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Bounding box for BBTree in MEDCouplingPointSet takes into account quadratic 2D cells
[modules/med.git] / src / MEDCoupling / MEDCouplingUMesh.cxx
1 // Copyright (C) 2007-2013  CEA/DEN, EDF R&D
2 //
3 // This library is free software; you can redistribute it and/or
4 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
5 // License as published by the Free Software Foundation; either
6 // version 2.1 of the License.
7 //
8 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
11 // Lesser General Public License for more details.
12 //
13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
16 //
17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
18 //
19 // Author : Anthony Geay (CEA/DEN)
20
21 #include "MEDCouplingUMesh.hxx"
22 #include "MEDCoupling1GTUMesh.hxx"
23 #include "MEDCouplingMemArray.txx"
24 #include "MEDCouplingFieldDouble.hxx"
25 #include "CellModel.hxx"
26 #include "VolSurfUser.txx"
27 #include "InterpolationUtils.hxx"
28 #include "PointLocatorAlgos.txx"
29 #include "BBTree.txx"
30 #include "BBTreeDst.txx"
31 #include "SplitterTetra.hxx"
32 #include "DirectedBoundingBox.hxx"
33 #include "InterpKernelMatrixTools.hxx"
34 #include "InterpKernelMeshQuality.hxx"
35 #include "InterpKernelCellSimplify.hxx"
36 #include "InterpKernelGeo2DEdgeArcCircle.hxx"
37 #include "InterpKernelAutoPtr.hxx"
38 #include "InterpKernelGeo2DNode.hxx"
39 #include "InterpKernelGeo2DEdgeLin.hxx"
40 #include "InterpKernelGeo2DEdgeArcCircle.hxx"
41 #include "InterpKernelGeo2DQuadraticPolygon.hxx"
42
43 #include <sstream>
44 #include <fstream>
45 #include <numeric>
46 #include <cstring>
47 #include <limits>
48 #include <list>
49
50 using namespace ParaMEDMEM;
51
52 double MEDCouplingUMesh::EPS_FOR_POLYH_ORIENTATION=1.e-14;
53
54 const INTERP_KERNEL::NormalizedCellType MEDCouplingUMesh::MEDMEM_ORDER[N_MEDMEM_ORDER] = { INTERP_KERNEL::NORM_POINT1, INTERP_KERNEL::NORM_SEG2, INTERP_KERNEL::NORM_SEG3, INTERP_KERNEL::NORM_SEG4, INTERP_KERNEL::NORM_POLYL, INTERP_KERNEL::NORM_TRI3, INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4, INTERP_KERNEL::NORM_TRI6, INTERP_KERNEL::NORM_TRI7, INTERP_KERNEL::NORM_QUAD8, INTERP_KERNEL::NORM_QUAD9, INTERP_KERNEL::NORM_POLYGON, INTERP_KERNEL::NORM_QPOLYG, INTERP_KERNEL::NORM_TETRA4, INTERP_KERNEL::NORM_PYRA5, INTERP_KERNEL::NORM_PENTA6, INTERP_KERNEL::NORM_HEXA8, INTERP_KERNEL::NORM_HEXGP12, INTERP_KERNEL::NORM_TETRA10, INTERP_KERNEL::NORM_PYRA13, INTERP_KERNEL::NORM_PENTA15, INTERP_KERNEL::NORM_HEXA20, INTERP_KERNEL::NORM_HEXA27, INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED };
55
56 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::New()
57 {
58   return new MEDCouplingUMesh;
59 }
60
61 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::New(const char *meshName, int meshDim)
62 {
63   MEDCouplingUMesh *ret=new MEDCouplingUMesh;
64   ret->setName(meshName);
65   ret->setMeshDimension(meshDim);
66   return ret;
67 }
68
69 /*!
70  * Returns a new MEDCouplingMesh which is a full copy of \a this one. No data is shared
71  * between \a this and the new mesh.
72  *  \return MEDCouplingMesh * - a new instance of MEDCouplingMesh. The caller is to
73  *          delete this mesh using decrRef() as it is no more needed. 
74  */
75 MEDCouplingMesh *MEDCouplingUMesh::deepCpy() const
76 {
77   return clone(true);
78 }
79
80 /*!
81  * Returns a new MEDCouplingMesh which is a copy of \a this one.
82  *  \param [in] recDeepCpy - if \a true, the copy is deep, else all data arrays of \a
83  * this mesh are shared by the new mesh.
84  *  \return MEDCouplingMesh * - a new instance of MEDCouplingMesh. The caller is to
85  *          delete this mesh using decrRef() as it is no more needed. 
86  */
87 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::clone(bool recDeepCpy) const
88 {
89   return new MEDCouplingUMesh(*this,recDeepCpy);
90 }
91
92 /*!
93  * This method behaves mostly like MEDCouplingUMesh::deepCpy method, except that only nodal connectivity arrays are deeply copied.
94  * The coordinates are shared between \a this and the returned instance.
95  * 
96  * \return MEDCouplingUMesh * - A new object instance holding the copy of \a this (deep for connectivity, shallow for coordiantes)
97  * \sa MEDCouplingUMesh::deepCpy
98  */
99 MEDCouplingPointSet *MEDCouplingUMesh::deepCpyConnectivityOnly() const
100 {
101   checkConnectivityFullyDefined();
102   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret=clone(false);
103   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> c(getNodalConnectivity()->deepCpy()),ci(getNodalConnectivityIndex()->deepCpy());
104   ret->setConnectivity(c,ci);
105   return ret.retn();
106 }
107
108 void MEDCouplingUMesh::shallowCopyConnectivityFrom(const MEDCouplingPointSet *other)
109 {
110   if(!other)
111     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::shallowCopyConnectivityFrom : input pointer is null !");
112   const MEDCouplingUMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDCouplingUMesh *>(other);
113   if(!otherC)
114     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::shallowCopyConnectivityFrom : input pointer is not an MEDCouplingUMesh instance !");
115   MEDCouplingUMesh *otherC2=const_cast<MEDCouplingUMesh *>(otherC);//sorry :(
116   setConnectivity(otherC2->getNodalConnectivity(),otherC2->getNodalConnectivityIndex(),true);
117 }
118
119 std::size_t MEDCouplingUMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
120 {
121   std::size_t ret(MEDCouplingPointSet::getHeapMemorySizeWithoutChildren());
122   return ret;
123 }
124
125 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDCouplingUMesh::getDirectChildren() const
126 {
127   std::vector<const BigMemoryObject *> ret(MEDCouplingPointSet::getDirectChildren());
128   if(_nodal_connec)
129     ret.push_back(_nodal_connec);
130   if(_nodal_connec_index)
131     ret.push_back(_nodal_connec_index);
132   return ret;
133 }
134
135 void MEDCouplingUMesh::updateTime() const
136 {
137   MEDCouplingPointSet::updateTime();
138   if(_nodal_connec)
139     {
140       updateTimeWith(*_nodal_connec);
141     }
142   if(_nodal_connec_index)
143     {
144       updateTimeWith(*_nodal_connec_index);
145     }
146 }
147
148 MEDCouplingUMesh::MEDCouplingUMesh():_mesh_dim(-2),_nodal_connec(0),_nodal_connec_index(0)
149 {
150 }
151
152 /*!
153  * Checks if \a this mesh is well defined. If no exception is thrown by this method,
154  * then \a this mesh is most probably is writable, exchangeable and available for most
155  * of algorithms. When a mesh is constructed from scratch, it is a good habit to call
156  * this method to check that all is in order with \a this mesh.
157  *  \throw If the mesh dimension is not set.
158  *  \throw If the coordinates array is not set (if mesh dimension != -1 ).
159  *  \throw If \a this mesh contains elements of dimension different from the mesh dimension.
160  *  \throw If the connectivity data array has more than one component.
161  *  \throw If the connectivity data array has a named component.
162  *  \throw If the connectivity index data array has more than one component.
163  *  \throw If the connectivity index data array has a named component.
164  */
165 void MEDCouplingUMesh::checkCoherency() const
166 {
167   if(_mesh_dim<-1)
168    throw INTERP_KERNEL::Exception("No mesh dimension specified !");
169   if(_mesh_dim!=-1)
170     MEDCouplingPointSet::checkCoherency();
171   for(std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>::const_iterator iter=_types.begin();iter!=_types.end();iter++)
172     {
173       if((int)INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(*iter).getDimension()!=_mesh_dim)
174         {
175           std::ostringstream message;
176           message << "Mesh invalid because dimension is " << _mesh_dim << " and there is presence of cell(s) with type " << (*iter);
177           throw INTERP_KERNEL::Exception(message.str().c_str());
178         }
179     }
180   if(_nodal_connec)
181     {
182       if(_nodal_connec->getNumberOfComponents()!=1)
183         throw INTERP_KERNEL::Exception("Nodal connectivity array is expected to be with number of components set to one !");
184       if(_nodal_connec->getInfoOnComponent(0)!="")
185         throw INTERP_KERNEL::Exception("Nodal connectivity array is expected to have no info on its single component !");
186     }
187   else
188     if(_mesh_dim!=-1)
189       throw INTERP_KERNEL::Exception("Nodal connectivity array is not defined !");
190   if(_nodal_connec_index)
191     {
192       if(_nodal_connec_index->getNumberOfComponents()!=1)
193         throw INTERP_KERNEL::Exception("Nodal connectivity index array is expected to be with number of components set to one !");
194       if(_nodal_connec_index->getInfoOnComponent(0)!="")
195         throw INTERP_KERNEL::Exception("Nodal connectivity index array is expected to have no info on its single component !");
196     }
197   else
198     if(_mesh_dim!=-1)
199       throw INTERP_KERNEL::Exception("Nodal connectivity index array is not defined !");
200 }
201
202 /*!
203  * Checks if \a this mesh is well defined. If no exception is thrown by this method,
204  * then \a this mesh is most probably is writable, exchangeable and available for all
205  * algorithms. <br> In addition to the checks performed by checkCoherency(), this
206  * method thoroughly checks the nodal connectivity.
207  *  \param [in] eps - a not used parameter.
208  *  \throw If the mesh dimension is not set.
209  *  \throw If the coordinates array is not set (if mesh dimension != -1 ).
210  *  \throw If \a this mesh contains elements of dimension different from the mesh dimension.
211  *  \throw If the connectivity data array has more than one component.
212  *  \throw If the connectivity data array has a named component.
213  *  \throw If the connectivity index data array has more than one component.
214  *  \throw If the connectivity index data array has a named component.
215  *  \throw If number of nodes defining an element does not correspond to the type of element.
216  *  \throw If the nodal connectivity includes an invalid node id.
217  */
218 void MEDCouplingUMesh::checkCoherency1(double eps) const
219 {
220   checkCoherency();
221   if(_mesh_dim==-1)
222     return ;
223   int meshDim=getMeshDimension();
224   int nbOfNodes=getNumberOfNodes();
225   int nbOfCells=getNumberOfCells();
226   const int *ptr=_nodal_connec->getConstPointer();
227   const int *ptrI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
228   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
229     {
230       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)ptr[ptrI[i]]);
231       if((int)cm.getDimension()!=meshDim)
232         {
233           std::ostringstream oss;
234           oss << "MEDCouplingUMesh::checkCoherency1 : cell << #" << i<< " with type Type " << cm.getRepr() << " in 'this' whereas meshdim == " << meshDim << " !";
235           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
236         }
237       int nbOfNodesInCell=ptrI[i+1]-ptrI[i]-1;
238       if(!cm.isDynamic())
239         if(nbOfNodesInCell!=(int)cm.getNumberOfNodes())
240           {
241             std::ostringstream oss;
242             oss << "MEDCouplingUMesh::checkCoherency1 : cell #" << i << " with static Type '" << cm.getRepr() << "' has " <<  cm.getNumberOfNodes();
243             oss << " nodes whereas in connectivity there is " << nbOfNodesInCell << " nodes ! Looks very bad !";
244             throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
245           }
246       for(const int *w=ptr+ptrI[i]+1;w!=ptr+ptrI[i+1];w++)
247         {
248           int nodeId=*w;
249           if(nodeId>=0)
250             {
251               if(nodeId>=nbOfNodes)
252                 {
253                   std::ostringstream oss; oss << "Cell #" << i << " is consituted of node #" << nodeId << " whereas there are only " << nbOfNodes << " nodes !";
254                   throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
255                 }
256             }
257           else if(nodeId<-1)
258             {
259               std::ostringstream oss; oss << "Cell #" << i << " is consituted of node #" << nodeId << " in connectivity ! sounds bad !";
260               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
261             }
262           else
263             {
264               if((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)(ptr[ptrI[i]])!=INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED)
265                 {
266                   std::ostringstream oss; oss << "Cell #" << i << " is consituted of node #-1 in connectivity ! sounds bad !";
267                   throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
268                 }
269             }
270         }
271     }
272 }
273
274
275 /*!
276  * Checks if \a this mesh is well defined. If no exception is thrown by this method,
277  * then \a this mesh is most probably is writable, exchangeable and available for all
278  * algorithms. <br> This method performs the same checks as checkCoherency1() does. 
279  *  \param [in] eps - a not used parameter.
280  *  \throw If the mesh dimension is not set.
281  *  \throw If the coordinates array is not set (if mesh dimension != -1 ).
282  *  \throw If \a this mesh contains elements of dimension different from the mesh dimension.
283  *  \throw If the connectivity data array has more than one component.
284  *  \throw If the connectivity data array has a named component.
285  *  \throw If the connectivity index data array has more than one component.
286  *  \throw If the connectivity index data array has a named component.
287  *  \throw If number of nodes defining an element does not correspond to the type of element.
288  *  \throw If the nodal connectivity includes an invalid node id.
289  */
290 void MEDCouplingUMesh::checkCoherency2(double eps) const
291 {
292   checkCoherency1(eps);
293 }
294
295 /*!
296  * Sets dimension of \a this mesh. The mesh dimension in general depends on types of
297  * elements contained in the mesh. For more info on the mesh dimension see
298  * \ref MEDCouplingUMeshPage.
299  *  \param [in] meshDim - a new mesh dimension.
300  *  \throw If \a meshDim is invalid. A valid range is <em> -1 <= meshDim <= 3</em>.
301  */
302 void MEDCouplingUMesh::setMeshDimension(int meshDim)
303 {
304   if(meshDim<-1 || meshDim>3)
305     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid meshDim specified ! Must be greater or equal to -1 and lower or equal to 3 !");
306   _mesh_dim=meshDim;
307   declareAsNew();
308 }
309
310 /*!
311  * Allocates memory to store an estimation of the given number of cells. Closer is the estimation to the number of cells effectively inserted,
312  * less will be the needs to realloc. If the number of cells to be inserted is not known simply put 0 to this parameter.
313  * If a nodal connectivity previouly existed before the call of this method, it will be reset.
314  *
315  *  \param [in] nbOfCells - estimation of the number of cell \a this mesh will contain.
316  *
317  *  \ref medcouplingcppexamplesUmeshStdBuild1 "Here is a C++ example".<br>
318  *  \ref medcouplingpyexamplesUmeshStdBuild1 "Here is a Python example".
319  */
320 void MEDCouplingUMesh::allocateCells(int nbOfCells)
321 {
322   if(nbOfCells<0)
323     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::allocateCells : the input number of cells should be >= 0 !");
324   if(_nodal_connec_index)
325     {
326       _nodal_connec_index->decrRef();
327     }
328   if(_nodal_connec)
329     {
330       _nodal_connec->decrRef();
331     }
332   _nodal_connec_index=DataArrayInt::New();
333   _nodal_connec_index->reserve(nbOfCells+1);
334   _nodal_connec_index->pushBackSilent(0);
335   _nodal_connec=DataArrayInt::New();
336   _nodal_connec->reserve(2*nbOfCells);
337   _types.clear();
338   declareAsNew();
339 }
340
341 /*!
342  * Appends a cell to the connectivity array. For deeper understanding what is
343  * happening see \ref MEDCouplingUMeshNodalConnectivity.
344  *  \param [in] type - type of cell to add.
345  *  \param [in] size - number of nodes constituting this cell.
346  *  \param [in] nodalConnOfCell - the connectivity of the cell to add.
347  * 
348  *  \ref medcouplingcppexamplesUmeshStdBuild1 "Here is a C++ example".<br>
349  *  \ref medcouplingpyexamplesUmeshStdBuild1 "Here is a Python example".
350  */
351 void MEDCouplingUMesh::insertNextCell(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type, int size, const int *nodalConnOfCell)
352 {
353   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(type);
354   if(_nodal_connec_index==0)
355     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::insertNextCell : nodal connectivity not set ! invoke allocateCells before calling insertNextCell !");
356   if((int)cm.getDimension()==_mesh_dim)
357     {
358       if(!cm.isDynamic())
359         if(size!=(int)cm.getNumberOfNodes())
360           {
361             std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::insertNextCell : Trying to push a " << cm.getRepr() << " cell with a size of " << size;
362             oss << " ! Expecting " << cm.getNumberOfNodes() << " !";
363             throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
364           }
365       int idx=_nodal_connec_index->back();
366       int val=idx+size+1;
367       _nodal_connec_index->pushBackSilent(val);
368       _nodal_connec->writeOnPlace(idx,type,nodalConnOfCell,size);
369       _types.insert(type);
370     }
371   else
372     {
373       std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::insertNextCell : cell type " << cm.getRepr() << " has a dimension " << cm.getDimension();
374       oss << " whereas Mesh Dimension of current UMesh instance is set to " << _mesh_dim << " ! Please invoke \"setMeshDimension\" method before or invoke ";
375       oss << "\"MEDCouplingUMesh::New\" static method with 2 parameters name and meshDimension !";
376       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
377     }
378 }
379
380 /*!
381  * Compacts data arrays to release unused memory. This method is to be called after
382  * finishing cell insertion using \a this->insertNextCell().
383  * 
384  *  \ref medcouplingcppexamplesUmeshStdBuild1 "Here is a C++ example".<br>
385  *  \ref medcouplingpyexamplesUmeshStdBuild1 "Here is a Python example".
386  */
387 void MEDCouplingUMesh::finishInsertingCells()
388 {
389   _nodal_connec->pack();
390   _nodal_connec_index->pack();
391   _nodal_connec->declareAsNew();
392   _nodal_connec_index->declareAsNew();
393   updateTime();
394 }
395
396 /*!
397  * Entry point for iteration over cells of this. Warning the returned cell iterator should be deallocated.
398  * Useful for python users.
399  */
400 MEDCouplingUMeshCellIterator *MEDCouplingUMesh::cellIterator()
401 {
402   return new MEDCouplingUMeshCellIterator(this);
403 }
404
405 /*!
406  * Entry point for iteration over cells groups geo types per geotypes. Warning the returned cell iterator should be deallocated.
407  * If \a this is not so that that cells are grouped by geo types this method will throw an exception.
408  * In this case MEDCouplingUMesh::sortCellsInMEDFileFrmt or MEDCouplingUMesh::rearrange2ConsecutiveCellTypes methods for example can be called before invoking this method.
409  * Useful for python users.
410  */
411 MEDCouplingUMeshCellByTypeEntry *MEDCouplingUMesh::cellsByType()
412 {
413   if(!checkConsecutiveCellTypes())
414     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::cellsByType : this mesh is not sorted by type !");
415   return new MEDCouplingUMeshCellByTypeEntry(this);
416 }
417
418 /*!
419  * Returns a set of all cell types available in \a this mesh.
420  * \return std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> - the set of cell types.
421  * \warning this method does not throw any exception even if \a this is not defined.
422  * \sa MEDCouplingUMesh::getAllGeoTypesSorted
423  */
424 std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> MEDCouplingUMesh::getAllGeoTypes() const
425 {
426   return _types;
427 }
428
429 /*!
430  * This method returns the sorted list of geometric types in \a this.
431  * Sorted means in the same order than the cells in \a this. A single entry in return vector means the maximal chunk of consecutive cells in \a this
432  * having the same geometric type. So a same geometric type can appear more than once if the cells are not sorted per geometric type.
433  *
434  * \throw if connectivity in \a this is not correctly defined.
435  *  
436  * \sa MEDCouplingMesh::getAllGeoTypes
437  */
438 std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> MEDCouplingUMesh::getAllGeoTypesSorted() const
439 {
440   std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> ret;
441   checkConnectivityFullyDefined();
442   int nbOfCells(getNumberOfCells());
443   if(nbOfCells==0)
444     return ret;
445   if(getMeshLength()<1)
446     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::getAllGeoTypesSorted : the connectivity in this seems invalid !");
447   const int *c(_nodal_connec->begin()),*ci(_nodal_connec_index->begin());
448   ret.push_back((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)c[*ci++]);
449   for(int i=1;i<nbOfCells;i++,ci++)
450     if(ret.back()!=((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)c[*ci]))
451       ret.push_back((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)c[*ci]);
452   return ret;
453 }
454
455 /*!
456  * This method is a method that compares \a this and \a other.
457  * This method compares \b all attributes, even names and component names.
458  */
459 bool MEDCouplingUMesh::isEqualIfNotWhy(const MEDCouplingMesh *other, double prec, std::string& reason) const
460 {
461   if(!other)
462     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::isEqualIfNotWhy : input other pointer is null !");
463   std::ostringstream oss; oss.precision(15);
464   const MEDCouplingUMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDCouplingUMesh *>(other);
465   if(!otherC)
466     {
467       reason="mesh given in input is not castable in MEDCouplingUMesh !";
468       return false;
469     }
470   if(!MEDCouplingPointSet::isEqualIfNotWhy(other,prec,reason))
471     return false;
472   if(_mesh_dim!=otherC->_mesh_dim)
473     {
474       oss << "umesh dimension mismatch : this mesh dimension=" << _mesh_dim << " other mesh dimension=" <<  otherC->_mesh_dim;
475       reason=oss.str();
476       return false;
477     }
478   if(_types!=otherC->_types)
479     {
480       oss << "umesh geometric type mismatch :\nThis geometric types are :";
481       for(std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>::const_iterator iter=_types.begin();iter!=_types.end();iter++)
482         { const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(*iter); oss << cm.getRepr() << ", "; }
483       oss << "\nOther geometric types are :";
484       for(std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>::const_iterator iter=otherC->_types.begin();iter!=otherC->_types.end();iter++)
485         { const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(*iter); oss << cm.getRepr() << ", "; }
486       reason=oss.str();
487       return false;
488     }
489   if(_nodal_connec!=0 || otherC->_nodal_connec!=0)
490     if(_nodal_connec==0 || otherC->_nodal_connec==0)
491       {
492         reason="Only one UMesh between the two this and other has its nodal connectivity DataArrayInt defined !";
493         return false;
494       }
495   if(_nodal_connec!=otherC->_nodal_connec)
496     if(!_nodal_connec->isEqualIfNotWhy(*otherC->_nodal_connec,reason))
497       {
498         reason.insert(0,"Nodal connectivity DataArrayInt differ : ");
499         return false;
500       }
501   if(_nodal_connec_index!=0 || otherC->_nodal_connec_index!=0)
502     if(_nodal_connec_index==0 || otherC->_nodal_connec_index==0)
503       {
504         reason="Only one UMesh between the two this and other has its nodal connectivity index DataArrayInt defined !";
505         return false;
506       }
507   if(_nodal_connec_index!=otherC->_nodal_connec_index)
508     if(!_nodal_connec_index->isEqualIfNotWhy(*otherC->_nodal_connec_index,reason))
509       {
510         reason.insert(0,"Nodal connectivity index DataArrayInt differ : ");
511         return false;
512       }
513   return true;
514 }
515
516 /*!
517  * Checks if data arrays of this mesh (node coordinates, nodal
518  * connectivity of cells, etc) of two meshes are same. Textual data like name etc. are
519  * not considered.
520  *  \param [in] other - the mesh to compare with.
521  *  \param [in] prec - precision value used to compare node coordinates.
522  *  \return bool - \a true if the two meshes are same.
523  */
524 bool MEDCouplingUMesh::isEqualWithoutConsideringStr(const MEDCouplingMesh *other, double prec) const
525 {
526   const MEDCouplingUMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDCouplingUMesh *>(other);
527   if(!otherC)
528     return false;
529   if(!MEDCouplingPointSet::isEqualWithoutConsideringStr(other,prec))
530     return false;
531   if(_mesh_dim!=otherC->_mesh_dim)
532     return false;
533   if(_types!=otherC->_types)
534     return false;
535   if(_nodal_connec!=0 || otherC->_nodal_connec!=0)
536     if(_nodal_connec==0 || otherC->_nodal_connec==0)
537       return false;
538   if(_nodal_connec!=otherC->_nodal_connec)
539     if(!_nodal_connec->isEqualWithoutConsideringStr(*otherC->_nodal_connec))
540       return false;
541   if(_nodal_connec_index!=0 || otherC->_nodal_connec_index!=0)
542     if(_nodal_connec_index==0 || otherC->_nodal_connec_index==0)
543       return false;
544   if(_nodal_connec_index!=otherC->_nodal_connec_index)
545     if(!_nodal_connec_index->isEqualWithoutConsideringStr(*otherC->_nodal_connec_index))
546       return false;
547   return true;
548 }
549
550 /*!
551  * Checks if \a this and \a other meshes are geometrically equivalent with high
552  * probability, else an exception is thrown. The meshes are considered equivalent if
553  * (1) meshes contain the same number of nodes and the same number of elements of the
554  * same types (2) three cells of the two meshes (first, last and middle) are based
555  * on coincident nodes (with a specified precision).
556  *  \param [in] other - the mesh to compare with.
557  *  \param [in] prec - the precision used to compare nodes of the two meshes.
558  *  \throw If the two meshes do not match.
559  */
560 void MEDCouplingUMesh::checkFastEquivalWith(const MEDCouplingMesh *other, double prec) const
561 {
562  MEDCouplingPointSet::checkFastEquivalWith(other,prec);
563  const MEDCouplingUMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDCouplingUMesh *>(other);
564   if(!otherC)
565     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::checkFastEquivalWith : Two meshes are not not unstructured !"); 
566 }
567
568 /*!
569  * Returns the reverse nodal connectivity. The reverse nodal connectivity enumerates
570  * cells each node belongs to.
571  * \warning For speed reasons, this method does not check if node ids in the nodal
572  *          connectivity correspond to the size of node coordinates array.
573  * \param [in,out] revNodal - an array holding ids of cells sharing each node.
574  * \param [in,out] revNodalIndx - an array, of length \a this->getNumberOfNodes() + 1,
575  *        dividing cell ids in \a revNodal into groups each referring to one
576  *        node. Its every element (except the last one) is an index pointing to the
577  *         first id of a group of cells. For example cells sharing the node #1 are 
578  *        described by following range of indices: 
579  *        [ \a revNodalIndx[1], \a revNodalIndx[2] ) and the cell ids are
580  *        \a revNodal[ \a revNodalIndx[1] ], \a revNodal[ \a revNodalIndx[1] + 1], ...
581  *        Number of cells sharing the *i*-th node is
582  *        \a revNodalIndx[ *i*+1 ] - \a revNodalIndx[ *i* ].
583  * \throw If the coordinates array is not set.
584  * \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
585  * 
586  * \ref cpp_mcumesh_getReverseNodalConnectivity "Here is a C++ example".<br>
587  * \ref  py_mcumesh_getReverseNodalConnectivity "Here is a Python example".
588  */
589 void MEDCouplingUMesh::getReverseNodalConnectivity(DataArrayInt *revNodal, DataArrayInt *revNodalIndx) const
590 {
591   checkFullyDefined();
592   int nbOfNodes=getNumberOfNodes();
593   int *revNodalIndxPtr=(int *)malloc((nbOfNodes+1)*sizeof(int));
594   revNodalIndx->useArray(revNodalIndxPtr,true,C_DEALLOC,nbOfNodes+1,1);
595   std::fill(revNodalIndxPtr,revNodalIndxPtr+nbOfNodes+1,0);
596   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
597   const int *connIndex=_nodal_connec_index->getConstPointer();
598   int nbOfCells=getNumberOfCells();
599   int nbOfEltsInRevNodal=0;
600   for(int eltId=0;eltId<nbOfCells;eltId++)
601     {
602       const int *strtNdlConnOfCurCell=conn+connIndex[eltId]+1;
603       const int *endNdlConnOfCurCell=conn+connIndex[eltId+1];
604       for(const int *iter=strtNdlConnOfCurCell;iter!=endNdlConnOfCurCell;iter++)
605         if(*iter>=0)//for polyhedrons
606           {
607             nbOfEltsInRevNodal++;
608             revNodalIndxPtr[(*iter)+1]++;
609           }
610     }
611   std::transform(revNodalIndxPtr+1,revNodalIndxPtr+nbOfNodes+1,revNodalIndxPtr,revNodalIndxPtr+1,std::plus<int>());
612   int *revNodalPtr=(int *)malloc((nbOfEltsInRevNodal)*sizeof(int));
613   revNodal->useArray(revNodalPtr,true,C_DEALLOC,nbOfEltsInRevNodal,1);
614   std::fill(revNodalPtr,revNodalPtr+nbOfEltsInRevNodal,-1);
615   for(int eltId=0;eltId<nbOfCells;eltId++)
616     {
617       const int *strtNdlConnOfCurCell=conn+connIndex[eltId]+1;
618       const int *endNdlConnOfCurCell=conn+connIndex[eltId+1];
619       for(const int *iter=strtNdlConnOfCurCell;iter!=endNdlConnOfCurCell;iter++)
620         if(*iter>=0)//for polyhedrons
621           *std::find_if(revNodalPtr+revNodalIndxPtr[*iter],revNodalPtr+revNodalIndxPtr[*iter+1],std::bind2nd(std::equal_to<int>(),-1))=eltId;
622     }
623 }
624
625 /// @cond INTERNAL
626
627 int MEDCouplingFastNbrer(int id, unsigned nb, const INTERP_KERNEL::CellModel& cm, bool compute, const int *conn1, const int *conn2)
628 {
629   return id;
630 }
631
632 int MEDCouplingOrientationSensitiveNbrer(int id, unsigned nb, const INTERP_KERNEL::CellModel& cm, bool compute, const int *conn1, const int *conn2)
633 {
634   if(!compute)
635     return id+1;
636   else
637     {
638       if(cm.getOrientationStatus(nb,conn1,conn2))
639         return id+1;
640       else
641         return -(id+1);
642     }
643 }
644
645 class MinusOneSonsGenerator
646 {
647 public:
648   MinusOneSonsGenerator(const INTERP_KERNEL::CellModel& cm):_cm(cm) { }
649   unsigned getNumberOfSons2(const int *conn, int lgth) const { return _cm.getNumberOfSons2(conn,lgth); }
650   unsigned fillSonCellNodalConnectivity2(int sonId, const int *nodalConn, int lgth, int *sonNodalConn, INTERP_KERNEL::NormalizedCellType& typeOfSon) const { return _cm.fillSonCellNodalConnectivity2(sonId,nodalConn,lgth,sonNodalConn,typeOfSon); }
651   static const int DELTA=1;
652 private:
653   const INTERP_KERNEL::CellModel& _cm;
654 };
655
656 class MinusOneSonsGeneratorBiQuadratic
657 {
658 public:
659   MinusOneSonsGeneratorBiQuadratic(const INTERP_KERNEL::CellModel& cm):_cm(cm) { }
660   unsigned getNumberOfSons2(const int *conn, int lgth) const { return _cm.getNumberOfSons2(conn,lgth); }
661   unsigned fillSonCellNodalConnectivity2(int sonId, const int *nodalConn, int lgth, int *sonNodalConn, INTERP_KERNEL::NormalizedCellType& typeOfSon) const { return _cm.fillSonCellNodalConnectivity4(sonId,nodalConn,lgth,sonNodalConn,typeOfSon); }
662   static const int DELTA=1;
663 private:
664   const INTERP_KERNEL::CellModel& _cm;
665 };
666
667 class MinusTwoSonsGenerator
668 {
669 public:
670   MinusTwoSonsGenerator(const INTERP_KERNEL::CellModel& cm):_cm(cm) { }
671   unsigned getNumberOfSons2(const int *conn, int lgth) const { return _cm.getNumberOfEdgesIn3D(conn,lgth); }
672   unsigned fillSonCellNodalConnectivity2(int sonId, const int *nodalConn, int lgth, int *sonNodalConn, INTERP_KERNEL::NormalizedCellType& typeOfSon) const { return _cm.fillSonEdgesNodalConnectivity3D(sonId,nodalConn,lgth,sonNodalConn,typeOfSon); }
673   static const int DELTA=2;
674 private:
675   const INTERP_KERNEL::CellModel& _cm;
676 };
677
678 /// @endcond
679
680 /*!
681  * Creates a new MEDCouplingUMesh containing cells, of dimension one less than \a
682  * this->getMeshDimension(), that bound cells of \a this mesh. In addition arrays
683  * describing correspondence between cells of \a this and the result meshes are
684  * returned. The arrays \a desc and \a descIndx describe the descending connectivity,
685  * i.e. enumerate cells of the result mesh bounding each cell of \a this mesh. The
686  * arrays \a revDesc and \a revDescIndx describe the reverse descending connectivity,
687  * i.e. enumerate cells of  \a this mesh bounded by each cell of the result mesh. 
688  * \warning For speed reasons, this method does not check if node ids in the nodal
689  *          connectivity correspond to the size of node coordinates array.
690  * \warning Cells of the result mesh are \b not sorted by geometric type, hence,
691  *          to write this mesh to the MED file, its cells must be sorted using
692  *          sortCellsInMEDFileFrmt().
693  *  \param [in,out] desc - the array containing cell ids of the result mesh bounding
694  *         each cell of \a this mesh.
695  *  \param [in,out] descIndx - the array, of length \a this->getNumberOfCells() + 1,
696  *        dividing cell ids in \a desc into groups each referring to one
697  *        cell of \a this mesh. Its every element (except the last one) is an index
698  *        pointing to the first id of a group of cells. For example cells of the
699  *        result mesh bounding the cell #1 of \a this mesh are described by following
700  *        range of indices:
701  *        [ \a descIndx[1], \a descIndx[2] ) and the cell ids are
702  *        \a desc[ \a descIndx[1] ], \a desc[ \a descIndx[1] + 1], ...
703  *        Number of cells of the result mesh sharing the *i*-th cell of \a this mesh is
704  *        \a descIndx[ *i*+1 ] - \a descIndx[ *i* ].
705  *  \param [in,out] revDesc - the array containing cell ids of \a this mesh bounded
706  *         by each cell of the result mesh.
707  *  \param [in,out] revDescIndx - the array, of length one more than number of cells
708  *        in the result mesh,
709  *        dividing cell ids in \a revDesc into groups each referring to one
710  *        cell of the result mesh the same way as \a descIndx divides \a desc.
711  *  \return MEDCouplingUMesh * - a new instance of MEDCouplingUMesh. The caller is to
712  *        delete this mesh using decrRef() as it is no more needed.
713  *  \throw If the coordinates array is not set.
714  *  \throw If the nodal connectivity of cells is node defined.
715  *  \throw If \a desc == NULL || \a descIndx == NULL || \a revDesc == NULL || \a
716  *         revDescIndx == NULL.
717  * 
718  *  \ref cpp_mcumesh_buildDescendingConnectivity "Here is a C++ example".<br>
719  *  \ref  py_mcumesh_buildDescendingConnectivity "Here is a Python example".
720  * \sa buildDescendingConnectivity2()
721  */
722 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::buildDescendingConnectivity(DataArrayInt *desc, DataArrayInt *descIndx, DataArrayInt *revDesc, DataArrayInt *revDescIndx) const
723 {
724   return buildDescendingConnectivityGen<MinusOneSonsGenerator>(desc,descIndx,revDesc,revDescIndx,MEDCouplingFastNbrer);
725 }
726
727 /*!
728  * \a this has to have a mesh dimension equal to 3. If it is not the case an INTERP_KERNEL::Exception will be thrown.
729  * This behaves exactly as MEDCouplingUMesh::buildDescendingConnectivity does except that this method compute directly the transition from mesh dimension 3 to sub edges (dimension 1)
730  * in one shot. That is to say that this method is equivalent to 2 successive calls to MEDCouplingUMesh::buildDescendingConnectivity.
731  * This method returns 4 arrays and a mesh as MEDCouplingUMesh::buildDescendingConnectivity does.
732  * \sa MEDCouplingUMesh::buildDescendingConnectivity
733  */
734 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::explode3DMeshTo1D(DataArrayInt *desc, DataArrayInt *descIndx, DataArrayInt *revDesc, DataArrayInt *revDescIndx) const
735 {
736   checkFullyDefined();
737   if(getMeshDimension()!=3)
738     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::explode3DMeshTo1D : This has to have a mesh dimension to 3 !");
739   return buildDescendingConnectivityGen<MinusTwoSonsGenerator>(desc,descIndx,revDesc,revDescIndx,MEDCouplingFastNbrer);
740 }
741
742 /*!
743  * Creates a new MEDCouplingUMesh containing cells, of dimension one less than \a
744  * this->getMeshDimension(), that bound cells of \a this mesh. In
745  * addition arrays describing correspondence between cells of \a this and the result
746  * meshes are returned. The arrays \a desc and \a descIndx describe the descending
747  * connectivity, i.e. enumerate cells of the result mesh bounding each cell of \a this
748  *  mesh. This method differs from buildDescendingConnectivity() in that apart
749  * from cell ids, \a desc returns mutual orientation of cells in \a this and the
750  * result meshes. So a positive id means that order of nodes in corresponding cells
751  * of two meshes is same, and a negative id means a reverse order of nodes. Since a
752  * cell with id #0 can't be negative, the array \a desc returns ids in FORTRAN mode,
753  * i.e. cell ids are one-based.
754  * Arrays \a revDesc and \a revDescIndx describe the reverse descending connectivity,
755  * i.e. enumerate cells of  \a this mesh bounded by each cell of the result mesh. 
756  * \warning For speed reasons, this method does not check if node ids in the nodal
757  *          connectivity correspond to the size of node coordinates array.
758  * \warning Cells of the result mesh are \b not sorted by geometric type, hence,
759  *          to write this mesh to the MED file, its cells must be sorted using
760  *          sortCellsInMEDFileFrmt().
761  *  \param [in,out] desc - the array containing cell ids of the result mesh bounding
762  *         each cell of \a this mesh.
763  *  \param [in,out] descIndx - the array, of length \a this->getNumberOfCells() + 1,
764  *        dividing cell ids in \a desc into groups each referring to one
765  *        cell of \a this mesh. Its every element (except the last one) is an index
766  *        pointing to the first id of a group of cells. For example cells of the
767  *        result mesh bounding the cell #1 of \a this mesh are described by following
768  *        range of indices:
769  *        [ \a descIndx[1], \a descIndx[2] ) and the cell ids are
770  *        \a desc[ \a descIndx[1] ], \a desc[ \a descIndx[1] + 1], ...
771  *        Number of cells of the result mesh sharing the *i*-th cell of \a this mesh is
772  *        \a descIndx[ *i*+1 ] - \a descIndx[ *i* ].
773  *  \param [in,out] revDesc - the array containing cell ids of \a this mesh bounded
774  *         by each cell of the result mesh.
775  *  \param [in,out] revDescIndx - the array, of length one more than number of cells
776  *        in the result mesh,
777  *        dividing cell ids in \a revDesc into groups each referring to one
778  *        cell of the result mesh the same way as \a descIndx divides \a desc.
779  *  \return MEDCouplingUMesh * - a new instance of MEDCouplingUMesh. This result mesh
780  *        shares the node coordinates array with \a this mesh. The caller is to
781  *        delete this mesh using decrRef() as it is no more needed.
782  *  \throw If the coordinates array is not set.
783  *  \throw If the nodal connectivity of cells is node defined.
784  *  \throw If \a desc == NULL || \a descIndx == NULL || \a revDesc == NULL || \a
785  *         revDescIndx == NULL.
786  * 
787  *  \ref cpp_mcumesh_buildDescendingConnectivity2 "Here is a C++ example".<br>
788  *  \ref  py_mcumesh_buildDescendingConnectivity2 "Here is a Python example".
789  * \sa buildDescendingConnectivity()
790  */
791 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::buildDescendingConnectivity2(DataArrayInt *desc, DataArrayInt *descIndx, DataArrayInt *revDesc, DataArrayInt *revDescIndx) const
792 {
793   return buildDescendingConnectivityGen<MinusOneSonsGenerator>(desc,descIndx,revDesc,revDescIndx,MEDCouplingOrientationSensitiveNbrer);
794 }
795
796 /*!
797  * \b WARNING this method do the assumption that connectivity lies on the coordinates set.
798  * For speed reasons no check of this will be done. This method calls MEDCouplingUMesh::buildDescendingConnectivity to compute the result.
799  * This method lists cell by cell in \b this which are its neighbors. To compute the result only connectivities are considered.
800  * The a cell with id 'cellId' its neighbors are neighbors[neighborsIndx[cellId]:neighborsIndx[cellId+1]].
801  *
802  * \param [out] neighbors is an array storing all the neighbors of all cells in \b this. This array is newly allocated and should be dealt by the caller. \b neighborsIndx 2nd output
803  *                        parameter allows to select the right part in this array. The number of tuples is equal to the last values in \b neighborsIndx.
804  * \param [out] neighborsIndx is an array of size this->getNumberOfCells()+1 newly allocated and should be dealt by the caller. This arrays allow to use the first output parameter \b neighbors.
805  */
806 void MEDCouplingUMesh::computeNeighborsOfCells(DataArrayInt *&neighbors, DataArrayInt *&neighborsIndx) const
807 {
808   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> desc=DataArrayInt::New();
809   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> descIndx=DataArrayInt::New();
810   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> revDesc=DataArrayInt::New();
811   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> revDescIndx=DataArrayInt::New();
812   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> meshDM1=buildDescendingConnectivity(desc,descIndx,revDesc,revDescIndx);
813   meshDM1=0;
814   ComputeNeighborsOfCellsAdv(desc,descIndx,revDesc,revDescIndx,neighbors,neighborsIndx);
815 }
816
817 /*!
818  * This method is called by MEDCouplingUMesh::computeNeighborsOfCells. This methods performs the algorithm of MEDCouplingUMesh::computeNeighborsOfCells.
819  * This method is useful for users that want to reduce along a criterion the set of neighbours cell. This is typically the case to extract a set a neighbours,
820  * excluding a set of meshdim-1 cells in input descending connectivity.
821  * Typically \b desc, \b descIndx, \b revDesc and \b revDescIndx input params are the result of MEDCouplingUMesh::buildDescendingConnectivity.
822  * This method lists cell by cell in \b this which are its neighbors. To compute the result only connectivities are considered.
823  * The a cell with id 'cellId' its neighbors are neighbors[neighborsIndx[cellId]:neighborsIndx[cellId+1]].
824  *
825  * \param [in] desc descending connectivity array.
826  * \param [in] descIndx descending connectivity index array used to walk through \b desc.
827  * \param [in] revDesc reverse descending connectivity array.
828  * \param [in] revDescIndx reverse descending connectivity index array used to walk through \b revDesc.
829  * \param [out] neighbors is an array storing all the neighbors of all cells in \b this. This array is newly allocated and should be dealt by the caller. \b neighborsIndx 2nd output
830  *                        parameter allows to select the right part in this array. The number of tuples is equal to the last values in \b neighborsIndx.
831  * \param [out] neighborsIndx is an array of size this->getNumberOfCells()+1 newly allocated and should be dealt by the caller. This arrays allow to use the first output parameter \b neighbors.
832  */
833 void MEDCouplingUMesh::ComputeNeighborsOfCellsAdv(const DataArrayInt *desc, const DataArrayInt *descIndx, const DataArrayInt *revDesc, const DataArrayInt *revDescIndx,
834                                                   DataArrayInt *&neighbors, DataArrayInt *&neighborsIndx) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
835 {
836   if(!desc || !descIndx || !revDesc || !revDescIndx)
837     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::ComputeNeighborsOfCellsAdv some input array is empty !");
838   const int *descPtr=desc->getConstPointer();
839   const int *descIPtr=descIndx->getConstPointer();
840   const int *revDescPtr=revDesc->getConstPointer();
841   const int *revDescIPtr=revDescIndx->getConstPointer();
842   //
843   int nbCells=descIndx->getNumberOfTuples()-1;
844   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> out0=DataArrayInt::New();
845   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> out1=DataArrayInt::New(); out1->alloc(nbCells+1,1);
846   int *out1Ptr=out1->getPointer();
847   *out1Ptr++=0;
848   out0->reserve(desc->getNumberOfTuples());
849   for(int i=0;i<nbCells;i++,descIPtr++,out1Ptr++)
850     {
851       for(const int *w1=descPtr+descIPtr[0];w1!=descPtr+descIPtr[1];w1++)
852         {
853           std::set<int> s(revDescPtr+revDescIPtr[*w1],revDescPtr+revDescIPtr[(*w1)+1]);
854           s.erase(i);
855           out0->insertAtTheEnd(s.begin(),s.end());
856         }
857       *out1Ptr=out0->getNumberOfTuples();
858     }
859   neighbors=out0.retn();
860   neighborsIndx=out1.retn();
861 }
862
863 /// @cond INTERNAL
864
865 /*!
866  * \b WARNING this method do the assumption that connectivity lies on the coordinates set.
867  * For speed reasons no check of this will be done.
868  */
869 template<class SonsGenerator>
870 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::buildDescendingConnectivityGen(DataArrayInt *desc, DataArrayInt *descIndx, DataArrayInt *revDesc, DataArrayInt *revDescIndx, DimM1DescNbrer nbrer) const
871 {
872   if(!desc || !descIndx || !revDesc || !revDescIndx)
873     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::buildDescendingConnectivityGen : present of a null pointer in input !");
874   checkConnectivityFullyDefined();
875   int nbOfCells=getNumberOfCells();
876   int nbOfNodes=getNumberOfNodes();
877   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> revNodalIndx=DataArrayInt::New(); revNodalIndx->alloc(nbOfNodes+1,1); revNodalIndx->fillWithZero();
878   int *revNodalIndxPtr=revNodalIndx->getPointer();
879   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
880   const int *connIndex=_nodal_connec_index->getConstPointer();
881   std::string name="Mesh constituent of "; name+=getName();
882   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret=MEDCouplingUMesh::New(name.c_str(),getMeshDimension()-SonsGenerator::DELTA);
883   ret->setCoords(getCoords());
884   ret->allocateCells(2*nbOfCells);
885   descIndx->alloc(nbOfCells+1,1);
886   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> revDesc2(DataArrayInt::New()); revDesc2->reserve(2*nbOfCells);
887   int *descIndxPtr=descIndx->getPointer(); *descIndxPtr++=0;
888   for(int eltId=0;eltId<nbOfCells;eltId++,descIndxPtr++)
889     {
890       int pos=connIndex[eltId];
891       int posP1=connIndex[eltId+1];
892       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[pos]);
893       SonsGenerator sg(cm);
894       unsigned nbOfSons=sg.getNumberOfSons2(conn+pos+1,posP1-pos-1);
895       INTERP_KERNEL::AutoPtr<int> tmp=new int[posP1-pos];
896       for(unsigned i=0;i<nbOfSons;i++)
897         {
898           INTERP_KERNEL::NormalizedCellType cmsId;
899           unsigned nbOfNodesSon=sg.fillSonCellNodalConnectivity2(i,conn+pos+1,posP1-pos-1,tmp,cmsId);
900           for(unsigned k=0;k<nbOfNodesSon;k++)
901             if(tmp[k]>=0)
902               revNodalIndxPtr[tmp[k]+1]++;
903           ret->insertNextCell(cmsId,nbOfNodesSon,tmp);
904           revDesc2->pushBackSilent(eltId);
905         }
906       descIndxPtr[0]=descIndxPtr[-1]+(int)nbOfSons;
907     }
908   int nbOfCellsM1=ret->getNumberOfCells();
909   std::transform(revNodalIndxPtr+1,revNodalIndxPtr+nbOfNodes+1,revNodalIndxPtr,revNodalIndxPtr+1,std::plus<int>());
910   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> revNodal=DataArrayInt::New(); revNodal->alloc(revNodalIndx->back(),1);
911   std::fill(revNodal->getPointer(),revNodal->getPointer()+revNodalIndx->back(),-1);
912   int *revNodalPtr=revNodal->getPointer();
913   const int *connM1=ret->getNodalConnectivity()->getConstPointer();
914   const int *connIndexM1=ret->getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
915   for(int eltId=0;eltId<nbOfCellsM1;eltId++)
916     {
917       const int *strtNdlConnOfCurCell=connM1+connIndexM1[eltId]+1;
918       const int *endNdlConnOfCurCell=connM1+connIndexM1[eltId+1];
919       for(const int *iter=strtNdlConnOfCurCell;iter!=endNdlConnOfCurCell;iter++)
920         if(*iter>=0)//for polyhedrons
921           *std::find_if(revNodalPtr+revNodalIndxPtr[*iter],revNodalPtr+revNodalIndxPtr[*iter+1],std::bind2nd(std::equal_to<int>(),-1))=eltId;
922     }
923   //
924   DataArrayInt *commonCells=0,*commonCellsI=0;
925   FindCommonCellsAlg(3,0,ret->getNodalConnectivity(),ret->getNodalConnectivityIndex(),revNodal,revNodalIndx,commonCells,commonCellsI);
926   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> commonCellsTmp(commonCells),commonCellsITmp(commonCellsI);
927   const int *commonCellsPtr(commonCells->getConstPointer()),*commonCellsIPtr(commonCellsI->getConstPointer());
928   int newNbOfCellsM1=-1;
929   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> o2nM1=DataArrayInt::BuildOld2NewArrayFromSurjectiveFormat2(nbOfCellsM1,commonCells->begin(),
930                                                                                                             commonCellsI->begin(),commonCellsI->end(),newNbOfCellsM1);
931   std::vector<bool> isImpacted(nbOfCellsM1,false);
932   for(const int *work=commonCellsI->begin();work!=commonCellsI->end()-1;work++)
933     for(int work2=work[0];work2!=work[1];work2++)
934       isImpacted[commonCellsPtr[work2]]=true;
935   const int *o2nM1Ptr=o2nM1->getConstPointer();
936   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> n2oM1=o2nM1->invertArrayO2N2N2OBis(newNbOfCellsM1);
937   const int *n2oM1Ptr=n2oM1->getConstPointer();
938   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret2=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(ret->buildPartOfMySelf(n2oM1->begin(),n2oM1->end(),true));
939   ret2->copyTinyInfoFrom(this);
940   desc->alloc(descIndx->back(),1);
941   int *descPtr=desc->getPointer();
942   const INTERP_KERNEL::CellModel& cmsDft=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(INTERP_KERNEL::NORM_POINT1);
943   for(int i=0;i<nbOfCellsM1;i++,descPtr++)
944     {
945       if(!isImpacted[i])
946         *descPtr=nbrer(o2nM1Ptr[i],0,cmsDft,false,0,0);
947       else
948         {
949           if(i!=n2oM1Ptr[o2nM1Ptr[i]])
950             {
951               const INTERP_KERNEL::CellModel& cms=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)connM1[connIndexM1[i]]);
952               *descPtr=nbrer(o2nM1Ptr[i],connIndexM1[i+1]-connIndexM1[i]-1,cms,true,connM1+connIndexM1[n2oM1Ptr[o2nM1Ptr[i]]]+1,connM1+connIndexM1[i]+1);
953             }
954           else
955             *descPtr=nbrer(o2nM1Ptr[i],0,cmsDft,false,0,0);
956         }
957     }
958   revDesc->reserve(newNbOfCellsM1);
959   revDescIndx->alloc(newNbOfCellsM1+1,1);
960   int *revDescIndxPtr=revDescIndx->getPointer(); *revDescIndxPtr++=0;
961   const int *revDesc2Ptr=revDesc2->getConstPointer();
962   for(int i=0;i<newNbOfCellsM1;i++,revDescIndxPtr++)
963     {
964       int oldCellIdM1=n2oM1Ptr[i];
965       if(!isImpacted[oldCellIdM1])
966         {
967           revDesc->pushBackSilent(revDesc2Ptr[oldCellIdM1]);
968           revDescIndxPtr[0]=revDescIndxPtr[-1]+1;
969         }
970       else
971         {
972           for(int j=commonCellsIPtr[0];j<commonCellsIPtr[1];j++)
973             revDesc->pushBackSilent(revDesc2Ptr[commonCellsPtr[j]]);
974           revDescIndxPtr[0]=revDescIndxPtr[-1]+commonCellsIPtr[1]-commonCellsIPtr[0];
975           commonCellsIPtr++;
976         }
977     }
978   //
979   return ret2.retn();
980 }
981
982 struct MEDCouplingAccVisit
983 {
984   MEDCouplingAccVisit():_new_nb_of_nodes(0) { }
985   int operator()(int val) { if(val!=-1) return _new_nb_of_nodes++; else return -1; }
986   int _new_nb_of_nodes;
987 };
988
989 /// @endcond
990
991 /*!
992  * Converts specified cells to either polygons (if \a this is a 2D mesh) or
993  * polyhedrons (if \a this is a 3D mesh). The cells to convert are specified by an
994  * array of cell ids. Pay attention that after conversion all algorithms work slower
995  * with \a this mesh than before conversion. <br> If an exception is thrown during the
996  * conversion due presence of invalid ids in the array of cells to convert, as a
997  * result \a this mesh contains some already converted elements. In this case the 2D
998  * mesh remains valid but 3D mesh becomes \b inconsistent!
999  *  \warning This method can significantly modify the order of geometric types in \a this,
1000  *          hence, to write this mesh to the MED file, its cells must be sorted using
1001  *          sortCellsInMEDFileFrmt().
1002  *  \param [in] cellIdsToConvertBg - the array holding ids of cells to convert.
1003  *  \param [in] cellIdsToConvertEnd - a pointer to the last-plus-one-th element of \a
1004  *         cellIdsToConvertBg.
1005  *  \throw If the coordinates array is not set.
1006  *  \throw If the nodal connectivity of cells is node defined.
1007  *  \throw If dimension of \a this mesh is not either 2 or 3.
1008  *
1009  *  \ref cpp_mcumesh_convertToPolyTypes "Here is a C++ example".<br>
1010  *  \ref  py_mcumesh_convertToPolyTypes "Here is a Python example".
1011  */
1012 void MEDCouplingUMesh::convertToPolyTypes(const int *cellIdsToConvertBg, const int *cellIdsToConvertEnd)
1013 {
1014   checkFullyDefined();
1015   int dim=getMeshDimension();
1016   if(dim<2 || dim>3)
1017     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh dimension : must be 2 or 3 !");
1018   int nbOfCells=getNumberOfCells();
1019   if(dim==2)
1020     {
1021       const int *connIndex=_nodal_connec_index->getConstPointer();
1022       int *conn=_nodal_connec->getPointer();
1023       for(const int *iter=cellIdsToConvertBg;iter!=cellIdsToConvertEnd;iter++)
1024         {
1025           if(*iter>=0 && *iter<nbOfCells)
1026             {
1027               const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[connIndex[*iter]]);
1028               if(!cm.isQuadratic())
1029                 conn[connIndex[*iter]]=INTERP_KERNEL::NORM_POLYGON;
1030               else
1031                 conn[connIndex[*iter]]=INTERP_KERNEL::NORM_QPOLYG;
1032             }
1033           else
1034             {
1035               std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::convertToPolyTypes : On rank #" << std::distance(cellIdsToConvertBg,iter) << " value is " << *iter << " which is not";
1036               oss << " in range [0," << nbOfCells << ") !";
1037               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1038             }
1039         }
1040     }
1041   else
1042     {
1043       int *connIndex=_nodal_connec_index->getPointer();
1044       int connIndexLgth=_nodal_connec_index->getNbOfElems();
1045       const int *connOld=_nodal_connec->getConstPointer();
1046       int connOldLgth=_nodal_connec->getNbOfElems();
1047       std::vector<int> connNew(connOld,connOld+connOldLgth);
1048       for(const int *iter=cellIdsToConvertBg;iter!=cellIdsToConvertEnd;iter++)
1049         {
1050           if(*iter>=0 && *iter<nbOfCells)
1051             {
1052               int pos=connIndex[*iter];
1053               int posP1=connIndex[(*iter)+1];
1054               int lgthOld=posP1-pos-1;
1055               const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)connNew[pos]);
1056               connNew[pos]=INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED;
1057               unsigned nbOfFaces=cm.getNumberOfSons2(&connNew[pos+1],lgthOld);
1058               int *tmp=new int[nbOfFaces*lgthOld];
1059               int *work=tmp;
1060               for(int j=0;j<(int)nbOfFaces;j++)
1061                 {
1062                   INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type;
1063                   unsigned offset=cm.fillSonCellNodalConnectivity2(j,&connNew[pos+1],lgthOld,work,type);
1064                   work+=offset;
1065                   *work++=-1;
1066                 }
1067               std::size_t newLgth=std::distance(tmp,work)-1;
1068               std::size_t delta=newLgth-lgthOld;
1069               std::transform(connIndex+(*iter)+1,connIndex+connIndexLgth,connIndex+(*iter)+1,std::bind2nd(std::plus<int>(),delta));
1070               connNew.insert(connNew.begin()+posP1,tmp+lgthOld,tmp+newLgth);
1071               std::copy(tmp,tmp+lgthOld,connNew.begin()+pos+1);
1072               delete [] tmp;
1073             }
1074           else
1075             {
1076               std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::convertToPolyTypes : On rank #" << std::distance(cellIdsToConvertBg,iter) << " value is " << *iter << " which is not";
1077               oss << " in range [0," << nbOfCells << ") !";
1078               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1079             }
1080         }
1081       _nodal_connec->alloc((int)connNew.size(),1);
1082       int *newConnPtr=_nodal_connec->getPointer();
1083       std::copy(connNew.begin(),connNew.end(),newConnPtr);
1084     }
1085   computeTypes();
1086 }
1087
1088 /*!
1089  * Converts all cells to either polygons (if \a this is a 2D mesh) or
1090  * polyhedrons (if \a this is a 3D mesh).
1091  *  \warning As this method is purely for user-friendliness and no optimization is
1092  *          done to avoid construction of a useless vector, this method can be costly
1093  *          in memory.
1094  *  \throw If the coordinates array is not set.
1095  *  \throw If the nodal connectivity of cells is node defined.
1096  *  \throw If dimension of \a this mesh is not either 2 or 3.
1097  */
1098 void MEDCouplingUMesh::convertAllToPoly()
1099 {
1100   int nbOfCells=getNumberOfCells();
1101   std::vector<int> cellIds(nbOfCells);
1102   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
1103     cellIds[i]=i;
1104   convertToPolyTypes(&cellIds[0],&cellIds[0]+cellIds.size());
1105 }
1106
1107 /*!
1108  * Fixes nodal connectivity of invalid cells of type NORM_POLYHED. This method
1109  * expects that all NORM_POLYHED cells have connectivity similar to that of prismatic
1110  * volumes like NORM_HEXA8, NORM_PENTA6 etc., i.e. the first half of nodes describes a
1111  * base facet of the volume and the second half of nodes describes an opposite facet
1112  * having the same number of nodes as the base one. This method converts such
1113  * connectivity to a valid polyhedral format where connectivity of each facet is
1114  * explicitly described and connectivity of facets are separated by -1. If \a this mesh
1115  * contains a NORM_POLYHED cell with a valid connectivity, or an invalid connectivity is
1116  * not as expected, an exception is thrown and the mesh remains unchanged. Care of
1117  * a correct orientation of the first facet of a polyhedron, else orientation of a
1118  * corrected cell is reverse.<br>
1119  * This method is useful to build an extruded unstructured mesh with polyhedrons as
1120  * it releases the user from boring description of polyhedra connectivity in the valid
1121  * format.
1122  *  \throw If \a this->getMeshDimension() != 3.
1123  *  \throw If \a this->getSpaceDimension() != 3.
1124  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
1125  *  \throw If the coordinates array is not set.
1126  *  \throw If \a this mesh contains polyhedrons with the valid connectivity.
1127  *  \throw If \a this mesh contains polyhedrons with odd number of nodes.
1128  *
1129  *  \ref cpp_mcumesh_arePolyhedronsNotCorrectlyOriented "Here is a C++ example".<br>
1130  *  \ref  py_mcumesh_arePolyhedronsNotCorrectlyOriented "Here is a Python example".
1131  */
1132 void MEDCouplingUMesh::convertExtrudedPolyhedra()
1133 {
1134   checkFullyDefined();
1135   if(getMeshDimension()!=3 || getSpaceDimension()!=3)
1136     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::convertExtrudedPolyhedra works on umeshes with meshdim equal to 3 and spaceDim equal to 3 too!");
1137   int nbOfCells=getNumberOfCells();
1138   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newCi=DataArrayInt::New();
1139   newCi->alloc(nbOfCells+1,1);
1140   int *newci=newCi->getPointer();
1141   const int *ci=_nodal_connec_index->getConstPointer();
1142   const int *c=_nodal_connec->getConstPointer();
1143   newci[0]=0;
1144   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
1145     {
1146       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)c[ci[i]];
1147       if(type==INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED)
1148         {
1149           if(std::count(c+ci[i]+1,c+ci[i+1],-1)!=0)
1150             {
1151               std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::convertExtrudedPolyhedra : cell # " << i << " is a polhedron BUT it has NOT exactly 1 face !";
1152               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1153             }
1154           std::size_t n2=std::distance(c+ci[i]+1,c+ci[i+1]);
1155           if(n2%2!=0)
1156             {
1157               std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::convertExtrudedPolyhedra : cell # " << i << " is a polhedron with 1 face but there is a mismatch of number of nodes in face should be even !";
1158               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1159             }
1160           int n1=(int)(n2/2);
1161           newci[i+1]=7*n1+2+newci[i];//6*n1 (nodal length) + n1+2 (number of faces) - 1 (number of '-1' separator is equal to number of faces -1) + 1 (for cell type)
1162         }
1163       else
1164         newci[i+1]=(ci[i+1]-ci[i])+newci[i];
1165     }
1166   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newC=DataArrayInt::New();
1167   newC->alloc(newci[nbOfCells],1);
1168   int *newc=newC->getPointer();
1169   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
1170     {
1171       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)c[ci[i]];
1172       if(type==INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED)
1173         {
1174           std::size_t n1=std::distance(c+ci[i]+1,c+ci[i+1])/2;
1175           newc=std::copy(c+ci[i],c+ci[i]+n1+1,newc);
1176           *newc++=-1;
1177           for(std::size_t j=0;j<n1;j++)
1178             {
1179               newc[j]=c[ci[i]+1+n1+(n1-j)%n1];
1180               newc[n1+5*j]=-1;
1181               newc[n1+5*j+1]=c[ci[i]+1+j];
1182               newc[n1+5*j+2]=c[ci[i]+1+j+n1];
1183               newc[n1+5*j+3]=c[ci[i]+1+(j+1)%n1+n1];
1184               newc[n1+5*j+4]=c[ci[i]+1+(j+1)%n1];
1185             }
1186           newc+=n1*6;
1187         }
1188       else
1189         newc=std::copy(c+ci[i],c+ci[i+1],newc);
1190     }
1191   _nodal_connec_index->decrRef(); _nodal_connec_index=newCi.retn();
1192   _nodal_connec->decrRef(); _nodal_connec=newC.retn();
1193 }
1194
1195
1196 /*!
1197  * Converts all polygons (if \a this is a 2D mesh) or polyhedrons (if \a this is a 3D
1198  * mesh) to cells of classical types. This method is opposite to convertToPolyTypes().
1199  * \warning Cells of the result mesh are \b not sorted by geometric type, hence,
1200  *          to write this mesh to the MED file, its cells must be sorted using
1201  *          sortCellsInMEDFileFrmt().
1202  * \return \c true if at least one cell has been converted, \c false else. In the
1203  *         last case the nodal connectivity remains unchanged.
1204  * \throw If the coordinates array is not set.
1205  * \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
1206  * \throw If \a this->getMeshDimension() < 0.
1207  */
1208 bool MEDCouplingUMesh::unPolyze()
1209 {
1210   checkFullyDefined();
1211   int mdim=getMeshDimension();
1212   if(mdim<0)
1213     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::unPolyze works on umeshes with meshdim equals to 0, 1 2 or 3 !");
1214   if(mdim<=1)
1215     return false;
1216   int nbOfCells=getNumberOfCells();
1217   if(nbOfCells<1)
1218     return false;
1219   int initMeshLgth=getMeshLength();
1220   int *conn=_nodal_connec->getPointer();
1221   int *index=_nodal_connec_index->getPointer();
1222   int posOfCurCell=0;
1223   int newPos=0;
1224   int lgthOfCurCell;
1225   bool ret=false;
1226   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
1227     {
1228       lgthOfCurCell=index[i+1]-posOfCurCell;
1229       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[posOfCurCell];
1230       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(type);
1231       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType newType=INTERP_KERNEL::NORM_ERROR;
1232       int newLgth;
1233       if(cm.isDynamic())
1234         {
1235           switch(cm.getDimension())
1236             {
1237             case 2:
1238               {
1239                 INTERP_KERNEL::AutoPtr<int> tmp=new int[lgthOfCurCell-1];
1240                 std::copy(conn+posOfCurCell+1,conn+posOfCurCell+lgthOfCurCell,(int *)tmp);
1241                 newType=INTERP_KERNEL::CellSimplify::tryToUnPoly2D(cm.isQuadratic(),tmp,lgthOfCurCell-1,conn+newPos+1,newLgth);
1242                 break;
1243               }
1244             case 3:
1245               {
1246                 int nbOfFaces,lgthOfPolyhConn;
1247                 INTERP_KERNEL::AutoPtr<int> zipFullReprOfPolyh=INTERP_KERNEL::CellSimplify::getFullPolyh3DCell(type,conn+posOfCurCell+1,lgthOfCurCell-1,nbOfFaces,lgthOfPolyhConn);
1248                 newType=INTERP_KERNEL::CellSimplify::tryToUnPoly3D(zipFullReprOfPolyh,nbOfFaces,lgthOfPolyhConn,conn+newPos+1,newLgth);
1249                 break;
1250               }
1251             case 1:
1252               {
1253                 newType=(lgthOfCurCell==3)?INTERP_KERNEL::NORM_SEG2:INTERP_KERNEL::NORM_POLYL;
1254                 break;
1255               }
1256             }
1257           ret=ret || (newType!=type);
1258           conn[newPos]=newType;
1259           newPos+=newLgth+1;
1260           posOfCurCell=index[i+1];
1261           index[i+1]=newPos;
1262         }
1263       else
1264         {
1265           std::copy(conn+posOfCurCell,conn+posOfCurCell+lgthOfCurCell,conn+newPos);
1266           newPos+=lgthOfCurCell;
1267           posOfCurCell+=lgthOfCurCell;
1268           index[i+1]=newPos;
1269         }
1270     }
1271   if(newPos!=initMeshLgth)
1272     _nodal_connec->reAlloc(newPos);
1273   if(ret)
1274     computeTypes();
1275   return ret;
1276 }
1277
1278 /*!
