src/MEDPartitioner/MEDPARTITIONER_MeshCollectionMedAsciiDriver.cxx

   1 // Copyright (C) 2007-2016  CEA/DEN, EDF R&D
   2 //
   3 // This library is free software; you can redistribute it and/or
   4 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
   5 // License as published by the Free Software Foundation; either
   6 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
   7 //
   8 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
   9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  11 // Lesser General Public License for more details.
  12 //
  13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  16 //
  17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  18 //
  19
  20 #include "MEDPARTITIONER_ParallelTopology.hxx"
  21 #include "MEDPARTITIONER_MeshCollectionDriver.hxx"
  22 #include "MEDPARTITIONER_MeshCollection.hxx"
  23 #include "MEDPARTITIONER_MeshCollectionMedAsciiDriver.hxx"
  24 #include "MEDPARTITIONER_ParaDomainSelector.hxx"
  25 #include "MEDPARTITIONER_Utils.hxx"
  26
  27 #include "MEDCouplingUMesh.hxx"
  28 #include "MEDLoader.hxx"
  29
  30 #include <map>
  31 #include <set>
  32 #include <vector>
  33 #include <string>
  34 #include <fstream>
  35 #include <iostream>
  36 #include <sstream>
  37
  38 #include <libxml/tree.h>
  39 #include <libxml/parser.h>
  40 #include <libxml/xpath.h>
  41 #include <libxml/xpathInternals.h>
  42
  43 using namespace MEDPARTITIONER;
  44
  45 MeshCollectionMedAsciiDriver::MeshCollectionMedAsciiDriver(MeshCollection* collection):MeshCollectionDriver(collection)
  46 {
  47 }
  48
  49 /*!reads a MED File v>=2.3
  50  * and mounts the corresponding meshes in memory
  51  * the connect zones are created from the joints
  52  *
  53  *\param filename ascii file containing the list of MED v2.3 files
  54  * */
  55
  56 int MeshCollectionMedAsciiDriver::read(MEDCoupling::MEDFileData* filedata)
  57 {
  58   readMEDFileData(filedata);
  59
  60   std::vector<MEDPARTITIONER::ConnectZone*> cz; // to fill from filedata
  61   std::vector<int*> cellglobal;
  62   std::vector<int*> nodeglobal;
  63   std::vector<int*> faceglobal;
  64   int size = (_collection->getMesh()).size();
  65   cellglobal.resize(size);
  66   nodeglobal.resize(size);
  67   faceglobal.resize(size);
  68   for ( int idomain = 0; idomain < size; ++idomain )
  69     {
  70       cellglobal[idomain]=0;
  71       faceglobal[idomain]=0;
  72       nodeglobal[idomain]=0;
  73       if ( (_collection->getMesh())[idomain] && (_collection->getMesh())[idomain]->getNumberOfNodes() > 0 )
  74         _collection->setNonEmptyMesh(idomain);
  75     }
  76   //creation of topology from mesh and connect zones
  77   ParallelTopology* aPT = new ParallelTopology((_collection->getMesh()), cz, cellglobal, nodeglobal, faceglobal);
  78   _collection->setTopology(aPT,true);
  79
  80   return 0;
  81 }
  82
  83 /*!reads a MED File v>=2.3
  84  * and mounts the corresponding meshes in memory
  85  * the connect zones are created from the joints
  86  *
  87  *\param filename ascii file containing the list of MED v2.3 files
  88  * */
  89
  90 int MeshCollectionMedAsciiDriver::read(const char* filename, ParaDomainSelector* domainSelector)
  91 {
  92   //distributed meshes
  93   std::vector<int*> cellglobal;
  94   std::vector<int*> nodeglobal;
  95   std::vector<int*> faceglobal;
  96   int nbdomain;
  97
  98   //reading ascii master file
  99   try
 100     {
 101       std::ifstream asciiinput(filename);
 102       if (!asciiinput)
 103         throw INTERP_KERNEL::Exception("Master ASCII File does not exist");
 104       char charbuffer[512];
 105       asciiinput.getline(charbuffer,512);
 106
 107       while (charbuffer[0]=='#')
 108         {
 109           asciiinput.getline(charbuffer,512);
 110         }
