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New method to rearrange nodal conn of HEXA8 for a tetrahedrization that generates...
[modules/med.git] / src / MEDCoupling / MEDCouplingUMesh.cxx
1 // Copyright (C) 2007-2013  CEA/DEN, EDF R&D
2 //
3 // This library is free software; you can redistribute it and/or
4 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
5 // License as published by the Free Software Foundation; either
6 // version 2.1 of the License.
7 //
8 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
11 // Lesser General Public License for more details.
12 //
13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
16 //
17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
18 //
19 // Author : Anthony Geay (CEA/DEN)
20
21 #include "MEDCouplingUMesh.hxx"
22 #include "MEDCoupling1GTUMesh.hxx"
23 #include "MEDCouplingMemArray.txx"
24 #include "MEDCouplingFieldDouble.hxx"
25 #include "CellModel.hxx"
26 #include "VolSurfUser.txx"
27 #include "InterpolationUtils.hxx"
28 #include "PointLocatorAlgos.txx"
29 #include "BBTree.txx"
30 #include "BBTreeDst.txx"
31 #include "SplitterTetra.hxx"
32 #include "DirectedBoundingBox.hxx"
33 #include "InterpKernelMatrixTools.hxx"
34 #include "InterpKernelMeshQuality.hxx"
35 #include "InterpKernelCellSimplify.hxx"
36 #include "InterpKernelGeo2DEdgeArcCircle.hxx"
37 #include "InterpKernelAutoPtr.hxx"
38 #include "InterpKernelGeo2DNode.hxx"
39 #include "InterpKernelGeo2DEdgeLin.hxx"
40 #include "InterpKernelGeo2DEdgeArcCircle.hxx"
41 #include "InterpKernelGeo2DQuadraticPolygon.hxx"
42
43 #include <sstream>
44 #include <fstream>
45 #include <numeric>
46 #include <cstring>
47 #include <limits>
48 #include <list>
49
50 using namespace ParaMEDMEM;
51
52 double MEDCouplingUMesh::EPS_FOR_POLYH_ORIENTATION=1.e-14;
53
54 const INTERP_KERNEL::NormalizedCellType MEDCouplingUMesh::MEDMEM_ORDER[N_MEDMEM_ORDER] = { INTERP_KERNEL::NORM_POINT1, INTERP_KERNEL::NORM_SEG2, INTERP_KERNEL::NORM_SEG3, INTERP_KERNEL::NORM_SEG4, INTERP_KERNEL::NORM_POLYL, INTERP_KERNEL::NORM_TRI3, INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4, INTERP_KERNEL::NORM_TRI6, INTERP_KERNEL::NORM_TRI7, INTERP_KERNEL::NORM_QUAD8, INTERP_KERNEL::NORM_QUAD9, INTERP_KERNEL::NORM_POLYGON, INTERP_KERNEL::NORM_QPOLYG, INTERP_KERNEL::NORM_TETRA4, INTERP_KERNEL::NORM_PYRA5, INTERP_KERNEL::NORM_PENTA6, INTERP_KERNEL::NORM_HEXA8, INTERP_KERNEL::NORM_HEXGP12, INTERP_KERNEL::NORM_TETRA10, INTERP_KERNEL::NORM_PYRA13, INTERP_KERNEL::NORM_PENTA15, INTERP_KERNEL::NORM_HEXA20, INTERP_KERNEL::NORM_HEXA27, INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED };
55
56 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::New()
57 {
58   return new MEDCouplingUMesh;
59 }
60
61 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::New(const char *meshName, int meshDim)
62 {
63   MEDCouplingUMesh *ret=new MEDCouplingUMesh;
64   ret->setName(meshName);
65   ret->setMeshDimension(meshDim);
66   return ret;
67 }
68
69 /*!
70  * Returns a new MEDCouplingMesh which is a full copy of \a this one. No data is shared
71  * between \a this and the new mesh.
72  *  \return MEDCouplingMesh * - a new instance of MEDCouplingMesh. The caller is to
73  *          delete this mesh using decrRef() as it is no more needed. 
74  */
75 MEDCouplingMesh *MEDCouplingUMesh::deepCpy() const
76 {
77   return clone(true);
78 }
79
80 /*!
81  * Returns a new MEDCouplingMesh which is a copy of \a this one.
82  *  \param [in] recDeepCpy - if \a true, the copy is deep, else all data arrays of \a
83  * this mesh are shared by the new mesh.
84  *  \return MEDCouplingMesh * - a new instance of MEDCouplingMesh. The caller is to
85  *          delete this mesh using decrRef() as it is no more needed. 
86  */
87 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::clone(bool recDeepCpy) const
88 {
89   return new MEDCouplingUMesh(*this,recDeepCpy);
90 }
91
92 /*!
93  * This method behaves mostly like MEDCouplingUMesh::deepCpy method, except that only nodal connectivity arrays are deeply copied.
94  * The coordinates are shared between \a this and the returned instance.
95  * 
96  * \return MEDCouplingUMesh * - A new object instance holding the copy of \a this (deep for connectivity, shallow for coordiantes)
97  * \sa MEDCouplingUMesh::deepCpy
98  */
99 MEDCouplingPointSet *MEDCouplingUMesh::deepCpyConnectivityOnly() const
100 {
101   checkConnectivityFullyDefined();
102   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret=clone(false);
103   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> c(getNodalConnectivity()->deepCpy()),ci(getNodalConnectivityIndex()->deepCpy());
104   ret->setConnectivity(c,ci);
105   return ret.retn();
106 }
107
108 void MEDCouplingUMesh::shallowCopyConnectivityFrom(const MEDCouplingPointSet *other)
109 {
110   if(!other)
111     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::shallowCopyConnectivityFrom : input pointer is null !");
112   const MEDCouplingUMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDCouplingUMesh *>(other);
113   if(!otherC)
114     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::shallowCopyConnectivityFrom : input pointer is not an MEDCouplingUMesh instance !");
115   MEDCouplingUMesh *otherC2=const_cast<MEDCouplingUMesh *>(otherC);//sorry :(
116   setConnectivity(otherC2->getNodalConnectivity(),otherC2->getNodalConnectivityIndex(),true);
117 }
118
119 std::size_t MEDCouplingUMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
120 {
121   std::size_t ret(MEDCouplingPointSet::getHeapMemorySizeWithoutChildren());
122   return ret;
123 }
124
125 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDCouplingUMesh::getDirectChildren() const
126 {
127   std::vector<const BigMemoryObject *> ret(MEDCouplingPointSet::getDirectChildren());
128   if(_nodal_connec)
129     ret.push_back(_nodal_connec);
130   if(_nodal_connec_index)
131     ret.push_back(_nodal_connec_index);
132   return ret;
133 }
134
135 void MEDCouplingUMesh::updateTime() const
136 {
137   MEDCouplingPointSet::updateTime();
138   if(_nodal_connec)
139     {
140       updateTimeWith(*_nodal_connec);
141     }
142   if(_nodal_connec_index)
143     {
144       updateTimeWith(*_nodal_connec_index);
145     }
146 }
147
148 MEDCouplingUMesh::MEDCouplingUMesh():_mesh_dim(-2),_nodal_connec(0),_nodal_connec_index(0)
149 {
150 }
151
152 /*!
153  * Checks if \a this mesh is well defined. If no exception is thrown by this method,
154  * then \a this mesh is most probably is writable, exchangeable and available for most
155  * of algorithms. When a mesh is constructed from scratch, it is a good habit to call
156  * this method to check that all is in order with \a this mesh.
157  *  \throw If the mesh dimension is not set.
158  *  \throw If the coordinates array is not set (if mesh dimension != -1 ).
159  *  \throw If \a this mesh contains elements of dimension different from the mesh dimension.
160  *  \throw If the connectivity data array has more than one component.
161  *  \throw If the connectivity data array has a named component.
162  *  \throw If the connectivity index data array has more than one component.
163  *  \throw If the connectivity index data array has a named component.
164  */
165 void MEDCouplingUMesh::checkCoherency() const
166 {
167   if(_mesh_dim<-1)
168    throw INTERP_KERNEL::Exception("No mesh dimension specified !");
169   if(_mesh_dim!=-1)
170     MEDCouplingPointSet::checkCoherency();
171   for(std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>::const_iterator iter=_types.begin();iter!=_types.end();iter++)
172     {
173       if((int)INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(*iter).getDimension()!=_mesh_dim)
174         {
175           std::ostringstream message;
176           message << "Mesh invalid because dimension is " << _mesh_dim << " and there is presence of cell(s) with type " << (*iter);
177           throw INTERP_KERNEL::Exception(message.str().c_str());
178         }
179     }
180   if(_nodal_connec)
181     {
182       if(_nodal_connec->getNumberOfComponents()!=1)
183         throw INTERP_KERNEL::Exception("Nodal connectivity array is expected to be with number of components set to one !");
184       if(_nodal_connec->getInfoOnComponent(0)!="")
185         throw INTERP_KERNEL::Exception("Nodal connectivity array is expected to have no info on its single component !");
186     }
187   else
188     if(_mesh_dim!=-1)
189       throw INTERP_KERNEL::Exception("Nodal connectivity array is not defined !");
190   if(_nodal_connec_index)
191     {
192       if(_nodal_connec_index->getNumberOfComponents()!=1)
193         throw INTERP_KERNEL::Exception("Nodal connectivity index array is expected to be with number of components set to one !");
194       if(_nodal_connec_index->getInfoOnComponent(0)!="")
195         throw INTERP_KERNEL::Exception("Nodal connectivity index array is expected to have no info on its single component !");
196     }
197   else
198     if(_mesh_dim!=-1)
199       throw INTERP_KERNEL::Exception("Nodal connectivity index array is not defined !");
200 }
201
202 /*!
203  * Checks if \a this mesh is well defined. If no exception is thrown by this method,
204  * then \a this mesh is most probably is writable, exchangeable and available for all
205  * algorithms. <br> In addition to the checks performed by checkCoherency(), this
206  * method thoroughly checks the nodal connectivity.
207  *  \param [in] eps - a not used parameter.
208  *  \throw If the mesh dimension is not set.
209  *  \throw If the coordinates array is not set (if mesh dimension != -1 ).
210  *  \throw If \a this mesh contains elements of dimension different from the mesh dimension.
211  *  \throw If the connectivity data array has more than one component.
212  *  \throw If the connectivity data array has a named component.
213  *  \throw If the connectivity index data array has more than one component.
214  *  \throw If the connectivity index data array has a named component.
215  *  \throw If number of nodes defining an element does not correspond to the type of element.
216  *  \throw If the nodal connectivity includes an invalid node id.
217  */
218 void MEDCouplingUMesh::checkCoherency1(double eps) const
219 {
220   checkCoherency();
221   if(_mesh_dim==-1)
222     return ;
223   int meshDim=getMeshDimension();
224   int nbOfNodes=getNumberOfNodes();
225   int nbOfCells=getNumberOfCells();
226   const int *ptr=_nodal_connec->getConstPointer();
227   const int *ptrI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
228   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
229     {
230       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)ptr[ptrI[i]]);
231       if((int)cm.getDimension()!=meshDim)
232         {
233           std::ostringstream oss;
234           oss << "MEDCouplingUMesh::checkCoherency1 : cell << #" << i<< " with type Type " << cm.getRepr() << " in 'this' whereas meshdim == " << meshDim << " !";
235           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
236         }
237       int nbOfNodesInCell=ptrI[i+1]-ptrI[i]-1;
238       if(!cm.isDynamic())
239         if(nbOfNodesInCell!=(int)cm.getNumberOfNodes())
240           {
241             std::ostringstream oss;
242             oss << "MEDCouplingUMesh::checkCoherency1 : cell #" << i << " with static Type '" << cm.getRepr() << "' has " <<  cm.getNumberOfNodes();
243             oss << " nodes whereas in connectivity there is " << nbOfNodesInCell << " nodes ! Looks very bad !";
244             throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
245           }
246       for(const int *w=ptr+ptrI[i]+1;w!=ptr+ptrI[i+1];w++)
247         {
248           int nodeId=*w;
249           if(nodeId>=0)
250             {
251               if(nodeId>=nbOfNodes)
252                 {
253                   std::ostringstream oss; oss << "Cell #" << i << " is consituted of node #" << nodeId << " whereas there are only " << nbOfNodes << " nodes !";
254                   throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
255                 }
256             }
257           else if(nodeId<-1)
258             {
259               std::ostringstream oss; oss << "Cell #" << i << " is consituted of node #" << nodeId << " in connectivity ! sounds bad !";
260               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
261             }
262           else
263             {
264               if((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)(ptr[ptrI[i]])!=INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED)
265                 {
266                   std::ostringstream oss; oss << "Cell #" << i << " is consituted of node #-1 in connectivity ! sounds bad !";
267                   throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
268                 }
269             }
270         }
271     }
272 }
273
274
275 /*!
276  * Checks if \a this mesh is well defined. If no exception is thrown by this method,
277  * then \a this mesh is most probably is writable, exchangeable and available for all
278  * algorithms. <br> This method performs the same checks as checkCoherency1() does. 
279  *  \param [in] eps - a not used parameter.
280  *  \throw If the mesh dimension is not set.
281  *  \throw If the coordinates array is not set (if mesh dimension != -1 ).
282  *  \throw If \a this mesh contains elements of dimension different from the mesh dimension.
283  *  \throw If the connectivity data array has more than one component.
284  *  \throw If the connectivity data array has a named component.
285  *  \throw If the connectivity index data array has more than one component.
286  *  \throw If the connectivity index data array has a named component.
287  *  \throw If number of nodes defining an element does not correspond to the type of element.
288  *  \throw If the nodal connectivity includes an invalid node id.
289  */
290 void MEDCouplingUMesh::checkCoherency2(double eps) const
291 {
292   checkCoherency1(eps);
293 }
294
295 /*!
296  * Sets dimension of \a this mesh. The mesh dimension in general depends on types of
297  * elements contained in the mesh. For more info on the mesh dimension see
298  * \ref MEDCouplingUMeshPage.
299  *  \param [in] meshDim - a new mesh dimension.
300  *  \throw If \a meshDim is invalid. A valid range is <em> -1 <= meshDim <= 3</em>.
301  */
302 void MEDCouplingUMesh::setMeshDimension(int meshDim)
303 {
304   if(meshDim<-1 || meshDim>3)
305     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid meshDim specified ! Must be greater or equal to -1 and lower or equal to 3 !");
306   _mesh_dim=meshDim;
307   declareAsNew();
308 }
309
310 /*!
311  * Allocates memory to store an estimation of the given number of cells. Closer is the estimation to the number of cells effectively inserted,
312  * less will be the needs to realloc. If the number of cells to be inserted is not known simply put 0 to this parameter.
313  * If a nodal connectivity previouly existed before the call of this method, it will be reset.
314  *
315  *  \param [in] nbOfCells - estimation of the number of cell \a this mesh will contain.
316  *
317  *  \ref medcouplingcppexamplesUmeshStdBuild1 "Here is a C++ example".<br>
318  *  \ref medcouplingpyexamplesUmeshStdBuild1 "Here is a Python example".
319  */
320 void MEDCouplingUMesh::allocateCells(int nbOfCells)
321 {
322   if(nbOfCells<0)
323     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::allocateCells : the input number of cells should be >= 0 !");
324   if(_nodal_connec_index)
325     {
326       _nodal_connec_index->decrRef();
327     }
328   if(_nodal_connec)
329     {
330       _nodal_connec->decrRef();
331     }
332   _nodal_connec_index=DataArrayInt::New();
333   _nodal_connec_index->reserve(nbOfCells+1);
334   _nodal_connec_index->pushBackSilent(0);
335   _nodal_connec=DataArrayInt::New();
336   _nodal_connec->reserve(2*nbOfCells);
337   _types.clear();
338   declareAsNew();
339 }
340
341 /*!
342  * Appends a cell to the connectivity array. For deeper understanding what is
343  * happening see \ref MEDCouplingUMeshNodalConnectivity.
344  *  \param [in] type - type of cell to add.
345  *  \param [in] size - number of nodes constituting this cell.
346  *  \param [in] nodalConnOfCell - the connectivity of the cell to add.
347  * 
348  *  \ref medcouplingcppexamplesUmeshStdBuild1 "Here is a C++ example".<br>
349  *  \ref medcouplingpyexamplesUmeshStdBuild1 "Here is a Python example".
350  */
351 void MEDCouplingUMesh::insertNextCell(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type, int size, const int *nodalConnOfCell)
352 {
353   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(type);
354   if(_nodal_connec_index==0)
355     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::insertNextCell : nodal connectivity not set ! invoke allocateCells before calling insertNextCell !");
356   if((int)cm.getDimension()==_mesh_dim)
357     {
358       if(!cm.isDynamic())
359         if(size!=(int)cm.getNumberOfNodes())
360           {
361             std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::insertNextCell : Trying to push a " << cm.getRepr() << " cell with a size of " << size;
362             oss << " ! Expecting " << cm.getNumberOfNodes() << " !";
363             throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
364           }
365       int idx=_nodal_connec_index->back();
366       int val=idx+size+1;
367       _nodal_connec_index->pushBackSilent(val);
368       _nodal_connec->writeOnPlace(idx,type,nodalConnOfCell,size);
369       _types.insert(type);
370     }
371   else
372     {
373       std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::insertNextCell : cell type " << cm.getRepr() << " has a dimension " << cm.getDimension();
374       oss << " whereas Mesh Dimension of current UMesh instance is set to " << _mesh_dim << " ! Please invoke \"setMeshDimension\" method before or invoke ";
375       oss << "\"MEDCouplingUMesh::New\" static method with 2 parameters name and meshDimension !";
376       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
377     }
378 }
379
380 /*!
381  * Compacts data arrays to release unused memory. This method is to be called after
382  * finishing cell insertion using \a this->insertNextCell().
383  * 
384  *  \ref medcouplingcppexamplesUmeshStdBuild1 "Here is a C++ example".<br>
385  *  \ref medcouplingpyexamplesUmeshStdBuild1 "Here is a Python example".
386  */
387 void MEDCouplingUMesh::finishInsertingCells()
388 {
389   _nodal_connec->pack();
390   _nodal_connec_index->pack();
391   _nodal_connec->declareAsNew();
392   _nodal_connec_index->declareAsNew();
393   updateTime();
394 }
395
396 /*!
397  * Entry point for iteration over cells of this. Warning the returned cell iterator should be deallocated.
398  * Useful for python users.
399  */
400 MEDCouplingUMeshCellIterator *MEDCouplingUMesh::cellIterator()
401 {
402   return new MEDCouplingUMeshCellIterator(this);
403 }
404
405 /*!
406  * Entry point for iteration over cells groups geo types per geotypes. Warning the returned cell iterator should be deallocated.
407  * If \a this is not so that that cells are grouped by geo types this method will throw an exception.
408  * In this case MEDCouplingUMesh::sortCellsInMEDFileFrmt or MEDCouplingUMesh::rearrange2ConsecutiveCellTypes methods for example can be called before invoking this method.
409  * Useful for python users.
410  */
411 MEDCouplingUMeshCellByTypeEntry *MEDCouplingUMesh::cellsByType()
412 {
413   if(!checkConsecutiveCellTypes())
414     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::cellsByType : this mesh is not sorted by type !");
415   return new MEDCouplingUMeshCellByTypeEntry(this);
416 }
417
418 /*!
419  * Returns a set of all cell types available in \a this mesh.
420  * \return std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> - the set of cell types.
421  * \warning this method does not throw any exception even if \a this is not defined.
422  */
423 std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> MEDCouplingUMesh::getAllGeoTypes() const
424 {
425   return _types;
426 }
427
428 /*!
429  * This method is a method that compares \a this and \a other.
430  * This method compares \b all attributes, even names and component names.
431  */
432 bool MEDCouplingUMesh::isEqualIfNotWhy(const MEDCouplingMesh *other, double prec, std::string& reason) const
433 {
434   if(!other)
435     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::isEqualIfNotWhy : input other pointer is null !");
436   std::ostringstream oss; oss.precision(15);
437   const MEDCouplingUMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDCouplingUMesh *>(other);
438   if(!otherC)
439     {
440       reason="mesh given in input is not castable in MEDCouplingUMesh !";
441       return false;
442     }
443   if(!MEDCouplingPointSet::isEqualIfNotWhy(other,prec,reason))
444     return false;
445   if(_mesh_dim!=otherC->_mesh_dim)
446     {
447       oss << "umesh dimension mismatch : this mesh dimension=" << _mesh_dim << " other mesh dimension=" <<  otherC->_mesh_dim;
448       reason=oss.str();
449       return false;
450     }
451   if(_types!=otherC->_types)
452     {
453       oss << "umesh geometric type mismatch :\nThis geometric types are :";
454       for(std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>::const_iterator iter=_types.begin();iter!=_types.end();iter++)
455         { const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(*iter); oss << cm.getRepr() << ", "; }
456       oss << "\nOther geometric types are :";
457       for(std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>::const_iterator iter=otherC->_types.begin();iter!=otherC->_types.end();iter++)
458         { const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(*iter); oss << cm.getRepr() << ", "; }
459       reason=oss.str();
460       return false;
461     }
462   if(_nodal_connec!=0 || otherC->_nodal_connec!=0)
463     if(_nodal_connec==0 || otherC->_nodal_connec==0)
464       {
465         reason="Only one UMesh between the two this and other has its nodal connectivity DataArrayInt defined !";
466         return false;
467       }
468   if(_nodal_connec!=otherC->_nodal_connec)
469     if(!_nodal_connec->isEqualIfNotWhy(*otherC->_nodal_connec,reason))
470       {
471         reason.insert(0,"Nodal connectivity DataArrayInt differ : ");
472         return false;
473       }
474   if(_nodal_connec_index!=0 || otherC->_nodal_connec_index!=0)
475     if(_nodal_connec_index==0 || otherC->_nodal_connec_index==0)
476       {
477         reason="Only one UMesh between the two this and other has its nodal connectivity index DataArrayInt defined !";
478         return false;
479       }
480   if(_nodal_connec_index!=otherC->_nodal_connec_index)
481     if(!_nodal_connec_index->isEqualIfNotWhy(*otherC->_nodal_connec_index,reason))
482       {
483         reason.insert(0,"Nodal connectivity index DataArrayInt differ : ");
484         return false;
485       }
486   return true;
487 }
488
489 /*!
490  * Checks if data arrays of this mesh (node coordinates, nodal
491  * connectivity of cells, etc) of two meshes are same. Textual data like name etc. are
492  * not considered.
493  *  \param [in] other - the mesh to compare with.
494  *  \param [in] prec - precision value used to compare node coordinates.
495  *  \return bool - \a true if the two meshes are same.
496  */
497 bool MEDCouplingUMesh::isEqualWithoutConsideringStr(const MEDCouplingMesh *other, double prec) const
498 {
499   const MEDCouplingUMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDCouplingUMesh *>(other);
500   if(!otherC)
501     return false;
502   if(!MEDCouplingPointSet::isEqualWithoutConsideringStr(other,prec))
503     return false;
504   if(_mesh_dim!=otherC->_mesh_dim)
505     return false;
506   if(_types!=otherC->_types)
507     return false;
508   if(_nodal_connec!=0 || otherC->_nodal_connec!=0)
509     if(_nodal_connec==0 || otherC->_nodal_connec==0)
510       return false;
511   if(_nodal_connec!=otherC->_nodal_connec)
512     if(!_nodal_connec->isEqualWithoutConsideringStr(*otherC->_nodal_connec))
513       return false;
514   if(_nodal_connec_index!=0 || otherC->_nodal_connec_index!=0)
515     if(_nodal_connec_index==0 || otherC->_nodal_connec_index==0)
516       return false;
517   if(_nodal_connec_index!=otherC->_nodal_connec_index)
518     if(!_nodal_connec_index->isEqualWithoutConsideringStr(*otherC->_nodal_connec_index))
519       return false;
520   return true;
521 }
522
523 /*!
524  * Checks if \a this and \a other meshes are geometrically equivalent with high
525  * probability, else an exception is thrown. The meshes are considered equivalent if
526  * (1) meshes contain the same number of nodes and the same number of elements of the
527  * same types (2) three cells of the two meshes (first, last and middle) are based
528  * on coincident nodes (with a specified precision).
529  *  \param [in] other - the mesh to compare with.
530  *  \param [in] prec - the precision used to compare nodes of the two meshes.
531  *  \throw If the two meshes do not match.
532  */
533 void MEDCouplingUMesh::checkFastEquivalWith(const MEDCouplingMesh *other, double prec) const
534 {
535  MEDCouplingPointSet::checkFastEquivalWith(other,prec);
536  const MEDCouplingUMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDCouplingUMesh *>(other);
537   if(!otherC)
538     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::checkFastEquivalWith : Two meshes are not not unstructured !"); 
539 }
540
541 /*!
542  * Returns the reverse nodal connectivity. The reverse nodal connectivity enumerates
543  * cells each node belongs to.
544  * \warning For speed reasons, this method does not check if node ids in the nodal
545  *          connectivity correspond to the size of node coordinates array.
546  * \param [in,out] revNodal - an array holding ids of cells sharing each node.
547  * \param [in,out] revNodalIndx - an array, of length \a this->getNumberOfNodes() + 1,
548  *        dividing cell ids in \a revNodal into groups each referring to one
549  *        node. Its every element (except the last one) is an index pointing to the
550  *         first id of a group of cells. For example cells sharing the node #1 are 
551  *        described by following range of indices: 
552  *        [ \a revNodalIndx[1], \a revNodalIndx[2] ) and the cell ids are
553  *        \a revNodal[ \a revNodalIndx[1] ], \a revNodal[ \a revNodalIndx[1] + 1], ...
554  *        Number of cells sharing the *i*-th node is
555  *        \a revNodalIndx[ *i*+1 ] - \a revNodalIndx[ *i* ].
556  * \throw If the coordinates array is not set.
557  * \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
558  * 
559  * \ref cpp_mcumesh_getReverseNodalConnectivity "Here is a C++ example".<br>
560  * \ref  py_mcumesh_getReverseNodalConnectivity "Here is a Python example".
561  */
562 void MEDCouplingUMesh::getReverseNodalConnectivity(DataArrayInt *revNodal, DataArrayInt *revNodalIndx) const
563 {
564   checkFullyDefined();
565   int nbOfNodes=getNumberOfNodes();
566   int *revNodalIndxPtr=(int *)malloc((nbOfNodes+1)*sizeof(int));
567   revNodalIndx->useArray(revNodalIndxPtr,true,C_DEALLOC,nbOfNodes+1,1);
568   std::fill(revNodalIndxPtr,revNodalIndxPtr+nbOfNodes+1,0);
569   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
570   const int *connIndex=_nodal_connec_index->getConstPointer();
571   int nbOfCells=getNumberOfCells();
572   int nbOfEltsInRevNodal=0;
573   for(int eltId=0;eltId<nbOfCells;eltId++)
574     {
575       const int *strtNdlConnOfCurCell=conn+connIndex[eltId]+1;
576       const int *endNdlConnOfCurCell=conn+connIndex[eltId+1];
577       for(const int *iter=strtNdlConnOfCurCell;iter!=endNdlConnOfCurCell;iter++)
578         if(*iter>=0)//for polyhedrons
579           {
580             nbOfEltsInRevNodal++;
581             revNodalIndxPtr[(*iter)+1]++;
582           }
583     }
584   std::transform(revNodalIndxPtr+1,revNodalIndxPtr+nbOfNodes+1,revNodalIndxPtr,revNodalIndxPtr+1,std::plus<int>());
585   int *revNodalPtr=(int *)malloc((nbOfEltsInRevNodal)*sizeof(int));
586   revNodal->useArray(revNodalPtr,true,C_DEALLOC,nbOfEltsInRevNodal,1);
587   std::fill(revNodalPtr,revNodalPtr+nbOfEltsInRevNodal,-1);
588   for(int eltId=0;eltId<nbOfCells;eltId++)
589     {
590       const int *strtNdlConnOfCurCell=conn+connIndex[eltId]+1;
591       const int *endNdlConnOfCurCell=conn+connIndex[eltId+1];
592       for(const int *iter=strtNdlConnOfCurCell;iter!=endNdlConnOfCurCell;iter++)
593         if(*iter>=0)//for polyhedrons
594           *std::find_if(revNodalPtr+revNodalIndxPtr[*iter],revNodalPtr+revNodalIndxPtr[*iter+1],std::bind2nd(std::equal_to<int>(),-1))=eltId;
595     }
596 }
597
598 /// @cond INTERNAL
599
600 int MEDCouplingFastNbrer(int id, unsigned nb, const INTERP_KERNEL::CellModel& cm, bool compute, const int *conn1, const int *conn2)
601 {
602   return id;
603 }
604
605 int MEDCouplingOrientationSensitiveNbrer(int id, unsigned nb, const INTERP_KERNEL::CellModel& cm, bool compute, const int *conn1, const int *conn2)
606 {
607   if(!compute)
608     return id+1;
609   else
610     {
611       if(cm.getOrientationStatus(nb,conn1,conn2))
612         return id+1;
613       else
614         return -(id+1);
615     }
616 }
617
618 class MinusOneSonsGenerator
619 {
620 public:
621   MinusOneSonsGenerator(const INTERP_KERNEL::CellModel& cm):_cm(cm) { }
622   unsigned getNumberOfSons2(const int *conn, int lgth) const { return _cm.getNumberOfSons2(conn,lgth); }
623   unsigned fillSonCellNodalConnectivity2(int sonId, const int *nodalConn, int lgth, int *sonNodalConn, INTERP_KERNEL::NormalizedCellType& typeOfSon) const { return _cm.fillSonCellNodalConnectivity2(sonId,nodalConn,lgth,sonNodalConn,typeOfSon); }
624   static const int DELTA=1;
625 private:
626   const INTERP_KERNEL::CellModel& _cm;
627 };
628
629 class MinusOneSonsGeneratorBiQuadratic
630 {
631 public:
632   MinusOneSonsGeneratorBiQuadratic(const INTERP_KERNEL::CellModel& cm):_cm(cm) { }
633   unsigned getNumberOfSons2(const int *conn, int lgth) const { return _cm.getNumberOfSons2(conn,lgth); }
634   unsigned fillSonCellNodalConnectivity2(int sonId, const int *nodalConn, int lgth, int *sonNodalConn, INTERP_KERNEL::NormalizedCellType& typeOfSon) const { return _cm.fillSonCellNodalConnectivity4(sonId,nodalConn,lgth,sonNodalConn,typeOfSon); }
635   static const int DELTA=1;
636 private:
637   const INTERP_KERNEL::CellModel& _cm;
638 };
639
640 class MinusTwoSonsGenerator
641 {
642 public:
643   MinusTwoSonsGenerator(const INTERP_KERNEL::CellModel& cm):_cm(cm) { }
644   unsigned getNumberOfSons2(const int *conn, int lgth) const { return _cm.getNumberOfEdgesIn3D(conn,lgth); }
645   unsigned fillSonCellNodalConnectivity2(int sonId, const int *nodalConn, int lgth, int *sonNodalConn, INTERP_KERNEL::NormalizedCellType& typeOfSon) const { return _cm.fillSonEdgesNodalConnectivity3D(sonId,nodalConn,lgth,sonNodalConn,typeOfSon); }
646   static const int DELTA=2;
647 private:
648   const INTERP_KERNEL::CellModel& _cm;
649 };
650
651 /// @endcond
652
653 /*!
654  * Creates a new MEDCouplingUMesh containing cells, of dimension one less than \a
655  * this->getMeshDimension(), that bound cells of \a this mesh. In addition arrays
656  * describing correspondence between cells of \a this and the result meshes are
657  * returned. The arrays \a desc and \a descIndx describe the descending connectivity,
658  * i.e. enumerate cells of the result mesh bounding each cell of \a this mesh. The
659  * arrays \a revDesc and \a revDescIndx describe the reverse descending connectivity,
660  * i.e. enumerate cells of  \a this mesh bounded by each cell of the result mesh. 
661  * \warning For speed reasons, this method does not check if node ids in the nodal
662  *          connectivity correspond to the size of node coordinates array.
663  * \warning Cells of the result mesh are \b not sorted by geometric type, hence,
664  *          to write this mesh to the MED file, its cells must be sorted using
665  *          sortCellsInMEDFileFrmt().
666  *  \param [in,out] desc - the array containing cell ids of the result mesh bounding
667  *         each cell of \a this mesh.
668  *  \param [in,out] descIndx - the array, of length \a this->getNumberOfCells() + 1,
669  *        dividing cell ids in \a desc into groups each referring to one
670  *        cell of \a this mesh. Its every element (except the last one) is an index
671  *        pointing to the first id of a group of cells. For example cells of the
672  *        result mesh bounding the cell #1 of \a this mesh are described by following
673  *        range of indices:
674  *        [ \a descIndx[1], \a descIndx[2] ) and the cell ids are
675  *        \a desc[ \a descIndx[1] ], \a desc[ \a descIndx[1] + 1], ...
676  *        Number of cells of the result mesh sharing the *i*-th cell of \a this mesh is
677  *        \a descIndx[ *i*+1 ] - \a descIndx[ *i* ].
678  *  \param [in,out] revDesc - the array containing cell ids of \a this mesh bounded
679  *         by each cell of the result mesh.
680  *  \param [in,out] revDescIndx - the array, of length one more than number of cells
681  *        in the result mesh,
682  *        dividing cell ids in \a revDesc into groups each referring to one
683  *        cell of the result mesh the same way as \a descIndx divides \a desc.
684  *  \return MEDCouplingUMesh * - a new instance of MEDCouplingUMesh. The caller is to
685  *        delete this mesh using decrRef() as it is no more needed.
686  *  \throw If the coordinates array is not set.
687  *  \throw If the nodal connectivity of cells is node defined.
688  *  \throw If \a desc == NULL || \a descIndx == NULL || \a revDesc == NULL || \a
689  *         revDescIndx == NULL.
690  * 
691  *  \ref cpp_mcumesh_buildDescendingConnectivity "Here is a C++ example".<br>
692  *  \ref  py_mcumesh_buildDescendingConnectivity "Here is a Python example".
693  * \sa buildDescendingConnectivity2()
694  */
695 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::buildDescendingConnectivity(DataArrayInt *desc, DataArrayInt *descIndx, DataArrayInt *revDesc, DataArrayInt *revDescIndx) const
696 {
697   return buildDescendingConnectivityGen<MinusOneSonsGenerator>(desc,descIndx,revDesc,revDescIndx,MEDCouplingFastNbrer);
698 }
699
700 /*!
701  * \a this has to have a mesh dimension equal to 3. If it is not the case an INTERP_KERNEL::Exception will be thrown.
702  * This behaves exactly as MEDCouplingUMesh::buildDescendingConnectivity does except that this method compute directly the transition from mesh dimension 3 to sub edges (dimension 1)
703  * in one shot. That is to say that this method is equivalent to 2 successive calls to MEDCouplingUMesh::buildDescendingConnectivity.
704  * This method returns 4 arrays and a mesh as MEDCouplingUMesh::buildDescendingConnectivity does.
705  * \sa MEDCouplingUMesh::buildDescendingConnectivity
706  */
707 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::explode3DMeshTo1D(DataArrayInt *desc, DataArrayInt *descIndx, DataArrayInt *revDesc, DataArrayInt *revDescIndx) const
708 {
709   checkFullyDefined();
710   if(getMeshDimension()!=3)
711     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::explode3DMeshTo1D : This has to have a mesh dimension to 3 !");
712   return buildDescendingConnectivityGen<MinusTwoSonsGenerator>(desc,descIndx,revDesc,revDescIndx,MEDCouplingFastNbrer);
713 }
714
715 /*!
716  * Creates a new MEDCouplingUMesh containing cells, of dimension one less than \a
717  * this->getMeshDimension(), that bound cells of \a this mesh. In
718  * addition arrays describing correspondence between cells of \a this and the result
719  * meshes are returned. The arrays \a desc and \a descIndx describe the descending
720  * connectivity, i.e. enumerate cells of the result mesh bounding each cell of \a this
721  *  mesh. This method differs from buildDescendingConnectivity() in that apart
722  * from cell ids, \a desc returns mutual orientation of cells in \a this and the
723  * result meshes. So a positive id means that order of nodes in corresponding cells
724  * of two meshes is same, and a negative id means a reverse order of nodes. Since a
725  * cell with id #0 can't be negative, the array \a desc returns ids in FORTRAN mode,
726  * i.e. cell ids are one-based.
727  * Arrays \a revDesc and \a revDescIndx describe the reverse descending connectivity,
728  * i.e. enumerate cells of  \a this mesh bounded by each cell of the result mesh. 
729  * \warning For speed reasons, this method does not check if node ids in the nodal
730  *          connectivity correspond to the size of node coordinates array.
731  * \warning Cells of the result mesh are \b not sorted by geometric type, hence,
732  *          to write this mesh to the MED file, its cells must be sorted using
733  *          sortCellsInMEDFileFrmt().
734  *  \param [in,out] desc - the array containing cell ids of the result mesh bounding
735  *         each cell of \a this mesh.
736  *  \param [in,out] descIndx - the array, of length \a this->getNumberOfCells() + 1,
737  *        dividing cell ids in \a desc into groups each referring to one
738  *        cell of \a this mesh. Its every element (except the last one) is an index
739  *        pointing to the first id of a group of cells. For example cells of the
740  *        result mesh bounding the cell #1 of \a this mesh are described by following
741  *        range of indices:
742  *        [ \a descIndx[1], \a descIndx[2] ) and the cell ids are
743  *        \a desc[ \a descIndx[1] ], \a desc[ \a descIndx[1] + 1], ...
744  *        Number of cells of the result mesh sharing the *i*-th cell of \a this mesh is
745  *        \a descIndx[ *i*+1 ] - \a descIndx[ *i* ].
746  *  \param [in,out] revDesc - the array containing cell ids of \a this mesh bounded
747  *         by each cell of the result mesh.
748  *  \param [in,out] revDescIndx - the array, of length one more than number of cells
749  *        in the result mesh,
750  *        dividing cell ids in \a revDesc into groups each referring to one
751  *        cell of the result mesh the same way as \a descIndx divides \a desc.
752  *  \return MEDCouplingUMesh * - a new instance of MEDCouplingUMesh. This result mesh
753  *        shares the node coordinates array with \a this mesh. The caller is to
754  *        delete this mesh using decrRef() as it is no more needed.
755  *  \throw If the coordinates array is not set.
756  *  \throw If the nodal connectivity of cells is node defined.
757  *  \throw If \a desc == NULL || \a descIndx == NULL || \a revDesc == NULL || \a
758  *         revDescIndx == NULL.
759  * 
760  *  \ref cpp_mcumesh_buildDescendingConnectivity2 "Here is a C++ example".<br>
761  *  \ref  py_mcumesh_buildDescendingConnectivity2 "Here is a Python example".
762  * \sa buildDescendingConnectivity()
763  */
764 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::buildDescendingConnectivity2(DataArrayInt *desc, DataArrayInt *descIndx, DataArrayInt *revDesc, DataArrayInt *revDescIndx) const
765 {
766   return buildDescendingConnectivityGen<MinusOneSonsGenerator>(desc,descIndx,revDesc,revDescIndx,MEDCouplingOrientationSensitiveNbrer);
767 }
768
769 /*!
770  * \b WARNING this method do the assumption that connectivity lies on the coordinates set.
771  * For speed reasons no check of this will be done. This method calls MEDCouplingUMesh::buildDescendingConnectivity to compute the result.
772  * This method lists cell by cell in \b this which are its neighbors. To compute the result only connectivities are considered.
773  * The a cell with id 'cellId' its neighbors are neighbors[neighborsIndx[cellId]:neighborsIndx[cellId+1]].
774  *
775  * \param [out] neighbors is an array storing all the neighbors of all cells in \b this. This array is newly allocated and should be dealt by the caller. \b neighborsIndx 2nd output
776  *                        parameter allows to select the right part in this array. The number of tuples is equal to the last values in \b neighborsIndx.
777  * \param [out] neighborsIndx is an array of size this->getNumberOfCells()+1 newly allocated and should be dealt by the caller. This arrays allow to use the first output parameter \b neighbors.
778  */
779 void MEDCouplingUMesh::computeNeighborsOfCells(DataArrayInt *&neighbors, DataArrayInt *&neighborsIndx) const
780 {
781   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> desc=DataArrayInt::New();
782   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> descIndx=DataArrayInt::New();
783   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> revDesc=DataArrayInt::New();
784   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> revDescIndx=DataArrayInt::New();
785   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> meshDM1=buildDescendingConnectivity(desc,descIndx,revDesc,revDescIndx);
786   meshDM1=0;
787   ComputeNeighborsOfCellsAdv(desc,descIndx,revDesc,revDescIndx,neighbors,neighborsIndx);
788 }
789
790 /*!
791  * This method is called by MEDCouplingUMesh::computeNeighborsOfCells. This methods performs the algorithm of MEDCouplingUMesh::computeNeighborsOfCells.
792  * This method is useful for users that want to reduce along a criterion the set of neighbours cell. This is typically the case to extract a set a neighbours,
793  * excluding a set of meshdim-1 cells in input descending connectivity.
794  * Typically \b desc, \b descIndx, \b revDesc and \b revDescIndx input params are the result of MEDCouplingUMesh::buildDescendingConnectivity.
795  * This method lists cell by cell in \b this which are its neighbors. To compute the result only connectivities are considered.
796  * The a cell with id 'cellId' its neighbors are neighbors[neighborsIndx[cellId]:neighborsIndx[cellId+1]].
797  *
798  * \param [in] desc descending connectivity array.
799  * \param [in] descIndx descending connectivity index array used to walk through \b desc.
800  * \param [in] revDesc reverse descending connectivity array.
801  * \param [in] revDescIndx reverse descending connectivity index array used to walk through \b revDesc.
802  * \param [out] neighbors is an array storing all the neighbors of all cells in \b this. This array is newly allocated and should be dealt by the caller. \b neighborsIndx 2nd output
803  *                        parameter allows to select the right part in this array. The number of tuples is equal to the last values in \b neighborsIndx.
804  * \param [out] neighborsIndx is an array of size this->getNumberOfCells()+1 newly allocated and should be dealt by the caller. This arrays allow to use the first output parameter \b neighbors.
805  */
806 void MEDCouplingUMesh::ComputeNeighborsOfCellsAdv(const DataArrayInt *desc, const DataArrayInt *descIndx, const DataArrayInt *revDesc, const DataArrayInt *revDescIndx,
807                                                   DataArrayInt *&neighbors, DataArrayInt *&neighborsIndx) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
808 {
809   if(!desc || !descIndx || !revDesc || !revDescIndx)
810     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::ComputeNeighborsOfCellsAdv some input array is empty !");
811   const int *descPtr=desc->getConstPointer();
812   const int *descIPtr=descIndx->getConstPointer();
813   const int *revDescPtr=revDesc->getConstPointer();
814   const int *revDescIPtr=revDescIndx->getConstPointer();
815   //
816   int nbCells=descIndx->getNumberOfTuples()-1;
817   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> out0=DataArrayInt::New();
818   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> out1=DataArrayInt::New(); out1->alloc(nbCells+1,1);
819   int *out1Ptr=out1->getPointer();
820   *out1Ptr++=0;
821   out0->reserve(desc->getNumberOfTuples());
822   for(int i=0;i<nbCells;i++,descIPtr++,out1Ptr++)
823     {
824       for(const int *w1=descPtr+descIPtr[0];w1!=descPtr+descIPtr[1];w1++)
825         {
826           std::set<int> s(revDescPtr+revDescIPtr[*w1],revDescPtr+revDescIPtr[(*w1)+1]);
827           s.erase(i);
828           out0->insertAtTheEnd(s.begin(),s.end());
829         }
830       *out1Ptr=out0->getNumberOfTuples();
831     }
832   neighbors=out0.retn();
833   neighborsIndx=out1.retn();
834 }
835
836 /// @cond INTERNAL
837
838 /*!
839  * \b WARNING this method do the assumption that connectivity lies on the coordinates set.
840  * For speed reasons no check of this will be done.
841  */
842 template<class SonsGenerator>
843 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::buildDescendingConnectivityGen(DataArrayInt *desc, DataArrayInt *descIndx, DataArrayInt *revDesc, DataArrayInt *revDescIndx, DimM1DescNbrer nbrer) const
844 {
845   if(!desc || !descIndx || !revDesc || !revDescIndx)
846     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::buildDescendingConnectivityGen : present of a null pointer in input !");
847   checkConnectivityFullyDefined();
848   int nbOfCells=getNumberOfCells();
849   int nbOfNodes=getNumberOfNodes();
850   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> revNodalIndx=DataArrayInt::New(); revNodalIndx->alloc(nbOfNodes+1,1); revNodalIndx->fillWithZero();
851   int *revNodalIndxPtr=revNodalIndx->getPointer();
852   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
853   const int *connIndex=_nodal_connec_index->getConstPointer();
854   std::string name="Mesh constituent of "; name+=getName();
855   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret=MEDCouplingUMesh::New(name.c_str(),getMeshDimension()-SonsGenerator::DELTA);
856   ret->setCoords(getCoords());
857   ret->allocateCells(2*nbOfCells);
858   descIndx->alloc(nbOfCells+1,1);
859   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> revDesc2(DataArrayInt::New()); revDesc2->reserve(2*nbOfCells);
860   int *descIndxPtr=descIndx->getPointer(); *descIndxPtr++=0;
861   for(int eltId=0;eltId<nbOfCells;eltId++,descIndxPtr++)
862     {
863       int pos=connIndex[eltId];
864       int posP1=connIndex[eltId+1];
865       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[pos]);
866       SonsGenerator sg(cm);
867       unsigned nbOfSons=sg.getNumberOfSons2(conn+pos+1,posP1-pos-1);
868       INTERP_KERNEL::AutoPtr<int> tmp=new int[posP1-pos];
869       for(unsigned i=0;i<nbOfSons;i++)
870         {
871           INTERP_KERNEL::NormalizedCellType cmsId;
872           unsigned nbOfNodesSon=sg.fillSonCellNodalConnectivity2(i,conn+pos+1,posP1-pos-1,tmp,cmsId);
873           for(unsigned k=0;k<nbOfNodesSon;k++)
874             if(tmp[k]>=0)
875               revNodalIndxPtr[tmp[k]+1]++;
876           ret->insertNextCell(cmsId,nbOfNodesSon,tmp);
877           revDesc2->pushBackSilent(eltId);
878         }
879       descIndxPtr[0]=descIndxPtr[-1]+(int)nbOfSons;
880     }
881   int nbOfCellsM1=ret->getNumberOfCells();
882   std::transform(revNodalIndxPtr+1,revNodalIndxPtr+nbOfNodes+1,revNodalIndxPtr,revNodalIndxPtr+1,std::plus<int>());
883   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> revNodal=DataArrayInt::New(); revNodal->alloc(revNodalIndx->back(),1);
884   std::fill(revNodal->getPointer(),revNodal->getPointer()+revNodalIndx->back(),-1);
885   int *revNodalPtr=revNodal->getPointer();
886   const int *connM1=ret->getNodalConnectivity()->getConstPointer();
887   const int *connIndexM1=ret->getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
888   for(int eltId=0;eltId<nbOfCellsM1;eltId++)
889     {
890       const int *strtNdlConnOfCurCell=connM1+connIndexM1[eltId]+1;
891       const int *endNdlConnOfCurCell=connM1+connIndexM1[eltId+1];
892       for(const int *iter=strtNdlConnOfCurCell;iter!=endNdlConnOfCurCell;iter++)
893         if(*iter>=0)//for polyhedrons
894           *std::find_if(revNodalPtr+revNodalIndxPtr[*iter],revNodalPtr+revNodalIndxPtr[*iter+1],std::bind2nd(std::equal_to<int>(),-1))=eltId;
895     }
896   //
897   DataArrayInt *commonCells=0,*commonCellsI=0;
898   FindCommonCellsAlg(3,0,ret->getNodalConnectivity(),ret->getNodalConnectivityIndex(),revNodal,revNodalIndx,commonCells,commonCellsI);
899   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> commonCellsTmp(commonCells),commonCellsITmp(commonCellsI);
900   const int *commonCellsPtr(commonCells->getConstPointer()),*commonCellsIPtr(commonCellsI->getConstPointer());
901   int newNbOfCellsM1=-1;
902   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> o2nM1=DataArrayInt::BuildOld2NewArrayFromSurjectiveFormat2(nbOfCellsM1,commonCells->begin(),
903                                                                                                             commonCellsI->begin(),commonCellsI->end(),newNbOfCellsM1);
904   std::vector<bool> isImpacted(nbOfCellsM1,false);
905   for(const int *work=commonCellsI->begin();work!=commonCellsI->end()-1;work++)
906     for(int work2=work[0];work2!=work[1];work2++)
907       isImpacted[commonCellsPtr[work2]]=true;
908   const int *o2nM1Ptr=o2nM1->getConstPointer();
909   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> n2oM1=o2nM1->invertArrayO2N2N2OBis(newNbOfCellsM1);
910   const int *n2oM1Ptr=n2oM1->getConstPointer();
911   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret2=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(ret->buildPartOfMySelf(n2oM1->begin(),n2oM1->end(),true));
912   ret2->copyTinyInfoFrom(this);
913   desc->alloc(descIndx->back(),1);
914   int *descPtr=desc->getPointer();
915   const INTERP_KERNEL::CellModel& cmsDft=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(INTERP_KERNEL::NORM_POINT1);
916   for(int i=0;i<nbOfCellsM1;i++,descPtr++)
917     {
918       if(!isImpacted[i])
919         *descPtr=nbrer(o2nM1Ptr[i],0,cmsDft,false,0,0);
920       else
921         {
922           if(i!=n2oM1Ptr[o2nM1Ptr[i]])
923             {
924               const INTERP_KERNEL::CellModel& cms=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)connM1[connIndexM1[i]]);
925               *descPtr=nbrer(o2nM1Ptr[i],connIndexM1[i+1]-connIndexM1[i]-1,cms,true,connM1+connIndexM1[n2oM1Ptr[o2nM1Ptr[i]]]+1,connM1+connIndexM1[i]+1);
926             }
927           else
928             *descPtr=nbrer(o2nM1Ptr[i],0,cmsDft,false,0,0);
929         }
930     }
931   revDesc->reserve(newNbOfCellsM1);
932   revDescIndx->alloc(newNbOfCellsM1+1,1);
933   int *revDescIndxPtr=revDescIndx->getPointer(); *revDescIndxPtr++=0;
934   const int *revDesc2Ptr=revDesc2->getConstPointer();
935   for(int i=0;i<newNbOfCellsM1;i++,revDescIndxPtr++)
936     {
937       int oldCellIdM1=n2oM1Ptr[i];
938       if(!isImpacted[oldCellIdM1])
939         {
940           revDesc->pushBackSilent(revDesc2Ptr[oldCellIdM1]);
941           revDescIndxPtr[0]=revDescIndxPtr[-1]+1;
942         }
943       else
944         {
945           for(int j=commonCellsIPtr[0];j<commonCellsIPtr[1];j++)
946             revDesc->pushBackSilent(revDesc2Ptr[commonCellsPtr[j]]);
947           revDescIndxPtr[0]=revDescIndxPtr[-1]+commonCellsIPtr[1]-commonCellsIPtr[0];
948           commonCellsIPtr++;
949         }
950     }
951   //
952   return ret2.retn();
953 }
954
955 struct MEDCouplingAccVisit
956 {
957   MEDCouplingAccVisit():_new_nb_of_nodes(0) { }
958   int operator()(int val) { if(val!=-1) return _new_nb_of_nodes++; else return -1; }
959   int _new_nb_of_nodes;
960 };
961
962 /// @endcond
963
964 /*!
965  * Converts specified cells to either polygons (if \a this is a 2D mesh) or
966  * polyhedrons (if \a this is a 3D mesh). The cells to convert are specified by an
967  * array of cell ids. Pay attention that after conversion all algorithms work slower
968  * with \a this mesh than before conversion. <br> If an exception is thrown during the
969  * conversion due presence of invalid ids in the array of cells to convert, as a
970  * result \a this mesh contains some already converted elements. In this case the 2D
971  * mesh remains valid but 3D mesh becomes \b inconsistent!
972  *  \warning This method can significantly modify the order of geometric types in \a this,
973  *          hence, to write this mesh to the MED file, its cells must be sorted using
974  *          sortCellsInMEDFileFrmt().
975  *  \param [in] cellIdsToConvertBg - the array holding ids of cells to convert.
976  *  \param [in] cellIdsToConvertEnd - a pointer to the last-plus-one-th element of \a
977  *         cellIdsToConvertBg.
978  *  \throw If the coordinates array is not set.
979  *  \throw If the nodal connectivity of cells is node defined.
980  *  \throw If dimension of \a this mesh is not either 2 or 3.
981  *
982  *  \ref cpp_mcumesh_convertToPolyTypes "Here is a C++ example".<br>
983  *  \ref  py_mcumesh_convertToPolyTypes "Here is a Python example".
984  */
985 void MEDCouplingUMesh::convertToPolyTypes(const int *cellIdsToConvertBg, const int *cellIdsToConvertEnd)
986 {
987   checkFullyDefined();
988   int dim=getMeshDimension();
989   if(dim<2 || dim>3)
990     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh dimension : must be 2 or 3 !");
991   int nbOfCells=getNumberOfCells();
992   if(dim==2)
993     {
994       const int *connIndex=_nodal_connec_index->getConstPointer();
995       int *conn=_nodal_connec->getPointer();
996       for(const int *iter=cellIdsToConvertBg;iter!=cellIdsToConvertEnd;iter++)
997         {
998           if(*iter>=0 && *iter<nbOfCells)
999             {
1000               const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[connIndex[*iter]]);
1001               if(!cm.isQuadratic())
1002                 conn[connIndex[*iter]]=INTERP_KERNEL::NORM_POLYGON;
1003               else
1004                 conn[connIndex[*iter]]=INTERP_KERNEL::NORM_QPOLYG;
1005             }
1006           else
1007             {
1008               std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::convertToPolyTypes : On rank #" << std::distance(cellIdsToConvertBg,iter) << " value is " << *iter << " which is not";
1009               oss << " in range [0," << nbOfCells << ") !";
1010               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1011             }
1012         }
1013     }
1014   else
1015     {
1016       int *connIndex=_nodal_connec_index->getPointer();
1017       int connIndexLgth=_nodal_connec_index->getNbOfElems();
1018       const int *connOld=_nodal_connec->getConstPointer();
1019       int connOldLgth=_nodal_connec->getNbOfElems();
1020       std::vector<int> connNew(connOld,connOld+connOldLgth);
1021       for(const int *iter=cellIdsToConvertBg;iter!=cellIdsToConvertEnd;iter++)
1022         {
1023           if(*iter>=0 && *iter<nbOfCells)
1024             {
1025               int pos=connIndex[*iter];
1026               int posP1=connIndex[(*iter)+1];
1027               int lgthOld=posP1-pos-1;
1028               const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)connNew[pos]);
1029               connNew[pos]=INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED;
1030               unsigned nbOfFaces=cm.getNumberOfSons2(&connNew[pos+1],lgthOld);
1031               int *tmp=new int[nbOfFaces*lgthOld];
1032               int *work=tmp;
1033               for(int j=0;j<(int)nbOfFaces;j++)
1034                 {
1035                   INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type;
1036                   unsigned offset=cm.fillSonCellNodalConnectivity2(j,&connNew[pos+1],lgthOld,work,type);
1037                   work+=offset;
1038                   *work++=-1;
1039                 }
1040               std::size_t newLgth=std::distance(tmp,work)-1;
1041               std::size_t delta=newLgth-lgthOld;
1042               std::transform(connIndex+(*iter)+1,connIndex+connIndexLgth,connIndex+(*iter)+1,std::bind2nd(std::plus<int>(),delta));
1043               connNew.insert(connNew.begin()+posP1,tmp+lgthOld,tmp+newLgth);
1044               std::copy(tmp,tmp+lgthOld,connNew.begin()+pos+1);
1045               delete [] tmp;
1046             }
1047           else
1048             {
1049               std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::convertToPolyTypes : On rank #" << std::distance(cellIdsToConvertBg,iter) << " value is " << *iter << " which is not";
1050               oss << " in range [0," << nbOfCells << ") !";
1051               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1052             }
1053         }
1054       _nodal_connec->alloc((int)connNew.size(),1);
1055       int *newConnPtr=_nodal_connec->getPointer();
1056       std::copy(connNew.begin(),connNew.end(),newConnPtr);
1057     }
1058   computeTypes();
1059 }
1060
1061 /*!
1062  * Converts all cells to either polygons (if \a this is a 2D mesh) or
1063  * polyhedrons (if \a this is a 3D mesh).
1064  *  \warning As this method is purely for user-friendliness and no optimization is
1065  *          done to avoid construction of a useless vector, this method can be costly
1066  *          in memory.
1067  *  \throw If the coordinates array is not set.
1068  *  \throw If the nodal connectivity of cells is node defined.
1069  *  \throw If dimension of \a this mesh is not either 2 or 3.
1070  */
1071 void MEDCouplingUMesh::convertAllToPoly()
1072 {
1073   int nbOfCells=getNumberOfCells();
1074   std::vector<int> cellIds(nbOfCells);
1075   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
1076     cellIds[i]=i;
1077   convertToPolyTypes(&cellIds[0],&cellIds[0]+cellIds.size());
1078 }
1079
1080 /*!
1081  * Fixes nodal connectivity of invalid cells of type NORM_POLYHED. This method
1082  * expects that all NORM_POLYHED cells have connectivity similar to that of prismatic
1083  * volumes like NORM_HEXA8, NORM_PENTA6 etc., i.e. the first half of nodes describes a
1084  * base facet of the volume and the second half of nodes describes an opposite facet
1085  * having the same number of nodes as the base one. This method converts such
1086  * connectivity to a valid polyhedral format where connectivity of each facet is
1087  * explicitly described and connectivity of facets are separated by -1. If \a this mesh
1088  * contains a NORM_POLYHED cell with a valid connectivity, or an invalid connectivity is
1089  * not as expected, an exception is thrown and the mesh remains unchanged. Care of
1090  * a correct orientation of the first facet of a polyhedron, else orientation of a
1091  * corrected cell is reverse.<br>
1092  * This method is useful to build an extruded unstructured mesh with polyhedrons as
1093  * it releases the user from boring description of polyhedra connectivity in the valid
1094  * format.
1095  *  \throw If \a this->getMeshDimension() != 3.
1096  *  \throw If \a this->getSpaceDimension() != 3.
1097  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
1098  *  \throw If the coordinates array is not set.
1099  *  \throw If \a this mesh contains polyhedrons with the valid connectivity.
1100  *  \throw If \a this mesh contains polyhedrons with odd number of nodes.
1101  *
1102  *  \ref cpp_mcumesh_arePolyhedronsNotCorrectlyOriented "Here is a C++ example".<br>
1103  *  \ref  py_mcumesh_arePolyhedronsNotCorrectlyOriented "Here is a Python example".
1104  */
1105 void MEDCouplingUMesh::convertExtrudedPolyhedra()
1106 {
1107   checkFullyDefined();
1108   if(getMeshDimension()!=3 || getSpaceDimension()!=3)
1109     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::convertExtrudedPolyhedra works on umeshes with meshdim equal to 3 and spaceDim equal to 3 too!");
1110   int nbOfCells=getNumberOfCells();
1111   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newCi=DataArrayInt::New();
1112   newCi->alloc(nbOfCells+1,1);
1113   int *newci=newCi->getPointer();
1114   const int *ci=_nodal_connec_index->getConstPointer();
1115   const int *c=_nodal_connec->getConstPointer();
1116   newci[0]=0;
1117   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
1118     {
1119       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)c[ci[i]];
1120       if(type==INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED)
1121         {
1122           if(std::count(c+ci[i]+1,c+ci[i+1],-1)!=0)
1123             {
1124               std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::convertExtrudedPolyhedra : cell # " << i << " is a polhedron BUT it has NOT exactly 1 face !";
1125               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1126             }
1127           std::size_t n2=std::distance(c+ci[i]+1,c+ci[i+1]);
1128           if(n2%2!=0)
1129             {
1130               std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::convertExtrudedPolyhedra : cell # " << i << " is a polhedron with 1 face but there is a mismatch of number of nodes in face should be even !";
1131               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1132             }
1133           int n1=(int)(n2/2);
1134           newci[i+1]=7*n1+2+newci[i];//6*n1 (nodal length) + n1+2 (number of faces) - 1 (number of '-1' separator is equal to number of faces -1) + 1 (for cell type)
1135         }
1136       else
1137         newci[i+1]=(ci[i+1]-ci[i])+newci[i];
1138     }
1139   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newC=DataArrayInt::New();
1140   newC->alloc(newci[nbOfCells],1);
1141   int *newc=newC->getPointer();
1142   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
1143     {
1144       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)c[ci[i]];
1145       if(type==INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED)
1146         {
1147           std::size_t n1=std::distance(c+ci[i]+1,c+ci[i+1])/2;
1148           newc=std::copy(c+ci[i],c+ci[i]+n1+1,newc);
1149           *newc++=-1;
1150           for(std::size_t j=0;j<n1;j++)
1151             {
1152               newc[j]=c[ci[i]+1+n1+(n1-j)%n1];
1153               newc[n1+5*j]=-1;
1154               newc[n1+5*j+1]=c[ci[i]+1+j];
1155               newc[n1+5*j+2]=c[ci[i]+1+j+n1];
1156               newc[n1+5*j+3]=c[ci[i]+1+(j+1)%n1+n1];
1157               newc[n1+5*j+4]=c[ci[i]+1+(j+1)%n1];
1158             }
1159           newc+=n1*6;
1160         }
1161       else
1162         newc=std::copy(c+ci[i],c+ci[i+1],newc);
1163     }
1164   _nodal_connec_index->decrRef(); _nodal_connec_index=newCi.retn();
1165   _nodal_connec->decrRef(); _nodal_connec=newC.retn();
1166 }
1167
1168
1169 /*!
1170  * Converts all polygons (if \a this is a 2D mesh) or polyhedrons (if \a this is a 3D
1171  * mesh) to cells of classical types. This method is opposite to convertToPolyTypes().
1172  * \warning Cells of the result mesh are \b not sorted by geometric type, hence,
1173  *          to write this mesh to the MED file, its cells must be sorted using
1174  *          sortCellsInMEDFileFrmt().
1175  * \return \c true if at least one cell has been converted, \c false else. In the
1176  *         last case the nodal connectivity remains unchanged.
1177  * \throw If the coordinates array is not set.
1178  * \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
1179  * \throw If \a this->getMeshDimension() < 0.
1180  */
1181 bool MEDCouplingUMesh::unPolyze()
1182 {
1183   checkFullyDefined();
1184   int mdim=getMeshDimension();
1185   if(mdim<0)
1186     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::unPolyze works on umeshes with meshdim equals to 0, 1 2 or 3 !");
1187   if(mdim<=1)
1188     return false;
1189   int nbOfCells=getNumberOfCells();
1190   if(nbOfCells<1)
1191     return false;
1192   int initMeshLgth=getMeshLength();
1193   int *conn=_nodal_connec->getPointer();
1194   int *index=_nodal_connec_index->getPointer();
1195   int posOfCurCell=0;
1196   int newPos=0;
1197   int lgthOfCurCell;
1198   bool ret=false;
1199   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
1200     {
1201       lgthOfCurCell=index[i+1]-posOfCurCell;
1202       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[posOfCurCell];
1203       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(type);
1204       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType newType=INTERP_KERNEL::NORM_ERROR;
1205       int newLgth;
1206       if(cm.isDynamic())
1207         {
1208           switch(cm.getDimension())
1209             {
1210             case 2:
1211               {
1212                 INTERP_KERNEL::AutoPtr<int> tmp=new int[lgthOfCurCell-1];
1213                 std::copy(conn+posOfCurCell+1,conn+posOfCurCell+lgthOfCurCell,(int *)tmp);
1214                 newType=INTERP_KERNEL::CellSimplify::tryToUnPoly2D(cm.isQuadratic(),tmp,lgthOfCurCell-1,conn+newPos+1,newLgth);
1215                 break;
1216               }
1217             case 3:
1218               {
1219                 int nbOfFaces,lgthOfPolyhConn;
1220                 INTERP_KERNEL::AutoPtr<int> zipFullReprOfPolyh=INTERP_KERNEL::CellSimplify::getFullPolyh3DCell(type,conn+posOfCurCell+1,lgthOfCurCell-1,nbOfFaces,lgthOfPolyhConn);
1221                 newType=INTERP_KERNEL::CellSimplify::tryToUnPoly3D(zipFullReprOfPolyh,nbOfFaces,lgthOfPolyhConn,conn+newPos+1,newLgth);
1222                 break;
1223               }
1224             case 1:
1225               {
1226                 newType=(lgthOfCurCell==3)?INTERP_KERNEL::NORM_SEG2:INTERP_KERNEL::NORM_POLYL;
1227                 break;
1228               }
1229             }
1230           ret=ret || (newType!=type);
1231           conn[newPos]=newType;
1232           newPos+=newLgth+1;
1233           posOfCurCell=index[i+1];
1234           index[i+1]=newPos;
1235         }
1236       else
1237         {
1238           std::copy(conn+posOfCurCell,conn+posOfCurCell+lgthOfCurCell,conn+newPos);
1239           newPos+=lgthOfCurCell;
1240           posOfCurCell+=lgthOfCurCell;
1241           index[i+1]=newPos;
1242         }
1243     }
1244   if(newPos!=initMeshLgth)
1245     _nodal_connec->reAlloc(newPos);
1246   if(ret)
1247     computeTypes();
1248   return ret;
1249 }
1250
1251 /*!
