Salome HOME
b0956d7ed1fa81e6d26354a345f5f6e2f3bdd6f2
[modules/med.git] / src / MEDLoader / MEDFileMesh.cxx
1 // Copyright (C) 2007-2015  CEA/DEN, EDF R&D
2 //
3 // This library is free software; you can redistribute it and/or
4 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
5 // License as published by the Free Software Foundation; either
6 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
7 //
8 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
11 // Lesser General Public License for more details.
12 //
13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
16 //
17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
18 //
19 // Author : Anthony Geay (CEA/DEN)
20
21 #include "MEDFileMesh.hxx"
22 #include "MEDFileUtilities.hxx"
23 #include "MEDFileFieldOverView.hxx"
24 #include "MEDFileField.hxx"
25 #include "MEDLoader.hxx"
26 #include "MEDFileSafeCaller.txx"
27 #include "MEDLoaderBase.hxx"
28
29 #include "MEDCouplingUMesh.hxx"
30
31 #include "InterpKernelAutoPtr.hxx"
32
33 #include <limits>
34 #include <cmath>
35
36 extern med_geometry_type typmai3[34];
37
38 using namespace ParaMEDMEM;
39
40 const char MEDFileMesh::DFT_FAM_NAME[]="FAMILLE_ZERO";
41
42 MEDFileMesh::MEDFileMesh():_order(-1),_iteration(-1),_time(0.),_univ_wr_status(true)
43 {
44 }
45
46 std::size_t MEDFileMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
47 {
48   std::size_t ret(_dt_unit.capacity()+_name.capacity()+_univ_name.capacity()+_desc_name.capacity());
49   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=_groups.begin();it!=_groups.end();it++)
50     {
51       ret+=(*it).first.capacity()+(*it).second.capacity()*sizeof(std::string);
52       for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=(*it).second.begin();it2!=(*it).second.end();it2++)
53         ret+=(*it2).capacity();
54     }
55   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
56     ret+=(*it).first.capacity()+sizeof(int);
57   return ret;
58 }
59
60 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileMesh::getDirectChildrenWithNull() const
61 {
62   return std::vector<const BigMemoryObject *>();
63 }
64
65 /*!
66  * Returns a new MEDFileMesh holding the mesh data that has been read from a given MED
67  * file. The first mesh in the file is loaded.
68  *  \param [in] fileName - the name of MED file to read.
69  *  \return MEDFileMesh * - a new instance of MEDFileMesh. The caller is to delete this
70  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
71  *  \throw If the file is not readable.
72  *  \throw If there is no meshes in the file.
73  *  \throw If the mesh in the file is of a not supported type.
74  */
75 MEDFileMesh *MEDFileMesh::New(const std::string& fileName, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
76 {
77   std::vector<std::string> ms=MEDLoader::GetMeshNames(fileName);
78   if(ms.empty())
79     {
80       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::New : no meshes in file \"" << fileName << "\" !";
81       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
82     }
83   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
84   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
85   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
86   int dt,it;
87   std::string dummy2;
88   MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,ms.front(),meshType,dt,it,dummy2);
89   switch(meshType)
90   {
91     case UNSTRUCTURED:
92       {
93         MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> ret=MEDFileUMesh::New();
94         ret->loadUMeshFromFile(fid,ms.front(),dt,it,mrs);
95         ret->loadJointsFromFile(fid);
96         return (MEDFileUMesh *)ret.retn();
97       }
98     case CARTESIAN:
99       {
100         MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileCMesh> ret=MEDFileCMesh::New();
101         ret->loadCMeshFromFile(fid,ms.front(),dt,it,mrs);
102         ret->loadJointsFromFile(fid);
103         return (MEDFileCMesh *)ret.retn();
104       }
105     case CURVE_LINEAR:
106       {
107         MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileCurveLinearMesh> ret=MEDFileCurveLinearMesh::New();
108         ret->loadCLMeshFromFile(fid,ms.front(),dt,it,mrs);
109         ret->loadJointsFromFile(fid);
110         return (MEDFileCurveLinearMesh *)ret.retn();
111       }
112     default:
113       {
114         std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::New : MED file exists and has mesh '" << ms.front() << "' exists but unsupported type yet !";
115         throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
116       }
117   }
118 }
119
120 /*!
121  * Returns a new MEDFileMesh holding the mesh data that has been read from a given MED
122  * file. The mesh to load is specified by its name and numbers of a time step and an
123  * iteration.
124  *  \param [in] fileName - the name of MED file to read.
125  *  \param [in] mName - the name of the mesh to read.
126  *  \param [in] dt - the number of a time step.
127  *  \param [in] it - the number of an iteration.
128  *  \param [in] joints - the sub-domain joints to use instead of those that can be read
129  *          from the MED file. Usually this joints are those just read by another iteration
130  *          of mName mesh, when this method is called by MEDFileMeshMultiTS::New()
131  *  \return MEDFileMesh * - a new instance of MEDFileMesh. The caller is to delete this
132  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
133  *  \throw If the file is not readable.
134  *  \throw If there is no mesh with given attributes in the file.
135  *  \throw If the mesh in the file is of a not supported type.
136  */
137 MEDFileMesh *MEDFileMesh::New(const std::string& fileName, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs, MEDFileJoints* joints)
138 {
139   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
140   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
141   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
142   int dummy0,dummy1;
143   std::string dummy2;
144   MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,mName,meshType,dummy0,dummy1,dummy2);
145   switch(meshType)
146   {
147     case UNSTRUCTURED:
148       {
149         MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> ret=MEDFileUMesh::New();
150         ret->loadUMeshFromFile(fid,mName,dt,it,mrs);
151         ret->loadJointsFromFile(fid,joints);
152         return (MEDFileUMesh *)ret.retn();
153       }
154     case CARTESIAN:
155       {
156         MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileCMesh> ret=MEDFileCMesh::New();
157         ret->loadCMeshFromFile(fid,mName,dt,it,mrs);
158         ret->loadJointsFromFile(fid,joints);
159         return (MEDFileCMesh *)ret.retn();
160       }
161     case CURVE_LINEAR:
162       {
163         MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileCurveLinearMesh> ret=MEDFileCurveLinearMesh::New();
164         ret->loadCLMeshFromFile(fid,mName,dt,it,mrs);
165         ret->loadJointsFromFile(fid,joints);
166         return (MEDFileCurveLinearMesh *)ret.retn();
167       }
168     default:
169       {
170         std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::New : MED file exists and has mesh '" << mName << "' exists but unsupported type yet !";
171         throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
172       }
173   }
174 }
175
176 /*!
177  * Writes \a this mesh into an open MED file specified by its descriptor.
178  *  \param [in] fid - the MED file descriptor.
179  *  \throw If the mesh name is not set.
180  *  \throw If the file is open for reading only.
181  *  \throw If the writing mode == 1 and the same data is present in an existing file.
182  */
183 void MEDFileMesh::write(med_idt fid) const
184 {
185   if(!existsFamily(0))
186     const_cast<MEDFileMesh *>(this)->addFamily(DFT_FAM_NAME,0);
187   if(_name.empty())
188     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh : name is empty. MED file ask for a NON EMPTY name !");
189   writeLL(fid);
190 }
191
192 /*!
193  * Writes \a this mesh into a MED file specified by its name.
194  *  \param [in] fileName - the MED file name.
195  *  \param [in] mode - the writing mode. For more on \a mode, see \ref AdvMEDLoaderBasics.
196  * - 2 - erase; an existing file is removed.
197  * - 1 - append; same data should not be present in an existing file.
198  * - 0 - overwrite; same data present in an existing file is overwritten.
199  *  \throw If the mesh name is not set.
200  *  \throw If \a mode == 1 and the same data is present in an existing file.
201  */
202 void MEDFileMesh::write(const std::string& fileName, int mode) const
203 {
204   med_access_mode medmod=MEDFileUtilities::TraduceWriteMode(mode);
205   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),medmod);
206   std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh : error on attempt to write in file : \"" << fileName << "\""; 
207   MEDFileUtilities::CheckMEDCode(fid,fid,oss.str());
208   write(fid);
209 }
210
211 /*!
212  * Checks if \a this and another mesh are equal.
213  *  \param [in] other - the mesh to compare with.
214  *  \param [in] eps - a precision used to compare real values.
215  *  \param [in,out] what - the string returning description of unequal data.
216  *  \return bool - \c true if the meshes are equal, \c false, else.
217  */
218 bool MEDFileMesh::isEqual(const MEDFileMesh *other, double eps, std::string& what) const
219 {
220   if(_order!=other->_order)
221     {
222       what="Orders differ !";
223       return false;
224     }
225   if(_iteration!=other->_iteration)
226     {
227       what="Iterations differ !";
228       return false;
229     }
230   if(fabs(_time-other->_time)>eps)
231     {
232       what="Time values differ !";
233       return false;
234     }
235   if(_dt_unit!=other->_dt_unit)
236     {
237       what="Time units differ !";
238       return false;
239     }
240   if(_name!=other->_name)
241     {
242       what="Names differ !";
243       return false;
244     }
245   //univ_name has been ignored -> not a bug because it is a mutable attribute
246   if(_desc_name!=other->_desc_name)
247     {
248       what="Description names differ !";
249       return false;
250     }
251   if(!areGrpsEqual(other,what))
252     return false;
253   if(!areFamsEqual(other,what))
254     return false;
255   return true;
256 }
257
258 void MEDFileMesh::setName(const std::string& name)
259 {
260   _name=name;
261 }
262
263 /*!
264  * Clears redundant attributes of incorporated data arrays.
265  */
266 void MEDFileMesh::clearNonDiscrAttributes() const
267 {
268
269 }
270
271 bool MEDFileMesh::changeNames(const std::vector< std::pair<std::string,std::string> >& modifTab)
272 {
273   for(std::vector< std::pair<std::string,std::string> >::const_iterator it=modifTab.begin();it!=modifTab.end();it++)
274     {
275       if((*it).first==_name)
276         {
277           _name=(*it).second;
278           return true;
279         }
280     }
281   return false;
282 }
283
284 /*!
285  * Copies data on groups and families from another mesh.
286  *  \param [in] other - the mesh to copy the data from.
287  */
288 void MEDFileMesh::copyFamGrpMapsFrom(const MEDFileMesh& other)
289 {
290   _groups=other._groups;
291   _families=other._families;
292 }
293
294
295 /*!
296  * This method clear all the groups in the map.
297  * So this method does not operate at all on arrays.
298  * So this method can lead to orphan families.
299  * 
300  * \sa MEDFileMesh::clearFamMap, MEDFileMesh::clearFamGrpMaps
301  */
302 void MEDFileMesh::clearGrpMap()
303 {
304   _groups.clear();
305 }
306
307 /*!
308  * This method clear all the families in the map.
309  * So this method does not operate at all on arrays.
310  * WARNING ! if there are some groups lying on cleared families, those groups will be impacted !
311  *
312  * \sa MEDFileMesh::clearFamMap, MEDFileMesh::clearFamGrpMaps
313  */
314 void MEDFileMesh::clearFamMap()
315 {
316   _families.clear();
317 }
318
319 /*!
320  * This method clear all the families and groups in the map.
321  * So this method does not operate at all on arrays.
322  * As all groups and families entry will be removed after 
323  * the call of MEDFileMesh::setFamilyFieldArr method with 0 or None (python) in the 2nd parameter can be useful to reduce the size of the object.
324  *
325  * \sa MEDFileMesh::clearFamMap, MEDFileMesh::clearFamMap
326  */
327 void MEDFileMesh::clearFamGrpMaps()
328 {
329   clearGrpMap();
330   clearFamMap();
331 }
332
333 /*!
334  * Returns names of families constituting a group.
335  *  \param [in] name - the name of the group of interest.
336  *  \return std::vector<std::string> - a sequence of names of the families.
337  *  \throw If the name of a nonexistent group is specified.
338  */
339 std::vector<std::string> MEDFileMesh::getFamiliesOnGroup(const std::string& name) const
340 {
341   std::string oname(name);
342   std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=_groups.find(oname);
343   if(it==_groups.end())
344     {
345       std::vector<std::string> grps=getGroupsNames();
346       std::ostringstream oss; oss << "No such groupname \"" << name << "\" !\nAvailable groups are :";
347       std::copy(grps.begin(),grps.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
348       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
349     }
350   return (*it).second;
351 }
352
353 /*!
354  * Returns names of families constituting some groups.
355  *  \param [in] grps - a sequence of names of groups of interest.
356  *  \return std::vector<std::string> - a sequence of names of the families.
357  *  \throw If a name of a nonexistent group is present in \a grps.
358  */
359 std::vector<std::string> MEDFileMesh::getFamiliesOnGroups(const std::vector<std::string>& grps) const
360 {
361   std::set<std::string> fams;
362   for(std::vector<std::string>::const_iterator it=grps.begin();it!=grps.end();it++)
363     {
364       std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it2=_groups.find(*it);
365       if(it2==_groups.end())
366         {
367           std::ostringstream oss; oss << "No such group in mesh \"" << _name << "\" : " << *it; 
368           std::vector<std::string> grps2=getGroupsNames(); oss << "\" !\nAvailable groups are :";
369           std::copy(grps2.begin(),grps2.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
370           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
371         }
372       fams.insert((*it2).second.begin(),(*it2).second.end());
373     }
374   std::vector<std::string> fams2(fams.begin(),fams.end());
375   return fams2;
376 }
377
378 /*!
379  * Returns ids of families constituting a group.
380  *  \param [in] name - the name of the group of interest.
381  *  \return std::vector<int> - sequence of ids of the families.
382  *  \throw If the name of a nonexistent group is specified.
383  */
384 std::vector<int> MEDFileMesh::getFamiliesIdsOnGroup(const std::string& name) const
385 {
386   std::string oname(name);
387   std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=_groups.find(oname);
388   std::vector<std::string> grps=getGroupsNames();
389   if(it==_groups.end())
390     {
391       std::ostringstream oss; oss << "No such groupname \"" << name << "\" !\nAvailable groups are :";
392       std::copy(grps.begin(),grps.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
393       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
394     }
395   return getFamiliesIds((*it).second);
396 }
397
398 /*!
399  * Sets names of families constituting a group. If data on families of this group is
400  * already present, it is overwritten. Every family in \a fams is checked, and if a
401  family is not yet in \a this mesh, the default group id \c 0 is assigned to it.
402  *  \param [in] name - the name of the group of interest.
403  *  \param [in] fams - a sequence of names of families constituting the group.
404  */
405 void MEDFileMesh::setFamiliesOnGroup(const std::string& name, const std::vector<std::string>& fams)
406 {
407   std::string oname(name);
408   _groups[oname]=fams;
409   for(std::vector<std::string>::const_iterator it1=fams.begin();it1!=fams.end();it1++)
410     {
411       std::map<std::string,int>::iterator it2=_families.find(*it1);
412       if(it2==_families.end())
413         _families[*it1]=0;
414     }
415 }
416
417 /*!
418  * Sets families constituting a group. The families are specified by their ids.
419  * If a family name is not found by its id, an exception is thrown.
420  * If several families have same id, the first one in lexical order is taken.
421  *  \param [in] name - the name of the group of interest.
422  *  \param [in] famIds - a sequence of ids of families constituting the group.
423  *  \throw If a family name is not found by its id.
424  */
425 void MEDFileMesh::setFamiliesIdsOnGroup(const std::string& name, const std::vector<int>& famIds)
426 {
427   std::string oname(name);
428   std::vector<std::string> fams(famIds.size());
429   int i=0;
430   for(std::vector<int>::const_iterator it1=famIds.begin();it1!=famIds.end();it1++,i++)
431     {
432       std::string name2=getFamilyNameGivenId(*it1);
433       fams[i]=name2;
434     }
435   _groups[oname]=fams;
436 }
437
438 /*!
439  * Returns names of groups including a given family.
440  *  \param [in] name - the name of the family of interest.
441  *  \return std::vector<std::string> - a sequence of names of groups including the family.
442  */
443 std::vector<std::string> MEDFileMesh::getGroupsOnFamily(const std::string& name) const
444 {
445   std::vector<std::string> ret;
446   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it1=_groups.begin();it1!=_groups.end();it1++)
447     {
448       for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=(*it1).second.begin();it2!=(*it1).second.end();it2++)
449         if((*it2)==name)
450           {
451             ret.push_back((*it1).first);
452             break;
453           }
454     }
455   return ret;
456 }
457
458 /*!
459  * Adds an existing family to groups.
460  *  \param [in] famName - a name of family to add to \a grps.
461  *  \param [in] grps - a sequence of group names to add the family in.
462  *  \throw If a family named \a famName not yet exists.
463  */
464 void MEDFileMesh::setGroupsOnFamily(const std::string& famName, const std::vector<std::string>& grps)
465 {
466   std::string fName(famName);
467   const std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.find(fName);
468   if(it==_families.end())
469     {
470       std::vector<std::string> fams=getFamiliesNames();
471       std::ostringstream oss; oss << "No such familyname \"" << fName << "\" !\nAvailable families are :";
472       std::copy(fams.begin(),fams.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
473       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
474     }
475   for(std::vector<std::string>::const_iterator it3=grps.begin();it3!=grps.end();it3++)
476     {
477       std::map< std::string, std::vector<std::string> >::iterator it2=_groups.find(*it3);
478       if(it2!=_groups.end())
479         (*it2).second.push_back(fName);
480       else
481         {
482           std::vector<std::string> grps2(1,fName);
483           _groups[*it3]=grps2;
484         }
485     }
486 }
487
488 /*!
489  * Returns names of all groups of \a this mesh.
490  *  \return std::vector<std::string> - a sequence of group names.
491  */
492 std::vector<std::string> MEDFileMesh::getGroupsNames() const
493 {
494   std::vector<std::string> ret(_groups.size());
495   int i=0;
496   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=_groups.begin();it!=_groups.end();it++,i++)
497     ret[i]=(*it).first;
498   return ret;
499 }
500
501 /*!
502  * Returns names of all families of \a this mesh.
503  *  \return std::vector<std::string> - a sequence of family names.
504  */
505 std::vector<std::string> MEDFileMesh::getFamiliesNames() const
506 {
507   std::vector<std::string> ret(_families.size());
508   int i=0;
509   for(std::map<std::string, int >::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++,i++)
510     ret[i]=(*it).first;
511   return ret;
512 }
513
514 /*!
515  * Changes a name of every family, included in one group only, to be same as the group name.
516  *  \throw If there are families with equal names in \a this mesh.
517  */
518 void MEDFileMesh::assignFamilyNameWithGroupName()
519 {
520   std::map<std::string, std::vector<std::string> > groups(_groups);
521   std::map<std::string,int> newFams;
522   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
523     {
524       std::vector<std::string> grps=getGroupsOnFamily((*it).first);
525       if(grps.size()==1 && groups[grps[0]].size()==1)
526         {
527           if(newFams.find(grps[0])!=newFams.end())
528             {
529               std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::assignFamilyNameWithGroupName : Family \"" << grps[0] << "\" already exists !";
530               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
531             }
532           newFams[grps[0]]=(*it).second;
533           std::vector<std::string>& grps2=groups[grps[0]];
534           std::size_t pos=std::distance(grps2.begin(),std::find(grps2.begin(),grps2.end(),(*it).first));
535           grps2[pos]=grps[0];
536         }
537       else
538         {
539           if(newFams.find((*it).first)!=newFams.end())
540             {
541               std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::assignFamilyNameWithGroupName : Family \"" << (*it).first << "\" already exists !";
542               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
543             }
544           newFams[(*it).first]=(*it).second;
545         }
546     }
547   _families=newFams;
548   _groups=groups;
549 }
550
551 /*!
552  * Removes all groups lying on no family. If there is no empty groups, \a this is let untouched.
553  * 
554  * \return the removed groups.
555  */
556 std::vector<std::string> MEDFileMesh::removeEmptyGroups()
557 {
558   std::vector<std::string> ret;
559   std::map<std::string, std::vector<std::string> > newGrps;
560   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=_groups.begin();it!=_groups.end();it++)
561     {
562       if((*it).second.empty())
563         ret.push_back((*it).first);
564       else
565         newGrps[(*it).first]=(*it).second;
566     }
567   if(!ret.empty())
568     _groups=newGrps;
569   return ret;
570 }
571
572 /*!
573  * Removes a group from \a this mesh.
574  *  \param [in] name - the name of the group to remove.
575  *  \throw If no group with such a \a name exists.
576  */
577 void MEDFileMesh::removeGroup(const std::string& name)
578 {
579   std::string oname(name);
580   std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it=_groups.find(oname);
581   std::vector<std::string> grps=getGroupsNames();
582   if(it==_groups.end())
583     {
584       std::ostringstream oss; oss << "No such groupname \"" << name << "\" !\nAvailable groups are :";
585       std::copy(grps.begin(),grps.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
586       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
587     }
588   _groups.erase(it);
589 }
590
591 /*!
592  * Removes a family from \a this mesh.
593  *  \param [in] name - the name of the family to remove.
594  *  \throw If no family with such a \a name exists.
595  */
596 void MEDFileMesh::removeFamily(const std::string& name)
597 {
598   std::string oname(name);
599   std::map<std::string, int >::iterator it=_families.find(oname);
600   std::vector<std::string> fams=getFamiliesNames();
601   if(it==_families.end())
602     {
603       std::ostringstream oss; oss << "No such familyname \"" << name << "\" !\nAvailable families are :";
604       std::copy(fams.begin(),fams.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
605       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
606     }
607   _families.erase(it);
608   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it3=_groups.begin();it3!=_groups.end();it3++)
609     {
610       std::vector<std::string>& v=(*it3).second;
611       std::vector<std::string>::iterator it4=std::find(v.begin(),v.end(),oname);
612       if(it4!=v.end())
613         v.erase(it4);
614     }
615 }
616
617 /*!
618  * Removes all groups in \a this that are orphan. A group is orphan if this group lies on
619  * a set of families, themselves orphan. A family is said orphan if its id appears nowhere in
620  * family field whatever its level. This method also suppresses the orphan families.
621  * 
622  * \return - The list of removed groups names. 
623  *
624  * \sa MEDFileMesh::removeOrphanFamilies.
625  */
626 std::vector<std::string> MEDFileMesh::removeOrphanGroups()
627 {
628   removeOrphanFamilies();
629   return removeEmptyGroups();
630 }
631
632 /*!
633  * Removes all families in \a this that are orphan. A family is said orphan if its id appears nowhere in
634  * family field whatever its level. Groups are updated in consequence, that is to say all groups lying on orphan family, will see their families list modified.
635  * 
636  * \return - The list of removed families names.
637  * \sa MEDFileMesh::removeOrphanGroups.
638  */
639 std::vector<std::string> MEDFileMesh::removeOrphanFamilies()
640 {
641   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> allFamIdsInUse=computeAllFamilyIdsInUse();
642   std::vector<std::string> ret;
643   if(!((DataArrayInt*)allFamIdsInUse))
644     {
645       ret=getFamiliesNames();
646       _families.clear(); _groups.clear();
647       return ret;
648     }
649   std::map<std::string,int> famMap;
650   std::map<std::string, std::vector<std::string> > grps(_groups);
651   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
652     {
653       if(allFamIdsInUse->presenceOfValue((*it).second))
654         famMap[(*it).first]=(*it).second;
655       else
656         {
657           ret.push_back((*it).first);
658           std::vector<std::string> grpsOnEraseFam=getGroupsOnFamily((*it).first);
659           for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=grpsOnEraseFam.begin();it2!=grpsOnEraseFam.end();it2++)
660             {
661               std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it3=grps.find(*it2);//it3!=grps.empty() thanks to copy
662               std::vector<std::string>& famv=(*it3).second;
663               std::vector<std::string>::iterator it4=std::find(famv.begin(),famv.end(),(*it).first);//it4!=famv.end() thanks to copy
664               famv.erase(it4);
665             }
666         }
667     }
668   if(!ret.empty())
669     { _families=famMap; _groups=grps; }
670   return ret;
671 }
672
673 /*!
674  * This method operates only on maps in \a this. The arrays are not considered here. So this method will remove a family (except "FAMILLE_ZERO" family) if no group lies on it whatever
675  * this family is orphan or not.
676  *
677  * \warning this method is different from removeOrphanFamilies that scans family field array to find orphan families.
678  */
679 void MEDFileMesh::removeFamiliesReferedByNoGroups()
680 {
681   std::map<std::string,int> fams;
682   std::set<std::string> sfams;
683   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
684     sfams.insert((*it).first);
685   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it0=_groups.begin();it0!=_groups.end();it0++)
686     for(std::vector<std::string>::const_iterator it1=(*it0).second.begin();it1!=(*it0).second.end();it1++)
687       sfams.erase(*it1);
688   for(std::set<std::string>::const_iterator it=sfams.begin();it!=sfams.end();it++)
689     if(*it!=DFT_FAM_NAME)
690       _families.erase(*it);
691 }
692
693 /*!
694  * This method has no impact on groups. This method only works on families. This method firstly removes families not refered by any groups in \a this, then all unused entities
695  * are put as belonging to family 0 ("FAMILLE_ZERO"). Finally, all orphanFamilies are killed.
696  * This method raises an exception if "FAMILLE_ZERO" is already belonging to a group.
697  *
698  * \sa MEDFileMesh::removeOrphanFamilies
699  */
700 void MEDFileMesh::rearrangeFamilies()
701 {
702   checkOrphanFamilyZero();
703   removeFamiliesReferedByNoGroups();
704   //
705   std::vector<int> levels(getNonEmptyLevelsExt());
706   std::set<int> idsRefed;
707   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
708     idsRefed.insert((*it).second);
709   for(std::vector<int>::const_iterator it=levels.begin();it!=levels.end();it++)
710     {
711       const DataArrayInt *fams(0);
712       try
713       {
714           fams=getFamilyFieldAtLevel(*it);
715       }
716       catch(INTERP_KERNEL::Exception& e) { }
717       if(!fams)
718         continue;
719       std::vector<bool> v(fams->getNumberOfTuples(),false);
720       for(std::set<int>::const_iterator pt=idsRefed.begin();pt!=idsRefed.end();pt++)
721         fams->switchOnTupleEqualTo(*pt,v);
722       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> unfetchedIds(DataArrayInt::BuildListOfSwitchedOff(v));
723       if(!unfetchedIds->empty())
724         {
725           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newFams(fams->deepCpy());
726           newFams->setPartOfValuesSimple3(0,unfetchedIds->begin(),unfetchedIds->end(),0,1,1);
727           setFamilyFieldArr(*it,newFams);
728         }
729     }
730   removeOrphanFamilies();
731 }
732
733 /*!
734  * This method only checks that "FAMILLE_ZERO" is orphan (not belonging to a group).
735  */
736 void MEDFileMesh::checkOrphanFamilyZero() const
737 {
738   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=_groups.begin();it!=_groups.end();it++)
739     {
740       if(std::find((*it).second.begin(),(*it).second.end(),DFT_FAM_NAME)!=(*it).second.end())
741         {
742           std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::rearrangeFamilies : Groups \"" << (*it).first << "\" is lying on family \"" << DFT_FAM_NAME << "\" !";
743           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
744         }
745     }
746 }
747
748 /*!
749  * Renames a group in \a this mesh.
750  *  \param [in] oldName - a current name of the group to rename.
751  *  \param [in] newName - a new group name.
752  *  \throw If no group named \a oldName exists in \a this mesh.
753  *  \throw If a group named \a newName already exists.
754  */
755 void MEDFileMesh::changeGroupName(const std::string& oldName, const std::string& newName)
756 {
757   std::string oname(oldName);
758   std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it=_groups.find(oname);
759   std::vector<std::string> grps=getGroupsNames();
760   if(it==_groups.end())
761     {
762       std::ostringstream oss; oss << "No such groupname \"" << oldName << "\" !\nAvailable groups are :";
763       std::copy(grps.begin(),grps.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
764       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
765     }
766   std::string nname(newName);
767   std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it2=_groups.find(nname);
768   if(it2!=_groups.end())
769     {
770       std::ostringstream oss; oss << "Such groupname \"" << newName << "\" already exists ! Kill it before !";
771       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
772     }
773   std::vector<std::string> cpy=(*it).second;
774   _groups.erase(it);
775   _groups[newName]=cpy;
776 }
777
778 /*!
779  * Changes an id of a family in \a this mesh. 
780  * This method calls changeFamilyIdArr().
781  *  \param [in] oldId - a current id of the family.
782  *  \param [in] newId - a new family id.
783  */
784 void MEDFileMesh::changeFamilyId(int oldId, int newId)
785 {
786   changeFamilyIdArr(oldId,newId);
787   std::map<std::string,int> fam2;
788   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
789     {
790       if((*it).second==oldId)
791         fam2[(*it).first]=newId;
792       else
793         fam2[(*it).first]=(*it).second;
794     }
795   _families=fam2;
796 }
797
798 /*!
799  * Renames a family in \a this mesh.
800  *  \param [in] oldName - a current name of the family to rename.
801  *  \param [in] newName - a new family name.
802  *  \throw If no family named \a oldName exists in \a this mesh.
803  *  \throw If a family named \a newName already exists.
804  */
805 void MEDFileMesh::changeFamilyName(const std::string& oldName, const std::string& newName)
806 {
807   std::string oname(oldName);
808   std::map<std::string, int >::iterator it=_families.find(oname);
809   std::vector<std::string> fams=getFamiliesNames();
810   if(it==_families.end())
811     {
812       std::ostringstream oss; oss << "No such familyname \"" << oldName << "\" !\nAvailable families are :";
813       std::copy(fams.begin(),fams.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
814       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
815     }
816   std::string nname(newName);
817   std::map<std::string, int >::iterator it2=_families.find(nname);
818   if(it2!=_families.end())
819     {
820       std::ostringstream oss; oss << "Such familyname \"" << newName << " already exists ! Kill it before !";
821       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
822     }
823   int cpy=(*it).second;
824   _families.erase(it);
825   _families[newName]=cpy;
826   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it3=_groups.begin();it3!=_groups.end();it3++)
827     {
828       std::vector<std::string>& v=(*it3).second;
829       std::vector<std::string>::iterator it4=std::find(v.begin(),v.end(),oname);
830       if(it4!=v.end())
831         (*it4)=nname;
832     }
833 }
834
835 /*!
836  * Checks if \a this and another mesh contains the same families.
837  *  \param [in] other - the mesh to compare with \a this one.
838  *  \param [in,out] what - an unused parameter.
839  *  \return bool - \c true if number of families and their ids are the same in the two
840  *          meshes. Families with the id == \c 0 are not considered.
841  */
842 bool MEDFileMesh::areFamsEqual(const MEDFileMesh *other, std::string& what) const
843 {
844   if(_families==other->_families)
845     return true;
846   std::map<std::string,int> fam0;
847   std::map<std::string,int> fam1;
848   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
849     if((*it).second!=0)
850       fam0[(*it).first]=(*it).second;
851   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=other->_families.begin();it!=other->_families.end();it++)
852     if((*it).second!=0)
853       fam1[(*it).first]=(*it).second;
854   return fam0==fam1;
855 }
856
857 /*!
858  * Checks if \a this and another mesh contains the same groups.
859  *  \param [in] other - the mesh to compare with \a this one.
860  *  \param [in,out] what - a string describing a difference of groups of the two meshes
861  *          in case if this method returns \c false.
862  *  \return bool - \c true if number of groups and families constituting them are the
863  *          same in the two meshes.
864  */
865 bool MEDFileMesh::areGrpsEqual(const MEDFileMesh *other, std::string& what) const
866 {
867   if(_groups==other->_groups)
868     return true;
869   bool ret=true;
870   std::size_t sz=_groups.size();
871   if(sz!=other->_groups.size())
872     {
873       what="Groups differ because not same number !\n";
874       ret=false;
875     }
876   if(ret)
877     {
878       std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it1=_groups.begin();
879       for(std::size_t i=0;i<sz && ret;i++,it1++)
880         {
881           std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it2=other->_groups.find((*it1).first);
882           if(it2!=other->_groups.end())
883             {
884               std::set<std::string> s1((*it1).second.begin(),(*it1).second.end());
885               std::set<std::string> s2((*it2).second.begin(),(*it2).second.end());
886               ret=(s1==s2);
887             }
888           else
889             {
890               ret=false;
891               what="A group in first mesh exists not in other !\n";
892             }
893         }
894     }
895   if(!ret)
896     {
897       std::ostringstream oss; oss << "Groups description differs :\n";
898       oss << "First group description :\n";
899       for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=_groups.begin();it!=_groups.end();it++)
900         {
901           oss << " Group \"" << (*it).first << "\" on following families :\n";
902           for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=(*it).second.begin();it2!=(*it).second.end();it2++)
903             oss << "    \"" << *it2 << "\n";
904         }
905       oss << "Second group description :\n";
906       for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=other->_groups.begin();it!=other->_groups.end();it++)
907         {
908           oss << " Group \"" << (*it).first << "\" on following families :\n";
909           for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=(*it).second.begin();it2!=(*it).second.end();it2++)
910             oss << "    \"" << *it2 << "\n";
911         }
912       what+=oss.str();
913     }
914   return ret;
915 }
916
917 /*!
918  * Checks if a group with a given name exists in \a this mesh.
919  *  \param [in] groupName - the group name.
920  *  \return bool - \c true the group \a groupName exists in \a this mesh.
921  */
922 bool MEDFileMesh::existsGroup(const std::string& groupName) const
923 {
924   std::string grpName(groupName);
925   return _groups.find(grpName)!=_groups.end();
926 }
927
928 /*!
929  * Checks if a family with a given id exists in \a this mesh.
930  *  \param [in] famId - the family id.
931  *  \return bool - \c true the family with the id \a famId exists in \a this mesh.
932  */
933 bool MEDFileMesh::existsFamily(int famId) const
934 {
935   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it2=_families.begin();it2!=_families.end();it2++)
936     if((*it2).second==famId)
937       return true;
938   return false;
939 }
940
941 /*!
942  * Checks if a family with a given name exists in \a this mesh.
943  *  \param [in] familyName - the family name.
944  *  \return bool - \c true the family \a familyName exists in \a this mesh.
945  */
946 bool MEDFileMesh::existsFamily(const std::string& familyName) const
947 {
948   std::string fname(familyName);
949   return _families.find(fname)!=_families.end();
950 }
951
952 /*!
953  * Sets an id of a family.
954  *  \param [in] familyName - the family name.
955  *  \param [in] id - a new id of the family.
956  */
957 void MEDFileMesh::setFamilyId(const std::string& familyName, int id)
958 {
959   std::string fname(familyName);
960   _families[fname]=id;
961 }
962
963 void MEDFileMesh::setFamilyIdUnique(const std::string& familyName, int id)
964 {
965   std::string fname(familyName);
966   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
967     if((*it).second==id)
968       {
969         if((*it).first!=familyName)
970           {
971             std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::setFamilyIdUnique : Family id #" << id << " is already belonging to family with name \"" << (*it).first << "\" !";
972             throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
973           }
974       }
975   _families[fname]=id;
976 }
977
978 /*!
979  * Adds a family to \a this mesh.
980  *  \param [in] familyName - a name of the family.
981  *  \param [in] famId - an id of the family.
982  *  \throw If a family with the same name or id already exists in \a this mesh.
983  */
984 void MEDFileMesh::addFamily(const std::string& familyName, int famId)
985 {
986   std::string fname(familyName);
987   std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.find(fname);
988   if(it==_families.end())
989     {
990       for(std::map<std::string,int>::const_iterator it2=_families.begin();it2!=_families.end();it2++)
991         if((*it2).second==famId)
992           {
993             std::ostringstream oss;
994             oss << "MEDFileMesh::addFamily : Family \"" << (*it2).first << "\" already exists with specified id : " << famId << " !";
995             throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
996           }
997       _families[fname]=famId;
998     }
999   else
1000     {
1001       if((*it).second!=famId)
1002         {
1003           std::ostringstream oss;
1004           oss << "MEDFileMesh::addFamily : Family \"" << fname << "\" already exists but has id set to " << (*it).second << " different from asked famId " << famId << " !";
1005           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1006         }
1007     }
1008 }
1009
1010 /*!
