src/MEDLoader/MEDFileMeshLL.cxx

   1 // Copyright (C) 2007-2012  CEA/DEN, EDF R&D
   2 //
   3 // This library is free software; you can redistribute it and/or
   4 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
   5 // License as published by the Free Software Foundation; either
   6 // version 2.1 of the License.
   7 //
   8 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
   9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  11 // Lesser General Public License for more details.
  12 //
  13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  16 //
  17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  18 //
  19
  20 #include "MEDFileMeshLL.hxx"
  21 #include "MEDFileMesh.hxx"
  22 #include "MEDLoaderBase.hxx"
  23
  24 #include "MEDCouplingUMesh.hxx"
  25
  26 #include "InterpKernelAutoPtr.hxx"
  27 #include "CellModel.hxx"
  28
  29 #include <set>
  30
  31 extern med_geometry_type typmai[MED_N_CELL_FIXED_GEO];
  32 extern INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typmai2[MED_N_CELL_FIXED_GEO];
  33 extern med_geometry_type typmainoeud[1];
  34
  35 using namespace ParaMEDMEM;
  36
  37 MEDFileMeshL2::MEDFileMeshL2():_name(MED_NAME_SIZE),_description(MED_COMMENT_SIZE),_dt_unit(MED_LNAME_SIZE)
  38 {
  39 }
  40
  41 int MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(med_idt fid, const char *mname, ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType& meshType, int& dt, int& it, std::string& dtunit1) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
  42 {
  43   med_mesh_type type_maillage;
  44   char maillage_description[MED_COMMENT_SIZE+1];
  45   char dtunit[MED_LNAME_SIZE+1];
  46   med_int spaceDim,dim;
  47   char nommaa[MED_NAME_SIZE+1];
  48   med_int n=MEDnMesh(fid);
  49   bool found=false;
  50   int ret=-1;
  51   med_sorting_type stype;
  52   std::vector<std::string> ms;
  53   int nstep;
  54   med_axis_type axistype;
  55   for(int i=0;i<n && !found;i++)
  56     {
  57       int naxis=MEDmeshnAxis(fid,i+1);
  58       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> axisname=MEDLoaderBase::buildEmptyString(naxis*MED_SNAME_SIZE);
  59       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> axisunit=MEDLoaderBase::buildEmptyString(naxis*MED_SNAME_SIZE);
  60       MEDmeshInfo(fid,i+1,nommaa,&spaceDim,&dim,&type_maillage,maillage_description,dtunit,&stype,&nstep,&axistype,axisname,axisunit);
  61       dtunit1=MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(dtunit,sizeof(dtunit));
  62       std::string cur=MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(nommaa,sizeof(nommaa));
  63       ms.push_back(cur);
  64       if(cur==mname)
  65         {
  66           found=true;
  67           ret=i+1;
  68         }
  69     }
  70   if(!found)
  71     {
  72       std::ostringstream oss;
  73       oss << "No such meshname (" << mname <<  ") in file ! Must be in :";
  74       std::copy(ms.begin(),ms.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss,", "));
  75       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
  76     }
  77   switch(type_maillage)
  78     {
  79     case MED_UNSTRUCTURED_MESH:
  80       meshType=UNSTRUCTURED;
  81       break;
  82     case MED_STRUCTURED_MESH:
  83       meshType=CARTESIAN;
  84       break;
  85     default:
  86       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshL2::getMeshIdFromName : unrecognized mesh type !");
  87     }
  88   med_int numdt,numit;
  89   med_float dtt;
  90   MEDmeshComputationStepInfo(fid,mname,1,&numdt,&numit,&dtt);
  91   dt=numdt; it=numit;
  92   return ret;
  93 }
  94
  95 double MEDFileMeshL2::CheckMeshTimeStep(med_idt fid, const char *mName, int nstep, int dt, int it) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
  96 {
  97   bool found=false;
  98   med_int numdt,numit;
  99   med_float dtt;
 100   std::vector< std::pair<int,int> > p(nstep);
 101   for(int i=0;i<nstep;i++)
 102     {
 103       MEDmeshComputationStepInfo(fid,mName,i+1,&numdt,&numit,&dtt);
 104       p[i]=std::make_pair<int,int>(numdt,numit);
 105       found=(numdt==dt) && (numit==numit);
 106     }
 107   if(!found)
 108     {
 109       std::ostringstream oss; oss << "No such iteration=" << dt << ",order=" << it << " numbers found for mesh '" << mName << "' ! ";
