src/MEDCoupling/MEDCouplingIMesh.cxx

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   2 //
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   7 //
   8 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
   9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  11 // Lesser General Public License for more details.
  12 //
  13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  16 //
  17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  18 //
  19 // Author : Anthony Geay (CEA/DEN)
  20
  21 #include "MEDCouplingIMesh.hxx"
  22 #include "MEDCouplingCMesh.hxx"
  23 #include "MEDCouplingMemArray.hxx"
  24 #include "MEDCouplingFieldDouble.hxx"
  25
  26 #include <functional>
  27 #include <algorithm>
  28 #include <sstream>
  29 #include <numeric>
  30
  31 using namespace ParaMEDMEM;
  32
  33 MEDCouplingIMesh::MEDCouplingIMesh():_space_dim(-1)
  34 {
  35   _origin[0]=0.; _origin[1]=0.; _origin[2]=0.;
  36   _dxyz[0]=0.; _dxyz[1]=0.; _dxyz[2]=0.;
  37   _structure[0]=0; _structure[1]=0; _structure[2]=0;
  38 }
  39
  40 MEDCouplingIMesh::MEDCouplingIMesh(const MEDCouplingIMesh& other, bool deepCopy):MEDCouplingStructuredMesh(other,deepCopy),_space_dim(other._space_dim),_axis_unit(other._axis_unit)
  41 {
  42   _origin[0]=other._origin[0]; _origin[1]=other._origin[1]; _origin[2]=other._origin[2];
  43   _dxyz[0]=other._dxyz[0]; _dxyz[1]=other._dxyz[1]; _dxyz[2]=other._dxyz[2];
  44   _structure[0]=other._structure[0]; _structure[1]=other._structure[1]; _structure[2]=other._structure[2];
  45 }
  46
  47 MEDCouplingIMesh::~MEDCouplingIMesh()
  48 {
  49 }
  50
  51 MEDCouplingIMesh *MEDCouplingIMesh::New()
  52 {
  53   return new MEDCouplingIMesh;
  54 }
  55
  56 MEDCouplingIMesh *MEDCouplingIMesh::New(const std::string& meshName, int spaceDim, const int *nodeStrctStart, const int *nodeStrctStop,
  57                                         const double *originStart, const double *originStop, const double *dxyzStart, const double *dxyzStop)
  58 {
  59   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingIMesh> ret(new MEDCouplingIMesh);
  60   ret->setName(meshName);
  61   ret->setSpaceDimension(spaceDim);
  62   ret->setNodeStruct(nodeStrctStart,nodeStrctStop);
  63   ret->setOrigin(originStart,originStop);
  64   ret->setDXYZ(dxyzStart,dxyzStop);
  65   return ret.retn();
  66 }
  67
  68 MEDCouplingMesh *MEDCouplingIMesh::deepCpy() const
  69 {
  70   return clone(true);
  71 }
  72
  73 MEDCouplingIMesh *MEDCouplingIMesh::clone(bool recDeepCpy) const
  74 {
  75   return new MEDCouplingIMesh(*this,recDeepCpy);
  76 }
  77
  78 void MEDCouplingIMesh::setNodeStruct(const int *nodeStrctStart, const int *nodeStrctStop)
  79 {
  80   checkSpaceDimension();
  81   int sz((int)std::distance(nodeStrctStart,nodeStrctStop));
  82   if(sz!=_space_dim)
  83     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::setNodeStruct : input vector of node structure has not the right size ! Or change space dimension before calling it !");
  84   std::copy(nodeStrctStart,nodeStrctStop,_structure);
  85   declareAsNew();
  86 }
  87
  88 std::vector<int> MEDCouplingIMesh::getNodeStruct() const
  89 {
  90   checkSpaceDimension();
  91   return std::vector<int>(_structure,_structure+_space_dim);
  92 }
  93
  94 void MEDCouplingIMesh::setOrigin(const double *originStart, const double *originStop)
  95 {
  96   checkSpaceDimension();
  97   int sz((int)std::distance(originStart,originStop));
  98   if(sz!=_space_dim)
  99     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::setOrigin : input vector of origin vector has not the right size ! Or change space dimension before calling it !");
 100   std::copy(originStart,originStop,_origin);
 101   declareAsNew();
 102 }
 103
 104 std::vector<double> MEDCouplingIMesh::getOrigin() const
 105 {
 106   checkSpaceDimension();
 107   return std::vector<double>(_origin,_origin+_space_dim);
 108 }
 109
 110 void MEDCouplingIMesh::setDXYZ(const double *dxyzStart, const double *dxyzStop)
 111 {
 112   checkSpaceDimension();
 113   int sz((int)std::distance(dxyzStart,dxyzStop));
 114   if(sz!=_space_dim)
 115     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::setDXYZ : input vector of dxyz vector has not the right size ! Or change space dimension before calling it !");
 116   std::copy(dxyzStart,dxyzStop,_dxyz);
 117   declareAsNew();
 118 }
 119
 120 std::vector<double> MEDCouplingIMesh::getDXYZ() const
 121 {
 122   checkSpaceDimension();
 123   return std::vector<double>(_dxyz,_dxyz+_space_dim);
 124 }
 125
 126 void MEDCouplingIMesh::setAxisUnit(const std::string& unitName)
 127 {
 128   _axis_unit=unitName;
 129   declareAsNew();
 130 }
 131
 132 std::string MEDCouplingIMesh::getAxisUnit() const
 133 {
 134   return _axis_unit;
 135 }
 136
 137 /*!
