src/MEDCoupling/MEDCouplingSkyLineArray.cxx

   1 // Copyright (C) 2007-2020  CEA/DEN, EDF R&D
   2 //
   3 // This library is free software; you can redistribute it and/or
   4 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
   5 // License as published by the Free Software Foundation; either
   6 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
   7 //
   8 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
   9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  11 // Lesser General Public License for more details.
  12 //
  13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  16 //
  17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  18 //
  19
  20 #include "MEDCouplingSkyLineArray.hxx"
  21
  22 #include <sstream>
  23 #include <deque>
  24 #include <set>
  25
  26 using namespace MEDCoupling;
  27
  28 MEDCouplingSkyLineArray::MEDCouplingSkyLineArray():
  29   _super_index( DataArrayIdType::New() ), _index( DataArrayIdType::New() ), _values( DataArrayIdType::New() )
  30 {
  31 }
  32
  33 MEDCouplingSkyLineArray::~MEDCouplingSkyLineArray()
  34 {
  35 }
  36
  37 MEDCouplingSkyLineArray* MEDCouplingSkyLineArray::New()
  38 {
  39   return new MEDCouplingSkyLineArray();
  40 }
  41
  42 MEDCouplingSkyLineArray* MEDCouplingSkyLineArray::New( const std::vector<mcIdType>& index,
  43                                                        const std::vector<mcIdType>& value )
  44 {
  45   MEDCouplingSkyLineArray * ret = new MEDCouplingSkyLineArray();
  46   ret->_index->reserve( index.size() );
  47   ret->_index->insertAtTheEnd( index.begin(), index.end() );
  48   ret->_values->reserve( value.size() );
  49   ret->_values->insertAtTheEnd( value.begin(), value.end() );
  50   return ret;
  51 }
  52
  53 MEDCouplingSkyLineArray* MEDCouplingSkyLineArray::New( DataArrayIdType* index, DataArrayIdType* value )
  54 {
  55   MEDCouplingSkyLineArray* ret = new MEDCouplingSkyLineArray();
  56   ret->set(index, value);
  57   return ret;
  58 }
  59
  60 MEDCouplingSkyLineArray* MEDCouplingSkyLineArray::New( const MEDCouplingSkyLineArray & other )
  61 {
  62   MEDCouplingSkyLineArray* ret = new MEDCouplingSkyLineArray();
  63   ret->_super_index = other._super_index;
  64   ret->_index = other._index;
  65   ret->_values = other._values;
  66   return ret;
  67 }
  68
  69 /**! Build a three level SkyLine array from the dynamic connectivity of a dynamic mesh (i.e. containing only
  70  * polyhedrons or polygons).
  71  * The input arrays are deep copied, contrary to the other ctors.
  72  */
  73 MEDCouplingSkyLineArray * MEDCouplingSkyLineArray::BuildFromPolyhedronConn( const DataArrayIdType* c, const DataArrayIdType* cI )
  74 {
  75   using namespace std;
  76
  77   MEDCouplingSkyLineArray* ret = new MEDCouplingSkyLineArray();
  78
  79   const mcIdType * cP(c->begin()), * cIP(cI->begin());
  80   mcIdType prev = -1;
  81   if (c->getNbOfElems() != *(cI->end()-1))
  82     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingSkyLineArray::BuildFromDynamicConn: misformatted connectivity (wrong nb of tuples)!");
  83   for (mcIdType i=0; i < cI->getNbOfElems(); i++)
  84     {
  85       mcIdType j = cIP[i];
  86       if (cIP[i] < prev)
  87         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingSkyLineArray::BuildFromDynamicConn: misformatted connectivity (indices not monotonic ascending)!");
  88       prev = cIP[i];
  89       if (i!=cI->getNbOfElems()-1)
  90         if (cP[j] != INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED)
  91           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingSkyLineArray::BuildFromDynamicConn: connectivity containing other types than POLYHED!");
  92     }
  93
  94   vector<mcIdType> superIdx, idx, vals;
  95   mcIdType cnt = 0, cnt2 = 0;
  96   superIdx.reserve(cI->getNbOfElems());
  97   superIdx.push_back(0);
  98   idx.push_back(0);
  99   vals.resize(c->getNbOfElems()); // too much because of the type and the -1, but still better than push_back().
