src/MEDCoupling/MEDCouplingIMesh.cxx

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   2 //
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   7 //
   8 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
   9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  11 // Lesser General Public License for more details.
  12 //
  13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  16 //
  17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  18 //
  19 // Author : Anthony Geay (CEA/DEN)
  20
  21 #include "MEDCouplingIMesh.hxx"
  22 #include "MEDCouplingCMesh.hxx"
  23 #include "MEDCouplingMemArray.hxx"
  24 #include "MEDCouplingFieldDouble.hxx"
  25
  26 #include <functional>
  27 #include <algorithm>
  28 #include <sstream>
  29 #include <numeric>
  30
  31 using namespace ParaMEDMEM;
  32
  33 MEDCouplingIMesh::MEDCouplingIMesh():_space_dim(-1)
  34 {
  35   _origin[0]=0.; _origin[1]=0.; _origin[2]=0.;
  36   _dxyz[0]=0.; _dxyz[1]=0.; _dxyz[2]=0.;
  37   _structure[0]=0; _structure[1]=0; _structure[2]=0;
  38 }
  39
  40 MEDCouplingIMesh::MEDCouplingIMesh(const MEDCouplingIMesh& other, bool deepCopy):MEDCouplingStructuredMesh(other,deepCopy),_space_dim(other._space_dim),_axis_unit(other._axis_unit)
  41 {
  42   _origin[0]=other._origin[0]; _origin[1]=other._origin[1]; _origin[2]=other._origin[2];
  43   _dxyz[0]=other._dxyz[0]; _dxyz[1]=other._dxyz[1]; _dxyz[2]=other._dxyz[2];
  44   _structure[0]=other._structure[0]; _structure[1]=other._structure[1]; _structure[2]=other._structure[2];
  45 }
  46
  47 MEDCouplingIMesh::~MEDCouplingIMesh()
  48 {
  49 }
  50
  51 MEDCouplingIMesh *MEDCouplingIMesh::New()
  52 {
  53   return new MEDCouplingIMesh;
  54 }
  55
  56 MEDCouplingIMesh *MEDCouplingIMesh::New(const std::string& meshName, int spaceDim, const int *nodeStrctStart, const int *nodeStrctStop,
  57                                         const double *originStart, const double *originStop, const double *dxyzStart, const double *dxyzStop)
  58 {
  59   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingIMesh> ret(new MEDCouplingIMesh);
  60   ret->setName(meshName);
  61   ret->setSpaceDimension(spaceDim);
  62   ret->setNodeStruct(nodeStrctStart,nodeStrctStop);
  63   ret->setOrigin(originStart,originStop);
  64   ret->setDXYZ(dxyzStart,dxyzStop);
  65   return ret.retn();
  66 }
  67
  68 MEDCouplingMesh *MEDCouplingIMesh::deepCpy() const
  69 {
  70   return clone(true);
  71 }
  72
  73 MEDCouplingIMesh *MEDCouplingIMesh::clone(bool recDeepCpy) const
  74 {
  75   return new MEDCouplingIMesh(*this,recDeepCpy);
  76 }
  77
  78 void MEDCouplingIMesh::setNodeStruct(const int *nodeStrctStart, const int *nodeStrctStop)
  79 {
  80   checkSpaceDimension();
  81   int sz((int)std::distance(nodeStrctStart,nodeStrctStop));
  82   if(sz!=_space_dim)
  83     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::setNodeStruct : input vector of node structure has not the right size ! Or change space dimension before calling it !");
  84   std::copy(nodeStrctStart,nodeStrctStop,_structure);
  85   declareAsNew();
  86 }
  87
  88 std::vector<int> MEDCouplingIMesh::getNodeStruct() const
  89 {
  90   checkSpaceDimension();
  91   return std::vector<int>(_structure,_structure+_space_dim);
  92 }
  93
  94 void MEDCouplingIMesh::setOrigin(const double *originStart, const double *originStop)
  95 {
  96   checkSpaceDimension();
  97   int sz((int)std::distance(originStart,originStop));
  98   if(sz!=_space_dim)
  99     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::setOrigin : input vector of origin vector has not the right size ! Or change space dimension before calling it !");
 100   std::copy(originStart,originStop,_origin);
 101   declareAsNew();
 102 }
 103
 104 std::vector<double> MEDCouplingIMesh::getOrigin() const
 105 {
 106   checkSpaceDimension();
 107   return std::vector<double>(_origin,_origin+_space_dim);
 108 }
 109
 110 void MEDCouplingIMesh::setDXYZ(const double *dxyzStart, const double *dxyzStop)
 111 {
 112   checkSpaceDimension();
 113   int sz((int)std::distance(dxyzStart,dxyzStop));
 114   if(sz!=_space_dim)
 115     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::setDXYZ : input vector of dxyz vector has not the right size ! Or change space dimension before calling it !");
 116   std::copy(dxyzStart,dxyzStop,_dxyz);
 117   declareAsNew();
 118 }
 119
 120 std::vector<double> MEDCouplingIMesh::getDXYZ() const
 121 {
 122   checkSpaceDimension();
 123   return std::vector<double>(_dxyz,_dxyz+_space_dim);
 124 }
 125
 126 void MEDCouplingIMesh::setAxisUnit(const std::string& unitName)
 127 {
 128   _axis_unit=unitName;
 129   declareAsNew();
 130 }
 131
 132 std::string MEDCouplingIMesh::getAxisUnit() const
 133 {
 134   return _axis_unit;
 135 }
 136
 137 /*!
 138  * This method returns the measure of any cell in \a this.
 139  * This specific method of image grid mesh utilizes the fact that any cell in \a this have the same measure.
 140  * The value returned by this method is those used to feed the returned field in the MEDCouplingIMesh::getMeasureField.
