src/MEDCoupling/MEDCouplingCartesianAMRMesh.cxx

   1 // Copyright (C) 2007-2014  CEA/DEN, EDF R&D
   2 //
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   4 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
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   7 //
   8 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
   9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  11 // Lesser General Public License for more details.
  12 //
  13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  16 //
  17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  18 //
  19 // Author : Anthony Geay
  20
  21 #include "MEDCouplingCartesianAMRMesh.hxx"
  22 #include "MEDCoupling1GTUMesh.hxx"
  23 #include "MEDCouplingIMesh.hxx"
  24 #include "MEDCouplingUMesh.hxx"
  25
  26 #include <limits>
  27 #include <sstream>
  28 #include <numeric>
  29
  30 using namespace ParaMEDMEM;
  31
  32 /// @cond INTERNAL
  33
  34 int MEDCouplingCartesianAMRPatchGen::getNumberOfCellsRecursiveWithOverlap() const
  35 {
  36   return _mesh->getNumberOfCellsRecursiveWithOverlap();
  37 }
  38
  39 int MEDCouplingCartesianAMRPatchGen::getNumberOfCellsRecursiveWithoutOverlap() const
  40 {
  41   return _mesh->getNumberOfCellsRecursiveWithoutOverlap();
  42 }
  43
  44 int MEDCouplingCartesianAMRPatchGen::getMaxNumberOfLevelsRelativeToThis() const
  45 {
  46   return _mesh->getMaxNumberOfLevelsRelativeToThis();
  47 }
  48
  49 MEDCouplingCartesianAMRPatchGen::MEDCouplingCartesianAMRPatchGen(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *mesh)
  50 {
  51   if(!mesh)
  52     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRPatchGen constructor : input mesh is NULL !");
  53   _mesh=mesh; _mesh->incrRef();
  54 }
  55
  56 const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *MEDCouplingCartesianAMRPatchGen::getMeshSafe() const
  57 {
  58   const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *mesh(_mesh);
  59   if(!mesh)
  60     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRPatchGen::getMeshSafe const : the mesh is NULL !");
  61   return mesh;
  62 }
  63
  64 MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *MEDCouplingCartesianAMRPatchGen::getMeshSafe()
  65 {
  66   MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *mesh(_mesh);
  67     if(!mesh)
  68       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRPatchGen::getMeshSafe : the mesh is NULL !");
  69     return mesh;
  70 }
  71
  72 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDCouplingCartesianAMRPatchGen::getDirectChildren() const
  73 {
  74   std::vector<const BigMemoryObject *> ret;
  75   if((const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *)_mesh)
  76     ret.push_back((const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *)_mesh);
  77   return ret;
  78 }
  79
  80 /*!
  81  * \param [in] mesh not null pointer of refined mesh replacing the cell range of \a father defined by the bottom left and top right just after.
  82  * \param [in] bottomLeftTopRight a vector equal to the space dimension of \a mesh that specifies for each dimension, the included cell start of the range for the first element of the pair,
  83  *                                a the end cell (\b excluded) of the range for the second element of the pair.
  84  */
  85 MEDCouplingCartesianAMRPatch::MEDCouplingCartesianAMRPatch(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *mesh, const std::vector< std::pair<int,int> >& bottomLeftTopRight):MEDCouplingCartesianAMRPatchGen(mesh),_bl_tr(bottomLeftTopRight)
  86 {
  87   int dim((int)bottomLeftTopRight.size()),dimExp(_mesh->getSpaceDimension());
  88   if(dim!=dimExp)
  89     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRPatch constructor : space dimension of father and input bottomLeft/topRight size mismatches !");
  90 }
  91
  92 void MEDCouplingCartesianAMRPatch::addPatch(const std::vector< std::pair<int,int> >& bottomLeftTopRight, const std::vector<int>& factors)
  93 {
  94   return getMeshSafe()->addPatch(bottomLeftTopRight,factors);
  95 }
  96
  97 int MEDCouplingCartesianAMRPatch::getNumberOfOverlapedCellsForFather() const
  98 {
  99   return MEDCouplingStructuredMesh::DeduceNumberOfGivenRangeInCompactFrmt(_bl_tr);
 100 }
 101
 102 /*!
