src/MEDLoader/SauvMedConvertor.cxx

   1 // Copyright (C) 2007-2012  CEA/DEN, EDF R&D
   2 //
   3 // This library is free software; you can redistribute it and/or
   4 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
   5 // License as published by the Free Software Foundation; either
   6 // version 2.1 of the License.
   7 //
   8 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
   9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  11 // Lesser General Public License for more details.
  12 //
  13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  16 //
  17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  18 //
  19 // File      : SauvMedConvertor.cxx
  20 // Created   : Tue Aug 16 14:43:20 2011
  21 // Author    : Edward AGAPOV (eap)
  22 //
  23
  24 #include "SauvMedConvertor.hxx"
  25
  26 #include "CellModel.hxx"
  27 #include "MEDFileMesh.hxx"
  28 #include "MEDFileField.hxx"
  29 #include "MEDFileData.hxx"
  30 #include "MEDCouplingFieldDouble.hxx"
  31
  32 #include <iostream>
  33 #include <cassert>
  34 #include <cmath>
  35 #include <queue>
  36 #include <limits>
  37
  38 #include <cstdlib>
  39 #include <cstring>
  40 #include <fcntl.h>
  41
  42 #ifdef WIN32
  43 #include <io.h>
  44 #endif
  45
  46 #ifndef WIN32
  47 #define HAS_XDR
  48 #include <unistd.h>
  49 #endif
  50
  51 #ifdef HAS_XDR
  52 #include <rpc/xdr.h>
  53 #endif
  54
  55 using namespace SauvUtilities;
  56 using namespace ParaMEDMEM;
  57 using namespace std;
  58
  59 namespace
  60 {
  61   // for ASCII file reader
  62   const int GIBI_MaxOutputLen = 150; // max length of a line in the sauve file
  63   const int GIBI_BufferSize   = 16184; // for buffered reading
  64
  65   using namespace INTERP_KERNEL;
  66
  67   const size_t MaxMedCellType = NORM_ERROR;
  68   const size_t NbGibiCellTypes = 47;
  69   const TCellType GibiTypeToMed[NbGibiCellTypes] =
  70     {
  71       /*1 */ NORM_POINT1 ,/*2 */ NORM_SEG2   ,/*3 */ NORM_SEG3   ,/*4 */ NORM_TRI3   ,/*5 */ NORM_ERROR  ,
  72       /*6 */ NORM_TRI6   ,/*7 */ NORM_ERROR  ,/*8 */ NORM_QUAD4  ,/*9 */ NORM_ERROR  ,/*10*/ NORM_QUAD8  ,
  73       /*11*/ NORM_ERROR  ,/*12*/ NORM_ERROR  ,/*13*/ NORM_ERROR  ,/*14*/ NORM_HEXA8  ,/*15*/ NORM_HEXA20 ,
  74       /*16*/ NORM_PENTA6 ,/*17*/ NORM_PENTA15,/*18*/ NORM_ERROR  ,/*19*/ NORM_ERROR  ,/*20*/ NORM_ERROR  ,
  75       /*21*/ NORM_ERROR  ,/*22*/ NORM_ERROR  ,/*23*/ NORM_TETRA4 ,/*24*/ NORM_TETRA10,/*25*/ NORM_PYRA5  ,
  76       /*26*/ NORM_PYRA13 ,/*27*/ NORM_ERROR  ,/*28*/ NORM_ERROR  ,/*29*/ NORM_ERROR  ,/*30*/ NORM_ERROR  ,
  77       /*31*/ NORM_ERROR  ,/*32*/ NORM_ERROR  ,/*33*/ NORM_ERROR  ,/*34*/ NORM_ERROR  ,/*35*/ NORM_ERROR  ,
  78       /*36*/ NORM_ERROR  ,/*37*/ NORM_ERROR  ,/*38*/ NORM_ERROR  ,/*39*/ NORM_ERROR  ,/*40*/ NORM_ERROR  ,
  79       /*41*/ NORM_ERROR  ,/*42*/ NORM_ERROR  ,/*43*/ NORM_ERROR  ,/*44*/ NORM_ERROR  ,/*45*/ NORM_ERROR  ,
  80       /*46*/ NORM_ERROR  ,/*47*/ NORM_ERROR
  81     };
  82
  83   //================================================================================
  84   /*!
  85    * \brief Return dimension of a group
  86    */
  87   //================================================================================
  88
  89   unsigned getDim( const Group* grp )
  90   {
  91     return SauvUtilities::getDimension( grp->_groups.empty() ? grp->_cellType : grp->_groups[0]->_cellType );
  92   }
  93
  94   //================================================================================
  95   /*!
  96    * \brief Converts connectivity of quadratic elements
  97    */
  98   //================================================================================
  99
 100   inline void ConvertQuadratic( const INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type,
 101                                 const Cell &                            aCell )
 102   {
 103     if ( const int * conn = getGibi2MedQuadraticInterlace( type ))
 104       {
 105         Cell* ma = const_cast<Cell*>(&aCell);
 106         vector< Node* > new_nodes( ma->_nodes.size() );
 107         for ( size_t i = 0; i < new_nodes.size(); ++i )
 108           new_nodes[ i ] = ma->_nodes[ conn[ i ]];
 109         ma->_nodes.swap( new_nodes );
 110       }
 111   }
 112
 113   //================================================================================
 114   /*!
 115    * \brief Returns a vector of pairs of node indices to inverse a med volume element
 116    */
 117   //================================================================================
 118
 119   void getReverseVector (const INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type,
 120                          vector<pair<int,int> > &                swapVec )
 121   {
 122     swapVec.clear();
 123
 124     switch ( type )
 125       {
 126       case NORM_TETRA4:
 127         swapVec.resize(1);
 128         swapVec[0] = make_pair( 1, 2 );
 129         break;
 130       case NORM_PYRA5:
 131         swapVec.resize(1);
 132         swapVec[0] = make_pair( 1, 3 );
 133         break;
 134       case NORM_PENTA6:
 135         swapVec.resize(2);
 136         swapVec[0] = make_pair( 1, 2 );
 137         swapVec[1] = make_pair( 4, 5 );
 138         break;
 139       case NORM_HEXA8:
 140         swapVec.resize(2);
 141         swapVec[0] = make_pair( 1, 3 );
 142         swapVec[1] = make_pair( 5, 7 );
 143         break;
 144       case NORM_TETRA10:
 145         swapVec.resize(3);
 146         swapVec[0] = make_pair( 1, 2 );
 147         swapVec[1] = make_pair( 4, 6 );
 148         swapVec[2] = make_pair( 8, 9 );
 149         break;
 150       case NORM_PYRA13:
 151         swapVec.resize(4);
 152         swapVec[0] = make_pair( 1, 3 );
 153         swapVec[1] = make_pair( 5, 8 );
 154         swapVec[2] = make_pair( 6, 7 );
 155         swapVec[3] = make_pair( 10, 12 );
 156         break;
 157       case NORM_PENTA15:
 158         swapVec.resize(4);
 159         swapVec[0] = make_pair( 1, 2 );
 160         swapVec[1] = make_pair( 4, 5 );
 161         swapVec[2] = make_pair( 6, 8 );
 162         swapVec[3] = make_pair( 9, 11 );
 163         break;
 164       case NORM_HEXA20:
 165         swapVec.resize(7);
 166         swapVec[0] = make_pair( 1, 3 );
 167         swapVec[1] = make_pair( 5, 7 );
 168         swapVec[2] = make_pair( 8, 11 );
 169         swapVec[3] = make_pair( 9, 10 );
 170         swapVec[4] = make_pair( 12, 15 );
 171         swapVec[5] = make_pair( 13, 14 );
 172         swapVec[6] = make_pair( 17, 19 );
 173         break;
 174         //   case NORM_SEG3: no need to reverse edges
 175         //     swapVec.resize(1);
 176         //     swapVec[0] = make_pair( 1, 2 );
 177         //     break;
 178       case NORM_TRI6:
 179         swapVec.resize(2);
 180         swapVec[0] = make_pair( 1, 2 );
 181         swapVec[1] = make_pair( 3, 5 );
 182         break;
 183       case NORM_QUAD8:
 184         swapVec.resize(3);
 185         swapVec[0] = make_pair( 1, 3 );
 186         swapVec[1] = make_pair( 4, 7 );
 187         swapVec[2] = make_pair( 5, 6 );
 188         break;
 189       default:;
 190       }
 191   }
 192
 193   //================================================================================
 194   /*!
 195    * \brief Inverses element orientation using vector of indices to swap
 196    */
 197   //================================================================================
 198
 199   inline void reverse(const Cell & aCell, const vector<pair<int,int> > & swapVec )
 200   {
 201     Cell* ma = const_cast<Cell*>(&aCell);
 202     for ( unsigned i = 0; i < swapVec.size(); ++i )
 203       std::swap( ma->_nodes[ swapVec[i].first ],
 204                  ma->_nodes[ swapVec[i].second ]);
 205     if ( swapVec.empty() )
 206       ma->_reverse = true;
 207     else
 208       ma->_reverse = false;
 209   }
 210   //================================================================================
 211   /*!
 212    * \brief Comparator of cells by number used for ordering cells within a med group
 213    */
 214   struct TCellByIDCompare
 215   {
 216     bool operator () (const Cell* i1, const Cell* i2)
 217     {
 218       return i1->_number < i2->_number;
 219     }
 220   };
 221   typedef map< const Cell*, unsigned, TCellByIDCompare > TCellToOrderMap;
 222
 223   //================================================================================
 224   /*!
 225    * \brief Fill Group::_relocTable if necessary
 226    */
 227   //================================================================================
 228
 229   void setRelocationTable( Group* grp, TCellToOrderMap& cell2order )
 230   {
 231     if ( !grp->_isProfile ) return;
 232
 233     // check if relocation table is necessary
 234     bool isRelocated = false;
 235     unsigned newOrder = 0;
 236     TCellToOrderMap::iterator c2oIt = cell2order.begin(), c2oEnd = cell2order.end();
 237     for ( ; !isRelocated && c2oIt != c2oEnd; ++c2oIt, ++newOrder )
 238       isRelocated = ( c2oIt->second != newOrder );
 239
 240     if ( isRelocated )
 241     {
 242       grp->_relocTable.resize( cell2order.size() );
 243       for ( newOrder = 0, c2oIt = cell2order.begin(); c2oIt != c2oEnd; ++c2oIt, ++newOrder )
 244         grp->_relocTable[ c2oIt->second ] = newOrder;
 245     }
 246   }
 247 }
 248
 249 //================================================================================
 250 /*!
 251  * \brief Return dimension for the given cell type
 252  */
 253 //================================================================================
 254
 255 unsigned SauvUtilities::getDimension( INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type )
 256 {
 257   return type == NORM_ERROR ? -1 : INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel( type ).getDimension();
 258 }
 259
 260 //================================================================================
 261 /*!
 262  * \brief Returns interlace array to transform a quadratic GIBI element to a MED one.
