Salome HOME
Encourage users at most to use cartesian.
[tools/medcoupling.git] / src / MEDLoader / MEDFileMesh.cxx
1 // Copyright (C) 2007-2015  CEA/DEN, EDF R&D
2 //
3 // This library is free software; you can redistribute it and/or
4 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
5 // License as published by the Free Software Foundation; either
6 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
7 //
8 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
11 // Lesser General Public License for more details.
12 //
13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
16 //
17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
18 //
19 // Author : Anthony Geay (CEA/DEN)
20
21 #include "MEDFileMesh.hxx"
22 #include "MEDFileUtilities.hxx"
23 #include "MEDFileFieldOverView.hxx"
24 #include "MEDFileField.hxx"
25 #include "MEDLoader.hxx"
26 #include "MEDFileSafeCaller.txx"
27 #include "MEDLoaderBase.hxx"
28
29 #include "MEDCouplingUMesh.hxx"
30
31 #include "InterpKernelAutoPtr.hxx"
32
33 #include <limits>
34 #include <cmath>
35
36 extern med_geometry_type typmai3[34];
37
38 using namespace ParaMEDMEM;
39
40 const char MEDFileMesh::DFT_FAM_NAME[]="FAMILLE_ZERO";
41
42 MEDFileMesh::MEDFileMesh():_order(-1),_iteration(-1),_time(0.),_univ_wr_status(true),_axis_type(AX_CART)
43 {
44 }
45
46 std::size_t MEDFileMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
47 {
48   std::size_t ret(_dt_unit.capacity()+_name.capacity()+_univ_name.capacity()+_desc_name.capacity());
49   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=_groups.begin();it!=_groups.end();it++)
50     {
51       ret+=(*it).first.capacity()+(*it).second.capacity()*sizeof(std::string);
52       for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=(*it).second.begin();it2!=(*it).second.end();it2++)
53         ret+=(*it2).capacity();
54     }
55   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
56     ret+=(*it).first.capacity()+sizeof(int);
57   return ret;
58 }
59
60 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileMesh::getDirectChildrenWithNull() const
61 {
62   std::vector<const BigMemoryObject *> ret(1);
63   ret[0]=(const MEDFileEquivalences *)_equiv;
64   return ret;
65 }
66
67 /*!
68  * Returns a new MEDFileMesh holding the mesh data that has been read from a given MED
69  * file. The first mesh in the file is loaded.
70  *  \param [in] fileName - the name of MED file to read.
71  *  \return MEDFileMesh * - a new instance of MEDFileMesh. The caller is to delete this
72  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
73  *  \throw If the file is not readable.
74  *  \throw If there is no meshes in the file.
75  *  \throw If the mesh in the file is of a not supported type.
76  */
77 MEDFileMesh *MEDFileMesh::New(const std::string& fileName, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
78 {
79   std::vector<std::string> ms=MEDLoader::GetMeshNames(fileName);
80   if(ms.empty())
81     {
82       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::New : no meshes in file \"" << fileName << "\" !";
83       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
84     }
85   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
86   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
87   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
88   int dt,it;
89   std::string dummy2;
90   ParaMEDMEM::MEDCouplingAxisType dummy3;
91   MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,ms.front(),meshType,dummy3,dt,it,dummy2);
92   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh> ret;
93   switch(meshType)
94   {
95     case UNSTRUCTURED:
96       {
97         ret=MEDFileUMesh::New();
98         break;
99       }
100     case CARTESIAN:
101       {
102         ret=MEDFileCMesh::New();
103         break;
104       }
105     case CURVE_LINEAR:
106       {
107         ret=MEDFileCurveLinearMesh::New();
108         break;
109       }
110     default:
111       {
112         std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::New : MED file exists and has mesh '" << ms.front() << "' exists but unsupported type yet !";
113         throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
114       }
115   }
116   ret->loadLLWithAdditionalItems(fid,ms.front(),dt,it,mrs);
117   return ret.retn();
118 }
119
120 /*!
121  * Returns a new MEDFileMesh holding the mesh data that has been read from a given MED
122  * file. The mesh to load is specified by its name and numbers of a time step and an
123  * iteration.
124  *  \param [in] fileName - the name of MED file to read.
125  *  \param [in] mName - the name of the mesh to read.
126  *  \param [in] dt - the number of a time step.
127  *  \param [in] it - the number of an iteration.
128  *  \param [in] joints - the sub-domain joints to use instead of those that can be read
129  *          from the MED file. Usually this joints are those just read by another iteration
130  *          of mName mesh, when this method is called by MEDFileMeshMultiTS::New()
131  *  \return MEDFileMesh * - a new instance of MEDFileMesh. The caller is to delete this
132  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
133  *  \throw If the file is not readable.
134  *  \throw If there is no mesh with given attributes in the file.
135  *  \throw If the mesh in the file is of a not supported type.
136  */
137 MEDFileMesh *MEDFileMesh::New(const std::string& fileName, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs, MEDFileJoints* joints)
138 {
139   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
140   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
141   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
142   int dummy0,dummy1;
143   std::string dummy2;
144   ParaMEDMEM::MEDCouplingAxisType dummy3;
145   MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,mName,meshType,dummy3,dummy0,dummy1,dummy2);
146   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh> ret;
147   switch(meshType)
148   {
149     case UNSTRUCTURED:
150       {
151         ret=MEDFileUMesh::New();
152         break;
153       }
154     case CARTESIAN:
155       {
156         ret=MEDFileCMesh::New();
157         break;
158       }
159     case CURVE_LINEAR:
160       {
161         ret=MEDFileCurveLinearMesh::New();
162         break;
163       }
164     default:
165       {
166         std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::New : MED file exists and has mesh '" << mName << "' exists but unsupported type yet !";
167         throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
168       }
169   }
170   ret->loadLLWithAdditionalItems(fid,mName,dt,it,mrs);
171   return ret.retn();
172 }
173
174 /*!
175  * Writes \a this mesh into an open MED file specified by its descriptor.
176  *  \param [in] fid - the MED file descriptor.
177  *  \throw If the mesh name is not set.
178  *  \throw If the file is open for reading only.
179  *  \throw If the writing mode == 1 and the same data is present in an existing file.
180  */
181 void MEDFileMesh::write(med_idt fid) const
182 {
183   if(!existsFamily(0))
184     const_cast<MEDFileMesh *>(this)->addFamily(DFT_FAM_NAME,0);
185   if(_name.empty())
186     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh : name is empty. MED file ask for a NON EMPTY name !");
187   writeLL(fid);
188   writeJoints(fid);
189   const MEDFileEquivalences *eqs(_equiv);
190   if(eqs)
191     eqs->write(fid);
192 }
193
194 /*!
195  * Writes \a this mesh into a MED file specified by its name.
196  *  \param [in] fileName - the MED file name.
197  *  \param [in] mode - the writing mode. For more on \a mode, see \ref AdvMEDLoaderBasics.
198  * - 2 - erase; an existing file is removed.
199  * - 1 - append; same data should not be present in an existing file.
200  * - 0 - overwrite; same data present in an existing file is overwritten.
201  *  \throw If the mesh name is not set.
202  *  \throw If \a mode == 1 and the same data is present in an existing file.
203  */
204 void MEDFileMesh::write(const std::string& fileName, int mode) const
205 {
206   med_access_mode medmod=MEDFileUtilities::TraduceWriteMode(mode);
207   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),medmod);
208   std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh : error on attempt to write in file : \"" << fileName << "\""; 
209   MEDFileUtilities::CheckMEDCode(fid,fid,oss.str());
210   write(fid);
211 }
212
213 /*!
214  * Checks if \a this and another mesh are equal.
215  *  \param [in] other - the mesh to compare with.
216  *  \param [in] eps - a precision used to compare real values.
217  *  \param [in,out] what - the string returning description of unequal data.
218  *  \return bool - \c true if the meshes are equal, \c false, else.
219  */
220 bool MEDFileMesh::isEqual(const MEDFileMesh *other, double eps, std::string& what) const
221 {
222   if(_order!=other->_order)
223     {
224       what="Orders differ !";
225       return false;
226     }
227   if(_iteration!=other->_iteration)
228     {
229       what="Iterations differ !";
230       return false;
231     }
232   if(fabs(_time-other->_time)>eps)
233     {
234       what="Time values differ !";
235       return false;
236     }
237   if(_dt_unit!=other->_dt_unit)
238     {
239       what="Time units differ !";
240       return false;
241     }
242   if(_name!=other->_name)
243     {
244       what="Names differ !";
245       return false;
246     }
247   //univ_name has been ignored -> not a bug because it is a mutable attribute
248   if(_desc_name!=other->_desc_name)
249     {
250       what="Description names differ !";
251       return false;
252     }
253   if(!areGrpsEqual(other,what))
254     return false;
255   if(!areFamsEqual(other,what))
256     return false;
257   if(!areEquivalencesEqual(other,what))
258     return false;
259   return true;
260 }
261
262 void MEDFileMesh::setName(const std::string& name)
263 {
264   _name=name;
265 }
266
267 /*!
268  * Clears redundant attributes of incorporated data arrays.
269  */
270 void MEDFileMesh::clearNonDiscrAttributes() const
271 {
272
273 }
274
275 bool MEDFileMesh::changeNames(const std::vector< std::pair<std::string,std::string> >& modifTab)
276 {
277   for(std::vector< std::pair<std::string,std::string> >::const_iterator it=modifTab.begin();it!=modifTab.end();it++)
278     {
279       if((*it).first==_name)
280         {
281           _name=(*it).second;
282           return true;
283         }
284     }
285   return false;
286 }
287
288 /*!
289  * Copies data on groups and families from another mesh.
290  *  \param [in] other - the mesh to copy the data from.
291  */
292 void MEDFileMesh::copyFamGrpMapsFrom(const MEDFileMesh& other)
293 {
294   _groups=other._groups;
295   _families=other._families;
296 }
297
298
299 /*!
300  * This method clear all the groups in the map.
301  * So this method does not operate at all on arrays.
302  * So this method can lead to orphan families.
303  * 
304  * \sa MEDFileMesh::clearFamMap, MEDFileMesh::clearFamGrpMaps
305  */
306 void MEDFileMesh::clearGrpMap()
307 {
308   _groups.clear();
309 }
310
311 /*!
312  * This method clear all the families in the map.
313  * So this method does not operate at all on arrays.
314  * WARNING ! if there are some groups lying on cleared families, those groups will be impacted !
315  *
316  * \sa MEDFileMesh::clearFamMap, MEDFileMesh::clearFamGrpMaps
317  */
318 void MEDFileMesh::clearFamMap()
319 {
320   _families.clear();
321 }
322
323 /*!
324  * This method clear all the families and groups in the map.
325  * So this method does not operate at all on arrays.
326  * As all groups and families entry will be removed after 
327  * the call of MEDFileMesh::setFamilyFieldArr method with 0 or None (python) in the 2nd parameter can be useful to reduce the size of the object.
328  *
329  * \sa MEDFileMesh::clearFamMap, MEDFileMesh::clearFamMap
330  */
331 void MEDFileMesh::clearFamGrpMaps()
332 {
333   clearGrpMap();
334   clearFamMap();
335 }
336
337 /*!
338  * Returns names of families constituting a group.
339  *  \param [in] name - the name of the group of interest.
340  *  \return std::vector<std::string> - a sequence of names of the families.
341  *  \throw If the name of a nonexistent group is specified.
342  */
343 std::vector<std::string> MEDFileMesh::getFamiliesOnGroup(const std::string& name) const
344 {
345   std::string oname(name);
346   std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=_groups.find(oname);
347   if(it==_groups.end())
348     {
349       std::vector<std::string> grps=getGroupsNames();
350       std::ostringstream oss; oss << "No such groupname \"" << name << "\" !\nAvailable groups are :";
351       std::copy(grps.begin(),grps.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
352       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
353     }
354   return (*it).second;
355 }
356
357 /*!
358  * Returns names of families constituting some groups.
359  *  \param [in] grps - a sequence of names of groups of interest.
360  *  \return std::vector<std::string> - a sequence of names of the families.
361  *  \throw If a name of a nonexistent group is present in \a grps.
362  */
363 std::vector<std::string> MEDFileMesh::getFamiliesOnGroups(const std::vector<std::string>& grps) const
364 {
365   std::set<std::string> fams;
366   for(std::vector<std::string>::const_iterator it=grps.begin();it!=grps.end();it++)
367     {
368       std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it2=_groups.find(*it);
369       if(it2==_groups.end())
370         {
371           std::ostringstream oss; oss << "No such group in mesh \"" << _name << "\" : " << *it; 
372           std::vector<std::string> grps2=getGroupsNames(); oss << "\" !\nAvailable groups are :";
373           std::copy(grps2.begin(),grps2.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
374           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
375         }
376       fams.insert((*it2).second.begin(),(*it2).second.end());
377     }
378   std::vector<std::string> fams2(fams.begin(),fams.end());
379   return fams2;
380 }
381
382 /*!
383  * Returns ids of families constituting a group.
384  *  \param [in] name - the name of the group of interest.
385  *  \return std::vector<int> - sequence of ids of the families.
386  *  \throw If the name of a nonexistent group is specified.
387  */
388 std::vector<int> MEDFileMesh::getFamiliesIdsOnGroup(const std::string& name) const
389 {
390   std::string oname(name);
391   std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=_groups.find(oname);
392   std::vector<std::string> grps=getGroupsNames();
393   if(it==_groups.end())
394     {
395       std::ostringstream oss; oss << "No such groupname \"" << name << "\" !\nAvailable groups are :";
396       std::copy(grps.begin(),grps.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
397       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
398     }
399   return getFamiliesIds((*it).second);
400 }
401
402 /*!
403  * Sets names of families constituting a group. If data on families of this group is
404  * already present, it is overwritten. Every family in \a fams is checked, and if a
405  family is not yet in \a this mesh, the default group id \c 0 is assigned to it.
406  *  \param [in] name - the name of the group of interest.
407  *  \param [in] fams - a sequence of names of families constituting the group.
408  */
409 void MEDFileMesh::setFamiliesOnGroup(const std::string& name, const std::vector<std::string>& fams)
410 {
411   std::string oname(name);
412   _groups[oname]=fams;
413   for(std::vector<std::string>::const_iterator it1=fams.begin();it1!=fams.end();it1++)
414     {
415       std::map<std::string,int>::iterator it2=_families.find(*it1);
416       if(it2==_families.end())
417         _families[*it1]=0;
418     }
419 }
420
421 /*!
422  * Sets families constituting a group. The families are specified by their ids.
423  * If a family name is not found by its id, an exception is thrown.
424  * If several families have same id, the first one in lexical order is taken.
425  *  \param [in] name - the name of the group of interest.
426  *  \param [in] famIds - a sequence of ids of families constituting the group.
427  *  \throw If a family name is not found by its id.
428  */
429 void MEDFileMesh::setFamiliesIdsOnGroup(const std::string& name, const std::vector<int>& famIds)
430 {
431   std::string oname(name);
432   std::vector<std::string> fams(famIds.size());
433   int i=0;
434   for(std::vector<int>::const_iterator it1=famIds.begin();it1!=famIds.end();it1++,i++)
435     {
436       std::string name2=getFamilyNameGivenId(*it1);
437       fams[i]=name2;
438     }
439   _groups[oname]=fams;
440 }
441
442 /*!
443  * Returns names of groups including a given family.
444  *  \param [in] name - the name of the family of interest.
445  *  \return std::vector<std::string> - a sequence of names of groups including the family.
446  */
447 std::vector<std::string> MEDFileMesh::getGroupsOnFamily(const std::string& name) const
448 {
449   std::vector<std::string> ret;
450   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it1=_groups.begin();it1!=_groups.end();it1++)
451     {
452       for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=(*it1).second.begin();it2!=(*it1).second.end();it2++)
453         if((*it2)==name)
454           {
455             ret.push_back((*it1).first);
456             break;
457           }
458     }
459   return ret;
460 }
461
462 /*!
463  * Adds an existing family to groups.
464  *  \param [in] famName - a name of family to add to \a grps.
465  *  \param [in] grps - a sequence of group names to add the family in.
466  *  \throw If a family named \a famName not yet exists.
467  */
468 void MEDFileMesh::setGroupsOnFamily(const std::string& famName, const std::vector<std::string>& grps)
469 {
470   std::string fName(famName);
471   const std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.find(fName);
472   if(it==_families.end())
473     {
474       std::vector<std::string> fams=getFamiliesNames();
475       std::ostringstream oss; oss << "No such familyname \"" << fName << "\" !\nAvailable families are :";
476       std::copy(fams.begin(),fams.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
477       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
478     }
479   for(std::vector<std::string>::const_iterator it3=grps.begin();it3!=grps.end();it3++)
480     {
481       std::map< std::string, std::vector<std::string> >::iterator it2=_groups.find(*it3);
482       if(it2!=_groups.end())
483         (*it2).second.push_back(fName);
484       else
485         {
486           std::vector<std::string> grps2(1,fName);
487           _groups[*it3]=grps2;
488         }
489     }
490 }
491
492 /*!
493  * Returns names of all groups of \a this mesh.
494  *  \return std::vector<std::string> - a sequence of group names.
495  */
496 std::vector<std::string> MEDFileMesh::getGroupsNames() const
497 {
498   std::vector<std::string> ret(_groups.size());
499   int i=0;
500   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=_groups.begin();it!=_groups.end();it++,i++)
501     ret[i]=(*it).first;
502   return ret;
503 }
504
505 /*!
506  * Returns names of all families of \a this mesh.
507  *  \return std::vector<std::string> - a sequence of family names.
508  */
509 std::vector<std::string> MEDFileMesh::getFamiliesNames() const
510 {
511   std::vector<std::string> ret(_families.size());
512   int i=0;
513   for(std::map<std::string, int >::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++,i++)
514     ret[i]=(*it).first;
515   return ret;
516 }
517
518 /*!
519  * Returns names of all families of \a this mesh but like they would be in file.
520  * This method is here only for MED file families gurus. If you are a kind user forget this method :-)
521  * This method is only useful for aggressive users that want to have in their file a same family lying both on cells and on nodes. This is not a good idea for lisibility !
522  * For your information internaly in memory such families are renamed to have a nicer API.
523  */
524 std::vector<std::string> MEDFileMesh::getFamiliesNamesWithFilePointOfView() const
525 {
526   std::vector<std::string> ret(getFamiliesNames());
527   MEDFileMeshL2::RenameFamiliesFromMemToFile(ret);
528   return ret;
529 }
530
531 std::string MEDFileMesh::GetMagicFamilyStr()
532 {
533   return std::string(MEDFileMeshL2::ZE_SEP_FOR_FAMILY_KILLERS);
534 }
535
536 /*!
537  * Changes a name of every family, included in one group only, to be same as the group name.
538  *  \throw If there are families with equal names in \a this mesh.
539  */
540 void MEDFileMesh::assignFamilyNameWithGroupName()
541 {
542   std::map<std::string, std::vector<std::string> > groups(_groups);
543   std::map<std::string,int> newFams;
544   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
545     {
546       std::vector<std::string> grps=getGroupsOnFamily((*it).first);
547       if(grps.size()==1 && groups[grps[0]].size()==1)
548         {
549           if(newFams.find(grps[0])!=newFams.end())
550             {
551               std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::assignFamilyNameWithGroupName : Family \"" << grps[0] << "\" already exists !";
552               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
553             }
554           newFams[grps[0]]=(*it).second;
555           std::vector<std::string>& grps2=groups[grps[0]];
556           std::size_t pos=std::distance(grps2.begin(),std::find(grps2.begin(),grps2.end(),(*it).first));
557           grps2[pos]=grps[0];
558         }
559       else
560         {
561           if(newFams.find((*it).first)!=newFams.end())
562             {
563               std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::assignFamilyNameWithGroupName : Family \"" << (*it).first << "\" already exists !";
564               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
565             }
566           newFams[(*it).first]=(*it).second;
567         }
568     }
569   _families=newFams;
570   _groups=groups;
571 }
572
573 /*!
574  * Removes all groups lying on no family. If there is no empty groups, \a this is let untouched.
575  * 
576  * \return the removed groups.
577  */
578 std::vector<std::string> MEDFileMesh::removeEmptyGroups()
579 {
580   std::vector<std::string> ret;
581   std::map<std::string, std::vector<std::string> > newGrps;
582   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=_groups.begin();it!=_groups.end();it++)
583     {
584       if((*it).second.empty())
585         ret.push_back((*it).first);
586       else
587         newGrps[(*it).first]=(*it).second;
588     }
589   if(!ret.empty())
590     _groups=newGrps;
591   return ret;
592 }
593
594 /*!
595  * Removes a group from \a this mesh.
596  *  \param [in] name - the name of the group to remove.
597  *  \throw If no group with such a \a name exists.
598  */
599 void MEDFileMesh::removeGroup(const std::string& name)
600 {
601   std::string oname(name);
602   std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it=_groups.find(oname);
603   std::vector<std::string> grps=getGroupsNames();
604   if(it==_groups.end())
605     {
606       std::ostringstream oss; oss << "No such groupname \"" << name << "\" !\nAvailable groups are :";
607       std::copy(grps.begin(),grps.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
608       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
609     }
610   _groups.erase(it);
611 }
612
613 /*!
614  * Removes a family from \a this mesh.
615  *  \param [in] name - the name of the family to remove.
616  *  \throw If no family with such a \a name exists.
617  */
618 void MEDFileMesh::removeFamily(const std::string& name)
619 {
620   std::string oname(name);
621   std::map<std::string, int >::iterator it=_families.find(oname);
622   std::vector<std::string> fams=getFamiliesNames();
623   if(it==_families.end())
624     {
625       std::ostringstream oss; oss << "No such familyname \"" << name << "\" !\nAvailable families are :";
626       std::copy(fams.begin(),fams.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
627       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
628     }
629   _families.erase(it);
630   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it3=_groups.begin();it3!=_groups.end();it3++)
631     {
632       std::vector<std::string>& v=(*it3).second;
633       std::vector<std::string>::iterator it4=std::find(v.begin(),v.end(),oname);
634       if(it4!=v.end())
635         v.erase(it4);
636     }
637 }
638
639 /*!
640  * Removes all groups in \a this that are orphan. A group is orphan if this group lies on
641  * a set of families, themselves orphan. A family is said orphan if its id appears nowhere in
642  * family field whatever its level. This method also suppresses the orphan families.
643  * 
644  * \return - The list of removed groups names. 
645  *
646  * \sa MEDFileMesh::removeOrphanFamilies.
647  */
648 std::vector<std::string> MEDFileMesh::removeOrphanGroups()
649 {
650   removeOrphanFamilies();
651   return removeEmptyGroups();
652 }
653
654 /*!
655  * Removes all families in \a this that are orphan. A family is said orphan if its id appears nowhere in
656  * family field whatever its level. Groups are updated in consequence, that is to say all groups lying on orphan family, will see their families list modified.
657  * 
658  * \return - The list of removed families names.
659  * \sa MEDFileMesh::removeOrphanGroups.
660  */
661 std::vector<std::string> MEDFileMesh::removeOrphanFamilies()
662 {
663   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> allFamIdsInUse=computeAllFamilyIdsInUse();
664   std::vector<std::string> ret;
665   if(!((DataArrayInt*)allFamIdsInUse))
666     {
667       ret=getFamiliesNames();
668       _families.clear(); _groups.clear();
669       return ret;
670     }
671   std::map<std::string,int> famMap;
672   std::map<std::string, std::vector<std::string> > grps(_groups);
673   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
674     {
675       if(allFamIdsInUse->presenceOfValue((*it).second))
676         famMap[(*it).first]=(*it).second;
677       else
678         {
679           ret.push_back((*it).first);
680           std::vector<std::string> grpsOnEraseFam=getGroupsOnFamily((*it).first);
681           for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=grpsOnEraseFam.begin();it2!=grpsOnEraseFam.end();it2++)
682             {
683               std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it3=grps.find(*it2);//it3!=grps.empty() thanks to copy
684               std::vector<std::string>& famv=(*it3).second;
685               std::vector<std::string>::iterator it4=std::find(famv.begin(),famv.end(),(*it).first);//it4!=famv.end() thanks to copy
686               famv.erase(it4);
687             }
688         }
689     }
690   if(!ret.empty())
691     { _families=famMap; _groups=grps; }
692   return ret;
693 }
694
695 /*!
696  * This method operates only on maps in \a this. The arrays are not considered here. So this method will remove a family (except "FAMILLE_ZERO" family) if no group lies on it whatever
697  * this family is orphan or not.
698  *
699  * \warning this method is different from removeOrphanFamilies that scans family field array to find orphan families.
700  */
701 void MEDFileMesh::removeFamiliesReferedByNoGroups()
702 {
703   std::map<std::string,int> fams;
704   std::set<std::string> sfams;
705   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
706     sfams.insert((*it).first);
707   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it0=_groups.begin();it0!=_groups.end();it0++)
708     for(std::vector<std::string>::const_iterator it1=(*it0).second.begin();it1!=(*it0).second.end();it1++)
709       sfams.erase(*it1);
710   for(std::set<std::string>::const_iterator it=sfams.begin();it!=sfams.end();it++)
711     if(*it!=DFT_FAM_NAME)
712       _families.erase(*it);
713 }
714
715 /*!
716  * This method has no impact on groups. This method only works on families. This method firstly removes families not refered by any groups in \a this, then all unused entities
717  * are put as belonging to family 0 ("FAMILLE_ZERO"). Finally, all orphanFamilies are killed.
718  * This method raises an exception if "FAMILLE_ZERO" is already belonging to a group.
719  *
720  * \sa MEDFileMesh::removeOrphanFamilies
721  */
722 void MEDFileMesh::rearrangeFamilies()
723 {
724   checkOrphanFamilyZero();
725   removeFamiliesReferedByNoGroups();
726   //
727   std::vector<int> levels(getNonEmptyLevelsExt());
728   std::set<int> idsRefed;
729   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
730     idsRefed.insert((*it).second);
731   for(std::vector<int>::const_iterator it=levels.begin();it!=levels.end();it++)
732     {
733       const DataArrayInt *fams(0);
734       try
735       {
736           fams=getFamilyFieldAtLevel(*it);
737       }
738       catch(INTERP_KERNEL::Exception& e) { }
739       if(!fams)
740         continue;
741       std::vector<bool> v(fams->getNumberOfTuples(),false);
742       for(std::set<int>::const_iterator pt=idsRefed.begin();pt!=idsRefed.end();pt++)
743         fams->switchOnTupleEqualTo(*pt,v);
744       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> unfetchedIds(DataArrayInt::BuildListOfSwitchedOff(v));
745       if(!unfetchedIds->empty())
746         {
747           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newFams(fams->deepCpy());
748           newFams->setPartOfValuesSimple3(0,unfetchedIds->begin(),unfetchedIds->end(),0,1,1);
749           setFamilyFieldArr(*it,newFams);
750         }
751     }
752   removeOrphanFamilies();
753 }
754
755 /*!
756  * This method only checks that "FAMILLE_ZERO" is orphan (not belonging to a group).
757  */
758 void MEDFileMesh::checkOrphanFamilyZero() const
759 {
760   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=_groups.begin();it!=_groups.end();it++)
761     {
762       if(std::find((*it).second.begin(),(*it).second.end(),DFT_FAM_NAME)!=(*it).second.end())
763         {
764           std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::rearrangeFamilies : Groups \"" << (*it).first << "\" is lying on family \"" << DFT_FAM_NAME << "\" !";
765           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
766         }
767     }
768 }
769
770 /*!
771  * Renames a group in \a this mesh.
772  *  \param [in] oldName - a current name of the group to rename.
773  *  \param [in] newName - a new group name.
774  *  \throw If no group named \a oldName exists in \a this mesh.
775  *  \throw If a group named \a newName already exists.
776  */
777 void MEDFileMesh::changeGroupName(const std::string& oldName, const std::string& newName)
778 {
779   std::string oname(oldName);
780   std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it=_groups.find(oname);
781   std::vector<std::string> grps=getGroupsNames();
782   if(it==_groups.end())
783     {
784       std::ostringstream oss; oss << "No such groupname \"" << oldName << "\" !\nAvailable groups are :";
785       std::copy(grps.begin(),grps.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
786       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
787     }
788   std::string nname(newName);
789   std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it2=_groups.find(nname);
790   if(it2!=_groups.end())
791     {
792       std::ostringstream oss; oss << "Such groupname \"" << newName << "\" already exists ! Kill it before !";
793       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
794     }
795   std::vector<std::string> cpy=(*it).second;
796   _groups.erase(it);
797   _groups[newName]=cpy;
798 }
799
800 /*!
801  * Changes an id of a family in \a this mesh. 
802  * This method calls changeFamilyIdArr().
803  *  \param [in] oldId - a current id of the family.
804  *  \param [in] newId - a new family id.
805  */
806 void MEDFileMesh::changeFamilyId(int oldId, int newId)
807 {
808   changeFamilyIdArr(oldId,newId);
809   std::map<std::string,int> fam2;
810   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
811     {
812       if((*it).second==oldId)
813         fam2[(*it).first]=newId;
814       else
815         fam2[(*it).first]=(*it).second;
816     }
817   _families=fam2;
818 }
819
820 /*!
821  * Renames a family in \a this mesh.
822  *  \param [in] oldName - a current name of the family to rename.
823  *  \param [in] newName - a new family name.
824  *  \throw If no family named \a oldName exists in \a this mesh.
825  *  \throw If a family named \a newName already exists.
826  */
827 void MEDFileMesh::changeFamilyName(const std::string& oldName, const std::string& newName)
828 {
829   std::string oname(oldName);
830   std::map<std::string, int >::iterator it=_families.find(oname);
831   std::vector<std::string> fams=getFamiliesNames();
832   if(it==_families.end())
833     {
834       std::ostringstream oss; oss << "No such familyname \"" << oldName << "\" !\nAvailable families are :";
835       std::copy(fams.begin(),fams.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
836       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
837     }
838   std::string nname(newName);
839   std::map<std::string, int >::iterator it2=_families.find(nname);
840   if(it2!=_families.end())
841     {
842       std::ostringstream oss; oss << "Such familyname \"" << newName << " already exists ! Kill it before !";
843       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
844     }
845   int cpy=(*it).second;
846   _families.erase(it);
847   _families[newName]=cpy;
848   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it3=_groups.begin();it3!=_groups.end();it3++)
849     {
850       std::vector<std::string>& v=(*it3).second;
851       std::vector<std::string>::iterator it4=std::find(v.begin(),v.end(),oname);
852       if(it4!=v.end())
853         (*it4)=nname;
854     }
855 }
856
857 /*!
858  * Checks if \a this and another mesh contains the same families.
859  *  \param [in] other - the mesh to compare with \a this one.
860  *  \param [in,out] what - an unused parameter.
861  *  \return bool - \c true if number of families and their ids are the same in the two
862  *          meshes. Families with the id == \c 0 are not considered.
863  */
864 bool MEDFileMesh::areFamsEqual(const MEDFileMesh *other, std::string& what) const
865 {
866   if(_families==other->_families)
867     return true;
868   std::map<std::string,int> fam0;
869   std::map<std::string,int> fam1;
870   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
871     if((*it).second!=0)
872       fam0[(*it).first]=(*it).second;
873   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=other->_families.begin();it!=other->_families.end();it++)
874     if((*it).second!=0)
875       fam1[(*it).first]=(*it).second;
876   return fam0==fam1;
877 }
878
879 /*!
880  * Checks if \a this and another mesh contains the same groups.
881  *  \param [in] other - the mesh to compare with \a this one.
882  *  \param [in,out] what - a string describing a difference of groups of the two meshes
883  *          in case if this method returns \c false.
884  *  \return bool - \c true if number of groups and families constituting them are the
885  *          same in the two meshes.
886  */
887 bool MEDFileMesh::areGrpsEqual(const MEDFileMesh *other, std::string& what) const
888 {
889   if(_groups==other->_groups)
890     return true;
891   bool ret=true;
892   std::size_t sz=_groups.size();
893   if(sz!=other->_groups.size())
894     {
895       what="Groups differ because not same number !\n";
896       ret=false;
897     }
898   if(ret)
899     {
900       std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it1=_groups.begin();
901       for(std::size_t i=0;i<sz && ret;i++,it1++)
902         {
903           std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it2=other->_groups.find((*it1).first);
904           if(it2!=other->_groups.end())
905             {
906               std::set<std::string> s1((*it1).second.begin(),(*it1).second.end());
907               std::set<std::string> s2((*it2).second.begin(),(*it2).second.end());
908               ret=(s1==s2);
909             }
910           else
911             {
912               ret=false;
913               what="A group in first mesh exists not in other !\n";
914             }
915         }
916     }
917   if(!ret)
918     {
919       std::ostringstream oss; oss << "Groups description differs :\n";
920       oss << "First group description :\n";
921       for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=_groups.begin();it!=_groups.end();it++)
922         {
923           oss << " Group \"" << (*it).first << "\" on following families :\n";
924           for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=(*it).second.begin();it2!=(*it).second.end();it2++)
925             oss << "    \"" << *it2 << "\n";
926         }
927       oss << "Second group description :\n";
928       for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=other->_groups.begin();it!=other->_groups.end();it++)
929         {
930           oss << " Group \"" << (*it).first << "\" on following families :\n";
931           for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=(*it).second.begin();it2!=(*it).second.end();it2++)
932             oss << "    \"" << *it2 << "\n";
933         }
934       what+=oss.str();
935     }
936   return ret;
937 }
938
939 /*!
940  * Checks if a group with a given name exists in \a this mesh.
941  *  \param [in] groupName - the group name.
942  *  \return bool - \c true the group \a groupName exists in \a this mesh.
943  */
944 bool MEDFileMesh::existsGroup(const std::string& groupName) const
945 {
946   std::string grpName(groupName);
947   return _groups.find(grpName)!=_groups.end();
948 }
949
950 /*!
951  * Checks if a family with a given id exists in \a this mesh.
952  *  \param [in] famId - the family id.
953  *  \return bool - \c true the family with the id \a famId exists in \a this mesh.
954  */
955 bool MEDFileMesh::existsFamily(int famId) const
956 {
957   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it2=_families.begin();it2!=_families.end();it2++)
958     if((*it2).second==famId)
959       return true;
960   return false;
961 }
962
963 /*!
964  * Checks if a family with a given name exists in \a this mesh.
965  *  \param [in] familyName - the family name.
966  *  \return bool - \c true the family \a familyName exists in \a this mesh.
967  */
968 bool MEDFileMesh::existsFamily(const std::string& familyName) const
969 {
970   std::string fname(familyName);
971   return _families.find(fname)!=_families.end();
972 }
973
974 /*!
975  * Sets an id of a family.
976  *  \param [in] familyName - the family name.
977  *  \param [in] id - a new id of the family.
978  */
979 void MEDFileMesh::setFamilyId(const std::string& familyName, int id)
980 {
981   std::string fname(familyName);
982   _families[fname]=id;
983 }
984
985 void MEDFileMesh::setFamilyIdUnique(const std::string& familyName, int id)
986 {
987   std::string fname(familyName);
988   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
989     if((*it).second==id)
990       {
991         if((*it).first!=familyName)
992           {
993             std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::setFamilyIdUnique : Family id #" << id << " is already belonging to family with name \"" << (*it).first << "\" !";
994             throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
995           }
996       }
997   _families[fname]=id;
998 }
999
1000 /*!
1001  * Adds a family to \a this mesh.
1002  *  \param [in] familyName - a name of the family.
1003  *  \param [in] famId - an id of the family.
1004  *  \throw If a family with the same name or id already exists in \a this mesh.
1005  */
1006 void MEDFileMesh::addFamily(const std::string& familyName, int famId)
1007 {
1008   std::string fname(familyName);
1009   std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.find(fname);
1010   if(it==_families.end())
1011     {
1012       for(std::map<std::string,int>::const_iterator it2=_families.begin();it2!=_families.end();it2++)
1013         if((*it2).second==famId)
1014           {
1015             std::ostringstream oss;
1016             oss << "MEDFileMesh::addFamily : Family \"" << (*it2).first << "\" already exists with specified id : " << famId << " !";
1017             throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1018           }
1019       _families[fname]=famId;
1020     }
1021   else
1022     {
1023       if((*it).second!=famId)
1024         {
1025           std::ostringstream oss;
1026           oss << "MEDFileMesh::addFamily : Family \"" << fname << "\" already exists but has id set to " << (*it).second << " different from asked famId " << famId << " !";
1027           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1028         }
1029     }
1030 }
1031
1032 /*!
1033  * Creates a group including all mesh entities of given dimension.
1034  * \warning This method does \b not guarantee that the created group includes mesh
1035  * entities of only \a meshDimRelToMaxExt dimension in the case if some family id is
1036  * present in family fields of different dimensions. To assure this, call
1037  * ensureDifferentFamIdsPerLevel() \b before calling this method.
1038  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - a relative dimension of mesh entities to include to
1039  *          the group.
1040  *  \param [in] groupName - a name of the new group.
1041  *  \throw If a group named \a groupName already exists.
1042  *  \throw If no mesh entities of dimension \a meshDimRelToMaxExt exist in \a this mesh.
1043  *  \throw If no family field of dimension \a meshDimRelToMaxExt is present in \a this mesh.
