src/MEDPartitioner/MEDPARTITIONER_MeshCollectionMedAsciiDriver.cxx

   1 // Copyright (C) 2007-2015  CEA/DEN, EDF R&D
   2 //
   3 // This library is free software; you can redistribute it and/or
   4 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
   5 // License as published by the Free Software Foundation; either
   6 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
   7 //
   8 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
   9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  11 // Lesser General Public License for more details.
  12 //
  13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  16 //
  17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  18 //
  19
  20 #include "MEDPARTITIONER_ParallelTopology.hxx"
  21 #include "MEDPARTITIONER_MeshCollectionDriver.hxx"
  22 #include "MEDPARTITIONER_MeshCollection.hxx"
  23 #include "MEDPARTITIONER_MeshCollectionMedAsciiDriver.hxx"
  24 #include "MEDPARTITIONER_ParaDomainSelector.hxx"
  25 #include "MEDPARTITIONER_Utils.hxx"
  26
  27 #include "MEDCouplingUMesh.hxx"
  28 #include "MEDLoader.hxx"
  29
  30 #include <map>
  31 #include <set>
  32 #include <vector>
  33 #include <string>
  34 #include <fstream>
  35 #include <iostream>
  36
  37 #include <libxml/tree.h>
  38 #include <libxml/parser.h>
  39 #include <libxml/xpath.h>
  40 #include <libxml/xpathInternals.h>
  41
  42 using namespace MEDPARTITIONER;
  43
  44 MeshCollectionMedAsciiDriver::MeshCollectionMedAsciiDriver(MeshCollection* collection):MeshCollectionDriver(collection)
  45 {
  46 }
  47
  48 /*!reads a MED File v>=2.3
  49  * and mounts the corresponding meshes in memory
  50  * the connect zones are created from the joints
  51  *
  52  *\param filename ascii file containing the list of MED v2.3 files
  53  * */
  54
  55 int MeshCollectionMedAsciiDriver::read(ParaMEDMEM::MEDFileData* filedata)
  56 {
  57   readMEDFileData(filedata);
  58
  59   std::vector<MEDPARTITIONER::ConnectZone*> cz; // to fill from filedata
  60   std::vector<int*> cellglobal;
  61   std::vector<int*> nodeglobal;
  62   std::vector<int*> faceglobal;
  63   int size = (_collection->getMesh()).size();
  64   cellglobal.resize(size);
  65   nodeglobal.resize(size);
  66   faceglobal.resize(size);
  67   for ( int idomain = 0; idomain < size; ++idomain )
  68     {
  69       cellglobal[idomain]=0;
  70       faceglobal[idomain]=0;
  71       nodeglobal[idomain]=0;
  72       if ( (_collection->getMesh())[idomain] && (_collection->getMesh())[idomain]->getNumberOfNodes() > 0 )
  73         _collection->setNonEmptyMesh(idomain);
  74     }
  75   //creation of topology from mesh and connect zones
  76   ParallelTopology* aPT = new ParallelTopology((_collection->getMesh()), cz, cellglobal, nodeglobal, faceglobal);
  77   _collection->setTopology(aPT,true);
  78
  79   return 0;
  80 }
  81
  82 /*!reads a MED File v>=2.3
  83  * and mounts the corresponding meshes in memory
  84  * the connect zones are created from the joints
  85  *
  86  *\param filename ascii file containing the list of MED v2.3 files
  87  * */
  88
  89 int MeshCollectionMedAsciiDriver::read(const char* filename, ParaDomainSelector* domainSelector)
  90 {
  91   //distributed meshes
  92   std::vector<int*> cellglobal;
  93   std::vector<int*> nodeglobal;
  94   std::vector<int*> faceglobal;
  95   int nbdomain;
  96
  97   //reading ascii master file
  98   try
  99     {
 100       std::ifstream asciiinput(filename);
 101       if (!asciiinput)
 102         throw INTERP_KERNEL::Exception("Master ASCII File does not exist");
 103       char charbuffer[512];
 104       asciiinput.getline(charbuffer,512);
 105
 106       while (charbuffer[0]=='#')
 107         {
 108           asciiinput.getline(charbuffer,512);
