src/MEDLoader/MEDFileMeshLL.cxx

   1 // Copyright (C) 2007-2013  CEA/DEN, EDF R&D
   2 //
   3 // This library is free software; you can redistribute it and/or
   4 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
   5 // License as published by the Free Software Foundation; either
   6 // version 2.1 of the License.
   7 //
   8 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
   9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  11 // Lesser General Public License for more details.
  12 //
  13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  16 //
  17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  18 //
  19 // Author : Anthony Geay (CEA/DEN)
  20
  21 #include "MEDFileMeshLL.hxx"
  22 #include "MEDFileMesh.hxx"
  23 #include "MEDLoaderBase.hxx"
  24 #include "MEDFileMeshReadSelector.hxx"
  25
  26 #include "MEDCouplingUMesh.hxx"
  27
  28 #include "InterpKernelAutoPtr.hxx"
  29 #include "CellModel.hxx"
  30
  31 #include <set>
  32
  33 extern med_geometry_type typmai[MED_N_CELL_FIXED_GEO];
  34 extern INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typmai2[MED_N_CELL_FIXED_GEO];
  35 extern med_geometry_type typmainoeud[1];
  36
  37 using namespace ParaMEDMEM;
  38
  39 MEDFileMeshL2::MEDFileMeshL2():_name(MED_NAME_SIZE),_description(MED_COMMENT_SIZE),_univ_name(MED_LNAME_SIZE),_dt_unit(MED_LNAME_SIZE)
  40 {
  41 }
  42
  43 std::size_t MEDFileMeshL2::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
  44 {
  45   return 0;
  46 }
  47
  48 std::vector<RefCountObject *> MEDFileMeshL2::getDirectChildren() const
  49 {
  50   return std::vector<RefCountObject *>();
  51 }
  52
  53 int MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(med_idt fid, const char *mname, ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType& meshType, int& dt, int& it, std::string& dtunit1) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
  54 {
  55   med_mesh_type type_maillage;
  56   char maillage_description[MED_COMMENT_SIZE+1];
  57   char dtunit[MED_LNAME_SIZE+1];
  58   med_int spaceDim,dim;
  59   char nommaa[MED_NAME_SIZE+1];
  60   med_int n=MEDnMesh(fid);
  61   bool found=false;
  62   int ret=-1;
  63   med_sorting_type stype;
  64   std::vector<std::string> ms;
  65   int nstep;
  66   med_axis_type axistype;
  67   for(int i=0;i<n && !found;i++)
  68     {
  69       int naxis=MEDmeshnAxis(fid,i+1);
  70       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> axisname=MEDLoaderBase::buildEmptyString(naxis*MED_SNAME_SIZE);
  71       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> axisunit=MEDLoaderBase::buildEmptyString(naxis*MED_SNAME_SIZE);
  72       MEDmeshInfo(fid,i+1,nommaa,&spaceDim,&dim,&type_maillage,maillage_description,dtunit,&stype,&nstep,&axistype,axisname,axisunit);
  73       dtunit1=MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(dtunit,sizeof(dtunit));
  74       std::string cur=MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(nommaa,sizeof(nommaa));
  75       ms.push_back(cur);
  76       if(cur==mname)
  77         {
  78           found=true;
  79           ret=i+1;
  80         }
  81     }
  82   if(!found)
  83     {
  84       std::ostringstream oss;
  85       oss << "No such meshname (" << mname <<  ") in file ! Must be in : ";
  86       std::copy(ms.begin(),ms.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss,", "));
  87       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
  88     }
  89   switch(type_maillage)
  90     {
  91     case MED_UNSTRUCTURED_MESH:
  92       meshType=UNSTRUCTURED;
  93       break;
  94     case MED_STRUCTURED_MESH:
  95       {
  96         med_grid_type gt;
  97         MEDmeshGridTypeRd(fid,mname,&gt);
  98         switch(gt)
  99           {
 100           case MED_CARTESIAN_GRID:
 101             meshType=CARTESIAN;
 102             break;
 103           case MED_CURVILINEAR_GRID:
 104             meshType=CURVE_LINEAR;
 105             break;
 106           default:
 107             throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshL2::getMeshIdFromName : unrecognized structured mesh type ! Supported are :\n - cartesian\n - curve linear\n");
 108           }
 109         break;
 110       }
 111     default:
 112       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshL2::getMeshIdFromName : unrecognized mesh type !");
 113     }
 114   med_int numdt,numit;
 115   med_float dtt;
 116   MEDmeshComputationStepInfo(fid,mname,1,&numdt,&numit,&dtt);
 117   dt=numdt; it=numit;
 118   return ret;
 119 }
 120
 121 double MEDFileMeshL2::CheckMeshTimeStep(med_idt fid, const char *mName, int nstep, int dt, int it) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 122 {
 123   bool found=false;
 124   med_int numdt,numit;
 125   med_float dtt;
 126   std::vector< std::pair<int,int> > p(nstep);
 127   for(int i=0;i<nstep;i++)
 128     {
 129       MEDmeshComputationStepInfo(fid,mName,i+1,&numdt,&numit,&dtt);
 130       p[i]=std::make_pair<int,int>(numdt,numit);
 131       found=(numdt==dt) && (numit==numit);
 132     }
 133   if(!found)
 134     {
 135       std::ostringstream oss; oss << "No such iteration=" << dt << ",order=" << it << " numbers found for mesh '" << mName << "' ! ";
 136       oss << "Possibilities are : ";
 137       for(int i=0;i<nstep;i++)
 138         oss << "(" << p[i].first << "," << p[i].second << "), ";
 139       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 140     }
 141   return dtt;
 142 }
 143
 144 std::vector<std::string> MEDFileMeshL2::getAxisInfoOnMesh(med_idt fid, int mId, const char *mName, ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType& meshType, int& nstep, int& Mdim) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 145 {
 146   med_mesh_type type_maillage;
 147   med_int spaceDim;
 148   med_sorting_type stype;
 149   med_axis_type axistype;
 150   int naxis=MEDmeshnAxis(fid,mId);
 151   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> nameTmp=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_NAME_SIZE);
 152   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> axisname=MEDLoaderBase::buildEmptyString(naxis*MED_SNAME_SIZE);
 153   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> axisunit=MEDLoaderBase::buildEmptyString(naxis*MED_SNAME_SIZE);
 154   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> univTmp=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_LNAME_SIZE);
 155   if(MEDmeshInfo(fid,mId,nameTmp,&spaceDim,&Mdim,&type_maillage,_description.getPointer(),_dt_unit.getPointer(),
 156                  &stype,&nstep,&axistype,axisname,axisunit)!=0)
 157     throw INTERP_KERNEL::Exception("A problem has been detected when trying to get info on mesh !");
 158   MEDmeshUniversalNameRd(fid,nameTmp,_univ_name.getPointer());
 159   switch(type_maillage)
 160     {
 161     case MED_UNSTRUCTURED_MESH:
 162       meshType=UNSTRUCTURED;
 163       break;
 164     case MED_STRUCTURED_MESH:
 165       {
 166         med_grid_type gt;
 167         MEDmeshGridTypeRd(fid,mName,&gt);
 168         switch(gt)
 169           {
 170           case MED_CARTESIAN_GRID:
 171             meshType=CARTESIAN;
 172             break;
 173           case MED_CURVILINEAR_GRID:
 174             meshType=CURVE_LINEAR;
 175             break;
 176           default:
 177             throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshL2::getAxisInfoOnMesh : unrecognized structured mesh type ! Supported are :\n - cartesian\n - curve linear\n");
 178           }
 179         break;
 180       }
 181     default:
 182       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshL2::getMeshIdFromName : unrecognized mesh type !");
