src/MEDLoader/MEDFileMeshLL.hxx

   1 // Copyright (C) 2007-2015  CEA/DEN, EDF R&D
   2 //
   3 // This library is free software; you can redistribute it and/or
   4 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
   5 // License as published by the Free Software Foundation; either
   6 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
   7 //
   8 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
   9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  11 // Lesser General Public License for more details.
  12 //
  13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  16 //
  17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  18 //
  19 // Author : Anthony Geay (CEA/DEN)
  20
  21 #ifndef __MEDFILEMESHLL_HXX__
  22 #define __MEDFILEMESHLL_HXX__
  23
  24 #include "MEDFileBasis.hxx"
  25 #include "MEDFileMeshElt.hxx"
  26
  27 #include "MEDCouplingUMesh.hxx"
  28 #include "MEDCouplingCMesh.hxx"
  29 #include "MEDCoupling1GTUMesh.hxx"
  30 #include "MEDCouplingPartDefinition.hxx"
  31 #include "MEDCouplingCurveLinearMesh.hxx"
  32 #include "MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr.hxx"
  33
  34 #include "med.h"
  35
  36 #include <map>
  37
  38 namespace ParaMEDMEM
  39 {
  40   class MEDFileMeshReadSelector;
  41
  42   class MEDFileMeshL2 : public RefCountObject
  43   {
  44   public:
  45     MEDFileMeshL2();
  46     std::size_t getHeapMemorySizeWithoutChildren() const;
  47     std::vector<const BigMemoryObject *> getDirectChildrenWithNull() const;
  48     const char *getName() const { return _name.getReprForWrite(); }
  49     const char *getDescription() const { return _description.getReprForWrite(); }
  50     const char *getUnivName() const { return _univ_name.getReprForWrite(); }
  51     const char *getTimeUnit() const { return _dt_unit.getReprForWrite(); }
  52     int getIteration() const { return _iteration; }
  53     int getOrder() const { return _order; }
  54     double getTime() const { return _time; }
  55     MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<PartDefinition> getPartDefOfCoo() const { return _part_coords; }
  56     std::vector<std::string> getAxisInfoOnMesh(med_idt fid, int mId, const std::string& mName, ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType& meshType, int& nstep, int& Mdim);
  57     static int GetMeshIdFromName(med_idt fid, const std::string& mName, ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType& meshType, int& dt, int& it, std::string& dtunit1);
  58     static double CheckMeshTimeStep(med_idt fid, const std::string& mname, int nstep, int dt, int it);
  59     static void ReadFamiliesAndGrps(med_idt fid, const std::string& mname, std::map<std::string,int>& fams, std::map<std::string, std::vector<std::string> >& grps, MEDFileMeshReadSelector *mrs);
  60     static void WriteFamiliesAndGrps(med_idt fid, const std::string& mname, const std::map<std::string,int>& fams, const std::map<std::string, std::vector<std::string> >& grps, int tooLongStrPol);
  61   protected:
  62     MEDFileString _name;
  63     MEDFileString _description;
  64     MEDFileString _univ_name;
  65     MEDFileString _dt_unit;
  66     int _iteration;
  67     int _order;
  68     double _time;
  69     MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<PartDefinition> _part_coords;
  70   };
  71
  72   class MEDFileUMeshL2 : public MEDFileMeshL2
  73   {
  74   public:
  75     MEDFileUMeshL2();
  76     std::vector<std::string> loadCommonPart(med_idt fid, int mId, const std::string& mName, int dt, int it, int& Mdim);
  77     void loadAll(med_idt fid, int mId, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs);
  78     void loadPart(med_idt fid, int mId, const std::string& mName, const std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& types, const std::vector<int>& slicPerTyp, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs);
  79     void loadConnectivity(med_idt fid, int mdim, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs);
  80     void loadPartOfConnectivity(med_idt fid, int mdim, const std::string& mName, const std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& types, const std::vector<int>& slicPerTyp, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs);
  81     void loadCoords(med_idt fid, int mId, const std::vector<std::string>& infosOnComp, const std::string& mName, int dt, int it);
  82     void loadPartCoords(med_idt fid, int mId, const std::vector<std::string>& infosOnComp, const std::string& mName, int dt, int it, int nMin, int nMax);
  83     int getNumberOfLevels() const { return _per_type_mesh.size(); }
  84     bool emptyLev(int levId) const { return _per_type_mesh[levId].empty(); }
  85     const std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >& getLev(int levId) const { return _per_type_mesh[levId]; }
  86     bool isFamDefinedOnLev(int levId) const;
  87     bool isNumDefinedOnLev(int levId) const;
  88     bool isNamesDefinedOnLev(int levId) const;
  89     MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> getCoords() const { return _coords; }
  90     MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> getCoordsFamily() const { return _fam_coords; }
  91     MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> getCoordsNum() const { return _num_coords; }