 109         }
 110
 111       //reading number of domains
 112       nbdomain=atoi(charbuffer);
 113       MyGlobals::_File_Names.resize(nbdomain);
 114       MyGlobals::_Mesh_Names.resize(nbdomain);
 115       (_collection->getMesh()).resize(nbdomain);
 116       cellglobal.resize(nbdomain);
 117       nodeglobal.resize(nbdomain);
 118       faceglobal.resize(nbdomain);
 119
 120       if (nbdomain == 0)
 121         throw INTERP_KERNEL::Exception("Empty ASCII master file");
 122       for (int i=0; i<nbdomain;i++)
 123         {
 124           //reading information about the domain
 125           std::string mesh,host;
 126           int idomain;
 127           cellglobal[i]=0;
 128           faceglobal[i]=0;
 129           nodeglobal[i]=0;
 130
 131           asciiinput >> mesh >> idomain >> MyGlobals::_Mesh_Names[i] >> host >> MyGlobals::_File_Names[i];
 132
 133           //Setting the name of the global mesh (which should be is the same for all the subdomains)
 134           if (i==0)
 135             _collection->setName(mesh);
 136
 137           if (idomain!=i+1)
 138             {
 139               throw INTERP_KERNEL::Exception("domain must be written from 1 to N in ASCII file descriptor");
 140             }
 141           if ( !domainSelector || domainSelector->isMyDomain(i))
 142             readSubdomain(i);
 143
 144         } //loop on domains
 145     } //of try
 146   catch(...)
 147     {
 148       throw INTERP_KERNEL::Exception("I/O error reading parallel MED file");
 149     }
 150
 151   //creation of topology from mesh and connect zones
 152   ParallelTopology* aPT = new ParallelTopology((_collection->getMesh()), (_collection->getCZ()), cellglobal, nodeglobal, faceglobal);
 153   _collection->setTopology(aPT, true);
 154
 155   for (int i=0; i<nbdomain; i++)
 156     {
 157       delete [] cellglobal[i];
 158       delete [] nodeglobal[i];
 159       delete [] faceglobal[i];
 160     }
 161   return 0;
 162 }
 163
 164 /*! writes the collection of meshes in a MED v2.3 file
 165  * with the connect zones being written as joints
 166  * \param filename name of the ascii file containing the meshes description
 167  */
 168 void MeshCollectionMedAsciiDriver::write(const char* filename, ParaDomainSelector* domainSelector) const
 169 {
 170   int nbdomains=_collection->getMesh().size();
 171   std::vector<std::string> filenames;
 172   filenames.resize(nbdomains);
 173
 174   //loop on the domains
 175   for (int idomain=0; idomain<nbdomains; idomain++)
 176     {
 177       std::string distfilename;
 178       std::ostringstream suffix;
 179       suffix << filename << idomain+1 << ".med";
 180       distfilename=suffix.str();
 181       filenames[idomain]=distfilename;
 182
 183       if ( !domainSelector || domainSelector->isMyDomain( idomain ) )
 184         {
 185           if ( !_collection->getMesh()[idomain]->getNumberOfCells()==0 ) continue;//empty domain
 186           MEDLoader::WriteUMesh(distfilename.c_str(),(_collection->getMesh())[idomain],true);
 187           //writeSubdomain(idomain, nbdomains, distfilename.c_str(), domainSelector);
 188         }
 189     }
 190
 191   //write master file
 192   if ( !domainSelector || domainSelector->rank() == 0 )
 193     {
 194       std::ofstream file(filename);
 195       file << "#MED Fichier V 2.3"<<" " << std::endl;
 196       file << "#" << " " << std::endl;
 197       file << _collection->getMesh().size() << " " << std::endl;
 198
 199       for (int idomain=0; idomain<nbdomains; idomain++)
 200         file << _collection->getName() <<" "<< idomain+1 << " "
 201              << (_collection->getMesh())[idomain]->getName() << " localhost "
 202              << filenames[idomain] << " "<< std::endl;
 203     }
 204
 205 }