Salome HOME
Safe call of MEDfile functions.
[modules/med.git] / src / MEDLoader / MEDFileMesh.cxx
1 // Copyright (C) 2007-2015  CEA/DEN, EDF R&D
2 //
3 // This library is free software; you can redistribute it and/or
4 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
5 // License as published by the Free Software Foundation; either
6 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
7 //
8 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
11 // Lesser General Public License for more details.
12 //
13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
16 //
17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
18 //
19 // Author : Anthony Geay (CEA/DEN)
20
21 #include "MEDFileMesh.hxx"
22 #include "MEDFileUtilities.hxx"
23 #include "MEDFileFieldOverView.hxx"
24 #include "MEDFileField.hxx"
25 #include "MEDLoader.hxx"
26 #include "MEDFileSafeCaller.txx"
27 #include "MEDLoaderBase.hxx"
28
29 #include "MEDCouplingUMesh.hxx"
30
31 #include "InterpKernelAutoPtr.hxx"
32
33 #include <limits>
34 #include <cmath>
35
36 extern med_geometry_type typmai3[34];
37
38 using namespace ParaMEDMEM;
39
40 const char MEDFileMesh::DFT_FAM_NAME[]="FAMILLE_ZERO";
41
42 MEDFileMesh::MEDFileMesh():_order(-1),_iteration(-1),_time(0.),_univ_wr_status(true)
43 {
44 }
45
46 std::size_t MEDFileMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
47 {
48   std::size_t ret(_dt_unit.capacity()+_name.capacity()+_univ_name.capacity()+_desc_name.capacity());
49   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=_groups.begin();it!=_groups.end();it++)
50     {
51       ret+=(*it).first.capacity()+(*it).second.capacity()*sizeof(std::string);
52       for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=(*it).second.begin();it2!=(*it).second.end();it2++)
53         ret+=(*it2).capacity();
54     }
55   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
56     ret+=(*it).first.capacity()+sizeof(int);
57   return ret;
58 }
59
60 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileMesh::getDirectChildrenWithNull() const
61 {
62   return std::vector<const BigMemoryObject *>();
63 }
64
65 /*!
66  * Returns a new MEDFileMesh holding the mesh data that has been read from a given MED
67  * file. The first mesh in the file is loaded.
68  *  \param [in] fileName - the name of MED file to read.
69  *  \return MEDFileMesh * - a new instance of MEDFileMesh. The caller is to delete this
70  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
71  *  \throw If the file is not readable.
72  *  \throw If there is no meshes in the file.
73  *  \throw If the mesh in the file is of a not supported type.
74  */
75 MEDFileMesh *MEDFileMesh::New(const std::string& fileName, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
76 {
77   std::vector<std::string> ms=MEDLoader::GetMeshNames(fileName);
78   if(ms.empty())
79     {
80       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::New : no meshes in file \"" << fileName << "\" !";
81       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
82     }
83   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
84   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
85   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
86   int dt,it;
87   std::string dummy2;
88   MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,ms.front(),meshType,dt,it,dummy2);
89   switch(meshType)
90   {
91     case UNSTRUCTURED:
92       {
93         MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> ret=MEDFileUMesh::New();
94         ret->loadUMeshFromFile(fid,ms.front(),dt,it,mrs);
95         ret->loadJointsFromFile(fid);
96         return (MEDFileUMesh *)ret.retn();
97       }
98     case CARTESIAN:
99       {
100         MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileCMesh> ret=MEDFileCMesh::New();
101         ret->loadCMeshFromFile(fid,ms.front(),dt,it,mrs);
102         ret->loadJointsFromFile(fid);
103         return (MEDFileCMesh *)ret.retn();
104       }
105     case CURVE_LINEAR:
106       {
107         MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileCurveLinearMesh> ret=MEDFileCurveLinearMesh::New();
108         ret->loadCLMeshFromFile(fid,ms.front(),dt,it,mrs);
109         ret->loadJointsFromFile(fid);
110         return (MEDFileCurveLinearMesh *)ret.retn();
111       }
112     default:
113       {
114         std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::New : MED file exists and has mesh '" << ms.front() << "' exists but unsupported type yet !";
115         throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
116       }
117   }
118 }
119
120 /*!
121  * Returns a new MEDFileMesh holding the mesh data that has been read from a given MED
122  * file. The mesh to load is specified by its name and numbers of a time step and an
123  * iteration.
124  *  \param [in] fileName - the name of MED file to read.
125  *  \param [in] mName - the name of the mesh to read.
126  *  \param [in] dt - the number of a time step.
127  *  \param [in] it - the number of an iteration.
128  *  \param [in] joints - the sub-domain joints to use instead of those that can be read
129  *          from the MED file. Usually this joints are those just read by another iteration
130  *          of mName mesh, when this method is called by MEDFileMeshMultiTS::New()
131  *  \return MEDFileMesh * - a new instance of MEDFileMesh. The caller is to delete this
132  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
133  *  \throw If the file is not readable.
134  *  \throw If there is no mesh with given attributes in the file.
135  *  \throw If the mesh in the file is of a not supported type.
136  */
137 MEDFileMesh *MEDFileMesh::New(const std::string& fileName, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs, MEDFileJoints* joints)
138 {
139   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
140   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
141   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
142   int dummy0,dummy1;
143   std::string dummy2;
144   MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,mName,meshType,dummy0,dummy1,dummy2);
145   switch(meshType)
146   {
147     case UNSTRUCTURED:
148       {
149         MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> ret=MEDFileUMesh::New();
150         ret->loadUMeshFromFile(fid,mName,dt,it,mrs);
151         ret->loadJointsFromFile(fid,joints);
152         return (MEDFileUMesh *)ret.retn();
153       }
154     case CARTESIAN:
155       {
156         MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileCMesh> ret=MEDFileCMesh::New();
157         ret->loadCMeshFromFile(fid,mName,dt,it,mrs);
158         ret->loadJointsFromFile(fid,joints);
159         return (MEDFileCMesh *)ret.retn();
160       }
161     case CURVE_LINEAR:
162       {
163         MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileCurveLinearMesh> ret=MEDFileCurveLinearMesh::New();
164         ret->loadCLMeshFromFile(fid,mName,dt,it,mrs);
165         ret->loadJointsFromFile(fid,joints);
166         return (MEDFileCurveLinearMesh *)ret.retn();
167       }
168     default:
169       {
170         std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::New : MED file exists and has mesh '" << mName << "' exists but unsupported type yet !";
171         throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
172       }
173   }
174 }
175
176 /*!
177  * Writes \a this mesh into an open MED file specified by its descriptor.
178  *  \param [in] fid - the MED file descriptor.
179  *  \throw If the mesh name is not set.
180  *  \throw If the file is open for reading only.
181  *  \throw If the writing mode == 1 and the same data is present in an existing file.
182  */
183 void MEDFileMesh::write(med_idt fid) const
184 {
185   if(!existsFamily(0))
186     const_cast<MEDFileMesh *>(this)->addFamily(DFT_FAM_NAME,0);
187   if(_name.empty())
188     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh : name is empty. MED file ask for a NON EMPTY name !");
189   writeLL(fid);
190 }
191
192 /*!
193  * Writes \a this mesh into a MED file specified by its name.
194  *  \param [in] fileName - the MED file name.
195  *  \param [in] mode - the writing mode. For more on \a mode, see \ref AdvMEDLoaderBasics.
196  * - 2 - erase; an existing file is removed.
197  * - 1 - append; same data should not be present in an existing file.
198  * - 0 - overwrite; same data present in an existing file is overwritten.
199  *  \throw If the mesh name is not set.
200  *  \throw If \a mode == 1 and the same data is present in an existing file.
201  */
202 void MEDFileMesh::write(const std::string& fileName, int mode) const
203 {
204   med_access_mode medmod=MEDFileUtilities::TraduceWriteMode(mode);
205   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),medmod);
206   std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh : error on attempt to write in file : \"" << fileName << "\""; 
207   MEDFileUtilities::CheckMEDCode(fid,fid,oss.str());
208   write(fid);
209 }
210
211 /*!
212  * Checks if \a this and another mesh are equal.
213  *  \param [in] other - the mesh to compare with.
214  *  \param [in] eps - a precision used to compare real values.
215  *  \param [in,out] what - the string returning description of unequal data.
216  *  \return bool - \c true if the meshes are equal, \c false, else.
217  */
218 bool MEDFileMesh::isEqual(const MEDFileMesh *other, double eps, std::string& what) const
219 {
220   if(_order!=other->_order)
221     {
222       what="Orders differ !";
223       return false;
224     }
225   if(_iteration!=other->_iteration)
226     {
227       what="Iterations differ !";
228       return false;
229     }
230   if(fabs(_time-other->_time)>eps)
231     {
232       what="Time values differ !";
233       return false;
234     }
235   if(_dt_unit!=other->_dt_unit)
236     {
237       what="Time units differ !";
238       return false;
239     }
240   if(_name!=other->_name)
241     {
242       what="Names differ !";
243       return false;
244     }
245   //univ_name has been ignored -> not a bug because it is a mutable attribute
246   if(_desc_name!=other->_desc_name)
247     {
248       what="Description names differ !";
249       return false;
250     }
251   if(!areGrpsEqual(other,what))
252     return false;
253   if(!areFamsEqual(other,what))
254     return false;
255   return true;
256 }
257
258 void MEDFileMesh::setName(const std::string& name)
259 {
260   _name=name;
261 }
262
263 /*!
264  * Clears redundant attributes of incorporated data arrays.
265  */
266 void MEDFileMesh::clearNonDiscrAttributes() const
267 {
268
269 }
270
271 bool MEDFileMesh::changeNames(const std::vector< std::pair<std::string,std::string> >& modifTab)
272 {
273   for(std::vector< std::pair<std::string,std::string> >::const_iterator it=modifTab.begin();it!=modifTab.end();it++)
274     {
275       if((*it).first==_name)
276         {
277           _name=(*it).second;
278           return true;
279         }
280     }
281   return false;
282 }
283
284 /*!
285  * Copies data on groups and families from another mesh.
286  *  \param [in] other - the mesh to copy the data from.
287  */
288 void MEDFileMesh::copyFamGrpMapsFrom(const MEDFileMesh& other)
289 {
290   _groups=other._groups;
291   _families=other._families;
292 }
293
294
295 /*!
296  * This method clear all the groups in the map.
297  * So this method does not operate at all on arrays.
298  * So this method can lead to orphan families.
299  * 
300  * \sa MEDFileMesh::clearFamMap, MEDFileMesh::clearFamGrpMaps
301  */
302 void MEDFileMesh::clearGrpMap()
303 {
304   _groups.clear();
305 }
306
307 /*!
308  * This method clear all the families in the map.
309  * So this method does not operate at all on arrays.
310  * WARNING ! if there are some groups lying on cleared families, those groups will be impacted !
311  *
312  * \sa MEDFileMesh::clearFamMap, MEDFileMesh::clearFamGrpMaps
313  */
314 void MEDFileMesh::clearFamMap()
315 {
316   _families.clear();
317 }
318
319 /*!
320  * This method clear all the families and groups in the map.
321  * So this method does not operate at all on arrays.
322  * As all groups and families entry will be removed after 
323  * the call of MEDFileMesh::setFamilyFieldArr method with 0 or None (python) in the 2nd parameter can be useful to reduce the size of the object.
324  *
325  * \sa MEDFileMesh::clearFamMap, MEDFileMesh::clearFamMap
326  */
327 void MEDFileMesh::clearFamGrpMaps()
328 {
329   clearGrpMap();
330   clearFamMap();
331 }
332
333 /*!
334  * Returns names of families constituting a group.
335  *  \param [in] name - the name of the group of interest.
336  *  \return std::vector<std::string> - a sequence of names of the families.
337  *  \throw If the name of a nonexistent group is specified.
338  */
339 std::vector<std::string> MEDFileMesh::getFamiliesOnGroup(const std::string& name) const
340 {
341   std::string oname(name);
342   std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=_groups.find(oname);
343   if(it==_groups.end())
344     {
345       std::vector<std::string> grps=getGroupsNames();
346       std::ostringstream oss; oss << "No such groupname \"" << name << "\" !\nAvailable groups are :";
347       std::copy(grps.begin(),grps.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
348       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
349     }
350   return (*it).second;
351 }
352
353 /*!
354  * Returns names of families constituting some groups.
355  *  \param [in] grps - a sequence of names of groups of interest.
356  *  \return std::vector<std::string> - a sequence of names of the families.
357  *  \throw If a name of a nonexistent group is present in \a grps.
358  */
359 std::vector<std::string> MEDFileMesh::getFamiliesOnGroups(const std::vector<std::string>& grps) const
360 {
361   std::set<std::string> fams;
362   for(std::vector<std::string>::const_iterator it=grps.begin();it!=grps.end();it++)
363     {
364       std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it2=_groups.find(*it);
365       if(it2==_groups.end())
366         {
367           std::ostringstream oss; oss << "No such group in mesh \"" << _name << "\" : " << *it; 
368           std::vector<std::string> grps2=getGroupsNames(); oss << "\" !\nAvailable groups are :";
369           std::copy(grps2.begin(),grps2.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
370           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
371         }
372       fams.insert((*it2).second.begin(),(*it2).second.end());
373     }
374   std::vector<std::string> fams2(fams.begin(),fams.end());
375   return fams2;
376 }
377
378 /*!
379  * Returns ids of families constituting a group.
380  *  \param [in] name - the name of the group of interest.
381  *  \return std::vector<int> - sequence of ids of the families.
382  *  \throw If the name of a nonexistent group is specified.
383  */
384 std::vector<int> MEDFileMesh::getFamiliesIdsOnGroup(const std::string& name) const
385 {
386   std::string oname(name);
387   std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=_groups.find(oname);
388   std::vector<std::string> grps=getGroupsNames();
389   if(it==_groups.end())
390     {
391       std::ostringstream oss; oss << "No such groupname \"" << name << "\" !\nAvailable groups are :";
392       std::copy(grps.begin(),grps.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
393       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
394     }
395   return getFamiliesIds((*it).second);
396 }
397
398 /*!
399  * Sets names of families constituting a group. If data on families of this group is
400  * already present, it is overwritten. Every family in \a fams is checked, and if a
401  family is not yet in \a this mesh, the default group id \c 0 is assigned to it.
402  *  \param [in] name - the name of the group of interest.
403  *  \param [in] fams - a sequence of names of families constituting the group.
404  */
405 void MEDFileMesh::setFamiliesOnGroup(const std::string& name, const std::vector<std::string>& fams)
406 {
407   std::string oname(name);
408   _groups[oname]=fams;
409   for(std::vector<std::string>::const_iterator it1=fams.begin();it1!=fams.end();it1++)
410     {
411       std::map<std::string,int>::iterator it2=_families.find(*it1);
412       if(it2==_families.end())
413         _families[*it1]=0;
414     }
415 }
416
417 /*!
418  * Sets families constituting a group. The families are specified by their ids.
419  * If a family name is not found by its id, an exception is thrown.
420  * If several families have same id, the first one in lexical order is taken.
421  *  \param [in] name - the name of the group of interest.
422  *  \param [in] famIds - a sequence of ids of families constituting the group.
423  *  \throw If a family name is not found by its id.
424  */
425 void MEDFileMesh::setFamiliesIdsOnGroup(const std::string& name, const std::vector<int>& famIds)
426 {
427   std::string oname(name);
428   std::vector<std::string> fams(famIds.size());
429   int i=0;
430   for(std::vector<int>::const_iterator it1=famIds.begin();it1!=famIds.end();it1++,i++)
431     {
432       std::string name2=getFamilyNameGivenId(*it1);
433       fams[i]=name2;
434     }
435   _groups[oname]=fams;
436 }
437
438 /*!
439  * Returns names of groups including a given family.
440  *  \param [in] name - the name of the family of interest.
441  *  \return std::vector<std::string> - a sequence of names of groups including the family.
442  */
443 std::vector<std::string> MEDFileMesh::getGroupsOnFamily(const std::string& name) const
444 {
445   std::vector<std::string> ret;
446   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it1=_groups.begin();it1!=_groups.end();it1++)
447     {
448       for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=(*it1).second.begin();it2!=(*it1).second.end();it2++)
449         if((*it2)==name)
450           {
451             ret.push_back((*it1).first);
452             break;
453           }
454     }
455   return ret;
456 }
457
458 /*!
459  * Adds an existing family to groups.
460  *  \param [in] famName - a name of family to add to \a grps.
461  *  \param [in] grps - a sequence of group names to add the family in.
462  *  \throw If a family named \a famName not yet exists.
463  */
464 void MEDFileMesh::setGroupsOnFamily(const std::string& famName, const std::vector<std::string>& grps)
465 {
466   std::string fName(famName);
467   const std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.find(fName);
468   if(it==_families.end())
469     {
470       std::vector<std::string> fams=getFamiliesNames();
471       std::ostringstream oss; oss << "No such familyname \"" << fName << "\" !\nAvailable families are :";
472       std::copy(fams.begin(),fams.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
473       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
474     }
475   for(std::vector<std::string>::const_iterator it3=grps.begin();it3!=grps.end();it3++)
476     {
477       std::map< std::string, std::vector<std::string> >::iterator it2=_groups.find(*it3);
478       if(it2!=_groups.end())
479         (*it2).second.push_back(fName);
480       else
481         {
482           std::vector<std::string> grps2(1,fName);
483           _groups[*it3]=grps2;
484         }
485     }
486 }
487
488 /*!
489  * Returns names of all groups of \a this mesh.
490  *  \return std::vector<std::string> - a sequence of group names.
491  */
492 std::vector<std::string> MEDFileMesh::getGroupsNames() const
493 {
494   std::vector<std::string> ret(_groups.size());
495   int i=0;
496   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=_groups.begin();it!=_groups.end();it++,i++)
497     ret[i]=(*it).first;
498   return ret;
499 }
500
501 /*!
502  * Returns names of all families of \a this mesh.
503  *  \return std::vector<std::string> - a sequence of family names.
504  */
505 std::vector<std::string> MEDFileMesh::getFamiliesNames() const
506 {
507   std::vector<std::string> ret(_families.size());
508   int i=0;
509   for(std::map<std::string, int >::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++,i++)
510     ret[i]=(*it).first;
511   return ret;
512 }
513
514 /*!
515  * Changes a name of every family, included in one group only, to be same as the group name.
516  *  \throw If there are families with equal names in \a this mesh.
517  */
518 void MEDFileMesh::assignFamilyNameWithGroupName()
519 {
520   std::map<std::string, std::vector<std::string> > groups(_groups);
521   std::map<std::string,int> newFams;
522   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
523     {
524       std::vector<std::string> grps=getGroupsOnFamily((*it).first);
525       if(grps.size()==1 && groups[grps[0]].size()==1)
526         {
527           if(newFams.find(grps[0])!=newFams.end())
528             {
529               std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::assignFamilyNameWithGroupName : Family \"" << grps[0] << "\" already exists !";
530               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
531             }
532           newFams[grps[0]]=(*it).second;
533           std::vector<std::string>& grps2=groups[grps[0]];
534           std::size_t pos=std::distance(grps2.begin(),std::find(grps2.begin(),grps2.end(),(*it).first));
535           grps2[pos]=grps[0];
536         }
537       else
538         {
539           if(newFams.find((*it).first)!=newFams.end())
540             {
541               std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::assignFamilyNameWithGroupName : Family \"" << (*it).first << "\" already exists !";
542               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
543             }
544           newFams[(*it).first]=(*it).second;
545         }
546     }
547   _families=newFams;
548   _groups=groups;
549 }
550
551 /*!
552  * Removes all groups lying on no family. If there is no empty groups, \a this is let untouched.
553  * 
554  * \return the removed groups.
555  */
556 std::vector<std::string> MEDFileMesh::removeEmptyGroups()
557 {
558   std::vector<std::string> ret;
559   std::map<std::string, std::vector<std::string> > newGrps;
560   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=_groups.begin();it!=_groups.end();it++)
561     {
562       if((*it).second.empty())
563         ret.push_back((*it).first);
564       else
565         newGrps[(*it).first]=(*it).second;
566     }
567   if(!ret.empty())
568     _groups=newGrps;
569   return ret;
570 }
571
572 /*!
573  * Removes a group from \a this mesh.
574  *  \param [in] name - the name of the group to remove.
575  *  \throw If no group with such a \a name exists.
576  */
577 void MEDFileMesh::removeGroup(const std::string& name)
578 {
579   std::string oname(name);
580   std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it=_groups.find(oname);
581   std::vector<std::string> grps=getGroupsNames();
582   if(it==_groups.end())
583     {
584       std::ostringstream oss; oss << "No such groupname \"" << name << "\" !\nAvailable groups are :";
585       std::copy(grps.begin(),grps.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
586       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
587     }
588   _groups.erase(it);
589 }
590
591 /*!
592  * Removes a family from \a this mesh.
593  *  \param [in] name - the name of the family to remove.
594  *  \throw If no family with such a \a name exists.
595  */
596 void MEDFileMesh::removeFamily(const std::string& name)
597 {
598   std::string oname(name);
599   std::map<std::string, int >::iterator it=_families.find(oname);
600   std::vector<std::string> fams=getFamiliesNames();
601   if(it==_families.end())
602     {
603       std::ostringstream oss; oss << "No such familyname \"" << name << "\" !\nAvailable families are :";
604       std::copy(fams.begin(),fams.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
605       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
606     }
607   _families.erase(it);
608   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it3=_groups.begin();it3!=_groups.end();it3++)
609     {
610       std::vector<std::string>& v=(*it3).second;
611       std::vector<std::string>::iterator it4=std::find(v.begin(),v.end(),oname);
612       if(it4!=v.end())
613         v.erase(it4);
614     }
615 }
616
617 /*!
618  * Removes all groups in \a this that are orphan. A group is orphan if this group lies on
619  * a set of families, themselves orphan. A family is said orphan if its id appears nowhere in
620  * family field whatever its level. This method also suppresses the orphan families.
621  * 
622  * \return - The list of removed groups names. 
623  *
624  * \sa MEDFileMesh::removeOrphanFamilies.
625  */
626 std::vector<std::string> MEDFileMesh::removeOrphanGroups()
627 {
628   removeOrphanFamilies();
629   return removeEmptyGroups();
630 }
631
632 /*!
633  * Removes all families in \a this that are orphan. A family is said orphan if its id appears nowhere in
634  * family field whatever its level. Groups are updated in consequence, that is to say all groups lying on orphan family, will see their families list modified.
635  * 
636  * \return - The list of removed families names.
637  * \sa MEDFileMesh::removeOrphanGroups.
638  */
639 std::vector<std::string> MEDFileMesh::removeOrphanFamilies()
640 {
641   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> allFamIdsInUse=computeAllFamilyIdsInUse();
642   std::vector<std::string> ret;
643   if(!((DataArrayInt*)allFamIdsInUse))
644     {
645       ret=getFamiliesNames();
646       _families.clear(); _groups.clear();
647       return ret;
648     }
649   std::map<std::string,int> famMap;
650   std::map<std::string, std::vector<std::string> > grps(_groups);
651   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
652     {
653       if(allFamIdsInUse->presenceOfValue((*it).second))
654         famMap[(*it).first]=(*it).second;
655       else
656         {
657           ret.push_back((*it).first);
658           std::vector<std::string> grpsOnEraseFam=getGroupsOnFamily((*it).first);
659           for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=grpsOnEraseFam.begin();it2!=grpsOnEraseFam.end();it2++)
660             {
661               std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it3=grps.find(*it2);//it3!=grps.empty() thanks to copy
662               std::vector<std::string>& famv=(*it3).second;
663               std::vector<std::string>::iterator it4=std::find(famv.begin(),famv.end(),(*it).first);//it4!=famv.end() thanks to copy
664               famv.erase(it4);
665             }
666         }
667     }
668   if(!ret.empty())
669     { _families=famMap; _groups=grps; }
670   return ret;
671 }
672
673 /*!
674  * This method operates only on maps in \a this. The arrays are not considered here. So this method will remove a family (except "FAMILLE_ZERO" family) if no group lies on it whatever
675  * this family is orphan or not.
676  *
677  * \warning this method is different from removeOrphanFamilies that scans family field array to find orphan families.
678  */
679 void MEDFileMesh::removeFamiliesReferedByNoGroups()
680 {
681   std::map<std::string,int> fams;
682   std::set<std::string> sfams;
683   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
684     sfams.insert((*it).first);
685   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it0=_groups.begin();it0!=_groups.end();it0++)
686     for(std::vector<std::string>::const_iterator it1=(*it0).second.begin();it1!=(*it0).second.end();it1++)
687       sfams.erase(*it1);
688   for(std::set<std::string>::const_iterator it=sfams.begin();it!=sfams.end();it++)
689     if(*it!=DFT_FAM_NAME)
690       _families.erase(*it);
691 }
692
693 /*!
694  * This method has no impact on groups. This method only works on families. This method firstly removes families not refered by any groups in \a this, then all unused entities
695  * are put as belonging to family 0 ("FAMILLE_ZERO"). Finally, all orphanFamilies are killed.
696  * This method raises an exception if "FAMILLE_ZERO" is already belonging to a group.
697  *
698  * \sa MEDFileMesh::removeOrphanFamilies
699  */
700 void MEDFileMesh::rearrangeFamilies()
701 {
702   checkOrphanFamilyZero();
703   removeFamiliesReferedByNoGroups();
704   //
705   std::vector<int> levels(getNonEmptyLevelsExt());
706   std::set<int> idsRefed;
707   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
708     idsRefed.insert((*it).second);
709   for(std::vector<int>::const_iterator it=levels.begin();it!=levels.end();it++)
710     {
711       const DataArrayInt *fams(0);
712       try
713       {
714           fams=getFamilyFieldAtLevel(*it);
715       }
716       catch(INTERP_KERNEL::Exception& e) { }
717       if(!fams)
718         continue;
719       std::vector<bool> v(fams->getNumberOfTuples(),false);
720       for(std::set<int>::const_iterator pt=idsRefed.begin();pt!=idsRefed.end();pt++)
721         fams->switchOnTupleEqualTo(*pt,v);
722       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> unfetchedIds(DataArrayInt::BuildListOfSwitchedOff(v));
723       if(!unfetchedIds->empty())
724         {
725           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newFams(fams->deepCpy());
726           newFams->setPartOfValuesSimple3(0,unfetchedIds->begin(),unfetchedIds->end(),0,1,1);
727           setFamilyFieldArr(*it,newFams);
728         }
729     }
730   removeOrphanFamilies();
731 }
732
733 /*!
734  * This method only checks that "FAMILLE_ZERO" is orphan (not belonging to a group).
735  */
736 void MEDFileMesh::checkOrphanFamilyZero() const
737 {
738   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=_groups.begin();it!=_groups.end();it++)
739     {
740       if(std::find((*it).second.begin(),(*it).second.end(),DFT_FAM_NAME)!=(*it).second.end())
741         {
742           std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::rearrangeFamilies : Groups \"" << (*it).first << "\" is lying on family \"" << DFT_FAM_NAME << "\" !";
743           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
744         }
745     }
746 }
747
748 /*!
749  * Renames a group in \a this mesh.
750  *  \param [in] oldName - a current name of the group to rename.
751  *  \param [in] newName - a new group name.
752  *  \throw If no group named \a oldName exists in \a this mesh.
753  *  \throw If a group named \a newName already exists.
754  */
755 void MEDFileMesh::changeGroupName(const std::string& oldName, const std::string& newName)
756 {
757   std::string oname(oldName);
758   std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it=_groups.find(oname);
759   std::vector<std::string> grps=getGroupsNames();
760   if(it==_groups.end())
761     {
762       std::ostringstream oss; oss << "No such groupname \"" << oldName << "\" !\nAvailable groups are :";
763       std::copy(grps.begin(),grps.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
764       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
765     }
766   std::string nname(newName);
767   std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it2=_groups.find(nname);
768   if(it2!=_groups.end())
769     {
770       std::ostringstream oss; oss << "Such groupname \"" << newName << "\" already exists ! Kill it before !";
771       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
772     }
773   std::vector<std::string> cpy=(*it).second;
774   _groups.erase(it);
775   _groups[newName]=cpy;
776 }
777
778 /*!
779  * Changes an id of a family in \a this mesh. 
780  * This method calls changeFamilyIdArr().
781  *  \param [in] oldId - a current id of the family.
782  *  \param [in] newId - a new family id.
783  */
784 void MEDFileMesh::changeFamilyId(int oldId, int newId)
785 {
786   changeFamilyIdArr(oldId,newId);
787   std::map<std::string,int> fam2;
788   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
789     {
790       if((*it).second==oldId)
791         fam2[(*it).first]=newId;
792       else
793         fam2[(*it).first]=(*it).second;
794     }
795   _families=fam2;
796 }
797
798 /*!
799  * Renames a family in \a this mesh.
800  *  \param [in] oldName - a current name of the family to rename.
801  *  \param [in] newName - a new family name.
802  *  \throw If no family named \a oldName exists in \a this mesh.
803  *  \throw If a family named \a newName already exists.
804  */
805 void MEDFileMesh::changeFamilyName(const std::string& oldName, const std::string& newName)
806 {
807   std::string oname(oldName);
808   std::map<std::string, int >::iterator it=_families.find(oname);
809   std::vector<std::string> fams=getFamiliesNames();
810   if(it==_families.end())
811     {
812       std::ostringstream oss; oss << "No such familyname \"" << oldName << "\" !\nAvailable families are :";
813       std::copy(fams.begin(),fams.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
814       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
815     }
816   std::string nname(newName);
817   std::map<std::string, int >::iterator it2=_families.find(nname);
818   if(it2!=_families.end())
819     {
820       std::ostringstream oss; oss << "Such familyname \"" << newName << " already exists ! Kill it before !";
821       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
822     }
823   int cpy=(*it).second;
824   _families.erase(it);
825   _families[newName]=cpy;
826   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it3=_groups.begin();it3!=_groups.end();it3++)
827     {
828       std::vector<std::string>& v=(*it3).second;
829       std::vector<std::string>::iterator it4=std::find(v.begin(),v.end(),oname);
830       if(it4!=v.end())
831         (*it4)=nname;
832     }
833 }
834
835 /*!
836  * Checks if \a this and another mesh contains the same families.
837  *  \param [in] other - the mesh to compare with \a this one.
838  *  \param [in,out] what - an unused parameter.
839  *  \return bool - \c true if number of families and their ids are the same in the two
840  *          meshes. Families with the id == \c 0 are not considered.
841  */
842 bool MEDFileMesh::areFamsEqual(const MEDFileMesh *other, std::string& what) const
843 {
844   if(_families==other->_families)
845     return true;
846   std::map<std::string,int> fam0;
847   std::map<std::string,int> fam1;
848   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
849     if((*it).second!=0)
850       fam0[(*it).first]=(*it).second;
851   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=other->_families.begin();it!=other->_families.end();it++)
852     if((*it).second!=0)
853       fam1[(*it).first]=(*it).second;
854   return fam0==fam1;
855 }
856
857 /*!
858  * Checks if \a this and another mesh contains the same groups.
859  *  \param [in] other - the mesh to compare with \a this one.
860  *  \param [in,out] what - a string describing a difference of groups of the two meshes
861  *          in case if this method returns \c false.
862  *  \return bool - \c true if number of groups and families constituting them are the
863  *          same in the two meshes.
864  */
865 bool MEDFileMesh::areGrpsEqual(const MEDFileMesh *other, std::string& what) const
866 {
867   if(_groups==other->_groups)
868     return true;
869   bool ret=true;
870   std::size_t sz=_groups.size();
871   if(sz!=other->_groups.size())
872     {
873       what="Groups differ because not same number !\n";
874       ret=false;
875     }
876   if(ret)
877     {
878       std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it1=_groups.begin();
879       for(std::size_t i=0;i<sz && ret;i++,it1++)
880         {
881           std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it2=other->_groups.find((*it1).first);
882           if(it2!=other->_groups.end())
883             {
884               std::set<std::string> s1((*it1).second.begin(),(*it1).second.end());
885               std::set<std::string> s2((*it2).second.begin(),(*it2).second.end());
886               ret=(s1==s2);
887             }
888           else
889             {
890               ret=false;
891               what="A group in first mesh exists not in other !\n";
892             }
893         }
894     }
895   if(!ret)
896     {
897       std::ostringstream oss; oss << "Groups description differs :\n";
898       oss << "First group description :\n";
899       for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=_groups.begin();it!=_groups.end();it++)
900         {
901           oss << " Group \"" << (*it).first << "\" on following families :\n";
902           for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=(*it).second.begin();it2!=(*it).second.end();it2++)
903             oss << "    \"" << *it2 << "\n";
904         }
905       oss << "Second group description :\n";
906       for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=other->_groups.begin();it!=other->_groups.end();it++)
907         {
908           oss << " Group \"" << (*it).first << "\" on following families :\n";
909           for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=(*it).second.begin();it2!=(*it).second.end();it2++)
910             oss << "    \"" << *it2 << "\n";
911         }
912       what+=oss.str();
913     }
914   return ret;
915 }
916
917 /*!
918  * Checks if a group with a given name exists in \a this mesh.
919  *  \param [in] groupName - the group name.
920  *  \return bool - \c true the group \a groupName exists in \a this mesh.
921  */
922 bool MEDFileMesh::existsGroup(const std::string& groupName) const
923 {
924   std::string grpName(groupName);
925   return _groups.find(grpName)!=_groups.end();
926 }
927
928 /*!
929  * Checks if a family with a given id exists in \a this mesh.
930  *  \param [in] famId - the family id.
931  *  \return bool - \c true the family with the id \a famId exists in \a this mesh.
932  */
933 bool MEDFileMesh::existsFamily(int famId) const
934 {
935   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it2=_families.begin();it2!=_families.end();it2++)
936     if((*it2).second==famId)
937       return true;
938   return false;
939 }
940
941 /*!
942  * Checks if a family with a given name exists in \a this mesh.
943  *  \param [in] familyName - the family name.
944  *  \return bool - \c true the family \a familyName exists in \a this mesh.
945  */
946 bool MEDFileMesh::existsFamily(const std::string& familyName) const
947 {
948   std::string fname(familyName);
949   return _families.find(fname)!=_families.end();
950 }
951
952 /*!
953  * Sets an id of a family.
954  *  \param [in] familyName - the family name.
955  *  \param [in] id - a new id of the family.
956  */
957 void MEDFileMesh::setFamilyId(const std::string& familyName, int id)
958 {
959   std::string fname(familyName);
960   _families[fname]=id;
961 }
962
963 void MEDFileMesh::setFamilyIdUnique(const std::string& familyName, int id)
964 {
965   std::string fname(familyName);
966   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
967     if((*it).second==id)
968       {
969         if((*it).first!=familyName)
970           {
971             std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::setFamilyIdUnique : Family id #" << id << " is already belonging to family with name \"" << (*it).first << "\" !";
972             throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
973           }
974       }
975   _families[fname]=id;
976 }
977
978 /*!
979  * Adds a family to \a this mesh.
980  *  \param [in] familyName - a name of the family.
981  *  \param [in] famId - an id of the family.
982  *  \throw If a family with the same name or id already exists in \a this mesh.
983  */
984 void MEDFileMesh::addFamily(const std::string& familyName, int famId)
985 {
986   std::string fname(familyName);
987   std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.find(fname);
988   if(it==_families.end())
989     {
990       for(std::map<std::string,int>::const_iterator it2=_families.begin();it2!=_families.end();it2++)
991         if((*it2).second==famId)
992           {
993             std::ostringstream oss;
994             oss << "MEDFileMesh::addFamily : Family \"" << (*it2).first << "\" already exists with specified id : " << famId << " !";
995             throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
996           }
997       _families[fname]=famId;
998     }
999   else
1000     {
1001       if((*it).second!=famId)
1002         {
1003           std::ostringstream oss;
1004           oss << "MEDFileMesh::addFamily : Family \"" << fname << "\" already exists but has id set to " << (*it).second << " different from asked famId " << famId << " !";
1005           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1006         }
1007     }
1008 }
1009
1010 /*!
1011  * Creates a group including all mesh entities of given dimension.
