src/MEDCoupling/MEDCouplingUMesh.hxx

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  12 //
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  14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  16 //
  17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  18 //
  19 // Author : Anthony Geay (CEA/DEN)
  20
  21 #ifndef __PARAMEDMEM_MEDCOUPLINGUMESH_HXX__
  22 #define __PARAMEDMEM_MEDCOUPLINGUMESH_HXX__
  23
  24 #include "MEDCoupling.hxx"
  25 #include "MEDCouplingPointSet.hxx"
  26 #include "MEDCouplingMemArray.hxx"
  27
  28 #include "CellModel.hxx"
  29
  30 #include <set>
  31
  32 namespace ParaMEDMEM
  33 {
  34   class MEDCouplingUMeshCellByTypeEntry;
  35   class MEDCouplingUMeshCellIterator;
  36   class MEDCoupling1SGTUMesh;
  37   class MEDCoupling1GTUMesh;
  38
  39   class MEDCouplingUMesh : public MEDCouplingPointSet
  40   {
  41   public:
  42     MEDCOUPLING_EXPORT static MEDCouplingUMesh *New();
  43     MEDCOUPLING_EXPORT static MEDCouplingUMesh *New(const std::string& meshName, int meshDim);
  44     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingMesh *deepCpy() const;
  45     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingUMesh *clone(bool recDeepCpy) const;
  46     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingPointSet *deepCpyConnectivityOnly() const;
  47     MEDCOUPLING_EXPORT void shallowCopyConnectivityFrom(const MEDCouplingPointSet *other);
  48     MEDCOUPLING_EXPORT void updateTime() const;
  49     MEDCOUPLING_EXPORT std::size_t getHeapMemorySizeWithoutChildren() const;
  50     MEDCOUPLING_EXPORT std::vector<const BigMemoryObject *> getDirectChildrenWithNull() const;
  51     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingMeshType getType() const { return UNSTRUCTURED; }
  52     MEDCOUPLING_EXPORT bool isEqualIfNotWhy(const MEDCouplingMesh *other, double prec, std::string& reason) const;
  53     MEDCOUPLING_EXPORT bool isEqualWithoutConsideringStr(const MEDCouplingMesh *other, double prec) const;
  54     MEDCOUPLING_EXPORT void checkFastEquivalWith(const MEDCouplingMesh *other, double prec) const;
  55     MEDCOUPLING_EXPORT void checkCoherency() const;
  56     MEDCOUPLING_EXPORT void checkCoherency1(double eps=1e-12) const;
  57     MEDCOUPLING_EXPORT void checkCoherency2(double eps=1e-12) const;
  58     MEDCOUPLING_EXPORT void setMeshDimension(int meshDim);
  59     MEDCOUPLING_EXPORT void allocateCells(int nbOfCells=0);
  60     MEDCOUPLING_EXPORT void insertNextCell(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type, int size, const int *nodalConnOfCell);
  61     MEDCOUPLING_EXPORT void finishInsertingCells();
  62     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingUMeshCellIterator *cellIterator();
  63     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingUMeshCellByTypeEntry *cellsByType();
  64     MEDCOUPLING_EXPORT std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> getAllGeoTypes() const;
  65     MEDCOUPLING_EXPORT std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> getAllGeoTypesSorted() const;
  66     MEDCOUPLING_EXPORT std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> getTypesOfPart(const int *begin, const int *end) const;
  67     MEDCOUPLING_EXPORT void setConnectivity(DataArrayInt *conn, DataArrayInt *connIndex, bool isComputingTypes=true);
  68     MEDCOUPLING_EXPORT const DataArrayInt *getNodalConnectivity() const { return _nodal_connec; }
  69     MEDCOUPLING_EXPORT const DataArrayInt *getNodalConnectivityIndex() const { return _nodal_connec_index; }
  70     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayInt *getNodalConnectivity() { return _nodal_connec; }
  71     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayInt *getNodalConnectivityIndex() { return _nodal_connec_index; }
  72     MEDCOUPLING_EXPORT INTERP_KERNEL::NormalizedCellType getTypeOfCell(int cellId) const;
  73     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayInt *giveCellsWithType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type) const;
  74     MEDCOUPLING_EXPORT int getNumberOfCellsWithType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type) const;
  75     MEDCOUPLING_EXPORT void getNodeIdsOfCell(int cellId, std::vector<int>& conn) const;
  76     MEDCOUPLING_EXPORT std::string simpleRepr() const;
  77     MEDCOUPLING_EXPORT std::string advancedRepr() const;
  78     MEDCOUPLING_EXPORT std::string cppRepr() const;
  79     MEDCOUPLING_EXPORT std::string reprConnectivityOfThis() const;
  80     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingUMesh *buildSetInstanceFromThis(int spaceDim) const;
  81     MEDCOUPLING_EXPORT int getNumberOfNodesInCell(int cellId) const;
  82     MEDCOUPLING_EXPORT int getNumberOfCells() const;
  83     MEDCOUPLING_EXPORT int getMeshDimension() const;
  84     MEDCOUPLING_EXPORT int getMeshLength() const;
  85     MEDCOUPLING_EXPORT void computeTypes();
  86     //! size of returned tinyInfo must be always the same.