 100   for (mcIdType i=0; i < cI->getNbOfElems()-1; i++)
 101     {
 102       mcIdType start = cIP[i]+1, end = cIP[i+1];
 103       mcIdType * work = vals.data() + cnt;
 104       const mcIdType * w = cP+start;
 105       const mcIdType * w2 = find(w, cP+end, -1);
 106       while (w2 != cP+end)
 107         {
 108           copy(w, w2, work);
 109           mcIdType d = ToIdType(distance(w, w2));
 110           cnt += d; work +=d;
 111           idx.push_back(cnt); cnt2++;
 112           w = w2+1;  // skip the -1
 113           w2 = find(w, cP+end, -1);
 114         }
 115       copy(w, cP+end, work);
 116       cnt += ToIdType(distance(w, cP+end));
 117       idx.push_back(cnt); cnt2++;
 118       superIdx.push_back(cnt2);
 119     }
 120   ret->_super_index->alloc(superIdx.size(),1);
 121   copy(superIdx.begin(), superIdx.end(), ret->_super_index->getPointer());
 122   ret->_index->alloc(idx.size(),1);
 123   copy(idx.begin(), idx.end(), ret->_index->getPointer());
 124   ret->_values->alloc(cnt,1);
 125   copy(vals.begin(), vals.begin()+cnt, ret->_values->getPointer());
 126
 127   return ret;
 128 }
 129
 130 /**
 131  * Convert a three-level SkyLineArray into a polyhedral connectivity.
 132  * The super-packs are interpreted as cell description, and the packs represent the face connectivity.
 133  */
 134 void MEDCouplingSkyLineArray::convertToPolyhedronConn( MCAuto<DataArrayIdType>& c,  MCAuto<DataArrayIdType>& cI) const
 135 {
 136   // TODO: in this case an iterator would be nice
 137   using namespace std;
 138
 139   checkSuperIndex("convertToPolyhedronConn");
 140
 141   const mcIdType * siP(_super_index->begin()), * iP(_index->begin()), *vP(_values->begin());
 142   mcIdType cnt = 0;
 143   cI->alloc(_super_index->getNbOfElems(),1);  // same number of super packs as number of cells
 144   mcIdType * cIVecP(cI->getPointer());
 145   MCAuto <DataArrayIdType> dsi = _index->deltaShiftIndex();
 146   mcIdType sz = dsi->accumulate((std::size_t)0) + ToIdType(dsi->getNbOfElems());  // think about it: one slot for the type, -1 at the end of each face of the cell
 147   c->alloc(sz, 1);
 148   mcIdType * cVecP(c->getPointer());
 149
 150   for ( mcIdType i=0; i < _super_index->getNbOfElems()-1; i++)
 151      {
 152        cIVecP[i]= cnt;
 153        mcIdType endId = siP[i+1];
 154        cVecP[cnt++] = INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED;
 155        for (mcIdType j=siP[i]; j < endId; j++)
 156          {
 157            mcIdType startId2 = iP[j], endId2 = iP[j+1];
 158            copy(vP+startId2, vP+endId2, cVecP+cnt);
 159            cnt += endId2-startId2;
 160            if(j != endId-1)
 161              cVecP[cnt++] = -1;
 162          }
 163      }
 164   cIVecP[_super_index->getNbOfElems()-1] = cnt;
 165 }
 166
 167 std::size_t MEDCouplingSkyLineArray::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
 168 {
 169   return _index->getHeapMemorySizeWithoutChildren()+_values->getHeapMemorySizeWithoutChildren()+_super_index->getHeapMemorySizeWithoutChildren();
 170 }
 171
 172 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDCouplingSkyLineArray::getDirectChildrenWithNull() const
 173 {
 174   std::vector<const BigMemoryObject *> ret;
 175   ret.push_back(_super_index);
 176   ret.push_back(_index);
 177   ret.push_back(_values);
 178   return ret;
 179 }
 180
 181
 182 void MEDCouplingSkyLineArray::set( DataArrayIdType* index, DataArrayIdType* value )
