Salome HOME
Renamed duplicateNodesOnM1Group into buildInnerBoundaryAlongM1Group
[modules/med.git] / src / MEDLoader / MEDFileMesh.cxx
1 // Copyright (C) 2007-2015  CEA/DEN, EDF R&D
2 //
3 // This library is free software; you can redistribute it and/or
4 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
5 // License as published by the Free Software Foundation; either
6 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
7 //
8 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
11 // Lesser General Public License for more details.
12 //
13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
16 //
17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
18 //
19 // Author : Anthony Geay (CEA/DEN)
20
21 #include "MEDFileMesh.hxx"
22 #include "MEDFileUtilities.hxx"
23 #include "MEDFileFieldOverView.hxx"
24 #include "MEDFileField.hxx"
25 #include "MEDLoader.hxx"
26 #include "MEDFileSafeCaller.txx"
27 #include "MEDLoaderBase.hxx"
28
29 #include "MEDCouplingUMesh.hxx"
30
31 #include "InterpKernelAutoPtr.hxx"
32
33 #include <limits>
34 #include <cmath>
35
36 extern med_geometry_type typmai3[34];
37
38 using namespace ParaMEDMEM;
39
40 const char MEDFileMesh::DFT_FAM_NAME[]="FAMILLE_ZERO";
41
42 MEDFileMesh::MEDFileMesh():_order(-1),_iteration(-1),_time(0.),_univ_wr_status(true)
43 {
44 }
45
46 std::size_t MEDFileMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
47 {
48   std::size_t ret(_dt_unit.capacity()+_name.capacity()+_univ_name.capacity()+_desc_name.capacity());
49   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=_groups.begin();it!=_groups.end();it++)
50     {
51       ret+=(*it).first.capacity()+(*it).second.capacity()*sizeof(std::string);
52       for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=(*it).second.begin();it2!=(*it).second.end();it2++)
53         ret+=(*it2).capacity();
54     }
55   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
56     ret+=(*it).first.capacity()+sizeof(int);
57   return ret;
58 }
59
60 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileMesh::getDirectChildrenWithNull() const
61 {
62   return std::vector<const BigMemoryObject *>();
63 }
64
65 /*!
66  * Returns a new MEDFileMesh holding the mesh data that has been read from a given MED
67  * file. The first mesh in the file is loaded.
68  *  \param [in] fileName - the name of MED file to read.
69  *  \return MEDFileMesh * - a new instance of MEDFileMesh. The caller is to delete this
70  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
71  *  \throw If the file is not readable.
72  *  \throw If there is no meshes in the file.
73  *  \throw If the mesh in the file is of a not supported type.
74  */
75 MEDFileMesh *MEDFileMesh::New(const std::string& fileName, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
76 {
77   std::vector<std::string> ms=MEDLoader::GetMeshNames(fileName);
78   if(ms.empty())
79     {
80       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::New : no meshes in file \"" << fileName << "\" !";
81       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
82     }
83   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
84   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
85   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
86   int dt,it;
87   std::string dummy2;
88   MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,ms.front(),meshType,dt,it,dummy2);
89   switch(meshType)
90   {
91     case UNSTRUCTURED:
92       {
93         MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> ret=MEDFileUMesh::New();
94         ret->loadUMeshFromFile(fid,ms.front(),dt,it,mrs);
95         ret->loadJointsFromFile(fid);
96         return (MEDFileUMesh *)ret.retn();
97       }
98     case CARTESIAN:
99       {
100         MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileCMesh> ret=MEDFileCMesh::New();
101         ret->loadCMeshFromFile(fid,ms.front(),dt,it,mrs);
102         ret->loadJointsFromFile(fid);
103         return (MEDFileCMesh *)ret.retn();
104       }
105     case CURVE_LINEAR:
106       {
107         MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileCurveLinearMesh> ret=MEDFileCurveLinearMesh::New();
108         ret->loadCLMeshFromFile(fid,ms.front(),dt,it,mrs);
109         ret->loadJointsFromFile(fid);
110         return (MEDFileCurveLinearMesh *)ret.retn();
111       }
112     default:
113       {
114         std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::New : MED file exists and has mesh '" << ms.front() << "' exists but unsupported type yet !";
115         throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
116       }
117   }
118 }
119
120 /*!
121  * Returns a new MEDFileMesh holding the mesh data that has been read from a given MED
122  * file. The mesh to load is specified by its name and numbers of a time step and an
123  * iteration.
124  *  \param [in] fileName - the name of MED file to read.
125  *  \param [in] mName - the name of the mesh to read.
126  *  \param [in] dt - the number of a time step.
127  *  \param [in] it - the number of an iteration.
128  *  \param [in] joints - the sub-domain joints to use instead of those that can be read
129  *          from the MED file. Usually this joints are those just read by another iteration
130  *          of mName mesh, when this method is called by MEDFileMeshMultiTS::New()
131  *  \return MEDFileMesh * - a new instance of MEDFileMesh. The caller is to delete this
132  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
133  *  \throw If the file is not readable.
134  *  \throw If there is no mesh with given attributes in the file.
135  *  \throw If the mesh in the file is of a not supported type.
136  */
137 MEDFileMesh *MEDFileMesh::New(const std::string& fileName, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs, MEDFileJoints* joints)
138 {
139   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
140   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
141   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
142   int dummy0,dummy1;
143   std::string dummy2;
144   MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,mName,meshType,dummy0,dummy1,dummy2);
145   switch(meshType)
146   {
147     case UNSTRUCTURED:
148       {
149         MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> ret=MEDFileUMesh::New();
150         ret->loadUMeshFromFile(fid,mName,dt,it,mrs);
151         ret->loadJointsFromFile(fid,joints);
152         return (MEDFileUMesh *)ret.retn();
153       }
154     case CARTESIAN:
155       {
156         MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileCMesh> ret=MEDFileCMesh::New();
157         ret->loadCMeshFromFile(fid,mName,dt,it,mrs);
158         ret->loadJointsFromFile(fid,joints);
159         return (MEDFileCMesh *)ret.retn();
160       }
161     case CURVE_LINEAR:
162       {
163         MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileCurveLinearMesh> ret=MEDFileCurveLinearMesh::New();
164         ret->loadCLMeshFromFile(fid,mName,dt,it,mrs);
165         ret->loadJointsFromFile(fid,joints);
166         return (MEDFileCurveLinearMesh *)ret.retn();
167       }
168     default:
169       {
170         std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::New : MED file exists and has mesh '" << mName << "' exists but unsupported type yet !";
171         throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
172       }
173   }
174 }
175
176 /*!
177  * Writes \a this mesh into an open MED file specified by its descriptor.
178  *  \param [in] fid - the MED file descriptor.
179  *  \throw If the mesh name is not set.
180  *  \throw If the file is open for reading only.
181  *  \throw If the writing mode == 1 and the same data is present in an existing file.
182  */
183 void MEDFileMesh::write(med_idt fid) const
184 {
185   if(!existsFamily(0))
186     const_cast<MEDFileMesh *>(this)->addFamily(DFT_FAM_NAME,0);
187   if(_name.empty())
188     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh : name is empty. MED file ask for a NON EMPTY name !");
189   writeLL(fid);
190 }
191
192 /*!
193  * Writes \a this mesh into a MED file specified by its name.
194  *  \param [in] fileName - the MED file name.
195  *  \param [in] mode - the writing mode. For more on \a mode, see \ref AdvMEDLoaderBasics.
196  * - 2 - erase; an existing file is removed.
197  * - 1 - append; same data should not be present in an existing file.
198  * - 0 - overwrite; same data present in an existing file is overwritten.
199  *  \throw If the mesh name is not set.
200  *  \throw If \a mode == 1 and the same data is present in an existing file.
201  */
202 void MEDFileMesh::write(const std::string& fileName, int mode) const
203 {
204   med_access_mode medmod=MEDFileUtilities::TraduceWriteMode(mode);
205   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),medmod);
206   std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh : error on attempt to write in file : \"" << fileName << "\""; 
207   MEDFileUtilities::CheckMEDCode(fid,fid,oss.str());
208   write(fid);
209 }
210
211 /*!
212  * Checks if \a this and another mesh are equal.
213  *  \param [in] other - the mesh to compare with.
214  *  \param [in] eps - a precision used to compare real values.
215  *  \param [in,out] what - the string returning description of unequal data.
216  *  \return bool - \c true if the meshes are equal, \c false, else.
217  */
218 bool MEDFileMesh::isEqual(const MEDFileMesh *other, double eps, std::string& what) const
219 {
220   if(_order!=other->_order)
221     {
222       what="Orders differ !";
223       return false;
224     }
225   if(_iteration!=other->_iteration)
226     {
227       what="Iterations differ !";
228       return false;
229     }
230   if(fabs(_time-other->_time)>eps)
231     {
232       what="Time values differ !";
233       return false;
234     }
235   if(_dt_unit!=other->_dt_unit)
236     {
237       what="Time units differ !";
238       return false;
239     }
240   if(_name!=other->_name)
241     {
242       what="Names differ !";
243       return false;
244     }
245   //univ_name has been ignored -> not a bug because it is a mutable attribute
246   if(_desc_name!=other->_desc_name)
247     {
248       what="Description names differ !";
249       return false;
250     }
251   if(!areGrpsEqual(other,what))
252     return false;
253   if(!areFamsEqual(other,what))
254     return false;
255   return true;
256 }
257
258 void MEDFileMesh::setName(const std::string& name)
259 {
260   _name=name;
261 }
262
263 /*!
264  * Clears redundant attributes of incorporated data arrays.
265  */
266 void MEDFileMesh::clearNonDiscrAttributes() const
267 {
268
269 }
270
271 bool MEDFileMesh::changeNames(const std::vector< std::pair<std::string,std::string> >& modifTab)
272 {
273   for(std::vector< std::pair<std::string,std::string> >::const_iterator it=modifTab.begin();it!=modifTab.end();it++)
274     {
275       if((*it).first==_name)
276         {
277           _name=(*it).second;
278           return true;
279         }
280     }
281   return false;
282 }
283
284 /*!
285  * Copies data on groups and families from another mesh.
286  *  \param [in] other - the mesh to copy the data from.
287  */
288 void MEDFileMesh::copyFamGrpMapsFrom(const MEDFileMesh& other)
289 {
290   _groups=other._groups;
291   _families=other._families;
292 }
293
294
295 /*!
296  * This method clear all the groups in the map.
297  * So this method does not operate at all on arrays.
298  * So this method can lead to orphan families.
299  * 
300  * \sa MEDFileMesh::clearFamMap, MEDFileMesh::clearFamGrpMaps
301  */
302 void MEDFileMesh::clearGrpMap()
303 {
304   _groups.clear();
305 }
306
307 /*!
308  * This method clear all the families in the map.
309  * So this method does not operate at all on arrays.
310  * WARNING ! if there are some groups lying on cleared families, those groups will be impacted !
311  *
312  * \sa MEDFileMesh::clearFamMap, MEDFileMesh::clearFamGrpMaps
313  */
314 void MEDFileMesh::clearFamMap()
315 {
316   _families.clear();
317 }
318
319 /*!
320  * This method clear all the families and groups in the map.
321  * So this method does not operate at all on arrays.
322  * As all groups and families entry will be removed after 
323  * the call of MEDFileMesh::setFamilyFieldArr method with 0 or None (python) in the 2nd parameter can be useful to reduce the size of the object.
324  *
325  * \sa MEDFileMesh::clearFamMap, MEDFileMesh::clearFamMap
326  */
327 void MEDFileMesh::clearFamGrpMaps()
328 {
329   clearGrpMap();
330   clearFamMap();
331 }
332
333 /*!
334  * Returns names of families constituting a group.
335  *  \param [in] name - the name of the group of interest.
336  *  \return std::vector<std::string> - a sequence of names of the families.
337  *  \throw If the name of a nonexistent group is specified.
338  */
339 std::vector<std::string> MEDFileMesh::getFamiliesOnGroup(const std::string& name) const
340 {
341   std::string oname(name);
342   std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=_groups.find(oname);
343   if(it==_groups.end())
344     {
345       std::vector<std::string> grps=getGroupsNames();
346       std::ostringstream oss; oss << "No such groupname \"" << name << "\" !\nAvailable groups are :";
347       std::copy(grps.begin(),grps.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
348       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
349     }
350   return (*it).second;
351 }
352
353 /*!
354  * Returns names of families constituting some groups.
355  *  \param [in] grps - a sequence of names of groups of interest.
356  *  \return std::vector<std::string> - a sequence of names of the families.
357  *  \throw If a name of a nonexistent group is present in \a grps.
358  */
359 std::vector<std::string> MEDFileMesh::getFamiliesOnGroups(const std::vector<std::string>& grps) const
360 {
361   std::set<std::string> fams;
362   for(std::vector<std::string>::const_iterator it=grps.begin();it!=grps.end();it++)
363     {
364       std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it2=_groups.find(*it);
365       if(it2==_groups.end())
366         {
367           std::ostringstream oss; oss << "No such group in mesh \"" << _name << "\" : " << *it; 
368           std::vector<std::string> grps2=getGroupsNames(); oss << "\" !\nAvailable groups are :";
369           std::copy(grps2.begin(),grps2.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
370           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
371         }
372       fams.insert((*it2).second.begin(),(*it2).second.end());
373     }
374   std::vector<std::string> fams2(fams.begin(),fams.end());
375   return fams2;
376 }
377
378 /*!
379  * Returns ids of families constituting a group.
380  *  \param [in] name - the name of the group of interest.
381  *  \return std::vector<int> - sequence of ids of the families.
382  *  \throw If the name of a nonexistent group is specified.
383  */
384 std::vector<int> MEDFileMesh::getFamiliesIdsOnGroup(const std::string& name) const
385 {
386   std::string oname(name);
387   std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=_groups.find(oname);
388   std::vector<std::string> grps=getGroupsNames();
389   if(it==_groups.end())
390     {
391       std::ostringstream oss; oss << "No such groupname \"" << name << "\" !\nAvailable groups are :";
392       std::copy(grps.begin(),grps.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
393       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
394     }
395   return getFamiliesIds((*it).second);
396 }
397
398 /*!
399  * Sets names of families constituting a group. If data on families of this group is
400  * already present, it is overwritten. Every family in \a fams is checked, and if a
401  family is not yet in \a this mesh, the default group id \c 0 is assigned to it.
402  *  \param [in] name - the name of the group of interest.
403  *  \param [in] fams - a sequence of names of families constituting the group.
404  */
405 void MEDFileMesh::setFamiliesOnGroup(const std::string& name, const std::vector<std::string>& fams)
406 {
407   std::string oname(name);
408   _groups[oname]=fams;
409   for(std::vector<std::string>::const_iterator it1=fams.begin();it1!=fams.end();it1++)
410     {
411       std::map<std::string,int>::iterator it2=_families.find(*it1);
412       if(it2==_families.end())
413         _families[*it1]=0;
414     }
415 }
416
417 /*!
418  * Sets families constituting a group. The families are specified by their ids.
419  * If a family name is not found by its id, an exception is thrown.
420  * If several families have same id, the first one in lexical order is taken.
421  *  \param [in] name - the name of the group of interest.
422  *  \param [in] famIds - a sequence of ids of families constituting the group.
423  *  \throw If a family name is not found by its id.
424  */
425 void MEDFileMesh::setFamiliesIdsOnGroup(const std::string& name, const std::vector<int>& famIds)
426 {
427   std::string oname(name);
428   std::vector<std::string> fams(famIds.size());
429   int i=0;
430   for(std::vector<int>::const_iterator it1=famIds.begin();it1!=famIds.end();it1++,i++)
431     {
432       std::string name2=getFamilyNameGivenId(*it1);
433       fams[i]=name2;
434     }
435   _groups[oname]=fams;
436 }
437
438 /*!
439  * Returns names of groups including a given family.
440  *  \param [in] name - the name of the family of interest.
441  *  \return std::vector<std::string> - a sequence of names of groups including the family.
442  */
443 std::vector<std::string> MEDFileMesh::getGroupsOnFamily(const std::string& name) const
444 {
445   std::vector<std::string> ret;
446   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it1=_groups.begin();it1!=_groups.end();it1++)
447     {
448       for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=(*it1).second.begin();it2!=(*it1).second.end();it2++)
449         if((*it2)==name)
450           {
451             ret.push_back((*it1).first);
452             break;
453           }
454     }
455   return ret;
456 }
457
458 /*!
459  * Adds an existing family to groups.
460  *  \param [in] famName - a name of family to add to \a grps.
461  *  \param [in] grps - a sequence of group names to add the family in.
462  *  \throw If a family named \a famName not yet exists.
463  */
464 void MEDFileMesh::setGroupsOnFamily(const std::string& famName, const std::vector<std::string>& grps)
465 {
466   std::string fName(famName);
467   const std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.find(fName);
468   if(it==_families.end())
469     {
470       std::vector<std::string> fams=getFamiliesNames();
471       std::ostringstream oss; oss << "No such familyname \"" << fName << "\" !\nAvailable families are :";
472       std::copy(fams.begin(),fams.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
473       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
474     }
475   for(std::vector<std::string>::const_iterator it3=grps.begin();it3!=grps.end();it3++)
476     {
477       std::map< std::string, std::vector<std::string> >::iterator it2=_groups.find(*it3);
478       if(it2!=_groups.end())
479         (*it2).second.push_back(fName);
480       else
481         {
482           std::vector<std::string> grps2(1,fName);
483           _groups[*it3]=grps2;
484         }
485     }
486 }
487
488 /*!
489  * Returns names of all groups of \a this mesh.
490  *  \return std::vector<std::string> - a sequence of group names.
491  */
492 std::vector<std::string> MEDFileMesh::getGroupsNames() const
493 {
494   std::vector<std::string> ret(_groups.size());
495   int i=0;
496   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=_groups.begin();it!=_groups.end();it++,i++)
497     ret[i]=(*it).first;
498   return ret;
499 }
500
501 /*!
502  * Returns names of all families of \a this mesh.
503  *  \return std::vector<std::string> - a sequence of family names.
504  */
505 std::vector<std::string> MEDFileMesh::getFamiliesNames() const
506 {
507   std::vector<std::string> ret(_families.size());
508   int i=0;
509   for(std::map<std::string, int >::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++,i++)
510     ret[i]=(*it).first;
511   return ret;
512 }
513
514 /*!
515  * Changes a name of every family, included in one group only, to be same as the group name.
516  *  \throw If there are families with equal names in \a this mesh.
517  */
518 void MEDFileMesh::assignFamilyNameWithGroupName()
519 {
520   std::map<std::string, std::vector<std::string> > groups(_groups);
521   std::map<std::string,int> newFams;
522   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
523     {
524       std::vector<std::string> grps=getGroupsOnFamily((*it).first);
525       if(grps.size()==1 && groups[grps[0]].size()==1)
526         {
527           if(newFams.find(grps[0])!=newFams.end())
528             {
529               std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::assignFamilyNameWithGroupName : Family \"" << grps[0] << "\" already exists !";
530               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
531             }
532           newFams[grps[0]]=(*it).second;
533           std::vector<std::string>& grps2=groups[grps[0]];
534           std::size_t pos=std::distance(grps2.begin(),std::find(grps2.begin(),grps2.end(),(*it).first));
535           grps2[pos]=grps[0];
536         }
537       else
538         {
539           if(newFams.find((*it).first)!=newFams.end())
540             {
541               std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::assignFamilyNameWithGroupName : Family \"" << (*it).first << "\" already exists !";
542               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
543             }
544           newFams[(*it).first]=(*it).second;
545         }
546     }
547   _families=newFams;
548   _groups=groups;
549 }
550
551 /*!
552  * Removes all groups lying on no family. If there is no empty groups, \a this is let untouched.
553  * 
554  * \return the removed groups.
555  */
556 std::vector<std::string> MEDFileMesh::removeEmptyGroups()
557 {
558   std::vector<std::string> ret;
559   std::map<std::string, std::vector<std::string> > newGrps;
560   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=_groups.begin();it!=_groups.end();it++)
561     {
562       if((*it).second.empty())
563         ret.push_back((*it).first);
564       else
565         newGrps[(*it).first]=(*it).second;
566     }
567   if(!ret.empty())
568     _groups=newGrps;
569   return ret;
570 }
571
572 /*!
573  * Removes a group from \a this mesh.
574  *  \param [in] name - the name of the group to remove.
575  *  \throw If no group with such a \a name exists.
576  */
577 void MEDFileMesh::removeGroup(const std::string& name)
578 {
579   std::string oname(name);
580   std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it=_groups.find(oname);
581   std::vector<std::string> grps=getGroupsNames();
582   if(it==_groups.end())
583     {
584       std::ostringstream oss; oss << "No such groupname \"" << name << "\" !\nAvailable groups are :";
585       std::copy(grps.begin(),grps.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
586       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
587     }
588   _groups.erase(it);
589 }
590
591 /*!
592  * Removes a family from \a this mesh.
593  *  \param [in] name - the name of the family to remove.
594  *  \throw If no family with such a \a name exists.
595  */
596 void MEDFileMesh::removeFamily(const std::string& name)
597 {
598   std::string oname(name);
599   std::map<std::string, int >::iterator it=_families.find(oname);
600   std::vector<std::string> fams=getFamiliesNames();
601   if(it==_families.end())
602     {
603       std::ostringstream oss; oss << "No such familyname \"" << name << "\" !\nAvailable families are :";
604       std::copy(fams.begin(),fams.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
605       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
606     }
607   _families.erase(it);
608   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it3=_groups.begin();it3!=_groups.end();it3++)
609     {
610       std::vector<std::string>& v=(*it3).second;
611       std::vector<std::string>::iterator it4=std::find(v.begin(),v.end(),oname);
612       if(it4!=v.end())
613         v.erase(it4);
614     }
615 }
616
617 /*!
618  * Removes all groups in \a this that are orphan. A group is orphan if this group lies on
619  * a set of families, themselves orphan. A family is said orphan if its id appears nowhere in
620  * family field whatever its level. This method also suppresses the orphan families.
621  * 
622  * \return - The list of removed groups names. 
623  *
624  * \sa MEDFileMesh::removeOrphanFamilies.
625  */
626 std::vector<std::string> MEDFileMesh::removeOrphanGroups()
627 {
628   removeOrphanFamilies();
629   return removeEmptyGroups();
630 }
631
632 /*!
633  * Removes all families in \a this that are orphan. A family is said orphan if its id appears nowhere in
634  * family field whatever its level. Groups are updated in consequence, that is to say all groups lying on orphan family, will see their families list modified.
635  * 
636  * \return - The list of removed families names.
637  * \sa MEDFileMesh::removeOrphanGroups.
638  */
639 std::vector<std::string> MEDFileMesh::removeOrphanFamilies()
640 {
641   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> allFamIdsInUse=computeAllFamilyIdsInUse();
642   std::vector<std::string> ret;
643   if(!((DataArrayInt*)allFamIdsInUse))
644     {
645       ret=getFamiliesNames();
646       _families.clear(); _groups.clear();
647       return ret;
648     }
649   std::map<std::string,int> famMap;
650   std::map<std::string, std::vector<std::string> > grps(_groups);
651   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
652     {
653       if(allFamIdsInUse->presenceOfValue((*it).second))
654         famMap[(*it).first]=(*it).second;
655       else
656         {
657           ret.push_back((*it).first);
658           std::vector<std::string> grpsOnEraseFam=getGroupsOnFamily((*it).first);
659           for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=grpsOnEraseFam.begin();it2!=grpsOnEraseFam.end();it2++)
660             {
661               std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it3=grps.find(*it2);//it3!=grps.empty() thanks to copy
662               std::vector<std::string>& famv=(*it3).second;
663               std::vector<std::string>::iterator it4=std::find(famv.begin(),famv.end(),(*it).first);//it4!=famv.end() thanks to copy
664               famv.erase(it4);
665             }
666         }
667     }
668   if(!ret.empty())
669     { _families=famMap; _groups=grps; }
670   return ret;
671 }
672
673 /*!
674  * This method operates only on maps in \a this. The arrays are not considered here. So this method will remove a family (except "FAMILLE_ZERO" family) if no group lies on it whatever
675  * this family is orphan or not.
676  *
677  * \warning this method is different from removeOrphanFamilies that scans family field array to find orphan families.
678  */
679 void MEDFileMesh::removeFamiliesReferedByNoGroups()
680 {
681   std::map<std::string,int> fams;
682   std::set<std::string> sfams;
683   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
684     sfams.insert((*it).first);
685   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it0=_groups.begin();it0!=_groups.end();it0++)
686     for(std::vector<std::string>::const_iterator it1=(*it0).second.begin();it1!=(*it0).second.end();it1++)
687       sfams.erase(*it1);
688   for(std::set<std::string>::const_iterator it=sfams.begin();it!=sfams.end();it++)
689     if(*it!=DFT_FAM_NAME)
690       _families.erase(*it);
691 }
692
693 /*!
694  * This method has no impact on groups. This method only works on families. This method firstly removes families not refered by any groups in \a this, then all unused entities
695  * are put as belonging to family 0 ("FAMILLE_ZERO"). Finally, all orphanFamilies are killed.
696  * This method raises an exception if "FAMILLE_ZERO" is already belonging to a group.
697  *
698  * \sa MEDFileMesh::removeOrphanFamilies
699  */
700 void MEDFileMesh::rearrangeFamilies()
701 {
702   checkOrphanFamilyZero();
703   removeFamiliesReferedByNoGroups();
704   //
705   std::vector<int> levels(getNonEmptyLevelsExt());
706   std::set<int> idsRefed;
707   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
708     idsRefed.insert((*it).second);
709   for(std::vector<int>::const_iterator it=levels.begin();it!=levels.end();it++)
710     {
711       const DataArrayInt *fams(0);
712       try
713       {
714           fams=getFamilyFieldAtLevel(*it);
715       }
716       catch(INTERP_KERNEL::Exception& e) { }
717       if(!fams)
718         continue;
719       std::vector<bool> v(fams->getNumberOfTuples(),false);
720       for(std::set<int>::const_iterator pt=idsRefed.begin();pt!=idsRefed.end();pt++)
721         fams->switchOnTupleEqualTo(*pt,v);
722       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> unfetchedIds(DataArrayInt::BuildListOfSwitchedOff(v));
723       if(!unfetchedIds->empty())
724         {
725           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newFams(fams->deepCpy());
726           newFams->setPartOfValuesSimple3(0,unfetchedIds->begin(),unfetchedIds->end(),0,1,1);
727           setFamilyFieldArr(*it,newFams);
728         }
729     }
730   removeOrphanFamilies();
731 }
732
733 /*!
734  * This method only checks that "FAMILLE_ZERO" is orphan (not belonging to a group).
735  */
736 void MEDFileMesh::checkOrphanFamilyZero() const
737 {
738   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=_groups.begin();it!=_groups.end();it++)
739     {
740       if(std::find((*it).second.begin(),(*it).second.end(),DFT_FAM_NAME)!=(*it).second.end())
741         {
742           std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::rearrangeFamilies : Groups \"" << (*it).first << "\" is lying on family \"" << DFT_FAM_NAME << "\" !";
743           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
744         }
745     }
746 }
747
748 /*!
749  * Renames a group in \a this mesh.
750  *  \param [in] oldName - a current name of the group to rename.
751  *  \param [in] newName - a new group name.
752  *  \throw If no group named \a oldName exists in \a this mesh.
753  *  \throw If a group named \a newName already exists.
754  */
755 void MEDFileMesh::changeGroupName(const std::string& oldName, const std::string& newName)
756 {
757   std::string oname(oldName);
758   std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it=_groups.find(oname);
759   std::vector<std::string> grps=getGroupsNames();
760   if(it==_groups.end())
761     {
762       std::ostringstream oss; oss << "No such groupname \"" << oldName << "\" !\nAvailable groups are :";
763       std::copy(grps.begin(),grps.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
764       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
765     }
766   std::string nname(newName);
767   std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it2=_groups.find(nname);
768   if(it2!=_groups.end())
769     {
770       std::ostringstream oss; oss << "Such groupname \"" << newName << "\" already exists ! Kill it before !";
771       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
772     }
773   std::vector<std::string> cpy=(*it).second;
774   _groups.erase(it);
775   _groups[newName]=cpy;
776 }
777
778 /*!
779  * Changes an id of a family in \a this mesh. 
780  * This method calls changeFamilyIdArr().
781  *  \param [in] oldId - a current id of the family.
782  *  \param [in] newId - a new family id.
783  */
784 void MEDFileMesh::changeFamilyId(int oldId, int newId)
785 {
786   changeFamilyIdArr(oldId,newId);
787   std::map<std::string,int> fam2;
788   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
789     {
790       if((*it).second==oldId)
791         fam2[(*it).first]=newId;
792       else
793         fam2[(*it).first]=(*it).second;
794     }
795   _families=fam2;
796 }
797
798 /*!
799  * Renames a family in \a this mesh.
800  *  \param [in] oldName - a current name of the family to rename.
801  *  \param [in] newName - a new family name.
802  *  \throw If no family named \a oldName exists in \a this mesh.
803  *  \throw If a family named \a newName already exists.
804  */
805 void MEDFileMesh::changeFamilyName(const std::string& oldName, const std::string& newName)
806 {
807   std::string oname(oldName);
808   std::map<std::string, int >::iterator it=_families.find(oname);
809   std::vector<std::string> fams=getFamiliesNames();
810   if(it==_families.end())
811     {
812       std::ostringstream oss; oss << "No such familyname \"" << oldName << "\" !\nAvailable families are :";
813       std::copy(fams.begin(),fams.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
814       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
815     }
816   std::string nname(newName);
817   std::map<std::string, int >::iterator it2=_families.find(nname);
818   if(it2!=_families.end())
819     {
820       std::ostringstream oss; oss << "Such familyname \"" << newName << " already exists ! Kill it before !";
821       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
822     }
823   int cpy=(*it).second;
824   _families.erase(it);
825   _families[newName]=cpy;
826   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it3=_groups.begin();it3!=_groups.end();it3++)
827     {
828       std::vector<std::string>& v=(*it3).second;
829       std::vector<std::string>::iterator it4=std::find(v.begin(),v.end(),oname);
830       if(it4!=v.end())
831         (*it4)=nname;
832     }
833 }
834
835 /*!
836  * Checks if \a this and another mesh contains the same families.
837  *  \param [in] other - the mesh to compare with \a this one.
838  *  \param [in,out] what - an unused parameter.
839  *  \return bool - \c true if number of families and their ids are the same in the two
840  *          meshes. Families with the id == \c 0 are not considered.
841  */
842 bool MEDFileMesh::areFamsEqual(const MEDFileMesh *other, std::string& what) const
843 {
844   if(_families==other->_families)
845     return true;
846   std::map<std::string,int> fam0;
847   std::map<std::string,int> fam1;
848   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
849     if((*it).second!=0)
850       fam0[(*it).first]=(*it).second;
851   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=other->_families.begin();it!=other->_families.end();it++)
852     if((*it).second!=0)
853       fam1[(*it).first]=(*it).second;
854   return fam0==fam1;
855 }
856
857 /*!
858  * Checks if \a this and another mesh contains the same groups.
859  *  \param [in] other - the mesh to compare with \a this one.
860  *  \param [in,out] what - a string describing a difference of groups of the two meshes
861  *          in case if this method returns \c false.
862  *  \return bool - \c true if number of groups and families constituting them are the
863  *          same in the two meshes.
864  */
865 bool MEDFileMesh::areGrpsEqual(const MEDFileMesh *other, std::string& what) const
866 {
867   if(_groups==other->_groups)
868     return true;
869   bool ret=true;
870   std::size_t sz=_groups.size();
871   if(sz!=other->_groups.size())
872     {
873       what="Groups differ because not same number !\n";
874       ret=false;
875     }
876   if(ret)
877     {
878       std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it1=_groups.begin();
879       for(std::size_t i=0;i<sz && ret;i++,it1++)
880         {
881           std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it2=other->_groups.find((*it1).first);
882           if(it2!=other->_groups.end())
883             {
884               std::set<std::string> s1((*it1).second.begin(),(*it1).second.end());
885               std::set<std::string> s2((*it2).second.begin(),(*it2).second.end());
886               ret=(s1==s2);
887             }
888           else
889             {
890               ret=false;
891               what="A group in first mesh exists not in other !\n";
892             }
893         }
894     }
895   if(!ret)
896     {
897       std::ostringstream oss; oss << "Groups description differs :\n";
898       oss << "First group description :\n";
899       for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=_groups.begin();it!=_groups.end();it++)
900         {
901           oss << " Group \"" << (*it).first << "\" on following families :\n";
902           for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=(*it).second.begin();it2!=(*it).second.end();it2++)
903             oss << "    \"" << *it2 << "\n";
904         }
905       oss << "Second group description :\n";
906       for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=other->_groups.begin();it!=other->_groups.end();it++)
907         {
908           oss << " Group \"" << (*it).first << "\" on following families :\n";
909           for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=(*it).second.begin();it2!=(*it).second.end();it2++)
910             oss << "    \"" << *it2 << "\n";
911         }
912       what+=oss.str();
913     }
914   return ret;
915 }
916
917 /*!
918  * Checks if a group with a given name exists in \a this mesh.
919  *  \param [in] groupName - the group name.
920  *  \return bool - \c true the group \a groupName exists in \a this mesh.
921  */
922 bool MEDFileMesh::existsGroup(const std::string& groupName) const
923 {
924   std::string grpName(groupName);
925   return _groups.find(grpName)!=_groups.end();
926 }
927
928 /*!
929  * Checks if a family with a given id exists in \a this mesh.
930  *  \param [in] famId - the family id.
931  *  \return bool - \c true the family with the id \a famId exists in \a this mesh.
932  */
933 bool MEDFileMesh::existsFamily(int famId) const
934 {
935   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it2=_families.begin();it2!=_families.end();it2++)
936     if((*it2).second==famId)
937       return true;
938   return false;
939 }
940
941 /*!
942  * Checks if a family with a given name exists in \a this mesh.
943  *  \param [in] familyName - the family name.
944  *  \return bool - \c true the family \a familyName exists in \a this mesh.
945  */
946 bool MEDFileMesh::existsFamily(const std::string& familyName) const
947 {
948   std::string fname(familyName);
949   return _families.find(fname)!=_families.end();
950 }
951
952 /*!
953  * Sets an id of a family.
954  *  \param [in] familyName - the family name.
955  *  \param [in] id - a new id of the family.
956  */
957 void MEDFileMesh::setFamilyId(const std::string& familyName, int id)
958 {
959   std::string fname(familyName);
960   _families[fname]=id;
961 }
962
963 void MEDFileMesh::setFamilyIdUnique(const std::string& familyName, int id)
964 {
965   std::string fname(familyName);
966   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
967     if((*it).second==id)
968       {
969         if((*it).first!=familyName)
970           {
971             std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::setFamilyIdUnique : Family id #" << id << " is already belonging to family with name \"" << (*it).first << "\" !";
972             throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
973           }
974       }
975   _families[fname]=id;
976 }
977
978 /*!
979  * Adds a family to \a this mesh.
980  *  \param [in] familyName - a name of the family.
981  *  \param [in] famId - an id of the family.
982  *  \throw If a family with the same name or id already exists in \a this mesh.
983  */
984 void MEDFileMesh::addFamily(const std::string& familyName, int famId)
985 {
986   std::string fname(familyName);
987   std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.find(fname);
988   if(it==_families.end())
989     {
990       for(std::map<std::string,int>::const_iterator it2=_families.begin();it2!=_families.end();it2++)
991         if((*it2).second==famId)
992           {
993             std::ostringstream oss;
994             oss << "MEDFileMesh::addFamily : Family \"" << (*it2).first << "\" already exists with specified id : " << famId << " !";
995             throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
996           }
997       _families[fname]=famId;
998     }
999   else
1000     {
1001       if((*it).second!=famId)
1002         {
1003           std::ostringstream oss;
1004           oss << "MEDFileMesh::addFamily : Family \"" << fname << "\" already exists but has id set to " << (*it).second << " different from asked famId " << famId << " !";
1005           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1006         }
1007     }
1008 }
1009
1010 /*!
1011  * Creates a group including all mesh entities of given dimension.
