src/MEDCoupling/MEDCouplingIMesh.cxx

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   2 //
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   9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
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  11 // Lesser General Public License for more details.
  12 //
  13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  16 //
  17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  18 //
  19 // Author : Anthony Geay (CEA/DEN)
  20
  21 #include "MEDCouplingIMesh.hxx"
  22 #include "MEDCouplingCMesh.hxx"
  23 #include "MEDCouplingMemArray.hxx"
  24 #include "MEDCouplingFieldDouble.hxx"
  25
  26 #include <functional>
  27 #include <algorithm>
  28 #include <sstream>
  29 #include <numeric>
  30
  31 using namespace ParaMEDMEM;
  32
  33 MEDCouplingIMesh::MEDCouplingIMesh():_space_dim(-1)
  34 {
  35   _origin[0]=0.; _origin[1]=0.; _origin[2]=0.;
  36   _dxyz[0]=0.; _dxyz[1]=0.; _dxyz[2]=0.;
  37   _structure[0]=0; _structure[1]=0; _structure[2]=0;
  38 }
  39
  40 MEDCouplingIMesh::MEDCouplingIMesh(const MEDCouplingIMesh& other, bool deepCopy):MEDCouplingStructuredMesh(other,deepCopy),_space_dim(other._space_dim),_axis_unit(other._axis_unit)
  41 {
  42   _origin[0]=other._origin[0]; _origin[1]=other._origin[1]; _origin[2]=other._origin[2];
  43   _dxyz[0]=other._dxyz[0]; _dxyz[1]=other._dxyz[1]; _dxyz[2]=other._dxyz[2];
  44   _structure[0]=other._structure[0]; _structure[1]=other._structure[1]; _structure[2]=other._structure[2];
  45 }
  46
  47 MEDCouplingIMesh::~MEDCouplingIMesh()
  48 {
  49 }
  50
  51 MEDCouplingIMesh *MEDCouplingIMesh::New()
  52 {
  53   return new MEDCouplingIMesh;
  54 }
  55
  56 MEDCouplingIMesh *MEDCouplingIMesh::New(const std::string& meshName, int spaceDim, const int *nodeStrctStart, const int *nodeStrctStop,
  57                                         const double *originStart, const double *originStop, const double *dxyzStart, const double *dxyzStop)
  58 {
  59   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingIMesh> ret(new MEDCouplingIMesh);
  60   ret->setName(meshName);
  61   ret->setSpaceDimension(spaceDim);
  62   ret->setNodeStruct(nodeStrctStart,nodeStrctStop);
  63   ret->setOrigin(originStart,originStop);
  64   ret->setDXYZ(dxyzStart,dxyzStop);
  65   return ret.retn();
  66 }
  67
  68 MEDCouplingMesh *MEDCouplingIMesh::deepCpy() const
  69 {
  70   return clone(true);
  71 }
  72
  73 MEDCouplingIMesh *MEDCouplingIMesh::clone(bool recDeepCpy) const
  74 {
  75   return new MEDCouplingIMesh(*this,recDeepCpy);
  76 }
  77
  78 void MEDCouplingIMesh::setNodeStruct(const int *nodeStrctStart, const int *nodeStrctStop)
  79 {
  80   checkSpaceDimension();
  81   int sz((int)std::distance(nodeStrctStart,nodeStrctStop));
  82   if(sz!=_space_dim)
  83     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::setNodeStruct : input vector of node structure has not the right size ! Or change space dimension before calling it !");
  84   std::copy(nodeStrctStart,nodeStrctStop,_structure);
  85   declareAsNew();
  86 }
  87
  88 std::vector<int> MEDCouplingIMesh::getNodeStruct() const
  89 {
  90   checkSpaceDimension();
  91   return std::vector<int>(_structure,_structure+_space_dim);
  92 }
  93
  94 void MEDCouplingIMesh::setOrigin(const double *originStart, const double *originStop)
  95 {
  96   checkSpaceDimension();
  97   int sz((int)std::distance(originStart,originStop));
  98   if(sz!=_space_dim)
  99     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::setOrigin : input vector of origin vector has not the right size ! Or change space dimension before calling it !");
 100   std::copy(originStart,originStop,_origin);
 101   declareAsNew();
 102 }
 103
 104 std::vector<double> MEDCouplingIMesh::getOrigin() const
 105 {
 106   checkSpaceDimension();
 107   return std::vector<double>(_origin,_origin+_space_dim);
 108 }
 109
 110 void MEDCouplingIMesh::setDXYZ(const double *dxyzStart, const double *dxyzStop)
 111 {
 112   checkSpaceDimension();
 113   int sz((int)std::distance(dxyzStart,dxyzStop));
 114   if(sz!=_space_dim)
 115     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::setDXYZ : input vector of dxyz vector has not the right size ! Or change space dimension before calling it !");
 116   std::copy(dxyzStart,dxyzStop,_dxyz);
 117   declareAsNew();
 118 }
 119
 120 std::vector<double> MEDCouplingIMesh::getDXYZ() const
 121 {
 122   checkSpaceDimension();
 123   return std::vector<double>(_dxyz,_dxyz+_space_dim);
 124 }
 125
 126 void MEDCouplingIMesh::setAxisUnit(const std::string& unitName)
 127 {
 128   _axis_unit=unitName;
 129   declareAsNew();
 130 }
 131
 132 std::string MEDCouplingIMesh::getAxisUnit() const
 133 {
 134   return _axis_unit;
 135 }
 136
 137 /*!