 138  * This method returns the measure of any cell in \a this.
 139  * This specific method of image grid mesh utilizes the fact that any cell in \a this have the same measure.
 140  * The value returned by this method is those used to feed the returned field in the MEDCouplingIMesh::getMeasureField.
 141  *
 142  * \sa getMeasureField
 143  */
 144 double MEDCouplingIMesh::getMeasureOfAnyCell() const
 145 {
 146   checkCoherency();
 147   int dim(getSpaceDimension());
 148   double ret(1.);
 149   for(int i=0;i<dim;i++)
 150     ret*=fabs(_dxyz[i]);
 151   return ret;
 152 }
 153
 154 /*!
 155  * This method is allows to convert \a this into MEDCouplingCMesh instance.
 156  * This method is the middle level between MEDCouplingIMesh and the most general MEDCouplingUMesh.
 157  * This method is useful for MED writers that do not have still the image grid support.
 158  *
 159  * \sa MEDCouplingMesh::buildUnstructured
 160  */
 161 MEDCouplingCMesh *MEDCouplingIMesh::convertToCartesian() const
 162 {
 163   checkCoherency();
 164   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCMesh> ret(MEDCouplingCMesh::New());
 165   try
 166   { ret->copyTinyInfoFrom(this); }
 167   catch(INTERP_KERNEL::Exception& e) { }
 168   int spaceDim(getSpaceDimension());
 169   std::vector<std::string> infos(buildInfoOnComponents());
 170   for(int i=0;i<spaceDim;i++)
 171     {
 172       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> arr(DataArrayDouble::New()); arr->alloc(_structure[i],1); arr->setInfoOnComponent(0,infos[i]);
 173       arr->iota(); arr->applyLin(_dxyz[i],_origin[i]);
 174       ret->setCoordsAt(i,arr);
 175     }
 176   return ret.retn();
 177 }
 178
 179 /*!
 180  * This method refines \a this uniformaly along all of its dimensions. In case of success the space covered by \a this will remain
 181  * the same before the invocation except that the number of cells will be multiplied by \a factor ^ this->getMeshDimension().
 182  * The origin of \a this will be not touched only spacing and node structure will be changed.
 183  * This method can be useful for AMR users.
 184  */
 185 void MEDCouplingIMesh::refineWithFactor(int factor)
 186 {
 187   if(factor==0)
 188     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::refineWithFactor : refinement factor must be != 0 !");
 189   checkCoherency();
 190   int factAbs(std::abs(factor));
 191   double fact2(1./(double)factor);
 192   std::transform(_structure,_structure+_space_dim,_structure,std::bind2nd(std::plus<int>(),-1));
 193   std::transform(_structure,_structure+_space_dim,_structure,std::bind2nd(std::multiplies<int>(),factAbs));
 194   std::transform(_structure,_structure+_space_dim,_structure,std::bind2nd(std::plus<int>(),1));
 195   std::transform(_dxyz,_dxyz+_space_dim,_dxyz,std::bind2nd(std::multiplies<double>(),fact2));
 196   declareAsNew();
 197 }
 198
 199 void MEDCouplingIMesh::setSpaceDimension(int spaceDim)
 200 {
 201   if(spaceDim==_space_dim)
 202     return ;
 203   CheckSpaceDimension(spaceDim);
 204   _space_dim=spaceDim;
 205   declareAsNew();
 206 }
 207
 208 void MEDCouplingIMesh::updateTime() const
 209 {
 210 }
 211
 212 std::size_t MEDCouplingIMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
 213 {
 214   return MEDCouplingStructuredMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren();
 215 }
 216
 217 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDCouplingIMesh::getDirectChildren() const
 218 {
 219   return std::vector<const BigMemoryObject *>();
 220 }
 221
 222 /*!