1012  * \warning This method does \b not guarantee that the created group includes mesh
1013  * entities of only \a meshDimRelToMaxExt dimension in the case if some family id is
1014  * present in family fields of different dimensions. To assure this, call
1015  * ensureDifferentFamIdsPerLevel() \b before calling this method.
1016  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - a relative dimension of mesh entities to include to
1017  *          the group.
1018  *  \param [in] groupName - a name of the new group.
1019  *  \throw If a group named \a groupName already exists.
1020  *  \throw If no mesh entities of dimension \a meshDimRelToMaxExt exist in \a this mesh.
1021  *  \throw If no family field of dimension \a meshDimRelToMaxExt is present in \a this mesh.
1022  */
1023 void MEDFileMesh::createGroupOnAll(int meshDimRelToMaxExt, const std::string& groupName)
1024 {
1025   std::string grpName(groupName);
1026   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevelsExt();
1027   if(std::find(levs.begin(),levs.end(),meshDimRelToMaxExt)==levs.end())
1028     {
1029       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::createGroupOnAll : The relative ext dimension " << meshDimRelToMaxExt << " is not available !" << std::endl;
1030       oss << "Available relative ext levels are : ";
1031       std::copy(levs.begin(),levs.end(),std::ostream_iterator<int>(oss," "));
1032       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1033     }
1034   if(existsGroup(groupName))
1035     {
1036       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::createGroupOnAll : The groups \"" << grpName << "\" already exists in this !" << std::endl;
1037       oss << "Already existing groups are : ";
1038       std::copy(levs.begin(),levs.end(),std::ostream_iterator<int>(oss," "));
1039       oss << std::endl << "Please choose an another group name or call removeGroup(\"" << grpName << "\") method !";
1040       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1041     }
1042   const DataArrayInt *fieldFamIds=getFamilyFieldAtLevel(meshDimRelToMaxExt);
1043   if(fieldFamIds==0)
1044     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::createGroupOnAll : Family field arr ids is not defined for this level !");
1045   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famIds=fieldFamIds->getDifferentValues();
1046   std::vector<std::string> familiesOnWholeGroup;
1047   for(const int *it=famIds->begin();it!=famIds->end();it++)
1048     {
1049       bool tmp;
1050       familiesOnWholeGroup.push_back(findOrCreateAndGiveFamilyWithId(*it,tmp));
1051     }
1052   _groups[grpName]=familiesOnWholeGroup;
1053 }
1054
1055 /*!
1056  * Ensures that given family ids do not present in family fields of dimensions different
1057  * than given ones. If a family id is present in the family fields of dimensions different
1058  * than the given ones, a new family is created and the whole data is updated accordingly.
1059  *  \param [in] famIds - a sequence of family ids to check.
1060  *  \param [in] vMeshDimRelToMaxExt - a sequence of relative dimensions to which the \a
1061  *          famIds should exclusively belong.
1062  *  \return bool - \c true if no modification is done in \a this mesh by this method.
1063  */
1064 bool MEDFileMesh::keepFamIdsOnlyOnLevs(const std::vector<int>& famIds, const std::vector<int>& vMeshDimRelToMaxExt)
1065 {
1066   std::set<int> levsInput(vMeshDimRelToMaxExt.begin(),vMeshDimRelToMaxExt.end());
1067   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevelsExt();
1068   std::set<int> levs2(levs.begin(),levs.end());
1069   std::vector<int> levsToTest;
1070   std::set_difference(levs2.begin(),levs2.end(),levsInput.begin(),levsInput.end(),std::back_insert_iterator< std::vector<int> >(levsToTest));
1071   std::set<int> famIds2(famIds.begin(),famIds.end());
1072   bool ret=true;
1073   int maxFamId=1;
1074   if(!_families.empty())
1075     maxFamId=getMaxFamilyId()+1;
1076   std::vector<std::string> allFams=getFamiliesNames();
1077   for(std::vector<int>::const_iterator it=levsToTest.begin();it!=levsToTest.end();it++)
1078     {
1079       const DataArrayInt *fieldFamIds=getFamilyFieldAtLevel(*it);
1080       if(fieldFamIds)
1081         {
1082           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famIds3=fieldFamIds->getDifferentValues();
1083           std::vector<int> tmp;
1084           std::set_intersection(famIds3->begin(),famIds3->end(),famIds2.begin(),famIds2.end(),std::back_insert_iterator< std::vector<int> >(tmp));
1085           for(std::vector<int>::const_iterator it2=tmp.begin();it2!=tmp.end();it2++)
1086             {
1087               ret=false;
1088               std::string famName=getFamilyNameGivenId(*it2);
1089               std::ostringstream oss; oss << "Family_" << maxFamId;
1090               std::string zeName=CreateNameNotIn(oss.str(),allFams);
1091               addFamilyOnAllGroupsHaving(famName,zeName);
1092               _families[zeName]=maxFamId;
1093               (const_cast<DataArrayInt *>(fieldFamIds))->changeValue(*it2,maxFamId);
1094               maxFamId++;
1095             }
1096         }
1097     }
1098   return ret;
1099 }
1100
1101 /*!
1102  * Adds a family to a given group in \a this mesh. If the group with a given name does
1103  * not exist, it is created.
1104  *  \param [in] grpName - the name of the group to add the family in.
1105  *  \param [in] famName - the name of the family to add to the group named \a grpName.
1106  *  \throw If \a grpName or \a famName is an empty string.
1107  *  \throw If no family named \a famName is present in \a this mesh.
1108  */
1109 void MEDFileMesh::addFamilyOnGrp(const std::string& grpName, const std::string& famName)
1110 {
1111   std::string grpn(grpName);
1112   std::string famn(famName);
1113   if(grpn.empty() || famn.empty())
1114     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::addFamilyOnGrp : input strings must be non null !");
1115   std::vector<std::string> fams=getFamiliesNames();
1116   if(std::find(fams.begin(),fams.end(),famn)==fams.end())
1117     {
1118       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::addFamilyOnGrp : Family \"" << famn << "\" does not exist !" << std::endl;
1119       oss << "Create this family or choose an existing one ! Existing fams are : ";
1120       std::copy(fams.begin(),fams.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," ")); oss << ".";
1121       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1122     }
1123   std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it=_groups.find(grpn);
1124   if(it==_groups.end())
1125     {
1126       _groups[grpn].push_back(famn);
1127     }
1128   else
1129     {
1130       std::vector<std::string>::iterator it2=std::find((*it).second.begin(),(*it).second.end(),famn);
1131       if(it2==(*it).second.end())
1132         (*it).second.push_back(famn);
1133     }
1134 }
1135
1136 /*!
1137  * This method adds to all groups lying on family with name 'famName' the other family name 'otherFamName'.
1138  * This method is quite underground because it can lead to unconsistency because family 'otherFamName' is \b not added into _families.
1139  * This method is used by MEDFileMesh::keepFamIdsOnlyOnLevs method.
1140  */
1141 void MEDFileMesh::addFamilyOnAllGroupsHaving(const std::string& famName, const std::string& otherFamName)
1142 {
1143   std::string famNameCpp(famName);
1144   std::string otherCpp(otherFamName);
1145   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it=_groups.begin();it!=_groups.end();it++)
1146     {
1147       std::vector<std::string>& v=(*it).second;
1148       if(std::find(v.begin(),v.end(),famNameCpp)!=v.end())
1149         {
1150           v.push_back(otherCpp);
1151         }
1152     }
1153 }
1154
1155 /*!
1156  * \param [in] ids ids and group name of the new group to add. The ids should be sorted and different each other (MED file norm).
1157  * \parma [in,out] famArr family array on level of interest to be renumbered. The input pointer should be not \c NULL (no check of that will be performed)
1158  */
1159 void MEDFileMesh::addGroupUnderground(bool isNodeGroup, const DataArrayInt *ids, DataArrayInt *famArr)
1160 {
1161   if(!ids)
1162     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::addGroup : NULL pointer in input !");
1163   std::string grpName(ids->getName());
1164   if(grpName.empty())
1165     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::addGroup : empty group name ! MED file format do not accept empty group name !");
1166   ids->checkStrictlyMonotonic(true);
1167   famArr->incrRef(); MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famArrTmp(famArr);
1168   std::vector<std::string> grpsNames=getGroupsNames();
1169   if(std::find(grpsNames.begin(),grpsNames.end(),grpName)!=grpsNames.end())
1170     {
1171       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::addGroup : Group with name \"" << grpName << "\" already exists ! Destroy it before calling this method !";
1172       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1173     }
1174   std::list< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > allFamIds(getAllNonNullFamilyIds());
1175   allFamIds.erase(std::find(allFamIds.begin(),allFamIds.end(),famArrTmp));
1176   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famIds=famArr->selectByTupleIdSafe(ids->begin(),ids->end());
1177   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> diffFamIds=famIds->getDifferentValues();
1178   std::vector<int> familyIds;
1179   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > idsPerfamiliyIds;
1180   int maxVal=getTheMaxAbsFamilyId()+1;
1181   std::map<std::string,int> families(_families);
1182   std::map<std::string, std::vector<std::string> > groups(_groups);
1183   std::vector<std::string> fams;
1184   bool created(false);
1185   for(const int *famId=diffFamIds->begin();famId!=diffFamIds->end();famId++)
1186     {
1187       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ids2Tmp=famIds->getIdsEqual(*famId);
1188       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ids2=ids->selectByTupleId(ids2Tmp->begin(),ids2Tmp->end());
1189       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ids1=famArr->getIdsEqual(*famId);
1190       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret0(ids1->buildSubstractionOptimized(ids2));
1191       if(ret0->empty())
1192         {
1193           bool isFamPresent=false;
1194           for(std::list< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> >::const_iterator itl=allFamIds.begin();itl!=allFamIds.end() && !isFamPresent;itl++)
1195             isFamPresent=(*itl)->presenceOfValue(*famId);
1196           if(!isFamPresent)
1197             { familyIds.push_back(*famId); idsPerfamiliyIds.push_back(ret0); fams.push_back(FindOrCreateAndGiveFamilyWithId(families,*famId,created)); } // adding *famId in grp
1198           else
1199             {
1200               familyIds.push_back(isNodeGroup?maxVal:-maxVal); idsPerfamiliyIds.push_back(ids2);
1201               std::string locFamName=FindOrCreateAndGiveFamilyWithId(families,isNodeGroup?maxVal:-maxVal,created);
1202               fams.push_back(locFamName);
1203               if(existsFamily(*famId))
1204                 {
1205                   std::string locFamName2=getFamilyNameGivenId(*famId); std::vector<std::string> v(2); v[0]=locFamName2; v[1]=locFamName;
1206                   ChangeAllGroupsContainingFamily(groups,getFamilyNameGivenId(*famId),v);
1207                 }
1208               maxVal++;
1209             } // modifying all other groups on *famId to lie on maxVal and lie the grp on maxVal
1210         }
1211       else
1212         {
1213           familyIds.push_back(isNodeGroup?maxVal:-maxVal); idsPerfamiliyIds.push_back(ret0); // modifying all other groups on *famId to lie on maxVal and on maxVal+1
1214           familyIds.push_back(isNodeGroup?maxVal+1:-maxVal-1); idsPerfamiliyIds.push_back(ids2);//grp lie only on maxVal+1
1215           std::string n2(FindOrCreateAndGiveFamilyWithId(families,isNodeGroup?maxVal+1:-maxVal-1,created)); fams.push_back(n2);
1216           if(existsFamily(*famId))
1217             {
1218               std::string n1(FindOrCreateAndGiveFamilyWithId(families,isNodeGroup?maxVal:-maxVal,created)); std::vector<std::string> v(2); v[0]=n1; v[1]=n2;
1219               ChangeAllGroupsContainingFamily(groups,getFamilyNameGivenId(*famId),v);
1220             }
1221           maxVal+=2;
1222         }
1223     }
1224   for(std::size_t i=0;i<familyIds.size();i++)
1225     {
1226       DataArrayInt *da=idsPerfamiliyIds[i];
1227       famArr->setPartOfValuesSimple3(familyIds[i],da->begin(),da->end(),0,1,1);
1228     }
1229   _families=families;
1230   _groups=groups;
1231   _groups[grpName]=fams;
1232 }
1233
1234 void MEDFileMesh::changeAllGroupsContainingFamily(const std::string& familyNameToChange, const std::vector<std::string>& newFamiliesNames)
1235 {
1236   ChangeAllGroupsContainingFamily(_groups,familyNameToChange,newFamiliesNames);
1237 }
1238
1239 void MEDFileMesh::ChangeAllGroupsContainingFamily(std::map<std::string, std::vector<std::string> >& groups, const std::string& familyNameToChange, const std::vector<std::string>& newFamiliesNames)
1240 {
1241   std::string fam(familyNameToChange);
1242   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it=groups.begin();it!=groups.end();it++)
1243     {
1244       std::vector<std::string>& fams((*it).second);
1245       std::vector<std::string>::iterator it2=std::find(fams.begin(),fams.end(),fam);
1246       if(it2!=fams.end())
1247         {
1248           fams.erase(it2);
1249           fams.insert(fams.end(),newFamiliesNames.begin(),newFamiliesNames.end());
1250         }
1251     }
1252 }
1253
1254 /*!
1255  * Returns a name of the family having a given id or, if no such a family exists, creates
1256  * a new uniquely named family and returns its name.
1257  *  \param [in] id - the id of the family whose name is required.
1258  *  \param [out] created - returns \c true if the new family has been created, \c false, else.
1259  *  \return std::string - the name of the existing or the created family.
1260  *  \throw If it is not possible to create a unique family name.
1261  */
1262 std::string MEDFileMesh::findOrCreateAndGiveFamilyWithId(int id, bool& created)
1263 {
1264   return FindOrCreateAndGiveFamilyWithId(_families,id,created);
1265 }
1266
1267 /*!
1268  * If it exists a family whose family id is equal to 'id' this method behaves as MEDFileMesh::getFamilyNameGivenId.
1269  * In this case, 'this' internal states remains unchanged and 'created' out parameter will be set to false.
1270  * If there is no family whose family id is equal to 'id' a family is created with a name different from those
1271  * already existing. In this case 'created' will be returned with a value set to true, and internal state
1272  * will be modified.
1273  * This method will throws an exception if it is not possible to create a unique family name.
1274  */
1275 std::string MEDFileMesh::FindOrCreateAndGiveFamilyWithId(std::map<std::string,int>& families, int id, bool& created)
1276 {
1277   std::vector<std::string> famAlreadyExisting(families.size());
1278   int ii=0;
1279   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=families.begin();it!=families.end();it++,ii++)
1280     {
1281       if((*it).second!=id)
1282         {
1283           famAlreadyExisting[ii]=(*it).first;
1284         }
1285       else
1286         {
1287           created=false;
1288           return (*it).first;
1289         }
1290     }
1291   created=true;
1292   std::ostringstream oss; oss << "Family_" << id;
1293   std::string ret=CreateNameNotIn(oss.str(),famAlreadyExisting);
1294   families[ret]=id;
1295   return ret;
1296 }
1297
1298 /*!
1299  * Sets names and ids of all families in \a this mesh.
1300  *  \param [in] info - a map of a family name to a family id.
1301  */
1302 void MEDFileMesh::setFamilyInfo(const std::map<std::string,int>& info)
1303 {
1304   _families=info;
1305 }
1306
1307 /*!
1308  * Sets names of all groups and families constituting them in \a this mesh.
1309  *  \param [in] info - a map of a group name to a vector of names of families
1310  *          constituting the group.
1311  */
1312 void MEDFileMesh::setGroupInfo(const std::map<std::string, std::vector<std::string> >&info)
1313 {
1314   _groups=info;
1315 }
1316
1317 /*!
1318  * Returns an id of the family having a given name.
1319  *  \param [in] name - the name of the family of interest.
1320  *  \return int - the id of the family of interest.
1321  *  \throw If no family with such a \a name exists.
1322  */
1323 int MEDFileMesh::getFamilyId(const std::string& name) const
1324 {
1325   std::string oname(name);
1326   std::map<std::string, int>::const_iterator it=_families.find(oname);
1327   std::vector<std::string> fams=getFamiliesNames();
1328   if(it==_families.end())
1329     {
1330       std::ostringstream oss; oss << "No such familyname \"" << name << "\" !\nAvailable families are :";
1331       std::copy(fams.begin(),fams.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
1332       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1333     }
1334   return (*it).second;
1335 }
1336
1337 /*!
1338  * Returns ids of the families having given names.
1339  *  \param [in] fams - a sequence of the names of families of interest.
1340  *  \return std::vector<int> - a sequence of the ids of families of interest.
1341  *  \throw If \a fams contains a name of an inexistent family.
1342  */
1343 std::vector<int> MEDFileMesh::getFamiliesIds(const std::vector<std::string>& fams) const
1344 {
1345   std::vector<int> ret(fams.size());
1346   int i=0;
1347   for(std::vector<std::string>::const_iterator it=fams.begin();it!=fams.end();it++,i++)
1348     {
1349       std::map<std::string, int>::const_iterator it2=_families.find(*it);
1350       if(it2==_families.end())
1351         {
1352           std::vector<std::string> fams2=getFamiliesNames();
1353           std::ostringstream oss; oss << "No such familyname \"" << *it << "\" in input list !\nAvailable families are :";
1354           std::copy(fams2.begin(),fams2.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
1355           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1356         }
1357       ret[i]=(*it2).second;
1358     }
1359   return ret;
1360 }
1361
1362 /*!
1363  * Returns a maximal abs(id) of families in \a this mesh.
1364  *  \return int - the maximal norm of family id.
1365  *  \throw If there are no families in \a this mesh.
1366  */
1367 int MEDFileMesh::getMaxAbsFamilyId() const
1368 {
1369   if(_families.empty())
1370     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::getMaxFamilyId : no families set !");
1371   int ret=-std::numeric_limits<int>::max();
1372   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1373     {
1374       ret=std::max(std::abs((*it).second),ret);
1375     }
1376   return ret;
1377 }
1378
1379 /*!
1380  * Returns a maximal id of families in \a this mesh.
1381  *  \return int - the maximal family id.
1382  *  \throw If there are no families in \a this mesh.
1383  */
1384 int MEDFileMesh::getMaxFamilyId() const
1385 {
1386   if(_families.empty())
1387     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::getMaxFamilyId : no families set !");
1388   int ret=-std::numeric_limits<int>::max();
1389   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1390     {
1391       ret=std::max((*it).second,ret);
1392     }
1393   return ret;
1394 }
1395
1396 /*!
1397  * Returns a minimal id of families in \a this mesh.
1398  *  \return int - the minimal family id.
1399  *  \throw If there are no families in \a this mesh.
1400  */
1401 int MEDFileMesh::getMinFamilyId() const
1402 {
1403   if(_families.empty())
1404     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::getMinFamilyId : no families set !");
1405   int ret=std::numeric_limits<int>::max();
1406   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1407     {
1408       ret=std::min((*it).second,ret);
1409     }
1410   return ret;
1411 }
1412
1413 /*!
1414  * Returns a maximal id of families in \a this mesh. Not only named families are
1415  * considered but all family fields as well.
1416  *  \return int - the maximal family id.
1417  */
1418 int MEDFileMesh::getTheMaxAbsFamilyId() const
1419 {
1420   int m1=-std::numeric_limits<int>::max();
1421   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1422     m1=std::max(std::abs((*it).second),m1);
1423   int m2=getMaxAbsFamilyIdInArrays();
1424   return std::max(m1,m2);
1425 }
1426
1427 /*!
1428  * Returns a maximal id of families in \a this mesh. Not only named families are
1429  * considered but all family fields as well.
1430  *  \return int - the maximal family id.
1431  */
1432 int MEDFileMesh::getTheMaxFamilyId() const
1433 {
1434   int m1=-std::numeric_limits<int>::max();
1435   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1436     m1=std::max((*it).second,m1);
1437   int m2=getMaxFamilyIdInArrays();
1438   return std::max(m1,m2);
1439 }
1440
1441 /*!
1442  * Returns a minimal id of families in \a this mesh. Not only named families are
1443  * considered but all family fields as well.
1444  *  \return int - the minimal family id.
1445  */
1446 int MEDFileMesh::getTheMinFamilyId() const
1447 {
1448   int m1=std::numeric_limits<int>::max();
1449   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1450     m1=std::min((*it).second,m1);
1451   int m2=getMinFamilyIdInArrays();
1452   return std::min(m1,m2);
1453 }
1454
1455 /*!
1456  * This method only considers the maps. The contain of family array is ignored here.
1457  * 
1458  * \sa MEDFileMesh::computeAllFamilyIdsInUse
1459  */
1460 DataArrayInt *MEDFileMesh::getAllFamiliesIdsReferenced() const
1461 {
1462   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
1463   std::set<int> v;
1464   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1465     v.insert((*it).second);
1466   ret->alloc((int)v.size(),1);
1467   std::copy(v.begin(),v.end(),ret->getPointer());
1468   return ret.retn();
1469 }
1470
1471 /*!
1472  * This method does not consider map of family name, family id. Only family field array on different levels is considered.
1473  * 
1474  * \sa MEDFileMesh::getAllFamiliesIdsReferenced
1475  */
1476 DataArrayInt *MEDFileMesh::computeAllFamilyIdsInUse() const
1477 {
1478   std::vector<int> famLevs=getFamArrNonEmptyLevelsExt();
1479   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret;
1480   for(std::vector<int>::const_iterator it=famLevs.begin();it!=famLevs.end();it++)
1481     {
1482       const DataArrayInt *arr=getFamilyFieldAtLevel(*it);//arr not null due to spec of getFamArrNonEmptyLevelsExt
1483       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> dv=arr->getDifferentValues();
1484       if((DataArrayInt *) ret)
1485         ret=dv->buildUnion(ret);
1486       else
1487         ret=dv;
1488     }
1489   return ret.retn();
1490 }
1491
1492 /*!
1493  * true is returned if no modification has been needed. false if family
1494  * renumbering has been needed.       
1495  */
1496 bool MEDFileMesh::ensureDifferentFamIdsPerLevel()
1497 {
1498   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevelsExt();
1499   std::set<int> allFamIds;
1500   int maxId=getMaxFamilyId()+1;
1501   std::map<int,std::vector<int> > famIdsToRenum;
1502   for(std::vector<int>::const_iterator it=levs.begin();it!=levs.end();it++)
1503     {
1504       const DataArrayInt *fam=getFamilyFieldAtLevel(*it);
1505       if(fam)
1506         {
1507           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp=fam->getDifferentValues();
1508           std::set<int> r2;
1509           std::set_intersection(tmp->begin(),tmp->end(),allFamIds.begin(),allFamIds.end(),std::inserter(r2,r2.end()));
1510           if(!r2.empty())
1511             famIdsToRenum[*it].insert(famIdsToRenum[*it].end(),r2.begin(),r2.end());
1512           std::set<int> r3;
1513           std::set_union(tmp->begin(),tmp->end(),allFamIds.begin(),allFamIds.end(),std::inserter(r3,r3.end()));
1514         }
1515     }
1516   if(famIdsToRenum.empty())
1517     return true;
1518   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> allIds=getAllFamiliesIdsReferenced();
1519   for(std::map<int,std::vector<int> >::const_iterator it2=famIdsToRenum.begin();it2!=famIdsToRenum.end();it2++)
1520     {
1521       DataArrayInt *fam=const_cast<DataArrayInt *>(getFamilyFieldAtLevel((*it2).first));
1522       int *famIdsToChange=fam->getPointer();
1523       std::map<int,int> ren;
1524       for(std::vector<int>::const_iterator it3=(*it2).second.begin();it3!=(*it2).second.end();it3++,maxId++)
1525         {
1526           if(allIds->presenceOfValue(*it3))
1527             {
1528               std::string famName=getFamilyNameGivenId(*it3);
1529               std::vector<std::string> grps=getGroupsOnFamily(famName);
1530               ren[*it3]=maxId;
1531               bool dummy;
1532               std::string newFam=findOrCreateAndGiveFamilyWithId(maxId,dummy);
1533               for(std::vector<std::string>::const_iterator it4=grps.begin();it4!=grps.end();it4++)
1534                 addFamilyOnGrp((*it4),newFam);
1535             }
1536         }
1537       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ids=fam->getIdsEqualList(&(*it2).second[0],&(*it2).second[0]+(*it2).second.size());
1538       for(const int *id=ids->begin();id!=ids->end();id++)
1539         famIdsToChange[*id]=ren[famIdsToChange[*id]];
1540     }
1541   return false;
1542 }
1543
1544 /*!
1545  * This method normalizes fam id with the policy explained underneath. This policy is close to those implemented in SMESH.
1546  * Level #0 famids > 0, Level #-1 famids < 0, Level #-2 famids=0, Level #1 famids=0
1547  * This policy is those used by SMESH and Trio and that is the opposite of those in MED file.
1548  * This method will throw an exception if a same family id is detected in different level.
1549  * \warning This policy is the opposite of those in MED file documentation ...
1550  */
1551 void MEDFileMesh::normalizeFamIdsTrio()
1552 {
1553   ensureDifferentFamIdsPerLevel();
1554   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> allIds=getAllFamiliesIdsReferenced();
1555   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevelsExt();
1556   std::set<int> levsS(levs.begin(),levs.end());
1557   std::set<std::string> famsFetched;
1558   std::map<std::string,int> families;
1559   if(std::find(levs.begin(),levs.end(),0)!=levs.end())
1560     {
1561       levsS.erase(0);
1562       const DataArrayInt *fam=getFamilyFieldAtLevel(0);
1563       if(fam)
1564         {
1565           int refId=1;
1566           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp=fam->getDifferentValues();
1567           std::map<int,int> ren;
1568           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++,refId++)
1569             ren[*it]=refId;
1570           int nbOfTuples=fam->getNumberOfTuples();
1571           int *start=const_cast<DataArrayInt *>(fam)->getPointer();
1572           for(int *w=start;w!=start+nbOfTuples;w++)
1573             *w=ren[*w];
1574           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++)
1575             {
1576               if(allIds->presenceOfValue(*it))
1577                 {
1578                   std::string famName=getFamilyNameGivenId(*it);
1579                   families[famName]=ren[*it];
1580                   famsFetched.insert(famName);
1581                 }
1582             }
1583         }
1584     }
1585   if(std::find(levs.begin(),levs.end(),-1)!=levs.end())
1586     {
1587       levsS.erase(-1);
1588       const DataArrayInt *fam=getFamilyFieldAtLevel(-1);
1589       if(fam)
1590         {
1591           int refId=-1;
1592           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp=fam->getDifferentValues();
1593           std::map<int,int> ren;
1594           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++,refId--)
1595             ren[*it]=refId;
1596           int nbOfTuples=fam->getNumberOfTuples();
1597           int *start=const_cast<DataArrayInt *>(fam)->getPointer();
1598           for(int *w=start;w!=start+nbOfTuples;w++)
1599             *w=ren[*w];
1600           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++)
1601             {
1602               if(allIds->presenceOfValue(*it))
1603                 {
1604                   std::string famName=getFamilyNameGivenId(*it);
1605                   families[famName]=ren[*it];
1606                   famsFetched.insert(famName);
1607                 }
1608             }
1609         }
1610     }
1611   for(std::set<int>::const_iterator it2=levsS.begin();it2!=levsS.end();it2++)
1612     {
1613       DataArrayInt *fam=const_cast<DataArrayInt*>(getFamilyFieldAtLevel(*it2));
1614       if(fam)
1615         {
1616           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp=fam->getDifferentValues();
1617           fam->fillWithZero();
1618           for(const int *it3=tmp->begin();it3!=tmp->end();it3++)
1619             if(allIds->presenceOfValue(*it3))
1620               {
1621                 std::string famName=getFamilyNameGivenId(*it3);
1622                 families[famName]=0;
1623                 famsFetched.insert(famName);
1624               }
1625         }
1626     }
1627   //
1628   std::vector<std::string> allFams=getFamiliesNames();
1629   std::set<std::string> allFamsS(allFams.begin(),allFams.end());
1630   std::set<std::string> unFetchedIds;
1631   std::set_difference(allFamsS.begin(),allFamsS.end(),famsFetched.begin(),famsFetched.end(),std::inserter(unFetchedIds,unFetchedIds.end()));
1632   for(std::set<std::string>::const_iterator it4=unFetchedIds.begin();it4!=unFetchedIds.end();it4++)
1633     families[*it4]=_families[*it4];
1634   _families=families;
1635 }
1636
1637 /*!
1638  * This method normalizes fam id with the following policy.
1639  * Level #0 famids < 0, Level #-1 famids < 0 and for Level #1 famids >= 0
1640  * This policy is those defined in the MED file format but is the opposite of those implemented in SMESH and Trio.
1641  * This method will throw an exception if a same family id is detected in different level.
1642  */
1643 void MEDFileMesh::normalizeFamIdsMEDFile()
1644 {
1645   ensureDifferentFamIdsPerLevel();
1646   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> allIds=getAllFamiliesIdsReferenced();
1647   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevelsExt();
1648   std::set<int> levsS(levs.begin(),levs.end());
1649   std::set<std::string> famsFetched;
1650   std::map<std::string,int> families;
1651   int refId=1;
1652   if(std::find(levs.begin(),levs.end(),1)!=levs.end())
1653     {
1654       levsS.erase(1);
1655       const DataArrayInt *fam=getFamilyFieldAtLevel(1);
1656       if(fam)
1657         {
1658           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp=fam->getDifferentValues();
1659           std::map<int,int> ren;
1660           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++,refId++)
1661             ren[*it]=refId;
1662           int nbOfTuples=fam->getNumberOfTuples();
1663           int *start=const_cast<DataArrayInt *>(fam)->getPointer();
1664           for(int *w=start;w!=start+nbOfTuples;w++)
1665             *w=ren[*w];
1666           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++)
1667             {
1668               if(allIds->presenceOfValue(*it))
1669                 {
1670                   std::string famName=getFamilyNameGivenId(*it);
1671                   families[famName]=ren[*it];
1672                   famsFetched.insert(famName);
1673                 }
1674             }
1675         }
1676     }
1677   refId=-1;
1678   for(std::set<int>::const_reverse_iterator it2=levsS.rbegin();it2!=levsS.rend();it2++)
1679     {
1680       const DataArrayInt *fam=getFamilyFieldAtLevel(*it2);
1681       if(fam)
1682         {
1683           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp=fam->getDifferentValues();
1684           std::map<int,int> ren;
1685           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++,refId--)
1686             ren[*it]=refId;
1687           int nbOfTuples=fam->getNumberOfTuples();
1688           int *start=const_cast<DataArrayInt *>(fam)->getPointer();
1689           for(int *w=start;w!=start+nbOfTuples;w++)
1690             *w=ren[*w];
1691           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++)
1692             {
1693               if(allIds->presenceOfValue(*it))
1694                 {
1695                   std::string famName=getFamilyNameGivenId(*it);
1696                   families[famName]=ren[*it];
1697                   famsFetched.insert(famName);
1698                 }
1699             }
1700         }
1701     }
1702   //
1703   std::vector<std::string> allFams=getFamiliesNames();
1704   std::set<std::string> allFamsS(allFams.begin(),allFams.end());
1705   std::set<std::string> unFetchedIds;
1706   std::set_difference(allFamsS.begin(),allFamsS.end(),famsFetched.begin(),famsFetched.end(),std::inserter(unFetchedIds,unFetchedIds.end()));
1707   for(std::set<std::string>::const_iterator it4=unFetchedIds.begin();it4!=unFetchedIds.end();it4++)
1708     families[*it4]=_families[*it4];
1709   _families=families;
1710 }
1711
1712 /*!
1713  * Returns a name of the family by its id. If there are several families having the given
1714  * id, the name first in lexical order is returned.
1715  *  \param [in] id - the id of the family whose name is required.
1716  *  \return std::string - the name of the found family.
1717  *  \throw If no family with the given \a id exists.
1718  */
1719 std::string MEDFileMesh::getFamilyNameGivenId(int id) const
1720 {
1721   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1722     if((*it).second==id)
1723       return (*it).first;
1724   std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::getFamilyNameGivenId : no such family id : " << id;
1725   throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1726 }
1727
1728 /*!
1729  * Returns a string describing \a this mesh. This description includes the mesh name and
1730  * the mesh description string.
1731  *  \return std::string - the mesh information string.
1732  */
1733 std::string MEDFileMesh::simpleRepr() const
1734 {
1735   std::ostringstream oss;
1736   oss << "(*************************************)\n(* GENERAL INFORMATION ON THE MESH : *)\n(*************************************)\n";
1737   oss << "- Name of the mesh : <<" << getName() << ">>\n";
1738   oss << "- Description associated to the mesh : " << getDescription() << std::endl;
1739   return oss.str();
1740 }
1741
1742 /*!
1743  * This method is nearly like getFamilyFieldAtLevel method. Except that if the array does not exist at the specified level \a meshDimRelToMaxExt
1744  * an empty one is created.
1745  */
1746 DataArrayInt *MEDFileMesh::getOrCreateAndGetFamilyFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt)
1747 {
1748   DataArrayInt *ret(getFamilyFieldAtLevel(meshDimRelToMaxExt));
1749   if(ret)
1750     return ret;
1751   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> arr(DataArrayInt::New());
1752   arr->alloc(getSizeAtLevel(meshDimRelToMaxExt),1);
1753   arr->fillWithZero();
1754   setFamilyFieldArr(meshDimRelToMaxExt,arr);
1755   return getFamilyFieldAtLevel(meshDimRelToMaxExt);
1756 }
1757
1758 /*!
1759  * Returns ids of mesh entities contained in a given group of a given dimension.
1760  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - a relative dimension of the mesh entities whose ids
1761  *          are required.
1762  *  \param [in] grp - the name of the group of interest.
1763  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of entities, if available, are
1764  *          returned instead of ids. 
1765  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
1766  *          numbers, if available and required, of mesh entities of the group. The caller
1767  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
1768  *  \throw If the name of a nonexistent group is specified.
1769  *  \throw If the family field is missing for \a meshDimRelToMaxExt.
1770  */
1771 DataArrayInt *MEDFileMesh::getGroupArr(int meshDimRelToMaxExt, const std::string& grp, bool renum) const
1772 {
1773   std::vector<std::string> tmp(1);
1774   tmp[0]=grp;
1775   DataArrayInt *ret=getGroupsArr(meshDimRelToMaxExt,tmp,renum);
1776   ret->setName(grp);
1777   return ret;
1778 }
1779
1780 /*!
1781  * Returns ids of mesh entities contained in given groups of a given dimension.
1782  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - a relative dimension of the mesh entities whose ids
1783  *          are required.
1784  *  \param [in] grps - the names of the groups of interest.
1785  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of entities, if available, are
1786  *          returned instead of ids.
1787  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
1788  *          numbers, if available and required, of mesh entities of the groups. The caller
1789  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
1790  *  \throw If the name of a nonexistent group is present in \a grps.
1791  *  \throw If the family field is missing for \a meshDimRelToMaxExt.
1792  */
1793 DataArrayInt *MEDFileMesh::getGroupsArr(int meshDimRelToMaxExt, const std::vector<std::string>& grps, bool renum) const
1794 {
1795   std::vector<std::string> fams2=getFamiliesOnGroups(grps);
1796   return getFamiliesArr(meshDimRelToMaxExt,fams2,renum);
1797 }
1798
1799 /*!
1800  * Returns ids of mesh entities contained in a given family of a given dimension.
1801  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - a relative dimension of the mesh entities whose ids
1802  *          are required.
1803  *  \param [in] fam - the name of the family of interest.
1804  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of entities, if available, are
1805  *          returned instead of ids. 
1806  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
1807  *          numbers, if available and required, of mesh entities of the family. The caller
1808  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
1809  *  \throw If the family field is missing for \a meshDimRelToMaxExt.
1810  */
1811 DataArrayInt *MEDFileMesh::getFamilyArr(int meshDimRelToMaxExt, const std::string& fam, bool renum) const
1812 {
1813   std::vector<std::string> tmp(1);
1814   tmp[0]=fam;
1815   DataArrayInt *ret=getFamiliesArr(meshDimRelToMaxExt,tmp,renum);
1816   ret->setName(fam);
1817   return ret;
1818 }
1819
1820 /*!
1821  * Returns ids of nodes contained in a given group.
1822  *  \param [in] grp - the name of the group of interest.
1823  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of nodes, if available, are
1824  *          returned instead of ids. 