 183     }
 184   //
 185   std::vector<std::string> infosOnComp(naxis);
 186   for(int i=0;i<naxis;i++)
 187     {
 188       std::string info=MEDLoaderBase::buildUnionUnit(((char *)axisname)+i*MED_SNAME_SIZE,MED_SNAME_SIZE,((char *)axisunit)+i*MED_SNAME_SIZE,MED_SNAME_SIZE);
 189       infosOnComp[i]=info;
 190     }
 191   return infosOnComp;
 192 }
 193
 194 void MEDFileMeshL2::ReadFamiliesAndGrps(med_idt fid, const char *meshName, std::map<std::string,int>& fams, std::map<std::string, std::vector<std::string> >& grps, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
 195 {
 196   if(mrs && !(mrs->isCellFamilyFieldReading() || mrs->isNodeFamilyFieldReading()))
 197     return ;
 198   char nomfam[MED_NAME_SIZE+1];
 199   med_int numfam;
 200   int nfam=MEDnFamily(fid,meshName);
 201   for(int i=0;i<nfam;i++)
 202     {
 203       int ngro=MEDnFamilyGroup(fid,meshName,i+1);
 204       med_int natt=MEDnFamily23Attribute(fid,meshName,i+1);
 205       INTERP_KERNEL::AutoPtr<med_int> attide=new med_int[natt];
 206       INTERP_KERNEL::AutoPtr<med_int> attval=new med_int[natt];
 207       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> attdes=new char[MED_COMMENT_SIZE*natt+1];
 208       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> gro=new char[MED_LNAME_SIZE*ngro+1];
 209       MEDfamily23Info(fid,meshName,i+1,nomfam,attide,attval,attdes,&numfam,gro);
 210       std::string famName=MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(nomfam,MED_NAME_SIZE);
 211       fams[famName]=numfam;
 212       for(int j=0;j<ngro;j++)
 213         {
 214           std::string groupname=MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(gro+j*MED_LNAME_SIZE,MED_LNAME_SIZE);
 215           grps[groupname].push_back(famName);
 216         }
 217     }
 218 }
 219
 220 void MEDFileMeshL2::WriteFamiliesAndGrps(med_idt fid, const char *mname, const std::map<std::string,int>& fams, const std::map<std::string, std::vector<std::string> >& grps, int tooLongStrPol)
 221 {
 222   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=fams.begin();it!=fams.end();it++)
 223     {
 224       std::vector<std::string> grpsOfFam;
 225       for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it1=grps.begin();it1!=grps.end();it1++)
 226         {
 227           if(std::find((*it1).second.begin(),(*it1).second.end(),(*it).first)!=(*it1).second.end())
 228             grpsOfFam.push_back((*it1).first);
 229         }
 230       int ngro=grpsOfFam.size();
 231       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> groName=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_LNAME_SIZE*ngro);
 232       int i=0;
 233       for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=grpsOfFam.begin();it2!=grpsOfFam.end();it2++,i++)
 234         MEDLoaderBase::safeStrCpy2((*it2).c_str(),MED_LNAME_SIZE-1,groName+i*MED_LNAME_SIZE,tooLongStrPol);
 235       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> famName=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_NAME_SIZE);
 236       MEDLoaderBase::safeStrCpy((*it).first.c_str(),MED_NAME_SIZE,famName,tooLongStrPol);
 237       int ret=MEDfamilyCr(fid,mname,famName,(*it).second,ngro,groName);
 238       ret++;
 239     }
 240 }
 241
 242 MEDFileUMeshL2::MEDFileUMeshL2()
 243 {
 244 }
 245
 246 void MEDFileUMeshL2::loadAll(med_idt fid, int mId, const char *mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
 247 {
 248   _name.set(mName);
 249   int nstep;
 250   int Mdim;
 251   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
 252   std::vector<std::string> infosOnComp=getAxisInfoOnMesh(fid,mId,mName,meshType,nstep,Mdim);
 253   if(meshType!=UNSTRUCTURED)
 254     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh type ! You are expected an unstructured one whereas in file it is not an unstructured !");
 255   _time=CheckMeshTimeStep(fid,mName,nstep,dt,it);
 256   _iteration=dt;
 257   _order=it;
 258   loadConnectivity(fid,Mdim,mName,dt,it,mrs);//to improve check (dt,it) coherency
 259   loadCoords(fid,mId,infosOnComp,mName,dt,it);
 260 }
 261
 262 void MEDFileUMeshL2::loadConnectivity(med_idt fid, int mdim, const char *mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
 263 {
 264   _per_type_mesh.resize(1);
 265   _per_type_mesh[0].clear();
 266   for(int j=0;j<MED_N_CELL_FIXED_GEO;j++)
 267     {
 268       MEDFileUMeshPerType *tmp=MEDFileUMeshPerType::New(fid,mName,dt,it,mdim,typmai[j],typmai2[j],mrs);
 269       if(tmp)
 270         _per_type_mesh[0].push_back(tmp);
 271     }
 272   sortTypes();
 273 }
 274
 275 void MEDFileUMeshL2::loadCoords(med_idt fid, int mId, const std::vector<std::string>& infosOnComp, const char *mName, int dt, int it) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 276 {
 277   int spaceDim=infosOnComp.size();
 278   med_bool changement,transformation;
 279   int nCoords=MEDmeshnEntity(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NONE,MED_COORDINATE,MED_NO_CMODE,&changement,&transformation);
 280   _coords=DataArrayDouble::New();
 281   _coords->alloc(nCoords,spaceDim);
 282   double *coordsPtr=_coords->getPointer();
 283   MEDmeshNodeCoordinateRd(fid,mName,dt,it,MED_FULL_INTERLACE,coordsPtr);
 284   if(MEDmeshnEntity(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,MED_FAMILY_NUMBER,MED_NODAL,&changement,&transformation)>0)
 285     {
 286       _fam_coords=DataArrayInt::New();
 287       _fam_coords->alloc(nCoords,1);
 288       MEDmeshEntityFamilyNumberRd(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,_fam_coords->getPointer());
 289     }
 290   else
 291     _fam_coords=0;
 292   if(MEDmeshnEntity(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,MED_NUMBER,MED_NODAL,&changement,&transformation)>0)
 293     {
 294       _num_coords=DataArrayInt::New();
 295       _num_coords->alloc(nCoords,1);
 296       MEDmeshEntityNumberRd(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,_num_coords->getPointer());
 297     }
 298   else
 299     _num_coords=0;
 300   if(MEDmeshnEntity(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,MED_NAME,MED_NODAL,&changement,&transformation)>0)
 301     {
 302       _name_coords=DataArrayAsciiChar::New();
 303       _name_coords->alloc(nCoords+1,MED_SNAME_SIZE);//not a bug to avoid the memory corruption due to last \0 at the end
 304       MEDmeshEntityNameRd(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,_name_coords->getPointer());
 305       _name_coords->reAlloc(nCoords);//not a bug to avoid the memory corruption due to last \0 at the end
 306     }
 307   else
 308     _name_coords=0;
 309   for(int i=0;i<spaceDim;i++)
 310     _coords->setInfoOnComponent(i,infosOnComp[i].c_str());
 311 }
 312
 313 void MEDFileUMeshL2::sortTypes()
 314 {
 315   std::set<int> mdims;
 316   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> > tmp(_per_type_mesh[0]);
 317   _per_type_mesh.clear();
 318   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >::const_iterator it=tmp.begin();it!=tmp.end();it++)
 319     mdims.insert((*it)->getDim());
 320   if(mdims.empty())
 321     return;
 322   int mdim=*mdims.rbegin();
 323   _per_type_mesh.resize(mdim+1);
 324   for(int dim=mdim+1;dim!=0;dim--)
 325     {
 326       std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >& elt=_per_type_mesh[mdim+1-dim];
 327       for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >::const_iterator it=tmp.begin();it!=tmp.end();it++)
 328         if((*it)->getDim()==dim-1)
 329           elt.push_back(*it);
 330     }
 331   // suppression of contiguous empty levels at the end of _per_type_mesh.
