src/MEDLoader/MEDFileMeshLL.cxx

   1 // Copyright (C) 2007-2012  CEA/DEN, EDF R&D
   2 //
   3 // This library is free software; you can redistribute it and/or
   4 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
   5 // License as published by the Free Software Foundation; either
   6 // version 2.1 of the License.
   7 //
   8 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
   9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  11 // Lesser General Public License for more details.
  12 //
  13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  16 //
  17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  18 //
  19 // Author : Anthony Geay (CEA/DEN)
  20
  21 #include "MEDFileMeshLL.hxx"
  22 #include "MEDFileMesh.hxx"
  23 #include "MEDLoaderBase.hxx"
  24
  25 #include "MEDCouplingUMesh.hxx"
  26
  27 #include "InterpKernelAutoPtr.hxx"
  28 #include "CellModel.hxx"
  29
  30 #include <set>
  31
  32 extern med_geometry_type typmai[MED_N_CELL_FIXED_GEO];
  33 extern INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typmai2[MED_N_CELL_FIXED_GEO];
  34 extern med_geometry_type typmainoeud[1];
  35
  36 using namespace ParaMEDMEM;
  37
  38 MEDFileMeshL2::MEDFileMeshL2():_name(MED_NAME_SIZE),_description(MED_COMMENT_SIZE),_dt_unit(MED_LNAME_SIZE)
  39 {
  40 }
  41
  42 int MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(med_idt fid, const char *mname, ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType& meshType, int& dt, int& it, std::string& dtunit1) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
  43 {
  44   med_mesh_type type_maillage;
  45   char maillage_description[MED_COMMENT_SIZE+1];
  46   char dtunit[MED_LNAME_SIZE+1];
  47   med_int spaceDim,dim;
  48   char nommaa[MED_NAME_SIZE+1];
  49   med_int n=MEDnMesh(fid);
  50   bool found=false;
  51   int ret=-1;
  52   med_sorting_type stype;
  53   std::vector<std::string> ms;
  54   int nstep;
  55   med_axis_type axistype;
  56   for(int i=0;i<n && !found;i++)
  57     {
  58       int naxis=MEDmeshnAxis(fid,i+1);
  59       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> axisname=MEDLoaderBase::buildEmptyString(naxis*MED_SNAME_SIZE);
  60       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> axisunit=MEDLoaderBase::buildEmptyString(naxis*MED_SNAME_SIZE);
  61       MEDmeshInfo(fid,i+1,nommaa,&spaceDim,&dim,&type_maillage,maillage_description,dtunit,&stype,&nstep,&axistype,axisname,axisunit);
  62       dtunit1=MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(dtunit,sizeof(dtunit));
  63       std::string cur=MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(nommaa,sizeof(nommaa));
  64       ms.push_back(cur);
  65       if(cur==mname)
  66         {
  67           found=true;
  68           ret=i+1;
  69         }
  70     }
  71   if(!found)
  72     {
  73       std::ostringstream oss;
  74       oss << "No such meshname (" << mname <<  ") in file ! Must be in :";
  75       std::copy(ms.begin(),ms.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss,", "));
  76       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
  77     }
  78   switch(type_maillage)
  79     {
  80     case MED_UNSTRUCTURED_MESH:
  81       meshType=UNSTRUCTURED;
  82       break;
  83     case MED_STRUCTURED_MESH:
  84       meshType=CARTESIAN;
  85       break;
  86     default:
  87       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshL2::getMeshIdFromName : unrecognized mesh type !");
  88     }
  89   med_int numdt,numit;
  90   med_float dtt;
  91   MEDmeshComputationStepInfo(fid,mname,1,&numdt,&numit,&dtt);
  92   dt=numdt; it=numit;
  93   return ret;
  94 }
  95
  96 double MEDFileMeshL2::CheckMeshTimeStep(med_idt fid, const char *mName, int nstep, int dt, int it) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
  97 {
  98   bool found=false;
  99   med_int numdt,numit;
 100   med_float dtt;
 101   std::vector< std::pair<int,int> > p(nstep);
 102   for(int i=0;i<nstep;i++)
 103     {
 104       MEDmeshComputationStepInfo(fid,mName,i+1,&numdt,&numit,&dtt);
 105       p[i]=std::make_pair<int,int>(numdt,numit);
 106       found=(numdt==dt) && (numit==numit);
 107     }
 108   if(!found)
 109     {