 263  *        i-th array item gives node index in GIBI connectivity for i-th MED node
 264  */
 265 //================================================================================
 266
 267 const int * SauvUtilities::getGibi2MedQuadraticInterlace( INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type )
 268 {
 269   static vector<const int*> conn;
 270   static const int hexa20 [] = {0,6,4,2, 12,18,16,14, 7,5,3,1, 19,17,15,13, 8,11,10,9};
 271   static const int penta15[] = {0,2,4, 9,11,13, 1,3,5, 10,12,14, 6,7,3};
 272   static const int pyra13 [] = {0,2,4,6, 12, 1,3,5,7, 8,9,10,11};
 273   static const int tetra10[] = {0,2,4, 9, 1,3,5, 6,7,8};
 274   static const int quad8  [] = {0,2,4,6, 1,3,5,7};
 275   static const int tria6  [] = {0,2,4, 1,3,5};
 276   static const int seg3   [] = {0,2,1};
 277   if ( conn.empty() )
 278   {
 279     conn.resize( MaxMedCellType + 1, 0 );
 280     conn[ NORM_HEXA20 ] = hexa20;
 281     conn[ NORM_PENTA15] = penta15;
 282     conn[ NORM_PYRA13 ] = pyra13;
 283     conn[ NORM_TETRA10] = tetra10;
 284     conn[ NORM_SEG3   ] = seg3;
 285     conn[ NORM_TRI6   ] = tria6;
 286     conn[ NORM_QUAD8  ] = quad8;
 287   }
 288   return conn[ type ];
 289 }
 290
 291 //================================================================================
 292 /*!
 293  * \brief Avoid coping sortedNodeIDs
 294  */
 295 //================================================================================
 296
 297 Cell::Cell(const Cell& ma)
 298   : _nodes(ma._nodes), _reverse(ma._reverse), _sortedNodeIDs(0), _number(ma._number)
 299 {
 300   if ( ma._sortedNodeIDs )
 301     {
 302       _sortedNodeIDs = new int[ _nodes.size() ];
 303       std::copy( ma._sortedNodeIDs, ma._sortedNodeIDs + _nodes.size(), _sortedNodeIDs );
 304     }
 305 }
 306
 307 //================================================================================
 308 /*!
 309  * \brief Rerturn the i-th link of face
 310  */
 311 //================================================================================
 312
 313 SauvUtilities::Link Cell::link(int i) const
 314 {
 315   int i2 = ( i + 1 ) % _nodes.size();
 316   if ( _reverse )
 317     return make_pair( _nodes[i2]->_number, _nodes[i]->_number );
 318   else
 319     return make_pair( _nodes[i]->_number, _nodes[i2]->_number );
 320 }
 321
 322 //================================================================================
 323 /*!
 324  * \brief creates if needed and return _sortedNodeIDs
 325  */
 326 //================================================================================
 327
 328 const TID* Cell::getSortedNodes() const
 329 {
 330   if ( !_sortedNodeIDs )
 331   {
 332     size_t l=_nodes.size();
 333     _sortedNodeIDs = new int[ l ];
 334
 335     for (size_t i=0; i!=l; ++i)
 336       _sortedNodeIDs[i]=_nodes[i]->_number;
 337     std::sort( _sortedNodeIDs, _sortedNodeIDs + l );
 338   }
 339   return _sortedNodeIDs;
 340 }
 341
 342 //================================================================================
 343 /*!
 344  * \brief Compare sorted ids of cell nodes
 345  */
 346 //================================================================================
 347
 348 bool Cell::operator< (const Cell& ma) const
 349 {
 350   if ( _nodes.size() == 1 )
 351     return _nodes[0] < ma._nodes[0];
 352
 353   const int* v1 = getSortedNodes();
 354   const int* v2 = ma.getSortedNodes();
 355   for ( const int* vEnd = v1 + _nodes.size(); v1 < vEnd; ++v1, ++v2 )
 356     if(*v1 != *v2)
 357       return *v1 < *v2;
 358   return false;
 359 }
 360
 361 //================================================================================
 362 /*!
 363  * \brief Dump a Cell
 364  */
 365 //================================================================================
 366
 367 std::ostream& SauvUtilities::operator<< (std::ostream& os, const SauvUtilities::Cell& ma)
 368 {
 369   os << "cell " << ma._number << " (" << ma._nodes.size() << " nodes) : < " << ma._nodes[0]->_number;
 370   for( size_t i=1; i!=ma._nodes.size(); ++i)
 371     os << ", " << ma._nodes[i]->_number;
 372 #ifdef _DEBUG_
 373   os << " > sortedNodes: ";
 374   if ( ma._sortedNodeIDs ) {
 375     os << "< ";
 376     for( size_t i=0; i!=ma._nodes.size(); ++i)
 377       os << ( i ? ", " : "" ) << ma._sortedNodeIDs[i];
 378     os << " >";
 379   }
 380   else {
 381     os << "NULL";
 382   }
 383 #endif
 384   return os;
 385 }
 386
 387 //================================================================================
 388 /*!
 389  * \brief Return nb of elements in the group
 390  */
 391 //================================================================================
 392
 393 int Group::size() const
 394 {
 395   int sizze = 0;
 396   if ( !_relocTable.empty() )
 397     sizze =  _relocTable.size();
 398   else if ( _medGroup )
 399     sizze = _medGroup->getNumberOfTuples();
 400   else if ( !_cells.empty() )
 401     sizze = _cells.size();
 402   else
 403     for ( size_t i = 0; i < _groups.size(); ++i )
 404       sizze += _groups[i]->size();
 405   return sizze;
 406 }
 407
 408 //================================================================================
 409 /*!
 410  * \brief Conver gibi element type to med one
 411  */
 412 //================================================================================
 413
 414 INTERP_KERNEL::NormalizedCellType SauvUtilities::gibi2medGeom( size_t gibiType )
 415 {
 416   if ( gibiType < 1 || gibiType > NbGibiCellTypes )
 417     return NORM_ERROR;
 418
 419   return GibiTypeToMed[ gibiType - 1 ];
 420 }
 421
 422 //================================================================================
 423 /*!
 424  * \brief Conver med element type to gibi one
 425  */
 426 //================================================================================
 427
 428 int SauvUtilities::med2gibiGeom( INTERP_KERNEL::NormalizedCellType medGeomType )
 429 {
 430   for ( unsigned int i = 0; i < NbGibiCellTypes; i++ )
 431     if ( GibiTypeToMed[ i ] == medGeomType )
 432       return i + 1;
 433
 434   return -1;
 435 }
 436
 437 //================================================================================
 438 /*!
 439  * \brief Remember the file name
 440  */
 441 //================================================================================
 442
 443 FileReader::FileReader(const char* fileName):_fileName(fileName),_iRead(0),_nbToRead(0)
 444 {
 445 }
 446
 447 //================================================================================
 448 /*!
 449  * \brief Constructor of ASCII sauve file reader
 450  */
 451 //================================================================================
 452
 453 ASCIIReader::ASCIIReader(const char* fileName)
 454   :FileReader(fileName),
 455    _file(-1)
 456 {
 457 }
 458
 459 //================================================================================
 460 /*!
 461  * \brief Return true
 462  */
 463 //================================================================================
 464
 465 bool ASCIIReader::isASCII() const
 466 {
 467   return true;
 468 }
 469
 470 //================================================================================
 471 /*!
 472  * \brief Try to open an ASCII file
 473  */
 474 //================================================================================
 475
 476 bool ASCIIReader::open()
 477 {
 478 #ifdef WIN32
 479   _file = ::_open (_fileName.c_str(), _O_RDONLY|_O_BINARY);
 480 #else
 481   _file = ::open (_fileName.c_str(), O_RDONLY);
 482 #endif
 483   if (_file >= 0)
 484     {
 485       _start  = new char [GIBI_BufferSize]; // working buffer beginning
 486       //_tmpBuf = new char [GIBI_MaxOutputLen];
 487       _ptr    = _start;
 488       _eptr   = _start;
 489       _lineNb = 0;
 490     }
 491   else
 492     {
 493       //THROW_IK_EXCEPTION("Can't open file "<<_fileName << " fd: " << _file);
 494     }
 495   return (_file >= 0);
 496 }
 497
 498 //================================================================================
 499 /*!
 500  * \brief Close the file
 501  */
 502 //================================================================================
 503
 504 ASCIIReader::~ASCIIReader()
 505 {
 506   if (_file >= 0)
 507     {
 508       ::close (_file);
 509       if (_start != 0L)
 510         {
 511           delete [] _start;
 512           //delete [] _tmpBuf;
 513           _start = 0;
 514         }
 515       _file = -1;
 516     }
 517 }
 518
 519 //================================================================================
 520 /*!
 521  * \brief Return a next line of the file
 522  */
 523 //================================================================================
 524
 525 bool ASCIIReader::getNextLine (char* & line, bool raiseOEF /*= true*/ )
 526 {
 527   if ( getLine( line )) return true;
 528   if ( raiseOEF )
 529     THROW_IK_EXCEPTION("Unexpected EOF on ln "<<_lineNb);
 530   return false;
 531 }
 532
 533 //================================================================================
 534 /*!
 535  * \brief Read a next line of the file if necessary
 536  */
 537 //================================================================================
 538
 539 bool ASCIIReader::getLine(char* & line)
 540 {
 541   bool aResult = true;
 542   // Check the state of the buffer;
 543   // if there is too little left, read the next portion of data
 544   int nBytesRest = _eptr - _ptr;
 545   if (nBytesRest < GIBI_MaxOutputLen)
 546     {
 547       if (nBytesRest > 0)
 548         {
 549           // move the remaining portion to the buffer beginning
 550           for ( int i = 0; i < nBytesRest; ++i )
 551             _start[i] = _ptr[i];
 552           //memcpy (_tmpBuf, _ptr, nBytesRest);
 553           //memcpy (_start, _tmpBuf, nBytesRest);
 554         }
 555       else
 556         {
 557           nBytesRest = 0;
 558         }
 559       _ptr = _start;
 560       const int nBytesRead = ::read (_file,
 561                                      &_start [nBytesRest],
 562                                      GIBI_BufferSize - nBytesRest);
 563       nBytesRest += nBytesRead;
 564       _eptr = &_start [nBytesRest];
 565     }
 566   // Check the buffer for the end-of-line
 567   char * ptr = _ptr;
 568   while (true)
 569     {
 570       // Check for end-of-the-buffer, the ultimate criterion for termination
 571       if (ptr >= _eptr)
 572         {
 573           if (nBytesRest <= 0)
 574             aResult = false;
 575           else
 576             _eptr[-1] = '\0';
 577           break;
 578         }
 579       // seek the line-feed character
 580       if (ptr[0] == '\n')
 581         {
 582           if (ptr[-1] == '\r')
 583             ptr[-1] = '\0';
 584           ptr[0] = '\0';
 585           ++ptr;
 586           break;
 587         }
 588       ++ptr;
 589     }
 590   // Output the result
 591   line = _ptr;
 592   _ptr = ptr;
 593   _lineNb++;
 594
 595   return aResult;
 596 }
 597
 598 //================================================================================
 599 /*!
 600  * \brief Prepare for iterating over given nb of values
 601  *  \param nbToRead - nb of fields to read
 602  *  \param nbPosInLine - nb of fields in one line
 603  *  \param width - field width
 604  *  \param shift - shift from line beginning to the field start
 605  */
 606 //================================================================================
 607
 608 void ASCIIReader::init( int nbToRead, int nbPosInLine, int width, int shift /*= 0*/ )
 609 {
 610   _nbToRead    = nbToRead;
 611   _nbPosInLine = nbPosInLine;
 612   _width       = width;
 613   _shift       = shift;
 614   _iPos = _iRead = 0;
 615   if ( _nbToRead )
 616     {
 617       getNextLine( _curPos );
 618       _curPos = _curPos + _shift;
 619     }
 620   else
 621     {
 622       _curPos = 0;
 623     }
 624   _curLocale.clear();
 625 }
 626
 627 //================================================================================
 628 /*!