1044  */
1045 void MEDFileMesh::createGroupOnAll(int meshDimRelToMaxExt, const std::string& groupName)
1046 {
1047   std::string grpName(groupName);
1048   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevelsExt();
1049   if(std::find(levs.begin(),levs.end(),meshDimRelToMaxExt)==levs.end())
1050     {
1051       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::createGroupOnAll : The relative ext dimension " << meshDimRelToMaxExt << " is not available !" << std::endl;
1052       oss << "Available relative ext levels are : ";
1053       std::copy(levs.begin(),levs.end(),std::ostream_iterator<int>(oss," "));
1054       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1055     }
1056   if(existsGroup(groupName))
1057     {
1058       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::createGroupOnAll : The groups \"" << grpName << "\" already exists in this !" << std::endl;
1059       oss << "Already existing groups are : ";
1060       std::copy(levs.begin(),levs.end(),std::ostream_iterator<int>(oss," "));
1061       oss << std::endl << "Please choose an another group name or call removeGroup(\"" << grpName << "\") method !";
1062       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1063     }
1064   const DataArrayInt *fieldFamIds=getFamilyFieldAtLevel(meshDimRelToMaxExt);
1065   if(fieldFamIds==0)
1066     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::createGroupOnAll : Family field arr ids is not defined for this level !");
1067   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famIds=fieldFamIds->getDifferentValues();
1068   std::vector<std::string> familiesOnWholeGroup;
1069   for(const int *it=famIds->begin();it!=famIds->end();it++)
1070     {
1071       bool tmp;
1072       familiesOnWholeGroup.push_back(findOrCreateAndGiveFamilyWithId(*it,tmp));
1073     }
1074   _groups[grpName]=familiesOnWholeGroup;
1075 }
1076
1077 /*!
1078  * Ensures that given family ids do not present in family fields of dimensions different
1079  * than given ones. If a family id is present in the family fields of dimensions different
1080  * than the given ones, a new family is created and the whole data is updated accordingly.
1081  *  \param [in] famIds - a sequence of family ids to check.
1082  *  \param [in] vMeshDimRelToMaxExt - a sequence of relative dimensions to which the \a
1083  *          famIds should exclusively belong.
1084  *  \return bool - \c true if no modification is done in \a this mesh by this method.
1085  */
1086 bool MEDFileMesh::keepFamIdsOnlyOnLevs(const std::vector<int>& famIds, const std::vector<int>& vMeshDimRelToMaxExt)
1087 {
1088   std::set<int> levsInput(vMeshDimRelToMaxExt.begin(),vMeshDimRelToMaxExt.end());
1089   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevelsExt();
1090   std::set<int> levs2(levs.begin(),levs.end());
1091   std::vector<int> levsToTest;
1092   std::set_difference(levs2.begin(),levs2.end(),levsInput.begin(),levsInput.end(),std::back_insert_iterator< std::vector<int> >(levsToTest));
1093   std::set<int> famIds2(famIds.begin(),famIds.end());
1094   bool ret=true;
1095   int maxFamId=1;
1096   if(!_families.empty())
1097     maxFamId=getMaxFamilyId()+1;
1098   std::vector<std::string> allFams=getFamiliesNames();
1099   for(std::vector<int>::const_iterator it=levsToTest.begin();it!=levsToTest.end();it++)
1100     {
1101       const DataArrayInt *fieldFamIds=getFamilyFieldAtLevel(*it);
1102       if(fieldFamIds)
1103         {
1104           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famIds3=fieldFamIds->getDifferentValues();
1105           std::vector<int> tmp;
1106           std::set_intersection(famIds3->begin(),famIds3->end(),famIds2.begin(),famIds2.end(),std::back_insert_iterator< std::vector<int> >(tmp));
1107           for(std::vector<int>::const_iterator it2=tmp.begin();it2!=tmp.end();it2++)
1108             {
1109               ret=false;
1110               std::string famName=getFamilyNameGivenId(*it2);
1111               std::ostringstream oss; oss << "Family_" << maxFamId;
1112               std::string zeName=CreateNameNotIn(oss.str(),allFams);
1113               addFamilyOnAllGroupsHaving(famName,zeName);
1114               _families[zeName]=maxFamId;
1115               (const_cast<DataArrayInt *>(fieldFamIds))->changeValue(*it2,maxFamId);
1116               maxFamId++;
1117             }
1118         }
1119     }
1120   return ret;
1121 }
1122
1123 /*!
1124  * Adds a family to a given group in \a this mesh. If the group with a given name does
1125  * not exist, it is created.
1126  *  \param [in] grpName - the name of the group to add the family in.
1127  *  \param [in] famName - the name of the family to add to the group named \a grpName.
1128  *  \throw If \a grpName or \a famName is an empty string.
1129  *  \throw If no family named \a famName is present in \a this mesh.
1130  */
1131 void MEDFileMesh::addFamilyOnGrp(const std::string& grpName, const std::string& famName)
1132 {
1133   std::string grpn(grpName);
1134   std::string famn(famName);
1135   if(grpn.empty() || famn.empty())
1136     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::addFamilyOnGrp : input strings must be non null !");
1137   std::vector<std::string> fams=getFamiliesNames();
1138   if(std::find(fams.begin(),fams.end(),famn)==fams.end())
1139     {
1140       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::addFamilyOnGrp : Family \"" << famn << "\" does not exist !" << std::endl;
1141       oss << "Create this family or choose an existing one ! Existing fams are : ";
1142       std::copy(fams.begin(),fams.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," ")); oss << ".";
1143       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1144     }
1145   std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it=_groups.find(grpn);
1146   if(it==_groups.end())
1147     {
1148       _groups[grpn].push_back(famn);
1149     }
1150   else
1151     {
1152       std::vector<std::string>::iterator it2=std::find((*it).second.begin(),(*it).second.end(),famn);
1153       if(it2==(*it).second.end())
1154         (*it).second.push_back(famn);
1155     }
1156 }
1157
1158 /*!
1159  * This method adds to all groups lying on family with name 'famName' the other family name 'otherFamName'.
1160  * This method is quite underground because it can lead to unconsistency because family 'otherFamName' is \b not added into _families.
1161  * This method is used by MEDFileMesh::keepFamIdsOnlyOnLevs method.
1162  */
1163 void MEDFileMesh::addFamilyOnAllGroupsHaving(const std::string& famName, const std::string& otherFamName)
1164 {
1165   std::string famNameCpp(famName);
1166   std::string otherCpp(otherFamName);
1167   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it=_groups.begin();it!=_groups.end();it++)
1168     {
1169       std::vector<std::string>& v=(*it).second;
1170       if(std::find(v.begin(),v.end(),famNameCpp)!=v.end())
1171         {
1172           v.push_back(otherCpp);
1173         }
1174     }
1175 }
1176
1177 /*!
1178  * \param [in] ids ids and group name of the new group to add. The ids should be sorted and different each other (MED file norm).
1179  * \parma [in,out] famArr family array on level of interest to be renumbered. The input pointer should be not \c NULL (no check of that will be performed)
1180  */
1181 void MEDFileMesh::addGroupUnderground(bool isNodeGroup, const DataArrayInt *ids, DataArrayInt *famArr)
1182 {
1183   if(!ids)
1184     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::addGroup : NULL pointer in input !");
1185   std::string grpName(ids->getName());
1186   if(grpName.empty())
1187     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::addGroup : empty group name ! MED file format do not accept empty group name !");
1188   ids->checkStrictlyMonotonic(true);
1189   famArr->incrRef(); MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famArrTmp(famArr);
1190   std::vector<std::string> grpsNames=getGroupsNames();
1191   if(std::find(grpsNames.begin(),grpsNames.end(),grpName)!=grpsNames.end())
1192     {
1193       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::addGroup : Group with name \"" << grpName << "\" already exists ! Destroy it before calling this method !";
1194       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1195     }
1196   std::list< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > allFamIds(getAllNonNullFamilyIds());
1197   allFamIds.erase(std::find(allFamIds.begin(),allFamIds.end(),famArrTmp));
1198   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famIds=famArr->selectByTupleIdSafe(ids->begin(),ids->end());
1199   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> diffFamIds=famIds->getDifferentValues();
1200   std::vector<int> familyIds;
1201   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > idsPerfamiliyIds;
1202   int maxVal=getTheMaxAbsFamilyId()+1;
1203   std::map<std::string,int> families(_families);
1204   std::map<std::string, std::vector<std::string> > groups(_groups);
1205   std::vector<std::string> fams;
1206   bool created(false);
1207   for(const int *famId=diffFamIds->begin();famId!=diffFamIds->end();famId++)
1208     {
1209       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ids2Tmp=famIds->getIdsEqual(*famId);
1210       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ids2=ids->selectByTupleId(ids2Tmp->begin(),ids2Tmp->end());
1211       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ids1=famArr->getIdsEqual(*famId);
1212       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret0(ids1->buildSubstractionOptimized(ids2));
1213       if(ret0->empty())
1214         {
1215           bool isFamPresent=false;
1216           for(std::list< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> >::const_iterator itl=allFamIds.begin();itl!=allFamIds.end() && !isFamPresent;itl++)
1217             isFamPresent=(*itl)->presenceOfValue(*famId);
1218           if(!isFamPresent)
1219             { familyIds.push_back(*famId); idsPerfamiliyIds.push_back(ret0); fams.push_back(FindOrCreateAndGiveFamilyWithId(families,*famId,created)); } // adding *famId in grp
1220           else
1221             {
1222               familyIds.push_back(isNodeGroup?maxVal:-maxVal); idsPerfamiliyIds.push_back(ids2);
1223               std::string locFamName=FindOrCreateAndGiveFamilyWithId(families,isNodeGroup?maxVal:-maxVal,created);
1224               fams.push_back(locFamName);
1225               if(existsFamily(*famId))
1226                 {
1227                   std::string locFamName2=getFamilyNameGivenId(*famId); std::vector<std::string> v(2); v[0]=locFamName2; v[1]=locFamName;
1228                   ChangeAllGroupsContainingFamily(groups,getFamilyNameGivenId(*famId),v);
1229                 }
1230               maxVal++;
1231             } // modifying all other groups on *famId to lie on maxVal and lie the grp on maxVal
1232         }
1233       else
1234         {
1235           familyIds.push_back(isNodeGroup?maxVal:-maxVal); idsPerfamiliyIds.push_back(ret0); // modifying all other groups on *famId to lie on maxVal and on maxVal+1
1236           familyIds.push_back(isNodeGroup?maxVal+1:-maxVal-1); idsPerfamiliyIds.push_back(ids2);//grp lie only on maxVal+1
1237           std::string n2(FindOrCreateAndGiveFamilyWithId(families,isNodeGroup?maxVal+1:-maxVal-1,created)); fams.push_back(n2);
1238           if(existsFamily(*famId))
1239             {
1240               std::string n1(FindOrCreateAndGiveFamilyWithId(families,isNodeGroup?maxVal:-maxVal,created)); std::vector<std::string> v(2); v[0]=n1; v[1]=n2;
1241               ChangeAllGroupsContainingFamily(groups,getFamilyNameGivenId(*famId),v);
1242             }
1243           maxVal+=2;
1244         }
1245     }
1246   for(std::size_t i=0;i<familyIds.size();i++)
1247     {
1248       DataArrayInt *da=idsPerfamiliyIds[i];
1249       famArr->setPartOfValuesSimple3(familyIds[i],da->begin(),da->end(),0,1,1);
1250     }
1251   _families=families;
1252   _groups=groups;
1253   _groups[grpName]=fams;
1254 }
1255
1256 void MEDFileMesh::changeAllGroupsContainingFamily(const std::string& familyNameToChange, const std::vector<std::string>& newFamiliesNames)
1257 {
1258   ChangeAllGroupsContainingFamily(_groups,familyNameToChange,newFamiliesNames);
1259 }
1260
1261 void MEDFileMesh::ChangeAllGroupsContainingFamily(std::map<std::string, std::vector<std::string> >& groups, const std::string& familyNameToChange, const std::vector<std::string>& newFamiliesNames)
1262 {
1263   std::string fam(familyNameToChange);
1264   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it=groups.begin();it!=groups.end();it++)
1265     {
1266       std::vector<std::string>& fams((*it).second);
1267       std::vector<std::string>::iterator it2=std::find(fams.begin(),fams.end(),fam);
1268       if(it2!=fams.end())
1269         {
1270           fams.erase(it2);
1271           fams.insert(fams.end(),newFamiliesNames.begin(),newFamiliesNames.end());
1272         }
1273     }
1274 }
1275
1276 /*!
1277  * Returns a name of the family having a given id or, if no such a family exists, creates
1278  * a new uniquely named family and returns its name.
1279  *  \param [in] id - the id of the family whose name is required.
1280  *  \param [out] created - returns \c true if the new family has been created, \c false, else.
1281  *  \return std::string - the name of the existing or the created family.
1282  *  \throw If it is not possible to create a unique family name.
1283  */
1284 std::string MEDFileMesh::findOrCreateAndGiveFamilyWithId(int id, bool& created)
1285 {
1286   return FindOrCreateAndGiveFamilyWithId(_families,id,created);
1287 }
1288
1289 /*!
1290  * If it exists a family whose family id is equal to 'id' this method behaves as MEDFileMesh::getFamilyNameGivenId.
1291  * In this case, 'this' internal states remains unchanged and 'created' out parameter will be set to false.
1292  * If there is no family whose family id is equal to 'id' a family is created with a name different from those
1293  * already existing. In this case 'created' will be returned with a value set to true, and internal state
1294  * will be modified.
1295  * This method will throws an exception if it is not possible to create a unique family name.
1296  */
1297 std::string MEDFileMesh::FindOrCreateAndGiveFamilyWithId(std::map<std::string,int>& families, int id, bool& created)
1298 {
1299   std::vector<std::string> famAlreadyExisting(families.size());
1300   int ii=0;
1301   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=families.begin();it!=families.end();it++,ii++)
1302     {
1303       if((*it).second!=id)
1304         {
1305           famAlreadyExisting[ii]=(*it).first;
1306         }
1307       else
1308         {
1309           created=false;
1310           return (*it).first;
1311         }
1312     }
1313   created=true;
1314   std::ostringstream oss; oss << "Family_" << id;
1315   std::string ret=CreateNameNotIn(oss.str(),famAlreadyExisting);
1316   families[ret]=id;
1317   return ret;
1318 }
1319
1320 /*!
1321  * Sets names and ids of all families in \a this mesh.
1322  *  \param [in] info - a map of a family name to a family id.
1323  */
1324 void MEDFileMesh::setFamilyInfo(const std::map<std::string,int>& info)
1325 {
1326   _families=info;
1327 }
1328
1329 /*!
1330  * Sets names of all groups and families constituting them in \a this mesh.
1331  *  \param [in] info - a map of a group name to a vector of names of families
1332  *          constituting the group.
1333  */
1334 void MEDFileMesh::setGroupInfo(const std::map<std::string, std::vector<std::string> >&info)
1335 {
1336   _groups=info;
1337 }
1338
1339 /*!
1340  * Returns an id of the family having a given name.
1341  *  \param [in] name - the name of the family of interest.
1342  *  \return int - the id of the family of interest.
1343  *  \throw If no family with such a \a name exists.
1344  */
1345 int MEDFileMesh::getFamilyId(const std::string& name) const
1346 {
1347   std::string oname(name);
1348   std::map<std::string, int>::const_iterator it=_families.find(oname);
1349   std::vector<std::string> fams=getFamiliesNames();
1350   if(it==_families.end())
1351     {
1352       std::ostringstream oss; oss << "No such familyname \"" << name << "\" !\nAvailable families are :";
1353       std::copy(fams.begin(),fams.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
1354       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1355     }
1356   return (*it).second;
1357 }
1358
1359 /*!
1360  * Returns ids of the families having given names.
1361  *  \param [in] fams - a sequence of the names of families of interest.
1362  *  \return std::vector<int> - a sequence of the ids of families of interest.
1363  *  \throw If \a fams contains a name of an inexistent family.
1364  */
1365 std::vector<int> MEDFileMesh::getFamiliesIds(const std::vector<std::string>& fams) const
1366 {
1367   std::vector<int> ret(fams.size());
1368   int i=0;
1369   for(std::vector<std::string>::const_iterator it=fams.begin();it!=fams.end();it++,i++)
1370     {
1371       std::map<std::string, int>::const_iterator it2=_families.find(*it);
1372       if(it2==_families.end())
1373         {
1374           std::vector<std::string> fams2=getFamiliesNames();
1375           std::ostringstream oss; oss << "No such familyname \"" << *it << "\" in input list !\nAvailable families are :";
1376           std::copy(fams2.begin(),fams2.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
1377           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1378         }
1379       ret[i]=(*it2).second;
1380     }
1381   return ret;
1382 }
1383
1384 /*!
1385  * Returns a maximal abs(id) of families in \a this mesh.
1386  *  \return int - the maximal norm of family id.
1387  *  \throw If there are no families in \a this mesh.
1388  */
1389 int MEDFileMesh::getMaxAbsFamilyId() const
1390 {
1391   if(_families.empty())
1392     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::getMaxFamilyId : no families set !");
1393   int ret=-std::numeric_limits<int>::max();
1394   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1395     {
1396       ret=std::max(std::abs((*it).second),ret);
1397     }
1398   return ret;
1399 }
1400
1401 /*!
1402  * Returns a maximal id of families in \a this mesh.
1403  *  \return int - the maximal family id.
1404  *  \throw If there are no families in \a this mesh.
1405  */
1406 int MEDFileMesh::getMaxFamilyId() const
1407 {
1408   if(_families.empty())
1409     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::getMaxFamilyId : no families set !");
1410   int ret=-std::numeric_limits<int>::max();
1411   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1412     {
1413       ret=std::max((*it).second,ret);
1414     }
1415   return ret;
1416 }
1417
1418 /*!
1419  * Returns a minimal id of families in \a this mesh.
1420  *  \return int - the minimal family id.
1421  *  \throw If there are no families in \a this mesh.
1422  */
1423 int MEDFileMesh::getMinFamilyId() const
1424 {
1425   if(_families.empty())
1426     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::getMinFamilyId : no families set !");
1427   int ret=std::numeric_limits<int>::max();
1428   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1429     {
1430       ret=std::min((*it).second,ret);
1431     }
1432   return ret;
1433 }
1434
1435 /*!
1436  * Returns a maximal id of families in \a this mesh. Not only named families are
1437  * considered but all family fields as well.
1438  *  \return int - the maximal family id.
1439  */
1440 int MEDFileMesh::getTheMaxAbsFamilyId() const
1441 {
1442   int m1=-std::numeric_limits<int>::max();
1443   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1444     m1=std::max(std::abs((*it).second),m1);
1445   int m2=getMaxAbsFamilyIdInArrays();
1446   return std::max(m1,m2);
1447 }
1448
1449 /*!
1450  * Returns a maximal id of families in \a this mesh. Not only named families are
1451  * considered but all family fields as well.
1452  *  \return int - the maximal family id.
1453  */
1454 int MEDFileMesh::getTheMaxFamilyId() const
1455 {
1456   int m1=-std::numeric_limits<int>::max();
1457   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1458     m1=std::max((*it).second,m1);
1459   int m2=getMaxFamilyIdInArrays();
1460   return std::max(m1,m2);
1461 }
1462
1463 /*!
1464  * Returns a minimal id of families in \a this mesh. Not only named families are
1465  * considered but all family fields as well.
1466  *  \return int - the minimal family id.
1467  */
1468 int MEDFileMesh::getTheMinFamilyId() const
1469 {
1470   int m1=std::numeric_limits<int>::max();
1471   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1472     m1=std::min((*it).second,m1);
1473   int m2=getMinFamilyIdInArrays();
1474   return std::min(m1,m2);
1475 }
1476
1477 /*!
1478  * This method only considers the maps. The contain of family array is ignored here.
1479  * 
1480  * \sa MEDFileMesh::computeAllFamilyIdsInUse
1481  */
1482 DataArrayInt *MEDFileMesh::getAllFamiliesIdsReferenced() const
1483 {
1484   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
1485   std::set<int> v;
1486   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1487     v.insert((*it).second);
1488   ret->alloc((int)v.size(),1);
1489   std::copy(v.begin(),v.end(),ret->getPointer());
1490   return ret.retn();
1491 }
1492
1493 /*!
1494  * This method does not consider map of family name, family id. Only family field array on different levels is considered.
1495  * 
1496  * \sa MEDFileMesh::getAllFamiliesIdsReferenced
1497  */
1498 DataArrayInt *MEDFileMesh::computeAllFamilyIdsInUse() const
1499 {
1500   std::vector<int> famLevs=getFamArrNonEmptyLevelsExt();
1501   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret;
1502   for(std::vector<int>::const_iterator it=famLevs.begin();it!=famLevs.end();it++)
1503     {
1504       const DataArrayInt *arr=getFamilyFieldAtLevel(*it);//arr not null due to spec of getFamArrNonEmptyLevelsExt
1505       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> dv=arr->getDifferentValues();
1506       if((DataArrayInt *) ret)
1507         ret=dv->buildUnion(ret);
1508       else
1509         ret=dv;
1510     }
1511   return ret.retn();
1512 }
1513
1514 /*!
1515  * true is returned if no modification has been needed. false if family
1516  * renumbering has been needed.       
1517  */
1518 bool MEDFileMesh::ensureDifferentFamIdsPerLevel()
1519 {
1520   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevelsExt();
1521   std::set<int> allFamIds;
1522   int maxId=getMaxFamilyId()+1;
1523   std::map<int,std::vector<int> > famIdsToRenum;
1524   for(std::vector<int>::const_iterator it=levs.begin();it!=levs.end();it++)
1525     {
1526       const DataArrayInt *fam=getFamilyFieldAtLevel(*it);
1527       if(fam)
1528         {
1529           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp=fam->getDifferentValues();
1530           std::set<int> r2;
1531           std::set_intersection(tmp->begin(),tmp->end(),allFamIds.begin(),allFamIds.end(),std::inserter(r2,r2.end()));
1532           if(!r2.empty())
1533             famIdsToRenum[*it].insert(famIdsToRenum[*it].end(),r2.begin(),r2.end());
1534           std::set<int> r3;
1535           std::set_union(tmp->begin(),tmp->end(),allFamIds.begin(),allFamIds.end(),std::inserter(r3,r3.end()));
1536         }
1537     }
1538   if(famIdsToRenum.empty())
1539     return true;
1540   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> allIds=getAllFamiliesIdsReferenced();
1541   for(std::map<int,std::vector<int> >::const_iterator it2=famIdsToRenum.begin();it2!=famIdsToRenum.end();it2++)
1542     {
1543       DataArrayInt *fam=const_cast<DataArrayInt *>(getFamilyFieldAtLevel((*it2).first));
1544       int *famIdsToChange=fam->getPointer();
1545       std::map<int,int> ren;
1546       for(std::vector<int>::const_iterator it3=(*it2).second.begin();it3!=(*it2).second.end();it3++,maxId++)
1547         {
1548           if(allIds->presenceOfValue(*it3))
1549             {
1550               std::string famName=getFamilyNameGivenId(*it3);
1551               std::vector<std::string> grps=getGroupsOnFamily(famName);
1552               ren[*it3]=maxId;
1553               bool dummy;
1554               std::string newFam=findOrCreateAndGiveFamilyWithId(maxId,dummy);
1555               for(std::vector<std::string>::const_iterator it4=grps.begin();it4!=grps.end();it4++)
1556                 addFamilyOnGrp((*it4),newFam);
1557             }
1558         }
1559       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ids=fam->getIdsEqualList(&(*it2).second[0],&(*it2).second[0]+(*it2).second.size());
1560       for(const int *id=ids->begin();id!=ids->end();id++)
1561         famIdsToChange[*id]=ren[famIdsToChange[*id]];
1562     }
1563   return false;
1564 }
1565
1566 /*!
1567  * This method normalizes fam id with the policy explained underneath. This policy is close to those implemented in SMESH.
1568  * Level #0 famids > 0, Level #-1 famids < 0, Level #-2 famids=0, Level #1 famids=0
1569  * This policy is those used by SMESH and Trio and that is the opposite of those in MED file.
1570  * This method will throw an exception if a same family id is detected in different level.
1571  * \warning This policy is the opposite of those in MED file documentation ...
1572  */
1573 void MEDFileMesh::normalizeFamIdsTrio()
1574 {
1575   ensureDifferentFamIdsPerLevel();
1576   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> allIds=getAllFamiliesIdsReferenced();
1577   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevelsExt();
1578   std::set<int> levsS(levs.begin(),levs.end());
1579   std::set<std::string> famsFetched;
1580   std::map<std::string,int> families;
1581   if(std::find(levs.begin(),levs.end(),0)!=levs.end())
1582     {
1583       levsS.erase(0);
1584       const DataArrayInt *fam=getFamilyFieldAtLevel(0);
1585       if(fam)
1586         {
1587           int refId=1;
1588           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp=fam->getDifferentValues();
1589           std::map<int,int> ren;
1590           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++,refId++)
1591             ren[*it]=refId;
1592           int nbOfTuples=fam->getNumberOfTuples();
1593           int *start=const_cast<DataArrayInt *>(fam)->getPointer();
1594           for(int *w=start;w!=start+nbOfTuples;w++)
1595             *w=ren[*w];
1596           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++)
1597             {
1598               if(allIds->presenceOfValue(*it))
1599                 {
1600                   std::string famName=getFamilyNameGivenId(*it);
1601                   families[famName]=ren[*it];
1602                   famsFetched.insert(famName);
1603                 }
1604             }
1605         }
1606     }
1607   if(std::find(levs.begin(),levs.end(),-1)!=levs.end())
1608     {
1609       levsS.erase(-1);
1610       const DataArrayInt *fam=getFamilyFieldAtLevel(-1);
1611       if(fam)
1612         {
1613           int refId=-1;
1614           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp=fam->getDifferentValues();
1615           std::map<int,int> ren;
1616           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++,refId--)
1617             ren[*it]=refId;
1618           int nbOfTuples=fam->getNumberOfTuples();
1619           int *start=const_cast<DataArrayInt *>(fam)->getPointer();
1620           for(int *w=start;w!=start+nbOfTuples;w++)
1621             *w=ren[*w];
1622           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++)
1623             {
1624               if(allIds->presenceOfValue(*it))
1625                 {
1626                   std::string famName=getFamilyNameGivenId(*it);
1627                   families[famName]=ren[*it];
1628                   famsFetched.insert(famName);
1629                 }
1630             }
1631         }
1632     }
1633   for(std::set<int>::const_iterator it2=levsS.begin();it2!=levsS.end();it2++)
1634     {
1635       DataArrayInt *fam=const_cast<DataArrayInt*>(getFamilyFieldAtLevel(*it2));
1636       if(fam)
1637         {
1638           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp=fam->getDifferentValues();
1639           fam->fillWithZero();
1640           for(const int *it3=tmp->begin();it3!=tmp->end();it3++)
1641             if(allIds->presenceOfValue(*it3))
1642               {
1643                 std::string famName=getFamilyNameGivenId(*it3);
1644                 families[famName]=0;
1645                 famsFetched.insert(famName);
1646               }
1647         }
1648     }
1649   //
1650   std::vector<std::string> allFams=getFamiliesNames();
1651   std::set<std::string> allFamsS(allFams.begin(),allFams.end());
1652   std::set<std::string> unFetchedIds;
1653   std::set_difference(allFamsS.begin(),allFamsS.end(),famsFetched.begin(),famsFetched.end(),std::inserter(unFetchedIds,unFetchedIds.end()));
1654   for(std::set<std::string>::const_iterator it4=unFetchedIds.begin();it4!=unFetchedIds.end();it4++)
1655     families[*it4]=_families[*it4];
1656   _families=families;
1657 }
1658
1659 /*!
1660  * This method normalizes fam id with the following policy.
1661  * Level #0 famids < 0, Level #-1 famids < 0 and for Level #1 famids >= 0
1662  * This policy is those defined in the MED file format but is the opposite of those implemented in SMESH and Trio.
1663  * This method will throw an exception if a same family id is detected in different level.
1664  */
1665 void MEDFileMesh::normalizeFamIdsMEDFile()
1666 {
1667   ensureDifferentFamIdsPerLevel();
1668   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> allIds=getAllFamiliesIdsReferenced();
1669   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevelsExt();
1670   std::set<int> levsS(levs.begin(),levs.end());
1671   std::set<std::string> famsFetched;
1672   std::map<std::string,int> families;
1673   int refId=1;
1674   if(std::find(levs.begin(),levs.end(),1)!=levs.end())
1675     {
1676       levsS.erase(1);
1677       const DataArrayInt *fam=getFamilyFieldAtLevel(1);
1678       if(fam)
1679         {
1680           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp=fam->getDifferentValues();
1681           std::map<int,int> ren;
1682           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++,refId++)
1683             ren[*it]=refId;
1684           int nbOfTuples=fam->getNumberOfTuples();
1685           int *start=const_cast<DataArrayInt *>(fam)->getPointer();
1686           for(int *w=start;w!=start+nbOfTuples;w++)
1687             *w=ren[*w];
1688           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++)
1689             {
1690               if(allIds->presenceOfValue(*it))
1691                 {
1692                   std::string famName=getFamilyNameGivenId(*it);
1693                   families[famName]=ren[*it];
1694                   famsFetched.insert(famName);
1695                 }
1696             }
1697         }
1698     }
1699   refId=-1;
1700   for(std::set<int>::const_reverse_iterator it2=levsS.rbegin();it2!=levsS.rend();it2++)
1701     {
1702       const DataArrayInt *fam=getFamilyFieldAtLevel(*it2);
1703       if(fam)
1704         {
1705           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp=fam->getDifferentValues();
1706           std::map<int,int> ren;
1707           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++,refId--)
1708             ren[*it]=refId;
1709           int nbOfTuples=fam->getNumberOfTuples();
1710           int *start=const_cast<DataArrayInt *>(fam)->getPointer();
1711           for(int *w=start;w!=start+nbOfTuples;w++)
1712             *w=ren[*w];
1713           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++)
1714             {
1715               if(allIds->presenceOfValue(*it))
1716                 {
1717                   std::string famName=getFamilyNameGivenId(*it);
1718                   families[famName]=ren[*it];
1719                   famsFetched.insert(famName);
1720                 }
1721             }
1722         }
1723     }
1724   //
1725   std::vector<std::string> allFams=getFamiliesNames();
1726   std::set<std::string> allFamsS(allFams.begin(),allFams.end());
1727   std::set<std::string> unFetchedIds;
1728   std::set_difference(allFamsS.begin(),allFamsS.end(),famsFetched.begin(),famsFetched.end(),std::inserter(unFetchedIds,unFetchedIds.end()));
1729   for(std::set<std::string>::const_iterator it4=unFetchedIds.begin();it4!=unFetchedIds.end();it4++)
1730     families[*it4]=_families[*it4];
1731   _families=families;
1732 }
1733
1734 /*!
1735  * Returns a name of the family by its id. If there are several families having the given
1736  * id, the name first in lexical order is returned.
1737  *  \param [in] id - the id of the family whose name is required.
1738  *  \return std::string - the name of the found family.
1739  *  \throw If no family with the given \a id exists.
1740  */
1741 std::string MEDFileMesh::getFamilyNameGivenId(int id) const
1742 {
1743   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1744     if((*it).second==id)
1745       return (*it).first;
1746   std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::getFamilyNameGivenId : no such family id : " << id;
1747   throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1748 }
1749
1750 /*!
1751  * Returns a string describing \a this mesh. This description includes the mesh name and
1752  * the mesh description string.
1753  *  \return std::string - the mesh information string.
1754  */
1755 std::string MEDFileMesh::simpleRepr() const
1756 {
1757   std::ostringstream oss;
1758   oss << "(*************************************)\n(* GENERAL INFORMATION ON THE MESH : *)\n(*************************************)\n";
1759   oss << "- Name of the mesh : <<" << getName() << ">>\n";
1760   oss << "- Description associated to the mesh : " << getDescription() << std::endl;
1761   return oss.str();
1762 }
1763
1764 /*!
1765  * This method is nearly like getFamilyFieldAtLevel method. Except that if the array does not exist at the specified level \a meshDimRelToMaxExt
1766  * an empty one is created.
1767  */
1768 DataArrayInt *MEDFileMesh::getOrCreateAndGetFamilyFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt)
1769 {
1770   DataArrayInt *ret(getFamilyFieldAtLevel(meshDimRelToMaxExt));
1771   if(ret)
1772     return ret;
1773   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> arr(DataArrayInt::New());
1774   arr->alloc(getSizeAtLevel(meshDimRelToMaxExt),1);
1775   arr->fillWithZero();
1776   setFamilyFieldArr(meshDimRelToMaxExt,arr);
1777   return getFamilyFieldAtLevel(meshDimRelToMaxExt);
1778 }
1779
1780 /*!
1781  * Returns ids of mesh entities contained in a given group of a given dimension.
1782  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - a relative dimension of the mesh entities whose ids
1783  *          are required.
1784  *  \param [in] grp - the name of the group of interest.
1785  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of entities, if available, are
1786  *          returned instead of ids. 
1787  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
1788  *          numbers, if available and required, of mesh entities of the group. The caller
1789  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
1790  *  \throw If the name of a nonexistent group is specified.
1791  *  \throw If the family field is missing for \a meshDimRelToMaxExt.
1792  */
1793 DataArrayInt *MEDFileMesh::getGroupArr(int meshDimRelToMaxExt, const std::string& grp, bool renum) const
1794 {
1795   std::vector<std::string> tmp(1);
1796   tmp[0]=grp;
1797   DataArrayInt *ret=getGroupsArr(meshDimRelToMaxExt,tmp,renum);
1798   ret->setName(grp);
1799   return ret;
1800 }
1801
1802 /*!
1803  * Returns ids of mesh entities contained in given groups of a given dimension.
1804  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - a relative dimension of the mesh entities whose ids
1805  *          are required.
1806  *  \param [in] grps - the names of the groups of interest.
1807  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of entities, if available, are
1808  *          returned instead of ids.
1809  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
1810  *          numbers, if available and required, of mesh entities of the groups. The caller
1811  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
1812  *  \throw If the name of a nonexistent group is present in \a grps.
1813  *  \throw If the family field is missing for \a meshDimRelToMaxExt.
1814  */
1815 DataArrayInt *MEDFileMesh::getGroupsArr(int meshDimRelToMaxExt, const std::vector<std::string>& grps, bool renum) const
1816 {
1817   std::vector<std::string> fams2=getFamiliesOnGroups(grps);
1818   return getFamiliesArr(meshDimRelToMaxExt,fams2,renum);
1819 }
1820
1821 /*!
1822  * Returns ids of mesh entities contained in a given family of a given dimension.
1823  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - a relative dimension of the mesh entities whose ids
1824  *          are required.
1825  *  \param [in] fam - the name of the family of interest.
1826  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of entities, if available, are
1827  *          returned instead of ids. 
1828  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
1829  *          numbers, if available and required, of mesh entities of the family. The caller
1830  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
1831  *  \throw If the family field is missing for \a meshDimRelToMaxExt.
1832  */
1833 DataArrayInt *MEDFileMesh::getFamilyArr(int meshDimRelToMaxExt, const std::string& fam, bool renum) const
1834 {
1835   std::vector<std::string> tmp(1);
1836   tmp[0]=fam;
1837   DataArrayInt *ret=getFamiliesArr(meshDimRelToMaxExt,tmp,renum);
1838   ret->setName(fam);
1839   return ret;
1840 }
1841
1842 /*!
1843  * Returns ids of nodes contained in a given group.
1844  *  \param [in] grp - the name of the group of interest.
1845  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of nodes, if available, are
1846  *          returned instead of ids. 
1847  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
1848  *          numbers, if available and required, of nodes of the group. The caller
1849  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
1850  *  \throw If the name of a nonexistent group is specified.
1851  *  \throw If the family field is missing for nodes.
1852  */
1853 DataArrayInt *MEDFileMesh::getNodeGroupArr(const std::string& grp, bool renum) const
1854 {
1855   std::vector<std::string> tmp(1);
1856   tmp[0]=grp;
1857   DataArrayInt *ret=getNodeGroupsArr(tmp,renum);
1858   ret->setName(grp);
1859   return ret;
1860 }
1861
1862 /*!
1863  * Returns ids of nodes contained in given groups.
1864  *  \param [in] grps - the names of the groups of interest.
1865  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of nodes, if available, are
1866  *          returned instead of ids. 
1867  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
1868  *          numbers, if available and required, of nodes of the groups. The caller
1869  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
1870  *  \throw If the name of a nonexistent group is present in \a grps.
1871  *  \throw If the family field is missing for nodes.
1872  */
1873 DataArrayInt *MEDFileMesh::getNodeGroupsArr(const std::vector<std::string>& grps, bool renum) const
1874 {
1875   return getGroupsArr(1,grps,renum);
1876 }
1877
1878 /*!
1879  * Returns ids of nodes contained in a given group.
1880  *  \param [in] grp - the name of the group of interest.
1881  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of nodes, if available, are
1882  *          returned instead of ids. 
1883  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
1884  *          numbers, if available and required, of nodes of the group. The caller
1885  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
1886  *  \throw If the name of a nonexistent group is specified.