 138  * This method returns the measure of any cell in \a this.
 139  * This specific method of image grid mesh utilizes the fact that any cell in \a this have the same measure.
 140  * The value returned by this method is those used to feed the returned field in the MEDCouplingIMesh::getMeasureField.
 141  *
 142  * \sa getMeasureField
 143  */
 144 double MEDCouplingIMesh::getMeasureOfAnyCell() const
 145 {
 146   checkCoherency();
 147   int dim(getSpaceDimension());
 148   double ret(1.);
 149   for(int i=0;i<dim;i++)
 150     ret*=fabs(_dxyz[i]);
 151   return ret;
 152 }
 153
 154 /*!
 155  * This method is allows to convert \a this into MEDCouplingCMesh instance.
 156  * This method is the middle level between MEDCouplingIMesh and the most general MEDCouplingUMesh.
 157  * This method is useful for MED writers that do not have still the image grid support.
 158  *
 159  * \sa MEDCouplingMesh::buildUnstructured
 160  */
 161 MEDCouplingCMesh *MEDCouplingIMesh::convertToCartesian() const
 162 {
 163   checkCoherency();
 164   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCMesh> ret(MEDCouplingCMesh::New());
 165   try
 166   { ret->copyTinyInfoFrom(this); }
 167   catch(INTERP_KERNEL::Exception& ) { }
 168   int spaceDim(getSpaceDimension());
 169   std::vector<std::string> infos(buildInfoOnComponents());
 170   for(int i=0;i<spaceDim;i++)
 171     {
 172       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> arr(DataArrayDouble::New()); arr->alloc(_structure[i],1); arr->setInfoOnComponent(0,infos[i]);
 173       arr->iota(); arr->applyLin(_dxyz[i],_origin[i]);
 174       ret->setCoordsAt(i,arr);
 175     }
 176   return ret.retn();
 177 }
 178
 179 /*!
 180  * This method refines \a this uniformaly along all of its dimensions. In case of success the space covered by \a this will remain
 181  * the same before the invocation except that the number of cells will be multiplied by \a factor ^ this->getMeshDimension().
 182  * The origin of \a this will be not touched only spacing and node structure will be changed.
 183  * This method can be useful for AMR users.
 184  */
 185 void MEDCouplingIMesh::refineWithFactor(int factor)
 186 {
 187   if(factor==0)
 188     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::refineWithFactor : refinement factor must be != 0 !");
 189   checkCoherency();
 190   int factAbs(std::abs(factor));
 191   double fact2(1./(double)factor);
 192   std::transform(_structure,_structure+_space_dim,_structure,std::bind2nd(std::plus<int>(),-1));
 193   std::transform(_structure,_structure+_space_dim,_structure,std::bind2nd(std::multiplies<int>(),factAbs));
 194   std::transform(_structure,_structure+_space_dim,_structure,std::bind2nd(std::plus<int>(),1));
 195   std::transform(_dxyz,_dxyz+_space_dim,_dxyz,std::bind2nd(std::multiplies<double>(),fact2));
 196   declareAsNew();
 197 }
 198
 199 /*!
 200  * This static method is useful to condense field on cells of a MEDCouplingIMesh instance coming from a refinement ( MEDCouplingIMesh::refineWithFactor for example)
 201  * to a coarse MEDCouplingIMesh instance. So this method can be seen as a specialization in P0P0 conservative interpolation non overlaping from fine image mesh
 202  * to a coarse image mesh. Only tuples ( deduced from \a fineLocInCoarse ) of \a coarseDA will be modified. Other tuples of \a coarseDA will be let unchanged.
 203  *
 204  * \param [in,out] coarseDA The DataArrayDouble corresponding to the a cell field of a coarse mesh whose cell structure is defined by \a coarseSt.
 205  * \param [in] coarseSt The cell structure of coarse mesh.
 206  * \param [in] fineDA The DataArray containing the cell field on uniformly refined mesh
 207  * \param [in] fineLocInCoarse The cell localization of refined mesh into the coarse one.