1252  * This method expects that spaceDimension is equal to 3 and meshDimension equal to 3.
1253  * This method performs operation only on polyhedrons in \b this. If no polyhedrons exists in \b this, \b this remains unchanged.
1254  * This method allows to merge if any coplanar 3DSurf cells that may appear in some polyhedrons cells. 
1255  *
1256  * \param [in] eps is a relative precision that allows to establish if some 3D plane are coplanar or not. This epsilon is used to recenter around origin to have maximal 
1257  *             precision.
1258  */
1259 void MEDCouplingUMesh::simplifyPolyhedra(double eps)
1260 {
1261   checkFullyDefined();
1262   if(getMeshDimension()!=3 || getSpaceDimension()!=3)
1263     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::simplifyPolyhedra : works on meshdimension 3 and spaceDimension 3 !");
1264   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> coords=getCoords()->deepCpy();
1265   coords->recenterForMaxPrecision(eps);
1266   //
1267   int nbOfCells=getNumberOfCells();
1268   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
1269   const int *index=_nodal_connec_index->getConstPointer();
1270   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> connINew=DataArrayInt::New();
1271   connINew->alloc(nbOfCells+1,1);
1272   int *connINewPtr=connINew->getPointer(); *connINewPtr++=0;
1273   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> connNew=DataArrayInt::New(); connNew->alloc(0,1);
1274   bool changed=false;
1275   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,connINewPtr++)
1276     {
1277       if(conn[index[i]]==(int)INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED)
1278         {
1279           SimplifyPolyhedronCell(eps,coords,conn+index[i],conn+index[i+1],connNew);
1280           changed=true;
1281         }
1282       else
1283         connNew->insertAtTheEnd(conn+index[i],conn+index[i+1]);
1284       *connINewPtr=connNew->getNumberOfTuples();
1285     }
1286   if(changed)
1287     setConnectivity(connNew,connINew,false);
1288 }
1289
1290 /*!
1291  * This method returns all node ids used in \b this. The data array returned has to be dealt by the caller.
1292  * The returned node ids are sortes ascendingly. This method is closed to MEDCouplingUMesh::getNodeIdsInUse except
1293  * the format of returned DataArrayInt instance.
1294  * 
1295  * \return a newly allocated DataArrayInt sorted ascendingly of fetched node ids.
1296  * \sa MEDCouplingUMesh::getNodeIdsInUse
1297  */
1298 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::computeFetchedNodeIds() const
1299 {
1300   checkConnectivityFullyDefined();
1301   int nbOfCells=getNumberOfCells();
1302   const int *connIndex=_nodal_connec_index->getConstPointer();
1303   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
1304   const int *maxEltPt=std::max_element(_nodal_connec->begin(),_nodal_connec->end());
1305   int maxElt=maxEltPt==_nodal_connec->end()?0:std::abs(*maxEltPt)+1;
1306   std::vector<bool> retS(maxElt,false);
1307   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
1308     for(int j=connIndex[i]+1;j<connIndex[i+1];j++)
1309       if(conn[j]>=0)
1310         retS[conn[j]]=true;
1311   int sz=0;
1312   for(int i=0;i<maxElt;i++)
1313     if(retS[i])
1314       sz++;
1315   DataArrayInt *ret=DataArrayInt::New();
1316   ret->alloc(sz,1);
1317   int *retPtr=ret->getPointer();
1318   for(int i=0;i<maxElt;i++)
1319     if(retS[i])
1320       *retPtr++=i;
1321   return ret;
1322 }
1323
1324 /*!
1325  * \param [in,out] nodeIdsInUse an array of size typically equal to nbOfNodes.
1326  * \sa MEDCouplingUMesh::getNodeIdsInUse
1327  */
1328 void MEDCouplingUMesh::computeNodeIdsAlg(std::vector<bool>& nodeIdsInUse) const
1329 {
1330   int nbOfNodes=(int)nodeIdsInUse.size();
1331   int nbOfCells=getNumberOfCells();
1332   const int *connIndex=_nodal_connec_index->getConstPointer();
1333   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
1334   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
1335     for(int j=connIndex[i]+1;j<connIndex[i+1];j++)
1336       if(conn[j]>=0)
1337         {
1338           if(conn[j]<nbOfNodes)
1339             nodeIdsInUse[conn[j]]=true;
1340           else
1341             {
1342               std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::getNodeIdsInUse : In cell #" << i  << " presence of node id " <<  conn[j] << " not in [0," << nbOfNodes << ") !";
1343               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1344             }
1345         }
1346 }
1347
1348 /*!
1349  * Finds nodes not used in any cell and returns an array giving a new id to every node
1350  * by excluding the unused nodes, for which the array holds -1. The result array is
1351  * a mapping in "Old to New" mode. 
1352  *  \param [out] nbrOfNodesInUse - number of node ids present in the nodal connectivity.
1353  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt. Its length is \a
1354  *          this->getNumberOfNodes(). It holds for each node of \a this mesh either -1
1355  *          if the node is unused or a new id else. The caller is to delete this
1356  *          array using decrRef() as it is no more needed.  
1357  *  \throw If the coordinates array is not set.
1358  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
1359  *  \throw If the nodal connectivity includes an invalid id.
1360  *
1361  *  \ref cpp_mcumesh_getNodeIdsInUse "Here is a C++ example".<br>
1362  *  \ref  py_mcumesh_getNodeIdsInUse "Here is a Python example".
1363  * \sa computeNodeIdsAlg()
1364  */
1365 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::getNodeIdsInUse(int& nbrOfNodesInUse) const
1366 {
1367   nbrOfNodesInUse=-1;
1368   int nbOfNodes=getNumberOfNodes();
1369   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
1370   ret->alloc(nbOfNodes,1);
1371   int *traducer=ret->getPointer();
1372   std::fill(traducer,traducer+nbOfNodes,-1);
1373   int nbOfCells=getNumberOfCells();
1374   const int *connIndex=_nodal_connec_index->getConstPointer();
1375   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
1376   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
1377     for(int j=connIndex[i]+1;j<connIndex[i+1];j++)
1378       if(conn[j]>=0)
1379         {
1380           if(conn[j]<nbOfNodes)
1381             traducer[conn[j]]=1;
1382           else
1383             {
1384               std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::getNodeIdsInUse : In cell #" << i  << " presence of node id " <<  conn[j] << " not in [0," << nbOfNodes << ") !";
1385               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1386             }
1387         }
1388   nbrOfNodesInUse=(int)std::count(traducer,traducer+nbOfNodes,1);
1389   std::transform(traducer,traducer+nbOfNodes,traducer,MEDCouplingAccVisit());
1390   return ret.retn();
1391 }
1392
1393 /*!
1394  * This method returns a newly allocated array containing this->getNumberOfCells() tuples and 1 component.
1395  * For each cell in \b this the number of nodes constituting cell is computed.
1396  * For each polyhedron cell, the sum of the number of nodes of each face constituting polyhedron cell is returned.
1397  * So for pohyhedrons some nodes can be counted several times in the returned result.
1398  * 
1399  * \return a newly allocated array
1400  * \sa MEDCouplingUMesh::computeEffectiveNbOfNodesPerCell
1401  */
1402 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::computeNbOfNodesPerCell() const
1403 {
1404   checkConnectivityFullyDefined();
1405   int nbOfCells=getNumberOfCells();
1406   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
1407   ret->alloc(nbOfCells,1);
1408   int *retPtr=ret->getPointer();
1409   const int *conn=getNodalConnectivity()->getConstPointer();
1410   const int *connI=getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
1411   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,retPtr++)
1412     {
1413       if(conn[connI[i]]!=(int)INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED)
1414         *retPtr=connI[i+1]-connI[i]-1;
1415       else
1416         *retPtr=connI[i+1]-connI[i]-1-std::count(conn+connI[i]+1,conn+connI[i+1],-1);
1417     }
1418   return ret.retn();
1419 }
1420
1421 /*!
1422  * This method computes effective number of nodes per cell. That is to say nodes appearing several times in nodal connectivity of a cell,
1423  * will be counted only once here whereas it will be counted several times in MEDCouplingUMesh::computeNbOfNodesPerCell method.
1424  *
1425  * \return DataArrayInt * - new object to be deallocated by the caller.
1426  * \sa MEDCouplingUMesh::computeNbOfNodesPerCell
1427  */
1428 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::computeEffectiveNbOfNodesPerCell() const
1429 {
1430   checkConnectivityFullyDefined();
1431   int nbOfCells=getNumberOfCells();
1432   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
1433   ret->alloc(nbOfCells,1);
1434   int *retPtr=ret->getPointer();
1435   const int *conn=getNodalConnectivity()->getConstPointer();
1436   const int *connI=getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
1437   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,retPtr++)
1438     {
1439       std::set<int> s(conn+connI[i]+1,conn+connI[i+1]);
1440       if(conn[connI[i]]!=(int)INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED)
1441         *retPtr=(int)s.size();
1442       else
1443         {
1444           s.erase(-1);
1445           *retPtr=(int)s.size();
1446         }
1447     }
1448   return ret.retn();
1449 }
1450
1451 /*!
1452  * This method returns a newly allocated array containing this->getNumberOfCells() tuples and 1 component.
1453  * For each cell in \b this the number of faces constituting (entity of dimension this->getMeshDimension()-1) cell is computed.
1454  * 
1455  * \return a newly allocated array
1456  */
1457 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::computeNbOfFacesPerCell() const
1458 {
1459   checkConnectivityFullyDefined();
1460   int nbOfCells=getNumberOfCells();
1461   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
1462   ret->alloc(nbOfCells,1);
1463   int *retPtr=ret->getPointer();
1464   const int *conn=getNodalConnectivity()->getConstPointer();
1465   const int *connI=getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
1466   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,retPtr++,connI++)
1467     {
1468       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[*connI]);
1469       *retPtr=cm.getNumberOfSons2(conn+connI[0]+1,connI[1]-connI[0]-1);
1470     }
1471   return ret.retn();
1472 }
1473
1474 /*!
1475  * Removes unused nodes (the node coordinates array is shorten) and returns an array
1476  * mapping between new and old node ids in "Old to New" mode. -1 values in the returned
1477  * array mean that the corresponding old node is no more used. 
1478  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt of length \a
1479  *           this->getNumberOfNodes() before call of this method. The caller is to
1480  *           delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
1481  *  \throw If the coordinates array is not set.
1482  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
1483  *  \throw If the nodal connectivity includes an invalid id.
1484  *
1485  *  \ref cpp_mcumesh_zipCoordsTraducer "Here is a C++ example".<br>
1486  *  \ref  py_mcumesh_zipCoordsTraducer "Here is a Python example".
1487  */
1488 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::zipCoordsTraducer()
1489 {
1490   return MEDCouplingPointSet::zipCoordsTraducer();
1491 }
1492
1493 /*!
1494  * This method stands if 'cell1' and 'cell2' are equals regarding 'compType' policy.
1495  * The semantic of 'compType' is specified in MEDCouplingPointSet::zipConnectivityTraducer method.
1496  */
1497 int MEDCouplingUMesh::AreCellsEqual(const int *conn, const int *connI, int cell1, int cell2, int compType)
1498 {
1499   switch(compType)
1500     {
1501     case 0:
1502       return AreCellsEqual0(conn,connI,cell1,cell2);
1503     case 1:
1504       return AreCellsEqual1(conn,connI,cell1,cell2);
1505     case 2:
1506       return AreCellsEqual2(conn,connI,cell1,cell2);
1507     case 3:
1508       return AreCellsEqual3(conn,connI,cell1,cell2);
1509     case 7:
1510       return AreCellsEqual7(conn,connI,cell1,cell2);
1511     }
1512   throw INTERP_KERNEL::Exception("Unknown comparison asked ! Must be in 0,1,2,3 or 7.");
1513 }
1514
1515 /*!
1516  * This method is the last step of the MEDCouplingPointSet::zipConnectivityTraducer with policy 0.
1517  */
1518 int MEDCouplingUMesh::AreCellsEqual0(const int *conn, const int *connI, int cell1, int cell2)
1519 {
1520   if(connI[cell1+1]-connI[cell1]==connI[cell2+1]-connI[cell2])
1521     return std::equal(conn+connI[cell1]+1,conn+connI[cell1+1],conn+connI[cell2]+1)?1:0;
1522   return 0;
1523 }
1524
1525 /*!
1526  * This method is the last step of the MEDCouplingPointSet::zipConnectivityTraducer with policy 1.
1527  */
1528 int MEDCouplingUMesh::AreCellsEqual1(const int *conn, const int *connI, int cell1, int cell2)
1529 {
1530   int sz=connI[cell1+1]-connI[cell1];
1531   if(sz==connI[cell2+1]-connI[cell2])
1532     {
1533       if(conn[connI[cell1]]==conn[connI[cell2]])
1534         {
1535           const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[connI[cell1]]);
1536           unsigned dim=cm.getDimension();
1537           if(dim!=3)
1538             {
1539               if(dim!=1)
1540                 {
1541                   int sz1=2*(sz-1);
1542                   INTERP_KERNEL::AutoPtr<int> tmp=new int[sz1];
1543                   int *work=std::copy(conn+connI[cell1]+1,conn+connI[cell1+1],(int *)tmp);
1544                   std::copy(conn+connI[cell1]+1,conn+connI[cell1+1],work);
1545                   work=std::search((int *)tmp,(int *)tmp+sz1,conn+connI[cell2]+1,conn+connI[cell2+1]);
1546                   return work!=tmp+sz1?1:0;
1547                 }
1548               else
1549                 return std::equal(conn+connI[cell1]+1,conn+connI[cell1+1],conn+connI[cell2]+1)?1:0;//case of SEG2 and SEG3
1550             }
1551           else
1552             throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::AreCellsEqual1 : not implemented yet for meshdim == 3 !");
1553         }
1554     }
1555   return 0;
1556 }
1557
1558 /*!
1559  * This method is the last step of the MEDCouplingPointSet::zipConnectivityTraducer with policy 2.
1560  */
1561 int MEDCouplingUMesh::AreCellsEqual2(const int *conn, const int *connI, int cell1, int cell2)
1562 {
1563   if(connI[cell1+1]-connI[cell1]==connI[cell2+1]-connI[cell2])
1564     {
1565       if(conn[connI[cell1]]==conn[connI[cell2]])
1566         {
1567           std::set<int> s1(conn+connI[cell1]+1,conn+connI[cell1+1]);
1568           std::set<int> s2(conn+connI[cell2]+1,conn+connI[cell2+1]);
1569           return s1==s2?1:0;
1570         }
1571     }
1572   return 0;
1573 }
1574
1575 /*!
1576  * This method is less restrictive than AreCellsEqual2. Here the geometric type is absolutely not taken into account !
1577  */
1578 int MEDCouplingUMesh::AreCellsEqual3(const int *conn, const int *connI, int cell1, int cell2)
1579 {
1580   if(connI[cell1+1]-connI[cell1]==connI[cell2+1]-connI[cell2])
1581     {
1582       std::set<int> s1(conn+connI[cell1]+1,conn+connI[cell1+1]);
1583       std::set<int> s2(conn+connI[cell2]+1,conn+connI[cell2+1]);
1584       return s1==s2?1:0;
1585     }
1586   return 0;
1587 }
1588
1589 /*!
1590  * This method is the last step of the MEDCouplingPointSet::zipConnectivityTraducer with policy 7.
1591  */
1592 int MEDCouplingUMesh::AreCellsEqual7(const int *conn, const int *connI, int cell1, int cell2)
1593 {
1594   int sz=connI[cell1+1]-connI[cell1];
1595   if(sz==connI[cell2+1]-connI[cell2])
1596     {
1597       if(conn[connI[cell1]]==conn[connI[cell2]])
1598         {
1599           const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[connI[cell1]]);
1600           unsigned dim=cm.getDimension();
1601           if(dim!=3)
1602             {
1603               if(dim!=1)
1604                 {
1605                   int sz1=2*(sz-1);
1606                   INTERP_KERNEL::AutoPtr<int> tmp=new int[sz1];
1607                   int *work=std::copy(conn+connI[cell1]+1,conn+connI[cell1+1],(int *)tmp);
1608                   std::copy(conn+connI[cell1]+1,conn+connI[cell1+1],work);
1609                   work=std::search((int *)tmp,(int *)tmp+sz1,conn+connI[cell2]+1,conn+connI[cell2+1]);
1610                   if(work!=tmp+sz1)
1611                     return 1;
1612                   else
1613                     {
1614                       std::reverse_iterator<int *> it1((int *)tmp+sz1);
1615                       std::reverse_iterator<int *> it2((int *)tmp);
1616                       if(std::search(it1,it2,conn+connI[cell2]+1,conn+connI[cell2+1])!=it2)
1617                         return 2;
1618                       else
1619                         return 0;
1620                     }
1621                   
1622                   return work!=tmp+sz1?1:0;
1623                 }
1624               else
1625                 {//case of SEG2 and SEG3
1626                   if(std::equal(conn+connI[cell1]+1,conn+connI[cell1+1],conn+connI[cell2]+1))
1627                     return 1;
1628                   if(!cm.isQuadratic())
1629                     {
1630                       std::reverse_iterator<const int *> it1(conn+connI[cell1+1]);
1631                       std::reverse_iterator<const int *> it2(conn+connI[cell1]+1);
1632                       if(std::equal(it1,it2,conn+connI[cell2]+1))
1633                         return 2;
1634                       return 0;
1635                     }
1636                   else
1637                     {
1638                       if(conn[connI[cell1]+1]==conn[connI[cell2]+2] && conn[connI[cell1]+2]==conn[connI[cell2]+1] && conn[connI[cell1]+3]==conn[connI[cell2]+3])
1639                         return 2;
1640                       return 0;
1641                     }
1642                 }
1643             }
1644           else
1645             throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::AreCellsEqual7 : not implemented yet for meshdim == 3 !");
1646         }
1647     }
1648   return 0;
1649 }
1650
1651 /*!
1652  * This method find in candidate pool defined by 'candidates' the cells equal following the polycy 'compType'.
1653  * If any true is returned and the results will be put at the end of 'result' output parameter. If not false is returned
1654  * and result remains unchanged.
1655  * The semantic of 'compType' is specified in MEDCouplingPointSet::zipConnectivityTraducer method.
1656  * If in 'candidates' pool -1 value is considered as an empty value.
1657  * WARNING this method returns only ONE set of result !
1658  */
1659 bool MEDCouplingUMesh::AreCellsEqualInPool(const std::vector<int>& candidates, int compType, const int *conn, const int *connI, DataArrayInt *result)
1660 {
1661   if(candidates.size()<1)
1662     return false;
1663   bool ret=false;
1664   std::vector<int>::const_iterator iter=candidates.begin();
1665   int start=(*iter++);
1666   for(;iter!=candidates.end();iter++)
1667     {
1668       int status=AreCellsEqual(conn,connI,start,*iter,compType);
1669       if(status!=0)
1670         {
1671           if(!ret)
1672             {
1673               result->pushBackSilent(start);
1674               ret=true;
1675             }
1676           if(status==1)
1677             result->pushBackSilent(*iter);
1678           else
1679             result->pushBackSilent(status==2?(*iter+1):-(*iter+1));
1680         }
1681     }
1682   return ret;
1683 }
1684
1685 /*!
1686  * This method find cells that are cells equal (regarding \a compType) in \a this. The comparison is specified by \a compType.
1687  * This method keeps the coordiantes of \a this. This method is time consuming and is called 
1688  *
1689  * \param [in] compType input specifying the technique used to compare cells each other.
1690  *   - 0 : exactly. A cell is detected to be the same if and only if the connectivity is exactly the same without permutation and types same too. This is the strongest policy.
1691  *   - 1 : permutation same orientation. cell1 and cell2 are considered equal if the connectivity of cell2 can be deduced by those of cell1 by direct permutation (with exactly the same orientation)
1692  * and their type equal. For 1D mesh the policy 1 is equivalent to 0.
1693  *   - 2 : nodal. cell1 and cell2 are equal if and only if cell1 and cell2 have same type and have the same nodes constituting connectivity. This is the laziest policy. This policy
1694  * can be used for users not sensitive to orientation of cell
1695  * \param [in] startCellId specifies the cellId starting from which the equality computation will be carried out. By default it is 0, which it means that all cells in \a this will be scanned.
1696  * \param [out] commonCells
1697  * \param [out] commonCellsI
1698  * \return the correspondance array old to new in a newly allocated array.
1699  * 
1700  */
1701 void MEDCouplingUMesh::findCommonCells(int compType, int startCellId, DataArrayInt *& commonCellsArr, DataArrayInt *& commonCellsIArr) const
1702 {
1703   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> revNodal=DataArrayInt::New(),revNodalI=DataArrayInt::New();
1704   getReverseNodalConnectivity(revNodal,revNodalI);
1705   FindCommonCellsAlg(compType,startCellId,_nodal_connec,_nodal_connec_index,revNodal,revNodalI,commonCellsArr,commonCellsIArr);
1706 }
1707
1708 void MEDCouplingUMesh::FindCommonCellsAlg(int compType, int startCellId, const DataArrayInt *nodal, const DataArrayInt *nodalI, const DataArrayInt *revNodal, const DataArrayInt *revNodalI,
1709                                           DataArrayInt *& commonCellsArr, DataArrayInt *& commonCellsIArr) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
1710 {
1711   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> commonCells=DataArrayInt::New(),commonCellsI=DataArrayInt::New(); commonCells->alloc(0,1);
1712   int nbOfCells=nodalI->getNumberOfTuples()-1;
1713   commonCellsI->reserve(1); commonCellsI->pushBackSilent(0);
1714   const int *revNodalPtr=revNodal->getConstPointer(),*revNodalIPtr=revNodalI->getConstPointer();
1715   const int *connPtr=nodal->getConstPointer(),*connIPtr=nodalI->getConstPointer();
1716   std::vector<bool> isFetched(nbOfCells,false);
1717   if(startCellId==0)
1718     {
1719       for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
1720         {
1721           if(!isFetched[i])
1722             {
1723               const int *connOfNode=std::find_if(connPtr+connIPtr[i]+1,connPtr+connIPtr[i+1],std::bind2nd(std::not_equal_to<int>(),-1));
1724               std::vector<int> v,v2;
1725               if(connOfNode!=connPtr+connIPtr[i+1])
1726                 {
1727                   const int *locRevNodal=std::find(revNodalPtr+revNodalIPtr[*connOfNode],revNodalPtr+revNodalIPtr[*connOfNode+1],i);
1728                   v2.insert(v2.end(),locRevNodal,revNodalPtr+revNodalIPtr[*connOfNode+1]);
1729                   connOfNode++;
1730                 }
1731               for(;connOfNode!=connPtr+connIPtr[i+1] && v2.size()>1;connOfNode++)
1732                 if(*connOfNode>=0)
1733                   {
1734                     v=v2;
1735                     const int *locRevNodal=std::find(revNodalPtr+revNodalIPtr[*connOfNode],revNodalPtr+revNodalIPtr[*connOfNode+1],i);
1736                     std::vector<int>::iterator it=std::set_intersection(v.begin(),v.end(),locRevNodal,revNodalPtr+revNodalIPtr[*connOfNode+1],v2.begin());
1737                     v2.resize(std::distance(v2.begin(),it));
1738                   }
1739               if(v2.size()>1)
1740                 {
1741                   if(AreCellsEqualInPool(v2,compType,connPtr,connIPtr,commonCells))
1742                     {
1743                       int pos=commonCellsI->back();
1744                       commonCellsI->pushBackSilent(commonCells->getNumberOfTuples());
1745                       for(const int *it=commonCells->begin()+pos;it!=commonCells->end();it++)
1746                         isFetched[*it]=true;
1747                     }
1748                 }
1749             }
1750         }
1751     }
1752   else
1753     {
1754       for(int i=startCellId;i<nbOfCells;i++)
1755         {
1756           if(!isFetched[i])
1757             {
1758               const int *connOfNode=std::find_if(connPtr+connIPtr[i]+1,connPtr+connIPtr[i+1],std::bind2nd(std::not_equal_to<int>(),-1));
1759               std::vector<int> v,v2;
1760               if(connOfNode!=connPtr+connIPtr[i+1])
1761                 {
1762                   v2.insert(v2.end(),revNodalPtr+revNodalIPtr[*connOfNode],revNodalPtr+revNodalIPtr[*connOfNode+1]);
1763                   connOfNode++;
1764                 }
1765               for(;connOfNode!=connPtr+connIPtr[i+1] && v2.size()>1;connOfNode++)
1766                 if(*connOfNode>=0)
1767                   {
1768                     v=v2;
1769                     std::vector<int>::iterator it=std::set_intersection(v.begin(),v.end(),revNodalPtr+revNodalIPtr[*connOfNode],revNodalPtr+revNodalIPtr[*connOfNode+1],v2.begin());
1770                     v2.resize(std::distance(v2.begin(),it));
1771                   }
1772               if(v2.size()>1)
1773                 {
1774                   if(AreCellsEqualInPool(v2,compType,connPtr,connIPtr,commonCells))
1775                     {
1776                       int pos=commonCellsI->back();
1777                       commonCellsI->pushBackSilent(commonCells->getNumberOfTuples());
1778                       for(const int *it=commonCells->begin()+pos;it!=commonCells->end();it++)
1779                         isFetched[*it]=true;
1780                     }
1781                 }
1782             }
1783         }
1784     }
1785   commonCellsArr=commonCells.retn();
1786   commonCellsIArr=commonCellsI.retn();
1787 }
1788
1789 /*!
1790  * Checks if \a this mesh includes all cells of an \a other mesh, and returns an array
1791  * giving for each cell of the \a other an id of a cell in \a this mesh. A value larger
1792  * than \a other->getNumberOfCells() in the returned array means that there is no
1793  * corresponding cell in \a this mesh.
1794  * It is expected that \a this and \a other meshes share the same node coordinates
1795  * array, if it is not so an exception is thrown. 
1796  *  \param [in] other - the mesh to compare with.
1797  *  \param [in] compType - specifies a cell comparison technique. For meaning of its
1798  *         valid values [0,1,2], see zipConnectivityTraducer().
1799  *  \param [out] arr - a new instance of DataArrayInt returning correspondence
1800  *         between cells of the two meshes. It contains \a other->getNumberOfCells()
1801  *         values. The caller is to delete this array using
1802  *         decrRef() as it is no more needed.
1803  *  \return bool - \c true if all cells of \a other mesh are present in the \a this
1804  *         mesh.
1805  *
1806  *  \ref cpp_mcumesh_areCellsIncludedIn "Here is a C++ example".<br>
1807  *  \ref  py_mcumesh_areCellsIncludedIn "Here is a Python example".
1808  *  \sa checkDeepEquivalOnSameNodesWith()
1809  *  \sa checkGeoEquivalWith()
1810  */
1811 bool MEDCouplingUMesh::areCellsIncludedIn(const MEDCouplingUMesh *other, int compType, DataArrayInt *& arr) const
1812 {
1813   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> mesh=MergeUMeshesOnSameCoords(this,other);
1814   int nbOfCells=getNumberOfCells();
1815   static const int possibleCompType[]={0,1,2};
1816   if(std::find(possibleCompType,possibleCompType+sizeof(possibleCompType)/sizeof(int),compType)==possibleCompType+sizeof(possibleCompType)/sizeof(int))
1817     {
1818       std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::areCellsIncludedIn : only following policies are possible : ";
1819       std::copy(possibleCompType,possibleCompType+sizeof(possibleCompType)/sizeof(int),std::ostream_iterator<int>(oss," "));
1820       oss << " !";
1821       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1822     }
1823   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> o2n=mesh->zipConnectivityTraducer(compType,nbOfCells);
1824   arr=o2n->substr(nbOfCells);
1825   arr->setName(other->getName().c_str());
1826   int tmp;
1827   if(other->getNumberOfCells()==0)
1828     return true;
1829   return arr->getMaxValue(tmp)<nbOfCells;
1830 }
1831
1832 /*!
1833  * This method makes the assumption that \a this and \a other share the same coords. If not an exception will be thrown !
1834  * This method tries to determine if \b other is fully included in \b this.
1835  * The main difference is that this method is not expected to throw exception.
1836  * This method has two outputs :
1837  *
1838  * \param arr is an output parameter that returns a \b newly created instance. This array is of size 'other->getNumberOfCells()'.
1839  * \return If \a other is fully included in 'this 'true is returned. If not false is returned.
1840  */
1841 bool MEDCouplingUMesh::areCellsIncludedIn2(const MEDCouplingUMesh *other, DataArrayInt *& arr) const
1842 {
1843   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> mesh=MergeUMeshesOnSameCoords(this,other);
1844   DataArrayInt *commonCells=0,*commonCellsI=0;
1845   int thisNbCells=getNumberOfCells();
1846   mesh->findCommonCells(7,thisNbCells,commonCells,commonCellsI);
1847   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> commonCellsTmp(commonCells),commonCellsITmp(commonCellsI);
1848   const int *commonCellsPtr=commonCells->getConstPointer(),*commonCellsIPtr=commonCellsI->getConstPointer();
1849   int otherNbCells=other->getNumberOfCells();
1850   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> arr2=DataArrayInt::New();
1851   arr2->alloc(otherNbCells,1);
1852   arr2->fillWithZero();
1853   int *arr2Ptr=arr2->getPointer();
1854   int nbOfCommon=commonCellsI->getNumberOfTuples()-1;
1855   for(int i=0;i<nbOfCommon;i++)
1856     {
1857       int start=commonCellsPtr[commonCellsIPtr[i]];
1858       if(start<thisNbCells)
1859         {
1860           for(int j=commonCellsIPtr[i]+1;j!=commonCellsIPtr[i+1];j++)
1861             {
1862               int sig=commonCellsPtr[j]>0?1:-1;
1863               int val=std::abs(commonCellsPtr[j])-1;
1864               if(val>=thisNbCells)
1865                 arr2Ptr[val-thisNbCells]=sig*(start+1);
1866             }
1867         }
1868     }
1869   arr2->setName(other->getName().c_str());
1870   if(arr2->presenceOfValue(0))
1871     return false;
1872   arr=arr2.retn();
1873   return true;
1874 }
1875
1876 MEDCouplingPointSet *MEDCouplingUMesh::mergeMyselfWithOnSameCoords(const MEDCouplingPointSet *other) const
1877 {
1878   if(!other)
1879     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::mergeMyselfWithOnSameCoords : input other is null !");
1880   const MEDCouplingUMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDCouplingUMesh *>(other);
1881   if(!otherC)
1882     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::mergeMyselfWithOnSameCoords : the input other mesh is not of type unstructured !");
1883   std::vector<const MEDCouplingUMesh *> ms(2);
1884   ms[0]=this;
1885   ms[1]=otherC;
1886   return MergeUMeshesOnSameCoords(ms);
1887 }
1888
1889 /*!
1890  * Build a sub part of \b this lying or not on the same coordinates than \b this (regarding value of \b keepCoords).
1891  * By default coordinates are kept. This method is close to MEDCouplingUMesh::buildPartOfMySelf except that here input
1892  * cellIds is not given explicitely but by a range python like.
1893  * 
1894  * \param keepCoords that specifies if you want or not to keep coords as this or zip it (see ParaMEDMEM::MEDCouplingUMesh::zipCoords). If true zipCoords is \b NOT called, if false, zipCoords is called.
1895  * \return a newly allocated
1896  * 
1897  * \warning This method modifies can generate an unstructured mesh whose cells are not sorted by geometric type order.
1898  * In view of the MED file writing, a renumbering of cells of returned unstructured mesh (using MEDCouplingUMesh::sortCellsInMEDFileFrmt) should be necessary.
1899  */
1900 MEDCouplingPointSet *MEDCouplingUMesh::buildPartOfMySelf2(int start, int end, int step, bool keepCoords) const
1901 {
1902   if(getMeshDimension()!=-1)
1903     return MEDCouplingPointSet::buildPartOfMySelf2(start,end,step,keepCoords);
1904   else
1905     {
1906       int newNbOfCells=DataArray::GetNumberOfItemGivenBESRelative(start,end,step,"MEDCouplingUMesh::buildPartOfMySelf2 for -1 dimension mesh ");
1907       if(newNbOfCells!=1)
1908         throw INTERP_KERNEL::Exception("-1D mesh has only one cell !");
1909       if(start!=0)
1910         throw INTERP_KERNEL::Exception("-1D mesh has only one cell : 0 !");
1911       incrRef();
1912       return const_cast<MEDCouplingUMesh *>(this);
1913     }
1914 }
1915
1916 /*!
1917  * Creates a new MEDCouplingUMesh containing specified cells of \a this mesh.
1918  * The result mesh shares or not the node coordinates array with \a this mesh depending
1919  * on \a keepCoords parameter.
1920  *  \warning Cells of the result mesh can be \b not sorted by geometric type, hence,
1921  *           to write this mesh to the MED file, its cells must be sorted using
1922  *           sortCellsInMEDFileFrmt().
1923  *  \param [in] begin - an array of cell ids to include to the new mesh.
1924  *  \param [in] end - a pointer to last-plus-one-th element of \a begin.
1925  *  \param [in] keepCoords - if \c true, the result mesh shares the node coordinates
1926  *         array of \a this mesh, else "free" nodes are removed from the result mesh
1927  *         by calling zipCoords().
1928  *  \return MEDCouplingPointSet * - a new instance of MEDCouplingUMesh. The caller is
1929  *         to delete this mesh using decrRef() as it is no more needed. 
1930  *  \throw If the coordinates array is not set.
1931  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
1932  *  \throw If any cell id in the array \a begin is not valid.
1933  *
1934  *  \ref cpp_mcumesh_buildPartOfMySelf "Here is a C++ example".<br>
1935  *  \ref  py_mcumesh_buildPartOfMySelf "Here is a Python example".
1936  */
1937 MEDCouplingPointSet *MEDCouplingUMesh::buildPartOfMySelf(const int *begin, const int *end, bool keepCoords) const
1938 {
1939   if(getMeshDimension()!=-1)
1940     return MEDCouplingPointSet::buildPartOfMySelf(begin,end,keepCoords);
1941   else
1942     {
1943       if(end-begin!=1)
1944         throw INTERP_KERNEL::Exception("-1D mesh has only one cell !");
1945       if(begin[0]!=0)
1946         throw INTERP_KERNEL::Exception("-1D mesh has only one cell : 0 !");
1947       incrRef();
1948       return const_cast<MEDCouplingUMesh *>(this);
1949     }
1950 }
1951
1952 /*!
1953  * This method operates only on nodal connectivity on \b this. Coordinates of \b this is completely ignored here.
1954  *
1955  * This method allows to partially modify some cells in \b this (whose list is specified by [ \b cellIdsBg, \b cellIdsEnd ) ) with cells coming in \b otherOnSameCoordsThanThis.
1956  * Size of [ \b cellIdsBg, \b cellIdsEnd ) ) must be equal to the number of cells of otherOnSameCoordsThanThis.
1957  * The number of cells of \b this will remain the same with this method.
1958  *
1959  * \param [in] begin begin of cell ids (included) of cells in this to assign
1960  * \param [in] end end of cell ids (excluded) of cells in this to assign
1961  * \param [in] otherOnSameCoordsThanThis an another mesh with same meshdimension than \b this with exactly the same number of cells than cell ids list in [\b cellIdsBg, \b cellIdsEnd ).
1962  *             Coordinate pointer of \b this and those of \b otherOnSameCoordsThanThis must be the same
1963  */
1964 void MEDCouplingUMesh::setPartOfMySelf(const int *cellIdsBg, const int *cellIdsEnd, const MEDCouplingUMesh& otherOnSameCoordsThanThis)
1965 {
1966   checkConnectivityFullyDefined();
1967   otherOnSameCoordsThanThis.checkConnectivityFullyDefined();
1968   if(getCoords()!=otherOnSameCoordsThanThis.getCoords())
1969     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::setPartOfMySelf : coordinates pointer are not the same ! Invoke setCoords or call tryToShareSameCoords method !");
1970   if(getMeshDimension()!=otherOnSameCoordsThanThis.getMeshDimension())
1971     {
1972       std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::setPartOfMySelf : Mismatch of meshdimensions ! this is equal to " << getMeshDimension();
1973       oss << ", whereas other mesh dimension is set equal to " << otherOnSameCoordsThanThis.getMeshDimension() << " !";
1974       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1975     }
1976   int nbOfCellsToModify=(int)std::distance(cellIdsBg,cellIdsEnd);
1977   if(nbOfCellsToModify!=otherOnSameCoordsThanThis.getNumberOfCells())
1978     {
1979       std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::setPartOfMySelf : cells ids length (" <<  nbOfCellsToModify << ") do not match the number of cells of other mesh (" << otherOnSameCoordsThanThis.getNumberOfCells() << ") !";
1980       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1981     }
1982   int nbOfCells=getNumberOfCells();
1983   bool easyAssign=true;
1984   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
1985   const int *connIOther=otherOnSameCoordsThanThis._nodal_connec_index->getConstPointer();
1986   for(const int *it=cellIdsBg;it!=cellIdsEnd && easyAssign;it++,connIOther++)
1987     {
1988       if(*it>=0 && *it<nbOfCells)
1989         {
1990           easyAssign=(connIOther[1]-connIOther[0])==(connI[*it+1]-connI[*it]);
1991         }
1992       else
1993         {
1994           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::setPartOfMySelf : On pos #" << std::distance(cellIdsBg,it) << " id is equal to " << *it << " which is not in [0," << nbOfCells << ") !";
1995           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1996         }
1997     }
1998   if(easyAssign)
1999     {
2000       MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArraysSameIdx(cellIdsBg,cellIdsEnd,_nodal_connec,_nodal_connec_index,otherOnSameCoordsThanThis._nodal_connec,otherOnSameCoordsThanThis._nodal_connec_index);
2001       computeTypes();
2002     }
2003   else
2004     {
2005       DataArrayInt *arrOut=0,*arrIOut=0;
2006       MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArrays(cellIdsBg,cellIdsEnd,_nodal_connec,_nodal_connec_index,otherOnSameCoordsThanThis._nodal_connec,otherOnSameCoordsThanThis._nodal_connec_index,
2007                                                arrOut,arrIOut);
2008       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> arrOutAuto(arrOut),arrIOutAuto(arrIOut);
2009       setConnectivity(arrOut,arrIOut,true);
2010     }
2011 }
2012
2013 void MEDCouplingUMesh::setPartOfMySelf2(int start, int end, int step, const MEDCouplingUMesh& otherOnSameCoordsThanThis)
2014 {
2015   checkConnectivityFullyDefined();
2016   otherOnSameCoordsThanThis.checkConnectivityFullyDefined();
2017   if(getCoords()!=otherOnSameCoordsThanThis.getCoords())
2018     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::setPartOfMySelf2 : coordinates pointer are not the same ! Invoke setCoords or call tryToShareSameCoords method !");
2019   if(getMeshDimension()!=otherOnSameCoordsThanThis.getMeshDimension())
2020     {
2021       std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::setPartOfMySelf2 : Mismatch of meshdimensions ! this is equal to " << getMeshDimension();
2022       oss << ", whereas other mesh dimension is set equal to " << otherOnSameCoordsThanThis.getMeshDimension() << " !";
2023       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2024     }
2025   int nbOfCellsToModify=DataArray::GetNumberOfItemGivenBESRelative(start,end,step,"MEDCouplingUMesh::setPartOfMySelf2 : ");
2026   if(nbOfCellsToModify!=otherOnSameCoordsThanThis.getNumberOfCells())
2027     {
2028       std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::setPartOfMySelf2 : cells ids length (" <<  nbOfCellsToModify << ") do not match the number of cells of other mesh (" << otherOnSameCoordsThanThis.getNumberOfCells() << ") !";
2029       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2030     }
2031   int nbOfCells=getNumberOfCells();
2032   bool easyAssign=true;
2033   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
2034   const int *connIOther=otherOnSameCoordsThanThis._nodal_connec_index->getConstPointer();
2035   int it=start;
2036   for(int i=0;i<nbOfCellsToModify && easyAssign;i++,it+=step,connIOther++)
2037     {
2038       if(it>=0 && it<nbOfCells)
2039         {
2040           easyAssign=(connIOther[1]-connIOther[0])==(connI[it+1]-connI[it]);
2041         }
2042       else
2043         {
2044           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::setPartOfMySelf2 : On pos #" << i << " id is equal to " << it << " which is not in [0," << nbOfCells << ") !";
2045           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2046         }
2047     }
2048   if(easyAssign)
2049     {
2050       MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArraysSameIdx2(start,end,step,_nodal_connec,_nodal_connec_index,otherOnSameCoordsThanThis._nodal_connec,otherOnSameCoordsThanThis._nodal_connec_index);
2051       computeTypes();
2052     }
2053   else
2054     {
2055       DataArrayInt *arrOut=0,*arrIOut=0;
2056       MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArrays2(start,end,step,_nodal_connec,_nodal_connec_index,otherOnSameCoordsThanThis._nodal_connec,otherOnSameCoordsThanThis._nodal_connec_index,
2057                                                 arrOut,arrIOut);
2058       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> arrOutAuto(arrOut),arrIOutAuto(arrIOut);
2059       setConnectivity(arrOut,arrIOut,true);
2060     }
2061 }                      
2062
2063 /*!
2064  * Keeps from \a this only cells which constituing point id are in the ids specified by [ \a begin,\a end ).
2065  * The resulting cell ids are stored at the end of the 'cellIdsKept' parameter.
2066  * Parameter \a fullyIn specifies if a cell that has part of its nodes in ids array is kept or not.
2067  * If \a fullyIn is true only cells whose ids are \b fully contained in [ \a begin,\a end ) tab will be kept.
2068  *
2069  * \param [in] begin input start of array of node ids.
2070  * \param [in] end input end of array of node ids.
2071  * \param [in] fullyIn input that specifies if all node ids must be in [ \a begin,\a end ) array to consider cell to be in.
2072  * \param [in,out] cellIdsKeptArr array where all candidate cell ids are put at the end.
2073  */
2074 void MEDCouplingUMesh::fillCellIdsToKeepFromNodeIds(const int *begin, const int *end, bool fullyIn, DataArrayInt *&cellIdsKeptArr) const
2075 {
2076   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellIdsKept=DataArrayInt::New(); cellIdsKept->alloc(0,1);
2077   checkConnectivityFullyDefined();
2078   int tmp=-1;
2079   int sz=getNodalConnectivity()->getMaxValue(tmp); sz=std::max(sz,0)+1;
2080   std::vector<bool> fastFinder(sz,false);
2081   for(const int *work=begin;work!=end;work++)
2082     if(*work>=0 && *work<sz)
2083       fastFinder[*work]=true;
2084   int nbOfCells=getNumberOfCells();
2085   const int *conn=getNodalConnectivity()->getConstPointer();
2086   const int *connIndex=getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
2087   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
2088     {
2089       int ref=0,nbOfHit=0;
2090       for(const int *work2=conn+connIndex[i]+1;work2!=conn+connIndex[i+1];work2++)
2091         if(*work2>=0)
2092           {
2093             ref++;
2094             if(fastFinder[*work2])
2095               nbOfHit++;
2096           }
2097       if((ref==nbOfHit && fullyIn) || (nbOfHit!=0 && !fullyIn))
2098         cellIdsKept->pushBackSilent(i);
2099     }
2100   cellIdsKeptArr=cellIdsKept.retn();
2101 }
2102
2103 /*!
2104  * Creates a new MEDCouplingUMesh containing cells, of dimension one less than \a
2105  * this->getMeshDimension(), that bound some cells of \a this mesh.
2106  * The cells of lower dimension to include to the result mesh are selected basing on
2107  * specified node ids and the value of \a fullyIn parameter. If \a fullyIn ==\c true, a
2108  * cell is copied if its all nodes are in the array \a begin of node ids. If \a fullyIn
2109  * ==\c false, a cell is copied if any its node is in the array of node ids. The
2110  * created mesh shares the node coordinates array with \a this mesh. 
2111  *  \param [in] begin - the array of node ids.
2112  *  \param [in] end - a pointer to the (last+1)-th element of \a begin.
2113  *  \param [in] fullyIn - if \c true, then cells whose all nodes are in the
2114  *         array \a begin are added, else cells whose any node is in the
2115  *         array \a begin are added.
2116  *  \return MEDCouplingPointSet * - new instance of MEDCouplingUMesh. The caller is
2117  *         to delete this mesh using decrRef() as it is no more needed. 
2118  *  \throw If the coordinates array is not set.
2119  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
2120  *  \throw If any node id in \a begin is not valid.
2121  *
2122  *  \ref cpp_mcumesh_buildFacePartOfMySelfNode "Here is a C++ example".<br>
2123  *  \ref  py_mcumesh_buildFacePartOfMySelfNode "Here is a Python example".
2124  */
2125 MEDCouplingPointSet *MEDCouplingUMesh::buildFacePartOfMySelfNode(const int *begin, const int *end, bool fullyIn) const
2126 {
2127   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> desc,descIndx,revDesc,revDescIndx;
2128   desc=DataArrayInt::New(); descIndx=DataArrayInt::New(); revDesc=DataArrayInt::New(); revDescIndx=DataArrayInt::New();
2129   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> subMesh=buildDescendingConnectivity(desc,descIndx,revDesc,revDescIndx);
2130   desc=0; descIndx=0; revDesc=0; revDescIndx=0;
2131   return subMesh->buildPartOfMySelfNode(begin,end,fullyIn);
2132 }
2133
2134 /*!
2135  * Creates a new MEDCouplingUMesh containing cells, of dimension one less than \a
2136  * this->getMeshDimension(), which bound only one cell of \a this mesh.
2137  *  \param [in] keepCoords - if \c true, the result mesh shares the node coordinates
2138  *         array of \a this mesh, else "free" nodes are removed from the result mesh
2139  *         by calling zipCoords().
2140  *  \return MEDCouplingPointSet * - a new instance of MEDCouplingUMesh. The caller is
2141  *         to delete this mesh using decrRef() as it is no more needed. 
2142  *  \throw If the coordinates array is not set.
2143  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
2144  *
2145  *  \ref cpp_mcumesh_buildBoundaryMesh "Here is a C++ example".<br>
2146  *  \ref  py_mcumesh_buildBoundaryMesh "Here is a Python example".
2147  */
2148 MEDCouplingPointSet *MEDCouplingUMesh::buildBoundaryMesh(bool keepCoords) const
2149 {
2150   DataArrayInt *desc=DataArrayInt::New();
2151   DataArrayInt *descIndx=DataArrayInt::New();
2152   DataArrayInt *revDesc=DataArrayInt::New();
2153   DataArrayInt *revDescIndx=DataArrayInt::New();
2154   //
2155   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> meshDM1=buildDescendingConnectivity(desc,descIndx,revDesc,revDescIndx);
2156   revDesc->decrRef();
2157   desc->decrRef();
2158   descIndx->decrRef();
2159   int nbOfCells=meshDM1->getNumberOfCells();
2160   const int *revDescIndxC=revDescIndx->getConstPointer();
2161   std::vector<int> boundaryCells;
2162   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
2163     if(revDescIndxC[i+1]-revDescIndxC[i]==1)
2164       boundaryCells.push_back(i);
2165   revDescIndx->decrRef();
2166   MEDCouplingPointSet *ret=meshDM1->buildPartOfMySelf(&boundaryCells[0],&boundaryCells[0]+boundaryCells.size(),keepCoords);
2167   return ret;
2168 }
2169
2170 /*!
2171  * This method returns a newly created DataArrayInt instance containing ids of cells located in boundary.
2172  * A cell is detected to be on boundary if it contains one or more than one face having only one father.
2173  * This method makes the assumption that \a this is fully defined (coords,connectivity). If not an exception will be thrown. 
2174  */
2175 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::findCellIdsOnBoundary() const
2176 {
2177   checkFullyDefined();
2178   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> desc=DataArrayInt::New();
2179   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> descIndx=DataArrayInt::New();
2180   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> revDesc=DataArrayInt::New();
2181   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> revDescIndx=DataArrayInt::New();
2182   //
2183   buildDescendingConnectivity(desc,descIndx,revDesc,revDescIndx)->decrRef();
2184   desc=(DataArrayInt*)0; descIndx=(DataArrayInt*)0;
2185   //
2186   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp=revDescIndx->deltaShiftIndex();
2187   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> faceIds=tmp->getIdsEqual(1); tmp=(DataArrayInt*)0;
2188   const int *revDescPtr=revDesc->getConstPointer();
2189   const int *revDescIndxPtr=revDescIndx->getConstPointer();
2190   int nbOfCells=getNumberOfCells();
2191   std::vector<bool> ret1(nbOfCells,false);
2192   int sz=0;
2193   for(const int *pt=faceIds->begin();pt!=faceIds->end();pt++)
2194     if(!ret1[revDescPtr[revDescIndxPtr[*pt]]])
2195       { ret1[revDescPtr[revDescIndxPtr[*pt]]]=true; sz++; }
2196   //
2197   DataArrayInt *ret2=DataArrayInt::New();
2198   ret2->alloc(sz,1);
2199   int *ret2Ptr=ret2->getPointer();
2200   sz=0;
2201   for(std::vector<bool>::const_iterator it=ret1.begin();it!=ret1.end();it++,sz++)
2202     if(*it)
2203       *ret2Ptr++=sz;
2204   ret2->setName("BoundaryCells");
2205   return ret2;
2206 }
2207
2208 /*!
2209  * This method find in \b this cells ids that lie on mesh \b otherDimM1OnSameCoords.
2210  * \b this and \b otherDimM1OnSameCoords have to lie on the same coordinate array pointer. The coherency of that coords array with connectivity
2211  * of \b this and \b otherDimM1OnSameCoords is not important here because this method works only on connectivity.
2212  * this->getMeshDimension() - 1 must be equal to otherDimM1OnSameCoords.getMeshDimension()
2213  *
2214  * s0 is the cells ids set in \b this lying on at least one node in fetched nodes in \b otherDimM1OnSameCoords.
2215  * This method method returns cells ids set s = s1 + s2 where :
2216  * 
2217  *  - s1 are cells ids in \b this whose dim-1 constituent equals a cell in \b otherDimM1OnSameCoords.
2218  *  - s2 are cells ids in \b s0 - \b s1 whose at least two neighbors are in s1.
2219  *
2220  * \throw if \b otherDimM1OnSameCoords is not part of constituent of \b this, or if coordinate pointer of \b this and \b otherDimM1OnSameCoords
2221  *        are not same, or if this->getMeshDimension()-1!=otherDimM1OnSameCoords.getMeshDimension()
2222  *
2223  * \param [out] cellIdsRk0 a newly allocated array containing cells ids in \b this containg s0 in above algorithm.
2224  * \param [out] cellIdsRk1 a newly allocated array containing cells ids of s1+s2 \b into \b cellIdsRk0 subset. To get absolute ids of s1+s2 simply invoke
2225  *              cellIdsRk1->transformWithIndArr(cellIdsRk0->begin(),cellIdsRk0->end());
2226  */
2227 void MEDCouplingUMesh::findCellIdsLyingOn(const MEDCouplingUMesh& otherDimM1OnSameCoords, DataArrayInt *&cellIdsRk0, DataArrayInt *&cellIdsRk1) const
2228 {
2229   if(getCoords()!=otherDimM1OnSameCoords.getCoords())
2230     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::findCellIdsLyingOn : coordinates pointer are not the same ! Use tryToShareSameCoords method !");
2231   checkConnectivityFullyDefined();
2232   otherDimM1OnSameCoords.checkConnectivityFullyDefined();
2233   if(getMeshDimension()-1!=otherDimM1OnSameCoords.getMeshDimension())
2234     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::findCellIdsLyingOn : invalid mesh dimension of input mesh regarding meshdimesion of this !");
2235   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> fetchedNodeIds1=otherDimM1OnSameCoords.computeFetchedNodeIds();
2236   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> s0arr=getCellIdsLyingOnNodes(fetchedNodeIds1->begin(),fetchedNodeIds1->end(),false);
2237   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> thisPart=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(buildPartOfMySelf(s0arr->begin(),s0arr->end(),true));
2238   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> descThisPart=DataArrayInt::New(),descIThisPart=DataArrayInt::New(),revDescThisPart=DataArrayInt::New(),revDescIThisPart=DataArrayInt::New();
2239   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> thisPartConsti=thisPart->buildDescendingConnectivity(descThisPart,descIThisPart,revDescThisPart,revDescIThisPart);
2240   const int *revDescThisPartPtr=revDescThisPart->getConstPointer(),*revDescIThisPartPtr=revDescIThisPart->getConstPointer();
2241   DataArrayInt *idsOtherInConsti=0;
2242   bool b=thisPartConsti->areCellsIncludedIn(&otherDimM1OnSameCoords,2,idsOtherInConsti);
2243   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> idsOtherInConstiAuto(idsOtherInConsti);
2244   if(!b)
2245     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::findCellIdsLyingOn : the given mdim-1 mesh in other is not a constituent of this !");
2246   std::set<int> s1;
2247   for(const int *idOther=idsOtherInConsti->begin();idOther!=idsOtherInConsti->end();idOther++)
2248     s1.insert(revDescThisPartPtr+revDescIThisPartPtr[*idOther],revDescThisPartPtr+revDescIThisPartPtr[*idOther+1]);
2249   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> s1arr_renum1=DataArrayInt::New(); s1arr_renum1->alloc((int)s1.size(),1); std::copy(s1.begin(),s1.end(),s1arr_renum1->getPointer());
2250   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> s1Comparr_renum1=s1arr_renum1->buildComplement(s0arr->getNumberOfTuples());
2251   DataArrayInt *neighThisPart=0,*neighIThisPart=0;
2252   ComputeNeighborsOfCellsAdv(descThisPart,descIThisPart,revDescThisPart,revDescIThisPart,neighThisPart,neighIThisPart);
2253   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> neighThisPartAuto(neighThisPart),neighIThisPartAuto(neighIThisPart);
2254   ExtractFromIndexedArrays(s1Comparr_renum1->begin(),s1Comparr_renum1->end(),neighThisPart,neighIThisPart,neighThisPart,neighIThisPart);// reuse of neighThisPart and neighIThisPart
2255   neighThisPartAuto=neighThisPart; neighIThisPartAuto=neighIThisPart;
2256   RemoveIdsFromIndexedArrays(s1Comparr_renum1->begin(),s1Comparr_renum1->end(),neighThisPart,neighIThisPart);
2257   neighThisPartAuto=0;
2258   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> s2_tmp=neighIThisPart->deltaShiftIndex();
2259   const int li[2]={0,1};
2260   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> s2_renum2=s2_tmp->getIdsNotEqualList(li,li+2);
2261   s2_renum2->transformWithIndArr(s1Comparr_renum1->begin(),s1Comparr_renum1->end());//s2_renum2==s2_renum1
2262   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> s_renum1=DataArrayInt::Aggregate(s2_renum2,s1arr_renum1,0);
2263   s_renum1->sort();
2264   //
2265   cellIdsRk0=s0arr.retn();
2266   cellIdsRk1=s_renum1.retn();
2267 }
2268
2269 /*!
2270  * This method computes the skin of \b this. That is to say the consituting meshdim-1 mesh is built and only the boundary subpart is
2271  * returned. This subpart of meshdim-1 mesh is built using meshdim-1 cells in it shared only one cell in \b this.
2272  * 
2273  * \return a newly allocated mesh lying on the same coordinates than \b this. The caller has to deal with returned mesh.
2274  */
2275 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::computeSkin() const
2276 {
2277   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> desc=DataArrayInt::New();
2278   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> descIndx=DataArrayInt::New();
2279   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> revDesc=DataArrayInt::New();
2280   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> revDescIndx=DataArrayInt::New();
2281   //
2282   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> meshDM1=buildDescendingConnectivity(desc,descIndx,revDesc,revDescIndx);
2283   revDesc=0; desc=0; descIndx=0;
2284   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> revDescIndx2=revDescIndx->deltaShiftIndex();
2285   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> part=revDescIndx2->getIdsEqual(1);
2286   return static_cast<MEDCouplingUMesh *>(meshDM1->buildPartOfMySelf(part->begin(),part->end(),true));
2287 }
2288
2289 /*!
2290  * Finds nodes lying on the boundary of \a this mesh.
2291  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding ids of found
2292  *          nodes. The caller is to delete this array using decrRef() as it is no
2293  *          more needed.
2294  *  \throw If the coordinates array is not set.
2295  *  \throw If the nodal connectivity of cells is node defined.
2296  *
2297  *  \ref cpp_mcumesh_findBoundaryNodes "Here is a C++ example".<br>
2298  *  \ref  py_mcumesh_findBoundaryNodes "Here is a Python example".
2299  */
2300 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::findBoundaryNodes() const
2301 {
2302   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> skin=computeSkin();
2303   return skin->computeFetchedNodeIds();
2304 }
2305
2306 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::buildUnstructured() const
2307 {
2308   incrRef();
2309   return const_cast<MEDCouplingUMesh *>(this);
2310 }
2311
2312 /*!
2313  * This method expects that \b this and \b otherDimM1OnSameCoords share the same coordinates array.
2314  * otherDimM1OnSameCoords->getMeshDimension() is expected to be equal to this->getMeshDimension()-1.
2315  * This method searches for nodes needed to be duplicated. These nodes are nodes fetched by \b otherDimM1OnSameCoords which are not part of the boundary of \b otherDimM1OnSameCoords.
2316  * If a node is in the boundary of \b this \b and in the boundary of \b otherDimM1OnSameCoords this node is considerd as needed to be duplicated.
2317  * When the set of node ids \b nodeIdsToDuplicate is computed, cell ids in \b this is searched so that their connectivity includes at least 1 node in \b nodeIdsToDuplicate.
2318  *
2319  * \param [in] otherDimM1OnSameCoords a mesh lying on the same coords than \b this and with a mesh dimension equal to those of \b this minus 1. WARNING this input
2320  *             parameter is altered during the call.
2321  * \param [out] nodeIdsToDuplicate node ids needed to be duplicated following the algorithm explain above.
2322  * \param [out] cellIdsNeededToBeRenum cell ids in \b this in which the renumber of nodes should be performed.
2323  * \param [out] cellIdsNotModified cell ids int \b this that lies on \b otherDimM1OnSameCoords mesh whose connectivity do \b not need to be modified as it is the case for \b cellIdsNeededToBeRenum.
2324  *
2325  * \warning This method modifies param \b otherDimM1OnSameCoords (for speed reasons).
2326  */
2327 void MEDCouplingUMesh::findNodesToDuplicate(const MEDCouplingUMesh& otherDimM1OnSameCoords, DataArrayInt *& nodeIdsToDuplicate,
2328                                             DataArrayInt *& cellIdsNeededToBeRenum, DataArrayInt *& cellIdsNotModified) const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
2329 {
2330   checkFullyDefined();
2331   otherDimM1OnSameCoords.checkFullyDefined();
2332   if(getCoords()!=otherDimM1OnSameCoords.getCoords())
2333     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::findNodesToDuplicate : meshes do not share the same coords array !");
2334   if(otherDimM1OnSameCoords.getMeshDimension()!=getMeshDimension()-1)
2335     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::findNodesToDuplicate : the mesh given in other parameter must have this->getMeshDimension()-1 !");
2336   DataArrayInt *cellIdsRk0=0,*cellIdsRk1=0;
2337   findCellIdsLyingOn(otherDimM1OnSameCoords,cellIdsRk0,cellIdsRk1);
2338   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellIdsRk0Auto(cellIdsRk0),cellIdsRk1Auto(cellIdsRk1);
2339   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> s0=cellIdsRk1->buildComplement(cellIdsRk0->getNumberOfTuples());
2340   s0->transformWithIndArr(cellIdsRk0Auto->begin(),cellIdsRk0Auto->end());
2341   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m0Part=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(buildPartOfMySelf(s0->begin(),s0->end(),true));
2342   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> s1=m0Part->computeFetchedNodeIds();
2343   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> s2=otherDimM1OnSameCoords.computeFetchedNodeIds();
2344   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> s3=s2->buildSubstraction(s1);
2345   cellIdsRk1->transformWithIndArr(cellIdsRk0Auto->begin(),cellIdsRk0Auto->end());
2346   //
2347   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m0Part2=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(buildPartOfMySelf(cellIdsRk1->begin(),cellIdsRk1->end(),true));
2348   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> desc00=DataArrayInt::New(),descI00=DataArrayInt::New(),revDesc00=DataArrayInt::New(),revDescI00=DataArrayInt::New();
2349   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m01=m0Part2->buildDescendingConnectivity(desc00,descI00,revDesc00,revDescI00);
2350   DataArrayInt *idsTmp=0;
2351   bool b=m01->areCellsIncludedIn(&otherDimM1OnSameCoords,2,idsTmp);
2352   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ids(idsTmp);
2353   if(!b)
2354     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::findNodesToDuplicate : the given mdim-1 mesh in other is not a constituent of this !");
2355   MEDCouplingUMesh::RemoveIdsFromIndexedArrays(ids->begin(),ids->end(),desc00,descI00);
2356   DataArrayInt *tmp0=0,*tmp1=0;
2357   ComputeNeighborsOfCellsAdv(desc00,descI00,revDesc00,revDescI00,tmp0,tmp1);
2358   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> neigh00(tmp0);
2359   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> neighI00(tmp1);
2360   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellsToModifyConn0_torenum=MEDCouplingUMesh::ComputeSpreadZoneGradually(neigh00,neighI00);
2361   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellsToModifyConn1_torenum=cellsToModifyConn0_torenum->buildComplement(neighI00->getNumberOfTuples()-1);
2362   cellsToModifyConn0_torenum->transformWithIndArr(cellIdsRk1->begin(),cellIdsRk1->end());
2363   cellsToModifyConn1_torenum->transformWithIndArr(cellIdsRk1->begin(),cellIdsRk1->end());
2364   //
2365   cellIdsNeededToBeRenum=cellsToModifyConn0_torenum.retn();
2366   cellIdsNotModified=cellsToModifyConn1_torenum.retn();
2367   nodeIdsToDuplicate=s3.retn();
2368 }
2369
2370 /*!
2371  * This method operates a modification of the connectivity and coords in \b this.
2372  * Every time that a node id in [ \b nodeIdsToDuplicateBg, \b nodeIdsToDuplicateEnd ) will append in nodal connectivity of \b this 
2373  * its ids will be modified to id this->getNumberOfNodes()+std::distance(nodeIdsToDuplicateBg,std::find(nodeIdsToDuplicateBg,nodeIdsToDuplicateEnd,id)).
2374  * More explicitely the renumber array in nodes is not explicitely given in old2new to avoid to build a big array of renumbering whereas typically few node ids needs to be
2375  * renumbered. The node id nodeIdsToDuplicateBg[0] will have id this->getNumberOfNodes()+0, node id nodeIdsToDuplicateBg[1] will have id this->getNumberOfNodes()+1,
2376  * node id nodeIdsToDuplicateBg[2] will have id this->getNumberOfNodes()+2...
2377  * 
2378  * As a consequence nodal connectivity array length will remain unchanged by this method, and nodal connectivity index array will remain unchanged by this method.
2379  * 
2380  * \param [in] nodeIdsToDuplicateBg begin of node ids (included) to be duplicated in connectivity only
2381  * \param [in] nodeIdsToDuplicateEnd end of node ids (excluded) to be duplicated in connectivity only
2382  */
2383 void MEDCouplingUMesh::duplicateNodes(const int *nodeIdsToDuplicateBg, const int *nodeIdsToDuplicateEnd)
2384 {
2385   int nbOfNodes=getNumberOfNodes();
2386   duplicateNodesInCoords(nodeIdsToDuplicateBg,nodeIdsToDuplicateEnd);
2387   duplicateNodesInConn(nodeIdsToDuplicateBg,nodeIdsToDuplicateEnd,nbOfNodes);
2388 }
2389
2390 /*!
2391  * Changes ids of nodes within the nodal connectivity arrays according to a permutation
2392  * array in "Old to New" mode. The node coordinates array is \b not changed by this method.
2393  * This method is a generalization of shiftNodeNumbersInConn().
2394  *  \warning This method performs no check of validity of new ids. **Use it with care !**
2395  *  \param [in] newNodeNumbersO2N - a permutation array, of length \a
2396  *         this->getNumberOfNodes(), in "Old to New" mode. 
2397  *         See \ref MEDCouplingArrayRenumbering for more info on renumbering modes.
2398  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
2399  *
2400  *  \ref cpp_mcumesh_renumberNodesInConn "Here is a C++ example".<br>
2401  *  \ref  py_mcumesh_renumberNodesInConn "Here is a Python example".
2402  */
2403 void MEDCouplingUMesh::renumberNodesInConn(const int *newNodeNumbersO2N)
2404 {
2405   checkConnectivityFullyDefined();
2406   int *conn=getNodalConnectivity()->getPointer();
2407   const int *connIndex=getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
2408   int nbOfCells=getNumberOfCells();
2409   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
2410     for(int iconn=connIndex[i]+1;iconn!=connIndex[i+1];iconn++)
2411       {
2412         int& node=conn[iconn];
2413         if(node>=0)//avoid polyhedron separator
2414           {
2415             node=newNodeNumbersO2N[node];
2416           }
2417       }
2418   _nodal_connec->declareAsNew();
2419   updateTime();
2420 }
2421
2422 /*!
2423  * This method renumbers nodes \b in \b connectivity \b only \b without \b any \b reference \b to \b coords.