 103  * This method states if \a other patch is in the neighborhood of \a this. The neighborhood zone is defined by \a ghostLev parameter
 104  * the must be >= 0.
 105  *
 106  * \param [in] other - The other patch
 107  * \param [in] ghostLev - The size of the neighborhood zone.
 108  *
 109  * \throw if \a this or \a other are invalid (end before start).
 110  * \throw if \a ghostLev is \b not >= 0 .
 111  * \throw if \a this and \a other have not the same space dimension.
 112  */
 113 bool MEDCouplingCartesianAMRPatch::isInMyNeighborhood(const MEDCouplingCartesianAMRPatch *other, int ghostLev) const
 114 {
 115   if(ghostLev<0)
 116     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRPatch::isInMyNeighborhood : the size of the neighborhood must be >= 0 !");
 117   if(!other)
 118     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRPatch::isInMyNeighborhood : the input patch is NULL !");
 119   const std::vector< std::pair<int,int> >& thisp(getBLTRRange());
 120   const std::vector< std::pair<int,int> >& otherp(other->getBLTRRange());
 121   std::size_t thispsize(thisp.size());
 122   if(thispsize!=otherp.size())
 123     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRPatch::isInMyNeighborhood : the dimensions must be the same !");
 124   for(std::size_t i=0;i<thispsize;i++)
 125     {
 126       const std::pair<int,int>& thispp(thisp[i]);
 127       const std::pair<int,int>& otherpp(otherp[i]);
 128       if(thispp.second<thispp.first)
 129         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRPatch::isInMyNeighborhood : this patch is invalid !");
 130       if(otherpp.second<otherpp.first)
 131         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRPatch::isInMyNeighborhood : this patch is invalid !");
 132       if(otherpp.first==thispp.second+ghostLev-1)
 133         continue;
 134       if(otherpp.second+ghostLev-1==thispp.first)
 135         continue;
 136       int start(std::max(thispp.first,otherpp.first)),end(std::min(thispp.second,otherpp.second));
 137       if(end<start)
 138         return false;
 139     }
 140   return true;
 141 }
 142
 143 std::size_t MEDCouplingCartesianAMRPatch::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
 144 {
 145   std::size_t ret(sizeof(MEDCouplingCartesianAMRPatch));
 146   ret+=_bl_tr.capacity()*sizeof(std::pair<int,int>);
 147   return ret;
 148 }
 149
 150 MEDCouplingCartesianAMRPatchGF::MEDCouplingCartesianAMRPatchGF(MEDCouplingCartesianAMRMesh *mesh):MEDCouplingCartesianAMRPatchGen(mesh)
 151 {
 152 }
 153
 154 std::size_t MEDCouplingCartesianAMRPatchGF::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
 155 {
 156   return sizeof(MEDCouplingCartesianAMRPatchGF);
 157 }
 158
 159 MEDCouplingDataForGodFather::MEDCouplingDataForGodFather(MEDCouplingCartesianAMRMesh *gf):_gf(gf),_tlc(gf)
 160 {
 161   if(!_gf)
 162     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingDataForGodFather constructor : A data has to be attached to a AMR Mesh instance !");
 163   _gf->setData(this);
 164 }
 165
 166 void MEDCouplingDataForGodFather::checkGodFatherFrozen() const
 167 {
 168   _tlc.checkConst();
 169 }
 170
 171 bool MEDCouplingDataForGodFather::changeGodFather(MEDCouplingCartesianAMRMesh *gf)
 172 {
 173   bool ret(_tlc.keepTrackOfNewTL(gf));
 174   if(ret)
 175     {
 176       _gf=gf;
 177     }
 178   return ret;
 179 }
 180
 181 /// @endcond
 182
 183 int MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getSpaceDimension() const
 184 {
 185   return _mesh->getSpaceDimension();
 186 }
 187
 188 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::setFactors(const std::vector<int>& newFactors)
 189 {
 190   if(getSpaceDimension()!=(int)newFactors.size())
 191     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::setFactors : size of input factors is not equal to the space dimension !");
 192   if(_factors.empty())
 193     {
 194       _factors=newFactors;
 195       return ;
 196     }
 197   if(_factors==newFactors)
 198     return ;
 199   if(!_patches.empty())
 200     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::setFactors : modification of factors is not allowed when presence of patches !");
 201   _factors=newFactors;
 202   declareAsNew();
 203 }
 204
 205 int MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getMaxNumberOfLevelsRelativeToThis() const
 206 {
 207   int ret(1);
 208   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatch> >::const_iterator it=_patches.begin();it!=_patches.end();it++)
 209     ret=std::max(ret,(*it)->getMaxNumberOfLevelsRelativeToThis()+1);
 210   return ret;
 211 }
 212
 213 /*!