1887  *  \throw If the family field is missing for nodes.
1888  */
1889 DataArrayInt *MEDFileMesh::getNodeFamilyArr(const std::string& fam, bool renum) const
1890 {
1891   std::vector<std::string> tmp(1);
1892   tmp[0]=fam;
1893   DataArrayInt *ret=getNodeFamiliesArr(tmp,renum);
1894   ret->setName(fam);
1895   return ret;
1896 }
1897
1898 /*!
1899  * Returns ids of nodes contained in given families.
1900  *  \param [in] fams - the names of the families of interest.
1901  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of nodes, if available, are
1902  *          returned instead of ids. 
1903  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
1904  *          numbers, if available and required, of nodes of the families. The caller
1905  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
1906  *  \throw If the family field is missing for nodes.
1907  */
1908 DataArrayInt *MEDFileMesh::getNodeFamiliesArr(const std::vector<std::string>& fams, bool renum) const
1909 {
1910   return getFamiliesArr(1,fams,renum);
1911 }
1912
1913 /*!
1914  * Adds groups of given dimension and creates corresponding families and family fields
1915  * given ids of mesh entities of each group.
1916  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative mesh dimension of given mesh entities.
1917  *  \param [in] grps - a sequence of arrays of ids each describing a group.
1918  *  \param [in] renum - \c true means that \a grps contains not ids but optional numbers
1919  *          of mesh entities.
1920  *  \throw If names of some groups in \a grps are equal.
1921  *  \throw If \a grps includes a group with an empty name.
1922  *  \throw If \a grps includes invalid ids (or numbers if \a renum == \c true ).
1923  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
1924  */
1925 void MEDFileMesh::setGroupsAtLevel(int meshDimRelToMaxExt, const std::vector<const DataArrayInt *>& grps, bool renum)
1926 {
1927   if(grps.empty())
1928     return ;
1929   std::set<std::string> grpsName;
1930   std::vector<std::string> grpsName2(grps.size());
1931   int i=0;
1932
1933   for(std::vector<const DataArrayInt *>::const_iterator it=grps.begin();it!=grps.end();it++,i++)
1934     {
1935       grpsName.insert((*it)->getName());
1936       grpsName2[i]=(*it)->getName();
1937     }
1938   if(grpsName.size()!=grps.size())
1939     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setGroupsAtLevel : groups name must be different each other !");
1940   if(grpsName.find(std::string(""))!=grpsName.end())
1941     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setGroupsAtLevel : groups name must be different empty string !");
1942   int sz=getSizeAtLevel(meshDimRelToMaxExt);
1943   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> fam;
1944   std::vector< std::vector<int> > fidsOfGroups;
1945   if(!renum)
1946     {
1947       fam=DataArrayInt::MakePartition(grps,sz,fidsOfGroups);
1948     }
1949   else
1950     {
1951       std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > grps2(grps.size());
1952       for(unsigned int ii=0;ii<grps.size();ii++)
1953         {
1954           grps2[ii]=MEDFileUMeshSplitL1::Renumber(getRevNumberFieldAtLevel(meshDimRelToMaxExt),grps[ii]);
1955           grps2[ii]->setName(grps[ii]->getName());
1956         }
1957       std::vector<const DataArrayInt *> grps3(grps2.begin(),grps2.end());
1958       fam=DataArrayInt::MakePartition(grps3,sz,fidsOfGroups);
1959     }
1960   int offset=1;
1961   if(!_families.empty())
1962     offset=getMaxAbsFamilyId()+1;
1963   TranslateFamilyIds(meshDimRelToMaxExt==1?offset:-offset,fam,fidsOfGroups);
1964   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ids=fam->getDifferentValues();
1965   appendFamilyEntries(ids,fidsOfGroups,grpsName2);
1966   setFamilyFieldArr(meshDimRelToMaxExt,fam);
1967 }
1968
1969 /*!
1970  * This method append into '_families' attribute the families whose ids are in 'famIds'. Warning 'famIds' are expected to be ids
1971  * not in '_families'. Groups information are given in parameters in order to give to families representative names.
1972  * For the moment, the two last input parameters are not taken into account.
1973  */
1974 void MEDFileMesh::appendFamilyEntries(const DataArrayInt *famIds, const std::vector< std::vector<int> >& fidsOfGrps, const std::vector<std::string>& grpNames)
1975 {
1976   std::map<int,std::string> famInv;
1977   for(const int *it=famIds->begin();it!=famIds->end();it++)
1978     {
1979       std::ostringstream oss;
1980       oss << "Family_" << (*it);
1981       _families[oss.str()]=(*it);
1982       famInv[*it]=oss.str();
1983     }
1984   int i=0;
1985   for(std::vector< std::vector<int> >::const_iterator it1=fidsOfGrps.begin();it1!=fidsOfGrps.end();it1++,i++)
1986     {
1987       for(std::vector<int>::const_iterator it2=(*it1).begin();it2!=(*it1).end();it2++)
1988         {
1989           _groups[grpNames[i]].push_back(famInv[*it2]);
1990         }
1991     }
1992 }
1993
1994 std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> MEDFileMesh::getAllGeoTypes() const
1995 {
1996   std::vector<int> levs(getNonEmptyLevels());
1997   std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> ret;
1998   for(std::vector<int>::const_iterator it=levs.begin();it!=levs.end();it++)
1999     {
2000       std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> elts(getGeoTypesAtLevel(*it));
2001       ret.insert(ret.end(),elts.begin(),elts.end());
2002     }
2003   return ret;
2004 }
2005
2006 std::vector<int> MEDFileMesh::getDistributionOfTypes(int meshDimRelToMax) const
2007 {
2008   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingMesh> mLev(getMeshAtLevel(meshDimRelToMax));
2009   return mLev->getDistributionOfTypes();
2010 }
2011
2012 void MEDFileMesh::loadLLWithAdditionalItems(med_idt fid, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2013 {
2014   loadLL(fid,mName,dt,it,mrs);
2015   loadJointsFromFile(fid);
2016   loadEquivalences(fid);
2017 }
2018
2019 void MEDFileMesh::TranslateFamilyIds(int offset, DataArrayInt *famArr, std::vector< std::vector<int> >& famIdsPerGrp)
2020 {
2021   famArr->applyLin(offset>0?1:-1,offset,0);
2022   for(std::vector< std::vector<int> >::iterator it1=famIdsPerGrp.begin();it1!=famIdsPerGrp.end();it1++)
2023     {
2024       if(offset<0)
2025         std::transform((*it1).begin(),(*it1).end(),(*it1).begin(),std::negate<int>());
2026       std::transform((*it1).begin(),(*it1).end(),(*it1).begin(),std::bind2nd(std::plus<int>(),offset));
2027     }
2028 }
2029
2030 /*!
2031  * Warning no check is done on 'nameTry' in parameter. It should be non empty.
2032  * This method returns a name close to 'nameTry' so that it is not already into 'namesToAvoid'.
2033  * If this method fails to find such a name it will throw an exception.
2034  */
2035 std::string MEDFileMesh::CreateNameNotIn(const std::string& nameTry, const std::vector<std::string>& namesToAvoid)
2036 {
2037   //attempt #0
2038   if(std::find(namesToAvoid.begin(),namesToAvoid.end(),nameTry)==namesToAvoid.end())
2039     return nameTry;
2040   //attempt #1
2041   std::size_t len=nameTry.length();
2042   for(std::size_t ii=1;ii<len;ii++)
2043     {
2044       std::string tmp=nameTry.substr(ii,len-ii);
2045       if(std::find(namesToAvoid.begin(),namesToAvoid.end(),tmp)==namesToAvoid.end())
2046         return tmp;
2047     }
2048   //attempt #2
2049   if(len>=1)
2050     {
2051       for(std::size_t i=1;i<30;i++)
2052         {
2053           std::string tmp1(nameTry.at(0),i);
2054           tmp1+=nameTry;
2055           if(std::find(namesToAvoid.begin(),namesToAvoid.end(),tmp1)==namesToAvoid.end())
2056             return tmp1;
2057         }
2058     }
2059   //attempt #3
2060   std::string tmp2;
2061   for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=namesToAvoid.begin();it2!=namesToAvoid.end();it2++)
2062     tmp2+=(*it2);
2063   if(std::find(namesToAvoid.begin(),namesToAvoid.end(),tmp2)==namesToAvoid.end())
2064     return tmp2;
2065   throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::CreateNameNotIn : impossible to find a not already used name !");
2066 }
2067
2068 int MEDFileMesh::PutInThirdComponentOfCodeOffset(std::vector<int>& code, int strt)
2069 {
2070   std::size_t nbOfChunks=code.size()/3;
2071   if(code.size()%3!=0)
2072     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::PutInThirdComponentOfCodeOffset : code has invalid size : should be of size 3*x !");
2073   int ret=strt;
2074   for(std::size_t i=0;i<nbOfChunks;i++)
2075     {
2076       code[3*i+2]=ret;
2077       ret+=code[3*i+1];
2078     }
2079   return ret;
2080 }
2081
2082 /*!
2083  * This method should be called by any set* method of subclasses to deal automatically with _name attribute.
2084  * If _name attribute is empty the name of 'm' if taken as _name attribute.
2085  * If _name is not empty and that 'm' has the same name nothing is done.
2086  * If _name is not emplt and that 'm' has \b NOT the same name an exception is thrown.
2087  */
2088 void MEDFileMesh::dealWithTinyInfo(const MEDCouplingMesh *m)
2089 {
2090   if(!m)
2091     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::dealWithTinyInfo : input mesh in NULL !");
2092   if(_name.empty())
2093     _name=m->getName();
2094   else
2095     {
2096       std::string name(m->getName());
2097       if(!name.empty())
2098         {
2099           if(_name!=name)
2100             {
2101               std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::dealWithTinyInfo : name of current MEDfile mesh is '" << _name << "' whereas name of input mesh is : '";
2102               oss << name << "' ! Names must match !";
2103               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2104             }
2105         }
2106     }
2107   if(_desc_name.empty())
2108     _desc_name=m->getDescription();
2109   else
2110     {
2111       std::string name(m->getDescription());
2112       if(!name.empty())
2113         {
2114           if(_desc_name!=name)
2115             {
2116               std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::dealWithTinyInfo : description of current MEDfile mesh is '" << _desc_name << "' whereas name of input mesh is : '";
2117               oss << name << "' ! Names must match !";
2118               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2119             }
2120         }
2121     }
2122 }
2123
2124 void MEDFileMesh::getFamilyRepr(std::ostream& oss) const
2125 {
2126   oss << "(**************************)\n(* FAMILIES OF THE MESH : *)\n(**************************)\n";
2127   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
2128     {
2129       oss << "- Family with name \"" << (*it).first << "\" with number " << (*it).second << std::endl;
2130       oss << "  - Groups lying on this family : ";
2131       std::vector<std::string> grps=getGroupsOnFamily((*it).first);
2132       std::copy(grps.begin(),grps.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
2133       oss << std::endl << std::endl;
2134     }
2135 }
2136
2137 /*!
2138  * Returns a new MEDFileUMesh holding the mesh data that has been read from a given MED
2139  * file. The mesh to load is specified by its name and numbers of a time step and an
2140  * iteration.
2141  *  \param [in] fileName - the name of MED file to read.
2142  *  \param [in] mName - the name of the mesh to read.
2143  *  \param [in] dt - the number of a time step.
2144  *  \param [in] it - the number of an iteration.
2145  *  \return MEDFileUMesh * - a new instance of MEDFileUMesh. The caller is to delete this
2146  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
2147  *  \throw If the file is not readable.
2148  *  \throw If there is no mesh with given attributes in the file.
2149  *  \throw If the mesh in the file is not an unstructured one.
2150  */
2151 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::New(const std::string& fileName, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2152 {
2153   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
2154   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
2155   return new MEDFileUMesh(fid,mName,dt,it,mrs);
2156 }
2157
2158 /*!
2159  * Returns a new MEDFileUMesh holding the mesh data that has been read from a given MED
2160  * file. The first mesh in the file is loaded.
2161  *  \param [in] fileName - the name of MED file to read.
2162  *  \return MEDFileUMesh * - a new instance of MEDFileUMesh. The caller is to delete this
2163  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
2164  *  \throw If the file is not readable.
2165  *  \throw If there is no meshes in the file.
2166  *  \throw If the mesh in the file is not an unstructured one.
2167  */
2168 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::New(const std::string& fileName, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2169 {
2170   std::vector<std::string> ms=MEDLoader::GetMeshNames(fileName);
2171   if(ms.empty())
2172     {
2173       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::New : no meshes in file \"" << fileName << "\" !";
2174       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2175     }
2176   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
2177   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
2178   int dt,it;
2179   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
2180   std::string dummy2;
2181   ParaMEDMEM::MEDCouplingAxisType dummy3;
2182   MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,ms.front(),meshType,dummy3,dt,it,dummy2);
2183   return new MEDFileUMesh(fid,ms.front(),dt,it,mrs);
2184 }
2185
2186 /*!
2187  * Returns an empty instance of MEDFileUMesh.
2188  *  \return MEDFileUMesh * - a new instance of MEDFileUMesh. The caller is to delete this
2189  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
2190  */
2191 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::New()
2192 {
2193   return new MEDFileUMesh;
2194 }
2195
2196 /*!
2197  * This method loads from file with name \a fileName the mesh called \a mName as New does. The difference is that
2198  * here only a part of cells contained in the file will be loaded. The selection of cell is specified using the two consecutive parameters
2199  * \a types and \a slicPerTyp. This method allows to load from a mesh (typically huge) in a MED file a part of cells of that mesh.
2200  * The part of cells is specified using triplet (start,stop,step) for each geometric type. Only nodes lying on selected cells will be loaded to reduce
2201  * at most the memory consumtion.
2202  *
2203  * \param [in] fileName - the name of the file.
2204  * \param [in] mName - the name of the mesh to be read.
2205  * \param [in] types - the list of the geo types of which some part will be taken. A geometric type in \a types must appear only once at most.
2206  * \param [in] slicPerType - an array of size 3 times larger than \a types that specifies for each type in \a types (in the same order) resp the start, the stop and the step.
2207  * \param [in] dt - the iteration, that is to say the first element of the pair that locates the asked time step.
2208  * \param [in] it - the order, that is to say the second element of the pair that locates the asked time step.
2209  * \param [in] mrs - the request for what to be loaded.
2210  * \return MEDFileUMesh * - a new instance of MEDFileUMesh. The caller is to delete this mesh using decrRef() as it is no more needed.
2211  */
2212 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::LoadPartOf(const std::string& fileName, const std::string& mName, const std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& types, const std::vector<int>& slicPerTyp, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2213 {
2214   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
2215   MEDFileUtilities::AutoFid fid(MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY));
2216   return MEDFileUMesh::LoadPartOf(fid,mName,types,slicPerTyp,dt,it,mrs);
2217 }
2218
2219 /*!
2220  * Please refer to the other MEDFileUMesh::LoadPartOf method that has the same semantic and the same parameter (excepted the first).
2221  * This method is \b NOT wrapped into python.
2222  */
2223 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::LoadPartOf(med_idt fid, const std::string& mName, const std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& types, const std::vector<int>& slicPerTyp, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2224 {
2225   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> ret(MEDFileUMesh::New());
2226   ret->loadPartUMeshFromFile(fid,mName,types,slicPerTyp,dt,it,mrs);
2227   return ret.retn();
2228 }
2229
2230 std::size_t MEDFileUMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
2231 {
2232   std::size_t ret(MEDFileMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren());
2233   ret+=_ms.capacity()*(sizeof(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1>));
2234   return ret;
2235 }
2236
2237 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileUMesh::getDirectChildrenWithNull() const
2238 {
2239   std::vector<const BigMemoryObject *> ret(MEDFileMesh::getDirectChildrenWithNull());
2240   ret.push_back((const DataArrayDouble*)_coords);
2241   ret.push_back((const DataArrayInt *)_fam_coords);
2242   ret.push_back((const DataArrayInt *)_num_coords);
2243   ret.push_back((const DataArrayInt *)_rev_num_coords);
2244   ret.push_back((const DataArrayAsciiChar *)_name_coords);
2245   ret.push_back((const PartDefinition *)_part_coords);
2246   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
2247     ret.push_back((const MEDFileUMeshSplitL1*) *it);
2248   return ret;
2249 }
2250
2251 MEDFileMesh *MEDFileUMesh::shallowCpy() const
2252 {
2253   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> ret(new MEDFileUMesh(*this));
2254   return ret.retn();
2255 }
2256
2257 MEDFileMesh *MEDFileUMesh::createNewEmpty() const
2258 {
2259   return new MEDFileUMesh;
2260 }
2261
2262 MEDFileMesh *MEDFileUMesh::deepCpy() const
2263 {
2264   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> ret(new MEDFileUMesh(*this));
2265   ret->deepCpyEquivalences(*this);
2266   if((const DataArrayDouble*)_coords)
2267     ret->_coords=_coords->deepCpy();
2268   if((const DataArrayInt*)_fam_coords)
2269     ret->_fam_coords=_fam_coords->deepCpy();
2270   if((const DataArrayInt*)_num_coords)
2271     ret->_num_coords=_num_coords->deepCpy();
2272   if((const DataArrayInt*)_rev_num_coords)
2273     ret->_rev_num_coords=_rev_num_coords->deepCpy();
2274   if((const DataArrayAsciiChar*)_name_coords)
2275     ret->_name_coords=_name_coords->deepCpy();
2276   std::size_t i=0;
2277   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++,i++)
2278     {
2279       if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it))
2280         ret->_ms[i]=(*it)->deepCpy(ret->_coords);
2281     }
2282   if((const PartDefinition*)_part_coords)
2283     ret->_part_coords=_part_coords->deepCpy();
2284   return ret.retn();
2285 }
2286
2287 /*!
2288  * Checks if \a this and another mesh are equal.
2289  *  \param [in] other - the mesh to compare with.
2290  *  \param [in] eps - a precision used to compare real values.
2291  *  \param [in,out] what - the string returning description of unequal data.
2292  *  \return bool - \c true if the meshes are equal, \c false, else.
2293  */
2294 bool MEDFileUMesh::isEqual(const MEDFileMesh *other, double eps, std::string& what) const
2295 {
2296   if(!MEDFileMesh::isEqual(other,eps,what))
2297     return false;
2298   const MEDFileUMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDFileUMesh *>(other);
2299   if(!otherC)
2300     {
2301       what="Mesh types differ ! This is unstructured and other is NOT !";
2302       return false;
2303     }
2304   clearNonDiscrAttributes();
2305   otherC->clearNonDiscrAttributes();
2306   const DataArrayDouble *coo1=_coords;
2307   const DataArrayDouble *coo2=otherC->_coords;
2308   if((coo1==0 && coo2!=0) || (coo1!=0 && coo2==0))
2309     {
2310       what="Mismatch of coordinates ! One is defined and not other !";
2311       return false;
2312     }
2313   if(coo1)
2314     {
2315       bool ret=coo1->isEqual(*coo2,eps);
2316       if(!ret)
2317         {
2318           what="Coords differ !";
2319           return false;
2320         }
2321     }
2322   const DataArrayInt *famc1=_fam_coords;
2323   const DataArrayInt *famc2=otherC->_fam_coords;
2324   if((famc1==0 && famc2!=0) || (famc1!=0 && famc2==0))
2325     {
2326       what="Mismatch of families arr on nodes ! One is defined and not other !";
2327       return false;
2328     }
2329   if(famc1)
2330     {
2331       bool ret=famc1->isEqual(*famc2);
2332       if(!ret)
2333         {
2334           what="Families arr on node differ !";
2335           return false;
2336         }
2337     }
2338   const DataArrayInt *numc1=_num_coords;
2339   const DataArrayInt *numc2=otherC->_num_coords;
2340   if((numc1==0 && numc2!=0) || (numc1!=0 && numc2==0))
2341     {
2342       what="Mismatch of numbering arr on nodes ! One is defined and not other !";
2343       return false;
2344     }
2345   if(numc1)
2346     {
2347       bool ret=numc1->isEqual(*numc2);
2348       if(!ret)
2349         {
2350           what="Numbering arr on node differ !";
2351           return false;
2352         }
2353     }
2354   const DataArrayAsciiChar *namec1=_name_coords;
2355   const DataArrayAsciiChar *namec2=otherC->_name_coords;
2356   if((namec1==0 && namec2!=0) || (namec1!=0 && namec2==0))
2357     {
2358       what="Mismatch of naming arr on nodes ! One is defined and not other !";
2359       return false;
2360     }
2361   if(namec1)
2362     {
2363       bool ret=namec1->isEqual(*namec2);
2364       if(!ret)
2365         {
2366           what="Names arr on node differ !";
2367           return false;
2368         }
2369     }
2370   if(_ms.size()!=otherC->_ms.size())
2371     {
2372       what="Number of levels differs !";
2373       return false;
2374     }
2375   std::size_t sz=_ms.size();
2376   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
2377     {
2378       const MEDFileUMeshSplitL1 *s1=_ms[i];
2379       const MEDFileUMeshSplitL1 *s2=otherC->_ms[i];
2380       if((s1==0 && s2!=0) || (s1!=0 && s2==0))
2381         {
2382           what="Mismatch of presence of sub levels !";
2383           return false;
2384         }
2385       if(s1)
2386         {
2387           bool ret=s1->isEqual(s2,eps,what);
2388           if(!ret)
2389             return false;
2390         }
2391     }
2392   const PartDefinition *pd0(_part_coords),*pd1(otherC->_part_coords);
2393   if(!pd0 && !pd1)
2394     return true;
2395   if((!pd0 && pd1) || (pd0 && !pd1))
2396     {
2397       what=std::string("node part def is defined only for one among this or other !");
2398       return false;
2399     }
2400   return pd0->isEqual(pd1,what);
2401 }
2402
2403 /*!
2404  * Clears redundant attributes of incorporated data arrays.
2405  */
2406 void MEDFileUMesh::clearNonDiscrAttributes() const
2407 {
2408   MEDFileMesh::clearNonDiscrAttributes();
2409   const DataArrayDouble *coo1=_coords;
2410   if(coo1)
2411     (const_cast<DataArrayDouble *>(coo1))->setName("");//This parameter is not discriminant for comparison
2412   const DataArrayInt *famc1=_fam_coords;
2413   if(famc1)
2414     (const_cast<DataArrayInt *>(famc1))->setName("");//This parameter is not discriminant for comparison
2415   const DataArrayInt *numc1=_num_coords;
2416   if(numc1)
2417     (const_cast<DataArrayInt *>(numc1))->setName("");//This parameter is not discriminant for comparison
2418   const DataArrayAsciiChar *namc1=_name_coords;
2419   if(namc1)
2420     (const_cast<DataArrayAsciiChar *>(namc1))->setName("");//This parameter is not discriminant for comparison
2421   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
2422     {
2423       const MEDFileUMeshSplitL1 *tmp=(*it);
2424       if(tmp)
2425         tmp->clearNonDiscrAttributes();
2426     }
2427 }
2428
2429 void MEDFileUMesh::setName(const std::string& name)
2430 {
2431   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
2432     if((MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it)!=0)
2433       (*it)->setName(name);
2434   MEDFileMesh::setName(name);
2435 }
2436
2437 MEDFileUMesh::MEDFileUMesh()
2438 {
2439 }
2440
2441 MEDFileUMesh::MEDFileUMesh(med_idt fid, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2442 try
2443 {
2444     loadLLWithAdditionalItems(fid,mName,dt,it,mrs);
2445 }
2446 catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
2447 {
2448     throw e;
2449 }
2450
2451 /*!
2452  * This method loads only a part of specified cells (given by range of cell ID per geometric type)
2453  * See MEDFileUMesh::LoadPartOf for detailed description.
2454  *
2455  * \sa loadLL
2456  */
2457 void MEDFileUMesh::loadPartUMeshFromFile(med_idt fid, const std::string& mName, const std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& types, const std::vector<int>& slicPerTyp, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2458 {
2459   MEDFileUMeshL2 loaderl2;
2460   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
2461   int dummy0,dummy1;
2462   std::string dummy2;
2463   ParaMEDMEM::MEDCouplingAxisType dummy3;
2464   int mid(MEDFileUMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,mName,meshType,dummy3,dummy0,dummy1,dummy2));
2465   if(meshType!=UNSTRUCTURED)
2466     {
2467       std::ostringstream oss; oss << "loadPartUMeshFromFile : Trying to load as unstructured an existing mesh with name '" << mName << "' !";
2468       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2469     }
2470   loaderl2.loadPart(fid,mid,mName,types,slicPerTyp,dt,it,mrs);
2471   dispatchLoadedPart(fid,loaderl2,mName,mrs);
2472 }
2473
2474 /*!
2475  * \brief Write joints in a file
2476  */
2477 void MEDFileMesh::writeJoints(med_idt fid) const
2478 {
2479   if ( (const MEDFileJoints*) _joints )
2480     _joints->write(fid);
2481 }
2482
2483 /*!
2484  * \brief Load joints in a file or use provided ones
2485  */
2486 //================================================================================
2487 /*!
2488  * \brief Load joints in a file or use provided ones
2489  *  \param [in] fid - MED file descriptor
2490  *  \param [in] toUseInstedOfReading - optional joints to use instead of reading,
2491  *          Usually this joints are those just read by another iteration
2492  *          of namesake mesh, when this method is called by MEDFileMeshMultiTS::New()
2493  */
2494 //================================================================================
2495
2496 void MEDFileMesh::loadJointsFromFile(med_idt fid, MEDFileJoints* toUseInstedOfReading)
2497 {
2498   if ( toUseInstedOfReading )
2499     setJoints( toUseInstedOfReading );
2500   else
2501     _joints = MEDFileJoints::New( fid, _name );
2502 }
2503
2504 void MEDFileMesh::loadEquivalences(med_idt fid)
2505 {
2506   int nbOfEq(MEDFileEquivalences::PresenceOfEquivalences(fid,_name));
2507   if(nbOfEq>0)
2508     _equiv=MEDFileEquivalences::Load(fid,nbOfEq,this);
2509 }
2510
2511 void MEDFileMesh::deepCpyEquivalences(const MEDFileMesh& other)
2512 {
2513   const MEDFileEquivalences *equiv(other._equiv);
2514   if(equiv)
2515     _equiv=equiv->deepCpy(this);
2516 }
2517
2518 bool MEDFileMesh::areEquivalencesEqual(const MEDFileMesh *other, std::string& what) const
2519 {
2520   const MEDFileEquivalences *thisEq(_equiv),*otherEq(other->_equiv);
2521   if(!thisEq && !otherEq)
2522     return true;
2523   if(thisEq && otherEq)
2524     return thisEq->isEqual(otherEq,what);
2525   else
2526     {
2527       what+="Equivalence differs : defined in this and not in other (or reversely) !";
2528       return false;
2529     }
2530 }
2531
2532 void MEDFileMesh::getEquivalencesRepr(std::ostream& oss) const
2533 {
2534   const MEDFileEquivalences *equiv(_equiv);
2535   if(!equiv)
2536     return ;
2537   oss << "(******************************)\n(* EQUIVALENCES OF THE MESH : *)\n(******************************)\n";
2538   _equiv->getRepr(oss);
2539 }
2540
2541 void MEDFileMesh::checkCartesian() const
2542 {
2543   if(getAxType()!=AX_CART)
2544     {
2545       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::checkCartesian : request for method that is dedicated to a cartesian convention ! But you are not in cartesian convention (" << DataArray::GetAxTypeRepr(getAxType()) << ").";
2546       oss << std::endl << "To perform operation you have two possiblities :" << std::endl;
2547       oss << " - call setAxType(AX_CART)" << std::endl;
2548       oss << " - call cartesianize()";
2549       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2550     }
2551 }
2552
2553 /*!
2554  * \brief Return number of joints, which is equal to number of adjacent mesh domains
2555  */
2556 int MEDFileMesh::getNumberOfJoints() const
2557 {
2558   return ( (const MEDFileJoints *) _joints ) ? _joints->getNumberOfJoints() : 0;
2559 }
2560
2561 /*!
2562  * \brief Return joints with all adjacent mesh domains
2563  */
2564 MEDFileJoints * MEDFileMesh::getJoints() const
2565 {
2566   return const_cast<MEDFileJoints*>(& (*_joints));
2567 }
2568
2569 void MEDFileMesh::setJoints( MEDFileJoints* joints )
2570 {
2571   if ( joints != _joints )
2572     {
2573       _joints = joints;
2574       if ( joints )
2575         joints->incrRef();
2576     }
2577 }
2578
2579 /*!
2580  * This method loads \b all \b the \b mesh \a mName in the file with \a fid descriptor.
2581  *
2582  * \sa loadPartUMeshFromFile
2583  */
2584 void MEDFileUMesh::loadLL(med_idt fid, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2585 {
2586   MEDFileUMeshL2 loaderl2;
2587   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
2588   int dummy0,dummy1;
2589   std::string dummy2;
2590   ParaMEDMEM::MEDCouplingAxisType axType;
2591   int mid(MEDFileUMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,mName,meshType,axType,dummy0,dummy1,dummy2));
2592   setAxType(axType);
2593   if(meshType!=UNSTRUCTURED)
2594     {
2595       std::ostringstream oss; oss << "Trying to load as unstructured an existing mesh with name '" << mName << "' !";
2596       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2597     }
2598   loaderl2.loadAll(fid,mid,mName,dt,it,mrs);
2599   dispatchLoadedPart(fid,loaderl2,mName,mrs);
2600 }
2601
2602 void MEDFileUMesh::dispatchLoadedPart(med_idt fid, const MEDFileUMeshL2& loaderl2, const std::string& mName, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2603 {
2604   int lev=loaderl2.getNumberOfLevels();
2605   _ms.resize(lev);
2606   for(int i=0;i<lev;i++)
2607     {
2608       if(!loaderl2.emptyLev(i))
2609         _ms[i]=new MEDFileUMeshSplitL1(loaderl2,mName,i);
2610       else
2611         _ms[i]=0;
2612     }
2613   MEDFileMeshL2::ReadFamiliesAndGrps(fid,mName,_families,_groups,mrs);
2614   //
2615   setName(loaderl2.getName());
2616   setDescription(loaderl2.getDescription());
2617   setUnivName(loaderl2.getUnivName());
2618   setIteration(loaderl2.getIteration());
2619   setOrder(loaderl2.getOrder());
2620   setTimeValue(loaderl2.getTime());
2621   setTimeUnit(loaderl2.getTimeUnit());
2622   _coords=loaderl2.getCoords();
2623   if(!mrs || mrs->isNodeFamilyFieldReading())
2624     _fam_coords=loaderl2.getCoordsFamily();
2625   if(!mrs || mrs->isNodeNumFieldReading())
2626     _num_coords=loaderl2.getCoordsNum();
2627   if(!mrs || mrs->isNodeNameFieldReading())
2628     _name_coords=loaderl2.getCoordsName();
2629   _part_coords=loaderl2.getPartDefOfCoo();
2630   computeRevNum();
2631 }
2632
2633 MEDFileUMesh::~MEDFileUMesh()
2634 {
2635 }
2636
2637 void MEDFileUMesh::writeLL(med_idt fid) const
2638 {
2639   const DataArrayDouble *coo=_coords;
2640   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> maa=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_NAME_SIZE);
2641   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> desc=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_COMMENT_SIZE);
2642   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_name.c_str(),MED_NAME_SIZE,maa,_too_long_str);
2643   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_desc_name.c_str(),MED_COMMENT_SIZE,desc,_too_long_str);
2644   int spaceDim=coo?coo->getNumberOfComponents():0;
2645   int mdim(0);
2646   if(!_ms.empty())
2647     mdim=getMeshDimension();
2648   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> comp=MEDLoaderBase::buildEmptyString(spaceDim*MED_SNAME_SIZE);
2649   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> unit=MEDLoaderBase::buildEmptyString(spaceDim*MED_SNAME_SIZE);
2650   for(int i=0;i<spaceDim;i++)
2651     {
2652       std::string info=coo->getInfoOnComponent(i);
2653       std::string c,u;
2654       MEDLoaderBase::splitIntoNameAndUnit(info,c,u);
2655       MEDLoaderBase::safeStrCpy2(c.c_str(),MED_SNAME_SIZE-1,comp+i*MED_SNAME_SIZE,_too_long_str);//MED_TAILLE_PNOM-1 to avoid to write '\0' on next compo
2656       MEDLoaderBase::safeStrCpy2(u.c_str(),MED_SNAME_SIZE-1,unit+i*MED_SNAME_SIZE,_too_long_str);//MED_TAILLE_PNOM-1 to avoid to write '\0' on next compo
2657     }
2658   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshCr,(fid,maa,spaceDim,mdim,MED_UNSTRUCTURED_MESH,desc,"",MED_SORT_DTIT,MEDFileMeshL2::TraduceAxisTypeRev(getAxType()),comp,unit));
2659   if(_univ_wr_status)
2660     MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshUniversalNameWr,(fid,maa));
2661   std::string meshName(MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(maa,MED_NAME_SIZE));
2662   MEDFileUMeshL2::WriteCoords(fid,meshName,_iteration,_order,_time,_coords,_fam_coords,_num_coords,_name_coords);
2663   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
2664     if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it)!=0)
2665       (*it)->write(fid,meshName,mdim);
2666   MEDFileUMeshL2::WriteFamiliesAndGrps(fid,meshName,_families,_groups,_too_long_str);
2667 }
2668
2669 /*!
2670  * Returns relative dimensions of mesh entities (excluding nodes) present in \a this mesh.
2671  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2672  */
2673 std::vector<int> MEDFileUMesh::getNonEmptyLevels() const
2674 {
2675   std::vector<int> ret;
2676   int lev=0;
2677   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++,lev--)
2678     if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it)!=0)
2679       if(!(*it)->empty())
2680         ret.push_back(lev);
2681   return ret;
2682 }
2683
2684 /*!
2685  * Returns relative dimensions of mesh entities (including nodes) present in \a this mesh.
2686  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2687  */
2688 std::vector<int> MEDFileUMesh::getNonEmptyLevelsExt() const
2689 {
2690   std::vector<int> ret0=getNonEmptyLevels();
2691   if((const DataArrayDouble *) _coords)
2692     {
2693       std::vector<int> ret(ret0.size()+1);
2694       ret[0]=1;
2695       std::copy(ret0.begin(),ret0.end(),ret.begin()+1);
2696       return ret;
2697     }
2698   return ret0;
2699 }
2700
2701 std::vector<int> MEDFileUMesh::getFamArrNonEmptyLevelsExt() const
2702 {
2703   std::vector<int> ret;
2704   const DataArrayInt *famCoo(_fam_coords);
2705   if(famCoo)
2706     ret.push_back(1);
2707   int lev=0;
2708   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++,lev--)
2709     {
2710       const MEDFileUMeshSplitL1 *cur(*it);
2711       if(cur)
2712         if(cur->getFamilyField())
2713           ret.push_back(lev);
2714     }
2715   return ret;
2716 }
2717
2718 std::vector<int> MEDFileUMesh::getNumArrNonEmptyLevelsExt() const
2719 {
2720   std::vector<int> ret;
2721   const DataArrayInt *numCoo(_num_coords);
2722   if(numCoo)
2723     ret.push_back(1);
2724   int lev=0;
2725   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++,lev--)
2726     {
2727       const MEDFileUMeshSplitL1 *cur(*it);
2728       if(cur)
2729         if(cur->getNumberField())
2730           ret.push_back(lev);
2731     }
2732   return ret;
2733 }
2734
2735 std::vector<int> MEDFileUMesh::getNameArrNonEmptyLevelsExt() const
2736 {
2737   std::vector<int> ret;
2738   const DataArrayAsciiChar *nameCoo(_name_coords);
2739   if(nameCoo)
2740     ret.push_back(1);
2741   int lev=0;
2742   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++,lev--)
2743     {
2744       const MEDFileUMeshSplitL1 *cur(*it);
2745       if(cur)
2746         if(cur->getNameField())
2747           ret.push_back(lev);
2748     }
2749   return ret;
2750 }
2751
2752 /*!
2753  * Returns all relative mesh levels (**excluding nodes**) where a given group is defined.
2754  * To include nodes, call getGrpNonEmptyLevelsExt() method.
2755  *  \param [in] grp - the name of the group of interest.
2756  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2757  */
2758 std::vector<int> MEDFileUMesh::getGrpNonEmptyLevels(const std::string& grp) const
2759 {
2760   std::vector<std::string> fams=getFamiliesOnGroup(grp);
2761   return getFamsNonEmptyLevels(fams);
2762 }
2763
2764 /*!
2765  * Returns all relative mesh levels (including nodes) where a given group is defined.
2766  *  \param [in] grp - the name of the group of interest.
2767  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2768  */
2769 std::vector<int> MEDFileUMesh::getGrpNonEmptyLevelsExt(const std::string& grp) const
2770 {
2771   std::vector<std::string> fams=getFamiliesOnGroup(grp);
2772   return getFamsNonEmptyLevelsExt(fams);
2773 }
2774
2775 /*!
2776  * Returns all relative mesh levels (**excluding nodes**) where a given family is defined.
2777  * To include nodes, call getFamNonEmptyLevelsExt() method.