2424  * This method performs no check on the fact that new coordinate ids are valid. \b Use \b it \b with \b care !
2425  * This method is an specialization of \ref ParaMEDMEM::MEDCouplingUMesh::renumberNodesInConn "renumberNodesInConn method".
2426  * 
2427  * \param [in] delta specifies the shift size applied to nodeId in nodal connectivity in \b this.
2428  */
2429 void MEDCouplingUMesh::shiftNodeNumbersInConn(int delta)
2430 {
2431   checkConnectivityFullyDefined();
2432   int *conn=getNodalConnectivity()->getPointer();
2433   const int *connIndex=getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
2434   int nbOfCells=getNumberOfCells();
2435   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
2436     for(int iconn=connIndex[i]+1;iconn!=connIndex[i+1];iconn++)
2437       {
2438         int& node=conn[iconn];
2439         if(node>=0)//avoid polyhedron separator
2440           {
2441             node+=delta;
2442           }
2443       }
2444   _nodal_connec->declareAsNew();
2445   updateTime();
2446 }
2447
2448 /*!
2449  * This method operates a modification of the connectivity in \b this.
2450  * Coordinates are \b NOT considered here and will remain unchanged by this method. this->_coords can ever been null for the needs of this method.
2451  * Every time that a node id in [ \b nodeIdsToDuplicateBg, \b nodeIdsToDuplicateEnd ) will append in nodal connectivity of \b this 
2452  * its ids will be modified to id offset+std::distance(nodeIdsToDuplicateBg,std::find(nodeIdsToDuplicateBg,nodeIdsToDuplicateEnd,id)).
2453  * More explicitely the renumber array in nodes is not explicitely given in old2new to avoid to build a big array of renumbering whereas typically few node ids needs to be
2454  * renumbered. The node id nodeIdsToDuplicateBg[0] will have id offset+0, node id nodeIdsToDuplicateBg[1] will have id offset+1,
2455  * node id nodeIdsToDuplicateBg[2] will have id offset+2...
2456  * 
2457  * As a consequence nodal connectivity array length will remain unchanged by this method, and nodal connectivity index array will remain unchanged by this method.
2458  * As an another consequense after the call of this method \b this can be transiently non cohrent.
2459  * 
2460  * \param [in] nodeIdsToDuplicateBg begin of node ids (included) to be duplicated in connectivity only
2461  * \param [in] nodeIdsToDuplicateEnd end of node ids (excluded) to be duplicated in connectivity only
2462  * \param [in] offset the offset applied to all node ids in connectivity that are in [ \a nodeIdsToDuplicateBg, \a nodeIdsToDuplicateEnd ). 
2463  */
2464 void MEDCouplingUMesh::duplicateNodesInConn(const int *nodeIdsToDuplicateBg, const int *nodeIdsToDuplicateEnd, int offset)
2465 {
2466   checkConnectivityFullyDefined();
2467   std::map<int,int> m;
2468   int val=offset;
2469   for(const int *work=nodeIdsToDuplicateBg;work!=nodeIdsToDuplicateEnd;work++,val++)
2470     m[*work]=val;
2471   int *conn=getNodalConnectivity()->getPointer();
2472   const int *connIndex=getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
2473   int nbOfCells=getNumberOfCells();
2474   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
2475     for(int iconn=connIndex[i]+1;iconn!=connIndex[i+1];iconn++)
2476       {
2477         int& node=conn[iconn];
2478         if(node>=0)//avoid polyhedron separator
2479           {
2480             std::map<int,int>::iterator it=m.find(node);
2481             if(it!=m.end())
2482               node=(*it).second;
2483           }
2484       }
2485   updateTime();
2486 }
2487
2488 /*!
2489  * This method renumbers cells of \a this using the array specified by [old2NewBg;old2NewBg+getNumberOfCells())
2490  *
2491  * Contrary to MEDCouplingPointSet::renumberNodes, this method makes a permutation without any fuse of cell.
2492  * After the call of this method the number of cells remains the same as before.
2493  *
2494  * If 'check' equals true the method will check that any elements in [ \a old2NewBg; \a old2NewEnd ) is unique ; if not
2495  * an INTERP_KERNEL::Exception will be thrown. When 'check' equals true [ \a old2NewBg ; \a old2NewEnd ) is not expected to
2496  * be strictly in [0;this->getNumberOfCells()).
2497  *
2498  * If 'check' equals false the method will not check the content of [ \a old2NewBg ; \a old2NewEnd ).
2499  * To avoid any throw of SIGSEGV when 'check' equals false, the elements in [ \a old2NewBg ; \a old2NewEnd ) should be unique and
2500  * should be contained in[0;this->getNumberOfCells()).
2501  * 
2502  * \param [in] old2NewBg is expected to be a dynamically allocated pointer of size at least equal to this->getNumberOfCells()
2503  */
2504 void MEDCouplingUMesh::renumberCells(const int *old2NewBg, bool check)
2505 {
2506   checkConnectivityFullyDefined();
2507   int nbCells=getNumberOfCells();
2508   const int *array=old2NewBg;
2509   if(check)
2510     array=DataArrayInt::CheckAndPreparePermutation(old2NewBg,old2NewBg+nbCells);
2511   //
2512   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
2513   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
2514   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> o2n=DataArrayInt::New(); o2n->useArray(array,false,C_DEALLOC,nbCells,1);
2515   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> n2o=o2n->invertArrayO2N2N2O(nbCells);
2516   const int *n2oPtr=n2o->begin();
2517   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConn=DataArrayInt::New();
2518   newConn->alloc(_nodal_connec->getNumberOfTuples(),_nodal_connec->getNumberOfComponents());
2519   newConn->copyStringInfoFrom(*_nodal_connec);
2520   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConnI=DataArrayInt::New();
2521   newConnI->alloc(_nodal_connec_index->getNumberOfTuples(),_nodal_connec_index->getNumberOfComponents());
2522   newConnI->copyStringInfoFrom(*_nodal_connec_index);
2523   //
2524   int *newC=newConn->getPointer();
2525   int *newCI=newConnI->getPointer();
2526   int loc=0;
2527   newCI[0]=loc;
2528   for(int i=0;i<nbCells;i++)
2529     {
2530       int pos=n2oPtr[i];
2531       int nbOfElts=connI[pos+1]-connI[pos];
2532       newC=std::copy(conn+connI[pos],conn+connI[pos+1],newC);
2533       loc+=nbOfElts;
2534       newCI[i+1]=loc;
2535     }
2536   //
2537   setConnectivity(newConn,newConnI);
2538   if(check)
2539     free(const_cast<int *>(array));
2540 }
2541
2542 /*!
2543  * Finds cells whose bounding boxes intersect a given bounding box.
2544  *  \param [in] bbox - an array defining the bounding box via coordinates of its
2545  *         extremum points in "no interlace" mode, i.e. xMin, xMax, yMin, yMax, zMin,
2546  *         zMax (if in 3D). 
2547  *  \param [in] eps - a factor used to increase size of the bounding box of cell
2548  *         before comparing it with \a bbox. This factor is multiplied by the maximal
2549  *         extent of the bounding box of cell to produce an addition to this bounding box.
2550  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding ids for found
2551  *         cells. The caller is to delete this array using decrRef() as it is no more
2552  *         needed. 
2553  *  \throw If the coordinates array is not set.
2554  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
2555  *
2556  *  \ref cpp_mcumesh_getCellsInBoundingBox "Here is a C++ example".<br>
2557  *  \ref  py_mcumesh_getCellsInBoundingBox "Here is a Python example".
2558  */
2559 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::getCellsInBoundingBox(const double *bbox, double eps) const
2560 {
2561   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> elems=DataArrayInt::New(); elems->alloc(0,1);
2562   if(getMeshDimension()==-1)
2563     {
2564       elems->pushBackSilent(0);
2565       return elems.retn();
2566     }
2567   int dim=getSpaceDimension();
2568   INTERP_KERNEL::AutoPtr<double> elem_bb=new double[2*dim];
2569   const int* conn      = getNodalConnectivity()->getConstPointer();
2570   const int* conn_index= getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
2571   const double* coords = getCoords()->getConstPointer();
2572   int nbOfCells=getNumberOfCells();
2573   for ( int ielem=0; ielem<nbOfCells;ielem++ )
2574     {
2575       for (int i=0; i<dim; i++)
2576         {
2577           elem_bb[i*2]=std::numeric_limits<double>::max();
2578           elem_bb[i*2+1]=-std::numeric_limits<double>::max();
2579         }
2580
2581       for (int inode=conn_index[ielem]+1; inode<conn_index[ielem+1]; inode++)//+1 due to offset of cell type.
2582         {
2583           int node= conn[inode];
2584           if(node>=0)//avoid polyhedron separator
2585             {
2586               for (int idim=0; idim<dim; idim++)
2587                 {
2588                   if ( coords[node*dim+idim] < elem_bb[idim*2] )
2589                     {
2590                       elem_bb[idim*2] = coords[node*dim+idim] ;
2591                     }
2592                   if ( coords[node*dim+idim] > elem_bb[idim*2+1] )
2593                     {
2594                       elem_bb[idim*2+1] = coords[node*dim+idim] ;
2595                     }
2596                 }
2597             }
2598         }
2599       if (intersectsBoundingBox(elem_bb, bbox, dim, eps))
2600         elems->pushBackSilent(ielem);
2601     }
2602   return elems.retn();
2603 }
2604
2605 /*!
2606  * Given a boundary box 'bbox' returns elements 'elems' contained in this 'bbox' or touching 'bbox' (within 'eps' distance).
2607  * Warning 'elems' is incremented during the call so if elems is not empty before call returned elements will be
2608  * added in 'elems' parameter.
2609  */
2610 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::getCellsInBoundingBox(const INTERP_KERNEL::DirectedBoundingBox& bbox, double eps)
2611 {
2612   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> elems=DataArrayInt::New(); elems->alloc(0,1);
2613   if(getMeshDimension()==-1)
2614     {
2615       elems->pushBackSilent(0);
2616       return elems.retn();
2617     }
2618   int dim=getSpaceDimension();
2619   INTERP_KERNEL::AutoPtr<double> elem_bb=new double[2*dim];
2620   const int* conn      = getNodalConnectivity()->getConstPointer();
2621   const int* conn_index= getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
2622   const double* coords = getCoords()->getConstPointer();
2623   int nbOfCells=getNumberOfCells();
2624   for ( int ielem=0; ielem<nbOfCells;ielem++ )
2625     {
2626       for (int i=0; i<dim; i++)
2627         {
2628           elem_bb[i*2]=std::numeric_limits<double>::max();
2629           elem_bb[i*2+1]=-std::numeric_limits<double>::max();
2630         }
2631
2632       for (int inode=conn_index[ielem]+1; inode<conn_index[ielem+1]; inode++)//+1 due to offset of cell type.
2633         {
2634           int node= conn[inode];
2635           if(node>=0)//avoid polyhedron separator
2636             {
2637               for (int idim=0; idim<dim; idim++)
2638                 {
2639                   if ( coords[node*dim+idim] < elem_bb[idim*2] )
2640                     {
2641                       elem_bb[idim*2] = coords[node*dim+idim] ;
2642                     }
2643                   if ( coords[node*dim+idim] > elem_bb[idim*2+1] )
2644                     {
2645                       elem_bb[idim*2+1] = coords[node*dim+idim] ;
2646                     }
2647                 }
2648             }
2649         }
2650       if(intersectsBoundingBox(bbox, elem_bb, dim, eps))
2651         elems->pushBackSilent(ielem);
2652     }
2653   return elems.retn();
2654 }
2655
2656 /*!
2657  * Returns a type of a cell by its id.
2658  *  \param [in] cellId - the id of the cell of interest.
2659  *  \return INTERP_KERNEL::NormalizedCellType - enumeration item describing the cell type.
2660  *  \throw If \a cellId is invalid. Valid range is [0, \a this->getNumberOfCells() ).
2661  */
2662 INTERP_KERNEL::NormalizedCellType MEDCouplingUMesh::getTypeOfCell(int cellId) const
2663 {
2664   const int *ptI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
2665   const int *pt=_nodal_connec->getConstPointer();
2666   if(cellId>=0 && cellId<(int)_nodal_connec_index->getNbOfElems()-1)
2667     return (INTERP_KERNEL::NormalizedCellType) pt[ptI[cellId]];
2668   else
2669     {
2670       std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::getTypeOfCell : Requesting type of cell #" << cellId << " but it should be in [0," << _nodal_connec_index->getNbOfElems()-1 << ") !";
2671       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2672     }
2673 }
2674
2675 /*!
2676  * This method returns a newly allocated array containing cell ids (ascendingly sorted) whose geometric type are equal to type.
2677  * This method does not throw exception if geometric type \a type is not in \a this.
2678  * This method throws an INTERP_KERNEL::Exception if meshdimension of \b this is not equal to those of \b type.
2679  * The coordinates array is not considered here.
2680  *
2681  * \param [in] type the geometric type
2682  * \return cell ids in this having geometric type \a type.
2683  */
2684 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::giveCellsWithType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type) const
2685 {
2686   
2687   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
2688   ret->alloc(0,1);
2689   checkConnectivityFullyDefined();
2690   int nbCells=getNumberOfCells();
2691   int mdim=getMeshDimension();
2692   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(type);
2693   if(mdim!=(int)cm.getDimension())
2694     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::giveCellsWithType : Mismatch between mesh dimension and dimension of the cell !");
2695   const int *ptI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
2696   const int *pt=_nodal_connec->getConstPointer();
2697   for(int i=0;i<nbCells;i++)
2698     {
2699       if((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)pt[ptI[i]]==type)
2700         ret->pushBackSilent(i);
2701     }
2702   return ret.retn();
2703 }
2704
2705 /*!
2706  * Returns nb of cells having the geometric type \a type. No throw if no cells in \a this has the geometric type \a type.
2707  */
2708 int MEDCouplingUMesh::getNumberOfCellsWithType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type) const
2709 {
2710   const int *ptI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
2711   const int *pt=_nodal_connec->getConstPointer();
2712   int nbOfCells=getNumberOfCells();
2713   int ret=0;
2714   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
2715     if((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType) pt[ptI[i]]==type)
2716       ret++;
2717   return ret;
2718 }
2719
2720 /*!
2721  * Returns the nodal connectivity of a given cell.
2722  * The separator of faces within polyhedron connectivity (-1) is not returned, thus
2723  * all returned node ids can be used in getCoordinatesOfNode().
2724  *  \param [in] cellId - an id of the cell of interest.
2725  *  \param [in,out] conn - a vector where the node ids are appended. It is not
2726  *         cleared before the appending.
2727  *  \throw If \a cellId is invalid. Valid range is [0, \a this->getNumberOfCells() ).
2728  */
2729 void MEDCouplingUMesh::getNodeIdsOfCell(int cellId, std::vector<int>& conn) const
2730 {
2731   const int *ptI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
2732   const int *pt=_nodal_connec->getConstPointer();
2733   for(const int *w=pt+ptI[cellId]+1;w!=pt+ptI[cellId+1];w++)
2734     if(*w>=0)
2735       conn.push_back(*w);
2736 }
2737
2738 std::string MEDCouplingUMesh::simpleRepr() const
2739 {
2740   static const char msg0[]="No coordinates specified !";
2741   std::ostringstream ret;
2742   ret << "Unstructured mesh with name : \"" << getName() << "\"\n";
2743   ret << "Description of mesh : \"" << getDescription() << "\"\n";
2744   int tmpp1,tmpp2;
2745   double tt=getTime(tmpp1,tmpp2);
2746   ret << "Time attached to the mesh [unit] : " << tt << " [" << getTimeUnit() << "]\n";
2747   ret << "Iteration : " << tmpp1  << " Order : " << tmpp2 << "\n";
2748   if(_mesh_dim>=-1)
2749     { ret << "Mesh dimension : " << _mesh_dim << "\nSpace dimension : "; }
2750   else
2751     { ret << " Mesh dimension has not been set or is invalid !"; }
2752   if(_coords!=0)
2753     {
2754       const int spaceDim=getSpaceDimension();
2755       ret << spaceDim << "\nInfo attached on space dimension : ";
2756       for(int i=0;i<spaceDim;i++)
2757         ret << "\"" << _coords->getInfoOnComponent(i) << "\" ";
2758       ret << "\n";
2759     }
2760   else
2761     ret << msg0 << "\n";
2762   ret << "Number of nodes : ";
2763   if(_coords!=0)
2764     ret << getNumberOfNodes() << "\n";
2765   else
2766     ret << msg0 << "\n";
2767   ret << "Number of cells : ";
2768   if(_nodal_connec!=0 && _nodal_connec_index!=0)
2769     ret << getNumberOfCells() << "\n";
2770   else
2771     ret << "No connectivity specified !" << "\n";
2772   ret << "Cell types present : ";
2773   for(std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>::const_iterator iter=_types.begin();iter!=_types.end();iter++)
2774     {
2775       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(*iter);
2776       ret << cm.getRepr() << " ";
2777     }
2778   ret << "\n";
2779   return ret.str();
2780 }
2781
2782 std::string MEDCouplingUMesh::advancedRepr() const
2783 {
2784   std::ostringstream ret;
2785   ret << simpleRepr();
2786   ret << "\nCoordinates array : \n___________________\n\n";
2787   if(_coords)
2788     _coords->reprWithoutNameStream(ret);
2789   else
2790     ret << "No array set !\n";
2791   ret << "\n\nConnectivity arrays : \n_____________________\n\n";
2792   reprConnectivityOfThisLL(ret);
2793   return ret.str();
2794 }
2795
2796 /*!
2797  * This method returns a C++ code that is a dump of \a this.
2798  * This method will throw if this is not fully defined.
2799  */
2800 std::string MEDCouplingUMesh::cppRepr() const
2801 {
2802   static const char coordsName[]="coords";
2803   static const char connName[]="conn";
2804   static const char connIName[]="connI";
2805   checkFullyDefined();
2806   std::ostringstream ret; ret << "// coordinates" << std::endl;
2807   _coords->reprCppStream(coordsName,ret); ret << std::endl << "// connectivity" << std::endl;
2808   _nodal_connec->reprCppStream(connName,ret); ret << std::endl;
2809   _nodal_connec_index->reprCppStream(connIName,ret); ret << std::endl;
2810   ret << "MEDCouplingUMesh *mesh=MEDCouplingUMesh::New(\"" << getName() << "\"," << getMeshDimension() << ");" << std::endl;
2811   ret << "mesh->setCoords(" << coordsName << ");" << std::endl;
2812   ret << "mesh->setConnectivity(" << connName << "," << connIName << ",true);" << std::endl;
2813   ret << coordsName << "->decrRef(); " << connName << "->decrRef(); " << connIName << "->decrRef();" << std::endl;
2814   return ret.str();
2815 }
2816
2817 std::string MEDCouplingUMesh::reprConnectivityOfThis() const
2818 {
2819   std::ostringstream ret;
2820   reprConnectivityOfThisLL(ret);
2821   return ret.str();
2822 }
2823
2824 /*!
2825  * This method builds a newly allocated instance (with the same name than \a this) that the caller has the responsability to deal with.
2826  * This method returns an instance with all arrays allocated (connectivity, connectivity index, coordinates)
2827  * but with length of these arrays set to 0. It allows to define an "empty" mesh (with nor cells nor nodes but compliant with
2828  * some algos).
2829  * 
2830  * This method expects that \a this has a mesh dimension set and higher or equal to 0. If not an exception will be thrown.
2831  * This method analyzes the 3 arrays of \a this. For each the following behaviour is done : if the array is null a newly one is created
2832  * with number of tuples set to 0, if not the array is taken as this in the returned instance.
2833  */
2834 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::buildSetInstanceFromThis(int spaceDim) const
2835 {
2836   int mdim=getMeshDimension();
2837   if(mdim<0)
2838     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::buildSetInstanceFromThis : invalid mesh dimension ! Should be >= 0 !");
2839   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret=MEDCouplingUMesh::New(getName().c_str(),mdim);
2840   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp1,tmp2;
2841   bool needToCpyCT=true;
2842   if(!_nodal_connec)
2843     {
2844       tmp1=DataArrayInt::New(); tmp1->alloc(0,1);
2845       needToCpyCT=false;
2846     }
2847   else
2848     {
2849       tmp1=_nodal_connec;
2850       tmp1->incrRef();
2851     }
2852   if(!_nodal_connec_index)
2853     {
2854       tmp2=DataArrayInt::New(); tmp2->alloc(1,1); tmp2->setIJ(0,0,0);
2855       needToCpyCT=false;
2856     }
2857   else
2858     {
2859       tmp2=_nodal_connec_index;
2860       tmp2->incrRef();
2861     }
2862   ret->setConnectivity(tmp1,tmp2,false);
2863   if(needToCpyCT)
2864     ret->_types=_types;
2865   if(!_coords)
2866     {
2867       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> coords=DataArrayDouble::New(); coords->alloc(0,spaceDim);
2868       ret->setCoords(coords);
2869     }
2870   else
2871     ret->setCoords(_coords);
2872   return ret.retn();
2873 }
2874
2875 void MEDCouplingUMesh::reprConnectivityOfThisLL(std::ostringstream& stream) const
2876 {
2877   if(_nodal_connec!=0 && _nodal_connec_index!=0)
2878     {
2879       int nbOfCells=getNumberOfCells();
2880       const int *c=_nodal_connec->getConstPointer();
2881       const int *ci=_nodal_connec_index->getConstPointer();
2882       for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
2883         {
2884           const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)c[ci[i]]);
2885           stream << "Cell #" << i << " " << cm.getRepr() << " : ";
2886           std::copy(c+ci[i]+1,c+ci[i+1],std::ostream_iterator<int>(stream," "));
2887           stream << "\n";
2888         }
2889     }
2890   else
2891     stream << "Connectivity not defined !\n";
2892 }
2893
2894 int MEDCouplingUMesh::getNumberOfNodesInCell(int cellId) const
2895 {
2896   const int *ptI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
2897   const int *pt=_nodal_connec->getConstPointer();
2898   if(pt[ptI[cellId]]!=INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED)
2899     return ptI[cellId+1]-ptI[cellId]-1;
2900   else
2901     return (int)std::count_if(pt+ptI[cellId]+1,pt+ptI[cellId+1],std::bind2nd(std::not_equal_to<int>(),-1));
2902 }
2903
2904 /*!
2905  * Returns types of cells of the specified part of \a this mesh.
2906  * This method avoids computing sub-mesh explicitely to get its types.
2907  *  \param [in] begin - an array of cell ids of interest.
2908  *  \param [in] end - the end of \a begin, i.e. a pointer to its (last+1)-th element.
2909  *  \return std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> - a set of enumeration items
2910  *         describing the cell types. 
2911  *  \throw If the coordinates array is not set.
2912  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
2913  *  \sa getAllTypes()
2914  */
2915 std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> MEDCouplingUMesh::getTypesOfPart(const int *begin, const int *end) const
2916 {
2917   checkFullyDefined();
2918   std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> ret;
2919   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
2920   const int *connIndex=_nodal_connec_index->getConstPointer();
2921   for(const int *w=begin;w!=end;w++)
2922     ret.insert((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[connIndex[*w]]);
2923   return ret;
2924 }
2925
2926 /*!
2927  * Defines the nodal connectivity using given connectivity arrays. Optionally updates
2928  * a set of types of cells constituting \a this mesh. 
2929  * This method is for advanced users having prepared their connectivity before. For
2930  * more info on using this method see \ref MEDCouplingUMeshAdvBuild.
2931  *  \param [in] conn - the nodal connectivity array. 
2932  *  \param [in] connIndex - the nodal connectivity index array.
2933  *  \param [in] isComputingTypes - if \c true, the set of types constituting \a this
2934  *         mesh is updated.
2935  */
2936 void MEDCouplingUMesh::setConnectivity(DataArrayInt *conn, DataArrayInt *connIndex, bool isComputingTypes)
2937 {
2938   DataArrayInt::SetArrayIn(conn,_nodal_connec);
2939   DataArrayInt::SetArrayIn(connIndex,_nodal_connec_index);
2940   if(isComputingTypes)
2941     computeTypes();
2942   declareAsNew();
2943 }
2944
2945 /*!
2946  * Copy constructor. If 'deepCpy' is false \a this is a shallow copy of other.
2947  * If 'deeCpy' is true all arrays (coordinates and connectivities) are deeply copied.
2948  */
2949 MEDCouplingUMesh::MEDCouplingUMesh(const MEDCouplingUMesh& other, bool deepCopy):MEDCouplingPointSet(other,deepCopy),_mesh_dim(other._mesh_dim),
2950                                                                                  _nodal_connec(0),_nodal_connec_index(0),
2951                                                                                 _types(other._types)
2952 {
2953   if(other._nodal_connec)
2954     _nodal_connec=other._nodal_connec->performCpy(deepCopy);
2955   if(other._nodal_connec_index)
2956     _nodal_connec_index=other._nodal_connec_index->performCpy(deepCopy);
2957 }
2958
2959 MEDCouplingUMesh::~MEDCouplingUMesh()
2960 {
2961   if(_nodal_connec)
2962     _nodal_connec->decrRef();
2963   if(_nodal_connec_index)
2964     _nodal_connec_index->decrRef();
2965 }
2966
2967 /*!
2968  * Recomputes a set of cell types of \a this mesh. For more info see
2969  * \ref MEDCouplingUMeshNodalConnectivity.
2970  */
2971 void MEDCouplingUMesh::computeTypes()
2972 {
2973   if(_nodal_connec && _nodal_connec_index)
2974     {
2975       _types.clear();
2976       const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
2977       const int *connIndex=_nodal_connec_index->getConstPointer();
2978       int nbOfElem=_nodal_connec_index->getNbOfElems()-1;
2979       if (nbOfElem > 0)
2980         for(const int *pt=connIndex;pt !=connIndex+nbOfElem;pt++)
2981           _types.insert((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[*pt]);
2982     }
2983 }
2984
2985 /*!
2986  * This method checks that all arrays are set. If yes nothing done if no an exception is thrown.
2987  */
2988 void MEDCouplingUMesh::checkFullyDefined() const
2989 {
2990   if(!_nodal_connec_index || !_nodal_connec || !_coords)
2991     throw INTERP_KERNEL::Exception("Reverse nodal connectivity computation requires full connectivity and coordinates set in unstructured mesh.");
2992 }
2993
2994 /*!
2995  * This method checks that all connectivity arrays are set. If yes nothing done if no an exception is thrown.
2996  */
2997 void MEDCouplingUMesh::checkConnectivityFullyDefined() const
2998 {
2999   if(!_nodal_connec_index || !_nodal_connec)
3000     throw INTERP_KERNEL::Exception("Reverse nodal connectivity computation requires full connectivity set in unstructured mesh.");
3001 }
3002
3003 /*!
3004  * Returns a number of cells constituting \a this mesh. 
3005  *  \return int - the number of cells in \a this mesh.
3006  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
3007  */
3008 int MEDCouplingUMesh::getNumberOfCells() const
3009
3010   if(_nodal_connec_index)
3011     return _nodal_connec_index->getNumberOfTuples()-1;
3012   else
3013     if(_mesh_dim==-1)
3014       return 1;
3015     else
3016       throw INTERP_KERNEL::Exception("Unable to get number of cells because no connectivity specified !");
3017 }
3018
3019 /*!
3020  * Returns a dimension of \a this mesh, i.e. a dimension of cells constituting \a this
3021  * mesh. For more info see \ref MEDCouplingMeshesPage.
3022  *  \return int - the dimension of \a this mesh.
3023  *  \throw If the mesh dimension is not defined using setMeshDimension().
3024  */
3025 int MEDCouplingUMesh::getMeshDimension() const
3026 {
3027   if(_mesh_dim<-1)
3028     throw INTERP_KERNEL::Exception("No mesh dimension specified !");
3029   return _mesh_dim;
3030 }
3031
3032 /*!
3033  * Returns a length of the nodal connectivity array.
3034  * This method is for test reason. Normally the integer returned is not useable by
3035  * user.  For more info see \ref MEDCouplingUMeshNodalConnectivity.
3036  *  \return int - the length of the nodal connectivity array.
3037  */
3038 int MEDCouplingUMesh::getMeshLength() const
3039 {
3040   return _nodal_connec->getNbOfElems();
3041 }
3042
3043 /*!
3044  * First step of serialization process. Used by ParaMEDMEM and MEDCouplingCorba to transfert data between process.
3045  */
3046 void MEDCouplingUMesh::getTinySerializationInformation(std::vector<double>& tinyInfoD, std::vector<int>& tinyInfo, std::vector<std::string>& littleStrings) const
3047 {
3048   MEDCouplingPointSet::getTinySerializationInformation(tinyInfoD,tinyInfo,littleStrings);
3049   tinyInfo.push_back(getMeshDimension());
3050   tinyInfo.push_back(getNumberOfCells());
3051   if(_nodal_connec)
3052     tinyInfo.push_back(getMeshLength());
3053   else
3054     tinyInfo.push_back(-1);
3055 }
3056
3057 /*!
3058  * First step of unserialization process.
3059  */
3060 bool MEDCouplingUMesh::isEmptyMesh(const std::vector<int>& tinyInfo) const
3061 {
3062   return tinyInfo[6]<=0;
3063 }
3064
3065 /*!
3066  * Second step of serialization process.
3067  * \param tinyInfo must be equal to the result given by getTinySerializationInformation method.
3068  */
3069 void MEDCouplingUMesh::resizeForUnserialization(const std::vector<int>& tinyInfo, DataArrayInt *a1, DataArrayDouble *a2, std::vector<std::string>& littleStrings) const
3070 {
3071   MEDCouplingPointSet::resizeForUnserialization(tinyInfo,a1,a2,littleStrings);
3072   if(tinyInfo[5]!=-1)
3073     a1->alloc(tinyInfo[7]+tinyInfo[6]+1,1);
3074 }
3075
3076 /*!
3077  * Third and final step of serialization process.
3078  */
3079 void MEDCouplingUMesh::serialize(DataArrayInt *&a1, DataArrayDouble *&a2) const
3080 {
3081   MEDCouplingPointSet::serialize(a1,a2);
3082   if(getMeshDimension()>-1)
3083     {
3084       a1=DataArrayInt::New();
3085       a1->alloc(getMeshLength()+getNumberOfCells()+1,1);
3086       int *ptA1=a1->getPointer();
3087       const int *conn=getNodalConnectivity()->getConstPointer();
3088       const int *index=getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
3089       ptA1=std::copy(index,index+getNumberOfCells()+1,ptA1);
3090       std::copy(conn,conn+getMeshLength(),ptA1);
3091     }
3092   else
3093     a1=0;
3094 }
3095
3096 /*!
3097  * Second and final unserialization process.
3098  * \param tinyInfo must be equal to the result given by getTinySerializationInformation method.
3099  */
3100 void MEDCouplingUMesh::unserialization(const std::vector<double>& tinyInfoD, const std::vector<int>& tinyInfo, const DataArrayInt *a1, DataArrayDouble *a2, const std::vector<std::string>& littleStrings)
3101 {
3102   MEDCouplingPointSet::unserialization(tinyInfoD,tinyInfo,a1,a2,littleStrings);
3103   setMeshDimension(tinyInfo[5]);
3104   if(tinyInfo[7]!=-1)
3105     {
3106       // Connectivity
3107       const int *recvBuffer=a1->getConstPointer();
3108       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> myConnecIndex=DataArrayInt::New();
3109       myConnecIndex->alloc(tinyInfo[6]+1,1);
3110       std::copy(recvBuffer,recvBuffer+tinyInfo[6]+1,myConnecIndex->getPointer());
3111       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> myConnec=DataArrayInt::New();
3112       myConnec->alloc(tinyInfo[7],1);
3113       std::copy(recvBuffer+tinyInfo[6]+1,recvBuffer+tinyInfo[6]+1+tinyInfo[7],myConnec->getPointer());
3114       setConnectivity(myConnec, myConnecIndex);
3115     }
3116 }
3117
3118 /*!
3119  * This is the low algorithm of MEDCouplingUMesh::buildPartOfMySelf2.
3120  * CellIds are given using range specified by a start an end and step.
3121  */
3122 MEDCouplingPointSet *MEDCouplingUMesh::buildPartOfMySelfKeepCoords2(int start, int end, int step) const
3123 {
3124   checkFullyDefined();
3125   int ncell=getNumberOfCells();
3126   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret=MEDCouplingUMesh::New();
3127   ret->_mesh_dim=_mesh_dim;
3128   ret->setCoords(_coords);
3129   int newNbOfCells=DataArray::GetNumberOfItemGivenBESRelative(start,end,step,"MEDCouplingUMesh::buildPartOfMySelfKeepCoords2 : ");
3130   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConnI=DataArrayInt::New(); newConnI->alloc(newNbOfCells+1,1);
3131   int *newConnIPtr=newConnI->getPointer(); *newConnIPtr=0;
3132   int work=start;
3133   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
3134   const int *connIndex=_nodal_connec_index->getConstPointer();
3135   for(int i=0;i<newNbOfCells;i++,newConnIPtr++,work+=step)
3136     {
3137       if(work>=0 && work<ncell)
3138         {
3139           newConnIPtr[1]=newConnIPtr[0]+connIndex[work+1]-connIndex[work];
3140         }
3141       else
3142         {
3143           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::buildPartOfMySelfKeepCoords2 : On pos #" << i << " input cell id =" << work << " should be in [0," << ncell << ") !";
3144           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
3145         }
3146     }
3147   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConn=DataArrayInt::New(); newConn->alloc(newConnIPtr[0],1);
3148   int *newConnPtr=newConn->getPointer();
3149   std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> types;
3150   work=start;
3151   for(int i=0;i<newNbOfCells;i++,newConnIPtr++,work+=step)
3152     {
3153       types.insert((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[connIndex[work]]);
3154       newConnPtr=std::copy(conn+connIndex[work],conn+connIndex[work+1],newConnPtr);
3155     }
3156   ret->setConnectivity(newConn,newConnI,false);
3157   ret->_types=types;
3158   ret->copyTinyInfoFrom(this);
3159   return ret.retn();
3160 }
3161
3162 /*!
3163  * This is the low algorithm of MEDCouplingUMesh::buildPartOfMySelf.
3164  * Keeps from \a this only cells which constituing point id are in the ids specified by [ \a begin,\a end ).
3165  * The return newly allocated mesh will share the same coordinates as \a this.
3166  */
3167 MEDCouplingPointSet *MEDCouplingUMesh::buildPartOfMySelfKeepCoords(const int *begin, const int *end) const
3168 {
3169   checkConnectivityFullyDefined();
3170   int ncell=getNumberOfCells();
3171   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret=MEDCouplingUMesh::New();
3172   ret->_mesh_dim=_mesh_dim;
3173   ret->setCoords(_coords);
3174   std::size_t nbOfElemsRet=std::distance(begin,end);
3175   int *connIndexRet=(int *)malloc((nbOfElemsRet+1)*sizeof(int));
3176   connIndexRet[0]=0;
3177   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
3178   const int *connIndex=_nodal_connec_index->getConstPointer();
3179   int newNbring=0;
3180   for(const int *work=begin;work!=end;work++,newNbring++)
3181     {
3182       if(*work>=0 && *work<ncell)
3183         connIndexRet[newNbring+1]=connIndexRet[newNbring]+connIndex[*work+1]-connIndex[*work];
3184       else
3185         {
3186           free(connIndexRet);
3187           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::buildPartOfMySelfKeepCoords : On pos #" << std::distance(begin,work) << " input cell id =" << *work << " should be in [0," << ncell << ") !";
3188           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
3189         }
3190     }
3191   int *connRet=(int *)malloc(connIndexRet[nbOfElemsRet]*sizeof(int));
3192   int *connRetWork=connRet;
3193   std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> types;
3194   for(const int *work=begin;work!=end;work++)
3195     {
3196       types.insert((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[connIndex[*work]]);
3197       connRetWork=std::copy(conn+connIndex[*work],conn+connIndex[*work+1],connRetWork);
3198     }
3199   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> connRetArr=DataArrayInt::New();
3200   connRetArr->useArray(connRet,true,C_DEALLOC,connIndexRet[nbOfElemsRet],1);
3201   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> connIndexRetArr=DataArrayInt::New();
3202   connIndexRetArr->useArray(connIndexRet,true,C_DEALLOC,(int)nbOfElemsRet+1,1);
3203   ret->setConnectivity(connRetArr,connIndexRetArr,false);
3204   ret->_types=types;
3205   ret->copyTinyInfoFrom(this);
3206   return ret.retn();
3207 }
3208
3209 /*!
3210  * Returns a new MEDCouplingFieldDouble containing volumes of cells constituting \a this
3211  * mesh.<br>
3212  * For 1D cells, the returned field contains lengths.<br>
3213  * For 2D cells, the returned field contains areas.<br>
3214  * For 3D cells, the returned field contains volumes.
3215  *  \param [in] isAbs - if \c true, the computed cell volume does not reflect cell
3216  *         orientation, i.e. the volume is always positive.
3217  *  \return MEDCouplingFieldDouble * - a new instance of MEDCouplingFieldDouble on cells
3218  *         and one time . The caller is to delete this field using decrRef() as it is no
3219  *         more needed.
3220  */
3221 MEDCouplingFieldDouble *MEDCouplingUMesh::getMeasureField(bool isAbs) const
3222 {
3223   std::string name="MeasureOfMesh_";
3224   name+=getName();
3225   int nbelem=getNumberOfCells();
3226   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingFieldDouble> field=MEDCouplingFieldDouble::New(ON_CELLS,ONE_TIME);
3227   field->setName(name.c_str());
3228   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> array=DataArrayDouble::New();
3229   array->alloc(nbelem,1);
3230   double *area_vol=array->getPointer();
3231   field->setArray(array) ; array=0;
3232   field->setMesh(const_cast<MEDCouplingUMesh *>(this));
3233   field->synchronizeTimeWithMesh();
3234   if(getMeshDimension()!=-1)
3235     {
3236       int ipt;
3237       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type;
3238       int dim_space=getSpaceDimension();
3239       const double *coords=getCoords()->getConstPointer();
3240       const int *connec=getNodalConnectivity()->getConstPointer();
3241       const int *connec_index=getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
3242       for(int iel=0;iel<nbelem;iel++)
3243         {
3244           ipt=connec_index[iel];
3245           type=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)connec[ipt];
3246           area_vol[iel]=INTERP_KERNEL::computeVolSurfOfCell2<int,INTERP_KERNEL::ALL_C_MODE>(type,connec+ipt+1,connec_index[iel+1]-ipt-1,coords,dim_space);
3247         }
3248       if(isAbs)
3249         std::transform(area_vol,area_vol+nbelem,area_vol,std::ptr_fun<double,double>(fabs));
3250     }
3251   else
3252     {
3253       area_vol[0]=std::numeric_limits<double>::max();
3254     }
3255   return field.retn();
3256 }
3257
3258 /*!
3259  * Returns a new DataArrayDouble containing volumes of specified cells of \a this
3260  * mesh.<br>
3261  * For 1D cells, the returned array contains lengths.<br>
3262  * For 2D cells, the returned array contains areas.<br>
3263  * For 3D cells, the returned array contains volumes.
3264  * This method avoids building explicitly a part of \a this mesh to perform the work.
3265  *  \param [in] isAbs - if \c true, the computed cell volume does not reflect cell
3266  *         orientation, i.e. the volume is always positive.
3267  *  \param [in] begin - an array of cell ids of interest.
3268  *  \param [in] end - the end of \a begin, i.e. a pointer to its (last+1)-th element.
3269  *  \return DataArrayDouble * - a new instance of DataArrayDouble. The caller is to
3270  *          delete this array using decrRef() as it is no more needed.
3271  * 
3272  *  \ref cpp_mcumesh_getPartMeasureField "Here is a C++ example".<br>
3273  *  \ref  py_mcumesh_getPartMeasureField "Here is a Python example".
3274  *  \sa getMeasureField()
3275  */
3276 DataArrayDouble *MEDCouplingUMesh::getPartMeasureField(bool isAbs, const int *begin, const int *end) const
3277 {
3278   std::string name="PartMeasureOfMesh_";
3279   name+=getName();
3280   int nbelem=(int)std::distance(begin,end);
3281   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> array=DataArrayDouble::New();
3282   array->setName(name.c_str());
3283   array->alloc(nbelem,1);
3284   double *area_vol=array->getPointer();
3285   if(getMeshDimension()!=-1)
3286     {
3287       int ipt;
3288       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type;
3289       int dim_space=getSpaceDimension();
3290       const double *coords=getCoords()->getConstPointer();
3291       const int *connec=getNodalConnectivity()->getConstPointer();
3292       const int *connec_index=getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
3293       for(const int *iel=begin;iel!=end;iel++)
3294         {
3295           ipt=connec_index[*iel];
3296           type=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)connec[ipt];
3297           *area_vol++=INTERP_KERNEL::computeVolSurfOfCell2<int,INTERP_KERNEL::ALL_C_MODE>(type,connec+ipt+1,connec_index[*iel+1]-ipt-1,coords,dim_space);
3298         }
3299       if(isAbs)
3300         std::transform(array->getPointer(),area_vol,array->getPointer(),std::ptr_fun<double,double>(fabs));
3301     }
3302   else
3303     {
3304       area_vol[0]=std::numeric_limits<double>::max();
3305     }
3306   return array.retn();
3307 }
3308
3309 /*!
3310  * Returns a new MEDCouplingFieldDouble containing volumes of cells of a dual mesh of
3311  * \a this one. The returned field contains the dual cell volume for each corresponding
3312  * node in \a this mesh. In other words, the field returns the getMeasureField() of
3313  *  the dual mesh in P1 sens of \a this.<br>
3314  * For 1D cells, the returned field contains lengths.<br>
3315  * For 2D cells, the returned field contains areas.<br>
3316  * For 3D cells, the returned field contains volumes.
3317  * This method is useful to check "P1*" conservative interpolators.
3318  *  \param [in] isAbs - if \c true, the computed cell volume does not reflect cell
3319  *         orientation, i.e. the volume is always positive.
3320  *  \return MEDCouplingFieldDouble * - a new instance of MEDCouplingFieldDouble on
3321  *          nodes and one time. The caller is to delete this array using decrRef() as
3322  *          it is no more needed.
3323  */
3324 MEDCouplingFieldDouble *MEDCouplingUMesh::getMeasureFieldOnNode(bool isAbs) const
3325 {
3326   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingFieldDouble> tmp=getMeasureField(isAbs);
3327   std::string name="MeasureOnNodeOfMesh_";
3328   name+=getName();
3329   int nbNodes=getNumberOfNodes();
3330   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingFieldDouble> ret=MEDCouplingFieldDouble::New(ON_NODES);
3331   double cst=1./((double)getMeshDimension()+1.);
3332   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> array=DataArrayDouble::New();
3333   array->alloc(nbNodes,1);
3334   double *valsToFill=array->getPointer();
3335   std::fill(valsToFill,valsToFill+nbNodes,0.);
3336   const double *values=tmp->getArray()->getConstPointer();
3337   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> da=DataArrayInt::New();
3338   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> daInd=DataArrayInt::New();
3339   getReverseNodalConnectivity(da,daInd);
3340   const int *daPtr=da->getConstPointer();
3341   const int *daIPtr=daInd->getConstPointer();
3342   for(int i=0;i<nbNodes;i++)
3343     for(const int *cell=daPtr+daIPtr[i];cell!=daPtr+daIPtr[i+1];cell++)
3344       valsToFill[i]+=cst*values[*cell];
3345   ret->setMesh(this);
3346   ret->setArray(array);
3347   return ret.retn();
3348 }
3349
3350 /*!
3351  * Returns a new MEDCouplingFieldDouble holding normal vectors to cells of \a this
3352  * mesh. The returned normal vectors to each cell have a norm2 equal to 1.
3353  * The computed vectors have <em> this->getMeshDimension()+1 </em> components
3354  * and are normalized.
3355  * <br> \a this can be either 
3356  * - a  2D mesh in 2D or 3D space or 
3357  * - an 1D mesh in 2D space.
3358  * 
3359  *  \return MEDCouplingFieldDouble * - a new instance of MEDCouplingFieldDouble on
3360  *          cells and one time. The caller is to delete this field using decrRef() as
3361  *          it is no more needed.
3362  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
3363  *  \throw If the coordinates array is not set.
3364  *  \throw If the mesh dimension is not set.
3365  *  \throw If the mesh and space dimension is not as specified above.
3366  */
3367 MEDCouplingFieldDouble *MEDCouplingUMesh::buildOrthogonalField() const
3368 {
3369   if((getMeshDimension()!=2) && (getMeshDimension()!=1 || getSpaceDimension()!=2))
3370     throw INTERP_KERNEL::Exception("Expected a umesh with ( meshDim == 2 spaceDim == 2 or 3 ) or ( meshDim == 1 spaceDim == 2 ) !");
3371   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingFieldDouble> ret=MEDCouplingFieldDouble::New(ON_CELLS,ONE_TIME);
3372   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> array=DataArrayDouble::New();
3373   int nbOfCells=getNumberOfCells();
3374   int nbComp=getMeshDimension()+1;
3375   array->alloc(nbOfCells,nbComp);
3376   double *vals=array->getPointer();
3377   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
3378   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
3379   const double *coords=_coords->getConstPointer();
3380   if(getMeshDimension()==2)
3381     {
3382       if(getSpaceDimension()==3)
3383         {
3384           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> loc=getBarycenterAndOwner();
3385           const double *locPtr=loc->getConstPointer();
3386           for(int i=0;i<nbOfCells;i++,vals+=3)
3387             {
3388               int offset=connI[i];
3389               INTERP_KERNEL::crossprod<3>(locPtr+3*i,coords+3*conn[offset+1],coords+3*conn[offset+2],vals);
3390               double n=INTERP_KERNEL::norm<3>(vals);
3391               std::transform(vals,vals+3,vals,std::bind2nd(std::multiplies<double>(),1./n));
3392             }
3393         }
3394       else
3395         {
3396           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingFieldDouble> isAbs=getMeasureField(false);
3397           const double *isAbsPtr=isAbs->getArray()->begin();
3398           for(int i=0;i<nbOfCells;i++,isAbsPtr++)
3399             { vals[3*i]=0.; vals[3*i+1]=0.; vals[3*i+2]=*isAbsPtr>0.?1.:-1.; }
3400         }
3401     }
3402   else//meshdimension==1
3403     {
3404       double tmp[2];
3405       for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
3406         {
3407           int offset=connI[i];
3408           std::transform(coords+2*conn[offset+2],coords+2*conn[offset+2]+2,coords+2*conn[offset+1],tmp,std::minus<double>());
3409           double n=INTERP_KERNEL::norm<2>(tmp);
3410           std::transform(tmp,tmp+2,tmp,std::bind2nd(std::multiplies<double>(),1./n));
3411           *vals++=-tmp[1];
3412           *vals++=tmp[0];
3413         }
3414     }
3415   ret->setArray(array);
3416   ret->setMesh(this);
3417   ret->synchronizeTimeWithSupport();
3418   return ret.retn();
3419 }
3420
3421 /*!
3422  * Returns a new MEDCouplingFieldDouble holding normal vectors to specified cells of
3423  * \a this mesh. The computed vectors have <em> this->getMeshDimension()+1 </em> components
3424  * and are normalized.
3425  * <br> \a this can be either 
3426  * - a  2D mesh in 2D or 3D space or 
3427  * - an 1D mesh in 2D space.
3428  * 
3429  * This method avoids building explicitly a part of \a this mesh to perform the work.
3430  *  \param [in] begin - an array of cell ids of interest.
3431  *  \param [in] end - the end of \a begin, i.e. a pointer to its (last+1)-th element.
3432  *  \return MEDCouplingFieldDouble * - a new instance of MEDCouplingFieldDouble on
3433  *          cells and one time. The caller is to delete this field using decrRef() as
3434  *          it is no more needed.
3435  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
3436  *  \throw If the coordinates array is not set.
3437  *  \throw If the mesh dimension is not set.
3438  *  \throw If the mesh and space dimension is not as specified above.
3439  *  \sa buildOrthogonalField()
3440  *
3441  *  \ref cpp_mcumesh_buildPartOrthogonalField "Here is a C++ example".<br>
3442  *  \ref  py_mcumesh_buildPartOrthogonalField "Here is a Python example".
3443  */
3444 MEDCouplingFieldDouble *MEDCouplingUMesh::buildPartOrthogonalField(const int *begin, const int *end) const
3445 {
3446   if((getMeshDimension()!=2) && (getMeshDimension()!=1 || getSpaceDimension()!=2))
3447     throw INTERP_KERNEL::Exception("Expected a umesh with ( meshDim == 2 spaceDim == 2 or 3 ) or ( meshDim == 1 spaceDim == 2 ) !");
3448   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingFieldDouble> ret=MEDCouplingFieldDouble::New(ON_CELLS,ONE_TIME);
3449   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> array=DataArrayDouble::New();
3450   std::size_t nbelems=std::distance(begin,end);
3451   int nbComp=getMeshDimension()+1;
3452   array->alloc((int)nbelems,nbComp);
3453   double *vals=array->getPointer();
3454   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
3455   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
3456   const double *coords=_coords->getConstPointer();
3457   if(getMeshDimension()==2)
3458     {
3459       if(getSpaceDimension()==3)
3460         {
3461           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> loc=getPartBarycenterAndOwner(begin,end);
3462           const double *locPtr=loc->getConstPointer();
3463           for(const int *i=begin;i!=end;i++,vals+=3,locPtr+=3)
3464             {
3465               int offset=connI[*i];
3466               INTERP_KERNEL::crossprod<3>(locPtr,coords+3*conn[offset+1],coords+3*conn[offset+2],vals);
3467               double n=INTERP_KERNEL::norm<3>(vals);
3468               std::transform(vals,vals+3,vals,std::bind2nd(std::multiplies<double>(),1./n));
3469             }
3470         }
3471       else
3472         {
3473           for(std::size_t i=0;i<nbelems;i++)
3474             { vals[3*i]=0.; vals[3*i+1]=0.; vals[3*i+2]=1.; }
3475         }
3476     }
3477   else//meshdimension==1
3478     {
3479       double tmp[2];
3480       for(const int *i=begin;i!=end;i++)
3481         {
3482           int offset=connI[*i];
3483           std::transform(coords+2*conn[offset+2],coords+2*conn[offset+2]+2,coords+2*conn[offset+1],tmp,std::minus<double>());
3484           double n=INTERP_KERNEL::norm<2>(tmp);
3485           std::transform(tmp,tmp+2,tmp,std::bind2nd(std::multiplies<double>(),1./n));
3486           *vals++=-tmp[1];
3487           *vals++=tmp[0];
3488         }
3489     }
3490   ret->setArray(array);
3491   ret->setMesh(this);
3492   ret->synchronizeTimeWithSupport();
3493   return ret.retn();
3494 }
3495
3496 /*!
3497  * Returns a new MEDCouplingFieldDouble holding a direction vector for each SEG2 in \a
3498  * this 1D mesh. The computed vectors have <em> this->getSpaceDimension() </em> components
3499  * and are \b not normalized.
3500  *  \return MEDCouplingFieldDouble * - a new instance of MEDCouplingFieldDouble on
3501  *          cells and one time. The caller is to delete this field using decrRef() as
3502  *          it is no more needed.
3503  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
3504  *  \throw If the coordinates array is not set.
3505  *  \throw If \a this->getMeshDimension() != 1.
3506  *  \throw If \a this mesh includes cells of type other than SEG2.
3507  */
3508 MEDCouplingFieldDouble *MEDCouplingUMesh::buildDirectionVectorField() const
3509 {
3510    if(getMeshDimension()!=1)
3511     throw INTERP_KERNEL::Exception("Expected a umesh with meshDim == 1 for buildDirectionVectorField !");
3512    if(_types.size()!=1 || *(_types.begin())!=INTERP_KERNEL::NORM_SEG2)
3513      throw INTERP_KERNEL::Exception("Expected a umesh with only NORM_SEG2 type of elements for buildDirectionVectorField !");
3514    MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingFieldDouble> ret=MEDCouplingFieldDouble::New(ON_CELLS,ONE_TIME);
3515    MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> array=DataArrayDouble::New();
3516    int nbOfCells=getNumberOfCells();
3517    int spaceDim=getSpaceDimension();
3518    array->alloc(nbOfCells,spaceDim);
3519    double *pt=array->getPointer();
3520    const double *coo=getCoords()->getConstPointer();
3521    std::vector<int> conn;
3522    conn.reserve(2);
3523    for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
3524      {
3525        conn.resize(0);
3526        getNodeIdsOfCell(i,conn);
3527        pt=std::transform(coo+conn[1]*spaceDim,coo+(conn[1]+1)*spaceDim,coo+conn[0]*spaceDim,pt,std::minus<double>());
3528      }
3529    ret->setArray(array);
3530    ret->setMesh(this);
3531    ret->synchronizeTimeWithSupport();
3532    return ret.retn();   
3533 }
3534
3535 /*!
3536  * Creates a 2D mesh by cutting \a this 3D mesh with a plane. In addition to the mesh,
3537  * returns a new DataArrayInt, of length equal to the number of 2D cells in the result
3538  * mesh, holding, for each cell in the result mesh, an id of a 3D cell it comes
3539  * from. If a result face is shared by two 3D cells, then the face in included twice in
3540  * the result mesh.
3541  *  \param [in] origin - 3 components of a point defining location of the plane.
3542  *  \param [in] vec - 3 components of a vector normal to the plane. Vector magnitude
3543  *         must be greater than 1e-6.
3544  *  \param [in] eps - half-thickness of the plane.
3545  *  \param [out] cellIds - a new instance of DataArrayInt holding ids of 3D cells
3546  *         producing correspondent 2D cells. The caller is to delete this array
3547  *         using decrRef() as it is no more needed.
3548  *  \return MEDCouplingUMesh * - a new instance of MEDCouplingUMesh. This mesh does
3549  *         not share the node coordinates array with \a this mesh. The caller is to
3550  *         delete this mesh using decrRef() as it is no more needed.  
3551  *  \throw If the coordinates array is not set.
3552  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
3553  *  \throw If \a this->getMeshDimension() != 3 or \a this->getSpaceDimension() != 3.
3554  *  \throw If magnitude of \a vec is less than 1e-6.
3555  *  \throw If the plane does not intersect any 3D cell of \a this mesh.
3556  *  \throw If \a this includes quadratic cells.
3557  */
3558 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::buildSlice3D(const double *origin, const double *vec, double eps, DataArrayInt *&cellIds) const
3559 {
3560   checkFullyDefined();
3561   if(getMeshDimension()!=3 || getSpaceDimension()!=3)
3562     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::buildSlice3D works on umeshes with meshdim equal to 3 and spaceDim equal to 3 too!");
3563   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> candidates=getCellIdsCrossingPlane(origin,vec,eps);
3564   if(candidates->empty())
3565     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::buildSlice3D : No 3D cells in this intercepts the specified plane considering bounding boxes !");
3566   std::vector<int> nodes;
3567   DataArrayInt *cellIds1D=0;
3568   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> subMesh=static_cast<MEDCouplingUMesh*>(buildPartOfMySelf(candidates->begin(),candidates->end(),false));
3569   subMesh->findNodesOnPlane(origin,vec,eps,nodes);
3570   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> desc1=DataArrayInt::New(),desc2=DataArrayInt::New();
3571   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> descIndx1=DataArrayInt::New(),descIndx2=DataArrayInt::New();
3572   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> revDesc1=DataArrayInt::New(),revDesc2=DataArrayInt::New();
3573   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> revDescIndx1=DataArrayInt::New(),revDescIndx2=DataArrayInt::New();
3574   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> mDesc2=subMesh->buildDescendingConnectivity(desc2,descIndx2,revDesc2,revDescIndx2);//meshDim==2 spaceDim==3
3575   revDesc2=0; revDescIndx2=0;
3576   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> mDesc1=mDesc2->buildDescendingConnectivity(desc1,descIndx1,revDesc1,revDescIndx1);//meshDim==1 spaceDim==3
3577   revDesc1=0; revDescIndx1=0;
3578   mDesc1->fillCellIdsToKeepFromNodeIds(&nodes[0],&nodes[0]+nodes.size(),true,cellIds1D);
3579   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellIds1DTmp(cellIds1D);
3580   //
3581   std::vector<int> cut3DCurve(mDesc1->getNumberOfCells(),-2);
3582   for(const int *it=cellIds1D->begin();it!=cellIds1D->end();it++)
3583     cut3DCurve[*it]=-1;
3584   mDesc1->split3DCurveWithPlane(origin,vec,eps,cut3DCurve);
3585   std::vector< std::pair<int,int> > cut3DSurf(mDesc2->getNumberOfCells());
3586   AssemblyForSplitFrom3DCurve(cut3DCurve,nodes,mDesc2->getNodalConnectivity()->getConstPointer(),mDesc2->getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer(),
3587                               mDesc1->getNodalConnectivity()->getConstPointer(),mDesc1->getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer(),
3588                               desc1->getConstPointer(),descIndx1->getConstPointer(),cut3DSurf);
3589   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> conn(DataArrayInt::New()),connI(DataArrayInt::New()),cellIds2(DataArrayInt::New());
3590   connI->pushBackSilent(0); conn->alloc(0,1); cellIds2->alloc(0,1);
3591   subMesh->assemblyForSplitFrom3DSurf(cut3DSurf,desc2->getConstPointer(),descIndx2->getConstPointer(),conn,connI,cellIds2);
3592   if(cellIds2->empty())
3593     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::buildSlice3D : No 3D cells in this intercepts the specified plane !");
3594   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret=MEDCouplingUMesh::New("Slice3D",2);
3595   ret->setCoords(mDesc1->getCoords());
3596   ret->setConnectivity(conn,connI,true);
3597   cellIds=candidates->selectByTupleId(cellIds2->begin(),cellIds2->end());
3598   return ret.retn();
3599 }
3600
3601 /*!
3602  * Creates an 1D mesh by cutting \a this 2D mesh in 3D space with a plane. In
3603 addition to the mesh, returns a new DataArrayInt, of length equal to the number of 1D cells in the result mesh, holding, for each cell in the result mesh, an id of a 2D cell it comes
3604 from. If a result segment is shared by two 2D cells, then the segment in included twice in
3605 the result mesh.
3606  *  \param [in] origin - 3 components of a point defining location of the plane.
3607  *  \param [in] vec - 3 components of a vector normal to the plane. Vector magnitude
3608  *         must be greater than 1e-6.
3609  *  \param [in] eps - half-thickness of the plane.
3610  *  \param [out] cellIds - a new instance of DataArrayInt holding ids of faces
3611  *         producing correspondent segments. The caller is to delete this array
3612  *         using decrRef() as it is no more needed.
3613  *  \return MEDCouplingUMesh * - a new instance of MEDCouplingUMesh. This is an 1D
3614  *         mesh in 3D space. This mesh does not share the node coordinates array with
3615  *         \a this mesh. The caller is to delete this mesh using decrRef() as it is
3616  *         no more needed. 
3617  *  \throw If the coordinates array is not set.
3618  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
3619  *  \throw If \a this->getMeshDimension() != 2 or \a this->getSpaceDimension() != 3.
3620  *  \throw If magnitude of \a vec is less than 1e-6.
3621  *  \throw If the plane does not intersect any 2D cell of \a this mesh.
3622  *  \throw If \a this includes quadratic cells.
3623  */
3624 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::buildSlice3DSurf(const double *origin, const double *vec, double eps, DataArrayInt *&cellIds) const
3625 {
3626   checkFullyDefined();
3627   if(getMeshDimension()!=2 || getSpaceDimension()!=3)
3628     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::buildSlice3DSurf works on umeshes with meshdim equal to 2 and spaceDim equal to 3 !");
3629   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> candidates=getCellIdsCrossingPlane(origin,vec,eps);
3630   if(candidates->empty())
3631     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::buildSlice3DSurf : No 3D surf cells in this intercepts the specified plane considering bounding boxes !");
3632   std::vector<int> nodes;
3633   DataArrayInt *cellIds1D=0;
3634   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> subMesh=static_cast<MEDCouplingUMesh*>(buildPartOfMySelf(candidates->begin(),candidates->end(),false));
3635   subMesh->findNodesOnPlane(origin,vec,eps,nodes);
3636   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> desc1=DataArrayInt::New();
3637   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> descIndx1=DataArrayInt::New();
3638   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> revDesc1=DataArrayInt::New();
3639   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> revDescIndx1=DataArrayInt::New();
3640   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> mDesc1=subMesh->buildDescendingConnectivity(desc1,descIndx1,revDesc1,revDescIndx1);//meshDim==1 spaceDim==3
3641   mDesc1->fillCellIdsToKeepFromNodeIds(&nodes[0],&nodes[0]+nodes.size(),true,cellIds1D);
3642   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellIds1DTmp(cellIds1D);
3643   //
3644   std::vector<int> cut3DCurve(mDesc1->getNumberOfCells(),-2);
3645   for(const int *it=cellIds1D->begin();it!=cellIds1D->end();it++)
3646     cut3DCurve[*it]=-1;
3647   mDesc1->split3DCurveWithPlane(origin,vec,eps,cut3DCurve);
3648   int ncellsSub=subMesh->getNumberOfCells();
3649   std::vector< std::pair<int,int> > cut3DSurf(ncellsSub);
3650   AssemblyForSplitFrom3DCurve(cut3DCurve,nodes,subMesh->getNodalConnectivity()->getConstPointer(),subMesh->getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer(),
3651                               mDesc1->getNodalConnectivity()->getConstPointer(),mDesc1->getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer(),
3652                               desc1->getConstPointer(),descIndx1->getConstPointer(),cut3DSurf);
3653   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> conn(DataArrayInt::New()),connI(DataArrayInt::New()),cellIds2(DataArrayInt::New()); connI->pushBackSilent(0);
3654   conn->alloc(0,1);
3655   const int *nodal=subMesh->getNodalConnectivity()->getConstPointer();
3656   const int *nodalI=subMesh->getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
3657   for(int i=0;i<ncellsSub;i++)
3658     {
3659       if(cut3DSurf[i].first!=-1 && cut3DSurf[i].second!=-1)
3660         {
3661           if(cut3DSurf[i].first!=-2)
3662             {
3663               conn->pushBackSilent((int)INTERP_KERNEL::NORM_SEG2); conn->pushBackSilent(cut3DSurf[i].first); conn->pushBackSilent(cut3DSurf[i].second);
3664               connI->pushBackSilent(conn->getNumberOfTuples());
3665               cellIds2->pushBackSilent(i);
3666             }
3667           else
3668             {
3669               int cellId3DSurf=cut3DSurf[i].second;
3670               int offset=nodalI[cellId3DSurf]+1;
3671               int nbOfEdges=nodalI[cellId3DSurf+1]-offset;
3672               for(int j=0;j<nbOfEdges;j++)
3673                 {
3674                   conn->pushBackSilent((int)INTERP_KERNEL::NORM_SEG2); conn->pushBackSilent(nodal[offset+j]); conn->pushBackSilent(nodal[offset+(j+1)%nbOfEdges]);
3675                   connI->pushBackSilent(conn->getNumberOfTuples());
3676                   cellIds2->pushBackSilent(cellId3DSurf);
3677                 }
3678             }
3679         }
3680     }
3681   if(cellIds2->empty())
3682     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::buildSlice3DSurf : No 3DSurf cells in this intercepts the specified plane !");
3683   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret=MEDCouplingUMesh::New("Slice3DSurf",1);
3684   ret->setCoords(mDesc1->getCoords());
3685   ret->setConnectivity(conn,connI,true);
3686   cellIds=candidates->selectByTupleId(cellIds2->begin(),cellIds2->end());
3687   return ret.retn();
3688 }
3689
3690 /*!
3691  * Finds cells whose bounding boxes intersect a given plane.
3692  *  \param [in] origin - 3 components of a point defining location of the plane.
3693  *  \param [in] vec - 3 components of a vector normal to the plane. Vector magnitude
3694  *         must be greater than 1e-6.
3695  *  \param [in] eps - half-thickness of the plane.
3696  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding ids of the found
3697  *         cells. The caller is to delete this array using decrRef() as it is no more
3698  *         needed.
3699  *  \throw If the coordinates array is not set.
3700  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
3701  *  \throw If \a this->getSpaceDimension() != 3.
3702  *  \throw If magnitude of \a vec is less than 1e-6.
3703  *  \sa buildSlice3D()
3704  */
3705 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::getCellIdsCrossingPlane(const double *origin, const double *vec, double eps) const
3706 {
3707   checkFullyDefined();
3708   if(getSpaceDimension()!=3)
3709     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::buildSlice3D works on umeshes with spaceDim equal to 3 !");
3710   double normm=sqrt(vec[0]*vec[0]+vec[1]*vec[1]+vec[2]*vec[2]);
3711   if(normm<1e-6)
3712     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::getCellIdsCrossingPlane : parameter 'vec' should have a norm2 greater than 1e-6 !");
3713   double vec2[3];
3714   vec2[0]=vec[1]; vec2[1]=-vec[0]; vec2[2]=0.;//vec2 is the result of cross product of vec with (0,0,1)
3715   double angle=acos(vec[2]/normm);
3716   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellIds;
3717   double bbox[6];
3718   if(angle>eps)
3719     {
3720       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> coo=_coords->deepCpy();
3721       MEDCouplingPointSet::Rotate3DAlg(origin,vec2,angle,coo->getNumberOfTuples(),coo->getPointer());
3722       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> mw=clone(false);//false -> shallow copy
3723       mw->setCoords(coo);
3724       mw->getBoundingBox(bbox);
3725       bbox[4]=origin[2]-eps; bbox[5]=origin[2]+eps;
3726       cellIds=mw->getCellsInBoundingBox(bbox,eps);
3727     }
3728   else
3729     {
3730       getBoundingBox(bbox);
3731       bbox[4]=origin[2]-eps; bbox[5]=origin[2]+eps;
3732       cellIds=getCellsInBoundingBox(bbox,eps);
3733     }
3734   return cellIds.retn();
3735 }
3736
3737 /*!