1011  * Creates a group including all mesh entities of given dimension.
1012  * \warning This method does \b not guarantee that the created group includes mesh
1013  * entities of only \a meshDimRelToMaxExt dimension in the case if some family id is
1014  * present in family fields of different dimensions. To assure this, call
1015  * ensureDifferentFamIdsPerLevel() \b before calling this method.
1016  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - a relative dimension of mesh entities to include to
1017  *          the group.
1018  *  \param [in] groupName - a name of the new group.
1019  *  \throw If a group named \a groupName already exists.
1020  *  \throw If no mesh entities of dimension \a meshDimRelToMaxExt exist in \a this mesh.
1021  *  \throw If no family field of dimension \a meshDimRelToMaxExt is present in \a this mesh.
1022  */
1023 void MEDFileMesh::createGroupOnAll(int meshDimRelToMaxExt, const std::string& groupName)
1024 {
1025   std::string grpName(groupName);
1026   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevelsExt();
1027   if(std::find(levs.begin(),levs.end(),meshDimRelToMaxExt)==levs.end())
1028     {
1029       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::createGroupOnAll : The relative ext dimension " << meshDimRelToMaxExt << " is not available !" << std::endl;
1030       oss << "Available relative ext levels are : ";
1031       std::copy(levs.begin(),levs.end(),std::ostream_iterator<int>(oss," "));
1032       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1033     }
1034   if(existsGroup(groupName))
1035     {
1036       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::createGroupOnAll : The groups \"" << grpName << "\" already exists in this !" << std::endl;
1037       oss << "Already existing groups are : ";
1038       std::copy(levs.begin(),levs.end(),std::ostream_iterator<int>(oss," "));
1039       oss << std::endl << "Please choose an another group name or call removeGroup(\"" << grpName << "\") method !";
1040       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1041     }
1042   const DataArrayInt *fieldFamIds=getFamilyFieldAtLevel(meshDimRelToMaxExt);
1043   if(fieldFamIds==0)
1044     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::createGroupOnAll : Family field arr ids is not defined for this level !");
1045   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famIds=fieldFamIds->getDifferentValues();
1046   std::vector<std::string> familiesOnWholeGroup;
1047   for(const int *it=famIds->begin();it!=famIds->end();it++)
1048     {
1049       bool tmp;
1050       familiesOnWholeGroup.push_back(findOrCreateAndGiveFamilyWithId(*it,tmp));
1051     }
1052   _groups[grpName]=familiesOnWholeGroup;
1053 }
1054
1055 /*!
1056  * Ensures that given family ids do not present in family fields of dimensions different
1057  * than given ones. If a family id is present in the family fields of dimensions different
1058  * than the given ones, a new family is created and the whole data is updated accordingly.
1059  *  \param [in] famIds - a sequence of family ids to check.
1060  *  \param [in] vMeshDimRelToMaxExt - a sequence of relative dimensions to which the \a
1061  *          famIds should exclusively belong.
1062  *  \return bool - \c true if no modification is done in \a this mesh by this method.
1063  */
1064 bool MEDFileMesh::keepFamIdsOnlyOnLevs(const std::vector<int>& famIds, const std::vector<int>& vMeshDimRelToMaxExt)
1065 {
1066   std::set<int> levsInput(vMeshDimRelToMaxExt.begin(),vMeshDimRelToMaxExt.end());
1067   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevelsExt();
1068   std::set<int> levs2(levs.begin(),levs.end());
1069   std::vector<int> levsToTest;
1070   std::set_difference(levs2.begin(),levs2.end(),levsInput.begin(),levsInput.end(),std::back_insert_iterator< std::vector<int> >(levsToTest));
1071   std::set<int> famIds2(famIds.begin(),famIds.end());
1072   bool ret=true;
1073   int maxFamId=1;
1074   if(!_families.empty())
1075     maxFamId=getMaxFamilyId()+1;
1076   std::vector<std::string> allFams=getFamiliesNames();
1077   for(std::vector<int>::const_iterator it=levsToTest.begin();it!=levsToTest.end();it++)
1078     {
1079       const DataArrayInt *fieldFamIds=getFamilyFieldAtLevel(*it);
1080       if(fieldFamIds)
1081         {
1082           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famIds3=fieldFamIds->getDifferentValues();
1083           std::vector<int> tmp;
1084           std::set_intersection(famIds3->begin(),famIds3->end(),famIds2.begin(),famIds2.end(),std::back_insert_iterator< std::vector<int> >(tmp));
1085           for(std::vector<int>::const_iterator it2=tmp.begin();it2!=tmp.end();it2++)
1086             {
1087               ret=false;
1088               std::string famName=getFamilyNameGivenId(*it2);
1089               std::ostringstream oss; oss << "Family_" << maxFamId;
1090               std::string zeName=CreateNameNotIn(oss.str(),allFams);
1091               addFamilyOnAllGroupsHaving(famName,zeName);
1092               _families[zeName]=maxFamId;
1093               (const_cast<DataArrayInt *>(fieldFamIds))->changeValue(*it2,maxFamId);
1094               maxFamId++;
1095             }
1096         }
1097     }
1098   return ret;
1099 }
1100
1101 /*!
1102  * Adds a family to a given group in \a this mesh. If the group with a given name does
1103  * not exist, it is created.
1104  *  \param [in] grpName - the name of the group to add the family in.
1105  *  \param [in] famName - the name of the family to add to the group named \a grpName.
1106  *  \throw If \a grpName or \a famName is an empty string.
1107  *  \throw If no family named \a famName is present in \a this mesh.
1108  */
1109 void MEDFileMesh::addFamilyOnGrp(const std::string& grpName, const std::string& famName)
1110 {
1111   std::string grpn(grpName);
1112   std::string famn(famName);
1113   if(grpn.empty() || famn.empty())
1114     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::addFamilyOnGrp : input strings must be non null !");
1115   std::vector<std::string> fams=getFamiliesNames();
1116   if(std::find(fams.begin(),fams.end(),famn)==fams.end())
1117     {
1118       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::addFamilyOnGrp : Family \"" << famn << "\" does not exist !" << std::endl;
1119       oss << "Create this family or choose an existing one ! Existing fams are : ";
1120       std::copy(fams.begin(),fams.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," ")); oss << ".";
1121       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1122     }
1123   std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it=_groups.find(grpn);
1124   if(it==_groups.end())
1125     {
1126       _groups[grpn].push_back(famn);
1127     }
1128   else
1129     {
1130       std::vector<std::string>::iterator it2=std::find((*it).second.begin(),(*it).second.end(),famn);
1131       if(it2==(*it).second.end())
1132         (*it).second.push_back(famn);
1133     }
1134 }
1135
1136 /*!
1137  * This method adds to all groups lying on family with name 'famName' the other family name 'otherFamName'.
1138  * This method is quite underground because it can lead to unconsistency because family 'otherFamName' is \b not added into _families.
1139  * This method is used by MEDFileMesh::keepFamIdsOnlyOnLevs method.
1140  */
1141 void MEDFileMesh::addFamilyOnAllGroupsHaving(const std::string& famName, const std::string& otherFamName)
1142 {
1143   std::string famNameCpp(famName);
1144   std::string otherCpp(otherFamName);
1145   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it=_groups.begin();it!=_groups.end();it++)
1146     {
1147       std::vector<std::string>& v=(*it).second;
1148       if(std::find(v.begin(),v.end(),famNameCpp)!=v.end())
1149         {
1150           v.push_back(otherCpp);
1151         }
1152     }
1153 }
1154
1155 /*!
1156  * \param [in] ids ids and group name of the new group to add. The ids should be sorted and different each other (MED file norm).
1157  * \parma [in,out] famArr family array on level of interest to be renumbered. The input pointer should be not \c NULL (no check of that will be performed)
1158  */
1159 void MEDFileMesh::addGroupUnderground(bool isNodeGroup, const DataArrayInt *ids, DataArrayInt *famArr)
1160 {
1161   if(!ids)
1162     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::addGroup : NULL pointer in input !");
1163   std::string grpName(ids->getName());
1164   if(grpName.empty())
1165     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::addGroup : empty group name ! MED file format do not accept empty group name !");
1166   ids->checkStrictlyMonotonic(true);
1167   famArr->incrRef(); MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famArrTmp(famArr);
1168   std::vector<std::string> grpsNames=getGroupsNames();
1169   if(std::find(grpsNames.begin(),grpsNames.end(),grpName)!=grpsNames.end())
1170     {
1171       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::addGroup : Group with name \"" << grpName << "\" already exists ! Destroy it before calling this method !";
1172       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1173     }
1174   std::list< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > allFamIds(getAllNonNullFamilyIds());
1175   allFamIds.erase(std::find(allFamIds.begin(),allFamIds.end(),famArrTmp));
1176   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famIds=famArr->selectByTupleIdSafe(ids->begin(),ids->end());
1177   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> diffFamIds=famIds->getDifferentValues();
1178   std::vector<int> familyIds;
1179   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > idsPerfamiliyIds;
1180   int maxVal=getTheMaxAbsFamilyId()+1;
1181   std::map<std::string,int> families(_families);
1182   std::map<std::string, std::vector<std::string> > groups(_groups);
1183   std::vector<std::string> fams;
1184   bool created(false);
1185   for(const int *famId=diffFamIds->begin();famId!=diffFamIds->end();famId++)
1186     {
1187       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ids2Tmp=famIds->getIdsEqual(*famId);
1188       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ids2=ids->selectByTupleId(ids2Tmp->begin(),ids2Tmp->end());
1189       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ids1=famArr->getIdsEqual(*famId);
1190       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret0(ids1->buildSubstractionOptimized(ids2));
1191       if(ret0->empty())
1192         {
1193           bool isFamPresent=false;
1194           for(std::list< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> >::const_iterator itl=allFamIds.begin();itl!=allFamIds.end() && !isFamPresent;itl++)
1195             isFamPresent=(*itl)->presenceOfValue(*famId);
1196           if(!isFamPresent)
1197             { familyIds.push_back(*famId); idsPerfamiliyIds.push_back(ret0); fams.push_back(FindOrCreateAndGiveFamilyWithId(families,*famId,created)); } // adding *famId in grp
1198           else
1199             {
1200               familyIds.push_back(isNodeGroup?maxVal:-maxVal); idsPerfamiliyIds.push_back(ids2);
1201               std::string locFamName=FindOrCreateAndGiveFamilyWithId(families,isNodeGroup?maxVal:-maxVal,created);
1202               fams.push_back(locFamName);
1203               if(existsFamily(*famId))
1204                 {
1205                   std::string locFamName2=getFamilyNameGivenId(*famId); std::vector<std::string> v(2); v[0]=locFamName2; v[1]=locFamName;
1206                   ChangeAllGroupsContainingFamily(groups,getFamilyNameGivenId(*famId),v);
1207                 }
1208               maxVal++;
1209             } // modifying all other groups on *famId to lie on maxVal and lie the grp on maxVal
1210         }
1211       else
1212         {
1213           familyIds.push_back(isNodeGroup?maxVal:-maxVal); idsPerfamiliyIds.push_back(ret0); // modifying all other groups on *famId to lie on maxVal and on maxVal+1
1214           familyIds.push_back(isNodeGroup?maxVal+1:-maxVal-1); idsPerfamiliyIds.push_back(ids2);//grp lie only on maxVal+1
1215           std::string n2(FindOrCreateAndGiveFamilyWithId(families,isNodeGroup?maxVal+1:-maxVal-1,created)); fams.push_back(n2);
1216           if(existsFamily(*famId))
1217             {
1218               std::string n1(FindOrCreateAndGiveFamilyWithId(families,isNodeGroup?maxVal:-maxVal,created)); std::vector<std::string> v(2); v[0]=n1; v[1]=n2;
1219               ChangeAllGroupsContainingFamily(groups,getFamilyNameGivenId(*famId),v);
1220             }
1221           maxVal+=2;
1222         }
1223     }
1224   for(std::size_t i=0;i<familyIds.size();i++)
1225     {
1226       DataArrayInt *da=idsPerfamiliyIds[i];
1227       famArr->setPartOfValuesSimple3(familyIds[i],da->begin(),da->end(),0,1,1);
1228     }
1229   _families=families;
1230   _groups=groups;
1231   _groups[grpName]=fams;
1232 }
1233
1234 void MEDFileMesh::changeAllGroupsContainingFamily(const std::string& familyNameToChange, const std::vector<std::string>& newFamiliesNames)
1235 {
1236   ChangeAllGroupsContainingFamily(_groups,familyNameToChange,newFamiliesNames);
1237 }
1238
1239 void MEDFileMesh::ChangeAllGroupsContainingFamily(std::map<std::string, std::vector<std::string> >& groups, const std::string& familyNameToChange, const std::vector<std::string>& newFamiliesNames)
1240 {
1241   std::string fam(familyNameToChange);
1242   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it=groups.begin();it!=groups.end();it++)
1243     {
1244       std::vector<std::string>& fams((*it).second);
1245       std::vector<std::string>::iterator it2=std::find(fams.begin(),fams.end(),fam);
1246       if(it2!=fams.end())
1247         {
1248           fams.erase(it2);
1249           fams.insert(fams.end(),newFamiliesNames.begin(),newFamiliesNames.end());
1250         }
1251     }
1252 }
1253
1254 /*!
1255  * Returns a name of the family having a given id or, if no such a family exists, creates
1256  * a new uniquely named family and returns its name.
1257  *  \param [in] id - the id of the family whose name is required.
1258  *  \param [out] created - returns \c true if the new family has been created, \c false, else.
1259  *  \return std::string - the name of the existing or the created family.
1260  *  \throw If it is not possible to create a unique family name.
1261  */
1262 std::string MEDFileMesh::findOrCreateAndGiveFamilyWithId(int id, bool& created)
1263 {
1264   return FindOrCreateAndGiveFamilyWithId(_families,id,created);
1265 }
1266
1267 /*!
1268  * If it exists a family whose family id is equal to 'id' this method behaves as MEDFileMesh::getFamilyNameGivenId.
1269  * In this case, 'this' internal states remains unchanged and 'created' out parameter will be set to false.
1270  * If there is no family whose family id is equal to 'id' a family is created with a name different from those
1271  * already existing. In this case 'created' will be returned with a value set to true, and internal state
1272  * will be modified.
1273  * This method will throws an exception if it is not possible to create a unique family name.
1274  */
1275 std::string MEDFileMesh::FindOrCreateAndGiveFamilyWithId(std::map<std::string,int>& families, int id, bool& created)
1276 {
1277   std::vector<std::string> famAlreadyExisting(families.size());
1278   int ii=0;
1279   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=families.begin();it!=families.end();it++,ii++)
1280     {
1281       if((*it).second!=id)
1282         {
1283           famAlreadyExisting[ii]=(*it).first;
1284         }
1285       else
1286         {
1287           created=false;
1288           return (*it).first;
1289         }
1290     }
1291   created=true;
1292   std::ostringstream oss; oss << "Family_" << id;
1293   std::string ret=CreateNameNotIn(oss.str(),famAlreadyExisting);
1294   families[ret]=id;
1295   return ret;
1296 }
1297
1298 /*!
1299  * Sets names and ids of all families in \a this mesh.
1300  *  \param [in] info - a map of a family name to a family id.
1301  */
1302 void MEDFileMesh::setFamilyInfo(const std::map<std::string,int>& info)
1303 {
1304   _families=info;
1305 }
1306
1307 /*!
1308  * Sets names of all groups and families constituting them in \a this mesh.
1309  *  \param [in] info - a map of a group name to a vector of names of families
1310  *          constituting the group.
1311  */
1312 void MEDFileMesh::setGroupInfo(const std::map<std::string, std::vector<std::string> >&info)
1313 {
1314   _groups=info;
1315 }
1316
1317 /*!
1318  * Returns an id of the family having a given name.
1319  *  \param [in] name - the name of the family of interest.
1320  *  \return int - the id of the family of interest.
1321  *  \throw If no family with such a \a name exists.
1322  */
1323 int MEDFileMesh::getFamilyId(const std::string& name) const
1324 {
1325   std::string oname(name);
1326   std::map<std::string, int>::const_iterator it=_families.find(oname);
1327   std::vector<std::string> fams=getFamiliesNames();
1328   if(it==_families.end())
1329     {
1330       std::ostringstream oss; oss << "No such familyname \"" << name << "\" !\nAvailable families are :";
1331       std::copy(fams.begin(),fams.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
1332       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1333     }
1334   return (*it).second;
1335 }
1336
1337 /*!
1338  * Returns ids of the families having given names.
1339  *  \param [in] fams - a sequence of the names of families of interest.
1340  *  \return std::vector<int> - a sequence of the ids of families of interest.
1341  *  \throw If \a fams contains a name of an inexistent family.
1342  */
1343 std::vector<int> MEDFileMesh::getFamiliesIds(const std::vector<std::string>& fams) const
1344 {
1345   std::vector<int> ret(fams.size());
1346   int i=0;
1347   for(std::vector<std::string>::const_iterator it=fams.begin();it!=fams.end();it++,i++)
1348     {
1349       std::map<std::string, int>::const_iterator it2=_families.find(*it);
1350       if(it2==_families.end())
1351         {
1352           std::vector<std::string> fams2=getFamiliesNames();
1353           std::ostringstream oss; oss << "No such familyname \"" << *it << "\" in input list !\nAvailable families are :";
1354           std::copy(fams2.begin(),fams2.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
1355           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1356         }
1357       ret[i]=(*it2).second;
1358     }
1359   return ret;
1360 }
1361
1362 /*!
1363  * Returns a maximal abs(id) of families in \a this mesh.
1364  *  \return int - the maximal norm of family id.
1365  *  \throw If there are no families in \a this mesh.
1366  */
1367 int MEDFileMesh::getMaxAbsFamilyId() const
1368 {
1369   if(_families.empty())
1370     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::getMaxFamilyId : no families set !");
1371   int ret=-std::numeric_limits<int>::max();
1372   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1373     {
1374       ret=std::max(std::abs((*it).second),ret);
1375     }
1376   return ret;
1377 }
1378
1379 /*!
1380  * Returns a maximal id of families in \a this mesh.
1381  *  \return int - the maximal family id.
1382  *  \throw If there are no families in \a this mesh.
1383  */
1384 int MEDFileMesh::getMaxFamilyId() const
1385 {
1386   if(_families.empty())
1387     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::getMaxFamilyId : no families set !");
1388   int ret=-std::numeric_limits<int>::max();
1389   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1390     {
1391       ret=std::max((*it).second,ret);
1392     }
1393   return ret;
1394 }
1395
1396 /*!
1397  * Returns a minimal id of families in \a this mesh.
1398  *  \return int - the minimal family id.
1399  *  \throw If there are no families in \a this mesh.
1400  */
1401 int MEDFileMesh::getMinFamilyId() const
1402 {
1403   if(_families.empty())
1404     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::getMinFamilyId : no families set !");
1405   int ret=std::numeric_limits<int>::max();
1406   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1407     {
1408       ret=std::min((*it).second,ret);
1409     }
1410   return ret;
1411 }
1412
1413 /*!
1414  * Returns a maximal id of families in \a this mesh. Not only named families are
1415  * considered but all family fields as well.
1416  *  \return int - the maximal family id.
1417  */
1418 int MEDFileMesh::getTheMaxAbsFamilyId() const
1419 {
1420   int m1=-std::numeric_limits<int>::max();
1421   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1422     m1=std::max(std::abs((*it).second),m1);
1423   int m2=getMaxAbsFamilyIdInArrays();
1424   return std::max(m1,m2);
1425 }
1426
1427 /*!
1428  * Returns a maximal id of families in \a this mesh. Not only named families are
1429  * considered but all family fields as well.
1430  *  \return int - the maximal family id.
1431  */
1432 int MEDFileMesh::getTheMaxFamilyId() const
1433 {
1434   int m1=-std::numeric_limits<int>::max();
1435   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1436     m1=std::max((*it).second,m1);
1437   int m2=getMaxFamilyIdInArrays();
1438   return std::max(m1,m2);
1439 }
1440
1441 /*!
1442  * Returns a minimal id of families in \a this mesh. Not only named families are
1443  * considered but all family fields as well.
1444  *  \return int - the minimal family id.
1445  */
1446 int MEDFileMesh::getTheMinFamilyId() const
1447 {
1448   int m1=std::numeric_limits<int>::max();
1449   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1450     m1=std::min((*it).second,m1);
1451   int m2=getMinFamilyIdInArrays();
1452   return std::min(m1,m2);
1453 }
1454
1455 /*!
1456  * This method only considers the maps. The contain of family array is ignored here.
1457  * 
1458  * \sa MEDFileMesh::computeAllFamilyIdsInUse
1459  */
1460 DataArrayInt *MEDFileMesh::getAllFamiliesIdsReferenced() const
1461 {
1462   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
1463   std::set<int> v;
1464   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1465     v.insert((*it).second);
1466   ret->alloc((int)v.size(),1);
1467   std::copy(v.begin(),v.end(),ret->getPointer());
1468   return ret.retn();
1469 }
1470
1471 /*!
1472  * This method does not consider map of family name, family id. Only family field array on different levels is considered.
1473  * 
1474  * \sa MEDFileMesh::getAllFamiliesIdsReferenced
1475  */
1476 DataArrayInt *MEDFileMesh::computeAllFamilyIdsInUse() const
1477 {
1478   std::vector<int> famLevs=getFamArrNonEmptyLevelsExt();
1479   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret;
1480   for(std::vector<int>::const_iterator it=famLevs.begin();it!=famLevs.end();it++)
1481     {
1482       const DataArrayInt *arr=getFamilyFieldAtLevel(*it);//arr not null due to spec of getFamArrNonEmptyLevelsExt
1483       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> dv=arr->getDifferentValues();
1484       if((DataArrayInt *) ret)
1485         ret=dv->buildUnion(ret);
1486       else
1487         ret=dv;
1488     }
1489   return ret.retn();
1490 }
1491
1492 /*!
1493  * true is returned if no modification has been needed. false if family
1494  * renumbering has been needed.       
1495  */
1496 bool MEDFileMesh::ensureDifferentFamIdsPerLevel()
1497 {
1498   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevelsExt();
1499   std::set<int> allFamIds;
1500   int maxId=getMaxFamilyId()+1;
1501   std::map<int,std::vector<int> > famIdsToRenum;
1502   for(std::vector<int>::const_iterator it=levs.begin();it!=levs.end();it++)
1503     {
1504       const DataArrayInt *fam=getFamilyFieldAtLevel(*it);
1505       if(fam)
1506         {
1507           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp=fam->getDifferentValues();
1508           std::set<int> r2;
1509           std::set_intersection(tmp->begin(),tmp->end(),allFamIds.begin(),allFamIds.end(),std::inserter(r2,r2.end()));
1510           if(!r2.empty())
1511             famIdsToRenum[*it].insert(famIdsToRenum[*it].end(),r2.begin(),r2.end());
1512           std::set<int> r3;
1513           std::set_union(tmp->begin(),tmp->end(),allFamIds.begin(),allFamIds.end(),std::inserter(r3,r3.end()));
1514         }
1515     }
1516   if(famIdsToRenum.empty())
1517     return true;
1518   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> allIds=getAllFamiliesIdsReferenced();
1519   for(std::map<int,std::vector<int> >::const_iterator it2=famIdsToRenum.begin();it2!=famIdsToRenum.end();it2++)
1520     {
1521       DataArrayInt *fam=const_cast<DataArrayInt *>(getFamilyFieldAtLevel((*it2).first));
1522       int *famIdsToChange=fam->getPointer();
1523       std::map<int,int> ren;
1524       for(std::vector<int>::const_iterator it3=(*it2).second.begin();it3!=(*it2).second.end();it3++,maxId++)
1525         {
1526           if(allIds->presenceOfValue(*it3))
1527             {
1528               std::string famName=getFamilyNameGivenId(*it3);
1529               std::vector<std::string> grps=getGroupsOnFamily(famName);
1530               ren[*it3]=maxId;
1531               bool dummy;
1532               std::string newFam=findOrCreateAndGiveFamilyWithId(maxId,dummy);
1533               for(std::vector<std::string>::const_iterator it4=grps.begin();it4!=grps.end();it4++)
1534                 addFamilyOnGrp((*it4),newFam);
1535             }
1536         }
1537       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ids=fam->getIdsEqualList(&(*it2).second[0],&(*it2).second[0]+(*it2).second.size());
1538       for(const int *id=ids->begin();id!=ids->end();id++)
1539         famIdsToChange[*id]=ren[famIdsToChange[*id]];
1540     }
1541   return false;
1542 }
1543
1544 /*!
1545  * This method normalizes fam id with the policy explained underneath. This policy is close to those implemented in SMESH.
1546  * Level #0 famids > 0, Level #-1 famids < 0, Level #-2 famids=0, Level #1 famids=0
1547  * This policy is those used by SMESH and Trio and that is the opposite of those in MED file.
1548  * This method will throw an exception if a same family id is detected in different level.
1549  * \warning This policy is the opposite of those in MED file documentation ...
1550  */
1551 void MEDFileMesh::normalizeFamIdsTrio()
1552 {
1553   ensureDifferentFamIdsPerLevel();
1554   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> allIds=getAllFamiliesIdsReferenced();
1555   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevelsExt();
1556   std::set<int> levsS(levs.begin(),levs.end());
1557   std::set<std::string> famsFetched;
1558   std::map<std::string,int> families;
1559   if(std::find(levs.begin(),levs.end(),0)!=levs.end())
1560     {
1561       levsS.erase(0);
1562       const DataArrayInt *fam=getFamilyFieldAtLevel(0);
1563       if(fam)
1564         {
1565           int refId=1;
1566           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp=fam->getDifferentValues();
1567           std::map<int,int> ren;
1568           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++,refId++)
1569             ren[*it]=refId;
1570           int nbOfTuples=fam->getNumberOfTuples();
1571           int *start=const_cast<DataArrayInt *>(fam)->getPointer();
1572           for(int *w=start;w!=start+nbOfTuples;w++)
1573             *w=ren[*w];
1574           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++)
1575             {
1576               if(allIds->presenceOfValue(*it))
1577                 {
1578                   std::string famName=getFamilyNameGivenId(*it);
1579                   families[famName]=ren[*it];
1580                   famsFetched.insert(famName);
1581                 }
1582             }
1583         }
1584     }
1585   if(std::find(levs.begin(),levs.end(),-1)!=levs.end())
1586     {
1587       levsS.erase(-1);
1588       const DataArrayInt *fam=getFamilyFieldAtLevel(-1);
1589       if(fam)
1590         {
1591           int refId=-1;
1592           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp=fam->getDifferentValues();
1593           std::map<int,int> ren;
1594           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++,refId--)
1595             ren[*it]=refId;
1596           int nbOfTuples=fam->getNumberOfTuples();
1597           int *start=const_cast<DataArrayInt *>(fam)->getPointer();
1598           for(int *w=start;w!=start+nbOfTuples;w++)
1599             *w=ren[*w];
1600           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++)
1601             {
1602               if(allIds->presenceOfValue(*it))
1603                 {
1604                   std::string famName=getFamilyNameGivenId(*it);
1605                   families[famName]=ren[*it];
1606                   famsFetched.insert(famName);
1607                 }
1608             }
1609         }
1610     }
1611   for(std::set<int>::const_iterator it2=levsS.begin();it2!=levsS.end();it2++)
1612     {
1613       DataArrayInt *fam=const_cast<DataArrayInt*>(getFamilyFieldAtLevel(*it2));
1614       if(fam)
1615         {
1616           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp=fam->getDifferentValues();
1617           fam->fillWithZero();
1618           for(const int *it3=tmp->begin();it3!=tmp->end();it3++)
1619             if(allIds->presenceOfValue(*it3))
1620               {
1621                 std::string famName=getFamilyNameGivenId(*it3);
1622                 families[famName]=0;
1623                 famsFetched.insert(famName);
1624               }
1625         }
1626     }
1627   //
1628   std::vector<std::string> allFams=getFamiliesNames();
1629   std::set<std::string> allFamsS(allFams.begin(),allFams.end());
1630   std::set<std::string> unFetchedIds;
1631   std::set_difference(allFamsS.begin(),allFamsS.end(),famsFetched.begin(),famsFetched.end(),std::inserter(unFetchedIds,unFetchedIds.end()));
1632   for(std::set<std::string>::const_iterator it4=unFetchedIds.begin();it4!=unFetchedIds.end();it4++)
1633     families[*it4]=_families[*it4];
1634   _families=families;
1635 }
1636
1637 /*!
1638  * This method normalizes fam id with the following policy.
1639  * Level #0 famids < 0, Level #-1 famids < 0 and for Level #1 famids >= 0
1640  * This policy is those defined in the MED file format but is the opposite of those implemented in SMESH and Trio.
1641  * This method will throw an exception if a same family id is detected in different level.
1642  */
1643 void MEDFileMesh::normalizeFamIdsMEDFile()
1644 {
1645   ensureDifferentFamIdsPerLevel();
1646   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> allIds=getAllFamiliesIdsReferenced();
1647   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevelsExt();
1648   std::set<int> levsS(levs.begin(),levs.end());
1649   std::set<std::string> famsFetched;
1650   std::map<std::string,int> families;
1651   int refId=1;
1652   if(std::find(levs.begin(),levs.end(),1)!=levs.end())
1653     {
1654       levsS.erase(1);
1655       const DataArrayInt *fam=getFamilyFieldAtLevel(1);
1656       if(fam)
1657         {
1658           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp=fam->getDifferentValues();
1659           std::map<int,int> ren;
1660           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++,refId++)
1661             ren[*it]=refId;
1662           int nbOfTuples=fam->getNumberOfTuples();
1663           int *start=const_cast<DataArrayInt *>(fam)->getPointer();
1664           for(int *w=start;w!=start+nbOfTuples;w++)
1665             *w=ren[*w];
1666           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++)
1667             {
1668               if(allIds->presenceOfValue(*it))
1669                 {
1670                   std::string famName=getFamilyNameGivenId(*it);
1671                   families[famName]=ren[*it];
1672                   famsFetched.insert(famName);
1673                 }
1674             }
1675         }
1676     }
1677   refId=-1;
1678   for(std::set<int>::const_reverse_iterator it2=levsS.rbegin();it2!=levsS.rend();it2++)
1679     {
1680       const DataArrayInt *fam=getFamilyFieldAtLevel(*it2);
1681       if(fam)
1682         {
1683           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp=fam->getDifferentValues();
1684           std::map<int,int> ren;
1685           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++,refId--)
1686             ren[*it]=refId;
1687           int nbOfTuples=fam->getNumberOfTuples();
1688           int *start=const_cast<DataArrayInt *>(fam)->getPointer();
1689           for(int *w=start;w!=start+nbOfTuples;w++)
1690             *w=ren[*w];
1691           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++)
1692             {
1693               if(allIds->presenceOfValue(*it))
1694                 {
1695                   std::string famName=getFamilyNameGivenId(*it);
1696                   families[famName]=ren[*it];
1697                   famsFetched.insert(famName);
1698                 }
1699             }
1700         }
1701     }
1702   //
1703   std::vector<std::string> allFams=getFamiliesNames();
1704   std::set<std::string> allFamsS(allFams.begin(),allFams.end());
1705   std::set<std::string> unFetchedIds;
1706   std::set_difference(allFamsS.begin(),allFamsS.end(),famsFetched.begin(),famsFetched.end(),std::inserter(unFetchedIds,unFetchedIds.end()));
1707   for(std::set<std::string>::const_iterator it4=unFetchedIds.begin();it4!=unFetchedIds.end();it4++)
1708     families[*it4]=_families[*it4];
1709   _families=families;
1710 }
1711
1712 /*!
1713  * Returns a name of the family by its id. If there are several families having the given
1714  * id, the name first in lexical order is returned.
1715  *  \param [in] id - the id of the family whose name is required.
1716  *  \return std::string - the name of the found family.
1717  *  \throw If no family with the given \a id exists.
1718  */
1719 std::string MEDFileMesh::getFamilyNameGivenId(int id) const
1720 {
1721   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1722     if((*it).second==id)
1723       return (*it).first;
1724   std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::getFamilyNameGivenId : no such family id : " << id;
1725   throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1726 }
1727
1728 /*!
1729  * Returns a string describing \a this mesh. This description includes the mesh name and
1730  * the mesh description string.
1731  *  \return std::string - the mesh information string.
1732  */
1733 std::string MEDFileMesh::simpleRepr() const
1734 {
1735   std::ostringstream oss;
1736   oss << "(*************************************)\n(* GENERAL INFORMATION ON THE MESH : *)\n(*************************************)\n";
1737   oss << "- Name of the mesh : <<" << getName() << ">>\n";
1738   oss << "- Description associated to the mesh : " << getDescription() << std::endl;
1739   return oss.str();
1740 }
1741
1742 /*!
1743  * This method is nearly like getFamilyFieldAtLevel method. Except that if the array does not exist at the specified level \a meshDimRelToMaxExt
1744  * an empty one is created.
1745  */
1746 DataArrayInt *MEDFileMesh::getOrCreateAndGetFamilyFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt)
1747 {
1748   DataArrayInt *ret(getFamilyFieldAtLevel(meshDimRelToMaxExt));
1749   if(ret)
1750     return ret;
1751   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> arr(DataArrayInt::New());
1752   arr->alloc(getSizeAtLevel(meshDimRelToMaxExt),1);
1753   arr->fillWithZero();
1754   setFamilyFieldArr(meshDimRelToMaxExt,arr);
1755   return getFamilyFieldAtLevel(meshDimRelToMaxExt);
1756 }
1757
1758 /*!
1759  * Returns ids of mesh entities contained in a given group of a given dimension.
1760  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - a relative dimension of the mesh entities whose ids
1761  *          are required.
1762  *  \param [in] grp - the name of the group of interest.
1763  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of entities, if available, are
1764  *          returned instead of ids. 
1765  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
1766  *          numbers, if available and required, of mesh entities of the group. The caller
1767  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
1768  *  \throw If the name of a nonexistent group is specified.
1769  *  \throw If the family field is missing for \a meshDimRelToMaxExt.
1770  */
1771 DataArrayInt *MEDFileMesh::getGroupArr(int meshDimRelToMaxExt, const std::string& grp, bool renum) const
1772 {
1773   std::vector<std::string> tmp(1);
1774   tmp[0]=grp;
1775   DataArrayInt *ret=getGroupsArr(meshDimRelToMaxExt,tmp,renum);
1776   ret->setName(grp);
1777   return ret;
1778 }
1779
1780 /*!
1781  * Returns ids of mesh entities contained in given groups of a given dimension.
1782  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - a relative dimension of the mesh entities whose ids
1783  *          are required.
1784  *  \param [in] grps - the names of the groups of interest.
1785  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of entities, if available, are
1786  *          returned instead of ids.
1787  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
1788  *          numbers, if available and required, of mesh entities of the groups. The caller
1789  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
1790  *  \throw If the name of a nonexistent group is present in \a grps.
1791  *  \throw If the family field is missing for \a meshDimRelToMaxExt.
1792  */
1793 DataArrayInt *MEDFileMesh::getGroupsArr(int meshDimRelToMaxExt, const std::vector<std::string>& grps, bool renum) const
1794 {
1795   std::vector<std::string> fams2=getFamiliesOnGroups(grps);
1796   return getFamiliesArr(meshDimRelToMaxExt,fams2,renum);
1797 }
1798
1799 /*!
1800  * Returns ids of mesh entities contained in a given family of a given dimension.
1801  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - a relative dimension of the mesh entities whose ids
1802  *          are required.
1803  *  \param [in] fam - the name of the family of interest.
1804  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of entities, if available, are
1805  *          returned instead of ids. 
1806  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
1807  *          numbers, if available and required, of mesh entities of the family. The caller
1808  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
1809  *  \throw If the family field is missing for \a meshDimRelToMaxExt.
1810  */
1811 DataArrayInt *MEDFileMesh::getFamilyArr(int meshDimRelToMaxExt, const std::string& fam, bool renum) const
1812 {
1813   std::vector<std::string> tmp(1);
1814   tmp[0]=fam;
1815   DataArrayInt *ret=getFamiliesArr(meshDimRelToMaxExt,tmp,renum);
1816   ret->setName(fam);
1817   return ret;
1818 }
1819
1820 /*!
