src/MEDLoader/MEDFileData.cxx

   1 // Copyright (C) 2007-2016  CEA/DEN, EDF R&D
   2 //
   3 // This library is free software; you can redistribute it and/or
   4 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
   5 // License as published by the Free Software Foundation; either
   6 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
   7 //
   8 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
   9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  11 // Lesser General Public License for more details.
  12 //
  13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  16 //
  17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  18 //
  19 // Author : Anthony Geay (CEA/DEN)
  20
  21 #include "MEDFileData.hxx"
  22 #include "MEDLoaderBase.hxx"
  23 #include "MEDFileSafeCaller.txx"
  24
  25 #include "InterpKernelAutoPtr.hxx"
  26
  27 using namespace MEDCoupling;
  28
  29 MEDFileData *MEDFileData::New(const std::string& fileName)
  30 {
  31   MEDFileUtilities::AutoFid fid(OpenMEDFileForRead(fileName));
  32   return New(fid);
  33 }
  34
  35 MEDFileData *MEDFileData::New(med_idt fid)
  36 {
  37   return new MEDFileData(fid);
  38 }
  39
  40 MEDFileData *MEDFileData::New()
  41 {
  42   return new MEDFileData;
  43 }
  44
  45 MEDFileData *MEDFileData::deepCopy() const
  46 {
  47   MCAuto<MEDFileFields> fields;
  48   if(_fields.isNotNull())
  49     fields=_fields->deepCopy();
  50   MCAuto<MEDFileMeshes> meshes;
  51   if(_meshes.isNotNull())
  52     meshes=_meshes->deepCopy();
  53   MCAuto<MEDFileParameters> params;
  54   if(_params.isNotNull())
  55     params=_params->deepCopy();
  56   MCAuto<MEDFileData> ret(MEDFileData::New());
  57   ret->_fields=fields; ret->_meshes=meshes; ret->_params=params;
  58   return ret.retn();
  59 }
  60
  61 std::size_t MEDFileData::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
  62 {
  63   return _header.capacity();
  64 }
  65
  66 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileData::getDirectChildrenWithNull() const
  67 {
  68   std::vector<const BigMemoryObject *> ret;
  69   ret.push_back((const MEDFileFields *)_fields);
  70   ret.push_back((const MEDFileMeshes *)_meshes);
  71   ret.push_back((const MEDFileParameters *)_params);
  72   return ret;
  73
  74 }
  75
  76 /** Return a borrowed reference (caller is not responsible for object destruction) */
  77 MEDFileFields *MEDFileData::getFields() const
  78 {
  79   return const_cast<MEDFileFields *>(static_cast<const MEDFileFields *>(_fields));
  80 }
  81
  82 /** Return a borrowed reference (caller is not responsible for object destruction) */
  83 MEDFileMeshes *MEDFileData::getMeshes() const
  84 {
  85   return const_cast<MEDFileMeshes *>(static_cast<const MEDFileMeshes *>(_meshes));
  86 }
  87
  88 /** Return a borrowed reference (caller is not responsible for object destruction) */
  89 MEDFileParameters *MEDFileData::getParams() const
  90 {
  91   return const_cast<MEDFileParameters *>(static_cast<const MEDFileParameters *>(_params));
  92 }
  93
  94 void MEDFileData::setFields(MEDFileFields *fields)
  95 {
  96   if(fields)
  97     fields->incrRef();
  98   _fields=fields;
  99 }
 100
 101 void MEDFileData::setMeshes(MEDFileMeshes *meshes)
 102 {
 103   if(meshes)
 104     meshes->incrRef();
 105   _meshes=meshes;
 106 }
 107
 108 void MEDFileData::setParams(MEDFileParameters *params)
 109 {
 110   if(params)
 111     params->incrRef();
 112   _params=params;
 113 }
 114
 115 int MEDFileData::getNumberOfFields() const
 116 {
 117   const MEDFileFields *f=_fields;
 118   if(!f)
 119     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileData::getNumberOfFields : no fields set !");
 120   return f->getNumberOfFields();
 121 }
 122
 123 int MEDFileData::getNumberOfMeshes() const
 124 {
 125   const MEDFileMeshes *m=_meshes;
 126   if(!m)
 127     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileData::getNumberOfMeshes : no meshes set !");
 128   return m->getNumberOfMeshes();
 129 }
 130
 131 int MEDFileData::getNumberOfParams() const
 132 {
