Salome HOME
Get relevant changes from V7_dev branch (copyright update, adm files etc)
[tools/medcoupling.git] / src / MEDLoader / MEDFileMeshLL.cxx
1 // Copyright (C) 2007-2016  CEA/DEN, EDF R&D
2 //
3 // This library is free software; you can redistribute it and/or
4 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
5 // License as published by the Free Software Foundation; either
6 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
7 //
8 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
11 // Lesser General Public License for more details.
12 //
13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
16 //
17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
18 //
19 // Author : Anthony Geay (CEA/DEN)
20
21 #include "MEDFileMeshLL.hxx"
22 #include "MEDFileMesh.hxx"
23 #include "MEDLoaderBase.hxx"
24 #include "MEDFileSafeCaller.txx"
25 #include "MEDFileMeshReadSelector.hxx"
26
27 #include "MEDCouplingUMesh.hxx"
28
29 #include "InterpKernelAutoPtr.hxx"
30 #include "CellModel.hxx"
31
32 #include <set>
33 #include <iomanip>
34
35 extern med_geometry_type typmai[MED_N_CELL_FIXED_GEO];
36 extern INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typmai2[MED_N_CELL_FIXED_GEO];
37 extern med_geometry_type typmainoeud[1];
38
39 using namespace MEDCoupling;
40
41 const char MEDFileMeshL2::ZE_SEP_FOR_FAMILY_KILLERS[]="!/__\\!";//important start by - because ord('!')==33 the smallest (!=' ') to preserve orders at most.
42
43 int MEDFileMeshL2::ZE_SEP2_FOR_FAMILY_KILLERS=4;
44
45 MEDFileMeshL2::MEDFileMeshL2():_name(MED_NAME_SIZE),_description(MED_COMMENT_SIZE),_univ_name(MED_LNAME_SIZE),_dt_unit(MED_LNAME_SIZE)
46 {
47 }
48
49 std::size_t MEDFileMeshL2::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
50 {
51   return 0;
52 }
53
54 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileMeshL2::getDirectChildrenWithNull() const
55 {
56   return std::vector<const BigMemoryObject *>();
57 }
58
59 int MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(med_idt fid, const std::string& mname, MEDCoupling::MEDCouplingMeshType& meshType, MEDCoupling::MEDCouplingAxisType& axType, int& dt, int& it, std::string& dtunit1)
60 {
61   med_mesh_type type_maillage;
62   char maillage_description[MED_COMMENT_SIZE+1];
63   char dtunit[MED_LNAME_SIZE+1];
64   med_int spaceDim,dim;
65   char nommaa[MED_NAME_SIZE+1];
66   med_int n=MEDnMesh(fid);
67   bool found=false;
68   int ret=-1;
69   med_sorting_type stype;
70   std::vector<std::string> ms;
71   int nstep;
72   med_axis_type axistype;
73   for(int i=0;i<n && !found;i++)
74     {
75       int naxis(MEDmeshnAxis(fid,i+1));
76       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> axisname=MEDLoaderBase::buildEmptyString(naxis*MED_SNAME_SIZE);
77       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> axisunit=MEDLoaderBase::buildEmptyString(naxis*MED_SNAME_SIZE);
78       MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshInfo,(fid,i+1,nommaa,&spaceDim,&dim,&type_maillage,maillage_description,dtunit,&stype,&nstep,&axistype,axisname,axisunit));      
79       dtunit1=MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(dtunit,sizeof(dtunit));
80       std::string cur=MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(nommaa,sizeof(nommaa));
81       ms.push_back(cur);
82       if(cur==mname)
83         {
84           found=true;
85           ret=i+1;
86         }
87     }
88   if(!found)
89     {
90       std::ostringstream oss;
91       oss << "No such meshname (" << mname <<  ") in file ! Must be in : ";
92       std::copy(ms.begin(),ms.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss,", "));
93       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
94     }
95   axType=TraduceAxisType(axistype);
96   switch(type_maillage)
97   {
98     case MED_UNSTRUCTURED_MESH:
99       meshType=UNSTRUCTURED;
100       break;
101     case MED_STRUCTURED_MESH:
102       {
103         med_grid_type gt;
104         MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshGridTypeRd,(fid,mname.c_str(),&gt));
105         switch(gt)
106         {
107           case MED_CARTESIAN_GRID:
108             meshType=CARTESIAN;
109             break;
110           case MED_CURVILINEAR_GRID:
111             meshType=CURVE_LINEAR;
112             break;
113           case MED_POLAR_GRID:// this is not a bug. A MED file POLAR_GRID is deal by CARTESIAN MEDLoader
114             meshType=CARTESIAN;
115             break;
116           default:
117             throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMeshL2::getMeshIdFromName : unrecognized structured mesh type ! Supported are :\n - cartesian\n - curve linear\n");
118         }
119         break;
120       }
121     default:
122       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMeshL2::getMeshIdFromName : unrecognized mesh type !");
123   }
124   med_int numdt,numit;
125   med_float dtt;
126   MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshComputationStepInfo,(fid,mname.c_str(),1,&numdt,&numit,&dtt));
127   dt=numdt; it=numit;
128   return ret;
129 }
130
131 double MEDFileMeshL2::CheckMeshTimeStep(med_idt fid, const std::string& mName, int nstep, int dt, int it)
132 {
133   bool found=false;
134   med_int numdt,numit;
135   med_float dtt;
136   std::vector< std::pair<int,int> > p(nstep);
137   for(int i=0;i<nstep;i++)
138     {
139       MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshComputationStepInfo,(fid,mName.c_str(),i+1,&numdt,&numit,&dtt));
140       p[i]=std::make_pair(numdt,numit);
141       found=(numdt==dt) && (numit==numit);
142     }
143   if(!found)
144     {
145       std::ostringstream oss; oss << "No such iteration=" << dt << ",order=" << it << " numbers found for mesh '" << mName << "' ! ";
146       oss << "Possibilities are : ";
147       for(int i=0;i<nstep;i++)
148         oss << "(" << p[i].first << "," << p[i].second << "), ";
149       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
150     }
151   return dtt;
152 }
153
154 /*!
155  * non static and non const method because _description, _dt_unit... are set in this method.
156  */
157 std::vector<std::string> MEDFileMeshL2::getAxisInfoOnMesh(med_idt fid, int mId, const std::string& mName, MEDCoupling::MEDCouplingMeshType& meshType, MEDCoupling::MEDCouplingAxisType& axType, int& nstep, int& Mdim)
158 {
159   med_mesh_type type_maillage;
160   med_int spaceDim;
161   med_sorting_type stype;
162   med_axis_type axistype;
163   int naxis(MEDmeshnAxis(fid,mId));
164   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> nameTmp=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_NAME_SIZE);
165   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> axisname=MEDLoaderBase::buildEmptyString(naxis*MED_SNAME_SIZE);
166   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> axisunit=MEDLoaderBase::buildEmptyString(naxis*MED_SNAME_SIZE);
167   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> univTmp=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_LNAME_SIZE);
168   if(MEDmeshInfo(fid,mId,nameTmp,&spaceDim,&Mdim,&type_maillage,_description.getPointer(),_dt_unit.getPointer(),
169       &stype,&nstep,&axistype,axisname,axisunit)!=0)
170     throw INTERP_KERNEL::Exception("A problem has been detected when trying to get info on mesh !");
171   MEDmeshUniversalNameRd(fid,nameTmp,_univ_name.getPointer());// do not protect  MEDFILESAFECALLERRD0 call : Thanks to fra.med.
172   axType=TraduceAxisType(axistype);
173   switch(type_maillage)
174   {
175     case MED_UNSTRUCTURED_MESH:
176       meshType=UNSTRUCTURED;
177       break;
178     case MED_STRUCTURED_MESH:
179       {
180         med_grid_type gt;
181         MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshGridTypeRd,(fid,mName.c_str(),&gt));
182         switch(gt)
183         {
184           case MED_CARTESIAN_GRID:
185             meshType=CARTESIAN;
186             break;
187           case MED_CURVILINEAR_GRID:
188             meshType=CURVE_LINEAR;
189             break;
190         case MED_POLAR_GRID:// this is not a bug. A MED file POLAR_GRID is deal by CARTESIAN MEDLoader
191             meshType=CARTESIAN;
192             break;
193           default:
194             throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMeshL2::getAxisInfoOnMesh : unrecognized structured mesh type ! Supported are :\n - cartesian\n - curve linear\n");
195         }
196         break;
197       }
198     default:
199       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMeshL2::getMeshIdFromName : unrecognized mesh type !");
200   }
201   //
202   std::vector<std::string> infosOnComp(naxis);
203   for(int i=0;i<naxis;i++)
204     {
205       std::string info=MEDLoaderBase::buildUnionUnit(((char *)axisname)+i*MED_SNAME_SIZE,MED_SNAME_SIZE,((char *)axisunit)+i*MED_SNAME_SIZE,MED_SNAME_SIZE);
206       infosOnComp[i]=info;
207     }
208   return infosOnComp;
209 }
210
211 void MEDFileMeshL2::ReadFamiliesAndGrps(med_idt fid, const std::string& meshName, std::map<std::string,int>& fams, std::map<std::string, std::vector<std::string> >& grps, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
212 {
213   if(mrs && !(mrs->isCellFamilyFieldReading() || mrs->isNodeFamilyFieldReading()))
214     return ;
215   char nomfam[MED_NAME_SIZE+1];
216   med_int numfam;
217   int nfam=MEDnFamily(fid,meshName.c_str());
218   std::vector< std::pair<std::string,std::pair<int,std::vector<std::string> > > > crudeFams(nfam);
219   for(int i=0;i<nfam;i++)
220     {
221       int ngro=MEDnFamilyGroup(fid,meshName.c_str(),i+1);
222       med_int natt=MEDnFamily23Attribute(fid,meshName.c_str(),i+1);
223       INTERP_KERNEL::AutoPtr<med_int> attide=new med_int[natt];
224       INTERP_KERNEL::AutoPtr<med_int> attval=new med_int[natt];
225       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> attdes=new char[MED_COMMENT_SIZE*natt+1];
226       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> gro=new char[MED_LNAME_SIZE*ngro+1];
227       MEDfamily23Info(fid,meshName.c_str(),i+1,nomfam,attide,attval,attdes,&numfam,gro);
228       std::string famName(MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(nomfam,MED_NAME_SIZE));
229       std::vector<std::string> grps(ngro);
230       for(int j=0;j<ngro;j++)
231         grps[j]=MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(gro+j*MED_LNAME_SIZE,MED_LNAME_SIZE);
232       crudeFams[i]=std::pair<std::string,std::pair<int,std::vector<std::string> > >(famName,std::pair<int,std::vector<std::string> >(numfam,grps));
233     }
234   RenameFamiliesFromFileToMemInternal(crudeFams);
235   for(std::vector< std::pair<std::string,std::pair<int,std::vector<std::string> > > >::const_iterator it0=crudeFams.begin();it0!=crudeFams.end();it0++)
236     {
237       fams[(*it0).first]=(*it0).second.first;
238       for(std::vector<std::string>::const_iterator it1=(*it0).second.second.begin();it1!=(*it0).second.second.end();it1++)
239         grps[*it1].push_back((*it0).first);
240     }
241 }
242
243 void MEDFileMeshL2::WriteFamiliesAndGrps(med_idt fid, const std::string& mname, const std::map<std::string,int>& fams, const std::map<std::string, std::vector<std::string> >& grps, int tooLongStrPol)
244 {
245   std::vector< std::pair<std::string,std::pair<int,std::vector<std::string> > > > crudeFams(fams.size());
246   std::size_t ii(0);
247   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=fams.begin();it!=fams.end();it++,ii++)
248     {
249       std::vector<std::string> grpsOfFam;
250       for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it1=grps.begin();it1!=grps.end();it1++)
251         {
252           if(std::find((*it1).second.begin(),(*it1).second.end(),(*it).first)!=(*it1).second.end())
253             grpsOfFam.push_back((*it1).first);
254         }
255       crudeFams[ii]=std::pair<std::string,std::pair<int,std::vector<std::string> > >((*it).first,std::pair<int,std::vector<std::string> >((*it).second,grpsOfFam));
256     }
257   RenameFamiliesFromMemToFileInternal(crudeFams);
258   for(std::vector< std::pair<std::string,std::pair<int,std::vector<std::string> > > >::const_iterator it=crudeFams.begin();it!=crudeFams.end();it++)
259     {
260       int ngro((*it).second.second.size());
261       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> groName=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_LNAME_SIZE*ngro);
262       int i=0;
263       for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=(*it).second.second.begin();it2!=(*it).second.second.end();it2++,i++)
264         MEDLoaderBase::safeStrCpy2((*it2).c_str(),MED_LNAME_SIZE-1,groName+i*MED_LNAME_SIZE,tooLongStrPol);
265       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> famName=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_NAME_SIZE);
266       MEDLoaderBase::safeStrCpy((*it).first.c_str(),MED_NAME_SIZE,famName,tooLongStrPol);
267       int ret=MEDfamilyCr(fid,mname.c_str(),famName,(*it).second.first,ngro,groName);
268       ret++;
269     }
270 }
271
272 void MEDFileMeshL2::RenameFamiliesPatternInternal(std::vector< std::pair<std::string,std::pair<int,std::vector<std::string> > > >& crudeFams, RenameFamiliesPatternFunc func)
273 {
274   std::size_t ii(0);
275   std::vector<std::string> fams(crudeFams.size());
276   for(std::vector< std::pair<std::string,std::pair<int,std::vector<std::string> > > >::const_iterator it=crudeFams.begin();it!=crudeFams.end();it++,ii++)
277     fams[ii]=(*it).first;
278   if(!func(fams))
279     return ;
280   ii=0;
281   for(std::vector< std::pair<std::string,std::pair<int,std::vector<std::string> > > >::iterator it=crudeFams.begin();it!=crudeFams.end();it++,ii++)
282     (*it).first=fams[ii];
283 }
284
285 /*!