1821  * Returns ids of nodes contained in a given group.
1822  *  \param [in] grp - the name of the group of interest.
1823  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of nodes, if available, are
1824  *          returned instead of ids. 
1825  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
1826  *          numbers, if available and required, of nodes of the group. The caller
1827  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
1828  *  \throw If the name of a nonexistent group is specified.
1829  *  \throw If the family field is missing for nodes.
1830  */
1831 DataArrayInt *MEDFileMesh::getNodeGroupArr(const std::string& grp, bool renum) const
1832 {
1833   std::vector<std::string> tmp(1);
1834   tmp[0]=grp;
1835   DataArrayInt *ret=getNodeGroupsArr(tmp,renum);
1836   ret->setName(grp);
1837   return ret;
1838 }
1839
1840 /*!
1841  * Returns ids of nodes contained in given groups.
1842  *  \param [in] grps - the names of the groups of interest.
1843  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of nodes, if available, are
1844  *          returned instead of ids. 
1845  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
1846  *          numbers, if available and required, of nodes of the groups. The caller
1847  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
1848  *  \throw If the name of a nonexistent group is present in \a grps.
1849  *  \throw If the family field is missing for nodes.
1850  */
1851 DataArrayInt *MEDFileMesh::getNodeGroupsArr(const std::vector<std::string>& grps, bool renum) const
1852 {
1853   return getGroupsArr(1,grps,renum);
1854 }
1855
1856 /*!
1857  * Returns ids of nodes contained in a given group.
1858  *  \param [in] grp - the name of the group of interest.
1859  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of nodes, if available, are
1860  *          returned instead of ids. 
1861  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
1862  *          numbers, if available and required, of nodes of the group. The caller
1863  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
1864  *  \throw If the name of a nonexistent group is specified.
1865  *  \throw If the family field is missing for nodes.
1866  */
1867 DataArrayInt *MEDFileMesh::getNodeFamilyArr(const std::string& fam, bool renum) const
1868 {
1869   std::vector<std::string> tmp(1);
1870   tmp[0]=fam;
1871   DataArrayInt *ret=getNodeFamiliesArr(tmp,renum);
1872   ret->setName(fam);
1873   return ret;
1874 }
1875
1876 /*!
1877  * Returns ids of nodes contained in given families.
1878  *  \param [in] fams - the names of the families of interest.
1879  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of nodes, if available, are
1880  *          returned instead of ids. 
1881  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
1882  *          numbers, if available and required, of nodes of the families. The caller
1883  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
1884  *  \throw If the family field is missing for nodes.
1885  */
1886 DataArrayInt *MEDFileMesh::getNodeFamiliesArr(const std::vector<std::string>& fams, bool renum) const
1887 {
1888   return getFamiliesArr(1,fams,renum);
1889 }
1890
1891 /*!
1892  * Adds groups of given dimension and creates corresponding families and family fields
1893  * given ids of mesh entities of each group.
1894  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative mesh dimension of given mesh entities.
1895  *  \param [in] grps - a sequence of arrays of ids each describing a group.
1896  *  \param [in] renum - \c true means that \a grps contains not ids but optional numbers
1897  *          of mesh entities.
1898  *  \throw If names of some groups in \a grps are equal.
1899  *  \throw If \a grps includes a group with an empty name.
1900  *  \throw If \a grps includes invalid ids (or numbers if \a renum == \c true ).
1901  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
1902  */
1903 void MEDFileMesh::setGroupsAtLevel(int meshDimRelToMaxExt, const std::vector<const DataArrayInt *>& grps, bool renum)
1904 {
1905   if(grps.empty())
1906     return ;
1907   std::set<std::string> grpsName;
1908   std::vector<std::string> grpsName2(grps.size());
1909   int i=0;
1910
1911   for(std::vector<const DataArrayInt *>::const_iterator it=grps.begin();it!=grps.end();it++,i++)
1912     {
1913       grpsName.insert((*it)->getName());
1914       grpsName2[i]=(*it)->getName();
1915     }
1916   if(grpsName.size()!=grps.size())
1917     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setGroupsAtLevel : groups name must be different each other !");
1918   if(grpsName.find(std::string(""))!=grpsName.end())
1919     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setGroupsAtLevel : groups name must be different empty string !");
1920   int sz=getSizeAtLevel(meshDimRelToMaxExt);
1921   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> fam;
1922   std::vector< std::vector<int> > fidsOfGroups;
1923   if(!renum)
1924     {
1925       fam=DataArrayInt::MakePartition(grps,sz,fidsOfGroups);
1926     }
1927   else
1928     {
1929       std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > grps2(grps.size());
1930       for(unsigned int ii=0;ii<grps.size();ii++)
1931         {
1932           grps2[ii]=MEDFileUMeshSplitL1::Renumber(getRevNumberFieldAtLevel(meshDimRelToMaxExt),grps[ii]);
1933           grps2[ii]->setName(grps[ii]->getName());
1934         }
1935       std::vector<const DataArrayInt *> grps3(grps2.begin(),grps2.end());
1936       fam=DataArrayInt::MakePartition(grps3,sz,fidsOfGroups);
1937     }
1938   int offset=1;
1939   if(!_families.empty())
1940     offset=getMaxAbsFamilyId()+1;
1941   TranslateFamilyIds(meshDimRelToMaxExt==1?offset:-offset,fam,fidsOfGroups);
1942   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ids=fam->getDifferentValues();
1943   appendFamilyEntries(ids,fidsOfGroups,grpsName2);
1944   setFamilyFieldArr(meshDimRelToMaxExt,fam);
1945 }
1946
1947 /*!
1948  * This method append into '_families' attribute the families whose ids are in 'famIds'. Warning 'famIds' are expected to be ids
1949  * not in '_families'. Groups information are given in parameters in order to give to families representative names.
1950  * For the moment, the two last input parameters are not taken into account.
1951  */
1952 void MEDFileMesh::appendFamilyEntries(const DataArrayInt *famIds, const std::vector< std::vector<int> >& fidsOfGrps, const std::vector<std::string>& grpNames)
1953 {
1954   std::map<int,std::string> famInv;
1955   for(const int *it=famIds->begin();it!=famIds->end();it++)
1956     {
1957       std::ostringstream oss;
1958       oss << "Family_" << (*it);
1959       _families[oss.str()]=(*it);
1960       famInv[*it]=oss.str();
1961     }
1962   int i=0;
1963   for(std::vector< std::vector<int> >::const_iterator it1=fidsOfGrps.begin();it1!=fidsOfGrps.end();it1++,i++)
1964     {
1965       for(std::vector<int>::const_iterator it2=(*it1).begin();it2!=(*it1).end();it2++)
1966         {
1967           _groups[grpNames[i]].push_back(famInv[*it2]);
1968         }
1969     }
1970 }
1971
1972 std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> MEDFileMesh::getAllGeoTypes() const
1973 {
1974   std::vector<int> levs(getNonEmptyLevels());
1975   std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> ret;
1976   for(std::vector<int>::const_iterator it=levs.begin();it!=levs.end();it++)
1977     {
1978       std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> elts(getGeoTypesAtLevel(*it));
1979       ret.insert(ret.end(),elts.begin(),elts.end());
1980     }
1981   return ret;
1982 }
1983
1984 std::vector<int> MEDFileMesh::getDistributionOfTypes(int meshDimRelToMax) const
1985 {
1986   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingMesh> mLev(getGenMeshAtLevel(meshDimRelToMax));
1987   return mLev->getDistributionOfTypes();
1988 }
1989
1990 void MEDFileMesh::TranslateFamilyIds(int offset, DataArrayInt *famArr, std::vector< std::vector<int> >& famIdsPerGrp)
1991 {
1992   famArr->applyLin(offset>0?1:-1,offset,0);
1993   for(std::vector< std::vector<int> >::iterator it1=famIdsPerGrp.begin();it1!=famIdsPerGrp.end();it1++)
1994     {
1995       if(offset<0)
1996         std::transform((*it1).begin(),(*it1).end(),(*it1).begin(),std::negate<int>());
1997       std::transform((*it1).begin(),(*it1).end(),(*it1).begin(),std::bind2nd(std::plus<int>(),offset));
1998     }
1999 }
2000
2001 /*!
2002  * Warning no check is done on 'nameTry' in parameter. It should be non empty.
2003  * This method returns a name close to 'nameTry' so that it is not already into 'namesToAvoid'.
2004  * If this method fails to find such a name it will throw an exception.
2005  */
2006 std::string MEDFileMesh::CreateNameNotIn(const std::string& nameTry, const std::vector<std::string>& namesToAvoid)
2007 {
2008   //attempt #0
2009   if(std::find(namesToAvoid.begin(),namesToAvoid.end(),nameTry)==namesToAvoid.end())
2010     return nameTry;
2011   //attempt #1
2012   std::size_t len=nameTry.length();
2013   for(std::size_t ii=1;ii<len;ii++)
2014     {
2015       std::string tmp=nameTry.substr(ii,len-ii);
2016       if(std::find(namesToAvoid.begin(),namesToAvoid.end(),tmp)==namesToAvoid.end())
2017         return tmp;
2018     }
2019   //attempt #2
2020   if(len>=1)
2021     {
2022       for(std::size_t i=1;i<30;i++)
2023         {
2024           std::string tmp1(nameTry.at(0),i);
2025           tmp1+=nameTry;
2026           if(std::find(namesToAvoid.begin(),namesToAvoid.end(),tmp1)==namesToAvoid.end())
2027             return tmp1;
2028         }
2029     }
2030   //attempt #3
2031   std::string tmp2;
2032   for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=namesToAvoid.begin();it2!=namesToAvoid.end();it2++)
2033     tmp2+=(*it2);
2034   if(std::find(namesToAvoid.begin(),namesToAvoid.end(),tmp2)==namesToAvoid.end())
2035     return tmp2;
2036   throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::CreateNameNotIn : impossible to find a not already used name !");
2037 }
2038
2039 int MEDFileMesh::PutInThirdComponentOfCodeOffset(std::vector<int>& code, int strt)
2040 {
2041   std::size_t nbOfChunks=code.size()/3;
2042   if(code.size()%3!=0)
2043     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::PutInThirdComponentOfCodeOffset : code has invalid size : should be of size 3*x !");
2044   int ret=strt;
2045   for(std::size_t i=0;i<nbOfChunks;i++)
2046     {
2047       code[3*i+2]=ret;
2048       ret+=code[3*i+1];
2049     }
2050   return ret;
2051 }
2052
2053 /*!
2054  * This method should be called by any set* method of subclasses to deal automatically with _name attribute.
2055  * If _name attribute is empty the name of 'm' if taken as _name attribute.
2056  * If _name is not empty and that 'm' has the same name nothing is done.
2057  * If _name is not emplt and that 'm' has \b NOT the same name an exception is thrown.
2058  */
2059 void MEDFileMesh::dealWithTinyInfo(const MEDCouplingMesh *m)
2060 {
2061   if(!m)
2062     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::dealWithTinyInfo : input mesh in NULL !");
2063   if(_name.empty())
2064     _name=m->getName();
2065   else
2066     {
2067       std::string name(m->getName());
2068       if(!name.empty())
2069         {
2070           if(_name!=name)
2071             {
2072               std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::dealWithTinyInfo : name of current MEDfile mesh is '" << _name << "' whereas name of input mesh is : '";
2073               oss << name << "' ! Names must match !";
2074               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2075             }
2076         }
2077     }
2078   if(_desc_name.empty())
2079     _desc_name=m->getDescription();
2080   else
2081     {
2082       std::string name(m->getDescription());
2083       if(!name.empty())
2084         {
2085           if(_desc_name!=name)
2086             {
2087               std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::dealWithTinyInfo : description of current MEDfile mesh is '" << _desc_name << "' whereas name of input mesh is : '";
2088               oss << name << "' ! Names must match !";
2089               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2090             }
2091         }
2092     }
2093 }
2094
2095 void MEDFileMesh::getFamilyRepr(std::ostream& oss) const
2096 {
2097   oss << "(**************************)\n(* FAMILIES OF THE MESH : *)\n(**************************)\n";
2098   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
2099     {
2100       oss << "- Family with name \"" << (*it).first << "\" with number " << (*it).second << std::endl;
2101       oss << "  - Groups lying on this family : ";
2102       std::vector<std::string> grps=getGroupsOnFamily((*it).first);
2103       std::copy(grps.begin(),grps.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
2104       oss << std::endl << std::endl;
2105     }
2106 }
2107
2108 /*!
2109  * Returns a new MEDFileUMesh holding the mesh data that has been read from a given MED
2110  * file. The mesh to load is specified by its name and numbers of a time step and an
2111  * iteration.
2112  *  \param [in] fileName - the name of MED file to read.
2113  *  \param [in] mName - the name of the mesh to read.
2114  *  \param [in] dt - the number of a time step.
2115  *  \param [in] it - the number of an iteration.
2116  *  \return MEDFileUMesh * - a new instance of MEDFileUMesh. The caller is to delete this
2117  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
2118  *  \throw If the file is not readable.
2119  *  \throw If there is no mesh with given attributes in the file.
2120  *  \throw If the mesh in the file is not an unstructured one.
2121  */
2122 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::New(const std::string& fileName, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2123 {
2124   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
2125   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
2126   return new MEDFileUMesh(fid,mName,dt,it,mrs);
2127 }
2128
2129 /*!
2130  * Returns a new MEDFileUMesh holding the mesh data that has been read from a given MED
2131  * file. The first mesh in the file is loaded.
2132  *  \param [in] fileName - the name of MED file to read.
2133  *  \return MEDFileUMesh * - a new instance of MEDFileUMesh. The caller is to delete this
2134  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
2135  *  \throw If the file is not readable.
2136  *  \throw If there is no meshes in the file.
2137  *  \throw If the mesh in the file is not an unstructured one.
2138  */
2139 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::New(const std::string& fileName, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2140 {
2141   std::vector<std::string> ms=MEDLoader::GetMeshNames(fileName);
2142   if(ms.empty())
2143     {
2144       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::New : no meshes in file \"" << fileName << "\" !";
2145       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2146     }
2147   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
2148   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
2149   int dt,it;
2150   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
2151   std::string dummy2;
2152   MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,ms.front(),meshType,dt,it,dummy2);
2153   return new MEDFileUMesh(fid,ms.front(),dt,it,mrs);
2154 }
2155
2156 /*!
2157  * Returns an empty instance of MEDFileUMesh.
2158  *  \return MEDFileUMesh * - a new instance of MEDFileUMesh. The caller is to delete this
2159  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
2160  */
2161 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::New()
2162 {
2163   return new MEDFileUMesh;
2164 }
2165
2166 /*!
2167  * This method loads from file with name \a fileName the mesh called \a mName as New does. The difference is that
2168  * here only a part of cells contained in the file will be loaded. The selection of cell is specified using the two consecutive parameters
2169  * \a types and \a slicPerTyp. This method allows to load from a mesh (typically huge) in a MED file a part of cells of that mesh.
2170  * The part of cells is specified using triplet (start,stop,step) for each geometric type. Only nodes lying on selected cells will be loaded to reduce
2171  * at most the memory consumtion.
2172  *
2173  * \param [in] fileName - the name of the file.
2174  * \param [in] mName - the name of the mesh to be read.
2175  * \param [in] types - the list of the geo types of which some part will be taken. A geometric type in \a types must appear only once at most.
2176  * \param [in] slicPerType - an array of size 3 times larger than \a types that specifies for each type in \a types (in the same order) resp the start, the stop and the step.
2177  * \param [in] dt - the iteration, that is to say the first element of the pair that locates the asked time step.
2178  * \param [in] it - the order, that is to say the second element of the pair that locates the asked time step.
2179  * \param [in] mrs - the request for what to be loaded.
2180  * \return MEDFileUMesh * - a new instance of MEDFileUMesh. The caller is to delete this mesh using decrRef() as it is no more needed.
2181  */
2182 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::LoadPartOf(const std::string& fileName, const std::string& mName, const std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& types, const std::vector<int>& slicPerTyp, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2183 {
2184   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
2185   MEDFileUtilities::AutoFid fid(MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY));
2186   return MEDFileUMesh::LoadPartOf(fid,mName,types,slicPerTyp,dt,it,mrs);
2187 }
2188
2189 /*!
2190  * Please refer to the other MEDFileUMesh::LoadPartOf method that has the same semantic and the same parameter (excepted the first).
2191  * This method is \b NOT wrapped into python.
2192  */
2193 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::LoadPartOf(med_idt fid, const std::string& mName, const std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& types, const std::vector<int>& slicPerTyp, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2194 {
2195   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> ret(MEDFileUMesh::New());
2196   ret->loadPartUMeshFromFile(fid,mName,types,slicPerTyp,dt,it,mrs);
2197   return ret.retn();
2198 }
2199
2200 std::size_t MEDFileUMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
2201 {
2202   std::size_t ret(MEDFileMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren());
2203   ret+=_ms.capacity()*(sizeof(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1>));
2204   return ret;
2205 }
2206
2207 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileUMesh::getDirectChildrenWithNull() const
2208 {
2209   std::vector<const BigMemoryObject *> ret(MEDFileMesh::getDirectChildrenWithNull());
2210   ret.push_back((const DataArrayDouble*)_coords);
2211   ret.push_back((const DataArrayInt *)_fam_coords);
2212   ret.push_back((const DataArrayInt *)_num_coords);
2213   ret.push_back((const DataArrayInt *)_rev_num_coords);
2214   ret.push_back((const DataArrayAsciiChar *)_name_coords);
2215   ret.push_back((const PartDefinition *)_part_coords);
2216   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
2217     ret.push_back((const MEDFileUMeshSplitL1*) *it);
2218   return ret;
2219 }
2220
2221 MEDFileMesh *MEDFileUMesh::shallowCpy() const
2222 {
2223   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> ret=new MEDFileUMesh(*this);
2224   return ret.retn();
2225 }
2226
2227 MEDFileMesh *MEDFileUMesh::createNewEmpty() const
2228 {
2229   return new MEDFileUMesh;
2230 }
2231
2232 MEDFileMesh *MEDFileUMesh::deepCpy() const
2233 {
2234   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> ret=new MEDFileUMesh(*this);
2235   if((const DataArrayDouble*)_coords)
2236     ret->_coords=_coords->deepCpy();
2237   if((const DataArrayInt*)_fam_coords)
2238     ret->_fam_coords=_fam_coords->deepCpy();
2239   if((const DataArrayInt*)_num_coords)
2240     ret->_num_coords=_num_coords->deepCpy();
2241   if((const DataArrayInt*)_rev_num_coords)
2242     ret->_rev_num_coords=_rev_num_coords->deepCpy();
2243   if((const DataArrayAsciiChar*)_name_coords)
2244     ret->_name_coords=_name_coords->deepCpy();
2245   std::size_t i=0;
2246   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++,i++)
2247     {
2248       if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it))
2249         ret->_ms[i]=(*it)->deepCpy(ret->_coords);
2250     }
2251   if((const PartDefinition*)_part_coords)
2252     ret->_part_coords=_part_coords->deepCpy();
2253   return ret.retn();
2254 }
2255
2256 /*!
2257  * Checks if \a this and another mesh are equal.
2258  *  \param [in] other - the mesh to compare with.
2259  *  \param [in] eps - a precision used to compare real values.
2260  *  \param [in,out] what - the string returning description of unequal data.
2261  *  \return bool - \c true if the meshes are equal, \c false, else.
2262  */
2263 bool MEDFileUMesh::isEqual(const MEDFileMesh *other, double eps, std::string& what) const
2264 {
2265   if(!MEDFileMesh::isEqual(other,eps,what))
2266     return false;
2267   const MEDFileUMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDFileUMesh *>(other);
2268   if(!otherC)
2269     {
2270       what="Mesh types differ ! This is unstructured and other is NOT !";
2271       return false;
2272     }
2273   clearNonDiscrAttributes();
2274   otherC->clearNonDiscrAttributes();
2275   const DataArrayDouble *coo1=_coords;
2276   const DataArrayDouble *coo2=otherC->_coords;
2277   if((coo1==0 && coo2!=0) || (coo1!=0 && coo2==0))
2278     {
2279       what="Mismatch of coordinates ! One is defined and not other !";
2280       return false;
2281     }
2282   if(coo1)
2283     {
2284       bool ret=coo1->isEqual(*coo2,eps);
2285       if(!ret)
2286         {
2287           what="Coords differ !";
2288           return false;
2289         }
2290     }
2291   const DataArrayInt *famc1=_fam_coords;
2292   const DataArrayInt *famc2=otherC->_fam_coords;
2293   if((famc1==0 && famc2!=0) || (famc1!=0 && famc2==0))
2294     {
2295       what="Mismatch of families arr on nodes ! One is defined and not other !";
2296       return false;
2297     }
2298   if(famc1)
2299     {
2300       bool ret=famc1->isEqual(*famc2);
2301       if(!ret)
2302         {
2303           what="Families arr on node differ !";
2304           return false;
2305         }
2306     }
2307   const DataArrayInt *numc1=_num_coords;
2308   const DataArrayInt *numc2=otherC->_num_coords;
2309   if((numc1==0 && numc2!=0) || (numc1!=0 && numc2==0))
2310     {
2311       what="Mismatch of numbering arr on nodes ! One is defined and not other !";
2312       return false;
2313     }
2314   if(numc1)
2315     {
2316       bool ret=numc1->isEqual(*numc2);
2317       if(!ret)
2318         {
2319           what="Numbering arr on node differ !";
2320           return false;
2321         }
2322     }
2323   const DataArrayAsciiChar *namec1=_name_coords;
2324   const DataArrayAsciiChar *namec2=otherC->_name_coords;
2325   if((namec1==0 && namec2!=0) || (namec1!=0 && namec2==0))
2326     {
2327       what="Mismatch of naming arr on nodes ! One is defined and not other !";
2328       return false;
2329     }
2330   if(namec1)
2331     {
2332       bool ret=namec1->isEqual(*namec2);
2333       if(!ret)
2334         {
2335           what="Names arr on node differ !";
2336           return false;
2337         }
2338     }
2339   if(_ms.size()!=otherC->_ms.size())
2340     {
2341       what="Number of levels differs !";
2342       return false;
2343     }
2344   std::size_t sz=_ms.size();
2345   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
2346     {
2347       const MEDFileUMeshSplitL1 *s1=_ms[i];
2348       const MEDFileUMeshSplitL1 *s2=otherC->_ms[i];
2349       if((s1==0 && s2!=0) || (s1!=0 && s2==0))
2350         {
2351           what="Mismatch of presence of sub levels !";
2352           return false;
2353         }
2354       if(s1)
2355         {
2356           bool ret=s1->isEqual(s2,eps,what);
2357           if(!ret)
2358             return false;
2359         }
2360     }
2361   const PartDefinition *pd0(_part_coords),*pd1(otherC->_part_coords);
2362   if(!pd0 && !pd1)
2363     return true;
2364   if((!pd0 && pd1) || (pd0 && !pd1))
2365     {
2366       what=std::string("node part def is defined only for one among this or other !");
2367       return false;
2368     }
2369   return pd0->isEqual(pd1,what);
2370 }
2371
2372 /*!
2373  * Clears redundant attributes of incorporated data arrays.
2374  */
2375 void MEDFileUMesh::clearNonDiscrAttributes() const
2376 {
2377   MEDFileMesh::clearNonDiscrAttributes();
2378   const DataArrayDouble *coo1=_coords;
2379   if(coo1)
2380     (const_cast<DataArrayDouble *>(coo1))->setName("");//This parameter is not discriminant for comparison
2381   const DataArrayInt *famc1=_fam_coords;
2382   if(famc1)
2383     (const_cast<DataArrayInt *>(famc1))->setName("");//This parameter is not discriminant for comparison
2384   const DataArrayInt *numc1=_num_coords;
2385   if(numc1)
2386     (const_cast<DataArrayInt *>(numc1))->setName("");//This parameter is not discriminant for comparison
2387   const DataArrayAsciiChar *namc1=_name_coords;
2388   if(namc1)
2389     (const_cast<DataArrayAsciiChar *>(namc1))->setName("");//This parameter is not discriminant for comparison
2390   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
2391     {
2392       const MEDFileUMeshSplitL1 *tmp=(*it);
2393       if(tmp)
2394         tmp->clearNonDiscrAttributes();
2395     }
2396 }
2397
2398 void MEDFileUMesh::setName(const std::string& name)
2399 {
2400   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
2401     if((MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it)!=0)
2402       (*it)->setName(name);
2403   MEDFileMesh::setName(name);
2404 }
2405
2406 MEDFileUMesh::MEDFileUMesh()
2407 {
2408 }
2409
2410 MEDFileUMesh::MEDFileUMesh(med_idt fid, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2411 try
2412 {
2413     loadUMeshFromFile(fid,mName,dt,it,mrs);
2414     loadJointsFromFile(fid);
2415   }
2416 catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
2417 {
2418     throw e;
2419 }
2420
2421 /*!
2422  * This method loads only a part of specified cells (given by range of cell ID per geometric type)
2423  * See MEDFileUMesh::LoadPartOf for detailed description.
2424  *
2425  * \sa loadUMeshFromFile
2426  */
2427 void MEDFileUMesh::loadPartUMeshFromFile(med_idt fid, const std::string& mName, const std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& types, const std::vector<int>& slicPerTyp, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2428 {
2429   MEDFileUMeshL2 loaderl2;
2430   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
2431   int dummy0,dummy1;
2432   std::string dummy2;
2433   int mid(MEDFileUMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,mName,meshType,dummy0,dummy1,dummy2));
2434   if(meshType!=UNSTRUCTURED)
2435     {
2436       std::ostringstream oss; oss << "loadPartUMeshFromFile : Trying to load as unstructured an existing mesh with name '" << mName << "' !";
2437       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2438     }
2439   loaderl2.loadPart(fid,mid,mName,types,slicPerTyp,dt,it,mrs);
2440   dispatchLoadedPart(fid,loaderl2,mName,mrs);
2441 }
2442
2443 /*!
2444  * \brief Write joints in a file
2445  */
2446 void MEDFileMesh::writeJoints(med_idt fid) const
2447 {
2448   if ( (const MEDFileJoints*) _joints )
2449     _joints->write(fid);
2450 }
2451
2452 /*!
2453  * \brief Load joints in a file or use provided ones
2454  */
2455 //================================================================================
2456 /*!
2457  * \brief Load joints in a file or use provided ones
2458  *  \param [in] fid - MED file descriptor
2459  *  \param [in] toUseInstedOfReading - optional joints to use instead of reading,
2460  *          Usually this joints are those just read by another iteration
2461  *          of namesake mesh, when this method is called by MEDFileMeshMultiTS::New()
2462  */
2463 //================================================================================
2464
2465 void MEDFileMesh::loadJointsFromFile(med_idt fid, MEDFileJoints* toUseInstedOfReading)
2466 {
2467   if ( toUseInstedOfReading )
2468     setJoints( toUseInstedOfReading );
2469   else
2470     _joints = MEDFileJoints::New( fid, _name );
2471 }
2472
2473 /*!
2474  * \brief Return number of joints, which is equal to number of adjacent mesh domains
2475  */
2476 int MEDFileMesh::getNumberOfJoints()
2477 {
2478   return ( (MEDFileJoints*) _joints ) ? _joints->getNumberOfJoints() : 0;
2479 }
2480
2481 /*!
2482  * \brief Return joints with all adjacent mesh domains
2483  */
2484 MEDFileJoints * MEDFileMesh::getJoints() const
2485 {
2486   return const_cast<MEDFileJoints*>(& (*_joints));
2487 }
2488
2489 void MEDFileMesh::setJoints( MEDFileJoints* joints )
2490 {
2491   if ( joints != _joints )
2492     {
2493       _joints = joints;
2494       if ( joints )
2495         joints->incrRef();
2496     }
2497 }
2498
2499 /*!
2500  * This method loads \b all \b the \b mesh \a mName in the file with \a fid descriptor.
2501  *
2502  * \sa loadPartUMeshFromFile
2503  */
2504 void MEDFileUMesh::loadUMeshFromFile(med_idt fid, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2505 {
2506   MEDFileUMeshL2 loaderl2;
2507   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
2508   int dummy0,dummy1;
2509   std::string dummy2;
2510   int mid(MEDFileUMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,mName,meshType,dummy0,dummy1,dummy2));
2511   if(meshType!=UNSTRUCTURED)
2512     {
2513       std::ostringstream oss; oss << "Trying to load as unstructured an existing mesh with name '" << mName << "' !";
2514       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2515     }
2516   loaderl2.loadAll(fid,mid,mName,dt,it,mrs);
2517   dispatchLoadedPart(fid,loaderl2,mName,mrs);
2518 }
2519
2520 void MEDFileUMesh::dispatchLoadedPart(med_idt fid, const MEDFileUMeshL2& loaderl2, const std::string& mName, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2521 {
2522   int lev=loaderl2.getNumberOfLevels();
2523   _ms.resize(lev);
2524   for(int i=0;i<lev;i++)
2525     {
2526       if(!loaderl2.emptyLev(i))
2527         _ms[i]=new MEDFileUMeshSplitL1(loaderl2,mName,i);
2528       else
2529         _ms[i]=0;
2530     }
2531   MEDFileMeshL2::ReadFamiliesAndGrps(fid,mName,_families,_groups,mrs);
2532   //
2533   setName(loaderl2.getName());
2534   setDescription(loaderl2.getDescription());
2535   setUnivName(loaderl2.getUnivName());
2536   setIteration(loaderl2.getIteration());
2537   setOrder(loaderl2.getOrder());
2538   setTimeValue(loaderl2.getTime());
2539   setTimeUnit(loaderl2.getTimeUnit());
2540   _coords=loaderl2.getCoords();
2541   if(!mrs || mrs->isNodeFamilyFieldReading())
2542     _fam_coords=loaderl2.getCoordsFamily();
2543   if(!mrs || mrs->isNodeNumFieldReading())
2544     _num_coords=loaderl2.getCoordsNum();
2545   if(!mrs || mrs->isNodeNameFieldReading())
2546     _name_coords=loaderl2.getCoordsName();
2547   _part_coords=loaderl2.getPartDefOfCoo();
2548   computeRevNum();
2549 }
2550
2551 MEDFileUMesh::~MEDFileUMesh()
2552 {
2553 }
2554
2555 void MEDFileUMesh::writeLL(med_idt fid) const
2556 {
2557   const DataArrayDouble *coo=_coords;
2558   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> maa=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_NAME_SIZE);
2559   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> desc=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_COMMENT_SIZE);
2560   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_name.c_str(),MED_NAME_SIZE,maa,_too_long_str);
2561   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_desc_name.c_str(),MED_COMMENT_SIZE,desc,_too_long_str);
2562   int spaceDim=coo?coo->getNumberOfComponents():0;
2563   int mdim(0);
2564   if(!_ms.empty())
2565     mdim=getMeshDimension();
2566   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> comp=MEDLoaderBase::buildEmptyString(spaceDim*MED_SNAME_SIZE);
2567   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> unit=MEDLoaderBase::buildEmptyString(spaceDim*MED_SNAME_SIZE);
2568   for(int i=0;i<spaceDim;i++)
2569     {
2570       std::string info=coo->getInfoOnComponent(i);
2571       std::string c,u;
2572       MEDLoaderBase::splitIntoNameAndUnit(info,c,u);
2573       MEDLoaderBase::safeStrCpy2(c.c_str(),MED_SNAME_SIZE-1,comp+i*MED_SNAME_SIZE,_too_long_str);//MED_TAILLE_PNOM-1 to avoid to write '\0' on next compo
2574       MEDLoaderBase::safeStrCpy2(u.c_str(),MED_SNAME_SIZE-1,unit+i*MED_SNAME_SIZE,_too_long_str);//MED_TAILLE_PNOM-1 to avoid to write '\0' on next compo
2575     }
2576   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshCr,(fid,maa,spaceDim,mdim,MED_UNSTRUCTURED_MESH,desc,"",MED_SORT_DTIT,MED_CARTESIAN,comp,unit));
2577   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshUniversalNameWr,(fid,maa));
2578   std::string meshName(MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(maa,MED_NAME_SIZE));
2579   MEDFileUMeshL2::WriteCoords(fid,meshName,_iteration,_order,_time,_coords,_fam_coords,_num_coords,_name_coords);
2580   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
2581     if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it)!=0)
2582       (*it)->write(fid,meshName,mdim);
2583   MEDFileUMeshL2::WriteFamiliesAndGrps(fid,meshName,_families,_groups,_too_long_str);
2584
2585   writeJoints(fid);
2586 }
2587
2588 /*!
2589  * Returns relative dimensions of mesh entities (excluding nodes) present in \a this mesh.
2590  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2591  */
2592 std::vector<int> MEDFileUMesh::getNonEmptyLevels() const
2593 {
2594   std::vector<int> ret;
2595   int lev=0;
2596   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++,lev--)
2597     if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it)!=0)
2598       if(!(*it)->empty())
2599         ret.push_back(lev);
2600   return ret;
2601 }
2602
2603 /*!
2604  * Returns relative dimensions of mesh entities (including nodes) present in \a this mesh.
2605  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2606  */
2607 std::vector<int> MEDFileUMesh::getNonEmptyLevelsExt() const
2608 {
2609   std::vector<int> ret0=getNonEmptyLevels();
2610   if((const DataArrayDouble *) _coords)
2611     {
2612       std::vector<int> ret(ret0.size()+1);
2613       ret[0]=1;
2614       std::copy(ret0.begin(),ret0.end(),ret.begin()+1);
2615       return ret;
2616     }
2617   return ret0;
2618 }
2619
2620 std::vector<int> MEDFileUMesh::getFamArrNonEmptyLevelsExt() const
2621 {
2622   std::vector<int> ret;
2623   const DataArrayInt *famCoo(_fam_coords);
2624   if(famCoo)
2625     ret.push_back(1);
2626   int lev=0;
2627   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++,lev--)
2628     {
2629       const MEDFileUMeshSplitL1 *cur(*it);
2630       if(cur)
2631         if(cur->getFamilyField())
2632           ret.push_back(lev);
2633     }
2634   return ret;
2635 }
2636
2637 std::vector<int> MEDFileUMesh::getNumArrNonEmptyLevelsExt() const
2638 {
2639   std::vector<int> ret;
2640   const DataArrayInt *numCoo(_num_coords);
2641   if(numCoo)
2642     ret.push_back(1);
2643   int lev=0;
2644   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++,lev--)
2645     {
2646       const MEDFileUMeshSplitL1 *cur(*it);
2647       if(cur)
2648         if(cur->getNumberField())
2649           ret.push_back(lev);
2650     }
2651   return ret;
2652 }
2653
2654 std::vector<int> MEDFileUMesh::getNameArrNonEmptyLevelsExt() const
2655 {
2656   std::vector<int> ret;
2657   const DataArrayAsciiChar *nameCoo(_name_coords);
2658   if(nameCoo)
2659     ret.push_back(1);
2660   int lev=0;
2661   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++,lev--)
2662     {
2663       const MEDFileUMeshSplitL1 *cur(*it);
2664       if(cur)
2665         if(cur->getNameField())
2666           ret.push_back(lev);
2667     }
2668   return ret;
2669 }
2670
2671 /*!
2672  * Returns all relative mesh levels (**excluding nodes**) where a given group is defined.
2673  * To include nodes, call getGrpNonEmptyLevelsExt() method.
2674  *  \param [in] grp - the name of the group of interest.
2675  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2676  */
2677 std::vector<int> MEDFileUMesh::getGrpNonEmptyLevels(const std::string& grp) const
2678 {
2679   std::vector<std::string> fams=getFamiliesOnGroup(grp);
2680   return getFamsNonEmptyLevels(fams);
2681 }
2682
2683 /*!
2684  * Returns all relative mesh levels (including nodes) where a given group is defined.
2685  *  \param [in] grp - the name of the group of interest.