1279  * This method expects that spaceDimension is equal to 3 and meshDimension equal to 3.
1280  * This method performs operation only on polyhedrons in \b this. If no polyhedrons exists in \b this, \b this remains unchanged.
1281  * This method allows to merge if any coplanar 3DSurf cells that may appear in some polyhedrons cells. 
1282  *
1283  * \param [in] eps is a relative precision that allows to establish if some 3D plane are coplanar or not. This epsilon is used to recenter around origin to have maximal 
1284  *             precision.
1285  */
1286 void MEDCouplingUMesh::simplifyPolyhedra(double eps)
1287 {
1288   checkFullyDefined();
1289   if(getMeshDimension()!=3 || getSpaceDimension()!=3)
1290     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::simplifyPolyhedra : works on meshdimension 3 and spaceDimension 3 !");
1291   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> coords=getCoords()->deepCpy();
1292   coords->recenterForMaxPrecision(eps);
1293   //
1294   int nbOfCells=getNumberOfCells();
1295   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
1296   const int *index=_nodal_connec_index->getConstPointer();
1297   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> connINew=DataArrayInt::New();
1298   connINew->alloc(nbOfCells+1,1);
1299   int *connINewPtr=connINew->getPointer(); *connINewPtr++=0;
1300   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> connNew=DataArrayInt::New(); connNew->alloc(0,1);
1301   bool changed=false;
1302   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,connINewPtr++)
1303     {
1304       if(conn[index[i]]==(int)INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED)
1305         {
1306           SimplifyPolyhedronCell(eps,coords,conn+index[i],conn+index[i+1],connNew);
1307           changed=true;
1308         }
1309       else
1310         connNew->insertAtTheEnd(conn+index[i],conn+index[i+1]);
1311       *connINewPtr=connNew->getNumberOfTuples();
1312     }
1313   if(changed)
1314     setConnectivity(connNew,connINew,false);
1315 }
1316
1317 /*!
1318  * This method returns all node ids used in \b this. The data array returned has to be dealt by the caller.
1319  * The returned node ids are sortes ascendingly. This method is closed to MEDCouplingUMesh::getNodeIdsInUse except
1320  * the format of returned DataArrayInt instance.
1321  * 
1322  * \return a newly allocated DataArrayInt sorted ascendingly of fetched node ids.
1323  * \sa MEDCouplingUMesh::getNodeIdsInUse
1324  */
1325 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::computeFetchedNodeIds() const
1326 {
1327   checkConnectivityFullyDefined();
1328   int nbOfCells=getNumberOfCells();
1329   const int *connIndex=_nodal_connec_index->getConstPointer();
1330   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
1331   const int *maxEltPt=std::max_element(_nodal_connec->begin(),_nodal_connec->end());
1332   int maxElt=maxEltPt==_nodal_connec->end()?0:std::abs(*maxEltPt)+1;
1333   std::vector<bool> retS(maxElt,false);
1334   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
1335     for(int j=connIndex[i]+1;j<connIndex[i+1];j++)
1336       if(conn[j]>=0)
1337         retS[conn[j]]=true;
1338   int sz=0;
1339   for(int i=0;i<maxElt;i++)
1340     if(retS[i])
1341       sz++;
1342   DataArrayInt *ret=DataArrayInt::New();
1343   ret->alloc(sz,1);
1344   int *retPtr=ret->getPointer();
1345   for(int i=0;i<maxElt;i++)
1346     if(retS[i])
1347       *retPtr++=i;
1348   return ret;
1349 }
1350
1351 /*!
1352  * \param [in,out] nodeIdsInUse an array of size typically equal to nbOfNodes.
1353  * \sa MEDCouplingUMesh::getNodeIdsInUse
1354  */
1355 void MEDCouplingUMesh::computeNodeIdsAlg(std::vector<bool>& nodeIdsInUse) const
1356 {
1357   int nbOfNodes=(int)nodeIdsInUse.size();
1358   int nbOfCells=getNumberOfCells();
1359   const int *connIndex=_nodal_connec_index->getConstPointer();
1360   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
1361   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
1362     for(int j=connIndex[i]+1;j<connIndex[i+1];j++)
1363       if(conn[j]>=0)
1364         {
1365           if(conn[j]<nbOfNodes)
1366             nodeIdsInUse[conn[j]]=true;
1367           else
1368             {
1369               std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::getNodeIdsInUse : In cell #" << i  << " presence of node id " <<  conn[j] << " not in [0," << nbOfNodes << ") !";
1370               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1371             }
1372         }
1373 }
1374
1375 /*!
1376  * Finds nodes not used in any cell and returns an array giving a new id to every node
1377  * by excluding the unused nodes, for which the array holds -1. The result array is
1378  * a mapping in "Old to New" mode. 
1379  *  \param [out] nbrOfNodesInUse - number of node ids present in the nodal connectivity.
1380  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt. Its length is \a
1381  *          this->getNumberOfNodes(). It holds for each node of \a this mesh either -1
1382  *          if the node is unused or a new id else. The caller is to delete this
1383  *          array using decrRef() as it is no more needed.  
1384  *  \throw If the coordinates array is not set.
1385  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
1386  *  \throw If the nodal connectivity includes an invalid id.
1387  *
1388  *  \ref cpp_mcumesh_getNodeIdsInUse "Here is a C++ example".<br>
1389  *  \ref  py_mcumesh_getNodeIdsInUse "Here is a Python example".
1390  * \sa computeNodeIdsAlg()
1391  */
1392 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::getNodeIdsInUse(int& nbrOfNodesInUse) const
1393 {
1394   nbrOfNodesInUse=-1;
1395   int nbOfNodes=getNumberOfNodes();
1396   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
1397   ret->alloc(nbOfNodes,1);
1398   int *traducer=ret->getPointer();
1399   std::fill(traducer,traducer+nbOfNodes,-1);
1400   int nbOfCells=getNumberOfCells();
1401   const int *connIndex=_nodal_connec_index->getConstPointer();
1402   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
1403   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
1404     for(int j=connIndex[i]+1;j<connIndex[i+1];j++)
1405       if(conn[j]>=0)
1406         {
1407           if(conn[j]<nbOfNodes)
1408             traducer[conn[j]]=1;
1409           else
1410             {
1411               std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::getNodeIdsInUse : In cell #" << i  << " presence of node id " <<  conn[j] << " not in [0," << nbOfNodes << ") !";
1412               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1413             }
1414         }
1415   nbrOfNodesInUse=(int)std::count(traducer,traducer+nbOfNodes,1);
1416   std::transform(traducer,traducer+nbOfNodes,traducer,MEDCouplingAccVisit());
1417   return ret.retn();
1418 }
1419
1420 /*!
1421  * This method returns a newly allocated array containing this->getNumberOfCells() tuples and 1 component.
1422  * For each cell in \b this the number of nodes constituting cell is computed.
1423  * For each polyhedron cell, the sum of the number of nodes of each face constituting polyhedron cell is returned.
1424  * So for pohyhedrons some nodes can be counted several times in the returned result.
1425  * 
1426  * \return a newly allocated array
1427  * \sa MEDCouplingUMesh::computeEffectiveNbOfNodesPerCell
1428  */
1429 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::computeNbOfNodesPerCell() const
1430 {
1431   checkConnectivityFullyDefined();
1432   int nbOfCells=getNumberOfCells();
1433   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
1434   ret->alloc(nbOfCells,1);
1435   int *retPtr=ret->getPointer();
1436   const int *conn=getNodalConnectivity()->getConstPointer();
1437   const int *connI=getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
1438   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,retPtr++)
1439     {
1440       if(conn[connI[i]]!=(int)INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED)
1441         *retPtr=connI[i+1]-connI[i]-1;
1442       else
1443         *retPtr=connI[i+1]-connI[i]-1-std::count(conn+connI[i]+1,conn+connI[i+1],-1);
1444     }
1445   return ret.retn();
1446 }
1447
1448 /*!
1449  * This method computes effective number of nodes per cell. That is to say nodes appearing several times in nodal connectivity of a cell,
1450  * will be counted only once here whereas it will be counted several times in MEDCouplingUMesh::computeNbOfNodesPerCell method.
1451  *
1452  * \return DataArrayInt * - new object to be deallocated by the caller.
1453  * \sa MEDCouplingUMesh::computeNbOfNodesPerCell
1454  */
1455 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::computeEffectiveNbOfNodesPerCell() const
1456 {
1457   checkConnectivityFullyDefined();
1458   int nbOfCells=getNumberOfCells();
1459   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
1460   ret->alloc(nbOfCells,1);
1461   int *retPtr=ret->getPointer();
1462   const int *conn=getNodalConnectivity()->getConstPointer();
1463   const int *connI=getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
1464   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,retPtr++)
1465     {
1466       std::set<int> s(conn+connI[i]+1,conn+connI[i+1]);
1467       if(conn[connI[i]]!=(int)INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED)
1468         *retPtr=(int)s.size();
1469       else
1470         {
1471           s.erase(-1);
1472           *retPtr=(int)s.size();
1473         }
1474     }
1475   return ret.retn();
1476 }
1477
1478 /*!
1479  * This method returns a newly allocated array containing this->getNumberOfCells() tuples and 1 component.
1480  * For each cell in \b this the number of faces constituting (entity of dimension this->getMeshDimension()-1) cell is computed.
1481  * 
1482  * \return a newly allocated array
1483  */
1484 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::computeNbOfFacesPerCell() const
1485 {
1486   checkConnectivityFullyDefined();
1487   int nbOfCells=getNumberOfCells();
1488   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
1489   ret->alloc(nbOfCells,1);
1490   int *retPtr=ret->getPointer();
1491   const int *conn=getNodalConnectivity()->getConstPointer();
1492   const int *connI=getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
1493   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,retPtr++,connI++)
1494     {
1495       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[*connI]);
1496       *retPtr=cm.getNumberOfSons2(conn+connI[0]+1,connI[1]-connI[0]-1);
1497     }
1498   return ret.retn();
1499 }
1500
1501 /*!
1502  * Removes unused nodes (the node coordinates array is shorten) and returns an array
1503  * mapping between new and old node ids in "Old to New" mode. -1 values in the returned
1504  * array mean that the corresponding old node is no more used. 
1505  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt of length \a
1506  *           this->getNumberOfNodes() before call of this method. The caller is to
1507  *           delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
1508  *  \throw If the coordinates array is not set.
1509  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
1510  *  \throw If the nodal connectivity includes an invalid id.
1511  *
1512  *  \ref cpp_mcumesh_zipCoordsTraducer "Here is a C++ example".<br>
1513  *  \ref  py_mcumesh_zipCoordsTraducer "Here is a Python example".
1514  */
1515 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::zipCoordsTraducer()
1516 {
1517   return MEDCouplingPointSet::zipCoordsTraducer();
1518 }
1519
1520 /*!
1521  * This method stands if 'cell1' and 'cell2' are equals regarding 'compType' policy.
1522  * The semantic of 'compType' is specified in MEDCouplingPointSet::zipConnectivityTraducer method.
1523  */
1524 int MEDCouplingUMesh::AreCellsEqual(const int *conn, const int *connI, int cell1, int cell2, int compType)
1525 {
1526   switch(compType)
1527     {
1528     case 0:
1529       return AreCellsEqual0(conn,connI,cell1,cell2);
1530     case 1:
1531       return AreCellsEqual1(conn,connI,cell1,cell2);
1532     case 2:
1533       return AreCellsEqual2(conn,connI,cell1,cell2);
1534     case 3:
1535       return AreCellsEqual3(conn,connI,cell1,cell2);
1536     case 7:
1537       return AreCellsEqual7(conn,connI,cell1,cell2);
1538     }
1539   throw INTERP_KERNEL::Exception("Unknown comparison asked ! Must be in 0,1,2,3 or 7.");
1540 }
1541
1542 /*!
1543  * This method is the last step of the MEDCouplingPointSet::zipConnectivityTraducer with policy 0.
1544  */
1545 int MEDCouplingUMesh::AreCellsEqual0(const int *conn, const int *connI, int cell1, int cell2)
1546 {
1547   if(connI[cell1+1]-connI[cell1]==connI[cell2+1]-connI[cell2])
1548     return std::equal(conn+connI[cell1]+1,conn+connI[cell1+1],conn+connI[cell2]+1)?1:0;
1549   return 0;
1550 }
1551
1552 /*!
1553  * This method is the last step of the MEDCouplingPointSet::zipConnectivityTraducer with policy 1.
1554  */
1555 int MEDCouplingUMesh::AreCellsEqual1(const int *conn, const int *connI, int cell1, int cell2)
1556 {
1557   int sz=connI[cell1+1]-connI[cell1];
1558   if(sz==connI[cell2+1]-connI[cell2])
1559     {
1560       if(conn[connI[cell1]]==conn[connI[cell2]])
1561         {
1562           const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[connI[cell1]]);
1563           unsigned dim=cm.getDimension();
1564           if(dim!=3)
1565             {
1566               if(dim!=1)
1567                 {
1568                   int sz1=2*(sz-1);
1569                   INTERP_KERNEL::AutoPtr<int> tmp=new int[sz1];
1570                   int *work=std::copy(conn+connI[cell1]+1,conn+connI[cell1+1],(int *)tmp);
1571                   std::copy(conn+connI[cell1]+1,conn+connI[cell1+1],work);
1572                   work=std::search((int *)tmp,(int *)tmp+sz1,conn+connI[cell2]+1,conn+connI[cell2+1]);
1573                   return work!=tmp+sz1?1:0;
1574                 }
1575               else
1576                 return std::equal(conn+connI[cell1]+1,conn+connI[cell1+1],conn+connI[cell2]+1)?1:0;//case of SEG2 and SEG3
1577             }
1578           else
1579             throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::AreCellsEqual1 : not implemented yet for meshdim == 3 !");
1580         }
1581     }
1582   return 0;
1583 }
1584
1585 /*!
1586  * This method is the last step of the MEDCouplingPointSet::zipConnectivityTraducer with policy 2.
1587  */
1588 int MEDCouplingUMesh::AreCellsEqual2(const int *conn, const int *connI, int cell1, int cell2)
1589 {
1590   if(connI[cell1+1]-connI[cell1]==connI[cell2+1]-connI[cell2])
1591     {
1592       if(conn[connI[cell1]]==conn[connI[cell2]])
1593         {
1594           std::set<int> s1(conn+connI[cell1]+1,conn+connI[cell1+1]);
1595           std::set<int> s2(conn+connI[cell2]+1,conn+connI[cell2+1]);
1596           return s1==s2?1:0;
1597         }
1598     }
1599   return 0;
1600 }
1601
1602 /*!
1603  * This method is less restrictive than AreCellsEqual2. Here the geometric type is absolutely not taken into account !
1604  */
1605 int MEDCouplingUMesh::AreCellsEqual3(const int *conn, const int *connI, int cell1, int cell2)
1606 {
1607   if(connI[cell1+1]-connI[cell1]==connI[cell2+1]-connI[cell2])
1608     {
1609       std::set<int> s1(conn+connI[cell1]+1,conn+connI[cell1+1]);
1610       std::set<int> s2(conn+connI[cell2]+1,conn+connI[cell2+1]);
1611       return s1==s2?1:0;
1612     }
1613   return 0;
1614 }
1615
1616 /*!
1617  * This method is the last step of the MEDCouplingPointSet::zipConnectivityTraducer with policy 7.
1618  */
1619 int MEDCouplingUMesh::AreCellsEqual7(const int *conn, const int *connI, int cell1, int cell2)
1620 {
1621   int sz=connI[cell1+1]-connI[cell1];
1622   if(sz==connI[cell2+1]-connI[cell2])
1623     {
1624       if(conn[connI[cell1]]==conn[connI[cell2]])
1625         {
1626           const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[connI[cell1]]);
1627           unsigned dim=cm.getDimension();
1628           if(dim!=3)
1629             {
1630               if(dim!=1)
1631                 {
1632                   int sz1=2*(sz-1);
1633                   INTERP_KERNEL::AutoPtr<int> tmp=new int[sz1];
1634                   int *work=std::copy(conn+connI[cell1]+1,conn+connI[cell1+1],(int *)tmp);
1635                   std::copy(conn+connI[cell1]+1,conn+connI[cell1+1],work);
1636                   work=std::search((int *)tmp,(int *)tmp+sz1,conn+connI[cell2]+1,conn+connI[cell2+1]);
1637                   if(work!=tmp+sz1)
1638                     return 1;
1639                   else
1640                     {
1641                       std::reverse_iterator<int *> it1((int *)tmp+sz1);
1642                       std::reverse_iterator<int *> it2((int *)tmp);
1643                       if(std::search(it1,it2,conn+connI[cell2]+1,conn+connI[cell2+1])!=it2)
1644                         return 2;
1645                       else
1646                         return 0;
1647                     }
1648                   
1649                   return work!=tmp+sz1?1:0;
1650                 }
1651               else
1652                 {//case of SEG2 and SEG3
1653                   if(std::equal(conn+connI[cell1]+1,conn+connI[cell1+1],conn+connI[cell2]+1))
1654                     return 1;
1655                   if(!cm.isQuadratic())
1656                     {
1657                       std::reverse_iterator<const int *> it1(conn+connI[cell1+1]);
1658                       std::reverse_iterator<const int *> it2(conn+connI[cell1]+1);
1659                       if(std::equal(it1,it2,conn+connI[cell2]+1))
1660                         return 2;
1661                       return 0;
1662                     }
1663                   else
1664                     {
1665                       if(conn[connI[cell1]+1]==conn[connI[cell2]+2] && conn[connI[cell1]+2]==conn[connI[cell2]+1] && conn[connI[cell1]+3]==conn[connI[cell2]+3])
1666                         return 2;
1667                       return 0;
1668                     }
1669                 }
1670             }
1671           else
1672             throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::AreCellsEqual7 : not implemented yet for meshdim == 3 !");
1673         }
1674     }
1675   return 0;
1676 }
1677
1678 /*!
1679  * This method find in candidate pool defined by 'candidates' the cells equal following the polycy 'compType'.
1680  * If any true is returned and the results will be put at the end of 'result' output parameter. If not false is returned
1681  * and result remains unchanged.
1682  * The semantic of 'compType' is specified in MEDCouplingPointSet::zipConnectivityTraducer method.
1683  * If in 'candidates' pool -1 value is considered as an empty value.
1684  * WARNING this method returns only ONE set of result !
1685  */
1686 bool MEDCouplingUMesh::AreCellsEqualInPool(const std::vector<int>& candidates, int compType, const int *conn, const int *connI, DataArrayInt *result)
1687 {
1688   if(candidates.size()<1)
1689     return false;
1690   bool ret=false;
1691   std::vector<int>::const_iterator iter=candidates.begin();
1692   int start=(*iter++);
1693   for(;iter!=candidates.end();iter++)
1694     {
1695       int status=AreCellsEqual(conn,connI,start,*iter,compType);
1696       if(status!=0)
1697         {
1698           if(!ret)
1699             {
1700               result->pushBackSilent(start);
1701               ret=true;
1702             }
1703           if(status==1)
1704             result->pushBackSilent(*iter);
1705           else
1706             result->pushBackSilent(status==2?(*iter+1):-(*iter+1));
1707         }
1708     }
1709   return ret;
1710 }
1711
1712 /*!
1713  * This method find cells that are cells equal (regarding \a compType) in \a this. The comparison is specified by \a compType.
1714  * This method keeps the coordiantes of \a this. This method is time consuming and is called 
1715  *
1716  * \param [in] compType input specifying the technique used to compare cells each other.
1717  *   - 0 : exactly. A cell is detected to be the same if and only if the connectivity is exactly the same without permutation and types same too. This is the strongest policy.
1718  *   - 1 : permutation same orientation. cell1 and cell2 are considered equal if the connectivity of cell2 can be deduced by those of cell1 by direct permutation (with exactly the same orientation)
1719  * and their type equal. For 1D mesh the policy 1 is equivalent to 0.
1720  *   - 2 : nodal. cell1 and cell2 are equal if and only if cell1 and cell2 have same type and have the same nodes constituting connectivity. This is the laziest policy. This policy
1721  * can be used for users not sensitive to orientation of cell
1722  * \param [in] startCellId specifies the cellId starting from which the equality computation will be carried out. By default it is 0, which it means that all cells in \a this will be scanned.
1723  * \param [out] commonCells
1724  * \param [out] commonCellsI
1725  * \return the correspondance array old to new in a newly allocated array.
1726  * 
1727  */
1728 void MEDCouplingUMesh::findCommonCells(int compType, int startCellId, DataArrayInt *& commonCellsArr, DataArrayInt *& commonCellsIArr) const
1729 {
1730   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> revNodal=DataArrayInt::New(),revNodalI=DataArrayInt::New();
1731   getReverseNodalConnectivity(revNodal,revNodalI);
1732   FindCommonCellsAlg(compType,startCellId,_nodal_connec,_nodal_connec_index,revNodal,revNodalI,commonCellsArr,commonCellsIArr);
1733 }
1734
1735 void MEDCouplingUMesh::FindCommonCellsAlg(int compType, int startCellId, const DataArrayInt *nodal, const DataArrayInt *nodalI, const DataArrayInt *revNodal, const DataArrayInt *revNodalI,
1736                                           DataArrayInt *& commonCellsArr, DataArrayInt *& commonCellsIArr) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
1737 {
1738   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> commonCells=DataArrayInt::New(),commonCellsI=DataArrayInt::New(); commonCells->alloc(0,1);
1739   int nbOfCells=nodalI->getNumberOfTuples()-1;
1740   commonCellsI->reserve(1); commonCellsI->pushBackSilent(0);
1741   const int *revNodalPtr=revNodal->getConstPointer(),*revNodalIPtr=revNodalI->getConstPointer();
1742   const int *connPtr=nodal->getConstPointer(),*connIPtr=nodalI->getConstPointer();
1743   std::vector<bool> isFetched(nbOfCells,false);
1744   if(startCellId==0)
1745     {
1746       for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
1747         {
1748           if(!isFetched[i])
1749             {
1750               const int *connOfNode=std::find_if(connPtr+connIPtr[i]+1,connPtr+connIPtr[i+1],std::bind2nd(std::not_equal_to<int>(),-1));
1751               std::vector<int> v,v2;
1752               if(connOfNode!=connPtr+connIPtr[i+1])
1753                 {
1754                   const int *locRevNodal=std::find(revNodalPtr+revNodalIPtr[*connOfNode],revNodalPtr+revNodalIPtr[*connOfNode+1],i);
1755                   v2.insert(v2.end(),locRevNodal,revNodalPtr+revNodalIPtr[*connOfNode+1]);
1756                   connOfNode++;
1757                 }
1758               for(;connOfNode!=connPtr+connIPtr[i+1] && v2.size()>1;connOfNode++)
1759                 if(*connOfNode>=0)
1760                   {
1761                     v=v2;
1762                     const int *locRevNodal=std::find(revNodalPtr+revNodalIPtr[*connOfNode],revNodalPtr+revNodalIPtr[*connOfNode+1],i);
1763                     std::vector<int>::iterator it=std::set_intersection(v.begin(),v.end(),locRevNodal,revNodalPtr+revNodalIPtr[*connOfNode+1],v2.begin());
1764                     v2.resize(std::distance(v2.begin(),it));
1765                   }
1766               if(v2.size()>1)
1767                 {
1768                   if(AreCellsEqualInPool(v2,compType,connPtr,connIPtr,commonCells))
1769                     {
1770                       int pos=commonCellsI->back();
1771                       commonCellsI->pushBackSilent(commonCells->getNumberOfTuples());
1772                       for(const int *it=commonCells->begin()+pos;it!=commonCells->end();it++)
1773                         isFetched[*it]=true;
1774                     }
1775                 }
1776             }
1777         }
1778     }
1779   else
1780     {
1781       for(int i=startCellId;i<nbOfCells;i++)
1782         {
1783           if(!isFetched[i])
1784             {
1785               const int *connOfNode=std::find_if(connPtr+connIPtr[i]+1,connPtr+connIPtr[i+1],std::bind2nd(std::not_equal_to<int>(),-1));
1786               std::vector<int> v,v2;
1787               if(connOfNode!=connPtr+connIPtr[i+1])
1788                 {
1789                   v2.insert(v2.end(),revNodalPtr+revNodalIPtr[*connOfNode],revNodalPtr+revNodalIPtr[*connOfNode+1]);
1790                   connOfNode++;
1791                 }
1792               for(;connOfNode!=connPtr+connIPtr[i+1] && v2.size()>1;connOfNode++)
1793                 if(*connOfNode>=0)
1794                   {
1795                     v=v2;
1796                     std::vector<int>::iterator it=std::set_intersection(v.begin(),v.end(),revNodalPtr+revNodalIPtr[*connOfNode],revNodalPtr+revNodalIPtr[*connOfNode+1],v2.begin());
1797                     v2.resize(std::distance(v2.begin(),it));
1798                   }
1799               if(v2.size()>1)
1800                 {
1801                   if(AreCellsEqualInPool(v2,compType,connPtr,connIPtr,commonCells))
1802                     {
1803                       int pos=commonCellsI->back();
1804                       commonCellsI->pushBackSilent(commonCells->getNumberOfTuples());
1805                       for(const int *it=commonCells->begin()+pos;it!=commonCells->end();it++)
1806                         isFetched[*it]=true;
1807                     }
1808                 }
1809             }
1810         }
1811     }
1812   commonCellsArr=commonCells.retn();
1813   commonCellsIArr=commonCellsI.retn();
1814 }
1815
1816 /*!
1817  * Checks if \a this mesh includes all cells of an \a other mesh, and returns an array
1818  * giving for each cell of the \a other an id of a cell in \a this mesh. A value larger
1819  * than \a other->getNumberOfCells() in the returned array means that there is no
1820  * corresponding cell in \a this mesh.
1821  * It is expected that \a this and \a other meshes share the same node coordinates
1822  * array, if it is not so an exception is thrown. 
1823  *  \param [in] other - the mesh to compare with.
1824  *  \param [in] compType - specifies a cell comparison technique. For meaning of its
1825  *         valid values [0,1,2], see zipConnectivityTraducer().
1826  *  \param [out] arr - a new instance of DataArrayInt returning correspondence
1827  *         between cells of the two meshes. It contains \a other->getNumberOfCells()
1828  *         values. The caller is to delete this array using
1829  *         decrRef() as it is no more needed.
1830  *  \return bool - \c true if all cells of \a other mesh are present in the \a this
1831  *         mesh.
1832  *
1833  *  \ref cpp_mcumesh_areCellsIncludedIn "Here is a C++ example".<br>
1834  *  \ref  py_mcumesh_areCellsIncludedIn "Here is a Python example".
1835  *  \sa checkDeepEquivalOnSameNodesWith()
1836  *  \sa checkGeoEquivalWith()
1837  */
1838 bool MEDCouplingUMesh::areCellsIncludedIn(const MEDCouplingUMesh *other, int compType, DataArrayInt *& arr) const
1839 {
1840   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> mesh=MergeUMeshesOnSameCoords(this,other);
1841   int nbOfCells=getNumberOfCells();
1842   static const int possibleCompType[]={0,1,2};
1843   if(std::find(possibleCompType,possibleCompType+sizeof(possibleCompType)/sizeof(int),compType)==possibleCompType+sizeof(possibleCompType)/sizeof(int))
1844     {
1845       std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::areCellsIncludedIn : only following policies are possible : ";
1846       std::copy(possibleCompType,possibleCompType+sizeof(possibleCompType)/sizeof(int),std::ostream_iterator<int>(oss," "));
1847       oss << " !";
1848       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1849     }
1850   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> o2n=mesh->zipConnectivityTraducer(compType,nbOfCells);
1851   arr=o2n->substr(nbOfCells);
1852   arr->setName(other->getName().c_str());
1853   int tmp;
1854   if(other->getNumberOfCells()==0)
1855     return true;
1856   return arr->getMaxValue(tmp)<nbOfCells;
1857 }
1858
1859 /*!
1860  * This method makes the assumption that \a this and \a other share the same coords. If not an exception will be thrown !
1861  * This method tries to determine if \b other is fully included in \b this.
1862  * The main difference is that this method is not expected to throw exception.
1863  * This method has two outputs :
1864  *
1865  * \param arr is an output parameter that returns a \b newly created instance. This array is of size 'other->getNumberOfCells()'.
1866  * \return If \a other is fully included in 'this 'true is returned. If not false is returned.
1867  */
1868 bool MEDCouplingUMesh::areCellsIncludedIn2(const MEDCouplingUMesh *other, DataArrayInt *& arr) const
1869 {
1870   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> mesh=MergeUMeshesOnSameCoords(this,other);
1871   DataArrayInt *commonCells=0,*commonCellsI=0;
1872   int thisNbCells=getNumberOfCells();
1873   mesh->findCommonCells(7,thisNbCells,commonCells,commonCellsI);
1874   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> commonCellsTmp(commonCells),commonCellsITmp(commonCellsI);
1875   const int *commonCellsPtr=commonCells->getConstPointer(),*commonCellsIPtr=commonCellsI->getConstPointer();
1876   int otherNbCells=other->getNumberOfCells();
1877   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> arr2=DataArrayInt::New();
1878   arr2->alloc(otherNbCells,1);
1879   arr2->fillWithZero();
1880   int *arr2Ptr=arr2->getPointer();
1881   int nbOfCommon=commonCellsI->getNumberOfTuples()-1;
1882   for(int i=0;i<nbOfCommon;i++)
1883     {
1884       int start=commonCellsPtr[commonCellsIPtr[i]];
1885       if(start<thisNbCells)
1886         {
1887           for(int j=commonCellsIPtr[i]+1;j!=commonCellsIPtr[i+1];j++)
1888             {
1889               int sig=commonCellsPtr[j]>0?1:-1;
1890               int val=std::abs(commonCellsPtr[j])-1;
1891               if(val>=thisNbCells)
1892                 arr2Ptr[val-thisNbCells]=sig*(start+1);
1893             }
1894         }
1895     }
1896   arr2->setName(other->getName().c_str());
1897   if(arr2->presenceOfValue(0))
1898     return false;
1899   arr=arr2.retn();
1900   return true;
1901 }
1902
1903 MEDCouplingPointSet *MEDCouplingUMesh::mergeMyselfWithOnSameCoords(const MEDCouplingPointSet *other) const
1904 {
1905   if(!other)
1906     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::mergeMyselfWithOnSameCoords : input other is null !");
1907   const MEDCouplingUMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDCouplingUMesh *>(other);
1908   if(!otherC)
1909     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::mergeMyselfWithOnSameCoords : the input other mesh is not of type unstructured !");
1910   std::vector<const MEDCouplingUMesh *> ms(2);
1911   ms[0]=this;
1912   ms[1]=otherC;
1913   return MergeUMeshesOnSameCoords(ms);
1914 }
1915
1916 /*!
1917  * Build a sub part of \b this lying or not on the same coordinates than \b this (regarding value of \b keepCoords).
1918  * By default coordinates are kept. This method is close to MEDCouplingUMesh::buildPartOfMySelf except that here input
1919  * cellIds is not given explicitely but by a range python like.
1920  * 
1921  * \param keepCoords that specifies if you want or not to keep coords as this or zip it (see ParaMEDMEM::MEDCouplingUMesh::zipCoords). If true zipCoords is \b NOT called, if false, zipCoords is called.
1922  * \return a newly allocated
1923  * 
1924  * \warning This method modifies can generate an unstructured mesh whose cells are not sorted by geometric type order.
1925  * In view of the MED file writing, a renumbering of cells of returned unstructured mesh (using MEDCouplingUMesh::sortCellsInMEDFileFrmt) should be necessary.
1926  */
1927 MEDCouplingPointSet *MEDCouplingUMesh::buildPartOfMySelf2(int start, int end, int step, bool keepCoords) const
1928 {
1929   if(getMeshDimension()!=-1)
1930     return MEDCouplingPointSet::buildPartOfMySelf2(start,end,step,keepCoords);
1931   else
1932     {
1933       int newNbOfCells=DataArray::GetNumberOfItemGivenBESRelative(start,end,step,"MEDCouplingUMesh::buildPartOfMySelf2 for -1 dimension mesh ");
1934       if(newNbOfCells!=1)
1935         throw INTERP_KERNEL::Exception("-1D mesh has only one cell !");
1936       if(start!=0)
1937         throw INTERP_KERNEL::Exception("-1D mesh has only one cell : 0 !");
1938       incrRef();
1939       return const_cast<MEDCouplingUMesh *>(this);
1940     }
1941 }
1942
1943 /*!
1944  * Creates a new MEDCouplingUMesh containing specified cells of \a this mesh.
1945  * The result mesh shares or not the node coordinates array with \a this mesh depending
1946  * on \a keepCoords parameter.
1947  *  \warning Cells of the result mesh can be \b not sorted by geometric type, hence,
1948  *           to write this mesh to the MED file, its cells must be sorted using
1949  *           sortCellsInMEDFileFrmt().
1950  *  \param [in] begin - an array of cell ids to include to the new mesh.
1951  *  \param [in] end - a pointer to last-plus-one-th element of \a begin.
1952  *  \param [in] keepCoords - if \c true, the result mesh shares the node coordinates
1953  *         array of \a this mesh, else "free" nodes are removed from the result mesh
1954  *         by calling zipCoords().
1955  *  \return MEDCouplingPointSet * - a new instance of MEDCouplingUMesh. The caller is
1956  *         to delete this mesh using decrRef() as it is no more needed. 
1957  *  \throw If the coordinates array is not set.
1958  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
1959  *  \throw If any cell id in the array \a begin is not valid.
1960  *
1961  *  \ref cpp_mcumesh_buildPartOfMySelf "Here is a C++ example".<br>
1962  *  \ref  py_mcumesh_buildPartOfMySelf "Here is a Python example".
1963  */
1964 MEDCouplingPointSet *MEDCouplingUMesh::buildPartOfMySelf(const int *begin, const int *end, bool keepCoords) const
1965 {
1966   if(getMeshDimension()!=-1)
1967     return MEDCouplingPointSet::buildPartOfMySelf(begin,end,keepCoords);
1968   else
1969     {
1970       if(end-begin!=1)
1971         throw INTERP_KERNEL::Exception("-1D mesh has only one cell !");
1972       if(begin[0]!=0)
1973         throw INTERP_KERNEL::Exception("-1D mesh has only one cell : 0 !");
1974       incrRef();
1975       return const_cast<MEDCouplingUMesh *>(this);
1976     }
1977 }
1978
1979 /*!
1980  * This method operates only on nodal connectivity on \b this. Coordinates of \b this is completely ignored here.
1981  *
1982  * This method allows to partially modify some cells in \b this (whose list is specified by [ \b cellIdsBg, \b cellIdsEnd ) ) with cells coming in \b otherOnSameCoordsThanThis.
1983  * Size of [ \b cellIdsBg, \b cellIdsEnd ) ) must be equal to the number of cells of otherOnSameCoordsThanThis.
1984  * The number of cells of \b this will remain the same with this method.
1985  *
1986  * \param [in] begin begin of cell ids (included) of cells in this to assign
1987  * \param [in] end end of cell ids (excluded) of cells in this to assign
1988  * \param [in] otherOnSameCoordsThanThis an another mesh with same meshdimension than \b this with exactly the same number of cells than cell ids list in [\b cellIdsBg, \b cellIdsEnd ).
1989  *             Coordinate pointer of \b this and those of \b otherOnSameCoordsThanThis must be the same
1990  */
1991 void MEDCouplingUMesh::setPartOfMySelf(const int *cellIdsBg, const int *cellIdsEnd, const MEDCouplingUMesh& otherOnSameCoordsThanThis)
1992 {
1993   checkConnectivityFullyDefined();
1994   otherOnSameCoordsThanThis.checkConnectivityFullyDefined();
1995   if(getCoords()!=otherOnSameCoordsThanThis.getCoords())
1996     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::setPartOfMySelf : coordinates pointer are not the same ! Invoke setCoords or call tryToShareSameCoords method !");
1997   if(getMeshDimension()!=otherOnSameCoordsThanThis.getMeshDimension())
1998     {
1999       std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::setPartOfMySelf : Mismatch of meshdimensions ! this is equal to " << getMeshDimension();
2000       oss << ", whereas other mesh dimension is set equal to " << otherOnSameCoordsThanThis.getMeshDimension() << " !";
2001       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2002     }
2003   int nbOfCellsToModify=(int)std::distance(cellIdsBg,cellIdsEnd);
2004   if(nbOfCellsToModify!=otherOnSameCoordsThanThis.getNumberOfCells())
2005     {
2006       std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::setPartOfMySelf : cells ids length (" <<  nbOfCellsToModify << ") do not match the number of cells of other mesh (" << otherOnSameCoordsThanThis.getNumberOfCells() << ") !";
2007       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2008     }
2009   int nbOfCells=getNumberOfCells();
2010   bool easyAssign=true;
2011   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
2012   const int *connIOther=otherOnSameCoordsThanThis._nodal_connec_index->getConstPointer();
2013   for(const int *it=cellIdsBg;it!=cellIdsEnd && easyAssign;it++,connIOther++)
2014     {
2015       if(*it>=0 && *it<nbOfCells)
2016         {
2017           easyAssign=(connIOther[1]-connIOther[0])==(connI[*it+1]-connI[*it]);
2018         }
2019       else
2020         {
2021           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::setPartOfMySelf : On pos #" << std::distance(cellIdsBg,it) << " id is equal to " << *it << " which is not in [0," << nbOfCells << ") !";
2022           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2023         }
2024     }
2025   if(easyAssign)
2026     {
2027       MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArraysSameIdx(cellIdsBg,cellIdsEnd,_nodal_connec,_nodal_connec_index,otherOnSameCoordsThanThis._nodal_connec,otherOnSameCoordsThanThis._nodal_connec_index);
2028       computeTypes();
2029     }
2030   else
2031     {
2032       DataArrayInt *arrOut=0,*arrIOut=0;
2033       MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArrays(cellIdsBg,cellIdsEnd,_nodal_connec,_nodal_connec_index,otherOnSameCoordsThanThis._nodal_connec,otherOnSameCoordsThanThis._nodal_connec_index,
2034                                                arrOut,arrIOut);
2035       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> arrOutAuto(arrOut),arrIOutAuto(arrIOut);
2036       setConnectivity(arrOut,arrIOut,true);
2037     }
2038 }
2039
2040 void MEDCouplingUMesh::setPartOfMySelf2(int start, int end, int step, const MEDCouplingUMesh& otherOnSameCoordsThanThis)
2041 {
2042   checkConnectivityFullyDefined();
2043   otherOnSameCoordsThanThis.checkConnectivityFullyDefined();
2044   if(getCoords()!=otherOnSameCoordsThanThis.getCoords())
2045     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::setPartOfMySelf2 : coordinates pointer are not the same ! Invoke setCoords or call tryToShareSameCoords method !");
2046   if(getMeshDimension()!=otherOnSameCoordsThanThis.getMeshDimension())
2047     {
2048       std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::setPartOfMySelf2 : Mismatch of meshdimensions ! this is equal to " << getMeshDimension();
2049       oss << ", whereas other mesh dimension is set equal to " << otherOnSameCoordsThanThis.getMeshDimension() << " !";
2050       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2051     }
2052   int nbOfCellsToModify=DataArray::GetNumberOfItemGivenBESRelative(start,end,step,"MEDCouplingUMesh::setPartOfMySelf2 : ");
2053   if(nbOfCellsToModify!=otherOnSameCoordsThanThis.getNumberOfCells())
2054     {
2055       std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::setPartOfMySelf2 : cells ids length (" <<  nbOfCellsToModify << ") do not match the number of cells of other mesh (" << otherOnSameCoordsThanThis.getNumberOfCells() << ") !";
2056       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2057     }
2058   int nbOfCells=getNumberOfCells();
2059   bool easyAssign=true;
2060   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
2061   const int *connIOther=otherOnSameCoordsThanThis._nodal_connec_index->getConstPointer();
2062   int it=start;
2063   for(int i=0;i<nbOfCellsToModify && easyAssign;i++,it+=step,connIOther++)
2064     {
2065       if(it>=0 && it<nbOfCells)
2066         {
2067           easyAssign=(connIOther[1]-connIOther[0])==(connI[it+1]-connI[it]);
2068         }
2069       else
2070         {
2071           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::setPartOfMySelf2 : On pos #" << i << " id is equal to " << it << " which is not in [0," << nbOfCells << ") !";
2072           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2073         }
2074     }
2075   if(easyAssign)
2076     {
2077       MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArraysSameIdx2(start,end,step,_nodal_connec,_nodal_connec_index,otherOnSameCoordsThanThis._nodal_connec,otherOnSameCoordsThanThis._nodal_connec_index);
2078       computeTypes();
2079     }
2080   else
2081     {
2082       DataArrayInt *arrOut=0,*arrIOut=0;
2083       MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArrays2(start,end,step,_nodal_connec,_nodal_connec_index,otherOnSameCoordsThanThis._nodal_connec,otherOnSameCoordsThanThis._nodal_connec_index,
2084                                                 arrOut,arrIOut);
2085       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> arrOutAuto(arrOut),arrIOutAuto(arrIOut);
2086       setConnectivity(arrOut,arrIOut,true);
2087     }
2088 }                      
2089
2090 /*!
2091  * Keeps from \a this only cells which constituing point id are in the ids specified by [ \a begin,\a end ).
2092  * The resulting cell ids are stored at the end of the 'cellIdsKept' parameter.
2093  * Parameter \a fullyIn specifies if a cell that has part of its nodes in ids array is kept or not.
2094  * If \a fullyIn is true only cells whose ids are \b fully contained in [ \a begin,\a end ) tab will be kept.
2095  *
2096  * \param [in] begin input start of array of node ids.
2097  * \param [in] end input end of array of node ids.
2098  * \param [in] fullyIn input that specifies if all node ids must be in [ \a begin,\a end ) array to consider cell to be in.
2099  * \param [in,out] cellIdsKeptArr array where all candidate cell ids are put at the end.
2100  */
2101 void MEDCouplingUMesh::fillCellIdsToKeepFromNodeIds(const int *begin, const int *end, bool fullyIn, DataArrayInt *&cellIdsKeptArr) const
2102 {
2103   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellIdsKept=DataArrayInt::New(); cellIdsKept->alloc(0,1);
2104   checkConnectivityFullyDefined();
2105   int tmp=-1;
2106   int sz=getNodalConnectivity()->getMaxValue(tmp); sz=std::max(sz,0)+1;
2107   std::vector<bool> fastFinder(sz,false);
2108   for(const int *work=begin;work!=end;work++)
2109     if(*work>=0 && *work<sz)
2110       fastFinder[*work]=true;
2111   int nbOfCells=getNumberOfCells();
2112   const int *conn=getNodalConnectivity()->getConstPointer();
2113   const int *connIndex=getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
2114   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
2115     {
2116       int ref=0,nbOfHit=0;
2117       for(const int *work2=conn+connIndex[i]+1;work2!=conn+connIndex[i+1];work2++)
2118         if(*work2>=0)
2119           {
2120             ref++;
2121             if(fastFinder[*work2])
2122               nbOfHit++;
2123           }
2124       if((ref==nbOfHit && fullyIn) || (nbOfHit!=0 && !fullyIn))
2125         cellIdsKept->pushBackSilent(i);
2126     }
2127   cellIdsKeptArr=cellIdsKept.retn();
2128 }
2129
2130 /*!
2131  * Creates a new MEDCouplingUMesh containing cells, of dimension one less than \a
2132  * this->getMeshDimension(), that bound some cells of \a this mesh.
2133  * The cells of lower dimension to include to the result mesh are selected basing on
2134  * specified node ids and the value of \a fullyIn parameter. If \a fullyIn ==\c true, a
2135  * cell is copied if its all nodes are in the array \a begin of node ids. If \a fullyIn
2136  * ==\c false, a cell is copied if any its node is in the array of node ids. The
2137  * created mesh shares the node coordinates array with \a this mesh. 
2138  *  \param [in] begin - the array of node ids.
2139  *  \param [in] end - a pointer to the (last+1)-th element of \a begin.
2140  *  \param [in] fullyIn - if \c true, then cells whose all nodes are in the
2141  *         array \a begin are added, else cells whose any node is in the
2142  *         array \a begin are added.
2143  *  \return MEDCouplingPointSet * - new instance of MEDCouplingUMesh. The caller is
2144  *         to delete this mesh using decrRef() as it is no more needed. 
2145  *  \throw If the coordinates array is not set.
2146  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
2147  *  \throw If any node id in \a begin is not valid.
2148  *
2149  *  \ref cpp_mcumesh_buildFacePartOfMySelfNode "Here is a C++ example".<br>
2150  *  \ref  py_mcumesh_buildFacePartOfMySelfNode "Here is a Python example".
2151  */
2152 MEDCouplingPointSet *MEDCouplingUMesh::buildFacePartOfMySelfNode(const int *begin, const int *end, bool fullyIn) const
2153 {
2154   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> desc,descIndx,revDesc,revDescIndx;
2155   desc=DataArrayInt::New(); descIndx=DataArrayInt::New(); revDesc=DataArrayInt::New(); revDescIndx=DataArrayInt::New();
2156   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> subMesh=buildDescendingConnectivity(desc,descIndx,revDesc,revDescIndx);
2157   desc=0; descIndx=0; revDesc=0; revDescIndx=0;
2158   return subMesh->buildPartOfMySelfNode(begin,end,fullyIn);
2159 }
2160
2161 /*!
2162  * Creates a new MEDCouplingUMesh containing cells, of dimension one less than \a
2163  * this->getMeshDimension(), which bound only one cell of \a this mesh.
2164  *  \param [in] keepCoords - if \c true, the result mesh shares the node coordinates
2165  *         array of \a this mesh, else "free" nodes are removed from the result mesh
2166  *         by calling zipCoords().
2167  *  \return MEDCouplingPointSet * - a new instance of MEDCouplingUMesh. The caller is
2168  *         to delete this mesh using decrRef() as it is no more needed. 
2169  *  \throw If the coordinates array is not set.
2170  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
2171  *
2172  *  \ref cpp_mcumesh_buildBoundaryMesh "Here is a C++ example".<br>
2173  *  \ref  py_mcumesh_buildBoundaryMesh "Here is a Python example".
2174  */
2175 MEDCouplingPointSet *MEDCouplingUMesh::buildBoundaryMesh(bool keepCoords) const
2176 {
2177   DataArrayInt *desc=DataArrayInt::New();
2178   DataArrayInt *descIndx=DataArrayInt::New();
2179   DataArrayInt *revDesc=DataArrayInt::New();
2180   DataArrayInt *revDescIndx=DataArrayInt::New();
2181   //
2182   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> meshDM1=buildDescendingConnectivity(desc,descIndx,revDesc,revDescIndx);
2183   revDesc->decrRef();
2184   desc->decrRef();
2185   descIndx->decrRef();
2186   int nbOfCells=meshDM1->getNumberOfCells();
2187   const int *revDescIndxC=revDescIndx->getConstPointer();
2188   std::vector<int> boundaryCells;
2189   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
2190     if(revDescIndxC[i+1]-revDescIndxC[i]==1)
2191       boundaryCells.push_back(i);
2192   revDescIndx->decrRef();
2193   MEDCouplingPointSet *ret=meshDM1->buildPartOfMySelf(&boundaryCells[0],&boundaryCells[0]+boundaryCells.size(),keepCoords);
2194   return ret;
2195 }
2196
2197 /*!
2198  * This method returns a newly created DataArrayInt instance containing ids of cells located in boundary.
2199  * A cell is detected to be on boundary if it contains one or more than one face having only one father.
2200  * This method makes the assumption that \a this is fully defined (coords,connectivity). If not an exception will be thrown. 
2201  */
2202 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::findCellIdsOnBoundary() const
2203 {
2204   checkFullyDefined();
2205   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> desc=DataArrayInt::New();
2206   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> descIndx=DataArrayInt::New();
2207   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> revDesc=DataArrayInt::New();
2208   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> revDescIndx=DataArrayInt::New();
2209   //
2210   buildDescendingConnectivity(desc,descIndx,revDesc,revDescIndx)->decrRef();
2211   desc=(DataArrayInt*)0; descIndx=(DataArrayInt*)0;
2212   //
2213   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp=revDescIndx->deltaShiftIndex();
2214   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> faceIds=tmp->getIdsEqual(1); tmp=(DataArrayInt*)0;
2215   const int *revDescPtr=revDesc->getConstPointer();
2216   const int *revDescIndxPtr=revDescIndx->getConstPointer();
2217   int nbOfCells=getNumberOfCells();
2218   std::vector<bool> ret1(nbOfCells,false);
2219   int sz=0;
2220   for(const int *pt=faceIds->begin();pt!=faceIds->end();pt++)
2221     if(!ret1[revDescPtr[revDescIndxPtr[*pt]]])
2222       { ret1[revDescPtr[revDescIndxPtr[*pt]]]=true; sz++; }
2223   //
2224   DataArrayInt *ret2=DataArrayInt::New();
2225   ret2->alloc(sz,1);
2226   int *ret2Ptr=ret2->getPointer();
2227   sz=0;
2228   for(std::vector<bool>::const_iterator it=ret1.begin();it!=ret1.end();it++,sz++)
2229     if(*it)
2230       *ret2Ptr++=sz;
2231   ret2->setName("BoundaryCells");
2232   return ret2;
2233 }
2234
2235 /*!
2236  * This method find in \b this cells ids that lie on mesh \b otherDimM1OnSameCoords.
2237  * \b this and \b otherDimM1OnSameCoords have to lie on the same coordinate array pointer. The coherency of that coords array with connectivity
2238  * of \b this and \b otherDimM1OnSameCoords is not important here because this method works only on connectivity.
2239  * this->getMeshDimension() - 1 must be equal to otherDimM1OnSameCoords.getMeshDimension()
2240  *
2241  * s0 is the cells ids set in \b this lying on at least one node in fetched nodes in \b otherDimM1OnSameCoords.
2242  * This method method returns cells ids set s = s1 + s2 where :
2243  * 
2244  *  - s1 are cells ids in \b this whose dim-1 constituent equals a cell in \b otherDimM1OnSameCoords.
2245  *  - s2 are cells ids in \b s0 - \b s1 whose at least two neighbors are in s1.
2246  *
2247  * \throw if \b otherDimM1OnSameCoords is not part of constituent of \b this, or if coordinate pointer of \b this and \b otherDimM1OnSameCoords
2248  *        are not same, or if this->getMeshDimension()-1!=otherDimM1OnSameCoords.getMeshDimension()
2249  *
2250  * \param [out] cellIdsRk0 a newly allocated array containing cells ids in \b this containg s0 in above algorithm.
2251  * \param [out] cellIdsRk1 a newly allocated array containing cells ids of s1+s2 \b into \b cellIdsRk0 subset. To get absolute ids of s1+s2 simply invoke
2252  *              cellIdsRk1->transformWithIndArr(cellIdsRk0->begin(),cellIdsRk0->end());
2253  */
2254 void MEDCouplingUMesh::findCellIdsLyingOn(const MEDCouplingUMesh& otherDimM1OnSameCoords, DataArrayInt *&cellIdsRk0, DataArrayInt *&cellIdsRk1) const
2255 {
2256   if(getCoords()!=otherDimM1OnSameCoords.getCoords())
2257     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::findCellIdsLyingOn : coordinates pointer are not the same ! Use tryToShareSameCoords method !");
2258   checkConnectivityFullyDefined();
2259   otherDimM1OnSameCoords.checkConnectivityFullyDefined();
2260   if(getMeshDimension()-1!=otherDimM1OnSameCoords.getMeshDimension())
2261     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::findCellIdsLyingOn : invalid mesh dimension of input mesh regarding meshdimesion of this !");
2262   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> fetchedNodeIds1=otherDimM1OnSameCoords.computeFetchedNodeIds();
2263   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> s0arr=getCellIdsLyingOnNodes(fetchedNodeIds1->begin(),fetchedNodeIds1->end(),false);
2264   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> thisPart=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(buildPartOfMySelf(s0arr->begin(),s0arr->end(),true));
2265   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> descThisPart=DataArrayInt::New(),descIThisPart=DataArrayInt::New(),revDescThisPart=DataArrayInt::New(),revDescIThisPart=DataArrayInt::New();
2266   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> thisPartConsti=thisPart->buildDescendingConnectivity(descThisPart,descIThisPart,revDescThisPart,revDescIThisPart);
2267   const int *revDescThisPartPtr=revDescThisPart->getConstPointer(),*revDescIThisPartPtr=revDescIThisPart->getConstPointer();
2268   DataArrayInt *idsOtherInConsti=0;
2269   bool b=thisPartConsti->areCellsIncludedIn(&otherDimM1OnSameCoords,2,idsOtherInConsti);
2270   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> idsOtherInConstiAuto(idsOtherInConsti);
2271   if(!b)
2272     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::findCellIdsLyingOn : the given mdim-1 mesh in other is not a constituent of this !");
2273   std::set<int> s1;
2274   for(const int *idOther=idsOtherInConsti->begin();idOther!=idsOtherInConsti->end();idOther++)
2275     s1.insert(revDescThisPartPtr+revDescIThisPartPtr[*idOther],revDescThisPartPtr+revDescIThisPartPtr[*idOther+1]);
2276   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> s1arr_renum1=DataArrayInt::New(); s1arr_renum1->alloc((int)s1.size(),1); std::copy(s1.begin(),s1.end(),s1arr_renum1->getPointer());
2277   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> s1Comparr_renum1=s1arr_renum1->buildComplement(s0arr->getNumberOfTuples());
2278   DataArrayInt *neighThisPart=0,*neighIThisPart=0;
2279   ComputeNeighborsOfCellsAdv(descThisPart,descIThisPart,revDescThisPart,revDescIThisPart,neighThisPart,neighIThisPart);
2280   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> neighThisPartAuto(neighThisPart),neighIThisPartAuto(neighIThisPart);
2281   ExtractFromIndexedArrays(s1Comparr_renum1->begin(),s1Comparr_renum1->end(),neighThisPart,neighIThisPart,neighThisPart,neighIThisPart);// reuse of neighThisPart and neighIThisPart
2282   neighThisPartAuto=neighThisPart; neighIThisPartAuto=neighIThisPart;
2283   RemoveIdsFromIndexedArrays(s1Comparr_renum1->begin(),s1Comparr_renum1->end(),neighThisPart,neighIThisPart);
2284   neighThisPartAuto=0;
2285   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> s2_tmp=neighIThisPart->deltaShiftIndex();
2286   const int li[2]={0,1};
2287   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> s2_renum2=s2_tmp->getIdsNotEqualList(li,li+2);
2288   s2_renum2->transformWithIndArr(s1Comparr_renum1->begin(),s1Comparr_renum1->end());//s2_renum2==s2_renum1
2289   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> s_renum1=DataArrayInt::Aggregate(s2_renum2,s1arr_renum1,0);
2290   s_renum1->sort();
2291   //
2292   cellIdsRk0=s0arr.retn();
2293   cellIdsRk1=s_renum1.retn();
2294 }
2295
2296 /*!
2297  * This method computes the skin of \b this. That is to say the consituting meshdim-1 mesh is built and only the boundary subpart is
2298  * returned. This subpart of meshdim-1 mesh is built using meshdim-1 cells in it shared only one cell in \b this.
2299  * 
2300  * \return a newly allocated mesh lying on the same coordinates than \b this. The caller has to deal with returned mesh.
2301  */
2302 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::computeSkin() const
2303 {
2304   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> desc=DataArrayInt::New();
2305   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> descIndx=DataArrayInt::New();
2306   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> revDesc=DataArrayInt::New();
2307   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> revDescIndx=DataArrayInt::New();
2308   //
2309   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> meshDM1=buildDescendingConnectivity(desc,descIndx,revDesc,revDescIndx);
2310   revDesc=0; desc=0; descIndx=0;
2311   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> revDescIndx2=revDescIndx->deltaShiftIndex();
2312   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> part=revDescIndx2->getIdsEqual(1);
2313   return static_cast<MEDCouplingUMesh *>(meshDM1->buildPartOfMySelf(part->begin(),part->end(),true));
2314 }
2315
2316 /*!
2317  * Finds nodes lying on the boundary of \a this mesh.
2318  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding ids of found
2319  *          nodes. The caller is to delete this array using decrRef() as it is no
2320  *          more needed.
2321  *  \throw If the coordinates array is not set.
2322  *  \throw If the nodal connectivity of cells is node defined.
2323  *
2324  *  \ref cpp_mcumesh_findBoundaryNodes "Here is a C++ example".<br>
2325  *  \ref  py_mcumesh_findBoundaryNodes "Here is a Python example".
2326  */
2327 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::findBoundaryNodes() const
2328 {
2329   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> skin=computeSkin();
2330   return skin->computeFetchedNodeIds();
2331 }
2332
2333 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::buildUnstructured() const
2334 {
2335   incrRef();
2336   return const_cast<MEDCouplingUMesh *>(this);
2337 }
2338
2339 /*!
2340  * This method expects that \b this and \b otherDimM1OnSameCoords share the same coordinates array.
2341  * otherDimM1OnSameCoords->getMeshDimension() is expected to be equal to this->getMeshDimension()-1.
2342  * This method searches for nodes needed to be duplicated. These nodes are nodes fetched by \b otherDimM1OnSameCoords which are not part of the boundary of \b otherDimM1OnSameCoords.
2343  * If a node is in the boundary of \b this \b and in the boundary of \b otherDimM1OnSameCoords this node is considerd as needed to be duplicated.
2344  * When the set of node ids \b nodeIdsToDuplicate is computed, cell ids in \b this is searched so that their connectivity includes at least 1 node in \b nodeIdsToDuplicate.
2345  *
2346  * \param [in] otherDimM1OnSameCoords a mesh lying on the same coords than \b this and with a mesh dimension equal to those of \b this minus 1. WARNING this input
2347  *             parameter is altered during the call.
2348  * \param [out] nodeIdsToDuplicate node ids needed to be duplicated following the algorithm explain above.
2349  * \param [out] cellIdsNeededToBeRenum cell ids in \b this in which the renumber of nodes should be performed.
2350  * \param [out] cellIdsNotModified cell ids int \b this that lies on \b otherDimM1OnSameCoords mesh whose connectivity do \b not need to be modified as it is the case for \b cellIdsNeededToBeRenum.
2351  *
2352  * \warning This method modifies param \b otherDimM1OnSameCoords (for speed reasons).
2353  */
2354 void MEDCouplingUMesh::findNodesToDuplicate(const MEDCouplingUMesh& otherDimM1OnSameCoords, DataArrayInt *& nodeIdsToDuplicate,
2355                                             DataArrayInt *& cellIdsNeededToBeRenum, DataArrayInt *& cellIdsNotModified) const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
2356 {
2357   checkFullyDefined();
2358   otherDimM1OnSameCoords.checkFullyDefined();
2359   if(getCoords()!=otherDimM1OnSameCoords.getCoords())
2360     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::findNodesToDuplicate : meshes do not share the same coords array !");
2361   if(otherDimM1OnSameCoords.getMeshDimension()!=getMeshDimension()-1)
2362     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::findNodesToDuplicate : the mesh given in other parameter must have this->getMeshDimension()-1 !");
2363   DataArrayInt *cellIdsRk0=0,*cellIdsRk1=0;
2364   findCellIdsLyingOn(otherDimM1OnSameCoords,cellIdsRk0,cellIdsRk1);
2365   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellIdsRk0Auto(cellIdsRk0),cellIdsRk1Auto(cellIdsRk1);
2366   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> s0=cellIdsRk1->buildComplement(cellIdsRk0->getNumberOfTuples());
2367   s0->transformWithIndArr(cellIdsRk0Auto->begin(),cellIdsRk0Auto->end());
2368   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m0Part=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(buildPartOfMySelf(s0->begin(),s0->end(),true));
2369   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> s1=m0Part->computeFetchedNodeIds();
2370   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> s2=otherDimM1OnSameCoords.computeFetchedNodeIds();
2371   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> s3=s2->buildSubstraction(s1);
2372   cellIdsRk1->transformWithIndArr(cellIdsRk0Auto->begin(),cellIdsRk0Auto->end());
2373   //
2374   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m0Part2=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(buildPartOfMySelf(cellIdsRk1->begin(),cellIdsRk1->end(),true));
2375   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> desc00=DataArrayInt::New(),descI00=DataArrayInt::New(),revDesc00=DataArrayInt::New(),revDescI00=DataArrayInt::New();
2376   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m01=m0Part2->buildDescendingConnectivity(desc00,descI00,revDesc00,revDescI00);
2377   DataArrayInt *idsTmp=0;
2378   bool b=m01->areCellsIncludedIn(&otherDimM1OnSameCoords,2,idsTmp);
2379   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ids(idsTmp);
2380   if(!b)
2381     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::findNodesToDuplicate : the given mdim-1 mesh in other is not a constituent of this !");
2382   MEDCouplingUMesh::RemoveIdsFromIndexedArrays(ids->begin(),ids->end(),desc00,descI00);
2383   DataArrayInt *tmp0=0,*tmp1=0;
2384   ComputeNeighborsOfCellsAdv(desc00,descI00,revDesc00,revDescI00,tmp0,tmp1);
2385   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> neigh00(tmp0);
2386   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> neighI00(tmp1);
2387   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellsToModifyConn0_torenum=MEDCouplingUMesh::ComputeSpreadZoneGradually(neigh00,neighI00);
2388   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellsToModifyConn1_torenum=cellsToModifyConn0_torenum->buildComplement(neighI00->getNumberOfTuples()-1);
2389   cellsToModifyConn0_torenum->transformWithIndArr(cellIdsRk1->begin(),cellIdsRk1->end());
2390   cellsToModifyConn1_torenum->transformWithIndArr(cellIdsRk1->begin(),cellIdsRk1->end());
2391   //
2392   cellIdsNeededToBeRenum=cellsToModifyConn0_torenum.retn();
2393   cellIdsNotModified=cellsToModifyConn1_torenum.retn();
2394   nodeIdsToDuplicate=s3.retn();
2395 }
2396
2397 /*!
2398  * This method operates a modification of the connectivity and coords in \b this.
2399  * Every time that a node id in [ \b nodeIdsToDuplicateBg, \b nodeIdsToDuplicateEnd ) will append in nodal connectivity of \b this 
2400  * its ids will be modified to id this->getNumberOfNodes()+std::distance(nodeIdsToDuplicateBg,std::find(nodeIdsToDuplicateBg,nodeIdsToDuplicateEnd,id)).
2401  * More explicitely the renumber array in nodes is not explicitely given in old2new to avoid to build a big array of renumbering whereas typically few node ids needs to be
2402  * renumbered. The node id nodeIdsToDuplicateBg[0] will have id this->getNumberOfNodes()+0, node id nodeIdsToDuplicateBg[1] will have id this->getNumberOfNodes()+1,
2403  * node id nodeIdsToDuplicateBg[2] will have id this->getNumberOfNodes()+2...
2404  * 
2405  * As a consequence nodal connectivity array length will remain unchanged by this method, and nodal connectivity index array will remain unchanged by this method.
2406  * 
2407  * \param [in] nodeIdsToDuplicateBg begin of node ids (included) to be duplicated in connectivity only
2408  * \param [in] nodeIdsToDuplicateEnd end of node ids (excluded) to be duplicated in connectivity only
2409  */
2410 void MEDCouplingUMesh::duplicateNodes(const int *nodeIdsToDuplicateBg, const int *nodeIdsToDuplicateEnd)
2411 {
2412   int nbOfNodes=getNumberOfNodes();
2413   duplicateNodesInCoords(nodeIdsToDuplicateBg,nodeIdsToDuplicateEnd);
2414   duplicateNodesInConn(nodeIdsToDuplicateBg,nodeIdsToDuplicateEnd,nbOfNodes);
2415 }
2416
2417 /*!
2418  * Changes ids of nodes within the nodal connectivity arrays according to a permutation
2419  * array in "Old to New" mode. The node coordinates array is \b not changed by this method.
2420  * This method is a generalization of shiftNodeNumbersInConn().
2421  *  \warning This method performs no check of validity of new ids. **Use it with care !**
2422  *  \param [in] newNodeNumbersO2N - a permutation array, of length \a
2423  *         this->getNumberOfNodes(), in "Old to New" mode. 
2424  *         See \ref MEDCouplingArrayRenumbering for more info on renumbering modes.
2425  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
2426  *
2427  *  \ref cpp_mcumesh_renumberNodesInConn "Here is a C++ example".<br>
2428  *  \ref  py_mcumesh_renumberNodesInConn "Here is a Python example".
2429  */
2430 void MEDCouplingUMesh::renumberNodesInConn(const int *newNodeNumbersO2N)
2431 {
2432   checkConnectivityFullyDefined();
2433   int *conn=getNodalConnectivity()->getPointer();
2434   const int *connIndex=getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
2435   int nbOfCells=getNumberOfCells();
2436   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
2437     for(int iconn=connIndex[i]+1;iconn!=connIndex[i+1];iconn++)
2438       {
2439         int& node=conn[iconn];
2440         if(node>=0)//avoid polyhedron separator
2441           {
2442             node=newNodeNumbersO2N[node];
2443           }
2444       }
2445   _nodal_connec->declareAsNew();
2446   updateTime();
2447 }
2448
2449 /*!
2450  * This method renumbers nodes \b in \b connectivity \b only \b without \b any \b reference \b to \b coords.
2451  * This method performs no check on the fact that new coordinate ids are valid. \b Use \b it \b with \b care !
2452  * This method is an specialization of \ref ParaMEDMEM::MEDCouplingUMesh::renumberNodesInConn "renumberNodesInConn method".
2453  * 
2454  * \param [in] delta specifies the shift size applied to nodeId in nodal connectivity in \b this.
2455  */
2456 void MEDCouplingUMesh::shiftNodeNumbersInConn(int delta)
2457 {
2458   checkConnectivityFullyDefined();
2459   int *conn=getNodalConnectivity()->getPointer();
2460   const int *connIndex=getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
2461   int nbOfCells=getNumberOfCells();
2462   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
2463     for(int iconn=connIndex[i]+1;iconn!=connIndex[i+1];iconn++)
2464       {
2465         int& node=conn[iconn];
2466         if(node>=0)//avoid polyhedron separator
2467           {
2468             node+=delta;
2469           }
2470       }
2471   _nodal_connec->declareAsNew();
2472   updateTime();
2473 }
2474
2475 /*!
