src/MEDLoader/MEDFileMeshLL.cxx

   1 // Copyright (C) 2007-2013  CEA/DEN, EDF R&D
   2 //
   3 // This library is free software; you can redistribute it and/or
   4 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
   5 // License as published by the Free Software Foundation; either
   6 // version 2.1 of the License.
   7 //
   8 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
   9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  11 // Lesser General Public License for more details.
  12 //
  13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  16 //
  17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  18 //
  19 // Author : Anthony Geay (CEA/DEN)
  20
  21 #include "MEDFileMeshLL.hxx"
  22 #include "MEDFileMesh.hxx"
  23 #include "MEDLoaderBase.hxx"
  24 #include "MEDFileMeshReadSelector.hxx"
  25
  26 #include "MEDCouplingUMesh.hxx"
  27
  28 #include "InterpKernelAutoPtr.hxx"
  29 #include "CellModel.hxx"
  30
  31 #include <set>
  32
  33 extern med_geometry_type typmai[MED_N_CELL_FIXED_GEO];
  34 extern INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typmai2[MED_N_CELL_FIXED_GEO];
  35 extern med_geometry_type typmainoeud[1];
  36
  37 using namespace ParaMEDMEM;
  38
  39 MEDFileMeshL2::MEDFileMeshL2():_name(MED_NAME_SIZE),_description(MED_COMMENT_SIZE),_univ_name(MED_LNAME_SIZE),_dt_unit(MED_LNAME_SIZE)
  40 {
  41 }
  42
  43 std::size_t MEDFileMeshL2::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
  44 {
  45   return 0;
  46 }
  47
  48 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileMeshL2::getDirectChildren() const
  49 {
  50   return std::vector<const BigMemoryObject *>();
  51 }
  52
  53 int MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(med_idt fid, const char *mname, ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType& meshType, int& dt, int& it, std::string& dtunit1)
  54 {
  55   med_mesh_type type_maillage;
  56   char maillage_description[MED_COMMENT_SIZE+1];
  57   char dtunit[MED_LNAME_SIZE+1];
  58   med_int spaceDim,dim;
  59   char nommaa[MED_NAME_SIZE+1];
  60   med_int n=MEDnMesh(fid);
  61   bool found=false;
  62   int ret=-1;
  63   med_sorting_type stype;
  64   std::vector<std::string> ms;
  65   int nstep;
  66   med_axis_type axistype;
  67   for(int i=0;i<n && !found;i++)
  68     {
  69       int naxis=MEDmeshnAxis(fid,i+1);
  70       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> axisname=MEDLoaderBase::buildEmptyString(naxis*MED_SNAME_SIZE);
  71       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> axisunit=MEDLoaderBase::buildEmptyString(naxis*MED_SNAME_SIZE);
  72       MEDmeshInfo(fid,i+1,nommaa,&spaceDim,&dim,&type_maillage,maillage_description,dtunit,&stype,&nstep,&axistype,axisname,axisunit);
  73       dtunit1=MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(dtunit,sizeof(dtunit));
  74       std::string cur=MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(nommaa,sizeof(nommaa));
  75       ms.push_back(cur);
  76       if(cur==mname)
  77         {
  78           found=true;
  79           ret=i+1;
  80         }
  81     }
  82   if(!found)
  83     {
  84       std::ostringstream oss;
  85       oss << "No such meshname (" << mname <<  ") in file ! Must be in : ";
  86       std::copy(ms.begin(),ms.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss,", "));
  87       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
  88     }
  89   switch(type_maillage)
  90     {
  91     case MED_UNSTRUCTURED_MESH:
  92       meshType=UNSTRUCTURED;
  93       break;
  94     case MED_STRUCTURED_MESH:
  95       {
  96         med_grid_type gt;
  97         MEDmeshGridTypeRd(fid,mname,&gt);
  98         switch(gt)
  99           {
 100           case MED_CARTESIAN_GRID:
 101             meshType=CARTESIAN;
 102             break;
 103           case MED_CURVILINEAR_GRID:
 104             meshType=CURVE_LINEAR;
 105             break;
 106           default:
 107             throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshL2::getMeshIdFromName : unrecognized structured mesh type ! Supported are :\n - cartesian\n - curve linear\n");
 108           }
 109         break;
 110       }
 111     default:
 112       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshL2::getMeshIdFromName : unrecognized mesh type !");
 113     }
 114   med_int numdt,numit;
 115   med_float dtt;
 116   MEDmeshComputationStepInfo(fid,mname,1,&numdt,&numit,&dtt);
 117   dt=numdt; it=numit;
 118   return ret;
 119 }
 120
 121 double MEDFileMeshL2::CheckMeshTimeStep(med_idt fid, const char *mName, int nstep, int dt, int it)
 122 {
 123   bool found=false;
 124   med_int numdt,numit;
 125   med_float dtt;
 126   std::vector< std::pair<int,int> > p(nstep);
 127   for(int i=0;i<nstep;i++)
 128     {
 129       MEDmeshComputationStepInfo(fid,mName,i+1,&numdt,&numit,&dtt);
 130       p[i]=std::make_pair<int,int>(numdt,numit);
 131       found=(numdt==dt) && (numit==numit);
 132     }
 133   if(!found)
 134     {
 135       std::ostringstream oss; oss << "No such iteration=" << dt << ",order=" << it << " numbers found for mesh '" << mName << "' ! ";
 136       oss << "Possibilities are : ";
 137       for(int i=0;i<nstep;i++)
 138         oss << "(" << p[i].first << "," << p[i].second << "), ";
 139       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 140     }
 141   return dtt;
 142 }
 143
 144 std::vector<std::string> MEDFileMeshL2::getAxisInfoOnMesh(med_idt fid, int mId, const char *mName, ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType& meshType, int& nstep, int& Mdim)
 145 {
 146   med_mesh_type type_maillage;
 147   med_int spaceDim;
 148   med_sorting_type stype;
 149   med_axis_type axistype;
 150   int naxis=MEDmeshnAxis(fid,mId);
 151   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> nameTmp=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_NAME_SIZE);
 152   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> axisname=MEDLoaderBase::buildEmptyString(naxis*MED_SNAME_SIZE);
 153   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> axisunit=MEDLoaderBase::buildEmptyString(naxis*MED_SNAME_SIZE);
 154   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> univTmp=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_LNAME_SIZE);
 155   if(MEDmeshInfo(fid,mId,nameTmp,&spaceDim,&Mdim,&type_maillage,_description.getPointer(),_dt_unit.getPointer(),
 156                  &stype,&nstep,&axistype,axisname,axisunit)!=0)
 157     throw INTERP_KERNEL::Exception("A problem has been detected when trying to get info on mesh !");
 158   MEDmeshUniversalNameRd(fid,nameTmp,_univ_name.getPointer());
 159   switch(type_maillage)
 160     {
 161     case MED_UNSTRUCTURED_MESH:
 162       meshType=UNSTRUCTURED;
 163       break;
 164     case MED_STRUCTURED_MESH:
 165       {
 166         med_grid_type gt;
 167         MEDmeshGridTypeRd(fid,mName,&gt);
 168         switch(gt)
 169           {
 170           case MED_CARTESIAN_GRID:
 171             meshType=CARTESIAN;
 172             break;
 173           case MED_CURVILINEAR_GRID:
 174             meshType=CURVE_LINEAR;
 175             break;
 176           default:
 177             throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshL2::getAxisInfoOnMesh : unrecognized structured mesh type ! Supported are :\n - cartesian\n - curve linear\n");
 178           }
 179         break;
 180       }
 181     default:
 182       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshL2::getMeshIdFromName : unrecognized mesh type !");