 110       oss << "Possibilities are : ";
 111       for(int i=0;i<nstep;i++)
 112         oss << "(" << p[i].first << "," << p[i].second << "), ";
 113       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 114     }
 115   return dtt;
 116 }
 117
 118 std::vector<std::string> MEDFileMeshL2::getAxisInfoOnMesh(med_idt fid, int mId, const char *mName, ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType& meshType, int& nstep, int& Mdim) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 119 {
 120   med_mesh_type type_maillage;
 121   med_int spaceDim;
 122   med_sorting_type stype;
 123   med_axis_type axistype;
 124   int naxis=MEDmeshnAxis(fid,mId);
 125   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> nameTmp=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_NAME_SIZE);
 126   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> axisname=MEDLoaderBase::buildEmptyString(naxis*MED_SNAME_SIZE);
 127   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> axisunit=MEDLoaderBase::buildEmptyString(naxis*MED_SNAME_SIZE);
 128   if(MEDmeshInfo(fid,mId,nameTmp,&spaceDim,&Mdim,&type_maillage,_description.getPointer(),_dt_unit.getPointer(),
 129                  &stype,&nstep,&axistype,axisname,axisunit)!=0)
 130     throw INTERP_KERNEL::Exception("A problem has been detected when trying to get info on mesh !");
 131   switch(type_maillage)
 132     {
 133     case MED_UNSTRUCTURED_MESH:
 134       meshType=UNSTRUCTURED;
 135       break;
 136     case MED_STRUCTURED_MESH:
 137       meshType=CARTESIAN;
 138       break;
 139     default:
 140       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshL2::getMeshIdFromName : unrecognized mesh type !");
 141     }
 142   //
 143   std::vector<std::string> infosOnComp(naxis);
 144   for(int i=0;i<naxis;i++)
 145     {
 146       std::string info=MEDLoaderBase::buildUnionUnit(((char *)axisname)+i*MED_SNAME_SIZE,MED_SNAME_SIZE,((char *)axisunit)+i*MED_SNAME_SIZE,MED_SNAME_SIZE);
 147       infosOnComp[i]=info;
 148     }
 149   return infosOnComp;
 150 }
 151
 152 void MEDFileMeshL2::ReadFamiliesAndGrps(med_idt fid, const char *meshName, std::map<std::string,int>& fams, std::map<std::string, std::vector<std::string> >& grps)
 153 {
 154   char nomfam[MED_NAME_SIZE+1];
 155   med_int numfam;
 156   int nfam=MEDnFamily(fid,meshName);
 157   for(int i=0;i<nfam;i++)
 158     {
 159       int ngro=MEDnFamilyGroup(fid,meshName,i+1);
 160       med_int natt=MEDnFamily23Attribute(fid,meshName,i+1);
 161       INTERP_KERNEL::AutoPtr<med_int> attide=new med_int[natt];
 162       INTERP_KERNEL::AutoPtr<med_int> attval=new med_int[natt];
 163       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> attdes=new char[MED_COMMENT_SIZE*natt+1];
 164       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> gro=new char[MED_LNAME_SIZE*ngro+1];
 165       MEDfamily23Info(fid,meshName,i+1,nomfam,attide,attval,attdes,&numfam,gro);
 166       std::string famName=MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(nomfam,MED_NAME_SIZE);
 167       fams[famName]=numfam;
 168       for(int j=0;j<ngro;j++)
 169         {
 170           std::string groupname=MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(gro+j*MED_LNAME_SIZE,MED_LNAME_SIZE);
 171           grps[groupname].push_back(famName);
 172         }
 173     }
 174 }
 175
 176 void MEDFileMeshL2::WriteFamiliesAndGrps(med_idt fid, const char *mname, const std::map<std::string,int>& fams, const std::map<std::string, std::vector<std::string> >& grps, int tooLongStrPol)
 177 {
 178   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=fams.begin();it!=fams.end();it++)
 179     {
 180       std::vector<std::string> grpsOfFam;
 181       for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it1=grps.begin();it1!=grps.end();it1++)
 182         {
 183           if(std::find((*it1).second.begin(),(*it1).second.end(),(*it).first)!=(*it1).second.end())
 184             grpsOfFam.push_back((*it1).first);
 185         }
 186       int ngro=grpsOfFam.size();
 187       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> groName=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_LNAME_SIZE*ngro);
