Salome HOME
Merge from V6_main 12/04/2013
[tools/medcoupling.git] / src / MEDLoader / MEDFileMeshLL.cxx
1 // Copyright (C) 2007-2013  CEA/DEN, EDF R&D
2 //
3 // This library is free software; you can redistribute it and/or
4 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
5 // License as published by the Free Software Foundation; either
6 // version 2.1 of the License.
7 //
8 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
11 // Lesser General Public License for more details.
12 //
13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
16 //
17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
18 //
19 // Author : Anthony Geay (CEA/DEN)
20
21 #include "MEDFileMeshLL.hxx"
22 #include "MEDFileMesh.hxx"
23 #include "MEDLoaderBase.hxx"
24
25 #include "MEDCouplingUMesh.hxx"
26
27 #include "InterpKernelAutoPtr.hxx"
28 #include "CellModel.hxx"
29
30 #include <set>
31
32 extern med_geometry_type typmai[MED_N_CELL_FIXED_GEO];
33 extern INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typmai2[MED_N_CELL_FIXED_GEO];
34 extern med_geometry_type typmainoeud[1];
35
36 using namespace ParaMEDMEM;
37
38 MEDFileMeshL2::MEDFileMeshL2():_name(MED_NAME_SIZE),_description(MED_COMMENT_SIZE),_dt_unit(MED_LNAME_SIZE)
39 {
40 }
41
42 int MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(med_idt fid, const char *mname, ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType& meshType, int& dt, int& it, std::string& dtunit1) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
43 {
44   med_mesh_type type_maillage;
45   char maillage_description[MED_COMMENT_SIZE+1];
46   char dtunit[MED_LNAME_SIZE+1];
47   med_int spaceDim,dim;
48   char nommaa[MED_NAME_SIZE+1];
49   med_int n=MEDnMesh(fid);
50   bool found=false;
51   int ret=-1;
52   med_sorting_type stype;
53   std::vector<std::string> ms;
54   int nstep;
55   med_axis_type axistype;
56   for(int i=0;i<n && !found;i++)
57     {
58       int naxis=MEDmeshnAxis(fid,i+1);
59       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> axisname=MEDLoaderBase::buildEmptyString(naxis*MED_SNAME_SIZE);
60       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> axisunit=MEDLoaderBase::buildEmptyString(naxis*MED_SNAME_SIZE);
61       MEDmeshInfo(fid,i+1,nommaa,&spaceDim,&dim,&type_maillage,maillage_description,dtunit,&stype,&nstep,&axistype,axisname,axisunit);
62       dtunit1=MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(dtunit,sizeof(dtunit));
63       std::string cur=MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(nommaa,sizeof(nommaa));
64       ms.push_back(cur);
65       if(cur==mname)
66         {
67           found=true;
68           ret=i+1;
69         }
70     }
71   if(!found)
72     {
73       std::ostringstream oss;
74       oss << "No such meshname (" << mname <<  ") in file ! Must be in :";
75       std::copy(ms.begin(),ms.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss,", "));
76       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
77     }
78   switch(type_maillage)
79     {
80     case MED_UNSTRUCTURED_MESH:
81       meshType=UNSTRUCTURED;
82       break;
83     case MED_STRUCTURED_MESH:
84       {
85         med_grid_type gt;
86         MEDmeshGridTypeRd(fid,mname,&gt);
87         switch(gt)
88           {
89           case MED_CARTESIAN_GRID:
90             meshType=CARTESIAN;
91             break;
92           case MED_CURVILINEAR_GRID:
93             meshType=CURVE_LINEAR;
94             break;
95           default:
96             throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshL2::getMeshIdFromName : unrecognized structured mesh type ! Supported are :\n - cartesian\n - curve linear\n");
97           }
98         break;
99       }
100     default:
101       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshL2::getMeshIdFromName : unrecognized mesh type !");
102     }
103   med_int numdt,numit;
104   med_float dtt;
105   MEDmeshComputationStepInfo(fid,mname,1,&numdt,&numit,&dtt);
106   dt=numdt; it=numit;
107   return ret;
108 }
109
110 double MEDFileMeshL2::CheckMeshTimeStep(med_idt fid, const char *mName, int nstep, int dt, int it) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
111 {
112   bool found=false;
113   med_int numdt,numit;
114   med_float dtt;
115   std::vector< std::pair<int,int> > p(nstep);
116   for(int i=0;i<nstep;i++)
117     {
118       MEDmeshComputationStepInfo(fid,mName,i+1,&numdt,&numit,&dtt);
119       p[i]=std::make_pair<int,int>(numdt,numit);
120       found=(numdt==dt) && (numit==numit);
121     }
122   if(!found)
123     {
124       std::ostringstream oss; oss << "No such iteration=" << dt << ",order=" << it << " numbers found for mesh '" << mName << "' ! ";