  87     MEDCOUPLING_EXPORT void getTinySerializationInformation(std::vector<double>& tinyInfoD, std::vector<int>& tinyInfo, std::vector<std::string>& littleStrings) const;
  88     MEDCOUPLING_EXPORT bool isEmptyMesh(const std::vector<int>& tinyInfo) const;
  89     MEDCOUPLING_EXPORT void resizeForUnserialization(const std::vector<int>& tinyInfo, DataArrayInt *a1, DataArrayDouble *a2, std::vector<std::string>& littleStrings) const;
  90     MEDCOUPLING_EXPORT void serialize(DataArrayInt *&a1, DataArrayDouble *&a2) const;
  91     MEDCOUPLING_EXPORT void unserialization(const std::vector<double>& tinyInfoD, const std::vector<int>& tinyInfo, const DataArrayInt *a1, DataArrayDouble *a2, const std::vector<std::string>& littleStrings);
  92     MEDCOUPLING_EXPORT std::string getVTKDataSetType() const;
  93     MEDCOUPLING_EXPORT std::string getVTKFileExtension() const;
  94     MEDCOUPLING_EXPORT void writeVTKLL(std::ostream& ofs, const std::string& cellData, const std::string& pointData, DataArrayByte *byteData) const;
  95     MEDCOUPLING_EXPORT void reprQuickOverview(std::ostream& stream) const;
  96     //tools
  97     MEDCOUPLING_EXPORT static int AreCellsEqual(const int *conn, const int *connI, int cell1, int cell2, int compType);
  98     MEDCOUPLING_EXPORT static int AreCellsEqual0(const int *conn, const int *connI, int cell1, int cell2);
  99     MEDCOUPLING_EXPORT static int AreCellsEqual1(const int *conn, const int *connI, int cell1, int cell2);
 100     MEDCOUPLING_EXPORT static int AreCellsEqual2(const int *conn, const int *connI, int cell1, int cell2);
 101     MEDCOUPLING_EXPORT static int AreCellsEqual3(const int *conn, const int *connI, int cell1, int cell2);
 102     MEDCOUPLING_EXPORT static int AreCellsEqual7(const int *conn, const int *connI, int cell1, int cell2);
 103     MEDCOUPLING_EXPORT void convertToPolyTypes(const int *cellIdsToConvertBg, const int *cellIdsToConvertEnd);
 104     MEDCOUPLING_EXPORT void convertAllToPoly();
 105     MEDCOUPLING_EXPORT void convertExtrudedPolyhedra();
 106     MEDCOUPLING_EXPORT bool unPolyze();
 107     MEDCOUPLING_EXPORT void simplifyPolyhedra(double eps);
 108     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingUMesh *buildSpreadZonesWithPoly() const;
 109     MEDCOUPLING_EXPORT std::vector<DataArrayInt *> partitionBySpreadZone() const;
 110     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayInt *computeFetchedNodeIds() const;
 111     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayInt *getNodeIdsInUse(int& nbrOfNodesInUse) const;
 112     MEDCOUPLING_EXPORT void computeNodeIdsAlg(std::vector<bool>& nodeIdsInUse) const;
 113     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayInt *computeNbOfNodesPerCell() const;
 114     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayInt *computeNbOfFacesPerCell() const;
 115     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayInt *computeEffectiveNbOfNodesPerCell() const;
 116     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayInt *zipCoordsTraducer();
 117     MEDCOUPLING_EXPORT void findCommonCells(int compType, int startCellId, DataArrayInt *& commonCellsArr, DataArrayInt *& commonCellsIArr) const;
 118     MEDCOUPLING_EXPORT bool areCellsIncludedIn(const MEDCouplingUMesh *other, int compType, DataArrayInt *& arr) const;
 119     MEDCOUPLING_EXPORT bool areCellsIncludedIn2(const MEDCouplingUMesh *other, DataArrayInt *& arr) const;
 120     MEDCOUPLING_EXPORT void getReverseNodalConnectivity(DataArrayInt *revNodal, DataArrayInt *revNodalIndx) const;
 121     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingUMesh *explode3DMeshTo1D(DataArrayInt *desc, DataArrayInt *descIndx, DataArrayInt *revDesc, DataArrayInt *revDescIndx) const;
 122     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingUMesh *buildDescendingConnectivity(DataArrayInt *desc, DataArrayInt *descIndx, DataArrayInt *revDesc, DataArrayInt *revDescIndx) const;
 123     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingUMesh *buildDescendingConnectivity2(DataArrayInt *desc, DataArrayInt *descIndx, DataArrayInt *revDesc, DataArrayInt *revDescIndx) const;
 124     MEDCOUPLING_EXPORT void computeNeighborsOfCells(DataArrayInt *&neighbors, DataArrayInt *&neighborsIdx) const;
 125     MEDCOUPLING_EXPORT static void ComputeNeighborsOfCellsAdv(const DataArrayInt *desc, const DataArrayInt *descI, const DataArrayInt *revDesc, const DataArrayInt *revDescI,
 126                                                               DataArrayInt *&neighbors, DataArrayInt *&neighborsIdx);
 127     MEDCOUPLING_EXPORT void computeNeighborsOfNodes(DataArrayInt *&neighbors, DataArrayInt *&neighborsIdx) const;
 128     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingPointSet *mergeMyselfWithOnSameCoords(const MEDCouplingPointSet *other) const;
 129     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingPointSet *buildPartOfMySelf(const int *begin, const int *end, bool keepCoords=true) const;