286  * This method is dedicated to the killers that use a same family name to store different family ids. MED file API authorizes it.
287  * So this method renames families (if needed generaly not !) in order to have a discriminant name for families.
288  */
289 void MEDFileMeshL2::RenameFamiliesFromFileToMemInternal(std::vector< std::pair<std::string,std::pair<int,std::vector<std::string> > > >& crudeFams)
290 {
291   RenameFamiliesPatternInternal(crudeFams,RenameFamiliesFromFileToMem);
292 }
293
294 bool MEDFileMeshL2::RenameFamiliesFromFileToMem(std::vector< std::string >& famNames)
295 {
296   std::map<std::string,int> m;
297   std::set<std::string> s;
298   for(std::vector< std::string >::const_iterator it=famNames.begin();it!=famNames.end();it++)
299     {
300       if(s.find(*it)!=s.end())
301         m[*it]=0;
302       s.insert(*it);
303     }
304   if(m.empty())
305     return false;// the general case !
306   for(std::vector< std::string >::iterator it=famNames.begin();it!=famNames.end();it++)
307     {
308       std::map<std::string,int>::iterator it2(m.find(*it));
309       if(it2!=m.end())
310         {
311           std::ostringstream oss; oss << *it << ZE_SEP_FOR_FAMILY_KILLERS << std::setfill('0') << std::setw(ZE_SEP2_FOR_FAMILY_KILLERS) << (*it2).second++;
312           *it=oss.str();
313         }
314     }
315   return true;
316 }
317
318 /*!
319  * This method is dedicated to the killers that use a same family name to store different family ids. MED file API authorizes it.
320  * So this method renames families (if needed generaly not !) in order to have a discriminant name for families.
321  */
322 void MEDFileMeshL2::RenameFamiliesFromMemToFileInternal(std::vector< std::pair<std::string,std::pair<int,std::vector<std::string> > > >& crudeFams)
323 {
324   RenameFamiliesPatternInternal(crudeFams,RenameFamiliesFromMemToFile);
325 }
326
327 bool MEDFileMeshL2::RenameFamiliesFromMemToFile(std::vector< std::string >& famNames)
328 {
329   bool isSmthingStrange(false);
330   for(std::vector< std::string >::const_iterator it=famNames.begin();it!=famNames.end();it++)
331     {
332       std::size_t found((*it).find(ZE_SEP_FOR_FAMILY_KILLERS));
333       if(found!=std::string::npos)
334         isSmthingStrange=true;
335     }
336   if(!isSmthingStrange)
337     return false;
338   // pattern matching
339   std::map< std::string, std::vector<std::string> > m;
340   for(std::vector< std::string >::const_iterator it=famNames.begin();it!=famNames.end();it++)
341     {
342       std::size_t found((*it).find(ZE_SEP_FOR_FAMILY_KILLERS));
343       if(found!=std::string::npos && found>=1)
344         {
345           std::string s1((*it).substr(found+sizeof(ZE_SEP_FOR_FAMILY_KILLERS)-1));
346           if(s1.size()!=ZE_SEP2_FOR_FAMILY_KILLERS)
347             continue;
348           int k(-1);
349           std::istringstream iss(s1);
350           iss >> k;
351           bool isOK((iss.rdstate() & ( std::istream::failbit | std::istream::eofbit)) == std::istream::eofbit);
352           if(isOK && k>=0)
353             {
354               std::string s0((*it).substr(0,found));
355               m[s0].push_back(*it);
356             }
357         }
358     }
359   if(m.empty())
360     return false;
361   // filtering
362   std::map<std::string,std::string> zeMap;
363   for(std::map< std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=m.begin();it!=m.end();it++)
364     {
365       if((*it).second.size()==1)
366         continue;
367       for(std::vector<std::string>::const_iterator it1=(*it).second.begin();it1!=(*it).second.end();it1++)
368         zeMap[*it1]=(*it).first;
369     }
370   if(zeMap.empty())
371     return false;
372   // traduce
373   for(std::vector< std::string >::iterator it=famNames.begin();it!=famNames.end();it++)
374     {
375       std::map<std::string,std::string>::iterator it1(zeMap.find(*it));
376       if(it1!=zeMap.end())
377         *it=(*it1).second;
378     }    
379   return true;
380 }
381
382 MEDCoupling::MEDCouplingAxisType MEDFileMeshL2::TraduceAxisType(med_axis_type at)
383 {
384   switch(at)
385     {
386     case MED_CARTESIAN:
387       return AX_CART;
388     case MED_CYLINDRICAL:
389       return AX_CYL;
390     case MED_SPHERICAL:
391       return AX_SPHER;
392     case MED_UNDEF_AXIS_TYPE:
393       return AX_CART;
394     default:
395       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMeshL2::TraduceAxisType : unrecognized axis type !");
396     }
397 }
398
399 MEDCoupling::MEDCouplingAxisType MEDFileMeshL2::TraduceAxisTypeStruct(med_grid_type gt)
400 {
401   switch(gt)
402     {
403     case MED_CARTESIAN_GRID:
404       return AX_CART;
405     case MED_POLAR_GRID:
406       return AX_CYL;
407     default:
408       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMeshL2::TraduceAxisTypeStruct : only Cartesian and Cylindrical supported by MED file !");
409     }
410 }
411
412 med_axis_type MEDFileMeshL2::TraduceAxisTypeRev(MEDCoupling::MEDCouplingAxisType at)
413 {
414   switch(at)
415     {
416     case AX_CART:
417       return MED_CARTESIAN;
418     case AX_CYL:
419       return MED_CYLINDRICAL;
420     case AX_SPHER:
421       return MED_SPHERICAL;
422     default:
423       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMeshL2::TraduceAxisTypeRev : unrecognized axis type !");
424     }
425 }
426
427 med_grid_type MEDFileMeshL2::TraduceAxisTypeRevStruct(MEDCoupling::MEDCouplingAxisType at)
428 {
429   switch(at)
430     {
431     case AX_CART:
432       return MED_CARTESIAN_GRID;
433     case AX_CYL:
434       return MED_POLAR_GRID;
435     case AX_SPHER:
436       return MED_POLAR_GRID;
437     default:
438       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMeshL2::TraduceAxisTypeRevStruct : unrecognized axis type !");
439     }
440 }
441
442 MEDFileUMeshL2::MEDFileUMeshL2()
443 {
444 }
445
446 std::vector<std::string> MEDFileUMeshL2::loadCommonPart(med_idt fid, int mId, const std::string& mName, int dt, int it, int& Mdim)
447 {
448   Mdim=-3;
449   _name.set(mName.c_str());
450   int nstep;
451   MEDCoupling::MEDCouplingMeshType meshType;
452   MEDCoupling::MEDCouplingAxisType dummy3;
453   std::vector<std::string> ret(getAxisInfoOnMesh(fid,mId,mName.c_str(),meshType,dummy3,nstep,Mdim));
454   if(nstep==0)
455     {
456       Mdim=-4;
457       return std::vector<std::string>();
458     }
459   if(meshType!=UNSTRUCTURED)
460     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh type ! You are expected an unstructured one whereas in file it is not an unstructured !");
461   _time=CheckMeshTimeStep(fid,mName,nstep,dt,it);
462   _iteration=dt;
463   _order=it;
464   return ret;
465 }
466
467 void MEDFileUMeshL2::loadAll(med_idt fid, int mId, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
468 {
469   int Mdim;
470   std::vector<std::string> infosOnComp(loadCommonPart(fid,mId,mName,dt,it,Mdim));
471   if(Mdim==-4)
472     return ;
473   loadConnectivity(fid,Mdim,mName,dt,it,mrs);//to improve check (dt,it) coherency
474   loadCoords(fid,mId,infosOnComp,mName,dt,it);
475 }
476
477 void MEDFileUMeshL2::loadPart(med_idt fid, int mId, const std::string& mName, const std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& types, const std::vector<int>& slicPerTyp, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
478 {
479   int Mdim;
480   std::vector<std::string> infosOnComp(loadCommonPart(fid,mId,mName,dt,it,Mdim));
481   if(Mdim==-4)
482     return ;
483   loadPartOfConnectivity(fid,Mdim,mName,types,slicPerTyp,dt,it,mrs);
484   med_bool changement,transformation;
485   int nCoords(MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NONE,MED_COORDINATE,MED_NO_CMODE,&changement,&transformation));
486   std::vector<bool> fetchedNodeIds(nCoords,false);
487   for(std::vector< std::vector< MCAuto<MEDFileUMeshPerType> > >::const_iterator it0=_per_type_mesh.begin();it0!=_per_type_mesh.end();it0++)
488     for(std::vector< MCAuto<MEDFileUMeshPerType> >::const_iterator it1=(*it0).begin();it1!=(*it0).end();it1++)
489       (*it1)->getMesh()->computeNodeIdsAlg(fetchedNodeIds);
490   int nMin(std::distance(fetchedNodeIds.begin(),std::find(fetchedNodeIds.begin(),fetchedNodeIds.end(),true)));
491   int nMax(std::distance(fetchedNodeIds.rbegin(),std::find(fetchedNodeIds.rbegin(),fetchedNodeIds.rend(),true)));