1825  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
1826  *          numbers, if available and required, of nodes of the group. The caller
1827  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
1828  *  \throw If the name of a nonexistent group is specified.
1829  *  \throw If the family field is missing for nodes.
1830  */
1831 DataArrayInt *MEDFileMesh::getNodeGroupArr(const std::string& grp, bool renum) const
1832 {
1833   std::vector<std::string> tmp(1);
1834   tmp[0]=grp;
1835   DataArrayInt *ret=getNodeGroupsArr(tmp,renum);
1836   ret->setName(grp);
1837   return ret;
1838 }
1839
1840 /*!
1841  * Returns ids of nodes contained in given groups.
1842  *  \param [in] grps - the names of the groups of interest.
1843  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of nodes, if available, are
1844  *          returned instead of ids. 
1845  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
1846  *          numbers, if available and required, of nodes of the groups. The caller
1847  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
1848  *  \throw If the name of a nonexistent group is present in \a grps.
1849  *  \throw If the family field is missing for nodes.
1850  */
1851 DataArrayInt *MEDFileMesh::getNodeGroupsArr(const std::vector<std::string>& grps, bool renum) const
1852 {
1853   return getGroupsArr(1,grps,renum);
1854 }
1855
1856 /*!
1857  * Returns ids of nodes contained in a given group.
1858  *  \param [in] grp - the name of the group of interest.
1859  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of nodes, if available, are
1860  *          returned instead of ids. 
1861  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
1862  *          numbers, if available and required, of nodes of the group. The caller
1863  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
1864  *  \throw If the name of a nonexistent group is specified.
1865  *  \throw If the family field is missing for nodes.
1866  */
1867 DataArrayInt *MEDFileMesh::getNodeFamilyArr(const std::string& fam, bool renum) const
1868 {
1869   std::vector<std::string> tmp(1);
1870   tmp[0]=fam;
1871   DataArrayInt *ret=getNodeFamiliesArr(tmp,renum);
1872   ret->setName(fam);
1873   return ret;
1874 }
1875
1876 /*!
1877  * Returns ids of nodes contained in given families.
1878  *  \param [in] fams - the names of the families of interest.
1879  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of nodes, if available, are
1880  *          returned instead of ids. 
1881  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
1882  *          numbers, if available and required, of nodes of the families. The caller
1883  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
1884  *  \throw If the family field is missing for nodes.
1885  */
1886 DataArrayInt *MEDFileMesh::getNodeFamiliesArr(const std::vector<std::string>& fams, bool renum) const
1887 {
1888   return getFamiliesArr(1,fams,renum);
1889 }
1890
1891 /*!
1892  * Adds groups of given dimension and creates corresponding families and family fields
1893  * given ids of mesh entities of each group.
1894  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative mesh dimension of given mesh entities.
1895  *  \param [in] grps - a sequence of arrays of ids each describing a group.
1896  *  \param [in] renum - \c true means that \a grps contains not ids but optional numbers
1897  *          of mesh entities.
1898  *  \throw If names of some groups in \a grps are equal.
1899  *  \throw If \a grps includes a group with an empty name.
1900  *  \throw If \a grps includes invalid ids (or numbers if \a renum == \c true ).
1901  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
1902  */
1903 void MEDFileMesh::setGroupsAtLevel(int meshDimRelToMaxExt, const std::vector<const DataArrayInt *>& grps, bool renum)
1904 {
1905   if(grps.empty())
1906     return ;
1907   std::set<std::string> grpsName;
1908   std::vector<std::string> grpsName2(grps.size());
1909   int i=0;
1910
1911   for(std::vector<const DataArrayInt *>::const_iterator it=grps.begin();it!=grps.end();it++,i++)
1912     {
1913       grpsName.insert((*it)->getName());
1914       grpsName2[i]=(*it)->getName();
1915     }
1916   if(grpsName.size()!=grps.size())
1917     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setGroupsAtLevel : groups name must be different each other !");
1918   if(grpsName.find(std::string(""))!=grpsName.end())
1919     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setGroupsAtLevel : groups name must be different empty string !");
1920   int sz=getSizeAtLevel(meshDimRelToMaxExt);
1921   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> fam;
1922   std::vector< std::vector<int> > fidsOfGroups;
1923   if(!renum)
1924     {
1925       fam=DataArrayInt::MakePartition(grps,sz,fidsOfGroups);
1926     }
1927   else
1928     {
1929       std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > grps2(grps.size());
1930       for(unsigned int ii=0;ii<grps.size();ii++)
1931         {
1932           grps2[ii]=MEDFileUMeshSplitL1::Renumber(getRevNumberFieldAtLevel(meshDimRelToMaxExt),grps[ii]);
1933           grps2[ii]->setName(grps[ii]->getName());
1934         }
1935       std::vector<const DataArrayInt *> grps3(grps2.begin(),grps2.end());
1936       fam=DataArrayInt::MakePartition(grps3,sz,fidsOfGroups);
1937     }
1938   int offset=1;
1939   if(!_families.empty())
1940     offset=getMaxAbsFamilyId()+1;
1941   TranslateFamilyIds(meshDimRelToMaxExt==1?offset:-offset,fam,fidsOfGroups);
1942   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ids=fam->getDifferentValues();
1943   appendFamilyEntries(ids,fidsOfGroups,grpsName2);
1944   setFamilyFieldArr(meshDimRelToMaxExt,fam);
1945 }
1946
1947 /*!
1948  * This method append into '_families' attribute the families whose ids are in 'famIds'. Warning 'famIds' are expected to be ids
1949  * not in '_families'. Groups information are given in parameters in order to give to families representative names.
1950  * For the moment, the two last input parameters are not taken into account.
1951  */
1952 void MEDFileMesh::appendFamilyEntries(const DataArrayInt *famIds, const std::vector< std::vector<int> >& fidsOfGrps, const std::vector<std::string>& grpNames)
1953 {
1954   std::map<int,std::string> famInv;
1955   for(const int *it=famIds->begin();it!=famIds->end();it++)
1956     {
1957       std::ostringstream oss;
1958       oss << "Family_" << (*it);
1959       _families[oss.str()]=(*it);
1960       famInv[*it]=oss.str();
1961     }
1962   int i=0;
1963   for(std::vector< std::vector<int> >::const_iterator it1=fidsOfGrps.begin();it1!=fidsOfGrps.end();it1++,i++)
1964     {
1965       for(std::vector<int>::const_iterator it2=(*it1).begin();it2!=(*it1).end();it2++)
1966         {
1967           _groups[grpNames[i]].push_back(famInv[*it2]);
1968         }
1969     }
1970 }
1971
1972 std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> MEDFileMesh::getAllGeoTypes() const
1973 {
1974   std::vector<int> levs(getNonEmptyLevels());
1975   std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> ret;
1976   for(std::vector<int>::const_iterator it=levs.begin();it!=levs.end();it++)
1977     {
1978       std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> elts(getGeoTypesAtLevel(*it));
1979       ret.insert(ret.end(),elts.begin(),elts.end());
1980     }
1981   return ret;
1982 }
1983
1984 std::vector<int> MEDFileMesh::getDistributionOfTypes(int meshDimRelToMax) const
1985 {
1986   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingMesh> mLev(getGenMeshAtLevel(meshDimRelToMax));
1987   return mLev->getDistributionOfTypes();
1988 }
1989
1990 void MEDFileMesh::TranslateFamilyIds(int offset, DataArrayInt *famArr, std::vector< std::vector<int> >& famIdsPerGrp)
1991 {
1992   famArr->applyLin(offset>0?1:-1,offset,0);
1993   for(std::vector< std::vector<int> >::iterator it1=famIdsPerGrp.begin();it1!=famIdsPerGrp.end();it1++)
1994     {
1995       if(offset<0)
1996         std::transform((*it1).begin(),(*it1).end(),(*it1).begin(),std::negate<int>());
1997       std::transform((*it1).begin(),(*it1).end(),(*it1).begin(),std::bind2nd(std::plus<int>(),offset));
1998     }
1999 }
2000
2001 /*!
2002  * Warning no check is done on 'nameTry' in parameter. It should be non empty.
2003  * This method returns a name close to 'nameTry' so that it is not already into 'namesToAvoid'.
2004  * If this method fails to find such a name it will throw an exception.
2005  */
2006 std::string MEDFileMesh::CreateNameNotIn(const std::string& nameTry, const std::vector<std::string>& namesToAvoid)
2007 {
2008   //attempt #0
2009   if(std::find(namesToAvoid.begin(),namesToAvoid.end(),nameTry)==namesToAvoid.end())
2010     return nameTry;
2011   //attempt #1
2012   std::size_t len=nameTry.length();
2013   for(std::size_t ii=1;ii<len;ii++)
2014     {
2015       std::string tmp=nameTry.substr(ii,len-ii);
2016       if(std::find(namesToAvoid.begin(),namesToAvoid.end(),tmp)==namesToAvoid.end())
2017         return tmp;
2018     }
2019   //attempt #2
2020   if(len>=1)
2021     {
2022       for(std::size_t i=1;i<30;i++)
2023         {
2024           std::string tmp1(nameTry.at(0),i);
2025           tmp1+=nameTry;
2026           if(std::find(namesToAvoid.begin(),namesToAvoid.end(),tmp1)==namesToAvoid.end())
2027             return tmp1;
2028         }
2029     }
2030   //attempt #3
2031   std::string tmp2;
2032   for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=namesToAvoid.begin();it2!=namesToAvoid.end();it2++)
2033     tmp2+=(*it2);
2034   if(std::find(namesToAvoid.begin(),namesToAvoid.end(),tmp2)==namesToAvoid.end())
2035     return tmp2;
2036   throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::CreateNameNotIn : impossible to find a not already used name !");
2037 }
2038
2039 int MEDFileMesh::PutInThirdComponentOfCodeOffset(std::vector<int>& code, int strt)
2040 {
2041   std::size_t nbOfChunks=code.size()/3;
2042   if(code.size()%3!=0)
2043     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::PutInThirdComponentOfCodeOffset : code has invalid size : should be of size 3*x !");
2044   int ret=strt;
2045   for(std::size_t i=0;i<nbOfChunks;i++)
2046     {
2047       code[3*i+2]=ret;
2048       ret+=code[3*i+1];
2049     }
2050   return ret;
2051 }
2052
2053 /*!
2054  * This method should be called by any set* method of subclasses to deal automatically with _name attribute.
2055  * If _name attribute is empty the name of 'm' if taken as _name attribute.
2056  * If _name is not empty and that 'm' has the same name nothing is done.
2057  * If _name is not emplt and that 'm' has \b NOT the same name an exception is thrown.
2058  */
2059 void MEDFileMesh::dealWithTinyInfo(const MEDCouplingMesh *m)
2060 {
2061   if(!m)
2062     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::dealWithTinyInfo : input mesh in NULL !");
2063   if(_name.empty())
2064     _name=m->getName();
2065   else
2066     {
2067       std::string name(m->getName());
2068       if(!name.empty())
2069         {
2070           if(_name!=name)
2071             {
2072               std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::dealWithTinyInfo : name of current MEDfile mesh is '" << _name << "' whereas name of input mesh is : '";
2073               oss << name << "' ! Names must match !";
2074               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2075             }
2076         }
2077     }
2078   if(_desc_name.empty())
2079     _desc_name=m->getDescription();
2080   else
2081     {
2082       std::string name(m->getDescription());
2083       if(!name.empty())
2084         {
2085           if(_desc_name!=name)
2086             {
2087               std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::dealWithTinyInfo : description of current MEDfile mesh is '" << _desc_name << "' whereas name of input mesh is : '";
2088               oss << name << "' ! Names must match !";
2089               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2090             }
2091         }
2092     }
2093 }
2094
2095 void MEDFileMesh::getFamilyRepr(std::ostream& oss) const
2096 {
2097   oss << "(**************************)\n(* FAMILIES OF THE MESH : *)\n(**************************)\n";
2098   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
2099     {
2100       oss << "- Family with name \"" << (*it).first << "\" with number " << (*it).second << std::endl;
2101       oss << "  - Groups lying on this family : ";
2102       std::vector<std::string> grps=getGroupsOnFamily((*it).first);
2103       std::copy(grps.begin(),grps.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
2104       oss << std::endl << std::endl;
2105     }
2106 }
2107
2108 /*!
2109  * Returns a new MEDFileUMesh holding the mesh data that has been read from a given MED
2110  * file. The mesh to load is specified by its name and numbers of a time step and an
2111  * iteration.
2112  *  \param [in] fileName - the name of MED file to read.
2113  *  \param [in] mName - the name of the mesh to read.
2114  *  \param [in] dt - the number of a time step.
2115  *  \param [in] it - the number of an iteration.
2116  *  \return MEDFileUMesh * - a new instance of MEDFileUMesh. The caller is to delete this
2117  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
2118  *  \throw If the file is not readable.
2119  *  \throw If there is no mesh with given attributes in the file.
2120  *  \throw If the mesh in the file is not an unstructured one.
2121  */
2122 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::New(const std::string& fileName, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2123 {
2124   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
2125   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
2126   return new MEDFileUMesh(fid,mName,dt,it,mrs);
2127 }
2128
2129 /*!
2130  * Returns a new MEDFileUMesh holding the mesh data that has been read from a given MED
2131  * file. The first mesh in the file is loaded.
2132  *  \param [in] fileName - the name of MED file to read.
2133  *  \return MEDFileUMesh * - a new instance of MEDFileUMesh. The caller is to delete this
2134  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
2135  *  \throw If the file is not readable.
2136  *  \throw If there is no meshes in the file.
2137  *  \throw If the mesh in the file is not an unstructured one.
2138  */
2139 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::New(const std::string& fileName, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2140 {
2141   std::vector<std::string> ms=MEDLoader::GetMeshNames(fileName);
2142   if(ms.empty())
2143     {
2144       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::New : no meshes in file \"" << fileName << "\" !";
2145       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2146     }
2147   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
2148   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
2149   int dt,it;
2150   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
2151   std::string dummy2;
2152   MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,ms.front(),meshType,dt,it,dummy2);
2153   return new MEDFileUMesh(fid,ms.front(),dt,it,mrs);
2154 }
2155
2156 /*!
2157  * Returns an empty instance of MEDFileUMesh.
2158  *  \return MEDFileUMesh * - a new instance of MEDFileUMesh. The caller is to delete this
2159  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
2160  */
2161 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::New()
2162 {
2163   return new MEDFileUMesh;
2164 }
2165
2166 /*!
2167  * This method loads from file with name \a fileName the mesh called \a mName as New does. The difference is that
2168  * here only a part of cells contained in the file will be loaded. The selection of cell is specified using the two consecutive parameters
2169  * \a types and \a slicPerTyp. This method allows to load from a mesh (typically huge) in a MED file a part of cells of that mesh.
2170  * The part of cells is specified using triplet (start,stop,step) for each geometric type. Only nodes lying on selected cells will be loaded to reduce
2171  * at most the memory consumtion.
2172  *
2173  * \param [in] fileName - the name of the file.
2174  * \param [in] mName - the name of the mesh to be read.
2175  * \param [in] types - the list of the geo types of which some part will be taken. A geometric type in \a types must appear only once at most.
2176  * \param [in] slicPerType - an array of size 3 times larger than \a types that specifies for each type in \a types (in the same order) resp the start, the stop and the step.
2177  * \param [in] dt - the iteration, that is to say the first element of the pair that locates the asked time step.
2178  * \param [in] it - the order, that is to say the second element of the pair that locates the asked time step.
2179  * \param [in] mrs - the request for what to be loaded.
2180  * \return MEDFileUMesh * - a new instance of MEDFileUMesh. The caller is to delete this mesh using decrRef() as it is no more needed.
2181  */
2182 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::LoadPartOf(const std::string& fileName, const std::string& mName, const std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& types, const std::vector<int>& slicPerTyp, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2183 {
2184   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
2185   MEDFileUtilities::AutoFid fid(MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY));
2186   return MEDFileUMesh::LoadPartOf(fid,mName,types,slicPerTyp,dt,it,mrs);
2187 }
2188
2189 /*!
2190  * Please refer to the other MEDFileUMesh::LoadPartOf method that has the same semantic and the same parameter (excepted the first).
2191  * This method is \b NOT wrapped into python.
2192  */
2193 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::LoadPartOf(med_idt fid, const std::string& mName, const std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& types, const std::vector<int>& slicPerTyp, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2194 {
2195   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> ret(MEDFileUMesh::New());
2196   ret->loadPartUMeshFromFile(fid,mName,types,slicPerTyp,dt,it,mrs);
2197   return ret.retn();
2198 }
2199
2200 std::size_t MEDFileUMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
2201 {
2202   std::size_t ret(MEDFileMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren());
2203   ret+=_ms.capacity()*(sizeof(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1>));
2204   return ret;
2205 }
2206
2207 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileUMesh::getDirectChildrenWithNull() const
2208 {
2209   std::vector<const BigMemoryObject *> ret(MEDFileMesh::getDirectChildrenWithNull());
2210   ret.push_back((const DataArrayDouble*)_coords);
2211   ret.push_back((const DataArrayInt *)_fam_coords);
2212   ret.push_back((const DataArrayInt *)_num_coords);
2213   ret.push_back((const DataArrayInt *)_rev_num_coords);
2214   ret.push_back((const DataArrayAsciiChar *)_name_coords);
2215   ret.push_back((const PartDefinition *)_part_coords);
2216   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
2217     ret.push_back((const MEDFileUMeshSplitL1*) *it);
2218   return ret;
2219 }
2220
2221 MEDFileMesh *MEDFileUMesh::shallowCpy() const
2222 {
2223   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> ret=new MEDFileUMesh(*this);
2224   return ret.retn();
2225 }
2226
2227 MEDFileMesh *MEDFileUMesh::createNewEmpty() const
2228 {
2229   return new MEDFileUMesh;
2230 }
2231
2232 MEDFileMesh *MEDFileUMesh::deepCpy() const
2233 {
2234   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> ret=new MEDFileUMesh(*this);
2235   if((const DataArrayDouble*)_coords)
2236     ret->_coords=_coords->deepCpy();
2237   if((const DataArrayInt*)_fam_coords)
2238     ret->_fam_coords=_fam_coords->deepCpy();
2239   if((const DataArrayInt*)_num_coords)
2240     ret->_num_coords=_num_coords->deepCpy();
2241   if((const DataArrayInt*)_rev_num_coords)
2242     ret->_rev_num_coords=_rev_num_coords->deepCpy();
2243   if((const DataArrayAsciiChar*)_name_coords)
2244     ret->_name_coords=_name_coords->deepCpy();
2245   std::size_t i=0;
2246   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++,i++)
2247     {
2248       if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it))
2249         ret->_ms[i]=(*it)->deepCpy(ret->_coords);
2250     }
2251   if((const PartDefinition*)_part_coords)
2252     ret->_part_coords=_part_coords->deepCpy();
2253   return ret.retn();
2254 }
2255
2256 /*!
2257  * Checks if \a this and another mesh are equal.
2258  *  \param [in] other - the mesh to compare with.
2259  *  \param [in] eps - a precision used to compare real values.
2260  *  \param [in,out] what - the string returning description of unequal data.
2261  *  \return bool - \c true if the meshes are equal, \c false, else.
2262  */
2263 bool MEDFileUMesh::isEqual(const MEDFileMesh *other, double eps, std::string& what) const
2264 {
2265   if(!MEDFileMesh::isEqual(other,eps,what))
2266     return false;
2267   const MEDFileUMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDFileUMesh *>(other);
2268   if(!otherC)
2269     {
2270       what="Mesh types differ ! This is unstructured and other is NOT !";
2271       return false;
2272     }
2273   clearNonDiscrAttributes();
2274   otherC->clearNonDiscrAttributes();
2275   const DataArrayDouble *coo1=_coords;
2276   const DataArrayDouble *coo2=otherC->_coords;
2277   if((coo1==0 && coo2!=0) || (coo1!=0 && coo2==0))
2278     {
2279       what="Mismatch of coordinates ! One is defined and not other !";
2280       return false;
2281     }
2282   if(coo1)
2283     {
2284       bool ret=coo1->isEqual(*coo2,eps);
2285       if(!ret)
2286         {
2287           what="Coords differ !";
2288           return false;
2289         }
2290     }
2291   const DataArrayInt *famc1=_fam_coords;
2292   const DataArrayInt *famc2=otherC->_fam_coords;
2293   if((famc1==0 && famc2!=0) || (famc1!=0 && famc2==0))
2294     {
2295       what="Mismatch of families arr on nodes ! One is defined and not other !";
2296       return false;
2297     }
2298   if(famc1)
2299     {
2300       bool ret=famc1->isEqual(*famc2);
2301       if(!ret)
2302         {
2303           what="Families arr on node differ !";
2304           return false;
2305         }
2306     }
2307   const DataArrayInt *numc1=_num_coords;
2308   const DataArrayInt *numc2=otherC->_num_coords;
2309   if((numc1==0 && numc2!=0) || (numc1!=0 && numc2==0))
2310     {
2311       what="Mismatch of numbering arr on nodes ! One is defined and not other !";
2312       return false;
2313     }
2314   if(numc1)
2315     {
2316       bool ret=numc1->isEqual(*numc2);
2317       if(!ret)
2318         {
2319           what="Numbering arr on node differ !";
2320           return false;
2321         }
2322     }
2323   const DataArrayAsciiChar *namec1=_name_coords;
2324   const DataArrayAsciiChar *namec2=otherC->_name_coords;
2325   if((namec1==0 && namec2!=0) || (namec1!=0 && namec2==0))
2326     {
2327       what="Mismatch of naming arr on nodes ! One is defined and not other !";
2328       return false;
2329     }
2330   if(namec1)
2331     {
2332       bool ret=namec1->isEqual(*namec2);
2333       if(!ret)
2334         {
2335           what="Names arr on node differ !";
2336           return false;
2337         }
2338     }
2339   if(_ms.size()!=otherC->_ms.size())
2340     {
2341       what="Number of levels differs !";
2342       return false;
2343     }
2344   std::size_t sz=_ms.size();
2345   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
2346     {
2347       const MEDFileUMeshSplitL1 *s1=_ms[i];
2348       const MEDFileUMeshSplitL1 *s2=otherC->_ms[i];
2349       if((s1==0 && s2!=0) || (s1!=0 && s2==0))
2350         {
2351           what="Mismatch of presence of sub levels !";
2352           return false;
2353         }
2354       if(s1)
2355         {
2356           bool ret=s1->isEqual(s2,eps,what);
2357           if(!ret)
2358             return false;
2359         }
2360     }
2361   const PartDefinition *pd0(_part_coords),*pd1(otherC->_part_coords);
2362   if(!pd0 && !pd1)
2363     return true;
2364   if((!pd0 && pd1) || (pd0 && !pd1))
2365     {
2366       what=std::string("node part def is defined only for one among this or other !");
2367       return false;
2368     }
2369   return pd0->isEqual(pd1,what);
2370 }
2371
2372 /*!
2373  * Clears redundant attributes of incorporated data arrays.
2374  */
2375 void MEDFileUMesh::clearNonDiscrAttributes() const
2376 {
2377   MEDFileMesh::clearNonDiscrAttributes();
2378   const DataArrayDouble *coo1=_coords;
2379   if(coo1)
2380     (const_cast<DataArrayDouble *>(coo1))->setName("");//This parameter is not discriminant for comparison
2381   const DataArrayInt *famc1=_fam_coords;
2382   if(famc1)
2383     (const_cast<DataArrayInt *>(famc1))->setName("");//This parameter is not discriminant for comparison
2384   const DataArrayInt *numc1=_num_coords;
2385   if(numc1)
2386     (const_cast<DataArrayInt *>(numc1))->setName("");//This parameter is not discriminant for comparison
2387   const DataArrayAsciiChar *namc1=_name_coords;
2388   if(namc1)
2389     (const_cast<DataArrayAsciiChar *>(namc1))->setName("");//This parameter is not discriminant for comparison
2390   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
2391     {
2392       const MEDFileUMeshSplitL1 *tmp=(*it);
2393       if(tmp)
2394         tmp->clearNonDiscrAttributes();
2395     }
2396 }
2397
2398 void MEDFileUMesh::setName(const std::string& name)
2399 {
2400   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
2401     if((MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it)!=0)
2402       (*it)->setName(name);
2403   MEDFileMesh::setName(name);
2404 }
2405
2406 MEDFileUMesh::MEDFileUMesh()
2407 {
2408 }
2409
2410 MEDFileUMesh::MEDFileUMesh(med_idt fid, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2411 try
2412 {
2413     loadUMeshFromFile(fid,mName,dt,it,mrs);
2414     loadJointsFromFile(fid);
2415   }
2416 catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
2417 {
2418     throw e;
2419 }
2420
2421 /*!
2422  * This method loads only a part of specified cells (given by range of cell ID per geometric type)
2423  * See MEDFileUMesh::LoadPartOf for detailed description.
2424  *
2425  * \sa loadUMeshFromFile
2426  */
2427 void MEDFileUMesh::loadPartUMeshFromFile(med_idt fid, const std::string& mName, const std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& types, const std::vector<int>& slicPerTyp, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2428 {
2429   MEDFileUMeshL2 loaderl2;
2430   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
2431   int dummy0,dummy1;
2432   std::string dummy2;
2433   int mid(MEDFileUMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,mName,meshType,dummy0,dummy1,dummy2));
2434   if(meshType!=UNSTRUCTURED)
2435     {
2436       std::ostringstream oss; oss << "loadPartUMeshFromFile : Trying to load as unstructured an existing mesh with name '" << mName << "' !";
2437       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2438     }
2439   loaderl2.loadPart(fid,mid,mName,types,slicPerTyp,dt,it,mrs);
2440   dispatchLoadedPart(fid,loaderl2,mName,mrs);
2441 }
2442
2443 /*!
2444  * \brief Write joints in a file
2445  */
2446 void MEDFileMesh::writeJoints(med_idt fid) const
2447 {
2448   if ( (const MEDFileJoints*) _joints )
2449     _joints->write(fid);
2450 }
2451
2452 /*!
2453  * \brief Load joints in a file or use provided ones
2454  */
2455 //================================================================================
2456 /*!
2457  * \brief Load joints in a file or use provided ones
2458  *  \param [in] fid - MED file descriptor
2459  *  \param [in] toUseInstedOfReading - optional joints to use instead of reading,
2460  *          Usually this joints are those just read by another iteration
2461  *          of namesake mesh, when this method is called by MEDFileMeshMultiTS::New()
2462  */
2463 //================================================================================
2464
2465 void MEDFileMesh::loadJointsFromFile(med_idt fid, MEDFileJoints* toUseInstedOfReading)
2466 {
2467   if ( toUseInstedOfReading )
2468     setJoints( toUseInstedOfReading );
2469   else
2470     _joints = MEDFileJoints::New( fid, _name );
2471 }
2472
2473 /*!
2474  * \brief Return number of joints, which is equal to number of adjacent mesh domains
2475  */
2476 int MEDFileMesh::getNumberOfJoints()
2477 {
2478   return ( (MEDFileJoints*) _joints ) ? _joints->getNumberOfJoints() : 0;
2479 }
2480
2481 /*!
2482  * \brief Return joints with all adjacent mesh domains
2483  */
2484 MEDFileJoints * MEDFileMesh::getJoints() const
2485 {
2486   return const_cast<MEDFileJoints*>(& (*_joints));
2487 }
2488
2489 void MEDFileMesh::setJoints( MEDFileJoints* joints )
2490 {
2491   if ( joints != _joints )
2492     {
2493       _joints = joints;
2494       if ( joints )
2495         joints->incrRef();
2496     }
2497 }
2498
2499 /*!
2500  * This method loads \b all \b the \b mesh \a mName in the file with \a fid descriptor.
2501  *
2502  * \sa loadPartUMeshFromFile
2503  */
2504 void MEDFileUMesh::loadUMeshFromFile(med_idt fid, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2505 {
2506   MEDFileUMeshL2 loaderl2;
2507   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
2508   int dummy0,dummy1;
2509   std::string dummy2;
2510   int mid(MEDFileUMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,mName,meshType,dummy0,dummy1,dummy2));
2511   if(meshType!=UNSTRUCTURED)
2512     {
2513       std::ostringstream oss; oss << "Trying to load as unstructured an existing mesh with name '" << mName << "' !";
2514       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2515     }
2516   loaderl2.loadAll(fid,mid,mName,dt,it,mrs);
2517   dispatchLoadedPart(fid,loaderl2,mName,mrs);
2518 }
2519
2520 void MEDFileUMesh::dispatchLoadedPart(med_idt fid, const MEDFileUMeshL2& loaderl2, const std::string& mName, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2521 {
2522   int lev=loaderl2.getNumberOfLevels();
2523   _ms.resize(lev);
2524   for(int i=0;i<lev;i++)
2525     {
2526       if(!loaderl2.emptyLev(i))
2527         _ms[i]=new MEDFileUMeshSplitL1(loaderl2,mName,i);
2528       else
2529         _ms[i]=0;
2530     }
2531   MEDFileMeshL2::ReadFamiliesAndGrps(fid,mName,_families,_groups,mrs);
2532   //
2533   setName(loaderl2.getName());
2534   setDescription(loaderl2.getDescription());
2535   setUnivName(loaderl2.getUnivName());
2536   setIteration(loaderl2.getIteration());
2537   setOrder(loaderl2.getOrder());
2538   setTimeValue(loaderl2.getTime());
2539   setTimeUnit(loaderl2.getTimeUnit());
2540   _coords=loaderl2.getCoords();
2541   if(!mrs || mrs->isNodeFamilyFieldReading())
2542     _fam_coords=loaderl2.getCoordsFamily();
2543   if(!mrs || mrs->isNodeNumFieldReading())
2544     _num_coords=loaderl2.getCoordsNum();
2545   if(!mrs || mrs->isNodeNameFieldReading())
2546     _name_coords=loaderl2.getCoordsName();
2547   _part_coords=loaderl2.getPartDefOfCoo();
2548   computeRevNum();
2549 }
2550
2551 MEDFileUMesh::~MEDFileUMesh()
2552 {
2553 }
2554
2555 void MEDFileUMesh::writeLL(med_idt fid) const
2556 {
2557   const DataArrayDouble *coo=_coords;
2558   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> maa=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_NAME_SIZE);
2559   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> desc=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_COMMENT_SIZE);
2560   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_name.c_str(),MED_NAME_SIZE,maa,_too_long_str);
2561   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_desc_name.c_str(),MED_COMMENT_SIZE,desc,_too_long_str);
2562   int spaceDim=coo?coo->getNumberOfComponents():0;
2563   int mdim(0);
2564   if(!_ms.empty())
2565     mdim=getMeshDimension();
2566   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> comp=MEDLoaderBase::buildEmptyString(spaceDim*MED_SNAME_SIZE);
2567   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> unit=MEDLoaderBase::buildEmptyString(spaceDim*MED_SNAME_SIZE);
2568   for(int i=0;i<spaceDim;i++)
2569     {
2570       std::string info=coo->getInfoOnComponent(i);
2571       std::string c,u;
2572       MEDLoaderBase::splitIntoNameAndUnit(info,c,u);
2573       MEDLoaderBase::safeStrCpy2(c.c_str(),MED_SNAME_SIZE-1,comp+i*MED_SNAME_SIZE,_too_long_str);//MED_TAILLE_PNOM-1 to avoid to write '\0' on next compo
2574       MEDLoaderBase::safeStrCpy2(u.c_str(),MED_SNAME_SIZE-1,unit+i*MED_SNAME_SIZE,_too_long_str);//MED_TAILLE_PNOM-1 to avoid to write '\0' on next compo
2575     }
2576   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshCr,(fid,maa,spaceDim,mdim,MED_UNSTRUCTURED_MESH,desc,"",MED_SORT_DTIT,MED_CARTESIAN,comp,unit));
2577   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshUniversalNameWr,(fid,maa));
2578   std::string meshName(MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(maa,MED_NAME_SIZE));
2579   MEDFileUMeshL2::WriteCoords(fid,meshName,_iteration,_order,_time,_coords,_fam_coords,_num_coords,_name_coords);
2580   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
2581     if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it)!=0)
2582       (*it)->write(fid,meshName,mdim);
2583   MEDFileUMeshL2::WriteFamiliesAndGrps(fid,meshName,_families,_groups,_too_long_str);
2584
2585   writeJoints(fid);
2586 }
2587
2588 /*!
2589  * Returns relative dimensions of mesh entities (excluding nodes) present in \a this mesh.
2590  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2591  */
2592 std::vector<int> MEDFileUMesh::getNonEmptyLevels() const
2593 {
2594   std::vector<int> ret;
2595   int lev=0;
2596   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++,lev--)
2597     if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it)!=0)
2598       if(!(*it)->empty())
2599         ret.push_back(lev);
2600   return ret;
2601 }
2602
2603 /*!
2604  * Returns relative dimensions of mesh entities (including nodes) present in \a this mesh.
2605  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2606  */
2607 std::vector<int> MEDFileUMesh::getNonEmptyLevelsExt() const
2608 {
2609   std::vector<int> ret0=getNonEmptyLevels();
2610   if((const DataArrayDouble *) _coords)
2611     {
2612       std::vector<int> ret(ret0.size()+1);
2613       ret[0]=1;
2614       std::copy(ret0.begin(),ret0.end(),ret.begin()+1);
2615       return ret;
2616     }
2617   return ret0;
2618 }
2619
2620 std::vector<int> MEDFileUMesh::getFamArrNonEmptyLevelsExt() const
2621 {
2622   std::vector<int> ret;
2623   const DataArrayInt *famCoo(_fam_coords);
2624   if(famCoo)
2625     ret.push_back(1);
2626   int lev=0;
2627   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++,lev--)
2628     {
2629       const MEDFileUMeshSplitL1 *cur(*it);
2630       if(cur)
2631         if(cur->getFamilyField())
2632           ret.push_back(lev);
2633     }
2634   return ret;
2635 }
2636
2637 std::vector<int> MEDFileUMesh::getNumArrNonEmptyLevelsExt() const
2638 {
2639   std::vector<int> ret;
2640   const DataArrayInt *numCoo(_num_coords);
2641   if(numCoo)
2642     ret.push_back(1);
2643   int lev=0;
2644   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++,lev--)
2645     {
2646       const MEDFileUMeshSplitL1 *cur(*it);
2647       if(cur)
2648         if(cur->getNumberField())
2649           ret.push_back(lev);
2650     }
2651   return ret;
2652 }
2653
2654 std::vector<int> MEDFileUMesh::getNameArrNonEmptyLevelsExt() const
2655 {
2656   std::vector<int> ret;
2657   const DataArrayAsciiChar *nameCoo(_name_coords);
2658   if(nameCoo)
2659     ret.push_back(1);
2660   int lev=0;
2661   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++,lev--)
2662     {
2663       const MEDFileUMeshSplitL1 *cur(*it);
2664       if(cur)
2665         if(cur->getNameField())
2666           ret.push_back(lev);
2667     }
2668   return ret;
2669 }
2670
2671 /*!
2672  * Returns all relative mesh levels (**excluding nodes**) where a given group is defined.
2673  * To include nodes, call getGrpNonEmptyLevelsExt() method.
2674  *  \param [in] grp - the name of the group of interest.
2675  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2676  */
2677 std::vector<int> MEDFileUMesh::getGrpNonEmptyLevels(const std::string& grp) const
2678 {
2679   std::vector<std::string> fams=getFamiliesOnGroup(grp);
2680   return getFamsNonEmptyLevels(fams);
2681 }
2682
2683 /*!
2684  * Returns all relative mesh levels (including nodes) where a given group is defined.
2685  *  \param [in] grp - the name of the group of interest.
2686  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2687  */
2688 std::vector<int> MEDFileUMesh::getGrpNonEmptyLevelsExt(const std::string& grp) const
2689 {
2690   std::vector<std::string> fams=getFamiliesOnGroup(grp);
2691   return getFamsNonEmptyLevelsExt(fams);
2692 }
2693
2694 /*!
2695  * Returns all relative mesh levels (**excluding nodes**) where a given family is defined.
2696  * To include nodes, call getFamNonEmptyLevelsExt() method.
2697  *  \param [in] fam - the name of the family of interest.
