src/MEDLoader/MEDFileData.cxx

   1 // Copyright (C) 2007-2016  CEA/DEN, EDF R&D
   2 //
   3 // This library is free software; you can redistribute it and/or
   4 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
   5 // License as published by the Free Software Foundation; either
   6 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
   7 //
   8 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
   9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  11 // Lesser General Public License for more details.
  12 //
  13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  16 //
  17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  18 //
  19 // Author : Anthony Geay (CEA/DEN)
  20
  21 #include "MEDFileData.hxx"
  22 #include "MEDLoaderBase.hxx"
  23 #include "MEDFileSafeCaller.txx"
  24
  25 #include "InterpKernelAutoPtr.hxx"
  26
  27 using namespace MEDCoupling;
  28
  29 MEDFileData *MEDFileData::New(const std::string& fileName)
  30 {
  31   MEDFileUtilities::AutoFid fid(OpenMEDFileForRead(fileName));
  32   return New(fid);
  33 }
  34
  35 MEDFileData *MEDFileData::New(med_idt fid)
  36 {
  37   return new MEDFileData(fid);
  38 }
  39
  40 MEDFileData *MEDFileData::New()
  41 {
  42   return new MEDFileData;
  43 }
  44
  45 MEDFileData *MEDFileData::deepCopy() const
  46 {
  47   MCAuto<MEDFileFields> fields;
  48   if(_fields.isNotNull())
  49     fields=_fields->deepCopy();
  50   MCAuto<MEDFileMeshes> meshes;
  51   if(_meshes.isNotNull())
  52     meshes=_meshes->deepCopy();
  53   MCAuto<MEDFileParameters> params;
  54   if(_params.isNotNull())
  55     params=_params->deepCopy();
  56   MCAuto<MEDFileData> ret(MEDFileData::New());
  57   ret->_fields=fields; ret->_meshes=meshes; ret->_params=params;
  58   return ret.retn();
  59 }
  60
  61 std::size_t MEDFileData::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
  62 {
  63   return _header.capacity();
  64 }
  65
  66 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileData::getDirectChildrenWithNull() const
  67 {
  68   std::vector<const BigMemoryObject *> ret;
  69   ret.push_back((const MEDFileFields *)_fields);
  70   ret.push_back((const MEDFileMeshes *)_meshes);
  71   ret.push_back((const MEDFileParameters *)_params);
  72   ret.push_back((const MEDFileMeshSupports *)_mesh_supports);
  73   return ret;
  74
  75 }
  76
  77 /** Return a borrowed reference (caller is not responsible for object destruction) */
  78 MEDFileFields *MEDFileData::getFields() const
  79 {
  80   return const_cast<MEDFileFields *>(static_cast<const MEDFileFields *>(_fields));
  81 }
  82
  83 /** Return a borrowed reference (caller is not responsible for object destruction) */
  84 MEDFileMeshes *MEDFileData::getMeshes() const
  85 {
  86   return const_cast<MEDFileMeshes *>(static_cast<const MEDFileMeshes *>(_meshes));
  87 }
  88
  89 /** Return a borrowed reference (caller is not responsible for object destruction) */
  90 MEDFileParameters *MEDFileData::getParams() const
  91 {
  92   return const_cast<MEDFileParameters *>(static_cast<const MEDFileParameters *>(_params));
  93 }
  94
  95 void MEDFileData::setFields(MEDFileFields *fields)
  96 {
  97   if(fields)
  98     fields->incrRef();
  99   _fields=fields;
 100 }
 101
 102 void MEDFileData::setMeshes(MEDFileMeshes *meshes)
 103 {
 104   if(meshes)
 105     meshes->incrRef();
 106   _meshes=meshes;
 107 }
 108
 109 void MEDFileData::setParams(MEDFileParameters *params)
 110 {
 111   if(params)
 112     params->incrRef();
 113   _params=params;
 114 }
 115
 116 int MEDFileData::getNumberOfFields() const
 117 {
 118   const MEDFileFields *f=_fields;
 119   if(!f)
 120     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileData::getNumberOfFields : no fields set !");
 121   return f->getNumberOfFields();
 122 }
 123
 124 int MEDFileData::getNumberOfMeshes() const
 125 {
 126   const MEDFileMeshes *m=_meshes;
 127   if(!m)
 128     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileData::getNumberOfMeshes : no meshes set !");
 129   return m->getNumberOfMeshes();
 130 }
 131