2686  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2687  */
2688 std::vector<int> MEDFileUMesh::getGrpNonEmptyLevelsExt(const std::string& grp) const
2689 {
2690   std::vector<std::string> fams=getFamiliesOnGroup(grp);
2691   return getFamsNonEmptyLevelsExt(fams);
2692 }
2693
2694 /*!
2695  * Returns all relative mesh levels (**excluding nodes**) where a given family is defined.
2696  * To include nodes, call getFamNonEmptyLevelsExt() method.
2697  *  \param [in] fam - the name of the family of interest.
2698  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2699  */
2700 std::vector<int> MEDFileUMesh::getFamNonEmptyLevels(const std::string& fam) const
2701 {
2702   std::vector<std::string> fams(1,std::string(fam));
2703   return getFamsNonEmptyLevels(fams);
2704 }
2705
2706 /*!
2707  * Returns all relative mesh levels (including nodes) where a given family is defined.
2708  *  \param [in] fam - the name of the family of interest.
2709  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2710  */
2711 std::vector<int> MEDFileUMesh::getFamNonEmptyLevelsExt(const std::string& fam) const
2712 {
2713   std::vector<std::string> fams(1,std::string(fam));
2714   return getFamsNonEmptyLevelsExt(fams);
2715 }
2716
2717 /*!
2718  * Returns all relative mesh levels (**excluding nodes**) where given groups are defined.
2719  * To include nodes, call getGrpsNonEmptyLevelsExt() method.
2720  *  \param [in] grps - a sequence of names of the groups of interest.
2721  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2722  */
2723 std::vector<int> MEDFileUMesh::getGrpsNonEmptyLevels(const std::vector<std::string>& grps) const
2724 {
2725   std::vector<std::string> fams=getFamiliesOnGroups(grps);
2726   return getFamsNonEmptyLevels(fams);
2727 }
2728
2729 /*!
2730  * Returns all relative mesh levels (including nodes) where given groups are defined.
2731  *  \param [in] grps - a sequence of names of the groups of interest.
2732  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2733  */
2734 std::vector<int> MEDFileUMesh::getGrpsNonEmptyLevelsExt(const std::vector<std::string>& grps) const
2735 {
2736   std::vector<std::string> fams=getFamiliesOnGroups(grps);
2737   return getFamsNonEmptyLevelsExt(fams);
2738 }
2739
2740 /*!
2741  * Returns all relative mesh levels (**excluding nodes**) where given families are defined.
2742  * To include nodes, call getFamsNonEmptyLevelsExt() method.
2743  *  \param [in] fams - the name of the family of interest.
2744  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2745  */
2746 std::vector<int> MEDFileUMesh::getFamsNonEmptyLevels(const std::vector<std::string>& fams) const
2747 {
2748   std::vector<int> ret;
2749   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevels();
2750   std::vector<int> famIds=getFamiliesIds(fams);
2751   for(std::vector<int>::const_iterator it=levs.begin();it!=levs.end();it++)
2752     if(_ms[-(*it)]->presenceOfOneFams(famIds))
2753       ret.push_back(*it);
2754   return ret;
2755 }
2756
2757 /*!
2758  * Returns all relative mesh levels (including nodes) where given families are defined.
2759  *  \param [in] fams - the names of the families of interest.
2760  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2761  */
2762 std::vector<int> MEDFileUMesh::getFamsNonEmptyLevelsExt(const std::vector<std::string>& fams) const
2763 {
2764   std::vector<int> ret0=getFamsNonEmptyLevels(fams);
2765   const DataArrayInt *famCoords=_fam_coords;
2766   if(!famCoords)
2767     return ret0;
2768   std::vector<int> famIds=getFamiliesIds(fams);
2769   if(famCoords->presenceOfValue(famIds))
2770     {
2771       std::vector<int> ret(ret0.size()+1);
2772       ret[0]=1;
2773       std::copy(ret0.begin(),ret0.end(),ret.begin()+1);
2774       return ret;
2775     }
2776   else
2777     return ret0;
2778 }
2779
2780 /*!
2781  * Returns names of groups that partly or fully appear on the level \a meshDimRelToMaxExt.
2782  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - a relative dimension of interest.
2783  *  \return std::vector<std::string> - a sequence of group names at \a meshDimRelToMaxExt
2784  *          level. 
2785  */
2786 std::vector<std::string> MEDFileUMesh::getGroupsOnSpecifiedLev(int meshDimRelToMaxExt) const
2787 {
2788   std::vector<std::string> ret;
2789   std::vector<std::string> allGrps=getGroupsNames();
2790   for(std::vector<std::string>::const_iterator it=allGrps.begin();it!=allGrps.end();it++)
2791     {
2792       std::vector<int> levs=getGrpNonEmptyLevelsExt((*it));
2793       if(std::find(levs.begin(),levs.end(),meshDimRelToMaxExt)!=levs.end())
2794         ret.push_back(*it);
2795     }
2796   return ret;
2797 }
2798
2799 int MEDFileUMesh::getMaxAbsFamilyIdInArrays() const
2800 {
2801   int ret=-std::numeric_limits<int>::max(),tmp=-1;
2802   if((const DataArrayInt *)_fam_coords)
2803     {
2804       int val=_fam_coords->getMaxValue(tmp);
2805       ret=std::max(ret,std::abs(val));
2806     }
2807   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
2808     {
2809       if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it))
2810         {
2811           const DataArrayInt *da=(*it)->getFamilyField();
2812           if(da)
2813             {
2814               int val=da->getMaxValue(tmp);
2815               ret=std::max(ret,std::abs(val));
2816             }
2817         }
2818     }
2819   return ret;
2820 }
2821
2822 int MEDFileUMesh::getMaxFamilyIdInArrays() const
2823 {
2824   int ret=-std::numeric_limits<int>::max(),tmp=-1;
2825   if((const DataArrayInt *)_fam_coords)
2826     {
2827       int val=_fam_coords->getMaxValue(tmp);
2828       ret=std::max(ret,val);
2829     }
2830   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
2831     {
2832       if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it))
2833         {
2834           const DataArrayInt *da=(*it)->getFamilyField();
2835           if(da)
2836             {
2837               int val=da->getMaxValue(tmp);
2838               ret=std::max(ret,val);
2839             }
2840         }
2841     }
2842   return ret;
2843 }
2844
2845 int MEDFileUMesh::getMinFamilyIdInArrays() const
2846 {
2847   int ret=std::numeric_limits<int>::max(),tmp=-1;
2848   if((const DataArrayInt *)_fam_coords)
2849     {
2850       int val=_fam_coords->getMinValue(tmp);
2851       ret=std::min(ret,val);
2852     }
2853   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
2854     {
2855       if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it))
2856         {
2857           const DataArrayInt *da=(*it)->getFamilyField();
2858           if(da)
2859             {
2860               int val=da->getMinValue(tmp);
2861               ret=std::min(ret,val);
2862             }
2863         }
2864     }
2865   return ret;
2866 }
2867
2868 /*!
2869  * Returns the dimension on cells in \a this mesh.
2870  *  \return int - the mesh dimension.
2871  *  \throw If there are no cells in this mesh.
2872  */
2873 int MEDFileUMesh::getMeshDimension() const
2874 {
2875   int lev=0;
2876   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++,lev++)
2877     if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it)!=0)
2878       return (*it)->getMeshDimension()+lev;
2879   throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::getMeshDimension : impossible to find a mesh dimension !");
2880 }
2881
2882 /*!
2883  * Returns the space dimension of \a this mesh that is equal to number of components in
2884  * the node coordinates array.
2885  *  \return int - the space dimension of \a this mesh.
2886  *  \throw If the node coordinates array is not available.
2887  */
2888 int MEDFileUMesh::getSpaceDimension() const
2889 {
2890   const DataArrayDouble *coo=_coords;
2891   if(!coo)
2892     throw INTERP_KERNEL::Exception(" MEDFileUMesh::getSpaceDimension : no coords set !");
2893   return coo->getNumberOfComponents();
2894 }
2895
2896 /*!
2897  * Returns a string describing \a this mesh.
2898  *  \return std::string - the mesh information string.
2899  */
2900 std::string MEDFileUMesh::simpleRepr() const
2901 {
2902   std::ostringstream oss;
2903   oss << MEDFileMesh::simpleRepr();
2904   const DataArrayDouble *coo=_coords;
2905   oss << "- The dimension of the space is ";
2906   static const char MSG1[]= "*** NO COORDS SET ***";
2907   static const char MSG2[]= "*** NO CONNECTIVITY SET FOR THIS LEVEL***";
2908   if(coo)
2909     oss << _coords->getNumberOfComponents() << std::endl;
2910   else
2911     oss << MSG1 << std::endl;
2912   oss << "- Type of the mesh : UNSTRUCTURED\n";
2913   oss << "- Number of nodes : ";
2914   if(coo)
2915     oss << _coords->getNumberOfTuples() << std::endl;
2916   else
2917     oss << MSG1 << std::endl;
2918   std::size_t nbOfLev=_ms.size();
2919   oss << "- Number of levels allocated : " << nbOfLev << std::endl;
2920   for(std::size_t i=0;i<nbOfLev;i++)
2921     {
2922       const MEDFileUMeshSplitL1 *lev=_ms[i];
2923       oss << "  - Level #" << -((int) i) << " has dimension : ";
2924       if(lev)
2925         {
2926           oss << lev->getMeshDimension() << std::endl;
2927           lev->simpleRepr(oss);
2928         }
2929       else
2930         oss << MSG2 << std::endl;
2931     }
2932   oss << "- Number of families : " << _families.size() << std::endl << std::endl;
2933   if(coo)
2934     {
2935       oss << "(***********************)\n(* NODES OF THE MESH : *)\n(***********************)\n";
2936       oss << "- Names of coordinates :" << std::endl;
2937       std::vector<std::string> vars=coo->getVarsOnComponent();
2938       std::copy(vars.begin(),vars.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
2939       oss << std::endl << "- Units of coordinates : " << std::endl;
2940       std::vector<std::string> units=coo->getUnitsOnComponent();
2941       std::copy(units.begin(),units.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
2942     }
2943   oss << std::endl << std::endl;
2944   getFamilyRepr(oss);
2945   return oss.str();
2946 }
2947
2948 /*!
2949  * Returns a full textual description of \a this mesh.
2950  *  \return std::string - the string holding the mesh description.
2951  */
2952 std::string MEDFileUMesh::advancedRepr() const
2953 {
2954   return simpleRepr();
2955 }
2956
2957 /*!
2958  * Returns number of mesh entities of a given relative dimension in \a this mesh.
2959  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of interest.
2960  *  \return int - the number of entities.
2961  *  \throw If no mesh entities of dimension \a meshDimRelToMaxExt are available in \a this mesh.
2962  */
2963 int MEDFileUMesh::getSizeAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
2964 {
2965   if(meshDimRelToMaxExt==1)
2966     {
2967       if(!((const DataArrayDouble *)_coords))
2968         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::getSizeAtLevel : no coordinates specified !");
2969       return _coords->getNumberOfTuples();
2970     }
2971   return getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt)->getSize();
2972 }
2973
2974 /*!
2975  * Returns the family field for mesh entities of a given dimension.
2976  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
2977  *  \return const DataArrayInt * - the family field. It is an array of ids of families
2978  *          each mesh entity belongs to. It can be \c NULL.
2979  */
2980 const DataArrayInt *MEDFileUMesh::getFamilyFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
2981 {
2982   if(meshDimRelToMaxExt==1)
2983     return _fam_coords;
2984   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt));
2985   return l1->getFamilyField();
2986 }
2987
2988 DataArrayInt *MEDFileUMesh::getFamilyFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt)
2989 {
2990   if(meshDimRelToMaxExt==1)
2991     return _fam_coords;
2992   MEDFileUMeshSplitL1 *l1(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt));
2993   return l1->getFamilyField();
2994 }
2995
2996 /*!
2997  * Returns the optional numbers of mesh entities of a given dimension.
2998  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
2999  *  \return const DataArrayInt * - the array of the entity numbers.
3000  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3001  */
3002 const DataArrayInt *MEDFileUMesh::getNumberFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
3003 {
3004   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3005     return _num_coords;
3006   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1=getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt);
3007   return l1->getNumberField();
3008 }
3009
3010 const DataArrayAsciiChar *MEDFileUMesh::getNameFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
3011 {
3012   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3013     return _name_coords;
3014   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1=getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt);
3015   return l1->getNameField();
3016 }
3017
3018 /*!
3019  * This method returns for a specified relative level \a meshDimRelToMaxExt the part effectively read (if the instance is the result of the read of a file).
3020  *
3021  * \param [in] meshDimRelToMaxExt - the extended relative level for which the part definition is requested.
3022  * \param [in] gt - The input geometric type for which the part definition is requested.
3023  * \return the part definition owned by \a this. So no need to deallocate the returned instance.
3024  */
3025 const PartDefinition *MEDFileUMesh::getPartDefAtLevel(int meshDimRelToMaxExt, INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
3026 {
3027   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3028     return _part_coords;
3029   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt));
3030   return l1->getPartDef(gt);
3031 }
3032
3033 int MEDFileUMesh::getNumberOfNodes() const
3034 {
3035   const DataArrayDouble *coo(_coords);
3036   if(!coo)
3037     throw INTERP_KERNEL::Exception(" MEDFileUMesh::getNumberOfNodes : no coords set !");
3038   return coo->getNumberOfTuples();
3039 }
3040
3041 int MEDFileUMesh::getNumberOfCellsAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
3042 {
3043   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt));
3044   return l1->getNumberOfCells();
3045 }
3046
3047 bool MEDFileUMesh::hasImplicitPart() const
3048 {
3049   return false;
3050 }
3051
3052 int MEDFileUMesh::buildImplicitPartIfAny(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
3053 {
3054   throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::buildImplicitPartIfAny : unstructured meshes do not have implicit part !");
3055 }
3056
3057 void MEDFileUMesh::releaseImplicitPartIfAny() const
3058 {
3059 }
3060
3061 void MEDFileUMesh::whichAreNodesFetched(const MEDFileField1TSStructItem& st, const MEDFileFieldGlobsReal *globs, std::vector<bool>& nodesFetched) const
3062 {
3063   std::size_t sz(st.getNumberOfItems());
3064   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
3065     {
3066       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType curGt(st[i].getGeo());
3067       const MEDCoupling1GTUMesh *m(getDirectUndergroundSingleGeoTypeMesh(curGt));
3068       if(st[i].getPflName().empty())
3069         m->computeNodeIdsAlg(nodesFetched);
3070       else
3071         {
3072           const DataArrayInt *arr(globs->getProfile(st[i].getPflName()));
3073           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1GTUMesh> m2(dynamic_cast<MEDCoupling1GTUMesh *>(m->buildPartOfMySelf(arr->begin(),arr->end(),true)));
3074           m2->computeNodeIdsAlg(nodesFetched);
3075         }
3076     }
3077 }
3078
3079 /*!
3080  * Returns the optional numbers of mesh entities of a given dimension transformed using
3081  * DataArrayInt::invertArrayN2O2O2N().
3082  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
3083  *  \return const DataArrayInt * - the array of the entity numbers transformed using
3084  *          DataArrayInt::invertArrayN2O2O2N().
3085  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3086  */
3087 const DataArrayInt *MEDFileUMesh::getRevNumberFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
3088 {
3089   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3090     {
3091       if(!((const DataArrayInt *)_num_coords))
3092         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::getRevNumberFieldAtLevel : no coordinates renum specified !");
3093       return _rev_num_coords;
3094     }
3095   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1=getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt);
3096   return l1->getRevNumberField();
3097 }
3098
3099 /*!
3100  * Returns a pointer to the node coordinates array of \a this mesh \b without
3101  * incrementing its reference counter, thus there is no need to decrRef() it by the caller.
3102  */
3103 DataArrayDouble *MEDFileUMesh::getCoords() const
3104 {
3105   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> tmp(_coords);
3106   if((DataArrayDouble *)tmp)
3107     {
3108       return tmp;
3109     }
3110   return 0;
3111 }
3112
3113 /*!
3114  * Returns a new MEDCouplingUMesh corresponding to mesh entities included in a given
3115  * group of \a this mesh. Only mesh entities of a given dimension are included in the
3116  * new mesh.
3117  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities of interest.
3118  *  \param [in] grp - the name of the group whose mesh entities are included in the
3119  *          new mesh.
3120  *  \param [in] renum - if \c true, cells and nodes of the result mesh are permuted
3121  *          according to the optional numbers of entities, if available.
3122  *  \return MEDCouplingUMesh * - a new instance of MEDCouplingUMesh. The caller is to
3123  *          delete this mesh using decrRef() as it is no more needed.
3124  *  \throw If the name of a nonexistent group is specified.
3125  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3126  */
3127 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getGroup(int meshDimRelToMaxExt, const std::string& grp, bool renum) const
3128 {
3129   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
3130   std::vector<std::string> tmp(1);
3131   tmp[0]=grp;
3132   return getGroups(meshDimRelToMaxExt,tmp,renum);
3133 }
3134
3135 /*!
3136  * Returns a new MEDCouplingUMesh corresponding to mesh entities included in given
3137  * groups of \a this mesh. Only mesh entities of a given dimension are included in the
3138  * new mesh.
3139  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities of interest.
3140  *  \param [in] grps - a sequence of group names whose mesh entities are included in the
3141  *          new mesh.
3142  *  \param [in] renum - if \c true, cells and nodes of the result mesh are permuted
3143  *          according to the optional numbers of entities, if available.
3144  *  \return MEDCouplingUMesh * - a new instance of MEDCouplingUMesh. The caller is to
3145  *          delete this mesh using decrRef() as it is no more needed.
3146  *  \throw If a name of a nonexistent group is present in \a grps.
3147  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3148  */
3149 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getGroups(int meshDimRelToMaxExt, const std::vector<std::string>& grps, bool renum) const
3150 {
3151   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
3152   std::vector<std::string> fams2=getFamiliesOnGroups(grps);
3153   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> zeRet=getFamilies(meshDimRelToMaxExt,fams2,renum);
3154   if(grps.size()==1 && ((MEDCouplingUMesh *)zeRet))
3155     zeRet->setName(grps[0]);
3156   return zeRet.retn();
3157 }
3158
3159 /*!
3160  * Returns a new MEDCouplingUMesh corresponding to mesh entities included in a given
3161  * family of \a this mesh. Only mesh entities of a given dimension are included in the
3162  * new mesh.
3163  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities of interest.
3164  *  \param [in] fam - the name of the family whose mesh entities are included in the
3165  *          new mesh.
3166  *  \param [in] renum - if \c true, cells and nodes of the result mesh are permuted
3167  *          according to the optional numbers of entities, if available.
3168  *  \return MEDCouplingUMesh * - a new instance of MEDCouplingUMesh. The caller is to
3169  *          delete this mesh using decrRef() as it is no more needed.
3170  *  \throw If a name of a nonexistent family is present in \a grps.
3171  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3172  */
3173 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getFamily(int meshDimRelToMaxExt, const std::string& fam, bool renum) const
3174 {
3175   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
3176   std::vector<std::string> tmp(1);
3177   tmp[0]=fam;
3178   return getFamilies(meshDimRelToMaxExt,tmp,renum);
3179 }
3180
3181 /*!
3182  * Returns a new MEDCouplingUMesh corresponding to mesh entities included in given
3183  * families of \a this mesh. Only mesh entities of a given dimension are included in the
3184  * new mesh.
3185  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities of interest.
3186  *  \param [in] fams - a sequence of family names whose mesh entities are included in the
3187  *          new mesh.
3188  *  \param [in] renum - if \c true, cells and nodes of the result mesh are permuted
3189  *          according to the optional numbers of entities, if available.
3190  *  \return MEDCouplingUMesh * - a new instance of MEDCouplingUMesh. The caller is to
3191  *          delete this mesh using decrRef() as it is no more needed.
3192  *  \throw If a name of a nonexistent family is present in \a fams.
3193  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3194  */
3195 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getFamilies(int meshDimRelToMaxExt, const std::vector<std::string>& fams, bool renum) const
3196 {
3197   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
3198   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3199     {
3200       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> arr=getFamiliesArr(1,fams,renum);
3201       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret=MEDCouplingUMesh::New();
3202       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> c=_coords->selectByTupleId(arr->getConstPointer(),arr->getConstPointer()+arr->getNbOfElems());
3203       ret->setCoords(c);
3204       return ret.retn();
3205     }
3206   std::vector<int> famIds=getFamiliesIds(fams);
3207   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1=getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt);
3208   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> zeRet;
3209   if(!famIds.empty())
3210     zeRet=l1->getFamilyPart(&famIds[0],&famIds[0]+famIds.size(),renum);
3211   else
3212     zeRet=l1->getFamilyPart(0,0,renum);
3213   if(fams.size()==1 && ((MEDCouplingUMesh *)zeRet))
3214     zeRet->setName(fams[0]);
3215   return zeRet.retn();
3216 }
3217
3218 /*!
3219  * Returns ids of mesh entities contained in given families of a given dimension.
3220  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - a relative dimension of the mesh entities whose ids
3221  *          are required.
3222  *  \param [in] fams - the names of the families of interest.
3223  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of entities, if available, are
3224  *          returned instead of ids.
3225  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
3226  *          numbers, if available and required, of mesh entities of the families. The caller
3227  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
3228  *  \throw If the family field is missing for \a meshDimRelToMaxExt.
3229  */
3230 DataArrayInt *MEDFileUMesh::getFamiliesArr(int meshDimRelToMaxExt, const std::vector<std::string>& fams, bool renum) const
3231 {
3232   std::vector<int> famIds=getFamiliesIds(fams);
3233   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3234     {
3235       if((const DataArrayInt *)_fam_coords)
3236         {
3237           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> da;
3238           if(!famIds.empty())
3239             da=_fam_coords->getIdsEqualList(&famIds[0],&famIds[0]+famIds.size());
3240           else
3241             da=_fam_coords->getIdsEqualList(0,0);
3242           if(renum)
3243             return MEDFileUMeshSplitL1::Renumber(_num_coords,da);
3244           else
3245             return da.retn();
3246         }
3247       else
3248         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::getFamiliesArr : no family array specified on nodes !");
3249     }
3250   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1=getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt);
3251   if(!famIds.empty())
3252     return l1->getFamilyPartArr(&famIds[0],&famIds[0]+famIds.size(),renum);
3253   else
3254     return l1->getFamilyPartArr(0,0,renum);
3255 }
3256
3257 /*!
3258  * Returns a MEDCouplingUMesh of a given relative dimension.
3259  * \warning If \a meshDimRelToMaxExt == 1 (which means nodes), the returned mesh **is not
3260  * valid**. This is a feature, because MEDLoader does not create cells that do not exist! 
3261  * To build a valid MEDCouplingUMesh from the returned one in this case,
3262  * call MEDCouplingUMesh::Build0DMeshFromCoords().
3263  *  \param [in] meshDimRelToMax - the relative dimension of interest.
3264  *  \param [in] renum - if \c true, the returned mesh is permuted according to the
3265  *          optional numbers of mesh entities.
3266  *  \return MEDCouplingUMesh * - a pointer to MEDCouplingUMesh that the caller is to
3267  *          delete using decrRef() as it is no more needed. 
3268  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3269  * \sa getGenMeshAtLevel()
3270  */
3271 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getMeshAtLevel(int meshDimRelToMaxExt, bool renum) const
3272 {
3273   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
3274   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3275     {
3276       if(!renum)
3277         {
3278           MEDCouplingUMesh *umesh=MEDCouplingUMesh::New();
3279           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> cc=_coords->deepCpy();
3280           umesh->setCoords(cc);
3281           MEDFileUMeshSplitL1::ClearNonDiscrAttributes(umesh);
3282           umesh->setName(getName());
3283           return umesh;
3284         }
3285     }
3286   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1=getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt);
3287   return l1->getWholeMesh(renum);
3288 }
3289
3290 /*!
3291  * Returns a MEDCouplingUMesh of a given relative dimension.
3292  * \warning If \a meshDimRelToMaxExt == 1 (which means nodes), the returned mesh **is not
3293  * valid**. This is a feature, because MEDLoader does not create cells that do not exist! 
3294  * To build a valid MEDCouplingUMesh from the returned one in this case,
3295  * call MEDCouplingUMesh::Build0DMeshFromCoords().
3296  *  \param [in] meshDimRelToMax - the relative dimension of interest.
3297  *  \param [in] renum - if \c true, the returned mesh is permuted according to the
3298  *          optional numbers of mesh entities.
3299  *  \return MEDCouplingMesh * - a pointer to MEDCouplingUMesh that the caller is to
3300  *          delete using decrRef() as it is no more needed. 
3301  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMax dimension in \a this mesh.
3302  * \sa getMeshAtLevel()
3303  */
3304 MEDCouplingMesh *MEDFileUMesh::getGenMeshAtLevel(int meshDimRelToMax, bool renum) const
3305 {
3306   return getMeshAtLevel(meshDimRelToMax,renum);
3307 }
3308
3309 std::vector<int> MEDFileUMesh::getDistributionOfTypes(int meshDimRelToMax) const
3310 {
3311   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMax));
3312   return l1->getDistributionOfTypes();
3313 }
3314
3315 /*!
3316  * Returns a MEDCouplingUMesh of a relative dimension == 0.
3317  *  \param [in] renum - if \c true, the returned mesh is permuted according to the
3318  *          optional numbers of mesh entities.
3319  *  \return MEDCouplingUMesh * - a pointer to MEDCouplingUMesh that the caller is to
3320  *          delete using decrRef() as it is no more needed. 
3321  *  \throw If there are no mesh entities of the relative dimension == 0 in \a this mesh.
3322  */
3323 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getLevel0Mesh(bool renum) const
3324 {
3325   return getMeshAtLevel(0,renum);
3326 }
3327
3328 /*!
3329  * Returns a MEDCouplingUMesh of a relative dimension == -1.
3330  *  \param [in] renum - if \c true, the returned mesh is permuted according to the
3331  *          optional numbers of mesh entities.
3332  *  \return MEDCouplingUMesh * - a pointer to MEDCouplingUMesh that the caller is to
3333  *          delete using decrRef() as it is no more needed. 
3334  *  \throw If there are no mesh entities of the relative dimension == -1 in \a this mesh.
3335  */
3336 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getLevelM1Mesh(bool renum) const
3337 {
3338   return getMeshAtLevel(-1,renum);
3339 }
3340
3341 /*!
3342  * Returns a MEDCouplingUMesh of a relative dimension == -2.
3343  *  \param [in] renum - if \c true, the returned mesh is permuted according to the
3344  *          optional numbers of mesh entities.
3345  *  \return MEDCouplingUMesh * - a pointer to MEDCouplingUMesh that the caller is to
3346  *          delete using decrRef() as it is no more needed. 
3347  *  \throw If there are no mesh entities of the relative dimension == -2 in \a this mesh.
3348  */
3349 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getLevelM2Mesh(bool renum) const
3350 {
3351   return getMeshAtLevel(-2,renum);
3352 }
3353
3354 /*!
3355  * Returns a MEDCouplingUMesh of a relative dimension == -3.
3356  *  \param [in] renum - if \c true, the returned mesh is permuted according to the
3357  *          optional numbers of mesh entities.
3358  *  \return MEDCouplingUMesh * - a pointer to MEDCouplingUMesh that the caller is to
3359  *          delete using decrRef() as it is no more needed. 
3360  *  \throw If there are no mesh entities of the relative dimension == -3 in \a this mesh.
3361  */
3362 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getLevelM3Mesh(bool renum) const
3363 {
3364   return getMeshAtLevel(-3,renum);
3365 }
3366
3367 /*!
3368  * This method is for advanced users. There is two storing strategy of mesh in \a this.
3369  * Either MEDCouplingUMesh, or vector of MEDCoupling1GTUMesh instances.
3370  * When assignement is done the first one is done, which is not optimal in write mode for MED file.
3371  * This method allows to switch from MEDCouplingUMesh mode to MEDCoupling1GTUMesh mode.
3372  */
3373 void MEDFileUMesh::forceComputationOfParts() const
3374 {
3375   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
3376     {
3377       const MEDFileUMeshSplitL1 *elt(*it);
3378       if(elt)
3379         elt->forceComputationOfParts();
3380     }
3381 }
3382
3383 /*!
3384  * This method returns a vector of mesh parts containing each exactly one geometric type.
3385  * This method will never launch an automatic computation of split by type (an INTERP_KERNEL::Exception will be then thrown).
3386  * This method is only for memory aware users.
3387  * The returned pointers are **NOT** new object pointer. No need to mange them.
3388  */
3389 std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *> MEDFileUMesh::getDirectUndergroundSingleGeoTypeMeshes(int meshDimRelToMax) const
3390 {
3391   const MEDFileUMeshSplitL1 *sp(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMax));
3392   return sp->getDirectUndergroundSingleGeoTypeMeshes();
3393 }
3394
3395 /*!
3396  * This method returns the part of \a this having the geometric type \a gt.
3397  * If such part is not existing an exception will be thrown.
3398  * The returned pointer is **NOT** new object pointer. No need to mange it.
3399  */
3400 MEDCoupling1GTUMesh *MEDFileUMesh::getDirectUndergroundSingleGeoTypeMesh(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
3401 {
3402   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(gt);
3403   int lev=(int)cm.getDimension()-getMeshDimension();
3404   const MEDFileUMeshSplitL1 *sp(getMeshAtLevSafe(lev));
3405   return sp->getDirectUndergroundSingleGeoTypeMesh(gt);
3406 }
3407
3408 /*!
3409  * Given a relative level \a meshDimRelToMax it returns the sorted vector of geometric types present in \a this.
3410  * \throw if the reqsuested \a meshDimRelToMax does not exist.
3411  */
3412 std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> MEDFileUMesh::getGeoTypesAtLevel(int meshDimRelToMax) const
3413 {
3414   const MEDFileUMeshSplitL1 *sp(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMax));
3415   return sp->getGeoTypes();
3416 }
3417
3418 /*!
3419  * This method extracts from whole family field ids the part relative to the input parameter \a gt.
3420  * \param [in] gt - the geometric type for which the family field is asked.
3421  * \return DataArrayInt * - a pointer to DataArrayInt that the caller is to
3422  *          delete using decrRef() as it is no more needed.
3423  * \sa MEDFileUMesh::extractNumberFieldOnGeoType
3424  */
3425 DataArrayInt *MEDFileUMesh::extractFamilyFieldOnGeoType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
3426 {
3427   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(gt);
3428   int lev=(int)cm.getDimension()-getMeshDimension();
3429   const MEDFileUMeshSplitL1 *sp(getMeshAtLevSafe(lev));
3430   return sp->extractFamilyFieldOnGeoType(gt);
3431 }
3432
3433 /*!
3434  * This method extracts from whole number field ids the part relative to the input parameter \a gt.
3435  * \param [in] gt - the geometric type for which the number field is asked.
3436  * \return DataArrayInt * - a pointer to DataArrayInt that the caller is to
3437  *          delete using decrRef() as it is no more needed.
3438  * \sa MEDFileUMesh::extractFamilyFieldOnGeoType
3439  */
3440 DataArrayInt *MEDFileUMesh::extractNumberFieldOnGeoType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
3441 {
3442   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(gt);
3443   int lev=(int)cm.getDimension()-getMeshDimension();
3444   const MEDFileUMeshSplitL1 *sp(getMeshAtLevSafe(lev));
3445   return sp->extractNumberFieldOnGeoType(gt);
3446 }
3447
3448 /*!
3449  * This method returns for specified geometric type \a gt the relative level to \a this.
3450  * If the relative level is empty an exception will be thrown.
3451  */
3452 int MEDFileUMesh::getRelativeLevOnGeoType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
3453 {
3454   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(gt);
3455   int ret((int)cm.getDimension()-getMeshDimension());
3456   getMeshAtLevSafe(ret);//To test that returned value corresponds to a valid level.
3457   return ret;
3458 }
3459
3460 const MEDFileUMeshSplitL1 *MEDFileUMesh::getMeshAtLevSafe(int meshDimRelToMaxExt) const
3461 {
3462   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3463     throw INTERP_KERNEL::Exception("Dimension request is invalid : asking for node level (1) !");
3464   if(meshDimRelToMaxExt>1)
3465     throw INTERP_KERNEL::Exception("Dimension request is invalid (>1) !");
3466   int tracucedRk=-meshDimRelToMaxExt;
3467   if(tracucedRk>=(int)_ms.size())
3468     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh dim relative to max given ! Too low !");
3469   if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)_ms[tracucedRk]==0)
3470     throw INTERP_KERNEL::Exception("On specified lev (or entity) no cells exists !");
3471   return _ms[tracucedRk];
3472 }
3473
3474 MEDFileUMeshSplitL1 *MEDFileUMesh::getMeshAtLevSafe(int meshDimRelToMaxExt)
3475 {
3476   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3477     throw INTERP_KERNEL::Exception("Dimension request is invalid : asking for node level (1) !");
3478   if(meshDimRelToMaxExt>1)
3479     throw INTERP_KERNEL::Exception("Dimension request is invalid (>1) !");
3480   int tracucedRk=-meshDimRelToMaxExt;
3481   if(tracucedRk>=(int)_ms.size())
3482     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh dim relative to max given ! Too low !");
3483   if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)_ms[tracucedRk]==0)
3484     throw INTERP_KERNEL::Exception("On specified lev (or entity) no cells exists !");
3485   return _ms[tracucedRk];
3486 }
3487
3488 void MEDFileUMesh::checkMeshDimCoherency(int meshDim, int meshDimRelToMax) const
3489 {
3490   if(-meshDimRelToMax>=(int)_ms.size())
3491     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::checkMeshDimCoherency : The meshdim of mesh is not managed by 'this' !");
3492   int i=0;
3493   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++,i++)
3494     {
3495       if(((const MEDFileUMeshSplitL1*) (*it))!=0)
3496         {
3497           int ref=(*it)->getMeshDimension();
3498           if(ref+i!=meshDim-meshDimRelToMax)
3499             throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::checkMeshDimCoherency : no coherency between levels !");
3500         }
3501     }
3502 }
3503
3504 /*!
3505  * Sets the node coordinates array of \a this mesh.
3506  *  \param [in] coords - the new node coordinates array.
3507  *  \throw If \a coords == \c NULL.
3508  */
3509 void MEDFileUMesh::setCoords(DataArrayDouble *coords)
3510 {
3511   if(!coords)
3512     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setCoords : null pointer in input !");
3513   coords->checkAllocated();
3514   int nbOfTuples=coords->getNumberOfTuples();
3515   _coords=coords;
3516   coords->incrRef();
3517   _fam_coords=DataArrayInt::New();
3518   _fam_coords->alloc(nbOfTuples,1);
3519   _fam_coords->fillWithZero();
3520   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
3521     if((MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it))
3522       (*it)->setCoords(coords);
3523 }
3524
3525 /*!
3526  * Removes all groups of a given dimension in \a this mesh.
3527  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of interest.
3528  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3529  */
3530 void MEDFileUMesh::eraseGroupsAtLevel(int meshDimRelToMaxExt)
3531 {
3532   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3533     {
3534       if((DataArrayInt *)_fam_coords)
3535         _fam_coords->fillWithZero();
3536       return ;
3537     }
3538   MEDFileUMeshSplitL1 *l1=getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt);
3539   l1->eraseFamilyField();
3540   optimizeFamilies();
3541 }
3542
3543 /*!
3544  * Removes all families with ids not present in the family fields of \a this mesh.