2698  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2699  */
2700 std::vector<int> MEDFileUMesh::getFamNonEmptyLevels(const std::string& fam) const
2701 {
2702   std::vector<std::string> fams(1,std::string(fam));
2703   return getFamsNonEmptyLevels(fams);
2704 }
2705
2706 /*!
2707  * Returns all relative mesh levels (including nodes) where a given family is defined.
2708  *  \param [in] fam - the name of the family of interest.
2709  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2710  */
2711 std::vector<int> MEDFileUMesh::getFamNonEmptyLevelsExt(const std::string& fam) const
2712 {
2713   std::vector<std::string> fams(1,std::string(fam));
2714   return getFamsNonEmptyLevelsExt(fams);
2715 }
2716
2717 /*!
2718  * Returns all relative mesh levels (**excluding nodes**) where given groups are defined.
2719  * To include nodes, call getGrpsNonEmptyLevelsExt() method.
2720  *  \param [in] grps - a sequence of names of the groups of interest.
2721  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2722  */
2723 std::vector<int> MEDFileUMesh::getGrpsNonEmptyLevels(const std::vector<std::string>& grps) const
2724 {
2725   std::vector<std::string> fams=getFamiliesOnGroups(grps);
2726   return getFamsNonEmptyLevels(fams);
2727 }
2728
2729 /*!
2730  * Returns all relative mesh levels (including nodes) where given groups are defined.
2731  *  \param [in] grps - a sequence of names of the groups of interest.
2732  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2733  */
2734 std::vector<int> MEDFileUMesh::getGrpsNonEmptyLevelsExt(const std::vector<std::string>& grps) const
2735 {
2736   std::vector<std::string> fams=getFamiliesOnGroups(grps);
2737   return getFamsNonEmptyLevelsExt(fams);
2738 }
2739
2740 /*!
2741  * Returns all relative mesh levels (**excluding nodes**) where given families are defined.
2742  * To include nodes, call getFamsNonEmptyLevelsExt() method.
2743  *  \param [in] fams - the name of the family of interest.
2744  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2745  */
2746 std::vector<int> MEDFileUMesh::getFamsNonEmptyLevels(const std::vector<std::string>& fams) const
2747 {
2748   std::vector<int> ret;
2749   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevels();
2750   std::vector<int> famIds=getFamiliesIds(fams);
2751   for(std::vector<int>::const_iterator it=levs.begin();it!=levs.end();it++)
2752     if(_ms[-(*it)]->presenceOfOneFams(famIds))
2753       ret.push_back(*it);
2754   return ret;
2755 }
2756
2757 /*!
2758  * Returns all relative mesh levels (including nodes) where given families are defined.
2759  *  \param [in] fams - the names of the families of interest.
2760  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2761  */
2762 std::vector<int> MEDFileUMesh::getFamsNonEmptyLevelsExt(const std::vector<std::string>& fams) const
2763 {
2764   std::vector<int> ret0=getFamsNonEmptyLevels(fams);
2765   const DataArrayInt *famCoords=_fam_coords;
2766   if(!famCoords)
2767     return ret0;
2768   std::vector<int> famIds=getFamiliesIds(fams);
2769   if(famCoords->presenceOfValue(famIds))
2770     {
2771       std::vector<int> ret(ret0.size()+1);
2772       ret[0]=1;
2773       std::copy(ret0.begin(),ret0.end(),ret.begin()+1);
2774       return ret;
2775     }
2776   else
2777     return ret0;
2778 }
2779
2780 /*!
2781  * Returns names of groups that partly or fully appear on the level \a meshDimRelToMaxExt.
2782  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - a relative dimension of interest.
2783  *  \return std::vector<std::string> - a sequence of group names at \a meshDimRelToMaxExt
2784  *          level. 
2785  */
2786 std::vector<std::string> MEDFileUMesh::getGroupsOnSpecifiedLev(int meshDimRelToMaxExt) const
2787 {
2788   std::vector<std::string> ret;
2789   std::vector<std::string> allGrps=getGroupsNames();
2790   for(std::vector<std::string>::const_iterator it=allGrps.begin();it!=allGrps.end();it++)
2791     {
2792       std::vector<int> levs=getGrpNonEmptyLevelsExt((*it));
2793       if(std::find(levs.begin(),levs.end(),meshDimRelToMaxExt)!=levs.end())
2794         ret.push_back(*it);
2795     }
2796   return ret;
2797 }
2798
2799 int MEDFileUMesh::getMaxAbsFamilyIdInArrays() const
2800 {
2801   int ret=-std::numeric_limits<int>::max(),tmp=-1;
2802   if((const DataArrayInt *)_fam_coords)
2803     {
2804       int val=_fam_coords->getMaxValue(tmp);
2805       ret=std::max(ret,std::abs(val));
2806     }
2807   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
2808     {
2809       if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it))
2810         {
2811           const DataArrayInt *da=(*it)->getFamilyField();
2812           if(da)
2813             {
2814               int val=da->getMaxValue(tmp);
2815               ret=std::max(ret,std::abs(val));
2816             }
2817         }
2818     }
2819   return ret;
2820 }
2821
2822 int MEDFileUMesh::getMaxFamilyIdInArrays() const
2823 {
2824   int ret=-std::numeric_limits<int>::max(),tmp=-1;
2825   if((const DataArrayInt *)_fam_coords)
2826     {
2827       int val=_fam_coords->getMaxValue(tmp);
2828       ret=std::max(ret,val);
2829     }
2830   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
2831     {
2832       if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it))
2833         {
2834           const DataArrayInt *da=(*it)->getFamilyField();
2835           if(da)
2836             {
2837               int val=da->getMaxValue(tmp);
2838               ret=std::max(ret,val);
2839             }
2840         }
2841     }
2842   return ret;
2843 }
2844
2845 int MEDFileUMesh::getMinFamilyIdInArrays() const
2846 {
2847   int ret=std::numeric_limits<int>::max(),tmp=-1;
2848   if((const DataArrayInt *)_fam_coords)
2849     {
2850       int val=_fam_coords->getMinValue(tmp);
2851       ret=std::min(ret,val);
2852     }
2853   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
2854     {
2855       if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it))
2856         {
2857           const DataArrayInt *da=(*it)->getFamilyField();
2858           if(da)
2859             {
2860               int val=da->getMinValue(tmp);
2861               ret=std::min(ret,val);
2862             }
2863         }
2864     }
2865   return ret;
2866 }
2867
2868 /*!
2869  * Returns the dimension on cells in \a this mesh.
2870  *  \return int - the mesh dimension.
2871  *  \throw If there are no cells in this mesh.
2872  */
2873 int MEDFileUMesh::getMeshDimension() const
2874 {
2875   int lev=0;
2876   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++,lev++)
2877     if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it)!=0)
2878       return (*it)->getMeshDimension()+lev;
2879   throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::getMeshDimension : impossible to find a mesh dimension !");
2880 }
2881
2882 /*!
2883  * Returns the space dimension of \a this mesh that is equal to number of components in
2884  * the node coordinates array.
2885  *  \return int - the space dimension of \a this mesh.
2886  *  \throw If the node coordinates array is not available.
2887  */
2888 int MEDFileUMesh::getSpaceDimension() const
2889 {
2890   const DataArrayDouble *coo=_coords;
2891   if(!coo)
2892     throw INTERP_KERNEL::Exception(" MEDFileUMesh::getSpaceDimension : no coords set !");
2893   return coo->getNumberOfComponents();
2894 }
2895
2896 /*!
2897  * Returns a string describing \a this mesh.
2898  *  \return std::string - the mesh information string.
2899  */
2900 std::string MEDFileUMesh::simpleRepr() const
2901 {
2902   std::ostringstream oss;
2903   oss << MEDFileMesh::simpleRepr();
2904   const DataArrayDouble *coo=_coords;
2905   oss << "- The dimension of the space is ";
2906   static const char MSG1[]= "*** NO COORDS SET ***";
2907   static const char MSG2[]= "*** NO CONNECTIVITY SET FOR THIS LEVEL***";
2908   if(coo)
2909     oss << _coords->getNumberOfComponents() << std::endl;
2910   else
2911     oss << MSG1 << std::endl;
2912   oss << "- Type of the mesh : UNSTRUCTURED\n";
2913   oss << "- Number of nodes : ";
2914   if(coo)
2915     oss << _coords->getNumberOfTuples() << std::endl;
2916   else
2917     oss << MSG1 << std::endl;
2918   std::size_t nbOfLev=_ms.size();
2919   oss << "- Number of levels allocated : " << nbOfLev << std::endl;
2920   for(std::size_t i=0;i<nbOfLev;i++)
2921     {
2922       const MEDFileUMeshSplitL1 *lev=_ms[i];
2923       oss << "  - Level #" << -((int) i) << " has dimension : ";
2924       if(lev)
2925         {
2926           oss << lev->getMeshDimension() << std::endl;
2927           lev->simpleRepr(oss);
2928         }
2929       else
2930         oss << MSG2 << std::endl;
2931     }
2932   oss << "- Number of families : " << _families.size() << std::endl << std::endl;
2933   if(coo)
2934     {
2935       oss << "(***********************)\n(* NODES OF THE MESH : *)\n(***********************)\n";
2936       oss << "- Names of coordinates :" << std::endl;
2937       std::vector<std::string> vars=coo->getVarsOnComponent();
2938       std::copy(vars.begin(),vars.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
2939       oss << std::endl << "- Units of coordinates : " << std::endl;
2940       std::vector<std::string> units=coo->getUnitsOnComponent();
2941       std::copy(units.begin(),units.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
2942     }
2943   oss << std::endl << std::endl;
2944   getFamilyRepr(oss);
2945   return oss.str();
2946 }
2947
2948 /*!
2949  * Returns a full textual description of \a this mesh.
2950  *  \return std::string - the string holding the mesh description.
2951  */
2952 std::string MEDFileUMesh::advancedRepr() const
2953 {
2954   return simpleRepr();
2955 }
2956
2957 /*!
2958  * Returns number of mesh entities of a given relative dimension in \a this mesh.
2959  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of interest.
2960  *  \return int - the number of entities.
2961  *  \throw If no mesh entities of dimension \a meshDimRelToMaxExt are available in \a this mesh.
2962  */
2963 int MEDFileUMesh::getSizeAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
2964 {
2965   if(meshDimRelToMaxExt==1)
2966     {
2967       if(!((const DataArrayDouble *)_coords))
2968         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::getSizeAtLevel : no coordinates specified !");
2969       return _coords->getNumberOfTuples();
2970     }
2971   return getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt)->getSize();
2972 }
2973
2974 /*!
2975  * Returns the family field for mesh entities of a given dimension.
2976  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
2977  *  \return const DataArrayInt * - the family field. It is an array of ids of families
2978  *          each mesh entity belongs to. It can be \c NULL.
2979  */
2980 const DataArrayInt *MEDFileUMesh::getFamilyFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
2981 {
2982   if(meshDimRelToMaxExt==1)
2983     return _fam_coords;
2984   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt));
2985   return l1->getFamilyField();
2986 }
2987
2988 DataArrayInt *MEDFileUMesh::getFamilyFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt)
2989 {
2990   if(meshDimRelToMaxExt==1)
2991     return _fam_coords;
2992   MEDFileUMeshSplitL1 *l1(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt));
2993   return l1->getFamilyField();
2994 }
2995
2996 /*!
2997  * Returns the optional numbers of mesh entities of a given dimension.
2998  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
2999  *  \return const DataArrayInt * - the array of the entity numbers.
3000  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3001  */
3002 const DataArrayInt *MEDFileUMesh::getNumberFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
3003 {
3004   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3005     return _num_coords;
3006   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1=getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt);
3007   return l1->getNumberField();
3008 }
3009
3010 const DataArrayAsciiChar *MEDFileUMesh::getNameFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
3011 {
3012   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3013     return _name_coords;
3014   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1=getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt);
3015   return l1->getNameField();
3016 }
3017
3018 /*!
3019  * This method returns for a specified relative level \a meshDimRelToMaxExt the part effectively read (if the instance is the result of the read of a file).
3020  *
3021  * \param [in] meshDimRelToMaxExt - the extended relative level for which the part definition is requested.
3022  * \param [in] gt - The input geometric type for which the part definition is requested.
3023  * \return the part definition owned by \a this. So no need to deallocate the returned instance.
3024  */
3025 const PartDefinition *MEDFileUMesh::getPartDefAtLevel(int meshDimRelToMaxExt, INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
3026 {
3027   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3028     return _part_coords;
3029   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt));
3030   return l1->getPartDef(gt);
3031 }
3032
3033 int MEDFileUMesh::getNumberOfNodes() const
3034 {
3035   const DataArrayDouble *coo(_coords);
3036   if(!coo)
3037     throw INTERP_KERNEL::Exception(" MEDFileUMesh::getNumberOfNodes : no coords set !");
3038   return coo->getNumberOfTuples();
3039 }
3040
3041 int MEDFileUMesh::getNumberOfCellsAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
3042 {
3043   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt));
3044   return l1->getNumberOfCells();
3045 }
3046
3047 bool MEDFileUMesh::hasImplicitPart() const
3048 {
3049   return false;
3050 }
3051
3052 int MEDFileUMesh::buildImplicitPartIfAny(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
3053 {
3054   throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::buildImplicitPartIfAny : unstructured meshes do not have implicit part !");
3055 }
3056
3057 void MEDFileUMesh::releaseImplicitPartIfAny() const
3058 {
3059 }
3060
3061 void MEDFileUMesh::whichAreNodesFetched(const MEDFileField1TSStructItem& st, const MEDFileFieldGlobsReal *globs, std::vector<bool>& nodesFetched) const
3062 {
3063   std::size_t sz(st.getNumberOfItems());
3064   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
3065     {
3066       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType curGt(st[i].getGeo());
3067       const MEDCoupling1GTUMesh *m(getDirectUndergroundSingleGeoTypeMesh(curGt));
3068       if(st[i].getPflName().empty())
3069         m->computeNodeIdsAlg(nodesFetched);
3070       else
3071         {
3072           const DataArrayInt *arr(globs->getProfile(st[i].getPflName()));
3073           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1GTUMesh> m2(dynamic_cast<MEDCoupling1GTUMesh *>(m->buildPartOfMySelf(arr->begin(),arr->end(),true)));
3074           m2->computeNodeIdsAlg(nodesFetched);
3075         }
3076     }
3077 }
3078
3079 /*!
3080  * Returns the optional numbers of mesh entities of a given dimension transformed using
3081  * DataArrayInt::invertArrayN2O2O2N().
3082  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
3083  *  \return const DataArrayInt * - the array of the entity numbers transformed using
3084  *          DataArrayInt::invertArrayN2O2O2N().
3085  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3086  */
3087 const DataArrayInt *MEDFileUMesh::getRevNumberFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
3088 {
3089   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3090     {
3091       if(!((const DataArrayInt *)_num_coords))
3092         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::getRevNumberFieldAtLevel : no coordinates renum specified !");
3093       return _rev_num_coords;
3094     }
3095   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1=getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt);
3096   return l1->getRevNumberField();
3097 }
3098
3099 /*!
3100  * Returns a pointer to the node coordinates array of \a this mesh \b without
3101  * incrementing its reference counter, thus there is no need to decrRef() it by the caller.
3102  */
3103 DataArrayDouble *MEDFileUMesh::getCoords() const
3104 {
3105   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> tmp(_coords);
3106   if((DataArrayDouble *)tmp)
3107     {
3108       return tmp;
3109     }
3110   return 0;
3111 }
3112
3113 /*!
3114  * Returns a new MEDCouplingUMesh corresponding to mesh entities included in a given
3115  * group of \a this mesh. Only mesh entities of a given dimension are included in the
3116  * new mesh.
3117  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities of interest.
3118  *  \param [in] grp - the name of the group whose mesh entities are included in the
3119  *          new mesh.
3120  *  \param [in] renum - if \c true, cells and nodes of the result mesh are permuted
3121  *          according to the optional numbers of entities, if available.
3122  *  \return MEDCouplingUMesh * - a new instance of MEDCouplingUMesh. The caller is to
3123  *          delete this mesh using decrRef() as it is no more needed.
3124  *  \throw If the name of a nonexistent group is specified.
3125  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3126  */
3127 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getGroup(int meshDimRelToMaxExt, const std::string& grp, bool renum) const
3128 {
3129   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
3130   std::vector<std::string> tmp(1);
3131   tmp[0]=grp;
3132   return getGroups(meshDimRelToMaxExt,tmp,renum);
3133 }
3134
3135 /*!
3136  * Returns a new MEDCouplingUMesh corresponding to mesh entities included in given
3137  * groups of \a this mesh. Only mesh entities of a given dimension are included in the
3138  * new mesh.
3139  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities of interest.
3140  *  \param [in] grps - a sequence of group names whose mesh entities are included in the
3141  *          new mesh.
3142  *  \param [in] renum - if \c true, cells and nodes of the result mesh are permuted
3143  *          according to the optional numbers of entities, if available.
3144  *  \return MEDCouplingUMesh * - a new instance of MEDCouplingUMesh. The caller is to
3145  *          delete this mesh using decrRef() as it is no more needed.
3146  *  \throw If a name of a nonexistent group is present in \a grps.
3147  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3148  */
3149 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getGroups(int meshDimRelToMaxExt, const std::vector<std::string>& grps, bool renum) const
3150 {
3151   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
3152   std::vector<std::string> fams2=getFamiliesOnGroups(grps);
3153   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> zeRet=getFamilies(meshDimRelToMaxExt,fams2,renum);
3154   if(grps.size()==1 && ((MEDCouplingUMesh *)zeRet))
3155     zeRet->setName(grps[0]);
3156   return zeRet.retn();
3157 }
3158
3159 /*!
3160  * Returns a new MEDCouplingUMesh corresponding to mesh entities included in a given
3161  * family of \a this mesh. Only mesh entities of a given dimension are included in the
3162  * new mesh.
3163  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities of interest.
3164  *  \param [in] fam - the name of the family whose mesh entities are included in the
3165  *          new mesh.
3166  *  \param [in] renum - if \c true, cells and nodes of the result mesh are permuted
3167  *          according to the optional numbers of entities, if available.
3168  *  \return MEDCouplingUMesh * - a new instance of MEDCouplingUMesh. The caller is to
3169  *          delete this mesh using decrRef() as it is no more needed.
3170  *  \throw If a name of a nonexistent family is present in \a grps.
3171  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3172  */
3173 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getFamily(int meshDimRelToMaxExt, const std::string& fam, bool renum) const
3174 {
3175   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
3176   std::vector<std::string> tmp(1);
3177   tmp[0]=fam;
3178   return getFamilies(meshDimRelToMaxExt,tmp,renum);
3179 }
3180
3181 /*!
3182  * Returns a new MEDCouplingUMesh corresponding to mesh entities included in given
3183  * families of \a this mesh. Only mesh entities of a given dimension are included in the
3184  * new mesh.
3185  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities of interest.
3186  *  \param [in] fams - a sequence of family names whose mesh entities are included in the
3187  *          new mesh.
3188  *  \param [in] renum - if \c true, cells and nodes of the result mesh are permuted
3189  *          according to the optional numbers of entities, if available.
3190  *  \return MEDCouplingUMesh * - a new instance of MEDCouplingUMesh. The caller is to
3191  *          delete this mesh using decrRef() as it is no more needed.
3192  *  \throw If a name of a nonexistent family is present in \a fams.
3193  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3194  */
3195 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getFamilies(int meshDimRelToMaxExt, const std::vector<std::string>& fams, bool renum) const
3196 {
3197   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
3198   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3199     {
3200       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> arr=getFamiliesArr(1,fams,renum);
3201       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret=MEDCouplingUMesh::New();
3202       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> c=_coords->selectByTupleId(arr->getConstPointer(),arr->getConstPointer()+arr->getNbOfElems());
3203       ret->setCoords(c);
3204       return ret.retn();
3205     }
3206   std::vector<int> famIds=getFamiliesIds(fams);
3207   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1=getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt);
3208   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> zeRet;
3209   if(!famIds.empty())
3210     zeRet=l1->getFamilyPart(&famIds[0],&famIds[0]+famIds.size(),renum);
3211   else
3212     zeRet=l1->getFamilyPart(0,0,renum);
3213   if(fams.size()==1 && ((MEDCouplingUMesh *)zeRet))
3214     zeRet->setName(fams[0]);
3215   return zeRet.retn();
3216 }
3217
3218 /*!
3219  * Returns ids of mesh entities contained in given families of a given dimension.
3220  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - a relative dimension of the mesh entities whose ids
3221  *          are required.
3222  *  \param [in] fams - the names of the families of interest.
3223  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of entities, if available, are
3224  *          returned instead of ids.
3225  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
3226  *          numbers, if available and required, of mesh entities of the families. The caller
3227  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
3228  *  \throw If the family field is missing for \a meshDimRelToMaxExt.
3229  */
3230 DataArrayInt *MEDFileUMesh::getFamiliesArr(int meshDimRelToMaxExt, const std::vector<std::string>& fams, bool renum) const
3231 {
3232   std::vector<int> famIds=getFamiliesIds(fams);
3233   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3234     {
3235       if((const DataArrayInt *)_fam_coords)
3236         {
3237           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> da;
3238           if(!famIds.empty())
3239             da=_fam_coords->getIdsEqualList(&famIds[0],&famIds[0]+famIds.size());
3240           else
3241             da=_fam_coords->getIdsEqualList(0,0);
3242           if(renum)
3243             return MEDFileUMeshSplitL1::Renumber(_num_coords,da);
3244           else
3245             return da.retn();
3246         }
3247       else
3248         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::getFamiliesArr : no family array specified on nodes !");
3249     }
3250   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1=getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt);
3251   if(!famIds.empty())
3252     return l1->getFamilyPartArr(&famIds[0],&famIds[0]+famIds.size(),renum);
3253   else
3254     return l1->getFamilyPartArr(0,0,renum);
3255 }
3256
3257 /*!
3258  * Returns a MEDCouplingUMesh of a given relative dimension.
3259  * \warning If \a meshDimRelToMaxExt == 1 (which means nodes), the returned mesh **is not
3260  * valid**. This is a feature, because MEDLoader does not create cells that do not exist! 
3261  * To build a valid MEDCouplingUMesh from the returned one in this case,
3262  * call MEDCouplingUMesh::Build0DMeshFromCoords().
3263  *  \param [in] meshDimRelToMax - the relative dimension of interest.
3264  *  \param [in] renum - if \c true, the returned mesh is permuted according to the
3265  *          optional numbers of mesh entities.
3266  *  \return MEDCouplingUMesh * - a pointer to MEDCouplingUMesh that the caller is to
3267  *          delete using decrRef() as it is no more needed. 
3268  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3269  * \sa getGenMeshAtLevel()
3270  */
3271 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getMeshAtLevel(int meshDimRelToMaxExt, bool renum) const
3272 {
3273   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
3274   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3275     {
3276       if(!renum)
3277         {
3278           MEDCouplingUMesh *umesh=MEDCouplingUMesh::New();
3279           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> cc=_coords->deepCpy();
3280           umesh->setCoords(cc);
3281           MEDFileUMeshSplitL1::ClearNonDiscrAttributes(umesh);
3282           umesh->setName(getName());
3283           return umesh;
3284         }
3285     }
3286   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1=getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt);
3287   return l1->getWholeMesh(renum);
3288 }
3289
3290 /*!
3291  * Returns a MEDCouplingUMesh of a given relative dimension.
3292  * \warning If \a meshDimRelToMaxExt == 1 (which means nodes), the returned mesh **is not
3293  * valid**. This is a feature, because MEDLoader does not create cells that do not exist! 
3294  * To build a valid MEDCouplingUMesh from the returned one in this case,
3295  * call MEDCouplingUMesh::Build0DMeshFromCoords().
3296  *  \param [in] meshDimRelToMax - the relative dimension of interest.
3297  *  \param [in] renum - if \c true, the returned mesh is permuted according to the
3298  *          optional numbers of mesh entities.
3299  *  \return MEDCouplingMesh * - a pointer to MEDCouplingUMesh that the caller is to
3300  *          delete using decrRef() as it is no more needed. 
3301  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMax dimension in \a this mesh.
3302  * \sa getMeshAtLevel()
3303  */
3304 MEDCouplingMesh *MEDFileUMesh::getGenMeshAtLevel(int meshDimRelToMax, bool renum) const
3305 {
3306   return getMeshAtLevel(meshDimRelToMax,renum);
3307 }
3308
3309 std::vector<int> MEDFileUMesh::getDistributionOfTypes(int meshDimRelToMax) const
3310 {
3311   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMax));
3312   return l1->getDistributionOfTypes();
3313 }
3314
3315 /*!
3316  * Returns a MEDCouplingUMesh of a relative dimension == 0.
3317  *  \param [in] renum - if \c true, the returned mesh is permuted according to the
3318  *          optional numbers of mesh entities.
3319  *  \return MEDCouplingUMesh * - a pointer to MEDCouplingUMesh that the caller is to
3320  *          delete using decrRef() as it is no more needed. 
3321  *  \throw If there are no mesh entities of the relative dimension == 0 in \a this mesh.
3322  */
3323 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getLevel0Mesh(bool renum) const
3324 {
3325   return getMeshAtLevel(0,renum);
3326 }
3327
3328 /*!
3329  * Returns a MEDCouplingUMesh of a relative dimension == -1.
3330  *  \param [in] renum - if \c true, the returned mesh is permuted according to the
3331  *          optional numbers of mesh entities.
3332  *  \return MEDCouplingUMesh * - a pointer to MEDCouplingUMesh that the caller is to
3333  *          delete using decrRef() as it is no more needed. 
3334  *  \throw If there are no mesh entities of the relative dimension == -1 in \a this mesh.
3335  */
3336 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getLevelM1Mesh(bool renum) const
3337 {
3338   return getMeshAtLevel(-1,renum);
3339 }
3340
3341 /*!
3342  * Returns a MEDCouplingUMesh of a relative dimension == -2.
3343  *  \param [in] renum - if \c true, the returned mesh is permuted according to the
3344  *          optional numbers of mesh entities.
3345  *  \return MEDCouplingUMesh * - a pointer to MEDCouplingUMesh that the caller is to
3346  *          delete using decrRef() as it is no more needed. 
3347  *  \throw If there are no mesh entities of the relative dimension == -2 in \a this mesh.
3348  */
3349 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getLevelM2Mesh(bool renum) const
3350 {
3351   return getMeshAtLevel(-2,renum);
3352 }
3353
3354 /*!
3355  * Returns a MEDCouplingUMesh of a relative dimension == -3.
3356  *  \param [in] renum - if \c true, the returned mesh is permuted according to the
3357  *          optional numbers of mesh entities.
3358  *  \return MEDCouplingUMesh * - a pointer to MEDCouplingUMesh that the caller is to
3359  *          delete using decrRef() as it is no more needed. 
3360  *  \throw If there are no mesh entities of the relative dimension == -3 in \a this mesh.
3361  */
3362 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getLevelM3Mesh(bool renum) const
3363 {
3364   return getMeshAtLevel(-3,renum);
3365 }
3366
3367 /*!
3368  * This method is for advanced users. There is two storing strategy of mesh in \a this.
3369  * Either MEDCouplingUMesh, or vector of MEDCoupling1GTUMesh instances.
3370  * When assignement is done the first one is done, which is not optimal in write mode for MED file.
3371  * This method allows to switch from MEDCouplingUMesh mode to MEDCoupling1GTUMesh mode.
3372  */
3373 void MEDFileUMesh::forceComputationOfParts() const
3374 {
3375   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
3376     {
3377       const MEDFileUMeshSplitL1 *elt(*it);
3378       if(elt)
3379         elt->forceComputationOfParts();
3380     }
3381 }
3382
3383 /*!
3384  * This method returns a vector of mesh parts containing each exactly one geometric type.
3385  * This method will never launch an automatic computation of split by type (an INTERP_KERNEL::Exception will be then thrown).
3386  * This method is only for memory aware users.
3387  * The returned pointers are **NOT** new object pointer. No need to mange them.
3388  */
3389 std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *> MEDFileUMesh::getDirectUndergroundSingleGeoTypeMeshes(int meshDimRelToMax) const
3390 {
3391   const MEDFileUMeshSplitL1 *sp(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMax));
3392   return sp->getDirectUndergroundSingleGeoTypeMeshes();
3393 }
3394
3395 /*!
3396  * This method returns the part of \a this having the geometric type \a gt.
3397  * If such part is not existing an exception will be thrown.
3398  * The returned pointer is **NOT** new object pointer. No need to mange it.
3399  */
3400 MEDCoupling1GTUMesh *MEDFileUMesh::getDirectUndergroundSingleGeoTypeMesh(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
3401 {
3402   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(gt);
3403   int lev=(int)cm.getDimension()-getMeshDimension();
3404   const MEDFileUMeshSplitL1 *sp(getMeshAtLevSafe(lev));
3405   return sp->getDirectUndergroundSingleGeoTypeMesh(gt);
3406 }
3407
3408 /*!
3409  * Given a relative level \a meshDimRelToMax it returns the sorted vector of geometric types present in \a this.
3410  * \throw if the reqsuested \a meshDimRelToMax does not exist.
3411  */
3412 std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> MEDFileUMesh::getGeoTypesAtLevel(int meshDimRelToMax) const
3413 {
3414   const MEDFileUMeshSplitL1 *sp(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMax));
3415   return sp->getGeoTypes();
3416 }
3417
3418 /*!
3419  * This method extracts from whole family field ids the part relative to the input parameter \a gt.
3420  * \param [in] gt - the geometric type for which the family field is asked.
3421  * \return DataArrayInt * - a pointer to DataArrayInt that the caller is to
3422  *          delete using decrRef() as it is no more needed.
3423  * \sa MEDFileUMesh::extractNumberFieldOnGeoType
3424  */
3425 DataArrayInt *MEDFileUMesh::extractFamilyFieldOnGeoType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
3426 {
3427   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(gt);
3428   int lev=(int)cm.getDimension()-getMeshDimension();
3429   const MEDFileUMeshSplitL1 *sp(getMeshAtLevSafe(lev));
3430   return sp->extractFamilyFieldOnGeoType(gt);
3431 }
3432
3433 /*!
3434  * This method extracts from whole number field ids the part relative to the input parameter \a gt.
3435  * \param [in] gt - the geometric type for which the number field is asked.
3436  * \return DataArrayInt * - a pointer to DataArrayInt that the caller is to
3437  *          delete using decrRef() as it is no more needed.
3438  * \sa MEDFileUMesh::extractFamilyFieldOnGeoType
3439  */
3440 DataArrayInt *MEDFileUMesh::extractNumberFieldOnGeoType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
3441 {
3442   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(gt);
3443   int lev=(int)cm.getDimension()-getMeshDimension();
3444   const MEDFileUMeshSplitL1 *sp(getMeshAtLevSafe(lev));
3445   return sp->extractNumberFieldOnGeoType(gt);
3446 }
3447
3448 /*!
3449  * This method returns for specified geometric type \a gt the relative level to \a this.
3450  * If the relative level is empty an exception will be thrown.
3451  */
3452 int MEDFileUMesh::getRelativeLevOnGeoType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
3453 {
3454   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(gt);
3455   int ret((int)cm.getDimension()-getMeshDimension());
3456   getMeshAtLevSafe(ret);//To test that returned value corresponds to a valid level.
3457   return ret;
3458 }
3459
3460 const MEDFileUMeshSplitL1 *MEDFileUMesh::getMeshAtLevSafe(int meshDimRelToMaxExt) const
3461 {
3462   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3463     throw INTERP_KERNEL::Exception("Dimension request is invalid : asking for node level (1) !");
3464   if(meshDimRelToMaxExt>1)
3465     throw INTERP_KERNEL::Exception("Dimension request is invalid (>1) !");
3466   int tracucedRk=-meshDimRelToMaxExt;
3467   if(tracucedRk>=(int)_ms.size())
3468     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh dim relative to max given ! Too low !");
3469   if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)_ms[tracucedRk]==0)
3470     throw INTERP_KERNEL::Exception("On specified lev (or entity) no cells exists !");
3471   return _ms[tracucedRk];
3472 }
3473
3474 MEDFileUMeshSplitL1 *MEDFileUMesh::getMeshAtLevSafe(int meshDimRelToMaxExt)
3475 {
3476   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3477     throw INTERP_KERNEL::Exception("Dimension request is invalid : asking for node level (1) !");
3478   if(meshDimRelToMaxExt>1)
3479     throw INTERP_KERNEL::Exception("Dimension request is invalid (>1) !");
3480   int tracucedRk=-meshDimRelToMaxExt;
3481   if(tracucedRk>=(int)_ms.size())
3482     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh dim relative to max given ! Too low !");
3483   if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)_ms[tracucedRk]==0)
3484     throw INTERP_KERNEL::Exception("On specified lev (or entity) no cells exists !");
3485   return _ms[tracucedRk];
3486 }
3487
3488 void MEDFileUMesh::checkMeshDimCoherency(int meshDim, int meshDimRelToMax) const
3489 {
3490   if(-meshDimRelToMax>=(int)_ms.size())
3491     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::checkMeshDimCoherency : The meshdim of mesh is not managed by 'this' !");
3492   int i=0;
3493   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++,i++)
3494     {
3495       if(((const MEDFileUMeshSplitL1*) (*it))!=0)
3496         {
3497           int ref=(*it)->getMeshDimension();
3498           if(ref+i!=meshDim-meshDimRelToMax)
3499             throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::checkMeshDimCoherency : no coherency between levels !");
3500         }
3501     }
3502 }
3503
3504 /*!
3505  * Sets the node coordinates array of \a this mesh.
3506  *  \param [in] coords - the new node coordinates array.
3507  *  \throw If \a coords == \c NULL.
3508  */
3509 void MEDFileUMesh::setCoords(DataArrayDouble *coords)
3510 {
3511   if(!coords)
3512     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setCoords : null pointer in input !");
3513   coords->checkAllocated();
3514   int nbOfTuples=coords->getNumberOfTuples();
3515   _coords=coords;
3516   coords->incrRef();
3517   _fam_coords=DataArrayInt::New();
3518   _fam_coords->alloc(nbOfTuples,1);
3519   _fam_coords->fillWithZero();
3520   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
3521     if((MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it))
3522       (*it)->setCoords(coords);
3523 }
3524
3525 /*!
3526  * Removes all groups of a given dimension in \a this mesh.
3527  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of interest.
3528  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3529  */
3530 void MEDFileUMesh::eraseGroupsAtLevel(int meshDimRelToMaxExt)
3531 {
3532   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3533     {
3534       if((DataArrayInt *)_fam_coords)
3535         _fam_coords->fillWithZero();
3536       return ;
3537     }
3538   MEDFileUMeshSplitL1 *l1=getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt);
3539   l1->eraseFamilyField();
3540   optimizeFamilies();
3541 }
3542
3543 /*!
3544  * Removes all families with ids not present in the family fields of \a this mesh.
3545  */
3546 void MEDFileUMesh::optimizeFamilies()
3547 {
3548   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevelsExt();
3549   std::set<int> allFamsIds;
3550   for(std::vector<int>::const_iterator it=levs.begin();it!=levs.end();it++)
3551     {
3552       const DataArrayInt *ffield=getFamilyFieldAtLevel(*it);
3553       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ids=ffield->getDifferentValues();
3554       std::set<int> res;
3555       std::set_union(ids->begin(),ids->end(),allFamsIds.begin(),allFamsIds.end(),std::inserter(res,res.begin()));
3556       allFamsIds=res;
3557     }
3558   std::set<std::string> famNamesToKill;
3559   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
3560     {
3561       if(allFamsIds.find((*it).second)!=allFamsIds.end())
3562         famNamesToKill.insert((*it).first);
3563     }
3564   for(std::set<std::string>::const_iterator it=famNamesToKill.begin();it!=famNamesToKill.end();it++)
3565     _families.erase(*it);
3566   std::vector<std::string> grpNamesToKill;
3567   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it=_groups.begin();it!=_groups.end();it++)
3568     {
3569       std::vector<std::string> tmp;
3570       for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=(*it).second.begin();it2!=(*it).second.end();it2++)
3571         {
3572           if(famNamesToKill.find(*it2)==famNamesToKill.end())
3573             tmp.push_back(*it2);
3574         }
3575       if(!tmp.empty())
3576         (*it).second=tmp;
3577       else
3578         tmp.push_back((*it).first);
3579     }
3580   for(std::vector<std::string>::const_iterator it=grpNamesToKill.begin();it!=grpNamesToKill.end();it++)
3581     _groups.erase(*it);
3582 }
3583
3584 /**
3585  * \b this must be filled at level 0 and -1, typically the -1 level being (part of) the descending connectivity
3586  * of the top level. This method build a "crack", or an inner boundary, in \b this along the group of level -1 named grpNameM1.