1012  * \warning This method does \b not guarantee that the created group includes mesh
1013  * entities of only \a meshDimRelToMaxExt dimension in the case if some family id is
1014  * present in family fields of different dimensions. To assure this, call
1015  * ensureDifferentFamIdsPerLevel() \b before calling this method.
1016  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - a relative dimension of mesh entities to include to
1017  *          the group.
1018  *  \param [in] groupName - a name of the new group.
1019  *  \throw If a group named \a groupName already exists.
1020  *  \throw If no mesh entities of dimension \a meshDimRelToMaxExt exist in \a this mesh.
1021  *  \throw If no family field of dimension \a meshDimRelToMaxExt is present in \a this mesh.
1022  */
1023 void MEDFileMesh::createGroupOnAll(int meshDimRelToMaxExt, const std::string& groupName)
1024 {
1025   std::string grpName(groupName);
1026   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevelsExt();
1027   if(std::find(levs.begin(),levs.end(),meshDimRelToMaxExt)==levs.end())
1028     {
1029       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::createGroupOnAll : The relative ext dimension " << meshDimRelToMaxExt << " is not available !" << std::endl;
1030       oss << "Available relative ext levels are : ";
1031       std::copy(levs.begin(),levs.end(),std::ostream_iterator<int>(oss," "));
1032       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1033     }
1034   if(existsGroup(groupName))
1035     {
1036       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::createGroupOnAll : The groups \"" << grpName << "\" already exists in this !" << std::endl;
1037       oss << "Already existing groups are : ";
1038       std::copy(levs.begin(),levs.end(),std::ostream_iterator<int>(oss," "));
1039       oss << std::endl << "Please choose an another group name or call removeGroup(\"" << grpName << "\") method !";
1040       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1041     }
1042   const DataArrayInt *fieldFamIds=getFamilyFieldAtLevel(meshDimRelToMaxExt);
1043   if(fieldFamIds==0)
1044     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::createGroupOnAll : Family field arr ids is not defined for this level !");
1045   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famIds=fieldFamIds->getDifferentValues();
1046   std::vector<std::string> familiesOnWholeGroup;
1047   for(const int *it=famIds->begin();it!=famIds->end();it++)
1048     {
1049       bool tmp;
1050       familiesOnWholeGroup.push_back(findOrCreateAndGiveFamilyWithId(*it,tmp));
1051     }
1052   _groups[grpName]=familiesOnWholeGroup;
1053 }
1054
1055 /*!
1056  * Ensures that given family ids do not present in family fields of dimensions different
1057  * than given ones. If a family id is present in the family fields of dimensions different
1058  * than the given ones, a new family is created and the whole data is updated accordingly.
1059  *  \param [in] famIds - a sequence of family ids to check.
1060  *  \param [in] vMeshDimRelToMaxExt - a sequence of relative dimensions to which the \a
1061  *          famIds should exclusively belong.
1062  *  \return bool - \c true if no modification is done in \a this mesh by this method.
1063  */
1064 bool MEDFileMesh::keepFamIdsOnlyOnLevs(const std::vector<int>& famIds, const std::vector<int>& vMeshDimRelToMaxExt)
1065 {
1066   std::set<int> levsInput(vMeshDimRelToMaxExt.begin(),vMeshDimRelToMaxExt.end());
1067   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevelsExt();
1068   std::set<int> levs2(levs.begin(),levs.end());
1069   std::vector<int> levsToTest;
1070   std::set_difference(levs2.begin(),levs2.end(),levsInput.begin(),levsInput.end(),std::back_insert_iterator< std::vector<int> >(levsToTest));
1071   std::set<int> famIds2(famIds.begin(),famIds.end());
1072   bool ret=true;
1073   int maxFamId=1;
1074   if(!_families.empty())
1075     maxFamId=getMaxFamilyId()+1;
1076   std::vector<std::string> allFams=getFamiliesNames();
1077   for(std::vector<int>::const_iterator it=levsToTest.begin();it!=levsToTest.end();it++)
1078     {
1079       const DataArrayInt *fieldFamIds=getFamilyFieldAtLevel(*it);
1080       if(fieldFamIds)
1081         {
1082           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famIds3=fieldFamIds->getDifferentValues();
1083           std::vector<int> tmp;
1084           std::set_intersection(famIds3->begin(),famIds3->end(),famIds2.begin(),famIds2.end(),std::back_insert_iterator< std::vector<int> >(tmp));
1085           for(std::vector<int>::const_iterator it2=tmp.begin();it2!=tmp.end();it2++)
1086             {
1087               ret=false;
1088               std::string famName=getFamilyNameGivenId(*it2);
1089               std::ostringstream oss; oss << "Family_" << maxFamId;
1090               std::string zeName=CreateNameNotIn(oss.str(),allFams);
1091               addFamilyOnAllGroupsHaving(famName,zeName);
1092               _families[zeName]=maxFamId;
1093               (const_cast<DataArrayInt *>(fieldFamIds))->changeValue(*it2,maxFamId);
1094               maxFamId++;
1095             }
1096         }
1097     }
1098   return ret;
1099 }
1100
1101 /*!
1102  * Adds a family to a given group in \a this mesh. If the group with a given name does
1103  * not exist, it is created.
1104  *  \param [in] grpName - the name of the group to add the family in.
1105  *  \param [in] famName - the name of the family to add to the group named \a grpName.
1106  *  \throw If \a grpName or \a famName is an empty string.
1107  *  \throw If no family named \a famName is present in \a this mesh.
1108  */
1109 void MEDFileMesh::addFamilyOnGrp(const std::string& grpName, const std::string& famName)
1110 {
1111   std::string grpn(grpName);
1112   std::string famn(famName);
1113   if(grpn.empty() || famn.empty())
1114     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::addFamilyOnGrp : input strings must be non null !");
1115   std::vector<std::string> fams=getFamiliesNames();
1116   if(std::find(fams.begin(),fams.end(),famn)==fams.end())
1117     {
1118       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::addFamilyOnGrp : Family \"" << famn << "\" does not exist !" << std::endl;
1119       oss << "Create this family or choose an existing one ! Existing fams are : ";
1120       std::copy(fams.begin(),fams.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," ")); oss << ".";
1121       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1122     }
1123   std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it=_groups.find(grpn);
1124   if(it==_groups.end())
1125     {
1126       _groups[grpn].push_back(famn);
1127     }
1128   else
1129     {
1130       std::vector<std::string>::iterator it2=std::find((*it).second.begin(),(*it).second.end(),famn);
1131       if(it2==(*it).second.end())
1132         (*it).second.push_back(famn);
1133     }
1134 }
1135
1136 /*!
1137  * This method adds to all groups lying on family with name 'famName' the other family name 'otherFamName'.
1138  * This method is quite underground because it can lead to unconsistency because family 'otherFamName' is \b not added into _families.
1139  * This method is used by MEDFileMesh::keepFamIdsOnlyOnLevs method.
1140  */
1141 void MEDFileMesh::addFamilyOnAllGroupsHaving(const std::string& famName, const std::string& otherFamName)
1142 {
1143   std::string famNameCpp(famName);
1144   std::string otherCpp(otherFamName);
1145   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it=_groups.begin();it!=_groups.end();it++)
1146     {
1147       std::vector<std::string>& v=(*it).second;
1148       if(std::find(v.begin(),v.end(),famNameCpp)!=v.end())
1149         {
1150           v.push_back(otherCpp);
1151         }
1152     }
1153 }
1154
1155 /*!
1156  * \param [in] ids ids and group name of the new group to add. The ids should be sorted and different each other (MED file norm).
1157  * \parma [in,out] famArr family array on level of interest to be renumbered. The input pointer should be not \c NULL (no check of that will be performed)
1158  */
1159 void MEDFileMesh::addGroupUnderground(bool isNodeGroup, const DataArrayInt *ids, DataArrayInt *famArr)
1160 {
1161   if(!ids)
1162     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::addGroup : NULL pointer in input !");
1163   std::string grpName(ids->getName());
1164   if(grpName.empty())
1165     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::addGroup : empty group name ! MED file format do not accept empty group name !");
1166   ids->checkStrictlyMonotonic(true);
1167   famArr->incrRef(); MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famArrTmp(famArr);
1168   std::vector<std::string> grpsNames=getGroupsNames();
1169   if(std::find(grpsNames.begin(),grpsNames.end(),grpName)!=grpsNames.end())
1170     {
1171       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::addGroup : Group with name \"" << grpName << "\" already exists ! Destroy it before calling this method !";
1172       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1173     }
1174   std::list< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > allFamIds(getAllNonNullFamilyIds());
1175   allFamIds.erase(std::find(allFamIds.begin(),allFamIds.end(),famArrTmp));
1176   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famIds=famArr->selectByTupleIdSafe(ids->begin(),ids->end());
1177   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> diffFamIds=famIds->getDifferentValues();
1178   std::vector<int> familyIds;
1179   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > idsPerfamiliyIds;
1180   int maxVal=getTheMaxAbsFamilyId()+1;
1181   std::map<std::string,int> families(_families);
1182   std::map<std::string, std::vector<std::string> > groups(_groups);
1183   std::vector<std::string> fams;
1184   bool created(false);
1185   for(const int *famId=diffFamIds->begin();famId!=diffFamIds->end();famId++)
1186     {
1187       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ids2Tmp=famIds->getIdsEqual(*famId);
1188       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ids2=ids->selectByTupleId(ids2Tmp->begin(),ids2Tmp->end());
1189       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ids1=famArr->getIdsEqual(*famId);
1190       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret0(ids1->buildSubstractionOptimized(ids2));
1191       if(ret0->empty())
1192         {
1193           bool isFamPresent=false;
1194           for(std::list< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> >::const_iterator itl=allFamIds.begin();itl!=allFamIds.end() && !isFamPresent;itl++)
1195             isFamPresent=(*itl)->presenceOfValue(*famId);
1196           if(!isFamPresent)
1197             { familyIds.push_back(*famId); idsPerfamiliyIds.push_back(ret0); fams.push_back(FindOrCreateAndGiveFamilyWithId(families,*famId,created)); } // adding *famId in grp
1198           else
1199             {
1200               familyIds.push_back(isNodeGroup?maxVal:-maxVal); idsPerfamiliyIds.push_back(ids2);
1201               std::string locFamName=FindOrCreateAndGiveFamilyWithId(families,isNodeGroup?maxVal:-maxVal,created);
1202               fams.push_back(locFamName);
1203               if(existsFamily(*famId))
1204                 {
1205                   std::string locFamName2=getFamilyNameGivenId(*famId); std::vector<std::string> v(2); v[0]=locFamName2; v[1]=locFamName;
1206                   ChangeAllGroupsContainingFamily(groups,getFamilyNameGivenId(*famId),v);
1207                 }
1208               maxVal++;
1209             } // modifying all other groups on *famId to lie on maxVal and lie the grp on maxVal
1210         }
1211       else
1212         {
1213           familyIds.push_back(isNodeGroup?maxVal:-maxVal); idsPerfamiliyIds.push_back(ret0); // modifying all other groups on *famId to lie on maxVal and on maxVal+1
1214           familyIds.push_back(isNodeGroup?maxVal+1:-maxVal-1); idsPerfamiliyIds.push_back(ids2);//grp lie only on maxVal+1
1215           std::string n2(FindOrCreateAndGiveFamilyWithId(families,isNodeGroup?maxVal+1:-maxVal-1,created)); fams.push_back(n2);
1216           if(existsFamily(*famId))
1217             {
1218               std::string n1(FindOrCreateAndGiveFamilyWithId(families,isNodeGroup?maxVal:-maxVal,created)); std::vector<std::string> v(2); v[0]=n1; v[1]=n2;
1219               ChangeAllGroupsContainingFamily(groups,getFamilyNameGivenId(*famId),v);
1220             }
1221           maxVal+=2;
1222         }
1223     }
1224   for(std::size_t i=0;i<familyIds.size();i++)
1225     {
1226       DataArrayInt *da=idsPerfamiliyIds[i];
1227       famArr->setPartOfValuesSimple3(familyIds[i],da->begin(),da->end(),0,1,1);
1228     }
1229   _families=families;
1230   _groups=groups;
1231   _groups[grpName]=fams;
1232 }
1233
1234 void MEDFileMesh::changeAllGroupsContainingFamily(const std::string& familyNameToChange, const std::vector<std::string>& newFamiliesNames)
1235 {
1236   ChangeAllGroupsContainingFamily(_groups,familyNameToChange,newFamiliesNames);
1237 }
1238
1239 void MEDFileMesh::ChangeAllGroupsContainingFamily(std::map<std::string, std::vector<std::string> >& groups, const std::string& familyNameToChange, const std::vector<std::string>& newFamiliesNames)
1240 {
1241   std::string fam(familyNameToChange);
1242   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it=groups.begin();it!=groups.end();it++)
1243     {
1244       std::vector<std::string>& fams((*it).second);
1245       std::vector<std::string>::iterator it2=std::find(fams.begin(),fams.end(),fam);
1246       if(it2!=fams.end())
1247         {
1248           fams.erase(it2);
1249           fams.insert(fams.end(),newFamiliesNames.begin(),newFamiliesNames.end());
1250         }
1251     }
1252 }
1253
1254 /*!
1255  * Returns a name of the family having a given id or, if no such a family exists, creates
1256  * a new uniquely named family and returns its name.
1257  *  \param [in] id - the id of the family whose name is required.
1258  *  \param [out] created - returns \c true if the new family has been created, \c false, else.
1259  *  \return std::string - the name of the existing or the created family.
1260  *  \throw If it is not possible to create a unique family name.
1261  */
1262 std::string MEDFileMesh::findOrCreateAndGiveFamilyWithId(int id, bool& created)
1263 {
1264   return FindOrCreateAndGiveFamilyWithId(_families,id,created);
1265 }
1266
1267 /*!
1268  * If it exists a family whose family id is equal to 'id' this method behaves as MEDFileMesh::getFamilyNameGivenId.
1269  * In this case, 'this' internal states remains unchanged and 'created' out parameter will be set to false.
1270  * If there is no family whose family id is equal to 'id' a family is created with a name different from those
1271  * already existing. In this case 'created' will be returned with a value set to true, and internal state
1272  * will be modified.
1273  * This method will throws an exception if it is not possible to create a unique family name.
1274  */
1275 std::string MEDFileMesh::FindOrCreateAndGiveFamilyWithId(std::map<std::string,int>& families, int id, bool& created)
1276 {
1277   std::vector<std::string> famAlreadyExisting(families.size());
1278   int ii=0;
1279   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=families.begin();it!=families.end();it++,ii++)
1280     {
1281       if((*it).second!=id)
1282         {
1283           famAlreadyExisting[ii]=(*it).first;
1284         }
1285       else
1286         {
1287           created=false;
1288           return (*it).first;
1289         }
1290     }
1291   created=true;
1292   std::ostringstream oss; oss << "Family_" << id;
1293   std::string ret=CreateNameNotIn(oss.str(),famAlreadyExisting);
1294   families[ret]=id;
1295   return ret;
1296 }
1297
1298 /*!
1299  * Sets names and ids of all families in \a this mesh.
1300  *  \param [in] info - a map of a family name to a family id.
1301  */
1302 void MEDFileMesh::setFamilyInfo(const std::map<std::string,int>& info)
1303 {
1304   _families=info;
1305 }
1306
1307 /*!
1308  * Sets names of all groups and families constituting them in \a this mesh.
1309  *  \param [in] info - a map of a group name to a vector of names of families
1310  *          constituting the group.
1311  */
1312 void MEDFileMesh::setGroupInfo(const std::map<std::string, std::vector<std::string> >&info)
1313 {
1314   _groups=info;
1315 }
1316
1317 /*!
1318  * Returns an id of the family having a given name.
1319  *  \param [in] name - the name of the family of interest.
1320  *  \return int - the id of the family of interest.
1321  *  \throw If no family with such a \a name exists.
1322  */
1323 int MEDFileMesh::getFamilyId(const std::string& name) const
1324 {
1325   std::string oname(name);
1326   std::map<std::string, int>::const_iterator it=_families.find(oname);
1327   std::vector<std::string> fams=getFamiliesNames();
1328   if(it==_families.end())
1329     {
1330       std::ostringstream oss; oss << "No such familyname \"" << name << "\" !\nAvailable families are :";
1331       std::copy(fams.begin(),fams.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
1332       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1333     }
1334   return (*it).second;
1335 }
1336
1337 /*!
1338  * Returns ids of the families having given names.
1339  *  \param [in] fams - a sequence of the names of families of interest.
1340  *  \return std::vector<int> - a sequence of the ids of families of interest.
1341  *  \throw If \a fams contains a name of an inexistent family.
1342  */
1343 std::vector<int> MEDFileMesh::getFamiliesIds(const std::vector<std::string>& fams) const
1344 {
1345   std::vector<int> ret(fams.size());
1346   int i=0;
1347   for(std::vector<std::string>::const_iterator it=fams.begin();it!=fams.end();it++,i++)
1348     {
1349       std::map<std::string, int>::const_iterator it2=_families.find(*it);
1350       if(it2==_families.end())
1351         {
1352           std::vector<std::string> fams2=getFamiliesNames();
1353           std::ostringstream oss; oss << "No such familyname \"" << *it << "\" in input list !\nAvailable families are :";
1354           std::copy(fams2.begin(),fams2.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
1355           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1356         }
1357       ret[i]=(*it2).second;
1358     }
1359   return ret;
1360 }
1361
1362 /*!
1363  * Returns a maximal abs(id) of families in \a this mesh.
1364  *  \return int - the maximal norm of family id.
1365  *  \throw If there are no families in \a this mesh.
1366  */
1367 int MEDFileMesh::getMaxAbsFamilyId() const
1368 {
1369   if(_families.empty())
1370     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::getMaxFamilyId : no families set !");
1371   int ret=-std::numeric_limits<int>::max();
1372   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1373     {
1374       ret=std::max(std::abs((*it).second),ret);
1375     }
1376   return ret;
1377 }
1378
1379 /*!
1380  * Returns a maximal id of families in \a this mesh.
1381  *  \return int - the maximal family id.
1382  *  \throw If there are no families in \a this mesh.
1383  */
1384 int MEDFileMesh::getMaxFamilyId() const
1385 {
1386   if(_families.empty())
1387     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::getMaxFamilyId : no families set !");
1388   int ret=-std::numeric_limits<int>::max();
1389   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1390     {
1391       ret=std::max((*it).second,ret);
1392     }
1393   return ret;
1394 }
1395
1396 /*!
1397  * Returns a minimal id of families in \a this mesh.
1398  *  \return int - the minimal family id.
1399  *  \throw If there are no families in \a this mesh.
1400  */
1401 int MEDFileMesh::getMinFamilyId() const
1402 {
1403   if(_families.empty())
1404     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::getMinFamilyId : no families set !");
1405   int ret=std::numeric_limits<int>::max();
1406   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1407     {
1408       ret=std::min((*it).second,ret);
1409     }
1410   return ret;
1411 }
1412
1413 /*!
1414  * Returns a maximal id of families in \a this mesh. Not only named families are
1415  * considered but all family fields as well.
1416  *  \return int - the maximal family id.
1417  */
1418 int MEDFileMesh::getTheMaxAbsFamilyId() const
1419 {
1420   int m1=-std::numeric_limits<int>::max();
1421   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1422     m1=std::max(std::abs((*it).second),m1);
1423   int m2=getMaxAbsFamilyIdInArrays();
1424   return std::max(m1,m2);
1425 }
1426
1427 /*!
1428  * Returns a maximal id of families in \a this mesh. Not only named families are
1429  * considered but all family fields as well.
1430  *  \return int - the maximal family id.
1431  */
1432 int MEDFileMesh::getTheMaxFamilyId() const
1433 {
1434   int m1=-std::numeric_limits<int>::max();
1435   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1436     m1=std::max((*it).second,m1);
1437   int m2=getMaxFamilyIdInArrays();
1438   return std::max(m1,m2);
1439 }
1440
1441 /*!
1442  * Returns a minimal id of families in \a this mesh. Not only named families are
1443  * considered but all family fields as well.
1444  *  \return int - the minimal family id.
1445  */
1446 int MEDFileMesh::getTheMinFamilyId() const
1447 {
1448   int m1=std::numeric_limits<int>::max();
1449   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1450     m1=std::min((*it).second,m1);
1451   int m2=getMinFamilyIdInArrays();
1452   return std::min(m1,m2);
1453 }
1454
1455 /*!
1456  * This method only considers the maps. The contain of family array is ignored here.
1457  * 
1458  * \sa MEDFileMesh::computeAllFamilyIdsInUse
1459  */
1460 DataArrayInt *MEDFileMesh::getAllFamiliesIdsReferenced() const
1461 {
1462   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
1463   std::set<int> v;
1464   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1465     v.insert((*it).second);
1466   ret->alloc((int)v.size(),1);
1467   std::copy(v.begin(),v.end(),ret->getPointer());
1468   return ret.retn();
1469 }
1470
1471 /*!
1472  * This method does not consider map of family name, family id. Only family field array on different levels is considered.
1473  * 
1474  * \sa MEDFileMesh::getAllFamiliesIdsReferenced
1475  */
1476 DataArrayInt *MEDFileMesh::computeAllFamilyIdsInUse() const
1477 {
1478   std::vector<int> famLevs=getFamArrNonEmptyLevelsExt();
1479   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret;
1480   for(std::vector<int>::const_iterator it=famLevs.begin();it!=famLevs.end();it++)
1481     {
1482       const DataArrayInt *arr=getFamilyFieldAtLevel(*it);//arr not null due to spec of getFamArrNonEmptyLevelsExt
1483       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> dv=arr->getDifferentValues();
1484       if((DataArrayInt *) ret)
1485         ret=dv->buildUnion(ret);
1486       else
1487         ret=dv;
1488     }
1489   return ret.retn();
1490 }
1491
1492 /*!
1493  * true is returned if no modification has been needed. false if family
1494  * renumbering has been needed.       
1495  */
1496 bool MEDFileMesh::ensureDifferentFamIdsPerLevel()
1497 {
1498   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevelsExt();
1499   std::set<int> allFamIds;
1500   int maxId=getMaxFamilyId()+1;
1501   std::map<int,std::vector<int> > famIdsToRenum;
1502   for(std::vector<int>::const_iterator it=levs.begin();it!=levs.end();it++)
1503     {
1504       const DataArrayInt *fam=getFamilyFieldAtLevel(*it);
1505       if(fam)
1506         {
1507           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp=fam->getDifferentValues();
1508           std::set<int> r2;
1509           std::set_intersection(tmp->begin(),tmp->end(),allFamIds.begin(),allFamIds.end(),std::inserter(r2,r2.end()));
1510           if(!r2.empty())
1511             famIdsToRenum[*it].insert(famIdsToRenum[*it].end(),r2.begin(),r2.end());
1512           std::set<int> r3;
1513           std::set_union(tmp->begin(),tmp->end(),allFamIds.begin(),allFamIds.end(),std::inserter(r3,r3.end()));
1514         }
1515     }
1516   if(famIdsToRenum.empty())
1517     return true;
1518   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> allIds=getAllFamiliesIdsReferenced();
1519   for(std::map<int,std::vector<int> >::const_iterator it2=famIdsToRenum.begin();it2!=famIdsToRenum.end();it2++)
1520     {
1521       DataArrayInt *fam=const_cast<DataArrayInt *>(getFamilyFieldAtLevel((*it2).first));
1522       int *famIdsToChange=fam->getPointer();
1523       std::map<int,int> ren;
1524       for(std::vector<int>::const_iterator it3=(*it2).second.begin();it3!=(*it2).second.end();it3++,maxId++)
1525         {
1526           if(allIds->presenceOfValue(*it3))
1527             {
1528               std::string famName=getFamilyNameGivenId(*it3);
1529               std::vector<std::string> grps=getGroupsOnFamily(famName);
1530               ren[*it3]=maxId;
1531               bool dummy;
1532               std::string newFam=findOrCreateAndGiveFamilyWithId(maxId,dummy);
1533               for(std::vector<std::string>::const_iterator it4=grps.begin();it4!=grps.end();it4++)
1534                 addFamilyOnGrp((*it4),newFam);
1535             }
1536         }
1537       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ids=fam->getIdsEqualList(&(*it2).second[0],&(*it2).second[0]+(*it2).second.size());
1538       for(const int *id=ids->begin();id!=ids->end();id++)
1539         famIdsToChange[*id]=ren[famIdsToChange[*id]];
1540     }
1541   return false;
1542 }
1543
1544 /*!
1545  * This method normalizes fam id with the policy explained underneath. This policy is close to those implemented in SMESH.
1546  * Level #0 famids > 0, Level #-1 famids < 0, Level #-2 famids=0, Level #1 famids=0
1547  * This policy is those used by SMESH and Trio and that is the opposite of those in MED file.
1548  * This method will throw an exception if a same family id is detected in different level.
1549  * \warning This policy is the opposite of those in MED file documentation ...
1550  */
1551 void MEDFileMesh::normalizeFamIdsTrio()
1552 {
1553   ensureDifferentFamIdsPerLevel();
1554   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> allIds=getAllFamiliesIdsReferenced();
1555   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevelsExt();
1556   std::set<int> levsS(levs.begin(),levs.end());
1557   std::set<std::string> famsFetched;
1558   std::map<std::string,int> families;
1559   if(std::find(levs.begin(),levs.end(),0)!=levs.end())
1560     {
1561       levsS.erase(0);
1562       const DataArrayInt *fam=getFamilyFieldAtLevel(0);
1563       if(fam)
1564         {
1565           int refId=1;
1566           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp=fam->getDifferentValues();
1567           std::map<int,int> ren;
1568           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++,refId++)
1569             ren[*it]=refId;
1570           int nbOfTuples=fam->getNumberOfTuples();
1571           int *start=const_cast<DataArrayInt *>(fam)->getPointer();
1572           for(int *w=start;w!=start+nbOfTuples;w++)
1573             *w=ren[*w];
1574           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++)
1575             {
1576               if(allIds->presenceOfValue(*it))
1577                 {
1578                   std::string famName=getFamilyNameGivenId(*it);
1579                   families[famName]=ren[*it];
1580                   famsFetched.insert(famName);
1581                 }
1582             }
1583         }
1584     }
1585   if(std::find(levs.begin(),levs.end(),-1)!=levs.end())
1586     {
1587       levsS.erase(-1);
1588       const DataArrayInt *fam=getFamilyFieldAtLevel(-1);
1589       if(fam)
1590         {
1591           int refId=-1;
1592           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp=fam->getDifferentValues();
1593           std::map<int,int> ren;
1594           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++,refId--)
1595             ren[*it]=refId;
1596           int nbOfTuples=fam->getNumberOfTuples();
1597           int *start=const_cast<DataArrayInt *>(fam)->getPointer();
1598           for(int *w=start;w!=start+nbOfTuples;w++)
1599             *w=ren[*w];
1600           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++)
1601             {
1602               if(allIds->presenceOfValue(*it))
1603                 {
1604                   std::string famName=getFamilyNameGivenId(*it);
1605                   families[famName]=ren[*it];
1606                   famsFetched.insert(famName);
1607                 }
1608             }
1609         }
1610     }
1611   for(std::set<int>::const_iterator it2=levsS.begin();it2!=levsS.end();it2++)
1612     {
1613       DataArrayInt *fam=const_cast<DataArrayInt*>(getFamilyFieldAtLevel(*it2));
1614       if(fam)
1615         {
1616           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp=fam->getDifferentValues();
1617           fam->fillWithZero();
1618           for(const int *it3=tmp->begin();it3!=tmp->end();it3++)
1619             if(allIds->presenceOfValue(*it3))
1620               {
1621                 std::string famName=getFamilyNameGivenId(*it3);
1622                 families[famName]=0;
1623                 famsFetched.insert(famName);
1624               }
1625         }
1626     }
1627   //
1628   std::vector<std::string> allFams=getFamiliesNames();
1629   std::set<std::string> allFamsS(allFams.begin(),allFams.end());
1630   std::set<std::string> unFetchedIds;
1631   std::set_difference(allFamsS.begin(),allFamsS.end(),famsFetched.begin(),famsFetched.end(),std::inserter(unFetchedIds,unFetchedIds.end()));
1632   for(std::set<std::string>::const_iterator it4=unFetchedIds.begin();it4!=unFetchedIds.end();it4++)
1633     families[*it4]=_families[*it4];
1634   _families=families;
1635 }
1636
1637 /*!
1638  * This method normalizes fam id with the following policy.
1639  * Level #0 famids < 0, Level #-1 famids < 0 and for Level #1 famids >= 0
1640  * This policy is those defined in the MED file format but is the opposite of those implemented in SMESH and Trio.
1641  * This method will throw an exception if a same family id is detected in different level.
1642  */
1643 void MEDFileMesh::normalizeFamIdsMEDFile()
1644 {
1645   ensureDifferentFamIdsPerLevel();
1646   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> allIds=getAllFamiliesIdsReferenced();
1647   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevelsExt();
1648   std::set<int> levsS(levs.begin(),levs.end());
1649   std::set<std::string> famsFetched;
1650   std::map<std::string,int> families;
1651   int refId=1;
1652   if(std::find(levs.begin(),levs.end(),1)!=levs.end())
1653     {
1654       levsS.erase(1);
1655       const DataArrayInt *fam=getFamilyFieldAtLevel(1);
1656       if(fam)
1657         {
1658           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp=fam->getDifferentValues();
1659           std::map<int,int> ren;
1660           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++,refId++)
1661             ren[*it]=refId;
1662           int nbOfTuples=fam->getNumberOfTuples();
1663           int *start=const_cast<DataArrayInt *>(fam)->getPointer();
1664           for(int *w=start;w!=start+nbOfTuples;w++)
1665             *w=ren[*w];
1666           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++)
1667             {
1668               if(allIds->presenceOfValue(*it))
1669                 {
1670                   std::string famName=getFamilyNameGivenId(*it);
1671                   families[famName]=ren[*it];
1672                   famsFetched.insert(famName);
1673                 }
1674             }
1675         }
1676     }
1677   refId=-1;
1678   for(std::set<int>::const_reverse_iterator it2=levsS.rbegin();it2!=levsS.rend();it2++)
1679     {
1680       const DataArrayInt *fam=getFamilyFieldAtLevel(*it2);
1681       if(fam)
1682         {
1683           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp=fam->getDifferentValues();
1684           std::map<int,int> ren;
1685           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++,refId--)
1686             ren[*it]=refId;
1687           int nbOfTuples=fam->getNumberOfTuples();
1688           int *start=const_cast<DataArrayInt *>(fam)->getPointer();
1689           for(int *w=start;w!=start+nbOfTuples;w++)
1690             *w=ren[*w];
1691           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++)
1692             {
1693               if(allIds->presenceOfValue(*it))
1694                 {
1695                   std::string famName=getFamilyNameGivenId(*it);
1696                   families[famName]=ren[*it];
1697                   famsFetched.insert(famName);
1698                 }
1699             }
1700         }
1701     }
1702   //
1703   std::vector<std::string> allFams=getFamiliesNames();
1704   std::set<std::string> allFamsS(allFams.begin(),allFams.end());
1705   std::set<std::string> unFetchedIds;
1706   std::set_difference(allFamsS.begin(),allFamsS.end(),famsFetched.begin(),famsFetched.end(),std::inserter(unFetchedIds,unFetchedIds.end()));
1707   for(std::set<std::string>::const_iterator it4=unFetchedIds.begin();it4!=unFetchedIds.end();it4++)
1708     families[*it4]=_families[*it4];
1709   _families=families;
1710 }
1711
1712 /*!
1713  * Returns a name of the family by its id. If there are several families having the given
1714  * id, the name first in lexical order is returned.
1715  *  \param [in] id - the id of the family whose name is required.
1716  *  \return std::string - the name of the found family.
1717  *  \throw If no family with the given \a id exists.
1718  */
1719 std::string MEDFileMesh::getFamilyNameGivenId(int id) const
1720 {
1721   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1722     if((*it).second==id)
1723       return (*it).first;
1724   std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::getFamilyNameGivenId : no such family id : " << id;
1725   throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1726 }
1727
1728 /*!
1729  * Returns a string describing \a this mesh. This description includes the mesh name and
1730  * the mesh description string.
1731  *  \return std::string - the mesh information string.
1732  */
1733 std::string MEDFileMesh::simpleRepr() const
1734 {
1735   std::ostringstream oss;
1736   oss << "(*************************************)\n(* GENERAL INFORMATION ON THE MESH : *)\n(*************************************)\n";
1737   oss << "- Name of the mesh : <<" << getName() << ">>\n";
1738   oss << "- Description associated to the mesh : " << getDescription() << std::endl;
1739   return oss.str();
1740 }
1741
1742 /*!
1743  * This method is nearly like getFamilyFieldAtLevel method. Except that if the array does not exist at the specified level \a meshDimRelToMaxExt
1744  * an empty one is created.
1745  */
1746 DataArrayInt *MEDFileMesh::getOrCreateAndGetFamilyFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt)
1747 {
1748   DataArrayInt *ret(getFamilyFieldAtLevel(meshDimRelToMaxExt));
1749   if(ret)
1750     return ret;
1751   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> arr(DataArrayInt::New());
1752   arr->alloc(getSizeAtLevel(meshDimRelToMaxExt),1);
1753   arr->fillWithZero();
1754   setFamilyFieldArr(meshDimRelToMaxExt,arr);
1755   return getFamilyFieldAtLevel(meshDimRelToMaxExt);
1756 }
1757
1758 /*!
1759  * Returns ids of mesh entities contained in a given group of a given dimension.
1760  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - a relative dimension of the mesh entities whose ids
1761  *          are required.
1762  *  \param [in] grp - the name of the group of interest.
1763  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of entities, if available, are
1764  *          returned instead of ids. 
1765  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
1766  *          numbers, if available and required, of mesh entities of the group. The caller
1767  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
1768  *  \throw If the name of a nonexistent group is specified.
1769  *  \throw If the family field is missing for \a meshDimRelToMaxExt.
1770  */
1771 DataArrayInt *MEDFileMesh::getGroupArr(int meshDimRelToMaxExt, const std::string& grp, bool renum) const
1772 {
1773   std::vector<std::string> tmp(1);
1774   tmp[0]=grp;
1775   DataArrayInt *ret=getGroupsArr(meshDimRelToMaxExt,tmp,renum);
1776   ret->setName(grp);
1777   return ret;
1778 }
1779
1780 /*!
1781  * Returns ids of mesh entities contained in given groups of a given dimension.
1782  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - a relative dimension of the mesh entities whose ids
1783  *          are required.
1784  *  \param [in] grps - the names of the groups of interest.
1785  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of entities, if available, are
1786  *          returned instead of ids.
1787  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
1788  *          numbers, if available and required, of mesh entities of the groups. The caller
1789  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
1790  *  \throw If the name of a nonexistent group is present in \a grps.
1791  *  \throw If the family field is missing for \a meshDimRelToMaxExt.
1792  */
1793 DataArrayInt *MEDFileMesh::getGroupsArr(int meshDimRelToMaxExt, const std::vector<std::string>& grps, bool renum) const
1794 {
1795   std::vector<std::string> fams2=getFamiliesOnGroups(grps);
1796   return getFamiliesArr(meshDimRelToMaxExt,fams2,renum);
1797 }
1798
1799 /*!
1800  * Returns ids of mesh entities contained in a given family of a given dimension.
1801  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - a relative dimension of the mesh entities whose ids
1802  *          are required.
1803  *  \param [in] fam - the name of the family of interest.
1804  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of entities, if available, are
1805  *          returned instead of ids. 
1806  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
1807  *          numbers, if available and required, of mesh entities of the family. The caller
1808  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
1809  *  \throw If the family field is missing for \a meshDimRelToMaxExt.
1810  */
1811 DataArrayInt *MEDFileMesh::getFamilyArr(int meshDimRelToMaxExt, const std::string& fam, bool renum) const
1812 {
1813   std::vector<std::string> tmp(1);
1814   tmp[0]=fam;
1815   DataArrayInt *ret=getFamiliesArr(meshDimRelToMaxExt,tmp,renum);
1816   ret->setName(fam);
1817   return ret;
1818 }
1819
1820 /*!