 214  * This method returns the number of cells of \a this with the help of the MEDCouplingIMesh instance representing \a this.
 215  * The patches in \a this are ignored here.
 216  * \sa getNumberOfCellsAtCurrentLevelGhost, getNumberOfCellsRecursiveWithOverlap
 217  */
 218 int MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getNumberOfCellsAtCurrentLevel() const
 219 {
 220   return _mesh->getNumberOfCells();
 221 }
 222
 223 /*!
 224  * This method returns the number of cells of \a this with the help of the MEDCouplingIMesh instance representing \a this enlarged by \a ghostLev size
 225  * to take into account of the ghost cells for future computation.
 226  * The patches in \a this are ignored here.
 227  *
 228  * \sa getNumberOfCellsAtCurrentLevel
 229  */
 230 int MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getNumberOfCellsAtCurrentLevelGhost(int ghostLev) const
 231 {
 232   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingIMesh> tmp(_mesh->buildWithGhost(ghostLev));
 233   return tmp->getNumberOfCells();
 234 }
 235
 236 /*!
 237  * This method returns the number of cells including the current level but \b also \b including recursively all cells of other levels
 238  * starting from this. The set of cells which size is returned here are generally overlapping each other.
 239  */
 240 int MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getNumberOfCellsRecursiveWithOverlap() const
 241 {
 242   int ret(_mesh->getNumberOfCells());
 243   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatch> >::const_iterator it=_patches.begin();it!=_patches.end();it++)
 244     {
 245       ret+=(*it)->getNumberOfCellsRecursiveWithOverlap();
 246     }
 247   return ret;
 248 }
 249
 250 /*!
 251  * This method returns the max number of cells covering all the space without overlapping.
 252  */
 253 int MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getNumberOfCellsRecursiveWithoutOverlap() const
 254 {
 255   int ret(_mesh->getNumberOfCells());
 256   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatch> >::const_iterator it=_patches.begin();it!=_patches.end();it++)
 257     {
 258       ret-=(*it)->getNumberOfOverlapedCellsForFather();
 259       ret+=(*it)->getNumberOfCellsRecursiveWithoutOverlap();
 260     }
 261   return ret;
 262 }
 263
 264 const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getFather() const
 265 {
 266   return _father;
 267 }
 268
 269 const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getGodFather() const
 270 {
 271   if(_father==0)
 272     return this;
 273   else
 274     return _father->getGodFather();
 275 }
 276
 277 /*!
 278  * This method returns the level of \a this. 0 for god father. -1 for children of god father ...
 279  */
 280 int MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getAbsoluteLevel() const
 281 {
 282   if(_father==0)
 283     return 0;
 284   else
 285     return _father->getAbsoluteLevel()-1;
 286 }
 287
 288 /*!
 289  * This method returns grids relative to god father to specified level \a absoluteLev.
 290  *
 291  * \return std::vector<MEDCouplingCartesianAMRPatchGen *> - objects in vector are to be managed (decrRef) by the caller.
 292  */
 293 std::vector<MEDCouplingCartesianAMRPatchGen *> MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::retrieveGridsAt(int absoluteLev) const
 294 {
 295   if(absoluteLev<0)
 296     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMesh::retrieveGridsAt : absolute level must be >=0 !");
 297   if(_father)
 298     return getGodFather()->retrieveGridsAt(absoluteLev);
 299   //
 300   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatchGen> > rets;
 301   retrieveGridsAtInternal(absoluteLev,rets);
 302   std::vector< MEDCouplingCartesianAMRPatchGen * > ret(rets.size());
 303   for(std::size_t i=0;i<rets.size();i++)
 304     {
 305       ret[i]=rets[i].retn();
 306     }
 307   return ret;
 308 }
 309
 310 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::detachFromFather()
 311 {
 312   _father=0;
 313   declareAsNew();
 314 }
 315
 316 /*!