492   nMax=nCoords-nMax;
493   for(std::vector< std::vector< MCAuto<MEDFileUMeshPerType> > >::const_iterator it0=_per_type_mesh.begin();it0!=_per_type_mesh.end();it0++)
494     for(std::vector< MCAuto<MEDFileUMeshPerType> >::const_iterator it1=(*it0).begin();it1!=(*it0).end();it1++)
495       (*it1)->getMesh()->renumberNodesWithOffsetInConn(-nMin);
496   loadPartCoords(fid,mId,infosOnComp,mName,dt,it,nMin,nMax);
497 }
498
499 void MEDFileUMeshL2::loadConnectivity(med_idt fid, int mdim, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
500 {
501   _per_type_mesh.resize(1);
502   _per_type_mesh[0].clear();
503   for(int j=0;j<MED_N_CELL_FIXED_GEO;j++)
504     {
505       MEDFileUMeshPerType *tmp(MEDFileUMeshPerType::New(fid,mName.c_str(),dt,it,mdim,typmai[j],typmai2[j],mrs));
506       if(tmp)
507         _per_type_mesh[0].push_back(tmp);
508     }
509   sortTypes();
510 }
511
512 void MEDFileUMeshL2::loadPartOfConnectivity(med_idt fid, int mdim, const std::string& mName, const std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& types, const std::vector<int>& slicPerTyp, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
513 {
514   std::size_t nbOfTypes(types.size());
515   if(slicPerTyp.size()!=3*nbOfTypes)
516     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshL2::loadPartOfConnectivity : The size of slicPerTyp array is expected to be equal to 3 times size of array types !");
517   std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> types2(types.begin(),types.end());
518   if(types2.size()!=nbOfTypes)
519     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshL2::loadPartOfConnectivity : the geometric types in types array must appear once !");
520   _per_type_mesh.resize(1);
521   _per_type_mesh[0].clear();
522   for(std::size_t ii=0;ii<nbOfTypes;ii++)
523     {
524       int strt(slicPerTyp[3*ii+0]),stp(slicPerTyp[3*ii+1]),step(slicPerTyp[3*ii+2]);
525       MCAuto<MEDFileUMeshPerType> tmp(MEDFileUMeshPerType::NewPart(fid,mName.c_str(),dt,it,mdim,types[ii],strt,stp,step,mrs));
526       _per_type_mesh[0].push_back(tmp);
527     }
528   sortTypes();
529 }
530
531 void MEDFileUMeshL2::loadCoords(med_idt fid, int mId, const std::vector<std::string>& infosOnComp, const std::string& mName, int dt, int it)
532 {
533   int spaceDim((int)infosOnComp.size());
534   med_bool changement,transformation;
535   int nCoords(MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NONE,MED_COORDINATE,MED_NO_CMODE,&changement,&transformation));
536   _coords=DataArrayDouble::New();
537   _coords->alloc(nCoords,spaceDim);
538   double *coordsPtr(_coords->getPointer());
539   if (nCoords)
540     MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshNodeCoordinateRd,(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_FULL_INTERLACE,coordsPtr));
541   if(MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,MED_FAMILY_NUMBER,MED_NODAL,&changement,&transformation)>0)
542     {
543       _fam_coords=DataArrayInt::New();
544       _fam_coords->alloc(nCoords,1);
545       MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshEntityFamilyNumberRd,(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,_fam_coords->getPointer()));
546     }
547   else
548     _fam_coords=0;
549   if(MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,MED_NUMBER,MED_NODAL,&changement,&transformation)>0)
550     {
551       _num_coords=DataArrayInt::New();
552       _num_coords->alloc(nCoords,1);
553       MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshEntityNumberRd,(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,_num_coords->getPointer()));
554     }
555   else
556     _num_coords=0;
557   if(MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,MED_NAME,MED_NODAL,&changement,&transformation)>0)
558     {
559       _name_coords=DataArrayAsciiChar::New();
560       _name_coords->alloc(nCoords+1,MED_SNAME_SIZE);//not a bug to avoid the memory corruption due to last \0 at the end
561       MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshEntityNameRd,(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,_name_coords->getPointer()));
562       _name_coords->reAlloc(nCoords);//not a bug to avoid the memory corruption due to last \0 at the end
563     }
564   else
565     _name_coords=0;
566   for(int i=0;i<spaceDim;i++)
567     _coords->setInfoOnComponent(i,infosOnComp[i]);
568 }
569
570 void MEDFileUMeshL2::loadPartCoords(med_idt fid, int mId, const std::vector<std::string>& infosOnComp, const std::string& mName, int dt, int it, int nMin, int nMax)
571 {
572   med_bool changement,transformation;
573   int spaceDim((int)infosOnComp.size()),nCoords(MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NONE,MED_COORDINATE,MED_NO_CMODE,&changement,&transformation));
574   _coords=DataArrayDouble::New();
575   int nbNodesToLoad(nMax-nMin);
576   _coords->alloc(nbNodesToLoad,spaceDim);
577   med_filter filter=MED_FILTER_INIT,filter2=MED_FILTER_INIT;
578   MEDfilterBlockOfEntityCr(fid,/*nentity*/nCoords,/*nvaluesperentity*/1,/*nconstituentpervalue*/spaceDim,
579                            MED_ALL_CONSTITUENT,MED_FULL_INTERLACE,MED_COMPACT_STMODE,MED_NO_PROFILE,
580                            /*start*/nMin+1,/*stride*/1,/*count*/1,/*blocksize*/nbNodesToLoad,
581                            /*lastblocksize=useless because count=1*/0,&filter);
582   MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshNodeCoordinateAdvancedRd,(fid,mName.c_str(),dt,it,&filter,_coords->getPointer()));
583   _part_coords=PartDefinition::New(nMin,nMax,1);
584   MEDfilterClose(&filter);
585   MEDfilterBlockOfEntityCr(fid,nCoords,1,1,MED_ALL_CONSTITUENT,MED_FULL_INTERLACE,MED_COMPACT_STMODE,
586                            MED_NO_PROFILE,nMin+1,1,1,nbNodesToLoad,0,&filter2);
587   if(MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,MED_FAMILY_NUMBER,MED_NODAL,&changement,&transformation)>0)
588     {
589       _fam_coords=DataArrayInt::New();
590       _fam_coords->alloc(nbNodesToLoad,1);
591       MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshEntityAttributeAdvancedRd,(fid,mName.c_str(),MED_FAMILY_NUMBER,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,&filter2,_fam_coords->getPointer()));
592     }
593   else
594     _fam_coords=0;
595   if(MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,MED_NUMBER,MED_NODAL,&changement,&transformation)>0)
596     {
597       _num_coords=DataArrayInt::New();
598       _num_coords->alloc(nbNodesToLoad,1);
599       MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshEntityAttributeAdvancedRd,(fid,mName.c_str(),MED_NUMBER,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,&filter2,_num_coords->getPointer()));
600     }
601   else
602     _num_coords=0;
603   if(MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,MED_NAME,MED_NODAL,&changement,&transformation)>0)
604     {
605       _name_coords=DataArrayAsciiChar::New();
606       _name_coords->alloc(nbNodesToLoad+1,MED_SNAME_SIZE);//not a bug to avoid the memory corruption due to last \0 at the end
607       MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshEntityAttributeAdvancedRd,(fid,mName.c_str(),MED_NAME,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,&filter2,_name_coords->getPointer()));
608       _name_coords->reAlloc(nbNodesToLoad);//not a bug to avoid the memory corruption due to last \0 at the end
609     }
610   else
611     _name_coords=0;
612   MEDfilterClose(&filter2);
613   _coords->setInfoOnComponents(infosOnComp);
614 }
615
616 void MEDFileUMeshL2::sortTypes()
617 {
618   std::set<int> mdims;
619   std::vector< MCAuto<MEDFileUMeshPerType> > tmp(_per_type_mesh[0]);
620   _per_type_mesh.clear();
621   for(std::vector< MCAuto<MEDFileUMeshPerType> >::const_iterator it=tmp.begin();it!=tmp.end();it++)
622     mdims.insert((*it)->getDim());
623   if(mdims.empty())
624     return;
625   int mdim=*mdims.rbegin();
626   _per_type_mesh.resize(mdim+1);
627   for(int dim=mdim+1;dim!=0;dim--)
628     {
629       std::vector< MCAuto<MEDFileUMeshPerType> >& elt=_per_type_mesh[mdim+1-dim];
630       for(std::vector< MCAuto<MEDFileUMeshPerType> >::const_iterator it=tmp.begin();it!=tmp.end();it++)
631         if((*it)->getDim()==dim-1)
632           elt.push_back(*it);
633     }
634   // suppression of contiguous empty levels at the end of _per_type_mesh.