3587  * The boundary is built according to the following method:
3588  *  - all nodes along the boundary which are not lying on an internal extremity of the (-1)-level group are duplicated (so the
3589  * coordinates array is extended).
3590  *  - new (-1)-level cells are built lying on those new nodes. So the edges/faces along the group are duplicated.
3591  *  After this operation a top-level cell bordering the group will loose some neighbors (typically the cell which is  on the
3592  *  other side of the group is no more a neighbor)
3593  *   - finally, the connectivity of (part of) the top level-cells bordering the group is also modified so that some cells
3594  *  bordering the newly created boundary use the newly computed nodes.
3595  *
3596  *  \param[in] grpNameM1 name of the (-1)-level group defining the boundary
3597  *  \param[out] nodesDuplicated ids of the initial nodes which have been duplicated (and whose copy is put at the end of
3598  *  the coord array)
3599  *  \param[out] cellsModified ids of the cells whose connectivity has been modified (to use the newly created nodes)
3600  *  \param[out] cellsNotModified ids of the rest of cells bordering the new boundary whose connectivity remains unchanged.
3601  */
3602 void MEDFileUMesh::buildInnerBoundaryAlongM1Group(const std::string& grpNameM1, DataArrayInt *&nodesDuplicated,
3603                                            DataArrayInt *&cellsModified, DataArrayInt *&cellsNotModified)
3604 {
3605   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevels();
3606   if(std::find(levs.begin(),levs.end(),0)==levs.end() || std::find(levs.begin(),levs.end(),-1)==levs.end())
3607     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::buildInnerBoundaryAlongM1Group : This method works only for mesh definied on level 0 and -1 !");
3608   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m0=getMeshAtLevel(0);
3609   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1=getMeshAtLevel(-1);
3610   int nbNodes=m0->getNumberOfNodes();
3611   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m11=getGroup(-1,grpNameM1);
3612   DataArrayInt *tmp00=0,*tmp11=0,*tmp22=0;
3613   m0->findNodesToDuplicate(*m11,tmp00,tmp11,tmp22);
3614   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> nodeIdsToDuplicate(tmp00);
3615   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellsToModifyConn0(tmp11);
3616   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellsToModifyConn1(tmp22);
3617   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> tmp0=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(m0->buildPartOfMySelf(cellsToModifyConn0->begin(),cellsToModifyConn0->end(),true));
3618   // node renumbering of cells in m1 impacted by duplication of node but not in group 'grpNameM1' on level -1
3619   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> descTmp0=DataArrayInt::New(),descITmp0=DataArrayInt::New(),revDescTmp0=DataArrayInt::New(),revDescITmp0=DataArrayInt::New();
3620   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> tmp0Desc=tmp0->buildDescendingConnectivity(descTmp0,descITmp0,revDescTmp0,revDescITmp0);
3621   descTmp0=0; descITmp0=0; revDescTmp0=0; revDescITmp0=0;
3622   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellsInM1ToRenumW2=tmp0Desc->getCellIdsLyingOnNodes(nodeIdsToDuplicate->begin(),nodeIdsToDuplicate->end(),false);
3623   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> cellsInM1ToRenumW3=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(tmp0Desc->buildPartOfMySelf(cellsInM1ToRenumW2->begin(),cellsInM1ToRenumW2->end(),true));
3624   DataArrayInt *cellsInM1ToRenumW4Tmp=0;
3625   m1->areCellsIncludedIn(cellsInM1ToRenumW3,2,cellsInM1ToRenumW4Tmp);
3626   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellsInM1ToRenumW4(cellsInM1ToRenumW4Tmp);
3627   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellsInM1ToRenumW5=cellsInM1ToRenumW4->getIdsInRange(0,m1->getNumberOfCells());
3628   cellsInM1ToRenumW5->transformWithIndArr(cellsInM1ToRenumW4->begin(),cellsInM1ToRenumW4->end());
3629   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> grpIds=getGroupArr(-1,grpNameM1);
3630   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellsInM1ToRenum=cellsInM1ToRenumW5->buildSubstraction(grpIds);
3631   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1Part=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(m1->buildPartOfMySelf(cellsInM1ToRenum->begin(),cellsInM1ToRenum->end(),true));
3632   m1Part->duplicateNodesInConn(nodeIdsToDuplicate->begin(),nodeIdsToDuplicate->end(),nbNodes);
3633   m1->setPartOfMySelf(cellsInM1ToRenum->begin(),cellsInM1ToRenum->end(),*m1Part);
3634   // end of node renumbering of cells in m1 impacted by duplication of node but not in group of level -1 'grpNameM1'
3635   tmp0->duplicateNodes(nodeIdsToDuplicate->begin(),nodeIdsToDuplicate->end());
3636   m0->setCoords(tmp0->getCoords());
3637   m0->setPartOfMySelf(cellsToModifyConn0->begin(),cellsToModifyConn0->end(),*tmp0);
3638   m1->setCoords(m0->getCoords());
3639   _coords=m0->getCoords(); _coords->incrRef();
3640   // duplication of cells in group 'grpNameM1' on level -1
3641   m11->duplicateNodesInConn(nodeIdsToDuplicate->begin(),nodeIdsToDuplicate->end(),nbNodes); m11->setCoords(m0->getCoords());
3642   std::vector<const MEDCouplingUMesh *> v(2); v[0]=m1; v[1]=m11;
3643   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> newm1=MEDCouplingUMesh::AggregateSortedByTypeMeshesOnSameCoords(v,tmp00,tmp11);
3644   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> szOfCellGrpOfSameType(tmp00);
3645   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> idInMsOfCellGrpOfSameType(tmp11);
3646   //
3647   newm1->setName(getName());
3648   const DataArrayInt *fam=getFamilyFieldAtLevel(-1);
3649   if(!fam)
3650     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::buildInnerBoundaryAlongM1Group : internal problem !");
3651   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newFam=DataArrayInt::New();
3652   newFam->alloc(newm1->getNumberOfCells(),1);
3653   int idd=getMaxFamilyId()+1;
3654   int globStart=0,start=0,end,globEnd;
3655   int nbOfChunks=szOfCellGrpOfSameType->getNumberOfTuples();
3656   for(int i=0;i<nbOfChunks;i++)
3657     {
3658       globEnd=globStart+szOfCellGrpOfSameType->getIJ(i,0);
3659       if(idInMsOfCellGrpOfSameType->getIJ(i,0)==0)
3660         {
3661           end=start+szOfCellGrpOfSameType->getIJ(i,0);
3662           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> part=fam->selectByTupleId2(start,end,1);
3663           newFam->setPartOfValues1(part,globStart,globEnd,1,0,1,1,true);
3664           start=end;
3665         }
3666       else
3667         {
3668           newFam->setPartOfValuesSimple1(idd,globStart,globEnd,1,0,1,1);
3669         }
3670       globStart=globEnd;
3671     }
3672   newm1->setCoords(getCoords());
3673   setMeshAtLevel(-1,newm1);
3674   setFamilyFieldArr(-1,newFam);
3675   std::string grpName2(grpNameM1); grpName2+="_dup";
3676   addFamily(grpName2,idd);
3677   addFamilyOnGrp(grpName2,grpName2);
3678   //
3679   fam=_fam_coords;
3680   if(fam)
3681     {
3682       int newNbOfNodes=getCoords()->getNumberOfTuples();
3683       newFam=DataArrayInt::New(); newFam->alloc(newNbOfNodes,1);
3684       newFam->setPartOfValues1(fam,0,nbNodes,1,0,1,1,true);
3685       newFam->setPartOfValuesSimple1(0,nbNodes,newNbOfNodes,1,0,1,1);
3686       _fam_coords=newFam;
3687     }
3688   nodesDuplicated=nodeIdsToDuplicate.retn();
3689   cellsModified=cellsToModifyConn0.retn();
3690   cellsNotModified=cellsToModifyConn1.retn();
3691 }
3692
3693 /*!
3694  * \param [out] oldCode retrieves the distribution of types before the call if true is returned
3695  * \param [out] newCode etrieves the distribution of types after the call if true is returned
3696  * \param [out] o2nRenumCell tells for **all levels** the old 2 new renumbering of cells.
3697  * 
3698  * \return false if no modification has been performed linked to the unpolyzation. Neither cell type, not cell numbers. When false is returned no need of field on cells or on gauss renumbering.
3699  * Inversely, if true is returned, it means that distribution of cell by geometric type has changed and field on cell and field on gauss point must be renumbered.
3700  */
3701 bool MEDFileUMesh::unPolyze(std::vector<int>& oldCode, std::vector<int>& newCode, DataArrayInt *& o2nRenumCell)
3702 {
3703   o2nRenumCell=0; oldCode.clear(); newCode.clear();
3704   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevels();
3705   bool ret=false;
3706   std::vector< const DataArrayInt* > renumCellsSplited;//same than memorySaverIfThrow
3707   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > memorySaverIfThrow;//same than renumCellsSplited only in case of throw
3708   int start=0;
3709   int end=0;
3710   for(std::vector<int>::reverse_iterator it=levs.rbegin();it!=levs.rend();it++)
3711     {
3712       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m=getMeshAtLevel(*it);
3713       std::vector<int> code1=m->getDistributionOfTypes();
3714       end=PutInThirdComponentOfCodeOffset(code1,start);
3715       oldCode.insert(oldCode.end(),code1.begin(),code1.end());
3716       bool hasChanged=m->unPolyze();
3717       DataArrayInt *fake=0;
3718       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> o2nCellsPart=m->getLevArrPerCellTypes(MEDCouplingUMesh::MEDMEM_ORDER,
3719           MEDCouplingUMesh::MEDMEM_ORDER+MEDCouplingUMesh::N_MEDMEM_ORDER,fake);
3720       fake->decrRef();
3721       renumCellsSplited.push_back(o2nCellsPart); memorySaverIfThrow.push_back(o2nCellsPart);
3722       if(hasChanged)
3723         {
3724           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> o2nCellsPart2=o2nCellsPart->buildPermArrPerLevel();
3725           m->renumberCells(o2nCellsPart2->getConstPointer(),false);
3726           ret=true;
3727           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famField2,numField2;
3728           const DataArrayInt *famField=getFamilyFieldAtLevel(*it); if(famField) { famField->incrRef(); famField2=const_cast<DataArrayInt *>(famField); }
3729           const DataArrayInt *numField=getNumberFieldAtLevel(*it); if(numField) { numField->incrRef(); numField2=const_cast<DataArrayInt *>(numField); }
3730           setMeshAtLevel(*it,m);
3731           std::vector<int> code2=m->getDistributionOfTypes();
3732           end=PutInThirdComponentOfCodeOffset(code2,start);
3733           newCode.insert(newCode.end(),code2.begin(),code2.end());
3734           //
3735           if(o2nCellsPart2->isIdentity())
3736             continue;
3737           if(famField)
3738             {
3739               MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newFamField=famField->renumber(o2nCellsPart2->getConstPointer());
3740               setFamilyFieldArr(*it,newFamField);
3741             }
3742           if(numField)
3743             {
3744               MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newNumField=numField->renumber(o2nCellsPart2->getConstPointer());
3745               setRenumFieldArr(*it,newNumField);
3746             }
3747         }
3748       else
3749         {
3750           newCode.insert(newCode.end(),code1.begin(),code1.end());
3751         }
3752       start=end;
3753     }
3754   if(ret)
3755     {
3756       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> renumCells=DataArrayInt::Aggregate(renumCellsSplited);
3757       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> o2nRenumCellRet=renumCells->buildPermArrPerLevel();
3758       o2nRenumCell=o2nRenumCellRet.retn();
3759     }
3760   return ret;
3761 }
3762
3763 struct MEDLoaderAccVisit1
3764 {
3765   MEDLoaderAccVisit1():_new_nb_of_nodes(0) { }
3766   int operator()(bool val) { return val?_new_nb_of_nodes++:-1; }
3767   int _new_nb_of_nodes;
3768 };
3769
3770 /*!
3771  * Array returned is the correspondance in \b old \b to \b new format. The returned array is newly created and should be dealt by the caller.
3772  * The maximum value stored in returned array is the number of nodes of \a this minus 1 after call of this method.
3773  * The size of returned array is the number of nodes of the old (previous to the call of this method) number of nodes.
3774  * -1 values in returned array means that the corresponding old node is no more used.
3775  *
3776  * \return newly allocated array containing correspondance in \b old \b to \b new format. If all nodes in \a this are fetched \c NULL pointer is returned and nothing
3777  *         is modified in \a this.
3778  * \throw If no coordinates are set in \a this or if there is in any available mesh in \a this a cell having a nodal connectivity containing a node id not in the range of
3779  *  set coordinates.
3780  */
3781 DataArrayInt *MEDFileUMesh::zipCoords()
3782 {
3783   const DataArrayDouble *coo(getCoords());
3784   if(!coo)
3785     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::zipCoords : no coordinates set in this !");
3786   int nbOfNodes(coo->getNumberOfTuples());
3787   std::vector<bool> nodeIdsInUse(nbOfNodes,false);
3788   std::vector<int> neLevs(getNonEmptyLevels());
3789   for(std::vector<int>::const_iterator lev=neLevs.begin();lev!=neLevs.end();lev++)
3790     {
3791       const MEDFileUMeshSplitL1 *zeLev(getMeshAtLevSafe(*lev));
3792       if(zeLev->isMeshStoredSplitByType())
3793         {
3794           std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *> ms(zeLev->getDirectUndergroundSingleGeoTypeMeshes());
3795           for(std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *>::const_iterator it=ms.begin();it!=ms.end();it++)
3796             if(*it)
3797               (*it)->computeNodeIdsAlg(nodeIdsInUse);
3798         }
3799       else
3800         {
3801           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> mesh(zeLev->getWholeMesh(false));
3802           mesh->computeNodeIdsAlg(nodeIdsInUse);
3803         }
3804     }
3805   int nbrOfNodesInUse((int)std::count(nodeIdsInUse.begin(),nodeIdsInUse.end(),true));
3806   if(nbrOfNodesInUse==nbOfNodes)
3807     return 0;//no need to update _part_coords
3808   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret(DataArrayInt::New()); ret->alloc(nbOfNodes,1);
3809   std::transform(nodeIdsInUse.begin(),nodeIdsInUse.end(),ret->getPointer(),MEDLoaderAccVisit1());
3810   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret2(ret->invertArrayO2N2N2OBis(nbrOfNodesInUse));
3811   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> newCoords(coo->selectByTupleIdSafe(ret2->begin(),ret2->end()));
3812   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newFamCoords;
3813   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayAsciiChar> newNameCoords;
3814   if((const DataArrayInt *)_fam_coords)
3815     newFamCoords=_fam_coords->selectByTupleIdSafe(ret2->begin(),ret2->end());
3816   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newNumCoords;
3817   if((const DataArrayInt *)_num_coords)
3818     newNumCoords=_num_coords->selectByTupleIdSafe(ret2->begin(),ret2->end());
3819   if((const DataArrayAsciiChar *)_name_coords)
3820     newNameCoords=static_cast<DataArrayAsciiChar *>(_name_coords->selectByTupleIdSafe(ret2->begin(),ret2->end()));
3821   _coords=newCoords; _fam_coords=newFamCoords; _num_coords=newNumCoords; _name_coords=newNameCoords; _rev_num_coords=0;
3822   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
3823     {
3824       if((MEDFileUMeshSplitL1*)*it)
3825         {
3826           (*it)->renumberNodesInConn(ret->begin());
3827           (*it)->setCoords(_coords);
3828         }
3829     }
3830   // updates _part_coords
3831   const PartDefinition *pc(_part_coords);
3832   if(pc)
3833     {
3834       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<PartDefinition> tmpPD(DataArrayPartDefinition::New(ret2));
3835       _part_coords=tmpPD->composeWith(pc);
3836     }
3837   return ret.retn();
3838 }
3839
3840 /*!
3841  * This method performs an extrusion along a path defined by \a m1D.
3842  * \a this is expected to be a mesh with max mesh dimension equal to 2.
3843  * \a m1D is expected to be a mesh with space dimesion equal to 3 and mesh dimension equal to 1.
3844  * Mesh dimensions of returned mesh is incremented by one compared to thoose in \a this.
3845  * This method scans all levels in \a this
3846  * and put them in the returned mesh. All groups in \a this are also put in the returned mesh.
3847  *
3848  * \param [in] m1D - the mesh defining the extrusion path.
3849  * \param [in] policy - defines the policy of extrusion (see MEDCouplingUMesh::buildExtrudedMesh for more details)
3850  * \return - a new reference on mesh (you have to deal with using decrRef). The returned mesh will have the same name than \a this.
3851  *
3852  * \sa MEDCouplingUMesh::buildExtrudedMesh
3853  */
3854 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::buildExtrudedMesh(const MEDCouplingUMesh *m1D, int policy) const
3855 {
3856   if(getMeshDimension()!=2)
3857     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::buildExtrudedMesh : this is expected to be with mesh dimension equal to 2 !");
3858   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> ret(MEDFileUMesh::New());
3859   m1D->checkCoherency();
3860   if(m1D->getMeshDimension()!=1)
3861     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::buildExtrudedMesh : input mesh must have a mesh dimension equal to one !");
3862   int nbRep(m1D->getNumberOfCells());
3863   std::vector<int> levs(getNonEmptyLevels());
3864   std::vector<std::string> grps(getGroupsNames());
3865   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> > zeList;
3866   DataArrayDouble *coords(0);
3867   std::size_t nbOfLevsOut(levs.size()+1);
3868   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > o2ns(nbOfLevsOut);
3869   for(std::vector<int>::const_iterator lev=levs.begin();lev!=levs.end();lev++)
3870     {
3871       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> item(getMeshAtLevel(*lev));
3872       item=item->clone(false);
3873       item->changeSpaceDimension(3+(*lev),0.);//no problem non const but change DataArrayDouble for coordinates do not alter data
3874       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> tmp(static_cast<MEDCouplingUMesh *>(m1D->deepCpy()));
3875       tmp->changeSpaceDimension(3+(*lev),0.);
3876       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> elt(item->buildExtrudedMesh(tmp,policy));
3877       zeList.push_back(elt);
3878       if(*lev==0)
3879         coords=elt->getCoords();
3880     }
3881   if(!coords)
3882     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::buildExtrudedMesh : internal error !");
3883   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> >::iterator it=zeList.begin();it!=zeList.end();it++)
3884     {
3885       (*it)->setName(getName());
3886       (*it)->setCoords(coords);
3887     }
3888   for(std::size_t ii=0;ii!=zeList.size();ii++)
3889     {
3890       int lev(levs[ii]);
3891       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> elt(zeList[ii]);
3892       if(lev<=-1)
3893         {
3894           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> elt1(getMeshAtLevel(lev+1));
3895           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> elt2(elt1->clone(false));
3896           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp(elt2->getNodalConnectivity()->deepCpy());
3897           elt2->setConnectivity(tmp,elt2->getNodalConnectivityIndex());
3898           elt2->shiftNodeNumbersInConn(nbRep*elt1->getNumberOfNodes());
3899           elt1->setCoords(elt->getCoords()); elt2->setCoords(elt->getCoords());
3900           std::vector<const MEDCouplingUMesh *> elts(3);
3901           elts[0]=elt; elts[1]=elt1; elts[2]=elt2;
3902           elt=MEDCouplingUMesh::MergeUMeshesOnSameCoords(elts);
3903           elt->setName(getName());
3904         }
3905       //
3906       o2ns[ii]=elt->sortCellsInMEDFileFrmt();
3907       ret->setMeshAtLevel(lev,elt);
3908     }
3909   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> endLev(getMeshAtLevel(levs.back())),endLev2;
3910   endLev=endLev->clone(false); endLev->setCoords(coords);
3911   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp(endLev->getNodalConnectivity()->deepCpy());
3912   endLev2=endLev->clone(false); endLev2->setConnectivity(tmp,endLev->getNodalConnectivityIndex());
3913   endLev2->shiftNodeNumbersInConn(nbRep*getNumberOfNodes());
3914   endLev=MEDCouplingUMesh::MergeUMeshesOnSameCoords(endLev,endLev2);
3915   o2ns[levs.size()]=endLev->sortCellsInMEDFileFrmt();
3916   endLev->setName(getName());
3917   ret->setMeshAtLevel(levs.back()-1,endLev);
3918   //
3919   for(std::size_t ii=0;ii!=zeList.size();ii++)
3920     {
3921       int lev(levs[ii]);
3922       std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > outGrps;
3923       std::vector< const DataArrayInt * > outGrps2;
3924       if(lev<=-1)
3925         {
3926           for(std::vector<std::string>::const_iterator grp=grps.begin();grp!=grps.end();grp++)
3927             {
3928               MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> grpArr(getGroupArr(lev+1,*grp));
3929               if(!grpArr->empty())
3930                 {
3931                   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> grpArr1(grpArr->deepCpy()),grpArr2(grpArr->deepCpy());
3932                   int offset0(zeList[ii]->getNumberOfCells());
3933                   int offset1(offset0+getNumberOfCellsAtLevel(lev+1));
3934                   grpArr1->applyLin(1,offset0); grpArr2->applyLin(1,offset1);
3935                   std::ostringstream oss; oss << grpArr2->getName() << "_top";
3936                   grpArr2->setName(oss.str());
3937                   grpArr1->transformWithIndArr(o2ns[ii]->begin(),o2ns[ii]->end());
3938                   grpArr2->transformWithIndArr(o2ns[ii]->begin(),o2ns[ii]->end());
3939                   outGrps.push_back(grpArr1); outGrps.push_back(grpArr2);
3940                   outGrps2.push_back(grpArr1); outGrps2.push_back(grpArr2);
3941                 }
3942             }
3943         }
3944       //
3945       for(std::vector<std::string>::const_iterator grp=grps.begin();grp!=grps.end();grp++)
3946         {
3947           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> grpArr(getGroupArr(lev,*grp));
3948           if(!grpArr->empty())
3949             {
3950               int nbCellsB4Extrusion(getNumberOfCellsAtLevel(lev));
3951               std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > grpArrs(nbRep);
3952               std::vector< const DataArrayInt *> grpArrs2(nbRep);
3953               for(int iii=0;iii<nbRep;iii++)
3954                 {
3955                   grpArrs[iii]=grpArr->deepCpy(); grpArrs[iii]->applyLin(1,iii*nbCellsB4Extrusion);
3956                   grpArrs2[iii]=grpArrs[iii];
3957                 }
3958               MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> grpArrExt(DataArrayInt::Aggregate(grpArrs2));
3959               grpArrExt->transformWithIndArr(o2ns[ii]->begin(),o2ns[ii]->end());
3960               std::ostringstream grpName; grpName << *grp << "_extruded";
3961               grpArrExt->setName(grpName.str());
3962               outGrps.push_back(grpArrExt);
3963               outGrps2.push_back(grpArrExt);
3964             }
3965         }
3966       ret->setGroupsAtLevel(lev,outGrps2);
3967     }
3968   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > outGrps;
3969   std::vector< const DataArrayInt * > outGrps2;
3970   for(std::vector<std::string>::const_iterator grp=grps.begin();grp!=grps.end();grp++)
3971     {
3972       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> grpArr1(getGroupArr(levs.back(),*grp));
3973       if(grpArr1->empty())
3974         continue;
3975       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> grpArr2(grpArr1->deepCpy());
3976       std::ostringstream grpName; grpName << *grp << "_top";
3977       grpArr2->setName(grpName.str());
3978       grpArr2->applyLin(1,getNumberOfCellsAtLevel(levs.back()));
3979       outGrps.push_back(grpArr1); outGrps.push_back(grpArr2);
3980       outGrps2.push_back(grpArr1); outGrps2.push_back(grpArr2);
3981     }
3982   ret->setGroupsAtLevel(levs.back()-1,outGrps2);
3983   return ret.retn();
3984 }
3985
3986 /*!
3987  * This method converts all linear cells in \a this into quadratic cells (following the \a conversionType policy).
3988  * All the cells converted are put in the returned instance. This method applies all the groups and families in \a this to returned instance.
3989  * Groups on nodes and families on nodes are copied directly to the returned instance without transformation.
3990  *
3991  * \param [in] conversionType - conversionType specifies the type of conversion expected. Only 0 (default) and 1 are supported presently. 0 those that creates the 'most' simple
3992  *             corresponding quadratic cells. 1 is those creating the 'most' complex.
3993  * \param [in] eps - detection threshold for coordinates.
3994  * \return A new instance that is the result of the conversion. The caller has the ownership of this returned instance.
3995  *
3996  * \sa MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic , quadraticToLinear
3997  */
3998 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::linearToQuadratic(int conversionType, double eps) const
3999 {
4000   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> ret(MEDFileUMesh::New());
4001   int initialNbNodes(getNumberOfNodes());
4002   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m0Tmp(getMeshAtLevel(0));
4003   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m0(dynamic_cast<MEDCouplingUMesh *>(m0Tmp->deepCpy()));
4004   {
4005     MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> notUsed(m0->convertLinearCellsToQuadratic(conversionType));
4006   }
4007   DataArrayDouble *zeCoords(m0->getCoords());
4008   ret->setMeshAtLevel(0,m0);
4009   std::vector<int> levs(getNonEmptyLevels());
4010   const DataArrayInt *famField(getFamilyFieldAtLevel(0));
4011   if(famField)
4012     {
4013       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famFieldCpy(famField->deepCpy());
4014       ret->setFamilyFieldArr(0,famFieldCpy);
4015     }
4016   famField=getFamilyFieldAtLevel(1);
4017   if(famField)
4018     {
4019       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> fam(DataArrayInt::New()); fam->alloc(zeCoords->getNumberOfTuples(),1);
4020       fam->fillWithZero();
4021       fam->setPartOfValues1(famField,0,initialNbNodes,1,0,1,1);
4022       ret->setFamilyFieldArr(1,fam);
4023     }
4024   ret->copyFamGrpMapsFrom(*this);
4025   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> partZeCoords(zeCoords->selectByTupleId2(initialNbNodes,zeCoords->getNumberOfTuples(),1));
4026   for(std::vector<int>::const_iterator lev=levs.begin();lev!=levs.end();lev++)
4027     {
4028       if(*lev==0)
4029         continue;
4030       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1Tmp(getMeshAtLevel(*lev));
4031       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1(dynamic_cast<MEDCouplingUMesh *>(m1Tmp->deepCpy()));
4032       {
4033         MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> notUsed(m1->convertLinearCellsToQuadratic(conversionType));
4034       }
4035       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> m1Coords(m1->getCoords()->selectByTupleId2(initialNbNodes,m1->getNumberOfNodes(),1));
4036       DataArrayInt *b(0);
4037       bool a(partZeCoords->areIncludedInMe(m1Coords,eps,b));
4038       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> bSafe(b);
4039       if(!a)
4040         {
4041           std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::linearCellsToQuadratic : for level " << *lev << " problem to identify nodes generated !";
4042           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
4043         }
4044       b->applyLin(1,initialNbNodes);
4045       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> l0(DataArrayInt::New()); l0->alloc(initialNbNodes,1); l0->iota();
4046       std::vector<const DataArrayInt *> v(2); v[0]=l0; v[1]=b;
4047       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> renum(DataArrayInt::Aggregate(v));
4048       m1->renumberNodesInConn(renum->begin());
4049       m1->setCoords(zeCoords);
4050       ret->setMeshAtLevel(*lev,m1);
4051       famField=getFamilyFieldAtLevel(*lev);
4052       if(famField)
4053         {
4054           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famFieldCpy(famField->deepCpy());
4055           ret->setFamilyFieldArr(*lev,famFieldCpy);
4056         }
4057     }
4058   return ret.retn();
4059 }
4060
4061 /*!
4062  * This method converts all quadratic cells in \a this into linear cells.
4063  * All the cells converted are put in the returned instance. This method applies all the groups and families in \a this to returned instance.
4064  * Groups on nodes and families on nodes are copied directly to the returned instance without transformation.
4065  *
4066  * \param [in] eps - detection threshold for coordinates.
4067  * \return A new instance that is the result of the conversion. The caller has the ownership of this returned instance.
4068  *
4069  * \sa MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic , linearToQuadratic
4070  */
4071 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::quadraticToLinear(double eps) const
4072 {
4073   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> ret(MEDFileUMesh::New());
4074   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m0Tmp(getMeshAtLevel(0));
4075   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m0(dynamic_cast<MEDCouplingUMesh *>(m0Tmp->deepCpy()));
4076   m0->convertQuadraticCellsToLinear();
4077   m0->zipCoords();
4078   DataArrayDouble *zeCoords(m0->getCoords());
4079   ret->setMeshAtLevel(0,m0);
4080   std::vector<int> levs(getNonEmptyLevels());
4081   const DataArrayInt *famField(getFamilyFieldAtLevel(0));
4082   if(famField)
4083     {
4084       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famFieldCpy(famField->deepCpy());
4085       ret->setFamilyFieldArr(0,famFieldCpy);
4086     }
4087   famField=getFamilyFieldAtLevel(1);
4088   if(famField)
4089     {
4090       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> fam(famField->selectByTupleId2(0,zeCoords->getNumberOfTuples(),1));
4091       ret->setFamilyFieldArr(1,fam);
4092     }
4093   ret->copyFamGrpMapsFrom(*this);
4094   for(std::vector<int>::const_iterator lev=levs.begin();lev!=levs.end();lev++)
4095     {
4096       if(*lev==0)
4097         continue;
4098       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1Tmp(getMeshAtLevel(*lev));
4099       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1(dynamic_cast<MEDCouplingUMesh *>(m1Tmp->deepCpy()));
4100       m1->convertQuadraticCellsToLinear();
4101       m1->zipCoords();
4102       DataArrayInt *b(0);
4103       bool a(zeCoords->areIncludedInMe(m1->getCoords(),eps,b));
4104       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> bSafe(b);
4105       if(!a)
4106         {
4107           std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::quadraticToLinear : for level " << *lev << " problem to identify nodes generated !";
4108           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
4109         }
4110       m1->renumberNodesInConn(b->begin());
4111       m1->setCoords(zeCoords);
4112       ret->setMeshAtLevel(*lev,m1);
4113       famField=getFamilyFieldAtLevel(*lev);
4114       if(famField)
4115         {
4116           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famFieldCpy(famField->deepCpy());
4117           ret->setFamilyFieldArr(*lev,famFieldCpy);
4118         }
4119     }
4120   return ret.retn();
4121 }
4122
4123 void MEDFileUMesh::serialize(std::vector<double>& tinyDouble, std::vector<int>& tinyInt, std::vector<std::string>& tinyStr, std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> >& bigArraysI, MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble>& bigArrayD)
4124 {
4125   clearNonDiscrAttributes();
4126   forceComputationOfParts();
4127   tinyDouble.clear(); tinyInt.clear(); tinyStr.clear(); bigArraysI.clear(); bigArrayD=0;
4128   std::vector<int> layer0;
4129   layer0.push_back(_order); //0 i
4130   layer0.push_back(_iteration);//1 i
4131   layer0.push_back(getSpaceDimension());//2 i
4132   tinyDouble.push_back(_time);//0 d
4133   tinyStr.push_back(_name);//0 s
4134   tinyStr.push_back(_desc_name);//1 s
4135   for(int i=0;i<getSpaceDimension();i++)
4136     tinyStr.push_back(_coords->getInfoOnComponent(i));
4137   layer0.push_back((int)_families.size());//3 i <- key info aa layer#0
4138   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
4139     {
4140       tinyStr.push_back((*it).first);
4141       layer0.push_back((*it).second);
4142     }
4143   layer0.push_back((int)_groups.size());//3+aa i <- key info bb layer#0
4144   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it0=_groups.begin();it0!=_groups.end();it0++)
4145     {
4146       layer0.push_back((int)(*it0).second.size());
4147       tinyStr.push_back((*it0).first);
4148       for(std::vector<std::string>::const_iterator it1=((*it0).second).begin();it1!=((*it0).second).end();it1++)
4149         tinyStr.push_back(*it1);
4150     }
4151   // sizeof(layer0)==3+aa+1+bb layer#0
4152   bigArrayD=_coords;// 0 bd
4153   bigArraysI.push_back(_fam_coords);// 0 bi
4154   bigArraysI.push_back(_num_coords);// 1 bi
4155   const PartDefinition *pd(_part_coords);
4156   if(!pd)
4157     layer0.push_back(-1);
4158   else
4159     {
4160       std::vector<int> tmp0;
4161       pd->serialize(tmp0,bigArraysI);
4162       tinyInt.push_back(tmp0.size());
4163       tinyInt.insert(tinyInt.end(),tmp0.begin(),tmp0.end());
4164     }
4165   //
4166   std::vector<int> layer1;
4167   std::vector<int> levs(getNonEmptyLevels());
4168   layer1.push_back((int)levs.size());// 0 i <- key
4169   layer1.insert(layer1.end(),levs.begin(),levs.end());
4170   for(std::vector<int>::const_iterator it=levs.begin();it!=levs.end();it++)
4171     {
4172       const MEDFileUMeshSplitL1 *lev(getMeshAtLevSafe(*it));
4173       lev->serialize(layer1,bigArraysI);
4174     }
4175   // put layers all together.
4176   tinyInt.push_back(layer0.size());
4177   tinyInt.insert(tinyInt.end(),layer0.begin(),layer0.end());
4178   tinyInt.push_back(layer1.size());
4179   tinyInt.insert(tinyInt.end(),layer1.begin(),layer1.end());
4180 }
4181
4182 void MEDFileUMesh::unserialize(std::vector<double>& tinyDouble, std::vector<int>& tinyInt, std::vector<std::string>& tinyStr,
4183                                std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> >& bigArraysI, MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble>& bigArrayD)
4184 {
4185   int sz0(tinyInt[0]);
4186   std::vector<int> layer0(tinyInt.begin()+1,tinyInt.begin()+1+sz0);
4187   int sz1(tinyInt[sz0+1]);
4188   std::vector<int> layer1(tinyInt.begin()+2+sz0,tinyInt.begin()+2+sz0+sz1);
4189   //
4190   std::reverse(layer0.begin(),layer0.end());
4191   std::reverse(layer1.begin(),layer1.end());
4192   std::reverse(tinyDouble.begin(),tinyDouble.end());
4193   std::reverse(tinyStr.begin(),tinyStr.end());
4194   std::reverse(bigArraysI.begin(),bigArraysI.end());
4195   //
4196   _order=layer0.back(); layer0.pop_back();
4197   _iteration=layer0.back(); layer0.pop_back();
4198   int spaceDim(layer0.back()); layer0.pop_back();
4199   _time=tinyDouble.back(); tinyDouble.pop_back();
4200   _name=tinyStr.back(); tinyStr.pop_back();
4201   _desc_name=tinyStr.back(); tinyStr.pop_back();
4202   _coords=bigArrayD; _coords->rearrange(spaceDim);
4203   for(int i=0;i<spaceDim;i++)
4204     {
4205       _coords->setInfoOnComponent(i,tinyStr.back());
4206       tinyStr.pop_back();
4207     }
4208   int nbOfFams(layer0.back()); layer0.pop_back();
4209   _families.clear();
4210   for(int i=0;i<nbOfFams;i++)
4211     {
4212       _families[tinyStr.back()]=layer0.back();
4213       tinyStr.pop_back(); layer0.pop_back();
4214     }
4215   int nbGroups(layer0.back()); layer0.pop_back();
4216   _groups.clear();
4217   for(int i=0;i<nbGroups;i++)
4218     {
4219       std::string grpName(tinyStr.back()); tinyStr.pop_back();
4220       int nbOfFamsOnGrp(layer0.back()); layer0.pop_back();
4221       std::vector<std::string> fams(nbOfFamsOnGrp);
4222       for(int j=0;j<nbOfFamsOnGrp;j++)
4223         {
4224           fams[j]=tinyStr.back(); tinyStr.pop_back();
4225         }
4226       _groups[grpName]=fams;
4227     }
4228   _fam_coords=bigArraysI.back(); bigArraysI.pop_back();
4229   _num_coords=bigArraysI.back(); bigArraysI.pop_back();
4230   _part_coords=0;
4231   int isPd(layer0.back()); layer0.pop_back();
4232   if(isPd!=-1)
4233     {
4234       std::vector<int> tmp0(layer0.begin(),layer0.begin()+isPd);
4235       layer0.erase(layer0.begin(),layer0.begin()+isPd);
4236       _part_coords=PartDefinition::Unserialize(tmp0,bigArraysI);
4237     }
4238   if(!layer0.empty())
4239     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::unserialize : something wrong during unserialization #1 !");
4240   //
4241   int nbLevs(layer1.back()); layer1.pop_back();
4242   std::vector<int> levs(layer1.rbegin(),layer1.rbegin()+nbLevs); layer1.erase(layer1.end()-nbLevs,layer1.end());
4243   _ms.clear();
4244   int maxLev(-(*std::min_element(levs.begin(),levs.end())));
4245   _ms.resize(maxLev+1);
4246   for(int i=0;i<nbLevs;i++)
4247     {
4248       int lev(levs[i]);
4249       int pos(-lev);
4250       _ms[pos]=MEDFileUMeshSplitL1::Unserialize(_name,_coords,layer1,bigArraysI);
4251     }
4252 }
4253
4254 /*!