 332   int nbOfUselessLev=0;
 333   bool isFirst=true;
 334   for(std::vector< std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> > >::reverse_iterator it2=_per_type_mesh.rbegin();it2!=_per_type_mesh.rend();it2++)
 335     {
 336       if((*it2).empty() && isFirst)
 337         {
 338           nbOfUselessLev++;
 339         }
 340       else
 341         isFirst=false;
 342     }
 343   _per_type_mesh.resize(_per_type_mesh.size()-nbOfUselessLev);
 344 }
 345
 346 void MEDFileUMeshL2::WriteCoords(med_idt fid, const char *mname, int dt, int it, double time, const DataArrayDouble *coords, const DataArrayInt *famCoords, const DataArrayInt *numCoords, const DataArrayAsciiChar *nameCoords)
 347 {
 348   if(!coords)
 349     return ;
 350   MEDmeshNodeCoordinateWr(fid,mname,dt,it,time,MED_FULL_INTERLACE,coords->getNumberOfTuples(),coords->getConstPointer());
 351   if(famCoords)
 352     MEDmeshEntityFamilyNumberWr(fid,mname,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,famCoords->getNumberOfTuples(),famCoords->getConstPointer());
 353   if(numCoords)
 354     MEDmeshEntityNumberWr(fid,mname,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,numCoords->getNumberOfTuples(),numCoords->getConstPointer());
 355   if(nameCoords)
 356     {
 357       if(nameCoords->getNumberOfComponents()!=MED_SNAME_SIZE)
 358         {
 359           std::ostringstream oss; oss << " MEDFileUMeshL2::WriteCoords : expected a name field on nodes with number of components set to " << MED_SNAME_SIZE;
 360           oss << " ! The array has " << nameCoords->getNumberOfComponents() << " components !";
 361           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 362         }
 363       MEDmeshEntityNameWr(fid,mname,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,nameCoords->getNumberOfTuples(),nameCoords->getConstPointer());
 364     }
 365 }
 366
 367 bool MEDFileUMeshL2::isFamDefinedOnLev(int levId) const
 368 {
 369   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >::const_iterator it=_per_type_mesh[levId].begin();it!=_per_type_mesh[levId].end();it++)
 370     if((*it)->getFam()==0)
 371       return false;
 372   return true;
 373 }
 374
 375 bool MEDFileUMeshL2::isNumDefinedOnLev(int levId) const
 376 {
 377   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >::const_iterator it=_per_type_mesh[levId].begin();it!=_per_type_mesh[levId].end();it++)
 378     if((*it)->getNum()==0)
 379       return false;
 380   return true;
 381 }
 382
 383 bool MEDFileUMeshL2::isNamesDefinedOnLev(int levId) const
 384 {
 385   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >::const_iterator it=_per_type_mesh[levId].begin();it!=_per_type_mesh[levId].end();it++)
 386     if((*it)->getNames()==0)
 387       return false;
 388   return true;
 389 }
 390
 391 MEDFileCMeshL2::MEDFileCMeshL2()
 392 {
 393 }
 394
 395 void MEDFileCMeshL2::loadAll(med_idt fid, int mId, const char *mName, int dt, int it) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 396 {
 397   _name.set(mName);
 398   int nstep;
 399   int Mdim;
 400   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
 401   std::vector<std::string> infosOnComp=getAxisInfoOnMesh(fid,mId,mName,meshType,nstep,Mdim);
 402   if(meshType!=CARTESIAN)
 403     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh type ! You are expected a structured one whereas in file it is not a structured !");
 404   _time=CheckMeshTimeStep(fid,mName,nstep,dt,it);
 405   _iteration=dt;
 406   _order=it;
 407   //
 408   med_grid_type gridtype;
 409   MEDmeshGridTypeRd(fid,mName,&gridtype);
 410   if(gridtype!=MED_CARTESIAN_GRID)
 411     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid structured mesh ! Expected cartesian mesh type !");
 412   _cmesh=MEDCouplingCMesh::New();
 413   for(int i=0;i<Mdim;i++)
 414     {
 415       med_data_type dataTypeReq=GetDataTypeCorrespondingToSpaceId(i);
 416       med_bool chgt=MED_FALSE,trsf=MED_FALSE;
 417       int nbOfElt=MEDmeshnEntity(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NONE,dataTypeReq,MED_NO_CMODE,&chgt,&trsf);
 418       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> da=DataArrayDouble::New();
 419       da->alloc(nbOfElt,1);
 420       da->setInfoOnComponent(0,infosOnComp[i].c_str());
 421       MEDmeshGridIndexCoordinateRd(fid,mName,dt,it,i+1,da->getPointer());
 422       _cmesh->setCoordsAt(i,da);
 423     }
 424 }
 425
 426 med_data_type MEDFileCMeshL2::GetDataTypeCorrespondingToSpaceId(int id) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 427 {
 428   switch(id)
 429     {
 430     case 0:
 431       return MED_COORDINATE_AXIS1;
 432     case 1:
 433       return MED_COORDINATE_AXIS2;
 434     case 2:
 435       return MED_COORDINATE_AXIS3;
 436     default:
 437       throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid meshdim detected in Cartesian Grid !");
 438     }
 439 }
 440
 441 MEDFileCLMeshL2::MEDFileCLMeshL2()
 442 {
 443 }
 444
 445 void MEDFileCLMeshL2::loadAll(med_idt fid, int mId, const char *mName, int dt, int it) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 446 {
 447   _name.set(mName);
 448   int nstep;
 449   int Mdim;
 450   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
 451   std::vector<std::string> infosOnComp=getAxisInfoOnMesh(fid,mId,mName,meshType,nstep,Mdim);
 452   if(meshType!=CURVE_LINEAR)
 453     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh type ! You are expected a structured one whereas in file it is not a structured !");
 454   _time=CheckMeshTimeStep(fid,mName,nstep,dt,it);
 455   _iteration=dt;
 456   _order=it;
 457   //
 458   _clmesh=MEDCouplingCurveLinearMesh::New();
 459   INTERP_KERNEL::AutoPtr<int> stGrid=new int[Mdim];
 460   MEDmeshGridStructRd(fid,mName,dt,it,stGrid);
 461   _clmesh->setNodeGridStructure(stGrid,((int *)stGrid)+Mdim);
 462   med_bool chgt=MED_FALSE,trsf=MED_FALSE;
 463   int nbNodes=MEDmeshnEntity(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NONE,MED_COORDINATE,MED_NO_CMODE,&chgt,&trsf);
 464   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> da=DataArrayDouble::New();
 465   da->alloc(nbNodes,infosOnComp.size());
 466   da->setInfoOnComponents(infosOnComp);
 467   MEDmeshNodeCoordinateRd(fid,mName,dt,it,MED_FULL_INTERLACE,da->getPointer());
 468   _clmesh->setCoords(da);
 469 }
 470
 471 MEDFileUMeshPermCompute::MEDFileUMeshPermCompute(const MEDFileUMeshSplitL1* st):_st(st),_mpt_time(0),_num_time(0)
 472 {
 473 }
 474
 475 /*!