 130     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingPointSet *buildPartOfMySelf2(int start, int end, int step, bool keepCoords=true) const;
 131     MEDCOUPLING_EXPORT void setPartOfMySelf(const int *cellIdsBg, const int *cellIdsEnd, const MEDCouplingUMesh& otherOnSameCoordsThanThis);
 132     MEDCOUPLING_EXPORT void setPartOfMySelf2(int start, int end, int step, const MEDCouplingUMesh& otherOnSameCoordsThanThis);
 133     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingPointSet *buildFacePartOfMySelfNode(const int *begin, const int *end, bool fullyIn) const;
 134     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingUMesh *buildUnstructured() const;
 135     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayInt *findBoundaryNodes() const;
 136     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingPointSet *buildBoundaryMesh(bool keepCoords) const;
 137     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayInt *findCellIdsOnBoundary() const;
 138     MEDCOUPLING_EXPORT void findCellIdsLyingOn(const MEDCouplingUMesh& otherDimM1OnSameCoords, DataArrayInt *&cellIdsRk0, DataArrayInt *&cellIdsRk1) const;
 139     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingUMesh *computeSkin() const;
 140     MEDCOUPLING_EXPORT void findNodesToDuplicate(const MEDCouplingUMesh& otherDimM1OnSameCoords, DataArrayInt *& nodeIdsToDuplicate,
 141                                                  DataArrayInt *& cellIdsNeededToBeRenum, DataArrayInt *& cellIdsNotModified) const;
 142     MEDCOUPLING_EXPORT void duplicateNodes(const int *nodeIdsToDuplicateBg, const int *nodeIdsToDuplicateEnd);
 143     MEDCOUPLING_EXPORT void renumberNodesWithOffsetInConn(int offset);
 144     MEDCOUPLING_EXPORT void renumberNodesInConn(const INTERP_KERNEL::HashMap<int,int>& newNodeNumbersO2N);
 145     MEDCOUPLING_EXPORT void renumberNodesInConn(const int *newNodeNumbersO2N);
 146     MEDCOUPLING_EXPORT void shiftNodeNumbersInConn(int delta);
 147     MEDCOUPLING_EXPORT void duplicateNodesInConn(const int *nodeIdsToDuplicateBg, const int *nodeIdsToDuplicateEnd, int offset);
 148     MEDCOUPLING_EXPORT void renumberCells(const int *old2NewBg, bool check=true);
 149     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayInt *getCellsInBoundingBox(const double *bbox, double eps) const;
 150     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayInt *getCellsInBoundingBox(const INTERP_KERNEL::DirectedBoundingBox& bbox, double eps);
 151     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingFieldDouble *getMeasureField(bool isAbs) const;
 152     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayDouble *getPartMeasureField(bool isAbs, const int *begin, const int *end) const;
 153     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingFieldDouble *getMeasureFieldOnNode(bool isAbs) const;
 154     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingFieldDouble *buildOrthogonalField() const;
 155     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingFieldDouble *buildPartOrthogonalField(const int *begin, const int *end) const;
 156     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingFieldDouble *buildDirectionVectorField() const;
 157     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingUMesh *buildSlice3D(const double *origin, const double *vec, double eps, DataArrayInt *&cellIds) const;
 158     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingUMesh *buildSlice3DSurf(const double *origin, const double *vec, double eps, DataArrayInt *&cellIds) const;
 159     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayInt *getCellIdsCrossingPlane(const double *origin, const double *vec, double eps) const;
 160     MEDCOUPLING_EXPORT bool isContiguous1D() const;
 161     MEDCOUPLING_EXPORT void project1D(const double *pt, const double *v, double eps, double *res) const;
 162     MEDCOUPLING_EXPORT double distanceToPoint(const double *ptBg, const double *ptEnd, int& cellId) const;
 163     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayDouble *distanceToPoints(const DataArrayDouble *pts, DataArrayInt *& cellIds) const;
 164     MEDCOUPLING_EXPORT int getCellContainingPoint(const double *pos, double eps) const;
 165     MEDCOUPLING_EXPORT void getCellsContainingPoint(const double *pos, double eps, std::vector<int>& elts) const;
 166     MEDCOUPLING_EXPORT void getCellsContainingPoints(const double *pos, int nbOfPoints, double eps, MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>& elts, MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>& eltsIndex) const;
 167     MEDCOUPLING_EXPORT void checkButterflyCells(std::vector<int>& cells, double eps=1e-12) const;
 168     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayInt *convexEnvelop2D();
 169     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayInt *findAndCorrectBadOriented3DExtrudedCells();