 183 {
 184   _index=index;
 185   _values=value;
 186   if ( (DataArrayIdType*)_index ) _index->incrRef();
 187   else                            _index = DataArrayIdType::New();
 188   if ( (DataArrayIdType*)_values ) _values->incrRef();
 189   else                             _values = DataArrayIdType::New();
 190 }
 191
 192 void MEDCouplingSkyLineArray::set3( DataArrayIdType* superIndex, DataArrayIdType* index, DataArrayIdType* value )
 193 {
 194   _super_index=superIndex;
 195   if ( (DataArrayIdType*)_super_index ) _super_index->incrRef();
 196   else                                  _super_index = DataArrayIdType::New();
 197   set(index, value);
 198 }
 199
 200 DataArrayIdType* MEDCouplingSkyLineArray::getSuperIndexArray() const
 201 {
 202   return const_cast<MEDCouplingSkyLineArray*>(this)->_super_index;
 203 }
 204
 205
 206 DataArrayIdType* MEDCouplingSkyLineArray::getIndexArray() const
 207 {
 208   return const_cast<MEDCouplingSkyLineArray*>(this)->_index;
 209 }
 210
 211 DataArrayIdType* MEDCouplingSkyLineArray::getValuesArray() const
 212 {
 213   return const_cast<MEDCouplingSkyLineArray*>(this)->_values;
 214 }
 215
 216 void MEDCouplingSkyLineArray::checkSuperIndex(const std::string& func) const
 217 {
 218   if (!_super_index->getNbOfElems())
 219     {
 220       std::ostringstream oss;
 221       oss << "MEDCouplingSkyLineArray::"<< func << ": not a three level SkyLineArray! Method is not available for two-level SkyLineArray.";
 222       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str());
 223     }
 224 }
 225
 226 void MEDCouplingSkyLineArray::validSuperIndex(const std::string& func, mcIdType superIndex) const
 227 {
 228   if(superIndex < 0 || superIndex >= _super_index->getNbOfElems())
 229     {
 230       std::ostringstream oss;
 231       oss << "MEDCouplingSkyLineArray::" << func <<  ": invalid super index!";
 232       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str());
 233     }
 234 }
 235
 236 void MEDCouplingSkyLineArray::validIndex(const std::string& func, mcIdType idx) const
 237 {
 238   if(idx < 0 || idx >= _index->getNbOfElems())
 239     {
 240       std::ostringstream oss;
 241       oss << "MEDCouplingSkyLineArray::" << func <<  ": invalid index!";
 242       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str());
 243     }
 244 }
 245
 246 void MEDCouplingSkyLineArray::validSuperIndexAndIndex(const std::string& func, mcIdType superIndex, mcIdType index) const
 247 {
 248   validSuperIndex(func, superIndex);
 249   mcIdType idx = _super_index->begin()[superIndex] + index;
 250   if(idx < 0 || idx >= _index->getNbOfElems())
 251     {
 252       std::ostringstream oss;
 253       oss << "MEDCouplingSkyLineArray::" << func <<  ": invalid index!";
 254       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str());
 255     }
 256 }
 257
 258 std::string MEDCouplingSkyLineArray::simpleRepr() const
 259 {
 260   std::ostringstream oss;
 261   oss << "MEDCouplingSkyLineArray (" << this << ")" << std::endl;
 262   MCAuto<DataArrayIdType> super_index = _super_index->deepCopy();
 263   if (_super_index->getNbOfElems())
 264     oss << "   Nb of super-packs: " << getSuperNumberOf() << std::endl;
 265   else
 266     {
 267       super_index->alloc(2,1);
 268       super_index->setIJSilent(0,0,0);
 269       super_index->setIJSilent(1,0,_index->getNbOfElems()-1);