 132 int MEDFileData::getNumberOfParams() const
 133 {
 134   const MEDFileParameters *p=_params;
 135   if(!p)
 136     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileData::getNumberOfParams : no params set !");
 137   return p->getNumberOfParams();
 138 }
 139
 140 std::string MEDFileData::simpleRepr() const
 141 {
 142   std::ostringstream oss;
 143   oss << "(***************)\n(* MEDFileData *)\n(***************)\n\nFields part :\n*************\n\n";
 144   const MEDFileFields *tmp=_fields;
 145   if(tmp)
 146     {
 147       tmp->simpleRepr(0,oss);
 148       oss << std::endl;
 149     }
 150   else
 151     oss << "No fields set !!!\n\n";
 152   oss << "Meshes part :\n*************\n\n";
 153   const MEDFileMeshes *tmp2=_meshes;
 154   if(tmp2)
 155     {
 156       tmp2->simpleReprWithoutHeader(oss);
 157     }
 158   else
 159     oss << "No meshes set !!!\n\n";
 160   oss << "Params part :\n*************\n\n";
 161   const MEDFileParameters *tmp3=_params;
 162   if(tmp3)
 163     {
 164       tmp3->simpleReprWithoutHeader(oss);
 165     }
 166   else
 167     oss << "No params set !!!\n";
 168   return oss.str();
 169 }
 170
 171 bool MEDFileData::changeMeshNames(const std::vector< std::pair<std::string,std::string> >& modifTab)
 172 {
 173   bool ret=false;
 174   MEDFileFields *fields=_fields;
 175   if(fields)
 176     ret=fields->changeMeshNames(modifTab) || ret;
 177   MEDFileMeshes *meshes=_meshes;
 178   if(meshes)
 179     ret=meshes->changeNames(modifTab) || ret;
 180   return ret;
 181 }
 182
 183 bool MEDFileData::changeMeshName(const std::string& oldMeshName, const std::string& newMeshName)
 184 {
 185   std::string oldName(oldMeshName);
 186   std::vector< std::pair<std::string,std::string> > v(1);
 187   v[0].first=oldName; v[0].second=newMeshName;
 188   return changeMeshNames(v);
 189 }
 190
 191 /*!
 192  * This method performs unpolyzation in meshes in \a this and if it leads to a modification to one or more than one meshes in \a this
 193  * the fields are automatically renumbered (for those impacted, that is to say here fields on cells and fields on gauss points on impacted fields)
 194  *
 195  * \return If true is returned it means that some meshes in \a this has been modified and eventually fields have been renumbered.
 196  *         \n If false \a this remains unchanged.
 197  */
 198 bool MEDFileData::unPolyzeMeshes()
 199 {
 200   MEDFileMeshes *ms=_meshes;
 201   if(!ms)
 202     return false;
 203   std::vector< MEDFileMesh * > meshesImpacted;
 204   std::vector< DataArrayInt * > renumParamsOfMeshImpacted;//same size as meshesImpacted
 205   std::vector< std::vector<int> > oldCodeOfMeshImpacted,newCodeOfMeshImpacted;//same size as meshesImpacted
 206   std::vector<MCAuto<DataArrayInt> > memSaverIfThrow;//same size as meshesImpacted
 207   for(int i=0;i<ms->getNumberOfMeshes();i++)
 208     {
 209       MEDFileMesh *m=ms->getMeshAtPos(i);
 210       if(m)
 211         {
 212           std::vector<int> oldCode,newCode;
 213           DataArrayInt *o2nRenumCell=0;
 214           bool modif=m->unPolyze(oldCode,newCode,o2nRenumCell);
 215           if(!modif)
 216             continue;
 217           renumParamsOfMeshImpacted.push_back(o2nRenumCell); memSaverIfThrow.push_back(o2nRenumCell);
 218           oldCodeOfMeshImpacted.push_back(oldCode);
 219           newCodeOfMeshImpacted.push_back(newCode);
 220           meshesImpacted.push_back(m);
 221         }
 222     }
 223   if(!meshesImpacted.empty())
 224     {
 225       MEDFileFields *fs=_fields;
 226       if(fs)
 227         for(std::size_t i=0;i<meshesImpacted.size();i++)
 228           fs->renumberEntitiesLyingOnMesh(meshesImpacted[i]->getName(),oldCodeOfMeshImpacted[i],newCodeOfMeshImpacted[i],renumParamsOfMeshImpacted[i]);
 229     }
 230   return !meshesImpacted.empty();
 231 }
 232
 233 /*!
 234  * Precondition : all instances in \a mfds should have a single mesh with fields on it. If there is an instance with not exactly one mesh an exception will be thrown.
 235  * You can invoke MEDFileFields::partOfThisLyingOnSpecifiedMeshName method to make it work.