 188       int i=0;
 189       for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=grpsOfFam.begin();it2!=grpsOfFam.end();it2++,i++)
 190         MEDLoaderBase::safeStrCpy2((*it2).c_str(),MED_LNAME_SIZE-1,groName+i*MED_LNAME_SIZE,tooLongStrPol);
 191       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> famName=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_NAME_SIZE);
 192       MEDLoaderBase::safeStrCpy((*it).first.c_str(),MED_NAME_SIZE,famName,tooLongStrPol);
 193       int ret=MEDfamilyCr(fid,mname,famName,(*it).second,ngro,groName);
 194       ret++;
 195     }
 196 }
 197
 198 MEDFileUMeshL2::MEDFileUMeshL2()
 199 {
 200 }
 201
 202 void MEDFileUMeshL2::loadAll(med_idt fid, int mId, const char *mName, int dt, int it)
 203 {
 204   _name.set(mName);
 205   int nstep;
 206   int Mdim;
 207   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
 208   std::vector<std::string> infosOnComp=getAxisInfoOnMesh(fid,mId,mName,meshType,nstep,Mdim);
 209   if(meshType!=UNSTRUCTURED)
 210     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh type ! You are expected an unstructured one whereas in file it is not an unstructured !");
 211   _time=CheckMeshTimeStep(fid,mName,nstep,dt,it);
 212   _iteration=dt;
 213   _order=it;
 214   loadConnectivity(fid,Mdim,mName,dt,it);//to improve check (dt,it) coherency
 215   loadCoords(fid,mId,infosOnComp,mName,dt,it);
 216 }
 217
 218 void MEDFileUMeshL2::loadConnectivity(med_idt fid, int mdim, const char *mName, int dt, int it)
 219 {
 220   _per_type_mesh.resize(1);
 221   _per_type_mesh[0].clear();
 222   for(int j=0;j<MED_N_CELL_FIXED_GEO;j++)
 223     {
 224       MEDFileUMeshPerType *tmp=MEDFileUMeshPerType::New(fid,mName,dt,it,mdim,typmai[j],typmai2[j]);
 225       if(tmp)
 226         _per_type_mesh[0].push_back(tmp);
 227     }
 228   sortTypes();
 229 }
 230
 231 void MEDFileUMeshL2::loadCoords(med_idt fid, int mId, const std::vector<std::string>& infosOnComp, const char *mName, int dt, int it) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 232 {
 233   int spaceDim=infosOnComp.size();
 234   med_bool changement,transformation;
 235   int nCoords=MEDmeshnEntity(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NONE,MED_COORDINATE,MED_NO_CMODE,&changement,&transformation);
 236   _coords=DataArrayDouble::New();
 237   _coords->alloc(nCoords,spaceDim);
 238   double *coordsPtr=_coords->getPointer();
 239   MEDmeshNodeCoordinateRd(fid,mName,dt,it,MED_FULL_INTERLACE,coordsPtr);
 240   _fam_coords=DataArrayInt::New();
 241   _fam_coords->alloc(nCoords,1);
 242   _num_coords=DataArrayInt::New();
 243   _num_coords->alloc(nCoords,1);
 244   if(MEDmeshnEntity(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,MED_FAMILY_NUMBER,MED_NODAL,&changement,&transformation)>0)
 245     MEDmeshEntityFamilyNumberRd(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,_fam_coords->getPointer());
 246   else
 247     _fam_coords=0;
 248   if(MEDmeshnEntity(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,MED_NUMBER,MED_NODAL,&changement,&transformation)>0)
 249     MEDmeshEntityNumberRd(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,_num_coords->getPointer());
 250   else
 251     _num_coords=0;
 252   for(int i=0;i<spaceDim;i++)
 253     _coords->setInfoOnComponent(i,infosOnComp[i].c_str());
 254 }
 255
 256 void MEDFileUMeshL2::sortTypes()
 257 {
 258   std::set<int> mdims;
 259   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> > tmp(_per_type_mesh[0]);
 260   _per_type_mesh.clear();
 261   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >::const_iterator it=tmp.begin();it!=tmp.end();it++)
 262     mdims.insert((*it)->getDim());
 263   if(mdims.empty())
 264     return;
 265   int mdim=*mdims.rbegin();
 266   _per_type_mesh.resize(mdim+1);
 267   for(int dim=mdim+1;dim!=0;dim--)
 268     {
 269       std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >& elt=_per_type_mesh[mdim+1-dim];
 270       for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >::const_iterator it=tmp.begin();it!=tmp.end();it++)
 271         if((*it)->getDim()==dim-1)
 272           elt.push_back(*it);
 273     }
 274   // suppression of contiguous empty levels at the end of _per_type_mesh.