125       oss << "Possibilities are : ";
126       for(int i=0;i<nstep;i++)
127         oss << "(" << p[i].first << "," << p[i].second << "), ";
128       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
129     }
130   return dtt;
131 }
132
133 std::vector<std::string> MEDFileMeshL2::getAxisInfoOnMesh(med_idt fid, int mId, const char *mName, ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType& meshType, int& nstep, int& Mdim) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
134 {
135   med_mesh_type type_maillage;
136   med_int spaceDim;
137   med_sorting_type stype;
138   med_axis_type axistype;
139   int naxis=MEDmeshnAxis(fid,mId);
140   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> nameTmp=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_NAME_SIZE);
141   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> axisname=MEDLoaderBase::buildEmptyString(naxis*MED_SNAME_SIZE);
142   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> axisunit=MEDLoaderBase::buildEmptyString(naxis*MED_SNAME_SIZE);
143   if(MEDmeshInfo(fid,mId,nameTmp,&spaceDim,&Mdim,&type_maillage,_description.getPointer(),_dt_unit.getPointer(),
144                  &stype,&nstep,&axistype,axisname,axisunit)!=0)
145     throw INTERP_KERNEL::Exception("A problem has been detected when trying to get info on mesh !");
146   switch(type_maillage)
147     {
148     case MED_UNSTRUCTURED_MESH:
149       meshType=UNSTRUCTURED;
150       break;
151     case MED_STRUCTURED_MESH:
152       {
153         med_grid_type gt;
154         MEDmeshGridTypeRd(fid,mName,&gt);
155         switch(gt)
156           {
157           case MED_CARTESIAN_GRID:
158             meshType=CARTESIAN;
159             break;
160           case MED_CURVILINEAR_GRID:
161             meshType=CURVE_LINEAR;
162             break;
163           default:
164             throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshL2::getAxisInfoOnMesh : unrecognized structured mesh type ! Supported are :\n - cartesian\n - curve linear\n");
165           }
166         break;
167       }
168     default:
169       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshL2::getMeshIdFromName : unrecognized mesh type !");
170     }
171   //
172   std::vector<std::string> infosOnComp(naxis);
173   for(int i=0;i<naxis;i++)
174     {
175       std::string info=MEDLoaderBase::buildUnionUnit(((char *)axisname)+i*MED_SNAME_SIZE,MED_SNAME_SIZE,((char *)axisunit)+i*MED_SNAME_SIZE,MED_SNAME_SIZE);
176       infosOnComp[i]=info;
177     }
178   return infosOnComp;
179 }
180
181 void MEDFileMeshL2::ReadFamiliesAndGrps(med_idt fid, const char *meshName, std::map<std::string,int>& fams, std::map<std::string, std::vector<std::string> >& grps)
182 {
183   char nomfam[MED_NAME_SIZE+1];
184   med_int numfam;
185   int nfam=MEDnFamily(fid,meshName);
186   for(int i=0;i<nfam;i++)
187     {
188       int ngro=MEDnFamilyGroup(fid,meshName,i+1);
189       med_int natt=MEDnFamily23Attribute(fid,meshName,i+1);
190       INTERP_KERNEL::AutoPtr<med_int> attide=new med_int[natt];
191       INTERP_KERNEL::AutoPtr<med_int> attval=new med_int[natt];
192       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> attdes=new char[MED_COMMENT_SIZE*natt+1];
193       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> gro=new char[MED_LNAME_SIZE*ngro+1];
194       MEDfamily23Info(fid,meshName,i+1,nomfam,attide,attval,attdes,&numfam,gro);
195       std::string famName=MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(nomfam,MED_NAME_SIZE);
196       fams[famName]=numfam;
197       for(int j=0;j<ngro;j++)
198         {
199           std::string groupname=MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(gro+j*MED_LNAME_SIZE,MED_LNAME_SIZE);
200           grps[groupname].push_back(famName);
201         }
202     }
203 }
204
205 void MEDFileMeshL2::WriteFamiliesAndGrps(med_idt fid, const char *mname, const std::map<std::string,int>& fams, const std::map<std::string, std::vector<std::string> >& grps, int tooLongStrPol)
206 {
207   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=fams.begin();it!=fams.end();it++)
208     {
209       std::vector<std::string> grpsOfFam;
210       for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it1=grps.begin();it1!=grps.end();it1++)
211         {
212           if(std::find((*it1).second.begin(),(*it1).second.end(),(*it).first)!=(*it1).second.end())
213             grpsOfFam.push_back((*it1).first);
214         }
215       int ngro=grpsOfFam.size();
216       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> groName=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_LNAME_SIZE*ngro);
217       int i=0;