3738  * This method checks that \a this is a contiguous mesh. The user is expected to call this method on a mesh with meshdim==1.
3739  * If not an exception will thrown. If this is an empty mesh with no cell an exception will be thrown too.
3740  * No consideration of coordinate is done by this method.
3741  * A 1D mesh is said contiguous if : a cell i with nodal connectivity (k,p) the cell i+1 the nodal connectivity should be (p,m)
3742  * If not false is returned. In case that false is returned a call to ParaMEDMEM::MEDCouplingUMesh::mergeNodes could be usefull.
3743  */
3744 bool MEDCouplingUMesh::isContiguous1D() const
3745 {
3746   if(getMeshDimension()!=1)
3747     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::isContiguous1D : this method has a sense only for 1D mesh !");
3748   int nbCells=getNumberOfCells();
3749   if(nbCells<1)
3750     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::isContiguous1D : this method has a sense for non empty mesh !");
3751   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
3752   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
3753   int ref=conn[connI[0]+2];
3754   for(int i=1;i<nbCells;i++)
3755     {
3756       if(conn[connI[i]+1]!=ref)
3757         return false;
3758       ref=conn[connI[i]+2];
3759     }
3760   return true;
3761 }
3762
3763 /*!
3764  * This method is only callable on mesh with meshdim == 1 containing only SEG2 and spaceDim==3.
3765  * This method projects this on the 3D line defined by (pt,v). This methods first checks that all SEG2 are along v vector.
3766  * \param pt reference point of the line
3767  * \param v normalized director vector of the line
3768  * \param eps max precision before throwing an exception
3769  * \param res output of size this->getNumberOfCells
3770  */
3771 void MEDCouplingUMesh::project1D(const double *pt, const double *v, double eps, double *res) const
3772 {
3773   if(getMeshDimension()!=1)
3774     throw INTERP_KERNEL::Exception("Expected a umesh with meshDim == 1 for project1D !");
3775    if(_types.size()!=1 || *(_types.begin())!=INTERP_KERNEL::NORM_SEG2)
3776      throw INTERP_KERNEL::Exception("Expected a umesh with only NORM_SEG2 type of elements for project1D !");
3777    if(getSpaceDimension()!=3)
3778      throw INTERP_KERNEL::Exception("Expected a umesh with spaceDim==3 for project1D !");
3779    MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingFieldDouble> f=buildDirectionVectorField();
3780    const double *fPtr=f->getArray()->getConstPointer();
3781    double tmp[3];
3782    for(int i=0;i<getNumberOfCells();i++)
3783      {
3784        const double *tmp1=fPtr+3*i;
3785        tmp[0]=tmp1[1]*v[2]-tmp1[2]*v[1];
3786        tmp[1]=tmp1[2]*v[0]-tmp1[0]*v[2];
3787        tmp[2]=tmp1[0]*v[1]-tmp1[1]*v[0];
3788        double n1=INTERP_KERNEL::norm<3>(tmp);
3789        n1/=INTERP_KERNEL::norm<3>(tmp1);
3790        if(n1>eps)
3791          throw INTERP_KERNEL::Exception("UMesh::Projection 1D failed !");
3792      }
3793    const double *coo=getCoords()->getConstPointer();
3794    for(int i=0;i<getNumberOfNodes();i++)
3795      {
3796        std::transform(coo+i*3,coo+i*3+3,pt,tmp,std::minus<double>());
3797        std::transform(tmp,tmp+3,v,tmp,std::multiplies<double>());
3798        res[i]=std::accumulate(tmp,tmp+3,0.);
3799      }
3800 }
3801
3802 /*!
3803  * This method computes the distance from a point \a pt to \a this and the first \a cellId in \a this corresponding to the returned distance. 
3804  * \a this is expected to be a mesh so that its space dimension is equal to its
3805  * mesh dimension + 1. Furthermore only mesh dimension 1 and 2 are supported for the moment.
3806  * Distance from \a ptBg to \a ptEnd is expected to be equal to the space dimension. \a this is also expected to be fully defined (connectivity and coordinates).
3807  
3808  * WARNING, if there is some orphan nodes in \a this (nodes not fetched by any cells in \a this ( see MEDCouplingUMesh::zipCoords ) ) these nodes will ** not ** been taken
3809  * into account in this method. Only cells and nodes lying on them are considered in the algorithm (even if one of these orphan nodes is closer than returned distance).
3810  * A user that needs to consider orphan nodes should invoke DataArrayDouble::minimalDistanceTo method on the coordinates array of \a this.
3811  *
3812  * So this method is more accurate (so, more costly) than simply searching for the closest point in \a this.
3813  * If only this information is enough for you simply call \c getCoords()->distanceToTuple on \a this.
3814  *
3815  * \param [in] ptBg the start pointer (included) of the coordinates of the point
3816  * \param [in] ptEnd the end pointer (not included) of the coordinates of the point
3817  * \param [out] cellId that corresponds to minimal distance. If the closer node is not linked to any cell in \a this -1 is returned.
3818  * \return the positive value of the distance.
3819  * \throw if distance from \a ptBg to \a ptEnd is not equal to the space dimension. An exception is also thrown if mesh dimension of \a this is not equal to space
3820  * dimension - 1.
3821  * \sa DataArrayDouble::distanceToTuple, MEDCouplingUMesh::distanceToPoints
3822  */
3823 double MEDCouplingUMesh::distanceToPoint(const double *ptBg, const double *ptEnd, int& cellId) const
3824 {
3825   int meshDim=getMeshDimension(),spaceDim=getSpaceDimension();
3826   if(meshDim!=spaceDim-1)
3827     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::distanceToPoint works only for spaceDim=meshDim+1 !");
3828   if(meshDim!=2 && meshDim!=1)
3829     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::distanceToPoint : only mesh dimension 2 and 1 are implemented !");
3830   checkFullyDefined();
3831   if((int)std::distance(ptBg,ptEnd)!=spaceDim)
3832     { std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::distanceToPoint : input point has to have dimension equal to the space dimension of this (" << spaceDim << ") !"; throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str()); }
3833   DataArrayInt *ret1=0;
3834   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> pts=DataArrayDouble::New(); pts->useArray(ptBg,false,C_DEALLOC,1,spaceDim);
3835   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> ret0=distanceToPoints(pts,ret1);
3836   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret1Safe(ret1);
3837   cellId=*ret1Safe->begin();
3838   return *ret0->begin();
3839 }
3840
3841 /*!
3842  * This method computes the distance from each point of points serie \a pts (stored in a DataArrayDouble in which each tuple represents a point)
3843  *  to \a this  and the first \a cellId in \a this corresponding to the returned distance. 
3844  * WARNING, if there is some orphan nodes in \a this (nodes not fetched by any cells in \a this ( see MEDCouplingUMesh::zipCoords ) ) these nodes will ** not ** been taken
3845  * into account in this method. Only cells and nodes lying on them are considered in the algorithm (even if one of these orphan nodes is closer than returned distance).
3846  * A user that needs to consider orphan nodes should invoke DataArrayDouble::minimalDistanceTo method on the coordinates array of \a this.
3847  * 
3848  * \a this is expected to be a mesh so that its space dimension is equal to its
3849  * mesh dimension + 1. Furthermore only mesh dimension 1 and 2 are supported for the moment.
3850  * Number of components of \a pts is expected to be equal to the space dimension. \a this is also expected to be fully defined (connectivity and coordinates).
3851  *
3852  * So this method is more accurate (so, more costly) than simply searching for each point in \a pts the closest point in \a this.
3853  * If only this information is enough for you simply call \c getCoords()->distanceToTuple on \a this.
3854  *
3855  * \param [in] pts the list of points in which each tuple represents a point
3856  * \param [out] cellIds a newly allocated object that tells for each point in \a pts the first cell id in \a this that minimizes the distance.
3857  * \return a newly allocated object to be dealed by the caller that tells for each point in \a pts the distance to \a this.
3858  * \throw if number of components of \a pts is not equal to the space dimension.
3859  * \throw if mesh dimension of \a this is not equal to space dimension - 1.
3860  * \sa DataArrayDouble::distanceToTuple, MEDCouplingUMesh::distanceToPoint
3861  */
3862 DataArrayDouble *MEDCouplingUMesh::distanceToPoints(const DataArrayDouble *pts, DataArrayInt *& cellIds) const
3863 {
3864   if(!pts)
3865     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::distanceToPoints : input points pointer is NULL !");
3866   pts->checkAllocated();
3867   int meshDim=getMeshDimension(),spaceDim=getSpaceDimension();
3868   if(meshDim!=spaceDim-1)
3869     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::distanceToPoints works only for spaceDim=meshDim+1 !");
3870   if(meshDim!=2 && meshDim!=1)
3871     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::distanceToPoints : only mesh dimension 2 and 1 are implemented !");
3872   if(pts->getNumberOfComponents()!=spaceDim)
3873     {
3874       std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::distanceToPoints : input pts DataArrayDouble has " << pts->getNumberOfComponents() << " components whereas it should be equal to " << spaceDim << " (mesh spaceDimension) !";
3875       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
3876     }
3877   checkFullyDefined();
3878   int nbCells=getNumberOfCells();
3879   if(nbCells==0)
3880     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::distanceToPoints : no cells in this !");
3881   int nbOfPts=pts->getNumberOfTuples();
3882   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> ret0=DataArrayDouble::New(); ret0->alloc(nbOfPts,1);
3883   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret1=DataArrayInt::New(); ret1->alloc(nbOfPts,1);
3884   const int *nc=_nodal_connec->begin(),*ncI=_nodal_connec_index->begin(); const double *coords=_coords->begin();
3885   double *ret0Ptr=ret0->getPointer(); int *ret1Ptr=ret1->getPointer(); const double *ptsPtr=pts->begin();
3886   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> bboxArr(getBoundingBoxForBBTree());
3887   const double *bbox(bboxArr->begin());
3888   switch(spaceDim)
3889     {
3890     case 3:
3891       {
3892         BBTreeDst<3> myTree(bbox,0,0,nbCells);
3893         for(int i=0;i<nbOfPts;i++,ret0Ptr++,ret1Ptr++,ptsPtr+=3)
3894           {
3895             double x=std::numeric_limits<double>::max();
3896             std::vector<int> elems;
3897             myTree.getMinDistanceOfMax(ptsPtr,x);
3898             myTree.getElemsWhoseMinDistanceToPtSmallerThan(ptsPtr,x,elems);
3899             DistanceToPoint3DSurfAlg(ptsPtr,&elems[0],&elems[0]+elems.size(),coords,nc,ncI,*ret0Ptr,*ret1Ptr);
3900           }
3901         break;
3902       }
3903     case 2:
3904       {
3905         BBTreeDst<2> myTree(bbox,0,0,nbCells);
3906         for(int i=0;i<nbOfPts;i++,ret0Ptr++,ret1Ptr++,ptsPtr+=2)
3907           {
3908             double x=std::numeric_limits<double>::max();
3909             std::vector<int> elems;
3910             myTree.getMinDistanceOfMax(ptsPtr,x);
3911             myTree.getElemsWhoseMinDistanceToPtSmallerThan(ptsPtr,x,elems);
3912             DistanceToPoint2DCurveAlg(ptsPtr,&elems[0],&elems[0]+elems.size(),coords,nc,ncI,*ret0Ptr,*ret1Ptr);
3913           }
3914         break;
3915       }
3916     default:
3917       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::distanceToPoints : only spacedim 2 and 3 supported !");
3918     }
3919   cellIds=ret1.retn();
3920   return ret0.retn();
3921 }
3922
3923 /*!
3924  * \param [in] pt the start pointer (included) of the coordinates of the point
3925  * \param [in] cellIdsBg the start pointer (included) of cellIds
3926  * \param [in] cellIdsEnd the end pointer (excluded) of cellIds
3927  * \param [in] nc nodal connectivity
3928  * \param [in] ncI nodal connectivity index
3929  * \param [in,out] ret0 the min distance between \a this and the external input point
3930  * \param [out] cellId that corresponds to minimal distance. If the closer node is not linked to any cell in \a this -1 is returned.
3931  * \sa MEDCouplingUMesh::distanceToPoint, MEDCouplingUMesh::distanceToPoints
3932  */
3933 void MEDCouplingUMesh::DistanceToPoint3DSurfAlg(const double *pt, const int *cellIdsBg, const int *cellIdsEnd, const double *coords, const int *nc, const int *ncI, double& ret0, int& cellId)
3934 {
3935   cellId=-1;
3936   ret0=std::numeric_limits<double>::max();
3937   for(const int *zeCell=cellIdsBg;zeCell!=cellIdsEnd;zeCell++)
3938     {
3939       switch((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)nc[ncI[*zeCell]])
3940         {
3941         case INTERP_KERNEL::NORM_TRI3:
3942           {
3943             double tmp=INTERP_KERNEL::DistanceFromPtToTriInSpaceDim3(pt,coords+3*nc[ncI[*zeCell]+1],coords+3*nc[ncI[*zeCell]+2],coords+3*nc[ncI[*zeCell]+3]);
3944             if(tmp<ret0)
3945               { ret0=tmp; cellId=*zeCell; }
3946             break;
3947           }
3948         case INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4:
3949         case INTERP_KERNEL::NORM_POLYGON:
3950           {
3951             double tmp=INTERP_KERNEL::DistanceFromPtToPolygonInSpaceDim3(pt,nc+ncI[*zeCell]+1,nc+ncI[*zeCell+1],coords);
3952             if(tmp<ret0)
3953               { ret0=tmp; cellId=*zeCell; }
3954             break;
3955           }
3956         default:
3957           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::distanceToPoint3DSurfAlg : not managed cell type ! Supporting TRI3, QUAD4 and POLYGON !");
3958         }
3959     }
3960 }
3961
3962 /*!
3963  * \param [in] pt the start pointer (included) of the coordinates of the point
3964  * \param [in] cellIdsBg the start pointer (included) of cellIds
3965  * \param [in] cellIdsEnd the end pointer (excluded) of cellIds
3966  * \param [in] nc nodal connectivity
3967  * \param [in] ncI nodal connectivity index
3968  * \param [in,out] ret0 the min distance between \a this and the external input point
3969  * \param [out] cellId that corresponds to minimal distance. If the closer node is not linked to any cell in \a this -1 is returned.
3970  * \sa MEDCouplingUMesh::distanceToPoint, MEDCouplingUMesh::distanceToPoints
3971  */
3972 void MEDCouplingUMesh::DistanceToPoint2DCurveAlg(const double *pt, const int *cellIdsBg, const int *cellIdsEnd, const double *coords, const int *nc, const int *ncI, double& ret0, int& cellId)
3973 {
3974   cellId=-1;
3975   ret0=std::numeric_limits<double>::max();
3976   for(const int *zeCell=cellIdsBg;zeCell!=cellIdsEnd;zeCell++)
3977     {
3978        switch((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)nc[ncI[*zeCell]])
3979         {
3980         case INTERP_KERNEL::NORM_SEG2:
3981           {
3982             std::size_t uselessEntry=0;
3983             double tmp=INTERP_KERNEL::SquareDistanceFromPtToSegInSpaceDim2(pt,coords+2*nc[ncI[*zeCell]+1],coords+2*nc[ncI[*zeCell]+2],uselessEntry);
3984             tmp=sqrt(tmp);
3985             if(tmp<ret0)
3986               { ret0=tmp; cellId=*zeCell; }
3987             break;
3988           }
3989         default:
3990           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::distanceToPoint2DCurveAlg : not managed cell type ! Supporting SEG2 !");
3991         }
3992     }
3993 }
3994
3995 /*!
3996  * Finds cells in contact with a ball (i.e. a point with precision). 
3997  * \warning This method is suitable if the caller intends to evaluate only one
3998  *          point, for more points getCellsContainingPoints() is recommended as it is
3999  *          faster. 
4000  *  \param [in] pos - array of coordinates of the ball central point.
4001  *  \param [in] eps - ball radius.
4002  *  \return int - a smallest id of cells being in contact with the ball, -1 in case
4003  *         if there are no such cells.
4004  *  \throw If the coordinates array is not set.
4005  *  \throw If \a this->getMeshDimension() != \a this->getSpaceDimension().
4006  */
4007 int MEDCouplingUMesh::getCellContainingPoint(const double *pos, double eps) const
4008 {
4009   std::vector<int> elts;
4010   getCellsContainingPoint(pos,eps,elts);
4011   if(elts.empty())
4012     return -1;
4013   return elts.front();
4014 }
4015
4016 /*!
4017  * Finds cells in contact with a ball (i.e. a point with precision).
4018  * \warning This method is suitable if the caller intends to evaluate only one
4019  *          point, for more points getCellsContainingPoints() is recommended as it is
4020  *          faster. 
4021  *  \param [in] pos - array of coordinates of the ball central point.
4022  *  \param [in] eps - ball radius.
4023  *  \param [out] elts - vector returning ids of the found cells. It is cleared
4024  *         before inserting ids.
4025  *  \throw If the coordinates array is not set.
4026  *  \throw If \a this->getMeshDimension() != \a this->getSpaceDimension().
4027  *
4028  *  \ref cpp_mcumesh_getCellsContainingPoint "Here is a C++ example".<br>
4029  *  \ref  py_mcumesh_getCellsContainingPoint "Here is a Python example".
4030  */
4031 void MEDCouplingUMesh::getCellsContainingPoint(const double *pos, double eps, std::vector<int>& elts) const
4032 {
4033   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> eltsUg,eltsIndexUg;
4034   getCellsContainingPoints(pos,1,eps,eltsUg,eltsIndexUg);
4035   elts.clear(); elts.insert(elts.end(),eltsUg->begin(),eltsUg->end());
4036 }
4037
4038 /// @cond INTERNAL
4039
4040 namespace ParaMEDMEM
4041 {
4042   template<const int SPACEDIMM>
4043   class DummyClsMCUG
4044   {
4045   public:
4046     static const int MY_SPACEDIM=SPACEDIMM;
4047     static const int MY_MESHDIM=8;
4048     typedef int MyConnType;
4049     static const INTERP_KERNEL::NumberingPolicy My_numPol=INTERP_KERNEL::ALL_C_MODE;
4050     // begin
4051     // useless, but for windows compilation ...
4052     const double* getCoordinatesPtr() const { return 0; }
4053     const int* getConnectivityPtr() const { return 0; }
4054     const int* getConnectivityIndexPtr() const { return 0; }
4055     INTERP_KERNEL::NormalizedCellType getTypeOfElement(int) const { return (INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)0; }
4056     // end
4057   };
4058
4059   INTERP_KERNEL::Edge *MEDCouplingUMeshBuildQPFromEdge(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typ, std::map<int, std::pair<INTERP_KERNEL::Node *,bool> >& mapp2, const int *bg)
4060   {
4061     INTERP_KERNEL::Edge *ret=0;
4062     switch(typ)
4063       {
4064       case INTERP_KERNEL::NORM_SEG2:
4065         {
4066           ret=new INTERP_KERNEL::EdgeLin(mapp2[bg[0]].first,mapp2[bg[1]].first);
4067           break;
4068         }
4069       case INTERP_KERNEL::NORM_SEG3:
4070         {
4071           INTERP_KERNEL::EdgeLin *e1=new INTERP_KERNEL::EdgeLin(mapp2[bg[0]].first,mapp2[bg[2]].first);
4072           INTERP_KERNEL::EdgeLin *e2=new INTERP_KERNEL::EdgeLin(mapp2[bg[2]].first,mapp2[bg[1]].first);
4073           INTERP_KERNEL::SegSegIntersector inters(*e1,*e2);
4074           bool colinearity=inters.areColinears();
4075           delete e1; delete e2;
4076           if(colinearity)
4077             ret=new INTERP_KERNEL::EdgeLin(mapp2[bg[0]].first,mapp2[bg[1]].first);
4078           else
4079             ret=new INTERP_KERNEL::EdgeArcCircle(mapp2[bg[0]].first,mapp2[bg[2]].first,mapp2[bg[1]].first);
4080           mapp2[bg[2]].second=false;
4081           break;
4082         }
4083       default:
4084         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMeshBuildQPFromEdge : Expecting a mesh with spaceDim==2 and meshDim==1 !");
4085       }
4086     return ret;
4087   }
4088
4089   /*!
4090    * This method creates a sub mesh in Geometric2D DS. The sub mesh is composed be the sub set of cells in 'candidates' and the global mesh 'mDesc'.
4091    * The input meth 'mDesc' must be so that mDim==1 et spaceDim==3.
4092    * 'mapp' contains a mapping between local numbering in submesh and the global node numbering in 'mDesc'.
4093    */
4094   INTERP_KERNEL::QuadraticPolygon *MEDCouplingUMeshBuildQPFromMesh(const MEDCouplingUMesh *mDesc, const std::vector<int>& candidates, std::map<INTERP_KERNEL::Node *,int>& mapp) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
4095   {
4096     mapp.clear();
4097     std::map<int, std::pair<INTERP_KERNEL::Node *,bool> > mapp2;//bool is for a flag specifying if node is boundary (true) or only a middle for SEG3.
4098     const double *coo=mDesc->getCoords()->getConstPointer();
4099     const int *c=mDesc->getNodalConnectivity()->getConstPointer();
4100     const int *cI=mDesc->getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
4101     std::set<int> s;
4102     for(std::vector<int>::const_iterator it=candidates.begin();it!=candidates.end();it++)
4103       s.insert(c+cI[*it]+1,c+cI[(*it)+1]);
4104     for(std::set<int>::const_iterator it2=s.begin();it2!=s.end();it2++)
4105       {
4106         INTERP_KERNEL::Node *n=new INTERP_KERNEL::Node(coo[2*(*it2)],coo[2*(*it2)+1]);
4107         mapp2[*it2]=std::pair<INTERP_KERNEL::Node *,bool>(n,true);
4108       }
4109     INTERP_KERNEL::QuadraticPolygon *ret=new INTERP_KERNEL::QuadraticPolygon;
4110     for(std::vector<int>::const_iterator it=candidates.begin();it!=candidates.end();it++)
4111       {
4112         INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typ=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)c[cI[*it]];
4113         ret->pushBack(MEDCouplingUMeshBuildQPFromEdge(typ,mapp2,c+cI[*it]+1));
4114       }
4115     for(std::map<int, std::pair<INTERP_KERNEL::Node *,bool> >::const_iterator it2=mapp2.begin();it2!=mapp2.end();it2++)
4116       {
4117         if((*it2).second.second)
4118           mapp[(*it2).second.first]=(*it2).first;
4119         ((*it2).second.first)->decrRef();
4120       }
4121     return ret;
4122   }
4123
4124   INTERP_KERNEL::Node *MEDCouplingUMeshBuildQPNode(int nodeId, const double *coo1, int offset1, const double *coo2, int offset2, const std::vector<double>& addCoo)
4125   {
4126     if(nodeId>=offset2)
4127       {
4128         int locId=nodeId-offset2;
4129         return new INTERP_KERNEL::Node(addCoo[2*locId],addCoo[2*locId+1]);
4130       }
4131     if(nodeId>=offset1)
4132       {
4133         int locId=nodeId-offset1;
4134         return new INTERP_KERNEL::Node(coo2[2*locId],coo2[2*locId+1]);
4135       }
4136     return new INTERP_KERNEL::Node(coo1[2*nodeId],coo1[2*nodeId+1]);
4137   }
4138
4139   void MEDCouplingUMeshBuildQPFromMesh3(const double *coo1, int offset1, const double *coo2, int offset2, const std::vector<double>& addCoo,
4140                                         const int *desc1Bg, const int *desc1End, const std::vector<std::vector<int> >& intesctEdges1,
4141                                         /*output*/std::map<INTERP_KERNEL::Node *,int>& mapp, std::map<int,INTERP_KERNEL::Node *>& mappRev)
4142   {
4143     for(const int *desc1=desc1Bg;desc1!=desc1End;desc1++)
4144       {
4145         int eltId1=abs(*desc1)-1;
4146         for(std::vector<int>::const_iterator it1=intesctEdges1[eltId1].begin();it1!=intesctEdges1[eltId1].end();it1++)
4147           {
4148             std::map<int,INTERP_KERNEL::Node *>::const_iterator it=mappRev.find(*it1);
4149             if(it==mappRev.end())
4150               {
4151                 INTERP_KERNEL::Node *node=MEDCouplingUMeshBuildQPNode(*it1,coo1,offset1,coo2,offset2,addCoo);
4152                 mapp[node]=*it1;
4153                 mappRev[*it1]=node;
4154               }
4155           }
4156       }
4157   }
4158 }
4159
4160 /// @endcond
4161
4162 template<int SPACEDIM>
4163 void MEDCouplingUMesh::getCellsContainingPointsAlg(const double *coords, const double *pos, int nbOfPoints,
4164                                                    double eps, MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>& elts, MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>& eltsIndex) const
4165 {
4166   elts=DataArrayInt::New(); eltsIndex=DataArrayInt::New(); eltsIndex->alloc(nbOfPoints+1,1); eltsIndex->setIJ(0,0,0); elts->alloc(0,1);
4167   int *eltsIndexPtr(eltsIndex->getPointer());
4168   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> bboxArr(getBoundingBoxForBBTree());
4169   const double *bbox(bboxArr->begin());
4170   int nbOfCells=getNumberOfCells();
4171   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
4172   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
4173   double bb[2*SPACEDIM];
4174   BBTree<SPACEDIM,int> myTree(&bbox[0],0,0,nbOfCells,-eps);
4175   for(int i=0;i<nbOfPoints;i++)
4176     {
4177       eltsIndexPtr[i+1]=eltsIndexPtr[i];
4178       for(int j=0;j<SPACEDIM;j++)
4179         {
4180           bb[2*j]=pos[SPACEDIM*i+j];
4181           bb[2*j+1]=pos[SPACEDIM*i+j];
4182         }
4183       std::vector<int> candidates;
4184       myTree.getIntersectingElems(bb,candidates);
4185       for(std::vector<int>::const_iterator iter=candidates.begin();iter!=candidates.end();iter++)
4186         {
4187           int sz=connI[(*iter)+1]-connI[*iter]-1;
4188           if(INTERP_KERNEL::PointLocatorAlgos<DummyClsMCUG<SPACEDIM> >::isElementContainsPoint(pos+i*SPACEDIM,
4189                                                                                                (INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[connI[*iter]],
4190                                                                                                coords,conn+connI[*iter]+1,sz,eps))
4191             {
4192               eltsIndexPtr[i+1]++;
4193               elts->pushBackSilent(*iter);
4194             }
4195         }
4196     }
4197 }
4198 /*!
4199  * Finds cells in contact with several balls (i.e. points with precision).
4200  * This method is an extension of getCellContainingPoint() and
4201  * getCellsContainingPoint() for the case of multiple points.
4202  *  \param [in] pos - an array of coordinates of points in full interlace mode :
4203  *         X0,Y0,Z0,X1,Y1,Z1,... Size of the array must be \a
4204  *         this->getSpaceDimension() * \a nbOfPoints 
4205  *  \param [in] nbOfPoints - number of points to locate within \a this mesh.
4206  *  \param [in] eps - radius of balls (i.e. the precision).
4207  *  \param [out] elts - vector returning ids of found cells.
4208  *  \param [out] eltsIndex - an array, of length \a nbOfPoints + 1,
4209  *         dividing cell ids in \a elts into groups each referring to one
4210  *         point. Its every element (except the last one) is an index pointing to the
4211  *         first id of a group of cells. For example cells in contact with the *i*-th
4212  *         point are described by following range of indices:
4213  *         [ \a eltsIndex[ *i* ], \a eltsIndex[ *i*+1 ] ) and the cell ids are
4214  *         \a elts[ \a eltsIndex[ *i* ]], \a elts[ \a eltsIndex[ *i* ] + 1 ], ...
4215  *         Number of cells in contact with the *i*-th point is
4216  *         \a eltsIndex[ *i*+1 ] - \a eltsIndex[ *i* ].
4217  *  \throw If the coordinates array is not set.
4218  *  \throw If \a this->getMeshDimension() != \a this->getSpaceDimension().
4219  *
4220  *  \ref cpp_mcumesh_getCellsContainingPoints "Here is a C++ example".<br>
4221  *  \ref  py_mcumesh_getCellsContainingPoints "Here is a Python example".
4222  */
4223 void MEDCouplingUMesh::getCellsContainingPoints(const double *pos, int nbOfPoints, double eps,
4224                                                 MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>& elts, MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>& eltsIndex) const
4225 {
4226   int spaceDim=getSpaceDimension();
4227   int mDim=getMeshDimension();
4228   if(spaceDim==3)
4229     {
4230       if(mDim==3)
4231         {
4232           const double *coords=_coords->getConstPointer();
4233           getCellsContainingPointsAlg<3>(coords,pos,nbOfPoints,eps,elts,eltsIndex);
4234         }
4235       /*else if(mDim==2)
4236         {
4237           
4238         }*/
4239       else
4240         throw INTERP_KERNEL::Exception("For spaceDim==3 only meshDim==3 implemented for getelementscontainingpoints !");
4241     }
4242   else if(spaceDim==2)
4243     {
4244       if(mDim==2)
4245         {
4246           const double *coords=_coords->getConstPointer();
4247           getCellsContainingPointsAlg<2>(coords,pos,nbOfPoints,eps,elts,eltsIndex);
4248         }
4249       else
4250         throw INTERP_KERNEL::Exception("For spaceDim==2 only meshDim==2 implemented for getelementscontainingpoints !");
4251     }
4252   else if(spaceDim==1)
4253     {
4254       if(mDim==1)
4255         {
4256           const double *coords=_coords->getConstPointer();
4257           getCellsContainingPointsAlg<1>(coords,pos,nbOfPoints,eps,elts,eltsIndex);
4258         }
4259       else
4260         throw INTERP_KERNEL::Exception("For spaceDim==1 only meshDim==1 implemented for getelementscontainingpoints !");
4261     }
4262   else
4263     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::getCellsContainingPoints : not managed for mdim not in [1,2,3] !");
4264 }
4265
4266 /*!
4267  * Finds butterfly cells in \a this mesh. A 2D cell is considered to be butterfly if at
4268  * least two its edges intersect each other anywhere except their extremities. An
4269  * INTERP_KERNEL::NORM_NORI3 cell can \b not be butterfly.
4270  *  \param [in,out] cells - a vector returning ids of the found cells. It is not
4271  *         cleared before filling in.
4272  *  \param [in] eps - precision.
4273  *  \throw If \a this->getMeshDimension() != 2.
4274  *  \throw If \a this->getSpaceDimension() != 2 && \a this->getSpaceDimension() != 3.
4275  */
4276 void MEDCouplingUMesh::checkButterflyCells(std::vector<int>& cells, double eps) const
4277 {
4278   const char msg[]="Butterfly detection work only for 2D cells with spaceDim==2 or 3!";
4279   if(getMeshDimension()!=2)
4280     throw INTERP_KERNEL::Exception(msg);
4281   int spaceDim=getSpaceDimension();
4282   if(spaceDim!=2 && spaceDim!=3)
4283     throw INTERP_KERNEL::Exception(msg);
4284   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
4285   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
4286   int nbOfCells=getNumberOfCells();
4287   std::vector<double> cell2DinS2;
4288   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
4289     {
4290       int offset=connI[i];
4291       int nbOfNodesForCell=connI[i+1]-offset-1;
4292       if(nbOfNodesForCell<=3)
4293         continue;
4294       bool isQuad=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[offset]).isQuadratic();
4295       project2DCellOnXY(conn+offset+1,conn+connI[i+1],cell2DinS2);
4296       if(isButterfly2DCell(cell2DinS2,isQuad,eps))
4297         cells.push_back(i);
4298       cell2DinS2.clear();
4299     }
4300 }
4301
4302 /*!
4303  * This method is typically requested to unbutterfly 2D linear cells in \b this.
4304  *
4305  * This method expects that space dimension is equal to 2 and mesh dimension is equal to 2 too. If it is not the case an INTERP_KERNEL::Exception will be thrown.
4306  * This method works only for linear 2D cells. If there is any of non linear cells (INTERP_KERNEL::NORM_QUAD8 for example) an INTERP_KERNEL::Exception will be thrown too.
4307  * 
4308  * For each 2D linear cell in \b this, this method builds the convex envelop (or the convex hull) of the current cell.
4309  * This convex envelop is computed using Jarvis march algorithm.
4310  * The coordinates and the number of cells of \b this remain unchanged on invocation of this method.
4311  * Only connectivity of some cells could be modified if those cells were not representing a convex envelop. If a cell already equals its convex envelop (regardless orientation)
4312  * its connectivity will remain unchanged. If the computation leads to a modification of nodal connectivity of a cell its geometric type will be modified to INTERP_KERNEL::NORM_POLYGON.
4313  *
4314  * \return a newly allocated array containing cellIds that have been modified if any. If no cells have been impacted by this method NULL is returned.
4315  */
4316 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::convexEnvelop2D()
4317 {
4318   if(getMeshDimension()!=2 || getSpaceDimension()!=2)
4319     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::convexEnvelop2D  works only for meshDim=2 and spaceDim=2 !");
4320   checkFullyDefined();
4321   const double *coords=getCoords()->getConstPointer();
4322   int nbOfCells=getNumberOfCells();
4323   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> nodalConnecIndexOut=DataArrayInt::New();
4324   nodalConnecIndexOut->alloc(nbOfCells+1,1);
4325   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> nodalConnecOut(DataArrayInt::New());
4326   int *workIndexOut=nodalConnecIndexOut->getPointer();
4327   *workIndexOut=0;
4328   const int *nodalConnecIn=_nodal_connec->getConstPointer();
4329   const int *nodalConnecIndexIn=_nodal_connec_index->getConstPointer();
4330   std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> types;
4331   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> isChanged(DataArrayInt::New());
4332   isChanged->alloc(0,1);
4333   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,workIndexOut++)
4334     {
4335       int pos=nodalConnecOut->getNumberOfTuples();
4336       if(BuildConvexEnvelopOf2DCellJarvis(coords,nodalConnecIn+nodalConnecIndexIn[i],nodalConnecIn+nodalConnecIndexIn[i+1],nodalConnecOut))
4337         isChanged->pushBackSilent(i);
4338       types.insert((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)nodalConnecOut->getIJ(pos,0));
4339       workIndexOut[1]=nodalConnecOut->getNumberOfTuples();
4340     }
4341   if(isChanged->empty())
4342     return 0;
4343   setConnectivity(nodalConnecOut,nodalConnecIndexOut,false);
4344   _types=types;
4345   return isChanged.retn();
4346 }
4347
4348 /*!
4349  * This method is \b NOT const because it can modify \a this.
4350  * \a this is expected to be an unstructured mesh with meshDim==2 and spaceDim==3. If not an exception will be thrown.
4351  * \param mesh1D is an unstructured mesh with MeshDim==1 and spaceDim==3. If not an exception will be thrown.
4352  * \param policy specifies the type of extrusion chosen. \b 0 for translation (most simple),
4353  * \b 1 for translation and rotation around point of 'mesh1D'.
4354  * \return an unstructured mesh with meshDim==3 and spaceDim==3. The returned mesh has the same coords than \a this.  
4355  */
4356 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::buildExtrudedMesh(const MEDCouplingUMesh *mesh1D, int policy)
4357 {
4358   checkFullyDefined();
4359   mesh1D->checkFullyDefined();
4360   if(!mesh1D->isContiguous1D())
4361     throw INTERP_KERNEL::Exception("buildExtrudedMesh : 1D mesh passed in parameter is not contiguous !");
4362   if(getSpaceDimension()!=mesh1D->getSpaceDimension())
4363     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid call to buildExtrudedMesh this and mesh1D must have same space dimension !");
4364   if((getMeshDimension()!=2 || getSpaceDimension()!=3) && (getMeshDimension()!=1 || getSpaceDimension()!=2))
4365     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid 'this' for buildExtrudedMesh method : must be (meshDim==2 and spaceDim==3) or (meshDim==1 and spaceDim==2) !");
4366   if(mesh1D->getMeshDimension()!=1)
4367     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid 'mesh1D' for buildExtrudedMesh method : must be meshDim==1 !");
4368   bool isQuad=false;
4369   if(isPresenceOfQuadratic())
4370     {
4371       if(mesh1D->isFullyQuadratic())
4372         isQuad=true;
4373       else
4374         throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid 2D mesh and 1D mesh because 2D mesh has quadratic cells and 1D is not fully quadratic !");
4375     }
4376   zipCoords();
4377   int oldNbOfNodes=getNumberOfNodes();
4378   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> newCoords;
4379   switch(policy)
4380     {
4381     case 0:
4382       {
4383         newCoords=fillExtCoordsUsingTranslation(mesh1D,isQuad);
4384         break;
4385       }
4386     case 1:
4387       {
4388         newCoords=fillExtCoordsUsingTranslAndAutoRotation(mesh1D,isQuad);
4389         break;
4390       }
4391     default:
4392       throw INTERP_KERNEL::Exception("Not implemented extrusion policy : must be in (0) !");
4393     }
4394   setCoords(newCoords);
4395   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret=buildExtrudedMeshFromThisLowLev(oldNbOfNodes,isQuad);
4396   updateTime();
4397   return ret.retn();
4398 }
4399
4400 /*!
4401  * This method works on a 3D curve linear mesh that is to say (meshDim==1 and spaceDim==3).
4402  * If it is not the case an exception will be thrown.
4403  * This method is non const because the coordinate of \a this can be appended with some new points issued from
4404  * intersection of plane defined by ('origin','vec').
4405  * This method has one in/out parameter : 'cut3DCurve'.
4406  * Param 'cut3DCurve' is expected to be of size 'this->getNumberOfCells()'. For each i in [0,'this->getNumberOfCells()')
4407  * if cut3DCurve[i]==-2, it means that for cell #i in \a this nothing has been detected previously.
4408  * if cut3DCurve[i]==-1, it means that cell#i has been already detected to be fully part of plane defined by ('origin','vec').
4409  * This method will throw an exception if \a this contains a non linear segment.
4410  */
4411 void MEDCouplingUMesh::split3DCurveWithPlane(const double *origin, const double *vec, double eps, std::vector<int>& cut3DCurve)
4412 {
4413   checkFullyDefined();
4414   if(getMeshDimension()!=1 || getSpaceDimension()!=3)
4415     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::split3DCurveWithPlane works on umeshes with meshdim equal to 1 and spaceDim equal to 3 !");
4416   int ncells=getNumberOfCells();
4417   int nnodes=getNumberOfNodes();
4418   double vec2[3],vec3[3],vec4[3];
4419   double normm=sqrt(vec[0]*vec[0]+vec[1]*vec[1]+vec[2]*vec[2]);
4420   if(normm<1e-6)
4421     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::split3DCurveWithPlane : parameter 'vec' should have a norm2 greater than 1e-6 !");
4422   vec2[0]=vec[0]/normm; vec2[1]=vec[1]/normm; vec2[2]=vec[2]/normm;
4423   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
4424   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
4425   const double *coo=_coords->getConstPointer();
4426   std::vector<double> addCoo;
4427   for(int i=0;i<ncells;i++)
4428     {
4429       if(conn[connI[i]]==(int)INTERP_KERNEL::NORM_SEG2)
4430         {
4431           if(cut3DCurve[i]==-2)
4432             {
4433               int st=conn[connI[i]+1],endd=conn[connI[i]+2];
4434               vec3[0]=coo[3*endd]-coo[3*st]; vec3[1]=coo[3*endd+1]-coo[3*st+1]; vec3[2]=coo[3*endd+2]-coo[3*st+2];
4435               double normm2=sqrt(vec3[0]*vec3[0]+vec3[1]*vec3[1]+vec3[2]*vec3[2]);
4436               double colin=std::abs((vec3[0]*vec2[0]+vec3[1]*vec2[1]+vec3[2]*vec2[2])/normm2);
4437               if(colin>eps)//if colin<=eps -> current SEG2 is colinear to the input plane
4438                 {
4439                   const double *st2=coo+3*st;
4440                   vec4[0]=st2[0]-origin[0]; vec4[1]=st2[1]-origin[1]; vec4[2]=st2[2]-origin[2];
4441                   double pos=-(vec4[0]*vec2[0]+vec4[1]*vec2[1]+vec4[2]*vec2[2])/((vec3[0]*vec2[0]+vec3[1]*vec2[1]+vec3[2]*vec2[2]));
4442                   if(pos>eps && pos<1-eps)
4443                     {
4444                       int nNode=((int)addCoo.size())/3;
4445                       vec4[0]=st2[0]+pos*vec3[0]; vec4[1]=st2[1]+pos*vec3[1]; vec4[2]=st2[2]+pos*vec3[2];
4446                       addCoo.insert(addCoo.end(),vec4,vec4+3);
4447                       cut3DCurve[i]=nnodes+nNode;
4448                     }
4449                 }
4450             }
4451         }
4452       else
4453         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::split3DCurveWithPlane : this method is only available for linear cell (NORM_SEG2) !");
4454     }
4455   if(!addCoo.empty())
4456     {
4457       int newNbOfNodes=nnodes+((int)addCoo.size())/3;
4458       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> coo2=DataArrayDouble::New();
4459       coo2->alloc(newNbOfNodes,3);
4460       double *tmp=coo2->getPointer();
4461       tmp=std::copy(_coords->begin(),_coords->end(),tmp);
4462       std::copy(addCoo.begin(),addCoo.end(),tmp);
4463       DataArrayDouble::SetArrayIn(coo2,_coords);
4464     }
4465 }
4466
4467 /*!
4468  * This method incarnates the policy 0 for MEDCouplingUMesh::buildExtrudedMesh method.
4469  * \param mesh1D is the input 1D mesh used for translation computation.
4470  * \return newCoords new coords filled by this method. 
4471  */
4472 DataArrayDouble *MEDCouplingUMesh::fillExtCoordsUsingTranslation(const MEDCouplingUMesh *mesh1D, bool isQuad) const
4473 {
4474   int oldNbOfNodes=getNumberOfNodes();
4475   int nbOf1DCells=mesh1D->getNumberOfCells();
4476   int spaceDim=getSpaceDimension();
4477   DataArrayDouble *ret=DataArrayDouble::New();
4478   std::vector<bool> isQuads;
4479   int nbOfLevsInVec=isQuad?2*nbOf1DCells+1:nbOf1DCells+1;
4480   ret->alloc(oldNbOfNodes*nbOfLevsInVec,spaceDim);
4481   double *retPtr=ret->getPointer();
4482   const double *coords=getCoords()->getConstPointer();
4483   double *work=std::copy(coords,coords+spaceDim*oldNbOfNodes,retPtr);
4484   std::vector<int> v;
4485   std::vector<double> c;
4486   double vec[3];
4487   v.reserve(3);
4488   c.reserve(6);
4489   for(int i=0;i<nbOf1DCells;i++)
4490     {
4491       v.resize(0);
4492       mesh1D->getNodeIdsOfCell(i,v);
4493       c.resize(0);
4494       mesh1D->getCoordinatesOfNode(v[isQuad?2:1],c);
4495       mesh1D->getCoordinatesOfNode(v[0],c);
4496       std::transform(c.begin(),c.begin()+spaceDim,c.begin()+spaceDim,vec,std::minus<double>());
4497       for(int j=0;j<oldNbOfNodes;j++)
4498         work=std::transform(vec,vec+spaceDim,retPtr+spaceDim*(i*oldNbOfNodes+j),work,std::plus<double>());
4499       if(isQuad)
4500         {
4501           c.resize(0);
4502           mesh1D->getCoordinatesOfNode(v[1],c);
4503           mesh1D->getCoordinatesOfNode(v[0],c);
4504           std::transform(c.begin(),c.begin()+spaceDim,c.begin()+spaceDim,vec,std::minus<double>());
4505           for(int j=0;j<oldNbOfNodes;j++)
4506             work=std::transform(vec,vec+spaceDim,retPtr+spaceDim*(i*oldNbOfNodes+j),work,std::plus<double>());
4507         }
4508     }
4509   ret->copyStringInfoFrom(*getCoords());
4510   return ret;
4511 }
4512
4513 /*!
4514  * This method incarnates the policy 1 for MEDCouplingUMesh::buildExtrudedMesh method.
4515  * \param mesh1D is the input 1D mesh used for translation and automatic rotation computation.
4516  * \return newCoords new coords filled by this method. 
4517  */
4518 DataArrayDouble *MEDCouplingUMesh::fillExtCoordsUsingTranslAndAutoRotation(const MEDCouplingUMesh *mesh1D, bool isQuad) const
4519 {
4520   if(mesh1D->getSpaceDimension()==2)
4521     return fillExtCoordsUsingTranslAndAutoRotation2D(mesh1D,isQuad);
4522   if(mesh1D->getSpaceDimension()==3)
4523     return fillExtCoordsUsingTranslAndAutoRotation3D(mesh1D,isQuad);
4524   throw INTERP_KERNEL::Exception("Not implemented rotation and translation alg. for spacedim other than 2 and 3 !");
4525 }
4526
4527 /*!
4528  * This method incarnates the policy 1 for MEDCouplingUMesh::buildExtrudedMesh method.
4529  * \param mesh1D is the input 1D mesh used for translation and automatic rotation computation.
4530  * \return newCoords new coords filled by this method. 
4531  */
4532 DataArrayDouble *MEDCouplingUMesh::fillExtCoordsUsingTranslAndAutoRotation2D(const MEDCouplingUMesh *mesh1D, bool isQuad) const
4533 {
4534   if(isQuad)
4535     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::fillExtCoordsUsingTranslAndAutoRotation2D : not implemented for quadratic cells !");
4536   int oldNbOfNodes=getNumberOfNodes();
4537   int nbOf1DCells=mesh1D->getNumberOfCells();
4538   if(nbOf1DCells<2)
4539     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::fillExtCoordsUsingTranslAndAutoRotation2D : impossible to detect any angle of rotation ! Change extrusion policy 1->0 !");
4540   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> ret=DataArrayDouble::New();
4541   int nbOfLevsInVec=nbOf1DCells+1;
4542   ret->alloc(oldNbOfNodes*nbOfLevsInVec,2);
4543   double *retPtr=ret->getPointer();
4544   retPtr=std::copy(getCoords()->getConstPointer(),getCoords()->getConstPointer()+getCoords()->getNbOfElems(),retPtr);
4545   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> tmp=MEDCouplingUMesh::New();
4546   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> tmp2=getCoords()->deepCpy();
4547   tmp->setCoords(tmp2);
4548   const double *coo1D=mesh1D->getCoords()->getConstPointer();
4549   const int *conn1D=mesh1D->getNodalConnectivity()->getConstPointer();
4550   const int *connI1D=mesh1D->getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
4551   for(int i=1;i<nbOfLevsInVec;i++)
4552     {
4553       const double *begin=coo1D+2*conn1D[connI1D[i-1]+1];
4554       const double *end=coo1D+2*conn1D[connI1D[i-1]+2];
4555       const double *third=i+1<nbOfLevsInVec?coo1D+2*conn1D[connI1D[i]+2]:coo1D+2*conn1D[connI1D[i-2]+1];
4556       const double vec[2]={end[0]-begin[0],end[1]-begin[1]};
4557       tmp->translate(vec);
4558       double tmp3[2],radius,alpha,alpha0;
4559       const double *p0=i+1<nbOfLevsInVec?begin:third;
4560       const double *p1=i+1<nbOfLevsInVec?end:begin;
4561       const double *p2=i+1<nbOfLevsInVec?third:end;
4562       INTERP_KERNEL::EdgeArcCircle::GetArcOfCirclePassingThru(p0,p1,p2,tmp3,radius,alpha,alpha0);
4563       double cosangle=i+1<nbOfLevsInVec?(p0[0]-tmp3[0])*(p1[0]-tmp3[0])+(p0[1]-tmp3[1])*(p1[1]-tmp3[1]):(p2[0]-tmp3[0])*(p1[0]-tmp3[0])+(p2[1]-tmp3[1])*(p1[1]-tmp3[1]);
4564       double angle=acos(cosangle/(radius*radius));
4565       tmp->rotate(end,0,angle);
4566       retPtr=std::copy(tmp2->getConstPointer(),tmp2->getConstPointer()+tmp2->getNbOfElems(),retPtr);
4567     }
4568   return ret.retn();
4569 }
4570
4571 /*!
4572  * This method incarnates the policy 1 for MEDCouplingUMesh::buildExtrudedMesh method.
4573  * \param mesh1D is the input 1D mesh used for translation and automatic rotation computation.
4574  * \return newCoords new coords filled by this method. 
4575  */
4576 DataArrayDouble *MEDCouplingUMesh::fillExtCoordsUsingTranslAndAutoRotation3D(const MEDCouplingUMesh *mesh1D, bool isQuad) const
4577 {
4578   if(isQuad)
4579     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::fillExtCoordsUsingTranslAndAutoRotation3D : not implemented for quadratic cells !");
4580   int oldNbOfNodes=getNumberOfNodes();
4581   int nbOf1DCells=mesh1D->getNumberOfCells();
4582   if(nbOf1DCells<2)
4583     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::fillExtCoordsUsingTranslAndAutoRotation3D : impossible to detect any angle of rotation ! Change extrusion policy 1->0 !");
4584   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> ret=DataArrayDouble::New();
4585   int nbOfLevsInVec=nbOf1DCells+1;
4586   ret->alloc(oldNbOfNodes*nbOfLevsInVec,3);
4587   double *retPtr=ret->getPointer();
4588   retPtr=std::copy(getCoords()->getConstPointer(),getCoords()->getConstPointer()+getCoords()->getNbOfElems(),retPtr);
4589   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> tmp=MEDCouplingUMesh::New();
4590   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> tmp2=getCoords()->deepCpy();
4591   tmp->setCoords(tmp2);
4592   const double *coo1D=mesh1D->getCoords()->getConstPointer();
4593   const int *conn1D=mesh1D->getNodalConnectivity()->getConstPointer();
4594   const int *connI1D=mesh1D->getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
4595   for(int i=1;i<nbOfLevsInVec;i++)
4596     {
4597       const double *begin=coo1D+3*conn1D[connI1D[i-1]+1];
4598       const double *end=coo1D+3*conn1D[connI1D[i-1]+2];
4599       const double *third=i+1<nbOfLevsInVec?coo1D+3*conn1D[connI1D[i]+2]:coo1D+3*conn1D[connI1D[i-2]+1];
4600       const double vec[3]={end[0]-begin[0],end[1]-begin[1],end[2]-begin[2]};
4601       tmp->translate(vec);
4602       double tmp3[2],radius,alpha,alpha0;
4603       const double *p0=i+1<nbOfLevsInVec?begin:third;
4604       const double *p1=i+1<nbOfLevsInVec?end:begin;
4605       const double *p2=i+1<nbOfLevsInVec?third:end;
4606       double vecPlane[3]={
4607         (p1[1]-p0[1])*(p2[2]-p1[2])-(p1[2]-p0[2])*(p2[1]-p1[1]),
4608         (p1[2]-p0[2])*(p2[0]-p1[0])-(p1[0]-p0[0])*(p2[2]-p1[2]),
4609         (p1[0]-p0[0])*(p2[1]-p1[1])-(p1[1]-p0[1])*(p2[0]-p1[0]),
4610       };
4611       double norm=sqrt(vecPlane[0]*vecPlane[0]+vecPlane[1]*vecPlane[1]+vecPlane[2]*vecPlane[2]);
4612       if(norm>1.e-7)
4613         {
4614           vecPlane[0]/=norm; vecPlane[1]/=norm; vecPlane[2]/=norm;
4615           double norm2=sqrt(vecPlane[0]*vecPlane[0]+vecPlane[1]*vecPlane[1]);
4616           double vec2[2]={vecPlane[1]/norm2,-vecPlane[0]/norm2};
4617           double s2=norm2;
4618           double c2=cos(asin(s2));
4619           double m[3][3]={
4620             {vec2[0]*vec2[0]*(1-c2)+c2, vec2[0]*vec2[1]*(1-c2), vec2[1]*s2},
4621             {vec2[0]*vec2[1]*(1-c2), vec2[1]*vec2[1]*(1-c2)+c2, -vec2[0]*s2},
4622             {-vec2[1]*s2, vec2[0]*s2, c2}
4623           };
4624           double p0r[3]={m[0][0]*p0[0]+m[0][1]*p0[1]+m[0][2]*p0[2], m[1][0]*p0[0]+m[1][1]*p0[1]+m[1][2]*p0[2], m[2][0]*p0[0]+m[2][1]*p0[1]+m[2][2]*p0[2]};
4625           double p1r[3]={m[0][0]*p1[0]+m[0][1]*p1[1]+m[0][2]*p1[2], m[1][0]*p1[0]+m[1][1]*p1[1]+m[1][2]*p1[2], m[2][0]*p1[0]+m[2][1]*p1[1]+m[2][2]*p1[2]};
4626           double p2r[3]={m[0][0]*p2[0]+m[0][1]*p2[1]+m[0][2]*p2[2], m[1][0]*p2[0]+m[1][1]*p2[1]+m[1][2]*p2[2], m[2][0]*p2[0]+m[2][1]*p2[1]+m[2][2]*p2[2]};
4627           INTERP_KERNEL::EdgeArcCircle::GetArcOfCirclePassingThru(p0r,p1r,p2r,tmp3,radius,alpha,alpha0);
4628           double cosangle=i+1<nbOfLevsInVec?(p0r[0]-tmp3[0])*(p1r[0]-tmp3[0])+(p0r[1]-tmp3[1])*(p1r[1]-tmp3[1]):(p2r[0]-tmp3[0])*(p1r[0]-tmp3[0])+(p2r[1]-tmp3[1])*(p1r[1]-tmp3[1]);
4629           double angle=acos(cosangle/(radius*radius));
4630           tmp->rotate(end,vecPlane,angle);
4631           
4632         }
4633       retPtr=std::copy(tmp2->getConstPointer(),tmp2->getConstPointer()+tmp2->getNbOfElems(),retPtr);
4634     }
4635   return ret.retn();
4636 }
4637
4638 /*!
4639  * This method is private because not easy to use for end user. This method is const contrary to
4640  * MEDCouplingUMesh::buildExtrudedMesh method because this->_coords are expected to contain
4641  * the coords sorted slice by slice.
4642  * \param isQuad specifies presence of quadratic cells.
4643  */
4644 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::buildExtrudedMeshFromThisLowLev(int nbOfNodesOf1Lev, bool isQuad) const
4645 {
4646   int nbOf1DCells=getNumberOfNodes()/nbOfNodesOf1Lev-1;
4647   int nbOf2DCells=getNumberOfCells();
4648   int nbOf3DCells=nbOf2DCells*nbOf1DCells;
4649   MEDCouplingUMesh *ret=MEDCouplingUMesh::New("Extruded",getMeshDimension()+1);
4650   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
4651   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
4652   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConn=DataArrayInt::New();
4653   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConnI=DataArrayInt::New();
4654   newConnI->alloc(nbOf3DCells+1,1);
4655   int *newConnIPtr=newConnI->getPointer();
4656   *newConnIPtr++=0;
4657   std::vector<int> newc;
4658   for(int j=0;j<nbOf2DCells;j++)
4659     {
4660       AppendExtrudedCell(conn+connI[j],conn+connI[j+1],nbOfNodesOf1Lev,isQuad,newc);
4661       *newConnIPtr++=(int)newc.size();
4662     }
4663   newConn->alloc((int)(newc.size())*nbOf1DCells,1);
4664   int *newConnPtr=newConn->getPointer();
4665   int deltaPerLev=isQuad?2*nbOfNodesOf1Lev:nbOfNodesOf1Lev;
4666   newConnIPtr=newConnI->getPointer();
4667   for(int iz=0;iz<nbOf1DCells;iz++)
4668     {
4669       if(iz!=0)
4670         std::transform(newConnIPtr+1,newConnIPtr+1+nbOf2DCells,newConnIPtr+1+iz*nbOf2DCells,std::bind2nd(std::plus<int>(),newConnIPtr[iz*nbOf2DCells]));
4671       for(std::vector<int>::const_iterator iter=newc.begin();iter!=newc.end();iter++,newConnPtr++)
4672         {
4673           int icell=(int)(iter-newc.begin());
4674           if(std::find(newConnIPtr,newConnIPtr+nbOf2DCells,icell)==newConnIPtr+nbOf2DCells)
4675             {
4676               if(*iter!=-1)
4677                 *newConnPtr=(*iter)+iz*deltaPerLev;
4678               else
4679                 *newConnPtr=-1;
4680             }
4681           else
4682             *newConnPtr=(*iter);
4683         }
4684     }
4685   ret->setConnectivity(newConn,newConnI,true);
4686   ret->setCoords(getCoords());
4687   return ret;
4688 }
4689
4690 /*!
4691  * Checks if \a this mesh is constituted by only quadratic cells.
4692  *  \return bool - \c true if there are only quadratic cells in \a this mesh.
4693  *  \throw If the coordinates array is not set.
4694  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
4695  */
4696 bool MEDCouplingUMesh::isFullyQuadratic() const
4697 {
4698   checkFullyDefined();
4699   bool ret=true;
4700   int nbOfCells=getNumberOfCells();
4701   for(int i=0;i<nbOfCells && ret;i++)
4702     {
4703       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type=getTypeOfCell(i);
4704       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(type);
4705       ret=cm.isQuadratic();
4706     }
4707   return ret;
4708 }
4709
4710 /*!
4711  * Checks if \a this mesh includes any quadratic cell.
4712  *  \return bool - \c true if there is at least one quadratic cells in \a this mesh.
4713  *  \throw If the coordinates array is not set.
4714  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
4715  */
4716 bool MEDCouplingUMesh::isPresenceOfQuadratic() const
4717 {
4718   checkFullyDefined();
4719   bool ret=false;
4720   int nbOfCells=getNumberOfCells();
4721   for(int i=0;i<nbOfCells && !ret;i++)
4722     {
4723       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type=getTypeOfCell(i);
4724       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(type);
4725       ret=cm.isQuadratic();
4726     }
4727   return ret;
4728 }
4729
4730 /*!
4731  * Converts all quadratic cells to linear ones. If there are no quadratic cells in \a
4732  * this mesh, it remains unchanged.
4733  *  \throw If the coordinates array is not set.
4734  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
4735  */
4736 void MEDCouplingUMesh::convertQuadraticCellsToLinear()
4737 {
4738   checkFullyDefined();
4739   int nbOfCells=getNumberOfCells();
4740   int delta=0;
4741   const int *iciptr=_nodal_connec_index->getConstPointer();
4742   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
4743     {
4744       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type=getTypeOfCell(i);
4745       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(type);
4746       if(cm.isQuadratic())
4747         {
4748           INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typel=cm.getLinearType();
4749           const INTERP_KERNEL::CellModel& cml=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(typel);
4750           if(!cml.isDynamic())
4751             delta+=cm.getNumberOfNodes()-cml.getNumberOfNodes();
4752           else
4753             delta+=(iciptr[i+1]-iciptr[i]-1)/2;
4754         }
4755     }
4756   if(delta==0)
4757     return ;
4758   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConn=DataArrayInt::New();
4759   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConnI=DataArrayInt::New();
4760   const int *icptr=_nodal_connec->getConstPointer();
4761   newConn->alloc(getMeshLength()-delta,1);
4762   newConnI->alloc(nbOfCells+1,1);
4763   int *ocptr=newConn->getPointer();
4764   int *ociptr=newConnI->getPointer();
4765   *ociptr=0;
4766   _types.clear();
4767   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,ociptr++)
4768     {
4769       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)icptr[iciptr[i]];
4770       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(type);
4771       if(!cm.isQuadratic())
4772         {
4773           _types.insert(type);
4774           ocptr=std::copy(icptr+iciptr[i],icptr+iciptr[i+1],ocptr);
4775           ociptr[1]=ociptr[0]+iciptr[i+1]-iciptr[i];
4776         }
4777       else
4778         {
4779           INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typel=cm.getLinearType();
4780           _types.insert(typel);
4781           const INTERP_KERNEL::CellModel& cml=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(typel);
4782           int newNbOfNodes=cml.getNumberOfNodes();
4783           if(cml.isDynamic())
4784             newNbOfNodes=(iciptr[i+1]-iciptr[i]-1)/2;
4785           *ocptr++=(int)typel;
4786           ocptr=std::copy(icptr+iciptr[i]+1,icptr+iciptr[i]+newNbOfNodes+1,ocptr);
4787           ociptr[1]=ociptr[0]+newNbOfNodes+1;
4788         }
4789     }
4790   setConnectivity(newConn,newConnI,false);
4791 }
4792
4793 /*!
4794  * This method converts all linear cell in \a this to quadratic one.
4795  * Contrary to MEDCouplingUMesh::convertQuadraticCellsToLinear method, here it is needed to specify the target
4796  * type of cells expected. For example INTERP_KERNEL::NORM_TRI3 can be converted to INTERP_KERNEL::NORM_TRI6 if \a conversionType is equal to 0 (the default)
4797  * or to INTERP_KERNEL::NORM_TRI7 if \a conversionType is equal to 1. All non linear cells and polyhedron in \a this are let untouched.
4798  * Contrary to MEDCouplingUMesh::convertQuadraticCellsToLinear method, the coordinates in \a this can be become bigger. All created nodes will be put at the
4799  * end of the existing coordinates.
4800  * 
4801  * \param [in] conversionType specifies the type of conversion expected. Only 0 (default) and 1 are supported presently. 0 those that creates the 'most' simple
4802  *             corresponding quadratic cells. 1 is those creating the 'most' complex.
4803  * \return a newly created DataArrayInt instance that the caller should deal with containing cell ids of converted cells.
4804  * 
4805  * \throw if \a this is not fully defined. It throws too if \a conversionType is not in [0,1].
4806  *
4807  * \sa MEDCouplingUMesh::convertQuadraticCellsToLinear
4808  */
4809 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic(int conversionType)
4810 {
4811   DataArrayInt *conn=0,*connI=0;
4812   DataArrayDouble *coords=0;
4813   std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> types;
4814   checkFullyDefined();
4815   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret,connSafe,connISafe;
4816   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> coordsSafe;
4817   int meshDim=getMeshDimension();
4818   switch(conversionType)
4819     {
4820     case 0:
4821       switch(meshDim)
4822         {
4823         case 1:
4824           ret=convertLinearCellsToQuadratic1D0(conn,connI,coords,types);
4825           connSafe=conn; connISafe=connI; coordsSafe=coords;
4826           break;
4827         case 2:
4828           ret=convertLinearCellsToQuadratic2D0(conn,connI,coords,types);
4829           connSafe=conn; connISafe=connI; coordsSafe=coords;
4830           break;
4831         case 3:
4832           ret=convertLinearCellsToQuadratic3D0(conn,connI,coords,types);
4833           connSafe=conn; connISafe=connI; coordsSafe=coords;
4834           break;
4835         default:
4836           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic : conversion of type 0 mesh dimensions available are [1,2,3] !");
4837         }
4838       break;
4839     case 1:
4840       {
4841         switch(meshDim)
4842         {
4843         case 1:
4844           ret=convertLinearCellsToQuadratic1D0(conn,connI,coords,types);//it is not a bug. In 1D policy 0 and 1 are equals
4845           connSafe=conn; connISafe=connI; coordsSafe=coords;
4846           break;
4847         case 2:
4848           ret=convertLinearCellsToQuadratic2D1(conn,connI,coords,types);
4849           connSafe=conn; connISafe=connI; coordsSafe=coords;
4850           break;
4851         case 3:
4852           ret=convertLinearCellsToQuadratic3D1(conn,connI,coords,types);
4853           connSafe=conn; connISafe=connI; coordsSafe=coords;
4854           break;
4855         default:
4856           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic : conversion of type 1 mesh dimensions available are [1,2,3] !");
4857         }
4858         break;
4859       }
4860     default:
4861       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic : conversion type available are 0 (default, the simplest) and 1 (the most complex) !");
4862     }
4863   setConnectivity(connSafe,connISafe,false);
4864   _types=types;
4865   setCoords(coordsSafe);
4866   return ret.retn();
4867 }
4868
4869 /*!
4870  * Implementes \a conversionType 0 for meshes with meshDim = 1, of MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic method.
4871  * \return a newly created DataArrayInt instance that the caller should deal with containing cell ids of converted cells.
4872  * \sa MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic.