 141  *
 142  * \sa getMeasureField
 143  */
 144 double MEDCouplingIMesh::getMeasureOfAnyCell() const
 145 {
 146   checkCoherency();
 147   int dim(getSpaceDimension());
 148   double ret(1.);
 149   for(int i=0;i<dim;i++)
 150     ret*=fabs(_dxyz[i]);
 151   return ret;
 152 }
 153
 154 /*!
 155  * This method is allows to convert \a this into MEDCouplingCMesh instance.
 156  * This method is the middle level between MEDCouplingIMesh and the most general MEDCouplingUMesh.
 157  * This method is useful for MED writers that do not have still the image grid support.
 158  *
 159  * \sa MEDCouplingMesh::buildUnstructured
 160  */
 161 MEDCouplingCMesh *MEDCouplingIMesh::convertToCartesian() const
 162 {
 163   checkCoherency();
 164   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCMesh> ret(MEDCouplingCMesh::New());
 165   try
 166   { ret->copyTinyInfoFrom(this); }
 167   catch(INTERP_KERNEL::Exception& ) { }
 168   int spaceDim(getSpaceDimension());
 169   std::vector<std::string> infos(buildInfoOnComponents());
 170   for(int i=0;i<spaceDim;i++)
 171     {
 172       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> arr(DataArrayDouble::New()); arr->alloc(_structure[i],1); arr->setInfoOnComponent(0,infos[i]);
 173       arr->iota(); arr->applyLin(_dxyz[i],_origin[i]);
 174       ret->setCoordsAt(i,arr);
 175     }
 176   return ret.retn();
 177 }
 178
 179 /*!
 180  * This method refines \a this uniformaly along all of its dimensions. In case of success the space covered by \a this will remain
 181  * the same before the invocation except that the number of cells will be multiplied by \a factor ^ this->getMeshDimension().
 182  * The origin of \a this will be not touched only spacing and node structure will be changed.
 183  * This method can be useful for AMR users.
 184  */
 185 void MEDCouplingIMesh::refineWithFactor(int factor)
 186 {
 187   if(factor==0)
 188     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::refineWithFactor : refinement factor must be != 0 !");
 189   checkCoherency();
 190   int factAbs(std::abs(factor));
 191   double fact2(1./(double)factor);
 192   std::transform(_structure,_structure+_space_dim,_structure,std::bind2nd(std::plus<int>(),-1));
 193   std::transform(_structure,_structure+_space_dim,_structure,std::bind2nd(std::multiplies<int>(),factAbs));
 194   std::transform(_structure,_structure+_space_dim,_structure,std::bind2nd(std::plus<int>(),1));
 195   std::transform(_dxyz,_dxyz+_space_dim,_dxyz,std::bind2nd(std::multiplies<double>(),fact2));
 196   declareAsNew();
 197 }
 198
 199 /*!
 200  * This static method is useful to condense field on cells of a MEDCouplingIMesh instance coming from a refinement ( MEDCouplingIMesh::refineWithFactor for example)
 201  * to a coarse MEDCouplingIMesh instance. So this method can be seen as a specialization in P0P0 conservative interpolation non overlaping from fine image mesh
 202  * to a coarse image mesh. Only tuples ( deduced from \a fineLocInCoarse ) of \a coarseDA will be modified. Other tuples of \a coarseDA will be let unchanged.
 203  *
 204  * \param [in,out] coarseDA The DataArrayDouble corresponding to the a cell field of a coarse mesh whose cell structure is defined by \a coarseSt.
 205  * \param [in] coarseSt The cell structure of coarse mesh.
 206  * \param [in] fineDA The DataArray containing the cell field on uniformly refined mesh
 207  * \param [in] fineLocInCoarse The cell localization of refined mesh into the coarse one.
 208  * \param [in] facts The refinement coefficient per axis.
 209  * \sa SpreadCoarseToFine
 210  */
 211 void MEDCouplingIMesh::CondenseFineToCoarse(DataArrayDouble *coarseDA, const std::vector<int>& coarseSt, const DataArrayDouble *fineDA, const std::vector< std::pair<int,int> >& fineLocInCoarse, const std::vector<int>& facts)
 212 {
 213   if(!coarseDA || !coarseDA->isAllocated() || !fineDA || !fineDA->isAllocated())
 214     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::CondenseFineToCoarse : the parameters 1 or 3 are NULL or not allocated !");
 215   int meshDim((int)coarseSt.size()),nbOfTuplesInCoarseExp(MEDCouplingStructuredMesh::DeduceNumberOfGivenStructure(coarseSt)),nbOfTuplesInFineExp(MEDCouplingStructuredMesh::DeduceNumberOfGivenRangeInCompactFrmt(fineLocInCoarse));
 216   int nbCompo(fineDA->getNumberOfComponents());
 217   if(coarseDA->getNumberOfComponents()!=nbCompo)
 218     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::CondenseFineToCoarse : the number of components of fine DA and coarse one mismatches !");
 219   if(meshDim!=(int)fineLocInCoarse.size() || meshDim!=(int)facts.size())
 220     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::CondenseFineToCoarse : the size of fineLocInCoarse (4th param) and facts (5th param) must be equal to the sier of coarseSt (2nd param) !");
 221   if(coarseDA->getNumberOfTuples()!=nbOfTuplesInCoarseExp)
 222     {
 223       std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingIMesh::CondenseFineToCoarse : Expecting " << nbOfTuplesInCoarseExp << " tuples having " << coarseDA->getNumberOfTuples() << " !";
 224       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 225     }