 223  * This method copyies all tiny strings from other (name and components name).
 224  * @throw if other and this have not same mesh type.
 225  */
 226 void MEDCouplingIMesh::copyTinyStringsFrom(const MEDCouplingMesh *other)
 227 {
 228   const MEDCouplingIMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDCouplingIMesh *>(other);
 229   if(!otherC)
 230     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::copyTinyStringsFrom : meshes have not same type !");
 231   MEDCouplingStructuredMesh::copyTinyStringsFrom(other);
 232   declareAsNew();
 233 }
 234
 235 bool MEDCouplingIMesh::isEqualIfNotWhy(const MEDCouplingMesh *other, double prec, std::string& reason) const
 236 {
 237   if(!other)
 238     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::isEqualIfNotWhy : input other pointer is null !");
 239   const MEDCouplingIMesh *otherC(dynamic_cast<const MEDCouplingIMesh *>(other));
 240   if(!otherC)
 241     {
 242       reason="mesh given in input is not castable in MEDCouplingIMesh !";
 243       return false;
 244     }
 245   if(!MEDCouplingStructuredMesh::isEqualIfNotWhy(other,prec,reason))
 246     return false;
 247   if(!isEqualWithoutConsideringStrInternal(otherC,prec,reason))
 248     return false;
 249   if(_axis_unit!=otherC->_axis_unit)
 250     {
 251       reason="The units of axis are not the same !";
 252       return false;
 253     }
 254   return true;
 255 }
 256
 257 bool MEDCouplingIMesh::isEqualWithoutConsideringStr(const MEDCouplingMesh *other, double prec) const
 258 {
 259   const MEDCouplingIMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDCouplingIMesh *>(other);
 260   if(!otherC)
 261     return false;
 262   std::string tmp;
 263   return isEqualWithoutConsideringStrInternal(other,prec,tmp);
 264 }
 265
 266 bool MEDCouplingIMesh::isEqualWithoutConsideringStrInternal(const MEDCouplingMesh *other, double prec, std::string& reason) const
 267 {
 268   const MEDCouplingIMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDCouplingIMesh *>(other);
 269   if(!otherC)
 270     return false;
 271   if(_space_dim!=otherC->_space_dim)
 272     {
 273       std::ostringstream oss;
 274       oss << "The spaceDimension of this (" << _space_dim << ") is not equal to those of other (" << otherC->_space_dim << ") !";
 275       return false;
 276     }
 277   checkSpaceDimension();
 278   for(int i=0;i<_space_dim;i++)
 279     {
 280       if(fabs(_origin[i]-otherC->_origin[i])>prec)
 281         {
 282           std::ostringstream oss;
 283           oss << "The origin of this and other differs at " << i << " !";
 284           reason=oss.str();
 285           return false;
 286         }
 287     }
 288   for(int i=0;i<_space_dim;i++)
 289     {
 290       if(fabs(_dxyz[i]-otherC->_dxyz[i])>prec)
 291         {
 292           std::ostringstream oss;
 293           oss << "The delta of this and other differs at " << i << " !";
 294           reason=oss.str();
 295           return false;
 296         }
 297     }
 298   for(int i=0;i<_space_dim;i++)
 299     {
 300       if(_structure[i]!=otherC->_structure[i])
 301         {
 302           std::ostringstream oss;
 303           oss << "The structure of this and other differs at " << i << " !";
 304           reason=oss.str();
 305           return false;
 306         }
 307     }
 308   return true;
 309 }
 310
 311 void MEDCouplingIMesh::checkDeepEquivalWith(const MEDCouplingMesh *other, int cellCompPol, double prec,
 312                                             DataArrayInt *&cellCor, DataArrayInt *&nodeCor) const
 313 {
 314   if(!isEqualWithoutConsideringStr(other,prec))
 315     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::checkDeepEquivalWith : Meshes are not the same !");
 316 }
 317
 318 /*!