2476  * This method operates a modification of the connectivity in \b this.
2477  * Coordinates are \b NOT considered here and will remain unchanged by this method. this->_coords can ever been null for the needs of this method.
2478  * Every time that a node id in [ \b nodeIdsToDuplicateBg, \b nodeIdsToDuplicateEnd ) will append in nodal connectivity of \b this 
2479  * its ids will be modified to id offset+std::distance(nodeIdsToDuplicateBg,std::find(nodeIdsToDuplicateBg,nodeIdsToDuplicateEnd,id)).
2480  * More explicitely the renumber array in nodes is not explicitely given in old2new to avoid to build a big array of renumbering whereas typically few node ids needs to be
2481  * renumbered. The node id nodeIdsToDuplicateBg[0] will have id offset+0, node id nodeIdsToDuplicateBg[1] will have id offset+1,
2482  * node id nodeIdsToDuplicateBg[2] will have id offset+2...
2483  * 
2484  * As a consequence nodal connectivity array length will remain unchanged by this method, and nodal connectivity index array will remain unchanged by this method.
2485  * As an another consequense after the call of this method \b this can be transiently non cohrent.
2486  * 
2487  * \param [in] nodeIdsToDuplicateBg begin of node ids (included) to be duplicated in connectivity only
2488  * \param [in] nodeIdsToDuplicateEnd end of node ids (excluded) to be duplicated in connectivity only
2489  * \param [in] offset the offset applied to all node ids in connectivity that are in [ \a nodeIdsToDuplicateBg, \a nodeIdsToDuplicateEnd ). 
2490  */
2491 void MEDCouplingUMesh::duplicateNodesInConn(const int *nodeIdsToDuplicateBg, const int *nodeIdsToDuplicateEnd, int offset)
2492 {
2493   checkConnectivityFullyDefined();
2494   std::map<int,int> m;
2495   int val=offset;
2496   for(const int *work=nodeIdsToDuplicateBg;work!=nodeIdsToDuplicateEnd;work++,val++)
2497     m[*work]=val;
2498   int *conn=getNodalConnectivity()->getPointer();
2499   const int *connIndex=getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
2500   int nbOfCells=getNumberOfCells();
2501   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
2502     for(int iconn=connIndex[i]+1;iconn!=connIndex[i+1];iconn++)
2503       {
2504         int& node=conn[iconn];
2505         if(node>=0)//avoid polyhedron separator
2506           {
2507             std::map<int,int>::iterator it=m.find(node);
2508             if(it!=m.end())
2509               node=(*it).second;
2510           }
2511       }
2512   updateTime();
2513 }
2514
2515 /*!
2516  * This method renumbers cells of \a this using the array specified by [old2NewBg;old2NewBg+getNumberOfCells())
2517  *
2518  * Contrary to MEDCouplingPointSet::renumberNodes, this method makes a permutation without any fuse of cell.
2519  * After the call of this method the number of cells remains the same as before.
2520  *
2521  * If 'check' equals true the method will check that any elements in [ \a old2NewBg; \a old2NewEnd ) is unique ; if not
2522  * an INTERP_KERNEL::Exception will be thrown. When 'check' equals true [ \a old2NewBg ; \a old2NewEnd ) is not expected to
2523  * be strictly in [0;this->getNumberOfCells()).
2524  *
2525  * If 'check' equals false the method will not check the content of [ \a old2NewBg ; \a old2NewEnd ).
2526  * To avoid any throw of SIGSEGV when 'check' equals false, the elements in [ \a old2NewBg ; \a old2NewEnd ) should be unique and
2527  * should be contained in[0;this->getNumberOfCells()).
2528  * 
2529  * \param [in] old2NewBg is expected to be a dynamically allocated pointer of size at least equal to this->getNumberOfCells()
2530  */
2531 void MEDCouplingUMesh::renumberCells(const int *old2NewBg, bool check)
2532 {
2533   checkConnectivityFullyDefined();
2534   int nbCells=getNumberOfCells();
2535   const int *array=old2NewBg;
2536   if(check)
2537     array=DataArrayInt::CheckAndPreparePermutation(old2NewBg,old2NewBg+nbCells);
2538   //
2539   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
2540   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
2541   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> o2n=DataArrayInt::New(); o2n->useArray(array,false,C_DEALLOC,nbCells,1);
2542   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> n2o=o2n->invertArrayO2N2N2O(nbCells);
2543   const int *n2oPtr=n2o->begin();
2544   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConn=DataArrayInt::New();
2545   newConn->alloc(_nodal_connec->getNumberOfTuples(),_nodal_connec->getNumberOfComponents());
2546   newConn->copyStringInfoFrom(*_nodal_connec);
2547   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConnI=DataArrayInt::New();
2548   newConnI->alloc(_nodal_connec_index->getNumberOfTuples(),_nodal_connec_index->getNumberOfComponents());
2549   newConnI->copyStringInfoFrom(*_nodal_connec_index);
2550   //
2551   int *newC=newConn->getPointer();
2552   int *newCI=newConnI->getPointer();
2553   int loc=0;
2554   newCI[0]=loc;
2555   for(int i=0;i<nbCells;i++)
2556     {
2557       int pos=n2oPtr[i];
2558       int nbOfElts=connI[pos+1]-connI[pos];
2559       newC=std::copy(conn+connI[pos],conn+connI[pos+1],newC);
2560       loc+=nbOfElts;
2561       newCI[i+1]=loc;
2562     }
2563   //
2564   setConnectivity(newConn,newConnI);
2565   if(check)
2566     free(const_cast<int *>(array));
2567 }
2568
2569 /*!
2570  * Finds cells whose bounding boxes intersect a given bounding box.
2571  *  \param [in] bbox - an array defining the bounding box via coordinates of its
2572  *         extremum points in "no interlace" mode, i.e. xMin, xMax, yMin, yMax, zMin,
2573  *         zMax (if in 3D). 
2574  *  \param [in] eps - a factor used to increase size of the bounding box of cell
2575  *         before comparing it with \a bbox. This factor is multiplied by the maximal
2576  *         extent of the bounding box of cell to produce an addition to this bounding box.
2577  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding ids for found
2578  *         cells. The caller is to delete this array using decrRef() as it is no more
2579  *         needed. 
2580  *  \throw If the coordinates array is not set.
2581  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
2582  *
2583  *  \ref cpp_mcumesh_getCellsInBoundingBox "Here is a C++ example".<br>
2584  *  \ref  py_mcumesh_getCellsInBoundingBox "Here is a Python example".
2585  */
2586 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::getCellsInBoundingBox(const double *bbox, double eps) const
2587 {
2588   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> elems=DataArrayInt::New(); elems->alloc(0,1);
2589   if(getMeshDimension()==-1)
2590     {
2591       elems->pushBackSilent(0);
2592       return elems.retn();
2593     }
2594   int dim=getSpaceDimension();
2595   INTERP_KERNEL::AutoPtr<double> elem_bb=new double[2*dim];
2596   const int* conn      = getNodalConnectivity()->getConstPointer();
2597   const int* conn_index= getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
2598   const double* coords = getCoords()->getConstPointer();
2599   int nbOfCells=getNumberOfCells();
2600   for ( int ielem=0; ielem<nbOfCells;ielem++ )
2601     {
2602       for (int i=0; i<dim; i++)
2603         {
2604           elem_bb[i*2]=std::numeric_limits<double>::max();
2605           elem_bb[i*2+1]=-std::numeric_limits<double>::max();
2606         }
2607
2608       for (int inode=conn_index[ielem]+1; inode<conn_index[ielem+1]; inode++)//+1 due to offset of cell type.
2609         {
2610           int node= conn[inode];
2611           if(node>=0)//avoid polyhedron separator
2612             {
2613               for (int idim=0; idim<dim; idim++)
2614                 {
2615                   if ( coords[node*dim+idim] < elem_bb[idim*2] )
2616                     {
2617                       elem_bb[idim*2] = coords[node*dim+idim] ;
2618                     }
2619                   if ( coords[node*dim+idim] > elem_bb[idim*2+1] )
2620                     {
2621                       elem_bb[idim*2+1] = coords[node*dim+idim] ;
2622                     }
2623                 }
2624             }
2625         }
2626       if (intersectsBoundingBox(elem_bb, bbox, dim, eps))
2627         elems->pushBackSilent(ielem);
2628     }
2629   return elems.retn();
2630 }
2631
2632 /*!
2633  * Given a boundary box 'bbox' returns elements 'elems' contained in this 'bbox' or touching 'bbox' (within 'eps' distance).
2634  * Warning 'elems' is incremented during the call so if elems is not empty before call returned elements will be
2635  * added in 'elems' parameter.
2636  */
2637 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::getCellsInBoundingBox(const INTERP_KERNEL::DirectedBoundingBox& bbox, double eps)
2638 {
2639   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> elems=DataArrayInt::New(); elems->alloc(0,1);
2640   if(getMeshDimension()==-1)
2641     {
2642       elems->pushBackSilent(0);
2643       return elems.retn();
2644     }
2645   int dim=getSpaceDimension();
2646   INTERP_KERNEL::AutoPtr<double> elem_bb=new double[2*dim];
2647   const int* conn      = getNodalConnectivity()->getConstPointer();
2648   const int* conn_index= getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
2649   const double* coords = getCoords()->getConstPointer();
2650   int nbOfCells=getNumberOfCells();
2651   for ( int ielem=0; ielem<nbOfCells;ielem++ )
2652     {
2653       for (int i=0; i<dim; i++)
2654         {
2655           elem_bb[i*2]=std::numeric_limits<double>::max();
2656           elem_bb[i*2+1]=-std::numeric_limits<double>::max();
2657         }
2658
2659       for (int inode=conn_index[ielem]+1; inode<conn_index[ielem+1]; inode++)//+1 due to offset of cell type.
2660         {
2661           int node= conn[inode];
2662           if(node>=0)//avoid polyhedron separator
2663             {
2664               for (int idim=0; idim<dim; idim++)
2665                 {
2666                   if ( coords[node*dim+idim] < elem_bb[idim*2] )
2667                     {
2668                       elem_bb[idim*2] = coords[node*dim+idim] ;
2669                     }
2670                   if ( coords[node*dim+idim] > elem_bb[idim*2+1] )
2671                     {
2672                       elem_bb[idim*2+1] = coords[node*dim+idim] ;
2673                     }
2674                 }
2675             }
2676         }
2677       if(intersectsBoundingBox(bbox, elem_bb, dim, eps))
2678         elems->pushBackSilent(ielem);
2679     }
2680   return elems.retn();
2681 }
2682
2683 /*!
2684  * Returns a type of a cell by its id.
2685  *  \param [in] cellId - the id of the cell of interest.
2686  *  \return INTERP_KERNEL::NormalizedCellType - enumeration item describing the cell type.
2687  *  \throw If \a cellId is invalid. Valid range is [0, \a this->getNumberOfCells() ).
2688  */
2689 INTERP_KERNEL::NormalizedCellType MEDCouplingUMesh::getTypeOfCell(int cellId) const
2690 {
2691   const int *ptI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
2692   const int *pt=_nodal_connec->getConstPointer();
2693   if(cellId>=0 && cellId<(int)_nodal_connec_index->getNbOfElems()-1)
2694     return (INTERP_KERNEL::NormalizedCellType) pt[ptI[cellId]];
2695   else
2696     {
2697       std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::getTypeOfCell : Requesting type of cell #" << cellId << " but it should be in [0," << _nodal_connec_index->getNbOfElems()-1 << ") !";
2698       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2699     }
2700 }
2701
2702 /*!
2703  * This method returns a newly allocated array containing cell ids (ascendingly sorted) whose geometric type are equal to type.
2704  * This method does not throw exception if geometric type \a type is not in \a this.
2705  * This method throws an INTERP_KERNEL::Exception if meshdimension of \b this is not equal to those of \b type.
2706  * The coordinates array is not considered here.
2707  *
2708  * \param [in] type the geometric type
2709  * \return cell ids in this having geometric type \a type.
2710  */
2711 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::giveCellsWithType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type) const
2712 {
2713   
2714   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
2715   ret->alloc(0,1);
2716   checkConnectivityFullyDefined();
2717   int nbCells=getNumberOfCells();
2718   int mdim=getMeshDimension();
2719   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(type);
2720   if(mdim!=(int)cm.getDimension())
2721     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::giveCellsWithType : Mismatch between mesh dimension and dimension of the cell !");
2722   const int *ptI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
2723   const int *pt=_nodal_connec->getConstPointer();
2724   for(int i=0;i<nbCells;i++)
2725     {
2726       if((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)pt[ptI[i]]==type)
2727         ret->pushBackSilent(i);
2728     }
2729   return ret.retn();
2730 }
2731
2732 /*!
2733  * Returns nb of cells having the geometric type \a type. No throw if no cells in \a this has the geometric type \a type.
2734  */
2735 int MEDCouplingUMesh::getNumberOfCellsWithType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type) const
2736 {
2737   const int *ptI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
2738   const int *pt=_nodal_connec->getConstPointer();
2739   int nbOfCells=getNumberOfCells();
2740   int ret=0;
2741   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
2742     if((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType) pt[ptI[i]]==type)
2743       ret++;
2744   return ret;
2745 }
2746
2747 /*!
2748  * Returns the nodal connectivity of a given cell.
2749  * The separator of faces within polyhedron connectivity (-1) is not returned, thus
2750  * all returned node ids can be used in getCoordinatesOfNode().
2751  *  \param [in] cellId - an id of the cell of interest.
2752  *  \param [in,out] conn - a vector where the node ids are appended. It is not
2753  *         cleared before the appending.
2754  *  \throw If \a cellId is invalid. Valid range is [0, \a this->getNumberOfCells() ).
2755  */
2756 void MEDCouplingUMesh::getNodeIdsOfCell(int cellId, std::vector<int>& conn) const
2757 {
2758   const int *ptI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
2759   const int *pt=_nodal_connec->getConstPointer();
2760   for(const int *w=pt+ptI[cellId]+1;w!=pt+ptI[cellId+1];w++)
2761     if(*w>=0)
2762       conn.push_back(*w);
2763 }
2764
2765 std::string MEDCouplingUMesh::simpleRepr() const
2766 {
2767   static const char msg0[]="No coordinates specified !";
2768   std::ostringstream ret;
2769   ret << "Unstructured mesh with name : \"" << getName() << "\"\n";
2770   ret << "Description of mesh : \"" << getDescription() << "\"\n";
2771   int tmpp1,tmpp2;
2772   double tt=getTime(tmpp1,tmpp2);
2773   ret << "Time attached to the mesh [unit] : " << tt << " [" << getTimeUnit() << "]\n";
2774   ret << "Iteration : " << tmpp1  << " Order : " << tmpp2 << "\n";
2775   if(_mesh_dim>=-1)
2776     { ret << "Mesh dimension : " << _mesh_dim << "\nSpace dimension : "; }
2777   else
2778     { ret << " Mesh dimension has not been set or is invalid !"; }
2779   if(_coords!=0)
2780     {
2781       const int spaceDim=getSpaceDimension();
2782       ret << spaceDim << "\nInfo attached on space dimension : ";
2783       for(int i=0;i<spaceDim;i++)
2784         ret << "\"" << _coords->getInfoOnComponent(i) << "\" ";
2785       ret << "\n";
2786     }
2787   else
2788     ret << msg0 << "\n";
2789   ret << "Number of nodes : ";
2790   if(_coords!=0)
2791     ret << getNumberOfNodes() << "\n";
2792   else
2793     ret << msg0 << "\n";
2794   ret << "Number of cells : ";
2795   if(_nodal_connec!=0 && _nodal_connec_index!=0)
2796     ret << getNumberOfCells() << "\n";
2797   else
2798     ret << "No connectivity specified !" << "\n";
2799   ret << "Cell types present : ";
2800   for(std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>::const_iterator iter=_types.begin();iter!=_types.end();iter++)
2801     {
2802       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(*iter);
2803       ret << cm.getRepr() << " ";
2804     }
2805   ret << "\n";
2806   return ret.str();
2807 }
2808
2809 std::string MEDCouplingUMesh::advancedRepr() const
2810 {
2811   std::ostringstream ret;
2812   ret << simpleRepr();
2813   ret << "\nCoordinates array : \n___________________\n\n";
2814   if(_coords)
2815     _coords->reprWithoutNameStream(ret);
2816   else
2817     ret << "No array set !\n";
2818   ret << "\n\nConnectivity arrays : \n_____________________\n\n";
2819   reprConnectivityOfThisLL(ret);
2820   return ret.str();
2821 }
2822
2823 /*!
2824  * This method returns a C++ code that is a dump of \a this.
2825  * This method will throw if this is not fully defined.
2826  */
2827 std::string MEDCouplingUMesh::cppRepr() const
2828 {
2829   static const char coordsName[]="coords";
2830   static const char connName[]="conn";
2831   static const char connIName[]="connI";
2832   checkFullyDefined();
2833   std::ostringstream ret; ret << "// coordinates" << std::endl;
2834   _coords->reprCppStream(coordsName,ret); ret << std::endl << "// connectivity" << std::endl;
2835   _nodal_connec->reprCppStream(connName,ret); ret << std::endl;
2836   _nodal_connec_index->reprCppStream(connIName,ret); ret << std::endl;
2837   ret << "MEDCouplingUMesh *mesh=MEDCouplingUMesh::New(\"" << getName() << "\"," << getMeshDimension() << ");" << std::endl;
2838   ret << "mesh->setCoords(" << coordsName << ");" << std::endl;
2839   ret << "mesh->setConnectivity(" << connName << "," << connIName << ",true);" << std::endl;
2840   ret << coordsName << "->decrRef(); " << connName << "->decrRef(); " << connIName << "->decrRef();" << std::endl;
2841   return ret.str();
2842 }
2843
2844 std::string MEDCouplingUMesh::reprConnectivityOfThis() const
2845 {
2846   std::ostringstream ret;
2847   reprConnectivityOfThisLL(ret);
2848   return ret.str();
2849 }
2850
2851 /*!
2852  * This method builds a newly allocated instance (with the same name than \a this) that the caller has the responsability to deal with.
2853  * This method returns an instance with all arrays allocated (connectivity, connectivity index, coordinates)
2854  * but with length of these arrays set to 0. It allows to define an "empty" mesh (with nor cells nor nodes but compliant with
2855  * some algos).
2856  * 
2857  * This method expects that \a this has a mesh dimension set and higher or equal to 0. If not an exception will be thrown.
2858  * This method analyzes the 3 arrays of \a this. For each the following behaviour is done : if the array is null a newly one is created
2859  * with number of tuples set to 0, if not the array is taken as this in the returned instance.
2860  */
2861 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::buildSetInstanceFromThis(int spaceDim) const
2862 {
2863   int mdim=getMeshDimension();
2864   if(mdim<0)
2865     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::buildSetInstanceFromThis : invalid mesh dimension ! Should be >= 0 !");
2866   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret=MEDCouplingUMesh::New(getName().c_str(),mdim);
2867   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp1,tmp2;
2868   bool needToCpyCT=true;
2869   if(!_nodal_connec)
2870     {
2871       tmp1=DataArrayInt::New(); tmp1->alloc(0,1);
2872       needToCpyCT=false;
2873     }
2874   else
2875     {
2876       tmp1=_nodal_connec;
2877       tmp1->incrRef();
2878     }
2879   if(!_nodal_connec_index)
2880     {
2881       tmp2=DataArrayInt::New(); tmp2->alloc(1,1); tmp2->setIJ(0,0,0);
2882       needToCpyCT=false;
2883     }
2884   else
2885     {
2886       tmp2=_nodal_connec_index;
2887       tmp2->incrRef();
2888     }
2889   ret->setConnectivity(tmp1,tmp2,false);
2890   if(needToCpyCT)
2891     ret->_types=_types;
2892   if(!_coords)
2893     {
2894       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> coords=DataArrayDouble::New(); coords->alloc(0,spaceDim);
2895       ret->setCoords(coords);
2896     }
2897   else
2898     ret->setCoords(_coords);
2899   return ret.retn();
2900 }
2901
2902 void MEDCouplingUMesh::reprConnectivityOfThisLL(std::ostringstream& stream) const
2903 {
2904   if(_nodal_connec!=0 && _nodal_connec_index!=0)
2905     {
2906       int nbOfCells=getNumberOfCells();
2907       const int *c=_nodal_connec->getConstPointer();
2908       const int *ci=_nodal_connec_index->getConstPointer();
2909       for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
2910         {
2911           const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)c[ci[i]]);
2912           stream << "Cell #" << i << " " << cm.getRepr() << " : ";
2913           std::copy(c+ci[i]+1,c+ci[i+1],std::ostream_iterator<int>(stream," "));
2914           stream << "\n";
2915         }
2916     }
2917   else
2918     stream << "Connectivity not defined !\n";
2919 }
2920
2921 int MEDCouplingUMesh::getNumberOfNodesInCell(int cellId) const
2922 {
2923   const int *ptI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
2924   const int *pt=_nodal_connec->getConstPointer();
2925   if(pt[ptI[cellId]]!=INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED)
2926     return ptI[cellId+1]-ptI[cellId]-1;
2927   else
2928     return (int)std::count_if(pt+ptI[cellId]+1,pt+ptI[cellId+1],std::bind2nd(std::not_equal_to<int>(),-1));
2929 }
2930
2931 /*!
2932  * Returns types of cells of the specified part of \a this mesh.
2933  * This method avoids computing sub-mesh explicitely to get its types.
2934  *  \param [in] begin - an array of cell ids of interest.
2935  *  \param [in] end - the end of \a begin, i.e. a pointer to its (last+1)-th element.
2936  *  \return std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> - a set of enumeration items
2937  *         describing the cell types. 
2938  *  \throw If the coordinates array is not set.
2939  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
2940  *  \sa getAllGeoTypes()
2941  */
2942 std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> MEDCouplingUMesh::getTypesOfPart(const int *begin, const int *end) const
2943 {
2944   checkFullyDefined();
2945   std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> ret;
2946   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
2947   const int *connIndex=_nodal_connec_index->getConstPointer();
2948   for(const int *w=begin;w!=end;w++)
2949     ret.insert((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[connIndex[*w]]);
2950   return ret;
2951 }
2952
2953 /*!
2954  * Defines the nodal connectivity using given connectivity arrays. Optionally updates
2955  * a set of types of cells constituting \a this mesh. 
2956  * This method is for advanced users having prepared their connectivity before. For
2957  * more info on using this method see \ref MEDCouplingUMeshAdvBuild.
2958  *  \param [in] conn - the nodal connectivity array. 
2959  *  \param [in] connIndex - the nodal connectivity index array.
2960  *  \param [in] isComputingTypes - if \c true, the set of types constituting \a this
2961  *         mesh is updated.
2962  */
2963 void MEDCouplingUMesh::setConnectivity(DataArrayInt *conn, DataArrayInt *connIndex, bool isComputingTypes)
2964 {
2965   DataArrayInt::SetArrayIn(conn,_nodal_connec);
2966   DataArrayInt::SetArrayIn(connIndex,_nodal_connec_index);
2967   if(isComputingTypes)
2968     computeTypes();
2969   declareAsNew();
2970 }
2971
2972 /*!
2973  * Copy constructor. If 'deepCpy' is false \a this is a shallow copy of other.
2974  * If 'deeCpy' is true all arrays (coordinates and connectivities) are deeply copied.
2975  */
2976 MEDCouplingUMesh::MEDCouplingUMesh(const MEDCouplingUMesh& other, bool deepCopy):MEDCouplingPointSet(other,deepCopy),_mesh_dim(other._mesh_dim),
2977                                                                                  _nodal_connec(0),_nodal_connec_index(0),
2978                                                                                 _types(other._types)
2979 {
2980   if(other._nodal_connec)
2981     _nodal_connec=other._nodal_connec->performCpy(deepCopy);
2982   if(other._nodal_connec_index)
2983     _nodal_connec_index=other._nodal_connec_index->performCpy(deepCopy);
2984 }
2985
2986 MEDCouplingUMesh::~MEDCouplingUMesh()
2987 {
2988   if(_nodal_connec)
2989     _nodal_connec->decrRef();
2990   if(_nodal_connec_index)
2991     _nodal_connec_index->decrRef();
2992 }
2993
2994 /*!
2995  * Recomputes a set of cell types of \a this mesh. For more info see
2996  * \ref MEDCouplingUMeshNodalConnectivity.
2997  */
2998 void MEDCouplingUMesh::computeTypes()
2999 {
3000   if(_nodal_connec && _nodal_connec_index)
3001     {
3002       _types.clear();
3003       const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
3004       const int *connIndex=_nodal_connec_index->getConstPointer();
3005       int nbOfElem=_nodal_connec_index->getNbOfElems()-1;
3006       if (nbOfElem > 0)
3007         for(const int *pt=connIndex;pt !=connIndex+nbOfElem;pt++)
3008           _types.insert((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[*pt]);
3009     }
3010 }
3011
3012 /*!
3013  * This method checks that all arrays are set. If yes nothing done if no an exception is thrown.
3014  */
3015 void MEDCouplingUMesh::checkFullyDefined() const
3016 {
3017   if(!_nodal_connec_index || !_nodal_connec || !_coords)
3018     throw INTERP_KERNEL::Exception("Reverse nodal connectivity computation requires full connectivity and coordinates set in unstructured mesh.");
3019 }
3020
3021 /*!
3022  * This method checks that all connectivity arrays are set. If yes nothing done if no an exception is thrown.
3023  */
3024 void MEDCouplingUMesh::checkConnectivityFullyDefined() const
3025 {
3026   if(!_nodal_connec_index || !_nodal_connec)
3027     throw INTERP_KERNEL::Exception("Reverse nodal connectivity computation requires full connectivity set in unstructured mesh.");
3028 }
3029
3030 /*!
3031  * Returns a number of cells constituting \a this mesh. 
3032  *  \return int - the number of cells in \a this mesh.
3033  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
3034  */
3035 int MEDCouplingUMesh::getNumberOfCells() const
3036
3037   if(_nodal_connec_index)
3038     return _nodal_connec_index->getNumberOfTuples()-1;
3039   else
3040     if(_mesh_dim==-1)
3041       return 1;
3042     else
3043       throw INTERP_KERNEL::Exception("Unable to get number of cells because no connectivity specified !");
3044 }
3045
3046 /*!
3047  * Returns a dimension of \a this mesh, i.e. a dimension of cells constituting \a this
3048  * mesh. For more info see \ref MEDCouplingMeshesPage.
3049  *  \return int - the dimension of \a this mesh.
3050  *  \throw If the mesh dimension is not defined using setMeshDimension().
3051  */
3052 int MEDCouplingUMesh::getMeshDimension() const
3053 {
3054   if(_mesh_dim<-1)
3055     throw INTERP_KERNEL::Exception("No mesh dimension specified !");
3056   return _mesh_dim;
3057 }
3058
3059 /*!
3060  * Returns a length of the nodal connectivity array.
3061  * This method is for test reason. Normally the integer returned is not useable by
3062  * user.  For more info see \ref MEDCouplingUMeshNodalConnectivity.
3063  *  \return int - the length of the nodal connectivity array.
3064  */
3065 int MEDCouplingUMesh::getMeshLength() const
3066 {
3067   return _nodal_connec->getNbOfElems();
3068 }
3069
3070 /*!
3071  * First step of serialization process. Used by ParaMEDMEM and MEDCouplingCorba to transfert data between process.
3072  */
3073 void MEDCouplingUMesh::getTinySerializationInformation(std::vector<double>& tinyInfoD, std::vector<int>& tinyInfo, std::vector<std::string>& littleStrings) const
3074 {
3075   MEDCouplingPointSet::getTinySerializationInformation(tinyInfoD,tinyInfo,littleStrings);
3076   tinyInfo.push_back(getMeshDimension());
3077   tinyInfo.push_back(getNumberOfCells());
3078   if(_nodal_connec)
3079     tinyInfo.push_back(getMeshLength());
3080   else
3081     tinyInfo.push_back(-1);
3082 }
3083
3084 /*!
3085  * First step of unserialization process.
3086  */
3087 bool MEDCouplingUMesh::isEmptyMesh(const std::vector<int>& tinyInfo) const
3088 {
3089   return tinyInfo[6]<=0;
3090 }
3091
3092 /*!
3093  * Second step of serialization process.
3094  * \param tinyInfo must be equal to the result given by getTinySerializationInformation method.
3095  */
3096 void MEDCouplingUMesh::resizeForUnserialization(const std::vector<int>& tinyInfo, DataArrayInt *a1, DataArrayDouble *a2, std::vector<std::string>& littleStrings) const
3097 {
3098   MEDCouplingPointSet::resizeForUnserialization(tinyInfo,a1,a2,littleStrings);
3099   if(tinyInfo[5]!=-1)
3100     a1->alloc(tinyInfo[7]+tinyInfo[6]+1,1);
3101 }
3102
3103 /*!
3104  * Third and final step of serialization process.
3105  */
3106 void MEDCouplingUMesh::serialize(DataArrayInt *&a1, DataArrayDouble *&a2) const
3107 {
3108   MEDCouplingPointSet::serialize(a1,a2);
3109   if(getMeshDimension()>-1)
3110     {
3111       a1=DataArrayInt::New();
3112       a1->alloc(getMeshLength()+getNumberOfCells()+1,1);
3113       int *ptA1=a1->getPointer();
3114       const int *conn=getNodalConnectivity()->getConstPointer();
3115       const int *index=getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
3116       ptA1=std::copy(index,index+getNumberOfCells()+1,ptA1);
3117       std::copy(conn,conn+getMeshLength(),ptA1);
3118     }
3119   else
3120     a1=0;
3121 }
3122
3123 /*!
3124  * Second and final unserialization process.
3125  * \param tinyInfo must be equal to the result given by getTinySerializationInformation method.
3126  */
3127 void MEDCouplingUMesh::unserialization(const std::vector<double>& tinyInfoD, const std::vector<int>& tinyInfo, const DataArrayInt *a1, DataArrayDouble *a2, const std::vector<std::string>& littleStrings)
3128 {
3129   MEDCouplingPointSet::unserialization(tinyInfoD,tinyInfo,a1,a2,littleStrings);
3130   setMeshDimension(tinyInfo[5]);
3131   if(tinyInfo[7]!=-1)
3132     {
3133       // Connectivity
3134       const int *recvBuffer=a1->getConstPointer();
3135       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> myConnecIndex=DataArrayInt::New();
3136       myConnecIndex->alloc(tinyInfo[6]+1,1);
3137       std::copy(recvBuffer,recvBuffer+tinyInfo[6]+1,myConnecIndex->getPointer());
3138       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> myConnec=DataArrayInt::New();
3139       myConnec->alloc(tinyInfo[7],1);
3140       std::copy(recvBuffer+tinyInfo[6]+1,recvBuffer+tinyInfo[6]+1+tinyInfo[7],myConnec->getPointer());
3141       setConnectivity(myConnec, myConnecIndex);
3142     }
3143 }
3144
3145 /*!
3146  * This is the low algorithm of MEDCouplingUMesh::buildPartOfMySelf2.
3147  * CellIds are given using range specified by a start an end and step.
3148  */
3149 MEDCouplingPointSet *MEDCouplingUMesh::buildPartOfMySelfKeepCoords2(int start, int end, int step) const
3150 {
3151   checkFullyDefined();
3152   int ncell=getNumberOfCells();
3153   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret=MEDCouplingUMesh::New();
3154   ret->_mesh_dim=_mesh_dim;
3155   ret->setCoords(_coords);
3156   int newNbOfCells=DataArray::GetNumberOfItemGivenBESRelative(start,end,step,"MEDCouplingUMesh::buildPartOfMySelfKeepCoords2 : ");
3157   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConnI=DataArrayInt::New(); newConnI->alloc(newNbOfCells+1,1);
3158   int *newConnIPtr=newConnI->getPointer(); *newConnIPtr=0;
3159   int work=start;
3160   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
3161   const int *connIndex=_nodal_connec_index->getConstPointer();
3162   for(int i=0;i<newNbOfCells;i++,newConnIPtr++,work+=step)
3163     {
3164       if(work>=0 && work<ncell)
3165         {
3166           newConnIPtr[1]=newConnIPtr[0]+connIndex[work+1]-connIndex[work];
3167         }
3168       else
3169         {
3170           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::buildPartOfMySelfKeepCoords2 : On pos #" << i << " input cell id =" << work << " should be in [0," << ncell << ") !";
3171           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
3172         }
3173     }
3174   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConn=DataArrayInt::New(); newConn->alloc(newConnIPtr[0],1);
3175   int *newConnPtr=newConn->getPointer();
3176   std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> types;
3177   work=start;
3178   for(int i=0;i<newNbOfCells;i++,newConnIPtr++,work+=step)
3179     {
3180       types.insert((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[connIndex[work]]);
3181       newConnPtr=std::copy(conn+connIndex[work],conn+connIndex[work+1],newConnPtr);
3182     }
3183   ret->setConnectivity(newConn,newConnI,false);
3184   ret->_types=types;
3185   ret->copyTinyInfoFrom(this);
3186   return ret.retn();
3187 }
3188
3189 /*!
3190  * This is the low algorithm of MEDCouplingUMesh::buildPartOfMySelf.
3191  * Keeps from \a this only cells which constituing point id are in the ids specified by [ \a begin,\a end ).
3192  * The return newly allocated mesh will share the same coordinates as \a this.
3193  */
3194 MEDCouplingPointSet *MEDCouplingUMesh::buildPartOfMySelfKeepCoords(const int *begin, const int *end) const
3195 {
3196   checkConnectivityFullyDefined();
3197   int ncell=getNumberOfCells();
3198   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret=MEDCouplingUMesh::New();
3199   ret->_mesh_dim=_mesh_dim;
3200   ret->setCoords(_coords);
3201   std::size_t nbOfElemsRet=std::distance(begin,end);
3202   int *connIndexRet=(int *)malloc((nbOfElemsRet+1)*sizeof(int));
3203   connIndexRet[0]=0;
3204   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
3205   const int *connIndex=_nodal_connec_index->getConstPointer();
3206   int newNbring=0;
3207   for(const int *work=begin;work!=end;work++,newNbring++)
3208     {
3209       if(*work>=0 && *work<ncell)
3210         connIndexRet[newNbring+1]=connIndexRet[newNbring]+connIndex[*work+1]-connIndex[*work];
3211       else
3212         {
3213           free(connIndexRet);
3214           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::buildPartOfMySelfKeepCoords : On pos #" << std::distance(begin,work) << " input cell id =" << *work << " should be in [0," << ncell << ") !";
3215           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
3216         }
3217     }
3218   int *connRet=(int *)malloc(connIndexRet[nbOfElemsRet]*sizeof(int));
3219   int *connRetWork=connRet;
3220   std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> types;
3221   for(const int *work=begin;work!=end;work++)
3222     {
3223       types.insert((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[connIndex[*work]]);
3224       connRetWork=std::copy(conn+connIndex[*work],conn+connIndex[*work+1],connRetWork);
3225     }
3226   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> connRetArr=DataArrayInt::New();
3227   connRetArr->useArray(connRet,true,C_DEALLOC,connIndexRet[nbOfElemsRet],1);
3228   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> connIndexRetArr=DataArrayInt::New();
3229   connIndexRetArr->useArray(connIndexRet,true,C_DEALLOC,(int)nbOfElemsRet+1,1);
3230   ret->setConnectivity(connRetArr,connIndexRetArr,false);
3231   ret->_types=types;
3232   ret->copyTinyInfoFrom(this);
3233   return ret.retn();
3234 }
3235
3236 /*!
3237  * Returns a new MEDCouplingFieldDouble containing volumes of cells constituting \a this
3238  * mesh.<br>
3239  * For 1D cells, the returned field contains lengths.<br>
3240  * For 2D cells, the returned field contains areas.<br>
3241  * For 3D cells, the returned field contains volumes.
3242  *  \param [in] isAbs - if \c true, the computed cell volume does not reflect cell
3243  *         orientation, i.e. the volume is always positive.
3244  *  \return MEDCouplingFieldDouble * - a new instance of MEDCouplingFieldDouble on cells
3245  *         and one time . The caller is to delete this field using decrRef() as it is no
3246  *         more needed.
3247  */
3248 MEDCouplingFieldDouble *MEDCouplingUMesh::getMeasureField(bool isAbs) const
3249 {
3250   std::string name="MeasureOfMesh_";
3251   name+=getName();
3252   int nbelem=getNumberOfCells();
3253   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingFieldDouble> field=MEDCouplingFieldDouble::New(ON_CELLS,ONE_TIME);
3254   field->setName(name.c_str());
3255   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> array=DataArrayDouble::New();
3256   array->alloc(nbelem,1);
3257   double *area_vol=array->getPointer();
3258   field->setArray(array) ; array=0;
3259   field->setMesh(const_cast<MEDCouplingUMesh *>(this));
3260   field->synchronizeTimeWithMesh();
3261   if(getMeshDimension()!=-1)
3262     {
3263       int ipt;
3264       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type;
3265       int dim_space=getSpaceDimension();
3266       const double *coords=getCoords()->getConstPointer();
3267       const int *connec=getNodalConnectivity()->getConstPointer();
3268       const int *connec_index=getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
3269       for(int iel=0;iel<nbelem;iel++)
3270         {
3271           ipt=connec_index[iel];
3272           type=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)connec[ipt];
3273           area_vol[iel]=INTERP_KERNEL::computeVolSurfOfCell2<int,INTERP_KERNEL::ALL_C_MODE>(type,connec+ipt+1,connec_index[iel+1]-ipt-1,coords,dim_space);
3274         }
3275       if(isAbs)
3276         std::transform(area_vol,area_vol+nbelem,area_vol,std::ptr_fun<double,double>(fabs));
3277     }
3278   else
3279     {
3280       area_vol[0]=std::numeric_limits<double>::max();
3281     }
3282   return field.retn();
3283 }
3284
3285 /*!
3286  * Returns a new DataArrayDouble containing volumes of specified cells of \a this
3287  * mesh.<br>
3288  * For 1D cells, the returned array contains lengths.<br>
3289  * For 2D cells, the returned array contains areas.<br>
3290  * For 3D cells, the returned array contains volumes.
3291  * This method avoids building explicitly a part of \a this mesh to perform the work.
3292  *  \param [in] isAbs - if \c true, the computed cell volume does not reflect cell
3293  *         orientation, i.e. the volume is always positive.
3294  *  \param [in] begin - an array of cell ids of interest.
3295  *  \param [in] end - the end of \a begin, i.e. a pointer to its (last+1)-th element.
3296  *  \return DataArrayDouble * - a new instance of DataArrayDouble. The caller is to
3297  *          delete this array using decrRef() as it is no more needed.
3298  * 
3299  *  \ref cpp_mcumesh_getPartMeasureField "Here is a C++ example".<br>
3300  *  \ref  py_mcumesh_getPartMeasureField "Here is a Python example".
3301  *  \sa getMeasureField()
3302  */
3303 DataArrayDouble *MEDCouplingUMesh::getPartMeasureField(bool isAbs, const int *begin, const int *end) const
3304 {
3305   std::string name="PartMeasureOfMesh_";
3306   name+=getName();
3307   int nbelem=(int)std::distance(begin,end);
3308   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> array=DataArrayDouble::New();
3309   array->setName(name.c_str());
3310   array->alloc(nbelem,1);
3311   double *area_vol=array->getPointer();
3312   if(getMeshDimension()!=-1)
3313     {
3314       int ipt;
3315       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type;
3316       int dim_space=getSpaceDimension();
3317       const double *coords=getCoords()->getConstPointer();
3318       const int *connec=getNodalConnectivity()->getConstPointer();
3319       const int *connec_index=getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
3320       for(const int *iel=begin;iel!=end;iel++)
3321         {
3322           ipt=connec_index[*iel];
3323           type=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)connec[ipt];
3324           *area_vol++=INTERP_KERNEL::computeVolSurfOfCell2<int,INTERP_KERNEL::ALL_C_MODE>(type,connec+ipt+1,connec_index[*iel+1]-ipt-1,coords,dim_space);
3325         }
3326       if(isAbs)
3327         std::transform(array->getPointer(),area_vol,array->getPointer(),std::ptr_fun<double,double>(fabs));
3328     }
3329   else
3330     {
3331       area_vol[0]=std::numeric_limits<double>::max();
3332     }
3333   return array.retn();
3334 }
3335
3336 /*!
3337  * Returns a new MEDCouplingFieldDouble containing volumes of cells of a dual mesh of
3338  * \a this one. The returned field contains the dual cell volume for each corresponding
3339  * node in \a this mesh. In other words, the field returns the getMeasureField() of
3340  *  the dual mesh in P1 sens of \a this.<br>
3341  * For 1D cells, the returned field contains lengths.<br>
3342  * For 2D cells, the returned field contains areas.<br>
3343  * For 3D cells, the returned field contains volumes.
3344  * This method is useful to check "P1*" conservative interpolators.
3345  *  \param [in] isAbs - if \c true, the computed cell volume does not reflect cell
3346  *         orientation, i.e. the volume is always positive.
3347  *  \return MEDCouplingFieldDouble * - a new instance of MEDCouplingFieldDouble on
3348  *          nodes and one time. The caller is to delete this array using decrRef() as
3349  *          it is no more needed.
3350  */
3351 MEDCouplingFieldDouble *MEDCouplingUMesh::getMeasureFieldOnNode(bool isAbs) const
3352 {
3353   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingFieldDouble> tmp=getMeasureField(isAbs);
3354   std::string name="MeasureOnNodeOfMesh_";
3355   name+=getName();
3356   int nbNodes=getNumberOfNodes();
3357   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingFieldDouble> ret=MEDCouplingFieldDouble::New(ON_NODES);
3358   double cst=1./((double)getMeshDimension()+1.);
3359   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> array=DataArrayDouble::New();
3360   array->alloc(nbNodes,1);
3361   double *valsToFill=array->getPointer();
3362   std::fill(valsToFill,valsToFill+nbNodes,0.);
3363   const double *values=tmp->getArray()->getConstPointer();
3364   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> da=DataArrayInt::New();
3365   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> daInd=DataArrayInt::New();
3366   getReverseNodalConnectivity(da,daInd);
3367   const int *daPtr=da->getConstPointer();
3368   const int *daIPtr=daInd->getConstPointer();
3369   for(int i=0;i<nbNodes;i++)
3370     for(const int *cell=daPtr+daIPtr[i];cell!=daPtr+daIPtr[i+1];cell++)
3371       valsToFill[i]+=cst*values[*cell];
3372   ret->setMesh(this);
3373   ret->setArray(array);
3374   return ret.retn();
3375 }
3376
3377 /*!
3378  * Returns a new MEDCouplingFieldDouble holding normal vectors to cells of \a this
3379  * mesh. The returned normal vectors to each cell have a norm2 equal to 1.
3380  * The computed vectors have <em> this->getMeshDimension()+1 </em> components
3381  * and are normalized.
3382  * <br> \a this can be either 
3383  * - a  2D mesh in 2D or 3D space or 
3384  * - an 1D mesh in 2D space.
3385  * 
3386  *  \return MEDCouplingFieldDouble * - a new instance of MEDCouplingFieldDouble on
3387  *          cells and one time. The caller is to delete this field using decrRef() as
3388  *          it is no more needed.
3389  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
3390  *  \throw If the coordinates array is not set.
3391  *  \throw If the mesh dimension is not set.
3392  *  \throw If the mesh and space dimension is not as specified above.
3393  */
3394 MEDCouplingFieldDouble *MEDCouplingUMesh::buildOrthogonalField() const
3395 {
3396   if((getMeshDimension()!=2) && (getMeshDimension()!=1 || getSpaceDimension()!=2))
3397     throw INTERP_KERNEL::Exception("Expected a umesh with ( meshDim == 2 spaceDim == 2 or 3 ) or ( meshDim == 1 spaceDim == 2 ) !");
3398   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingFieldDouble> ret=MEDCouplingFieldDouble::New(ON_CELLS,ONE_TIME);
3399   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> array=DataArrayDouble::New();
3400   int nbOfCells=getNumberOfCells();
3401   int nbComp=getMeshDimension()+1;
3402   array->alloc(nbOfCells,nbComp);
3403   double *vals=array->getPointer();
3404   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
3405   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
3406   const double *coords=_coords->getConstPointer();
3407   if(getMeshDimension()==2)
3408     {
3409       if(getSpaceDimension()==3)
3410         {
3411           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> loc=getBarycenterAndOwner();
3412           const double *locPtr=loc->getConstPointer();
3413           for(int i=0;i<nbOfCells;i++,vals+=3)
3414             {
3415               int offset=connI[i];
3416               INTERP_KERNEL::crossprod<3>(locPtr+3*i,coords+3*conn[offset+1],coords+3*conn[offset+2],vals);
3417               double n=INTERP_KERNEL::norm<3>(vals);
3418               std::transform(vals,vals+3,vals,std::bind2nd(std::multiplies<double>(),1./n));
3419             }
3420         }
3421       else
3422         {
3423           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingFieldDouble> isAbs=getMeasureField(false);
3424           const double *isAbsPtr=isAbs->getArray()->begin();
3425           for(int i=0;i<nbOfCells;i++,isAbsPtr++)
3426             { vals[3*i]=0.; vals[3*i+1]=0.; vals[3*i+2]=*isAbsPtr>0.?1.:-1.; }
3427         }
3428     }
3429   else//meshdimension==1
3430     {
3431       double tmp[2];
3432       for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
3433         {
3434           int offset=connI[i];
3435           std::transform(coords+2*conn[offset+2],coords+2*conn[offset+2]+2,coords+2*conn[offset+1],tmp,std::minus<double>());
3436           double n=INTERP_KERNEL::norm<2>(tmp);
3437           std::transform(tmp,tmp+2,tmp,std::bind2nd(std::multiplies<double>(),1./n));
3438           *vals++=-tmp[1];
3439           *vals++=tmp[0];
3440         }
3441     }
3442   ret->setArray(array);
3443   ret->setMesh(this);
3444   ret->synchronizeTimeWithSupport();
3445   return ret.retn();
3446 }
3447
3448 /*!
3449  * Returns a new MEDCouplingFieldDouble holding normal vectors to specified cells of
3450  * \a this mesh. The computed vectors have <em> this->getMeshDimension()+1 </em> components
3451  * and are normalized.
3452  * <br> \a this can be either 
3453  * - a  2D mesh in 2D or 3D space or 
3454  * - an 1D mesh in 2D space.
3455  * 
3456  * This method avoids building explicitly a part of \a this mesh to perform the work.
3457  *  \param [in] begin - an array of cell ids of interest.
3458  *  \param [in] end - the end of \a begin, i.e. a pointer to its (last+1)-th element.
3459  *  \return MEDCouplingFieldDouble * - a new instance of MEDCouplingFieldDouble on
3460  *          cells and one time. The caller is to delete this field using decrRef() as
3461  *          it is no more needed.
3462  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
3463  *  \throw If the coordinates array is not set.
3464  *  \throw If the mesh dimension is not set.
3465  *  \throw If the mesh and space dimension is not as specified above.
3466  *  \sa buildOrthogonalField()
3467  *
3468  *  \ref cpp_mcumesh_buildPartOrthogonalField "Here is a C++ example".<br>
3469  *  \ref  py_mcumesh_buildPartOrthogonalField "Here is a Python example".
3470  */
3471 MEDCouplingFieldDouble *MEDCouplingUMesh::buildPartOrthogonalField(const int *begin, const int *end) const
3472 {
3473   if((getMeshDimension()!=2) && (getMeshDimension()!=1 || getSpaceDimension()!=2))
3474     throw INTERP_KERNEL::Exception("Expected a umesh with ( meshDim == 2 spaceDim == 2 or 3 ) or ( meshDim == 1 spaceDim == 2 ) !");
3475   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingFieldDouble> ret=MEDCouplingFieldDouble::New(ON_CELLS,ONE_TIME);
3476   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> array=DataArrayDouble::New();
3477   std::size_t nbelems=std::distance(begin,end);
3478   int nbComp=getMeshDimension()+1;
3479   array->alloc((int)nbelems,nbComp);
3480   double *vals=array->getPointer();
3481   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
3482   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
3483   const double *coords=_coords->getConstPointer();
3484   if(getMeshDimension()==2)
3485     {
3486       if(getSpaceDimension()==3)
3487         {
3488           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> loc=getPartBarycenterAndOwner(begin,end);
3489           const double *locPtr=loc->getConstPointer();
3490           for(const int *i=begin;i!=end;i++,vals+=3,locPtr+=3)
3491             {
3492               int offset=connI[*i];
3493               INTERP_KERNEL::crossprod<3>(locPtr,coords+3*conn[offset+1],coords+3*conn[offset+2],vals);
3494               double n=INTERP_KERNEL::norm<3>(vals);
3495               std::transform(vals,vals+3,vals,std::bind2nd(std::multiplies<double>(),1./n));
3496             }
3497         }
3498       else
3499         {
3500           for(std::size_t i=0;i<nbelems;i++)
3501             { vals[3*i]=0.; vals[3*i+1]=0.; vals[3*i+2]=1.; }
3502         }
3503     }
3504   else//meshdimension==1
3505     {
3506       double tmp[2];
3507       for(const int *i=begin;i!=end;i++)
3508         {
3509           int offset=connI[*i];
3510           std::transform(coords+2*conn[offset+2],coords+2*conn[offset+2]+2,coords+2*conn[offset+1],tmp,std::minus<double>());
3511           double n=INTERP_KERNEL::norm<2>(tmp);
3512           std::transform(tmp,tmp+2,tmp,std::bind2nd(std::multiplies<double>(),1./n));
3513           *vals++=-tmp[1];
3514           *vals++=tmp[0];
3515         }
3516     }
3517   ret->setArray(array);
3518   ret->setMesh(this);
3519   ret->synchronizeTimeWithSupport();
3520   return ret.retn();
3521 }
3522
3523 /*!
3524  * Returns a new MEDCouplingFieldDouble holding a direction vector for each SEG2 in \a
3525  * this 1D mesh. The computed vectors have <em> this->getSpaceDimension() </em> components
3526  * and are \b not normalized.
3527  *  \return MEDCouplingFieldDouble * - a new instance of MEDCouplingFieldDouble on
3528  *          cells and one time. The caller is to delete this field using decrRef() as
3529  *          it is no more needed.
3530  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
3531  *  \throw If the coordinates array is not set.
3532  *  \throw If \a this->getMeshDimension() != 1.
3533  *  \throw If \a this mesh includes cells of type other than SEG2.
3534  */
3535 MEDCouplingFieldDouble *MEDCouplingUMesh::buildDirectionVectorField() const
3536 {
3537    if(getMeshDimension()!=1)
3538     throw INTERP_KERNEL::Exception("Expected a umesh with meshDim == 1 for buildDirectionVectorField !");
3539    if(_types.size()!=1 || *(_types.begin())!=INTERP_KERNEL::NORM_SEG2)
3540      throw INTERP_KERNEL::Exception("Expected a umesh with only NORM_SEG2 type of elements for buildDirectionVectorField !");
3541    MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingFieldDouble> ret=MEDCouplingFieldDouble::New(ON_CELLS,ONE_TIME);
3542    MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> array=DataArrayDouble::New();
3543    int nbOfCells=getNumberOfCells();
3544    int spaceDim=getSpaceDimension();
3545    array->alloc(nbOfCells,spaceDim);
3546    double *pt=array->getPointer();
3547    const double *coo=getCoords()->getConstPointer();
3548    std::vector<int> conn;
3549    conn.reserve(2);
3550    for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
3551      {
3552        conn.resize(0);
3553        getNodeIdsOfCell(i,conn);
3554        pt=std::transform(coo+conn[1]*spaceDim,coo+(conn[1]+1)*spaceDim,coo+conn[0]*spaceDim,pt,std::minus<double>());
3555      }
3556    ret->setArray(array);
3557    ret->setMesh(this);
3558    ret->synchronizeTimeWithSupport();
3559    return ret.retn();   
3560 }
3561
3562 /*!
3563  * Creates a 2D mesh by cutting \a this 3D mesh with a plane. In addition to the mesh,
3564  * returns a new DataArrayInt, of length equal to the number of 2D cells in the result
3565  * mesh, holding, for each cell in the result mesh, an id of a 3D cell it comes
3566  * from. If a result face is shared by two 3D cells, then the face in included twice in
3567  * the result mesh.
3568  *  \param [in] origin - 3 components of a point defining location of the plane.
3569  *  \param [in] vec - 3 components of a vector normal to the plane. Vector magnitude
3570  *         must be greater than 1e-6.
3571  *  \param [in] eps - half-thickness of the plane.
3572  *  \param [out] cellIds - a new instance of DataArrayInt holding ids of 3D cells
3573  *         producing correspondent 2D cells. The caller is to delete this array
3574  *         using decrRef() as it is no more needed.
3575  *  \return MEDCouplingUMesh * - a new instance of MEDCouplingUMesh. This mesh does
3576  *         not share the node coordinates array with \a this mesh. The caller is to
3577  *         delete this mesh using decrRef() as it is no more needed.  
3578  *  \throw If the coordinates array is not set.
3579  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
3580  *  \throw If \a this->getMeshDimension() != 3 or \a this->getSpaceDimension() != 3.
3581  *  \throw If magnitude of \a vec is less than 1e-6.
3582  *  \throw If the plane does not intersect any 3D cell of \a this mesh.
3583  *  \throw If \a this includes quadratic cells.
3584  */
3585 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::buildSlice3D(const double *origin, const double *vec, double eps, DataArrayInt *&cellIds) const
3586 {
3587   checkFullyDefined();
3588   if(getMeshDimension()!=3 || getSpaceDimension()!=3)
3589     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::buildSlice3D works on umeshes with meshdim equal to 3 and spaceDim equal to 3 too!");
3590   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> candidates=getCellIdsCrossingPlane(origin,vec,eps);
3591   if(candidates->empty())
3592     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::buildSlice3D : No 3D cells in this intercepts the specified plane considering bounding boxes !");
3593   std::vector<int> nodes;
3594   DataArrayInt *cellIds1D=0;
3595   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> subMesh=static_cast<MEDCouplingUMesh*>(buildPartOfMySelf(candidates->begin(),candidates->end(),false));
3596   subMesh->findNodesOnPlane(origin,vec,eps,nodes);
3597   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> desc1=DataArrayInt::New(),desc2=DataArrayInt::New();
3598   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> descIndx1=DataArrayInt::New(),descIndx2=DataArrayInt::New();
3599   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> revDesc1=DataArrayInt::New(),revDesc2=DataArrayInt::New();
3600   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> revDescIndx1=DataArrayInt::New(),revDescIndx2=DataArrayInt::New();
3601   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> mDesc2=subMesh->buildDescendingConnectivity(desc2,descIndx2,revDesc2,revDescIndx2);//meshDim==2 spaceDim==3
3602   revDesc2=0; revDescIndx2=0;
3603   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> mDesc1=mDesc2->buildDescendingConnectivity(desc1,descIndx1,revDesc1,revDescIndx1);//meshDim==1 spaceDim==3
3604   revDesc1=0; revDescIndx1=0;
3605   mDesc1->fillCellIdsToKeepFromNodeIds(&nodes[0],&nodes[0]+nodes.size(),true,cellIds1D);
3606   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellIds1DTmp(cellIds1D);
3607   //
3608   std::vector<int> cut3DCurve(mDesc1->getNumberOfCells(),-2);
3609   for(const int *it=cellIds1D->begin();it!=cellIds1D->end();it++)
3610     cut3DCurve[*it]=-1;
3611   mDesc1->split3DCurveWithPlane(origin,vec,eps,cut3DCurve);
3612   std::vector< std::pair<int,int> > cut3DSurf(mDesc2->getNumberOfCells());
3613   AssemblyForSplitFrom3DCurve(cut3DCurve,nodes,mDesc2->getNodalConnectivity()->getConstPointer(),mDesc2->getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer(),
3614                               mDesc1->getNodalConnectivity()->getConstPointer(),mDesc1->getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer(),
3615                               desc1->getConstPointer(),descIndx1->getConstPointer(),cut3DSurf);
3616   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> conn(DataArrayInt::New()),connI(DataArrayInt::New()),cellIds2(DataArrayInt::New());
3617   connI->pushBackSilent(0); conn->alloc(0,1); cellIds2->alloc(0,1);
3618   subMesh->assemblyForSplitFrom3DSurf(cut3DSurf,desc2->getConstPointer(),descIndx2->getConstPointer(),conn,connI,cellIds2);
3619   if(cellIds2->empty())
3620     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::buildSlice3D : No 3D cells in this intercepts the specified plane !");
3621   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret=MEDCouplingUMesh::New("Slice3D",2);
3622   ret->setCoords(mDesc1->getCoords());
3623   ret->setConnectivity(conn,connI,true);
3624   cellIds=candidates->selectByTupleId(cellIds2->begin(),cellIds2->end());
3625   return ret.retn();
3626 }
3627
3628 /*!
3629  * Creates an 1D mesh by cutting \a this 2D mesh in 3D space with a plane. In
3630 addition to the mesh, returns a new DataArrayInt, of length equal to the number of 1D cells in the result mesh, holding, for each cell in the result mesh, an id of a 2D cell it comes
3631 from. If a result segment is shared by two 2D cells, then the segment in included twice in
3632 the result mesh.
3633  *  \param [in] origin - 3 components of a point defining location of the plane.
3634  *  \param [in] vec - 3 components of a vector normal to the plane. Vector magnitude
3635  *         must be greater than 1e-6.
3636  *  \param [in] eps - half-thickness of the plane.
3637  *  \param [out] cellIds - a new instance of DataArrayInt holding ids of faces
3638  *         producing correspondent segments. The caller is to delete this array
3639  *         using decrRef() as it is no more needed.
3640  *  \return MEDCouplingUMesh * - a new instance of MEDCouplingUMesh. This is an 1D
3641  *         mesh in 3D space. This mesh does not share the node coordinates array with
3642  *         \a this mesh. The caller is to delete this mesh using decrRef() as it is
3643  *         no more needed. 
3644  *  \throw If the coordinates array is not set.
3645  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
3646  *  \throw If \a this->getMeshDimension() != 2 or \a this->getSpaceDimension() != 3.
3647  *  \throw If magnitude of \a vec is less than 1e-6.
3648  *  \throw If the plane does not intersect any 2D cell of \a this mesh.
3649  *  \throw If \a this includes quadratic cells.
3650  */
3651 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::buildSlice3DSurf(const double *origin, const double *vec, double eps, DataArrayInt *&cellIds) const
3652 {
3653   checkFullyDefined();
3654   if(getMeshDimension()!=2 || getSpaceDimension()!=3)
3655     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::buildSlice3DSurf works on umeshes with meshdim equal to 2 and spaceDim equal to 3 !");
3656   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> candidates=getCellIdsCrossingPlane(origin,vec,eps);
3657   if(candidates->empty())
3658     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::buildSlice3DSurf : No 3D surf cells in this intercepts the specified plane considering bounding boxes !");
3659   std::vector<int> nodes;
3660   DataArrayInt *cellIds1D=0;
3661   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> subMesh=static_cast<MEDCouplingUMesh*>(buildPartOfMySelf(candidates->begin(),candidates->end(),false));
3662   subMesh->findNodesOnPlane(origin,vec,eps,nodes);
3663   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> desc1=DataArrayInt::New();
3664   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> descIndx1=DataArrayInt::New();
3665   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> revDesc1=DataArrayInt::New();
3666   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> revDescIndx1=DataArrayInt::New();
3667   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> mDesc1=subMesh->buildDescendingConnectivity(desc1,descIndx1,revDesc1,revDescIndx1);//meshDim==1 spaceDim==3
3668   mDesc1->fillCellIdsToKeepFromNodeIds(&nodes[0],&nodes[0]+nodes.size(),true,cellIds1D);
3669   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellIds1DTmp(cellIds1D);
3670   //
3671   std::vector<int> cut3DCurve(mDesc1->getNumberOfCells(),-2);
3672   for(const int *it=cellIds1D->begin();it!=cellIds1D->end();it++)
3673     cut3DCurve[*it]=-1;
3674   mDesc1->split3DCurveWithPlane(origin,vec,eps,cut3DCurve);
3675   int ncellsSub=subMesh->getNumberOfCells();
3676   std::vector< std::pair<int,int> > cut3DSurf(ncellsSub);
3677   AssemblyForSplitFrom3DCurve(cut3DCurve,nodes,subMesh->getNodalConnectivity()->getConstPointer(),subMesh->getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer(),
3678                               mDesc1->getNodalConnectivity()->getConstPointer(),mDesc1->getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer(),
3679                               desc1->getConstPointer(),descIndx1->getConstPointer(),cut3DSurf);
3680   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> conn(DataArrayInt::New()),connI(DataArrayInt::New()),cellIds2(DataArrayInt::New()); connI->pushBackSilent(0);
3681   conn->alloc(0,1);
3682   const int *nodal=subMesh->getNodalConnectivity()->getConstPointer();
3683   const int *nodalI=subMesh->getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
3684   for(int i=0;i<ncellsSub;i++)
3685     {
3686       if(cut3DSurf[i].first!=-1 && cut3DSurf[i].second!=-1)
3687         {
3688           if(cut3DSurf[i].first!=-2)
3689             {
3690               conn->pushBackSilent((int)INTERP_KERNEL::NORM_SEG2); conn->pushBackSilent(cut3DSurf[i].first); conn->pushBackSilent(cut3DSurf[i].second);
3691               connI->pushBackSilent(conn->getNumberOfTuples());
3692               cellIds2->pushBackSilent(i);
3693             }
3694           else
3695             {
3696               int cellId3DSurf=cut3DSurf[i].second;
3697               int offset=nodalI[cellId3DSurf]+1;
3698               int nbOfEdges=nodalI[cellId3DSurf+1]-offset;
3699               for(int j=0;j<nbOfEdges;j++)
3700                 {
3701                   conn->pushBackSilent((int)INTERP_KERNEL::NORM_SEG2); conn->pushBackSilent(nodal[offset+j]); conn->pushBackSilent(nodal[offset+(j+1)%nbOfEdges]);
3702                   connI->pushBackSilent(conn->getNumberOfTuples());
3703                   cellIds2->pushBackSilent(cellId3DSurf);
3704                 }
3705             }
3706         }
3707     }
3708   if(cellIds2->empty())
3709     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::buildSlice3DSurf : No 3DSurf cells in this intercepts the specified plane !");
3710   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret=MEDCouplingUMesh::New("Slice3DSurf",1);
3711   ret->setCoords(mDesc1->getCoords());
3712   ret->setConnectivity(conn,connI,true);
3713   cellIds=candidates->selectByTupleId(cellIds2->begin(),cellIds2->end());
3714   return ret.retn();
3715 }
3716
3717 /*!
3718  * Finds cells whose bounding boxes intersect a given plane.
3719  *  \param [in] origin - 3 components of a point defining location of the plane.
3720  *  \param [in] vec - 3 components of a vector normal to the plane. Vector magnitude
3721  *         must be greater than 1e-6.
3722  *  \param [in] eps - half-thickness of the plane.
3723  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding ids of the found
3724  *         cells. The caller is to delete this array using decrRef() as it is no more
3725  *         needed.
3726  *  \throw If the coordinates array is not set.
3727  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
3728  *  \throw If \a this->getSpaceDimension() != 3.
3729  *  \throw If magnitude of \a vec is less than 1e-6.
3730  *  \sa buildSlice3D()
3731  */
3732 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::getCellIdsCrossingPlane(const double *origin, const double *vec, double eps) const
3733 {
3734   checkFullyDefined();
3735   if(getSpaceDimension()!=3)
3736     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::buildSlice3D works on umeshes with spaceDim equal to 3 !");
3737   double normm=sqrt(vec[0]*vec[0]+vec[1]*vec[1]+vec[2]*vec[2]);
3738   if(normm<1e-6)
3739     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::getCellIdsCrossingPlane : parameter 'vec' should have a norm2 greater than 1e-6 !");
3740   double vec2[3];
3741   vec2[0]=vec[1]; vec2[1]=-vec[0]; vec2[2]=0.;//vec2 is the result of cross product of vec with (0,0,1)
3742   double angle=acos(vec[2]/normm);
3743   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellIds;
3744   double bbox[6];
3745   if(angle>eps)
3746     {
3747       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> coo=_coords->deepCpy();
3748       MEDCouplingPointSet::Rotate3DAlg(origin,vec2,angle,coo->getNumberOfTuples(),coo->getPointer());
3749       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> mw=clone(false);//false -> shallow copy
3750       mw->setCoords(coo);
3751       mw->getBoundingBox(bbox);
3752       bbox[4]=origin[2]-eps; bbox[5]=origin[2]+eps;
3753       cellIds=mw->getCellsInBoundingBox(bbox,eps);
3754     }
3755   else
3756     {
3757       getBoundingBox(bbox);
3758       bbox[4]=origin[2]-eps; bbox[5]=origin[2]+eps;
3759       cellIds=getCellsInBoundingBox(bbox,eps);
3760     }
3761   return cellIds.retn();
3762 }
3763
3764 /*!
3765  * This method checks that \a this is a contiguous mesh. The user is expected to call this method on a mesh with meshdim==1.
3766  * If not an exception will thrown. If this is an empty mesh with no cell an exception will be thrown too.
3767  * No consideration of coordinate is done by this method.
3768  * A 1D mesh is said contiguous if : a cell i with nodal connectivity (k,p) the cell i+1 the nodal connectivity should be (p,m)
3769  * If not false is returned. In case that false is returned a call to ParaMEDMEM::MEDCouplingUMesh::mergeNodes could be usefull.
3770  */
3771 bool MEDCouplingUMesh::isContiguous1D() const
3772 {
3773   if(getMeshDimension()!=1)
3774     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::isContiguous1D : this method has a sense only for 1D mesh !");
3775   int nbCells=getNumberOfCells();
3776   if(nbCells<1)
3777     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::isContiguous1D : this method has a sense for non empty mesh !");
3778   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
3779   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
3780   int ref=conn[connI[0]+2];
3781   for(int i=1;i<nbCells;i++)
3782     {
3783       if(conn[connI[i]+1]!=ref)
3784         return false;
3785       ref=conn[connI[i]+2];
3786     }
3787   return true;
3788 }
3789
3790 /*!
3791  * This method is only callable on mesh with meshdim == 1 containing only SEG2 and spaceDim==3.
3792  * This method projects this on the 3D line defined by (pt,v). This methods first checks that all SEG2 are along v vector.