 208  */
 209 void MEDCouplingIMesh::CondenseFineToCoarse(DataArrayDouble *coarseDA, const std::vector<int>& coarseSt, const DataArrayDouble *fineDA, const std::vector< std::pair<int,int> >& fineLocInCoarse)
 210 {
 211   if(!coarseDA || !coarseDA->isAllocated() || !fineDA || !fineDA->isAllocated())
 212     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::CondenseFineToCoarse : the parameters 1 or 3 are NULL or not allocated !");
 213   int meshDim((int)coarseSt.size()),nbOfTuplesInCoarseExp(MEDCouplingStructuredMesh::DeduceNumberOfGivenStructure(coarseSt)),nbOfTuplesInFineExp(MEDCouplingStructuredMesh::DeduceNumberOfGivenRangeInCompactFrmt(fineLocInCoarse));
 214   int nbCompo(fineDA->getNumberOfComponents());
 215   if(coarseDA->getNumberOfComponents()!=nbCompo)
 216     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::CondenseFineToCoarse : the number of components of fine DA and coarse one mismatches !");
 217   if(meshDim!=(int)fineLocInCoarse.size())
 218     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::CondenseFineToCoarse : the size of fineLocInCoarse (4th param) must be equal to the sier of coarseSt (2nd param) !");
 219   if(coarseDA->getNumberOfTuples()!=nbOfTuplesInCoarseExp)
 220     {
 221       std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingIMesh::CondenseFineToCoarse : Expecting " << nbOfTuplesInCoarseExp << " having " << coarseDA->getNumberOfTuples() << " !";
 222       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 223     }
 224   int nbTuplesFine(fineDA->getNumberOfTuples());
 225   if(nbTuplesFine%nbOfTuplesInFineExp!=0)
 226     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::CondenseFineToCoarse : Invalid nb of tuples in fine DataArray regarding its structure !");
 227   int factN(nbTuplesFine/nbOfTuplesInFineExp);
 228   int fact(FindIntRoot(factN,meshDim));
 229   // to improve use jump-iterator. Factorizes with SwitchOnIdsFrom BuildExplicitIdsFrom
 230   double *outPtr(coarseDA->getPointer());
 231   const double *inPtr(fineDA->begin());
 232   //
 233   switch(meshDim)
 234   {
 235     case 2:
 236       {
 237         std::vector<int> dims(MEDCouplingStructuredMesh::GetDimensionsFromCompactFrmt(fineLocInCoarse));
 238         int kk(fineLocInCoarse[0].first+coarseSt[0]*fineLocInCoarse[1].first);
 239         for(int j=0;j<dims[1];j++)
 240           {
 241             for(int jfact=0;jfact<fact;jfact++)
 242               {
 243                 for(int i=0;i<dims[0];i++)
 244                   {
 245                     double *loc(outPtr+(kk+i)*nbCompo);
 246                     for(int ifact=0;ifact<fact;ifact++,inPtr+=nbCompo)
 247                       {
 248                         if(jfact!=0 || ifact!=0)
 249                           std::transform(inPtr,inPtr+nbCompo,loc,loc,std::plus<double>());
 250                         else
 251                           std::copy(inPtr,inPtr+nbCompo,loc);
 252                       }
 253                   }
 254               }
 255             kk+=coarseSt[0];
 256           }
 257         break;
 258       }
 259     default:
 260       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::CondenseFineToCoarse : only dimensions 2 supported !");
 261   }
 262 }
 263
 264 void MEDCouplingIMesh::setSpaceDimension(int spaceDim)
 265 {
 266   if(spaceDim==_space_dim)
 267     return ;
 268   CheckSpaceDimension(spaceDim);
 269   _space_dim=spaceDim;
 270   declareAsNew();
 271 }
 272
 273 void MEDCouplingIMesh::updateTime() const
 274 {
 275 }
 276
 277 std::size_t MEDCouplingIMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
 278 {
 279   return MEDCouplingStructuredMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren();
 280 }
 281
 282 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDCouplingIMesh::getDirectChildren() const
 283 {
 284   return std::vector<const BigMemoryObject *>();
 285 }
 286
 287 /*!
 288  * This method copyies all tiny strings from other (name and components name).
 289  * @throw if other and this have not same mesh type.