 183     }
 184   //
 185   std::vector<std::string> infosOnComp(naxis);
 186   for(int i=0;i<naxis;i++)
 187     {
 188       std::string info=MEDLoaderBase::buildUnionUnit(((char *)axisname)+i*MED_SNAME_SIZE,MED_SNAME_SIZE,((char *)axisunit)+i*MED_SNAME_SIZE,MED_SNAME_SIZE);
 189       infosOnComp[i]=info;
 190     }
 191   return infosOnComp;
 192 }
 193
 194 void MEDFileMeshL2::ReadFamiliesAndGrps(med_idt fid, const char *meshName, std::map<std::string,int>& fams, std::map<std::string, std::vector<std::string> >& grps, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
 195 {
 196   if(mrs && !(mrs->isCellFamilyFieldReading() || mrs->isNodeFamilyFieldReading()))
 197     return ;
 198   char nomfam[MED_NAME_SIZE+1];
 199   med_int numfam;
 200   int nfam=MEDnFamily(fid,meshName);
 201   for(int i=0;i<nfam;i++)
 202     {
 203       int ngro=MEDnFamilyGroup(fid,meshName,i+1);
 204       med_int natt=MEDnFamily23Attribute(fid,meshName,i+1);
 205       INTERP_KERNEL::AutoPtr<med_int> attide=new med_int[natt];
 206       INTERP_KERNEL::AutoPtr<med_int> attval=new med_int[natt];
 207       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> attdes=new char[MED_COMMENT_SIZE*natt+1];
 208       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> gro=new char[MED_LNAME_SIZE*ngro+1];
 209       MEDfamily23Info(fid,meshName,i+1,nomfam,attide,attval,attdes,&numfam,gro);
 210       std::string famName=MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(nomfam,MED_NAME_SIZE);
 211       fams[famName]=numfam;
 212       for(int j=0;j<ngro;j++)
 213         {
 214           std::string groupname=MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(gro+j*MED_LNAME_SIZE,MED_LNAME_SIZE);
 215           grps[groupname].push_back(famName);
 216         }
 217     }
 218 }
 219
 220 void MEDFileMeshL2::WriteFamiliesAndGrps(med_idt fid, const char *mname, const std::map<std::string,int>& fams, const std::map<std::string, std::vector<std::string> >& grps, int tooLongStrPol)
 221 {
 222   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=fams.begin();it!=fams.end();it++)
 223     {
 224       std::vector<std::string> grpsOfFam;
 225       for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it1=grps.begin();it1!=grps.end();it1++)
 226         {
 227           if(std::find((*it1).second.begin(),(*it1).second.end(),(*it).first)!=(*it1).second.end())
 228             grpsOfFam.push_back((*it1).first);
 229         }
 230       int ngro=grpsOfFam.size();
 231       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> groName=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_LNAME_SIZE*ngro);
 232       int i=0;
 233       for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=grpsOfFam.begin();it2!=grpsOfFam.end();it2++,i++)
 234         MEDLoaderBase::safeStrCpy2((*it2).c_str(),MED_LNAME_SIZE-1,groName+i*MED_LNAME_SIZE,tooLongStrPol);
 235       INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> famName=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_NAME_SIZE);
 236       MEDLoaderBase::safeStrCpy((*it).first.c_str(),MED_NAME_SIZE,famName,tooLongStrPol);
 237       int ret=MEDfamilyCr(fid,mname,famName,(*it).second,ngro,groName);
 238       ret++;
 239     }
 240 }
 241
 242 MEDFileUMeshL2::MEDFileUMeshL2()
 243 {
 244 }
 245
 246 void MEDFileUMeshL2::loadAll(med_idt fid, int mId, const char *mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
 247 {
 248   _name.set(mName);
 249   int nstep;
 250   int Mdim;
 251   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
 252   std::vector<std::string> infosOnComp=getAxisInfoOnMesh(fid,mId,mName,meshType,nstep,Mdim);
 253   if(meshType!=UNSTRUCTURED)
 254     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh type ! You are expected an unstructured one whereas in file it is not an unstructured !");
 255   _time=CheckMeshTimeStep(fid,mName,nstep,dt,it);
 256   _iteration=dt;
 257   _order=it;
 258   loadConnectivity(fid,Mdim,mName,dt,it,mrs);//to improve check (dt,it) coherency
 259   loadCoords(fid,mId,infosOnComp,mName,dt,it);
 260 }
 261
 262 void MEDFileUMeshL2::loadConnectivity(med_idt fid, int mdim, const char *mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
 263 {
 264   _per_type_mesh.resize(1);
 265   _per_type_mesh[0].clear();
 266   for(int j=0;j<MED_N_CELL_FIXED_GEO;j++)
 267     {
 268       MEDFileUMeshPerType *tmp=MEDFileUMeshPerType::New(fid,mName,dt,it,mdim,typmai[j],typmai2[j],mrs);
 269       if(tmp)
 270         _per_type_mesh[0].push_back(tmp);
 271     }
 272   sortTypes();
 273 }
 274
 275 void MEDFileUMeshL2::loadCoords(med_idt fid, int mId, const std::vector<std::string>& infosOnComp, const char *mName, int dt, int it)
 276 {
 277   int spaceDim=infosOnComp.size();
 278   med_bool changement,transformation;
 279   int nCoords=MEDmeshnEntity(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NONE,MED_COORDINATE,MED_NO_CMODE,&changement,&transformation);
 280   _coords=DataArrayDouble::New();
 281   _coords->alloc(nCoords,spaceDim);
 282   double *coordsPtr=_coords->getPointer();
 283   MEDmeshNodeCoordinateRd(fid,mName,dt,it,MED_FULL_INTERLACE,coordsPtr);
 284   if(MEDmeshnEntity(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,MED_FAMILY_NUMBER,MED_NODAL,&changement,&transformation)>0)
 285     {
 286       _fam_coords=DataArrayInt::New();
 287       _fam_coords->alloc(nCoords,1);
 288       MEDmeshEntityFamilyNumberRd(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,_fam_coords->getPointer());
 289     }
 290   else
 291     _fam_coords=0;
 292   if(MEDmeshnEntity(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,MED_NUMBER,MED_NODAL,&changement,&transformation)>0)
 293     {
 294       _num_coords=DataArrayInt::New();
 295       _num_coords->alloc(nCoords,1);
 296       MEDmeshEntityNumberRd(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,_num_coords->getPointer());
 297     }
 298   else
 299     _num_coords=0;
 300   if(MEDmeshnEntity(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,MED_NAME,MED_NODAL,&changement,&transformation)>0)
 301     {
 302       _name_coords=DataArrayAsciiChar::New();
 303       _name_coords->alloc(nCoords+1,MED_SNAME_SIZE);//not a bug to avoid the memory corruption due to last \0 at the end
 304       MEDmeshEntityNameRd(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,_name_coords->getPointer());
 305       _name_coords->reAlloc(nCoords);//not a bug to avoid the memory corruption due to last \0 at the end
 306     }
 307   else
 308     _name_coords=0;
 309   for(int i=0;i<spaceDim;i++)
 310     _coords->setInfoOnComponent(i,infosOnComp[i].c_str());
 311 }
 312
 313 void MEDFileUMeshL2::sortTypes()
 314 {
 315   std::set<int> mdims;
 316   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> > tmp(_per_type_mesh[0]);
 317   _per_type_mesh.clear();
 318   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >::const_iterator it=tmp.begin();it!=tmp.end();it++)
 319     mdims.insert((*it)->getDim());
 320   if(mdims.empty())
 321     return;
 322   int mdim=*mdims.rbegin();
 323   _per_type_mesh.resize(mdim+1);
 324   for(int dim=mdim+1;dim!=0;dim--)
 325     {
 326       std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >& elt=_per_type_mesh[mdim+1-dim];
 327       for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >::const_iterator it=tmp.begin();it!=tmp.end();it++)
 328         if((*it)->getDim()==dim-1)
 329           elt.push_back(*it);
 330     }
 331   // suppression of contiguous empty levels at the end of _per_type_mesh.