3793  * \param pt reference point of the line
3794  * \param v normalized director vector of the line
3795  * \param eps max precision before throwing an exception
3796  * \param res output of size this->getNumberOfCells
3797  */
3798 void MEDCouplingUMesh::project1D(const double *pt, const double *v, double eps, double *res) const
3799 {
3800   if(getMeshDimension()!=1)
3801     throw INTERP_KERNEL::Exception("Expected a umesh with meshDim == 1 for project1D !");
3802    if(_types.size()!=1 || *(_types.begin())!=INTERP_KERNEL::NORM_SEG2)
3803      throw INTERP_KERNEL::Exception("Expected a umesh with only NORM_SEG2 type of elements for project1D !");
3804    if(getSpaceDimension()!=3)
3805      throw INTERP_KERNEL::Exception("Expected a umesh with spaceDim==3 for project1D !");
3806    MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingFieldDouble> f=buildDirectionVectorField();
3807    const double *fPtr=f->getArray()->getConstPointer();
3808    double tmp[3];
3809    for(int i=0;i<getNumberOfCells();i++)
3810      {
3811        const double *tmp1=fPtr+3*i;
3812        tmp[0]=tmp1[1]*v[2]-tmp1[2]*v[1];
3813        tmp[1]=tmp1[2]*v[0]-tmp1[0]*v[2];
3814        tmp[2]=tmp1[0]*v[1]-tmp1[1]*v[0];
3815        double n1=INTERP_KERNEL::norm<3>(tmp);
3816        n1/=INTERP_KERNEL::norm<3>(tmp1);
3817        if(n1>eps)
3818          throw INTERP_KERNEL::Exception("UMesh::Projection 1D failed !");
3819      }
3820    const double *coo=getCoords()->getConstPointer();
3821    for(int i=0;i<getNumberOfNodes();i++)
3822      {
3823        std::transform(coo+i*3,coo+i*3+3,pt,tmp,std::minus<double>());
3824        std::transform(tmp,tmp+3,v,tmp,std::multiplies<double>());
3825        res[i]=std::accumulate(tmp,tmp+3,0.);
3826      }
3827 }
3828
3829 /*!
3830  * This method computes the distance from a point \a pt to \a this and the first \a cellId in \a this corresponding to the returned distance. 
3831  * \a this is expected to be a mesh so that its space dimension is equal to its
3832  * mesh dimension + 1. Furthermore only mesh dimension 1 and 2 are supported for the moment.
3833  * Distance from \a ptBg to \a ptEnd is expected to be equal to the space dimension. \a this is also expected to be fully defined (connectivity and coordinates).
3834  
3835  * WARNING, if there is some orphan nodes in \a this (nodes not fetched by any cells in \a this ( see MEDCouplingUMesh::zipCoords ) ) these nodes will ** not ** been taken
3836  * into account in this method. Only cells and nodes lying on them are considered in the algorithm (even if one of these orphan nodes is closer than returned distance).
3837  * A user that needs to consider orphan nodes should invoke DataArrayDouble::minimalDistanceTo method on the coordinates array of \a this.
3838  *
3839  * So this method is more accurate (so, more costly) than simply searching for the closest point in \a this.
3840  * If only this information is enough for you simply call \c getCoords()->distanceToTuple on \a this.
3841  *
3842  * \param [in] ptBg the start pointer (included) of the coordinates of the point
3843  * \param [in] ptEnd the end pointer (not included) of the coordinates of the point
3844  * \param [out] cellId that corresponds to minimal distance. If the closer node is not linked to any cell in \a this -1 is returned.
3845  * \return the positive value of the distance.
3846  * \throw if distance from \a ptBg to \a ptEnd is not equal to the space dimension. An exception is also thrown if mesh dimension of \a this is not equal to space
3847  * dimension - 1.
3848  * \sa DataArrayDouble::distanceToTuple, MEDCouplingUMesh::distanceToPoints
3849  */
3850 double MEDCouplingUMesh::distanceToPoint(const double *ptBg, const double *ptEnd, int& cellId) const
3851 {
3852   int meshDim=getMeshDimension(),spaceDim=getSpaceDimension();
3853   if(meshDim!=spaceDim-1)
3854     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::distanceToPoint works only for spaceDim=meshDim+1 !");
3855   if(meshDim!=2 && meshDim!=1)
3856     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::distanceToPoint : only mesh dimension 2 and 1 are implemented !");
3857   checkFullyDefined();
3858   if((int)std::distance(ptBg,ptEnd)!=spaceDim)
3859     { std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::distanceToPoint : input point has to have dimension equal to the space dimension of this (" << spaceDim << ") !"; throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str()); }
3860   DataArrayInt *ret1=0;
3861   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> pts=DataArrayDouble::New(); pts->useArray(ptBg,false,C_DEALLOC,1,spaceDim);
3862   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> ret0=distanceToPoints(pts,ret1);
3863   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret1Safe(ret1);
3864   cellId=*ret1Safe->begin();
3865   return *ret0->begin();
3866 }
3867
3868 /*!
3869  * This method computes the distance from each point of points serie \a pts (stored in a DataArrayDouble in which each tuple represents a point)
3870  *  to \a this  and the first \a cellId in \a this corresponding to the returned distance. 
3871  * WARNING, if there is some orphan nodes in \a this (nodes not fetched by any cells in \a this ( see MEDCouplingUMesh::zipCoords ) ) these nodes will ** not ** been taken
3872  * into account in this method. Only cells and nodes lying on them are considered in the algorithm (even if one of these orphan nodes is closer than returned distance).
3873  * A user that needs to consider orphan nodes should invoke DataArrayDouble::minimalDistanceTo method on the coordinates array of \a this.
3874  * 
3875  * \a this is expected to be a mesh so that its space dimension is equal to its
3876  * mesh dimension + 1. Furthermore only mesh dimension 1 and 2 are supported for the moment.
3877  * Number of components of \a pts is expected to be equal to the space dimension. \a this is also expected to be fully defined (connectivity and coordinates).
3878  *
3879  * So this method is more accurate (so, more costly) than simply searching for each point in \a pts the closest point in \a this.
3880  * If only this information is enough for you simply call \c getCoords()->distanceToTuple on \a this.
3881  *
3882  * \param [in] pts the list of points in which each tuple represents a point
3883  * \param [out] cellIds a newly allocated object that tells for each point in \a pts the first cell id in \a this that minimizes the distance.
3884  * \return a newly allocated object to be dealed by the caller that tells for each point in \a pts the distance to \a this.
3885  * \throw if number of components of \a pts is not equal to the space dimension.
3886  * \throw if mesh dimension of \a this is not equal to space dimension - 1.
3887  * \sa DataArrayDouble::distanceToTuple, MEDCouplingUMesh::distanceToPoint
3888  */
3889 DataArrayDouble *MEDCouplingUMesh::distanceToPoints(const DataArrayDouble *pts, DataArrayInt *& cellIds) const
3890 {
3891   if(!pts)
3892     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::distanceToPoints : input points pointer is NULL !");
3893   pts->checkAllocated();
3894   int meshDim=getMeshDimension(),spaceDim=getSpaceDimension();
3895   if(meshDim!=spaceDim-1)
3896     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::distanceToPoints works only for spaceDim=meshDim+1 !");
3897   if(meshDim!=2 && meshDim!=1)
3898     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::distanceToPoints : only mesh dimension 2 and 1 are implemented !");
3899   if(pts->getNumberOfComponents()!=spaceDim)
3900     {
3901       std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::distanceToPoints : input pts DataArrayDouble has " << pts->getNumberOfComponents() << " components whereas it should be equal to " << spaceDim << " (mesh spaceDimension) !";
3902       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
3903     }
3904   checkFullyDefined();
3905   int nbCells=getNumberOfCells();
3906   if(nbCells==0)
3907     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::distanceToPoints : no cells in this !");
3908   int nbOfPts=pts->getNumberOfTuples();
3909   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> ret0=DataArrayDouble::New(); ret0->alloc(nbOfPts,1);
3910   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret1=DataArrayInt::New(); ret1->alloc(nbOfPts,1);
3911   const int *nc=_nodal_connec->begin(),*ncI=_nodal_connec_index->begin(); const double *coords=_coords->begin();
3912   double *ret0Ptr=ret0->getPointer(); int *ret1Ptr=ret1->getPointer(); const double *ptsPtr=pts->begin();
3913   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> bboxArr(getBoundingBoxForBBTree());
3914   const double *bbox(bboxArr->begin());
3915   switch(spaceDim)
3916     {
3917     case 3:
3918       {
3919         BBTreeDst<3> myTree(bbox,0,0,nbCells);
3920         for(int i=0;i<nbOfPts;i++,ret0Ptr++,ret1Ptr++,ptsPtr+=3)
3921           {
3922             double x=std::numeric_limits<double>::max();
3923             std::vector<int> elems;
3924             myTree.getMinDistanceOfMax(ptsPtr,x);
3925             myTree.getElemsWhoseMinDistanceToPtSmallerThan(ptsPtr,x,elems);
3926             DistanceToPoint3DSurfAlg(ptsPtr,&elems[0],&elems[0]+elems.size(),coords,nc,ncI,*ret0Ptr,*ret1Ptr);
3927           }
3928         break;
3929       }
3930     case 2:
3931       {
3932         BBTreeDst<2> myTree(bbox,0,0,nbCells);
3933         for(int i=0;i<nbOfPts;i++,ret0Ptr++,ret1Ptr++,ptsPtr+=2)
3934           {
3935             double x=std::numeric_limits<double>::max();
3936             std::vector<int> elems;
3937             myTree.getMinDistanceOfMax(ptsPtr,x);
3938             myTree.getElemsWhoseMinDistanceToPtSmallerThan(ptsPtr,x,elems);
3939             DistanceToPoint2DCurveAlg(ptsPtr,&elems[0],&elems[0]+elems.size(),coords,nc,ncI,*ret0Ptr,*ret1Ptr);
3940           }
3941         break;
3942       }
3943     default:
3944       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::distanceToPoints : only spacedim 2 and 3 supported !");
3945     }
3946   cellIds=ret1.retn();
3947   return ret0.retn();
3948 }
3949
3950 /*!
3951  * \param [in] pt the start pointer (included) of the coordinates of the point
3952  * \param [in] cellIdsBg the start pointer (included) of cellIds
3953  * \param [in] cellIdsEnd the end pointer (excluded) of cellIds
3954  * \param [in] nc nodal connectivity
3955  * \param [in] ncI nodal connectivity index
3956  * \param [in,out] ret0 the min distance between \a this and the external input point
3957  * \param [out] cellId that corresponds to minimal distance. If the closer node is not linked to any cell in \a this -1 is returned.
3958  * \sa MEDCouplingUMesh::distanceToPoint, MEDCouplingUMesh::distanceToPoints
3959  */
3960 void MEDCouplingUMesh::DistanceToPoint3DSurfAlg(const double *pt, const int *cellIdsBg, const int *cellIdsEnd, const double *coords, const int *nc, const int *ncI, double& ret0, int& cellId)
3961 {
3962   cellId=-1;
3963   ret0=std::numeric_limits<double>::max();
3964   for(const int *zeCell=cellIdsBg;zeCell!=cellIdsEnd;zeCell++)
3965     {
3966       switch((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)nc[ncI[*zeCell]])
3967         {
3968         case INTERP_KERNEL::NORM_TRI3:
3969           {
3970             double tmp=INTERP_KERNEL::DistanceFromPtToTriInSpaceDim3(pt,coords+3*nc[ncI[*zeCell]+1],coords+3*nc[ncI[*zeCell]+2],coords+3*nc[ncI[*zeCell]+3]);
3971             if(tmp<ret0)
3972               { ret0=tmp; cellId=*zeCell; }
3973             break;
3974           }
3975         case INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4:
3976         case INTERP_KERNEL::NORM_POLYGON:
3977           {
3978             double tmp=INTERP_KERNEL::DistanceFromPtToPolygonInSpaceDim3(pt,nc+ncI[*zeCell]+1,nc+ncI[*zeCell+1],coords);
3979             if(tmp<ret0)
3980               { ret0=tmp; cellId=*zeCell; }
3981             break;
3982           }
3983         default:
3984           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::distanceToPoint3DSurfAlg : not managed cell type ! Supporting TRI3, QUAD4 and POLYGON !");
3985         }
3986     }
3987 }
3988
3989 /*!
3990  * \param [in] pt the start pointer (included) of the coordinates of the point
3991  * \param [in] cellIdsBg the start pointer (included) of cellIds
3992  * \param [in] cellIdsEnd the end pointer (excluded) of cellIds
3993  * \param [in] nc nodal connectivity
3994  * \param [in] ncI nodal connectivity index
3995  * \param [in,out] ret0 the min distance between \a this and the external input point
3996  * \param [out] cellId that corresponds to minimal distance. If the closer node is not linked to any cell in \a this -1 is returned.
3997  * \sa MEDCouplingUMesh::distanceToPoint, MEDCouplingUMesh::distanceToPoints
3998  */
3999 void MEDCouplingUMesh::DistanceToPoint2DCurveAlg(const double *pt, const int *cellIdsBg, const int *cellIdsEnd, const double *coords, const int *nc, const int *ncI, double& ret0, int& cellId)
4000 {
4001   cellId=-1;
4002   ret0=std::numeric_limits<double>::max();
4003   for(const int *zeCell=cellIdsBg;zeCell!=cellIdsEnd;zeCell++)
4004     {
4005        switch((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)nc[ncI[*zeCell]])
4006         {
4007         case INTERP_KERNEL::NORM_SEG2:
4008           {
4009             std::size_t uselessEntry=0;
4010             double tmp=INTERP_KERNEL::SquareDistanceFromPtToSegInSpaceDim2(pt,coords+2*nc[ncI[*zeCell]+1],coords+2*nc[ncI[*zeCell]+2],uselessEntry);
4011             tmp=sqrt(tmp);
4012             if(tmp<ret0)
4013               { ret0=tmp; cellId=*zeCell; }
4014             break;
4015           }
4016         default:
4017           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::distanceToPoint2DCurveAlg : not managed cell type ! Supporting SEG2 !");
4018         }
4019     }
4020 }
4021
4022 /*!
4023  * Finds cells in contact with a ball (i.e. a point with precision). 
4024  * For speed reasons, the INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4, INTERP_KERNEL::NORM_TRI6 and INTERP_KERNEL::NORM_QUAD8 cells are considered as convex cells to detect if a point is IN or OUT.
4025  * If it is not the case, please change their types to INTERP_KERNEL::NORM_POLYGON or INTERP_KERNEL::NORM_QPOLYG before invoking this method.
4026  *
4027  * \warning This method is suitable if the caller intends to evaluate only one
4028  *          point, for more points getCellsContainingPoints() is recommended as it is
4029  *          faster. 
4030  *  \param [in] pos - array of coordinates of the ball central point.
4031  *  \param [in] eps - ball radius.
4032  *  \return int - a smallest id of cells being in contact with the ball, -1 in case
4033  *         if there are no such cells.
4034  *  \throw If the coordinates array is not set.
4035  *  \throw If \a this->getMeshDimension() != \a this->getSpaceDimension().
4036  */
4037 int MEDCouplingUMesh::getCellContainingPoint(const double *pos, double eps) const
4038 {
4039   std::vector<int> elts;
4040   getCellsContainingPoint(pos,eps,elts);
4041   if(elts.empty())
4042     return -1;
4043   return elts.front();
4044 }
4045
4046 /*!
4047  * Finds cells in contact with a ball (i.e. a point with precision).
4048  * For speed reasons, the INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4, INTERP_KERNEL::NORM_TRI6 and INTERP_KERNEL::NORM_QUAD8 cells are considered as convex cells to detect if a point is IN or OUT.
4049  * If it is not the case, please change their types to INTERP_KERNEL::NORM_POLYGON or INTERP_KERNEL::NORM_QPOLYG before invoking this method.
4050  * \warning This method is suitable if the caller intends to evaluate only one
4051  *          point, for more points getCellsContainingPoints() is recommended as it is
4052  *          faster. 
4053  *  \param [in] pos - array of coordinates of the ball central point.
4054  *  \param [in] eps - ball radius.
4055  *  \param [out] elts - vector returning ids of the found cells. It is cleared
4056  *         before inserting ids.
4057  *  \throw If the coordinates array is not set.
4058  *  \throw If \a this->getMeshDimension() != \a this->getSpaceDimension().
4059  *
4060  *  \ref cpp_mcumesh_getCellsContainingPoint "Here is a C++ example".<br>
4061  *  \ref  py_mcumesh_getCellsContainingPoint "Here is a Python example".
4062  */
4063 void MEDCouplingUMesh::getCellsContainingPoint(const double *pos, double eps, std::vector<int>& elts) const
4064 {
4065   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> eltsUg,eltsIndexUg;
4066   getCellsContainingPoints(pos,1,eps,eltsUg,eltsIndexUg);
4067   elts.clear(); elts.insert(elts.end(),eltsUg->begin(),eltsUg->end());
4068 }
4069
4070 /// @cond INTERNAL
4071
4072 namespace ParaMEDMEM
4073 {
4074   template<const int SPACEDIMM>
4075   class DummyClsMCUG
4076   {
4077   public:
4078     static const int MY_SPACEDIM=SPACEDIMM;
4079     static const int MY_MESHDIM=8;
4080     typedef int MyConnType;
4081     static const INTERP_KERNEL::NumberingPolicy My_numPol=INTERP_KERNEL::ALL_C_MODE;
4082     // begin
4083     // useless, but for windows compilation ...
4084     const double* getCoordinatesPtr() const { return 0; }
4085     const int* getConnectivityPtr() const { return 0; }
4086     const int* getConnectivityIndexPtr() const { return 0; }
4087     INTERP_KERNEL::NormalizedCellType getTypeOfElement(int) const { return (INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)0; }
4088     // end
4089   };
4090
4091   INTERP_KERNEL::Edge *MEDCouplingUMeshBuildQPFromEdge(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typ, std::map<int, std::pair<INTERP_KERNEL::Node *,bool> >& mapp2, const int *bg)
4092   {
4093     INTERP_KERNEL::Edge *ret=0;
4094     switch(typ)
4095       {
4096       case INTERP_KERNEL::NORM_SEG2:
4097         {
4098           ret=new INTERP_KERNEL::EdgeLin(mapp2[bg[0]].first,mapp2[bg[1]].first);
4099           break;
4100         }
4101       case INTERP_KERNEL::NORM_SEG3:
4102         {
4103           INTERP_KERNEL::EdgeLin *e1=new INTERP_KERNEL::EdgeLin(mapp2[bg[0]].first,mapp2[bg[2]].first);
4104           INTERP_KERNEL::EdgeLin *e2=new INTERP_KERNEL::EdgeLin(mapp2[bg[2]].first,mapp2[bg[1]].first);
4105           INTERP_KERNEL::SegSegIntersector inters(*e1,*e2);
4106           bool colinearity=inters.areColinears();
4107           delete e1; delete e2;
4108           if(colinearity)
4109             ret=new INTERP_KERNEL::EdgeLin(mapp2[bg[0]].first,mapp2[bg[1]].first);
4110           else
4111             ret=new INTERP_KERNEL::EdgeArcCircle(mapp2[bg[0]].first,mapp2[bg[2]].first,mapp2[bg[1]].first);
4112           mapp2[bg[2]].second=false;
4113           break;
4114         }
4115       default:
4116         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMeshBuildQPFromEdge : Expecting a mesh with spaceDim==2 and meshDim==1 !");
4117       }
4118     return ret;
4119   }
4120
4121   /*!
4122    * This method creates a sub mesh in Geometric2D DS. The sub mesh is composed be the sub set of cells in 'candidates' and the global mesh 'mDesc'.
4123    * The input meth 'mDesc' must be so that mDim==1 et spaceDim==3.
4124    * 'mapp' contains a mapping between local numbering in submesh and the global node numbering in 'mDesc'.
4125    */
4126   INTERP_KERNEL::QuadraticPolygon *MEDCouplingUMeshBuildQPFromMesh(const MEDCouplingUMesh *mDesc, const std::vector<int>& candidates, std::map<INTERP_KERNEL::Node *,int>& mapp) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
4127   {
4128     mapp.clear();
4129     std::map<int, std::pair<INTERP_KERNEL::Node *,bool> > mapp2;//bool is for a flag specifying if node is boundary (true) or only a middle for SEG3.
4130     const double *coo=mDesc->getCoords()->getConstPointer();
4131     const int *c=mDesc->getNodalConnectivity()->getConstPointer();
4132     const int *cI=mDesc->getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
4133     std::set<int> s;
4134     for(std::vector<int>::const_iterator it=candidates.begin();it!=candidates.end();it++)
4135       s.insert(c+cI[*it]+1,c+cI[(*it)+1]);
4136     for(std::set<int>::const_iterator it2=s.begin();it2!=s.end();it2++)
4137       {
4138         INTERP_KERNEL::Node *n=new INTERP_KERNEL::Node(coo[2*(*it2)],coo[2*(*it2)+1]);
4139         mapp2[*it2]=std::pair<INTERP_KERNEL::Node *,bool>(n,true);
4140       }
4141     INTERP_KERNEL::QuadraticPolygon *ret=new INTERP_KERNEL::QuadraticPolygon;
4142     for(std::vector<int>::const_iterator it=candidates.begin();it!=candidates.end();it++)
4143       {
4144         INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typ=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)c[cI[*it]];
4145         ret->pushBack(MEDCouplingUMeshBuildQPFromEdge(typ,mapp2,c+cI[*it]+1));
4146       }
4147     for(std::map<int, std::pair<INTERP_KERNEL::Node *,bool> >::const_iterator it2=mapp2.begin();it2!=mapp2.end();it2++)
4148       {
4149         if((*it2).second.second)
4150           mapp[(*it2).second.first]=(*it2).first;
4151         ((*it2).second.first)->decrRef();
4152       }
4153     return ret;
4154   }
4155
4156   INTERP_KERNEL::Node *MEDCouplingUMeshBuildQPNode(int nodeId, const double *coo1, int offset1, const double *coo2, int offset2, const std::vector<double>& addCoo)
4157   {
4158     if(nodeId>=offset2)
4159       {
4160         int locId=nodeId-offset2;
4161         return new INTERP_KERNEL::Node(addCoo[2*locId],addCoo[2*locId+1]);
4162       }
4163     if(nodeId>=offset1)
4164       {
4165         int locId=nodeId-offset1;
4166         return new INTERP_KERNEL::Node(coo2[2*locId],coo2[2*locId+1]);
4167       }
4168     return new INTERP_KERNEL::Node(coo1[2*nodeId],coo1[2*nodeId+1]);
4169   }
4170
4171   void MEDCouplingUMeshBuildQPFromMesh3(const double *coo1, int offset1, const double *coo2, int offset2, const std::vector<double>& addCoo,
4172                                         const int *desc1Bg, const int *desc1End, const std::vector<std::vector<int> >& intesctEdges1,
4173                                         /*output*/std::map<INTERP_KERNEL::Node *,int>& mapp, std::map<int,INTERP_KERNEL::Node *>& mappRev)
4174   {
4175     for(const int *desc1=desc1Bg;desc1!=desc1End;desc1++)
4176       {
4177         int eltId1=abs(*desc1)-1;
4178         for(std::vector<int>::const_iterator it1=intesctEdges1[eltId1].begin();it1!=intesctEdges1[eltId1].end();it1++)
4179           {
4180             std::map<int,INTERP_KERNEL::Node *>::const_iterator it=mappRev.find(*it1);
4181             if(it==mappRev.end())
4182               {
4183                 INTERP_KERNEL::Node *node=MEDCouplingUMeshBuildQPNode(*it1,coo1,offset1,coo2,offset2,addCoo);
4184                 mapp[node]=*it1;
4185                 mappRev[*it1]=node;
4186               }
4187           }
4188       }
4189   }
4190 }
4191
4192 /// @endcond
4193
4194 template<int SPACEDIM>
4195 void MEDCouplingUMesh::getCellsContainingPointsAlg(const double *coords, const double *pos, int nbOfPoints,
4196                                                    double eps, MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>& elts, MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>& eltsIndex) const
4197 {
4198   elts=DataArrayInt::New(); eltsIndex=DataArrayInt::New(); eltsIndex->alloc(nbOfPoints+1,1); eltsIndex->setIJ(0,0,0); elts->alloc(0,1);
4199   int *eltsIndexPtr(eltsIndex->getPointer());
4200   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> bboxArr(getBoundingBoxForBBTree());
4201   const double *bbox(bboxArr->begin());
4202   int nbOfCells=getNumberOfCells();
4203   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
4204   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
4205   double bb[2*SPACEDIM];
4206   BBTree<SPACEDIM,int> myTree(&bbox[0],0,0,nbOfCells,-eps);
4207   for(int i=0;i<nbOfPoints;i++)
4208     {
4209       eltsIndexPtr[i+1]=eltsIndexPtr[i];
4210       for(int j=0;j<SPACEDIM;j++)
4211         {
4212           bb[2*j]=pos[SPACEDIM*i+j];
4213           bb[2*j+1]=pos[SPACEDIM*i+j];
4214         }
4215       std::vector<int> candidates;
4216       myTree.getIntersectingElems(bb,candidates);
4217       for(std::vector<int>::const_iterator iter=candidates.begin();iter!=candidates.end();iter++)
4218         {
4219           int sz(connI[(*iter)+1]-connI[*iter]-1);
4220           INTERP_KERNEL::NormalizedCellType ct((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[connI[*iter]]);
4221           bool status(false);
4222           if(ct!=INTERP_KERNEL::NORM_POLYGON && ct!=INTERP_KERNEL::NORM_QPOLYG)
4223             status=INTERP_KERNEL::PointLocatorAlgos<DummyClsMCUG<SPACEDIM> >::isElementContainsPoint(pos+i*SPACEDIM,ct,coords,conn+connI[*iter]+1,sz,eps);
4224           else
4225             {
4226               if(SPACEDIM!=2)
4227                 throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::getCellsContainingPointsAlg : not implemented yet for POLYGON and QPOLYGON in spaceDim 3 !");
4228               INTERP_KERNEL::QUADRATIC_PLANAR::_precision=eps;
4229               INTERP_KERNEL::QUADRATIC_PLANAR::_arc_detection_precision=eps;
4230               std::vector<INTERP_KERNEL::Node *> nodes(sz);
4231               INTERP_KERNEL::QuadraticPolygon *pol(0);
4232               for(int j=0;j<sz;j++)
4233                 {
4234                   int nodeId(conn[connI[*iter]+1+j]);
4235                   nodes[j]=new INTERP_KERNEL::Node(coords[nodeId*SPACEDIM],coords[nodeId*SPACEDIM+1]);
4236                 }
4237               if(!INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(ct).isQuadratic())
4238                 pol=INTERP_KERNEL::QuadraticPolygon::BuildLinearPolygon(nodes);
4239               else
4240                 pol=INTERP_KERNEL::QuadraticPolygon::BuildArcCirclePolygon(nodes);
4241               INTERP_KERNEL::Node *n(new INTERP_KERNEL::Node(pos[i*SPACEDIM],pos[i*SPACEDIM+1]));
4242               double a(0.),b(0.),c(0.);
4243               a=pol->normalizeMe(b,c); n->applySimilarity(b,c,a);
4244               status=pol->isInOrOut2(n);
4245               delete pol; n->decrRef();
4246             }
4247           if(status)
4248             {
4249               eltsIndexPtr[i+1]++;
4250               elts->pushBackSilent(*iter);
4251             }
4252         }
4253     }
4254 }
4255 /*!
4256  * Finds cells in contact with several balls (i.e. points with precision).
4257  * This method is an extension of getCellContainingPoint() and
4258  * getCellsContainingPoint() for the case of multiple points.
4259  * For speed reasons, the INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4, INTERP_KERNEL::NORM_TRI6 and INTERP_KERNEL::NORM_QUAD8 cells are considered as convex cells to detect if a point is IN or OUT.
4260  * If it is not the case, please change their types to INTERP_KERNEL::NORM_POLYGON or INTERP_KERNEL::NORM_QPOLYG before invoking this method.
4261  *  \param [in] pos - an array of coordinates of points in full interlace mode :
4262  *         X0,Y0,Z0,X1,Y1,Z1,... Size of the array must be \a
4263  *         this->getSpaceDimension() * \a nbOfPoints 
4264  *  \param [in] nbOfPoints - number of points to locate within \a this mesh.
4265  *  \param [in] eps - radius of balls (i.e. the precision).
4266  *  \param [out] elts - vector returning ids of found cells.
4267  *  \param [out] eltsIndex - an array, of length \a nbOfPoints + 1,
4268  *         dividing cell ids in \a elts into groups each referring to one
4269  *         point. Its every element (except the last one) is an index pointing to the
4270  *         first id of a group of cells. For example cells in contact with the *i*-th
4271  *         point are described by following range of indices:
4272  *         [ \a eltsIndex[ *i* ], \a eltsIndex[ *i*+1 ] ) and the cell ids are
4273  *         \a elts[ \a eltsIndex[ *i* ]], \a elts[ \a eltsIndex[ *i* ] + 1 ], ...
4274  *         Number of cells in contact with the *i*-th point is
4275  *         \a eltsIndex[ *i*+1 ] - \a eltsIndex[ *i* ].
4276  *  \throw If the coordinates array is not set.
4277  *  \throw If \a this->getMeshDimension() != \a this->getSpaceDimension().
4278  *
4279  *  \ref cpp_mcumesh_getCellsContainingPoints "Here is a C++ example".<br>
4280  *  \ref  py_mcumesh_getCellsContainingPoints "Here is a Python example".
4281  */
4282 void MEDCouplingUMesh::getCellsContainingPoints(const double *pos, int nbOfPoints, double eps,
4283                                                 MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>& elts, MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>& eltsIndex) const
4284 {
4285   int spaceDim=getSpaceDimension();
4286   int mDim=getMeshDimension();
4287   if(spaceDim==3)
4288     {
4289       if(mDim==3)
4290         {
4291           const double *coords=_coords->getConstPointer();
4292           getCellsContainingPointsAlg<3>(coords,pos,nbOfPoints,eps,elts,eltsIndex);
4293         }
4294       /*else if(mDim==2)
4295         {
4296           
4297         }*/
4298       else
4299         throw INTERP_KERNEL::Exception("For spaceDim==3 only meshDim==3 implemented for getelementscontainingpoints !");
4300     }
4301   else if(spaceDim==2)
4302     {
4303       if(mDim==2)
4304         {
4305           const double *coords=_coords->getConstPointer();
4306           getCellsContainingPointsAlg<2>(coords,pos,nbOfPoints,eps,elts,eltsIndex);
4307         }
4308       else
4309         throw INTERP_KERNEL::Exception("For spaceDim==2 only meshDim==2 implemented for getelementscontainingpoints !");
4310     }
4311   else if(spaceDim==1)
4312     {
4313       if(mDim==1)
4314         {
4315           const double *coords=_coords->getConstPointer();
4316           getCellsContainingPointsAlg<1>(coords,pos,nbOfPoints,eps,elts,eltsIndex);
4317         }
4318       else
4319         throw INTERP_KERNEL::Exception("For spaceDim==1 only meshDim==1 implemented for getelementscontainingpoints !");
4320     }
4321   else
4322     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::getCellsContainingPoints : not managed for mdim not in [1,2,3] !");
4323 }
4324
4325 /*!
4326  * Finds butterfly cells in \a this mesh. A 2D cell is considered to be butterfly if at
4327  * least two its edges intersect each other anywhere except their extremities. An
4328  * INTERP_KERNEL::NORM_NORI3 cell can \b not be butterfly.
4329  *  \param [in,out] cells - a vector returning ids of the found cells. It is not
4330  *         cleared before filling in.
4331  *  \param [in] eps - precision.
4332  *  \throw If \a this->getMeshDimension() != 2.
4333  *  \throw If \a this->getSpaceDimension() != 2 && \a this->getSpaceDimension() != 3.
4334  */
4335 void MEDCouplingUMesh::checkButterflyCells(std::vector<int>& cells, double eps) const
4336 {
4337   const char msg[]="Butterfly detection work only for 2D cells with spaceDim==2 or 3!";
4338   if(getMeshDimension()!=2)
4339     throw INTERP_KERNEL::Exception(msg);
4340   int spaceDim=getSpaceDimension();
4341   if(spaceDim!=2 && spaceDim!=3)
4342     throw INTERP_KERNEL::Exception(msg);
4343   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
4344   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
4345   int nbOfCells=getNumberOfCells();
4346   std::vector<double> cell2DinS2;
4347   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
4348     {
4349       int offset=connI[i];
4350       int nbOfNodesForCell=connI[i+1]-offset-1;
4351       if(nbOfNodesForCell<=3)
4352         continue;
4353       bool isQuad=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[offset]).isQuadratic();
4354       project2DCellOnXY(conn+offset+1,conn+connI[i+1],cell2DinS2);
4355       if(isButterfly2DCell(cell2DinS2,isQuad,eps))
4356         cells.push_back(i);
4357       cell2DinS2.clear();
4358     }
4359 }
4360
4361 /*!
4362  * This method is typically requested to unbutterfly 2D linear cells in \b this.
4363  *
4364  * This method expects that space dimension is equal to 2 and mesh dimension is equal to 2 too. If it is not the case an INTERP_KERNEL::Exception will be thrown.
4365  * This method works only for linear 2D cells. If there is any of non linear cells (INTERP_KERNEL::NORM_QUAD8 for example) an INTERP_KERNEL::Exception will be thrown too.
4366  * 
4367  * For each 2D linear cell in \b this, this method builds the convex envelop (or the convex hull) of the current cell.
4368  * This convex envelop is computed using Jarvis march algorithm.
4369  * The coordinates and the number of cells of \b this remain unchanged on invocation of this method.
4370  * Only connectivity of some cells could be modified if those cells were not representing a convex envelop. If a cell already equals its convex envelop (regardless orientation)
4371  * its connectivity will remain unchanged. If the computation leads to a modification of nodal connectivity of a cell its geometric type will be modified to INTERP_KERNEL::NORM_POLYGON.
4372  *
4373  * \return a newly allocated array containing cellIds that have been modified if any. If no cells have been impacted by this method NULL is returned.
4374  */
4375 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::convexEnvelop2D()
4376 {
4377   if(getMeshDimension()!=2 || getSpaceDimension()!=2)
4378     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::convexEnvelop2D  works only for meshDim=2 and spaceDim=2 !");
4379   checkFullyDefined();
4380   const double *coords=getCoords()->getConstPointer();
4381   int nbOfCells=getNumberOfCells();
4382   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> nodalConnecIndexOut=DataArrayInt::New();
4383   nodalConnecIndexOut->alloc(nbOfCells+1,1);
4384   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> nodalConnecOut(DataArrayInt::New());
4385   int *workIndexOut=nodalConnecIndexOut->getPointer();
4386   *workIndexOut=0;
4387   const int *nodalConnecIn=_nodal_connec->getConstPointer();
4388   const int *nodalConnecIndexIn=_nodal_connec_index->getConstPointer();
4389   std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> types;
4390   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> isChanged(DataArrayInt::New());
4391   isChanged->alloc(0,1);
4392   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,workIndexOut++)
4393     {
4394       int pos=nodalConnecOut->getNumberOfTuples();
4395       if(BuildConvexEnvelopOf2DCellJarvis(coords,nodalConnecIn+nodalConnecIndexIn[i],nodalConnecIn+nodalConnecIndexIn[i+1],nodalConnecOut))
4396         isChanged->pushBackSilent(i);
4397       types.insert((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)nodalConnecOut->getIJ(pos,0));
4398       workIndexOut[1]=nodalConnecOut->getNumberOfTuples();
4399     }
4400   if(isChanged->empty())
4401     return 0;
4402   setConnectivity(nodalConnecOut,nodalConnecIndexOut,false);
4403   _types=types;
4404   return isChanged.retn();
4405 }
4406
4407 /*!
4408  * This method is \b NOT const because it can modify \a this.
4409  * \a this is expected to be an unstructured mesh with meshDim==2 and spaceDim==3. If not an exception will be thrown.
4410  * \param mesh1D is an unstructured mesh with MeshDim==1 and spaceDim==3. If not an exception will be thrown.
4411  * \param policy specifies the type of extrusion chosen. \b 0 for translation (most simple),
4412  * \b 1 for translation and rotation around point of 'mesh1D'.
4413  * \return an unstructured mesh with meshDim==3 and spaceDim==3. The returned mesh has the same coords than \a this.  
4414  */
4415 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::buildExtrudedMesh(const MEDCouplingUMesh *mesh1D, int policy)
4416 {
4417   checkFullyDefined();
4418   mesh1D->checkFullyDefined();
4419   if(!mesh1D->isContiguous1D())
4420     throw INTERP_KERNEL::Exception("buildExtrudedMesh : 1D mesh passed in parameter is not contiguous !");
4421   if(getSpaceDimension()!=mesh1D->getSpaceDimension())
4422     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid call to buildExtrudedMesh this and mesh1D must have same space dimension !");
4423   if((getMeshDimension()!=2 || getSpaceDimension()!=3) && (getMeshDimension()!=1 || getSpaceDimension()!=2))
4424     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid 'this' for buildExtrudedMesh method : must be (meshDim==2 and spaceDim==3) or (meshDim==1 and spaceDim==2) !");
4425   if(mesh1D->getMeshDimension()!=1)
4426     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid 'mesh1D' for buildExtrudedMesh method : must be meshDim==1 !");
4427   bool isQuad=false;
4428   if(isPresenceOfQuadratic())
4429     {
4430       if(mesh1D->isFullyQuadratic())
4431         isQuad=true;
4432       else
4433         throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid 2D mesh and 1D mesh because 2D mesh has quadratic cells and 1D is not fully quadratic !");
4434     }
4435   zipCoords();
4436   int oldNbOfNodes=getNumberOfNodes();
4437   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> newCoords;
4438   switch(policy)
4439     {
4440     case 0:
4441       {
4442         newCoords=fillExtCoordsUsingTranslation(mesh1D,isQuad);
4443         break;
4444       }
4445     case 1:
4446       {
4447         newCoords=fillExtCoordsUsingTranslAndAutoRotation(mesh1D,isQuad);
4448         break;
4449       }
4450     default:
4451       throw INTERP_KERNEL::Exception("Not implemented extrusion policy : must be in (0) !");
4452     }
4453   setCoords(newCoords);
4454   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret=buildExtrudedMeshFromThisLowLev(oldNbOfNodes,isQuad);
4455   updateTime();
4456   return ret.retn();
4457 }
4458
4459 /*!
4460  * This method works on a 3D curve linear mesh that is to say (meshDim==1 and spaceDim==3).
4461  * If it is not the case an exception will be thrown.
4462  * This method is non const because the coordinate of \a this can be appended with some new points issued from
4463  * intersection of plane defined by ('origin','vec').
4464  * This method has one in/out parameter : 'cut3DCurve'.
4465  * Param 'cut3DCurve' is expected to be of size 'this->getNumberOfCells()'. For each i in [0,'this->getNumberOfCells()')
4466  * if cut3DCurve[i]==-2, it means that for cell #i in \a this nothing has been detected previously.
4467  * if cut3DCurve[i]==-1, it means that cell#i has been already detected to be fully part of plane defined by ('origin','vec').
4468  * This method will throw an exception if \a this contains a non linear segment.
4469  */
4470 void MEDCouplingUMesh::split3DCurveWithPlane(const double *origin, const double *vec, double eps, std::vector<int>& cut3DCurve)
4471 {
4472   checkFullyDefined();
4473   if(getMeshDimension()!=1 || getSpaceDimension()!=3)
4474     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::split3DCurveWithPlane works on umeshes with meshdim equal to 1 and spaceDim equal to 3 !");
4475   int ncells=getNumberOfCells();
4476   int nnodes=getNumberOfNodes();
4477   double vec2[3],vec3[3],vec4[3];
4478   double normm=sqrt(vec[0]*vec[0]+vec[1]*vec[1]+vec[2]*vec[2]);
4479   if(normm<1e-6)
4480     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::split3DCurveWithPlane : parameter 'vec' should have a norm2 greater than 1e-6 !");
4481   vec2[0]=vec[0]/normm; vec2[1]=vec[1]/normm; vec2[2]=vec[2]/normm;
4482   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
4483   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
4484   const double *coo=_coords->getConstPointer();
4485   std::vector<double> addCoo;
4486   for(int i=0;i<ncells;i++)
4487     {
4488       if(conn[connI[i]]==(int)INTERP_KERNEL::NORM_SEG2)
4489         {
4490           if(cut3DCurve[i]==-2)
4491             {
4492               int st=conn[connI[i]+1],endd=conn[connI[i]+2];
4493               vec3[0]=coo[3*endd]-coo[3*st]; vec3[1]=coo[3*endd+1]-coo[3*st+1]; vec3[2]=coo[3*endd+2]-coo[3*st+2];
4494               double normm2=sqrt(vec3[0]*vec3[0]+vec3[1]*vec3[1]+vec3[2]*vec3[2]);
4495               double colin=std::abs((vec3[0]*vec2[0]+vec3[1]*vec2[1]+vec3[2]*vec2[2])/normm2);
4496               if(colin>eps)//if colin<=eps -> current SEG2 is colinear to the input plane
4497                 {
4498                   const double *st2=coo+3*st;
4499                   vec4[0]=st2[0]-origin[0]; vec4[1]=st2[1]-origin[1]; vec4[2]=st2[2]-origin[2];
4500                   double pos=-(vec4[0]*vec2[0]+vec4[1]*vec2[1]+vec4[2]*vec2[2])/((vec3[0]*vec2[0]+vec3[1]*vec2[1]+vec3[2]*vec2[2]));
4501                   if(pos>eps && pos<1-eps)
4502                     {
4503                       int nNode=((int)addCoo.size())/3;
4504                       vec4[0]=st2[0]+pos*vec3[0]; vec4[1]=st2[1]+pos*vec3[1]; vec4[2]=st2[2]+pos*vec3[2];
4505                       addCoo.insert(addCoo.end(),vec4,vec4+3);
4506                       cut3DCurve[i]=nnodes+nNode;
4507                     }
4508                 }
4509             }
4510         }
4511       else
4512         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::split3DCurveWithPlane : this method is only available for linear cell (NORM_SEG2) !");
4513     }
4514   if(!addCoo.empty())
4515     {
4516       int newNbOfNodes=nnodes+((int)addCoo.size())/3;
4517       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> coo2=DataArrayDouble::New();
4518       coo2->alloc(newNbOfNodes,3);
4519       double *tmp=coo2->getPointer();
4520       tmp=std::copy(_coords->begin(),_coords->end(),tmp);
4521       std::copy(addCoo.begin(),addCoo.end(),tmp);
4522       DataArrayDouble::SetArrayIn(coo2,_coords);
4523     }
4524 }
4525
4526 /*!
4527  * This method incarnates the policy 0 for MEDCouplingUMesh::buildExtrudedMesh method.
4528  * \param mesh1D is the input 1D mesh used for translation computation.
4529  * \return newCoords new coords filled by this method. 
4530  */
4531 DataArrayDouble *MEDCouplingUMesh::fillExtCoordsUsingTranslation(const MEDCouplingUMesh *mesh1D, bool isQuad) const
4532 {
4533   int oldNbOfNodes=getNumberOfNodes();
4534   int nbOf1DCells=mesh1D->getNumberOfCells();
4535   int spaceDim=getSpaceDimension();
4536   DataArrayDouble *ret=DataArrayDouble::New();
4537   std::vector<bool> isQuads;
4538   int nbOfLevsInVec=isQuad?2*nbOf1DCells+1:nbOf1DCells+1;
4539   ret->alloc(oldNbOfNodes*nbOfLevsInVec,spaceDim);
4540   double *retPtr=ret->getPointer();
4541   const double *coords=getCoords()->getConstPointer();
4542   double *work=std::copy(coords,coords+spaceDim*oldNbOfNodes,retPtr);
4543   std::vector<int> v;
4544   std::vector<double> c;
4545   double vec[3];
4546   v.reserve(3);
4547   c.reserve(6);
4548   for(int i=0;i<nbOf1DCells;i++)
4549     {
4550       v.resize(0);
4551       mesh1D->getNodeIdsOfCell(i,v);
4552       c.resize(0);
4553       mesh1D->getCoordinatesOfNode(v[isQuad?2:1],c);
4554       mesh1D->getCoordinatesOfNode(v[0],c);
4555       std::transform(c.begin(),c.begin()+spaceDim,c.begin()+spaceDim,vec,std::minus<double>());
4556       for(int j=0;j<oldNbOfNodes;j++)
4557         work=std::transform(vec,vec+spaceDim,retPtr+spaceDim*(i*oldNbOfNodes+j),work,std::plus<double>());
4558       if(isQuad)
4559         {
4560           c.resize(0);
4561           mesh1D->getCoordinatesOfNode(v[1],c);
4562           mesh1D->getCoordinatesOfNode(v[0],c);
4563           std::transform(c.begin(),c.begin()+spaceDim,c.begin()+spaceDim,vec,std::minus<double>());
4564           for(int j=0;j<oldNbOfNodes;j++)
4565             work=std::transform(vec,vec+spaceDim,retPtr+spaceDim*(i*oldNbOfNodes+j),work,std::plus<double>());
4566         }
4567     }
4568   ret->copyStringInfoFrom(*getCoords());
4569   return ret;
4570 }
4571
4572 /*!
4573  * This method incarnates the policy 1 for MEDCouplingUMesh::buildExtrudedMesh method.
4574  * \param mesh1D is the input 1D mesh used for translation and automatic rotation computation.
4575  * \return newCoords new coords filled by this method. 
4576  */
4577 DataArrayDouble *MEDCouplingUMesh::fillExtCoordsUsingTranslAndAutoRotation(const MEDCouplingUMesh *mesh1D, bool isQuad) const
4578 {
4579   if(mesh1D->getSpaceDimension()==2)
4580     return fillExtCoordsUsingTranslAndAutoRotation2D(mesh1D,isQuad);
4581   if(mesh1D->getSpaceDimension()==3)
4582     return fillExtCoordsUsingTranslAndAutoRotation3D(mesh1D,isQuad);
4583   throw INTERP_KERNEL::Exception("Not implemented rotation and translation alg. for spacedim other than 2 and 3 !");
4584 }
4585
4586 /*!
4587  * This method incarnates the policy 1 for MEDCouplingUMesh::buildExtrudedMesh method.
4588  * \param mesh1D is the input 1D mesh used for translation and automatic rotation computation.
4589  * \return newCoords new coords filled by this method. 
4590  */
4591 DataArrayDouble *MEDCouplingUMesh::fillExtCoordsUsingTranslAndAutoRotation2D(const MEDCouplingUMesh *mesh1D, bool isQuad) const
4592 {
4593   if(isQuad)
4594     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::fillExtCoordsUsingTranslAndAutoRotation2D : not implemented for quadratic cells !");
4595   int oldNbOfNodes=getNumberOfNodes();
4596   int nbOf1DCells=mesh1D->getNumberOfCells();
4597   if(nbOf1DCells<2)
4598     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::fillExtCoordsUsingTranslAndAutoRotation2D : impossible to detect any angle of rotation ! Change extrusion policy 1->0 !");
4599   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> ret=DataArrayDouble::New();
4600   int nbOfLevsInVec=nbOf1DCells+1;
4601   ret->alloc(oldNbOfNodes*nbOfLevsInVec,2);
4602   double *retPtr=ret->getPointer();
4603   retPtr=std::copy(getCoords()->getConstPointer(),getCoords()->getConstPointer()+getCoords()->getNbOfElems(),retPtr);
4604   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> tmp=MEDCouplingUMesh::New();
4605   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> tmp2=getCoords()->deepCpy();
4606   tmp->setCoords(tmp2);
4607   const double *coo1D=mesh1D->getCoords()->getConstPointer();
4608   const int *conn1D=mesh1D->getNodalConnectivity()->getConstPointer();
4609   const int *connI1D=mesh1D->getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
4610   for(int i=1;i<nbOfLevsInVec;i++)
4611     {
4612       const double *begin=coo1D+2*conn1D[connI1D[i-1]+1];
4613       const double *end=coo1D+2*conn1D[connI1D[i-1]+2];
4614       const double *third=i+1<nbOfLevsInVec?coo1D+2*conn1D[connI1D[i]+2]:coo1D+2*conn1D[connI1D[i-2]+1];
4615       const double vec[2]={end[0]-begin[0],end[1]-begin[1]};
4616       tmp->translate(vec);
4617       double tmp3[2],radius,alpha,alpha0;
4618       const double *p0=i+1<nbOfLevsInVec?begin:third;
4619       const double *p1=i+1<nbOfLevsInVec?end:begin;
4620       const double *p2=i+1<nbOfLevsInVec?third:end;
4621       INTERP_KERNEL::EdgeArcCircle::GetArcOfCirclePassingThru(p0,p1,p2,tmp3,radius,alpha,alpha0);
4622       double cosangle=i+1<nbOfLevsInVec?(p0[0]-tmp3[0])*(p1[0]-tmp3[0])+(p0[1]-tmp3[1])*(p1[1]-tmp3[1]):(p2[0]-tmp3[0])*(p1[0]-tmp3[0])+(p2[1]-tmp3[1])*(p1[1]-tmp3[1]);
4623       double angle=acos(cosangle/(radius*radius));
4624       tmp->rotate(end,0,angle);
4625       retPtr=std::copy(tmp2->getConstPointer(),tmp2->getConstPointer()+tmp2->getNbOfElems(),retPtr);
4626     }
4627   return ret.retn();
4628 }
4629
4630 /*!
4631  * This method incarnates the policy 1 for MEDCouplingUMesh::buildExtrudedMesh method.
4632  * \param mesh1D is the input 1D mesh used for translation and automatic rotation computation.
4633  * \return newCoords new coords filled by this method. 
4634  */
4635 DataArrayDouble *MEDCouplingUMesh::fillExtCoordsUsingTranslAndAutoRotation3D(const MEDCouplingUMesh *mesh1D, bool isQuad) const
4636 {
4637   if(isQuad)
4638     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::fillExtCoordsUsingTranslAndAutoRotation3D : not implemented for quadratic cells !");
4639   int oldNbOfNodes=getNumberOfNodes();
4640   int nbOf1DCells=mesh1D->getNumberOfCells();
4641   if(nbOf1DCells<2)
4642     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::fillExtCoordsUsingTranslAndAutoRotation3D : impossible to detect any angle of rotation ! Change extrusion policy 1->0 !");
4643   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> ret=DataArrayDouble::New();
4644   int nbOfLevsInVec=nbOf1DCells+1;
4645   ret->alloc(oldNbOfNodes*nbOfLevsInVec,3);
4646   double *retPtr=ret->getPointer();
4647   retPtr=std::copy(getCoords()->getConstPointer(),getCoords()->getConstPointer()+getCoords()->getNbOfElems(),retPtr);
4648   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> tmp=MEDCouplingUMesh::New();
4649   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> tmp2=getCoords()->deepCpy();
4650   tmp->setCoords(tmp2);
4651   const double *coo1D=mesh1D->getCoords()->getConstPointer();
4652   const int *conn1D=mesh1D->getNodalConnectivity()->getConstPointer();
4653   const int *connI1D=mesh1D->getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
4654   for(int i=1;i<nbOfLevsInVec;i++)
4655     {
4656       const double *begin=coo1D+3*conn1D[connI1D[i-1]+1];
4657       const double *end=coo1D+3*conn1D[connI1D[i-1]+2];
4658       const double *third=i+1<nbOfLevsInVec?coo1D+3*conn1D[connI1D[i]+2]:coo1D+3*conn1D[connI1D[i-2]+1];
4659       const double vec[3]={end[0]-begin[0],end[1]-begin[1],end[2]-begin[2]};
4660       tmp->translate(vec);
4661       double tmp3[2],radius,alpha,alpha0;
4662       const double *p0=i+1<nbOfLevsInVec?begin:third;
4663       const double *p1=i+1<nbOfLevsInVec?end:begin;
4664       const double *p2=i+1<nbOfLevsInVec?third:end;
4665       double vecPlane[3]={
4666         (p1[1]-p0[1])*(p2[2]-p1[2])-(p1[2]-p0[2])*(p2[1]-p1[1]),
4667         (p1[2]-p0[2])*(p2[0]-p1[0])-(p1[0]-p0[0])*(p2[2]-p1[2]),
4668         (p1[0]-p0[0])*(p2[1]-p1[1])-(p1[1]-p0[1])*(p2[0]-p1[0]),
4669       };
4670       double norm=sqrt(vecPlane[0]*vecPlane[0]+vecPlane[1]*vecPlane[1]+vecPlane[2]*vecPlane[2]);
4671       if(norm>1.e-7)
4672         {
4673           vecPlane[0]/=norm; vecPlane[1]/=norm; vecPlane[2]/=norm;
4674           double norm2=sqrt(vecPlane[0]*vecPlane[0]+vecPlane[1]*vecPlane[1]);
4675           double vec2[2]={vecPlane[1]/norm2,-vecPlane[0]/norm2};
4676           double s2=norm2;
4677           double c2=cos(asin(s2));
4678           double m[3][3]={
4679             {vec2[0]*vec2[0]*(1-c2)+c2, vec2[0]*vec2[1]*(1-c2), vec2[1]*s2},
4680             {vec2[0]*vec2[1]*(1-c2), vec2[1]*vec2[1]*(1-c2)+c2, -vec2[0]*s2},
4681             {-vec2[1]*s2, vec2[0]*s2, c2}
4682           };
4683           double p0r[3]={m[0][0]*p0[0]+m[0][1]*p0[1]+m[0][2]*p0[2], m[1][0]*p0[0]+m[1][1]*p0[1]+m[1][2]*p0[2], m[2][0]*p0[0]+m[2][1]*p0[1]+m[2][2]*p0[2]};
4684           double p1r[3]={m[0][0]*p1[0]+m[0][1]*p1[1]+m[0][2]*p1[2], m[1][0]*p1[0]+m[1][1]*p1[1]+m[1][2]*p1[2], m[2][0]*p1[0]+m[2][1]*p1[1]+m[2][2]*p1[2]};
4685           double p2r[3]={m[0][0]*p2[0]+m[0][1]*p2[1]+m[0][2]*p2[2], m[1][0]*p2[0]+m[1][1]*p2[1]+m[1][2]*p2[2], m[2][0]*p2[0]+m[2][1]*p2[1]+m[2][2]*p2[2]};
4686           INTERP_KERNEL::EdgeArcCircle::GetArcOfCirclePassingThru(p0r,p1r,p2r,tmp3,radius,alpha,alpha0);
4687           double cosangle=i+1<nbOfLevsInVec?(p0r[0]-tmp3[0])*(p1r[0]-tmp3[0])+(p0r[1]-tmp3[1])*(p1r[1]-tmp3[1]):(p2r[0]-tmp3[0])*(p1r[0]-tmp3[0])+(p2r[1]-tmp3[1])*(p1r[1]-tmp3[1]);
4688           double angle=acos(cosangle/(radius*radius));
4689           tmp->rotate(end,vecPlane,angle);
4690           
4691         }
4692       retPtr=std::copy(tmp2->getConstPointer(),tmp2->getConstPointer()+tmp2->getNbOfElems(),retPtr);
4693     }
4694   return ret.retn();
4695 }
4696
4697 /*!
4698  * This method is private because not easy to use for end user. This method is const contrary to
4699  * MEDCouplingUMesh::buildExtrudedMesh method because this->_coords are expected to contain
4700  * the coords sorted slice by slice.
4701  * \param isQuad specifies presence of quadratic cells.
4702  */
4703 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::buildExtrudedMeshFromThisLowLev(int nbOfNodesOf1Lev, bool isQuad) const
4704 {
4705   int nbOf1DCells=getNumberOfNodes()/nbOfNodesOf1Lev-1;
4706   int nbOf2DCells=getNumberOfCells();
4707   int nbOf3DCells=nbOf2DCells*nbOf1DCells;
4708   MEDCouplingUMesh *ret=MEDCouplingUMesh::New("Extruded",getMeshDimension()+1);
4709   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
4710   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
4711   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConn=DataArrayInt::New();
4712   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConnI=DataArrayInt::New();
4713   newConnI->alloc(nbOf3DCells+1,1);
4714   int *newConnIPtr=newConnI->getPointer();
4715   *newConnIPtr++=0;
4716   std::vector<int> newc;
4717   for(int j=0;j<nbOf2DCells;j++)
4718     {
4719       AppendExtrudedCell(conn+connI[j],conn+connI[j+1],nbOfNodesOf1Lev,isQuad,newc);
4720       *newConnIPtr++=(int)newc.size();
4721     }
4722   newConn->alloc((int)(newc.size())*nbOf1DCells,1);
4723   int *newConnPtr=newConn->getPointer();
4724   int deltaPerLev=isQuad?2*nbOfNodesOf1Lev:nbOfNodesOf1Lev;
4725   newConnIPtr=newConnI->getPointer();
4726   for(int iz=0;iz<nbOf1DCells;iz++)
4727     {
4728       if(iz!=0)
4729         std::transform(newConnIPtr+1,newConnIPtr+1+nbOf2DCells,newConnIPtr+1+iz*nbOf2DCells,std::bind2nd(std::plus<int>(),newConnIPtr[iz*nbOf2DCells]));
4730       for(std::vector<int>::const_iterator iter=newc.begin();iter!=newc.end();iter++,newConnPtr++)
4731         {
4732           int icell=(int)(iter-newc.begin());
4733           if(std::find(newConnIPtr,newConnIPtr+nbOf2DCells,icell)==newConnIPtr+nbOf2DCells)
4734             {
4735               if(*iter!=-1)
4736                 *newConnPtr=(*iter)+iz*deltaPerLev;
4737               else
4738                 *newConnPtr=-1;
4739             }
4740           else
4741             *newConnPtr=(*iter);
4742         }
4743     }
4744   ret->setConnectivity(newConn,newConnI,true);
4745   ret->setCoords(getCoords());
4746   return ret;
4747 }
4748
4749 /*!
4750  * Checks if \a this mesh is constituted by only quadratic cells.
4751  *  \return bool - \c true if there are only quadratic cells in \a this mesh.
4752  *  \throw If the coordinates array is not set.
4753  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
4754  */
4755 bool MEDCouplingUMesh::isFullyQuadratic() const
4756 {
4757   checkFullyDefined();
4758   bool ret=true;
4759   int nbOfCells=getNumberOfCells();
4760   for(int i=0;i<nbOfCells && ret;i++)
4761     {
4762       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type=getTypeOfCell(i);
4763       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(type);
4764       ret=cm.isQuadratic();
4765     }
4766   return ret;
4767 }
4768
4769 /*!
4770  * Checks if \a this mesh includes any quadratic cell.
4771  *  \return bool - \c true if there is at least one quadratic cells in \a this mesh.
4772  *  \throw If the coordinates array is not set.
4773  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
4774  */
4775 bool MEDCouplingUMesh::isPresenceOfQuadratic() const
4776 {
4777   checkFullyDefined();
4778   bool ret=false;
4779   int nbOfCells=getNumberOfCells();
4780   for(int i=0;i<nbOfCells && !ret;i++)
4781     {
4782       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type=getTypeOfCell(i);
4783       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(type);
4784       ret=cm.isQuadratic();
4785     }
4786   return ret;
4787 }
4788
4789 /*!
4790  * Converts all quadratic cells to linear ones. If there are no quadratic cells in \a
4791  * this mesh, it remains unchanged.
4792  *  \throw If the coordinates array is not set.
4793  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
4794  */
4795 void MEDCouplingUMesh::convertQuadraticCellsToLinear()
4796 {
4797   checkFullyDefined();
4798   int nbOfCells=getNumberOfCells();
4799   int delta=0;
4800   const int *iciptr=_nodal_connec_index->getConstPointer();
4801   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
4802     {
4803       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type=getTypeOfCell(i);
4804       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(type);
4805       if(cm.isQuadratic())
4806         {
4807           INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typel=cm.getLinearType();
4808           const INTERP_KERNEL::CellModel& cml=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(typel);
4809           if(!cml.isDynamic())
4810             delta+=cm.getNumberOfNodes()-cml.getNumberOfNodes();
4811           else
4812             delta+=(iciptr[i+1]-iciptr[i]-1)/2;
4813         }
4814     }
4815   if(delta==0)
4816     return ;
4817   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConn=DataArrayInt::New();
4818   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConnI=DataArrayInt::New();
4819   const int *icptr=_nodal_connec->getConstPointer();
4820   newConn->alloc(getMeshLength()-delta,1);
4821   newConnI->alloc(nbOfCells+1,1);
4822   int *ocptr=newConn->getPointer();
4823   int *ociptr=newConnI->getPointer();
4824   *ociptr=0;
4825   _types.clear();
4826   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,ociptr++)
4827     {
4828       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)icptr[iciptr[i]];
4829       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(type);
4830       if(!cm.isQuadratic())
4831         {
4832           _types.insert(type);
4833           ocptr=std::copy(icptr+iciptr[i],icptr+iciptr[i+1],ocptr);
4834           ociptr[1]=ociptr[0]+iciptr[i+1]-iciptr[i];
4835         }
4836       else
4837         {
4838           INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typel=cm.getLinearType();
4839           _types.insert(typel);
4840           const INTERP_KERNEL::CellModel& cml=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(typel);
4841           int newNbOfNodes=cml.getNumberOfNodes();
4842           if(cml.isDynamic())
4843             newNbOfNodes=(iciptr[i+1]-iciptr[i]-1)/2;
4844           *ocptr++=(int)typel;
4845           ocptr=std::copy(icptr+iciptr[i]+1,icptr+iciptr[i]+newNbOfNodes+1,ocptr);
4846           ociptr[1]=ociptr[0]+newNbOfNodes+1;
4847         }
4848     }
4849   setConnectivity(newConn,newConnI,false);
4850 }
4851
4852 /*!
4853  * This method converts all linear cell in \a this to quadratic one.
4854  * Contrary to MEDCouplingUMesh::convertQuadraticCellsToLinear method, here it is needed to specify the target
4855  * type of cells expected. For example INTERP_KERNEL::NORM_TRI3 can be converted to INTERP_KERNEL::NORM_TRI6 if \a conversionType is equal to 0 (the default)
4856  * or to INTERP_KERNEL::NORM_TRI7 if \a conversionType is equal to 1. All non linear cells and polyhedron in \a this are let untouched.
4857  * Contrary to MEDCouplingUMesh::convertQuadraticCellsToLinear method, the coordinates in \a this can be become bigger. All created nodes will be put at the
4858  * end of the existing coordinates.
4859  * 
4860  * \param [in] conversionType specifies the type of conversion expected. Only 0 (default) and 1 are supported presently. 0 those that creates the 'most' simple
4861  *             corresponding quadratic cells. 1 is those creating the 'most' complex.
4862  * \return a newly created DataArrayInt instance that the caller should deal with containing cell ids of converted cells.
4863  * 
4864  * \throw if \a this is not fully defined. It throws too if \a conversionType is not in [0,1].
4865  *
4866  * \sa MEDCouplingUMesh::convertQuadraticCellsToLinear
4867  */
4868 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic(int conversionType)
4869 {
4870   DataArrayInt *conn=0,*connI=0;
4871   DataArrayDouble *coords=0;
4872   std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> types;
4873   checkFullyDefined();
4874   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret,connSafe,connISafe;
4875   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> coordsSafe;
4876   int meshDim=getMeshDimension();
4877   switch(conversionType)
4878     {
4879     case 0:
4880       switch(meshDim)
4881         {
4882         case 1:
4883           ret=convertLinearCellsToQuadratic1D0(conn,connI,coords,types);
4884           connSafe=conn; connISafe=connI; coordsSafe=coords;
4885           break;
4886         case 2:
4887           ret=convertLinearCellsToQuadratic2D0(conn,connI,coords,types);
4888           connSafe=conn; connISafe=connI; coordsSafe=coords;
4889           break;
4890         case 3:
4891           ret=convertLinearCellsToQuadratic3D0(conn,connI,coords,types);
4892           connSafe=conn; connISafe=connI; coordsSafe=coords;
4893           break;
4894         default:
4895           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic : conversion of type 0 mesh dimensions available are [1,2,3] !");
4896         }
4897       break;
4898     case 1:
4899       {
4900         switch(meshDim)
4901         {
4902         case 1:
4903           ret=convertLinearCellsToQuadratic1D0(conn,connI,coords,types);//it is not a bug. In 1D policy 0 and 1 are equals
4904           connSafe=conn; connISafe=connI; coordsSafe=coords;
4905           break;
4906         case 2:
4907           ret=convertLinearCellsToQuadratic2D1(conn,connI,coords,types);
4908           connSafe=conn; connISafe=connI; coordsSafe=coords;
4909           break;
4910         case 3:
4911           ret=convertLinearCellsToQuadratic3D1(conn,connI,coords,types);
4912           connSafe=conn; connISafe=connI; coordsSafe=coords;
4913           break;
4914         default:
4915           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic : conversion of type 1 mesh dimensions available are [1,2,3] !");
4916         }
4917         break;
4918       }
4919     default:
4920       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic : conversion type available are 0 (default, the simplest) and 1 (the most complex) !");
4921     }
4922   setConnectivity(connSafe,connISafe,false);
4923   _types=types;
4924   setCoords(coordsSafe);
4925   return ret.retn();
4926 }
4927
4928 /*!
4929  * Implementes \a conversionType 0 for meshes with meshDim = 1, of MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic method.
4930  * \return a newly created DataArrayInt instance that the caller should deal with containing cell ids of converted cells.
4931  * \sa MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic.