4255  * Adds a group of nodes to \a this mesh.
4256  *  \param [in] ids - a DataArrayInt providing ids and a name of the group to add.
4257  *          The ids should be sorted and different each other (MED file norm).
4258  *
4259  *  \warning this method can alter default "FAMILLE_ZERO" family.
4260  *  For users sensitive to this a call to MEDFileMesh::rearrangeFamilies will be necessary after addGroup session.
4261  *
4262  *  \throw If the node coordinates array is not set.
4263  *  \throw If \a ids == \c NULL.
4264  *  \throw If \a ids->getName() == "".
4265  *  \throw If \a ids does not respect the MED file norm.
4266  *  \throw If a group with name \a ids->getName() already exists.
4267  */
4268 void MEDFileUMesh::addNodeGroup(const DataArrayInt *ids)
4269 {
4270   const DataArrayDouble *coords(_coords);
4271   if(!coords)
4272     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::addNodeGroup : no coords set !");
4273   int nbOfNodes(coords->getNumberOfTuples());
4274   if(!((DataArrayInt *)_fam_coords))
4275     { _fam_coords=DataArrayInt::New(); _fam_coords->alloc(nbOfNodes,1); _fam_coords->fillWithZero(); }
4276   //
4277   addGroupUnderground(true,ids,_fam_coords);
4278 }
4279
4280 /*!
4281  * Adds a group of nodes/cells/faces/edges to \a this mesh.
4282  *
4283  *  \param [in] ids - a DataArrayInt providing ids and a name of the group to add.
4284  *          The ids should be sorted and different each other (MED file norm).
4285  *
4286  * \warning this method can alter default "FAMILLE_ZERO" family.
4287  * For users sensitive to this a call to MEDFileMesh::rearrangeFamilies will be necessary after addGroup session.
4288  *
4289  *  \throw If the node coordinates array is not set.
4290  *  \throw If \a ids == \c NULL.
4291  *  \throw If \a ids->getName() == "".
4292  *  \throw If \a ids does not respect the MED file norm.
4293  *  \throw If a group with name \a ids->getName() already exists.
4294  */
4295 void MEDFileUMesh::addGroup(int meshDimRelToMaxExt, const DataArrayInt *ids)
4296 {
4297   std::vector<int> levs(getNonEmptyLevelsExt());
4298   if(std::find(levs.begin(),levs.end(),meshDimRelToMaxExt)==levs.end())
4299     { 
4300       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::addGroup : level " << meshDimRelToMaxExt << " not available ! Should be in ";
4301       std::copy(levs.begin(),levs.end(),std::ostream_iterator<int>(oss," ")); oss << " !"; throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
4302     }
4303   if(meshDimRelToMaxExt==1)
4304     { addNodeGroup(ids); return ; }
4305   MEDFileUMeshSplitL1 *lev(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt));
4306   DataArrayInt *fam(lev->getOrCreateAndGetFamilyField());
4307   addGroupUnderground(false,ids,fam);
4308 }
4309
4310 /*!
4311  * Changes a name of a family specified by its id.
4312  *  \param [in] id - the id of the family of interest.
4313  *  \param [in] newFamName - the new family name.
4314  *  \throw If no family with the given \a id exists.
4315  */
4316 void MEDFileUMesh::setFamilyNameAttachedOnId(int id, const std::string& newFamName)
4317 {
4318   std::string oldName=getFamilyNameGivenId(id);
4319   _families.erase(oldName);
4320   _families[newFamName]=id;
4321 }
4322
4323 /*!
4324  * Removes a mesh of a given dimension.
4325  *  \param [in] meshDimRelToMax - the relative dimension of interest.
4326  *  \throw If there is no mesh at level \a meshDimRelToMax in \a this mesh.
4327  */
4328 void MEDFileUMesh::removeMeshAtLevel(int meshDimRelToMax)
4329 {
4330   std::vector<int> levSet=getNonEmptyLevels();
4331   std::vector<int>::const_iterator it=std::find(levSet.begin(),levSet.end(),meshDimRelToMax);
4332   if(it==levSet.end())
4333     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::removeMeshAtLevel : the requested level is not existing !");
4334   int pos=(-meshDimRelToMax);
4335   _ms[pos]=0;
4336 }
4337
4338 /*!
4339  * Sets a new MEDCoupling1GTUMesh at a given level in \a this mesh.
4340  *  \param [in] meshDimRelToMax - a relative level to set the mesh at.
4341  *  \param [in] m - the new mesh to set.
4342  *  \throw If the name or the description of \a this mesh and \a m are not empty and are
4343  *         different. 
4344  *  \throw If the node coordinates array is set \a this in mesh and \a m refers to
4345  *         another node coordinates array.
4346  *  \throw If the mesh dimension of \a m does not correspond to \a meshDimRelToMax or
4347  *         to the existing meshes of other levels of \a this mesh.
4348  */
4349 void MEDFileUMesh::setMeshAtLevel(int meshDimRelToMax, MEDCoupling1GTUMesh *m)
4350 {
4351   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> elt(new MEDFileUMeshSplitL1(m));
4352   checkAndGiveEntryInSplitL1(meshDimRelToMax,m)=elt;
4353 }
4354
4355 /*!
4356  * Sets a new MEDCouplingUMesh at a given level in \a this mesh.
4357  *  \param [in] meshDimRelToMax - a relative level to set the mesh at.
4358  *  \param [in] m - the new mesh to set.
4359  *  \param [in] newOrOld - if \c true, cells in \a m are sorted by type to be ready for 
4360  *         writing \a this mesh in a MED file.
4361  *  \throw If the name or the description of \a this mesh and \a m are not empty and are
4362  *         different. 
4363  *  \throw If the node coordinates array is set \a this in mesh and \a m refers to
4364  *         another node coordinates array.
4365  *  \throw If the mesh dimension of \a m does not correspond to \a meshDimRelToMax or
4366  *         to the existing meshes of other levels of \a this mesh.
4367  */
4368 void MEDFileUMesh::setMeshAtLevel(int meshDimRelToMax, MEDCouplingUMesh *m, bool newOrOld)
4369 {
4370   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> elt(new MEDFileUMeshSplitL1(m,newOrOld));
4371   checkAndGiveEntryInSplitL1(meshDimRelToMax,m)=elt;
4372 }
4373
4374 MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1>& MEDFileUMesh::checkAndGiveEntryInSplitL1(int meshDimRelToMax, MEDCouplingPointSet *m)
4375 {
4376   dealWithTinyInfo(m);
4377   std::vector<int> levSet=getNonEmptyLevels();
4378   if(std::find(levSet.begin(),levSet.end(),meshDimRelToMax)==levSet.end())
4379     {
4380       if((DataArrayDouble *)_coords==0)
4381         {
4382           DataArrayDouble *c=m->getCoords();
4383           if(c)
4384             c->incrRef();
4385           _coords=c;
4386         }
4387       if(m->getCoords()!=_coords)
4388         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setMeshAtLevel : Invalid Given Mesh ! The coordinates are not the same ! try to use tryToShareSameCoords !");
4389       int sz=(-meshDimRelToMax)+1;
4390       if(sz>=(int)_ms.size())
4391         _ms.resize(sz);
4392       checkMeshDimCoherency(m->getMeshDimension(),meshDimRelToMax);
4393       return _ms[sz-1];
4394     }
4395   else
4396     return _ms[-meshDimRelToMax];
4397 }
4398
4399 /*!
4400  * This method allows to set at once the content of different levels in \a this.
4401  * This method is equivalent to a series of call to MEDFileUMesh::setMeshAtLevel.
4402  *
4403  * \param [in] ms - List of unstructured meshes lying on the same coordinates and having different mesh dimesnion.
4404  * \param [in] renum - the parameter (set to false by default) that tells the beheviour if there is a mesh on \a ms that is not geo type sorted.
4405  *                     If false, an exception ois thrown. If true the mesh is reordered automatically. It is highly recommanded to let this parameter to false.
4406  *
4407  * \throw If \a there is a null pointer in \a ms.
4408  * \sa MEDFileUMesh::setMeshAtLevel
4409  */
4410 void MEDFileUMesh::setMeshes(const std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& ms, bool renum)
4411 {
4412   if(ms.empty())
4413     return ;
4414   const MEDCouplingUMesh *mRef=ms[0];
4415   if(!mRef)
4416     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setMeshes : null instance in the first element of input meshes !");
4417   std::string name(mRef->getName());
4418   const DataArrayDouble *coo(mRef->getCoords());
4419   std::set<int> s;
4420   int zeDim=-1;
4421   for(std::vector<const MEDCouplingUMesh *>::const_iterator it=ms.begin();it!=ms.end();it++)
4422     {
4423       const MEDCouplingUMesh *cur(*it);
4424       if(!cur)
4425         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setMeshes : null instance in input vector of meshes !");
4426       if(coo!=cur->getCoords())
4427         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setMeshes : The input meshes do not share the same coordinates !");
4428       int mdim=cur->getMeshDimension();
4429       zeDim=std::max(zeDim,mdim);
4430       if(s.find(mdim)!=s.end())
4431         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setMeshes : The input meshes must share the same coordinates pointer, and should have different mesh dimension each other !");
4432     }
4433   for(std::vector<const MEDCouplingUMesh *>::const_iterator it=ms.begin();it!=ms.end();it++)
4434     {
4435       int mdim=(*it)->getMeshDimension();
4436       setName((*it)->getName());
4437       setMeshAtLevel(mdim-zeDim,const_cast<MEDCouplingUMesh *>(*it),renum);
4438     }
4439   setName(name);
4440 }
4441
4442 /*!
4443  * Creates one MEDCouplingUMesh at a given level in \a this mesh from a sequence of
4444  * meshes each representing a group, and creates corresponding groups in \a this mesh.
4445  * The given meshes must share the same node coordinates array.
4446  *  \param [in] meshDimRelToMax - the relative dimension to create the mesh and groups at.
4447  *  \param [in] ms - the sequence of meshes. Each mesh in \a ms represents a group to
4448  *          create in \a this mesh.
4449  *  \throw If \a ms is empty.
4450  *  \throw If dimension of meshes in \a ms does not correspond to \a meshDimRelToMax or
4451  *         to the existing meshes of other levels of \a this mesh.
4452  *  \throw If the meshes in \a ms do not share the same node coordinates array.
4453  *  \throw If the node coordinates array of \a this mesh (if any) is not the same as that
4454  *         of the given meshes.
4455  *  \throw If \a ms[ i ] is not well defined (MEDCouplingUMesh::checkCoherency()).
4456  *  \throw If names of some meshes in \a ms are equal.
4457  *  \throw If \a ms includes a mesh with an empty name.
4458  */
4459 void MEDFileUMesh::setGroupsFromScratch(int meshDimRelToMax, const std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& ms, bool renum)
4460 {
4461   if(ms.empty())
4462     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setGroupsFromScratch : expecting a non empty vector !");
4463   int sz=(-meshDimRelToMax)+1;
4464   if(sz>=(int)_ms.size())
4465     _ms.resize(sz);
4466   checkMeshDimCoherency(ms[0]->getMeshDimension(),meshDimRelToMax);
4467   DataArrayDouble *coo=checkMultiMesh(ms);
4468   if((DataArrayDouble *)_coords==0)
4469     {
4470       coo->incrRef();
4471       _coords=coo;
4472     }
4473   else
4474     if((DataArrayDouble *)_coords!=coo)
4475       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setGroupsFromScratch : coordinates mismatches !");
4476   std::vector<DataArrayInt *> corr;
4477   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m=MEDCouplingUMesh::FuseUMeshesOnSameCoords(ms,_zipconn_pol,corr);
4478   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > corr3(corr.begin(),corr.end());
4479   setMeshAtLevel(meshDimRelToMax,m,renum);
4480   std::vector<const DataArrayInt *> corr2(corr.begin(),corr.end());
4481   setGroupsAtLevel(meshDimRelToMax,corr2,true);
4482 }
4483
4484 /*!
4485  * Creates groups at a given level in \a this mesh from a sequence of
4486  * meshes each representing a group.
4487  * The given meshes must share the same node coordinates array.
4488  *  \param [in] meshDimRelToMax - the relative dimension to create the groups at.
4489  *  \param [in] ms - the sequence of meshes. Each mesh in \a ms represents a group to
4490  *         create in \a this mesh.
4491  *  \param [in] renum - if \c true, then the optional numbers of entities are taken into
4492  *         account. 
4493  *  \throw If \a ms is empty.
4494  *  \throw If dimension of meshes in \a ms does not correspond to \a meshDimRelToMax or
4495  *         to the existing meshes of other levels of \a this mesh.
4496  *  \throw If the meshes in \a ms do not share the same node coordinates array.
4497  *  \throw If the node coordinates array of \a this mesh (if any) is not the same as that
4498  *         of the given meshes.
4499  *  \throw If \a ms[ i ] is not well defined (MEDCouplingUMesh::checkCoherency()).
4500  *  \throw If names of some meshes in \a ms are equal.
4501  *  \throw If \a ms includes a mesh with an empty name.
4502  */
4503 void MEDFileUMesh::setGroupsOnSetMesh(int meshDimRelToMax, const std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& ms, bool renum)
4504 {
4505   if(ms.empty())
4506     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setGroupsOnSetMesh : expecting a non empty vector !");
4507   int sz=(-meshDimRelToMax)+1;
4508   if(sz>=(int)_ms.size())
4509     _ms.resize(sz);
4510   checkMeshDimCoherency(ms[0]->getMeshDimension(),meshDimRelToMax);
4511   DataArrayDouble *coo=checkMultiMesh(ms);
4512   if((DataArrayDouble *)_coords==0)
4513     {
4514       coo->incrRef();
4515       _coords=coo;
4516     }
4517   else
4518     if((DataArrayDouble *)_coords!=coo)
4519       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setGroupsOnSetMesh : coordinates mismatches !");
4520   MEDCouplingUMesh *m=getMeshAtLevel(meshDimRelToMax,renum);
4521   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > corr(ms.size());
4522   int i=0;
4523   for(std::vector<const MEDCouplingUMesh *>::const_iterator it=ms.begin();it!=ms.end();it++,i++)
4524     {
4525       DataArrayInt *arr=0;
4526       bool test=m->areCellsIncludedIn(*it,_zipconn_pol,arr);
4527       corr[i]=arr;
4528       if(!test)
4529         {
4530           std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::setGroupsOnSetMesh : mesh #" << i << " is not part of whole mesh !";
4531           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
4532         }
4533     }
4534   std::vector<const DataArrayInt *> corr2(corr.begin(),corr.end());
4535   setGroupsAtLevel(meshDimRelToMax,corr2,renum);
4536 }
4537
4538 DataArrayDouble *MEDFileUMesh::checkMultiMesh(const std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& ms) const
4539 {
4540   const DataArrayDouble *ret=ms[0]->getCoords();
4541   int mdim=ms[0]->getMeshDimension();
4542   for(unsigned int i=1;i<ms.size();i++)
4543     {
4544       ms[i]->checkCoherency();
4545       if(ms[i]->getCoords()!=ret)
4546         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::checkMultiMesh : meshes must share the same coords !");
4547       if(ms[i]->getMeshDimension()!=mdim)
4548         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::checkMultiMesh : meshes have not same mesh dimension !");
4549     }
4550   return const_cast<DataArrayDouble *>(ret);
4551 }
4552
4553 /*!
4554  * Sets the family field of a given relative dimension.
4555  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of entities for which
4556  *          the family field is set.
4557  *  \param [in] famArr - the array of the family field.
4558  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
4559  *  \throw If \a famArr has an invalid size.
4560  */
4561 void MEDFileUMesh::setFamilyFieldArr(int meshDimRelToMaxExt, DataArrayInt *famArr)
4562 {
4563   if(meshDimRelToMaxExt==1)
4564     {
4565       if(!famArr)
4566         {
4567           _fam_coords=0;
4568           return ;
4569         }
4570       DataArrayDouble *coo(_coords);
4571       if(!coo)
4572         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setFamilyFieldArr : the coordinates have not been set !");
4573       famArr->checkNbOfTuplesAndComp(coo->getNumberOfTuples(),1,"MEDFileUMesh::setFamilyFieldArr : Problem in size of node family arr ! ");
4574       famArr->incrRef();
4575       _fam_coords=famArr;
4576       return ;
4577     }
4578   if(meshDimRelToMaxExt>1)
4579     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setFamilyFieldArr : Dimension request is invalid (>1) !");
4580   int traducedRk=-meshDimRelToMaxExt;
4581   if(traducedRk>=(int)_ms.size())
4582     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh dim relative to max given ! Too low !");
4583   if((MEDFileUMeshSplitL1 *)_ms[traducedRk]==0)
4584     throw INTERP_KERNEL::Exception("On specified lev (or entity) no cells exists !");
4585   return _ms[traducedRk]->setFamilyArr(famArr);
4586 }
4587
4588 /*!
4589  * Sets the optional numbers of mesh entities of a given dimension.
4590  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
4591  *  \param [in] renumArr - the array of the numbers.
4592  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
4593  *  \throw If \a renumArr has an invalid size.
4594  */
4595 void MEDFileUMesh::setRenumFieldArr(int meshDimRelToMaxExt, DataArrayInt *renumArr)
4596 {
4597   if(meshDimRelToMaxExt==1)
4598     {
4599       if(!renumArr)
4600         {
4601           _num_coords=0;
4602           _rev_num_coords=0;
4603           return ;
4604         }
4605       DataArrayDouble *coo(_coords);
4606       if(!coo)
4607         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setRenumFieldArr : the coordinates have not been set !");
4608       renumArr->checkNbOfTuplesAndComp(coo->getNumberOfTuples(),1,"MEDFileUMesh::setRenumArr : Problem in size of node numbering arr ! ");
4609       renumArr->incrRef();
4610       _num_coords=renumArr;
4611       computeRevNum();
4612       return ;
4613     }
4614   if(meshDimRelToMaxExt>1)
4615     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setRenumArr : Dimension request is invalid (>1) !");
4616   int traducedRk=-meshDimRelToMaxExt;
4617   if(traducedRk>=(int)_ms.size())
4618     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh dim relative to max given ! Too low !");
4619   if((MEDFileUMeshSplitL1 *)_ms[traducedRk]==0)
4620     throw INTERP_KERNEL::Exception("On specified lev (or entity) no cells exists !");
4621   return _ms[traducedRk]->setRenumArr(renumArr);
4622 }
4623
4624 /*!
4625  * Sets the optional names of mesh entities of a given dimension.
4626  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
4627  *  \param [in] nameArr - the array of the names.
4628  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
4629  *  \throw If \a nameArr has an invalid size.
4630  */
4631 void MEDFileUMesh::setNameFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt, DataArrayAsciiChar *nameArr)
4632 {
4633   if(meshDimRelToMaxExt==1)
4634     {
4635       if(!nameArr)
4636         {
4637           _name_coords=0;
4638           return ;
4639         }
4640       DataArrayDouble *coo(_coords);
4641       if(!coo)
4642         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setNameFieldAtLevel : the coordinates have not been set !");
4643       nameArr->checkNbOfTuplesAndComp(coo->getNumberOfTuples(),MED_SNAME_SIZE,"MEDFileUMesh::setNameFieldAtLevel : Problem in size of node numbering arr ! ");
4644       nameArr->incrRef();
4645       _name_coords=nameArr;
4646       return ;
4647     }
4648   if(meshDimRelToMaxExt>1)
4649     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setNameFieldAtLevel : Dimension request is invalid (>1) !");
4650   int traducedRk=-meshDimRelToMaxExt;
4651   if(traducedRk>=(int)_ms.size())
4652     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh dim relative to max given ! Too low !");
4653   if((MEDFileUMeshSplitL1 *)_ms[traducedRk]==0)
4654     throw INTERP_KERNEL::Exception("On specified lev (or entity) no cells exists !");
4655   return _ms[traducedRk]->setNameArr(nameArr);
4656 }
4657
4658 void MEDFileUMesh::synchronizeTinyInfoOnLeaves() const
4659 {
4660   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
4661     if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it))
4662       (*it)->synchronizeTinyInfo(*this);
4663 }
4664
4665 /*!
4666  * This method is called by MEDFileMesh::changeFamilyId. It performs only one part of the family id modification.
4667  */
4668 void MEDFileUMesh::changeFamilyIdArr(int oldId, int newId)
4669 {
4670   DataArrayInt *arr=_fam_coords;
4671   if(arr)
4672     arr->changeValue(oldId,newId);
4673   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
4674     {
4675       MEDFileUMeshSplitL1 *sp=(*it);
4676       if(sp)
4677         {
4678           sp->changeFamilyIdArr(oldId,newId);
4679         }
4680     }
4681 }
4682
4683 std::list< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > MEDFileUMesh::getAllNonNullFamilyIds() const
4684 {
4685   std::list< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > ret;
4686   const DataArrayInt *da(_fam_coords);
4687   if(da)
4688     { da->incrRef(); ret.push_back(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>(const_cast<DataArrayInt *>(da))); }
4689   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
4690     {
4691       const MEDFileUMeshSplitL1 *elt(*it);
4692       if(elt)
4693         {
4694           da=elt->getFamilyField();
4695           if(da)
4696             { da->incrRef(); ret.push_back(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>(const_cast<DataArrayInt *>(da))); }
4697         }
4698     }
4699   return ret;
4700 }
4701
4702 void MEDFileUMesh::computeRevNum() const
4703 {
4704   if((const DataArrayInt *)_num_coords)
4705     {
4706       int pos;
4707       int maxValue=_num_coords->getMaxValue(pos);
4708       _rev_num_coords=_num_coords->invertArrayN2O2O2N(maxValue+1);
4709     }
4710 }
4711
4712 std::size_t MEDFileStructuredMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
4713 {
4714   return MEDFileMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren();
4715 }
4716
4717 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileStructuredMesh::getDirectChildrenWithNull() const
4718 {
4719   std::vector<const BigMemoryObject *> ret(MEDFileMesh::getDirectChildrenWithNull());
4720   ret.push_back((const DataArrayInt *)_fam_nodes);
4721   ret.push_back((const DataArrayInt *)_num_nodes);
4722   ret.push_back((const DataArrayAsciiChar *)_names_nodes);
4723   ret.push_back((const DataArrayInt *)_fam_cells);
4724   ret.push_back((const DataArrayInt *)_num_cells);
4725   ret.push_back((const DataArrayAsciiChar *)_names_cells);
4726   ret.push_back((const DataArrayInt *)_fam_faces);
4727   ret.push_back((const DataArrayInt *)_num_faces);
4728   ret.push_back((const DataArrayInt *)_rev_num_nodes);
4729   ret.push_back((const DataArrayAsciiChar *)_names_faces);
4730   ret.push_back((const DataArrayInt *)_rev_num_cells);
4731   ret.push_back((const MEDCoupling1SGTUMesh*)_faces_if_necessary);
4732   return ret;
4733 }
4734
4735 int MEDFileStructuredMesh::getMaxAbsFamilyIdInArrays() const
4736 {
4737   int ret=-std::numeric_limits<int>::max(),tmp=-1;
4738   if((const DataArrayInt *)_fam_nodes)
4739     {
4740       int val=_fam_nodes->getMaxValue(tmp);
4741       ret=std::max(ret,std::abs(val));
4742     }
4743   if((const DataArrayInt *)_fam_cells)
4744     {
4745       int val=_fam_cells->getMaxValue(tmp);
4746       ret=std::max(ret,std::abs(val));
4747     }
4748   if((const DataArrayInt *)_fam_faces)
4749     {
4750       int val=_fam_faces->getMaxValue(tmp);
4751       ret=std::max(ret,std::abs(val));
4752     }
4753   return ret;
4754 }
4755
4756 int MEDFileStructuredMesh::getMaxFamilyIdInArrays() const
4757 {
4758   int ret=-std::numeric_limits<int>::max(),tmp=-1;
4759   if((const DataArrayInt *)_fam_nodes)
4760     {
4761       int val=_fam_nodes->getMaxValue(tmp);
4762       ret=std::max(ret,val);
4763     }
4764   if((const DataArrayInt *)_fam_cells)
4765     {
4766       int val=_fam_cells->getMaxValue(tmp);
4767       ret=std::max(ret,val);
4768     }
4769   if((const DataArrayInt *)_fam_faces)
4770     {
4771       int val=_fam_faces->getMaxValue(tmp);
4772       ret=std::max(ret,val);
4773     }
4774   return ret;
4775 }
4776
4777 int MEDFileStructuredMesh::getMinFamilyIdInArrays() const
4778 {
4779   int ret=std::numeric_limits<int>::max(),tmp=-1;
4780   if((const DataArrayInt *)_fam_nodes)
4781     {
4782       int val=_fam_nodes->getMinValue(tmp);
4783       ret=std::min(ret,val);
4784     }
4785   if((const DataArrayInt *)_fam_cells)
4786     {
4787       int val=_fam_cells->getMinValue(tmp);
4788       ret=std::min(ret,val);
4789     }
4790   if((const DataArrayInt *)_fam_faces)
4791     {
4792       int val=_fam_faces->getMinValue(tmp);
4793       ret=std::min(ret,val);
4794     }
4795   return ret;
4796 }
4797
4798 bool MEDFileStructuredMesh::isEqual(const MEDFileMesh *other, double eps, std::string& what) const
4799 {
4800   if(!MEDFileMesh::isEqual(other,eps,what))
4801     return false;
4802   const MEDFileStructuredMesh *otherC=dynamic_cast<const  MEDFileStructuredMesh *>(other);
4803   if(!otherC)
4804     {
4805       what="Mesh types differ ! This is structured and other is NOT !";
4806       return false;
4807     }
4808   const DataArrayInt *famc1=_fam_nodes;
4809   const DataArrayInt *famc2=otherC->_fam_nodes;
4810   if((famc1==0 && famc2!=0) || (famc1!=0 && famc2==0))
4811     {
4812       what="Mismatch of families arr on nodes ! One is defined and not other !";
4813       return false;
4814     }
4815   if(famc1)
4816     {
4817       bool ret=famc1->isEqual(*famc2);
4818       if(!ret)
4819         {
4820           what="Families arr on nodes differ !";
4821           return false;
4822         }
4823     }
4824   famc1=_fam_cells;
4825   famc2=otherC->_fam_cells;
4826   if((famc1==0 && famc2!=0) || (famc1!=0 && famc2==0))
4827     {
4828       what="Mismatch of families arr on cells ! One is defined and not other !";
4829       return false;
4830     }
4831   if(famc1)
4832     {
4833       bool ret=famc1->isEqual(*famc2);
4834       if(!ret)
4835         {
4836           what="Families arr on cells differ !";
4837           return false;
4838         }
4839     }
4840   famc1=_fam_faces;
4841   famc2=otherC->_fam_faces;
4842   if((famc1==0 && famc2!=0) || (famc1!=0 && famc2==0))
4843     {
4844       what="Mismatch of families arr on faces ! One is defined and not other !";
4845       return false;
4846     }
4847   if(famc1)
4848     {
4849       bool ret=famc1->isEqual(*famc2);
4850       if(!ret)
4851         {
4852           what="Families arr on faces differ !";
4853           return false;
4854         }
4855     }
4856   famc1=_num_nodes;
4857   famc2=otherC->_num_nodes;
4858   if((famc1==0 && famc2!=0) || (famc1!=0 && famc2==0))
4859     {
4860       what="Mismatch of numbering arr on nodes ! One is defined and not other !";
4861       return false;
4862     }
4863   if(famc1)
4864     {
4865       bool ret=famc1->isEqual(*famc2);
4866       if(!ret)
4867         {
4868           what="Numbering arr on nodes differ !";
4869           return false;
4870         }
4871     }
4872   famc1=_num_cells;
4873   famc2=otherC->_num_cells;
4874   if((famc1==0 && famc2!=0) || (famc1!=0 && famc2==0))
4875     {
4876       what="Mismatch of numbering arr on cells ! One is defined and not other !";
4877       return false;
4878     }
4879   if(famc1)
4880     {
4881       bool ret=famc1->isEqual(*famc2);
4882       if(!ret)
4883         {
4884           what="Numbering arr on cells differ !";
4885           return false;
4886         }
4887     }
4888   famc1=_num_faces;
4889   famc2=otherC->_num_faces;
4890   if((famc1==0 && famc2!=0) || (famc1!=0 && famc2==0))
4891     {
4892       what="Mismatch of numbering arr on faces ! One is defined and not other !";
4893       return false;
4894     }
4895   if(famc1)
4896     {
4897       bool ret=famc1->isEqual(*famc2);
4898       if(!ret)
4899         {
4900           what="Numbering arr on faces differ !";
4901           return false;
4902         }
4903     }
4904   const DataArrayAsciiChar *d1=_names_cells;
4905   const DataArrayAsciiChar *d2=otherC->_names_cells;
4906   if((d1==0 && d2!=0) || (d1!=0 && d2==0))
4907     {
4908       what="Mismatch of naming arr on cells ! One is defined and not other !";
4909       return false;
4910     }
4911   if(d1)
4912     {
4913       bool ret=d1->isEqual(*d2);
4914       if(!ret)
4915         {
4916           what="Naming arr on cells differ !";
4917           return false;
4918         }
4919     }
4920   d1=_names_faces;
4921   d2=otherC->_names_faces;
4922   if((d1==0 && d2!=0) || (d1!=0 && d2==0))
4923     {
4924       what="Mismatch of naming arr on faces ! One is defined and not other !";
4925       return false;
4926     }
4927   if(d1)
4928     {
4929       bool ret=d1->isEqual(*d2);
4930       if(!ret)
4931         {
4932           what="Naming arr on faces differ !";
4933           return false;
4934         }
4935     }
4936   d1=_names_nodes;
4937   d2=otherC->_names_nodes;
4938   if((d1==0 && d2!=0) || (d1!=0 && d2==0))
4939     {
4940       what="Mismatch of naming arr on nodes ! One is defined and not other !";
4941       return false;
4942     }
4943   if(d1)
4944     {
4945       bool ret=d1->isEqual(*d2);
4946       if(!ret)
4947         {
4948           what="Naming arr on nodes differ !";
4949           return false;
4950         }
4951     }
4952   return true;
4953 }
4954
4955 void MEDFileStructuredMesh::clearNonDiscrAttributes() const
4956 {
4957   MEDFileMesh::clearNonDiscrAttributes();
4958   const DataArrayInt *tmp=_fam_nodes;
4959   if(tmp)
4960     (const_cast<DataArrayInt *>(tmp))->setName("");
4961   tmp=_num_nodes;
4962   if(tmp)
4963     (const_cast<DataArrayInt *>(tmp))->setName("");
4964   tmp=_fam_cells;
4965   if(tmp)
4966     (const_cast<DataArrayInt *>(tmp))->setName("");
4967   tmp=_num_cells;
4968   if(tmp)
4969     (const_cast<DataArrayInt *>(tmp))->setName("");
4970   tmp=_fam_faces;
4971   if(tmp)
4972     (const_cast<DataArrayInt *>(tmp))->setName("");
4973   tmp=_num_faces;
4974   if(tmp)
4975     (const_cast<DataArrayInt *>(tmp))->setName("");
4976 }
4977
4978 /*!
4979  * Returns ids of mesh entities contained in given families of a given dimension.
4980  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - a relative dimension of the mesh entities whose ids
4981  *          are required.
4982  *  \param [in] fams - the names of the families of interest.
4983  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of entities, if available, are
4984  *          returned instead of ids.
4985  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
4986  *          numbers, if available and required, of mesh entities of the families. The caller
4987  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
4988  *  \throw If the family field is missing for \a meshDimRelToMaxExt.
4989  */
4990 DataArrayInt *MEDFileStructuredMesh::getFamiliesArr(int meshDimRelToMaxExt, const std::vector<std::string>& fams, bool renum) const
4991 {
4992   std::vector<int> famIds(getFamiliesIds(fams));
4993   switch(meshDimRelToMaxExt)
4994   {
4995     case 1:
4996       {
4997         if((const DataArrayInt *)_fam_nodes)
4998           {
4999             MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> da;
5000             if(!famIds.empty())
5001               da=_fam_nodes->getIdsEqualList(&famIds[0],&famIds[0]+famIds.size());
5002             else
5003               da=_fam_nodes->getIdsEqualList(0,0);
5004             if(renum)
5005               return MEDFileUMeshSplitL1::Renumber(_num_nodes,da);
5006             else
5007               return da.retn();
5008           }
5009         else
5010           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getFamiliesArr : no family array specified on nodes !");
5011         break;
5012       }
5013     case 0:
5014       {
5015         if((const DataArrayInt *)_fam_cells)
5016           {
5017             MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> da;
5018             if(!famIds.empty())
5019               da=_fam_cells->getIdsEqualList(&famIds[0],&famIds[0]+famIds.size());
5020             else
5021               da=_fam_cells->getIdsEqualList(0,0);
5022             if(renum)
5023               return MEDFileUMeshSplitL1::Renumber(_num_cells,da);
5024             else
5025               return da.retn();
5026           }
5027         else
5028           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getFamiliesArr : no family array specified on cells !");
5029         break;
5030       }
5031     case -1:
5032       {
5033         if((const DataArrayInt *)_fam_faces)
5034           {
5035             MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> da;
5036             if(!famIds.empty())
5037               da=_fam_faces->getIdsEqualList(&famIds[0],&famIds[0]+famIds.size());
5038             else
5039               da=_fam_faces->getIdsEqualList(0,0);
5040             if(renum)
5041               return MEDFileUMeshSplitL1::Renumber(_num_faces,da);
5042             else
5043               return da.retn();
5044           }
5045         else
5046           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getFamiliesArr : no family array specified on faces !");
5047         break;
5048       }
5049     default:
5050       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getFamiliesArr : input meshDimRelative must be in [0,1,-1] !");
5051   }
5052   throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getFamiliesArr : unmanaged case !");
5053 }
5054
5055 /*!
5056  * Sets the family field of a given relative dimension.
5057  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of entities for which
5058  *          the family field is set.
5059  *  \param [in] famArr - the array of the family field.
5060  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
5061  *  \throw If \a famArr has an invalid size.
5062  *  \throw If \a meshDimRelToMaxExt != 0 and \a meshDimRelToMaxExt != 1 and \a meshDimRelToMaxExt != -1.
