src/MEDLoader/MEDFileMeshLL.cxx

   1 // Copyright (C) 2007-2012  CEA/DEN, EDF R&D
   2 //
   3 // This library is free software; you can redistribute it and/or
   4 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
   5 // License as published by the Free Software Foundation; either
   6 // version 2.1 of the License.
   7 //
   8 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
   9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  11 // Lesser General Public License for more details.
  12 //
  13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  16 //
  17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  18 //
  19 // Author : Anthony Geay (CEA/DEN)
  20
  21 #include "MEDFileMeshLL.hxx"
  22 #include "MEDFileMesh.hxx"
  23 #include "MEDLoaderBase.hxx"
  24
  25 #include "MEDCouplingUMesh.hxx"
  26
  27 #include "InterpKernelAutoPtr.hxx"
  28 #include "CellModel.hxx"
  29
  30 #include <set>
  31
  32 extern med_geometry_type typmai[MED_N_CELL_FIXED_GEO];
  33 extern INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typmai2[MED_N_CELL_FIXED_GEO];
  34 extern med_geometry_type typmainoeud[1];
  35
  36 using namespace ParaMEDMEM;
  37
  38 MEDFileMeshL2::MEDFileMeshL2():_name(MED_NAME_SIZE),_description(MED_COMMENT_SIZE),_dt_unit(MED_LNAME_SIZE)
  39 {
  40 }
  41
  42 int MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(med_idt fid, const char *mname, ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType& meshType, int& dt, int& it, std::string& dtunit1) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
  43 {
  44   med_mesh_type type_maillage;
  45   char maillage_description[MED_COMMENT_SIZE+1];
  46   char dtunit[MED_LNAME_SIZE+1];
  47   med_int spaceDim,dim;
  48   char nommaa[MED_NAME_SIZE+1];
  49   med_int n=MEDnMesh(fid);
  50   bool found=false;
  51   int ret=-1;
  52   med_sorting_type stype;
  53   std::vector<std::string> ms;
  54   int nstep;
  55   med_axis_type axistype;
  56   for(int i=0;i<n && !found;i++)
  57     {
  58       int naxis=MEDmeshnAxis(fid,i+1);
  59       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> axisname=MEDLoaderBase::buildEmptyString(naxis*MED_SNAME_SIZE);
  60       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> axisunit=MEDLoaderBase::buildEmptyString(naxis*MED_SNAME_SIZE);
  61       MEDmeshInfo(fid,i+1,nommaa,&spaceDim,&dim,&type_maillage,maillage_description,dtunit,&stype,&nstep,&axistype,axisname,axisunit);
  62       dtunit1=MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(dtunit,sizeof(dtunit));
  63       std::string cur=MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(nommaa,sizeof(nommaa));
  64       ms.push_back(cur);
  65       if(cur==mname)
  66         {
  67           found=true;
  68           ret=i+1;
  69         }
  70     }
  71   if(!found)
  72     {
  73       std::ostringstream oss;
  74       oss << "No such meshname (" << mname <<  ") in file ! Must be in :";
  75       std::copy(ms.begin(),ms.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss,", "));
  76       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
  77     }
  78   switch(type_maillage)
  79     {
  80     case MED_UNSTRUCTURED_MESH:
  81       meshType=UNSTRUCTURED;
  82       break;
  83     case MED_STRUCTURED_MESH:
  84       {
  85         med_grid_type gt;
  86         MEDmeshGridTypeRd(fid,mname,&gt);
  87         switch(gt)
  88           {
  89           case MED_CARTESIAN_GRID:
  90             meshType=CARTESIAN;
  91             break;
  92           case MED_CURVILINEAR_GRID:
  93             meshType=CURVE_LINEAR;
  94             break;
  95           default:
  96             throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshL2::getMeshIdFromName : unrecognized structured mesh type ! Supported are :\n - cartesian\n - curve linear\n");
  97           }
  98         break;
  99       }
 100     default:
 101       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshL2::getMeshIdFromName : unrecognized mesh type !");
 102     }
 103   med_int numdt,numit;
 104   med_float dtt;
 105   MEDmeshComputationStepInfo(fid,mname,1,&numdt,&numit,&dtt);
 106   dt=numdt; it=numit;
 107   return ret;
 108 }
 109
 110 double MEDFileMeshL2::CheckMeshTimeStep(med_idt fid, const char *mName, int nstep, int dt, int it) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 111 {
 112   bool found=false;
 113   med_int numdt,numit;
 114   med_float dtt;
 115   std::vector< std::pair<int,int> > p(nstep);
 116   for(int i=0;i<nstep;i++)
 117     {
 118       MEDmeshComputationStepInfo(fid,mName,i+1,&numdt,&numit,&dtt);