1821  * Returns ids of nodes contained in a given group.
1822  *  \param [in] grp - the name of the group of interest.
1823  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of nodes, if available, are
1824  *          returned instead of ids. 
1825  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
1826  *          numbers, if available and required, of nodes of the group. The caller
1827  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
1828  *  \throw If the name of a nonexistent group is specified.
1829  *  \throw If the family field is missing for nodes.
1830  */
1831 DataArrayInt *MEDFileMesh::getNodeGroupArr(const std::string& grp, bool renum) const
1832 {
1833   std::vector<std::string> tmp(1);
1834   tmp[0]=grp;
1835   DataArrayInt *ret=getNodeGroupsArr(tmp,renum);
1836   ret->setName(grp);
1837   return ret;
1838 }
1839
1840 /*!
1841  * Returns ids of nodes contained in given groups.
1842  *  \param [in] grps - the names of the groups of interest.
1843  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of nodes, if available, are
1844  *          returned instead of ids. 
1845  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
1846  *          numbers, if available and required, of nodes of the groups. The caller
1847  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
1848  *  \throw If the name of a nonexistent group is present in \a grps.
1849  *  \throw If the family field is missing for nodes.
1850  */
1851 DataArrayInt *MEDFileMesh::getNodeGroupsArr(const std::vector<std::string>& grps, bool renum) const
1852 {
1853   return getGroupsArr(1,grps,renum);
1854 }
1855
1856 /*!
1857  * Returns ids of nodes contained in a given group.
1858  *  \param [in] grp - the name of the group of interest.
1859  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of nodes, if available, are
1860  *          returned instead of ids. 
1861  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
1862  *          numbers, if available and required, of nodes of the group. The caller
1863  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
1864  *  \throw If the name of a nonexistent group is specified.
1865  *  \throw If the family field is missing for nodes.
1866  */
1867 DataArrayInt *MEDFileMesh::getNodeFamilyArr(const std::string& fam, bool renum) const
1868 {
1869   std::vector<std::string> tmp(1);
1870   tmp[0]=fam;
1871   DataArrayInt *ret=getNodeFamiliesArr(tmp,renum);
1872   ret->setName(fam);
1873   return ret;
1874 }
1875
1876 /*!
1877  * Returns ids of nodes contained in given families.
1878  *  \param [in] fams - the names of the families of interest.
1879  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of nodes, if available, are
1880  *          returned instead of ids. 
1881  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
1882  *          numbers, if available and required, of nodes of the families. The caller
1883  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
1884  *  \throw If the family field is missing for nodes.
1885  */
1886 DataArrayInt *MEDFileMesh::getNodeFamiliesArr(const std::vector<std::string>& fams, bool renum) const
1887 {
1888   return getFamiliesArr(1,fams,renum);
1889 }
1890
1891 /*!
1892  * Adds groups of given dimension and creates corresponding families and family fields
1893  * given ids of mesh entities of each group.
1894  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative mesh dimension of given mesh entities.
1895  *  \param [in] grps - a sequence of arrays of ids each describing a group.
1896  *  \param [in] renum - \c true means that \a grps contains not ids but optional numbers
1897  *          of mesh entities.
1898  *  \throw If names of some groups in \a grps are equal.
1899  *  \throw If \a grps includes a group with an empty name.
1900  *  \throw If \a grps includes invalid ids (or numbers if \a renum == \c true ).
1901  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
1902  */
1903 void MEDFileMesh::setGroupsAtLevel(int meshDimRelToMaxExt, const std::vector<const DataArrayInt *>& grps, bool renum)
1904 {
1905   if(grps.empty())
1906     return ;
1907   std::set<std::string> grpsName;
1908   std::vector<std::string> grpsName2(grps.size());
1909   int i=0;
1910
1911   for(std::vector<const DataArrayInt *>::const_iterator it=grps.begin();it!=grps.end();it++,i++)
1912     {
1913       grpsName.insert((*it)->getName());
1914       grpsName2[i]=(*it)->getName();
1915     }
1916   if(grpsName.size()!=grps.size())
1917     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setGroupsAtLevel : groups name must be different each other !");
1918   if(grpsName.find(std::string(""))!=grpsName.end())
1919     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setGroupsAtLevel : groups name must be different empty string !");
1920   int sz=getSizeAtLevel(meshDimRelToMaxExt);
1921   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> fam;
1922   std::vector< std::vector<int> > fidsOfGroups;
1923   if(!renum)
1924     {
1925       fam=DataArrayInt::MakePartition(grps,sz,fidsOfGroups);
1926     }
1927   else
1928     {
1929       std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > grps2(grps.size());
1930       for(unsigned int ii=0;ii<grps.size();ii++)
1931         {
1932           grps2[ii]=MEDFileUMeshSplitL1::Renumber(getRevNumberFieldAtLevel(meshDimRelToMaxExt),grps[ii]);
1933           grps2[ii]->setName(grps[ii]->getName());
1934         }
1935       std::vector<const DataArrayInt *> grps3(grps2.begin(),grps2.end());
1936       fam=DataArrayInt::MakePartition(grps3,sz,fidsOfGroups);
1937     }
1938   int offset=1;
1939   if(!_families.empty())
1940     offset=getMaxAbsFamilyId()+1;
1941   TranslateFamilyIds(meshDimRelToMaxExt==1?offset:-offset,fam,fidsOfGroups);
1942   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ids=fam->getDifferentValues();
1943   appendFamilyEntries(ids,fidsOfGroups,grpsName2);
1944   setFamilyFieldArr(meshDimRelToMaxExt,fam);
1945 }
1946
1947 /*!
1948  * This method append into '_families' attribute the families whose ids are in 'famIds'. Warning 'famIds' are expected to be ids
1949  * not in '_families'. Groups information are given in parameters in order to give to families representative names.
1950  * For the moment, the two last input parameters are not taken into account.
1951  */
1952 void MEDFileMesh::appendFamilyEntries(const DataArrayInt *famIds, const std::vector< std::vector<int> >& fidsOfGrps, const std::vector<std::string>& grpNames)
1953 {
1954   std::map<int,std::string> famInv;
1955   for(const int *it=famIds->begin();it!=famIds->end();it++)
1956     {
1957       std::ostringstream oss;
1958       oss << "Family_" << (*it);
1959       _families[oss.str()]=(*it);
1960       famInv[*it]=oss.str();
1961     }
1962   int i=0;
1963   for(std::vector< std::vector<int> >::const_iterator it1=fidsOfGrps.begin();it1!=fidsOfGrps.end();it1++,i++)
1964     {
1965       for(std::vector<int>::const_iterator it2=(*it1).begin();it2!=(*it1).end();it2++)
1966         {
1967           _groups[grpNames[i]].push_back(famInv[*it2]);
1968         }
1969     }
1970 }
1971
1972 std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> MEDFileMesh::getAllGeoTypes() const
1973 {
1974   std::vector<int> levs(getNonEmptyLevels());
1975   std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> ret;
1976   for(std::vector<int>::const_iterator it=levs.begin();it!=levs.end();it++)
1977     {
1978       std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> elts(getGeoTypesAtLevel(*it));
1979       ret.insert(ret.end(),elts.begin(),elts.end());
1980     }
1981   return ret;
1982 }
1983
1984 std::vector<int> MEDFileMesh::getDistributionOfTypes(int meshDimRelToMax) const
1985 {
1986   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingMesh> mLev(getGenMeshAtLevel(meshDimRelToMax));
1987   return mLev->getDistributionOfTypes();
1988 }
1989
1990 void MEDFileMesh::TranslateFamilyIds(int offset, DataArrayInt *famArr, std::vector< std::vector<int> >& famIdsPerGrp)
1991 {
1992   famArr->applyLin(offset>0?1:-1,offset,0);
1993   for(std::vector< std::vector<int> >::iterator it1=famIdsPerGrp.begin();it1!=famIdsPerGrp.end();it1++)
1994     {
1995       if(offset<0)
1996         std::transform((*it1).begin(),(*it1).end(),(*it1).begin(),std::negate<int>());
1997       std::transform((*it1).begin(),(*it1).end(),(*it1).begin(),std::bind2nd(std::plus<int>(),offset));
1998     }
1999 }
2000
2001 /*!
2002  * Warning no check is done on 'nameTry' in parameter. It should be non empty.
2003  * This method returns a name close to 'nameTry' so that it is not already into 'namesToAvoid'.
2004  * If this method fails to find such a name it will throw an exception.
2005  */
2006 std::string MEDFileMesh::CreateNameNotIn(const std::string& nameTry, const std::vector<std::string>& namesToAvoid)
2007 {
2008   //attempt #0
2009   if(std::find(namesToAvoid.begin(),namesToAvoid.end(),nameTry)==namesToAvoid.end())
2010     return nameTry;
2011   //attempt #1
2012   std::size_t len=nameTry.length();
2013   for(std::size_t ii=1;ii<len;ii++)
2014     {
2015       std::string tmp=nameTry.substr(ii,len-ii);
2016       if(std::find(namesToAvoid.begin(),namesToAvoid.end(),tmp)==namesToAvoid.end())
2017         return tmp;
2018     }
2019   //attempt #2
2020   if(len>=1)
2021     {
2022       for(std::size_t i=1;i<30;i++)
2023         {
2024           std::string tmp1(nameTry.at(0),i);
2025           tmp1+=nameTry;
2026           if(std::find(namesToAvoid.begin(),namesToAvoid.end(),tmp1)==namesToAvoid.end())
2027             return tmp1;
2028         }
2029     }
2030   //attempt #3
2031   std::string tmp2;
2032   for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=namesToAvoid.begin();it2!=namesToAvoid.end();it2++)
2033     tmp2+=(*it2);
2034   if(std::find(namesToAvoid.begin(),namesToAvoid.end(),tmp2)==namesToAvoid.end())
2035     return tmp2;
2036   throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::CreateNameNotIn : impossible to find a not already used name !");
2037 }
2038
2039 int MEDFileMesh::PutInThirdComponentOfCodeOffset(std::vector<int>& code, int strt)
2040 {
2041   std::size_t nbOfChunks=code.size()/3;
2042   if(code.size()%3!=0)
2043     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::PutInThirdComponentOfCodeOffset : code has invalid size : should be of size 3*x !");
2044   int ret=strt;
2045   for(std::size_t i=0;i<nbOfChunks;i++)
2046     {
2047       code[3*i+2]=ret;
2048       ret+=code[3*i+1];
2049     }
2050   return ret;
2051 }
2052
2053 /*!
2054  * This method should be called by any set* method of subclasses to deal automatically with _name attribute.
2055  * If _name attribute is empty the name of 'm' if taken as _name attribute.
2056  * If _name is not empty and that 'm' has the same name nothing is done.
2057  * If _name is not emplt and that 'm' has \b NOT the same name an exception is thrown.
2058  */
2059 void MEDFileMesh::dealWithTinyInfo(const MEDCouplingMesh *m)
2060 {
2061   if(!m)
2062     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::dealWithTinyInfo : input mesh in NULL !");
2063   if(_name.empty())
2064     _name=m->getName();
2065   else
2066     {
2067       std::string name(m->getName());
2068       if(!name.empty())
2069         {
2070           if(_name!=name)
2071             {
2072               std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::dealWithTinyInfo : name of current MEDfile mesh is '" << _name << "' whereas name of input mesh is : '";
2073               oss << name << "' ! Names must match !";
2074               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2075             }
2076         }
2077     }
2078   if(_desc_name.empty())
2079     _desc_name=m->getDescription();
2080   else
2081     {
2082       std::string name(m->getDescription());
2083       if(!name.empty())
2084         {
2085           if(_desc_name!=name)
2086             {
2087               std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::dealWithTinyInfo : description of current MEDfile mesh is '" << _desc_name << "' whereas name of input mesh is : '";
2088               oss << name << "' ! Names must match !";
2089               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2090             }
2091         }
2092     }
2093 }
2094
2095 void MEDFileMesh::getFamilyRepr(std::ostream& oss) const
2096 {
2097   oss << "(**************************)\n(* FAMILIES OF THE MESH : *)\n(**************************)\n";
2098   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
2099     {
2100       oss << "- Family with name \"" << (*it).first << "\" with number " << (*it).second << std::endl;
2101       oss << "  - Groups lying on this family : ";
2102       std::vector<std::string> grps=getGroupsOnFamily((*it).first);
2103       std::copy(grps.begin(),grps.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
2104       oss << std::endl << std::endl;
2105     }
2106 }
2107
2108 /*!
2109  * Returns a new MEDFileUMesh holding the mesh data that has been read from a given MED
2110  * file. The mesh to load is specified by its name and numbers of a time step and an
2111  * iteration.
2112  *  \param [in] fileName - the name of MED file to read.
2113  *  \param [in] mName - the name of the mesh to read.
2114  *  \param [in] dt - the number of a time step.
2115  *  \param [in] it - the number of an iteration.
2116  *  \return MEDFileUMesh * - a new instance of MEDFileUMesh. The caller is to delete this
2117  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
2118  *  \throw If the file is not readable.
2119  *  \throw If there is no mesh with given attributes in the file.
2120  *  \throw If the mesh in the file is not an unstructured one.
2121  */
2122 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::New(const std::string& fileName, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2123 {
2124   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
2125   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
2126   return new MEDFileUMesh(fid,mName,dt,it,mrs);
2127 }
2128
2129 /*!
2130  * Returns a new MEDFileUMesh holding the mesh data that has been read from a given MED
2131  * file. The first mesh in the file is loaded.
2132  *  \param [in] fileName - the name of MED file to read.
2133  *  \return MEDFileUMesh * - a new instance of MEDFileUMesh. The caller is to delete this
2134  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
2135  *  \throw If the file is not readable.
2136  *  \throw If there is no meshes in the file.
2137  *  \throw If the mesh in the file is not an unstructured one.
2138  */
2139 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::New(const std::string& fileName, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2140 {
2141   std::vector<std::string> ms=MEDLoader::GetMeshNames(fileName);
2142   if(ms.empty())
2143     {
2144       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::New : no meshes in file \"" << fileName << "\" !";
2145       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2146     }
2147   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
2148   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
2149   int dt,it;
2150   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
2151   std::string dummy2;
2152   MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,ms.front(),meshType,dt,it,dummy2);
2153   return new MEDFileUMesh(fid,ms.front(),dt,it,mrs);
2154 }
2155
2156 /*!
2157  * Returns an empty instance of MEDFileUMesh.
2158  *  \return MEDFileUMesh * - a new instance of MEDFileUMesh. The caller is to delete this
2159  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
2160  */
2161 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::New()
2162 {
2163   return new MEDFileUMesh;
2164 }
2165
2166 /*!
2167  * This method loads from file with name \a fileName the mesh called \a mName as New does. The difference is that
2168  * here only a part of cells contained in the file will be loaded. The selection of cell is specified using the two consecutive parameters
2169  * \a types and \a slicPerTyp. This method allows to load from a mesh (typically huge) in a MED file a part of cells of that mesh.
2170  * The part of cells is specified using triplet (start,stop,step) for each geometric type. Only nodes lying on selected cells will be loaded to reduce
2171  * at most the memory consumtion.
2172  *
2173  * \param [in] fileName - the name of the file.
2174  * \param [in] mName - the name of the mesh to be read.
2175  * \param [in] types - the list of the geo types of which some part will be taken. A geometric type in \a types must appear only once at most.
2176  * \param [in] slicPerType - an array of size 3 times larger than \a types that specifies for each type in \a types (in the same order) resp the start, the stop and the step.
2177  * \param [in] dt - the iteration, that is to say the first element of the pair that locates the asked time step.
2178  * \param [in] it - the order, that is to say the second element of the pair that locates the asked time step.
2179  * \param [in] mrs - the request for what to be loaded.
2180  * \return MEDFileUMesh * - a new instance of MEDFileUMesh. The caller is to delete this mesh using decrRef() as it is no more needed.
2181  */
2182 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::LoadPartOf(const std::string& fileName, const std::string& mName, const std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& types, const std::vector<int>& slicPerTyp, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2183 {
2184   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
2185   MEDFileUtilities::AutoFid fid(MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY));
2186   return MEDFileUMesh::LoadPartOf(fid,mName,types,slicPerTyp,dt,it,mrs);
2187 }
2188
2189 /*!
2190  * Please refer to the other MEDFileUMesh::LoadPartOf method that has the same semantic and the same parameter (excepted the first).
2191  * This method is \b NOT wrapped into python.
2192  */
2193 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::LoadPartOf(med_idt fid, const std::string& mName, const std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& types, const std::vector<int>& slicPerTyp, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2194 {
2195   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> ret(MEDFileUMesh::New());
2196   ret->loadPartUMeshFromFile(fid,mName,types,slicPerTyp,dt,it,mrs);
2197   return ret.retn();
2198 }
2199
2200 std::size_t MEDFileUMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
2201 {
2202   std::size_t ret(MEDFileMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren());
2203   ret+=_ms.capacity()*(sizeof(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1>));
2204   return ret;
2205 }
2206
2207 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileUMesh::getDirectChildrenWithNull() const
2208 {
2209   std::vector<const BigMemoryObject *> ret(MEDFileMesh::getDirectChildrenWithNull());
2210   ret.push_back((const DataArrayDouble*)_coords);
2211   ret.push_back((const DataArrayInt *)_fam_coords);
2212   ret.push_back((const DataArrayInt *)_num_coords);
2213   ret.push_back((const DataArrayInt *)_rev_num_coords);
2214   ret.push_back((const DataArrayAsciiChar *)_name_coords);
2215   ret.push_back((const PartDefinition *)_part_coords);
2216   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
2217     ret.push_back((const MEDFileUMeshSplitL1*) *it);
2218   return ret;
2219 }
2220
2221 MEDFileMesh *MEDFileUMesh::shallowCpy() const
2222 {
2223   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> ret=new MEDFileUMesh(*this);
2224   return ret.retn();
2225 }
2226
2227 MEDFileMesh *MEDFileUMesh::createNewEmpty() const
2228 {
2229   return new MEDFileUMesh;
2230 }
2231
2232 MEDFileMesh *MEDFileUMesh::deepCpy() const
2233 {
2234   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> ret=new MEDFileUMesh(*this);
2235   if((const DataArrayDouble*)_coords)
2236     ret->_coords=_coords->deepCpy();
2237   if((const DataArrayInt*)_fam_coords)
2238     ret->_fam_coords=_fam_coords->deepCpy();
2239   if((const DataArrayInt*)_num_coords)
2240     ret->_num_coords=_num_coords->deepCpy();
2241   if((const DataArrayInt*)_rev_num_coords)
2242     ret->_rev_num_coords=_rev_num_coords->deepCpy();
2243   if((const DataArrayAsciiChar*)_name_coords)
2244     ret->_name_coords=_name_coords->deepCpy();
2245   std::size_t i=0;
2246   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++,i++)
2247     {
2248       if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it))
2249         ret->_ms[i]=(*it)->deepCpy(ret->_coords);
2250     }
2251   if((const PartDefinition*)_part_coords)
2252     ret->_part_coords=_part_coords->deepCpy();
2253   return ret.retn();
2254 }
2255
2256 /*!
2257  * Checks if \a this and another mesh are equal.
2258  *  \param [in] other - the mesh to compare with.
2259  *  \param [in] eps - a precision used to compare real values.
2260  *  \param [in,out] what - the string returning description of unequal data.
2261  *  \return bool - \c true if the meshes are equal, \c false, else.
2262  */
2263 bool MEDFileUMesh::isEqual(const MEDFileMesh *other, double eps, std::string& what) const
2264 {
2265   if(!MEDFileMesh::isEqual(other,eps,what))
2266     return false;
2267   const MEDFileUMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDFileUMesh *>(other);
2268   if(!otherC)
2269     {
2270       what="Mesh types differ ! This is unstructured and other is NOT !";
2271       return false;
2272     }
2273   clearNonDiscrAttributes();
2274   otherC->clearNonDiscrAttributes();
2275   const DataArrayDouble *coo1=_coords;
2276   const DataArrayDouble *coo2=otherC->_coords;
2277   if((coo1==0 && coo2!=0) || (coo1!=0 && coo2==0))
2278     {
2279       what="Mismatch of coordinates ! One is defined and not other !";
2280       return false;
2281     }
2282   if(coo1)
2283     {
2284       bool ret=coo1->isEqual(*coo2,eps);
2285       if(!ret)
2286         {
2287           what="Coords differ !";
2288           return false;
2289         }
2290     }
2291   const DataArrayInt *famc1=_fam_coords;
2292   const DataArrayInt *famc2=otherC->_fam_coords;
2293   if((famc1==0 && famc2!=0) || (famc1!=0 && famc2==0))
2294     {
2295       what="Mismatch of families arr on nodes ! One is defined and not other !";
2296       return false;
2297     }
2298   if(famc1)
2299     {
2300       bool ret=famc1->isEqual(*famc2);
2301       if(!ret)
2302         {
2303           what="Families arr on node differ !";
2304           return false;
2305         }
2306     }
2307   const DataArrayInt *numc1=_num_coords;
2308   const DataArrayInt *numc2=otherC->_num_coords;
2309   if((numc1==0 && numc2!=0) || (numc1!=0 && numc2==0))
2310     {
2311       what="Mismatch of numbering arr on nodes ! One is defined and not other !";
2312       return false;
2313     }
2314   if(numc1)
2315     {
2316       bool ret=numc1->isEqual(*numc2);
2317       if(!ret)
2318         {
2319           what="Numbering arr on node differ !";
2320           return false;
2321         }
2322     }
2323   const DataArrayAsciiChar *namec1=_name_coords;
2324   const DataArrayAsciiChar *namec2=otherC->_name_coords;
2325   if((namec1==0 && namec2!=0) || (namec1!=0 && namec2==0))
2326     {
2327       what="Mismatch of naming arr on nodes ! One is defined and not other !";
2328       return false;
2329     }
2330   if(namec1)
2331     {
2332       bool ret=namec1->isEqual(*namec2);
2333       if(!ret)
2334         {
2335           what="Names arr on node differ !";
2336           return false;
2337         }
2338     }
2339   if(_ms.size()!=otherC->_ms.size())
2340     {
2341       what="Number of levels differs !";
2342       return false;
2343     }
2344   std::size_t sz=_ms.size();
2345   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
2346     {
2347       const MEDFileUMeshSplitL1 *s1=_ms[i];
2348       const MEDFileUMeshSplitL1 *s2=otherC->_ms[i];
2349       if((s1==0 && s2!=0) || (s1!=0 && s2==0))
2350         {
2351           what="Mismatch of presence of sub levels !";
2352           return false;
2353         }
2354       if(s1)
2355         {
2356           bool ret=s1->isEqual(s2,eps,what);
2357           if(!ret)
2358             return false;
2359         }
2360     }
2361   const PartDefinition *pd0(_part_coords),*pd1(otherC->_part_coords);
2362   if(!pd0 && !pd1)
2363     return true;
2364   if((!pd0 && pd1) || (pd0 && !pd1))
2365     {
2366       what=std::string("node part def is defined only for one among this or other !");
2367       return false;
2368     }
2369   return pd0->isEqual(pd1,what);
2370 }
2371
2372 /*!
2373  * Clears redundant attributes of incorporated data arrays.
2374  */
2375 void MEDFileUMesh::clearNonDiscrAttributes() const
2376 {
2377   MEDFileMesh::clearNonDiscrAttributes();
2378   const DataArrayDouble *coo1=_coords;
2379   if(coo1)
2380     (const_cast<DataArrayDouble *>(coo1))->setName("");//This parameter is not discriminant for comparison
2381   const DataArrayInt *famc1=_fam_coords;
2382   if(famc1)
2383     (const_cast<DataArrayInt *>(famc1))->setName("");//This parameter is not discriminant for comparison
2384   const DataArrayInt *numc1=_num_coords;
2385   if(numc1)
2386     (const_cast<DataArrayInt *>(numc1))->setName("");//This parameter is not discriminant for comparison
2387   const DataArrayAsciiChar *namc1=_name_coords;
2388   if(namc1)
2389     (const_cast<DataArrayAsciiChar *>(namc1))->setName("");//This parameter is not discriminant for comparison
2390   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
2391     {
2392       const MEDFileUMeshSplitL1 *tmp=(*it);
2393       if(tmp)
2394         tmp->clearNonDiscrAttributes();
2395     }
2396 }
2397
2398 void MEDFileUMesh::setName(const std::string& name)
2399 {
2400   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
2401     if((MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it)!=0)
2402       (*it)->setName(name);
2403   MEDFileMesh::setName(name);
2404 }
2405
2406 MEDFileUMesh::MEDFileUMesh()
2407 {
2408 }
2409
2410 MEDFileUMesh::MEDFileUMesh(med_idt fid, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2411 try
2412 {
2413     loadUMeshFromFile(fid,mName,dt,it,mrs);
2414     loadJointsFromFile(fid);
2415   }
2416 catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
2417 {
2418     throw e;
2419 }
2420
2421 /*!
2422  * This method loads only a part of specified cells (given by range of cell ID per geometric type)
2423  * See MEDFileUMesh::LoadPartOf for detailed description.
2424  *
2425  * \sa loadUMeshFromFile
2426  */
2427 void MEDFileUMesh::loadPartUMeshFromFile(med_idt fid, const std::string& mName, const std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& types, const std::vector<int>& slicPerTyp, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2428 {
2429   MEDFileUMeshL2 loaderl2;
2430   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
2431   int dummy0,dummy1;
2432   std::string dummy2;
2433   int mid(MEDFileUMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,mName,meshType,dummy0,dummy1,dummy2));
2434   if(meshType!=UNSTRUCTURED)
2435     {
2436       std::ostringstream oss; oss << "loadPartUMeshFromFile : Trying to load as unstructured an existing mesh with name '" << mName << "' !";
2437       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2438     }
2439   loaderl2.loadPart(fid,mid,mName,types,slicPerTyp,dt,it,mrs);
2440   dispatchLoadedPart(fid,loaderl2,mName,mrs);
2441 }
2442
2443 /*!
2444  * \brief Write joints in a file
2445  */
2446 void MEDFileMesh::writeJoints(med_idt fid) const
2447 {
2448   if ( (const MEDFileJoints*) _joints )
2449     _joints->write(fid);
2450 }
2451
2452 /*!
2453  * \brief Load joints in a file or use provided ones
2454  */
2455 //================================================================================
2456 /*!
2457  * \brief Load joints in a file or use provided ones
2458  *  \param [in] fid - MED file descriptor
2459  *  \param [in] toUseInstedOfReading - optional joints to use instead of reading,
2460  *          Usually this joints are those just read by another iteration
2461  *          of namesake mesh, when this method is called by MEDFileMeshMultiTS::New()
2462  */
2463 //================================================================================
2464
2465 void MEDFileMesh::loadJointsFromFile(med_idt fid, MEDFileJoints* toUseInstedOfReading)
2466 {
2467   if ( toUseInstedOfReading )
2468     setJoints( toUseInstedOfReading );
2469   else
2470     _joints = MEDFileJoints::New( fid, _name );
2471 }
2472
2473 /*!
2474  * \brief Return number of joints, which is equal to number of adjacent mesh domains
2475  */
2476 int MEDFileMesh::getNumberOfJoints()
2477 {
2478   return ( (MEDFileJoints*) _joints ) ? _joints->getNumberOfJoints() : 0;
2479 }
2480
2481 /*!
2482  * \brief Return joints with all adjacent mesh domains
2483  */
2484 MEDFileJoints * MEDFileMesh::getJoints() const
2485 {
2486   return const_cast<MEDFileJoints*>(& (*_joints));
2487 }
2488
2489 void MEDFileMesh::setJoints( MEDFileJoints* joints )
2490 {
2491   if ( joints != _joints )
2492     {
2493       _joints = joints;
2494       if ( joints )
2495         joints->incrRef();
2496     }
2497 }
2498
2499 /*!
2500  * This method loads \b all \b the \b mesh \a mName in the file with \a fid descriptor.
2501  *
2502  * \sa loadPartUMeshFromFile
2503  */
2504 void MEDFileUMesh::loadUMeshFromFile(med_idt fid, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2505 {
2506   MEDFileUMeshL2 loaderl2;
2507   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
2508   int dummy0,dummy1;
2509   std::string dummy2;
2510   int mid(MEDFileUMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,mName,meshType,dummy0,dummy1,dummy2));
2511   if(meshType!=UNSTRUCTURED)
2512     {
2513       std::ostringstream oss; oss << "Trying to load as unstructured an existing mesh with name '" << mName << "' !";
2514       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2515     }
2516   loaderl2.loadAll(fid,mid,mName,dt,it,mrs);
2517   dispatchLoadedPart(fid,loaderl2,mName,mrs);
2518 }
2519
2520 void MEDFileUMesh::dispatchLoadedPart(med_idt fid, const MEDFileUMeshL2& loaderl2, const std::string& mName, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2521 {
2522   int lev=loaderl2.getNumberOfLevels();
2523   _ms.resize(lev);
2524   for(int i=0;i<lev;i++)
2525     {
2526       if(!loaderl2.emptyLev(i))
2527         _ms[i]=new MEDFileUMeshSplitL1(loaderl2,mName,i);
2528       else
2529         _ms[i]=0;
2530     }
2531   MEDFileMeshL2::ReadFamiliesAndGrps(fid,mName,_families,_groups,mrs);
2532   //
2533   setName(loaderl2.getName());
2534   setDescription(loaderl2.getDescription());
2535   setUnivName(loaderl2.getUnivName());
2536   setIteration(loaderl2.getIteration());
2537   setOrder(loaderl2.getOrder());
2538   setTimeValue(loaderl2.getTime());
2539   setTimeUnit(loaderl2.getTimeUnit());
2540   _coords=loaderl2.getCoords();
2541   if(!mrs || mrs->isNodeFamilyFieldReading())
2542     _fam_coords=loaderl2.getCoordsFamily();
2543   if(!mrs || mrs->isNodeNumFieldReading())
2544     _num_coords=loaderl2.getCoordsNum();
2545   if(!mrs || mrs->isNodeNameFieldReading())
2546     _name_coords=loaderl2.getCoordsName();
2547   _part_coords=loaderl2.getPartDefOfCoo();
2548   computeRevNum();
2549 }
2550
2551 MEDFileUMesh::~MEDFileUMesh()
2552 {
2553 }
2554
2555 void MEDFileUMesh::writeLL(med_idt fid) const
2556 {
2557   const DataArrayDouble *coo=_coords;
2558   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> maa=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_NAME_SIZE);
2559   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> desc=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_COMMENT_SIZE);
2560   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_name.c_str(),MED_NAME_SIZE,maa,_too_long_str);
2561   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_desc_name.c_str(),MED_COMMENT_SIZE,desc,_too_long_str);
2562   int spaceDim=coo?coo->getNumberOfComponents():0;
2563   int mdim(0);
2564   if(!_ms.empty())
2565     mdim=getMeshDimension();
2566   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> comp=MEDLoaderBase::buildEmptyString(spaceDim*MED_SNAME_SIZE);
2567   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> unit=MEDLoaderBase::buildEmptyString(spaceDim*MED_SNAME_SIZE);
2568   for(int i=0;i<spaceDim;i++)
2569     {
2570       std::string info=coo->getInfoOnComponent(i);
2571       std::string c,u;
2572       MEDLoaderBase::splitIntoNameAndUnit(info,c,u);
2573       MEDLoaderBase::safeStrCpy2(c.c_str(),MED_SNAME_SIZE-1,comp+i*MED_SNAME_SIZE,_too_long_str);//MED_TAILLE_PNOM-1 to avoid to write '\0' on next compo
2574       MEDLoaderBase::safeStrCpy2(u.c_str(),MED_SNAME_SIZE-1,unit+i*MED_SNAME_SIZE,_too_long_str);//MED_TAILLE_PNOM-1 to avoid to write '\0' on next compo
2575     }
2576   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshCr,(fid,maa,spaceDim,mdim,MED_UNSTRUCTURED_MESH,desc,"",MED_SORT_DTIT,MED_CARTESIAN,comp,unit));
2577   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshUniversalNameWr,(fid,maa));
2578   std::string meshName(MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(maa,MED_NAME_SIZE));
2579   MEDFileUMeshL2::WriteCoords(fid,meshName,_iteration,_order,_time,_coords,_fam_coords,_num_coords,_name_coords);
2580   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
2581     if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it)!=0)
2582       (*it)->write(fid,meshName,mdim);
2583   MEDFileUMeshL2::WriteFamiliesAndGrps(fid,meshName,_families,_groups,_too_long_str);
2584
2585   writeJoints(fid);
2586 }
2587
2588 /*!
2589  * Returns relative dimensions of mesh entities (excluding nodes) present in \a this mesh.
2590  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2591  */
2592 std::vector<int> MEDFileUMesh::getNonEmptyLevels() const
2593 {
2594   std::vector<int> ret;
2595   int lev=0;
2596   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++,lev--)
2597     if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it)!=0)
2598       if(!(*it)->empty())
2599         ret.push_back(lev);
2600   return ret;
2601 }
2602
2603 /*!
2604  * Returns relative dimensions of mesh entities (including nodes) present in \a this mesh.
2605  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2606  */
2607 std::vector<int> MEDFileUMesh::getNonEmptyLevelsExt() const
2608 {
2609   std::vector<int> ret0=getNonEmptyLevels();
2610   if((const DataArrayDouble *) _coords)
2611     {
2612       std::vector<int> ret(ret0.size()+1);
2613       ret[0]=1;
2614       std::copy(ret0.begin(),ret0.end(),ret.begin()+1);
2615       return ret;
2616     }
2617   return ret0;
2618 }
2619
2620 std::vector<int> MEDFileUMesh::getFamArrNonEmptyLevelsExt() const
2621 {
2622   std::vector<int> ret;
2623   const DataArrayInt *famCoo(_fam_coords);
2624   if(famCoo)
2625     ret.push_back(1);
2626   int lev=0;
2627   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++,lev--)
2628     {
2629       const MEDFileUMeshSplitL1 *cur(*it);
2630       if(cur)
2631         if(cur->getFamilyField())
2632           ret.push_back(lev);
2633     }
2634   return ret;
2635 }
2636
2637 std::vector<int> MEDFileUMesh::getNumArrNonEmptyLevelsExt() const
2638 {
2639   std::vector<int> ret;
2640   const DataArrayInt *numCoo(_num_coords);
2641   if(numCoo)
2642     ret.push_back(1);
2643   int lev=0;
2644   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++,lev--)
2645     {
2646       const MEDFileUMeshSplitL1 *cur(*it);
2647       if(cur)
2648         if(cur->getNumberField())
2649           ret.push_back(lev);
2650     }
2651   return ret;
2652 }
2653
2654 std::vector<int> MEDFileUMesh::getNameArrNonEmptyLevelsExt() const
2655 {
2656   std::vector<int> ret;
2657   const DataArrayAsciiChar *nameCoo(_name_coords);
2658   if(nameCoo)
2659     ret.push_back(1);
2660   int lev=0;
2661   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++,lev--)
2662     {
2663       const MEDFileUMeshSplitL1 *cur(*it);
2664       if(cur)
2665         if(cur->getNameField())
2666           ret.push_back(lev);
2667     }
2668   return ret;
2669 }
2670
2671 /*!
2672  * Returns all relative mesh levels (**excluding nodes**) where a given group is defined.
2673  * To include nodes, call getGrpNonEmptyLevelsExt() method.
2674  *  \param [in] grp - the name of the group of interest.
2675  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2676  */
2677 std::vector<int> MEDFileUMesh::getGrpNonEmptyLevels(const std::string& grp) const
2678 {
2679   std::vector<std::string> fams=getFamiliesOnGroup(grp);
2680   return getFamsNonEmptyLevels(fams);
2681 }
2682
2683 /*!
2684  * Returns all relative mesh levels (including nodes) where a given group is defined.
2685  *  \param [in] grp - the name of the group of interest.