 317  * \param [in] bottomLeftTopRight a vector equal to the space dimension of \a mesh that specifies for each dimension, the included cell start of the range for the first element of the pair,
 318  *                                a the end cell (\b excluded) of the range for the second element of the pair.
 319  * \param [in] factors The factor of refinement per axis (different from 0).
 320  */
 321 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::addPatch(const std::vector< std::pair<int,int> >& bottomLeftTopRight, const std::vector<int>& factors)
 322 {
 323   checkFactorsAndIfNotSetAssign(factors);
 324   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingIMesh> mesh(static_cast<MEDCouplingIMesh *>(_mesh->buildStructuredSubPart(bottomLeftTopRight)));
 325   mesh->refineWithFactor(factors);
 326   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRMeshSub> zeMesh(new MEDCouplingCartesianAMRMeshSub(this,mesh));
 327   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatch> elt(new MEDCouplingCartesianAMRPatch(zeMesh,bottomLeftTopRight));
 328   _patches.push_back(elt);
 329   declareAsNew();
 330 }
 331
 332 /// @cond INTERNAL
 333
 334 class InternalPatch : public RefCountObjectOnly
 335 {
 336 public:
 337   InternalPatch():_nb_of_true(0) { }
 338   int getDimension() const { return (int)_part.size(); }
 339   double getEfficiency() const { return (double)_nb_of_true/(double)_crit.size(); }
 340   int getNumberOfCells() const { return (int)_crit.size(); }
 341   void setNumberOfTrue(int nboft) { _nb_of_true=nboft; }
 342   std::vector<bool>& getCriterion() { return _crit; }
 343   const std::vector<bool>& getConstCriterion() const { return _crit; }
 344   void setPart(const std::vector< std::pair<int,int> >& part) { _part=part; }
 345   std::vector< std::pair<int,int> >& getPart() { return _part; }
 346   const std::vector< std::pair<int,int> >& getConstPart() const { return _part; }
 347   bool presenceOfTrue() const { return _nb_of_true>0; }
 348   std::vector<int> computeCGS() const { return MEDCouplingStructuredMesh::GetDimensionsFromCompactFrmt(_part); }
 349   std::vector< std::vector<int> > computeSignature() const { return MEDCouplingStructuredMesh::ComputeSignaturePerAxisOf(computeCGS(),getConstCriterion()); }
 350   double getEfficiencyPerAxis(int axisId) const { return (double)_nb_of_true/((double)(_part[axisId].second-_part[axisId].first)); }
 351   void zipToFitOnCriterion();
 352   void updateNumberOfTrue() const;
 353   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<InternalPatch> extractPart(const std::vector< std::pair<int,int> >&partInGlobal) const;
 354   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<InternalPatch> deepCpy() const;
 355 protected:
 356   ~InternalPatch() { }
 357 private:
 358   mutable int _nb_of_true;
 359   std::vector<bool> _crit;
 360   //! _part is global
 361   std::vector< std::pair<int,int> > _part;
 362 };
 363
 364 void InternalPatch::zipToFitOnCriterion()
 365 {
 366   std::vector<int> cgs(computeCGS());
 367   std::vector<bool> newCrit;
 368   std::vector< std::pair<int,int> > newPart,newPart2;
 369   int newNbOfTrue(MEDCouplingStructuredMesh::FindMinimalPartOf(cgs,_crit,newCrit,newPart));
 370   MEDCouplingStructuredMesh::ChangeReferenceToGlobalOfCompactFrmt(_part,newPart,newPart2);
 371   if(newNbOfTrue!=_nb_of_true)
 372     throw INTERP_KERNEL::Exception("InternalPatch::zipToFitOnCrit : internal error !");
 373   _crit=newCrit; _part=newPart2;
 374 }
 375
 376 void InternalPatch::updateNumberOfTrue() const
 377 {
 378   _nb_of_true=(int)std::count(_crit.begin(),_crit.end(),true);
 379 }
 380
 381 MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<InternalPatch> InternalPatch::extractPart(const std::vector< std::pair<int,int> >&partInGlobal) const
 382 {
 383   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<InternalPatch> ret(new InternalPatch);