 119       p[i]=std::make_pair<int,int>(numdt,numit);
 120       found=(numdt==dt) && (numit==numit);
 121     }
 122   if(!found)
 123     {
 124       std::ostringstream oss; oss << "No such iteration=" << dt << ",order=" << it << " numbers found for mesh '" << mName << "' ! ";
 125       oss << "Possibilities are : ";
 126       for(int i=0;i<nstep;i++)
 127         oss << "(" << p[i].first << "," << p[i].second << "), ";
 128       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 129     }
 130   return dtt;
 131 }
 132
 133 std::vector<std::string> MEDFileMeshL2::getAxisInfoOnMesh(med_idt fid, int mId, const char *mName, ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType& meshType, int& nstep, int& Mdim) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 134 {
 135   med_mesh_type type_maillage;
 136   med_int spaceDim;
 137   med_sorting_type stype;
 138   med_axis_type axistype;
 139   int naxis=MEDmeshnAxis(fid,mId);
 140   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> nameTmp=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_NAME_SIZE);
 141   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> axisname=MEDLoaderBase::buildEmptyString(naxis*MED_SNAME_SIZE);
 142   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> axisunit=MEDLoaderBase::buildEmptyString(naxis*MED_SNAME_SIZE);
 143   if(MEDmeshInfo(fid,mId,nameTmp,&spaceDim,&Mdim,&type_maillage,_description.getPointer(),_dt_unit.getPointer(),
 144                  &stype,&nstep,&axistype,axisname,axisunit)!=0)
 145     throw INTERP_KERNEL::Exception("A problem has been detected when trying to get info on mesh !");
 146   switch(type_maillage)
 147     {
 148     case MED_UNSTRUCTURED_MESH:
 149       meshType=UNSTRUCTURED;
 150       break;
 151     case MED_STRUCTURED_MESH:
 152       {
 153         med_grid_type gt;
 154         MEDmeshGridTypeRd(fid,mName,&gt);
 155         switch(gt)
 156           {
 157           case MED_CARTESIAN_GRID:
 158             meshType=CARTESIAN;
 159             break;
 160           case MED_CURVILINEAR_GRID:
 161             meshType=CURVE_LINEAR;
 162             break;
 163           default:
 164             throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshL2::getAxisInfoOnMesh : unrecognized structured mesh type ! Supported are :\n - cartesian\n - curve linear\n");
 165           }
 166         break;
 167       }
 168     default:
 169       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshL2::getMeshIdFromName : unrecognized mesh type !");
 170     }
 171   //
 172   std::vector<std::string> infosOnComp(naxis);
 173   for(int i=0;i<naxis;i++)
 174     {
 175       std::string info=MEDLoaderBase::buildUnionUnit(((char *)axisname)+i*MED_SNAME_SIZE,MED_SNAME_SIZE,((char *)axisunit)+i*MED_SNAME_SIZE,MED_SNAME_SIZE);
 176       infosOnComp[i]=info;
 177     }
 178   return infosOnComp;
 179 }
 180
 181 void MEDFileMeshL2::ReadFamiliesAndGrps(med_idt fid, const char *meshName, std::map<std::string,int>& fams, std::map<std::string, std::vector<std::string> >& grps)
 182 {
 183   char nomfam[MED_NAME_SIZE+1];
 184   med_int numfam;
 185   int nfam=MEDnFamily(fid,meshName);
 186   for(int i=0;i<nfam;i++)
 187     {
 188       int ngro=MEDnFamilyGroup(fid,meshName,i+1);
 189       med_int natt=MEDnFamily23Attribute(fid,meshName,i+1);
 190       INTERP_KERNEL::AutoPtr<med_int> attide=new med_int[natt];
 191       INTERP_KERNEL::AutoPtr<med_int> attval=new med_int[natt];
 192       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> attdes=new char[MED_COMMENT_SIZE*natt+1];
 193       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> gro=new char[MED_LNAME_SIZE*ngro+1];
 194       MEDfamily23Info(fid,meshName,i+1,nomfam,attide,attval,attdes,&numfam,gro);
 195       std::string famName=MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(nomfam,MED_NAME_SIZE);
 196       fams[famName]=numfam;
 197       for(int j=0;j<ngro;j++)
 198         {
 199           std::string groupname=MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(gro+j*MED_LNAME_SIZE,MED_LNAME_SIZE);
 200           grps[groupname].push_back(famName);
 201         }
 202     }
 203 }
 204
 205 void MEDFileMeshL2::WriteFamiliesAndGrps(med_idt fid, const char *mname, const std::map<std::string,int>& fams, const std::map<std::string, std::vector<std::string> >& grps, int tooLongStrPol)
 206 {
 207   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=fams.begin();it!=fams.end();it++)
 208     {
 209       std::vector<std::string> grpsOfFam;
 210       for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it1=grps.begin();it1!=grps.end();it1++)
