src/MEDOP/tut/medcoupling/testmed_lena.py

   1 #!/usr/bin/env python
   2 #  -*- coding: iso-8859-1 -*-
   3
   4 # This use case illustrates the usage of PIL (Python Imaging Library)
   5 # combined with the MEDCoupling and MEDLoader modules to save an image
   6 # as a field in a med file.
   7 # (gboulant - 27/06/2011)
   8
   9 import MEDCoupling as MC
  10 import MEDLoader as ML
  11
  12 #
  13 # ===============================================================
  14 # We first get data from the test image to render as a field
  15 # ===============================================================
  16 #
  17 import scipy, numpy
  18 # The data field array may be created from the lena image
  19 #image = scipy.lena()
  20 # We could either read a real image using the PIL python package.
  21 from scipy.misc import pilutil
  22 image = pilutil.imread("images/avatar.png",True)
  23
  24
  25 #from PIL import Image
  26 #im=Image.open("images/irm.png")
  27 #im=Image.open("images/lena.png")
  28 #image=pilutil.fromimage(im,True)
  29 #image=numpy.asarray(im)
  30 #print image
  31
  32 dim  = len(image.shape)
  33 print "Image space dimension = %d"%dim
  34 sizeX = image.shape[1]
  35 sizeY = image.shape[0]
  36
  37 # The sizes defined the number of pixel in a direction, then the
  38 # number of cells to create in the mesh in that direction.
  39
  40 # We must reshape the matrix of pixel in a 1D vector that concatenates
  41 # all the rows, and then convert this vector in a simple list of
  42 # double as required by the MEDCoupling field specification.
  43 import numpy
  44 imageDataNArray       = image.reshape(1,sizeX*sizeY)[0]
  45 print imageDataNArray
  46
  47 imageDataNArrayDouble = numpy.array(imageDataNArray, dtype='float64')
  48 imageDataArrayDouble  = list(imageDataNArrayDouble)
  49
  50 #
  51 # ===============================================================
  52 # Creating a cartesian mesh with a grid of the size of the image
  53 # ===============================================================
  54 #
  55
  56 # >>>
  57 # WARNING: remember the problem of tics and spaces. The data values
  58 # are considered as values defined on cells. With size values in a
  59 # direction, we have to create size+1 mesh nodes in that direction.
  60 # <<<
  61
  62 # The mesh is created using MEDCoupling
  63 cmesh=MC.MEDCouplingCMesh.New();
  64 cmesh.setName("imagemesh")
  65
  66 # We use an arbitrary step between cells (the value does not matter)
  67 stepX = 0.1
  68 nbNodesX = sizeX+1
  69 arrX = [float(i * stepX) for i in range(nbNodesX)]
  70 coordsX=MC.DataArrayDouble.New()
  71 coordsX.setValues(arrX,nbNodesX,1)
  72
  73 stepY = 0.1
  74 nbNodesY = sizeY+1
  75 arrY=[float(i * stepY) for i in range(nbNodesY)]
  76 coordsY=MC.DataArrayDouble.New()
  77 coordsY.setValues(arrY,nbNodesY,1)
  78
  79 cmesh.setCoords(coordsX,coordsY)
  80 print "Imagem mesh dimension: %d"%cmesh.getSpaceDimension()
  81
  82 # WARN: In the current state of development of MEDLoader, only
  83 # unstructured meshes are supported for writting function in med
  84 # files. We just have to convert the cartesian mesh in an unstructured
  85 # mesh before creating the field.
  86 umesh=cmesh.buildUnstructured();
  87 umesh.setName("imagemesh")
  88
  89 #
  90 # ===============================================================
  91 # Creating a scalar field on the mesh using image data
  92 # ===============================================================
  93 #
  94
  95 # Create the field using MEDCoupling
  96 field = MC.MEDCouplingFieldDouble.New(MC.ON_CELLS,MC.ONE_TIME);
  97 field.setName("imagefield");
  98 field.setMesh(umesh);
  99 # OPTIONAL: We set an arbitrary time step for test purpose
 100 field.setIteration(3);
 101 field.setOrder(0)
 102
 103 dataArray=MC.DataArrayDouble.New();
 104 nbCells = sizeX*sizeY
 105 nbComponents=1 # For a scalar field
 106
 107 # This example shows haw to initialize all cell with the same
 108 # value. Just create an array of size nbCells
 109 # dataArray.setValues(nbCells*[3.4],nbCells,nbComponents)
 110
 111 dataArray.setValues(imageDataArrayDouble,nbCells,nbComponents)
 112 field.setArray(dataArray);
 113
 114 # The MEDLoader can be used to save all the stuff in a med file. You
 115 # just have to specify the field and the MEDLoader will save the
 116 # underlying mesh.
 117 createFromScratch=True
 118 ML.MEDLoader.WriteField("fieldimage.med",field,createFromScratch)