src/MEDCoupling/MEDCouplingStructuredMesh.cxx

   1 // Copyright (C) 2007-2013  CEA/DEN, EDF R&D
   2 //
   3 // This library is free software; you can redistribute it and/or
   4 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
   5 // License as published by the Free Software Foundation; either
   6 // version 2.1 of the License.
   7 //
   8 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
   9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  11 // Lesser General Public License for more details.
  12 //
  13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  16 //
  17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  18 //
  19 // Author : Anthony Geay (CEA/DEN)
  20
  21 #include "MEDCouplingStructuredMesh.hxx"
  22 #include "MEDCouplingFieldDouble.hxx"
  23 #include "MEDCouplingMemArray.hxx"
  24 #include "MEDCoupling1GTUMesh.hxx"
  25 #include "MEDCouplingUMesh.hxx"
  26
  27 #include <numeric>
  28
  29 using namespace ParaMEDMEM;
  30
  31 MEDCouplingStructuredMesh::MEDCouplingStructuredMesh()
  32 {
  33 }
  34
  35 MEDCouplingStructuredMesh::MEDCouplingStructuredMesh(const MEDCouplingStructuredMesh& other, bool deepCopy):MEDCouplingMesh(other)
  36 {
  37 }
  38
  39 MEDCouplingStructuredMesh::~MEDCouplingStructuredMesh()
  40 {
  41 }
  42
  43 std::size_t MEDCouplingStructuredMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
  44 {
  45   return MEDCouplingMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren();
  46 }
  47
  48 void MEDCouplingStructuredMesh::copyTinyStringsFrom(const MEDCouplingMesh *other)
  49 {
  50   MEDCouplingMesh::copyTinyStringsFrom(other);
  51 }
  52
  53 bool MEDCouplingStructuredMesh::isEqualIfNotWhy(const MEDCouplingMesh *other, double prec, std::string& reason) const
  54 {
  55   return MEDCouplingMesh::isEqualIfNotWhy(other,prec,reason);
  56 }
  57
  58 INTERP_KERNEL::NormalizedCellType MEDCouplingStructuredMesh::getTypeOfCell(int cellId) const
  59 {
  60   return GetGeoTypeGivenMeshDimension(getMeshDimension());
  61 }
  62
  63 INTERP_KERNEL::NormalizedCellType MEDCouplingStructuredMesh::GetGeoTypeGivenMeshDimension(int meshDim)
  64 {
  65   switch(meshDim)
  66     {
  67     case 3:
  68       return INTERP_KERNEL::NORM_HEXA8;
  69     case 2:
  70       return INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4;
  71     case 1:
  72       return INTERP_KERNEL::NORM_SEG2;
  73     default:
  74       throw INTERP_KERNEL::Exception("Unexpected dimension for MEDCouplingStructuredMesh::GetGeoTypeGivenMeshDimension !");
  75     }
  76 }
  77
  78 std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> MEDCouplingStructuredMesh::getAllGeoTypes() const
  79 {
  80   std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> ret2;
  81   ret2.insert(getTypeOfCell(0));
  82   return ret2;
  83 }
  84
  85 int MEDCouplingStructuredMesh::getNumberOfCellsWithType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type) const
  86 {
  87   int ret=getNumberOfCells();
  88   if(type==getTypeOfCell(0))
  89     return ret;
  90   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(getTypeOfCell(0));
  91   std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingStructuredMesh::getNumberOfCellsWithType : no specified type ! Type available is " << cm.getRepr() << " !";
  92   throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
  93 }
  94
  95 DataArrayInt *MEDCouplingStructuredMesh::giveCellsWithType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type) const
  96 {
  97   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
  98   if(getTypeOfCell(0)==type)
  99     {
 100       ret->alloc(getNumberOfCells(),1);
 101       ret->iota(0);
 102     }
 103   else
 104     ret->alloc(0,1);
 105   return ret.retn();
 106 }
 107
 108 DataArrayInt *MEDCouplingStructuredMesh::computeNbOfNodesPerCell() const
 109 {
 110   int nbCells=getNumberOfCells();
 111   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
 112   ret->alloc(nbCells,1);
 113   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(getTypeOfCell(0));
 114   ret->fillWithValue((int)cm.getNumberOfNodes());
 115   return ret.retn();
 116 }
 117
 118 DataArrayInt *MEDCouplingStructuredMesh::computeNbOfFacesPerCell() const
 119 {
 120   int nbCells=getNumberOfCells();
 121   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
 122   ret->alloc(nbCells,1);
 123   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(getTypeOfCell(0));
 124   ret->fillWithValue((int)cm.getNumberOfSons());
 125   return ret.retn();
 126 }
 127
 128 /*!
 129  * This method computes effective number of nodes per cell. That is to say nodes appearing several times in nodal connectivity of a cell,
 130  * will be counted only once here whereas it will be counted several times in MEDCouplingMesh::computeNbOfNodesPerCell method.
 131  * Here for structured mesh it returns exactly as MEDCouplingStructuredMesh::computeNbOfNodesPerCell does.
 132  *
 133  * \return DataArrayInt * - new object to be deallocated by the caller.