4932  */
4933 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic1D0(DataArrayInt *&conn, DataArrayInt *&connI, DataArrayDouble *& coords, std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& types) const
4934 {
4935   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> bary=getBarycenterAndOwner();
4936   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConn=DataArrayInt::New(); newConn->alloc(0,1);
4937   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConnI=DataArrayInt::New(); newConnI->alloc(1,1); newConnI->setIJ(0,0,0);
4938   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New(); ret->alloc(0,1);
4939   int nbOfCells=getNumberOfCells();
4940   int nbOfNodes=getNumberOfNodes();
4941   const int *cPtr=_nodal_connec->getConstPointer();
4942   const int *icPtr=_nodal_connec_index->getConstPointer();
4943   int lastVal=0,offset=nbOfNodes;
4944   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,icPtr++)
4945     {
4946       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)cPtr[*icPtr];
4947       if(type==INTERP_KERNEL::NORM_SEG2)
4948         {
4949           types.insert(INTERP_KERNEL::NORM_SEG3);
4950           newConn->pushBackSilent((int)INTERP_KERNEL::NORM_SEG3);
4951           newConn->pushBackValsSilent(cPtr+icPtr[0]+1,cPtr+icPtr[0]+3);
4952           newConn->pushBackSilent(offset++);
4953           lastVal+=4;
4954           newConnI->pushBackSilent(lastVal);
4955           ret->pushBackSilent(i);
4956         }
4957       else
4958         {
4959           types.insert(type);
4960           lastVal+=(icPtr[1]-icPtr[0]);
4961           newConnI->pushBackSilent(lastVal);
4962           newConn->pushBackValsSilent(cPtr+icPtr[0],cPtr+icPtr[1]);
4963         }
4964     }
4965   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> tmp=bary->selectByTupleIdSafe(ret->begin(),ret->end());
4966   coords=DataArrayDouble::Aggregate(getCoords(),tmp); conn=newConn.retn(); connI=newConnI.retn();
4967   return ret.retn();
4968 }
4969
4970 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic2DAnd3D0(const MEDCouplingUMesh *m1D, const DataArrayInt *desc, const DataArrayInt *descI, DataArrayInt *&conn, DataArrayInt *&connI, DataArrayDouble *& coords, std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& types) const
4971 {
4972   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConn=DataArrayInt::New(); newConn->alloc(0,1);
4973   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConnI=DataArrayInt::New(); newConnI->alloc(1,1); newConnI->setIJ(0,0,0);
4974   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New(); ret->alloc(0,1);
4975   //
4976   const int *descPtr(desc->begin()),*descIPtr(descI->begin());
4977   DataArrayInt *conn1D=0,*conn1DI=0;
4978   std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> types1D;
4979   DataArrayDouble *coordsTmp=0;
4980   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret1D=m1D->convertLinearCellsToQuadratic1D0(conn1D,conn1DI,coordsTmp,types1D); ret1D=0;
4981   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> coordsTmpSafe(coordsTmp);
4982   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> conn1DSafe(conn1D),conn1DISafe(conn1DI);
4983   const int *c1DPtr=conn1D->begin();
4984   const int *c1DIPtr=conn1DI->begin();
4985   int nbOfCells=getNumberOfCells();
4986   const int *cPtr=_nodal_connec->getConstPointer();
4987   const int *icPtr=_nodal_connec_index->getConstPointer();
4988   int lastVal=0;
4989   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,icPtr++,descIPtr++)
4990     {
4991       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typ=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)cPtr[*icPtr];
4992       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(typ);
4993       if(!cm.isQuadratic())
4994         {
4995           INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typ2=cm.getQuadraticType();
4996           types.insert(typ2); newConn->pushBackSilent(typ2);
4997           newConn->pushBackValsSilent(cPtr+icPtr[0]+1,cPtr+icPtr[1]);
4998           for(const int *d=descPtr+descIPtr[0];d!=descPtr+descIPtr[1];d++)
4999             newConn->pushBackSilent(c1DPtr[c1DIPtr[*d]+3]);
5000           lastVal+=(icPtr[1]-icPtr[0])+(descIPtr[1]-descIPtr[0]);
5001           newConnI->pushBackSilent(lastVal);
5002           ret->pushBackSilent(i);
5003         }
5004       else
5005         {
5006           types.insert(typ);
5007           lastVal+=(icPtr[1]-icPtr[0]);
5008           newConnI->pushBackSilent(lastVal);
5009           newConn->pushBackValsSilent(cPtr+icPtr[0],cPtr+icPtr[1]);
5010         }
5011     }
5012   conn=newConn.retn(); connI=newConnI.retn(); coords=coordsTmpSafe.retn();
5013   return ret.retn();
5014 }
5015
5016 /*!
5017  * Implementes \a conversionType 0 for meshes with meshDim = 2, of MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic method.
5018  * \return a newly created DataArrayInt instance that the caller should deal with containing cell ids of converted cells.
5019  * \sa MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic.
5020  */
5021 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic2D0(DataArrayInt *&conn, DataArrayInt *&connI, DataArrayDouble *& coords, std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& types) const
5022 {
5023   
5024   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> desc(DataArrayInt::New()),descI(DataArrayInt::New()),tmp2(DataArrayInt::New()),tmp3(DataArrayInt::New());
5025   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1D=buildDescendingConnectivity(desc,descI,tmp2,tmp3); tmp2=0; tmp3=0;
5026   return convertLinearCellsToQuadratic2DAnd3D0(m1D,desc,descI,conn,connI,coords,types);
5027 }
5028
5029 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic2D1(DataArrayInt *&conn, DataArrayInt *&connI, DataArrayDouble *& coords, std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& types) const
5030 {
5031   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> desc(DataArrayInt::New()),descI(DataArrayInt::New()),tmp2(DataArrayInt::New()),tmp3(DataArrayInt::New());
5032   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1D=buildDescendingConnectivity(desc,descI,tmp2,tmp3); tmp2=0; tmp3=0;
5033   //
5034   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConn=DataArrayInt::New(); newConn->alloc(0,1);
5035   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConnI=DataArrayInt::New(); newConnI->alloc(1,1); newConnI->setIJ(0,0,0);
5036   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New(); ret->alloc(0,1);
5037   //
5038   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> bary=getBarycenterAndOwner();
5039   const int *descPtr(desc->begin()),*descIPtr(descI->begin());
5040   DataArrayInt *conn1D=0,*conn1DI=0;
5041   std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> types1D;
5042   DataArrayDouble *coordsTmp=0;
5043   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret1D=m1D->convertLinearCellsToQuadratic1D0(conn1D,conn1DI,coordsTmp,types1D); ret1D=0;
5044   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> coordsTmpSafe(coordsTmp);
5045   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> conn1DSafe(conn1D),conn1DISafe(conn1DI);
5046   const int *c1DPtr=conn1D->begin();
5047   const int *c1DIPtr=conn1DI->begin();
5048   int nbOfCells=getNumberOfCells();
5049   const int *cPtr=_nodal_connec->getConstPointer();
5050   const int *icPtr=_nodal_connec_index->getConstPointer();
5051   int lastVal=0,offset=coordsTmpSafe->getNumberOfTuples();
5052   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,icPtr++,descIPtr++)
5053     {
5054       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typ=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)cPtr[*icPtr];
5055       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(typ);
5056       if(!cm.isQuadratic())
5057         {
5058           INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typ2=cm.getQuadraticType2();
5059           types.insert(typ2); newConn->pushBackSilent(typ2);
5060           newConn->pushBackValsSilent(cPtr+icPtr[0]+1,cPtr+icPtr[1]);
5061           for(const int *d=descPtr+descIPtr[0];d!=descPtr+descIPtr[1];d++)
5062             newConn->pushBackSilent(c1DPtr[c1DIPtr[*d]+3]);
5063           newConn->pushBackSilent(offset+ret->getNumberOfTuples());
5064           lastVal+=(icPtr[1]-icPtr[0])+(descIPtr[1]-descIPtr[0])+1;
5065           newConnI->pushBackSilent(lastVal);
5066           ret->pushBackSilent(i);
5067         }
5068       else
5069         {
5070           types.insert(typ);
5071           lastVal+=(icPtr[1]-icPtr[0]);
5072           newConnI->pushBackSilent(lastVal);
5073           newConn->pushBackValsSilent(cPtr+icPtr[0],cPtr+icPtr[1]);
5074         }
5075     }
5076   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> tmp=bary->selectByTupleIdSafe(ret->begin(),ret->end());
5077   coords=DataArrayDouble::Aggregate(coordsTmpSafe,tmp); conn=newConn.retn(); connI=newConnI.retn();
5078   return ret.retn();
5079 }
5080
5081 /*!
5082  * Implementes \a conversionType 0 for meshes with meshDim = 3, of MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic method.
5083  * \return a newly created DataArrayInt instance that the caller should deal with containing cell ids of converted cells.
5084  * \sa MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic.
5085  */
5086 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic3D0(DataArrayInt *&conn, DataArrayInt *&connI, DataArrayDouble *& coords, std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& types) const
5087 {
5088   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> desc(DataArrayInt::New()),descI(DataArrayInt::New()),tmp2(DataArrayInt::New()),tmp3(DataArrayInt::New());
5089   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1D=explode3DMeshTo1D(desc,descI,tmp2,tmp3); tmp2=0; tmp3=0;
5090   return convertLinearCellsToQuadratic2DAnd3D0(m1D,desc,descI,conn,connI,coords,types);
5091 }
5092
5093 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic3D1(DataArrayInt *&conn, DataArrayInt *&connI, DataArrayDouble *& coords, std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& types) const
5094 {
5095   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> desc2(DataArrayInt::New()),desc2I(DataArrayInt::New()),tmp2(DataArrayInt::New()),tmp3(DataArrayInt::New());
5096   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m2D=buildDescendingConnectivityGen<MinusOneSonsGeneratorBiQuadratic>(desc2,desc2I,tmp2,tmp3,MEDCouplingFastNbrer); tmp2=0; tmp3=0;
5097   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> desc1(DataArrayInt::New()),desc1I(DataArrayInt::New()),tmp4(DataArrayInt::New()),tmp5(DataArrayInt::New());
5098   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1D=explode3DMeshTo1D(desc1,desc1I,tmp4,tmp5); tmp4=0; tmp5=0;
5099   //
5100   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConn=DataArrayInt::New(); newConn->alloc(0,1);
5101   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConnI=DataArrayInt::New(); newConnI->alloc(1,1); newConnI->setIJ(0,0,0);
5102   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New(),ret2=DataArrayInt::New(); ret->alloc(0,1); ret2->alloc(0,1);
5103   //
5104   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> bary=getBarycenterAndOwner();
5105   const int *descPtr(desc1->begin()),*descIPtr(desc1I->begin()),*desc2Ptr(desc2->begin()),*desc2IPtr(desc2I->begin());
5106   DataArrayInt *conn1D=0,*conn1DI=0,*conn2D=0,*conn2DI=0;
5107   std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> types1D,types2D;
5108   DataArrayDouble *coordsTmp=0,*coordsTmp2=0;
5109   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret1D=m1D->convertLinearCellsToQuadratic1D0(conn1D,conn1DI,coordsTmp,types1D); ret1D=DataArrayInt::New(); ret1D->alloc(0,1);
5110   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> conn1DSafe(conn1D),conn1DISafe(conn1DI);
5111   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> coordsTmpSafe(coordsTmp);
5112   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret2D=m2D->convertLinearCellsToQuadratic2D1(conn2D,conn2DI,coordsTmp2,types2D); ret2D=DataArrayInt::New(); ret2D->alloc(0,1);
5113   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> coordsTmp2Safe(coordsTmp2);
5114   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> conn2DSafe(conn2D),conn2DISafe(conn2DI);
5115   const int *c1DPtr=conn1D->begin(),*c1DIPtr=conn1DI->begin(),*c2DPtr=conn2D->begin(),*c2DIPtr=conn2DI->begin();
5116   int nbOfCells=getNumberOfCells();
5117   const int *cPtr=_nodal_connec->getConstPointer();
5118   const int *icPtr=_nodal_connec_index->getConstPointer();
5119   int lastVal=0,offset=coordsTmpSafe->getNumberOfTuples();
5120   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,icPtr++,descIPtr++,desc2IPtr++)
5121     {
5122       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typ=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)cPtr[*icPtr];
5123       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(typ);
5124       if(!cm.isQuadratic())
5125         {
5126           INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typ2=cm.getQuadraticType2();
5127           if(typ2==INTERP_KERNEL::NORM_ERROR)
5128             {
5129               std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic3D1 : On cell #" << i << " the linear cell type does not support advanced quadratization !";
5130               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
5131             }
5132           types.insert(typ2); newConn->pushBackSilent(typ2);
5133           newConn->pushBackValsSilent(cPtr+icPtr[0]+1,cPtr+icPtr[1]);
5134           for(const int *d=descPtr+descIPtr[0];d!=descPtr+descIPtr[1];d++)
5135             newConn->pushBackSilent(c1DPtr[c1DIPtr[*d]+3]);
5136           for(const int *d=desc2Ptr+desc2IPtr[0];d!=desc2Ptr+desc2IPtr[1];d++)
5137             {
5138               int nodeId2=c2DPtr[c2DIPtr[(*d)+1]-1];
5139               int tmpPos=newConn->getNumberOfTuples();
5140               newConn->pushBackSilent(nodeId2);
5141               ret2D->pushBackSilent(nodeId2); ret1D->pushBackSilent(tmpPos);
5142             }
5143           newConn->pushBackSilent(offset+ret->getNumberOfTuples());
5144           lastVal+=(icPtr[1]-icPtr[0])+(descIPtr[1]-descIPtr[0])+(desc2IPtr[1]-desc2IPtr[0])+1;
5145           newConnI->pushBackSilent(lastVal);
5146           ret->pushBackSilent(i);
5147         }
5148       else
5149         {
5150           types.insert(typ);
5151           lastVal+=(icPtr[1]-icPtr[0]);
5152           newConnI->pushBackSilent(lastVal);
5153           newConn->pushBackValsSilent(cPtr+icPtr[0],cPtr+icPtr[1]);
5154         }
5155     }
5156   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> diffRet2D=ret2D->getDifferentValues();
5157   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> o2nRet2D=diffRet2D->invertArrayN2O2O2N(coordsTmp2Safe->getNumberOfTuples());
5158   coordsTmp2Safe=coordsTmp2Safe->selectByTupleId(diffRet2D->begin(),diffRet2D->end());
5159   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> tmp=bary->selectByTupleIdSafe(ret->begin(),ret->end());
5160   std::vector<const DataArrayDouble *> v(3); v[0]=coordsTmpSafe; v[1]=coordsTmp2Safe; v[2]=tmp;
5161   int *c=newConn->getPointer();
5162   const int *cI(newConnI->begin());
5163   for(const int *elt=ret1D->begin();elt!=ret1D->end();elt++)
5164     c[*elt]=o2nRet2D->getIJ(c[*elt],0)+offset;
5165   offset=coordsTmp2Safe->getNumberOfTuples();
5166   for(const int *elt=ret->begin();elt!=ret->end();elt++)
5167     c[cI[(*elt)+1]-1]+=offset;
5168   coords=DataArrayDouble::Aggregate(v); conn=newConn.retn(); connI=newConnI.retn();
5169   return ret.retn();
5170 }
5171
5172 /*!
5173  * Tessellates \a this 2D mesh by dividing not straight edges of quadratic faces,
5174  * so that the number of cells remains the same. Quadratic faces are converted to
5175  * polygons. This method works only for 2D meshes in
5176  * 2D space. If no cells are quadratic (INTERP_KERNEL::NORM_QUAD8,
5177  * INTERP_KERNEL::NORM_TRI6, INTERP_KERNEL::NORM_QPOLYG ), \a this mesh remains unchanged.
5178  * \warning This method can lead to a huge amount of nodes if \a eps is very low.
5179  *  \param [in] eps - specifies the maximal angle (in radians) between 2 sub-edges of
5180  *         a polylinized edge constituting the input polygon.
5181  *  \throw If the coordinates array is not set.
5182  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
5183  *  \throw If \a this->getMeshDimension() != 2.
5184  *  \throw If \a this->getSpaceDimension() != 2.
5185  */
5186 void MEDCouplingUMesh::tessellate2D(double eps)
5187 {
5188   checkFullyDefined();
5189   if(getMeshDimension()!=2 || getSpaceDimension()!=2)  
5190     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::tessellate2D works on umeshes with meshdim equal to 2 and spaceDim equal to 2 too!");
5191   double epsa=fabs(eps);
5192   if(epsa<std::numeric_limits<double>::min())
5193     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::tessellate2DCurve : epsilon is null ! Please specify a higher epsilon. If too tiny it can lead to a huge amount of nodes and memory !");
5194   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> desc1=DataArrayInt::New();
5195   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> descIndx1=DataArrayInt::New();
5196   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> revDesc1=DataArrayInt::New();
5197   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> revDescIndx1=DataArrayInt::New();
5198   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> mDesc=buildDescendingConnectivity2(desc1,descIndx1,revDesc1,revDescIndx1);
5199   revDesc1=0; revDescIndx1=0;
5200   mDesc->tessellate2DCurve(eps);
5201   subDivide2DMesh(mDesc->_nodal_connec->getConstPointer(),mDesc->_nodal_connec_index->getConstPointer(),desc1->getConstPointer(),descIndx1->getConstPointer());
5202   setCoords(mDesc->getCoords());
5203 }
5204
5205 /*!
5206  * Tessellates \a this 1D mesh in 2D space by dividing not straight quadratic edges.
5207  * \warning This method can lead to a huge amount of nodes if \a eps is very low.
5208  *  \param [in] eps - specifies the maximal angle (in radian) between 2 sub-edges of
5209  *         a sub-divided edge.
5210  *  \throw If the coordinates array is not set.
5211  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
5212  *  \throw If \a this->getMeshDimension() != 1.
5213  *  \throw If \a this->getSpaceDimension() != 2.
5214  */
5215 void MEDCouplingUMesh::tessellate2DCurve(double eps)
5216 {
5217   checkFullyDefined();
5218   if(getMeshDimension()!=1 || getSpaceDimension()!=2)
5219     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::tessellate2DCurve works on umeshes with meshdim equal to 1 and spaceDim equal to 2 too!");
5220   double epsa=fabs(eps);
5221   if(epsa<std::numeric_limits<double>::min())
5222     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::tessellate2DCurve : epsilon is null ! Please specify a higher epsilon. If too tiny it can lead to a huge amount of nodes and memory !");
5223   INTERP_KERNEL::QUADRATIC_PLANAR::_arc_detection_precision=1.e-10;
5224   int nbCells=getNumberOfCells();
5225   int nbNodes=getNumberOfNodes();
5226   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
5227   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
5228   const double *coords=_coords->getConstPointer();
5229   std::vector<double> addCoo;
5230   std::vector<int> newConn;//no direct DataArrayInt because interface with Geometric2D
5231   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConnI(DataArrayInt::New());
5232   newConnI->alloc(nbCells+1,1);
5233   int *newConnIPtr=newConnI->getPointer();
5234   *newConnIPtr=0;
5235   int tmp1[3];
5236   INTERP_KERNEL::Node *tmp2[3];
5237   std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> types;
5238   for(int i=0;i<nbCells;i++,newConnIPtr++)
5239     {
5240       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[connI[i]]);
5241       if(cm.isQuadratic())
5242         {//assert(connI[i+1]-connI[i]-1==3)
5243           tmp1[0]=conn[connI[i]+1+0]; tmp1[1]=conn[connI[i]+1+1]; tmp1[2]=conn[connI[i]+1+2];
5244           tmp2[0]=new INTERP_KERNEL::Node(coords[2*tmp1[0]],coords[2*tmp1[0]+1]);
5245           tmp2[1]=new INTERP_KERNEL::Node(coords[2*tmp1[1]],coords[2*tmp1[1]+1]);
5246           tmp2[2]=new INTERP_KERNEL::Node(coords[2*tmp1[2]],coords[2*tmp1[2]+1]);
5247           INTERP_KERNEL::EdgeArcCircle *eac=INTERP_KERNEL::EdgeArcCircle::BuildFromNodes(tmp2[0],tmp2[2],tmp2[1]);
5248           if(eac)
5249             {
5250               eac->tesselate(tmp1,nbNodes,epsa,newConn,addCoo);
5251               types.insert((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)newConn[newConnIPtr[0]]);
5252               delete eac;
5253               newConnIPtr[1]=(int)newConn.size();
5254             }
5255           else
5256             {
5257               types.insert(INTERP_KERNEL::NORM_SEG2);
5258               newConn.push_back(INTERP_KERNEL::NORM_SEG2);
5259               newConn.insert(newConn.end(),conn+connI[i]+1,conn+connI[i]+3);
5260               newConnIPtr[1]=newConnIPtr[0]+3;
5261             }
5262         }
5263       else
5264         {
5265           types.insert((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[connI[i]]);
5266           newConn.insert(newConn.end(),conn+connI[i],conn+connI[i+1]);
5267           newConnIPtr[1]=newConnIPtr[0]+3;
5268         }
5269     }
5270   if(addCoo.empty() && ((int)newConn.size())==_nodal_connec->getNumberOfTuples())//nothing happens during tessellation : no update needed
5271     return ;
5272   _types=types;
5273   DataArrayInt::SetArrayIn(newConnI,_nodal_connec_index);
5274   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConnArr=DataArrayInt::New();
5275   newConnArr->alloc((int)newConn.size(),1);
5276   std::copy(newConn.begin(),newConn.end(),newConnArr->getPointer());
5277   DataArrayInt::SetArrayIn(newConnArr,_nodal_connec);
5278   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> newCoords=DataArrayDouble::New();
5279   newCoords->alloc(nbNodes+((int)addCoo.size())/2,2);
5280   double *work=std::copy(_coords->begin(),_coords->end(),newCoords->getPointer());
5281   std::copy(addCoo.begin(),addCoo.end(),work);
5282   DataArrayDouble::SetArrayIn(newCoords,_coords);
5283   updateTime();
5284 }
5285
5286 /*!
5287  * Divides every cell of \a this mesh into simplices (triangles in 2D and tetrahedra in 3D).
5288  * In addition, returns an array mapping new cells to old ones. <br>
5289  * This method typically increases the number of cells in \a this mesh
5290  * but the number of nodes remains \b unchanged.
5291  * That's why the 3D splitting policies
5292  * INTERP_KERNEL::GENERAL_24 and INTERP_KERNEL::GENERAL_48 are not available here.
5293  *  \param [in] policy - specifies a pattern used for splitting.
5294  * The semantic of \a policy is:
5295  * - 0 - to split QUAD4 by cutting it along 0-2 diagonal (for 2D mesh only).
5296  * - 1 - to split QUAD4 by cutting it along 1-3 diagonal (for 2D mesh only).
5297  * - INTERP_KERNEL::PLANAR_FACE_5 - to split HEXA8  into 5 TETRA4 (for 3D mesh only).
5298  * - INTERP_KERNEL::PLANAR_FACE_6 - to split HEXA8  into 6 TETRA4 (for 3D mesh only).
5299  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding, for each new cell,
5300  *          an id of old cell producing it. The caller is to delete this array using
5301  *         decrRef() as it is no more needed. 
5302  *  \throw If \a policy is 0 or 1 and \a this->getMeshDimension() != 2.
5303  *  \throw If \a policy is INTERP_KERNEL::PLANAR_FACE_5 or INTERP_KERNEL::PLANAR_FACE_6
5304  *          and \a this->getMeshDimension() != 3. 
5305  *  \throw If \a policy is not one of the four discussed above.
5306  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
5307  * \sa MEDCouplingUMesh::tetrahedrize, MEDCoupling1SGTUMesh::sortHexa8EachOther
5308  */
5309 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::simplexize(int policy)
5310 {
5311   switch(policy)
5312     {
5313     case 0:
5314       return simplexizePol0();
5315     case 1:
5316       return simplexizePol1();
5317     case (int) INTERP_KERNEL::PLANAR_FACE_5:
5318       return simplexizePlanarFace5();
5319     case (int) INTERP_KERNEL::PLANAR_FACE_6:
5320       return simplexizePlanarFace6();
5321     default:
5322       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::simplexize : unrecognized policy ! Must be :\n  - 0 or 1 (only available for meshdim=2) \n  - PLANAR_FACE_5, PLANAR_FACE_6  (only for meshdim=3)");
5323     }
5324 }
5325
5326 /*!
5327  * Checks if \a this mesh is constituted by simplex cells only. Simplex cells are:
5328  * - 1D: INTERP_KERNEL::NORM_SEG2
5329  * - 2D: INTERP_KERNEL::NORM_TRI3
5330  * - 3D: INTERP_KERNEL::NORM_TETRA4.
5331  *
5332  * This method is useful for users that need to use P1 field services as
5333  * MEDCouplingFieldDouble::getValueOn(), MEDCouplingField::buildMeasureField() etc.
5334  * All these methods need mesh support containing only simplex cells.
5335  *  \return bool - \c true if there are only simplex cells in \a this mesh.
5336  *  \throw If the coordinates array is not set.
5337  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
5338  *  \throw If \a this->getMeshDimension() < 1.
5339  */
5340 bool MEDCouplingUMesh::areOnlySimplexCells() const
5341 {
5342   checkFullyDefined();
5343   int mdim=getMeshDimension();
5344   if(mdim<1 || mdim>3)
5345     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::areOnlySimplexCells : only available with meshes having a meshdim 1, 2 or 3 !");
5346   int nbCells=getNumberOfCells();
5347   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
5348   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
5349   for(int i=0;i<nbCells;i++)
5350     {
5351       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[connI[i]]);
5352       if(!cm.isSimplex())
5353         return false;
5354     }
5355   return true;
5356 }
5357
5358 /*!
5359  * This method implements policy 0 of virtual method ParaMEDMEM::MEDCouplingUMesh::simplexize.
5360  */
5361 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::simplexizePol0()
5362 {
5363   checkConnectivityFullyDefined();
5364   if(getMeshDimension()!=2)
5365     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::simplexizePol0 : this policy is only available for mesh with meshdim == 2 !");
5366   int nbOfCells=getNumberOfCells();
5367   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
5368   int nbOfCutCells=getNumberOfCellsWithType(INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4);
5369   ret->alloc(nbOfCells+nbOfCutCells,1);
5370   if(nbOfCutCells==0) { ret->iota(0); return ret.retn(); }
5371   int *retPt=ret->getPointer();
5372   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConn=DataArrayInt::New();
5373   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConnI=DataArrayInt::New();
5374   newConnI->alloc(nbOfCells+nbOfCutCells+1,1);
5375   newConn->alloc(getMeshLength()+3*nbOfCutCells,1);
5376   int *pt=newConn->getPointer();
5377   int *ptI=newConnI->getPointer();
5378   ptI[0]=0;
5379   const int *oldc=_nodal_connec->getConstPointer();
5380   const int *ci=_nodal_connec_index->getConstPointer();
5381   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,ci++)
5382     {
5383       if((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)oldc[ci[0]]==INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4)
5384         {
5385           const int tmp[8]={(int)INTERP_KERNEL::NORM_TRI3,oldc[ci[0]+1],oldc[ci[0]+2],oldc[ci[0]+3],
5386                             (int)INTERP_KERNEL::NORM_TRI3,oldc[ci[0]+1],oldc[ci[0]+3],oldc[ci[0]+4]};
5387           pt=std::copy(tmp,tmp+8,pt);
5388           ptI[1]=ptI[0]+4;
5389           ptI[2]=ptI[0]+8;
5390           *retPt++=i;
5391           *retPt++=i;
5392           ptI+=2;
5393         }
5394       else
5395         {
5396           pt=std::copy(oldc+ci[0],oldc+ci[1],pt);
5397           ptI[1]=ptI[0]+ci[1]-ci[0];
5398           ptI++;
5399           *retPt++=i;
5400         }
5401     }
5402   _nodal_connec->decrRef();
5403   _nodal_connec=newConn.retn();
5404   _nodal_connec_index->decrRef();
5405   _nodal_connec_index=newConnI.retn();
5406   computeTypes();
5407   updateTime();
5408   return ret.retn();
5409 }
5410
5411 /*!
5412  * This method implements policy 1 of virtual method ParaMEDMEM::MEDCouplingUMesh::simplexize.
5413  */
5414 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::simplexizePol1()
5415 {
5416   checkConnectivityFullyDefined();
5417   if(getMeshDimension()!=2)
5418     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::simplexizePol0 : this policy is only available for mesh with meshdim == 2 !");
5419   int nbOfCells=getNumberOfCells();
5420   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
5421   int nbOfCutCells=getNumberOfCellsWithType(INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4);
5422   ret->alloc(nbOfCells+nbOfCutCells,1);
5423   if(nbOfCutCells==0) { ret->iota(0); return ret.retn(); }
5424   int *retPt=ret->getPointer();
5425   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConn=DataArrayInt::New();
5426   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConnI=DataArrayInt::New();
5427   newConnI->alloc(nbOfCells+nbOfCutCells+1,1);
5428   newConn->alloc(getMeshLength()+3*nbOfCutCells,1);
5429   int *pt=newConn->getPointer();
5430   int *ptI=newConnI->getPointer();
5431   ptI[0]=0;
5432   const int *oldc=_nodal_connec->getConstPointer();
5433   const int *ci=_nodal_connec_index->getConstPointer();
5434   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,ci++)
5435     {
5436       if((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)oldc[ci[0]]==INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4)
5437         {
5438           const int tmp[8]={(int)INTERP_KERNEL::NORM_TRI3,oldc[ci[0]+1],oldc[ci[0]+2],oldc[ci[0]+4],
5439                             (int)INTERP_KERNEL::NORM_TRI3,oldc[ci[0]+2],oldc[ci[0]+3],oldc[ci[0]+4]};
5440           pt=std::copy(tmp,tmp+8,pt);
5441           ptI[1]=ptI[0]+4;
5442           ptI[2]=ptI[0]+8;
5443           *retPt++=i;
5444           *retPt++=i;
5445           ptI+=2;
5446         }
5447       else
5448         {
5449           pt=std::copy(oldc+ci[0],oldc+ci[1],pt);
5450           ptI[1]=ptI[0]+ci[1]-ci[0];
5451           ptI++;
5452           *retPt++=i;
5453         }
5454     }
5455   _nodal_connec->decrRef();
5456   _nodal_connec=newConn.retn();
5457   _nodal_connec_index->decrRef();
5458   _nodal_connec_index=newConnI.retn();
5459   computeTypes();
5460   updateTime();
5461   return ret.retn();
5462 }
5463
5464 /*!
5465  * This method implements policy INTERP_KERNEL::PLANAR_FACE_5 of virtual method ParaMEDMEM::MEDCouplingUMesh::simplexize.
5466  */
5467 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::simplexizePlanarFace5()
5468 {
5469   checkConnectivityFullyDefined();
5470   if(getMeshDimension()!=3)
5471     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::simplexizePlanarFace5 : this policy is only available for mesh with meshdim == 3 !");
5472   int nbOfCells=getNumberOfCells();
5473   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
5474   int nbOfCutCells=getNumberOfCellsWithType(INTERP_KERNEL::NORM_HEXA8);
5475   ret->alloc(nbOfCells+4*nbOfCutCells,1);
5476   if(nbOfCutCells==0) { ret->iota(0); return ret.retn(); }
5477   int *retPt=ret->getPointer();
5478   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConn=DataArrayInt::New();
5479   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConnI=DataArrayInt::New();
5480   newConnI->alloc(nbOfCells+4*nbOfCutCells+1,1);
5481   newConn->alloc(getMeshLength()+16*nbOfCutCells,1);//21
5482   int *pt=newConn->getPointer();
5483   int *ptI=newConnI->getPointer();
5484   ptI[0]=0;
5485   const int *oldc=_nodal_connec->getConstPointer();
5486   const int *ci=_nodal_connec_index->getConstPointer();
5487   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,ci++)
5488     {
5489       if((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)oldc[ci[0]]==INTERP_KERNEL::NORM_HEXA8)
5490         {
5491           for(int j=0;j<5;j++,pt+=5,ptI++)
5492             {
5493               pt[0]=(int)INTERP_KERNEL::NORM_TETRA4;
5494               pt[1]=oldc[ci[0]+INTERP_KERNEL::SPLIT_NODES_5_WO[4*j+0]+1]; pt[2]=oldc[ci[0]+INTERP_KERNEL::SPLIT_NODES_5_WO[4*j+1]+1]; pt[3]=oldc[ci[0]+INTERP_KERNEL::SPLIT_NODES_5_WO[4*j+2]+1]; pt[4]=oldc[ci[0]+INTERP_KERNEL::SPLIT_NODES_5_WO[4*j+3]+1];
5495               *retPt++=i;
5496               ptI[1]=ptI[0]+5;
5497             }
5498         }
5499       else
5500         {
5501           pt=std::copy(oldc+ci[0],oldc+ci[1],pt);
5502           ptI[1]=ptI[0]+ci[1]-ci[0];
5503           ptI++;
5504           *retPt++=i;
5505         }
5506     }
5507   _nodal_connec->decrRef();
5508   _nodal_connec=newConn.retn();
5509   _nodal_connec_index->decrRef();
5510   _nodal_connec_index=newConnI.retn();
5511   computeTypes();
5512   updateTime();
5513   return ret.retn();
5514 }
5515
5516 /*!
5517  * This method implements policy INTERP_KERNEL::PLANAR_FACE_6 of virtual method ParaMEDMEM::MEDCouplingUMesh::simplexize.
5518  */
5519 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::simplexizePlanarFace6()
5520 {
5521   checkConnectivityFullyDefined();
5522   if(getMeshDimension()!=3)
5523     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::simplexizePlanarFace6 : this policy is only available for mesh with meshdim == 3 !");
5524   int nbOfCells=getNumberOfCells();
5525   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
5526   int nbOfCutCells=getNumberOfCellsWithType(INTERP_KERNEL::NORM_HEXA8);
5527   ret->alloc(nbOfCells+5*nbOfCutCells,1);
5528   if(nbOfCutCells==0) { ret->iota(0); return ret.retn(); }
5529   int *retPt=ret->getPointer();
5530   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConn=DataArrayInt::New();
5531   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConnI=DataArrayInt::New();
5532   newConnI->alloc(nbOfCells+5*nbOfCutCells+1,1);
5533   newConn->alloc(getMeshLength()+21*nbOfCutCells,1);
5534   int *pt=newConn->getPointer();
5535   int *ptI=newConnI->getPointer();
5536   ptI[0]=0;
5537   const int *oldc=_nodal_connec->getConstPointer();
5538   const int *ci=_nodal_connec_index->getConstPointer();
5539   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,ci++)
5540     {
5541       if((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)oldc[ci[0]]==INTERP_KERNEL::NORM_HEXA8)
5542         {
5543           for(int j=0;j<6;j++,pt+=5,ptI++)
5544             {
5545               pt[0]=(int)INTERP_KERNEL::NORM_TETRA4;
5546               pt[1]=oldc[ci[0]+INTERP_KERNEL::SPLIT_NODES_6_WO[4*j+0]+1]; pt[2]=oldc[ci[0]+INTERP_KERNEL::SPLIT_NODES_6_WO[4*j+1]+1]; pt[3]=oldc[ci[0]+INTERP_KERNEL::SPLIT_NODES_6_WO[4*j+2]+1]; pt[4]=oldc[ci[0]+INTERP_KERNEL::SPLIT_NODES_6_WO[4*j+3]+1];
5547               *retPt++=i;
5548               ptI[1]=ptI[0]+5;
5549             }
5550         }
5551       else
5552         {
5553           pt=std::copy(oldc+ci[0],oldc+ci[1],pt);
5554           ptI[1]=ptI[0]+ci[1]-ci[0];
5555           ptI++;
5556           *retPt++=i;
5557         }
5558     }
5559   _nodal_connec->decrRef();
5560   _nodal_connec=newConn.retn();
5561   _nodal_connec_index->decrRef();
5562   _nodal_connec_index=newConnI.retn();
5563   computeTypes();
5564   updateTime();
5565   return ret.retn();
5566 }
5567
5568 /*!
5569  * This private method is used to subdivide edges of a mesh with meshdim==2. If \a this has no a meshdim equal to 2 an exception will be thrown.
5570  * This method completly ignore coordinates.
5571  * \param nodeSubdived is the nodal connectivity of subdivision of edges
5572  * \param nodeIndxSubdived is the nodal connectivity index of subdivision of edges
5573  * \param desc is descending connectivity in format specified in MEDCouplingUMesh::buildDescendingConnectivity2
5574  * \param descIndex is descending connectivity index in format specified in MEDCouplingUMesh::buildDescendingConnectivity2
5575  */
5576 void MEDCouplingUMesh::subDivide2DMesh(const int *nodeSubdived, const int *nodeIndxSubdived, const int *desc, const int *descIndex)
5577 {
5578   checkFullyDefined();
5579   if(getMeshDimension()!=2)
5580     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::subDivide2DMesh : works only on umesh with meshdim==2 !");
5581   int nbOfCells=getNumberOfCells();
5582   int *connI=_nodal_connec_index->getPointer();
5583   int newConnLgth=0;
5584   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,connI++)
5585     {
5586       int offset=descIndex[i];
5587       int nbOfEdges=descIndex[i+1]-offset;
5588       //
5589       bool ddirect=desc[offset+nbOfEdges-1]>0;
5590       int eedgeId=std::abs(desc[offset+nbOfEdges-1])-1;
5591       int ref=ddirect?nodeSubdived[nodeIndxSubdived[eedgeId+1]-1]:nodeSubdived[nodeIndxSubdived[eedgeId]+1];
5592       for(int j=0;j<nbOfEdges;j++)
5593         {
5594           bool direct=desc[offset+j]>0;
5595           int edgeId=std::abs(desc[offset+j])-1;
5596           if(!INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)nodeSubdived[nodeIndxSubdived[edgeId]]).isQuadratic())
5597             {
5598               int id1=nodeSubdived[nodeIndxSubdived[edgeId]+1];
5599               int id2=nodeSubdived[nodeIndxSubdived[edgeId+1]-1];
5600               int ref2=direct?id1:id2;
5601               if(ref==ref2)
5602                 {
5603                   int nbOfSubNodes=nodeIndxSubdived[edgeId+1]-nodeIndxSubdived[edgeId]-1;
5604                   newConnLgth+=nbOfSubNodes-1;
5605                   ref=direct?id2:id1;
5606                 }
5607               else
5608                 {
5609                   std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::subDivide2DMesh : On polygon #" << i << " edgeid #" << j << " subedges mismatch : end subedge k!=start subedge k+1 !";
5610                   throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
5611                 }
5612             }
5613           else
5614             {
5615               throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::subDivide2DMesh : this method only subdivides into linear edges !");
5616             }
5617         }
5618       newConnLgth++;//+1 is for cell type
5619       connI[1]=newConnLgth;
5620     }
5621   //
5622   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConn=DataArrayInt::New();
5623   newConn->alloc(newConnLgth,1);
5624   int *work=newConn->getPointer();
5625   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
5626     {
5627       *work++=INTERP_KERNEL::NORM_POLYGON;
5628       int offset=descIndex[i];
5629       int nbOfEdges=descIndex[i+1]-offset;
5630       for(int j=0;j<nbOfEdges;j++)
5631         {
5632           bool direct=desc[offset+j]>0;
5633           int edgeId=std::abs(desc[offset+j])-1;
5634           if(direct)
5635             work=std::copy(nodeSubdived+nodeIndxSubdived[edgeId]+1,nodeSubdived+nodeIndxSubdived[edgeId+1]-1,work);
5636           else
5637             {
5638               int nbOfSubNodes=nodeIndxSubdived[edgeId+1]-nodeIndxSubdived[edgeId]-1;
5639               std::reverse_iterator<const int *> it(nodeSubdived+nodeIndxSubdived[edgeId+1]);
5640               work=std::copy(it,it+nbOfSubNodes-1,work);
5641             }
5642         }
5643     }
5644   DataArrayInt::SetArrayIn(newConn,_nodal_connec);
5645   _types.clear();
5646   if(nbOfCells>0)
5647     _types.insert(INTERP_KERNEL::NORM_POLYGON);
5648 }
5649
5650 /*!
5651  * Converts degenerated 2D or 3D linear cells of \a this mesh into cells of simpler
5652  * type. For example an INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4 cell having only three unique nodes in
5653  * its connectivity is transformed into an INTERP_KERNEL::NORM_TRI3 cell. This method
5654  * does \b not perform geometrical checks and checks only nodal connectivity of cells,
5655  * so it can be useful to call mergeNodes() before calling this method.
5656  *  \throw If \a this->getMeshDimension() <= 1.
5657  *  \throw If the coordinates array is not set.
5658  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
5659  */
5660 void MEDCouplingUMesh::convertDegeneratedCells()
5661 {
5662   checkFullyDefined();
5663   if(getMeshDimension()<=1)
5664     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::convertDegeneratedCells works on umeshes with meshdim equals to 2 or 3 !");
5665   int nbOfCells=getNumberOfCells();
5666   if(nbOfCells<1)
5667     return ;
5668   int initMeshLgth=getMeshLength();
5669   int *conn=_nodal_connec->getPointer();
5670   int *index=_nodal_connec_index->getPointer();
5671   int posOfCurCell=0;
5672   int newPos=0;
5673   int lgthOfCurCell;
5674   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
5675     {
5676       lgthOfCurCell=index[i+1]-posOfCurCell;
5677       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[posOfCurCell];
5678       int newLgth;
5679       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType newType=INTERP_KERNEL::CellSimplify::simplifyDegeneratedCell(type,conn+posOfCurCell+1,lgthOfCurCell-1,
5680                                                                                                      conn+newPos+1,newLgth);
5681       conn[newPos]=newType;
5682       newPos+=newLgth+1;
5683       posOfCurCell=index[i+1];
5684       index[i+1]=newPos;
5685     }
5686   if(newPos!=initMeshLgth)
5687     _nodal_connec->reAlloc(newPos);
5688   computeTypes();
5689 }
5690
5691 /*!
5692  * Finds incorrectly oriented cells of this 2D mesh in 3D space.
5693  * A cell is considered to be oriented correctly if an angle between its
5694  * normal vector and a given vector is less than \c PI / \c 2.
5695  *  \param [in] vec - 3 components of the vector specifying the correct orientation of
5696  *         cells. 
5697  *  \param [in] polyOnly - if \c true, only polygons are checked, else, all cells are
5698  *         checked.
5699  *  \param [in,out] cells - a vector returning ids of incorrectly oriented cells. It
5700  *         is not cleared before filling in.
5701  *  \throw If \a this->getMeshDimension() != 2.
5702  *  \throw If \a this->getSpaceDimension() != 3.
5703  *
5704  *  \ref cpp_mcumesh_are2DCellsNotCorrectlyOriented "Here is a C++ example".<br>
5705  *  \ref  py_mcumesh_are2DCellsNotCorrectlyOriented "Here is a Python example".
5706  */
5707 void MEDCouplingUMesh::are2DCellsNotCorrectlyOriented(const double *vec, bool polyOnly, std::vector<int>& cells) const
5708 {
5709   if(getMeshDimension()!=2 || getSpaceDimension()!=3)
5710     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh to apply are2DCellsNotCorrectlyOriented on it : must be meshDim==2 and spaceDim==3 !");
5711   int nbOfCells=getNumberOfCells();
5712   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
5713   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
5714   const double *coordsPtr=_coords->getConstPointer();
5715   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
5716     {
5717       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[connI[i]];
5718       if(!polyOnly || (type==INTERP_KERNEL::NORM_POLYGON || type==INTERP_KERNEL::NORM_QPOLYG))
5719         {
5720           bool isQuadratic=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(type).isQuadratic();
5721           if(!IsPolygonWellOriented(isQuadratic,vec,conn+connI[i]+1,conn+connI[i+1],coordsPtr))
5722             cells.push_back(i);
5723         }
5724     }
5725 }
5726
5727 /*!
5728  * Reverse connectivity of 2D cells whose orientation is not correct. A cell is
5729  * considered to be oriented correctly if an angle between its normal vector and a
5730  * given vector is less than \c PI / \c 2. 
5731  *  \param [in] vec - 3 components of the vector specifying the correct orientation of
5732  *         cells. 
5733  *  \param [in] polyOnly - if \c true, only polygons are checked, else, all cells are
5734  *         checked.
5735  *  \throw If \a this->getMeshDimension() != 2.
5736  *  \throw If \a this->getSpaceDimension() != 3.
5737  *
5738  *  \ref cpp_mcumesh_are2DCellsNotCorrectlyOriented "Here is a C++ example".<br>
5739  *  \ref  py_mcumesh_are2DCellsNotCorrectlyOriented "Here is a Python example".
5740  */
5741 void MEDCouplingUMesh::orientCorrectly2DCells(const double *vec, bool polyOnly)
5742 {
5743   if(getMeshDimension()!=2 || getSpaceDimension()!=3)
5744     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh to apply orientCorrectly2DCells on it : must be meshDim==2 and spaceDim==3 !");
5745   int nbOfCells=getNumberOfCells();
5746   int *conn=_nodal_connec->getPointer();
5747   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
5748   const double *coordsPtr=_coords->getConstPointer();
5749   bool isModified=false;
5750   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
5751     {
5752       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[connI[i]];
5753       if(!polyOnly || (type==INTERP_KERNEL::NORM_POLYGON || type==INTERP_KERNEL::NORM_QPOLYG))
5754         {
5755           bool isQuadratic(INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(type).isQuadratic());
5756           if(!IsPolygonWellOriented(isQuadratic,vec,conn+connI[i]+1,conn+connI[i+1],coordsPtr))
5757             {
5758               isModified=true;
5759               if(!isQuadratic)
5760                 {
5761                   std::vector<int> tmp(connI[i+1]-connI[i]-2);
5762                   std::copy(conn+connI[i]+2,conn+connI[i+1],tmp.rbegin());
5763                   std::copy(tmp.begin(),tmp.end(),conn+connI[i]+2);
5764                 }
5765               else
5766                 {
5767                   int sz(((int)(connI[i+1]-connI[i]-1))/2);
5768                   std::vector<int> tmp0(sz-1),tmp1(sz);
5769                   std::copy(conn+connI[i]+2,conn+connI[i]+1+sz,tmp0.rbegin());
5770                   std::copy(conn+connI[i]+1+sz,conn+connI[i+1],tmp1.rbegin());
5771                   std::copy(tmp0.begin(),tmp0.end(),conn+connI[i]+2);
5772                   std::copy(tmp1.begin(),tmp1.end(),conn+connI[i]+1+sz);
5773                 }
5774             }
5775         }
5776     }
5777   if(isModified)
5778     _nodal_connec->declareAsNew();
5779   updateTime();
5780 }
5781
5782 /*!
5783  * Finds incorrectly oriented polyhedral cells, i.e. polyhedrons having correctly
5784  * oriented facets. The normal vector of the facet should point out of the cell.
5785  *  \param [in,out] cells - a vector returning ids of incorrectly oriented cells. It
5786  *         is not cleared before filling in.
5787  *  \throw If \a this->getMeshDimension() != 3.
5788  *  \throw If \a this->getSpaceDimension() != 3.
5789  *  \throw If the coordinates array is not set.
5790  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
5791  *
5792  *  \ref cpp_mcumesh_arePolyhedronsNotCorrectlyOriented "Here is a C++ example".<br>
5793  *  \ref  py_mcumesh_arePolyhedronsNotCorrectlyOriented "Here is a Python example".
5794  */
5795 void MEDCouplingUMesh::arePolyhedronsNotCorrectlyOriented(std::vector<int>& cells) const
5796 {
5797   if(getMeshDimension()!=3 || getSpaceDimension()!=3)
5798     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh to apply arePolyhedronsNotCorrectlyOriented on it : must be meshDim==3 and spaceDim==3 !");
5799   int nbOfCells=getNumberOfCells();
5800   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
5801   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
5802   const double *coordsPtr=_coords->getConstPointer();
5803   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
5804     {
5805       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[connI[i]];
5806       if(type==INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED)
5807         {
5808           if(!IsPolyhedronWellOriented(conn+connI[i]+1,conn+connI[i+1],coordsPtr))
5809             cells.push_back(i);
5810         }
5811     }
5812 }
5813
5814 /*!
5815  * Tries to fix connectivity of polyhedra, so that normal vector of all facets to point
5816  * out of the cell. 
5817  *  \throw If \a this->getMeshDimension() != 3.
5818  *  \throw If \a this->getSpaceDimension() != 3.
5819  *  \throw If the coordinates array is not set.
5820  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
5821  *  \throw If the reparation fails.
5822  *
5823  *  \ref cpp_mcumesh_arePolyhedronsNotCorrectlyOriented "Here is a C++ example".<br>
5824  *  \ref  py_mcumesh_arePolyhedronsNotCorrectlyOriented "Here is a Python example".
5825  * \sa MEDCouplingUMesh::findAndCorrectBadOriented3DCells
5826  */
5827 void MEDCouplingUMesh::orientCorrectlyPolyhedrons()
5828 {
5829   if(getMeshDimension()!=3 || getSpaceDimension()!=3)
5830     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh to apply orientCorrectlyPolyhedrons on it : must be meshDim==3 and spaceDim==3 !");
5831   int nbOfCells=getNumberOfCells();
5832   int *conn=_nodal_connec->getPointer();
5833   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
5834   const double *coordsPtr=_coords->getConstPointer();
5835   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
5836     {
5837       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[connI[i]];
5838       if(type==INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED)
5839         {
5840           try
5841             {
5842               if(!IsPolyhedronWellOriented(conn+connI[i]+1,conn+connI[i+1],coordsPtr))
5843                 TryToCorrectPolyhedronOrientation(conn+connI[i]+1,conn+connI[i+1],coordsPtr);
5844             }
5845           catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
5846             {
5847               std::ostringstream oss; oss << "Something wrong in polyhedron #" << i << " : " << e.what();
5848               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
5849             }
5850         }
5851     }
5852   updateTime();
5853 }
5854
5855 /*!
5856  * Finds and fixes incorrectly oriented linear extruded volumes (INTERP_KERNEL::NORM_HEXA8,
5857  * INTERP_KERNEL::NORM_PENTA6, INTERP_KERNEL::NORM_HEXGP12 etc) to respect the MED convention
5858  * according to which the first facet of the cell should be oriented to have the normal vector
5859  * pointing out of cell.
5860  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding ids of fixed
5861  *         cells. The caller is to delete this array using decrRef() as it is no more
5862  *         needed. 
5863  *  \throw If \a this->getMeshDimension() != 3.
5864  *  \throw If \a this->getSpaceDimension() != 3.
5865  *  \throw If the coordinates array is not set.
5866  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
5867  *
5868  *  \ref cpp_mcumesh_findAndCorrectBadOriented3DExtrudedCells "Here is a C++ example".<br>
5869  *  \ref  py_mcumesh_findAndCorrectBadOriented3DExtrudedCells "Here is a Python example".
5870  * \sa MEDCouplingUMesh::findAndCorrectBadOriented3DCells
5871  */
5872 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::findAndCorrectBadOriented3DExtrudedCells()
5873 {
5874   const char msg[]="check3DCellsWellOriented detection works only for 3D cells !";
5875   if(getMeshDimension()!=3)
5876     throw INTERP_KERNEL::Exception(msg);
5877   int spaceDim=getSpaceDimension();
5878   if(spaceDim!=3)
5879     throw INTERP_KERNEL::Exception(msg);
5880   //
5881   int nbOfCells=getNumberOfCells();
5882   int *conn=_nodal_connec->getPointer();
5883   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
5884   const double *coo=getCoords()->getConstPointer();
5885   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cells(DataArrayInt::New()); cells->alloc(0,1);
5886   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
5887     {
5888       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[connI[i]]);
5889       if(cm.isExtruded() && !cm.isDynamic() && !cm.isQuadratic())
5890         {
5891           if(!Is3DExtrudedStaticCellWellOriented(conn+connI[i]+1,conn+connI[i+1],coo))
5892             {
5893               CorrectExtrudedStaticCell(conn+connI[i]+1,conn+connI[i+1]);
5894               cells->pushBackSilent(i);
5895             }
5896         }
5897     }
5898   return cells.retn();
5899 }
5900
5901 /*!
5902  * This method is a faster method to correct orientation of all 3D cells in \a this.
5903  * This method works only if \a this is a 3D mesh, that is to say a mesh with mesh dimension 3 and a space dimension 3.
5904  * This method makes the hypothesis that \a this a coherent that is to say MEDCouplingUMesh::checkCoherency2 should throw no exception.
5905  * 
5906  * \ret a newly allocated int array with one components containing cell ids renumbered to fit the convention of MED (MED file and MEDCoupling)
5907  * \sa MEDCouplingUMesh::orientCorrectlyPolyhedrons, 
5908  */
5909 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::findAndCorrectBadOriented3DCells()
5910 {
5911   if(getMeshDimension()!=3 || getSpaceDimension()!=3)
5912     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh to apply findAndCorrectBadOriented3DCells on it : must be meshDim==3 and spaceDim==3 !");
5913   int nbOfCells=getNumberOfCells();
5914   int *conn=_nodal_connec->getPointer();
5915   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
5916   const double *coordsPtr=_coords->getConstPointer();
5917   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New(); ret->alloc(0,1);
5918   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
5919     {
5920       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[connI[i]];
5921       switch(type)
5922         {
5923         case INTERP_KERNEL::NORM_TETRA4:
5924           {
5925             if(!IsTetra4WellOriented(conn+connI[i]+1,conn+connI[i+1],coordsPtr))
5926               {
5927                 std::swap(*(conn+connI[i]+2),*(conn+connI[i]+3));
5928                 ret->pushBackSilent(i);
5929               }
5930             break;
5931           }
5932         case INTERP_KERNEL::NORM_PYRA5:
5933           {
5934             if(!IsPyra5WellOriented(conn+connI[i]+1,conn+connI[i+1],coordsPtr))
5935               {
5936                 std::swap(*(conn+connI[i]+2),*(conn+connI[i]+4));
5937                 ret->pushBackSilent(i);
5938               }
5939             break;
5940           }
5941         case INTERP_KERNEL::NORM_PENTA6:
5942         case INTERP_KERNEL::NORM_HEXA8:
5943         case INTERP_KERNEL::NORM_HEXGP12:
5944           {
5945             if(!Is3DExtrudedStaticCellWellOriented(conn+connI[i]+1,conn+connI[i+1],coordsPtr))
5946               {
5947                 CorrectExtrudedStaticCell(conn+connI[i]+1,conn+connI[i+1]);
5948                 ret->pushBackSilent(i);
5949               }
5950             break;
5951           }
5952         case INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED:
5953           {
5954             if(!IsPolyhedronWellOriented(conn+connI[i]+1,conn+connI[i+1],coordsPtr))
5955               {
5956                 TryToCorrectPolyhedronOrientation(conn+connI[i]+1,conn+connI[i+1],coordsPtr);
5957                 ret->pushBackSilent(i);
5958               }
5959             break;
5960           }
5961         default:
5962           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::orientCorrectly3DCells : Your mesh contains type of cell not supported yet ! send mail to anthony.geay@cea.fr to add it !");
5963         }
5964     }
5965   updateTime();
5966   return ret.retn();
5967 }
5968
5969 /*!
5970  * This method has a sense for meshes with spaceDim==3 and meshDim==2.
5971  * If it is not the case an exception will be thrown.
5972  * This method is fast because the first cell of \a this is used to compute the plane.
5973  * \param vec output of size at least 3 used to store the normal vector (with norm equal to Area ) of searched plane.
5974  * \param pos output of size at least 3 used to store a point owned of searched plane.
5975  */
5976 void MEDCouplingUMesh::getFastAveragePlaneOfThis(double *vec, double *pos) const
5977 {
5978   if(getMeshDimension()!=2 || getSpaceDimension()!=3)
5979     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh to apply getFastAveragePlaneOfThis on it : must be meshDim==2 and spaceDim==3 !");
5980   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
5981   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
5982   const double *coordsPtr=_coords->getConstPointer();
5983   INTERP_KERNEL::areaVectorOfPolygon<int,INTERP_KERNEL::ALL_C_MODE>(conn+1,connI[1]-connI[0]-1,coordsPtr,vec);
5984   std::copy(coordsPtr+3*conn[1],coordsPtr+3*conn[1]+3,pos);
5985 }
5986
5987 /*!
5988  * Creates a new MEDCouplingFieldDouble holding Edge Ratio values of all
5989  * cells. Currently cells of the following types are treated:
5990  * INTERP_KERNEL::NORM_TRI3, INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4 and INTERP_KERNEL::NORM_TETRA4.
5991  * For a cell of other type an exception is thrown.
5992  * Space dimension of a 2D mesh can be either 2 or 3.
5993  * The Edge Ratio of a cell \f$t\f$ is: 
5994  *  \f$\frac{|t|_\infty}{|t|_0}\f$,
5995  *  where \f$|t|_\infty\f$ and \f$|t|_0\f$ respectively denote the greatest and
5996  *  the smallest edge lengths of \f$t\f$.
5997  *  \return MEDCouplingFieldDouble * - a new instance of MEDCouplingFieldDouble on
5998  *          cells and one time, lying on \a this mesh. The caller is to delete this
5999  *          field using decrRef() as it is no more needed. 
6000  *  \throw If the coordinates array is not set.
6001  *  \throw If \a this mesh contains elements of dimension different from the mesh dimension.
6002  *  \throw If the connectivity data array has more than one component.
6003  *  \throw If the connectivity data array has a named component.
6004  *  \throw If the connectivity index data array has more than one component.
6005  *  \throw If the connectivity index data array has a named component.
6006  *  \throw If \a this->getMeshDimension() is neither 2 nor 3.
6007  *  \throw If \a this->getSpaceDimension() is neither 2 nor 3.
6008  *  \throw If \a this mesh includes cells of type different from the ones enumerated above.
6009  */
6010 MEDCouplingFieldDouble *MEDCouplingUMesh::getEdgeRatioField() const
6011 {
6012   checkCoherency();
6013   int spaceDim=getSpaceDimension();
6014   int meshDim=getMeshDimension();
6015   if(spaceDim!=2 && spaceDim!=3)
6016     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::getEdgeRatioField : SpaceDimension must be equal to 2 or 3 !");
6017   if(meshDim!=2 && meshDim!=3)
6018     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::getEdgeRatioField : MeshDimension must be equal to 2 or 3 !");
6019   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingFieldDouble> ret=MEDCouplingFieldDouble::New(ON_CELLS,ONE_TIME);
6020   ret->setMesh(this);
6021   int nbOfCells=getNumberOfCells();
6022   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> arr=DataArrayDouble::New();
6023   arr->alloc(nbOfCells,1);
6024   double *pt=arr->getPointer();
6025   ret->setArray(arr);//In case of throw to avoid mem leaks arr will be used after decrRef.
6026   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
6027   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
6028   const double *coo=_coords->getConstPointer();
6029   double tmp[12];
6030   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,pt++)
6031     {
6032       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType t=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)*conn;
6033       switch(t)
6034         {
6035           case INTERP_KERNEL::NORM_TRI3:
6036             {
6037               FillInCompact3DMode(spaceDim,3,conn+1,coo,tmp);
6038               *pt=INTERP_KERNEL::triEdgeRatio(tmp);
6039               break;
6040             }
6041           case INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4:
6042             {
6043               FillInCompact3DMode(spaceDim,4,conn+1,coo,tmp);
6044               *pt=INTERP_KERNEL::quadEdgeRatio(tmp);
6045               break;
6046             }
6047           case INTERP_KERNEL::NORM_TETRA4:
6048             {
6049               FillInCompact3DMode(spaceDim,4,conn+1,coo,tmp);
6050               *pt=INTERP_KERNEL::tetraEdgeRatio(tmp);
6051               break;
6052             }
6053         default:
6054           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::getEdgeRatioField : A cell with not manged type (NORM_TRI3, NORM_QUAD4 and NORM_TETRA4) has been detected !");
6055         }
6056       conn+=connI[i+1]-connI[i];
6057     }
6058   ret->setName("EdgeRatio");
6059   ret->synchronizeTimeWithSupport();
6060   return ret.retn();
6061 }
6062
6063 /*!
6064  * Creates a new MEDCouplingFieldDouble holding Aspect Ratio values of all
6065  * cells. Currently cells of the following types are treated:
6066  * INTERP_KERNEL::NORM_TRI3, INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4 and INTERP_KERNEL::NORM_TETRA4.
6067  * For a cell of other type an exception is thrown.
6068  * Space dimension of a 2D mesh can be either 2 or 3.
6069  *  \return MEDCouplingFieldDouble * - a new instance of MEDCouplingFieldDouble on
6070  *          cells and one time, lying on \a this mesh. The caller is to delete this
6071  *          field using decrRef() as it is no more needed. 
6072  *  \throw If the coordinates array is not set.
6073  *  \throw If \a this mesh contains elements of dimension different from the mesh dimension.
6074  *  \throw If the connectivity data array has more than one component.
6075  *  \throw If the connectivity data array has a named component.
6076  *  \throw If the connectivity index data array has more than one component.
6077  *  \throw If the connectivity index data array has a named component.
6078  *  \throw If \a this->getMeshDimension() is neither 2 nor 3.
6079  *  \throw If \a this->getSpaceDimension() is neither 2 nor 3.
6080  *  \throw If \a this mesh includes cells of type different from the ones enumerated above.
6081  */
6082 MEDCouplingFieldDouble *MEDCouplingUMesh::getAspectRatioField() const
6083 {
6084   checkCoherency();
6085   int spaceDim=getSpaceDimension();
6086   int meshDim=getMeshDimension();
6087   if(spaceDim!=2 && spaceDim!=3)
6088     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::getAspectRatioField : SpaceDimension must be equal to 2 or 3 !");
6089   if(meshDim!=2 && meshDim!=3)
6090     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::getAspectRatioField : MeshDimension must be equal to 2 or 3 !");
6091   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingFieldDouble> ret=MEDCouplingFieldDouble::New(ON_CELLS,ONE_TIME);
6092   ret->setMesh(this);
6093   int nbOfCells=getNumberOfCells();
6094   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> arr=DataArrayDouble::New();
6095   arr->alloc(nbOfCells,1);
6096   double *pt=arr->getPointer();
6097   ret->setArray(arr);//In case of throw to avoid mem leaks arr will be used after decrRef.
6098   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
6099   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
6100   const double *coo=_coords->getConstPointer();
6101   double tmp[12];
6102   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,pt++)
6103     {
6104       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType t=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)*conn;
6105       switch(t)
6106         {
6107           case INTERP_KERNEL::NORM_TRI3:
6108             {
6109               FillInCompact3DMode(spaceDim,3,conn+1,coo,tmp);
6110               *pt=INTERP_KERNEL::triAspectRatio(tmp);
6111               break;
6112             }
6113           case INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4:
6114             {
6115               FillInCompact3DMode(spaceDim,4,conn+1,coo,tmp);
6116               *pt=INTERP_KERNEL::quadAspectRatio(tmp);
6117               break;
6118             }
6119           case INTERP_KERNEL::NORM_TETRA4:
6120             {
6121               FillInCompact3DMode(spaceDim,4,conn+1,coo,tmp);
6122               *pt=INTERP_KERNEL::tetraAspectRatio(tmp);
6123               break;
6124             }
6125         default:
6126           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::getAspectRatioField : A cell with not manged type (NORM_TRI3, NORM_QUAD4 and NORM_TETRA4) has been detected !");
6127         }
6128       conn+=connI[i+1]-connI[i];
6129     }
6130   ret->setName("AspectRatio");
6131   ret->synchronizeTimeWithSupport();
6132   return ret.retn();
6133 }
6134
6135 /*!
6136  * Creates a new MEDCouplingFieldDouble holding Warping factor values of all
6137  * cells of \a this 2D mesh in 3D space. Currently cells of the following types are
6138  * treated: INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4.
6139  * For a cell of other type an exception is thrown.
6140  *  \return MEDCouplingFieldDouble * - a new instance of MEDCouplingFieldDouble on
6141  *          cells and one time, lying on \a this mesh. The caller is to delete this
6142  *          field using decrRef() as it is no more needed. 
6143  *  \throw If the coordinates array is not set.
6144  *  \throw If \a this mesh contains elements of dimension different from the mesh dimension.
6145  *  \throw If the connectivity data array has more than one component.
6146  *  \throw If the connectivity data array has a named component.
6147  *  \throw If the connectivity index data array has more than one component.
6148  *  \throw If the connectivity index data array has a named component.
6149  *  \throw If \a this->getMeshDimension() != 2.
6150  *  \throw If \a this->getSpaceDimension() != 3.
6151  *  \throw If \a this mesh includes cells of type different from the ones enumerated above.
6152  */
6153 MEDCouplingFieldDouble *MEDCouplingUMesh::getWarpField() const
6154 {
6155   checkCoherency();
6156   int spaceDim=getSpaceDimension();
6157   int meshDim=getMeshDimension();
6158   if(spaceDim!=3)
6159     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::getWarpField : SpaceDimension must be equal to 3 !");
6160   if(meshDim!=2)
6161     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::getWarpField : MeshDimension must be equal to 2 !");
6162   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingFieldDouble> ret=MEDCouplingFieldDouble::New(ON_CELLS,ONE_TIME);
6163   ret->setMesh(this);
6164   int nbOfCells=getNumberOfCells();
6165   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> arr=DataArrayDouble::New();
6166   arr->alloc(nbOfCells,1);
6167   double *pt=arr->getPointer();
6168   ret->setArray(arr);//In case of throw to avoid mem leaks arr will be used after decrRef.
6169   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
6170   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
6171   const double *coo=_coords->getConstPointer();
6172   double tmp[12];
6173   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,pt++)
6174     {
6175       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType t=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)*conn;
6176       switch(t)
6177         {
6178           case INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4:
6179             {
6180               FillInCompact3DMode(3,4,conn+1,coo,tmp);
6181               *pt=INTERP_KERNEL::quadWarp(tmp);
6182               break;
6183             }
6184         default:
6185           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::getWarpField : A cell with not manged type (NORM_QUAD4) has been detected !");
6186         }
6187       conn+=connI[i+1]-connI[i];
6188     }
6189   ret->setName("Warp");
6190   ret->synchronizeTimeWithSupport();
6191   return ret.retn();
6192 }
6193
6194
6195 /*!
6196  * Creates a new MEDCouplingFieldDouble holding Skew factor values of all
6197  * cells of \a this 2D mesh in 3D space. Currently cells of the following types are
6198  * treated: INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4.
6199  * For a cell of other type an exception is thrown.
6200  *  \return MEDCouplingFieldDouble * - a new instance of MEDCouplingFieldDouble on
6201  *          cells and one time, lying on \a this mesh. The caller is to delete this
6202  *          field using decrRef() as it is no more needed. 
6203  *  \throw If the coordinates array is not set.
6204  *  \throw If \a this mesh contains elements of dimension different from the mesh dimension.
6205  *  \throw If the connectivity data array has more than one component.
6206  *  \throw If the connectivity data array has a named component.
6207  *  \throw If the connectivity index data array has more than one component.
6208  *  \throw If the connectivity index data array has a named component.
6209  *  \throw If \a this->getMeshDimension() != 2.
6210  *  \throw If \a this->getSpaceDimension() != 3.
6211  *  \throw If \a this mesh includes cells of type different from the ones enumerated above.