 110       std::ostringstream oss; oss << "No such iteration=" << dt << ",order=" << it << " numbers found for mesh '" << mName << "' ! ";
 111       oss << "Possibilities are : ";
 112       for(int i=0;i<nstep;i++)
 113         oss << "(" << p[i].first << "," << p[i].second << "), ";
 114       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 115     }
 116   return dtt;
 117 }
 118
 119 std::vector<std::string> MEDFileMeshL2::getAxisInfoOnMesh(med_idt fid, int mId, const char *mName, ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType& meshType, int& nstep, int& Mdim) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 120 {
 121   med_mesh_type type_maillage;
 122   med_int spaceDim;
 123   med_sorting_type stype;
 124   med_axis_type axistype;
 125   int naxis=MEDmeshnAxis(fid,mId);
 126   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> nameTmp=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_NAME_SIZE);
 127   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> axisname=MEDLoaderBase::buildEmptyString(naxis*MED_SNAME_SIZE);
 128   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> axisunit=MEDLoaderBase::buildEmptyString(naxis*MED_SNAME_SIZE);
 129   if(MEDmeshInfo(fid,mId,nameTmp,&spaceDim,&Mdim,&type_maillage,_description.getPointer(),_dt_unit.getPointer(),
 130                  &stype,&nstep,&axistype,axisname,axisunit)!=0)
 131     throw INTERP_KERNEL::Exception("A problem has been detected when trying to get info on mesh !");
 132   switch(type_maillage)
 133     {
 134     case MED_UNSTRUCTURED_MESH:
 135       meshType=UNSTRUCTURED;
 136       break;
 137     case MED_STRUCTURED_MESH:
 138       meshType=CARTESIAN;
 139       break;
 140     default:
 141       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshL2::getMeshIdFromName : unrecognized mesh type !");
 142     }
 143   //
 144   std::vector<std::string> infosOnComp(naxis);
 145   for(int i=0;i<naxis;i++)
 146     {
 147       std::string info=MEDLoaderBase::buildUnionUnit(((char *)axisname)+i*MED_SNAME_SIZE,MED_SNAME_SIZE,((char *)axisunit)+i*MED_SNAME_SIZE,MED_SNAME_SIZE);
 148       infosOnComp[i]=info;
 149     }
 150   return infosOnComp;
 151 }
 152
 153 void MEDFileMeshL2::ReadFamiliesAndGrps(med_idt fid, const char *meshName, std::map<std::string,int>& fams, std::map<std::string, std::vector<std::string> >& grps)
 154 {
 155   char nomfam[MED_NAME_SIZE+1];
 156   med_int numfam;
 157   int nfam=MEDnFamily(fid,meshName);
 158   for(int i=0;i<nfam;i++)
 159     {
 160       int ngro=MEDnFamilyGroup(fid,meshName,i+1);
 161       med_int natt=MEDnFamily23Attribute(fid,meshName,i+1);
 162       INTERP_KERNEL::AutoPtr<med_int> attide=new med_int[natt];
 163       INTERP_KERNEL::AutoPtr<med_int> attval=new med_int[natt];
 164       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> attdes=new char[MED_COMMENT_SIZE*natt+1];
 165       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> gro=new char[MED_LNAME_SIZE*ngro+1];
 166       MEDfamily23Info(fid,meshName,i+1,nomfam,attide,attval,attdes,&numfam,gro);
 167       std::string famName=MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(nomfam,MED_NAME_SIZE);
 168       fams[famName]=numfam;
 169       for(int j=0;j<ngro;j++)
 170         {
 171           std::string groupname=MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(gro+j*MED_LNAME_SIZE,MED_LNAME_SIZE);
 172           grps[groupname].push_back(famName);
 173         }
 174     }
 175 }
 176
 177 void MEDFileMeshL2::WriteFamiliesAndGrps(med_idt fid, const char *mname, const std::map<std::string,int>& fams, const std::map<std::string, std::vector<std::string> >& grps, int tooLongStrPol)
 178 {
 179   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=fams.begin();it!=fams.end();it++)
 180     {
 181       std::vector<std::string> grpsOfFam;
 182       for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it1=grps.begin();it1!=grps.end();it1++)
 183         {
 184           if(std::find((*it1).second.begin(),(*it1).second.end(),(*it).first)!=(*it1).second.end())
 185             grpsOfFam.push_back((*it1).first);
 186         }
 187       int ngro=grpsOfFam.size();
 188       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> groName=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_LNAME_SIZE*ngro);
