src/MEDPartitioner/medpartitioner.cxx

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   2 //
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  12 //
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  14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  16 //
  17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  18 //
  19
  20 /*
  21   examples of launch
  22   export verb=1
  23   medpartitioner --input-file=blade.med --output-file=ttmp1_ --ndomains=2 --dump-cpu-memory --verbose=$verb
  24   medpartitioner --input-file=medpartitioner_blade.xml --output-file=ttmp1_ --ndomains=2 --dump-cpu-memory --verbose=$verb
  25   medpartitioner --input-file=ttmp1_.xml --output-file=tttmp1_ --ndomains=4 --dump-cpu-memory --verbose=$verb
  26 */
  27
  28 /*
  29 #include "MEDPARTITIONER_Graph.hxx"
  30 #include "MEDPARTITIONER_Topology.hxx"
  31 #include "MEDPARTITIONER_ParaDomainSelector.hxx"
  32 #include "MEDPARTITIONER_MeshCollection.hxx"
  33 #include "MEDPARTITIONER_Utils.hxx"
  34 */
  35
  36 #include "MEDPARTITIONER_MeshCollection.hxx"
  37 #include "MEDPARTITIONER_ParallelTopology.hxx"
  38 #include "MEDPARTITIONER_ParaDomainSelector.hxx"
  39 #include "MEDPARTITIONER_Utils.hxx"
  40
  41 #include <string>
  42 #include <fstream>
  43 #include <cstring>
  44 #include <cstdlib>
  45 #include <iostream>
  46
  47 using namespace std;
  48 using namespace MEDPARTITIONER;
  49
  50 int main(int argc, char** argv)
  51 {
  52 #if !defined(MED_ENABLE_METIS) && !defined(MED_ENABLE_SCOTCH)
  53   std::cout << "Sorry, no one split method is available. Please, compile with METIS or SCOTCH." << std::endl;
  54   return 1;
  55 #else
  56
  57   // Defining options
  58   // by parsing the command line
  59
  60   bool split_family=false;
  61   bool empty_groups=false;
  62   bool mesure_memory=false;
  63   bool filter_face=true;
  64
  65   string input;
  66   string output;
  67   string meshname;
  68   string library="metis";  //default
  69   int ndomains;
  70   int help=0;
  71
  72   //sequential : no MPI
  73   MyGlobals::_World_Size=1;
  74   MyGlobals::_Rank=0;
  75   MyGlobals::_Create_Boundary_Faces=0;
  76   MyGlobals::_Create_Joints=0;
  77
  78   // Primitive parsing of command-line options
  79   string desc ("Available options of medpartitioner V1.0:\n"
  80                "\t--help                   : produces this help message\n"
  81                "\t--verbose                : echoes arguments\n"
  82                "\t--input-file=<string>    : name of the input .med file or .xml master file\n"
  83                "\t--output-file=<string>   : name of the resulting file (without extension)\n"
  84                "\t--ndomains=<number>      : number of subdomains in the output file, default is 1\n"
  85 #if defined(MED_ENABLE_METIS) && defined(MED_ENABLE_SCOTCH)
  86   //user can choose!
  87                "\t--split-method=<string>  : name of the splitting library (metis/scotch), default is metis\n"
  88 #endif
  89                "\t--create-boundary-faces  : creates boundary faces mesh in the output files\n"
  90                "\t--create-joints          : creates joints in the output files\n"
  91                "\t--dump-cpu-memory        : dumps passed CPU time and maximal increase of used memory\n"
  92                );
  93
  94   if (argc<=1) help=1;
  95   string value;
  96   for (int i = 1; i < argc; i++)
  97     {
  98       if (strlen(argv[i]) < 3)
  99         {
 100           cerr << "bad argument : "<< argv[i] << endl;
 101           return 1;
 102         }
 103
 104       if (TestArg(argv[i],"--verbose",value))
 105         {
 106           MyGlobals::_Verbose=1;
 107           if (value!="") MyGlobals::_Verbose = atoi(value.c_str());
 108         }
 109       else if (TestArg(argv[i],"--help",value)) help=1;
 110 //      else if (TestArg(argv[i],"--test",value)) test=1;
 111       else if (TestArg(argv[i],"--input-file",value)) input=value;
 112       else if (TestArg(argv[i],"--output-file",value)) output=value;
 113       else if (TestArg(argv[i],"--split-method",value)) library=value;
 114       else if (TestArg(argv[i],"--ndomains",value)) ndomains=atoi(value.c_str());