 211         {
 212           if(std::find((*it1).second.begin(),(*it1).second.end(),(*it).first)!=(*it1).second.end())
 213             grpsOfFam.push_back((*it1).first);
 214         }
 215       int ngro=grpsOfFam.size();
 216       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> groName=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_LNAME_SIZE*ngro);
 217       int i=0;
 218       for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=grpsOfFam.begin();it2!=grpsOfFam.end();it2++,i++)
 219         MEDLoaderBase::safeStrCpy2((*it2).c_str(),MED_LNAME_SIZE-1,groName+i*MED_LNAME_SIZE,tooLongStrPol);
 220       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> famName=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_NAME_SIZE);
 221       MEDLoaderBase::safeStrCpy((*it).first.c_str(),MED_NAME_SIZE,famName,tooLongStrPol);
 222       int ret=MEDfamilyCr(fid,mname,famName,(*it).second,ngro,groName);
 223       ret++;
 224     }
 225 }
 226
 227 MEDFileUMeshL2::MEDFileUMeshL2()
 228 {
 229 }
 230
 231 void MEDFileUMeshL2::loadAll(med_idt fid, int mId, const char *mName, int dt, int it)
 232 {
 233   _name.set(mName);
 234   int nstep;
 235   int Mdim;
 236   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
 237   std::vector<std::string> infosOnComp=getAxisInfoOnMesh(fid,mId,mName,meshType,nstep,Mdim);
 238   if(meshType!=UNSTRUCTURED)
 239     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh type ! You are expected an unstructured one whereas in file it is not an unstructured !");
 240   _time=CheckMeshTimeStep(fid,mName,nstep,dt,it);
 241   _iteration=dt;
 242   _order=it;
 243   loadConnectivity(fid,Mdim,mName,dt,it);//to improve check (dt,it) coherency
 244   loadCoords(fid,mId,infosOnComp,mName,dt,it);
 245 }
 246
 247 void MEDFileUMeshL2::loadConnectivity(med_idt fid, int mdim, const char *mName, int dt, int it)
 248 {
 249   _per_type_mesh.resize(1);
 250   _per_type_mesh[0].clear();
 251   for(int j=0;j<MED_N_CELL_FIXED_GEO;j++)
 252     {
 253       MEDFileUMeshPerType *tmp=MEDFileUMeshPerType::New(fid,mName,dt,it,mdim,typmai[j],typmai2[j]);
 254       if(tmp)
 255         _per_type_mesh[0].push_back(tmp);
 256     }
 257   sortTypes();
 258 }
 259
 260 void MEDFileUMeshL2::loadCoords(med_idt fid, int mId, const std::vector<std::string>& infosOnComp, const char *mName, int dt, int it) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 261 {
 262   int spaceDim=infosOnComp.size();
 263   med_bool changement,transformation;
 264   int nCoords=MEDmeshnEntity(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NONE,MED_COORDINATE,MED_NO_CMODE,&changement,&transformation);
 265   _coords=DataArrayDouble::New();
 266   _coords->alloc(nCoords,spaceDim);
 267   double *coordsPtr=_coords->getPointer();
 268   MEDmeshNodeCoordinateRd(fid,mName,dt,it,MED_FULL_INTERLACE,coordsPtr);
 269   _fam_coords=DataArrayInt::New();
 270   _fam_coords->alloc(nCoords,1);
 271   _num_coords=DataArrayInt::New();
 272   _num_coords->alloc(nCoords,1);
 273   if(MEDmeshnEntity(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,MED_FAMILY_NUMBER,MED_NODAL,&changement,&transformation)>0)
 274     MEDmeshEntityFamilyNumberRd(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,_fam_coords->getPointer());
 275   else
 276     _fam_coords=0;
 277   if(MEDmeshnEntity(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,MED_NUMBER,MED_NODAL,&changement,&transformation)>0)
 278     MEDmeshEntityNumberRd(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,_num_coords->getPointer());
 279   else
 280     _num_coords=0;
 281   for(int i=0;i<spaceDim;i++)
 282     _coords->setInfoOnComponent(i,infosOnComp[i].c_str());
 283 }
 284
 285 void MEDFileUMeshL2::sortTypes()
 286 {
 287   std::set<int> mdims;
 288   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> > tmp(_per_type_mesh[0]);
 289   _per_type_mesh.clear();
 290   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >::const_iterator it=tmp.begin();it!=tmp.end();it++)
 291     mdims.insert((*it)->getDim());
 292   if(mdims.empty())
 293     return;
 294   int mdim=*mdims.rbegin();
 295   _per_type_mesh.resize(mdim+1);
 296   for(int dim=mdim+1;dim!=0;dim--)
 297     {
 298       std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >& elt=_per_type_mesh[mdim+1-dim];
 299       for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >::const_iterator it=tmp.begin();it!=tmp.end();it++)
 300         if((*it)->getDim()==dim-1)
 301           elt.push_back(*it);
 302     }
 303   // suppression of contiguous empty levels at the end of _per_type_mesh.