2686  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2687  */
2688 std::vector<int> MEDFileUMesh::getGrpNonEmptyLevelsExt(const std::string& grp) const
2689 {
2690   std::vector<std::string> fams=getFamiliesOnGroup(grp);
2691   return getFamsNonEmptyLevelsExt(fams);
2692 }
2693
2694 /*!
2695  * Returns all relative mesh levels (**excluding nodes**) where a given family is defined.
2696  * To include nodes, call getFamNonEmptyLevelsExt() method.
2697  *  \param [in] fam - the name of the family of interest.
2698  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2699  */
2700 std::vector<int> MEDFileUMesh::getFamNonEmptyLevels(const std::string& fam) const
2701 {
2702   std::vector<std::string> fams(1,std::string(fam));
2703   return getFamsNonEmptyLevels(fams);
2704 }
2705
2706 /*!
2707  * Returns all relative mesh levels (including nodes) where a given family is defined.
2708  *  \param [in] fam - the name of the family of interest.
2709  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2710  */
2711 std::vector<int> MEDFileUMesh::getFamNonEmptyLevelsExt(const std::string& fam) const
2712 {
2713   std::vector<std::string> fams(1,std::string(fam));
2714   return getFamsNonEmptyLevelsExt(fams);
2715 }
2716
2717 /*!
2718  * Returns all relative mesh levels (**excluding nodes**) where given groups are defined.
2719  * To include nodes, call getGrpsNonEmptyLevelsExt() method.
2720  *  \param [in] grps - a sequence of names of the groups of interest.
2721  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2722  */
2723 std::vector<int> MEDFileUMesh::getGrpsNonEmptyLevels(const std::vector<std::string>& grps) const
2724 {
2725   std::vector<std::string> fams=getFamiliesOnGroups(grps);
2726   return getFamsNonEmptyLevels(fams);
2727 }
2728
2729 /*!
2730  * Returns all relative mesh levels (including nodes) where given groups are defined.
2731  *  \param [in] grps - a sequence of names of the groups of interest.
2732  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2733  */
2734 std::vector<int> MEDFileUMesh::getGrpsNonEmptyLevelsExt(const std::vector<std::string>& grps) const
2735 {
2736   std::vector<std::string> fams=getFamiliesOnGroups(grps);
2737   return getFamsNonEmptyLevelsExt(fams);
2738 }
2739
2740 /*!
2741  * Returns all relative mesh levels (**excluding nodes**) where given families are defined.
2742  * To include nodes, call getFamsNonEmptyLevelsExt() method.
2743  *  \param [in] fams - the name of the family of interest.
2744  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2745  */
2746 std::vector<int> MEDFileUMesh::getFamsNonEmptyLevels(const std::vector<std::string>& fams) const
2747 {
2748   std::vector<int> ret;
2749   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevels();
2750   std::vector<int> famIds=getFamiliesIds(fams);
2751   for(std::vector<int>::const_iterator it=levs.begin();it!=levs.end();it++)
2752     if(_ms[-(*it)]->presenceOfOneFams(famIds))
2753       ret.push_back(*it);
2754   return ret;
2755 }
2756
2757 /*!
2758  * Returns all relative mesh levels (including nodes) where given families are defined.
2759  *  \param [in] fams - the names of the families of interest.
2760  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2761  */
2762 std::vector<int> MEDFileUMesh::getFamsNonEmptyLevelsExt(const std::vector<std::string>& fams) const
2763 {
2764   std::vector<int> ret0=getFamsNonEmptyLevels(fams);
2765   const DataArrayInt *famCoords=_fam_coords;
2766   if(!famCoords)
2767     return ret0;
2768   std::vector<int> famIds=getFamiliesIds(fams);
2769   if(famCoords->presenceOfValue(famIds))
2770     {
2771       std::vector<int> ret(ret0.size()+1);
2772       ret[0]=1;
2773       std::copy(ret0.begin(),ret0.end(),ret.begin()+1);
2774       return ret;
2775     }
2776   else
2777     return ret0;
2778 }
2779
2780 /*!
2781  * Returns names of groups that partly or fully appear on the level \a meshDimRelToMaxExt.
2782  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - a relative dimension of interest.
2783  *  \return std::vector<std::string> - a sequence of group names at \a meshDimRelToMaxExt
2784  *          level. 
2785  */
2786 std::vector<std::string> MEDFileUMesh::getGroupsOnSpecifiedLev(int meshDimRelToMaxExt) const
2787 {
2788   std::vector<std::string> ret;
2789   std::vector<std::string> allGrps=getGroupsNames();
2790   for(std::vector<std::string>::const_iterator it=allGrps.begin();it!=allGrps.end();it++)
2791     {
2792       std::vector<int> levs=getGrpNonEmptyLevelsExt((*it));
2793       if(std::find(levs.begin(),levs.end(),meshDimRelToMaxExt)!=levs.end())
2794         ret.push_back(*it);
2795     }
2796   return ret;
2797 }
2798
2799 int MEDFileUMesh::getMaxAbsFamilyIdInArrays() const
2800 {
2801   int ret=-std::numeric_limits<int>::max(),tmp=-1;
2802   if((const DataArrayInt *)_fam_coords)
2803     {
2804       int val=_fam_coords->getMaxValue(tmp);
2805       ret=std::max(ret,std::abs(val));
2806     }
2807   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
2808     {
2809       if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it))
2810         {
2811           const DataArrayInt *da=(*it)->getFamilyField();
2812           if(da)
2813             {
2814               int val=da->getMaxValue(tmp);
2815               ret=std::max(ret,std::abs(val));
2816             }
2817         }
2818     }
2819   return ret;
2820 }
2821
2822 int MEDFileUMesh::getMaxFamilyIdInArrays() const
2823 {
2824   int ret=-std::numeric_limits<int>::max(),tmp=-1;
2825   if((const DataArrayInt *)_fam_coords)
2826     {
2827       int val=_fam_coords->getMaxValue(tmp);
2828       ret=std::max(ret,val);
2829     }
2830   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
2831     {
2832       if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it))
2833         {
2834           const DataArrayInt *da=(*it)->getFamilyField();
2835           if(da)
2836             {
2837               int val=da->getMaxValue(tmp);
2838               ret=std::max(ret,val);
2839             }
2840         }
2841     }
2842   return ret;
2843 }
2844
2845 int MEDFileUMesh::getMinFamilyIdInArrays() const
2846 {
2847   int ret=std::numeric_limits<int>::max(),tmp=-1;
2848   if((const DataArrayInt *)_fam_coords)
2849     {
2850       int val=_fam_coords->getMinValue(tmp);
2851       ret=std::min(ret,val);
2852     }
2853   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
2854     {
2855       if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it))
2856         {
2857           const DataArrayInt *da=(*it)->getFamilyField();
2858           if(da)
2859             {
2860               int val=da->getMinValue(tmp);
2861               ret=std::min(ret,val);
2862             }
2863         }
2864     }
2865   return ret;
2866 }
2867
2868 /*!
2869  * Returns the dimension on cells in \a this mesh.
2870  *  \return int - the mesh dimension.
2871  *  \throw If there are no cells in this mesh.
2872  */
2873 int MEDFileUMesh::getMeshDimension() const
2874 {
2875   int lev=0;
2876   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++,lev++)
2877     if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it)!=0)
2878       return (*it)->getMeshDimension()+lev;
2879   throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::getMeshDimension : impossible to find a mesh dimension !");
2880 }
2881
2882 /*!
2883  * Returns the space dimension of \a this mesh that is equal to number of components in
2884  * the node coordinates array.
2885  *  \return int - the space dimension of \a this mesh.
2886  *  \throw If the node coordinates array is not available.
2887  */
2888 int MEDFileUMesh::getSpaceDimension() const
2889 {
2890   const DataArrayDouble *coo=_coords;
2891   if(!coo)
2892     throw INTERP_KERNEL::Exception(" MEDFileUMesh::getSpaceDimension : no coords set !");
2893   return coo->getNumberOfComponents();
2894 }
2895
2896 /*!
2897  * Returns a string describing \a this mesh.
2898  *  \return std::string - the mesh information string.
2899  */
2900 std::string MEDFileUMesh::simpleRepr() const
2901 {
2902   std::ostringstream oss;
2903   oss << MEDFileMesh::simpleRepr();
2904   const DataArrayDouble *coo=_coords;
2905   oss << "- The dimension of the space is ";
2906   static const char MSG1[]= "*** NO COORDS SET ***";
2907   static const char MSG2[]= "*** NO CONNECTIVITY SET FOR THIS LEVEL***";
2908   if(coo)
2909     oss << _coords->getNumberOfComponents() << std::endl;
2910   else
2911     oss << MSG1 << std::endl;
2912   oss << "- Type of the mesh : UNSTRUCTURED\n";
2913   oss << "- Number of nodes : ";
2914   if(coo)
2915     oss << _coords->getNumberOfTuples() << std::endl;
2916   else
2917     oss << MSG1 << std::endl;
2918   std::size_t nbOfLev=_ms.size();
2919   oss << "- Number of levels allocated : " << nbOfLev << std::endl;
2920   for(std::size_t i=0;i<nbOfLev;i++)
2921     {
2922       const MEDFileUMeshSplitL1 *lev=_ms[i];
2923       oss << "  - Level #" << -((int) i) << " has dimension : ";
2924       if(lev)
2925         {
2926           oss << lev->getMeshDimension() << std::endl;
2927           lev->simpleRepr(oss);
2928         }
2929       else
2930         oss << MSG2 << std::endl;
2931     }
2932   oss << "- Number of families : " << _families.size() << std::endl << std::endl;
2933   if(coo)
2934     {
2935       oss << "(***********************)\n(* NODES OF THE MESH : *)\n(***********************)\n";
2936       oss << "- Names of coordinates :" << std::endl;
2937       std::vector<std::string> vars=coo->getVarsOnComponent();
2938       std::copy(vars.begin(),vars.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
2939       oss << std::endl << "- Units of coordinates : " << std::endl;
2940       std::vector<std::string> units=coo->getUnitsOnComponent();
2941       std::copy(units.begin(),units.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
2942     }
2943   oss << std::endl << std::endl;
2944   getFamilyRepr(oss);
2945   return oss.str();
2946 }
2947
2948 /*!
2949  * Returns a full textual description of \a this mesh.
2950  *  \return std::string - the string holding the mesh description.
2951  */
2952 std::string MEDFileUMesh::advancedRepr() const
2953 {
2954   return simpleRepr();
2955 }
2956
2957 /*!
2958  * Returns number of mesh entities of a given relative dimension in \a this mesh.
2959  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of interest.
2960  *  \return int - the number of entities.
2961  *  \throw If no mesh entities of dimension \a meshDimRelToMaxExt are available in \a this mesh.
2962  */
2963 int MEDFileUMesh::getSizeAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
2964 {
2965   if(meshDimRelToMaxExt==1)
2966     {
2967       if(!((const DataArrayDouble *)_coords))
2968         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::getSizeAtLevel : no coordinates specified !");
2969       return _coords->getNumberOfTuples();
2970     }
2971   return getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt)->getSize();
2972 }
2973
2974 /*!
2975  * Returns the family field for mesh entities of a given dimension.
2976  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
2977  *  \return const DataArrayInt * - the family field. It is an array of ids of families
2978  *          each mesh entity belongs to. It can be \c NULL.
2979  */
2980 const DataArrayInt *MEDFileUMesh::getFamilyFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
2981 {
2982   if(meshDimRelToMaxExt==1)
2983     return _fam_coords;
2984   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt));
2985   return l1->getFamilyField();
2986 }
2987
2988 DataArrayInt *MEDFileUMesh::getFamilyFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt)
2989 {
2990   if(meshDimRelToMaxExt==1)
2991     return _fam_coords;
2992   MEDFileUMeshSplitL1 *l1(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt));
2993   return l1->getFamilyField();
2994 }
2995
2996 /*!
2997  * Returns the optional numbers of mesh entities of a given dimension.
2998  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
2999  *  \return const DataArrayInt * - the array of the entity numbers.
3000  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3001  */
3002 const DataArrayInt *MEDFileUMesh::getNumberFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
3003 {
3004   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3005     return _num_coords;
3006   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1=getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt);
3007   return l1->getNumberField();
3008 }
3009
3010 const DataArrayAsciiChar *MEDFileUMesh::getNameFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
3011 {
3012   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3013     return _name_coords;
3014   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1=getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt);
3015   return l1->getNameField();
3016 }
3017
3018 /*!
3019  * This method returns for a specified relative level \a meshDimRelToMaxExt the part effectively read (if the instance is the result of the read of a file).
3020  *
3021  * \param [in] meshDimRelToMaxExt - the extended relative level for which the part definition is requested.
3022  * \param [in] gt - The input geometric type for which the part definition is requested.
3023  * \return the part definition owned by \a this. So no need to deallocate the returned instance.
3024  */
3025 const PartDefinition *MEDFileUMesh::getPartDefAtLevel(int meshDimRelToMaxExt, INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
3026 {
3027   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3028     return _part_coords;
3029   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt));
3030   return l1->getPartDef(gt);
3031 }
3032
3033 int MEDFileUMesh::getNumberOfNodes() const
3034 {
3035   const DataArrayDouble *coo(_coords);
3036   if(!coo)
3037     throw INTERP_KERNEL::Exception(" MEDFileUMesh::getNumberOfNodes : no coords set !");
3038   return coo->getNumberOfTuples();
3039 }
3040
3041 int MEDFileUMesh::getNumberOfCellsAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
3042 {
3043   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt));
3044   return l1->getNumberOfCells();
3045 }
3046
3047 bool MEDFileUMesh::hasImplicitPart() const
3048 {
3049   return false;
3050 }
3051
3052 int MEDFileUMesh::buildImplicitPartIfAny(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
3053 {
3054   throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::buildImplicitPartIfAny : unstructured meshes do not have implicit part !");
3055 }
3056
3057 void MEDFileUMesh::releaseImplicitPartIfAny() const
3058 {
3059 }
3060
3061 void MEDFileUMesh::whichAreNodesFetched(const MEDFileField1TSStructItem& st, const MEDFileFieldGlobsReal *globs, std::vector<bool>& nodesFetched) const
3062 {
3063   std::size_t sz(st.getNumberOfItems());
3064   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
3065     {
3066       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType curGt(st[i].getGeo());
3067       const MEDCoupling1GTUMesh *m(getDirectUndergroundSingleGeoTypeMesh(curGt));
3068       if(st[i].getPflName().empty())
3069         m->computeNodeIdsAlg(nodesFetched);
3070       else
3071         {
3072           const DataArrayInt *arr(globs->getProfile(st[i].getPflName()));
3073           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1GTUMesh> m2(dynamic_cast<MEDCoupling1GTUMesh *>(m->buildPartOfMySelf(arr->begin(),arr->end(),true)));
3074           m2->computeNodeIdsAlg(nodesFetched);
3075         }
3076     }
3077 }
3078
3079 /*!
3080  * Returns the optional numbers of mesh entities of a given dimension transformed using
3081  * DataArrayInt::invertArrayN2O2O2N().
3082  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
3083  *  \return const DataArrayInt * - the array of the entity numbers transformed using
3084  *          DataArrayInt::invertArrayN2O2O2N().
3085  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3086  */
3087 const DataArrayInt *MEDFileUMesh::getRevNumberFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
3088 {
3089   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3090     {
3091       if(!((const DataArrayInt *)_num_coords))
3092         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::getRevNumberFieldAtLevel : no coordinates renum specified !");
3093       return _rev_num_coords;
3094     }
3095   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1=getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt);
3096   return l1->getRevNumberField();
3097 }
3098
3099 /*!
3100  * Returns a pointer to the node coordinates array of \a this mesh \b without
3101  * incrementing its reference counter, thus there is no need to decrRef() it by the caller.
3102  */
3103 DataArrayDouble *MEDFileUMesh::getCoords() const
3104 {
3105   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> tmp(_coords);
3106   if((DataArrayDouble *)tmp)
3107     {
3108       return tmp;
3109     }
3110   return 0;
3111 }
3112
3113 /*!
3114  * Returns a new MEDCouplingUMesh corresponding to mesh entities included in a given
3115  * group of \a this mesh. Only mesh entities of a given dimension are included in the
3116  * new mesh.
3117  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities of interest.
3118  *  \param [in] grp - the name of the group whose mesh entities are included in the
3119  *          new mesh.
3120  *  \param [in] renum - if \c true, cells and nodes of the result mesh are permuted
3121  *          according to the optional numbers of entities, if available.
3122  *  \return MEDCouplingUMesh * - a new instance of MEDCouplingUMesh. The caller is to
3123  *          delete this mesh using decrRef() as it is no more needed.
3124  *  \throw If the name of a nonexistent group is specified.
3125  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3126  */
3127 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getGroup(int meshDimRelToMaxExt, const std::string& grp, bool renum) const
3128 {
3129   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
3130   std::vector<std::string> tmp(1);
3131   tmp[0]=grp;
3132   return getGroups(meshDimRelToMaxExt,tmp,renum);
3133 }
3134
3135 /*!
3136  * Returns a new MEDCouplingUMesh corresponding to mesh entities included in given
3137  * groups of \a this mesh. Only mesh entities of a given dimension are included in the
3138  * new mesh.
3139  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities of interest.
3140  *  \param [in] grps - a sequence of group names whose mesh entities are included in the
3141  *          new mesh.
3142  *  \param [in] renum - if \c true, cells and nodes of the result mesh are permuted
3143  *          according to the optional numbers of entities, if available.
3144  *  \return MEDCouplingUMesh * - a new instance of MEDCouplingUMesh. The caller is to
3145  *          delete this mesh using decrRef() as it is no more needed.
3146  *  \throw If a name of a nonexistent group is present in \a grps.
3147  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3148  */
3149 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getGroups(int meshDimRelToMaxExt, const std::vector<std::string>& grps, bool renum) const
3150 {
3151   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
3152   std::vector<std::string> fams2=getFamiliesOnGroups(grps);
3153   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> zeRet=getFamilies(meshDimRelToMaxExt,fams2,renum);
3154   if(grps.size()==1 && ((MEDCouplingUMesh *)zeRet))
3155     zeRet->setName(grps[0]);
3156   return zeRet.retn();
3157 }
3158
3159 /*!
3160  * Returns a new MEDCouplingUMesh corresponding to mesh entities included in a given
3161  * family of \a this mesh. Only mesh entities of a given dimension are included in the
3162  * new mesh.
3163  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities of interest.
3164  *  \param [in] fam - the name of the family whose mesh entities are included in the
3165  *          new mesh.
3166  *  \param [in] renum - if \c true, cells and nodes of the result mesh are permuted
3167  *          according to the optional numbers of entities, if available.
3168  *  \return MEDCouplingUMesh * - a new instance of MEDCouplingUMesh. The caller is to
3169  *          delete this mesh using decrRef() as it is no more needed.
3170  *  \throw If a name of a nonexistent family is present in \a grps.
3171  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3172  */
3173 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getFamily(int meshDimRelToMaxExt, const std::string& fam, bool renum) const
3174 {
3175   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
3176   std::vector<std::string> tmp(1);
3177   tmp[0]=fam;
3178   return getFamilies(meshDimRelToMaxExt,tmp,renum);
3179 }
3180
3181 /*!
3182  * Returns a new MEDCouplingUMesh corresponding to mesh entities included in given
3183  * families of \a this mesh. Only mesh entities of a given dimension are included in the
3184  * new mesh.
3185  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities of interest.
3186  *  \param [in] fams - a sequence of family names whose mesh entities are included in the
3187  *          new mesh.
3188  *  \param [in] renum - if \c true, cells and nodes of the result mesh are permuted
3189  *          according to the optional numbers of entities, if available.
3190  *  \return MEDCouplingUMesh * - a new instance of MEDCouplingUMesh. The caller is to
3191  *          delete this mesh using decrRef() as it is no more needed.
3192  *  \throw If a name of a nonexistent family is present in \a fams.
3193  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3194  */
3195 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getFamilies(int meshDimRelToMaxExt, const std::vector<std::string>& fams, bool renum) const
3196 {
3197   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
3198   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3199     {
3200       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> arr=getFamiliesArr(1,fams,renum);
3201       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret=MEDCouplingUMesh::New();
3202       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> c=_coords->selectByTupleId(arr->getConstPointer(),arr->getConstPointer()+arr->getNbOfElems());
3203       ret->setCoords(c);
3204       return ret.retn();
3205     }
3206   std::vector<int> famIds=getFamiliesIds(fams);
3207   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1=getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt);
3208   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> zeRet;
3209   if(!famIds.empty())
3210     zeRet=l1->getFamilyPart(&famIds[0],&famIds[0]+famIds.size(),renum);
3211   else
3212     zeRet=l1->getFamilyPart(0,0,renum);
3213   if(fams.size()==1 && ((MEDCouplingUMesh *)zeRet))
3214     zeRet->setName(fams[0]);
3215   return zeRet.retn();
3216 }
3217
3218 /*!
3219  * Returns ids of mesh entities contained in given families of a given dimension.
3220  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - a relative dimension of the mesh entities whose ids
3221  *          are required.
3222  *  \param [in] fams - the names of the families of interest.
3223  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of entities, if available, are
3224  *          returned instead of ids.
3225  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
3226  *          numbers, if available and required, of mesh entities of the families. The caller
3227  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
3228  *  \throw If the family field is missing for \a meshDimRelToMaxExt.
3229  */
3230 DataArrayInt *MEDFileUMesh::getFamiliesArr(int meshDimRelToMaxExt, const std::vector<std::string>& fams, bool renum) const
3231 {
3232   std::vector<int> famIds=getFamiliesIds(fams);
3233   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3234     {
3235       if((const DataArrayInt *)_fam_coords)
3236         {
3237           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> da;
3238           if(!famIds.empty())
3239             da=_fam_coords->getIdsEqualList(&famIds[0],&famIds[0]+famIds.size());
3240           else
3241             da=_fam_coords->getIdsEqualList(0,0);
3242           if(renum)
3243             return MEDFileUMeshSplitL1::Renumber(_num_coords,da);
3244           else
3245             return da.retn();
3246         }
3247       else
3248         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::getFamiliesArr : no family array specified on nodes !");
3249     }
3250   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1=getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt);
3251   if(!famIds.empty())
3252     return l1->getFamilyPartArr(&famIds[0],&famIds[0]+famIds.size(),renum);
3253   else
3254     return l1->getFamilyPartArr(0,0,renum);
3255 }
3256
3257 /*!
3258  * Returns a MEDCouplingUMesh of a given relative dimension.
3259  * \warning If \a meshDimRelToMaxExt == 1 (which means nodes), the returned mesh **is not
3260  * valid**. This is a feature, because MEDLoader does not create cells that do not exist! 
3261  * To build a valid MEDCouplingUMesh from the returned one in this case,
3262  * call MEDCouplingUMesh::Build0DMeshFromCoords().
3263  *  \param [in] meshDimRelToMax - the relative dimension of interest.
3264  *  \param [in] renum - if \c true, the returned mesh is permuted according to the
3265  *          optional numbers of mesh entities.
3266  *  \return MEDCouplingUMesh * - a pointer to MEDCouplingUMesh that the caller is to
3267  *          delete using decrRef() as it is no more needed. 
3268  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3269  * \sa getGenMeshAtLevel()
3270  */
3271 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getMeshAtLevel(int meshDimRelToMaxExt, bool renum) const
3272 {
3273   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
3274   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3275     {
3276       if(!renum)
3277         {
3278           MEDCouplingUMesh *umesh=MEDCouplingUMesh::New();
3279           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> cc=_coords->deepCpy();
3280           umesh->setCoords(cc);
3281           MEDFileUMeshSplitL1::ClearNonDiscrAttributes(umesh);
3282           umesh->setName(getName());
3283           return umesh;
3284         }
3285     }
3286   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1=getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt);
3287   return l1->getWholeMesh(renum);
3288 }
3289
3290 /*!
3291  * Returns a MEDCouplingUMesh of a given relative dimension.
3292  * \warning If \a meshDimRelToMaxExt == 1 (which means nodes), the returned mesh **is not
3293  * valid**. This is a feature, because MEDLoader does not create cells that do not exist! 
3294  * To build a valid MEDCouplingUMesh from the returned one in this case,
3295  * call MEDCouplingUMesh::Build0DMeshFromCoords().
3296  *  \param [in] meshDimRelToMax - the relative dimension of interest.
3297  *  \param [in] renum - if \c true, the returned mesh is permuted according to the
3298  *          optional numbers of mesh entities.
3299  *  \return MEDCouplingMesh * - a pointer to MEDCouplingUMesh that the caller is to
3300  *          delete using decrRef() as it is no more needed. 
3301  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMax dimension in \a this mesh.
3302  * \sa getMeshAtLevel()
3303  */
3304 MEDCouplingMesh *MEDFileUMesh::getGenMeshAtLevel(int meshDimRelToMax, bool renum) const
3305 {
3306   return getMeshAtLevel(meshDimRelToMax,renum);
3307 }
3308
3309 std::vector<int> MEDFileUMesh::getDistributionOfTypes(int meshDimRelToMax) const
3310 {
3311   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMax));
3312   return l1->getDistributionOfTypes();
3313 }
3314
3315 /*!
3316  * Returns a MEDCouplingUMesh of a relative dimension == 0.
3317  *  \param [in] renum - if \c true, the returned mesh is permuted according to the
3318  *          optional numbers of mesh entities.
3319  *  \return MEDCouplingUMesh * - a pointer to MEDCouplingUMesh that the caller is to
3320  *          delete using decrRef() as it is no more needed. 
3321  *  \throw If there are no mesh entities of the relative dimension == 0 in \a this mesh.
3322  */
3323 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getLevel0Mesh(bool renum) const
3324 {
3325   return getMeshAtLevel(0,renum);
3326 }
3327
3328 /*!
3329  * Returns a MEDCouplingUMesh of a relative dimension == -1.
3330  *  \param [in] renum - if \c true, the returned mesh is permuted according to the
3331  *          optional numbers of mesh entities.
3332  *  \return MEDCouplingUMesh * - a pointer to MEDCouplingUMesh that the caller is to
3333  *          delete using decrRef() as it is no more needed. 
3334  *  \throw If there are no mesh entities of the relative dimension == -1 in \a this mesh.
3335  */
3336 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getLevelM1Mesh(bool renum) const
3337 {
3338   return getMeshAtLevel(-1,renum);
3339 }
3340
3341 /*!
3342  * Returns a MEDCouplingUMesh of a relative dimension == -2.
3343  *  \param [in] renum - if \c true, the returned mesh is permuted according to the
3344  *          optional numbers of mesh entities.
3345  *  \return MEDCouplingUMesh * - a pointer to MEDCouplingUMesh that the caller is to
3346  *          delete using decrRef() as it is no more needed. 
3347  *  \throw If there are no mesh entities of the relative dimension == -2 in \a this mesh.
3348  */
3349 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getLevelM2Mesh(bool renum) const
3350 {
3351   return getMeshAtLevel(-2,renum);
3352 }
3353
3354 /*!
3355  * Returns a MEDCouplingUMesh of a relative dimension == -3.
3356  *  \param [in] renum - if \c true, the returned mesh is permuted according to the
3357  *          optional numbers of mesh entities.
3358  *  \return MEDCouplingUMesh * - a pointer to MEDCouplingUMesh that the caller is to
3359  *          delete using decrRef() as it is no more needed. 
3360  *  \throw If there are no mesh entities of the relative dimension == -3 in \a this mesh.
3361  */
3362 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getLevelM3Mesh(bool renum) const
3363 {
3364   return getMeshAtLevel(-3,renum);
3365 }
3366
3367 /*!
3368  * This method is for advanced users. There is two storing strategy of mesh in \a this.
3369  * Either MEDCouplingUMesh, or vector of MEDCoupling1GTUMesh instances.
3370  * When assignement is done the first one is done, which is not optimal in write mode for MED file.
3371  * This method allows to switch from MEDCouplingUMesh mode to MEDCoupling1GTUMesh mode.
3372  */
3373 void MEDFileUMesh::forceComputationOfParts() const
3374 {
3375   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
3376     {
3377       const MEDFileUMeshSplitL1 *elt(*it);
3378       if(elt)
3379         elt->forceComputationOfParts();
3380     }
3381 }
3382
3383 /*!
3384  * This method returns a vector of mesh parts containing each exactly one geometric type.
3385  * This method will never launch an automatic computation of split by type (an INTERP_KERNEL::Exception will be then thrown).
3386  * This method is only for memory aware users.
3387  * The returned pointers are **NOT** new object pointer. No need to mange them.
3388  */
3389 std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *> MEDFileUMesh::getDirectUndergroundSingleGeoTypeMeshes(int meshDimRelToMax) const
3390 {
3391   const MEDFileUMeshSplitL1 *sp(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMax));
3392   return sp->getDirectUndergroundSingleGeoTypeMeshes();
3393 }
3394
3395 /*!
3396  * This method returns the part of \a this having the geometric type \a gt.
3397  * If such part is not existing an exception will be thrown.
3398  * The returned pointer is **NOT** new object pointer. No need to mange it.
3399  */
3400 MEDCoupling1GTUMesh *MEDFileUMesh::getDirectUndergroundSingleGeoTypeMesh(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
3401 {
3402   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(gt);
3403   int lev=(int)cm.getDimension()-getMeshDimension();
3404   const MEDFileUMeshSplitL1 *sp(getMeshAtLevSafe(lev));
3405   return sp->getDirectUndergroundSingleGeoTypeMesh(gt);
3406 }
3407
3408 /*!
3409  * Given a relative level \a meshDimRelToMax it returns the sorted vector of geometric types present in \a this.
3410  * \throw if the reqsuested \a meshDimRelToMax does not exist.
3411  */
3412 std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> MEDFileUMesh::getGeoTypesAtLevel(int meshDimRelToMax) const
3413 {
3414   const MEDFileUMeshSplitL1 *sp(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMax));
3415   return sp->getGeoTypes();
3416 }
3417
3418 /*!
3419  * This method extracts from whole family field ids the part relative to the input parameter \a gt.
3420  * \param [in] gt - the geometric type for which the family field is asked.
3421  * \return DataArrayInt * - a pointer to DataArrayInt that the caller is to
3422  *          delete using decrRef() as it is no more needed.
3423  * \sa MEDFileUMesh::extractNumberFieldOnGeoType
3424  */
3425 DataArrayInt *MEDFileUMesh::extractFamilyFieldOnGeoType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
3426 {
3427   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(gt);
3428   int lev=(int)cm.getDimension()-getMeshDimension();
3429   const MEDFileUMeshSplitL1 *sp(getMeshAtLevSafe(lev));
3430   return sp->extractFamilyFieldOnGeoType(gt);
3431 }
3432
3433 /*!
3434  * This method extracts from whole number field ids the part relative to the input parameter \a gt.
3435  * \param [in] gt - the geometric type for which the number field is asked.
3436  * \return DataArrayInt * - a pointer to DataArrayInt that the caller is to
3437  *          delete using decrRef() as it is no more needed.
3438  * \sa MEDFileUMesh::extractFamilyFieldOnGeoType
3439  */
3440 DataArrayInt *MEDFileUMesh::extractNumberFieldOnGeoType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
3441 {
3442   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(gt);
3443   int lev=(int)cm.getDimension()-getMeshDimension();
3444   const MEDFileUMeshSplitL1 *sp(getMeshAtLevSafe(lev));
3445   return sp->extractNumberFieldOnGeoType(gt);
3446 }
3447
3448 /*!
3449  * This method returns for specified geometric type \a gt the relative level to \a this.
3450  * If the relative level is empty an exception will be thrown.
3451  */
3452 int MEDFileUMesh::getRelativeLevOnGeoType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
3453 {
3454   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(gt);
3455   int ret((int)cm.getDimension()-getMeshDimension());
3456   getMeshAtLevSafe(ret);//To test that returned value corresponds to a valid level.
3457   return ret;
3458 }
3459
3460 const MEDFileUMeshSplitL1 *MEDFileUMesh::getMeshAtLevSafe(int meshDimRelToMaxExt) const
3461 {
3462   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3463     throw INTERP_KERNEL::Exception("Dimension request is invalid : asking for node level (1) !");
3464   if(meshDimRelToMaxExt>1)
3465     throw INTERP_KERNEL::Exception("Dimension request is invalid (>1) !");
3466   int tracucedRk=-meshDimRelToMaxExt;
3467   if(tracucedRk>=(int)_ms.size())
3468     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh dim relative to max given ! Too low !");
3469   if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)_ms[tracucedRk]==0)
3470     throw INTERP_KERNEL::Exception("On specified lev (or entity) no cells exists !");
3471   return _ms[tracucedRk];
3472 }
3473
3474 MEDFileUMeshSplitL1 *MEDFileUMesh::getMeshAtLevSafe(int meshDimRelToMaxExt)
3475 {
3476   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3477     throw INTERP_KERNEL::Exception("Dimension request is invalid : asking for node level (1) !");
3478   if(meshDimRelToMaxExt>1)
3479     throw INTERP_KERNEL::Exception("Dimension request is invalid (>1) !");
3480   int tracucedRk=-meshDimRelToMaxExt;
3481   if(tracucedRk>=(int)_ms.size())
3482     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh dim relative to max given ! Too low !");
3483   if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)_ms[tracucedRk]==0)
3484     throw INTERP_KERNEL::Exception("On specified lev (or entity) no cells exists !");
3485   return _ms[tracucedRk];
3486 }
3487
3488 void MEDFileUMesh::checkMeshDimCoherency(int meshDim, int meshDimRelToMax) const
3489 {
3490   if(-meshDimRelToMax>=(int)_ms.size())
3491     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::checkMeshDimCoherency : The meshdim of mesh is not managed by 'this' !");
3492   int i=0;
3493   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++,i++)
3494     {
3495       if(((const MEDFileUMeshSplitL1*) (*it))!=0)
3496         {
3497           int ref=(*it)->getMeshDimension();
3498           if(ref+i!=meshDim-meshDimRelToMax)
3499             throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::checkMeshDimCoherency : no coherency between levels !");
3500         }
3501     }
3502 }
3503
3504 /*!
3505  * Sets the node coordinates array of \a this mesh.
3506  *  \param [in] coords - the new node coordinates array.
3507  *  \throw If \a coords == \c NULL.
3508  */
3509 void MEDFileUMesh::setCoords(DataArrayDouble *coords)
3510 {
3511   if(!coords)
3512     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setCoords : null pointer in input !");
3513   coords->checkAllocated();
3514   int nbOfTuples=coords->getNumberOfTuples();
3515   _coords=coords;
3516   coords->incrRef();
3517   _fam_coords=DataArrayInt::New();
3518   _fam_coords->alloc(nbOfTuples,1);
3519   _fam_coords->fillWithZero();
3520   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
3521     if((MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it))
3522       (*it)->setCoords(coords);
3523 }
3524
3525 /*!
3526  * Removes all groups of a given dimension in \a this mesh.
3527  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of interest.
3528  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3529  */
3530 void MEDFileUMesh::eraseGroupsAtLevel(int meshDimRelToMaxExt)
3531 {
3532   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3533     {
3534       if((DataArrayInt *)_fam_coords)
3535         _fam_coords->fillWithZero();
3536       return ;
3537     }
3538   MEDFileUMeshSplitL1 *l1=getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt);
3539   l1->eraseFamilyField();
3540   optimizeFamilies();
3541 }
3542
3543 /*!
3544  * Removes all families with ids not present in the family fields of \a this mesh.