 332   int nbOfUselessLev=0;
 333   bool isFirst=true;
 334   for(std::vector< std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> > >::reverse_iterator it2=_per_type_mesh.rbegin();it2!=_per_type_mesh.rend();it2++)
 335     {
 336       if((*it2).empty() && isFirst)
 337         {
 338           nbOfUselessLev++;
 339         }
 340       else
 341         isFirst=false;
 342     }
 343   _per_type_mesh.resize(_per_type_mesh.size()-nbOfUselessLev);
 344 }
 345
 346 void MEDFileUMeshL2::WriteCoords(med_idt fid, const char *mname, int dt, int it, double time, const DataArrayDouble *coords, const DataArrayInt *famCoords, const DataArrayInt *numCoords, const DataArrayAsciiChar *nameCoords)
 347 {
 348   if(!coords)
 349     return ;
 350   MEDmeshNodeCoordinateWr(fid,mname,dt,it,time,MED_FULL_INTERLACE,coords->getNumberOfTuples(),coords->getConstPointer());
 351   if(famCoords)
 352     MEDmeshEntityFamilyNumberWr(fid,mname,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,famCoords->getNumberOfTuples(),famCoords->getConstPointer());
 353   if(numCoords)
 354     MEDmeshEntityNumberWr(fid,mname,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,numCoords->getNumberOfTuples(),numCoords->getConstPointer());
 355   if(nameCoords)
 356     {
 357       if(nameCoords->getNumberOfComponents()!=MED_SNAME_SIZE)
 358         {
 359           std::ostringstream oss; oss << " MEDFileUMeshL2::WriteCoords : expected a name field on nodes with number of components set to " << MED_SNAME_SIZE;
 360           oss << " ! The array has " << nameCoords->getNumberOfComponents() << " components !";
 361           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 362         }
 363       MEDmeshEntityNameWr(fid,mname,dt,it,MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,nameCoords->getNumberOfTuples(),nameCoords->getConstPointer());
 364     }
 365 }
 366
 367 bool MEDFileUMeshL2::isFamDefinedOnLev(int levId) const
 368 {
 369   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >::const_iterator it=_per_type_mesh[levId].begin();it!=_per_type_mesh[levId].end();it++)
 370     if((*it)->getFam()==0)
 371       return false;
 372   return true;
 373 }
 374
 375 bool MEDFileUMeshL2::isNumDefinedOnLev(int levId) const
 376 {
 377   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >::const_iterator it=_per_type_mesh[levId].begin();it!=_per_type_mesh[levId].end();it++)
 378     if((*it)->getNum()==0)
 379       return false;
 380   return true;
 381 }
 382
 383 bool MEDFileUMeshL2::isNamesDefinedOnLev(int levId) const
 384 {
 385   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >::const_iterator it=_per_type_mesh[levId].begin();it!=_per_type_mesh[levId].end();it++)
 386     if((*it)->getNames()==0)
 387       return false;
 388   return true;
 389 }
 390
 391 MEDFileCMeshL2::MEDFileCMeshL2()
 392 {
 393 }
 394
 395 void MEDFileCMeshL2::loadAll(med_idt fid, int mId, const char *mName, int dt, int it)
 396 {
 397   _name.set(mName);
 398   int nstep;
 399   int Mdim;
 400   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
 401   std::vector<std::string> infosOnComp=getAxisInfoOnMesh(fid,mId,mName,meshType,nstep,Mdim);
 402   if(meshType!=CARTESIAN)
 403     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh type ! You are expected a structured one whereas in file it is not a structured !");
 404   _time=CheckMeshTimeStep(fid,mName,nstep,dt,it);
 405   _iteration=dt;
 406   _order=it;
 407   //
 408   med_grid_type gridtype;
 409   MEDmeshGridTypeRd(fid,mName,&gridtype);
 410   if(gridtype!=MED_CARTESIAN_GRID)
 411     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid structured mesh ! Expected cartesian mesh type !");
 412   _cmesh=MEDCouplingCMesh::New();
 413   for(int i=0;i<Mdim;i++)
 414     {
 415       med_data_type dataTypeReq=GetDataTypeCorrespondingToSpaceId(i);
 416       med_bool chgt=MED_FALSE,trsf=MED_FALSE;
 417       int nbOfElt=MEDmeshnEntity(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NONE,dataTypeReq,MED_NO_CMODE,&chgt,&trsf);
 418       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> da=DataArrayDouble::New();
 419       da->alloc(nbOfElt,1);
 420       da->setInfoOnComponent(0,infosOnComp[i].c_str());
 421       MEDmeshGridIndexCoordinateRd(fid,mName,dt,it,i+1,da->getPointer());
 422       _cmesh->setCoordsAt(i,da);
 423     }
 424 }
 425
 426 med_data_type MEDFileCMeshL2::GetDataTypeCorrespondingToSpaceId(int id)
 427 {
 428   switch(id)
 429     {
 430     case 0:
 431       return MED_COORDINATE_AXIS1;
 432     case 1:
 433       return MED_COORDINATE_AXIS2;
 434     case 2:
 435       return MED_COORDINATE_AXIS3;
 436     default:
 437       throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid meshdim detected in Cartesian Grid !");
 438     }
 439 }
 440
 441 MEDFileCLMeshL2::MEDFileCLMeshL2()
 442 {
 443 }
 444
 445 void MEDFileCLMeshL2::loadAll(med_idt fid, int mId, const char *mName, int dt, int it)
 446 {
 447   _name.set(mName);
 448   int nstep;
 449   int Mdim;
 450   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
 451   std::vector<std::string> infosOnComp=getAxisInfoOnMesh(fid,mId,mName,meshType,nstep,Mdim);
 452   if(meshType!=CURVE_LINEAR)
 453     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh type ! You are expected a structured one whereas in file it is not a structured !");
 454   _time=CheckMeshTimeStep(fid,mName,nstep,dt,it);
 455   _iteration=dt;
 456   _order=it;
 457   //
 458   _clmesh=MEDCouplingCurveLinearMesh::New();
 459   INTERP_KERNEL::AutoPtr<int> stGrid=new int[Mdim];
 460   MEDmeshGridStructRd(fid,mName,dt,it,stGrid);
 461   _clmesh->setNodeGridStructure(stGrid,((int *)stGrid)+Mdim);
 462   med_bool chgt=MED_FALSE,trsf=MED_FALSE;
 463   int nbNodes=MEDmeshnEntity(fid,mName,dt,it,MED_NODE,MED_NONE,MED_COORDINATE,MED_NO_CMODE,&chgt,&trsf);
 464   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> da=DataArrayDouble::New();
 465   da->alloc(nbNodes,infosOnComp.size());
 466   da->setInfoOnComponents(infosOnComp);
 467   MEDmeshNodeCoordinateRd(fid,mName,dt,it,MED_FULL_INTERLACE,da->getPointer());
 468   _clmesh->setCoords(da);
 469 }
 470
 471 MEDFileUMeshPermCompute::MEDFileUMeshPermCompute(const MEDFileUMeshSplitL1* st):_st(st),_mpt_time(0),_num_time(0)
 472 {
 473 }
 474
 475 /*!