 629  * \brief Prepare for iterating over given nb of string values
 630  */
 631 //================================================================================
 632
 633 void ASCIIReader::initNameReading(int nbValues, int width /*= 8*/)
 634 {
 635   init( nbValues, 72 / ( width + 1 ), width, 1 );
 636 }
 637
 638 //================================================================================
 639 /*!
 640  * \brief Prepare for iterating over given nb of integer values
 641  */
 642 //================================================================================
 643
 644 void ASCIIReader::initIntReading(int nbValues)
 645 {
 646   init( nbValues, 10, 8 );
 647 }
 648
 649 //================================================================================
 650 /*!
 651  * \brief Prepare for iterating over given nb of real values
 652  */
 653 //================================================================================
 654
 655 void ASCIIReader::initDoubleReading(int nbValues)
 656 {
 657   init( nbValues, 3, 22 );
 658
 659   // Correction 2 of getDouble(): set "C" numeric locale to read numbers
 660   // with dot decimal point separator, as it is in SAUVE files
 661   _curLocale = setlocale(LC_NUMERIC, "C");
 662 }
 663
 664 //================================================================================
 665 /*!
 666  * \brief Return true if not all values have been read
 667  */
 668 //================================================================================
 669
 670 bool ASCIIReader::more() const
 671 {
 672   bool result = false;
 673   if ( _iRead < _nbToRead)
 674     {
 675       if ( _curPos ) result = true;
 676     }
 677   return result;
 678 }
 679
 680 //================================================================================
 681 /*!
 682  * \brief Go to the nex value
 683  */
 684 //================================================================================
 685
 686 void ASCIIReader::next()
 687 {
 688   if ( !more() )
 689     THROW_IK_EXCEPTION("SauvUtilities::ASCIIReader::next(): no more() values to read");
 690   ++_iRead;
 691   ++_iPos;
 692   if ( _iRead < _nbToRead )
 693     {
 694       if ( _iPos >= _nbPosInLine )
 695         {
 696           getNextLine( _curPos );
 697           _curPos = _curPos + _shift;
 698           _iPos = 0;
 699         }
 700       else
 701         {
 702           _curPos = _curPos + _width + _shift;
 703         }
 704     }
 705   else
 706     {
 707       _curPos = 0;
 708       if ( !_curLocale.empty() )
 709         {
 710           setlocale(LC_NUMERIC, _curLocale.c_str());
 711           _curLocale.clear();
 712         }
 713     }
 714 }
 715
 716 //================================================================================
 717 /*!
 718  * \brief Return the current integer value
 719  */
 720 //================================================================================
 721
 722 int ASCIIReader::getInt() const
 723 {
 724   // fix for two glued ints (issue 0021009):
 725   // Line nb    |   File contents
 726   // ------------------------------------------------------------------------------------
 727   // 53619905   |       1       2       6       8
 728   // 53619906   |                                                                SCALAIRE
 729   // 53619907   |    -63312600499       1       0       0       0      -2       0       2
 730   //   where -63312600499 is actualy -633 and 12600499
 731   char hold=_curPos[_width];
 732   _curPos[_width] = '\0';
 733   int result = atoi( _curPos );
 734   _curPos[_width] = hold;
 735   return result;
 736   //return atoi(str());
 737 }
 738
 739 //================================================================================
 740 /*!
 741  * \brief Return the current float value
 742  */
 743 //================================================================================
 744
 745 float ASCIIReader::getFloat() const
 746 {
 747   return getDouble();
 748 }
 749
 750 //================================================================================
 751 /*!
 752  * \brief Return the current double value
 753  */
 754 //================================================================================
 755
 756 double ASCIIReader::getDouble() const
 757 {
 758   //std::string aStr (_curPos);
 759
 760   // Correction: add missing 'E' specifier
 761   // int aPosStart = aStr.find_first_not_of(" \t");
 762   // if (aPosStart < (int)aStr.length()) {
 763   //   int aPosSign = aStr.find_first_of("+-", aPosStart + 1); // pass the leading symbol, as it can be a sign
 764   //   if (aPosSign < (int)aStr.length()) {
 765   //     if (aStr[aPosSign - 1] != 'e' && aStr[aPosSign - 1] != 'E')
 766   //       aStr.insert(aPosSign, "E", 1);
 767   //   }
 768   // }
 769
 770   // Different Correction (more optimal)
 771   // Sample:
 772   //  0.00000000000000E+00 -2.37822406690632E+01  6.03062748797469E+01
 773   //  7.70000000000000-100  7.70000000000000+100  7.70000000000000+100
 774   //0123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789
 775   const size_t posE = 18;
 776   std::string aStr (_curPos);
 777   if ( aStr.find('E') < 0 && aStr.find('e') < 0 )
 778     {
 779       if ( aStr.size() < posE+1 )
 780         THROW_IK_EXCEPTION("No more doubles (line #" << lineNb() << ")");
 781       aStr.insert( posE, "E", 1 );
 782       return atof(aStr.c_str());
 783     }
 784   return atof( _curPos );
 785 }
 786
 787 //================================================================================
 788 /*!
 789  * \brief Return the current string value
 790  */
 791 //================================================================================
 792
 793 string ASCIIReader::getName() const
 794 {
 795   int len = _width;
 796   while (( _curPos[len-1] == ' ' || _curPos[len-1] == 0) && len > 0 )
 797     len--;
 798   return string( _curPos, len );
 799 }
 800
 801 //================================================================================
 802 /*!
 803  * \brief Constructor of a binary sauve file reader
 804  */
 805 //================================================================================
 806
 807 XDRReader::XDRReader(const char* fileName) :FileReader(fileName), _xdrs_file(NULL)
 808 {
 809 }
 810
 811 //================================================================================
 812 /*!
 813  * \brief Close the XDR sauve file
 814  */
 815 //================================================================================
 816
 817 XDRReader::~XDRReader()
 818 {
 819 #ifdef HAS_XDR
 820   if ( _xdrs_file )
 821     {
 822       xdr_destroy((XDR*)_xdrs);
 823       free((XDR*)_xdrs);
 824       ::fclose(_xdrs_file);
 825       _xdrs_file = NULL;
 826     }
 827 #endif
 828 }
 829
 830 //================================================================================
 831 /*!
 832  * \brief Return false
 833  */
 834 //================================================================================
 835
 836 bool XDRReader::isASCII() const
 837 {
 838   return false;
 839 }
 840
 841 //================================================================================
 842 /*!
 843  * \brief Try to open an XRD file
 844  */
 845 //================================================================================
 846
 847 bool XDRReader::open()
 848 {
 849   bool xdr_ok = false;
 850 #ifdef HAS_XDR
 851   if ((_xdrs_file = ::fopen(_fileName.c_str(), "r")))
 852     {
 853       _xdrs = (XDR *)malloc(sizeof(XDR));
 854       xdrstdio_create((XDR*)_xdrs, _xdrs_file, XDR_DECODE);
 855
 856       const int maxsize = 10;
 857       char icha[maxsize+1];
 858       char* icha2 = icha;
 859       if (( xdr_ok = xdr_string((XDR*)_xdrs, &icha2, maxsize)))
 860         {
 861           icha[maxsize] = '\0';
 862           xdr_ok = (strcmp(icha, "CASTEM XDR") == 0);
 863         }
 864       if ( !xdr_ok )
 865         {
 866           xdr_destroy((XDR*)_xdrs);
 867           free((XDR*)_xdrs);
 868           fclose(_xdrs_file);
 869           _xdrs_file = NULL;
 870         }
 871     }
 872 #endif
 873   return xdr_ok;
 874 }
 875
 876 //================================================================================
 877 /*!
 878  * \brief A stub
 879  */
 880 //================================================================================
 881
 882 bool XDRReader::getNextLine (char* &, bool )
 883 {
 884   return true;
 885 }
 886
 887 //================================================================================
 888 /*!
 889  * \brief Prepare for iterating over given nb of values
 890  *  \param nbToRead - nb of fields to read
 891  *  \param width - field width
 892  */
 893 //================================================================================
 894
 895 void XDRReader::init( int nbToRead, int width/*=0*/ )
 896 {
 897   if(_iRead < _nbToRead)
 898     {
 899       cout << "_iRead, _nbToRead : " << _iRead << " " << _nbToRead << endl;
 900       cout << "Unfinished iteration before new one !" << endl;
 901       THROW_IK_EXCEPTION("SauvUtilities::XDRReader::init(): Unfinished iteration before new one !");
 902     }
 903   _iRead    = 0;
 904   _nbToRead = nbToRead;
 905   _width    = width;
 906 }
 907
 908 //================================================================================
 909 /*!
 910  * \brief Prepare for iterating over given nb of string values
 911  */
 912 //================================================================================
 913
 914 void XDRReader::initNameReading(int nbValues, int width)
 915 {
 916   init( nbValues, width );
 917   _xdr_kind = _xdr_kind_char;
 918   if(nbValues*width)
 919     {
 920       unsigned int nels = nbValues*width;
 921       _xdr_cvals = (char*)malloc((nels+1)*sizeof(char));
 922 #ifdef HAS_XDR
 923       xdr_string((XDR*)_xdrs, &_xdr_cvals, nels);
 924 #endif
 925       _xdr_cvals[nels] = '\0';
 926     }
 927 }
 928
 929 //================================================================================
 930 /*!
 931  * \brief Prepare for iterating over given nb of integer values
 932  */
 933 //================================================================================
 934
 935 void XDRReader::initIntReading(int nbValues)
 936 {
 937   init( nbValues );
 938   _xdr_kind = _xdr_kind_int;
 939   if(nbValues)
 940     {
 941 #ifdef HAS_XDR
 942       unsigned int nels = nbValues;
 943       unsigned int actual_nels;
 944       _xdr_ivals = (int*)malloc(nels*sizeof(int));
 945       xdr_array((XDR*)_xdrs, (char **)&_xdr_ivals, &actual_nels, nels, sizeof(int), (xdrproc_t)xdr_int);
 946 #endif
 947     }
 948 }
 949
 950 //================================================================================
 951 /*!
 952  * \brief Prepare for iterating over given nb of real values
 953  */
 954 //================================================================================
 955
 956 void XDRReader::initDoubleReading(int nbValues)
 957 {
 958   init( nbValues );
 959   _xdr_kind = _xdr_kind_double;
 960   if(nbValues)
 961     {
 962 #ifdef HAS_XDR
 963       unsigned int nels = nbValues;
 964       unsigned int actual_nels;
 965       _xdr_dvals = (double*)malloc(nels*sizeof(double));
 966       xdr_array((XDR*)_xdrs, (char **)&_xdr_dvals, &actual_nels, nels, sizeof(double), (xdrproc_t)xdr_double);
 967 #endif
 968     }
 969 }
 970
 971 //================================================================================
 972 /*!
 973  * \brief Return true if not all values have been read
 974  */
 975 //================================================================================
 976
 977 bool XDRReader::more() const
 978 {
 979   return _iRead < _nbToRead;
 980 }
 981
 982 //================================================================================
 983 /*!
 984  * \brief Go to the nex value
 985  */
 986 //================================================================================
 987
 988 void XDRReader::next()
 989 {
 990   if ( !more() )
 991     THROW_IK_EXCEPTION("SauvUtilities::XDRReader::next(): no more() values to read");
 992
 993   ++_iRead;
 994   if ( _iRead < _nbToRead )
 995     {
 996     }
 997   else
 998     {
 999       if(_xdr_kind == _xdr_kind_char) free(_xdr_cvals);
1000       if(_xdr_kind == _xdr_kind_int) free(_xdr_ivals);
1001       if(_xdr_kind == _xdr_kind_double) free(_xdr_dvals);
1002       _xdr_kind = _xdr_kind_null;
1003     }
1004 }
1005
1006 //================================================================================
1007 /*!