6212  */
6213 MEDCouplingFieldDouble *MEDCouplingUMesh::getSkewField() const
6214 {
6215   checkCoherency();
6216   int spaceDim=getSpaceDimension();
6217   int meshDim=getMeshDimension();
6218   if(spaceDim!=3)
6219     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::getSkewField : SpaceDimension must be equal to 3 !");
6220   if(meshDim!=2)
6221     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::getSkewField : MeshDimension must be equal to 2 !");
6222   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingFieldDouble> ret=MEDCouplingFieldDouble::New(ON_CELLS,ONE_TIME);
6223   ret->setMesh(this);
6224   int nbOfCells=getNumberOfCells();
6225   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> arr=DataArrayDouble::New();
6226   arr->alloc(nbOfCells,1);
6227   double *pt=arr->getPointer();
6228   ret->setArray(arr);//In case of throw to avoid mem leaks arr will be used after decrRef.
6229   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
6230   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
6231   const double *coo=_coords->getConstPointer();
6232   double tmp[12];
6233   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,pt++)
6234     {
6235       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType t=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)*conn;
6236       switch(t)
6237         {
6238           case INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4:
6239             {
6240               FillInCompact3DMode(3,4,conn+1,coo,tmp);
6241               *pt=INTERP_KERNEL::quadSkew(tmp);
6242               break;
6243             }
6244         default:
6245           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::getSkewField : A cell with not manged type (NORM_QUAD4) has been detected !");
6246         }
6247       conn+=connI[i+1]-connI[i];
6248     }
6249   ret->setName("Skew");
6250   ret->synchronizeTimeWithSupport();
6251   return ret.retn();
6252 }
6253
6254 /*!
6255  * This method aggregate the bbox of each cell and put it into bbox parameter.
6256  * 
6257  * \param [in] arcDetEps - a parameter specifying in case of 2D quadratic polygon cell the detection limit between linear and arc circle. (By default 1e-12)
6258  *                         For all other cases this input parameter is ignored.
6259  * \return DataArrayDouble * - newly created object (to be managed by the caller) \a this number of cells tuples and 2*spacedim components.
6260  * 
6261  * \throw If \a this is not fully set (coordinates and connectivity).
6262  * \throw If a cell in \a this has no valid nodeId.
6263  * \sa MEDCouplingUMesh::getBoundingBoxForBBTreeFast, MEDCouplingUMesh::getBoundingBoxForBBTree2DQuadratic
6264  */
6265 DataArrayDouble *MEDCouplingUMesh::getBoundingBoxForBBTree(double arcDetEps) const
6266 {
6267   int mDim(getMeshDimension()),sDim(getSpaceDimension());
6268   if(mDim!=2 || sDim!=2)
6269     return getBoundingBoxForBBTreeFast();
6270   else
6271     {
6272       bool presenceOfQuadratic(false);
6273       for(std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>::const_iterator it=_types.begin();it!=_types.end();it++)
6274         {
6275           const INTERP_KERNEL::CellModel& cm(INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(*it));
6276           if(cm.isQuadratic())
6277             presenceOfQuadratic=true;
6278         }
6279       if(presenceOfQuadratic)
6280         return getBoundingBoxForBBTree2DQuadratic(arcDetEps);
6281       else
6282         return getBoundingBoxForBBTreeFast();
6283     }
6284 }
6285
6286 /*!
6287  * This method aggregate the bbox of each cell only considering the nodes constituting each cell and put it into bbox parameter.
6288  * So meshes having quadratic cells the computed bounding boxes can be invalid !
6289  * 
6290  * \return DataArrayDouble * - newly created object (to be managed by the caller) \a this number of cells tuples and 2*spacedim components.
6291  * 
6292  * \throw If \a this is not fully set (coordinates and connectivity).
6293  * \throw If a cell in \a this has no valid nodeId.
6294  */
6295 DataArrayDouble *MEDCouplingUMesh::getBoundingBoxForBBTreeFast() const
6296 {
6297   checkFullyDefined();
6298   int spaceDim(getSpaceDimension()),nbOfCells(getNumberOfCells()),nbOfNodes(getNumberOfNodes());
6299   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> ret(DataArrayDouble::New()); ret->alloc(nbOfCells,2*spaceDim);
6300   double *bbox(ret->getPointer());
6301   for(int i=0;i<nbOfCells*spaceDim;i++)
6302     {
6303       bbox[2*i]=std::numeric_limits<double>::max();
6304       bbox[2*i+1]=-std::numeric_limits<double>::max();
6305     }
6306   const double *coordsPtr(_coords->getConstPointer());
6307   const int *conn(_nodal_connec->getConstPointer()),*connI(_nodal_connec_index->getConstPointer());
6308   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
6309     {
6310       int offset=connI[i]+1;
6311       int nbOfNodesForCell(connI[i+1]-offset),kk(0);
6312       for(int j=0;j<nbOfNodesForCell;j++)
6313         {
6314           int nodeId=conn[offset+j];
6315           if(nodeId>=0 && nodeId<nbOfNodes)
6316             {
6317               for(int k=0;k<spaceDim;k++)
6318                 {
6319                   bbox[2*spaceDim*i+2*k]=std::min(bbox[2*spaceDim*i+2*k],coordsPtr[spaceDim*nodeId+k]);
6320                   bbox[2*spaceDim*i+2*k+1]=std::max(bbox[2*spaceDim*i+2*k+1],coordsPtr[spaceDim*nodeId+k]);
6321                 }
6322               kk++;
6323             }
6324         }
6325       if(kk==0)
6326         {
6327           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::getBoundingBoxForBBTree : cell #" << i << " contains no valid nodeId !";
6328           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6329         }
6330     }
6331   return ret.retn();
6332 }
6333
6334 /*!
6335  * This method aggregate the bbox regarding foreach 2D cell in \a this the whole shape. So this method is particulary useful for 2D meshes having quadratic cells
6336  * because for this type of cells getBoundingBoxForBBTreeFast method may return invalid bounding boxes.
6337  * 
6338  * \param [in] arcDetEps - a parameter specifying in case of 2D quadratic polygon cell the detection limit between linear and arc circle. (By default 1e-12)
6339  * \return DataArrayDouble * - newly created object (to be managed by the caller) \a this number of cells tuples and 2*spacedim components.
6340  * \throw If \a this is not fully defined.
6341  * \throw If \a this is not a mesh with meshDimension equal to 2.
6342  * \throw If \a this is not a mesh with spaceDimension equal to 2.
6343  */
6344 DataArrayDouble *MEDCouplingUMesh::getBoundingBoxForBBTree2DQuadratic(double arcDetEps) const
6345 {
6346   checkFullyDefined();
6347   int spaceDim(getSpaceDimension()),mDim(getMeshDimension()),nbOfCells(getNumberOfCells()),nbOfNodes(getNumberOfNodes());
6348   if(mDim!=2 || spaceDim!=2)
6349     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::getBoundingBoxForBBTree2DQuadratic : This method should be applied on mesh with mesh dimension equal to 2 and space dimension also equal to 2!");
6350   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> ret(DataArrayDouble::New()); ret->alloc(nbOfCells,2*spaceDim);
6351   double *bbox(ret->getPointer());
6352   const double *coords(_coords->getConstPointer());
6353   const int *conn(_nodal_connec->getConstPointer()),*connI(_nodal_connec_index->getConstPointer());
6354   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,bbox+=4,connI++)
6355     {
6356       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm(INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[*connI]));
6357       int sz(connI[1]-connI[0]-1);
6358       INTERP_KERNEL::QUADRATIC_PLANAR::_arc_detection_precision=1e-12;
6359       std::vector<INTERP_KERNEL::Node *> nodes(sz);
6360       INTERP_KERNEL::QuadraticPolygon *pol(0);
6361       for(int j=0;j<sz;j++)
6362         {
6363           int nodeId(conn[*connI+1+j]);
6364           nodes[j]=new INTERP_KERNEL::Node(coords[nodeId*2],coords[nodeId*2+1]);
6365         }
6366       if(!cm.isQuadratic())
6367         pol=INTERP_KERNEL::QuadraticPolygon::BuildLinearPolygon(nodes);
6368       else
6369         pol=INTERP_KERNEL::QuadraticPolygon::BuildArcCirclePolygon(nodes);
6370       INTERP_KERNEL::Bounds b; pol->fillBounds(b); delete pol;
6371       bbox[0]=b.getXMin(); bbox[1]=b.getXMax(); bbox[2]=b.getYMin(); bbox[3]=b.getYMax(); 
6372     }
6373   return ret.retn();
6374 }
6375
6376 /// @cond INTERNAL
6377
6378 namespace ParaMEDMEMImpl
6379 {
6380   class ConnReader
6381   {
6382   public:
6383     ConnReader(const int *c, int val):_conn(c),_val(val) { }
6384     bool operator() (const int& pos) { return _conn[pos]!=_val; }
6385   private:
6386     const int *_conn;
6387     int _val;
6388   };
6389
6390   class ConnReader2
6391   {
6392   public:
6393     ConnReader2(const int *c, int val):_conn(c),_val(val) { }
6394     bool operator() (const int& pos) { return _conn[pos]==_val; }
6395   private:
6396     const int *_conn;
6397     int _val;
6398   };
6399 }
6400
6401 /// @endcond
6402
6403 /*!
6404  * This method expects that \a this is sorted by types. If not an exception will be thrown.
6405  * This method returns in the same format as code (see MEDCouplingUMesh::checkTypeConsistencyAndContig or MEDCouplingUMesh::splitProfilePerType) how
6406  * \a this is composed in cell types.
6407  * The returned array is of size 3*n where n is the number of different types present in \a this. 
6408  * For every k in [0,n] ret[3*k+2]==-1 because it has no sense here. 
6409  * This parameter is kept only for compatibility with other methode listed above.
6410  */
6411 std::vector<int> MEDCouplingUMesh::getDistributionOfTypes() const
6412 {
6413   checkConnectivityFullyDefined();
6414   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
6415   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
6416   const int *work=connI;
6417   int nbOfCells=getNumberOfCells();
6418   std::size_t n=getAllGeoTypes().size();
6419   std::vector<int> ret(3*n,-1); //ret[3*k+2]==-1 because it has no sense here
6420   std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> types;
6421   for(std::size_t i=0;work!=connI+nbOfCells;i++)
6422     {
6423       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typ=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[*work];
6424       if(types.find(typ)!=types.end())
6425         {
6426           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::getDistributionOfTypes : Type " << INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(typ).getRepr();
6427           oss << " is not contiguous !";
6428           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6429         }
6430       types.insert(typ);
6431       ret[3*i]=typ;
6432       const int *work2=std::find_if(work+1,connI+nbOfCells,ParaMEDMEMImpl::ConnReader(conn,typ));
6433       ret[3*i+1]=(int)std::distance(work,work2);
6434       work=work2;
6435     }
6436   return ret;
6437 }
6438
6439 /*!
6440  * This method is used to check that this has contiguous cell type in same order than described in \a code.
6441  * only for types cell, type node is not managed.
6442  * Format of \a code is the following. \a code should be of size 3*n and non empty. If not an exception is thrown.
6443  * foreach k in [0,n) on 3*k pos represent the geometric type and 3*k+1 number of elements of type 3*k.
6444  * 3*k+2 refers if different from -1 the pos in 'idsPerType' to get the corresponding array.
6445  * If 2 or more same geometric type is in \a code and exception is thrown too.
6446  *
6447  * This method firstly checks
6448  * If it exists k so that 3*k geometric type is not in geometric types of this an exception will be thrown.
6449  * If it exists k so that 3*k geometric type exists but the number of consecutive cell types does not match,
6450  * an exception is thrown too.
6451  * 
6452  * If all geometric types in \a code are exactly those in \a this null pointer is returned.
6453  * If it exists a geometric type in \a this \b not in \a code \b no exception is thrown 
6454  * and a DataArrayInt instance is returned that the user has the responsability to deallocate.
6455  */
6456 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::checkTypeConsistencyAndContig(const std::vector<int>& code, const std::vector<const DataArrayInt *>& idsPerType) const
6457 {
6458   if(code.empty())
6459     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::checkTypeConsistencyAndContig : code is empty, should not !");
6460   std::size_t sz=code.size();
6461   std::size_t n=sz/3;
6462   if(sz%3!=0)
6463     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::checkTypeConsistencyAndContig : code size is NOT %3 !");
6464   std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> types;
6465   int nb=0;
6466   bool isNoPflUsed=true;
6467   for(std::size_t i=0;i<n;i++)
6468     if(std::find(types.begin(),types.end(),(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)code[3*i])==types.end())
6469       {
6470         types.push_back((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)code[3*i]);
6471         nb+=code[3*i+1];
6472         if(_types.find((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)code[3*i])==_types.end())
6473           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::checkTypeConsistencyAndContig : expected geo types not in this !");
6474         isNoPflUsed=isNoPflUsed && (code[3*i+2]==-1);
6475       }
6476   if(types.size()!=n)
6477     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::checkTypeConsistencyAndContig : code contains duplication of types in unstructured mesh !");
6478   if(isNoPflUsed)
6479     {
6480       if(!checkConsecutiveCellTypesAndOrder(&types[0],&types[0]+types.size()))
6481         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::checkTypeConsistencyAndContig : non contiguous type !");
6482       if(types.size()==_types.size())
6483         return 0;
6484     }
6485   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
6486   ret->alloc(nb,1);
6487   int *retPtr=ret->getPointer();
6488   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
6489   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
6490   int nbOfCells=getNumberOfCells();
6491   const int *i=connI;
6492   int kk=0;
6493   for(std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>::const_iterator it=types.begin();it!=types.end();it++,kk++)
6494     {
6495       i=std::find_if(i,connI+nbOfCells,ParaMEDMEMImpl::ConnReader2(conn,(int)(*it)));
6496       int offset=(int)std::distance(connI,i);
6497       const int *j=std::find_if(i+1,connI+nbOfCells,ParaMEDMEMImpl::ConnReader(conn,(int)(*it)));
6498       int nbOfCellsOfCurType=(int)std::distance(i,j);
6499       if(code[3*kk+2]==-1)
6500         for(int k=0;k<nbOfCellsOfCurType;k++)
6501           *retPtr++=k+offset;
6502       else
6503         {
6504           int idInIdsPerType=code[3*kk+2];
6505           if(idInIdsPerType>=0 && idInIdsPerType<(int)idsPerType.size())
6506             {
6507               const DataArrayInt *zePfl=idsPerType[idInIdsPerType];
6508               if(zePfl)
6509                 {
6510                   zePfl->checkAllocated();
6511                   if(zePfl->getNumberOfComponents()==1)
6512                     {
6513                       for(const int *k=zePfl->begin();k!=zePfl->end();k++,retPtr++)
6514                         {
6515                           if(*k>=0 && *k<nbOfCellsOfCurType)
6516                             *retPtr=(*k)+offset;
6517                           else
6518                             {
6519                               std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::checkTypeConsistencyAndContig : the section " << kk << " points to the profile #" << idInIdsPerType;
6520                               oss << ", and this profile contains a value " << *k << " should be in [0," << nbOfCellsOfCurType << ") !";
6521                               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6522                             }
6523                         }
6524                     }
6525                   else
6526                     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::checkTypeConsistencyAndContig : presence of a profile with nb of compo != 1 !");
6527                 }
6528               else
6529                 throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::checkTypeConsistencyAndContig : presence of null profile !");
6530             }
6531           else
6532             {
6533               std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::checkTypeConsistencyAndContig : at section " << kk << " of code it points to the array #" << idInIdsPerType;
6534               oss << " should be in [0," << idsPerType.size() << ") !";
6535               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6536             }
6537         }
6538       i=j;
6539     }
6540   return ret.retn();
6541 }
6542
6543 /*!
6544  * This method makes the hypothesis that \at this is sorted by type. If not an exception will be thrown.
6545  * This method is the opposite of MEDCouplingUMesh::checkTypeConsistencyAndContig method. Given a list of cells in \a profile it returns a list of sub-profiles sorted by geo type.
6546  * The result is put in the array \a idsPerType. In the returned parameter \a code, foreach i \a code[3*i+2] refers (if different from -1) to a location into the \a idsPerType.
6547  * This method has 1 input \a profile and 3 outputs \a code \a idsInPflPerType and \a idsPerType.
6548  * 
6549  * \param [out] code is a vector of size 3*n where n is the number of different geometric type in \a this \b reduced to the profile \a profile. \a code has exactly the same semantic than in MEDCouplingUMesh::checkTypeConsistencyAndContig method.
6550  * \param [out] idsInPflPerType is a vector of size of different geometric type in the subpart defined by \a profile of \a this ( equal to \a code.size()/3). For each i,
6551  *              \a idsInPflPerType[i] stores the tuple ids in \a profile that correspond to the geometric type code[3*i+0]
6552  * \param [out] idsPerType is a vector of size of different sub profiles needed to be defined to represent the profile \a profile for a given geometric type.
6553  *              This vector can be empty in case of all geometric type cells are fully covered in ascending in the given input \a profile.
6554  * \throw if \a profile has not exactly one component. It throws too, if \a profile contains some values not in [0,getNumberOfCells()) or if \a this is not fully defined
6555  */
6556 void MEDCouplingUMesh::splitProfilePerType(const DataArrayInt *profile, std::vector<int>& code, std::vector<DataArrayInt *>& idsInPflPerType, std::vector<DataArrayInt *>& idsPerType) const
6557 {
6558   if(!profile)
6559     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::splitProfilePerType : input profile is NULL !");
6560   if(profile->getNumberOfComponents()!=1)
6561     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::splitProfilePerType : input profile should have exactly one component !");
6562   checkConnectivityFullyDefined();
6563   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
6564   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
6565   int nbOfCells=getNumberOfCells();
6566   std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> types;
6567   std::vector<int> typeRangeVals(1);
6568   for(const int *i=connI;i!=connI+nbOfCells;)
6569     {
6570       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType curType=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[*i];
6571       if(std::find(types.begin(),types.end(),curType)!=types.end())
6572         {
6573           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::splitProfilePerType : current mesh is not sorted by type !");
6574         }
6575       types.push_back(curType);
6576       i=std::find_if(i+1,connI+nbOfCells,ParaMEDMEMImpl::ConnReader(conn,(int)curType));
6577       typeRangeVals.push_back((int)std::distance(connI,i));
6578     }
6579   //
6580   DataArrayInt *castArr=0,*rankInsideCast=0,*castsPresent=0;
6581   profile->splitByValueRange(&typeRangeVals[0],&typeRangeVals[0]+typeRangeVals.size(),castArr,rankInsideCast,castsPresent);
6582   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp0=castArr;
6583   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp1=rankInsideCast;
6584   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp2=castsPresent;
6585   //
6586   int nbOfCastsFinal=castsPresent->getNumberOfTuples();
6587   code.resize(3*nbOfCastsFinal);
6588   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > idsInPflPerType2;
6589   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > idsPerType2;
6590   for(int i=0;i<nbOfCastsFinal;i++)
6591     {
6592       int castId=castsPresent->getIJ(i,0);
6593       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp3=castArr->getIdsEqual(castId);
6594       idsInPflPerType2.push_back(tmp3);
6595       code[3*i]=(int)types[castId];
6596       code[3*i+1]=tmp3->getNumberOfTuples();
6597       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp4=rankInsideCast->selectByTupleId(tmp3->getConstPointer(),tmp3->getConstPointer()+tmp3->getNumberOfTuples());
6598       if(tmp4->getNumberOfTuples()!=typeRangeVals[castId+1]-typeRangeVals[castId] || !tmp4->isIdentity())
6599         {
6600           tmp4->copyStringInfoFrom(*profile);
6601           idsPerType2.push_back(tmp4);
6602           code[3*i+2]=(int)idsPerType2.size()-1;
6603         }
6604       else
6605         {
6606           code[3*i+2]=-1;
6607         }
6608     }
6609   std::size_t sz2=idsInPflPerType2.size();
6610   idsInPflPerType.resize(sz2);
6611   for(std::size_t i=0;i<sz2;i++)
6612     {
6613       DataArrayInt *locDa=idsInPflPerType2[i];
6614       locDa->incrRef();
6615       idsInPflPerType[i]=locDa;
6616     }
6617   std::size_t sz=idsPerType2.size();
6618   idsPerType.resize(sz);
6619   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
6620     {
6621       DataArrayInt *locDa=idsPerType2[i];
6622       locDa->incrRef();
6623       idsPerType[i]=locDa;
6624     }
6625 }
6626
6627 /*!
6628  * This method is here too emulate the MEDMEM behaviour on BDC (buildDescendingConnectivity). Hoping this method becomes deprecated very soon.
6629  * This method make the assumption that \a this and 'nM1LevMesh' mesh lyies on same coords (same pointer) as MED and MEDMEM does.
6630  * The following equality should be verified 'nM1LevMesh->getMeshDimension()==this->getMeshDimension()-1'
6631  * This method returns 5+2 elements. 'desc', 'descIndx', 'revDesc', 'revDescIndx' and 'meshnM1' behaves exactly as ParaMEDMEM::MEDCouplingUMesh::buildDescendingConnectivity except the content as described after. The returned array specifies the n-1 mesh reordered by type as MEDMEM does. 'nM1LevMeshIds' contains the ids in returned 'meshnM1'. Finally 'meshnM1Old2New' contains numbering old2new that is to say the cell #k in coarse 'nM1LevMesh' will have the number ret[k] in returned mesh 'nM1LevMesh' MEDMEM reordered.
6632  */
6633 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::emulateMEDMEMBDC(const MEDCouplingUMesh *nM1LevMesh, DataArrayInt *desc, DataArrayInt *descIndx, DataArrayInt *&revDesc, DataArrayInt *&revDescIndx, DataArrayInt *& nM1LevMeshIds, DataArrayInt *&meshnM1Old2New) const
6634 {
6635   checkFullyDefined();
6636   nM1LevMesh->checkFullyDefined();
6637   if(getMeshDimension()-1!=nM1LevMesh->getMeshDimension())
6638     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::emulateMEDMEMBDC : The mesh passed as first argument should have a meshDim equal to this->getMeshDimension()-1 !" );
6639   if(_coords!=nM1LevMesh->getCoords())
6640     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::emulateMEDMEMBDC : 'this' and mesh in first argument should share the same coords : Use tryToShareSameCoords method !");
6641   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp0=DataArrayInt::New();
6642   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp1=DataArrayInt::New();
6643   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret1=buildDescendingConnectivity(desc,descIndx,tmp0,tmp1);
6644   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret0=ret1->sortCellsInMEDFileFrmt();
6645   desc->transformWithIndArr(ret0->getConstPointer(),ret0->getConstPointer()+ret0->getNbOfElems());
6646   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> tmp=MEDCouplingUMesh::New();
6647   tmp->setConnectivity(tmp0,tmp1);
6648   tmp->renumberCells(ret0->getConstPointer(),false);
6649   revDesc=tmp->getNodalConnectivity();
6650   revDescIndx=tmp->getNodalConnectivityIndex();
6651   DataArrayInt *ret=0;
6652   if(!ret1->areCellsIncludedIn(nM1LevMesh,2,ret))
6653     {
6654       int tmp2;
6655       ret->getMaxValue(tmp2);
6656       ret->decrRef();
6657       std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::emulateMEDMEMBDC : input N-1 mesh present a cell not in descending mesh ... Id of cell is " << tmp2 << " !";
6658       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6659     }
6660   nM1LevMeshIds=ret;
6661   //
6662   revDesc->incrRef();
6663   revDescIndx->incrRef();
6664   ret1->incrRef();
6665   ret0->incrRef();
6666   meshnM1Old2New=ret0;
6667   return ret1;
6668 }
6669
6670 /*!
6671  * Permutes the nodal connectivity arrays so that the cells are sorted by type, which is
6672  * necessary for writing the mesh to MED file. Additionally returns a permutation array
6673  * in "Old to New" mode.
6674  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt. The caller is to delete
6675  *          this array using decrRef() as it is no more needed.
6676  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
6677  */
6678 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::sortCellsInMEDFileFrmt()
6679 {
6680   checkConnectivityFullyDefined();
6681   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=getRenumArrForMEDFileFrmt();
6682   renumberCells(ret->getConstPointer(),false);
6683   return ret.retn();
6684 }
6685
6686 /*!
6687  * This methods checks that cells are sorted by their types.
6688  * This method makes asumption (no check) that connectivity is correctly set before calling.
6689  */
6690 bool MEDCouplingUMesh::checkConsecutiveCellTypes() const
6691 {
6692   checkFullyDefined();
6693   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
6694   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
6695   int nbOfCells=getNumberOfCells();
6696   std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> types;
6697   for(const int *i=connI;i!=connI+nbOfCells;)
6698     {
6699       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType curType=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[*i];
6700       if(types.find(curType)!=types.end())
6701         return false;
6702       types.insert(curType);
6703       i=std::find_if(i+1,connI+nbOfCells,ParaMEDMEMImpl::ConnReader(conn,(int)curType));
6704     }
6705   return true;
6706 }
6707
6708 /*!
6709  * This method is a specialization of MEDCouplingUMesh::checkConsecutiveCellTypesAndOrder method that is called here.
6710  * The geometric type order is specified by MED file.
6711  * 
6712  * \sa  MEDCouplingUMesh::checkConsecutiveCellTypesAndOrder
6713  */
6714 bool MEDCouplingUMesh::checkConsecutiveCellTypesForMEDFileFrmt() const
6715 {
6716   return checkConsecutiveCellTypesAndOrder(MEDMEM_ORDER,MEDMEM_ORDER+N_MEDMEM_ORDER);
6717 }
6718
6719 /*!
6720  * This method performs the same job as checkConsecutiveCellTypes except that the order of types sequence is analyzed to check
6721  * that the order is specified in array defined by [ \a orderBg , \a orderEnd ).
6722  * If there is some geo types in \a this \b NOT in [ \a orderBg, \a orderEnd ) it is OK (return true) if contiguous.
6723  * If there is some geo types in [ \a orderBg, \a orderEnd ) \b NOT in \a this it is OK too (return true) if contiguous.
6724  */
6725 bool MEDCouplingUMesh::checkConsecutiveCellTypesAndOrder(const INTERP_KERNEL::NormalizedCellType *orderBg, const INTERP_KERNEL::NormalizedCellType *orderEnd) const
6726 {
6727   checkFullyDefined();
6728   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
6729   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
6730   int nbOfCells=getNumberOfCells();
6731   if(nbOfCells==0)
6732     return true;
6733   int lastPos=-1;
6734   std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> sg;
6735   for(const int *i=connI;i!=connI+nbOfCells;)
6736     {
6737       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType curType=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[*i];
6738       const INTERP_KERNEL::NormalizedCellType *isTypeExists=std::find(orderBg,orderEnd,curType);
6739       if(isTypeExists!=orderEnd)
6740         {
6741           int pos=(int)std::distance(orderBg,isTypeExists);
6742           if(pos<=lastPos)
6743             return false;
6744           lastPos=pos;
6745           i=std::find_if(i+1,connI+nbOfCells,ParaMEDMEMImpl::ConnReader(conn,(int)curType));
6746         }
6747       else
6748         {
6749           if(sg.find(curType)==sg.end())
6750             {
6751               i=std::find_if(i+1,connI+nbOfCells,ParaMEDMEMImpl::ConnReader(conn,(int)curType));
6752               sg.insert(curType);
6753             }
6754           else
6755             return false;
6756         }
6757     }
6758   return true;
6759 }
6760
6761 /*!
6762  * This method returns 2 newly allocated DataArrayInt instances. The first is an array of size 'this->getNumberOfCells()' with one component,
6763  * that tells for each cell the pos of its type in the array on type given in input parameter. The 2nd output parameter is an array with the same
6764  * number of tuples than input type array and with one component. This 2nd output array gives type by type the number of occurence of type in 'this'.
6765  */
6766 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::getLevArrPerCellTypes(const INTERP_KERNEL::NormalizedCellType *orderBg, const INTERP_KERNEL::NormalizedCellType *orderEnd, DataArrayInt *&nbPerType) const
6767 {
6768   checkConnectivityFullyDefined();
6769   int nbOfCells=getNumberOfCells();
6770   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
6771   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
6772   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmpa=DataArrayInt::New();
6773   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmpb=DataArrayInt::New();
6774   tmpa->alloc(nbOfCells,1);
6775   tmpb->alloc((int)std::distance(orderBg,orderEnd),1);
6776   tmpb->fillWithZero();
6777   int *tmp=tmpa->getPointer();
6778   int *tmp2=tmpb->getPointer();
6779   for(const int *i=connI;i!=connI+nbOfCells;i++)
6780     {
6781       const INTERP_KERNEL::NormalizedCellType *where=std::find(orderBg,orderEnd,(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[*i]);
6782       if(where!=orderEnd)
6783         {
6784           int pos=(int)std::distance(orderBg,where);
6785           tmp2[pos]++;
6786           tmp[std::distance(connI,i)]=pos;
6787         }
6788       else
6789         {
6790           const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[*i]);
6791           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::getLevArrPerCellTypes : Cell #" << std::distance(connI,i);
6792           oss << " has a type " << cm.getRepr() << " not in input array of type !";
6793           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6794         }
6795     }
6796   nbPerType=tmpb.retn();
6797   return tmpa.retn();
6798 }
6799
6800 /*!
6801  * This method behaves exactly as MEDCouplingUMesh::getRenumArrForConsecutiveCellTypesSpec but the order is those defined in MED file spec.
6802  *
6803  * \return a new object containing the old to new correspondance.
6804  *
6805  * \sa MEDCouplingUMesh::getRenumArrForConsecutiveCellTypesSpec, MEDCouplingUMesh::sortCellsInMEDFileFrmt.
6806  */
6807 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::getRenumArrForMEDFileFrmt() const
6808 {
6809   return getRenumArrForConsecutiveCellTypesSpec(MEDMEM_ORDER,MEDMEM_ORDER+N_MEDMEM_ORDER);
6810 }
6811
6812 /*!
6813  * This method is similar to method MEDCouplingUMesh::rearrange2ConsecutiveCellTypes except that the type order is specfied by [ \a orderBg , \a orderEnd ) (as MEDCouplingUMesh::checkConsecutiveCellTypesAndOrder method) and that this method is \b const and performs \b NO permutation in \a this.
6814  * This method returns an array of size getNumberOfCells() that gives a renumber array old2New that can be used as input of MEDCouplingMesh::renumberCells.
6815  * The mesh after this call to MEDCouplingMesh::renumberCells will pass the test of MEDCouplingUMesh::checkConsecutiveCellTypesAndOrder with the same inputs.
6816  * The returned array minimizes the permutations that is to say the order of cells inside same geometric type remains the same.
6817  */
6818 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::getRenumArrForConsecutiveCellTypesSpec(const INTERP_KERNEL::NormalizedCellType *orderBg, const INTERP_KERNEL::NormalizedCellType *orderEnd) const
6819 {
6820   DataArrayInt *nbPerType=0;
6821   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmpa=getLevArrPerCellTypes(orderBg,orderEnd,nbPerType);
6822   nbPerType->decrRef();
6823   return tmpa->buildPermArrPerLevel();
6824 }
6825
6826 /*!
6827  * This method reorganize the cells of \a this so that the cells with same geometric types are put together.
6828  * The number of cells remains unchanged after the call of this method.
6829  * This method tries to minimizes the number of needed permutations. So, this method behaves not exactly as
6830  * MEDCouplingUMesh::sortCellsInMEDFileFrmt.
6831  *
6832  * \return the array giving the correspondance old to new.
6833  */
6834 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::rearrange2ConsecutiveCellTypes()
6835 {
6836   checkFullyDefined();
6837   computeTypes();
6838   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
6839   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
6840   int nbOfCells=getNumberOfCells();
6841   std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> types;
6842   for(const int *i=connI;i!=connI+nbOfCells && (types.size()!=_types.size());)
6843     if(std::find(types.begin(),types.end(),(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[*i])==types.end())
6844       {
6845         INTERP_KERNEL::NormalizedCellType curType=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[*i];
6846         types.push_back(curType);
6847         for(i++;i!=connI+nbOfCells && (INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[*i]==curType;i++);
6848       }
6849   DataArrayInt *ret=DataArrayInt::New();
6850   ret->alloc(nbOfCells,1);
6851   int *retPtr=ret->getPointer();
6852   std::fill(retPtr,retPtr+nbOfCells,-1);
6853   int newCellId=0;
6854   for(std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>::const_iterator iter=types.begin();iter!=types.end();iter++)
6855     {
6856       for(const int *i=connI;i!=connI+nbOfCells;i++)
6857         if((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[*i]==(*iter))
6858           retPtr[std::distance(connI,i)]=newCellId++;
6859     }
6860   renumberCells(retPtr,false);
6861   return ret;
6862 }
6863
6864 /*!
6865  * This method splits \a this into as mush as untructured meshes that consecutive set of same type cells.
6866  * So this method has typically a sense if MEDCouplingUMesh::checkConsecutiveCellTypes has a sense.
6867  * This method makes asumption that connectivity is correctly set before calling.
6868  */
6869 std::vector<MEDCouplingUMesh *> MEDCouplingUMesh::splitByType() const
6870 {
6871   checkConnectivityFullyDefined();
6872   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
6873   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
6874   int nbOfCells=getNumberOfCells();
6875   std::vector<MEDCouplingUMesh *> ret;
6876   for(const int *i=connI;i!=connI+nbOfCells;)
6877     {
6878       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType curType=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[*i];
6879       int beginCellId=(int)std::distance(connI,i);
6880       i=std::find_if(i+1,connI+nbOfCells,ParaMEDMEMImpl::ConnReader(conn,(int)curType));
6881       int endCellId=(int)std::distance(connI,i);
6882       int sz=endCellId-beginCellId;
6883       int *cells=new int[sz];
6884       for(int j=0;j<sz;j++)
6885         cells[j]=beginCellId+j;
6886       MEDCouplingUMesh *m=(MEDCouplingUMesh *)buildPartOfMySelf(cells,cells+sz,true);
6887       delete [] cells;
6888       ret.push_back(m);
6889     }
6890   return ret;
6891 }
6892
6893 /*!
6894  * This method performs the opposite operation than those in MEDCoupling1SGTUMesh::buildUnstructured.
6895  * If \a this is a single geometric type unstructured mesh, it will be converted into a more compact data structure,
6896  * MEDCoupling1GTUMesh instance. The returned instance will aggregate the same DataArrayDouble instance of coordinates than \a this.
6897  *
6898  * \return a newly allocated instance, that the caller must manage.
6899  * \throw If \a this contains more than one geometric type.
6900  * \throw If the nodal connectivity of \a this is not fully defined.
6901  * \throw If the internal data is not coherent.
6902  */
6903 MEDCoupling1GTUMesh *MEDCouplingUMesh::convertIntoSingleGeoTypeMesh() const
6904 {
6905   checkConnectivityFullyDefined();
6906     if(_types.size()!=1)
6907     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::convertIntoSingleGeoTypeMesh : current mesh does not contain exactly one geometric type !");
6908   INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typ=*_types.begin();
6909   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1GTUMesh> ret=MEDCoupling1GTUMesh::New(getName().c_str(),typ);
6910   ret->setCoords(getCoords());
6911   MEDCoupling1SGTUMesh *retC=dynamic_cast<MEDCoupling1SGTUMesh *>((MEDCoupling1GTUMesh*)ret);
6912   if(retC)
6913     {
6914       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> c=convertNodalConnectivityToStaticGeoTypeMesh();
6915       retC->setNodalConnectivity(c);
6916     }
6917   else
6918     {
6919       MEDCoupling1DGTUMesh *retD=dynamic_cast<MEDCoupling1DGTUMesh *>((MEDCoupling1GTUMesh*)ret);
6920       if(!retD)
6921         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::convertIntoSingleGeoTypeMesh : Internal error !");
6922       DataArrayInt *c=0,*ci=0;
6923       convertNodalConnectivityToDynamicGeoTypeMesh(c,ci);
6924       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cs(c),cis(ci);
6925       retD->setNodalConnectivity(cs,cis);
6926     }
6927   return ret.retn();
6928 }
6929
6930 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::convertNodalConnectivityToStaticGeoTypeMesh() const
6931 {
6932   checkConnectivityFullyDefined();
6933     if(_types.size()!=1)
6934     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::convertNodalConnectivityToStaticGeoTypeMesh : current mesh does not contain exactly one geometric type !");
6935   INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typ=*_types.begin();
6936   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(typ);
6937   if(cm.isDynamic())
6938     {
6939       std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::convertNodalConnectivityToStaticGeoTypeMesh : this contains a single geo type (" << cm.getRepr() << ") but ";
6940       oss << "this type is dynamic ! Only static geometric type is possible for that type ! call convertNodalConnectivityToDynamicGeoTypeMesh instead !";
6941       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6942     }
6943   int nbCells=getNumberOfCells();
6944   int typi=(int)typ;
6945   int nbNodesPerCell=(int)cm.getNumberOfNodes();
6946   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> connOut=DataArrayInt::New(); connOut->alloc(nbCells*nbNodesPerCell,1);
6947   int *outPtr=connOut->getPointer();
6948   const int *conn=_nodal_connec->begin();
6949   const int *connI=_nodal_connec_index->begin();
6950   nbNodesPerCell++;
6951   for(int i=0;i<nbCells;i++,connI++)
6952     {
6953       if(conn[connI[0]]==typi && connI[1]-connI[0]==nbNodesPerCell)
6954         outPtr=std::copy(conn+connI[0]+1,conn+connI[1],outPtr);
6955       else
6956         {
6957           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::convertNodalConnectivityToStaticGeoTypeMesh : there something wrong in cell #" << i << " ! The type of cell is not those expected, or the length of nodal connectivity is not those expected (" << nbNodesPerCell-1 << ") !";
6958           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6959         }
6960     }
6961   return connOut.retn();
6962 }
6963
6964 void MEDCouplingUMesh::convertNodalConnectivityToDynamicGeoTypeMesh(DataArrayInt *&nodalConn, DataArrayInt *&nodalConnIndex) const
6965 {
6966   static const char msg0[]="MEDCouplingUMesh::convertNodalConnectivityToDynamicGeoTypeMesh : nodal connectivity in this are invalid ! Call checkCoherency2 !";
6967   checkConnectivityFullyDefined();
6968   if(_types.size()!=1)
6969     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::convertNodalConnectivityToDynamicGeoTypeMesh : current mesh does not contain exactly one geometric type !");
6970   int nbCells=getNumberOfCells(),lgth=_nodal_connec->getNumberOfTuples();
6971   if(lgth<nbCells)
6972     throw INTERP_KERNEL::Exception(msg0);
6973   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> c(DataArrayInt::New()),ci(DataArrayInt::New());
6974   c->alloc(lgth-nbCells,1); ci->alloc(nbCells+1,1);
6975   int *cp(c->getPointer()),*cip(ci->getPointer());
6976   const int *incp(_nodal_connec->begin()),*incip(_nodal_connec_index->begin());
6977   cip[0]=0;
6978   for(int i=0;i<nbCells;i++,cip++,incip++)
6979     {
6980       int strt(incip[0]+1),stop(incip[1]);//+1 to skip geo type
6981       int delta(stop-strt);
6982       if(delta>=1)
6983         {
6984           if((strt>=0 && strt<lgth) && (stop>=0 && stop<=lgth))
6985             cp=std::copy(incp+strt,incp+stop,cp);
6986           else
6987             throw INTERP_KERNEL::Exception(msg0);
6988         }
6989       else
6990         throw INTERP_KERNEL::Exception(msg0);
6991       cip[1]=cip[0]+delta;
6992     }
6993   nodalConn=c.retn(); nodalConnIndex=ci.retn();
6994 }
6995
6996 /*!
6997  * This method takes in input a vector of MEDCouplingUMesh instances lying on the same coordinates with same mesh dimensions.
6998  * Each mesh in \b ms must be sorted by type with the same order (typically using MEDCouplingUMesh::sortCellsInMEDFileFrmt).
6999  * This method is particulary useful for MED file interaction. It allows to aggregate several meshes and keeping the type sorting
7000  * and the track of the permutation by chunk of same geotype cells to retrieve it. The traditional formats old2new and new2old
7001  * are not used here to avoid the build of big permutation array.
7002  *
7003  * \param [in] ms meshes with same mesh dimension lying on the same coords and sorted by type following de the same geometric type order than
7004  *                those specified in MEDCouplingUMesh::sortCellsInMEDFileFrmt method.
7005  * \param [out] szOfCellGrpOfSameType is a newly allocated DataArrayInt instance whose number of tuples is equal to the number of chunks of same geotype
7006  *              in all meshes in \b ms. The accumulation of all values of this array is equal to the number of cells of returned mesh.
7007  * \param [out] idInMsOfCellGrpOfSameType is a newly allocated DataArrayInt instance having the same size than \b szOfCellGrpOfSameType. This
7008  *              output array gives for each chunck of same type the corresponding mesh id in \b ms.
7009  * \return A newly allocated unstructured mesh that is the result of the aggregation on same coords of all meshes in \b ms. This returned mesh
7010  *         is sorted by type following the geo cell types order of MEDCouplingUMesh::sortCellsInMEDFileFrmt method.
7011  */
7012 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::AggregateSortedByTypeMeshesOnSameCoords(const std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& ms,
7013                                                                             DataArrayInt *&szOfCellGrpOfSameType,
7014                                                                             DataArrayInt *&idInMsOfCellGrpOfSameType) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
7015 {
7016   std::vector<const MEDCouplingUMesh *> ms2;
7017   for(std::vector<const MEDCouplingUMesh *>::const_iterator it=ms.begin();it!=ms.end();it++)
7018     if(*it)
7019       {
7020         (*it)->checkConnectivityFullyDefined();
7021         ms2.push_back(*it);
7022       }
7023   if(ms2.empty())
7024     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::AggregateSortedByTypeMeshesOnSameCoords : input vector is empty !");
7025   const DataArrayDouble *refCoo=ms2[0]->getCoords();
7026   int meshDim=ms2[0]->getMeshDimension();
7027   std::vector<const MEDCouplingUMesh *> m1ssm;
7028   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> > m1ssmAuto;
7029   //
7030   std::vector<const MEDCouplingUMesh *> m1ssmSingle;
7031   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> > m1ssmSingleAuto;
7032   int fake=0,rk=0;
7033   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret1(DataArrayInt::New()),ret2(DataArrayInt::New());
7034   ret1->alloc(0,1); ret2->alloc(0,1);
7035   for(std::vector<const MEDCouplingUMesh *>::const_iterator it=ms2.begin();it!=ms2.end();it++,rk++)
7036     {
7037       if(meshDim!=(*it)->getMeshDimension())
7038         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::AggregateSortedByTypeMeshesOnSameCoords : meshdims mismatch !");
7039       if(refCoo!=(*it)->getCoords())
7040         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::AggregateSortedByTypeMeshesOnSameCoords : meshes are not shared by a single coordinates coords !");
7041       std::vector<MEDCouplingUMesh *> sp=(*it)->splitByType();
7042       std::copy(sp.begin(),sp.end(),std::back_insert_iterator< std::vector<const MEDCouplingUMesh *> >(m1ssm));
7043       std::copy(sp.begin(),sp.end(),std::back_insert_iterator< std::vector<MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> > >(m1ssmAuto));
7044       for(std::vector<MEDCouplingUMesh *>::const_iterator it2=sp.begin();it2!=sp.end();it2++)
7045         {
7046           MEDCouplingUMesh *singleCell=static_cast<MEDCouplingUMesh *>((*it2)->buildPartOfMySelf(&fake,&fake+1,true));
7047           m1ssmSingleAuto.push_back(singleCell);
7048           m1ssmSingle.push_back(singleCell);
7049           ret1->pushBackSilent((*it2)->getNumberOfCells()); ret2->pushBackSilent(rk);
7050         }
7051     }
7052   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1ssmSingle2=MEDCouplingUMesh::MergeUMeshesOnSameCoords(m1ssmSingle);
7053   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> renum=m1ssmSingle2->sortCellsInMEDFileFrmt();
7054   std::vector<const MEDCouplingUMesh *> m1ssmfinal(m1ssm.size());
7055   for(std::size_t i=0;i<m1ssm.size();i++)
7056     m1ssmfinal[renum->getIJ(i,0)]=m1ssm[i];
7057   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret0=MEDCouplingUMesh::MergeUMeshesOnSameCoords(m1ssmfinal);
7058   szOfCellGrpOfSameType=ret1->renumber(renum->getConstPointer());
7059   idInMsOfCellGrpOfSameType=ret2->renumber(renum->getConstPointer());
7060   return ret0.retn();
7061 }
7062
7063 /*!
7064  * This method returns a newly created DataArrayInt instance.
7065  * This method retrieves cell ids in [ \a begin, \a end ) that have the type \a type.
7066  */
7067 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::keepCellIdsByType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type, const int *begin, const int *end) const
7068 {
7069   checkFullyDefined();
7070   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
7071   const int *connIndex=_nodal_connec_index->getConstPointer();
7072   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret(DataArrayInt::New()); ret->alloc(0,1);
7073   for(const int *w=begin;w!=end;w++)
7074     if((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[connIndex[*w]]==type)
7075       ret->pushBackSilent(*w);
7076   return ret.retn();
7077 }
7078
7079 /*!
7080  * This method makes the assumption that da->getNumberOfTuples()<this->getNumberOfCells(). This method makes the assumption that ids contained in 'da'
7081  * are in [0:getNumberOfCells())
7082  */
7083 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::convertCellArrayPerGeoType(const DataArrayInt *da) const
7084 {
7085   checkFullyDefined();
7086   const int *conn=_nodal_connec->getConstPointer();
7087   const int *connI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
7088   int nbOfCells=getNumberOfCells();
7089   std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> types(getAllGeoTypes());
7090   int *tmp=new int[nbOfCells];
7091   for(std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>::const_iterator iter=types.begin();iter!=types.end();iter++)
7092     {
7093       int j=0;
7094       for(const int *i=connI;i!=connI+nbOfCells;i++)
7095         if((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn[*i]==(*iter))
7096           tmp[std::distance(connI,i)]=j++;
7097     }
7098   DataArrayInt *ret=DataArrayInt::New();
7099   ret->alloc(da->getNumberOfTuples(),da->getNumberOfComponents());
7100   ret->copyStringInfoFrom(*da);
7101   int *retPtr=ret->getPointer();
7102   const int *daPtr=da->getConstPointer();
7103   int nbOfElems=da->getNbOfElems();
7104   for(int k=0;k<nbOfElems;k++)
7105     retPtr[k]=tmp[daPtr[k]];
7106   delete [] tmp;
7107   return ret;
7108 }
7109
7110 /*!
7111  * This method reduced number of cells of this by keeping cells whose type is different from 'type' and if type=='type'
7112  * This method \b works \b for mesh sorted by type.
7113  * cells whose ids is in 'idsPerGeoType' array.
7114  * This method conserves coords and name of mesh.
7115  */
7116 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::keepSpecifiedCells(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type, const int *idsPerGeoTypeBg, const int *idsPerGeoTypeEnd) const
7117 {
7118   std::vector<int> code=getDistributionOfTypes();
7119   std::size_t nOfTypesInThis=code.size()/3;
7120   int sz=0,szOfType=0;
7121   for(std::size_t i=0;i<nOfTypesInThis;i++)
7122     {
7123       if(code[3*i]!=type)
7124         sz+=code[3*i+1];
7125       else
7126         szOfType=code[3*i+1];
7127     }
7128   for(const int *work=idsPerGeoTypeBg;work!=idsPerGeoTypeEnd;work++)
7129     if(*work<0 || *work>=szOfType)
7130       {
7131         std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::keepSpecifiedCells : Request on type " << type << " at place #" << std::distance(idsPerGeoTypeBg,work) << " value " << *work;
7132         oss << ". It should be in [0," << szOfType << ") !";
7133         throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
7134       }
7135   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> idsTokeep=DataArrayInt::New(); idsTokeep->alloc(sz+(int)std::distance(idsPerGeoTypeBg,idsPerGeoTypeEnd),1);
7136   int *idsPtr=idsTokeep->getPointer();
7137   int offset=0;
7138   for(std::size_t i=0;i<nOfTypesInThis;i++)
7139     {
7140       if(code[3*i]!=type)
7141         for(int j=0;j<code[3*i+1];j++)
7142           *idsPtr++=offset+j;
7143       else
7144         idsPtr=std::transform(idsPerGeoTypeBg,idsPerGeoTypeEnd,idsPtr,std::bind2nd(std::plus<int>(),offset));
7145       offset+=code[3*i+1];
7146     }
7147   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(buildPartOfMySelf(idsTokeep->begin(),idsTokeep->end(),true));
7148   ret->copyTinyInfoFrom(this);
7149   return ret.retn();
7150 }
7151
7152 /*!
7153  * This method returns a vector of size 'this->getNumberOfCells()'.
7154  * This method retrieves for each cell in \a this if it is linear (false) or quadratic(true).
7155  */
7156 std::vector<bool> MEDCouplingUMesh::getQuadraticStatus() const
7157 {
7158   int ncell=getNumberOfCells();
7159   std::vector<bool> ret(ncell);
7160   const int *cI=getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
7161   const int *c=getNodalConnectivity()->getConstPointer();
7162   for(int i=0;i<ncell;i++)
7163     {
7164       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typ=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)c[cI[i]];
7165       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(typ);
7166       ret[i]=cm.isQuadratic();
7167     }
7168   return ret;
7169 }
7170
7171 /*!
7172  * Returns a newly created mesh (with ref count ==1) that contains merge of \a this and \a other.
7173  */
7174 MEDCouplingMesh *MEDCouplingUMesh::mergeMyselfWith(const MEDCouplingMesh *other) const
7175 {
7176   if(other->getType()!=UNSTRUCTURED)
7177     throw INTERP_KERNEL::Exception("Merge of umesh only available with umesh each other !");
7178   const MEDCouplingUMesh *otherC=static_cast<const MEDCouplingUMesh *>(other);
7179   return MergeUMeshes(this,otherC);
7180 }
7181
7182 /*!
7183  * Returns a new DataArrayDouble holding barycenters of all cells. The barycenter is
7184  * computed by averaging coordinates of cell nodes, so this method is not a right
7185  * choice for degnerated meshes (not well oriented, cells with measure close to zero).
7186  *  \return DataArrayDouble * - a new instance of DataArrayDouble, of size \a
7187  *          this->getNumberOfCells() tuples per \a this->getSpaceDimension()
7188  *          components. The caller is to delete this array using decrRef() as it is
7189  *          no more needed.
7190  *  \throw If the coordinates array is not set.
7191  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
7192  *  \sa MEDCouplingUMesh::computeIsoBarycenterOfNodesPerCell
7193  */
7194 DataArrayDouble *MEDCouplingUMesh::getBarycenterAndOwner() const
7195 {
7196   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> ret=DataArrayDouble::New();
7197   int spaceDim=getSpaceDimension();
7198   int nbOfCells=getNumberOfCells();
7199   ret->alloc(nbOfCells,spaceDim);
7200   ret->copyStringInfoFrom(*getCoords());
7201   double *ptToFill=ret->getPointer();
7202   const int *nodal=_nodal_connec->getConstPointer();
7203   const int *nodalI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
7204   const double *coor=_coords->getConstPointer();
7205   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
7206     {
7207       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)nodal[nodalI[i]];
7208       INTERP_KERNEL::computeBarycenter2<int,INTERP_KERNEL::ALL_C_MODE>(type,nodal+nodalI[i]+1,nodalI[i+1]-nodalI[i]-1,coor,spaceDim,ptToFill);
7209       ptToFill+=spaceDim;
7210     }
7211   return ret.retn();
7212 }
7213
7214 /*!
7215  * This method computes for each cell in \a this, the location of the iso barycenter of nodes constituting
7216  * the cell. Contrary to badly named MEDCouplingUMesh::getBarycenterAndOwner method that returns the center of inertia of the 
7217  * 
7218  * \return a newly allocated DataArrayDouble instance that the caller has to deal with. The returned 
7219  *          DataArrayDouble instance will have \c this->getNumberOfCells() tuples and \c this->getSpaceDimension() components.
7220  * 
7221  * \sa MEDCouplingUMesh::getBarycenterAndOwner
7222  * \throw If \a this is not fully defined (coordinates and connectivity)
7223  * \throw If there is presence in nodal connectivity in \a this of node ids not in [0, \c this->getNumberOfNodes() )
7224  */
7225 DataArrayDouble *MEDCouplingUMesh::computeIsoBarycenterOfNodesPerCell() const
7226 {
7227   checkFullyDefined();
7228   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> ret=DataArrayDouble::New();
7229   int spaceDim=getSpaceDimension();
7230   int nbOfCells=getNumberOfCells();
7231   int nbOfNodes=getNumberOfNodes();
7232   ret->alloc(nbOfCells,spaceDim);
7233   double *ptToFill=ret->getPointer();
7234   const int *nodal=_nodal_connec->getConstPointer();
7235   const int *nodalI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
7236   const double *coor=_coords->getConstPointer();
7237   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,ptToFill+=spaceDim)
7238     {
7239       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)nodal[nodalI[i]];
7240       std::fill(ptToFill,ptToFill+spaceDim,0.);
7241       if(type!=INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED)
7242         {
7243           for(const int *conn=nodal+nodalI[i]+1;conn!=nodal+nodalI[i+1];conn++)
7244             {
7245               if(*conn>=0 && *conn<nbOfNodes)
7246                 std::transform(coor+spaceDim*conn[0],coor+spaceDim*(conn[0]+1),ptToFill,ptToFill,std::plus<double>());
7247               else
7248                 {
7249                   std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::computeIsoBarycenterOfNodesPerCell : on cell #" << i << " presence of nodeId #" << *conn << " should be in [0," <<   nbOfNodes << ") !";
7250                   throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
7251                 }
7252             }
7253           int nbOfNodesInCell=nodalI[i+1]-nodalI[i]-1;
7254           if(nbOfNodesInCell>0)
7255             std::transform(ptToFill,ptToFill+spaceDim,ptToFill,std::bind2nd(std::multiplies<double>(),1./(double)nbOfNodesInCell));
7256           else
7257             {
7258               std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::computeIsoBarycenterOfNodesPerCell : on cell #" << i << " presence of cell with no nodes !";
7259               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
7260             }
7261         }
7262       else
7263         {
7264           std::set<int> s(nodal+nodalI[i]+1,nodal+nodalI[i+1]);
7265           s.erase(-1);
7266           for(std::set<int>::const_iterator it=s.begin();it!=s.end();it++)
7267             {
7268               if(*it>=0 && *it<nbOfNodes)
7269                 std::transform(coor+spaceDim*(*it),coor+spaceDim*((*it)+1),ptToFill,ptToFill,std::plus<double>());
7270               else
7271                 {
7272                   std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::computeIsoBarycenterOfNodesPerCell : on cell polyhedron cell #" << i << " presence of nodeId #" << *it << " should be in [0," <<   nbOfNodes << ") !";
7273                   throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
7274                 }
7275             }
7276           if(!s.empty())
7277             std::transform(ptToFill,ptToFill+spaceDim,ptToFill,std::bind2nd(std::multiplies<double>(),1./(double)s.size()));
7278           else
7279             {
7280               std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::computeIsoBarycenterOfNodesPerCell : on polyhedron cell #" << i << " there are no nodes !";
7281               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
7282             }
7283         }
7284     }
7285   return ret.retn();
7286 }
7287
7288 /*!
7289  * Returns a new DataArrayDouble holding barycenters of specified cells. The
7290  * barycenter is computed by averaging coordinates of cell nodes. The cells to treat
7291  * are specified via an array of cell ids. 
7292  *  \warning Validity of the specified cell ids is not checked! 
7293  *           Valid range is [ 0, \a this->getNumberOfCells() ).
7294  *  \param [in] begin - an array of cell ids of interest.
7295  *  \param [in] end - the end of \a begin, i.e. a pointer to its (last+1)-th element.
7296  *  \return DataArrayDouble * - a new instance of DataArrayDouble, of size ( \a
7297  *          end - \a begin ) tuples per \a this->getSpaceDimension() components. The
7298  *          caller is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
7299  *  \throw If the coordinates array is not set.
7300  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
7301  *
7302  *  \ref cpp_mcumesh_getPartBarycenterAndOwner "Here is a C++ example".<br>
7303  *  \ref  py_mcumesh_getPartBarycenterAndOwner "Here is a Python example".
7304  */
7305 DataArrayDouble *MEDCouplingUMesh::getPartBarycenterAndOwner(const int *begin, const int *end) const
7306 {
7307   DataArrayDouble *ret=DataArrayDouble::New();
7308   int spaceDim=getSpaceDimension();
7309   int nbOfTuple=(int)std::distance(begin,end);
7310   ret->alloc(nbOfTuple,spaceDim);
7311   double *ptToFill=ret->getPointer();
7312   double *tmp=new double[spaceDim];
7313   const int *nodal=_nodal_connec->getConstPointer();
7314   const int *nodalI=_nodal_connec_index->getConstPointer();
7315   const double *coor=_coords->getConstPointer();
7316   for(const int *w=begin;w!=end;w++)
7317     {
7318       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)nodal[nodalI[*w]];
7319       INTERP_KERNEL::computeBarycenter2<int,INTERP_KERNEL::ALL_C_MODE>(type,nodal+nodalI[*w]+1,nodalI[*w+1]-nodalI[*w]-1,coor,spaceDim,ptToFill);
7320       ptToFill+=spaceDim;
7321     }
7322   delete [] tmp;
7323   return ret;
7324 }
7325
7326 /*!
7327  * Returns a DataArrayDouble instance giving for each cell in \a this the equation of plane given by "a*X+b*Y+c*Z+d=0".
7328  * So the returned instance will have 4 components and \c this->getNumberOfCells() tuples.
7329  * So this method expects that \a this has a spaceDimension equal to 3 and meshDimension equal to 2.
7330  * The computation of the plane equation is done using each time the 3 first nodes of 2D cells.
7331  * This method is useful to detect 2D cells in 3D space that are not coplanar.
7332  * 
7333  * \return DataArrayDouble * - a new instance of DataArrayDouble having 4 components and a number of tuples equal to number of cells in \a this.
7334  * \throw If spaceDim!=3 or meshDim!=2.
7335  * \throw If connectivity of \a this is invalid.
7336  * \throw If connectivity of a cell in \a this points to an invalid node.
7337  */
7338 DataArrayDouble *MEDCouplingUMesh::computePlaneEquationOf3DFaces() const
7339 {
7340   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> ret(DataArrayDouble::New());
7341   int nbOfCells(getNumberOfCells()),nbOfNodes(getNumberOfNodes());
7342   if(getSpaceDimension()!=3 || getMeshDimension()!=2)
7343     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::computePlaneEquationOf3DFaces : This method must be applied on a mesh having meshDimension equal 2 and a spaceDimension equal to 3 !");
7344   ret->alloc(nbOfCells,4);
7345   double *retPtr(ret->getPointer());
7346   const int *nodal(_nodal_connec->begin()),*nodalI(_nodal_connec_index->begin());
7347   const double *coor(_coords->begin());
7348   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,nodalI++,retPtr+=4)
7349     {
7350       double matrix[16]={0,0,0,1,0,0,0,1,0,0,0,1,1,1,1,0},matrix2[16];
7351       if(nodalI[1]-nodalI[0]>=3)
7352         {
7353           for(int j=0;j<3;j++)
7354             {
7355               int nodeId(nodal[nodalI[0]+1+j]);
7356               if(nodeId>=0 && nodeId<nbOfNodes)
7357                 std::copy(coor+nodeId*3,coor+(nodeId+1)*3,matrix+4*j);
7358               else
7359                 {
7360                   std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::computePlaneEquationOf3DFaces : invalid 2D cell #" << i << " ! This cell points to an invalid nodeId : " << nodeId << " !";
7361                   throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
7362                 }
7363             }
7364         }
7365       else
7366         {
7367           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::computePlaneEquationOf3DFaces : invalid 2D cell #" << i << " ! Must be constitued by more than 3 nodes !";
7368           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
7369         }
7370       INTERP_KERNEL::inverseMatrix(matrix,4,matrix2);
7371       retPtr[0]=matrix2[3]; retPtr[1]=matrix2[7]; retPtr[2]=matrix2[11]; retPtr[3]=matrix2[15];
7372     }
7373   return ret.retn();
7374 }
7375
7376 /*!
7377  * This method expects as input a DataArrayDouble non nul instance 'da' that should be allocated. If not an exception is thrown.
7378  * 
7379  */
7380 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::Build0DMeshFromCoords(DataArrayDouble *da)
7381 {
7382   if(!da)
7383     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::Build0DMeshFromCoords : instance of DataArrayDouble must be not null !");
7384   da->checkAllocated();
7385   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret=MEDCouplingUMesh::New(da->getName().c_str(),0);
7386   ret->setCoords(da);
7387   int nbOfTuples=da->getNumberOfTuples();
7388   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> c=DataArrayInt::New();
7389   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cI=DataArrayInt::New();
7390   c->alloc(2*nbOfTuples,1);
7391   cI->alloc(nbOfTuples+1,1);
7392   int *cp=c->getPointer();
7393   int *cip=cI->getPointer();
7394   *cip++=0;
7395   for(int i=0;i<nbOfTuples;i++)
7396     {
7397       *cp++=INTERP_KERNEL::NORM_POINT1;
7398       *cp++=i;
7399       *cip++=2*(i+1);
7400     }
7401   ret->setConnectivity(c,cI,true);
7402   return ret.retn();
7403 }
7404 /*!
7405  * Creates a new MEDCouplingUMesh by concatenating two given meshes of the same dimension.
7406  * Cells and nodes of
7407  * the first mesh precede cells and nodes of the second mesh within the result mesh.
7408  *  \param [in] mesh1 - the first mesh.
7409  *  \param [in] mesh2 - the second mesh.
7410  *  \return MEDCouplingUMesh * - the result mesh. It is a new instance of
7411  *          MEDCouplingUMesh. The caller is to delete this mesh using decrRef() as it
7412  *          is no more needed.
7413  *  \throw If \a mesh1 == NULL or \a mesh2 == NULL.
7414  *  \throw If the coordinates array is not set in none of the meshes.
7415  *  \throw If \a mesh1->getMeshDimension() < 0 or \a mesh2->getMeshDimension() < 0.
7416  *  \throw If \a mesh1->getMeshDimension() != \a mesh2->getMeshDimension().
7417  */
7418 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::MergeUMeshes(const MEDCouplingUMesh *mesh1, const MEDCouplingUMesh *mesh2)
7419 {
7420   std::vector<const MEDCouplingUMesh *> tmp(2);
7421   tmp[0]=const_cast<MEDCouplingUMesh *>(mesh1); tmp[1]=const_cast<MEDCouplingUMesh *>(mesh2);
7422   return MergeUMeshes(tmp);
7423 }
7424
7425 /*!
7426  * Creates a new MEDCouplingUMesh by concatenating all given meshes of the same dimension.
7427  * Cells and nodes of
7428  * the *i*-th mesh precede cells and nodes of the (*i*+1)-th mesh within the result mesh.
7429  *  \param [in] a - a vector of meshes (MEDCouplingUMesh) to concatenate.
7430  *  \return MEDCouplingUMesh * - the result mesh. It is a new instance of
7431  *          MEDCouplingUMesh. The caller is to delete this mesh using decrRef() as it
7432  *          is no more needed.
7433  *  \throw If \a a.size() == 0.
7434  *  \throw If \a a[ *i* ] == NULL.
7435  *  \throw If the coordinates array is not set in none of the meshes.
7436  *  \throw If \a a[ *i* ]->getMeshDimension() < 0.
7437  *  \throw If the meshes in \a a are of different dimension (getMeshDimension()).
7438 */
7439 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::MergeUMeshes(std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& a)
7440 {
7441   std::size_t sz=a.size();
7442   if(sz==0)
7443     return MergeUMeshesLL(a);
7444   for(std::size_t ii=0;ii<sz;ii++)
7445     if(!a[ii])
7446       {
7447         std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::MergeUMeshes : item #" << ii << " in input array of size "<< sz << " is empty !";
7448         throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
7449       }
7450   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> > bb(sz);
7451   std::vector< const MEDCouplingUMesh * > aa(sz);
7452   int spaceDim=-3;
7453   for(std::size_t i=0;i<sz && spaceDim==-3;i++)
7454     {
7455       const MEDCouplingUMesh *cur=a[i];
7456       const DataArrayDouble *coo=cur->getCoords();
7457       if(coo)
7458         spaceDim=coo->getNumberOfComponents();
7459     }
7460   if(spaceDim==-3)
7461     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::MergeUMeshes : no spaceDim specified ! unable to perform merge !");
7462   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
7463     {
7464       bb[i]=a[i]->buildSetInstanceFromThis(spaceDim);
7465       aa[i]=bb[i];
7466     }
7467   return MergeUMeshesLL(aa);
7468 }
7469
7470 /// @cond INTERNAL
7471
7472 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::MergeUMeshesLL(std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& a)
7473 {
7474   if(a.empty())
7475     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::MergeUMeshes : input array must be NON EMPTY !");
7476   std::vector<const MEDCouplingUMesh *>::const_iterator it=a.begin();
7477   int meshDim=(*it)->getMeshDimension();
7478   int nbOfCells=(*it)->getNumberOfCells();
7479   int meshLgth=(*it++)->getMeshLength();
7480   for(;it!=a.end();it++)
7481     {
7482       if(meshDim!=(*it)->getMeshDimension())
7483         throw INTERP_KERNEL::Exception("Mesh dimensions mismatches, MergeUMeshes impossible !");
7484       nbOfCells+=(*it)->getNumberOfCells();
7485       meshLgth+=(*it)->getMeshLength();
7486     }
7487   std::vector<const MEDCouplingPointSet *> aps(a.size());
7488   std::copy(a.begin(),a.end(),aps.begin());
7489   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> pts=MergeNodesArray(aps);
7490   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret=MEDCouplingUMesh::New("merge",meshDim);
7491   ret->setCoords(pts);
7492   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> c=DataArrayInt::New();
7493   c->alloc(meshLgth,1);
7494   int *cPtr=c->getPointer();
7495   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cI=DataArrayInt::New();
7496   cI->alloc(nbOfCells+1,1);
7497   int *cIPtr=cI->getPointer();
7498   *cIPtr++=0;
7499   int offset=0;
7500   int offset2=0;
7501   for(it=a.begin();it!=a.end();it++)
7502     {
7503       int curNbOfCell=(*it)->getNumberOfCells();
7504       const int *curCI=(*it)->_nodal_connec_index->getConstPointer();
7505       const int *curC=(*it)->_nodal_connec->getConstPointer();
7506       cIPtr=std::transform(curCI+1,curCI+curNbOfCell+1,cIPtr,std::bind2nd(std::plus<int>(),offset));
7507       for(int j=0;j<curNbOfCell;j++)
7508         {
7509           const int *src=curC+curCI[j];
7510           *cPtr++=*src++;
7511           for(;src!=curC+curCI[j+1];src++,cPtr++)
7512             {
7513               if(*src!=-1)
7514                 *cPtr=*src+offset2;
7515               else
7516                 *cPtr=-1;
7517             }
7518         }
7519       offset+=curCI[curNbOfCell];
7520       offset2+=(*it)->getNumberOfNodes();
7521     }
7522   //
7523   ret->setConnectivity(c,cI,true);
7524   return ret.retn();
7525 }
7526
7527 /// @endcond
7528
7529 /*!