 476  * Warning it returns an instance to deallocate !!!!
 477  */
 478 MEDFileUMeshPermCompute::operator MEDCouplingUMesh *() const
 479 {
 480   _st->_num->updateTime();
 481   if((MEDCouplingUMesh *)_m==0)
 482     {
 483       updateTime();
 484       _m=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(_st->_m_by_types.getUmesh()->deepCpy());
 485       _m->renumberCells(_st->_num->getConstPointer(),true);
 486       return _m.retn();
 487     }
 488   else
 489     {
 490       if(_mpt_time==_st->_m_by_types.getTimeOfThis() && _num_time==_st->_num->getTimeOfThis())
 491         return _m.retn();
 492       else
 493         {
 494           updateTime();
 495           _m=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(_st->_m_by_types.getUmesh()->deepCpy());
 496           _m->renumberCells(_st->_num->getConstPointer(),true);
 497           return _m.retn();
 498         }
 499     }
 500 }
 501
 502 void MEDFileUMeshPermCompute::operator=(MEDCouplingUMesh *m)
 503 {
 504   _m=m;
 505 }
 506
 507 void MEDFileUMeshPermCompute::updateTime() const
 508 {
 509   _mpt_time=_st->_m_by_types.getTimeOfThis();
 510   _num_time=_st->_num->getTimeOfThis();
 511 }
 512
 513 MEDFileUMeshSplitL1::MEDFileUMeshSplitL1(const MEDFileUMeshSplitL1& other):RefCountObject(other),_m_by_types(other._m_by_types),_fam(other._fam),_num(other._num),_names(other._names),_rev_num(other._rev_num),_m(this)
 514 {
 515 }
 516
 517 MEDFileUMeshSplitL1::MEDFileUMeshSplitL1(const MEDFileUMeshL2& l2, const char *mName, int id):_m(this)
 518 {
 519   const std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshPerType> >& v=l2.getLev(id);
 520   if(v.empty())
 521     return;
 522   int sz=v.size();
 523   std::vector<const MEDCoupling1GTUMesh *> ms(sz);
 524   std::vector<const DataArrayInt *> fams(sz),nums(sz);
 525   std::vector<const DataArrayChar *> names(sz);
 526   for(int i=0;i<sz;i++)
 527     {
 528       MEDCoupling1GTUMesh *elt(v[i]->getMesh());
 529       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> tmp2=l2.getCoords();
 530       elt->setCoords(tmp2);
 531       ms[i]=elt;
 532     }
 533   _m_by_types.assignParts(ms);
 534   if(l2.isFamDefinedOnLev(id))
 535     {
 536       for(int i=0;i<sz;i++)
 537         fams[i]=v[i]->getFam();
 538       if(sz!=1)
 539         _fam=DataArrayInt::Aggregate(fams);
 540       else
 541         {
 542           fams[0]->incrRef();
 543           _fam=const_cast<DataArrayInt *>(fams[0]);
 544         }
 545     }
 546   if(l2.isNumDefinedOnLev(id))
 547     {
 548       for(int i=0;i<sz;i++)
 549         nums[i]=v[i]->getNum();
 550       if(sz!=1)
 551         _num=DataArrayInt::Aggregate(nums);
 552       else
 553         {
 554           nums[0]->incrRef();
 555           _num=const_cast<DataArrayInt *>(nums[0]);
 556         }
 557       computeRevNum();
 558     }
 559   if(l2.isNamesDefinedOnLev(id))
 560     {
 561       for(int i=0;i<sz;i++)
 562         names[i]=v[i]->getNames();
 563       _names=dynamic_cast<DataArrayAsciiChar *>(DataArrayChar::Aggregate(names));
 564     }
 565 }
 566
 567 MEDFileUMeshSplitL1::MEDFileUMeshSplitL1(MEDCoupling1GTUMesh *m):_m(this)
 568 {
 569   std::vector< const MEDCoupling1GTUMesh * > v(1);
 570   v[0]=m;
 571   assignParts(v);
 572 }
 573
 574 MEDFileUMeshSplitL1::MEDFileUMeshSplitL1(MEDCouplingUMesh *m):_m(this)
 575 {
 576   assignMesh(m,true);
 577 }
 578
 579 MEDFileUMeshSplitL1::MEDFileUMeshSplitL1(MEDCouplingUMesh *m, bool newOrOld):_m(this)
 580 {
 581   assignMesh(m,newOrOld);
 582 }
 583
 584 std::size_t MEDFileUMeshSplitL1::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
 585 {
 586   return 0;
 587 }
 588
 589 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileUMeshSplitL1::getDirectChildren() const
 590 {
 591   std::vector<const BigMemoryObject *> ret;
 592   ret.push_back(&_m_by_types);
 593   if((const DataArrayInt*)_fam)
 594     ret.push_back((const DataArrayInt*)_fam);
 595   if((const DataArrayInt*)_num)
 596     ret.push_back((const DataArrayInt*)_num);
 597   if((const DataArrayInt*)_rev_num)
 598     ret.push_back((const DataArrayInt*)_rev_num);
 599   if((const DataArrayAsciiChar*)_names)
 600     ret.push_back((const DataArrayAsciiChar*)_names);
 601   return ret;
 602 }
 603
 604 MEDFileUMeshSplitL1 *MEDFileUMeshSplitL1::deepCpy(DataArrayDouble *coords) const
 605 {
 606   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> ret=new MEDFileUMeshSplitL1(*this);
 607   ret->_m_by_types=_m_by_types.deepCpy(coords);
 608   if((const DataArrayInt *)_fam)
 609     ret->_fam=_fam->deepCpy();
 610   if((const DataArrayInt *)_num)
 611     ret->_num=_num->deepCpy();
 612   if((const DataArrayInt *)_rev_num)
 613     ret->_rev_num=_rev_num->deepCpy();
 614   if((const DataArrayAsciiChar *)_names)
 615     ret->_names=_names->deepCpy();
 616   return ret.retn();
 617 }
 618
 619 bool MEDFileUMeshSplitL1::isEqual(const MEDFileUMeshSplitL1 *other, double eps, std::string& what) const
 620 {
 621   if(!_m_by_types.isEqual(other->_m_by_types,eps,what))
 622     return false;
 623   const DataArrayInt *d1=_fam;
 624   const DataArrayInt *d2=other->_fam;
 625   if((d1==0 && d2!=0) || (d1!=0 && d2==0))
 626     {
 627       what="Presence of family arr in one sublevel and not in other!";
 628       return false;
 629     }
 630   if(d1)
 631     if(!d1->isEqual(*d2))
 632       {
 633         what="family arr at a sublevel are not deeply equal !";
 634         return false;
 635       }
 636   d1=_num;
 637   d2=other->_num;
 638   if((d1==0 && d2!=0) || (d1!=0 && d2==0))
 639     {
 640       what="Presence of cell numbering arr in one sublevel and not in other!";
 641       return false;
 642     }
 643   if(d1)
 644     if(!d1->isEqual(*d2))
 645       {
 646         what="Numbering cell arr at a sublevel are not deeply equal !";
 647         return false;
 648       }
 649   const DataArrayAsciiChar *e1=_names;
 650   const DataArrayAsciiChar *e2=other->_names;
 651   if((e1==0 && e2!=0) || (e1!=0 && e2==0))
 652     {
 653       what="Presence of cell names arr in one sublevel and not in other!";
 654       return false;
 655     }
 656   if(e1)
 657     if(!e1->isEqual(*e2))
 658       {
 659         what="Name cell arr at a sublevel are not deeply equal !";
 660         return false;
 661       }