 319  * Nothing is done here (except to check that the other is a ParaMEDMEM::MEDCouplingIMesh instance too).
 320  * The user intend that the nodes are the same, so by construction of ParaMEDMEM::MEDCouplingIMesh, \a this and \a other are the same !
 321  */
 322 void MEDCouplingIMesh::checkDeepEquivalOnSameNodesWith(const MEDCouplingMesh *other, int cellCompPol, double prec,
 323                                                        DataArrayInt *&cellCor) const
 324 {
 325   if(!isEqualWithoutConsideringStr(other,prec))
 326     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::checkDeepEquivalOnSameNodesWith : Meshes are not the same !");
 327 }
 328
 329 void MEDCouplingIMesh::checkCoherency() const
 330 {
 331   checkSpaceDimension();
 332   for(int i=0;i<_space_dim;i++)
 333     if(_structure[i]<1)
 334       {
 335         std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingIMesh::checkCoherency : On axis " << i << "/" << _space_dim << ", number of nodes is equal to " << _structure[i] << " ! must be >=1 !";
 336         throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 337       }
 338 }
 339
 340 void MEDCouplingIMesh::checkCoherency1(double eps) const
 341 {
 342   checkCoherency();
 343 }
 344
 345 void MEDCouplingIMesh::checkCoherency2(double eps) const
 346 {
 347   checkCoherency1(eps);
 348 }
 349
 350 void MEDCouplingIMesh::getSplitCellValues(int *res) const
 351 {
 352   int meshDim(getMeshDimension());
 353   for(int l=0;l<meshDim;l++)
 354     {
 355       int val=1;
 356       for(int p=0;p<meshDim-l-1;p++)
 357         val*=_structure[p]-1;
 358       res[meshDim-l-1]=val;
 359     }
 360 }
 361
 362 void MEDCouplingIMesh::getSplitNodeValues(int *res) const
 363 {
 364   int spaceDim(getSpaceDimension());
 365   for(int l=0;l<spaceDim;l++)
 366     {
 367       int val=1;
 368       for(int p=0;p<spaceDim-l-1;p++)
 369         val*=_structure[p];
 370       res[spaceDim-l-1]=val;
 371     }
 372 }
 373
 374 void MEDCouplingIMesh::getNodeGridStructure(int *res) const
 375 {
 376   checkSpaceDimension();
 377   std::copy(_structure,_structure+_space_dim,res);
 378 }
 379
 380 std::vector<int> MEDCouplingIMesh::getNodeGridStructure() const
 381 {
 382   checkSpaceDimension();
 383   std::vector<int> ret(_structure,_structure+_space_dim);
 384   return ret;
 385 }
 386
 387 MEDCouplingStructuredMesh *MEDCouplingIMesh::buildStructuredSubPart(const std::vector< std::pair<int,int> >& cellPart) const
 388 {
 389   checkCoherency();
 390   int dim(getSpaceDimension());
 391   if(dim!=(int)cellPart.size())
 392     {
 393       std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingIMesh::buildStructuredSubPart : the space dimension is " << dim << " and cell part size is " << cellPart.size() << " !";
 394       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 395     }
 396   double retOrigin[3]={0.,0.,0.};
 397   int retStruct[3]={0,0,0};
 398   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingIMesh> ret(dynamic_cast<MEDCouplingIMesh *>(deepCpy()));
 399   for(int i=0;i<dim;i++)
 400     {
 401       int startNode(cellPart[i].first),endNode(cellPart[i].second+1);
 402       int myDelta(endNode-startNode);
 403       if(startNode<0 || startNode>=_structure[i])
 404         {
 405           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingIMesh::buildStructuredSubPart : At dimension #" << i << " the start node id is " << startNode << " it should be in [0," << _structure[i] << ") !";
 406           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 407         }
 408       if(myDelta<0 || myDelta>_structure[i])
 409         {
 410           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingIMesh::buildStructuredSubPart : Along dimension #" << i << " the number of nodes is " << _structure[i] << ", and you are requesting for " << myDelta << " nodes wide range !" << std::endl;
 411           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 412         }
 413       retOrigin[i]=_origin[i]+startNode*_dxyz[i];
 414       retStruct[i]=myDelta;
 415     }
 416   ret->setNodeStruct(retStruct,retStruct+dim);
 417   ret->setOrigin(retOrigin,retOrigin+dim);
 418   ret->checkCoherency();
 419   return ret.retn();
 420 }
 421
 422 /*!