3545  */
3546 void MEDFileUMesh::optimizeFamilies()
3547 {
3548   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevelsExt();
3549   std::set<int> allFamsIds;
3550   for(std::vector<int>::const_iterator it=levs.begin();it!=levs.end();it++)
3551     {
3552       const DataArrayInt *ffield=getFamilyFieldAtLevel(*it);
3553       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ids=ffield->getDifferentValues();
3554       std::set<int> res;
3555       std::set_union(ids->begin(),ids->end(),allFamsIds.begin(),allFamsIds.end(),std::inserter(res,res.begin()));
3556       allFamsIds=res;
3557     }
3558   std::set<std::string> famNamesToKill;
3559   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
3560     {
3561       if(allFamsIds.find((*it).second)!=allFamsIds.end())
3562         famNamesToKill.insert((*it).first);
3563     }
3564   for(std::set<std::string>::const_iterator it=famNamesToKill.begin();it!=famNamesToKill.end();it++)
3565     _families.erase(*it);
3566   std::vector<std::string> grpNamesToKill;
3567   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it=_groups.begin();it!=_groups.end();it++)
3568     {
3569       std::vector<std::string> tmp;
3570       for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=(*it).second.begin();it2!=(*it).second.end();it2++)
3571         {
3572           if(famNamesToKill.find(*it2)==famNamesToKill.end())
3573             tmp.push_back(*it2);
3574         }
3575       if(!tmp.empty())
3576         (*it).second=tmp;
3577       else
3578         tmp.push_back((*it).first);
3579     }
3580   for(std::vector<std::string>::const_iterator it=grpNamesToKill.begin();it!=grpNamesToKill.end();it++)
3581     _groups.erase(*it);
3582 }
3583
3584 void MEDFileUMesh::duplicateNodesOnM1Group(const std::string& grpNameM1, DataArrayInt *&nodesDuplicated, DataArrayInt *&cellsModified, DataArrayInt *&cellsNotModified)
3585 {
3586   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevels();
3587   if(std::find(levs.begin(),levs.end(),0)==levs.end() || std::find(levs.begin(),levs.end(),-1)==levs.end())
3588     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::duplicateNodesOnM1Group : This method works only for mesh definied on level 0 and -1 !");
3589   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m0=getMeshAtLevel(0);
3590   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1=getMeshAtLevel(-1);
3591   int nbNodes=m0->getNumberOfNodes();
3592   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m11=getGroup(-1,grpNameM1);
3593   DataArrayInt *tmp00=0,*tmp11=0,*tmp22=0;
3594   m0->findNodesToDuplicate(*m11,tmp00,tmp11,tmp22);
3595   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> nodeIdsToDuplicate(tmp00);
3596   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellsToModifyConn0(tmp11);
3597   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellsToModifyConn1(tmp22);
3598   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> tmp0=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(m0->buildPartOfMySelf(cellsToModifyConn0->begin(),cellsToModifyConn0->end(),true));
3599   // node renumbering of cells in m1 impacted by duplication of node but not in group 'grpNameM1' on level -1
3600   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> descTmp0=DataArrayInt::New(),descITmp0=DataArrayInt::New(),revDescTmp0=DataArrayInt::New(),revDescITmp0=DataArrayInt::New();
3601   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> tmp0Desc=tmp0->buildDescendingConnectivity(descTmp0,descITmp0,revDescTmp0,revDescITmp0);
3602   descTmp0=0; descITmp0=0; revDescTmp0=0; revDescITmp0=0;
3603   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellsInM1ToRenumW2=tmp0Desc->getCellIdsLyingOnNodes(nodeIdsToDuplicate->begin(),nodeIdsToDuplicate->end(),false);
3604   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> cellsInM1ToRenumW3=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(tmp0Desc->buildPartOfMySelf(cellsInM1ToRenumW2->begin(),cellsInM1ToRenumW2->end(),true));
3605   DataArrayInt *cellsInM1ToRenumW4Tmp=0;
3606   m1->areCellsIncludedIn(cellsInM1ToRenumW3,2,cellsInM1ToRenumW4Tmp);
3607   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellsInM1ToRenumW4(cellsInM1ToRenumW4Tmp);
3608   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellsInM1ToRenumW5=cellsInM1ToRenumW4->getIdsInRange(0,m1->getNumberOfCells());
3609   cellsInM1ToRenumW5->transformWithIndArr(cellsInM1ToRenumW4->begin(),cellsInM1ToRenumW4->end());
3610   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> grpIds=getGroupArr(-1,grpNameM1);
3611   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellsInM1ToRenum=cellsInM1ToRenumW5->buildSubstraction(grpIds);
3612   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1Part=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(m1->buildPartOfMySelf(cellsInM1ToRenum->begin(),cellsInM1ToRenum->end(),true));
3613   m1Part->duplicateNodesInConn(nodeIdsToDuplicate->begin(),nodeIdsToDuplicate->end(),nbNodes);
3614   m1->setPartOfMySelf(cellsInM1ToRenum->begin(),cellsInM1ToRenum->end(),*m1Part);
3615   // end of node renumbering of cells in m1 impacted by duplication of node but not in group of level -1 'grpNameM1'
3616   tmp0->duplicateNodes(nodeIdsToDuplicate->begin(),nodeIdsToDuplicate->end());
3617   m0->setCoords(tmp0->getCoords());
3618   m0->setPartOfMySelf(cellsToModifyConn0->begin(),cellsToModifyConn0->end(),*tmp0);
3619   m1->setCoords(m0->getCoords());
3620   _coords=m0->getCoords(); _coords->incrRef();
3621   // duplication of cells in group 'grpNameM1' on level -1
3622   m11->duplicateNodesInConn(nodeIdsToDuplicate->begin(),nodeIdsToDuplicate->end(),nbNodes); m11->setCoords(m0->getCoords());
3623   std::vector<const MEDCouplingUMesh *> v(2); v[0]=m1; v[1]=m11;
3624   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> newm1=MEDCouplingUMesh::AggregateSortedByTypeMeshesOnSameCoords(v,tmp00,tmp11);
3625   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> szOfCellGrpOfSameType(tmp00);
3626   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> idInMsOfCellGrpOfSameType(tmp11);
3627   //
3628   newm1->setName(getName());
3629   const DataArrayInt *fam=getFamilyFieldAtLevel(-1);
3630   if(!fam)
3631     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::duplicateNodesOnM1Group : internal problem !");
3632   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newFam=DataArrayInt::New();
3633   newFam->alloc(newm1->getNumberOfCells(),1);
3634   int idd=getMaxFamilyId()+1;
3635   int globStart=0,start=0,end,globEnd;
3636   int nbOfChunks=szOfCellGrpOfSameType->getNumberOfTuples();
3637   for(int i=0;i<nbOfChunks;i++)
3638     {
3639       globEnd=globStart+szOfCellGrpOfSameType->getIJ(i,0);
3640       if(idInMsOfCellGrpOfSameType->getIJ(i,0)==0)
3641         {
3642           end=start+szOfCellGrpOfSameType->getIJ(i,0);
3643           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> part=fam->selectByTupleId2(start,end,1);
3644           newFam->setPartOfValues1(part,globStart,globEnd,1,0,1,1,true);
3645           start=end;
3646         }
3647       else
3648         {
3649           newFam->setPartOfValuesSimple1(idd,globStart,globEnd,1,0,1,1);
3650         }
3651       globStart=globEnd;
3652     }
3653   newm1->setCoords(getCoords());
3654   setMeshAtLevel(-1,newm1);
3655   setFamilyFieldArr(-1,newFam);
3656   std::string grpName2(grpNameM1); grpName2+="_dup";
3657   addFamily(grpName2,idd);
3658   addFamilyOnGrp(grpName2,grpName2);
3659   //
3660   fam=_fam_coords;
3661   if(fam)
3662     {
3663       int newNbOfNodes=getCoords()->getNumberOfTuples();
3664       newFam=DataArrayInt::New(); newFam->alloc(newNbOfNodes,1);
3665       newFam->setPartOfValues1(fam,0,nbNodes,1,0,1,1,true);
3666       newFam->setPartOfValuesSimple1(0,nbNodes,newNbOfNodes,1,0,1,1);
3667       _fam_coords=newFam;
3668     }
3669   nodesDuplicated=nodeIdsToDuplicate.retn();
3670   cellsModified=cellsToModifyConn0.retn();
3671   cellsNotModified=cellsToModifyConn1.retn();
3672 }
3673
3674 /*!
3675  * \param [out] oldCode retrieves the distribution of types before the call if true is returned
3676  * \param [out] newCode etrieves the distribution of types after the call if true is returned
3677  * \param [out] o2nRenumCell tells for **all levels** the old 2 new renumbering of cells.
3678  * 
3679  * \return false if no modification has been performed linked to the unpolyzation. Neither cell type, not cell numbers. When false is returned no need of field on cells or on gauss renumbering.
3680  * Inversely, if true is returned, it means that distribution of cell by geometric type has changed and field on cell and field on gauss point must be renumbered.
3681  */
3682 bool MEDFileUMesh::unPolyze(std::vector<int>& oldCode, std::vector<int>& newCode, DataArrayInt *& o2nRenumCell)
3683 {
3684   o2nRenumCell=0; oldCode.clear(); newCode.clear();
3685   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevels();
3686   bool ret=false;
3687   std::vector< const DataArrayInt* > renumCellsSplited;//same than memorySaverIfThrow
3688   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > memorySaverIfThrow;//same than renumCellsSplited only in case of throw
3689   int start=0;
3690   int end=0;
3691   for(std::vector<int>::reverse_iterator it=levs.rbegin();it!=levs.rend();it++)
3692     {
3693       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m=getMeshAtLevel(*it);
3694       std::vector<int> code1=m->getDistributionOfTypes();
3695       end=PutInThirdComponentOfCodeOffset(code1,start);
3696       oldCode.insert(oldCode.end(),code1.begin(),code1.end());
3697       bool hasChanged=m->unPolyze();
3698       DataArrayInt *fake=0;
3699       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> o2nCellsPart=m->getLevArrPerCellTypes(MEDCouplingUMesh::MEDMEM_ORDER,
3700           MEDCouplingUMesh::MEDMEM_ORDER+MEDCouplingUMesh::N_MEDMEM_ORDER,fake);
3701       fake->decrRef();
3702       renumCellsSplited.push_back(o2nCellsPart); memorySaverIfThrow.push_back(o2nCellsPart);
3703       if(hasChanged)
3704         {
3705           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> o2nCellsPart2=o2nCellsPart->buildPermArrPerLevel();
3706           m->renumberCells(o2nCellsPart2->getConstPointer(),false);
3707           ret=true;
3708           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famField2,numField2;
3709           const DataArrayInt *famField=getFamilyFieldAtLevel(*it); if(famField) { famField->incrRef(); famField2=const_cast<DataArrayInt *>(famField); }
3710           const DataArrayInt *numField=getNumberFieldAtLevel(*it); if(numField) { numField->incrRef(); numField2=const_cast<DataArrayInt *>(numField); }
3711           setMeshAtLevel(*it,m);
3712           std::vector<int> code2=m->getDistributionOfTypes();
3713           end=PutInThirdComponentOfCodeOffset(code2,start);
3714           newCode.insert(newCode.end(),code2.begin(),code2.end());
3715           //
3716           if(o2nCellsPart2->isIdentity())
3717             continue;
3718           if(famField)
3719             {
3720               MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newFamField=famField->renumber(o2nCellsPart2->getConstPointer());
3721               setFamilyFieldArr(*it,newFamField);
3722             }
3723           if(numField)
3724             {
3725               MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newNumField=numField->renumber(o2nCellsPart2->getConstPointer());
3726               setRenumFieldArr(*it,newNumField);
3727             }
3728         }
3729       else
3730         {
3731           newCode.insert(newCode.end(),code1.begin(),code1.end());
3732         }
3733       start=end;
3734     }
3735   if(ret)
3736     {
3737       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> renumCells=DataArrayInt::Aggregate(renumCellsSplited);
3738       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> o2nRenumCellRet=renumCells->buildPermArrPerLevel();
3739       o2nRenumCell=o2nRenumCellRet.retn();
3740     }
3741   return ret;
3742 }
3743
3744 struct MEDLoaderAccVisit1
3745 {
3746   MEDLoaderAccVisit1():_new_nb_of_nodes(0) { }
3747   int operator()(bool val) { return val?_new_nb_of_nodes++:-1; }
3748   int _new_nb_of_nodes;
3749 };
3750
3751 /*!
3752  * Array returned is the correspondance in \b old \b to \b new format. The returned array is newly created and should be dealt by the caller.
3753  * The maximum value stored in returned array is the number of nodes of \a this minus 1 after call of this method.
3754  * The size of returned array is the number of nodes of the old (previous to the call of this method) number of nodes.
3755  * -1 values in returned array means that the corresponding old node is no more used.
3756  *
3757  * \return newly allocated array containing correspondance in \b old \b to \b new format. If all nodes in \a this are fetched \c NULL pointer is returned and nothing
3758  *         is modified in \a this.
3759  * \throw If no coordinates are set in \a this or if there is in any available mesh in \a this a cell having a nodal connectivity containing a node id not in the range of
3760  *  set coordinates.
3761  */
3762 DataArrayInt *MEDFileUMesh::zipCoords()
3763 {
3764   const DataArrayDouble *coo(getCoords());
3765   if(!coo)
3766     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::zipCoords : no coordinates set in this !");
3767   int nbOfNodes(coo->getNumberOfTuples());
3768   std::vector<bool> nodeIdsInUse(nbOfNodes,false);
3769   std::vector<int> neLevs(getNonEmptyLevels());
3770   for(std::vector<int>::const_iterator lev=neLevs.begin();lev!=neLevs.end();lev++)
3771     {
3772       const MEDFileUMeshSplitL1 *zeLev(getMeshAtLevSafe(*lev));
3773       if(zeLev->isMeshStoredSplitByType())
3774         {
3775           std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *> ms(zeLev->getDirectUndergroundSingleGeoTypeMeshes());
3776           for(std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *>::const_iterator it=ms.begin();it!=ms.end();it++)
3777             if(*it)
3778               (*it)->computeNodeIdsAlg(nodeIdsInUse);
3779         }
3780       else
3781         {
3782           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> mesh(zeLev->getWholeMesh(false));
3783           mesh->computeNodeIdsAlg(nodeIdsInUse);
3784         }
3785     }
3786   int nbrOfNodesInUse((int)std::count(nodeIdsInUse.begin(),nodeIdsInUse.end(),true));
3787   if(nbrOfNodesInUse==nbOfNodes)
3788     return 0;//no need to update _part_coords
3789   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret(DataArrayInt::New()); ret->alloc(nbOfNodes,1);
3790   std::transform(nodeIdsInUse.begin(),nodeIdsInUse.end(),ret->getPointer(),MEDLoaderAccVisit1());
3791   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret2(ret->invertArrayO2N2N2OBis(nbrOfNodesInUse));
3792   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> newCoords(coo->selectByTupleIdSafe(ret2->begin(),ret2->end()));
3793   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newFamCoords;
3794   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayAsciiChar> newNameCoords;
3795   if((const DataArrayInt *)_fam_coords)
3796     newFamCoords=_fam_coords->selectByTupleIdSafe(ret2->begin(),ret2->end());
3797   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newNumCoords;
3798   if((const DataArrayInt *)_num_coords)
3799     newNumCoords=_num_coords->selectByTupleIdSafe(ret2->begin(),ret2->end());
3800   if((const DataArrayAsciiChar *)_name_coords)
3801     newNameCoords=static_cast<DataArrayAsciiChar *>(_name_coords->selectByTupleIdSafe(ret2->begin(),ret2->end()));
3802   _coords=newCoords; _fam_coords=newFamCoords; _num_coords=newNumCoords; _name_coords=newNameCoords; _rev_num_coords=0;
3803   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
3804     {
3805       if((MEDFileUMeshSplitL1*)*it)
3806         {
3807           (*it)->renumberNodesInConn(ret->begin());
3808           (*it)->setCoords(_coords);
3809         }
3810     }
3811   // updates _part_coords
3812   const PartDefinition *pc(_part_coords);
3813   if(pc)
3814     {
3815       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<PartDefinition> tmpPD(DataArrayPartDefinition::New(ret2));
3816       _part_coords=tmpPD->composeWith(pc);
3817     }
3818   return ret.retn();
3819 }
3820
3821 /*!
3822  * This method performs an extrusion along a path defined by \a m1D.
3823  * \a this is expected to be a mesh with max mesh dimension equal to 2.
3824  * \a m1D is expected to be a mesh with space dimesion equal to 3 and mesh dimension equal to 1.
3825  * Mesh dimensions of returned mesh is incremented by one compared to thoose in \a this.
3826  * This method scans all levels in \a this
3827  * and put them in the returned mesh. All groups in \a this are also put in the returned mesh.
3828  *
3829  * \param [in] m1D - the mesh defining the extrusion path.
3830  * \param [in] policy - defines the policy of extrusion (see MEDCouplingUMesh::buildExtrudedMesh for more details)
3831  * \return - a new reference on mesh (you have to deal with using decrRef). The returned mesh will have the same name than \a this.
3832  *
3833  * \sa MEDCouplingUMesh::buildExtrudedMesh
3834  */
3835 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::buildExtrudedMesh(const MEDCouplingUMesh *m1D, int policy) const
3836 {
3837   if(getMeshDimension()!=2)
3838     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::buildExtrudedMesh : this is expected to be with mesh dimension equal to 2 !");
3839   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> ret(MEDFileUMesh::New());
3840   m1D->checkCoherency();
3841   if(m1D->getMeshDimension()!=1)
3842     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::buildExtrudedMesh : input mesh must have a mesh dimension equal to one !");
3843   int nbRep(m1D->getNumberOfCells());
3844   std::vector<int> levs(getNonEmptyLevels());
3845   std::vector<std::string> grps(getGroupsNames());
3846   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> > zeList;
3847   DataArrayDouble *coords(0);
3848   std::size_t nbOfLevsOut(levs.size()+1);
3849   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > o2ns(nbOfLevsOut);
3850   for(std::vector<int>::const_iterator lev=levs.begin();lev!=levs.end();lev++)
3851     {
3852       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> item(getMeshAtLevel(*lev));
3853       item=item->clone(false);
3854       item->changeSpaceDimension(3+(*lev),0.);//no problem non const but change DataArrayDouble for coordinates do not alter data
3855       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> tmp(static_cast<MEDCouplingUMesh *>(m1D->deepCpy()));
3856       tmp->changeSpaceDimension(3+(*lev),0.);
3857       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> elt(item->buildExtrudedMesh(tmp,policy));
3858       zeList.push_back(elt);
3859       if(*lev==0)
3860         coords=elt->getCoords();
3861     }
3862   if(!coords)
3863     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::buildExtrudedMesh : internal error !");
3864   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> >::iterator it=zeList.begin();it!=zeList.end();it++)
3865     {
3866       (*it)->setName(getName());
3867       (*it)->setCoords(coords);
3868     }
3869   for(std::size_t ii=0;ii!=zeList.size();ii++)
3870     {
3871       int lev(levs[ii]);
3872       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> elt(zeList[ii]);
3873       if(lev<=-1)
3874         {
3875           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> elt1(getMeshAtLevel(lev+1));
3876           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> elt2(elt1->clone(false));
3877           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp(elt2->getNodalConnectivity()->deepCpy());
3878           elt2->setConnectivity(tmp,elt2->getNodalConnectivityIndex());
3879           elt2->shiftNodeNumbersInConn(nbRep*elt1->getNumberOfNodes());
3880           elt1->setCoords(elt->getCoords()); elt2->setCoords(elt->getCoords());
3881           std::vector<const MEDCouplingUMesh *> elts(3);
3882           elts[0]=elt; elts[1]=elt1; elts[2]=elt2;
3883           elt=MEDCouplingUMesh::MergeUMeshesOnSameCoords(elts);
3884           elt->setName(getName());
3885         }
3886       //
3887       o2ns[ii]=elt->sortCellsInMEDFileFrmt();
3888       ret->setMeshAtLevel(lev,elt);
3889     }
3890   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> endLev(getMeshAtLevel(levs.back())),endLev2;
3891   endLev=endLev->clone(false); endLev->setCoords(coords);
3892   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp(endLev->getNodalConnectivity()->deepCpy());
3893   endLev2=endLev->clone(false); endLev2->setConnectivity(tmp,endLev->getNodalConnectivityIndex());
3894   endLev2->shiftNodeNumbersInConn(nbRep*getNumberOfNodes());
3895   endLev=MEDCouplingUMesh::MergeUMeshesOnSameCoords(endLev,endLev2);
3896   o2ns[levs.size()]=endLev->sortCellsInMEDFileFrmt();
3897   endLev->setName(getName());
3898   ret->setMeshAtLevel(levs.back()-1,endLev);
3899   //
3900   for(std::size_t ii=0;ii!=zeList.size();ii++)
3901     {
3902       int lev(levs[ii]);
3903       std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > outGrps;
3904       std::vector< const DataArrayInt * > outGrps2;
3905       if(lev<=-1)
3906         {
3907           for(std::vector<std::string>::const_iterator grp=grps.begin();grp!=grps.end();grp++)
3908             {
3909               MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> grpArr(getGroupArr(lev+1,*grp));
3910               if(!grpArr->empty())
3911                 {
3912                   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> grpArr1(grpArr->deepCpy()),grpArr2(grpArr->deepCpy());
3913                   int offset0(zeList[ii]->getNumberOfCells());
3914                   int offset1(offset0+getNumberOfCellsAtLevel(lev+1));
3915                   grpArr1->applyLin(1,offset0); grpArr2->applyLin(1,offset1);
3916                   std::ostringstream oss; oss << grpArr2->getName() << "_top";
3917                   grpArr2->setName(oss.str());
3918                   grpArr1->transformWithIndArr(o2ns[ii]->begin(),o2ns[ii]->end());
3919                   grpArr2->transformWithIndArr(o2ns[ii]->begin(),o2ns[ii]->end());
3920                   outGrps.push_back(grpArr1); outGrps.push_back(grpArr2);
3921                   outGrps2.push_back(grpArr1); outGrps2.push_back(grpArr2);
3922                 }
3923             }
3924         }
3925       //
3926       for(std::vector<std::string>::const_iterator grp=grps.begin();grp!=grps.end();grp++)
3927         {
3928           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> grpArr(getGroupArr(lev,*grp));
3929           if(!grpArr->empty())
3930             {
3931               int nbCellsB4Extrusion(getNumberOfCellsAtLevel(lev));
3932               std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > grpArrs(nbRep);
3933               std::vector< const DataArrayInt *> grpArrs2(nbRep);
3934               for(int iii=0;iii<nbRep;iii++)
3935                 {
3936                   grpArrs[iii]=grpArr->deepCpy(); grpArrs[iii]->applyLin(1,iii*nbCellsB4Extrusion);
3937                   grpArrs2[iii]=grpArrs[iii];
3938                 }
3939               MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> grpArrExt(DataArrayInt::Aggregate(grpArrs2));
3940               grpArrExt->transformWithIndArr(o2ns[ii]->begin(),o2ns[ii]->end());
3941               std::ostringstream grpName; grpName << *grp << "_extruded";
3942               grpArrExt->setName(grpName.str());
3943               outGrps.push_back(grpArrExt);
3944               outGrps2.push_back(grpArrExt);
3945             }
3946         }
3947       ret->setGroupsAtLevel(lev,outGrps2);
3948     }
3949   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > outGrps;
3950   std::vector< const DataArrayInt * > outGrps2;
3951   for(std::vector<std::string>::const_iterator grp=grps.begin();grp!=grps.end();grp++)
3952     {
3953       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> grpArr1(getGroupArr(levs.back(),*grp));
3954       if(grpArr1->empty())
3955         continue;
3956       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> grpArr2(grpArr1->deepCpy());
3957       std::ostringstream grpName; grpName << *grp << "_top";
3958       grpArr2->setName(grpName.str());
3959       grpArr2->applyLin(1,getNumberOfCellsAtLevel(levs.back()));
3960       outGrps.push_back(grpArr1); outGrps.push_back(grpArr2);
3961       outGrps2.push_back(grpArr1); outGrps2.push_back(grpArr2);
3962     }
3963   ret->setGroupsAtLevel(levs.back()-1,outGrps2);
3964   return ret.retn();
3965 }
3966
3967 /*!
3968  * This method converts all linear cells in \a this into quadratic cells (following the \a conversionType policy).
3969  * All the cells converted are put in the returned instance. This method applies all the groups and families in \a this to returned instance.
3970  * Groups on nodes and families on nodes are copied directly to the returned instance without transformation.
3971  *
3972  * \param [in] conversionType - conversionType specifies the type of conversion expected. Only 0 (default) and 1 are supported presently. 0 those that creates the 'most' simple
3973  *             corresponding quadratic cells. 1 is those creating the 'most' complex.
3974  * \param [in] eps - detection threshold for coordinates.
3975  * \return A new instance that is the result of the conversion. The caller has the ownership of this returned instance.
3976  *
3977  * \sa MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic , quadraticToLinear
3978  */
3979 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::linearToQuadratic(int conversionType, double eps) const
3980 {
3981   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> ret(MEDFileUMesh::New());
3982   int initialNbNodes(getNumberOfNodes());
3983   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m0Tmp(getMeshAtLevel(0));
3984   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m0(dynamic_cast<MEDCouplingUMesh *>(m0Tmp->deepCpy()));
3985   {
3986     MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> notUsed(m0->convertLinearCellsToQuadratic(conversionType));
3987   }
3988   DataArrayDouble *zeCoords(m0->getCoords());
3989   ret->setMeshAtLevel(0,m0);
3990   std::vector<int> levs(getNonEmptyLevels());
3991   const DataArrayInt *famField(getFamilyFieldAtLevel(0));
3992   if(famField)
3993     {
3994       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famFieldCpy(famField->deepCpy());
3995       ret->setFamilyFieldArr(0,famFieldCpy);
3996     }
3997   famField=getFamilyFieldAtLevel(1);
3998   if(famField)
3999     {
4000       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> fam(DataArrayInt::New()); fam->alloc(zeCoords->getNumberOfTuples(),1);
4001       fam->fillWithZero();
4002       fam->setPartOfValues1(famField,0,initialNbNodes,1,0,1,1);
4003       ret->setFamilyFieldArr(1,fam);
4004     }
4005   ret->copyFamGrpMapsFrom(*this);
4006   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> partZeCoords(zeCoords->selectByTupleId2(initialNbNodes,zeCoords->getNumberOfTuples(),1));
4007   for(std::vector<int>::const_iterator lev=levs.begin();lev!=levs.end();lev++)
4008     {
4009       if(*lev==0)
4010         continue;
4011       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1Tmp(getMeshAtLevel(*lev));
4012       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1(dynamic_cast<MEDCouplingUMesh *>(m1Tmp->deepCpy()));
4013       {
4014         MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> notUsed(m1->convertLinearCellsToQuadratic(conversionType));
4015       }
4016       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> m1Coords(m1->getCoords()->selectByTupleId2(initialNbNodes,m1->getNumberOfNodes(),1));
4017       DataArrayInt *b(0);
4018       bool a(partZeCoords->areIncludedInMe(m1Coords,eps,b));
4019       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> bSafe(b);
4020       if(!a)
4021         {
4022           std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::linearCellsToQuadratic : for level " << *lev << " problem to identify nodes generated !";
4023           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
4024         }
4025       b->applyLin(1,initialNbNodes);
4026       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> l0(DataArrayInt::New()); l0->alloc(initialNbNodes,1); l0->iota();
4027       std::vector<const DataArrayInt *> v(2); v[0]=l0; v[1]=b;
4028       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> renum(DataArrayInt::Aggregate(v));
4029       m1->renumberNodesInConn(renum->begin());
4030       m1->setCoords(zeCoords);
4031       ret->setMeshAtLevel(*lev,m1);
4032       famField=getFamilyFieldAtLevel(*lev);
4033       if(famField)
4034         {
4035           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famFieldCpy(famField->deepCpy());
4036           ret->setFamilyFieldArr(*lev,famFieldCpy);
4037         }
4038     }
4039   return ret.retn();
4040 }
4041
4042 /*!
4043  * This method converts all quadratic cells in \a this into linear cells.
4044  * All the cells converted are put in the returned instance. This method applies all the groups and families in \a this to returned instance.
4045  * Groups on nodes and families on nodes are copied directly to the returned instance without transformation.
4046  *
4047  * \param [in] eps - detection threshold for coordinates.
4048  * \return A new instance that is the result of the conversion. The caller has the ownership of this returned instance.
4049  *
4050  * \sa MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic , linearToQuadratic
4051  */
4052 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::quadraticToLinear(double eps) const
4053 {
4054   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> ret(MEDFileUMesh::New());
4055   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m0Tmp(getMeshAtLevel(0));
4056   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m0(dynamic_cast<MEDCouplingUMesh *>(m0Tmp->deepCpy()));
4057   m0->convertQuadraticCellsToLinear();
4058   m0->zipCoords();
4059   DataArrayDouble *zeCoords(m0->getCoords());
4060   ret->setMeshAtLevel(0,m0);
4061   std::vector<int> levs(getNonEmptyLevels());
4062   const DataArrayInt *famField(getFamilyFieldAtLevel(0));
4063   if(famField)
4064     {
4065       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famFieldCpy(famField->deepCpy());
4066       ret->setFamilyFieldArr(0,famFieldCpy);
4067     }
4068   famField=getFamilyFieldAtLevel(1);
4069   if(famField)
4070     {
4071       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> fam(famField->selectByTupleId2(0,zeCoords->getNumberOfTuples(),1));
4072       ret->setFamilyFieldArr(1,fam);
4073     }
4074   ret->copyFamGrpMapsFrom(*this);
4075   for(std::vector<int>::const_iterator lev=levs.begin();lev!=levs.end();lev++)
4076     {
4077       if(*lev==0)
4078         continue;
4079       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1Tmp(getMeshAtLevel(*lev));
4080       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1(dynamic_cast<MEDCouplingUMesh *>(m1Tmp->deepCpy()));
4081       m1->convertQuadraticCellsToLinear();
4082       m1->zipCoords();
4083       DataArrayInt *b(0);
4084       bool a(zeCoords->areIncludedInMe(m1->getCoords(),eps,b));
4085       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> bSafe(b);
4086       if(!a)
4087         {
4088           std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::quadraticToLinear : for level " << *lev << " problem to identify nodes generated !";
4089           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
4090         }
4091       m1->renumberNodesInConn(b->begin());
4092       m1->setCoords(zeCoords);
4093       ret->setMeshAtLevel(*lev,m1);
4094       famField=getFamilyFieldAtLevel(*lev);
4095       if(famField)
4096         {
4097           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famFieldCpy(famField->deepCpy());
4098           ret->setFamilyFieldArr(*lev,famFieldCpy);
4099         }
4100     }
4101   return ret.retn();
4102 }
4103
4104 void MEDFileUMesh::serialize(std::vector<double>& tinyDouble, std::vector<int>& tinyInt, std::vector<std::string>& tinyStr, std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> >& bigArraysI, MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble>& bigArrayD)
4105 {
4106   clearNonDiscrAttributes();
4107   forceComputationOfParts();
4108   tinyDouble.clear(); tinyInt.clear(); tinyStr.clear(); bigArraysI.clear(); bigArrayD=0;
4109   std::vector<int> layer0;
4110   layer0.push_back(_order); //0 i
4111   layer0.push_back(_iteration);//1 i
4112   layer0.push_back(getSpaceDimension());//2 i
4113   tinyDouble.push_back(_time);//0 d
4114   tinyStr.push_back(_name);//0 s
4115   tinyStr.push_back(_desc_name);//1 s
4116   for(int i=0;i<getSpaceDimension();i++)
4117     tinyStr.push_back(_coords->getInfoOnComponent(i));
4118   layer0.push_back((int)_families.size());//3 i <- key info aa layer#0
4119   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
4120     {
4121       tinyStr.push_back((*it).first);
4122       layer0.push_back((*it).second);
4123     }
4124   layer0.push_back((int)_groups.size());//3+aa i <- key info bb layer#0
4125   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it0=_groups.begin();it0!=_groups.end();it0++)
4126     {
4127       layer0.push_back((int)(*it0).second.size());
4128       tinyStr.push_back((*it0).first);
4129       for(std::vector<std::string>::const_iterator it1=((*it0).second).begin();it1!=((*it0).second).end();it1++)
4130         tinyStr.push_back(*it1);
4131     }
4132   // sizeof(layer0)==3+aa+1+bb layer#0
4133   bigArrayD=_coords;// 0 bd
4134   bigArraysI.push_back(_fam_coords);// 0 bi
4135   bigArraysI.push_back(_num_coords);// 1 bi
4136   const PartDefinition *pd(_part_coords);
4137   if(!pd)
4138     layer0.push_back(-1);
4139   else
4140     {
4141       std::vector<int> tmp0;
4142       pd->serialize(tmp0,bigArraysI);
4143       tinyInt.push_back(tmp0.size());
4144       tinyInt.insert(tinyInt.end(),tmp0.begin(),tmp0.end());
4145     }
4146   //
4147   std::vector<int> layer1;
4148   std::vector<int> levs(getNonEmptyLevels());
4149   layer1.push_back((int)levs.size());// 0 i <- key
4150   layer1.insert(layer1.end(),levs.begin(),levs.end());
4151   for(std::vector<int>::const_iterator it=levs.begin();it!=levs.end();it++)
4152     {
4153       const MEDFileUMeshSplitL1 *lev(getMeshAtLevSafe(*it));
4154       lev->serialize(layer1,bigArraysI);
4155     }
4156   // put layers all together.
4157   tinyInt.push_back(layer0.size());
4158   tinyInt.insert(tinyInt.end(),layer0.begin(),layer0.end());
4159   tinyInt.push_back(layer1.size());
4160   tinyInt.insert(tinyInt.end(),layer1.begin(),layer1.end());
4161 }
4162
4163 void MEDFileUMesh::unserialize(std::vector<double>& tinyDouble, std::vector<int>& tinyInt, std::vector<std::string>& tinyStr,
4164                                std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> >& bigArraysI, MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble>& bigArrayD)
4165 {
4166   int sz0(tinyInt[0]);
4167   std::vector<int> layer0(tinyInt.begin()+1,tinyInt.begin()+1+sz0);
4168   int sz1(tinyInt[sz0+1]);
4169   std::vector<int> layer1(tinyInt.begin()+2+sz0,tinyInt.begin()+2+sz0+sz1);
4170   //
4171   std::reverse(layer0.begin(),layer0.end());
4172   std::reverse(layer1.begin(),layer1.end());
4173   std::reverse(tinyDouble.begin(),tinyDouble.end());
4174   std::reverse(tinyStr.begin(),tinyStr.end());
4175   std::reverse(bigArraysI.begin(),bigArraysI.end());
4176   //
4177   _order=layer0.back(); layer0.pop_back();
4178   _iteration=layer0.back(); layer0.pop_back();
4179   int spaceDim(layer0.back()); layer0.pop_back();
4180   _time=tinyDouble.back(); tinyDouble.pop_back();
4181   _name=tinyStr.back(); tinyStr.pop_back();
4182   _desc_name=tinyStr.back(); tinyStr.pop_back();
4183   _coords=bigArrayD; _coords->rearrange(spaceDim);
4184   for(int i=0;i<spaceDim;i++)
4185     {
4186       _coords->setInfoOnComponent(i,tinyStr.back());
4187       tinyStr.pop_back();
4188     }
4189   int nbOfFams(layer0.back()); layer0.pop_back();
4190   _families.clear();
4191   for(int i=0;i<nbOfFams;i++)
4192     {
4193       _families[tinyStr.back()]=layer0.back();
4194       tinyStr.pop_back(); layer0.pop_back();
4195     }
4196   int nbGroups(layer0.back()); layer0.pop_back();
4197   _groups.clear();
4198   for(int i=0;i<nbGroups;i++)
4199     {
4200       std::string grpName(tinyStr.back()); tinyStr.pop_back();
4201       int nbOfFamsOnGrp(layer0.back()); layer0.pop_back();
4202       std::vector<std::string> fams(nbOfFamsOnGrp);
4203       for(int j=0;j<nbOfFamsOnGrp;j++)
4204         {
4205           fams[j]=tinyStr.back(); tinyStr.pop_back();
4206         }
4207       _groups[grpName]=fams;
4208     }
4209   _fam_coords=bigArraysI.back(); bigArraysI.pop_back();
4210   _num_coords=bigArraysI.back(); bigArraysI.pop_back();
4211   _part_coords=0;
4212   int isPd(layer0.back()); layer0.pop_back();
4213   if(isPd!=-1)
4214     {
4215       std::vector<int> tmp0(layer0.begin(),layer0.begin()+isPd);
4216       layer0.erase(layer0.begin(),layer0.begin()+isPd);
4217       _part_coords=PartDefinition::Unserialize(tmp0,bigArraysI);
4218     }
4219   if(!layer0.empty())
4220     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::unserialize : something wrong during unserialization #1 !");
4221   //
4222   int nbLevs(layer1.back()); layer1.pop_back();
4223   std::vector<int> levs(layer1.rbegin(),layer1.rbegin()+nbLevs); layer1.erase(layer1.end()-nbLevs,layer1.end());
4224   _ms.clear();
4225   int maxLev(-(*std::min_element(levs.begin(),levs.end())));
4226   _ms.resize(maxLev+1);
4227   for(int i=0;i<nbLevs;i++)
4228     {
4229       int lev(levs[i]);
4230       int pos(-lev);
4231       _ms[pos]=MEDFileUMeshSplitL1::Unserialize(_name,_coords,layer1,bigArraysI);
4232     }
4233 }
4234
4235 /*!