 170     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayInt *findAndCorrectBadOriented3DCells();
 171     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayDouble *getBoundingBoxForBBTree(double arcDetEps=1e-12) const;
 172     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayDouble *getBoundingBoxForBBTreeFast() const;
 173     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayDouble *getBoundingBoxForBBTree2DQuadratic(double arcDetEps=1e-12) const;
 174     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayDouble *getBoundingBoxForBBTree1DQuadratic(double arcDetEps=1e-12) const;
 175     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingUMesh *buildExtrudedMesh(const MEDCouplingUMesh *mesh1D, int policy);
 176     MEDCOUPLING_EXPORT bool isFullyQuadratic() const;
 177     MEDCOUPLING_EXPORT bool isPresenceOfQuadratic() const;
 178     MEDCOUPLING_EXPORT void convertQuadraticCellsToLinear();
 179     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayInt *convertLinearCellsToQuadratic(int conversionType=0);
 180     MEDCOUPLING_EXPORT void tessellate2D(double eps);
 181     MEDCOUPLING_EXPORT void tessellate2DCurve(double eps);
 182     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCoupling1SGTUMesh *tetrahedrize(int policy, DataArrayInt *& n2oCells, int& nbOfAdditionalPoints) const;
 183     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayInt *simplexize(int policy);
 184     MEDCOUPLING_EXPORT bool areOnlySimplexCells() const;
 185     MEDCOUPLING_EXPORT void convertDegeneratedCells();
 186     MEDCOUPLING_EXPORT void are2DCellsNotCorrectlyOriented(const double *vec, bool polyOnly, std::vector<int>& cells) const;
 187     MEDCOUPLING_EXPORT void orientCorrectly2DCells(const double *vec, bool polyOnly);
 188     MEDCOUPLING_EXPORT void changeOrientationOfCells();
 189     MEDCOUPLING_EXPORT void arePolyhedronsNotCorrectlyOriented(std::vector<int>& cells) const;
 190     MEDCOUPLING_EXPORT void orientCorrectlyPolyhedrons();
 191     MEDCOUPLING_EXPORT void getFastAveragePlaneOfThis(double *vec, double *pos) const;
 192     //Mesh quality
 193     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingFieldDouble *getEdgeRatioField() const;
 194     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingFieldDouble *getAspectRatioField() const;
 195     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingFieldDouble *getWarpField() const;
 196     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingFieldDouble *getSkewField() const;
 197     //utilities for MED File RW
 198     MEDCOUPLING_EXPORT std::vector<int> getDistributionOfTypes() const;
 199     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayInt *checkTypeConsistencyAndContig(const std::vector<int>& code, const std::vector<const DataArrayInt *>& idsPerType) const;
 200     MEDCOUPLING_EXPORT void splitProfilePerType(const DataArrayInt *profile, std::vector<int>& code, std::vector<DataArrayInt *>& idsInPflPerType, std::vector<DataArrayInt *>& idsPerType) const;
 201     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingUMesh *emulateMEDMEMBDC(const MEDCouplingUMesh *nM1LevMesh, DataArrayInt *desc, DataArrayInt *descIndx, DataArrayInt *&revDesc, DataArrayInt *&revDescIndx, DataArrayInt *& nM1LevMeshIds, DataArrayInt *&meshnM1Old2New) const;
 202     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayInt *sortCellsInMEDFileFrmt();
 203     MEDCOUPLING_EXPORT bool checkConsecutiveCellTypes() const;
 204     MEDCOUPLING_EXPORT bool checkConsecutiveCellTypesForMEDFileFrmt() const;
 205     MEDCOUPLING_EXPORT bool checkConsecutiveCellTypesAndOrder(const INTERP_KERNEL::NormalizedCellType *orderBg, const INTERP_KERNEL::NormalizedCellType *orderEnd) const;
 206     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayInt *getLevArrPerCellTypes(const INTERP_KERNEL::NormalizedCellType *orderBg, const INTERP_KERNEL::NormalizedCellType *orderEnd, DataArrayInt *&nbPerType) const;
 207     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayInt *getRenumArrForMEDFileFrmt() const;
 208     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayInt *getRenumArrForConsecutiveCellTypesSpec(const INTERP_KERNEL::NormalizedCellType *orderBg, const INTERP_KERNEL::NormalizedCellType *orderEnd) const;
 209     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayInt *rearrange2ConsecutiveCellTypes();
 210     MEDCOUPLING_EXPORT std::vector<MEDCouplingUMesh *> splitByType() const;
 211     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCoupling1GTUMesh *convertIntoSingleGeoTypeMesh() const;
 212     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayInt *convertNodalConnectivityToStaticGeoTypeMesh() const;
 213     MEDCOUPLING_EXPORT void convertNodalConnectivityToDynamicGeoTypeMesh(DataArrayInt *&nodalConn, DataArrayInt *&nodalConnIndex) const;
 214     MEDCOUPLING_EXPORT static MEDCouplingUMesh *AggregateSortedByTypeMeshesOnSameCoords(const std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& ms,