 133   const MEDFileParameters *p=_params;
 134   if(!p)
 135     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileData::getNumberOfParams : no params set !");
 136   return p->getNumberOfParams();
 137 }
 138
 139 std::string MEDFileData::simpleRepr() const
 140 {
 141   std::ostringstream oss;
 142   oss << "(***************)\n(* MEDFileData *)\n(***************)\n\nFields part :\n*************\n\n";
 143   const MEDFileFields *tmp=_fields;
 144   if(tmp)
 145     {
 146       tmp->simpleRepr(0,oss);
 147       oss << std::endl;
 148     }
 149   else
 150     oss << "No fields set !!!\n\n";
 151   oss << "Meshes part :\n*************\n\n";
 152   const MEDFileMeshes *tmp2=_meshes;
 153   if(tmp2)
 154     {
 155       tmp2->simpleReprWithoutHeader(oss);
 156     }
 157   else
 158     oss << "No meshes set !!!\n\n";
 159   oss << "Params part :\n*************\n\n";
 160   const MEDFileParameters *tmp3=_params;
 161   if(tmp3)
 162     {
 163       tmp3->simpleReprWithoutHeader(oss);
 164     }
 165   else
 166     oss << "No params set !!!\n";
 167   return oss.str();
 168 }
 169
 170 bool MEDFileData::changeMeshNames(const std::vector< std::pair<std::string,std::string> >& modifTab)
 171 {
 172   bool ret=false;
 173   MEDFileFields *fields=_fields;
 174   if(fields)
 175     ret=fields->changeMeshNames(modifTab) || ret;
 176   MEDFileMeshes *meshes=_meshes;
 177   if(meshes)
 178     ret=meshes->changeNames(modifTab) || ret;
 179   return ret;
 180 }
 181
 182 bool MEDFileData::changeMeshName(const std::string& oldMeshName, const std::string& newMeshName)
 183 {
 184   std::string oldName(oldMeshName);
 185   std::vector< std::pair<std::string,std::string> > v(1);
 186   v[0].first=oldName; v[0].second=newMeshName;
 187   return changeMeshNames(v);
 188 }
 189
 190 /*!
 191  * This method performs unpolyzation in meshes in \a this and if it leads to a modification to one or more than one meshes in \a this
 192  * the fields are automatically renumbered (for those impacted, that is to say here fields on cells and fields on gauss points on impacted fields)
 193  *
 194  * \return If true is returned it means that some meshes in \a this has been modified and eventually fields have been renumbered.
 195  *         \n If false \a this remains unchanged.
 196  */
 197 bool MEDFileData::unPolyzeMeshes()
 198 {
 199   MEDFileMeshes *ms=_meshes;
 200   if(!ms)
 201     return false;
 202   std::vector< MEDFileMesh * > meshesImpacted;
 203   std::vector< DataArrayInt * > renumParamsOfMeshImpacted;//same size as meshesImpacted
 204   std::vector< std::vector<int> > oldCodeOfMeshImpacted,newCodeOfMeshImpacted;//same size as meshesImpacted
 205   std::vector<MCAuto<DataArrayInt> > memSaverIfThrow;//same size as meshesImpacted
 206   for(int i=0;i<ms->getNumberOfMeshes();i++)
 207     {
 208       MEDFileMesh *m=ms->getMeshAtPos(i);
 209       if(m)
 210         {
 211           std::vector<int> oldCode,newCode;
 212           DataArrayInt *o2nRenumCell=0;
 213           bool modif=m->unPolyze(oldCode,newCode,o2nRenumCell);
 214           if(!modif)
 215             continue;
 216           renumParamsOfMeshImpacted.push_back(o2nRenumCell); memSaverIfThrow.push_back(o2nRenumCell);
 217           oldCodeOfMeshImpacted.push_back(oldCode);
 218           newCodeOfMeshImpacted.push_back(newCode);
 219           meshesImpacted.push_back(m);
 220         }
 221     }
 222   if(!meshesImpacted.empty())
 223     {
 224       MEDFileFields *fs=_fields;
 225       if(fs)
 226         for(std::size_t i=0;i<meshesImpacted.size();i++)
 227           fs->renumberEntitiesLyingOnMesh(meshesImpacted[i]->getName(),oldCodeOfMeshImpacted[i],newCodeOfMeshImpacted[i],renumParamsOfMeshImpacted[i]);
 228     }
 229   return !meshesImpacted.empty();
 230 }
 231
 232 /*!
 233  * Precondition : all instances in \a mfds should have a single mesh with fields on it. If there is an instance with not exactly one mesh an exception will be thrown.
 234  * You can invoke MEDFileFields::partOfThisLyingOnSpecifiedMeshName method to make it work.
