src/MEDCoupling/MEDCouplingCartesianAMRMesh.cxx

   1 // Copyright (C) 2007-2014  CEA/DEN, EDF R&D
   2 //
   3 // This library is free software; you can redistribute it and/or
   4 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
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   6 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
   7 //
   8 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
   9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  11 // Lesser General Public License for more details.
  12 //
  13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  16 //
  17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  18 //
  19 // Author : Anthony Geay
  20
  21 #include "MEDCouplingCartesianAMRMesh.hxx"
  22 #include "MEDCoupling1GTUMesh.hxx"
  23 #include "MEDCouplingIMesh.hxx"
  24 #include "MEDCouplingUMesh.hxx"
  25
  26 #include <limits>
  27 #include <sstream>
  28 #include <numeric>
  29
  30 using namespace ParaMEDMEM;
  31
  32 /// @cond INTERNAL
  33
  34 int MEDCouplingCartesianAMRPatchGen::getNumberOfCellsRecursiveWithOverlap() const
  35 {
  36   return _mesh->getNumberOfCellsRecursiveWithOverlap();
  37 }
  38
  39 int MEDCouplingCartesianAMRPatchGen::getNumberOfCellsRecursiveWithoutOverlap() const
  40 {
  41   return _mesh->getNumberOfCellsRecursiveWithoutOverlap();
  42 }
  43
  44 int MEDCouplingCartesianAMRPatchGen::getMaxNumberOfLevelsRelativeToThis() const
  45 {
  46   return _mesh->getMaxNumberOfLevelsRelativeToThis();
  47 }
  48
  49 MEDCouplingCartesianAMRPatchGen::MEDCouplingCartesianAMRPatchGen(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *mesh)
  50 {
  51   if(!mesh)
  52     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRPatchGen constructor : input mesh is NULL !");
  53   _mesh=mesh; _mesh->incrRef();
  54 }
  55
  56 const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *MEDCouplingCartesianAMRPatchGen::getMeshSafe() const
  57 {
  58   const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *mesh(_mesh);
  59   if(!mesh)
  60     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRPatchGen::getMeshSafe const : the mesh is NULL !");
  61   return mesh;
  62 }
  63
  64 MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *MEDCouplingCartesianAMRPatchGen::getMeshSafe()
  65 {
  66   MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *mesh(_mesh);
  67     if(!mesh)
  68       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRPatchGen::getMeshSafe : the mesh is NULL !");
  69     return mesh;
  70 }
  71
  72 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDCouplingCartesianAMRPatchGen::getDirectChildren() const
  73 {
  74   std::vector<const BigMemoryObject *> ret;
  75   if((const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *)_mesh)
  76     ret.push_back((const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *)_mesh);
  77   return ret;
  78 }
  79
  80 /*!
  81  * \param [in] mesh not null pointer of refined mesh replacing the cell range of \a father defined by the bottom left and top right just after.
  82  * \param [in] bottomLeftTopRight a vector equal to the space dimension of \a mesh that specifies for each dimension, the included cell start of the range for the first element of the pair,
  83  *                                a the end cell (\b excluded) of the range for the second element of the pair.
  84  */
  85 MEDCouplingCartesianAMRPatch::MEDCouplingCartesianAMRPatch(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *mesh, const std::vector< std::pair<int,int> >& bottomLeftTopRight):MEDCouplingCartesianAMRPatchGen(mesh),_bl_tr(bottomLeftTopRight)
  86 {
  87   int dim((int)bottomLeftTopRight.size()),dimExp(_mesh->getSpaceDimension());
  88   if(dim!=dimExp)
  89     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRPatch constructor : space dimension of father and input bottomLeft/topRight size mismatches !");
  90 }
  91
  92 void MEDCouplingCartesianAMRPatch::addPatch(const std::vector< std::pair<int,int> >& bottomLeftTopRight, const std::vector<int>& factors)
  93 {
  94   return getMeshSafe()->addPatch(bottomLeftTopRight,factors);
  95 }
  96
  97 int MEDCouplingCartesianAMRPatch::getNumberOfOverlapedCellsForFather() const
  98 {
  99   return MEDCouplingStructuredMesh::DeduceNumberOfGivenRangeInCompactFrmt(_bl_tr);
 100 }
 101
 102 /*!
 103  * This method states if \a other patch is in the neighborhood of \a this. The neighborhood zone is defined by \a ghostLev parameter
 104  * the must be >= 0.
 105  *
 106  * \param [in] other - The other patch
 107  * \param [in] ghostLev - The size of the neighborhood zone.
 108  *
 109  * \throw if \a this or \a other are invalid (end before start).
 110  * \throw if \a ghostLev is \b not >= 0 .
 111  * \throw if \a this and \a other have not the same space dimension.
 112  */
 113 bool MEDCouplingCartesianAMRPatch::isInMyNeighborhood(const MEDCouplingCartesianAMRPatch *other, int ghostLev) const
 114 {
 115   if(ghostLev<0)
 116     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRPatch::isInMyNeighborhood : the size of the neighborhood must be >= 0 !");
 117   if(!other)
 118     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRPatch::isInMyNeighborhood : the input patch is NULL !");
 119   const std::vector< std::pair<int,int> >& thisp(getBLTRRange());
 120   const std::vector< std::pair<int,int> >& otherp(other->getBLTRRange());
 121   std::size_t thispsize(thisp.size());
 122   if(thispsize!=otherp.size())
 123     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRPatch::isInMyNeighborhood : the dimensions must be the same !");
 124   for(std::size_t i=0;i<thispsize;i++)
 125     {
 126       const std::pair<int,int>& thispp(thisp[i]);
 127       const std::pair<int,int>& otherpp(otherp[i]);
 128       if(thispp.second<thispp.first)
 129         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRPatch::isInMyNeighborhood : this patch is invalid !");
 130       if(otherpp.second<otherpp.first)
 131         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRPatch::isInMyNeighborhood : this patch is invalid !");
 132       if(otherpp.first==thispp.second+ghostLev-1)
 133         continue;
 134       if(otherpp.second+ghostLev-1==thispp.first)
 135         continue;
 136       int start(std::max(thispp.first,otherpp.first)),end(std::min(thispp.second,otherpp.second));
 137       if(end<start)
 138         return false;
 139     }
 140   return true;
 141 }
 142
 143 std::size_t MEDCouplingCartesianAMRPatch::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
 144 {
 145   std::size_t ret(sizeof(MEDCouplingCartesianAMRPatch));
 146   ret+=_bl_tr.capacity()*sizeof(std::pair<int,int>);
 147   return ret;
 148 }
 149
 150 MEDCouplingCartesianAMRPatchGF::MEDCouplingCartesianAMRPatchGF(MEDCouplingCartesianAMRMesh *mesh):MEDCouplingCartesianAMRPatchGen(mesh)
 151 {
 152 }
 153
 154 std::size_t MEDCouplingCartesianAMRPatchGF::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
 155 {
 156   return sizeof(MEDCouplingCartesianAMRPatchGF);
 157 }
 158
 159 MEDCouplingDataForGodFather::MEDCouplingDataForGodFather(MEDCouplingCartesianAMRMesh *gf):_gf(gf),_tlc(gf)
 160 {
 161   if(!_gf)
