src/MEDPartitioner/MEDPARTITIONER_PTScotchGraph.cxx

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  15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  16 //
  17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  18 //
  19
  20 #include "MEDPARTITIONER_PTScotchGraph.hxx"
  21 #include "MEDPARTITIONER_Utils.hxx"
  22
  23 #include "MEDCouplingSkyLineArray.hxx"
  24 #include "MEDCouplingMemArray.hxx"
  25 #include "MCType.hxx"
  26
  27 #include <cstdio>
  28 #include <memory>
  29 #include <mpi.h>
  30
  31 #ifdef MED_ENABLE_PTSCOTCH
  32 extern "C"
  33 {
  34 #define restrict
  35 #include "ptscotch.h"
  36 }
  37 #endif
  38
  39 using namespace MEDPARTITIONER;
  40
  41
  42 PTSCOTCHGraph::PTSCOTCHGraph(MEDCoupling::MEDCouplingSkyLineArray *graph, int *edgeweight, DataArrayIdType *vlbloctab):Graph(graph,edgeweight),_vlbloctab(vlbloctab)
  43 {
  44 }
  45
  46 PTSCOTCHGraph::~PTSCOTCHGraph()
  47 {
  48 }
  49
  50 void PTSCOTCHGraph::partGraph(int ndomain, const std::string& options_string, ParaDomainSelector* sel)
  51 {
  52   if (MyGlobals::_Verbose>10)
  53     std::cout << "proc " << MyGlobals::_Rank << " : PTSCOTCHGraph::partGraph" << std::endl;
  54
  55   //number of graph vertices
  56   int n = FromIdType<int>(_graph->getNumberOf());
  57   //graph
  58   mcIdType * xadj=const_cast<mcIdType*>(_graph->getIndex());
  59   mcIdType * adjncy=const_cast<mcIdType*>(_graph->getValues());
  60   //ndomain
  61   int nparts=ndomain;
  62
  63 #if !defined(MED_ENABLE_PTSCOTCH)
  64   throw INTERP_KERNEL::Exception("PTSCOTCHGraph::partGraph : PTSCOTCH is not available. Check your products, please.");
  65 #else
  66   //output parameters
  67   std::unique_ptr<mcIdType[]> partition(new mcIdType[n+1]);
  68 #ifdef MEDCOUPLING_USE_64BIT_IDS
  69   mcIdType *cellWeightPtr(nullptr);
  70   std::vector<mcIdType> cellWeightVec;
  71   if(_cell_weight)
  72   {
  73     cellWeightVec.insert(cellWeightVec.end(),_cell_weight,_cell_weight+_graph->getLength());
  74     cellWeightPtr = cellWeightVec.data();
  75   }
  76   mcIdType *edgeWeightPtr(nullptr);
  77   std::vector<mcIdType> edgeWeightVec;
  78   if(_edge_weight)
  79   {
  80     edgeWeightVec.insert(edgeWeightVec.end(),_edge_weight,_edge_weight+_graph->getLength());
  81     edgeWeightPtr = edgeWeightVec.data();
  82   }
  83 #else
  84   mcIdType *cellWeightPtr(_cell_weight);
  85   mcIdType *edgeWeightPtr(_edge_weight);
  86 #endif
  87
  88   mcIdType *vlbloctab = _vlbloctab?const_cast<mcIdType*>(_vlbloctab->begin()):nullptr;
  89
  90   SCOTCH_randomReset();
  91   SCOTCH_Dgraph scotch_graph;
  92   SCOTCH_dgraphInit(&scotch_graph, MPI_COMM_WORLD);
  93   SCOTCH_dgraphBuild(&scotch_graph,
  94                      0,             // baseval               , base first indice 0
  95                      n,             // vertlocnbr            , nb of local graph nodes
  96                      n,             // vertlocmax            , should be set to vertlocnbr for graphs without holes
  97                      xadj,          // vertloctab[vertnbr+1] , index vertex table
  98                      0,             // vendloctab            , index end vertex table if disjoint, set to zero
  99                      cellWeightPtr,  // veloloctab            , graph vertices loads, set to zero
 100                      vlbloctab,     // vlblocltab            , vertex label array : global vertex index
 101                      xadj[n],       // edgelocnbr            , number of edges
 102                      xadj[n],       // edgelocsiz            , same as edgelocnbr if edgeloctab is compact
 103                      adjncy,        // edgeloctab[edgelocnbr], global indexes of edges
 104                      0,             // edgegsttab            , optional, should be computed internally, set to zero
 105                      edgeWeightPtr); // edloloctab            , graph edges loads, set to zero
 106
 107   SCOTCH_Strat scotch_strategy;
 108   SCOTCH_stratInit(&scotch_strategy);
 109
 110   //!user-defined options for the strategy
 111   if (options_string!="")
 112     SCOTCH_stratGraphMap(&scotch_strategy,options_string.c_str());
 113
 114   if (nparts>1)
 115     {
 116       if (MyGlobals::_Verbose>10) std::cout << "SCOTCHGraph::graphPart SCOTCH_graphPart" << std::endl;
 117       SCOTCH_dgraphPart(&scotch_graph,nparts,&scotch_strategy,partition.get());
 118     }
 119   else  //partition for 1 subdomain
 120     {
 121     for (int i=0; i<n+1; i++)
 122       partition[i]=0;
 123     }
 124
 125   SCOTCH_stratExit(&scotch_strategy);
 126   SCOTCH_dgraphExit(&scotch_graph);
 127
 128   std::vector<mcIdType> index(n+1);
 129   std::vector<mcIdType> value(n);
 130   index[0]=0;
 131   for (int i=0; i<n; i++)
 132     {
 133       index[i+1]=index[i]+1;
 134       value[i]=ToIdType(partition[i]);
 135     }
 136
 137   //creating a skylinearray with no copy of the index and partition array
 138   //the fifth argument true specifies that only the pointers are passed
 139   //to the object
 140   _partition = MEDCoupling::MEDCouplingSkyLineArray::New(index,value);
 141 #endif
 142 }