 304   int nbOfUselessLev=0;
 305   bool isFirst=true;
 306   for(std::vector< std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> > >::reverse_iterator it2=_per_type_mesh.rbegin();it2!=_per_type_mesh.rend();it2++)
 307     {
 308       if((*it2).empty() && isFirst)
 309         {
 310           nbOfUselessLev++;
 311         }
 312       else
 313         isFirst=false;
 314     }
 315   _per_type_mesh.resize(_per_type_mesh.size()-nbOfUselessLev);
 316 }
 317
 318 void MEDFileUMeshL2::WriteCoords(med_idt fid, const char *mname, int dt, int it, double time, const DataArrayDouble *coords, const DataArrayInt *famCoords, const DataArrayInt *numCoords)
 319 {
 320   if(!coords)
 321     return ;
 322   MEDmeshNodeCoordinateWr(fid,mname,dt,it,time,MED_FULL_INTERLACE,coords->getNumberOfTuples(),coords->getConstPointer());
 323   if(famCoords)
 324     MEDmeshEntityFamilyNumberWr(fid,mname,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,famCoords->getNumberOfTuples(),famCoords->getConstPointer());
 325   if(numCoords)
 326     MEDmeshEntityNumberWr(fid,mname,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,numCoords->getNumberOfTuples(),numCoords->getConstPointer());
 327 }
 328
 329 bool MEDFileUMeshL2::isFamDefinedOnLev(int levId) const
 330 {
 331   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >::const_iterator it=_per_type_mesh[levId].begin();it!=_per_type_mesh[levId].end();it++)
 332     if((*it)->getFam()==0)
 333       return false;
 334   return true;
 335 }
 336
 337 bool MEDFileUMeshL2::isNumDefinedOnLev(int levId) const
 338 {
 339   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >::const_iterator it=_per_type_mesh[levId].begin();it!=_per_type_mesh[levId].end();it++)
 340     if((*it)->getNum()==0)
 341       return false;
 342   return true;
 343 }
 344
 345 MEDFileCMeshL2::MEDFileCMeshL2()
 346 {
 347 }
 348
 349 void MEDFileCMeshL2::loadAll(med_idt fid, int mId, const char *mName, int dt, int it) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 350 {
 351   _name.set(mName);
 352   int nstep;
 353   int Mdim;
 354   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
 355   std::vector<std::string> infosOnComp=getAxisInfoOnMesh(fid,mId,mName,meshType,nstep,Mdim);
 356   if(meshType!=CARTESIAN)
 357     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh type ! You are expected a structured one whereas in file it is not a structured !");
 358   _time=CheckMeshTimeStep(fid,mName,nstep,dt,it);
 359   _iteration=dt;
 360   _order=it;
 361   //
 362   med_grid_type gridtype;
 363   MEDmeshGridTypeRd(fid,mName,&gridtype);
 364   if(gridtype!=MED_CARTESIAN_GRID)
 365     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid structured mesh ! Expected cartesian mesh type !");
 366   _cmesh=MEDCouplingCMesh::New();
 367   for(int i=0;i<Mdim;i++)
 368     {
 369       med_data_type dataTypeReq=GetDataTypeCorrespondingToSpaceId(i);
 370       med_bool chgt=MED_FALSE,trsf=MED_FALSE;
 371       int nbOfElt=MEDmeshnEntity(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NONE,dataTypeReq,MED_NO_CMODE,&chgt,&trsf);
 372       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> da=DataArrayDouble::New();
 373       da->alloc(nbOfElt,1);
 374       da->setInfoOnComponent(0,infosOnComp[i].c_str());
 375       MEDmeshGridIndexCoordinateRd(fid,mName,dt,it,i+1,da->getPointer());
 376       _cmesh->setCoordsAt(i,da);
 377     }
 378 }
 379
 380 med_data_type MEDFileCMeshL2::GetDataTypeCorrespondingToSpaceId(int id) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 381 {
 382   switch(id)
 383     {
 384     case 0:
 385       return MED_COORDINATE_AXIS1;
 386     case 1:
 387       return MED_COORDINATE_AXIS2;
 388     case 2:
 389       return MED_COORDINATE_AXIS3;
 390     default:
 391       throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid meshdim detected in Cartesian Grid !");
 392     }
 393 }
 394
 395 MEDFileCLMeshL2::MEDFileCLMeshL2()
 396 {
 397 }
 398
 399 void MEDFileCLMeshL2::loadAll(med_idt fid, int mId, const char *mName, int dt, int it) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 400 {
 401   _name.set(mName);
 402   int nstep;
 403   int Mdim;
 404   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
 405   std::vector<std::string> infosOnComp=getAxisInfoOnMesh(fid,mId,mName,meshType,nstep,Mdim);
 406   if(meshType!=CURVE_LINEAR)
 407     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh type ! You are expected a structured one whereas in file it is not a structured !");
 408   _time=CheckMeshTimeStep(fid,mName,nstep,dt,it);
 409   _iteration=dt;
 410   _order=it;
 411   //
 412   _clmesh=MEDCouplingCurveLinearMesh::New();
 413   INTERP_KERNEL::AutoPtr<int> stGrid=new int[Mdim];
 414   MEDmeshGridStructRd(fid,mName,dt,it,stGrid);
 415   _clmesh->setNodeGridStructure(stGrid,((int *)stGrid)+Mdim);
 416   med_bool chgt=MED_FALSE,trsf=MED_FALSE;
 417   int nbNodes=MEDmeshnEntity(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NONE,MED_COORDINATE,MED_NO_CMODE,&chgt,&trsf);
 418   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> da=DataArrayDouble::New();
 419   da->alloc(nbNodes,infosOnComp.size());
 420   da->setInfoOnComponents(infosOnComp);
 421   MEDmeshNodeCoordinateRd(fid,mName,dt,it,MED_FULL_INTERLACE,da->getPointer());
 422   _clmesh->setCoords(da);
 423 }
 424
 425 MEDFileUMeshPermCompute::MEDFileUMeshPermCompute(const MEDFileUMeshSplitL1* st):_st(st),_mpt_time(0),_num_time(0)
 426 {
 427 }
 428
 429 /*!