 162     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingDataForGodFather constructor : A data has to be attached to a AMR Mesh instance !");
 163   _gf->setData(this);
 164 }
 165
 166 void MEDCouplingDataForGodFather::checkGodFatherFrozen() const
 167 {
 168   _tlc.checkConst();
 169 }
 170
 171 bool MEDCouplingDataForGodFather::changeGodFather(MEDCouplingCartesianAMRMesh *gf)
 172 {
 173   bool ret(_tlc.keepTrackOfNewTL(gf));
 174   if(ret)
 175     {
 176       _gf=gf;
 177     }
 178   return ret;
 179 }
 180
 181 /// @endcond
 182
 183 int MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getSpaceDimension() const
 184 {
 185   return _mesh->getSpaceDimension();
 186 }
 187
 188 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::setFactors(const std::vector<int>& newFactors)
 189 {
 190   if(getSpaceDimension()!=(int)newFactors.size())
 191     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::setFactors : size of input factors is not equal to the space dimension !");
 192   if(_factors.empty())
 193     {
 194       _factors=newFactors;
 195       return ;
 196     }
 197   if(_factors==newFactors)
 198     return ;
 199   if(!_patches.empty())
 200     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::setFactors : modification of factors is not allowed when presence of patches !");
 201   _factors=newFactors;
 202   declareAsNew();
 203 }
 204
 205 int MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getMaxNumberOfLevelsRelativeToThis() const
 206 {
 207   int ret(1);
 208   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatch> >::const_iterator it=_patches.begin();it!=_patches.end();it++)
 209     ret=std::max(ret,(*it)->getMaxNumberOfLevelsRelativeToThis()+1);
 210   return ret;
 211 }
 212
 213 int MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getNumberOfCellsAtCurrentLevel() const
 214 {
 215   return _mesh->getNumberOfCells();
 216 }
 217
 218 int MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getNumberOfCellsRecursiveWithOverlap() const
 219 {
 220   int ret(_mesh->getNumberOfCells());
 221   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatch> >::const_iterator it=_patches.begin();it!=_patches.end();it++)
 222     {
 223       ret+=(*it)->getNumberOfCellsRecursiveWithOverlap();
 224     }
 225   return ret;
 226 }
 227
 228 int MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getNumberOfCellsRecursiveWithoutOverlap() const
 229 {
 230   int ret(_mesh->getNumberOfCells());
 231   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatch> >::const_iterator it=_patches.begin();it!=_patches.end();it++)
 232     {
 233       ret-=(*it)->getNumberOfOverlapedCellsForFather();
 234       ret+=(*it)->getNumberOfCellsRecursiveWithoutOverlap();
 235     }
 236   return ret;
 237 }
 238
 239 const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getFather() const
 240 {
 241   return _father;
 242 }
 243
 244 const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getGodFather() const
 245 {
 246   if(_father==0)
 247     return this;
 248   else
 249     return _father->getGodFather();
 250 }
 251
 252 /*!
 253  * This method returns the level of \a this. 0 for god father. -1 for children of god father ...
 254  */
 255 int MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getAbsoluteLevel() const
 256 {
 257   if(_father==0)
 258     return 0;
 259   else
 260     return _father->getAbsoluteLevel()-1;
 261 }
 262
 263 /*!
 264  * This method returns grids relative to god father to specified level \a absoluteLev.
 265  *
 266  * \return std::vector<MEDCouplingCartesianAMRPatchGen *> - objects in vector are to be managed (decrRef) by the caller.
 267  */
 268 std::vector<MEDCouplingCartesianAMRPatchGen *> MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::retrieveGridsAt(int absoluteLev) const
 269 {
 270   if(absoluteLev<0)
 271     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMesh::retrieveGridsAt : absolute level must be >=0 !");
 272   if(_father)
 273     return getGodFather()->retrieveGridsAt(absoluteLev);
 274   //
 275   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatchGen> > rets;
 276   retrieveGridsAtInternal(absoluteLev,rets);
 277   std::vector< MEDCouplingCartesianAMRPatchGen * > ret(rets.size());
 278   for(std::size_t i=0;i<rets.size();i++)
 279     {
 280       ret[i]=rets[i].retn();
 281     }
 282   return ret;
 283 }
 284
 285 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::detachFromFather()
 286 {
 287   _father=0;
 288   declareAsNew();
 289 }
 290
 291 /*!
 292  * \param [in] bottomLeftTopRight a vector equal to the space dimension of \a mesh that specifies for each dimension, the included cell start of the range for the first element of the pair,
 293  *                                a the end cell (\b excluded) of the range for the second element of the pair.
 294  * \param [in] factors The factor of refinement per axis (different from 0).
 295  */
 296 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::addPatch(const std::vector< std::pair<int,int> >& bottomLeftTopRight, const std::vector<int>& factors)
 297 {
 298   checkFactorsAndIfNotSetAssign(factors);
 299   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingIMesh> mesh(static_cast<MEDCouplingIMesh *>(_mesh->buildStructuredSubPart(bottomLeftTopRight)));
 300   mesh->refineWithFactor(factors);
 301   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRMeshSub> zeMesh(new MEDCouplingCartesianAMRMeshSub(this,mesh));
 302   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatch> elt(new MEDCouplingCartesianAMRPatch(zeMesh,bottomLeftTopRight));
 303   _patches.push_back(elt);
 304   declareAsNew();
 305 }
 306
 307 /// @cond INTERNAL
 308
 309 class InternalPatch : public RefCountObjectOnly
 310 {
 311 public:
 312   InternalPatch():_nb_of_true(0) { }
 313   int getDimension() const { return (int)_part.size(); }
 314   double getEfficiency() const { return (double)_nb_of_true/(double)_crit.size(); }
 315   int getNumberOfCells() const { return (int)_crit.size(); }
 316   void setNumberOfTrue(int nboft) { _nb_of_true=nboft; }
 317   std::vector<bool>& getCriterion() { return _crit; }
 318   const std::vector<bool>& getConstCriterion() const { return _crit; }
 319   void setPart(const std::vector< std::pair<int,int> >& part) { _part=part; }
 320   std::vector< std::pair<int,int> >& getPart() { return _part; }
 321   const std::vector< std::pair<int,int> >& getConstPart() const { return _part; }
 322   bool presenceOfTrue() const { return _nb_of_true>0; }
 323   std::vector<int> computeCGS() const { return MEDCouplingStructuredMesh::GetDimensionsFromCompactFrmt(_part); }
 324   std::vector< std::vector<int> > computeSignature() const { return MEDCouplingStructuredMesh::ComputeSignaturePerAxisOf(computeCGS(),getConstCriterion()); }
 325   double getEfficiencyPerAxis(int axisId) const { return (double)_nb_of_true/((double)(_part[axisId].second-_part[axisId].first)); }
 326   void zipToFitOnCriterion();
 327   void updateNumberOfTrue() const;
 328   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<InternalPatch> extractPart(const std::vector< std::pair<int,int> >&partInGlobal) const;
 329   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<InternalPatch> deepCpy() const;