 134  */
 135 DataArrayInt *MEDCouplingStructuredMesh::computeEffectiveNbOfNodesPerCell() const
 136 {
 137   return computeNbOfNodesPerCell();
 138 }
 139
 140 void MEDCouplingStructuredMesh::getNodeIdsOfCell(int cellId, std::vector<int>& conn) const
 141 {
 142   int meshDim=getMeshDimension();
 143   int tmpCell[3],tmpNode[3];
 144   getSplitCellValues(tmpCell);
 145   getSplitNodeValues(tmpNode);
 146   int tmp2[3];
 147   GetPosFromId(cellId,meshDim,tmpCell,tmp2);
 148   switch(meshDim)
 149     {
 150     case 1:
 151       conn.push_back(tmp2[0]); conn.push_back(tmp2[0]+1);
 152       break;
 153     case 2:
 154       conn.push_back(tmp2[1]*tmpNode[1]+tmp2[0]); conn.push_back(tmp2[1]*tmpNode[1]+tmp2[0]+1);
 155       conn.push_back((tmp2[1]+1)*tmpNode[1]+tmp2[0]+1); conn.push_back((tmp2[1]+1)*tmpNode[1]+tmp2[0]);
 156       break;
 157     case 3:
 158       conn.push_back(tmp2[1]*tmpNode[1]+tmp2[0]+tmp2[2]*tmpNode[2]); conn.push_back(tmp2[1]*tmpNode[1]+tmp2[0]+1+tmp2[2]*tmpNode[2]);
 159       conn.push_back((tmp2[1]+1)*tmpNode[1]+tmp2[0]+1+tmp2[2]*tmpNode[2]); conn.push_back((tmp2[1]+1)*tmpNode[1]+tmp2[0]+tmp2[2]*tmpNode[2]);
 160       conn.push_back(tmp2[1]*tmpNode[1]+tmp2[0]+(tmp2[2]+1)*tmpNode[2]); conn.push_back(tmp2[1]*tmpNode[1]+tmp2[0]+1+(tmp2[2]+1)*tmpNode[2]);
 161       conn.push_back((tmp2[1]+1)*tmpNode[1]+tmp2[0]+1+(tmp2[2]+1)*tmpNode[2]); conn.push_back((tmp2[1]+1)*tmpNode[1]+tmp2[0]+(tmp2[2]+1)*tmpNode[2]);
 162       break;
 163     default:
 164       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingStructuredMesh::getNodeIdsOfCell : big problem spacedim must be in 1,2 or 3 !");
 165     };
 166 }
 167
 168 /*!
 169  * See MEDCouplingUMesh::getDistributionOfTypes for more information
 170  */
 171 std::vector<int> MEDCouplingStructuredMesh::getDistributionOfTypes() const
 172 {
 173   //only one type of cell
 174   std::vector<int> ret(3);
 175   ret[0]=getTypeOfCell(0);
 176   ret[1]=getNumberOfCells();
 177   ret[2]=-1; //ret[3*k+2]==-1 because it has no sense here
 178   return ret;
 179 }
 180
 181 /*!
 182  * This method tries to minimize at most the number of deep copy.
 183  * So if \a idsPerType is not empty it can be returned directly (without copy, but with ref count incremented) in return.
 184  *
 185  * See MEDCouplingUMesh::checkTypeConsistencyAndContig for more information
 186  */
 187 DataArrayInt *MEDCouplingStructuredMesh::checkTypeConsistencyAndContig(const std::vector<int>& code, const std::vector<const DataArrayInt *>& idsPerType) const
 188 {
 189   int nbOfCells=getNumberOfCells();
 190   if(code.size()!=3)
 191     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingStructuredMesh::checkTypeConsistencyAndContig : invalid input code should be exactly of size 3 !");
 192   if(code[0]!=(int)getTypeOfCell(0))
 193     {
 194       std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingStructuredMesh::checkTypeConsistencyAndContig : Mismatch of geometric type ! Asking for " << code[0] << " whereas the geometric type is \a this is " << getTypeOfCell(0) << " !";
 195       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 196     }
 197   if(code[2]==-1)
 198     {
 199       if(code[1]==nbOfCells)
 200         return 0;
 201       else
 202         {
 203           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingStructuredMesh::checkTypeConsistencyAndContig : mismatch between the number of cells in this (" << nbOfCells << ") and the number of non profile (" << code[1] << ") !";
 204           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 205         }
 206     }
 207   if(code[2]!=0)
 208     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingStructuredMesh::checkTypeConsistencyAndContig : single geo type mesh ! 0 or -1 is expected at pos #2 of input code !");
 209   if(idsPerType.size()!=1)
 210     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingStructuredMesh::checkTypeConsistencyAndContig : input code points to DataArrayInt #0 whereas the size of idsPerType is not equal to 1 !");
 211   const DataArrayInt *pfl=idsPerType[0];
 212   if(!pfl)
 213     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingStructuredMesh::checkTypeConsistencyAndContig : the input code points to a NULL DataArrayInt at rank 0 !");
 214   if(pfl->getNumberOfComponents()!=1)
 215     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingStructuredMesh::checkTypeConsistencyAndContig : input profile should have exactly one component !");
 216   pfl->checkAllIdsInRange(0,nbOfCells);
 217   pfl->incrRef();
 218   return const_cast<DataArrayInt *>(pfl);
 219 }
 220
 221 /*!
