src/MEDLoader/MEDFileMeshElt.cxx

   1 // Copyright (C) 2007-2014  CEA/DEN, EDF R&D
   2 //
   3 // This library is free software; you can redistribute it and/or
   4 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
   5 // License as published by the Free Software Foundation; either
   6 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
   7 //
   8 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
   9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  11 // Lesser General Public License for more details.
  12 //
  13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  16 //
  17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  18 //
  19 // Author : Anthony Geay (CEA/DEN)
  20
  21 #include "MEDFileMeshElt.hxx"
  22 #include "MEDFileMeshReadSelector.hxx"
  23
  24 #include "MEDCouplingUMesh.hxx"
  25
  26 #include "InterpKernelAutoPtr.hxx"
  27 #include "CellModel.hxx"
  28
  29 #include <iostream>
  30
  31 extern med_geometry_type typmai3[34];
  32
  33 using namespace ParaMEDMEM;
  34
  35 MEDFileUMeshPerType *MEDFileUMeshPerType::New(med_idt fid, const char *mName, int dt, int it, int mdim, med_geometry_type geoElt, INTERP_KERNEL::NormalizedCellType geoElt2, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
  36 {
  37   med_entity_type whichEntity;
  38   if(!isExisting(fid,mName,dt,it,geoElt,whichEntity))
  39     return 0;
  40   return new MEDFileUMeshPerType(fid,mName,dt,it,mdim,geoElt,geoElt2,whichEntity,mrs);
  41 }
  42
  43 std::size_t MEDFileUMeshPerType::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
  44 {
  45   return 0;
  46 }
  47
  48 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileUMeshPerType::getDirectChildrenWithNull() const
  49 {
  50   std::vector<const BigMemoryObject *> ret;
  51   ret.push_back((const MEDCoupling1GTUMesh *)_m);
  52   ret.push_back((const DataArrayInt *)_num);
  53   ret.push_back((const DataArrayInt *)_fam);
  54   ret.push_back((const DataArrayAsciiChar *)_names);
  55   return ret;
  56 }
  57
  58 bool MEDFileUMeshPerType::isExisting(med_idt fid, const char *mName, int dt, int it, med_geometry_type geoElt, med_entity_type& whichEntity)
  59 {
  60   static const med_entity_type entities[3]={MED_CELL,MED_DESCENDING_FACE,MED_DESCENDING_EDGE};
  61   int nbOfElt=0;
  62   for(int i=0;i<3;i++)
  63     {
  64       med_bool changement,transformation;
  65       int tmp=MEDmeshnEntity(fid,mName,dt,it,entities[i],geoElt,MED_CONNECTIVITY,MED_NODAL,
  66           &changement,&transformation);
  67       if(tmp>nbOfElt)
  68         {
  69           nbOfElt=tmp;
  70           whichEntity=entities[i];
  71           if(i>0)
  72             std::cerr << "WARNING : MEDFile has been detected to be no compilant with MED 3 : Please change entity in MEDFile for geotype " <<  geoElt << std::endl;
  73         }
  74     }
  75   return nbOfElt>0;
  76 }
  77
  78 int MEDFileUMeshPerType::getDim() const
  79 {
  80   return _m->getMeshDimension();
  81 }
  82
  83 MEDFileUMeshPerType::MEDFileUMeshPerType(med_idt fid, const char *mName, int dt, int it, int mdim, med_geometry_type geoElt, INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type,
  84                                          med_entity_type entity, MEDFileMeshReadSelector *mrs):_entity(entity)
  85 {
  86   med_bool changement,transformation;
  87   int curNbOfElem=MEDmeshnEntity(fid,mName,dt,it,entity,geoElt,MED_CONNECTIVITY,MED_NODAL,
  88       &changement,&transformation);
  89   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(type);
  90   if(!cm.isDynamic())
  91     {
  92       loadFromStaticType(fid,mName,dt,it,mdim,curNbOfElem,geoElt,type,entity,mrs);
  93       return;
  94     }
  95   if(type==INTERP_KERNEL::NORM_POLYGON || type==INTERP_KERNEL::NORM_QPOLYG)