 189       int i=0;
 190       for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=grpsOfFam.begin();it2!=grpsOfFam.end();it2++,i++)
 191         MEDLoaderBase::safeStrCpy2((*it2).c_str(),MED_LNAME_SIZE-1,groName+i*MED_LNAME_SIZE,tooLongStrPol);
 192       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> famName=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_NAME_SIZE);
 193       MEDLoaderBase::safeStrCpy((*it).first.c_str(),MED_NAME_SIZE,famName,tooLongStrPol);
 194       int ret=MEDfamilyCr(fid,mname,famName,(*it).second,ngro,groName);
 195       ret++;
 196     }
 197 }
 198
 199 MEDFileUMeshL2::MEDFileUMeshL2()
 200 {
 201 }
 202
 203 void MEDFileUMeshL2::loadAll(med_idt fid, int mId, const char *mName, int dt, int it)
 204 {
 205   _name.set(mName);
 206   int nstep;
 207   int Mdim;
 208   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
 209   std::vector<std::string> infosOnComp=getAxisInfoOnMesh(fid,mId,mName,meshType,nstep,Mdim);
 210   if(meshType!=UNSTRUCTURED)
 211     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh type ! You are expected an unstructured one whereas in file it is not an unstructured !");
 212   _time=CheckMeshTimeStep(fid,mName,nstep,dt,it);
 213   _iteration=dt;
 214   _order=it;
 215   loadConnectivity(fid,Mdim,mName,dt,it);//to improve check (dt,it) coherency
 216   loadCoords(fid,mId,infosOnComp,mName,dt,it);
 217 }
 218
 219 void MEDFileUMeshL2::loadConnectivity(med_idt fid, int mdim, const char *mName, int dt, int it)
 220 {
 221   _per_type_mesh.resize(1);
 222   _per_type_mesh[0].clear();
 223   for(int j=0;j<MED_N_CELL_FIXED_GEO;j++)
 224     {
 225       MEDFileUMeshPerType *tmp=MEDFileUMeshPerType::New(fid,mName,dt,it,mdim,typmai[j],typmai2[j]);
 226       if(tmp)
 227         _per_type_mesh[0].push_back(tmp);
 228     }
 229   sortTypes();
 230 }
 231
 232 void MEDFileUMeshL2::loadCoords(med_idt fid, int mId, const std::vector<std::string>& infosOnComp, const char *mName, int dt, int it) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 233 {
 234   int spaceDim=infosOnComp.size();
 235   med_bool changement,transformation;
 236   int nCoords=MEDmeshnEntity(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NONE,MED_COORDINATE,MED_NO_CMODE,&changement,&transformation);
 237   _coords=DataArrayDouble::New();
 238   _coords->alloc(nCoords,spaceDim);
 239   double *coordsPtr=_coords->getPointer();
 240   MEDmeshNodeCoordinateRd(fid,mName,dt,it,MED_FULL_INTERLACE,coordsPtr);
 241   _fam_coords=DataArrayInt::New();
 242   _fam_coords->alloc(nCoords,1);
 243   _num_coords=DataArrayInt::New();
 244   _num_coords->alloc(nCoords,1);
 245   if(MEDmeshnEntity(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,MED_FAMILY_NUMBER,MED_NODAL,&changement,&transformation)>0)
 246     MEDmeshEntityFamilyNumberRd(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,_fam_coords->getPointer());
 247   else
 248     _fam_coords=0;
 249   if(MEDmeshnEntity(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,MED_NUMBER,MED_NODAL,&changement,&transformation)>0)
 250     MEDmeshEntityNumberRd(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,_num_coords->getPointer());
 251   else
 252     _num_coords=0;
 253   for(int i=0;i<spaceDim;i++)
 254     _coords->setInfoOnComponent(i,infosOnComp[i].c_str());
 255 }
 256
 257 void MEDFileUMeshL2::sortTypes()
 258 {
 259   std::set<int> mdims;
 260   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> > tmp(_per_type_mesh[0]);
 261   _per_type_mesh.clear();
 262   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >::const_iterator it=tmp.begin();it!=tmp.end();it++)
 263     mdims.insert((*it)->getDim());
 264   if(mdims.empty())
 265     return;
 266   int mdim=*mdims.rbegin();
 267   _per_type_mesh.resize(mdim+1);
 268   for(int dim=mdim+1;dim!=0;dim--)
 269     {
 270       std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >& elt=_per_type_mesh[mdim+1-dim];
 271       for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >::const_iterator it=tmp.begin();it!=tmp.end();it++)
 272         if((*it)->getDim()==dim-1)
 273           elt.push_back(*it);
 274     }
 275   // suppression of contiguous empty levels at the end of _per_type_mesh.