 384   std::vector<int> cgs(computeCGS());
 385   std::vector< std::pair<int,int> > newPart;
 386   MEDCouplingStructuredMesh::ChangeReferenceFromGlobalOfCompactFrmt(_part,partInGlobal,newPart);
 387   MEDCouplingStructuredMesh::ExtractFieldOfBoolFrom(cgs,_crit,newPart,ret->getCriterion());
 388   ret->setPart(partInGlobal);
 389   ret->updateNumberOfTrue();
 390   return ret;
 391 }
 392
 393 MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<InternalPatch> InternalPatch::deepCpy() const
 394 {
 395   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<InternalPatch> ret(new InternalPatch);
 396   (*ret)=*this;
 397   return ret;
 398 }
 399
 400 void DissectBigPatch(const INTERP_KERNEL::BoxSplittingOptions& bso, const InternalPatch *patchToBeSplit, int axisId, int rangeOfAxisId, bool& cutFound, int& cutPlace)
 401 {
 402   cutFound=false; cutPlace=-1;
 403   std::vector<double> ratio(rangeOfAxisId-1);
 404   for(int id=0;id<rangeOfAxisId-1;id++)
 405     {
 406       double efficiency[2];
 407       for(int h=0;h<2;h++)
 408         {
 409           std::vector< std::pair<int,int> > rectH(patchToBeSplit->getConstPart());
 410           if(h==0)
 411             rectH[axisId].second=patchToBeSplit->getConstPart()[axisId].first+id;
 412           else
 413             rectH[axisId].first=patchToBeSplit->getConstPart()[axisId].first+id;
 414           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<InternalPatch> p(patchToBeSplit->deepCpy());
 415           p->zipToFitOnCriterion();
 416           //anouar rectH ?
 417           efficiency[h]=p->getEfficiencyPerAxis(axisId);
 418         }
 419       ratio[id]=std::max(efficiency[0],efficiency[1])/std::min(efficiency[0],efficiency[1]);
 420     }
 421   int minCellDirection(bso.getMinCellDirection()),indexMin(-1);
 422   int dimRatioInner(rangeOfAxisId-1-2*(minCellDirection-1));
 423   std::vector<double> ratio_inner(dimRatioInner);
 424   double minRatio(1.e10);
 425   for(int i=0; i<dimRatioInner; i++)
 426     {
 427       if(ratio[minCellDirection-1+i]<minRatio)
 428         {
 429           minRatio=ratio[minCellDirection-1+i];
 430           indexMin=i+minCellDirection;
 431         }
 432     }
 433   cutFound=true; cutPlace=indexMin+patchToBeSplit->getConstPart()[axisId].first-1;
 434 }
 435
 436 void FindHole(const INTERP_KERNEL::BoxSplittingOptions& bso, const InternalPatch *patchToBeSplit, int& axisId, bool& cutFound, int& cutPlace)
 437 {
 438   cutPlace=-1; cutFound=false;
 439   int minCellDirection(bso.getMinCellDirection());
 440   const int dim(patchToBeSplit->getDimension());
 441   std::vector< std::vector<int> > signatures(patchToBeSplit->computeSignature());
 442   for(int id=0;id<dim;id++)
 443     {
 444       const std::vector<int>& signature(signatures[id]);
 445       std::vector<int> hole;
 446       std::vector<double> distance;
 447       int len((int)signature.size());
 448       for(int i=0;i<len;i++)
 449         if(signature[i]==0)
 450           if(len>= 2*minCellDirection && i >= minCellDirection-1 && i <= len-minCellDirection-1)
 451             hole.push_back(i);
 452       if(!hole.empty())
 453         {
 454           double center(((double)len/2.));
 455           for(std::size_t i=0;i<hole.size();i++)
 456             distance.push_back(fabs(hole[i]+1.-center));
 457
 458           std::size_t posDistanceMin(std::distance(distance.begin(),std::min_element(distance.begin(),distance.end())));
 459           cutFound=true;
 460           axisId=id;
 461           cutPlace=hole[posDistanceMin]+patchToBeSplit->getConstPart()[axisId].first+1;
 462           return ;
 463         }
 464     }
 465 }
 466
 467 void FindInflection(const INTERP_KERNEL::BoxSplittingOptions& bso, const InternalPatch *patchToBeSplit, bool& cutFound, int& cutPlace, int& axisId)