 430  * Warning it returns an instance to deallocate !!!!
 431  */
 432 MEDFileUMeshPermCompute::operator MEDCouplingUMesh *() const
 433 {
 434   _st->_m_by_types->updateTime();
 435   _st->_num->updateTime();
 436   if((MEDCouplingUMesh *)_m==0)
 437     {
 438       updateTime();
 439       _m=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(_st->_m_by_types->deepCpy());
 440       _m->renumberCells(_st->_num->getConstPointer(),true);
 441       return _m.retn();
 442     }
 443   else
 444     {
 445       if(_mpt_time==_st->_m_by_types->getTimeOfThis() && _num_time==_st->_num->getTimeOfThis())
 446         return _m.retn();
 447       else
 448         {
 449           updateTime();
 450           _m=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(_st->_m_by_types->deepCpy());
 451           _m->renumberCells(_st->_num->getConstPointer(),true);
 452           return _m.retn();
 453         }
 454     }
 455 }
 456
 457 void MEDFileUMeshPermCompute::operator=(MEDCouplingUMesh *m)
 458 {
 459   _m=m;
 460 }
 461
 462 void MEDFileUMeshPermCompute::updateTime() const
 463 {
 464   _mpt_time=_st->_m_by_types->getTimeOfThis();
 465   _num_time=_st->_num->getTimeOfThis();
 466 }
 467
 468 MEDFileUMeshSplitL1::MEDFileUMeshSplitL1(const MEDFileUMeshSplitL1& other):_m_by_types(other._m_by_types),_fam(other._fam),_num(other._num),_rev_num(other._rev_num),_m(this)
 469 {
 470 }
 471
 472 MEDFileUMeshSplitL1::MEDFileUMeshSplitL1(const MEDFileUMeshL2& l2, const char *mName, int id):_m(this)
 473 {
 474   const std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >& v=l2.getLev(id);
 475   if(v.empty())
 476     return;
 477   int sz=v.size();
 478   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> > msMSafe(sz);
 479   std::vector<const MEDCouplingUMesh *> ms(sz);
 480   for(int i=0;i<sz;i++)
 481     {
 482       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> tmp=MEDCouplingUMesh::New("",v[i]->getDim());
 483       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> tmp2=l2.getCoords();
 484       tmp->setCoords(tmp2);
 485       tmp->setConnectivity(const_cast<DataArrayInt *>(v[i]->getNodal()),const_cast<DataArrayInt *>(v[i]->getNodalIndex()));
 486       ms[i]=tmp; msMSafe[i]=tmp;
 487     }
 488   _m_by_types=MEDCouplingUMesh::MergeUMeshesOnSameCoords(ms);
 489   _m_by_types->setName(mName);
 490   if(l2.isFamDefinedOnLev(id))
 491     {
 492       int nbOfCells=_m_by_types->getNumberOfCells();
 493       _fam=DataArrayInt::New();
 494       _fam->alloc(nbOfCells,1);
 495       int *w=_fam->getPointer();
 496       for(int i=0;i<sz;i++)
 497         w=std::copy(v[i]->getFam()->getConstPointer(),v[i]->getFam()->getConstPointer()+v[i]->getFam()->getNumberOfTuples(),w);
 498     }
 499   if(l2.isNumDefinedOnLev(id))
 500     {
 501       int nbOfCells=_m_by_types->getNumberOfCells();
 502       _num=DataArrayInt::New();
 503       _num->alloc(nbOfCells,1);
 504       int *w=_num->getPointer();
 505       for(int i=0;i<sz;i++)
 506         w=std::copy(v[i]->getNum()->getConstPointer(),v[i]->getNum()->getConstPointer()+v[i]->getNum()->getNumberOfTuples(),w);
 507       computeRevNum();
 508     }
 509 }
 510
 511 MEDFileUMeshSplitL1::MEDFileUMeshSplitL1(MEDCouplingUMesh *m):_m(this)
 512 {
 513   assignMesh(m,true);
 514 }
 515
 516 MEDFileUMeshSplitL1::MEDFileUMeshSplitL1(MEDCouplingUMesh *m, bool newOrOld):_m(this)
 517 {
 518   assignMesh(m,newOrOld);
 519 }
 520
 521 std::size_t MEDFileUMeshSplitL1::getHeapMemorySize() const
 522 {
 523   std::size_t ret=0;
 524   if((const MEDCouplingUMesh *)_m_by_types)
 525     {
 526       ret+=_m_by_types->getHeapMemorySize();
 527       if((const DataArrayDouble *)_m_by_types->getCoords())
 528         ret-=_m_by_types->getCoords()->getHeapMemorySize();
 529     }
 530   if((const  DataArrayInt*)_fam)
 531     ret+=_fam->getHeapMemorySize();
 532   if((const  DataArrayInt*)_num)
 533     ret+=_num->getHeapMemorySize();
 534   if((const  DataArrayInt*)_rev_num)