 276   int nbOfUselessLev=0;
 277   bool isFirst=true;
 278   for(std::vector< std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> > >::reverse_iterator it2=_per_type_mesh.rbegin();it2!=_per_type_mesh.rend();it2++)
 279     {
 280       if((*it2).empty() && isFirst)
 281         {
 282           nbOfUselessLev++;
 283         }
 284       else
 285         isFirst=false;
 286     }
 287   _per_type_mesh.resize(_per_type_mesh.size()-nbOfUselessLev);
 288 }
 289
 290 void MEDFileUMeshL2::WriteCoords(med_idt fid, const char *mname, int dt, int it, double time, const DataArrayDouble *coords, const DataArrayInt *famCoords, const DataArrayInt *numCoords)
 291 {
 292   if(!coords)
 293     return ;
 294   MEDmeshNodeCoordinateWr(fid,mname,dt,it,time,MED_FULL_INTERLACE,coords->getNumberOfTuples(),coords->getConstPointer());
 295   if(famCoords)
 296     MEDmeshEntityFamilyNumberWr(fid,mname,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,famCoords->getNumberOfTuples(),famCoords->getConstPointer());
 297   if(numCoords)
 298     MEDmeshEntityNumberWr(fid,mname,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,numCoords->getNumberOfTuples(),numCoords->getConstPointer());
 299 }
 300
 301 bool MEDFileUMeshL2::isFamDefinedOnLev(int levId) const
 302 {
 303   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >::const_iterator it=_per_type_mesh[levId].begin();it!=_per_type_mesh[levId].end();it++)
 304     if((*it)->getFam()==0)
 305       return false;
 306   return true;
 307 }
 308
 309 bool MEDFileUMeshL2::isNumDefinedOnLev(int levId) const
 310 {
 311   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >::const_iterator it=_per_type_mesh[levId].begin();it!=_per_type_mesh[levId].end();it++)
 312     if((*it)->getNum()==0)
 313       return false;
 314   return true;
 315 }
 316
 317 MEDFileCMeshL2::MEDFileCMeshL2()
 318 {
 319 }
 320
 321 void MEDFileCMeshL2::loadAll(med_idt fid, int mId, const char *mName, int dt, int it) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 322 {
 323   _name.set(mName);
 324   int nstep;
 325   int Mdim;
 326   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
 327   std::vector<std::string> infosOnComp=getAxisInfoOnMesh(fid,mId,mName,meshType,nstep,Mdim);
 328   if(meshType!=CARTESIAN)
 329     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh type ! You are expected a structured one whereas in file it is not a structured !");
 330   _time=CheckMeshTimeStep(fid,mName,nstep,dt,it);
 331   _iteration=dt;
 332   _order=it;
 333   //
 334   med_grid_type gridtype;
 335   MEDmeshGridTypeRd(fid,mName,&gridtype);
 336   if(gridtype!=MED_CARTESIAN_GRID)
 337     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid cartesion mesh type ! Only Cartesian Grid supported ! Curvilinear grid will come soon !");
 338   _cmesh=MEDCouplingCMesh::New();
 339   for(int i=0;i<Mdim;i++)
 340     {
 341       med_data_type dataTypeReq=GetDataTypeCorrespondingToSpaceId(i);
 342       med_bool chgt=MED_FALSE,trsf=MED_FALSE;
 343       int nbOfElt=MEDmeshnEntity(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NONE,dataTypeReq,MED_NO_CMODE,&chgt,&trsf);
 344       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> da=DataArrayDouble::New();
 345       da->alloc(nbOfElt,1);
 346       da->setInfoOnComponent(0,infosOnComp[i].c_str());
 347       MEDmeshGridIndexCoordinateRd(fid,mName,dt,it,i+1,da->getPointer());
 348       _cmesh->setCoordsAt(i,da);
 349     }
 350 }
 351
 352 med_data_type MEDFileCMeshL2::GetDataTypeCorrespondingToSpaceId(int id) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 353 {
 354   switch(id)
 355     {
 356     case 0:
 357       return MED_COORDINATE_AXIS1;
 358     case 1:
 359       return MED_COORDINATE_AXIS2;
 360     case 2:
 361       return MED_COORDINATE_AXIS3;
 362     default:
 363       throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid meshdim detected in Cartesian Grid !");
 364     }
 365 }
 366
 367 MEDFileUMeshPermCompute::MEDFileUMeshPermCompute(const MEDFileUMeshSplitL1* st):_st(st),_mpt_time(0),_num_time(0)
 368 {
 369 }
 370
 371 /*!