 275   int nbOfUselessLev=0;
 276   bool isFirst=true;
 277   for(std::vector< std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> > >::reverse_iterator it2=_per_type_mesh.rbegin();it2!=_per_type_mesh.rend();it2++)
 278     {
 279       if((*it2).empty() && isFirst)
 280         {
 281           nbOfUselessLev++;
 282         }
 283       else
 284         isFirst=false;
 285     }
 286   _per_type_mesh.resize(_per_type_mesh.size()-nbOfUselessLev);
 287 }
 288
 289 void MEDFileUMeshL2::WriteCoords(med_idt fid, const char *mname, int dt, int it, double time, const DataArrayDouble *coords, const DataArrayInt *famCoords, const DataArrayInt *numCoords)
 290 {
 291   if(!coords)
 292     return ;
 293   MEDmeshNodeCoordinateWr(fid,mname,dt,it,time,MED_FULL_INTERLACE,coords->getNumberOfTuples(),coords->getConstPointer());
 294   if(famCoords)
 295     MEDmeshEntityFamilyNumberWr(fid,mname,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,famCoords->getNumberOfTuples(),famCoords->getConstPointer());
 296   if(numCoords)
 297     MEDmeshEntityNumberWr(fid,mname,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,numCoords->getNumberOfTuples(),numCoords->getConstPointer());
 298 }
 299
 300 bool MEDFileUMeshL2::isFamDefinedOnLev(int levId) const
 301 {
 302   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >::const_iterator it=_per_type_mesh[levId].begin();it!=_per_type_mesh[levId].end();it++)
 303     if((*it)->getFam()==0)
 304       return false;
 305   return true;
 306 }
 307
 308 bool MEDFileUMeshL2::isNumDefinedOnLev(int levId) const
 309 {
 310   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >::const_iterator it=_per_type_mesh[levId].begin();it!=_per_type_mesh[levId].end();it++)
 311     if((*it)->getNum()==0)
 312       return false;
 313   return true;
 314 }
 315
 316 MEDFileCMeshL2::MEDFileCMeshL2()
 317 {
 318 }
 319
 320 void MEDFileCMeshL2::loadAll(med_idt fid, int mId, const char *mName, int dt, int it) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 321 {
 322   _name.set(mName);
 323   int nstep;
 324   int Mdim;
 325   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
 326   std::vector<std::string> infosOnComp=getAxisInfoOnMesh(fid,mId,mName,meshType,nstep,Mdim);
 327   if(meshType!=CARTESIAN)
 328     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh type ! You are expected a structured one whereas in file it is not a structured !");
 329   _time=CheckMeshTimeStep(fid,mName,nstep,dt,it);
 330   _iteration=dt;
 331   _order=it;
 332   //
 333   med_grid_type gridtype;
 334   MEDmeshGridTypeRd(fid,mName,&gridtype);
 335   if(gridtype!=MED_CARTESIAN_GRID)
 336     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid cartesion mesh type ! Only Cartesian Grid supported ! Curvilinear grid will come soon !");
 337   _cmesh=MEDCouplingCMesh::New();
 338   for(int i=0;i<Mdim;i++)
 339     {
 340       med_data_type dataTypeReq=GetDataTypeCorrespondingToSpaceId(i);
 341       med_bool chgt=MED_FALSE,trsf=MED_FALSE;
 342       int nbOfElt=MEDmeshnEntity(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NONE,dataTypeReq,MED_NO_CMODE,&chgt,&trsf);
 343       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> da=DataArrayDouble::New();
 344       da->alloc(nbOfElt,1);
 345       da->setInfoOnComponent(0,infosOnComp[i].c_str());
 346       MEDmeshGridIndexCoordinateRd(fid,mName,dt,it,i+1,da->getPointer());
 347       _cmesh->setCoordsAt(i,da);
 348     }
 349 }
 350
 351 med_data_type MEDFileCMeshL2::GetDataTypeCorrespondingToSpaceId(int id) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 352 {
 353   switch(id)
 354     {
 355     case 0:
 356       return MED_COORDINATE_AXIS1;
 357     case 1:
 358       return MED_COORDINATE_AXIS2;
 359     case 2:
 360       return MED_COORDINATE_AXIS3;
 361     default:
 362       throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid meshdim detected in Cartesian Grid !");
 363     }
 364 }
 365
 366 MEDFileUMeshPermCompute::MEDFileUMeshPermCompute(const MEDFileUMeshSplitL1* st):_st(st),_mpt_time(0),_num_time(0)
 367 {
 368 }
 369
 370 /*!