 535     ret+=_rev_num->getHeapMemorySize();
 536   return ret;
 537 }
 538
 539 MEDFileUMeshSplitL1 *MEDFileUMeshSplitL1::deepCpy() const
 540 {
 541   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> ret=new MEDFileUMeshSplitL1(*this);
 542   if((const MEDCouplingUMesh*)_m_by_types)
 543     ret->_m_by_types=static_cast<MEDCouplingUMesh*>(_m_by_types->deepCpy());
 544   if((const DataArrayInt *)_fam)
 545     ret->_fam=_fam->deepCpy();
 546   if((const DataArrayInt *)_num)
 547     ret->_num=_num->deepCpy();
 548   if((const DataArrayInt *)_rev_num)
 549     ret->_rev_num=_rev_num->deepCpy();
 550   return ret.retn();
 551 }
 552
 553 bool MEDFileUMeshSplitL1::isEqual(const MEDFileUMeshSplitL1 *other, double eps, std::string& what) const
 554 {
 555   const MEDCouplingUMesh *m1=_m_by_types;
 556   const MEDCouplingUMesh *m2=other->_m_by_types;
 557   if((m1==0 && m2!=0) || (m1!=0 && m2==0))
 558     {
 559       what="Presence of mesh in one sublevel and not in other!";
 560       return false;
 561     }
 562   if(m1)
 563     if(!m1->isEqual(m2,eps))
 564       {
 565         what="meshes at a sublevel are not deeply equal !";
 566         return false;
 567       }
 568   const DataArrayInt *d1=_fam;
 569   const DataArrayInt *d2=other->_fam;
 570   if((d1==0 && d2!=0) || (d1!=0 && d2==0))
 571     {
 572       what="Presence of family arr in one sublevel and not in other!";
 573       return false;
 574     }
 575   if(d1)
 576     if(!d1->isEqual(*d2))
 577       {
 578         what="family arr at a sublevel are not deeply equal !";
 579         return false;
 580       }
 581   d1=_num;
 582   d2=other->_num;
 583   if((d1==0 && d2!=0) || (d1!=0 && d2==0))
 584     {
 585       what="Presence of cell numbering arr in one sublevel and not in other!";
 586       return false;
 587     }
 588   if(d1)
 589     if(!d1->isEqual(*d2))
 590       {
 591         what="Numbering cell arr at a sublevel are not deeply equal !";
 592         return false;
 593       }
 594   return true;
 595 }
 596
 597 void MEDFileUMeshSplitL1::synchronizeTinyInfo(const MEDFileMesh& master) const
 598 {
 599   const MEDCouplingUMesh *tmp=_m_by_types;
 600   if(!tmp)
 601     return ;
 602   (const_cast<MEDCouplingUMesh *>(tmp))->setName(master.getName());
 603   (const_cast<MEDCouplingUMesh *>(tmp))->setDescription(master.getDescription());
 604   (const_cast<MEDCouplingUMesh *>(tmp))->setTime(master.getTimeValue(),master.getIteration(),master.getOrder());
 605   (const_cast<MEDCouplingUMesh *>(tmp))->setTimeUnit(master.getTimeUnit());
 606 }
 607
 608 void MEDFileUMeshSplitL1::clearNonDiscrAttributes() const
 609 {
 610   ClearNonDiscrAttributes(_m_by_types);
 611 }
 612
 613 void MEDFileUMeshSplitL1::ClearNonDiscrAttributes(const MEDCouplingMesh *tmp)
 614 {
 615   if(!tmp)
 616     return ;
 617   (const_cast<MEDCouplingMesh *>(tmp))->setName("");
 618   (const_cast<MEDCouplingMesh *>(tmp))->setDescription("");
 619   (const_cast<MEDCouplingMesh *>(tmp))->setTime(0.,-1,-1);
 620   (const_cast<MEDCouplingMesh *>(tmp))->setTimeUnit("");
 621 }
 622
 623 void MEDFileUMeshSplitL1::assignMesh(MEDCouplingUMesh *m, bool newOrOld) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 624 {
 625   if(newOrOld)
 626     {
 627       m->incrRef();
 628       _m=m;
 629       _m_by_types=(MEDCouplingUMesh *)m->deepCpy();
 630       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> da=_m_by_types->getRenumArrForConsecutiveCellTypesSpec(typmai2,typmai2+MED_N_CELL_FIXED_GEO);
 631       if(!da->isIdentity())
 632         {
 633           _num=da->invertArrayO2N2N2O(m->getNumberOfCells());
 634           _m.updateTime();
 635           computeRevNum();
 636           _m_by_types->renumberCells(da->getConstPointer(),false);
 637         }
 638     }
 639   else
 640     {
 641       if(!m->checkConsecutiveCellTypesAndOrder(typmai2,typmai2+MED_N_CELL_FIXED_GEO))