7530  * Creates a new MEDCouplingUMesh by concatenating cells of two given meshes of same
7531  * dimension and sharing the node coordinates array.
7532  * All cells of the first mesh precede all cells of the second mesh
7533  * within the result mesh. 
7534  *  \param [in] mesh1 - the first mesh.
7535  *  \param [in] mesh2 - the second mesh.
7536  *  \return MEDCouplingUMesh * - the result mesh. It is a new instance of
7537  *          MEDCouplingUMesh. The caller is to delete this mesh using decrRef() as it
7538  *          is no more needed.
7539  *  \throw If \a mesh1 == NULL or \a mesh2 == NULL.
7540  *  \throw If the meshes do not share the node coordinates array.
7541  *  \throw If \a mesh1->getMeshDimension() < 0 or \a mesh2->getMeshDimension() < 0.
7542  *  \throw If \a mesh1->getMeshDimension() != \a mesh2->getMeshDimension().
7543  */
7544 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::MergeUMeshesOnSameCoords(const MEDCouplingUMesh *mesh1, const MEDCouplingUMesh *mesh2)
7545 {
7546   std::vector<const MEDCouplingUMesh *> tmp(2);
7547   tmp[0]=mesh1; tmp[1]=mesh2;
7548   return MergeUMeshesOnSameCoords(tmp);
7549 }
7550
7551 /*!
7552  * Creates a new MEDCouplingUMesh by concatenating cells of all given meshes of same
7553  * dimension and sharing the node coordinates array.
7554  * All cells of the *i*-th mesh precede all cells of the
7555  * (*i*+1)-th mesh within the result mesh.
7556  *  \param [in] a - a vector of meshes (MEDCouplingUMesh) to concatenate.
7557  *  \return MEDCouplingUMesh * - the result mesh. It is a new instance of
7558  *          MEDCouplingUMesh. The caller is to delete this mesh using decrRef() as it
7559  *          is no more needed.
7560  *  \throw If \a a.size() == 0.
7561  *  \throw If \a a[ *i* ] == NULL.
7562  *  \throw If the meshes do not share the node coordinates array.
7563  *  \throw If \a a[ *i* ]->getMeshDimension() < 0.
7564  *  \throw If the meshes in \a a are of different dimension (getMeshDimension()).
7565  */
7566 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::MergeUMeshesOnSameCoords(const std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& meshes)
7567 {
7568   if(meshes.empty())
7569     throw INTERP_KERNEL::Exception("meshes input parameter is expected to be non empty.");
7570   for(std::size_t ii=0;ii<meshes.size();ii++)
7571     if(!meshes[ii])
7572       {
7573         std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::MergeUMeshesOnSameCoords : item #" << ii << " in input array of size "<< meshes.size() << " is empty !";
7574         throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
7575       }
7576   const DataArrayDouble *coords=meshes.front()->getCoords();
7577   int meshDim=meshes.front()->getMeshDimension();
7578   std::vector<const MEDCouplingUMesh *>::const_iterator iter=meshes.begin();
7579   int meshLgth=0;
7580   int meshIndexLgth=0;
7581   for(;iter!=meshes.end();iter++)
7582     {
7583       if(coords!=(*iter)->getCoords())
7584         throw INTERP_KERNEL::Exception("meshes does not share the same coords ! Try using tryToShareSameCoords method !");
7585       if(meshDim!=(*iter)->getMeshDimension())
7586         throw INTERP_KERNEL::Exception("Mesh dimensions mismatches, FuseUMeshesOnSameCoords impossible !");
7587       meshLgth+=(*iter)->getMeshLength();
7588       meshIndexLgth+=(*iter)->getNumberOfCells();
7589     }
7590   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> nodal=DataArrayInt::New();
7591   nodal->alloc(meshLgth,1);
7592   int *nodalPtr=nodal->getPointer();
7593   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> nodalIndex=DataArrayInt::New();
7594   nodalIndex->alloc(meshIndexLgth+1,1);
7595   int *nodalIndexPtr=nodalIndex->getPointer();
7596   int offset=0;
7597   for(iter=meshes.begin();iter!=meshes.end();iter++)
7598     {
7599       const int *nod=(*iter)->getNodalConnectivity()->getConstPointer();
7600       const int *index=(*iter)->getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
7601       int nbOfCells=(*iter)->getNumberOfCells();
7602       int meshLgth2=(*iter)->getMeshLength();
7603       nodalPtr=std::copy(nod,nod+meshLgth2,nodalPtr);
7604       if(iter!=meshes.begin())
7605         nodalIndexPtr=std::transform(index+1,index+nbOfCells+1,nodalIndexPtr,std::bind2nd(std::plus<int>(),offset));
7606       else
7607         nodalIndexPtr=std::copy(index,index+nbOfCells+1,nodalIndexPtr);
7608       offset+=meshLgth2;
7609     }
7610   MEDCouplingUMesh *ret=MEDCouplingUMesh::New();
7611   ret->setName("merge");
7612   ret->setMeshDimension(meshDim);
7613   ret->setConnectivity(nodal,nodalIndex,true);
7614   ret->setCoords(coords);
7615   return ret;
7616 }
7617
7618 /*!
7619  * Creates a new MEDCouplingUMesh by concatenating cells of all given meshes of same
7620  * dimension and sharing the node coordinates array. Cells of the *i*-th mesh precede
7621  * cells of the (*i*+1)-th mesh within the result mesh. Duplicates of cells are
7622  * removed from \a this mesh and arrays mapping between new and old cell ids in "Old to
7623  * New" mode are returned for each input mesh.
7624  *  \param [in] meshes - a vector of meshes (MEDCouplingUMesh) to concatenate.
7625  *  \param [in] compType - specifies a cell comparison technique. For meaning of its
7626  *          valid values [0,1,2], see zipConnectivityTraducer().
7627  *  \param [in,out] corr - an array of DataArrayInt, of the same size as \a
7628  *          meshes. The *i*-th array describes cell ids mapping for \a meshes[ *i* ]
7629  *          mesh. The caller is to delete each of the arrays using decrRef() as it is
7630  *          no more needed.
7631  *  \return MEDCouplingUMesh * - the result mesh. It is a new instance of
7632  *          MEDCouplingUMesh. The caller is to delete this mesh using decrRef() as it
7633  *          is no more needed.
7634  *  \throw If \a meshes.size() == 0.
7635  *  \throw If \a meshes[ *i* ] == NULL.
7636  *  \throw If the meshes do not share the node coordinates array.
7637  *  \throw If \a meshes[ *i* ]->getMeshDimension() < 0.
7638  *  \throw If the \a meshes are of different dimension (getMeshDimension()).
7639  *  \throw If the nodal connectivity of cells of any of \a meshes is not defined.
7640  *  \throw If the nodal connectivity any of \a meshes includes an invalid id.
7641  */
7642 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::FuseUMeshesOnSameCoords(const std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& meshes, int compType, std::vector<DataArrayInt *>& corr)
7643 {
7644   //All checks are delegated to MergeUMeshesOnSameCoords
7645   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret=MergeUMeshesOnSameCoords(meshes);
7646   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> o2n=ret->zipConnectivityTraducer(compType);
7647   corr.resize(meshes.size());
7648   std::size_t nbOfMeshes=meshes.size();
7649   int offset=0;
7650   const int *o2nPtr=o2n->getConstPointer();
7651   for(std::size_t i=0;i<nbOfMeshes;i++)
7652     {
7653       DataArrayInt *tmp=DataArrayInt::New();
7654       int curNbOfCells=meshes[i]->getNumberOfCells();
7655       tmp->alloc(curNbOfCells,1);
7656       std::copy(o2nPtr+offset,o2nPtr+offset+curNbOfCells,tmp->getPointer());
7657       offset+=curNbOfCells;
7658       tmp->setName(meshes[i]->getName().c_str());
7659       corr[i]=tmp;
7660     }
7661   return ret.retn();
7662 }
7663
7664 /*!
7665  * Makes all given meshes share the nodal connectivity array. The common connectivity
7666  * array is created by concatenating the connectivity arrays of all given meshes. All
7667  * the given meshes must be of the same space dimension but dimension of cells **can
7668  * differ**. This method is particulary useful in MEDLoader context to build a \ref
7669  * ParaMEDMEM::MEDFileUMesh "MEDFileUMesh" instance that expects that underlying
7670  * MEDCouplingUMesh'es of different dimension share the same nodal connectivity array.
7671  *  \param [in,out] meshes - a vector of meshes to update.
7672  *  \throw If any of \a meshes is NULL.
7673  *  \throw If the coordinates array is not set in any of \a meshes.
7674  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined in any of \a meshes.
7675  *  \throw If \a meshes are of different space dimension.
7676  */
7677 void MEDCouplingUMesh::PutUMeshesOnSameAggregatedCoords(const std::vector<MEDCouplingUMesh *>& meshes)
7678 {
7679   std::size_t sz=meshes.size();
7680   if(sz==0 || sz==1)
7681     return;
7682   std::vector< const DataArrayDouble * > coords(meshes.size());
7683   std::vector< const DataArrayDouble * >::iterator it2=coords.begin();
7684   for(std::vector<MEDCouplingUMesh *>::const_iterator it=meshes.begin();it!=meshes.end();it++,it2++)
7685     {
7686       if((*it))
7687         {
7688           (*it)->checkConnectivityFullyDefined();
7689           const DataArrayDouble *coo=(*it)->getCoords();
7690           if(coo)
7691             *it2=coo;
7692           else
7693             {
7694               std::ostringstream oss; oss << " MEDCouplingUMesh::PutUMeshesOnSameAggregatedCoords : Item #" << std::distance(meshes.begin(),it) << " inside the vector of length " << meshes.size();
7695               oss << " has no coordinate array defined !";
7696               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
7697             }
7698         }
7699       else
7700         {
7701           std::ostringstream oss; oss << " MEDCouplingUMesh::PutUMeshesOnSameAggregatedCoords : Item #" << std::distance(meshes.begin(),it) << " inside the vector of length " << meshes.size();
7702           oss << " is null !";
7703           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
7704         }
7705     }
7706   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> res=DataArrayDouble::Aggregate(coords);
7707   std::vector<MEDCouplingUMesh *>::const_iterator it=meshes.begin();
7708   int offset=(*it)->getNumberOfNodes();
7709   (*it++)->setCoords(res);
7710   for(;it!=meshes.end();it++)
7711     {
7712       int oldNumberOfNodes=(*it)->getNumberOfNodes();
7713       (*it)->setCoords(res);
7714       (*it)->shiftNodeNumbersInConn(offset);
7715       offset+=oldNumberOfNodes;
7716     }
7717 }
7718
7719 /*!
7720  * Merges nodes coincident with a given precision within all given meshes that share
7721  * the nodal connectivity array. The given meshes **can be of different** mesh
7722  * dimension. This method is particulary useful in MEDLoader context to build a \ref
7723  * ParaMEDMEM::MEDFileUMesh "MEDFileUMesh" instance that expects that underlying
7724  * MEDCouplingUMesh'es of different dimension share the same nodal connectivity array. 
7725  *  \param [in,out] meshes - a vector of meshes to update.
7726  *  \param [in] eps - the precision used to detect coincident nodes (infinite norm).
7727  *  \throw If any of \a meshes is NULL.
7728  *  \throw If the \a meshes do not share the same node coordinates array.
7729  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined in any of \a meshes.
7730  */
7731 void MEDCouplingUMesh::MergeNodesOnUMeshesSharingSameCoords(const std::vector<MEDCouplingUMesh *>& meshes, double eps)
7732 {
7733   if(meshes.empty())
7734     return ;
7735   std::set<const DataArrayDouble *> s;
7736   for(std::vector<MEDCouplingUMesh *>::const_iterator it=meshes.begin();it!=meshes.end();it++)
7737     {
7738       if(*it)
7739         s.insert((*it)->getCoords());
7740       else
7741         {
7742           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::MergeNodesOnUMeshesSharingSameCoords : In input vector of unstructured meshes of size " << meshes.size() << " the element #" << std::distance(meshes.begin(),it) << " is null !";
7743           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
7744         }
7745     }
7746   if(s.size()!=1)
7747     {
7748       std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::MergeNodesOnUMeshesSharingSameCoords : In input vector of unstructured meshes of size " << meshes.size() << ", it appears that they do not share the same instance of DataArrayDouble for coordiantes ! tryToShareSameCoordsPermute method can help to reach that !";
7749       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
7750     }
7751   const DataArrayDouble *coo=*(s.begin());
7752   if(!coo)
7753     return;
7754   //
7755   DataArrayInt *comm,*commI;
7756   coo->findCommonTuples(eps,-1,comm,commI);
7757   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp1(comm),tmp2(commI);
7758   int oldNbOfNodes=coo->getNumberOfTuples();
7759   int newNbOfNodes;
7760   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> o2n=DataArrayInt::BuildOld2NewArrayFromSurjectiveFormat2(oldNbOfNodes,comm->begin(),commI->begin(),commI->end(),newNbOfNodes);
7761   if(oldNbOfNodes==newNbOfNodes)
7762     return ;
7763   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> newCoords=coo->renumberAndReduce(o2n->getConstPointer(),newNbOfNodes);
7764   for(std::vector<MEDCouplingUMesh *>::const_iterator it=meshes.begin();it!=meshes.end();it++)
7765     {
7766       (*it)->renumberNodesInConn(o2n->getConstPointer());
7767       (*it)->setCoords(newCoords);
7768     } 
7769 }
7770
7771 /*!
7772  * This method takes in input a cell defined by its MEDcouplingUMesh connectivity [ \a connBg , \a connEnd ) and returns its extruded cell by inserting the result at the end of ret.
7773  * \param nbOfNodesPerLev in parameter that specifies the number of nodes of one slice of global dataset
7774  * \param isQuad specifies the policy of connectivity.
7775  * @ret in/out parameter in which the result will be append
7776  */
7777 void MEDCouplingUMesh::AppendExtrudedCell(const int *connBg, const int *connEnd, int nbOfNodesPerLev, bool isQuad, std::vector<int>& ret)
7778 {
7779   INTERP_KERNEL::NormalizedCellType flatType=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)connBg[0];
7780   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(flatType);
7781   ret.push_back(cm.getExtrudedType());
7782   int deltaz=isQuad?2*nbOfNodesPerLev:nbOfNodesPerLev;
7783   switch(flatType)
7784     {
7785     case INTERP_KERNEL::NORM_POINT1:
7786       {
7787         ret.push_back(connBg[1]);
7788         ret.push_back(connBg[1]+nbOfNodesPerLev);
7789         break;
7790       }
7791     case INTERP_KERNEL::NORM_SEG2:
7792       {
7793         int conn[4]={connBg[1],connBg[2],connBg[2]+deltaz,connBg[1]+deltaz};
7794         ret.insert(ret.end(),conn,conn+4);
7795         break;
7796       }
7797     case INTERP_KERNEL::NORM_SEG3:
7798       {
7799         int conn[8]={connBg[1],connBg[3],connBg[3]+deltaz,connBg[1]+deltaz,connBg[2],connBg[3]+nbOfNodesPerLev,connBg[2]+deltaz,connBg[1]+nbOfNodesPerLev};
7800         ret.insert(ret.end(),conn,conn+8);
7801         break;
7802       }
7803     case INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4:
7804       {
7805         int conn[8]={connBg[1],connBg[2],connBg[3],connBg[4],connBg[1]+deltaz,connBg[2]+deltaz,connBg[3]+deltaz,connBg[4]+deltaz};
7806         ret.insert(ret.end(),conn,conn+8);
7807         break;
7808       }
7809     case INTERP_KERNEL::NORM_TRI3:
7810       {
7811         int conn[6]={connBg[1],connBg[2],connBg[3],connBg[1]+deltaz,connBg[2]+deltaz,connBg[3]+deltaz};
7812         ret.insert(ret.end(),conn,conn+6);
7813         break;
7814       }
7815     case INTERP_KERNEL::NORM_TRI6:
7816       {
7817         int conn[15]={connBg[1],connBg[2],connBg[3],connBg[1]+deltaz,connBg[2]+deltaz,connBg[3]+deltaz,connBg[4],connBg[5],connBg[6],connBg[4]+deltaz,connBg[5]+deltaz,connBg[6]+deltaz,
7818                       connBg[1]+nbOfNodesPerLev,connBg[2]+nbOfNodesPerLev,connBg[3]+nbOfNodesPerLev};
7819         ret.insert(ret.end(),conn,conn+15);
7820         break;
7821       }
7822     case INTERP_KERNEL::NORM_QUAD8:
7823       {
7824         int conn[20]={
7825           connBg[1],connBg[2],connBg[3],connBg[4],connBg[1]+deltaz,connBg[2]+deltaz,connBg[3]+deltaz,connBg[4]+deltaz,
7826           connBg[5],connBg[6],connBg[7],connBg[8],connBg[5]+deltaz,connBg[6]+deltaz,connBg[7]+deltaz,connBg[8]+deltaz,
7827           connBg[1]+nbOfNodesPerLev,connBg[2]+nbOfNodesPerLev,connBg[3]+nbOfNodesPerLev,connBg[4]+nbOfNodesPerLev
7828         };
7829         ret.insert(ret.end(),conn,conn+20);
7830         break;
7831       }
7832     case INTERP_KERNEL::NORM_POLYGON:
7833       {
7834         std::back_insert_iterator< std::vector<int> > ii(ret);
7835         std::copy(connBg+1,connEnd,ii);
7836         *ii++=-1;
7837         std::reverse_iterator<const int *> rConnBg(connEnd);
7838         std::reverse_iterator<const int *> rConnEnd(connBg+1);
7839         std::transform(rConnBg,rConnEnd,ii,std::bind2nd(std::plus<int>(),deltaz));
7840         std::size_t nbOfRadFaces=std::distance(connBg+1,connEnd);
7841         for(std::size_t i=0;i<nbOfRadFaces;i++)
7842           {
7843             *ii++=-1;
7844             int conn[4]={connBg[(i+1)%nbOfRadFaces+1],connBg[i+1],connBg[i+1]+deltaz,connBg[(i+1)%nbOfRadFaces+1]+deltaz};
7845             std::copy(conn,conn+4,ii);
7846           }
7847         break;
7848       }
7849     default:
7850       throw INTERP_KERNEL::Exception("A flat type has been detected that has not its extruded representation !");
7851     }
7852 }
7853
7854 /*!
7855  * This static operates only for coords in 3D. The polygon is specfied by its connectivity nodes in [ \a begin , \a end ).
7856  */
7857 bool MEDCouplingUMesh::IsPolygonWellOriented(bool isQuadratic, const double *vec, const int *begin, const int *end, const double *coords)
7858 {
7859   double v[3]={0.,0.,0.};
7860   std::size_t sz=std::distance(begin,end);
7861   if(isQuadratic)
7862     sz/=2;
7863   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
7864     {
7865       v[0]+=coords[3*begin[i]+1]*coords[3*begin[(i+1)%sz]+2]-coords[3*begin[i]+2]*coords[3*begin[(i+1)%sz]+1];
7866       v[1]+=coords[3*begin[i]+2]*coords[3*begin[(i+1)%sz]]-coords[3*begin[i]]*coords[3*begin[(i+1)%sz]+2];
7867       v[2]+=coords[3*begin[i]]*coords[3*begin[(i+1)%sz]+1]-coords[3*begin[i]+1]*coords[3*begin[(i+1)%sz]];
7868     }
7869   return vec[0]*v[0]+vec[1]*v[1]+vec[2]*v[2]>0.;
7870 }
7871
7872 /*!
7873  * The polyhedron is specfied by its connectivity nodes in [ \a begin , \a end ).
7874  */
7875 bool MEDCouplingUMesh::IsPolyhedronWellOriented(const int *begin, const int *end, const double *coords)
7876 {
7877   std::vector<std::pair<int,int> > edges;
7878   std::size_t nbOfFaces=std::count(begin,end,-1)+1;
7879   const int *bgFace=begin;
7880   for(std::size_t i=0;i<nbOfFaces;i++)
7881     {
7882       const int *endFace=std::find(bgFace+1,end,-1);
7883       std::size_t nbOfEdgesInFace=std::distance(bgFace,endFace);
7884       for(std::size_t j=0;j<nbOfEdgesInFace;j++)
7885         {
7886           std::pair<int,int> p1(bgFace[j],bgFace[(j+1)%nbOfEdgesInFace]);
7887           if(std::find(edges.begin(),edges.end(),p1)!=edges.end())
7888             return false;
7889           edges.push_back(p1);
7890         }
7891       bgFace=endFace+1;
7892     }
7893   return INTERP_KERNEL::calculateVolumeForPolyh2<int,INTERP_KERNEL::ALL_C_MODE>(begin,(int)std::distance(begin,end),coords)>-EPS_FOR_POLYH_ORIENTATION;
7894 }
7895
7896 /*!
7897  * The 3D extruded static cell (PENTA6,HEXA8,HEXAGP12...) its connectivity nodes in [ \a begin , \a end ).
7898  */
7899 bool MEDCouplingUMesh::Is3DExtrudedStaticCellWellOriented(const int *begin, const int *end, const double *coords)
7900 {
7901   double vec0[3],vec1[3];
7902   std::size_t sz=std::distance(begin,end);
7903   if(sz%2!=0)
7904     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::Is3DExtrudedStaticCellWellOriented : the length of nodal connectivity of extruded cell is not even !");
7905   int nbOfNodes=(int)sz/2;
7906   INTERP_KERNEL::areaVectorOfPolygon<int,INTERP_KERNEL::ALL_C_MODE>(begin,nbOfNodes,coords,vec0);
7907   const double *pt0=coords+3*begin[0];
7908   const double *pt1=coords+3*begin[nbOfNodes];
7909   vec1[0]=pt1[0]-pt0[0]; vec1[1]=pt1[1]-pt0[1]; vec1[2]=pt1[2]-pt0[2];
7910   return (vec0[0]*vec1[0]+vec0[1]*vec1[1]+vec0[2]*vec1[2])<0.;
7911 }
7912
7913 void MEDCouplingUMesh::CorrectExtrudedStaticCell(int *begin, int *end)
7914 {
7915   std::size_t sz=std::distance(begin,end);
7916   INTERP_KERNEL::AutoPtr<int> tmp=new int[sz];
7917   std::size_t nbOfNodes(sz/2);
7918   std::copy(begin,end,(int *)tmp);
7919   for(std::size_t j=1;j<nbOfNodes;j++)
7920     {
7921       begin[j]=tmp[nbOfNodes-j];
7922       begin[j+nbOfNodes]=tmp[nbOfNodes+nbOfNodes-j];
7923     }
7924 }
7925
7926 bool MEDCouplingUMesh::IsTetra4WellOriented(const int *begin, const int *end, const double *coords)
7927 {
7928   std::size_t sz=std::distance(begin,end);
7929   if(sz!=4)
7930     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::IsTetra4WellOriented : Tetra4 cell with not 4 nodes ! Call checkCoherency2 !");
7931   double vec0[3],vec1[3];
7932   const double *pt0=coords+3*begin[0],*pt1=coords+3*begin[1],*pt2=coords+3*begin[2],*pt3=coords+3*begin[3];
7933   vec0[0]=pt1[0]-pt0[0]; vec0[1]=pt1[1]-pt0[1]; vec0[2]=pt1[2]-pt0[2]; vec1[0]=pt2[0]-pt0[0]; vec1[1]=pt2[1]-pt0[1]; vec1[2]=pt2[2]-pt0[2]; 
7934   return ((vec0[1]*vec1[2]-vec0[2]*vec1[1])*(pt3[0]-pt0[0])+(vec0[2]*vec1[0]-vec0[0]*vec1[2])*(pt3[1]-pt0[1])+(vec0[0]*vec1[1]-vec0[1]*vec1[0])*(pt3[2]-pt0[2]))<0;
7935 }
7936
7937 bool MEDCouplingUMesh::IsPyra5WellOriented(const int *begin, const int *end, const double *coords)
7938 {
7939   std::size_t sz=std::distance(begin,end);
7940   if(sz!=5)
7941     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::IsPyra5WellOriented : Pyra5 cell with not 5 nodes ! Call checkCoherency2 !");
7942   double vec0[3];
7943   INTERP_KERNEL::areaVectorOfPolygon<int,INTERP_KERNEL::ALL_C_MODE>(begin,4,coords,vec0);
7944   const double *pt0=coords+3*begin[0],*pt1=coords+3*begin[4];
7945   return (vec0[0]*(pt1[0]-pt0[0])+vec0[1]*(pt1[1]-pt0[1])+vec0[2]*(pt1[2]-pt0[2]))<0.;
7946 }
7947
7948 /*!
7949  * This method performs a simplyfication of a single polyedron cell. To do that each face of cell whose connectivity is defined by [ \b begin , \b end ) 
7950  * is compared with the others in order to find faces in the same plane (with approx of eps). If any, the cells are grouped together and projected to
7951  * a 2D space.
7952  *
7953  * \param [in] eps is a relative precision that allows to establish if some 3D plane are coplanar or not.
7954  * \param [in] coords the coordinates with nb of components exactly equal to 3
7955  * \param [in] begin begin of the nodal connectivity (geometric type included) of a single polyhedron cell
7956  * \param [in] end end of nodal connectivity of a single polyhedron cell (excluded)
7957  * \param [out] res the result is put at the end of the vector without any alteration of the data.
7958  */
7959 void MEDCouplingUMesh::SimplifyPolyhedronCell(double eps, const DataArrayDouble *coords, const int *begin, const int *end, DataArrayInt *res)
7960 {
7961   int nbFaces=std::count(begin+1,end,-1)+1;
7962   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> v=DataArrayDouble::New(); v->alloc(nbFaces,3);
7963   double *vPtr=v->getPointer();
7964   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> p=DataArrayDouble::New(); p->alloc(nbFaces,1);
7965   double *pPtr=p->getPointer();
7966   const int *stFaceConn=begin+1;
7967   for(int i=0;i<nbFaces;i++,vPtr+=3,pPtr++)
7968     {
7969       const int *endFaceConn=std::find(stFaceConn,end,-1);
7970       ComputeVecAndPtOfFace(eps,coords->getConstPointer(),stFaceConn,endFaceConn,vPtr,pPtr);
7971       stFaceConn=endFaceConn+1;
7972     }
7973   pPtr=p->getPointer(); vPtr=v->getPointer();
7974   DataArrayInt *comm1=0,*commI1=0;
7975   v->findCommonTuples(eps,-1,comm1,commI1);
7976   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> comm1Auto(comm1),commI1Auto(commI1);
7977   const int *comm1Ptr=comm1->getConstPointer();
7978   const int *commI1Ptr=commI1->getConstPointer();
7979   int nbOfGrps1=commI1Auto->getNumberOfTuples()-1;
7980   res->pushBackSilent((int)INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED);
7981   //
7982   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> mm=MEDCouplingUMesh::New("",3);
7983   mm->setCoords(const_cast<DataArrayDouble *>(coords)); mm->allocateCells(1); mm->insertNextCell(INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED,(int)std::distance(begin+1,end),begin+1);
7984   mm->finishInsertingCells();
7985   //
7986   for(int i=0;i<nbOfGrps1;i++)
7987     {
7988       int vecId=comm1Ptr[commI1Ptr[i]];
7989       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> tmpgrp2=p->selectByTupleId(comm1Ptr+commI1Ptr[i],comm1Ptr+commI1Ptr[i+1]);
7990       DataArrayInt *comm2=0,*commI2=0;
7991       tmpgrp2->findCommonTuples(eps,-1,comm2,commI2);
7992       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> comm2Auto(comm2),commI2Auto(commI2);
7993       const int *comm2Ptr=comm2->getConstPointer();
7994       const int *commI2Ptr=commI2->getConstPointer();
7995       int nbOfGrps2=commI2Auto->getNumberOfTuples()-1;
7996       for(int j=0;j<nbOfGrps2;j++)
7997         {
7998           if(commI2Ptr[j+1]-commI2Ptr[j]<=1)
7999             {
8000               res->insertAtTheEnd(begin,end);
8001               res->pushBackSilent(-1);
8002             }
8003           else
8004             {
8005               int pointId=comm1Ptr[commI1Ptr[i]+comm2Ptr[commI2Ptr[j]]];
8006               MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ids2=comm2->selectByTupleId2(commI2Ptr[j],commI2Ptr[j+1],1);
8007               ids2->transformWithIndArr(comm1Ptr+commI1Ptr[i],comm1Ptr+commI1Ptr[i+1]);
8008               DataArrayInt *tmp0=DataArrayInt::New(),*tmp1=DataArrayInt::New(),*tmp2=DataArrayInt::New(),*tmp3=DataArrayInt::New();
8009               MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> mm2=mm->buildDescendingConnectivity(tmp0,tmp1,tmp2,tmp3); tmp0->decrRef(); tmp1->decrRef(); tmp2->decrRef(); tmp3->decrRef();
8010               MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> mm3=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(mm2->buildPartOfMySelf(ids2->begin(),ids2->end(),true));
8011               MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> idsNodeTmp=mm3->zipCoordsTraducer();
8012               MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> idsNode=idsNodeTmp->invertArrayO2N2N2O(mm3->getNumberOfNodes());
8013               const int *idsNodePtr=idsNode->getConstPointer();
8014               double center[3]; center[0]=pPtr[pointId]*vPtr[3*vecId]; center[1]=pPtr[pointId]*vPtr[3*vecId+1]; center[2]=pPtr[pointId]*vPtr[3*vecId+2];
8015               double vec[3]; vec[0]=vPtr[3*vecId+1]; vec[1]=-vPtr[3*vecId]; vec[2]=0.;
8016               double norm=vec[0]*vec[0]+vec[1]*vec[1]+vec[2]*vec[2];
8017               if(std::abs(norm)>eps)
8018                 {
8019                   double angle=INTERP_KERNEL::EdgeArcCircle::SafeAsin(norm);
8020                   mm3->rotate(center,vec,angle);
8021                 }
8022               mm3->changeSpaceDimension(2);
8023               MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> mm4=mm3->buildSpreadZonesWithPoly();
8024               const int *conn4=mm4->getNodalConnectivity()->getConstPointer();
8025               const int *connI4=mm4->getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
8026               int nbOfCells=mm4->getNumberOfCells();
8027               for(int k=0;k<nbOfCells;k++)
8028                 {
8029                   int l=0;
8030                   for(const int *work=conn4+connI4[k]+1;work!=conn4+connI4[k+1];work++,l++)
8031                     res->pushBackSilent(idsNodePtr[*work]);
8032                   res->pushBackSilent(-1);
8033                 }
8034             }
8035         }
8036     }
8037   res->popBackSilent();
8038 }
8039
8040 /*!
8041  * This method computes the normalized vector of the plane and the pos of the point belonging to the plane and the line defined by the vector going
8042  * through origin. The plane is defined by its nodal connectivity [ \b begin, \b end ).
8043  * 
8044  * \param [in] eps below that value the dot product of 2 vectors is considered as colinears
8045  * \param [in] coords coordinates expected to have 3 components.
8046  * \param [in] begin start of the nodal connectivity of the face.
8047  * \param [in] end end of the nodal connectivity (excluded) of the face.
8048  * \param [out] v the normalized vector of size 3
8049  * \param [out] p the pos of plane
8050  */
8051 void MEDCouplingUMesh::ComputeVecAndPtOfFace(double eps, const double *coords, const int *begin, const int *end, double *v, double *p)
8052 {
8053   std::size_t nbPoints=std::distance(begin,end);
8054   if(nbPoints<3)
8055     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::ComputeVecAndPtOfFace : < of 3 points in face ! not able to find a plane on that face !");
8056   double vec[3]={0.,0.,0.};
8057   std::size_t j=0;
8058   bool refFound=false;
8059   for(;j<nbPoints-1 && !refFound;j++)
8060     {
8061       vec[0]=coords[3*begin[j+1]]-coords[3*begin[j]];
8062       vec[1]=coords[3*begin[j+1]+1]-coords[3*begin[j]+1];
8063       vec[2]=coords[3*begin[j+1]+2]-coords[3*begin[j]+2];
8064       double norm=sqrt(vec[0]*vec[0]+vec[1]*vec[1]+vec[2]*vec[2]);
8065       if(norm>eps)
8066         {
8067           refFound=true;
8068           vec[0]/=norm; vec[1]/=norm; vec[2]/=norm;
8069         }
8070     }
8071   for(std::size_t i=j;i<nbPoints-1;i++)
8072     {
8073       double curVec[3];
8074       curVec[0]=coords[3*begin[i+1]]-coords[3*begin[i]];
8075       curVec[1]=coords[3*begin[i+1]+1]-coords[3*begin[i]+1];
8076       curVec[2]=coords[3*begin[i+1]+2]-coords[3*begin[i]+2];
8077       double norm=sqrt(curVec[0]*curVec[0]+curVec[1]*curVec[1]+curVec[2]*curVec[2]);
8078       if(norm<eps)
8079         continue;
8080       curVec[0]/=norm; curVec[1]/=norm; curVec[2]/=norm;
8081       v[0]=vec[1]*curVec[2]-vec[2]*curVec[1]; v[1]=vec[2]*curVec[0]-vec[0]*curVec[2]; v[2]=vec[0]*curVec[1]-vec[1]*curVec[0];
8082       norm=sqrt(v[0]*v[0]+v[1]*v[1]+v[2]*v[2]);
8083       if(norm>eps)
8084         {
8085           v[0]/=norm; v[1]/=norm; v[2]/=norm;
8086           *p=v[0]*coords[3*begin[i]]+v[1]*coords[3*begin[i]+1]+v[2]*coords[3*begin[i]+2];
8087           return ;
8088         }
8089     }
8090   throw INTERP_KERNEL::Exception("Not able to find a normal vector of that 3D face !");
8091 }
8092
8093 /*!
8094  * This method tries to obtain a well oriented polyhedron.
8095  * If the algorithm fails, an exception will be thrown.
8096  */
8097 void MEDCouplingUMesh::TryToCorrectPolyhedronOrientation(int *begin, int *end, const double *coords)
8098 {
8099   std::list< std::pair<int,int> > edgesOK,edgesFinished;
8100   std::size_t nbOfFaces=std::count(begin,end,-1)+1;
8101   std::vector<bool> isPerm(nbOfFaces,false);//field on faces False: I don't know, True : oriented
8102   isPerm[0]=true;
8103   int *bgFace=begin,*endFace=std::find(begin+1,end,-1);
8104   std::size_t nbOfEdgesInFace=std::distance(bgFace,endFace);
8105   for(std::size_t l=0;l<nbOfEdgesInFace;l++) { std::pair<int,int> p1(bgFace[l],bgFace[(l+1)%nbOfEdgesInFace]); edgesOK.push_back(p1); }
8106   //
8107   while(std::find(isPerm.begin(),isPerm.end(),false)!=isPerm.end())
8108     {
8109       bgFace=begin;
8110       std::size_t smthChanged=0;
8111       for(std::size_t i=0;i<nbOfFaces;i++)
8112         {
8113           endFace=std::find(bgFace+1,end,-1);
8114           nbOfEdgesInFace=std::distance(bgFace,endFace);
8115           if(!isPerm[i])
8116             {
8117               bool b;
8118               for(std::size_t j=0;j<nbOfEdgesInFace;j++)
8119                 {
8120                   std::pair<int,int> p1(bgFace[j],bgFace[(j+1)%nbOfEdgesInFace]);
8121                   std::pair<int,int> p2(p1.second,p1.first);
8122                   bool b1=std::find(edgesOK.begin(),edgesOK.end(),p1)!=edgesOK.end();
8123                   bool b2=std::find(edgesOK.begin(),edgesOK.end(),p2)!=edgesOK.end();
8124                   if(b1 || b2) { b=b2; isPerm[i]=true; smthChanged++; break; }
8125                 }
8126               if(isPerm[i])
8127                 { 
8128                   if(!b)
8129                     std::reverse(bgFace+1,endFace);
8130                   for(std::size_t j=0;j<nbOfEdgesInFace;j++)
8131                     {
8132                       std::pair<int,int> p1(bgFace[j],bgFace[(j+1)%nbOfEdgesInFace]);
8133                       std::pair<int,int> p2(p1.second,p1.first);
8134                       if(std::find(edgesOK.begin(),edgesOK.end(),p1)!=edgesOK.end())
8135                         { std::ostringstream oss; oss << "Face #" << j << " of polyhedron looks bad !"; throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str()); }
8136                       if(std::find(edgesFinished.begin(),edgesFinished.end(),p1)!=edgesFinished.end() || std::find(edgesFinished.begin(),edgesFinished.end(),p2)!=edgesFinished.end())
8137                         { std::ostringstream oss; oss << "Face #" << j << " of polyhedron looks bad !"; throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str()); }
8138                       std::list< std::pair<int,int> >::iterator it=std::find(edgesOK.begin(),edgesOK.end(),p2);
8139                       if(it!=edgesOK.end())
8140                         {
8141                           edgesOK.erase(it);
8142                           edgesFinished.push_back(p1);
8143                         }
8144                       else
8145                         edgesOK.push_back(p1);
8146                     }
8147                 }
8148             }
8149           bgFace=endFace+1;
8150         }
8151       if(smthChanged==0)
8152         { throw INTERP_KERNEL::Exception("The polyhedron looks too bad to be repaired !"); }
8153     }
8154   if(!edgesOK.empty())
8155     { throw INTERP_KERNEL::Exception("The polyhedron looks too bad to be repaired : Some edges are shared only once !"); }
8156   if(INTERP_KERNEL::calculateVolumeForPolyh2<int,INTERP_KERNEL::ALL_C_MODE>(begin,(int)std::distance(begin,end),coords)<-EPS_FOR_POLYH_ORIENTATION)
8157     {//not lucky ! The first face was not correctly oriented : reorient all faces...
8158       bgFace=begin;
8159       for(std::size_t i=0;i<nbOfFaces;i++)
8160         {
8161           endFace=std::find(bgFace+1,end,-1);
8162           std::reverse(bgFace+1,endFace);
8163           bgFace=endFace+1;
8164         }
8165     }
8166 }
8167
8168 /*!
8169  * This method makes the assumption spacedimension == meshdimension == 2.
8170  * This method works only for linear cells.
8171  * 
8172  * \return a newly allocated array containing the connectivity of a polygon type enum included (NORM_POLYGON in pos#0)
8173  */
8174 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::buildUnionOf2DMesh() const
8175 {
8176   if(getMeshDimension()!=2 || getSpaceDimension()!=2)
8177     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::buildUnionOf2DMesh : meshdimension, spacedimension must be equal to 2 !");
8178   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m=computeSkin();
8179   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> o2n=m->zipCoordsTraducer();
8180   int nbOfNodesExpected=m->getNumberOfNodes();
8181   if(m->getNumberOfCells()!=nbOfNodesExpected)
8182     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::buildUnionOf2DMesh : the mesh 2D in input appears to be not in a single part or a quadratic 2D mesh !");
8183   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> n2o=o2n->invertArrayO2N2N2O(m->getNumberOfNodes());
8184   const int *n2oPtr=n2o->getConstPointer();
8185   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> revNodal(DataArrayInt::New()),revNodalI(DataArrayInt::New());
8186   m->getReverseNodalConnectivity(revNodal,revNodalI);
8187   const int *revNodalPtr=revNodal->getConstPointer(),*revNodalIPtr=revNodalI->getConstPointer();
8188   const int *nodalPtr=m->getNodalConnectivity()->getConstPointer();
8189   const int *nodalIPtr=m->getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
8190   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New(); ret->alloc(nbOfNodesExpected+1,1);
8191   int *work=ret->getPointer();  *work++=INTERP_KERNEL::NORM_POLYGON;
8192   if(nbOfNodesExpected<1)
8193     return ret.retn();
8194   int prevCell=0;
8195   int prevNode=nodalPtr[nodalIPtr[0]+1];
8196   *work++=n2oPtr[prevNode];
8197   for(int i=1;i<nbOfNodesExpected;i++)
8198     {
8199       if(nodalIPtr[prevCell+1]-nodalIPtr[prevCell]==3)
8200         {
8201           std::set<int> conn(nodalPtr+nodalIPtr[prevCell]+1,nodalPtr+nodalIPtr[prevCell]+3);
8202           conn.erase(prevNode);
8203           if(conn.size()==1)
8204             {
8205               int curNode=*(conn.begin());
8206               *work++=n2oPtr[curNode];
8207               std::set<int> shar(revNodalPtr+revNodalIPtr[curNode],revNodalPtr+revNodalIPtr[curNode+1]);
8208               shar.erase(prevCell);
8209               if(shar.size()==1)
8210                 {
8211                   prevCell=*(shar.begin());
8212                   prevNode=curNode;
8213                 }
8214               else
8215                 throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::buildUnionOf2DMesh : presence of unexpected 2 !");
8216             }
8217           else
8218             throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::buildUnionOf2DMesh : presence of unexpected 1 !");
8219         }
8220       else
8221         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::buildUnionOf2DMesh : presence of unexpected cell !");
8222     }
8223   return ret.retn();
8224 }
8225
8226 /*!
8227  * This method makes the assumption spacedimension == meshdimension == 3.
8228  * This method works only for linear cells.
8229  * 
8230  * \return a newly allocated array containing the connectivity of a polygon type enum included (NORM_POLYHED in pos#0)
8231  */
8232 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::buildUnionOf3DMesh() const
8233 {
8234   if(getMeshDimension()!=3 || getSpaceDimension()!=3)
8235     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::buildUnionOf3DMesh : meshdimension, spacedimension must be equal to 2 !");
8236   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m=computeSkin();
8237   const int *conn=m->getNodalConnectivity()->getConstPointer();
8238   const int *connI=m->getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
8239   int nbOfCells=m->getNumberOfCells();
8240   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New(); ret->alloc(m->getNodalConnectivity()->getNumberOfTuples(),1);
8241   int *work=ret->getPointer();  *work++=INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED;
8242   if(nbOfCells<1)
8243     return ret.retn();
8244   work=std::copy(conn+connI[0]+1,conn+connI[1],work);
8245   for(int i=1;i<nbOfCells;i++)
8246     {
8247       *work++=-1;
8248       work=std::copy(conn+connI[i]+1,conn+connI[i+1],work);
8249     }
8250   return ret.retn();
8251 }
8252
8253 /*!
8254  * This method put in zip format into parameter 'zipFrmt' in full interlace mode.
8255  * This format is often asked by INTERP_KERNEL algorithms to avoid many indirections into coordinates array.
8256  */
8257 void MEDCouplingUMesh::FillInCompact3DMode(int spaceDim, int nbOfNodesInCell, const int *conn, const double *coo, double *zipFrmt)
8258 {
8259   double *w=zipFrmt;
8260   if(spaceDim==3)
8261     for(int i=0;i<nbOfNodesInCell;i++)
8262       w=std::copy(coo+3*conn[i],coo+3*conn[i]+3,w);
8263   else if(spaceDim==2)
8264     {
8265       for(int i=0;i<nbOfNodesInCell;i++)
8266         {
8267           w=std::copy(coo+2*conn[i],coo+2*conn[i]+2,w);
8268           *w++=0.;
8269         }
8270     }
8271   else
8272     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::FillInCompact3DMode : Invalid spaceDim specified : must be 2 or 3 !");
8273 }
8274
8275 void MEDCouplingUMesh::writeVTKLL(std::ostream& ofs, const std::string& cellData, const std::string& pointData, DataArrayByte *byteData) const
8276 {
8277   int nbOfCells=getNumberOfCells();
8278   if(nbOfCells<=0)
8279     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::writeVTK : the unstructured mesh has no cells !");
8280   static const int PARAMEDMEM2VTKTYPETRADUCER[INTERP_KERNEL::NORM_MAXTYPE+1]={1,3,21,5,9,7,22,34,23,28,-1,-1,-1,-1,10,14,13,-1,12,-1,24,-1,16,27,-1,26,-1,29,-1,-1,25,42,36,4};
8281   ofs << "  <" << getVTKDataSetType() << ">\n";
8282   ofs << "    <Piece NumberOfPoints=\"" << getNumberOfNodes() << "\" NumberOfCells=\"" << nbOfCells << "\">\n";
8283   ofs << "      <PointData>\n" << pointData << std::endl;
8284   ofs << "      </PointData>\n";
8285   ofs << "      <CellData>\n" << cellData << std::endl;
8286   ofs << "      </CellData>\n";
8287   ofs << "      <Points>\n";
8288   if(getSpaceDimension()==3)
8289     _coords->writeVTK(ofs,8,"Points",byteData);
8290   else
8291     {
8292       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> coo=_coords->changeNbOfComponents(3,0.);
8293       coo->writeVTK(ofs,8,"Points",byteData);
8294     }
8295   ofs << "      </Points>\n";
8296   ofs << "      <Cells>\n";
8297   const int *cPtr=_nodal_connec->getConstPointer();
8298   const int *cIPtr=_nodal_connec_index->getConstPointer();
8299   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> faceoffsets=DataArrayInt::New(); faceoffsets->alloc(nbOfCells,1);
8300   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> types=DataArrayInt::New(); types->alloc(nbOfCells,1);
8301   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> offsets=DataArrayInt::New(); offsets->alloc(nbOfCells,1);
8302   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> connectivity=DataArrayInt::New(); connectivity->alloc(_nodal_connec->getNumberOfTuples()-nbOfCells,1);
8303   int *w1=faceoffsets->getPointer(),*w2=types->getPointer(),*w3=offsets->getPointer(),*w4=connectivity->getPointer();
8304   int szFaceOffsets=0,szConn=0;
8305   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,w1++,w2++,w3++)
8306     {
8307       *w2=cPtr[cIPtr[i]];
8308       if((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)cPtr[cIPtr[i]]!=INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED)
8309         {
8310           *w1=-1;
8311           *w3=szConn+cIPtr[i+1]-cIPtr[i]-1; szConn+=cIPtr[i+1]-cIPtr[i]-1;
8312           w4=std::copy(cPtr+cIPtr[i]+1,cPtr+cIPtr[i+1],w4);
8313         }
8314       else
8315         {
8316           int deltaFaceOffset=cIPtr[i+1]-cIPtr[i]+1;
8317           *w1=szFaceOffsets+deltaFaceOffset; szFaceOffsets+=deltaFaceOffset;
8318           std::set<int> c(cPtr+cIPtr[i]+1,cPtr+cIPtr[i+1]); c.erase(-1);
8319           *w3=szConn+(int)c.size(); szConn+=(int)c.size();
8320           w4=std::copy(c.begin(),c.end(),w4);
8321         }
8322     }
8323   types->transformWithIndArr(PARAMEDMEM2VTKTYPETRADUCER,PARAMEDMEM2VTKTYPETRADUCER+INTERP_KERNEL::NORM_MAXTYPE);
8324   types->writeVTK(ofs,8,"UInt8","types",byteData);
8325   offsets->writeVTK(ofs,8,"Int32","offsets",byteData);
8326   if(szFaceOffsets!=0)
8327     {//presence of Polyhedra
8328       connectivity->reAlloc(szConn);
8329       faceoffsets->writeVTK(ofs,8,"Int32","faceoffsets",byteData);
8330       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> faces=DataArrayInt::New(); faces->alloc(szFaceOffsets,1);
8331       w1=faces->getPointer();
8332       for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
8333         if((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)cPtr[cIPtr[i]]==INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED)
8334           {
8335             int nbFaces=std::count(cPtr+cIPtr[i]+1,cPtr+cIPtr[i+1],-1)+1;
8336             *w1++=nbFaces;
8337             const int *w6=cPtr+cIPtr[i]+1,*w5=0;
8338             for(int j=0;j<nbFaces;j++)
8339               {
8340                 w5=std::find(w6,cPtr+cIPtr[i+1],-1);
8341                 *w1++=(int)std::distance(w6,w5);
8342                 w1=std::copy(w6,w5,w1);
8343                 w6=w5+1;
8344               }
8345           }
8346       faces->writeVTK(ofs,8,"Int32","faces",byteData);
8347     }
8348   connectivity->writeVTK(ofs,8,"Int32","connectivity",byteData);
8349   ofs << "      </Cells>\n";
8350   ofs << "    </Piece>\n";
8351   ofs << "  </" << getVTKDataSetType() << ">\n";
8352 }
8353
8354 void MEDCouplingUMesh::reprQuickOverview(std::ostream& stream) const
8355 {
8356   stream << "MEDCouplingUMesh C++ instance at " << this << ". Name : \"" << getName() << "\".";
8357   if(_mesh_dim==-2)
8358     { stream << " Not set !"; return ; }
8359   stream << " Mesh dimension : " << _mesh_dim << ".";
8360   if(_mesh_dim==-1)
8361     return ;
8362   if(!_coords)
8363     { stream << " No coordinates set !"; return ; }
8364   if(!_coords->isAllocated())
8365     { stream << " Coordinates set but not allocated !"; return ; }
8366   stream << " Space dimension : " << _coords->getNumberOfComponents() << "." << std::endl;
8367   stream << "Number of nodes : " << _coords->getNumberOfTuples() << ".";
8368   if(!_nodal_connec_index)
8369     { stream << std::endl << "Nodal connectivity NOT set !"; return ; }
8370   if(!_nodal_connec_index->isAllocated())
8371     { stream << std::endl << "Nodal connectivity set but not allocated !"; return ; }
8372   int lgth=_nodal_connec_index->getNumberOfTuples();
8373   int cpt=_nodal_connec_index->getNumberOfComponents();
8374   if(cpt!=1 || lgth<1)
8375     return ;
8376   stream << std::endl << "Number of cells : " << lgth-1 << ".";
8377 }
8378
8379 std::string MEDCouplingUMesh::getVTKDataSetType() const
8380 {
8381   return std::string("UnstructuredGrid");
8382 }
8383
8384 /*!
8385  * Partitions the first given 2D mesh using the second given 2D mesh as a tool, and
8386  * returns a result mesh constituted by polygons. The meshes should be in 2D space. In
8387  * addition, returns two arrays mapping cells of the result mesh to cells of the input
8388  * meshes.
8389  *  \param [in] m1 - the first input mesh which is a partitioned object.
8390  *  \param [in] m2 - the second input mesh which is a partition tool.
8391  *  \param [in] eps - precision used to detect coincident mesh entities.
8392  *  \param [out] cellNb1 - a new instance of DataArrayInt holding for each result
8393  *         cell an id of the cell of \a m1 it comes from. The caller is to delete
8394  *         this array using decrRef() as it is no more needed.
8395  *  \param [out] cellNb2 - a new instance of DataArrayInt holding for each result
8396  *         cell an id of the cell of \a m2 it comes from. -1 value means that a
8397  *         result cell comes from a cell (or part of cell) of \a m1 not overlapped by
8398  *         any cell of \a m2. The caller is to delete this array using decrRef() as
8399  *         it is no more needed.  
8400  *  \return MEDCouplingUMesh * - the result 2D mesh which is a new instance of
8401  *         MEDCouplingUMesh. The caller is to delete this mesh using decrRef() as it
8402  *         is no more needed.  
8403  *  \throw If the coordinates array is not set in any of the meshes.
8404  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined in any of the meshes.
8405  *  \throw If any of the meshes is not a 2D mesh in 2D space.
8406  */
8407 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::Intersect2DMeshes(const MEDCouplingUMesh *m1, const MEDCouplingUMesh *m2, double eps, DataArrayInt *&cellNb1, DataArrayInt *&cellNb2)
8408 {
8409   m1->checkFullyDefined();
8410   m2->checkFullyDefined();
8411   if(m1->getMeshDimension()!=2 || m1->getSpaceDimension()!=2 || m2->getMeshDimension()!=2 || m2->getSpaceDimension()!=2)
8412     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::Intersect2DMeshes works on umeshes m1 AND m2  with meshdim equal to 2 and spaceDim equal to 2 too!");
8413   std::vector< std::vector<int> > intersectEdge1, colinear2, subDiv2;
8414   MEDCouplingUMesh *m1Desc=0,*m2Desc=0;
8415   DataArrayInt *desc1=0,*descIndx1=0,*revDesc1=0,*revDescIndx1=0,*desc2=0,*descIndx2=0,*revDesc2=0,*revDescIndx2=0;
8416   std::vector<double> addCoo,addCoordsQuadratic;
8417   INTERP_KERNEL::QUADRATIC_PLANAR::_precision=eps;
8418   INTERP_KERNEL::QUADRATIC_PLANAR::_arc_detection_precision=eps;
8419   IntersectDescending2DMeshes(m1,m2,eps,intersectEdge1,colinear2, subDiv2,m1Desc,desc1,descIndx1,revDesc1,revDescIndx1,
8420                               m2Desc,desc2,descIndx2,revDesc2,revDescIndx2,addCoo);
8421   revDesc1->decrRef(); revDescIndx1->decrRef(); revDesc2->decrRef(); revDescIndx2->decrRef();
8422   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> dd1(desc1),dd2(descIndx1),dd3(desc2),dd4(descIndx2);
8423   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> dd5(m1Desc),dd6(m2Desc);
8424   std::vector< std::vector<int> > intersectEdge2;
8425   BuildIntersectEdges(m1Desc,m2Desc,addCoo,subDiv2,intersectEdge2);
8426   subDiv2.clear(); dd5=0; dd6=0;
8427   std::vector<int> cr,crI; //no DataArrayInt because interface with Geometric2D
8428   std::vector<int> cNb1,cNb2; //no DataArrayInt because interface with Geometric2D
8429   BuildIntersecting2DCellsFromEdges(eps,m1,desc1->getConstPointer(),descIndx1->getConstPointer(),intersectEdge1,colinear2,m2,desc2->getConstPointer(),descIndx2->getConstPointer(),intersectEdge2,addCoo,
8430                                     /* outputs -> */addCoordsQuadratic,cr,crI,cNb1,cNb2);
8431   //
8432   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> addCooDa=DataArrayDouble::New();
8433   addCooDa->alloc((int)(addCoo.size())/2,2);
8434   std::copy(addCoo.begin(),addCoo.end(),addCooDa->getPointer());
8435   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> addCoordsQuadraticDa=DataArrayDouble::New();
8436   addCoordsQuadraticDa->alloc((int)(addCoordsQuadratic.size())/2,2);
8437   std::copy(addCoordsQuadratic.begin(),addCoordsQuadratic.end(),addCoordsQuadraticDa->getPointer());
8438   std::vector<const DataArrayDouble *> coordss(4);
8439   coordss[0]=m1->getCoords(); coordss[1]=m2->getCoords(); coordss[2]=addCooDa; coordss[3]=addCoordsQuadraticDa;
8440   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> coo=DataArrayDouble::Aggregate(coordss);
8441   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret=MEDCouplingUMesh::New("Intersect2D",2);
8442   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> conn=DataArrayInt::New(); conn->alloc((int)cr.size(),1); std::copy(cr.begin(),cr.end(),conn->getPointer());
8443   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> connI=DataArrayInt::New(); connI->alloc((int)crI.size(),1); std::copy(crI.begin(),crI.end(),connI->getPointer());
8444   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> c1=DataArrayInt::New(); c1->alloc((int)cNb1.size(),1); std::copy(cNb1.begin(),cNb1.end(),c1->getPointer());
8445   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> c2=DataArrayInt::New(); c2->alloc((int)cNb2.size(),1); std::copy(cNb2.begin(),cNb2.end(),c2->getPointer());
8446   ret->setConnectivity(conn,connI,true);
8447   ret->setCoords(coo);
8448   cellNb1=c1.retn(); cellNb2=c2.retn();
8449   return ret.retn();
8450 }
8451
8452 void MEDCouplingUMesh::BuildIntersecting2DCellsFromEdges(double eps, const MEDCouplingUMesh *m1, const int *desc1, const int *descIndx1,
8453                                                          const std::vector<std::vector<int> >& intesctEdges1, const std::vector< std::vector<int> >& colinear2,
8454                                                          const MEDCouplingUMesh *m2, const int *desc2, const int *descIndx2, const std::vector<std::vector<int> >& intesctEdges2,
8455                                                          const std::vector<double>& addCoords,
8456                                                          std::vector<double>& addCoordsQuadratic, std::vector<int>& cr, std::vector<int>& crI, std::vector<int>& cNb1, std::vector<int>& cNb2)
8457 {
8458   static const int SPACEDIM=2;
8459   const double *coo1=m1->getCoords()->getConstPointer();
8460   const int *conn1=m1->getNodalConnectivity()->getConstPointer();
8461   const int *connI1=m1->getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
8462   int offset1=m1->getNumberOfNodes();
8463   const double *coo2=m2->getCoords()->getConstPointer();
8464   const int *conn2=m2->getNodalConnectivity()->getConstPointer();
8465   const int *connI2=m2->getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
8466   int offset2=offset1+m2->getNumberOfNodes();
8467   int offset3=offset2+((int)addCoords.size())/2;
8468   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> bbox1Arr(m1->getBoundingBoxForBBTree()),bbox2Arr(m2->getBoundingBoxForBBTree());
8469   const double *bbox1(bbox1Arr->begin()),*bbox2(bbox2Arr->begin());
8470   BBTree<SPACEDIM,int> myTree(bbox2,0,0,m2->getNumberOfCells(),eps);
8471   int ncell1=m1->getNumberOfCells();
8472   crI.push_back(0);
8473   for(int i=0;i<ncell1;i++)
8474     {
8475       std::vector<int> candidates2;
8476       myTree.getIntersectingElems(bbox1+i*2*SPACEDIM,candidates2);
8477       std::map<INTERP_KERNEL::Node *,int> mapp;
8478       std::map<int,INTERP_KERNEL::Node *> mappRev;
8479       INTERP_KERNEL::QuadraticPolygon pol1;
8480       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typ=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn1[connI1[i]];
8481       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(typ);
8482       MEDCouplingUMeshBuildQPFromMesh3(coo1,offset1,coo2,offset2,addCoords,desc1+descIndx1[i],desc1+descIndx1[i+1],intesctEdges1,/* output */mapp,mappRev);
8483       pol1.buildFromCrudeDataArray(mappRev,cm.isQuadratic(),conn1+connI1[i]+1,coo1,
8484                                    desc1+descIndx1[i],desc1+descIndx1[i+1],intesctEdges1);
8485       //
8486       std::set<INTERP_KERNEL::Edge *> edges1;// store all edges of pol1 that are NOT consumed by intersect cells. If any after iteration over candidates2 -> a part of pol1 should appear in result
8487       std::set<INTERP_KERNEL::Edge *> edgesBoundary2;// store all edges that are on boundary of (pol2 intersect pol1) minus edges on pol1.
8488       INTERP_KERNEL::IteratorOnComposedEdge it1(&pol1);
8489       for(it1.first();!it1.finished();it1.next())
8490         edges1.insert(it1.current()->getPtr());
8491       //
8492       std::map<int,std::vector<INTERP_KERNEL::ElementaryEdge *> > edgesIn2ForShare;
8493       std::vector<INTERP_KERNEL::QuadraticPolygon> pol2s(candidates2.size());
8494       int ii=0;
8495       for(std::vector<int>::const_iterator it2=candidates2.begin();it2!=candidates2.end();it2++,ii++)
8496         {
8497           INTERP_KERNEL::NormalizedCellType typ2=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)conn2[connI2[*it2]];
8498           const INTERP_KERNEL::CellModel& cm2=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(typ2);
8499           MEDCouplingUMeshBuildQPFromMesh3(coo1,offset1,coo2,offset2,addCoords,desc2+descIndx2[*it2],desc2+descIndx2[*it2+1],intesctEdges2,/* output */mapp,mappRev);
8500           pol2s[ii].buildFromCrudeDataArray2(mappRev,cm2.isQuadratic(),conn2+connI2[*it2]+1,coo2,desc2+descIndx2[*it2],desc2+descIndx2[*it2+1],intesctEdges2,
8501                                              pol1,desc1+descIndx1[i],desc1+descIndx1[i+1],intesctEdges1,colinear2,edgesIn2ForShare);
8502         }
8503       ii=0;
8504       for(std::vector<int>::const_iterator it2=candidates2.begin();it2!=candidates2.end();it2++,ii++)
8505         {
8506           pol1.initLocationsWithOther(pol2s[ii]);
8507           pol2s[ii].updateLocOfEdgeFromCrudeDataArray2(desc2+descIndx2[*it2],desc2+descIndx2[*it2+1],intesctEdges2,pol1,desc1+descIndx1[i],desc1+descIndx1[i+1],intesctEdges1,colinear2);
8508           //MEDCouplingUMeshAssignOnLoc(pol1,pol2,desc1+descIndx1[i],desc1+descIndx1[i+1],intesctEdges1,desc2+descIndx2[*it2],desc2+descIndx2[*it2+1],intesctEdges2,colinear2);
8509           pol1.buildPartitionsAbs(pol2s[ii],edges1,edgesBoundary2,mapp,i,*it2,offset3,addCoordsQuadratic,cr,crI,cNb1,cNb2);
8510         }
8511       if(!edges1.empty())
8512         {
8513           try
8514             {
8515               INTERP_KERNEL::QuadraticPolygon::ComputeResidual(pol1,edges1,edgesBoundary2,mapp,offset3,i,addCoordsQuadratic,cr,crI,cNb1,cNb2);
8516             }
8517           catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
8518             {
8519               std::ostringstream oss; oss << "Error when computing residual of cell #" << i << " in source/m1 mesh ! Maybe the neighbours of this cell in mesh are not well connected !\n" << "The deep reason is the following : " << e.what();
8520               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
8521             }
8522         }
8523       for(std::map<int,INTERP_KERNEL::Node *>::const_iterator it=mappRev.begin();it!=mappRev.end();it++)
8524         (*it).second->decrRef();
8525     }
8526 }
8527
8528 /*!
8529  * This method is private and is the first step of Partition of 2D mesh (spaceDim==2 and meshDim==2).
8530  * 
8531  */
8532 void MEDCouplingUMesh::IntersectDescending2DMeshes(const MEDCouplingUMesh *m1, const MEDCouplingUMesh *m2, double eps,
8533                                                    std::vector< std::vector<int> >& intersectEdge1, std::vector< std::vector<int> >& colinear2, std::vector< std::vector<int> >& subDiv2,
8534                                                    MEDCouplingUMesh *& m1Desc, DataArrayInt *&desc1, DataArrayInt *&descIndx1, DataArrayInt *&revDesc1, DataArrayInt *&revDescIndx1,
8535                                                    MEDCouplingUMesh *& m2Desc, DataArrayInt *&desc2, DataArrayInt *&descIndx2, DataArrayInt *&revDesc2, DataArrayInt *&revDescIndx2,
8536                                                    std::vector<double>& addCoo) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
8537 {
8538   static const int SPACEDIM=2;
8539   desc1=DataArrayInt::New(); descIndx1=DataArrayInt::New(); revDesc1=DataArrayInt::New(); revDescIndx1=DataArrayInt::New();
8540   desc2=DataArrayInt::New();
8541   descIndx2=DataArrayInt::New();
8542   revDesc2=DataArrayInt::New();
8543   revDescIndx2=DataArrayInt::New();
8544   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> dd1(desc1),dd2(descIndx1),dd3(revDesc1),dd4(revDescIndx1);
8545   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> dd5(desc2),dd6(descIndx2),dd7(revDesc2),dd8(revDescIndx2);
8546   m1Desc=m1->buildDescendingConnectivity2(desc1,descIndx1,revDesc1,revDescIndx1);
8547   m2Desc=m2->buildDescendingConnectivity2(desc2,descIndx2,revDesc2,revDescIndx2);
8548   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> dd9(m1Desc),dd10(m2Desc);
8549   const int *c1=m1Desc->getNodalConnectivity()->getConstPointer();
8550   const int *ci1=m1Desc->getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
8551   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> bbox1Arr(m1Desc->getBoundingBoxForBBTree()),bbox2Arr(m2Desc->getBoundingBoxForBBTree());
8552   const double *bbox1(bbox1Arr->begin()),*bbox2(bbox2Arr->begin());
8553   int ncell1=m1Desc->getNumberOfCells();
8554   int ncell2=m2Desc->getNumberOfCells();
8555   intersectEdge1.resize(ncell1);
8556   colinear2.resize(ncell2);
8557   subDiv2.resize(ncell2);
8558   BBTree<SPACEDIM,int> myTree(bbox2,0,0,m2Desc->getNumberOfCells(),-eps);
8559   std::vector<int> candidates1(1);
8560   int offset1=m1->getNumberOfNodes();
8561   int offset2=offset1+m2->getNumberOfNodes();
8562   for(int i=0;i<ncell1;i++)
8563     {
8564       std::vector<int> candidates2;
8565       myTree.getIntersectingElems(bbox1+i*2*SPACEDIM,candidates2);
8566       if(!candidates2.empty())
8567         {
8568           std::map<INTERP_KERNEL::Node *,int> map1,map2;
8569           INTERP_KERNEL::QuadraticPolygon *pol2=MEDCouplingUMeshBuildQPFromMesh(m2Desc,candidates2,map2);
8570           candidates1[0]=i;
8571           INTERP_KERNEL::QuadraticPolygon *pol1=MEDCouplingUMeshBuildQPFromMesh(m1Desc,candidates1,map1);
8572           // this following part is to avoid that a some remove nodes (for example due to a merge between pol1 and pol2) can be replaced by a newlt created one
8573           // This trick garanties that Node * are discriminant
8574           std::set<INTERP_KERNEL::Node *> nodes;
8575           pol1->getAllNodes(nodes); pol2->getAllNodes(nodes);
8576           std::size_t szz(nodes.size());
8577           std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<INTERP_KERNEL::Node> > nodesSafe(szz);
8578           std::set<INTERP_KERNEL::Node *>::const_iterator itt(nodes.begin());
8579           for(std::size_t iii=0;iii<szz;iii++,itt++)
8580             { (*itt)->incrRef(); nodesSafe[iii]=*itt; }
8581           // end of protection
8582           pol1->splitAbs(*pol2,map1,map2,offset1,offset2,candidates2,intersectEdge1[i],i,colinear2,subDiv2,addCoo);
8583           delete pol2;
8584           delete pol1;
8585         }
8586       else
8587         intersectEdge1[i].insert(intersectEdge1[i].end(),c1+ci1[i]+1,c1+ci1[i+1]);
8588     }
8589   m1Desc->incrRef(); desc1->incrRef(); descIndx1->incrRef(); revDesc1->incrRef(); revDescIndx1->incrRef();
8590   m2Desc->incrRef(); desc2->incrRef(); descIndx2->incrRef(); revDesc2->incrRef(); revDescIndx2->incrRef();
8591 }
8592
8593 /*!