3545  */
3546 void MEDFileUMesh::optimizeFamilies()
3547 {
3548   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevelsExt();
3549   std::set<int> allFamsIds;
3550   for(std::vector<int>::const_iterator it=levs.begin();it!=levs.end();it++)
3551     {
3552       const DataArrayInt *ffield=getFamilyFieldAtLevel(*it);
3553       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ids=ffield->getDifferentValues();
3554       std::set<int> res;
3555       std::set_union(ids->begin(),ids->end(),allFamsIds.begin(),allFamsIds.end(),std::inserter(res,res.begin()));
3556       allFamsIds=res;
3557     }
3558   std::set<std::string> famNamesToKill;
3559   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
3560     {
3561       if(allFamsIds.find((*it).second)!=allFamsIds.end())
3562         famNamesToKill.insert((*it).first);
3563     }
3564   for(std::set<std::string>::const_iterator it=famNamesToKill.begin();it!=famNamesToKill.end();it++)
3565     _families.erase(*it);
3566   std::vector<std::string> grpNamesToKill;
3567   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it=_groups.begin();it!=_groups.end();it++)
3568     {
3569       std::vector<std::string> tmp;
3570       for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=(*it).second.begin();it2!=(*it).second.end();it2++)
3571         {
3572           if(famNamesToKill.find(*it2)==famNamesToKill.end())
3573             tmp.push_back(*it2);
3574         }
3575       if(!tmp.empty())
3576         (*it).second=tmp;
3577       else
3578         tmp.push_back((*it).first);
3579     }
3580   for(std::vector<std::string>::const_iterator it=grpNamesToKill.begin();it!=grpNamesToKill.end();it++)
3581     _groups.erase(*it);
3582 }
3583
3584 void MEDFileUMesh::duplicateNodesOnM1Group(const std::string& grpNameM1, DataArrayInt *&nodesDuplicated,
3585                                            DataArrayInt *&cellsModified, DataArrayInt *&cellsNotModified)
3586 {
3587   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevels();
3588   if(std::find(levs.begin(),levs.end(),0)==levs.end() || std::find(levs.begin(),levs.end(),-1)==levs.end())
3589     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::duplicateNodesOnM1Group : This method works only for mesh definied on level 0 and -1 !");
3590   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m0=getMeshAtLevel(0);
3591   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1=getMeshAtLevel(-1);
3592   int nbNodes=m0->getNumberOfNodes();
3593   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m11=getGroup(-1,grpNameM1);
3594   DataArrayInt *tmp00=0,*tmp11=0,*tmp22=0;
3595   m0->findNodesToDuplicate(*m11,tmp00,tmp11,tmp22);
3596   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> nodeIdsToDuplicate(tmp00);
3597   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellsToModifyConn0(tmp11);
3598   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellsToModifyConn1(tmp22);
3599   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> tmp0=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(m0->buildPartOfMySelf(cellsToModifyConn0->begin(),cellsToModifyConn0->end(),true));
3600   // node renumbering of cells in m1 impacted by duplication of node but not in group 'grpNameM1' on level -1
3601   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> descTmp0=DataArrayInt::New(),descITmp0=DataArrayInt::New(),revDescTmp0=DataArrayInt::New(),revDescITmp0=DataArrayInt::New();
3602   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> tmp0Desc=tmp0->buildDescendingConnectivity(descTmp0,descITmp0,revDescTmp0,revDescITmp0);
3603   descTmp0=0; descITmp0=0; revDescTmp0=0; revDescITmp0=0;
3604   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellsInM1ToRenumW2=tmp0Desc->getCellIdsLyingOnNodes(nodeIdsToDuplicate->begin(),nodeIdsToDuplicate->end(),false);
3605   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> cellsInM1ToRenumW3=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(tmp0Desc->buildPartOfMySelf(cellsInM1ToRenumW2->begin(),cellsInM1ToRenumW2->end(),true));
3606   DataArrayInt *cellsInM1ToRenumW4Tmp=0;
3607   m1->areCellsIncludedIn(cellsInM1ToRenumW3,2,cellsInM1ToRenumW4Tmp);
3608   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellsInM1ToRenumW4(cellsInM1ToRenumW4Tmp);
3609   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellsInM1ToRenumW5=cellsInM1ToRenumW4->getIdsInRange(0,m1->getNumberOfCells());
3610   cellsInM1ToRenumW5->transformWithIndArr(cellsInM1ToRenumW4->begin(),cellsInM1ToRenumW4->end());
3611   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> grpIds=getGroupArr(-1,grpNameM1);
3612   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellsInM1ToRenum=cellsInM1ToRenumW5->buildSubstraction(grpIds);
3613   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1Part=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(m1->buildPartOfMySelf(cellsInM1ToRenum->begin(),cellsInM1ToRenum->end(),true));
3614   m1Part->duplicateNodesInConn(nodeIdsToDuplicate->begin(),nodeIdsToDuplicate->end(),nbNodes);
3615   m1->setPartOfMySelf(cellsInM1ToRenum->begin(),cellsInM1ToRenum->end(),*m1Part);
3616   // end of node renumbering of cells in m1 impacted by duplication of node but not in group of level -1 'grpNameM1'
3617   tmp0->duplicateNodes(nodeIdsToDuplicate->begin(),nodeIdsToDuplicate->end());
3618   m0->setCoords(tmp0->getCoords());
3619   m0->setPartOfMySelf(cellsToModifyConn0->begin(),cellsToModifyConn0->end(),*tmp0);
3620   m1->setCoords(m0->getCoords());
3621   _coords=m0->getCoords(); _coords->incrRef();
3622   // duplication of cells in group 'grpNameM1' on level -1
3623   m11->duplicateNodesInConn(nodeIdsToDuplicate->begin(),nodeIdsToDuplicate->end(),nbNodes); m11->setCoords(m0->getCoords());
3624   std::vector<const MEDCouplingUMesh *> v(2); v[0]=m1; v[1]=m11;
3625   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> newm1=MEDCouplingUMesh::AggregateSortedByTypeMeshesOnSameCoords(v,tmp00,tmp11);
3626   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> szOfCellGrpOfSameType(tmp00);
3627   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> idInMsOfCellGrpOfSameType(tmp11);
3628   //
3629   newm1->setName(getName());
3630   const DataArrayInt *fam=getFamilyFieldAtLevel(-1);
3631   if(!fam)
3632     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::duplicateNodesOnM1Group : internal problem !");
3633   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newFam=DataArrayInt::New();
3634   newFam->alloc(newm1->getNumberOfCells(),1);
3635   int idd=getMaxFamilyId()+1;
3636   int globStart=0,start=0,end,globEnd;
3637   int nbOfChunks=szOfCellGrpOfSameType->getNumberOfTuples();
3638   for(int i=0;i<nbOfChunks;i++)
3639     {
3640       globEnd=globStart+szOfCellGrpOfSameType->getIJ(i,0);
3641       if(idInMsOfCellGrpOfSameType->getIJ(i,0)==0)
3642         {
3643           end=start+szOfCellGrpOfSameType->getIJ(i,0);
3644           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> part=fam->selectByTupleId2(start,end,1);
3645           newFam->setPartOfValues1(part,globStart,globEnd,1,0,1,1,true);
3646           start=end;
3647         }
3648       else
3649         {
3650           newFam->setPartOfValuesSimple1(idd,globStart,globEnd,1,0,1,1);
3651         }
3652       globStart=globEnd;
3653     }
3654   newm1->setCoords(getCoords());
3655   setMeshAtLevel(-1,newm1);
3656   setFamilyFieldArr(-1,newFam);
3657   std::string grpName2(grpNameM1); grpName2+="_dup";
3658   addFamily(grpName2,idd);
3659   addFamilyOnGrp(grpName2,grpName2);
3660   //
3661   fam=_fam_coords;
3662   if(fam)
3663     {
3664       int newNbOfNodes=getCoords()->getNumberOfTuples();
3665       newFam=DataArrayInt::New(); newFam->alloc(newNbOfNodes,1);
3666       newFam->setPartOfValues1(fam,0,nbNodes,1,0,1,1,true);
3667       newFam->setPartOfValuesSimple1(0,nbNodes,newNbOfNodes,1,0,1,1);
3668       _fam_coords=newFam;
3669     }
3670   nodesDuplicated=nodeIdsToDuplicate.retn();
3671   cellsModified=cellsToModifyConn0.retn();
3672   cellsNotModified=cellsToModifyConn1.retn();
3673 }
3674
3675 /*!
3676  * \param [out] oldCode retrieves the distribution of types before the call if true is returned
3677  * \param [out] newCode etrieves the distribution of types after the call if true is returned
3678  * \param [out] o2nRenumCell tells for **all levels** the old 2 new renumbering of cells.
3679  * 
3680  * \return false if no modification has been performed linked to the unpolyzation. Neither cell type, not cell numbers. When false is returned no need of field on cells or on gauss renumbering.
3681  * Inversely, if true is returned, it means that distribution of cell by geometric type has changed and field on cell and field on gauss point must be renumbered.
3682  */
3683 bool MEDFileUMesh::unPolyze(std::vector<int>& oldCode, std::vector<int>& newCode, DataArrayInt *& o2nRenumCell)
3684 {
3685   o2nRenumCell=0; oldCode.clear(); newCode.clear();
3686   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevels();
3687   bool ret=false;
3688   std::vector< const DataArrayInt* > renumCellsSplited;//same than memorySaverIfThrow
3689   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > memorySaverIfThrow;//same than renumCellsSplited only in case of throw
3690   int start=0;
3691   int end=0;
3692   for(std::vector<int>::reverse_iterator it=levs.rbegin();it!=levs.rend();it++)
3693     {
3694       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m=getMeshAtLevel(*it);
3695       std::vector<int> code1=m->getDistributionOfTypes();
3696       end=PutInThirdComponentOfCodeOffset(code1,start);
3697       oldCode.insert(oldCode.end(),code1.begin(),code1.end());
3698       bool hasChanged=m->unPolyze();
3699       DataArrayInt *fake=0;
3700       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> o2nCellsPart=m->getLevArrPerCellTypes(MEDCouplingUMesh::MEDMEM_ORDER,
3701           MEDCouplingUMesh::MEDMEM_ORDER+MEDCouplingUMesh::N_MEDMEM_ORDER,fake);
3702       fake->decrRef();
3703       renumCellsSplited.push_back(o2nCellsPart); memorySaverIfThrow.push_back(o2nCellsPart);
3704       if(hasChanged)
3705         {
3706           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> o2nCellsPart2=o2nCellsPart->buildPermArrPerLevel();
3707           m->renumberCells(o2nCellsPart2->getConstPointer(),false);
3708           ret=true;
3709           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famField2,numField2;
3710           const DataArrayInt *famField=getFamilyFieldAtLevel(*it); if(famField) { famField->incrRef(); famField2=const_cast<DataArrayInt *>(famField); }
3711           const DataArrayInt *numField=getNumberFieldAtLevel(*it); if(numField) { numField->incrRef(); numField2=const_cast<DataArrayInt *>(numField); }
3712           setMeshAtLevel(*it,m);
3713           std::vector<int> code2=m->getDistributionOfTypes();
3714           end=PutInThirdComponentOfCodeOffset(code2,start);
3715           newCode.insert(newCode.end(),code2.begin(),code2.end());
3716           //
3717           if(o2nCellsPart2->isIdentity())
3718             continue;
3719           if(famField)
3720             {
3721               MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newFamField=famField->renumber(o2nCellsPart2->getConstPointer());
3722               setFamilyFieldArr(*it,newFamField);
3723             }
3724           if(numField)
3725             {
3726               MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newNumField=numField->renumber(o2nCellsPart2->getConstPointer());
3727               setRenumFieldArr(*it,newNumField);
3728             }
3729         }
3730       else
3731         {
3732           newCode.insert(newCode.end(),code1.begin(),code1.end());
3733         }
3734       start=end;
3735     }
3736   if(ret)
3737     {
3738       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> renumCells=DataArrayInt::Aggregate(renumCellsSplited);
3739       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> o2nRenumCellRet=renumCells->buildPermArrPerLevel();
3740       o2nRenumCell=o2nRenumCellRet.retn();
3741     }
3742   return ret;
3743 }
3744
3745 struct MEDLoaderAccVisit1
3746 {
3747   MEDLoaderAccVisit1():_new_nb_of_nodes(0) { }
3748   int operator()(bool val) { return val?_new_nb_of_nodes++:-1; }
3749   int _new_nb_of_nodes;
3750 };
3751
3752 /*!
3753  * Array returned is the correspondance in \b old \b to \b new format. The returned array is newly created and should be dealt by the caller.
3754  * The maximum value stored in returned array is the number of nodes of \a this minus 1 after call of this method.
3755  * The size of returned array is the number of nodes of the old (previous to the call of this method) number of nodes.
3756  * -1 values in returned array means that the corresponding old node is no more used.
3757  *
3758  * \return newly allocated array containing correspondance in \b old \b to \b new format. If all nodes in \a this are fetched \c NULL pointer is returned and nothing
3759  *         is modified in \a this.
3760  * \throw If no coordinates are set in \a this or if there is in any available mesh in \a this a cell having a nodal connectivity containing a node id not in the range of
3761  *  set coordinates.
3762  */
3763 DataArrayInt *MEDFileUMesh::zipCoords()
3764 {
3765   const DataArrayDouble *coo(getCoords());
3766   if(!coo)
3767     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::zipCoords : no coordinates set in this !");
3768   int nbOfNodes(coo->getNumberOfTuples());
3769   std::vector<bool> nodeIdsInUse(nbOfNodes,false);
3770   std::vector<int> neLevs(getNonEmptyLevels());
3771   for(std::vector<int>::const_iterator lev=neLevs.begin();lev!=neLevs.end();lev++)
3772     {
3773       const MEDFileUMeshSplitL1 *zeLev(getMeshAtLevSafe(*lev));
3774       if(zeLev->isMeshStoredSplitByType())
3775         {
3776           std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *> ms(zeLev->getDirectUndergroundSingleGeoTypeMeshes());
3777           for(std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *>::const_iterator it=ms.begin();it!=ms.end();it++)
3778             if(*it)
3779               (*it)->computeNodeIdsAlg(nodeIdsInUse);
3780         }
3781       else
3782         {
3783           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> mesh(zeLev->getWholeMesh(false));
3784           mesh->computeNodeIdsAlg(nodeIdsInUse);
3785         }
3786     }
3787   int nbrOfNodesInUse((int)std::count(nodeIdsInUse.begin(),nodeIdsInUse.end(),true));
3788   if(nbrOfNodesInUse==nbOfNodes)
3789     return 0;//no need to update _part_coords
3790   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret(DataArrayInt::New()); ret->alloc(nbOfNodes,1);
3791   std::transform(nodeIdsInUse.begin(),nodeIdsInUse.end(),ret->getPointer(),MEDLoaderAccVisit1());
3792   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret2(ret->invertArrayO2N2N2OBis(nbrOfNodesInUse));
3793   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> newCoords(coo->selectByTupleIdSafe(ret2->begin(),ret2->end()));
3794   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newFamCoords;
3795   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayAsciiChar> newNameCoords;
3796   if((const DataArrayInt *)_fam_coords)
3797     newFamCoords=_fam_coords->selectByTupleIdSafe(ret2->begin(),ret2->end());
3798   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newNumCoords;
3799   if((const DataArrayInt *)_num_coords)
3800     newNumCoords=_num_coords->selectByTupleIdSafe(ret2->begin(),ret2->end());
3801   if((const DataArrayAsciiChar *)_name_coords)
3802     newNameCoords=static_cast<DataArrayAsciiChar *>(_name_coords->selectByTupleIdSafe(ret2->begin(),ret2->end()));
3803   _coords=newCoords; _fam_coords=newFamCoords; _num_coords=newNumCoords; _name_coords=newNameCoords; _rev_num_coords=0;
3804   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
3805     {
3806       if((MEDFileUMeshSplitL1*)*it)
3807         {
3808           (*it)->renumberNodesInConn(ret->begin());
3809           (*it)->setCoords(_coords);
3810         }
3811     }
3812   // updates _part_coords
3813   const PartDefinition *pc(_part_coords);
3814   if(pc)
3815     {
3816       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<PartDefinition> tmpPD(DataArrayPartDefinition::New(ret2));
3817       _part_coords=tmpPD->composeWith(pc);
3818     }
3819   return ret.retn();
3820 }
3821
3822 /*!
3823  * This method performs an extrusion along a path defined by \a m1D.
3824  * \a this is expected to be a mesh with max mesh dimension equal to 2.
3825  * \a m1D is expected to be a mesh with space dimesion equal to 3 and mesh dimension equal to 1.
3826  * Mesh dimensions of returned mesh is incremented by one compared to thoose in \a this.
3827  * This method scans all levels in \a this
3828  * and put them in the returned mesh. All groups in \a this are also put in the returned mesh.
3829  *
3830  * \param [in] m1D - the mesh defining the extrusion path.
3831  * \param [in] policy - defines the policy of extrusion (see MEDCouplingUMesh::buildExtrudedMesh for more details)
3832  * \return - a new reference on mesh (you have to deal with using decrRef). The returned mesh will have the same name than \a this.
3833  *
3834  * \sa MEDCouplingUMesh::buildExtrudedMesh
3835  */
3836 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::buildExtrudedMesh(const MEDCouplingUMesh *m1D, int policy) const
3837 {
3838   if(getMeshDimension()!=2)
3839     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::buildExtrudedMesh : this is expected to be with mesh dimension equal to 2 !");
3840   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> ret(MEDFileUMesh::New());
3841   m1D->checkCoherency();
3842   if(m1D->getMeshDimension()!=1)
3843     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::buildExtrudedMesh : input mesh must have a mesh dimension equal to one !");
3844   int nbRep(m1D->getNumberOfCells());
3845   std::vector<int> levs(getNonEmptyLevels());
3846   std::vector<std::string> grps(getGroupsNames());
3847   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> > zeList;
3848   DataArrayDouble *coords(0);
3849   std::size_t nbOfLevsOut(levs.size()+1);
3850   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > o2ns(nbOfLevsOut);
3851   for(std::vector<int>::const_iterator lev=levs.begin();lev!=levs.end();lev++)
3852     {
3853       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> item(getMeshAtLevel(*lev));
3854       item=item->clone(false);
3855       item->changeSpaceDimension(3+(*lev),0.);//no problem non const but change DataArrayDouble for coordinates do not alter data
3856       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> tmp(static_cast<MEDCouplingUMesh *>(m1D->deepCpy()));
3857       tmp->changeSpaceDimension(3+(*lev),0.);
3858       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> elt(item->buildExtrudedMesh(tmp,policy));
3859       zeList.push_back(elt);
3860       if(*lev==0)
3861         coords=elt->getCoords();
3862     }
3863   if(!coords)
3864     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::buildExtrudedMesh : internal error !");
3865   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> >::iterator it=zeList.begin();it!=zeList.end();it++)
3866     {
3867       (*it)->setName(getName());
3868       (*it)->setCoords(coords);
3869     }
3870   for(std::size_t ii=0;ii!=zeList.size();ii++)
3871     {
3872       int lev(levs[ii]);
3873       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> elt(zeList[ii]);
3874       if(lev<=-1)
3875         {
3876           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> elt1(getMeshAtLevel(lev+1));
3877           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> elt2(elt1->clone(false));
3878           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp(elt2->getNodalConnectivity()->deepCpy());
3879           elt2->setConnectivity(tmp,elt2->getNodalConnectivityIndex());
3880           elt2->shiftNodeNumbersInConn(nbRep*elt1->getNumberOfNodes());
3881           elt1->setCoords(elt->getCoords()); elt2->setCoords(elt->getCoords());
3882           std::vector<const MEDCouplingUMesh *> elts(3);
3883           elts[0]=elt; elts[1]=elt1; elts[2]=elt2;
3884           elt=MEDCouplingUMesh::MergeUMeshesOnSameCoords(elts);
3885           elt->setName(getName());
3886         }
3887       //
3888       o2ns[ii]=elt->sortCellsInMEDFileFrmt();
3889       ret->setMeshAtLevel(lev,elt);
3890     }
3891   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> endLev(getMeshAtLevel(levs.back())),endLev2;
3892   endLev=endLev->clone(false); endLev->setCoords(coords);
3893   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp(endLev->getNodalConnectivity()->deepCpy());
3894   endLev2=endLev->clone(false); endLev2->setConnectivity(tmp,endLev->getNodalConnectivityIndex());
3895   endLev2->shiftNodeNumbersInConn(nbRep*getNumberOfNodes());
3896   endLev=MEDCouplingUMesh::MergeUMeshesOnSameCoords(endLev,endLev2);
3897   o2ns[levs.size()]=endLev->sortCellsInMEDFileFrmt();
3898   endLev->setName(getName());
3899   ret->setMeshAtLevel(levs.back()-1,endLev);
3900   //
3901   for(std::size_t ii=0;ii!=zeList.size();ii++)
3902     {
3903       int lev(levs[ii]);
3904       std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > outGrps;
3905       std::vector< const DataArrayInt * > outGrps2;
3906       if(lev<=-1)
3907         {
3908           for(std::vector<std::string>::const_iterator grp=grps.begin();grp!=grps.end();grp++)
3909             {
3910               MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> grpArr(getGroupArr(lev+1,*grp));
3911               if(!grpArr->empty())
3912                 {
3913                   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> grpArr1(grpArr->deepCpy()),grpArr2(grpArr->deepCpy());
3914                   int offset0(zeList[ii]->getNumberOfCells());
3915                   int offset1(offset0+getNumberOfCellsAtLevel(lev+1));
3916                   grpArr1->applyLin(1,offset0); grpArr2->applyLin(1,offset1);
3917                   std::ostringstream oss; oss << grpArr2->getName() << "_top";
3918                   grpArr2->setName(oss.str());
3919                   grpArr1->transformWithIndArr(o2ns[ii]->begin(),o2ns[ii]->end());
3920                   grpArr2->transformWithIndArr(o2ns[ii]->begin(),o2ns[ii]->end());
3921                   outGrps.push_back(grpArr1); outGrps.push_back(grpArr2);
3922                   outGrps2.push_back(grpArr1); outGrps2.push_back(grpArr2);
3923                 }
3924             }
3925         }
3926       //
3927       for(std::vector<std::string>::const_iterator grp=grps.begin();grp!=grps.end();grp++)
3928         {
3929           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> grpArr(getGroupArr(lev,*grp));
3930           if(!grpArr->empty())
3931             {
3932               int nbCellsB4Extrusion(getNumberOfCellsAtLevel(lev));
3933               std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > grpArrs(nbRep);
3934               std::vector< const DataArrayInt *> grpArrs2(nbRep);
3935               for(int iii=0;iii<nbRep;iii++)
3936                 {
3937                   grpArrs[iii]=grpArr->deepCpy(); grpArrs[iii]->applyLin(1,iii*nbCellsB4Extrusion);
3938                   grpArrs2[iii]=grpArrs[iii];
3939                 }
3940               MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> grpArrExt(DataArrayInt::Aggregate(grpArrs2));
3941               grpArrExt->transformWithIndArr(o2ns[ii]->begin(),o2ns[ii]->end());
3942               std::ostringstream grpName; grpName << *grp << "_extruded";
3943               grpArrExt->setName(grpName.str());
3944               outGrps.push_back(grpArrExt);
3945               outGrps2.push_back(grpArrExt);
3946             }
3947         }
3948       ret->setGroupsAtLevel(lev,outGrps2);
3949     }
3950   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > outGrps;
3951   std::vector< const DataArrayInt * > outGrps2;
3952   for(std::vector<std::string>::const_iterator grp=grps.begin();grp!=grps.end();grp++)
3953     {
3954       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> grpArr1(getGroupArr(levs.back(),*grp));
3955       if(grpArr1->empty())
3956         continue;
3957       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> grpArr2(grpArr1->deepCpy());
3958       std::ostringstream grpName; grpName << *grp << "_top";
3959       grpArr2->setName(grpName.str());
3960       grpArr2->applyLin(1,getNumberOfCellsAtLevel(levs.back()));
3961       outGrps.push_back(grpArr1); outGrps.push_back(grpArr2);
3962       outGrps2.push_back(grpArr1); outGrps2.push_back(grpArr2);
3963     }
3964   ret->setGroupsAtLevel(levs.back()-1,outGrps2);
3965   return ret.retn();
3966 }
3967
3968 /*!
3969  * This method converts all linear cells in \a this into quadratic cells (following the \a conversionType policy).
3970  * All the cells converted are put in the returned instance. This method applies all the groups and families in \a this to returned instance.
3971  * Groups on nodes and families on nodes are copied directly to the returned instance without transformation.
3972  *
3973  * \param [in] conversionType - conversionType specifies the type of conversion expected. Only 0 (default) and 1 are supported presently. 0 those that creates the 'most' simple
3974  *             corresponding quadratic cells. 1 is those creating the 'most' complex.
3975  * \param [in] eps - detection threshold for coordinates.
3976  * \return A new instance that is the result of the conversion. The caller has the ownership of this returned instance.
3977  *
3978  * \sa MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic , quadraticToLinear
3979  */
3980 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::linearToQuadratic(int conversionType, double eps) const
3981 {
3982   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> ret(MEDFileUMesh::New());
3983   int initialNbNodes(getNumberOfNodes());
3984   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m0Tmp(getMeshAtLevel(0));
3985   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m0(dynamic_cast<MEDCouplingUMesh *>(m0Tmp->deepCpy()));
3986   {
3987     MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> notUsed(m0->convertLinearCellsToQuadratic(conversionType));
3988   }
3989   DataArrayDouble *zeCoords(m0->getCoords());
3990   ret->setMeshAtLevel(0,m0);
3991   std::vector<int> levs(getNonEmptyLevels());
3992   const DataArrayInt *famField(getFamilyFieldAtLevel(0));
3993   if(famField)
3994     {
3995       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famFieldCpy(famField->deepCpy());
3996       ret->setFamilyFieldArr(0,famFieldCpy);
3997     }
3998   famField=getFamilyFieldAtLevel(1);
3999   if(famField)
4000     {
4001       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> fam(DataArrayInt::New()); fam->alloc(zeCoords->getNumberOfTuples(),1);
4002       fam->fillWithZero();
4003       fam->setPartOfValues1(famField,0,initialNbNodes,1,0,1,1);
4004       ret->setFamilyFieldArr(1,fam);
4005     }
4006   ret->copyFamGrpMapsFrom(*this);
4007   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> partZeCoords(zeCoords->selectByTupleId2(initialNbNodes,zeCoords->getNumberOfTuples(),1));
4008   for(std::vector<int>::const_iterator lev=levs.begin();lev!=levs.end();lev++)
4009     {
4010       if(*lev==0)
4011         continue;
4012       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1Tmp(getMeshAtLevel(*lev));
4013       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1(dynamic_cast<MEDCouplingUMesh *>(m1Tmp->deepCpy()));
4014       {
4015         MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> notUsed(m1->convertLinearCellsToQuadratic(conversionType));
4016       }
4017       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> m1Coords(m1->getCoords()->selectByTupleId2(initialNbNodes,m1->getNumberOfNodes(),1));
4018       DataArrayInt *b(0);
4019       bool a(partZeCoords->areIncludedInMe(m1Coords,eps,b));
4020       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> bSafe(b);
4021       if(!a)
4022         {
4023           std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::linearCellsToQuadratic : for level " << *lev << " problem to identify nodes generated !";
4024           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
4025         }
4026       b->applyLin(1,initialNbNodes);
4027       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> l0(DataArrayInt::New()); l0->alloc(initialNbNodes,1); l0->iota();
4028       std::vector<const DataArrayInt *> v(2); v[0]=l0; v[1]=b;
4029       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> renum(DataArrayInt::Aggregate(v));
4030       m1->renumberNodesInConn(renum->begin());
4031       m1->setCoords(zeCoords);
4032       ret->setMeshAtLevel(*lev,m1);
4033       famField=getFamilyFieldAtLevel(*lev);
4034       if(famField)
4035         {
4036           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famFieldCpy(famField->deepCpy());
4037           ret->setFamilyFieldArr(*lev,famFieldCpy);
4038         }
4039     }
4040   return ret.retn();
4041 }
4042
4043 /*!
4044  * This method converts all quadratic cells in \a this into linear cells.
4045  * All the cells converted are put in the returned instance. This method applies all the groups and families in \a this to returned instance.
4046  * Groups on nodes and families on nodes are copied directly to the returned instance without transformation.
4047  *
4048  * \param [in] eps - detection threshold for coordinates.
4049  * \return A new instance that is the result of the conversion. The caller has the ownership of this returned instance.
4050  *
4051  * \sa MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic , linearToQuadratic
4052  */
4053 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::quadraticToLinear(double eps) const
4054 {
4055   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> ret(MEDFileUMesh::New());
4056   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m0Tmp(getMeshAtLevel(0));
4057   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m0(dynamic_cast<MEDCouplingUMesh *>(m0Tmp->deepCpy()));
4058   m0->convertQuadraticCellsToLinear();
4059   m0->zipCoords();
4060   DataArrayDouble *zeCoords(m0->getCoords());
4061   ret->setMeshAtLevel(0,m0);
4062   std::vector<int> levs(getNonEmptyLevels());
4063   const DataArrayInt *famField(getFamilyFieldAtLevel(0));
4064   if(famField)
4065     {
4066       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famFieldCpy(famField->deepCpy());
4067       ret->setFamilyFieldArr(0,famFieldCpy);
4068     }
4069   famField=getFamilyFieldAtLevel(1);
4070   if(famField)
4071     {
4072       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> fam(famField->selectByTupleId2(0,zeCoords->getNumberOfTuples(),1));
4073       ret->setFamilyFieldArr(1,fam);
4074     }
4075   ret->copyFamGrpMapsFrom(*this);
4076   for(std::vector<int>::const_iterator lev=levs.begin();lev!=levs.end();lev++)
4077     {
4078       if(*lev==0)
4079         continue;
4080       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1Tmp(getMeshAtLevel(*lev));
4081       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1(dynamic_cast<MEDCouplingUMesh *>(m1Tmp->deepCpy()));
4082       m1->convertQuadraticCellsToLinear();
4083       m1->zipCoords();
4084       DataArrayInt *b(0);
4085       bool a(zeCoords->areIncludedInMe(m1->getCoords(),eps,b));
4086       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> bSafe(b);
4087       if(!a)
4088         {
4089           std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::quadraticToLinear : for level " << *lev << " problem to identify nodes generated !";
4090           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
4091         }
4092       m1->renumberNodesInConn(b->begin());
4093       m1->setCoords(zeCoords);
4094       ret->setMeshAtLevel(*lev,m1);
4095       famField=getFamilyFieldAtLevel(*lev);
4096       if(famField)
4097         {
4098           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famFieldCpy(famField->deepCpy());
4099           ret->setFamilyFieldArr(*lev,famFieldCpy);
4100         }
4101     }
4102   return ret.retn();
4103 }
4104
4105 void MEDFileUMesh::serialize(std::vector<double>& tinyDouble, std::vector<int>& tinyInt, std::vector<std::string>& tinyStr, std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> >& bigArraysI, MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble>& bigArrayD)
4106 {
4107   clearNonDiscrAttributes();
4108   forceComputationOfParts();
4109   tinyDouble.clear(); tinyInt.clear(); tinyStr.clear(); bigArraysI.clear(); bigArrayD=0;
4110   std::vector<int> layer0;
4111   layer0.push_back(_order); //0 i
4112   layer0.push_back(_iteration);//1 i
4113   layer0.push_back(getSpaceDimension());//2 i
4114   tinyDouble.push_back(_time);//0 d
4115   tinyStr.push_back(_name);//0 s
4116   tinyStr.push_back(_desc_name);//1 s
4117   for(int i=0;i<getSpaceDimension();i++)
4118     tinyStr.push_back(_coords->getInfoOnComponent(i));
4119   layer0.push_back((int)_families.size());//3 i <- key info aa layer#0
4120   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
4121     {
4122       tinyStr.push_back((*it).first);
4123       layer0.push_back((*it).second);
4124     }
4125   layer0.push_back((int)_groups.size());//3+aa i <- key info bb layer#0
4126   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it0=_groups.begin();it0!=_groups.end();it0++)
4127     {
4128       layer0.push_back((int)(*it0).second.size());
4129       tinyStr.push_back((*it0).first);
4130       for(std::vector<std::string>::const_iterator it1=((*it0).second).begin();it1!=((*it0).second).end();it1++)
4131         tinyStr.push_back(*it1);
4132     }
4133   // sizeof(layer0)==3+aa+1+bb layer#0
4134   bigArrayD=_coords;// 0 bd
4135   bigArraysI.push_back(_fam_coords);// 0 bi
4136   bigArraysI.push_back(_num_coords);// 1 bi
4137   const PartDefinition *pd(_part_coords);
4138   if(!pd)
4139     layer0.push_back(-1);
4140   else
4141     {
4142       std::vector<int> tmp0;
4143       pd->serialize(tmp0,bigArraysI);
4144       tinyInt.push_back(tmp0.size());
4145       tinyInt.insert(tinyInt.end(),tmp0.begin(),tmp0.end());
4146     }
4147   //
4148   std::vector<int> layer1;
4149   std::vector<int> levs(getNonEmptyLevels());
4150   layer1.push_back((int)levs.size());// 0 i <- key
4151   layer1.insert(layer1.end(),levs.begin(),levs.end());
4152   for(std::vector<int>::const_iterator it=levs.begin();it!=levs.end();it++)
4153     {
4154       const MEDFileUMeshSplitL1 *lev(getMeshAtLevSafe(*it));
4155       lev->serialize(layer1,bigArraysI);
4156     }
4157   // put layers all together.
4158   tinyInt.push_back(layer0.size());
4159   tinyInt.insert(tinyInt.end(),layer0.begin(),layer0.end());
4160   tinyInt.push_back(layer1.size());
4161   tinyInt.insert(tinyInt.end(),layer1.begin(),layer1.end());
4162 }
4163
4164 void MEDFileUMesh::unserialize(std::vector<double>& tinyDouble, std::vector<int>& tinyInt, std::vector<std::string>& tinyStr,
4165                                std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> >& bigArraysI, MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble>& bigArrayD)
4166 {
4167   int sz0(tinyInt[0]);
4168   std::vector<int> layer0(tinyInt.begin()+1,tinyInt.begin()+1+sz0);
4169   int sz1(tinyInt[sz0+1]);
4170   std::vector<int> layer1(tinyInt.begin()+2+sz0,tinyInt.begin()+2+sz0+sz1);
4171   //
4172   std::reverse(layer0.begin(),layer0.end());
4173   std::reverse(layer1.begin(),layer1.end());
4174   std::reverse(tinyDouble.begin(),tinyDouble.end());
4175   std::reverse(tinyStr.begin(),tinyStr.end());
4176   std::reverse(bigArraysI.begin(),bigArraysI.end());
4177   //
4178   _order=layer0.back(); layer0.pop_back();
4179   _iteration=layer0.back(); layer0.pop_back();
4180   int spaceDim(layer0.back()); layer0.pop_back();
4181   _time=tinyDouble.back(); tinyDouble.pop_back();
4182   _name=tinyStr.back(); tinyStr.pop_back();
4183   _desc_name=tinyStr.back(); tinyStr.pop_back();
4184   _coords=bigArrayD; _coords->rearrange(spaceDim);
4185   for(int i=0;i<spaceDim;i++)
4186     {
4187       _coords->setInfoOnComponent(i,tinyStr.back());
4188       tinyStr.pop_back();
4189     }
4190   int nbOfFams(layer0.back()); layer0.pop_back();
4191   _families.clear();
4192   for(int i=0;i<nbOfFams;i++)
4193     {
4194       _families[tinyStr.back()]=layer0.back();
4195       tinyStr.pop_back(); layer0.pop_back();
4196     }
4197   int nbGroups(layer0.back()); layer0.pop_back();
4198   _groups.clear();
4199   for(int i=0;i<nbGroups;i++)
4200     {
4201       std::string grpName(tinyStr.back()); tinyStr.pop_back();
4202       int nbOfFamsOnGrp(layer0.back()); layer0.pop_back();
4203       std::vector<std::string> fams(nbOfFamsOnGrp);
4204       for(int j=0;j<nbOfFamsOnGrp;j++)
4205         {
4206           fams[j]=tinyStr.back(); tinyStr.pop_back();
4207         }
4208       _groups[grpName]=fams;
4209     }
4210   _fam_coords=bigArraysI.back(); bigArraysI.pop_back();
4211   _num_coords=bigArraysI.back(); bigArraysI.pop_back();
4212   _part_coords=0;
4213   int isPd(layer0.back()); layer0.pop_back();
4214   if(isPd!=-1)
4215     {
4216       std::vector<int> tmp0(layer0.begin(),layer0.begin()+isPd);
4217       layer0.erase(layer0.begin(),layer0.begin()+isPd);
4218       _part_coords=PartDefinition::Unserialize(tmp0,bigArraysI);
4219     }
4220   if(!layer0.empty())
4221     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::unserialize : something wrong during unserialization #1 !");
4222   //
4223   int nbLevs(layer1.back()); layer1.pop_back();
4224   std::vector<int> levs(layer1.rbegin(),layer1.rbegin()+nbLevs); layer1.erase(layer1.end()-nbLevs,layer1.end());
4225   _ms.clear();
4226   int maxLev(-(*std::min_element(levs.begin(),levs.end())));
4227   _ms.resize(maxLev+1);
4228   for(int i=0;i<nbLevs;i++)
4229     {
4230       int lev(levs[i]);
4231       int pos(-lev);
4232       _ms[pos]=MEDFileUMeshSplitL1::Unserialize(_name,_coords,layer1,bigArraysI);
4233     }
4234 }
4235
4236 /*!