 115       else if (TestArg(argv[i],"--create-boundary-faces",value)) MyGlobals::_Create_Boundary_Faces=1;
 116       else if (TestArg(argv[i],"--create-joints",value)) MyGlobals::_Create_Joints=1;
 117       else if (TestArg(argv[i],"--dump-cpu-memory",value)) mesure_memory=true;
 118       else
 119         {
 120           cerr << "unknown argument : "<< argv[i] << endl;
 121           return 1;
 122         }
 123     }
 124
 125   MyGlobals::_Is0verbose=MyGlobals::_Verbose;
 126
 127 //no choice
 128 #if defined(MED_ENABLE_METIS) && !defined(MED_ENABLE_SCOTCH)
 129   library = "metis";
 130 #endif
 131 #if !defined(MED_ENABLE_METIS) && defined(MED_ENABLE_SCOTCH)
 132   library = "scotch";
 133 #endif
 134 //user choice
 135 #if defined(MED_ENABLE_METIS) && defined(MED_ENABLE_SCOTCH)
 136   if ((library!="metis") && (library!="scotch"))
 137     {
 138       cerr << "split-method only available : metis, scotch" << endl;
 139       return 1;
 140     }
 141 #endif
 142
 143   if (help==1)
 144     {
 145       cout<<desc<<"\n";
 146       return 0;
 147     }
 148
 149   if (MyGlobals::_Is0verbose)
 150     {
 151       cout << "medpartitioner V1.0 :" << endl;
 152       cout << "  input-file = " << input << endl;
 153       cout << "  output-file = " << output << endl;
 154       cout << "  split-method = " << library << endl;
 155       cout << "  ndomains = " << ndomains << endl;
 156       cout << "  create_boundary_faces = " << MyGlobals::_Create_Boundary_Faces << endl;
 157       cout << "  create-joints = " << MyGlobals::_Create_Joints<< endl;
 158       cout << "  dump-cpu-memory = " << mesure_memory<< endl;
 159       cout << "  verbose = " << MyGlobals::_Verbose << endl;
 160     }
 161   //testing whether it is possible to write a file at the specified location
 162   if (MyGlobals::_Rank==0)
 163     {
 164       string outputtest = output + ".testioms.";
 165       ofstream testfile (outputtest.c_str());
 166       if (testfile.fail())
 167         {
 168           cerr << "output-file directory does not exist or is in read-only access" << endl;
 169           return 1;
 170         }
 171       //deletes test file
 172       remove(outputtest.c_str());
 173     }
 174
 175   // Beginning of the computation
 176
 177   // Loading the mesh collection
 178   if (MyGlobals::_Is0verbose) cout << "Reading input files "<<endl;
 179
 180   try
 181     {
 182       /*MEDPARTITIONER::ParaDomainSelector parallelizer(mesure_memory);
 183       MEDPARTITIONER::MeshCollection collection(input,parallelizer);
 184       MEDPARTITIONER::ParallelTopology* aPT = (MEDPARTITIONER::ParallelTopology*) collection.getTopology();
 185       aPT->setGlobalNumerotationDefault(collection.getParaDomainSelector());
 186       //int nbfiles=MyGlobals::_fileMedNames->size(); //nb domains
 187       //to have unique valid fields names/pointers/descriptions for partitionning
 188       collection.prepareFieldDescriptions();
 189       //int nbfields=collection.getFieldDescriptions().size(); //on all domains
 190       //cout<<ReprVectorOfString(collection.getFieldDescriptions());
 191
 192       if (MyGlobals::_Is0verbose)
 193         {
 194           cout<<"fileNames :"<<endl
 195               <<ReprVectorOfString(MyGlobals::_File_Names);
 196           cout<<"fieldDescriptions :"<<endl
 197               <<ReprFieldDescriptions(collection.getFieldDescriptions()," "); //cvwat07
 198           cout<<"familyInfo :\n"
 199               <<ReprMapOfStringInt(collection.getFamilyInfo())<<endl;
 200           cout<<"groupInfo :\n"
 201               <<ReprMapOfStringVectorOfString(collection.getGroupInfo())<<endl;
 202         }*/
 203       MEDPARTITIONER::ParaDomainSelector parallelizer(mesure_memory);
 204       MEDPARTITIONER::MeshCollection collection(input,parallelizer);
 205       MEDPARTITIONER::ParallelTopology* aPT = (MEDPARTITIONER::ParallelTopology*) collection.getTopology();
 206       aPT->setGlobalNumerotationDefault(collection.getParaDomainSelector());
 207       //to have unique valid fields names/pointers/descriptions for partitionning
 208       collection.prepareFieldDescriptions();
 209
 210       //MEDPARTITIONER::MeshCollection collection(input);