 476  * Warning it returns an instance to deallocate !!!!
 477  */
 478 MEDFileUMeshPermCompute::operator MEDCouplingUMesh *() const
 479 {
 480   _st->_num->updateTime();
 481   if((MEDCouplingUMesh *)_m==0)
 482     {
 483       updateTime();
 484       _m=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(_st->_m_by_types.getUmesh()->deepCpy());
 485       _m->renumberCells(_st->_num->getConstPointer(),true);
 486       return _m.retn();
 487     }
 488   else
 489     {
 490       if(_mpt_time==_st->_m_by_types.getTimeOfThis() && _num_time==_st->_num->getTimeOfThis())
 491         return _m.retn();
 492       else
 493         {
 494           updateTime();
 495           _m=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(_st->_m_by_types.getUmesh()->deepCpy());
 496           _m->renumberCells(_st->_num->getConstPointer(),true);
 497           return _m.retn();
 498         }
 499     }
 500 }
 501
 502 void MEDFileUMeshPermCompute::operator=(MEDCouplingUMesh *m)
 503 {
 504   _m=m;
 505 }
 506
 507 void MEDFileUMeshPermCompute::updateTime() const
 508 {
 509   _mpt_time=_st->_m_by_types.getTimeOfThis();
 510   _num_time=_st->_num->getTimeOfThis();
 511 }
 512
 513 MEDFileUMeshSplitL1::MEDFileUMeshSplitL1(const MEDFileUMeshSplitL1& other):_m_by_types(other._m_by_types),_fam(other._fam),_num(other._num),_names(other._names),_rev_num(other._rev_num),_m(this)
 514 {
 515 }
 516
 517 MEDFileUMeshSplitL1::MEDFileUMeshSplitL1(const MEDFileUMeshL2& l2, const char *mName, int id):_m(this)
 518 {
 519   const std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >& v=l2.getLev(id);
 520   if(v.empty())
 521     return;
 522   int sz=v.size();
 523   std::vector<const MEDCoupling1GTUMesh *> ms(sz);
 524   std::vector<const DataArrayInt *> fams(sz),nums(sz);
 525   std::vector<const DataArrayChar *> names(sz);
 526   for(int i=0;i<sz;i++)
 527     {
 528       MEDCoupling1GTUMesh *elt(v[i]->getMesh());
 529       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> tmp2=l2.getCoords();
 530       elt->setCoords(tmp2);
 531       ms[i]=elt;
 532     }
 533   _m_by_types.assignParts(ms);
 534   if(l2.isFamDefinedOnLev(id))
 535     {
 536       for(int i=0;i<sz;i++)
 537         fams[i]=v[i]->getFam();
 538       _fam=DataArrayInt::Aggregate(fams);
 539     }
 540   if(l2.isNumDefinedOnLev(id))
 541     {
 542       for(int i=0;i<sz;i++)
 543         nums[i]=v[i]->getNum();
 544       _num=DataArrayInt::Aggregate(nums);
 545       computeRevNum();
 546     }
 547   if(l2.isNamesDefinedOnLev(id))
 548     {
 549       for(int i=0;i<sz;i++)
 550         names[i]=v[i]->getNames();
 551       _names=dynamic_cast<DataArrayAsciiChar *>(DataArrayChar::Aggregate(names));
 552     }
 553 }
 554
 555 MEDFileUMeshSplitL1::MEDFileUMeshSplitL1(MEDCouplingUMesh *m):_m(this)
 556 {
 557   assignMesh(m,true);
 558 }
 559
 560 MEDFileUMeshSplitL1::MEDFileUMeshSplitL1(MEDCouplingUMesh *m, bool newOrOld):_m(this)
 561 {
 562   assignMesh(m,newOrOld);
 563 }
 564
 565 std::size_t MEDFileUMeshSplitL1::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
 566 {
 567   return 0;
 568 }
 569
 570 std::vector<RefCountObject *> MEDFileUMeshSplitL1::getDirectChildren() const
 571 {
 572   std::vector<RefCountObject *> ret;
 573   ret.push_back(const_cast<MEDFileUMeshAggregateCompute *>(&_m_by_types));
 574   if((const DataArrayInt*)_fam)
 575     ret.push_back(const_cast<DataArrayInt*>((const DataArrayInt*)_fam));
 576   if((const DataArrayInt*)_num)
 577     ret.push_back(const_cast<DataArrayInt*>((const DataArrayInt*)_num));
 578   if((const DataArrayInt*)_rev_num)
 579     ret.push_back(const_cast<DataArrayInt*>((const DataArrayInt*)_rev_num));
 580   if((const DataArrayAsciiChar*)_names)
 581     ret.push_back(const_cast<DataArrayAsciiChar*>((const DataArrayAsciiChar*)_names));
 582   return ret;
 583 }
 584
 585 MEDFileUMeshSplitL1 *MEDFileUMeshSplitL1::deepCpy(DataArrayDouble *coords) const
 586 {
 587   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> ret=new MEDFileUMeshSplitL1(*this);
 588   ret->_m_by_types=_m_by_types.deepCpy(coords);
 589   if((const DataArrayInt *)_fam)
 590     ret->_fam=_fam->deepCpy();
 591   if((const DataArrayInt *)_num)
 592     ret->_num=_num->deepCpy();
 593   if((const DataArrayInt *)_rev_num)
 594     ret->_rev_num=_rev_num->deepCpy();
 595   if((const DataArrayAsciiChar *)_names)
 596     ret->_names=_names->deepCpy();
 597   return ret.retn();
 598 }
 599
 600 bool MEDFileUMeshSplitL1::isEqual(const MEDFileUMeshSplitL1 *other, double eps, std::string& what) const
 601 {
 602   if(!_m_by_types.isEqual(other->_m_by_types,eps,what))
 603     return false;
 604   const DataArrayInt *d1=_fam;
 605   const DataArrayInt *d2=other->_fam;
 606   if((d1==0 && d2!=0) || (d1!=0 && d2==0))
 607     {
 608       what="Presence of family arr in one sublevel and not in other!";
 609       return false;
 610     }
 611   if(d1)
 612     if(!d1->isEqual(*d2))
 613       {
 614         what="family arr at a sublevel are not deeply equal !";
 615         return false;
 616       }
 617   d1=_num;
 618   d2=other->_num;
 619   if((d1==0 && d2!=0) || (d1!=0 && d2==0))
 620     {
 621       what="Presence of cell numbering arr in one sublevel and not in other!";
 622       return false;
 623     }
 624   if(d1)
 625     if(!d1->isEqual(*d2))
 626       {
 627         what="Numbering cell arr at a sublevel are not deeply equal !";
 628         return false;
 629       }
 630   const DataArrayAsciiChar *e1=_names;
 631   const DataArrayAsciiChar *e2=other->_names;
 632   if((e1==0 && e2!=0) || (e1!=0 && e2==0))
 633     {
 634       what="Presence of cell names arr in one sublevel and not in other!";