 468 {
 469   cutFound=false; cutPlace=-1;// do not set axisId before to be sure that cutFound was set to true
 470
 471   const std::vector< std::pair<int,int> >& part(patchToBeSplit->getConstPart());
 472   int sign,minCellDirection(bso.getMinCellDirection());
 473   const int dim(patchToBeSplit->getDimension());
 474
 475   std::vector<int> zeroCrossDims(dim,-1);
 476   std::vector<int> zeroCrossVals(dim,-1);
 477   std::vector< std::vector<int> > signatures(patchToBeSplit->computeSignature());
 478   for (int id=0;id<dim;id++)
 479     {
 480       const std::vector<int>& signature(signatures[id]);
 481
 482       std::vector<int> derivate_second_order,gradient_absolute,signe_change,zero_cross,edge,max_cross_list ;
 483       std::vector<double> distance ;
 484
 485       for (unsigned int i=1;i<signature.size()-1;i++)
 486         derivate_second_order.push_back(signature[i-1]-2*signature[i]+signature[i+1]) ;
 487
 488       // Gradient absolute value
 489       for ( unsigned int i=1;i<derivate_second_order.size();i++)
 490         gradient_absolute.push_back(fabs(derivate_second_order[i]-derivate_second_order[i-1])) ;
 491       if(derivate_second_order.empty())
 492         continue;
 493       for (unsigned int i=0;i<derivate_second_order.size()-1;i++)
 494         {
 495           if (derivate_second_order[i]*derivate_second_order[i+1] < 0 )
 496             sign = -1 ;
 497           if (derivate_second_order[i]*derivate_second_order[i+1] > 0 )
 498             sign = 1 ;
 499           if (derivate_second_order[i]*derivate_second_order[i+1] == 0 )
 500             sign = 0 ;
 501           if ( sign==0 || sign==-1 )
 502             if ( i >= (unsigned int)minCellDirection-2 && i <= signature.size()-minCellDirection-2 )
 503               {
 504                 zero_cross.push_back(i) ;
 505                 edge.push_back(gradient_absolute[i]) ;
 506               }
 507           signe_change.push_back(sign) ;
 508         }
 509       if ( zero_cross.size() > 0 )
 510         {
 511           int max_cross=*max_element(edge.begin(),edge.end()) ;
 512           for (unsigned int i=0;i<edge.size();i++)
 513             if (edge[i]==max_cross)
 514               max_cross_list.push_back(zero_cross[i]+1) ;
 515
 516           double center((signature.size()/2.0));
 517           for (unsigned int i=0;i<max_cross_list.size();i++)
 518             distance.push_back(fabs(max_cross_list[i]+1-center));
 519
 520           float distance_min=*min_element(distance.begin(),distance.end()) ;
 521           int pos_distance_min=find(distance.begin(),distance.end(),distance_min)-distance.begin();
 522           int best_place = max_cross_list[pos_distance_min] + part[id].first ;
 523           if ( max_cross >=0 )
 524             {
 525               zeroCrossDims[id] = best_place ;
 526               zeroCrossVals[id] = max_cross ;
 527             }
 528         }
 529       derivate_second_order.clear() ;
 530       gradient_absolute.clear() ;
 531       signe_change.clear() ;
 532       zero_cross.clear() ;
 533       edge.clear() ;
 534       max_cross_list.clear() ;
 535       distance.clear() ;
 536     }
 537
 538   if ( zeroCrossDims[0]!=-1 || zeroCrossDims[1]!=-1  )
 539     {
 540       int max_cross_dims = *max_element(zeroCrossVals.begin(),zeroCrossVals.end()) ;
 541
 542       if (zeroCrossVals[0]==max_cross_dims &&  zeroCrossVals[1]==max_cross_dims )
 543         {
 544           int nl_left(part[0].second-part[0].first);
 545           int nc_left(part[1].second-part[1].first);
 546           if ( nl_left >=  nc_left )
 547             max_cross_dims = 0 ;
 548           else
 549             max_cross_dims = 1 ;
 550         }
 551       else
 552         max_cross_dims=std::find(zeroCrossVals.begin(),zeroCrossVals.end(),max_cross_dims)-zeroCrossVals.begin();
 553       cutFound=true;