635   int nbOfUselessLev=0;
636   bool isFirst=true;
637   for(std::vector< std::vector< MCAuto<MEDFileUMeshPerType> > >::reverse_iterator it2=_per_type_mesh.rbegin();it2!=_per_type_mesh.rend();it2++)
638     {
639       if((*it2).empty() && isFirst)
640         {
641           nbOfUselessLev++;
642         }
643       else
644         isFirst=false;
645     }
646   _per_type_mesh.resize(_per_type_mesh.size()-nbOfUselessLev);
647 }
648
649 void MEDFileUMeshL2::WriteCoords(med_idt fid, const std::string& mname, int dt, int it, double time, const DataArrayDouble *coords, const DataArrayInt *famCoords, const DataArrayInt *numCoords, const DataArrayAsciiChar *nameCoords)
650 {
651   if(!coords)
652     return ;
653   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshNodeCoordinateWr,(fid,mname.c_str(),dt,it,time,MED_FULL_INTERLACE,coords->getNumberOfTuples(),coords->getConstPointer()));
654   if(famCoords)
655     MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityFamilyNumberWr,(fid,mname.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,famCoords->getNumberOfTuples(),famCoords->getConstPointer()));
656   if(numCoords)
657     MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityNumberWr,(fid,mname.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,numCoords->getNumberOfTuples(),numCoords->getConstPointer()));
658   if(nameCoords)
659     {
660       if(nameCoords->getNumberOfComponents()!=MED_SNAME_SIZE)
661         {
662           std::ostringstream oss; oss << " MEDFileUMeshL2::WriteCoords : expected a name field on nodes with number of components set to " << MED_SNAME_SIZE;
663           oss << " ! The array has " << nameCoords->getNumberOfComponents() << " components !";
664           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
665         }
666       MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityNameWr,(fid,mname.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,nameCoords->getNumberOfTuples(),nameCoords->getConstPointer()));
667     }
668 }
669
670 bool MEDFileUMeshL2::isFamDefinedOnLev(int levId) const
671 {
672   for(std::vector< MCAuto<MEDFileUMeshPerType> >::const_iterator it=_per_type_mesh[levId].begin();it!=_per_type_mesh[levId].end();it++)
673     if((*it)->getFam()==0)
674       return false;
675   return true;
676 }
677
678 bool MEDFileUMeshL2::isNumDefinedOnLev(int levId) const
679 {
680   for(std::vector< MCAuto<MEDFileUMeshPerType> >::const_iterator it=_per_type_mesh[levId].begin();it!=_per_type_mesh[levId].end();it++)
681     if((*it)->getNum()==0)
682       return false;
683   return true;
684 }
685
686 bool MEDFileUMeshL2::isNamesDefinedOnLev(int levId) const
687 {
688   for(std::vector< MCAuto<MEDFileUMeshPerType> >::const_iterator it=_per_type_mesh[levId].begin();it!=_per_type_mesh[levId].end();it++)
689     if((*it)->getNames()==0)
690       return false;
691   return true;
692 }
693
694 MEDFileCMeshL2::MEDFileCMeshL2():_ax_type(AX_CART)
695 {
696 }
697
698 void MEDFileCMeshL2::loadAll(med_idt fid, int mId, const std::string& mName, int dt, int it)
699 {
700   _name.set(mName.c_str());
701   int nstep;
702   int Mdim;
703   MEDCoupling::MEDCouplingMeshType meshType;
704   MEDCoupling::MEDCouplingAxisType dummy3;
705   std::vector<std::string> infosOnComp=getAxisInfoOnMesh(fid,mId,mName.c_str(),meshType,dummy3,nstep,Mdim);
706   if(meshType!=CARTESIAN)
707     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh type ! You are expected a structured one whereas in file it is not a structured !");
708   _time=CheckMeshTimeStep(fid,mName,nstep,dt,it);
709   _iteration=dt;
710   _order=it;
711   //
712   med_grid_type gridtype;
713   MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshGridTypeRd,(fid,mName.c_str(),&gridtype));
714   if(gridtype!=MED_CARTESIAN_GRID && gridtype!=MED_POLAR_GRID)
715     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid rectilinear mesh ! Only cartesian and polar are supported !");
716   _ax_type=TraduceAxisTypeStruct(gridtype);
717   _cmesh=MEDCouplingCMesh::New();
718   for(int i=0;i<Mdim;i++)
719     {
720       med_data_type dataTypeReq=GetDataTypeCorrespondingToSpaceId(i);
721       med_bool chgt=MED_FALSE,trsf=MED_FALSE;
722       int nbOfElt(MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NONE,dataTypeReq,MED_NO_CMODE,&chgt,&trsf));
723       MCAuto<DataArrayDouble> da=DataArrayDouble::New();
724       da->alloc(nbOfElt,1);
725       da->setInfoOnComponent(0,infosOnComp[i]);
726       MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshGridIndexCoordinateRd,(fid,mName.c_str(),dt,it,i+1,da->getPointer()));
727       _cmesh->setCoordsAt(i,da);
728     }
729 }
730
731 med_data_type MEDFileCMeshL2::GetDataTypeCorrespondingToSpaceId(int id)
732 {
733   switch(id)
734   {
735     case 0:
736       return MED_COORDINATE_AXIS1;
737     case 1:
738       return MED_COORDINATE_AXIS2;
739     case 2:
740       return MED_COORDINATE_AXIS3;
741     default:
742       throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid meshdim detected in Cartesian Grid !");
743   }
744 }
745
746 MEDFileCLMeshL2::MEDFileCLMeshL2()
747 {
748 }
749
750 void MEDFileCLMeshL2::loadAll(med_idt fid, int mId, const std::string& mName, int dt, int it)
751 {
752   _name.set(mName.c_str());
753   int nstep;
754   int Mdim;
755   MEDCoupling::MEDCouplingMeshType meshType;
756   MEDCoupling::MEDCouplingAxisType dummy3;
757   std::vector<std::string> infosOnComp=getAxisInfoOnMesh(fid,mId,mName,meshType,dummy3,nstep,Mdim);
758   if(meshType!=CURVE_LINEAR)
759     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh type ! You are expected a structured one whereas in file it is not a structured !");
760   _time=CheckMeshTimeStep(fid,mName,nstep,dt,it);
761   _iteration=dt;
762   _order=it;
763   //
764   _clmesh=MEDCouplingCurveLinearMesh::New();
765   INTERP_KERNEL::AutoPtr<int> stGrid=new int[Mdim];
766   MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshGridStructRd,(fid,mName.c_str(),dt,it,stGrid));
767   _clmesh->setNodeGridStructure(stGrid,((int *)stGrid)+Mdim);
768   med_bool chgt=MED_FALSE,trsf=MED_FALSE;
769   int nbNodes(MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NONE,MED_COORDINATE,MED_NO_CMODE,&chgt,&trsf));
770   MCAuto<DataArrayDouble> da=DataArrayDouble::New();
771   da->alloc(nbNodes,infosOnComp.size());
772   da->setInfoOnComponents(infosOnComp);
773   MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshNodeCoordinateRd,(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_FULL_INTERLACE,da->getPointer()));
774   _clmesh->setCoords(da);
775 }
776
777 MEDFileUMeshPermCompute::MEDFileUMeshPermCompute(const MEDFileUMeshSplitL1* st):_st(st),_mpt_time(0),_num_time(0)
778 {
779 }
780
781 /*!
782  * Warning it returns an instance to deallocate !!!!
783  */
784 MEDFileUMeshPermCompute::operator MEDCouplingUMesh *() const
785 {
786   _st->_num->updateTime();
787   if((MEDCouplingUMesh *)_m==0)
788     {
789       updateTime();
790       _m=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(_st->_m_by_types.getUmesh()->deepCopy());
791       _m->renumberCells(_st->_num->getConstPointer(),true);
792       return _m.retn();
793     }
794   else
795     {
796       if(_mpt_time==_st->_m_by_types.getTimeOfThis() && _num_time==_st->_num->getTimeOfThis())
797         return _m.retn();
798       else
799         {
800           updateTime();
801           _m=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(_st->_m_by_types.getUmesh()->deepCopy());
802           _m->renumberCells(_st->_num->getConstPointer(),true);
803           return _m.retn();
804         }
805     }
806 }
807
808 void MEDFileUMeshPermCompute::operator=(MEDCouplingUMesh *m)
809 {
810   _m=m;
811 }
812
813 void MEDFileUMeshPermCompute::updateTime() const
814 {
815   _mpt_time=_st->_m_by_types.getTimeOfThis();
816   _num_time=_st->_num->getTimeOfThis();
817 }
818
819 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileUMeshPermCompute::getDirectChildrenWithNull() const
820 {
821   std::vector<const BigMemoryObject *> ret;
822   ret.push_back((const MEDCouplingUMesh *)_m);
823   return ret;
824 }
825
826 std::size_t MEDFileUMeshPermCompute::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
827 {
828   return sizeof(MEDFileUMeshPermCompute);
829 }
830
831 MEDFileUMeshSplitL1::MEDFileUMeshSplitL1(const MEDFileUMeshSplitL1& other):RefCountObject(other),_m_by_types(other._m_by_types),_fam(other._fam),_num(other._num),_names(other._names),_rev_num(other._rev_num),_m(this)
832 {
833 }
834
835 MEDFileUMeshSplitL1::MEDFileUMeshSplitL1(const MEDFileUMeshL2& l2, const std::string& mName, int id):_m(this)
836 {
837   const std::vector< MCAuto<MEDFileUMeshPerType> >& v=l2.getLev(id);
838   if(v.empty())
839     return;
840   int sz=v.size();
841   std::vector<const MEDCoupling1GTUMesh *> ms(sz);
842   std::vector<const DataArrayInt *> fams(sz),nums(sz);
843   std::vector<const DataArrayChar *> names(sz);
844   std::vector<const PartDefinition *> pds(sz);
845   for(int i=0;i<sz;i++)
846     {
847       MEDCoupling1GTUMesh *elt(v[i]->getMesh());
848       MCAuto<DataArrayDouble> tmp2=l2.getCoords();
849       elt->setCoords(tmp2);
850       ms[i]=elt;
851       pds[i]=v[i]->getPartDef();
852     }
853   _m_by_types.assignParts(ms);
854   _m_by_types.assignDefParts(pds);
855   if(l2.isFamDefinedOnLev(id))
856     {
857       for(int i=0;i<sz;i++)
858         fams[i]=v[i]->getFam();
859       if(sz!=1)
860         _fam=DataArrayInt::Aggregate(fams);
861       else
862         {
863           fams[0]->incrRef();
864           _fam=const_cast<DataArrayInt *>(fams[0]);
865         }
866     }
867   if(l2.isNumDefinedOnLev(id))
868     {
869       for(int i=0;i<sz;i++)
870         nums[i]=v[i]->getNum();
871       if(sz!=1)
872         _num=DataArrayInt::Aggregate(nums);
873       else
874         {
875           nums[0]->incrRef();
876           _num=const_cast<DataArrayInt *>(nums[0]);
877         }
878       computeRevNum();
879     }
880   if(l2.isNamesDefinedOnLev(id))
881     {
882       for(int i=0;i<sz;i++)
883         names[i]=v[i]->getNames();
884       _names=dynamic_cast<DataArrayAsciiChar *>(DataArrayChar::Aggregate(names));
885     }
886 }
887
888 MEDFileUMeshSplitL1::MEDFileUMeshSplitL1(MEDCoupling1GTUMesh *m):_m(this)
889 {
890   std::vector< const MEDCoupling1GTUMesh * > v(1);
891   v[0]=m;
892   assignParts(v);
893 }
894
895 MEDFileUMeshSplitL1::MEDFileUMeshSplitL1(MEDCouplingUMesh *m):_m(this)
896 {
897   assignMesh(m,true);
898 }
899
900 MEDFileUMeshSplitL1::MEDFileUMeshSplitL1(MEDCouplingUMesh *m, bool newOrOld):_m(this)
901 {
902   assignMesh(m,newOrOld);
903 }
904
905 void MEDFileUMeshSplitL1::setName(const std::string& name)
906 {
907   _m_by_types.setName(name);
908 }
909
910 std::size_t MEDFileUMeshSplitL1::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
911 {
912   return 0;
913 }
914
915 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileUMeshSplitL1::getDirectChildrenWithNull() const
916 {
917   std::vector<const BigMemoryObject *> ret;