 270     }
 271   oss << "   Nb of packs: " << getNumberOf() << std::endl;
 272   oss << "   Nb of values: " << getLength() << std::endl;
 273
 274   if (_super_index->getNbOfElems())
 275     {
 276       oss << "   Super-indices:" << std::endl;
 277       oss << "   ";
 278       const mcIdType * i = _super_index->begin();
 279       for ( ; i != _super_index->end(); ++i )
 280         oss << *i << " ";
 281       oss << std::endl;
 282     }
 283
 284   oss << "   Indices:" << std::endl;
 285   oss << "   ";
 286   const mcIdType * i = _index->begin();
 287   for ( ; i != _index->end(); ++i )
 288     oss << *i << " ";
 289   oss << std::endl;
 290   oss << "   Values:" << std::endl;
 291   oss << "     ";
 292   const mcIdType * v = _values->begin();
 293   mcIdType cnt = 0, cntI = 0;
 294   i = _index->begin();
 295   for ( const mcIdType * si = super_index->begin()+1; v != _values->end(); ++v, ++cnt )
 296     {
 297       if ( cnt == *i )
 298         {
 299           if ( cntI == *si && cnt != 0)
 300             {
 301               oss << std::endl << "     ";
 302               ++si;
 303             }
 304
 305           oss << "| ";
 306           ++i; ++cntI;
 307         }
 308       oss << *v << " ";
 309     }
 310   oss << std::endl;
 311
 312   return oss.str();
 313 }
 314
 315 MEDCouplingSkyLineArray *MEDCouplingSkyLineArray::groupPacks(const DataArrayIdType *indexedPacks) const
 316 {
 317   indexedPacks->checkAllocated();
 318   if( indexedPacks->getNumberOfComponents() != 1 )
 319     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingSkyLineArray::groupPacks : number of components must be 1 !");
 320   std::size_t nbTuples(indexedPacks->getNumberOfTuples());
 321   if( nbTuples == 0 )
 322     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingSkyLineArray::groupPacks : number of tuples must be > 0 !");
 323   const DataArrayIdType *index(this->getIndexArray());
 324   MCAuto<DataArrayIdType> partIndex(index->selectByTupleIdSafe(indexedPacks->begin(),indexedPacks->end()));
 325   MCAuto<MEDCouplingSkyLineArray> ret(MEDCouplingSkyLineArray::New(partIndex,this->getValuesArray()));
 326   return ret.retn();
 327 }
 328
 329 MEDCouplingSkyLineArray *MEDCouplingSkyLineArray::uniqueNotSortedByPack() const
 330 {
 331   mcIdType nbPacks(this->getNumberOf());
 332   MCAuto<DataArrayIdType> retIndex(DataArrayIdType::New()); retIndex->alloc(nbPacks+1,1);
 333   const mcIdType *valuesPtr(this->_values->begin()),*indexPtr(this->_index->begin());
 334   mcIdType *retIndexPtr(retIndex->getPointer()); *retIndexPtr = 0;
 335   for(mcIdType i = 0 ; i < nbPacks ; ++i, ++retIndexPtr)
 336   {
 337     std::set<mcIdType> s(valuesPtr+indexPtr[i],valuesPtr+indexPtr[i+1]);
 338     retIndexPtr[1] = retIndexPtr[0] + ToIdType(s.size());
 339   }
 340   MCAuto<DataArrayIdType> retValues(DataArrayIdType::New()); retValues->alloc(retIndex->back(),1);
 341   mcIdType *retValuesPtr(retValues->getPointer());
 342   for(mcIdType i = 0 ; i < nbPacks ; ++i)
 343   {
 344     std::set<mcIdType> s(valuesPtr+indexPtr[i],valuesPtr+indexPtr[i+1]);
 345     retValuesPtr = std::copy(s.begin(),s.end(),retValuesPtr);
 346   }
 347   MCAuto<MEDCouplingSkyLineArray> ret(MEDCouplingSkyLineArray::New(retIndex,retValues));
 348   return ret.retn();
 349 }
 350
 351 /**
 352  * For a 2- or 3-level SkyLine array, return a copy of the absolute pack with given identifier.