 215                                                                                         DataArrayInt *&szOfCellGrpOfSameType,
 216                                                                                         DataArrayInt *&idInMsOfCellGrpOfSameType);
 217     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayInt *keepCellIdsByType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type, const int *begin, const int *end) const;
 218     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayInt *convertCellArrayPerGeoType(const DataArrayInt *da) const;
 219     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingUMesh *keepSpecifiedCells(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type, const int *idsPerGeoTypeBg, const int *idsPerGeoTypeEnd) const;
 220     MEDCOUPLING_EXPORT std::vector<bool> getQuadraticStatus() const;
 221     //
 222     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingMesh *mergeMyselfWith(const MEDCouplingMesh *other) const;
 223     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayDouble *getBarycenterAndOwner() const;
 224     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayDouble *computeIsoBarycenterOfNodesPerCell() const;
 225     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayDouble *getPartBarycenterAndOwner(const int *begin, const int *end) const;
 226     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayDouble *computePlaneEquationOf3DFaces() const;
 227     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayInt *conformize2D(double eps);
 228     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayInt *colinearize2D(double eps);
 229     MEDCOUPLING_EXPORT int split2DCells(const DataArrayInt *desc, const DataArrayInt *descI, const DataArrayInt *subNodesInSeg, const DataArrayInt *subNodesInSegI, const DataArrayInt *midOpt=0, const DataArrayInt *midOptI=0);
 230     MEDCOUPLING_EXPORT static MEDCouplingUMesh *Build0DMeshFromCoords(DataArrayDouble *da);
 231     MEDCOUPLING_EXPORT static MEDCouplingUMesh *MergeUMeshes(const MEDCouplingUMesh *mesh1, const MEDCouplingUMesh *mesh2);
 232     MEDCOUPLING_EXPORT static MEDCouplingUMesh *MergeUMeshes(std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& a);
 233     MEDCOUPLING_EXPORT static MEDCouplingUMesh *MergeUMeshesOnSameCoords(const MEDCouplingUMesh *mesh1, const MEDCouplingUMesh *mesh2);
 234     MEDCOUPLING_EXPORT static MEDCouplingUMesh *MergeUMeshesOnSameCoords(const std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& meshes);
 235     MEDCOUPLING_EXPORT static MEDCouplingUMesh *FuseUMeshesOnSameCoords(const std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& meshes, int compType, std::vector<DataArrayInt *>& corr);
 236     MEDCOUPLING_EXPORT static void PutUMeshesOnSameAggregatedCoords(const std::vector<MEDCouplingUMesh *>& meshes);
 237     MEDCOUPLING_EXPORT static void MergeNodesOnUMeshesSharingSameCoords(const std::vector<MEDCouplingUMesh *>& meshes, double eps);
 238     MEDCOUPLING_EXPORT static bool IsPolygonWellOriented(bool isQuadratic, const double *vec, const int *begin, const int *end, const double *coords);
 239     MEDCOUPLING_EXPORT static bool IsPolyhedronWellOriented(const int *begin, const int *end, const double *coords);
 240     MEDCOUPLING_EXPORT static bool Is3DExtrudedStaticCellWellOriented(const int *begin, const int *end, const double *coords);
 241     MEDCOUPLING_EXPORT static void CorrectExtrudedStaticCell(int *begin, int *end);
 242     MEDCOUPLING_EXPORT static bool IsTetra4WellOriented(const int *begin, const int *end, const double *coords);
 243     MEDCOUPLING_EXPORT static bool IsPyra5WellOriented(const int *begin, const int *end, const double *coords);
 244     MEDCOUPLING_EXPORT static void SimplifyPolyhedronCell(double eps, const DataArrayDouble *coords, const int *begin, const int *end, DataArrayInt *res);
 245     MEDCOUPLING_EXPORT static void ComputeVecAndPtOfFace(double eps, const double *coords, const int *begin, const int *end, double *v, double *p);
 246     MEDCOUPLING_EXPORT static void TryToCorrectPolyhedronOrientation(int *begin, int *end, const double *coords);
 247     MEDCOUPLING_EXPORT static MEDCouplingUMesh *Intersect2DMeshes(const MEDCouplingUMesh *m1, const MEDCouplingUMesh *m2, double eps, DataArrayInt *&cellNb1, DataArrayInt *&cellNb2);
 248     MEDCOUPLING_EXPORT static void Intersect2DMeshWith1DLine(const MEDCouplingUMesh *mesh2D, const MEDCouplingUMesh *mesh1D,
 249                                                              double eps, MEDCouplingUMesh *&splitMesh2D, MEDCouplingUMesh *&splitMesh1D, DataArrayInt *&cellIdInMesh2D, DataArrayInt *&cellIdInMesh1D);
 250     MEDCOUPLING_EXPORT static bool BuildConvexEnvelopOf2DCellJarvis(const double *coords, const int *nodalConnBg, const int *nodalConnEnd, DataArrayInt *nodalConnecOut);