1008  * \brief Return the current integer value
1009  */
1010 //================================================================================
1011
1012 int XDRReader::getInt() const
1013 {
1014   if(_iRead < _nbToRead)
1015     {
1016       return _xdr_ivals[_iRead];
1017     }
1018   else
1019     {
1020       int result = 0;
1021 #ifdef HAS_XDR
1022       xdr_int((XDR*)_xdrs, &result);
1023 #endif
1024       return result;
1025     }
1026 }
1027
1028 //================================================================================
1029 /*!
1030  * \brief Return the current float value
1031  */
1032 //================================================================================
1033
1034 float  XDRReader::getFloat() const
1035 {
1036   float result = 0;
1037 #ifdef HAS_XDR
1038   xdr_float((XDR*)_xdrs, &result);
1039 #endif
1040   return result;
1041 }
1042
1043 //================================================================================
1044 /*!
1045  * \brief Return the current double value
1046  */
1047 //================================================================================
1048
1049 double XDRReader::getDouble() const
1050 {
1051   if(_iRead < _nbToRead)
1052     {
1053       return _xdr_dvals[_iRead];
1054     }
1055   else
1056     {
1057       double result = 0;
1058 #ifdef HAS_XDR
1059       xdr_double((XDR*)_xdrs, &result);
1060 #endif
1061       return result;
1062     }
1063 }
1064
1065 //================================================================================
1066 /*!
1067  * \brief Return the current string value
1068  */
1069 //================================================================================
1070
1071 std::string XDRReader::getName() const
1072 {
1073   int len = _width;
1074   char* s = _xdr_cvals + _iRead*_width;
1075   while (( s[len-1] == ' ' || s[len-1] == 0) && len > 0 )
1076     len--;
1077   return string( s, len );
1078 }
1079
1080 //================================================================================
1081 /*!
1082  * \brief Throw an exception if not all needed data is present
1083  */
1084 //================================================================================
1085
1086 void IntermediateMED::checkDataAvailability() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
1087 {
1088   if ( _spaceDim == 0 )
1089     THROW_IK_EXCEPTION("Wrong file format"); // it is the first record in the sauve file
1090
1091   if ( _groups.empty() )
1092     THROW_IK_EXCEPTION("No elements have been read");
1093
1094   if ( _points.empty() || _nbNodes == 0 )
1095     THROW_IK_EXCEPTION("Nodes of elements are not filled");
1096
1097   if ( _coords.empty() )
1098     THROW_IK_EXCEPTION("Node coordinates are missing");
1099
1100   if ( _coords.size() < _nbNodes * _spaceDim )
1101     THROW_IK_EXCEPTION("Nodes and coordinates mismatch");
1102 }
1103
1104 //================================================================================
1105 /*!
1106  * \brief Makes ParaMEDMEM::MEDFileData from self
1107  */
1108 //================================================================================
1109
1110 ParaMEDMEM::MEDFileData* IntermediateMED::convertInMEDFileDS()
1111 {
1112   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr< MEDFileUMesh >  mesh   = makeMEDFileMesh();
1113   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr< MEDFileFields > fields = makeMEDFileFields(mesh);
1114
1115   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr< MEDFileMeshes > meshes = MEDFileMeshes::New();
1116   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr< MEDFileData >  medData = MEDFileData::New();
1117   meshes->pushMesh( mesh );
1118   medData->setMeshes( meshes );
1119   if ( fields ) medData->setFields( fields );
1120
1121   medData->incrRef();
1122   return medData;
1123 }
1124
1125 //================================================================================
1126 /*!
1127  * \brief Creates ParaMEDMEM::MEDFileUMesh from its data
1128  */
1129 //================================================================================
1130
1131 ParaMEDMEM::MEDFileUMesh* IntermediateMED::makeMEDFileMesh()
1132 {
1133   // check if all needed piles are present
1134   checkDataAvailability();
1135
1136   // set long names
1137   setGroupLongNames();
1138
1139   // fix element orientation
1140   if ( _spaceDim == 2 || _spaceDim == 1 )
1141     orientElements2D();
1142   else if ( _spaceDim == 3 )
1143     orientElements3D();
1144
1145   // process groups
1146   decreaseHierarchicalDepthOfSubgroups();
1147   eraseUselessGroups();
1148   //detectMixDimGroups();
1149
1150   // assign IDs
1151   _points.numberNodes();
1152   numberElements();
1153
1154   // make the med mesh
1155
1156   MEDFileUMesh* mesh = MEDFileUMesh::New();
1157
1158   DataArrayDouble *coords = getCoords();
1159   setConnectivity( mesh, coords );
1160   setGroups( mesh );
1161
1162   coords->decrRef();
1163
1164   if ( !mesh->getName() || strlen( mesh->getName() ) == 0 )
1165     mesh->setName( "MESH" );
1166
1167   return mesh;
1168 }
1169
1170 //================================================================================
1171 /*!
1172  * \brief Set long names to groups
1173  */
1174 //================================================================================
1175
1176 void IntermediateMED::setGroupLongNames()
1177 {
1178   // IMP 0020434: mapping GIBI names to MED names
1179   // set med names to objects (mesh, fields, support, group or other)
1180
1181   set<int> treatedGroups;
1182
1183   list<nameGIBItoMED>::iterator itGIBItoMED = _listGIBItoMED_mail.begin();
1184   for (; itGIBItoMED != _listGIBItoMED_mail.end(); itGIBItoMED++)
1185     {
1186       if ( (int)_groups.size() < itGIBItoMED->gibi_id ) continue;
1187
1188       SauvUtilities::Group & grp = _groups[itGIBItoMED->gibi_id - 1];
1189
1190       // if there are several names for grp then the 1st name is the name
1191       // of grp and the rest ones are names of groups referring grp (issue 0021311)
1192       const bool isRefName = !treatedGroups.insert( itGIBItoMED->gibi_id ).second;
1193       if ( !isRefName )
1194         {
1195           grp._name = _mapStrings[ itGIBItoMED->med_id ];
1196         }
1197       else if ( !grp._refNames.empty() && grp._refNames.back().empty() )
1198         {
1199           for ( unsigned i = 0; i < grp._refNames.size(); ++i )
1200             if ( grp._refNames[i].empty() )
1201               grp._refNames[i] = _mapStrings[ (*itGIBItoMED).med_id ];
1202         }
1203       else
1204         {
1205           grp._refNames.push_back( _mapStrings[ (*itGIBItoMED).med_id ]);
1206         }
1207     }
1208 }
1209
1210 //================================================================================
1211 /*!
1212  * \brief Set long names to fields
1213  */
1214 //================================================================================
1215
1216 void IntermediateMED::setFieldLongNames(set< string >& usedNames)
1217 {
1218   list<nameGIBItoMED>::iterator itGIBItoMED = _listGIBItoMED_cham.begin();
1219   for (; itGIBItoMED != _listGIBItoMED_cham.end(); itGIBItoMED++)
1220     {
1221       if (itGIBItoMED->gibi_pile == PILE_FIELD)
1222         {
1223           _cellFields[itGIBItoMED->gibi_id - 1]->_name = _mapStrings[itGIBItoMED->med_id];
1224         }
1225       else if (itGIBItoMED->gibi_pile == PILE_NODES_FIELD)
1226         {
1227           _nodeFields[itGIBItoMED->gibi_id - 1]->_name = _mapStrings[itGIBItoMED->med_id];
1228         }
1229     } // iterate on _listGIBItoMED_cham
1230
1231   for (itGIBItoMED =_listGIBItoMED_comp.begin(); itGIBItoMED != _listGIBItoMED_comp.end(); itGIBItoMED++)
1232     {
1233       string medName  = _mapStrings[itGIBItoMED->med_id];
1234       string gibiName = _mapStrings[itGIBItoMED->gibi_id];
1235
1236       bool name_found = false;
1237       for ( int isNodal = 0; isNodal < 2 && !name_found; ++isNodal )
1238         {
1239           vector<DoubleField* > & fields = isNodal ? _nodeFields : _cellFields;
1240           for ( size_t ifi = 0; ifi < fields.size() && !name_found; ifi++)
1241             {
1242               if (medName.find( fields[ifi]->_name + "." ) == 0 )
1243                 {
1244                   vector<DoubleField::_Sub_data>& aSubDs = fields[ifi]->_sub;
1245                   int nbSub = aSubDs.size();
1246                   for (int isu = 0; isu < nbSub; isu++)
1247                     for (int ico = 0; ico < aSubDs[isu].nbComponents(); ico++)
1248                       {
1249                         if (aSubDs[isu].compName(ico) == gibiName)
1250                           {
1251                             string medNameCompo = medName.substr( fields[ifi]->_name.size() + 1 );
1252                             fields[ifi]->_sub[isu].compName(ico) = medNameCompo;
1253                           }
1254                       }
1255                 }
1256             }
1257         }
1258     } // iterate on _listGIBItoMED_comp
1259
1260   for ( size_t i = 0; i < _nodeFields.size() ; i++)
1261     usedNames.insert( _nodeFields[i]->_name );
1262   for ( size_t i = 0; i < _cellFields.size() ; i++)
1263     usedNames.insert( _cellFields[i]->_name );
1264 }
1265
1266 //================================================================================
1267 /*!
1268  * \brief Decrease hierarchical depth of subgroups
1269  */
1270 //================================================================================
1271
1272 void IntermediateMED::decreaseHierarchicalDepthOfSubgroups()
1273 {
1274   for (size_t i=0; i!=_groups.size(); ++i)
1275   {
1276     Group& grp = _groups[i];
1277     for (size_t j = 0; j < grp._groups.size(); ++j )
1278     {
1279       Group & sub_grp = *grp._groups[j];
1280       if ( !sub_grp._groups.empty() )
1281       {
1282         // replace j with its 1st subgroup
1283         grp._groups[j] = sub_grp._groups[0];
1284         // push back the rest subs
1285         grp._groups.insert( grp._groups.end(), ++sub_grp._groups.begin(), sub_grp._groups.end() );
1286       }
1287     }
1288     // remove empty sub-_groups
1289     vector< Group* > newSubGroups;
1290     newSubGroups.reserve( grp._groups.size() );
1291     for (size_t j = 0; j < grp._groups.size(); ++j )
1292       if ( !grp._groups[j]->empty() )
1293         newSubGroups.push_back( grp._groups[j] );
1294     if ( newSubGroups.size() < grp._groups.size() )
1295       grp._groups.swap( newSubGroups );
1296   }
1297 }
1298
1299 //================================================================================
1300 /*!