 372  * Warning it returns an instance to deallocate !!!!
 373  */
 374 MEDFileUMeshPermCompute::operator MEDCouplingUMesh *() const
 375 {
 376   _st->_m_by_types->updateTime();
 377   _st->_num->updateTime();
 378   if((MEDCouplingUMesh *)_m==0)
 379     {
 380       updateTime();
 381       MEDCouplingUMesh *ret=(MEDCouplingUMesh *)_st->_m_by_types->deepCpy();
 382       _m=ret;
 383       _m->renumberCells(_st->_num->getConstPointer(),true);
 384       ret->incrRef();
 385       return ret;
 386     }
 387   else
 388     {
 389       if(_mpt_time==_st->_m_by_types->getTimeOfThis() && _num_time==_st->_num->getTimeOfThis())
 390         {
 391           _m->incrRef();
 392           return _m;
 393         }
 394       else
 395         {
 396           updateTime();
 397           MEDCouplingUMesh *ret=(MEDCouplingUMesh *)_st->_m_by_types->deepCpy();
 398           _m=ret;
 399           _m->renumberCells(_st->_num->getConstPointer(),true);
 400           ret->incrRef();
 401           return ret;
 402         }
 403     }
 404 }
 405
 406 void MEDFileUMeshPermCompute::operator=(MEDCouplingUMesh *m)
 407 {
 408   _m=m;
 409 }
 410
 411 void MEDFileUMeshPermCompute::updateTime() const
 412 {
 413   _mpt_time=_st->_m_by_types->getTimeOfThis();
 414   _num_time=_st->_num->getTimeOfThis();
 415 }
 416
 417 MEDFileUMeshSplitL1::MEDFileUMeshSplitL1(const MEDFileUMeshL2& l2, const char *mName, int id):_m(this)
 418 {
 419   const std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >& v=l2.getLev(id);
 420   if(v.empty())
 421     return;
 422   int sz=v.size();
 423   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> > msMSafe(sz);
 424   std::vector<const MEDCouplingUMesh *> ms(sz);
 425   for(int i=0;i<sz;i++)
 426     {
 427       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> tmp=MEDCouplingUMesh::New("",v[i]->getDim());
 428       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> tmp2=l2.getCoords();
 429       tmp->setCoords(tmp2);
 430       tmp->setConnectivity(const_cast<DataArrayInt *>(v[i]->getNodal()),const_cast<DataArrayInt *>(v[i]->getNodalIndex()));
 431       ms[i]=tmp; msMSafe[i]=tmp;
 432     }
 433   _m_by_types=MEDCouplingUMesh::MergeUMeshesOnSameCoords(ms);
 434   _m_by_types->setName(mName);
 435   if(l2.isFamDefinedOnLev(id))
 436     {
 437       int nbOfCells=_m_by_types->getNumberOfCells();
 438       _fam=DataArrayInt::New();
 439       _fam->alloc(nbOfCells,1);
 440       int *w=_fam->getPointer();
 441       for(int i=0;i<sz;i++)
 442         w=std::copy(v[i]->getFam()->getConstPointer(),v[i]->getFam()->getConstPointer()+v[i]->getFam()->getNumberOfTuples(),w);
 443     }
 444   if(l2.isNumDefinedOnLev(id))
 445     {
 446       int nbOfCells=_m_by_types->getNumberOfCells();
 447       _num=DataArrayInt::New();
 448       _num->alloc(nbOfCells,1);
 449       int *w=_num->getPointer();
 450       for(int i=0;i<sz;i++)
 451         w=std::copy(v[i]->getNum()->getConstPointer(),v[i]->getNum()->getConstPointer()+v[i]->getNum()->getNumberOfTuples(),w);
 452       computeRevNum();
 453     }
 454 }
 455
 456 MEDFileUMeshSplitL1::MEDFileUMeshSplitL1(MEDCouplingUMesh *m):_m(this)
 457 {
 458   assignMesh(m,true);
 459 }
 460
 461 MEDFileUMeshSplitL1::MEDFileUMeshSplitL1(MEDCouplingUMesh *m, bool newOrOld):_m(this)
 462 {
 463   assignMesh(m,newOrOld);
 464 }
 465
 466 bool MEDFileUMeshSplitL1::isEqual(const MEDFileUMeshSplitL1 *other, double eps, std::string& what) const
 467 {
 468   const MEDCouplingUMesh *m1=_m_by_types;
 469   const MEDCouplingUMesh *m2=other->_m_by_types;
 470   if((m1==0 && m2!=0) || (m1!=0 && m2==0))
 471     {
 472       what="Presence of mesh in one sublevel and not in other!";
 473       return false;
 474     }
 475   if(m1)
 476     if(!m1->isEqual(m2,eps))
 477       {
 478         what="meshes at a sublevel are not deeply equal !";
 479         return false;