 635       return false;
 636     }
 637   if(e1)
 638     if(!e1->isEqual(*e2))
 639       {
 640         what="Name cell arr at a sublevel are not deeply equal !";
 641         return false;
 642       }
 643   return true;
 644 }
 645
 646 void MEDFileUMeshSplitL1::synchronizeTinyInfo(const MEDFileMesh& master) const
 647 {
 648   _m_by_types.synchronizeTinyInfo(master);
 649 }
 650
 651 void MEDFileUMeshSplitL1::clearNonDiscrAttributes() const
 652 {
 653   _m_by_types.clearNonDiscrAttributes();
 654 }
 655
 656 void MEDFileUMeshSplitL1::ClearNonDiscrAttributes(const MEDCouplingMesh *tmp)
 657 {
 658   if(!tmp)
 659     return ;
 660   (const_cast<MEDCouplingMesh *>(tmp))->setName("");
 661   (const_cast<MEDCouplingMesh *>(tmp))->setDescription("");
 662   (const_cast<MEDCouplingMesh *>(tmp))->setTime(0.,-1,-1);
 663   (const_cast<MEDCouplingMesh *>(tmp))->setTimeUnit("");
 664 }
 665
 666 void MEDFileUMeshSplitL1::setCoords(DataArrayDouble *coords) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 667 {
 668   _m_by_types.setCoords(coords);
 669 }
 670
 671 void MEDFileUMeshSplitL1::assignMesh(MEDCouplingUMesh *m, bool newOrOld) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 672 {
 673   if(newOrOld)
 674     {
 675       m->incrRef();
 676       _m=m;
 677       _m_by_types.assignUMesh(dynamic_cast<MEDCouplingUMesh *>(m->deepCpy()));
 678       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> da=_m_by_types.getUmesh()->getRenumArrForConsecutiveCellTypesSpec(typmai2,typmai2+MED_N_CELL_FIXED_GEO);
 679       if(!da->isIdentity())
 680         {
 681           _num=da->invertArrayO2N2N2O(m->getNumberOfCells());
 682           _m.updateTime();
 683           computeRevNum();
 684           _m_by_types.getUmesh()->renumberCells(da->getConstPointer(),false);
 685         }
 686     }
 687   else
 688     {
 689       if(!m->checkConsecutiveCellTypesAndOrder(typmai2,typmai2+MED_N_CELL_FIXED_GEO))
 690         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshSplitL1::assignMesh : the mode of mesh setting expects to follow the MED file numbering convention ! it is not the case !");
 691       m->incrRef();
 692       _m_by_types.assignUMesh(m);
 693     }
 694   _fam=DataArrayInt::New();
 695   _fam->alloc(m->getNumberOfCells(),1);
 696   _fam->fillWithValue(0);
 697 }
 698
 699 bool MEDFileUMeshSplitL1::empty() const
 700 {
 701   return _m_by_types.empty();
 702 }
 703
 704 bool MEDFileUMeshSplitL1::presenceOfOneFams(const std::vector<int>& ids) const
 705 {
 706   const DataArrayInt *fam=_fam;
 707   if(!fam)
 708     return false;
 709   return fam->presenceOfValue(ids);
 710 }
 711
 712 int MEDFileUMeshSplitL1::getMeshDimension() const
 713 {
 714   return _m_by_types.getMeshDimension();
 715 }
 716
 717 void MEDFileUMeshSplitL1::simpleRepr(std::ostream& oss) const
 718 {
 719   std::vector<int> code=_m_by_types.getDistributionOfTypes();
 720   int nbOfTypes=code.size()/3;
 721   for(int i=0;i<nbOfTypes;i++)
 722     {
 723       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typ=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType) code[3*i];
 724       oss << "    - Number of cells with type " << INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(typ).getRepr() << " : " << code[3*i+1] << std::endl;
 725     }
 726 }
 727
 728 int MEDFileUMeshSplitL1::getSize() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 729 {
 730   return _m_by_types.getSize();
 731 }
 732
 733 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMeshSplitL1::getFamilyPart(const int *idsBg, const int *idsEnd, bool renum) const
 734 {
 735   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> eltsToKeep=_fam->getIdsEqualList(idsBg,idsEnd);
 736   MEDCouplingUMesh *m=(MEDCouplingUMesh *)_m_by_types.getUmesh()->buildPartOfMySelf(eltsToKeep->getConstPointer(),eltsToKeep->getConstPointer()+eltsToKeep->getNumberOfTuples(),true);
 737   if(renum)
 738     return renumIfNeeded(m,eltsToKeep->getConstPointer());
 739   return m;
 740 }
 741
 742 DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::getFamilyPartArr(const int *idsBg, const int *idsEnd, bool renum) const
 743 {
 744   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> da=_fam->getIdsEqualList(idsBg,idsEnd);
 745   if(renum)
 746     return renumIfNeededArr(da);
 747   return da.retn();
 748 }
 749
 750 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMeshSplitL1::getWholeMesh(bool renum) const
 751 {
 752   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> tmp;
 753   if(renum && ((const DataArrayInt *)_num))
 754     tmp=_m;
 755   else
 756     { tmp=_m_by_types.getUmesh(); if(tmp) tmp->incrRef(); }
 757   return tmp.retn();
 758 }
 759
 760 DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::getOrCreateAndGetFamilyField() throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 761 {
 762   if((DataArrayInt *)_fam)
 763     return _fam;
 764   int nbOfTuples=_m_by_types.getSize();
 765   _fam=DataArrayInt::New(); _fam->alloc(nbOfTuples,1); _fam->fillWithZero();
 766   return _fam;
 767 }
 768
 769 const DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::getFamilyField() const
 770 {
 771   return _fam;
 772 }
 773
 774 const DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::getNumberField() const
 775 {
 776   return _num;
 777 }
 778
 779 const DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::getRevNumberField() const
 780 {
 781   return _rev_num;
 782 }
 783
 784 const DataArrayAsciiChar *MEDFileUMeshSplitL1::getNameField() const
 785 {
 786   return _names;
 787 }
 788
 789 void MEDFileUMeshSplitL1::eraseFamilyField()
 790 {
 791   _fam->fillWithZero();
 792 }
 793
 794 /*!