 290  */
 291 void MEDCouplingIMesh::copyTinyStringsFrom(const MEDCouplingMesh *other)
 292 {
 293   const MEDCouplingIMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDCouplingIMesh *>(other);
 294   if(!otherC)
 295     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::copyTinyStringsFrom : meshes have not same type !");
 296   MEDCouplingStructuredMesh::copyTinyStringsFrom(other);
 297   declareAsNew();
 298 }
 299
 300 bool MEDCouplingIMesh::isEqualIfNotWhy(const MEDCouplingMesh *other, double prec, std::string& reason) const
 301 {
 302   if(!other)
 303     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::isEqualIfNotWhy : input other pointer is null !");
 304   const MEDCouplingIMesh *otherC(dynamic_cast<const MEDCouplingIMesh *>(other));
 305   if(!otherC)
 306     {
 307       reason="mesh given in input is not castable in MEDCouplingIMesh !";
 308       return false;
 309     }
 310   if(!MEDCouplingStructuredMesh::isEqualIfNotWhy(other,prec,reason))
 311     return false;
 312   if(!isEqualWithoutConsideringStrInternal(otherC,prec,reason))
 313     return false;
 314   if(_axis_unit!=otherC->_axis_unit)
 315     {
 316       reason="The units of axis are not the same !";
 317       return false;
 318     }
 319   return true;
 320 }
 321
 322 bool MEDCouplingIMesh::isEqualWithoutConsideringStr(const MEDCouplingMesh *other, double prec) const
 323 {
 324   const MEDCouplingIMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDCouplingIMesh *>(other);
 325   if(!otherC)
 326     return false;
 327   std::string tmp;
 328   return isEqualWithoutConsideringStrInternal(other,prec,tmp);
 329 }
 330
 331 bool MEDCouplingIMesh::isEqualWithoutConsideringStrInternal(const MEDCouplingMesh *other, double prec, std::string& reason) const
 332 {
 333   const MEDCouplingIMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDCouplingIMesh *>(other);
 334   if(!otherC)
 335     return false;
 336   if(_space_dim!=otherC->_space_dim)
 337     {
 338       std::ostringstream oss;
 339       oss << "The spaceDimension of this (" << _space_dim << ") is not equal to those of other (" << otherC->_space_dim << ") !";
 340       return false;
 341     }
 342   checkSpaceDimension();
 343   for(int i=0;i<_space_dim;i++)
 344     {
 345       if(fabs(_origin[i]-otherC->_origin[i])>prec)
 346         {
 347           std::ostringstream oss;
 348           oss << "The origin of this and other differs at " << i << " !";
 349           reason=oss.str();
 350           return false;
 351         }
 352     }
 353   for(int i=0;i<_space_dim;i++)
 354     {
 355       if(fabs(_dxyz[i]-otherC->_dxyz[i])>prec)
 356         {
 357           std::ostringstream oss;
 358           oss << "The delta of this and other differs at " << i << " !";
 359           reason=oss.str();
 360           return false;
 361         }
 362     }
 363   for(int i=0;i<_space_dim;i++)
 364     {
 365       if(_structure[i]!=otherC->_structure[i])
 366         {
 367           std::ostringstream oss;
 368           oss << "The structure of this and other differs at " << i << " !";
 369           reason=oss.str();
 370           return false;
 371         }
 372     }
 373   return true;
 374 }
 375
 376 void MEDCouplingIMesh::checkDeepEquivalWith(const MEDCouplingMesh *other, int cellCompPol, double prec,
 377                                             DataArrayInt *&cellCor, DataArrayInt *&nodeCor) const
 378 {
 379   if(!isEqualWithoutConsideringStr(other,prec))
 380     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::checkDeepEquivalWith : Meshes are not the same !");
 381 }
 382
 383 /*!
 384  * Nothing is done here (except to check that the other is a ParaMEDMEM::MEDCouplingIMesh instance too).
 385  * The user intend that the nodes are the same, so by construction of ParaMEDMEM::MEDCouplingIMesh, \a this and \a other are the same !
 386  */
 387 void MEDCouplingIMesh::checkDeepEquivalOnSameNodesWith(const MEDCouplingMesh *other, int cellCompPol, double prec,
 388                                                        DataArrayInt *&cellCor) const
 389 {
 390   if(!isEqualWithoutConsideringStr(other,prec))
 391     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::checkDeepEquivalOnSameNodesWith : Meshes are not the same !");
 392 }
 393
 394 void MEDCouplingIMesh::checkCoherency() const
 395 {
 396   checkSpaceDimension();
 397   for(int i=0;i<_space_dim;i++)
 398     if(_structure[i]<1)
 399       {
 400         std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingIMesh::checkCoherency : On axis " << i << "/" << _space_dim << ", number of nodes is equal to " << _structure[i] << " ! must be >=1 !";
 401         throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 402       }
 403 }
 404
 405 void MEDCouplingIMesh::checkCoherency1(double eps) const
 406 {
 407   checkCoherency();
 408 }
 409
 410 void MEDCouplingIMesh::checkCoherency2(double eps) const