 251     MEDCOUPLING_EXPORT static bool RemoveIdsFromIndexedArrays(const int *idsToRemoveBg, const int *idsToRemoveEnd, DataArrayInt *arr, DataArrayInt *arrIndx, int offsetForRemoval=0);
 252     MEDCOUPLING_EXPORT static void ExtractFromIndexedArrays(const int *idsOfSelectBg, const int *idsOfSelectEnd, const DataArrayInt *arrIn, const DataArrayInt *arrIndxIn,
 253                                                             DataArrayInt* &arrOut, DataArrayInt* &arrIndexOut);
 254     MEDCOUPLING_EXPORT static void ExtractFromIndexedArrays2(int idsOfSelectStart, int idsOfSelectStop, int idsOfSelectStep, const DataArrayInt *arrIn, const DataArrayInt *arrIndxIn,
 255                                                              DataArrayInt* &arrOut, DataArrayInt* &arrIndexOut);
 256     MEDCOUPLING_EXPORT static void SetPartOfIndexedArrays(const int *idsOfSelectBg, const int *idsOfSelectEnd, const DataArrayInt *arrIn, const DataArrayInt *arrIndxIn,
 257                                                           const DataArrayInt *srcArr, const DataArrayInt *srcArrIndex,
 258                                                           DataArrayInt* &arrOut, DataArrayInt* &arrIndexOut);
 259     MEDCOUPLING_EXPORT static void SetPartOfIndexedArraysSameIdx(const int *idsOfSelectBg, const int *idsOfSelectEnd, DataArrayInt *arrInOut, const DataArrayInt *arrIndxIn,
 260                                                                  const DataArrayInt *srcArr, const DataArrayInt *srcArrIndex);
 261     MEDCOUPLING_EXPORT static void SetPartOfIndexedArrays2(int start, int end, int step, const DataArrayInt *arrIn, const DataArrayInt *arrIndxIn,
 262                                                            const DataArrayInt *srcArr, const DataArrayInt *srcArrIndex,
 263                                                            DataArrayInt* &arrOut, DataArrayInt* &arrIndexOut);
 264     MEDCOUPLING_EXPORT static void SetPartOfIndexedArraysSameIdx2(int start, int end, int step, DataArrayInt *arrInOut, const DataArrayInt *arrIndxIn,
 265                                                                   const DataArrayInt *srcArr, const DataArrayInt *srcArrIndex);
 266     MEDCOUPLING_EXPORT static DataArrayInt *ComputeSpreadZoneGradually(const DataArrayInt *arrIn, const DataArrayInt *arrIndxIn);
 267     MEDCOUPLING_EXPORT static DataArrayInt *ComputeSpreadZoneGraduallyFromSeed(const int *seedBg, const int *seedEnd, const DataArrayInt *arrIn, const DataArrayInt *arrIndxIn, int nbOfDepthPeeling, int& nbOfDepthPeelingPerformed);
 268     MEDCOUPLING_EXPORT static void FindCommonCellsAlg(int compType, int startCellId, const DataArrayInt *nodal, const DataArrayInt *nodalI, const DataArrayInt *revNodal, const DataArrayInt *revNodalI,
 269                                                       DataArrayInt *& commonCellsArr, DataArrayInt *& commonCellsIArr);
 270     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayInt *buildUnionOf2DMesh() const;
 271     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayInt *buildUnionOf3DMesh() const;
 272     MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayInt *orderConsecutiveCells1D() const;
 273   private:
 274     MEDCouplingUMesh();
 275     MEDCouplingUMesh(const MEDCouplingUMesh& other, bool deepCopy);
 276     ~MEDCouplingUMesh();
 277     void checkFullyDefined() const;
 278     void checkConnectivityFullyDefined() const;
 279     void reprConnectivityOfThisLL(std::ostringstream& stream) const;
 280     //tools
 281     DataArrayInt *simplexizePol0();
 282     DataArrayInt *simplexizePol1();
 283     DataArrayInt *simplexizePlanarFace5();
 284     DataArrayInt *simplexizePlanarFace6();
 285     void subDivide2DMesh(const int *nodeSubdived, const int *nodeIndxSubdived, const int *desc, const int *descIndex);
 286     void fillCellIdsToKeepFromNodeIds(const int *begin, const int *end, bool fullyIn, DataArrayInt *&cellIdsKeptArr) const;
 287     void split3DCurveWithPlane(const double *origin, const double *vec, double eps, std::vector<int>& cut3DCurve);
 288     MEDCouplingUMesh *buildExtrudedMeshFromThisLowLev(int nbOfNodesOf1Lev, bool isQuad) const;
 289     DataArrayDouble *fillExtCoordsUsingTranslation(const MEDCouplingUMesh *mesh1D, bool isQuad) const;
 290     DataArrayDouble *fillExtCoordsUsingTranslAndAutoRotation(const MEDCouplingUMesh *mesh1D, bool isQuad) const;
 291     DataArrayDouble *fillExtCoordsUsingTranslAndAutoRotation2D(const MEDCouplingUMesh *mesh1D, bool isQuad) const;
 292     DataArrayDouble *fillExtCoordsUsingTranslAndAutoRotation3D(const MEDCouplingUMesh *mesh1D, bool isQuad) const;
 293     static bool AreCellsEqualInPool(const std::vector<int>& candidates, int compType, const int *conn, const int *connI, DataArrayInt *result) ;
 294     MEDCouplingPointSet *buildPartOfMySelfKeepCoords(const int *begin, const int *end) const;
 295     MEDCouplingPointSet *buildPartOfMySelfKeepCoords2(int start, int end, int step) const;