 226   int nbTuplesFine(fineDA->getNumberOfTuples());
 227   if(nbTuplesFine%nbOfTuplesInFineExp!=0)
 228     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::CondenseFineToCoarse : Invalid nb of tuples in fine DataArray regarding its structure !");
 229   int fact(std::accumulate(facts.begin(),facts.end(),1,std::multiplies<int>()));
 230   if(nbTuplesFine!=fact*nbOfTuplesInFineExp)
 231     {
 232       std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingIMesh::CondenseFineToCoarse : Invalid number of tuples ("  << nbTuplesFine << ") of fine dataarray is invalid ! Must be " << fact*nbOfTuplesInFineExp << "!";
 233       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 234     }
 235   // to improve use jump-iterator. Factorizes with SwitchOnIdsFrom BuildExplicitIdsFrom
 236   double *outPtr(coarseDA->getPointer());
 237   const double *inPtr(fineDA->begin());
 238   //
 239   std::vector<int> dims(MEDCouplingStructuredMesh::GetDimensionsFromCompactFrmt(fineLocInCoarse));
 240   switch(meshDim)
 241   {
 242     case 1:
 243       {
 244         int offset(fineLocInCoarse[0].first),fact0(facts[0]);
 245         for(int i=0;i<dims[0];i++)
 246           {
 247             double *loc(outPtr+(offset+i)*nbCompo);
 248             for(int ifact=0;ifact<fact0;ifact++,inPtr+=nbCompo)
 249               {
 250                 if(ifact!=0)
 251                   std::transform(inPtr,inPtr+nbCompo,loc,loc,std::plus<double>());
 252                 else
 253                   std::copy(inPtr,inPtr+nbCompo,loc);
 254               }
 255           }
 256         break;
 257       }
 258     case 2:
 259       {
 260         int kk(fineLocInCoarse[0].first+coarseSt[0]*fineLocInCoarse[1].first),fact1(facts[1]),fact0(facts[0]);
 261         for(int j=0;j<dims[1];j++)
 262           {
 263             for(int jfact=0;jfact<fact1;jfact++)
 264               {
 265                 for(int i=0;i<dims[0];i++)
 266                   {
 267                     double *loc(outPtr+(kk+i)*nbCompo);
 268                     for(int ifact=0;ifact<fact0;ifact++,inPtr+=nbCompo)
 269                       {
 270                         if(jfact!=0 || ifact!=0)
 271                           std::transform(inPtr,inPtr+nbCompo,loc,loc,std::plus<double>());
 272                         else
 273                           std::copy(inPtr,inPtr+nbCompo,loc);
 274                       }
 275                   }
 276               }
 277             kk+=coarseSt[0];
 278           }
 279         break;
 280       }
 281     case 3:
 282       {
 283         int kk(fineLocInCoarse[0].first+coarseSt[0]*fineLocInCoarse[1].first+coarseSt[0]*coarseSt[1]*fineLocInCoarse[2].first),fact2(facts[2]),fact1(facts[1]),fact0(facts[0]);
 284         for(int k=0;k<dims[2];k++)
 285           {
 286             for(int kfact=0;kfact<fact2;kfact++)
 287               {
 288                 for(int j=0;j<dims[1];j++)
 289                   {
 290                     for(int jfact=0;jfact<fact1;jfact++)
 291                       {
 292                         for(int i=0;i<dims[0];i++)
 293                           {
 294                             double *loc(outPtr+(kk+i+j*coarseSt[0])*nbCompo);
 295                             for(int ifact=0;ifact<fact0;ifact++,inPtr+=nbCompo)
 296                               {
 297                                 if(kfact!=0 || jfact!=0 || ifact!=0)
 298                                   std::transform(inPtr,inPtr+nbCompo,loc,loc,std::plus<double>());
 299                                 else
 300                                   std::copy(inPtr,inPtr+nbCompo,loc);
 301                               }
 302                           }
 303                       }
 304                   }
 305               }
 306             kk+=coarseSt[0]*coarseSt[1];
 307           }
 308         break;
 309       }
 310     default:
 311       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::CondenseFineToCoarse : only dimensions 1, 2 and 3 supported !");
 312   }
 313 }
 314
 315 /*!
 316  * This method spreads the values of coarse data \a coarseDA into \a fineDA.
 317  *
 318  * \param [in] coarseDA The DataArrayDouble corresponding to the a cell field of a coarse mesh whose cell structure is defined by \a coarseSt.
 319  * \param [in] coarseSt The cell structure of coarse mesh.
 320  * \param [in,out] fineDA The DataArray containing the cell field on uniformly refined mesh
 321  * \param [in] fineLocInCoarse The cell localization of refined mesh into the coarse one.
 322  * \param [in] facts The refinement coefficient per axis.
 323  * \sa CondenseFineToCoarse
 324  */
 325 void MEDCouplingIMesh::SpreadCoarseToFine(const DataArrayDouble *coarseDA, const std::vector<int>& coarseSt, DataArrayDouble *fineDA, const std::vector< std::pair<int,int> >& fineLocInCoarse, const std::vector<int>& facts)
 326 {
 327   if(!coarseDA || !coarseDA->isAllocated() || !fineDA || !fineDA->isAllocated())
 328     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::SpreadCoarseToFine : the parameters 1 or 3 are NULL or not allocated !");