 411 {
 412   checkCoherency1(eps);
 413 }
 414
 415 void MEDCouplingIMesh::getNodeGridStructure(int *res) const
 416 {
 417   checkSpaceDimension();
 418   std::copy(_structure,_structure+_space_dim,res);
 419 }
 420
 421 std::vector<int> MEDCouplingIMesh::getNodeGridStructure() const
 422 {
 423   checkSpaceDimension();
 424   std::vector<int> ret(_structure,_structure+_space_dim);
 425   return ret;
 426 }
 427
 428 MEDCouplingStructuredMesh *MEDCouplingIMesh::buildStructuredSubPart(const std::vector< std::pair<int,int> >& cellPart) const
 429 {
 430   checkCoherency();
 431   int dim(getSpaceDimension());
 432   if(dim!=(int)cellPart.size())
 433     {
 434       std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingIMesh::buildStructuredSubPart : the space dimension is " << dim << " and cell part size is " << cellPart.size() << " !";
 435       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 436     }
 437   double retOrigin[3]={0.,0.,0.};
 438   int retStruct[3]={0,0,0};
 439   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingIMesh> ret(dynamic_cast<MEDCouplingIMesh *>(deepCpy()));
 440   for(int i=0;i<dim;i++)
 441     {
 442       int startNode(cellPart[i].first),endNode(cellPart[i].second+1);
 443       int myDelta(endNode-startNode);
 444       if(startNode<0 || startNode>=_structure[i])
 445         {
 446           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingIMesh::buildStructuredSubPart : At dimension #" << i << " the start node id is " << startNode << " it should be in [0," << _structure[i] << ") !";
 447           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 448         }
 449       if(myDelta<0 || myDelta>_structure[i])
 450         {
 451           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingIMesh::buildStructuredSubPart : Along dimension #" << i << " the number of nodes is " << _structure[i] << ", and you are requesting for " << myDelta << " nodes wide range !" << std::endl;
 452           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 453         }
 454       retOrigin[i]=_origin[i]+startNode*_dxyz[i];
 455       retStruct[i]=myDelta;
 456     }
 457   ret->setNodeStruct(retStruct,retStruct+dim);
 458   ret->setOrigin(retOrigin,retOrigin+dim);
 459   ret->checkCoherency();
 460   return ret.retn();
 461 }
 462
 463 /*!
 464  * Return the space dimension of \a this.
 465  */
 466 int MEDCouplingIMesh::getSpaceDimension() const
 467 {
 468   return _space_dim;
 469 }
 470
 471 void MEDCouplingIMesh::getCoordinatesOfNode(int nodeId, std::vector<double>& coo) const
 472 {
 473   int tmp[3];
 474   int spaceDim(getSpaceDimension());
 475   getSplitNodeValues(tmp);
 476   int tmp2[3];
 477   GetPosFromId(nodeId,spaceDim,tmp,tmp2);
 478   for(int j=0;j<spaceDim;j++)
 479     coo.push_back(_origin[j]+_dxyz[j]*tmp2[j]);
 480 }
 481
 482 std::string MEDCouplingIMesh::simpleRepr() const
 483 {
 484   std::ostringstream ret;
 485   ret << "Image grid with name : \"" << getName() << "\"\n";
 486   ret << "Description of mesh : \"" << getDescription() << "\"\n";
 487   int tmpp1,tmpp2;
 488   double tt(getTime(tmpp1,tmpp2));
 489   int spaceDim(_space_dim);
 490   ret << "Time attached to the mesh [unit] : " << tt << " [" << getTimeUnit() << "]\n";
 491   ret << "Iteration : " << tmpp1  << " Order : " << tmpp2 << "\n";
 492   ret << "Space dimension : " << spaceDim << "\n";
 493   if(spaceDim<0 || spaceDim>3)
 494     return ret.str();
 495   ret << "The nodal structure is : "; std::copy(_structure,_structure+spaceDim,std::ostream_iterator<int>(ret," ")); ret << "\n";
 496   ret << "The origin position is [" << _axis_unit << "]: ";
 497   std::copy(_origin,_origin+spaceDim,std::ostream_iterator<double>(ret," ")); ret << "\n";
 498   ret << "The intervals along axis are : ";
 499   std::copy(_dxyz,_dxyz+spaceDim,std::ostream_iterator<double>(ret," ")); ret << "\n";
 500   return ret.str();
 501 }
 502
 503 std::string MEDCouplingIMesh::advancedRepr() const
 504 {
 505   return simpleRepr();
 506 }
 507
 508 void MEDCouplingIMesh::getBoundingBox(double *bbox) const
 509 {
 510   checkCoherency();
 511   int dim(getSpaceDimension());
 512   for(int idim=0; idim<dim; idim++)
 513     {
 514       bbox[2*idim]=_origin[idim];
 515       bbox[2*idim+1]=_origin[idim]+_dxyz[idim]*_structure[idim];
 516     }
 517 }
 518
 519 /*!
 520  * Returns a new MEDCouplingFieldDouble containing volumes of cells constituting \a this
 521  * mesh.<br>
 522  * For 1D cells, the returned field contains lengths.<br>
 523  * For 2D cells, the returned field contains areas.<br>
 524  * For 3D cells, the returned field contains volumes.
 525  *  \param [in] isAbs - a not used parameter.
 526  *  \return MEDCouplingFieldDouble * - a new instance of MEDCouplingFieldDouble on cells
 527  *         and one time . The caller is to delete this field using decrRef() as it is no
 528  *         more needed.