218       for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=grpsOfFam.begin();it2!=grpsOfFam.end();it2++,i++)
219         MEDLoaderBase::safeStrCpy2((*it2).c_str(),MED_LNAME_SIZE-1,groName+i*MED_LNAME_SIZE,tooLongStrPol);
220       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> famName=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_NAME_SIZE);
221       MEDLoaderBase::safeStrCpy((*it).first.c_str(),MED_NAME_SIZE,famName,tooLongStrPol);
222       int ret=MEDfamilyCr(fid,mname,famName,(*it).second,ngro,groName);
223       ret++;
224     }
225 }
226
227 MEDFileUMeshL2::MEDFileUMeshL2()
228 {
229 }
230
231 void MEDFileUMeshL2::loadAll(med_idt fid, int mId, const char *mName, int dt, int it)
232 {
233   _name.set(mName);
234   int nstep;
235   int Mdim;
236   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
237   std::vector<std::string> infosOnComp=getAxisInfoOnMesh(fid,mId,mName,meshType,nstep,Mdim);
238   if(meshType!=UNSTRUCTURED)
239     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh type ! You are expected an unstructured one whereas in file it is not an unstructured !");
240   _time=CheckMeshTimeStep(fid,mName,nstep,dt,it);
241   _iteration=dt;
242   _order=it;
243   loadConnectivity(fid,Mdim,mName,dt,it);//to improve check (dt,it) coherency
244   loadCoords(fid,mId,infosOnComp,mName,dt,it);
245 }
246
247 void MEDFileUMeshL2::loadConnectivity(med_idt fid, int mdim, const char *mName, int dt, int it)
248 {
249   _per_type_mesh.resize(1);
250   _per_type_mesh[0].clear();
251   for(int j=0;j<MED_N_CELL_FIXED_GEO;j++)
252     {
253       MEDFileUMeshPerType *tmp=MEDFileUMeshPerType::New(fid,mName,dt,it,mdim,typmai[j],typmai2[j]);
254       if(tmp)
255         _per_type_mesh[0].push_back(tmp);
256     }
257   sortTypes();
258 }
259
260 void MEDFileUMeshL2::loadCoords(med_idt fid, int mId, const std::vector<std::string>& infosOnComp, const char *mName, int dt, int it) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
261 {
262   int spaceDim=infosOnComp.size();
263   med_bool changement,transformation;
264   int nCoords=MEDmeshnEntity(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NONE,MED_COORDINATE,MED_NO_CMODE,&changement,&transformation);
265   _coords=DataArrayDouble::New();
266   _coords->alloc(nCoords,spaceDim);
267   double *coordsPtr=_coords->getPointer();
268   MEDmeshNodeCoordinateRd(fid,mName,dt,it,MED_FULL_INTERLACE,coordsPtr);
269   if(MEDmeshnEntity(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,MED_FAMILY_NUMBER,MED_NODAL,&changement,&transformation)>0)
270     {
271       _fam_coords=DataArrayInt::New();
272       _fam_coords->alloc(nCoords,1);
273       MEDmeshEntityFamilyNumberRd(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,_fam_coords->getPointer());
274     }
275   else
276     _fam_coords=0;
277   if(MEDmeshnEntity(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,MED_NUMBER,MED_NODAL,&changement,&transformation)>0)
278     {
279       _num_coords=DataArrayInt::New();
280       _num_coords->alloc(nCoords,1);
281       MEDmeshEntityNumberRd(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,_num_coords->getPointer());
282     }
283   else
284     _num_coords=0;
285   if(MEDmeshnEntity(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,MED_NAME,MED_NODAL,&changement,&transformation)>0)
286     {
287       _name_coords=DataArrayAsciiChar::New();
288       _name_coords->alloc(nCoords+1,MED_SNAME_SIZE);//not a bug to avoid the memory corruption due to last \0 at the end
289       MEDmeshEntityNameRd(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,_name_coords->getPointer());
290       _name_coords->reAlloc(nCoords);//not a bug to avoid the memory corruption due to last \0 at the end
291     }
292   else
293     _name_coords=0;
294   for(int i=0;i<spaceDim;i++)
295     _coords->setInfoOnComponent(i,infosOnComp[i].c_str());
296 }
297
298 void MEDFileUMeshL2::sortTypes()
299 {
300   std::set<int> mdims;
301   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> > tmp(_per_type_mesh[0]);
302   _per_type_mesh.clear();
303   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >::const_iterator it=tmp.begin();it!=tmp.end();it++)
304     mdims.insert((*it)->getDim());
305   if(mdims.empty())
306     return;
307   int mdim=*mdims.rbegin();
308   _per_type_mesh.resize(mdim+1);
309   for(int dim=mdim+1;dim!=0;dim--)
310     {
311       std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >& elt=_per_type_mesh[mdim+1-dim];
312       for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >::const_iterator it=tmp.begin();it!=tmp.end();it++)
313         if((*it)->getDim()==dim-1)
314           elt.push_back(*it);
315     }
316   // suppression of contiguous empty levels at the end of _per_type_mesh.