 329   int meshDim((int)coarseSt.size()),nbOfTuplesInCoarseExp(MEDCouplingStructuredMesh::DeduceNumberOfGivenStructure(coarseSt)),nbOfTuplesInFineExp(MEDCouplingStructuredMesh::DeduceNumberOfGivenRangeInCompactFrmt(fineLocInCoarse));
 330   int nbCompo(fineDA->getNumberOfComponents());
 331   if(coarseDA->getNumberOfComponents()!=nbCompo)
 332     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::SpreadCoarseToFine : the number of components of fine DA and coarse one mismatches !");
 333   if(meshDim!=(int)fineLocInCoarse.size() || meshDim!=(int)facts.size())
 334     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::SpreadCoarseToFine : the size of fineLocInCoarse (4th param) and facts (5th param) must be equal to the sier of coarseSt (2nd param) !");
 335   if(coarseDA->getNumberOfTuples()!=nbOfTuplesInCoarseExp)
 336     {
 337       std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingIMesh::SpreadCoarseToFine : Expecting " << nbOfTuplesInCoarseExp << " tuples having " << coarseDA->getNumberOfTuples() << " !";
 338       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 339     }
 340   int nbTuplesFine(fineDA->getNumberOfTuples());
 341   if(nbTuplesFine%nbOfTuplesInFineExp!=0)
 342     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::SpreadCoarseToFine : Invalid nb of tuples in fine DataArray regarding its structure !");
 343   int fact(std::accumulate(facts.begin(),facts.end(),1,std::multiplies<int>()));
 344   if(nbTuplesFine!=fact*nbOfTuplesInFineExp)
 345     {
 346       std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingIMesh::SpreadCoarseToFine : Invalid number of tuples ("  << nbTuplesFine << ") of fine dataarray is invalid ! Must be " << fact*nbOfTuplesInFineExp << "!";
 347       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 348     }
 349   // to improve use jump-iterator. Factorizes with SwitchOnIdsFrom BuildExplicitIdsFrom
 350   double *outPtr(fineDA->getPointer());
 351   const double *inPtr(coarseDA->begin());
 352   //
 353   std::vector<int> dims(MEDCouplingStructuredMesh::GetDimensionsFromCompactFrmt(fineLocInCoarse));
 354   switch(meshDim)
 355   {
 356     case 1:
 357       {
 358         int offset(fineLocInCoarse[0].first),fact0(facts[0]);
 359         for(int i=0;i<dims[0];i++)
 360           {
 361             const double *loc(inPtr+(offset+i)*nbCompo);
 362             for(int ifact=0;ifact<fact0;ifact++)
 363               outPtr=std::copy(loc,loc+nbCompo,outPtr);
 364           }
 365         break;
 366       }
 367     case 2:
 368       {
 369         int kk(fineLocInCoarse[0].first+coarseSt[0]*fineLocInCoarse[1].first),fact0(facts[0]),fact1(facts[1]);
 370         for(int j=0;j<dims[1];j++)
 371           {
 372             for(int jfact=0;jfact<fact1;jfact++)
 373               {
 374                 for(int i=0;i<dims[0];i++)
 375                   {
 376                     const double *loc(inPtr+(kk+i)*nbCompo);
 377                     for(int ifact=0;ifact<fact0;ifact++)
 378                       outPtr=std::copy(loc,loc+nbCompo,outPtr);
 379                   }
 380               }
 381             kk+=coarseSt[0];
 382           }
 383         break;
 384       }
 385     case 3:
 386       {
 387         int kk(fineLocInCoarse[0].first+coarseSt[0]*fineLocInCoarse[1].first+coarseSt[0]*coarseSt[1]*fineLocInCoarse[2].first),fact0(facts[0]),fact1(facts[2]),fact2(facts[2]);
 388         for(int k=0;k<dims[2];k++)
 389           {
 390             for(int kfact=0;kfact<fact2;kfact++)
 391               {
 392                 for(int j=0;j<dims[1];j++)
 393                   {
 394                     for(int jfact=0;jfact<fact1;jfact++)
 395                       {
 396                         for(int i=0;i<dims[0];i++)
 397                           {
 398                             const double *loc(inPtr+(kk+i+j*coarseSt[0])*nbCompo);
 399                             for(int ifact=0;ifact<fact0;ifact++)
 400                               outPtr=std::copy(loc,loc+nbCompo,outPtr);
 401                           }
 402                       }
 403                   }
 404               }
 405             kk+=coarseSt[0]*coarseSt[1];
 406           }
 407         break;
 408       }
 409     default:
 410       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::SpreadCoarseToFine : only dimensions 1, 2 and 3 supported !");
 411   }
 412 }
 413
 414 void MEDCouplingIMesh::setSpaceDimension(int spaceDim)
 415 {
 416   if(spaceDim==_space_dim)
 417     return ;
 418   CheckSpaceDimension(spaceDim);
 419   _space_dim=spaceDim;
 420   declareAsNew();
 421 }
 422
 423 void MEDCouplingIMesh::updateTime() const
 424 {
 425 }
 426
 427 std::size_t MEDCouplingIMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
 428 {
 429   return MEDCouplingStructuredMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren();
 430 }
 431
 432 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDCouplingIMesh::getDirectChildren() const
 433 {
 434   return std::vector<const BigMemoryObject *>();
 435 }
 436
 437 /*!
 438  * This method copyies all tiny strings from other (name and components name).
 439  * @throw if other and this have not same mesh type.