 222  * This method is the opposite of MEDCouplingUMesh::checkTypeConsistencyAndContig method. Given a list of cells in \a profile it returns a list of sub-profiles sorted by geo type.
 223  * The result is put in the array \a idsPerType. In the returned parameter \a code, foreach i \a code[3*i+2] refers (if different from -1) to a location into the \a idsPerType.
 224  * This method has 1 input \a profile and 3 outputs \a code \a idsInPflPerType and \a idsPerType.
 225  *
 226  * \param [out] code is a vector of size 3*n where n is the number of different geometric type in \a this \b reduced to the profile \a profile. \a code has exactly the same semantic than in MEDCouplingUMesh::checkTypeConsistencyAndContig method.
 227  * \param [out] idsInPflPerType is a vector of size of different geometric type in the subpart defined by \a profile of \a this ( equal to \a code.size()/3). For each i,
 228  *              \a idsInPflPerType[i] stores the tuple ids in \a profile that correspond to the geometric type code[3*i+0]
 229  * \param [out] idsPerType is a vector of size of different sub profiles needed to be defined to represent the profile \a profile for a given geometric type.
 230  *              This vector can be empty in case of all geometric type cells are fully covered in ascending in the given input \a profile.
 231  *
 232  * \warning for performance reasons no deep copy will be performed, if \a profile can been used as this in output parameters \a idsInPflPerType and \a idsPerType.
 233  *
 234  * \throw if \a profile has not exactly one component. It throws too, if \a profile contains some values not in [0,getNumberOfCells()) or if \a this is not fully defined
 235  *
 236  *  \b Example1: <br>
 237  *          - Before \a this has 3 cells \a profile contains [0,1,2]
 238  *          - After \a code contains [NORM_...,nbCells,-1], \a idsInPflPerType [[0,1,2]] and \a idsPerType is empty <br>
 239  *
 240  *  \b Example2: <br>
 241  *          - Before \a this has 3 cells \a profile contains [1,2]
 242  *          - After \a code contains [NORM_...,nbCells,0], \a idsInPflPerType [[0,1]] and \a idsPerType is [[1,2]] <br>
 243
 244  */
 245 void MEDCouplingStructuredMesh::splitProfilePerType(const DataArrayInt *profile, std::vector<int>& code, std::vector<DataArrayInt *>& idsInPflPerType, std::vector<DataArrayInt *>& idsPerType) const
 246 {
 247   if(!profile || !profile->isAllocated())
 248     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingStructuredMesh::splitProfilePerType : input profile is NULL or not allocated !");
 249   if(profile->getNumberOfComponents()!=1)
 250     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingStructuredMesh::splitProfilePerType : input profile should have exactly one component !");
 251   int nbTuples=profile->getNumberOfTuples();
 252   int nbOfCells=getNumberOfCells();
 253   code.resize(3); idsInPflPerType.resize(1);
 254   code[0]=(int)getTypeOfCell(0); code[1]=nbOfCells;
 255   idsInPflPerType.resize(1);
 256   if(profile->isIdentity() && nbTuples==nbOfCells)
 257     {
 258       code[2]=-1;
 259       idsInPflPerType[0]=0;
 260       idsPerType.clear();
 261       return ;
 262     }
 263   code[1]=profile->getNumberOfTuples();
 264   code[2]=0;
 265   profile->checkAllIdsInRange(0,nbOfCells);
 266   idsPerType.resize(1);
 267   idsPerType[0]=profile->deepCpy();
 268   idsInPflPerType[0]=DataArrayInt::Range(0,nbTuples,1);
 269 }
 270
 271 /*!
 272  * Creates a new unstructured mesh (MEDCoupling1SGTUMesh) from \a this structured one.
 273  *  \return MEDCouplingUMesh * - a new instance of MEDCouplingUMesh. The caller is to
 274  * delete this array using decrRef() as it is no more needed.
 275  *  \throw If \a this->getMeshDimension() is not among [1,2,3].
 276  */
 277 MEDCoupling1SGTUMesh *MEDCouplingStructuredMesh::build1SGTUnstructured() const
 278 {
 279   int meshDim=getMeshDimension();
 280   if(meshDim<0 || meshDim>3)
 281     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingStructuredMesh::build1SGTUnstructured : meshdim must be in [1,2,3] !");
 282   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> coords(getCoordinatesAndOwner());
 283   int ns[3];
 284   getNodeGridStructure(ns);
 285   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> conn(Build1GTNodalConnectivity(ns,ns+meshDim));
 286   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1SGTUMesh> ret(MEDCoupling1SGTUMesh::New(getName().c_str(),GetGeoTypeGivenMeshDimension(meshDim)));
 287   ret->setNodalConnectivity(conn); ret->setCoords(coords);
 288   return ret.retn();
 289 }
 290
 291 /*!
 292  * Creates a new unstructured mesh (MEDCouplingUMesh) from \a this structured one.
 293  *  \return MEDCouplingUMesh * - a new instance of MEDCouplingUMesh. The caller is to
 294  * delete this array using decrRef() as it is no more needed.
 295  *  \throw If \a this->getMeshDimension() is not among [1,2,3].