4873  */
4874 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic1D0(DataArrayInt *&conn, DataArrayInt *&connI, DataArrayDouble *& coords, std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& types) const
4875 {
4876   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> bary=getBarycenterAndOwner();
4877   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConn=DataArrayInt::New(); newConn->alloc(0,1);
4878   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConnI=DataArrayInt::New(); newConnI->alloc(1,1); newConnI->setIJ(0,0,0);
4879   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New(); ret->alloc(0,1);
4880   int nbOfCells=getNumberOfCells();
4881   int nbOfNodes=getNumberOfNodes();
4882   const int *cPtr=_nodal_connec->getConstPointer();
4883   const int *icPtr=_nodal_connec_index->getConstPointer();
4884   int lastVal=0,offset=nbOfNodes;
4885   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,icPtr++)
4886     {
4887       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)cPtr[*icPtr];
4888       if(type==INTERP_KERNEL::NORM_SEG2)
4889         {
4890           types.insert(INTERP_KERNEL::NORM_SEG3);
4891           newConn->pushBackSilent((int)INTERP_KERNEL::NORM_SEG3);
4892           newConn->pushBackValsSilent(cPtr+icPtr[0]+1,cPtr+icPtr[0]+3);
4893           newConn->pushBackSilent(offset++);
4894           lastVal+=4;
4895           newConnI->pushBackSilent(lastVal);
4896           ret->pushBackSilent(i);
4897         }
4898       else
4899         {
4900           types.insert(type);
4901           lastVal+=(icPtr[1]-icPtr[0]);
4902           newConnI->pushBackSilent(lastVal);
4903           newConn->pushBackValsSilent(cPtr+icPtr[0],cPtr+icPtr[1]);
4904         }
4905     }
4906   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> tmp=bary->selectByTupleIdSafe(ret->begin(),ret->end());
4907   coords=DataArrayDouble::Aggregate(getCoords(),tmp); conn=newConn.retn(); connI=newConnI.retn();
4908   return ret.retn();
4909 }
4910
4911 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic2DAnd3D0(const MEDCouplingUMesh *m1D, const DataArrayInt *desc, const DataArrayInt *descI, DataArrayInt *&conn, DataArrayInt *&connI, DataArrayDouble *& coords, std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& types) const
4912 {
4913   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConn=DataArrayInt::New(); newConn->alloc(0,1);
4914   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConnI=DataArrayInt::New(); newConnI->alloc(1,1); newConnI->setIJ(0,0,0);
4915   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New(); ret->alloc(0,1);
4916   //
4917   const int *descPtr(desc->begin()),*descIPtr(descI->begin());
4918   DataArrayInt *conn1D=0,*conn1DI=0;
4919   std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> types1D;
4920   DataArrayDouble *coordsTmp=0;
4921   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret1D=m1D->convertLinearCellsToQuadratic1D0(conn1D,conn1DI,coordsTmp,types1D); ret1D=0;
4922   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> coordsTmpSafe(coordsTmp);
4923   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> conn1DSafe(conn1D),conn1DISafe(conn1DI);
4924   const int *c1DPtr=conn1D->begin();
4925   const int *c1DIPtr=conn1DI->begin();
4926   int nbOfCells=getNumberOfCells();
4927   const int *cPtr=_nodal_connec->getConstPointer();
4928   const int *icPtr=_nodal_connec_index->getConstPointer();
4929   int lastVal=0;
4930   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,icPtr++,descIPtr++)
4931     {
4932       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typ=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)cPtr[*icPtr];
4933       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(typ);
4934       if(!cm.isQuadratic())
4935         {
4936           INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typ2=cm.getQuadraticType();
4937           types.insert(typ2); newConn->pushBackSilent(typ2);
4938           newConn->pushBackValsSilent(cPtr+icPtr[0]+1,cPtr+icPtr[1]);
4939           for(const int *d=descPtr+descIPtr[0];d!=descPtr+descIPtr[1];d++)
4940             newConn->pushBackSilent(c1DPtr[c1DIPtr[*d]+3]);
4941           lastVal+=(icPtr[1]-icPtr[0])+(descIPtr[1]-descIPtr[0]);
4942           newConnI->pushBackSilent(lastVal);
4943           ret->pushBackSilent(i);
4944         }
4945       else
4946         {
4947           types.insert(typ);
4948           lastVal+=(icPtr[1]-icPtr[0]);
4949           newConnI->pushBackSilent(lastVal);
4950           newConn->pushBackValsSilent(cPtr+icPtr[0],cPtr+icPtr[1]);
4951         }
4952     }
4953   conn=newConn.retn(); connI=newConnI.retn(); coords=coordsTmpSafe.retn();
4954   return ret.retn();
4955 }
4956
4957 /*!
4958  * Implementes \a conversionType 0 for meshes with meshDim = 2, of MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic method.
4959  * \return a newly created DataArrayInt instance that the caller should deal with containing cell ids of converted cells.
4960  * \sa MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic.
4961  */
4962 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic2D0(DataArrayInt *&conn, DataArrayInt *&connI, DataArrayDouble *& coords, std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& types) const
4963 {
4964   
4965   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> desc(DataArrayInt::New()),descI(DataArrayInt::New()),tmp2(DataArrayInt::New()),tmp3(DataArrayInt::New());
4966   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1D=buildDescendingConnectivity(desc,descI,tmp2,tmp3); tmp2=0; tmp3=0;
4967   return convertLinearCellsToQuadratic2DAnd3D0(m1D,desc,descI,conn,connI,coords,types);
4968 }
4969
4970 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic2D1(DataArrayInt *&conn, DataArrayInt *&connI, DataArrayDouble *& coords, std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& types) const
4971 {
4972   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> desc(DataArrayInt::New()),descI(DataArrayInt::New()),tmp2(DataArrayInt::New()),tmp3(DataArrayInt::New());
4973   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1D=buildDescendingConnectivity(desc,descI,tmp2,tmp3); tmp2=0; tmp3=0;
4974   //
4975   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConn=DataArrayInt::New(); newConn->alloc(0,1);
4976   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConnI=DataArrayInt::New(); newConnI->alloc(1,1); newConnI->setIJ(0,0,0);
4977   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New(); ret->alloc(0,1);
4978   //
4979   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> bary=getBarycenterAndOwner();
4980   const int *descPtr(desc->begin()),*descIPtr(descI->begin());
4981   DataArrayInt *conn1D=0,*conn1DI=0;
4982   std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> types1D;
4983   DataArrayDouble *coordsTmp=0;
4984   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret1D=m1D->convertLinearCellsToQuadratic1D0(conn1D,conn1DI,coordsTmp,types1D); ret1D=0;
4985   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> coordsTmpSafe(coordsTmp);
4986   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> conn1DSafe(conn1D),conn1DISafe(conn1DI);
4987   const int *c1DPtr=conn1D->begin();
4988   const int *c1DIPtr=conn1DI->begin();
4989   int nbOfCells=getNumberOfCells();
4990   const int *cPtr=_nodal_connec->getConstPointer();
4991   const int *icPtr=_nodal_connec_index->getConstPointer();
4992   int lastVal=0,offset=coordsTmpSafe->getNumberOfTuples();
4993   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,icPtr++,descIPtr++)
4994     {
4995       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typ=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)cPtr[*icPtr];
4996       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(typ);
4997       if(!cm.isQuadratic())
4998         {
4999           INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typ2=cm.getQuadraticType2();
5000           types.insert(typ2); newConn->pushBackSilent(typ2);
5001           newConn->pushBackValsSilent(cPtr+icPtr[0]+1,cPtr+icPtr[1]);
5002           for(const int *d=descPtr+descIPtr[0];d!=descPtr+descIPtr[1];d++)
5003             newConn->pushBackSilent(c1DPtr[c1DIPtr[*d]+3]);
5004           newConn->pushBackSilent(offset+ret->getNumberOfTuples());
5005           lastVal+=(icPtr[1]-icPtr[0])+(descIPtr[1]-descIPtr[0])+1;
5006           newConnI->pushBackSilent(lastVal);
5007           ret->pushBackSilent(i);
5008         }
5009       else
5010         {
5011           types.insert(typ);
5012           lastVal+=(icPtr[1]-icPtr[0]);
5013           newConnI->pushBackSilent(lastVal);
5014           newConn->pushBackValsSilent(cPtr+icPtr[0],cPtr+icPtr[1]);
5015         }
5016     }
5017   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> tmp=bary->selectByTupleIdSafe(ret->begin(),ret->end());
5018   coords=DataArrayDouble::Aggregate(coordsTmpSafe,tmp); conn=newConn.retn(); connI=newConnI.retn();
5019   return ret.retn();
5020 }
5021
5022 /*!
5023  * Implementes \a conversionType 0 for meshes with meshDim = 3, of MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic method.
5024  * \return a newly created DataArrayInt instance that the caller should deal with containing cell ids of converted cells.
5025  * \sa MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic.
5026  */
5027 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic3D0(DataArrayInt *&conn, DataArrayInt *&connI, DataArrayDouble *& coords, std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& types) const
5028 {
5029   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> desc(DataArrayInt::New()),descI(DataArrayInt::New()),tmp2(DataArrayInt::New()),tmp3(DataArrayInt::New());
5030   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1D=explode3DMeshTo1D(desc,descI,tmp2,tmp3); tmp2=0; tmp3=0;
5031   return convertLinearCellsToQuadratic2DAnd3D0(m1D,desc,descI,conn,connI,coords,types);
5032 }
5033
5034 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic3D1(DataArrayInt *&conn, DataArrayInt *&connI, DataArrayDouble *& coords, std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& types) const
5035 {
5036   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> desc2(DataArrayInt::New()),desc2I(DataArrayInt::New()),tmp2(DataArrayInt::New()),tmp3(DataArrayInt::New());
5037   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m2D=buildDescendingConnectivityGen<MinusOneSonsGeneratorBiQuadratic>(desc2,desc2I,tmp2,tmp3,MEDCouplingFastNbrer); tmp2=0; tmp3=0;
5038   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> desc1(DataArrayInt::New()),desc1I(DataArrayInt::New()),tmp4(DataArrayInt::New()),tmp5(DataArrayInt::New());
5039   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1D=explode3DMeshTo1D(desc1,desc1I,tmp4,tmp5); tmp4=0; tmp5=0;
5040   //
5041   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConn=DataArrayInt::New(); newConn->alloc(0,1);
5042   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConnI=DataArrayInt::New(); newConnI->alloc(1,1); newConnI->setIJ(0,0,0);
5043   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New(),ret2=DataArrayInt::New(); ret->alloc(0,1); ret2->alloc(0,1);
5044   //
5045   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> bary=getBarycenterAndOwner();
5046   const int *descPtr(desc1->begin()),*descIPtr(desc1I->begin()),*desc2Ptr(desc2->begin()),*desc2IPtr(desc2I->begin());
5047   DataArrayInt *conn1D=0,*conn1DI=0,*conn2D=0,*conn2DI=0;
5048   std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> types1D,types2D;
5049   DataArrayDouble *coordsTmp=0,*coordsTmp2=0;
5050   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret1D=m1D->convertLinearCellsToQuadratic1D0(conn1D,conn1DI,coordsTmp,types1D); ret1D=DataArrayInt::New(); ret1D->alloc(0,1);
5051   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> conn1DSafe(conn1D),conn1DISafe(conn1DI);
5052   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> coordsTmpSafe(coordsTmp);
5053   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret2D=m2D->convertLinearCellsToQuadratic2D1(conn2D,conn2DI,coordsTmp2,types2D); ret2D=DataArrayInt::New(); ret2D->alloc(0,1);
5054   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> coordsTmp2Safe(coordsTmp2);
5055   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> conn2DSafe(conn2D),conn2DISafe(conn2DI);
5056   const int *c1DPtr=conn1D->begin(),*c1DIPtr=conn1DI->begin(),*c2DPtr=conn2D->begin(),*c2DIPtr=conn2DI->begin();
5057   int nbOfCells=getNumberOfCells();
5058   const int *cPtr=_nodal_connec->getConstPointer();
5059   const int *icPtr=_nodal_connec_index->getConstPointer();
5060   int lastVal=0,offset=coordsTmpSafe->getNumberOfTuples();
5061   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,icPtr++,descIPtr++,desc2IPtr++)
5062     {
5063       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typ=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)cPtr[*icPtr];
5064       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(typ);
5065       if(!cm.isQuadratic())
5066         {
5067           INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typ2=cm.getQuadraticType2();
5068           if(typ2==INTERP_KERNEL::NORM_ERROR)
5069             {
5070               std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic3D1 : On cell #" << i << " the linear cell type does not support advanced quadratization !";
5071               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
5072             }
5073           types.insert(typ2); newConn->pushBackSilent(typ2);
5074           newConn->pushBackValsSilent(cPtr+icPtr[0]+1,cPtr+icPtr[1]);
5075           for(const int *d=descPtr+descIPtr[0];d!=descPtr+descIPtr[1];d++)
5076             newConn->pushBackSilent(c1DPtr[c1DIPtr[*d]+3]);
5077           for(const int *d=desc2Ptr+desc2IPtr[0];d!=desc2Ptr+desc2IPtr[1];d++)
5078             {
5079               int nodeId2=c2DPtr[c2DIPtr[(*d)+1]-1];
5080               int tmpPos=newConn->getNumberOfTuples();
5081               newConn->pushBackSilent(nodeId2);
5082               ret2D->pushBackSilent(nodeId2); ret1D->pushBackSilent(tmpPos);
5083             }
5084           newConn->pushBackSilent(offset+ret->getNumberOfTuples());
5085           lastVal+=(icPtr[1]-icPtr[0])+(descIPtr[1]-descIPtr[0])+(desc2IPtr[1]-desc2IPtr[0])+1;
5086           newConnI->pushBackSilent(lastVal);
5087           ret->pushBackSilent(i);
5088         }
5089       else
5090         {
5091           types.insert(typ);
5092           lastVal+=(icPtr[1]-icPtr[0]);
5093           newConnI->pushBackSilent(lastVal);
5094           newConn->pushBackValsSilent(cPtr+icPtr[0],cPtr+icPtr[1]);
5095         }
5096     }
5097   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> diffRet2D=ret2D->getDifferentValues();
5098   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> o2nRet2D=diffRet2D->invertArrayN2O2O2N(coordsTmp2Safe->getNumberOfTuples());
5099   coordsTmp2Safe=coordsTmp2Safe->selectByTupleId(diffRet2D->begin(),diffRet2D->end());
5100   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> tmp=bary->selectByTupleIdSafe(ret->begin(),ret->end());
5101   std::vector<const DataArrayDouble *> v(3); v[0]=coordsTmpSafe; v[1]=coordsTmp2Safe; v[2]=tmp;
5102   int *c=newConn->getPointer();
5103   const int *cI(newConnI->begin());
5104   for(const int *elt=ret1D->begin();elt!=ret1D->end();elt++)
5105     c[*elt]=o2nRet2D->getIJ(c[*elt],0)+offset;
5106   offset=coordsTmp2Safe->getNumberOfTuples();
5107   for(const int *elt=ret->begin();elt!=ret->end();elt++)
5108     c[cI[(*elt)+1]-1]+=offset;
5109   coords=DataArrayDouble::Aggregate(v); conn=newConn.retn(); connI=newConnI.retn();
5110   return ret.retn();
5111 }
5112
5113 /*!
5114  * Tessellates \a this 2D mesh by dividing not straight edges of quadratic faces,
5115  * so that the number of cells remains the same. Quadratic faces are converted to
5116  * polygons. This method works only for 2D meshes in
5117  * 2D space. If no cells are quadratic (INTERP_KERNEL::NORM_QUAD8,
5118  * INTERP_KERNEL::NORM_TRI6, INTERP_KERNEL::NORM_QPOLYG ), \a this mesh remains unchanged.
5119  * \warning This method can lead to a huge amount of nodes if \a eps is very low.
5120  *  \param [in] eps - specifies the maximal angle (in radians) between 2 sub-edges of
5121  *         a polylinized edge constituting the input polygon.
5122  *  \throw If the coordinates array is not set.
5123  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
5124  *  \throw If \a this->getMeshDimension() != 2.
5125  *  \throw If \a this->getSpaceDimension() != 2.
5126  */
5127 void MEDCouplingUMesh::tessellate2D(double eps)
5128 {
5129   checkFullyDefined();
5130   if(getMeshDimension()!=2 || getSpaceDimension()!=2)  
5131     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::tessellate2D works on umeshes with meshdim equal to 2 and spaceDim equal to 2 too!");
5132   double epsa=fabs(eps);
5133   if(epsa<std::numeric_limits<double>::min())
5134     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::tessellate2DCurve : epsilon is null ! Please specify a higher epsilon. If too tiny it can lead to a huge amount of nodes and memory !");
5135   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> desc1=DataArrayInt::New();
5136   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> descIndx1=DataArrayInt::New();
5137   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> revDesc1=DataArrayInt::New();
5138   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> revDescIndx1=DataArrayInt::New();
5139   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> mDesc=buildDescendingConnectivity2(desc1,descIndx1,revDesc1,revDescIndx1);
5140   revDesc1=0; revDescIndx1=0;
5141   mDesc->tessellate2DCurve(eps);
5142   subDivide2DMesh(mDesc->_nodal_connec->getConstPointer(),mDesc->_nodal_connec_index->getConstPointer(),desc1->getConstPointer(),descIndx1->getConstPointer());
5143   setCoords(mDesc->getCoords());
5144 }
5145
5146 /*!
5147  * Tessellates \a this 1D mesh in 2D space by dividing not straight quadratic edges.
5148  * \warning This method can lead to a huge amount of nodes if \a eps is very low.
5149  *  \param [in] eps - specifies the maximal angle (in radian) between 2 sub-edges of
5150  *         a sub-divided edge.
5151  *  \throw If the coordinates array is not set.
5152  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
5153  *  \throw If \a this->getMeshDimension() != 1.
5154  *  \throw If \a this->getSpaceDimension() != 2.
5155  */
5156 void MEDCouplingUMesh::tessellate2DCurve(double eps)
5157 {
5158   checkFullyDefined();
5159   if(getMeshDimension()!=1 || getSpaceDimension()!=2)
5160     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::tessellate2DCurve works on umeshes with meshdim equal to 1 and spaceDim equal to 2 too!");
5161   double epsa=fabs(eps);
5162   if(epsa<std::numeric_limits<double>::min())
5163     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::tessellate2DCurve : epsilon is null ! Please specify a higher epsilon. If too tiny it can lead to a huge amount of nodes and memory !");
5164   INTERP_KERNEL::QUADRATIC_PLANAR::_arc_detection_precision=1.e-10;
5165   int nbCells=getNumberOfCells();
5166   int nbNodes=getNumberOfNodes();
5167   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
5168   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
5169   const double *coords=_coords->getConstPointer();
5170   std::vector<double> addCoo;
5171   std::vector<int> newConn;//no direct DataArrayInt because interface with Geometric2D
5172   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConnI(DataArrayInt::New());
5173   newConnI->alloc(nbCells+1,1);
5174   int *newConnIPtr=newConnI->getPointer();
5175   *newConnIPtr=0;
5176   int tmp1[3];
5177   INTERP_KERNEL::Node *tmp2[3];
5178   std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> types;
5179   for(int i=0;i<nbCells;i++,newConnIPtr++)
5180     {
5181       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[connI[i]]);
5182       if(cm.isQuadratic())
5183         {//assert(connI[i+1]-connI[i]-1==3)
5184           tmp1[0]=conn[connI[i]+1+0]; tmp1[1]=conn[connI[i]+1+1]; tmp1[2]=conn[connI[i]+1+2];
5185           tmp2[0]=new INTERP_KERNEL::Node(coords[2*tmp1[0]],coords[2*tmp1[0]+1]);
5186           tmp2[1]=new INTERP_KERNEL::Node(coords[2*tmp1[1]],coords[2*tmp1[1]+1]);
5187           tmp2[2]=new INTERP_KERNEL::Node(coords[2*tmp1[2]],coords[2*tmp1[2]+1]);
5188           INTERP_KERNEL::EdgeArcCircle *eac=INTERP_KERNEL::EdgeArcCircle::BuildFromNodes(tmp2[0],tmp2[2],tmp2[1]);
5189           if(eac)
5190             {
5191               eac->tesselate(tmp1,nbNodes,epsa,newConn,addCoo);
5192               types.insert((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)newConn[newConnIPtr[0]]);
5193               delete eac;
5194               newConnIPtr[1]=(int)newConn.size();
5195             }
5196           else
5197             {
5198               types.insert(INTERP_KERNEL::NORM_SEG2);
5199               newConn.push_back(INTERP_KERNEL::NORM_SEG2);
5200               newConn.insert(newConn.end(),conn+connI[i]+1,conn+connI[i]+3);
5201               newConnIPtr[1]=newConnIPtr[0]+3;
5202             }
5203         }
5204       else
5205         {
5206           types.insert((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[connI[i]]);
5207           newConn.insert(newConn.end(),conn+connI[i],conn+connI[i+1]);
5208           newConnIPtr[1]=newConnIPtr[0]+3;
5209         }
5210     }
5211   if(addCoo.empty() && ((int)newConn.size())==_nodal_connec->getNumberOfTuples())//nothing happens during tessellation : no update needed
5212     return ;
5213   _types=types;
5214   DataArrayInt::SetArrayIn(newConnI,_nodal_connec_index);
5215   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConnArr=DataArrayInt::New();
5216   newConnArr->alloc((int)newConn.size(),1);
5217   std::copy(newConn.begin(),newConn.end(),newConnArr->getPointer());
5218   DataArrayInt::SetArrayIn(newConnArr,_nodal_connec);
5219   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> newCoords=DataArrayDouble::New();
5220   newCoords->alloc(nbNodes+((int)addCoo.size())/2,2);
5221   double *work=std::copy(_coords->begin(),_coords->end(),newCoords->getPointer());
5222   std::copy(addCoo.begin(),addCoo.end(),work);
5223   DataArrayDouble::SetArrayIn(newCoords,_coords);
5224   updateTime();
5225 }
5226
5227 /*!
5228  * Divides every cell of \a this mesh into simplices (triangles in 2D and tetrahedra in 3D).
5229  * In addition, returns an array mapping new cells to old ones. <br>
5230  * This method typically increases the number of cells in \a this mesh
5231  * but the number of nodes remains \b unchanged.
5232  * That's why the 3D splitting policies
5233  * INTERP_KERNEL::GENERAL_24 and INTERP_KERNEL::GENERAL_48 are not available here.
5234  *  \param [in] policy - specifies a pattern used for splitting.
5235  * The semantic of \a policy is:
5236  * - 0 - to split QUAD4 by cutting it along 0-2 diagonal (for 2D mesh only).
5237  * - 1 - to split QUAD4 by cutting it along 1-3 diagonal (for 2D mesh only).
5238  * - INTERP_KERNEL::PLANAR_FACE_5 - to split HEXA8  into 5 TETRA4 (for 3D mesh only).
5239  * - INTERP_KERNEL::PLANAR_FACE_6 - to split HEXA8  into 6 TETRA4 (for 3D mesh only).
5240  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding, for each new cell,
5241  *          an id of old cell producing it. The caller is to delete this array using
5242  *         decrRef() as it is no more needed. 
5243  *  \throw If \a policy is 0 or 1 and \a this->getMeshDimension() != 2.
5244  *  \throw If \a policy is INTERP_KERNEL::PLANAR_FACE_5 or INTERP_KERNEL::PLANAR_FACE_6
5245  *          and \a this->getMeshDimension() != 3. 
5246  *  \throw If \a policy is not one of the four discussed above.
5247  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
5248  * \sa MEDCouplingUMesh::tetrahedrize, MEDCoupling1SGTUMesh::sortHexa8EachOther
5249  */
5250 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::simplexize(int policy)
5251 {
5252   switch(policy)
5253     {
5254     case 0:
5255       return simplexizePol0();
5256     case 1:
5257       return simplexizePol1();
5258     case (int) INTERP_KERNEL::PLANAR_FACE_5:
5259       return simplexizePlanarFace5();
5260     case (int) INTERP_KERNEL::PLANAR_FACE_6:
5261       return simplexizePlanarFace6();
5262     default:
5263       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::simplexize : unrecognized policy ! Must be :\n  - 0 or 1 (only available for meshdim=2) \n  - PLANAR_FACE_5, PLANAR_FACE_6  (only for meshdim=3)");
5264     }
5265 }
5266
5267 /*!
5268  * Checks if \a this mesh is constituted by simplex cells only. Simplex cells are:
5269  * - 1D: INTERP_KERNEL::NORM_SEG2
5270  * - 2D: INTERP_KERNEL::NORM_TRI3
5271  * - 3D: INTERP_KERNEL::NORM_TETRA4.
5272  *
5273  * This method is useful for users that need to use P1 field services as
5274  * MEDCouplingFieldDouble::getValueOn(), MEDCouplingField::buildMeasureField() etc.
5275  * All these methods need mesh support containing only simplex cells.
5276  *  \return bool - \c true if there are only simplex cells in \a this mesh.
5277  *  \throw If the coordinates array is not set.
5278  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
5279  *  \throw If \a this->getMeshDimension() < 1.
5280  */
5281 bool MEDCouplingUMesh::areOnlySimplexCells() const
5282 {
5283   checkFullyDefined();
5284   int mdim=getMeshDimension();
5285   if(mdim<1 || mdim>3)
5286     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::areOnlySimplexCells : only available with meshes having a meshdim 1, 2 or 3 !");
5287   int nbCells=getNumberOfCells();
5288   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
5289   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
5290   for(int i=0;i<nbCells;i++)
5291     {
5292       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[connI[i]]);
5293       if(!cm.isSimplex())
5294         return false;
5295     }
5296   return true;
5297 }
5298
5299 /*!
5300  * This method implements policy 0 of virtual method ParaMEDMEM::MEDCouplingUMesh::simplexize.
5301  */
5302 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::simplexizePol0()
5303 {
5304   checkConnectivityFullyDefined();
5305   if(getMeshDimension()!=2)
5306     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::simplexizePol0 : this policy is only available for mesh with meshdim == 2 !");
5307   int nbOfCells=getNumberOfCells();
5308   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
5309   int nbOfCutCells=getNumberOfCellsWithType(INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4);
5310   ret->alloc(nbOfCells+nbOfCutCells,1);
5311   if(nbOfCutCells==0) { ret->iota(0); return ret.retn(); }
5312   int *retPt=ret->getPointer();
5313   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConn=DataArrayInt::New();
5314   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConnI=DataArrayInt::New();
5315   newConnI->alloc(nbOfCells+nbOfCutCells+1,1);
5316   newConn->alloc(getMeshLength()+3*nbOfCutCells,1);
5317   int *pt=newConn->getPointer();
5318   int *ptI=newConnI->getPointer();
5319   ptI[0]=0;
5320   const int *oldc=_nodal_connec->getConstPointer();
5321   const int *ci=_nodal_connec_index->getConstPointer();
5322   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,ci++)
5323     {
5324       if((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)oldc[ci[0]]==INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4)
5325         {
5326           const int tmp[8]={(int)INTERP_KERNEL::NORM_TRI3,oldc[ci[0]+1],oldc[ci[0]+2],oldc[ci[0]+3],
5327                             (int)INTERP_KERNEL::NORM_TRI3,oldc[ci[0]+1],oldc[ci[0]+3],oldc[ci[0]+4]};
5328           pt=std::copy(tmp,tmp+8,pt);
5329           ptI[1]=ptI[0]+4;
5330           ptI[2]=ptI[0]+8;
5331           *retPt++=i;
5332           *retPt++=i;
5333           ptI+=2;
5334         }
5335       else
5336         {
5337           pt=std::copy(oldc+ci[0],oldc+ci[1],pt);
5338           ptI[1]=ptI[0]+ci[1]-ci[0];
5339           ptI++;
5340           *retPt++=i;
5341         }
5342     }
5343   _nodal_connec->decrRef();
5344   _nodal_connec=newConn.retn();
5345   _nodal_connec_index->decrRef();
5346   _nodal_connec_index=newConnI.retn();
5347   computeTypes();
5348   updateTime();
5349   return ret.retn();
5350 }
5351
5352 /*!
5353  * This method implements policy 1 of virtual method ParaMEDMEM::MEDCouplingUMesh::simplexize.
5354  */
5355 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::simplexizePol1()
5356 {
5357   checkConnectivityFullyDefined();
5358   if(getMeshDimension()!=2)
5359     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::simplexizePol0 : this policy is only available for mesh with meshdim == 2 !");
5360   int nbOfCells=getNumberOfCells();
5361   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
5362   int nbOfCutCells=getNumberOfCellsWithType(INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4);
5363   ret->alloc(nbOfCells+nbOfCutCells,1);
5364   if(nbOfCutCells==0) { ret->iota(0); return ret.retn(); }
5365   int *retPt=ret->getPointer();
5366   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConn=DataArrayInt::New();
5367   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConnI=DataArrayInt::New();
5368   newConnI->alloc(nbOfCells+nbOfCutCells+1,1);
5369   newConn->alloc(getMeshLength()+3*nbOfCutCells,1);
5370   int *pt=newConn->getPointer();
5371   int *ptI=newConnI->getPointer();
5372   ptI[0]=0;
5373   const int *oldc=_nodal_connec->getConstPointer();
5374   const int *ci=_nodal_connec_index->getConstPointer();
5375   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,ci++)
5376     {
5377       if((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)oldc[ci[0]]==INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4)
5378         {
5379           const int tmp[8]={(int)INTERP_KERNEL::NORM_TRI3,oldc[ci[0]+1],oldc[ci[0]+2],oldc[ci[0]+4],
5380                             (int)INTERP_KERNEL::NORM_TRI3,oldc[ci[0]+2],oldc[ci[0]+3],oldc[ci[0]+4]};
5381           pt=std::copy(tmp,tmp+8,pt);
5382           ptI[1]=ptI[0]+4;
5383           ptI[2]=ptI[0]+8;
5384           *retPt++=i;
5385           *retPt++=i;
5386           ptI+=2;
5387         }
5388       else
5389         {
5390           pt=std::copy(oldc+ci[0],oldc+ci[1],pt);
5391           ptI[1]=ptI[0]+ci[1]-ci[0];
5392           ptI++;
5393           *retPt++=i;
5394         }
5395     }
5396   _nodal_connec->decrRef();
5397   _nodal_connec=newConn.retn();
5398   _nodal_connec_index->decrRef();
5399   _nodal_connec_index=newConnI.retn();
5400   computeTypes();
5401   updateTime();
5402   return ret.retn();
5403 }
5404
5405 /*!
5406  * This method implements policy INTERP_KERNEL::PLANAR_FACE_5 of virtual method ParaMEDMEM::MEDCouplingUMesh::simplexize.
5407  */
5408 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::simplexizePlanarFace5()
5409 {
5410   checkConnectivityFullyDefined();
5411   if(getMeshDimension()!=3)
5412     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::simplexizePlanarFace5 : this policy is only available for mesh with meshdim == 3 !");
5413   int nbOfCells=getNumberOfCells();
5414   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
5415   int nbOfCutCells=getNumberOfCellsWithType(INTERP_KERNEL::NORM_HEXA8);
5416   ret->alloc(nbOfCells+4*nbOfCutCells,1);
5417   if(nbOfCutCells==0) { ret->iota(0); return ret.retn(); }
5418   int *retPt=ret->getPointer();
5419   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConn=DataArrayInt::New();
5420   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConnI=DataArrayInt::New();
5421   newConnI->alloc(nbOfCells+4*nbOfCutCells+1,1);
5422   newConn->alloc(getMeshLength()+16*nbOfCutCells,1);//21
5423   int *pt=newConn->getPointer();
5424   int *ptI=newConnI->getPointer();
5425   ptI[0]=0;
5426   const int *oldc=_nodal_connec->getConstPointer();
5427   const int *ci=_nodal_connec_index->getConstPointer();
5428   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,ci++)
5429     {
5430       if((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)oldc[ci[0]]==INTERP_KERNEL::NORM_HEXA8)
5431         {
5432           for(int j=0;j<5;j++,pt+=5,ptI++)
5433             {
5434               pt[0]=(int)INTERP_KERNEL::NORM_TETRA4;
5435               pt[1]=oldc[ci[0]+INTERP_KERNEL::SPLIT_NODES_5_WO[4*j+0]+1]; pt[2]=oldc[ci[0]+INTERP_KERNEL::SPLIT_NODES_5_WO[4*j+1]+1]; pt[3]=oldc[ci[0]+INTERP_KERNEL::SPLIT_NODES_5_WO[4*j+2]+1]; pt[4]=oldc[ci[0]+INTERP_KERNEL::SPLIT_NODES_5_WO[4*j+3]+1];
5436               *retPt++=i;
5437               ptI[1]=ptI[0]+5;
5438             }
5439         }
5440       else
5441         {
5442           pt=std::copy(oldc+ci[0],oldc+ci[1],pt);
5443           ptI[1]=ptI[0]+ci[1]-ci[0];
5444           ptI++;
5445           *retPt++=i;
5446         }
5447     }
5448   _nodal_connec->decrRef();
5449   _nodal_connec=newConn.retn();
5450   _nodal_connec_index->decrRef();
5451   _nodal_connec_index=newConnI.retn();
5452   computeTypes();
5453   updateTime();
5454   return ret.retn();
5455 }
5456
5457 /*!
5458  * This method implements policy INTERP_KERNEL::PLANAR_FACE_6 of virtual method ParaMEDMEM::MEDCouplingUMesh::simplexize.
5459  */
5460 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::simplexizePlanarFace6()
5461 {
5462   checkConnectivityFullyDefined();
5463   if(getMeshDimension()!=3)
5464     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::simplexizePlanarFace6 : this policy is only available for mesh with meshdim == 3 !");
5465   int nbOfCells=getNumberOfCells();
5466   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
5467   int nbOfCutCells=getNumberOfCellsWithType(INTERP_KERNEL::NORM_HEXA8);
5468   ret->alloc(nbOfCells+5*nbOfCutCells,1);
5469   if(nbOfCutCells==0) { ret->iota(0); return ret.retn(); }
5470   int *retPt=ret->getPointer();
5471   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConn=DataArrayInt::New();
5472   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConnI=DataArrayInt::New();
5473   newConnI->alloc(nbOfCells+5*nbOfCutCells+1,1);
5474   newConn->alloc(getMeshLength()+21*nbOfCutCells,1);
5475   int *pt=newConn->getPointer();
5476   int *ptI=newConnI->getPointer();
5477   ptI[0]=0;
5478   const int *oldc=_nodal_connec->getConstPointer();
5479   const int *ci=_nodal_connec_index->getConstPointer();
5480   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,ci++)
5481     {
5482       if((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)oldc[ci[0]]==INTERP_KERNEL::NORM_HEXA8)
5483         {
5484           for(int j=0;j<6;j++,pt+=5,ptI++)
5485             {
5486               pt[0]=(int)INTERP_KERNEL::NORM_TETRA4;
5487               pt[1]=oldc[ci[0]+INTERP_KERNEL::SPLIT_NODES_6_WO[4*j+0]+1]; pt[2]=oldc[ci[0]+INTERP_KERNEL::SPLIT_NODES_6_WO[4*j+1]+1]; pt[3]=oldc[ci[0]+INTERP_KERNEL::SPLIT_NODES_6_WO[4*j+2]+1]; pt[4]=oldc[ci[0]+INTERP_KERNEL::SPLIT_NODES_6_WO[4*j+3]+1];
5488               *retPt++=i;
5489               ptI[1]=ptI[0]+5;
5490             }
5491         }
5492       else
5493         {
5494           pt=std::copy(oldc+ci[0],oldc+ci[1],pt);
5495           ptI[1]=ptI[0]+ci[1]-ci[0];
5496           ptI++;
5497           *retPt++=i;
5498         }
5499     }
5500   _nodal_connec->decrRef();
5501   _nodal_connec=newConn.retn();
5502   _nodal_connec_index->decrRef();
5503   _nodal_connec_index=newConnI.retn();
5504   computeTypes();
5505   updateTime();
5506   return ret.retn();
5507 }
5508
5509 /*!
5510  * This private method is used to subdivide edges of a mesh with meshdim==2. If \a this has no a meshdim equal to 2 an exception will be thrown.
5511  * This method completly ignore coordinates.
5512  * \param nodeSubdived is the nodal connectivity of subdivision of edges
5513  * \param nodeIndxSubdived is the nodal connectivity index of subdivision of edges
5514  * \param desc is descending connectivity in format specified in MEDCouplingUMesh::buildDescendingConnectivity2
5515  * \param descIndex is descending connectivity index in format specified in MEDCouplingUMesh::buildDescendingConnectivity2
5516  */
5517 void MEDCouplingUMesh::subDivide2DMesh(const int *nodeSubdived, const int *nodeIndxSubdived, const int *desc, const int *descIndex)
5518 {
5519   checkFullyDefined();
5520   if(getMeshDimension()!=2)
5521     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::subDivide2DMesh : works only on umesh with meshdim==2 !");
5522   int nbOfCells=getNumberOfCells();
5523   int *connI=_nodal_connec_index->getPointer();
5524   int newConnLgth=0;
5525   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,connI++)
5526     {
5527       int offset=descIndex[i];
5528       int nbOfEdges=descIndex[i+1]-offset;
5529       //
5530       bool ddirect=desc[offset+nbOfEdges-1]>0;
5531       int eedgeId=std::abs(desc[offset+nbOfEdges-1])-1;
5532       int ref=ddirect?nodeSubdived[nodeIndxSubdived[eedgeId+1]-1]:nodeSubdived[nodeIndxSubdived[eedgeId]+1];
5533       for(int j=0;j<nbOfEdges;j++)
5534         {
5535           bool direct=desc[offset+j]>0;
5536           int edgeId=std::abs(desc[offset+j])-1;
5537           if(!INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)nodeSubdived[nodeIndxSubdived[edgeId]]).isQuadratic())
5538             {
5539               int id1=nodeSubdived[nodeIndxSubdived[edgeId]+1];
5540               int id2=nodeSubdived[nodeIndxSubdived[edgeId+1]-1];
5541               int ref2=direct?id1:id2;
5542               if(ref==ref2)
5543                 {
5544                   int nbOfSubNodes=nodeIndxSubdived[edgeId+1]-nodeIndxSubdived[edgeId]-1;
5545                   newConnLgth+=nbOfSubNodes-1;
5546                   ref=direct?id2:id1;
5547                 }
5548               else
5549                 {
5550                   std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::subDivide2DMesh : On polygon #" << i << " edgeid #" << j << " subedges mismatch : end subedge k!=start subedge k+1 !";
5551                   throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
5552                 }
5553             }
5554           else
5555             {
5556               throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::subDivide2DMesh : this method only subdivides into linear edges !");
5557             }
5558         }
5559       newConnLgth++;//+1 is for cell type
5560       connI[1]=newConnLgth;
5561     }
5562   //
5563   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConn=DataArrayInt::New();
5564   newConn->alloc(newConnLgth,1);
5565   int *work=newConn->getPointer();
5566   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
5567     {
5568       *work++=INTERP_KERNEL::NORM_POLYGON;
5569       int offset=descIndex[i];
5570       int nbOfEdges=descIndex[i+1]-offset;
5571       for(int j=0;j<nbOfEdges;j++)
5572         {
5573           bool direct=desc[offset+j]>0;
5574           int edgeId=std::abs(desc[offset+j])-1;
5575           if(direct)
5576             work=std::copy(nodeSubdived+nodeIndxSubdived[edgeId]+1,nodeSubdived+nodeIndxSubdived[edgeId+1]-1,work);
5577           else
5578             {
5579               int nbOfSubNodes=nodeIndxSubdived[edgeId+1]-nodeIndxSubdived[edgeId]-1;
5580               std::reverse_iterator<const int *> it(nodeSubdived+nodeIndxSubdived[edgeId+1]);
5581               work=std::copy(it,it+nbOfSubNodes-1,work);
5582             }
5583         }
5584     }
5585   DataArrayInt::SetArrayIn(newConn,_nodal_connec);
5586   _types.clear();
5587   if(nbOfCells>0)
5588     _types.insert(INTERP_KERNEL::NORM_POLYGON);
5589 }
5590
5591 /*!
5592  * Converts degenerated 2D or 3D linear cells of \a this mesh into cells of simpler
5593  * type. For example an INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4 cell having only three unique nodes in
5594  * its connectivity is transformed into an INTERP_KERNEL::NORM_TRI3 cell. This method
5595  * does \b not perform geometrical checks and checks only nodal connectivity of cells,
5596  * so it can be useful to call mergeNodes() before calling this method.
5597  *  \throw If \a this->getMeshDimension() <= 1.
5598  *  \throw If the coordinates array is not set.
5599  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
5600  */
5601 void MEDCouplingUMesh::convertDegeneratedCells()
5602 {
5603   checkFullyDefined();
5604   if(getMeshDimension()<=1)
5605     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::convertDegeneratedCells works on umeshes with meshdim equals to 2 or 3 !");
5606   int nbOfCells=getNumberOfCells();
5607   if(nbOfCells<1)
5608     return ;
5609   int initMeshLgth=getMeshLength();
5610   int *conn=_nodal_connec->getPointer();
5611   int *index=_nodal_connec_index->getPointer();
5612   int posOfCurCell=0;
5613   int newPos=0;
5614   int lgthOfCurCell;
5615   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
5616     {
5617       lgthOfCurCell=index[i+1]-posOfCurCell;
5618       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[posOfCurCell];
5619       int newLgth;
5620       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType newType=INTERP_KERNEL::CellSimplify::simplifyDegeneratedCell(type,conn+posOfCurCell+1,lgthOfCurCell-1,
5621                                                                                                      conn+newPos+1,newLgth);
5622       conn[newPos]=newType;
5623       newPos+=newLgth+1;
5624       posOfCurCell=index[i+1];
5625       index[i+1]=newPos;
5626     }
5627   if(newPos!=initMeshLgth)
5628     _nodal_connec->reAlloc(newPos);
5629   computeTypes();
5630 }
5631
5632 /*!
5633  * Finds incorrectly oriented cells of this 2D mesh in 3D space.
5634  * A cell is considered to be oriented correctly if an angle between its
5635  * normal vector and a given vector is less than \c PI / \c 2.
5636  *  \param [in] vec - 3 components of the vector specifying the correct orientation of
5637  *         cells. 
5638  *  \param [in] polyOnly - if \c true, only polygons are checked, else, all cells are
5639  *         checked.
5640  *  \param [in,out] cells - a vector returning ids of incorrectly oriented cells. It
5641  *         is not cleared before filling in.
5642  *  \throw If \a this->getMeshDimension() != 2.
5643  *  \throw If \a this->getSpaceDimension() != 3.
5644  *
5645  *  \ref cpp_mcumesh_are2DCellsNotCorrectlyOriented "Here is a C++ example".<br>
5646  *  \ref  py_mcumesh_are2DCellsNotCorrectlyOriented "Here is a Python example".
5647  */
5648 void MEDCouplingUMesh::are2DCellsNotCorrectlyOriented(const double *vec, bool polyOnly, std::vector<int>& cells) const
5649 {
5650   if(getMeshDimension()!=2 || getSpaceDimension()!=3)
5651     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh to apply are2DCellsNotCorrectlyOriented on it : must be meshDim==2 and spaceDim==3 !");
5652   int nbOfCells=getNumberOfCells();
5653   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
5654   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
5655   const double *coordsPtr=_coords->getConstPointer();
5656   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
5657     {
5658       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[connI[i]];
5659       if(!polyOnly || (type==INTERP_KERNEL::NORM_POLYGON || type==INTERP_KERNEL::NORM_QPOLYG))
5660         {
5661           bool isQuadratic=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(type).isQuadratic();
5662           if(!IsPolygonWellOriented(isQuadratic,vec,conn+connI[i]+1,conn+connI[i+1],coordsPtr))
5663             cells.push_back(i);
5664         }
5665     }
5666 }
5667
5668 /*!
5669  * Reverse connectivity of 2D cells whose orientation is not correct. A cell is
5670  * considered to be oriented correctly if an angle between its normal vector and a
5671  * given vector is less than \c PI / \c 2. 
5672  *  \param [in] vec - 3 components of the vector specifying the correct orientation of
5673  *         cells. 
5674  *  \param [in] polyOnly - if \c true, only polygons are checked, else, all cells are
5675  *         checked.
5676  *  \throw If \a this->getMeshDimension() != 2.
5677  *  \throw If \a this->getSpaceDimension() != 3.
5678  *
5679  *  \ref cpp_mcumesh_are2DCellsNotCorrectlyOriented "Here is a C++ example".<br>
5680  *  \ref  py_mcumesh_are2DCellsNotCorrectlyOriented "Here is a Python example".
5681  */
5682 void MEDCouplingUMesh::orientCorrectly2DCells(const double *vec, bool polyOnly)
5683 {
5684   if(getMeshDimension()!=2 || getSpaceDimension()!=3)
5685     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh to apply orientCorrectly2DCells on it : must be meshDim==2 and spaceDim==3 !");
5686   int nbOfCells=getNumberOfCells();
5687   int *conn=_nodal_connec->getPointer();
5688   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
5689   const double *coordsPtr=_coords->getConstPointer();
5690   bool isModified=false;
5691   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
5692     {
5693       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[connI[i]];
5694       if(!polyOnly || (type==INTERP_KERNEL::NORM_POLYGON || type==INTERP_KERNEL::NORM_QPOLYG))
5695         {
5696           bool isQuadratic(INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(type).isQuadratic());
5697           if(!IsPolygonWellOriented(isQuadratic,vec,conn+connI[i]+1,conn+connI[i+1],coordsPtr))
5698             {
5699               isModified=true;
5700               if(!isQuadratic)
5701                 {
5702                   std::vector<int> tmp(connI[i+1]-connI[i]-2);
5703                   std::copy(conn+connI[i]+2,conn+connI[i+1],tmp.rbegin());
5704                   std::copy(tmp.begin(),tmp.end(),conn+connI[i]+2);
5705                 }
5706               else
5707                 {
5708                   int sz(((int)(connI[i+1]-connI[i]-1))/2);
5709                   std::vector<int> tmp0(sz-1),tmp1(sz);
5710                   std::copy(conn+connI[i]+2,conn+connI[i]+1+sz,tmp0.rbegin());
5711                   std::copy(conn+connI[i]+1+sz,conn+connI[i+1],tmp1.rbegin());
5712                   std::copy(tmp0.begin(),tmp0.end(),conn+connI[i]+2);
5713                   std::copy(tmp1.begin(),tmp1.end(),conn+connI[i]+1+sz);
5714                 }
5715             }
5716         }
5717     }
5718   if(isModified)
5719     _nodal_connec->declareAsNew();
5720   updateTime();
5721 }
5722
5723 /*!
5724  * Finds incorrectly oriented polyhedral cells, i.e. polyhedrons having correctly
5725  * oriented facets. The normal vector of the facet should point out of the cell.
5726  *  \param [in,out] cells - a vector returning ids of incorrectly oriented cells. It
5727  *         is not cleared before filling in.
5728  *  \throw If \a this->getMeshDimension() != 3.
5729  *  \throw If \a this->getSpaceDimension() != 3.
5730  *  \throw If the coordinates array is not set.
5731  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
5732  *
5733  *  \ref cpp_mcumesh_arePolyhedronsNotCorrectlyOriented "Here is a C++ example".<br>
5734  *  \ref  py_mcumesh_arePolyhedronsNotCorrectlyOriented "Here is a Python example".
5735  */
5736 void MEDCouplingUMesh::arePolyhedronsNotCorrectlyOriented(std::vector<int>& cells) const
5737 {
5738   if(getMeshDimension()!=3 || getSpaceDimension()!=3)
5739     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh to apply arePolyhedronsNotCorrectlyOriented on it : must be meshDim==3 and spaceDim==3 !");
5740   int nbOfCells=getNumberOfCells();
5741   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
5742   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
5743   const double *coordsPtr=_coords->getConstPointer();
5744   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
5745     {
5746       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[connI[i]];
5747       if(type==INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED)
5748         {
5749           if(!IsPolyhedronWellOriented(conn+connI[i]+1,conn+connI[i+1],coordsPtr))
5750             cells.push_back(i);
5751         }
5752     }
5753 }
5754
5755 /*!
5756  * Tries to fix connectivity of polyhedra, so that normal vector of all facets to point
5757  * out of the cell. 
5758  *  \throw If \a this->getMeshDimension() != 3.
5759  *  \throw If \a this->getSpaceDimension() != 3.
5760  *  \throw If the coordinates array is not set.
5761  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
5762  *  \throw If the reparation fails.
5763  *
5764  *  \ref cpp_mcumesh_arePolyhedronsNotCorrectlyOriented "Here is a C++ example".<br>
5765  *  \ref  py_mcumesh_arePolyhedronsNotCorrectlyOriented "Here is a Python example".
5766  * \sa MEDCouplingUMesh::findAndCorrectBadOriented3DCells
5767  */
5768 void MEDCouplingUMesh::orientCorrectlyPolyhedrons()
5769 {
5770   if(getMeshDimension()!=3 || getSpaceDimension()!=3)
5771     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh to apply orientCorrectlyPolyhedrons on it : must be meshDim==3 and spaceDim==3 !");
5772   int nbOfCells=getNumberOfCells();
5773   int *conn=_nodal_connec->getPointer();
5774   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
5775   const double *coordsPtr=_coords->getConstPointer();
5776   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
5777     {
5778       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[connI[i]];
5779       if(type==INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED)
5780         {
5781           try
5782             {
5783               if(!IsPolyhedronWellOriented(conn+connI[i]+1,conn+connI[i+1],coordsPtr))
5784                 TryToCorrectPolyhedronOrientation(conn+connI[i]+1,conn+connI[i+1],coordsPtr);
5785             }
5786           catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
5787             {
5788               std::ostringstream oss; oss << "Something wrong in polyhedron #" << i << " : " << e.what();
5789               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
5790             }
5791         }
5792     }
5793   updateTime();
5794 }
5795
5796 /*!
5797  * Finds and fixes incorrectly oriented linear extruded volumes (INTERP_KERNEL::NORM_HEXA8,
5798  * INTERP_KERNEL::NORM_PENTA6, INTERP_KERNEL::NORM_HEXGP12 etc) to respect the MED convention
5799  * according to which the first facet of the cell should be oriented to have the normal vector
5800  * pointing out of cell.
5801  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding ids of fixed
5802  *         cells. The caller is to delete this array using decrRef() as it is no more
5803  *         needed. 
5804  *  \throw If \a this->getMeshDimension() != 3.
5805  *  \throw If \a this->getSpaceDimension() != 3.
5806  *  \throw If the coordinates array is not set.
5807  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
5808  *
5809  *  \ref cpp_mcumesh_findAndCorrectBadOriented3DExtrudedCells "Here is a C++ example".<br>
5810  *  \ref  py_mcumesh_findAndCorrectBadOriented3DExtrudedCells "Here is a Python example".
5811  * \sa MEDCouplingUMesh::findAndCorrectBadOriented3DCells
5812  */
5813 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::findAndCorrectBadOriented3DExtrudedCells()
5814 {
5815   const char msg[]="check3DCellsWellOriented detection works only for 3D cells !";
5816   if(getMeshDimension()!=3)
5817     throw INTERP_KERNEL::Exception(msg);
5818   int spaceDim=getSpaceDimension();
5819   if(spaceDim!=3)
5820     throw INTERP_KERNEL::Exception(msg);
5821   //
5822   int nbOfCells=getNumberOfCells();
5823   int *conn=_nodal_connec->getPointer();
5824   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
5825   const double *coo=getCoords()->getConstPointer();
5826   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cells(DataArrayInt::New()); cells->alloc(0,1);
5827   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
5828     {
5829       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[connI[i]]);
5830       if(cm.isExtruded() && !cm.isDynamic() && !cm.isQuadratic())
5831         {
5832           if(!Is3DExtrudedStaticCellWellOriented(conn+connI[i]+1,conn+connI[i+1],coo))
5833             {
5834               CorrectExtrudedStaticCell(conn+connI[i]+1,conn+connI[i+1]);
5835               cells->pushBackSilent(i);
5836             }
5837         }
5838     }
5839   return cells.retn();
5840 }
5841
5842 /*!
5843  * This method is a faster method to correct orientation of all 3D cells in \a this.
5844  * This method works only if \a this is a 3D mesh, that is to say a mesh with mesh dimension 3 and a space dimension 3.
5845  * This method makes the hypothesis that \a this a coherent that is to say MEDCouplingUMesh::checkCoherency2 should throw no exception.
5846  * 
5847  * \ret a newly allocated int array with one components containing cell ids renumbered to fit the convention of MED (MED file and MEDCoupling)
5848  * \sa MEDCouplingUMesh::orientCorrectlyPolyhedrons, 
5849  */
5850 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::findAndCorrectBadOriented3DCells()
5851 {
5852   if(getMeshDimension()!=3 || getSpaceDimension()!=3)
5853     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh to apply findAndCorrectBadOriented3DCells on it : must be meshDim==3 and spaceDim==3 !");
5854   int nbOfCells=getNumberOfCells();
5855   int *conn=_nodal_connec->getPointer();
5856   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
5857   const double *coordsPtr=_coords->getConstPointer();
5858   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New(); ret->alloc(0,1);
5859   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
5860     {
5861       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[connI[i]];
5862       switch(type)
5863         {
5864         case INTERP_KERNEL::NORM_TETRA4:
5865           {
5866             if(!IsTetra4WellOriented(conn+connI[i]+1,conn+connI[i+1],coordsPtr))
5867               {
5868                 std::swap(*(conn+connI[i]+2),*(conn+connI[i]+3));
5869                 ret->pushBackSilent(i);
5870               }
5871             break;
5872           }
5873         case INTERP_KERNEL::NORM_PYRA5:
5874           {
5875             if(!IsPyra5WellOriented(conn+connI[i]+1,conn+connI[i+1],coordsPtr))
5876               {
5877                 std::swap(*(conn+connI[i]+2),*(conn+connI[i]+4));
5878                 ret->pushBackSilent(i);
5879               }
5880             break;
5881           }
5882         case INTERP_KERNEL::NORM_PENTA6:
5883         case INTERP_KERNEL::NORM_HEXA8:
5884         case INTERP_KERNEL::NORM_HEXGP12:
5885           {
5886             if(!Is3DExtrudedStaticCellWellOriented(conn+connI[i]+1,conn+connI[i+1],coordsPtr))
5887               {
5888                 CorrectExtrudedStaticCell(conn+connI[i]+1,conn+connI[i+1]);
5889                 ret->pushBackSilent(i);
5890               }
5891             break;
5892           }
5893         case INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED:
5894           {
5895             if(!IsPolyhedronWellOriented(conn+connI[i]+1,conn+connI[i+1],coordsPtr))
5896               {
5897                 TryToCorrectPolyhedronOrientation(conn+connI[i]+1,conn+connI[i+1],coordsPtr);
5898                 ret->pushBackSilent(i);
5899               }
5900             break;
5901           }
5902         default:
5903           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::orientCorrectly3DCells : Your mesh contains type of cell not supported yet ! send mail to anthony.geay@cea.fr to add it !");
5904         }
5905     }
5906   updateTime();
5907   return ret.retn();
5908 }
5909
5910 /*!
5911  * This method has a sense for meshes with spaceDim==3 and meshDim==2.
5912  * If it is not the case an exception will be thrown.
5913  * This method is fast because the first cell of \a this is used to compute the plane.
5914  * \param vec output of size at least 3 used to store the normal vector (with norm equal to Area ) of searched plane.
5915  * \param pos output of size at least 3 used to store a point owned of searched plane.
5916  */
5917 void MEDCouplingUMesh::getFastAveragePlaneOfThis(double *vec, double *pos) const
5918 {
5919   if(getMeshDimension()!=2 || getSpaceDimension()!=3)
5920     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh to apply getFastAveragePlaneOfThis on it : must be meshDim==2 and spaceDim==3 !");
5921   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
5922   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
5923   const double *coordsPtr=_coords->getConstPointer();
5924   INTERP_KERNEL::areaVectorOfPolygon<int,INTERP_KERNEL::ALL_C_MODE>(conn+1,connI[1]-connI[0]-1,coordsPtr,vec);
5925   std::copy(coordsPtr+3*conn[1],coordsPtr+3*conn[1]+3,pos);
5926 }
5927
5928 /*!
5929  * Creates a new MEDCouplingFieldDouble holding Edge Ratio values of all
5930  * cells. Currently cells of the following types are treated:
5931  * INTERP_KERNEL::NORM_TRI3, INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4 and INTERP_KERNEL::NORM_TETRA4.
5932  * For a cell of other type an exception is thrown.
5933  * Space dimension of a 2D mesh can be either 2 or 3.
5934  * The Edge Ratio of a cell \f$t\f$ is: 
5935  *  \f$\frac{|t|_\infty}{|t|_0}\f$,
5936  *  where \f$|t|_\infty\f$ and \f$|t|_0\f$ respectively denote the greatest and
5937  *  the smallest edge lengths of \f$t\f$.
5938  *  \return MEDCouplingFieldDouble * - a new instance of MEDCouplingFieldDouble on
5939  *          cells and one time, lying on \a this mesh. The caller is to delete this
5940  *          field using decrRef() as it is no more needed. 
5941  *  \throw If the coordinates array is not set.
5942  *  \throw If \a this mesh contains elements of dimension different from the mesh dimension.
5943  *  \throw If the connectivity data array has more than one component.
5944  *  \throw If the connectivity data array has a named component.
5945  *  \throw If the connectivity index data array has more than one component.
5946  *  \throw If the connectivity index data array has a named component.
5947  *  \throw If \a this->getMeshDimension() is neither 2 nor 3.
5948  *  \throw If \a this->getSpaceDimension() is neither 2 nor 3.
5949  *  \throw If \a this mesh includes cells of type different from the ones enumerated above.
5950  */
5951 MEDCouplingFieldDouble *MEDCouplingUMesh::getEdgeRatioField() const
5952 {
5953   checkCoherency();
5954   int spaceDim=getSpaceDimension();
5955   int meshDim=getMeshDimension();
5956   if(spaceDim!=2 && spaceDim!=3)
5957     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::getEdgeRatioField : SpaceDimension must be equal to 2 or 3 !");
5958   if(meshDim!=2 && meshDim!=3)
5959     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::getEdgeRatioField : MeshDimension must be equal to 2 or 3 !");
5960   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingFieldDouble> ret=MEDCouplingFieldDouble::New(ON_CELLS,ONE_TIME);
5961   ret->setMesh(this);
5962   int nbOfCells=getNumberOfCells();
5963   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> arr=DataArrayDouble::New();
5964   arr->alloc(nbOfCells,1);
5965   double *pt=arr->getPointer();
5966   ret->setArray(arr);//In case of throw to avoid mem leaks arr will be used after decrRef.
5967   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
5968   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
5969   const double *coo=_coords->getConstPointer();
5970   double tmp[12];
5971   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,pt++)
5972     {
5973       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType t=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)*conn;
5974       switch(t)
5975         {
5976           case INTERP_KERNEL::NORM_TRI3:
5977             {
5978               FillInCompact3DMode(spaceDim,3,conn+1,coo,tmp);
5979               *pt=INTERP_KERNEL::triEdgeRatio(tmp);
5980               break;
5981             }
5982           case INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4:
5983             {
5984               FillInCompact3DMode(spaceDim,4,conn+1,coo,tmp);
5985               *pt=INTERP_KERNEL::quadEdgeRatio(tmp);
5986               break;
5987             }
5988           case INTERP_KERNEL::NORM_TETRA4:
5989             {
5990               FillInCompact3DMode(spaceDim,4,conn+1,coo,tmp);
5991               *pt=INTERP_KERNEL::tetraEdgeRatio(tmp);
5992               break;
5993             }
5994         default:
5995           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::getEdgeRatioField : A cell with not manged type (NORM_TRI3, NORM_QUAD4 and NORM_TETRA4) has been detected !");
5996         }
5997       conn+=connI[i+1]-connI[i];
5998     }
5999   ret->setName("EdgeRatio");
6000   ret->synchronizeTimeWithSupport();
6001   return ret.retn();
6002 }
6003
6004 /*!
6005  * Creates a new MEDCouplingFieldDouble holding Aspect Ratio values of all
6006  * cells. Currently cells of the following types are treated:
6007  * INTERP_KERNEL::NORM_TRI3, INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4 and INTERP_KERNEL::NORM_TETRA4.
6008  * For a cell of other type an exception is thrown.
6009  * Space dimension of a 2D mesh can be either 2 or 3.
6010  *  \return MEDCouplingFieldDouble * - a new instance of MEDCouplingFieldDouble on
6011  *          cells and one time, lying on \a this mesh. The caller is to delete this
6012  *          field using decrRef() as it is no more needed. 
6013  *  \throw If the coordinates array is not set.
6014  *  \throw If \a this mesh contains elements of dimension different from the mesh dimension.
6015  *  \throw If the connectivity data array has more than one component.
6016  *  \throw If the connectivity data array has a named component.
6017  *  \throw If the connectivity index data array has more than one component.
6018  *  \throw If the connectivity index data array has a named component.
6019  *  \throw If \a this->getMeshDimension() is neither 2 nor 3.
6020  *  \throw If \a this->getSpaceDimension() is neither 2 nor 3.
6021  *  \throw If \a this mesh includes cells of type different from the ones enumerated above.
6022  */
6023 MEDCouplingFieldDouble *MEDCouplingUMesh::getAspectRatioField() const
6024 {
6025   checkCoherency();
6026   int spaceDim=getSpaceDimension();
6027   int meshDim=getMeshDimension();
6028   if(spaceDim!=2 && spaceDim!=3)
6029     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::getAspectRatioField : SpaceDimension must be equal to 2 or 3 !");
6030   if(meshDim!=2 && meshDim!=3)
6031     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::getAspectRatioField : MeshDimension must be equal to 2 or 3 !");
6032   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingFieldDouble> ret=MEDCouplingFieldDouble::New(ON_CELLS,ONE_TIME);
6033   ret->setMesh(this);
6034   int nbOfCells=getNumberOfCells();
6035   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> arr=DataArrayDouble::New();
6036   arr->alloc(nbOfCells,1);
6037   double *pt=arr->getPointer();
6038   ret->setArray(arr);//In case of throw to avoid mem leaks arr will be used after decrRef.
6039   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
6040   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
6041   const double *coo=_coords->getConstPointer();
6042   double tmp[12];
6043   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,pt++)
6044     {
6045       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType t=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)*conn;
6046       switch(t)
6047         {
6048           case INTERP_KERNEL::NORM_TRI3:
6049             {
6050               FillInCompact3DMode(spaceDim,3,conn+1,coo,tmp);
6051               *pt=INTERP_KERNEL::triAspectRatio(tmp);
6052               break;
6053             }
6054           case INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4:
6055             {
6056               FillInCompact3DMode(spaceDim,4,conn+1,coo,tmp);
6057               *pt=INTERP_KERNEL::quadAspectRatio(tmp);
6058               break;
6059             }
6060           case INTERP_KERNEL::NORM_TETRA4:
6061             {
6062               FillInCompact3DMode(spaceDim,4,conn+1,coo,tmp);
6063               *pt=INTERP_KERNEL::tetraAspectRatio(tmp);
6064               break;
6065             }
6066         default:
6067           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::getAspectRatioField : A cell with not manged type (NORM_TRI3, NORM_QUAD4 and NORM_TETRA4) has been detected !");
6068         }
6069       conn+=connI[i+1]-connI[i];
6070     }
6071   ret->setName("AspectRatio");
6072   ret->synchronizeTimeWithSupport();
6073   return ret.retn();
6074 }
6075
6076 /*!
6077  * Creates a new MEDCouplingFieldDouble holding Warping factor values of all
6078  * cells of \a this 2D mesh in 3D space. Currently cells of the following types are
6079  * treated: INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4.
6080  * For a cell of other type an exception is thrown.
6081  *  \return MEDCouplingFieldDouble * - a new instance of MEDCouplingFieldDouble on
6082  *          cells and one time, lying on \a this mesh. The caller is to delete this
6083  *          field using decrRef() as it is no more needed. 
6084  *  \throw If the coordinates array is not set.
6085  *  \throw If \a this mesh contains elements of dimension different from the mesh dimension.
6086  *  \throw If the connectivity data array has more than one component.
6087  *  \throw If the connectivity data array has a named component.
6088  *  \throw If the connectivity index data array has more than one component.
6089  *  \throw If the connectivity index data array has a named component.
6090  *  \throw If \a this->getMeshDimension() != 2.
6091  *  \throw If \a this->getSpaceDimension() != 3.
6092  *  \throw If \a this mesh includes cells of type different from the ones enumerated above.
6093  */
6094 MEDCouplingFieldDouble *MEDCouplingUMesh::getWarpField() const
6095 {
6096   checkCoherency();
6097   int spaceDim=getSpaceDimension();
6098   int meshDim=getMeshDimension();
6099   if(spaceDim!=3)
6100     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::getWarpField : SpaceDimension must be equal to 3 !");
6101   if(meshDim!=2)
6102     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::getWarpField : MeshDimension must be equal to 2 !");
6103   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingFieldDouble> ret=MEDCouplingFieldDouble::New(ON_CELLS,ONE_TIME);
6104   ret->setMesh(this);
6105   int nbOfCells=getNumberOfCells();
6106   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> arr=DataArrayDouble::New();
6107   arr->alloc(nbOfCells,1);
6108   double *pt=arr->getPointer();
6109   ret->setArray(arr);//In case of throw to avoid mem leaks arr will be used after decrRef.
6110   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
6111   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
6112   const double *coo=_coords->getConstPointer();
6113   double tmp[12];
6114   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,pt++)
6115     {
6116       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType t=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)*conn;
6117       switch(t)
6118         {
6119           case INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4:
6120             {
6121               FillInCompact3DMode(3,4,conn+1,coo,tmp);
6122               *pt=INTERP_KERNEL::quadWarp(tmp);
6123               break;
6124             }
6125         default:
6126           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::getWarpField : A cell with not manged type (NORM_QUAD4) has been detected !");
6127         }
6128       conn+=connI[i+1]-connI[i];
6129     }
6130   ret->setName("Warp");
6131   ret->synchronizeTimeWithSupport();
6132   return ret.retn();
6133 }
6134
6135
6136 /*!