2778  *  \param [in] fam - the name of the family of interest.
2779  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2780  */
2781 std::vector<int> MEDFileUMesh::getFamNonEmptyLevels(const std::string& fam) const
2782 {
2783   std::vector<std::string> fams(1,std::string(fam));
2784   return getFamsNonEmptyLevels(fams);
2785 }
2786
2787 /*!
2788  * Returns all relative mesh levels (including nodes) where a given family is defined.
2789  *  \param [in] fam - the name of the family of interest.
2790  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2791  */
2792 std::vector<int> MEDFileUMesh::getFamNonEmptyLevelsExt(const std::string& fam) const
2793 {
2794   std::vector<std::string> fams(1,std::string(fam));
2795   return getFamsNonEmptyLevelsExt(fams);
2796 }
2797
2798 /*!
2799  * Returns all relative mesh levels (**excluding nodes**) where given groups are defined.
2800  * To include nodes, call getGrpsNonEmptyLevelsExt() method.
2801  *  \param [in] grps - a sequence of names of the groups of interest.
2802  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2803  */
2804 std::vector<int> MEDFileUMesh::getGrpsNonEmptyLevels(const std::vector<std::string>& grps) const
2805 {
2806   std::vector<std::string> fams=getFamiliesOnGroups(grps);
2807   return getFamsNonEmptyLevels(fams);
2808 }
2809
2810 /*!
2811  * Returns all relative mesh levels (including nodes) where given groups are defined.
2812  *  \param [in] grps - a sequence of names of the groups of interest.
2813  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2814  */
2815 std::vector<int> MEDFileUMesh::getGrpsNonEmptyLevelsExt(const std::vector<std::string>& grps) const
2816 {
2817   std::vector<std::string> fams=getFamiliesOnGroups(grps);
2818   return getFamsNonEmptyLevelsExt(fams);
2819 }
2820
2821 /*!
2822  * Returns all relative mesh levels (**excluding nodes**) where given families are defined.
2823  * To include nodes, call getFamsNonEmptyLevelsExt() method.
2824  *  \param [in] fams - the name of the family of interest.
2825  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2826  */
2827 std::vector<int> MEDFileUMesh::getFamsNonEmptyLevels(const std::vector<std::string>& fams) const
2828 {
2829   std::vector<int> ret;
2830   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevels();
2831   std::vector<int> famIds=getFamiliesIds(fams);
2832   for(std::vector<int>::const_iterator it=levs.begin();it!=levs.end();it++)
2833     if(_ms[-(*it)]->presenceOfOneFams(famIds))
2834       ret.push_back(*it);
2835   return ret;
2836 }
2837
2838 /*!
2839  * Returns all relative mesh levels (including nodes) where given families are defined.
2840  *  \param [in] fams - the names of the families of interest.
2841  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2842  */
2843 std::vector<int> MEDFileUMesh::getFamsNonEmptyLevelsExt(const std::vector<std::string>& fams) const
2844 {
2845   std::vector<int> ret0=getFamsNonEmptyLevels(fams);
2846   const DataArrayInt *famCoords=_fam_coords;
2847   if(!famCoords)
2848     return ret0;
2849   std::vector<int> famIds=getFamiliesIds(fams);
2850   if(famCoords->presenceOfValue(famIds))
2851     {
2852       std::vector<int> ret(ret0.size()+1);
2853       ret[0]=1;
2854       std::copy(ret0.begin(),ret0.end(),ret.begin()+1);
2855       return ret;
2856     }
2857   else
2858     return ret0;
2859 }
2860
2861 /*!
2862  * Returns names of groups that partly or fully appear on the level \a meshDimRelToMaxExt.
2863  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - a relative dimension of interest.
2864  *  \return std::vector<std::string> - a sequence of group names at \a meshDimRelToMaxExt
2865  *          level. 
2866  */
2867 std::vector<std::string> MEDFileUMesh::getGroupsOnSpecifiedLev(int meshDimRelToMaxExt) const
2868 {
2869   std::vector<std::string> ret;
2870   std::vector<std::string> allGrps=getGroupsNames();
2871   for(std::vector<std::string>::const_iterator it=allGrps.begin();it!=allGrps.end();it++)
2872     {
2873       std::vector<int> levs=getGrpNonEmptyLevelsExt((*it));
2874       if(std::find(levs.begin(),levs.end(),meshDimRelToMaxExt)!=levs.end())
2875         ret.push_back(*it);
2876     }
2877   return ret;
2878 }
2879
2880 int MEDFileUMesh::getMaxAbsFamilyIdInArrays() const
2881 {
2882   int ret=-std::numeric_limits<int>::max(),tmp=-1;
2883   if((const DataArrayInt *)_fam_coords)
2884     {
2885       int val=_fam_coords->getMaxValue(tmp);
2886       ret=std::max(ret,std::abs(val));
2887     }
2888   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
2889     {
2890       if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it))
2891         {
2892           const DataArrayInt *da=(*it)->getFamilyField();
2893           if(da)
2894             {
2895               int val=da->getMaxValue(tmp);
2896               ret=std::max(ret,std::abs(val));
2897             }
2898         }
2899     }
2900   return ret;
2901 }
2902
2903 int MEDFileUMesh::getMaxFamilyIdInArrays() const
2904 {
2905   int ret=-std::numeric_limits<int>::max(),tmp=-1;
2906   if((const DataArrayInt *)_fam_coords)
2907     {
2908       int val=_fam_coords->getMaxValue(tmp);
2909       ret=std::max(ret,val);
2910     }
2911   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
2912     {
2913       if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it))
2914         {
2915           const DataArrayInt *da=(*it)->getFamilyField();
2916           if(da)
2917             {
2918               int val=da->getMaxValue(tmp);
2919               ret=std::max(ret,val);
2920             }
2921         }
2922     }
2923   return ret;
2924 }
2925
2926 int MEDFileUMesh::getMinFamilyIdInArrays() const
2927 {
2928   int ret=std::numeric_limits<int>::max(),tmp=-1;
2929   if((const DataArrayInt *)_fam_coords)
2930     {
2931       int val=_fam_coords->getMinValue(tmp);
2932       ret=std::min(ret,val);
2933     }
2934   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
2935     {
2936       if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it))
2937         {
2938           const DataArrayInt *da=(*it)->getFamilyField();
2939           if(da)
2940             {
2941               int val=da->getMinValue(tmp);
2942               ret=std::min(ret,val);
2943             }
2944         }
2945     }
2946   return ret;
2947 }
2948
2949 /*!
2950  * Returns the dimension on cells in \a this mesh.
2951  *  \return int - the mesh dimension.
2952  *  \throw If there are no cells in this mesh.
2953  */
2954 int MEDFileUMesh::getMeshDimension() const
2955 {
2956   int lev=0;
2957   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++,lev++)
2958     if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it)!=0)
2959       return (*it)->getMeshDimension()+lev;
2960   throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::getMeshDimension : impossible to find a mesh dimension !");
2961 }
2962
2963 /*!
2964  * Returns the space dimension of \a this mesh that is equal to number of components in
2965  * the node coordinates array.
2966  *  \return int - the space dimension of \a this mesh.
2967  *  \throw If the node coordinates array is not available.
2968  */
2969 int MEDFileUMesh::getSpaceDimension() const
2970 {
2971   const DataArrayDouble *coo=_coords;
2972   if(!coo)
2973     throw INTERP_KERNEL::Exception(" MEDFileUMesh::getSpaceDimension : no coords set !");
2974   return coo->getNumberOfComponents();
2975 }
2976
2977 /*!
2978  * Returns a string describing \a this mesh.
2979  *  \return std::string - the mesh information string.
2980  */
2981 std::string MEDFileUMesh::simpleRepr() const
2982 {
2983   std::ostringstream oss;
2984   oss << MEDFileMesh::simpleRepr();
2985   const DataArrayDouble *coo=_coords;
2986   oss << "- The dimension of the space is ";
2987   static const char MSG1[]= "*** NO COORDS SET ***";
2988   static const char MSG2[]= "*** NO CONNECTIVITY SET FOR THIS LEVEL***";
2989   if(coo)
2990     oss << _coords->getNumberOfComponents() << std::endl;
2991   else
2992     oss << MSG1 << std::endl;
2993   oss << "- Type of the mesh : UNSTRUCTURED\n";
2994   oss << "- Number of nodes : ";
2995   if(coo)
2996     oss << _coords->getNumberOfTuples() << std::endl;
2997   else
2998     oss << MSG1 << std::endl;
2999   std::size_t nbOfLev=_ms.size();
3000   oss << "- Number of levels allocated : " << nbOfLev << std::endl;
3001   for(std::size_t i=0;i<nbOfLev;i++)
3002     {
3003       const MEDFileUMeshSplitL1 *lev=_ms[i];
3004       oss << "  - Level #" << -((int) i) << " has dimension : ";
3005       if(lev)
3006         {
3007           oss << lev->getMeshDimension() << std::endl;
3008           lev->simpleRepr(oss);
3009         }
3010       else
3011         oss << MSG2 << std::endl;
3012     }
3013   oss << "- Number of families : " << _families.size() << std::endl << std::endl;
3014   if(coo)
3015     {
3016       oss << "(***********************)\n(* NODES OF THE MESH : *)\n(***********************)\n";
3017       oss << "- Names of coordinates :" << std::endl;
3018       std::vector<std::string> vars=coo->getVarsOnComponent();
3019       std::copy(vars.begin(),vars.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
3020       oss << std::endl << "- Units of coordinates : " << std::endl;
3021       std::vector<std::string> units=coo->getUnitsOnComponent();
3022       std::copy(units.begin(),units.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
3023     }
3024   oss << std::endl << std::endl;
3025   getFamilyRepr(oss);
3026   getEquivalencesRepr(oss);
3027   return oss.str();
3028 }
3029
3030 /*!
3031  * Returns a full textual description of \a this mesh.
3032  *  \return std::string - the string holding the mesh description.
3033  */
3034 std::string MEDFileUMesh::advancedRepr() const
3035 {
3036   return simpleRepr();
3037 }
3038
3039 /*!
3040  * Returns number of mesh entities of a given relative dimension in \a this mesh.
3041  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of interest.
3042  *  \return int - the number of entities.
3043  *  \throw If no mesh entities of dimension \a meshDimRelToMaxExt are available in \a this mesh.
3044  */
3045 int MEDFileUMesh::getSizeAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
3046 {
3047   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3048     {
3049       if(!((const DataArrayDouble *)_coords))
3050         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::getSizeAtLevel : no coordinates specified !");
3051       return _coords->getNumberOfTuples();
3052     }
3053   return getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt)->getSize();
3054 }
3055
3056 /*!
3057  * Returns the family field for mesh entities of a given dimension.
3058  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
3059  *  \return const DataArrayInt * - the family field. It is an array of ids of families
3060  *          each mesh entity belongs to. It can be \c NULL.
3061  */
3062 const DataArrayInt *MEDFileUMesh::getFamilyFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
3063 {
3064   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3065     return _fam_coords;
3066   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt));
3067   return l1->getFamilyField();
3068 }
3069
3070 DataArrayInt *MEDFileUMesh::getFamilyFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt)
3071 {
3072   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3073     return _fam_coords;
3074   MEDFileUMeshSplitL1 *l1(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt));
3075   return l1->getFamilyField();
3076 }
3077
3078 /*!
3079  * Returns the optional numbers of mesh entities of a given dimension.
3080  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
3081  *  \return const DataArrayInt * - the array of the entity numbers.
3082  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3083  */
3084 const DataArrayInt *MEDFileUMesh::getNumberFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
3085 {
3086   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3087     return _num_coords;
3088   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1=getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt);
3089   return l1->getNumberField();
3090 }
3091
3092 const DataArrayAsciiChar *MEDFileUMesh::getNameFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
3093 {
3094   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3095     return _name_coords;
3096   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1=getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt);
3097   return l1->getNameField();
3098 }
3099
3100 /*!
3101  * This method returns for a specified relative level \a meshDimRelToMaxExt the part effectively read (if the instance is the result of the read of a file).
3102  *
3103  * \param [in] meshDimRelToMaxExt - the extended relative level for which the part definition is requested.
3104  * \param [in] gt - The input geometric type for which the part definition is requested.
3105  * \return the part definition owned by \a this. So no need to deallocate the returned instance.
3106  */
3107 const PartDefinition *MEDFileUMesh::getPartDefAtLevel(int meshDimRelToMaxExt, INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
3108 {
3109   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3110     return _part_coords;
3111   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt));
3112   return l1->getPartDef(gt);
3113 }
3114
3115 int MEDFileUMesh::getNumberOfNodes() const
3116 {
3117   const DataArrayDouble *coo(_coords);
3118   if(!coo)
3119     throw INTERP_KERNEL::Exception(" MEDFileUMesh::getNumberOfNodes : no coords set !");
3120   return coo->getNumberOfTuples();
3121 }
3122
3123 int MEDFileUMesh::getNumberOfCellsAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
3124 {
3125   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt));
3126   return l1->getNumberOfCells();
3127 }
3128
3129 bool MEDFileUMesh::hasImplicitPart() const
3130 {
3131   return false;
3132 }
3133
3134 int MEDFileUMesh::buildImplicitPartIfAny(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
3135 {
3136   throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::buildImplicitPartIfAny : unstructured meshes do not have implicit part !");
3137 }
3138
3139 void MEDFileUMesh::releaseImplicitPartIfAny() const
3140 {
3141 }
3142
3143 void MEDFileUMesh::whichAreNodesFetched(const MEDFileField1TSStructItem& st, const MEDFileFieldGlobsReal *globs, std::vector<bool>& nodesFetched) const
3144 {
3145   std::size_t sz(st.getNumberOfItems());
3146   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
3147     {
3148       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType curGt(st[i].getGeo());
3149       const MEDCoupling1GTUMesh *m(getDirectUndergroundSingleGeoTypeMesh(curGt));
3150       if(st[i].getPflName().empty())
3151         m->computeNodeIdsAlg(nodesFetched);
3152       else
3153         {
3154           const DataArrayInt *arr(globs->getProfile(st[i].getPflName()));
3155           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1GTUMesh> m2(dynamic_cast<MEDCoupling1GTUMesh *>(m->buildPartOfMySelf(arr->begin(),arr->end(),true)));
3156           m2->computeNodeIdsAlg(nodesFetched);
3157         }
3158     }
3159 }
3160
3161 MEDFileMesh *MEDFileUMesh::cartesianize() const
3162 {
3163   if(getAxType()==AX_CART)
3164     {
3165       incrRef();
3166       return const_cast<MEDFileUMesh *>(this);
3167     }
3168   else
3169     {
3170       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> ret(new MEDFileUMesh(*this));
3171       const DataArrayDouble *coords(_coords);
3172       if(!coords)
3173         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::cartesianize : coordinates are null !");
3174       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> coordsCart(_coords->cartesianize(getAxType()));
3175       for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::iterator it=ret->_ms.begin();it!=ret->_ms.end();it++)
3176         if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it))
3177           *it=(*it)->shallowCpyUsingCoords(coordsCart);
3178       ret->_coords=coordsCart;
3179       ret->setAxType(AX_CART);
3180       return ret.retn();
3181     }
3182 }
3183
3184 /*!
3185  * Returns the optional numbers of mesh entities of a given dimension transformed using
3186  * DataArrayInt::invertArrayN2O2O2N().
3187  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
3188  *  \return const DataArrayInt * - the array of the entity numbers transformed using
3189  *          DataArrayInt::invertArrayN2O2O2N().
3190  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3191  */
3192 const DataArrayInt *MEDFileUMesh::getRevNumberFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
3193 {
3194   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3195     {
3196       if(!((const DataArrayInt *)_num_coords))
3197         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::getRevNumberFieldAtLevel : no coordinates renum specified !");
3198       return _rev_num_coords;
3199     }
3200   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1=getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt);
3201   return l1->getRevNumberField();
3202 }
3203
3204 /*!
3205  * Returns a pointer to the node coordinates array of \a this mesh \b without
3206  * incrementing its reference counter, thus there is no need to decrRef() it by the caller.
3207  */
3208 DataArrayDouble *MEDFileUMesh::getCoords() const
3209 {
3210   checkCartesian();
3211   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> tmp(_coords);
3212   if((DataArrayDouble *)tmp)
3213     {
3214       return tmp;
3215     }
3216   return 0;
3217 }
3218
3219 /*!
3220  * Returns a new MEDCouplingUMesh corresponding to mesh entities included in a given
3221  * group of \a this mesh. Only mesh entities of a given dimension are included in the
3222  * new mesh.
3223  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities of interest.
3224  *  \param [in] grp - the name of the group whose mesh entities are included in the
3225  *          new mesh.
3226  *  \param [in] renum - if \c true, cells and nodes of the result mesh are permuted
3227  *          according to the optional numbers of entities, if available.
3228  *  \return MEDCouplingUMesh * - a new instance of MEDCouplingUMesh. The caller is to
3229  *          delete this mesh using decrRef() as it is no more needed.
3230  *  \throw If the name of a nonexistent group is specified.
3231  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3232  */
3233 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getGroup(int meshDimRelToMaxExt, const std::string& grp, bool renum) const
3234 {
3235   checkCartesian();
3236   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
3237   std::vector<std::string> tmp(1);
3238   tmp[0]=grp;
3239   return getGroups(meshDimRelToMaxExt,tmp,renum);
3240 }
3241
3242 /*!
3243  * Returns a new MEDCouplingUMesh corresponding to mesh entities included in given
3244  * groups of \a this mesh. Only mesh entities of a given dimension are included in the
3245  * new mesh.
3246  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities of interest.
3247  *  \param [in] grps - a sequence of group names whose mesh entities are included in the
3248  *          new mesh.
3249  *  \param [in] renum - if \c true, cells and nodes of the result mesh are permuted
3250  *          according to the optional numbers of entities, if available.
3251  *  \return MEDCouplingUMesh * - a new instance of MEDCouplingUMesh. The caller is to
3252  *          delete this mesh using decrRef() as it is no more needed.
3253  *  \throw If a name of a nonexistent group is present in \a grps.
3254  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3255  */
3256 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getGroups(int meshDimRelToMaxExt, const std::vector<std::string>& grps, bool renum) const
3257 {
3258   checkCartesian();
3259   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
3260   std::vector<std::string> fams2=getFamiliesOnGroups(grps);
3261   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> zeRet=getFamilies(meshDimRelToMaxExt,fams2,renum);
3262   if(grps.size()==1 && ((MEDCouplingUMesh *)zeRet))
3263     zeRet->setName(grps[0]);
3264   return zeRet.retn();
3265 }
3266
3267 /*!
3268  * Returns a new MEDCouplingUMesh corresponding to mesh entities included in a given
3269  * family of \a this mesh. Only mesh entities of a given dimension are included in the
3270  * new mesh.
3271  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities of interest.
3272  *  \param [in] fam - the name of the family whose mesh entities are included in the
3273  *          new mesh.
3274  *  \param [in] renum - if \c true, cells and nodes of the result mesh are permuted
3275  *          according to the optional numbers of entities, if available.
3276  *  \return MEDCouplingUMesh * - a new instance of MEDCouplingUMesh. The caller is to
3277  *          delete this mesh using decrRef() as it is no more needed.
3278  *  \throw If a name of a nonexistent family is present in \a grps.
3279  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3280  */
3281 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getFamily(int meshDimRelToMaxExt, const std::string& fam, bool renum) const
3282 {
3283   checkCartesian();
3284   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
3285   std::vector<std::string> tmp(1);
3286   tmp[0]=fam;
3287   return getFamilies(meshDimRelToMaxExt,tmp,renum);
3288 }
3289
3290 /*!
3291  * Returns a new MEDCouplingUMesh corresponding to mesh entities included in given
3292  * families of \a this mesh. Only mesh entities of a given dimension are included in the
3293  * new mesh.
3294  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities of interest.
3295  *  \param [in] fams - a sequence of family names whose mesh entities are included in the
3296  *          new mesh.
3297  *  \param [in] renum - if \c true, cells and nodes of the result mesh are permuted
3298  *          according to the optional numbers of entities, if available.
3299  *  \return MEDCouplingUMesh * - a new instance of MEDCouplingUMesh. The caller is to
3300  *          delete this mesh using decrRef() as it is no more needed.
3301  *  \throw If a name of a nonexistent family is present in \a fams.
3302  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3303  */
3304 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getFamilies(int meshDimRelToMaxExt, const std::vector<std::string>& fams, bool renum) const
3305 {
3306   checkCartesian();
3307   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
3308   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3309     {
3310       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> arr=getFamiliesArr(1,fams,renum);
3311       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret=MEDCouplingUMesh::New();
3312       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> c=_coords->selectByTupleId(arr->getConstPointer(),arr->getConstPointer()+arr->getNbOfElems());
3313       ret->setCoords(c);
3314       return ret.retn();
3315     }
3316   std::vector<int> famIds=getFamiliesIds(fams);
3317   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1=getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt);
3318   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> zeRet;
3319   if(!famIds.empty())
3320     zeRet=l1->getFamilyPart(&famIds[0],&famIds[0]+famIds.size(),renum);
3321   else
3322     zeRet=l1->getFamilyPart(0,0,renum);
3323   if(fams.size()==1 && ((MEDCouplingUMesh *)zeRet))
3324     zeRet->setName(fams[0]);
3325   return zeRet.retn();
3326 }
3327
3328 /*!
3329  * Returns ids of mesh entities contained in given families of a given dimension.
3330  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - a relative dimension of the mesh entities whose ids
3331  *          are required.
3332  *  \param [in] fams - the names of the families of interest.
3333  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of entities, if available, are
3334  *          returned instead of ids.
3335  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
3336  *          numbers, if available and required, of mesh entities of the families. The caller
3337  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
3338  *  \throw If the family field is missing for \a meshDimRelToMaxExt.
3339  */
3340 DataArrayInt *MEDFileUMesh::getFamiliesArr(int meshDimRelToMaxExt, const std::vector<std::string>& fams, bool renum) const
3341 {
3342   std::vector<int> famIds=getFamiliesIds(fams);
3343   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3344     {
3345       if((const DataArrayInt *)_fam_coords)
3346         {
3347           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> da;
3348           if(!famIds.empty())
3349             da=_fam_coords->getIdsEqualList(&famIds[0],&famIds[0]+famIds.size());
3350           else
3351             da=_fam_coords->getIdsEqualList(0,0);
3352           if(renum)
3353             return MEDFileUMeshSplitL1::Renumber(_num_coords,da);
3354           else
3355             return da.retn();
3356         }
3357       else
3358         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::getFamiliesArr : no family array specified on nodes !");
3359     }
3360   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1=getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt);
3361   if(!famIds.empty())
3362     return l1->getFamilyPartArr(&famIds[0],&famIds[0]+famIds.size(),renum);
3363   else
3364     return l1->getFamilyPartArr(0,0,renum);
3365 }
3366
3367 /*!
3368  * Returns a MEDCouplingUMesh of a given relative dimension.
3369  * \warning If \a meshDimRelToMaxExt == 1 (which means nodes), the returned mesh **is not
3370  * valid**. This is a feature, because MEDLoader does not create cells that do not exist! 
3371  * To build a valid MEDCouplingUMesh from the returned one in this case,
3372  * call MEDCouplingUMesh::Build0DMeshFromCoords().
3373  *  \param [in] meshDimRelToMax - the relative dimension of interest.
3374  *  \param [in] renum - if \c true, the returned mesh is permuted according to the
3375  *          optional numbers of mesh entities.
3376  *  \return MEDCouplingUMesh * - a pointer to MEDCouplingUMesh that the caller is to
3377  *          delete using decrRef() as it is no more needed. 
3378  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3379  */
3380 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getMeshAtLevel(int meshDimRelToMaxExt, bool renum) const
3381 {
3382   checkCartesian();
3383   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
3384   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3385     {
3386       if(!renum)
3387         {
3388           MEDCouplingUMesh *umesh=MEDCouplingUMesh::New();
3389           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> cc=_coords->deepCpy();
3390           umesh->setCoords(cc);
3391           MEDFileUMeshSplitL1::ClearNonDiscrAttributes(umesh);
3392           umesh->setName(getName());
3393           return umesh;
3394         }
3395     }
3396   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1=getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt);
3397   return l1->getWholeMesh(renum);
3398 }
3399
3400 std::vector<int> MEDFileUMesh::getDistributionOfTypes(int meshDimRelToMax) const
3401 {
3402   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMax));
3403   return l1->getDistributionOfTypes();
3404 }
3405
3406 /*!
3407  * Returns a MEDCouplingUMesh of a relative dimension == 0.
3408  *  \param [in] renum - if \c true, the returned mesh is permuted according to the
3409  *          optional numbers of mesh entities.
3410  *  \return MEDCouplingUMesh * - a pointer to MEDCouplingUMesh that the caller is to
3411  *          delete using decrRef() as it is no more needed. 
3412  *  \throw If there are no mesh entities of the relative dimension == 0 in \a this mesh.
3413  */
3414 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getLevel0Mesh(bool renum) const
3415 {
3416   return getMeshAtLevel(0,renum);
3417 }
3418
3419 /*!
3420  * Returns a MEDCouplingUMesh of a relative dimension == -1.
3421  *  \param [in] renum - if \c true, the returned mesh is permuted according to the
3422  *          optional numbers of mesh entities.
3423  *  \return MEDCouplingUMesh * - a pointer to MEDCouplingUMesh that the caller is to
3424  *          delete using decrRef() as it is no more needed. 
3425  *  \throw If there are no mesh entities of the relative dimension == -1 in \a this mesh.
3426  */
3427 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getLevelM1Mesh(bool renum) const
3428 {
3429   return getMeshAtLevel(-1,renum);
3430 }
3431
3432 /*!
3433  * Returns a MEDCouplingUMesh of a relative dimension == -2.
3434  *  \param [in] renum - if \c true, the returned mesh is permuted according to the
3435  *          optional numbers of mesh entities.
3436  *  \return MEDCouplingUMesh * - a pointer to MEDCouplingUMesh that the caller is to
3437  *          delete using decrRef() as it is no more needed. 
3438  *  \throw If there are no mesh entities of the relative dimension == -2 in \a this mesh.
3439  */
3440 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getLevelM2Mesh(bool renum) const
3441 {
3442   return getMeshAtLevel(-2,renum);
3443 }
3444
3445 /*!
3446  * Returns a MEDCouplingUMesh of a relative dimension == -3.
3447  *  \param [in] renum - if \c true, the returned mesh is permuted according to the
3448  *          optional numbers of mesh entities.
3449  *  \return MEDCouplingUMesh * - a pointer to MEDCouplingUMesh that the caller is to
3450  *          delete using decrRef() as it is no more needed. 
3451  *  \throw If there are no mesh entities of the relative dimension == -3 in \a this mesh.
3452  */
3453 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getLevelM3Mesh(bool renum) const
3454 {
3455   return getMeshAtLevel(-3,renum);
3456 }
3457
3458 /*!
3459  * This method is for advanced users. There is two storing strategy of mesh in \a this.
3460  * Either MEDCouplingUMesh, or vector of MEDCoupling1GTUMesh instances.
3461  * When assignement is done the first one is done, which is not optimal in write mode for MED file.
3462  * This method allows to switch from MEDCouplingUMesh mode to MEDCoupling1GTUMesh mode.
3463  */
3464 void MEDFileUMesh::forceComputationOfParts() const
3465 {
3466   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
3467     {
3468       const MEDFileUMeshSplitL1 *elt(*it);
3469       if(elt)
3470         elt->forceComputationOfParts();
3471     }
3472 }
3473
3474 /*!
3475  * This method returns a vector of mesh parts containing each exactly one geometric type.
3476  * This method will never launch an automatic computation of split by type (an INTERP_KERNEL::Exception will be then thrown).
3477  * This method is only for memory aware users.
3478  * The returned pointers are **NOT** new object pointer. No need to mange them.
3479  */
3480 std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *> MEDFileUMesh::getDirectUndergroundSingleGeoTypeMeshes(int meshDimRelToMax) const
3481 {
3482   checkCartesian();
3483   const MEDFileUMeshSplitL1 *sp(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMax));
3484   return sp->getDirectUndergroundSingleGeoTypeMeshes();
3485 }
3486
3487 /*!
3488  * This method returns the part of \a this having the geometric type \a gt.
3489  * If such part is not existing an exception will be thrown.
3490  * The returned pointer is **NOT** new object pointer. No need to mange it.
3491  */
3492 MEDCoupling1GTUMesh *MEDFileUMesh::getDirectUndergroundSingleGeoTypeMesh(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
3493 {
3494   checkCartesian();
3495   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm(INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(gt));
3496   int lev=(int)cm.getDimension()-getMeshDimension();
3497   const MEDFileUMeshSplitL1 *sp(getMeshAtLevSafe(lev));
3498   return sp->getDirectUndergroundSingleGeoTypeMesh(gt);
3499 }
3500
3501 /*!
3502  * Given a relative level \a meshDimRelToMax it returns the sorted vector of geometric types present in \a this.
3503  * \throw if the reqsuested \a meshDimRelToMax does not exist.
3504  */
3505 std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> MEDFileUMesh::getGeoTypesAtLevel(int meshDimRelToMax) const
3506 {
3507   const MEDFileUMeshSplitL1 *sp(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMax));
3508   return sp->getGeoTypes();
3509 }
3510
3511 int MEDFileUMesh::getNumberOfCellsWithType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType ct) const
3512 {
3513   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(ct);
3514   const MEDFileUMeshSplitL1 *sp(getMeshAtLevSafe( ((int)cm.getDimension())-getMeshDimension() ));
3515   return sp->getNumberOfCellsWithType(ct);
3516 }
3517
3518 /*!
3519  * This method extracts from whole family field ids the part relative to the input parameter \a gt.
3520  * \param [in] gt - the geometric type for which the family field is asked.
3521  * \return DataArrayInt * - a pointer to DataArrayInt that the caller is to
3522  *          delete using decrRef() as it is no more needed.
3523  * \sa MEDFileUMesh::extractNumberFieldOnGeoType
3524  */
3525 DataArrayInt *MEDFileUMesh::extractFamilyFieldOnGeoType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
3526 {
3527   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(gt);
3528   int lev=(int)cm.getDimension()-getMeshDimension();
3529   const MEDFileUMeshSplitL1 *sp(getMeshAtLevSafe(lev));
3530   return sp->extractFamilyFieldOnGeoType(gt);
3531 }
3532
3533 /*!
3534  * This method extracts from whole number field ids the part relative to the input parameter \a gt.
3535  * \param [in] gt - the geometric type for which the number field is asked.
3536  * \return DataArrayInt * - a pointer to DataArrayInt that the caller is to
3537  *          delete using decrRef() as it is no more needed.
3538  * \sa MEDFileUMesh::extractFamilyFieldOnGeoType
3539  */
3540 DataArrayInt *MEDFileUMesh::extractNumberFieldOnGeoType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
3541 {
3542   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(gt);
3543   int lev=(int)cm.getDimension()-getMeshDimension();
3544   const MEDFileUMeshSplitL1 *sp(getMeshAtLevSafe(lev));
3545   return sp->extractNumberFieldOnGeoType(gt);
3546 }
3547
3548 /*!
3549  * This method returns for specified geometric type \a gt the relative level to \a this.
3550  * If the relative level is empty an exception will be thrown.
3551  */
3552 int MEDFileUMesh::getRelativeLevOnGeoType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
3553 {
3554   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(gt);
3555   int ret((int)cm.getDimension()-getMeshDimension());
3556   getMeshAtLevSafe(ret);//To test that returned value corresponds to a valid level.
3557   return ret;
3558 }
3559
3560 const MEDFileUMeshSplitL1 *MEDFileUMesh::getMeshAtLevSafe(int meshDimRelToMaxExt) const
3561 {
3562   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3563     throw INTERP_KERNEL::Exception("Dimension request is invalid : asking for node level (1) !");
3564   if(meshDimRelToMaxExt>1)
3565     throw INTERP_KERNEL::Exception("Dimension request is invalid (>1) !");
3566   int tracucedRk=-meshDimRelToMaxExt;
3567   if(tracucedRk>=(int)_ms.size())
3568     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh dim relative to max given ! Too low !");
3569   if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)_ms[tracucedRk]==0)
3570     throw INTERP_KERNEL::Exception("On specified lev (or entity) no cells exists !");
3571   return _ms[tracucedRk];
3572 }
3573
3574 MEDFileUMeshSplitL1 *MEDFileUMesh::getMeshAtLevSafe(int meshDimRelToMaxExt)
3575 {
3576   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3577     throw INTERP_KERNEL::Exception("Dimension request is invalid : asking for node level (1) !");
3578   if(meshDimRelToMaxExt>1)
3579     throw INTERP_KERNEL::Exception("Dimension request is invalid (>1) !");
3580   int tracucedRk=-meshDimRelToMaxExt;
3581   if(tracucedRk>=(int)_ms.size())
3582     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh dim relative to max given ! Too low !");
3583   if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)_ms[tracucedRk]==0)
3584     throw INTERP_KERNEL::Exception("On specified lev (or entity) no cells exists !");
3585   return _ms[tracucedRk];
3586 }
3587
3588 void MEDFileUMesh::checkMeshDimCoherency(int meshDim, int meshDimRelToMax) const
3589 {
3590   if(-meshDimRelToMax>=(int)_ms.size())
3591     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::checkMeshDimCoherency : The meshdim of mesh is not managed by 'this' !");
3592   int i=0;
3593   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++,i++)
3594     {
3595       if(((const MEDFileUMeshSplitL1*) (*it))!=0)
3596         {
3597           int ref=(*it)->getMeshDimension();
3598           if(ref+i!=meshDim-meshDimRelToMax)
3599             throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::checkMeshDimCoherency : no coherency between levels !");
3600         }
3601     }
3602 }
3603
3604 /*!
3605  * Sets the node coordinates array of \a this mesh.
3606  *  \param [in] coords - the new node coordinates array.
3607  *  \throw If \a coords == \c NULL.
3608  */
3609 void MEDFileUMesh::setCoords(DataArrayDouble *coords)
3610 {
3611   if(!coords)
3612     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setCoords : null pointer in input !");
3613   if(coords==(DataArrayDouble *)_coords)
3614     return ;
3615   coords->checkAllocated();
3616   int nbOfTuples=coords->getNumberOfTuples();
3617   _coords=coords;
3618   coords->incrRef();
3619   _fam_coords=DataArrayInt::New();
3620   _fam_coords->alloc(nbOfTuples,1);
3621   _fam_coords->fillWithZero();
3622   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
3623     if((MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it))
3624       (*it)->setCoords(coords);
3625 }
3626
3627 /*!
3628  * Removes all groups of a given dimension in \a this mesh.
3629  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of interest.
3630  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3631  */
3632 void MEDFileUMesh::eraseGroupsAtLevel(int meshDimRelToMaxExt)
3633 {
3634   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3635     {
3636       if((DataArrayInt *)_fam_coords)
3637         _fam_coords->fillWithZero();
3638       return ;
3639     }
3640   MEDFileUMeshSplitL1 *l1=getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt);
3641   l1->eraseFamilyField();
3642   optimizeFamilies();
3643 }
3644
3645 /*!
3646  * Removes all families with ids not present in the family fields of \a this mesh.
3647  */
3648 void MEDFileUMesh::optimizeFamilies()
3649 {
3650   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevelsExt();
3651   std::set<int> allFamsIds;
3652   for(std::vector<int>::const_iterator it=levs.begin();it!=levs.end();it++)
3653     {
3654       const DataArrayInt *ffield=getFamilyFieldAtLevel(*it);
3655       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ids=ffield->getDifferentValues();
3656       std::set<int> res;
3657       std::set_union(ids->begin(),ids->end(),allFamsIds.begin(),allFamsIds.end(),std::inserter(res,res.begin()));
3658       allFamsIds=res;
3659     }
3660   std::set<std::string> famNamesToKill;
3661   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
3662     {
3663       if(allFamsIds.find((*it).second)!=allFamsIds.end())
3664         famNamesToKill.insert((*it).first);
3665     }
3666   for(std::set<std::string>::const_iterator it=famNamesToKill.begin();it!=famNamesToKill.end();it++)
3667     _families.erase(*it);
3668   std::vector<std::string> grpNamesToKill;
3669   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it=_groups.begin();it!=_groups.end();it++)
3670     {
3671       std::vector<std::string> tmp;
3672       for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=(*it).second.begin();it2!=(*it).second.end();it2++)
3673         {
3674           if(famNamesToKill.find(*it2)==famNamesToKill.end())
3675             tmp.push_back(*it2);
3676         }
3677       if(!tmp.empty())
3678         (*it).second=tmp;
3679       else
3680         tmp.push_back((*it).first);
3681     }
3682   for(std::vector<std::string>::const_iterator it=grpNamesToKill.begin();it!=grpNamesToKill.end();it++)
3683     _groups.erase(*it);
3684 }
3685
3686 /**
3687  * \b this must be filled at level 0 and -1, typically the -1 level being (part of) the descending connectivity
3688  * of the top level. This method build a "crack", or an inner boundary, in \b this along the group of level -1 named grpNameM1.