 353  */
 354 void MEDCouplingSkyLineArray::getSimplePackSafe(const mcIdType absolutePackId, std::vector<mcIdType> & pack) const
 355 {
 356   if(absolutePackId < 0 || absolutePackId >= _index->getNbOfElems())
 357     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingSkyLineArray::getPackSafe: invalid index!");
 358   const mcIdType * iP(_index->begin()), *vP(_values->begin());
 359   mcIdType sz = iP[absolutePackId+1]-iP[absolutePackId];
 360   pack.resize(sz);
 361   std::copy(vP+iP[absolutePackId], vP+iP[absolutePackId+1],pack.begin());
 362 }
 363
 364 /**
 365  * Same as getPackSafe, but directly returns a pointer to the internal data with the size of the pack.
 366  */
 367 const mcIdType * MEDCouplingSkyLineArray::getSimplePackSafePtr(const mcIdType absolutePackId, mcIdType & packSize) const
 368 {
 369   if(absolutePackId < 0 || absolutePackId >= _index->getNbOfElems())
 370     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingSkyLineArray::getPackSafe: invalid index!");
 371   const mcIdType * iP(_index->begin()), *vP(_values->begin());
 372   packSize = iP[absolutePackId+1]-iP[absolutePackId];
 373   return vP+iP[absolutePackId];
 374 }
 375
 376
 377 /**!
 378  * For each given super-pack ID, provide the sub-index of the first matching pack. If no matching pack is found for the
 379  * given super-pack -1 is returned.
 380  * \param[in] superPackIndices the list of super-packs that should be inspected
 381  * \param[in] packBg the pack that the function is looking for in each of the provided super-pack
 382  * \param[in] packEnd the pack that the function is looking for in each of the provided super-pack
 383  * \param[out] a vector of mcIdType, having the same size as superPackIndices and containing for each inspected super-pack
 384  * the index of the first matching pack, or -1 if none found.
 385  */
 386 void MEDCouplingSkyLineArray::findPackIds(const std::vector<mcIdType> & superPackIndices,
 387                                           const mcIdType *packBg, const mcIdType *packEnd,
 388                                           std::vector<mcIdType>& out) const
 389 {
 390   using namespace std;
 391
 392   checkSuperIndex("findPackIds");
 393
 394   mcIdType packSz = ToIdType(std::distance(packBg, packEnd));
 395   if (!packSz)
 396     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingSkyLineArray::findPackIds: void pack!");
 397
 398   out.resize(superPackIndices.size());
 399   mcIdType i = 0;
 400   const mcIdType * siP(_super_index->begin()), * iP(_index->begin()), *vP(_values->begin());
 401   for(vector<mcIdType>::const_iterator it=superPackIndices.begin(); it!=superPackIndices.end(); ++it, i++)
 402     {
 403       out[i] = -1;
 404       const mcIdType sPackIdx = *it;
 405       // for each pack
 406       for (mcIdType idx=siP[sPackIdx], j=0; idx < siP[sPackIdx+1]; idx++, j++)
 407         {
 408           if (packSz == (iP[idx+1] - iP[idx]))
 409             if (equal(&vP[iP[idx]], &vP[iP[idx+1]], packBg))
 410               {
 411                 out[i] = j;
 412                 break;
 413               }
 414         }
 415     }
 416 }
 417
 418 /**!
 419  * Delete pack number 'idx' in super-pack number 'superIdx'.