 296     DataArrayInt *convertLinearCellsToQuadratic1D0(DataArrayInt *&conn, DataArrayInt *&connI, DataArrayDouble *& coords, std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& types) const;
 297     DataArrayInt *convertLinearCellsToQuadratic2DAnd3D0(const MEDCouplingUMesh *m1D, const DataArrayInt *desc, const DataArrayInt *descI, DataArrayInt *&conn, DataArrayInt *&connI, DataArrayDouble *& coords, std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& types) const;
 298     DataArrayInt *convertLinearCellsToQuadratic2D0(DataArrayInt *&conn, DataArrayInt *&connI, DataArrayDouble *& coords, std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& types) const;
 299     DataArrayInt *convertLinearCellsToQuadratic2D1(DataArrayInt *&conn, DataArrayInt *&connI, DataArrayDouble *& coords, std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& types) const;
 300     DataArrayInt *convertLinearCellsToQuadratic3D0(DataArrayInt *&conn, DataArrayInt *&connI, DataArrayDouble *& coords, std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& types) const;
 301     DataArrayInt *convertLinearCellsToQuadratic3D1(DataArrayInt *&conn, DataArrayInt *&connI, DataArrayDouble *& coords, std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& types) const;
 302     DataArrayInt *buildUnionOf2DMeshLinear(const MEDCouplingUMesh *skin, const DataArrayInt *n2o) const;
 303     DataArrayInt *buildUnionOf2DMeshQuadratic(const MEDCouplingUMesh *skin, const DataArrayInt *n2o) const;
 304     template<int SPACEDIM>
 305     void getCellsContainingPointsAlg(const double *coords, const double *pos, int nbOfPoints,
 306                                      double eps, MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>& elts, MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>& eltsIndex) const;
 307 /// @cond INTERNAL
 308     static MEDCouplingUMesh *MergeUMeshesLL(std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& a);
 309     typedef int (*DimM1DescNbrer)(int id, unsigned nb, const INTERP_KERNEL::CellModel& cm, bool compute, const int *conn1, const int *conn2);
 310     template<class SonsGenerator>
 311     MEDCouplingUMesh *buildDescendingConnectivityGen(DataArrayInt *desc, DataArrayInt *descIndx, DataArrayInt *revDesc, DataArrayInt *revDescIndx, DimM1DescNbrer nbrer) const;
 312     static void DistanceToPoint3DSurfAlg(const double *pt, const int *cellIdsBg, const int *cellIdsEnd, const double *coords, const int *nc, const int *ncI, double& ret0, int& cellId);
 313     static void DistanceToPoint2DCurveAlg(const double *pt, const int *cellIdsBg, const int *cellIdsEnd, const double *coords, const int *nc, const int *ncI, double& ret0, int& cellId);
 314     static DataArrayInt *ComputeSpreadZoneGraduallyFromSeedAlg(std::vector<bool>& fetched, const int *seedBg, const int *seedEnd, const DataArrayInt *arrIn, const DataArrayInt *arrIndxIn, int nbOfDepthPeeling, int& nbOfDepthPeelingPerformed);
 315     static void FillInCompact3DMode(int spaceDim, int nbOfNodesInCell, const int *conn, const double *coo, double *zipFrmt);
 316     static void AppendExtrudedCell(const int *connBg, const int *connEnd, int nbOfNodesPerLev, bool isQuad, std::vector<int>& ret);
 317     static void Intersect1DMeshes(const MEDCouplingUMesh *m1Desc, const MEDCouplingUMesh *m2Desc, double eps, std::vector< std::vector<int> >& intersectEdge1, std::vector< std::vector<int> >& colinear2, std::vector< std::vector<int> >& subDiv2, std::vector<double>& addCoo, std::map<int,int>& mergedNodes);
 318     static void IntersectDescending2DMeshes(const MEDCouplingUMesh *m1, const MEDCouplingUMesh *m2, double eps,
 319                                             std::vector< std::vector<int> >& intersectEdge1, std::vector< std::vector<int> >& colinear2, std::vector< std::vector<int> >& subDiv2,
 320                                             MEDCouplingUMesh *& m1Desc, DataArrayInt *&desc1, DataArrayInt *&descIndx1, DataArrayInt *&revDesc1, DataArrayInt *&revDescIndx1,
 321                                             std::vector<double>& addCoo,
 322                                             MEDCouplingUMesh *& m2Desc, DataArrayInt *&desc2, DataArrayInt *&descIndx2, DataArrayInt *&revDesc2, DataArrayInt *&revDescIndx2);
 323     static void BuildIntersectEdges(const MEDCouplingUMesh *m1, const MEDCouplingUMesh *m2, const std::vector<double>& addCoo, const std::vector< std::vector<int> >& subDiv, std::vector< std::vector<int> >& intersectEdge);
 324     static void BuildIntersecting2DCellsFromEdges(double eps, const MEDCouplingUMesh *m1, const int *desc1, const int *descIndx1, const std::vector<std::vector<int> >& intesctEdges1, const std::vector< std::vector<int> >& colinear2,
 325                                                   const MEDCouplingUMesh *m2, const int *desc2, const int *descIndx2, const std::vector<std::vector<int> >& intesctEdges2,
 326                                                   const std::vector<double>& addCoords,