 371  * Warning it returns an instance to deallocate !!!!
 372  */
 373 MEDFileUMeshPermCompute::operator MEDCouplingUMesh *() const
 374 {
 375   _st->_m_by_types->updateTime();
 376   _st->_num->updateTime();
 377   if((MEDCouplingUMesh *)_m==0)
 378     {
 379       updateTime();
 380       MEDCouplingUMesh *ret=(MEDCouplingUMesh *)_st->_m_by_types->deepCpy();
 381       _m=ret;
 382       _m->renumberCells(_st->_num->getConstPointer(),true);
 383       ret->incrRef();
 384       return ret;
 385     }
 386   else
 387     {
 388       if(_mpt_time==_st->_m_by_types->getTimeOfThis() && _num_time==_st->_num->getTimeOfThis())
 389         {
 390           _m->incrRef();
 391           return _m;
 392         }
 393       else
 394         {
 395           updateTime();
 396           MEDCouplingUMesh *ret=(MEDCouplingUMesh *)_st->_m_by_types->deepCpy();
 397           _m=ret;
 398           _m->renumberCells(_st->_num->getConstPointer(),true);
 399           ret->incrRef();
 400           return ret;
 401         }
 402     }
 403 }
 404
 405 void MEDFileUMeshPermCompute::operator=(MEDCouplingUMesh *m)
 406 {
 407   _m=m;
 408 }
 409
 410 void MEDFileUMeshPermCompute::updateTime() const
 411 {
 412   _mpt_time=_st->_m_by_types->getTimeOfThis();
 413   _num_time=_st->_num->getTimeOfThis();
 414 }
 415
 416 MEDFileUMeshSplitL1::MEDFileUMeshSplitL1(const MEDFileUMeshL2& l2, const char *mName, int id):_m(this)
 417 {
 418   const std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >& v=l2.getLev(id);
 419   if(v.empty())
 420     return;
 421   int sz=v.size();
 422   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> > msMSafe(sz);
 423   std::vector<const MEDCouplingUMesh *> ms(sz);
 424   for(int i=0;i<sz;i++)
 425     {
 426       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> tmp=MEDCouplingUMesh::New("",v[i]->getDim());
 427       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> tmp2=l2.getCoords();
 428       tmp->setCoords(tmp2);
 429       tmp->setConnectivity(const_cast<DataArrayInt *>(v[i]->getNodal()),const_cast<DataArrayInt *>(v[i]->getNodalIndex()));
 430       ms[i]=tmp; msMSafe[i]=tmp;
 431     }
 432   _m_by_types=MEDCouplingUMesh::MergeUMeshesOnSameCoords(ms);
 433   _m_by_types->setName(mName);
 434   if(l2.isFamDefinedOnLev(id))
 435     {
 436       int nbOfCells=_m_by_types->getNumberOfCells();
 437       _fam=DataArrayInt::New();
 438       _fam->alloc(nbOfCells,1);
 439       int *w=_fam->getPointer();
 440       for(int i=0;i<sz;i++)
 441         w=std::copy(v[i]->getFam()->getConstPointer(),v[i]->getFam()->getConstPointer()+v[i]->getFam()->getNumberOfTuples(),w);
 442     }
 443   if(l2.isNumDefinedOnLev(id))
 444     {
 445       int nbOfCells=_m_by_types->getNumberOfCells();
 446       _num=DataArrayInt::New();
 447       _num->alloc(nbOfCells,1);
 448       int *w=_num->getPointer();
 449       for(int i=0;i<sz;i++)
 450         w=std::copy(v[i]->getNum()->getConstPointer(),v[i]->getNum()->getConstPointer()+v[i]->getNum()->getNumberOfTuples(),w);
 451       computeRevNum();
 452     }
 453 }
 454
 455 MEDFileUMeshSplitL1::MEDFileUMeshSplitL1(MEDCouplingUMesh *m):_m(this)
 456 {
 457   assignMesh(m,true);
 458 }
 459
 460 MEDFileUMeshSplitL1::MEDFileUMeshSplitL1(MEDCouplingUMesh *m, bool newOrOld):_m(this)
 461 {
 462   assignMesh(m,newOrOld);
 463 }
 464
 465 bool MEDFileUMeshSplitL1::isEqual(const MEDFileUMeshSplitL1 *other, double eps, std::string& what) const
 466 {
 467   const MEDCouplingUMesh *m1=_m_by_types;
 468   const MEDCouplingUMesh *m2=other->_m_by_types;
 469   if((m1==0 && m2!=0) || (m1!=0 && m2==0))
 470     {
 471       what="Presence of mesh in one sublevel and not in other!";
 472       return false;
 473     }
 474   if(m1)
 475     if(!m1->isEqual(m2,eps))
 476       {
 477         what="meshes at a sublevel are not deeply equal !";
 478         return false;