 330 protected:
 331   ~InternalPatch() { }
 332 private:
 333   mutable int _nb_of_true;
 334   std::vector<bool> _crit;
 335   //! _part is global
 336   std::vector< std::pair<int,int> > _part;
 337 };
 338
 339 void InternalPatch::zipToFitOnCriterion()
 340 {
 341   std::vector<int> cgs(computeCGS());
 342   std::vector<bool> newCrit;
 343   std::vector< std::pair<int,int> > newPart,newPart2;
 344   int newNbOfTrue(MEDCouplingStructuredMesh::FindMinimalPartOf(cgs,_crit,newCrit,newPart));
 345   MEDCouplingStructuredMesh::ChangeReferenceToGlobalOfCompactFrmt(_part,newPart,newPart2);
 346   if(newNbOfTrue!=_nb_of_true)
 347     throw INTERP_KERNEL::Exception("InternalPatch::zipToFitOnCrit : internal error !");
 348   _crit=newCrit; _part=newPart2;
 349 }
 350
 351 void InternalPatch::updateNumberOfTrue() const
 352 {
 353   _nb_of_true=(int)std::count(_crit.begin(),_crit.end(),true);
 354 }
 355
 356 MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<InternalPatch> InternalPatch::extractPart(const std::vector< std::pair<int,int> >&partInGlobal) const
 357 {
 358   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<InternalPatch> ret(new InternalPatch);
 359   std::vector<int> cgs(computeCGS());
 360   std::vector< std::pair<int,int> > newPart;
 361   MEDCouplingStructuredMesh::ChangeReferenceFromGlobalOfCompactFrmt(_part,partInGlobal,newPart);
 362   MEDCouplingStructuredMesh::ExtractFieldOfBoolFrom(cgs,_crit,newPart,ret->getCriterion());
 363   ret->setPart(partInGlobal);
 364   ret->updateNumberOfTrue();
 365   return ret;
 366 }
 367
 368 MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<InternalPatch> InternalPatch::deepCpy() const
 369 {
 370   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<InternalPatch> ret(new InternalPatch);
 371   (*ret)=*this;
 372   return ret;
 373 }
 374
 375 void DissectBigPatch(const INTERP_KERNEL::BoxSplittingOptions& bso, const InternalPatch *patchToBeSplit, int axisId, int rangeOfAxisId, bool& cutFound, int& cutPlace)
 376 {
 377   cutFound=false; cutPlace=-1;
 378   std::vector<double> ratio(rangeOfAxisId-1);
 379   for(int id=0;id<rangeOfAxisId-1;id++)
 380     {
 381       double efficiency[2];
 382       for(int h=0;h<2;h++)
 383         {
 384           std::vector< std::pair<int,int> > rectH(patchToBeSplit->getConstPart());
 385           if(h==0)
 386             rectH[axisId].second=patchToBeSplit->getConstPart()[axisId].first+id;
 387           else
 388             rectH[axisId].first=patchToBeSplit->getConstPart()[axisId].first+id;
 389           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<InternalPatch> p(patchToBeSplit->deepCpy());
 390           p->zipToFitOnCriterion();
 391           //anouar rectH ?
 392           efficiency[h]=p->getEfficiencyPerAxis(axisId);
 393         }
 394       ratio[id]=std::max(efficiency[0],efficiency[1])/std::min(efficiency[0],efficiency[1]);
 395     }
 396   int minCellDirection(bso.getMinCellDirection()),indexMin(-1);
 397   int dimRatioInner(rangeOfAxisId-1-2*(minCellDirection-1));
 398   std::vector<double> ratio_inner(dimRatioInner);
 399   double minRatio(1.e10);
 400   for(int i=0; i<dimRatioInner; i++)
 401     {
 402       if(ratio[minCellDirection-1+i]<minRatio)
 403         {
 404           minRatio=ratio[minCellDirection-1+i];
 405           indexMin=i+minCellDirection;
 406         }
 407     }
 408   cutFound=true; cutPlace=indexMin+patchToBeSplit->getConstPart()[axisId].first-1;
 409 }
 410
 411 void FindHole(const INTERP_KERNEL::BoxSplittingOptions& bso, const InternalPatch *patchToBeSplit, int& axisId, bool& cutFound, int& cutPlace)
 412 {
 413   cutPlace=-1; cutFound=false;
 414   int minCellDirection(bso.getMinCellDirection());
 415   const int dim(patchToBeSplit->getDimension());
 416   std::vector< std::vector<int> > signatures(patchToBeSplit->computeSignature());
 417   for(int id=0;id<dim;id++)
 418     {
 419       const std::vector<int>& signature(signatures[id]);
 420       std::vector<int> hole;
 421       std::vector<double> distance;
 422       int len((int)signature.size());
 423       for(int i=0;i<len;i++)
 424         if(signature[i]==0)
 425           if(len>= 2*minCellDirection && i >= minCellDirection-1 && i <= len-minCellDirection-1)
 426             hole.push_back(i);
 427       if(!hole.empty())
 428         {
 429           double center(((double)len/2.));
 430           for(std::size_t i=0;i<hole.size();i++)
 431             distance.push_back(fabs(hole[i]+1.-center));
 432
 433           std::size_t posDistanceMin(std::distance(distance.begin(),std::min_element(distance.begin(),distance.end())));
 434           cutFound=true;
 435           axisId=id;
 436           cutPlace=hole[posDistanceMin]+patchToBeSplit->getConstPart()[axisId].first+1;
 437           return ;
 438         }
 439     }
 440 }
 441
 442 void FindInflection(const INTERP_KERNEL::BoxSplittingOptions& bso, const InternalPatch *patchToBeSplit, bool& cutFound, int& cutPlace, int& axisId)
 443 {
 444   cutFound=false; cutPlace=-1;// do not set axisId before to be sure that cutFound was set to true
 445
 446   const std::vector< std::pair<int,int> >& part(patchToBeSplit->getConstPart());
 447   int sign,minCellDirection(bso.getMinCellDirection());
 448   const int dim(patchToBeSplit->getDimension());
 449
 450   std::vector<int> zeroCrossDims(dim,-1);
 451   std::vector<int> zeroCrossVals(dim,-1);
 452   std::vector< std::vector<int> > signatures(patchToBeSplit->computeSignature());
 453   for (int id=0;id<dim;id++)
 454     {
 455       const std::vector<int>& signature(signatures[id]);
 456
 457       std::vector<int> derivate_second_order,gradient_absolute,signe_change,zero_cross,edge,max_cross_list ;
 458       std::vector<double> distance ;
 459
 460       for (unsigned int i=1;i<signature.size()-1;i++)
 461         derivate_second_order.push_back(signature[i-1]-2*signature[i]+signature[i+1]) ;
 462
 463       // Gradient absolute value
 464       for ( unsigned int i=1;i<derivate_second_order.size();i++)
 465         gradient_absolute.push_back(fabs(derivate_second_order[i]-derivate_second_order[i-1])) ;
 466       if(derivate_second_order.empty())
 467         continue;
 468       for (unsigned int i=0;i<derivate_second_order.size()-1;i++)
 469         {
 470           if (derivate_second_order[i]*derivate_second_order[i+1] < 0 )
 471             sign = -1 ;
 472           if (derivate_second_order[i]*derivate_second_order[i+1] > 0 )
 473             sign = 1 ;
 474           if (derivate_second_order[i]*derivate_second_order[i+1] == 0 )
 475             sign = 0 ;
 476           if ( sign==0 || sign==-1 )
 477             if ( i >= (unsigned int)minCellDirection-2 && i <= signature.size()-minCellDirection-2 )
 478               {
 479                 zero_cross.push_back(i) ;
 480                 edge.push_back(gradient_absolute[i]) ;
 481               }
 482           signe_change.push_back(sign) ;
 483         }
 484       if ( zero_cross.size() > 0 )
 485         {
 486           int max_cross=*max_element(edge.begin(),edge.end()) ;
 487           for (unsigned int i=0;i<edge.size();i++)
 488             if (edge[i]==max_cross)
 489               max_cross_list.push_back(zero_cross[i]+1) ;