  96     {
  97       loadPolyg(fid,mName,dt,it,mdim,curNbOfElem,geoElt,entity,mrs);
  98       return;
  99     }
 100   //if(type==INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED)
 101   loadPolyh(fid,mName,dt,it,mdim,curNbOfElem,geoElt,entity,mrs);
 102 }
 103
 104 void MEDFileUMeshPerType::loadFromStaticType(med_idt fid, const char *mName, int dt, int it, int mdim, int curNbOfElem, med_geometry_type geoElt, INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type,
 105                                              med_entity_type entity, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
 106 {
 107   _m=MEDCoupling1SGTUMesh::New(mName,type);
 108   MEDCoupling1SGTUMesh *mc(dynamic_cast<MEDCoupling1SGTUMesh *>((MEDCoupling1GTUMesh *)_m));
 109   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> conn(DataArrayInt::New());
 110   int nbOfNodesPerCell=mc->getNumberOfNodesPerCell();
 111   conn->alloc(nbOfNodesPerCell*curNbOfElem,1);
 112   MEDmeshElementConnectivityRd(fid,mName,dt,it,entity,geoElt,MED_NODAL,MED_FULL_INTERLACE,conn->getPointer());
 113   std::transform(conn->begin(),conn->end(),conn->getPointer(),std::bind2nd(std::plus<int>(),-1));
 114   mc->setNodalConnectivity(conn);
 115   loadCommonPart(fid,mName,dt,it,mdim,curNbOfElem,geoElt,entity,mrs);
 116 }
 117
 118 void MEDFileUMeshPerType::loadCommonPart(med_idt fid, const char *mName, int dt, int it, int mdim, int curNbOfElem, med_geometry_type geoElt,
 119                                          med_entity_type entity, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
 120 {
 121   med_bool changement,transformation;
 122   _fam=0;
 123   if(MEDmeshnEntity(fid,mName,dt,it,entity,geoElt,MED_FAMILY_NUMBER,MED_NODAL,&changement,&transformation)>0)
 124     {
 125       if(!mrs || mrs->isCellFamilyFieldReading())
 126         {
 127           _fam=DataArrayInt::New();
 128           _fam->alloc(curNbOfElem,1);
 129           if(MEDmeshEntityFamilyNumberRd(fid,mName,dt,it,entity,geoElt,_fam->getPointer())!=0)
 130             std::fill(_fam->getPointer(),_fam->getPointer()+curNbOfElem,0);
 131         }
 132     }
 133   _num=0;
 134   if(MEDmeshnEntity(fid,mName,dt,it,entity,geoElt,MED_NUMBER,MED_NODAL,&changement,&transformation)>0)
 135     {
 136       if(!mrs || mrs->isCellNumFieldReading())
 137         {
 138           _num=DataArrayInt::New();
 139           _num->alloc(curNbOfElem,1);
 140           if(MEDmeshEntityNumberRd(fid,mName,dt,it,entity,geoElt,_num->getPointer())!=0)
 141             _num=0;
 142         }
 143     }
 144   _names=0;
 145   if(MEDmeshnEntity(fid,mName,dt,it,entity,geoElt,MED_NAME,MED_NODAL,&changement,&transformation)>0)
 146     {
 147       if(!mrs || mrs->isCellNameFieldReading())
 148         {
 149           _names=DataArrayAsciiChar::New();
 150           _names->alloc(curNbOfElem+1,MED_SNAME_SIZE);//not a bug to avoid the memory corruption due to last \0 at the end
 151           if(MEDmeshEntityNameRd(fid,mName,dt,it,entity,geoElt,_names->getPointer())!=0)
 152             _names=0;
 153           else
 154             _names->reAlloc(curNbOfElem);//not a bug to avoid the memory corruption due to last \0 at the end
 155         }
 156     }
 157 }
 158
 159 void MEDFileUMeshPerType::loadPolyg(med_idt fid, const char *mName, int dt, int it, int mdim, int arraySize, med_geometry_type geoElt,
 160                                     med_entity_type entity, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
 161 {
 162   med_bool changement,transformation;
 163   med_int curNbOfElem=MEDmeshnEntity(fid,mName,dt,it,entity,geoElt,MED_INDEX_NODE,MED_NODAL,&changement,&transformation)-1;