 420  * \param[in] superIdx is the super-pack number
 421  * \param[in] idx is the pack index inside the super-pack 'superIdx'.
 422  */
 423 void MEDCouplingSkyLineArray::deletePack(const mcIdType superIdx, const mcIdType idx)
 424 {
 425   checkSuperIndex("deletePack");
 426   validSuperIndexAndIndex("deletePack", superIdx, idx);
 427
 428   mcIdType * vP = _values->getPointer();
 429   mcIdType * siP(_super_index->getPointer()), *iP(_index->getPointer());
 430   const mcIdType start = iP[siP[superIdx]+idx], end = iP[siP[superIdx]+idx+1];
 431   // _values
 432   std::copy(vP+end, vP+_values->getNbOfElems(), vP+start);
 433   _values->reAlloc(_values->getNbOfElems() - (end-start));
 434
 435   // _index
 436   mcIdType nt = _index->getNbOfElems();
 437   std::copy(iP+siP[superIdx]+idx+1, iP+nt, iP+siP[superIdx]+idx);
 438   _index->reAlloc(nt-1); iP = _index->getPointer();  // better not forget this ...
 439   for(mcIdType ii = siP[superIdx]+idx; ii < nt-1; ii++)
 440     iP[ii] -= (end-start);
 441
 442   // _super_index
 443   for(mcIdType ii = superIdx+1; ii < _super_index->getNbOfElems(); ii++)
 444     (siP[ii])--;
 445 }
 446
 447 void MEDCouplingSkyLineArray::deleteSimplePack(const mcIdType idx)
 448 {
 449   validIndex("deleteSimplePack", idx);
 450
 451   mcIdType* iP(_index->getPointer());
 452   const mcIdType start(iP[idx]), end(iP[idx+1]);
 453
 454   // _values
 455   mcIdType initValSz=_values->getNbOfElems();
 456   mcIdType deltaSz( start-end );  // should be negative
 457   mcIdType *vP(_values->getPointer());
 458   if (deltaSz < 0)
 459     {
 460       std::copy(vP+end, vP+initValSz, vP+start);
 461       _values->reAlloc(initValSz+deltaSz);
 462     }
 463   else
 464     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingSkyLineArray::deleteSimplePack");
 465   // _index
 466   mcIdType nt=_index->getNbOfElems();
 467   std::copy(iP+idx+1, iP+nt, iP+idx);
 468   for(mcIdType ii = idx; ii < nt-1; ii++)
 469     iP[ii] += deltaSz;
 470   _index->reAlloc(nt-1);
 471 }
 472
 473 void MEDCouplingSkyLineArray::replaceSimplePacks(const DataArrayIdType* idx, const std::vector<const DataArrayIdType*>& packs)
 474 {
 475   if (idx->empty())
 476     return;
 477
 478   for (const mcIdType * id = idx->begin(); id != idx->end(); id++)
 479     validIndex("deleteSimplePacks", *id);
 480
 481   if (idx->getNbOfElems() != ToIdType( packs.size()))
 482     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingSkyLineArray::deleteSimplePacks: size of list of pack is incorrect");
 483
 484   // copy _index, _values into a deque<set<mcIdType>>
 485   std::deque< std::set<mcIdType> > valuesByIdx;
 486   mcIdType* vP(_values->getPointer());
 487   mcIdType* iP(_index->getPointer());
 488   mcIdType nt = _index->getNbOfElems();
 489   for (mcIdType ii = 0; ii < nt-1; ii++)
 490     valuesByIdx.push_back(std::set<mcIdType>(vP+iP[ii], vP+iP[ii+1]));