3689  * The boundary is built according to the following method:
3690  *  - all nodes along the boundary which are not lying on an internal extremity of the (-1)-level group are duplicated (so the
3691  * coordinates array is extended).
3692  *  - new (-1)-level cells are built lying on those new nodes. So the edges/faces along the group are duplicated.
3693  *  After this operation a top-level cell bordering the group will loose some neighbors (typically the cell which is  on the
3694  *  other side of the group is no more a neighbor)
3695  *   - finally, the connectivity of (part of) the top level-cells bordering the group is also modified so that some cells
3696  *  bordering the newly created boundary use the newly computed nodes.
3697  *
3698  *  \param[in] grpNameM1 name of the (-1)-level group defining the boundary
3699  *  \param[out] nodesDuplicated ids of the initial nodes which have been duplicated (and whose copy is put at the end of
3700  *  the coord array)
3701  *  \param[out] cellsModified ids of the cells whose connectivity has been modified (to use the newly created nodes)
3702  *  \param[out] cellsNotModified ids of the rest of cells bordering the new boundary whose connectivity remains unchanged.
3703  */
3704 void MEDFileUMesh::buildInnerBoundaryAlongM1Group(const std::string& grpNameM1, DataArrayInt *&nodesDuplicated,
3705                                            DataArrayInt *&cellsModified, DataArrayInt *&cellsNotModified)
3706 {
3707   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevels();
3708   if(std::find(levs.begin(),levs.end(),0)==levs.end() || std::find(levs.begin(),levs.end(),-1)==levs.end())
3709     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::buildInnerBoundaryAlongM1Group : This method works only for mesh definied on level 0 and -1 !");
3710   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m0=getMeshAtLevel(0);
3711   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1=getMeshAtLevel(-1);
3712   int nbNodes=m0->getNumberOfNodes();
3713   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m11=getGroup(-1,grpNameM1);
3714   DataArrayInt *tmp00=0,*tmp11=0,*tmp22=0;
3715   m0->findNodesToDuplicate(*m11,tmp00,tmp11,tmp22);
3716   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> nodeIdsToDuplicate(tmp00);
3717   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellsToModifyConn0(tmp11);
3718   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellsToModifyConn1(tmp22);
3719   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> tmp0=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(m0->buildPartOfMySelf(cellsToModifyConn0->begin(),cellsToModifyConn0->end(),true));
3720   // node renumbering of cells in m1 impacted by duplication of node but not in group 'grpNameM1' on level -1
3721   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> descTmp0=DataArrayInt::New(),descITmp0=DataArrayInt::New(),revDescTmp0=DataArrayInt::New(),revDescITmp0=DataArrayInt::New();
3722   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> tmp0Desc=tmp0->buildDescendingConnectivity(descTmp0,descITmp0,revDescTmp0,revDescITmp0);
3723   descTmp0=0; descITmp0=0; revDescTmp0=0; revDescITmp0=0;
3724   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellsInM1ToRenumW2=tmp0Desc->getCellIdsLyingOnNodes(nodeIdsToDuplicate->begin(),nodeIdsToDuplicate->end(),false);
3725   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> cellsInM1ToRenumW3=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(tmp0Desc->buildPartOfMySelf(cellsInM1ToRenumW2->begin(),cellsInM1ToRenumW2->end(),true));
3726   DataArrayInt *cellsInM1ToRenumW4Tmp=0;
3727   m1->areCellsIncludedIn(cellsInM1ToRenumW3,2,cellsInM1ToRenumW4Tmp);
3728   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellsInM1ToRenumW4(cellsInM1ToRenumW4Tmp);
3729   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellsInM1ToRenumW5=cellsInM1ToRenumW4->getIdsInRange(0,m1->getNumberOfCells());
3730   cellsInM1ToRenumW5->transformWithIndArr(cellsInM1ToRenumW4->begin(),cellsInM1ToRenumW4->end());
3731   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> grpIds=getGroupArr(-1,grpNameM1);
3732   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellsInM1ToRenum=cellsInM1ToRenumW5->buildSubstraction(grpIds);
3733   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1Part=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(m1->buildPartOfMySelf(cellsInM1ToRenum->begin(),cellsInM1ToRenum->end(),true));
3734   m1Part->duplicateNodesInConn(nodeIdsToDuplicate->begin(),nodeIdsToDuplicate->end(),nbNodes);
3735   m1->setPartOfMySelf(cellsInM1ToRenum->begin(),cellsInM1ToRenum->end(),*m1Part);
3736   // end of node renumbering of cells in m1 impacted by duplication of node but not in group of level -1 'grpNameM1'
3737   tmp0->duplicateNodes(nodeIdsToDuplicate->begin(),nodeIdsToDuplicate->end());
3738   m0->setCoords(tmp0->getCoords());
3739   m0->setPartOfMySelf(cellsToModifyConn0->begin(),cellsToModifyConn0->end(),*tmp0);
3740   m1->setCoords(m0->getCoords());
3741   _coords=m0->getCoords(); _coords->incrRef();
3742   // duplication of cells in group 'grpNameM1' on level -1
3743   m11->duplicateNodesInConn(nodeIdsToDuplicate->begin(),nodeIdsToDuplicate->end(),nbNodes); m11->setCoords(m0->getCoords());
3744   std::vector<const MEDCouplingUMesh *> v(2); v[0]=m1; v[1]=m11;
3745   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> newm1=MEDCouplingUMesh::AggregateSortedByTypeMeshesOnSameCoords(v,tmp00,tmp11);
3746   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> szOfCellGrpOfSameType(tmp00);
3747   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> idInMsOfCellGrpOfSameType(tmp11);
3748   //
3749   newm1->setName(getName());
3750   const DataArrayInt *fam=getFamilyFieldAtLevel(-1);
3751   if(!fam)
3752     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::buildInnerBoundaryAlongM1Group : internal problem !");
3753   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newFam=DataArrayInt::New();
3754   newFam->alloc(newm1->getNumberOfCells(),1);
3755   // Get a new family ID: care must be taken if we need a positive ID or a negative one:
3756   // Positive ID for family of nodes, negative for all the rest.
3757   int idd;
3758   if (m1->getMeshDimension() == 0)
3759     idd=getMaxFamilyId()+1;
3760   else
3761     idd=getMinFamilyId()-1;
3762   int globStart=0,start=0,end,globEnd;
3763   int nbOfChunks=szOfCellGrpOfSameType->getNumberOfTuples();
3764   for(int i=0;i<nbOfChunks;i++)
3765     {
3766       globEnd=globStart+szOfCellGrpOfSameType->getIJ(i,0);
3767       if(idInMsOfCellGrpOfSameType->getIJ(i,0)==0)
3768         {
3769           end=start+szOfCellGrpOfSameType->getIJ(i,0);
3770           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> part=fam->selectByTupleId2(start,end,1);
3771           newFam->setPartOfValues1(part,globStart,globEnd,1,0,1,1,true);
3772           start=end;
3773         }
3774       else
3775         {
3776           newFam->setPartOfValuesSimple1(idd,globStart,globEnd,1,0,1,1);
3777         }
3778       globStart=globEnd;
3779     }
3780   newm1->setCoords(getCoords());
3781   setMeshAtLevel(-1,newm1);
3782   setFamilyFieldArr(-1,newFam);
3783   std::string grpName2(grpNameM1); grpName2+="_dup";
3784   addFamily(grpName2,idd);
3785   addFamilyOnGrp(grpName2,grpName2);
3786   //
3787   fam=_fam_coords;
3788   if(fam)
3789     {
3790       int newNbOfNodes=getCoords()->getNumberOfTuples();
3791       newFam=DataArrayInt::New(); newFam->alloc(newNbOfNodes,1);
3792       newFam->setPartOfValues1(fam,0,nbNodes,1,0,1,1,true);
3793       newFam->setPartOfValuesSimple1(0,nbNodes,newNbOfNodes,1,0,1,1);
3794       _fam_coords=newFam;
3795     }
3796   nodesDuplicated=nodeIdsToDuplicate.retn();
3797   cellsModified=cellsToModifyConn0.retn();
3798   cellsNotModified=cellsToModifyConn1.retn();
3799 }
3800
3801 /*!
3802  * \param [out] oldCode retrieves the distribution of types before the call if true is returned
3803  * \param [out] newCode etrieves the distribution of types after the call if true is returned
3804  * \param [out] o2nRenumCell tells for **all levels** the old 2 new renumbering of cells.
3805  * 
3806  * \return false if no modification has been performed linked to the unpolyzation. Neither cell type, not cell numbers. When false is returned no need of field on cells or on gauss renumbering.
3807  * Inversely, if true is returned, it means that distribution of cell by geometric type has changed and field on cell and field on gauss point must be renumbered.
3808  */
3809 bool MEDFileUMesh::unPolyze(std::vector<int>& oldCode, std::vector<int>& newCode, DataArrayInt *& o2nRenumCell)
3810 {
3811   o2nRenumCell=0; oldCode.clear(); newCode.clear();
3812   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevels();
3813   bool ret=false;
3814   std::vector< const DataArrayInt* > renumCellsSplited;//same than memorySaverIfThrow
3815   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > memorySaverIfThrow;//same than renumCellsSplited only in case of throw
3816   int start=0;
3817   int end=0;
3818   for(std::vector<int>::reverse_iterator it=levs.rbegin();it!=levs.rend();it++)
3819     {
3820       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m=getMeshAtLevel(*it);
3821       std::vector<int> code1=m->getDistributionOfTypes();
3822       end=PutInThirdComponentOfCodeOffset(code1,start);
3823       oldCode.insert(oldCode.end(),code1.begin(),code1.end());
3824       bool hasChanged=m->unPolyze();
3825       DataArrayInt *fake=0;
3826       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> o2nCellsPart=m->getLevArrPerCellTypes(MEDCouplingUMesh::MEDMEM_ORDER,
3827           MEDCouplingUMesh::MEDMEM_ORDER+MEDCouplingUMesh::N_MEDMEM_ORDER,fake);
3828       fake->decrRef();
3829       renumCellsSplited.push_back(o2nCellsPart); memorySaverIfThrow.push_back(o2nCellsPart);
3830       if(hasChanged)
3831         {
3832           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> o2nCellsPart2=o2nCellsPart->buildPermArrPerLevel();
3833           m->renumberCells(o2nCellsPart2->getConstPointer(),false);
3834           ret=true;
3835           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famField2,numField2;
3836           const DataArrayInt *famField=getFamilyFieldAtLevel(*it); if(famField) { famField->incrRef(); famField2=const_cast<DataArrayInt *>(famField); }
3837           const DataArrayInt *numField=getNumberFieldAtLevel(*it); if(numField) { numField->incrRef(); numField2=const_cast<DataArrayInt *>(numField); }
3838           setMeshAtLevel(*it,m);
3839           std::vector<int> code2=m->getDistributionOfTypes();
3840           end=PutInThirdComponentOfCodeOffset(code2,start);
3841           newCode.insert(newCode.end(),code2.begin(),code2.end());
3842           //
3843           if(o2nCellsPart2->isIdentity())
3844             continue;
3845           if(famField)
3846             {
3847               MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newFamField=famField->renumber(o2nCellsPart2->getConstPointer());
3848               setFamilyFieldArr(*it,newFamField);
3849             }
3850           if(numField)
3851             {
3852               MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newNumField=numField->renumber(o2nCellsPart2->getConstPointer());
3853               setRenumFieldArr(*it,newNumField);
3854             }
3855         }
3856       else
3857         {
3858           newCode.insert(newCode.end(),code1.begin(),code1.end());
3859         }
3860       start=end;
3861     }
3862   if(ret)
3863     {
3864       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> renumCells=DataArrayInt::Aggregate(renumCellsSplited);
3865       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> o2nRenumCellRet=renumCells->buildPermArrPerLevel();
3866       o2nRenumCell=o2nRenumCellRet.retn();
3867     }
3868   return ret;
3869 }
3870
3871 /*! \cond HIDDEN_ITEMS */
3872 struct MEDLoaderAccVisit1
3873 {
3874   MEDLoaderAccVisit1():_new_nb_of_nodes(0) { }
3875   int operator()(bool val) { return val?_new_nb_of_nodes++:-1; }
3876   int _new_nb_of_nodes;
3877 };
3878 /*! \endcond */
3879
3880 /*!
3881  * Array returned is the correspondance in \b old \b to \b new format. The returned array is newly created and should be dealt by the caller.
3882  * The maximum value stored in returned array is the number of nodes of \a this minus 1 after call of this method.
3883  * The size of returned array is the number of nodes of the old (previous to the call of this method) number of nodes.
3884  * -1 values in returned array means that the corresponding old node is no more used.
3885  *
3886  * \return newly allocated array containing correspondance in \b old \b to \b new format. If all nodes in \a this are fetched \c NULL pointer is returned and nothing
3887  *         is modified in \a this.
3888  * \throw If no coordinates are set in \a this or if there is in any available mesh in \a this a cell having a nodal connectivity containing a node id not in the range of
3889  *  set coordinates.
3890  */
3891 DataArrayInt *MEDFileUMesh::zipCoords()
3892 {
3893   const DataArrayDouble *coo(getCoords());
3894   if(!coo)
3895     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::zipCoords : no coordinates set in this !");
3896   int nbOfNodes(coo->getNumberOfTuples());
3897   std::vector<bool> nodeIdsInUse(nbOfNodes,false);
3898   std::vector<int> neLevs(getNonEmptyLevels());
3899   for(std::vector<int>::const_iterator lev=neLevs.begin();lev!=neLevs.end();lev++)
3900     {
3901       const MEDFileUMeshSplitL1 *zeLev(getMeshAtLevSafe(*lev));
3902       if(zeLev->isMeshStoredSplitByType())
3903         {
3904           std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *> ms(zeLev->getDirectUndergroundSingleGeoTypeMeshes());
3905           for(std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *>::const_iterator it=ms.begin();it!=ms.end();it++)
3906             if(*it)
3907               (*it)->computeNodeIdsAlg(nodeIdsInUse);
3908         }
3909       else
3910         {
3911           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> mesh(zeLev->getWholeMesh(false));
3912           mesh->computeNodeIdsAlg(nodeIdsInUse);
3913         }
3914     }
3915   int nbrOfNodesInUse((int)std::count(nodeIdsInUse.begin(),nodeIdsInUse.end(),true));
3916   if(nbrOfNodesInUse==nbOfNodes)
3917     return 0;//no need to update _part_coords
3918   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret(DataArrayInt::New()); ret->alloc(nbOfNodes,1);
3919   std::transform(nodeIdsInUse.begin(),nodeIdsInUse.end(),ret->getPointer(),MEDLoaderAccVisit1());
3920   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret2(ret->invertArrayO2N2N2OBis(nbrOfNodesInUse));
3921   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> newCoords(coo->selectByTupleIdSafe(ret2->begin(),ret2->end()));
3922   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newFamCoords;
3923   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayAsciiChar> newNameCoords;
3924   if((const DataArrayInt *)_fam_coords)
3925     newFamCoords=_fam_coords->selectByTupleIdSafe(ret2->begin(),ret2->end());
3926   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newNumCoords;
3927   if((const DataArrayInt *)_num_coords)
3928     newNumCoords=_num_coords->selectByTupleIdSafe(ret2->begin(),ret2->end());
3929   if((const DataArrayAsciiChar *)_name_coords)
3930     newNameCoords=static_cast<DataArrayAsciiChar *>(_name_coords->selectByTupleIdSafe(ret2->begin(),ret2->end()));
3931   _coords=newCoords; _fam_coords=newFamCoords; _num_coords=newNumCoords; _name_coords=newNameCoords; _rev_num_coords=0;
3932   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
3933     {
3934       if((MEDFileUMeshSplitL1*)*it)
3935         {
3936           (*it)->renumberNodesInConn(ret->begin());
3937           (*it)->setCoords(_coords);
3938         }
3939     }
3940   // updates _part_coords
3941   const PartDefinition *pc(_part_coords);
3942   if(pc)
3943     {
3944       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<PartDefinition> tmpPD(DataArrayPartDefinition::New(ret2));
3945       _part_coords=tmpPD->composeWith(pc);
3946     }
3947   return ret.retn();
3948 }
3949
3950 /*!
3951  * This method performs an extrusion along a path defined by \a m1D.
3952  * \a this is expected to be a mesh with max mesh dimension equal to 2.
3953  * \a m1D is expected to be a mesh with space dimesion equal to 3 and mesh dimension equal to 1.
3954  * Mesh dimensions of returned mesh is incremented by one compared to thoose in \a this.
3955  * This method scans all levels in \a this
3956  * and put them in the returned mesh. All groups in \a this are also put in the returned mesh.
3957  *
3958  * \param [in] m1D - the mesh defining the extrusion path.
3959  * \param [in] policy - defines the policy of extrusion (see MEDCouplingUMesh::buildExtrudedMesh for more details)
3960  * \return - a new reference on mesh (you have to deal with using decrRef). The returned mesh will have the same name than \a this.
3961  *
3962  * \sa MEDCouplingUMesh::buildExtrudedMesh
3963  */
3964 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::buildExtrudedMesh(const MEDCouplingUMesh *m1D, int policy) const
3965 {
3966   checkCartesian();
3967   if(getMeshDimension()!=2)
3968     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::buildExtrudedMesh : this is expected to be with mesh dimension equal to 2 !");
3969   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> ret(MEDFileUMesh::New());
3970   m1D->checkCoherency();
3971   if(m1D->getMeshDimension()!=1)
3972     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::buildExtrudedMesh : input mesh must have a mesh dimension equal to one !");
3973   int nbRep(m1D->getNumberOfCells());
3974   std::vector<int> levs(getNonEmptyLevels());
3975   std::vector<std::string> grps(getGroupsNames());
3976   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> > zeList;
3977   DataArrayDouble *coords(0);
3978   std::size_t nbOfLevsOut(levs.size()+1);
3979   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > o2ns(nbOfLevsOut);
3980   for(std::vector<int>::const_iterator lev=levs.begin();lev!=levs.end();lev++)
3981     {
3982       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> item(getMeshAtLevel(*lev));
3983       item=item->clone(false);
3984       item->changeSpaceDimension(3+(*lev),0.);//no problem non const but change DataArrayDouble for coordinates do not alter data
3985       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> tmp(static_cast<MEDCouplingUMesh *>(m1D->deepCpy()));
3986       tmp->changeSpaceDimension(3+(*lev),0.);
3987       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> elt(item->buildExtrudedMesh(tmp,policy));
3988       zeList.push_back(elt);
3989       if(*lev==0)
3990         coords=elt->getCoords();
3991     }
3992   if(!coords)
3993     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::buildExtrudedMesh : internal error !");
3994   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> >::iterator it=zeList.begin();it!=zeList.end();it++)
3995     {
3996       (*it)->setName(getName());
3997       (*it)->setCoords(coords);
3998     }
3999   for(std::size_t ii=0;ii!=zeList.size();ii++)
4000     {
4001       int lev(levs[ii]);
4002       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> elt(zeList[ii]);
4003       if(lev<=-1)
4004         {
4005           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> elt1(getMeshAtLevel(lev+1));
4006           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> elt2(elt1->clone(false));
4007           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp(elt2->getNodalConnectivity()->deepCpy());
4008           elt2->setConnectivity(tmp,elt2->getNodalConnectivityIndex());
4009           elt2->shiftNodeNumbersInConn(nbRep*elt1->getNumberOfNodes());
4010           elt1->setCoords(elt->getCoords()); elt2->setCoords(elt->getCoords());
4011           std::vector<const MEDCouplingUMesh *> elts(3);
4012           elts[0]=elt; elts[1]=elt1; elts[2]=elt2;
4013           elt=MEDCouplingUMesh::MergeUMeshesOnSameCoords(elts);
4014           elt->setName(getName());
4015         }
4016       //
4017       o2ns[ii]=elt->sortCellsInMEDFileFrmt();
4018       ret->setMeshAtLevel(lev,elt);
4019     }
4020   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> endLev(getMeshAtLevel(levs.back())),endLev2;
4021   endLev=endLev->clone(false); endLev->setCoords(coords);
4022   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp(endLev->getNodalConnectivity()->deepCpy());
4023   endLev2=endLev->clone(false); endLev2->setConnectivity(tmp,endLev->getNodalConnectivityIndex());
4024   endLev2->shiftNodeNumbersInConn(nbRep*getNumberOfNodes());
4025   endLev=MEDCouplingUMesh::MergeUMeshesOnSameCoords(endLev,endLev2);
4026   o2ns[levs.size()]=endLev->sortCellsInMEDFileFrmt();
4027   endLev->setName(getName());
4028   ret->setMeshAtLevel(levs.back()-1,endLev);
4029   //
4030   for(std::size_t ii=0;ii!=zeList.size();ii++)
4031     {
4032       int lev(levs[ii]);
4033       std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > outGrps;
4034       std::vector< const DataArrayInt * > outGrps2;
4035       if(lev<=-1)
4036         {
4037           for(std::vector<std::string>::const_iterator grp=grps.begin();grp!=grps.end();grp++)
4038             {
4039               MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> grpArr(getGroupArr(lev+1,*grp));
4040               if(!grpArr->empty())
4041                 {
4042                   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> grpArr1(grpArr->deepCpy()),grpArr2(grpArr->deepCpy());
4043                   int offset0(zeList[ii]->getNumberOfCells());
4044                   int offset1(offset0+getNumberOfCellsAtLevel(lev+1));
4045                   grpArr1->applyLin(1,offset0); grpArr2->applyLin(1,offset1);
4046                   std::ostringstream oss; oss << grpArr2->getName() << "_top";
4047                   grpArr2->setName(oss.str());
4048                   grpArr1->transformWithIndArr(o2ns[ii]->begin(),o2ns[ii]->end());
4049                   grpArr2->transformWithIndArr(o2ns[ii]->begin(),o2ns[ii]->end());
4050                   outGrps.push_back(grpArr1); outGrps.push_back(grpArr2);
4051                   outGrps2.push_back(grpArr1); outGrps2.push_back(grpArr2);
4052                 }
4053             }
4054         }
4055       //
4056       for(std::vector<std::string>::const_iterator grp=grps.begin();grp!=grps.end();grp++)
4057         {
4058           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> grpArr(getGroupArr(lev,*grp));
4059           if(!grpArr->empty())
4060             {
4061               int nbCellsB4Extrusion(getNumberOfCellsAtLevel(lev));
4062               std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > grpArrs(nbRep);
4063               std::vector< const DataArrayInt *> grpArrs2(nbRep);
4064               for(int iii=0;iii<nbRep;iii++)
4065                 {
4066                   grpArrs[iii]=grpArr->deepCpy(); grpArrs[iii]->applyLin(1,iii*nbCellsB4Extrusion);
4067                   grpArrs2[iii]=grpArrs[iii];
4068                 }
4069               MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> grpArrExt(DataArrayInt::Aggregate(grpArrs2));
4070               grpArrExt->transformWithIndArr(o2ns[ii]->begin(),o2ns[ii]->end());
4071               std::ostringstream grpName; grpName << *grp << "_extruded";
4072               grpArrExt->setName(grpName.str());
4073               outGrps.push_back(grpArrExt);
4074               outGrps2.push_back(grpArrExt);
4075             }
4076         }
4077       ret->setGroupsAtLevel(lev,outGrps2);
4078     }
4079   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > outGrps;
4080   std::vector< const DataArrayInt * > outGrps2;
4081   for(std::vector<std::string>::const_iterator grp=grps.begin();grp!=grps.end();grp++)
4082     {
4083       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> grpArr1(getGroupArr(levs.back(),*grp));
4084       if(grpArr1->empty())
4085         continue;
4086       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> grpArr2(grpArr1->deepCpy());
4087       std::ostringstream grpName; grpName << *grp << "_top";
4088       grpArr2->setName(grpName.str());
4089       grpArr2->applyLin(1,getNumberOfCellsAtLevel(levs.back()));
4090       outGrps.push_back(grpArr1); outGrps.push_back(grpArr2);
4091       outGrps2.push_back(grpArr1); outGrps2.push_back(grpArr2);
4092     }
4093   ret->setGroupsAtLevel(levs.back()-1,outGrps2);
4094   return ret.retn();
4095 }
4096
4097 /*!
4098  * This method converts all linear cells in \a this into quadratic cells (following the \a conversionType policy).
4099  * All the cells converted are put in the returned instance. This method applies all the groups and families in \a this to returned instance.
4100  * Groups on nodes and families on nodes are copied directly to the returned instance without transformation.
4101  *
4102  * \param [in] conversionType - conversionType specifies the type of conversion expected. Only 0 (default) and 1 are supported presently. 0 those that creates the 'most' simple
4103  *             corresponding quadratic cells. 1 is those creating the 'most' complex.
4104  * \param [in] eps - detection threshold for coordinates.
4105  * \return A new instance that is the result of the conversion. The caller has the ownership of this returned instance.
4106  *
4107  * \sa MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic , quadraticToLinear
4108  */
4109 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::linearToQuadratic(int conversionType, double eps) const
4110 {
4111   checkCartesian();
4112   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> ret(MEDFileUMesh::New());
4113   int initialNbNodes(getNumberOfNodes());
4114   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m0Tmp(getMeshAtLevel(0));
4115   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m0(dynamic_cast<MEDCouplingUMesh *>(m0Tmp->deepCpy()));
4116   {
4117     MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> notUsed(m0->convertLinearCellsToQuadratic(conversionType));
4118   }
4119   DataArrayDouble *zeCoords(m0->getCoords());
4120   ret->setMeshAtLevel(0,m0);
4121   std::vector<int> levs(getNonEmptyLevels());
4122   const DataArrayInt *famField(getFamilyFieldAtLevel(0));
4123   if(famField)
4124     {
4125       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famFieldCpy(famField->deepCpy());
4126       ret->setFamilyFieldArr(0,famFieldCpy);
4127     }
4128   famField=getFamilyFieldAtLevel(1);
4129   if(famField)
4130     {
4131       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> fam(DataArrayInt::New()); fam->alloc(zeCoords->getNumberOfTuples(),1);
4132       fam->fillWithZero();
4133       fam->setPartOfValues1(famField,0,initialNbNodes,1,0,1,1);
4134       ret->setFamilyFieldArr(1,fam);
4135     }
4136   ret->copyFamGrpMapsFrom(*this);
4137   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> partZeCoords(zeCoords->selectByTupleId2(initialNbNodes,zeCoords->getNumberOfTuples(),1));
4138   for(std::vector<int>::const_iterator lev=levs.begin();lev!=levs.end();lev++)
4139     {
4140       if(*lev==0)
4141         continue;
4142       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1Tmp(getMeshAtLevel(*lev));
4143       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1(dynamic_cast<MEDCouplingUMesh *>(m1Tmp->deepCpy()));
4144       if(m1->getMeshDimension()!=0)
4145         {
4146           {
4147             MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> notUsed(m1->convertLinearCellsToQuadratic(conversionType));
4148           }//kill unused notUsed var
4149           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> m1Coords(m1->getCoords()->selectByTupleId2(initialNbNodes,m1->getNumberOfNodes(),1));
4150           DataArrayInt *b(0);
4151           bool a(partZeCoords->areIncludedInMe(m1Coords,eps,b));
4152           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> bSafe(b);
4153           if(!a)
4154             {
4155               std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::linearCellsToQuadratic : for level " << *lev << " problem to identify nodes generated !";
4156               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
4157             }
4158           b->applyLin(1,initialNbNodes);
4159           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> l0(DataArrayInt::New()); l0->alloc(initialNbNodes,1); l0->iota();
4160           std::vector<const DataArrayInt *> v(2); v[0]=l0; v[1]=b;
4161           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> renum(DataArrayInt::Aggregate(v));
4162           m1->renumberNodesInConn(renum->begin());
4163         }
4164       m1->setCoords(zeCoords);
4165       ret->setMeshAtLevel(*lev,m1);
4166       famField=getFamilyFieldAtLevel(*lev);
4167       if(famField)
4168         {
4169           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famFieldCpy(famField->deepCpy());
4170           ret->setFamilyFieldArr(*lev,famFieldCpy);
4171         }
4172     }
4173   return ret.retn();
4174 }
4175
4176 /*!
4177  * This method converts all quadratic cells in \a this into linear cells.
4178  * All the cells converted are put in the returned instance. This method applies all the groups and families in \a this to returned instance.
4179  * Groups on nodes and families on nodes are copied directly to the returned instance without transformation.
4180  *
4181  * \param [in] eps - detection threshold for coordinates.
4182  * \return A new instance that is the result of the conversion. The caller has the ownership of this returned instance.
4183  *
4184  * \sa MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic , linearToQuadratic
4185  */
4186 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::quadraticToLinear(double eps) const
4187 {
4188   checkCartesian();
4189   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> ret(MEDFileUMesh::New());
4190   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m0Tmp(getMeshAtLevel(0));
4191   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m0(dynamic_cast<MEDCouplingUMesh *>(m0Tmp->deepCpy()));
4192   m0->convertQuadraticCellsToLinear();
4193   m0->zipCoords();
4194   DataArrayDouble *zeCoords(m0->getCoords());
4195   ret->setMeshAtLevel(0,m0);
4196   std::vector<int> levs(getNonEmptyLevels());
4197   const DataArrayInt *famField(getFamilyFieldAtLevel(0));
4198   if(famField)
4199     {
4200       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famFieldCpy(famField->deepCpy());
4201       ret->setFamilyFieldArr(0,famFieldCpy);
4202     }
4203   famField=getFamilyFieldAtLevel(1);
4204   if(famField)
4205     {
4206       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> fam(famField->selectByTupleId2(0,zeCoords->getNumberOfTuples(),1));
4207       ret->setFamilyFieldArr(1,fam);
4208     }
4209   ret->copyFamGrpMapsFrom(*this);
4210   for(std::vector<int>::const_iterator lev=levs.begin();lev!=levs.end();lev++)
4211     {
4212       if(*lev==0)
4213         continue;
4214       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1Tmp(getMeshAtLevel(*lev));
4215       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1(dynamic_cast<MEDCouplingUMesh *>(m1Tmp->deepCpy()));
4216       m1->convertQuadraticCellsToLinear();
4217       m1->zipCoords();
4218       DataArrayInt *b(0);
4219       bool a(zeCoords->areIncludedInMe(m1->getCoords(),eps,b));
4220       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> bSafe(b);
4221       if(!a)
4222         {
4223           std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::quadraticToLinear : for level " << *lev << " problem to identify nodes generated !";
4224           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
4225         }
4226       m1->renumberNodesInConn(b->begin());
4227       m1->setCoords(zeCoords);
4228       ret->setMeshAtLevel(*lev,m1);
4229       famField=getFamilyFieldAtLevel(*lev);
4230       if(famField)
4231         {
4232           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famFieldCpy(famField->deepCpy());
4233           ret->setFamilyFieldArr(*lev,famFieldCpy);
4234         }
4235     }
4236   return ret.retn();
4237 }
4238
4239 void MEDFileUMesh::serialize(std::vector<double>& tinyDouble, std::vector<int>& tinyInt, std::vector<std::string>& tinyStr, std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> >& bigArraysI, MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble>& bigArrayD)
4240 {
4241   clearNonDiscrAttributes();
4242   forceComputationOfParts();
4243   tinyDouble.clear(); tinyInt.clear(); tinyStr.clear(); bigArraysI.clear(); bigArrayD=0;
4244   std::vector<int> layer0;
4245   layer0.push_back(getAxType());//0 i
4246   layer0.push_back(_order); //1 i
4247   layer0.push_back(_iteration);//2 i
4248   layer0.push_back(getSpaceDimension());//3 i
4249   tinyDouble.push_back(_time);//0 d
4250   tinyStr.push_back(_name);//0 s
4251   tinyStr.push_back(_desc_name);//1 s
4252   for(int i=0;i<getSpaceDimension();i++)
4253     tinyStr.push_back(_coords->getInfoOnComponent(i));
4254   layer0.push_back((int)_families.size());//4 i <- key info aa layer#0
4255   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
4256     {
4257       tinyStr.push_back((*it).first);
4258       layer0.push_back((*it).second);
4259     }
4260   layer0.push_back((int)_groups.size());//4+aa i <- key info bb layer#0
4261   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it0=_groups.begin();it0!=_groups.end();it0++)
4262     {
4263       layer0.push_back((int)(*it0).second.size());
4264       tinyStr.push_back((*it0).first);
4265       for(std::vector<std::string>::const_iterator it1=((*it0).second).begin();it1!=((*it0).second).end();it1++)
4266         tinyStr.push_back(*it1);
4267     }
4268   // sizeof(layer0)==4+aa+1+bb layer#0
4269   bigArrayD=_coords;// 0 bd
4270   bigArraysI.push_back(_fam_coords);// 0 bi
4271   bigArraysI.push_back(_num_coords);// 1 bi
4272   const PartDefinition *pd(_part_coords);
4273   if(!pd)
4274     layer0.push_back(-1);
4275   else
4276     {
4277       std::vector<int> tmp0;
4278       pd->serialize(tmp0,bigArraysI);
4279       tinyInt.push_back(tmp0.size());
4280       tinyInt.insert(tinyInt.end(),tmp0.begin(),tmp0.end());
4281     }
4282   //
4283   std::vector<int> layer1;
4284   std::vector<int> levs(getNonEmptyLevels());
4285   layer1.push_back((int)levs.size());// 0 i <- key
4286   layer1.insert(layer1.end(),levs.begin(),levs.end());
4287   for(std::vector<int>::const_iterator it=levs.begin();it!=levs.end();it++)
4288     {
4289       const MEDFileUMeshSplitL1 *lev(getMeshAtLevSafe(*it));
4290       lev->serialize(layer1,bigArraysI);
4291     }
4292   // put layers all together.
4293   tinyInt.push_back(layer0.size());
4294   tinyInt.insert(tinyInt.end(),layer0.begin(),layer0.end());
4295   tinyInt.push_back(layer1.size());
4296   tinyInt.insert(tinyInt.end(),layer1.begin(),layer1.end());
4297 }
4298
4299 void MEDFileUMesh::unserialize(std::vector<double>& tinyDouble, std::vector<int>& tinyInt, std::vector<std::string>& tinyStr,
4300                                std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> >& bigArraysI, MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble>& bigArrayD)
4301 {
4302   int sz0(tinyInt[0]);
4303   std::vector<int> layer0(tinyInt.begin()+1,tinyInt.begin()+1+sz0);
4304   int sz1(tinyInt[sz0+1]);
4305   std::vector<int> layer1(tinyInt.begin()+2+sz0,tinyInt.begin()+2+sz0+sz1);
4306   //
4307   std::reverse(layer0.begin(),layer0.end());
4308   std::reverse(layer1.begin(),layer1.end());
4309   std::reverse(tinyDouble.begin(),tinyDouble.end());
4310   std::reverse(tinyStr.begin(),tinyStr.end());
4311   std::reverse(bigArraysI.begin(),bigArraysI.end());
4312   //
4313   setAxType((MEDCouplingAxisType)layer0.back()); layer0.pop_back();
4314   _order=layer0.back(); layer0.pop_back();
4315   _iteration=layer0.back(); layer0.pop_back();
4316   int spaceDim(layer0.back()); layer0.pop_back();
4317   _time=tinyDouble.back(); tinyDouble.pop_back();
4318   _name=tinyStr.back(); tinyStr.pop_back();
4319   _desc_name=tinyStr.back(); tinyStr.pop_back();
4320   _coords=bigArrayD; _coords->rearrange(spaceDim);
4321   for(int i=0;i<spaceDim;i++)
4322     {
4323       _coords->setInfoOnComponent(i,tinyStr.back());
4324       tinyStr.pop_back();
4325     }
4326   int nbOfFams(layer0.back()); layer0.pop_back();
4327   _families.clear();
4328   for(int i=0;i<nbOfFams;i++)
4329     {
4330       _families[tinyStr.back()]=layer0.back();
4331       tinyStr.pop_back(); layer0.pop_back();
4332     }
4333   int nbGroups(layer0.back()); layer0.pop_back();
4334   _groups.clear();
4335   for(int i=0;i<nbGroups;i++)
4336     {
4337       std::string grpName(tinyStr.back()); tinyStr.pop_back();
4338       int nbOfFamsOnGrp(layer0.back()); layer0.pop_back();
4339       std::vector<std::string> fams(nbOfFamsOnGrp);
4340       for(int j=0;j<nbOfFamsOnGrp;j++)
4341         {
4342           fams[j]=tinyStr.back(); tinyStr.pop_back();
4343         }
4344       _groups[grpName]=fams;
4345     }
4346   _fam_coords=bigArraysI.back(); bigArraysI.pop_back();
4347   _num_coords=bigArraysI.back(); bigArraysI.pop_back();
4348   _part_coords=0;
4349   int isPd(layer0.back()); layer0.pop_back();
4350   if(isPd!=-1)
4351     {
4352       std::vector<int> tmp0(layer0.begin(),layer0.begin()+isPd);
4353       layer0.erase(layer0.begin(),layer0.begin()+isPd);
4354       _part_coords=PartDefinition::Unserialize(tmp0,bigArraysI);
4355     }
4356   if(!layer0.empty())
4357     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::unserialize : something wrong during unserialization #1 !");
4358   //
4359   int nbLevs(layer1.back()); layer1.pop_back();
4360   std::vector<int> levs(layer1.rbegin(),layer1.rbegin()+nbLevs); layer1.erase(layer1.end()-nbLevs,layer1.end());
4361   _ms.clear();
4362   int maxLev(-(*std::min_element(levs.begin(),levs.end())));
4363   _ms.resize(maxLev+1);
4364   for(int i=0;i<nbLevs;i++)
4365     {
4366       int lev(levs[i]);
4367       int pos(-lev);
4368       _ms[pos]=MEDFileUMeshSplitL1::Unserialize(_name,_coords,layer1,bigArraysI);
4369     }
4370 }
4371
4372 /*!