 479       }
 480   const DataArrayInt *d1=_fam;
 481   const DataArrayInt *d2=other->_fam;
 482   if((d1==0 && d2!=0) || (d1!=0 && d2==0))
 483     {
 484       what="Presence of family arr in one sublevel and not in other!";
 485       return false;
 486     }
 487   if(d1)
 488     if(!d1->isEqual(*d2))
 489       {
 490         what="family arr at a sublevel are not deeply equal !";
 491         return false;
 492       }
 493   d1=_num;
 494   d2=other->_num;
 495   if((d1==0 && d2!=0) || (d1!=0 && d2==0))
 496     {
 497       what="Presence of cell numbering arr in one sublevel and not in other!";
 498       return false;
 499     }
 500   if(d1)
 501     if(!d1->isEqual(*d2))
 502       {
 503         what="Numbering cell arr at a sublevel are not deeply equal !";
 504         return false;
 505       }
 506   return true;
 507 }
 508
 509 void MEDFileUMeshSplitL1::synchronizeTinyInfo(const MEDFileMesh& master) const
 510 {
 511   const MEDCouplingUMesh *tmp=_m_by_types;
 512   if(!tmp)
 513     return ;
 514   (const_cast<MEDCouplingUMesh *>(tmp))->setName(master.getName());
 515   (const_cast<MEDCouplingUMesh *>(tmp))->setDescription(master.getDescription());
 516   (const_cast<MEDCouplingUMesh *>(tmp))->setTime(master.getTimeValue(),master.getIteration(),master.getOrder());
 517   (const_cast<MEDCouplingUMesh *>(tmp))->setTimeUnit(master.getTimeUnit());
 518 }
 519
 520 void MEDFileUMeshSplitL1::clearNonDiscrAttributes() const
 521 {
 522   ClearNonDiscrAttributes(_m_by_types);
 523 }
 524
 525 void MEDFileUMeshSplitL1::ClearNonDiscrAttributes(const MEDCouplingMesh *tmp)
 526 {
 527   if(!tmp)
 528     return ;
 529   (const_cast<MEDCouplingMesh *>(tmp))->setName("");
 530   (const_cast<MEDCouplingMesh *>(tmp))->setDescription("");
 531   (const_cast<MEDCouplingMesh *>(tmp))->setTime(0.,-1,-1);
 532   (const_cast<MEDCouplingMesh *>(tmp))->setTimeUnit("");
 533 }
 534
 535 void MEDFileUMeshSplitL1::assignMesh(MEDCouplingUMesh *m, bool newOrOld) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 536 {
 537   if(newOrOld)
 538     {
 539       m->incrRef();
 540       _m=m;
 541       _m_by_types=(MEDCouplingUMesh *)m->deepCpy();
 542       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> da=_m_by_types->getRenumArrForConsecutiveCellTypesSpec(typmai2,typmai2+MED_N_CELL_FIXED_GEO);
 543       if(!da->isIdentity())
 544         {
 545           _num=da->invertArrayO2N2N2O(m->getNumberOfCells());
 546           _m.updateTime();
 547           computeRevNum();
 548           _m_by_types->renumberCells(da->getConstPointer(),false);
 549         }
 550     }
 551   else
 552     {
 553       if(!m->checkConsecutiveCellTypesAndOrder(typmai2,typmai2+MED_N_CELL_FIXED_GEO))
 554         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshSplitL1::assignMesh : the mode of mesh setting expects to follow the MED file numbering convention ! it is not the case !");
 555       m->incrRef();
 556       _m_by_types=m;
 557     }
 558   _fam=DataArrayInt::New();
 559   _fam->alloc(m->getNumberOfCells(),1);
 560   _fam->fillWithValue(0);
 561 }
 562
 563 bool MEDFileUMeshSplitL1::empty() const
 564 {
 565   return ((const MEDCouplingUMesh *)_m_by_types)==0;
 566 }
 567
 568 bool MEDFileUMeshSplitL1::presenceOfOneFams(const std::vector<int>& ids) const
 569 {
 570   const DataArrayInt *fam=_fam;
 571   if(!fam)
 572     return false;
 573   return fam->presenceOfValue(ids);
 574 }
 575
 576 int MEDFileUMeshSplitL1::getMeshDimension() const
 577 {
 578   return _m_by_types->getMeshDimension();
 579 }
 580
 581 void MEDFileUMeshSplitL1::simpleRepr(std::ostream& oss) const
 582 {
 583   std::vector<int> code=_m_by_types->getDistributionOfTypes();
 584   int nbOfTypes=code.size()/3;
 585   for(int i=0;i<nbOfTypes;i++)
 586     {
 587       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typ=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType) code[3*i];
