src/MEDPartitioner/MEDPARTITIONER_ParMetisGraph.cxx

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  15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  16 //
  17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  18 //
  19
  20 #include "MEDPARTITIONER_ParMetisGraph.hxx"
  21 #include "MEDPARTITIONER_ParaDomainSelector.hxx"
  22 #include "MEDPARTITIONER_Utils.hxx"
  23
  24 #include "MEDCouplingSkyLineArray.hxx"
  25 #include "InterpKernelException.hxx"
  26
  27 #include <iostream>
  28
  29 #ifdef MED_ENABLE_PARMETIS
  30 #include <parmetis.h>
  31 // #if PARMETIS_MAJOR_VERSION == 4
  32 //    #define ParMETIS_PartKway ParMETIS_V3_PartKway
  33 // #endif
  34 #endif
  35
  36 using namespace MEDPARTITIONER;
  37
  38 ParMETISGraph::ParMETISGraph():Graph()
  39 {
  40 }
  41
  42 ParMETISGraph::ParMETISGraph(MEDCoupling::MEDCouplingSkyLineArray* graph, int* edgeweight)
  43   :Graph(graph,edgeweight)
  44 {
  45 }
  46
  47 ParMETISGraph::~ParMETISGraph()
  48 {
  49 }
  50
  51 void ParMETISGraph::partGraph(int ndomain,
  52                            const std::string& options_string,
  53                            ParaDomainSelector *parallelizer)
  54 {
  55   using std::vector;
  56   vector<int> ran,vx,va; //for randomize
  57
  58   if (MyGlobals::_Verbose>10)
  59     std::cout << "proc " << MyGlobals::_Rank << " : ParMETISGraph::partGraph" << std::endl;
  60
  61   // number of graph vertices
  62   int n=FromIdType<int>(_graph->getNumberOf());
  63   //graph
  64 #ifdef MEDCOUPLING_USE_64BIT_IDS
  65   std::vector<int> indexVec( _graph->getIndex(), _graph->getIndexArray()->end() );
  66   std::vector<int> valueVec( _graph->getValues(), _graph->getValuesArray()->end() );
  67   int * xadj=indexVec.data();
  68   int * adjncy=valueVec.data();
  69 #else
  70   int * xadj=const_cast<int*>(_graph->getIndex());
  71   int * adjncy=const_cast<int*>(_graph->getValues());
  72 #endif
  73   //constraints
  74   int * vwgt=_cell_weight;
  75   int * adjwgt=_edge_weight;
  76   int wgtflag=(_edge_weight!=0)?1:0+(_cell_weight!=0)?2:0;
  77   //base 0 or 1
  78   int base=0;
  79   //ndomain
  80   int nparts=ndomain;
  81   //options
  82   /*
  83     (0=default_option,option,random_seed) see defs.h
  84     #define PMV3_OPTION_DBGLVL 1
  85     #define PMV3_OPTION_SEED 2
  86     #define PMV3_OPTION_IPART 3
  87     #define PMV3_OPTION_PSR 3
  88     seems no changes int options[4]={1,0,33,0}; //test for a random seed of 33
  89   */
  90   int options[4]={0,0,0,0};
  91   // output parameters
  92   int edgecut;
  93 #if !defined(MED_ENABLE_PARMETIS)
  94   throw INTERP_KERNEL::Exception("ParMETISGraph::partGraph : PARMETIS is not available. Check your products, please.");
  95 #else
  96   int* partition=new int[n];
  97
  98   if (MyGlobals::_Verbose>10)
  99     std::cout << "proc " << MyGlobals::_Rank << " : ParMETISGraph::partGraph ParMETIS_PartKway new" << std::endl;
 100   int * vtxdist=parallelizer->getProcVtxdist();
 101   MPI_Comm comm=MPI_COMM_WORLD;
 102   ParMETIS_PartKway(vtxdist, xadj, adjncy, vwgt,
 103                                     adjwgt, &wgtflag, &base, &nparts, options,
 104                                     &edgecut, partition, &comm );
 105
 106
 107   /*doc from parmetis.h
 108     void __cdecl ParMETIS_PartKway(
 109     idxtype *vtxdist, idxtype *xadj, idxtype *adjncy, idxtype *vwgt,
 110     idxtype *adjwgt, int *wgtflag, int *numflag, int *nparts, int *options,
 111     int *edgecut, idxtype *part, MPI_Comm *comm);
 112
 113     void __cdecl ParMETIS_V3_PartKway(
 114     idxtype *vtxdist, idxtype *xadj, idxtype *adjncy, idxtype *vwgt,
 115     idxtype *adjwgt, int *wgtflag, int *numflag, int *ncon, int *nparts,
 116     float *tpwgts, float *ubvec, int *options, int *edgecut, idxtype *part,
 117     MPI_Comm *comm);
 118   */
 119
 120   vector<mcIdType> index(n+1);
 121   vector<mcIdType> value(n);
 122   index[0]=0;
 123   if (ran.size()>0 && MyGlobals::_Atomize==0) //there is randomize
 124     {
 125       if (MyGlobals::_Is0verbose>100)
 126         std::cout << "randomize" << std::endl;
 127       for (int i=0; i<n; i++)
 128         {
 129           index[i+1]=index[i]+1;
 130           value[ran[i]]=ToIdType(partition[i]);
 131         }
 132     }
 133   else
 134     {
 135       for (int i=0; i<n; i++)
 136         {
 137           index[i+1]=index[i]+1;
 138           value[i]=ToIdType(partition[i]);
 139         }
 140     }
 141   delete [] partition;
 142
 143   //creating a skylinearray with no copy of the index and partition array
 144   //the fifth argument true specifies that only the pointers are passed
 145   //to the object
 146
 147   _partition = MEDCoupling::MEDCouplingSkyLineArray::New(index,value);
 148 #endif
 149 }
 150