src/MEDPartitioner/MEDPARTITIONER_PTScotchGraph.cxx

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  15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  16 //
  17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  18 //
  19
  20 #include "MEDPARTITIONER_PTScotchGraph.hxx"
  21 #include "MEDPARTITIONER_Utils.hxx"
  22
  23 #include "MEDCouplingSkyLineArray.hxx"
  24 #include "MEDCouplingMemArray.hxx"
  25 #include "MCType.hxx"
  26
  27 #include <cstdio>
  28 #include <mpi.h>
  29
  30 #ifdef MED_ENABLE_PTSCOTCH
  31 extern "C"
  32 {
  33 #define restrict
  34 #include "ptscotch.h"
  35 }
  36 #endif
  37
  38 using namespace MEDPARTITIONER;
  39
  40
  41 PTSCOTCHGraph::PTSCOTCHGraph(MEDCoupling::MEDCouplingSkyLineArray *graph, int *edgeweight, DataArrayIdType *vlbloctab):Graph(graph,edgeweight),_vlbloctab(vlbloctab)
  42 {
  43 }
  44
  45 PTSCOTCHGraph::~PTSCOTCHGraph()
  46 {
  47 }
  48
  49 void PTSCOTCHGraph::partGraph(int ndomain, const std::string& options_string, ParaDomainSelector* sel)
  50 {
  51   if (MyGlobals::_Verbose>10)
  52     std::cout << "proc " << MyGlobals::_Rank << " : PTSCOTCHGraph::partGraph" << std::endl;
  53
  54   //number of graph vertices
  55   int n = FromIdType<int>(_graph->getNumberOf());
  56   //graph
  57 #ifdef MEDCOUPLING_USE_64BIT_IDS
  58   std::vector<int> indexVec( _graph->getIndex(), _graph->getIndexArray()->end() );
  59   std::vector<int> valueVec( _graph->getValues(), _graph->getValuesArray()->end() );
  60   int * xadj=indexVec.data();
  61   int * adjncy=valueVec.data();
  62 #else
  63   int * xadj=const_cast<int*>(_graph->getIndex());
  64   int * adjncy=const_cast<int*>(_graph->getValues());
  65 #endif
  66   //ndomain
  67   int nparts=ndomain;
  68
  69 #if !defined(MED_ENABLE_PTSCOTCH)
  70   throw INTERP_KERNEL::Exception("PTSCOTCHGraph::partGraph : PTSCOTCH is not available. Check your products, please.");
  71 #else
  72   //output parameters
  73   int* partition = new int[n+1];
  74
  75 #ifdef MEDCOUPLING_USE_64BIT_IDS
  76   std::vector<int> vlbloctabVec;
  77   int *vlbloctab(nullptr);
  78   if( _vlbloctab )
  79     {
  80       vlbloctabVec.insert( vlbloctabVec.end() , _vlbloctab->begin() , _vlbloctab->end() );
  81       vlbloctab = vlbloctabVec.data();
  82     }
  83 #else
  84   mcIdType *vlbloctab = _vlbloctab?const_cast<mcIdType*>(_vlbloctab->begin()):nullptr;
  85 #endif
  86   SCOTCH_randomReset();
  87   SCOTCH_Dgraph scotch_graph;
  88   SCOTCH_dgraphInit(&scotch_graph, MPI_COMM_WORLD);
  89   SCOTCH_dgraphBuild(&scotch_graph,
  90                      0,             // baseval               , base first indice 0
  91                      n,             // vertlocnbr            , nb of local graph nodes
  92                      n,             // vertlocmax            , should be set to vertlocnbr for graphs without holes
  93                      xadj,          // vertloctab[vertnbr+1] , index vertex table
  94                      0,             // vendloctab            , index end vertex table if disjoint, set to zero
  95                      _cell_weight,  // veloloctab            , graph vertices loads, set to zero
  96                      vlbloctab,     // vlblocltab            , vertex label array : global vertex index
  97                      xadj[n],       // edgelocnbr            , number of edges
  98                      xadj[n],       // edgelocsiz            , same as edgelocnbr if edgeloctab is compact
  99                      adjncy,        // edgeloctab[edgelocnbr], global indexes of edges
 100                      0,             // edgegsttab            , optional, should be computed internally, set to zero
 101                      _edge_weight); // edloloctab            , graph edges loads, set to zero
 102
 103   SCOTCH_Strat scotch_strategy;
 104   SCOTCH_stratInit(&scotch_strategy);
 105
 106   //!user-defined options for the strategy
 107   if (options_string!="")
 108     SCOTCH_stratGraphMap(&scotch_strategy,options_string.c_str());
 109
 110   if (nparts>1)
 111     {
 112       if (MyGlobals::_Verbose>10) std::cout << "SCOTCHGraph::graphPart SCOTCH_graphPart" << std::endl;
 113       SCOTCH_dgraphPart(&scotch_graph,nparts,&scotch_strategy,partition);
 114     }
 115   else  //partition for 1 subdomain
 116     {
 117     for (int i=0; i<n+1; i++)
 118       partition[i]=0;
 119     }
 120
 121   SCOTCH_stratExit(&scotch_strategy);
 122   SCOTCH_dgraphExit(&scotch_graph);
 123
 124   std::vector<mcIdType> index(n+1);
 125   std::vector<mcIdType> value(n);
 126   index[0]=0;
 127   for (int i=0; i<n; i++)
 128     {
 129       index[i+1]=index[i]+1;
 130       value[i]=ToIdType(partition[i]);
 131     }
 132   delete [] partition;
 133
 134   //creating a skylinearray with no copy of the index and partition array
 135   //the fifth argument true specifies that only the pointers are passed
 136   //to the object
 137   _partition = MEDCoupling::MEDCouplingSkyLineArray::New(index,value);
 138 #endif
 139 }