317   int nbOfUselessLev=0;
318   bool isFirst=true;
319   for(std::vector< std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> > >::reverse_iterator it2=_per_type_mesh.rbegin();it2!=_per_type_mesh.rend();it2++)
320     {
321       if((*it2).empty() && isFirst)
322         {
323           nbOfUselessLev++;
324         }
325       else
326         isFirst=false;
327     }
328   _per_type_mesh.resize(_per_type_mesh.size()-nbOfUselessLev);
329 }
330
331 void MEDFileUMeshL2::WriteCoords(med_idt fid, const char *mname, int dt, int it, double time, const DataArrayDouble *coords, const DataArrayInt *famCoords, const DataArrayInt *numCoords, const DataArrayAsciiChar *nameCoords)
332 {
333   if(!coords)
334     return ;
335   MEDmeshNodeCoordinateWr(fid,mname,dt,it,time,MED_FULL_INTERLACE,coords->getNumberOfTuples(),coords->getConstPointer());
336   if(famCoords)
337     MEDmeshEntityFamilyNumberWr(fid,mname,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,famCoords->getNumberOfTuples(),famCoords->getConstPointer());
338   if(numCoords)
339     MEDmeshEntityNumberWr(fid,mname,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,numCoords->getNumberOfTuples(),numCoords->getConstPointer());
340   if(nameCoords)
341     {
342       if(nameCoords->getNumberOfComponents()!=MED_SNAME_SIZE)
343         {
344           std::ostringstream oss; oss << " MEDFileUMeshL2::WriteCoords : expected a name field on nodes with number of components set to " << MED_SNAME_SIZE;
345           oss << " ! The array has " << nameCoords->getNumberOfComponents() << " components !";
346           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
347         }
348       MEDmeshEntityNameWr(fid,mname,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,nameCoords->getNumberOfTuples(),nameCoords->getConstPointer());
349     }
350 }
351
352 bool MEDFileUMeshL2::isFamDefinedOnLev(int levId) const
353 {
354   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >::const_iterator it=_per_type_mesh[levId].begin();it!=_per_type_mesh[levId].end();it++)
355     if((*it)->getFam()==0)
356       return false;
357   return true;
358 }
359
360 bool MEDFileUMeshL2::isNumDefinedOnLev(int levId) const
361 {
362   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >::const_iterator it=_per_type_mesh[levId].begin();it!=_per_type_mesh[levId].end();it++)
363     if((*it)->getNum()==0)
364       return false;
365   return true;
366 }
367
368 bool MEDFileUMeshL2::isNamesDefinedOnLev(int levId) const
369 {
370   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >::const_iterator it=_per_type_mesh[levId].begin();it!=_per_type_mesh[levId].end();it++)
371     if((*it)->getNames()==0)
372       return false;
373   return true;
374 }
375
376 MEDFileCMeshL2::MEDFileCMeshL2()
377 {
378 }
379
380 void MEDFileCMeshL2::loadAll(med_idt fid, int mId, const char *mName, int dt, int it) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
381 {
382   _name.set(mName);
383   int nstep;
384   int Mdim;
385   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
386   std::vector<std::string> infosOnComp=getAxisInfoOnMesh(fid,mId,mName,meshType,nstep,Mdim);
387   if(meshType!=CARTESIAN)
388     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh type ! You are expected a structured one whereas in file it is not a structured !");
389   _time=CheckMeshTimeStep(fid,mName,nstep,dt,it);
390   _iteration=dt;
391   _order=it;
392   //
393   med_grid_type gridtype;
394   MEDmeshGridTypeRd(fid,mName,&gridtype);
395   if(gridtype!=MED_CARTESIAN_GRID)
396     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid structured mesh ! Expected cartesian mesh type !");
397   _cmesh=MEDCouplingCMesh::New();
398   for(int i=0;i<Mdim;i++)
399     {
400       med_data_type dataTypeReq=GetDataTypeCorrespondingToSpaceId(i);
401       med_bool chgt=MED_FALSE,trsf=MED_FALSE;
402       int nbOfElt=MEDmeshnEntity(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NONE,dataTypeReq,MED_NO_CMODE,&chgt,&trsf);
403       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> da=DataArrayDouble::New();
404       da->alloc(nbOfElt,1);
405       da->setInfoOnComponent(0,infosOnComp[i].c_str());
406       MEDmeshGridIndexCoordinateRd(fid,mName,dt,it,i+1,da->getPointer());
407       _cmesh->setCoordsAt(i,da);
408     }
409 }
410
411 med_data_type MEDFileCMeshL2::GetDataTypeCorrespondingToSpaceId(int id) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
412 {
413   switch(id)
414     {
415     case 0:
416       return MED_COORDINATE_AXIS1;
417     case 1:
418       return MED_COORDINATE_AXIS2;
419     case 2:
420       return MED_COORDINATE_AXIS3;
421     default:
422       throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid meshdim detected in Cartesian Grid !");
423     }
424 }
425
426 MEDFileCLMeshL2::MEDFileCLMeshL2()
427 {
428 }
429
430 void MEDFileCLMeshL2::loadAll(med_idt fid, int mId, const char *mName, int dt, int it) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
431 {
432   _name.set(mName);
433   int nstep;
434   int Mdim;
435   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
436   std::vector<std::string> infosOnComp=getAxisInfoOnMesh(fid,mId,mName,meshType,nstep,Mdim);
437   if(meshType!=CURVE_LINEAR)
438     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh type ! You are expected a structured one whereas in file it is not a structured !");
439   _time=CheckMeshTimeStep(fid,mName,nstep,dt,it);
440   _iteration=dt;
441   _order=it;
442   //
443   _clmesh=MEDCouplingCurveLinearMesh::New();
444   INTERP_KERNEL::AutoPtr<int> stGrid=new int[Mdim];
445   MEDmeshGridStructRd(fid,mName,dt,it,stGrid);
446   _clmesh->setNodeGridStructure(stGrid,((int *)stGrid)+Mdim);
447   med_bool chgt=MED_FALSE,trsf=MED_FALSE;
448   int nbNodes=MEDmeshnEntity(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NONE,MED_COORDINATE,MED_NO_CMODE,&chgt,&trsf);
449   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> da=DataArrayDouble::New();
450   da->alloc(nbNodes,infosOnComp.size());
451   da->setInfoOnComponents(infosOnComp);
452   MEDmeshNodeCoordinateRd(fid,mName,dt,it,MED_FULL_INTERLACE,da->getPointer());
453   _clmesh->setCoords(da);
454 }
455
456 MEDFileUMeshPermCompute::MEDFileUMeshPermCompute(const MEDFileUMeshSplitL1* st):_st(st),_mpt_time(0),_num_time(0)
457 {
458 }
459
460 /*!