 423  * Return the space dimension of \a this.
 424  */
 425 int MEDCouplingIMesh::getSpaceDimension() const
 426 {
 427   return _space_dim;
 428 }
 429
 430 void MEDCouplingIMesh::getCoordinatesOfNode(int nodeId, std::vector<double>& coo) const
 431 {
 432   int tmp[3];
 433   int spaceDim(getSpaceDimension());
 434   getSplitNodeValues(tmp);
 435   int tmp2[3];
 436   GetPosFromId(nodeId,spaceDim,tmp,tmp2);
 437   for(int j=0;j<spaceDim;j++)
 438     coo.push_back(_origin[j]+_dxyz[j]*tmp2[j]);
 439 }
 440
 441 std::string MEDCouplingIMesh::simpleRepr() const
 442 {
 443   std::ostringstream ret;
 444   ret << "Image grid with name : \"" << getName() << "\"\n";
 445   ret << "Description of mesh : \"" << getDescription() << "\"\n";
 446   int tmpp1,tmpp2;
 447   double tt(getTime(tmpp1,tmpp2));
 448   int spaceDim(_space_dim);
 449   ret << "Time attached to the mesh [unit] : " << tt << " [" << getTimeUnit() << "]\n";
 450   ret << "Iteration : " << tmpp1  << " Order : " << tmpp2 << "\n";
 451   ret << "Space dimension : " << spaceDim << "\n";
 452   if(spaceDim<0 || spaceDim>3)
 453     return ret.str();
 454   ret << "The nodal structure is : "; std::copy(_structure,_structure+spaceDim,std::ostream_iterator<int>(ret," ")); ret << "\n";
 455   ret << "The origin position is [" << _axis_unit << "]: ";
 456   std::copy(_origin,_origin+spaceDim,std::ostream_iterator<double>(ret," ")); ret << "\n";
 457   ret << "The intervals along axis are : ";
 458   std::copy(_dxyz,_dxyz+spaceDim,std::ostream_iterator<double>(ret," ")); ret << "\n";
 459   return ret.str();
 460 }
 461
 462 std::string MEDCouplingIMesh::advancedRepr() const
 463 {
 464   return simpleRepr();
 465 }
 466
 467 void MEDCouplingIMesh::getBoundingBox(double *bbox) const
 468 {
 469   checkCoherency();
 470   int dim(getSpaceDimension());
 471   for(int idim=0; idim<dim; idim++)
 472     {
 473       bbox[2*idim]=_origin[idim];
 474       bbox[2*idim+1]=_origin[idim]+_dxyz[idim]*_structure[idim];
 475     }
 476 }
 477
 478 /*!
 479  * Returns a new MEDCouplingFieldDouble containing volumes of cells constituting \a this
 480  * mesh.<br>
 481  * For 1D cells, the returned field contains lengths.<br>
 482  * For 2D cells, the returned field contains areas.<br>
 483  * For 3D cells, the returned field contains volumes.
 484  *  \param [in] isAbs - a not used parameter.
 485  *  \return MEDCouplingFieldDouble * - a new instance of MEDCouplingFieldDouble on cells
 486  *         and one time . The caller is to delete this field using decrRef() as it is no
 487  *         more needed.
 488  */
 489 MEDCouplingFieldDouble *MEDCouplingIMesh::getMeasureField(bool isAbs) const
 490 {
 491   checkCoherency();
 492   std::string name="MeasureOfMesh_";
 493   name+=getName();
 494   int nbelem(getNumberOfCells());
 495   MEDCouplingFieldDouble *field(MEDCouplingFieldDouble::New(ON_CELLS,ONE_TIME));
 496   field->setName(name);
 497   DataArrayDouble* array(DataArrayDouble::New());
 498   array->alloc(nbelem,1);
 499   array->fillWithValue(getMeasureOfAnyCell());
 500   field->setArray(array) ;
 501   array->decrRef();
 502   field->setMesh(const_cast<MEDCouplingIMesh *>(this));
 503   field->synchronizeTimeWithMesh();
 504   return field;
 505 }
 506
 507 /*!