 588       oss << "    - Number of cells with type " << INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(typ).getRepr() << " : " << code[3*i+1] << std::endl;
 589     }
 590 }
 591
 592 int MEDFileUMeshSplitL1::getSize() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 593 {
 594   if((const MEDCouplingUMesh *)_m_by_types==0)
 595     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshSplitL1::getSize : no mesh specified at level !");
 596   return _m_by_types->getNumberOfCells();
 597 }
 598
 599 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMeshSplitL1::getFamilyPart(const int *idsBg, const int *idsEnd, bool renum) const
 600 {
 601   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> eltsToKeep=_fam->getIdsEqualList(idsBg,idsEnd);
 602   MEDCouplingUMesh *m=(MEDCouplingUMesh *)_m_by_types->buildPartOfMySelf(eltsToKeep->getConstPointer(),eltsToKeep->getConstPointer()+eltsToKeep->getNumberOfTuples(),true);
 603   if(renum)
 604     return renumIfNeeded(m,eltsToKeep->getConstPointer());
 605   return m;
 606 }
 607
 608 DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::getFamilyPartArr(const int *idsBg, const int *idsEnd, bool renum) const
 609 {
 610   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> da=_fam->getIdsEqualList(idsBg,idsEnd);
 611   if(renum)
 612     return renumIfNeededArr(da);
 613   da->incrRef();
 614   return da;
 615 }
 616
 617 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMeshSplitL1::getWholeMesh(bool renum) const
 618 {
 619   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> tmp;
 620   if(renum)
 621     tmp=_m;
 622   else
 623     tmp=_m_by_types;
 624   tmp->incrRef();
 625   return tmp;
 626 }
 627
 628 const DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::getFamilyField() const
 629 {
 630   return _fam;
 631 }
 632
 633 const DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::getNumberField() const
 634 {
 635   return _num;
 636 }
 637
 638 const DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::getRevNumberField() const
 639 {
 640   return _rev_num;
 641 }
 642
 643 void MEDFileUMeshSplitL1::eraseFamilyField()
 644 {
 645   _fam->fillWithZero();
 646 }
 647
 648 /*!
 649  * This method ignores _m and _m_by_types.
 650  */
 651 void MEDFileUMeshSplitL1::setGroupsFromScratch(const std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& ms, std::map<std::string,int>& familyIds,
 652                                                std::map<std::string, std::vector<std::string> >& groups) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 653 {
 654   int sz=ms.size();
 655   std::vector< DataArrayInt * > corr;
 656   _m=MEDCouplingUMesh::FuseUMeshesOnSameCoords(ms,0,corr);
 657   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > corrMSafe(corr.begin(),corr.end());
 658   std::vector< std::vector<int> > fidsOfGroups;
 659   std::vector< const DataArrayInt * > corr2(corr.begin(),corr.end());
 660   _fam=DataArrayInt::MakePartition(corr2,((MEDCouplingUMesh *)_m)->getNumberOfCells(),fidsOfGroups);
 661   int nbOfCells=((MEDCouplingUMesh *)_m)->getNumberOfCells();
 662   std::map<int,std::string> newfams;
 663   std::map<int,int> famIdTrad;
 664   TraduceFamilyNumber(fidsOfGroups,familyIds,famIdTrad,newfams);
 665   int *w=_fam->getPointer();
 666   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,w++)
 667     *w=famIdTrad[*w];
 668 }
 669
 670 void MEDFileUMeshSplitL1::write(med_idt fid, const char *mName, int mdim) const
 671 {
 672   std::vector<MEDCouplingUMesh *> ms=_m_by_types->splitByType();
 673   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> > msMSafe(ms.begin(),ms.end());
 674   int start=0;
 675   for(std::vector<MEDCouplingUMesh *>::const_iterator it=ms.begin();it!=ms.end();it++)
 676     {
 677       int nbCells=(*it)->getNumberOfCells();
 678       int end=start+nbCells;
