src/MEDLoader/MEDFileMeshLL.hxx

   1 // Copyright (C) 2007-2015  CEA/DEN, EDF R&D
   2 //
   3 // This library is free software; you can redistribute it and/or
   4 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
   5 // License as published by the Free Software Foundation; either
   6 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
   7 //
   8 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
   9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  11 // Lesser General Public License for more details.
  12 //
  13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  16 //
  17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  18 //
  19 // Author : Anthony Geay (CEA/DEN)
  20
  21 #ifndef __MEDFILEMESHLL_HXX__
  22 #define __MEDFILEMESHLL_HXX__
  23
  24 #include "MEDFileBasis.hxx"
  25 #include "MEDFileMeshElt.hxx"
  26
  27 #include "MEDCouplingUMesh.hxx"
  28 #include "MEDCouplingCMesh.hxx"
  29 #include "MEDCoupling1GTUMesh.hxx"
  30 #include "MEDCouplingPartDefinition.hxx"
  31 #include "MEDCouplingCurveLinearMesh.hxx"
  32 #include "MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr.hxx"
  33
  34 #include "med.h"
  35
  36 #include <map>
  37
  38 namespace ParaMEDMEM
  39 {
  40   class MEDFileMeshReadSelector;
  41
  42   class MEDFileMeshL2 : public RefCountObject
  43   {
  44   public:
  45     MEDFileMeshL2();
  46     std::size_t getHeapMemorySizeWithoutChildren() const;
  47     std::vector<const BigMemoryObject *> getDirectChildrenWithNull() const;
  48     const char *getName() const { return _name.getReprForWrite(); }
  49     const char *getDescription() const { return _description.getReprForWrite(); }
  50     const char *getUnivName() const { return _univ_name.getReprForWrite(); }
  51     const char *getTimeUnit() const { return _dt_unit.getReprForWrite(); }
  52     int getIteration() const { return _iteration; }
  53     int getOrder() const { return _order; }
  54     double getTime() const { return _time; }
  55     MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<PartDefinition> getPartDefOfCoo() const { return _part_coords; }
  56     std::vector<std::string> getAxisInfoOnMesh(med_idt fid, int mId, const std::string& mName, ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType& meshType, int& nstep, int& Mdim);
  57     static int GetMeshIdFromName(med_idt fid, const std::string& mName, ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType& meshType, int& dt, int& it, std::string& dtunit1);
  58     static double CheckMeshTimeStep(med_idt fid, const std::string& mname, int nstep, int dt, int it);
  59     static void ReadFamiliesAndGrps(med_idt fid, const std::string& mname, std::map<std::string,int>& fams, std::map<std::string, std::vector<std::string> >& grps, MEDFileMeshReadSelector *mrs);
  60     static void WriteFamiliesAndGrps(med_idt fid, const std::string& mname, const std::map<std::string,int>& fams, const std::map<std::string, std::vector<std::string> >& grps, int tooLongStrPol);
  61     static bool RenameFamiliesFromFileToMem(std::vector< std::string >& famNames);
  62     static bool RenameFamiliesFromMemToFile(std::vector< std::string >& famNames);
  63   private:
  64     typedef bool (*RenameFamiliesPatternFunc)(std::vector< std::string >&);
  65     static void RenameFamiliesPatternInternal(std::vector< std::pair<std::string,std::pair<int,std::vector<std::string> > > >& crudeFams, RenameFamiliesPatternFunc func);
  66     static void RenameFamiliesFromFileToMemInternal(std::vector< std::pair<std::string,std::pair<int,std::vector<std::string> > > >& crudeFams);
  67     static void RenameFamiliesFromMemToFileInternal(std::vector< std::pair<std::string,std::pair<int,std::vector<std::string> > > >& crudeFams);
  68   public:
  69     static const char ZE_SEP_FOR_FAMILY_KILLERS[];
  70     static int ZE_SEP2_FOR_FAMILY_KILLERS;
  71   protected:
  72     MEDFileString _name;
  73     MEDFileString _description;
  74     MEDFileString _univ_name;
  75     MEDFileString _dt_unit;
  76     int _iteration;
  77     int _order;
  78     double _time;
  79     MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<PartDefinition> _part_coords;
  80   };
  81
  82   class MEDFileUMeshL2 : public MEDFileMeshL2
  83   {
  84   public:
  85     MEDFileUMeshL2();
  86     std::vector<std::string> loadCommonPart(med_idt fid, int mId, const std::string& mName, int dt, int it, int& Mdim);
  87     void loadAll(med_idt fid, int mId, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs);
  88     void loadPart(med_idt fid, int mId, const std::string& mName, const std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& types, const std::vector<int>& slicPerTyp, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs);
  89     void loadConnectivity(med_idt fid, int mdim, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs);
  90     void loadPartOfConnectivity(med_idt fid, int mdim, const std::string& mName, const std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& types, const std::vector<int>& slicPerTyp, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs);
  91     void loadCoords(med_idt fid, int mId, const std::vector<std::string>& infosOnComp, const std::string& mName, int dt, int it);
  92     void loadPartCoords(med_idt fid, int mId, const std::vector<std::string>& infosOnComp, const std::string& mName, int dt, int it, int nMin, int nMax);
  93     int getNumberOfLevels() const { return _per_type_mesh.size(); }
  94     bool emptyLev(int levId) const { return _per_type_mesh[levId].empty(); }
  95     const std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >& getLev(int levId) const { return _per_type_mesh[levId]; }
  96     bool isFamDefinedOnLev(int levId) const;
  97     bool isNumDefinedOnLev(int levId) const;
  98     bool isNamesDefinedOnLev(int levId) const;
  99     MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> getCoords() const { return _coords; }
 100     MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> getCoordsFamily() const { return _fam_coords; }
 101     MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> getCoordsNum() const { return _num_coords; }
 102     MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayAsciiChar> getCoordsName() const { return _name_coords; }
 103     static void WriteCoords(med_idt fid, const std::string& mname, int dt, int it, double time, const DataArrayDouble *coords, const DataArrayInt *famCoords, const DataArrayInt *numCoords, const DataArrayAsciiChar *nameCoords);
 104   private:
 105     void sortTypes();
 106   private:
 107     std::vector< std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> > > _per_type_mesh;
 108     MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> _coords;
 109     MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> _fam_coords;
 110     MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> _num_coords;
 111     MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayAsciiChar> _name_coords;
 112   };
 113
 114   class MEDFileStrMeshL2 : public MEDFileMeshL2
 115   {
 116   };
 117
 118   class MEDFileCMeshL2 : public MEDFileStrMeshL2
 119   {
 120   public:
 121     MEDFileCMeshL2();
 122     void loadAll(med_idt fid, int mId, const std::string& mName, int dt, int it);
 123     MEDCouplingCMesh *getMesh() { return _cmesh; }
 124   private:
 125     static med_data_type GetDataTypeCorrespondingToSpaceId(int id);
 126   private:
 127     MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCMesh> _cmesh;
 128   };
 129
 130   class MEDFileCLMeshL2 : public MEDFileStrMeshL2
 131   {
 132   public:
 133     MEDFileCLMeshL2();
 134     void loadAll(med_idt fid, int mId, const std::string& mName, int dt, int it);
 135     MEDCouplingCurveLinearMesh *getMesh() { return _clmesh; }
 136   private:
 137     MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCurveLinearMesh> _clmesh;
 138   };
 139
 140   class MEDFileMesh;
 141   class MEDFileUMeshSplitL1;
 142
 143   class MEDFileUMeshPermCompute : public BigMemoryObject
 144   {
 145   public:
 146     MEDFileUMeshPermCompute(const MEDFileUMeshSplitL1* st);
 147     operator MEDCouplingUMesh *() const;
 148     void operator=(MEDCouplingUMesh *m);
 149     void updateTime() const;
 150     std::vector<const BigMemoryObject *> getDirectChildrenWithNull() const;
 151     std::size_t getHeapMemorySizeWithoutChildren() const;
 152   private:
 153     const MEDFileUMeshSplitL1 *_st;
 154     mutable std::size_t _mpt_time;
 155     mutable std::size_t _num_time;