 508  * not implemented yet !
 509  */
 510 MEDCouplingFieldDouble *MEDCouplingIMesh::getMeasureFieldOnNode(bool isAbs) const
 511 {
 512   throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::getMeasureFieldOnNode : not implemented yet !");
 513   //return 0;
 514 }
 515
 516 int MEDCouplingIMesh::getCellContainingPoint(const double *pos, double eps) const
 517 {
 518   int dim(getSpaceDimension()),ret(0),coeff(1);
 519   for(int i=0;i<dim;i++)
 520     {
 521       int nbOfCells(_structure[i]-1);
 522       double ref(pos[i]);
 523       int tmp((ref-_origin[i])/_dxyz[i]);
 524       if(tmp>=0 && tmp<nbOfCells)
 525         {
 526           ret+=coeff*tmp;
 527           coeff*=nbOfCells;
 528         }
 529       else
 530         return -1;
 531     }
 532   return ret;
 533 }
 534
 535 void MEDCouplingIMesh::rotate(const double *center, const double *vector, double angle)
 536 {
 537   throw INTERP_KERNEL::Exception("No rotation available on IMesh : Traduce it to unstructured mesh to apply it !");
 538 }
 539
 540 /*!
 541  * Translates all nodes of \a this mesh by a given vector. Actually, it adds each
 542  * component of the \a vector to all node coordinates of a corresponding axis.
 543  *  \param [in] vector - the translation vector whose size must be not less than \a
 544  *         this->getSpaceDimension().
 545  */
 546 void MEDCouplingIMesh::translate(const double *vector)
 547 {
 548   checkSpaceDimension();
 549   int dim(getSpaceDimension());
 550   std::transform(_origin,_origin+dim,vector,_origin,std::plus<double>());
 551   declareAsNew();
 552 }
 553
 554 /*!
 555  * Applies scaling transformation to all nodes of \a this mesh.
 556  *  \param [in] point - coordinates of a scaling center. This array is to be of
 557  *         size \a this->getSpaceDimension() at least.
 558  *  \param [in] factor - a scale factor.
 559  */
 560 void MEDCouplingIMesh::scale(const double *point, double factor)
 561 {
 562   checkSpaceDimension();
 563   int dim(getSpaceDimension());
 564   std::transform(_origin,_origin+dim,point,_origin,std::minus<double>());
 565   std::transform(_origin,_origin+dim,_origin,std::bind2nd(std::multiplies<double>(),factor));
 566   std::transform(_dxyz,_dxyz+dim,_dxyz,std::bind2nd(std::multiplies<double>(),factor));
 567   std::transform(_origin,_origin+dim,point,_origin,std::plus<double>());
 568   declareAsNew();
 569 }
 570
 571 MEDCouplingMesh *MEDCouplingIMesh::mergeMyselfWith(const MEDCouplingMesh *other) const
 572 {
 573   //not implemented yet !
 574   return 0;
 575 }
 576
 577 /*!
 578  * Returns a new DataArrayDouble holding coordinates of all nodes of \a this mesh.
 579  *  \return DataArrayDouble * - a new instance of DataArrayDouble, of size \a
 580  *          this->getNumberOfNodes() tuples per \a this->getSpaceDimension()
 581  *          components. The caller is to delete this array using decrRef() as it is
 582  *          no more needed.
 583  */
 584 DataArrayDouble *MEDCouplingIMesh::getCoordinatesAndOwner() const
 585 {
 586   checkCoherency();
 587   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> ret(DataArrayDouble::New());
 588   int spaceDim(getSpaceDimension()),nbNodes(getNumberOfNodes());
 589   ret->alloc(nbNodes,spaceDim);
 590   double *pt(ret->getPointer());
 591   ret->setInfoOnComponents(buildInfoOnComponents());
 592   int tmp2[3],tmp[3];
 593   getSplitNodeValues(tmp);
 594   for(int i=0;i<nbNodes;i++)
 595     {
 596       GetPosFromId(i,spaceDim,tmp,tmp2);
 597       for(int j=0;j<spaceDim;j++)
 598         pt[i*spaceDim+j]=_dxyz[j]*tmp2[j]+_origin[j];
 599     }
 600   return ret.retn();
 601 }
 602
 603 /*!
 604  * Returns a new DataArrayDouble holding barycenters of all cells. The barycenter is
 605  * computed by averaging coordinates of cell nodes.