 490
 491           double center((signature.size()/2.0));
 492           for (unsigned int i=0;i<max_cross_list.size();i++)
 493             distance.push_back(fabs(max_cross_list[i]+1-center));
 494
 495           float distance_min=*min_element(distance.begin(),distance.end()) ;
 496           int pos_distance_min=find(distance.begin(),distance.end(),distance_min)-distance.begin();
 497           int best_place = max_cross_list[pos_distance_min] + part[id].first ;
 498           if ( max_cross >=0 )
 499             {
 500               zeroCrossDims[id] = best_place ;
 501               zeroCrossVals[id] = max_cross ;
 502             }
 503         }
 504       derivate_second_order.clear() ;
 505       gradient_absolute.clear() ;
 506       signe_change.clear() ;
 507       zero_cross.clear() ;
 508       edge.clear() ;
 509       max_cross_list.clear() ;
 510       distance.clear() ;
 511     }
 512
 513   if ( zeroCrossDims[0]!=-1 || zeroCrossDims[1]!=-1  )
 514     {
 515       int max_cross_dims = *max_element(zeroCrossVals.begin(),zeroCrossVals.end()) ;
 516
 517       if (zeroCrossVals[0]==max_cross_dims &&  zeroCrossVals[1]==max_cross_dims )
 518         {
 519           int nl_left(part[0].second-part[0].first);
 520           int nc_left(part[1].second-part[1].first);
 521           if ( nl_left >=  nc_left )
 522             max_cross_dims = 0 ;
 523           else
 524             max_cross_dims = 1 ;
 525         }
 526       else
 527         max_cross_dims=std::find(zeroCrossVals.begin(),zeroCrossVals.end(),max_cross_dims)-zeroCrossVals.begin();
 528       cutFound=true;
 529       cutPlace=zeroCrossDims[max_cross_dims];
 530       axisId=max_cross_dims ;
 531     }
 532 }
 533
 534 void TryAction4(const INTERP_KERNEL::BoxSplittingOptions& bso, const InternalPatch *patchToBeSplit, int axisId, int rangeOfAxisId, bool& cutFound, int& cutPlace)
 535 {
 536   cutFound=false;
 537   if(patchToBeSplit->getEfficiency()<=bso.getEffeciencySnd())
 538     {
 539       if(rangeOfAxisId>=2*bso.getMinCellDirection())
 540         {
 541           cutFound=true;
 542           cutPlace=rangeOfAxisId/2+patchToBeSplit->getConstPart()[axisId].first-1;
 543         }
 544     }
 545   else
 546     {
 547       if(patchToBeSplit->getNumberOfCells()>bso.getMaxCells())
 548         {
 549           DissectBigPatch(bso,patchToBeSplit,axisId,rangeOfAxisId,cutFound,cutPlace);
 550         }
 551     }
 552 }
 553
 554 MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<InternalPatch> DealWithNoCut(const InternalPatch *patch)
 555 {
 556   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<InternalPatch> ret(const_cast<InternalPatch *>(patch));
 557   ret->incrRef();
 558   return ret;
 559 }
 560
 561 void DealWithCut(const InternalPatch *patchToBeSplit, int axisId, int cutPlace, std::vector<MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<InternalPatch> >& listOfPatches)
 562 {
 563   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<InternalPatch> leftPart,rightPart;
 564   std::vector< std::pair<int,int> > rect(patchToBeSplit->getConstPart());
 565   std::vector< std::pair<int,int> > leftRect(rect),rightRect(rect);
 566   leftRect[axisId].second=cutPlace+1;
 567   rightRect[axisId].first=cutPlace+1;
 568   leftPart=patchToBeSplit->extractPart(leftRect);
 569   rightPart=patchToBeSplit->extractPart(rightRect);
 570   leftPart->zipToFitOnCriterion(); rightPart->zipToFitOnCriterion();
 571   listOfPatches.push_back(leftPart);
 572   listOfPatches.push_back(rightPart);
 573 }
 574
 575 /// @endcond
 576
 577 /*!
 578  * This method creates patches in \a this (by destroying the patches if any). This method uses \a criterion array as a field on cells on this level.
 579  */
 580 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::createPatchesFromCriterion(const INTERP_KERNEL::BoxSplittingOptions& bso, const std::vector<bool>& criterion, const std::vector<int>& factors)
 581 {
 582   int nbCells(getNumberOfCellsAtCurrentLevel());
 583   if(nbCells!=(int)criterion.size())
 584     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMesh::createPatchesFromCriterion : the number of tuples of criterion array must be equal to the number of cells at the current level !");
 585   _patches.clear();
 586   std::vector<int> cgs(_mesh->getCellGridStructure());
 587   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<InternalPatch> > listOfPatches,listOfPatchesOK;
 588   //
 589   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<InternalPatch> p(new InternalPatch);
 590   p->setNumberOfTrue(MEDCouplingStructuredMesh::FindMinimalPartOf(cgs,criterion,p->getCriterion(),p->getPart()));
 591   if(p->presenceOfTrue())
 592     listOfPatches.push_back(p);
 593   while(!listOfPatches.empty())
 594     {
 595       std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<InternalPatch> > listOfPatchesTmp;
 596       for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<InternalPatch> >::iterator it=listOfPatches.begin();it!=listOfPatches.end();it++)
 597         {
 598           //
 599           int axisId,rangeOfAxisId,cutPlace;
 600           bool cutFound;
 601           MEDCouplingStructuredMesh::FindTheWidestAxisOfGivenRangeInCompactFrmt((*it)->getConstPart(),axisId,rangeOfAxisId);
 602           if((*it)->getEfficiency()>=bso.getEffeciency() && (*it)->getNumberOfCells()<bso.getMaxCells())
 603             { listOfPatchesOK.push_back(DealWithNoCut(*it)); continue; }//action 1
 604           FindHole(bso,*it,axisId,cutFound,cutPlace);//axisId overwritten here if FindHole equal to true !
 605           if(cutFound)
 606             { DealWithCut(*it,axisId,cutPlace,listOfPatchesTmp); continue; }//action 2
 607           FindInflection(bso,*it,cutFound,cutPlace,axisId);//axisId overwritten here if cutFound equal to true !
 608           if(cutFound)
 609             { DealWithCut(*it,axisId,cutPlace,listOfPatchesTmp); continue; }//action 3
 610           TryAction4(bso,*it,axisId,rangeOfAxisId,cutFound,cutPlace);
 611           if(cutFound)
 612             { DealWithCut(*it,axisId,cutPlace,listOfPatchesTmp); continue; }//action 4
 613           listOfPatchesOK.push_back(DealWithNoCut(*it));
 614         }
 615       listOfPatches=listOfPatchesTmp;
 616     }
 617   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<InternalPatch> >::const_iterator it=listOfPatchesOK.begin();it!=listOfPatchesOK.end();it++)
 618     addPatch((*it)->getConstPart(),factors);
 619   declareAsNew();
 620 }
 621
 622 /*!
 623  * This method creates patches in \a this (by destroying the patches if any). This method uses \a criterion array as a field on cells on this level.
 624  */
 625 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::createPatchesFromCriterion(const INTERP_KERNEL::BoxSplittingOptions& bso, const DataArrayByte *criterion, const std::vector<int>& factors)
 626 {
 627   if(!criterion || !criterion->isAllocated())
 628     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMesh::createPatchesFromCriterion : the criterion DataArrayByte instance must be allocated and not NULL !");
 629   std::vector<bool> crit(criterion->toVectorOfBool());//check that criterion has one component.