918   ret.push_back(&_m_by_types);
919   ret.push_back(&_m);
920   ret.push_back((const DataArrayInt*)_fam);
921   ret.push_back((const DataArrayInt*)_num);
922   ret.push_back((const DataArrayInt*)_rev_num);
923   ret.push_back((const DataArrayAsciiChar*)_names);
924   return ret;
925 }
926
927 MEDFileUMeshSplitL1 *MEDFileUMeshSplitL1::shallowCpyUsingCoords(DataArrayDouble *coords) const
928 {
929   MCAuto<MEDFileUMeshSplitL1> ret(new MEDFileUMeshSplitL1(*this));
930   ret->_m_by_types.shallowCpyMeshes();
931   ret->_m_by_types.setCoords(coords);
932   return ret.retn();
933 }
934
935 MEDFileUMeshSplitL1 *MEDFileUMeshSplitL1::deepCopy(DataArrayDouble *coords) const
936 {
937   MCAuto<MEDFileUMeshSplitL1> ret(new MEDFileUMeshSplitL1(*this));
938   ret->_m_by_types=_m_by_types.deepCopy(coords);
939   if((const DataArrayInt *)_fam)
940     ret->_fam=_fam->deepCopy();
941   if((const DataArrayInt *)_num)
942     ret->_num=_num->deepCopy();
943   if((const DataArrayInt *)_rev_num)
944     ret->_rev_num=_rev_num->deepCopy();
945   if((const DataArrayAsciiChar *)_names)
946     ret->_names=_names->deepCopy();
947   return ret.retn();
948 }
949
950 void MEDFileUMeshSplitL1::checkConsistency() const
951 {
952   if (!_fam || _fam->getNumberOfTuples() != getSize())
953     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshSplitL1::checkConsistency(): internal family array has an invalid size!");
954   int nbCells = getSize();
955   if (_num)
956     {
957       _num->checkNbOfTuplesAndComp(nbCells,1,"MEDFileUMeshSplitL1::checkConsistency(): inconsistent internal node numbering array!");
958       int pos;
959       int maxValue=_num->getMaxValue(pos);
960       if (!_rev_num || _rev_num->getNumberOfTuples() != (maxValue+1))
961         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshSplitL1::checkConsistency(): inconsistent internal revert node numbering array!");
962     }
963   if ((_num && !_rev_num) || (!_num && _rev_num))
964     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshSplitL1::checkConsistency(): inconsistent internal numbering arrays (one is null)!");
965   if (_num && !_num->hasUniqueValues())
966     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshSplitL1::checkConsistency(): inconsistent internal node numbering array: duplicates found!");
967   if (_names)
968     _names->checkNbOfTuplesAndComp(nbCells,1,"MEDFileUMeshSplitL1::checkConsistency(): internal cell naming array has an invalid size!");
969
970   _m_by_types.checkConsistency();
971 }
972
973 bool MEDFileUMeshSplitL1::isEqual(const MEDFileUMeshSplitL1 *other, double eps, std::string& what) const
974 {
975   if(!_m_by_types.isEqual(other->_m_by_types,eps,what))
976     return false;
977   const DataArrayInt *d1=_fam;
978   const DataArrayInt *d2=other->_fam;
979   if((d1==0 && d2!=0) || (d1!=0 && d2==0))
980     {
981       what="Presence of family arr in one sublevel and not in other!";
982       return false;
983     }
984   if(d1)
985     if(!d1->isEqual(*d2))
986       {
987         what="family arr at a sublevel are not deeply equal !";
988         return false;
989       }
990   d1=_num;
991   d2=other->_num;
992   if((d1==0 && d2!=0) || (d1!=0 && d2==0))
993     {
994       what="Presence of cell numbering arr in one sublevel and not in other!";
995       return false;
996     }
997   if(d1)
998     if(!d1->isEqual(*d2))
999       {
1000         what="Numbering cell arr at a sublevel are not deeply equal !";
1001         return false;
1002       }
1003   const DataArrayAsciiChar *e1=_names;
1004   const DataArrayAsciiChar *e2=other->_names;
1005   if((e1==0 && e2!=0) || (e1!=0 && e2==0))
1006     {
1007       what="Presence of cell names arr in one sublevel and not in other!";
1008       return false;
1009     }
1010   if(e1)
1011     if(!e1->isEqual(*e2))
1012       {
1013         what="Name cell arr at a sublevel are not deeply equal !";
1014         return false;
1015       }
1016   return true;
1017 }
1018
1019 void MEDFileUMeshSplitL1::synchronizeTinyInfo(const MEDFileMesh& master) const
1020 {
1021   _m_by_types.synchronizeTinyInfo(master);
1022 }
1023
1024 void MEDFileUMeshSplitL1::clearNonDiscrAttributes() const
1025 {
1026   _m_by_types.clearNonDiscrAttributes();
1027 }
1028
1029 void MEDFileUMeshSplitL1::ClearNonDiscrAttributes(const MEDCouplingMesh *tmp)
1030 {
1031   if(!tmp)
1032     return ;
1033   (const_cast<MEDCouplingMesh *>(tmp))->setName("");
1034   (const_cast<MEDCouplingMesh *>(tmp))->setDescription("");
1035   (const_cast<MEDCouplingMesh *>(tmp))->setTime(0.,-1,-1);
1036   (const_cast<MEDCouplingMesh *>(tmp))->setTimeUnit("");
1037 }
1038
1039 void MEDFileUMeshSplitL1::setCoords(DataArrayDouble *coords)
1040 {
1041   _m_by_types.setCoords(coords);
1042 }
1043
1044 void MEDFileUMeshSplitL1::assignMesh(MEDCouplingUMesh *m, bool newOrOld)
1045 {
1046   if(newOrOld)
1047     {
1048       m->incrRef();
1049       _m=m;
1050       _m_by_types.assignUMesh(dynamic_cast<MEDCouplingUMesh *>(m->deepCopy()));
1051       MCAuto<DataArrayInt> da=_m_by_types.getUmesh()->getRenumArrForConsecutiveCellTypesSpec(typmai2,typmai2+MED_N_CELL_FIXED_GEO);
1052       if(!da->isIota(m->getNumberOfCells()))
1053         {
1054           _num=da->invertArrayO2N2N2O(m->getNumberOfCells());
1055           _m.updateTime();
1056           computeRevNum();
1057           _m_by_types.getUmesh()->renumberCells(da->getConstPointer(),false);
1058         }
1059     }
1060   else
1061     {
1062       if(!m->checkConsecutiveCellTypesAndOrder(typmai2,typmai2+MED_N_CELL_FIXED_GEO))
1063         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshSplitL1::assignMesh(): the mesh does not follow the MED file numbering convention! Invoke sortCellsInMEDFileFrmt() first!");
1064       m->incrRef();
1065       _m_by_types.assignUMesh(m);
1066     }
1067   assignCommonPart();
1068 }
1069
1070 void MEDFileUMeshSplitL1::forceComputationOfParts() const
1071 {
1072   _m_by_types.forceComputationOfPartsFromUMesh();
1073 }
1074
1075 void MEDFileUMeshSplitL1::assignParts(const std::vector< const MEDCoupling1GTUMesh * >& mParts)
1076 {
1077   _m_by_types.assignParts(mParts);
1078   assignCommonPart();
1079 }
1080
1081 MEDFileUMeshSplitL1::MEDFileUMeshSplitL1():_m(this)
1082 {
1083 }
1084
1085 void MEDFileUMeshSplitL1::assignCommonPart()
1086 {
1087   _fam=DataArrayInt::New();
1088   _fam->alloc(_m_by_types.getSize(),1);
1089   _fam->fillWithValue(0);
1090 }
1091
1092 bool MEDFileUMeshSplitL1::empty() const
1093 {
1094   return _m_by_types.empty();
1095 }
1096
1097 bool MEDFileUMeshSplitL1::presenceOfOneFams(const std::vector<int>& ids) const
1098 {
1099   const DataArrayInt *fam=_fam;
1100   if(!fam)
1101     return false;
1102   return fam->presenceOfValue(ids);
1103 }
1104
1105 int MEDFileUMeshSplitL1::getMeshDimension() const
1106 {
1107   return _m_by_types.getMeshDimension();
1108 }
1109
1110 void MEDFileUMeshSplitL1::simpleRepr(std::ostream& oss) const
1111 {
1112   std::vector<int> code=_m_by_types.getDistributionOfTypes();
1113   int nbOfTypes=code.size()/3;
1114   for(int i=0;i<nbOfTypes;i++)
1115     {
1116       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typ=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType) code[3*i];
1117       oss << "    - Number of cells with type " << INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(typ).getRepr() << " : " << code[3*i+1] << std::endl;
1118     }
1119 }
1120
1121 int MEDFileUMeshSplitL1::getSize() const
1122 {
1123   return _m_by_types.getSize();
1124 }
1125
1126 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMeshSplitL1::getFamilyPart(const int *idsBg, const int *idsEnd, bool renum) const
1127 {
1128   MCAuto<DataArrayInt> eltsToKeep=_fam->findIdsEqualList(idsBg,idsEnd);
1129   MEDCouplingUMesh *m=(MEDCouplingUMesh *)_m_by_types.getUmesh()->buildPartOfMySelf(eltsToKeep->getConstPointer(),eltsToKeep->getConstPointer()+eltsToKeep->getNumberOfTuples(),true);
1130   if(renum)
1131     return renumIfNeeded(m,eltsToKeep->getConstPointer());
1132   return m;
1133 }
1134
1135 DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::getFamilyPartArr(const int *idsBg, const int *idsEnd, bool renum) const
1136 {
1137   MCAuto<DataArrayInt> da=_fam->findIdsEqualList(idsBg,idsEnd);
1138   if(renum)
1139     return renumIfNeededArr(da);
1140   return da.retn();
1141 }
1142
1143 std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> MEDFileUMeshSplitL1::getGeoTypes() const
1144 {
1145   return _m_by_types.getGeoTypes();
1146 }
1147
1148 int MEDFileUMeshSplitL1::getNumberOfCellsWithType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType ct) const
1149 {
1150   return _m_by_types.getNumberOfCellsWithType(ct);
1151 }
1152
1153 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMeshSplitL1::getWholeMesh(bool renum) const
1154 {
1155   MCAuto<MEDCouplingUMesh> tmp;
1156   if(renum && ((const DataArrayInt *)_num))
1157     tmp=_m;
1158   else
1159     { tmp=_m_by_types.getUmesh(); if(tmp) tmp->incrRef(); }
1160   return tmp.retn();
1161 }
1162
1163 int MEDFileUMeshSplitL1::getNumberOfCells() const
1164 {
1165   return _m_by_types.getNumberOfCells();
1166 }
1167
1168 DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::extractFamilyFieldOnGeoType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
1169 {
1170   const DataArrayInt *fam(_fam);
1171   if(!fam)
1172     return 0;
1173   int start(0),stop(0);
1174   _m_by_types.getStartStopOfGeoTypeWithoutComputation(gt,start,stop);
1175   return fam->selectByTupleIdSafeSlice(start,stop,1);
1176 }
1177
1178 DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::extractNumberFieldOnGeoType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
1179 {
1180   const DataArrayInt *num(_num);
1181   if(!num)
1182     return 0;
1183   int start(0),stop(0);
1184   _m_by_types.getStartStopOfGeoTypeWithoutComputation(gt,start,stop);
1185   return num->selectByTupleIdSafeSlice(start,stop,1);
1186 }
1187
1188 DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::getOrCreateAndGetFamilyField()
1189 {
1190   if((DataArrayInt *)_fam)
1191     return _fam;
1192   int nbOfTuples=_m_by_types.getSize();
1193   _fam=DataArrayInt::New(); _fam->alloc(nbOfTuples,1); _fam->fillWithZero();
1194   return _fam;
1195 }
1196
1197 const DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::getFamilyField() const
1198 {
1199   return _fam;
1200 }
1201
1202 const DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::getNumberField() const
1203 {
1204   return _num;
1205 }
1206
1207 const DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::getRevNumberField() const
1208 {
1209   return _rev_num;
1210 }
1211
1212 const DataArrayAsciiChar *MEDFileUMeshSplitL1::getNameField() const
1213 {
1214   return _names;
1215 }
1216
1217 const PartDefinition *MEDFileUMeshSplitL1::getPartDef(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
1218 {
1219   return _m_by_types.getPartDefOfWithoutComputation(gt);
1220 }
1221
1222 void MEDFileUMeshSplitL1::eraseFamilyField()
1223 {
1224   _fam->fillWithZero();
1225 }
1226
1227 /*!