 606  *  \return DataArrayDouble * - a new instance of DataArrayDouble, of size \a
 607  *          this->getNumberOfCells() tuples per \a this->getSpaceDimension()
 608  *          components. The caller is to delete this array using decrRef() as it is
 609  *          no more needed.
 610  */
 611 DataArrayDouble *MEDCouplingIMesh::getBarycenterAndOwner() const
 612 {
 613   checkCoherency();
 614   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> ret(DataArrayDouble::New());
 615   int spaceDim(getSpaceDimension()),nbCells(getNumberOfCells()),tmp[3],tmp2[3];
 616   ret->alloc(nbCells,spaceDim);
 617   double *pt(ret->getPointer()),shiftOrigin[3];
 618   std::transform(_dxyz,_dxyz+spaceDim,shiftOrigin,std::bind2nd(std::multiplies<double>(),0.5));
 619   std::transform(_origin,_origin+spaceDim,shiftOrigin,shiftOrigin,std::plus<double>());
 620   getSplitCellValues(tmp);
 621   ret->setInfoOnComponents(buildInfoOnComponents());
 622   for(int i=0;i<nbCells;i++)
 623     {
 624       GetPosFromId(i,spaceDim,tmp,tmp2);
 625       for(int j=0;j<spaceDim;j++)
 626         pt[i*spaceDim+j]=_dxyz[j]*tmp2[j]+shiftOrigin[j];
 627     }
 628   return ret.retn();
 629 }
 630
 631 DataArrayDouble *MEDCouplingIMesh::computeIsoBarycenterOfNodesPerCell() const
 632 {
 633   return MEDCouplingIMesh::getBarycenterAndOwner();
 634 }
 635
 636 void MEDCouplingIMesh::renumberCells(const int *old2NewBg, bool check)
 637 {
 638   throw INTERP_KERNEL::Exception("Functionnality of renumbering cell not available for IMesh !");
 639 }
 640
 641 void MEDCouplingIMesh::getTinySerializationInformation(std::vector<double>& tinyInfoD, std::vector<int>& tinyInfo, std::vector<std::string>& littleStrings) const
 642 {
 643   int it,order;
 644   double time(getTime(it,order));
 645   tinyInfo.clear();
 646   tinyInfoD.clear();
 647   littleStrings.clear();
 648   littleStrings.push_back(getName());
 649   littleStrings.push_back(getDescription());
 650   littleStrings.push_back(getTimeUnit());
 651   littleStrings.push_back(getAxisUnit());
 652   tinyInfo.push_back(it);
 653   tinyInfo.push_back(order);
 654   tinyInfo.push_back(_space_dim);
 655   tinyInfo.insert(tinyInfo.end(),_structure,_structure+3);
 656   tinyInfoD.push_back(time);
 657   tinyInfoD.insert(tinyInfoD.end(),_dxyz,_dxyz+3);
 658   tinyInfoD.insert(tinyInfoD.end(),_origin,_origin+3);
 659 }
 660
 661 void MEDCouplingIMesh::resizeForUnserialization(const std::vector<int>& tinyInfo, DataArrayInt *a1, DataArrayDouble *a2, std::vector<std::string>& littleStrings) const
 662 {
 663   a1->alloc(0,1);
 664   a2->alloc(0,1);
 665 }
 666
 667 void MEDCouplingIMesh::serialize(DataArrayInt *&a1, DataArrayDouble *&a2) const
 668 {
 669   a1=DataArrayInt::New();
 670   a1->alloc(0,1);
 671   a2=DataArrayDouble::New();
 672   a2->alloc(0,1);
 673 }
 674
 675 void MEDCouplingIMesh::unserialization(const std::vector<double>& tinyInfoD, const std::vector<int>& tinyInfo, const DataArrayInt *a1, DataArrayDouble *a2,
 676                                        const std::vector<std::string>& littleStrings)
 677 {
 678   setName(littleStrings[0]);
 679   setDescription(littleStrings[1]);
 680   setTimeUnit(littleStrings[2]);
 681   setAxisUnit(littleStrings[3]);
 682   setTime(tinyInfoD[0],tinyInfo[0],tinyInfo[1]);
 683   _space_dim=tinyInfo[2];
 684   _structure[0]=tinyInfo[3]; _structure[1]=tinyInfo[4]; _structure[2]=tinyInfo[5];