 440  */
 441 void MEDCouplingIMesh::copyTinyStringsFrom(const MEDCouplingMesh *other)
 442 {
 443   const MEDCouplingIMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDCouplingIMesh *>(other);
 444   if(!otherC)
 445     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::copyTinyStringsFrom : meshes have not same type !");
 446   MEDCouplingStructuredMesh::copyTinyStringsFrom(other);
 447   declareAsNew();
 448 }
 449
 450 bool MEDCouplingIMesh::isEqualIfNotWhy(const MEDCouplingMesh *other, double prec, std::string& reason) const
 451 {
 452   if(!other)
 453     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::isEqualIfNotWhy : input other pointer is null !");
 454   const MEDCouplingIMesh *otherC(dynamic_cast<const MEDCouplingIMesh *>(other));
 455   if(!otherC)
 456     {
 457       reason="mesh given in input is not castable in MEDCouplingIMesh !";
 458       return false;
 459     }
 460   if(!MEDCouplingStructuredMesh::isEqualIfNotWhy(other,prec,reason))
 461     return false;
 462   if(!isEqualWithoutConsideringStrInternal(otherC,prec,reason))
 463     return false;
 464   if(_axis_unit!=otherC->_axis_unit)
 465     {
 466       reason="The units of axis are not the same !";
 467       return false;
 468     }
 469   return true;
 470 }
 471
 472 bool MEDCouplingIMesh::isEqualWithoutConsideringStr(const MEDCouplingMesh *other, double prec) const
 473 {
 474   const MEDCouplingIMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDCouplingIMesh *>(other);
 475   if(!otherC)
 476     return false;
 477   std::string tmp;
 478   return isEqualWithoutConsideringStrInternal(other,prec,tmp);
 479 }
 480
 481 bool MEDCouplingIMesh::isEqualWithoutConsideringStrInternal(const MEDCouplingMesh *other, double prec, std::string& reason) const
 482 {
 483   const MEDCouplingIMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDCouplingIMesh *>(other);
 484   if(!otherC)
 485     return false;
 486   if(_space_dim!=otherC->_space_dim)
 487     {
 488       std::ostringstream oss;
 489       oss << "The spaceDimension of this (" << _space_dim << ") is not equal to those of other (" << otherC->_space_dim << ") !";
 490       return false;
 491     }
 492   checkSpaceDimension();
 493   for(int i=0;i<_space_dim;i++)
 494     {
 495       if(fabs(_origin[i]-otherC->_origin[i])>prec)
 496         {
 497           std::ostringstream oss;
 498           oss << "The origin of this and other differs at " << i << " !";
 499           reason=oss.str();
 500           return false;
 501         }
 502     }
 503   for(int i=0;i<_space_dim;i++)
 504     {
 505       if(fabs(_dxyz[i]-otherC->_dxyz[i])>prec)
 506         {
 507           std::ostringstream oss;
 508           oss << "The delta of this and other differs at " << i << " !";
 509           reason=oss.str();
 510           return false;
 511         }
 512     }
 513   for(int i=0;i<_space_dim;i++)
 514     {
 515       if(_structure[i]!=otherC->_structure[i])
 516         {
 517           std::ostringstream oss;
 518           oss << "The structure of this and other differs at " << i << " !";
 519           reason=oss.str();
 520           return false;
 521         }
 522     }
 523   return true;
 524 }
 525
 526 void MEDCouplingIMesh::checkDeepEquivalWith(const MEDCouplingMesh *other, int cellCompPol, double prec,
 527                                             DataArrayInt *&cellCor, DataArrayInt *&nodeCor) const
 528 {
 529   if(!isEqualWithoutConsideringStr(other,prec))
 530     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::checkDeepEquivalWith : Meshes are not the same !");
 531 }
 532
 533 /*!
 534  * Nothing is done here (except to check that the other is a ParaMEDMEM::MEDCouplingIMesh instance too).
 535  * The user intend that the nodes are the same, so by construction of ParaMEDMEM::MEDCouplingIMesh, \a this and \a other are the same !
 536  */
 537 void MEDCouplingIMesh::checkDeepEquivalOnSameNodesWith(const MEDCouplingMesh *other, int cellCompPol, double prec,
 538                                                        DataArrayInt *&cellCor) const
 539 {
 540   if(!isEqualWithoutConsideringStr(other,prec))
 541     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::checkDeepEquivalOnSameNodesWith : Meshes are not the same !");
 542 }
 543
 544 void MEDCouplingIMesh::checkCoherency() const
 545 {
 546   checkSpaceDimension();
 547   for(int i=0;i<_space_dim;i++)
 548     if(_structure[i]<1)
 549       {
 550         std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingIMesh::checkCoherency : On axis " << i << "/" << _space_dim << ", number of nodes is equal to " << _structure[i] << " ! must be >=1 !";
 551         throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 552       }
 553 }
 554
 555 void MEDCouplingIMesh::checkCoherency1(double eps) const
 556 {
 557   checkCoherency();
 558 }
 559
 560 void MEDCouplingIMesh::checkCoherency2(double eps) const
 561 {
 562   checkCoherency1(eps);
 563 }
 564
 565 void MEDCouplingIMesh::getNodeGridStructure(int *res) const
 566 {
 567   checkSpaceDimension();
 568   std::copy(_structure,_structure+_space_dim,res);
 569 }
 570
 571 std::vector<int> MEDCouplingIMesh::getNodeGridStructure() const
 572 {
 573   checkSpaceDimension();
 574   std::vector<int> ret(_structure,_structure+_space_dim);
 575   return ret;
 576 }
 577
 578 MEDCouplingStructuredMesh *MEDCouplingIMesh::buildStructuredSubPart(const std::vector< std::pair<int,int> >& cellPart) const
 579 {
 580   checkCoherency();
 581   int dim(getSpaceDimension());
 582   if(dim!=(int)cellPart.size())
 583     {
 584       std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingIMesh::buildStructuredSubPart : the space dimension is " << dim << " and cell part size is " << cellPart.size() << " !";
 585       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 586     }
 587   double retOrigin[3]={0.,0.,0.};
 588   int retStruct[3]={0,0,0};
 589   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingIMesh> ret(dynamic_cast<MEDCouplingIMesh *>(deepCpy()));
 590   for(int i=0;i<dim;i++)
 591     {
 592       int startNode(cellPart[i].first),endNode(cellPart[i].second+1);
 593       int myDelta(endNode-startNode);
 594       if(startNode<0 || startNode>=_structure[i])
 595         {
 596           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingIMesh::buildStructuredSubPart : At dimension #" << i << " the start node id is " << startNode << " it should be in [0," << _structure[i] << ") !";
 597           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 598         }
 599       if(myDelta<0 || myDelta>_structure[i])
 600         {
 601           std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingIMesh::buildStructuredSubPart : Along dimension #" << i << " the number of nodes is " << _structure[i] << ", and you are requesting for " << myDelta << " nodes wide range !" << std::endl;
 602           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 603         }
 604       retOrigin[i]=_origin[i]+startNode*_dxyz[i];
 605       retStruct[i]=myDelta;
 606     }
 607   ret->setNodeStruct(retStruct,retStruct+dim);
 608   ret->setOrigin(retOrigin,retOrigin+dim);
 609   ret->checkCoherency();
 610   return ret.retn();
 611 }
 612
 613 /*!
 614  * Return the space dimension of \a this.