 164   _m=MEDCoupling1DGTUMesh::New(mName,geoElt==MED_POLYGON?INTERP_KERNEL::NORM_POLYGON:INTERP_KERNEL::NORM_QPOLYG);
 165   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1DGTUMesh> mc(DynamicCast<MEDCoupling1GTUMesh,MEDCoupling1DGTUMesh>(_m));
 166   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> conn(DataArrayInt::New()),connI(DataArrayInt::New());
 167   conn->alloc(arraySize,1); connI->alloc(curNbOfElem+1,1);
 168   MEDmeshPolygon2Rd(fid,mName,dt,it,MED_CELL,geoElt,MED_NODAL,connI->getPointer(),conn->getPointer());
 169   std::transform(conn->begin(),conn->end(),conn->getPointer(),std::bind2nd(std::plus<int>(),-1));
 170   std::transform(connI->begin(),connI->end(),connI->getPointer(),std::bind2nd(std::plus<int>(),-1));
 171   mc->setNodalConnectivity(conn,connI);
 172   loadCommonPart(fid,mName,dt,it,mdim,curNbOfElem,geoElt,entity,mrs);
 173 }
 174
 175 void MEDFileUMeshPerType::loadPolyh(med_idt fid, const char *mName, int dt, int it, int mdim, int connFaceLgth, med_geometry_type geoElt,
 176                                     med_entity_type entity, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
 177 {
 178   med_bool changement,transformation;
 179   med_int indexFaceLgth=MEDmeshnEntity(fid,mName,dt,it,MED_CELL,MED_POLYHEDRON,MED_INDEX_NODE,MED_NODAL,&changement,&transformation);
 180   int curNbOfElem=MEDmeshnEntity(fid,mName,dt,it,MED_CELL,MED_POLYHEDRON,MED_INDEX_FACE,MED_NODAL,&changement,&transformation)-1;
 181   _m=MEDCoupling1DGTUMesh::New(mName,INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED);
 182   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1DGTUMesh> mc(DynamicCastSafe<MEDCoupling1GTUMesh,MEDCoupling1DGTUMesh>(_m));
 183   INTERP_KERNEL::AutoPtr<int> index=new int[curNbOfElem+1];
 184   INTERP_KERNEL::AutoPtr<int> indexFace=new int[indexFaceLgth];
 185   INTERP_KERNEL::AutoPtr<int> locConn=new int[connFaceLgth];
 186   MEDmeshPolyhedronRd(fid,mName,dt,it,MED_CELL,MED_NODAL,index,indexFace,locConn);
 187   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> conn(DataArrayInt::New()),connI(DataArrayInt::New());
 188   int arraySize=connFaceLgth;
 189   for(int i=0;i<curNbOfElem;i++)
 190     arraySize+=index[i+1]-index[i]-1;
 191   conn=DataArrayInt::New();
 192   conn->alloc(arraySize,1);
 193   int *wFinalConn=conn->getPointer();
 194   connI->alloc(curNbOfElem+1,1);
 195   int *finalIndex(connI->getPointer());
 196   finalIndex[0]=0;
 197   for(int i=0;i<curNbOfElem;i++)
 198     {
 199       finalIndex[i+1]=finalIndex[i]+index[i+1]-index[i]-1+indexFace[index[i+1]-1]-indexFace[index[i]-1];
 200       wFinalConn=std::transform(locConn+indexFace[index[i]-1]-1,locConn+indexFace[index[i]]-1,wFinalConn,std::bind2nd(std::plus<int>(),-1));
 201       for(int j=index[i];j<index[i+1]-1;j++)
 202         {
 203           *wFinalConn++=-1;
 204           wFinalConn=std::transform(locConn+indexFace[j]-1,locConn+indexFace[j+1]-1,wFinalConn,std::bind2nd(std::plus<int>(),-1));
 205         }
 206     }
 207   mc->setNodalConnectivity(conn,connI);
 208   loadCommonPart(fid,mName,dt,it,mdim,curNbOfElem,MED_POLYHEDRON,entity,mrs);
 209 }
 210
 211 void MEDFileUMeshPerType::Write(med_idt fid, const std::string& mname, int mdim, const MEDCoupling1GTUMesh *m, const DataArrayInt *fam, const DataArrayInt *num, const DataArrayAsciiChar *names)
 212 {
 213   int nbOfCells=m->getNumberOfCells();
 214   if(nbOfCells<1)
 215     return ;
 216   int dt,it;
 217   double timm=m->getTime(dt,it);
 218   INTERP_KERNEL::NormalizedCellType ikt=m->getTypeOfCell(0);
 219   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(ikt);
 220   med_geometry_type curMedType=typmai3[(int)ikt];
 221   if(!cm.isDynamic())
 222     {
 223       const MEDCoupling1SGTUMesh *m0(dynamic_cast<const MEDCoupling1SGTUMesh *>(m));