 685   _dxyz[0]=tinyInfoD[1]; _dxyz[1]=tinyInfoD[2]; _dxyz[2]=tinyInfoD[3];
 686   _origin[0]=tinyInfoD[4]; _origin[1]=tinyInfoD[5]; _origin[2]=tinyInfoD[6];
 687   declareAsNew();
 688 }
 689
 690 void MEDCouplingIMesh::writeVTKLL(std::ostream& ofs, const std::string& cellData, const std::string& pointData, DataArrayByte *byteData) const
 691 {
 692   checkCoherency();
 693   std::ostringstream extent,origin,spacing;
 694   for(int i=0;i<3;i++)
 695     {
 696       if(i<_space_dim)
 697         { extent << "0 " <<  _structure[i]-1 << " "; origin << _origin[i] << " "; spacing << _dxyz[i] << " "; }
 698       else
 699         { extent << "0 0 "; origin << "0 "; spacing << "0 "; }
 700     }
 701   ofs << "  <" << getVTKDataSetType() << " WholeExtent=\"" << extent.str() << "\" Origin=\"" << origin.str() << "\" Spacing=\"" << spacing.str() << "\">\n";
 702   ofs << "    <Piece Extent=\"" << extent.str() << "\">\n";
 703   ofs << "      <PointData>\n" << pointData << std::endl;
 704   ofs << "      </PointData>\n";
 705   ofs << "      <CellData>\n" << cellData << std::endl;
 706   ofs << "      </CellData>\n";
 707   ofs << "      <Coordinates>\n";
 708   ofs << "      </Coordinates>\n";
 709   ofs << "    </Piece>\n";
 710   ofs << "  </" << getVTKDataSetType() << ">\n";
 711 }
 712
 713 void MEDCouplingIMesh::reprQuickOverview(std::ostream& stream) const
 714 {
 715   stream << "MEDCouplingIMesh C++ instance at " << this << ". Name : \"" << getName() << "\". Space dimension : " << _space_dim << ".";
 716   if(_space_dim<0 || _space_dim>3)
 717     return ;
 718   stream << "\n";
 719   std::ostringstream stream0,stream1;
 720   int nbNodes(1),nbCells(0);
 721   bool isPb(false);
 722   for(int i=0;i<_space_dim;i++)
 723     {
 724       char tmp('X'+i);
 725       int tmpNodes(_structure[i]);
 726       stream1 << "- Axis " << tmp << " : " << tmpNodes << " nodes (orig=" << _origin[i] << ", inter=" << _dxyz[i] << ").";
 727       if(i!=_space_dim-1)
 728         stream1 << std::endl;
 729       if(tmpNodes>=1)
 730         nbNodes*=tmpNodes;
 731       else
 732         isPb=true;
 733       if(tmpNodes>=2)
 734         nbCells=nbCells==0?tmpNodes-1:nbCells*(tmpNodes-1);
 735     }
 736   if(!isPb)
 737     {
 738       stream0 << "Number of cells : " << nbCells << ", Number of nodes : " << nbNodes;
 739       stream << stream0.str();
 740       if(_space_dim>0)
 741         stream << std::endl;
 742     }
 743   stream << stream1.str();
 744 }
 745
 746 std::string MEDCouplingIMesh::getVTKDataSetType() const
 747 {
 748   return std::string("ImageData");
 749 }
 750
 751 std::vector<std::string> MEDCouplingIMesh::buildInfoOnComponents() const
 752 {
 753   checkSpaceDimension();
 754   int dim(getSpaceDimension());
 755   std::vector<std::string> ret(dim);
 756   for(int i=0;i<dim;i++)
 757     {
 758       std::ostringstream oss;
 759       char tmp('X'+i); oss << tmp;
 760       ret[i]=DataArray::BuildInfoFromVarAndUnit(oss.str(),_axis_unit);
 761     }
 762   return ret;
 763 }
 764
 765 void MEDCouplingIMesh::checkSpaceDimension() const
 766 {
 767   CheckSpaceDimension(_space_dim);
 768 }
 769
 770 void MEDCouplingIMesh::CheckSpaceDimension(int spaceDim)
 771 {
 772   if(spaceDim<0 || spaceDim>3)
 773     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::CheckSpaceDimension : input spaceDim must be in [0,1,2,3] !");
 774 }
 775