 480       }
 481   const DataArrayInt *d1=_fam;
 482   const DataArrayInt *d2=other->_fam;
 483   if((d1==0 && d2!=0) || (d1!=0 && d2==0))
 484     {
 485       what="Presence of family arr in one sublevel and not in other!";
 486       return false;
 487     }
 488   if(d1)
 489     if(!d1->isEqual(*d2))
 490       {
 491         what="family arr at a sublevel are not deeply equal !";
 492         return false;
 493       }
 494   d1=_num;
 495   d2=other->_num;
 496   if((d1==0 && d2!=0) || (d1!=0 && d2==0))
 497     {
 498       what="Presence of cell numbering arr in one sublevel and not in other!";
 499       return false;
 500     }
 501   if(d1)
 502     if(!d1->isEqual(*d2))
 503       {
 504         what="Numbering cell arr at a sublevel are not deeply equal !";
 505         return false;
 506       }
 507   return true;
 508 }
 509
 510 void MEDFileUMeshSplitL1::synchronizeTinyInfo(const MEDFileMesh& master) const
 511 {
 512   const MEDCouplingUMesh *tmp=_m_by_types;
 513   if(!tmp)
 514     return ;
 515   (const_cast<MEDCouplingUMesh *>(tmp))->setName(master.getName());
 516   (const_cast<MEDCouplingUMesh *>(tmp))->setDescription(master.getDescription());
 517   (const_cast<MEDCouplingUMesh *>(tmp))->setTime(master.getTimeValue(),master.getIteration(),master.getOrder());
 518   (const_cast<MEDCouplingUMesh *>(tmp))->setTimeUnit(master.getTimeUnit());
 519 }
 520
 521 void MEDFileUMeshSplitL1::clearNonDiscrAttributes() const
 522 {
 523   ClearNonDiscrAttributes(_m_by_types);
 524 }
 525
 526 void MEDFileUMeshSplitL1::ClearNonDiscrAttributes(const MEDCouplingMesh *tmp)
 527 {
 528   if(!tmp)
 529     return ;
 530   (const_cast<MEDCouplingMesh *>(tmp))->setName("");
 531   (const_cast<MEDCouplingMesh *>(tmp))->setDescription("");
 532   (const_cast<MEDCouplingMesh *>(tmp))->setTime(0.,-1,-1);
 533   (const_cast<MEDCouplingMesh *>(tmp))->setTimeUnit("");
 534 }
 535
 536 void MEDFileUMeshSplitL1::assignMesh(MEDCouplingUMesh *m, bool newOrOld) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 537 {
 538   if(newOrOld)
 539     {
 540       m->incrRef();
 541       _m=m;
 542       _m_by_types=(MEDCouplingUMesh *)m->deepCpy();
 543       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> da=_m_by_types->getRenumArrForConsecutiveCellTypesSpec(typmai2,typmai2+MED_N_CELL_FIXED_GEO);
 544       if(!da->isIdentity())
 545         {
 546           _num=da->invertArrayO2N2N2O(m->getNumberOfCells());
 547           _m.updateTime();
 548           computeRevNum();
 549           _m_by_types->renumberCells(da->getConstPointer(),false);
 550         }
 551     }
 552   else
 553     {
 554       if(!m->checkConsecutiveCellTypesAndOrder(typmai2,typmai2+MED_N_CELL_FIXED_GEO))
 555         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshSplitL1::assignMesh : the mode of mesh setting expects to follow the MED file numbering convention ! it is not the case !");
 556       m->incrRef();
 557       _m_by_types=m;
 558     }
 559   _fam=DataArrayInt::New();
 560   _fam->alloc(m->getNumberOfCells(),1);
 561   _fam->fillWithValue(0);
 562 }
 563
 564 bool MEDFileUMeshSplitL1::empty() const
 565 {
 566   return ((const MEDCouplingUMesh *)_m_by_types)==0;
 567 }
 568
 569 bool MEDFileUMeshSplitL1::presenceOfOneFams(const std::vector<int>& ids) const
 570 {
 571   const DataArrayInt *fam=_fam;
 572   if(!fam)
 573     return false;
 574   return fam->presenceOfValue(ids);
 575 }
 576
 577 int MEDFileUMeshSplitL1::getMeshDimension() const
 578 {
 579   return _m_by_types->getMeshDimension();
 580 }
 581
 582 void MEDFileUMeshSplitL1::simpleRepr(std::ostream& oss) const
 583 {
 584   std::vector<int> code=_m_by_types->getDistributionOfTypes();
 585   int nbOfTypes=code.size()/3;
 586   for(int i=0;i<nbOfTypes;i++)
 587     {
 588       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typ=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType) code[3*i];