 615  */
 616 int MEDCouplingIMesh::getSpaceDimension() const
 617 {
 618   return _space_dim;
 619 }
 620
 621 void MEDCouplingIMesh::getCoordinatesOfNode(int nodeId, std::vector<double>& coo) const
 622 {
 623   int tmp[3];
 624   int spaceDim(getSpaceDimension());
 625   getSplitNodeValues(tmp);
 626   int tmp2[3];
 627   GetPosFromId(nodeId,spaceDim,tmp,tmp2);
 628   for(int j=0;j<spaceDim;j++)
 629     coo.push_back(_origin[j]+_dxyz[j]*tmp2[j]);
 630 }
 631
 632 std::string MEDCouplingIMesh::simpleRepr() const
 633 {
 634   std::ostringstream ret;
 635   ret << "Image grid with name : \"" << getName() << "\"\n";
 636   ret << "Description of mesh : \"" << getDescription() << "\"\n";
 637   int tmpp1,tmpp2;
 638   double tt(getTime(tmpp1,tmpp2));
 639   int spaceDim(_space_dim);
 640   ret << "Time attached to the mesh [unit] : " << tt << " [" << getTimeUnit() << "]\n";
 641   ret << "Iteration : " << tmpp1  << " Order : " << tmpp2 << "\n";
 642   ret << "Space dimension : " << spaceDim << "\n";
 643   if(spaceDim<0 || spaceDim>3)
 644     return ret.str();
 645   ret << "The nodal structure is : "; std::copy(_structure,_structure+spaceDim,std::ostream_iterator<int>(ret," ")); ret << "\n";
 646   ret << "The origin position is [" << _axis_unit << "]: ";
 647   std::copy(_origin,_origin+spaceDim,std::ostream_iterator<double>(ret," ")); ret << "\n";
 648   ret << "The intervals along axis are : ";
 649   std::copy(_dxyz,_dxyz+spaceDim,std::ostream_iterator<double>(ret," ")); ret << "\n";
 650   return ret.str();
 651 }
 652
 653 std::string MEDCouplingIMesh::advancedRepr() const
 654 {
 655   return simpleRepr();
 656 }
 657
 658 void MEDCouplingIMesh::getBoundingBox(double *bbox) const
 659 {
 660   checkCoherency();
 661   int dim(getSpaceDimension());
 662   for(int idim=0; idim<dim; idim++)
 663     {
 664       bbox[2*idim]=_origin[idim];
 665       bbox[2*idim+1]=_origin[idim]+_dxyz[idim]*_structure[idim];
 666     }
 667 }
 668
 669 /*!
 670  * Returns a new MEDCouplingFieldDouble containing volumes of cells constituting \a this
 671  * mesh.<br>
 672  * For 1D cells, the returned field contains lengths.<br>
 673  * For 2D cells, the returned field contains areas.<br>
 674  * For 3D cells, the returned field contains volumes.
 675  *  \param [in] isAbs - a not used parameter.
 676  *  \return MEDCouplingFieldDouble * - a new instance of MEDCouplingFieldDouble on cells
 677  *         and one time . The caller is to delete this field using decrRef() as it is no
 678  *         more needed.
 679  */
 680 MEDCouplingFieldDouble *MEDCouplingIMesh::getMeasureField(bool isAbs) const
 681 {
 682   checkCoherency();
 683   std::string name="MeasureOfMesh_";
 684   name+=getName();
 685   int nbelem(getNumberOfCells());
 686   MEDCouplingFieldDouble *field(MEDCouplingFieldDouble::New(ON_CELLS,ONE_TIME));
 687   field->setName(name);
 688   DataArrayDouble* array(DataArrayDouble::New());
 689   array->alloc(nbelem,1);
 690   array->fillWithValue(getMeasureOfAnyCell());
 691   field->setArray(array) ;
 692   array->decrRef();
 693   field->setMesh(const_cast<MEDCouplingIMesh *>(this));
 694   field->synchronizeTimeWithMesh();
 695   return field;
 696 }
 697
 698 /*!
 699  * not implemented yet !
 700  */
 701 MEDCouplingFieldDouble *MEDCouplingIMesh::getMeasureFieldOnNode(bool isAbs) const
 702 {
 703   throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::getMeasureFieldOnNode : not implemented yet !");
 704   //return 0;
 705 }
 706
 707 int MEDCouplingIMesh::getCellContainingPoint(const double *pos, double eps) const
 708 {
 709   int dim(getSpaceDimension()),ret(0),coeff(1);
 710   for(int i=0;i<dim;i++)
 711     {
 712       int nbOfCells(_structure[i]-1);
 713       double ref(pos[i]);
 714       int tmp((int)((ref-_origin[i])/_dxyz[i]));
 715       if(tmp>=0 && tmp<nbOfCells)
 716         {
 717           ret+=coeff*tmp;
 718           coeff*=nbOfCells;
 719         }
 720       else
 721         return -1;
 722     }
 723   return ret;
 724 }
 725
 726 void MEDCouplingIMesh::rotate(const double *center, const double *vector, double angle)
 727 {
 728   throw INTERP_KERNEL::Exception("No rotation available on IMesh : Traduce it to unstructured mesh to apply it !");
 729 }
 730
 731 /*!
 732  * Translates all nodes of \a this mesh by a given vector. Actually, it adds each
 733  * component of the \a vector to all node coordinates of a corresponding axis.
 734  *  \param [in] vector - the translation vector whose size must be not less than \a
 735  *         this->getSpaceDimension().
 736  */
 737 void MEDCouplingIMesh::translate(const double *vector)
 738 {
 739   checkSpaceDimension();
 740   int dim(getSpaceDimension());
 741   std::transform(_origin,_origin+dim,vector,_origin,std::plus<double>());
 742   declareAsNew();
 743 }
 744
 745 /*!
 746  * Applies scaling transformation to all nodes of \a this mesh.
 747  *  \param [in] point - coordinates of a scaling center. This array is to be of
 748  *         size \a this->getSpaceDimension() at least.
 749  *  \param [in] factor - a scale factor.