 529  */
 530 MEDCouplingFieldDouble *MEDCouplingIMesh::getMeasureField(bool isAbs) const
 531 {
 532   checkCoherency();
 533   std::string name="MeasureOfMesh_";
 534   name+=getName();
 535   int nbelem(getNumberOfCells());
 536   MEDCouplingFieldDouble *field(MEDCouplingFieldDouble::New(ON_CELLS,ONE_TIME));
 537   field->setName(name);
 538   DataArrayDouble* array(DataArrayDouble::New());
 539   array->alloc(nbelem,1);
 540   array->fillWithValue(getMeasureOfAnyCell());
 541   field->setArray(array) ;
 542   array->decrRef();
 543   field->setMesh(const_cast<MEDCouplingIMesh *>(this));
 544   field->synchronizeTimeWithMesh();
 545   return field;
 546 }
 547
 548 /*!
 549  * not implemented yet !
 550  */
 551 MEDCouplingFieldDouble *MEDCouplingIMesh::getMeasureFieldOnNode(bool isAbs) const
 552 {
 553   throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::getMeasureFieldOnNode : not implemented yet !");
 554   //return 0;
 555 }
 556
 557 int MEDCouplingIMesh::getCellContainingPoint(const double *pos, double eps) const
 558 {
 559   int dim(getSpaceDimension()),ret(0),coeff(1);
 560   for(int i=0;i<dim;i++)
 561     {
 562       int nbOfCells(_structure[i]-1);
 563       double ref(pos[i]);
 564       int tmp((int)((ref-_origin[i])/_dxyz[i]));
 565       if(tmp>=0 && tmp<nbOfCells)
 566         {
 567           ret+=coeff*tmp;
 568           coeff*=nbOfCells;
 569         }
 570       else
 571         return -1;
 572     }
 573   return ret;
 574 }
 575
 576 void MEDCouplingIMesh::rotate(const double *center, const double *vector, double angle)
 577 {
 578   throw INTERP_KERNEL::Exception("No rotation available on IMesh : Traduce it to unstructured mesh to apply it !");
 579 }
 580
 581 /*!
 582  * Translates all nodes of \a this mesh by a given vector. Actually, it adds each
 583  * component of the \a vector to all node coordinates of a corresponding axis.
 584  *  \param [in] vector - the translation vector whose size must be not less than \a
 585  *         this->getSpaceDimension().
 586  */
 587 void MEDCouplingIMesh::translate(const double *vector)
 588 {
 589   checkSpaceDimension();
 590   int dim(getSpaceDimension());
 591   std::transform(_origin,_origin+dim,vector,_origin,std::plus<double>());
 592   declareAsNew();
 593 }
 594
 595 /*!
 596  * Applies scaling transformation to all nodes of \a this mesh.
 597  *  \param [in] point - coordinates of a scaling center. This array is to be of
 598  *         size \a this->getSpaceDimension() at least.
 599  *  \param [in] factor - a scale factor.
 600  */
 601 void MEDCouplingIMesh::scale(const double *point, double factor)
 602 {
 603   checkSpaceDimension();
 604   int dim(getSpaceDimension());
 605   std::transform(_origin,_origin+dim,point,_origin,std::minus<double>());
 606   std::transform(_origin,_origin+dim,_origin,std::bind2nd(std::multiplies<double>(),factor));
 607   std::transform(_dxyz,_dxyz+dim,_dxyz,std::bind2nd(std::multiplies<double>(),factor));
 608   std::transform(_origin,_origin+dim,point,_origin,std::plus<double>());
 609   declareAsNew();
 610 }
 611
 612 MEDCouplingMesh *MEDCouplingIMesh::mergeMyselfWith(const MEDCouplingMesh *other) const
 613 {
 614   //not implemented yet !
 615   return 0;
 616 }
 617
 618 /*!
 619  * Returns a new DataArrayDouble holding coordinates of all nodes of \a this mesh.
 620  *  \return DataArrayDouble * - a new instance of DataArrayDouble, of size \a
 621  *          this->getNumberOfNodes() tuples per \a this->getSpaceDimension()
 622  *          components. The caller is to delete this array using decrRef() as it is
 623  *          no more needed.
 624  */
 625 DataArrayDouble *MEDCouplingIMesh::getCoordinatesAndOwner() const
 626 {
 627   checkCoherency();
 628   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> ret(DataArrayDouble::New());
 629   int spaceDim(getSpaceDimension()),nbNodes(getNumberOfNodes());
 630   ret->alloc(nbNodes,spaceDim);
 631   double *pt(ret->getPointer());
 632   ret->setInfoOnComponents(buildInfoOnComponents());
 633   int tmp2[3],tmp[3];
 634   getSplitNodeValues(tmp);
 635   for(int i=0;i<nbNodes;i++)
 636     {
 637       GetPosFromId(i,spaceDim,tmp,tmp2);
 638       for(int j=0;j<spaceDim;j++)
 639         pt[i*spaceDim+j]=_dxyz[j]*tmp2[j]+_origin[j];
 640     }
 641   return ret.retn();
 642 }
 643
 644 /*!