 589       oss << "    - Number of cells with type " << INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(typ).getRepr() << " : " << code[3*i+1] << std::endl;
 590     }
 591 }
 592
 593 int MEDFileUMeshSplitL1::getSize() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 594 {
 595   if((const MEDCouplingUMesh *)_m_by_types==0)
 596     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshSplitL1::getSize : no mesh specified at level !");
 597   return _m_by_types->getNumberOfCells();
 598 }
 599
 600 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMeshSplitL1::getFamilyPart(const int *idsBg, const int *idsEnd, bool renum) const
 601 {
 602   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> eltsToKeep=_fam->getIdsEqualList(idsBg,idsEnd);
 603   MEDCouplingUMesh *m=(MEDCouplingUMesh *)_m_by_types->buildPartOfMySelf(eltsToKeep->getConstPointer(),eltsToKeep->getConstPointer()+eltsToKeep->getNumberOfTuples(),true);
 604   if(renum)
 605     return renumIfNeeded(m,eltsToKeep->getConstPointer());
 606   return m;
 607 }
 608
 609 DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::getFamilyPartArr(const int *idsBg, const int *idsEnd, bool renum) const
 610 {
 611   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> da=_fam->getIdsEqualList(idsBg,idsEnd);
 612   if(renum)
 613     return renumIfNeededArr(da);
 614   da->incrRef();
 615   return da;
 616 }
 617
 618 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMeshSplitL1::getWholeMesh(bool renum) const
 619 {
 620   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> tmp;
 621   if(renum)
 622     tmp=_m;
 623   else
 624     tmp=_m_by_types;
 625   tmp->incrRef();
 626   return tmp;
 627 }
 628
 629 const DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::getFamilyField() const
 630 {
 631   return _fam;
 632 }
 633
 634 const DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::getNumberField() const
 635 {
 636   return _num;
 637 }
 638
 639 const DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::getRevNumberField() const
 640 {
 641   return _rev_num;
 642 }
 643
 644 void MEDFileUMeshSplitL1::eraseFamilyField()
 645 {
 646   _fam->fillWithZero();
 647 }
 648
 649 /*!
 650  * This method ignores _m and _m_by_types.
 651  */
 652 void MEDFileUMeshSplitL1::setGroupsFromScratch(const std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& ms, std::map<std::string,int>& familyIds,
 653                                                std::map<std::string, std::vector<std::string> >& groups) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 654 {
 655   std::vector< DataArrayInt * > corr;
 656   _m=MEDCouplingUMesh::FuseUMeshesOnSameCoords(ms,0,corr);
 657   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > corrMSafe(corr.begin(),corr.end());
 658   std::vector< std::vector<int> > fidsOfGroups;
 659   std::vector< const DataArrayInt * > corr2(corr.begin(),corr.end());
 660   _fam=DataArrayInt::MakePartition(corr2,((MEDCouplingUMesh *)_m)->getNumberOfCells(),fidsOfGroups);
 661   int nbOfCells=((MEDCouplingUMesh *)_m)->getNumberOfCells();
 662   std::map<int,std::string> newfams;
 663   std::map<int,int> famIdTrad;
 664   TraduceFamilyNumber(fidsOfGroups,familyIds,famIdTrad,newfams);
 665   int *w=_fam->getPointer();
 666   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,w++)
 667     *w=famIdTrad[*w];
 668 }
 669
 670 void MEDFileUMeshSplitL1::write(med_idt fid, const char *mName, int mdim) const
 671 {
 672   std::vector<MEDCouplingUMesh *> ms=_m_by_types->splitByType();
 673   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> > msMSafe(ms.begin(),ms.end());
 674   int start=0;
 675   for(std::vector<MEDCouplingUMesh *>::const_iterator it=ms.begin();it!=ms.end();it++)
 676     {
 677       int nbCells=(*it)->getNumberOfCells();
 678       int end=start+nbCells;