 491
 492   // modify the deque<set<mcIdType>> according to idx and packs
 493   mcIdType ii(0);
 494   for (const mcIdType *id = idx->begin(); id != idx->end(); id++)
 495     {
 496       valuesByIdx[*id] = std::set<mcIdType>(packs[ii]->begin(), packs[ii]->end());
 497       ii++;
 498     }
 499   // copy back the deque<set<mcIdType>> into _index, _values
 500   mcIdType valSz(0);
 501   *iP = 0;
 502   for (std::deque< std::set<mcIdType> >::const_iterator values=valuesByIdx.begin();values!=valuesByIdx.end();values++)
 503     {
 504       valSz += ToIdType((*values).size());
 505       *(++iP) = valSz;
 506     }
 507   _values->reAlloc(valSz);
 508   iP = _index->getPointer();
 509   vP = _values->getPointer();
 510   for (auto values : valuesByIdx)
 511     {
 512       std::copy(values.begin(), values.end(), vP+(*iP));
 513       iP++;
 514     }
 515 }
 516
 517 void MEDCouplingSkyLineArray::deleteSimplePacks(const DataArrayIdType* idx)
 518 {
 519   for (auto id = idx->begin(); id != idx->end(); id++)
 520     validIndex("deleteSimplePacks", *id);
 521
 522   std::set<mcIdType> packsToDelete(idx->begin(), idx->end());
 523
 524   // _values
 525   mcIdType* iP(_index->getPointer());
 526   mcIdType initValSz = _values->getNbOfElems();
 527   mcIdType *vP(_values->getPointer());
 528   mcIdType end_prec(0),start_prec(0);
 529   for(std::set<mcIdType>::const_iterator ii=packsToDelete.begin();ii!=packsToDelete.end();ii++)
 530     {
 531       mcIdType start = iP[*ii];
 532       if (end_prec != 0)
 533         std::copy(vP+end_prec, vP+start, vP+start_prec);
 534       start_prec += start-end_prec;
 535       end_prec = iP[*ii+1];
 536     }
 537   if (end_prec != 0)
 538     std::copy(vP+end_prec, vP+initValSz, vP+start_prec);
 539   _values->reAlloc(initValSz-(end_prec-start_prec));
 540
 541   // _index
 542   mcIdType nt = _index->getNbOfElems();
 543   mcIdType offset = 0;
 544   end_prec = 0;
 545   start_prec = 0;
 546   mcIdType deleted = 0;
 547   for(std::set<mcIdType>::const_iterator ii=packsToDelete.begin();ii!=packsToDelete.end();ii++)
 548     {
 549       if (end_prec != 0)
 550         {
 551           std::copy(iP+end_prec, iP+*ii, iP+start_prec);
 552           for (mcIdType i=start_prec; i<*ii; i++)
 553             iP[i] -= offset;
 554         }
 555       offset += iP[*ii+1] - iP[*ii];
 556       start_prec = *ii-deleted;
 557       end_prec = *ii+1;
 558       deleted += 1;
 559     }
 560   if (end_prec != 0)
 561     {
 562       std::copy(iP+end_prec, iP+nt, iP+start_prec);
 563       for (mcIdType i=start_prec; i<nt; i++)
 564         iP[i] -= offset;
 565     }
 566   _index->reAlloc(nt-deleted);
 567 }
 568
 569 /**!
 570  * Insert a new pack in super-pack at index 'superIdx'. The pack is inserted at the end of the pack list of the chosen super-pack.