 662   return true;
 663 }
 664
 665 void MEDFileUMeshSplitL1::synchronizeTinyInfo(const MEDFileMesh& master) const
 666 {
 667   _m_by_types.synchronizeTinyInfo(master);
 668 }
 669
 670 void MEDFileUMeshSplitL1::clearNonDiscrAttributes() const
 671 {
 672   _m_by_types.clearNonDiscrAttributes();
 673 }
 674
 675 void MEDFileUMeshSplitL1::ClearNonDiscrAttributes(const MEDCouplingMesh *tmp)
 676 {
 677   if(!tmp)
 678     return ;
 679   (const_cast<MEDCouplingMesh *>(tmp))->setName("");
 680   (const_cast<MEDCouplingMesh *>(tmp))->setDescription("");
 681   (const_cast<MEDCouplingMesh *>(tmp))->setTime(0.,-1,-1);
 682   (const_cast<MEDCouplingMesh *>(tmp))->setTimeUnit("");
 683 }
 684
 685 void MEDFileUMeshSplitL1::setCoords(DataArrayDouble *coords)
 686 {
 687   _m_by_types.setCoords(coords);
 688 }
 689
 690 void MEDFileUMeshSplitL1::assignMesh(MEDCouplingUMesh *m, bool newOrOld)
 691 {
 692   if(newOrOld)
 693     {
 694       m->incrRef();
 695       _m=m;
 696       _m_by_types.assignUMesh(dynamic_cast<MEDCouplingUMesh *>(m->deepCpy()));
 697       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> da=_m_by_types.getUmesh()->getRenumArrForConsecutiveCellTypesSpec(typmai2,typmai2+MED_N_CELL_FIXED_GEO);
 698       if(!da->isIdentity())
 699         {
 700           _num=da->invertArrayO2N2N2O(m->getNumberOfCells());
 701           _m.updateTime();
 702           computeRevNum();
 703           _m_by_types.getUmesh()->renumberCells(da->getConstPointer(),false);
 704         }
 705     }
 706   else
 707     {
 708       if(!m->checkConsecutiveCellTypesAndOrder(typmai2,typmai2+MED_N_CELL_FIXED_GEO))
 709         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshSplitL1::assignMesh : the mode of mesh setting expects to follow the MED file numbering convention ! it is not the case !");
 710       m->incrRef();
 711       _m_by_types.assignUMesh(m);
 712     }
 713   assignCommonPart();
 714 }
 715
 716 void MEDFileUMeshSplitL1::assignParts(const std::vector< const MEDCoupling1GTUMesh * >& mParts)
 717 {
 718   _m_by_types.assignParts(mParts);
 719   assignCommonPart();
 720 }
 721
 722 void MEDFileUMeshSplitL1::assignCommonPart()
 723 {
 724   _fam=DataArrayInt::New();
 725   _fam->alloc(_m_by_types.getSize(),1);
 726   _fam->fillWithValue(0);
 727 }
 728
 729 bool MEDFileUMeshSplitL1::empty() const
 730 {
 731   return _m_by_types.empty();
 732 }
 733
 734 bool MEDFileUMeshSplitL1::presenceOfOneFams(const std::vector<int>& ids) const
 735 {
 736   const DataArrayInt *fam=_fam;
 737   if(!fam)
 738     return false;
 739   return fam->presenceOfValue(ids);
 740 }
 741
 742 int MEDFileUMeshSplitL1::getMeshDimension() const
 743 {
 744   return _m_by_types.getMeshDimension();
 745 }
 746
 747 void MEDFileUMeshSplitL1::simpleRepr(std::ostream& oss) const
 748 {
 749   std::vector<int> code=_m_by_types.getDistributionOfTypes();
 750   int nbOfTypes=code.size()/3;
 751   for(int i=0;i<nbOfTypes;i++)
 752     {
 753       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typ=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType) code[3*i];
 754       oss << "    - Number of cells with type " << INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(typ).getRepr() << " : " << code[3*i+1] << std::endl;
 755     }
 756 }
 757
 758 int MEDFileUMeshSplitL1::getSize() const
 759 {
 760   return _m_by_types.getSize();
 761 }
 762
 763 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMeshSplitL1::getFamilyPart(const int *idsBg, const int *idsEnd, bool renum) const
 764 {
 765   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> eltsToKeep=_fam->getIdsEqualList(idsBg,idsEnd);
 766   MEDCouplingUMesh *m=(MEDCouplingUMesh *)_m_by_types.getUmesh()->buildPartOfMySelf(eltsToKeep->getConstPointer(),eltsToKeep->getConstPointer()+eltsToKeep->getNumberOfTuples(),true);
 767   if(renum)
 768     return renumIfNeeded(m,eltsToKeep->getConstPointer());
 769   return m;
 770 }
 771
 772 DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::getFamilyPartArr(const int *idsBg, const int *idsEnd, bool renum) const
 773 {
 774   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> da=_fam->getIdsEqualList(idsBg,idsEnd);
 775   if(renum)
 776     return renumIfNeededArr(da);
 777   return da.retn();
 778 }
 779
 780 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMeshSplitL1::getWholeMesh(bool renum) const
 781 {
 782   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> tmp;
 783   if(renum && ((const DataArrayInt *)_num))
 784     tmp=_m;
 785   else
 786     { tmp=_m_by_types.getUmesh(); if(tmp) tmp->incrRef(); }
 787   return tmp.retn();
 788 }
 789
 790 DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::extractFamilyFieldOnGeoType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
 791 {
 792   const DataArrayInt *fam(_fam);
 793   if(!fam)
 794     return 0;
 795   int start(0),stop(0);
 796   _m_by_types.getStartStopOfGeoTypeWithoutComputation(gt,start,stop);
 797   return fam->selectByTupleId2(start,stop,1);
 798 }
 799
 800 DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::extractNumberFieldOnGeoType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
 801 {
 802   const DataArrayInt *num(_num);
 803   if(!num)
 804     return 0;
 805   int start(0),stop(0);
 806   _m_by_types.getStartStopOfGeoTypeWithoutComputation(gt,start,stop);
 807   return num->selectByTupleId2(start,stop,1);
 808 }
 809
 810 DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::getOrCreateAndGetFamilyField()
 811 {
 812   if((DataArrayInt *)_fam)
 813     return _fam;
 814   int nbOfTuples=_m_by_types.getSize();
 815   _fam=DataArrayInt::New(); _fam->alloc(nbOfTuples,1); _fam->fillWithZero();
 816   return _fam;
 817 }
 818
 819 const DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::getFamilyField() const
 820 {
 821   return _fam;
 822 }
 823
 824 const DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::getNumberField() const
 825 {
 826   return _num;
 827 }
 828
 829 const DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::getRevNumberField() const
 830 {
 831   return _rev_num;
 832 }
 833
 834 const DataArrayAsciiChar *MEDFileUMeshSplitL1::getNameField() const
 835 {
 836   return _names;
 837 }
 838
 839 void MEDFileUMeshSplitL1::eraseFamilyField()
 840 {
 841   _fam->fillWithZero();
 842 }
 843
 844 /*!