 554       cutPlace=zeroCrossDims[max_cross_dims];
 555       axisId=max_cross_dims ;
 556     }
 557 }
 558
 559 void TryAction4(const INTERP_KERNEL::BoxSplittingOptions& bso, const InternalPatch *patchToBeSplit, int axisId, int rangeOfAxisId, bool& cutFound, int& cutPlace)
 560 {
 561   cutFound=false;
 562   if(patchToBeSplit->getEfficiency()<=bso.getEffeciencySnd())
 563     {
 564       if(rangeOfAxisId>=2*bso.getMinCellDirection())
 565         {
 566           cutFound=true;
 567           cutPlace=rangeOfAxisId/2+patchToBeSplit->getConstPart()[axisId].first-1;
 568         }
 569     }
 570   else
 571     {
 572       if(patchToBeSplit->getNumberOfCells()>bso.getMaxCells())
 573         {
 574           DissectBigPatch(bso,patchToBeSplit,axisId,rangeOfAxisId,cutFound,cutPlace);
 575         }
 576     }
 577 }
 578
 579 MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<InternalPatch> DealWithNoCut(const InternalPatch *patch)
 580 {
 581   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<InternalPatch> ret(const_cast<InternalPatch *>(patch));
 582   ret->incrRef();
 583   return ret;
 584 }
 585
 586 void DealWithCut(const InternalPatch *patchToBeSplit, int axisId, int cutPlace, std::vector<MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<InternalPatch> >& listOfPatches)
 587 {
 588   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<InternalPatch> leftPart,rightPart;
 589   std::vector< std::pair<int,int> > rect(patchToBeSplit->getConstPart());
 590   std::vector< std::pair<int,int> > leftRect(rect),rightRect(rect);
 591   leftRect[axisId].second=cutPlace+1;
 592   rightRect[axisId].first=cutPlace+1;
 593   leftPart=patchToBeSplit->extractPart(leftRect);
 594   rightPart=patchToBeSplit->extractPart(rightRect);
 595   leftPart->zipToFitOnCriterion(); rightPart->zipToFitOnCriterion();
 596   listOfPatches.push_back(leftPart);
 597   listOfPatches.push_back(rightPart);
 598 }
 599
 600 /// @endcond
 601
 602 /*!
 603  * This method creates patches in \a this (by destroying the patches if any). This method uses \a criterion array as a field on cells on this level.
 604  */
 605 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::createPatchesFromCriterion(const INTERP_KERNEL::BoxSplittingOptions& bso, const std::vector<bool>& criterion, const std::vector<int>& factors)
 606 {
 607   int nbCells(getNumberOfCellsAtCurrentLevel());
 608   if(nbCells!=(int)criterion.size())
 609     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMesh::createPatchesFromCriterion : the number of tuples of criterion array must be equal to the number of cells at the current level !");
 610   _patches.clear();
 611   std::vector<int> cgs(_mesh->getCellGridStructure());
 612   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<InternalPatch> > listOfPatches,listOfPatchesOK;
 613   //
 614   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<InternalPatch> p(new InternalPatch);
 615   p->setNumberOfTrue(MEDCouplingStructuredMesh::FindMinimalPartOf(cgs,criterion,p->getCriterion(),p->getPart()));
 616   if(p->presenceOfTrue())
 617     listOfPatches.push_back(p);
 618   while(!listOfPatches.empty())
 619     {
 620       std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<InternalPatch> > listOfPatchesTmp;
 621       for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<InternalPatch> >::iterator it=listOfPatches.begin();it!=listOfPatches.end();it++)
 622         {
 623           //
 624           int axisId,rangeOfAxisId,cutPlace;
 625           bool cutFound;
 626           MEDCouplingStructuredMesh::FindTheWidestAxisOfGivenRangeInCompactFrmt((*it)->getConstPart(),axisId,rangeOfAxisId);
 627           if((*it)->getEfficiency()>=bso.getEffeciency() && (*it)->getNumberOfCells()<bso.getMaxCells())
 628             { listOfPatchesOK.push_back(DealWithNoCut(*it)); continue; }//action 1
