src/MEDOP/tut/medcoupling/testpil.py

   1 #!/usr/bin/env python
   2 #  -*- coding: iso-8859-1 -*-
   3 #
   4 # This script illustrates how to create a matrix of pixels from data
   5 # read in an image file. At the end, the cells of the matrix
   6 # corresponds to the cells of a cartesian mesh that could hold a field
   7 # whose value is the value of the pixel.
   8 # (gboulant - 13/11/2011)
   9
  10 from PIL import Image
  11 from PIL import ImageOps
  12 import numpy
  13
  14 def image2matrix():
  15     # Load the image
  16     #img=Image.open("images/avatar.png")
  17     img=Image.open("images/tests.pgm")
  18
  19     # Get a grayscale version
  20     imgbw=ImageOps.grayscale(img)
  21
  22     # Save the image (optionnal)
  23     imgbw.save(fp="testsbw.pgm")
  24
  25     # Get the data
  26     imgdata=imgbw.getdata()
  27     width,height=imgbw.size
  28     print list(imgdata)
  29     print width,height
  30
  31     # Convert the data in a matrix using numpy
  32     tab=numpy.array(imgdata,dtype='float64')
  33     print list(tab)
  34     print tab
  35     nbRows=height
  36     nbCols=width
  37     matrix=numpy.reshape(tab,(nbRows,nbCols))
  38     # Note that in the reshape function, the height (sizeY) of the image
  39     # is specified first, because it corresponds to the number of rows.
  40     print matrix
  41     print list(matrix)
  42
  43 import MEDCoupling as MC
  44 import MEDLoader as ML
  45 def createMesh(meshname, sizeX, sizeY):
  46     """
  47     Creating a cartesian mesh with a grid of the size of the image.
  48     sizeX and sizeY should be respectively the width and heigth of the
  49     image.
  50     """
  51     # >>>
  52     # WARNING: remember the problem of tics and spaces. The data values
  53     # are considered as values defined on cells. With size values in a
  54     # direction, we have to create size+1 mesh nodes in that direction.
  55     # <<<
  56
  57     # The mesh is created using MEDCoupling
  58     cmesh=MC.MEDCouplingCMesh.New();
  59     cmesh.setName(meshname)
  60
  61     # We use an arbitrary step between cells (the value does not matter)
  62     stepX = 0.1
  63     nbNodesX = sizeX+1
  64     arrX = [float(i * stepX) for i in range(nbNodesX)]
  65     coordsX=MC.DataArrayDouble.New()
  66     coordsX.setValues(arrX,nbNodesX,1)
  67
  68     # For the Y dimension, we have to reverse the coordinates (the
  69     # first pixel is at y=height and not at y=0).
  70     stepY = 0.1
  71     nbNodesY = sizeY+1
  72     lengthY = sizeY*stepY
  73     arrY=[float(lengthY - i * stepY) for i in range(nbNodesY)]
  74     coordsY=MC.DataArrayDouble.New()
  75     coordsY.setValues(arrY,nbNodesY,1)
  76
  77     cmesh.setCoords(coordsX,coordsY)
  78     print "Imagem mesh dimension: %d"%cmesh.getSpaceDimension()
  79
  80     # WARN: In the current state of development of MEDLoader, only
  81     # unstructured meshes are supported for writting function in med
  82     # files. We just have to convert the cartesian mesh in an unstructured
  83     # mesh before creating the field.
  84     umesh=cmesh.buildUnstructured();
  85     umesh.setName("imagemesh")
  86
  87     return umesh
  88
  89 def createField(fieldname, mesh, image):
  90     """
  91     Creating a scalar field on the mesh using image data
  92     """
  93     # Create the field using MEDCoupling
  94     field = MC.MEDCouplingFieldDouble.New(MC.ON_CELLS,MC.ONE_TIME);
  95     field.setName(fieldname);
  96     field.setMesh(mesh);
  97     # OPTIONAL: We set an arbitrary time step for test purpose
  98     field.setIteration(0);
  99     field.setOrder(0)
 100
 101     imagedata=list(image.getdata())
 102     width,height=image.size
 103     nbCells = width*height
 104     dataArray=MC.DataArrayDouble.New();
 105     nbComponents=1 # For a scalar field
 106
 107     dataArray.setValues(imagedata,nbCells,nbComponents)
 108     field.setArray(dataArray);
 109
 110     return field
 111
 112 def image2med():
 113     img=Image.open("images/avatar.png")
 114     #img=Image.open("images/irm.png")
 115     imgbw=ImageOps.grayscale(img)
 116     # We keep only the grayscale. Maybe, it could be usefull to get
 117     # the RGB scales each on one component of the field.
 118
 119     width,height=imgbw.size
 120     mesh=createMesh("mesh",width,height)
 121     field=createField("field",mesh,imgbw)
 122
 123     createFromScratch=True
 124     ML.MEDLoader.WriteField("image.med",field,createFromScratch)
 125
 126
 127 # ===================================================================
 128
 129 if __name__ == "__main__":
 130     #image2matrix()
 131     image2med()