4373  * Adds a group of nodes to \a this mesh.
4374  *  \param [in] ids - a DataArrayInt providing ids and a name of the group to add.
4375  *          The ids should be sorted and different each other (MED file norm).
4376  *
4377  *  \warning this method can alter default "FAMILLE_ZERO" family.
4378  *  For users sensitive to this a call to MEDFileMesh::rearrangeFamilies will be necessary after addGroup session.
4379  *
4380  *  \throw If the node coordinates array is not set.
4381  *  \throw If \a ids == \c NULL.
4382  *  \throw If \a ids->getName() == "".
4383  *  \throw If \a ids does not respect the MED file norm.
4384  *  \throw If a group with name \a ids->getName() already exists.
4385  */
4386 void MEDFileUMesh::addNodeGroup(const DataArrayInt *ids)
4387 {
4388   const DataArrayDouble *coords(_coords);
4389   if(!coords)
4390     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::addNodeGroup : no coords set !");
4391   int nbOfNodes(coords->getNumberOfTuples());
4392   if(!((DataArrayInt *)_fam_coords))
4393     { _fam_coords=DataArrayInt::New(); _fam_coords->alloc(nbOfNodes,1); _fam_coords->fillWithZero(); }
4394   //
4395   addGroupUnderground(true,ids,_fam_coords);
4396 }
4397
4398 /*!
4399  * Adds a group of nodes/cells/faces/edges to \a this mesh.
4400  *
4401  *  \param [in] ids - a DataArrayInt providing ids and a name of the group to add.
4402  *          The ids should be sorted and different each other (MED file norm).
4403  *
4404  * \warning this method can alter default "FAMILLE_ZERO" family.
4405  * For users sensitive to this a call to MEDFileMesh::rearrangeFamilies will be necessary after addGroup session.
4406  *
4407  *  \throw If the node coordinates array is not set.
4408  *  \throw If \a ids == \c NULL.
4409  *  \throw If \a ids->getName() == "".
4410  *  \throw If \a ids does not respect the MED file norm.
4411  *  \throw If a group with name \a ids->getName() already exists.
4412  */
4413 void MEDFileUMesh::addGroup(int meshDimRelToMaxExt, const DataArrayInt *ids)
4414 {
4415   std::vector<int> levs(getNonEmptyLevelsExt());
4416   if(std::find(levs.begin(),levs.end(),meshDimRelToMaxExt)==levs.end())
4417     { 
4418       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::addGroup : level " << meshDimRelToMaxExt << " not available ! Should be in ";
4419       std::copy(levs.begin(),levs.end(),std::ostream_iterator<int>(oss," ")); oss << " !"; throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
4420     }
4421   if(meshDimRelToMaxExt==1)
4422     { addNodeGroup(ids); return ; }
4423   MEDFileUMeshSplitL1 *lev(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt));
4424   DataArrayInt *fam(lev->getOrCreateAndGetFamilyField());
4425   addGroupUnderground(false,ids,fam);
4426 }
4427
4428 /*!
4429  * Changes a name of a family specified by its id.
4430  *  \param [in] id - the id of the family of interest.
4431  *  \param [in] newFamName - the new family name.
4432  *  \throw If no family with the given \a id exists.
4433  */
4434 void MEDFileUMesh::setFamilyNameAttachedOnId(int id, const std::string& newFamName)
4435 {
4436   std::string oldName=getFamilyNameGivenId(id);
4437   _families.erase(oldName);
4438   _families[newFamName]=id;
4439 }
4440
4441 /*!
4442  * Removes a mesh of a given dimension.
4443  *  \param [in] meshDimRelToMax - the relative dimension of interest.
4444  *  \throw If there is no mesh at level \a meshDimRelToMax in \a this mesh.
4445  */
4446 void MEDFileUMesh::removeMeshAtLevel(int meshDimRelToMax)
4447 {
4448   std::vector<int> levSet=getNonEmptyLevels();
4449   std::vector<int>::const_iterator it=std::find(levSet.begin(),levSet.end(),meshDimRelToMax);
4450   if(it==levSet.end())
4451     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::removeMeshAtLevel : the requested level is not existing !");
4452   int pos=(-meshDimRelToMax);
4453   _ms[pos]=0;
4454 }
4455
4456 /*!
4457  * Sets a new MEDCoupling1GTUMesh at a given level in \a this mesh.
4458  *  \param [in] meshDimRelToMax - a relative level to set the mesh at.
4459  *  \param [in] m - the new mesh to set.
4460  *  \throw If the name or the description of \a this mesh and \a m are not empty and are
4461  *         different. 
4462  *  \throw If the node coordinates array is set \a this in mesh and \a m refers to
4463  *         another node coordinates array.
4464  *  \throw If the mesh dimension of \a m does not correspond to \a meshDimRelToMax or
4465  *         to the existing meshes of other levels of \a this mesh.
4466  */
4467 void MEDFileUMesh::setMeshAtLevel(int meshDimRelToMax, MEDCoupling1GTUMesh *m)
4468 {
4469   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> elt(new MEDFileUMeshSplitL1(m));
4470   checkAndGiveEntryInSplitL1(meshDimRelToMax,m)=elt;
4471 }
4472
4473 /*!
4474  * Sets a new MEDCouplingUMesh at a given level in \a this mesh.
4475  *  \param [in] meshDimRelToMax - a relative level to set the mesh at.
4476  *  \param [in] m - the new mesh to set.
4477  *  \param [in] newOrOld - if \c true, cells in \a m are sorted by type to be ready for 
4478  *         writing \a this mesh in a MED file.
4479  *  \throw If the name or the description of \a this mesh and \a m are not empty and are
4480  *         different. 
4481  *  \throw If the node coordinates array is set \a this in mesh and \a m refers to
4482  *         another node coordinates array.
4483  *  \throw If the mesh dimension of \a m does not correspond to \a meshDimRelToMax or
4484  *         to the existing meshes of other levels of \a this mesh.
4485  */
4486 void MEDFileUMesh::setMeshAtLevel(int meshDimRelToMax, MEDCouplingUMesh *m, bool newOrOld)
4487 {
4488   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> elt(new MEDFileUMeshSplitL1(m,newOrOld));
4489   checkAndGiveEntryInSplitL1(meshDimRelToMax,m)=elt;
4490 }
4491
4492 MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1>& MEDFileUMesh::checkAndGiveEntryInSplitL1(int meshDimRelToMax, MEDCouplingPointSet *m)
4493 {
4494   dealWithTinyInfo(m);
4495   std::vector<int> levSet=getNonEmptyLevels();
4496   if(std::find(levSet.begin(),levSet.end(),meshDimRelToMax)==levSet.end())
4497     {
4498       if((DataArrayDouble *)_coords==0)
4499         {
4500           DataArrayDouble *c=m->getCoords();
4501           if(c)
4502             c->incrRef();
4503           _coords=c;
4504         }
4505       if(m->getCoords()!=_coords)
4506         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setMeshAtLevel : Invalid Given Mesh ! The coordinates are not the same ! try to use tryToShareSameCoords !");
4507       int sz=(-meshDimRelToMax)+1;
4508       if(sz>=(int)_ms.size())
4509         _ms.resize(sz);
4510       checkMeshDimCoherency(m->getMeshDimension(),meshDimRelToMax);
4511       return _ms[sz-1];
4512     }
4513   else
4514     return _ms[-meshDimRelToMax];
4515 }
4516
4517 /*!
4518  * This method allows to set at once the content of different levels in \a this.
4519  * This method is equivalent to a series of call to MEDFileUMesh::setMeshAtLevel.
4520  *
4521  * \param [in] ms - List of unstructured meshes lying on the same coordinates and having different mesh dimesnion.
4522  * \param [in] renum - the parameter (set to false by default) that tells the beheviour if there is a mesh on \a ms that is not geo type sorted.
4523  *                     If false, an exception ois thrown. If true the mesh is reordered automatically. It is highly recommanded to let this parameter to false.
4524  *
4525  * \throw If \a there is a null pointer in \a ms.
4526  * \sa MEDFileUMesh::setMeshAtLevel
4527  */
4528 void MEDFileUMesh::setMeshes(const std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& ms, bool renum)
4529 {
4530   if(ms.empty())
4531     return ;
4532   const MEDCouplingUMesh *mRef=ms[0];
4533   if(!mRef)
4534     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setMeshes : null instance in the first element of input meshes !");
4535   std::string name(mRef->getName());
4536   const DataArrayDouble *coo(mRef->getCoords());
4537   std::set<int> s;
4538   int zeDim=-1;
4539   for(std::vector<const MEDCouplingUMesh *>::const_iterator it=ms.begin();it!=ms.end();it++)
4540     {
4541       const MEDCouplingUMesh *cur(*it);
4542       if(!cur)
4543         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setMeshes : null instance in input vector of meshes !");
4544       if(coo!=cur->getCoords())
4545         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setMeshes : The input meshes do not share the same coordinates !");
4546       int mdim=cur->getMeshDimension();
4547       zeDim=std::max(zeDim,mdim);
4548       if(s.find(mdim)!=s.end())
4549         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setMeshes : The input meshes must share the same coordinates pointer, and should have different mesh dimension each other !");
4550     }
4551   for(std::vector<const MEDCouplingUMesh *>::const_iterator it=ms.begin();it!=ms.end();it++)
4552     {
4553       int mdim=(*it)->getMeshDimension();
4554       setName((*it)->getName());
4555       setMeshAtLevel(mdim-zeDim,const_cast<MEDCouplingUMesh *>(*it),renum);
4556     }
4557   setName(name);
4558 }
4559
4560 /*!
4561  * Creates one MEDCouplingUMesh at a given level in \a this mesh from a sequence of
4562  * meshes each representing a group, and creates corresponding groups in \a this mesh.
4563  * The given meshes must share the same node coordinates array.
4564  *  \param [in] meshDimRelToMax - the relative dimension to create the mesh and groups at.
4565  *  \param [in] ms - the sequence of meshes. Each mesh in \a ms represents a group to
4566  *          create in \a this mesh.
4567  *  \throw If \a ms is empty.
4568  *  \throw If dimension of meshes in \a ms does not correspond to \a meshDimRelToMax or
4569  *         to the existing meshes of other levels of \a this mesh.
4570  *  \throw If the meshes in \a ms do not share the same node coordinates array.
4571  *  \throw If the node coordinates array of \a this mesh (if any) is not the same as that
4572  *         of the given meshes.
4573  *  \throw If \a ms[ i ] is not well defined (MEDCouplingUMesh::checkCoherency()).
4574  *  \throw If names of some meshes in \a ms are equal.
4575  *  \throw If \a ms includes a mesh with an empty name.
4576  */
4577 void MEDFileUMesh::setGroupsFromScratch(int meshDimRelToMax, const std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& ms, bool renum)
4578 {
4579   if(ms.empty())
4580     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setGroupsFromScratch : expecting a non empty vector !");
4581   int sz=(-meshDimRelToMax)+1;
4582   if(sz>=(int)_ms.size())
4583     _ms.resize(sz);
4584   checkMeshDimCoherency(ms[0]->getMeshDimension(),meshDimRelToMax);
4585   DataArrayDouble *coo=checkMultiMesh(ms);
4586   if((DataArrayDouble *)_coords==0)
4587     {
4588       coo->incrRef();
4589       _coords=coo;
4590     }
4591   else
4592     if((DataArrayDouble *)_coords!=coo)
4593       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setGroupsFromScratch : coordinates mismatches !");
4594   std::vector<DataArrayInt *> corr;
4595   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m=MEDCouplingUMesh::FuseUMeshesOnSameCoords(ms,_zipconn_pol,corr);
4596   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > corr3(corr.begin(),corr.end());
4597   setMeshAtLevel(meshDimRelToMax,m,renum);
4598   std::vector<const DataArrayInt *> corr2(corr.begin(),corr.end());
4599   setGroupsAtLevel(meshDimRelToMax,corr2,true);
4600 }
4601
4602 /*!
4603  * Creates groups at a given level in \a this mesh from a sequence of
4604  * meshes each representing a group.
4605  * The given meshes must share the same node coordinates array.
4606  *  \param [in] meshDimRelToMax - the relative dimension to create the groups at.
4607  *  \param [in] ms - the sequence of meshes. Each mesh in \a ms represents a group to
4608  *         create in \a this mesh.
4609  *  \param [in] renum - if \c true, then the optional numbers of entities are taken into
4610  *         account. 
4611  *  \throw If \a ms is empty.
4612  *  \throw If dimension of meshes in \a ms does not correspond to \a meshDimRelToMax or
4613  *         to the existing meshes of other levels of \a this mesh.
4614  *  \throw If the meshes in \a ms do not share the same node coordinates array.
4615  *  \throw If the node coordinates array of \a this mesh (if any) is not the same as that
4616  *         of the given meshes.
4617  *  \throw If \a ms[ i ] is not well defined (MEDCouplingUMesh::checkCoherency()).
4618  *  \throw If names of some meshes in \a ms are equal.
4619  *  \throw If \a ms includes a mesh with an empty name.
4620  */
4621 void MEDFileUMesh::setGroupsOnSetMesh(int meshDimRelToMax, const std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& ms, bool renum)
4622 {
4623   if(ms.empty())
4624     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setGroupsOnSetMesh : expecting a non empty vector !");
4625   int sz=(-meshDimRelToMax)+1;
4626   if(sz>=(int)_ms.size())
4627     _ms.resize(sz);
4628   checkMeshDimCoherency(ms[0]->getMeshDimension(),meshDimRelToMax);
4629   DataArrayDouble *coo=checkMultiMesh(ms);
4630   if((DataArrayDouble *)_coords==0)
4631     {
4632       coo->incrRef();
4633       _coords=coo;
4634     }
4635   else
4636     if((DataArrayDouble *)_coords!=coo)
4637       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setGroupsOnSetMesh : coordinates mismatches !");
4638   MEDCouplingUMesh *m=getMeshAtLevel(meshDimRelToMax,renum);
4639   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > corr(ms.size());
4640   int i=0;
4641   for(std::vector<const MEDCouplingUMesh *>::const_iterator it=ms.begin();it!=ms.end();it++,i++)
4642     {
4643       DataArrayInt *arr=0;
4644       bool test=m->areCellsIncludedIn(*it,_zipconn_pol,arr);
4645       corr[i]=arr;
4646       if(!test)
4647         {
4648           std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::setGroupsOnSetMesh : mesh #" << i << " is not part of whole mesh !";
4649           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
4650         }
4651     }
4652   std::vector<const DataArrayInt *> corr2(corr.begin(),corr.end());
4653   setGroupsAtLevel(meshDimRelToMax,corr2,renum);
4654 }
4655
4656 DataArrayDouble *MEDFileUMesh::checkMultiMesh(const std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& ms) const
4657 {
4658   const DataArrayDouble *ret=ms[0]->getCoords();
4659   int mdim=ms[0]->getMeshDimension();
4660   for(unsigned int i=1;i<ms.size();i++)
4661     {
4662       ms[i]->checkCoherency();
4663       if(ms[i]->getCoords()!=ret)
4664         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::checkMultiMesh : meshes must share the same coords !");
4665       if(ms[i]->getMeshDimension()!=mdim)
4666         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::checkMultiMesh : meshes have not same mesh dimension !");
4667     }
4668   return const_cast<DataArrayDouble *>(ret);
4669 }
4670
4671 /*!
4672  * Sets the family field of a given relative dimension.
4673  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of entities for which
4674  *          the family field is set.
4675  *  \param [in] famArr - the array of the family field.
4676  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
4677  *  \throw If \a famArr has an invalid size.
4678  */
4679 void MEDFileUMesh::setFamilyFieldArr(int meshDimRelToMaxExt, DataArrayInt *famArr)
4680 {
4681   if(meshDimRelToMaxExt==1)
4682     {
4683       if(!famArr)
4684         {
4685           _fam_coords=0;
4686           return ;
4687         }
4688       DataArrayDouble *coo(_coords);
4689       if(!coo)
4690         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setFamilyFieldArr : the coordinates have not been set !");
4691       famArr->checkNbOfTuplesAndComp(coo->getNumberOfTuples(),1,"MEDFileUMesh::setFamilyFieldArr : Problem in size of node family arr ! ");
4692       famArr->incrRef();
4693       _fam_coords=famArr;
4694       return ;
4695     }
4696   if(meshDimRelToMaxExt>1)
4697     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setFamilyFieldArr : Dimension request is invalid (>1) !");
4698   int traducedRk=-meshDimRelToMaxExt;
4699   if(traducedRk>=(int)_ms.size())
4700     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh dim relative to max given ! Too low !");
4701   if((MEDFileUMeshSplitL1 *)_ms[traducedRk]==0)
4702     throw INTERP_KERNEL::Exception("On specified lev (or entity) no cells exists !");
4703   return _ms[traducedRk]->setFamilyArr(famArr);
4704 }
4705
4706 /*!
4707  * Sets the optional numbers of mesh entities of a given dimension.
4708  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
4709  *  \param [in] renumArr - the array of the numbers.
4710  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
4711  *  \throw If \a renumArr has an invalid size.
4712  */
4713 void MEDFileUMesh::setRenumFieldArr(int meshDimRelToMaxExt, DataArrayInt *renumArr)
4714 {
4715   if(meshDimRelToMaxExt==1)
4716     {
4717       if(!renumArr)
4718         {
4719           _num_coords=0;
4720           _rev_num_coords=0;
4721           return ;
4722         }
4723       DataArrayDouble *coo(_coords);
4724       if(!coo)
4725         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setRenumFieldArr : the coordinates have not been set !");
4726       renumArr->checkNbOfTuplesAndComp(coo->getNumberOfTuples(),1,"MEDFileUMesh::setRenumArr : Problem in size of node numbering arr ! ");
4727       renumArr->incrRef();
4728       _num_coords=renumArr;
4729       computeRevNum();
4730       return ;
4731     }
4732   if(meshDimRelToMaxExt>1)
4733     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setRenumArr : Dimension request is invalid (>1) !");
4734   int traducedRk=-meshDimRelToMaxExt;
4735   if(traducedRk>=(int)_ms.size())
4736     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh dim relative to max given ! Too low !");
4737   if((MEDFileUMeshSplitL1 *)_ms[traducedRk]==0)
4738     throw INTERP_KERNEL::Exception("On specified lev (or entity) no cells exists !");
4739   return _ms[traducedRk]->setRenumArr(renumArr);
4740 }
4741
4742 /*!
4743  * Sets the optional names of mesh entities of a given dimension.
4744  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
4745  *  \param [in] nameArr - the array of the names.
4746  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
4747  *  \throw If \a nameArr has an invalid size.
4748  */
4749 void MEDFileUMesh::setNameFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt, DataArrayAsciiChar *nameArr)
4750 {
4751   if(meshDimRelToMaxExt==1)
4752     {
4753       if(!nameArr)
4754         {
4755           _name_coords=0;
4756           return ;
4757         }
4758       DataArrayDouble *coo(_coords);
4759       if(!coo)
4760         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setNameFieldAtLevel : the coordinates have not been set !");
4761       nameArr->checkNbOfTuplesAndComp(coo->getNumberOfTuples(),MED_SNAME_SIZE,"MEDFileUMesh::setNameFieldAtLevel : Problem in size of node numbering arr ! ");
4762       nameArr->incrRef();
4763       _name_coords=nameArr;
4764       return ;
4765     }
4766   if(meshDimRelToMaxExt>1)
4767     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setNameFieldAtLevel : Dimension request is invalid (>1) !");
4768   int traducedRk=-meshDimRelToMaxExt;
4769   if(traducedRk>=(int)_ms.size())
4770     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh dim relative to max given ! Too low !");
4771   if((MEDFileUMeshSplitL1 *)_ms[traducedRk]==0)
4772     throw INTERP_KERNEL::Exception("On specified lev (or entity) no cells exists !");
4773   return _ms[traducedRk]->setNameArr(nameArr);
4774 }
4775
4776 void MEDFileUMesh::synchronizeTinyInfoOnLeaves() const
4777 {
4778   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
4779     if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it))
4780       (*it)->synchronizeTinyInfo(*this);
4781 }
4782
4783 /*!
4784  * This method is called by MEDFileMesh::changeFamilyId. It performs only one part of the family id modification.
4785  */
4786 void MEDFileUMesh::changeFamilyIdArr(int oldId, int newId)
4787 {
4788   DataArrayInt *arr=_fam_coords;
4789   if(arr)
4790     arr->changeValue(oldId,newId);
4791   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
4792     {
4793       MEDFileUMeshSplitL1 *sp=(*it);
4794       if(sp)
4795         {
4796           sp->changeFamilyIdArr(oldId,newId);
4797         }
4798     }
4799 }
4800
4801 std::list< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > MEDFileUMesh::getAllNonNullFamilyIds() const
4802 {
4803   std::list< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > ret;
4804   const DataArrayInt *da(_fam_coords);
4805   if(da)
4806     { da->incrRef(); ret.push_back(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>(const_cast<DataArrayInt *>(da))); }
4807   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
4808     {
4809       const MEDFileUMeshSplitL1 *elt(*it);
4810       if(elt)
4811         {
4812           da=elt->getFamilyField();
4813           if(da)
4814             { da->incrRef(); ret.push_back(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>(const_cast<DataArrayInt *>(da))); }
4815         }
4816     }
4817   return ret;
4818 }
4819
4820 void MEDFileUMesh::computeRevNum() const
4821 {
4822   if((const DataArrayInt *)_num_coords)
4823     {
4824       int pos;
4825       int maxValue=_num_coords->getMaxValue(pos);
4826       _rev_num_coords=_num_coords->invertArrayN2O2O2N(maxValue+1);
4827     }
4828 }
4829
4830 std::size_t MEDFileStructuredMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
4831 {
4832   return MEDFileMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren();
4833 }
4834
4835 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileStructuredMesh::getDirectChildrenWithNull() const
4836 {
4837   std::vector<const BigMemoryObject *> ret(MEDFileMesh::getDirectChildrenWithNull());
4838   ret.push_back((const DataArrayInt *)_fam_nodes);
4839   ret.push_back((const DataArrayInt *)_num_nodes);
4840   ret.push_back((const DataArrayAsciiChar *)_names_nodes);
4841   ret.push_back((const DataArrayInt *)_fam_cells);
4842   ret.push_back((const DataArrayInt *)_num_cells);
4843   ret.push_back((const DataArrayAsciiChar *)_names_cells);
4844   ret.push_back((const DataArrayInt *)_fam_faces);
4845   ret.push_back((const DataArrayInt *)_num_faces);
4846   ret.push_back((const DataArrayInt *)_rev_num_nodes);
4847   ret.push_back((const DataArrayAsciiChar *)_names_faces);
4848   ret.push_back((const DataArrayInt *)_rev_num_cells);
4849   ret.push_back((const MEDCoupling1SGTUMesh*)_faces_if_necessary);
4850   return ret;
4851 }
4852
4853 int MEDFileStructuredMesh::getMaxAbsFamilyIdInArrays() const
4854 {
4855   int ret=-std::numeric_limits<int>::max(),tmp=-1;
4856   if((const DataArrayInt *)_fam_nodes)
4857     {
4858       int val=_fam_nodes->getMaxValue(tmp);
4859       ret=std::max(ret,std::abs(val));
4860     }
4861   if((const DataArrayInt *)_fam_cells)
4862     {
4863       int val=_fam_cells->getMaxValue(tmp);
4864       ret=std::max(ret,std::abs(val));
4865     }
4866   if((const DataArrayInt *)_fam_faces)
4867     {
4868       int val=_fam_faces->getMaxValue(tmp);
4869       ret=std::max(ret,std::abs(val));
4870     }
4871   return ret;
4872 }
4873
4874 int MEDFileStructuredMesh::getMaxFamilyIdInArrays() const
4875 {
4876   int ret=-std::numeric_limits<int>::max(),tmp=-1;
4877   if((const DataArrayInt *)_fam_nodes)
4878     {
4879       int val=_fam_nodes->getMaxValue(tmp);
4880       ret=std::max(ret,val);
4881     }
4882   if((const DataArrayInt *)_fam_cells)
4883     {
4884       int val=_fam_cells->getMaxValue(tmp);
4885       ret=std::max(ret,val);
4886     }
4887   if((const DataArrayInt *)_fam_faces)
4888     {
4889       int val=_fam_faces->getMaxValue(tmp);
4890       ret=std::max(ret,val);
4891     }
4892   return ret;
4893 }
4894
4895 int MEDFileStructuredMesh::getMinFamilyIdInArrays() const
4896 {
4897   int ret=std::numeric_limits<int>::max(),tmp=-1;
4898   if((const DataArrayInt *)_fam_nodes)
4899     {
4900       int val=_fam_nodes->getMinValue(tmp);
4901       ret=std::min(ret,val);
4902     }
4903   if((const DataArrayInt *)_fam_cells)
4904     {
4905       int val=_fam_cells->getMinValue(tmp);
4906       ret=std::min(ret,val);
4907     }
4908   if((const DataArrayInt *)_fam_faces)
4909     {
4910       int val=_fam_faces->getMinValue(tmp);
4911       ret=std::min(ret,val);
4912     }
4913   return ret;
4914 }
4915
4916 bool MEDFileStructuredMesh::isEqual(const MEDFileMesh *other, double eps, std::string& what) const
4917 {
4918   if(!MEDFileMesh::isEqual(other,eps,what))
4919     return false;
4920   const MEDFileStructuredMesh *otherC=dynamic_cast<const  MEDFileStructuredMesh *>(other);
4921   if(!otherC)
4922     {
4923       what="Mesh types differ ! This is structured and other is NOT !";
4924       return false;
4925     }
4926   const DataArrayInt *famc1=_fam_nodes;
4927   const DataArrayInt *famc2=otherC->_fam_nodes;
4928   if((famc1==0 && famc2!=0) || (famc1!=0 && famc2==0))
4929     {
4930       what="Mismatch of families arr on nodes ! One is defined and not other !";
4931       return false;
4932     }
4933   if(famc1)
4934     {
4935       bool ret=famc1->isEqual(*famc2);
4936       if(!ret)
4937         {
4938           what="Families arr on nodes differ !";
4939           return false;
4940         }
4941     }
4942   famc1=_fam_cells;
4943   famc2=otherC->_fam_cells;
4944   if((famc1==0 && famc2!=0) || (famc1!=0 && famc2==0))
4945     {
4946       what="Mismatch of families arr on cells ! One is defined and not other !";
4947       return false;
4948     }
4949   if(famc1)
4950     {
4951       bool ret=famc1->isEqual(*famc2);
4952       if(!ret)
4953         {
4954           what="Families arr on cells differ !";
4955           return false;
4956         }
4957     }
4958   famc1=_fam_faces;
4959   famc2=otherC->_fam_faces;
4960   if((famc1==0 && famc2!=0) || (famc1!=0 && famc2==0))
4961     {
4962       what="Mismatch of families arr on faces ! One is defined and not other !";
4963       return false;
4964     }
4965   if(famc1)
4966     {
4967       bool ret=famc1->isEqual(*famc2);
4968       if(!ret)
4969         {
4970           what="Families arr on faces differ !";
4971           return false;
4972         }
4973     }
4974   famc1=_num_nodes;
4975   famc2=otherC->_num_nodes;
4976   if((famc1==0 && famc2!=0) || (famc1!=0 && famc2==0))
4977     {
4978       what="Mismatch of numbering arr on nodes ! One is defined and not other !";
4979       return false;
4980     }
4981   if(famc1)
4982     {
4983       bool ret=famc1->isEqual(*famc2);
4984       if(!ret)
4985         {
4986           what="Numbering arr on nodes differ !";
4987           return false;
4988         }
4989     }
4990   famc1=_num_cells;
4991   famc2=otherC->_num_cells;
4992   if((famc1==0 && famc2!=0) || (famc1!=0 && famc2==0))
4993     {
4994       what="Mismatch of numbering arr on cells ! One is defined and not other !";
4995       return false;
4996     }
4997   if(famc1)
4998     {
4999       bool ret=famc1->isEqual(*famc2);
5000       if(!ret)
5001         {
5002           what="Numbering arr on cells differ !";
5003           return false;
5004         }
5005     }
5006   famc1=_num_faces;
5007   famc2=otherC->_num_faces;
5008   if((famc1==0 && famc2!=0) || (famc1!=0 && famc2==0))
5009     {
5010       what="Mismatch of numbering arr on faces ! One is defined and not other !";
5011       return false;
5012     }
5013   if(famc1)
5014     {
5015       bool ret=famc1->isEqual(*famc2);
5016       if(!ret)
5017         {
5018           what="Numbering arr on faces differ !";
5019           return false;
5020         }
5021     }
5022   const DataArrayAsciiChar *d1=_names_cells;
5023   const DataArrayAsciiChar *d2=otherC->_names_cells;
5024   if((d1==0 && d2!=0) || (d1!=0 && d2==0))
5025     {
5026       what="Mismatch of naming arr on cells ! One is defined and not other !";
5027       return false;
5028     }
5029   if(d1)
5030     {
5031       bool ret=d1->isEqual(*d2);
5032       if(!ret)
5033         {
5034           what="Naming arr on cells differ !";
5035           return false;
5036         }
5037     }
5038   d1=_names_faces;
5039   d2=otherC->_names_faces;
5040   if((d1==0 && d2!=0) || (d1!=0 && d2==0))
5041     {
5042       what="Mismatch of naming arr on faces ! One is defined and not other !";
5043       return false;
5044     }
5045   if(d1)
5046     {
5047       bool ret=d1->isEqual(*d2);
5048       if(!ret)
5049         {
5050           what="Naming arr on faces differ !";
5051           return false;
5052         }
5053     }
5054   d1=_names_nodes;
5055   d2=otherC->_names_nodes;
5056   if((d1==0 && d2!=0) || (d1!=0 && d2==0))
5057     {
5058       what="Mismatch of naming arr on nodes ! One is defined and not other !";
5059       return false;
5060     }
5061   if(d1)
5062     {
5063       bool ret=d1->isEqual(*d2);
5064       if(!ret)
5065         {
5066           what="Naming arr on nodes differ !";
5067           return false;
5068         }
5069     }
5070   return true;
5071 }
5072
5073 void MEDFileStructuredMesh::clearNonDiscrAttributes() const
5074 {
5075   MEDFileMesh::clearNonDiscrAttributes();
5076   const DataArrayInt *tmp=_fam_nodes;
5077   if(tmp)
5078     (const_cast<DataArrayInt *>(tmp))->setName("");
5079   tmp=_num_nodes;
5080   if(tmp)
5081     (const_cast<DataArrayInt *>(tmp))->setName("");
5082   tmp=_fam_cells;
5083   if(tmp)
5084     (const_cast<DataArrayInt *>(tmp))->setName("");
5085   tmp=_num_cells;
5086   if(tmp)
5087     (const_cast<DataArrayInt *>(tmp))->setName("");
5088   tmp=_fam_faces;
5089   if(tmp)
5090     (const_cast<DataArrayInt *>(tmp))->setName("");
5091   tmp=_num_faces;
5092   if(tmp)
5093     (const_cast<DataArrayInt *>(tmp))->setName("");
5094 }
5095
5096 /*!
5097  * Returns ids of mesh entities contained in given families of a given dimension.
5098  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - a relative dimension of the mesh entities whose ids
5099  *          are required.
5100  *  \param [in] fams - the names of the families of interest.
5101  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of entities, if available, are
5102  *          returned instead of ids.
5103  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
5104  *          numbers, if available and required, of mesh entities of the families. The caller
5105  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
5106  *  \throw If the family field is missing for \a meshDimRelToMaxExt.
5107  */
5108 DataArrayInt *MEDFileStructuredMesh::getFamiliesArr(int meshDimRelToMaxExt, const std::vector<std::string>& fams, bool renum) const
5109 {
5110   std::vector<int> famIds(getFamiliesIds(fams));
5111   switch(meshDimRelToMaxExt)
5112   {
5113     case 1:
5114       {
5115         if((const DataArrayInt *)_fam_nodes)
5116           {
5117             MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> da;
5118             if(!famIds.empty())
5119               da=_fam_nodes->getIdsEqualList(&famIds[0],&famIds[0]+famIds.size());
5120             else
5121               da=_fam_nodes->getIdsEqualList(0,0);
5122             if(renum)
5123               return MEDFileUMeshSplitL1::Renumber(_num_nodes,da);
5124             else
5125               return da.retn();
5126           }
5127         else
5128           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getFamiliesArr : no family array specified on nodes !");
5129         break;
5130       }
5131     case 0:
5132       {
5133         if((const DataArrayInt *)_fam_cells)
5134           {
5135             MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> da;
5136             if(!famIds.empty())
5137               da=_fam_cells->getIdsEqualList(&famIds[0],&famIds[0]+famIds.size());
5138             else
5139               da=_fam_cells->getIdsEqualList(0,0);
5140             if(renum)
5141               return MEDFileUMeshSplitL1::Renumber(_num_cells,da);
5142             else
5143               return da.retn();
5144           }
5145         else
5146           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getFamiliesArr : no family array specified on cells !");
5147         break;
5148       }
5149     case -1:
5150       {
5151         if((const DataArrayInt *)_fam_faces)
5152           {
5153             MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> da;
5154             if(!famIds.empty())
5155               da=_fam_faces->getIdsEqualList(&famIds[0],&famIds[0]+famIds.size());
5156             else
5157               da=_fam_faces->getIdsEqualList(0,0);
5158             if(renum)
5159               return MEDFileUMeshSplitL1::Renumber(_num_faces,da);
5160             else
5161               return da.retn();
5162           }
5163         else
5164           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getFamiliesArr : no family array specified on faces !");
5165         break;
5166       }
5167     default:
5168       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getFamiliesArr : input meshDimRelative must be in [0,1,-1] !");
5169   }
5170   throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getFamiliesArr : unmanaged case !");
5171 }
5172
5173 /*!
5174  * Sets the family field of a given relative dimension.
5175  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of entities for which
5176  *          the family field is set.
5177  *  \param [in] famArr - the array of the family field.
5178  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
5179  *  \throw If \a famArr has an invalid size.
5180  *  \throw If \a meshDimRelToMaxExt != 0 and \a meshDimRelToMaxExt != 1 and \a meshDimRelToMaxExt != -1.
5181  */
5182 void MEDFileStructuredMesh::setFamilyFieldArr(int meshDimRelToMaxExt, DataArrayInt *famArr)
5183 {
5184   const MEDCouplingStructuredMesh *mesh(getStructuredMesh());
5185   if(!mesh)
5186     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::setFamilyFieldArr : no structured mesh specified ! Impossible to set family array !");
5187   switch(meshDimRelToMaxExt)
5188   {
5189     case 0:
5190       {
5191         int nbCells=mesh->getNumberOfCells();
5192         famArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbCells,1,"MEDFileStructuredMesh::setFamilyFieldArr : Problem in size of Family arr ! Mismatch with number of cells of mesh !");
5193         _fam_cells=famArr;
5194         break;
5195       }
5196     case 1:
5197       {
5198         int nbNodes=mesh->getNumberOfNodes();
5199         famArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbNodes,1,"MEDFileStructuredMesh::setFamilyFieldArr : Problem in size of Family arr ! Mismatch with number of nodes of mesh !");
5200         _fam_nodes=famArr;
5201         break;
5202       }
5203     case -1:
5204       {
5205         int nbCells=mesh->getNumberOfCellsOfSubLevelMesh();
5206         famArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbCells,1,"MEDFileStructuredMesh::setFamilyFieldArr : Problem in size of Family arr ! Mismatch with number of faces of mesh !");
5207         _fam_faces=famArr;
5208         break;
5209       }
5210     default:
5211       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::setFamilyFieldArr : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5212   }
5213   if(famArr)
5214     famArr->incrRef();
5215 }
5216
5217 /*!
5218  * Sets the optional numbers of mesh entities of a given dimension.
5219  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
5220  *  \param [in] renumArr - the array of the numbers.
5221  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
5222  *  \throw If \a renumArr has an invalid size.
5223  *  \throw If \a meshDimRelToMaxExt != 0 and \a meshDimRelToMaxExt != 1.