 642         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshSplitL1::assignMesh : the mode of mesh setting expects to follow the MED file numbering convention ! it is not the case !");
 643       m->incrRef();
 644       _m_by_types=m;
 645     }
 646   _fam=DataArrayInt::New();
 647   _fam->alloc(m->getNumberOfCells(),1);
 648   _fam->fillWithValue(0);
 649 }
 650
 651 bool MEDFileUMeshSplitL1::empty() const
 652 {
 653   return ((const MEDCouplingUMesh *)_m_by_types)==0;
 654 }
 655
 656 bool MEDFileUMeshSplitL1::presenceOfOneFams(const std::vector<int>& ids) const
 657 {
 658   const DataArrayInt *fam=_fam;
 659   if(!fam)
 660     return false;
 661   return fam->presenceOfValue(ids);
 662 }
 663
 664 int MEDFileUMeshSplitL1::getMeshDimension() const
 665 {
 666   return _m_by_types->getMeshDimension();
 667 }
 668
 669 void MEDFileUMeshSplitL1::simpleRepr(std::ostream& oss) const
 670 {
 671   std::vector<int> code=_m_by_types->getDistributionOfTypes();
 672   int nbOfTypes=code.size()/3;
 673   for(int i=0;i<nbOfTypes;i++)
 674     {
 675       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typ=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType) code[3*i];
 676       oss << "    - Number of cells with type " << INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(typ).getRepr() << " : " << code[3*i+1] << std::endl;
 677     }
 678 }
 679
 680 int MEDFileUMeshSplitL1::getSize() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 681 {
 682   if((const MEDCouplingUMesh *)_m_by_types==0)
 683     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshSplitL1::getSize : no mesh specified at level !");
 684   return _m_by_types->getNumberOfCells();
 685 }
 686
 687 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMeshSplitL1::getFamilyPart(const int *idsBg, const int *idsEnd, bool renum) const
 688 {
 689   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> eltsToKeep=_fam->getIdsEqualList(idsBg,idsEnd);
 690   MEDCouplingUMesh *m=(MEDCouplingUMesh *)_m_by_types->buildPartOfMySelf(eltsToKeep->getConstPointer(),eltsToKeep->getConstPointer()+eltsToKeep->getNumberOfTuples(),true);
 691   if(renum)
 692     return renumIfNeeded(m,eltsToKeep->getConstPointer());
 693   return m;
 694 }
 695
 696 DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::getFamilyPartArr(const int *idsBg, const int *idsEnd, bool renum) const
 697 {
 698   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> da=_fam->getIdsEqualList(idsBg,idsEnd);
 699   if(renum)
 700     return renumIfNeededArr(da);
 701   return da.retn();
 702 }
 703
 704 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMeshSplitL1::getWholeMesh(bool renum) const
 705 {
 706   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> tmp;
 707   if(renum)
 708     tmp=_m;
 709   else
 710     tmp=_m_by_types;
 711   return tmp.retn();
 712 }
 713
 714 DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::getOrCreateAndGetFamilyField() throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 715 {
 716   if((DataArrayInt *)_fam)
 717     return _fam;
 718   MEDCouplingUMesh *m(_m_by_types);
 719   if(!m)
 720     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshSplitL1::getOrCreateAndGetFamilyField : impossible to create a family field array because no mesh specified on this level !");
 721   int nbOfTuples=m->getNumberOfCells();
 722   _fam=DataArrayInt::New(); _fam->alloc(nbOfTuples,1); _fam->fillWithZero();
 723   return _fam;
 724 }
 725
 726 const DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::getFamilyField() const
 727 {
 728   return _fam;
 729 }
 730
 731 const DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::getNumberField() const
 732 {
 733   return _num;
 734 }
 735
 736 const DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::getRevNumberField() const
 737 {
 738   return _rev_num;
 739 }
 740
 741 void MEDFileUMeshSplitL1::eraseFamilyField()
 742 {
 743   _fam->fillWithZero();
 744 }
 745
 746 /*!
 747  * This method ignores _m and _m_by_types.