 630   createPatchesFromCriterion(bso,crit,factors);
 631   declareAsNew();
 632 }
 633
 634 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::removeAllPatches()
 635 {
 636   _patches.clear();
 637   declareAsNew();
 638 }
 639
 640 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::removePatch(int patchId)
 641 {
 642   checkPatchId(patchId);
 643   int sz((int)_patches.size()),j(0);
 644   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatch> > patches(sz-1);
 645   for(int i=0;i<sz;i++)
 646     if(i!=patchId)
 647       patches[j++]=_patches[i];
 648   (const_cast<MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *>(_patches[patchId]->getMesh()))->detachFromFather();
 649   _patches=patches;
 650   declareAsNew();
 651 }
 652
 653 int MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getNumberOfPatches() const
 654 {
 655   return (int)_patches.size();
 656 }
 657
 658 const MEDCouplingCartesianAMRPatch *MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getPatch(int patchId) const
 659 {
 660   checkPatchId(patchId);
 661   return _patches[patchId];
 662 }
 663
 664 /*!
 665  * This method states if patch2 (with id \a patchId2) is in the neighborhood of patch1 (with id \a patchId1).
 666  * The neighborhood size is defined by \a ghostLev in the reference of \a this ( \b not in the reference of patches !).
 667  */
 668 bool MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::isPatchInNeighborhoodOf(int patchId1, int patchId2, int ghostLev) const
 669 {
 670   if(ghostLev<0)
 671     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMesh::isPatchInNeighborhoodOf : the ghost size must be >=0 !");
 672   const MEDCouplingCartesianAMRPatch *p1(getPatch(patchId1)),*p2(getPatch(patchId2));
 673   if(_factors.empty())
 674     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMesh::isPatchInNeighborhoodOf : no factors defined !");
 675   int ghostLevInPatchRef;
 676   if(ghostLev==0)
 677     ghostLevInPatchRef=0;
 678   else
 679     {
 680       ghostLevInPatchRef=(ghostLev-1)/_factors[0]+1;
 681       for(std::size_t i=0;i<_factors.size();i++)
 682         ghostLevInPatchRef=std::max(ghostLevInPatchRef,(ghostLev-1)/_factors[i]+1);
 683     }
 684   return p1->isInMyNeighborhood(p2,ghostLevInPatchRef);
 685 }
 686
 687 /*!
 688  * This method creates a new cell field array on given \a patchId patch in \a this starting from a coarse cell field on \a this \a cellFieldOnThis.
 689  * This method can be seen as a fast projection from the cell field \a cellFieldOnThis on \c this->getImageMesh() to a refined part of \a this
 690  * defined by the patch with id \a patchId.
 691  *
 692  * \param [in] patchId - The id of the patch \a cellFieldOnThis has to be put on.
 693  * \param [in] cellFieldOnThis - The array of the cell field on \c this->getImageMesh() to be projected to patch having id \a patchId.
 694  * \return DataArrayDouble * - The array of the cell field on the requested patch
 695  *
 696  * \throw if \a patchId is not in [ 0 , \c this->getNumberOfPatches() )
 697  * \throw if \a cellFieldOnThis is NULL or not allocated
 698  * \sa fillCellFieldOnPatch, MEDCouplingIMesh::SpreadCoarseToFine
 699  */
 700 DataArrayDouble *MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::createCellFieldOnPatch(int patchId, const DataArrayDouble *cellFieldOnThis) const
 701 {
 702   if(!cellFieldOnThis || !cellFieldOnThis->isAllocated())
 703     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMesh::createCellFieldOnPatch : the input cell field array is NULL or not allocated !");
 704   const MEDCouplingCartesianAMRPatch *patch(getPatch(patchId));
 705   const MEDCouplingIMesh *fine(patch->getMesh()->getImageMesh());
 706   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> ret(DataArrayDouble::New()); ret->alloc(fine->getNumberOfCells(),cellFieldOnThis->getNumberOfComponents());
 707   ret->copyStringInfoFrom(*cellFieldOnThis);
 708   MEDCouplingIMesh::SpreadCoarseToFine(cellFieldOnThis,_mesh->getCellGridStructure(),ret,patch->getBLTRRange(),getFactors());
 709   return ret.retn();
 710 }
 711
 712 /*!
 713  * This method is equivalent to MEDCouplingCartesianAMRMesh::createCellFieldOnPatch except that here instead of creating a new instance
 714  * it fills the value into the \a cellFieldOnPatch data.
 715  *
 716  * \param [in] patchId - The id of the patch \a cellFieldOnThis has to be put on.
 717  * \param [in] cellFieldOnThis - The array of the cell field on \c this->getImageMesh() to be projected to patch having id \a patchId.
 718  * \param [in,out] cellFieldOnPatch - The array of the cell field on the requested patch to be filled.
 719  *
 720  * \sa createCellFieldOnPatch, fillCellFieldComingFromPatch
 721  */
 722 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::fillCellFieldOnPatch(int patchId, const DataArrayDouble *cellFieldOnThis, DataArrayDouble *cellFieldOnPatch) const
 723 {
 724   if(!cellFieldOnThis || !cellFieldOnThis->isAllocated())
 725     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMesh::createCellFieldOnPatch : the input cell field array is NULL or not allocated !");
 726   const MEDCouplingCartesianAMRPatch *patch(getPatch(patchId));
 727   MEDCouplingIMesh::SpreadCoarseToFine(cellFieldOnThis,_mesh->getCellGridStructure(),cellFieldOnPatch,patch->getBLTRRange(),getFactors());
 728 }
 729
 730 /*!
 731  * This method is the generalization of fillCellFieldOnPatch method. This method only projects coarse to fine without considering the
 732  * potential neighbor patches covered by the ghost cells of patch with id \a patchId.
 733  *
 734  * \param [in] patchId - The id of the patch \a cellFieldOnThis has to be put on.
 735  * \param [in] cellFieldOnThis - The array of the cell field on \c this->getImageMesh() to be projected to patch having id \a patchId.
 736  * \param [in,out] cellFieldOnPatch - The array of the cell field on the requested patch to be filled.
 737  * \param [in] ghostLev - The size of the ghost zone (must be >=0 !)
 738  *
 739  * \sa fillCellFieldOnPatch, fillCellFieldOnPatchGhostAdv
 740  */
 741 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::fillCellFieldOnPatchGhost(int patchId, const DataArrayDouble *cellFieldOnThis, DataArrayDouble *cellFieldOnPatch, int ghostLev) const
 742 {
 743   if(!cellFieldOnThis || !cellFieldOnThis->isAllocated())
 744     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMesh::createCellFieldOnPatchGhost : the input cell field array is NULL or not allocated !");
 745   const MEDCouplingCartesianAMRPatch *patch(getPatch(patchId));
 746   MEDCouplingIMesh::SpreadCoarseToFineGhost(cellFieldOnThis,_mesh->getCellGridStructure(),cellFieldOnPatch,patch->getBLTRRange(),getFactors(),ghostLev);
 747 }
 748
 749 /*!
 750  * This method is a refinement of fillCellFieldOnPatchGhost. fillCellFieldOnPatchGhost is first called.
 751  * Then for all other patches than those pointed by \a patchId that overlap the ghost zone of the patch impact the ghost zone adequately.
 752  *
 753  * \param [in] patchId - The id of the patch \a cellFieldOnThis has to be put on.