461  * Warning it returns an instance to deallocate !!!!
462  */
463 MEDFileUMeshPermCompute::operator MEDCouplingUMesh *() const
464 {
465   _st->_m_by_types->updateTime();
466   _st->_num->updateTime();
467   if((MEDCouplingUMesh *)_m==0)
468     {
469       updateTime();
470       _m=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(_st->_m_by_types->deepCpy());
471       _m->renumberCells(_st->_num->getConstPointer(),true);
472       return _m.retn();
473     }
474   else
475     {
476       if(_mpt_time==_st->_m_by_types->getTimeOfThis() && _num_time==_st->_num->getTimeOfThis())
477         return _m.retn();
478       else
479         {
480           updateTime();
481           _m=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(_st->_m_by_types->deepCpy());
482           _m->renumberCells(_st->_num->getConstPointer(),true);
483           return _m.retn();
484         }
485     }
486 }
487
488 void MEDFileUMeshPermCompute::operator=(MEDCouplingUMesh *m)
489 {
490   _m=m;
491 }
492
493 void MEDFileUMeshPermCompute::updateTime() const
494 {
495   _mpt_time=_st->_m_by_types->getTimeOfThis();
496   _num_time=_st->_num->getTimeOfThis();
497 }
498
499 MEDFileUMeshSplitL1::MEDFileUMeshSplitL1(const MEDFileUMeshSplitL1& other):_m_by_types(other._m_by_types),_fam(other._fam),_num(other._num),_names(other._names),_rev_num(other._rev_num),_m(this)
500 {
501 }
502
503 MEDFileUMeshSplitL1::MEDFileUMeshSplitL1(const MEDFileUMeshL2& l2, const char *mName, int id):_m(this)
504 {
505   const std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >& v=l2.getLev(id);
506   if(v.empty())
507     return;
508   int sz=v.size();
509   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> > msMSafe(sz);
510   std::vector<const MEDCouplingUMesh *> ms(sz);
511   for(int i=0;i<sz;i++)
512     {
513       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> tmp=MEDCouplingUMesh::New("",v[i]->getDim());
514       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> tmp2=l2.getCoords();
515       tmp->setCoords(tmp2);
516       tmp->setConnectivity(const_cast<DataArrayInt *>(v[i]->getNodal()),const_cast<DataArrayInt *>(v[i]->getNodalIndex()));
517       ms[i]=tmp; msMSafe[i]=tmp;
518     }
519   _m_by_types=MEDCouplingUMesh::MergeUMeshesOnSameCoords(ms);
520   _m_by_types->setName(mName);
521   if(l2.isFamDefinedOnLev(id))
522     {
523       int nbOfCells=_m_by_types->getNumberOfCells();
524       _fam=DataArrayInt::New();
525       _fam->alloc(nbOfCells,1);
526       int *w=_fam->getPointer();
527       for(int i=0;i<sz;i++)
528         w=std::copy(v[i]->getFam()->getConstPointer(),v[i]->getFam()->getConstPointer()+v[i]->getFam()->getNumberOfTuples(),w);
529     }
530   if(l2.isNumDefinedOnLev(id))
531     {
532       int nbOfCells=_m_by_types->getNumberOfCells();
533       _num=DataArrayInt::New();
534       _num->alloc(nbOfCells,1);
535       int *w=_num->getPointer();
536       for(int i=0;i<sz;i++)
537         w=std::copy(v[i]->getNum()->getConstPointer(),v[i]->getNum()->getConstPointer()+v[i]->getNum()->getNumberOfTuples(),w);
538       computeRevNum();
539     }
540   if(l2.isNamesDefinedOnLev(id))
541     {
542       int nbOfCells=_m_by_types->getNumberOfCells();
543       _names=DataArrayAsciiChar::New();
544       _names->alloc(nbOfCells,MED_SNAME_SIZE);
545       char *w=_names->getPointer();
546       for(int i=0;i<sz;i++)
547         w=std::copy(v[i]->getNames()->getConstPointer(),v[i]->getNames()->getConstPointer()+v[i]->getNames()->getNbOfElems(),w);
548     }
549 }
550
551 MEDFileUMeshSplitL1::MEDFileUMeshSplitL1(MEDCouplingUMesh *m):_m(this)
552 {
553   assignMesh(m,true);
554 }
555
556 MEDFileUMeshSplitL1::MEDFileUMeshSplitL1(MEDCouplingUMesh *m, bool newOrOld):_m(this)
557 {
558   assignMesh(m,newOrOld);
559 }
560
561 std::size_t MEDFileUMeshSplitL1::getHeapMemorySize() const
562 {
563   std::size_t ret=0;
564   if((const MEDCouplingUMesh *)_m_by_types)
565     {
566       ret+=_m_by_types->getHeapMemorySize();
567       if((const DataArrayDouble *)_m_by_types->getCoords())
568         ret-=_m_by_types->getCoords()->getHeapMemorySize();
569     }
570   if((const DataArrayInt*)_fam)
571     ret+=_fam->getHeapMemorySize();
572   if((const DataArrayInt*)_num)