 748  */
 749 void MEDFileUMeshSplitL1::setGroupsFromScratch(const std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& ms, std::map<std::string,int>& familyIds,
 750                                                std::map<std::string, std::vector<std::string> >& groups) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 751 {
 752   std::vector< DataArrayInt * > corr;
 753   _m=MEDCouplingUMesh::FuseUMeshesOnSameCoords(ms,0,corr);
 754   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > corrMSafe(corr.begin(),corr.end());
 755   std::vector< std::vector<int> > fidsOfGroups;
 756   std::vector< const DataArrayInt * > corr2(corr.begin(),corr.end());
 757   _fam=DataArrayInt::MakePartition(corr2,((MEDCouplingUMesh *)_m)->getNumberOfCells(),fidsOfGroups);
 758   int nbOfCells=((MEDCouplingUMesh *)_m)->getNumberOfCells();
 759   std::map<int,std::string> newfams;
 760   std::map<int,int> famIdTrad;
 761   TraduceFamilyNumber(fidsOfGroups,familyIds,famIdTrad,newfams);
 762   int *w=_fam->getPointer();
 763   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,w++)
 764     *w=famIdTrad[*w];
 765 }
 766
 767 void MEDFileUMeshSplitL1::write(med_idt fid, const char *mName, int mdim) const
 768 {
 769   std::vector<MEDCouplingUMesh *> ms=_m_by_types->splitByType();
 770   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> > msMSafe(ms.begin(),ms.end());
 771   int start=0;
 772   for(std::vector<MEDCouplingUMesh *>::const_iterator it=ms.begin();it!=ms.end();it++)
 773     {
 774       int nbCells=(*it)->getNumberOfCells();
 775       int end=start+nbCells;
 776       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> fam,num;
 777       if((const DataArrayInt *)_fam)
 778         fam=_fam->substr(start,end);
 779       if((const DataArrayInt *)_num)
 780         num=_num->substr(start,end);
 781       MEDFileUMeshPerType::write(fid,mName,mdim,(*it),fam,num);
 782       start=end;
 783     }
 784 }
 785
 786 void MEDFileUMeshSplitL1::renumberNodesInConn(const int *newNodeNumbersO2N) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 787 {
 788   MEDCouplingUMesh *m(_m_by_types);
 789   if(!m)
 790     return;
 791   m->renumberNodesInConn(newNodeNumbersO2N);
 792 }
 793
 794 void MEDFileUMeshSplitL1::changeFamilyIdArr(int oldId, int newId) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 795 {
 796   DataArrayInt *arr=_fam;
 797   if(arr)
 798     arr->changeValue(oldId,newId);
 799 }
 800
 801 void MEDFileUMeshSplitL1::setFamilyArr(DataArrayInt *famArr)
 802 {
 803   if(!famArr)
 804     {
 805       _fam=0;
 806       return ;
 807     }
 808   MEDCouplingUMesh *mbt(_m_by_types);
 809   if(!mbt)
 810     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshSplitL1::setFamilyArr : no mesh defined on this level !");
 811   famArr->checkNbOfTuplesAndComp(mbt->getNumberOfCells(),1,"MEDFileUMeshSplitL1::setFamilyArr : Problem in size of Family arr ! ");
 812   famArr->incrRef();
 813   _fam=famArr;
 814 }
 815
 816 void MEDFileUMeshSplitL1::setRenumArr(DataArrayInt *renumArr)
 817 {
 818   if(!renumArr)
 819     {
 820       _num=0;
 821       _rev_num=0;
 822       return ;
 823     }
 824   MEDCouplingUMesh *mbt(_m_by_types);
 825   if(!mbt)
 826     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshSplitL1::setRenumArr : no mesh defined on this level !");
 827   renumArr->checkNbOfTuplesAndComp(mbt->getNumberOfCells(),1,"MEDFileUMeshSplitL1::setRenumArr : Problem in size of numbering arr ! ");
 828   renumArr->incrRef();
 829   _num=renumArr;
 830   computeRevNum();
 831 }
 832
 833 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMeshSplitL1::Renumber2(const DataArrayInt *renum, MEDCouplingUMesh *m, const int *cellIds)
 834 {
 835   if(renum==0)
 836     return m;
 837   if(cellIds==0)
 838     m->renumberCells(renum->getConstPointer(),true);
 839   else
 840     {
 841       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> locnum=renum->selectByTupleId(cellIds,cellIds+m->getNumberOfCells());
 842       m->renumberCells(locnum->getConstPointer(),true);
 843     }
 844   return m;
 845 }
 846
 847 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMeshSplitL1::renumIfNeeded(MEDCouplingUMesh *m, const int *cellIds) const
 848 {
 849   return Renumber2(_num,m,cellIds);
 850 }
 851
 852 DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::Renumber(const DataArrayInt *renum, const DataArrayInt *da)
 853 {
 854   if((const DataArrayInt *)renum==0)
 855     {
 856       da->incrRef();
 857       return const_cast<DataArrayInt *>(da);
 858     }
 859   return renum->selectByTupleId(da->getConstPointer(),da->getConstPointer()+da->getNumberOfTuples());
 860 }
 861
 862 DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::renumIfNeededArr(const DataArrayInt *da) const
 863 {
 864   return Renumber(_num,da);
 865 }
 866
 867 std::vector<int> MEDFileUMeshSplitL1::GetNewFamiliesNumber(int nb, const std::map<std::string,int>& families)
 868 {
 869   int id=-1;
 870   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=families.begin();it!=families.end();it++)
 871     id=std::max(id,(*it).second);
 872   if(id==-1)
 873     id=0;
 874   std::vector<int> ret(nb);
 875   for(int i=1;i<=nb;i++)
 876     ret[i]=id+i;
 877   return ret;
 878 }
 879
 880 void MEDFileUMeshSplitL1::TraduceFamilyNumber(const std::vector< std::vector<int> >& fidsGrps, std::map<std::string,int>& familyIds,
 881                                               std::map<int,int>& famIdTrad, std::map<int,std::string>& newfams)
 882 {
 883   std::set<int> allfids;
 884
 885 }
 886
 887 void MEDFileUMeshSplitL1::computeRevNum() const
 888 {
 889   int pos;
 890   int maxValue=_num->getMaxValue(pos);
 891   _rev_num=_num->invertArrayN2O2O2N(maxValue+1);
 892 }