 327                                                   std::vector<double>& addCoordsQuadratic, std::vector<int>& cr, std::vector<int>& crI, std::vector<int>& cNb1, std::vector<int>& cNb2);
 328     static void AssemblyForSplitFrom3DCurve(const std::vector<int>& cut3DCurve, std::vector<int>& nodesOnPlane, const int *nodal3DSurf, const int *nodalIndx3DSurf,
 329                                               const int *nodal3DCurve, const int *nodalIndx3DCurve,
 330                                               const int *desc, const int *descIndx, std::vector< std::pair<int,int> >& cut3DSurf);
 331     void assemblyForSplitFrom3DSurf(const std::vector< std::pair<int,int> >& cut3DSurf,
 332                                     const int *desc, const int *descIndx, DataArrayInt *nodalRes, DataArrayInt *nodalResIndx, DataArrayInt *cellIds) const;
 333     void split2DCellsLinear(const DataArrayInt *desc, const DataArrayInt *descI, const DataArrayInt *subNodesInSeg, const DataArrayInt *subNodesInSegI);
 334     int split2DCellsQuadratic(const DataArrayInt *desc, const DataArrayInt *descI, const DataArrayInt *subNodesInSeg, const DataArrayInt *subNodesInSegI, const DataArrayInt *mid, const DataArrayInt *midI);
 335     static bool Colinearize2DCell(const double *coords, const int *connBg, const int *connEnd, int offset, DataArrayInt *newConnOfCell, DataArrayDouble *appendedCoords);
 336   public:
 337     MEDCOUPLING_EXPORT static DataArrayInt *ComputeRangesFromTypeDistribution(const std::vector<int>& code);
 338     MEDCOUPLING_EXPORT static const int N_MEDMEM_ORDER=24;
 339     MEDCOUPLING_EXPORT static const INTERP_KERNEL::NormalizedCellType MEDMEM_ORDER[N_MEDMEM_ORDER];
 340     /// @endcond
 341   private:
 342     int _mesh_dim;
 343     DataArrayInt *_nodal_connec;
 344     DataArrayInt *_nodal_connec_index;
 345     std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> _types;
 346   public:
 347     static double EPS_FOR_POLYH_ORIENTATION;
 348   };
 349
 350   class MEDCouplingUMeshCell;
 351
 352   class MEDCouplingUMeshCellIterator
 353   {
 354   public:
 355     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingUMeshCellIterator(MEDCouplingUMesh *mesh);
 356     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingUMeshCellIterator(MEDCouplingUMesh *mesh, MEDCouplingUMeshCell *itc, int bg, int end);
 357     MEDCOUPLING_EXPORT ~MEDCouplingUMeshCellIterator();
 358     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingUMeshCell *nextt();
 359   private:
 360     MEDCouplingUMesh *_mesh;
 361     MEDCouplingUMeshCell *_cell;
 362     bool _own_cell;
 363     int _cell_id;
 364     int _nb_cell;
 365   };
 366
 367   class MEDCouplingUMeshCellByTypeIterator;
 368
 369   class MEDCouplingUMeshCellByTypeEntry
 370   {
 371   public:
 372     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingUMeshCellByTypeEntry(MEDCouplingUMesh *mesh);
 373     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingUMeshCellByTypeIterator *iterator();
 374     MEDCOUPLING_EXPORT ~MEDCouplingUMeshCellByTypeEntry();
 375   private:
 376     MEDCouplingUMesh *_mesh;
 377   };
 378
 379   class MEDCouplingUMeshCellEntry
 380   {
 381   public:
 382     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingUMeshCellEntry(MEDCouplingUMesh *mesh,  INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type, MEDCouplingUMeshCell *itc, int bg, int end);
 383     MEDCOUPLING_EXPORT ~MEDCouplingUMeshCellEntry();
 384     MEDCOUPLING_EXPORT INTERP_KERNEL::NormalizedCellType getType() const;
 385     MEDCOUPLING_EXPORT int getNumberOfElems() const;
 386     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingUMeshCellIterator *iterator();
 387   private:
 388     MEDCouplingUMesh *_mesh;
 389     INTERP_KERNEL::NormalizedCellType _type;
 390     MEDCouplingUMeshCell *_itc;
 391     int _bg;
 392     int _end;
 393   };
 394
 395   class MEDCouplingUMeshCellByTypeIterator
 396   {
 397   public:
 398     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingUMeshCellByTypeIterator(MEDCouplingUMesh *mesh);
 399     MEDCOUPLING_EXPORT ~MEDCouplingUMeshCellByTypeIterator();
 400     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingUMeshCellEntry *nextt();
 401   private:
 402     MEDCouplingUMesh *_mesh;
 403     MEDCouplingUMeshCell *_cell;
 404     int _cell_id;
 405     int _nb_cell;
 406   };
 407
 408   class MEDCouplingUMeshCell
 409   {
 410   public:
 411     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingUMeshCell(MEDCouplingUMesh *mesh);
 412     MEDCOUPLING_EXPORT void next();
 413     MEDCOUPLING_EXPORT std::string repr() const;
 414     MEDCOUPLING_EXPORT INTERP_KERNEL::NormalizedCellType getType() const;
 415     MEDCOUPLING_EXPORT const int *getAllConn(int& lgth) const;
 416   private:
 417     int *_conn;
 418     int *_conn_indx;
 419     int _conn_lgth;
 420     static const int NOTICABLE_FIRST_VAL=-7;
 421   };
 422 }
 423
 424 #endif