573     ret+=_num->getHeapMemorySize();
574   if((const DataArrayInt*)_rev_num)
575     ret+=_rev_num->getHeapMemorySize();
576   if((const DataArrayAsciiChar*)_names)
577     ret+=_names->getHeapMemorySize();
578   return ret;
579 }
580
581 MEDFileUMeshSplitL1 *MEDFileUMeshSplitL1::deepCpy() const
582 {
583   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> ret=new MEDFileUMeshSplitL1(*this);
584   if((const MEDCouplingUMesh*)_m_by_types)
585     ret->_m_by_types=static_cast<MEDCouplingUMesh*>(_m_by_types->deepCpy());
586   if((const DataArrayInt *)_fam)
587     ret->_fam=_fam->deepCpy();
588   if((const DataArrayInt *)_num)
589     ret->_num=_num->deepCpy();
590   if((const DataArrayInt *)_rev_num)
591     ret->_rev_num=_rev_num->deepCpy();
592   if((const DataArrayAsciiChar *)_names)
593     ret->_names=_names->deepCpy();
594   return ret.retn();
595 }
596
597 bool MEDFileUMeshSplitL1::isEqual(const MEDFileUMeshSplitL1 *other, double eps, std::string& what) const
598 {
599   const MEDCouplingUMesh *m1=_m_by_types;
600   const MEDCouplingUMesh *m2=other->_m_by_types;
601   if((m1==0 && m2!=0) || (m1!=0 && m2==0))
602     {
603       what="Presence of mesh in one sublevel and not in other!";
604       return false;
605     }
606   if(m1)
607     if(!m1->isEqual(m2,eps))
608       {
609         what="meshes at a sublevel are not deeply equal !";
610         return false;
611       }
612   const DataArrayInt *d1=_fam;
613   const DataArrayInt *d2=other->_fam;
614   if((d1==0 && d2!=0) || (d1!=0 && d2==0))
615     {
616       what="Presence of family arr in one sublevel and not in other!";
617       return false;
618     }
619   if(d1)
620     if(!d1->isEqual(*d2))
621       {
622         what="family arr at a sublevel are not deeply equal !";
623         return false;
624       }
625   d1=_num;
626   d2=other->_num;
627   if((d1==0 && d2!=0) || (d1!=0 && d2==0))
628     {
629       what="Presence of cell numbering arr in one sublevel and not in other!";
630       return false;
631     }
632   if(d1)
633     if(!d1->isEqual(*d2))
634       {
635         what="Numbering cell arr at a sublevel are not deeply equal !";
636         return false;
637       }
638   const DataArrayAsciiChar *e1=_names;
639   const DataArrayAsciiChar *e2=other->_names;
640   if((e1==0 && e2!=0) || (e1!=0 && e2==0))
641     {
642       what="Presence of cell names arr in one sublevel and not in other!";
643       return false;
644     }
645   if(e1)
646     if(!e1->isEqual(*e2))
647       {
648         what="Name cell arr at a sublevel are not deeply equal !";
649         return false;
650       }
651   return true;
652 }
653
654 void MEDFileUMeshSplitL1::synchronizeTinyInfo(const MEDFileMesh& master) const
655 {
656   const MEDCouplingUMesh *tmp=_m_by_types;
657   if(!tmp)
658     return ;
659   (const_cast<MEDCouplingUMesh *>(tmp))->setName(master.getName());
660   (const_cast<MEDCouplingUMesh *>(tmp))->setDescription(master.getDescription());
661   (const_cast<MEDCouplingUMesh *>(tmp))->setTime(master.getTimeValue(),master.getIteration(),master.getOrder());
662   (const_cast<MEDCouplingUMesh *>(tmp))->setTimeUnit(master.getTimeUnit());
663 }
664
665 void MEDFileUMeshSplitL1::clearNonDiscrAttributes() const
666 {
667   ClearNonDiscrAttributes(_m_by_types);
668 }
669
670 void MEDFileUMeshSplitL1::ClearNonDiscrAttributes(const MEDCouplingMesh *tmp)
671 {
672   if(!tmp)
673     return ;
674   (const_cast<MEDCouplingMesh *>(tmp))->setName("");
675   (const_cast<MEDCouplingMesh *>(tmp))->setDescription("");
676   (const_cast<MEDCouplingMesh *>(tmp))->setTime(0.,-1,-1);
677   (const_cast<MEDCouplingMesh *>(tmp))->setTimeUnit("");
678 }
679
680 void MEDFileUMeshSplitL1::assignMesh(MEDCouplingUMesh *m, bool newOrOld) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
681 {
682   if(newOrOld)
683     {
684       m->incrRef();
685       _m=m;
686       _m_by_types=(MEDCouplingUMesh *)m->deepCpy();
687       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> da=_m_by_types->getRenumArrForConsecutiveCellTypesSpec(typmai2,typmai2+MED_N_CELL_FIXED_GEO);
688       if(!da->isIdentity())
689         {
690           _num=da->invertArrayO2N2N2O(m->getNumberOfCells());
691           _m.updateTime();