  92     MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayAsciiChar> getCoordsName() const { return _name_coords; }
  93     static void WriteCoords(med_idt fid, const std::string& mname, int dt, int it, double time, const DataArrayDouble *coords, const DataArrayInt *famCoords, const DataArrayInt *numCoords, const DataArrayAsciiChar *nameCoords);
  94   private:
  95     void sortTypes();
  96   private:
  97     std::vector< std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> > > _per_type_mesh;
  98     MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> _coords;
  99     MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> _fam_coords;
 100     MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> _num_coords;
 101     MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayAsciiChar> _name_coords;
 102   };
 103
 104   class MEDFileStrMeshL2 : public MEDFileMeshL2
 105   {
 106   };
 107
 108   class MEDFileCMeshL2 : public MEDFileStrMeshL2
 109   {
 110   public:
 111     MEDFileCMeshL2();
 112     void loadAll(med_idt fid, int mId, const std::string& mName, int dt, int it);
 113     MEDCouplingCMesh *getMesh() { return _cmesh; }
 114   private:
 115     static med_data_type GetDataTypeCorrespondingToSpaceId(int id);
 116   private:
 117     MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCMesh> _cmesh;
 118   };
 119
 120   class MEDFileCLMeshL2 : public MEDFileStrMeshL2
 121   {
 122   public:
 123     MEDFileCLMeshL2();
 124     void loadAll(med_idt fid, int mId, const std::string& mName, int dt, int it);
 125     MEDCouplingCurveLinearMesh *getMesh() { return _clmesh; }
 126   private:
 127     MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCurveLinearMesh> _clmesh;
 128   };
 129
 130   class MEDFileMesh;
 131   class MEDFileUMeshSplitL1;
 132
 133   class MEDFileUMeshPermCompute : public BigMemoryObject
 134   {
 135   public:
 136     MEDFileUMeshPermCompute(const MEDFileUMeshSplitL1* st);
 137     operator MEDCouplingUMesh *() const;
 138     void operator=(MEDCouplingUMesh *m);
 139     void updateTime() const;
 140     std::vector<const BigMemoryObject *> getDirectChildrenWithNull() const;
 141     std::size_t getHeapMemorySizeWithoutChildren() const;
 142   private:
 143     const MEDFileUMeshSplitL1 *_st;
 144     mutable std::size_t _mpt_time;
 145     mutable std::size_t _num_time;
 146     mutable MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> _m;
 147   };
 148
 149   class MEDFileUMeshAggregateCompute : public BigMemoryObject
 150   {
 151   public:
 152     MEDFileUMeshAggregateCompute();
 153     void setName(const std::string& name);
 154     void assignParts(const std::vector< const MEDCoupling1GTUMesh * >& mParts);
 155     void assignDefParts(const std::vector<const PartDefinition *>& partDefs);
 156     void assignUMesh(MEDCouplingUMesh *m);
 157     MEDCouplingUMesh *getUmesh() const;
 158     int getNumberOfCells() const;
 159     std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *> getParts() const;
 160     std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> getGeoTypes() const;
 161     std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *> retrievePartsWithoutComputation() const;
 162     MEDCoupling1GTUMesh *retrievePartWithoutComputation(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const;
 163     void getStartStopOfGeoTypeWithoutComputation(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt, int& start, int& stop) const;
 164     void renumberNodesInConnWithoutComputation(const int *newNodeNumbersO2N);
 165     bool isStoredSplitByType() const;
 166     std::size_t getTimeOfThis() const;
 167     std::size_t getHeapMemorySizeWithoutChildren() const;
 168     std::vector<const BigMemoryObject *> getDirectChildrenWithNull() const;
 169     MEDFileUMeshAggregateCompute deepCpy(DataArrayDouble *coords) const;
 170     bool isEqual(const MEDFileUMeshAggregateCompute& other, double eps, std::string& what) const;
 171     void clearNonDiscrAttributes() const;
 172     void synchronizeTinyInfo(const MEDFileMesh& master) const;
 173     bool empty() const;
 174     int getMeshDimension() const;
 175     std::vector<int> getDistributionOfTypes() const;
 176     int getSize() const;
 177     void setCoords(DataArrayDouble *coords);
 178     void forceComputationOfPartsFromUMesh() const;
 179     const PartDefinition *getPartDefOfWithoutComputation(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const;
 180     void serialize(std::vector<int>& tinyInt, std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> >& bigArraysI) const;
 181     void unserialize(const std::string& name, DataArrayDouble *coo, std::vector<int>& tinyInt, std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> >& bigArraysI);
 182   private:
 183     std::size_t getTimeOfParts() const;
 184     std::size_t getTimeOfUMesh() const;
 185   private:
 186     mutable std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1GTUMesh> > _m_parts;
 187     mutable std::size_t _mp_time;
 188     mutable std::size_t _m_time;
 189     mutable MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> _m;
 190     mutable std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<PartDefinition> > _part_def;
 191   };
 192
 193   class MEDFileUMeshSplitL1 : public RefCountObject
 194   {
 195     friend class MEDFileUMeshPermCompute;