 571  */
 572 void MEDCouplingSkyLineArray::pushBackPack(const mcIdType superIdx, const mcIdType * packBg, const mcIdType * packEnd)
 573 {
 574   using namespace std;
 575
 576   checkSuperIndex("pushBackPack");
 577   validSuperIndex("pushBackPack", superIdx);
 578
 579   mcIdType *siP(_super_index->getPointer()), *iP(_index->getPointer());
 580   const mcIdType sz(ToIdType(distance(packBg, packEnd)));
 581
 582   // _values
 583   _values->reAlloc(_values->getNbOfElems()+sz);
 584   mcIdType * vPE(_values->getPointer()+_values->getNbOfElems());
 585   mcIdType *vP(_values->getPointer());
 586   copy(vP+iP[siP[superIdx+1]], vPE-sz, vP+iP[siP[superIdx+1]]+sz);
 587   // insert pack
 588   copy(packBg, packEnd, vP+iP[siP[superIdx+1]]);
 589
 590   // _index
 591   mcIdType nt = ToIdType(_index->getNbOfElems());
 592   _index->reAlloc(nt+1); iP = _index->getPointer();
 593   copy(iP+siP[superIdx+1]+1, iP+nt, iP+siP[superIdx+1]+2);
 594   iP[siP[superIdx+1]+1] = iP[siP[superIdx+1]] + sz;
 595   for(mcIdType ii = siP[superIdx+1]+2; ii < nt+1; ii++)
 596     iP[ii] += sz;
 597
 598   // _super_index
 599   for(mcIdType ii = superIdx+1; ii < _super_index->getNbOfElems(); ii++)
 600     (siP[ii])++;
 601 }
 602
 603 /**
 604  * Replace pack with absolute index 'idx' with the provided new pack. Function can be used either
 605  * for 2-level SkyLine or 3-level SkyLine.
 606  */
 607 void MEDCouplingSkyLineArray::replaceSimplePack(const mcIdType idx, const mcIdType * packBg, const mcIdType * packEnd)
 608 {
 609   validIndex("replaceSimplePack", idx);
 610
 611   mcIdType * iP(_index->getPointer());
 612   mcIdType newSz = ToIdType(std::distance(packBg, packEnd));
 613   const mcIdType start = iP[idx], end = iP[idx+1];
 614
 615   // _values
 616   mcIdType initValSz = _values->getNbOfElems();
 617   mcIdType deltaSz = newSz-(end-start);  // can be negative
 618   if (deltaSz)
 619     {
 620       if (deltaSz > 0)
 621         _values->reAlloc(initValSz+deltaSz);
 622       mcIdType *vP(_values->getPointer());
 623       std::copy(vP+end, vP+initValSz, vP+end+deltaSz);
 624       if (deltaSz < 0)
 625         _values->reAlloc(initValSz+deltaSz);
 626     }
 627
 628   // copy new pack
 629   std::copy(packBg, packEnd, _values->getPointer()+start);
 630
 631   // _index
 632   for(mcIdType ii = idx+1; ii < _index->getNbOfElems(); ii++)
 633     iP[ii] += deltaSz;
 634 }
 635
 636 /**
 637  * Replace pack with super index 'superIdx' and index 'idx' with the provided new pack.
 638  * Function can be used only for 3-level SkyLine.
 639  */
 640 void MEDCouplingSkyLineArray::replacePack(const mcIdType superIdx, const mcIdType idx, const mcIdType *packBg, const mcIdType *packEnd)
 641 {
 642   checkSuperIndex("replacePack");
 643   validSuperIndexAndIndex("replacePack", superIdx, idx);
 644
 645   mcIdType * siP(_super_index->getPointer()), *iP(_index->getPointer());
 646   mcIdType newSz = ToIdType(std::distance(packBg, packEnd));
 647   const mcIdType start = iP[siP[superIdx]+idx], end = iP[siP[superIdx]+idx+1];
 648
 649   // _values
 650   mcIdType initValSz = _values->getNbOfElems();
 651   mcIdType deltaSz = newSz-(end-start);  // can be negative
 652   if (deltaSz)
 653     {
 654       if (deltaSz > 0)
 655         _values->reAlloc(initValSz+deltaSz);
 656       mcIdType *vP(_values->getPointer());
 657       std::copy(vP+end, vP+initValSz, vP+end+deltaSz);
 658       if (deltaSz < 0)
 659         _values->reAlloc(initValSz+deltaSz);
 660     }
 661
 662   // copy new pack
 663   std::copy(packBg, packEnd, _values->getPointer()+start);
 664
 665   // _index
 666   for(mcIdType ii = siP[superIdx]+idx+1; ii < _index->getNbOfElems(); ii++)
 667     iP[ii] += deltaSz;
 668 }