692           computeRevNum();
693           _m_by_types->renumberCells(da->getConstPointer(),false);
694         }
695     }
696   else
697     {
698       if(!m->checkConsecutiveCellTypesAndOrder(typmai2,typmai2+MED_N_CELL_FIXED_GEO))
699         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshSplitL1::assignMesh : the mode of mesh setting expects to follow the MED file numbering convention ! it is not the case !");
700       m->incrRef();
701       _m_by_types=m;
702     }
703   _fam=DataArrayInt::New();
704   _fam->alloc(m->getNumberOfCells(),1);
705   _fam->fillWithValue(0);
706 }
707
708 bool MEDFileUMeshSplitL1::empty() const
709 {
710   return ((const MEDCouplingUMesh *)_m_by_types)==0;
711 }
712
713 bool MEDFileUMeshSplitL1::presenceOfOneFams(const std::vector<int>& ids) const
714 {
715   const DataArrayInt *fam=_fam;
716   if(!fam)
717     return false;
718   return fam->presenceOfValue(ids);
719 }
720
721 int MEDFileUMeshSplitL1::getMeshDimension() const
722 {
723   return _m_by_types->getMeshDimension();
724 }
725
726 void MEDFileUMeshSplitL1::simpleRepr(std::ostream& oss) const
727 {
728   std::vector<int> code=_m_by_types->getDistributionOfTypes();
729   int nbOfTypes=code.size()/3;
730   for(int i=0;i<nbOfTypes;i++)
731     {
732       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typ=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType) code[3*i];
733       oss << "    - Number of cells with type " << INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(typ).getRepr() << " : " << code[3*i+1] << std::endl;
734     }
735 }
736
737 int MEDFileUMeshSplitL1::getSize() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
738 {
739   if((const MEDCouplingUMesh *)_m_by_types==0)
740     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshSplitL1::getSize : no mesh specified at level !");
741   return _m_by_types->getNumberOfCells();
742 }
743
744 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMeshSplitL1::getFamilyPart(const int *idsBg, const int *idsEnd, bool renum) const
745 {
746   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> eltsToKeep=_fam->getIdsEqualList(idsBg,idsEnd);
747   MEDCouplingUMesh *m=(MEDCouplingUMesh *)_m_by_types->buildPartOfMySelf(eltsToKeep->getConstPointer(),eltsToKeep->getConstPointer()+eltsToKeep->getNumberOfTuples(),true);
748   if(renum)
749     return renumIfNeeded(m,eltsToKeep->getConstPointer());
750   return m;
751 }
752
753 DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::getFamilyPartArr(const int *idsBg, const int *idsEnd, bool renum) const
754 {
755   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> da=_fam->getIdsEqualList(idsBg,idsEnd);
756   if(renum)
757     return renumIfNeededArr(da);
758   return da.retn();
759 }
760
761 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMeshSplitL1::getWholeMesh(bool renum) const
762 {
763   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> tmp;
764   if(renum)
765     tmp=_m;
766   else
767     tmp=_m_by_types;
768   return tmp.retn();
769 }
770
771 DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::getOrCreateAndGetFamilyField() throw(INTERP_KERNEL::Exception)
772 {
773   if((DataArrayInt *)_fam)
774     return _fam;
775   MEDCouplingUMesh *m(_m_by_types);
776   if(!m)
777     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshSplitL1::getOrCreateAndGetFamilyField : impossible to create a family field array because no mesh specified on this level !");
778   int nbOfTuples=m->getNumberOfCells();
779   _fam=DataArrayInt::New(); _fam->alloc(nbOfTuples,1); _fam->fillWithZero();
780   return _fam;
781 }
782
783 const DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::getFamilyField() const
784 {
785   return _fam;
786 }
787
788 const DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::getNumberField() const
789 {
790   return _num;
791 }
792
793 const DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::getRevNumberField() const
794 {
795   return _rev_num;
796 }
797
798 const DataArrayAsciiChar *MEDFileUMeshSplitL1::getNameField() const
799 {
800   return _names;
801 }
802
803 void MEDFileUMeshSplitL1::eraseFamilyField()
804 {
805   _fam->fillWithZero();
806 }
807
808 /*!
809  * This method ignores _m and _m_by_types.