 754  * \param [in] cellFieldOnThis - The array of the cell field on \c this->getImageMesh() to be projected to patch having id \a patchId.
 755  * \param [in,out] cellFieldOnPatch - The array of the cell field on the requested patch to be filled.
 756  * \param [in] ghostLev - The size of the ghost zone (must be >=0 !)
 757  * \param [in] arrsOnPatches - \b WARNING arrsOnPatches[patchId] is \b NOT \b const. All others are const.
 758  *
 759  * \sa fillCellFieldOnPatchOnlyGhostAdv
 760  */
 761 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::fillCellFieldOnPatchGhostAdv(int patchId, const DataArrayDouble *cellFieldOnThis, int ghostLev, const std::vector<const DataArrayDouble *>& arrsOnPatches) const
 762 {
 763   int nbp(getNumberOfPatches());
 764   if(nbp!=(int)arrsOnPatches.size())
 765     {
 766       std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingCartesianAMRMesh::fillCellFieldOnPatchGhostAdv : there are " << nbp << " patches in this and " << arrsOnPatches.size() << " arrays in the last parameter !";
 767       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 768     }
 769   DataArrayDouble *theFieldToFill(const_cast<DataArrayDouble *>(arrsOnPatches[patchId]));
 770   // first, do as usual
 771   fillCellFieldOnPatchGhost(patchId,cellFieldOnThis,theFieldToFill,ghostLev);
 772   fillCellFieldOnPatchOnlyGhostAdv(patchId,ghostLev,arrsOnPatches);
 773 }
 774
 775 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::fillCellFieldOnPatchOnlyGhostAdv(int patchId, int ghostLev, const std::vector<const DataArrayDouble *>& arrsOnPatches) const
 776 {
 777   int nbp(getNumberOfPatches()),dim(getSpaceDimension());
 778   if(nbp!=(int)arrsOnPatches.size())
 779     {
 780       std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingCartesianAMRMesh::fillCellFieldOnPatchOnlyGhostAdv : there are " << nbp << " patches in this and " << arrsOnPatches.size() << " arrays in the last parameter !";
 781       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 782     }
 783   DataArrayDouble *theFieldToFill(const_cast<DataArrayDouble *>(arrsOnPatches[patchId]));
 784   const MEDCouplingCartesianAMRPatch *refP(getPatch(patchId));
 785   const std::vector< std::pair<int,int> >& refBLTR(refP->getBLTRRange());//[(1,4),(2,4)]
 786   std::vector<int> dimsCoarse(MEDCouplingStructuredMesh::GetDimensionsFromCompactFrmt(refBLTR));//[3,2]
 787   std::transform(dimsCoarse.begin(),dimsCoarse.end(),_factors.begin(),dimsCoarse.begin(),std::multiplies<int>());//[12,8]
 788   std::transform(dimsCoarse.begin(),dimsCoarse.end(),dimsCoarse.begin(),std::bind2nd(std::plus<int>(),2*ghostLev));//[14,10]
 789   std::vector< std::pair<int,int> > rangeCoarse(MEDCouplingStructuredMesh::GetCompactFrmtFromDimensions(dimsCoarse));//[(0,14),(0,10)]
 790   std::vector<int> fakeFactors(dim,1);
 791   //
 792   for(int i=0;i<nbp;i++)
 793     {
 794       if(i!=patchId)
 795         if(isPatchInNeighborhoodOf(i,patchId,ghostLev))
 796           {
 797             const MEDCouplingCartesianAMRPatch *otherP(getPatch(i));
 798             const std::vector< std::pair<int,int> >& otherBLTR(otherP->getBLTRRange());//[(4,5),(3,4)]
 799             std::vector< std::pair<int,int> > tmp0,tmp1,tmp2;
 800             MEDCouplingStructuredMesh::ChangeReferenceFromGlobalOfCompactFrmt(refBLTR,otherBLTR,tmp0,false);//tmp0=[(3,4),(1,2)]
 801             ApplyFactorsOnCompactFrmt(tmp0,_factors);//tmp0=[(12,16),(4,8)]
 802             ApplyGhostOnCompactFrmt(tmp0,ghostLev);//tmp0=[(13,17),(5,9)]
 803             std::vector< std::pair<int,int> > interstRange(MEDCouplingStructuredMesh::IntersectRanges(tmp0,rangeCoarse));//interstRange=[(13,14),(5,9)]
 804             MEDCouplingStructuredMesh::ChangeReferenceFromGlobalOfCompactFrmt(otherBLTR,refBLTR,tmp1,false);//tmp1=[(-3,0),(-1,1)]
 805             ApplyFactorsOnCompactFrmt(tmp1,_factors);//tmp1=[(-12,-4),(-4,0)]
 806             MEDCouplingStructuredMesh::ChangeReferenceToGlobalOfCompactFrmt(tmp1,interstRange,tmp2,false);//tmp2=[(1,2),(1,5)]
 807             //
 808             std::vector< std::pair<int,int> > dimsFine(otherBLTR);
 809             ApplyFactorsOnCompactFrmt(dimsFine,_factors);
 810             ApplyAllGhostOnCompactFrmt(dimsFine,ghostLev);
 811             //
 812             MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> ghostVals(MEDCouplingStructuredMesh::ExtractFieldOfDoubleFrom(MEDCouplingStructuredMesh::GetDimensionsFromCompactFrmt(dimsFine),arrsOnPatches[i],tmp2));
 813             MEDCouplingIMesh::CondenseFineToCoarse(dimsCoarse,ghostVals,interstRange,fakeFactors,theFieldToFill);
 814           }
 815     }
 816 }
 817
 818 /*!
 819  * This method updates \a cellFieldOnThis part of values coming from the cell field \a cellFieldOnPatch lying on patch having id \a patchId.
 820  *
 821  * \param [in] patchId - The id of the patch \a cellFieldOnThis has to be put on.
 822  * \param [in] cellFieldOnPatch - The array of the cell field on patch with id \a patchId.
 823  * \param [in,out] cellFieldOnThis The array of the cell field on \a this to be updated only on the part concerning the patch with id \a patchId.
 824  *
 825  * \throw if \a patchId is not in [ 0 , \c this->getNumberOfPatches() )
 826  * \throw if \a cellFieldOnPatch is NULL or not allocated
 827  * \sa createCellFieldOnPatch, MEDCouplingIMesh::CondenseFineToCoarse,fillCellFieldComingFromPatchGhost
 828  */
 829 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::fillCellFieldComingFromPatch(int patchId, const DataArrayDouble *cellFieldOnPatch, DataArrayDouble *cellFieldOnThis) const
 830 {
 831   if(!cellFieldOnPatch || !cellFieldOnPatch->isAllocated())
 832       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMesh::fillCellFieldComingFromPatch : the input cell field array is NULL or not allocated !");
 833   const MEDCouplingCartesianAMRPatch *patch(getPatch(patchId));
 834   MEDCouplingIMesh::CondenseFineToCoarse(_mesh->getCellGridStructure(),cellFieldOnPatch,patch->getBLTRRange(),getFactors(),cellFieldOnThis);
 835 }
 836
 837 /*!
 838  * This method is the extension of MEDCouplingCartesianAMRMesh::fillCellFieldComingFromPatch managing the ghost cells. If this
 839  * method is called with \a ghostLev equal to 0 it behaves exactly as MEDCouplingCartesianAMRMesh::fillCellFieldComingFromPatch.
 840  *
 841  * \param [in] patchId - The id of the patch \a cellFieldOnThis has to be put on.