 236  */
 237 MCAuto<MEDFileData> MEDFileData::Aggregate(const std::vector<const MEDFileData *>& mfds)
 238 {
 239   if(mfds.empty())
 240     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileData::Aggregate : empty vector !");
 241   std::size_t sz(mfds.size()),i(0);
 242   MCAuto<MEDFileData> ret(MEDFileData::New());
 243   std::vector<const MEDFileUMesh *> ms(sz);
 244   std::vector< std::vector< std::pair<int,int> > > dts(sz);
 245   for(std::vector<const MEDFileData *>::const_iterator it=mfds.begin();it!=mfds.end();it++,i++)
 246     {
 247       const MEDFileData *elt(*it);
 248       if(!elt)
 249         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileData::Aggregate : presence of NULL pointer !");
 250       const MEDFileMeshes *meshes(elt->getMeshes());
 251       if(!meshes)
 252         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileData::Aggregate : presence of an instance with no meshes attached on it !");
 253       if(meshes->getNumberOfMeshes()!=1)
 254         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileData::Aggregate : all instances in input vector must lie on exactly one mesh ! To have it you can invoke partOfThisLyingOnSpecifiedMeshName method.");
 255       const MEDFileMesh *mesh(meshes->getMeshAtPos(0));
 256       if(!mesh)
 257         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileData::Aggregate : presence of null mesh in a MEDFileData instance among input vector !");
 258       const MEDFileUMesh *umesh(dynamic_cast<const MEDFileUMesh *>(mesh));
 259       if(!umesh)
 260         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileData::Aggregate : works only for unstructured meshes !");
 261       ms[i]=umesh;
 262       dts[i]=umesh->getAllDistributionOfTypes();
 263     }
 264   MCAuto<MEDFileUMesh> agg_m(MEDFileUMesh::Aggregate(ms));
 265   MCAuto<MEDFileMeshes> mss(MEDFileMeshes::New()); mss->pushMesh(agg_m);
 266   ret->setMeshes(mss);
 267   // fields
 268   std::vector<std::string> fieldNames(mfds[0]->getFields()->getFieldsNames());
 269   std::set<std::string> fieldNamess(fieldNames.begin(),fieldNames.end());
 270   if(fieldNames.size()!=fieldNamess.size())
 271     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileData::Aggregate : field names must be different each other !");
 272   std::vector< std::vector<const MEDFileAnyTypeFieldMultiTS *> > vectOfFields(fieldNames.size());
 273   std::vector< std::vector< MCAuto< MEDFileAnyTypeFieldMultiTS > > > vectOfFields2(fieldNames.size());
 274   MCAuto<MEDFileFields> fss(MEDFileFields::New());
 275   for(std::vector<const MEDFileData *>::const_iterator it=mfds.begin();it!=mfds.end();it++)
 276     {
 277       std::vector<std::string> fieldNames0((*it)->getFields()->getFieldsNames());
 278       std::set<std::string> fieldNamess0(fieldNames0.begin(),fieldNames0.end());
 279       if(fieldNamess!=fieldNamess0)
 280         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileData::Aggregate : field names must be the same for all input instances !");
 281       i=0;
 282       for(std::vector<std::string>::const_iterator it1=fieldNames.begin();it1!=fieldNames.end();it1++,i++)
 283         {
 284           MCAuto<MEDFileAnyTypeFieldMultiTS> fmts((*it)->getFields()->getFieldWithName(*it1));
 285           if(fmts.isNull())
 286             throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileData::Aggregate : internal error 1 !");
 287           vectOfFields2[i].push_back(fmts); vectOfFields[i].push_back(fmts);
 288         }
 289     }
 290   i=0;
 291   for(std::vector<std::string>::const_iterator it1=fieldNames.begin();it1!=fieldNames.end();it1++,i++)
 292     {
 293       MCAuto<MEDFileAnyTypeFieldMultiTS> fmts(MEDFileAnyTypeFieldMultiTS::Aggregate(vectOfFields[i],dts));
 294       fmts->setMeshName(agg_m->getName());
 295       fss->pushField(fmts);
 296     }
 297   ret->setFields(fss);
 298   return ret;
 299 }
 300
 301 MEDFileData::MEDFileData()
 302 {
 303 }
 304
 305 MEDFileData::MEDFileData(med_idt fid)
 306 try
 307 {
 308   readHeader(fid);
 309   _fields=MEDFileFields::New(fid);
 310   _meshes=MEDFileMeshes::New(fid);
 311   _params=MEDFileParameters::New(fid);
 312   _mesh_supports=MEDFileMeshSupports::New(fid);
 313 }
 314 catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
 315 {
 316     throw e;
 317 }
 318
 319 void MEDFileData::writeLL(med_idt fid) const
 320 {
 321   writeHeader(fid);
 322   if(_meshes.isNotNull())
 323     _meshes->writeLL(fid);
 324   if(_fields.isNotNull())
 325     _fields->writeLL(fid);
 326   if(_params.isNotNull())
 327     _params->writeLL(fid);
 328   if(_mesh_supports.isNotNull())
 329     _mesh_supports->writeLL(fid);
 330 }
 331
 332 std::string MEDFileData::getHeader() const
 333 {
 334   return _header;
 335 }
 336
 337
 338 void MEDFileData::setHeader(const std::string& header)
 339 {
 340   _header=header;
 341 }
 342
 343 void MEDFileData::readHeader(med_idt fid)
 344 {
 345   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> header(MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_COMMENT_SIZE));
 346   int ret(MEDfileCommentRd(fid,header));
 347   if(ret==0)
 348     _header=MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(header,MED_COMMENT_SIZE);
 349 }
 350
 351 void MEDFileData::writeHeader(med_idt fid) const
 352 {
 353   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> header(MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_COMMENT_SIZE));
 354   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_header.c_str(),MED_COMMENT_SIZE,header,_too_long_str);
 355   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDfileCommentWr,(fid,header));
 356 }