 795  * This method ignores _m and _m_by_types.
 796  */
 797 void MEDFileUMeshSplitL1::setGroupsFromScratch(const std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& ms, std::map<std::string,int>& familyIds,
 798                                                std::map<std::string, std::vector<std::string> >& groups) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 799 {
 800   std::vector< DataArrayInt * > corr;
 801   _m=MEDCouplingUMesh::FuseUMeshesOnSameCoords(ms,0,corr);
 802   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > corrMSafe(corr.begin(),corr.end());
 803   std::vector< std::vector<int> > fidsOfGroups;
 804   std::vector< const DataArrayInt * > corr2(corr.begin(),corr.end());
 805   _fam=DataArrayInt::MakePartition(corr2,((MEDCouplingUMesh *)_m)->getNumberOfCells(),fidsOfGroups);
 806   int nbOfCells=((MEDCouplingUMesh *)_m)->getNumberOfCells();
 807   std::map<int,std::string> newfams;
 808   std::map<int,int> famIdTrad;
 809   TraduceFamilyNumber(fidsOfGroups,familyIds,famIdTrad,newfams);
 810   int *w=_fam->getPointer();
 811   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,w++)
 812     *w=famIdTrad[*w];
 813 }
 814
 815 void MEDFileUMeshSplitL1::write(med_idt fid, const char *mName, int mdim) const
 816 {
 817   std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *> ms(_m_by_types.getParts());
 818   int start=0;
 819   for(std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *>::const_iterator it=ms.begin();it!=ms.end();it++)
 820     {
 821       int nbCells=(*it)->getNumberOfCells();
 822       int end=start+nbCells;
 823       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> fam,num;
 824       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayAsciiChar> names;
 825       if((const DataArrayInt *)_fam)
 826         fam=_fam->substr(start,end);
 827       if((const DataArrayInt *)_num)
 828         num=_num->substr(start,end);
 829       if((const DataArrayAsciiChar *)_names)
 830         names=static_cast<DataArrayAsciiChar *>(_names->substr(start,end));
 831       MEDFileUMeshPerType::Write(fid,mName,mdim,(*it),fam,num,names);
 832       start=end;
 833     }
 834 }
 835
 836 void MEDFileUMeshSplitL1::renumberNodesInConn(const int *newNodeNumbersO2N) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 837 {
 838   MEDCouplingUMesh *m(_m_by_types.getUmesh());
 839   if(!m)
 840     return;
 841   m->renumberNodesInConn(newNodeNumbersO2N);
 842 }
 843
 844 void MEDFileUMeshSplitL1::changeFamilyIdArr(int oldId, int newId) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 845 {
 846   DataArrayInt *arr=_fam;
 847   if(arr)
 848     arr->changeValue(oldId,newId);
 849 }
 850
 851 void MEDFileUMeshSplitL1::setFamilyArr(DataArrayInt *famArr)
 852 {
 853   if(!famArr)
 854     {
 855       _fam=0;
 856       return ;
 857     }
 858   int sz(_m_by_types.getSize());
 859   famArr->checkNbOfTuplesAndComp(sz,1,"MEDFileUMeshSplitL1::setFamilyArr : Problem in size of Family arr ! ");
 860   famArr->incrRef();
 861   _fam=famArr;
 862 }
 863
 864 void MEDFileUMeshSplitL1::setRenumArr(DataArrayInt *renumArr)
 865 {
 866   if(!renumArr)
 867     {
 868       _num=0;
 869       _rev_num=0;
 870       return ;
 871     }
 872   int sz(_m_by_types.getSize());
 873   renumArr->checkNbOfTuplesAndComp(sz,1,"MEDFileUMeshSplitL1::setRenumArr : Problem in size of numbering arr ! ");
 874   renumArr->incrRef();
 875   _num=renumArr;
 876   computeRevNum();
 877 }
 878
 879 void MEDFileUMeshSplitL1::setNameArr(DataArrayAsciiChar *nameArr)
 880 {
 881   if(!nameArr)
 882     {
 883       _names=0;
 884       return ;
 885     }
 886   int sz(_m_by_types.getSize());
 887   nameArr->checkNbOfTuplesAndComp(sz,MED_SNAME_SIZE,"MEDFileUMeshSplitL1::setNameArr : Problem in size of name arr ! ");
 888   nameArr->incrRef();
 889   _names=nameArr;
 890 }
 891
 892 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMeshSplitL1::Renumber2(const DataArrayInt *renum, MEDCouplingUMesh *m, const int *cellIds)
 893 {
 894   if(renum==0)
 895     return m;
 896   if(cellIds==0)
 897     m->renumberCells(renum->getConstPointer(),true);
 898   else
 899     {
 900       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> locnum=renum->selectByTupleId(cellIds,cellIds+m->getNumberOfCells());
 901       m->renumberCells(locnum->getConstPointer(),true);
 902     }
 903   return m;
 904 }
 905
 906 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMeshSplitL1::renumIfNeeded(MEDCouplingUMesh *m, const int *cellIds) const
 907 {
 908   return Renumber2(_num,m,cellIds);
 909 }
 910
 911 DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::Renumber(const DataArrayInt *renum, const DataArrayInt *da)
 912 {
 913   if((const DataArrayInt *)renum==0)
 914     {
 915       da->incrRef();
 916       return const_cast<DataArrayInt *>(da);
 917     }
 918   return renum->selectByTupleId(da->getConstPointer(),da->getConstPointer()+da->getNumberOfTuples());
 919 }
 920
 921 DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::renumIfNeededArr(const DataArrayInt *da) const
 922 {
 923   return Renumber(_num,da);
 924 }
 925
 926 std::vector<int> MEDFileUMeshSplitL1::GetNewFamiliesNumber(int nb, const std::map<std::string,int>& families)
 927 {
 928   int id=-1;
 929   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=families.begin();it!=families.end();it++)
 930     id=std::max(id,(*it).second);
 931   if(id==-1)
 932     id=0;
 933   std::vector<int> ret(nb);
 934   for(int i=1;i<=nb;i++)
 935     ret[i]=id+i;
 936   return ret;
 937 }
 938
 939 void MEDFileUMeshSplitL1::TraduceFamilyNumber(const std::vector< std::vector<int> >& fidsGrps, std::map<std::string,int>& familyIds,
 940                                               std::map<int,int>& famIdTrad, std::map<int,std::string>& newfams)
 941 {
 942   std::set<int> allfids;
 943   //tony
 944 }
 945
 946 void MEDFileUMeshSplitL1::computeRevNum() const
 947 {
 948   int pos;
 949   int maxValue=_num->getMaxValue(pos);
 950   _rev_num=_num->invertArrayN2O2O2N(maxValue+1);
 951 }
 952