 111
 112       //reading number of domains
 113       nbdomain=atoi(charbuffer);
 114       MyGlobals::_File_Names.resize(nbdomain);
 115       MyGlobals::_Mesh_Names.resize(nbdomain);
 116       (_collection->getMesh()).resize(nbdomain);
 117       cellglobal.resize(nbdomain);
 118       nodeglobal.resize(nbdomain);
 119       faceglobal.resize(nbdomain);
 120
 121       if (nbdomain == 0)
 122         throw INTERP_KERNEL::Exception("Empty ASCII master file");
 123       for (int i=0; i<nbdomain;i++)
 124         {
 125           //reading information about the domain
 126           std::string mesh,host;
 127           int idomain;
 128           cellglobal[i]=0;
 129           faceglobal[i]=0;
 130           nodeglobal[i]=0;
 131
 132           asciiinput >> mesh >> idomain >> MyGlobals::_Mesh_Names[i] >> host >> MyGlobals::_File_Names[i];
 133
 134           //Setting the name of the global mesh (which should be is the same for all the subdomains)
 135           if (i==0)
 136             _collection->setName(mesh);
 137
 138           if (idomain!=i+1)
 139             {
 140               throw INTERP_KERNEL::Exception("domain must be written from 1 to N in ASCII file descriptor");
 141             }
 142           if ( !domainSelector || domainSelector->isMyDomain(i))
 143             readSubdomain(i);
 144
 145         } //loop on domains
 146     } //of try
 147   catch(...)
 148     {
 149       throw INTERP_KERNEL::Exception("I/O error reading parallel MED file");
 150     }
 151
 152   //creation of topology from mesh and connect zones
 153   ParallelTopology* aPT = new ParallelTopology((_collection->getMesh()), (_collection->getCZ()), cellglobal, nodeglobal, faceglobal);
 154   _collection->setTopology(aPT, true);
 155
 156   for (int i=0; i<nbdomain; i++)
 157     {
 158       delete [] cellglobal[i];
 159       delete [] nodeglobal[i];
 160       delete [] faceglobal[i];
 161     }
 162   return 0;
 163 }
 164
 165 /*! writes the collection of meshes in a MED v2.3 file
 166  * with the connect zones being written as joints
 167  * \param filename name of the ascii file containing the meshes description
 168  */
 169 void MeshCollectionMedAsciiDriver::write(const char* filename, ParaDomainSelector* domainSelector) const
 170 {
 171   int nbdomains=_collection->getMesh().size();
 172   std::vector<std::string> filenames;
 173   filenames.resize(nbdomains);
 174
 175   //loop on the domains
 176   for (int idomain=0; idomain<nbdomains; idomain++)
 177     {
 178       std::string distfilename;
 179       std::ostringstream suffix;
 180       suffix << filename << idomain+1 << ".med";
 181       distfilename=suffix.str();
 182       filenames[idomain]=distfilename;
 183
 184       if ( !domainSelector || domainSelector->isMyDomain( idomain ) )
 185         {
 186           // [ABN] spurious test in 8.2 - fixed as I think it should be:
 187           if ( _collection->getMesh()[idomain]->getNumberOfCells() == 0 ) continue;
 188           WriteUMesh(distfilename.c_str(),(_collection->getMesh())[idomain],true);
 189           //writeSubdomain(idomain, nbdomains, distfilename.c_str(), domainSelector);
 190         }
 191     }
 192
 193   //write master file
 194   if ( !domainSelector || domainSelector->rank() == 0 )
 195     {
 196       std::ofstream file(filename);
 197       file << "#MED Fichier V 2.3"<<" " << std::endl;
 198       file << "#" << " " << std::endl;
 199       file << _collection->getMesh().size() << " " << std::endl;
 200
 201       for (int idomain=0; idomain<nbdomains; idomain++)
 202         file << _collection->getName() <<" "<< idomain+1 << " "
 203              << (_collection->getMesh())[idomain]->getName() << " localhost "
 204              << filenames[idomain] << " "<< std::endl;
 205     }
 206
 207 }