1301  * \brief Erase _groups that won't be converted
1302  */
1303 //================================================================================
1304
1305 void IntermediateMED::eraseUselessGroups()
1306 {
1307   // propagate _isProfile=true to sub-groups of composite groups
1308   // for (size_t int i=0; i!=_groups.size(); ++i)
1309   // {
1310   //   Group* grp = _groups[i];
1311   //   if ( grp->_isProfile && !grp->_groups.empty() )
1312   //     for (size_t j = 0; j < grp->_groups.size(); ++j )
1313   //       grp->_groups[j]->_isProfile=true;
1314   // }
1315   std::set<Group*> groups2convert;
1316   // keep not named sub-groups of field supports
1317   for (size_t i=0; i!=_groups.size(); ++i)
1318   {
1319     Group& grp = _groups[i];
1320     if ( grp._isProfile && !grp._groups.empty() )
1321       groups2convert.insert( grp._groups.begin(), grp._groups.end() );
1322   }
1323
1324   // keep named groups and their subgroups
1325   for (size_t i=0; i!=_groups.size(); ++i)
1326   {
1327     Group& grp = _groups[i];
1328     if ( !grp._name.empty() && !grp.empty() )
1329     {
1330       groups2convert.insert( &grp );
1331       groups2convert.insert( grp._groups.begin(), grp._groups.end() );
1332     }
1333   }
1334   // erase groups that are not in groups2convert and not _isProfile
1335   for (size_t i=0; i!=_groups.size(); ++i)
1336   {
1337     Group* grp = &_groups[i];
1338     if ( !grp->_isProfile && !groups2convert.count( grp ) )
1339     {
1340       grp->_cells.clear();
1341       grp->_groups.clear();
1342     }
1343   }
1344 }
1345
1346 //================================================================================
1347 /*!
1348  * \brief Detect _groups of mixed dimension
1349  */
1350 //================================================================================
1351
1352 void IntermediateMED::detectMixDimGroups()
1353 {
1354   //hasMixedCells = false;
1355   for ( size_t i=0; i < _groups.size(); ++i )
1356   {
1357     Group& grp = _groups[i];
1358     if ( grp._groups.size() < 2 )
1359       continue;
1360
1361     // check if sub-groups have different dimension
1362     unsigned dim1 = getDim( &grp );
1363     for ( size_t j = 1; j  < grp._groups.size(); ++j )
1364     {
1365       unsigned dim2 = getDim( grp._groups[j] );
1366       if ( dim1 != dim2 )
1367       {
1368         grp._cells.clear();
1369         grp._groups.clear();
1370         if ( !grp._name.empty() )
1371           cout << "Erase a group with elements of different dim |" << grp._name << "|"<< endl;
1372         break;
1373       }
1374     }
1375   }
1376 }
1377
1378 //================================================================================
1379 /*!
1380  * \brief Fix connectivity of elements in 2D space
1381  */
1382 //================================================================================
1383
1384 void IntermediateMED::orientElements2D()
1385 {
1386   set<Cell>::const_iterator elemIt, elemEnd;
1387   vector< pair<int,int> > swapVec;
1388
1389   // ------------------------------------
1390   // fix connectivity of quadratic edges
1391   // ------------------------------------
1392   set<Cell>& quadEdges = _cellsByType[ INTERP_KERNEL::NORM_SEG3 ];
1393   if ( !quadEdges.empty() )
1394     {
1395       elemIt = quadEdges.begin(), elemEnd = quadEdges.end();
1396       for ( ; elemIt != elemEnd; ++elemIt )
1397         ConvertQuadratic( INTERP_KERNEL::NORM_SEG3, *elemIt );
1398     }
1399
1400   CellsByDimIterator faceIt( *this, 2 );
1401   while ( const set<Cell > * faces = faceIt.nextType() )
1402     {
1403       TCellType cellType = faceIt.type();
1404       bool isQuadratic = getGibi2MedQuadraticInterlace( cellType );
1405
1406       getReverseVector( cellType, swapVec );
1407
1408       // ------------------------------------
1409       // fix connectivity of quadratic faces
1410       // ------------------------------------
1411       if ( isQuadratic )
1412         for ( elemIt = faces->begin(), elemEnd = faces->end(); elemIt != elemEnd; elemIt++ )
1413           ConvertQuadratic( cellType, *elemIt );
1414
1415       // --------------------------
1416       // orient faces clockwise
1417       // --------------------------
1418       int iQuad = isQuadratic ? 2 : 1;
1419       for ( elemIt = faces->begin(), elemEnd = faces->end(); elemIt != elemEnd; elemIt++ )
1420         {
1421           // look for index of the most left node
1422           int iLeft = 0, iNode, nbNodes = elemIt->_nodes.size() / iQuad;
1423           double x, minX = nodeCoords( elemIt->_nodes[0] )[0];
1424           for ( iNode = 1; iNode < nbNodes; ++iNode )
1425             if (( x = nodeCoords( elemIt->_nodes[ iNode ])[ 0 ]) < minX )
1426               minX = x, iLeft = iNode;
1427
1428           // indeces of the nodes neighboring the most left one
1429           int iPrev = ( iLeft - 1 < 0 ) ? nbNodes - 1 : iLeft - 1;
1430           int iNext = ( iLeft + 1 == nbNodes ) ? 0 : iLeft + 1;
1431           // find components of prev-left and left-next vectors
1432           double xP = nodeCoords( elemIt->_nodes[ iPrev ])[ 0 ];
1433           double yP = nodeCoords( elemIt->_nodes[ iPrev ])[ 1 ];
1434           double xN = nodeCoords( elemIt->_nodes[ iNext ])[ 0 ];
1435           double yN = nodeCoords( elemIt->_nodes[ iNext ])[ 1 ];
1436           double xL = nodeCoords( elemIt->_nodes[ iLeft ])[ 0 ];
1437           double yL = nodeCoords( elemIt->_nodes[ iLeft ])[ 1 ];
1438           double xPL = xL - xP, yPL = yL - yP; // components of prev-left vector
1439           double xLN = xN - xL, yLN = yN - yL; // components of left-next vector
1440           // normalise y of the vectors
1441           double modPL = sqrt ( xPL * xPL + yPL * yPL );
1442           double modLN = sqrt ( xLN * xLN + yLN * yLN );
1443           if ( modLN > std::numeric_limits<double>::min() &&
1444                modPL > std::numeric_limits<double>::min() )
1445             {
1446               yPL /= modPL;
1447               yLN /= modLN;
1448               // summary direction of neighboring links must be positive
1449               bool clockwise = ( yPL + yLN > 0 );
1450               if ( !clockwise )
1451                 reverse( *elemIt, swapVec );
1452             }
1453         }
1454     }
1455 }
1456
1457 //================================================================================
1458 /*!
1459  * \brief Fix connectivity of elements in 3D space
1460  */
1461 //================================================================================
1462
1463 void IntermediateMED::orientElements3D()
1464 {
1465   // set _reverse flags of faces
1466   orientFaces3D();
1467
1468   // -----------------
1469   // fix connectivity
1470   // -----------------
1471
1472   set<Cell>::const_iterator elemIt, elemEnd;
1473   vector< pair<int,int> > swapVec;
1474
1475   for ( int dim = 1; dim <= 3; ++dim )
1476   {
1477     CellsByDimIterator cellsIt( *this, dim );
1478     while ( const set<Cell > * elems = cellsIt.nextType() )
1479     {
1480       TCellType cellType = cellsIt.type();
1481       bool isQuadratic = getGibi2MedQuadraticInterlace( cellType );
1482       getReverseVector( cellType, swapVec );
1483
1484       elemIt = elems->begin(), elemEnd = elems->end();
1485       for ( ; elemIt != elemEnd; elemIt++ )
1486       {
1487         // GIBI connectivity -> MED one
1488         if( isQuadratic )
1489           ConvertQuadratic( cellType, *elemIt );
1490
1491         // reverse faces
1492         if ( elemIt->_reverse )
1493           reverse ( *elemIt, swapVec );
1494       }
1495     }
1496   }
1497
1498   orientVolumes();
1499 }
1500
1501 //================================================================================
1502 /*!
1503  * \brief Orient equally (by setting _reverse flag) all connected faces in 3D space
1504  */
1505 //================================================================================
1506
1507 void IntermediateMED::orientFaces3D()
1508 {
1509   // fill map of links and their faces
1510   set<const Cell*> faces;
1511   map<const Cell*, Group*> fgm;
1512   map<Link, list<const Cell*> > linkFacesMap;
1513   map<Link, list<const Cell*> >::iterator lfIt, lfIt2;
1514
1515   for (size_t i=0; i!=_groups.size(); ++i)
1516     {
1517       Group& grp = _groups[i];
1518       if ( !grp._cells.empty() && getDimension( grp._cellType ) == 2 )
1519         for ( size_t j = 0; j < grp._cells.size(); ++j )
1520           if ( faces.insert( grp._cells[j] ).second )
1521             {
1522               for ( size_t k = 0; k < grp._cells[j]->_nodes.size(); ++k )
1523                 linkFacesMap[ grp._cells[j]->link( k ) ].push_back( grp._cells[j] );
1524               fgm.insert( make_pair( grp._cells[j], &grp ));
1525             }
1526     }
1527   // dump linkFacesMap
1528   //     for ( lfIt = linkFacesMap.begin(); lfIt!=linkFacesMap.end(); lfIt++) {
1529   //       cout<< "LINK: " << lfIt->first.first << "-" << lfIt->first.second << endl;
1530   //       list<const Cell*> & fList = lfIt->second;
1531   //       list<const Cell*>::iterator fIt = fList.begin();
1532   //       for ( ; fIt != fList.end(); fIt++ )
1533   //         cout << "\t" << **fIt << fgm[*fIt]->nom << endl;
1534   //     }
1535
1536   // Each oriented link must appear in one face only, else a face is reversed.
1537
1538   queue<const Cell*> faceQueue; /* the queue contains well oriented faces
1539                                      whose neighbors orientation is to be checked */
1540   bool manifold = true;
1541   while ( !linkFacesMap.empty() )
1542     {
1543       if ( faceQueue.empty() )
1544         {
1545           assert( !linkFacesMap.begin()->second.empty() );
1546           faceQueue.push( linkFacesMap.begin()->second.front() );
1547         }
1548       while ( !faceQueue.empty() )
1549         {
1550           const Cell* face = faceQueue.front();
1551           faceQueue.pop();
1552
1553           // loop on links of <face>
1554           for ( int i = 0; i < (int)face->_nodes.size(); ++i )
1555             {
1556               Link link = face->link( i );
1557               // find the neighbor faces
1558               lfIt = linkFacesMap.find( link );
1559               int nbFaceByLink = 0;
1560               list< const Cell* > ml;
1561               if ( lfIt != linkFacesMap.end() )
1562                 {
1563                   list<const Cell*> & fList = lfIt->second;
1564                   list<const Cell*>::iterator fIt = fList.begin();
1565                   assert( fIt != fList.end() );
1566                   for ( ; fIt != fList.end(); fIt++, nbFaceByLink++ )
1567                     {
1568                       ml.push_back( *fIt );
1569                       if ( *fIt != face ) // wrongly oriented neighbor face
1570                         {
1571                           const Cell* badFace = *fIt;
1572                           // reverse and remove badFace from linkFacesMap
1573                           for ( int j = 0; j < (int)badFace->_nodes.size(); ++j )
1574                             {
1575                               Link badlink = badFace->link( j );
1576                               if ( badlink == link ) continue;
1577                               lfIt2 = linkFacesMap.find( badlink );
1578                               if ( lfIt2 != linkFacesMap.end() )
1579                                 {
1580                                   list<const Cell*> & ff = lfIt2->second;
1581                                   ff.erase( find( ff.begin(), ff.end(), badFace ));
1582                                   if ( ff.empty() )
1583                                     linkFacesMap.erase( lfIt2 );
1584                                 }
1585                             }
1586                           badFace->_reverse = true; // reverse
1587                           //INFOS_MED( "REVERSE " << *badFace );
1588                           faceQueue.push( badFace );
1589                         }
1590                     }
1591                   linkFacesMap.erase( lfIt );
1592                 }
1593               // add good neighbors to the queue
1594               Link revLink( link.second, link.first );
1595               lfIt = linkFacesMap.find( revLink );
1596               if ( lfIt != linkFacesMap.end() )
1597                 {
1598                   list<const Cell*> & fList = lfIt->second;
1599                   list<const Cell*>::iterator fIt = fList.begin();
1600                   for ( ; fIt != fList.end(); fIt++, nbFaceByLink++ )
1601                     {
1602                       ml.push_back( *fIt );
1603                       if ( *fIt != face )
1604                         faceQueue.push( *fIt );
1605                     }
1606                   linkFacesMap.erase( lfIt );
1607                 }
1608               if ( nbFaceByLink > 2 )
1609                 {
1610                   if ( manifold )
1611                     {
1612                       list<const Cell*>::iterator ii = ml.begin();
1613                       cout << nbFaceByLink << " faces by 1 link:" << endl;
1614                       for( ; ii!= ml.end(); ii++ )
1615                         cout << "in sub-mesh <" << fgm[ *ii ]->_name << "> " << **ii << endl;
1616                     }
1617                   manifold = false;
1618                 }
1619             } // loop on links of the being checked face
1620         } // loop on the face queue
1621     } // while ( !linkFacesMap.empty() )
1622
1623   if ( !manifold )
1624     cout << " -> Non manifold mesh, faces orientation may be incorrect" << endl;
1625 }
1626
1627 //================================================================================
1628 /*!