6137  * Creates a new MEDCouplingFieldDouble holding Skew factor values of all
6138  * cells of \a this 2D mesh in 3D space. Currently cells of the following types are
6139  * treated: INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4.
6140  * For a cell of other type an exception is thrown.
6141  *  \return MEDCouplingFieldDouble * - a new instance of MEDCouplingFieldDouble on
6142  *          cells and one time, lying on \a this mesh. The caller is to delete this
6143  *          field using decrRef() as it is no more needed. 
6144  *  \throw If the coordinates array is not set.
6145  *  \throw If \a this mesh contains elements of dimension different from the mesh dimension.
6146  *  \throw If the connectivity data array has more than one component.
6147  *  \throw If the connectivity data array has a named component.
6148  *  \throw If the connectivity index data array has more than one component.
6149  *  \throw If the connectivity index data array has a named component.
6150  *  \throw If \a this->getMeshDimension() != 2.
6151  *  \throw If \a this->getSpaceDimension() != 3.
6152  *  \throw If \a this mesh includes cells of type different from the ones enumerated above.
6153  */
6154 MEDCouplingFieldDouble *MEDCouplingUMesh::getSkewField() const
6155 {
6156   checkCoherency();
6157   int spaceDim=getSpaceDimension();
6158   int meshDim=getMeshDimension();
6159   if(spaceDim!=3)
6160     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::getSkewField : SpaceDimension must be equal to 3 !");
6161   if(meshDim!=2)
6162     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::getSkewField : MeshDimension must be equal to 2 !");
6163   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingFieldDouble> ret=MEDCouplingFieldDouble::New(ON_CELLS,ONE_TIME);
6164   ret->setMesh(this);
6165   int nbOfCells=getNumberOfCells();
6166   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> arr=DataArrayDouble::New();
6167   arr->alloc(nbOfCells,1);
6168   double *pt=arr->getPointer();
6169   ret->setArray(arr);//In case of throw to avoid mem leaks arr will be used after decrRef.
6170   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
6171   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
6172   const double *coo=_coords->getConstPointer();
6173   double tmp[12];
6174   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,pt++)
6175     {
6176       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType t=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)*conn;
6177       switch(t)
6178         {
6179           case INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4:
6180             {
6181               FillInCompact3DMode(3,4,conn+1,coo,tmp);
6182               *pt=INTERP_KERNEL::quadSkew(tmp);
6183               break;
6184             }
6185         default:
6186           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::getSkewField : A cell with not manged type (NORM_QUAD4) has been detected !");
6187         }
6188       conn+=connI[i+1]-connI[i];
6189     }
6190   ret->setName("Skew");
6191   ret->synchronizeTimeWithSupport();
6192   return ret.retn();
6193 }
6194
6195 /*!
6196  * This method aggregate the bbox of each cell and put it into bbox parameter.
6197  * 
6198  * \return DataArrayDouble * - newly created object (to be managed by the caller) \a this number of cells tuples and 2*spacedim components.
6199  * 
6200  * \throw If \a this is not fully set (coordinates and connectivity).
6201  * \throw If a cell in \a this has no valid nodeId.
6202  */
6203 DataArrayDouble *MEDCouplingUMesh::getBoundingBoxForBBTree() const
6204 {
6205   checkFullyDefined();
6206   int spaceDim(getSpaceDimension()),nbOfCells(getNumberOfCells()),nbOfNodes(getNumberOfNodes());
6207   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> ret(DataArrayDouble::New()); ret->alloc(nbOfCells,2*spaceDim);
6208   double *bbox(ret->getPointer());
6209   for(int i=0;i<nbOfCells*spaceDim;i++)
6210     {
6211       bbox[2*i]=std::numeric_limits<double>::max();
6212       bbox[2*i+1]=-std::numeric_limits<double>::max();
6213     }
6214   const double *coordsPtr(_coords->getConstPointer());
6215   const int *conn(_nodal_connec->getConstPointer()),*connI(_nodal_connec_index->getConstPointer());
6216   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
6217     {
6218       int offset=connI[i]+1;
6219       int nbOfNodesForCell(connI[i+1]-offset),kk(0);
6220       for(int j=0;j<nbOfNodesForCell;j++)
6221         {
6222           int nodeId=conn[offset+j];
6223           if(nodeId>=0 && nodeId<nbOfNodes)
6224             {
6225               for(int k=0;k<spaceDim;k++)
6226                 {
6227                   bbox[2*spaceDim*i+2*k]=std::min(bbox[2*spaceDim*i+2*k],coordsPtr[spaceDim*nodeId+k]);
6228                   bbox[2*spaceDim*i+2*k+1]=std::max(bbox[2*spaceDim*i+2*k+1],coordsPtr[spaceDim*nodeId+k]);
6229                 }
6230               kk++;
6231             }
6232         }
6233       if(kk==0)
6234         {
6235           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::getBoundingBoxForBBTree : cell #" << i << " contains no valid nodeId !";
6236           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6237         }
6238     }
6239   return ret.retn();
6240 }
6241
6242 /// @cond INTERNAL
6243
6244 namespace ParaMEDMEMImpl
6245 {
6246   class ConnReader
6247   {
6248   public:
6249     ConnReader(const int *c, int val):_conn(c),_val(val) { }
6250     bool operator() (const int& pos) { return _conn[pos]!=_val; }
6251   private:
6252     const int *_conn;
6253     int _val;
6254   };
6255
6256   class ConnReader2
6257   {
6258   public:
6259     ConnReader2(const int *c, int val):_conn(c),_val(val) { }
6260     bool operator() (const int& pos) { return _conn[pos]==_val; }
6261   private:
6262     const int *_conn;
6263     int _val;
6264   };
6265 }
6266
6267 /// @endcond
6268
6269 /*!
6270  * This method expects that \a this is sorted by types. If not an exception will be thrown.
6271  * This method returns in the same format as code (see MEDCouplingUMesh::checkTypeConsistencyAndContig or MEDCouplingUMesh::splitProfilePerType) how
6272  * \a this is composed in cell types.
6273  * The returned array is of size 3*n where n is the number of different types present in \a this. 
6274  * For every k in [0,n] ret[3*k+2]==-1 because it has no sense here. 
6275  * This parameter is kept only for compatibility with other methode listed above.
6276  */
6277 std::vector<int> MEDCouplingUMesh::getDistributionOfTypes() const
6278 {
6279   checkConnectivityFullyDefined();
6280   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
6281   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
6282   const int *work=connI;
6283   int nbOfCells=getNumberOfCells();
6284   std::size_t n=getAllTypes().size();
6285   std::vector<int> ret(3*n,-1); //ret[3*k+2]==-1 because it has no sense here
6286   std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> types;
6287   for(std::size_t i=0;work!=connI+nbOfCells;i++)
6288     {
6289       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typ=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[*work];
6290       if(types.find(typ)!=types.end())
6291         {
6292           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::getDistributionOfTypes : Type " << INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(typ).getRepr();
6293           oss << " is not contiguous !";
6294           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6295         }
6296       types.insert(typ);
6297       ret[3*i]=typ;
6298       const int *work2=std::find_if(work+1,connI+nbOfCells,ParaMEDMEMImpl::ConnReader(conn,typ));
6299       ret[3*i+1]=(int)std::distance(work,work2);
6300       work=work2;
6301     }
6302   return ret;
6303 }
6304
6305 /*!
6306  * This method is used to check that this has contiguous cell type in same order than described in \a code.
6307  * only for types cell, type node is not managed.
6308  * Format of \a code is the following. \a code should be of size 3*n and non empty. If not an exception is thrown.
6309  * foreach k in [0,n) on 3*k pos represent the geometric type and 3*k+1 number of elements of type 3*k.
6310  * 3*k+2 refers if different from -1 the pos in 'idsPerType' to get the corresponding array.
6311  * If 2 or more same geometric type is in \a code and exception is thrown too.
6312  *
6313  * This method firstly checks
6314  * If it exists k so that 3*k geometric type is not in geometric types of this an exception will be thrown.
6315  * If it exists k so that 3*k geometric type exists but the number of consecutive cell types does not match,
6316  * an exception is thrown too.
6317  * 
6318  * If all geometric types in \a code are exactly those in \a this null pointer is returned.
6319  * If it exists a geometric type in \a this \b not in \a code \b no exception is thrown 
6320  * and a DataArrayInt instance is returned that the user has the responsability to deallocate.
6321  */
6322 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::checkTypeConsistencyAndContig(const std::vector<int>& code, const std::vector<const DataArrayInt *>& idsPerType) const
6323 {
6324   if(code.empty())
6325     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::checkTypeConsistencyAndContig : code is empty, should not !");
6326   std::size_t sz=code.size();
6327   std::size_t n=sz/3;
6328   if(sz%3!=0)
6329     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::checkTypeConsistencyAndContig : code size is NOT %3 !");
6330   std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> types;
6331   int nb=0;
6332   bool isNoPflUsed=true;
6333   for(std::size_t i=0;i<n;i++)
6334     if(std::find(types.begin(),types.end(),(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)code[3*i])==types.end())
6335       {
6336         types.push_back((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)code[3*i]);
6337         nb+=code[3*i+1];
6338         if(_types.find((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)code[3*i])==_types.end())
6339           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::checkTypeConsistencyAndContig : expected geo types not in this !");
6340         isNoPflUsed=isNoPflUsed && (code[3*i+2]==-1);
6341       }
6342   if(types.size()!=n)
6343     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::checkTypeConsistencyAndContig : code contains duplication of types in unstructured mesh !");
6344   if(isNoPflUsed)
6345     {
6346       if(!checkConsecutiveCellTypesAndOrder(&types[0],&types[0]+types.size()))
6347         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::checkTypeConsistencyAndContig : non contiguous type !");
6348       if(types.size()==_types.size())
6349         return 0;
6350     }
6351   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
6352   ret->alloc(nb,1);
6353   int *retPtr=ret->getPointer();
6354   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
6355   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
6356   int nbOfCells=getNumberOfCells();
6357   const int *i=connI;
6358   int kk=0;
6359   for(std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>::const_iterator it=types.begin();it!=types.end();it++,kk++)
6360     {
6361       i=std::find_if(i,connI+nbOfCells,ParaMEDMEMImpl::ConnReader2(conn,(int)(*it)));
6362       int offset=(int)std::distance(connI,i);
6363       const int *j=std::find_if(i+1,connI+nbOfCells,ParaMEDMEMImpl::ConnReader(conn,(int)(*it)));
6364       int nbOfCellsOfCurType=(int)std::distance(i,j);
6365       if(code[3*kk+2]==-1)
6366         for(int k=0;k<nbOfCellsOfCurType;k++)
6367           *retPtr++=k+offset;
6368       else
6369         {
6370           int idInIdsPerType=code[3*kk+2];
6371           if(idInIdsPerType>=0 && idInIdsPerType<(int)idsPerType.size())
6372             {
6373               const DataArrayInt *zePfl=idsPerType[idInIdsPerType];
6374               if(zePfl)
6375                 {
6376                   zePfl->checkAllocated();
6377                   if(zePfl->getNumberOfComponents()==1)
6378                     {
6379                       for(const int *k=zePfl->begin();k!=zePfl->end();k++,retPtr++)
6380                         {
6381                           if(*k>=0 && *k<nbOfCellsOfCurType)
6382                             *retPtr=(*k)+offset;
6383                           else
6384                             {
6385                               std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::checkTypeConsistencyAndContig : the section " << kk << " points to the profile #" << idInIdsPerType;
6386                               oss << ", and this profile contains a value " << *k << " should be in [0," << nbOfCellsOfCurType << ") !";
6387                               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6388                             }
6389                         }
6390                     }
6391                   else
6392                     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::checkTypeConsistencyAndContig : presence of a profile with nb of compo != 1 !");
6393                 }
6394               else
6395                 throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::checkTypeConsistencyAndContig : presence of null profile !");
6396             }
6397           else
6398             {
6399               std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::checkTypeConsistencyAndContig : at section " << kk << " of code it points to the array #" << idInIdsPerType;
6400               oss << " should be in [0," << idsPerType.size() << ") !";
6401               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6402             }
6403         }
6404       i=j;
6405     }
6406   return ret.retn();
6407 }
6408
6409 /*!
6410  * This method makes the hypothesis that \at this is sorted by type. If not an exception will be thrown.
6411  * This method is the opposite of MEDCouplingUMesh::checkTypeConsistencyAndContig method. Given a list of cells in \a profile it returns a list of sub-profiles sorted by geo type.
6412  * The result is put in the array \a idsPerType. In the returned parameter \a code, foreach i \a code[3*i+2] refers (if different from -1) to a location into the \a idsPerType.
6413  * This method has 1 input \a profile and 3 outputs \a code \a idsInPflPerType and \a idsPerType.
6414  * 
6415  * \param [out] code is a vector of size 3*n where n is the number of different geometric type in \a this \b reduced to the profile \a profile. \a code has exactly the same semantic than in MEDCouplingUMesh::checkTypeConsistencyAndContig method.
6416  * \param [out] idsInPflPerType is a vector of size of different geometric type in the subpart defined by \a profile of \a this ( equal to \a code.size()/3). For each i,
6417  *              \a idsInPflPerType[i] stores the tuple ids in \a profile that correspond to the geometric type code[3*i+0]
6418  * \param [out] idsPerType is a vector of size of different sub profiles needed to be defined to represent the profile \a profile for a given geometric type.
6419  *              This vector can be empty in case of all geometric type cells are fully covered in ascending in the given input \a profile.
6420  * \throw if \a profile has not exactly one component. It throws too, if \a profile contains some values not in [0,getNumberOfCells()) or if \a this is not fully defined
6421  */
6422 void MEDCouplingUMesh::splitProfilePerType(const DataArrayInt *profile, std::vector<int>& code, std::vector<DataArrayInt *>& idsInPflPerType, std::vector<DataArrayInt *>& idsPerType) const
6423 {
6424   if(!profile)
6425     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::splitProfilePerType : input profile is NULL !");
6426   if(profile->getNumberOfComponents()!=1)
6427     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::splitProfilePerType : input profile should have exactly one component !");
6428   checkConnectivityFullyDefined();
6429   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
6430   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
6431   int nbOfCells=getNumberOfCells();
6432   std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> types;
6433   std::vector<int> typeRangeVals(1);
6434   for(const int *i=connI;i!=connI+nbOfCells;)
6435     {
6436       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType curType=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[*i];
6437       if(std::find(types.begin(),types.end(),curType)!=types.end())
6438         {
6439           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::splitProfilePerType : current mesh is not sorted by type !");
6440         }
6441       types.push_back(curType);
6442       i=std::find_if(i+1,connI+nbOfCells,ParaMEDMEMImpl::ConnReader(conn,(int)curType));
6443       typeRangeVals.push_back((int)std::distance(connI,i));
6444     }
6445   //
6446   DataArrayInt *castArr=0,*rankInsideCast=0,*castsPresent=0;
6447   profile->splitByValueRange(&typeRangeVals[0],&typeRangeVals[0]+typeRangeVals.size(),castArr,rankInsideCast,castsPresent);
6448   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp0=castArr;
6449   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp1=rankInsideCast;
6450   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp2=castsPresent;
6451   //
6452   int nbOfCastsFinal=castsPresent->getNumberOfTuples();
6453   code.resize(3*nbOfCastsFinal);
6454   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > idsInPflPerType2;
6455   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > idsPerType2;
6456   for(int i=0;i<nbOfCastsFinal;i++)
6457     {
6458       int castId=castsPresent->getIJ(i,0);
6459       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp3=castArr->getIdsEqual(castId);
6460       idsInPflPerType2.push_back(tmp3);
6461       code[3*i]=(int)types[castId];
6462       code[3*i+1]=tmp3->getNumberOfTuples();
6463       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp4=rankInsideCast->selectByTupleId(tmp3->getConstPointer(),tmp3->getConstPointer()+tmp3->getNumberOfTuples());
6464       if(tmp4->getNumberOfTuples()!=typeRangeVals[castId+1]-typeRangeVals[castId] || !tmp4->isIdentity())
6465         {
6466           tmp4->copyStringInfoFrom(*profile);
6467           idsPerType2.push_back(tmp4);
6468           code[3*i+2]=(int)idsPerType2.size()-1;
6469         }
6470       else
6471         {
6472           code[3*i+2]=-1;
6473         }
6474     }
6475   std::size_t sz2=idsInPflPerType2.size();
6476   idsInPflPerType.resize(sz2);
6477   for(std::size_t i=0;i<sz2;i++)
6478     {
6479       DataArrayInt *locDa=idsInPflPerType2[i];
6480       locDa->incrRef();
6481       idsInPflPerType[i]=locDa;
6482     }
6483   std::size_t sz=idsPerType2.size();
6484   idsPerType.resize(sz);
6485   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
6486     {
6487       DataArrayInt *locDa=idsPerType2[i];
6488       locDa->incrRef();
6489       idsPerType[i]=locDa;
6490     }
6491 }
6492
6493 /*!
6494  * This method is here too emulate the MEDMEM behaviour on BDC (buildDescendingConnectivity). Hoping this method becomes deprecated very soon.
6495  * This method make the assumption that \a this and 'nM1LevMesh' mesh lyies on same coords (same pointer) as MED and MEDMEM does.
6496  * The following equality should be verified 'nM1LevMesh->getMeshDimension()==this->getMeshDimension()-1'
6497  * This method returns 5+2 elements. 'desc', 'descIndx', 'revDesc', 'revDescIndx' and 'meshnM1' behaves exactly as ParaMEDMEM::MEDCouplingUMesh::buildDescendingConnectivity except the content as described after. The returned array specifies the n-1 mesh reordered by type as MEDMEM does. 'nM1LevMeshIds' contains the ids in returned 'meshnM1'. Finally 'meshnM1Old2New' contains numbering old2new that is to say the cell #k in coarse 'nM1LevMesh' will have the number ret[k] in returned mesh 'nM1LevMesh' MEDMEM reordered.
6498  */
6499 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::emulateMEDMEMBDC(const MEDCouplingUMesh *nM1LevMesh, DataArrayInt *desc, DataArrayInt *descIndx, DataArrayInt *&revDesc, DataArrayInt *&revDescIndx, DataArrayInt *& nM1LevMeshIds, DataArrayInt *&meshnM1Old2New) const
6500 {
6501   checkFullyDefined();
6502   nM1LevMesh->checkFullyDefined();
6503   if(getMeshDimension()-1!=nM1LevMesh->getMeshDimension())
6504     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::emulateMEDMEMBDC : The mesh passed as first argument should have a meshDim equal to this->getMeshDimension()-1 !" );
6505   if(_coords!=nM1LevMesh->getCoords())
6506     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::emulateMEDMEMBDC : 'this' and mesh in first argument should share the same coords : Use tryToShareSameCoords method !");
6507   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp0=DataArrayInt::New();
6508   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp1=DataArrayInt::New();
6509   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret1=buildDescendingConnectivity(desc,descIndx,tmp0,tmp1);
6510   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret0=ret1->sortCellsInMEDFileFrmt();
6511   desc->transformWithIndArr(ret0->getConstPointer(),ret0->getConstPointer()+ret0->getNbOfElems());
6512   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> tmp=MEDCouplingUMesh::New();
6513   tmp->setConnectivity(tmp0,tmp1);
6514   tmp->renumberCells(ret0->getConstPointer(),false);
6515   revDesc=tmp->getNodalConnectivity();
6516   revDescIndx=tmp->getNodalConnectivityIndex();
6517   DataArrayInt *ret=0;
6518   if(!ret1->areCellsIncludedIn(nM1LevMesh,2,ret))
6519     {
6520       int tmp2;
6521       ret->getMaxValue(tmp2);
6522       ret->decrRef();
6523       std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::emulateMEDMEMBDC : input N-1 mesh present a cell not in descending mesh ... Id of cell is " << tmp2 << " !";
6524       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6525     }
6526   nM1LevMeshIds=ret;
6527   //
6528   revDesc->incrRef();
6529   revDescIndx->incrRef();
6530   ret1->incrRef();
6531   ret0->incrRef();
6532   meshnM1Old2New=ret0;
6533   return ret1;
6534 }
6535
6536 /*!
6537  * Permutes the nodal connectivity arrays so that the cells are sorted by type, which is
6538  * necessary for writing the mesh to MED file. Additionally returns a permutation array
6539  * in "Old to New" mode.
6540  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt. The caller is to delete
6541  *          this array using decrRef() as it is no more needed.
6542  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
6543  */
6544 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::sortCellsInMEDFileFrmt()
6545 {
6546   checkConnectivityFullyDefined();
6547   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=getRenumArrForMEDFileFrmt();
6548   renumberCells(ret->getConstPointer(),false);
6549   return ret.retn();
6550 }
6551
6552 /*!
6553  * This methods checks that cells are sorted by their types.
6554  * This method makes asumption (no check) that connectivity is correctly set before calling.
6555  */
6556 bool MEDCouplingUMesh::checkConsecutiveCellTypes() const
6557 {
6558   checkFullyDefined();
6559   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
6560   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
6561   int nbOfCells=getNumberOfCells();
6562   std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> types;
6563   for(const int *i=connI;i!=connI+nbOfCells;)
6564     {
6565       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType curType=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[*i];
6566       if(types.find(curType)!=types.end())
6567         return false;
6568       types.insert(curType);
6569       i=std::find_if(i+1,connI+nbOfCells,ParaMEDMEMImpl::ConnReader(conn,(int)curType));
6570     }
6571   return true;
6572 }
6573
6574 /*!
6575  * This method is a specialization of MEDCouplingUMesh::checkConsecutiveCellTypesAndOrder method that is called here.
6576  * The geometric type order is specified by MED file.
6577  * 
6578  * \sa  MEDCouplingUMesh::checkConsecutiveCellTypesAndOrder
6579  */
6580 bool MEDCouplingUMesh::checkConsecutiveCellTypesForMEDFileFrmt() const
6581 {
6582   return checkConsecutiveCellTypesAndOrder(MEDMEM_ORDER,MEDMEM_ORDER+N_MEDMEM_ORDER);
6583 }
6584
6585 /*!
6586  * This method performs the same job as checkConsecutiveCellTypes except that the order of types sequence is analyzed to check
6587  * that the order is specified in array defined by [ \a orderBg , \a orderEnd ).
6588  * If there is some geo types in \a this \b NOT in [ \a orderBg, \a orderEnd ) it is OK (return true) if contiguous.
6589  * If there is some geo types in [ \a orderBg, \a orderEnd ) \b NOT in \a this it is OK too (return true) if contiguous.
6590  */
6591 bool MEDCouplingUMesh::checkConsecutiveCellTypesAndOrder(const INTERP_KERNEL::NormalizedCellType *orderBg, const INTERP_KERNEL::NormalizedCellType *orderEnd) const
6592 {
6593   checkFullyDefined();
6594   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
6595   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
6596   int nbOfCells=getNumberOfCells();
6597   if(nbOfCells==0)
6598     return true;
6599   int lastPos=-1;
6600   std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> sg;
6601   for(const int *i=connI;i!=connI+nbOfCells;)
6602     {
6603       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType curType=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[*i];
6604       const INTERP_KERNEL::NormalizedCellType *isTypeExists=std::find(orderBg,orderEnd,curType);
6605       if(isTypeExists!=orderEnd)
6606         {
6607           int pos=(int)std::distance(orderBg,isTypeExists);
6608           if(pos<=lastPos)
6609             return false;
6610           lastPos=pos;
6611           i=std::find_if(i+1,connI+nbOfCells,ParaMEDMEMImpl::ConnReader(conn,(int)curType));
6612         }
6613       else
6614         {
6615           if(sg.find(curType)==sg.end())
6616             {
6617               i=std::find_if(i+1,connI+nbOfCells,ParaMEDMEMImpl::ConnReader(conn,(int)curType));
6618               sg.insert(curType);
6619             }
6620           else
6621             return false;
6622         }
6623     }
6624   return true;
6625 }
6626
6627 /*!
6628  * This method returns 2 newly allocated DataArrayInt instances. The first is an array of size 'this->getNumberOfCells()' with one component,
6629  * that tells for each cell the pos of its type in the array on type given in input parameter. The 2nd output parameter is an array with the same
6630  * number of tuples than input type array and with one component. This 2nd output array gives type by type the number of occurence of type in 'this'.
6631  */
6632 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::getLevArrPerCellTypes(const INTERP_KERNEL::NormalizedCellType *orderBg, const INTERP_KERNEL::NormalizedCellType *orderEnd, DataArrayInt *&nbPerType) const
6633 {
6634   checkConnectivityFullyDefined();
6635   int nbOfCells=getNumberOfCells();
6636   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
6637   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
6638   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmpa=DataArrayInt::New();
6639   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmpb=DataArrayInt::New();
6640   tmpa->alloc(nbOfCells,1);
6641   tmpb->alloc((int)std::distance(orderBg,orderEnd),1);
6642   tmpb->fillWithZero();
6643   int *tmp=tmpa->getPointer();
6644   int *tmp2=tmpb->getPointer();
6645   for(const int *i=connI;i!=connI+nbOfCells;i++)
6646     {
6647       const INTERP_KERNEL::NormalizedCellType *where=std::find(orderBg,orderEnd,(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[*i]);
6648       if(where!=orderEnd)
6649         {
6650           int pos=(int)std::distance(orderBg,where);
6651           tmp2[pos]++;
6652           tmp[std::distance(connI,i)]=pos;
6653         }
6654       else
6655         {
6656           const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[*i]);
6657           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::getLevArrPerCellTypes : Cell #" << std::distance(connI,i);
6658           oss << " has a type " << cm.getRepr() << " not in input array of type !";
6659           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6660         }
6661     }
6662   nbPerType=tmpb.retn();
6663   return tmpa.retn();
6664 }
6665
6666 /*!
6667  * This method behaves exactly as MEDCouplingUMesh::getRenumArrForConsecutiveCellTypesSpec but the order is those defined in MED file spec.
6668  *
6669  * \return a new object containing the old to new correspondance.
6670  *
6671  * \sa MEDCouplingUMesh::getRenumArrForConsecutiveCellTypesSpec, MEDCouplingUMesh::sortCellsInMEDFileFrmt.
6672  */
6673 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::getRenumArrForMEDFileFrmt() const
6674 {
6675   return getRenumArrForConsecutiveCellTypesSpec(MEDMEM_ORDER,MEDMEM_ORDER+N_MEDMEM_ORDER);
6676 }
6677
6678 /*!
6679  * This method is similar to method MEDCouplingUMesh::rearrange2ConsecutiveCellTypes except that the type order is specfied by [ \a orderBg , \a orderEnd ) (as MEDCouplingUMesh::checkConsecutiveCellTypesAndOrder method) and that this method is \b const and performs \b NO permutation in \a this.
6680  * This method returns an array of size getNumberOfCells() that gives a renumber array old2New that can be used as input of MEDCouplingMesh::renumberCells.
6681  * The mesh after this call to MEDCouplingMesh::renumberCells will pass the test of MEDCouplingUMesh::checkConsecutiveCellTypesAndOrder with the same inputs.
6682  * The returned array minimizes the permutations that is to say the order of cells inside same geometric type remains the same.
6683  */
6684 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::getRenumArrForConsecutiveCellTypesSpec(const INTERP_KERNEL::NormalizedCellType *orderBg, const INTERP_KERNEL::NormalizedCellType *orderEnd) const
6685 {
6686   DataArrayInt *nbPerType=0;
6687   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmpa=getLevArrPerCellTypes(orderBg,orderEnd,nbPerType);
6688   nbPerType->decrRef();
6689   return tmpa->buildPermArrPerLevel();
6690 }
6691
6692 /*!
6693  * This method reorganize the cells of \a this so that the cells with same geometric types are put together.
6694  * The number of cells remains unchanged after the call of this method.
6695  * This method tries to minimizes the number of needed permutations. So, this method behaves not exactly as
6696  * MEDCouplingUMesh::sortCellsInMEDFileFrmt.
6697  *
6698  * \return the array giving the correspondance old to new.
6699  */
6700 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::rearrange2ConsecutiveCellTypes()
6701 {
6702   checkFullyDefined();
6703   computeTypes();
6704   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
6705   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
6706   int nbOfCells=getNumberOfCells();
6707   std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> types;
6708   for(const int *i=connI;i!=connI+nbOfCells && (types.size()!=_types.size());)
6709     if(std::find(types.begin(),types.end(),(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[*i])==types.end())
6710       {
6711         INTERP_KERNEL::NormalizedCellType curType=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[*i];
6712         types.push_back(curType);
6713         for(i++;i!=connI+nbOfCells && (INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[*i]==curType;i++);
6714       }
6715   DataArrayInt *ret=DataArrayInt::New();
6716   ret->alloc(nbOfCells,1);
6717   int *retPtr=ret->getPointer();
6718   std::fill(retPtr,retPtr+nbOfCells,-1);
6719   int newCellId=0;
6720   for(std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>::const_iterator iter=types.begin();iter!=types.end();iter++)
6721     {
6722       for(const int *i=connI;i!=connI+nbOfCells;i++)
6723         if((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[*i]==(*iter))
6724           retPtr[std::distance(connI,i)]=newCellId++;
6725     }
6726   renumberCells(retPtr,false);
6727   return ret;
6728 }
6729
6730 /*!
6731  * This method splits \a this into as mush as untructured meshes that consecutive set of same type cells.
6732  * So this method has typically a sense if MEDCouplingUMesh::checkConsecutiveCellTypes has a sense.
6733  * This method makes asumption that connectivity is correctly set before calling.
6734  */
6735 std::vector<MEDCouplingUMesh *> MEDCouplingUMesh::splitByType() const
6736 {
6737   checkConnectivityFullyDefined();
6738   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
6739   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
6740   int nbOfCells=getNumberOfCells();
6741   std::vector<MEDCouplingUMesh *> ret;
6742   for(const int *i=connI;i!=connI+nbOfCells;)
6743     {
6744       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType curType=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[*i];
6745       int beginCellId=(int)std::distance(connI,i);
6746       i=std::find_if(i+1,connI+nbOfCells,ParaMEDMEMImpl::ConnReader(conn,(int)curType));
6747       int endCellId=(int)std::distance(connI,i);
6748       int sz=endCellId-beginCellId;
6749       int *cells=new int[sz];
6750       for(int j=0;j<sz;j++)
6751         cells[j]=beginCellId+j;
6752       MEDCouplingUMesh *m=(MEDCouplingUMesh *)buildPartOfMySelf(cells,cells+sz,true);
6753       delete [] cells;
6754       ret.push_back(m);
6755     }
6756   return ret;
6757 }
6758
6759 /*!
6760  * This method performs the opposite operation than those in MEDCoupling1SGTUMesh::buildUnstructured.
6761  * If \a this is a single geometric type unstructured mesh, it will be converted into a more compact data structure,
6762  * MEDCoupling1GTUMesh instance. The returned instance will aggregate the same DataArrayDouble instance of coordinates than \a this.
6763  *
6764  * \return a newly allocated instance, that the caller must manage.
6765  * \throw If \a this contains more than one geometric type.
6766  * \throw If the nodal connectivity of \a this is not fully defined.
6767  * \throw If the internal data is not coherent.
6768  */
6769 MEDCoupling1GTUMesh *MEDCouplingUMesh::convertIntoSingleGeoTypeMesh() const
6770 {
6771   checkConnectivityFullyDefined();
6772     if(_types.size()!=1)
6773     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::convertIntoSingleGeoTypeMesh : current mesh does not contain exactly one geometric type !");
6774   INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typ=*_types.begin();
6775   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1GTUMesh> ret=MEDCoupling1GTUMesh::New(getName().c_str(),typ);
6776   ret->setCoords(getCoords());
6777   MEDCoupling1SGTUMesh *retC=dynamic_cast<MEDCoupling1SGTUMesh *>((MEDCoupling1GTUMesh*)ret);
6778   if(retC)
6779     {
6780       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> c=convertNodalConnectivityToStaticGeoTypeMesh();
6781       retC->setNodalConnectivity(c);
6782     }
6783   else
6784     {
6785       MEDCoupling1DGTUMesh *retD=dynamic_cast<MEDCoupling1DGTUMesh *>((MEDCoupling1GTUMesh*)ret);
6786       if(!retD)
6787         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::convertIntoSingleGeoTypeMesh : Internal error !");
6788       DataArrayInt *c=0,*ci=0;
6789       convertNodalConnectivityToDynamicGeoTypeMesh(c,ci);
6790       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cs(c),cis(ci);
6791       retD->setNodalConnectivity(cs,cis);
6792     }
6793   return ret.retn();
6794 }
6795
6796 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::convertNodalConnectivityToStaticGeoTypeMesh() const
6797 {
6798   checkConnectivityFullyDefined();
6799     if(_types.size()!=1)
6800     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::convertNodalConnectivityToStaticGeoTypeMesh : current mesh does not contain exactly one geometric type !");
6801   INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typ=*_types.begin();
6802   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(typ);
6803   if(cm.isDynamic())
6804     {
6805       std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::convertNodalConnectivityToStaticGeoTypeMesh : this contains a single geo type (" << cm.getRepr() << ") but ";
6806       oss << "this type is dynamic ! Only static geometric type is possible for that type ! call convertNodalConnectivityToDynamicGeoTypeMesh instead !";
6807       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6808     }
6809   int nbCells=getNumberOfCells();
6810   int typi=(int)typ;
6811   int nbNodesPerCell=(int)cm.getNumberOfNodes();
6812   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> connOut=DataArrayInt::New(); connOut->alloc(nbCells*nbNodesPerCell,1);
6813   int *outPtr=connOut->getPointer();
6814   const int *conn=_nodal_connec->begin();
6815   const int *connI=_nodal_connec_index->begin();
6816   nbNodesPerCell++;
6817   for(int i=0;i<nbCells;i++,connI++)
6818     {
6819       if(conn[connI[0]]==typi && connI[1]-connI[0]==nbNodesPerCell)
6820         outPtr=std::copy(conn+connI[0]+1,conn+connI[1],outPtr);
6821       else
6822         {
6823           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::convertNodalConnectivityToStaticGeoTypeMesh : there something wrong in cell #" << i << " ! The type of cell is not those expected, or the length of nodal connectivity is not those expected (" << nbNodesPerCell-1 << ") !";
6824           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6825         }
6826     }
6827   return connOut.retn();
6828 }
6829
6830 void MEDCouplingUMesh::convertNodalConnectivityToDynamicGeoTypeMesh(DataArrayInt *&nodalConn, DataArrayInt *&nodalConnIndex) const
6831 {
6832   static const char msg0[]="MEDCouplingUMesh::convertNodalConnectivityToDynamicGeoTypeMesh : nodal connectivity in this are invalid ! Call checkCoherency2 !";
6833   checkConnectivityFullyDefined();
6834   if(_types.size()!=1)
6835     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::convertNodalConnectivityToDynamicGeoTypeMesh : current mesh does not contain exactly one geometric type !");
6836   int nbCells=getNumberOfCells(),lgth=_nodal_connec->getNumberOfTuples();
6837   if(lgth<nbCells)
6838     throw INTERP_KERNEL::Exception(msg0);
6839   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> c(DataArrayInt::New()),ci(DataArrayInt::New());
6840   c->alloc(lgth-nbCells,1); ci->alloc(nbCells+1,1);
6841   int *cp(c->getPointer()),*cip(ci->getPointer());
6842   const int *incp(_nodal_connec->begin()),*incip(_nodal_connec_index->begin());
6843   cip[0]=0;
6844   for(int i=0;i<nbCells;i++,cip++,incip++)
6845     {
6846       int strt(incip[0]+1),stop(incip[1]);//+1 to skip geo type
6847       int delta(stop-strt);
6848       if(delta>=1)
6849         {
6850           if((strt>=0 && strt<lgth) && (stop>=0 && stop<=lgth))
6851             cp=std::copy(incp+strt,incp+stop,cp);
6852           else
6853             throw INTERP_KERNEL::Exception(msg0);
6854         }
6855       else
6856         throw INTERP_KERNEL::Exception(msg0);
6857       cip[1]=cip[0]+delta;
6858     }
6859   nodalConn=c.retn(); nodalConnIndex=ci.retn();
6860 }
6861
6862 /*!
6863  * This method takes in input a vector of MEDCouplingUMesh instances lying on the same coordinates with same mesh dimensions.
6864  * Each mesh in \b ms must be sorted by type with the same order (typically using MEDCouplingUMesh::sortCellsInMEDFileFrmt).
6865  * This method is particulary useful for MED file interaction. It allows to aggregate several meshes and keeping the type sorting
6866  * and the track of the permutation by chunk of same geotype cells to retrieve it. The traditional formats old2new and new2old
6867  * are not used here to avoid the build of big permutation array.
6868  *
6869  * \param [in] ms meshes with same mesh dimension lying on the same coords and sorted by type following de the same geometric type order than
6870  *                those specified in MEDCouplingUMesh::sortCellsInMEDFileFrmt method.
6871  * \param [out] szOfCellGrpOfSameType is a newly allocated DataArrayInt instance whose number of tuples is equal to the number of chunks of same geotype
6872  *              in all meshes in \b ms. The accumulation of all values of this array is equal to the number of cells of returned mesh.
6873  * \param [out] idInMsOfCellGrpOfSameType is a newly allocated DataArrayInt instance having the same size than \b szOfCellGrpOfSameType. This
6874  *              output array gives for each chunck of same type the corresponding mesh id in \b ms.
6875  * \return A newly allocated unstructured mesh that is the result of the aggregation on same coords of all meshes in \b ms. This returned mesh
6876  *         is sorted by type following the geo cell types order of MEDCouplingUMesh::sortCellsInMEDFileFrmt method.
6877  */
6878 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::AggregateSortedByTypeMeshesOnSameCoords(const std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& ms,
6879                                                                             DataArrayInt *&szOfCellGrpOfSameType,
6880                                                                             DataArrayInt *&idInMsOfCellGrpOfSameType) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
6881 {
6882   std::vector<const MEDCouplingUMesh *> ms2;
6883   for(std::vector<const MEDCouplingUMesh *>::const_iterator it=ms.begin();it!=ms.end();it++)
6884     if(*it)
6885       {
6886         (*it)->checkConnectivityFullyDefined();
6887         ms2.push_back(*it);
6888       }
6889   if(ms2.empty())
6890     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::AggregateSortedByTypeMeshesOnSameCoords : input vector is empty !");
6891   const DataArrayDouble *refCoo=ms2[0]->getCoords();
6892   int meshDim=ms2[0]->getMeshDimension();
6893   std::vector<const MEDCouplingUMesh *> m1ssm;
6894   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> > m1ssmAuto;
6895   //
6896   std::vector<const MEDCouplingUMesh *> m1ssmSingle;
6897   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> > m1ssmSingleAuto;
6898   int fake=0,rk=0;
6899   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret1(DataArrayInt::New()),ret2(DataArrayInt::New());
6900   ret1->alloc(0,1); ret2->alloc(0,1);
6901   for(std::vector<const MEDCouplingUMesh *>::const_iterator it=ms2.begin();it!=ms2.end();it++,rk++)
6902     {
6903       if(meshDim!=(*it)->getMeshDimension())
6904         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::AggregateSortedByTypeMeshesOnSameCoords : meshdims mismatch !");
6905       if(refCoo!=(*it)->getCoords())
6906         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::AggregateSortedByTypeMeshesOnSameCoords : meshes are not shared by a single coordinates coords !");
6907       std::vector<MEDCouplingUMesh *> sp=(*it)->splitByType();
6908       std::copy(sp.begin(),sp.end(),std::back_insert_iterator< std::vector<const MEDCouplingUMesh *> >(m1ssm));
6909       std::copy(sp.begin(),sp.end(),std::back_insert_iterator< std::vector<MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> > >(m1ssmAuto));
6910       for(std::vector<MEDCouplingUMesh *>::const_iterator it2=sp.begin();it2!=sp.end();it2++)
6911         {
6912           MEDCouplingUMesh *singleCell=static_cast<MEDCouplingUMesh *>((*it2)->buildPartOfMySelf(&fake,&fake+1,true));
6913           m1ssmSingleAuto.push_back(singleCell);
6914           m1ssmSingle.push_back(singleCell);
6915           ret1->pushBackSilent((*it2)->getNumberOfCells()); ret2->pushBackSilent(rk);
6916         }
6917     }
6918   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1ssmSingle2=MEDCouplingUMesh::MergeUMeshesOnSameCoords(m1ssmSingle);
6919   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> renum=m1ssmSingle2->sortCellsInMEDFileFrmt();
6920   std::vector<const MEDCouplingUMesh *> m1ssmfinal(m1ssm.size());
6921   for(std::size_t i=0;i<m1ssm.size();i++)
6922     m1ssmfinal[renum->getIJ(i,0)]=m1ssm[i];
6923   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret0=MEDCouplingUMesh::MergeUMeshesOnSameCoords(m1ssmfinal);
6924   szOfCellGrpOfSameType=ret1->renumber(renum->getConstPointer());
6925   idInMsOfCellGrpOfSameType=ret2->renumber(renum->getConstPointer());
6926   return ret0.retn();
6927 }
6928
6929 /*!
6930  * This method returns a newly created DataArrayInt instance.
6931  * This method retrieves cell ids in [ \a begin, \a end ) that have the type \a type.
6932  */
6933 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::keepCellIdsByType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type, const int *begin, const int *end) const
6934 {
6935   checkFullyDefined();
6936   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
6937   const int *connIndex=_nodal_connec_index->getConstPointer();
6938   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret(DataArrayInt::New()); ret->alloc(0,1);
6939   for(const int *w=begin;w!=end;w++)
6940     if((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[connIndex[*w]]==type)
6941       ret->pushBackSilent(*w);
6942   return ret.retn();
6943 }
6944
6945 /*!
6946  * This method makes the assumption that da->getNumberOfTuples()<this->getNumberOfCells(). This method makes the assumption that ids contained in 'da'
6947  * are in [0:getNumberOfCells())
6948  */
6949 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::convertCellArrayPerGeoType(const DataArrayInt *da) const
6950 {
6951   checkFullyDefined();
6952   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
6953   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
6954   int nbOfCells=getNumberOfCells();
6955   std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> types=getAllTypes();
6956   int *tmp=new int[nbOfCells];
6957   for(std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>::const_iterator iter=types.begin();iter!=types.end();iter++)
6958     {
6959       int j=0;
6960       for(const int *i=connI;i!=connI+nbOfCells;i++)
6961         if((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[*i]==(*iter))
6962           tmp[std::distance(connI,i)]=j++;
6963     }
6964   DataArrayInt *ret=DataArrayInt::New();
6965   ret->alloc(da->getNumberOfTuples(),da->getNumberOfComponents());
6966   ret->copyStringInfoFrom(*da);
6967   int *retPtr=ret->getPointer();
6968   const int *daPtr=da->getConstPointer();
6969   int nbOfElems=da->getNbOfElems();
6970   for(int k=0;k<nbOfElems;k++)
6971     retPtr[k]=tmp[daPtr[k]];
6972   delete [] tmp;
6973   return ret;
6974 }
6975
6976 /*!
6977  * This method reduced number of cells of this by keeping cells whose type is different from 'type' and if type=='type'
6978  * This method \b works \b for mesh sorted by type.
6979  * cells whose ids is in 'idsPerGeoType' array.
6980  * This method conserves coords and name of mesh.
6981  */
6982 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::keepSpecifiedCells(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type, const int *idsPerGeoTypeBg, const int *idsPerGeoTypeEnd) const
6983 {
6984   std::vector<int> code=getDistributionOfTypes();
6985   std::size_t nOfTypesInThis=code.size()/3;
6986   int sz=0,szOfType=0;
6987   for(std::size_t i=0;i<nOfTypesInThis;i++)
6988     {
6989       if(code[3*i]!=type)
6990         sz+=code[3*i+1];
6991       else
6992         szOfType=code[3*i+1];
6993     }
6994   for(const int *work=idsPerGeoTypeBg;work!=idsPerGeoTypeEnd;work++)
6995     if(*work<0 || *work>=szOfType)
6996       {
6997         std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::keepSpecifiedCells : Request on type " << type << " at place #" << std::distance(idsPerGeoTypeBg,work) << " value " << *work;
6998         oss << ". It should be in [0," << szOfType << ") !";
6999         throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
7000       }
7001   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> idsTokeep=DataArrayInt::New(); idsTokeep->alloc(sz+(int)std::distance(idsPerGeoTypeBg,idsPerGeoTypeEnd),1);
7002   int *idsPtr=idsTokeep->getPointer();
7003   int offset=0;
7004   for(std::size_t i=0;i<nOfTypesInThis;i++)
7005     {
7006       if(code[3*i]!=type)
7007         for(int j=0;j<code[3*i+1];j++)
7008           *idsPtr++=offset+j;
7009       else
7010         idsPtr=std::transform(idsPerGeoTypeBg,idsPerGeoTypeEnd,idsPtr,std::bind2nd(std::plus<int>(),offset));
7011       offset+=code[3*i+1];
7012     }
7013   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(buildPartOfMySelf(idsTokeep->begin(),idsTokeep->end(),true));
7014   ret->copyTinyInfoFrom(this);
7015   return ret.retn();
7016 }
7017
7018 /*!
7019  * This method returns a vector of size 'this->getNumberOfCells()'.
7020  * This method retrieves for each cell in \a this if it is linear (false) or quadratic(true).
7021  */
7022 std::vector<bool> MEDCouplingUMesh::getQuadraticStatus() const
7023 {
7024   int ncell=getNumberOfCells();
7025   std::vector<bool> ret(ncell);
7026   const int *cI=getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
7027   const int *c=getNodalConnectivity()->getConstPointer();
7028   for(int i=0;i<ncell;i++)
7029     {
7030       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typ=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)c[cI[i]];
7031       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(typ);
7032       ret[i]=cm.isQuadratic();
7033     }
7034   return ret;
7035 }
7036
7037 /*!
7038  * Returns a newly created mesh (with ref count ==1) that contains merge of \a this and \a other.
7039  */
7040 MEDCouplingMesh *MEDCouplingUMesh::mergeMyselfWith(const MEDCouplingMesh *other) const
7041 {
7042   if(other->getType()!=UNSTRUCTURED)
7043     throw INTERP_KERNEL::Exception("Merge of umesh only available with umesh each other !");
7044   const MEDCouplingUMesh *otherC=static_cast<const MEDCouplingUMesh *>(other);
7045   return MergeUMeshes(this,otherC);
7046 }
7047
7048 /*!
7049  * Returns a new DataArrayDouble holding barycenters of all cells. The barycenter is
7050  * computed by averaging coordinates of cell nodes, so this method is not a right
7051  * choice for degnerated meshes (not well oriented, cells with measure close to zero).
7052  *  \return DataArrayDouble * - a new instance of DataArrayDouble, of size \a
7053  *          this->getNumberOfCells() tuples per \a this->getSpaceDimension()
7054  *          components. The caller is to delete this array using decrRef() as it is
7055  *          no more needed.
7056  *  \throw If the coordinates array is not set.
7057  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
7058  *  \sa MEDCouplingUMesh::computeIsoBarycenterOfNodesPerCell
7059  */
7060 DataArrayDouble *MEDCouplingUMesh::getBarycenterAndOwner() const
7061 {
7062   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> ret=DataArrayDouble::New();
7063   int spaceDim=getSpaceDimension();
7064   int nbOfCells=getNumberOfCells();
7065   ret->alloc(nbOfCells,spaceDim);
7066   ret->copyStringInfoFrom(*getCoords());
7067   double *ptToFill=ret->getPointer();
7068   const int *nodal=_nodal_connec->getConstPointer();
7069   const int *nodalI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
7070   const double *coor=_coords->getConstPointer();
7071   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
7072     {
7073       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)nodal[nodalI[i]];
7074       INTERP_KERNEL::computeBarycenter2<int,INTERP_KERNEL::ALL_C_MODE>(type,nodal+nodalI[i]+1,nodalI[i+1]-nodalI[i]-1,coor,spaceDim,ptToFill);
7075       ptToFill+=spaceDim;
7076     }
7077   return ret.retn();
7078 }
7079
7080 /*!
7081  * This method computes for each cell in \a this, the location of the iso barycenter of nodes constituting
7082  * the cell. Contrary to badly named MEDCouplingUMesh::getBarycenterAndOwner method that returns the center of inertia of the 
7083  * 
7084  * \return a newly allocated DataArrayDouble instance that the caller has to deal with. The returned 
7085  *          DataArrayDouble instance will have \c this->getNumberOfCells() tuples and \c this->getSpaceDimension() components.
7086  * 
7087  * \sa MEDCouplingUMesh::getBarycenterAndOwner
7088  * \throw If \a this is not fully defined (coordinates and connectivity)
7089  * \throw If there is presence in nodal connectivity in \a this of node ids not in [0, \c this->getNumberOfNodes() )
7090  */
7091 DataArrayDouble *MEDCouplingUMesh::computeIsoBarycenterOfNodesPerCell() const
7092 {
7093   checkFullyDefined();
7094   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> ret=DataArrayDouble::New();
7095   int spaceDim=getSpaceDimension();
7096   int nbOfCells=getNumberOfCells();
7097   int nbOfNodes=getNumberOfNodes();
7098   ret->alloc(nbOfCells,spaceDim);
7099   double *ptToFill=ret->getPointer();
7100   const int *nodal=_nodal_connec->getConstPointer();
7101   const int *nodalI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
7102   const double *coor=_coords->getConstPointer();
7103   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,ptToFill+=spaceDim)
7104     {
7105       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)nodal[nodalI[i]];
7106       std::fill(ptToFill,ptToFill+spaceDim,0.);
7107       if(type!=INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED)
7108         {
7109           for(const int *conn=nodal+nodalI[i]+1;conn!=nodal+nodalI[i+1];conn++)
7110             {
7111               if(*conn>=0 && *conn<nbOfNodes)
7112                 std::transform(coor+spaceDim*conn[0],coor+spaceDim*(conn[0]+1),ptToFill,ptToFill,std::plus<double>());
7113               else
7114                 {
7115                   std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::computeIsoBarycenterOfNodesPerCell : on cell #" << i << " presence of nodeId #" << *conn << " should be in [0," <<   nbOfNodes << ") !";
7116                   throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
7117                 }
7118             }
7119           int nbOfNodesInCell=nodalI[i+1]-nodalI[i]-1;
7120           if(nbOfNodesInCell>0)
7121             std::transform(ptToFill,ptToFill+spaceDim,ptToFill,std::bind2nd(std::multiplies<double>(),1./(double)nbOfNodesInCell));
7122           else
7123             {
7124               std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::computeIsoBarycenterOfNodesPerCell : on cell #" << i << " presence of cell with no nodes !";
7125               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
7126             }
7127         }
7128       else
7129         {
7130           std::set<int> s(nodal+nodalI[i]+1,nodal+nodalI[i+1]);
7131           s.erase(-1);
7132           for(std::set<int>::const_iterator it=s.begin();it!=s.end();it++)
7133             {
7134               if(*it>=0 && *it<nbOfNodes)
7135                 std::transform(coor+spaceDim*(*it),coor+spaceDim*((*it)+1),ptToFill,ptToFill,std::plus<double>());
7136               else
7137                 {
7138                   std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::computeIsoBarycenterOfNodesPerCell : on cell polyhedron cell #" << i << " presence of nodeId #" << *it << " should be in [0," <<   nbOfNodes << ") !";
7139                   throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
7140                 }
7141             }
7142           if(!s.empty())
7143             std::transform(ptToFill,ptToFill+spaceDim,ptToFill,std::bind2nd(std::multiplies<double>(),1./(double)s.size()));
7144           else
7145             {
7146               std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::computeIsoBarycenterOfNodesPerCell : on polyhedron cell #" << i << " there are no nodes !";
7147               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
7148             }
7149         }
7150     }
7151   return ret.retn();
7152 }
7153
7154 /*!
7155  * Returns a new DataArrayDouble holding barycenters of specified cells. The
7156  * barycenter is computed by averaging coordinates of cell nodes. The cells to treat
7157  * are specified via an array of cell ids. 
7158  *  \warning Validity of the specified cell ids is not checked! 
7159  *           Valid range is [ 0, \a this->getNumberOfCells() ).
7160  *  \param [in] begin - an array of cell ids of interest.
7161  *  \param [in] end - the end of \a begin, i.e. a pointer to its (last+1)-th element.
7162  *  \return DataArrayDouble * - a new instance of DataArrayDouble, of size ( \a
7163  *          end - \a begin ) tuples per \a this->getSpaceDimension() components. The
7164  *          caller is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
7165  *  \throw If the coordinates array is not set.
7166  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
7167  *
7168  *  \ref cpp_mcumesh_getPartBarycenterAndOwner "Here is a C++ example".<br>
7169  *  \ref  py_mcumesh_getPartBarycenterAndOwner "Here is a Python example".
7170  */
7171 DataArrayDouble *MEDCouplingUMesh::getPartBarycenterAndOwner(const int *begin, const int *end) const
7172 {
7173   DataArrayDouble *ret=DataArrayDouble::New();
7174   int spaceDim=getSpaceDimension();
7175   int nbOfTuple=(int)std::distance(begin,end);
7176   ret->alloc(nbOfTuple,spaceDim);
7177   double *ptToFill=ret->getPointer();
7178   double *tmp=new double[spaceDim];
7179   const int *nodal=_nodal_connec->getConstPointer();
7180   const int *nodalI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
7181   const double *coor=_coords->getConstPointer();
7182   for(const int *w=begin;w!=end;w++)
7183     {
7184       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)nodal[nodalI[*w]];
7185       INTERP_KERNEL::computeBarycenter2<int,INTERP_KERNEL::ALL_C_MODE>(type,nodal+nodalI[*w]+1,nodalI[*w+1]-nodalI[*w]-1,coor,spaceDim,ptToFill);
7186       ptToFill+=spaceDim;
7187     }
7188   delete [] tmp;
7189   return ret;
7190 }
7191
7192 /*!
7193  * Returns a DataArrayDouble instance giving for each cell in \a this the equation of plane given by "a*X+b*Y+c*Z+d=0".
7194  * So the returned instance will have 4 components and \c this->getNumberOfCells() tuples.
7195  * So this method expects that \a this has a spaceDimension equal to 3 and meshDimension equal to 2.
7196  * The computation of the plane equation is done using each time the 3 first nodes of 2D cells.
7197  * This method is useful to detect 2D cells in 3D space that are not coplanar.
7198  * 
7199  * \return DataArrayDouble * - a new instance of DataArrayDouble having 4 components and a number of tuples equal to number of cells in \a this.
7200  * \throw If spaceDim!=3 or meshDim!=2.
7201  * \throw If connectivity of \a this is invalid.
7202  * \throw If connectivity of a cell in \a this points to an invalid node.
7203  */
7204 DataArrayDouble *MEDCouplingUMesh::computePlaneEquationOf3DFaces() const
7205 {
7206   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> ret(DataArrayDouble::New());
7207   int nbOfCells(getNumberOfCells()),nbOfNodes(getNumberOfNodes());
7208   if(getSpaceDimension()!=3 || getMeshDimension()!=2)
7209     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::computePlaneEquationOf3DFaces : This method must be applied on a mesh having meshDimension equal 2 and a spaceDimension equal to 3 !");
7210   ret->alloc(nbOfCells,4);
7211   double *retPtr(ret->getPointer());
7212   const int *nodal(_nodal_connec->begin()),*nodalI(_nodal_connec_index->begin());
7213   const double *coor(_coords->begin());
7214   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,nodalI++,retPtr+=4)
7215     {
7216       double matrix[16]={0,0,0,1,0,0,0,1,0,0,0,1,1,1,1,0},matrix2[16];
7217       if(nodalI[1]-nodalI[0]>=3)
7218         {
7219           for(int j=0;j<3;j++)
7220             {
7221               int nodeId(nodal[nodalI[0]+1+j]);
7222               if(nodeId>=0 && nodeId<nbOfNodes)
7223                 std::copy(coor+nodeId*3,coor+(nodeId+1)*3,matrix+4*j);
7224               else
7225                 {
7226                   std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::computePlaneEquationOf3DFaces : invalid 2D cell #" << i << " ! This cell points to an invalid nodeId : " << nodeId << " !";
7227                   throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
7228                 }
7229             }
7230         }
7231       else
7232         {
7233           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::computePlaneEquationOf3DFaces : invalid 2D cell #" << i << " ! Must be constitued by more than 3 nodes !";
7234           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
7235         }
7236       INTERP_KERNEL::inverseMatrix(matrix,4,matrix2);
7237       retPtr[0]=matrix2[3]; retPtr[1]=matrix2[7]; retPtr[2]=matrix2[11]; retPtr[3]=matrix2[15];
7238     }
7239   return ret.retn();
7240 }
7241
7242 /*!
7243  * This method expects as input a DataArrayDouble non nul instance 'da' that should be allocated. If not an exception is thrown.
7244  * 
7245  */
7246 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::Build0DMeshFromCoords(DataArrayDouble *da)
7247 {
7248   if(!da)
7249     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::Build0DMeshFromCoords : instance of DataArrayDouble must be not null !");
7250   da->checkAllocated();
7251   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret=MEDCouplingUMesh::New(da->getName().c_str(),0);
7252   ret->setCoords(da);
7253   int nbOfTuples=da->getNumberOfTuples();
7254   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> c=DataArrayInt::New();
7255   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cI=DataArrayInt::New();
7256   c->alloc(2*nbOfTuples,1);
7257   cI->alloc(nbOfTuples+1,1);
7258   int *cp=c->getPointer();
7259   int *cip=cI->getPointer();
7260   *cip++=0;
7261   for(int i=0;i<nbOfTuples;i++)
7262     {
7263       *cp++=INTERP_KERNEL::NORM_POINT1;
7264       *cp++=i;
7265       *cip++=2*(i+1);
7266     }
7267   ret->setConnectivity(c,cI,true);
7268   return ret.retn();
7269 }
7270 /*!
7271  * Creates a new MEDCouplingUMesh by concatenating two given meshes of the same dimension.
7272  * Cells and nodes of
7273  * the first mesh precede cells and nodes of the second mesh within the result mesh.
7274  *  \param [in] mesh1 - the first mesh.
7275  *  \param [in] mesh2 - the second mesh.
7276  *  \return MEDCouplingUMesh * - the result mesh. It is a new instance of
7277  *          MEDCouplingUMesh. The caller is to delete this mesh using decrRef() as it
7278  *          is no more needed.
7279  *  \throw If \a mesh1 == NULL or \a mesh2 == NULL.
7280  *  \throw If the coordinates array is not set in none of the meshes.
7281  *  \throw If \a mesh1->getMeshDimension() < 0 or \a mesh2->getMeshDimension() < 0.
7282  *  \throw If \a mesh1->getMeshDimension() != \a mesh2->getMeshDimension().
7283  */
7284 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::MergeUMeshes(const MEDCouplingUMesh *mesh1, const MEDCouplingUMesh *mesh2)
7285 {
7286   std::vector<const MEDCouplingUMesh *> tmp(2);
7287   tmp[0]=const_cast<MEDCouplingUMesh *>(mesh1); tmp[1]=const_cast<MEDCouplingUMesh *>(mesh2);
7288   return MergeUMeshes(tmp);
7289 }
7290
7291 /*!
7292  * Creates a new MEDCouplingUMesh by concatenating all given meshes of the same dimension.
7293  * Cells and nodes of
7294  * the *i*-th mesh precede cells and nodes of the (*i*+1)-th mesh within the result mesh.
7295  *  \param [in] a - a vector of meshes (MEDCouplingUMesh) to concatenate.
7296  *  \return MEDCouplingUMesh * - the result mesh. It is a new instance of
7297  *          MEDCouplingUMesh. The caller is to delete this mesh using decrRef() as it
7298  *          is no more needed.
7299  *  \throw If \a a.size() == 0.
7300  *  \throw If \a a[ *i* ] == NULL.
7301  *  \throw If the coordinates array is not set in none of the meshes.
7302  *  \throw If \a a[ *i* ]->getMeshDimension() < 0.
7303  *  \throw If the meshes in \a a are of different dimension (getMeshDimension()).
7304 */
7305 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::MergeUMeshes(std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& a)
7306 {
7307   std::size_t sz=a.size();
7308   if(sz==0)
7309     return MergeUMeshesLL(a);
7310   for(std::size_t ii=0;ii<sz;ii++)
7311     if(!a[ii])
7312       {
7313         std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::MergeUMeshes : item #" << ii << " in input array of size "<< sz << " is empty !";
7314         throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
7315       }
7316   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> > bb(sz);
7317   std::vector< const MEDCouplingUMesh * > aa(sz);
7318   int spaceDim=-3;
7319   for(std::size_t i=0;i<sz && spaceDim==-3;i++)
7320     {
7321       const MEDCouplingUMesh *cur=a[i];
7322       const DataArrayDouble *coo=cur->getCoords();
7323       if(coo)
7324         spaceDim=coo->getNumberOfComponents();
7325     }
7326   if(spaceDim==-3)
7327     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::MergeUMeshes : no spaceDim specified ! unable to perform merge !");
7328   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
7329     {
7330       bb[i]=a[i]->buildSetInstanceFromThis(spaceDim);
7331       aa[i]=bb[i];
7332     }
7333   return MergeUMeshesLL(aa);
7334 }
7335
7336 /// @cond INTERNAL
7337
7338 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::MergeUMeshesLL(std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& a)
7339 {
7340   if(a.empty())
7341     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::MergeUMeshes : input array must be NON EMPTY !");
7342   std::vector<const MEDCouplingUMesh *>::const_iterator it=a.begin();
7343   int meshDim=(*it)->getMeshDimension();
7344   int nbOfCells=(*it)->getNumberOfCells();
7345   int meshLgth=(*it++)->getMeshLength();
7346   for(;it!=a.end();it++)
7347     {
7348       if(meshDim!=(*it)->getMeshDimension())
7349         throw INTERP_KERNEL::Exception("Mesh dimensions mismatches, MergeUMeshes impossible !");
7350       nbOfCells+=(*it)->getNumberOfCells();
7351       meshLgth+=(*it)->getMeshLength();
7352     }
7353   std::vector<const MEDCouplingPointSet *> aps(a.size());
7354   std::copy(a.begin(),a.end(),aps.begin());
7355   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> pts=MergeNodesArray(aps);
7356   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret=MEDCouplingUMesh::New("merge",meshDim);
7357   ret->setCoords(pts);
7358   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> c=DataArrayInt::New();
7359   c->alloc(meshLgth,1);
7360   int *cPtr=c->getPointer();
7361   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cI=DataArrayInt::New();
7362   cI->alloc(nbOfCells+1,1);
7363   int *cIPtr=cI->getPointer();
7364   *cIPtr++=0;
7365   int offset=0;
7366   int offset2=0;
7367   for(it=a.begin();it!=a.end();it++)
7368     {
7369       int curNbOfCell=(*it)->getNumberOfCells();
7370       const int *curCI=(*it)->_nodal_connec_index->getConstPointer();
7371       const int *curC=(*it)->_nodal_connec->getConstPointer();
7372       cIPtr=std::transform(curCI+1,curCI+curNbOfCell+1,cIPtr,std::bind2nd(std::plus<int>(),offset));
7373       for(int j=0;j<curNbOfCell;j++)
7374         {
7375           const int *src=curC+curCI[j];
7376           *cPtr++=*src++;
7377           for(;src!=curC+curCI[j+1];src++,cPtr++)
7378             {
7379               if(*src!=-1)
7380                 *cPtr=*src+offset2;
7381               else
7382                 *cPtr=-1;
7383             }
7384         }
7385       offset+=curCI[curNbOfCell];
7386       offset2+=(*it)->getNumberOfNodes();
7387     }
7388   //
7389   ret->setConnectivity(c,cI,true);
7390   return ret.retn();
7391 }
7392
7393 /// @endcond
7394
7395 /*!
7396  * Creates a new MEDCouplingUMesh by concatenating cells of two given meshes of same
7397  * dimension and sharing the node coordinates array.
7398  * All cells of the first mesh precede all cells of the second mesh
7399  * within the result mesh. 
7400  *  \param [in] mesh1 - the first mesh.
7401  *  \param [in] mesh2 - the second mesh.
7402  *  \return MEDCouplingUMesh * - the result mesh. It is a new instance of
7403  *          MEDCouplingUMesh. The caller is to delete this mesh using decrRef() as it
7404  *          is no more needed.
7405  *  \throw If \a mesh1 == NULL or \a mesh2 == NULL.
7406  *  \throw If the meshes do not share the node coordinates array.
7407  *  \throw If \a mesh1->getMeshDimension() < 0 or \a mesh2->getMeshDimension() < 0.
7408  *  \throw If \a mesh1->getMeshDimension() != \a mesh2->getMeshDimension().
7409  */
7410 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::MergeUMeshesOnSameCoords(const MEDCouplingUMesh *mesh1, const MEDCouplingUMesh *mesh2)
7411 {
7412   std::vector<const MEDCouplingUMesh *> tmp(2);
7413   tmp[0]=mesh1; tmp[1]=mesh2;
7414   return MergeUMeshesOnSameCoords(tmp);
7415 }
7416
7417 /*!
7418  * Creates a new MEDCouplingUMesh by concatenating cells of all given meshes of same
7419  * dimension and sharing the node coordinates array.
7420  * All cells of the *i*-th mesh precede all cells of the
7421  * (*i*+1)-th mesh within the result mesh.