 296  */
 297 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingStructuredMesh::buildUnstructured() const
 298 {
 299   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1SGTUMesh> ret0(build1SGTUnstructured());
 300   return ret0->buildUnstructured();
 301 }
 302
 303 /*!
 304  * Creates a new MEDCouplingUMesh containing a part of cells of \a this mesh.
 305  * The cells to include to the
 306  * result mesh are specified by an array of cell ids.
 307  *  \param [in] start - an array of cell ids to include to the result mesh.
 308  *  \param [in] end - specifies the end of the array \a start, so that
 309  *              the last value of \a start is \a end[ -1 ].
 310  *  \return MEDCouplingMesh * - a new instance of MEDCouplingUMesh. The caller is to
 311  *         delete this mesh using decrRef() as it is no more needed.
 312  */
 313 MEDCouplingMesh *MEDCouplingStructuredMesh::buildPart(const int *start, const int *end) const
 314 {
 315   MEDCouplingUMesh *um=buildUnstructured();
 316   MEDCouplingMesh *ret=um->buildPart(start,end);
 317   um->decrRef();
 318   return ret;
 319 }
 320
 321 MEDCouplingMesh *MEDCouplingStructuredMesh::buildPartAndReduceNodes(const int *start, const int *end, DataArrayInt*& arr) const
 322 {
 323   std::vector<int> cgs(getCellGridStructure());
 324   std::vector< std::pair<int,int> > cellPartFormat,nodePartFormat;
 325   if(IsPartStructured(start,end,cgs,cellPartFormat))
 326     {
 327       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingStructuredMesh> ret(buildStructuredSubPart(cellPartFormat));
 328       nodePartFormat=cellPartFormat;
 329       for(std::vector< std::pair<int,int> >::iterator it=nodePartFormat.begin();it!=nodePartFormat.end();it++)
 330         (*it).second++;
 331       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp1(BuildExplicitIdsFrom(getNodeGridStructure(),nodePartFormat));
 332       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp2(DataArrayInt::New()); tmp2->alloc(getNumberOfNodes(),1);
 333       tmp2->fillWithValue(-1);
 334       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp3(DataArrayInt::New()); tmp3->alloc(tmp1->getNumberOfTuples(),1); tmp3->iota(0);
 335       tmp2->setPartOfValues3(tmp3,tmp1->begin(),tmp1->end(),0,1,1);
 336       arr=tmp2.retn();
 337       return ret.retn();
 338     }
 339   else
 340     {
 341       MEDCouplingUMesh *um=buildUnstructured();
 342       MEDCouplingMesh *ret=um->buildPartAndReduceNodes(start,end,arr);
 343       um->decrRef();
 344       return ret;
 345     }
 346 }
 347
 348 DataArrayInt *MEDCouplingStructuredMesh::simplexize(int policy)
 349 {
 350   throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingStructuredMesh::simplexize : not available for Cartesian mesh !");
 351 }
 352
 353 /*!
 354  * Returns a new MEDCouplingFieldDouble holding normal vectors to cells of \a this
 355  * 2D mesh. The computed vectors have 3 components and are normalized.
 356  *  \return MEDCouplingFieldDouble * - a new instance of MEDCouplingFieldDouble on
 357  *          cells and one time. The caller is to delete this field using decrRef() as
 358  *          it is no more needed.
 359  *  \throw If \a this->getMeshDimension() != 2.
 360  */
 361 MEDCouplingFieldDouble *MEDCouplingStructuredMesh::buildOrthogonalField() const
 362 {
 363   if(getMeshDimension()!=2)
 364     throw INTERP_KERNEL::Exception("Expected a MEDCouplingStructuredMesh with meshDim == 2 !");
 365   MEDCouplingFieldDouble *ret=MEDCouplingFieldDouble::New(ON_CELLS,NO_TIME);
 366   DataArrayDouble *array=DataArrayDouble::New();
 367   int nbOfCells=getNumberOfCells();
 368   array->alloc(nbOfCells,3);
 369   double *vals=array->getPointer();
 370   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
 371     { vals[3*i]=0.; vals[3*i+1]=0.; vals[3*i+2]=1.; }
 372   ret->setArray(array);
 373   array->decrRef();
 374   ret->setMesh(this);
 375   return ret;
 376 }
 377
 378 void MEDCouplingStructuredMesh::getReverseNodalConnectivity(DataArrayInt *revNodal, DataArrayInt *revNodalIndx) const
 379 {
 380   std::vector<int> ngs(getNodeGridStructure());
 381   int dim(getMeshDimension());
 382   switch(dim)
 383   {
 384     case 1:
 385       return GetReverseNodalConnectivity1(ngs,revNodal,revNodalIndx);
 386     case 2:
 387       return GetReverseNodalConnectivity2(ngs,revNodal,revNodalIndx);
 388     case 3:
 389       return GetReverseNodalConnectivity3(ngs,revNodal,revNodalIndx);