 156     mutable MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> _m;
 157   };
 158
 159   class MEDFileUMeshAggregateCompute : public BigMemoryObject
 160   {
 161   public:
 162     MEDFileUMeshAggregateCompute();
 163     void setName(const std::string& name);
 164     void assignParts(const std::vector< const MEDCoupling1GTUMesh * >& mParts);
 165     void assignDefParts(const std::vector<const PartDefinition *>& partDefs);
 166     void assignUMesh(MEDCouplingUMesh *m);
 167     MEDCouplingUMesh *getUmesh() const;
 168     int getNumberOfCells() const;
 169     std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *> getParts() const;
 170     std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> getGeoTypes() const;
 171     int getNumberOfCellsWithType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType ct) const;
 172     std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *> retrievePartsWithoutComputation() const;
 173     MEDCoupling1GTUMesh *retrievePartWithoutComputation(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const;
 174     void getStartStopOfGeoTypeWithoutComputation(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt, int& start, int& stop) const;
 175     void renumberNodesInConnWithoutComputation(const int *newNodeNumbersO2N);
 176     bool isStoredSplitByType() const;
 177     std::size_t getTimeOfThis() const;
 178     std::size_t getHeapMemorySizeWithoutChildren() const;
 179     std::vector<const BigMemoryObject *> getDirectChildrenWithNull() const;
 180     MEDFileUMeshAggregateCompute deepCpy(DataArrayDouble *coords) const;
 181     bool isEqual(const MEDFileUMeshAggregateCompute& other, double eps, std::string& what) const;
 182     void clearNonDiscrAttributes() const;
 183     void synchronizeTinyInfo(const MEDFileMesh& master) const;
 184     bool empty() const;
 185     int getMeshDimension() const;
 186     std::vector<int> getDistributionOfTypes() const;
 187     int getSize() const;
 188     void setCoords(DataArrayDouble *coords);
 189     void forceComputationOfPartsFromUMesh() const;
 190     const PartDefinition *getPartDefOfWithoutComputation(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const;
 191     void serialize(std::vector<int>& tinyInt, std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> >& bigArraysI) const;
 192     void unserialize(const std::string& name, DataArrayDouble *coo, std::vector<int>& tinyInt, std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> >& bigArraysI);
 193   private:
 194     std::size_t getTimeOfParts() const;
 195     std::size_t getTimeOfUMesh() const;
 196   private:
 197     mutable std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1GTUMesh> > _m_parts;
 198     mutable std::size_t _mp_time;
 199     mutable std::size_t _m_time;
 200     mutable MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> _m;
 201     mutable std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<PartDefinition> > _part_def;
 202   };
 203
 204   class MEDFileUMeshSplitL1 : public RefCountObject
 205   {
 206     friend class MEDFileUMeshPermCompute;
 207   public:
 208     MEDFileUMeshSplitL1(const MEDFileUMeshSplitL1& other);
 209     MEDFileUMeshSplitL1(const MEDFileUMeshL2& l2, const std::string& mName, int id);
 210     MEDFileUMeshSplitL1(MEDCoupling1GTUMesh *m);
 211     MEDFileUMeshSplitL1(MEDCouplingUMesh *m);
 212     MEDFileUMeshSplitL1(MEDCouplingUMesh *m, bool newOrOld);
 213     void setName(const std::string& name);
 214     std::size_t getHeapMemorySizeWithoutChildren() const;
 215     std::vector<const BigMemoryObject *> getDirectChildrenWithNull() const;
 216     MEDFileUMeshSplitL1 *deepCpy(DataArrayDouble *coords) const;
 217     void setCoords(DataArrayDouble *coords);
 218     bool isEqual(const MEDFileUMeshSplitL1 *other, double eps, std::string& what) const;
 219     void clearNonDiscrAttributes() const;
 220     void synchronizeTinyInfo(const MEDFileMesh& master) const;
 221     void assignMesh(MEDCouplingUMesh *m, bool newOrOld);
 222     void assignParts(const std::vector< const MEDCoupling1GTUMesh * >& mParts);
 223     void forceComputationOfParts() const;
 224     bool empty() const;
 225     bool presenceOfOneFams(const std::vector<int>& ids) const;
 226     int getMeshDimension() const;