 211
 212       //Creating the graph and partitioning it
 213       if (MyGlobals::_Is0verbose) cout << "Computing partition with " << library << endl;
 214
 215       auto_ptr< MEDPARTITIONER::Topology > new_topo;
 216       if (library == "metis")
 217         new_topo.reset( collection.createPartition(ndomains,MEDPARTITIONER::Graph::METIS));
 218       else
 219         new_topo.reset( collection.createPartition(ndomains,MEDPARTITIONER::Graph::SCOTCH));
 220       parallelizer.evaluateMemory();
 221
 222       //Creating a new mesh collection from the partitioning
 223       if (MyGlobals::_Is0verbose)  cout << "Creating new meshes"<< endl;
 224       MEDPARTITIONER::MeshCollection new_collection(collection,new_topo.get(),split_family,empty_groups);
 225
 226       if (filter_face) new_collection.filterFaceOnCell();
 227
 228       //to get infos on all procs
 229
 230       //see meshName
 231       vector<string> finalInformations;
 232       vector<string> r1,r2;
 233       //r1=AllgathervVectorOfString(MyGlobals::_General_Informations);
 234       r1=MyGlobals::_General_Informations;
 235       //if (MyGlobals::_Is0verbose>1000) cout << "generalInformations : \n"<<ReprVectorOfString(r1);
 236       r2=SelectTagsInVectorOfString(r1,"ioldDomain=");
 237       r2=SelectTagsInVectorOfString(r2,"meshName=");
 238       if (r2.size()==(collection.getMesh()).size())
 239         {
 240           for (std::size_t i=0; i<r2.size(); i++)
 241             r2[i]=EraseTagSerialized(r2[i],"ioldDomain=");
 242           r2=DeleteDuplicatesInVectorOfString(r2);
 243           if (r2.size()==1)
 244             {
 245               string finalMesh="finalMeshName="+ExtractFromDescription(r2[0], "meshName=");
 246               finalInformations.push_back(SerializeFromString(finalMesh));
 247             }
 248         }
 249       if (finalInformations.size()==0)
 250         {
 251           if (MyGlobals::_Rank==0)
 252             cerr<<"Problem on final meshName : set at 'Merge'"<<endl;
 253           finalInformations.push_back(SerializeFromString("finalMeshName=Merge"));
 254         }
 255
 256       //see field info nbComponents & componentInfo (if fields present)
 257       r2=SelectTagsInVectorOfString(r1,"fieldName=");
 258       r2=SelectTagsInVectorOfString(r2,"nbComponents=");
 259       //may be yes? or not?
 260       for (std::size_t i=0; i<r2.size(); i++)
 261         r2[i]=EraseTagSerialized(r2[i],"ioldFieldDouble=");
 262       r2=DeleteDuplicatesInVectorOfString(r2);
 263       for (std::size_t i=0; i<r2.size(); i++)
 264         finalInformations.push_back(r2[i]);
 265
 266       MyGlobals::_General_Informations=finalInformations;
 267       if (MyGlobals::_Is0verbose)
 268         cout << "generalInformations : \n"<<ReprVectorOfString(finalInformations);
 269
 270       //new_collection.setSubdomainBoundaryCreates(create_boundary_faces);
 271       if (MyGlobals::_Is0verbose) cout << "Writing "<<ndomains<<" output files "<<output<<"xx.med"<<" and "<<output<<".xml"<<endl;
 272       new_collection.write(output);
 273
 274       /*if ( mesure_memory )
 275         if ( parallelizer.isOnDifferentHosts() || MyGlobals::_Rank==0 )
 276           {
 277             cout << "Elapsed time = " << parallelizer.getPassedTime()
 278                  << ", max memory usage = " << parallelizer.evaluateMemory() << " KB"
 279                  << endl;
 280           }*/
 281
 282       if (MyGlobals::_Is0verbose>0) cout<<"OK END"<< endl;
 283       return 0;
 284     }
 285   catch(const char *mess)
 286     {
 287       cerr<<mess<<endl;
 288       fflush(stderr);
 289       return 1;
 290     }
 291   catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
 292     {
 293       cerr<<"INTERP_KERNEL_Exception : "<<e.what()<<endl;
 294       fflush(stderr);
 295       return 1;
 296     }
 297   catch(std::exception& e)
 298     {
 299       cerr<<"std_Exception : "<<e.what()<<endl;
 300       fflush(stderr);
 301       return 1;
 302     }
 303   catch(...)
 304     {
 305       cerr<<"an unknown type exception error has occurred"<<endl;
 306       fflush(stderr);
 307       return 1;
 308     }
 309 #endif
 310 }