7422  *  \param [in] a - a vector of meshes (MEDCouplingUMesh) to concatenate.
7423  *  \return MEDCouplingUMesh * - the result mesh. It is a new instance of
7424  *          MEDCouplingUMesh. The caller is to delete this mesh using decrRef() as it
7425  *          is no more needed.
7426  *  \throw If \a a.size() == 0.
7427  *  \throw If \a a[ *i* ] == NULL.
7428  *  \throw If the meshes do not share the node coordinates array.
7429  *  \throw If \a a[ *i* ]->getMeshDimension() < 0.
7430  *  \throw If the meshes in \a a are of different dimension (getMeshDimension()).
7431  */
7432 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::MergeUMeshesOnSameCoords(const std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& meshes)
7433 {
7434   if(meshes.empty())
7435     throw INTERP_KERNEL::Exception("meshes input parameter is expected to be non empty.");
7436   for(std::size_t ii=0;ii<meshes.size();ii++)
7437     if(!meshes[ii])
7438       {
7439         std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::MergeUMeshesOnSameCoords : item #" << ii << " in input array of size "<< meshes.size() << " is empty !";
7440         throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
7441       }
7442   const DataArrayDouble *coords=meshes.front()->getCoords();
7443   int meshDim=meshes.front()->getMeshDimension();
7444   std::vector<const MEDCouplingUMesh *>::const_iterator iter=meshes.begin();
7445   int meshLgth=0;
7446   int meshIndexLgth=0;
7447   for(;iter!=meshes.end();iter++)
7448     {
7449       if(coords!=(*iter)->getCoords())
7450         throw INTERP_KERNEL::Exception("meshes does not share the same coords ! Try using tryToShareSameCoords method !");
7451       if(meshDim!=(*iter)->getMeshDimension())
7452         throw INTERP_KERNEL::Exception("Mesh dimensions mismatches, FuseUMeshesOnSameCoords impossible !");
7453       meshLgth+=(*iter)->getMeshLength();
7454       meshIndexLgth+=(*iter)->getNumberOfCells();
7455     }
7456   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> nodal=DataArrayInt::New();
7457   nodal->alloc(meshLgth,1);
7458   int *nodalPtr=nodal->getPointer();
7459   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> nodalIndex=DataArrayInt::New();
7460   nodalIndex->alloc(meshIndexLgth+1,1);
7461   int *nodalIndexPtr=nodalIndex->getPointer();
7462   int offset=0;
7463   for(iter=meshes.begin();iter!=meshes.end();iter++)
7464     {
7465       const int *nod=(*iter)->getNodalConnectivity()->getConstPointer();
7466       const int *index=(*iter)->getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
7467       int nbOfCells=(*iter)->getNumberOfCells();
7468       int meshLgth2=(*iter)->getMeshLength();
7469       nodalPtr=std::copy(nod,nod+meshLgth2,nodalPtr);
7470       if(iter!=meshes.begin())
7471         nodalIndexPtr=std::transform(index+1,index+nbOfCells+1,nodalIndexPtr,std::bind2nd(std::plus<int>(),offset));
7472       else
7473         nodalIndexPtr=std::copy(index,index+nbOfCells+1,nodalIndexPtr);
7474       offset+=meshLgth2;
7475     }
7476   MEDCouplingUMesh *ret=MEDCouplingUMesh::New();
7477   ret->setName("merge");
7478   ret->setMeshDimension(meshDim);
7479   ret->setConnectivity(nodal,nodalIndex,true);
7480   ret->setCoords(coords);
7481   return ret;
7482 }
7483
7484 /*!
7485  * Creates a new MEDCouplingUMesh by concatenating cells of all given meshes of same
7486  * dimension and sharing the node coordinates array. Cells of the *i*-th mesh precede
7487  * cells of the (*i*+1)-th mesh within the result mesh. Duplicates of cells are
7488  * removed from \a this mesh and arrays mapping between new and old cell ids in "Old to
7489  * New" mode are returned for each input mesh.
7490  *  \param [in] meshes - a vector of meshes (MEDCouplingUMesh) to concatenate.
7491  *  \param [in] compType - specifies a cell comparison technique. For meaning of its
7492  *          valid values [0,1,2], see zipConnectivityTraducer().
7493  *  \param [in,out] corr - an array of DataArrayInt, of the same size as \a
7494  *          meshes. The *i*-th array describes cell ids mapping for \a meshes[ *i* ]
7495  *          mesh. The caller is to delete each of the arrays using decrRef() as it is
7496  *          no more needed.
7497  *  \return MEDCouplingUMesh * - the result mesh. It is a new instance of
7498  *          MEDCouplingUMesh. The caller is to delete this mesh using decrRef() as it
7499  *          is no more needed.
7500  *  \throw If \a meshes.size() == 0.
7501  *  \throw If \a meshes[ *i* ] == NULL.
7502  *  \throw If the meshes do not share the node coordinates array.
7503  *  \throw If \a meshes[ *i* ]->getMeshDimension() < 0.
7504  *  \throw If the \a meshes are of different dimension (getMeshDimension()).
7505  *  \throw If the nodal connectivity of cells of any of \a meshes is not defined.
7506  *  \throw If the nodal connectivity any of \a meshes includes an invalid id.
7507  */
7508 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::FuseUMeshesOnSameCoords(const std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& meshes, int compType, std::vector<DataArrayInt *>& corr)
7509 {
7510   //All checks are delegated to MergeUMeshesOnSameCoords
7511   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret=MergeUMeshesOnSameCoords(meshes);
7512   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> o2n=ret->zipConnectivityTraducer(compType);
7513   corr.resize(meshes.size());
7514   std::size_t nbOfMeshes=meshes.size();
7515   int offset=0;
7516   const int *o2nPtr=o2n->getConstPointer();
7517   for(std::size_t i=0;i<nbOfMeshes;i++)
7518     {
7519       DataArrayInt *tmp=DataArrayInt::New();
7520       int curNbOfCells=meshes[i]->getNumberOfCells();
7521       tmp->alloc(curNbOfCells,1);
7522       std::copy(o2nPtr+offset,o2nPtr+offset+curNbOfCells,tmp->getPointer());
7523       offset+=curNbOfCells;
7524       tmp->setName(meshes[i]->getName().c_str());
7525       corr[i]=tmp;
7526     }
7527   return ret.retn();
7528 }
7529
7530 /*!
7531  * Makes all given meshes share the nodal connectivity array. The common connectivity
7532  * array is created by concatenating the connectivity arrays of all given meshes. All
7533  * the given meshes must be of the same space dimension but dimension of cells **can
7534  * differ**. This method is particulary useful in MEDLoader context to build a \ref
7535  * ParaMEDMEM::MEDFileUMesh "MEDFileUMesh" instance that expects that underlying
7536  * MEDCouplingUMesh'es of different dimension share the same nodal connectivity array.
7537  *  \param [in,out] meshes - a vector of meshes to update.
7538  *  \throw If any of \a meshes is NULL.
7539  *  \throw If the coordinates array is not set in any of \a meshes.
7540  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined in any of \a meshes.
7541  *  \throw If \a meshes are of different space dimension.
7542  */
7543 void MEDCouplingUMesh::PutUMeshesOnSameAggregatedCoords(const std::vector<MEDCouplingUMesh *>& meshes)
7544 {
7545   std::size_t sz=meshes.size();
7546   if(sz==0 || sz==1)
7547     return;
7548   std::vector< const DataArrayDouble * > coords(meshes.size());
7549   std::vector< const DataArrayDouble * >::iterator it2=coords.begin();
7550   for(std::vector<MEDCouplingUMesh *>::const_iterator it=meshes.begin();it!=meshes.end();it++,it2++)
7551     {
7552       if((*it))
7553         {
7554           (*it)->checkConnectivityFullyDefined();
7555           const DataArrayDouble *coo=(*it)->getCoords();
7556           if(coo)
7557             *it2=coo;
7558           else
7559             {
7560               std::ostringstream oss; oss << " MEDCouplingUMesh::PutUMeshesOnSameAggregatedCoords : Item #" << std::distance(meshes.begin(),it) << " inside the vector of length " << meshes.size();
7561               oss << " has no coordinate array defined !";
7562               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
7563             }
7564         }
7565       else
7566         {
7567           std::ostringstream oss; oss << " MEDCouplingUMesh::PutUMeshesOnSameAggregatedCoords : Item #" << std::distance(meshes.begin(),it) << " inside the vector of length " << meshes.size();
7568           oss << " is null !";
7569           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
7570         }
7571     }
7572   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> res=DataArrayDouble::Aggregate(coords);
7573   std::vector<MEDCouplingUMesh *>::const_iterator it=meshes.begin();
7574   int offset=(*it)->getNumberOfNodes();
7575   (*it++)->setCoords(res);
7576   for(;it!=meshes.end();it++)
7577     {
7578       int oldNumberOfNodes=(*it)->getNumberOfNodes();
7579       (*it)->setCoords(res);
7580       (*it)->shiftNodeNumbersInConn(offset);
7581       offset+=oldNumberOfNodes;
7582     }
7583 }
7584
7585 /*!
7586  * Merges nodes coincident with a given precision within all given meshes that share
7587  * the nodal connectivity array. The given meshes **can be of different** mesh
7588  * dimension. This method is particulary useful in MEDLoader context to build a \ref
7589  * ParaMEDMEM::MEDFileUMesh "MEDFileUMesh" instance that expects that underlying
7590  * MEDCouplingUMesh'es of different dimension share the same nodal connectivity array. 
7591  *  \param [in,out] meshes - a vector of meshes to update.
7592  *  \param [in] eps - the precision used to detect coincident nodes (infinite norm).
7593  *  \throw If any of \a meshes is NULL.
7594  *  \throw If the \a meshes do not share the same node coordinates array.
7595  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined in any of \a meshes.
7596  */
7597 void MEDCouplingUMesh::MergeNodesOnUMeshesSharingSameCoords(const std::vector<MEDCouplingUMesh *>& meshes, double eps)
7598 {
7599   if(meshes.empty())
7600     return ;
7601   std::set<const DataArrayDouble *> s;
7602   for(std::vector<MEDCouplingUMesh *>::const_iterator it=meshes.begin();it!=meshes.end();it++)
7603     {
7604       if(*it)
7605         s.insert((*it)->getCoords());
7606       else
7607         {
7608           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::MergeNodesOnUMeshesSharingSameCoords : In input vector of unstructured meshes of size " << meshes.size() << " the element #" << std::distance(meshes.begin(),it) << " is null !";
7609           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
7610         }
7611     }
7612   if(s.size()!=1)
7613     {
7614       std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::MergeNodesOnUMeshesSharingSameCoords : In input vector of unstructured meshes of size " << meshes.size() << ", it appears that they do not share the same instance of DataArrayDouble for coordiantes ! tryToShareSameCoordsPermute method can help to reach that !";
7615       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
7616     }
7617   const DataArrayDouble *coo=*(s.begin());
7618   if(!coo)
7619     return;
7620   //
7621   DataArrayInt *comm,*commI;
7622   coo->findCommonTuples(eps,-1,comm,commI);
7623   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp1(comm),tmp2(commI);
7624   int oldNbOfNodes=coo->getNumberOfTuples();
7625   int newNbOfNodes;
7626   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> o2n=DataArrayInt::BuildOld2NewArrayFromSurjectiveFormat2(oldNbOfNodes,comm->begin(),commI->begin(),commI->end(),newNbOfNodes);
7627   if(oldNbOfNodes==newNbOfNodes)
7628     return ;
7629   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> newCoords=coo->renumberAndReduce(o2n->getConstPointer(),newNbOfNodes);
7630   for(std::vector<MEDCouplingUMesh *>::const_iterator it=meshes.begin();it!=meshes.end();it++)
7631     {
7632       (*it)->renumberNodesInConn(o2n->getConstPointer());
7633       (*it)->setCoords(newCoords);
7634     } 
7635 }
7636
7637 /*!
7638  * This method takes in input a cell defined by its MEDcouplingUMesh connectivity [ \a connBg , \a connEnd ) and returns its extruded cell by inserting the result at the end of ret.
7639  * \param nbOfNodesPerLev in parameter that specifies the number of nodes of one slice of global dataset
7640  * \param isQuad specifies the policy of connectivity.
7641  * @ret in/out parameter in which the result will be append
7642  */
7643 void MEDCouplingUMesh::AppendExtrudedCell(const int *connBg, const int *connEnd, int nbOfNodesPerLev, bool isQuad, std::vector<int>& ret)
7644 {
7645   INTERP_KERNEL::NormalizedCellType flatType=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)connBg[0];
7646   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(flatType);
7647   ret.push_back(cm.getExtrudedType());
7648   int deltaz=isQuad?2*nbOfNodesPerLev:nbOfNodesPerLev;
7649   switch(flatType)
7650     {
7651     case INTERP_KERNEL::NORM_POINT1:
7652       {
7653         ret.push_back(connBg[1]);
7654         ret.push_back(connBg[1]+nbOfNodesPerLev);
7655         break;
7656       }
7657     case INTERP_KERNEL::NORM_SEG2:
7658       {
7659         int conn[4]={connBg[1],connBg[2],connBg[2]+deltaz,connBg[1]+deltaz};
7660         ret.insert(ret.end(),conn,conn+4);
7661         break;
7662       }
7663     case INTERP_KERNEL::NORM_SEG3:
7664       {
7665         int conn[8]={connBg[1],connBg[3],connBg[3]+deltaz,connBg[1]+deltaz,connBg[2],connBg[3]+nbOfNodesPerLev,connBg[2]+deltaz,connBg[1]+nbOfNodesPerLev};
7666         ret.insert(ret.end(),conn,conn+8);
7667         break;
7668       }
7669     case INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4:
7670       {
7671         int conn[8]={connBg[1],connBg[2],connBg[3],connBg[4],connBg[1]+deltaz,connBg[2]+deltaz,connBg[3]+deltaz,connBg[4]+deltaz};
7672         ret.insert(ret.end(),conn,conn+8);
7673         break;
7674       }
7675     case INTERP_KERNEL::NORM_TRI3:
7676       {
7677         int conn[6]={connBg[1],connBg[2],connBg[3],connBg[1]+deltaz,connBg[2]+deltaz,connBg[3]+deltaz};
7678         ret.insert(ret.end(),conn,conn+6);
7679         break;
7680       }
7681     case INTERP_KERNEL::NORM_TRI6:
7682       {
7683         int conn[15]={connBg[1],connBg[2],connBg[3],connBg[1]+deltaz,connBg[2]+deltaz,connBg[3]+deltaz,connBg[4],connBg[5],connBg[6],connBg[4]+deltaz,connBg[5]+deltaz,connBg[6]+deltaz,
7684                       connBg[1]+nbOfNodesPerLev,connBg[2]+nbOfNodesPerLev,connBg[3]+nbOfNodesPerLev};
7685         ret.insert(ret.end(),conn,conn+15);
7686         break;
7687       }
7688     case INTERP_KERNEL::NORM_QUAD8:
7689       {
7690         int conn[20]={
7691           connBg[1],connBg[2],connBg[3],connBg[4],connBg[1]+deltaz,connBg[2]+deltaz,connBg[3]+deltaz,connBg[4]+deltaz,
7692           connBg[5],connBg[6],connBg[7],connBg[8],connBg[5]+deltaz,connBg[6]+deltaz,connBg[7]+deltaz,connBg[8]+deltaz,
7693           connBg[1]+nbOfNodesPerLev,connBg[2]+nbOfNodesPerLev,connBg[3]+nbOfNodesPerLev,connBg[4]+nbOfNodesPerLev
7694         };
7695         ret.insert(ret.end(),conn,conn+20);
7696         break;
7697       }
7698     case INTERP_KERNEL::NORM_POLYGON:
7699       {
7700         std::back_insert_iterator< std::vector<int> > ii(ret);
7701         std::copy(connBg+1,connEnd,ii);
7702         *ii++=-1;
7703         std::reverse_iterator<const int *> rConnBg(connEnd);
7704         std::reverse_iterator<const int *> rConnEnd(connBg+1);
7705         std::transform(rConnBg,rConnEnd,ii,std::bind2nd(std::plus<int>(),deltaz));
7706         std::size_t nbOfRadFaces=std::distance(connBg+1,connEnd);
7707         for(std::size_t i=0;i<nbOfRadFaces;i++)
7708           {
7709             *ii++=-1;
7710             int conn[4]={connBg[(i+1)%nbOfRadFaces+1],connBg[i+1],connBg[i+1]+deltaz,connBg[(i+1)%nbOfRadFaces+1]+deltaz};
7711             std::copy(conn,conn+4,ii);
7712           }
7713         break;
7714       }
7715     default:
7716       throw INTERP_KERNEL::Exception("A flat type has been detected that has not its extruded representation !");
7717     }
7718 }
7719
7720 /*!
7721  * This static operates only for coords in 3D. The polygon is specfied by its connectivity nodes in [ \a begin , \a end ).
7722  */
7723 bool MEDCouplingUMesh::IsPolygonWellOriented(bool isQuadratic, const double *vec, const int *begin, const int *end, const double *coords)
7724 {
7725   double v[3]={0.,0.,0.};
7726   std::size_t sz=std::distance(begin,end);
7727   if(isQuadratic)
7728     sz/=2;
7729   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
7730     {
7731       v[0]+=coords[3*begin[i]+1]*coords[3*begin[(i+1)%sz]+2]-coords[3*begin[i]+2]*coords[3*begin[(i+1)%sz]+1];
7732       v[1]+=coords[3*begin[i]+2]*coords[3*begin[(i+1)%sz]]-coords[3*begin[i]]*coords[3*begin[(i+1)%sz]+2];
7733       v[2]+=coords[3*begin[i]]*coords[3*begin[(i+1)%sz]+1]-coords[3*begin[i]+1]*coords[3*begin[(i+1)%sz]];
7734     }
7735   return vec[0]*v[0]+vec[1]*v[1]+vec[2]*v[2]>0.;
7736 }
7737
7738 /*!
7739  * The polyhedron is specfied by its connectivity nodes in [ \a begin , \a end ).
7740  */
7741 bool MEDCouplingUMesh::IsPolyhedronWellOriented(const int *begin, const int *end, const double *coords)
7742 {
7743   std::vector<std::pair<int,int> > edges;
7744   std::size_t nbOfFaces=std::count(begin,end,-1)+1;
7745   const int *bgFace=begin;
7746   for(std::size_t i=0;i<nbOfFaces;i++)
7747     {
7748       const int *endFace=std::find(bgFace+1,end,-1);
7749       std::size_t nbOfEdgesInFace=std::distance(bgFace,endFace);
7750       for(std::size_t j=0;j<nbOfEdgesInFace;j++)
7751         {
7752           std::pair<int,int> p1(bgFace[j],bgFace[(j+1)%nbOfEdgesInFace]);
7753           if(std::find(edges.begin(),edges.end(),p1)!=edges.end())
7754             return false;
7755           edges.push_back(p1);
7756         }
7757       bgFace=endFace+1;
7758     }
7759   return INTERP_KERNEL::calculateVolumeForPolyh2<int,INTERP_KERNEL::ALL_C_MODE>(begin,(int)std::distance(begin,end),coords)>-EPS_FOR_POLYH_ORIENTATION;
7760 }
7761
7762 /*!
7763  * The 3D extruded static cell (PENTA6,HEXA8,HEXAGP12...) its connectivity nodes in [ \a begin , \a end ).
7764  */
7765 bool MEDCouplingUMesh::Is3DExtrudedStaticCellWellOriented(const int *begin, const int *end, const double *coords)
7766 {
7767   double vec0[3],vec1[3];
7768   std::size_t sz=std::distance(begin,end);
7769   if(sz%2!=0)
7770     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::Is3DExtrudedStaticCellWellOriented : the length of nodal connectivity of extruded cell is not even !");
7771   int nbOfNodes=(int)sz/2;
7772   INTERP_KERNEL::areaVectorOfPolygon<int,INTERP_KERNEL::ALL_C_MODE>(begin,nbOfNodes,coords,vec0);
7773   const double *pt0=coords+3*begin[0];
7774   const double *pt1=coords+3*begin[nbOfNodes];
7775   vec1[0]=pt1[0]-pt0[0]; vec1[1]=pt1[1]-pt0[1]; vec1[2]=pt1[2]-pt0[2];
7776   return (vec0[0]*vec1[0]+vec0[1]*vec1[1]+vec0[2]*vec1[2])<0.;
7777 }
7778
7779 void MEDCouplingUMesh::CorrectExtrudedStaticCell(int *begin, int *end)
7780 {
7781   std::size_t sz=std::distance(begin,end);
7782   INTERP_KERNEL::AutoPtr<int> tmp=new int[sz];
7783   std::size_t nbOfNodes(sz/2);
7784   std::copy(begin,end,(int *)tmp);
7785   for(std::size_t j=1;j<nbOfNodes;j++)
7786     {
7787       begin[j]=tmp[nbOfNodes-j];
7788       begin[j+nbOfNodes]=tmp[nbOfNodes+nbOfNodes-j];
7789     }
7790 }
7791
7792 bool MEDCouplingUMesh::IsTetra4WellOriented(const int *begin, const int *end, const double *coords)
7793 {
7794   std::size_t sz=std::distance(begin,end);
7795   if(sz!=4)
7796     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::IsTetra4WellOriented : Tetra4 cell with not 4 nodes ! Call checkCoherency2 !");
7797   double vec0[3],vec1[3];
7798   const double *pt0=coords+3*begin[0],*pt1=coords+3*begin[1],*pt2=coords+3*begin[2],*pt3=coords+3*begin[3];
7799   vec0[0]=pt1[0]-pt0[0]; vec0[1]=pt1[1]-pt0[1]; vec0[2]=pt1[2]-pt0[2]; vec1[0]=pt2[0]-pt0[0]; vec1[1]=pt2[1]-pt0[1]; vec1[2]=pt2[2]-pt0[2]; 
7800   return ((vec0[1]*vec1[2]-vec0[2]*vec1[1])*(pt3[0]-pt0[0])+(vec0[2]*vec1[0]-vec0[0]*vec1[2])*(pt3[1]-pt0[1])+(vec0[0]*vec1[1]-vec0[1]*vec1[0])*(pt3[2]-pt0[2]))<0;
7801 }
7802
7803 bool MEDCouplingUMesh::IsPyra5WellOriented(const int *begin, const int *end, const double *coords)
7804 {
7805   std::size_t sz=std::distance(begin,end);
7806   if(sz!=5)
7807     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::IsPyra5WellOriented : Pyra5 cell with not 5 nodes ! Call checkCoherency2 !");
7808   double vec0[3];
7809   INTERP_KERNEL::areaVectorOfPolygon<int,INTERP_KERNEL::ALL_C_MODE>(begin,4,coords,vec0);
7810   const double *pt0=coords+3*begin[0],*pt1=coords+3*begin[4];
7811   return (vec0[0]*(pt1[0]-pt0[0])+vec0[1]*(pt1[1]-pt0[1])+vec0[2]*(pt1[2]-pt0[2]))<0.;
7812 }
7813
7814 /*!
7815  * This method performs a simplyfication of a single polyedron cell. To do that each face of cell whose connectivity is defined by [ \b begin , \b end ) 
7816  * is compared with the others in order to find faces in the same plane (with approx of eps). If any, the cells are grouped together and projected to
7817  * a 2D space.
7818  *
7819  * \param [in] eps is a relative precision that allows to establish if some 3D plane are coplanar or not.
7820  * \param [in] coords the coordinates with nb of components exactly equal to 3
7821  * \param [in] begin begin of the nodal connectivity (geometric type included) of a single polyhedron cell
7822  * \param [in] end end of nodal connectivity of a single polyhedron cell (excluded)
7823  * \param [out] res the result is put at the end of the vector without any alteration of the data.
7824  */
7825 void MEDCouplingUMesh::SimplifyPolyhedronCell(double eps, const DataArrayDouble *coords, const int *begin, const int *end, DataArrayInt *res)
7826 {
7827   int nbFaces=std::count(begin+1,end,-1)+1;
7828   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> v=DataArrayDouble::New(); v->alloc(nbFaces,3);
7829   double *vPtr=v->getPointer();
7830   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> p=DataArrayDouble::New(); p->alloc(nbFaces,1);
7831   double *pPtr=p->getPointer();
7832   const int *stFaceConn=begin+1;
7833   for(int i=0;i<nbFaces;i++,vPtr+=3,pPtr++)
7834     {
7835       const int *endFaceConn=std::find(stFaceConn,end,-1);
7836       ComputeVecAndPtOfFace(eps,coords->getConstPointer(),stFaceConn,endFaceConn,vPtr,pPtr);
7837       stFaceConn=endFaceConn+1;
7838     }
7839   pPtr=p->getPointer(); vPtr=v->getPointer();
7840   DataArrayInt *comm1=0,*commI1=0;
7841   v->findCommonTuples(eps,-1,comm1,commI1);
7842   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> comm1Auto(comm1),commI1Auto(commI1);
7843   const int *comm1Ptr=comm1->getConstPointer();
7844   const int *commI1Ptr=commI1->getConstPointer();
7845   int nbOfGrps1=commI1Auto->getNumberOfTuples()-1;
7846   res->pushBackSilent((int)INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED);
7847   //
7848   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> mm=MEDCouplingUMesh::New("",3);
7849   mm->setCoords(const_cast<DataArrayDouble *>(coords)); mm->allocateCells(1); mm->insertNextCell(INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED,(int)std::distance(begin+1,end),begin+1);
7850   mm->finishInsertingCells();
7851   //
7852   for(int i=0;i<nbOfGrps1;i++)
7853     {
7854       int vecId=comm1Ptr[commI1Ptr[i]];
7855       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> tmpgrp2=p->selectByTupleId(comm1Ptr+commI1Ptr[i],comm1Ptr+commI1Ptr[i+1]);
7856       DataArrayInt *comm2=0,*commI2=0;
7857       tmpgrp2->findCommonTuples(eps,-1,comm2,commI2);
7858       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> comm2Auto(comm2),commI2Auto(commI2);
7859       const int *comm2Ptr=comm2->getConstPointer();
7860       const int *commI2Ptr=commI2->getConstPointer();
7861       int nbOfGrps2=commI2Auto->getNumberOfTuples()-1;
7862       for(int j=0;j<nbOfGrps2;j++)
7863         {
7864           if(commI2Ptr[j+1]-commI2Ptr[j]<=1)
7865             {
7866               res->insertAtTheEnd(begin,end);
7867               res->pushBackSilent(-1);
7868             }
7869           else
7870             {
7871               int pointId=comm1Ptr[commI1Ptr[i]+comm2Ptr[commI2Ptr[j]]];
7872               MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ids2=comm2->selectByTupleId2(commI2Ptr[j],commI2Ptr[j+1],1);
7873               ids2->transformWithIndArr(comm1Ptr+commI1Ptr[i],comm1Ptr+commI1Ptr[i+1]);
7874               DataArrayInt *tmp0=DataArrayInt::New(),*tmp1=DataArrayInt::New(),*tmp2=DataArrayInt::New(),*tmp3=DataArrayInt::New();
7875               MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> mm2=mm->buildDescendingConnectivity(tmp0,tmp1,tmp2,tmp3); tmp0->decrRef(); tmp1->decrRef(); tmp2->decrRef(); tmp3->decrRef();
7876               MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> mm3=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(mm2->buildPartOfMySelf(ids2->begin(),ids2->end(),true));
7877               MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> idsNodeTmp=mm3->zipCoordsTraducer();
7878               MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> idsNode=idsNodeTmp->invertArrayO2N2N2O(mm3->getNumberOfNodes());
7879               const int *idsNodePtr=idsNode->getConstPointer();
7880               double center[3]; center[0]=pPtr[pointId]*vPtr[3*vecId]; center[1]=pPtr[pointId]*vPtr[3*vecId+1]; center[2]=pPtr[pointId]*vPtr[3*vecId+2];
7881               double vec[3]; vec[0]=vPtr[3*vecId+1]; vec[1]=-vPtr[3*vecId]; vec[2]=0.;
7882               double norm=vec[0]*vec[0]+vec[1]*vec[1]+vec[2]*vec[2];
7883               if(std::abs(norm)>eps)
7884                 {
7885                   double angle=INTERP_KERNEL::EdgeArcCircle::SafeAsin(norm);
7886                   mm3->rotate(center,vec,angle);
7887                 }
7888               mm3->changeSpaceDimension(2);
7889               MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> mm4=mm3->buildSpreadZonesWithPoly();
7890               const int *conn4=mm4->getNodalConnectivity()->getConstPointer();
7891               const int *connI4=mm4->getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
7892               int nbOfCells=mm4->getNumberOfCells();
7893               for(int k=0;k<nbOfCells;k++)
7894                 {
7895                   int l=0;
7896                   for(const int *work=conn4+connI4[k]+1;work!=conn4+connI4[k+1];work++,l++)
7897                     res->pushBackSilent(idsNodePtr[*work]);
7898                   res->pushBackSilent(-1);
7899                 }
7900             }
7901         }
7902     }
7903   res->popBackSilent();
7904 }
7905
7906 /*!
7907  * This method computes the normalized vector of the plane and the pos of the point belonging to the plane and the line defined by the vector going
7908  * through origin. The plane is defined by its nodal connectivity [ \b begin, \b end ).
7909  * 
7910  * \param [in] eps below that value the dot product of 2 vectors is considered as colinears
7911  * \param [in] coords coordinates expected to have 3 components.
7912  * \param [in] begin start of the nodal connectivity of the face.
7913  * \param [in] end end of the nodal connectivity (excluded) of the face.
7914  * \param [out] v the normalized vector of size 3
7915  * \param [out] p the pos of plane
7916  */
7917 void MEDCouplingUMesh::ComputeVecAndPtOfFace(double eps, const double *coords, const int *begin, const int *end, double *v, double *p)
7918 {
7919   std::size_t nbPoints=std::distance(begin,end);
7920   if(nbPoints<3)
7921     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::ComputeVecAndPtOfFace : < of 3 points in face ! not able to find a plane on that face !");
7922   double vec[3]={0.,0.,0.};
7923   std::size_t j=0;
7924   bool refFound=false;
7925   for(;j<nbPoints-1 && !refFound;j++)
7926     {
7927       vec[0]=coords[3*begin[j+1]]-coords[3*begin[j]];
7928       vec[1]=coords[3*begin[j+1]+1]-coords[3*begin[j]+1];
7929       vec[2]=coords[3*begin[j+1]+2]-coords[3*begin[j]+2];
7930       double norm=sqrt(vec[0]*vec[0]+vec[1]*vec[1]+vec[2]*vec[2]);
7931       if(norm>eps)
7932         {
7933           refFound=true;
7934           vec[0]/=norm; vec[1]/=norm; vec[2]/=norm;
7935         }
7936     }
7937   for(std::size_t i=j;i<nbPoints-1;i++)
7938     {
7939       double curVec[3];
7940       curVec[0]=coords[3*begin[i+1]]-coords[3*begin[i]];
7941       curVec[1]=coords[3*begin[i+1]+1]-coords[3*begin[i]+1];
7942       curVec[2]=coords[3*begin[i+1]+2]-coords[3*begin[i]+2];
7943       double norm=sqrt(curVec[0]*curVec[0]+curVec[1]*curVec[1]+curVec[2]*curVec[2]);
7944       if(norm<eps)
7945         continue;
7946       curVec[0]/=norm; curVec[1]/=norm; curVec[2]/=norm;
7947       v[0]=vec[1]*curVec[2]-vec[2]*curVec[1]; v[1]=vec[2]*curVec[0]-vec[0]*curVec[2]; v[2]=vec[0]*curVec[1]-vec[1]*curVec[0];
7948       norm=sqrt(v[0]*v[0]+v[1]*v[1]+v[2]*v[2]);
7949       if(norm>eps)
7950         {
7951           v[0]/=norm; v[1]/=norm; v[2]/=norm;
7952           *p=v[0]*coords[3*begin[i]]+v[1]*coords[3*begin[i]+1]+v[2]*coords[3*begin[i]+2];
7953           return ;
7954         }
7955     }
7956   throw INTERP_KERNEL::Exception("Not able to find a normal vector of that 3D face !");
7957 }
7958
7959 /*!
7960  * This method tries to obtain a well oriented polyhedron.
7961  * If the algorithm fails, an exception will be thrown.
7962  */
7963 void MEDCouplingUMesh::TryToCorrectPolyhedronOrientation(int *begin, int *end, const double *coords)
7964 {
7965   std::list< std::pair<int,int> > edgesOK,edgesFinished;
7966   std::size_t nbOfFaces=std::count(begin,end,-1)+1;
7967   std::vector<bool> isPerm(nbOfFaces,false);//field on faces False: I don't know, True : oriented
7968   isPerm[0]=true;
7969   int *bgFace=begin,*endFace=std::find(begin+1,end,-1);
7970   std::size_t nbOfEdgesInFace=std::distance(bgFace,endFace);
7971   for(std::size_t l=0;l<nbOfEdgesInFace;l++) { std::pair<int,int> p1(bgFace[l],bgFace[(l+1)%nbOfEdgesInFace]); edgesOK.push_back(p1); }
7972   //
7973   while(std::find(isPerm.begin(),isPerm.end(),false)!=isPerm.end())
7974     {
7975       bgFace=begin;
7976       std::size_t smthChanged=0;
7977       for(std::size_t i=0;i<nbOfFaces;i++)
7978         {
7979           endFace=std::find(bgFace+1,end,-1);
7980           nbOfEdgesInFace=std::distance(bgFace,endFace);
7981           if(!isPerm[i])
7982             {
7983               bool b;
7984               for(std::size_t j=0;j<nbOfEdgesInFace;j++)
7985                 {
7986                   std::pair<int,int> p1(bgFace[j],bgFace[(j+1)%nbOfEdgesInFace]);
7987                   std::pair<int,int> p2(p1.second,p1.first);
7988                   bool b1=std::find(edgesOK.begin(),edgesOK.end(),p1)!=edgesOK.end();
7989                   bool b2=std::find(edgesOK.begin(),edgesOK.end(),p2)!=edgesOK.end();
7990                   if(b1 || b2) { b=b2; isPerm[i]=true; smthChanged++; break; }
7991                 }
7992               if(isPerm[i])
7993                 { 
7994                   if(!b)
7995                     std::reverse(bgFace+1,endFace);
7996                   for(std::size_t j=0;j<nbOfEdgesInFace;j++)
7997                     {
7998                       std::pair<int,int> p1(bgFace[j],bgFace[(j+1)%nbOfEdgesInFace]);
7999                       std::pair<int,int> p2(p1.second,p1.first);
8000                       if(std::find(edgesOK.begin(),edgesOK.end(),p1)!=edgesOK.end())
8001                         { std::ostringstream oss; oss << "Face #" << j << " of polyhedron looks bad !"; throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str()); }
8002                       if(std::find(edgesFinished.begin(),edgesFinished.end(),p1)!=edgesFinished.end() || std::find(edgesFinished.begin(),edgesFinished.end(),p2)!=edgesFinished.end())
8003                         { std::ostringstream oss; oss << "Face #" << j << " of polyhedron looks bad !"; throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str()); }
8004                       std::list< std::pair<int,int> >::iterator it=std::find(edgesOK.begin(),edgesOK.end(),p2);
8005                       if(it!=edgesOK.end())
8006                         {
8007                           edgesOK.erase(it);
8008                           edgesFinished.push_back(p1);
8009                         }
8010                       else
8011                         edgesOK.push_back(p1);
8012                     }
8013                 }
8014             }
8015           bgFace=endFace+1;
8016         }
8017       if(smthChanged==0)
8018         { throw INTERP_KERNEL::Exception("The polyhedron looks too bad to be repaired !"); }
8019     }
8020   if(!edgesOK.empty())
8021     { throw INTERP_KERNEL::Exception("The polyhedron looks too bad to be repaired : Some edges are shared only once !"); }
8022   if(INTERP_KERNEL::calculateVolumeForPolyh2<int,INTERP_KERNEL::ALL_C_MODE>(begin,(int)std::distance(begin,end),coords)<-EPS_FOR_POLYH_ORIENTATION)
8023     {//not lucky ! The first face was not correctly oriented : reorient all faces...
8024       bgFace=begin;
8025       for(std::size_t i=0;i<nbOfFaces;i++)
8026         {
8027           endFace=std::find(bgFace+1,end,-1);
8028           std::reverse(bgFace+1,endFace);
8029           bgFace=endFace+1;
8030         }
8031     }
8032 }
8033
8034 /*!
8035  * This method makes the assumption spacedimension == meshdimension == 2.
8036  * This method works only for linear cells.
8037  * 
8038  * \return a newly allocated array containing the connectivity of a polygon type enum included (NORM_POLYGON in pos#0)
8039  */
8040 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::buildUnionOf2DMesh() const
8041 {
8042   if(getMeshDimension()!=2 || getSpaceDimension()!=2)
8043     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::buildUnionOf2DMesh : meshdimension, spacedimension must be equal to 2 !");
8044   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m=computeSkin();
8045   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> o2n=m->zipCoordsTraducer();
8046   int nbOfNodesExpected=m->getNumberOfNodes();
8047   if(m->getNumberOfCells()!=nbOfNodesExpected)
8048     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::buildUnionOf2DMesh : the mesh 2D in input appears to be not in a single part or a quadratic 2D mesh !");
8049   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> n2o=o2n->invertArrayO2N2N2O(m->getNumberOfNodes());
8050   const int *n2oPtr=n2o->getConstPointer();
8051   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> revNodal(DataArrayInt::New()),revNodalI(DataArrayInt::New());
8052   m->getReverseNodalConnectivity(revNodal,revNodalI);
8053   const int *revNodalPtr=revNodal->getConstPointer(),*revNodalIPtr=revNodalI->getConstPointer();
8054   const int *nodalPtr=m->getNodalConnectivity()->getConstPointer();
8055   const int *nodalIPtr=m->getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
8056   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New(); ret->alloc(nbOfNodesExpected+1,1);
8057   int *work=ret->getPointer();  *work++=INTERP_KERNEL::NORM_POLYGON;
8058   if(nbOfNodesExpected<1)
8059     return ret.retn();
8060   int prevCell=0;
8061   int prevNode=nodalPtr[nodalIPtr[0]+1];
8062   *work++=n2oPtr[prevNode];
8063   for(int i=1;i<nbOfNodesExpected;i++)
8064     {
8065       if(nodalIPtr[prevCell+1]-nodalIPtr[prevCell]==3)
8066         {
8067           std::set<int> conn(nodalPtr+nodalIPtr[prevCell]+1,nodalPtr+nodalIPtr[prevCell]+3);
8068           conn.erase(prevNode);
8069           if(conn.size()==1)
8070             {
8071               int curNode=*(conn.begin());
8072               *work++=n2oPtr[curNode];
8073               std::set<int> shar(revNodalPtr+revNodalIPtr[curNode],revNodalPtr+revNodalIPtr[curNode+1]);
8074               shar.erase(prevCell);
8075               if(shar.size()==1)
8076                 {
8077                   prevCell=*(shar.begin());
8078                   prevNode=curNode;
8079                 }
8080               else
8081                 throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::buildUnionOf2DMesh : presence of unexpected 2 !");
8082             }
8083           else
8084             throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::buildUnionOf2DMesh : presence of unexpected 1 !");
8085         }
8086       else
8087         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::buildUnionOf2DMesh : presence of unexpected cell !");
8088     }
8089   return ret.retn();
8090 }
8091
8092 /*!
8093  * This method makes the assumption spacedimension == meshdimension == 3.
8094  * This method works only for linear cells.
8095  * 
8096  * \return a newly allocated array containing the connectivity of a polygon type enum included (NORM_POLYHED in pos#0)
8097  */
8098 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::buildUnionOf3DMesh() const
8099 {
8100   if(getMeshDimension()!=3 || getSpaceDimension()!=3)
8101     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::buildUnionOf3DMesh : meshdimension, spacedimension must be equal to 2 !");
8102   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m=computeSkin();
8103   const int *conn=m->getNodalConnectivity()->getConstPointer();
8104   const int *connI=m->getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
8105   int nbOfCells=m->getNumberOfCells();
8106   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New(); ret->alloc(m->getNodalConnectivity()->getNumberOfTuples(),1);
8107   int *work=ret->getPointer();  *work++=INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED;
8108   if(nbOfCells<1)
8109     return ret.retn();
8110   work=std::copy(conn+connI[0]+1,conn+connI[1],work);
8111   for(int i=1;i<nbOfCells;i++)
8112     {
8113       *work++=-1;
8114       work=std::copy(conn+connI[i]+1,conn+connI[i+1],work);
8115     }
8116   return ret.retn();
8117 }
8118
8119 /*!
8120  * This method put in zip format into parameter 'zipFrmt' in full interlace mode.
8121  * This format is often asked by INTERP_KERNEL algorithms to avoid many indirections into coordinates array.
8122  */
8123 void MEDCouplingUMesh::FillInCompact3DMode(int spaceDim, int nbOfNodesInCell, const int *conn, const double *coo, double *zipFrmt)
8124 {
8125   double *w=zipFrmt;
8126   if(spaceDim==3)
8127     for(int i=0;i<nbOfNodesInCell;i++)
8128       w=std::copy(coo+3*conn[i],coo+3*conn[i]+3,w);
8129   else if(spaceDim==2)
8130     {
8131       for(int i=0;i<nbOfNodesInCell;i++)
8132         {
8133           w=std::copy(coo+2*conn[i],coo+2*conn[i]+2,w);
8134           *w++=0.;
8135         }
8136     }
8137   else
8138     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::FillInCompact3DMode : Invalid spaceDim specified : must be 2 or 3 !");
8139 }
8140
8141 void MEDCouplingUMesh::writeVTKLL(std::ostream& ofs, const std::string& cellData, const std::string& pointData, DataArrayByte *byteData) const
8142 {
8143   int nbOfCells=getNumberOfCells();
8144   if(nbOfCells<=0)
8145     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::writeVTK : the unstructured mesh has no cells !");
8146   static const int PARAMEDMEM2VTKTYPETRADUCER[INTERP_KERNEL::NORM_MAXTYPE+1]={1,3,21,5,9,7,22,34,23,28,-1,-1,-1,-1,10,14,13,-1,12,-1,24,-1,16,27,-1,26,-1,29,-1,-1,25,42,-1,4};
8147   ofs << "  <" << getVTKDataSetType() << ">\n";
8148   ofs << "    <Piece NumberOfPoints=\"" << getNumberOfNodes() << "\" NumberOfCells=\"" << nbOfCells << "\">\n";
8149   ofs << "      <PointData>\n" << pointData << std::endl;
8150   ofs << "      </PointData>\n";
8151   ofs << "      <CellData>\n" << cellData << std::endl;
8152   ofs << "      </CellData>\n";
8153   ofs << "      <Points>\n";
8154   if(getSpaceDimension()==3)
8155     _coords->writeVTK(ofs,8,"Points",byteData);
8156   else
8157     {
8158       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> coo=_coords->changeNbOfComponents(3,0.);
8159       coo->writeVTK(ofs,8,"Points",byteData);
8160     }
8161   ofs << "      </Points>\n";
8162   ofs << "      <Cells>\n";
8163   const int *cPtr=_nodal_connec->getConstPointer();
8164   const int *cIPtr=_nodal_connec_index->getConstPointer();
8165   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> faceoffsets=DataArrayInt::New(); faceoffsets->alloc(nbOfCells,1);
8166   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> types=DataArrayInt::New(); types->alloc(nbOfCells,1);
8167   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> offsets=DataArrayInt::New(); offsets->alloc(nbOfCells,1);
8168   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> connectivity=DataArrayInt::New(); connectivity->alloc(_nodal_connec->getNumberOfTuples()-nbOfCells,1);
8169   int *w1=faceoffsets->getPointer(),*w2=types->getPointer(),*w3=offsets->getPointer(),*w4=connectivity->getPointer();
8170   int szFaceOffsets=0,szConn=0;
8171   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,w1++,w2++,w3++)
8172     {
8173       *w2=cPtr[cIPtr[i]];
8174       if((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)cPtr[cIPtr[i]]!=INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED)
8175         {
8176           *w1=-1;
8177           *w3=szConn+cIPtr[i+1]-cIPtr[i]-1; szConn+=cIPtr[i+1]-cIPtr[i]-1;
8178           w4=std::copy(cPtr+cIPtr[i]+1,cPtr+cIPtr[i+1],w4);
8179         }
8180       else
8181         {
8182           int deltaFaceOffset=cIPtr[i+1]-cIPtr[i]+1;
8183           *w1=szFaceOffsets+deltaFaceOffset; szFaceOffsets+=deltaFaceOffset;
8184           std::set<int> c(cPtr+cIPtr[i]+1,cPtr+cIPtr[i+1]); c.erase(-1);
8185           *w3=szConn+(int)c.size(); szConn+=(int)c.size();
8186           w4=std::copy(c.begin(),c.end(),w4);
8187         }
8188     }
8189   types->transformWithIndArr(PARAMEDMEM2VTKTYPETRADUCER,PARAMEDMEM2VTKTYPETRADUCER+INTERP_KERNEL::NORM_MAXTYPE);
8190   types->writeVTK(ofs,8,"UInt8","types",byteData);
8191   offsets->writeVTK(ofs,8,"Int32","offsets",byteData);
8192   if(szFaceOffsets!=0)
8193     {//presence of Polyhedra
8194       connectivity->reAlloc(szConn);
8195       faceoffsets->writeVTK(ofs,8,"Int32","faceoffsets",byteData);
8196       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> faces=DataArrayInt::New(); faces->alloc(szFaceOffsets,1);
8197       w1=faces->getPointer();
8198       for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
8199         if((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)cPtr[cIPtr[i]]==INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED)
8200           {
8201             int nbFaces=std::count(cPtr+cIPtr[i]+1,cPtr+cIPtr[i+1],-1)+1;
8202             *w1++=nbFaces;
8203             const int *w6=cPtr+cIPtr[i]+1,*w5=0;
8204             for(int j=0;j<nbFaces;j++)
8205               {
8206                 w5=std::find(w6,cPtr+cIPtr[i+1],-1);
8207                 *w1++=(int)std::distance(w6,w5);
8208                 w1=std::copy(w6,w5,w1);
8209                 w6=w5+1;
8210               }
8211           }
8212       faces->writeVTK(ofs,8,"Int32","faces",byteData);
8213     }
8214   connectivity->writeVTK(ofs,8,"Int32","connectivity",byteData);
8215   ofs << "      </Cells>\n";
8216   ofs << "    </Piece>\n";
8217   ofs << "  </" << getVTKDataSetType() << ">\n";
8218 }
8219
8220 void MEDCouplingUMesh::reprQuickOverview(std::ostream& stream) const
8221 {
8222   stream << "MEDCouplingUMesh C++ instance at " << this << ". Name : \"" << getName() << "\".";
8223   if(_mesh_dim==-2)
8224     { stream << " Not set !"; return ; }
8225   stream << " Mesh dimension : " << _mesh_dim << ".";
8226   if(_mesh_dim==-1)
8227     return ;
8228   if(!_coords)
8229     { stream << " No coordinates set !"; return ; }
8230   if(!_coords->isAllocated())
8231     { stream << " Coordinates set but not allocated !"; return ; }
8232   stream << " Space dimension : " << _coords->getNumberOfComponents() << "." << std::endl;
8233   stream << "Number of nodes : " << _coords->getNumberOfTuples() << ".";
8234   if(!_nodal_connec_index)
8235     { stream << std::endl << "Nodal connectivity NOT set !"; return ; }
8236   if(!_nodal_connec_index->isAllocated())
8237     { stream << std::endl << "Nodal connectivity set but not allocated !"; return ; }
8238   int lgth=_nodal_connec_index->getNumberOfTuples();
8239   int cpt=_nodal_connec_index->getNumberOfComponents();
8240   if(cpt!=1 || lgth<1)
8241     return ;
8242   stream << std::endl << "Number of cells : " << lgth-1 << ".";
8243 }
8244
8245 std::string MEDCouplingUMesh::getVTKDataSetType() const
8246 {
8247   return std::string("UnstructuredGrid");
8248 }
8249
8250 /*!
8251  * Partitions the first given 2D mesh using the second given 2D mesh as a tool, and
8252  * returns a result mesh constituted by polygons. The meshes should be in 2D space. In
8253  * addition, returns two arrays mapping cells of the result mesh to cells of the input
8254  * meshes.
8255  *  \param [in] m1 - the first input mesh which is a partitioned object.
8256  *  \param [in] m2 - the second input mesh which is a partition tool.
8257  *  \param [in] eps - precision used to detect coincident mesh entities.
8258  *  \param [out] cellNb1 - a new instance of DataArrayInt holding for each result
8259  *         cell an id of the cell of \a m1 it comes from. The caller is to delete
8260  *         this array using decrRef() as it is no more needed.
8261  *  \param [out] cellNb2 - a new instance of DataArrayInt holding for each result
8262  *         cell an id of the cell of \a m2 it comes from. -1 value means that a
8263  *         result cell comes from a cell (or part of cell) of \a m1 not overlapped by
8264  *         any cell of \a m2. The caller is to delete this array using decrRef() as
8265  *         it is no more needed.  
8266  *  \return MEDCouplingUMesh * - the result 2D mesh which is a new instance of
8267  *         MEDCouplingUMesh. The caller is to delete this mesh using decrRef() as it
8268  *         is no more needed.  
8269  *  \throw If the coordinates array is not set in any of the meshes.
8270  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined in any of the meshes.
8271  *  \throw If any of the meshes is not a 2D mesh in 2D space.
8272  */
8273 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::Intersect2DMeshes(const MEDCouplingUMesh *m1, const MEDCouplingUMesh *m2, double eps, DataArrayInt *&cellNb1, DataArrayInt *&cellNb2)
8274 {
8275   m1->checkFullyDefined();
8276   m2->checkFullyDefined();
8277   if(m1->getMeshDimension()!=2 || m1->getSpaceDimension()!=2 || m2->getMeshDimension()!=2 || m2->getSpaceDimension()!=2)
8278     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::Intersect2DMeshes works on umeshes m1 AND m2  with meshdim equal to 2 and spaceDim equal to 2 too!");
8279   std::vector< std::vector<int> > intersectEdge1, colinear2, subDiv2;
8280   MEDCouplingUMesh *m1Desc=0,*m2Desc=0;
8281   DataArrayInt *desc1=0,*descIndx1=0,*revDesc1=0,*revDescIndx1=0,*desc2=0,*descIndx2=0,*revDesc2=0,*revDescIndx2=0;
8282   std::vector<double> addCoo,addCoordsQuadratic;
8283   INTERP_KERNEL::QUADRATIC_PLANAR::_precision=eps;
8284   INTERP_KERNEL::QUADRATIC_PLANAR::_arc_detection_precision=eps;
8285   IntersectDescending2DMeshes(m1,m2,eps,intersectEdge1,colinear2, subDiv2,m1Desc,desc1,descIndx1,revDesc1,revDescIndx1,
8286                               m2Desc,desc2,descIndx2,revDesc2,revDescIndx2,addCoo);
8287   revDesc1->decrRef(); revDescIndx1->decrRef(); revDesc2->decrRef(); revDescIndx2->decrRef();
8288   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> dd1(desc1),dd2(descIndx1),dd3(desc2),dd4(descIndx2);
8289   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> dd5(m1Desc),dd6(m2Desc);
8290   std::vector< std::vector<int> > intersectEdge2;
8291   BuildIntersectEdges(m1Desc,m2Desc,addCoo,subDiv2,intersectEdge2);
8292   subDiv2.clear(); dd5=0; dd6=0;
8293   std::vector<int> cr,crI; //no DataArrayInt because interface with Geometric2D
8294   std::vector<int> cNb1,cNb2; //no DataArrayInt because interface with Geometric2D
8295   BuildIntersecting2DCellsFromEdges(eps,m1,desc1->getConstPointer(),descIndx1->getConstPointer(),intersectEdge1,colinear2,m2,desc2->getConstPointer(),descIndx2->getConstPointer(),intersectEdge2,addCoo,
8296                                     /* outputs -> */addCoordsQuadratic,cr,crI,cNb1,cNb2);
8297   //
8298   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> addCooDa=DataArrayDouble::New();
8299   addCooDa->alloc((int)(addCoo.size())/2,2);
8300   std::copy(addCoo.begin(),addCoo.end(),addCooDa->getPointer());
8301   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> addCoordsQuadraticDa=DataArrayDouble::New();
8302   addCoordsQuadraticDa->alloc((int)(addCoordsQuadratic.size())/2,2);
8303   std::copy(addCoordsQuadratic.begin(),addCoordsQuadratic.end(),addCoordsQuadraticDa->getPointer());
8304   std::vector<const DataArrayDouble *> coordss(4);
8305   coordss[0]=m1->getCoords(); coordss[1]=m2->getCoords(); coordss[2]=addCooDa; coordss[3]=addCoordsQuadraticDa;
8306   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> coo=DataArrayDouble::Aggregate(coordss);
8307   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret=MEDCouplingUMesh::New("Intersect2D",2);
8308   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> conn=DataArrayInt::New(); conn->alloc((int)cr.size(),1); std::copy(cr.begin(),cr.end(),conn->getPointer());
8309   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> connI=DataArrayInt::New(); connI->alloc((int)crI.size(),1); std::copy(crI.begin(),crI.end(),connI->getPointer());
8310   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> c1=DataArrayInt::New(); c1->alloc((int)cNb1.size(),1); std::copy(cNb1.begin(),cNb1.end(),c1->getPointer());
8311   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> c2=DataArrayInt::New(); c2->alloc((int)cNb2.size(),1); std::copy(cNb2.begin(),cNb2.end(),c2->getPointer());
8312   ret->setConnectivity(conn,connI,true);
8313   ret->setCoords(coo);
8314   cellNb1=c1.retn(); cellNb2=c2.retn();
8315   return ret.retn();
8316 }
8317
8318 void MEDCouplingUMesh::BuildIntersecting2DCellsFromEdges(double eps, const MEDCouplingUMesh *m1, const int *desc1, const int *descIndx1,
8319                                                          const std::vector<std::vector<int> >& intesctEdges1, const std::vector< std::vector<int> >& colinear2,
8320                                                          const MEDCouplingUMesh *m2, const int *desc2, const int *descIndx2, const std::vector<std::vector<int> >& intesctEdges2,
8321                                                          const std::vector<double>& addCoords,
8322                                                          std::vector<double>& addCoordsQuadratic, std::vector<int>& cr, std::vector<int>& crI, std::vector<int>& cNb1, std::vector<int>& cNb2)
8323 {
8324   static const int SPACEDIM=2;
8325   const double *coo1=m1->getCoords()->getConstPointer();
8326   const int *conn1=m1->getNodalConnectivity()->getConstPointer();
8327   const int *connI1=m1->getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
8328   int offset1=m1->getNumberOfNodes();
8329   const double *coo2=m2->getCoords()->getConstPointer();
8330   const int *conn2=m2->getNodalConnectivity()->getConstPointer();
8331   const int *connI2=m2->getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
8332   int offset2=offset1+m2->getNumberOfNodes();
8333   int offset3=offset2+((int)addCoords.size())/2;
8334   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> bbox1Arr(m1->getBoundingBoxForBBTree()),bbox2Arr(m2->getBoundingBoxForBBTree());
8335   const double *bbox1(bbox1Arr->begin()),*bbox2(bbox2Arr->begin());
8336   BBTree<SPACEDIM,int> myTree(bbox2,0,0,m2->getNumberOfCells(),eps);
8337   int ncell1=m1->getNumberOfCells();
8338   crI.push_back(0);
8339   for(int i=0;i<ncell1;i++)
8340     {
8341       std::vector<int> candidates2;
8342       myTree.getIntersectingElems(bbox1+i*2*SPACEDIM,candidates2);
8343       std::map<INTERP_KERNEL::Node *,int> mapp;
8344       std::map<int,INTERP_KERNEL::Node *> mappRev;
8345       INTERP_KERNEL::QuadraticPolygon pol1;
8346       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typ=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn1[connI1[i]];
8347       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(typ);
8348       MEDCouplingUMeshBuildQPFromMesh3(coo1,offset1,coo2,offset2,addCoords,desc1+descIndx1[i],desc1+descIndx1[i+1],intesctEdges1,/* output */mapp,mappRev);
8349       pol1.buildFromCrudeDataArray(mappRev,cm.isQuadratic(),conn1+connI1[i]+1,coo1,
8350                                    desc1+descIndx1[i],desc1+descIndx1[i+1],intesctEdges1);
8351       //
8352       std::set<INTERP_KERNEL::Edge *> edges1;// store all edges of pol1 that are NOT consumed by intersect cells. If any after iteration over candidates2 -> a part of pol1 should appear in result
8353       std::set<INTERP_KERNEL::Edge *> edgesBoundary2;// store all edges that are on boundary of (pol2 intersect pol1) minus edges on pol1.
8354       INTERP_KERNEL::IteratorOnComposedEdge it1(&pol1);
8355       for(it1.first();!it1.finished();it1.next())
8356         edges1.insert(it1.current()->getPtr());
8357       //
8358       std::map<int,std::vector<INTERP_KERNEL::ElementaryEdge *> > edgesIn2ForShare;
8359       std::vector<INTERP_KERNEL::QuadraticPolygon> pol2s(candidates2.size());
8360       int ii=0;
8361       for(std::vector<int>::const_iterator it2=candidates2.begin();it2!=candidates2.end();it2++,ii++)
8362         {
8363           INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typ2=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn2[connI2[*it2]];
8364           const INTERP_KERNEL::CellModel& cm2=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(typ2);
8365           MEDCouplingUMeshBuildQPFromMesh3(coo1,offset1,coo2,offset2,addCoords,desc2+descIndx2[*it2],desc2+descIndx2[*it2+1],intesctEdges2,/* output */mapp,mappRev);
8366           pol2s[ii].buildFromCrudeDataArray2(mappRev,cm2.isQuadratic(),conn2+connI2[*it2]+1,coo2,desc2+descIndx2[*it2],desc2+descIndx2[*it2+1],intesctEdges2,
8367                                              pol1,desc1+descIndx1[i],desc1+descIndx1[i+1],intesctEdges1,colinear2,edgesIn2ForShare);
8368         }
8369       ii=0;
8370       for(std::vector<int>::const_iterator it2=candidates2.begin();it2!=candidates2.end();it2++,ii++)
8371         {
8372           pol1.initLocationsWithOther(pol2s[ii]);
8373           pol2s[ii].updateLocOfEdgeFromCrudeDataArray2(desc2+descIndx2[*it2],desc2+descIndx2[*it2+1],intesctEdges2,pol1,desc1+descIndx1[i],desc1+descIndx1[i+1],intesctEdges1,colinear2);
8374           //MEDCouplingUMeshAssignOnLoc(pol1,pol2,desc1+descIndx1[i],desc1+descIndx1[i+1],intesctEdges1,desc2+descIndx2[*it2],desc2+descIndx2[*it2+1],intesctEdges2,colinear2);
8375           pol1.buildPartitionsAbs(pol2s[ii],edges1,edgesBoundary2,mapp,i,*it2,offset3,addCoordsQuadratic,cr,crI,cNb1,cNb2);
8376         }
8377       if(!edges1.empty())
8378         {
8379           try
8380             {
8381               INTERP_KERNEL::QuadraticPolygon::ComputeResidual(pol1,edges1,edgesBoundary2,mapp,offset3,i,addCoordsQuadratic,cr,crI,cNb1,cNb2);
8382             }
8383           catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
8384             {
8385               std::ostringstream oss; oss << "Error when computing residual of cell #" << i << " in source/m1 mesh ! Maybe the neighbours of this cell in mesh are not well connected !\n" << "The deep reason is the following : " << e.what();
8386               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
8387             }
8388         }
8389       for(std::map<int,INTERP_KERNEL::Node *>::const_iterator it=mappRev.begin();it!=mappRev.end();it++)
8390         (*it).second->decrRef();
8391     }
8392 }
8393
8394 /*!
8395  * This method is private and is the first step of Partition of 2D mesh (spaceDim==2 and meshDim==2).
8396  * 
8397  */
8398 void MEDCouplingUMesh::IntersectDescending2DMeshes(const MEDCouplingUMesh *m1, const MEDCouplingUMesh *m2, double eps,
8399                                                    std::vector< std::vector<int> >& intersectEdge1, std::vector< std::vector<int> >& colinear2, std::vector< std::vector<int> >& subDiv2,
8400                                                    MEDCouplingUMesh *& m1Desc, DataArrayInt *&desc1, DataArrayInt *&descIndx1, DataArrayInt *&revDesc1, DataArrayInt *&revDescIndx1,
8401                                                    MEDCouplingUMesh *& m2Desc, DataArrayInt *&desc2, DataArrayInt *&descIndx2, DataArrayInt *&revDesc2, DataArrayInt *&revDescIndx2,
8402                                                    std::vector<double>& addCoo) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
8403 {
8404   static const int SPACEDIM=2;
8405   desc1=DataArrayInt::New(); descIndx1=DataArrayInt::New(); revDesc1=DataArrayInt::New(); revDescIndx1=DataArrayInt::New();
8406   desc2=DataArrayInt::New();
8407   descIndx2=DataArrayInt::New();
8408   revDesc2=DataArrayInt::New();
8409   revDescIndx2=DataArrayInt::New();
8410   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> dd1(desc1),dd2(descIndx1),dd3(revDesc1),dd4(revDescIndx1);
8411   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> dd5(desc2),dd6(descIndx2),dd7(revDesc2),dd8(revDescIndx2);
8412   m1Desc=m1->buildDescendingConnectivity2(desc1,descIndx1,revDesc1,revDescIndx1);
8413   m2Desc=m2->buildDescendingConnectivity2(desc2,descIndx2,revDesc2,revDescIndx2);
8414   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> dd9(m1Desc),dd10(m2Desc);
8415   const int *c1=m1Desc->getNodalConnectivity()->getConstPointer();
8416   const int *ci1=m1Desc->getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
8417   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> bbox1Arr(m1Desc->getBoundingBoxForBBTree()),bbox2Arr(m2Desc->getBoundingBoxForBBTree());
8418   const double *bbox1(bbox1Arr->begin()),*bbox2(bbox2Arr->begin());
8419   int ncell1=m1Desc->getNumberOfCells();
8420   int ncell2=m2Desc->getNumberOfCells();
8421   intersectEdge1.resize(ncell1);
8422   colinear2.resize(ncell2);
8423   subDiv2.resize(ncell2);
8424   BBTree<SPACEDIM,int> myTree(bbox2,0,0,m2Desc->getNumberOfCells(),-eps);
8425   std::vector<int> candidates1(1);
8426   int offset1=m1->getNumberOfNodes();
8427   int offset2=offset1+m2->getNumberOfNodes();
8428   for(int i=0;i<ncell1;i++)
8429     {
8430       std::vector<int> candidates2;
8431       myTree.getIntersectingElems(bbox1+i*2*SPACEDIM,candidates2);
8432       if(!candidates2.empty())
8433         {
8434           std::map<INTERP_KERNEL::Node *,int> map1,map2;
8435           INTERP_KERNEL::QuadraticPolygon *pol2=MEDCouplingUMeshBuildQPFromMesh(m2Desc,candidates2,map2);
8436           candidates1[0]=i;
8437           INTERP_KERNEL::QuadraticPolygon *pol1=MEDCouplingUMeshBuildQPFromMesh(m1Desc,candidates1,map1);
8438           // this following part is to avoid that a some remove nodes (for example due to a merge between pol1 and pol2) can be replaced by a newlt created one
8439           // This trick garanties that Node * are discriminant
8440           std::set<INTERP_KERNEL::Node *> nodes;
8441           pol1->getAllNodes(nodes); pol2->getAllNodes(nodes);
8442           std::size_t szz(nodes.size());
8443           std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<INTERP_KERNEL::Node> > nodesSafe(szz);
8444           std::set<INTERP_KERNEL::Node *>::const_iterator itt(nodes.begin());
8445           for(std::size_t iii=0;iii<szz;iii++,itt++)
8446             { (*itt)->incrRef(); nodesSafe[iii]=*itt; }
8447           // end of protection
8448           pol1->splitAbs(*pol2,map1,map2,offset1,offset2,candidates2,intersectEdge1[i],i,colinear2,subDiv2,addCoo);
8449           delete pol2;
8450           delete pol1;
8451         }
8452       else
8453         intersectEdge1[i].insert(intersectEdge1[i].end(),c1+ci1[i]+1,c1+ci1[i+1]);
8454     }
8455   m1Desc->incrRef(); desc1->incrRef(); descIndx1->incrRef(); revDesc1->incrRef(); revDescIndx1->incrRef();
8456   m2Desc->incrRef(); desc2->incrRef(); descIndx2->incrRef(); revDesc2->incrRef(); revDescIndx2->incrRef();
8457 }
8458
8459 /*!
8460  * This method performs the 2nd step of Partition of 2D mesh.
8461  * This method has 4 inputs :
8462  *  - a mesh 'm1' with meshDim==1 and a SpaceDim==2
8463  *  - a mesh 'm2' with meshDim==1 and a SpaceDim==2
8464  *  - subDiv of size 'm2->getNumberOfCells()' that lists for each seg cell in 'm' the splitting node ids in randomly sorted.
8465  * The aim of this method is to sort the splitting nodes, if any, and to put in 'intersectEdge' output paramter based on edges of mesh 'm2'
8466  * \param m1 is expected to be a mesh of meshDimension equal to 1 and spaceDim equal to 2. No check of that is performed by this method. Only present for its coords in case of 'subDiv' shares some nodes of 'm1'
8467  * \param m2 is expected to be a mesh of meshDimension equal to 1 and spaceDim equal to 2. No check of that is performed by this method.