 224       if(!m0)
 225         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshPerType::Write : internal error #1 !");
 226       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> arr(m0->getNodalConnectivity()->deepCpy());
 227       std::transform(arr->begin(),arr->end(),arr->getPointer(),std::bind2nd(std::plus<int>(),1));
 228       MEDmeshElementConnectivityWr(fid,mname.c_str(),dt,it,timm,MED_CELL,curMedType,MED_NODAL,MED_FULL_INTERLACE,nbOfCells,arr->begin());
 229     }
 230   else
 231     {
 232       const MEDCoupling1DGTUMesh *m0(dynamic_cast<const MEDCoupling1DGTUMesh *>(m));
 233       if(!m0)
 234         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMeshPerType::Write : internal error #2 !");
 235       if(ikt==INTERP_KERNEL::NORM_POLYGON || ikt==INTERP_KERNEL::NORM_QPOLYG)
 236         {
 237           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> arr(m0->getNodalConnectivity()->deepCpy()),arrI(m0->getNodalConnectivityIndex()->deepCpy());
 238           std::transform(arr->begin(),arr->end(),arr->getPointer(),std::bind2nd(std::plus<int>(),1));
 239           std::transform(arrI->begin(),arrI->end(),arrI->getPointer(),std::bind2nd(std::plus<int>(),1));
 240           MEDmeshPolygon2Wr(fid,mname.c_str(),dt,it,timm,MED_CELL,ikt==INTERP_KERNEL::NORM_POLYGON?MED_POLYGON:MED_POLYGON2,MED_NODAL,nbOfCells+1,arrI->begin(),arr->begin());
 241         }
 242       else
 243         {
 244           const int *conn(m0->getNodalConnectivity()->begin()),*connI(m0->getNodalConnectivityIndex()->begin());
 245           int meshLgth=m0->getNodalConnectivityLength();
 246           int nbOfFaces=std::count(conn,conn+meshLgth,-1)+nbOfCells;
 247           INTERP_KERNEL::AutoPtr<int> tab1=new int[nbOfCells+1];
 248           int *w1=tab1; *w1=1;
 249           INTERP_KERNEL::AutoPtr<int> tab2=new int[nbOfFaces+1];
 250           int *w2=tab2; *w2=1;
 251           INTERP_KERNEL::AutoPtr<int> bigtab=new int[meshLgth];
 252           int *bt=bigtab;
 253           for(int i=0;i<nbOfCells;i++,w1++)
 254             {
 255               int nbOfFaces2=0;
 256               for(const int *w=conn+connI[i];w!=conn+connI[i+1];w2++)
 257                 {
 258                   const int *wend=std::find(w,conn+connI[i+1],-1);
 259                   bt=std::transform(w,wend,bt,std::bind2nd(std::plus<int>(),1));
 260                   int nbOfNode=std::distance(w,wend);
 261                   w2[1]=w2[0]+nbOfNode;
 262                   if(wend!=conn+connI[i+1])
 263                     w=wend+1;
 264                   else
 265                     w=wend;
 266                   nbOfFaces2++;
 267                 }
 268               w1[1]=w1[0]+nbOfFaces2;
 269             }
 270           MEDmeshPolyhedronWr(fid,mname.c_str(),dt,it,timm,MED_CELL,MED_NODAL,nbOfCells+1,tab1,nbOfFaces+1,tab2,bigtab);
 271         }
 272     }
 273   if(fam)
 274     MEDmeshEntityFamilyNumberWr(fid,mname.c_str(),dt,it,MED_CELL,curMedType,nbOfCells,fam->getConstPointer());
 275   if(num)
 276     MEDmeshEntityNumberWr(fid,mname.c_str(),dt,it,MED_CELL,curMedType,nbOfCells,num->getConstPointer());
 277   if(names)
 278     {
 279       if(names->getNumberOfComponents()!=MED_SNAME_SIZE)
 280         {
 281           std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMeshPerType::write : expected a name field on cells with number of components set to " << MED_SNAME_SIZE;
 282           oss << " ! The array has " << names->getNumberOfComponents() << " components !";
 283           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 284         }
 285       MEDmeshEntityNameWr(fid,mname.c_str(),dt,it,MED_CELL,curMedType,nbOfCells,names->getConstPointer());
 286     }
 287 }