 679       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> fam,num;
 680       if((const DataArrayInt *)_fam)
 681         fam=_fam->substr(start,end);
 682       if((const DataArrayInt *)_num)
 683         num=_num->substr(start,end);
 684       MEDFileUMeshPerType::write(fid,mName,mdim,(*it),fam,num);
 685       start=end;
 686     }
 687 }
 688
 689 void MEDFileUMeshSplitL1::changeFamilyIdArr(int oldId, int newId) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 690 {
 691   DataArrayInt *arr=_fam;
 692   if(arr)
 693     arr->changeValue(oldId,newId);
 694 }
 695
 696 void MEDFileUMeshSplitL1::setFamilyArr(DataArrayInt *famArr)
 697 {
 698   if(!famArr)
 699     {
 700       _fam=0;
 701       return ;
 702     }
 703   MEDCouplingUMesh *mbt(_m_by_types);
 704   if(!mbt)
 705     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshSplitL1::setFamilyArr : no mesh defined on this level !");
 706   famArr->checkNbOfTuplesAndComp(mbt->getNumberOfCells(),1,"MEDFileUMeshSplitL1::setFamilyArr : Problem in size of Family arr ! ");
 707   famArr->incrRef();
 708   _fam=famArr;
 709 }
 710
 711 void MEDFileUMeshSplitL1::setRenumArr(DataArrayInt *renumArr)
 712 {
 713   if(!renumArr)
 714     {
 715       _num=0;
 716       _rev_num=0;
 717       return ;
 718     }
 719   MEDCouplingUMesh *mbt(_m_by_types);
 720   if(!mbt)
 721     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshSplitL1::setRenumArr : no mesh defined on this level !");
 722   renumArr->checkNbOfTuplesAndComp(mbt->getNumberOfCells(),1,"MEDFileUMeshSplitL1::setRenumArr : Problem in size of numbering arr ! ");
 723   renumArr->incrRef();
 724   _num=renumArr;
 725   computeRevNum();
 726 }
 727
 728 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMeshSplitL1::Renumber2(const DataArrayInt *renum, MEDCouplingUMesh *m, const int *cellIds)
 729 {
 730   if(renum==0)
 731     return m;
 732   if(cellIds==0)
 733     m->renumberCells(renum->getConstPointer(),true);
 734   else
 735     {
 736       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> locnum=renum->selectByTupleId(cellIds,cellIds+m->getNumberOfCells());
 737       m->renumberCells(locnum->getConstPointer(),true);
 738     }
 739   return m;
 740 }
 741
 742 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMeshSplitL1::renumIfNeeded(MEDCouplingUMesh *m, const int *cellIds) const
 743 {
 744   return Renumber2(_num,m,cellIds);
 745 }
 746
 747 DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::Renumber(const DataArrayInt *renum, const DataArrayInt *da)
 748 {
 749   if((const DataArrayInt *)renum==0)
 750     {
 751       da->incrRef();
 752       return const_cast<DataArrayInt *>(da);
 753     }
 754   return renum->selectByTupleId(da->getConstPointer(),da->getConstPointer()+da->getNumberOfTuples());
 755 }
 756
 757 DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::renumIfNeededArr(const DataArrayInt *da) const
 758 {
 759   return Renumber(_num,da);
 760 }
 761
 762 std::vector<int> MEDFileUMeshSplitL1::GetNewFamiliesNumber(int nb, const std::map<std::string,int>& families)
 763 {
 764   int id=-1;
 765   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=families.begin();it!=families.end();it++)
 766     id=std::max(id,(*it).second);
 767   if(id==-1)
 768     id=0;
 769   std::vector<int> ret(nb);
 770   for(int i=1;i<=nb;i++)
 771     ret[i]=id+i;
 772   return ret;
 773 }
 774
 775 void MEDFileUMeshSplitL1::TraduceFamilyNumber(const std::vector< std::vector<int> >& fidsGrps, std::map<std::string,int>& familyIds,
 776                                               std::map<int,int>& famIdTrad, std::map<int,std::string>& newfams)
 777 {
 778   std::set<int> allfids;
 779
 780 }
 781
 782 void MEDFileUMeshSplitL1::computeRevNum() const
 783 {
 784   int pos;
 785   int maxValue=_num->getMaxValue(pos);
 786   _rev_num=_num->invertArrayN2O2O2N(maxValue+1);
 787 }