1228  * This method ignores _m and _m_by_types.
1229  */
1230 void MEDFileUMeshSplitL1::setGroupsFromScratch(const std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& ms, std::map<std::string,int>& familyIds,
1231                                                std::map<std::string, std::vector<std::string> >& groups)
1232 {
1233   std::vector< DataArrayInt * > corr;
1234   _m=MEDCouplingUMesh::FuseUMeshesOnSameCoords(ms,0,corr);
1235   std::vector< MCAuto<DataArrayInt> > corrMSafe(corr.begin(),corr.end());
1236   std::vector< std::vector<int> > fidsOfGroups;
1237   std::vector< const DataArrayInt * > corr2(corr.begin(),corr.end());
1238   _fam=DataArrayInt::MakePartition(corr2,((MEDCouplingUMesh *)_m)->getNumberOfCells(),fidsOfGroups);
1239   int nbOfCells=((MEDCouplingUMesh *)_m)->getNumberOfCells();
1240   std::map<int,std::string> newfams;
1241   std::map<int,int> famIdTrad;
1242   TraduceFamilyNumber(fidsOfGroups,familyIds,famIdTrad,newfams);
1243   int *w=_fam->getPointer();
1244   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,w++)
1245     *w=famIdTrad[*w];
1246 }
1247
1248 void MEDFileUMeshSplitL1::write(med_idt fid, const std::string& mName, int mdim) const
1249 {
1250   std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *> ms(_m_by_types.getParts());
1251   int start=0;
1252   for(std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *>::const_iterator it=ms.begin();it!=ms.end();it++)
1253     {
1254       int nbCells=(*it)->getNumberOfCells();
1255       int end=start+nbCells;
1256       MCAuto<DataArrayInt> fam,num;
1257       MCAuto<DataArrayAsciiChar> names;
1258       if((const DataArrayInt *)_fam)
1259         fam=_fam->subArray(start,end);
1260       if((const DataArrayInt *)_num)
1261         num=_num->subArray(start,end);
1262       if((const DataArrayAsciiChar *)_names)
1263         names=static_cast<DataArrayAsciiChar *>(_names->subArray(start,end));
1264       MEDFileUMeshPerType::Write(fid,mName,mdim,(*it),fam,num,names);
1265       start=end;
1266     }
1267 }
1268
1269 void MEDFileUMeshSplitL1::renumberNodesInConn(const int *newNodeNumbersO2N)
1270 {
1271   _m_by_types.renumberNodesInConnWithoutComputation(newNodeNumbersO2N);
1272 }
1273
1274 void MEDFileUMeshSplitL1::serialize(std::vector<int>& tinyInt, std::vector< MCAuto<DataArrayInt> >& bigArraysI) const
1275 {
1276   bigArraysI.push_back(_fam);
1277   bigArraysI.push_back(_num);
1278   _m_by_types.serialize(tinyInt,bigArraysI);
1279 }
1280
1281 void MEDFileUMeshSplitL1::unserialize(const std::string& name, DataArrayDouble *coo, std::vector<int>& tinyInt, std::vector< MCAuto<DataArrayInt> >& bigArraysI)
1282 {
1283   _fam=bigArraysI.back(); bigArraysI.pop_back();
1284   _num=bigArraysI.back(); bigArraysI.pop_back();
1285   _m_by_types.unserialize(name,coo,tinyInt,bigArraysI);
1286 }
1287
1288 void MEDFileUMeshSplitL1::changeFamilyIdArr(int oldId, int newId)
1289 {
1290   DataArrayInt *arr=_fam;
1291   if(arr)
1292     arr->changeValue(oldId,newId);
1293 }
1294
1295 void MEDFileUMeshSplitL1::setFamilyArr(DataArrayInt *famArr)
1296 {
1297   if(!famArr)
1298     {
1299       _fam=0;
1300       return ;
1301     }
1302   int sz(_m_by_types.getSize());
1303   famArr->checkNbOfTuplesAndComp(sz,1,"MEDFileUMeshSplitL1::setFamilyArr : Problem in size of Family arr ! ");
1304   famArr->incrRef();
1305   _fam=famArr;
1306 }
1307
1308 DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::getFamilyField()
1309 {
1310   return _fam;
1311 }
1312
1313 void MEDFileUMeshSplitL1::setRenumArr(DataArrayInt *renumArr)
1314 {
1315   if(!renumArr)
1316     {
1317       _num=0;
1318       _rev_num=0;
1319       return ;
1320     }
1321   int sz(_m_by_types.getSize());
1322   renumArr->checkNbOfTuplesAndComp(sz,1,"MEDFileUMeshSplitL1::setRenumArr : Problem in size of numbering arr ! ");
1323   renumArr->incrRef();
1324   _num=renumArr;
1325   computeRevNum();
1326 }
1327
1328 void MEDFileUMeshSplitL1::setNameArr(DataArrayAsciiChar *nameArr)
1329 {
1330   if(!nameArr)
1331     {
1332       _names=0;
1333       return ;
1334     }
1335   int sz(_m_by_types.getSize());
1336   nameArr->checkNbOfTuplesAndComp(sz,MED_SNAME_SIZE,"MEDFileUMeshSplitL1::setNameArr : Problem in size of name arr ! ");
1337   nameArr->incrRef();
1338   _names=nameArr;
1339 }
1340
1341 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMeshSplitL1::Renumber2(const DataArrayInt *renum, MEDCouplingUMesh *m, const int *cellIds)
1342 {
1343   if(renum==0)
1344     return m;
1345   if(cellIds==0)
1346     m->renumberCells(renum->getConstPointer(),true);
1347   else
1348     {
1349       MCAuto<DataArrayInt> locnum=renum->selectByTupleId(cellIds,cellIds+m->getNumberOfCells());
1350       m->renumberCells(locnum->getConstPointer(),true);
1351     }
1352   return m;
1353 }
1354
1355 MEDFileUMeshSplitL1 *MEDFileUMeshSplitL1::Unserialize(const std::string& name, DataArrayDouble *coo, std::vector<int>& tinyInt, std::vector< MCAuto<DataArrayInt> >& bigArraysI)
1356 {
1357   MCAuto<MEDFileUMeshSplitL1> ret(new MEDFileUMeshSplitL1);
1358   ret->unserialize(name,coo,tinyInt,bigArraysI);
1359   return ret.retn();
1360 }
1361
1362 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMeshSplitL1::renumIfNeeded(MEDCouplingUMesh *m, const int *cellIds) const
1363 {
1364   return Renumber2(_num,m,cellIds);
1365 }
1366
1367 DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::Renumber(const DataArrayInt *renum, const DataArrayInt *da)
1368 {
1369   if((const DataArrayInt *)renum==0)
1370     {
1371       da->incrRef();
1372       return const_cast<DataArrayInt *>(da);
1373     }
1374   return renum->selectByTupleId(da->getConstPointer(),da->getConstPointer()+da->getNumberOfTuples());
1375 }
1376
1377 DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::renumIfNeededArr(const DataArrayInt *da) const
1378 {
1379   return Renumber(_num,da);
1380 }
1381
1382 std::vector<int> MEDFileUMeshSplitL1::GetNewFamiliesNumber(int nb, const std::map<std::string,int>& families)
1383 {
1384   int id=-1;
1385   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=families.begin();it!=families.end();it++)
1386     id=std::max(id,(*it).second);
1387   if(id==-1)
1388     id=0;
1389   std::vector<int> ret(nb);
1390   for(int i=1;i<=nb;i++)
1391     ret[i]=id+i;
1392   return ret;
1393 }
1394
1395 void MEDFileUMeshSplitL1::TraduceFamilyNumber(const std::vector< std::vector<int> >& fidsGrps, std::map<std::string,int>& familyIds,
1396                                               std::map<int,int>& famIdTrad, std::map<int,std::string>& newfams)
1397 {
1398   std::set<int> allfids;
1399   //tony
1400 }
1401
1402 void MEDFileUMeshSplitL1::computeRevNum() const
1403 {
1404   int pos;
1405   int maxValue=_num->getMaxValue(pos);
1406   _rev_num=_num->invertArrayN2O2O2N(maxValue+1);
1407 }
1408
1409 //=
1410
1411 MEDFileUMeshAggregateCompute::MEDFileUMeshAggregateCompute():_mp_time(0),_m_time(0)
1412 {
1413 }
1414
1415 void MEDFileUMeshAggregateCompute::setName(const std::string& name)
1416 {
1417   if(_m_time>=_mp_time)
1418     {
1419       MEDCouplingUMesh *um(_m);
1420       if(um)
1421         um->setName(name);
1422     }
1423   if(_mp_time>=_m_time)
1424     {
1425       for(std::vector< MCAuto<MEDCoupling1GTUMesh> >::iterator it=_m_parts.begin();it!=_m_parts.end();it++)
1426         {
1427           MEDCoupling1GTUMesh *tmp(*it);
1428           if(tmp)
1429             tmp->setName(name);
1430         }
1431     }
1432 }
1433
1434 void MEDFileUMeshAggregateCompute::assignParts(const std::vector< const MEDCoupling1GTUMesh * >& mParts)
1435 {
1436   std::size_t sz(mParts.size());
1437   std::vector< MCAuto<MEDCoupling1GTUMesh> > ret(sz);
1438   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
1439     {
1440       const MEDCoupling1GTUMesh *elt(mParts[i]);
1441       if(!elt)
1442         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::assignParts : presence of null pointer !");
1443       ret[i]=const_cast<MEDCoupling1GTUMesh *>(elt); elt->incrRef();
1444     }
1445   _m_parts=ret;
1446   _part_def.clear(); _part_def.resize(sz);
1447   _mp_time=std::max(_mp_time,_m_time)+1;
1448   _m=0;
1449 }
1450
1451 void MEDFileUMeshAggregateCompute::assignDefParts(const std::vector<const PartDefinition *>& partDefs)
1452 {
1453   if(_mp_time<_m_time)
1454     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::assignDefParts : the parts require a computation !");
1455   std::size_t sz(partDefs.size());
1456   if(_part_def.size()!=partDefs.size() || _part_def.size()!=_m_parts.size())
1457     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::assignDefParts : sizes of vectors of part definition mismatch !");
1458   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
1459     {
1460       const PartDefinition *elt(partDefs[i]);
1461       if(elt)
1462         elt->incrRef();
1463       _part_def[i]=const_cast<PartDefinition*>(elt);
1464     }
1465 }
1466
1467 void MEDFileUMeshAggregateCompute::assignUMesh(MEDCouplingUMesh *m)
1468 {
1469   _m=m;
1470   _m_parts.clear();
1471   _m_time=std::max(_mp_time,_m_time)+1;
1472 }
1473
1474 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMeshAggregateCompute::getUmesh() const
1475 {
1476   if(_mp_time<=_m_time)
1477     return _m;
1478   std::vector< const MEDCoupling1GTUMesh *> mp(_m_parts.size());
1479   std::copy(_m_parts.begin(),_m_parts.end(),mp.begin());
1480   _m=MEDCoupling1GTUMesh::AggregateOnSameCoordsToUMesh(mp);
1481   _m_parts.clear();//to avoid memory peak !