4237  * Adds a group of nodes to \a this mesh.
4238  *  \param [in] ids - a DataArrayInt providing ids and a name of the group to add.
4239  *          The ids should be sorted and different each other (MED file norm).
4240  *
4241  *  \warning this method can alter default "FAMILLE_ZERO" family.
4242  *  For users sensitive to this a call to MEDFileMesh::rearrangeFamilies will be necessary after addGroup session.
4243  *
4244  *  \throw If the node coordinates array is not set.
4245  *  \throw If \a ids == \c NULL.
4246  *  \throw If \a ids->getName() == "".
4247  *  \throw If \a ids does not respect the MED file norm.
4248  *  \throw If a group with name \a ids->getName() already exists.
4249  */
4250 void MEDFileUMesh::addNodeGroup(const DataArrayInt *ids)
4251 {
4252   const DataArrayDouble *coords(_coords);
4253   if(!coords)
4254     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::addNodeGroup : no coords set !");
4255   int nbOfNodes(coords->getNumberOfTuples());
4256   if(!((DataArrayInt *)_fam_coords))
4257     { _fam_coords=DataArrayInt::New(); _fam_coords->alloc(nbOfNodes,1); _fam_coords->fillWithZero(); }
4258   //
4259   addGroupUnderground(true,ids,_fam_coords);
4260 }
4261
4262 /*!
4263  * Adds a group of nodes/cells/faces/edges to \a this mesh.
4264  *
4265  *  \param [in] ids - a DataArrayInt providing ids and a name of the group to add.
4266  *          The ids should be sorted and different each other (MED file norm).
4267  *
4268  * \warning this method can alter default "FAMILLE_ZERO" family.
4269  * For users sensitive to this a call to MEDFileMesh::rearrangeFamilies will be necessary after addGroup session.
4270  *
4271  *  \throw If the node coordinates array is not set.
4272  *  \throw If \a ids == \c NULL.
4273  *  \throw If \a ids->getName() == "".
4274  *  \throw If \a ids does not respect the MED file norm.
4275  *  \throw If a group with name \a ids->getName() already exists.
4276  */
4277 void MEDFileUMesh::addGroup(int meshDimRelToMaxExt, const DataArrayInt *ids)
4278 {
4279   std::vector<int> levs(getNonEmptyLevelsExt());
4280   if(std::find(levs.begin(),levs.end(),meshDimRelToMaxExt)==levs.end())
4281     { 
4282       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::addGroup : level " << meshDimRelToMaxExt << " not available ! Should be in ";
4283       std::copy(levs.begin(),levs.end(),std::ostream_iterator<int>(oss," ")); oss << " !"; throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
4284     }
4285   if(meshDimRelToMaxExt==1)
4286     { addNodeGroup(ids); return ; }
4287   MEDFileUMeshSplitL1 *lev(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt));
4288   DataArrayInt *fam(lev->getOrCreateAndGetFamilyField());
4289   addGroupUnderground(false,ids,fam);
4290 }
4291
4292 /*!
4293  * Changes a name of a family specified by its id.
4294  *  \param [in] id - the id of the family of interest.
4295  *  \param [in] newFamName - the new family name.
4296  *  \throw If no family with the given \a id exists.
4297  */
4298 void MEDFileUMesh::setFamilyNameAttachedOnId(int id, const std::string& newFamName)
4299 {
4300   std::string oldName=getFamilyNameGivenId(id);
4301   _families.erase(oldName);
4302   _families[newFamName]=id;
4303 }
4304
4305 /*!
4306  * Removes a mesh of a given dimension.
4307  *  \param [in] meshDimRelToMax - the relative dimension of interest.
4308  *  \throw If there is no mesh at level \a meshDimRelToMax in \a this mesh.
4309  */
4310 void MEDFileUMesh::removeMeshAtLevel(int meshDimRelToMax)
4311 {
4312   std::vector<int> levSet=getNonEmptyLevels();
4313   std::vector<int>::const_iterator it=std::find(levSet.begin(),levSet.end(),meshDimRelToMax);
4314   if(it==levSet.end())
4315     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::removeMeshAtLevel : the requested level is not existing !");
4316   int pos=(-meshDimRelToMax);
4317   _ms[pos]=0;
4318 }
4319
4320 /*!
4321  * Sets a new MEDCoupling1GTUMesh at a given level in \a this mesh.
4322  *  \param [in] meshDimRelToMax - a relative level to set the mesh at.
4323  *  \param [in] m - the new mesh to set.
4324  *  \throw If the name or the description of \a this mesh and \a m are not empty and are
4325  *         different. 
4326  *  \throw If the node coordinates array is set \a this in mesh and \a m refers to
4327  *         another node coordinates array.
4328  *  \throw If the mesh dimension of \a m does not correspond to \a meshDimRelToMax or
4329  *         to the existing meshes of other levels of \a this mesh.
4330  */
4331 void MEDFileUMesh::setMeshAtLevel(int meshDimRelToMax, MEDCoupling1GTUMesh *m)
4332 {
4333   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> elt(new MEDFileUMeshSplitL1(m));
4334   checkAndGiveEntryInSplitL1(meshDimRelToMax,m)=elt;
4335 }
4336
4337 /*!
4338  * Sets a new MEDCouplingUMesh at a given level in \a this mesh.
4339  *  \param [in] meshDimRelToMax - a relative level to set the mesh at.
4340  *  \param [in] m - the new mesh to set.
4341  *  \param [in] newOrOld - if \c true, cells in \a m are sorted by type to be ready for 
4342  *         writing \a this mesh in a MED file.
4343  *  \throw If the name or the description of \a this mesh and \a m are not empty and are
4344  *         different. 
4345  *  \throw If the node coordinates array is set \a this in mesh and \a m refers to
4346  *         another node coordinates array.
4347  *  \throw If the mesh dimension of \a m does not correspond to \a meshDimRelToMax or
4348  *         to the existing meshes of other levels of \a this mesh.
4349  */
4350 void MEDFileUMesh::setMeshAtLevel(int meshDimRelToMax, MEDCouplingUMesh *m, bool newOrOld)
4351 {
4352   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> elt(new MEDFileUMeshSplitL1(m,newOrOld));
4353   checkAndGiveEntryInSplitL1(meshDimRelToMax,m)=elt;
4354 }
4355
4356 MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1>& MEDFileUMesh::checkAndGiveEntryInSplitL1(int meshDimRelToMax, MEDCouplingPointSet *m)
4357 {
4358   dealWithTinyInfo(m);
4359   std::vector<int> levSet=getNonEmptyLevels();
4360   if(std::find(levSet.begin(),levSet.end(),meshDimRelToMax)==levSet.end())
4361     {
4362       if((DataArrayDouble *)_coords==0)
4363         {
4364           DataArrayDouble *c=m->getCoords();
4365           if(c)
4366             c->incrRef();
4367           _coords=c;
4368         }
4369       if(m->getCoords()!=_coords)
4370         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setMeshAtLevel : Invalid Given Mesh ! The coordinates are not the same ! try to use tryToShareSameCoords !");
4371       int sz=(-meshDimRelToMax)+1;
4372       if(sz>=(int)_ms.size())
4373         _ms.resize(sz);
4374       checkMeshDimCoherency(m->getMeshDimension(),meshDimRelToMax);
4375       return _ms[sz-1];
4376     }
4377   else
4378     return _ms[-meshDimRelToMax];
4379 }
4380
4381 /*!
4382  * This method allows to set at once the content of different levels in \a this.
4383  * This method is equivalent to a series of call to MEDFileUMesh::setMeshAtLevel.
4384  *
4385  * \param [in] ms - List of unstructured meshes lying on the same coordinates and having different mesh dimesnion.
4386  * \param [in] renum - the parameter (set to false by default) that tells the beheviour if there is a mesh on \a ms that is not geo type sorted.
4387  *                     If false, an exception ois thrown. If true the mesh is reordered automatically. It is highly recommanded to let this parameter to false.
4388  *
4389  * \throw If \a there is a null pointer in \a ms.
4390  * \sa MEDFileUMesh::setMeshAtLevel
4391  */
4392 void MEDFileUMesh::setMeshes(const std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& ms, bool renum)
4393 {
4394   if(ms.empty())
4395     return ;
4396   const MEDCouplingUMesh *mRef=ms[0];
4397   if(!mRef)
4398     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setMeshes : null instance in the first element of input meshes !");
4399   std::string name(mRef->getName());
4400   const DataArrayDouble *coo(mRef->getCoords());
4401   std::set<int> s;
4402   int zeDim=-1;
4403   for(std::vector<const MEDCouplingUMesh *>::const_iterator it=ms.begin();it!=ms.end();it++)
4404     {
4405       const MEDCouplingUMesh *cur(*it);
4406       if(!cur)
4407         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setMeshes : null instance in input vector of meshes !");
4408       if(coo!=cur->getCoords())
4409         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setMeshes : The input meshes do not share the same coordinates !");
4410       int mdim=cur->getMeshDimension();
4411       zeDim=std::max(zeDim,mdim);
4412       if(s.find(mdim)!=s.end())
4413         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setMeshes : The input meshes must share the same coordinates pointer, and should have different mesh dimension each other !");
4414     }
4415   for(std::vector<const MEDCouplingUMesh *>::const_iterator it=ms.begin();it!=ms.end();it++)
4416     {
4417       int mdim=(*it)->getMeshDimension();
4418       setName((*it)->getName());
4419       setMeshAtLevel(mdim-zeDim,const_cast<MEDCouplingUMesh *>(*it),renum);
4420     }
4421   setName(name);
4422 }
4423
4424 /*!
4425  * Creates one MEDCouplingUMesh at a given level in \a this mesh from a sequence of
4426  * meshes each representing a group, and creates corresponding groups in \a this mesh.
4427  * The given meshes must share the same node coordinates array.
4428  *  \param [in] meshDimRelToMax - the relative dimension to create the mesh and groups at.
4429  *  \param [in] ms - the sequence of meshes. Each mesh in \a ms represents a group to
4430  *          create in \a this mesh.
4431  *  \throw If \a ms is empty.
4432  *  \throw If dimension of meshes in \a ms does not correspond to \a meshDimRelToMax or
4433  *         to the existing meshes of other levels of \a this mesh.
4434  *  \throw If the meshes in \a ms do not share the same node coordinates array.
4435  *  \throw If the node coordinates array of \a this mesh (if any) is not the same as that
4436  *         of the given meshes.
4437  *  \throw If \a ms[ i ] is not well defined (MEDCouplingUMesh::checkCoherency()).
4438  *  \throw If names of some meshes in \a ms are equal.
4439  *  \throw If \a ms includes a mesh with an empty name.
4440  */
4441 void MEDFileUMesh::setGroupsFromScratch(int meshDimRelToMax, const std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& ms, bool renum)
4442 {
4443   if(ms.empty())
4444     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setGroupsFromScratch : expecting a non empty vector !");
4445   int sz=(-meshDimRelToMax)+1;
4446   if(sz>=(int)_ms.size())
4447     _ms.resize(sz);
4448   checkMeshDimCoherency(ms[0]->getMeshDimension(),meshDimRelToMax);
4449   DataArrayDouble *coo=checkMultiMesh(ms);
4450   if((DataArrayDouble *)_coords==0)
4451     {
4452       coo->incrRef();
4453       _coords=coo;
4454     }
4455   else
4456     if((DataArrayDouble *)_coords!=coo)
4457       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setGroupsFromScratch : coordinates mismatches !");
4458   std::vector<DataArrayInt *> corr;
4459   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m=MEDCouplingUMesh::FuseUMeshesOnSameCoords(ms,_zipconn_pol,corr);
4460   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > corr3(corr.begin(),corr.end());
4461   setMeshAtLevel(meshDimRelToMax,m,renum);
4462   std::vector<const DataArrayInt *> corr2(corr.begin(),corr.end());
4463   setGroupsAtLevel(meshDimRelToMax,corr2,true);
4464 }
4465
4466 /*!
4467  * Creates groups at a given level in \a this mesh from a sequence of
4468  * meshes each representing a group.
4469  * The given meshes must share the same node coordinates array.
4470  *  \param [in] meshDimRelToMax - the relative dimension to create the groups at.
4471  *  \param [in] ms - the sequence of meshes. Each mesh in \a ms represents a group to
4472  *         create in \a this mesh.
4473  *  \param [in] renum - if \c true, then the optional numbers of entities are taken into
4474  *         account. 
4475  *  \throw If \a ms is empty.
4476  *  \throw If dimension of meshes in \a ms does not correspond to \a meshDimRelToMax or
4477  *         to the existing meshes of other levels of \a this mesh.
4478  *  \throw If the meshes in \a ms do not share the same node coordinates array.
4479  *  \throw If the node coordinates array of \a this mesh (if any) is not the same as that
4480  *         of the given meshes.
4481  *  \throw If \a ms[ i ] is not well defined (MEDCouplingUMesh::checkCoherency()).
4482  *  \throw If names of some meshes in \a ms are equal.
4483  *  \throw If \a ms includes a mesh with an empty name.
4484  */
4485 void MEDFileUMesh::setGroupsOnSetMesh(int meshDimRelToMax, const std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& ms, bool renum)
4486 {
4487   if(ms.empty())
4488     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setGroupsOnSetMesh : expecting a non empty vector !");
4489   int sz=(-meshDimRelToMax)+1;
4490   if(sz>=(int)_ms.size())
4491     _ms.resize(sz);
4492   checkMeshDimCoherency(ms[0]->getMeshDimension(),meshDimRelToMax);
4493   DataArrayDouble *coo=checkMultiMesh(ms);
4494   if((DataArrayDouble *)_coords==0)
4495     {
4496       coo->incrRef();
4497       _coords=coo;
4498     }
4499   else
4500     if((DataArrayDouble *)_coords!=coo)
4501       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setGroupsOnSetMesh : coordinates mismatches !");
4502   MEDCouplingUMesh *m=getMeshAtLevel(meshDimRelToMax,renum);
4503   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > corr(ms.size());
4504   int i=0;
4505   for(std::vector<const MEDCouplingUMesh *>::const_iterator it=ms.begin();it!=ms.end();it++,i++)
4506     {
4507       DataArrayInt *arr=0;
4508       bool test=m->areCellsIncludedIn(*it,_zipconn_pol,arr);
4509       corr[i]=arr;
4510       if(!test)
4511         {
4512           std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::setGroupsOnSetMesh : mesh #" << i << " is not part of whole mesh !";
4513           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
4514         }
4515     }
4516   std::vector<const DataArrayInt *> corr2(corr.begin(),corr.end());
4517   setGroupsAtLevel(meshDimRelToMax,corr2,renum);
4518 }
4519
4520 DataArrayDouble *MEDFileUMesh::checkMultiMesh(const std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& ms) const
4521 {
4522   const DataArrayDouble *ret=ms[0]->getCoords();
4523   int mdim=ms[0]->getMeshDimension();
4524   for(unsigned int i=1;i<ms.size();i++)
4525     {
4526       ms[i]->checkCoherency();
4527       if(ms[i]->getCoords()!=ret)
4528         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::checkMultiMesh : meshes must share the same coords !");
4529       if(ms[i]->getMeshDimension()!=mdim)
4530         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::checkMultiMesh : meshes have not same mesh dimension !");
4531     }
4532   return const_cast<DataArrayDouble *>(ret);
4533 }
4534
4535 /*!
4536  * Sets the family field of a given relative dimension.
4537  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of entities for which
4538  *          the family field is set.
4539  *  \param [in] famArr - the array of the family field.
4540  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
4541  *  \throw If \a famArr has an invalid size.
4542  */
4543 void MEDFileUMesh::setFamilyFieldArr(int meshDimRelToMaxExt, DataArrayInt *famArr)
4544 {
4545   if(meshDimRelToMaxExt==1)
4546     {
4547       if(!famArr)
4548         {
4549           _fam_coords=0;
4550           return ;
4551         }
4552       DataArrayDouble *coo(_coords);
4553       if(!coo)
4554         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setFamilyFieldArr : the coordinates have not been set !");
4555       famArr->checkNbOfTuplesAndComp(coo->getNumberOfTuples(),1,"MEDFileUMesh::setFamilyFieldArr : Problem in size of node family arr ! ");
4556       famArr->incrRef();
4557       _fam_coords=famArr;
4558       return ;
4559     }
4560   if(meshDimRelToMaxExt>1)
4561     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setFamilyFieldArr : Dimension request is invalid (>1) !");
4562   int traducedRk=-meshDimRelToMaxExt;
4563   if(traducedRk>=(int)_ms.size())
4564     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh dim relative to max given ! Too low !");
4565   if((MEDFileUMeshSplitL1 *)_ms[traducedRk]==0)
4566     throw INTERP_KERNEL::Exception("On specified lev (or entity) no cells exists !");
4567   return _ms[traducedRk]->setFamilyArr(famArr);
4568 }
4569
4570 /*!
4571  * Sets the optional numbers of mesh entities of a given dimension.
4572  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
4573  *  \param [in] renumArr - the array of the numbers.
4574  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
4575  *  \throw If \a renumArr has an invalid size.
4576  */
4577 void MEDFileUMesh::setRenumFieldArr(int meshDimRelToMaxExt, DataArrayInt *renumArr)
4578 {
4579   if(meshDimRelToMaxExt==1)
4580     {
4581       if(!renumArr)
4582         {
4583           _num_coords=0;
4584           _rev_num_coords=0;
4585           return ;
4586         }
4587       DataArrayDouble *coo(_coords);
4588       if(!coo)
4589         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setRenumFieldArr : the coordinates have not been set !");
4590       renumArr->checkNbOfTuplesAndComp(coo->getNumberOfTuples(),1,"MEDFileUMesh::setRenumArr : Problem in size of node numbering arr ! ");
4591       renumArr->incrRef();
4592       _num_coords=renumArr;
4593       computeRevNum();
4594       return ;
4595     }
4596   if(meshDimRelToMaxExt>1)
4597     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setRenumArr : Dimension request is invalid (>1) !");
4598   int traducedRk=-meshDimRelToMaxExt;
4599   if(traducedRk>=(int)_ms.size())
4600     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh dim relative to max given ! Too low !");
4601   if((MEDFileUMeshSplitL1 *)_ms[traducedRk]==0)
4602     throw INTERP_KERNEL::Exception("On specified lev (or entity) no cells exists !");
4603   return _ms[traducedRk]->setRenumArr(renumArr);
4604 }
4605
4606 /*!
4607  * Sets the optional names of mesh entities of a given dimension.
4608  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
4609  *  \param [in] nameArr - the array of the names.
4610  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
4611  *  \throw If \a nameArr has an invalid size.
4612  */
4613 void MEDFileUMesh::setNameFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt, DataArrayAsciiChar *nameArr)
4614 {
4615   if(meshDimRelToMaxExt==1)
4616     {
4617       if(!nameArr)
4618         {
4619           _name_coords=0;
4620           return ;
4621         }
4622       DataArrayDouble *coo(_coords);
4623       if(!coo)
4624         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setNameFieldAtLevel : the coordinates have not been set !");
4625       nameArr->checkNbOfTuplesAndComp(coo->getNumberOfTuples(),MED_SNAME_SIZE,"MEDFileUMesh::setNameFieldAtLevel : Problem in size of node numbering arr ! ");
4626       nameArr->incrRef();
4627       _name_coords=nameArr;
4628       return ;
4629     }
4630   if(meshDimRelToMaxExt>1)
4631     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setNameFieldAtLevel : Dimension request is invalid (>1) !");
4632   int traducedRk=-meshDimRelToMaxExt;
4633   if(traducedRk>=(int)_ms.size())
4634     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh dim relative to max given ! Too low !");
4635   if((MEDFileUMeshSplitL1 *)_ms[traducedRk]==0)
4636     throw INTERP_KERNEL::Exception("On specified lev (or entity) no cells exists !");
4637   return _ms[traducedRk]->setNameArr(nameArr);
4638 }
4639
4640 void MEDFileUMesh::synchronizeTinyInfoOnLeaves() const
4641 {
4642   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
4643     if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it))
4644       (*it)->synchronizeTinyInfo(*this);
4645 }
4646
4647 /*!
4648  * This method is called by MEDFileMesh::changeFamilyId. It performs only one part of the family id modification.
4649  */
4650 void MEDFileUMesh::changeFamilyIdArr(int oldId, int newId)
4651 {
4652   DataArrayInt *arr=_fam_coords;
4653   if(arr)
4654     arr->changeValue(oldId,newId);
4655   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
4656     {
4657       MEDFileUMeshSplitL1 *sp=(*it);
4658       if(sp)
4659         {
4660           sp->changeFamilyIdArr(oldId,newId);
4661         }
4662     }
4663 }
4664
4665 std::list< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > MEDFileUMesh::getAllNonNullFamilyIds() const
4666 {
4667   std::list< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > ret;
4668   const DataArrayInt *da(_fam_coords);
4669   if(da)
4670     { da->incrRef(); ret.push_back(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>(const_cast<DataArrayInt *>(da))); }
4671   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
4672     {
4673       const MEDFileUMeshSplitL1 *elt(*it);
4674       if(elt)
4675         {
4676           da=elt->getFamilyField();
4677           if(da)
4678             { da->incrRef(); ret.push_back(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>(const_cast<DataArrayInt *>(da))); }
4679         }
4680     }
4681   return ret;
4682 }
4683
4684 void MEDFileUMesh::computeRevNum() const
4685 {
4686   if((const DataArrayInt *)_num_coords)
4687     {
4688       int pos;
4689       int maxValue=_num_coords->getMaxValue(pos);
4690       _rev_num_coords=_num_coords->invertArrayN2O2O2N(maxValue+1);
4691     }
4692 }
4693
4694 std::size_t MEDFileStructuredMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
4695 {
4696   return MEDFileMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren();
4697 }
4698
4699 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileStructuredMesh::getDirectChildrenWithNull() const
4700 {
4701   std::vector<const BigMemoryObject *> ret(MEDFileMesh::getDirectChildrenWithNull());
4702   ret.push_back((const DataArrayInt *)_fam_nodes);
4703   ret.push_back((const DataArrayInt *)_num_nodes);
4704   ret.push_back((const DataArrayAsciiChar *)_names_nodes);
4705   ret.push_back((const DataArrayInt *)_fam_cells);
4706   ret.push_back((const DataArrayInt *)_num_cells);
4707   ret.push_back((const DataArrayAsciiChar *)_names_cells);
4708   ret.push_back((const DataArrayInt *)_fam_faces);
4709   ret.push_back((const DataArrayInt *)_num_faces);
4710   ret.push_back((const DataArrayInt *)_rev_num_nodes);
4711   ret.push_back((const DataArrayAsciiChar *)_names_faces);
4712   ret.push_back((const DataArrayInt *)_rev_num_cells);
4713   ret.push_back((const MEDCoupling1SGTUMesh*)_faces_if_necessary);
4714   return ret;
4715 }
4716
4717 int MEDFileStructuredMesh::getMaxAbsFamilyIdInArrays() const
4718 {
4719   int ret=-std::numeric_limits<int>::max(),tmp=-1;
4720   if((const DataArrayInt *)_fam_nodes)
4721     {
4722       int val=_fam_nodes->getMaxValue(tmp);
4723       ret=std::max(ret,std::abs(val));
4724     }
4725   if((const DataArrayInt *)_fam_cells)
4726     {
4727       int val=_fam_cells->getMaxValue(tmp);
4728       ret=std::max(ret,std::abs(val));
4729     }
4730   if((const DataArrayInt *)_fam_faces)
4731     {
4732       int val=_fam_faces->getMaxValue(tmp);
4733       ret=std::max(ret,std::abs(val));
4734     }
4735   return ret;
4736 }
4737
4738 int MEDFileStructuredMesh::getMaxFamilyIdInArrays() const
4739 {
4740   int ret=-std::numeric_limits<int>::max(),tmp=-1;
4741   if((const DataArrayInt *)_fam_nodes)
4742     {
4743       int val=_fam_nodes->getMaxValue(tmp);
4744       ret=std::max(ret,val);
4745     }
4746   if((const DataArrayInt *)_fam_cells)
4747     {
4748       int val=_fam_cells->getMaxValue(tmp);
4749       ret=std::max(ret,val);
4750     }
4751   if((const DataArrayInt *)_fam_faces)
4752     {
4753       int val=_fam_faces->getMaxValue(tmp);
4754       ret=std::max(ret,val);
4755     }
4756   return ret;
4757 }
4758
4759 int MEDFileStructuredMesh::getMinFamilyIdInArrays() const
4760 {
4761   int ret=std::numeric_limits<int>::max(),tmp=-1;
4762   if((const DataArrayInt *)_fam_nodes)
4763     {
4764       int val=_fam_nodes->getMinValue(tmp);
4765       ret=std::min(ret,val);
4766     }
4767   if((const DataArrayInt *)_fam_cells)
4768     {
4769       int val=_fam_cells->getMinValue(tmp);
4770       ret=std::min(ret,val);
4771     }
4772   if((const DataArrayInt *)_fam_faces)
4773     {
4774       int val=_fam_faces->getMinValue(tmp);
4775       ret=std::min(ret,val);
4776     }
4777   return ret;
4778 }
4779
4780 bool MEDFileStructuredMesh::isEqual(const MEDFileMesh *other, double eps, std::string& what) const
4781 {
4782   if(!MEDFileMesh::isEqual(other,eps,what))
4783     return false;
4784   const MEDFileStructuredMesh *otherC=dynamic_cast<const  MEDFileStructuredMesh *>(other);
4785   if(!otherC)
4786     {
4787       what="Mesh types differ ! This is structured and other is NOT !";
4788       return false;
4789     }
4790   const DataArrayInt *famc1=_fam_nodes;
4791   const DataArrayInt *famc2=otherC->_fam_nodes;
4792   if((famc1==0 && famc2!=0) || (famc1!=0 && famc2==0))
4793     {
4794       what="Mismatch of families arr on nodes ! One is defined and not other !";
4795       return false;
4796     }
4797   if(famc1)
4798     {
4799       bool ret=famc1->isEqual(*famc2);
4800       if(!ret)
4801         {
4802           what="Families arr on nodes differ !";
4803           return false;
4804         }
4805     }
4806   famc1=_fam_cells;
4807   famc2=otherC->_fam_cells;
4808   if((famc1==0 && famc2!=0) || (famc1!=0 && famc2==0))
4809     {
4810       what="Mismatch of families arr on cells ! One is defined and not other !";
4811       return false;
4812     }
4813   if(famc1)
4814     {
4815       bool ret=famc1->isEqual(*famc2);
4816       if(!ret)
4817         {
4818           what="Families arr on cells differ !";
4819           return false;
4820         }
4821     }
4822   famc1=_fam_faces;
4823   famc2=otherC->_fam_faces;
4824   if((famc1==0 && famc2!=0) || (famc1!=0 && famc2==0))
4825     {
4826       what="Mismatch of families arr on faces ! One is defined and not other !";
4827       return false;
4828     }
4829   if(famc1)
4830     {
4831       bool ret=famc1->isEqual(*famc2);
4832       if(!ret)
4833         {
4834           what="Families arr on faces differ !";
4835           return false;
4836         }
4837     }
4838   famc1=_num_nodes;
4839   famc2=otherC->_num_nodes;
4840   if((famc1==0 && famc2!=0) || (famc1!=0 && famc2==0))
4841     {
4842       what="Mismatch of numbering arr on nodes ! One is defined and not other !";
4843       return false;
4844     }
4845   if(famc1)
4846     {
4847       bool ret=famc1->isEqual(*famc2);
4848       if(!ret)
4849         {
4850           what="Numbering arr on nodes differ !";
4851           return false;
4852         }
4853     }
4854   famc1=_num_cells;
4855   famc2=otherC->_num_cells;
4856   if((famc1==0 && famc2!=0) || (famc1!=0 && famc2==0))
4857     {
4858       what="Mismatch of numbering arr on cells ! One is defined and not other !";
4859       return false;
4860     }
4861   if(famc1)
4862     {
4863       bool ret=famc1->isEqual(*famc2);
4864       if(!ret)
4865         {
4866           what="Numbering arr on cells differ !";
4867           return false;
4868         }
4869     }
4870   famc1=_num_faces;
4871   famc2=otherC->_num_faces;
4872   if((famc1==0 && famc2!=0) || (famc1!=0 && famc2==0))
4873     {
4874       what="Mismatch of numbering arr on faces ! One is defined and not other !";
4875       return false;
4876     }
4877   if(famc1)
4878     {
4879       bool ret=famc1->isEqual(*famc2);
4880       if(!ret)
4881         {
4882           what="Numbering arr on faces differ !";
4883           return false;
4884         }
4885     }
4886   const DataArrayAsciiChar *d1=_names_cells;
4887   const DataArrayAsciiChar *d2=otherC->_names_cells;
4888   if((d1==0 && d2!=0) || (d1!=0 && d2==0))
4889     {
4890       what="Mismatch of naming arr on cells ! One is defined and not other !";
4891       return false;
4892     }
4893   if(d1)
4894     {
4895       bool ret=d1->isEqual(*d2);
4896       if(!ret)
4897         {
4898           what="Naming arr on cells differ !";
4899           return false;
4900         }
4901     }
4902   d1=_names_faces;
4903   d2=otherC->_names_faces;
4904   if((d1==0 && d2!=0) || (d1!=0 && d2==0))
4905     {
4906       what="Mismatch of naming arr on faces ! One is defined and not other !";
4907       return false;
4908     }
4909   if(d1)
4910     {
4911       bool ret=d1->isEqual(*d2);
4912       if(!ret)
4913         {
4914           what="Naming arr on faces differ !";
4915           return false;
4916         }
4917     }
4918   d1=_names_nodes;
4919   d2=otherC->_names_nodes;
4920   if((d1==0 && d2!=0) || (d1!=0 && d2==0))
4921     {
4922       what="Mismatch of naming arr on nodes ! One is defined and not other !";
4923       return false;
4924     }
4925   if(d1)
4926     {
4927       bool ret=d1->isEqual(*d2);
4928       if(!ret)
4929         {
4930           what="Naming arr on nodes differ !";
4931           return false;
4932         }
4933     }
4934   return true;
4935 }
4936
4937 void MEDFileStructuredMesh::clearNonDiscrAttributes() const
4938 {
4939   MEDFileMesh::clearNonDiscrAttributes();
4940   const DataArrayInt *tmp=_fam_nodes;
4941   if(tmp)
4942     (const_cast<DataArrayInt *>(tmp))->setName("");
4943   tmp=_num_nodes;
4944   if(tmp)
4945     (const_cast<DataArrayInt *>(tmp))->setName("");
4946   tmp=_fam_cells;
4947   if(tmp)
4948     (const_cast<DataArrayInt *>(tmp))->setName("");
4949   tmp=_num_cells;
4950   if(tmp)
4951     (const_cast<DataArrayInt *>(tmp))->setName("");
4952   tmp=_fam_faces;
4953   if(tmp)
4954     (const_cast<DataArrayInt *>(tmp))->setName("");
4955   tmp=_num_faces;
4956   if(tmp)
4957     (const_cast<DataArrayInt *>(tmp))->setName("");
4958 }
4959
4960 /*!
4961  * Returns ids of mesh entities contained in given families of a given dimension.
4962  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - a relative dimension of the mesh entities whose ids
4963  *          are required.
4964  *  \param [in] fams - the names of the families of interest.
4965  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of entities, if available, are
4966  *          returned instead of ids.
4967  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
4968  *          numbers, if available and required, of mesh entities of the families. The caller
4969  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
4970  *  \throw If the family field is missing for \a meshDimRelToMaxExt.
4971  */
4972 DataArrayInt *MEDFileStructuredMesh::getFamiliesArr(int meshDimRelToMaxExt, const std::vector<std::string>& fams, bool renum) const
4973 {
4974   std::vector<int> famIds(getFamiliesIds(fams));
4975   switch(meshDimRelToMaxExt)
4976   {
4977     case 1:
4978       {
4979         if((const DataArrayInt *)_fam_nodes)
4980           {
4981             MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> da;
4982             if(!famIds.empty())
4983               da=_fam_nodes->getIdsEqualList(&famIds[0],&famIds[0]+famIds.size());
4984             else
4985               da=_fam_nodes->getIdsEqualList(0,0);
4986             if(renum)
4987               return MEDFileUMeshSplitL1::Renumber(_num_nodes,da);
4988             else
4989               return da.retn();
4990           }
4991         else
4992           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getFamiliesArr : no family array specified on nodes !");
4993         break;
4994       }
4995     case 0:
4996       {
4997         if((const DataArrayInt *)_fam_cells)
4998           {
4999             MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> da;
5000             if(!famIds.empty())
5001               da=_fam_cells->getIdsEqualList(&famIds[0],&famIds[0]+famIds.size());
5002             else
5003               da=_fam_cells->getIdsEqualList(0,0);
5004             if(renum)
5005               return MEDFileUMeshSplitL1::Renumber(_num_cells,da);
5006             else
5007               return da.retn();
5008           }
5009         else
5010           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getFamiliesArr : no family array specified on cells !");
5011         break;
5012       }
5013     case -1:
5014       {
5015         if((const DataArrayInt *)_fam_faces)
5016           {
5017             MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> da;
5018             if(!famIds.empty())
5019               da=_fam_faces->getIdsEqualList(&famIds[0],&famIds[0]+famIds.size());
5020             else
5021               da=_fam_faces->getIdsEqualList(0,0);
5022             if(renum)
5023               return MEDFileUMeshSplitL1::Renumber(_num_faces,da);
5024             else
5025               return da.retn();
5026           }
5027         else
5028           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getFamiliesArr : no family array specified on faces !");
5029         break;
5030       }
5031     default:
5032       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getFamiliesArr : input meshDimRelative must be in [0,1,-1] !");
5033   }
5034   throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getFamiliesArr : unmanaged case !");
5035 }
5036
5037 /*!
5038  * Sets the family field of a given relative dimension.
5039  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of entities for which
5040  *          the family field is set.
5041  *  \param [in] famArr - the array of the family field.
5042  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
5043  *  \throw If \a famArr has an invalid size.
5044  *  \throw If \a meshDimRelToMaxExt != 0 and \a meshDimRelToMaxExt != 1 and \a meshDimRelToMaxExt != -1.
5045  */
5046 void MEDFileStructuredMesh::setFamilyFieldArr(int meshDimRelToMaxExt, DataArrayInt *famArr)
5047 {
5048   const MEDCouplingStructuredMesh *mesh(getStructuredMesh());
5049   if(!mesh)
5050     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::setFamilyFieldArr : no structured mesh specified ! Impossible to set family array !");
5051   switch(meshDimRelToMaxExt)
5052   {
5053     case 0:
5054       {
5055         int nbCells=mesh->getNumberOfCells();
5056         famArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbCells,1,"MEDFileStructuredMesh::setFamilyFieldArr : Problem in size of Family arr ! Mismatch with number of cells of mesh !");
5057         _fam_cells=famArr;
5058         break;
5059       }
5060     case 1:
5061       {
5062         int nbNodes=mesh->getNumberOfNodes();
5063         famArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbNodes,1,"MEDFileStructuredMesh::setFamilyFieldArr : Problem in size of Family arr ! Mismatch with number of nodes of mesh !");
5064         _fam_nodes=famArr;
5065         break;
5066       }
5067     case -1:
5068       {
5069         int nbCells=mesh->getNumberOfCellsOfSubLevelMesh();
5070         famArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbCells,1,"MEDFileStructuredMesh::setFamilyFieldArr : Problem in size of Family arr ! Mismatch with number of faces of mesh !");
5071         _fam_faces=famArr;
5072         break;
5073       }
5074     default:
5075       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::setFamilyFieldArr : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5076   }
5077   if(famArr)
5078     famArr->incrRef();
5079 }
5080
5081 /*!