 845  * This method ignores _m and _m_by_types.
 846  */
 847 void MEDFileUMeshSplitL1::setGroupsFromScratch(const std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& ms, std::map<std::string,int>& familyIds,
 848                                                std::map<std::string, std::vector<std::string> >& groups) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 849 {
 850   std::vector< DataArrayInt * > corr;
 851   _m=MEDCouplingUMesh::FuseUMeshesOnSameCoords(ms,0,corr);
 852   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > corrMSafe(corr.begin(),corr.end());
 853   std::vector< std::vector<int> > fidsOfGroups;
 854   std::vector< const DataArrayInt * > corr2(corr.begin(),corr.end());
 855   _fam=DataArrayInt::MakePartition(corr2,((MEDCouplingUMesh *)_m)->getNumberOfCells(),fidsOfGroups);
 856   int nbOfCells=((MEDCouplingUMesh *)_m)->getNumberOfCells();
 857   std::map<int,std::string> newfams;
 858   std::map<int,int> famIdTrad;
 859   TraduceFamilyNumber(fidsOfGroups,familyIds,famIdTrad,newfams);
 860   int *w=_fam->getPointer();
 861   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,w++)
 862     *w=famIdTrad[*w];
 863 }
 864
 865 void MEDFileUMeshSplitL1::write(med_idt fid, const char *mName, int mdim) const
 866 {
 867   std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *> ms(_m_by_types.getParts());
 868   int start=0;
 869   for(std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *>::const_iterator it=ms.begin();it!=ms.end();it++)
 870     {
 871       int nbCells=(*it)->getNumberOfCells();
 872       int end=start+nbCells;
 873       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> fam,num;
 874       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayAsciiChar> names;
 875       if((const DataArrayInt *)_fam)
 876         fam=_fam->substr(start,end);
 877       if((const DataArrayInt *)_num)
 878         num=_num->substr(start,end);
 879       if((const DataArrayAsciiChar *)_names)
 880         names=static_cast<DataArrayAsciiChar *>(_names->substr(start,end));
 881       MEDFileUMeshPerType::Write(fid,mName,mdim,(*it),fam,num,names);
 882       start=end;
 883     }
 884 }
 885
 886 void MEDFileUMeshSplitL1::renumberNodesInConn(const int *newNodeNumbersO2N)
 887 {
 888   MEDCouplingUMesh *m(_m_by_types.getUmesh());
 889   if(!m)
 890     return;
 891   m->renumberNodesInConn(newNodeNumbersO2N);
 892 }
 893
 894 void MEDFileUMeshSplitL1::changeFamilyIdArr(int oldId, int newId)
 895 {
 896   DataArrayInt *arr=_fam;
 897   if(arr)
 898     arr->changeValue(oldId,newId);
 899 }
 900
 901 void MEDFileUMeshSplitL1::setFamilyArr(DataArrayInt *famArr)
 902 {
 903   if(!famArr)
 904     {
 905       _fam=0;
 906       return ;
 907     }
 908   int sz(_m_by_types.getSize());
 909   famArr->checkNbOfTuplesAndComp(sz,1,"MEDFileUMeshSplitL1::setFamilyArr : Problem in size of Family arr ! ");
 910   famArr->incrRef();
 911   _fam=famArr;
 912 }
 913
 914 void MEDFileUMeshSplitL1::setRenumArr(DataArrayInt *renumArr)
 915 {
 916   if(!renumArr)
 917     {
 918       _num=0;
 919       _rev_num=0;
 920       return ;
 921     }
 922   int sz(_m_by_types.getSize());
 923   renumArr->checkNbOfTuplesAndComp(sz,1,"MEDFileUMeshSplitL1::setRenumArr : Problem in size of numbering arr ! ");
 924   renumArr->incrRef();
 925   _num=renumArr;
 926   computeRevNum();
 927 }
 928
 929 void MEDFileUMeshSplitL1::setNameArr(DataArrayAsciiChar *nameArr)
 930 {
 931   if(!nameArr)
 932     {
 933       _names=0;
 934       return ;
 935     }
 936   int sz(_m_by_types.getSize());
 937   nameArr->checkNbOfTuplesAndComp(sz,MED_SNAME_SIZE,"MEDFileUMeshSplitL1::setNameArr : Problem in size of name arr ! ");
 938   nameArr->incrRef();
 939   _names=nameArr;
 940 }
 941
 942 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMeshSplitL1::Renumber2(const DataArrayInt *renum, MEDCouplingUMesh *m, const int *cellIds)
 943 {
 944   if(renum==0)
 945     return m;
 946   if(cellIds==0)
 947     m->renumberCells(renum->getConstPointer(),true);
 948   else
 949     {
 950       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> locnum=renum->selectByTupleId(cellIds,cellIds+m->getNumberOfCells());
 951       m->renumberCells(locnum->getConstPointer(),true);
 952     }
 953   return m;
 954 }
 955
 956 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMeshSplitL1::renumIfNeeded(MEDCouplingUMesh *m, const int *cellIds) const
 957 {
 958   return Renumber2(_num,m,cellIds);
 959 }
 960
 961 DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::Renumber(const DataArrayInt *renum, const DataArrayInt *da)
 962 {
 963   if((const DataArrayInt *)renum==0)
 964     {
 965       da->incrRef();
 966       return const_cast<DataArrayInt *>(da);
 967     }
 968   return renum->selectByTupleId(da->getConstPointer(),da->getConstPointer()+da->getNumberOfTuples());
 969 }
 970
 971 DataArrayInt *MEDFileUMeshSplitL1::renumIfNeededArr(const DataArrayInt *da) const
 972 {
 973   return Renumber(_num,da);
 974 }
 975
 976 std::vector<int> MEDFileUMeshSplitL1::GetNewFamiliesNumber(int nb, const std::map<std::string,int>& families)
 977 {
 978   int id=-1;
 979   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=families.begin();it!=families.end();it++)
 980     id=std::max(id,(*it).second);
 981   if(id==-1)
 982     id=0;
 983   std::vector<int> ret(nb);
 984   for(int i=1;i<=nb;i++)
 985     ret[i]=id+i;
 986   return ret;
 987 }
 988
 989 void MEDFileUMeshSplitL1::TraduceFamilyNumber(const std::vector< std::vector<int> >& fidsGrps, std::map<std::string,int>& familyIds,
 990                                               std::map<int,int>& famIdTrad, std::map<int,std::string>& newfams)
 991 {
 992   std::set<int> allfids;
 993   //tony
 994 }
 995
 996 void MEDFileUMeshSplitL1::computeRevNum() const
 997 {
 998   int pos;
 999   int maxValue=_num->getMaxValue(pos);
1000   _rev_num=_num->invertArrayN2O2O2N(maxValue+1);
1001 }
1002
1003 //=
1004
1005 MEDFileUMeshAggregateCompute::MEDFileUMeshAggregateCompute():_mp_time(0),_m_time(0)
1006 {
1007 }
1008
1009 void MEDFileUMeshAggregateCompute::assignParts(const std::vector< const MEDCoupling1GTUMesh * >& mParts)
1010 {
1011   std::size_t sz(mParts.size());