1629  * \brief Orient volumes according to MED conventions:
1630  * normal of a bottom (first) face should be outside
1631  */
1632 //================================================================================
1633
1634 void IntermediateMED::orientVolumes()
1635 {
1636   set<Cell>::const_iterator elemIt, elemEnd;
1637   vector< pair<int,int> > swapVec;
1638
1639   CellsByDimIterator cellsIt( *this, 3 );
1640   while ( const set<Cell > * elems = cellsIt.nextType() )
1641     {
1642       TCellType cellType = cellsIt.type();
1643       elemIt = elems->begin(), elemEnd = elems->end();
1644       int nbBottomNodes = 0;
1645       switch ( cellType )
1646         {
1647         case NORM_TETRA4:
1648         case NORM_TETRA10:
1649         case NORM_PENTA6:
1650         case NORM_PENTA15:
1651           nbBottomNodes = 3; break;
1652         case NORM_PYRA5:
1653         case NORM_PYRA13:
1654         case NORM_HEXA8:
1655         case NORM_HEXA20:
1656           nbBottomNodes = 4; break;
1657         default: continue;
1658         }
1659       getReverseVector( cellType, swapVec );
1660
1661       for ( ; elemIt != elemEnd; elemIt++ )
1662         {
1663           // find a normal to the bottom face
1664           const double* n[4];
1665           n[0] = nodeCoords( elemIt->_nodes[0]); // 3 bottom nodes
1666           n[1] = nodeCoords( elemIt->_nodes[1]);
1667           n[2] = nodeCoords( elemIt->_nodes[2]);
1668           n[3] = nodeCoords( elemIt->_nodes[nbBottomNodes]); // a top node
1669           double vec01[3]; // vector n[0]-n[1]
1670           vec01[0] = n[1][0] - n[0][0];
1671           vec01[1] = n[1][1] - n[0][1];
1672           vec01[2] = n[1][2] - n[0][2];
1673           double vec02 [3]; // vector n[0]-n[2]
1674           vec02[0] = n[2][0] - n[0][0];
1675           vec02[1] = n[2][1] - n[0][1];
1676           vec02[2] = n[2][2] - n[0][2];
1677           double normal [3]; // vec01 ^ vec02
1678           normal[0] = vec01[1] * vec02[2] - vec01[2] * vec02[1];
1679           normal[1] = vec01[2] * vec02[0] - vec01[0] * vec02[2];
1680           normal[2] = vec01[0] * vec02[1] - vec01[1] * vec02[0];
1681           // check if the 102 angle is convex
1682           if ( nbBottomNodes > 3 )
1683             {
1684               const double* n3 = nodeCoords( elemIt->_nodes[nbBottomNodes-1] );// last bottom node
1685               double vec03 [3];  // vector n[0]-n3
1686               vec03[0] = n3[0] - n[0][0];
1687               vec03[1] = n3[1] - n[0][1];
1688               vec03[2] = n3[2] - n[0][2];
1689               if ( fabs( normal[0]+normal[1]+normal[2] ) <= numeric_limits<double>::max() ) // vec01 || vec02
1690                 {
1691                   normal[0] = vec01[1] * vec03[2] - vec01[2] * vec03[1]; // vec01 ^ vec03
1692                   normal[1] = vec01[2] * vec03[0] - vec01[0] * vec03[2];
1693                   normal[2] = vec01[0] * vec03[1] - vec01[1] * vec03[0];
1694                 }
1695               else
1696                 {
1697                   double vec [3]; // normal ^ vec01
1698                   vec[0] = normal[1] * vec01[2] - normal[2] * vec01[1];
1699                   vec[1] = normal[2] * vec01[0] - normal[0] * vec01[2];
1700                   vec[2] = normal[0] * vec01[1] - normal[1] * vec01[0];
1701                   double dot2 = vec[0]*vec03[0] + vec[1]*vec03[1] + vec[2]*vec03[2]; // vec*vec03
1702                   if ( dot2 < 0 ) // concave -> reverse normal
1703                     {
1704                       normal[0] *= -1;
1705                       normal[1] *= -1;
1706                       normal[2] *= -1;
1707                     }
1708                 }
1709             }
1710           // direction from top to bottom
1711           double tbDir[3];
1712           tbDir[0] = n[0][0] - n[3][0];
1713           tbDir[1] = n[0][1] - n[3][1];
1714           tbDir[2] = n[0][2] - n[3][2];
1715
1716           // compare 2 directions: normal and top-bottom
1717           double dot = normal[0]*tbDir[0] + normal[1]*tbDir[1] + normal[2]*tbDir[2];
1718           if ( dot < 0. ) // need reverse
1719             reverse( *elemIt, swapVec );
1720
1721         } // loop on volumes of one geometry
1722     } // loop on 3D geometry types
1723
1724 }
1725
1726 //================================================================================
1727 /*!
1728  * \brief Assign new IDs to nodes by skipping not used nodes and return their number
1729  */
1730 //================================================================================
1731
1732 int NodeContainer::numberNodes()
1733 {
1734   int id = 1;
1735   for ( size_t i = 0; i < _nodes.size(); ++i )
1736     for ( size_t j = 0; j < _nodes[i].size(); ++j )
1737       if ( _nodes[i][j].isUsed() )
1738         _nodes[i][j]._number = id++;
1739   return id-1;
1740 }
1741
1742
1743 //================================================================================
1744 /*!
1745  * \brief Assign new IDs to elements
1746  */
1747 //================================================================================
1748
1749 void IntermediateMED::numberElements()
1750 {
1751   set<Cell>::const_iterator elemIt, elemEnd;
1752
1753   // numbering _cells of type NORM_POINT1 by node number
1754   {
1755     const set<Cell>& points = _cellsByType[ INTERP_KERNEL::NORM_POINT1 ];
1756     elemIt = points.begin(), elemEnd = points.end();
1757     for ( ; elemIt != elemEnd; ++elemIt )
1758       elemIt->_number = elemIt->_nodes[0]->_number;
1759   }
1760
1761   // numbering 1D-3D _cells
1762   for ( int dim = 1; dim <= 3; ++dim )
1763     {
1764       // check if re-numeration is needed (to try to keep elem oreder as in sauve file )
1765       bool ok = true, renumEntity = false;
1766       CellsByDimIterator cellsIt( *this, dim );
1767       int prevNbElems = 0;
1768       while ( const set<Cell> * typeCells = cellsIt.nextType() )
1769         {
1770           TID minNumber = std::numeric_limits<TID>::max(), maxNumber = 0;
1771           for ( elemIt = typeCells->begin(), elemEnd = typeCells->end(); elemIt!=elemEnd; ++elemIt)
1772             {
1773               if ( elemIt->_number < minNumber ) minNumber = elemIt->_number;
1774               if ( elemIt->_number > maxNumber ) maxNumber = elemIt->_number;
1775             }
1776           TID typeSize = typeCells->size();
1777           if ( typeSize != maxNumber - minNumber + 1 )
1778             ok = false;
1779           if ( prevNbElems != 0 ) {
1780             if ( minNumber == 1 )
1781               renumEntity = true;
1782             else if ( prevNbElems+1 != (int)minNumber )
1783               ok = false;
1784           }
1785           prevNbElems += typeSize;
1786         }
1787
1788       if ( ok && renumEntity ) // each geom type was numerated separately
1789         {
1790           cellsIt.init( dim );
1791           prevNbElems = cellsIt.nextType()->size(); // no need to renumber the first type
1792           while ( const set<Cell> * typeCells = cellsIt.nextType() )
1793             {
1794               for ( elemIt = typeCells->begin(), elemEnd = typeCells->end(); elemIt!=elemEnd; ++elemIt)
1795                 elemIt->_number += prevNbElems;
1796               prevNbElems += typeCells->size();
1797             }
1798         }
1799       if ( !ok )
1800         {
1801           int cellID=1;
1802           cellsIt.init( dim );
1803           while ( const set<Cell> * typeCells = cellsIt.nextType() )
1804             for ( elemIt = typeCells->begin(), elemEnd = typeCells->end(); elemIt!=elemEnd; ++elemIt)
1805               elemIt->_number = cellID++;
1806         }
1807     }
1808 }
1809
1810 //================================================================================
1811 /*!
1812  * \brief Creates coord array
1813  */
1814 //================================================================================
1815
1816 ParaMEDMEM::DataArrayDouble * IntermediateMED::getCoords()
1817 {
1818   DataArrayDouble* coordArray = DataArrayDouble::New();
1819   coordArray->alloc( _nbNodes, _spaceDim );
1820   double * coordPrt = coordArray->getPointer();
1821   for ( int i = 0, nb = _points.size(); i < nb; ++i )
1822     {
1823       Node* n = getNode( i+1 );
1824       if ( n->isUsed() )
1825         {
1826           const double* nCoords = nodeCoords( n );
1827           std::copy( nCoords, nCoords+_spaceDim, coordPrt );
1828           coordPrt += _spaceDim;
1829         }
1830     }
1831   return coordArray;
1832 }
1833
1834 //================================================================================
1835 /*!