810  */
811 void MEDFileUMeshSplitL1::setGroupsFromScratch(const std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& ms, std::map<std::string,int>& familyIds,
812                                                std::map<std::string, std::vector<std::string> >& groups) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
813 {
814   std::vector< DataArrayInt * > corr;
815   _m=MEDCouplingUMesh::FuseUMeshesOnSameCoords(ms,0,corr);
816   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > corrMSafe(corr.begin(),corr.end());
817   std::vector< std::vector<int> > fidsOfGroups;
818   std::vector< const DataArrayInt * > corr2(corr.begin(),corr.end());
819   _fam=DataArrayInt::MakePartition(corr2,((MEDCouplingUMesh *)_m)->getNumberOfCells(),fidsOfGroups);
820   int nbOfCells=((MEDCouplingUMesh *)_m)->getNumberOfCells();
821   std::map<int,std::string> newfams;
822   std::map<int,int> famIdTrad;
823   TraduceFamilyNumber(fidsOfGroups,familyIds,famIdTrad,newfams);
824   int *w=_fam->getPointer();
825   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,w++)
826     *w=famIdTrad[*w];
827 }
828
829 void MEDFileUMeshSplitL1::write(med_idt fid, const char *mName, int mdim) const
830 {
831   std::vector<MEDCouplingUMesh *> ms=_m_by_types->splitByType();
832   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> > msMSafe(ms.begin(),ms.end());
833   int start=0;
834   for(std::vector<MEDCouplingUMesh *>::const_iterator it=ms.begin();it!=ms.end();it++)
835     {
836       int nbCells=(*it)->getNumberOfCells();
837       int end=start+nbCells;
838       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> fam,num;
839       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayAsciiChar> names;
840       if((const DataArrayInt *)_fam)
841         fam=_fam->substr(start,end);
842       if((const DataArrayInt *)_num)
843         num=_num->substr(start,end);
844       if((const DataArrayAsciiChar *)_names)
845         names=static_cast<DataArrayAsciiChar *>(_names->substr(start,end));
846       MEDFileUMeshPerType::write(fid,mName,mdim,(*it),fam,num,names);
847       start=end;
848     }
849 }
850
851 void MEDFileUMeshSplitL1::renumberNodesInConn(const int *newNodeNumbersO2N) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
852 {
853   MEDCouplingUMesh *m(_m_by_types);
854   if(!m)
855     return;
856   m->renumberNodesInConn(newNodeNumbersO2N);
857 }
858
859 void MEDFileUMeshSplitL1::changeFamilyIdArr(int oldId, int newId) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
860 {
861   DataArrayInt *arr=_fam;
862   if(arr)
863     arr->changeValue(oldId,newId);
864 }
865
866 void MEDFileUMeshSplitL1::setFamilyArr(DataArrayInt *famArr)
867 {
868   if(!famArr)
869     {
870       _fam=0;
871       return ;
872     }
873   MEDCouplingUMesh *mbt(_m_by_types);
874   if(!mbt)
875     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshSplitL1::setFamilyArr : no mesh defined on this level !");
876   famArr->checkNbOfTuplesAndComp(mbt->getNumberOfCells(),1,"MEDFileUMeshSplitL1::setFamilyArr : Problem in size of Family arr ! ");
877   famArr->incrRef();
878   _fam=famArr;
879 }
880
881 void MEDFileUMeshSplitL1::setRenumArr(DataArrayInt *renumArr)
882 {
883   if(!renumArr)
884     {
885       _num=0;
886       _rev_num=0;
887       return ;
888     }
889   MEDCouplingUMesh *mbt(_m_by_types);
890   if(!mbt)
891     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshSplitL1::setRenumArr : no mesh defined on this level !");
892   renumArr->checkNbOfTuplesAndComp(mbt->getNumberOfCells(),1,"MEDFileUMeshSplitL1::setRenumArr : Problem in size of numbering arr ! ");
893   renumArr->incrRef();
894   _num=renumArr;
895   computeRevNum();
896 }
897
898 void MEDFileUMeshSplitL1::setNameArr(DataArrayAsciiChar *nameArr)
899 {
900   if(!nameArr)
901     {
902       _names=0;
903       return ;
904     }
905   MEDCouplingUMesh *mbt(_m_by_types);
906   if(!mbt)
907     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshSplitL1::setNameArr : no mesh defined on this level !");
908   nameArr->checkNbOfTuplesAndComp(mbt->getNumberOfCells(),MED_SNAME_SIZE,"MEDFileUMeshSplitL1::setNameArr : Problem in size of name arr ! ");
909   nameArr->incrRef();
910   _names=nameArr;
911 }
912
913 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMeshSplitL1::Renumber2(const DataArrayInt *renum, MEDCouplingUMesh *m, const int *cellIds)
914 {
915   if(renum==0)
916     return m;
917   if(cellIds==0)
918     m->renumberCells(renum->getConstPointer(),true);
919   else
920     {
921       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> locnum=renum->selectByTupleId(cellIds,cellIds+m->getNumberOfCells());
922       m->renumberCells(locnum->getConstPointer(),true);
923     }
924   return m;
925 }
926
927 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMeshSplitL1::renumIfNeeded(MEDCouplingUMesh *m, const int *cellIds) const
928 {
929   return Renumber2(_num,m,cellIds);
930 }
931
932 DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::Renumber(const DataArrayInt *renum, const DataArrayInt *da)
933 {
934   if((const DataArrayInt *)renum==0)
935     {
936       da->incrRef();
937       return const_cast<DataArrayInt *>(da);
938     }
939   return renum->selectByTupleId(da->getConstPointer(),da->getConstPointer()+da->getNumberOfTuples());
940 }
941
942 DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::renumIfNeededArr(const DataArrayInt *da) const
943 {
944   return Renumber(_num,da);
945 }
946
947 std::vector<int> MEDFileUMeshSplitL1::GetNewFamiliesNumber(int nb, const std::map<std::string,int>& families)
948 {
949   int id=-1;
950   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=families.begin();it!=families.end();it++)
951     id=std::max(id,(*it).second);
952   if(id==-1)
953     id=0;
954   std::vector<int> ret(nb);
955   for(int i=1;i<=nb;i++)
956     ret[i]=id+i;
957   return ret;
958 }
959
960 void MEDFileUMeshSplitL1::TraduceFamilyNumber(const std::vector< std::vector<int> >& fidsGrps, std::map<std::string,int>& familyIds,
961                                               std::map<int,int>& famIdTrad, std::map<int,std::string>& newfams)
962 {
963   std::set<int> allfids;
964   
965 }
966
967 void MEDFileUMeshSplitL1::computeRevNum() const
968 {
969   int pos;
970   int maxValue=_num->getMaxValue(pos);
971   _rev_num=_num->invertArrayN2O2O2N(maxValue+1);
972 }