1482   _m_time=_mp_time+1;//+1 is important ! That is to say that only _m is OK not _m_parts because cleared !
1483   return _m;
1484 }
1485
1486 int MEDFileUMeshAggregateCompute::getNumberOfCells() const
1487 {
1488   if(_mp_time<=_m_time)
1489     return _m->getNumberOfCells();
1490   int ret(0);
1491   for(std::vector< MCAuto<MEDCoupling1GTUMesh> >::const_iterator it=_m_parts.begin();it!=_m_parts.end();it++)
1492     ret+=(*it)->getNumberOfCells();
1493   return ret;
1494 }
1495
1496 std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> MEDFileUMeshAggregateCompute::getGeoTypes() const
1497 {
1498   if(_mp_time>=_m_time)
1499     {
1500       std::size_t sz(_m_parts.size());
1501       std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> ret(sz);
1502       for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
1503         ret[i]=_m_parts[i]->getCellModelEnum();
1504       return ret;
1505     }
1506   else
1507     return _m->getAllGeoTypesSorted();
1508 }
1509
1510 int MEDFileUMeshAggregateCompute::getNumberOfCellsWithType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType ct) const
1511 {
1512   if(_mp_time>=_m_time)
1513     {
1514       for(std::vector< MCAuto<MEDCoupling1GTUMesh> >::const_iterator it=_m_parts.begin();it!=_m_parts.end();it++)
1515         {
1516           const MEDCoupling1GTUMesh *elt(*it);
1517           if(elt && elt->getCellModelEnum()==ct)
1518             return elt->getNumberOfCells();
1519         }
1520       return 0;
1521     }
1522   else
1523     return _m->getNumberOfCellsWithType(ct);
1524 }
1525
1526 std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *> MEDFileUMeshAggregateCompute::retrievePartsWithoutComputation() const
1527 {
1528   if(_mp_time<_m_time)
1529     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getPartsWithoutComputation : the parts require a computation !");
1530   //
1531   std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *> ret(_m_parts.size());
1532   std::size_t i(0);
1533   for(std::vector< MCAuto<MEDCoupling1GTUMesh> >::const_iterator it=_m_parts.begin();it!=_m_parts.end();it++,i++)
1534     {
1535       const MEDCoupling1GTUMesh *elt(*it);
1536       ret[i]=const_cast<MEDCoupling1GTUMesh *>(elt);
1537     }
1538   return ret;
1539 }
1540
1541 std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *> MEDFileUMeshAggregateCompute::getParts() const
1542 {
1543   if(_mp_time<_m_time)
1544     forceComputationOfPartsFromUMesh();
1545   return retrievePartsWithoutComputation();
1546 }
1547
1548 MEDCoupling1GTUMesh *MEDFileUMeshAggregateCompute::retrievePartWithoutComputation(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
1549 {
1550   std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *> v(retrievePartsWithoutComputation());
1551   std::size_t sz(v.size());
1552   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
1553     {
1554       if(v[i])
1555         if(v[i]->getCellModelEnum()==gt)
1556           return v[i];
1557     }
1558   throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getPartWithoutComputation : the geometric type is not existing !");
1559 }
1560
1561 void MEDFileUMeshAggregateCompute::getStartStopOfGeoTypeWithoutComputation(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt, int& start, int& stop) const
1562 {
1563   start=0; stop=0;
1564   std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *> v(retrievePartsWithoutComputation());
1565   std::size_t sz(v.size());
1566   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
1567     {
1568       if(v[i])
1569         {
1570           if(v[i]->getCellModelEnum()==gt)
1571             {
1572               stop=start+v[i]->getNumberOfCells();
1573               return;
1574             }
1575           else
1576             start+=v[i]->getNumberOfCells();
1577         }
1578     }
1579   throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getStartStopOfGeoTypeWithoutComputation : the geometric type is not existing !");
1580 }
1581
1582 void MEDFileUMeshAggregateCompute::renumberNodesInConnWithoutComputation(const int *newNodeNumbersO2N)
1583 {
1584   if(_mp_time>_m_time)
1585     {
1586       for(std::vector< MCAuto<MEDCoupling1GTUMesh> >::iterator it=_m_parts.begin();it!=_m_parts.end();it++)
1587         {
1588           MEDCoupling1GTUMesh *m(*it);
1589           if(m)
1590             m->renumberNodesInConn(newNodeNumbersO2N);
1591         }
1592     }
1593   else
1594     {
1595       MEDCouplingUMesh *m(getUmesh());
1596       if(!m)
1597         return;
1598       m->renumberNodesInConn(newNodeNumbersO2N);
1599     }
1600 }
1601
1602 void MEDFileUMeshAggregateCompute::forceComputationOfPartsFromUMesh() const
1603 {
1604   const MEDCouplingUMesh *m(_m);
1605   if(!m)
1606     {
1607       if(_m_parts.empty())
1608         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::forceComputationOfPartsFromUMesh : null UMesh !");
1609       else
1610         return ;// no needs to compte parts they are already here !
1611     }
1612   std::vector<MEDCouplingUMesh *> ms(m->splitByType());
1613   std::vector< MCAuto<MEDCouplingUMesh> > msMSafe(ms.begin(),ms.end());
1614   std::size_t sz(msMSafe.size());
1615   _m_parts.resize(sz);
1616   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
1617     _m_parts[i]=MEDCoupling1GTUMesh::New(ms[i]);
1618   _part_def.clear();
1619   _part_def.resize(_m_parts.size());
1620   _mp_time=std::max(_mp_time,_m_time);
1621 }
1622
1623 const PartDefinition *MEDFileUMeshAggregateCompute::getPartDefOfWithoutComputation(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
1624 {
1625   if(_mp_time<_m_time)
1626     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getPartDefOfWithoutComputation : the parts require a computation !");
1627   if(_m_parts.size()!=_part_def.size())
1628     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getPartDefOfWithoutComputation : size of arrays are expected to be the same !");
1629   std::size_t sz(_m_parts.size());
1630   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
1631     {
1632       const MEDCoupling1GTUMesh *mesh(_m_parts[i]);
1633       if(mesh)
1634         if(mesh->getCellModelEnum()==gt)
1635           return _part_def[i];
1636     }
1637   throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getPartDefOfWithoutComputation : The input geo type is not existing in this !");
1638 }
1639
1640 void MEDFileUMeshAggregateCompute::serialize(std::vector<int>& tinyInt, std::vector< MCAuto<DataArrayInt> >& bigArraysI) const
1641 {
1642   if(_mp_time<_m_time)
1643     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::serialize : the parts require a computation !");
1644   std::size_t sz(_m_parts.size());
1645   tinyInt.push_back((int)sz);
1646   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
1647     {
1648       const MEDCoupling1GTUMesh *mesh(_m_parts[i]);
1649       if(!mesh)
1650         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::serialize : one part is empty !");
1651       tinyInt.push_back(mesh->getCellModelEnum());
1652       const MEDCoupling1SGTUMesh *mesh1(dynamic_cast<const MEDCoupling1SGTUMesh *>(mesh));
1653       const MEDCoupling1DGTUMesh *mesh2(dynamic_cast<const MEDCoupling1DGTUMesh *>(mesh));
1654       if(mesh1)
1655         {
1656           DataArrayInt *elt(mesh1->getNodalConnectivity());
1657           if(elt)
1658             elt->incrRef();
1659           MCAuto<DataArrayInt> elt1(elt);
1660           bigArraysI.push_back(elt1);
1661         }
1662       else if(mesh2)
1663         {
1664           DataArrayInt *elt1(mesh2->getNodalConnectivity()),*elt2(mesh2->getNodalConnectivityIndex());
1665           if(elt1)
1666             elt1->incrRef();
1667           if(elt2)
1668             elt2->incrRef();
1669           MCAuto<DataArrayInt> elt11(elt1),elt22(elt2);
1670           bigArraysI.push_back(elt11); bigArraysI.push_back(elt22);
1671         }
1672       else
1673         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::serialize : unrecognized single geo type mesh !");
1674       const PartDefinition *pd(_part_def[i]);
1675       if(!pd)
1676         tinyInt.push_back(-1);
1677       else
1678         {
1679           std::vector<int> tinyTmp;
1680           pd->serialize(tinyTmp,bigArraysI);
1681           tinyInt.push_back((int)tinyTmp.size());
1682           tinyInt.insert(tinyInt.end(),tinyTmp.begin(),tinyTmp.end());
1683         }
1684     }
1685 }
1686
1687 void MEDFileUMeshAggregateCompute::unserialize(const std::string& name, DataArrayDouble *coo, std::vector<int>& tinyInt, std::vector< MCAuto<DataArrayInt> >& bigArraysI)
1688 {
1689   int nbParts(tinyInt.back()); tinyInt.pop_back();
1690   _part_def.clear(); _part_def.resize(nbParts);
1691   _m_parts.clear(); _m_parts.resize(nbParts);
1692   for(int i=0;i<nbParts;i++)
1693     {
1694       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType tp((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType) tinyInt.back()); tinyInt.pop_back();
1695       MCAuto<MEDCoupling1GTUMesh> mesh(MEDCoupling1GTUMesh::New(name,tp));
1696       mesh->setCoords(coo);
1697       MEDCoupling1SGTUMesh *mesh1(dynamic_cast<MEDCoupling1SGTUMesh *>((MEDCoupling1GTUMesh *) mesh));
1698       MEDCoupling1DGTUMesh *mesh2(dynamic_cast<MEDCoupling1DGTUMesh *>((MEDCoupling1GTUMesh *) mesh));
1699       if(mesh1)
1700         {
1701           mesh1->setNodalConnectivity(bigArraysI.back()); bigArraysI.pop_back();
1702         }
1703       else if(mesh2)
1704         {
1705           MCAuto<DataArrayInt> elt0,elt1;
1706           elt0=bigArraysI.back(); bigArraysI.pop_back();
1707           elt1=bigArraysI.back(); bigArraysI.pop_back();
1708           mesh2->setNodalConnectivity(elt0,elt1);
1709         }
1710       else
1711         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::unserialize : unrecognized single geo type mesh !");
1712       _m_parts[i]=mesh;
1713       int pdid(tinyInt.back()); tinyInt.pop_back();
1714       if(pdid!=-1)
1715         _part_def[i]=PartDefinition::Unserialize(tinyInt,bigArraysI);
1716       _mp_time=std::max(_mp_time,_m_time)+1;
1717     }
1718 }
1719
1720 /*!
1721  * This method returns true if \a this is stored split by type false if stored in a merged unstructured mesh.