5224  */
5225 void MEDFileStructuredMesh::setRenumFieldArr(int meshDimRelToMaxExt, DataArrayInt *renumArr)
5226 {
5227   const MEDCouplingStructuredMesh *mesh=getStructuredMesh();
5228   if(!mesh)
5229     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::setRenumFieldArr : no structured mesh specified ! Impossible to set number array !");
5230   switch(meshDimRelToMaxExt)
5231   {
5232     case 0:
5233       {
5234         int nbCells=mesh->getNumberOfCells();
5235         renumArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbCells,1,"MEDFileStructuredMesh::setRenumFieldArr : Problem in size of Renum arr ! Mismatch with number of cells of mesh !");
5236         _num_cells=renumArr;
5237         break;
5238       }
5239     case 1:
5240       {
5241         int nbNodes=mesh->getNumberOfNodes();
5242         renumArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbNodes,1,"MEDFileStructuredMesh::setRenumFieldArr : Problem in size of Family arr ! Mismatch with number of nodes of mesh !");
5243         _num_nodes=renumArr;
5244         break;
5245       }
5246     case -1:
5247       {
5248         int nbCells=mesh->getNumberOfCellsOfSubLevelMesh();
5249         renumArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbCells,1,"MEDFileStructuredMesh::setRenumFieldArr : Problem in size of Renum arr ! Mismatch with number of faces of mesh !");
5250         _num_faces=renumArr;
5251         break;
5252       }
5253     default:
5254       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::setRenumFieldArr : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5255   }
5256   if(renumArr)
5257     renumArr->incrRef();
5258 }
5259
5260 /*!
5261  * Sets the optional names of mesh entities of a given dimension.
5262  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
5263  *  \param [in] nameArr - the array of the names.
5264  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
5265  *  \throw If \a nameArr has an invalid size.
5266  */
5267 void MEDFileStructuredMesh::setNameFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt, DataArrayAsciiChar *nameArr)
5268 {
5269   const MEDCouplingStructuredMesh *mesh(getStructuredMesh());
5270   if(!mesh)
5271     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::setNameFieldAtLevel : no structured mesh specified ! Impossible to set names array !");
5272   switch(meshDimRelToMaxExt)
5273   {
5274     case 0:
5275       {
5276         int nbCells=mesh->getNumberOfCells();
5277         nameArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbCells,MED_SNAME_SIZE,"MEDFileStructuredMesh::setNameFieldAtLevel : Problem in size of names arr ! Mismatch with number of cells of mesh !");
5278         _names_cells=nameArr;
5279         break;
5280       }
5281     case 1:
5282       {
5283         int nbNodes=mesh->getNumberOfNodes();
5284         nameArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbNodes,MED_SNAME_SIZE,"MEDFileStructuredMesh::setNameFieldAtLevel : Problem in size of names arr ! Mismatch with number of nodes of mesh !");
5285         _names_nodes=nameArr;
5286         break;
5287       }
5288     case -1:
5289       {
5290         int nbCells=mesh->getNumberOfCellsOfSubLevelMesh();
5291         nameArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbCells,MED_SNAME_SIZE,"MEDFileStructuredMesh::setNameFieldAtLevel : Problem in size of names arr ! Mismatch with number of faces of mesh !");
5292         _names_cells=nameArr;
5293       }
5294     default:
5295       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::setNameFieldAtLevel : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5296   }
5297   if(nameArr)
5298     nameArr->incrRef();
5299 }
5300
5301 /*!
5302  * Adds a group of nodes to \a this mesh.
5303  *  \param [in] ids - a DataArrayInt providing ids and a name of the group to add.
5304  *          The ids should be sorted and different each other (MED file norm).
5305  *
5306  *  \warning this method can alter default "FAMILLE_ZERO" family.
5307  *  For users sensitive to this a call to MEDFileMesh::rearrangeFamilies will be necessary after addGroup session.
5308  *
5309  *  \throw If the node coordinates array is not set.
5310  *  \throw If \a ids == \c NULL.
5311  *  \throw If \a ids->getName() == "".
5312  *  \throw If \a ids does not respect the MED file norm.
5313  *  \throw If a group with name \a ids->getName() already exists.
5314  */
5315 void MEDFileStructuredMesh::addNodeGroup(const DataArrayInt *ids)
5316 {
5317   addGroup(1,ids);
5318 }
5319
5320 /*!
5321  * Adds a group of nodes/cells/faces/edges to \a this mesh.
5322  *
5323  *  \param [in] ids - a DataArrayInt providing ids and a name of the group to add.
5324  *          The ids should be sorted and different each other (MED file norm).
5325  *
5326  * \warning this method can alter default "FAMILLE_ZERO" family.
5327  * For users sensitive to this a call to MEDFileMesh::rearrangeFamilies will be necessary after addGroup session.
5328  *
5329  *  \throw If the node coordinates array is not set.
5330  *  \throw If \a ids == \c NULL.
5331  *  \throw If \a ids->getName() == "".
5332  *  \throw If \a ids does not respect the MED file norm.
5333  *  \throw If a group with name \a ids->getName() already exists.
5334  */
5335 void MEDFileStructuredMesh::addGroup(int meshDimRelToMaxExt, const DataArrayInt *ids)
5336 {
5337   DataArrayInt *fam(getOrCreateAndGetFamilyFieldAtLevel(meshDimRelToMaxExt));
5338   addGroupUnderground(false,ids,fam);
5339   return ;
5340 }
5341
5342 /*!
5343  * Returns the family field for mesh entities of a given dimension.
5344  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
5345  *  \return const DataArrayInt * - the family field. It is an array of ids of families
5346  *          each mesh entity belongs to. It can be \c NULL.
5347  *  \throw If \a meshDimRelToMaxExt != 0 and \a meshDimRelToMaxExt != 1.
5348  */
5349 const DataArrayInt *MEDFileStructuredMesh::getFamilyFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
5350 {
5351   switch(meshDimRelToMaxExt)
5352   {
5353     case 0:
5354       return _fam_cells;
5355     case 1:
5356       return _fam_nodes;
5357     case -1:
5358       return _fam_faces;
5359     default:
5360       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getFamilyFieldAtLevel : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5361   }
5362 }
5363
5364 /*!
5365  * Returns the family field for mesh entities of a given dimension.
5366  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
5367  *  \return const DataArrayInt * - the family field. It is an array of ids of families
5368  *          each mesh entity belongs to. It can be \c NULL.
5369  *  \throw If \a meshDimRelToMaxExt != 0 and \a meshDimRelToMaxExt != 1.
5370  */
5371 DataArrayInt *MEDFileStructuredMesh::getFamilyFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt)
5372 {
5373   switch(meshDimRelToMaxExt)
5374   {
5375     case 0:
5376       return _fam_cells;
5377     case 1:
5378       return _fam_nodes;
5379     case -1:
5380       return _fam_faces;
5381     default:
5382       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getFamilyFieldAtLevel : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5383   }
5384 }
5385
5386 /*!
5387  * Returns the optional numbers of mesh entities of a given dimension.
5388  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
5389  *  \return const DataArrayInt * - the array of the entity numbers.
5390  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
5391  *  \throw If \a meshDimRelToMaxExt != 0 and \a meshDimRelToMaxExt != 1.
5392  */
5393 const DataArrayInt *MEDFileStructuredMesh::getNumberFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
5394 {
5395   switch(meshDimRelToMaxExt)
5396   {
5397     case 0:
5398       return _num_cells;
5399     case 1:
5400       return _num_nodes;
5401     case -1:
5402       return _num_faces;
5403     default:
5404       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getNumberFieldAtLevel : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5405   }
5406 }
5407
5408 /*!
5409  * Returns the optional numbers of mesh entities of a given dimension transformed using
5410  * DataArrayInt::invertArrayN2O2O2N().
5411  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
5412  *  \return const DataArrayInt * - the array of the entity numbers transformed using
5413  *          DataArrayInt::invertArrayN2O2O2N().
5414  *  \throw If \a meshDimRelToMaxExt != 0 and \a meshDimRelToMaxExt != 1.
5415  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
5416  */
5417 const DataArrayInt *MEDFileStructuredMesh::getRevNumberFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
5418 {
5419   if(meshDimRelToMaxExt!=0 && meshDimRelToMaxExt!=1)
5420     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getRevNumberFieldAtLevel : Only available for levels 0 or 1 !");
5421   if(meshDimRelToMaxExt==0)
5422     {
5423       if((const DataArrayInt *)_num_cells)
5424         {
5425           int pos;
5426           int maxValue=_num_cells->getMaxValue(pos);
5427           _rev_num_cells=_num_cells->invertArrayN2O2O2N(maxValue+1);
5428           return _rev_num_cells;
5429         }
5430       else
5431         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCMesh::getRevNumberFieldAtLevel : no cell renumbering for a request on reverse numbering !");
5432     }
5433   else
5434     {
5435       if((const DataArrayInt *)_num_nodes)
5436         {
5437           int pos;
5438           int maxValue=_num_nodes->getMaxValue(pos);
5439           _rev_num_nodes=_num_nodes->invertArrayN2O2O2N(maxValue+1);
5440           return _rev_num_nodes;
5441         }
5442       else
5443         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCMesh::getRevNumberFieldAtLevel : no node renumbering for a request on reverse numbering !");
5444     }
5445 }
5446
5447 const DataArrayAsciiChar *MEDFileStructuredMesh::getNameFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
5448 {
5449   switch(meshDimRelToMaxExt)
5450   {
5451     case 0:
5452       return _names_cells;
5453     case 1:
5454       return _names_nodes;
5455     case -1:
5456       return _names_faces;
5457     default:
5458       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getNameFieldAtLevel : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5459   }
5460 }
5461
5462 /*!
5463  * Returns relative dimensions of mesh entities (excluding nodes) present in \a this mesh.
5464  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions: [0].
5465  */
5466 std::vector<int> MEDFileStructuredMesh::getNonEmptyLevels() const
5467 {
5468   std::vector<int> ret(1);
5469   return ret;
5470 }
5471
5472 /*!
5473  * Returns relative dimensions of mesh entities (including nodes) present in \a this mesh.
5474  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions: [1,0].
5475  */
5476 std::vector<int> MEDFileStructuredMesh::getNonEmptyLevelsExt() const
5477 {
5478   std::vector<int> ret(2);
5479   ret[0]=1;
5480   return ret;
5481 }
5482
5483 /*!
5484  * Returns the set of extensive levels (nodes included) where not NULL family arr are defined.
5485  */
5486 std::vector<int> MEDFileStructuredMesh::getFamArrNonEmptyLevelsExt() const
5487 {
5488   std::vector<int> ret;
5489   const DataArrayInt *famNodes(_fam_nodes),*famCells(_fam_cells),*famFaces(_fam_faces);
5490   if(famNodes)
5491     ret.push_back(1);
5492   if(famCells)
5493     ret.push_back(0);
5494   if(famFaces)
5495     ret.push_back(-1);
5496   return ret;
5497 }
5498
5499 /*!
5500  * Returns the set of extensive levels (nodes included) where not NULL numbering arr are defined.
5501  */
5502 std::vector<int> MEDFileStructuredMesh::getNumArrNonEmptyLevelsExt() const
5503 {
5504   std::vector<int> ret;
5505   const DataArrayInt *numNodes(_num_nodes),*numCells(_num_cells),*numFaces(_num_faces);
5506   if(numNodes)
5507     ret.push_back(1);
5508   if(numCells)
5509     ret.push_back(0);
5510   if(numFaces)
5511     ret.push_back(-1);
5512   return ret;
5513 }
5514
5515 /*!
5516  * Returns the set of extensive levels (nodes included) where not NULL naming arr are defined.
5517  */
5518 std::vector<int> MEDFileStructuredMesh::getNameArrNonEmptyLevelsExt() const
5519 {
5520   std::vector<int> ret;
5521   const DataArrayAsciiChar *namesNodes(_names_nodes),*namesCells(_names_cells),*namesFaces(_names_faces);
5522   if(namesNodes)
5523     ret.push_back(1);
5524   if(namesCells)
5525     ret.push_back(0);
5526   if(namesFaces)
5527     ret.push_back(-1);
5528   return ret;
5529 }
5530
5531 /*!
5532  * no implementation here, it is not a bug, but intresically no polyhedra in \a this.
5533  */
5534 bool MEDFileStructuredMesh::unPolyze(std::vector<int>& oldCode, std::vector<int>& newCode, DataArrayInt *& o2nRenumCell)
5535 {
5536   oldCode.clear(); newCode.clear(); o2nRenumCell=0;
5537   return false;
5538 }
5539
5540 void MEDFileStructuredMesh::changeFamilyIdArr(int oldId, int newId)
5541 {
5542   DataArrayInt *arr=_fam_nodes;
5543   if(arr)
5544     arr->changeValue(oldId,newId);
5545   arr=_fam_cells;
5546   if(arr)
5547     arr->changeValue(oldId,newId);
5548   arr=_fam_faces;
5549   if(arr)
5550     arr->changeValue(oldId,newId);
5551 }
5552
5553 std::list< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > MEDFileStructuredMesh::getAllNonNullFamilyIds() const
5554 {
5555   std::list< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > ret;
5556   const DataArrayInt *da(_fam_nodes);
5557   if(da)
5558     { da->incrRef(); ret.push_back(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>(const_cast<DataArrayInt *>(da))); }
5559   da=_fam_cells;
5560   if(da)
5561     { da->incrRef(); ret.push_back(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>(const_cast<DataArrayInt *>(da))); }
5562   da=_fam_faces;
5563   if(da)
5564     { da->incrRef(); ret.push_back(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>(const_cast<DataArrayInt *>(da))); }
5565   return ret;
5566 }
5567
5568 void MEDFileStructuredMesh::deepCpyAttributes()
5569 {
5570   if((const DataArrayInt*)_fam_nodes)
5571     _fam_nodes=_fam_nodes->deepCpy();
5572   if((const DataArrayInt*)_num_nodes)
5573     _num_nodes=_num_nodes->deepCpy();
5574   if((const DataArrayAsciiChar*)_names_nodes)
5575     _names_nodes=_names_nodes->deepCpy();
5576   if((const DataArrayInt*)_fam_cells)
5577     _fam_cells=_fam_cells->deepCpy();
5578   if((const DataArrayInt*)_num_cells)
5579     _num_cells=_num_cells->deepCpy();
5580   if((const DataArrayAsciiChar*)_names_cells)
5581     _names_cells=_names_cells->deepCpy();
5582   if((const DataArrayInt*)_fam_faces)
5583     _fam_faces=_fam_faces->deepCpy();
5584   if((const DataArrayInt*)_num_faces)
5585     _num_faces=_num_faces->deepCpy();
5586   if((const DataArrayAsciiChar*)_names_faces)
5587     _names_faces=_names_faces->deepCpy();
5588   if((const DataArrayInt*)_rev_num_nodes)
5589     _rev_num_nodes=_rev_num_nodes->deepCpy();
5590   if((const DataArrayInt*)_rev_num_cells)
5591     _rev_num_cells=_rev_num_cells->deepCpy();
5592 }
5593
5594 /*!
5595  * Returns a pointer to mesh at the specified level (here 0 is compulsary for cartesian mesh).
5596  * 
5597  * \return a pointer to cartesian mesh that need to be managed by the caller.
5598  * \warning the returned pointer has to be managed by the caller.
5599  */
5600
5601 /*!
5602  * Returns a pointer to MEDCouplingStructuredMesh held by \a this. 
5603  *  \param [in] meshDimRelToMax - it must be \c 0 or \c -1.
5604  *  \param [in] renum - it must be \c false.
5605  *  \return MEDCouplingMesh * - a pointer to MEDCouplingMesh that the caller is to
5606  *          delete using decrRef() as it is no more needed. 
5607  */
5608 MEDCouplingMesh *MEDFileStructuredMesh::getMeshAtLevel(int meshDimRelToMax, bool renum) const
5609 {
5610   checkCartesian();
5611   if(renum)
5612     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCurveLinearMesh does not support renumbering ! To do it perform request of renum array directly !");
5613   const MEDCouplingStructuredMesh *m(getStructuredMesh());
5614   switch(meshDimRelToMax)
5615   {
5616     case 0:
5617       {
5618         if(m)
5619           m->incrRef();
5620         return const_cast<MEDCouplingStructuredMesh *>(m);
5621       }
5622     case -1:
5623       {
5624         if(!m)
5625           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getMeshAtLevel : level -1 requested must be non empty to be able to compute unstructured sub mesh !");
5626         buildMinusOneImplicitPartIfNeeded();
5627         MEDCoupling1SGTUMesh *ret(_faces_if_necessary);
5628         if(ret)
5629           ret->incrRef();
5630         return ret;
5631       }
5632     default:
5633       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCurveLinearMesh does not support multi level for mesh 0 expected as input !");
5634   }
5635 }
5636
5637 /*!
5638  * Returns number of mesh entities of a given relative dimension in \a this mesh.
5639  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of interest.
5640  *  \return int - the number of entities.
5641  *  \throw If no mesh entities of dimension \a meshDimRelToMaxExt are available in \a this mesh.
5642  */
5643 int MEDFileStructuredMesh::getSizeAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
5644 {
5645   const MEDCouplingStructuredMesh *cmesh(getStructuredMesh());
5646   if(!cmesh)
5647     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getSizeAtLevel : No structured mesh set !");
5648   switch(meshDimRelToMaxExt)
5649   {
5650     case 0:
5651       return cmesh->getNumberOfCells();
5652     case 1:
5653       return cmesh->getNumberOfNodes();
5654     case -1:
5655       return cmesh->getNumberOfCellsOfSubLevelMesh();
5656     default:
5657       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getSizeAtLevel : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5658   }
5659 }
5660
5661 int MEDFileStructuredMesh::getNumberOfNodes() const
5662 {
5663   const MEDCouplingStructuredMesh *cmesh(getStructuredMesh());
5664   if(!cmesh)
5665     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getNumberOfNodes : no cartesian mesh set !");
5666   return cmesh->getNumberOfNodes();
5667 }
5668
5669 int MEDFileStructuredMesh::getNumberOfCellsAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
5670 {
5671   const MEDCouplingStructuredMesh *cmesh(getStructuredMesh());
5672   if(!cmesh)
5673     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getNumberOfNodes : no cartesian mesh set !");
5674   switch(meshDimRelToMaxExt)
5675   {
5676     case 0:
5677       return cmesh->getNumberOfCells();
5678     case -1:
5679       return cmesh->getNumberOfCellsOfSubLevelMesh();
5680     default:
5681       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getNumberOfNodes : only meshDimRelToMax=0 and meshDimRelToMax=-1 supported !");
5682     }
5683 }
5684
5685 bool MEDFileStructuredMesh::hasImplicitPart() const
5686 {
5687   return true;
5688 }
5689
5690 /*!
5691  * \sa MEDFileStructuredMesh::getImplicitFaceMesh
5692  */
5693 int MEDFileStructuredMesh::buildImplicitPartIfAny(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
5694 {
5695   static const char MSG[]="MEDFileStructuredMesh::buildImplicitPartIfAny : the given geo type is not manageable by a structured mesh !";
5696   const MEDCoupling1SGTUMesh *zeFaceMesh(_faces_if_necessary);
5697   if(!zeFaceMesh)
5698     {
5699       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm(INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(MEDCouplingStructuredMesh::GetGeoTypeGivenMeshDimension(getMeshDimension())));
5700       if(cm.getReverseExtrudedType()!=gt)
5701         throw INTERP_KERNEL::Exception(MSG);
5702       buildImplicitPart();
5703       return getStructuredMesh()->getNumberOfCellsOfSubLevelMesh();
5704     }
5705   else
5706     {
5707       if(gt!=zeFaceMesh->getCellModelEnum())
5708         throw INTERP_KERNEL::Exception(MSG);
5709       return zeFaceMesh->getNumberOfCells();
5710     }
5711 }
5712
5713 void MEDFileStructuredMesh::buildMinusOneImplicitPartIfNeeded() const
5714 {
5715   const MEDCoupling1SGTUMesh *zeFaceMesh(_faces_if_necessary);
5716   if(!zeFaceMesh)
5717     buildImplicitPart();
5718 }
5719
5720 void MEDFileStructuredMesh::buildImplicitPart() const
5721 {
5722   const MEDCouplingStructuredMesh *mcmesh(getStructuredMesh());
5723   if(!mcmesh)
5724     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::buildImplicitPart : Unable to build the implicit part of structured mesh because no structured mesh at level 0 defined !");
5725   _faces_if_necessary=mcmesh->build1SGTSubLevelMesh();
5726 }
5727
5728 void MEDFileStructuredMesh::releaseImplicitPartIfAny() const
5729 {
5730   _faces_if_necessary=0;
5731 }
5732
5733 /*!
5734  * Retrieves the internal pointer (no decrRef requested) of the implicit face mesh if any.
5735  * To force to build it you can invoke MEDFileStructuredMesh::buildImplicitPartIfAny method.
5736  * 
5737  * \sa MEDFileStructuredMesh::buildImplicitPartIfAny
5738  */
5739 MEDCoupling1SGTUMesh *MEDFileStructuredMesh::getImplicitFaceMesh() const
5740 {
5741   checkCartesian();
5742   return _faces_if_necessary;
5743 }
5744
5745 std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> MEDFileStructuredMesh::getGeoTypesAtLevel(int meshDimRelToMax) const
5746 {
5747   const MEDCouplingStructuredMesh *cmesh(getStructuredMesh());
5748   if(!cmesh)
5749     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getGeoTypesAtLevel : No structured mesh set !");
5750   switch(meshDimRelToMax)
5751   {
5752     case 0:
5753       {
5754         std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> ret(1,cmesh->getTypeOfCell(0));
5755         return ret;
5756       }
5757     case -1:
5758       {
5759         int mdim(cmesh->getMeshDimension());
5760         if(mdim<1)
5761           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getGeoTypesAtLevel : only one level available for structured meshes ! Input 0 is mandatory or 0D mesh !");
5762         std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> ret(1,MEDCouplingStructuredMesh::GetGeoTypeGivenMeshDimension(mdim-1));
5763         return ret;
5764       }
5765     default:
5766       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getGeoTypesAtLevel : only 2 levels available at most : 0 and -1 !");
5767   }
5768 }
5769
5770 int MEDFileStructuredMesh::getNumberOfCellsWithType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType ct) const
5771 {
5772   if(ct!=MEDCouplingStructuredMesh::GetGeoTypeGivenMeshDimension(getMeshDimension()))
5773     return 0;
5774   else
5775     return getNumberOfCellsAtLevel(0);
5776 }
5777
5778 void MEDFileStructuredMesh::whichAreNodesFetched(const MEDFileField1TSStructItem& st, const MEDFileFieldGlobsReal *globs, std::vector<bool>& nodesFetched) const
5779 {
5780   if(st.getNumberOfItems()!=1)
5781     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::whichAreNodesFetched : The sturture of field is not lying on single geo type ! it is not managed yet for structured mesh !");
5782   if(st[0].getGeo()!=MEDCouplingStructuredMesh::GetGeoTypeGivenMeshDimension(getMeshDimension()))
5783     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::whichAreNodesFetched : The sturture of field is not lying on expected geo type !");
5784   if(getNumberOfNodes()!=(int)nodesFetched.size())
5785     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::whichAreNodesFetched : invalid size of array !");
5786   if(st[0].getPflName().empty())
5787     {
5788       std::fill(nodesFetched.begin(),nodesFetched.end(),true);
5789       return ;
5790     }
5791   const DataArrayInt *arr(globs->getProfile(st[0].getPflName()));
5792   const MEDCouplingStructuredMesh *cmesh=getStructuredMesh();//cmesh not null because getNumberOfNodes called before
5793   int sz(nodesFetched.size());
5794   for(const int *work=arr->begin();work!=arr->end();work++)
5795     {
5796       std::vector<int> conn;
5797       cmesh->getNodeIdsOfCell(*work,conn);
5798       for(std::vector<int>::const_iterator it=conn.begin();it!=conn.end();it++)
5799         if(*it>=0 && *it<sz)
5800           nodesFetched[*it]=true;
5801         else
5802           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::whichAreNodesFetched : internal error !");
5803     }
5804 }
5805
5806 med_geometry_type MEDFileStructuredMesh::GetGeoTypeFromMeshDim(int meshDim)
5807 {
5808   INTERP_KERNEL::NormalizedCellType ct(MEDCouplingStructuredMesh::GetGeoTypeGivenMeshDimension(meshDim));
5809   return typmai3[ct];
5810 }
5811
5812 void MEDFileStructuredMesh::LoadStrMeshDAFromFile(med_idt fid, int meshDim, int dt, int it, const std::string& mName, MEDFileMeshReadSelector *mrs,
5813                                                   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>& famCells, MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>& numCells, MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayAsciiChar>& namesCells)
5814 {
5815   med_bool chgt=MED_FALSE,trsf=MED_FALSE;
5816   med_geometry_type geoTypeReq=MEDFileStructuredMesh::GetGeoTypeFromMeshDim(meshDim);
5817   int nbOfElt(0);
5818   nbOfElt=MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_CELL,geoTypeReq,MED_FAMILY_NUMBER,MED_NODAL,&chgt,&trsf);
5819   if(nbOfElt>0)
5820     {
5821       if(!mrs || mrs->isCellFamilyFieldReading())
5822         {
5823           famCells=DataArrayInt::New();
5824           famCells->alloc(nbOfElt,1);
5825           MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshEntityFamilyNumberRd,(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_CELL,geoTypeReq,famCells->getPointer()));
5826         }
5827     }
5828   nbOfElt=MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_CELL,geoTypeReq,MED_NUMBER,MED_NODAL,&chgt,&trsf);
5829   if(nbOfElt>0)
5830     {
5831       if(!mrs || mrs->isCellNumFieldReading())
5832         {
5833           numCells=DataArrayInt::New();
5834           numCells->alloc(nbOfElt,1);
5835           MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshEntityNumberRd,(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_CELL,geoTypeReq,numCells->getPointer()));
5836         }
5837     }
5838   nbOfElt=MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_CELL,geoTypeReq,MED_NAME,MED_NODAL,&chgt,&trsf);
5839   if(nbOfElt>0)
5840     {
5841       if(!mrs || mrs->isCellNameFieldReading())
5842         {
5843           namesCells=DataArrayAsciiChar::New();
5844           namesCells->alloc(nbOfElt+1,MED_SNAME_SIZE);//not a bug to avoid the memory corruption due to last \0 at the end
5845           MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshEntityNameRd,(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_CELL,geoTypeReq,namesCells->getPointer()));
5846           namesCells->reAlloc(nbOfElt);//not a bug to avoid the memory corruption due to last \0 at the end
5847         }
5848     }
5849 }
5850
5851 void MEDFileStructuredMesh::loadStrMeshFromFile(MEDFileStrMeshL2 *strm, med_idt fid, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
5852 {
5853   setName(strm->getName());
5854   setDescription(strm->getDescription());
5855   setUnivName(strm->getUnivName());
5856   setIteration(strm->getIteration());
5857   setOrder(strm->getOrder());
5858   setTimeValue(strm->getTime());
5859   setTimeUnit(strm->getTimeUnit());
5860   MEDFileMeshL2::ReadFamiliesAndGrps(fid,mName,_families,_groups,mrs);
5861   med_bool chgt=MED_FALSE,trsf=MED_FALSE;
5862   int nbOfElt(MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NONE,MED_FAMILY_NUMBER,MED_NODAL,&chgt,&trsf));
5863   if(nbOfElt>0)
5864     {
5865       if(!mrs || mrs->isNodeFamilyFieldReading())
5866         {
5867           int nbNodes(getNumberOfNodes());
5868           if(nbOfElt>nbNodes)
5869             throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::loadStrMeshFromFile : invalid size of family node array regarding number of nodes in this ! File seems to be corrupted !");
5870           _fam_nodes=DataArrayInt::New();
5871           _fam_nodes->alloc(nbNodes,1);//yes nbNodes and not nbOfElt see next line.
5872           if(nbNodes>nbOfElt)//yes it appends some times... It explains surely the mdump implementation. Bug revealed by PARAVIS EDF #2475 on structured.med file where only 12 first nodes are !=0 so nbOfElt=12 and nbOfNodes=378...
5873             _fam_nodes->fillWithZero();
5874           MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshEntityFamilyNumberRd,(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NONE,_fam_nodes->getPointer()));
5875         }
5876     }
5877   nbOfElt=MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NONE,MED_NUMBER,MED_NODAL,&chgt,&trsf);
5878   if(nbOfElt>0)
5879     {
5880       if(!mrs || mrs->isNodeNumFieldReading())
5881         {
5882           _num_nodes=DataArrayInt::New();
5883           _num_nodes->alloc(nbOfElt,1);
5884           MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshEntityNumberRd,(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NONE,_num_nodes->getPointer()));
5885         }
5886     }
5887   nbOfElt=MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NONE,MED_NAME,MED_NODAL,&chgt,&trsf);
5888   if(nbOfElt>0)
5889     {
5890       if(!mrs || mrs->isNodeNameFieldReading())
5891         {
5892           _names_nodes=DataArrayAsciiChar::New();
5893           _names_nodes->alloc(nbOfElt+1,MED_SNAME_SIZE);//not a bug to avoid the memory corruption due to last \0 at the end
5894           MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshEntityNameRd,(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NONE,_names_nodes->getPointer()));
5895           _names_nodes->reAlloc(nbOfElt);//not a bug to avoid the memory corruption due to last \0 at the end
5896         }
5897     }
5898   int meshDim(getStructuredMesh()->getMeshDimension());
5899   LoadStrMeshDAFromFile(fid,meshDim,dt,it,mName,mrs,_fam_cells,_num_cells,_names_cells);
5900   if(meshDim>=1)
5901     LoadStrMeshDAFromFile(fid,meshDim-1,dt,it,mName,mrs,_fam_faces,_num_faces,_names_faces);
5902 }
5903
5904 void MEDFileStructuredMesh::writeStructuredLL(med_idt fid, const std::string& maa) const
5905 {
5906   int meshDim(getStructuredMesh()->getMeshDimension());
5907   med_geometry_type geoTypeReq(GetGeoTypeFromMeshDim(meshDim)),geoTypeReq2(GetGeoTypeFromMeshDim(meshDim-1));
5908   //
5909   if((const DataArrayInt *)_fam_cells)
5910     MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityFamilyNumberWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_CELL,geoTypeReq,_fam_cells->getNumberOfTuples(),_fam_cells->getConstPointer()));
5911   if((const DataArrayInt *)_fam_faces)
5912     MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityFamilyNumberWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_CELL,geoTypeReq2,_fam_faces->getNumberOfTuples(),_fam_faces->getConstPointer()));
5913   if((const DataArrayInt *)_fam_nodes)
5914     MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityFamilyNumberWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_NODE,MED_NONE,_fam_nodes->getNumberOfTuples(),_fam_nodes->getConstPointer()));
5915   if((const DataArrayInt *)_num_cells)
5916     MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityNumberWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_CELL,geoTypeReq,_num_cells->getNumberOfTuples(),_num_cells->getConstPointer()));
5917   if((const DataArrayInt *)_num_faces)
5918     MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityNumberWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_CELL,geoTypeReq2,_num_faces->getNumberOfTuples(),_num_faces->getConstPointer()));
5919   if((const DataArrayInt *)_num_nodes)
5920     MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityNumberWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_NODE,MED_NONE,_num_nodes->getNumberOfTuples(),_num_nodes->getConstPointer()));
5921   if((const DataArrayAsciiChar *)_names_cells)
5922     {
5923       if(_names_cells->getNumberOfComponents()!=MED_SNAME_SIZE)
5924         {
5925           std::ostringstream oss; oss << "MEDFileStructuredMesh::writeStructuredLL : expected a name field on cells with number of components set to " << MED_SNAME_SIZE;
5926           oss << " ! The array has " << _names_cells->getNumberOfComponents() << " components !";
5927           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
5928         }
5929       MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityNameWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_CELL,geoTypeReq,_names_cells->getNumberOfTuples(),_names_cells->getConstPointer()));
5930     }
5931   if((const DataArrayAsciiChar *)_names_faces)
5932     {
5933       if(_names_faces->getNumberOfComponents()!=MED_SNAME_SIZE)
5934         {
5935           std::ostringstream oss; oss << "MEDFileStructuredMesh::writeStructuredLL : expected a name field on faces with number of components set to " << MED_SNAME_SIZE;
5936           oss << " ! The array has " << _names_faces->getNumberOfComponents() << " components !";
5937           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
5938         }
5939       MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityNameWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_CELL,geoTypeReq2,_names_faces->getNumberOfTuples(),_names_faces->getConstPointer()));
5940     }
5941   if((const DataArrayAsciiChar *)_names_nodes)
5942     {
5943       if(_names_nodes->getNumberOfComponents()!=MED_SNAME_SIZE)
5944         {
5945           std::ostringstream oss; oss << "MEDFileStructuredMesh::writeStructuredLL : expected a name field on nodes with number of components set to " << MED_SNAME_SIZE;
5946           oss << " ! The array has " << _names_cells->getNumberOfComponents() << " components !";
5947           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
5948         }
5949       MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityNameWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_NODE,MED_NONE,_names_nodes->getNumberOfTuples(),_names_nodes->getConstPointer()));
5950     }
5951   //
5952   MEDFileUMeshL2::WriteFamiliesAndGrps(fid,maa.c_str(),_families,_groups,_too_long_str);
5953 }
5954
5955 /*!
5956  * Returns an empty instance of MEDFileCMesh.
5957  *  \return MEDFileCMesh * - a new instance of MEDFileCMesh. The caller is to delete this
5958  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
5959  */
5960 MEDFileCMesh *MEDFileCMesh::New()
5961 {
5962   return new MEDFileCMesh;
5963 }
5964
5965 /*!
5966  * Returns a new MEDFileCMesh holding the mesh data that has been read from a given MED
5967  * file. The first mesh in the file is loaded.
5968  *  \param [in] fileName - the name of MED file to read.
5969  *  \return MEDFileCMesh * - a new instance of MEDFileCMesh. The caller is to delete this
5970  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
5971  *  \throw If the file is not readable.
5972  *  \throw If there is no meshes in the file.
5973  *  \throw If the mesh in the file is not a Cartesian one.
5974  */
5975 MEDFileCMesh *MEDFileCMesh::New(const std::string& fileName, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
5976 {
5977   std::vector<std::string> ms=MEDLoader::GetMeshNames(fileName);
5978   if(ms.empty())
5979     {
5980       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::New : no meshes in file \"" << fileName << "\" !";
5981       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
5982     }
5983   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
5984   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
5985   int dt,it;
5986   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
5987   std::string dummy2;
5988   ParaMEDMEM::MEDCouplingAxisType dummy3;
5989   MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,ms.front(),meshType,dummy3,dt,it,dummy2);
5990   return new MEDFileCMesh(fid,ms.front(),dt,it,mrs);
5991 }
5992
5993 /*!
5994  * Returns a new MEDFileCMesh holding the mesh data that has been read from a given MED
5995  * file. The mesh to load is specified by its name and numbers of a time step and an
5996  * iteration.
5997  *  \param [in] fileName - the name of MED file to read.
5998  *  \param [in] mName - the name of the mesh to read.
5999  *  \param [in] dt - the number of a time step.
6000  *  \param [in] it - the number of an iteration.
6001  *  \return MEDFileCMesh * - a new instance of MEDFileCMesh. The caller is to delete this
6002  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
6003  *  \throw If the file is not readable.
6004  *  \throw If there is no mesh with given attributes in the file.
6005  *  \throw If the mesh in the file is not a Cartesian one.
6006  */
6007 MEDFileCMesh *MEDFileCMesh::New(const std::string& fileName, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
6008 {
6009   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
6010   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
6011   return new MEDFileCMesh(fid,mName,dt,it,mrs);
6012 }
6013
6014 std::size_t MEDFileCMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
6015 {
6016   return MEDFileStructuredMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren();
6017 }
6018
6019 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileCMesh::getDirectChildrenWithNull() const
6020 {
6021   std::vector<const BigMemoryObject *> ret(MEDFileStructuredMesh::getDirectChildrenWithNull());
6022   ret.push_back((const MEDCouplingCMesh *)_cmesh);
6023   return ret;
6024 }
6025
6026 /*!
6027  * Returns the dimension on cells in \a this mesh.
6028  *  \return int - the mesh dimension.
6029  *  \throw If there are no cells in this mesh.
6030  */
6031 int MEDFileCMesh::getMeshDimension() const
6032 {
6033   if(!((const MEDCouplingCMesh*)_cmesh))
6034     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCMesh::getMeshDimension : unable to get meshdimension because no mesh set !");
6035   return _cmesh->getMeshDimension();
6036 }
6037
6038 /*!
6039  * Returns the dimension on nodes in \a this mesh.
6040  *  \return int - the space dimension.
6041  *  \throw If there are no cells in this mesh.
6042  */
6043 int MEDFileCMesh::getSpaceDimension() const
6044 {
6045   if(!((const MEDCouplingCMesh*)_cmesh))
6046     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCMesh::getSpaceDimension : unable to get spacedimension because no mesh set !");
6047   return _cmesh->getSpaceDimension();
6048 }
6049
6050 /*!
6051  * Returns a string describing \a this mesh.
6052  *  \return std::string - the mesh information string.
6053  */
6054 std::string MEDFileCMesh::simpleRepr() const
6055 {
6056   return MEDFileStructuredMesh::simpleRepr();
6057 }
6058
6059 /*!
6060  * Returns a full textual description of \a this mesh.
6061  *  \return std::string - the string holding the mesh description.