 390     default:
 391       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingStructuredMesh::getReverseNodalConnectivity : only dimensions 1, 2 and 3 are supported !");
 392   }
 393 }
 394
 395 void MEDCouplingStructuredMesh::GetReverseNodalConnectivity1(const std::vector<int>& ngs, DataArrayInt *revNodal, DataArrayInt *revNodalIndx)
 396 {
 397   int nbNodes(ngs[0]);
 398   revNodalIndx->alloc(nbNodes+1,1);
 399   if(nbNodes==0)
 400     { revNodal->alloc(0,1); revNodalIndx->setIJ(0,0,0); return ; }
 401   if(nbNodes==1)
 402     { revNodal->alloc(0,1); revNodalIndx->setIJ(0,0,0); revNodalIndx->setIJ(1,0,0); return ; }
 403   revNodal->alloc(2*(nbNodes-1),1);
 404   int *rn(revNodal->getPointer()),*rni(revNodalIndx->getPointer());
 405   *rni++=0; *rni=1; *rn++=0;
 406   for(int i=1;i<nbNodes-1;i++,rni++)
 407     {
 408       rn[0]=i-1; rn[1]=i;
 409       rni[1]=rni[0]+2;
 410       rn+=2;
 411     }
 412   rn[0]=nbNodes-2; rni[1]=rni[0]+1;
 413 }
 414
 415 void MEDCouplingStructuredMesh::GetReverseNodalConnectivity2(const std::vector<int>& ngs, DataArrayInt *revNodal, DataArrayInt *revNodalIndx)
 416 {
 417   int nbNodesX(ngs[0]),nbNodesY(ngs[1]);
 418   int nbNodes(nbNodesX*nbNodesY);
 419   if(nbNodesX==0 || nbNodesY==0)
 420     { revNodal->alloc(0,1); revNodalIndx->setIJ(0,0,0); return ; }
 421   if(nbNodesX==1 || nbNodesY==1)
 422     { std::vector<int> ngs2(1); ngs2[0]=std::max(nbNodesX,nbNodesY); return GetReverseNodalConnectivity1(ngs2,revNodal,revNodalIndx); }
 423   revNodalIndx->alloc(nbNodes+1,1);
 424   int nbCellsX(nbNodesX-1),nbCellsY(nbNodesY-1);
 425   revNodal->alloc(4*(nbNodesX-2)*(nbNodesY-2)+2*2*(nbNodesX-2)+2*2*(nbNodesY-2)+4,1);
 426   int *rn(revNodal->getPointer()),*rni(revNodalIndx->getPointer());
 427   *rni++=0; *rni=1; *rn++=0;
 428   for(int i=1;i<nbNodesX-1;i++,rni++,rn+=2)
 429     {
 430       rn[0]=i-1; rn[1]=i;
 431       rni[1]=rni[0]+2;
 432     }
 433   rni[1]=rni[0]+1; *rn++=nbCellsX-1;
 434   rni++;
 435   for(int j=1;j<nbNodesY-1;j++)
 436     {
 437       int off(nbCellsX*(j-1)),off2(nbCellsX*j);
 438       rni[1]=rni[0]+2; rn[0]=off; rn[1]=off2;
 439       rni++; rn+=2;
 440       for(int i=1;i<nbNodesX-1;i++,rni++,rn+=4)
 441         {
 442           rn[0]=i-1+off; rn[1]=i+off; rn[2]=i-1+off2; rn[3]=i+off2;
 443           rni[1]=rni[0]+4;
 444         }
 445       rni[1]=rni[0]+2; rn[0]=off+nbCellsX-1; rn[1]=off2+nbCellsX-1;
 446       rni++; rn+=2;
 447     }
 448   int off3(nbCellsX*(nbCellsY-1));
 449   rni[1]=rni[0]+1;
 450   rni++; *rn++=off3;
 451   for(int i=1;i<nbNodesX-1;i++,rni++,rn+=2)
 452     {
 453       rn[0]=i-1+off3; rn[1]=i+off3;
 454       rni[1]=rni[0]+2;
 455     }
 456   rni[1]=rni[0]+1; rn[0]=nbCellsX*nbCellsY-1;
 457 }
 458
 459 void MEDCouplingStructuredMesh::GetReverseNodalConnectivity3(const std::vector<int>& ngs, DataArrayInt *revNodal, DataArrayInt *revNodalIndx)
 460 {
 461   int nbNodesX(ngs[0]),nbNodesY(ngs[1]),nbNodesZ(ngs[2]);
 462   int nbNodes(nbNodesX*nbNodesY*nbNodesZ);
 463   if(nbNodesX==0 || nbNodesY==0 || nbNodesZ==0)
 464     { revNodal->alloc(0,1); revNodalIndx->setIJ(0,0,0); return ; }
 465   if(nbNodesX==1 || nbNodesY==1 || nbNodesZ==1)
 466     {
 467       std::vector<int> ngs2(2);
 468       int pos(0);
 469       bool pass(false);
 470       for(int i=0;i<3;i++)
 471         {
 472           if(pass)
 473             { ngs2[pos++]=ngs[i]; }
 474           else
 475             {
 476               pass=ngs[i]==1;
 477               if(!pass)
 478                 { ngs2[pos++]=ngs[i]; }
 479             }
 480         }
 481       return GetReverseNodalConnectivity2(ngs2,revNodal,revNodalIndx);
 482     }
 483   revNodalIndx->alloc(nbNodes+1,1);
 484   int nbCellsX(nbNodesX-1),nbCellsY(nbNodesY-1),nbCellsZ(nbNodesZ-1);
 485   revNodal->alloc(8*(nbNodesX-2)*(nbNodesY-2)*(nbNodesZ-2)+4*(2*(nbNodesX-2)*(nbNodesY-2)+2*(nbNodesX-2)*(nbNodesZ-2)+2*(nbNodesY-2)*(nbNodesZ-2))+2*4*(nbNodesX-2)+2*4*(nbNodesY-2)+2*4*(nbNodesZ-2)+8,1);
 486   int *rn(revNodal->getPointer()),*rni(revNodalIndx->getPointer());
 487   *rni=0;
 488   for(int k=0;k<nbNodesZ;k++)
 489     {
 490       bool factZ(k!=0 && k!=nbNodesZ-1);
 491       int offZ0((k-1)*nbCellsX*nbCellsY),offZ1(k*nbCellsX*nbCellsY);
 492       for(int j=0;j<nbNodesY;j++)
 493         {
 494           bool factYZ(factZ && (j!=0 && j!=nbNodesY-1));