 679       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> fam,num;
 680       if((const DataArrayInt *)_fam)
 681         fam=_fam->substr(start,end);
 682       if((const DataArrayInt *)_num)
 683         num=_num->substr(start,end);
 684       MEDFileUMeshPerType::write(fid,mName,mdim,(*it),fam,num);
 685       start=end;
 686     }
 687 }
 688
 689 void MEDFileUMeshSplitL1::changeFamilyIdArr(int oldId, int newId) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 690 {
 691   DataArrayInt *arr=_fam;
 692   if(arr)
 693     arr->changeValue(oldId,newId);
 694 }
 695
 696 void MEDFileUMeshSplitL1::setFamilyArr(DataArrayInt *famArr)
 697 {
 698   if(!famArr)
 699     {
 700       _fam=0;
 701       return ;
 702     }
 703   MEDCouplingUMesh *mbt(_m_by_types);
 704   if(!mbt)
 705     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshSplitL1::setFamilyArr : no mesh defined on this level !");
 706   famArr->checkNbOfTuplesAndComp(mbt->getNumberOfCells(),1,"MEDFileUMeshSplitL1::setFamilyArr : Problem in size of Family arr ! ");
 707   famArr->incrRef();
 708   _fam=famArr;
 709 }
 710
 711 void MEDFileUMeshSplitL1::setRenumArr(DataArrayInt *renumArr)
 712 {
 713   if(!renumArr)
 714     {
 715       _num=0;
 716       _rev_num=0;
 717       return ;
 718     }
 719   MEDCouplingUMesh *mbt(_m_by_types);
 720   if(!mbt)
 721     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshSplitL1::setRenumArr : no mesh defined on this level !");
 722   renumArr->checkNbOfTuplesAndComp(mbt->getNumberOfCells(),1,"MEDFileUMeshSplitL1::setRenumArr : Problem in size of numbering arr ! ");
 723   renumArr->incrRef();
 724   _num=renumArr;
 725   computeRevNum();
 726 }
 727
 728 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMeshSplitL1::Renumber2(const DataArrayInt *renum, MEDCouplingUMesh *m, const int *cellIds)
 729 {
 730   if(renum==0)
 731     return m;
 732   if(cellIds==0)
 733     m->renumberCells(renum->getConstPointer(),true);
 734   else
 735     {
 736       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> locnum=renum->selectByTupleId(cellIds,cellIds+m->getNumberOfCells());
 737       m->renumberCells(locnum->getConstPointer(),true);
 738     }
 739   return m;
 740 }
 741
 742 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMeshSplitL1::renumIfNeeded(MEDCouplingUMesh *m, const int *cellIds) const
 743 {
 744   return Renumber2(_num,m,cellIds);
 745 }
 746
 747 DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::Renumber(const DataArrayInt *renum, const DataArrayInt *da)
 748 {
 749   if((const DataArrayInt *)renum==0)
 750     {
 751       da->incrRef();
 752       return const_cast<DataArrayInt *>(da);
 753     }
 754   return renum->selectByTupleId(da->getConstPointer(),da->getConstPointer()+da->getNumberOfTuples());
 755 }
 756
 757 DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::renumIfNeededArr(const DataArrayInt *da) const
 758 {
 759   return Renumber(_num,da);
 760 }
 761
 762 std::vector<int> MEDFileUMeshSplitL1::GetNewFamiliesNumber(int nb, const std::map<std::string,int>& families)
 763 {
 764   int id=-1;
 765   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=families.begin();it!=families.end();it++)
 766     id=std::max(id,(*it).second);
 767   if(id==-1)
 768     id=0;
 769   std::vector<int> ret(nb);
 770   for(int i=1;i<=nb;i++)
 771     ret[i]=id+i;
 772   return ret;
 773 }
 774
 775 void MEDFileUMeshSplitL1::TraduceFamilyNumber(const std::vector< std::vector<int> >& fidsGrps, std::map<std::string,int>& familyIds,
 776                                               std::map<int,int>& famIdTrad, std::map<int,std::string>& newfams)
 777 {
 778   std::set<int> allfids;
 779
 780 }
 781
 782 void MEDFileUMeshSplitL1::computeRevNum() const
 783 {
 784   int pos;
 785   int maxValue=_num->getMaxValue(pos);
 786   _rev_num=_num->invertArrayN2O2O2N(maxValue+1);
 787 }