 842  * \param [in] cellFieldOnPatch - The array of the cell field on patch with id \a patchId.
 843  * \param [in,out] cellFieldOnThis The array of the cell field on \a this to be updated only on the part concerning the patch with id \a patchId.
 844  * \param [in] ghostLev The size of ghost zone (must be >= 0 !)
 845  *
 846  * \throw if \a patchId is not in [ 0 , \c this->getNumberOfPatches() )
 847  * \throw if \a cellFieldOnPatch is NULL or not allocated
 848  * \sa fillCellFieldComingFromPatch
 849  */
 850 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::fillCellFieldComingFromPatchGhost(int patchId, const DataArrayDouble *cellFieldOnPatch, DataArrayDouble *cellFieldOnThis, int ghostLev) const
 851 {
 852   if(!cellFieldOnPatch || !cellFieldOnPatch->isAllocated())
 853     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMesh::fillCellFieldComingFromPatchGhost : the input cell field array is NULL or not allocated !");
 854   const MEDCouplingCartesianAMRPatch *patch(getPatch(patchId));
 855   MEDCouplingIMesh::CondenseFineToCoarseGhost(_mesh->getCellGridStructure(),cellFieldOnPatch,patch->getBLTRRange(),getFactors(),cellFieldOnThis,ghostLev);
 856 }
 857
 858 /*!
 859  * This method finds all patches (located by their ids) that are in the neighborhood of patch with id \a patchId. The neighborhood size is
 860  * defined by ghostLev.
 861  *
 862  * \param [in] patchId - the id of the considered patch.
 863  * \param [in] ghostLev - the size of the neighborhood.
 864  * \return DataArrayInt * - the newly allocated array containing the list of patches in the neighborhood of the considered patch. This array is to be deallocated by the caller.
 865  */
 866 DataArrayInt *MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::findPatchesInTheNeighborhoodOf(int patchId, int ghostLev) const
 867 {
 868   int nbp(getNumberOfPatches());
 869   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret(DataArrayInt::New()); ret->alloc(0,1);
 870   for(int i=0;i<nbp;i++)
 871     {
 872       if(i!=patchId)
 873         if(isPatchInNeighborhoodOf(i,patchId,ghostLev))
 874           ret->pushBackSilent(i);
 875     }
 876   return ret.retn();
 877 }
 878
 879 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::buildUnstructured() const
 880 {
 881   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> part(_mesh->buildUnstructured());
 882   std::vector<bool> bs(_mesh->getNumberOfCells(),false);
 883   std::vector<int> cgs(_mesh->getCellGridStructure());
 884   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> > msSafe(_patches.size()+1);
 885   std::size_t ii(0);
 886   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatch> >::const_iterator it=_patches.begin();it!=_patches.end();it++,ii++)
 887     {
 888       MEDCouplingStructuredMesh::SwitchOnIdsFrom(cgs,(*it)->getBLTRRange(),bs);
 889       msSafe[ii+1]=(*it)->getMesh()->buildUnstructured();
 890     }
 891   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> eltsOff(DataArrayInt::BuildListOfSwitchedOff(bs));
 892   msSafe[0]=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(part->buildPartOfMySelf(eltsOff->begin(),eltsOff->end(),false));
 893   std::vector< const MEDCouplingUMesh * > ms(msSafe.size());
 894   for(std::size_t i=0;i<msSafe.size();i++)
 895     ms[i]=msSafe[i];
 896   return MEDCouplingUMesh::MergeUMeshes(ms);
 897 }
 898
 899 /*!
 900  * This method returns a mesh containing as cells that there is patches at the current level.
 901  * The patches are seen like 'boxes' that is too say the refinement will not appear here.
 902  *
 903  * \return MEDCoupling1SGTUMesh * - A new object to be managed by the caller containing as cells as there are patches in \a this.
 904  */
 905 MEDCoupling1SGTUMesh *MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::buildMeshFromPatchEnvelop() const
 906 {
 907   std::vector<const MEDCoupling1SGTUMesh *> cells;
 908   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1SGTUMesh> > cellsSafe;
 909   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatch> >::const_iterator it=_patches.begin();it!=_patches.end();it++)
 910     {
 911       const MEDCouplingCartesianAMRPatch *patch(*it);
 912       if(patch)
 913         {
 914           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingIMesh> cell(patch->getMesh()->getImageMesh()->asSingleCell());
 915           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1SGTUMesh> cell1SGT(cell->build1SGTUnstructured());
 916           cellsSafe.push_back(cell1SGT); cells.push_back(cell1SGT);
 917         }
 918     }
 919   return MEDCoupling1SGTUMesh::Merge1SGTUMeshes(cells);
 920 }
 921
 922 MEDCoupling1SGTUMesh *MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::buildMeshOfDirectChildrenOnly() const
 923 {
 924   std::vector<const MEDCoupling1SGTUMesh *> patches;
 925   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1SGTUMesh> > patchesSafe;
 926   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatch> >::const_iterator it=_patches.begin();it!=_patches.end();it++)
 927       {
 928         const MEDCouplingCartesianAMRPatch *patch(*it);
 929         if(patch)
 930           {
 931             MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1SGTUMesh> patchMesh(patch->getMesh()->getImageMesh()->build1SGTUnstructured());
 932             patchesSafe.push_back(patchMesh); patches.push_back(patchMesh);
 933           }
 934       }
 935     return MEDCoupling1SGTUMesh::Merge1SGTUMeshes(patches);
 936 }
 937
 938 MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::MEDCouplingCartesianAMRMeshGen(const std::string& meshName, int spaceDim, const int *nodeStrctStart, const int *nodeStrctStop,
 939                                                                const double *originStart, const double *originStop, const double *dxyzStart, const double *dxyzStop):_father(0)
 940 {
 941   _mesh=MEDCouplingIMesh::New(meshName,spaceDim,nodeStrctStart,nodeStrctStop,originStart,originStop,dxyzStart,dxyzStop);
 942 }
 943
 944 MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::MEDCouplingCartesianAMRMeshGen(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *father, MEDCouplingIMesh *mesh):_father(father)
 945 {
 946   if(!_father)
 947     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMeshGen(MEDCouplingIMesh *mesh) constructor : empty father !");
 948   if(!mesh)
 949     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMeshGen(MEDCouplingIMesh *mesh) constructor : The input mesh is null !");
 950   mesh->checkCoherency();
 951   _mesh=mesh; _mesh->incrRef();
 952 }
 953
 954 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::checkPatchId(int patchId) const
 955 {
 956   int sz(getNumberOfPatches());
 957   if(patchId<0 || patchId>=sz)
 958     {
 959       std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::checkPatchId : invalid patchId (" << patchId << ") ! Must be in [0," << sz << ") !";
 960       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 961     }
 962 }
 963
 964 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::checkFactorsAndIfNotSetAssign(const std::vector<int>& factors)
 965 {
 966   if(getSpaceDimension()!=(int)factors.size())
 967     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::checkFactorsAndIfNotSetAssign : invalid size of factors ! size must be equal to the spaceDimension !");
 968   if(_factors.empty())
 969     {
 970       _factors=factors;
 971     }
 972   else
 973     {
 974       if(_factors!=factors)
 975         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMesh::checkFactorsAndIfNotSetAssign : the factors ");
 976     }
 977 }
 978
 979 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::retrieveGridsAtInternal(int lev, std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatchGen> >& grids) const
 980 {
 981   if(lev==0)
 982     {
 983       const MEDCouplingCartesianAMRMesh *thisc(dynamic_cast<const MEDCouplingCartesianAMRMesh *>(this));//tony
 984       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatchGF> elt(new MEDCouplingCartesianAMRPatchGF(const_cast<MEDCouplingCartesianAMRMesh *>(thisc)));
 985       grids.push_back(DynamicCastSafe<MEDCouplingCartesianAMRPatchGF,MEDCouplingCartesianAMRPatchGen>(elt));
 986     }
 987   else if(lev==1)
 988     {
 989       for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatch> >::const_iterator it=_patches.begin();it!=_patches.end();it++)
 990         {
 991           const MEDCouplingCartesianAMRPatch *pt(*it);
 992           if(pt)
 993             {
 994               MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatch> tmp1(*it);
 995               grids.push_back(DynamicCastSafe<MEDCouplingCartesianAMRPatch,MEDCouplingCartesianAMRPatchGen>(tmp1));
 996             }
 997         }
 998     }
 999   else
1000     {
1001       for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatch> >::const_iterator it=_patches.begin();it!=_patches.end();it++)
1002         {
1003           const MEDCouplingCartesianAMRPatch *pt(*it);
1004           if(pt)
1005             pt->getMesh()->retrieveGridsAtInternal(lev-1,grids);
1006         }
1007     }
1008 }
1009
1010 /*!