 750  */
 751 void MEDCouplingIMesh::scale(const double *point, double factor)
 752 {
 753   checkSpaceDimension();
 754   int dim(getSpaceDimension());
 755   std::transform(_origin,_origin+dim,point,_origin,std::minus<double>());
 756   std::transform(_origin,_origin+dim,_origin,std::bind2nd(std::multiplies<double>(),factor));
 757   std::transform(_dxyz,_dxyz+dim,_dxyz,std::bind2nd(std::multiplies<double>(),factor));
 758   std::transform(_origin,_origin+dim,point,_origin,std::plus<double>());
 759   declareAsNew();
 760 }
 761
 762 MEDCouplingMesh *MEDCouplingIMesh::mergeMyselfWith(const MEDCouplingMesh *other) const
 763 {
 764   //not implemented yet !
 765   return 0;
 766 }
 767
 768 /*!
 769  * Returns a new DataArrayDouble holding coordinates of all nodes of \a this mesh.
 770  *  \return DataArrayDouble * - a new instance of DataArrayDouble, of size \a
 771  *          this->getNumberOfNodes() tuples per \a this->getSpaceDimension()
 772  *          components. The caller is to delete this array using decrRef() as it is
 773  *          no more needed.
 774  */
 775 DataArrayDouble *MEDCouplingIMesh::getCoordinatesAndOwner() const
 776 {
 777   checkCoherency();
 778   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> ret(DataArrayDouble::New());
 779   int spaceDim(getSpaceDimension()),nbNodes(getNumberOfNodes());
 780   ret->alloc(nbNodes,spaceDim);
 781   double *pt(ret->getPointer());
 782   ret->setInfoOnComponents(buildInfoOnComponents());
 783   int tmp2[3],tmp[3];
 784   getSplitNodeValues(tmp);
 785   for(int i=0;i<nbNodes;i++)
 786     {
 787       GetPosFromId(i,spaceDim,tmp,tmp2);
 788       for(int j=0;j<spaceDim;j++)
 789         pt[i*spaceDim+j]=_dxyz[j]*tmp2[j]+_origin[j];
 790     }
 791   return ret.retn();
 792 }
 793
 794 /*!
 795  * Returns a new DataArrayDouble holding barycenters of all cells. The barycenter is
 796  * computed by averaging coordinates of cell nodes.
 797  *  \return DataArrayDouble * - a new instance of DataArrayDouble, of size \a
 798  *          this->getNumberOfCells() tuples per \a this->getSpaceDimension()
 799  *          components. The caller is to delete this array using decrRef() as it is
 800  *          no more needed.
 801  */
 802 DataArrayDouble *MEDCouplingIMesh::getBarycenterAndOwner() const
 803 {
 804   checkCoherency();
 805   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> ret(DataArrayDouble::New());
 806   int spaceDim(getSpaceDimension()),nbCells(getNumberOfCells()),tmp[3],tmp2[3];
 807   ret->alloc(nbCells,spaceDim);
 808   double *pt(ret->getPointer()),shiftOrigin[3];
 809   std::transform(_dxyz,_dxyz+spaceDim,shiftOrigin,std::bind2nd(std::multiplies<double>(),0.5));
 810   std::transform(_origin,_origin+spaceDim,shiftOrigin,shiftOrigin,std::plus<double>());
 811   getSplitCellValues(tmp);
 812   ret->setInfoOnComponents(buildInfoOnComponents());
 813   for(int i=0;i<nbCells;i++)
 814     {
 815       GetPosFromId(i,spaceDim,tmp,tmp2);
 816       for(int j=0;j<spaceDim;j++)
 817         pt[i*spaceDim+j]=_dxyz[j]*tmp2[j]+shiftOrigin[j];
 818     }
 819   return ret.retn();
 820 }
 821
 822 DataArrayDouble *MEDCouplingIMesh::computeIsoBarycenterOfNodesPerCell() const
 823 {
 824   return MEDCouplingIMesh::getBarycenterAndOwner();
 825 }
 826
 827 void MEDCouplingIMesh::renumberCells(const int *old2NewBg, bool check)
 828 {
 829   throw INTERP_KERNEL::Exception("Functionnality of renumbering cell not available for IMesh !");
 830 }
 831
 832 void MEDCouplingIMesh::getTinySerializationInformation(std::vector<double>& tinyInfoD, std::vector<int>& tinyInfo, std::vector<std::string>& littleStrings) const
 833 {
 834   int it,order;
 835   double time(getTime(it,order));
 836   tinyInfo.clear();
 837   tinyInfoD.clear();
 838   littleStrings.clear();
 839   littleStrings.push_back(getName());
 840   littleStrings.push_back(getDescription());
 841   littleStrings.push_back(getTimeUnit());
 842   littleStrings.push_back(getAxisUnit());
 843   tinyInfo.push_back(it);
 844   tinyInfo.push_back(order);
 845   tinyInfo.push_back(_space_dim);
 846   tinyInfo.insert(tinyInfo.end(),_structure,_structure+3);
 847   tinyInfoD.push_back(time);
 848   tinyInfoD.insert(tinyInfoD.end(),_dxyz,_dxyz+3);
 849   tinyInfoD.insert(tinyInfoD.end(),_origin,_origin+3);
 850 }
 851
 852 void MEDCouplingIMesh::resizeForUnserialization(const std::vector<int>& tinyInfo, DataArrayInt *a1, DataArrayDouble *a2, std::vector<std::string>& littleStrings) const
 853 {
 854   a1->alloc(0,1);
 855   a2->alloc(0,1);
 856 }
 857
 858 void MEDCouplingIMesh::serialize(DataArrayInt *&a1, DataArrayDouble *&a2) const
 859 {
 860   a1=DataArrayInt::New();
 861   a1->alloc(0,1);
 862   a2=DataArrayDouble::New();
 863   a2->alloc(0,1);
 864 }
 865
 866 void MEDCouplingIMesh::unserialization(const std::vector<double>& tinyInfoD, const std::vector<int>& tinyInfo, const DataArrayInt *a1, DataArrayDouble *a2,
 867                                        const std::vector<std::string>& littleStrings)
