src/MEDPartitioner/MEDPARTITIONER_ParMetisGraph.cxx

   1 // Copyright (C) 2007-2014  CEA/DEN, EDF R&D
   2 //
   3 // This library is free software; you can redistribute it and/or
   4 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
   5 // License as published by the Free Software Foundation; either
   6 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
   7 //
   8 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
   9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  11 // Lesser General Public License for more details.
  12 //
  13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  16 //
  17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  18 //
  19
  20 #include "MEDPARTITIONER_ParMetisGraph.hxx"
  21 #include "MEDPARTITIONER_ParaDomainSelector.hxx"
  22 #include "MEDPARTITIONER_Utils.hxx"
  23
  24 #include "InterpKernelException.hxx"
  25
  26 #include <iostream>
  27
  28 #ifdef MED_ENABLE_PARMETIS
  29 #include <parmetis.h>
  30 // #if PARMETIS_MAJOR_VERSION == 4
  31 //    #define ParMETIS_PartKway ParMETIS_V3_PartKway
  32 // #endif
  33 #endif
  34
  35 using namespace MEDPARTITIONER;
  36
  37 ParMETISGraph::ParMETISGraph():Graph()
  38 {
  39 }
  40
  41 ParMETISGraph::ParMETISGraph(MEDPARTITIONER::SkyLineArray* graph, int* edgeweight)
  42   :Graph(graph,edgeweight)
  43 {
  44 }
  45
  46 ParMETISGraph::~ParMETISGraph()
  47 {
  48 }
  49
  50 void ParMETISGraph::partGraph(int ndomain,
  51                            const std::string& options_string,
  52                            ParaDomainSelector *parallelizer)
  53 {
  54   using std::vector;
  55   vector<int> ran,vx,va; //for randomize
  56
  57   if (MyGlobals::_Verbose>10)
  58     std::cout << "proc " << MyGlobals::_Rank << " : ParMETISGraph::partGraph" << std::endl;
  59
  60   // number of graph vertices
  61   int n=_graph->getNumberOf();
  62   //graph
  63   int * xadj=const_cast<int*>(_graph->getIndex());
  64   int * adjncy=const_cast<int*>(_graph->getValue());
  65   //constraints
  66   int * vwgt=_cell_weight;
  67   int * adjwgt=_edge_weight;
  68   int wgtflag=(_edge_weight!=0)?1:0+(_cell_weight!=0)?2:0;
  69   //base 0 or 1
  70   int base=0;
  71   //ndomain
  72   int nparts=ndomain;
  73   //options
  74   /*
  75     (0=default_option,option,random_seed) see defs.h
  76     #define PMV3_OPTION_DBGLVL 1
  77     #define PMV3_OPTION_SEED 2
  78     #define PMV3_OPTION_IPART 3
  79     #define PMV3_OPTION_PSR 3
  80     seems no changes int options[4]={1,0,33,0}; //test for a random seed of 33
  81   */
  82   int options[4]={0,0,0,0};
  83   // output parameters
  84   int edgecut;
  85 #if !defined(MED_ENABLE_PARMETIS)
  86   throw INTERP_KERNEL::Exception("ParMETISGraph::partGraph : PARMETIS is not available. Check your products, please.");
  87 #else
  88   int* partition=new int[n];
  89
  90   if (MyGlobals::_Verbose>10)
  91     std::cout << "proc " << MyGlobals::_Rank << " : ParMETISGraph::partGraph ParMETIS_PartKway new" << std::endl;
  92   int * vtxdist=parallelizer->getProcVtxdist();
  93   MPI_Comm comm=MPI_COMM_WORLD;
  94   ParMETIS_PartKway(vtxdist, xadj, adjncy, vwgt,
  95                                     adjwgt, &wgtflag, &base, &nparts, options,
  96                                     &edgecut, partition, &comm );
  97
  98
  99   /*doc from parmetis.h
 100     void __cdecl ParMETIS_PartKway(
 101     idxtype *vtxdist, idxtype *xadj, idxtype *adjncy, idxtype *vwgt,
 102     idxtype *adjwgt, int *wgtflag, int *numflag, int *nparts, int *options,
 103     int *edgecut, idxtype *part, MPI_Comm *comm);
 104
 105     void __cdecl ParMETIS_V3_PartKway(
 106     idxtype *vtxdist, idxtype *xadj, idxtype *adjncy, idxtype *vwgt,
 107     idxtype *adjwgt, int *wgtflag, int *numflag, int *ncon, int *nparts,
 108     float *tpwgts, float *ubvec, int *options, int *edgecut, idxtype *part,
 109     MPI_Comm *comm);
 110   */
 111
 112   vector<int> index(n+1);
 113   vector<int> value(n);
 114   index[0]=0;
 115   if (ran.size()>0 && MyGlobals::_Atomize==0) //there is randomize
 116     {
 117       if (MyGlobals::_Is0verbose>100)
 118         std::cout << "randomize" << std::endl;
 119       for (int i=0; i<n; i++)
 120         {
 121           index[i+1]=index[i]+1;
 122           value[ran[i]]=partition[i];
 123         }
 124     }
 125   else
 126     {
 127       for (int i=0; i<n; i++)
 128         {
 129           index[i+1]=index[i]+1;
 130           value[i]=partition[i];
 131         }
 132     }
 133   delete [] partition;
 134
 135   //creating a skylinearray with no copy of the index and partition array
 136   //the fifth argument true specifies that only the pointers are passed
 137   //to the object
 138
 139   _partition = new MEDPARTITIONER::SkyLineArray(index,value);
 140 #endif
 141 }
 142