5082  * Sets the optional numbers of mesh entities of a given dimension.
5083  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
5084  *  \param [in] renumArr - the array of the numbers.
5085  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
5086  *  \throw If \a renumArr has an invalid size.
5087  *  \throw If \a meshDimRelToMaxExt != 0 and \a meshDimRelToMaxExt != 1.
5088  */
5089 void MEDFileStructuredMesh::setRenumFieldArr(int meshDimRelToMaxExt, DataArrayInt *renumArr)
5090 {
5091   const MEDCouplingStructuredMesh *mesh=getStructuredMesh();
5092   if(!mesh)
5093     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::setRenumFieldArr : no structured mesh specified ! Impossible to set number array !");
5094   switch(meshDimRelToMaxExt)
5095   {
5096     case 0:
5097       {
5098         int nbCells=mesh->getNumberOfCells();
5099         renumArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbCells,1,"MEDFileStructuredMesh::setRenumFieldArr : Problem in size of Renum arr ! Mismatch with number of cells of mesh !");
5100         _num_cells=renumArr;
5101         break;
5102       }
5103     case 1:
5104       {
5105         int nbNodes=mesh->getNumberOfNodes();
5106         renumArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbNodes,1,"MEDFileStructuredMesh::setRenumFieldArr : Problem in size of Family arr ! Mismatch with number of nodes of mesh !");
5107         _num_nodes=renumArr;
5108         break;
5109       }
5110     case -1:
5111       {
5112         int nbCells=mesh->getNumberOfCellsOfSubLevelMesh();
5113         renumArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbCells,1,"MEDFileStructuredMesh::setRenumFieldArr : Problem in size of Renum arr ! Mismatch with number of faces of mesh !");
5114         _num_faces=renumArr;
5115         break;
5116       }
5117     default:
5118       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::setRenumFieldArr : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5119   }
5120   if(renumArr)
5121     renumArr->incrRef();
5122 }
5123
5124 /*!
5125  * Sets the optional names of mesh entities of a given dimension.
5126  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
5127  *  \param [in] nameArr - the array of the names.
5128  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
5129  *  \throw If \a nameArr has an invalid size.
5130  */
5131 void MEDFileStructuredMesh::setNameFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt, DataArrayAsciiChar *nameArr)
5132 {
5133   const MEDCouplingStructuredMesh *mesh(getStructuredMesh());
5134   if(!mesh)
5135     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::setNameFieldAtLevel : no structured mesh specified ! Impossible to set names array !");
5136   switch(meshDimRelToMaxExt)
5137   {
5138     case 0:
5139       {
5140         int nbCells=mesh->getNumberOfCells();
5141         nameArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbCells,MED_SNAME_SIZE,"MEDFileStructuredMesh::setNameFieldAtLevel : Problem in size of names arr ! Mismatch with number of cells of mesh !");
5142         _names_cells=nameArr;
5143         break;
5144       }
5145     case 1:
5146       {
5147         int nbNodes=mesh->getNumberOfNodes();
5148         nameArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbNodes,MED_SNAME_SIZE,"MEDFileStructuredMesh::setNameFieldAtLevel : Problem in size of names arr ! Mismatch with number of nodes of mesh !");
5149         _names_nodes=nameArr;
5150         break;
5151       }
5152     case -1:
5153       {
5154         int nbCells=mesh->getNumberOfCellsOfSubLevelMesh();
5155         nameArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbCells,MED_SNAME_SIZE,"MEDFileStructuredMesh::setNameFieldAtLevel : Problem in size of names arr ! Mismatch with number of faces of mesh !");
5156         _names_cells=nameArr;
5157       }
5158     default:
5159       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::setNameFieldAtLevel : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5160   }
5161   if(nameArr)
5162     nameArr->incrRef();
5163 }
5164
5165 /*!
5166  * Adds a group of nodes to \a this mesh.
5167  *  \param [in] ids - a DataArrayInt providing ids and a name of the group to add.
5168  *          The ids should be sorted and different each other (MED file norm).
5169  *
5170  *  \warning this method can alter default "FAMILLE_ZERO" family.
5171  *  For users sensitive to this a call to MEDFileMesh::rearrangeFamilies will be necessary after addGroup session.
5172  *
5173  *  \throw If the node coordinates array is not set.
5174  *  \throw If \a ids == \c NULL.
5175  *  \throw If \a ids->getName() == "".
5176  *  \throw If \a ids does not respect the MED file norm.
5177  *  \throw If a group with name \a ids->getName() already exists.
5178  */
5179 void MEDFileStructuredMesh::addNodeGroup(const DataArrayInt *ids)
5180 {
5181   addGroup(1,ids);
5182 }
5183
5184 /*!
5185  * Adds a group of nodes/cells/faces/edges to \a this mesh.
5186  *
5187  *  \param [in] ids - a DataArrayInt providing ids and a name of the group to add.
5188  *          The ids should be sorted and different each other (MED file norm).
5189  *
5190  * \warning this method can alter default "FAMILLE_ZERO" family.
5191  * For users sensitive to this a call to MEDFileMesh::rearrangeFamilies will be necessary after addGroup session.
5192  *
5193  *  \throw If the node coordinates array is not set.
5194  *  \throw If \a ids == \c NULL.
5195  *  \throw If \a ids->getName() == "".
5196  *  \throw If \a ids does not respect the MED file norm.
5197  *  \throw If a group with name \a ids->getName() already exists.
5198  */
5199 void MEDFileStructuredMesh::addGroup(int meshDimRelToMaxExt, const DataArrayInt *ids)
5200 {
5201   DataArrayInt *fam(getOrCreateAndGetFamilyFieldAtLevel(meshDimRelToMaxExt));
5202   addGroupUnderground(false,ids,fam);
5203   return ;
5204 }
5205
5206 /*!
5207  * Returns the family field for mesh entities of a given dimension.
5208  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
5209  *  \return const DataArrayInt * - the family field. It is an array of ids of families
5210  *          each mesh entity belongs to. It can be \c NULL.
5211  *  \throw If \a meshDimRelToMaxExt != 0 and \a meshDimRelToMaxExt != 1.
5212  */
5213 const DataArrayInt *MEDFileStructuredMesh::getFamilyFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
5214 {
5215   switch(meshDimRelToMaxExt)
5216   {
5217     case 0:
5218       return _fam_cells;
5219     case 1:
5220       return _fam_nodes;
5221     case -1:
5222       return _fam_faces;
5223     default:
5224       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getFamilyFieldAtLevel : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5225   }
5226 }
5227
5228 /*!
5229  * Returns the family field for mesh entities of a given dimension.
5230  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
5231  *  \return const DataArrayInt * - the family field. It is an array of ids of families
5232  *          each mesh entity belongs to. It can be \c NULL.
5233  *  \throw If \a meshDimRelToMaxExt != 0 and \a meshDimRelToMaxExt != 1.
5234  */
5235 DataArrayInt *MEDFileStructuredMesh::getFamilyFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt)
5236 {
5237   switch(meshDimRelToMaxExt)
5238   {
5239     case 0:
5240       return _fam_cells;
5241     case 1:
5242       return _fam_nodes;
5243     case -1:
5244       return _fam_faces;
5245     default:
5246       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getFamilyFieldAtLevel : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5247   }
5248 }
5249
5250 /*!
5251  * Returns the optional numbers of mesh entities of a given dimension.
5252  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
5253  *  \return const DataArrayInt * - the array of the entity numbers.
5254  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
5255  *  \throw If \a meshDimRelToMaxExt != 0 and \a meshDimRelToMaxExt != 1.
5256  */
5257 const DataArrayInt *MEDFileStructuredMesh::getNumberFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
5258 {
5259   switch(meshDimRelToMaxExt)
5260   {
5261     case 0:
5262       return _num_cells;
5263     case 1:
5264       return _num_nodes;
5265     case -1:
5266       return _num_faces;
5267     default:
5268       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getNumberFieldAtLevel : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5269   }
5270 }
5271
5272 /*!
5273  * Returns the optional numbers of mesh entities of a given dimension transformed using
5274  * DataArrayInt::invertArrayN2O2O2N().
5275  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
5276  *  \return const DataArrayInt * - the array of the entity numbers transformed using
5277  *          DataArrayInt::invertArrayN2O2O2N().
5278  *  \throw If \a meshDimRelToMaxExt != 0 and \a meshDimRelToMaxExt != 1.
5279  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
5280  */
5281 const DataArrayInt *MEDFileStructuredMesh::getRevNumberFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
5282 {
5283   if(meshDimRelToMaxExt!=0 && meshDimRelToMaxExt!=1)
5284     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getRevNumberFieldAtLevel : Only available for levels 0 or 1 !");
5285   if(meshDimRelToMaxExt==0)
5286     {
5287       if((const DataArrayInt *)_num_cells)
5288         {
5289           int pos;
5290           int maxValue=_num_cells->getMaxValue(pos);
5291           _rev_num_cells=_num_cells->invertArrayN2O2O2N(maxValue+1);
5292           return _rev_num_cells;
5293         }
5294       else
5295         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCMesh::getRevNumberFieldAtLevel : no cell renumbering for a request on reverse numbering !");
5296     }
5297   else
5298     {
5299       if((const DataArrayInt *)_num_nodes)
5300         {
5301           int pos;
5302           int maxValue=_num_nodes->getMaxValue(pos);
5303           _rev_num_nodes=_num_nodes->invertArrayN2O2O2N(maxValue+1);
5304           return _rev_num_nodes;
5305         }
5306       else
5307         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCMesh::getRevNumberFieldAtLevel : no node renumbering for a request on reverse numbering !");
5308     }
5309 }
5310
5311 const DataArrayAsciiChar *MEDFileStructuredMesh::getNameFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
5312 {
5313   switch(meshDimRelToMaxExt)
5314   {
5315     case 0:
5316       return _names_cells;
5317     case 1:
5318       return _names_nodes;
5319     case -1:
5320       return _names_faces;
5321     default:
5322       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getNameFieldAtLevel : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5323   }
5324 }
5325
5326 /*!
5327  * Returns relative dimensions of mesh entities (excluding nodes) present in \a this mesh.
5328  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions: [0].
5329  */
5330 std::vector<int> MEDFileStructuredMesh::getNonEmptyLevels() const
5331 {
5332   std::vector<int> ret(1);
5333   return ret;
5334 }
5335
5336 /*!
5337  * Returns relative dimensions of mesh entities (including nodes) present in \a this mesh.
5338  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions: [1,0].
5339  */
5340 std::vector<int> MEDFileStructuredMesh::getNonEmptyLevelsExt() const
5341 {
5342   std::vector<int> ret(2);
5343   ret[0]=1;
5344   return ret;
5345 }
5346
5347 /*!
5348  * Returns the set of extensive levels (nodes included) where not NULL family arr are defined.
5349  */
5350 std::vector<int> MEDFileStructuredMesh::getFamArrNonEmptyLevelsExt() const
5351 {
5352   std::vector<int> ret;
5353   const DataArrayInt *famNodes(_fam_nodes),*famCells(_fam_cells),*famFaces(_fam_faces);
5354   if(famNodes)
5355     ret.push_back(1);
5356   if(famCells)
5357     ret.push_back(0);
5358   if(famFaces)
5359     ret.push_back(-1);
5360   return ret;
5361 }
5362
5363 /*!
5364  * Returns the set of extensive levels (nodes included) where not NULL numbering arr are defined.
5365  */
5366 std::vector<int> MEDFileStructuredMesh::getNumArrNonEmptyLevelsExt() const
5367 {
5368   std::vector<int> ret;
5369   const DataArrayInt *numNodes(_num_nodes),*numCells(_num_cells),*numFaces(_num_faces);
5370   if(numNodes)
5371     ret.push_back(1);
5372   if(numCells)
5373     ret.push_back(0);
5374   if(numFaces)
5375     ret.push_back(-1);
5376   return ret;
5377 }
5378
5379 /*!
5380  * Returns the set of extensive levels (nodes included) where not NULL naming arr are defined.
5381  */
5382 std::vector<int> MEDFileStructuredMesh::getNameArrNonEmptyLevelsExt() const
5383 {
5384   std::vector<int> ret;
5385   const DataArrayAsciiChar *namesNodes(_names_nodes),*namesCells(_names_cells),*namesFaces(_names_faces);
5386   if(namesNodes)
5387     ret.push_back(1);
5388   if(namesCells)
5389     ret.push_back(0);
5390   if(namesFaces)
5391     ret.push_back(-1);
5392   return ret;
5393 }
5394
5395 /*!
5396  * no implementation here, it is not a bug, but intresically no polyhedra in \a this.
5397  */
5398 bool MEDFileStructuredMesh::unPolyze(std::vector<int>& oldCode, std::vector<int>& newCode, DataArrayInt *& o2nRenumCell)
5399 {
5400   oldCode.clear(); newCode.clear(); o2nRenumCell=0;
5401   return false;
5402 }
5403
5404 void MEDFileStructuredMesh::changeFamilyIdArr(int oldId, int newId)
5405 {
5406   DataArrayInt *arr=_fam_nodes;
5407   if(arr)
5408     arr->changeValue(oldId,newId);
5409   arr=_fam_cells;
5410   if(arr)
5411     arr->changeValue(oldId,newId);
5412   arr=_fam_faces;
5413   if(arr)
5414     arr->changeValue(oldId,newId);
5415 }
5416
5417 std::list< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > MEDFileStructuredMesh::getAllNonNullFamilyIds() const
5418 {
5419   std::list< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > ret;
5420   const DataArrayInt *da(_fam_nodes);
5421   if(da)
5422     { da->incrRef(); ret.push_back(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>(const_cast<DataArrayInt *>(da))); }
5423   da=_fam_cells;
5424   if(da)
5425     { da->incrRef(); ret.push_back(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>(const_cast<DataArrayInt *>(da))); }
5426   da=_fam_faces;
5427   if(da)
5428     { da->incrRef(); ret.push_back(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>(const_cast<DataArrayInt *>(da))); }
5429   return ret;
5430 }
5431
5432 void MEDFileStructuredMesh::deepCpyAttributes()
5433 {
5434   if((const DataArrayInt*)_fam_nodes)
5435     _fam_nodes=_fam_nodes->deepCpy();
5436   if((const DataArrayInt*)_num_nodes)
5437     _num_nodes=_num_nodes->deepCpy();
5438   if((const DataArrayAsciiChar*)_names_nodes)
5439     _names_nodes=_names_nodes->deepCpy();
5440   if((const DataArrayInt*)_fam_cells)
5441     _fam_cells=_fam_cells->deepCpy();
5442   if((const DataArrayInt*)_num_cells)
5443     _num_cells=_num_cells->deepCpy();
5444   if((const DataArrayAsciiChar*)_names_cells)
5445     _names_cells=_names_cells->deepCpy();
5446   if((const DataArrayInt*)_fam_faces)
5447     _fam_faces=_fam_faces->deepCpy();
5448   if((const DataArrayInt*)_num_faces)
5449     _num_faces=_num_faces->deepCpy();
5450   if((const DataArrayAsciiChar*)_names_faces)
5451     _names_faces=_names_faces->deepCpy();
5452   if((const DataArrayInt*)_rev_num_nodes)
5453     _rev_num_nodes=_rev_num_nodes->deepCpy();
5454   if((const DataArrayInt*)_rev_num_cells)
5455     _rev_num_cells=_rev_num_cells->deepCpy();
5456 }
5457
5458 /*!
5459  * Returns a pointer to mesh at the specified level (here 0 is compulsary for cartesian mesh).
5460  * 
5461  * \return a pointer to cartesian mesh that need to be managed by the caller.
5462  * \warning the returned pointer has to be managed by the caller.
5463  */
5464
5465 /*!
5466  * Returns a pointer to MEDCouplingStructuredMesh held by \a this. 
5467  *  \param [in] meshDimRelToMax - it must be \c 0 or \c -1.
5468  *  \param [in] renum - it must be \c false.
5469  *  \return MEDCouplingMesh * - a pointer to MEDCouplingMesh that the caller is to
5470  *          delete using decrRef() as it is no more needed. 
5471  */
5472 MEDCouplingMesh *MEDFileStructuredMesh::getGenMeshAtLevel(int meshDimRelToMax, bool renum) const
5473 {
5474   if(renum)
5475     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCurveLinearMesh does not support renumbering ! To do it perform request of renum array directly !");
5476   const MEDCouplingStructuredMesh *m(getStructuredMesh());
5477   switch(meshDimRelToMax)
5478   {
5479     case 0:
5480       {
5481         if(m)
5482           m->incrRef();
5483         return const_cast<MEDCouplingStructuredMesh *>(m);
5484       }
5485     case -1:
5486       {
5487         if(!m)
5488           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getGenMeshAtLevel : level -1 requested must be non empty to be able to compute unstructured sub mesh !");
5489         buildMinusOneImplicitPartIfNeeded();
5490         MEDCouplingMesh *ret(_faces_if_necessary);
5491         if(ret)
5492           ret->incrRef();
5493         return ret;
5494       }
5495     default:
5496       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCurveLinearMesh does not support multi level for mesh 0 expected as input !");
5497   }
5498 }
5499
5500 /*!
5501  * Returns number of mesh entities of a given relative dimension in \a this mesh.
5502  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of interest.
5503  *  \return int - the number of entities.
5504  *  \throw If no mesh entities of dimension \a meshDimRelToMaxExt are available in \a this mesh.
5505  */
5506 int MEDFileStructuredMesh::getSizeAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
5507 {
5508   const MEDCouplingStructuredMesh *cmesh(getStructuredMesh());
5509   if(!cmesh)
5510     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getSizeAtLevel : No structured mesh set !");
5511   switch(meshDimRelToMaxExt)
5512   {
5513     case 0:
5514       return cmesh->getNumberOfCells();
5515     case 1:
5516       return cmesh->getNumberOfNodes();
5517     case -1:
5518       return cmesh->getNumberOfCellsOfSubLevelMesh();
5519     default:
5520       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getSizeAtLevel : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5521   }
5522 }
5523
5524 int MEDFileStructuredMesh::getNumberOfNodes() const
5525 {
5526   const MEDCouplingStructuredMesh *cmesh(getStructuredMesh());
5527   if(!cmesh)
5528     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getNumberOfNodes : no cartesian mesh set !");
5529   return cmesh->getNumberOfNodes();
5530 }
5531
5532 int MEDFileStructuredMesh::getNumberOfCellsAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
5533 {
5534   const MEDCouplingStructuredMesh *cmesh(getStructuredMesh());
5535   if(!cmesh)
5536     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getNumberOfNodes : no cartesian mesh set !");
5537   switch(meshDimRelToMaxExt)
5538   {
5539     case 0:
5540       return cmesh->getNumberOfCells();
5541     case -1:
5542       return cmesh->getNumberOfCellsOfSubLevelMesh();
5543     default:
5544       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getNumberOfNodes : only meshDimRelToMax=0 and meshDimRelToMax=-1 supported !");
5545     }
5546 }
5547
5548 bool MEDFileStructuredMesh::hasImplicitPart() const
5549 {
5550   return true;
5551 }
5552
5553 /*!
5554  * \sa MEDFileStructuredMesh::getImplicitFaceMesh
5555  */
5556 int MEDFileStructuredMesh::buildImplicitPartIfAny(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
5557 {
5558   static const char MSG[]="MEDFileStructuredMesh::buildImplicitPartIfAny : the given geo type is not manageable by a structured mesh !";
5559   const MEDCoupling1SGTUMesh *zeFaceMesh(_faces_if_necessary);
5560   if(!zeFaceMesh)
5561     {
5562       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm(INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(MEDCouplingStructuredMesh::GetGeoTypeGivenMeshDimension(getMeshDimension())));
5563       if(cm.getReverseExtrudedType()!=gt)
5564         throw INTERP_KERNEL::Exception(MSG);
5565       buildImplicitPart();
5566       return getStructuredMesh()->getNumberOfCellsOfSubLevelMesh();
5567     }
5568   else
5569     {
5570       if(gt!=zeFaceMesh->getCellModelEnum())
5571         throw INTERP_KERNEL::Exception(MSG);
5572       return zeFaceMesh->getNumberOfCells();
5573     }
5574 }
5575
5576 void MEDFileStructuredMesh::buildMinusOneImplicitPartIfNeeded() const
5577 {
5578   const MEDCoupling1SGTUMesh *zeFaceMesh(_faces_if_necessary);
5579   if(!zeFaceMesh)
5580     buildImplicitPart();
5581 }
5582
5583 void MEDFileStructuredMesh::buildImplicitPart() const
5584 {
5585   const MEDCouplingStructuredMesh *mcmesh(getStructuredMesh());
5586   if(!mcmesh)
5587     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::buildImplicitPart : Unable to build the implicit part of structured mesh because no structured mesh at level 0 defined !");
5588   _faces_if_necessary=mcmesh->build1SGTSubLevelMesh();
5589 }
5590
5591 void MEDFileStructuredMesh::releaseImplicitPartIfAny() const
5592 {
5593   _faces_if_necessary=0;
5594 }
5595
5596 /*!
5597  * Retrieves the internal pointer (no decrRef requested) of the implicit face mesh if any.
5598  * To force to build it you can invoke MEDFileStructuredMesh::buildImplicitPartIfAny method.
5599  * 
5600  * \sa MEDFileStructuredMesh::buildImplicitPartIfAny
5601  */
5602 MEDCoupling1SGTUMesh *MEDFileStructuredMesh::getImplicitFaceMesh() const
5603 {
5604   return _faces_if_necessary;
5605 }
5606
5607 std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> MEDFileStructuredMesh::getGeoTypesAtLevel(int meshDimRelToMax) const
5608 {
5609   const MEDCouplingStructuredMesh *cmesh(getStructuredMesh());
5610   if(!cmesh)
5611     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getGeoTypesAtLevel : No structured mesh set !");
5612   switch(meshDimRelToMax)
5613   {
5614     case 0:
5615       {
5616         std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> ret(1,cmesh->getTypeOfCell(0));
5617         return ret;
5618       }
5619     case -1:
5620       {
5621         int mdim(cmesh->getMeshDimension());
5622         if(mdim<1)
5623           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getGeoTypesAtLevel : only one level available for structured meshes ! Input 0 is mandatory or 0D mesh !");
5624         std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> ret(1,MEDCouplingStructuredMesh::GetGeoTypeGivenMeshDimension(mdim-1));
5625         return ret;
5626       }
5627     default:
5628       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getGeoTypesAtLevel : only 2 levels available at most : 0 and -1 !");
5629   }
5630 }
5631
5632 void MEDFileStructuredMesh::whichAreNodesFetched(const MEDFileField1TSStructItem& st, const MEDFileFieldGlobsReal *globs, std::vector<bool>& nodesFetched) const
5633 {
5634   if(st.getNumberOfItems()!=1)
5635     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::whichAreNodesFetched : The sturture of field is not lying on single geo type ! it is not managed yet for structured mesh !");
5636   if(st[0].getGeo()!=MEDCouplingStructuredMesh::GetGeoTypeGivenMeshDimension(getMeshDimension()))
5637     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::whichAreNodesFetched : The sturture of field is not lying on expected geo type !");
5638   if(getNumberOfNodes()!=(int)nodesFetched.size())
5639     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::whichAreNodesFetched : invalid size of array !");
5640   if(st[0].getPflName().empty())
5641     {
5642       std::fill(nodesFetched.begin(),nodesFetched.end(),true);
5643       return ;
5644     }
5645   const DataArrayInt *arr(globs->getProfile(st[0].getPflName()));
5646   const MEDCouplingStructuredMesh *cmesh=getStructuredMesh();//cmesh not null because getNumberOfNodes called before
5647   int sz(nodesFetched.size());
5648   for(const int *work=arr->begin();work!=arr->end();work++)
5649     {
5650       std::vector<int> conn;
5651       cmesh->getNodeIdsOfCell(*work,conn);
5652       for(std::vector<int>::const_iterator it=conn.begin();it!=conn.end();it++)
5653         if(*it>=0 && *it<sz)
5654           nodesFetched[*it]=true;
5655         else
5656           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::whichAreNodesFetched : internal error !");
5657     }
5658 }
5659
5660 med_geometry_type MEDFileStructuredMesh::GetGeoTypeFromMeshDim(int meshDim)
5661 {
5662   INTERP_KERNEL::NormalizedCellType ct(MEDCouplingStructuredMesh::GetGeoTypeGivenMeshDimension(meshDim));
5663   return typmai3[ct];
5664 }
5665
5666 void MEDFileStructuredMesh::LoadStrMeshDAFromFile(med_idt fid, int meshDim, int dt, int it, const std::string& mName, MEDFileMeshReadSelector *mrs,
5667                                                   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>& famCells, MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>& numCells, MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayAsciiChar>& namesCells)
5668 {
5669   med_bool chgt=MED_FALSE,trsf=MED_FALSE;
5670   med_geometry_type geoTypeReq=MEDFileStructuredMesh::GetGeoTypeFromMeshDim(meshDim);
5671   int nbOfElt(0);
5672   nbOfElt=MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_CELL,geoTypeReq,MED_FAMILY_NUMBER,MED_NODAL,&chgt,&trsf);
5673   if(nbOfElt>0)
5674     {
5675       if(!mrs || mrs->isCellFamilyFieldReading())
5676         {
5677           famCells=DataArrayInt::New();
5678           famCells->alloc(nbOfElt,1);
5679           MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshEntityFamilyNumberRd,(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_CELL,geoTypeReq,famCells->getPointer()));
5680         }
5681     }
5682   nbOfElt=MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_CELL,geoTypeReq,MED_NUMBER,MED_NODAL,&chgt,&trsf);
5683   if(nbOfElt>0)
5684     {
5685       if(!mrs || mrs->isCellNumFieldReading())
5686         {
5687           numCells=DataArrayInt::New();
5688           numCells->alloc(nbOfElt,1);
5689           MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshEntityNumberRd,(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_CELL,geoTypeReq,numCells->getPointer()));
5690         }
5691     }
5692   nbOfElt=MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_CELL,geoTypeReq,MED_NAME,MED_NODAL,&chgt,&trsf);
5693   if(nbOfElt>0)
5694     {
5695       if(!mrs || mrs->isCellNameFieldReading())
5696         {
5697           namesCells=DataArrayAsciiChar::New();
5698           namesCells->alloc(nbOfElt+1,MED_SNAME_SIZE);//not a bug to avoid the memory corruption due to last \0 at the end
5699           MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshEntityNameRd,(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_CELL,geoTypeReq,namesCells->getPointer()));
5700           namesCells->reAlloc(nbOfElt);//not a bug to avoid the memory corruption due to last \0 at the end
5701         }
5702     }
5703 }
5704
5705 void MEDFileStructuredMesh::loadStrMeshFromFile(MEDFileStrMeshL2 *strm, med_idt fid, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
5706 {
5707   setName(strm->getName());
5708   setDescription(strm->getDescription());
5709   setUnivName(strm->getUnivName());
5710   setIteration(strm->getIteration());
5711   setOrder(strm->getOrder());
5712   setTimeValue(strm->getTime());
5713   setTimeUnit(strm->getTimeUnit());
5714   MEDFileMeshL2::ReadFamiliesAndGrps(fid,mName,_families,_groups,mrs);
5715   med_bool chgt=MED_FALSE,trsf=MED_FALSE;
5716   int nbOfElt(MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NONE,MED_FAMILY_NUMBER,MED_NODAL,&chgt,&trsf));
5717   if(nbOfElt>0)
5718     {
5719       if(!mrs || mrs->isNodeFamilyFieldReading())
5720         {
5721           int nbNodes(getNumberOfNodes());
5722           if(nbOfElt>nbNodes)
5723             throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::loadStrMeshFromFile : invalid size of family node array regarding number of nodes in this ! File seems to be corrupted !");
5724           _fam_nodes=DataArrayInt::New();
5725           _fam_nodes->alloc(nbNodes,1);//yes nbNodes and not nbOfElt see next line.
5726           if(nbNodes>nbOfElt)//yes it appends some times... It explains surely the mdump implementation. Bug revealed by PARAVIS EDF #2475 on structured.med file where only 12 first nodes are !=0 so nbOfElt=12 and nbOfNodes=378...
5727             _fam_nodes->fillWithZero();
5728           MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshEntityFamilyNumberRd,(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NONE,_fam_nodes->getPointer()));
5729         }
5730     }
5731   nbOfElt=MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NONE,MED_NUMBER,MED_NODAL,&chgt,&trsf);
5732   if(nbOfElt>0)
5733     {
5734       if(!mrs || mrs->isNodeNumFieldReading())
5735         {
5736           _num_nodes=DataArrayInt::New();
5737           _num_nodes->alloc(nbOfElt,1);
5738           MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshEntityNumberRd,(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NONE,_num_nodes->getPointer()));
5739         }
5740     }
5741   nbOfElt=MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NONE,MED_NAME,MED_NODAL,&chgt,&trsf);
5742   if(nbOfElt>0)
5743     {
5744       if(!mrs || mrs->isNodeNameFieldReading())
5745         {
5746           _names_nodes=DataArrayAsciiChar::New();
5747           _names_nodes->alloc(nbOfElt+1,MED_SNAME_SIZE);//not a bug to avoid the memory corruption due to last \0 at the end
5748           MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshEntityNameRd,(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NONE,_names_nodes->getPointer()));
5749           _names_nodes->reAlloc(nbOfElt);//not a bug to avoid the memory corruption due to last \0 at the end
5750         }
5751     }
5752   int meshDim(getStructuredMesh()->getMeshDimension());
5753   LoadStrMeshDAFromFile(fid,meshDim,dt,it,mName,mrs,_fam_cells,_num_cells,_names_cells);
5754   if(meshDim>=1)
5755     LoadStrMeshDAFromFile(fid,meshDim-1,dt,it,mName,mrs,_fam_faces,_num_faces,_names_faces);
5756 }
5757
5758 void MEDFileStructuredMesh::writeStructuredLL(med_idt fid, const std::string& maa) const
5759 {
5760   int meshDim(getStructuredMesh()->getMeshDimension());
5761   med_geometry_type geoTypeReq(GetGeoTypeFromMeshDim(meshDim)),geoTypeReq2(GetGeoTypeFromMeshDim(meshDim-1));
5762   //
5763   if((const DataArrayInt *)_fam_cells)
5764     MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityFamilyNumberWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_CELL,geoTypeReq,_fam_cells->getNumberOfTuples(),_fam_cells->getConstPointer()));
5765   if((const DataArrayInt *)_fam_faces)
5766     MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityFamilyNumberWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_CELL,geoTypeReq2,_fam_faces->getNumberOfTuples(),_fam_faces->getConstPointer()));
5767   if((const DataArrayInt *)_fam_nodes)
5768     MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityFamilyNumberWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_NODE,MED_NONE,_fam_nodes->getNumberOfTuples(),_fam_nodes->getConstPointer()));
5769   if((const DataArrayInt *)_num_cells)
5770     MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityNumberWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_CELL,geoTypeReq,_num_cells->getNumberOfTuples(),_num_cells->getConstPointer()));
5771   if((const DataArrayInt *)_num_faces)
5772     MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityNumberWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_CELL,geoTypeReq2,_num_faces->getNumberOfTuples(),_num_faces->getConstPointer()));
5773   if((const DataArrayInt *)_num_nodes)
5774     MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityNumberWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_NODE,MED_NONE,_num_nodes->getNumberOfTuples(),_num_nodes->getConstPointer()));
5775   if((const DataArrayAsciiChar *)_names_cells)
5776     {
5777       if(_names_cells->getNumberOfComponents()!=MED_SNAME_SIZE)
5778         {
5779           std::ostringstream oss; oss << "MEDFileStructuredMesh::writeStructuredLL : expected a name field on cells with number of components set to " << MED_SNAME_SIZE;
5780           oss << " ! The array has " << _names_cells->getNumberOfComponents() << " components !";
5781           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
5782         }
5783       MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityNameWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_CELL,geoTypeReq,_names_cells->getNumberOfTuples(),_names_cells->getConstPointer()));
5784     }
5785   if((const DataArrayAsciiChar *)_names_faces)
5786     {
5787       if(_names_faces->getNumberOfComponents()!=MED_SNAME_SIZE)
5788         {
5789           std::ostringstream oss; oss << "MEDFileStructuredMesh::writeStructuredLL : expected a name field on faces with number of components set to " << MED_SNAME_SIZE;
5790           oss << " ! The array has " << _names_faces->getNumberOfComponents() << " components !";
5791           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
5792         }
5793       MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityNameWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_CELL,geoTypeReq2,_names_faces->getNumberOfTuples(),_names_faces->getConstPointer()));
5794     }
5795   if((const DataArrayAsciiChar *)_names_nodes)
5796     {
5797       if(_names_nodes->getNumberOfComponents()!=MED_SNAME_SIZE)
5798         {
5799           std::ostringstream oss; oss << "MEDFileStructuredMesh::writeStructuredLL : expected a name field on nodes with number of components set to " << MED_SNAME_SIZE;
5800           oss << " ! The array has " << _names_cells->getNumberOfComponents() << " components !";
5801           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
5802         }
5803       MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityNameWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_NODE,MED_NONE,_names_nodes->getNumberOfTuples(),_names_nodes->getConstPointer()));
5804     }
5805   //
5806   MEDFileUMeshL2::WriteFamiliesAndGrps(fid,maa.c_str(),_families,_groups,_too_long_str);
5807 }
5808
5809 /*!
5810  * Returns an empty instance of MEDFileCMesh.
5811  *  \return MEDFileCMesh * - a new instance of MEDFileCMesh. The caller is to delete this
5812  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
5813  */
5814 MEDFileCMesh *MEDFileCMesh::New()
5815 {
5816   return new MEDFileCMesh;
5817 }
5818
5819 /*!
5820  * Returns a new MEDFileCMesh holding the mesh data that has been read from a given MED
5821  * file. The first mesh in the file is loaded.
5822  *  \param [in] fileName - the name of MED file to read.
5823  *  \return MEDFileCMesh * - a new instance of MEDFileCMesh. The caller is to delete this
5824  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
5825  *  \throw If the file is not readable.
5826  *  \throw If there is no meshes in the file.
5827  *  \throw If the mesh in the file is not a Cartesian one.
5828  */
5829 MEDFileCMesh *MEDFileCMesh::New(const std::string& fileName, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
5830 {
5831   std::vector<std::string> ms=MEDLoader::GetMeshNames(fileName);
5832   if(ms.empty())
5833     {
5834       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::New : no meshes in file \"" << fileName << "\" !";
5835       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
5836     }
5837   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
5838   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
5839   int dt,it;
5840   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
5841   std::string dummy2;
5842   MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,ms.front(),meshType,dt,it,dummy2);
5843   return new MEDFileCMesh(fid,ms.front(),dt,it,mrs);
5844 }
5845
5846 /*!
5847  * Returns a new MEDFileCMesh holding the mesh data that has been read from a given MED
5848  * file. The mesh to load is specified by its name and numbers of a time step and an
5849  * iteration.
5850  *  \param [in] fileName - the name of MED file to read.
5851  *  \param [in] mName - the name of the mesh to read.
5852  *  \param [in] dt - the number of a time step.
5853  *  \param [in] it - the number of an iteration.
5854  *  \return MEDFileCMesh * - a new instance of MEDFileCMesh. The caller is to delete this
5855  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
5856  *  \throw If the file is not readable.
5857  *  \throw If there is no mesh with given attributes in the file.
5858  *  \throw If the mesh in the file is not a Cartesian one.