8468  * \param addCoo input parameter with additionnal nodes linked to intersection of the 2 meshes.
8469  */
8470 void MEDCouplingUMesh::BuildIntersectEdges(const MEDCouplingUMesh *m1, const MEDCouplingUMesh *m2, const std::vector<double>& addCoo, const std::vector< std::vector<int> >& subDiv, std::vector< std::vector<int> >& intersectEdge)
8471 {
8472   int offset1=m1->getNumberOfNodes();
8473   int ncell=m2->getNumberOfCells();
8474   const int *c=m2->getNodalConnectivity()->getConstPointer();
8475   const int *cI=m2->getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
8476   const double *coo=m2->getCoords()->getConstPointer();
8477   const double *cooBis=m1->getCoords()->getConstPointer();
8478   int offset2=offset1+m2->getNumberOfNodes();
8479   intersectEdge.resize(ncell);
8480   for(int i=0;i<ncell;i++,cI++)
8481     {
8482       const std::vector<int>& divs=subDiv[i];
8483       int nnode=cI[1]-cI[0]-1;
8484       std::map<int, std::pair<INTERP_KERNEL::Node *,bool> > mapp2;
8485       std::map<INTERP_KERNEL::Node *, int> mapp22;
8486       for(int j=0;j<nnode;j++)
8487         {
8488           INTERP_KERNEL::Node *nn=new INTERP_KERNEL::Node(coo[2*c[(*cI)+j+1]],coo[2*c[(*cI)+j+1]+1]);
8489           int nnid=c[(*cI)+j+1];
8490           mapp2[nnid]=std::pair<INTERP_KERNEL::Node *,bool>(nn,true);
8491           mapp22[nn]=nnid+offset1;
8492         }
8493       INTERP_KERNEL::Edge *e=MEDCouplingUMeshBuildQPFromEdge((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)c[*cI],mapp2,c+(*cI)+1);
8494       for(std::map<int, std::pair<INTERP_KERNEL::Node *,bool> >::const_iterator it=mapp2.begin();it!=mapp2.end();it++)
8495         ((*it).second.first)->decrRef();
8496       std::vector<INTERP_KERNEL::Node *> addNodes(divs.size());
8497       std::map<INTERP_KERNEL::Node *,int> mapp3;
8498       for(std::size_t j=0;j<divs.size();j++)
8499         {
8500           int id=divs[j];
8501           INTERP_KERNEL::Node *tmp=0;
8502           if(id<offset1)
8503             tmp=new INTERP_KERNEL::Node(cooBis[2*id],cooBis[2*id+1]);
8504           else if(id<offset2)
8505             tmp=new INTERP_KERNEL::Node(coo[2*(id-offset1)],coo[2*(id-offset1)+1]);//if it happens, bad news mesh 'm2' is non conform.
8506           else
8507             tmp=new INTERP_KERNEL::Node(addCoo[2*(id-offset2)],addCoo[2*(id-offset2)+1]);
8508           addNodes[j]=tmp;
8509           mapp3[tmp]=id;
8510         }
8511       e->sortIdsAbs(addNodes,mapp22,mapp3,intersectEdge[i]);
8512       for(std::vector<INTERP_KERNEL::Node *>::const_iterator it=addNodes.begin();it!=addNodes.end();it++)
8513         (*it)->decrRef();
8514       e->decrRef();
8515     }
8516 }
8517
8518 /*!
8519  * This method is part of the Slice3D algorithm. It is the first step of assembly process, ones coordinates have been computed (by MEDCouplingUMesh::split3DCurveWithPlane method).
8520  * This method allows to compute given the status of 3D curve cells and the descending connectivity 3DSurf->3DCurve to deduce the intersection of each 3D surf cells
8521  * with a plane. The result will be put in 'cut3DSuf' out parameter.
8522  * \param [in] cut3DCurve  input paramter that gives for each 3DCurve cell if it owns fully to the plane or partially.
8523  * \param [out] nodesOnPlane, returns all the nodes that are on the plane.
8524  * \param [in] nodal3DSurf is the nodal connectivity of 3D surf mesh.
8525  * \param [in] nodalIndx3DSurf is the nodal connectivity index of 3D surf mesh.
8526  * \param [in] nodal3DCurve is the nodal connectivity of 3D curve mesh.
8527  * \param [in] nodal3DIndxCurve is the nodal connectivity index of 3D curve mesh.
8528  * \param [in] desc is the descending connectivity 3DSurf->3DCurve
8529  * \param [in] descIndx is the descending connectivity index 3DSurf->3DCurve
8530  * \param [out] cut3DSuf input/output param.
8531  */
8532 void MEDCouplingUMesh::AssemblyForSplitFrom3DCurve(const std::vector<int>& cut3DCurve, std::vector<int>& nodesOnPlane, const int *nodal3DSurf, const int *nodalIndx3DSurf,
8533                                                    const int *nodal3DCurve, const int *nodalIndx3DCurve,
8534                                                    const int *desc, const int *descIndx, 
8535                                                    std::vector< std::pair<int,int> >& cut3DSurf) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
8536 {
8537   std::set<int> nodesOnP(nodesOnPlane.begin(),nodesOnPlane.end());
8538   int nbOf3DSurfCell=(int)cut3DSurf.size();
8539   for(int i=0;i<nbOf3DSurfCell;i++)
8540     {
8541       std::vector<int> res;
8542       int offset=descIndx[i];
8543       int nbOfSeg=descIndx[i+1]-offset;
8544       for(int j=0;j<nbOfSeg;j++)
8545         {
8546           int edgeId=desc[offset+j];
8547           int status=cut3DCurve[edgeId];
8548           if(status!=-2)
8549             {
8550               if(status>-1)
8551                 res.push_back(status);
8552               else
8553                 {
8554                   res.push_back(nodal3DCurve[nodalIndx3DCurve[edgeId]+1]);
8555                   res.push_back(nodal3DCurve[nodalIndx3DCurve[edgeId]+2]);
8556                 }
8557             }
8558         }
8559       switch(res.size())
8560         {
8561         case 2:
8562           {
8563             cut3DSurf[i].first=res[0]; cut3DSurf[i].second=res[1];
8564             break;
8565           }
8566         case 1:
8567         case 0:
8568           {
8569             std::set<int> s1(nodal3DSurf+nodalIndx3DSurf[i]+1,nodal3DSurf+nodalIndx3DSurf[i+1]);
8570             std::set_intersection(nodesOnP.begin(),nodesOnP.end(),s1.begin(),s1.end(),std::back_insert_iterator< std::vector<int> >(res));
8571             if(res.size()==2)
8572               {
8573                 cut3DSurf[i].first=res[0]; cut3DSurf[i].second=res[1];
8574               }
8575             else
8576               {
8577                 cut3DSurf[i].first=-1; cut3DSurf[i].second=-1;
8578               }
8579             break;
8580           }
8581         default:
8582           {// case when plane is on a multi colinear edge of a polyhedron
8583             if((int)res.size()==2*nbOfSeg)
8584               {
8585                 cut3DSurf[i].first=-2; cut3DSurf[i].second=i;
8586               }
8587             else
8588               throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::AssemblyPointsFrom3DCurve : unexpected situation !");
8589           }
8590         }
8591     }
8592 }
8593
8594 /*!
8595  * \a this is expected to be a mesh with spaceDim==3 and meshDim==3. If not an exception will be thrown.
8596  * This method is part of the Slice3D algorithm. It is the second step of assembly process, ones coordinates have been computed (by MEDCouplingUMesh::split3DCurveWithPlane method).
8597  * This method allows to compute given the result of 3D surf cells with plane and the descending connectivity 3D->3DSurf to deduce the intersection of each 3D cells
8598  * with a plane. The result will be put in 'nodalRes' 'nodalResIndx' and 'cellIds' out parameters.
8599  * \param cut3DSurf  input paramter that gives for each 3DSurf its intersection with plane (result of MEDCouplingUMesh::AssemblyForSplitFrom3DCurve).
8600  * \param desc is the descending connectivity 3D->3DSurf
8601  * \param descIndx is the descending connectivity index 3D->3DSurf
8602  */
8603 void MEDCouplingUMesh::assemblyForSplitFrom3DSurf(const std::vector< std::pair<int,int> >& cut3DSurf,
8604                                                   const int *desc, const int *descIndx,
8605                                                   DataArrayInt *nodalRes, DataArrayInt *nodalResIndx, DataArrayInt *cellIds) const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
8606 {
8607   checkFullyDefined();
8608   if(getMeshDimension()!=3 || getSpaceDimension()!=3)
8609     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::assemblyForSplitFrom3DSurf works on umeshes with meshdim equal to 3 and spaceDim equal to 3 too!");
8610   const int *nodal3D=_nodal_connec->getConstPointer();
8611   const int *nodalIndx3D=_nodal_connec_index->getConstPointer();
8612   int nbOfCells=getNumberOfCells();
8613   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
8614     {
8615       std::map<int, std::set<int> > m;
8616       int offset=descIndx[i];
8617       int nbOfFaces=descIndx[i+1]-offset;
8618       int start=-1;
8619       int end=-1;
8620       for(int j=0;j<nbOfFaces;j++)
8621         {
8622           const std::pair<int,int>& p=cut3DSurf[desc[offset+j]];
8623           if(p.first!=-1 && p.second!=-1)
8624             {
8625               if(p.first!=-2)
8626                 {
8627                   start=p.first; end=p.second;
8628                   m[p.first].insert(p.second);
8629                   m[p.second].insert(p.first);
8630                 }
8631               else
8632                 {
8633                   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)nodal3D[nodalIndx3D[i]]);
8634                   int sz=nodalIndx3D[i+1]-nodalIndx3D[i]-1;
8635                   INTERP_KERNEL::AutoPtr<int> tmp=new int[sz];
8636                   INTERP_KERNEL::NormalizedCellType cmsId;
8637                   unsigned nbOfNodesSon=cm.fillSonCellNodalConnectivity2(j,nodal3D+nodalIndx3D[i]+1,sz,tmp,cmsId);
8638                   start=tmp[0]; end=tmp[nbOfNodesSon-1];
8639                   for(unsigned k=0;k<nbOfNodesSon;k++)
8640                     {
8641                       m[tmp[k]].insert(tmp[(k+1)%nbOfNodesSon]);
8642                       m[tmp[(k+1)%nbOfNodesSon]].insert(tmp[k]);
8643                     }
8644                 }
8645             }
8646         }
8647       if(m.empty())
8648         continue;
8649       std::vector<int> conn(1,(int)INTERP_KERNEL::NORM_POLYGON);
8650       int prev=end;
8651       while(end!=start)
8652         {
8653           std::map<int, std::set<int> >::const_iterator it=m.find(start);
8654           const std::set<int>& s=(*it).second;
8655           std::set<int> s2; s2.insert(prev);
8656           std::set<int> s3;
8657           std::set_difference(s.begin(),s.end(),s2.begin(),s2.end(),inserter(s3,s3.begin()));
8658           if(s3.size()==1)
8659             {
8660               int val=*s3.begin();
8661               conn.push_back(start);
8662               prev=start;
8663               start=val;
8664             }
8665           else
8666             start=end;
8667         }
8668       conn.push_back(end);
8669       if(conn.size()>3)
8670         {
8671           nodalRes->insertAtTheEnd(conn.begin(),conn.end());
8672           nodalResIndx->pushBackSilent(nodalRes->getNumberOfTuples());
8673           cellIds->pushBackSilent(i);
8674         }
8675     }
8676 }
8677
8678 /*!
8679  * This method compute the convex hull of a single 2D cell. This method tries to conserve at maximum the given input connectivity. In particular, if the orientation of cell is not clockwise
8680  * as in MED format norm. If definitely the result of Jarvis algorithm is not matchable with the input connectivity, the result will be copied into \b nodalConnecOut parameter and
8681  * the geometric cell type set to INTERP_KERNEL::NORM_POLYGON.
8682  * This method excepts that \b coords parameter is expected to be in dimension 2. [ \b nodalConnBg , \b nodalConnEnd ) is the nodal connectivity of the input
8683  * cell (geometric cell type included at the position 0). If the meshdimension of the input cell is not equal to 2 an INTERP_KERNEL::Exception will be thrown.
8684  * 
8685  * \return false if the input connectivity represents already the convex hull, true if the input cell needs to be reordered.
8686  */
8687 bool MEDCouplingUMesh::BuildConvexEnvelopOf2DCellJarvis(const double *coords, const int *nodalConnBg, const int *nodalConnEnd, DataArrayInt *nodalConnecOut)
8688 {
8689   std::size_t sz=std::distance(nodalConnBg,nodalConnEnd);
8690   if(sz>=4)
8691     {
8692       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)*nodalConnBg);
8693       if(cm.getDimension()==2)
8694         {
8695           const int *node=nodalConnBg+1;
8696           int startNode=*node++;
8697           double refX=coords[2*startNode];
8698           for(;node!=nodalConnEnd;node++)
8699             {
8700               if(coords[2*(*node)]<refX)
8701                 {
8702                   startNode=*node;
8703                   refX=coords[2*startNode];
8704                 }
8705             }
8706           std::vector<int> tmpOut; tmpOut.reserve(sz); tmpOut.push_back(startNode);
8707           refX=1e300;
8708           double tmp1;
8709           double tmp2[2];
8710           double angle0=-M_PI/2;
8711           //
8712           int nextNode=-1;
8713           int prevNode=-1;
8714           double resRef;
8715           double angleNext=0.;
8716           while(nextNode!=startNode)
8717             {
8718               nextNode=-1;
8719               resRef=1e300;
8720               for(node=nodalConnBg+1;node!=nodalConnEnd;node++)
8721                 {
8722                   if(*node!=tmpOut.back() && *node!=prevNode)
8723                     {
8724                       tmp2[0]=coords[2*(*node)]-coords[2*tmpOut.back()]; tmp2[1]=coords[2*(*node)+1]-coords[2*tmpOut.back()+1];
8725                       double angleM=INTERP_KERNEL::EdgeArcCircle::GetAbsoluteAngle(tmp2,tmp1);
8726                       double res;
8727                       if(angleM<=angle0)
8728                         res=angle0-angleM;
8729                       else
8730                         res=angle0-angleM+2.*M_PI;
8731                       if(res<resRef)
8732                         {
8733                           nextNode=*node;
8734                           resRef=res;
8735                           angleNext=angleM;
8736                         }
8737                     }
8738                 }
8739               if(nextNode!=startNode)
8740                 {
8741                   angle0=angleNext-M_PI;
8742                   if(angle0<-M_PI)
8743                     angle0+=2*M_PI;
8744                   prevNode=tmpOut.back();
8745                   tmpOut.push_back(nextNode);
8746                 }
8747             }
8748           std::vector<int> tmp3(2*(sz-1));
8749           std::vector<int>::iterator it=std::copy(nodalConnBg+1,nodalConnEnd,tmp3.begin());
8750           std::copy(nodalConnBg+1,nodalConnEnd,it);
8751           if(std::search(tmp3.begin(),tmp3.end(),tmpOut.begin(),tmpOut.end())!=tmp3.end())
8752             {
8753               nodalConnecOut->insertAtTheEnd(nodalConnBg,nodalConnEnd);
8754               return false;
8755             }
8756           if(std::search(tmp3.rbegin(),tmp3.rend(),tmpOut.begin(),tmpOut.end())!=tmp3.rend())
8757             {
8758               nodalConnecOut->insertAtTheEnd(nodalConnBg,nodalConnEnd);
8759               return false;
8760             }
8761           else
8762             {
8763               nodalConnecOut->pushBackSilent((int)INTERP_KERNEL::NORM_POLYGON);
8764               nodalConnecOut->insertAtTheEnd(tmpOut.begin(),tmpOut.end());
8765               return true;
8766             }
8767         }
8768       else
8769         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::BuildConvexEnvelopOf2DCellJarvis : invalid 2D cell connectivity !");
8770     }
8771   else
8772     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::BuildConvexEnvelopOf2DCellJarvis : invalid 2D cell connectivity !");
8773 }
8774
8775 /*!
8776  * This method works on an input pair (\b arr, \b arrIndx) where \b arr indexes is in \b arrIndx.
8777  * This method will not impact the size of inout parameter \b arrIndx but the size of \b arr will be modified in case of suppression.
8778  * 
8779  * \param [in] idsToRemoveBg begin of set of ids to remove in \b arr (included)
8780  * \param [in] idsToRemoveEnd end of set of ids to remove in \b arr (excluded)
8781  * \param [in,out] arr array in which the remove operation will be done.
8782  * \param [in,out] arrIndx array in the remove operation will modify
8783  * \param [in] offsetForRemoval (by default 0) offset so that for each i in [0,arrIndx->getNumberOfTuples()-1) removal process will be performed in the following range [arr+arrIndx[i]+offsetForRemoval,arr+arr[i+1])
8784  * \return true if \b arr and \b arrIndx have been modified, false if not.
8785  */
8786 bool MEDCouplingUMesh::RemoveIdsFromIndexedArrays(const int *idsToRemoveBg, const int *idsToRemoveEnd, DataArrayInt *arr, DataArrayInt *arrIndx, int offsetForRemoval)
8787 {
8788   if(!arrIndx || !arr)
8789     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::RemoveIdsFromIndexedArrays : some input arrays are empty !");
8790   if(offsetForRemoval<0)
8791     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::RemoveIdsFromIndexedArrays : offsetForRemoval should be >=0 !");
8792   std::set<int> s(idsToRemoveBg,idsToRemoveEnd);
8793   int nbOfGrps=arrIndx->getNumberOfTuples()-1;
8794   int *arrIPtr=arrIndx->getPointer();
8795   *arrIPtr++=0;
8796   int previousArrI=0;
8797   const int *arrPtr=arr->getConstPointer();
8798   std::vector<int> arrOut;//no utility to switch to DataArrayInt because copy always needed
8799   for(int i=0;i<nbOfGrps;i++,arrIPtr++)
8800     {
8801       if(*arrIPtr-previousArrI>offsetForRemoval)
8802         {
8803           for(const int *work=arrPtr+previousArrI+offsetForRemoval;work!=arrPtr+*arrIPtr;work++)
8804             {
8805               if(s.find(*work)==s.end())
8806                 arrOut.push_back(*work);
8807             }
8808         }
8809       previousArrI=*arrIPtr;
8810       *arrIPtr=(int)arrOut.size();
8811     }
8812   if(arr->getNumberOfTuples()==(int)arrOut.size())
8813     return false;
8814   arr->alloc((int)arrOut.size(),1);
8815   std::copy(arrOut.begin(),arrOut.end(),arr->getPointer());
8816   return true;
8817 }
8818
8819 /*!
8820  * This method works on a pair input (\b arrIn, \b arrIndxIn) where \b arrIn indexes is in \b arrIndxIn.
8821  * This method returns the result of the extraction ( specified by a set of ids in [\b idsOfSelectBg , \b idsOfSelectEnd ) ).
8822  * The selection of extraction is done standardly in new2old format.
8823  * This method returns indexed arrays using 2 arrays (arrOut,arrIndexOut).
8824  *
8825  * \param [in] idsOfSelectBg begin of set of ids of the input extraction (included)
8826  * \param [in] idsOfSelectEnd end of set of ids of the input extraction (excluded)
8827  * \param [in] arrIn arr origin array from which the extraction will be done.
8828  * \param [in] arrIndxIn is the input index array allowing to walk into \b arrIn
8829  * \param [out] arrOut the resulting array
8830  * \param [out] arrIndexOut the index array of the resulting array \b arrOut
8831  * \sa MEDCouplingUMesh::ExtractFromIndexedArrays2
8832  */
8833 void MEDCouplingUMesh::ExtractFromIndexedArrays(const int *idsOfSelectBg, const int *idsOfSelectEnd, const DataArrayInt *arrIn, const DataArrayInt *arrIndxIn,
8834                                                 DataArrayInt* &arrOut, DataArrayInt* &arrIndexOut) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
8835 {
8836   if(!arrIn || !arrIndxIn)
8837     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::ExtractFromIndexedArrays : input pointer is NULL !");
8838   arrIn->checkAllocated(); arrIndxIn->checkAllocated();
8839   if(arrIn->getNumberOfComponents()!=1 || arrIndxIn->getNumberOfComponents()!=1)
8840     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::ExtractFromIndexedArrays : input arrays must have exactly one component !");
8841   std::size_t sz=std::distance(idsOfSelectBg,idsOfSelectEnd);
8842   const int *arrInPtr=arrIn->getConstPointer();
8843   const int *arrIndxPtr=arrIndxIn->getConstPointer();
8844   int nbOfGrps=arrIndxIn->getNumberOfTuples()-1;
8845   if(nbOfGrps<0)
8846     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::ExtractFromIndexedArrays : The format of \"arrIndxIn\" is invalid ! Its nb of tuples should be >=1 !");
8847   int maxSizeOfArr=arrIn->getNumberOfTuples();
8848   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> arro=DataArrayInt::New();
8849   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> arrIo=DataArrayInt::New();
8850   arrIo->alloc((int)(sz+1),1);
8851   const int *idsIt=idsOfSelectBg;
8852   int *work=arrIo->getPointer();
8853   *work++=0;
8854   int lgth=0;
8855   for(std::size_t i=0;i<sz;i++,work++,idsIt++)
8856     {
8857       if(*idsIt>=0 && *idsIt<nbOfGrps)
8858         lgth+=arrIndxPtr[*idsIt+1]-arrIndxPtr[*idsIt];
8859       else
8860         {
8861           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::ExtractFromIndexedArrays : id located on pos #" << i << " value is " << *idsIt << " ! Must be in [0," << nbOfGrps << ") !";
8862           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
8863         }
8864       if(lgth>=work[-1])
8865         *work=lgth;
8866       else
8867         {
8868           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::ExtractFromIndexedArrays : id located on pos #" << i << " value is " << *idsIt << " and at this pos arrIndxIn[" << *idsIt;
8869           oss << "+1]-arrIndxIn[" << *idsIt << "] < 0 ! The input index array is bugged !";
8870           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
8871         }
8872     }
8873   arro->alloc(lgth,1);
8874   work=arro->getPointer();
8875   idsIt=idsOfSelectBg;
8876   for(std::size_t i=0;i<sz;i++,idsIt++)
8877     {
8878       if(arrIndxPtr[*idsIt]>=0 && arrIndxPtr[*idsIt+1]<=maxSizeOfArr)
8879         work=std::copy(arrInPtr+arrIndxPtr[*idsIt],arrInPtr+arrIndxPtr[*idsIt+1],work);
8880       else
8881         {
8882           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::ExtractFromIndexedArrays : id located on pos #" << i << " value is " << *idsIt << " arrIndx[" << *idsIt << "] must be >= 0 and arrIndx[";
8883           oss << *idsIt << "+1] <= " << maxSizeOfArr << " (the size of arrIn)!";
8884           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
8885         }
8886     }
8887   arrOut=arro.retn();
8888   arrIndexOut=arrIo.retn();
8889 }
8890
8891 /*!
8892  * This method works on a pair input (\b arrIn, \b arrIndxIn) where \b arrIn indexes is in \b arrIndxIn.
8893  * This method returns the result of the extraction ( specified by a set of ids with a slice given by \a idsOfSelectStart, \a idsOfSelectStop and \a idsOfSelectStep ).
8894  * The selection of extraction is done standardly in new2old format.
8895  * This method returns indexed arrays using 2 arrays (arrOut,arrIndexOut).
8896  *
8897  * \param [in] idsOfSelectBg begin of set of ids of the input extraction (included)
8898  * \param [in] idsOfSelectEnd end of set of ids of the input extraction (excluded)
8899  * \param [in] arrIn arr origin array from which the extraction will be done.
8900  * \param [in] arrIndxIn is the input index array allowing to walk into \b arrIn
8901  * \param [out] arrOut the resulting array
8902  * \param [out] arrIndexOut the index array of the resulting array \b arrOut
8903  * \sa MEDCouplingUMesh::ExtractFromIndexedArrays
8904  */
8905 void MEDCouplingUMesh::ExtractFromIndexedArrays2(int idsOfSelectStart, int idsOfSelectStop, int idsOfSelectStep, const DataArrayInt *arrIn, const DataArrayInt *arrIndxIn,
8906                                                  DataArrayInt* &arrOut, DataArrayInt* &arrIndexOut) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
8907 {
8908   if(!arrIn || !arrIndxIn)
8909     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::ExtractFromIndexedArrays2 : input pointer is NULL !");
8910   arrIn->checkAllocated(); arrIndxIn->checkAllocated();
8911   if(arrIn->getNumberOfComponents()!=1 || arrIndxIn->getNumberOfComponents()!=1)
8912     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::ExtractFromIndexedArrays2 : input arrays must have exactly one component !");
8913   int sz=DataArrayInt::GetNumberOfItemGivenBESRelative(idsOfSelectStart,idsOfSelectStop,idsOfSelectStep,"MEDCouplingUMesh::ExtractFromIndexedArrays2 : Input slice ");
8914   const int *arrInPtr=arrIn->getConstPointer();
8915   const int *arrIndxPtr=arrIndxIn->getConstPointer();
8916   int nbOfGrps=arrIndxIn->getNumberOfTuples()-1;
8917   if(nbOfGrps<0)
8918     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::ExtractFromIndexedArrays2 : The format of \"arrIndxIn\" is invalid ! Its nb of tuples should be >=1 !");
8919   int maxSizeOfArr=arrIn->getNumberOfTuples();
8920   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> arro=DataArrayInt::New();
8921   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> arrIo=DataArrayInt::New();
8922   arrIo->alloc((int)(sz+1),1);
8923   int idsIt=idsOfSelectStart;
8924   int *work=arrIo->getPointer();
8925   *work++=0;
8926   int lgth=0;
8927   for(int i=0;i<sz;i++,work++,idsIt+=idsOfSelectStep)
8928     {
8929       if(idsIt>=0 && idsIt<nbOfGrps)
8930         lgth+=arrIndxPtr[idsIt+1]-arrIndxPtr[idsIt];
8931       else
8932         {
8933           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::ExtractFromIndexedArrays2 : id located on pos #" << i << " value is " << idsIt << " ! Must be in [0," << nbOfGrps << ") !";
8934           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
8935         }
8936       if(lgth>=work[-1])
8937         *work=lgth;
8938       else
8939         {
8940           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::ExtractFromIndexedArrays2 : id located on pos #" << i << " value is " << idsIt << " and at this pos arrIndxIn[" << idsIt;
8941           oss << "+1]-arrIndxIn[" << idsIt << "] < 0 ! The input index array is bugged !";
8942           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
8943         }
8944     }
8945   arro->alloc(lgth,1);
8946   work=arro->getPointer();
8947   idsIt=idsOfSelectStart;
8948   for(int i=0;i<sz;i++,idsIt+=idsOfSelectStep)
8949     {
8950       if(arrIndxPtr[idsIt]>=0 && arrIndxPtr[idsIt+1]<=maxSizeOfArr)
8951         work=std::copy(arrInPtr+arrIndxPtr[idsIt],arrInPtr+arrIndxPtr[idsIt+1],work);
8952       else
8953         {
8954           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::ExtractFromIndexedArrays2 : id located on pos #" << i << " value is " << idsIt << " arrIndx[" << idsIt << "] must be >= 0 and arrIndx[";
8955           oss << idsIt << "+1] <= " << maxSizeOfArr << " (the size of arrIn)!";
8956           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
8957         }
8958     }
8959   arrOut=arro.retn();
8960   arrIndexOut=arrIo.retn();
8961 }
8962
8963 /*!
8964  * This method works on an input pair (\b arrIn, \b arrIndxIn) where \b arrIn indexes is in \b arrIndxIn.
8965  * This method builds an output pair (\b arrOut,\b arrIndexOut) that is a copy from \b arrIn for all cell ids \b not \b in [ \b idsOfSelectBg , \b idsOfSelectEnd ) and for
8966  * cellIds \b in [ \b idsOfSelectBg , \b idsOfSelectEnd ) a copy coming from the corresponding values in input pair (\b srcArr, \b srcArrIndex).
8967  * This method is an generalization of MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArraysSameIdx that performs the same thing but by without building explicitely a result output arrays.
8968  *
8969  * \param [in] idsOfSelectBg begin of set of ids of the input extraction (included)
8970  * \param [in] idsOfSelectEnd end of set of ids of the input extraction (excluded)
8971  * \param [in] arrIn arr origin array from which the extraction will be done.
8972  * \param [in] arrIndxIn is the input index array allowing to walk into \b arrIn
8973  * \param [in] srcArr input array that will be used as source of copy for ids in [ \b idsOfSelectBg, \b idsOfSelectEnd )
8974  * \param [in] srcArrIndex index array of \b srcArr
8975  * \param [out] arrOut the resulting array
8976  * \param [out] arrIndexOut the index array of the resulting array \b arrOut
8977  * 
8978  * \sa MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArraysSameIdx
8979  */
8980 void MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArrays(const int *idsOfSelectBg, const int *idsOfSelectEnd, const DataArrayInt *arrIn, const DataArrayInt *arrIndxIn,
8981                                               const DataArrayInt *srcArr, const DataArrayInt *srcArrIndex,
8982                                               DataArrayInt* &arrOut, DataArrayInt* &arrIndexOut) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
8983 {
8984   if(arrIn==0 || arrIndxIn==0 || srcArr==0 || srcArrIndex==0)
8985     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArrays : presence of null pointer in input parameter !");
8986   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> arro=DataArrayInt::New();
8987   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> arrIo=DataArrayInt::New();
8988   int nbOfTuples=arrIndxIn->getNumberOfTuples()-1;
8989   std::vector<bool> v(nbOfTuples,true);
8990   int offset=0;
8991   const int *arrIndxInPtr=arrIndxIn->getConstPointer();
8992   const int *srcArrIndexPtr=srcArrIndex->getConstPointer();
8993   for(const int *it=idsOfSelectBg;it!=idsOfSelectEnd;it++,srcArrIndexPtr++)
8994     {
8995       if(*it>=0 && *it<nbOfTuples)
8996         {
8997           v[*it]=false;
8998           offset+=(srcArrIndexPtr[1]-srcArrIndexPtr[0])-(arrIndxInPtr[*it+1]-arrIndxInPtr[*it]);
8999         }
9000       else
9001         {
9002           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArrays : On pos #" << std::distance(idsOfSelectBg,it) << " value is " << *it << " not in [0," << nbOfTuples << ") !";
9003           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
9004         }
9005     }
9006   srcArrIndexPtr=srcArrIndex->getConstPointer();
9007   arrIo->alloc(nbOfTuples+1,1);
9008   arro->alloc(arrIn->getNumberOfTuples()+offset,1);
9009   const int *arrInPtr=arrIn->getConstPointer();
9010   const int *srcArrPtr=srcArr->getConstPointer();
9011   int *arrIoPtr=arrIo->getPointer(); *arrIoPtr++=0;
9012   int *arroPtr=arro->getPointer();
9013   for(int ii=0;ii<nbOfTuples;ii++,arrIoPtr++)
9014     {
9015       if(v[ii])
9016         {
9017           arroPtr=std::copy(arrInPtr+arrIndxInPtr[ii],arrInPtr+arrIndxInPtr[ii+1],arroPtr);
9018           *arrIoPtr=arrIoPtr[-1]+(arrIndxInPtr[ii+1]-arrIndxInPtr[ii]);
9019         }
9020       else
9021         {
9022           std::size_t pos=std::distance(idsOfSelectBg,std::find(idsOfSelectBg,idsOfSelectEnd,ii));
9023           arroPtr=std::copy(srcArrPtr+srcArrIndexPtr[pos],srcArrPtr+srcArrIndexPtr[pos+1],arroPtr);
9024           *arrIoPtr=arrIoPtr[-1]+(srcArrIndexPtr[pos+1]-srcArrIndexPtr[pos]);
9025         }
9026     }
9027   arrOut=arro.retn();
9028   arrIndexOut=arrIo.retn();
9029 }
9030
9031 /*!
9032  * This method works on an input pair (\b arrIn, \b arrIndxIn) where \b arrIn indexes is in \b arrIndxIn.
9033  * This method is an specialization of MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArrays in the case of assignement do not modify the index in \b arrIndxIn.
9034  *
9035  * \param [in] idsOfSelectBg begin of set of ids of the input extraction (included)
9036  * \param [in] idsOfSelectEnd end of set of ids of the input extraction (excluded)
9037  * \param [in,out] arrInOut arr origin array from which the extraction will be done.
9038  * \param [in] arrIndxIn is the input index array allowing to walk into \b arrIn
9039  * \param [in] srcArr input array that will be used as source of copy for ids in [ \b idsOfSelectBg , \b idsOfSelectEnd )
9040  * \param [in] srcArrIndex index array of \b srcArr
9041  * 
9042  * \sa MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArrays
9043  */
9044 void MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArraysSameIdx(const int *idsOfSelectBg, const int *idsOfSelectEnd, DataArrayInt *arrInOut, const DataArrayInt *arrIndxIn,
9045                                                      const DataArrayInt *srcArr, const DataArrayInt *srcArrIndex) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
9046 {
9047   if(arrInOut==0 || arrIndxIn==0 || srcArr==0 || srcArrIndex==0)
9048     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArraysSameIdx : presence of null pointer in input parameter !");
9049   int nbOfTuples=arrIndxIn->getNumberOfTuples()-1;
9050   const int *arrIndxInPtr=arrIndxIn->getConstPointer();
9051   const int *srcArrIndexPtr=srcArrIndex->getConstPointer();
9052   int *arrInOutPtr=arrInOut->getPointer();
9053   const int *srcArrPtr=srcArr->getConstPointer();
9054   for(const int *it=idsOfSelectBg;it!=idsOfSelectEnd;it++,srcArrIndexPtr++)
9055     {
9056       if(*it>=0 && *it<nbOfTuples)
9057         {
9058           if(srcArrIndexPtr[1]-srcArrIndexPtr[0]==arrIndxInPtr[*it+1]-arrIndxInPtr[*it])
9059             std::copy(srcArrPtr+srcArrIndexPtr[0],srcArrPtr+srcArrIndexPtr[1],arrInOutPtr+arrIndxInPtr[*it]);
9060           else
9061             {
9062               std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArraysSameIdx : On pos #" << std::distance(idsOfSelectBg,it) << " id (idsOfSelectBg[" << std::distance(idsOfSelectBg,it)<< "]) is " << *it << " arrIndxIn[id+1]-arrIndxIn[id]!=srcArrIndex[pos+1]-srcArrIndex[pos] !";
9063               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
9064             }
9065         }
9066       else
9067         {
9068           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArraysSameIdx : On pos #" << std::distance(idsOfSelectBg,it) << " value is " << *it << " not in [0," << nbOfTuples << ") !";
9069           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
9070         }
9071     }
9072 }
9073
9074 /*!
9075  * This method works on a pair input (\b arrIn, \b arrIndxIn) where \b arr indexes is in \b arrIndxIn.
9076  * This method expects that these two input arrays come from the output of MEDCouplingUMesh::computeNeighborsOfCells method.
9077  * This method start from id 0 that will be contained in output DataArrayInt. It searches then all neighbors of id0 regarding arrIn[arrIndxIn[0]:arrIndxIn[0+1]].
9078  * Then it is repeated recursively until either all ids are fetched or no more ids are reachable step by step.
9079  * A negative value in \b arrIn means that it is ignored.
9080  * This method is useful to see if a mesh is contiguous regarding its connectivity. If it is not the case the size of returned array is different from arrIndxIn->getNumberOfTuples()-1.
9081  * 
9082  * \param [in] arrIn arr origin array from which the extraction will be done.
9083  * \param [in] arrIndxIn is the input index array allowing to walk into \b arrIn
9084  * \return a newly allocated DataArray that stores all ids fetched by the gradually spread process.
9085  * \sa MEDCouplingUMesh::ComputeSpreadZoneGraduallyFromSeed, MEDCouplingUMesh::partitionBySpreadZone
9086  */
9087 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::ComputeSpreadZoneGradually(const DataArrayInt *arrIn, const DataArrayInt *arrIndxIn)
9088 {
9089   int seed=0,nbOfDepthPeelingPerformed=0;
9090   return ComputeSpreadZoneGraduallyFromSeed(&seed,&seed+1,arrIn,arrIndxIn,-1,nbOfDepthPeelingPerformed);
9091 }
9092
9093 /*!
9094  * This method works on a pair input (\b arrIn, \b arrIndxIn) where \b arr indexes is in \b arrIndxIn.
9095  * This method expects that these two input arrays come from the output of MEDCouplingUMesh::computeNeighborsOfCells method.
9096  * This method start from id 0 that will be contained in output DataArrayInt. It searches then all neighbors of id0 regarding arrIn[arrIndxIn[0]:arrIndxIn[0+1]].
9097  * Then it is repeated recursively until either all ids are fetched or no more ids are reachable step by step.
9098  * A negative value in \b arrIn means that it is ignored.
9099  * This method is useful to see if a mesh is contiguous regarding its connectivity. If it is not the case the size of returned array is different from arrIndxIn->getNumberOfTuples()-1.
9100  * \param [in] seedBg the begin pointer (included) of an array containing the seed of the search zone
9101  * \param [in] seedEnd the end pointer (not included) of an array containing the seed of the search zone
9102  * \param [in] arrIn arr origin array from which the extraction will be done.
9103  * \param [in] arrIndxIn is the input index array allowing to walk into \b arrIn
9104  * \param [in] nbOfDepthPeeling the max number of peels requested in search. By default -1, that is to say, no limit.
9105  * \param [out] nbOfDepthPeelingPerformed the number of peels effectively performed. May be different from \a nbOfDepthPeeling
9106  * \return a newly allocated DataArray that stores all ids fetched by the gradually spread process.
9107  * \sa MEDCouplingUMesh::partitionBySpreadZone
9108  */
9109 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::ComputeSpreadZoneGraduallyFromSeed(const int *seedBg, const int *seedEnd, const DataArrayInt *arrIn, const DataArrayInt *arrIndxIn, int nbOfDepthPeeling, int& nbOfDepthPeelingPerformed)
9110 {
9111   nbOfDepthPeelingPerformed=0;
9112   if(!arrIndxIn)
9113     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::ComputeSpreadZoneGraduallyFromSeed : arrIndxIn input pointer is NULL !");
9114   int nbOfTuples=arrIndxIn->getNumberOfTuples()-1;
9115   if(nbOfTuples<=0)
9116     {
9117       DataArrayInt *ret=DataArrayInt::New(); ret->alloc(0,1);
9118       return ret;
9119     }
9120   //
9121   std::vector<bool> fetched(nbOfTuples,false);
9122   return ComputeSpreadZoneGraduallyFromSeedAlg(fetched,seedBg,seedEnd,arrIn,arrIndxIn,nbOfDepthPeeling,nbOfDepthPeelingPerformed);
9123 }
9124
9125 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::ComputeSpreadZoneGraduallyFromSeedAlg(std::vector<bool>& fetched, const int *seedBg, const int *seedEnd, const DataArrayInt *arrIn, const DataArrayInt *arrIndxIn, int nbOfDepthPeeling, int& nbOfDepthPeelingPerformed)
9126 {
9127   nbOfDepthPeelingPerformed=0;
9128   if(!seedBg || !seedEnd || !arrIn || !arrIndxIn)
9129     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::ComputeSpreadZoneGraduallyFromSeedAlg : some input pointer is NULL !");
9130   int nbOfTuples=arrIndxIn->getNumberOfTuples()-1;
9131   std::vector<bool> fetched2(nbOfTuples,false);
9132   int i=0;
9133   for(const int *seedElt=seedBg;seedElt!=seedEnd;seedElt++,i++)
9134     {
9135       if(*seedElt>=0 && *seedElt<nbOfTuples)
9136         { fetched[*seedElt]=true; fetched2[*seedElt]=true; }
9137       else
9138         { std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::ComputeSpreadZoneGraduallyFromSeedAlg : At pos #" << i << " of seeds value is " << *seedElt << "! Should be in [0," << nbOfTuples << ") !"; throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str()); }
9139     }
9140   const int *arrInPtr=arrIn->getConstPointer();
9141   const int *arrIndxPtr=arrIndxIn->getConstPointer();
9142   int targetNbOfDepthPeeling=nbOfDepthPeeling!=-1?nbOfDepthPeeling:std::numeric_limits<int>::max();
9143   std::vector<int> idsToFetch1(seedBg,seedEnd);
9144   std::vector<int> idsToFetch2;
9145   std::vector<int> *idsToFetch=&idsToFetch1;
9146   std::vector<int> *idsToFetchOther=&idsToFetch2;
9147   while(!idsToFetch->empty() && nbOfDepthPeelingPerformed<targetNbOfDepthPeeling)
9148     {
9149       for(std::vector<int>::const_iterator it=idsToFetch->begin();it!=idsToFetch->end();it++)
9150         for(const int *it2=arrInPtr+arrIndxPtr[*it];it2!=arrInPtr+arrIndxPtr[*it+1];it2++)
9151           if(!fetched[*it2])
9152             { fetched[*it2]=true; fetched2[*it2]=true; idsToFetchOther->push_back(*it2); }
9153       std::swap(idsToFetch,idsToFetchOther);
9154       idsToFetchOther->clear();
9155       nbOfDepthPeelingPerformed++;
9156     }
9157   int lgth=(int)std::count(fetched2.begin(),fetched2.end(),true);
9158   i=0;
9159   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New(); ret->alloc(lgth,1);
9160   int *retPtr=ret->getPointer();
9161   for(std::vector<bool>::const_iterator it=fetched2.begin();it!=fetched2.end();it++,i++)
9162     if(*it)
9163       *retPtr++=i;
9164   return ret.retn();
9165 }
9166
9167 /*!
9168  * This method works on an input pair (\b arrIn, \b arrIndxIn) where \b arrIn indexes is in \b arrIndxIn.
9169  * This method builds an output pair (\b arrOut,\b arrIndexOut) that is a copy from \b arrIn for all cell ids \b not \b in [ \b idsOfSelectBg , \b idsOfSelectEnd ) and for
9170  * cellIds \b in [\b idsOfSelectBg, \b idsOfSelectEnd) a copy coming from the corresponding values in input pair (\b srcArr, \b srcArrIndex).
9171  * This method is an generalization of MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArraysSameIdx that performs the same thing but by without building explicitely a result output arrays.
9172  *
9173  * \param [in] start begin of set of ids of the input extraction (included)
9174  * \param [in] end end of set of ids of the input extraction (excluded)
9175  * \param [in] step step of the set of ids in range mode.
9176  * \param [in] arrIn arr origin array from which the extraction will be done.
9177  * \param [in] arrIndxIn is the input index array allowing to walk into \b arrIn
9178  * \param [in] srcArr input array that will be used as source of copy for ids in [\b idsOfSelectBg, \b idsOfSelectEnd)
9179  * \param [in] srcArrIndex index array of \b srcArr
9180  * \param [out] arrOut the resulting array
9181  * \param [out] arrIndexOut the index array of the resulting array \b arrOut
9182  * 
9183  * \sa MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArraysSameIdx MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArrays
9184  */
9185 void MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArrays2(int start, int end, int step, const DataArrayInt *arrIn, const DataArrayInt *arrIndxIn,
9186                                                const DataArrayInt *srcArr, const DataArrayInt *srcArrIndex,
9187                                                DataArrayInt* &arrOut, DataArrayInt* &arrIndexOut) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
9188 {
9189   if(arrIn==0 || arrIndxIn==0 || srcArr==0 || srcArrIndex==0)
9190     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArrays2 : presence of null pointer in input parameter !");
9191   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> arro=DataArrayInt::New();
9192   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> arrIo=DataArrayInt::New();
9193   int nbOfTuples=arrIndxIn->getNumberOfTuples()-1;
9194   int offset=0;
9195   const int *arrIndxInPtr=arrIndxIn->getConstPointer();
9196   const int *srcArrIndexPtr=srcArrIndex->getConstPointer();
9197   int nbOfElemsToSet=DataArray::GetNumberOfItemGivenBESRelative(start,end,step,"MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArrays2 : ");
9198   int it=start;
9199   for(int i=0;i<nbOfElemsToSet;i++,srcArrIndexPtr++,it+=step)
9200     {
9201       if(it>=0 && it<nbOfTuples)
9202         offset+=(srcArrIndexPtr[1]-srcArrIndexPtr[0])-(arrIndxInPtr[it+1]-arrIndxInPtr[it]);
9203       else
9204         {
9205           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArrays2 : On pos #" << i << " value is " << it << " not in [0," << nbOfTuples << ") !";
9206           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
9207         }
9208     }
9209   srcArrIndexPtr=srcArrIndex->getConstPointer();
9210   arrIo->alloc(nbOfTuples+1,1);
9211   arro->alloc(arrIn->getNumberOfTuples()+offset,1);
9212   const int *arrInPtr=arrIn->getConstPointer();
9213   const int *srcArrPtr=srcArr->getConstPointer();
9214   int *arrIoPtr=arrIo->getPointer(); *arrIoPtr++=0;
9215   int *arroPtr=arro->getPointer();
9216   for(int ii=0;ii<nbOfTuples;ii++,arrIoPtr++)
9217     {
9218       int pos=DataArray::GetPosOfItemGivenBESRelativeNoThrow(ii,start,end,step);
9219       if(pos<0)
9220         {
9221           arroPtr=std::copy(arrInPtr+arrIndxInPtr[ii],arrInPtr+arrIndxInPtr[ii+1],arroPtr);
9222           *arrIoPtr=arrIoPtr[-1]+(arrIndxInPtr[ii+1]-arrIndxInPtr[ii]);
9223         }
9224       else
9225         {
9226           arroPtr=std::copy(srcArrPtr+srcArrIndexPtr[pos],srcArrPtr+srcArrIndexPtr[pos+1],arroPtr);
9227           *arrIoPtr=arrIoPtr[-1]+(srcArrIndexPtr[pos+1]-srcArrIndexPtr[pos]);
9228         }
9229     }
9230   arrOut=arro.retn();
9231   arrIndexOut=arrIo.retn();
9232 }
9233
9234 /*!
9235  * This method works on an input pair (\b arrIn, \b arrIndxIn) where \b arrIn indexes is in \b arrIndxIn.
9236  * This method is an specialization of MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArrays in the case of assignement do not modify the index in \b arrIndxIn.
9237  *
9238  * \param [in] start begin of set of ids of the input extraction (included)
9239  * \param [in] end end of set of ids of the input extraction (excluded)
9240  * \param [in] step step of the set of ids in range mode.
9241  * \param [in,out] arrInOut arr origin array from which the extraction will be done.
9242  * \param [in] arrIndxIn is the input index array allowing to walk into \b arrIn
9243  * \param [in] srcArr input array that will be used as source of copy for ids in [\b idsOfSelectBg, \b idsOfSelectEnd)
9244  * \param [in] srcArrIndex index array of \b srcArr
9245  * 
9246  * \sa MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArrays2 MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArraysSameIdx
9247  */
9248 void MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArraysSameIdx2(int start, int end, int step, DataArrayInt *arrInOut, const DataArrayInt *arrIndxIn,
9249                                                       const DataArrayInt *srcArr, const DataArrayInt *srcArrIndex) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
9250 {
9251   if(arrInOut==0 || arrIndxIn==0 || srcArr==0 || srcArrIndex==0)
9252     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArraysSameIdx2 : presence of null pointer in input parameter !");
9253   int nbOfTuples=arrIndxIn->getNumberOfTuples()-1;
9254   const int *arrIndxInPtr=arrIndxIn->getConstPointer();
9255   const int *srcArrIndexPtr=srcArrIndex->getConstPointer();
9256   int *arrInOutPtr=arrInOut->getPointer();
9257   const int *srcArrPtr=srcArr->getConstPointer();
9258   int nbOfElemsToSet=DataArray::GetNumberOfItemGivenBESRelative(start,end,step,"MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArraysSameIdx2 : ");
9259   int it=start;
9260   for(int i=0;i<nbOfElemsToSet;i++,srcArrIndexPtr++,it+=step)
9261     {
9262       if(it>=0 && it<nbOfTuples)
9263         {
9264           if(srcArrIndexPtr[1]-srcArrIndexPtr[0]==arrIndxInPtr[it+1]-arrIndxInPtr[it])
9265             std::copy(srcArrPtr+srcArrIndexPtr[0],srcArrPtr+srcArrIndexPtr[1],arrInOutPtr+arrIndxInPtr[it]);
9266           else
9267             {
9268               std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArraysSameIdx2 : On pos #" << i << " id (idsOfSelectBg[" << i << "]) is " << it << " arrIndxIn[id+1]-arrIndxIn[id]!=srcArrIndex[pos+1]-srcArrIndex[pos] !";
9269               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
9270             }
9271         }
9272       else
9273         {
9274           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArraysSameIdx2 : On pos #" << i << " value is " << it << " not in [0," << nbOfTuples << ") !";
9275           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
9276         }
9277     }
9278 }
9279
9280 /*!
9281  * \b this is expected to be a mesh fully defined whose spaceDim==meshDim.
9282  * It returns a new allocated mesh having the same mesh dimension and lying on same coordinates.
9283  * The returned mesh contains as poly cells as number of contiguous zone (regarding connectivity).
9284  * A spread contiguous zone is built using poly cells (polyhedra in 3D, polygons in 2D and polyline in 1D).
9285  * The sum of measure field of returned mesh is equal to the sum of measure field of this.
9286  * 
9287  * \return a newly allocated mesh lying on the same coords than \b this with same meshdimension than \b this.
9288  */
9289 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::buildSpreadZonesWithPoly() const
9290 {
9291   checkFullyDefined();
9292   int mdim=getMeshDimension();
9293   int spaceDim=getSpaceDimension();
9294   if(mdim!=spaceDim)
9295     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::buildSpreadZonesWithPoly : meshdimension and spacedimension do not match !");
9296   std::vector<DataArrayInt *> partition=partitionBySpreadZone();
9297   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > partitionAuto; partitionAuto.reserve(partition.size());
9298   std::copy(partition.begin(),partition.end(),std::back_insert_iterator<std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > >(partitionAuto));
9299   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret=MEDCouplingUMesh::New(getName().c_str(),mdim);
9300   ret->setCoords(getCoords());
9301   ret->allocateCells((int)partition.size());
9302   //
9303   for(std::vector<DataArrayInt *>::const_iterator it=partition.begin();it!=partition.end();it++)
9304     {
9305       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> tmp=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(buildPartOfMySelf((*it)->begin(),(*it)->end(),true));
9306       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cell;
9307       switch(mdim)
9308         {
9309         case 2:
9310           cell=tmp->buildUnionOf2DMesh();
9311           break;
9312         case 3:
9313           cell=tmp->buildUnionOf3DMesh();
9314           break;
9315         default:
9316           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::buildSpreadZonesWithPoly : meshdimension supported are [2,3] ! Not implemented yet for others !");
9317         }
9318       
9319       ret->insertNextCell((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)cell->getIJSafe(0,0),cell->getNumberOfTuples()-1,cell->getConstPointer()+1);
9320     }
9321   //
9322   ret->finishInsertingCells();
9323   return ret.retn();
9324 }
9325
9326 /*!
9327  * This method partitions \b this into contiguous zone.
9328  * This method only needs a well defined connectivity. Coordinates are not considered here.
9329  * This method returns a vector of \b newly allocated arrays that the caller has to deal with.
9330  */
9331 std::vector<DataArrayInt *> MEDCouplingUMesh::partitionBySpreadZone() const
9332 {
9333   int nbOfCellsCur=getNumberOfCells();
9334   std::vector<DataArrayInt *> ret;
9335   if(nbOfCellsCur<=0)
9336     return ret;
9337   DataArrayInt *neigh=0,*neighI=0;
9338   computeNeighborsOfCells(neigh,neighI);
9339   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> neighAuto(neigh),neighIAuto(neighI);
9340   std::vector<bool> fetchedCells(nbOfCellsCur,false);
9341   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > ret2;
9342   int seed=0;
9343   while(seed<nbOfCellsCur)
9344     {
9345       int nbOfPeelPerformed=0;
9346       ret2.push_back(ComputeSpreadZoneGraduallyFromSeedAlg(fetchedCells,&seed,&seed+1,neigh,neighI,-1,nbOfPeelPerformed));
9347       seed=(int)std::distance(fetchedCells.begin(),std::find(fetchedCells.begin()+seed,fetchedCells.end(),false));
9348     }
9349   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> >::iterator it=ret2.begin();it!=ret2.end();it++)
9350     ret.push_back((*it).retn());
9351   return ret;
9352 }
9353
9354 /*!
9355  * This method returns given a distribution of cell type (returned for example by MEDCouplingUMesh::getDistributionOfTypes method and customized after) a
9356  * newly allocated DataArrayInt instance with 2 components ready to be interpreted as input of DataArrayInt::findRangeIdForEachTuple method.
9357  *
9358  * \param [in] code a code with the same format than those returned by MEDCouplingUMesh::getDistributionOfTypes except for the code[3*k+2] that should contain start id of chunck.
9359  * \return a newly allocated DataArrayInt to be managed by the caller.
9360  * \throw In case of \a code has not the right format (typically of size 3*n)
9361  */
9362 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::ComputeRangesFromTypeDistribution(const std::vector<int>& code)
9363 {
9364   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
9365   std::size_t nb=code.size()/3;
9366   if(code.size()%3!=0)
9367     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::ComputeRangesFromTypeDistribution : invalid input code !");
9368   ret->alloc((int)nb,2);
9369   int *retPtr=ret->getPointer();
9370   for(std::size_t i=0;i<nb;i++,retPtr+=2)
9371     {
9372       retPtr[0]=code[3*i+2];
9373       retPtr[1]=code[3*i+2]+code[3*i+1];
9374     }
9375   return ret.retn();
9376 }
9377
9378 /*!
9379  * This method expects that \a this a 3D mesh (spaceDim=3 and meshDim=3) with all coordinates and connectivities set.
9380  * All cells in \a this are expected to be linear 3D cells.
9381  * This method will split **all** 3D cells in \a this into INTERP_KERNEL::NORM_TETRA4 cells and put them in the returned mesh.
9382  * It leads to an increase to number of cells.
9383  * This method contrary to MEDCouplingUMesh::simplexize can append coordinates in \a this to perform its work.
9384  * The \a nbOfAdditionalPoints returned value informs about it. If > 0, the coordinates array in returned mesh will have \a nbOfAdditionalPoints 
9385  * more tuples (nodes) than in \a this. Anyway, all the nodes in \a this (with the same order) will be in the returned mesh.
9386  *
9387  * \param [in] policy - the policy of splitting that must be in (PLANAR_FACE_5, PLANAR_FACE_6, GENERAL_24, GENERAL_48). The policy will be used only for INTERP_KERNEL::NORM_HEXA8 cells.
9388  *                      For all other cells, the splitting policy will be ignored.
9389  * \param [out] nbOfAdditionalPoints - number of nodes added to \c this->_coords. If > 0 a new coordinates object will be constructed result of the aggregation of the old one and the new points added. 
9390  * \param [out] n2oCells - A new instance of DataArrayInt holding, for each new cell,
9391  *          an id of old cell producing it. The caller is to delete this array using
9392  *         decrRef() as it is no more needed.
9393  * \return MEDCoupling1SGTUMesh * - the mesh containing only INTERP_KERNEL::NORM_TETRA4 cells.
9394  *
9395  * \warning This method operates on each cells in this independantly ! So it can leads to non conform mesh in returned value ! If you expect to have a conform mesh in output
9396  * the policy PLANAR_FACE_6 should be used on a mesh sorted with MEDCoupling1SGTUMesh::sortHexa8EachOther.
9397  * 
9398  * \throw If \a this is not a 3D mesh (spaceDim==3 and meshDim==3).
9399  * \throw If \a this is not fully constituted with linear 3D cells.
9400  * \sa MEDCouplingUMesh::simplexize, MEDCoupling1SGTUMesh::sortHexa8EachOther
9401  */
9402 MEDCoupling1SGTUMesh *MEDCouplingUMesh::tetrahedrize(int policy, DataArrayInt *& n2oCells, int& nbOfAdditionalPoints) const
9403 {
9404   INTERP_KERNEL::SplittingPolicy pol((INTERP_KERNEL::SplittingPolicy)policy);
9405   checkConnectivityFullyDefined();
9406   if(getMeshDimension()!=3 || getSpaceDimension()!=3)
9407     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::tetrahedrize : only available for mesh with meshdim == 3 and spacedim == 3 !");
9408   int nbOfCells(getNumberOfCells()),nbNodes(getNumberOfNodes());
9409   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1SGTUMesh> ret0(MEDCoupling1SGTUMesh::New(getName().c_str(),INTERP_KERNEL::NORM_TETRA4));
9410   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret(DataArrayInt::New()); ret->alloc(nbOfCells,1);
9411   int *retPt(ret->getPointer());
9412   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConn(DataArrayInt::New()); newConn->alloc(0,1);
9413   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> addPts(DataArrayDouble::New()); addPts->alloc(0,1);
9414   const int *oldc(_nodal_connec->begin());
9415   const int *oldci(_nodal_connec_index->begin());
9416   const double *coords(_coords->begin());
9417   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,oldci++,retPt++)
9418     {
9419       std::vector<int> a; std::vector<double> b;
9420       INTERP_KERNEL::SplitIntoTetras(pol,(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)oldc[oldci[0]],oldc+oldci[0]+1,oldc+oldci[1],coords,a,b);
9421       std::size_t nbOfTet(a.size()/4); *retPt=(int)nbOfTet;
9422       const int *aa(&a[0]);
9423       if(!b.empty())
9424         {
9425           for(std::vector<int>::iterator it=a.begin();it!=a.end();it++)
9426             if(*it<0)
9427               *it=(-(*(it))-1+nbNodes);
9428           addPts->insertAtTheEnd(b.begin(),b.end());
9429           nbNodes+=(int)b.size()/3;
9430         }
9431       for(std::size_t j=0;j<nbOfTet;j++,aa+=4)
9432         newConn->insertAtTheEnd(aa,aa+4);
9433     }
9434   if(!addPts->empty())
9435     {
9436       addPts->rearrange(3);
9437       nbOfAdditionalPoints=addPts->getNumberOfTuples();
9438       addPts=DataArrayDouble::Aggregate(getCoords(),addPts);
9439       ret0->setCoords(addPts);
9440     }
9441   else
9442     {
9443       nbOfAdditionalPoints=0;
9444       ret0->setCoords(getCoords());
9445     }
9446   ret0->setNodalConnectivity(newConn);
9447   //
9448   ret->computeOffsets2();
9449   n2oCells=ret->buildExplicitArrOfSliceOnScaledArr(0,nbOfCells,1);
9450   return ret0.retn();
9451 }
9452
9453 MEDCouplingUMeshCellIterator::MEDCouplingUMeshCellIterator(MEDCouplingUMesh *mesh):_mesh(mesh),_cell(new MEDCouplingUMeshCell(mesh)),
9454                                                                                    _own_cell(true),_cell_id(-1),_nb_cell(0)
9455 {
9456   if(mesh)
9457     {
9458       mesh->incrRef();
9459       _nb_cell=mesh->getNumberOfCells();
9460     }
9461 }
9462
9463 MEDCouplingUMeshCellIterator::~MEDCouplingUMeshCellIterator()
9464 {
9465   if(_mesh)
9466     _mesh->decrRef();
9467   if(_own_cell)
9468     delete _cell;
9469 }
9470
9471 MEDCouplingUMeshCellIterator::MEDCouplingUMeshCellIterator(MEDCouplingUMesh *mesh, MEDCouplingUMeshCell *itc, int bg, int end):_mesh(mesh),_cell(itc),
9472                                                                                                                                _own_cell(false),_cell_id(bg-1),
9473                                                                                                                                _nb_cell(end)
9474 {
9475   if(mesh)
9476     mesh->incrRef();
9477 }
9478
9479 MEDCouplingUMeshCell *MEDCouplingUMeshCellIterator::nextt()
9480 {
9481   _cell_id++;
9482   if(_cell_id<_nb_cell)
9483     {
9484       _cell->next();
9485       return _cell;
9486     }
9487   else
9488     return 0;
9489 }
9490
9491 MEDCouplingUMeshCellByTypeEntry::MEDCouplingUMeshCellByTypeEntry(MEDCouplingUMesh *mesh):_mesh(mesh)
9492 {
9493   if(_mesh)
9494     _mesh->incrRef();
9495 }
9496
9497 MEDCouplingUMeshCellByTypeIterator *MEDCouplingUMeshCellByTypeEntry::iterator()
9498 {
9499   return new MEDCouplingUMeshCellByTypeIterator(_mesh);
9500 }
9501
9502 MEDCouplingUMeshCellByTypeEntry::~MEDCouplingUMeshCellByTypeEntry()
9503 {
9504   if(_mesh)
9505     _mesh->decrRef();
9506 }
9507
9508 MEDCouplingUMeshCellEntry::MEDCouplingUMeshCellEntry(MEDCouplingUMesh *mesh,  INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type, MEDCouplingUMeshCell *itc, int bg, int end):_mesh(mesh),_type(type),
9509                                                                                                                                                                   _itc(itc),
9510                                                                                                                                                                   _bg(bg),_end(end)
9511 {
9512   if(_mesh)
9513     _mesh->incrRef();
9514 }
9515
9516 MEDCouplingUMeshCellEntry::~MEDCouplingUMeshCellEntry()
9517 {
9518   if(_mesh)
9519     _mesh->decrRef();
9520 }
9521
9522 INTERP_KERNEL::NormalizedCellType MEDCouplingUMeshCellEntry::getType() const
9523 {
9524   return _type;
9525 }
9526
9527 int MEDCouplingUMeshCellEntry::getNumberOfElems() const
9528 {
9529   return _end-_bg;
9530 }
9531
9532 MEDCouplingUMeshCellIterator *MEDCouplingUMeshCellEntry::iterator()
9533 {
9534   return new MEDCouplingUMeshCellIterator(_mesh,_itc,_bg,_end);
9535 }
9536
9537 MEDCouplingUMeshCellByTypeIterator::MEDCouplingUMeshCellByTypeIterator(MEDCouplingUMesh *mesh):_mesh(mesh),_cell(new MEDCouplingUMeshCell(mesh)),_cell_id(0),_nb_cell(0)
9538 {
9539   if(mesh)
9540     {
9541       mesh->incrRef();
9542       _nb_cell=mesh->getNumberOfCells();
9543     }
9544 }
9545
9546 MEDCouplingUMeshCellByTypeIterator::~MEDCouplingUMeshCellByTypeIterator()
9547 {
9548   if(_mesh)
9549     _mesh->decrRef();
9550   delete _cell;
9551 }
9552
9553 MEDCouplingUMeshCellEntry *MEDCouplingUMeshCellByTypeIterator::nextt()
9554 {
9555   const int *c=_mesh->getNodalConnectivity()->getConstPointer();
9556   const int *ci=_mesh->getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
9557   if(_cell_id<_nb_cell)
9558     {
9559       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)c[ci[_cell_id]];
9560       int nbOfElems=(int)std::distance(ci+_cell_id,std::find_if(ci+_cell_id,ci+_nb_cell,ParaMEDMEMImpl::ConnReader(c,type)));
9561       int startId=_cell_id;
9562       _cell_id+=nbOfElems;
9563       return new MEDCouplingUMeshCellEntry(_mesh,type,_cell,startId,_cell_id);
9564     }
9565   else
9566     return 0;
9567 }
9568
9569 MEDCouplingUMeshCell::MEDCouplingUMeshCell(MEDCouplingUMesh *mesh):_conn(0),_conn_indx(0),_conn_lgth(NOTICABLE_FIRST_VAL)
9570 {
9571   if(mesh)
9572     {
9573       _conn=mesh->getNodalConnectivity()->getPointer();
9574       _conn_indx=mesh->getNodalConnectivityIndex()->getPointer();
9575     }
9576 }
9577
9578 void MEDCouplingUMeshCell::next()
9579 {
9580   if(_conn_lgth!=NOTICABLE_FIRST_VAL)
9581     {
9582       _conn+=_conn_lgth;
9583       _conn_indx++;
9584     }
9585   _conn_lgth=_conn_indx[1]-_conn_indx[0];
9586 }
9587
9588 std::string MEDCouplingUMeshCell::repr() const
9589 {
9590   if(_conn_lgth!=NOTICABLE_FIRST_VAL)
9591     {
9592       std::ostringstream oss; oss << "Cell Type " << INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)_conn[0]).getRepr();
9593       oss << " : ";
9594       std::copy(_conn+1,_conn+_conn_lgth,std::ostream_iterator<int>(oss," "));
9595       return oss.str();
9596     }
9597   else
9598     return std::string("MEDCouplingUMeshCell::repr : Invalid pos");
9599 }
9600
9601 INTERP_KERNEL::NormalizedCellType MEDCouplingUMeshCell::getType() const
9602 {
9603   if(_conn_lgth!=NOTICABLE_FIRST_VAL)
9604     return (INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)_conn[0];
9605   else
9606     return INTERP_KERNEL::NORM_ERROR;
9607 }
9608
9609 const int *MEDCouplingUMeshCell::getAllConn(int& lgth) const
9610 {
9611   lgth=_conn_lgth;
9612   if(_conn_lgth!=NOTICABLE_FIRST_VAL)
9613     return _conn;
9614   else
9615     return 0;
9616 }