1011  * \param [in,out] partBeforeFact - the part of a image mesh in compact format that will be put in refined reference.
1012  * \param [in] factors - the factors per axis.
1013  */
1014 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::ApplyFactorsOnCompactFrmt(std::vector< std::pair<int,int> >& partBeforeFact, const std::vector<int>& factors)
1015 {
1016   std::size_t sz(factors.size());
1017   if(sz!=partBeforeFact.size())
1018     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::ApplyFactorsOnCompactFrmt : size of input vectors must be the same !");
1019   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
1020     {
1021       partBeforeFact[i].first*=factors[i];
1022       partBeforeFact[i].second*=factors[i];
1023     }
1024 }
1025
1026 /*!
1027  * \param [in,out] partBeforeFact - the part of a image mesh in compact format that will be put in ghost reference.
1028  * \param [in] ghostSize - the ghost size of zone for all axis.
1029  */
1030 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::ApplyGhostOnCompactFrmt(std::vector< std::pair<int,int> >& partBeforeFact, int ghostSize)
1031 {
1032   if(ghostSize<0)
1033     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::ApplyGhostOnCompactFrmt : ghost size must be >= 0 !");
1034   std::size_t sz(partBeforeFact.size());
1035   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
1036     {
1037       partBeforeFact[i].first+=ghostSize;
1038       partBeforeFact[i].second+=ghostSize;
1039     }
1040 }
1041
1042 /*!
1043  * This method is different than ApplyGhostOnCompactFrmt
1044  *
1045  * \param [in,out] partBeforeFact - the part of a image mesh in compact format that will be put in ghost reference.
1046  * \param [in] ghostSize - the ghost size of zone for all axis.
1047  */
1048 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::ApplyAllGhostOnCompactFrmt(std::vector< std::pair<int,int> >& partBeforeFact, int ghostSize)
1049 {
1050   if(ghostSize<0)
1051     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::ApplyAllGhostOnCompactFrmt : ghost size must be >= 0 !");
1052   std::size_t sz(partBeforeFact.size());
1053   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
1054     {
1055       partBeforeFact[i].first-=ghostSize;
1056       partBeforeFact[i].second+=ghostSize;
1057     }
1058 }
1059
1060 std::size_t MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
1061 {
1062   return sizeof(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen);
1063 }
1064
1065 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getDirectChildren() const
1066 {
1067   std::vector<const BigMemoryObject *> ret;
1068   if((const MEDCouplingIMesh *)_mesh)
1069     ret.push_back((const MEDCouplingIMesh *)_mesh);
1070   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatch> >::const_iterator it=_patches.begin();it!=_patches.end();it++)
1071     {
1072       if((const MEDCouplingCartesianAMRPatch*)*it)
1073         ret.push_back((const MEDCouplingCartesianAMRPatch*)*it);
1074     }
1075   return ret;
1076 }
1077
1078 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::updateTime() const
1079 {
1080   if((const MEDCouplingIMesh *)_mesh)
1081     updateTimeWith(*_mesh);
1082   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatch> >::const_iterator it=_patches.begin();it!=_patches.end();it++)
1083     {
1084       const MEDCouplingCartesianAMRPatch *elt(*it);
1085       if(!elt)
1086         continue;
1087       const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *mesh(elt->getMesh());
1088       if(mesh)
1089         updateTimeWith(*mesh);
1090     }
1091 }
1092
1093 MEDCouplingCartesianAMRMeshSub::MEDCouplingCartesianAMRMeshSub(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *father, MEDCouplingIMesh *mesh):MEDCouplingCartesianAMRMeshGen(father,mesh)
1094 {
1095 }
1096
1097 MEDCouplingCartesianAMRMesh *MEDCouplingCartesianAMRMesh::New(const std::string& meshName, int spaceDim, const int *nodeStrctStart, const int *nodeStrctStop,
1098                                                               const double *originStart, const double *originStop, const double *dxyzStart, const double *dxyzStop)
1099 {
1100   return new MEDCouplingCartesianAMRMesh(meshName,spaceDim,nodeStrctStart,nodeStrctStop,originStart,originStop,dxyzStart,dxyzStop);
1101 }
1102
1103 void MEDCouplingCartesianAMRMesh::setData(MEDCouplingDataForGodFather *data)
1104 {
1105   MEDCouplingDataForGodFather *myData(_data);
1106   if(myData==data)
1107     return ;
1108   if(myData)
1109     myData->changeGodFather(0);
1110   _data=data;
1111   if(data)
1112     data->incrRef();
1113 }
1114
1115 void MEDCouplingCartesianAMRMesh::allocData() const
1116 {
1117   checkData();
1118   _data->alloc();
1119 }
1120
1121 void MEDCouplingCartesianAMRMesh::deallocData() const
1122 {
1123   checkData();
1124   _data->dealloc();
1125 }
1126
1127 MEDCouplingCartesianAMRMesh::MEDCouplingCartesianAMRMesh(const std::string& meshName, int spaceDim, const int *nodeStrctStart, const int *nodeStrctStop,
1128                                                          const double *originStart, const double *originStop, const double *dxyzStart, const double *dxyzStop):MEDCouplingCartesianAMRMeshGen(meshName,spaceDim,nodeStrctStart,nodeStrctStop,originStart,originStop,dxyzStart,dxyzStop)
1129 {
1130 }
1131
1132 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDCouplingCartesianAMRMesh::getDirectChildren() const
1133 {
1134   std::vector<const BigMemoryObject *> ret(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getDirectChildren());
1135   const MEDCouplingDataForGodFather *pt(_data);
1136   if(pt)
1137     ret.push_back(pt);
1138   return ret;
1139 }
1140
1141 void MEDCouplingCartesianAMRMesh::checkData() const
1142 {
1143   const MEDCouplingDataForGodFather *data(_data);
1144   if(!data)
1145     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMesh::checkData : no data set !");
1146 }
1147
1148 MEDCouplingCartesianAMRMesh::~MEDCouplingCartesianAMRMesh()
1149 {
1150   MEDCouplingDataForGodFather *data(_data);
1151   if(!data)
1152     data->changeGodFather(0);
1153 }