 953 //=
 954
 955 MEDFileUMeshAggregateCompute::MEDFileUMeshAggregateCompute():_mp_time(0),_m_time(0)
 956 {
 957 }
 958
 959 void MEDFileUMeshAggregateCompute::assignParts(const std::vector< const MEDCoupling1GTUMesh * >& mParts)
 960 {
 961   std::size_t sz(mParts.size());
 962   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1GTUMesh> > ret(sz);
 963   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
 964     {
 965       const MEDCoupling1GTUMesh *elt(mParts[i]);
 966       if(!elt)
 967         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::assignParts : presence of null pointer !");
 968       ret[i]=const_cast<MEDCoupling1GTUMesh *>(elt); elt->incrRef();
 969     }
 970   _m_parts=ret;
 971   _mp_time=std::max(_mp_time,_m_time)+1;
 972   _m=0;
 973 }
 974
 975 void MEDFileUMeshAggregateCompute::assignUMesh(MEDCouplingUMesh *m)
 976 {
 977   _m=m;
 978   _m_parts.clear();
 979   _m_time=std::max(_mp_time,_m_time)+1;
 980 }
 981
 982 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMeshAggregateCompute::getUmesh() const
 983 {
 984   if(_mp_time<=_m_time)
 985     return _m;
 986   std::vector< const MEDCoupling1GTUMesh *> mp(_m_parts.size());
 987   std::copy(_m_parts.begin(),_m_parts.end(),mp.begin());
 988   _m=MEDCoupling1GTUMesh::AggregateOnSameCoordsToUMesh(mp);
 989   _m_parts.clear();//to avoid memory peak !
 990   _m_time=_mp_time+1;//+1 is important ! That is to say that only _m is OK not _m_parts because cleared !
 991   return _m;
 992 }
 993
 994 std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *> MEDFileUMeshAggregateCompute::getPartsWithoutComputation() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 995 {
 996   if(_mp_time<_m_time)
 997     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getPartsWithoutComputation : the parts require a computation !");
 998   //
 999   std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *> ret(_m_parts.size());
1000   std::size_t i(0);
1001   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1GTUMesh> >::const_iterator it=_m_parts.begin();it!=_m_parts.end();it++,i++)
1002     {
1003       const MEDCoupling1GTUMesh *elt(*it);
1004       ret[i]=const_cast<MEDCoupling1GTUMesh *>(elt);
1005     }
1006   return ret;
1007 }
1008
1009 std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *> MEDFileUMeshAggregateCompute::getParts() const
1010 {
1011   if(_mp_time<_m_time)
1012     forceComputationOfPartsFromUMesh();
1013   return getPartsWithoutComputation();
1014 }
1015
1016 MEDCoupling1GTUMesh *MEDFileUMeshAggregateCompute::getPartWithoutComputation(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
1017 {
1018   std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *> v(getPartsWithoutComputation());
1019   std::size_t sz(v.size());
1020   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
1021     {
1022       if(v[i])
1023         if(v[i]->getCellModelEnum()==gt)
1024           return v[i];
1025     }
1026   throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getPartWithoutComputation : the geometric type is not existing !");
1027 }
1028
1029 void MEDFileUMeshAggregateCompute::forceComputationOfPartsFromUMesh() const
1030 {
1031   const MEDCouplingUMesh *m(_m);
1032   if(!m)
1033     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::forceComputationOfPartsFromUMesh : null UMesh !");
1034   std::vector<MEDCouplingUMesh *> ms(m->splitByType());
1035   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> > msMSafe(ms.begin(),ms.end());
1036   std::size_t sz(msMSafe.size());
1037   _m_parts.resize(sz);
1038   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
1039     _m_parts[i]=MEDCoupling1GTUMesh::New(ms[i]);
1040   _mp_time=std::max(_mp_time,_m_time)+1;
1041 }
1042
1043 std::size_t MEDFileUMeshAggregateCompute::getTimeOfThis() const
1044 {
1045   if(_mp_time>_m_time)
1046     return getTimeOfParts();
1047   if(_m_time>_mp_time)
1048     return getTimeOfUMesh();
1049   return std::max(getTimeOfParts(),getTimeOfUMesh());
1050 }
1051
1052 std::size_t MEDFileUMeshAggregateCompute::getTimeOfParts() const
1053 {
1054   std::size_t ret(0);
1055   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1GTUMesh> >::const_iterator it=_m_parts.begin();it!=_m_parts.end();it++)
1056     {
1057       const MEDCoupling1GTUMesh *elt(*it);
1058       if(!elt)
1059         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getTimeOfParts : null obj in parts !");
1060       ret=std::max(ret,elt->getTimeOfThis());
1061     }
1062   if(ret==0)
1063     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getTimeOfParts : parts is empty !");
1064   return ret;
1065 }
1066
1067 std::size_t MEDFileUMeshAggregateCompute::getTimeOfUMesh() const
1068 {
1069   const MEDCouplingUMesh *m(_m);
1070   if(!m)
1071     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getTimeOfUMesh : unmesh is null !");
1072   return m->getTimeOfThis();
1073 }
1074
1075 std::size_t MEDFileUMeshAggregateCompute::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
1076 {
1077   std::size_t ret(_m_parts.size()*sizeof(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1GTUMesh>));
1078   return ret;
1079 }
1080
1081 std::vector<RefCountObject *> MEDFileUMeshAggregateCompute::getDirectChildren() const
1082 {
1083   std::vector<RefCountObject *> ret;
1084   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1GTUMesh> >::const_iterator it=_m_parts.begin();it!=_m_parts.end();it++)
1085     {
1086       const MEDCoupling1GTUMesh *cur(*it);
1087       if(cur)
1088         ret.push_back(const_cast<MEDCoupling1GTUMesh *>(cur));
1089     }
1090   const MEDCouplingUMesh *m(_m);
1091   if(m)
1092     ret.push_back(const_cast<MEDCouplingUMesh *>(m));
1093   return ret;
1094 }
1095
1096 MEDFileUMeshAggregateCompute MEDFileUMeshAggregateCompute::deepCpy(DataArrayDouble *coords) const
1097 {
1098   MEDFileUMeshAggregateCompute ret;
1099   ret._m_parts.resize(_m_parts.size());
1100   for(std::size_t i=0;i<_m_parts.size();i++)
1101     {
1102       const MEDCoupling1GTUMesh *elt(_m_parts[i]);