 196   public:
 197     MEDFileUMeshSplitL1(const MEDFileUMeshSplitL1& other);
 198     MEDFileUMeshSplitL1(const MEDFileUMeshL2& l2, const std::string& mName, int id);
 199     MEDFileUMeshSplitL1(MEDCoupling1GTUMesh *m);
 200     MEDFileUMeshSplitL1(MEDCouplingUMesh *m);
 201     MEDFileUMeshSplitL1(MEDCouplingUMesh *m, bool newOrOld);
 202     void setName(const std::string& name);
 203     std::size_t getHeapMemorySizeWithoutChildren() const;
 204     std::vector<const BigMemoryObject *> getDirectChildrenWithNull() const;
 205     MEDFileUMeshSplitL1 *deepCpy(DataArrayDouble *coords) const;
 206     void setCoords(DataArrayDouble *coords);
 207     bool isEqual(const MEDFileUMeshSplitL1 *other, double eps, std::string& what) const;
 208     void clearNonDiscrAttributes() const;
 209     void synchronizeTinyInfo(const MEDFileMesh& master) const;
 210     void assignMesh(MEDCouplingUMesh *m, bool newOrOld);
 211     void assignParts(const std::vector< const MEDCoupling1GTUMesh * >& mParts);
 212     void forceComputationOfParts() const;
 213     bool empty() const;
 214     bool presenceOfOneFams(const std::vector<int>& ids) const;
 215     int getMeshDimension() const;
 216     void simpleRepr(std::ostream& oss) const;
 217     int getSize() const;
 218     MEDCouplingUMesh *getFamilyPart(const int *idsBg, const int *idsEnd, bool renum) const;
 219     DataArrayInt *getFamilyPartArr(const int *idsBg, const int *idsEnd, bool renum) const;
 220     MEDCouplingUMesh *getWholeMesh(bool renum) const;
 221     int getNumberOfCells() const;
 222     bool isMeshStoredSplitByType() const { return _m_by_types.isStoredSplitByType(); }
 223     std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> getGeoTypes() const;
 224     std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *> getDirectUndergroundSingleGeoTypeMeshes() const { return _m_by_types.retrievePartsWithoutComputation(); }
 225     MEDCoupling1GTUMesh *getDirectUndergroundSingleGeoTypeMesh(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const { return _m_by_types.retrievePartWithoutComputation(gt); }
 226     DataArrayInt *extractFamilyFieldOnGeoType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const;
 227     DataArrayInt *extractNumberFieldOnGeoType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const;
 228     std::vector<int> getDistributionOfTypes() const { return _m_by_types.getDistributionOfTypes(); }
 229     DataArrayInt *getOrCreateAndGetFamilyField();
 230     const DataArrayInt *getFamilyField() const;
 231     const DataArrayInt *getNumberField() const;
 232     const DataArrayAsciiChar *getNameField() const;
 233     const DataArrayInt *getRevNumberField() const;
 234     const PartDefinition *getPartDef(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const;
 235     void eraseFamilyField();
 236     void setGroupsFromScratch(const std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& ms, std::map<std::string,int>& familyIds,
 237                               std::map<std::string, std::vector<std::string> >& groups);
 238     void write(med_idt fid, const std::string& mName, int mdim) const;
 239     //
 240     void setFamilyArr(DataArrayInt *famArr);
 241     DataArrayInt *getFamilyField();
 242     void setRenumArr(DataArrayInt *renumArr);
 243     void setNameArr(DataArrayAsciiChar *nameArr);
 244     void changeFamilyIdArr(int oldId, int newId);
 245     //
 246     void renumberNodesInConn(const int *newNodeNumbersO2N);
 247     //
 248     void serialize(std::vector<int>& tinyInt, std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> >& bigArraysI) const;
 249     void unserialize(const std::string& name, DataArrayDouble *coo, std::vector<int>& tinyInt, std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> >& bigArraysI);
 250     //
 251     static void ClearNonDiscrAttributes(const MEDCouplingMesh *tmp);
 252     static std::vector<int> GetNewFamiliesNumber(int nb, const std::map<std::string,int>& families);
 253     static void TraduceFamilyNumber(const std::vector< std::vector<int> >& fidsGrps, std::map<std::string,int>& familyIds,
 254                                     std::map<int,int>& famIdTrad, std::map<int,std::string>& newfams);
 255     static DataArrayInt *Renumber(const DataArrayInt *renum, const DataArrayInt *da);
 256     static MEDCouplingUMesh *Renumber2(const DataArrayInt *renum, MEDCouplingUMesh *m, const int *cellIds);
 257     static MEDFileUMeshSplitL1 *Unserialize(const std::string& name, DataArrayDouble *coo, std::vector<int>& tinyInt, std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> >& bigArraysI);
 258   private:
 259     MEDFileUMeshSplitL1();
 260     void assignCommonPart();
 261     MEDCouplingUMesh *renumIfNeeded(MEDCouplingUMesh *m, const int *cellIds) const;
 262     DataArrayInt *renumIfNeededArr(const DataArrayInt *da) const;
 263     void computeRevNum() const;
 264   private:
 265     MEDFileUMeshAggregateCompute _m_by_types;
 266     MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> _fam;
 267     MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> _num;
 268     MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayAsciiChar> _names;
 269     mutable MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> _rev_num;
 270     MEDFileUMeshPermCompute _m;
 271   };
 272 }
 273
 274 #endif