 227     void simpleRepr(std::ostream& oss) const;
 228     int getSize() const;
 229     MEDCouplingUMesh *getFamilyPart(const int *idsBg, const int *idsEnd, bool renum) const;
 230     DataArrayInt *getFamilyPartArr(const int *idsBg, const int *idsEnd, bool renum) const;
 231     MEDCouplingUMesh *getWholeMesh(bool renum) const;
 232     int getNumberOfCells() const;
 233     bool isMeshStoredSplitByType() const { return _m_by_types.isStoredSplitByType(); }
 234     std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> getGeoTypes() const;
 235     int getNumberOfCellsWithType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType ct) const;
 236     std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *> getDirectUndergroundSingleGeoTypeMeshes() const { return _m_by_types.retrievePartsWithoutComputation(); }
 237     MEDCoupling1GTUMesh *getDirectUndergroundSingleGeoTypeMesh(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const { return _m_by_types.retrievePartWithoutComputation(gt); }
 238     DataArrayInt *extractFamilyFieldOnGeoType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const;
 239     DataArrayInt *extractNumberFieldOnGeoType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const;
 240     std::vector<int> getDistributionOfTypes() const { return _m_by_types.getDistributionOfTypes(); }
 241     DataArrayInt *getOrCreateAndGetFamilyField();
 242     const DataArrayInt *getFamilyField() const;
 243     const DataArrayInt *getNumberField() const;
 244     const DataArrayAsciiChar *getNameField() const;
 245     const DataArrayInt *getRevNumberField() const;
 246     const PartDefinition *getPartDef(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const;
 247     void eraseFamilyField();
 248     void setGroupsFromScratch(const std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& ms, std::map<std::string,int>& familyIds,
 249                               std::map<std::string, std::vector<std::string> >& groups);
 250     void write(med_idt fid, const std::string& mName, int mdim) const;
 251     //
 252     void setFamilyArr(DataArrayInt *famArr);
 253     DataArrayInt *getFamilyField();
 254     void setRenumArr(DataArrayInt *renumArr);
 255     void setNameArr(DataArrayAsciiChar *nameArr);
 256     void changeFamilyIdArr(int oldId, int newId);
 257     //
 258     void renumberNodesInConn(const int *newNodeNumbersO2N);
 259     //
 260     void serialize(std::vector<int>& tinyInt, std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> >& bigArraysI) const;
 261     void unserialize(const std::string& name, DataArrayDouble *coo, std::vector<int>& tinyInt, std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> >& bigArraysI);
 262     //
 263     static void ClearNonDiscrAttributes(const MEDCouplingMesh *tmp);
 264     static std::vector<int> GetNewFamiliesNumber(int nb, const std::map<std::string,int>& families);
 265     static void TraduceFamilyNumber(const std::vector< std::vector<int> >& fidsGrps, std::map<std::string,int>& familyIds,
 266                                     std::map<int,int>& famIdTrad, std::map<int,std::string>& newfams);
 267     static DataArrayInt *Renumber(const DataArrayInt *renum, const DataArrayInt *da);
 268     static MEDCouplingUMesh *Renumber2(const DataArrayInt *renum, MEDCouplingUMesh *m, const int *cellIds);
 269     static MEDFileUMeshSplitL1 *Unserialize(const std::string& name, DataArrayDouble *coo, std::vector<int>& tinyInt, std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> >& bigArraysI);
 270   private:
 271     MEDFileUMeshSplitL1();
 272     void assignCommonPart();
 273     MEDCouplingUMesh *renumIfNeeded(MEDCouplingUMesh *m, const int *cellIds) const;
 274     DataArrayInt *renumIfNeededArr(const DataArrayInt *da) const;
 275     void computeRevNum() const;
 276   private:
 277     MEDFileUMeshAggregateCompute _m_by_types;
 278     MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> _fam;
 279     MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> _num;
 280     MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayAsciiChar> _names;
 281     mutable MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> _rev_num;
 282     MEDFileUMeshPermCompute _m;
 283   };
 284 }
 285
 286 #endif