 645  * Returns a new DataArrayDouble holding barycenters of all cells. The barycenter is
 646  * computed by averaging coordinates of cell nodes.
 647  *  \return DataArrayDouble * - a new instance of DataArrayDouble, of size \a
 648  *          this->getNumberOfCells() tuples per \a this->getSpaceDimension()
 649  *          components. The caller is to delete this array using decrRef() as it is
 650  *          no more needed.
 651  */
 652 DataArrayDouble *MEDCouplingIMesh::getBarycenterAndOwner() const
 653 {
 654   checkCoherency();
 655   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> ret(DataArrayDouble::New());
 656   int spaceDim(getSpaceDimension()),nbCells(getNumberOfCells()),tmp[3],tmp2[3];
 657   ret->alloc(nbCells,spaceDim);
 658   double *pt(ret->getPointer()),shiftOrigin[3];
 659   std::transform(_dxyz,_dxyz+spaceDim,shiftOrigin,std::bind2nd(std::multiplies<double>(),0.5));
 660   std::transform(_origin,_origin+spaceDim,shiftOrigin,shiftOrigin,std::plus<double>());
 661   getSplitCellValues(tmp);
 662   ret->setInfoOnComponents(buildInfoOnComponents());
 663   for(int i=0;i<nbCells;i++)
 664     {
 665       GetPosFromId(i,spaceDim,tmp,tmp2);
 666       for(int j=0;j<spaceDim;j++)
 667         pt[i*spaceDim+j]=_dxyz[j]*tmp2[j]+shiftOrigin[j];
 668     }
 669   return ret.retn();
 670 }
 671
 672 DataArrayDouble *MEDCouplingIMesh::computeIsoBarycenterOfNodesPerCell() const
 673 {
 674   return MEDCouplingIMesh::getBarycenterAndOwner();
 675 }
 676
 677 void MEDCouplingIMesh::renumberCells(const int *old2NewBg, bool check)
 678 {
 679   throw INTERP_KERNEL::Exception("Functionnality of renumbering cell not available for IMesh !");
 680 }
 681
 682 void MEDCouplingIMesh::getTinySerializationInformation(std::vector<double>& tinyInfoD, std::vector<int>& tinyInfo, std::vector<std::string>& littleStrings) const
 683 {
 684   int it,order;
 685   double time(getTime(it,order));
 686   tinyInfo.clear();
 687   tinyInfoD.clear();
 688   littleStrings.clear();
 689   littleStrings.push_back(getName());
 690   littleStrings.push_back(getDescription());
 691   littleStrings.push_back(getTimeUnit());
 692   littleStrings.push_back(getAxisUnit());
 693   tinyInfo.push_back(it);
 694   tinyInfo.push_back(order);
 695   tinyInfo.push_back(_space_dim);
 696   tinyInfo.insert(tinyInfo.end(),_structure,_structure+3);
 697   tinyInfoD.push_back(time);
 698   tinyInfoD.insert(tinyInfoD.end(),_dxyz,_dxyz+3);
 699   tinyInfoD.insert(tinyInfoD.end(),_origin,_origin+3);
 700 }
 701
 702 void MEDCouplingIMesh::resizeForUnserialization(const std::vector<int>& tinyInfo, DataArrayInt *a1, DataArrayDouble *a2, std::vector<std::string>& littleStrings) const
 703 {
 704   a1->alloc(0,1);
 705   a2->alloc(0,1);
 706 }
 707
 708 void MEDCouplingIMesh::serialize(DataArrayInt *&a1, DataArrayDouble *&a2) const
 709 {
 710   a1=DataArrayInt::New();
 711   a1->alloc(0,1);
 712   a2=DataArrayDouble::New();
 713   a2->alloc(0,1);
 714 }
 715
 716 void MEDCouplingIMesh::unserialization(const std::vector<double>& tinyInfoD, const std::vector<int>& tinyInfo, const DataArrayInt *a1, DataArrayDouble *a2,
 717                                        const std::vector<std::string>& littleStrings)
 718 {
 719   setName(littleStrings[0]);
 720   setDescription(littleStrings[1]);
 721   setTimeUnit(littleStrings[2]);
 722   setAxisUnit(littleStrings[3]);
 723   setTime(tinyInfoD[0],tinyInfo[0],tinyInfo[1]);
 724   _space_dim=tinyInfo[2];
 725   _structure[0]=tinyInfo[3]; _structure[1]=tinyInfo[4]; _structure[2]=tinyInfo[5];
 726   _dxyz[0]=tinyInfoD[1]; _dxyz[1]=tinyInfoD[2]; _dxyz[2]=tinyInfoD[3];
 727   _origin[0]=tinyInfoD[4]; _origin[1]=tinyInfoD[5]; _origin[2]=tinyInfoD[6];
 728   declareAsNew();
 729 }
 730
 731 void MEDCouplingIMesh::writeVTKLL(std::ostream& ofs, const std::string& cellData, const std::string& pointData, DataArrayByte *byteData) const
 732 {
 733   checkCoherency();
 734   std::ostringstream extent,origin,spacing;
 735   for(int i=0;i<3;i++)
 736     {
 737       if(i<_space_dim)