6062  */
6063 std::string MEDFileCMesh::advancedRepr() const
6064 {
6065   return simpleRepr();
6066 }
6067
6068 MEDFileMesh *MEDFileCMesh::shallowCpy() const
6069 {
6070   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileCMesh> ret(new MEDFileCMesh(*this));
6071   return ret.retn();
6072 }
6073
6074 MEDFileMesh *MEDFileCMesh::createNewEmpty() const
6075 {
6076   return new MEDFileCMesh;
6077 }
6078
6079 MEDFileMesh *MEDFileCMesh::deepCpy() const
6080 {
6081   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileCMesh> ret(new MEDFileCMesh(*this));
6082   ret->deepCpyEquivalences(*this);
6083   if((const MEDCouplingCMesh*)_cmesh)
6084     ret->_cmesh=static_cast<MEDCouplingCMesh*>(_cmesh->deepCpy());
6085   ret->deepCpyAttributes();
6086   return ret.retn();
6087 }
6088
6089 /*!
6090  * Checks if \a this and another mesh are equal.
6091  *  \param [in] other - the mesh to compare with.
6092  *  \param [in] eps - a precision used to compare real values.
6093  *  \param [in,out] what - the string returning description of unequal data.
6094  *  \return bool - \c true if the meshes are equal, \c false, else.
6095  */
6096 bool MEDFileCMesh::isEqual(const MEDFileMesh *other, double eps, std::string& what) const
6097 {
6098   if(!MEDFileStructuredMesh::isEqual(other,eps,what))
6099     return false;
6100   const MEDFileCMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDFileCMesh *>(other);
6101   if(!otherC)
6102     {
6103       what="Mesh types differ ! This is cartesian and other is NOT !";
6104       return false;
6105     }
6106   clearNonDiscrAttributes();
6107   otherC->clearNonDiscrAttributes();
6108   const MEDCouplingCMesh *coo1=_cmesh;
6109   const MEDCouplingCMesh *coo2=otherC->_cmesh;
6110   if((coo1==0 && coo2!=0) || (coo1!=0 && coo2==0))
6111     {
6112       what="Mismatch of cartesian meshes ! One is defined and not other !";
6113       return false;
6114     }
6115   if(coo1)
6116     {
6117       bool ret=coo1->isEqual(coo2,eps);
6118       if(!ret)
6119         {
6120           what="cartesian meshes differ !";
6121           return false;
6122         }
6123     }
6124   return true;
6125 }
6126
6127 /*!
6128  * Clears redundant attributes of incorporated data arrays.
6129  */
6130 void MEDFileCMesh::clearNonDiscrAttributes() const
6131 {
6132   MEDFileStructuredMesh::clearNonDiscrAttributes();
6133   MEDFileUMeshSplitL1::ClearNonDiscrAttributes(_cmesh);//to it is not a bug umeshsplit have already the method implemented
6134 }
6135
6136 MEDFileCMesh::MEDFileCMesh()
6137 {
6138 }
6139
6140 MEDFileCMesh::MEDFileCMesh(med_idt fid, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
6141 try
6142 {
6143     loadLLWithAdditionalItems(fid,mName,dt,it,mrs);
6144 }
6145 catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
6146 {
6147     throw e;
6148 }
6149
6150 void MEDFileCMesh::loadLL(med_idt fid, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
6151 {
6152   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
6153   int dummy0,dummy1;
6154   std::string dtunit;
6155   ParaMEDMEM::MEDCouplingAxisType axType;
6156   int mid=MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,mName,meshType,axType,dummy0,dummy1,dtunit);
6157   if(meshType!=CARTESIAN)
6158     {
6159       std::ostringstream oss; oss << "Trying to load as cartesian an existing mesh with name '" << mName << "' that is NOT cartesian !";
6160       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6161     }
6162   MEDFileCMeshL2 loaderl2;
6163   loaderl2.loadAll(fid,mid,mName,dt,it);
6164   setAxType(loaderl2.getAxType());
6165   MEDCouplingCMesh *mesh=loaderl2.getMesh();
6166   mesh->incrRef();
6167   _cmesh=mesh;
6168   loadStrMeshFromFile(&loaderl2,fid,mName,dt,it,mrs);
6169 }
6170
6171 /*!
6172  * Returns a const pointer to MEDCouplingCMesh held by \a this mesh.
6173  *  \return const MEDCouplingCMesh * - a pointer to the held MEDCouplingCMesh.
6174  */
6175 const MEDCouplingCMesh *MEDFileCMesh::getMesh() const
6176 {
6177   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
6178   return _cmesh;
6179 }
6180
6181 const MEDCouplingStructuredMesh *MEDFileCMesh::getStructuredMesh() const
6182 {
6183   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
6184   return _cmesh;
6185 }
6186
6187 /*!
6188  * Sets the MEDCouplingCMesh holding the data of \a this mesh.
6189  *  \param [in] m - the new MEDCouplingCMesh to refer to.
6190  *  \throw If the name or the description of \a this mesh and \a m are not empty and are
6191  *         different. 
6192  */
6193 void MEDFileCMesh::setMesh(MEDCouplingCMesh *m)
6194 {
6195   dealWithTinyInfo(m);
6196   if(m)
6197     m->incrRef();
6198   _cmesh=m;
6199 }
6200
6201 MEDFileMesh *MEDFileCMesh::cartesianize() const
6202 {
6203   if(getAxType()==AX_CART)
6204     {
6205       incrRef();
6206       return const_cast<MEDFileCMesh *>(this);
6207     }
6208   else
6209     {
6210       const MEDCouplingCMesh *cmesh(getMesh());
6211       if(!cmesh)
6212         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCMesh::cartesianize : impossible to turn into cartesian because the mesh is null !");
6213       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCurveLinearMesh> clmesh(cmesh->buildCurveLinear());
6214       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> coords(clmesh->getCoords()->cartesianize(getAxType()));
6215       clmesh->setCoords(coords);
6216       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileCurveLinearMesh> ret(MEDFileCurveLinearMesh::New());
6217       ret->MEDFileStructuredMesh::operator=(*this);
6218       ret->setMesh(clmesh);
6219       ret->setAxType(AX_CART);
6220       return ret.retn();
6221     }
6222 }
6223
6224 void MEDFileCMesh::writeLL(med_idt fid) const
6225 {
6226   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> maa=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_NAME_SIZE);
6227   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> desc=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_COMMENT_SIZE);
6228   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> dtunit=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_LNAME_SIZE);
6229   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_name.c_str(),MED_NAME_SIZE,maa,_too_long_str);
6230   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_desc_name.c_str(),MED_COMMENT_SIZE,desc,_too_long_str);
6231   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_dt_unit.c_str(),MED_LNAME_SIZE,dtunit,_too_long_str);
6232   int spaceDim(_cmesh->getSpaceDimension());
6233   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> comp=MEDLoaderBase::buildEmptyString(spaceDim*MED_SNAME_SIZE);
6234   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> unit=MEDLoaderBase::buildEmptyString(spaceDim*MED_SNAME_SIZE);
6235   for(int i=0;i<spaceDim;i++)
6236     {
6237       std::string info(_cmesh->getCoordsAt(i)->getInfoOnComponent(0));
6238       std::string c,u;
6239       MEDLoaderBase::splitIntoNameAndUnit(info,c,u);
6240       MEDLoaderBase::safeStrCpy2(c.c_str(),MED_SNAME_SIZE-1,comp+i*MED_SNAME_SIZE,_too_long_str);//MED_TAILLE_PNOM-1 to avoid to write '\0' on next compo
6241       MEDLoaderBase::safeStrCpy2(u.c_str(),MED_SNAME_SIZE-1,unit+i*MED_SNAME_SIZE,_too_long_str);//MED_TAILLE_PNOM-1 to avoid to write '\0' on next compo
6242     }
6243   // MED_CARTESIAN and not MEDFileMeshL2::TraduceAxisTypeRev(getAxType()) ! Yes it is not a bug. The discrimination is done in MEDmeshGridTypeWr.
6244   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshCr,(fid,maa,spaceDim,spaceDim,MED_STRUCTURED_MESH,desc,dtunit,MED_SORT_DTIT,MED_CARTESIAN,comp,unit));
6245   if(_univ_wr_status)
6246     MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshUniversalNameWr,(fid,maa));
6247   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshGridTypeWr,(fid,maa,MEDFileMeshL2::TraduceAxisTypeRevStruct(getAxType())));
6248   for(int i=0;i<spaceDim;i++)
6249     {
6250       const DataArrayDouble *da=_cmesh->getCoordsAt(i);
6251       MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshGridIndexCoordinateWr,(fid,maa,_iteration,_order,_time,i+1,da->getNumberOfTuples(),da->getConstPointer()));
6252     }
6253   //
6254   std::string meshName(MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(maa,MED_NAME_SIZE));
6255   MEDFileStructuredMesh::writeStructuredLL(fid,meshName);
6256 }
6257
6258 void MEDFileCMesh::synchronizeTinyInfoOnLeaves() const
6259 {
6260   const MEDCouplingCMesh *cmesh=_cmesh;
6261   if(!cmesh)
6262     return;
6263   (const_cast<MEDCouplingCMesh *>(cmesh))->setName(_name);
6264   (const_cast<MEDCouplingCMesh *>(cmesh))->setDescription(_desc_name);
6265   (const_cast<MEDCouplingCMesh *>(cmesh))->setTime(_time,_iteration,_order);
6266   (const_cast<MEDCouplingCMesh *>(cmesh))->setTimeUnit(_dt_unit);
6267 }
6268
6269 MEDFileCurveLinearMesh *MEDFileCurveLinearMesh::New()
6270 {
6271   return new MEDFileCurveLinearMesh;
6272 }
6273
6274 MEDFileCurveLinearMesh *MEDFileCurveLinearMesh::New(const std::string& fileName, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
6275 {
6276   std::vector<std::string> ms=MEDLoader::GetMeshNames(fileName);
6277   if(ms.empty())
6278     {
6279       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::New : no meshes in file \"" << fileName << "\" !";
6280       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6281     }
6282   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
6283   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
6284   int dt,it;
6285   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
6286   ParaMEDMEM::MEDCouplingAxisType dummy3;
6287   std::string dummy2;
6288   MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,ms.front(),meshType,dummy3,dt,it,dummy2);
6289   return new MEDFileCurveLinearMesh(fid,ms.front(),dt,it,mrs);
6290 }
6291
6292 MEDFileCurveLinearMesh *MEDFileCurveLinearMesh::New(const std::string& fileName, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
6293 {
6294   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
6295   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
6296   return new MEDFileCurveLinearMesh(fid,mName,dt,it,mrs);
6297 }
6298
6299 std::size_t MEDFileCurveLinearMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
6300 {
6301   return MEDFileStructuredMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren();
6302 }
6303
6304 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileCurveLinearMesh::getDirectChildrenWithNull() const
6305 {
6306   std::vector<const BigMemoryObject *> ret(MEDFileStructuredMesh::getDirectChildrenWithNull());
6307   ret.push_back((const MEDCouplingCurveLinearMesh *)_clmesh);
6308   return ret;
6309 }
6310
6311 MEDFileMesh *MEDFileCurveLinearMesh::shallowCpy() const
6312 {
6313   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileCurveLinearMesh> ret(new MEDFileCurveLinearMesh(*this));
6314   return ret.retn();
6315 }
6316
6317 MEDFileMesh *MEDFileCurveLinearMesh::createNewEmpty() const
6318 {
6319   return new MEDFileCurveLinearMesh;
6320 }
6321
6322 MEDFileMesh *MEDFileCurveLinearMesh::deepCpy() const
6323 {
6324   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileCurveLinearMesh> ret(new MEDFileCurveLinearMesh(*this));
6325   ret->deepCpyEquivalences(*this);
6326   if((const MEDCouplingCurveLinearMesh*)_clmesh)
6327     ret->_clmesh=static_cast<MEDCouplingCurveLinearMesh*>(_clmesh->deepCpy());
6328   ret->deepCpyAttributes();
6329   return ret.retn();
6330 }
6331
6332 int MEDFileCurveLinearMesh::getMeshDimension() const
6333 {
6334   if(!((const MEDCouplingCurveLinearMesh*)_clmesh))
6335     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCurveLinearMesh::getMeshDimension : unable to get meshdimension because no mesh set !");
6336   return _clmesh->getMeshDimension();
6337 }
6338
6339 std::string MEDFileCurveLinearMesh::simpleRepr() const
6340 {
6341   return MEDFileStructuredMesh::simpleRepr();
6342 }
6343
6344 std::string MEDFileCurveLinearMesh::advancedRepr() const
6345 {
6346   return simpleRepr();
6347 }
6348
6349 bool MEDFileCurveLinearMesh::isEqual(const MEDFileMesh *other, double eps, std::string& what) const
6350 {
6351   if(!MEDFileStructuredMesh::isEqual(other,eps,what))
6352     return false;
6353   const MEDFileCurveLinearMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDFileCurveLinearMesh *>(other);
6354   if(!otherC)
6355     {
6356       what="Mesh types differ ! This is curve linear and other is NOT !";
6357       return false;
6358     }
6359   clearNonDiscrAttributes();
6360   otherC->clearNonDiscrAttributes();
6361   const MEDCouplingCurveLinearMesh *coo1=_clmesh;
6362   const MEDCouplingCurveLinearMesh *coo2=otherC->_clmesh;
6363   if((coo1==0 && coo2!=0) || (coo1!=0 && coo2==0))
6364     {
6365       what="Mismatch of curve linear meshes ! One is defined and not other !";
6366       return false;
6367     }
6368   if(coo1)
6369     {
6370       bool ret=coo1->isEqual(coo2,eps);
6371       if(!ret)
6372         {
6373           what="curve linear meshes differ !";
6374           return false;
6375         }
6376     }
6377   return true;
6378 }
6379
6380 void MEDFileCurveLinearMesh::clearNonDiscrAttributes() const
6381 {
6382   MEDFileStructuredMesh::clearNonDiscrAttributes();
6383   MEDFileUMeshSplitL1::ClearNonDiscrAttributes(_clmesh);//to it is not a bug umeshsplit have already the method implemented
6384 }
6385
6386 void MEDFileCurveLinearMesh::synchronizeTinyInfoOnLeaves() const
6387 {
6388   const MEDCouplingCurveLinearMesh *clmesh=_clmesh;
6389   if(!clmesh)
6390     return;
6391   (const_cast<MEDCouplingCurveLinearMesh *>(clmesh))->setName(_name);
6392   (const_cast<MEDCouplingCurveLinearMesh *>(clmesh))->setDescription(_desc_name);
6393   (const_cast<MEDCouplingCurveLinearMesh *>(clmesh))->setTime(_time,_iteration,_order);
6394   (const_cast<MEDCouplingCurveLinearMesh *>(clmesh))->setTimeUnit(_dt_unit);
6395 }
6396
6397 const MEDCouplingCurveLinearMesh *MEDFileCurveLinearMesh::getMesh() const
6398 {
6399   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
6400   return _clmesh;
6401 }
6402
6403 void MEDFileCurveLinearMesh::setMesh(MEDCouplingCurveLinearMesh *m)
6404 {
6405   dealWithTinyInfo(m);
6406   if(m)
6407     m->incrRef();
6408   _clmesh=m;
6409 }
6410
6411 MEDFileMesh *MEDFileCurveLinearMesh::cartesianize() const
6412 {
6413   if(getAxType()==AX_CART)
6414     {
6415       incrRef();
6416       return const_cast<MEDFileCurveLinearMesh *>(this);
6417     }
6418   else
6419     {
6420       const MEDCouplingCurveLinearMesh *mesh(getMesh());
6421       if(!mesh)
6422         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCurveLinearMesh::cartesianize : impossible to turn into cartesian because the mesh is null !");
6423       const DataArrayDouble *coords(mesh->getCoords());
6424       if(!coords)
6425         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCurveLinearMesh::cartesianize : coordinate pointer in mesh is null !");
6426       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileCurveLinearMesh> ret(new MEDFileCurveLinearMesh(*this));
6427       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCurveLinearMesh> mesh2(mesh->clone(false));
6428       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> coordsCart(coords->cartesianize(getAxType()));
6429       mesh2->setCoords(coordsCart);
6430       ret->setMesh(mesh2);
6431       ret->setAxType(AX_CART);
6432       return ret.retn();
6433     }
6434 }
6435
6436 const MEDCouplingStructuredMesh *MEDFileCurveLinearMesh::getStructuredMesh() const
6437 {
6438   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
6439   return _clmesh;
6440 }
6441
6442 MEDFileCurveLinearMesh::MEDFileCurveLinearMesh()
6443 {
6444 }
6445
6446 MEDFileCurveLinearMesh::MEDFileCurveLinearMesh(med_idt fid, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
6447 try
6448 {
6449     loadLLWithAdditionalItems(fid,mName,dt,it,mrs);
6450 }
6451 catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
6452 {
6453     throw e;
6454 }
6455
6456 void MEDFileCurveLinearMesh::writeLL(med_idt fid) const
6457 {
6458   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> maa=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_NAME_SIZE);
6459   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> desc=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_COMMENT_SIZE);
6460   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> dtunit=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_LNAME_SIZE);
6461   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_name.c_str(),MED_NAME_SIZE,maa,_too_long_str);
6462   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_desc_name.c_str(),MED_COMMENT_SIZE,desc,_too_long_str);
6463   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_dt_unit.c_str(),MED_LNAME_SIZE,dtunit,_too_long_str);
6464   int spaceDim=_clmesh->getSpaceDimension();
6465   int meshDim=_clmesh->getMeshDimension();
6466   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> comp=MEDLoaderBase::buildEmptyString(spaceDim*MED_SNAME_SIZE);
6467   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> unit=MEDLoaderBase::buildEmptyString(spaceDim*MED_SNAME_SIZE);
6468   const DataArrayDouble *coords=_clmesh->getCoords();
6469   if(!coords)
6470     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCurveLinearMesh::writeLL : no coordinates set !");
6471   for(int i=0;i<spaceDim;i++)
6472     {
6473       std::string info(_clmesh->getCoords()->getInfoOnComponent(i));
6474       std::string c,u;
6475       MEDLoaderBase::splitIntoNameAndUnit(info,c,u);
6476       MEDLoaderBase::safeStrCpy2(c.c_str(),MED_SNAME_SIZE-1,comp+i*MED_SNAME_SIZE,_too_long_str);//MED_TAILLE_PNOM-1 to avoid to write '\0' on next compo
6477       MEDLoaderBase::safeStrCpy2(u.c_str(),MED_SNAME_SIZE-1,unit+i*MED_SNAME_SIZE,_too_long_str);//MED_TAILLE_PNOM-1 to avoid to write '\0' on next compo
6478     }
6479   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshCr,(fid,maa,spaceDim,meshDim,MED_STRUCTURED_MESH,desc,dtunit,MED_SORT_DTIT,MEDFileMeshL2::TraduceAxisTypeRev(getAxType()),comp,unit));
6480   if(_univ_wr_status)
6481     MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshUniversalNameWr,(fid,maa));
6482   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshGridTypeWr,(fid,maa,MED_CURVILINEAR_GRID));
6483   std::vector<int> nodeGridSt=_clmesh->getNodeGridStructure();
6484   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshGridStructWr,(fid,maa,_iteration,_order,_time,&nodeGridSt[0]));
6485
6486   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshNodeCoordinateWr,(fid,maa,_iteration,_order,_time,MED_FULL_INTERLACE,coords->getNumberOfTuples(),coords->begin()));
6487   //
6488   std::string meshName(MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(maa,MED_NAME_SIZE));
6489   MEDFileStructuredMesh::writeStructuredLL(fid,meshName);
6490 }
6491
6492 void MEDFileCurveLinearMesh::loadLL(med_idt fid, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
6493 {
6494   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
6495   int dummy0,dummy1;
6496   std::string dtunit;
6497   ParaMEDMEM::MEDCouplingAxisType axType;
6498   int mid=MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,mName,meshType,axType,dummy0,dummy1,dtunit);
6499   setAxType(axType);
6500   if(meshType!=CURVE_LINEAR)
6501     {
6502       std::ostringstream oss; oss << "Trying to load as curve linear an existing mesh with name '" << mName << "' that is NOT curve linear !";
6503       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6504     }
6505   MEDFileCLMeshL2 loaderl2;
6506   loaderl2.loadAll(fid,mid,mName,dt,it);
6507   MEDCouplingCurveLinearMesh *mesh=loaderl2.getMesh();
6508   mesh->incrRef();
6509   _clmesh=mesh;
6510   loadStrMeshFromFile(&loaderl2,fid,mName,dt,it,mrs);
6511 }
6512
6513 MEDFileMeshMultiTS *MEDFileMeshMultiTS::New()
6514 {
6515   return new MEDFileMeshMultiTS;
6516 }
6517
6518 MEDFileMeshMultiTS *MEDFileMeshMultiTS::New(const std::string& fileName)
6519 {
6520   return new MEDFileMeshMultiTS(fileName);
6521 }
6522
6523 MEDFileMeshMultiTS *MEDFileMeshMultiTS::New(const std::string& fileName, const std::string& mName)
6524 {
6525   return new MEDFileMeshMultiTS(fileName,mName);
6526 }
6527
6528 MEDFileMeshMultiTS *MEDFileMeshMultiTS::deepCpy() const
6529 {
6530   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> ret=MEDFileMeshMultiTS::New();
6531   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh> > meshOneTs(_mesh_one_ts.size());
6532   std::size_t i=0;
6533   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh> >::const_iterator it=_mesh_one_ts.begin();it!=_mesh_one_ts.end();it++,i++)
6534     if((const MEDFileMesh *)*it)
6535       meshOneTs[i]=(*it)->deepCpy();
6536   ret->_mesh_one_ts=meshOneTs;
6537   return ret.retn();
6538 }
6539
6540 std::size_t MEDFileMeshMultiTS::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
6541 {
6542   return _mesh_one_ts.capacity()*sizeof(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh>);
6543 }
6544
6545 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileMeshMultiTS::getDirectChildrenWithNull() const
6546 {
6547   std::vector<const BigMemoryObject *> ret;
6548   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh> >::const_iterator it=_mesh_one_ts.begin();it!=_mesh_one_ts.end();it++)
6549     ret.push_back((const MEDFileMesh *)*it);
6550   return ret;
6551 }
6552
6553 std::string MEDFileMeshMultiTS::getName() const
6554 {
6555   if(_mesh_one_ts.empty())
6556     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMeshMultiTS::getName : no time steps set !");
6557   return _mesh_one_ts[0]->getName();
6558 }
6559
6560 void MEDFileMeshMultiTS::setName(const std::string& newMeshName)
6561 {
6562   std::string oldName(getName());
6563   std::vector< std::pair<std::string,std::string> > v(1);
6564   v[0].first=oldName; v[0].second=newMeshName;
6565   changeNames(v);
6566 }
6567
6568 bool MEDFileMeshMultiTS::changeNames(const std::vector< std::pair<std::string,std::string> >& modifTab)
6569 {
6570   bool ret=false;
6571   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh> >::iterator it=_mesh_one_ts.begin();it!=_mesh_one_ts.end();it++)
6572     {
6573       MEDFileMesh *cur(*it);
6574       if(cur)
6575         ret=cur->changeNames(modifTab) || ret;
6576     }
6577   return ret;
6578 }
6579
6580 void MEDFileMeshMultiTS::cartesianizeMe()
6581 {
6582   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh> >::iterator it=_mesh_one_ts.begin();it!=_mesh_one_ts.end();it++)
6583     {
6584       MEDFileMesh *cur(*it);
6585       if(cur)
6586         {
6587           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh> ccur(cur->cartesianize());// Attention ! Do not wrap these two lines because memory leak !
6588           *it=ccur;
6589         }
6590     }
6591 }
6592
6593 MEDFileMesh *MEDFileMeshMultiTS::getOneTimeStep() const
6594 {
6595   if(_mesh_one_ts.empty())
6596     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMeshMultiTS::getOneTimeStep : empty time step set !");
6597   return const_cast<MEDFileMesh *>(static_cast<const MEDFileMesh *>(_mesh_one_ts[0]));
6598 }
6599
6600 void MEDFileMeshMultiTS::setOneTimeStep(MEDFileMesh *mesh1TimeStep)
6601 {
6602   if(!mesh1TimeStep)
6603     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMeshMultiTS::setOneTimeStep : input pointer should be different from 0 !");
6604   _mesh_one_ts.resize(1);
6605   mesh1TimeStep->incrRef();
6606   //MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh> toto=mesh1TimeStep;
6607   _mesh_one_ts[0]=mesh1TimeStep;
6608 }
6609
6610 MEDFileJoints * MEDFileMeshMultiTS::getJoints() const
6611 {
6612   if ( MEDFileMesh* m = getOneTimeStep() )
6613     return m->getJoints();
6614   return 0;
6615 }
6616
6617 /*!
6618  * \brief Set Joints that are common to all time-stamps
6619  */
6620 void MEDFileMeshMultiTS::setJoints( MEDFileJoints* joints )
6621 {
6622   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh> >::iterator it=_mesh_one_ts.begin();it!=_mesh_one_ts.end();it++)
6623     {
6624       (*it)->setJoints( joints );
6625     }
6626 }
6627
6628 void MEDFileMeshMultiTS::write(med_idt fid) const
6629 {
6630   MEDFileJoints *joints(getJoints());
6631   bool jointsWritten(false);
6632
6633   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh> >::const_iterator it=_mesh_one_ts.begin();it!=_mesh_one_ts.end();it++)
6634     {
6635       if ( jointsWritten )
6636         const_cast<MEDFileMesh&>(**it).setJoints( 0 );
6637       else
6638         jointsWritten = true;
6639
6640       (*it)->copyOptionsFrom(*this);
6641       (*it)->write(fid);
6642     }
6643
6644   (const_cast<MEDFileMeshMultiTS*>(this))->setJoints( joints ); // restore joints
6645 }
6646
6647 void MEDFileMeshMultiTS::write(const std::string& fileName, int mode) const
6648 {
6649   med_access_mode medmod=MEDFileUtilities::TraduceWriteMode(mode);
6650   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),medmod);
6651   std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh : error on attempt to write in file : \"" << fileName << "\""; 
6652   MEDFileUtilities::CheckMEDCode(fid,fid,oss.str());
6653   write(fid);
6654 }
6655
6656 void MEDFileMeshMultiTS::loadFromFile(const std::string& fileName, const std::string& mName)
6657 {
6658   MEDFileJoints* joints = 0;
6659   if ( !_mesh_one_ts.empty() && getOneTimeStep() )
6660     {
6661       // joints of mName already read, pass them to MEDFileMesh::New() to prevent repeated reading
6662       joints = getOneTimeStep()->getJoints();
6663     }
6664
6665   _mesh_one_ts.clear();  //for the moment to be improved
6666   _mesh_one_ts.push_back( MEDFileMesh::New(fileName,mName,-1,-1,0, joints ));
6667 }
6668
6669 MEDFileMeshMultiTS::MEDFileMeshMultiTS()
6670 {
6671 }
6672
6673 MEDFileMeshMultiTS::MEDFileMeshMultiTS(const std::string& fileName)
6674 try
6675 {
6676     std::vector<std::string> ms=MEDLoader::GetMeshNames(fileName);
6677     if(ms.empty())
6678       {
6679         std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::New : no meshes in file \"" << fileName << "\" !";
6680         throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6681       }
6682     MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
6683     MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
6684     int dt,it;
6685     ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
6686     std::string dummy2;
6687     ParaMEDMEM::MEDCouplingAxisType dummy3;
6688     MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,ms.front(),meshType,dummy3,dt,it,dummy2);
6689     loadFromFile(fileName,ms.front());
6690 }
6691 catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
6692 {
6693     throw e;
6694 }
6695
6696 MEDFileMeshMultiTS::MEDFileMeshMultiTS(const std::string& fileName, const std::string& mName)
6697 try
6698 {
6699     loadFromFile(fileName,mName);
6700 }
6701 catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
6702 {
6703     throw e;
6704 }
6705
6706 MEDFileMeshes *MEDFileMeshes::New()
6707 {
6708   return new MEDFileMeshes;
6709 }
6710
6711 MEDFileMeshes *MEDFileMeshes::New(const std::string& fileName)
6712 {
6713   return new MEDFileMeshes(fileName);
6714 }
6715
6716 void MEDFileMeshes::write(med_idt fid) const
6717 {
6718   checkCoherency();
6719   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> >::const_iterator it=_meshes.begin();it!=_meshes.end();it++)
6720     {
6721       (*it)->copyOptionsFrom(*this);
6722       (*it)->write(fid);
6723     }
6724 }
6725
6726 void MEDFileMeshes::write(const std::string& fileName, int mode) const
6727 {
6728   med_access_mode medmod=MEDFileUtilities::TraduceWriteMode(mode);
6729   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),medmod);
6730   std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh : error on attempt to write in file : \"" << fileName << "\""; 
6731   MEDFileUtilities::CheckMEDCode(fid,fid,oss.str());
6732   checkCoherency();
6733   write(fid);
6734 }
6735
6736 int MEDFileMeshes::getNumberOfMeshes() const
6737 {
6738   return _meshes.size();
6739 }
6740
6741 MEDFileMeshesIterator *MEDFileMeshes::iterator()
6742 {
6743   return new MEDFileMeshesIterator(this);
6744 }
6745
6746 /** Return a borrowed reference (caller is not responsible) */
6747 MEDFileMesh *MEDFileMeshes::getMeshAtPos(int i) const
6748 {
6749   if(i<0 || i>=(int)_meshes.size())
6750     {
6751       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMeshes::getMeshAtPos : invalid mesh id given in parameter ! Should be in [0;" << _meshes.size() << ") !";
6752       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6753     }
6754   return _meshes[i]->getOneTimeStep();
6755 }
6756
6757 /** Return a borrowed reference (caller is not responsible) */
6758 MEDFileMesh *MEDFileMeshes::getMeshWithName(const std::string& mname) const
6759 {
6760   std::vector<std::string> ms=getMeshesNames();
6761   std::vector<std::string>::iterator it=std::find(ms.begin(),ms.end(),mname);
6762   if(it==ms.end())
6763     {
6764       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMeshes::getMeshWithName : Mesh  \"" << mname << "\" does not exist in this ! Existing are : ";
6765       std::copy(ms.begin(),ms.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
6766       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6767     }
6768   return getMeshAtPos((int)std::distance(ms.begin(),it));
6769 }
6770
6771 std::vector<std::string> MEDFileMeshes::getMeshesNames() const
6772 {
6773   std::vector<std::string> ret(_meshes.size());
6774   int i=0;
6775   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> >::const_iterator it=_meshes.begin();it!=_meshes.end();it++,i++)
6776     {
6777       const MEDFileMeshMultiTS *f=(*it);
6778       if(f)
6779         {
6780           ret[i]=f->getName();
6781         }
6782       else
6783         {
6784           std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMeshes::getMeshesNames : At rank #" << i << " mesh is not defined !";
6785           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6786         }
6787     }
6788   return ret;
6789 }
6790
6791 bool MEDFileMeshes::changeNames(const std::vector< std::pair<std::string,std::string> >& modifTab)
6792 {
6793   bool ret=false;
6794   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> >::iterator it=_meshes.begin();it!=_meshes.end();it++)
6795     {
6796       MEDFileMeshMultiTS *cur(*it);
6797       if(cur)
6798         ret=cur->changeNames(modifTab) || ret;
6799     }
6800   return ret;
6801 }
6802
6803 void MEDFileMeshes::cartesianizeMe()
6804 {
6805   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> >::iterator it=_meshes.begin();it!=_meshes.end();it++)
6806     {
6807       MEDFileMeshMultiTS *cur(*it);
6808       if(cur)
6809         cur->cartesianizeMe();
6810     }
6811 }
6812
6813 void MEDFileMeshes::resize(int newSize)
6814 {
6815   _meshes.resize(newSize);
6816 }
6817
6818 void MEDFileMeshes::pushMesh(MEDFileMesh *mesh)
6819 {
6820   if(!mesh)
6821     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMeshes::pushMesh : invalid input pointer ! should be different from 0 !");
6822   MEDFileMeshMultiTS *elt=MEDFileMeshMultiTS::New();
6823   elt->setOneTimeStep(mesh);
6824   _meshes.push_back(elt);
6825 }
6826
6827 void MEDFileMeshes::setMeshAtPos(int i, MEDFileMesh *mesh)
6828 {
6829   if(!mesh)
6830     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMeshes::setMeshAtPos : invalid input pointer ! should be different from 0 !");
6831   if(i>=(int)_meshes.size())
6832     _meshes.resize(i+1);
6833   MEDFileMeshMultiTS *elt=MEDFileMeshMultiTS::New();
6834   elt->setOneTimeStep(mesh);
6835   _meshes[i]=elt;
6836 }
6837
6838 void MEDFileMeshes::destroyMeshAtPos(int i)
6839 {
6840   if(i<0 || i>=(int)_meshes.size())
6841     {
6842       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMeshes::destroyMeshAtPos : Invalid given id in input (" << i << ") should be in [0," << _meshes.size() << ") !";
6843       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6844     }
6845   _meshes.erase(_meshes.begin()+i);
6846 }
6847
6848 void MEDFileMeshes::loadFromFile(const std::string& fileName)
6849 {
6850   std::vector<std::string> ms=MEDLoader::GetMeshNames(fileName);
6851   int i=0;
6852   _meshes.resize(ms.size());
6853   for(std::vector<std::string>::const_iterator it=ms.begin();it!=ms.end();it++,i++)
6854     _meshes[i]=MEDFileMeshMultiTS::New(fileName,(*it));
6855 }
6856
6857 MEDFileMeshes::MEDFileMeshes()
6858 {
6859 }
6860
6861 MEDFileMeshes::MEDFileMeshes(const std::string& fileName)
6862 try
6863 {
6864     loadFromFile(fileName);
6865 }
6866 catch(INTERP_KERNEL::Exception& /*e*/)
6867 {
6868 }
6869
6870 MEDFileMeshes *MEDFileMeshes::deepCpy() const
6871 {
6872   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> > meshes(_meshes.size());
6873   std::size_t i=0;
6874   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> >::const_iterator it=_meshes.begin();it!=_meshes.end();it++,i++)
6875     if((const MEDFileMeshMultiTS *)*it)
6876       meshes[i]=(*it)->deepCpy();
6877   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshes> ret=MEDFileMeshes::New();
6878   ret->_meshes=meshes;
6879   return ret.retn();
6880 }
6881
6882 std::size_t MEDFileMeshes::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
6883 {
6884   return _meshes.capacity()*(sizeof(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS>));
6885 }
6886
6887 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileMeshes::getDirectChildrenWithNull() const
6888 {
6889   std::vector<const BigMemoryObject *> ret;
6890   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> >::const_iterator it=_meshes.begin();it!=_meshes.end();it++)
6891     ret.push_back((const MEDFileMeshMultiTS *)*it);
6892   return ret;
6893 }
6894
6895 std::string MEDFileMeshes::simpleRepr() const
6896 {
6897   std::ostringstream oss;
6898   oss << "(*****************)\n(* MEDFileMeshes *)\n(*****************)\n\n";
6899   simpleReprWithoutHeader(oss);
6900   return oss.str();
6901 }
6902
6903 void MEDFileMeshes::simpleReprWithoutHeader(std::ostream& oss) const
6904 {
6905   int nbOfMeshes=getNumberOfMeshes();
6906   oss << "There are " << nbOfMeshes << " meshes with the following names : \n";
6907   std::vector<std::string> mns=getMeshesNames();
6908   for(int i=0;i<nbOfMeshes;i++)
6909     oss << "  - #" << i << " \"" << mns[i] << "\"\n";
6910 }
6911
6912 void MEDFileMeshes::checkCoherency() const
6913 {
6914   static const char MSG[]="MEDFileMeshes::checkCoherency : mesh at rank ";
6915   int i=0;
6916   std::set<std::string> s;
6917   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> >::const_iterator it=_meshes.begin();it!=_meshes.end();it++,i++)
6918     {
6919       const MEDFileMeshMultiTS *elt=(*it);
6920       if(!elt)
6921         {
6922           std::ostringstream oss; oss << MSG << i << "/" << _meshes.size() << " is empty !";
6923           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6924         }
6925       std::size_t sz=s.size();
6926       s.insert(std::string((*it)->getName()));
6927       if(s.size()==sz)
6928         {
6929           std::ostringstream oss; oss << MSG << i << " has a name (\"" << (*it)->getName() << "\") already used by an another mesh in list !";
6930           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6931         }
6932     }
6933 }
6934
6935 MEDFileMeshesIterator::MEDFileMeshesIterator(MEDFileMeshes *ms):_ms(ms),_iter_id(0),_nb_iter(0)
6936 {
6937   if(ms)
6938     {
6939       ms->incrRef();
6940       _nb_iter=ms->getNumberOfMeshes();
6941     }
6942 }
6943
6944 MEDFileMeshesIterator::~MEDFileMeshesIterator()
6945 {
6946 }
6947
6948 MEDFileMesh *MEDFileMeshesIterator::nextt()
6949 {
6950   if(_iter_id<_nb_iter)
6951     {
6952       MEDFileMeshes *ms(_ms);
6953       if(ms)
6954         return ms->getMeshAtPos(_iter_id++);
6955       else
6956         return 0;
6957     }
6958   else
6959     return 0;
6960 }