 495           int off00((j-1)*nbCellsX+offZ0),off01(j*nbCellsX+offZ0),off10((j-1)*nbCellsX+offZ1),off11(j*nbCellsX+offZ1);
 496           for(int i=0;i<nbNodesX;i++,rni++)
 497             {
 498               int fact(factYZ && (i!=0 && i!=nbNodesX-1));
 499               if(fact)
 500                 {//most of points fall in this part of code
 501                   rn[0]=off00+i-1; rn[1]=off00+i; rn[2]=off01+i-1; rn[3]=off01+i;
 502                   rn[4]=off10+i-1; rn[5]=off10+i; rn[6]=off11+i-1; rn[7]=off11+i;
 503                   rni[1]=rni[0]+8;
 504                   rn+=8;
 505                 }
 506               else
 507                 {
 508                   int *rnRef(rn);
 509                   if(k>=1 && j>=1 && i>=1)
 510                     *rn++=off00+i-1;
 511                   if(k>=1 && j>=1 && i<nbCellsX)
 512                     *rn++=off00+i;
 513                   if(k>=1 && j<nbCellsY && i>=1)
 514                     *rn++=off01+i-1;
 515                   if(k>=1 && j<nbCellsY && i<nbCellsX)
 516                     *rn++=off01+i;
 517                   //
 518                   if(k<nbCellsZ && j>=1 && i>=1)
 519                     *rn++=off10+i-1;
 520                   if(k<nbCellsZ && j>=1 && i<nbCellsX)
 521                     *rn++=off10+i;
 522                   if(k<nbCellsZ && j<nbCellsY && i>=1)
 523                     *rn++=off11+i-1;
 524                   if(k<nbCellsZ && j<nbCellsY && i<nbCellsX)
 525                     *rn++=off11+i;
 526                   rni[1]=rni[0]+(int)(std::distance(rnRef,rn));
 527                 }
 528             }
 529         }
 530     }
 531 }
 532
 533 /*!
 534  * \return DataArrayInt * - newly allocated instance of nodal connectivity compatible for MEDCoupling1SGTMesh instance
 535  */
 536 DataArrayInt *MEDCouplingStructuredMesh::Build1GTNodalConnectivity(const int *nodeStBg, const int *nodeStEnd)
 537 {
 538   std::size_t dim=std::distance(nodeStBg,nodeStEnd);
 539   switch(dim)
 540     {
 541     case 1:
 542       return Build1GTNodalConnectivity1D(nodeStBg);
 543     case 2:
 544       return Build1GTNodalConnectivity2D(nodeStBg);
 545     case 3:
 546       return Build1GTNodalConnectivity3D(nodeStBg);
 547     default:
 548       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingStructuredMesh::Build1GTNodalConnectivity : only dimension in [1,2,3] supported !");
 549     }
 550 }
 551
 552 DataArrayInt *MEDCouplingStructuredMesh::Build1GTNodalConnectivity1D(const int *nodeStBg)
 553 {
 554   int nbOfCells(*nodeStBg-1);
 555   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> conn(DataArrayInt::New());
 556   conn->alloc(2*nbOfCells,1);
 557   int *cp=conn->getPointer();
 558   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
 559     {
 560       cp[2*i+0]=i;
 561       cp[2*i+1]=i+1;
 562     }
 563   return conn.retn();
 564 }
 565
 566 DataArrayInt *MEDCouplingStructuredMesh::Build1GTNodalConnectivity2D(const int *nodeStBg)
 567 {
 568   int n1=nodeStBg[0]-1;
 569   int n2=nodeStBg[1]-1;
 570   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> conn(DataArrayInt::New());
 571   conn->alloc(4*n1*n2,1);
 572   int *cp=conn->getPointer();
 573   int pos=0;
 574   for(int j=0;j<n2;j++)
 575     for(int i=0;i<n1;i++,pos++)
 576       {
 577         cp[4*pos+0]=i+1+j*(n1+1);
 578         cp[4*pos+1]=i+j*(n1+1);
 579         cp[4*pos+2]=i+(j+1)*(n1+1);
 580         cp[4*pos+3]=i+1+(j+1)*(n1+1);
 581     }
 582   return conn.retn();
 583 }
 584
 585 DataArrayInt *MEDCouplingStructuredMesh::Build1GTNodalConnectivity3D(const int *nodeStBg)
 586 {
 587   int n1=nodeStBg[0]-1;
 588   int n2=nodeStBg[1]-1;
 589   int n3=nodeStBg[2]-1;
 590   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> conn(DataArrayInt::New());
 591   conn->alloc(8*n1*n2*n3,1);
 592   int *cp=conn->getPointer();
 593   int pos=0;
 594   for(int k=0;k<n3;k++)
 595     for(int j=0;j<n2;j++)
 596       for(int i=0;i<n1;i++,pos++)
 597         {
 598           int tmp=(n1+1)*(n2+1);
 599           cp[8*pos+0]=i+1+j*(n1+1)+k*tmp;
 600           cp[8*pos+1]=i+j*(n1+1)+k*tmp;
 601           cp[8*pos+2]=i+(j+1)*(n1+1)+k*tmp;
 602           cp[8*pos+3]=i+1+(j+1)*(n1+1)+k*tmp;
 603           cp[8*pos+4]=i+1+j*(n1+1)+(k+1)*tmp;
 604           cp[8*pos+5]=i+j*(n1+1)+(k+1)*tmp;
 605           cp[8*pos+6]=i+(j+1)*(n1+1)+(k+1)*tmp;
 606           cp[8*pos+7]=i+1+(j+1)*(n1+1)+(k+1)*tmp;
 607         }
 608   return conn.retn();
 609 }
 610
 611 /*!