5859  */
5860 MEDFileCMesh *MEDFileCMesh::New(const std::string& fileName, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
5861 {
5862   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
5863   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
5864   return new MEDFileCMesh(fid,mName,dt,it,mrs);
5865 }
5866
5867 std::size_t MEDFileCMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
5868 {
5869   return MEDFileStructuredMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren();
5870 }
5871
5872 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileCMesh::getDirectChildrenWithNull() const
5873 {
5874   std::vector<const BigMemoryObject *> ret(MEDFileStructuredMesh::getDirectChildrenWithNull());
5875   ret.push_back((const MEDCouplingCMesh *)_cmesh);
5876   return ret;
5877 }
5878
5879 /*!
5880  * Returns the dimension on cells in \a this mesh.
5881  *  \return int - the mesh dimension.
5882  *  \throw If there are no cells in this mesh.
5883  */
5884 int MEDFileCMesh::getMeshDimension() const
5885 {
5886   if(!((const MEDCouplingCMesh*)_cmesh))
5887     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCMesh::getMeshDimension : unable to get meshdimension because no mesh set !");
5888   return _cmesh->getMeshDimension();
5889 }
5890
5891 /*!
5892  * Returns the dimension on nodes in \a this mesh.
5893  *  \return int - the space dimension.
5894  *  \throw If there are no cells in this mesh.
5895  */
5896 int MEDFileCMesh::getSpaceDimension() const
5897 {
5898   if(!((const MEDCouplingCMesh*)_cmesh))
5899     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCMesh::getSpaceDimension : unable to get spacedimension because no mesh set !");
5900   return _cmesh->getSpaceDimension();
5901 }
5902
5903 /*!
5904  * Returns a string describing \a this mesh.
5905  *  \return std::string - the mesh information string.
5906  */
5907 std::string MEDFileCMesh::simpleRepr() const
5908 {
5909   return MEDFileStructuredMesh::simpleRepr();
5910 }
5911
5912 /*!
5913  * Returns a full textual description of \a this mesh.
5914  *  \return std::string - the string holding the mesh description.
5915  */
5916 std::string MEDFileCMesh::advancedRepr() const
5917 {
5918   return simpleRepr();
5919 }
5920
5921 MEDFileMesh *MEDFileCMesh::shallowCpy() const
5922 {
5923   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileCMesh> ret=new MEDFileCMesh(*this);
5924   return ret.retn();
5925 }
5926
5927 MEDFileMesh *MEDFileCMesh::createNewEmpty() const
5928 {
5929   return new MEDFileCMesh;
5930 }
5931
5932 MEDFileMesh *MEDFileCMesh::deepCpy() const
5933 {
5934   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileCMesh> ret=new MEDFileCMesh(*this);
5935   if((const MEDCouplingCMesh*)_cmesh)
5936     ret->_cmesh=static_cast<MEDCouplingCMesh*>(_cmesh->deepCpy());
5937   ret->deepCpyAttributes();
5938   return ret.retn();
5939 }
5940
5941 /*!
5942  * Checks if \a this and another mesh are equal.
5943  *  \param [in] other - the mesh to compare with.
5944  *  \param [in] eps - a precision used to compare real values.
5945  *  \param [in,out] what - the string returning description of unequal data.
5946  *  \return bool - \c true if the meshes are equal, \c false, else.
5947  */
5948 bool MEDFileCMesh::isEqual(const MEDFileMesh *other, double eps, std::string& what) const
5949 {
5950   if(!MEDFileStructuredMesh::isEqual(other,eps,what))
5951     return false;
5952   const MEDFileCMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDFileCMesh *>(other);
5953   if(!otherC)
5954     {
5955       what="Mesh types differ ! This is cartesian and other is NOT !";
5956       return false;
5957     }
5958   clearNonDiscrAttributes();
5959   otherC->clearNonDiscrAttributes();
5960   const MEDCouplingCMesh *coo1=_cmesh;
5961   const MEDCouplingCMesh *coo2=otherC->_cmesh;
5962   if((coo1==0 && coo2!=0) || (coo1!=0 && coo2==0))
5963     {
5964       what="Mismatch of cartesian meshes ! One is defined and not other !";
5965       return false;
5966     }
5967   if(coo1)
5968     {
5969       bool ret=coo1->isEqual(coo2,eps);
5970       if(!ret)
5971         {
5972           what="cartesian meshes differ !";
5973           return false;
5974         }
5975     }
5976   return true;
5977 }
5978
5979 /*!
5980  * Clears redundant attributes of incorporated data arrays.
5981  */
5982 void MEDFileCMesh::clearNonDiscrAttributes() const
5983 {
5984   MEDFileStructuredMesh::clearNonDiscrAttributes();
5985   MEDFileUMeshSplitL1::ClearNonDiscrAttributes(_cmesh);//to it is not a bug umeshsplit have already the method implemented
5986 }
5987
5988 MEDFileCMesh::MEDFileCMesh()
5989 {
5990 }
5991
5992 MEDFileCMesh::MEDFileCMesh(med_idt fid, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
5993 try
5994 {
5995     loadCMeshFromFile(fid,mName,dt,it,mrs);
5996     loadJointsFromFile(fid);
5997 }
5998 catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
5999 {
6000     throw e;
6001 }
6002
6003 void MEDFileCMesh::loadCMeshFromFile(med_idt fid, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
6004 {
6005   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
6006   int dummy0,dummy1;
6007   std::string dtunit;
6008   int mid=MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,mName,meshType,dummy0,dummy1,dtunit);
6009   if(meshType!=CARTESIAN)
6010     {
6011       std::ostringstream oss; oss << "Trying to load as cartesian an existing mesh with name '" << mName << "' that is NOT cartesian !";
6012       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6013     }
6014   MEDFileCMeshL2 loaderl2;
6015   loaderl2.loadAll(fid,mid,mName,dt,it);
6016   MEDCouplingCMesh *mesh=loaderl2.getMesh();
6017   mesh->incrRef();
6018   _cmesh=mesh;
6019   loadStrMeshFromFile(&loaderl2,fid,mName,dt,it,mrs);
6020 }
6021
6022 /*!
6023  * Returns a const pointer to MEDCouplingCMesh held by \a this mesh.
6024  *  \return const MEDCouplingCMesh * - a pointer to the held MEDCouplingCMesh.
6025  */
6026 const MEDCouplingCMesh *MEDFileCMesh::getMesh() const
6027 {
6028   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
6029   return _cmesh;
6030 }
6031
6032 const MEDCouplingStructuredMesh *MEDFileCMesh::getStructuredMesh() const
6033 {
6034   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
6035   return _cmesh;
6036 }
6037
6038 /*!
6039  * Sets the MEDCouplingCMesh holding the data of \a this mesh.
6040  *  \param [in] m - the new MEDCouplingCMesh to refer to.
6041  *  \throw If the name or the description of \a this mesh and \a m are not empty and are
6042  *         different. 
6043  */
6044 void MEDFileCMesh::setMesh(MEDCouplingCMesh *m)
6045 {
6046   dealWithTinyInfo(m);
6047   if(m)
6048     m->incrRef();
6049   _cmesh=m;
6050 }
6051
6052 void MEDFileCMesh::writeLL(med_idt fid) const
6053 {
6054   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> maa=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_NAME_SIZE);
6055   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> desc=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_COMMENT_SIZE);
6056   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> dtunit=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_LNAME_SIZE);
6057   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_name.c_str(),MED_NAME_SIZE,maa,_too_long_str);
6058   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_desc_name.c_str(),MED_COMMENT_SIZE,desc,_too_long_str);
6059   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_dt_unit.c_str(),MED_LNAME_SIZE,dtunit,_too_long_str);
6060   int spaceDim(_cmesh->getSpaceDimension());
6061   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> comp=MEDLoaderBase::buildEmptyString(spaceDim*MED_SNAME_SIZE);
6062   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> unit=MEDLoaderBase::buildEmptyString(spaceDim*MED_SNAME_SIZE);
6063   for(int i=0;i<spaceDim;i++)
6064     {
6065       std::string info(_cmesh->getCoordsAt(i)->getInfoOnComponent(0));
6066       std::string c,u;
6067       MEDLoaderBase::splitIntoNameAndUnit(info,c,u);
6068       MEDLoaderBase::safeStrCpy2(c.c_str(),MED_SNAME_SIZE-1,comp+i*MED_SNAME_SIZE,_too_long_str);//MED_TAILLE_PNOM-1 to avoid to write '\0' on next compo
6069       MEDLoaderBase::safeStrCpy2(u.c_str(),MED_SNAME_SIZE-1,unit+i*MED_SNAME_SIZE,_too_long_str);//MED_TAILLE_PNOM-1 to avoid to write '\0' on next compo
6070     }
6071   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshCr,(fid,maa,spaceDim,spaceDim,MED_STRUCTURED_MESH,desc,dtunit,MED_SORT_DTIT,MED_CARTESIAN,comp,unit));
6072   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshUniversalNameWr,(fid,maa));
6073   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshGridTypeWr,(fid,maa,MED_CARTESIAN_GRID));
6074   for(int i=0;i<spaceDim;i++)
6075     {
6076       const DataArrayDouble *da=_cmesh->getCoordsAt(i);
6077       MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshGridIndexCoordinateWr,(fid,maa,_iteration,_order,_time,i+1,da->getNumberOfTuples(),da->getConstPointer()));
6078     }
6079   //
6080   std::string meshName(MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(maa,MED_NAME_SIZE));
6081   MEDFileStructuredMesh::writeStructuredLL(fid,meshName);
6082
6083   writeJoints(fid);
6084 }
6085
6086 void MEDFileCMesh::synchronizeTinyInfoOnLeaves() const
6087 {
6088   const MEDCouplingCMesh *cmesh=_cmesh;
6089   if(!cmesh)
6090     return;
6091   (const_cast<MEDCouplingCMesh *>(cmesh))->setName(_name);
6092   (const_cast<MEDCouplingCMesh *>(cmesh))->setDescription(_desc_name);
6093   (const_cast<MEDCouplingCMesh *>(cmesh))->setTime(_time,_iteration,_order);
6094   (const_cast<MEDCouplingCMesh *>(cmesh))->setTimeUnit(_dt_unit);
6095 }
6096
6097 MEDFileCurveLinearMesh *MEDFileCurveLinearMesh::New()
6098 {
6099   return new MEDFileCurveLinearMesh;
6100 }
6101
6102 MEDFileCurveLinearMesh *MEDFileCurveLinearMesh::New(const std::string& fileName, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
6103 {
6104   std::vector<std::string> ms=MEDLoader::GetMeshNames(fileName);
6105   if(ms.empty())
6106     {
6107       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::New : no meshes in file \"" << fileName << "\" !";
6108       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6109     }
6110   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
6111   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
6112   int dt,it;
6113   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
6114   std::string dummy2;
6115   MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,ms.front(),meshType,dt,it,dummy2);
6116   return new MEDFileCurveLinearMesh(fid,ms.front(),dt,it,mrs);
6117 }
6118
6119 MEDFileCurveLinearMesh *MEDFileCurveLinearMesh::New(const std::string& fileName, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
6120 {
6121   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
6122   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
6123   return new MEDFileCurveLinearMesh(fid,mName,dt,it,mrs);
6124 }
6125
6126 std::size_t MEDFileCurveLinearMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
6127 {
6128   return MEDFileStructuredMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren();
6129 }
6130
6131 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileCurveLinearMesh::getDirectChildrenWithNull() const
6132 {
6133   std::vector<const BigMemoryObject *> ret(MEDFileStructuredMesh::getDirectChildrenWithNull());
6134   ret.push_back((const MEDCouplingCurveLinearMesh *)_clmesh);
6135   return ret;
6136 }
6137
6138 MEDFileMesh *MEDFileCurveLinearMesh::shallowCpy() const
6139 {
6140   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileCurveLinearMesh> ret=new MEDFileCurveLinearMesh(*this);
6141   return ret.retn();
6142 }
6143
6144 MEDFileMesh *MEDFileCurveLinearMesh::createNewEmpty() const
6145 {
6146   return new MEDFileCurveLinearMesh;
6147 }
6148
6149 MEDFileMesh *MEDFileCurveLinearMesh::deepCpy() const
6150 {
6151   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileCurveLinearMesh> ret=new MEDFileCurveLinearMesh(*this);
6152   if((const MEDCouplingCurveLinearMesh*)_clmesh)
6153     ret->_clmesh=static_cast<MEDCouplingCurveLinearMesh*>(_clmesh->deepCpy());
6154   ret->deepCpyAttributes();
6155   return ret.retn();
6156 }
6157
6158 int MEDFileCurveLinearMesh::getMeshDimension() const
6159 {
6160   if(!((const MEDCouplingCurveLinearMesh*)_clmesh))
6161     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCurveLinearMesh::getMeshDimension : unable to get meshdimension because no mesh set !");
6162   return _clmesh->getMeshDimension();
6163 }
6164
6165 std::string MEDFileCurveLinearMesh::simpleRepr() const
6166 {
6167   return MEDFileStructuredMesh::simpleRepr();
6168 }
6169
6170 std::string MEDFileCurveLinearMesh::advancedRepr() const
6171 {
6172   return simpleRepr();
6173 }
6174
6175 bool MEDFileCurveLinearMesh::isEqual(const MEDFileMesh *other, double eps, std::string& what) const
6176 {
6177   if(!MEDFileStructuredMesh::isEqual(other,eps,what))
6178     return false;
6179   const MEDFileCurveLinearMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDFileCurveLinearMesh *>(other);
6180   if(!otherC)
6181     {
6182       what="Mesh types differ ! This is curve linear and other is NOT !";
6183       return false;
6184     }
6185   clearNonDiscrAttributes();
6186   otherC->clearNonDiscrAttributes();
6187   const MEDCouplingCurveLinearMesh *coo1=_clmesh;
6188   const MEDCouplingCurveLinearMesh *coo2=otherC->_clmesh;
6189   if((coo1==0 && coo2!=0) || (coo1!=0 && coo2==0))
6190     {
6191       what="Mismatch of curve linear meshes ! One is defined and not other !";
6192       return false;
6193     }
6194   if(coo1)
6195     {
6196       bool ret=coo1->isEqual(coo2,eps);
6197       if(!ret)
6198         {
6199           what="curve linear meshes differ !";
6200           return false;
6201         }
6202     }
6203   return true;
6204 }
6205
6206 void MEDFileCurveLinearMesh::clearNonDiscrAttributes() const
6207 {
6208   MEDFileStructuredMesh::clearNonDiscrAttributes();
6209   MEDFileUMeshSplitL1::ClearNonDiscrAttributes(_clmesh);//to it is not a bug umeshsplit have already the method implemented
6210 }
6211
6212 void MEDFileCurveLinearMesh::synchronizeTinyInfoOnLeaves() const
6213 {
6214   const MEDCouplingCurveLinearMesh *clmesh=_clmesh;
6215   if(!clmesh)
6216     return;
6217   (const_cast<MEDCouplingCurveLinearMesh *>(clmesh))->setName(_name);
6218   (const_cast<MEDCouplingCurveLinearMesh *>(clmesh))->setDescription(_desc_name);
6219   (const_cast<MEDCouplingCurveLinearMesh *>(clmesh))->setTime(_time,_iteration,_order);
6220   (const_cast<MEDCouplingCurveLinearMesh *>(clmesh))->setTimeUnit(_dt_unit);
6221 }
6222
6223 const MEDCouplingCurveLinearMesh *MEDFileCurveLinearMesh::getMesh() const
6224 {
6225   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
6226   return _clmesh;
6227 }
6228
6229 void MEDFileCurveLinearMesh::setMesh(MEDCouplingCurveLinearMesh *m)
6230 {
6231   dealWithTinyInfo(m);
6232   if(m)
6233     m->incrRef();
6234   _clmesh=m;
6235 }
6236
6237 const MEDCouplingStructuredMesh *MEDFileCurveLinearMesh::getStructuredMesh() const
6238 {
6239   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
6240   return _clmesh;
6241 }
6242
6243 MEDFileCurveLinearMesh::MEDFileCurveLinearMesh()
6244 {
6245 }
6246
6247 MEDFileCurveLinearMesh::MEDFileCurveLinearMesh(med_idt fid, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
6248 try
6249 {
6250     loadCLMeshFromFile(fid,mName,dt,it,mrs);
6251     loadJointsFromFile(fid);
6252 }
6253 catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
6254 {
6255     throw e;
6256 }
6257
6258 void MEDFileCurveLinearMesh::writeLL(med_idt fid) const
6259 {
6260   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> maa=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_NAME_SIZE);
6261   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> desc=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_COMMENT_SIZE);
6262   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> dtunit=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_LNAME_SIZE);
6263   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_name.c_str(),MED_NAME_SIZE,maa,_too_long_str);
6264   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_desc_name.c_str(),MED_COMMENT_SIZE,desc,_too_long_str);
6265   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_dt_unit.c_str(),MED_LNAME_SIZE,dtunit,_too_long_str);
6266   int spaceDim=_clmesh->getSpaceDimension();
6267   int meshDim=_clmesh->getMeshDimension();
6268   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> comp=MEDLoaderBase::buildEmptyString(spaceDim*MED_SNAME_SIZE);
6269   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> unit=MEDLoaderBase::buildEmptyString(spaceDim*MED_SNAME_SIZE);
6270   const DataArrayDouble *coords=_clmesh->getCoords();
6271   if(!coords)
6272     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCurveLinearMesh::writeLL : no coordinates set !");
6273   for(int i=0;i<spaceDim;i++)
6274     {
6275       std::string info(_clmesh->getCoords()->getInfoOnComponent(i));
6276       std::string c,u;
6277       MEDLoaderBase::splitIntoNameAndUnit(info,c,u);
6278       MEDLoaderBase::safeStrCpy2(c.c_str(),MED_SNAME_SIZE-1,comp+i*MED_SNAME_SIZE,_too_long_str);//MED_TAILLE_PNOM-1 to avoid to write '\0' on next compo
6279       MEDLoaderBase::safeStrCpy2(u.c_str(),MED_SNAME_SIZE-1,unit+i*MED_SNAME_SIZE,_too_long_str);//MED_TAILLE_PNOM-1 to avoid to write '\0' on next compo
6280     }
6281   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshCr,(fid,maa,spaceDim,meshDim,MED_STRUCTURED_MESH,desc,dtunit,MED_SORT_DTIT,MED_CARTESIAN,comp,unit));
6282   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshUniversalNameWr,(fid,maa));
6283   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshGridTypeWr,(fid,maa,MED_CURVILINEAR_GRID));
6284   std::vector<int> nodeGridSt=_clmesh->getNodeGridStructure();
6285   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshGridStructWr,(fid,maa,_iteration,_order,_time,&nodeGridSt[0]));
6286
6287   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshNodeCoordinateWr,(fid,maa,_iteration,_order,_time,MED_FULL_INTERLACE,coords->getNumberOfTuples(),coords->begin()));
6288   //
6289   std::string meshName(MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(maa,MED_NAME_SIZE));
6290   MEDFileStructuredMesh::writeStructuredLL(fid,meshName);
6291
6292   writeJoints(fid);
6293 }
6294
6295 void MEDFileCurveLinearMesh::loadCLMeshFromFile(med_idt fid, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
6296 {
6297   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
6298   int dummy0,dummy1;
6299   std::string dtunit;
6300   int mid=MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,mName,meshType,dummy0,dummy1,dtunit);
6301   if(meshType!=CURVE_LINEAR)
6302     {
6303       std::ostringstream oss; oss << "Trying to load as curve linear an existing mesh with name '" << mName << "' that is NOT curve linear !";
6304       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6305     }
6306   MEDFileCLMeshL2 loaderl2;
6307   loaderl2.loadAll(fid,mid,mName,dt,it);
6308   MEDCouplingCurveLinearMesh *mesh=loaderl2.getMesh();
6309   mesh->incrRef();
6310   _clmesh=mesh;
6311   loadStrMeshFromFile(&loaderl2,fid,mName,dt,it,mrs);
6312 }
6313
6314 MEDFileMeshMultiTS *MEDFileMeshMultiTS::New()
6315 {
6316   return new MEDFileMeshMultiTS;
6317 }
6318
6319 MEDFileMeshMultiTS *MEDFileMeshMultiTS::New(const std::string& fileName)
6320 {
6321   return new MEDFileMeshMultiTS(fileName);
6322 }
6323
6324 MEDFileMeshMultiTS *MEDFileMeshMultiTS::New(const std::string& fileName, const std::string& mName)
6325 {
6326   return new MEDFileMeshMultiTS(fileName,mName);
6327 }
6328
6329 MEDFileMeshMultiTS *MEDFileMeshMultiTS::deepCpy() const
6330 {
6331   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> ret=MEDFileMeshMultiTS::New();
6332   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh> > meshOneTs(_mesh_one_ts.size());
6333   std::size_t i=0;
6334   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh> >::const_iterator it=_mesh_one_ts.begin();it!=_mesh_one_ts.end();it++,i++)
6335     if((const MEDFileMesh *)*it)
6336       meshOneTs[i]=(*it)->deepCpy();
6337   ret->_mesh_one_ts=meshOneTs;
6338   return ret.retn();
6339 }
6340
6341 std::size_t MEDFileMeshMultiTS::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
6342 {
6343   return _mesh_one_ts.capacity()*sizeof(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh>);
6344 }
6345
6346 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileMeshMultiTS::getDirectChildrenWithNull() const
6347 {
6348   std::vector<const BigMemoryObject *> ret;
6349   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh> >::const_iterator it=_mesh_one_ts.begin();it!=_mesh_one_ts.end();it++)
6350     ret.push_back((const MEDFileMesh *)*it);
6351   return ret;
6352 }
6353
6354 std::string MEDFileMeshMultiTS::getName() const
6355 {
6356   if(_mesh_one_ts.empty())
6357     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMeshMultiTS::getName : no time steps set !");
6358   return _mesh_one_ts[0]->getName();
6359 }
6360
6361 void MEDFileMeshMultiTS::setName(const std::string& newMeshName)
6362 {
6363   std::string oldName(getName());
6364   std::vector< std::pair<std::string,std::string> > v(1);
6365   v[0].first=oldName; v[0].second=newMeshName;
6366   changeNames(v);
6367 }
6368
6369 bool MEDFileMeshMultiTS::changeNames(const std::vector< std::pair<std::string,std::string> >& modifTab)
6370 {
6371   bool ret=false;
6372   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh> >::iterator it=_mesh_one_ts.begin();it!=_mesh_one_ts.end();it++)
6373     {
6374       MEDFileMesh *cur(*it);
6375       if(cur)
6376         ret=cur->changeNames(modifTab) || ret;
6377     }
6378   return ret;
6379 }
6380
6381 MEDFileMesh *MEDFileMeshMultiTS::getOneTimeStep() const
6382 {
6383   if(_mesh_one_ts.empty())
6384     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMeshMultiTS::getOneTimeStep : empty time step set !");
6385   return const_cast<MEDFileMesh *>(static_cast<const MEDFileMesh *>(_mesh_one_ts[0]));
6386 }
6387
6388 void MEDFileMeshMultiTS::setOneTimeStep(MEDFileMesh *mesh1TimeStep)
6389 {
6390   if(!mesh1TimeStep)
6391     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMeshMultiTS::setOneTimeStep : input pointer should be different from 0 !");
6392   _mesh_one_ts.resize(1);
6393   mesh1TimeStep->incrRef();
6394   //MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh> toto=mesh1TimeStep;
6395   _mesh_one_ts[0]=mesh1TimeStep;
6396 }
6397
6398 MEDFileJoints * MEDFileMeshMultiTS::getJoints() const
6399 {
6400   if ( MEDFileMesh* m = getOneTimeStep() )
6401     return m->getJoints();
6402   return 0;
6403 }
6404
6405 /*!
6406  * \brief Set Joints that are common to all time-stamps
6407  */
6408 void MEDFileMeshMultiTS::setJoints( MEDFileJoints* joints )
6409 {
6410   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh> >::iterator it=_mesh_one_ts.begin();it!=_mesh_one_ts.end();it++)
6411     {
6412       (*it)->setJoints( joints );
6413     }
6414 }
6415
6416 void MEDFileMeshMultiTS::write(med_idt fid) const
6417 {
6418   MEDFileJoints *joints(getJoints());
6419   bool jointsWritten(false);
6420
6421   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh> >::const_iterator it=_mesh_one_ts.begin();it!=_mesh_one_ts.end();it++)
6422     {
6423       if ( jointsWritten )
6424         const_cast<MEDFileMesh&>(**it).setJoints( 0 );
6425       else
6426         jointsWritten = true;
6427
6428       (*it)->copyOptionsFrom(*this);
6429       (*it)->write(fid);
6430     }
6431
6432   (const_cast<MEDFileMeshMultiTS*>(this))->setJoints( joints ); // restore joints
6433 }
6434
6435 void MEDFileMeshMultiTS::write(const std::string& fileName, int mode) const
6436 {
6437   med_access_mode medmod=MEDFileUtilities::TraduceWriteMode(mode);
6438   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),medmod);
6439   std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh : error on attempt to write in file : \"" << fileName << "\""; 
6440   MEDFileUtilities::CheckMEDCode(fid,fid,oss.str());
6441   write(fid);
6442 }
6443
6444 void MEDFileMeshMultiTS::loadFromFile(const std::string& fileName, const std::string& mName)
6445 {
6446   MEDFileJoints* joints = 0;
6447   if ( !_mesh_one_ts.empty() && getOneTimeStep() )
6448     {
6449       // joints of mName already read, pass them to MEDFileMesh::New() to prevent repeated reading
6450       joints = getOneTimeStep()->getJoints();
6451     }
6452
6453   _mesh_one_ts.clear();  //for the moment to be improved
6454   _mesh_one_ts.push_back( MEDFileMesh::New(fileName,mName,-1,-1,0, joints ));
6455 }
6456
6457 MEDFileMeshMultiTS::MEDFileMeshMultiTS()
6458 {
6459 }
6460
6461 MEDFileMeshMultiTS::MEDFileMeshMultiTS(const std::string& fileName)
6462 try
6463 {
6464     std::vector<std::string> ms=MEDLoader::GetMeshNames(fileName);
6465     if(ms.empty())
6466       {
6467         std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::New : no meshes in file \"" << fileName << "\" !";
6468         throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6469       }
6470     MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
6471     MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
6472     int dt,it;
6473     ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
6474     std::string dummy2;
6475     MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,ms.front(),meshType,dt,it,dummy2);
6476     loadFromFile(fileName,ms.front());
6477 }
6478 catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
6479 {
6480     throw e;
6481 }
6482
6483 MEDFileMeshMultiTS::MEDFileMeshMultiTS(const std::string& fileName, const std::string& mName)
6484 try
6485 {
6486     loadFromFile(fileName,mName);
6487 }
6488 catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
6489 {
6490     throw e;
6491 }
6492
6493 MEDFileMeshes *MEDFileMeshes::New()
6494 {
6495   return new MEDFileMeshes;
6496 }
6497
6498 MEDFileMeshes *MEDFileMeshes::New(const std::string& fileName)
6499 {
6500   return new MEDFileMeshes(fileName);
6501 }
6502
6503 void MEDFileMeshes::write(med_idt fid) const
6504 {
6505   checkCoherency();
6506   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> >::const_iterator it=_meshes.begin();it!=_meshes.end();it++)
6507     {
6508       (*it)->copyOptionsFrom(*this);
6509       (*it)->write(fid);
6510     }
6511 }
6512
6513 void MEDFileMeshes::write(const std::string& fileName, int mode) const
6514 {
6515   med_access_mode medmod=MEDFileUtilities::TraduceWriteMode(mode);
6516   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),medmod);
6517   std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh : error on attempt to write in file : \"" << fileName << "\""; 
6518   MEDFileUtilities::CheckMEDCode(fid,fid,oss.str());
6519   checkCoherency();
6520   write(fid);
6521 }
6522
6523 int MEDFileMeshes::getNumberOfMeshes() const
6524 {
6525   return _meshes.size();
6526 }
6527
6528 MEDFileMeshesIterator *MEDFileMeshes::iterator()
6529 {
6530   return new MEDFileMeshesIterator(this);
6531 }
6532
6533 /** Return a borrowed reference (caller is not responsible) */
6534 MEDFileMesh *MEDFileMeshes::getMeshAtPos(int i) const
6535 {
6536   if(i<0 || i>=(int)_meshes.size())
6537     {
6538       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMeshes::getMeshAtPos : invalid mesh id given in parameter ! Should be in [0;" << _meshes.size() << ") !";
6539       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6540     }
6541   return _meshes[i]->getOneTimeStep();
6542 }
6543
6544 /** Return a borrowed reference (caller is not responsible) */
6545 MEDFileMesh *MEDFileMeshes::getMeshWithName(const std::string& mname) const
6546 {
6547   std::vector<std::string> ms=getMeshesNames();
6548   std::vector<std::string>::iterator it=std::find(ms.begin(),ms.end(),mname);
6549   if(it==ms.end())
6550     {
6551       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMeshes::getMeshWithName : Mesh  \"" << mname << "\" does not exist in this ! Existing are : ";
6552       std::copy(ms.begin(),ms.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
6553       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6554     }
6555   return getMeshAtPos((int)std::distance(ms.begin(),it));
6556 }
6557
6558 std::vector<std::string> MEDFileMeshes::getMeshesNames() const
6559 {
6560   std::vector<std::string> ret(_meshes.size());
6561   int i=0;
6562   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> >::const_iterator it=_meshes.begin();it!=_meshes.end();it++,i++)
6563     {
6564       const MEDFileMeshMultiTS *f=(*it);
6565       if(f)
6566         {
6567           ret[i]=f->getName();
6568         }
6569       else
6570         {
6571           std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMeshes::getMeshesNames : At rank #" << i << " mesh is not defined !";
6572           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6573         }
6574     }
6575   return ret;
6576 }
6577 /*const MEDFileJoints* MEDFileMeshes::getJoints() const
6578 {
6579   const MEDFileJoints *ret=_joints;
6580   if(!ret)
6581   {
6582     std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMeshes::getJoints : joints is not defined !";
6583     throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6584   }
6585   return ret;
6586 }*/
6587
6588 bool MEDFileMeshes::changeNames(const std::vector< std::pair<std::string,std::string> >& modifTab)
6589 {
6590   bool ret=false;
6591   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> >::iterator it=_meshes.begin();it!=_meshes.end();it++)
6592     {
6593       MEDFileMeshMultiTS *cur(*it);
6594       if(cur)
6595         ret=cur->changeNames(modifTab) || ret;
6596     }
6597   return ret;
6598 }
6599
6600 void MEDFileMeshes::resize(int newSize)
6601 {
6602   _meshes.resize(newSize);
6603 }
6604
6605 void MEDFileMeshes::pushMesh(MEDFileMesh *mesh)
6606 {
6607   if(!mesh)
6608     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMeshes::pushMesh : invalid input pointer ! should be different from 0 !");
6609   MEDFileMeshMultiTS *elt=MEDFileMeshMultiTS::New();
6610   elt->setOneTimeStep(mesh);
6611   _meshes.push_back(elt);
6612 }
6613
6614 void MEDFileMeshes::setMeshAtPos(int i, MEDFileMesh *mesh)
6615 {
6616   if(!mesh)
6617     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMeshes::setMeshAtPos : invalid input pointer ! should be different from 0 !");
6618   if(i>=(int)_meshes.size())
6619     _meshes.resize(i+1);
6620   MEDFileMeshMultiTS *elt=MEDFileMeshMultiTS::New();
6621   elt->setOneTimeStep(mesh);
6622   _meshes[i]=elt;
6623 }
6624
6625 void MEDFileMeshes::destroyMeshAtPos(int i)
6626 {
6627   if(i<0 || i>=(int)_meshes.size())
6628     {
6629       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMeshes::destroyMeshAtPos : Invalid given id in input (" << i << ") should be in [0," << _meshes.size() << ") !";
6630       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6631     }
6632   _meshes.erase(_meshes.begin()+i);
6633 }
6634
6635 void MEDFileMeshes::loadFromFile(const std::string& fileName)
6636 {
6637   std::vector<std::string> ms=MEDLoader::GetMeshNames(fileName);
6638   int i=0;
6639   _meshes.resize(ms.size());
6640   for(std::vector<std::string>::const_iterator it=ms.begin();it!=ms.end();it++,i++)
6641     _meshes[i]=MEDFileMeshMultiTS::New(fileName,(*it));
6642 }
6643
6644 MEDFileMeshes::MEDFileMeshes()
6645 {
6646 }
6647
6648 MEDFileMeshes::MEDFileMeshes(const std::string& fileName)
6649 try
6650 {
6651     loadFromFile(fileName);
6652 }
6653 catch(INTERP_KERNEL::Exception& /*e*/)
6654 {
6655 }
6656
6657 MEDFileMeshes *MEDFileMeshes::deepCpy() const
6658 {
6659   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> > meshes(_meshes.size());
6660   std::size_t i=0;
6661   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> >::const_iterator it=_meshes.begin();it!=_meshes.end();it++,i++)
6662     if((const MEDFileMeshMultiTS *)*it)
6663       meshes[i]=(*it)->deepCpy();
6664   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshes> ret=MEDFileMeshes::New();
6665   ret->_meshes=meshes;
6666   return ret.retn();
6667 }
6668
6669 std::size_t MEDFileMeshes::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
6670 {
6671   return _meshes.capacity()*(sizeof(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS>));
6672 }
6673
6674 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileMeshes::getDirectChildrenWithNull() const
6675 {
6676   std::vector<const BigMemoryObject *> ret;
6677   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> >::const_iterator it=_meshes.begin();it!=_meshes.end();it++)
6678     ret.push_back((const MEDFileMeshMultiTS *)*it);
6679   return ret;
6680 }
6681
6682 std::string MEDFileMeshes::simpleRepr() const
6683 {
6684   std::ostringstream oss;
6685   oss << "(*****************)\n(* MEDFileMeshes *)\n(*****************)\n\n";
6686   simpleReprWithoutHeader(oss);
6687   return oss.str();
6688 }
6689
6690 void MEDFileMeshes::simpleReprWithoutHeader(std::ostream& oss) const
6691 {
6692   int nbOfMeshes=getNumberOfMeshes();
6693   oss << "There are " << nbOfMeshes << " meshes with the following names : \n";
6694   std::vector<std::string> mns=getMeshesNames();
6695   for(int i=0;i<nbOfMeshes;i++)
6696     oss << "  - #" << i << " \"" << mns[i] << "\"\n";
6697 }
6698
6699 void MEDFileMeshes::checkCoherency() const
6700 {
6701   static const char MSG[]="MEDFileMeshes::checkCoherency : mesh at rank ";
6702   int i=0;
6703   std::set<std::string> s;
6704   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> >::const_iterator it=_meshes.begin();it!=_meshes.end();it++,i++)
6705     {
6706       const MEDFileMeshMultiTS *elt=(*it);
6707       if(!elt)
6708         {
6709           std::ostringstream oss; oss << MSG << i << "/" << _meshes.size() << " is empty !";
6710           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6711         }
6712       std::size_t sz=s.size();
6713       s.insert(std::string((*it)->getName()));
6714       if(s.size()==sz)
6715         {
6716           std::ostringstream oss; oss << MSG << i << " has a name (\"" << (*it)->getName() << "\") already used by an another mesh in list !";
6717           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6718         }
6719     }
6720 }
6721
6722 MEDFileMeshesIterator::MEDFileMeshesIterator(MEDFileMeshes *ms):_ms(ms),_iter_id(0),_nb_iter(0)
6723 {
6724   if(ms)
6725     {
6726       ms->incrRef();
6727       _nb_iter=ms->getNumberOfMeshes();
6728     }
6729 }
6730
6731 MEDFileMeshesIterator::~MEDFileMeshesIterator()
6732 {
6733 }
6734
6735 MEDFileMesh *MEDFileMeshesIterator::nextt()
6736 {
6737   if(_iter_id<_nb_iter)
6738     {
6739       MEDFileMeshes *ms(_ms);
6740       if(ms)
6741         return ms->getMeshAtPos(_iter_id++);
6742       else
6743         return 0;
6744     }
6745   else
6746     return 0;
6747 }