nb domains
 183       //to have unique valid fields names/pointers/descriptions for partitionning
 184       collection.prepareFieldDescriptions();
 185       //int nbfields=collection.getFieldDescriptions().size(); //on all domains
 186       //cout<<ReprVectorOfString(collection.getFieldDescriptions());
 187
 188       if (MyGlobals::_Is0verbose)
 189         {
 190           cout<<"fileNames :"<<endl
 191               <<ReprVectorOfString(MyGlobals::_File_Names);
 192           cout<<"fieldDescriptions :"<<endl
 193               <<ReprFieldDescriptions(collection.getFieldDescriptions()," "); //cvwat07
 194           cout<<"familyInfo :\n"
 195               <<ReprMapOfStringInt(collection.getFamilyInfo())<<endl;
 196           cout<<"groupInfo :\n"
 197               <<ReprMapOfStringVectorOfString(collection.getGroupInfo())<<endl;
 198         }*/
 199       MEDPARTITIONER::ParaDomainSelector parallelizer(mesure_memory);
 200       MEDPARTITIONER::MeshCollection collection(input,parallelizer);
 201       MEDPARTITIONER::ParallelTopology* aPT = (MEDPARTITIONER::ParallelTopology*) collection.getTopology();
 202       aPT->setGlobalNumerotationDefault(collection.getParaDomainSelector());
 203       //to have unique valid fields names/pointers/descriptions for partitionning
 204       collection.prepareFieldDescriptions();
 205
 206       //MEDPARTITIONER::MeshCollection collection(input);
 207
 208       //Creating the graph and partitioning it
 209       if (MyGlobals::_Is0verbose) cout << "Computing partition with " << library << endl;
 210
 211       auto_ptr< MEDPARTITIONER::Topology > new_topo;
 212       if (library == "metis")
 213         new_topo.reset( collection.createPartition(ndomains,MEDPARTITIONER::Graph::METIS));
 214       else
 215         new_topo.reset( collection.createPartition(ndomains,MEDPARTITIONER::Graph::SCOTCH));
 216       parallelizer.evaluateMemory();
 217
 218       //Creating a new mesh collection from the partitioning
 219       if (MyGlobals::_Is0verbose)  cout << "Creating new meshes"<< endl;
 220       MEDPARTITIONER::MeshCollection new_collection(collection,new_topo.get(),split_family,empty_groups);
 221
 222       if (filter_face) new_collection.filterFaceOnCell();
 223
 224       //to get infos on all procs
 225
 226       //see meshName
 227       vector<string> finalInformations;
 228       vector<string> r1,r2;
 229       //r1=AllgathervVectorOfString(MyGlobals::_General_Informations);
 230       r1=MyGlobals::_General_Informations;
 231       //if (MyGlobals::_Is0verbose>1000) cout << "generalInformations : \n"<<ReprVectorOfString(r1);
 232       r2=SelectTagsInVectorOfString(r1,"ioldDomain=");
 233       r2=SelectTagsInVectorOfString(r2,"meshName=");
 234       if (r2.size()==(collection.getMesh()).size())
 235         {
 236           for (std::size_t i=0; i<r2.size(); i++)
 237             r2[i]=EraseTagSerialized(r2[i],"ioldDomain=");
 238           r2=DeleteDuplicatesInVectorOfString(r2);
 239           if (r2.size()==1)
 240             {
 241               string finalMesh="finalMeshName="+ExtractFromDescription(r2[0], "meshName=");
 242               finalInformations.push_back(SerializeFromString(finalMesh));
 243             }
 244         }
 245       if (finalInformations.size()==0)
 246         {
 247           if (MyGlobals::_Rank==0)
 248             cerr<<"Problem on final meshName : set at 'Merge'"<<endl;
 249           finalInformations.push_back(SerializeFromString("finalMeshName=Merge"));
 250         }
 251
 252       //see field info nbComponents & componentInfo (if fields present)
 253       r2=SelectTagsInVectorOfString(r1,"fieldName=");
 254       r2=SelectTagsInVectorOfString(r2,"nbComponents=");
 255       //may be yes? or not?
 256       for (std::size_t i=0; i<r2.size(); i++)
 257         r2[i]=EraseTagSerialized(r2[i],"ioldFieldDouble=");
 258       r2=DeleteDuplicatesInVectorOfString(r2);
 259       for (std::size_t i=0; i<r2.size(); i++)
 260         finalInformations.push_back(r2[i]);
 261
 262       MyGlobals::_General_Informations=finalInformations;
 263       if (MyGlobals::_Is0verbose)
 264         cout << "generalInformations : \n"<<ReprVectorOfString(finalInformations);
 265
 266       //new_collection.setSubdomainBoundaryCreates(creates_boundary_faces);
 267       if (MyGlobals::_Is0verbose) cout << "Writing "<<ndomains<<" output files "<<output<<"xx.med"<<" and "<<output<<".xml"<<endl;
 268       new_collection.write(output);
 269
 270       /*if ( mesure_memory )
 271         if ( parallelizer.isOnDifferentHosts() || MyGlobals::_Rank==0 )
 272           {
 273             cout << "Elapsed time = " << parallelizer.getPassedTime()
 274                  << ", max memory usage = " << parallelizer.evaluateMemory() << " KB"
 275                  << endl;
 276           }*/
 277
 278       if (MyGlobals::_Is0verbose>0) cout<<"OK END"<< endl;
 279       return 0;
 280     }
 281   catch(const char *mess)
 282     {
 283       cerr<<mess<<endl;
 284       fflush(stderr);
 285       return 1;
 286     }
 287   catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
 288     {
 289       cerr<<"INTERP_KERNEL_Exception : "<<e.what()<<endl;
 290       fflush(stderr);
 291       return 1;
 292     }
 293   catch(std::exception& e)
 294     {
 295       cerr<<"std_Exception : "<<e.what()<<endl;
 296       fflush(stderr);
 297       return 1;
 298     }
 299   catch(...)
 300     {
 301       cerr<<"an unknown type exception error was occured"<<endl;
 302       fflush(stderr);
 303       return 1;
 304     }
 305 #endif
 306 }