4236  * Adds a group of nodes to \a this mesh.
4237  *  \param [in] ids - a DataArrayInt providing ids and a name of the group to add.
4238  *          The ids should be sorted and different each other (MED file norm).
4239  *
4240  *  \warning this method can alter default "FAMILLE_ZERO" family.
4241  *  For users sensitive to this a call to MEDFileMesh::rearrangeFamilies will be necessary after addGroup session.
4242  *
4243  *  \throw If the node coordinates array is not set.
4244  *  \throw If \a ids == \c NULL.
4245  *  \throw If \a ids->getName() == "".
4246  *  \throw If \a ids does not respect the MED file norm.
4247  *  \throw If a group with name \a ids->getName() already exists.
4248  */
4249 void MEDFileUMesh::addNodeGroup(const DataArrayInt *ids)
4250 {
4251   const DataArrayDouble *coords(_coords);
4252   if(!coords)
4253     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::addNodeGroup : no coords set !");
4254   int nbOfNodes(coords->getNumberOfTuples());
4255   if(!((DataArrayInt *)_fam_coords))
4256     { _fam_coords=DataArrayInt::New(); _fam_coords->alloc(nbOfNodes,1); _fam_coords->fillWithZero(); }
4257   //
4258   addGroupUnderground(true,ids,_fam_coords);
4259 }
4260
4261 /*!
4262  * Adds a group of nodes/cells/faces/edges to \a this mesh.
4263  *
4264  *  \param [in] ids - a DataArrayInt providing ids and a name of the group to add.
4265  *          The ids should be sorted and different each other (MED file norm).
4266  *
4267  * \warning this method can alter default "FAMILLE_ZERO" family.
4268  * For users sensitive to this a call to MEDFileMesh::rearrangeFamilies will be necessary after addGroup session.
4269  *
4270  *  \throw If the node coordinates array is not set.
4271  *  \throw If \a ids == \c NULL.
4272  *  \throw If \a ids->getName() == "".
4273  *  \throw If \a ids does not respect the MED file norm.
4274  *  \throw If a group with name \a ids->getName() already exists.
4275  */
4276 void MEDFileUMesh::addGroup(int meshDimRelToMaxExt, const DataArrayInt *ids)
4277 {
4278   std::vector<int> levs(getNonEmptyLevelsExt());
4279   if(std::find(levs.begin(),levs.end(),meshDimRelToMaxExt)==levs.end())
4280     { 
4281       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::addGroup : level " << meshDimRelToMaxExt << " not available ! Should be in ";
4282       std::copy(levs.begin(),levs.end(),std::ostream_iterator<int>(oss," ")); oss << " !"; throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
4283     }
4284   if(meshDimRelToMaxExt==1)
4285     { addNodeGroup(ids); return ; }
4286   MEDFileUMeshSplitL1 *lev(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt));
4287   DataArrayInt *fam(lev->getOrCreateAndGetFamilyField());
4288   addGroupUnderground(false,ids,fam);
4289 }
4290
4291 /*!
4292  * Changes a name of a family specified by its id.
4293  *  \param [in] id - the id of the family of interest.
4294  *  \param [in] newFamName - the new family name.
4295  *  \throw If no family with the given \a id exists.
4296  */
4297 void MEDFileUMesh::setFamilyNameAttachedOnId(int id, const std::string& newFamName)
4298 {
4299   std::string oldName=getFamilyNameGivenId(id);
4300   _families.erase(oldName);
4301   _families[newFamName]=id;
4302 }
4303
4304 /*!
4305  * Removes a mesh of a given dimension.
4306  *  \param [in] meshDimRelToMax - the relative dimension of interest.
4307  *  \throw If there is no mesh at level \a meshDimRelToMax in \a this mesh.
4308  */
4309 void MEDFileUMesh::removeMeshAtLevel(int meshDimRelToMax)
4310 {
4311   std::vector<int> levSet=getNonEmptyLevels();
4312   std::vector<int>::const_iterator it=std::find(levSet.begin(),levSet.end(),meshDimRelToMax);
4313   if(it==levSet.end())
4314     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::removeMeshAtLevel : the requested level is not existing !");
4315   int pos=(-meshDimRelToMax);
4316   _ms[pos]=0;
4317 }
4318
4319 /*!
4320  * Sets a new MEDCoupling1GTUMesh at a given level in \a this mesh.
4321  *  \param [in] meshDimRelToMax - a relative level to set the mesh at.
4322  *  \param [in] m - the new mesh to set.
4323  *  \throw If the name or the description of \a this mesh and \a m are not empty and are
4324  *         different. 
4325  *  \throw If the node coordinates array is set \a this in mesh and \a m refers to
4326  *         another node coordinates array.
4327  *  \throw If the mesh dimension of \a m does not correspond to \a meshDimRelToMax or
4328  *         to the existing meshes of other levels of \a this mesh.
4329  */
4330 void MEDFileUMesh::setMeshAtLevel(int meshDimRelToMax, MEDCoupling1GTUMesh *m)
4331 {
4332   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> elt(new MEDFileUMeshSplitL1(m));
4333   checkAndGiveEntryInSplitL1(meshDimRelToMax,m)=elt;
4334 }
4335
4336 /*!
4337  * Sets a new MEDCouplingUMesh at a given level in \a this mesh.
4338  *  \param [in] meshDimRelToMax - a relative level to set the mesh at.
4339  *  \param [in] m - the new mesh to set.
4340  *  \param [in] newOrOld - if \c true, cells in \a m are sorted by type to be ready for 
4341  *         writing \a this mesh in a MED file.
4342  *  \throw If the name or the description of \a this mesh and \a m are not empty and are
4343  *         different. 
4344  *  \throw If the node coordinates array is set \a this in mesh and \a m refers to
4345  *         another node coordinates array.
4346  *  \throw If the mesh dimension of \a m does not correspond to \a meshDimRelToMax or
4347  *         to the existing meshes of other levels of \a this mesh.
4348  */
4349 void MEDFileUMesh::setMeshAtLevel(int meshDimRelToMax, MEDCouplingUMesh *m, bool newOrOld)
4350 {
4351   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> elt(new MEDFileUMeshSplitL1(m,newOrOld));
4352   checkAndGiveEntryInSplitL1(meshDimRelToMax,m)=elt;
4353 }
4354
4355 MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1>& MEDFileUMesh::checkAndGiveEntryInSplitL1(int meshDimRelToMax, MEDCouplingPointSet *m)
4356 {
4357   dealWithTinyInfo(m);
4358   std::vector<int> levSet=getNonEmptyLevels();
4359   if(std::find(levSet.begin(),levSet.end(),meshDimRelToMax)==levSet.end())
4360     {
4361       if((DataArrayDouble *)_coords==0)
4362         {
4363           DataArrayDouble *c=m->getCoords();
4364           if(c)
4365             c->incrRef();
4366           _coords=c;
4367         }
4368       if(m->getCoords()!=_coords)
4369         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setMeshAtLevel : Invalid Given Mesh ! The coordinates are not the same ! try to use tryToShareSameCoords !");
4370       int sz=(-meshDimRelToMax)+1;
4371       if(sz>=(int)_ms.size())
4372         _ms.resize(sz);
4373       checkMeshDimCoherency(m->getMeshDimension(),meshDimRelToMax);
4374       return _ms[sz-1];
4375     }
4376   else
4377     return _ms[-meshDimRelToMax];
4378 }
4379
4380 /*!
4381  * This method allows to set at once the content of different levels in \a this.
4382  * This method is equivalent to a series of call to MEDFileUMesh::setMeshAtLevel.
4383  *
4384  * \param [in] ms - List of unstructured meshes lying on the same coordinates and having different mesh dimesnion.
4385  * \param [in] renum - the parameter (set to false by default) that tells the beheviour if there is a mesh on \a ms that is not geo type sorted.
4386  *                     If false, an exception ois thrown. If true the mesh is reordered automatically. It is highly recommanded to let this parameter to false.
4387  *
4388  * \throw If \a there is a null pointer in \a ms.
4389  * \sa MEDFileUMesh::setMeshAtLevel
4390  */
4391 void MEDFileUMesh::setMeshes(const std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& ms, bool renum)
4392 {
4393   if(ms.empty())
4394     return ;
4395   const MEDCouplingUMesh *mRef=ms[0];
4396   if(!mRef)
4397     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setMeshes : null instance in the first element of input meshes !");
4398   std::string name(mRef->getName());
4399   const DataArrayDouble *coo(mRef->getCoords());
4400   std::set<int> s;
4401   int zeDim=-1;
4402   for(std::vector<const MEDCouplingUMesh *>::const_iterator it=ms.begin();it!=ms.end();it++)
4403     {
4404       const MEDCouplingUMesh *cur(*it);
4405       if(!cur)
4406         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setMeshes : null instance in input vector of meshes !");
4407       if(coo!=cur->getCoords())
4408         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setMeshes : The input meshes do not share the same coordinates !");
4409       int mdim=cur->getMeshDimension();
4410       zeDim=std::max(zeDim,mdim);
4411       if(s.find(mdim)!=s.end())
4412         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setMeshes : The input meshes must share the same coordinates pointer, and should have different mesh dimension each other !");
4413     }
4414   for(std::vector<const MEDCouplingUMesh *>::const_iterator it=ms.begin();it!=ms.end();it++)
4415     {
4416       int mdim=(*it)->getMeshDimension();
4417       setName((*it)->getName());
4418       setMeshAtLevel(mdim-zeDim,const_cast<MEDCouplingUMesh *>(*it),renum);
4419     }
4420   setName(name);
4421 }
4422
4423 /*!
4424  * Creates one MEDCouplingUMesh at a given level in \a this mesh from a sequence of
4425  * meshes each representing a group, and creates corresponding groups in \a this mesh.
4426  * The given meshes must share the same node coordinates array.
4427  *  \param [in] meshDimRelToMax - the relative dimension to create the mesh and groups at.
4428  *  \param [in] ms - the sequence of meshes. Each mesh in \a ms represents a group to
4429  *          create in \a this mesh.
4430  *  \throw If \a ms is empty.
4431  *  \throw If dimension of meshes in \a ms does not correspond to \a meshDimRelToMax or
4432  *         to the existing meshes of other levels of \a this mesh.
4433  *  \throw If the meshes in \a ms do not share the same node coordinates array.
4434  *  \throw If the node coordinates array of \a this mesh (if any) is not the same as that
4435  *         of the given meshes.
4436  *  \throw If \a ms[ i ] is not well defined (MEDCouplingUMesh::checkCoherency()).
4437  *  \throw If names of some meshes in \a ms are equal.
4438  *  \throw If \a ms includes a mesh with an empty name.
4439  */
4440 void MEDFileUMesh::setGroupsFromScratch(int meshDimRelToMax, const std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& ms, bool renum)
4441 {
4442   if(ms.empty())
4443     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setGroupsFromScratch : expecting a non empty vector !");
4444   int sz=(-meshDimRelToMax)+1;
4445   if(sz>=(int)_ms.size())
4446     _ms.resize(sz);
4447   checkMeshDimCoherency(ms[0]->getMeshDimension(),meshDimRelToMax);
4448   DataArrayDouble *coo=checkMultiMesh(ms);
4449   if((DataArrayDouble *)_coords==0)
4450     {
4451       coo->incrRef();
4452       _coords=coo;
4453     }
4454   else
4455     if((DataArrayDouble *)_coords!=coo)
4456       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setGroupsFromScratch : coordinates mismatches !");
4457   std::vector<DataArrayInt *> corr;
4458   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m=MEDCouplingUMesh::FuseUMeshesOnSameCoords(ms,_zipconn_pol,corr);
4459   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > corr3(corr.begin(),corr.end());
4460   setMeshAtLevel(meshDimRelToMax,m,renum);
4461   std::vector<const DataArrayInt *> corr2(corr.begin(),corr.end());
4462   setGroupsAtLevel(meshDimRelToMax,corr2,true);
4463 }
4464
4465 /*!
4466  * Creates groups at a given level in \a this mesh from a sequence of
4467  * meshes each representing a group.
4468  * The given meshes must share the same node coordinates array.
4469  *  \param [in] meshDimRelToMax - the relative dimension to create the groups at.
4470  *  \param [in] ms - the sequence of meshes. Each mesh in \a ms represents a group to
4471  *         create in \a this mesh.
4472  *  \param [in] renum - if \c true, then the optional numbers of entities are taken into
4473  *         account. 
4474  *  \throw If \a ms is empty.
4475  *  \throw If dimension of meshes in \a ms does not correspond to \a meshDimRelToMax or
4476  *         to the existing meshes of other levels of \a this mesh.
4477  *  \throw If the meshes in \a ms do not share the same node coordinates array.
4478  *  \throw If the node coordinates array of \a this mesh (if any) is not the same as that
4479  *         of the given meshes.
4480  *  \throw If \a ms[ i ] is not well defined (MEDCouplingUMesh::checkCoherency()).
4481  *  \throw If names of some meshes in \a ms are equal.
4482  *  \throw If \a ms includes a mesh with an empty name.
4483  */
4484 void MEDFileUMesh::setGroupsOnSetMesh(int meshDimRelToMax, const std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& ms, bool renum)
4485 {
4486   if(ms.empty())
4487     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setGroupsOnSetMesh : expecting a non empty vector !");
4488   int sz=(-meshDimRelToMax)+1;
4489   if(sz>=(int)_ms.size())
4490     _ms.resize(sz);
4491   checkMeshDimCoherency(ms[0]->getMeshDimension(),meshDimRelToMax);
4492   DataArrayDouble *coo=checkMultiMesh(ms);
4493   if((DataArrayDouble *)_coords==0)
4494     {
4495       coo->incrRef();
4496       _coords=coo;
4497     }
4498   else
4499     if((DataArrayDouble *)_coords!=coo)
4500       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setGroupsOnSetMesh : coordinates mismatches !");
4501   MEDCouplingUMesh *m=getMeshAtLevel(meshDimRelToMax,renum);
4502   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > corr(ms.size());
4503   int i=0;
4504   for(std::vector<const MEDCouplingUMesh *>::const_iterator it=ms.begin();it!=ms.end();it++,i++)
4505     {
4506       DataArrayInt *arr=0;
4507       bool test=m->areCellsIncludedIn(*it,_zipconn_pol,arr);
4508       corr[i]=arr;
4509       if(!test)
4510         {
4511           std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::setGroupsOnSetMesh : mesh #" << i << " is not part of whole mesh !";
4512           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
4513         }
4514     }
4515   std::vector<const DataArrayInt *> corr2(corr.begin(),corr.end());
4516   setGroupsAtLevel(meshDimRelToMax,corr2,renum);
4517 }
4518
4519 DataArrayDouble *MEDFileUMesh::checkMultiMesh(const std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& ms) const
4520 {
4521   const DataArrayDouble *ret=ms[0]->getCoords();
4522   int mdim=ms[0]->getMeshDimension();
4523   for(unsigned int i=1;i<ms.size();i++)
4524     {
4525       ms[i]->checkCoherency();
4526       if(ms[i]->getCoords()!=ret)
4527         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::checkMultiMesh : meshes must share the same coords !");
4528       if(ms[i]->getMeshDimension()!=mdim)
4529         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::checkMultiMesh : meshes have not same mesh dimension !");
4530     }
4531   return const_cast<DataArrayDouble *>(ret);
4532 }
4533
4534 /*!
4535  * Sets the family field of a given relative dimension.
4536  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of entities for which
4537  *          the family field is set.
4538  *  \param [in] famArr - the array of the family field.
4539  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
4540  *  \throw If \a famArr has an invalid size.
4541  */
4542 void MEDFileUMesh::setFamilyFieldArr(int meshDimRelToMaxExt, DataArrayInt *famArr)
4543 {
4544   if(meshDimRelToMaxExt==1)
4545     {
4546       if(!famArr)
4547         {
4548           _fam_coords=0;
4549           return ;
4550         }
4551       DataArrayDouble *coo(_coords);
4552       if(!coo)
4553         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setFamilyFieldArr : the coordinates have not been set !");
4554       famArr->checkNbOfTuplesAndComp(coo->getNumberOfTuples(),1,"MEDFileUMesh::setFamilyFieldArr : Problem in size of node family arr ! ");
4555       famArr->incrRef();
4556       _fam_coords=famArr;
4557       return ;
4558     }
4559   if(meshDimRelToMaxExt>1)
4560     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setFamilyFieldArr : Dimension request is invalid (>1) !");
4561   int traducedRk=-meshDimRelToMaxExt;
4562   if(traducedRk>=(int)_ms.size())
4563     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh dim relative to max given ! Too low !");
4564   if((MEDFileUMeshSplitL1 *)_ms[traducedRk]==0)
4565     throw INTERP_KERNEL::Exception("On specified lev (or entity) no cells exists !");
4566   return _ms[traducedRk]->setFamilyArr(famArr);
4567 }
4568
4569 /*!
4570  * Sets the optional numbers of mesh entities of a given dimension.
4571  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
4572  *  \param [in] renumArr - the array of the numbers.
4573  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
4574  *  \throw If \a renumArr has an invalid size.
4575  */
4576 void MEDFileUMesh::setRenumFieldArr(int meshDimRelToMaxExt, DataArrayInt *renumArr)
4577 {
4578   if(meshDimRelToMaxExt==1)
4579     {
4580       if(!renumArr)
4581         {
4582           _num_coords=0;
4583           _rev_num_coords=0;
4584           return ;
4585         }
4586       DataArrayDouble *coo(_coords);
4587       if(!coo)
4588         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setRenumFieldArr : the coordinates have not been set !");
4589       renumArr->checkNbOfTuplesAndComp(coo->getNumberOfTuples(),1,"MEDFileUMesh::setRenumArr : Problem in size of node numbering arr ! ");
4590       renumArr->incrRef();
4591       _num_coords=renumArr;
4592       computeRevNum();
4593       return ;
4594     }
4595   if(meshDimRelToMaxExt>1)
4596     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setRenumArr : Dimension request is invalid (>1) !");
4597   int traducedRk=-meshDimRelToMaxExt;
4598   if(traducedRk>=(int)_ms.size())
4599     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh dim relative to max given ! Too low !");
4600   if((MEDFileUMeshSplitL1 *)_ms[traducedRk]==0)
4601     throw INTERP_KERNEL::Exception("On specified lev (or entity) no cells exists !");
4602   return _ms[traducedRk]->setRenumArr(renumArr);
4603 }
4604
4605 /*!
4606  * Sets the optional names of mesh entities of a given dimension.
4607  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
4608  *  \param [in] nameArr - the array of the names.
4609  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
4610  *  \throw If \a nameArr has an invalid size.
4611  */
4612 void MEDFileUMesh::setNameFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt, DataArrayAsciiChar *nameArr)
4613 {
4614   if(meshDimRelToMaxExt==1)
4615     {
4616       if(!nameArr)
4617         {
4618           _name_coords=0;
4619           return ;
4620         }
4621       DataArrayDouble *coo(_coords);
4622       if(!coo)
4623         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setNameFieldAtLevel : the coordinates have not been set !");
4624       nameArr->checkNbOfTuplesAndComp(coo->getNumberOfTuples(),MED_SNAME_SIZE,"MEDFileUMesh::setNameFieldAtLevel : Problem in size of node numbering arr ! ");
4625       nameArr->incrRef();
4626       _name_coords=nameArr;
4627       return ;
4628     }
4629   if(meshDimRelToMaxExt>1)
4630     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setNameFieldAtLevel : Dimension request is invalid (>1) !");
4631   int traducedRk=-meshDimRelToMaxExt;
4632   if(traducedRk>=(int)_ms.size())
4633     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh dim relative to max given ! Too low !");
4634   if((MEDFileUMeshSplitL1 *)_ms[traducedRk]==0)
4635     throw INTERP_KERNEL::Exception("On specified lev (or entity) no cells exists !");
4636   return _ms[traducedRk]->setNameArr(nameArr);
4637 }
4638
4639 void MEDFileUMesh::synchronizeTinyInfoOnLeaves() const
4640 {
4641   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
4642     if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it))
4643       (*it)->synchronizeTinyInfo(*this);
4644 }
4645
4646 /*!
4647  * This method is called by MEDFileMesh::changeFamilyId. It performs only one part of the family id modification.
4648  */
4649 void MEDFileUMesh::changeFamilyIdArr(int oldId, int newId)
4650 {
4651   DataArrayInt *arr=_fam_coords;
4652   if(arr)
4653     arr->changeValue(oldId,newId);
4654   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
4655     {
4656       MEDFileUMeshSplitL1 *sp=(*it);
4657       if(sp)
4658         {
4659           sp->changeFamilyIdArr(oldId,newId);
4660         }
4661     }
4662 }
4663
4664 std::list< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > MEDFileUMesh::getAllNonNullFamilyIds() const
4665 {
4666   std::list< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > ret;
4667   const DataArrayInt *da(_fam_coords);
4668   if(da)
4669     { da->incrRef(); ret.push_back(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>(const_cast<DataArrayInt *>(da))); }
4670   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
4671     {
4672       const MEDFileUMeshSplitL1 *elt(*it);
4673       if(elt)
4674         {
4675           da=elt->getFamilyField();
4676           if(da)
4677             { da->incrRef(); ret.push_back(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>(const_cast<DataArrayInt *>(da))); }
4678         }
4679     }
4680   return ret;
4681 }
4682
4683 void MEDFileUMesh::computeRevNum() const
4684 {
4685   if((const DataArrayInt *)_num_coords)
4686     {
4687       int pos;
4688       int maxValue=_num_coords->getMaxValue(pos);
4689       _rev_num_coords=_num_coords->invertArrayN2O2O2N(maxValue+1);
4690     }
4691 }
4692
4693 std::size_t MEDFileStructuredMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
4694 {
4695   return MEDFileMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren();
4696 }
4697
4698 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileStructuredMesh::getDirectChildrenWithNull() const
4699 {
4700   std::vector<const BigMemoryObject *> ret(MEDFileMesh::getDirectChildrenWithNull());
4701   ret.push_back((const DataArrayInt *)_fam_nodes);
4702   ret.push_back((const DataArrayInt *)_num_nodes);
4703   ret.push_back((const DataArrayAsciiChar *)_names_nodes);
4704   ret.push_back((const DataArrayInt *)_fam_cells);
4705   ret.push_back((const DataArrayInt *)_num_cells);
4706   ret.push_back((const DataArrayAsciiChar *)_names_cells);
4707   ret.push_back((const DataArrayInt *)_fam_faces);
4708   ret.push_back((const DataArrayInt *)_num_faces);
4709   ret.push_back((const DataArrayInt *)_rev_num_nodes);
4710   ret.push_back((const DataArrayAsciiChar *)_names_faces);
4711   ret.push_back((const DataArrayInt *)_rev_num_cells);
4712   ret.push_back((const MEDCoupling1SGTUMesh*)_faces_if_necessary);
4713   return ret;
4714 }
4715
4716 int MEDFileStructuredMesh::getMaxAbsFamilyIdInArrays() const
4717 {
4718   int ret=-std::numeric_limits<int>::max(),tmp=-1;
4719   if((const DataArrayInt *)_fam_nodes)
4720     {
4721       int val=_fam_nodes->getMaxValue(tmp);
4722       ret=std::max(ret,std::abs(val));
4723     }
4724   if((const DataArrayInt *)_fam_cells)
4725     {
4726       int val=_fam_cells->getMaxValue(tmp);
4727       ret=std::max(ret,std::abs(val));
4728     }
4729   if((const DataArrayInt *)_fam_faces)
4730     {
4731       int val=_fam_faces->getMaxValue(tmp);
4732       ret=std::max(ret,std::abs(val));
4733     }
4734   return ret;
4735 }
4736
4737 int MEDFileStructuredMesh::getMaxFamilyIdInArrays() const
4738 {
4739   int ret=-std::numeric_limits<int>::max(),tmp=-1;
4740   if((const DataArrayInt *)_fam_nodes)
4741     {
4742       int val=_fam_nodes->getMaxValue(tmp);
4743       ret=std::max(ret,val);
4744     }
4745   if((const DataArrayInt *)_fam_cells)
4746     {
4747       int val=_fam_cells->getMaxValue(tmp);
4748       ret=std::max(ret,val);
4749     }
4750   if((const DataArrayInt *)_fam_faces)
4751     {
4752       int val=_fam_faces->getMaxValue(tmp);
4753       ret=std::max(ret,val);
4754     }
4755   return ret;
4756 }
4757
4758 int MEDFileStructuredMesh::getMinFamilyIdInArrays() const
4759 {
4760   int ret=std::numeric_limits<int>::max(),tmp=-1;
4761   if((const DataArrayInt *)_fam_nodes)
4762     {
4763       int val=_fam_nodes->getMinValue(tmp);
4764       ret=std::min(ret,val);
4765     }
4766   if((const DataArrayInt *)_fam_cells)
4767     {
4768       int val=_fam_cells->getMinValue(tmp);
4769       ret=std::min(ret,val);
4770     }
4771   if((const DataArrayInt *)_fam_faces)
4772     {
4773       int val=_fam_faces->getMinValue(tmp);
4774       ret=std::min(ret,val);
4775     }
4776   return ret;
4777 }
4778
4779 bool MEDFileStructuredMesh::isEqual(const MEDFileMesh *other, double eps, std::string& what) const
4780 {
4781   if(!MEDFileMesh::isEqual(other,eps,what))
4782     return false;
4783   const MEDFileStructuredMesh *otherC=dynamic_cast<const  MEDFileStructuredMesh *>(other);
4784   if(!otherC)
4785     {
4786       what="Mesh types differ ! This is structured and other is NOT !";
4787       return false;
4788     }
4789   const DataArrayInt *famc1=_fam_nodes;
4790   const DataArrayInt *famc2=otherC->_fam_nodes;
4791   if((famc1==0 && famc2!=0) || (famc1!=0 && famc2==0))
4792     {
4793       what="Mismatch of families arr on nodes ! One is defined and not other !";
4794       return false;
4795     }
4796   if(famc1)
4797     {
4798       bool ret=famc1->isEqual(*famc2);
4799       if(!ret)
4800         {
4801           what="Families arr on nodes differ !";
4802           return false;
4803         }
4804     }
4805   famc1=_fam_cells;
4806   famc2=otherC->_fam_cells;
4807   if((famc1==0 && famc2!=0) || (famc1!=0 && famc2==0))
4808     {
4809       what="Mismatch of families arr on cells ! One is defined and not other !";
4810       return false;
4811     }
4812   if(famc1)
4813     {
4814       bool ret=famc1->isEqual(*famc2);
4815       if(!ret)
4816         {
4817           what="Families arr on cells differ !";
4818           return false;
4819         }
4820     }
4821   famc1=_fam_faces;
4822   famc2=otherC->_fam_faces;
4823   if((famc1==0 && famc2!=0) || (famc1!=0 && famc2==0))
4824     {
4825       what="Mismatch of families arr on faces ! One is defined and not other !";
4826       return false;
4827     }
4828   if(famc1)
4829     {
4830       bool ret=famc1->isEqual(*famc2);
4831       if(!ret)
4832         {
4833           what="Families arr on faces differ !";
4834           return false;
4835         }
4836     }
4837   famc1=_num_nodes;
4838   famc2=otherC->_num_nodes;
4839   if((famc1==0 && famc2!=0) || (famc1!=0 && famc2==0))
4840     {
4841       what="Mismatch of numbering arr on nodes ! One is defined and not other !";
4842       return false;
4843     }
4844   if(famc1)
4845     {
4846       bool ret=famc1->isEqual(*famc2);
4847       if(!ret)
4848         {
4849           what="Numbering arr on nodes differ !";
4850           return false;
4851         }
4852     }
4853   famc1=_num_cells;
4854   famc2=otherC->_num_cells;
4855   if((famc1==0 && famc2!=0) || (famc1!=0 && famc2==0))
4856     {
4857       what="Mismatch of numbering arr on cells ! One is defined and not other !";
4858       return false;
4859     }
4860   if(famc1)
4861     {
4862       bool ret=famc1->isEqual(*famc2);
4863       if(!ret)
4864         {
4865           what="Numbering arr on cells differ !";
4866           return false;
4867         }
4868     }
4869   famc1=_num_faces;
4870   famc2=otherC->_num_faces;
4871   if((famc1==0 && famc2!=0) || (famc1!=0 && famc2==0))
4872     {
4873       what="Mismatch of numbering arr on faces ! One is defined and not other !";
4874       return false;
4875     }
4876   if(famc1)
4877     {
4878       bool ret=famc1->isEqual(*famc2);
4879       if(!ret)
4880         {
4881           what="Numbering arr on faces differ !";
4882           return false;
4883         }
4884     }
4885   const DataArrayAsciiChar *d1=_names_cells;
4886   const DataArrayAsciiChar *d2=otherC->_names_cells;
4887   if((d1==0 && d2!=0) || (d1!=0 && d2==0))
4888     {
4889       what="Mismatch of naming arr on cells ! One is defined and not other !";
4890       return false;
4891     }
4892   if(d1)
4893     {
4894       bool ret=d1->isEqual(*d2);
4895       if(!ret)
4896         {
4897           what="Naming arr on cells differ !";
4898           return false;
4899         }
4900     }
4901   d1=_names_faces;
4902   d2=otherC->_names_faces;
4903   if((d1==0 && d2!=0) || (d1!=0 && d2==0))
4904     {
4905       what="Mismatch of naming arr on faces ! One is defined and not other !";
4906       return false;
4907     }
4908   if(d1)
4909     {
4910       bool ret=d1->isEqual(*d2);
4911       if(!ret)
4912         {
4913           what="Naming arr on faces differ !";
4914           return false;
4915         }
4916     }
4917   d1=_names_nodes;
4918   d2=otherC->_names_nodes;
4919   if((d1==0 && d2!=0) || (d1!=0 && d2==0))
4920     {
4921       what="Mismatch of naming arr on nodes ! One is defined and not other !";
4922       return false;
4923     }
4924   if(d1)
4925     {
4926       bool ret=d1->isEqual(*d2);
4927       if(!ret)
4928         {
4929           what="Naming arr on nodes differ !";
4930           return false;
4931         }
4932     }
4933   return true;
4934 }
4935
4936 void MEDFileStructuredMesh::clearNonDiscrAttributes() const
4937 {
4938   MEDFileMesh::clearNonDiscrAttributes();
4939   const DataArrayInt *tmp=_fam_nodes;
4940   if(tmp)
4941     (const_cast<DataArrayInt *>(tmp))->setName("");
4942   tmp=_num_nodes;
4943   if(tmp)
4944     (const_cast<DataArrayInt *>(tmp))->setName("");
4945   tmp=_fam_cells;
4946   if(tmp)
4947     (const_cast<DataArrayInt *>(tmp))->setName("");
4948   tmp=_num_cells;
4949   if(tmp)
4950     (const_cast<DataArrayInt *>(tmp))->setName("");
4951   tmp=_fam_faces;
4952   if(tmp)
4953     (const_cast<DataArrayInt *>(tmp))->setName("");
4954   tmp=_num_faces;
4955   if(tmp)
4956     (const_cast<DataArrayInt *>(tmp))->setName("");
4957 }
4958
4959 /*!
4960  * Returns ids of mesh entities contained in given families of a given dimension.
4961  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - a relative dimension of the mesh entities whose ids
4962  *          are required.
4963  *  \param [in] fams - the names of the families of interest.
4964  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of entities, if available, are
4965  *          returned instead of ids.
4966  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
4967  *          numbers, if available and required, of mesh entities of the families. The caller
4968  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
4969  *  \throw If the family field is missing for \a meshDimRelToMaxExt.
4970  */
4971 DataArrayInt *MEDFileStructuredMesh::getFamiliesArr(int meshDimRelToMaxExt, const std::vector<std::string>& fams, bool renum) const
4972 {
4973   std::vector<int> famIds(getFamiliesIds(fams));
4974   switch(meshDimRelToMaxExt)
4975   {
4976     case 1:
4977       {
4978         if((const DataArrayInt *)_fam_nodes)
4979           {
4980             MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> da;
4981             if(!famIds.empty())
4982               da=_fam_nodes->getIdsEqualList(&famIds[0],&famIds[0]+famIds.size());
4983             else
4984               da=_fam_nodes->getIdsEqualList(0,0);
4985             if(renum)
4986               return MEDFileUMeshSplitL1::Renumber(_num_nodes,da);
4987             else
4988               return da.retn();
4989           }
4990         else
4991           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getFamiliesArr : no family array specified on nodes !");
4992         break;
4993       }
4994     case 0:
4995       {
4996         if((const DataArrayInt *)_fam_cells)
4997           {
4998             MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> da;
4999             if(!famIds.empty())
5000               da=_fam_cells->getIdsEqualList(&famIds[0],&famIds[0]+famIds.size());
5001             else
5002               da=_fam_cells->getIdsEqualList(0,0);
5003             if(renum)
5004               return MEDFileUMeshSplitL1::Renumber(_num_cells,da);
5005             else
5006               return da.retn();
5007           }
5008         else
5009           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getFamiliesArr : no family array specified on cells !");
5010         break;
5011       }
5012     case -1:
5013       {
5014         if((const DataArrayInt *)_fam_faces)
5015           {
5016             MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> da;
5017             if(!famIds.empty())
5018               da=_fam_faces->getIdsEqualList(&famIds[0],&famIds[0]+famIds.size());
5019             else
5020               da=_fam_faces->getIdsEqualList(0,0);
5021             if(renum)
5022               return MEDFileUMeshSplitL1::Renumber(_num_faces,da);
5023             else
5024               return da.retn();
5025           }
5026         else
5027           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getFamiliesArr : no family array specified on faces !");
5028         break;
5029       }
5030     default:
5031       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getFamiliesArr : input meshDimRelative must be in [0,1,-1] !");
5032   }
5033   throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getFamiliesArr : unmanaged case !");
5034 }
5035
5036 /*!
5037  * Sets the family field of a given relative dimension.
5038  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of entities for which
5039  *          the family field is set.
5040  *  \param [in] famArr - the array of the family field.
5041  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
5042  *  \throw If \a famArr has an invalid size.
5043  *  \throw If \a meshDimRelToMaxExt != 0 and \a meshDimRelToMaxExt != 1 and \a meshDimRelToMaxExt != -1.
5044  */
5045 void MEDFileStructuredMesh::setFamilyFieldArr(int meshDimRelToMaxExt, DataArrayInt *famArr)
5046 {
5047   const MEDCouplingStructuredMesh *mesh(getStructuredMesh());
5048   if(!mesh)
5049     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::setFamilyFieldArr : no structured mesh specified ! Impossible to set family array !");
5050   switch(meshDimRelToMaxExt)
5051   {
5052     case 0:
5053       {
5054         int nbCells=mesh->getNumberOfCells();
5055         famArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbCells,1,"MEDFileStructuredMesh::setFamilyFieldArr : Problem in size of Family arr ! Mismatch with number of cells of mesh !");
5056         _fam_cells=famArr;
5057         break;
5058       }
5059     case 1:
5060       {
5061         int nbNodes=mesh->getNumberOfNodes();
5062         famArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbNodes,1,"MEDFileStructuredMesh::setFamilyFieldArr : Problem in size of Family arr ! Mismatch with number of nodes of mesh !");
5063         _fam_nodes=famArr;
5064         break;
5065       }
5066     case -1:
5067       {
5068         int nbCells=mesh->getNumberOfCellsOfSubLevelMesh();
5069         famArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbCells,1,"MEDFileStructuredMesh::setFamilyFieldArr : Problem in size of Family arr ! Mismatch with number of faces of mesh !");
5070         _fam_faces=famArr;
5071         break;
5072       }
5073     default:
5074       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::setFamilyFieldArr : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5075   }
5076   if(famArr)
5077     famArr->incrRef();
5078 }
5079
5080 /*!