1836  * \brief Sets connectivity of elements to the mesh
1837  *  \param mesh - mesh to fill in
1838  *  \param coords - coordinates that must be shared by all meshes of different dim
1839  */
1840 //================================================================================
1841
1842 void IntermediateMED::setConnectivity( ParaMEDMEM::MEDFileUMesh*    mesh,
1843                                        ParaMEDMEM::DataArrayDouble* coords )
1844 {
1845   int meshDim = 0;
1846
1847   mesh->setCoords( coords );
1848
1849   set<Cell>::const_iterator elemIt, elemEnd;
1850   for ( int dim = 3; dim > 0; --dim )
1851   {
1852     CellsByDimIterator dimCells( *this, dim );
1853
1854     int nbOfCells = 0;
1855     while ( const std::set<Cell > * cells = dimCells.nextType() )
1856       nbOfCells += cells->size();
1857     if ( nbOfCells == 0 )
1858       continue;
1859
1860     if ( !meshDim ) meshDim = dim;
1861
1862     MEDCouplingUMesh* dimMesh = MEDCouplingUMesh::New();
1863     dimMesh->setCoords( coords );
1864     dimMesh->setMeshDimension( dim );
1865     dimMesh->allocateCells( nbOfCells );
1866
1867     int prevNbCells = 0;
1868     dimCells.init( dim );
1869     while ( const std::set<Cell > * cells = dimCells.nextType() )
1870       {
1871         // fill connectivity array to take into account order of elements in the sauv file
1872         const int nbCellNodes = cells->begin()->_nodes.size();
1873         vector< TID > connectivity( cells->size() * nbCellNodes );
1874         int * nodalConnOfCell;
1875         for ( elemIt = cells->begin(), elemEnd = cells->end(); elemIt != elemEnd; ++elemIt )
1876           {
1877             const Cell& cell = *elemIt;
1878             const int index = cell._number - 1 - prevNbCells;
1879             nodalConnOfCell = &connectivity[ index * nbCellNodes ];
1880             if ( cell._reverse )
1881               for ( int i = nbCellNodes-1; i >= 0; --i )
1882                 *nodalConnOfCell++ = cell._nodes[i]->_number - 1;
1883             else
1884               for ( int i = 0; i < nbCellNodes; ++i )
1885                 *nodalConnOfCell++ = cell._nodes[i]->_number - 1;
1886           }
1887         prevNbCells += cells->size();
1888
1889         // fill dimMesh
1890         TCellType cellType = dimCells.type();
1891         nodalConnOfCell = &connectivity[0];
1892         for ( size_t i = 0; i < cells->size(); ++i, nodalConnOfCell += nbCellNodes )
1893           dimMesh->insertNextCell( cellType, nbCellNodes, nodalConnOfCell );
1894       }
1895     dimMesh->finishInsertingCells();
1896     mesh->setMeshAtLevel( dim - meshDim, dimMesh );
1897     dimMesh->decrRef();
1898   }
1899 }
1900
1901 //================================================================================
1902 /*!
1903  * \brief Fill in the mesh with groups
1904  *  \param mesh - mesh to fill in
1905  */
1906 //================================================================================
1907
1908 void IntermediateMED::setGroups( ParaMEDMEM::MEDFileUMesh* mesh )
1909 {
1910   bool isMeshNameSet = false;
1911   const int meshDim = mesh->getMeshDimension();
1912   for ( int dim = 0; dim <= meshDim; ++dim )
1913     {
1914       const int meshDimRelToMaxExt = ( dim == 0 ? 1 : dim - meshDim );
1915
1916       vector<const DataArrayInt *> medGroups;
1917       vector<MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > refGroups;
1918       for ( size_t i = 0; i < _groups.size(); ++i )
1919         {
1920           Group& grp = _groups[i];
1921           if ( (int)getDim( &grp ) != dim &&
1922                grp._groups.empty() ) // to allow groups on diff dims
1923             continue;
1924           // convert only named groups or field supports
1925           if ( grp.empty() || (grp._name.empty() && !grp._isProfile ))
1926             continue;
1927           //if ( grp._medGroup ) continue; // already converted
1928
1929           // sort cells by ID and remember their initial order in the group
1930           TCellToOrderMap cell2order;
1931           unsigned orderInGroup = 0;
1932           vector< Group* > groupVec;
1933           if ( grp._groups.empty() ) groupVec.push_back( & grp );
1934           else                       groupVec = grp._groups;
1935           for ( size_t iG = 0; iG < groupVec.size(); ++iG )
1936             {
1937               Group* aG = groupVec[ iG ];
1938               if ( (int)getDim( aG ) != dim )
1939                 continue;
1940               for ( size_t iC = 0; iC < aG->_cells.size(); ++iC )
1941                 cell2order.insert( cell2order.end(), make_pair( aG->_cells[iC], orderInGroup++ ));
1942             }
1943           if ( cell2order.empty() )
1944             continue;
1945           bool isSelfIntersect = ( orderInGroup != cell2order.size() );
1946           if ( isSelfIntersect ) // self intersecting group
1947             {
1948               ostringstream msg;
1949               msg << "Self intersecting sub-mesh: id = " << i+1
1950                   << ", name = |" << grp._name << "|" << endl
1951                   << " nb unique elements = " << cell2order.size() << endl
1952                   << " total nb elements  = " << orderInGroup;
1953               if ( grp._isProfile )
1954                 {
1955                   THROW_IK_EXCEPTION( msg.str() );
1956                 }
1957               else
1958                 {
1959                   cout << msg.str() << endl;
1960                 }
1961             }
1962           // create a med group
1963           grp._medGroup = DataArrayInt::New();
1964           grp._medGroup->setName( grp._name.c_str() );
1965           grp._medGroup->alloc( cell2order.size(), /*nbOfCompo=*/1 );
1966           int * idsPrt = grp._medGroup->getPointer();
1967           TCellToOrderMap::iterator cell2orderIt, cell2orderEnd = cell2order.end();
1968           for ( cell2orderIt = cell2order.begin(); cell2orderIt != cell2orderEnd; ++cell2orderIt )
1969             *idsPrt++ = (*cell2orderIt).first->_number - 1;
1970
1971           // try to set the mesh name
1972           if ( !isMeshNameSet &&
1973                dim == meshDim &&
1974                !grp._name.empty() &&
1975                grp.size() == mesh->getSizeAtLevel( meshDimRelToMaxExt ))
1976             {
1977               mesh->setName( grp._name.c_str() );
1978               isMeshNameSet = true;
1979             }
1980           if ( !grp._name.empty() )
1981             {
1982               medGroups.push_back( grp._medGroup );
1983             }
1984           // set relocation table
1985           setRelocationTable( &grp, cell2order );
1986
1987           // Issue 0021311. Use case: a gibi group has references (recorded in pile 1)
1988           // and several names (pile 27) refer (pile 10) to this group.
1989           // We create a copy of this group per each named reference
1990           for ( unsigned iRef = 0 ; iRef < grp._refNames.size(); ++iRef )
1991             if ( !grp._refNames[ iRef ].empty() )
1992               {
1993                 refGroups.push_back( grp._medGroup->deepCpy() );
1994                 refGroups.back()->setName( grp._refNames[ iRef ].c_str() );
1995                 medGroups.push_back( refGroups.back() );
1996               }
1997         }
1998       mesh->setGroupsAtLevel( meshDimRelToMaxExt, medGroups );
1999     }
2000 }
2001
2002 //================================================================================
2003 /*!
2004  * \brief Return true if the group is on all elements and return its relative dimension
2005  */
2006 //================================================================================
2007
2008 bool IntermediateMED::isOnAll( const Group* grp, int & dimRel ) const
2009 {
2010   int dim = getDim( grp );
2011
2012   int nbElems = 0;
2013   CellsByDimIterator dimCells( *this, dim );
2014   while ( const set<Cell > * cells = dimCells.nextType() )
2015     nbElems += cells->size();
2016
2017   const bool onAll = ( nbElems == grp->size() );
2018
2019   if ( dim == 0 )
2020     dimRel = 0;
2021   else
2022     {
2023       int meshDim = 3;
2024       for ( ; meshDim > 0; --meshDim )
2025         {
2026           dimCells.init( meshDim );
2027           if ( dimCells.nextType() )
2028             break;
2029         }
2030       dimRel = dim - meshDim;
2031     }
2032   return onAll;
2033 }
2034
2035 //================================================================================
2036 /*!
2037  * \brief Makes fields from own data
2038  */
2039 //================================================================================
2040
2041 ParaMEDMEM::MEDFileFields * IntermediateMED::makeMEDFileFields(ParaMEDMEM::MEDFileUMesh* mesh)
2042 {
2043   if ( _nodeFields.empty() && _cellFields.empty() ) return 0;
2044
2045   // set long names
2046   set< string > usedFieldNames;
2047   setFieldLongNames(usedFieldNames);
2048
2049   MEDFileFields* fields = MEDFileFields::New();
2050
2051   for ( size_t i = 0; i < _nodeFields.size(); ++i )
2052     setFields( _nodeFields[i], fields, mesh, i+1, usedFieldNames );
2053
2054   for ( size_t i = 0; i < _cellFields.size(); ++i )
2055     setFields( _cellFields[i], fields, mesh, i+1, usedFieldNames );
2056
2057   return fields;
2058 }
2059
2060 //================================================================================
2061 /*!
2062  * \brief Make med fields from a SauvUtilities::DoubleField
2063  */
2064 //================================================================================
2065
2066 void IntermediateMED::setFields( SauvUtilities::DoubleField* fld,
2067                                  ParaMEDMEM::MEDFileFields*  medFields,
2068                                  ParaMEDMEM::MEDFileUMesh*   mesh,
2069                                  const TID                   castemID,
2070                                  set< string >&              usedFieldNames)
2071 {
2072   if ( !fld || !fld->isMedCompatible() ) return;
2073
2074   // if ( !fld->hasCommonSupport() ):
2075   //     each sub makes MEDFileFieldMultiTS
2076   // else:
2077   //     unite several subs into a MEDCouplingFieldDouble
2078
2079   const bool uniteSubs = fld->hasCommonSupport();
2080   if ( !uniteSubs )
2081     cout << "Castem field #" << castemID << " " << fld->_name
2082          << " is incompatible with MED format, so we split it into several fields" << endl;
2083
2084   for ( size_t iSub = 0; iSub < fld->_sub.size(); )
2085     {
2086       // set field name
2087       if ( !uniteSubs || fld->_name.empty() )
2088         makeFieldNewName( usedFieldNames, fld );
2089
2090       // allocate values
2091       DataArrayDouble * values = DataArrayDouble::New();
2092       values->alloc( fld->getNbTuples(iSub), fld->_sub[iSub].nbComponents() );
2093
2094       // set values
2095       double * valPtr = values->getPointer();
2096       if ( uniteSubs )
2097         {
2098           int nbElems = fld->_group->size();
2099           for ( int elemShift = 0; elemShift < nbElems; )
2100             elemShift += fld->setValues( valPtr, iSub++, elemShift );
2101           setTS( fld, values, medFields, mesh );
2102         }
2103       else
2104         {
2105           fld->setValues( valPtr, iSub++ );
2106           setTS( fld, values, medFields, mesh, iSub );
2107         }
2108     }
2109 }
2110
2111 //================================================================================
2112 /*!
2113  * \brief Store value array of a field into med fields
2114  */
2115 //================================================================================
2116
2117 void IntermediateMED::setTS( SauvUtilities::DoubleField*  fld,
2118                              ParaMEDMEM::DataArrayDouble* values,
2119                              ParaMEDMEM::MEDFileFields*   medFields,
2120                              ParaMEDMEM::MEDFileUMesh*    mesh,
2121                              const int                    iSub)
2122 {
2123   // analyze a field support
2124   const Group* support = fld->getSupport();
2125   int dimRel;
2126   const bool onAll = isOnAll( support, dimRel );
2127   if ( !onAll && support->_name.empty() )
2128     {
2129       const_cast<Group*>(support)->_name += "PFL_" + fld->_name;
2130       support->_medGroup->setName( support->_name.c_str() );
2131     }
2132
2133   // make a time-stamp
2134   MEDCouplingFieldDouble * timeStamp = MEDCouplingFieldDouble::New( fld->getMedType(),
2135                                                                     fld->getMedTimeDisc() );
2136   timeStamp->setName( fld->_name.c_str() );
2137   timeStamp->setDescription( fld->_description.c_str() );
2138   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr< MEDCouplingUMesh > dimMesh = mesh->getMeshAtLevel( dimRel );
2139   timeStamp->setMesh( dimMesh );
2140   for ( size_t i = 0; i < (size_t)fld->_sub[iSub].nbComponents(); ++i )
2141     values->setInfoOnComponent( i, fld->_sub[iSub]._comp_names[ i ].c_str() );
2142   timeStamp->setArray( values );
2143   values->decrRef();
2144
2145   // get a field to add the time-stamp
2146   bool isNewMedField = false;
2147   if ( !fld->_curMedField || fld->_name != fld->_curMedField->getName() )
2148     {
2149       fld->_curMedField = MEDFileFieldMultiTS::New();
2150       isNewMedField = true;
2151     }
2152
2153   // set an order
2154   timeStamp->setOrder( fld->_curMedField->getNumberOfTS() );
2155
2156   // add the time-stamp
2157   if ( onAll )
2158     fld->_curMedField->appendFieldNoProfileSBT( timeStamp );
2159   else
2160     fld->_curMedField->appendFieldProfile( timeStamp, mesh, dimRel, support->_medGroup );
2161   timeStamp->decrRef();
2162
2163   if ( isNewMedField ) // timeStamp must be added before this
2164     {
2165       medFields->pushField( fld->_curMedField );
2166     }
2167 }
2168
2169 //================================================================================
2170 /*!