1722  */
1723 bool MEDFileUMeshAggregateCompute::isStoredSplitByType() const
1724 {
1725   return _mp_time>=_m_time;
1726 }
1727
1728 std::size_t MEDFileUMeshAggregateCompute::getTimeOfThis() const
1729 {
1730   if(_mp_time>_m_time)
1731     return getTimeOfParts();
1732   if(_m_time>_mp_time)
1733     return getTimeOfUMesh();
1734   return std::max(getTimeOfParts(),getTimeOfUMesh());
1735 }
1736
1737 std::size_t MEDFileUMeshAggregateCompute::getTimeOfParts() const
1738 {
1739   std::size_t ret(0);
1740   for(std::vector< MCAuto<MEDCoupling1GTUMesh> >::const_iterator it=_m_parts.begin();it!=_m_parts.end();it++)
1741     {
1742       const MEDCoupling1GTUMesh *elt(*it);
1743       if(!elt)
1744         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getTimeOfParts : null obj in parts !");
1745       ret=std::max(ret,elt->getTimeOfThis());
1746     }
1747   if(ret==0)
1748     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getTimeOfParts : parts is empty !");
1749   return ret;
1750 }
1751
1752 std::size_t MEDFileUMeshAggregateCompute::getTimeOfUMesh() const
1753 {
1754   const MEDCouplingUMesh *m(_m);
1755   if(!m)
1756     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getTimeOfUMesh : unmesh is null !");
1757   return m->getTimeOfThis();
1758 }
1759
1760 std::size_t MEDFileUMeshAggregateCompute::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
1761 {
1762   std::size_t ret(_m_parts.size()*sizeof(MCAuto<MEDCoupling1GTUMesh>));
1763   return ret;
1764 }
1765
1766 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileUMeshAggregateCompute::getDirectChildrenWithNull() const
1767 {
1768   std::vector<const BigMemoryObject *> ret;
1769   for(std::vector< MCAuto<MEDCoupling1GTUMesh> >::const_iterator it=_m_parts.begin();it!=_m_parts.end();it++)
1770     ret.push_back((const MEDCoupling1GTUMesh *)*it);
1771   ret.push_back((const MEDCouplingUMesh *)_m);
1772   return ret;
1773 }
1774
1775 MEDFileUMeshAggregateCompute MEDFileUMeshAggregateCompute::deepCopy(DataArrayDouble *coords) const
1776 {
1777   MEDFileUMeshAggregateCompute ret;
1778   ret._m_parts.resize(_m_parts.size());
1779   for(std::size_t i=0;i<_m_parts.size();i++)
1780     {
1781       const MEDCoupling1GTUMesh *elt(_m_parts[i]);
1782       if(elt)
1783         {
1784           ret._m_parts[i]=static_cast<MEDCoupling::MEDCoupling1GTUMesh*>(elt->deepCopy());
1785           ret._m_parts[i]->setCoords(coords);
1786         }
1787     }
1788   ret._mp_time=_mp_time; ret._m_time=_m_time;
1789   if((const MEDCouplingUMesh *)_m)
1790     {
1791       ret._m=static_cast<MEDCoupling::MEDCouplingUMesh*>(_m->deepCopy());
1792       ret._m->setCoords(coords);
1793     }
1794   std::size_t sz(_part_def.size());
1795   ret._part_def.clear(); ret._part_def.resize(sz);
1796   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
1797     {
1798       const PartDefinition *elt(_part_def[i]);
1799       if(elt)
1800         ret._part_def[i]=elt->deepCopy();
1801     }
1802   return ret;
1803 }
1804
1805 void MEDFileUMeshAggregateCompute::shallowCpyMeshes()
1806 {
1807   for(std::vector< MCAuto<MEDCoupling1GTUMesh> >::iterator it=_m_parts.begin();it!=_m_parts.end();it++)
1808     {
1809       const MEDCoupling1GTUMesh *elt(*it);
1810       if(elt)
1811         {
1812           MCAuto<MEDCouplingMesh> elt2(elt->clone(false));
1813           *it=DynamicCastSafe<MEDCouplingMesh,MEDCoupling1GTUMesh>(elt2);
1814         }
1815     }
1816   const MEDCouplingUMesh *m(_m);
1817   if(m)
1818     _m=m->clone(false);
1819 }
1820
1821 bool MEDFileUMeshAggregateCompute::isEqual(const MEDFileUMeshAggregateCompute& other, double eps, std::string& what) const
1822 {
1823   const MEDCouplingUMesh *m1(getUmesh());
1824   const MEDCouplingUMesh *m2(other.getUmesh());
1825   if((m1==0 && m2!=0) || (m1!=0 && m2==0))
1826     {
1827       what="Presence of mesh in one sublevel and not in other!";
1828       return false;
1829     }
1830   if(m1)
1831     {
1832       std::string what2;
1833       if(!m1->isEqualIfNotWhy(m2,eps,what2))
1834         {
1835           what=std::string("meshes at a sublevel are not deeply equal (")+what2+std::string(")!");
1836           return false;
1837         }
1838     }
1839   std::size_t sz(_part_def.size());
1840   if(sz!=other._part_def.size())
1841     {
1842       what=std::string("number of subdivision per geo type for part definition is not the same !");
1843       return false;
1844     }
1845   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
1846     {
1847       const PartDefinition *pd0(_part_def[i]),*pd1(other._part_def[i]);
1848       if(!pd0 && !pd1)
1849         continue;
1850       if((!pd0 && pd1) || (pd0 && !pd1))
1851         {
1852           what=std::string("a cell part def is defined only for one among this or other !");
1853           return false;
1854         }
1855       bool ret(pd0->isEqual(pd1,what));
1856       if(!ret)
1857         return false;
1858     }
1859   return true;
1860 }
1861
1862 void MEDFileUMeshAggregateCompute::checkConsistency() const
1863 {
1864   if(_mp_time >= _m_time)
1865     for(std::vector< MCAuto<MEDCoupling1GTUMesh> >::const_iterator it=_m_parts.begin();
1866         it!=_m_parts.end(); it++)
1867       (*it)->checkConsistency();
1868   else
1869     _m->checkConsistency();
1870 }
1871
1872 void MEDFileUMeshAggregateCompute::clearNonDiscrAttributes() const
1873 {
1874   for(std::vector< MCAuto<MEDCoupling1GTUMesh> >::const_iterator it=_m_parts.begin();it!=_m_parts.end();it++)
1875     MEDFileUMeshSplitL1::ClearNonDiscrAttributes(*it);
1876   MEDFileUMeshSplitL1::ClearNonDiscrAttributes(_m);
1877 }
1878
1879 void MEDFileUMeshAggregateCompute::synchronizeTinyInfo(const MEDFileMesh& master) const
1880 {
1881   for(std::vector< MCAuto<MEDCoupling1GTUMesh> >::const_iterator it=_m_parts.begin();it!=_m_parts.end();it++)
1882     {
1883       const MEDCoupling1GTUMesh *tmp(*it);
1884       if(tmp)
1885         {
1886           (const_cast<MEDCoupling1GTUMesh *>(tmp))->setName(master.getName().c_str());
1887           (const_cast<MEDCoupling1GTUMesh *>(tmp))->setDescription(master.getDescription().c_str());
1888           (const_cast<MEDCoupling1GTUMesh *>(tmp))->setTime(master.getTimeValue(),master.getIteration(),master.getOrder());
1889           (const_cast<MEDCoupling1GTUMesh *>(tmp))->setTimeUnit(master.getTimeUnit());
1890         }
1891     }
1892   const MEDCouplingUMesh *m(_m);
1893   if(m)
1894     {
1895       (const_cast<MEDCouplingUMesh *>(m))->setName(master.getName().c_str());
1896       (const_cast<MEDCouplingUMesh *>(m))->setDescription(master.getDescription().c_str());
1897       (const_cast<MEDCouplingUMesh *>(m))->setTime(master.getTimeValue(),master.getIteration(),master.getOrder());
1898       (const_cast<MEDCouplingUMesh *>(m))->setTimeUnit(master.getTimeUnit());
1899     }
1900 }
1901
1902 bool MEDFileUMeshAggregateCompute::empty() const
1903 {
1904   if(_mp_time<_m_time)
1905     return ((const MEDCouplingUMesh *)_m)==0;
1906   //else _mp_time>=_m_time)
1907   return _m_parts.empty();
1908 }
1909
1910 int MEDFileUMeshAggregateCompute::getMeshDimension() const
1911 {
1912   if(_mp_time<_m_time)
1913     {
1914       const MEDCouplingUMesh *m(_m);
1915       if(!m)
1916         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getMeshDimension : no umesh in this !");
1917       return m->getMeshDimension();
1918     }
1919   else
1920     {
1921       if(_m_parts.empty())
1922         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getMeshDimension : part mesh is empty !");
1923       const MEDCoupling1GTUMesh *m(_m_parts[0]);
1924       if(!m)
1925         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getMeshDimension : part mesh contains null instance !");
1926       return m->getMeshDimension();
1927     }
1928 }
1929
1930 std::vector<int> MEDFileUMeshAggregateCompute::getDistributionOfTypes() const
1931 {
1932   if(_mp_time<_m_time)
1933     {
1934       const MEDCouplingUMesh *m(_m);
1935       if(!m)
1936         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getDistributionOfTypes : no umesh in this !");
1937       return m->getDistributionOfTypes();
1938     }
1939   else
1940     {
1941       std::vector<int> ret;
1942       for(std::vector< MCAuto<MEDCoupling1GTUMesh> >::const_iterator it=_m_parts.begin();it!=_m_parts.end();it++)
1943         {
1944           const MEDCoupling1GTUMesh *tmp(*it);
1945           if(!tmp)
1946             throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getDistributionOfTypes : part mesh contains null instance !");
1947           std::vector<int> ret0(tmp->getDistributionOfTypes());
1948           ret.insert(ret.end(),ret0.begin(),ret0.end());
1949         }
1950       return ret;
1951     }
1952 }
1953
1954 int MEDFileUMeshAggregateCompute::getSize() const
1955 {
1956   if(_mp_time<_m_time)
1957     {
1958       const MEDCouplingUMesh *m(_m);
1959       if(!m)
1960         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getSize : no umesh in this !");
1961       return m->getNumberOfCells();
1962     }
1963   else
1964     {
1965       int ret=0;
1966       for(std::vector< MCAuto<MEDCoupling1GTUMesh> >::const_iterator it=_m_parts.begin();it!=_m_parts.end();it++)
1967         {
1968           const MEDCoupling1GTUMesh *m(*it);
1969           if(!m)
1970             throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getSize : part mesh contains null instance !");
1971           ret+=m->getNumberOfCells();
1972         }
1973       return ret;
1974     }
1975 }
1976
1977 void MEDFileUMeshAggregateCompute::setCoords(DataArrayDouble *coords)
1978 {
1979   for(std::vector< MCAuto<MEDCoupling1GTUMesh> >::iterator it=_m_parts.begin();it!=_m_parts.end();it++)
1980     {
1981       MEDCoupling1GTUMesh *tmp(*it);
1982       if(tmp)
1983         (*it)->setCoords(coords);
1984     }
1985   MEDCouplingUMesh *m(_m);
1986   if(m)
1987     m->setCoords(coords);
1988 }