5081  * Sets the optional numbers of mesh entities of a given dimension.
5082  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
5083  *  \param [in] renumArr - the array of the numbers.
5084  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
5085  *  \throw If \a renumArr has an invalid size.
5086  *  \throw If \a meshDimRelToMaxExt != 0 and \a meshDimRelToMaxExt != 1.
5087  */
5088 void MEDFileStructuredMesh::setRenumFieldArr(int meshDimRelToMaxExt, DataArrayInt *renumArr)
5089 {
5090   const MEDCouplingStructuredMesh *mesh=getStructuredMesh();
5091   if(!mesh)
5092     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::setRenumFieldArr : no structured mesh specified ! Impossible to set number array !");
5093   switch(meshDimRelToMaxExt)
5094   {
5095     case 0:
5096       {
5097         int nbCells=mesh->getNumberOfCells();
5098         renumArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbCells,1,"MEDFileStructuredMesh::setRenumFieldArr : Problem in size of Renum arr ! Mismatch with number of cells of mesh !");
5099         _num_cells=renumArr;
5100         break;
5101       }
5102     case 1:
5103       {
5104         int nbNodes=mesh->getNumberOfNodes();
5105         renumArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbNodes,1,"MEDFileStructuredMesh::setRenumFieldArr : Problem in size of Family arr ! Mismatch with number of nodes of mesh !");
5106         _num_nodes=renumArr;
5107         break;
5108       }
5109     case -1:
5110       {
5111         int nbCells=mesh->getNumberOfCellsOfSubLevelMesh();
5112         renumArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbCells,1,"MEDFileStructuredMesh::setRenumFieldArr : Problem in size of Renum arr ! Mismatch with number of faces of mesh !");
5113         _num_faces=renumArr;
5114         break;
5115       }
5116     default:
5117       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::setRenumFieldArr : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5118   }
5119   if(renumArr)
5120     renumArr->incrRef();
5121 }
5122
5123 /*!
5124  * Sets the optional names of mesh entities of a given dimension.
5125  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
5126  *  \param [in] nameArr - the array of the names.
5127  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
5128  *  \throw If \a nameArr has an invalid size.
5129  */
5130 void MEDFileStructuredMesh::setNameFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt, DataArrayAsciiChar *nameArr)
5131 {
5132   const MEDCouplingStructuredMesh *mesh(getStructuredMesh());
5133   if(!mesh)
5134     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::setNameFieldAtLevel : no structured mesh specified ! Impossible to set names array !");
5135   switch(meshDimRelToMaxExt)
5136   {
5137     case 0:
5138       {
5139         int nbCells=mesh->getNumberOfCells();
5140         nameArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbCells,MED_SNAME_SIZE,"MEDFileStructuredMesh::setNameFieldAtLevel : Problem in size of names arr ! Mismatch with number of cells of mesh !");
5141         _names_cells=nameArr;
5142         break;
5143       }
5144     case 1:
5145       {
5146         int nbNodes=mesh->getNumberOfNodes();
5147         nameArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbNodes,MED_SNAME_SIZE,"MEDFileStructuredMesh::setNameFieldAtLevel : Problem in size of names arr ! Mismatch with number of nodes of mesh !");
5148         _names_nodes=nameArr;
5149         break;
5150       }
5151     case -1:
5152       {
5153         int nbCells=mesh->getNumberOfCellsOfSubLevelMesh();
5154         nameArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbCells,MED_SNAME_SIZE,"MEDFileStructuredMesh::setNameFieldAtLevel : Problem in size of names arr ! Mismatch with number of faces of mesh !");
5155         _names_cells=nameArr;
5156       }
5157     default:
5158       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::setNameFieldAtLevel : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5159   }
5160   if(nameArr)
5161     nameArr->incrRef();
5162 }
5163
5164 /*!
5165  * Adds a group of nodes to \a this mesh.
5166  *  \param [in] ids - a DataArrayInt providing ids and a name of the group to add.
5167  *          The ids should be sorted and different each other (MED file norm).
5168  *
5169  *  \warning this method can alter default "FAMILLE_ZERO" family.
5170  *  For users sensitive to this a call to MEDFileMesh::rearrangeFamilies will be necessary after addGroup session.
5171  *
5172  *  \throw If the node coordinates array is not set.
5173  *  \throw If \a ids == \c NULL.
5174  *  \throw If \a ids->getName() == "".
5175  *  \throw If \a ids does not respect the MED file norm.
5176  *  \throw If a group with name \a ids->getName() already exists.
5177  */
5178 void MEDFileStructuredMesh::addNodeGroup(const DataArrayInt *ids)
5179 {
5180   addGroup(1,ids);
5181 }
5182
5183 /*!
5184  * Adds a group of nodes/cells/faces/edges to \a this mesh.
5185  *
5186  *  \param [in] ids - a DataArrayInt providing ids and a name of the group to add.
5187  *          The ids should be sorted and different each other (MED file norm).
5188  *
5189  * \warning this method can alter default "FAMILLE_ZERO" family.
5190  * For users sensitive to this a call to MEDFileMesh::rearrangeFamilies will be necessary after addGroup session.
5191  *
5192  *  \throw If the node coordinates array is not set.
5193  *  \throw If \a ids == \c NULL.
5194  *  \throw If \a ids->getName() == "".
5195  *  \throw If \a ids does not respect the MED file norm.
5196  *  \throw If a group with name \a ids->getName() already exists.
5197  */
5198 void MEDFileStructuredMesh::addGroup(int meshDimRelToMaxExt, const DataArrayInt *ids)
5199 {
5200   DataArrayInt *fam(getOrCreateAndGetFamilyFieldAtLevel(meshDimRelToMaxExt));
5201   addGroupUnderground(false,ids,fam);
5202   return ;
5203 }
5204
5205 /*!
5206  * Returns the family field for mesh entities of a given dimension.
5207  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
5208  *  \return const DataArrayInt * - the family field. It is an array of ids of families
5209  *          each mesh entity belongs to. It can be \c NULL.
5210  *  \throw If \a meshDimRelToMaxExt != 0 and \a meshDimRelToMaxExt != 1.
5211  */
5212 const DataArrayInt *MEDFileStructuredMesh::getFamilyFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
5213 {
5214   switch(meshDimRelToMaxExt)
5215   {
5216     case 0:
5217       return _fam_cells;
5218     case 1:
5219       return _fam_nodes;
5220     case -1:
5221       return _fam_faces;
5222     default:
5223       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getFamilyFieldAtLevel : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5224   }
5225 }
5226
5227 /*!
5228  * Returns the family field for mesh entities of a given dimension.
5229  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
5230  *  \return const DataArrayInt * - the family field. It is an array of ids of families
5231  *          each mesh entity belongs to. It can be \c NULL.
5232  *  \throw If \a meshDimRelToMaxExt != 0 and \a meshDimRelToMaxExt != 1.
5233  */
5234 DataArrayInt *MEDFileStructuredMesh::getFamilyFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt)
5235 {
5236   switch(meshDimRelToMaxExt)
5237   {
5238     case 0:
5239       return _fam_cells;
5240     case 1:
5241       return _fam_nodes;
5242     case -1:
5243       return _fam_faces;
5244     default:
5245       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getFamilyFieldAtLevel : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5246   }
5247 }
5248
5249 /*!
5250  * Returns the optional numbers of mesh entities of a given dimension.
5251  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
5252  *  \return const DataArrayInt * - the array of the entity numbers.
5253  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
5254  *  \throw If \a meshDimRelToMaxExt != 0 and \a meshDimRelToMaxExt != 1.
5255  */
5256 const DataArrayInt *MEDFileStructuredMesh::getNumberFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
5257 {
5258   switch(meshDimRelToMaxExt)
5259   {
5260     case 0:
5261       return _num_cells;
5262     case 1:
5263       return _num_nodes;
5264     case -1:
5265       return _num_faces;
5266     default:
5267       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getNumberFieldAtLevel : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5268   }
5269 }
5270
5271 /*!
5272  * Returns the optional numbers of mesh entities of a given dimension transformed using
5273  * DataArrayInt::invertArrayN2O2O2N().
5274  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
5275  *  \return const DataArrayInt * - the array of the entity numbers transformed using
5276  *          DataArrayInt::invertArrayN2O2O2N().
5277  *  \throw If \a meshDimRelToMaxExt != 0 and \a meshDimRelToMaxExt != 1.
5278  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
5279  */
5280 const DataArrayInt *MEDFileStructuredMesh::getRevNumberFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
5281 {
5282   if(meshDimRelToMaxExt!=0 && meshDimRelToMaxExt!=1)
5283     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getRevNumberFieldAtLevel : Only available for levels 0 or 1 !");
5284   if(meshDimRelToMaxExt==0)
5285     {
5286       if((const DataArrayInt *)_num_cells)
5287         {
5288           int pos;
5289           int maxValue=_num_cells->getMaxValue(pos);
5290           _rev_num_cells=_num_cells->invertArrayN2O2O2N(maxValue+1);
5291           return _rev_num_cells;
5292         }
5293       else
5294         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCMesh::getRevNumberFieldAtLevel : no cell renumbering for a request on reverse numbering !");
5295     }
5296   else
5297     {
5298       if((const DataArrayInt *)_num_nodes)
5299         {
5300           int pos;
5301           int maxValue=_num_nodes->getMaxValue(pos);
5302           _rev_num_nodes=_num_nodes->invertArrayN2O2O2N(maxValue+1);
5303           return _rev_num_nodes;
5304         }
5305       else
5306         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCMesh::getRevNumberFieldAtLevel : no node renumbering for a request on reverse numbering !");
5307     }
5308 }
5309
5310 const DataArrayAsciiChar *MEDFileStructuredMesh::getNameFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
5311 {
5312   switch(meshDimRelToMaxExt)
5313   {
5314     case 0:
5315       return _names_cells;
5316     case 1:
5317       return _names_nodes;
5318     case -1:
5319       return _names_faces;
5320     default:
5321       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getNameFieldAtLevel : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5322   }
5323 }
5324
5325 /*!
5326  * Returns relative dimensions of mesh entities (excluding nodes) present in \a this mesh.
5327  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions: [0].
5328  */
5329 std::vector<int> MEDFileStructuredMesh::getNonEmptyLevels() const
5330 {
5331   std::vector<int> ret(1);
5332   return ret;
5333 }
5334
5335 /*!
5336  * Returns relative dimensions of mesh entities (including nodes) present in \a this mesh.
5337  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions: [1,0].
5338  */
5339 std::vector<int> MEDFileStructuredMesh::getNonEmptyLevelsExt() const
5340 {
5341   std::vector<int> ret(2);
5342   ret[0]=1;
5343   return ret;
5344 }
5345
5346 /*!
5347  * Returns the set of extensive levels (nodes included) where not NULL family arr are defined.
5348  */
5349 std::vector<int> MEDFileStructuredMesh::getFamArrNonEmptyLevelsExt() const
5350 {
5351   std::vector<int> ret;
5352   const DataArrayInt *famNodes(_fam_nodes),*famCells(_fam_cells),*famFaces(_fam_faces);
5353   if(famNodes)
5354     ret.push_back(1);
5355   if(famCells)
5356     ret.push_back(0);
5357   if(famFaces)
5358     ret.push_back(-1);
5359   return ret;
5360 }
5361
5362 /*!
5363  * Returns the set of extensive levels (nodes included) where not NULL numbering arr are defined.
5364  */
5365 std::vector<int> MEDFileStructuredMesh::getNumArrNonEmptyLevelsExt() const
5366 {
5367   std::vector<int> ret;
5368   const DataArrayInt *numNodes(_num_nodes),*numCells(_num_cells),*numFaces(_num_faces);
5369   if(numNodes)
5370     ret.push_back(1);
5371   if(numCells)
5372     ret.push_back(0);
5373   if(numFaces)
5374     ret.push_back(-1);
5375   return ret;
5376 }
5377
5378 /*!
5379  * Returns the set of extensive levels (nodes included) where not NULL naming arr are defined.
5380  */
5381 std::vector<int> MEDFileStructuredMesh::getNameArrNonEmptyLevelsExt() const
5382 {
5383   std::vector<int> ret;
5384   const DataArrayAsciiChar *namesNodes(_names_nodes),*namesCells(_names_cells),*namesFaces(_names_faces);
5385   if(namesNodes)
5386     ret.push_back(1);
5387   if(namesCells)
5388     ret.push_back(0);
5389   if(namesFaces)
5390     ret.push_back(-1);
5391   return ret;
5392 }
5393
5394 /*!
5395  * no implementation here, it is not a bug, but intresically no polyhedra in \a this.
5396  */
5397 bool MEDFileStructuredMesh::unPolyze(std::vector<int>& oldCode, std::vector<int>& newCode, DataArrayInt *& o2nRenumCell)
5398 {
5399   oldCode.clear(); newCode.clear(); o2nRenumCell=0;
5400   return false;
5401 }
5402
5403 void MEDFileStructuredMesh::changeFamilyIdArr(int oldId, int newId)
5404 {
5405   DataArrayInt *arr=_fam_nodes;
5406   if(arr)
5407     arr->changeValue(oldId,newId);
5408   arr=_fam_cells;
5409   if(arr)
5410     arr->changeValue(oldId,newId);
5411   arr=_fam_faces;
5412   if(arr)
5413     arr->changeValue(oldId,newId);
5414 }
5415
5416 std::list< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > MEDFileStructuredMesh::getAllNonNullFamilyIds() const
5417 {
5418   std::list< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > ret;
5419   const DataArrayInt *da(_fam_nodes);
5420   if(da)
5421     { da->incrRef(); ret.push_back(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>(const_cast<DataArrayInt *>(da))); }
5422   da=_fam_cells;
5423   if(da)
5424     { da->incrRef(); ret.push_back(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>(const_cast<DataArrayInt *>(da))); }
5425   da=_fam_faces;
5426   if(da)
5427     { da->incrRef(); ret.push_back(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>(const_cast<DataArrayInt *>(da))); }
5428   return ret;
5429 }
5430
5431 void MEDFileStructuredMesh::deepCpyAttributes()
5432 {
5433   if((const DataArrayInt*)_fam_nodes)
5434     _fam_nodes=_fam_nodes->deepCpy();
5435   if((const DataArrayInt*)_num_nodes)
5436     _num_nodes=_num_nodes->deepCpy();
5437   if((const DataArrayAsciiChar*)_names_nodes)
5438     _names_nodes=_names_nodes->deepCpy();
5439   if((const DataArrayInt*)_fam_cells)
5440     _fam_cells=_fam_cells->deepCpy();
5441   if((const DataArrayInt*)_num_cells)
5442     _num_cells=_num_cells->deepCpy();
5443   if((const DataArrayAsciiChar*)_names_cells)
5444     _names_cells=_names_cells->deepCpy();
5445   if((const DataArrayInt*)_fam_faces)
5446     _fam_faces=_fam_faces->deepCpy();
5447   if((const DataArrayInt*)_num_faces)
5448     _num_faces=_num_faces->deepCpy();
5449   if((const DataArrayAsciiChar*)_names_faces)
5450     _names_faces=_names_faces->deepCpy();
5451   if((const DataArrayInt*)_rev_num_nodes)
5452     _rev_num_nodes=_rev_num_nodes->deepCpy();
5453   if((const DataArrayInt*)_rev_num_cells)
5454     _rev_num_cells=_rev_num_cells->deepCpy();
5455 }
5456
5457 /*!
5458  * Returns a pointer to mesh at the specified level (here 0 is compulsary for cartesian mesh).
5459  * 
5460  * \return a pointer to cartesian mesh that need to be managed by the caller.
5461  * \warning the returned pointer has to be managed by the caller.
5462  */
5463
5464 /*!
5465  * Returns a pointer to MEDCouplingStructuredMesh held by \a this. 
5466  *  \param [in] meshDimRelToMax - it must be \c 0 or \c -1.
5467  *  \param [in] renum - it must be \c false.
5468  *  \return MEDCouplingMesh * - a pointer to MEDCouplingMesh that the caller is to
5469  *          delete using decrRef() as it is no more needed. 
5470  */
5471 MEDCouplingMesh *MEDFileStructuredMesh::getGenMeshAtLevel(int meshDimRelToMax, bool renum) const
5472 {
5473   if(renum)
5474     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCurveLinearMesh does not support renumbering ! To do it perform request of renum array directly !");
5475   const MEDCouplingStructuredMesh *m(getStructuredMesh());
5476   switch(meshDimRelToMax)
5477   {
5478     case 0:
5479       {
5480         if(m)
5481           m->incrRef();
5482         return const_cast<MEDCouplingStructuredMesh *>(m);
5483       }
5484     case -1:
5485       {
5486         if(!m)
5487           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getGenMeshAtLevel : level -1 requested must be non empty to be able to compute unstructured sub mesh !");
5488         buildMinusOneImplicitPartIfNeeded();
5489         MEDCouplingMesh *ret(_faces_if_necessary);
5490         if(ret)
5491           ret->incrRef();
5492         return ret;
5493       }
5494     default:
5495       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCurveLinearMesh does not support multi level for mesh 0 expected as input !");
5496   }
5497 }
5498
5499 /*!
5500  * Returns number of mesh entities of a given relative dimension in \a this mesh.
5501  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of interest.
5502  *  \return int - the number of entities.
5503  *  \throw If no mesh entities of dimension \a meshDimRelToMaxExt are available in \a this mesh.
5504  */
5505 int MEDFileStructuredMesh::getSizeAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
5506 {
5507   const MEDCouplingStructuredMesh *cmesh(getStructuredMesh());
5508   if(!cmesh)
5509     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getSizeAtLevel : No structured mesh set !");
5510   switch(meshDimRelToMaxExt)
5511   {
5512     case 0:
5513       return cmesh->getNumberOfCells();
5514     case 1:
5515       return cmesh->getNumberOfNodes();
5516     case -1:
5517       return cmesh->getNumberOfCellsOfSubLevelMesh();
5518     default:
5519       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getSizeAtLevel : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5520   }
5521 }
5522
5523 int MEDFileStructuredMesh::getNumberOfNodes() const
5524 {
5525   const MEDCouplingStructuredMesh *cmesh(getStructuredMesh());
5526   if(!cmesh)
5527     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getNumberOfNodes : no cartesian mesh set !");
5528   return cmesh->getNumberOfNodes();
5529 }
5530
5531 int MEDFileStructuredMesh::getNumberOfCellsAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
5532 {
5533   const MEDCouplingStructuredMesh *cmesh(getStructuredMesh());
5534   if(!cmesh)
5535     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getNumberOfNodes : no cartesian mesh set !");
5536   switch(meshDimRelToMaxExt)
5537   {
5538     case 0:
5539       return cmesh->getNumberOfCells();
5540     case -1:
5541       return cmesh->getNumberOfCellsOfSubLevelMesh();
5542     default:
5543       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getNumberOfNodes : only meshDimRelToMax=0 and meshDimRelToMax=-1 supported !");
5544     }
5545 }
5546
5547 bool MEDFileStructuredMesh::hasImplicitPart() const
5548 {
5549   return true;
5550 }
5551
5552 /*!
5553  * \sa MEDFileStructuredMesh::getImplicitFaceMesh
5554  */
5555 int MEDFileStructuredMesh::buildImplicitPartIfAny(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
5556 {
5557   static const char MSG[]="MEDFileStructuredMesh::buildImplicitPartIfAny : the given geo type is not manageable by a structured mesh !";
5558   const MEDCoupling1SGTUMesh *zeFaceMesh(_faces_if_necessary);
5559   if(!zeFaceMesh)
5560     {
5561       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm(INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(MEDCouplingStructuredMesh::GetGeoTypeGivenMeshDimension(getMeshDimension())));
5562       if(cm.getReverseExtrudedType()!=gt)
5563         throw INTERP_KERNEL::Exception(MSG);
5564       buildImplicitPart();
5565       return getStructuredMesh()->getNumberOfCellsOfSubLevelMesh();
5566     }
5567   else
5568     {
5569       if(gt!=zeFaceMesh->getCellModelEnum())
5570         throw INTERP_KERNEL::Exception(MSG);
5571       return zeFaceMesh->getNumberOfCells();
5572     }
5573 }
5574
5575 void MEDFileStructuredMesh::buildMinusOneImplicitPartIfNeeded() const
5576 {
5577   const MEDCoupling1SGTUMesh *zeFaceMesh(_faces_if_necessary);
5578   if(!zeFaceMesh)
5579     buildImplicitPart();
5580 }
5581
5582 void MEDFileStructuredMesh::buildImplicitPart() const
5583 {
5584   const MEDCouplingStructuredMesh *mcmesh(getStructuredMesh());
5585   if(!mcmesh)
5586     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::buildImplicitPart : Unable to build the implicit part of structured mesh because no structured mesh at level 0 defined !");
5587   _faces_if_necessary=mcmesh->build1SGTSubLevelMesh();
5588 }
5589
5590 void MEDFileStructuredMesh::releaseImplicitPartIfAny() const
5591 {
5592   _faces_if_necessary=0;
5593 }
5594
5595 /*!
5596  * Retrieves the internal pointer (no decrRef requested) of the implicit face mesh if any.
5597  * To force to build it you can invoke MEDFileStructuredMesh::buildImplicitPartIfAny method.
5598  * 
5599  * \sa MEDFileStructuredMesh::buildImplicitPartIfAny
5600  */
5601 MEDCoupling1SGTUMesh *MEDFileStructuredMesh::getImplicitFaceMesh() const
5602 {
5603   return _faces_if_necessary;
5604 }
5605
5606 std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> MEDFileStructuredMesh::getGeoTypesAtLevel(int meshDimRelToMax) const
5607 {
5608   const MEDCouplingStructuredMesh *cmesh(getStructuredMesh());
5609   if(!cmesh)
5610     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getGeoTypesAtLevel : No structured mesh set !");
5611   switch(meshDimRelToMax)
5612   {
5613     case 0:
5614       {
5615         std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> ret(1,cmesh->getTypeOfCell(0));
5616         return ret;
5617       }
5618     case -1:
5619       {
5620         int mdim(cmesh->getMeshDimension());
5621         if(mdim<1)
5622           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getGeoTypesAtLevel : only one level available for structured meshes ! Input 0 is mandatory or 0D mesh !");
5623         std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> ret(1,MEDCouplingStructuredMesh::GetGeoTypeGivenMeshDimension(mdim-1));
5624         return ret;
5625       }
5626     default:
5627       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getGeoTypesAtLevel : only 2 levels available at most : 0 and -1 !");
5628   }
5629 }
5630
5631 void MEDFileStructuredMesh::whichAreNodesFetched(const MEDFileField1TSStructItem& st, const MEDFileFieldGlobsReal *globs, std::vector<bool>& nodesFetched) const
5632 {
5633   if(st.getNumberOfItems()!=1)
5634     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::whichAreNodesFetched : The sturture of field is not lying on single geo type ! it is not managed yet for structured mesh !");
5635   if(st[0].getGeo()!=MEDCouplingStructuredMesh::GetGeoTypeGivenMeshDimension(getMeshDimension()))
5636     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::whichAreNodesFetched : The sturture of field is not lying on expected geo type !");
5637   if(getNumberOfNodes()!=(int)nodesFetched.size())
5638     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::whichAreNodesFetched : invalid size of array !");
5639   if(st[0].getPflName().empty())
5640     {
5641       std::fill(nodesFetched.begin(),nodesFetched.end(),true);
5642       return ;
5643     }
5644   const DataArrayInt *arr(globs->getProfile(st[0].getPflName()));
5645   const MEDCouplingStructuredMesh *cmesh=getStructuredMesh();//cmesh not null because getNumberOfNodes called before
5646   int sz(nodesFetched.size());
5647   for(const int *work=arr->begin();work!=arr->end();work++)
5648     {
5649       std::vector<int> conn;
5650       cmesh->getNodeIdsOfCell(*work,conn);
5651       for(std::vector<int>::const_iterator it=conn.begin();it!=conn.end();it++)
5652         if(*it>=0 && *it<sz)
5653           nodesFetched[*it]=true;
5654         else
5655           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::whichAreNodesFetched : internal error !");
5656     }
5657 }
5658
5659 med_geometry_type MEDFileStructuredMesh::GetGeoTypeFromMeshDim(int meshDim)
5660 {
5661   INTERP_KERNEL::NormalizedCellType ct(MEDCouplingStructuredMesh::GetGeoTypeGivenMeshDimension(meshDim));
5662   return typmai3[ct];
5663 }
5664
5665 void MEDFileStructuredMesh::LoadStrMeshDAFromFile(med_idt fid, int meshDim, int dt, int it, const std::string& mName, MEDFileMeshReadSelector *mrs,
5666                                                   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>& famCells, MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>& numCells, MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayAsciiChar>& namesCells)
5667 {
5668   med_bool chgt=MED_FALSE,trsf=MED_FALSE;
5669   med_geometry_type geoTypeReq=MEDFileStructuredMesh::GetGeoTypeFromMeshDim(meshDim);
5670   int nbOfElt(0);
5671   nbOfElt=MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_CELL,geoTypeReq,MED_FAMILY_NUMBER,MED_NODAL,&chgt,&trsf);
5672   if(nbOfElt>0)
5673     {
5674       if(!mrs || mrs->isCellFamilyFieldReading())
5675         {
5676           famCells=DataArrayInt::New();
5677           famCells->alloc(nbOfElt,1);
5678           MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshEntityFamilyNumberRd,(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_CELL,geoTypeReq,famCells->getPointer()));
5679         }
5680     }
5681   nbOfElt=MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_CELL,geoTypeReq,MED_NUMBER,MED_NODAL,&chgt,&trsf);
5682   if(nbOfElt>0)
5683     {
5684       if(!mrs || mrs->isCellNumFieldReading())
5685         {
5686           numCells=DataArrayInt::New();
5687           numCells->alloc(nbOfElt,1);
5688           MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshEntityNumberRd,(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_CELL,geoTypeReq,numCells->getPointer()));
5689         }
5690     }
5691   nbOfElt=MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_CELL,geoTypeReq,MED_NAME,MED_NODAL,&chgt,&trsf);
5692   if(nbOfElt>0)
5693     {
5694       if(!mrs || mrs->isCellNameFieldReading())
5695         {
5696           namesCells=DataArrayAsciiChar::New();
5697           namesCells->alloc(nbOfElt+1,MED_SNAME_SIZE);//not a bug to avoid the memory corruption due to last \0 at the end
5698           MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshEntityNameRd,(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_CELL,geoTypeReq,namesCells->getPointer()));
5699           namesCells->reAlloc(nbOfElt);//not a bug to avoid the memory corruption due to last \0 at the end
5700         }
5701     }
5702 }
5703
5704 void MEDFileStructuredMesh::loadStrMeshFromFile(MEDFileStrMeshL2 *strm, med_idt fid, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
5705 {
5706   setName(strm->getName());
5707   setDescription(strm->getDescription());
5708   setUnivName(strm->getUnivName());
5709   setIteration(strm->getIteration());
5710   setOrder(strm->getOrder());
5711   setTimeValue(strm->getTime());
5712   setTimeUnit(strm->getTimeUnit());
5713   MEDFileMeshL2::ReadFamiliesAndGrps(fid,mName,_families,_groups,mrs);
5714   med_bool chgt=MED_FALSE,trsf=MED_FALSE;
5715   int nbOfElt(MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NONE,MED_FAMILY_NUMBER,MED_NODAL,&chgt,&trsf));
5716   if(nbOfElt>0)
5717     {
5718       if(!mrs || mrs->isNodeFamilyFieldReading())
5719         {
5720           int nbNodes(getNumberOfNodes());
5721           if(nbOfElt>nbNodes)
5722             throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::loadStrMeshFromFile : invalid size of family node array regarding number of nodes in this ! File seems to be corrupted !");
5723           _fam_nodes=DataArrayInt::New();
5724           _fam_nodes->alloc(nbNodes,1);//yes nbNodes and not nbOfElt see next line.
5725           if(nbNodes>nbOfElt)//yes it appends some times... It explains surely the mdump implementation. Bug revealed by PARAVIS EDF #2475 on structured.med file where only 12 first nodes are !=0 so nbOfElt=12 and nbOfNodes=378...
5726             _fam_nodes->fillWithZero();
5727           MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshEntityFamilyNumberRd,(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NONE,_fam_nodes->getPointer()));
5728         }
5729     }
5730   nbOfElt=MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NONE,MED_NUMBER,MED_NODAL,&chgt,&trsf);
5731   if(nbOfElt>0)
5732     {
5733       if(!mrs || mrs->isNodeNumFieldReading())
5734         {
5735           _num_nodes=DataArrayInt::New();
5736           _num_nodes->alloc(nbOfElt,1);
5737           MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshEntityNumberRd,(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NONE,_num_nodes->getPointer()));
5738         }
5739     }
5740   nbOfElt=MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NONE,MED_NAME,MED_NODAL,&chgt,&trsf);
5741   if(nbOfElt>0)
5742     {
5743       if(!mrs || mrs->isNodeNameFieldReading())
5744         {
5745           _names_nodes=DataArrayAsciiChar::New();
5746           _names_nodes->alloc(nbOfElt+1,MED_SNAME_SIZE);//not a bug to avoid the memory corruption due to last \0 at the end
5747           MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshEntityNameRd,(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NONE,_names_nodes->getPointer()));
5748           _names_nodes->reAlloc(nbOfElt);//not a bug to avoid the memory corruption due to last \0 at the end
5749         }
5750     }
5751   int meshDim(getStructuredMesh()->getMeshDimension());
5752   LoadStrMeshDAFromFile(fid,meshDim,dt,it,mName,mrs,_fam_cells,_num_cells,_names_cells);
5753   if(meshDim>=1)
5754     LoadStrMeshDAFromFile(fid,meshDim-1,dt,it,mName,mrs,_fam_faces,_num_faces,_names_faces);
5755 }
5756
5757 void MEDFileStructuredMesh::writeStructuredLL(med_idt fid, const std::string& maa) const
5758 {
5759   int meshDim(getStructuredMesh()->getMeshDimension());
5760   med_geometry_type geoTypeReq(GetGeoTypeFromMeshDim(meshDim)),geoTypeReq2(GetGeoTypeFromMeshDim(meshDim-1));
5761   //
5762   if((const DataArrayInt *)_fam_cells)
5763     MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityFamilyNumberWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_CELL,geoTypeReq,_fam_cells->getNumberOfTuples(),_fam_cells->getConstPointer()));
5764   if((const DataArrayInt *)_fam_faces)
5765     MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityFamilyNumberWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_CELL,geoTypeReq2,_fam_faces->getNumberOfTuples(),_fam_faces->getConstPointer()));
5766   if((const DataArrayInt *)_fam_nodes)
5767     MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityFamilyNumberWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_NODE,MED_NONE,_fam_nodes->getNumberOfTuples(),_fam_nodes->getConstPointer()));
5768   if((const DataArrayInt *)_num_cells)
5769     MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityNumberWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_CELL,geoTypeReq,_num_cells->getNumberOfTuples(),_num_cells->getConstPointer()));
5770   if((const DataArrayInt *)_num_faces)
5771     MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityNumberWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_CELL,geoTypeReq2,_num_faces->getNumberOfTuples(),_num_faces->getConstPointer()));
5772   if((const DataArrayInt *)_num_nodes)
5773     MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityNumberWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_NODE,MED_NONE,_num_nodes->getNumberOfTuples(),_num_nodes->getConstPointer()));
5774   if((const DataArrayAsciiChar *)_names_cells)
5775     {
5776       if(_names_cells->getNumberOfComponents()!=MED_SNAME_SIZE)
5777         {
5778           std::ostringstream oss; oss << "MEDFileStructuredMesh::writeStructuredLL : expected a name field on cells with number of components set to " << MED_SNAME_SIZE;
5779           oss << " ! The array has " << _names_cells->getNumberOfComponents() << " components !";
5780           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
5781         }
5782       MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityNameWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_CELL,geoTypeReq,_names_cells->getNumberOfTuples(),_names_cells->getConstPointer()));
5783     }
5784   if((const DataArrayAsciiChar *)_names_faces)
5785     {
5786       if(_names_faces->getNumberOfComponents()!=MED_SNAME_SIZE)
5787         {
5788           std::ostringstream oss; oss << "MEDFileStructuredMesh::writeStructuredLL : expected a name field on faces with number of components set to " << MED_SNAME_SIZE;
5789           oss << " ! The array has " << _names_faces->getNumberOfComponents() << " components !";
5790           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
5791         }
5792       MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityNameWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_CELL,geoTypeReq2,_names_faces->getNumberOfTuples(),_names_faces->getConstPointer()));
5793     }
5794   if((const DataArrayAsciiChar *)_names_nodes)
5795     {
5796       if(_names_nodes->getNumberOfComponents()!=MED_SNAME_SIZE)
5797         {
5798           std::ostringstream oss; oss << "MEDFileStructuredMesh::writeStructuredLL : expected a name field on nodes with number of components set to " << MED_SNAME_SIZE;
5799           oss << " ! The array has " << _names_cells->getNumberOfComponents() << " components !";
5800           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
5801         }
5802       MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityNameWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_NODE,MED_NONE,_names_nodes->getNumberOfTuples(),_names_nodes->getConstPointer()));
5803     }
5804   //
5805   MEDFileUMeshL2::WriteFamiliesAndGrps(fid,maa.c_str(),_families,_groups,_too_long_str);
5806 }
5807
5808 /*!
5809  * Returns an empty instance of MEDFileCMesh.
5810  *  \return MEDFileCMesh * - a new instance of MEDFileCMesh. The caller is to delete this
5811  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
5812  */
5813 MEDFileCMesh *MEDFileCMesh::New()
5814 {
5815   return new MEDFileCMesh;
5816 }
5817
5818 /*!
5819  * Returns a new MEDFileCMesh holding the mesh data that has been read from a given MED
5820  * file. The first mesh in the file is loaded.
5821  *  \param [in] fileName - the name of MED file to read.
5822  *  \return MEDFileCMesh * - a new instance of MEDFileCMesh. The caller is to delete this
5823  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
5824  *  \throw If the file is not readable.
5825  *  \throw If there is no meshes in the file.
5826  *  \throw If the mesh in the file is not a Cartesian one.
5827  */
5828 MEDFileCMesh *MEDFileCMesh::New(const std::string& fileName, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
5829 {
5830   std::vector<std::string> ms=MEDLoader::GetMeshNames(fileName);
5831   if(ms.empty())
5832     {
5833       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::New : no meshes in file \"" << fileName << "\" !";
5834       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
5835     }
5836   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
5837   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
5838   int dt,it;
5839   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
5840   std::string dummy2;
5841   MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,ms.front(),meshType,dt,it,dummy2);
5842   return new MEDFileCMesh(fid,ms.front(),dt,it,mrs);
5843 }
5844
5845 /*!
5846  * Returns a new MEDFileCMesh holding the mesh data that has been read from a given MED
5847  * file. The mesh to load is specified by its name and numbers of a time step and an
5848  * iteration.
5849  *  \param [in] fileName - the name of MED file to read.
5850  *  \param [in] mName - the name of the mesh to read.
5851  *  \param [in] dt - the number of a time step.
5852  *  \param [in] it - the number of an iteration.
5853  *  \return MEDFileCMesh * - a new instance of MEDFileCMesh. The caller is to delete this
5854  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
5855  *  \throw If the file is not readable.
5856  *  \throw If there is no mesh with given attributes in the file.
5857  *  \throw If the mesh in the file is not a Cartesian one.