1103       if(elt)
1104         {
1105           ret._m_parts[i]=static_cast<ParaMEDMEM::MEDCoupling1GTUMesh*>(elt->deepCpy());
1106           ret._m_parts[i]->setCoords(coords);
1107         }
1108     }
1109   ret._mp_time=_mp_time; ret._m_time=_m_time;
1110   if((const MEDCouplingUMesh *)_m)
1111     {
1112       ret._m=static_cast<ParaMEDMEM::MEDCouplingUMesh*>(_m->deepCpy());
1113       ret._m->setCoords(coords);
1114     }
1115   return ret;
1116 }
1117
1118 bool MEDFileUMeshAggregateCompute::isEqual(const MEDFileUMeshAggregateCompute& other, double eps, std::string& what) const
1119 {
1120   const MEDCouplingUMesh *m1(getUmesh());
1121   const MEDCouplingUMesh *m2(other.getUmesh());
1122   if((m1==0 && m2!=0) || (m1!=0 && m2==0))
1123     {
1124       what="Presence of mesh in one sublevel and not in other!";
1125       return false;
1126     }
1127   if(m1)
1128     {
1129       std::string what2;
1130       if(!m1->isEqualIfNotWhy(m2,eps,what2))
1131         {
1132           what=std::string("meshes at a sublevel are not deeply equal (")+what2+std::string(")!");
1133           return false;
1134         }
1135     }
1136   return true;
1137 }
1138
1139 void MEDFileUMeshAggregateCompute::clearNonDiscrAttributes() const
1140 {
1141   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1GTUMesh> >::const_iterator it=_m_parts.begin();it!=_m_parts.end();it++)
1142     MEDFileUMeshSplitL1::ClearNonDiscrAttributes(*it);
1143   MEDFileUMeshSplitL1::ClearNonDiscrAttributes(_m);
1144 }
1145
1146 void MEDFileUMeshAggregateCompute::synchronizeTinyInfo(const MEDFileMesh& master) const
1147 {
1148   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1GTUMesh> >::const_iterator it=_m_parts.begin();it!=_m_parts.end();it++)
1149     {
1150       const MEDCoupling1GTUMesh *tmp(*it);
1151       if(tmp)
1152         {
1153           (const_cast<MEDCoupling1GTUMesh *>(tmp))->setName(master.getName().c_str());
1154           (const_cast<MEDCoupling1GTUMesh *>(tmp))->setDescription(master.getDescription().c_str());
1155           (const_cast<MEDCoupling1GTUMesh *>(tmp))->setTime(master.getTimeValue(),master.getIteration(),master.getOrder());
1156           (const_cast<MEDCoupling1GTUMesh *>(tmp))->setTimeUnit(master.getTimeUnit());
1157         }
1158     }
1159   const MEDCouplingUMesh *m(_m);
1160   if(m)
1161     {
1162       (const_cast<MEDCouplingUMesh *>(m))->setName(master.getName().c_str());
1163       (const_cast<MEDCouplingUMesh *>(m))->setDescription(master.getDescription().c_str());
1164       (const_cast<MEDCouplingUMesh *>(m))->setTime(master.getTimeValue(),master.getIteration(),master.getOrder());
1165       (const_cast<MEDCouplingUMesh *>(m))->setTimeUnit(master.getTimeUnit());
1166     }
1167 }
1168
1169 bool MEDFileUMeshAggregateCompute::empty() const
1170 {
1171   if(_mp_time<_m_time)
1172     return ((const MEDCouplingUMesh *)_m)==0;
1173   //else _mp_time>=_m_time)
1174   return _m_parts.empty();
1175
1176 }
1177
1178 int MEDFileUMeshAggregateCompute::getMeshDimension() const
1179 {
1180   if(_mp_time<_m_time)
1181     {
1182       const MEDCouplingUMesh *m(_m);
1183       if(!m)
1184         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getMeshDimension : no umesh in this !");
1185       return m->getMeshDimension();
1186     }
1187   else
1188     {
1189       if(_m_parts.empty())
1190         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getMeshDimension : part mesh is empty !");
1191       const MEDCoupling1GTUMesh *m(_m_parts[0]);
1192       if(!m)
1193         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getMeshDimension : part mesh contains null instance !");
1194       return m->getMeshDimension();
1195     }
1196 }
1197
1198 std::vector<int> MEDFileUMeshAggregateCompute::getDistributionOfTypes() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
1199 {
1200   if(_mp_time<_m_time)
1201     {
1202       const MEDCouplingUMesh *m(_m);
1203       if(!m)
1204         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getDistributionOfTypes : no umesh in this !");
1205       return m->getDistributionOfTypes();
1206     }
1207   else
1208     {
1209       std::vector<int> ret;
1210       for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1GTUMesh> >::const_iterator it=_m_parts.begin();it!=_m_parts.end();it++)
1211         {
1212           const MEDCoupling1GTUMesh *tmp(*it);
1213           if(!tmp)
1214             throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getDistributionOfTypes : part mesh contains null instance !");
1215           std::vector<int> ret0(tmp->getDistributionOfTypes());
1216           ret.insert(ret.end(),ret0.begin(),ret0.end());
1217         }
1218       return ret;
1219     }
1220 }
1221
1222 int MEDFileUMeshAggregateCompute::getSize() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
1223 {
1224   if(_mp_time<_m_time)
1225     {
1226       const MEDCouplingUMesh *m(_m);
1227       if(!m)
1228         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getSize : no umesh in this !");
1229       return m->getNumberOfCells();
1230     }
1231   else
1232     {
1233       int ret=0;
1234       for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1GTUMesh> >::const_iterator it=_m_parts.begin();it!=_m_parts.end();it++)
1235         {
1236           const MEDCoupling1GTUMesh *m(*it);
1237           if(!m)
1238             throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getSize : part mesh contains null instance !");
1239           ret+=m->getNumberOfCells();
1240         }
1241       return ret;
1242     }
1243 }
1244
1245 void MEDFileUMeshAggregateCompute::setCoords(DataArrayDouble *coords) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
1246 {
1247   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1GTUMesh> >::iterator it=_m_parts.begin();it!=_m_parts.end();it++)
1248     {
1249       MEDCoupling1GTUMesh *tmp(*it);
1250       if(tmp)
1251         (*it)->setCoords(coords);
1252     }
1253   MEDCouplingUMesh *m(_m);
1254   if(m)
1255     m->setCoords(coords);
1256 }