2171  * \brief Make a new unique name for a field
2172  */
2173 //================================================================================
2174
2175 void IntermediateMED::makeFieldNewName(std::set< std::string >&    usedNames,
2176                                        SauvUtilities::DoubleField* fld )
2177 {
2178   string base = fld->_name;
2179   if ( base.empty() )
2180     {
2181       base = "F_";
2182     }
2183   else
2184     {
2185       string::size_type pos = base.rfind('_');
2186       if ( pos != string::npos )
2187         base = base.substr( 0, pos+1 );
2188       else
2189         base += '_';
2190     }
2191
2192   int i = 1;
2193   do
2194     {
2195       fld->_name = base + SauvUtilities::toString( i++ );
2196     }
2197   while( !usedNames.insert( fld->_name ).second );
2198 }
2199
2200 //================================================================================
2201 /*!
2202  * \brief Return a vector ready to fill in
2203  */
2204 //================================================================================
2205
2206 std::vector< double >& DoubleField::addComponent( int nb_values )
2207 {
2208   _comp_values.push_back( std::vector< double >() );
2209   std::vector< double >& res = _comp_values.back();
2210   res.resize( nb_values );
2211   return res;
2212 }
2213
2214 DoubleField::~DoubleField()
2215 {
2216   if(_curMedField)
2217     _curMedField->decrRef();
2218 }
2219
2220 //================================================================================
2221 /*!
2222  * \brief Returns a supporting group
2223  */
2224 //================================================================================
2225
2226 const Group* DoubleField::getSupport( const int iSub ) const
2227 {
2228   return _group ? _group : _sub[iSub]._support;
2229 }
2230
2231 //================================================================================
2232 /*!
2233  * \brief Return true if each sub-component is a time stamp
2234  */
2235 //================================================================================
2236
2237 bool DoubleField::isMultiTimeStamps() const
2238 {
2239   if ( _sub.size() < 2 )
2240     return false;
2241   bool sameSupports = true;
2242   Group* grp1 = _sub[0]._support;
2243   for ( size_t i = 1; i < _sub.size() && sameSupports; ++i )
2244     sameSupports = ( grp1 == _sub[i]._support );
2245
2246   return sameSupports;
2247 }
2248
2249 //================================================================================
2250 /*!
2251  * \brief True if the field can be converted into the med field
2252  */
2253 //================================================================================
2254
2255 bool DoubleField::isMedCompatible() const
2256 {
2257   for ( size_t iSub = 0; iSub < _sub.size(); ++iSub )
2258     {
2259       if ( !getSupport(iSub) || !getSupport(iSub)->_medGroup )
2260         THROW_IK_EXCEPTION("SauvReader INTERNAL ERROR: NULL field support");
2261
2262       if ( !_sub[iSub].isValidNbGauss() )
2263         {
2264           cout << "Skip field <" << _name << "> : different nb of gauss points in components" <<endl;
2265           return false;
2266         }
2267     }
2268   // check if there are no gauss or nbGauss() == nbCellNodes,
2269   // else we lack info on gauss point localization
2270   // TODO?
2271   return true;
2272 }
2273
2274 //================================================================================
2275 /*!
2276  * \brief return true if all sub-components has same components and same nbGauss
2277  */
2278 //================================================================================
2279
2280 bool DoubleField::hasSameComponentsBySupport() const
2281 {
2282   vector< _Sub_data >::const_iterator sub_data = _sub.begin();
2283   const _Sub_data& first_sub_data = *sub_data;
2284   for ( ++sub_data ; sub_data != _sub.end(); ++sub_data )
2285   {
2286     if ( first_sub_data._comp_names != sub_data->_comp_names )
2287       return false; // diff names of components
2288
2289     if ( first_sub_data._nb_gauss != sub_data->_nb_gauss &&
2290          first_sub_data._support->_cellType == sub_data->_support->_cellType)
2291       return false; // diff nb of gauss points on same cell type
2292   }
2293   return true;
2294 }
2295
2296 //================================================================================
2297 /*!
2298  * \brief Return type of MEDCouplingFieldDouble
2299  */
2300 //================================================================================
2301
2302 ParaMEDMEM::TypeOfField DoubleField::getMedType( const int iSub ) const
2303 {
2304   using namespace INTERP_KERNEL;
2305
2306   const Group* grp = hasCommonSupport() ? _group : _sub[iSub]._support;
2307   if ( _sub[iSub].nbGauss() > 1 )
2308     {
2309       const CellModel& cm = CellModel::GetCellModel( _sub[iSub]._support->_cellType );
2310       return (int) cm.getNumberOfNodes() == _sub[iSub].nbGauss() ? ON_GAUSS_NE : ON_GAUSS_PT;
2311     }
2312   else
2313     {
2314       return getDim( grp ) == 0 ? ON_NODES : ON_CELLS;
2315     }
2316 }
2317
2318 //================================================================================
2319 /*!
2320  * \brief Return TypeOfTimeDiscretization
2321  */
2322 //================================================================================
2323
2324 ParaMEDMEM::TypeOfTimeDiscretization DoubleField::getMedTimeDisc() const
2325 {
2326   return ONE_TIME;
2327   // NO_TIME = 4,
2328   // ONE_TIME = 5,
2329   // LINEAR_TIME = 6,
2330   // CONST_ON_TIME_INTERVAL = 7
2331 }
2332
2333 //================================================================================
2334 /*!
2335  * \brief Return nb tuples to be used to allocate DataArrayDouble
2336  */
2337 //================================================================================
2338
2339 int DoubleField::getNbTuples( const int iSub ) const
2340 {
2341   int nb = 0;
2342   if ( hasCommonSupport() && !_group->_groups.empty() )
2343     for ( size_t i = 0; i < _group->_groups.size(); ++i )
2344       nb += _sub[i].nbGauss() * _sub[i]._support->size();
2345   else
2346     nb = _sub[iSub].nbGauss() * getSupport(iSub)->size();
2347   return nb;
2348 }
2349
2350 //================================================================================
2351 /*!
2352  * \brief Store values of a sub-component and return nb of elements in the iSub
2353  */
2354 //================================================================================
2355
2356 int DoubleField::setValues( double * valPtr, const int iSub, const int elemShift ) const
2357 {
2358   // find values for iSub
2359   int iComp = 0;
2360   for ( int iS = 0; iS < iSub; ++iS )
2361     iComp += _sub[iS].nbComponents();
2362   const vector< double > * compValues = &_comp_values[ iComp ];
2363
2364   const vector< unsigned >& relocTable = getSupport( iSub )->_relocTable;
2365
2366   // Set values
2367
2368   const int nbElems      = _sub[iSub]._support->size();
2369   const int nbGauss      = _sub[iSub].nbGauss();
2370   const int nbComponents = _sub[iSub].nbComponents();
2371   const int nbValsByElem = nbComponents * nbGauss;
2372   // check nb values
2373   int nbVals = 0;
2374   for ( iComp = 0; iComp < nbComponents; ++iComp )
2375     nbVals += compValues[iComp].size();
2376   if ( nbVals != nbElems * nbValsByElem )
2377     THROW_IK_EXCEPTION("SauvMedConvertor.cxx: support size mismatches field size");
2378   // compute nb values in previous subs
2379   int valsShift = 0;
2380   for ( int iS = iSub-1, shift = elemShift; shift > 0; )
2381   {
2382     int nbE = _sub[iS]._support->size();
2383     shift -= nbE;
2384     valsShift += nbE * _sub[iS].nbComponents() * _sub[iS].nbGauss();
2385   }
2386   for ( int iE = 0; iE < nbElems; ++iE )
2387     {
2388       int iMed = valsShift + nbValsByElem * ( relocTable.empty() ? iE : relocTable[iE+elemShift]-elemShift );
2389       for ( iComp = 0; iComp < nbComponents; ++iComp )
2390         for ( int iG = 0; iG < nbGauss; ++iG )
2391           valPtr[ iMed + iG * nbComponents + iComp ] = compValues[iComp][ iE * nbGauss + iG ];
2392     }
2393   return nbElems;
2394 }
2395
2396 //================================================================================
2397 /*!
2398  * \brief Destructor of IntermediateMED
2399  */
2400 //================================================================================
2401
2402 IntermediateMED::~IntermediateMED()
2403 {
2404   for ( size_t i = 0; i < _nodeFields.size(); ++i )
2405     if ( _nodeFields[i] )
2406       delete _nodeFields[i];
2407   _nodeFields.clear();
2408
2409   for ( size_t i = 0; i < _cellFields.size(); ++i )
2410     if ( _cellFields[i] )
2411       delete _cellFields[i];
2412   _cellFields.clear();
2413
2414   for ( size_t i = 0; i < _groups.size(); ++i )
2415     if ( _groups[i]._medGroup )
2416       _groups[i]._medGroup->decrRef();
2417 }
2418
2419 //================================================================================
2420 /*!
2421  * \brief CellsByDimIterator constructor
2422  */
2423 CellsByDimIterator::CellsByDimIterator( const IntermediateMED & medi, int dimm)
2424 {
2425   myImed = & medi;
2426   init( dimm );
2427 }
2428 /*!
2429  * \brief Initialize iteration on cells of given dimention
2430  */
2431 void CellsByDimIterator::init(const int  dimm)
2432 {
2433   myCurType = -1;
2434   myTypeEnd = INTERP_KERNEL::NORM_HEXA20 + 1;
2435   myDim = dimm;
2436 }
2437 /*!
2438  * \brief return next set of Cell's of required dimension
2439  */
2440 const std::set< Cell > * CellsByDimIterator::nextType()
2441 {
2442   while ( ++myCurType < myTypeEnd )
2443     if ( !myImed->_cellsByType[myCurType].empty() && ( myDim < 0 || dim(false) == myDim ))
2444       return & myImed->_cellsByType[myCurType];
2445   return 0;
2446 }
2447 /*!
2448  * \brief return dimension of cells returned by the last or further next()
2449  */
2450 int CellsByDimIterator::dim(const bool last) const
2451 {
2452   int typp = myCurType;
2453   if ( !last )
2454     while ( typp < myTypeEnd && myImed->_cellsByType[typp].empty() )
2455       ++typp;
2456   return typp < myTypeEnd ? getDimension( TCellType( typp )) : 4;
2457 }
2458 // END CellsByDimIterator ========================================================
2459