5063  */
5064 void MEDFileStructuredMesh::setFamilyFieldArr(int meshDimRelToMaxExt, DataArrayInt *famArr)
5065 {
5066   const MEDCouplingStructuredMesh *mesh(getStructuredMesh());
5067   if(!mesh)
5068     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::setFamilyFieldArr : no structured mesh specified ! Impossible to set family array !");
5069   switch(meshDimRelToMaxExt)
5070   {
5071     case 0:
5072       {
5073         int nbCells=mesh->getNumberOfCells();
5074         famArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbCells,1,"MEDFileStructuredMesh::setFamilyFieldArr : Problem in size of Family arr ! Mismatch with number of cells of mesh !");
5075         _fam_cells=famArr;
5076         break;
5077       }
5078     case 1:
5079       {
5080         int nbNodes=mesh->getNumberOfNodes();
5081         famArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbNodes,1,"MEDFileStructuredMesh::setFamilyFieldArr : Problem in size of Family arr ! Mismatch with number of nodes of mesh !");
5082         _fam_nodes=famArr;
5083         break;
5084       }
5085     case -1:
5086       {
5087         int nbCells=mesh->getNumberOfCellsOfSubLevelMesh();
5088         famArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbCells,1,"MEDFileStructuredMesh::setFamilyFieldArr : Problem in size of Family arr ! Mismatch with number of faces of mesh !");
5089         _fam_faces=famArr;
5090         break;
5091       }
5092     default:
5093       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::setFamilyFieldArr : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5094   }
5095   if(famArr)
5096     famArr->incrRef();
5097 }
5098
5099 /*!
5100  * Sets the optional numbers of mesh entities of a given dimension.
5101  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
5102  *  \param [in] renumArr - the array of the numbers.
5103  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
5104  *  \throw If \a renumArr has an invalid size.
5105  *  \throw If \a meshDimRelToMaxExt != 0 and \a meshDimRelToMaxExt != 1.
5106  */
5107 void MEDFileStructuredMesh::setRenumFieldArr(int meshDimRelToMaxExt, DataArrayInt *renumArr)
5108 {
5109   const MEDCouplingStructuredMesh *mesh=getStructuredMesh();
5110   if(!mesh)
5111     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::setRenumFieldArr : no structured mesh specified ! Impossible to set number array !");
5112   switch(meshDimRelToMaxExt)
5113   {
5114     case 0:
5115       {
5116         int nbCells=mesh->getNumberOfCells();
5117         renumArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbCells,1,"MEDFileStructuredMesh::setRenumFieldArr : Problem in size of Renum arr ! Mismatch with number of cells of mesh !");
5118         _num_cells=renumArr;
5119         break;
5120       }
5121     case 1:
5122       {
5123         int nbNodes=mesh->getNumberOfNodes();
5124         renumArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbNodes,1,"MEDFileStructuredMesh::setRenumFieldArr : Problem in size of Family arr ! Mismatch with number of nodes of mesh !");
5125         _num_nodes=renumArr;
5126         break;
5127       }
5128     case -1:
5129       {
5130         int nbCells=mesh->getNumberOfCellsOfSubLevelMesh();
5131         renumArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbCells,1,"MEDFileStructuredMesh::setRenumFieldArr : Problem in size of Renum arr ! Mismatch with number of faces of mesh !");
5132         _num_faces=renumArr;
5133         break;
5134       }
5135     default:
5136       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::setRenumFieldArr : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5137   }
5138   if(renumArr)
5139     renumArr->incrRef();
5140 }
5141
5142 /*!
5143  * Sets the optional names of mesh entities of a given dimension.
5144  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
5145  *  \param [in] nameArr - the array of the names.
5146  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
5147  *  \throw If \a nameArr has an invalid size.
5148  */
5149 void MEDFileStructuredMesh::setNameFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt, DataArrayAsciiChar *nameArr)
5150 {
5151   const MEDCouplingStructuredMesh *mesh(getStructuredMesh());
5152   if(!mesh)
5153     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::setNameFieldAtLevel : no structured mesh specified ! Impossible to set names array !");
5154   switch(meshDimRelToMaxExt)
5155   {
5156     case 0:
5157       {
5158         int nbCells=mesh->getNumberOfCells();
5159         nameArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbCells,MED_SNAME_SIZE,"MEDFileStructuredMesh::setNameFieldAtLevel : Problem in size of names arr ! Mismatch with number of cells of mesh !");
5160         _names_cells=nameArr;
5161         break;
5162       }
5163     case 1:
5164       {
5165         int nbNodes=mesh->getNumberOfNodes();
5166         nameArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbNodes,MED_SNAME_SIZE,"MEDFileStructuredMesh::setNameFieldAtLevel : Problem in size of names arr ! Mismatch with number of nodes of mesh !");
5167         _names_nodes=nameArr;
5168         break;
5169       }
5170     case -1:
5171       {
5172         int nbCells=mesh->getNumberOfCellsOfSubLevelMesh();
5173         nameArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbCells,MED_SNAME_SIZE,"MEDFileStructuredMesh::setNameFieldAtLevel : Problem in size of names arr ! Mismatch with number of faces of mesh !");
5174         _names_cells=nameArr;
5175       }
5176     default:
5177       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::setNameFieldAtLevel : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5178   }
5179   if(nameArr)
5180     nameArr->incrRef();
5181 }
5182
5183 /*!
5184  * Adds a group of nodes to \a this mesh.
5185  *  \param [in] ids - a DataArrayInt providing ids and a name of the group to add.
5186  *          The ids should be sorted and different each other (MED file norm).
5187  *
5188  *  \warning this method can alter default "FAMILLE_ZERO" family.
5189  *  For users sensitive to this a call to MEDFileMesh::rearrangeFamilies will be necessary after addGroup session.
5190  *
5191  *  \throw If the node coordinates array is not set.
5192  *  \throw If \a ids == \c NULL.
5193  *  \throw If \a ids->getName() == "".
5194  *  \throw If \a ids does not respect the MED file norm.
5195  *  \throw If a group with name \a ids->getName() already exists.
5196  */
5197 void MEDFileStructuredMesh::addNodeGroup(const DataArrayInt *ids)
5198 {
5199   addGroup(1,ids);
5200 }
5201
5202 /*!
5203  * Adds a group of nodes/cells/faces/edges to \a this mesh.
5204  *
5205  *  \param [in] ids - a DataArrayInt providing ids and a name of the group to add.
5206  *          The ids should be sorted and different each other (MED file norm).
5207  *
5208  * \warning this method can alter default "FAMILLE_ZERO" family.
5209  * For users sensitive to this a call to MEDFileMesh::rearrangeFamilies will be necessary after addGroup session.
5210  *
5211  *  \throw If the node coordinates array is not set.
5212  *  \throw If \a ids == \c NULL.
5213  *  \throw If \a ids->getName() == "".
5214  *  \throw If \a ids does not respect the MED file norm.
5215  *  \throw If a group with name \a ids->getName() already exists.
5216  */
5217 void MEDFileStructuredMesh::addGroup(int meshDimRelToMaxExt, const DataArrayInt *ids)
5218 {
5219   DataArrayInt *fam(getOrCreateAndGetFamilyFieldAtLevel(meshDimRelToMaxExt));
5220   addGroupUnderground(false,ids,fam);
5221   return ;
5222 }
5223
5224 /*!
5225  * Returns the family field for mesh entities of a given dimension.
5226  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
5227  *  \return const DataArrayInt * - the family field. It is an array of ids of families
5228  *          each mesh entity belongs to. It can be \c NULL.
5229  *  \throw If \a meshDimRelToMaxExt != 0 and \a meshDimRelToMaxExt != 1.
5230  */
5231 const DataArrayInt *MEDFileStructuredMesh::getFamilyFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
5232 {
5233   switch(meshDimRelToMaxExt)
5234   {
5235     case 0:
5236       return _fam_cells;
5237     case 1:
5238       return _fam_nodes;
5239     case -1:
5240       return _fam_faces;
5241     default:
5242       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getFamilyFieldAtLevel : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5243   }
5244 }
5245
5246 /*!
5247  * Returns the family field for mesh entities of a given dimension.
5248  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
5249  *  \return const DataArrayInt * - the family field. It is an array of ids of families
5250  *          each mesh entity belongs to. It can be \c NULL.
5251  *  \throw If \a meshDimRelToMaxExt != 0 and \a meshDimRelToMaxExt != 1.
5252  */
5253 DataArrayInt *MEDFileStructuredMesh::getFamilyFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt)
5254 {
5255   switch(meshDimRelToMaxExt)
5256   {
5257     case 0:
5258       return _fam_cells;
5259     case 1:
5260       return _fam_nodes;
5261     case -1:
5262       return _fam_faces;
5263     default:
5264       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getFamilyFieldAtLevel : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5265   }
5266 }
5267
5268 /*!
5269  * Returns the optional numbers of mesh entities of a given dimension.
5270  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
5271  *  \return const DataArrayInt * - the array of the entity numbers.
5272  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
5273  *  \throw If \a meshDimRelToMaxExt != 0 and \a meshDimRelToMaxExt != 1.
5274  */
5275 const DataArrayInt *MEDFileStructuredMesh::getNumberFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
5276 {
5277   switch(meshDimRelToMaxExt)
5278   {
5279     case 0:
5280       return _num_cells;
5281     case 1:
5282       return _num_nodes;
5283     case -1:
5284       return _num_faces;
5285     default:
5286       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getNumberFieldAtLevel : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5287   }
5288 }
5289
5290 /*!
5291  * Returns the optional numbers of mesh entities of a given dimension transformed using
5292  * DataArrayInt::invertArrayN2O2O2N().
5293  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
5294  *  \return const DataArrayInt * - the array of the entity numbers transformed using
5295  *          DataArrayInt::invertArrayN2O2O2N().
5296  *  \throw If \a meshDimRelToMaxExt != 0 and \a meshDimRelToMaxExt != 1.
5297  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
5298  */
5299 const DataArrayInt *MEDFileStructuredMesh::getRevNumberFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
5300 {
5301   if(meshDimRelToMaxExt!=0 && meshDimRelToMaxExt!=1)
5302     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getRevNumberFieldAtLevel : Only available for levels 0 or 1 !");
5303   if(meshDimRelToMaxExt==0)
5304     {
5305       if((const DataArrayInt *)_num_cells)
5306         {
5307           int pos;
5308           int maxValue=_num_cells->getMaxValue(pos);
5309           _rev_num_cells=_num_cells->invertArrayN2O2O2N(maxValue+1);
5310           return _rev_num_cells;
5311         }
5312       else
5313         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCMesh::getRevNumberFieldAtLevel : no cell renumbering for a request on reverse numbering !");
5314     }
5315   else
5316     {
5317       if((const DataArrayInt *)_num_nodes)
5318         {
5319           int pos;
5320           int maxValue=_num_nodes->getMaxValue(pos);
5321           _rev_num_nodes=_num_nodes->invertArrayN2O2O2N(maxValue+1);
5322           return _rev_num_nodes;
5323         }
5324       else
5325         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCMesh::getRevNumberFieldAtLevel : no node renumbering for a request on reverse numbering !");
5326     }
5327 }
5328
5329 const DataArrayAsciiChar *MEDFileStructuredMesh::getNameFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
5330 {
5331   switch(meshDimRelToMaxExt)
5332   {
5333     case 0:
5334       return _names_cells;
5335     case 1:
5336       return _names_nodes;
5337     case -1:
5338       return _names_faces;
5339     default:
5340       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getNameFieldAtLevel : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5341   }
5342 }
5343
5344 /*!
5345  * Returns relative dimensions of mesh entities (excluding nodes) present in \a this mesh.
5346  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions: [0].
5347  */
5348 std::vector<int> MEDFileStructuredMesh::getNonEmptyLevels() const
5349 {
5350   std::vector<int> ret(1);
5351   return ret;
5352 }
5353
5354 /*!
5355  * Returns relative dimensions of mesh entities (including nodes) present in \a this mesh.
5356  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions: [1,0].
5357  */
5358 std::vector<int> MEDFileStructuredMesh::getNonEmptyLevelsExt() const
5359 {
5360   std::vector<int> ret(2);
5361   ret[0]=1;
5362   return ret;
5363 }
5364
5365 /*!
5366  * Returns the set of extensive levels (nodes included) where not NULL family arr are defined.
5367  */
5368 std::vector<int> MEDFileStructuredMesh::getFamArrNonEmptyLevelsExt() const
5369 {
5370   std::vector<int> ret;
5371   const DataArrayInt *famNodes(_fam_nodes),*famCells(_fam_cells),*famFaces(_fam_faces);
5372   if(famNodes)
5373     ret.push_back(1);
5374   if(famCells)
5375     ret.push_back(0);
5376   if(famFaces)
5377     ret.push_back(-1);
5378   return ret;
5379 }
5380
5381 /*!
5382  * Returns the set of extensive levels (nodes included) where not NULL numbering arr are defined.
5383  */
5384 std::vector<int> MEDFileStructuredMesh::getNumArrNonEmptyLevelsExt() const
5385 {
5386   std::vector<int> ret;
5387   const DataArrayInt *numNodes(_num_nodes),*numCells(_num_cells),*numFaces(_num_faces);
5388   if(numNodes)
5389     ret.push_back(1);
5390   if(numCells)
5391     ret.push_back(0);
5392   if(numFaces)
5393     ret.push_back(-1);
5394   return ret;
5395 }
5396
5397 /*!
5398  * Returns the set of extensive levels (nodes included) where not NULL naming arr are defined.
5399  */
5400 std::vector<int> MEDFileStructuredMesh::getNameArrNonEmptyLevelsExt() const
5401 {
5402   std::vector<int> ret;
5403   const DataArrayAsciiChar *namesNodes(_names_nodes),*namesCells(_names_cells),*namesFaces(_names_faces);
5404   if(namesNodes)
5405     ret.push_back(1);
5406   if(namesCells)
5407     ret.push_back(0);
5408   if(namesFaces)
5409     ret.push_back(-1);
5410   return ret;
5411 }
5412
5413 /*!
5414  * no implementation here, it is not a bug, but intresically no polyhedra in \a this.
5415  */
5416 bool MEDFileStructuredMesh::unPolyze(std::vector<int>& oldCode, std::vector<int>& newCode, DataArrayInt *& o2nRenumCell)
5417 {
5418   oldCode.clear(); newCode.clear(); o2nRenumCell=0;
5419   return false;
5420 }
5421
5422 void MEDFileStructuredMesh::changeFamilyIdArr(int oldId, int newId)
5423 {
5424   DataArrayInt *arr=_fam_nodes;
5425   if(arr)
5426     arr->changeValue(oldId,newId);
5427   arr=_fam_cells;
5428   if(arr)
5429     arr->changeValue(oldId,newId);
5430   arr=_fam_faces;
5431   if(arr)
5432     arr->changeValue(oldId,newId);
5433 }
5434
5435 std::list< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > MEDFileStructuredMesh::getAllNonNullFamilyIds() const
5436 {
5437   std::list< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > ret;
5438   const DataArrayInt *da(_fam_nodes);
5439   if(da)
5440     { da->incrRef(); ret.push_back(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>(const_cast<DataArrayInt *>(da))); }
5441   da=_fam_cells;
5442   if(da)
5443     { da->incrRef(); ret.push_back(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>(const_cast<DataArrayInt *>(da))); }
5444   da=_fam_faces;
5445   if(da)
5446     { da->incrRef(); ret.push_back(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>(const_cast<DataArrayInt *>(da))); }
5447   return ret;
5448 }
5449
5450 void MEDFileStructuredMesh::deepCpyAttributes()
5451 {
5452   if((const DataArrayInt*)_fam_nodes)
5453     _fam_nodes=_fam_nodes->deepCpy();
5454   if((const DataArrayInt*)_num_nodes)
5455     _num_nodes=_num_nodes->deepCpy();
5456   if((const DataArrayAsciiChar*)_names_nodes)
5457     _names_nodes=_names_nodes->deepCpy();
5458   if((const DataArrayInt*)_fam_cells)
5459     _fam_cells=_fam_cells->deepCpy();
5460   if((const DataArrayInt*)_num_cells)
5461     _num_cells=_num_cells->deepCpy();
5462   if((const DataArrayAsciiChar*)_names_cells)
5463     _names_cells=_names_cells->deepCpy();
5464   if((const DataArrayInt*)_fam_faces)
5465     _fam_faces=_fam_faces->deepCpy();
5466   if((const DataArrayInt*)_num_faces)
5467     _num_faces=_num_faces->deepCpy();
5468   if((const DataArrayAsciiChar*)_names_faces)
5469     _names_faces=_names_faces->deepCpy();
5470   if((const DataArrayInt*)_rev_num_nodes)
5471     _rev_num_nodes=_rev_num_nodes->deepCpy();
5472   if((const DataArrayInt*)_rev_num_cells)
5473     _rev_num_cells=_rev_num_cells->deepCpy();
5474 }
5475
5476 /*!
5477  * Returns a pointer to mesh at the specified level (here 0 is compulsary for cartesian mesh).
5478  * 
5479  * \return a pointer to cartesian mesh that need to be managed by the caller.
5480  * \warning the returned pointer has to be managed by the caller.
5481  */
5482
5483 /*!
5484  * Returns a pointer to MEDCouplingStructuredMesh held by \a this. 
5485  *  \param [in] meshDimRelToMax - it must be \c 0 or \c -1.
5486  *  \param [in] renum - it must be \c false.
5487  *  \return MEDCouplingMesh * - a pointer to MEDCouplingMesh that the caller is to
5488  *          delete using decrRef() as it is no more needed. 
5489  */
5490 MEDCouplingMesh *MEDFileStructuredMesh::getGenMeshAtLevel(int meshDimRelToMax, bool renum) const
5491 {
5492   if(renum)
5493     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCurveLinearMesh does not support renumbering ! To do it perform request of renum array directly !");
5494   const MEDCouplingStructuredMesh *m(getStructuredMesh());
5495   switch(meshDimRelToMax)
5496   {
5497     case 0:
5498       {
5499         if(m)
5500           m->incrRef();
5501         return const_cast<MEDCouplingStructuredMesh *>(m);
5502       }
5503     case -1:
5504       {
5505         if(!m)
5506           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getGenMeshAtLevel : level -1 requested must be non empty to be able to compute unstructured sub mesh !");
5507         buildMinusOneImplicitPartIfNeeded();
5508         MEDCouplingMesh *ret(_faces_if_necessary);
5509         if(ret)
5510           ret->incrRef();
5511         return ret;
5512       }
5513     default:
5514       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCurveLinearMesh does not support multi level for mesh 0 expected as input !");
5515   }
5516 }
5517
5518 /*!
5519  * Returns number of mesh entities of a given relative dimension in \a this mesh.
5520  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of interest.
5521  *  \return int - the number of entities.
5522  *  \throw If no mesh entities of dimension \a meshDimRelToMaxExt are available in \a this mesh.
5523  */
5524 int MEDFileStructuredMesh::getSizeAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
5525 {
5526   const MEDCouplingStructuredMesh *cmesh(getStructuredMesh());
5527   if(!cmesh)
5528     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getSizeAtLevel : No structured mesh set !");
5529   switch(meshDimRelToMaxExt)
5530   {
5531     case 0:
5532       return cmesh->getNumberOfCells();
5533     case 1:
5534       return cmesh->getNumberOfNodes();
5535     case -1:
5536       return cmesh->getNumberOfCellsOfSubLevelMesh();
5537     default:
5538       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getSizeAtLevel : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5539   }
5540 }
5541
5542 int MEDFileStructuredMesh::getNumberOfNodes() const
5543 {
5544   const MEDCouplingStructuredMesh *cmesh(getStructuredMesh());
5545   if(!cmesh)
5546     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getNumberOfNodes : no cartesian mesh set !");
5547   return cmesh->getNumberOfNodes();
5548 }
5549
5550 int MEDFileStructuredMesh::getNumberOfCellsAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
5551 {
5552   const MEDCouplingStructuredMesh *cmesh(getStructuredMesh());
5553   if(!cmesh)
5554     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getNumberOfNodes : no cartesian mesh set !");
5555   switch(meshDimRelToMaxExt)
5556   {
5557     case 0:
5558       return cmesh->getNumberOfCells();
5559     case -1:
5560       return cmesh->getNumberOfCellsOfSubLevelMesh();
5561     default:
5562       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getNumberOfNodes : only meshDimRelToMax=0 and meshDimRelToMax=-1 supported !");
5563     }
5564 }
5565
5566 bool MEDFileStructuredMesh::hasImplicitPart() const
5567 {
5568   return true;
5569 }
5570
5571 /*!
5572  * \sa MEDFileStructuredMesh::getImplicitFaceMesh
5573  */
5574 int MEDFileStructuredMesh::buildImplicitPartIfAny(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
5575 {
5576   static const char MSG[]="MEDFileStructuredMesh::buildImplicitPartIfAny : the given geo type is not manageable by a structured mesh !";
5577   const MEDCoupling1SGTUMesh *zeFaceMesh(_faces_if_necessary);
5578   if(!zeFaceMesh)
5579     {
5580       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm(INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(MEDCouplingStructuredMesh::GetGeoTypeGivenMeshDimension(getMeshDimension())));
5581       if(cm.getReverseExtrudedType()!=gt)
5582         throw INTERP_KERNEL::Exception(MSG);
5583       buildImplicitPart();
5584       return getStructuredMesh()->getNumberOfCellsOfSubLevelMesh();
5585     }
5586   else
5587     {
5588       if(gt!=zeFaceMesh->getCellModelEnum())
5589         throw INTERP_KERNEL::Exception(MSG);
5590       return zeFaceMesh->getNumberOfCells();
5591     }
5592 }
5593
5594 void MEDFileStructuredMesh::buildMinusOneImplicitPartIfNeeded() const
5595 {
5596   const MEDCoupling1SGTUMesh *zeFaceMesh(_faces_if_necessary);
5597   if(!zeFaceMesh)
5598     buildImplicitPart();
5599 }
5600
5601 void MEDFileStructuredMesh::buildImplicitPart() const
5602 {
5603   const MEDCouplingStructuredMesh *mcmesh(getStructuredMesh());
5604   if(!mcmesh)
5605     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::buildImplicitPart : Unable to build the implicit part of structured mesh because no structured mesh at level 0 defined !");
5606   _faces_if_necessary=mcmesh->build1SGTSubLevelMesh();
5607 }
5608
5609 void MEDFileStructuredMesh::releaseImplicitPartIfAny() const
5610 {
5611   _faces_if_necessary=0;
5612 }
5613
5614 /*!
5615  * Retrieves the internal pointer (no decrRef requested) of the implicit face mesh if any.
5616  * To force to build it you can invoke MEDFileStructuredMesh::buildImplicitPartIfAny method.
5617  * 
5618  * \sa MEDFileStructuredMesh::buildImplicitPartIfAny
5619  */
5620 MEDCoupling1SGTUMesh *MEDFileStructuredMesh::getImplicitFaceMesh() const
5621 {
5622   return _faces_if_necessary;
5623 }
5624
5625 std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> MEDFileStructuredMesh::getGeoTypesAtLevel(int meshDimRelToMax) const
5626 {
5627   const MEDCouplingStructuredMesh *cmesh(getStructuredMesh());
5628   if(!cmesh)
5629     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getGeoTypesAtLevel : No structured mesh set !");
5630   switch(meshDimRelToMax)
5631   {
5632     case 0:
5633       {
5634         std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> ret(1,cmesh->getTypeOfCell(0));
5635         return ret;
5636       }
5637     case -1:
5638       {
5639         int mdim(cmesh->getMeshDimension());
5640         if(mdim<1)
5641           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getGeoTypesAtLevel : only one level available for structured meshes ! Input 0 is mandatory or 0D mesh !");
5642         std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> ret(1,MEDCouplingStructuredMesh::GetGeoTypeGivenMeshDimension(mdim-1));
5643         return ret;
5644       }
5645     default:
5646       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getGeoTypesAtLevel : only 2 levels available at most : 0 and -1 !");
5647   }
5648 }
5649
5650 void MEDFileStructuredMesh::whichAreNodesFetched(const MEDFileField1TSStructItem& st, const MEDFileFieldGlobsReal *globs, std::vector<bool>& nodesFetched) const
5651 {
5652   if(st.getNumberOfItems()!=1)
5653     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::whichAreNodesFetched : The sturture of field is not lying on single geo type ! it is not managed yet for structured mesh !");
5654   if(st[0].getGeo()!=MEDCouplingStructuredMesh::GetGeoTypeGivenMeshDimension(getMeshDimension()))
5655     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::whichAreNodesFetched : The sturture of field is not lying on expected geo type !");
5656   if(getNumberOfNodes()!=(int)nodesFetched.size())
5657     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::whichAreNodesFetched : invalid size of array !");
5658   if(st[0].getPflName().empty())
5659     {
5660       std::fill(nodesFetched.begin(),nodesFetched.end(),true);
5661       return ;
5662     }
5663   const DataArrayInt *arr(globs->getProfile(st[0].getPflName()));
5664   const MEDCouplingStructuredMesh *cmesh=getStructuredMesh();//cmesh not null because getNumberOfNodes called before
5665   int sz(nodesFetched.size());
5666   for(const int *work=arr->begin();work!=arr->end();work++)
5667     {
5668       std::vector<int> conn;
5669       cmesh->getNodeIdsOfCell(*work,conn);
5670       for(std::vector<int>::const_iterator it=conn.begin();it!=conn.end();it++)
5671         if(*it>=0 && *it<sz)
5672           nodesFetched[*it]=true;
5673         else
5674           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::whichAreNodesFetched : internal error !");
5675     }
5676 }
5677
5678 med_geometry_type MEDFileStructuredMesh::GetGeoTypeFromMeshDim(int meshDim)
5679 {
5680   INTERP_KERNEL::NormalizedCellType ct(MEDCouplingStructuredMesh::GetGeoTypeGivenMeshDimension(meshDim));
5681   return typmai3[ct];
5682 }
5683
5684 void MEDFileStructuredMesh::LoadStrMeshDAFromFile(med_idt fid, int meshDim, int dt, int it, const std::string& mName, MEDFileMeshReadSelector *mrs,
5685                                                   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>& famCells, MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>& numCells, MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayAsciiChar>& namesCells)
5686 {
5687   med_bool chgt=MED_FALSE,trsf=MED_FALSE;
5688   med_geometry_type geoTypeReq=MEDFileStructuredMesh::GetGeoTypeFromMeshDim(meshDim);
5689   int nbOfElt(0);
5690   nbOfElt=MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_CELL,geoTypeReq,MED_FAMILY_NUMBER,MED_NODAL,&chgt,&trsf);
5691   if(nbOfElt>0)
5692     {
5693       if(!mrs || mrs->isCellFamilyFieldReading())
5694         {
5695           famCells=DataArrayInt::New();
5696           famCells->alloc(nbOfElt,1);
5697           MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshEntityFamilyNumberRd,(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_CELL,geoTypeReq,famCells->getPointer()));
5698         }
5699     }
5700   nbOfElt=MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_CELL,geoTypeReq,MED_NUMBER,MED_NODAL,&chgt,&trsf);
5701   if(nbOfElt>0)
5702     {
5703       if(!mrs || mrs->isCellNumFieldReading())
5704         {
5705           numCells=DataArrayInt::New();
5706           numCells->alloc(nbOfElt,1);
5707           MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshEntityNumberRd,(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_CELL,geoTypeReq,numCells->getPointer()));
5708         }
5709     }
5710   nbOfElt=MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_CELL,geoTypeReq,MED_NAME,MED_NODAL,&chgt,&trsf);
5711   if(nbOfElt>0)
5712     {
5713       if(!mrs || mrs->isCellNameFieldReading())
5714         {
5715           namesCells=DataArrayAsciiChar::New();
5716           namesCells->alloc(nbOfElt+1,MED_SNAME_SIZE);//not a bug to avoid the memory corruption due to last \0 at the end
5717           MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshEntityNameRd,(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_CELL,geoTypeReq,namesCells->getPointer()));
5718           namesCells->reAlloc(nbOfElt);//not a bug to avoid the memory corruption due to last \0 at the end
5719         }
5720     }
5721 }
5722
5723 void MEDFileStructuredMesh::loadStrMeshFromFile(MEDFileStrMeshL2 *strm, med_idt fid, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
5724 {
5725   setName(strm->getName());
5726   setDescription(strm->getDescription());
5727   setUnivName(strm->getUnivName());
5728   setIteration(strm->getIteration());
5729   setOrder(strm->getOrder());
5730   setTimeValue(strm->getTime());
5731   setTimeUnit(strm->getTimeUnit());
5732   MEDFileMeshL2::ReadFamiliesAndGrps(fid,mName,_families,_groups,mrs);
5733   med_bool chgt=MED_FALSE,trsf=MED_FALSE;
5734   int nbOfElt(MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NONE,MED_FAMILY_NUMBER,MED_NODAL,&chgt,&trsf));
5735   if(nbOfElt>0)
5736     {
5737       if(!mrs || mrs->isNodeFamilyFieldReading())
5738         {
5739           int nbNodes(getNumberOfNodes());
5740           if(nbOfElt>nbNodes)
5741             throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::loadStrMeshFromFile : invalid size of family node array regarding number of nodes in this ! File seems to be corrupted !");
5742           _fam_nodes=DataArrayInt::New();
5743           _fam_nodes->alloc(nbNodes,1);//yes nbNodes and not nbOfElt see next line.
5744           if(nbNodes>nbOfElt)//yes it appends some times... It explains surely the mdump implementation. Bug revealed by PARAVIS EDF #2475 on structured.med file where only 12 first nodes are !=0 so nbOfElt=12 and nbOfNodes=378...
5745             _fam_nodes->fillWithZero();
5746           MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshEntityFamilyNumberRd,(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NONE,_fam_nodes->getPointer()));
5747         }
5748     }
5749   nbOfElt=MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NONE,MED_NUMBER,MED_NODAL,&chgt,&trsf);
5750   if(nbOfElt>0)
5751     {
5752       if(!mrs || mrs->isNodeNumFieldReading())
5753         {
5754           _num_nodes=DataArrayInt::New();
5755           _num_nodes->alloc(nbOfElt,1);
5756           MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshEntityNumberRd,(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NONE,_num_nodes->getPointer()));
5757         }
5758     }
5759   nbOfElt=MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NONE,MED_NAME,MED_NODAL,&chgt,&trsf);
5760   if(nbOfElt>0)
5761     {
5762       if(!mrs || mrs->isNodeNameFieldReading())
5763         {
5764           _names_nodes=DataArrayAsciiChar::New();
5765           _names_nodes->alloc(nbOfElt+1,MED_SNAME_SIZE);//not a bug to avoid the memory corruption due to last \0 at the end
5766           MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshEntityNameRd,(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NONE,_names_nodes->getPointer()));
5767           _names_nodes->reAlloc(nbOfElt);//not a bug to avoid the memory corruption due to last \0 at the end
5768         }
5769     }
5770   int meshDim(getStructuredMesh()->getMeshDimension());
5771   LoadStrMeshDAFromFile(fid,meshDim,dt,it,mName,mrs,_fam_cells,_num_cells,_names_cells);
5772   if(meshDim>=1)
5773     LoadStrMeshDAFromFile(fid,meshDim-1,dt,it,mName,mrs,_fam_faces,_num_faces,_names_faces);
5774 }
5775
5776 void MEDFileStructuredMesh::writeStructuredLL(med_idt fid, const std::string& maa) const
5777 {
5778   int meshDim(getStructuredMesh()->getMeshDimension());
5779   med_geometry_type geoTypeReq(GetGeoTypeFromMeshDim(meshDim)),geoTypeReq2(GetGeoTypeFromMeshDim(meshDim-1));
5780   //
5781   if((const DataArrayInt *)_fam_cells)
5782     MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityFamilyNumberWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_CELL,geoTypeReq,_fam_cells->getNumberOfTuples(),_fam_cells->getConstPointer()));
5783   if((const DataArrayInt *)_fam_faces)
5784     MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityFamilyNumberWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_CELL,geoTypeReq2,_fam_faces->getNumberOfTuples(),_fam_faces->getConstPointer()));
5785   if((const DataArrayInt *)_fam_nodes)
5786     MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityFamilyNumberWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_NODE,MED_NONE,_fam_nodes->getNumberOfTuples(),_fam_nodes->getConstPointer()));
5787   if((const DataArrayInt *)_num_cells)
5788     MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityNumberWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_CELL,geoTypeReq,_num_cells->getNumberOfTuples(),_num_cells->getConstPointer()));
5789   if((const DataArrayInt *)_num_faces)
5790     MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityNumberWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_CELL,geoTypeReq2,_num_faces->getNumberOfTuples(),_num_faces->getConstPointer()));
5791   if((const DataArrayInt *)_num_nodes)
5792     MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityNumberWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_NODE,MED_NONE,_num_nodes->getNumberOfTuples(),_num_nodes->getConstPointer()));
5793   if((const DataArrayAsciiChar *)_names_cells)
5794     {
5795       if(_names_cells->getNumberOfComponents()!=MED_SNAME_SIZE)
5796         {
5797           std::ostringstream oss; oss << "MEDFileStructuredMesh::writeStructuredLL : expected a name field on cells with number of components set to " << MED_SNAME_SIZE;
5798           oss << " ! The array has " << _names_cells->getNumberOfComponents() << " components !";
5799           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
5800         }
5801       MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityNameWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_CELL,geoTypeReq,_names_cells->getNumberOfTuples(),_names_cells->getConstPointer()));
5802     }
5803   if((const DataArrayAsciiChar *)_names_faces)
5804     {
5805       if(_names_faces->getNumberOfComponents()!=MED_SNAME_SIZE)
5806         {
5807           std::ostringstream oss; oss << "MEDFileStructuredMesh::writeStructuredLL : expected a name field on faces with number of components set to " << MED_SNAME_SIZE;
5808           oss << " ! The array has " << _names_faces->getNumberOfComponents() << " components !";
5809           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
5810         }
5811       MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityNameWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_CELL,geoTypeReq2,_names_faces->getNumberOfTuples(),_names_faces->getConstPointer()));
5812     }
5813   if((const DataArrayAsciiChar *)_names_nodes)
5814     {
5815       if(_names_nodes->getNumberOfComponents()!=MED_SNAME_SIZE)
5816         {
5817           std::ostringstream oss; oss << "MEDFileStructuredMesh::writeStructuredLL : expected a name field on nodes with number of components set to " << MED_SNAME_SIZE;
5818           oss << " ! The array has " << _names_cells->getNumberOfComponents() << " components !";
5819           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
5820         }
5821       MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityNameWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_NODE,MED_NONE,_names_nodes->getNumberOfTuples(),_names_nodes->getConstPointer()));
5822     }
5823   //
5824   MEDFileUMeshL2::WriteFamiliesAndGrps(fid,maa.c_str(),_families,_groups,_too_long_str);
5825 }
5826
5827 /*!
5828  * Returns an empty instance of MEDFileCMesh.
5829  *  \return MEDFileCMesh * - a new instance of MEDFileCMesh. The caller is to delete this
5830  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
5831  */
5832 MEDFileCMesh *MEDFileCMesh::New()
5833 {
5834   return new MEDFileCMesh;
5835 }
5836
5837 /*!
5838  * Returns a new MEDFileCMesh holding the mesh data that has been read from a given MED
5839  * file. The first mesh in the file is loaded.
5840  *  \param [in] fileName - the name of MED file to read.
5841  *  \return MEDFileCMesh * - a new instance of MEDFileCMesh. The caller is to delete this
5842  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
5843  *  \throw If the file is not readable.
5844  *  \throw If there is no meshes in the file.
5845  *  \throw If the mesh in the file is not a Cartesian one.
5846  */
5847 MEDFileCMesh *MEDFileCMesh::New(const std::string& fileName, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
5848 {
5849   std::vector<std::string> ms=MEDLoader::GetMeshNames(fileName);
5850   if(ms.empty())
5851     {
5852       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::New : no meshes in file \"" << fileName << "\" !";
5853       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
5854     }
5855   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
5856   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
5857   int dt,it;
5858   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
5859   std::string dummy2;
5860   MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,ms.front(),meshType,dt,it,dummy2);
5861   return new MEDFileCMesh(fid,ms.front(),dt,it,mrs);
5862 }
5863
5864 /*!
5865  * Returns a new MEDFileCMesh holding the mesh data that has been read from a given MED
5866  * file. The mesh to load is specified by its name and numbers of a time step and an
5867  * iteration.
5868  *  \param [in] fileName - the name of MED file to read.
5869  *  \param [in] mName - the name of the mesh to read.
5870  *  \param [in] dt - the number of a time step.
5871  *  \param [in] it - the number of an iteration.
5872  *  \return MEDFileCMesh * - a new instance of MEDFileCMesh. The caller is to delete this
5873  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
5874  *  \throw If the file is not readable.
5875  *  \throw If there is no mesh with given attributes in the file.