 612  * Returns a cell id by its (i,j,k) index. The cell is located between the i-th and
 613  * ( i + 1 )-th nodes along X axis etc.
 614  *  \param [in] i - a index of node coordinates array along X axis.
 615  *  \param [in] j - a index of node coordinates array along Y axis.
 616  *  \param [in] k - a index of node coordinates array along Z axis.
 617  *  \return int - a cell id in \a this mesh.
 618  */
 619 int MEDCouplingStructuredMesh::getCellIdFromPos(int i, int j, int k) const
 620 {
 621   int tmp[3]={i,j,k};
 622   int tmp2[3];
 623   int meshDim=getMeshDimension();
 624   getSplitCellValues(tmp2);
 625   std::transform(tmp,tmp+meshDim,tmp2,tmp,std::multiplies<int>());
 626   return std::accumulate(tmp,tmp+meshDim,0);
 627 }
 628
 629 /*!
 630  * Returns a node id by its (i,j,k) index.
 631  *  \param [in] i - a index of node coordinates array along X axis.
 632  *  \param [in] j - a index of node coordinates array along Y axis.
 633  *  \param [in] k - a index of node coordinates array along Z axis.
 634  *  \return int - a node id in \a this mesh.
 635  */
 636 int MEDCouplingStructuredMesh::getNodeIdFromPos(int i, int j, int k) const
 637 {
 638   int tmp[3]={i,j,k};
 639   int tmp2[3];
 640   int meshDim=getMeshDimension();
 641   getSplitNodeValues(tmp2);
 642   std::transform(tmp,tmp+meshDim,tmp2,tmp,std::multiplies<int>());
 643   return std::accumulate(tmp,tmp+meshDim,0);
 644 }
 645
 646 void MEDCouplingStructuredMesh::GetPosFromId(int nodeId, int meshDim, const int *split, int *res)
 647 {
 648   int work=nodeId;
 649   for(int i=meshDim-1;i>=0;i--)
 650     {
 651       int pos=work/split[i];
 652       work=work%split[i];
 653       res[i]=pos;
 654     }
 655 }
 656
 657 std::vector<int> MEDCouplingStructuredMesh::getCellGridStructure() const
 658 {
 659   std::vector<int> ret(getNodeGridStructure());
 660   std::transform(ret.begin(),ret.end(),ret.begin(),std::bind2nd(std::plus<int>(),-1));
 661   return ret;
 662 }
 663
 664 /*!
 665  * This method states if given part ids [ \a startIds, \a stopIds) and a structure \a st returns if it can be considered as a structured dataset.
 666  * If true is returned \a partCompactFormat will contain the information to build the corresponding part.