 235  */
 236 MCAuto<MEDFileData> MEDFileData::Aggregate(const std::vector<const MEDFileData *>& mfds)
 237 {
 238   if(mfds.empty())
 239     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileData::Aggregate : empty vector !");
 240   std::size_t sz(mfds.size()),i(0);
 241   MCAuto<MEDFileData> ret(MEDFileData::New());
 242   std::vector<const MEDFileUMesh *> ms(sz);
 243   std::vector< std::vector< std::pair<int,int> > > dts(sz);
 244   for(std::vector<const MEDFileData *>::const_iterator it=mfds.begin();it!=mfds.end();it++,i++)
 245     {
 246       const MEDFileData *elt(*it);
 247       if(!elt)
 248         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileData::Aggregate : presence of NULL pointer !");
 249       const MEDFileMeshes *meshes(elt->getMeshes());
 250       if(!meshes)
 251         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileData::Aggregate : presence of an instance with no meshes attached on it !");
 252       if(meshes->getNumberOfMeshes()!=1)
 253         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileData::Aggregate : all instances in input vector must lie on exactly one mesh ! To have it you can invoke partOfThisLyingOnSpecifiedMeshName method.");
 254       const MEDFileMesh *mesh(meshes->getMeshAtPos(0));
 255       if(!mesh)
 256         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileData::Aggregate : presence of null mesh in a MEDFileData instance among input vector !");
 257       const MEDFileUMesh *umesh(dynamic_cast<const MEDFileUMesh *>(mesh));
 258       if(!umesh)
 259         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileData::Aggregate : works only for unstructured meshes !");
 260       ms[i]=umesh;
 261       dts[i]=umesh->getAllDistributionOfTypes();
 262     }
 263   MCAuto<MEDFileUMesh> agg_m(MEDFileUMesh::Aggregate(ms));
 264   MCAuto<MEDFileMeshes> mss(MEDFileMeshes::New()); mss->pushMesh(agg_m);
 265   ret->setMeshes(mss);
 266   // fields
 267   std::vector<std::string> fieldNames(mfds[0]->getFields()->getFieldsNames());
 268   std::set<std::string> fieldNamess(fieldNames.begin(),fieldNames.end());
 269   if(fieldNames.size()!=fieldNamess.size())
 270     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileData::Aggregate : field names must be different each other !");
 271   std::vector< std::vector<const MEDFileAnyTypeFieldMultiTS *> > vectOfFields(fieldNames.size());
 272   std::vector< std::vector< MCAuto< MEDFileAnyTypeFieldMultiTS > > > vectOfFields2(fieldNames.size());
 273   MCAuto<MEDFileFields> fss(MEDFileFields::New());
 274   for(std::vector<const MEDFileData *>::const_iterator it=mfds.begin();it!=mfds.end();it++)
 275     {
 276       std::vector<std::string> fieldNames0((*it)->getFields()->getFieldsNames());
 277       std::set<std::string> fieldNamess0(fieldNames0.begin(),fieldNames0.end());
 278       if(fieldNamess!=fieldNamess0)
 279         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileData::Aggregate : field names must be the same for all input instances !");
 280       i=0;
 281       for(std::vector<std::string>::const_iterator it1=fieldNames.begin();it1!=fieldNames.end();it1++,i++)
 282         {
 283           MCAuto<MEDFileAnyTypeFieldMultiTS> fmts((*it)->getFields()->getFieldWithName(*it1));
 284           if(fmts.isNull())
 285             throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileData::Aggregate : internal error 1 !");
 286           vectOfFields2[i].push_back(fmts); vectOfFields[i].push_back(fmts);
 287         }
 288     }
 289   i=0;
 290   for(std::vector<std::string>::const_iterator it1=fieldNames.begin();it1!=fieldNames.end();it1++,i++)
 291     {
 292       MCAuto<MEDFileAnyTypeFieldMultiTS> fmts(MEDFileAnyTypeFieldMultiTS::Aggregate(vectOfFields[i],dts));
 293       fmts->setMeshName(agg_m->getName());
 294       fss->pushField(fmts);
 295     }
 296   ret->setFields(fss);
 297   return ret;
 298 }
 299
 300 MEDFileData::MEDFileData()
 301 {
 302 }
 303
 304 MEDFileData::MEDFileData(med_idt fid)
 305 try
 306 {
 307   readHeader(fid);
 308   _fields=MEDFileFields::New(fid);
 309   _meshes=MEDFileMeshes::New(fid);
 310   _params=MEDFileParameters::New(fid);
 311 }
 312 catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
 313 {
 314     throw e;
 315 }
 316
 317 void MEDFileData::writeLL(med_idt fid) const
 318 {
 319   writeHeader(fid);
 320   const MEDFileMeshes *ms(_meshes);
 321   if(ms)
 322     ms->writeLL(fid);
 323   const MEDFileFields *fs(_fields);
 324   if(fs)
 325     fs->writeLL(fid);
 326   const MEDFileParameters *ps(_params);
 327   if(ps)
 328     ps->writeLL(fid);
 329 }
 330
 331 std::string MEDFileData::getHeader() const
 332 {
 333   return _header;
 334 }
 335
 336
 337 void MEDFileData::setHeader(const std::string& header)
 338 {
 339   _header=header;
 340 }
 341
 342 void MEDFileData::readHeader(med_idt fid)
 343 {
 344   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> header(MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_COMMENT_SIZE));
 345   MEDFILESAFECALLERRD0(MEDfileCommentRd,(fid,header));
 346   _header=MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(header,MED_COMMENT_SIZE);
 347 }
 348
 349 void MEDFileData::writeHeader(med_idt fid) const
 350 {
 351   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> header(MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_COMMENT_SIZE));
 352   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_header.c_str(),MED_COMMENT_SIZE,header,_too_long_str);
 353   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDfileCommentWr,(fid,header));
 354 }