5876  *  \throw If the mesh in the file is not a Cartesian one.
5877  */
5878 MEDFileCMesh *MEDFileCMesh::New(const std::string& fileName, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
5879 {
5880   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
5881   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
5882   return new MEDFileCMesh(fid,mName,dt,it,mrs);
5883 }
5884
5885 std::size_t MEDFileCMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
5886 {
5887   return MEDFileStructuredMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren();
5888 }
5889
5890 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileCMesh::getDirectChildrenWithNull() const
5891 {
5892   std::vector<const BigMemoryObject *> ret(MEDFileStructuredMesh::getDirectChildrenWithNull());
5893   ret.push_back((const MEDCouplingCMesh *)_cmesh);
5894   return ret;
5895 }
5896
5897 /*!
5898  * Returns the dimension on cells in \a this mesh.
5899  *  \return int - the mesh dimension.
5900  *  \throw If there are no cells in this mesh.
5901  */
5902 int MEDFileCMesh::getMeshDimension() const
5903 {
5904   if(!((const MEDCouplingCMesh*)_cmesh))
5905     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCMesh::getMeshDimension : unable to get meshdimension because no mesh set !");
5906   return _cmesh->getMeshDimension();
5907 }
5908
5909 /*!
5910  * Returns the dimension on nodes in \a this mesh.
5911  *  \return int - the space dimension.
5912  *  \throw If there are no cells in this mesh.
5913  */
5914 int MEDFileCMesh::getSpaceDimension() const
5915 {
5916   if(!((const MEDCouplingCMesh*)_cmesh))
5917     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCMesh::getSpaceDimension : unable to get spacedimension because no mesh set !");
5918   return _cmesh->getSpaceDimension();
5919 }
5920
5921 /*!
5922  * Returns a string describing \a this mesh.
5923  *  \return std::string - the mesh information string.
5924  */
5925 std::string MEDFileCMesh::simpleRepr() const
5926 {
5927   return MEDFileStructuredMesh::simpleRepr();
5928 }
5929
5930 /*!
5931  * Returns a full textual description of \a this mesh.
5932  *  \return std::string - the string holding the mesh description.
5933  */
5934 std::string MEDFileCMesh::advancedRepr() const
5935 {
5936   return simpleRepr();
5937 }
5938
5939 MEDFileMesh *MEDFileCMesh::shallowCpy() const
5940 {
5941   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileCMesh> ret=new MEDFileCMesh(*this);
5942   return ret.retn();
5943 }
5944
5945 MEDFileMesh *MEDFileCMesh::createNewEmpty() const
5946 {
5947   return new MEDFileCMesh;
5948 }
5949
5950 MEDFileMesh *MEDFileCMesh::deepCpy() const
5951 {
5952   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileCMesh> ret=new MEDFileCMesh(*this);
5953   if((const MEDCouplingCMesh*)_cmesh)
5954     ret->_cmesh=static_cast<MEDCouplingCMesh*>(_cmesh->deepCpy());
5955   ret->deepCpyAttributes();
5956   return ret.retn();
5957 }
5958
5959 /*!
5960  * Checks if \a this and another mesh are equal.
5961  *  \param [in] other - the mesh to compare with.
5962  *  \param [in] eps - a precision used to compare real values.
5963  *  \param [in,out] what - the string returning description of unequal data.
5964  *  \return bool - \c true if the meshes are equal, \c false, else.
5965  */
5966 bool MEDFileCMesh::isEqual(const MEDFileMesh *other, double eps, std::string& what) const
5967 {
5968   if(!MEDFileStructuredMesh::isEqual(other,eps,what))
5969     return false;
5970   const MEDFileCMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDFileCMesh *>(other);
5971   if(!otherC)
5972     {
5973       what="Mesh types differ ! This is cartesian and other is NOT !";
5974       return false;
5975     }
5976   clearNonDiscrAttributes();
5977   otherC->clearNonDiscrAttributes();
5978   const MEDCouplingCMesh *coo1=_cmesh;
5979   const MEDCouplingCMesh *coo2=otherC->_cmesh;
5980   if((coo1==0 && coo2!=0) || (coo1!=0 && coo2==0))
5981     {
5982       what="Mismatch of cartesian meshes ! One is defined and not other !";
5983       return false;
5984     }
5985   if(coo1)
5986     {
5987       bool ret=coo1->isEqual(coo2,eps);
5988       if(!ret)
5989         {
5990           what="cartesian meshes differ !";
5991           return false;
5992         }
5993     }
5994   return true;
5995 }
5996
5997 /*!
5998  * Clears redundant attributes of incorporated data arrays.
5999  */
6000 void MEDFileCMesh::clearNonDiscrAttributes() const
6001 {
6002   MEDFileStructuredMesh::clearNonDiscrAttributes();
6003   MEDFileUMeshSplitL1::ClearNonDiscrAttributes(_cmesh);//to it is not a bug umeshsplit have already the method implemented
6004 }
6005
6006 MEDFileCMesh::MEDFileCMesh()
6007 {
6008 }
6009
6010 MEDFileCMesh::MEDFileCMesh(med_idt fid, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
6011 try
6012 {
6013     loadCMeshFromFile(fid,mName,dt,it,mrs);
6014     loadJointsFromFile(fid);
6015 }
6016 catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
6017 {
6018     throw e;
6019 }
6020
6021 void MEDFileCMesh::loadCMeshFromFile(med_idt fid, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
6022 {
6023   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
6024   int dummy0,dummy1;
6025   std::string dtunit;
6026   int mid=MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,mName,meshType,dummy0,dummy1,dtunit);
6027   if(meshType!=CARTESIAN)
6028     {
6029       std::ostringstream oss; oss << "Trying to load as cartesian an existing mesh with name '" << mName << "' that is NOT cartesian !";
6030       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6031     }
6032   MEDFileCMeshL2 loaderl2;
6033   loaderl2.loadAll(fid,mid,mName,dt,it);
6034   MEDCouplingCMesh *mesh=loaderl2.getMesh();
6035   mesh->incrRef();
6036   _cmesh=mesh;
6037   loadStrMeshFromFile(&loaderl2,fid,mName,dt,it,mrs);
6038 }
6039
6040 /*!
6041  * Returns a const pointer to MEDCouplingCMesh held by \a this mesh.
6042  *  \return const MEDCouplingCMesh * - a pointer to the held MEDCouplingCMesh.
6043  */
6044 const MEDCouplingCMesh *MEDFileCMesh::getMesh() const
6045 {
6046   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
6047   return _cmesh;
6048 }
6049
6050 const MEDCouplingStructuredMesh *MEDFileCMesh::getStructuredMesh() const
6051 {
6052   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
6053   return _cmesh;
6054 }
6055
6056 /*!
6057  * Sets the MEDCouplingCMesh holding the data of \a this mesh.
6058  *  \param [in] m - the new MEDCouplingCMesh to refer to.
6059  *  \throw If the name or the description of \a this mesh and \a m are not empty and are
6060  *         different. 
6061  */
6062 void MEDFileCMesh::setMesh(MEDCouplingCMesh *m)
6063 {
6064   dealWithTinyInfo(m);
6065   if(m)
6066     m->incrRef();
6067   _cmesh=m;
6068 }
6069
6070 void MEDFileCMesh::writeLL(med_idt fid) const
6071 {
6072   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> maa=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_NAME_SIZE);
6073   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> desc=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_COMMENT_SIZE);
6074   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> dtunit=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_LNAME_SIZE);
6075   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_name.c_str(),MED_NAME_SIZE,maa,_too_long_str);
6076   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_desc_name.c_str(),MED_COMMENT_SIZE,desc,_too_long_str);
6077   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_dt_unit.c_str(),MED_LNAME_SIZE,dtunit,_too_long_str);
6078   int spaceDim(_cmesh->getSpaceDimension());
6079   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> comp=MEDLoaderBase::buildEmptyString(spaceDim*MED_SNAME_SIZE);
6080   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> unit=MEDLoaderBase::buildEmptyString(spaceDim*MED_SNAME_SIZE);
6081   for(int i=0;i<spaceDim;i++)
6082     {
6083       std::string info(_cmesh->getCoordsAt(i)->getInfoOnComponent(0));
6084       std::string c,u;
6085       MEDLoaderBase::splitIntoNameAndUnit(info,c,u);
6086       MEDLoaderBase::safeStrCpy2(c.c_str(),MED_SNAME_SIZE-1,comp+i*MED_SNAME_SIZE,_too_long_str);//MED_TAILLE_PNOM-1 to avoid to write '\0' on next compo
6087       MEDLoaderBase::safeStrCpy2(u.c_str(),MED_SNAME_SIZE-1,unit+i*MED_SNAME_SIZE,_too_long_str);//MED_TAILLE_PNOM-1 to avoid to write '\0' on next compo
6088     }
6089   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshCr,(fid,maa,spaceDim,spaceDim,MED_STRUCTURED_MESH,desc,dtunit,MED_SORT_DTIT,MED_CARTESIAN,comp,unit));
6090   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshUniversalNameWr,(fid,maa));
6091   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshGridTypeWr,(fid,maa,MED_CARTESIAN_GRID));
6092   for(int i=0;i<spaceDim;i++)
6093     {
6094       const DataArrayDouble *da=_cmesh->getCoordsAt(i);
6095       MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshGridIndexCoordinateWr,(fid,maa,_iteration,_order,_time,i+1,da->getNumberOfTuples(),da->getConstPointer()));
6096     }
6097   //
6098   std::string meshName(MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(maa,MED_NAME_SIZE));
6099   MEDFileStructuredMesh::writeStructuredLL(fid,meshName);
6100
6101   writeJoints(fid);
6102 }
6103
6104 void MEDFileCMesh::synchronizeTinyInfoOnLeaves() const
6105 {
6106   const MEDCouplingCMesh *cmesh=_cmesh;
6107   if(!cmesh)
6108     return;
6109   (const_cast<MEDCouplingCMesh *>(cmesh))->setName(_name);
6110   (const_cast<MEDCouplingCMesh *>(cmesh))->setDescription(_desc_name);
6111   (const_cast<MEDCouplingCMesh *>(cmesh))->setTime(_time,_iteration,_order);
6112   (const_cast<MEDCouplingCMesh *>(cmesh))->setTimeUnit(_dt_unit);
6113 }
6114
6115 MEDFileCurveLinearMesh *MEDFileCurveLinearMesh::New()
6116 {
6117   return new MEDFileCurveLinearMesh;
6118 }
6119
6120 MEDFileCurveLinearMesh *MEDFileCurveLinearMesh::New(const std::string& fileName, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
6121 {
6122   std::vector<std::string> ms=MEDLoader::GetMeshNames(fileName);
6123   if(ms.empty())
6124     {
6125       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::New : no meshes in file \"" << fileName << "\" !";
6126       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6127     }
6128   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
6129   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
6130   int dt,it;
6131   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
6132   std::string dummy2;
6133   MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,ms.front(),meshType,dt,it,dummy2);
6134   return new MEDFileCurveLinearMesh(fid,ms.front(),dt,it,mrs);
6135 }
6136
6137 MEDFileCurveLinearMesh *MEDFileCurveLinearMesh::New(const std::string& fileName, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
6138 {
6139   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
6140   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
6141   return new MEDFileCurveLinearMesh(fid,mName,dt,it,mrs);
6142 }
6143
6144 std::size_t MEDFileCurveLinearMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
6145 {
6146   return MEDFileStructuredMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren();
6147 }
6148
6149 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileCurveLinearMesh::getDirectChildrenWithNull() const
6150 {
6151   std::vector<const BigMemoryObject *> ret(MEDFileStructuredMesh::getDirectChildrenWithNull());
6152   ret.push_back((const MEDCouplingCurveLinearMesh *)_clmesh);
6153   return ret;
6154 }
6155
6156 MEDFileMesh *MEDFileCurveLinearMesh::shallowCpy() const
6157 {
6158   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileCurveLinearMesh> ret=new MEDFileCurveLinearMesh(*this);
6159   return ret.retn();
6160 }
6161
6162 MEDFileMesh *MEDFileCurveLinearMesh::createNewEmpty() const
6163 {
6164   return new MEDFileCurveLinearMesh;
6165 }
6166
6167 MEDFileMesh *MEDFileCurveLinearMesh::deepCpy() const
6168 {
6169   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileCurveLinearMesh> ret=new MEDFileCurveLinearMesh(*this);
6170   if((const MEDCouplingCurveLinearMesh*)_clmesh)
6171     ret->_clmesh=static_cast<MEDCouplingCurveLinearMesh*>(_clmesh->deepCpy());
6172   ret->deepCpyAttributes();
6173   return ret.retn();
6174 }
6175
6176 int MEDFileCurveLinearMesh::getMeshDimension() const
6177 {
6178   if(!((const MEDCouplingCurveLinearMesh*)_clmesh))
6179     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCurveLinearMesh::getMeshDimension : unable to get meshdimension because no mesh set !");
6180   return _clmesh->getMeshDimension();
6181 }
6182
6183 std::string MEDFileCurveLinearMesh::simpleRepr() const
6184 {
6185   return MEDFileStructuredMesh::simpleRepr();
6186 }
6187
6188 std::string MEDFileCurveLinearMesh::advancedRepr() const
6189 {
6190   return simpleRepr();
6191 }
6192
6193 bool MEDFileCurveLinearMesh::isEqual(const MEDFileMesh *other, double eps, std::string& what) const
6194 {
6195   if(!MEDFileStructuredMesh::isEqual(other,eps,what))
6196     return false;
6197   const MEDFileCurveLinearMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDFileCurveLinearMesh *>(other);
6198   if(!otherC)
6199     {
6200       what="Mesh types differ ! This is curve linear and other is NOT !";
6201       return false;
6202     }
6203   clearNonDiscrAttributes();
6204   otherC->clearNonDiscrAttributes();
6205   const MEDCouplingCurveLinearMesh *coo1=_clmesh;
6206   const MEDCouplingCurveLinearMesh *coo2=otherC->_clmesh;
6207   if((coo1==0 && coo2!=0) || (coo1!=0 && coo2==0))
6208     {
6209       what="Mismatch of curve linear meshes ! One is defined and not other !";
6210       return false;
6211     }
6212   if(coo1)
6213     {
6214       bool ret=coo1->isEqual(coo2,eps);
6215       if(!ret)
6216         {
6217           what="curve linear meshes differ !";
6218           return false;
6219         }
6220     }
6221   return true;
6222 }
6223
6224 void MEDFileCurveLinearMesh::clearNonDiscrAttributes() const
6225 {
6226   MEDFileStructuredMesh::clearNonDiscrAttributes();
6227   MEDFileUMeshSplitL1::ClearNonDiscrAttributes(_clmesh);//to it is not a bug umeshsplit have already the method implemented
6228 }
6229
6230 void MEDFileCurveLinearMesh::synchronizeTinyInfoOnLeaves() const
6231 {
6232   const MEDCouplingCurveLinearMesh *clmesh=_clmesh;
6233   if(!clmesh)
6234     return;
6235   (const_cast<MEDCouplingCurveLinearMesh *>(clmesh))->setName(_name);
6236   (const_cast<MEDCouplingCurveLinearMesh *>(clmesh))->setDescription(_desc_name);
6237   (const_cast<MEDCouplingCurveLinearMesh *>(clmesh))->setTime(_time,_iteration,_order);
6238   (const_cast<MEDCouplingCurveLinearMesh *>(clmesh))->setTimeUnit(_dt_unit);
6239 }
6240
6241 const MEDCouplingCurveLinearMesh *MEDFileCurveLinearMesh::getMesh() const
6242 {
6243   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
6244   return _clmesh;
6245 }
6246
6247 void MEDFileCurveLinearMesh::setMesh(MEDCouplingCurveLinearMesh *m)
6248 {
6249   dealWithTinyInfo(m);
6250   if(m)
6251     m->incrRef();
6252   _clmesh=m;
6253 }
6254
6255 const MEDCouplingStructuredMesh *MEDFileCurveLinearMesh::getStructuredMesh() const
6256 {
6257   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
6258   return _clmesh;
6259 }
6260
6261 MEDFileCurveLinearMesh::MEDFileCurveLinearMesh()
6262 {
6263 }
6264
6265 MEDFileCurveLinearMesh::MEDFileCurveLinearMesh(med_idt fid, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
6266 try
6267 {
6268     loadCLMeshFromFile(fid,mName,dt,it,mrs);
6269     loadJointsFromFile(fid);
6270 }
6271 catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
6272 {
6273     throw e;
6274 }
6275
6276 void MEDFileCurveLinearMesh::writeLL(med_idt fid) const
6277 {
6278   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> maa=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_NAME_SIZE);
6279   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> desc=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_COMMENT_SIZE);
6280   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> dtunit=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_LNAME_SIZE);
6281   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_name.c_str(),MED_NAME_SIZE,maa,_too_long_str);
6282   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_desc_name.c_str(),MED_COMMENT_SIZE,desc,_too_long_str);
6283   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_dt_unit.c_str(),MED_LNAME_SIZE,dtunit,_too_long_str);
6284   int spaceDim=_clmesh->getSpaceDimension();
6285   int meshDim=_clmesh->getMeshDimension();
6286   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> comp=MEDLoaderBase::buildEmptyString(spaceDim*MED_SNAME_SIZE);
6287   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> unit=MEDLoaderBase::buildEmptyString(spaceDim*MED_SNAME_SIZE);
6288   const DataArrayDouble *coords=_clmesh->getCoords();
6289   if(!coords)
6290     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCurveLinearMesh::writeLL : no coordinates set !");
6291   for(int i=0;i<spaceDim;i++)
6292     {
6293       std::string info(_clmesh->getCoords()->getInfoOnComponent(i));
6294       std::string c,u;
6295       MEDLoaderBase::splitIntoNameAndUnit(info,c,u);
6296       MEDLoaderBase::safeStrCpy2(c.c_str(),MED_SNAME_SIZE-1,comp+i*MED_SNAME_SIZE,_too_long_str);//MED_TAILLE_PNOM-1 to avoid to write '\0' on next compo
6297       MEDLoaderBase::safeStrCpy2(u.c_str(),MED_SNAME_SIZE-1,unit+i*MED_SNAME_SIZE,_too_long_str);//MED_TAILLE_PNOM-1 to avoid to write '\0' on next compo
6298     }
6299   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshCr,(fid,maa,spaceDim,meshDim,MED_STRUCTURED_MESH,desc,dtunit,MED_SORT_DTIT,MED_CARTESIAN,comp,unit));
6300   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshUniversalNameWr,(fid,maa));
6301   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshGridTypeWr,(fid,maa,MED_CURVILINEAR_GRID));
6302   std::vector<int> nodeGridSt=_clmesh->getNodeGridStructure();
6303   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshGridStructWr,(fid,maa,_iteration,_order,_time,&nodeGridSt[0]));
6304
6305   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshNodeCoordinateWr,(fid,maa,_iteration,_order,_time,MED_FULL_INTERLACE,coords->getNumberOfTuples(),coords->begin()));
6306   //
6307   std::string meshName(MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(maa,MED_NAME_SIZE));
6308   MEDFileStructuredMesh::writeStructuredLL(fid,meshName);
6309
6310   writeJoints(fid);
6311 }
6312
6313 void MEDFileCurveLinearMesh::loadCLMeshFromFile(med_idt fid, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
6314 {
6315   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
6316   int dummy0,dummy1;
6317   std::string dtunit;
6318   int mid=MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,mName,meshType,dummy0,dummy1,dtunit);
6319   if(meshType!=CURVE_LINEAR)
6320     {
6321       std::ostringstream oss; oss << "Trying to load as curve linear an existing mesh with name '" << mName << "' that is NOT curve linear !";
6322       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6323     }
6324   MEDFileCLMeshL2 loaderl2;
6325   loaderl2.loadAll(fid,mid,mName,dt,it);
6326   MEDCouplingCurveLinearMesh *mesh=loaderl2.getMesh();
6327   mesh->incrRef();
6328   _clmesh=mesh;
6329   loadStrMeshFromFile(&loaderl2,fid,mName,dt,it,mrs);
6330 }
6331
6332 MEDFileMeshMultiTS *MEDFileMeshMultiTS::New()
6333 {
6334   return new MEDFileMeshMultiTS;
6335 }
6336
6337 MEDFileMeshMultiTS *MEDFileMeshMultiTS::New(const std::string& fileName)
6338 {
6339   return new MEDFileMeshMultiTS(fileName);
6340 }
6341
6342 MEDFileMeshMultiTS *MEDFileMeshMultiTS::New(const std::string& fileName, const std::string& mName)
6343 {
6344   return new MEDFileMeshMultiTS(fileName,mName);
6345 }
6346
6347 MEDFileMeshMultiTS *MEDFileMeshMultiTS::deepCpy() const
6348 {
6349   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> ret=MEDFileMeshMultiTS::New();
6350   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh> > meshOneTs(_mesh_one_ts.size());
6351   std::size_t i=0;
6352   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh> >::const_iterator it=_mesh_one_ts.begin();it!=_mesh_one_ts.end();it++,i++)
6353     if((const MEDFileMesh *)*it)
6354       meshOneTs[i]=(*it)->deepCpy();
6355   ret->_mesh_one_ts=meshOneTs;
6356   return ret.retn();
6357 }
6358
6359 std::size_t MEDFileMeshMultiTS::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
6360 {
6361   return _mesh_one_ts.capacity()*sizeof(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh>);
6362 }
6363
6364 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileMeshMultiTS::getDirectChildrenWithNull() const
6365 {
6366   std::vector<const BigMemoryObject *> ret;
6367   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh> >::const_iterator it=_mesh_one_ts.begin();it!=_mesh_one_ts.end();it++)
6368     ret.push_back((const MEDFileMesh *)*it);
6369   return ret;
6370 }
6371
6372 std::string MEDFileMeshMultiTS::getName() const
6373 {
6374   if(_mesh_one_ts.empty())
6375     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMeshMultiTS::getName : no time steps set !");
6376   return _mesh_one_ts[0]->getName();
6377 }
6378
6379 void MEDFileMeshMultiTS::setName(const std::string& newMeshName)
6380 {
6381   std::string oldName(getName());
6382   std::vector< std::pair<std::string,std::string> > v(1);
6383   v[0].first=oldName; v[0].second=newMeshName;
6384   changeNames(v);
6385 }
6386
6387 bool MEDFileMeshMultiTS::changeNames(const std::vector< std::pair<std::string,std::string> >& modifTab)
6388 {
6389   bool ret=false;
6390   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh> >::iterator it=_mesh_one_ts.begin();it!=_mesh_one_ts.end();it++)
6391     {
6392       MEDFileMesh *cur(*it);
6393       if(cur)
6394         ret=cur->changeNames(modifTab) || ret;
6395     }
6396   return ret;
6397 }
6398
6399 MEDFileMesh *MEDFileMeshMultiTS::getOneTimeStep() const
6400 {
6401   if(_mesh_one_ts.empty())
6402     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMeshMultiTS::getOneTimeStep : empty time step set !");
6403   return const_cast<MEDFileMesh *>(static_cast<const MEDFileMesh *>(_mesh_one_ts[0]));
6404 }
6405
6406 void MEDFileMeshMultiTS::setOneTimeStep(MEDFileMesh *mesh1TimeStep)
6407 {
6408   if(!mesh1TimeStep)
6409     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMeshMultiTS::setOneTimeStep : input pointer should be different from 0 !");
6410   _mesh_one_ts.resize(1);
6411   mesh1TimeStep->incrRef();
6412   //MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh> toto=mesh1TimeStep;
6413   _mesh_one_ts[0]=mesh1TimeStep;
6414 }
6415
6416 MEDFileJoints * MEDFileMeshMultiTS::getJoints() const
6417 {
6418   if ( MEDFileMesh* m = getOneTimeStep() )
6419     return m->getJoints();
6420   return 0;
6421 }
6422
6423 /*!
6424  * \brief Set Joints that are common to all time-stamps
6425  */
6426 void MEDFileMeshMultiTS::setJoints( MEDFileJoints* joints )
6427 {
6428   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh> >::iterator it=_mesh_one_ts.begin();it!=_mesh_one_ts.end();it++)
6429     {
6430       (*it)->setJoints( joints );
6431     }
6432 }
6433
6434 void MEDFileMeshMultiTS::write(med_idt fid) const
6435 {
6436   MEDFileJoints *joints(getJoints());
6437   bool jointsWritten(false);
6438
6439   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh> >::const_iterator it=_mesh_one_ts.begin();it!=_mesh_one_ts.end();it++)
6440     {
6441       if ( jointsWritten )
6442         const_cast<MEDFileMesh&>(**it).setJoints( 0 );
6443       else
6444         jointsWritten = true;
6445
6446       (*it)->copyOptionsFrom(*this);
6447       (*it)->write(fid);
6448     }
6449
6450   (const_cast<MEDFileMeshMultiTS*>(this))->setJoints( joints ); // restore joints
6451 }
6452
6453 void MEDFileMeshMultiTS::write(const std::string& fileName, int mode) const
6454 {
6455   med_access_mode medmod=MEDFileUtilities::TraduceWriteMode(mode);
6456   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),medmod);
6457   std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh : error on attempt to write in file : \"" << fileName << "\""; 
6458   MEDFileUtilities::CheckMEDCode(fid,fid,oss.str());
6459   write(fid);
6460 }
6461
6462 void MEDFileMeshMultiTS::loadFromFile(const std::string& fileName, const std::string& mName)
6463 {
6464   MEDFileJoints* joints = 0;
6465   if ( !_mesh_one_ts.empty() && getOneTimeStep() )
6466     {
6467       // joints of mName already read, pass them to MEDFileMesh::New() to prevent repeated reading
6468       joints = getOneTimeStep()->getJoints();
6469     }
6470
6471   _mesh_one_ts.clear();  //for the moment to be improved
6472   _mesh_one_ts.push_back( MEDFileMesh::New(fileName,mName,-1,-1,0, joints ));
6473 }
6474
6475 MEDFileMeshMultiTS::MEDFileMeshMultiTS()
6476 {
6477 }
6478
6479 MEDFileMeshMultiTS::MEDFileMeshMultiTS(const std::string& fileName)
6480 try
6481 {
6482     std::vector<std::string> ms=MEDLoader::GetMeshNames(fileName);
6483     if(ms.empty())
6484       {
6485         std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::New : no meshes in file \"" << fileName << "\" !";
6486         throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6487       }
6488     MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
6489     MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
6490     int dt,it;
6491     ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
6492     std::string dummy2;
6493     MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,ms.front(),meshType,dt,it,dummy2);
6494     loadFromFile(fileName,ms.front());
6495 }
6496 catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
6497 {
6498     throw e;
6499 }
6500
6501 MEDFileMeshMultiTS::MEDFileMeshMultiTS(const std::string& fileName, const std::string& mName)
6502 try
6503 {
6504     loadFromFile(fileName,mName);
6505 }
6506 catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
6507 {
6508     throw e;
6509 }
6510
6511 MEDFileMeshes *MEDFileMeshes::New()
6512 {
6513   return new MEDFileMeshes;
6514 }
6515
6516 MEDFileMeshes *MEDFileMeshes::New(const std::string& fileName)
6517 {
6518   return new MEDFileMeshes(fileName);
6519 }
6520
6521 void MEDFileMeshes::write(med_idt fid) const
6522 {
6523   checkCoherency();
6524   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> >::const_iterator it=_meshes.begin();it!=_meshes.end();it++)
6525     {
6526       (*it)->copyOptionsFrom(*this);
6527       (*it)->write(fid);
6528     }
6529 }
6530
6531 void MEDFileMeshes::write(const std::string& fileName, int mode) const
6532 {
6533   med_access_mode medmod=MEDFileUtilities::TraduceWriteMode(mode);
6534   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),medmod);
6535   std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh : error on attempt to write in file : \"" << fileName << "\""; 
6536   MEDFileUtilities::CheckMEDCode(fid,fid,oss.str());
6537   checkCoherency();
6538   write(fid);
6539 }
6540
6541 int MEDFileMeshes::getNumberOfMeshes() const
6542 {
6543   return _meshes.size();
6544 }
6545
6546 MEDFileMeshesIterator *MEDFileMeshes::iterator()
6547 {
6548   return new MEDFileMeshesIterator(this);
6549 }
6550
6551 /** Return a borrowed reference (caller is not responsible) */
6552 MEDFileMesh *MEDFileMeshes::getMeshAtPos(int i) const
6553 {
6554   if(i<0 || i>=(int)_meshes.size())
6555     {
6556       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMeshes::getMeshAtPos : invalid mesh id given in parameter ! Should be in [0;" << _meshes.size() << ") !";
6557       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6558     }
6559   return _meshes[i]->getOneTimeStep();
6560 }
6561
6562 /** Return a borrowed reference (caller is not responsible) */
6563 MEDFileMesh *MEDFileMeshes::getMeshWithName(const std::string& mname) const
6564 {
6565   std::vector<std::string> ms=getMeshesNames();
6566   std::vector<std::string>::iterator it=std::find(ms.begin(),ms.end(),mname);
6567   if(it==ms.end())
6568     {
6569       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMeshes::getMeshWithName : Mesh  \"" << mname << "\" does not exist in this ! Existing are : ";
6570       std::copy(ms.begin(),ms.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
6571       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6572     }
6573   return getMeshAtPos((int)std::distance(ms.begin(),it));
6574 }
6575
6576 std::vector<std::string> MEDFileMeshes::getMeshesNames() const
6577 {
6578   std::vector<std::string> ret(_meshes.size());
6579   int i=0;
6580   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> >::const_iterator it=_meshes.begin();it!=_meshes.end();it++,i++)
6581     {
6582       const MEDFileMeshMultiTS *f=(*it);
6583       if(f)
6584         {
6585           ret[i]=f->getName();
6586         }
6587       else
6588         {
6589           std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMeshes::getMeshesNames : At rank #" << i << " mesh is not defined !";
6590           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6591         }
6592     }
6593   return ret;
6594 }
6595 /*const MEDFileJoints* MEDFileMeshes::getJoints() const
6596 {
6597   const MEDFileJoints *ret=_joints;
6598   if(!ret)
6599   {
6600     std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMeshes::getJoints : joints is not defined !";
6601     throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6602   }
6603   return ret;
6604 }*/
6605
6606 bool MEDFileMeshes::changeNames(const std::vector< std::pair<std::string,std::string> >& modifTab)
6607 {
6608   bool ret=false;
6609   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> >::iterator it=_meshes.begin();it!=_meshes.end();it++)
6610     {
6611       MEDFileMeshMultiTS *cur(*it);
6612       if(cur)
6613         ret=cur->changeNames(modifTab) || ret;
6614     }
6615   return ret;
6616 }
6617
6618 void MEDFileMeshes::resize(int newSize)
6619 {
6620   _meshes.resize(newSize);
6621 }
6622
6623 void MEDFileMeshes::pushMesh(MEDFileMesh *mesh)
6624 {
6625   if(!mesh)
6626     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMeshes::pushMesh : invalid input pointer ! should be different from 0 !");
6627   MEDFileMeshMultiTS *elt=MEDFileMeshMultiTS::New();
6628   elt->setOneTimeStep(mesh);
6629   _meshes.push_back(elt);
6630 }
6631
6632 void MEDFileMeshes::setMeshAtPos(int i, MEDFileMesh *mesh)
6633 {
6634   if(!mesh)
6635     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMeshes::setMeshAtPos : invalid input pointer ! should be different from 0 !");
6636   if(i>=(int)_meshes.size())
6637     _meshes.resize(i+1);
6638   MEDFileMeshMultiTS *elt=MEDFileMeshMultiTS::New();
6639   elt->setOneTimeStep(mesh);
6640   _meshes[i]=elt;
6641 }
6642
6643 void MEDFileMeshes::destroyMeshAtPos(int i)
6644 {
6645   if(i<0 || i>=(int)_meshes.size())
6646     {
6647       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMeshes::destroyMeshAtPos : Invalid given id in input (" << i << ") should be in [0," << _meshes.size() << ") !";
6648       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6649     }
6650   _meshes.erase(_meshes.begin()+i);
6651 }
6652
6653 void MEDFileMeshes::loadFromFile(const std::string& fileName)
6654 {
6655   std::vector<std::string> ms=MEDLoader::GetMeshNames(fileName);
6656   int i=0;
6657   _meshes.resize(ms.size());
6658   for(std::vector<std::string>::const_iterator it=ms.begin();it!=ms.end();it++,i++)
6659     _meshes[i]=MEDFileMeshMultiTS::New(fileName,(*it));
6660 }
6661
6662 MEDFileMeshes::MEDFileMeshes()
6663 {
6664 }
6665
6666 MEDFileMeshes::MEDFileMeshes(const std::string& fileName)
6667 try
6668 {
6669     loadFromFile(fileName);
6670 }
6671 catch(INTERP_KERNEL::Exception& /*e*/)
6672 {
6673 }
6674
6675 MEDFileMeshes *MEDFileMeshes::deepCpy() const
6676 {
6677   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> > meshes(_meshes.size());
6678   std::size_t i=0;
6679   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> >::const_iterator it=_meshes.begin();it!=_meshes.end();it++,i++)
6680     if((const MEDFileMeshMultiTS *)*it)
6681       meshes[i]=(*it)->deepCpy();
6682   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshes> ret=MEDFileMeshes::New();
6683   ret->_meshes=meshes;
6684   return ret.retn();
6685 }
6686
6687 std::size_t MEDFileMeshes::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
6688 {
6689   return _meshes.capacity()*(sizeof(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS>));
6690 }
6691
6692 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileMeshes::getDirectChildrenWithNull() const
6693 {
6694   std::vector<const BigMemoryObject *> ret;
6695   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> >::const_iterator it=_meshes.begin();it!=_meshes.end();it++)
6696     ret.push_back((const MEDFileMeshMultiTS *)*it);
6697   return ret;
6698 }
6699
6700 std::string MEDFileMeshes::simpleRepr() const
6701 {
6702   std::ostringstream oss;
6703   oss << "(*****************)\n(* MEDFileMeshes *)\n(*****************)\n\n";
6704   simpleReprWithoutHeader(oss);
6705   return oss.str();
6706 }
6707
6708 void MEDFileMeshes::simpleReprWithoutHeader(std::ostream& oss) const
6709 {
6710   int nbOfMeshes=getNumberOfMeshes();
6711   oss << "There are " << nbOfMeshes << " meshes with the following names : \n";
6712   std::vector<std::string> mns=getMeshesNames();
6713   for(int i=0;i<nbOfMeshes;i++)
6714     oss << "  - #" << i << " \"" << mns[i] << "\"\n";
6715 }
6716
6717 void MEDFileMeshes::checkCoherency() const
6718 {
6719   static const char MSG[]="MEDFileMeshes::checkCoherency : mesh at rank ";
6720   int i=0;
6721   std::set<std::string> s;
6722   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> >::const_iterator it=_meshes.begin();it!=_meshes.end();it++,i++)
6723     {
6724       const MEDFileMeshMultiTS *elt=(*it);
6725       if(!elt)
6726         {
6727           std::ostringstream oss; oss << MSG << i << "/" << _meshes.size() << " is empty !";
6728           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6729         }
6730       std::size_t sz=s.size();
6731       s.insert(std::string((*it)->getName()));
6732       if(s.size()==sz)
6733         {
6734           std::ostringstream oss; oss << MSG << i << " has a name (\"" << (*it)->getName() << "\") already used by an another mesh in list !";
6735           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6736         }
6737     }
6738 }
6739
6740 MEDFileMeshesIterator::MEDFileMeshesIterator(MEDFileMeshes *ms):_ms(ms),_iter_id(0),_nb_iter(0)
6741 {
6742   if(ms)
6743     {
6744       ms->incrRef();
6745       _nb_iter=ms->getNumberOfMeshes();
6746     }
6747 }
6748
6749 MEDFileMeshesIterator::~MEDFileMeshesIterator()
6750 {
6751 }
6752
6753 MEDFileMesh *MEDFileMeshesIterator::nextt()
6754 {
6755   if(_iter_id<_nb_iter)
6756     {
6757       MEDFileMeshes *ms(_ms);
6758       if(ms)
6759         return ms->getMeshAtPos(_iter_id++);
6760       else
6761         return 0;
6762     }
6763   else
6764     return 0;
6765 }