 667  *
 668  * \sa MEDCouplingStructuredMesh::BuildExplicitIdsFrom
 669  */
 670 bool MEDCouplingStructuredMesh::IsPartStructured(const int *startIds, const int *stopIds, const std::vector<int>& st, std::vector< std::pair<int,int> >& partCompactFormat)
 671 {
 672   int dim((int)st.size());
 673   partCompactFormat.resize(dim);
 674   if(dim<1 || dim>3)
 675     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingStructuredMesh::isPartStructured : input structure must be of dimension in [1,2,3] !");
 676   std::vector<int> tmp2(dim),tmp(dim),tmp3(dim),tmp4(dim); tmp2[0]=1;
 677   for(int i=1;i<dim;i++)
 678     tmp2[i]=tmp2[i-1]*st[i-1];
 679   std::size_t sz(std::distance(startIds,stopIds));
 680   if(sz==0)
 681     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingStructuredMesh::IsPartStructured : empty input !");
 682   GetPosFromId(*startIds,dim,&tmp2[0],&tmp[0]);
 683   partCompactFormat.resize(dim);
 684   for(int i=0;i<dim;i++)
 685     partCompactFormat[i].first=tmp[i];
 686   if(tmp[dim-1]<0 || tmp[dim-1]>=st[dim-1])
 687     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingStructuredMesh::IsPartStructured : first id in input is not in valid range !");
 688   if(sz==1)
 689     {
 690       for(int i=0;i<dim;i++)
 691         partCompactFormat[i].second=tmp[i]+1;
 692       return true;
 693     }
 694   GetPosFromId(startIds[sz-1],dim,&tmp2[0],&tmp3[0]);
 695   int szExp(1);
 696   for(int i=0;i<dim;i++)
 697     {
 698       if(tmp3[i]<0 || tmp3[i]>=st[i])
 699         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingStructuredMesh::IsPartStructured : last id in input is not in valid range !");
 700       partCompactFormat[i].second=tmp3[i]+1;
 701       tmp4[i]=partCompactFormat[i].second-partCompactFormat[i].first;
 702       if(tmp4[i]<=0)
 703         return false;
 704       szExp*=tmp4[i];
 705     }
 706   if(szExp!=(int)sz)
 707     return false;
 708   const int *w(startIds);
 709   switch(dim)
 710     {
 711     case 3:
 712       {
 713         for(int i=0;i<tmp4[2];i++)
 714           {
 715             int a=tmp2[2]*(partCompactFormat[2].first+i);
 716             for(int j=0;j<tmp4[1];j++)
 717               {
 718                 int b=tmp2[1]*(partCompactFormat[1].first+j);
 719                 for(int k=0;k<tmp4[0];k++,w++)
 720                   {
 721                     if(partCompactFormat[0].first+k+b+a!=*w)
 722                       return false;
 723                   }
 724               }
 725           }
 726         return true;
 727       }
 728     case 2:
 729       {
 730         for(int j=0;j<tmp4[1];j++)
 731           {
 732             int b=tmp2[1]*(partCompactFormat[1].first+j);
 733             for(int k=0;k<tmp4[0];k++,w++)
 734               {
 735                 if(partCompactFormat[0].first+k+b!=*w)
 736                   return false;
 737               }
 738           }
 739         return true;
 740       }
 741     case 1:
 742       {
 743         for(int k=0;k<tmp4[0];k++,w++)
 744           {
 745             if(partCompactFormat[0].first+k!=*w)
 746               return false;
 747           }
 748         return true;
 749       }
 750     default:
 751       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingStructuredMesh::IsPartStructured : internal error !");
 752     }
 753 }
 754
 755 /*!
 756  * This method builds the explicit entity array from the structure in \a st and the range in \a partCompactFormat.
 757  *If the range contains invalid values regarding sructure an exception will be thrown.
 758  *
 759  * \return DataArrayInt * - a new object.
 760  * \sa MEDCouplingStructuredMesh::IsPartStructured
 761  */
 762 DataArrayInt *MEDCouplingStructuredMesh::BuildExplicitIdsFrom(const std::vector<int>& st, const std::vector< std::pair<int,int> >& partCompactFormat)
 763 {
 764   if(st.size()!=partCompactFormat.size())
 765     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingStructuredMesh::BuildExplicitIdsFrom : input arrays must have the same size !");
 766   int nbOfItems(1);
 767   std::vector<int> dims(st.size());
 768   for(std::size_t i=0;i<st.size();i++)
 769     {
 770       if(partCompactFormat[i].first<0 || partCompactFormat[i].first>st[i])
 771         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingStructuredMesh::BuildExplicitIdsFrom : invalid input range 1 !");
 772       if(partCompactFormat[i].second<0 || partCompactFormat[i].second>st[i])
 773         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingStructuredMesh::BuildExplicitIdsFrom : invalid input range 2 !");
 774       if(partCompactFormat[i].second<=partCompactFormat[i].first)
 775         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingStructuredMesh::BuildExplicitIdsFrom : invalid input range 3 !");
 776       dims[i]=partCompactFormat[i].second-partCompactFormat[i].first;
 777       nbOfItems*=dims[i];
 778     }
 779   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret(DataArrayInt::New());
 780   ret->alloc(nbOfItems,1);
 781   int *pt(ret->getPointer());
 782   switch(st.size())
 783     {
 784     case 3:
 785       {
 786         for(int i=0;i<dims[2];i++)
 787           {
 788             int a=(partCompactFormat[2].first+i)*st[0]*st[1];
 789             for(int j=0;j<dims[1];j++)
 790               {
 791                 int b=(partCompactFormat[1].first+j)*st[0];
 792                 for(int k=0;k<dims[0];k++,pt++)
 793                   *pt=partCompactFormat[0].first+k+b+a;
 794               }
 795           }
 796         break;
 797       }
 798     case 2:
 799       {
 800         for(int j=0;j<dims[1];j++)
 801           {
 802             int b=(partCompactFormat[1].first+j)*st[0];
 803             for(int k=0;k<dims[0];k++,pt++)
 804               *pt=partCompactFormat[0].first+k+b;
 805           }
 806         break;
 807       }
 808     case 1:
 809       {
 810         for(int k=0;k<dims[0];k++,pt++)
 811           *pt=partCompactFormat[0].first+k;
 812         break;
 813       }
 814     default:
 815       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingStructuredMesh::BuildExplicitIdsFrom : Dimension supported are 1,2 or 3 !");
 816     }
 817   return ret.retn();
 818 }