8594  * This method performs the 2nd step of Partition of 2D mesh.
8595  * This method has 4 inputs :
8596  *  - a mesh 'm1' with meshDim==1 and a SpaceDim==2
8597  *  - a mesh 'm2' with meshDim==1 and a SpaceDim==2
8598  *  - subDiv of size 'm2->getNumberOfCells()' that lists for each seg cell in 'm' the splitting node ids in randomly sorted.
8599  * The aim of this method is to sort the splitting nodes, if any, and to put in 'intersectEdge' output paramter based on edges of mesh 'm2'
8600  * \param m1 is expected to be a mesh of meshDimension equal to 1 and spaceDim equal to 2. No check of that is performed by this method. Only present for its coords in case of 'subDiv' shares some nodes of 'm1'
8601  * \param m2 is expected to be a mesh of meshDimension equal to 1 and spaceDim equal to 2. No check of that is performed by this method.
8602  * \param addCoo input parameter with additionnal nodes linked to intersection of the 2 meshes.
8603  */
8604 void MEDCouplingUMesh::BuildIntersectEdges(const MEDCouplingUMesh *m1, const MEDCouplingUMesh *m2, const std::vector<double>& addCoo, const std::vector< std::vector<int> >& subDiv, std::vector< std::vector<int> >& intersectEdge)
8605 {
8606   int offset1=m1->getNumberOfNodes();
8607   int ncell=m2->getNumberOfCells();
8608   const int *c=m2->getNodalConnectivity()->getConstPointer();
8609   const int *cI=m2->getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
8610   const double *coo=m2->getCoords()->getConstPointer();
8611   const double *cooBis=m1->getCoords()->getConstPointer();
8612   int offset2=offset1+m2->getNumberOfNodes();
8613   intersectEdge.resize(ncell);
8614   for(int i=0;i<ncell;i++,cI++)
8615     {
8616       const std::vector<int>& divs=subDiv[i];
8617       int nnode=cI[1]-cI[0]-1;
8618       std::map<int, std::pair<INTERP_KERNEL::Node *,bool> > mapp2;
8619       std::map<INTERP_KERNEL::Node *, int> mapp22;
8620       for(int j=0;j<nnode;j++)
8621         {
8622           INTERP_KERNEL::Node *nn=new INTERP_KERNEL::Node(coo[2*c[(*cI)+j+1]],coo[2*c[(*cI)+j+1]+1]);
8623           int nnid=c[(*cI)+j+1];
8624           mapp2[nnid]=std::pair<INTERP_KERNEL::Node *,bool>(nn,true);
8625           mapp22[nn]=nnid+offset1;
8626         }
8627       INTERP_KERNEL::Edge *e=MEDCouplingUMeshBuildQPFromEdge((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)c[*cI],mapp2,c+(*cI)+1);
8628       for(std::map<int, std::pair<INTERP_KERNEL::Node *,bool> >::const_iterator it=mapp2.begin();it!=mapp2.end();it++)
8629         ((*it).second.first)->decrRef();
8630       std::vector<INTERP_KERNEL::Node *> addNodes(divs.size());
8631       std::map<INTERP_KERNEL::Node *,int> mapp3;
8632       for(std::size_t j=0;j<divs.size();j++)
8633         {
8634           int id=divs[j];
8635           INTERP_KERNEL::Node *tmp=0;
8636           if(id<offset1)
8637             tmp=new INTERP_KERNEL::Node(cooBis[2*id],cooBis[2*id+1]);
8638           else if(id<offset2)
8639             tmp=new INTERP_KERNEL::Node(coo[2*(id-offset1)],coo[2*(id-offset1)+1]);//if it happens, bad news mesh 'm2' is non conform.
8640           else
8641             tmp=new INTERP_KERNEL::Node(addCoo[2*(id-offset2)],addCoo[2*(id-offset2)+1]);
8642           addNodes[j]=tmp;
8643           mapp3[tmp]=id;
8644         }
8645       e->sortIdsAbs(addNodes,mapp22,mapp3,intersectEdge[i]);
8646       for(std::vector<INTERP_KERNEL::Node *>::const_iterator it=addNodes.begin();it!=addNodes.end();it++)
8647         (*it)->decrRef();
8648       e->decrRef();
8649     }
8650 }
8651
8652 /*!
8653  * This method is part of the Slice3D algorithm. It is the first step of assembly process, ones coordinates have been computed (by MEDCouplingUMesh::split3DCurveWithPlane method).
8654  * This method allows to compute given the status of 3D curve cells and the descending connectivity 3DSurf->3DCurve to deduce the intersection of each 3D surf cells
8655  * with a plane. The result will be put in 'cut3DSuf' out parameter.
8656  * \param [in] cut3DCurve  input paramter that gives for each 3DCurve cell if it owns fully to the plane or partially.
8657  * \param [out] nodesOnPlane, returns all the nodes that are on the plane.
8658  * \param [in] nodal3DSurf is the nodal connectivity of 3D surf mesh.
8659  * \param [in] nodalIndx3DSurf is the nodal connectivity index of 3D surf mesh.
8660  * \param [in] nodal3DCurve is the nodal connectivity of 3D curve mesh.
8661  * \param [in] nodal3DIndxCurve is the nodal connectivity index of 3D curve mesh.
8662  * \param [in] desc is the descending connectivity 3DSurf->3DCurve
8663  * \param [in] descIndx is the descending connectivity index 3DSurf->3DCurve
8664  * \param [out] cut3DSuf input/output param.
8665  */
8666 void MEDCouplingUMesh::AssemblyForSplitFrom3DCurve(const std::vector<int>& cut3DCurve, std::vector<int>& nodesOnPlane, const int *nodal3DSurf, const int *nodalIndx3DSurf,
8667                                                    const int *nodal3DCurve, const int *nodalIndx3DCurve,
8668                                                    const int *desc, const int *descIndx, 
8669                                                    std::vector< std::pair<int,int> >& cut3DSurf) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
8670 {
8671   std::set<int> nodesOnP(nodesOnPlane.begin(),nodesOnPlane.end());
8672   int nbOf3DSurfCell=(int)cut3DSurf.size();
8673   for(int i=0;i<nbOf3DSurfCell;i++)
8674     {
8675       std::vector<int> res;
8676       int offset=descIndx[i];
8677       int nbOfSeg=descIndx[i+1]-offset;
8678       for(int j=0;j<nbOfSeg;j++)
8679         {
8680           int edgeId=desc[offset+j];
8681           int status=cut3DCurve[edgeId];
8682           if(status!=-2)
8683             {
8684               if(status>-1)
8685                 res.push_back(status);
8686               else
8687                 {
8688                   res.push_back(nodal3DCurve[nodalIndx3DCurve[edgeId]+1]);
8689                   res.push_back(nodal3DCurve[nodalIndx3DCurve[edgeId]+2]);
8690                 }
8691             }
8692         }
8693       switch(res.size())
8694         {
8695         case 2:
8696           {
8697             cut3DSurf[i].first=res[0]; cut3DSurf[i].second=res[1];
8698             break;
8699           }
8700         case 1:
8701         case 0:
8702           {
8703             std::set<int> s1(nodal3DSurf+nodalIndx3DSurf[i]+1,nodal3DSurf+nodalIndx3DSurf[i+1]);
8704             std::set_intersection(nodesOnP.begin(),nodesOnP.end(),s1.begin(),s1.end(),std::back_insert_iterator< std::vector<int> >(res));
8705             if(res.size()==2)
8706               {
8707                 cut3DSurf[i].first=res[0]; cut3DSurf[i].second=res[1];
8708               }
8709             else
8710               {
8711                 cut3DSurf[i].first=-1; cut3DSurf[i].second=-1;
8712               }
8713             break;
8714           }
8715         default:
8716           {// case when plane is on a multi colinear edge of a polyhedron
8717             if((int)res.size()==2*nbOfSeg)
8718               {
8719                 cut3DSurf[i].first=-2; cut3DSurf[i].second=i;
8720               }
8721             else
8722               throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::AssemblyPointsFrom3DCurve : unexpected situation !");
8723           }
8724         }
8725     }
8726 }
8727
8728 /*!
8729  * \a this is expected to be a mesh with spaceDim==3 and meshDim==3. If not an exception will be thrown.
8730  * This method is part of the Slice3D algorithm. It is the second step of assembly process, ones coordinates have been computed (by MEDCouplingUMesh::split3DCurveWithPlane method).
8731  * This method allows to compute given the result of 3D surf cells with plane and the descending connectivity 3D->3DSurf to deduce the intersection of each 3D cells
8732  * with a plane. The result will be put in 'nodalRes' 'nodalResIndx' and 'cellIds' out parameters.
8733  * \param cut3DSurf  input paramter that gives for each 3DSurf its intersection with plane (result of MEDCouplingUMesh::AssemblyForSplitFrom3DCurve).
8734  * \param desc is the descending connectivity 3D->3DSurf
8735  * \param descIndx is the descending connectivity index 3D->3DSurf
8736  */
8737 void MEDCouplingUMesh::assemblyForSplitFrom3DSurf(const std::vector< std::pair<int,int> >& cut3DSurf,
8738                                                   const int *desc, const int *descIndx,
8739                                                   DataArrayInt *nodalRes, DataArrayInt *nodalResIndx, DataArrayInt *cellIds) const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
8740 {
8741   checkFullyDefined();
8742   if(getMeshDimension()!=3 || getSpaceDimension()!=3)
8743     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::assemblyForSplitFrom3DSurf works on umeshes with meshdim equal to 3 and spaceDim equal to 3 too!");
8744   const int *nodal3D=_nodal_connec->getConstPointer();
8745   const int *nodalIndx3D=_nodal_connec_index->getConstPointer();
8746   int nbOfCells=getNumberOfCells();
8747   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
8748     {
8749       std::map<int, std::set<int> > m;
8750       int offset=descIndx[i];
8751       int nbOfFaces=descIndx[i+1]-offset;
8752       int start=-1;
8753       int end=-1;
8754       for(int j=0;j<nbOfFaces;j++)
8755         {
8756           const std::pair<int,int>& p=cut3DSurf[desc[offset+j]];
8757           if(p.first!=-1 && p.second!=-1)
8758             {
8759               if(p.first!=-2)
8760                 {
8761                   start=p.first; end=p.second;
8762                   m[p.first].insert(p.second);
8763                   m[p.second].insert(p.first);
8764                 }
8765               else
8766                 {
8767                   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)nodal3D[nodalIndx3D[i]]);
8768                   int sz=nodalIndx3D[i+1]-nodalIndx3D[i]-1;
8769                   INTERP_KERNEL::AutoPtr<int> tmp=new int[sz];
8770                   INTERP_KERNEL::NormalizedCellType cmsId;
8771                   unsigned nbOfNodesSon=cm.fillSonCellNodalConnectivity2(j,nodal3D+nodalIndx3D[i]+1,sz,tmp,cmsId);
8772                   start=tmp[0]; end=tmp[nbOfNodesSon-1];
8773                   for(unsigned k=0;k<nbOfNodesSon;k++)
8774                     {
8775                       m[tmp[k]].insert(tmp[(k+1)%nbOfNodesSon]);
8776                       m[tmp[(k+1)%nbOfNodesSon]].insert(tmp[k]);
8777                     }
8778                 }
8779             }
8780         }
8781       if(m.empty())
8782         continue;
8783       std::vector<int> conn(1,(int)INTERP_KERNEL::NORM_POLYGON);
8784       int prev=end;
8785       while(end!=start)
8786         {
8787           std::map<int, std::set<int> >::const_iterator it=m.find(start);
8788           const std::set<int>& s=(*it).second;
8789           std::set<int> s2; s2.insert(prev);
8790           std::set<int> s3;
8791           std::set_difference(s.begin(),s.end(),s2.begin(),s2.end(),inserter(s3,s3.begin()));
8792           if(s3.size()==1)
8793             {
8794               int val=*s3.begin();
8795               conn.push_back(start);
8796               prev=start;
8797               start=val;
8798             }
8799           else
8800             start=end;
8801         }
8802       conn.push_back(end);
8803       if(conn.size()>3)
8804         {
8805           nodalRes->insertAtTheEnd(conn.begin(),conn.end());
8806           nodalResIndx->pushBackSilent(nodalRes->getNumberOfTuples());
8807           cellIds->pushBackSilent(i);
8808         }
8809     }
8810 }
8811
8812 /*!
8813  * This method compute the convex hull of a single 2D cell. This method tries to conserve at maximum the given input connectivity. In particular, if the orientation of cell is not clockwise
8814  * as in MED format norm. If definitely the result of Jarvis algorithm is not matchable with the input connectivity, the result will be copied into \b nodalConnecOut parameter and
8815  * the geometric cell type set to INTERP_KERNEL::NORM_POLYGON.
8816  * This method excepts that \b coords parameter is expected to be in dimension 2. [ \b nodalConnBg , \b nodalConnEnd ) is the nodal connectivity of the input
8817  * cell (geometric cell type included at the position 0). If the meshdimension of the input cell is not equal to 2 an INTERP_KERNEL::Exception will be thrown.
8818  * 
8819  * \return false if the input connectivity represents already the convex hull, true if the input cell needs to be reordered.
8820  */
8821 bool MEDCouplingUMesh::BuildConvexEnvelopOf2DCellJarvis(const double *coords, const int *nodalConnBg, const int *nodalConnEnd, DataArrayInt *nodalConnecOut)
8822 {
8823   std::size_t sz=std::distance(nodalConnBg,nodalConnEnd);
8824   if(sz>=4)
8825     {
8826       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)*nodalConnBg);
8827       if(cm.getDimension()==2)
8828         {
8829           const int *node=nodalConnBg+1;
8830           int startNode=*node++;
8831           double refX=coords[2*startNode];
8832           for(;node!=nodalConnEnd;node++)
8833             {
8834               if(coords[2*(*node)]<refX)
8835                 {
8836                   startNode=*node;
8837                   refX=coords[2*startNode];
8838                 }
8839             }
8840           std::vector<int> tmpOut; tmpOut.reserve(sz); tmpOut.push_back(startNode);
8841           refX=1e300;
8842           double tmp1;
8843           double tmp2[2];
8844           double angle0=-M_PI/2;
8845           //
8846           int nextNode=-1;
8847           int prevNode=-1;
8848           double resRef;
8849           double angleNext=0.;
8850           while(nextNode!=startNode)
8851             {
8852               nextNode=-1;
8853               resRef=1e300;
8854               for(node=nodalConnBg+1;node!=nodalConnEnd;node++)
8855                 {
8856                   if(*node!=tmpOut.back() && *node!=prevNode)
8857                     {
8858                       tmp2[0]=coords[2*(*node)]-coords[2*tmpOut.back()]; tmp2[1]=coords[2*(*node)+1]-coords[2*tmpOut.back()+1];
8859                       double angleM=INTERP_KERNEL::EdgeArcCircle::GetAbsoluteAngle(tmp2,tmp1);
8860                       double res;
8861                       if(angleM<=angle0)
8862                         res=angle0-angleM;
8863                       else
8864                         res=angle0-angleM+2.*M_PI;
8865                       if(res<resRef)
8866                         {
8867                           nextNode=*node;
8868                           resRef=res;
8869                           angleNext=angleM;
8870                         }
8871                     }
8872                 }
8873               if(nextNode!=startNode)
8874                 {
8875                   angle0=angleNext-M_PI;
8876                   if(angle0<-M_PI)
8877                     angle0+=2*M_PI;
8878                   prevNode=tmpOut.back();
8879                   tmpOut.push_back(nextNode);
8880                 }
8881             }
8882           std::vector<int> tmp3(2*(sz-1));
8883           std::vector<int>::iterator it=std::copy(nodalConnBg+1,nodalConnEnd,tmp3.begin());
8884           std::copy(nodalConnBg+1,nodalConnEnd,it);
8885           if(std::search(tmp3.begin(),tmp3.end(),tmpOut.begin(),tmpOut.end())!=tmp3.end())
8886             {
8887               nodalConnecOut->insertAtTheEnd(nodalConnBg,nodalConnEnd);
8888               return false;
8889             }
8890           if(std::search(tmp3.rbegin(),tmp3.rend(),tmpOut.begin(),tmpOut.end())!=tmp3.rend())
8891             {
8892               nodalConnecOut->insertAtTheEnd(nodalConnBg,nodalConnEnd);
8893               return false;
8894             }
8895           else
8896             {
8897               nodalConnecOut->pushBackSilent((int)INTERP_KERNEL::NORM_POLYGON);
8898               nodalConnecOut->insertAtTheEnd(tmpOut.begin(),tmpOut.end());
8899               return true;
8900             }
8901         }
8902       else
8903         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::BuildConvexEnvelopOf2DCellJarvis : invalid 2D cell connectivity !");
8904     }
8905   else
8906     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::BuildConvexEnvelopOf2DCellJarvis : invalid 2D cell connectivity !");
8907 }
8908
8909 /*!
8910  * This method works on an input pair (\b arr, \b arrIndx) where \b arr indexes is in \b arrIndx.
8911  * This method will not impact the size of inout parameter \b arrIndx but the size of \b arr will be modified in case of suppression.
8912  * 
8913  * \param [in] idsToRemoveBg begin of set of ids to remove in \b arr (included)
8914  * \param [in] idsToRemoveEnd end of set of ids to remove in \b arr (excluded)
8915  * \param [in,out] arr array in which the remove operation will be done.
8916  * \param [in,out] arrIndx array in the remove operation will modify
8917  * \param [in] offsetForRemoval (by default 0) offset so that for each i in [0,arrIndx->getNumberOfTuples()-1) removal process will be performed in the following range [arr+arrIndx[i]+offsetForRemoval,arr+arr[i+1])
8918  * \return true if \b arr and \b arrIndx have been modified, false if not.
8919  */
8920 bool MEDCouplingUMesh::RemoveIdsFromIndexedArrays(const int *idsToRemoveBg, const int *idsToRemoveEnd, DataArrayInt *arr, DataArrayInt *arrIndx, int offsetForRemoval)
8921 {
8922   if(!arrIndx || !arr)
8923     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::RemoveIdsFromIndexedArrays : some input arrays are empty !");
8924   if(offsetForRemoval<0)
8925     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::RemoveIdsFromIndexedArrays : offsetForRemoval should be >=0 !");
8926   std::set<int> s(idsToRemoveBg,idsToRemoveEnd);
8927   int nbOfGrps=arrIndx->getNumberOfTuples()-1;
8928   int *arrIPtr=arrIndx->getPointer();
8929   *arrIPtr++=0;
8930   int previousArrI=0;
8931   const int *arrPtr=arr->getConstPointer();
8932   std::vector<int> arrOut;//no utility to switch to DataArrayInt because copy always needed
8933   for(int i=0;i<nbOfGrps;i++,arrIPtr++)
8934     {
8935       if(*arrIPtr-previousArrI>offsetForRemoval)
8936         {
8937           for(const int *work=arrPtr+previousArrI+offsetForRemoval;work!=arrPtr+*arrIPtr;work++)
8938             {
8939               if(s.find(*work)==s.end())
8940                 arrOut.push_back(*work);
8941             }
8942         }
8943       previousArrI=*arrIPtr;
8944       *arrIPtr=(int)arrOut.size();
8945     }
8946   if(arr->getNumberOfTuples()==(int)arrOut.size())
8947     return false;
8948   arr->alloc((int)arrOut.size(),1);
8949   std::copy(arrOut.begin(),arrOut.end(),arr->getPointer());
8950   return true;
8951 }
8952
8953 /*!
8954  * This method works on a pair input (\b arrIn, \b arrIndxIn) where \b arrIn indexes is in \b arrIndxIn.
8955  * This method returns the result of the extraction ( specified by a set of ids in [\b idsOfSelectBg , \b idsOfSelectEnd ) ).
8956  * The selection of extraction is done standardly in new2old format.
8957  * This method returns indexed arrays using 2 arrays (arrOut,arrIndexOut).
8958  *
8959  * \param [in] idsOfSelectBg begin of set of ids of the input extraction (included)
8960  * \param [in] idsOfSelectEnd end of set of ids of the input extraction (excluded)
8961  * \param [in] arrIn arr origin array from which the extraction will be done.
8962  * \param [in] arrIndxIn is the input index array allowing to walk into \b arrIn
8963  * \param [out] arrOut the resulting array
8964  * \param [out] arrIndexOut the index array of the resulting array \b arrOut
8965  * \sa MEDCouplingUMesh::ExtractFromIndexedArrays2
8966  */
8967 void MEDCouplingUMesh::ExtractFromIndexedArrays(const int *idsOfSelectBg, const int *idsOfSelectEnd, const DataArrayInt *arrIn, const DataArrayInt *arrIndxIn,
8968                                                 DataArrayInt* &arrOut, DataArrayInt* &arrIndexOut) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
8969 {
8970   if(!arrIn || !arrIndxIn)
8971     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::ExtractFromIndexedArrays : input pointer is NULL !");
8972   arrIn->checkAllocated(); arrIndxIn->checkAllocated();
8973   if(arrIn->getNumberOfComponents()!=1 || arrIndxIn->getNumberOfComponents()!=1)
8974     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::ExtractFromIndexedArrays : input arrays must have exactly one component !");
8975   std::size_t sz=std::distance(idsOfSelectBg,idsOfSelectEnd);
8976   const int *arrInPtr=arrIn->getConstPointer();
8977   const int *arrIndxPtr=arrIndxIn->getConstPointer();
8978   int nbOfGrps=arrIndxIn->getNumberOfTuples()-1;
8979   if(nbOfGrps<0)
8980     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::ExtractFromIndexedArrays : The format of \"arrIndxIn\" is invalid ! Its nb of tuples should be >=1 !");
8981   int maxSizeOfArr=arrIn->getNumberOfTuples();
8982   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> arro=DataArrayInt::New();
8983   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> arrIo=DataArrayInt::New();
8984   arrIo->alloc((int)(sz+1),1);
8985   const int *idsIt=idsOfSelectBg;
8986   int *work=arrIo->getPointer();
8987   *work++=0;
8988   int lgth=0;
8989   for(std::size_t i=0;i<sz;i++,work++,idsIt++)
8990     {
8991       if(*idsIt>=0 && *idsIt<nbOfGrps)
8992         lgth+=arrIndxPtr[*idsIt+1]-arrIndxPtr[*idsIt];
8993       else
8994         {
8995           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::ExtractFromIndexedArrays : id located on pos #" << i << " value is " << *idsIt << " ! Must be in [0," << nbOfGrps << ") !";
8996           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
8997         }
8998       if(lgth>=work[-1])
8999         *work=lgth;
9000       else
9001         {
9002           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::ExtractFromIndexedArrays : id located on pos #" << i << " value is " << *idsIt << " and at this pos arrIndxIn[" << *idsIt;
9003           oss << "+1]-arrIndxIn[" << *idsIt << "] < 0 ! The input index array is bugged !";
9004           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
9005         }
9006     }
9007   arro->alloc(lgth,1);
9008   work=arro->getPointer();
9009   idsIt=idsOfSelectBg;
9010   for(std::size_t i=0;i<sz;i++,idsIt++)
9011     {
9012       if(arrIndxPtr[*idsIt]>=0 && arrIndxPtr[*idsIt+1]<=maxSizeOfArr)
9013         work=std::copy(arrInPtr+arrIndxPtr[*idsIt],arrInPtr+arrIndxPtr[*idsIt+1],work);
9014       else
9015         {
9016           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::ExtractFromIndexedArrays : id located on pos #" << i << " value is " << *idsIt << " arrIndx[" << *idsIt << "] must be >= 0 and arrIndx[";
9017           oss << *idsIt << "+1] <= " << maxSizeOfArr << " (the size of arrIn)!";
9018           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
9019         }
9020     }
9021   arrOut=arro.retn();
9022   arrIndexOut=arrIo.retn();
9023 }
9024
9025 /*!
9026  * This method works on a pair input (\b arrIn, \b arrIndxIn) where \b arrIn indexes is in \b arrIndxIn.
9027  * This method returns the result of the extraction ( specified by a set of ids with a slice given by \a idsOfSelectStart, \a idsOfSelectStop and \a idsOfSelectStep ).
9028  * The selection of extraction is done standardly in new2old format.
9029  * This method returns indexed arrays using 2 arrays (arrOut,arrIndexOut).
9030  *
9031  * \param [in] idsOfSelectBg begin of set of ids of the input extraction (included)
9032  * \param [in] idsOfSelectEnd end of set of ids of the input extraction (excluded)
9033  * \param [in] arrIn arr origin array from which the extraction will be done.
9034  * \param [in] arrIndxIn is the input index array allowing to walk into \b arrIn
9035  * \param [out] arrOut the resulting array
9036  * \param [out] arrIndexOut the index array of the resulting array \b arrOut
9037  * \sa MEDCouplingUMesh::ExtractFromIndexedArrays
9038  */
9039 void MEDCouplingUMesh::ExtractFromIndexedArrays2(int idsOfSelectStart, int idsOfSelectStop, int idsOfSelectStep, const DataArrayInt *arrIn, const DataArrayInt *arrIndxIn,
9040                                                  DataArrayInt* &arrOut, DataArrayInt* &arrIndexOut) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
9041 {
9042   if(!arrIn || !arrIndxIn)
9043     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::ExtractFromIndexedArrays2 : input pointer is NULL !");
9044   arrIn->checkAllocated(); arrIndxIn->checkAllocated();
9045   if(arrIn->getNumberOfComponents()!=1 || arrIndxIn->getNumberOfComponents()!=1)
9046     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::ExtractFromIndexedArrays2 : input arrays must have exactly one component !");
9047   int sz=DataArrayInt::GetNumberOfItemGivenBESRelative(idsOfSelectStart,idsOfSelectStop,idsOfSelectStep,"MEDCouplingUMesh::ExtractFromIndexedArrays2 : Input slice ");
9048   const int *arrInPtr=arrIn->getConstPointer();
9049   const int *arrIndxPtr=arrIndxIn->getConstPointer();
9050   int nbOfGrps=arrIndxIn->getNumberOfTuples()-1;
9051   if(nbOfGrps<0)
9052     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::ExtractFromIndexedArrays2 : The format of \"arrIndxIn\" is invalid ! Its nb of tuples should be >=1 !");
9053   int maxSizeOfArr=arrIn->getNumberOfTuples();
9054   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> arro=DataArrayInt::New();
9055   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> arrIo=DataArrayInt::New();
9056   arrIo->alloc((int)(sz+1),1);
9057   int idsIt=idsOfSelectStart;
9058   int *work=arrIo->getPointer();
9059   *work++=0;
9060   int lgth=0;
9061   for(int i=0;i<sz;i++,work++,idsIt+=idsOfSelectStep)
9062     {
9063       if(idsIt>=0 && idsIt<nbOfGrps)
9064         lgth+=arrIndxPtr[idsIt+1]-arrIndxPtr[idsIt];
9065       else
9066         {
9067           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::ExtractFromIndexedArrays2 : id located on pos #" << i << " value is " << idsIt << " ! Must be in [0," << nbOfGrps << ") !";
9068           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
9069         }
9070       if(lgth>=work[-1])
9071         *work=lgth;
9072       else
9073         {
9074           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::ExtractFromIndexedArrays2 : id located on pos #" << i << " value is " << idsIt << " and at this pos arrIndxIn[" << idsIt;
9075           oss << "+1]-arrIndxIn[" << idsIt << "] < 0 ! The input index array is bugged !";
9076           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
9077         }
9078     }
9079   arro->alloc(lgth,1);
9080   work=arro->getPointer();
9081   idsIt=idsOfSelectStart;
9082   for(int i=0;i<sz;i++,idsIt+=idsOfSelectStep)
9083     {
9084       if(arrIndxPtr[idsIt]>=0 && arrIndxPtr[idsIt+1]<=maxSizeOfArr)
9085         work=std::copy(arrInPtr+arrIndxPtr[idsIt],arrInPtr+arrIndxPtr[idsIt+1],work);
9086       else
9087         {
9088           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::ExtractFromIndexedArrays2 : id located on pos #" << i << " value is " << idsIt << " arrIndx[" << idsIt << "] must be >= 0 and arrIndx[";
9089           oss << idsIt << "+1] <= " << maxSizeOfArr << " (the size of arrIn)!";
9090           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
9091         }
9092     }
9093   arrOut=arro.retn();
9094   arrIndexOut=arrIo.retn();
9095 }
9096
9097 /*!
9098  * This method works on an input pair (\b arrIn, \b arrIndxIn) where \b arrIn indexes is in \b arrIndxIn.
9099  * This method builds an output pair (\b arrOut,\b arrIndexOut) that is a copy from \b arrIn for all cell ids \b not \b in [ \b idsOfSelectBg , \b idsOfSelectEnd ) and for
9100  * cellIds \b in [ \b idsOfSelectBg , \b idsOfSelectEnd ) a copy coming from the corresponding values in input pair (\b srcArr, \b srcArrIndex).
9101  * This method is an generalization of MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArraysSameIdx that performs the same thing but by without building explicitely a result output arrays.
9102  *
9103  * \param [in] idsOfSelectBg begin of set of ids of the input extraction (included)
9104  * \param [in] idsOfSelectEnd end of set of ids of the input extraction (excluded)
9105  * \param [in] arrIn arr origin array from which the extraction will be done.
9106  * \param [in] arrIndxIn is the input index array allowing to walk into \b arrIn
9107  * \param [in] srcArr input array that will be used as source of copy for ids in [ \b idsOfSelectBg, \b idsOfSelectEnd )
9108  * \param [in] srcArrIndex index array of \b srcArr
9109  * \param [out] arrOut the resulting array
9110  * \param [out] arrIndexOut the index array of the resulting array \b arrOut
9111  * 
9112  * \sa MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArraysSameIdx
9113  */
9114 void MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArrays(const int *idsOfSelectBg, const int *idsOfSelectEnd, const DataArrayInt *arrIn, const DataArrayInt *arrIndxIn,
9115                                               const DataArrayInt *srcArr, const DataArrayInt *srcArrIndex,
9116                                               DataArrayInt* &arrOut, DataArrayInt* &arrIndexOut) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
9117 {
9118   if(arrIn==0 || arrIndxIn==0 || srcArr==0 || srcArrIndex==0)
9119     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArrays : presence of null pointer in input parameter !");
9120   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> arro=DataArrayInt::New();
9121   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> arrIo=DataArrayInt::New();
9122   int nbOfTuples=arrIndxIn->getNumberOfTuples()-1;
9123   std::vector<bool> v(nbOfTuples,true);
9124   int offset=0;
9125   const int *arrIndxInPtr=arrIndxIn->getConstPointer();
9126   const int *srcArrIndexPtr=srcArrIndex->getConstPointer();
9127   for(const int *it=idsOfSelectBg;it!=idsOfSelectEnd;it++,srcArrIndexPtr++)
9128     {
9129       if(*it>=0 && *it<nbOfTuples)
9130         {
9131           v[*it]=false;
9132           offset+=(srcArrIndexPtr[1]-srcArrIndexPtr[0])-(arrIndxInPtr[*it+1]-arrIndxInPtr[*it]);
9133         }
9134       else
9135         {
9136           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArrays : On pos #" << std::distance(idsOfSelectBg,it) << " value is " << *it << " not in [0," << nbOfTuples << ") !";
9137           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
9138         }
9139     }
9140   srcArrIndexPtr=srcArrIndex->getConstPointer();
9141   arrIo->alloc(nbOfTuples+1,1);
9142   arro->alloc(arrIn->getNumberOfTuples()+offset,1);
9143   const int *arrInPtr=arrIn->getConstPointer();
9144   const int *srcArrPtr=srcArr->getConstPointer();
9145   int *arrIoPtr=arrIo->getPointer(); *arrIoPtr++=0;
9146   int *arroPtr=arro->getPointer();
9147   for(int ii=0;ii<nbOfTuples;ii++,arrIoPtr++)
9148     {
9149       if(v[ii])
9150         {
9151           arroPtr=std::copy(arrInPtr+arrIndxInPtr[ii],arrInPtr+arrIndxInPtr[ii+1],arroPtr);
9152           *arrIoPtr=arrIoPtr[-1]+(arrIndxInPtr[ii+1]-arrIndxInPtr[ii]);
9153         }
9154       else
9155         {
9156           std::size_t pos=std::distance(idsOfSelectBg,std::find(idsOfSelectBg,idsOfSelectEnd,ii));
9157           arroPtr=std::copy(srcArrPtr+srcArrIndexPtr[pos],srcArrPtr+srcArrIndexPtr[pos+1],arroPtr);
9158           *arrIoPtr=arrIoPtr[-1]+(srcArrIndexPtr[pos+1]-srcArrIndexPtr[pos]);
9159         }
9160     }
9161   arrOut=arro.retn();
9162   arrIndexOut=arrIo.retn();
9163 }
9164
9165 /*!
9166  * This method works on an input pair (\b arrIn, \b arrIndxIn) where \b arrIn indexes is in \b arrIndxIn.
9167  * This method is an specialization of MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArrays in the case of assignement do not modify the index in \b arrIndxIn.
9168  *
9169  * \param [in] idsOfSelectBg begin of set of ids of the input extraction (included)
9170  * \param [in] idsOfSelectEnd end of set of ids of the input extraction (excluded)
9171  * \param [in,out] arrInOut arr origin array from which the extraction will be done.
9172  * \param [in] arrIndxIn is the input index array allowing to walk into \b arrIn
9173  * \param [in] srcArr input array that will be used as source of copy for ids in [ \b idsOfSelectBg , \b idsOfSelectEnd )
9174  * \param [in] srcArrIndex index array of \b srcArr
9175  * 
9176  * \sa MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArrays
9177  */
9178 void MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArraysSameIdx(const int *idsOfSelectBg, const int *idsOfSelectEnd, DataArrayInt *arrInOut, const DataArrayInt *arrIndxIn,
9179                                                      const DataArrayInt *srcArr, const DataArrayInt *srcArrIndex) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
9180 {
9181   if(arrInOut==0 || arrIndxIn==0 || srcArr==0 || srcArrIndex==0)
9182     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArraysSameIdx : presence of null pointer in input parameter !");
9183   int nbOfTuples=arrIndxIn->getNumberOfTuples()-1;
9184   const int *arrIndxInPtr=arrIndxIn->getConstPointer();
9185   const int *srcArrIndexPtr=srcArrIndex->getConstPointer();
9186   int *arrInOutPtr=arrInOut->getPointer();
9187   const int *srcArrPtr=srcArr->getConstPointer();
9188   for(const int *it=idsOfSelectBg;it!=idsOfSelectEnd;it++,srcArrIndexPtr++)
9189     {
9190       if(*it>=0 && *it<nbOfTuples)
9191         {
9192           if(srcArrIndexPtr[1]-srcArrIndexPtr[0]==arrIndxInPtr[*it+1]-arrIndxInPtr[*it])
9193             std::copy(srcArrPtr+srcArrIndexPtr[0],srcArrPtr+srcArrIndexPtr[1],arrInOutPtr+arrIndxInPtr[*it]);
9194           else
9195             {
9196               std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArraysSameIdx : On pos #" << std::distance(idsOfSelectBg,it) << " id (idsOfSelectBg[" << std::distance(idsOfSelectBg,it)<< "]) is " << *it << " arrIndxIn[id+1]-arrIndxIn[id]!=srcArrIndex[pos+1]-srcArrIndex[pos] !";
9197               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
9198             }
9199         }
9200       else
9201         {
9202           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArraysSameIdx : On pos #" << std::distance(idsOfSelectBg,it) << " value is " << *it << " not in [0," << nbOfTuples << ") !";
9203           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
9204         }
9205     }
9206 }
9207
9208 /*!
9209  * This method works on a pair input (\b arrIn, \b arrIndxIn) where \b arr indexes is in \b arrIndxIn.
9210  * This method expects that these two input arrays come from the output of MEDCouplingUMesh::computeNeighborsOfCells method.
9211  * This method start from id 0 that will be contained in output DataArrayInt. It searches then all neighbors of id0 regarding arrIn[arrIndxIn[0]:arrIndxIn[0+1]].
9212  * Then it is repeated recursively until either all ids are fetched or no more ids are reachable step by step.
9213  * A negative value in \b arrIn means that it is ignored.
9214  * This method is useful to see if a mesh is contiguous regarding its connectivity. If it is not the case the size of returned array is different from arrIndxIn->getNumberOfTuples()-1.
9215  * 
9216  * \param [in] arrIn arr origin array from which the extraction will be done.
9217  * \param [in] arrIndxIn is the input index array allowing to walk into \b arrIn
9218  * \return a newly allocated DataArray that stores all ids fetched by the gradually spread process.
9219  * \sa MEDCouplingUMesh::ComputeSpreadZoneGraduallyFromSeed, MEDCouplingUMesh::partitionBySpreadZone
9220  */
9221 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::ComputeSpreadZoneGradually(const DataArrayInt *arrIn, const DataArrayInt *arrIndxIn)
9222 {
9223   int seed=0,nbOfDepthPeelingPerformed=0;
9224   return ComputeSpreadZoneGraduallyFromSeed(&seed,&seed+1,arrIn,arrIndxIn,-1,nbOfDepthPeelingPerformed);
9225 }
9226
9227 /*!
9228  * This method works on a pair input (\b arrIn, \b arrIndxIn) where \b arr indexes is in \b arrIndxIn.
9229  * This method expects that these two input arrays come from the output of MEDCouplingUMesh::computeNeighborsOfCells method.
9230  * This method start from id 0 that will be contained in output DataArrayInt. It searches then all neighbors of id0 regarding arrIn[arrIndxIn[0]:arrIndxIn[0+1]].
9231  * Then it is repeated recursively until either all ids are fetched or no more ids are reachable step by step.
9232  * A negative value in \b arrIn means that it is ignored.
9233  * This method is useful to see if a mesh is contiguous regarding its connectivity. If it is not the case the size of returned array is different from arrIndxIn->getNumberOfTuples()-1.
9234  * \param [in] seedBg the begin pointer (included) of an array containing the seed of the search zone
9235  * \param [in] seedEnd the end pointer (not included) of an array containing the seed of the search zone
9236  * \param [in] arrIn arr origin array from which the extraction will be done.
9237  * \param [in] arrIndxIn is the input index array allowing to walk into \b arrIn
9238  * \param [in] nbOfDepthPeeling the max number of peels requested in search. By default -1, that is to say, no limit.
9239  * \param [out] nbOfDepthPeelingPerformed the number of peels effectively performed. May be different from \a nbOfDepthPeeling
9240  * \return a newly allocated DataArray that stores all ids fetched by the gradually spread process.
9241  * \sa MEDCouplingUMesh::partitionBySpreadZone
9242  */
9243 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::ComputeSpreadZoneGraduallyFromSeed(const int *seedBg, const int *seedEnd, const DataArrayInt *arrIn, const DataArrayInt *arrIndxIn, int nbOfDepthPeeling, int& nbOfDepthPeelingPerformed)
9244 {
9245   nbOfDepthPeelingPerformed=0;
9246   if(!arrIndxIn)
9247     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::ComputeSpreadZoneGraduallyFromSeed : arrIndxIn input pointer is NULL !");
9248   int nbOfTuples=arrIndxIn->getNumberOfTuples()-1;
9249   if(nbOfTuples<=0)
9250     {
9251       DataArrayInt *ret=DataArrayInt::New(); ret->alloc(0,1);
9252       return ret;
9253     }
9254   //
9255   std::vector<bool> fetched(nbOfTuples,false);
9256   return ComputeSpreadZoneGraduallyFromSeedAlg(fetched,seedBg,seedEnd,arrIn,arrIndxIn,nbOfDepthPeeling,nbOfDepthPeelingPerformed);
9257 }
9258
9259 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::ComputeSpreadZoneGraduallyFromSeedAlg(std::vector<bool>& fetched, const int *seedBg, const int *seedEnd, const DataArrayInt *arrIn, const DataArrayInt *arrIndxIn, int nbOfDepthPeeling, int& nbOfDepthPeelingPerformed)
9260 {
9261   nbOfDepthPeelingPerformed=0;
9262   if(!seedBg || !seedEnd || !arrIn || !arrIndxIn)
9263     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::ComputeSpreadZoneGraduallyFromSeedAlg : some input pointer is NULL !");
9264   int nbOfTuples=arrIndxIn->getNumberOfTuples()-1;
9265   std::vector<bool> fetched2(nbOfTuples,false);
9266   int i=0;
9267   for(const int *seedElt=seedBg;seedElt!=seedEnd;seedElt++,i++)
9268     {
9269       if(*seedElt>=0 && *seedElt<nbOfTuples)
9270         { fetched[*seedElt]=true; fetched2[*seedElt]=true; }
9271       else
9272         { std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::ComputeSpreadZoneGraduallyFromSeedAlg : At pos #" << i << " of seeds value is " << *seedElt << "! Should be in [0," << nbOfTuples << ") !"; throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str()); }
9273     }
9274   const int *arrInPtr=arrIn->getConstPointer();
9275   const int *arrIndxPtr=arrIndxIn->getConstPointer();
9276   int targetNbOfDepthPeeling=nbOfDepthPeeling!=-1?nbOfDepthPeeling:std::numeric_limits<int>::max();
9277   std::vector<int> idsToFetch1(seedBg,seedEnd);
9278   std::vector<int> idsToFetch2;
9279   std::vector<int> *idsToFetch=&idsToFetch1;
9280   std::vector<int> *idsToFetchOther=&idsToFetch2;
9281   while(!idsToFetch->empty() && nbOfDepthPeelingPerformed<targetNbOfDepthPeeling)
9282     {
9283       for(std::vector<int>::const_iterator it=idsToFetch->begin();it!=idsToFetch->end();it++)
9284         for(const int *it2=arrInPtr+arrIndxPtr[*it];it2!=arrInPtr+arrIndxPtr[*it+1];it2++)
9285           if(!fetched[*it2])
9286             { fetched[*it2]=true; fetched2[*it2]=true; idsToFetchOther->push_back(*it2); }
9287       std::swap(idsToFetch,idsToFetchOther);
9288       idsToFetchOther->clear();
9289       nbOfDepthPeelingPerformed++;
9290     }
9291   int lgth=(int)std::count(fetched2.begin(),fetched2.end(),true);
9292   i=0;
9293   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New(); ret->alloc(lgth,1);
9294   int *retPtr=ret->getPointer();
9295   for(std::vector<bool>::const_iterator it=fetched2.begin();it!=fetched2.end();it++,i++)
9296     if(*it)
9297       *retPtr++=i;
9298   return ret.retn();
9299 }
9300
9301 /*!
9302  * This method works on an input pair (\b arrIn, \b arrIndxIn) where \b arrIn indexes is in \b arrIndxIn.
9303  * This method builds an output pair (\b arrOut,\b arrIndexOut) that is a copy from \b arrIn for all cell ids \b not \b in [ \b idsOfSelectBg , \b idsOfSelectEnd ) and for
9304  * cellIds \b in [\b idsOfSelectBg, \b idsOfSelectEnd) a copy coming from the corresponding values in input pair (\b srcArr, \b srcArrIndex).
9305  * This method is an generalization of MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArraysSameIdx that performs the same thing but by without building explicitely a result output arrays.
9306  *
9307  * \param [in] start begin of set of ids of the input extraction (included)
9308  * \param [in] end end of set of ids of the input extraction (excluded)
9309  * \param [in] step step of the set of ids in range mode.
9310  * \param [in] arrIn arr origin array from which the extraction will be done.
9311  * \param [in] arrIndxIn is the input index array allowing to walk into \b arrIn
9312  * \param [in] srcArr input array that will be used as source of copy for ids in [\b idsOfSelectBg, \b idsOfSelectEnd)
9313  * \param [in] srcArrIndex index array of \b srcArr
9314  * \param [out] arrOut the resulting array
9315  * \param [out] arrIndexOut the index array of the resulting array \b arrOut
9316  * 
9317  * \sa MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArraysSameIdx MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArrays
9318  */
9319 void MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArrays2(int start, int end, int step, const DataArrayInt *arrIn, const DataArrayInt *arrIndxIn,
9320                                                const DataArrayInt *srcArr, const DataArrayInt *srcArrIndex,
9321                                                DataArrayInt* &arrOut, DataArrayInt* &arrIndexOut) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
9322 {
9323   if(arrIn==0 || arrIndxIn==0 || srcArr==0 || srcArrIndex==0)
9324     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArrays2 : presence of null pointer in input parameter !");
9325   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> arro=DataArrayInt::New();
9326   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> arrIo=DataArrayInt::New();
9327   int nbOfTuples=arrIndxIn->getNumberOfTuples()-1;
9328   int offset=0;
9329   const int *arrIndxInPtr=arrIndxIn->getConstPointer();
9330   const int *srcArrIndexPtr=srcArrIndex->getConstPointer();
9331   int nbOfElemsToSet=DataArray::GetNumberOfItemGivenBESRelative(start,end,step,"MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArrays2 : ");
9332   int it=start;
9333   for(int i=0;i<nbOfElemsToSet;i++,srcArrIndexPtr++,it+=step)
9334     {
9335       if(it>=0 && it<nbOfTuples)
9336         offset+=(srcArrIndexPtr[1]-srcArrIndexPtr[0])-(arrIndxInPtr[it+1]-arrIndxInPtr[it]);
9337       else
9338         {
9339           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArrays2 : On pos #" << i << " value is " << it << " not in [0," << nbOfTuples << ") !";
9340           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
9341         }
9342     }
9343   srcArrIndexPtr=srcArrIndex->getConstPointer();
9344   arrIo->alloc(nbOfTuples+1,1);
9345   arro->alloc(arrIn->getNumberOfTuples()+offset,1);
9346   const int *arrInPtr=arrIn->getConstPointer();
9347   const int *srcArrPtr=srcArr->getConstPointer();
9348   int *arrIoPtr=arrIo->getPointer(); *arrIoPtr++=0;
9349   int *arroPtr=arro->getPointer();
9350   for(int ii=0;ii<nbOfTuples;ii++,arrIoPtr++)
9351     {
9352       int pos=DataArray::GetPosOfItemGivenBESRelativeNoThrow(ii,start,end,step);
9353       if(pos<0)
9354         {
9355           arroPtr=std::copy(arrInPtr+arrIndxInPtr[ii],arrInPtr+arrIndxInPtr[ii+1],arroPtr);
9356           *arrIoPtr=arrIoPtr[-1]+(arrIndxInPtr[ii+1]-arrIndxInPtr[ii]);
9357         }
9358       else
9359         {
9360           arroPtr=std::copy(srcArrPtr+srcArrIndexPtr[pos],srcArrPtr+srcArrIndexPtr[pos+1],arroPtr);
9361           *arrIoPtr=arrIoPtr[-1]+(srcArrIndexPtr[pos+1]-srcArrIndexPtr[pos]);
9362         }
9363     }
9364   arrOut=arro.retn();
9365   arrIndexOut=arrIo.retn();
9366 }
9367
9368 /*!
9369  * This method works on an input pair (\b arrIn, \b arrIndxIn) where \b arrIn indexes is in \b arrIndxIn.
9370  * This method is an specialization of MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArrays in the case of assignement do not modify the index in \b arrIndxIn.
9371  *
9372  * \param [in] start begin of set of ids of the input extraction (included)
9373  * \param [in] end end of set of ids of the input extraction (excluded)
9374  * \param [in] step step of the set of ids in range mode.
9375  * \param [in,out] arrInOut arr origin array from which the extraction will be done.
9376  * \param [in] arrIndxIn is the input index array allowing to walk into \b arrIn
9377  * \param [in] srcArr input array that will be used as source of copy for ids in [\b idsOfSelectBg, \b idsOfSelectEnd)
9378  * \param [in] srcArrIndex index array of \b srcArr
9379  * 
9380  * \sa MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArrays2 MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArraysSameIdx
9381  */
9382 void MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArraysSameIdx2(int start, int end, int step, DataArrayInt *arrInOut, const DataArrayInt *arrIndxIn,
9383                                                       const DataArrayInt *srcArr, const DataArrayInt *srcArrIndex) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
9384 {
9385   if(arrInOut==0 || arrIndxIn==0 || srcArr==0 || srcArrIndex==0)
9386     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArraysSameIdx2 : presence of null pointer in input parameter !");
9387   int nbOfTuples=arrIndxIn->getNumberOfTuples()-1;
9388   const int *arrIndxInPtr=arrIndxIn->getConstPointer();
9389   const int *srcArrIndexPtr=srcArrIndex->getConstPointer();
9390   int *arrInOutPtr=arrInOut->getPointer();
9391   const int *srcArrPtr=srcArr->getConstPointer();
9392   int nbOfElemsToSet=DataArray::GetNumberOfItemGivenBESRelative(start,end,step,"MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArraysSameIdx2 : ");
9393   int it=start;
9394   for(int i=0;i<nbOfElemsToSet;i++,srcArrIndexPtr++,it+=step)
9395     {
9396       if(it>=0 && it<nbOfTuples)
9397         {
9398           if(srcArrIndexPtr[1]-srcArrIndexPtr[0]==arrIndxInPtr[it+1]-arrIndxInPtr[it])
9399             std::copy(srcArrPtr+srcArrIndexPtr[0],srcArrPtr+srcArrIndexPtr[1],arrInOutPtr+arrIndxInPtr[it]);
9400           else
9401             {
9402               std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArraysSameIdx2 : On pos #" << i << " id (idsOfSelectBg[" << i << "]) is " << it << " arrIndxIn[id+1]-arrIndxIn[id]!=srcArrIndex[pos+1]-srcArrIndex[pos] !";
9403               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
9404             }
9405         }
9406       else
9407         {
9408           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingUMesh::SetPartOfIndexedArraysSameIdx2 : On pos #" << i << " value is " << it << " not in [0," << nbOfTuples << ") !";
9409           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
9410         }
9411     }
9412 }
9413
9414 /*!
9415  * \b this is expected to be a mesh fully defined whose spaceDim==meshDim.
9416  * It returns a new allocated mesh having the same mesh dimension and lying on same coordinates.
9417  * The returned mesh contains as poly cells as number of contiguous zone (regarding connectivity).
9418  * A spread contiguous zone is built using poly cells (polyhedra in 3D, polygons in 2D and polyline in 1D).
9419  * The sum of measure field of returned mesh is equal to the sum of measure field of this.
9420  * 
9421  * \return a newly allocated mesh lying on the same coords than \b this with same meshdimension than \b this.
9422  */
9423 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::buildSpreadZonesWithPoly() const
9424 {
9425   checkFullyDefined();
9426   int mdim=getMeshDimension();
9427   int spaceDim=getSpaceDimension();
9428   if(mdim!=spaceDim)
9429     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::buildSpreadZonesWithPoly : meshdimension and spacedimension do not match !");
9430   std::vector<DataArrayInt *> partition=partitionBySpreadZone();
9431   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > partitionAuto; partitionAuto.reserve(partition.size());
9432   std::copy(partition.begin(),partition.end(),std::back_insert_iterator<std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > >(partitionAuto));
9433   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret=MEDCouplingUMesh::New(getName().c_str(),mdim);
9434   ret->setCoords(getCoords());
9435   ret->allocateCells((int)partition.size());
9436   //
9437   for(std::vector<DataArrayInt *>::const_iterator it=partition.begin();it!=partition.end();it++)
9438     {
9439       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> tmp=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(buildPartOfMySelf((*it)->begin(),(*it)->end(),true));
9440       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cell;
9441       switch(mdim)
9442         {
9443         case 2:
9444           cell=tmp->buildUnionOf2DMesh();
9445           break;
9446         case 3:
9447           cell=tmp->buildUnionOf3DMesh();
9448           break;
9449         default:
9450           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::buildSpreadZonesWithPoly : meshdimension supported are [2,3] ! Not implemented yet for others !");
9451         }
9452       
9453       ret->insertNextCell((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)cell->getIJSafe(0,0),cell->getNumberOfTuples()-1,cell->getConstPointer()+1);
9454     }
9455   //
9456   ret->finishInsertingCells();
9457   return ret.retn();
9458 }
9459
9460 /*!
9461  * This method partitions \b this into contiguous zone.
9462  * This method only needs a well defined connectivity. Coordinates are not considered here.
9463  * This method returns a vector of \b newly allocated arrays that the caller has to deal with.
9464  */
9465 std::vector<DataArrayInt *> MEDCouplingUMesh::partitionBySpreadZone() const
9466 {
9467   int nbOfCellsCur=getNumberOfCells();
9468   std::vector<DataArrayInt *> ret;
9469   if(nbOfCellsCur<=0)
9470     return ret;
9471   DataArrayInt *neigh=0,*neighI=0;
9472   computeNeighborsOfCells(neigh,neighI);
9473   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> neighAuto(neigh),neighIAuto(neighI);
9474   std::vector<bool> fetchedCells(nbOfCellsCur,false);
9475   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > ret2;
9476   int seed=0;
9477   while(seed<nbOfCellsCur)
9478     {
9479       int nbOfPeelPerformed=0;
9480       ret2.push_back(ComputeSpreadZoneGraduallyFromSeedAlg(fetchedCells,&seed,&seed+1,neigh,neighI,-1,nbOfPeelPerformed));
9481       seed=(int)std::distance(fetchedCells.begin(),std::find(fetchedCells.begin()+seed,fetchedCells.end(),false));
9482     }
9483   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> >::iterator it=ret2.begin();it!=ret2.end();it++)
9484     ret.push_back((*it).retn());
9485   return ret;
9486 }
9487
9488 /*!
9489  * This method returns given a distribution of cell type (returned for example by MEDCouplingUMesh::getDistributionOfTypes method and customized after) a
9490  * newly allocated DataArrayInt instance with 2 components ready to be interpreted as input of DataArrayInt::findRangeIdForEachTuple method.
9491  *
9492  * \param [in] code a code with the same format than those returned by MEDCouplingUMesh::getDistributionOfTypes except for the code[3*k+2] that should contain start id of chunck.
9493  * \return a newly allocated DataArrayInt to be managed by the caller.
9494  * \throw In case of \a code has not the right format (typically of size 3*n)
9495  */
9496 DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::ComputeRangesFromTypeDistribution(const std::vector<int>& code)
9497 {
9498   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
9499   std::size_t nb=code.size()/3;
9500   if(code.size()%3!=0)
9501     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::ComputeRangesFromTypeDistribution : invalid input code !");
9502   ret->alloc((int)nb,2);
9503   int *retPtr=ret->getPointer();
9504   for(std::size_t i=0;i<nb;i++,retPtr+=2)
9505     {
9506       retPtr[0]=code[3*i+2];
9507       retPtr[1]=code[3*i+2]+code[3*i+1];
9508     }
9509   return ret.retn();
9510 }
9511
9512 /*!
9513  * This method expects that \a this a 3D mesh (spaceDim=3 and meshDim=3) with all coordinates and connectivities set.
9514  * All cells in \a this are expected to be linear 3D cells.
9515  * This method will split **all** 3D cells in \a this into INTERP_KERNEL::NORM_TETRA4 cells and put them in the returned mesh.
9516  * It leads to an increase to number of cells.
9517  * This method contrary to MEDCouplingUMesh::simplexize can append coordinates in \a this to perform its work.
9518  * The \a nbOfAdditionalPoints returned value informs about it. If > 0, the coordinates array in returned mesh will have \a nbOfAdditionalPoints 
9519  * more tuples (nodes) than in \a this. Anyway, all the nodes in \a this (with the same order) will be in the returned mesh.
9520  *
9521  * \param [in] policy - the policy of splitting that must be in (PLANAR_FACE_5, PLANAR_FACE_6, GENERAL_24, GENERAL_48). The policy will be used only for INTERP_KERNEL::NORM_HEXA8 cells.
9522  *                      For all other cells, the splitting policy will be ignored.
9523  * \param [out] nbOfAdditionalPoints - number of nodes added to \c this->_coords. If > 0 a new coordinates object will be constructed result of the aggregation of the old one and the new points added. 
9524  * \param [out] n2oCells - A new instance of DataArrayInt holding, for each new cell,
9525  *          an id of old cell producing it. The caller is to delete this array using
9526  *         decrRef() as it is no more needed.
9527  * \return MEDCoupling1SGTUMesh * - the mesh containing only INTERP_KERNEL::NORM_TETRA4 cells.
9528  *
9529  * \warning This method operates on each cells in this independantly ! So it can leads to non conform mesh in returned value ! If you expect to have a conform mesh in output
9530  * the policy PLANAR_FACE_6 should be used on a mesh sorted with MEDCoupling1SGTUMesh::sortHexa8EachOther.
9531  * 
9532  * \throw If \a this is not a 3D mesh (spaceDim==3 and meshDim==3).
9533  * \throw If \a this is not fully constituted with linear 3D cells.
9534  * \sa MEDCouplingUMesh::simplexize, MEDCoupling1SGTUMesh::sortHexa8EachOther
9535  */
9536 MEDCoupling1SGTUMesh *MEDCouplingUMesh::tetrahedrize(int policy, DataArrayInt *& n2oCells, int& nbOfAdditionalPoints) const
9537 {
9538   INTERP_KERNEL::SplittingPolicy pol((INTERP_KERNEL::SplittingPolicy)policy);
9539   checkConnectivityFullyDefined();
9540   if(getMeshDimension()!=3 || getSpaceDimension()!=3)
9541     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::tetrahedrize : only available for mesh with meshdim == 3 and spacedim == 3 !");
9542   int nbOfCells(getNumberOfCells()),nbNodes(getNumberOfNodes());
9543   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1SGTUMesh> ret0(MEDCoupling1SGTUMesh::New(getName().c_str(),INTERP_KERNEL::NORM_TETRA4));
9544   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret(DataArrayInt::New()); ret->alloc(nbOfCells,1);
9545   int *retPt(ret->getPointer());
9546   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConn(DataArrayInt::New()); newConn->alloc(0,1);
9547   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> addPts(DataArrayDouble::New()); addPts->alloc(0,1);
9548   const int *oldc(_nodal_connec->begin());
9549   const int *oldci(_nodal_connec_index->begin());
9550   const double *coords(_coords->begin());
9551   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,oldci++,retPt++)
9552     {
9553       std::vector<int> a; std::vector<double> b;
9554       INTERP_KERNEL::SplitIntoTetras(pol,(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)oldc[oldci[0]],oldc+oldci[0]+1,oldc+oldci[1],coords,a,b);
9555       std::size_t nbOfTet(a.size()/4); *retPt=(int)nbOfTet;
9556       const int *aa(&a[0]);
9557       if(!b.empty())
9558         {
9559           for(std::vector<int>::iterator it=a.begin();it!=a.end();it++)
9560             if(*it<0)
9561               *it=(-(*(it))-1+nbNodes);
9562           addPts->insertAtTheEnd(b.begin(),b.end());
9563           nbNodes+=(int)b.size()/3;
9564         }
9565       for(std::size_t j=0;j<nbOfTet;j++,aa+=4)
9566         newConn->insertAtTheEnd(aa,aa+4);
9567     }
9568   if(!addPts->empty())
9569     {
9570       addPts->rearrange(3);
9571       nbOfAdditionalPoints=addPts->getNumberOfTuples();
9572       addPts=DataArrayDouble::Aggregate(getCoords(),addPts);
9573       ret0->setCoords(addPts);
9574     }
9575   else
9576     {
9577       nbOfAdditionalPoints=0;
9578       ret0->setCoords(getCoords());
9579     }
9580   ret0->setNodalConnectivity(newConn);
9581   //
9582   ret->computeOffsets2();
9583   n2oCells=ret->buildExplicitArrOfSliceOnScaledArr(0,nbOfCells,1);
9584   return ret0.retn();
9585 }
9586
9587 MEDCouplingUMeshCellIterator::MEDCouplingUMeshCellIterator(MEDCouplingUMesh *mesh):_mesh(mesh),_cell(new MEDCouplingUMeshCell(mesh)),
9588                                                                                    _own_cell(true),_cell_id(-1),_nb_cell(0)
9589 {
9590   if(mesh)
9591     {
9592       mesh->incrRef();
9593       _nb_cell=mesh->getNumberOfCells();
9594     }
9595 }
9596
9597 MEDCouplingUMeshCellIterator::~MEDCouplingUMeshCellIterator()
9598 {
9599   if(_mesh)
9600     _mesh->decrRef();
9601   if(_own_cell)
9602     delete _cell;
9603 }
9604
9605 MEDCouplingUMeshCellIterator::MEDCouplingUMeshCellIterator(MEDCouplingUMesh *mesh, MEDCouplingUMeshCell *itc, int bg, int end):_mesh(mesh),_cell(itc),
9606                                                                                                                                _own_cell(false),_cell_id(bg-1),
9607                                                                                                                                _nb_cell(end)
9608 {
9609   if(mesh)
9610     mesh->incrRef();
9611 }
9612
9613 MEDCouplingUMeshCell *MEDCouplingUMeshCellIterator::nextt()
9614 {
9615   _cell_id++;
9616   if(_cell_id<_nb_cell)
9617     {
9618       _cell->next();
9619       return _cell;
9620     }
9621   else
9622     return 0;
9623 }
9624
9625 MEDCouplingUMeshCellByTypeEntry::MEDCouplingUMeshCellByTypeEntry(MEDCouplingUMesh *mesh):_mesh(mesh)
9626 {
9627   if(_mesh)
9628     _mesh->incrRef();
9629 }
9630
9631 MEDCouplingUMeshCellByTypeIterator *MEDCouplingUMeshCellByTypeEntry::iterator()
9632 {
9633   return new MEDCouplingUMeshCellByTypeIterator(_mesh);
9634 }
9635
9636 MEDCouplingUMeshCellByTypeEntry::~MEDCouplingUMeshCellByTypeEntry()
9637 {
9638   if(_mesh)
9639     _mesh->decrRef();
9640 }
9641
9642 MEDCouplingUMeshCellEntry::MEDCouplingUMeshCellEntry(MEDCouplingUMesh *mesh,  INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type, MEDCouplingUMeshCell *itc, int bg, int end):_mesh(mesh),_type(type),
9643                                                                                                                                                                   _itc(itc),
9644                                                                                                                                                                   _bg(bg),_end(end)
9645 {
9646   if(_mesh)
9647     _mesh->incrRef();
9648 }
9649
9650 MEDCouplingUMeshCellEntry::~MEDCouplingUMeshCellEntry()
9651 {
9652   if(_mesh)
9653     _mesh->decrRef();
9654 }
9655
9656 INTERP_KERNEL::NormalizedCellType MEDCouplingUMeshCellEntry::getType() const
9657 {
9658   return _type;
9659 }
9660
9661 int MEDCouplingUMeshCellEntry::getNumberOfElems() const
9662 {
9663   return _end-_bg;
9664 }
9665
9666 MEDCouplingUMeshCellIterator *MEDCouplingUMeshCellEntry::iterator()
9667 {
9668   return new MEDCouplingUMeshCellIterator(_mesh,_itc,_bg,_end);
9669 }
9670
9671 MEDCouplingUMeshCellByTypeIterator::MEDCouplingUMeshCellByTypeIterator(MEDCouplingUMesh *mesh):_mesh(mesh),_cell(new MEDCouplingUMeshCell(mesh)),_cell_id(0),_nb_cell(0)
9672 {
9673   if(mesh)
9674     {
9675       mesh->incrRef();
9676       _nb_cell=mesh->getNumberOfCells();
9677     }
9678 }
9679
9680 MEDCouplingUMeshCellByTypeIterator::~MEDCouplingUMeshCellByTypeIterator()
9681 {
9682   if(_mesh)
9683     _mesh->decrRef();
9684   delete _cell;
9685 }
9686
9687 MEDCouplingUMeshCellEntry *MEDCouplingUMeshCellByTypeIterator::nextt()
9688 {
9689   const int *c=_mesh->getNodalConnectivity()->getConstPointer();
9690   const int *ci=_mesh->getNodalConnectivityIndex()->getConstPointer();
9691   if(_cell_id<_nb_cell)
9692     {
9693       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)c[ci[_cell_id]];
9694       int nbOfElems=(int)std::distance(ci+_cell_id,std::find_if(ci+_cell_id,ci+_nb_cell,ParaMEDMEMImpl::ConnReader(c,type)));
9695       int startId=_cell_id;
9696       _cell_id+=nbOfElems;
9697       return new MEDCouplingUMeshCellEntry(_mesh,type,_cell,startId,_cell_id);
9698     }
9699   else
9700     return 0;
9701 }
9702
9703 MEDCouplingUMeshCell::MEDCouplingUMeshCell(MEDCouplingUMesh *mesh):_conn(0),_conn_indx(0),_conn_lgth(NOTICABLE_FIRST_VAL)
9704 {
9705   if(mesh)
9706     {
9707       _conn=mesh->getNodalConnectivity()->getPointer();
9708       _conn_indx=mesh->getNodalConnectivityIndex()->getPointer();
9709     }
9710 }
9711
9712 void MEDCouplingUMeshCell::next()
9713 {
9714   if(_conn_lgth!=NOTICABLE_FIRST_VAL)
9715     {
9716       _conn+=_conn_lgth;
9717       _conn_indx++;
9718     }
9719   _conn_lgth=_conn_indx[1]-_conn_indx[0];
9720 }
9721
9722 std::string MEDCouplingUMeshCell::repr() const
9723 {
9724   if(_conn_lgth!=NOTICABLE_FIRST_VAL)
9725     {
9726       std::ostringstream oss; oss << "Cell Type " << INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)_conn[0]).getRepr();
9727       oss << " : ";
9728       std::copy(_conn+1,_conn+_conn_lgth,std::ostream_iterator<int>(oss," "));
9729       return oss.str();
9730     }
9731   else
9732     return std::string("MEDCouplingUMeshCell::repr : Invalid pos");
9733 }
9734
9735 INTERP_KERNEL::NormalizedCellType MEDCouplingUMeshCell::getType() const
9736 {
9737   if(_conn_lgth!=NOTICABLE_FIRST_VAL)
9738     return (INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)_conn[0];
9739   else
9740     return INTERP_KERNEL::NORM_ERROR;
9741 }
9742
9743 const int *MEDCouplingUMeshCell::getAllConn(int& lgth) const
9744 {
9745   lgth=_conn_lgth;
9746   if(_conn_lgth!=NOTICABLE_FIRST_VAL)
9747     return _conn;
9748   else
9749     return 0;
9750 }