5858  */
5859 MEDFileCMesh *MEDFileCMesh::New(const std::string& fileName, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
5860 {
5861   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
5862   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
5863   return new MEDFileCMesh(fid,mName,dt,it,mrs);
5864 }
5865
5866 std::size_t MEDFileCMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
5867 {
5868   return MEDFileStructuredMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren();
5869 }
5870
5871 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileCMesh::getDirectChildrenWithNull() const
5872 {
5873   std::vector<const BigMemoryObject *> ret(MEDFileStructuredMesh::getDirectChildrenWithNull());
5874   ret.push_back((const MEDCouplingCMesh *)_cmesh);
5875   return ret;
5876 }
5877
5878 /*!
5879  * Returns the dimension on cells in \a this mesh.
5880  *  \return int - the mesh dimension.
5881  *  \throw If there are no cells in this mesh.
5882  */
5883 int MEDFileCMesh::getMeshDimension() const
5884 {
5885   if(!((const MEDCouplingCMesh*)_cmesh))
5886     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCMesh::getMeshDimension : unable to get meshdimension because no mesh set !");
5887   return _cmesh->getMeshDimension();
5888 }
5889
5890 /*!
5891  * Returns the dimension on nodes in \a this mesh.
5892  *  \return int - the space dimension.
5893  *  \throw If there are no cells in this mesh.
5894  */
5895 int MEDFileCMesh::getSpaceDimension() const
5896 {
5897   if(!((const MEDCouplingCMesh*)_cmesh))
5898     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCMesh::getSpaceDimension : unable to get spacedimension because no mesh set !");
5899   return _cmesh->getSpaceDimension();
5900 }
5901
5902 /*!
5903  * Returns a string describing \a this mesh.
5904  *  \return std::string - the mesh information string.
5905  */
5906 std::string MEDFileCMesh::simpleRepr() const
5907 {
5908   return MEDFileStructuredMesh::simpleRepr();
5909 }
5910
5911 /*!
5912  * Returns a full textual description of \a this mesh.
5913  *  \return std::string - the string holding the mesh description.
5914  */
5915 std::string MEDFileCMesh::advancedRepr() const
5916 {
5917   return simpleRepr();
5918 }
5919
5920 MEDFileMesh *MEDFileCMesh::shallowCpy() const
5921 {
5922   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileCMesh> ret=new MEDFileCMesh(*this);
5923   return ret.retn();
5924 }
5925
5926 MEDFileMesh *MEDFileCMesh::createNewEmpty() const
5927 {
5928   return new MEDFileCMesh;
5929 }
5930
5931 MEDFileMesh *MEDFileCMesh::deepCpy() const
5932 {
5933   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileCMesh> ret=new MEDFileCMesh(*this);
5934   if((const MEDCouplingCMesh*)_cmesh)
5935     ret->_cmesh=static_cast<MEDCouplingCMesh*>(_cmesh->deepCpy());
5936   ret->deepCpyAttributes();
5937   return ret.retn();
5938 }
5939
5940 /*!
5941  * Checks if \a this and another mesh are equal.
5942  *  \param [in] other - the mesh to compare with.
5943  *  \param [in] eps - a precision used to compare real values.
5944  *  \param [in,out] what - the string returning description of unequal data.
5945  *  \return bool - \c true if the meshes are equal, \c false, else.
5946  */
5947 bool MEDFileCMesh::isEqual(const MEDFileMesh *other, double eps, std::string& what) const
5948 {
5949   if(!MEDFileStructuredMesh::isEqual(other,eps,what))
5950     return false;
5951   const MEDFileCMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDFileCMesh *>(other);
5952   if(!otherC)
5953     {
5954       what="Mesh types differ ! This is cartesian and other is NOT !";
5955       return false;
5956     }
5957   clearNonDiscrAttributes();
5958   otherC->clearNonDiscrAttributes();
5959   const MEDCouplingCMesh *coo1=_cmesh;
5960   const MEDCouplingCMesh *coo2=otherC->_cmesh;
5961   if((coo1==0 && coo2!=0) || (coo1!=0 && coo2==0))
5962     {
5963       what="Mismatch of cartesian meshes ! One is defined and not other !";
5964       return false;
5965     }
5966   if(coo1)
5967     {
5968       bool ret=coo1->isEqual(coo2,eps);
5969       if(!ret)
5970         {
5971           what="cartesian meshes differ !";
5972           return false;
5973         }
5974     }
5975   return true;
5976 }
5977
5978 /*!
5979  * Clears redundant attributes of incorporated data arrays.
5980  */
5981 void MEDFileCMesh::clearNonDiscrAttributes() const
5982 {
5983   MEDFileStructuredMesh::clearNonDiscrAttributes();
5984   MEDFileUMeshSplitL1::ClearNonDiscrAttributes(_cmesh);//to it is not a bug umeshsplit have already the method implemented
5985 }
5986
5987 MEDFileCMesh::MEDFileCMesh()
5988 {
5989 }
5990
5991 MEDFileCMesh::MEDFileCMesh(med_idt fid, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
5992 try
5993 {
5994     loadCMeshFromFile(fid,mName,dt,it,mrs);
5995     loadJointsFromFile(fid);
5996 }
5997 catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
5998 {
5999     throw e;
6000 }
6001
6002 void MEDFileCMesh::loadCMeshFromFile(med_idt fid, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
6003 {
6004   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
6005   int dummy0,dummy1;
6006   std::string dtunit;
6007   int mid=MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,mName,meshType,dummy0,dummy1,dtunit);
6008   if(meshType!=CARTESIAN)
6009     {
6010       std::ostringstream oss; oss << "Trying to load as cartesian an existing mesh with name '" << mName << "' that is NOT cartesian !";
6011       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6012     }
6013   MEDFileCMeshL2 loaderl2;
6014   loaderl2.loadAll(fid,mid,mName,dt,it);
6015   MEDCouplingCMesh *mesh=loaderl2.getMesh();
6016   mesh->incrRef();
6017   _cmesh=mesh;
6018   loadStrMeshFromFile(&loaderl2,fid,mName,dt,it,mrs);
6019 }
6020
6021 /*!
6022  * Returns a const pointer to MEDCouplingCMesh held by \a this mesh.
6023  *  \return const MEDCouplingCMesh * - a pointer to the held MEDCouplingCMesh.
6024  */
6025 const MEDCouplingCMesh *MEDFileCMesh::getMesh() const
6026 {
6027   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
6028   return _cmesh;
6029 }
6030
6031 const MEDCouplingStructuredMesh *MEDFileCMesh::getStructuredMesh() const
6032 {
6033   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
6034   return _cmesh;
6035 }
6036
6037 /*!
6038  * Sets the MEDCouplingCMesh holding the data of \a this mesh.
6039  *  \param [in] m - the new MEDCouplingCMesh to refer to.
6040  *  \throw If the name or the description of \a this mesh and \a m are not empty and are
6041  *         different. 
6042  */
6043 void MEDFileCMesh::setMesh(MEDCouplingCMesh *m)
6044 {
6045   dealWithTinyInfo(m);
6046   if(m)
6047     m->incrRef();
6048   _cmesh=m;
6049 }
6050
6051 void MEDFileCMesh::writeLL(med_idt fid) const
6052 {
6053   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> maa=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_NAME_SIZE);
6054   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> desc=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_COMMENT_SIZE);
6055   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> dtunit=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_LNAME_SIZE);
6056   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_name.c_str(),MED_NAME_SIZE,maa,_too_long_str);
6057   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_desc_name.c_str(),MED_COMMENT_SIZE,desc,_too_long_str);
6058   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_dt_unit.c_str(),MED_LNAME_SIZE,dtunit,_too_long_str);
6059   int spaceDim(_cmesh->getSpaceDimension());
6060   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> comp=MEDLoaderBase::buildEmptyString(spaceDim*MED_SNAME_SIZE);
6061   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> unit=MEDLoaderBase::buildEmptyString(spaceDim*MED_SNAME_SIZE);
6062   for(int i=0;i<spaceDim;i++)
6063     {
6064       std::string info(_cmesh->getCoordsAt(i)->getInfoOnComponent(0));
6065       std::string c,u;
6066       MEDLoaderBase::splitIntoNameAndUnit(info,c,u);
6067       MEDLoaderBase::safeStrCpy2(c.c_str(),MED_SNAME_SIZE-1,comp+i*MED_SNAME_SIZE,_too_long_str);//MED_TAILLE_PNOM-1 to avoid to write '\0' on next compo
6068       MEDLoaderBase::safeStrCpy2(u.c_str(),MED_SNAME_SIZE-1,unit+i*MED_SNAME_SIZE,_too_long_str);//MED_TAILLE_PNOM-1 to avoid to write '\0' on next compo
6069     }
6070   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshCr,(fid,maa,spaceDim,spaceDim,MED_STRUCTURED_MESH,desc,dtunit,MED_SORT_DTIT,MED_CARTESIAN,comp,unit));
6071   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshUniversalNameWr,(fid,maa));
6072   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshGridTypeWr,(fid,maa,MED_CARTESIAN_GRID));
6073   for(int i=0;i<spaceDim;i++)
6074     {
6075       const DataArrayDouble *da=_cmesh->getCoordsAt(i);
6076       MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshGridIndexCoordinateWr,(fid,maa,_iteration,_order,_time,i+1,da->getNumberOfTuples(),da->getConstPointer()));
6077     }
6078   //
6079   std::string meshName(MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(maa,MED_NAME_SIZE));
6080   MEDFileStructuredMesh::writeStructuredLL(fid,meshName);
6081
6082   writeJoints(fid);
6083 }
6084
6085 void MEDFileCMesh::synchronizeTinyInfoOnLeaves() const
6086 {
6087   const MEDCouplingCMesh *cmesh=_cmesh;
6088   if(!cmesh)
6089     return;
6090   (const_cast<MEDCouplingCMesh *>(cmesh))->setName(_name);
6091   (const_cast<MEDCouplingCMesh *>(cmesh))->setDescription(_desc_name);
6092   (const_cast<MEDCouplingCMesh *>(cmesh))->setTime(_time,_iteration,_order);
6093   (const_cast<MEDCouplingCMesh *>(cmesh))->setTimeUnit(_dt_unit);
6094 }
6095
6096 MEDFileCurveLinearMesh *MEDFileCurveLinearMesh::New()
6097 {
6098   return new MEDFileCurveLinearMesh;
6099 }
6100
6101 MEDFileCurveLinearMesh *MEDFileCurveLinearMesh::New(const std::string& fileName, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
6102 {
6103   std::vector<std::string> ms=MEDLoader::GetMeshNames(fileName);
6104   if(ms.empty())
6105     {
6106       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::New : no meshes in file \"" << fileName << "\" !";
6107       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6108     }
6109   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
6110   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
6111   int dt,it;
6112   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
6113   std::string dummy2;
6114   MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,ms.front(),meshType,dt,it,dummy2);
6115   return new MEDFileCurveLinearMesh(fid,ms.front(),dt,it,mrs);
6116 }
6117
6118 MEDFileCurveLinearMesh *MEDFileCurveLinearMesh::New(const std::string& fileName, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
6119 {
6120   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
6121   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
6122   return new MEDFileCurveLinearMesh(fid,mName,dt,it,mrs);
6123 }
6124
6125 std::size_t MEDFileCurveLinearMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
6126 {
6127   return MEDFileStructuredMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren();
6128 }
6129
6130 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileCurveLinearMesh::getDirectChildrenWithNull() const
6131 {
6132   std::vector<const BigMemoryObject *> ret(MEDFileStructuredMesh::getDirectChildrenWithNull());
6133   ret.push_back((const MEDCouplingCurveLinearMesh *)_clmesh);
6134   return ret;
6135 }
6136
6137 MEDFileMesh *MEDFileCurveLinearMesh::shallowCpy() const
6138 {
6139   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileCurveLinearMesh> ret=new MEDFileCurveLinearMesh(*this);
6140   return ret.retn();
6141 }
6142
6143 MEDFileMesh *MEDFileCurveLinearMesh::createNewEmpty() const
6144 {
6145   return new MEDFileCurveLinearMesh;
6146 }
6147
6148 MEDFileMesh *MEDFileCurveLinearMesh::deepCpy() const
6149 {
6150   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileCurveLinearMesh> ret=new MEDFileCurveLinearMesh(*this);
6151   if((const MEDCouplingCurveLinearMesh*)_clmesh)
6152     ret->_clmesh=static_cast<MEDCouplingCurveLinearMesh*>(_clmesh->deepCpy());
6153   ret->deepCpyAttributes();
6154   return ret.retn();
6155 }
6156
6157 int MEDFileCurveLinearMesh::getMeshDimension() const
6158 {
6159   if(!((const MEDCouplingCurveLinearMesh*)_clmesh))
6160     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCurveLinearMesh::getMeshDimension : unable to get meshdimension because no mesh set !");
6161   return _clmesh->getMeshDimension();
6162 }
6163
6164 std::string MEDFileCurveLinearMesh::simpleRepr() const
6165 {
6166   return MEDFileStructuredMesh::simpleRepr();
6167 }
6168
6169 std::string MEDFileCurveLinearMesh::advancedRepr() const
6170 {
6171   return simpleRepr();
6172 }
6173
6174 bool MEDFileCurveLinearMesh::isEqual(const MEDFileMesh *other, double eps, std::string& what) const
6175 {
6176   if(!MEDFileStructuredMesh::isEqual(other,eps,what))
6177     return false;
6178   const MEDFileCurveLinearMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDFileCurveLinearMesh *>(other);
6179   if(!otherC)
6180     {
6181       what="Mesh types differ ! This is curve linear and other is NOT !";
6182       return false;
6183     }
6184   clearNonDiscrAttributes();
6185   otherC->clearNonDiscrAttributes();
6186   const MEDCouplingCurveLinearMesh *coo1=_clmesh;
6187   const MEDCouplingCurveLinearMesh *coo2=otherC->_clmesh;
6188   if((coo1==0 && coo2!=0) || (coo1!=0 && coo2==0))
6189     {
6190       what="Mismatch of curve linear meshes ! One is defined and not other !";
6191       return false;
6192     }
6193   if(coo1)
6194     {
6195       bool ret=coo1->isEqual(coo2,eps);
6196       if(!ret)
6197         {
6198           what="curve linear meshes differ !";
6199           return false;
6200         }
6201     }
6202   return true;
6203 }
6204
6205 void MEDFileCurveLinearMesh::clearNonDiscrAttributes() const
6206 {
6207   MEDFileStructuredMesh::clearNonDiscrAttributes();
6208   MEDFileUMeshSplitL1::ClearNonDiscrAttributes(_clmesh);//to it is not a bug umeshsplit have already the method implemented
6209 }
6210
6211 void MEDFileCurveLinearMesh::synchronizeTinyInfoOnLeaves() const
6212 {
6213   const MEDCouplingCurveLinearMesh *clmesh=_clmesh;
6214   if(!clmesh)
6215     return;
6216   (const_cast<MEDCouplingCurveLinearMesh *>(clmesh))->setName(_name);
6217   (const_cast<MEDCouplingCurveLinearMesh *>(clmesh))->setDescription(_desc_name);
6218   (const_cast<MEDCouplingCurveLinearMesh *>(clmesh))->setTime(_time,_iteration,_order);
6219   (const_cast<MEDCouplingCurveLinearMesh *>(clmesh))->setTimeUnit(_dt_unit);
6220 }
6221
6222 const MEDCouplingCurveLinearMesh *MEDFileCurveLinearMesh::getMesh() const
6223 {
6224   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
6225   return _clmesh;
6226 }
6227
6228 void MEDFileCurveLinearMesh::setMesh(MEDCouplingCurveLinearMesh *m)
6229 {
6230   dealWithTinyInfo(m);
6231   if(m)
6232     m->incrRef();
6233   _clmesh=m;
6234 }
6235
6236 const MEDCouplingStructuredMesh *MEDFileCurveLinearMesh::getStructuredMesh() const
6237 {
6238   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
6239   return _clmesh;
6240 }
6241
6242 MEDFileCurveLinearMesh::MEDFileCurveLinearMesh()
6243 {
6244 }
6245
6246 MEDFileCurveLinearMesh::MEDFileCurveLinearMesh(med_idt fid, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
6247 try
6248 {
6249     loadCLMeshFromFile(fid,mName,dt,it,mrs);
6250     loadJointsFromFile(fid);
6251 }
6252 catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
6253 {
6254     throw e;
6255 }
6256
6257 void MEDFileCurveLinearMesh::writeLL(med_idt fid) const
6258 {
6259   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> maa=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_NAME_SIZE);
6260   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> desc=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_COMMENT_SIZE);
6261   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> dtunit=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_LNAME_SIZE);
6262   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_name.c_str(),MED_NAME_SIZE,maa,_too_long_str);
6263   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_desc_name.c_str(),MED_COMMENT_SIZE,desc,_too_long_str);
6264   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_dt_unit.c_str(),MED_LNAME_SIZE,dtunit,_too_long_str);
6265   int spaceDim=_clmesh->getSpaceDimension();
6266   int meshDim=_clmesh->getMeshDimension();
6267   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> comp=MEDLoaderBase::buildEmptyString(spaceDim*MED_SNAME_SIZE);
6268   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> unit=MEDLoaderBase::buildEmptyString(spaceDim*MED_SNAME_SIZE);
6269   const DataArrayDouble *coords=_clmesh->getCoords();
6270   if(!coords)
6271     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCurveLinearMesh::writeLL : no coordinates set !");
6272   for(int i=0;i<spaceDim;i++)
6273     {
6274       std::string info(_clmesh->getCoords()->getInfoOnComponent(i));
6275       std::string c,u;
6276       MEDLoaderBase::splitIntoNameAndUnit(info,c,u);
6277       MEDLoaderBase::safeStrCpy2(c.c_str(),MED_SNAME_SIZE-1,comp+i*MED_SNAME_SIZE,_too_long_str);//MED_TAILLE_PNOM-1 to avoid to write '\0' on next compo
6278       MEDLoaderBase::safeStrCpy2(u.c_str(),MED_SNAME_SIZE-1,unit+i*MED_SNAME_SIZE,_too_long_str);//MED_TAILLE_PNOM-1 to avoid to write '\0' on next compo
6279     }
6280   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshCr,(fid,maa,spaceDim,meshDim,MED_STRUCTURED_MESH,desc,dtunit,MED_SORT_DTIT,MED_CARTESIAN,comp,unit));
6281   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshUniversalNameWr,(fid,maa));
6282   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshGridTypeWr,(fid,maa,MED_CURVILINEAR_GRID));
6283   std::vector<int> nodeGridSt=_clmesh->getNodeGridStructure();
6284   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshGridStructWr,(fid,maa,_iteration,_order,_time,&nodeGridSt[0]));
6285
6286   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshNodeCoordinateWr,(fid,maa,_iteration,_order,_time,MED_FULL_INTERLACE,coords->getNumberOfTuples(),coords->begin()));
6287   //
6288   std::string meshName(MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(maa,MED_NAME_SIZE));
6289   MEDFileStructuredMesh::writeStructuredLL(fid,meshName);
6290
6291   writeJoints(fid);
6292 }
6293
6294 void MEDFileCurveLinearMesh::loadCLMeshFromFile(med_idt fid, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
6295 {
6296   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
6297   int dummy0,dummy1;
6298   std::string dtunit;
6299   int mid=MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,mName,meshType,dummy0,dummy1,dtunit);
6300   if(meshType!=CURVE_LINEAR)
6301     {
6302       std::ostringstream oss; oss << "Trying to load as curve linear an existing mesh with name '" << mName << "' that is NOT curve linear !";
6303       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6304     }
6305   MEDFileCLMeshL2 loaderl2;
6306   loaderl2.loadAll(fid,mid,mName,dt,it);
6307   MEDCouplingCurveLinearMesh *mesh=loaderl2.getMesh();
6308   mesh->incrRef();
6309   _clmesh=mesh;
6310   loadStrMeshFromFile(&loaderl2,fid,mName,dt,it,mrs);
6311 }
6312
6313 MEDFileMeshMultiTS *MEDFileMeshMultiTS::New()
6314 {
6315   return new MEDFileMeshMultiTS;
6316 }
6317
6318 MEDFileMeshMultiTS *MEDFileMeshMultiTS::New(const std::string& fileName)
6319 {
6320   return new MEDFileMeshMultiTS(fileName);
6321 }
6322
6323 MEDFileMeshMultiTS *MEDFileMeshMultiTS::New(const std::string& fileName, const std::string& mName)
6324 {
6325   return new MEDFileMeshMultiTS(fileName,mName);
6326 }
6327
6328 MEDFileMeshMultiTS *MEDFileMeshMultiTS::deepCpy() const
6329 {
6330   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> ret=MEDFileMeshMultiTS::New();
6331   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh> > meshOneTs(_mesh_one_ts.size());
6332   std::size_t i=0;
6333   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh> >::const_iterator it=_mesh_one_ts.begin();it!=_mesh_one_ts.end();it++,i++)
6334     if((const MEDFileMesh *)*it)
6335       meshOneTs[i]=(*it)->deepCpy();
6336   ret->_mesh_one_ts=meshOneTs;
6337   return ret.retn();
6338 }
6339
6340 std::size_t MEDFileMeshMultiTS::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
6341 {
6342   return _mesh_one_ts.capacity()*sizeof(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh>);
6343 }
6344
6345 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileMeshMultiTS::getDirectChildrenWithNull() const
6346 {
6347   std::vector<const BigMemoryObject *> ret;
6348   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh> >::const_iterator it=_mesh_one_ts.begin();it!=_mesh_one_ts.end();it++)
6349     ret.push_back((const MEDFileMesh *)*it);
6350   return ret;
6351 }
6352
6353 std::string MEDFileMeshMultiTS::getName() const
6354 {
6355   if(_mesh_one_ts.empty())
6356     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMeshMultiTS::getName : no time steps set !");
6357   return _mesh_one_ts[0]->getName();
6358 }
6359
6360 void MEDFileMeshMultiTS::setName(const std::string& newMeshName)
6361 {
6362   std::string oldName(getName());
6363   std::vector< std::pair<std::string,std::string> > v(1);
6364   v[0].first=oldName; v[0].second=newMeshName;
6365   changeNames(v);
6366 }
6367
6368 bool MEDFileMeshMultiTS::changeNames(const std::vector< std::pair<std::string,std::string> >& modifTab)
6369 {
6370   bool ret=false;
6371   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh> >::iterator it=_mesh_one_ts.begin();it!=_mesh_one_ts.end();it++)
6372     {
6373       MEDFileMesh *cur(*it);
6374       if(cur)
6375         ret=cur->changeNames(modifTab) || ret;
6376     }
6377   return ret;
6378 }
6379
6380 MEDFileMesh *MEDFileMeshMultiTS::getOneTimeStep() const
6381 {
6382   if(_mesh_one_ts.empty())
6383     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMeshMultiTS::getOneTimeStep : empty time step set !");
6384   return const_cast<MEDFileMesh *>(static_cast<const MEDFileMesh *>(_mesh_one_ts[0]));
6385 }
6386
6387 void MEDFileMeshMultiTS::setOneTimeStep(MEDFileMesh *mesh1TimeStep)
6388 {
6389   if(!mesh1TimeStep)
6390     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMeshMultiTS::setOneTimeStep : input pointer should be different from 0 !");
6391   _mesh_one_ts.resize(1);
6392   mesh1TimeStep->incrRef();
6393   //MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh> toto=mesh1TimeStep;
6394   _mesh_one_ts[0]=mesh1TimeStep;
6395 }
6396
6397 MEDFileJoints * MEDFileMeshMultiTS::getJoints() const
6398 {
6399   if ( MEDFileMesh* m = getOneTimeStep() )
6400     return m->getJoints();
6401   return 0;
6402 }
6403
6404 /*!
6405  * \brief Set Joints that are common to all time-stamps
6406  */
6407 void MEDFileMeshMultiTS::setJoints( MEDFileJoints* joints )
6408 {
6409   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh> >::iterator it=_mesh_one_ts.begin();it!=_mesh_one_ts.end();it++)
6410     {
6411       (*it)->setJoints( joints );
6412     }
6413 }
6414
6415 void MEDFileMeshMultiTS::write(med_idt fid) const
6416 {
6417   MEDFileJoints *joints(getJoints());
6418   bool jointsWritten(false);
6419
6420   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh> >::const_iterator it=_mesh_one_ts.begin();it!=_mesh_one_ts.end();it++)
6421     {
6422       if ( jointsWritten )
6423         const_cast<MEDFileMesh&>(**it).setJoints( 0 );
6424       else
6425         jointsWritten = true;
6426
6427       (*it)->copyOptionsFrom(*this);
6428       (*it)->write(fid);
6429     }
6430
6431   (const_cast<MEDFileMeshMultiTS*>(this))->setJoints( joints ); // restore joints
6432 }
6433
6434 void MEDFileMeshMultiTS::write(const std::string& fileName, int mode) const
6435 {
6436   med_access_mode medmod=MEDFileUtilities::TraduceWriteMode(mode);
6437   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),medmod);
6438   std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh : error on attempt to write in file : \"" << fileName << "\""; 
6439   MEDFileUtilities::CheckMEDCode(fid,fid,oss.str());
6440   write(fid);
6441 }
6442
6443 void MEDFileMeshMultiTS::loadFromFile(const std::string& fileName, const std::string& mName)
6444 {
6445   MEDFileJoints* joints = 0;
6446   if ( !_mesh_one_ts.empty() && getOneTimeStep() )
6447     {
6448       // joints of mName already read, pass them to MEDFileMesh::New() to prevent repeated reading
6449       joints = getOneTimeStep()->getJoints();
6450     }
6451
6452   _mesh_one_ts.clear();  //for the moment to be improved
6453   _mesh_one_ts.push_back( MEDFileMesh::New(fileName,mName,-1,-1,0, joints ));
6454 }
6455
6456 MEDFileMeshMultiTS::MEDFileMeshMultiTS()
6457 {
6458 }
6459
6460 MEDFileMeshMultiTS::MEDFileMeshMultiTS(const std::string& fileName)
6461 try
6462 {
6463     std::vector<std::string> ms=MEDLoader::GetMeshNames(fileName);
6464     if(ms.empty())
6465       {
6466         std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::New : no meshes in file \"" << fileName << "\" !";
6467         throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6468       }
6469     MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
6470     MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
6471     int dt,it;
6472     ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
6473     std::string dummy2;
6474     MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,ms.front(),meshType,dt,it,dummy2);
6475     loadFromFile(fileName,ms.front());
6476 }
6477 catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
6478 {
6479     throw e;
6480 }
6481
6482 MEDFileMeshMultiTS::MEDFileMeshMultiTS(const std::string& fileName, const std::string& mName)
6483 try
6484 {
6485     loadFromFile(fileName,mName);
6486 }
6487 catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
6488 {
6489     throw e;
6490 }
6491
6492 MEDFileMeshes *MEDFileMeshes::New()
6493 {
6494   return new MEDFileMeshes;
6495 }
6496
6497 MEDFileMeshes *MEDFileMeshes::New(const std::string& fileName)
6498 {
6499   return new MEDFileMeshes(fileName);
6500 }
6501
6502 void MEDFileMeshes::write(med_idt fid) const
6503 {
6504   checkCoherency();
6505   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> >::const_iterator it=_meshes.begin();it!=_meshes.end();it++)
6506     {
6507       (*it)->copyOptionsFrom(*this);
6508       (*it)->write(fid);
6509     }
6510 }
6511
6512 void MEDFileMeshes::write(const std::string& fileName, int mode) const
6513 {
6514   med_access_mode medmod=MEDFileUtilities::TraduceWriteMode(mode);
6515   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),medmod);
6516   std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh : error on attempt to write in file : \"" << fileName << "\""; 
6517   MEDFileUtilities::CheckMEDCode(fid,fid,oss.str());
6518   checkCoherency();
6519   write(fid);
6520 }
6521
6522 int MEDFileMeshes::getNumberOfMeshes() const
6523 {
6524   return _meshes.size();
6525 }
6526
6527 MEDFileMeshesIterator *MEDFileMeshes::iterator()
6528 {
6529   return new MEDFileMeshesIterator(this);
6530 }
6531
6532 /** Return a borrowed reference (caller is not responsible) */
6533 MEDFileMesh *MEDFileMeshes::getMeshAtPos(int i) const
6534 {
6535   if(i<0 || i>=(int)_meshes.size())
6536     {
6537       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMeshes::getMeshAtPos : invalid mesh id given in parameter ! Should be in [0;" << _meshes.size() << ") !";
6538       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6539     }
6540   return _meshes[i]->getOneTimeStep();
6541 }
6542
6543 /** Return a borrowed reference (caller is not responsible) */
6544 MEDFileMesh *MEDFileMeshes::getMeshWithName(const std::string& mname) const
6545 {
6546   std::vector<std::string> ms=getMeshesNames();
6547   std::vector<std::string>::iterator it=std::find(ms.begin(),ms.end(),mname);
6548   if(it==ms.end())
6549     {
6550       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMeshes::getMeshWithName : Mesh  \"" << mname << "\" does not exist in this ! Existing are : ";
6551       std::copy(ms.begin(),ms.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
6552       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6553     }
6554   return getMeshAtPos((int)std::distance(ms.begin(),it));
6555 }
6556
6557 std::vector<std::string> MEDFileMeshes::getMeshesNames() const
6558 {
6559   std::vector<std::string> ret(_meshes.size());
6560   int i=0;
6561   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> >::const_iterator it=_meshes.begin();it!=_meshes.end();it++,i++)
6562     {
6563       const MEDFileMeshMultiTS *f=(*it);
6564       if(f)
6565         {
6566           ret[i]=f->getName();
6567         }
6568       else
6569         {
6570           std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMeshes::getMeshesNames : At rank #" << i << " mesh is not defined !";
6571           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6572         }
6573     }
6574   return ret;
6575 }
6576 /*const MEDFileJoints* MEDFileMeshes::getJoints() const
6577 {
6578   const MEDFileJoints *ret=_joints;
6579   if(!ret)
6580   {
6581     std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMeshes::getJoints : joints is not defined !";
6582     throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6583   }
6584   return ret;
6585 }*/
6586
6587 bool MEDFileMeshes::changeNames(const std::vector< std::pair<std::string,std::string> >& modifTab)
6588 {
6589   bool ret=false;
6590   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> >::iterator it=_meshes.begin();it!=_meshes.end();it++)
6591     {
6592       MEDFileMeshMultiTS *cur(*it);
6593       if(cur)
6594         ret=cur->changeNames(modifTab) || ret;
6595     }
6596   return ret;
6597 }
6598
6599 void MEDFileMeshes::resize(int newSize)
6600 {
6601   _meshes.resize(newSize);
6602 }
6603
6604 void MEDFileMeshes::pushMesh(MEDFileMesh *mesh)
6605 {
6606   if(!mesh)
6607     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMeshes::pushMesh : invalid input pointer ! should be different from 0 !");
6608   MEDFileMeshMultiTS *elt=MEDFileMeshMultiTS::New();
6609   elt->setOneTimeStep(mesh);
6610   _meshes.push_back(elt);
6611 }
6612
6613 void MEDFileMeshes::setMeshAtPos(int i, MEDFileMesh *mesh)
6614 {
6615   if(!mesh)
6616     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMeshes::setMeshAtPos : invalid input pointer ! should be different from 0 !");
6617   if(i>=(int)_meshes.size())
6618     _meshes.resize(i+1);
6619   MEDFileMeshMultiTS *elt=MEDFileMeshMultiTS::New();
6620   elt->setOneTimeStep(mesh);
6621   _meshes[i]=elt;
6622 }
6623
6624 void MEDFileMeshes::destroyMeshAtPos(int i)
6625 {
6626   if(i<0 || i>=(int)_meshes.size())
6627     {
6628       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMeshes::destroyMeshAtPos : Invalid given id in input (" << i << ") should be in [0," << _meshes.size() << ") !";
6629       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6630     }
6631   _meshes.erase(_meshes.begin()+i);
6632 }
6633
6634 void MEDFileMeshes::loadFromFile(const std::string& fileName)
6635 {
6636   std::vector<std::string> ms=MEDLoader::GetMeshNames(fileName);
6637   int i=0;
6638   _meshes.resize(ms.size());
6639   for(std::vector<std::string>::const_iterator it=ms.begin();it!=ms.end();it++,i++)
6640     _meshes[i]=MEDFileMeshMultiTS::New(fileName,(*it));
6641 }
6642
6643 MEDFileMeshes::MEDFileMeshes()
6644 {
6645 }
6646
6647 MEDFileMeshes::MEDFileMeshes(const std::string& fileName)
6648 try
6649 {
6650     loadFromFile(fileName);
6651 }
6652 catch(INTERP_KERNEL::Exception& /*e*/)
6653 {
6654 }
6655
6656 MEDFileMeshes *MEDFileMeshes::deepCpy() const
6657 {
6658   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> > meshes(_meshes.size());
6659   std::size_t i=0;
6660   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> >::const_iterator it=_meshes.begin();it!=_meshes.end();it++,i++)
6661     if((const MEDFileMeshMultiTS *)*it)
6662       meshes[i]=(*it)->deepCpy();
6663   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshes> ret=MEDFileMeshes::New();
6664   ret->_meshes=meshes;
6665   return ret.retn();
6666 }
6667
6668 std::size_t MEDFileMeshes::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
6669 {
6670   return _meshes.capacity()*(sizeof(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS>));
6671 }
6672
6673 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileMeshes::getDirectChildrenWithNull() const
6674 {
6675   std::vector<const BigMemoryObject *> ret;
6676   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> >::const_iterator it=_meshes.begin();it!=_meshes.end();it++)
6677     ret.push_back((const MEDFileMeshMultiTS *)*it);
6678   return ret;
6679 }
6680
6681 std::string MEDFileMeshes::simpleRepr() const
6682 {
6683   std::ostringstream oss;
6684   oss << "(*****************)\n(* MEDFileMeshes *)\n(*****************)\n\n";
6685   simpleReprWithoutHeader(oss);
6686   return oss.str();
6687 }
6688
6689 void MEDFileMeshes::simpleReprWithoutHeader(std::ostream& oss) const
6690 {
6691   int nbOfMeshes=getNumberOfMeshes();
6692   oss << "There are " << nbOfMeshes << " meshes with the following names : \n";
6693   std::vector<std::string> mns=getMeshesNames();
6694   for(int i=0;i<nbOfMeshes;i++)
6695     oss << "  - #" << i << " \"" << mns[i] << "\"\n";
6696 }
6697
6698 void MEDFileMeshes::checkCoherency() const
6699 {
6700   static const char MSG[]="MEDFileMeshes::checkCoherency : mesh at rank ";
6701   int i=0;
6702   std::set<std::string> s;
6703   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> >::const_iterator it=_meshes.begin();it!=_meshes.end();it++,i++)
6704     {
6705       const MEDFileMeshMultiTS *elt=(*it);
6706       if(!elt)
6707         {
6708           std::ostringstream oss; oss << MSG << i << "/" << _meshes.size() << " is empty !";
6709           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6710         }
6711       std::size_t sz=s.size();
6712       s.insert(std::string((*it)->getName()));
6713       if(s.size()==sz)
6714         {
6715           std::ostringstream oss; oss << MSG << i << " has a name (\"" << (*it)->getName() << "\") already used by an another mesh in list !";
6716           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6717         }
6718     }
6719 }
6720
6721 MEDFileMeshesIterator::MEDFileMeshesIterator(MEDFileMeshes *ms):_ms(ms),_iter_id(0),_nb_iter(0)
6722 {
6723   if(ms)
6724     {
6725       ms->incrRef();
6726       _nb_iter=ms->getNumberOfMeshes();
6727     }
6728 }
6729
6730 MEDFileMeshesIterator::~MEDFileMeshesIterator()
6731 {
6732 }
6733
6734 MEDFileMesh *MEDFileMeshesIterator::nextt()
6735 {
6736   if(_iter_id<_nb_iter)
6737     {
6738       MEDFileMeshes *ms(_ms);
6739       if(ms)
6740         return ms->getMeshAtPos(_iter_id++);
6741       else
6742         return 0;
6743     }
6744   else
6745     return 0;
6746 }