1012   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1GTUMesh> > ret(sz);
1013   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
1014     {
1015       const MEDCoupling1GTUMesh *elt(mParts[i]);
1016       if(!elt)
1017         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::assignParts : presence of null pointer !");
1018       ret[i]=const_cast<MEDCoupling1GTUMesh *>(elt); elt->incrRef();
1019     }
1020   _m_parts=ret;
1021   _mp_time=std::max(_mp_time,_m_time)+1;
1022   _m=0;
1023 }
1024
1025 void MEDFileUMeshAggregateCompute::assignUMesh(MEDCouplingUMesh *m)
1026 {
1027   _m=m;
1028   _m_parts.clear();
1029   _m_time=std::max(_mp_time,_m_time)+1;
1030 }
1031
1032 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMeshAggregateCompute::getUmesh() const
1033 {
1034   if(_mp_time<=_m_time)
1035     return _m;
1036   std::vector< const MEDCoupling1GTUMesh *> mp(_m_parts.size());
1037   std::copy(_m_parts.begin(),_m_parts.end(),mp.begin());
1038   _m=MEDCoupling1GTUMesh::AggregateOnSameCoordsToUMesh(mp);
1039   _m_parts.clear();//to avoid memory peak !
1040   _m_time=_mp_time+1;//+1 is important ! That is to say that only _m is OK not _m_parts because cleared !
1041   return _m;
1042 }
1043
1044 std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *> MEDFileUMeshAggregateCompute::getPartsWithoutComputation() const
1045 {
1046   if(_mp_time<_m_time)
1047     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getPartsWithoutComputation : the parts require a computation !");
1048   //
1049   std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *> ret(_m_parts.size());
1050   std::size_t i(0);
1051   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1GTUMesh> >::const_iterator it=_m_parts.begin();it!=_m_parts.end();it++,i++)
1052     {
1053       const MEDCoupling1GTUMesh *elt(*it);
1054       ret[i]=const_cast<MEDCoupling1GTUMesh *>(elt);
1055     }
1056   return ret;
1057 }
1058
1059 std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *> MEDFileUMeshAggregateCompute::getParts() const
1060 {
1061   if(_mp_time<_m_time)
1062     forceComputationOfPartsFromUMesh();
1063   return getPartsWithoutComputation();
1064 }
1065
1066 MEDCoupling1GTUMesh *MEDFileUMeshAggregateCompute::getPartWithoutComputation(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
1067 {
1068   std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *> v(getPartsWithoutComputation());
1069   std::size_t sz(v.size());
1070   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
1071     {
1072       if(v[i])
1073         if(v[i]->getCellModelEnum()==gt)
1074           return v[i];
1075     }
1076   throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getPartWithoutComputation : the geometric type is not existing !");
1077 }
1078
1079 void MEDFileUMeshAggregateCompute::getStartStopOfGeoTypeWithoutComputation(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt, int& start, int& stop) const
1080 {
1081   start=0; stop=0;
1082   std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *> v(getPartsWithoutComputation());
1083   std::size_t sz(v.size());
1084   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
1085     {
1086       if(v[i])
1087         {
1088           if(v[i]->getCellModelEnum()==gt)
1089             {
1090               stop=start+v[i]->getNumberOfCells();
1091               return;
1092             }
1093           else
1094             start+=v[i]->getNumberOfCells();
1095         }
1096     }
1097   throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getStartStopOfGeoTypeWithoutComputation : the geometric type is not existing !");
1098 }
1099
1100 void MEDFileUMeshAggregateCompute::forceComputationOfPartsFromUMesh() const
1101 {
1102   const MEDCouplingUMesh *m(_m);
1103   if(!m)
1104     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::forceComputationOfPartsFromUMesh : null UMesh !");
1105   std::vector<MEDCouplingUMesh *> ms(m->splitByType());
1106   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> > msMSafe(ms.begin(),ms.end());
1107   std::size_t sz(msMSafe.size());
1108   _m_parts.resize(sz);
1109   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
1110     _m_parts[i]=MEDCoupling1GTUMesh::New(ms[i]);
1111   _mp_time=std::max(_mp_time,_m_time)+1;
1112 }
1113
1114 std::size_t MEDFileUMeshAggregateCompute::getTimeOfThis() const
1115 {
1116   if(_mp_time>_m_time)
1117     return getTimeOfParts();
1118   if(_m_time>_mp_time)
1119     return getTimeOfUMesh();
1120   return std::max(getTimeOfParts(),getTimeOfUMesh());
1121 }
1122
1123 std::size_t MEDFileUMeshAggregateCompute::getTimeOfParts() const
1124 {
1125   std::size_t ret(0);
1126   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1GTUMesh> >::const_iterator it=_m_parts.begin();it!=_m_parts.end();it++)
1127     {
1128       const MEDCoupling1GTUMesh *elt(*it);
1129       if(!elt)
1130         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getTimeOfParts : null obj in parts !");
1131       ret=std::max(ret,elt->getTimeOfThis());
1132     }
1133   if(ret==0)
1134     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getTimeOfParts : parts is empty !");
1135   return ret;
1136 }
1137
1138 std::size_t MEDFileUMeshAggregateCompute::getTimeOfUMesh() const
1139 {
1140   const MEDCouplingUMesh *m(_m);
1141   if(!m)
1142     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getTimeOfUMesh : unmesh is null !");
1143   return m->getTimeOfThis();
1144 }
1145
1146 std::size_t MEDFileUMeshAggregateCompute::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
1147 {
1148   std::size_t ret(_m_parts.size()*sizeof(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1GTUMesh>));
1149   return ret;
1150 }
1151
1152 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileUMeshAggregateCompute::getDirectChildren() const
1153 {
1154   std::vector<const BigMemoryObject *> ret;
1155   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1GTUMesh> >::const_iterator it=_m_parts.begin();it!=_m_parts.end();it++)
1156     {
1157       const MEDCoupling1GTUMesh *cur(*it);
1158       if(cur)
1159         ret.push_back(cur);
1160     }
1161   const MEDCouplingUMesh *m(_m);
1162   if(m)
1163     ret.push_back(m);
1164   return ret;
1165 }
1166