 868 {
 869   setName(littleStrings[0]);
 870   setDescription(littleStrings[1]);
 871   setTimeUnit(littleStrings[2]);
 872   setAxisUnit(littleStrings[3]);
 873   setTime(tinyInfoD[0],tinyInfo[0],tinyInfo[1]);
 874   _space_dim=tinyInfo[2];
 875   _structure[0]=tinyInfo[3]; _structure[1]=tinyInfo[4]; _structure[2]=tinyInfo[5];
 876   _dxyz[0]=tinyInfoD[1]; _dxyz[1]=tinyInfoD[2]; _dxyz[2]=tinyInfoD[3];
 877   _origin[0]=tinyInfoD[4]; _origin[1]=tinyInfoD[5]; _origin[2]=tinyInfoD[6];
 878   declareAsNew();
 879 }
 880
 881 void MEDCouplingIMesh::writeVTKLL(std::ostream& ofs, const std::string& cellData, const std::string& pointData, DataArrayByte *byteData) const
 882 {
 883   checkCoherency();
 884   std::ostringstream extent,origin,spacing;
 885   for(int i=0;i<3;i++)
 886     {
 887       if(i<_space_dim)
 888         { extent << "0 " <<  _structure[i]-1 << " "; origin << _origin[i] << " "; spacing << _dxyz[i] << " "; }
 889       else
 890         { extent << "0 0 "; origin << "0 "; spacing << "0 "; }
 891     }
 892   ofs << "  <" << getVTKDataSetType() << " WholeExtent=\"" << extent.str() << "\" Origin=\"" << origin.str() << "\" Spacing=\"" << spacing.str() << "\">\n";
 893   ofs << "    <Piece Extent=\"" << extent.str() << "\">\n";
 894   ofs << "      <PointData>\n" << pointData << std::endl;
 895   ofs << "      </PointData>\n";
 896   ofs << "      <CellData>\n" << cellData << std::endl;
 897   ofs << "      </CellData>\n";
 898   ofs << "      <Coordinates>\n";
 899   ofs << "      </Coordinates>\n";
 900   ofs << "    </Piece>\n";
 901   ofs << "  </" << getVTKDataSetType() << ">\n";
 902 }
 903
 904 void MEDCouplingIMesh::reprQuickOverview(std::ostream& stream) const
 905 {
 906   stream << "MEDCouplingIMesh C++ instance at " << this << ". Name : \"" << getName() << "\". Space dimension : " << _space_dim << ".";
 907   if(_space_dim<0 || _space_dim>3)
 908     return ;
 909   stream << "\n";
 910   std::ostringstream stream0,stream1;
 911   int nbNodes(1),nbCells(0);
 912   bool isPb(false);
 913   for(int i=0;i<_space_dim;i++)
 914     {
 915       char tmp('X'+i);
 916       int tmpNodes(_structure[i]);
 917       stream1 << "- Axis " << tmp << " : " << tmpNodes << " nodes (orig=" << _origin[i] << ", inter=" << _dxyz[i] << ").";
 918       if(i!=_space_dim-1)
 919         stream1 << std::endl;
 920       if(tmpNodes>=1)
 921         nbNodes*=tmpNodes;
 922       else
 923         isPb=true;
 924       if(tmpNodes>=2)
 925         nbCells=nbCells==0?tmpNodes-1:nbCells*(tmpNodes-1);
 926     }
 927   if(!isPb)
 928     {
 929       stream0 << "Number of cells : " << nbCells << ", Number of nodes : " << nbNodes;
 930       stream << stream0.str();
 931       if(_space_dim>0)
 932         stream << std::endl;
 933     }
 934   stream << stream1.str();
 935 }
 936
 937 std::string MEDCouplingIMesh::getVTKDataSetType() const
 938 {
 939   return std::string("ImageData");
 940 }
 941
 942 std::vector<std::string> MEDCouplingIMesh::buildInfoOnComponents() const
 943 {
 944   checkSpaceDimension();
 945   int dim(getSpaceDimension());
 946   std::vector<std::string> ret(dim);
 947   for(int i=0;i<dim;i++)
 948     {
 949       std::ostringstream oss;
 950       char tmp('X'+i); oss << tmp;
 951       ret[i]=DataArray::BuildInfoFromVarAndUnit(oss.str(),_axis_unit);
 952     }
 953   return ret;
 954 }
 955
 956 void MEDCouplingIMesh::checkSpaceDimension() const
 957 {
 958   CheckSpaceDimension(_space_dim);
 959 }
 960
 961 void MEDCouplingIMesh::CheckSpaceDimension(int spaceDim)
 962 {
 963   if(spaceDim<0 || spaceDim>3)
 964     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::CheckSpaceDimension : input spaceDim must be in [0,1,2,3] !");
 965 }
 966
 967 int MEDCouplingIMesh::FindIntRoot(int val, int order)
 968 {
 969   if(order==0)
 970     return 1;
 971   if(val<0)
 972     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::FindIntRoot : input val is < 0 ! Not possible to compute a root !");
 973   if(order==1)
 974     return val;
 975   if(order!=2 && order!=3)
 976     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::FindIntRoot : the order available are 0,1,2 or 3 !");
 977   double valf((double)val);
 978   if(order==2)
 979     {
 980       double retf(sqrt(valf));
 981       int ret((int)retf);
 982       if(ret*ret!=val)
 983         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::FindIntRoot : the input val is not a perfect square root !");
 984       return ret;
 985     }
 986   else//order==3
 987     {
 988       double retf(std::pow(val,0.3333333333333333));
 989       int ret((int)retf),ret2(ret+1);
 990       if(ret*ret*ret!=val && ret2*ret2*ret2!=val)
 991         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingIMesh::FindIntRoot : the input val is not a perfect cublic root !");
 992       if(ret*ret*ret==val)
 993         return ret;
 994       else
 995         return ret2;
 996     }
 997 }