 738         { extent << "0 " <<  _structure[i]-1 << " "; origin << _origin[i] << " "; spacing << _dxyz[i] << " "; }
 739       else
 740         { extent << "0 0 "; origin << "0 "; spacing << "0 "; }
 741     }
 742   ofs << "  <" << getVTKDataSetType() << " WholeExtent=\"" << extent.str() << "\" Origin=\"" << origin.str() << "\" Spacing=\"" << spacing.str() << "\">\n";
 743   ofs << "    <Piece Extent=\"" << extent.str() << "\">\n";
 744   ofs << "      <PointData>\n" << pointData << std::endl;
 745   ofs << "      </PointData>\n";
 746   ofs << "      <CellData>\n" << cellData << std::endl;
 747   ofs << "      </CellData>\n";
 748   ofs << "      <Coordinates>\n";
 749   ofs << "      </Coordinates>\n";
 750   ofs << "    </Piece>\n";
 751   ofs << "  </" << getVTKDataSetType() << ">\n";
 752 }
 753
 754 void MEDCouplingIMesh::reprQuickOverview(std::ostream& stream) const
 755 {
 756   stream << "MEDCouplingIMesh C++ instance at " << this << ". Name : \"" << getName() << "\". Space dimension : " << _space_dim << ".";
 757   if(_space_dim<0 || _space_dim>3)
 758     return ;
 759   stream << "\n";
 760   std::ostringstream stream0,stream1;
 761   int nbNodes(1),nbCells(0);
 762   bool isPb(false);
 763   for(int i=0;i<_space_dim;i++)
 764     {
 765       char tmp('X'+i);
 766       int tmpNodes(_structure[i]);
 767       stream1 << "- Axis " << tmp << " : " << tmpNodes << " nodes (orig=" << _origin[i] << ", inter=" << _dxyz[i] << ").";
 768       if(i!=_space_dim-1)
 769         stream1 << std::endl;
 770       if(tmpNodes>=1)
 771         nbNodes*=tmpNodes;
 772       else
 773         isPb=true;
 774       if(tmpNodes>=2)
 775         nbCells=nbCells==0?tmpNodes-1:nbCells*(tmpNodes-1);
 776     }
 777   if(!isPb)
 778     {
 779       stream0 << "Number of cells : " << nbCells << ", Number of nodes : " << nbNodes;
 780       stream << stream0.str();
 781       if(_space_dim>0)
 782         stream << std::endl;
 783     }
 784   stream << stream1.str();
 785 }
 786
 787 std::string MEDCouplingIMesh::getVTKDataSetType() const
 788 {
 789   return std::string("ImageData");
 790 }
 791
 792 std::vector<std::string> MEDCouplingIMesh::buildInfoOnComponents() const
 793 {
 794   checkSpaceDimension();
 795   int dim(getSpaceDimension());
 796   std::vector<std::string> ret(dim);
 797   for(int i=0;i<dim;i++)
 798     {
 799       std::ostringstream oss;
 800       char tmp('X'+i); oss << tmp;
 801       ret[i]=DataArray::BuildInfoFromVarAndUnit(oss.str(),_axis_unit);
 802     }
 803   return ret;
 804 }
 805
 806 void MEDCouplingIMesh::checkSpaceDimension() const
 807 {
 808   CheckSpaceDimension(_space_dim);
 809 }
 810
 811 void MEDCouplingIMesh::CheckSpaceDimension(int spaceDim)
 812 {
 813   if(spaceDim<0 || spaceDim>3)
 814     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::CheckSpaceDimension : input spaceDim must be in [0,1,2,3] !");
 815 }
 816
 817 int MEDCouplingIMesh::FindIntRoot(int val, int order)
 818 {
 819   if(order==0)
 820     return 1;
 821   if(val<0)
 822     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::FindIntRoot : input val is < 0 ! Not possible to compute a root !");
 823   if(order==1)
 824     return val;
 825   if(order!=2 && order!=3)
 826     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::FindIntRoot : the order available are 0,1,2 or 3 !");
 827   double valf((double)val);
 828   if(order==2)
 829     {
 830       double retf(sqrt(valf));
 831       int ret((int)retf);
 832       if(ret*ret!=val)
 833         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::FindIntRoot : the input val is not a perfect square root !");
 834       return ret;
 835     }
 836   else//order==3
 837     {
 838       double retf(std::pow(val,0.3333333333333333));
 839       int ret((int)retf),ret2(ret+1);
 840       if(ret*ret*ret!=val || ret2*ret2*ret2!=val)
 841         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::FindIntRoot : the input val is not a perfect cublic root !");
 842       if(ret*ret*ret==val)
 843         return ret;
 844       else
 845         return ret2;
 846     }
 847 }