1167 MEDFileUMeshAggregateCompute MEDFileUMeshAggregateCompute::deepCpy(DataArrayDouble *coords) const
1168 {
1169   MEDFileUMeshAggregateCompute ret;
1170   ret._m_parts.resize(_m_parts.size());
1171   for(std::size_t i=0;i<_m_parts.size();i++)
1172     {
1173       const MEDCoupling1GTUMesh *elt(_m_parts[i]);
1174       if(elt)
1175         {
1176           ret._m_parts[i]=static_cast<ParaMEDMEM::MEDCoupling1GTUMesh*>(elt->deepCpy());
1177           ret._m_parts[i]->setCoords(coords);
1178         }
1179     }
1180   ret._mp_time=_mp_time; ret._m_time=_m_time;
1181   if((const MEDCouplingUMesh *)_m)
1182     {
1183       ret._m=static_cast<ParaMEDMEM::MEDCouplingUMesh*>(_m->deepCpy());
1184       ret._m->setCoords(coords);
1185     }
1186   return ret;
1187 }
1188
1189 bool MEDFileUMeshAggregateCompute::isEqual(const MEDFileUMeshAggregateCompute& other, double eps, std::string& what) const
1190 {
1191   const MEDCouplingUMesh *m1(getUmesh());
1192   const MEDCouplingUMesh *m2(other.getUmesh());
1193   if((m1==0 && m2!=0) || (m1!=0 && m2==0))
1194     {
1195       what="Presence of mesh in one sublevel and not in other!";
1196       return false;
1197     }
1198   if(m1)
1199     {
1200       std::string what2;
1201       if(!m1->isEqualIfNotWhy(m2,eps,what2))
1202         {
1203           what=std::string("meshes at a sublevel are not deeply equal (")+what2+std::string(")!");
1204           return false;
1205         }
1206     }
1207   return true;
1208 }
1209
1210 void MEDFileUMeshAggregateCompute::clearNonDiscrAttributes() const
1211 {
1212   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1GTUMesh> >::const_iterator it=_m_parts.begin();it!=_m_parts.end();it++)
1213     MEDFileUMeshSplitL1::ClearNonDiscrAttributes(*it);
1214   MEDFileUMeshSplitL1::ClearNonDiscrAttributes(_m);
1215 }
1216
1217 void MEDFileUMeshAggregateCompute::synchronizeTinyInfo(const MEDFileMesh& master) const
1218 {
1219   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1GTUMesh> >::const_iterator it=_m_parts.begin();it!=_m_parts.end();it++)
1220     {
1221       const MEDCoupling1GTUMesh *tmp(*it);
1222       if(tmp)
1223         {
1224           (const_cast<MEDCoupling1GTUMesh *>(tmp))->setName(master.getName().c_str());
1225           (const_cast<MEDCoupling1GTUMesh *>(tmp))->setDescription(master.getDescription().c_str());
1226           (const_cast<MEDCoupling1GTUMesh *>(tmp))->setTime(master.getTimeValue(),master.getIteration(),master.getOrder());
1227           (const_cast<MEDCoupling1GTUMesh *>(tmp))->setTimeUnit(master.getTimeUnit());
1228         }
1229     }
1230   const MEDCouplingUMesh *m(_m);
1231   if(m)
1232     {
1233       (const_cast<MEDCouplingUMesh *>(m))->setName(master.getName().c_str());
1234       (const_cast<MEDCouplingUMesh *>(m))->setDescription(master.getDescription().c_str());
1235       (const_cast<MEDCouplingUMesh *>(m))->setTime(master.getTimeValue(),master.getIteration(),master.getOrder());
1236       (const_cast<MEDCouplingUMesh *>(m))->setTimeUnit(master.getTimeUnit());
1237     }
1238 }
1239
1240 bool MEDFileUMeshAggregateCompute::empty() const
1241 {
1242   if(_mp_time<_m_time)
1243     return ((const MEDCouplingUMesh *)_m)==0;
1244   //else _mp_time>=_m_time)
1245   return _m_parts.empty();
1246
1247 }
1248
1249 int MEDFileUMeshAggregateCompute::getMeshDimension() const
1250 {
1251   if(_mp_time<_m_time)
1252     {
1253       const MEDCouplingUMesh *m(_m);
1254       if(!m)
1255         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getMeshDimension : no umesh in this !");
1256       return m->getMeshDimension();
1257     }
1258   else
1259     {
1260       if(_m_parts.empty())
1261         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getMeshDimension : part mesh is empty !");
1262       const MEDCoupling1GTUMesh *m(_m_parts[0]);
1263       if(!m)
1264         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getMeshDimension : part mesh contains null instance !");
1265       return m->getMeshDimension();
1266     }
1267 }
1268
1269 std::vector<int> MEDFileUMeshAggregateCompute::getDistributionOfTypes() const
1270 {
1271   if(_mp_time<_m_time)
1272     {
1273       const MEDCouplingUMesh *m(_m);
1274       if(!m)
1275         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getDistributionOfTypes : no umesh in this !");
1276       return m->getDistributionOfTypes();
1277     }
1278   else
1279     {
1280       std::vector<int> ret;
1281       for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1GTUMesh> >::const_iterator it=_m_parts.begin();it!=_m_parts.end();it++)
1282         {
1283           const MEDCoupling1GTUMesh *tmp(*it);
1284           if(!tmp)
1285             throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getDistributionOfTypes : part mesh contains null instance !");
1286           std::vector<int> ret0(tmp->getDistributionOfTypes());
1287           ret.insert(ret.end(),ret0.begin(),ret0.end());
1288         }
1289       return ret;
1290     }
1291 }
1292
1293 int MEDFileUMeshAggregateCompute::getSize() const
1294 {
1295   if(_mp_time<_m_time)
1296     {
1297       const MEDCouplingUMesh *m(_m);
1298       if(!m)
1299         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getSize : no umesh in this !");
1300       return m->getNumberOfCells();
1301     }
1302   else
1303     {
1304       int ret=0;
1305       for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1GTUMesh> >::const_iterator it=_m_parts.begin();it!=_m_parts.end();it++)
1306         {
1307           const MEDCoupling1GTUMesh *m(*it);
1308           if(!m)
1309             throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshAggregateCompute::getSize : part mesh contains null instance !");
1310           ret+=m->getNumberOfCells();
1311         }
1312       return ret;
1313     }
1314 }
1315
1316 void MEDFileUMeshAggregateCompute::setCoords(DataArrayDouble *coords)
1317 {
1318   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1GTUMesh> >::iterator it=_m_parts.begin();it!=_m_parts.end();it++)
1319     {
1320       MEDCoupling1GTUMesh *tmp(*it);
1321       if(tmp)
1322         (*it)->setCoords(coords);
1323     }
1324   MEDCouplingUMesh *m(_m);
1325   if(m)
1326     m->setCoords(coords);
1327 }