 629           FindHole(bso,*it,axisId,cutFound,cutPlace);//axisId overwritten here if FindHole equal to true !
 630           if(cutFound)
 631             { DealWithCut(*it,axisId,cutPlace,listOfPatchesTmp); continue; }//action 2
 632           FindInflection(bso,*it,cutFound,cutPlace,axisId);//axisId overwritten here if cutFound equal to true !
 633           if(cutFound)
 634             { DealWithCut(*it,axisId,cutPlace,listOfPatchesTmp); continue; }//action 3
 635           TryAction4(bso,*it,axisId,rangeOfAxisId,cutFound,cutPlace);
 636           if(cutFound)
 637             { DealWithCut(*it,axisId,cutPlace,listOfPatchesTmp); continue; }//action 4
 638           listOfPatchesOK.push_back(DealWithNoCut(*it));
 639         }
 640       listOfPatches=listOfPatchesTmp;
 641     }
 642   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<InternalPatch> >::const_iterator it=listOfPatchesOK.begin();it!=listOfPatchesOK.end();it++)
 643     addPatch((*it)->getConstPart(),factors);
 644   declareAsNew();
 645 }
 646
 647 /*!
 648  * This method creates patches in \a this (by destroying the patches if any). This method uses \a criterion array as a field on cells on this level.
 649  */
 650 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::createPatchesFromCriterion(const INTERP_KERNEL::BoxSplittingOptions& bso, const DataArrayByte *criterion, const std::vector<int>& factors)
 651 {
 652   if(!criterion || !criterion->isAllocated())
 653     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMesh::createPatchesFromCriterion : the criterion DataArrayByte instance must be allocated and not NULL !");
 654   std::vector<bool> crit(criterion->toVectorOfBool());//check that criterion has one component.
 655   createPatchesFromCriterion(bso,crit,factors);
 656   declareAsNew();
 657 }
 658
 659 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::removeAllPatches()
 660 {
 661   _patches.clear();
 662   declareAsNew();
 663 }
 664
 665 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::removePatch(int patchId)
 666 {
 667   checkPatchId(patchId);
 668   int sz((int)_patches.size()),j(0);
 669   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatch> > patches(sz-1);
 670   for(int i=0;i<sz;i++)
 671     if(i!=patchId)
 672       patches[j++]=_patches[i];
 673   (const_cast<MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *>(_patches[patchId]->getMesh()))->detachFromFather();
 674   _patches=patches;
 675   declareAsNew();
 676 }
 677
 678 int MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getNumberOfPatches() const
 679 {
 680   return (int)_patches.size();
 681 }
 682
 683 const MEDCouplingCartesianAMRPatch *MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getPatch(int patchId) const
 684 {
 685   checkPatchId(patchId);
 686   return _patches[patchId];
 687 }
 688
 689 /*!
 690  * This method states if patch2 (with id \a patchId2) is in the neighborhood of patch1 (with id \a patchId1).
 691  * The neighborhood size is defined by \a ghostLev in the reference of \a this ( \b not in the reference of patches !).
 692  */
 693 bool MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::isPatchInNeighborhoodOf(int patchId1, int patchId2, int ghostLev) const
 694 {
 695   if(ghostLev<0)
 696     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMesh::isPatchInNeighborhoodOf : the ghost size must be >=0 !");
 697   const MEDCouplingCartesianAMRPatch *p1(getPatch(patchId1)),*p2(getPatch(patchId2));
 698   if(_factors.empty())
 699     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMesh::isPatchInNeighborhoodOf : no factors defined !");
 700   int ghostLevInPatchRef;
 701   if(ghostLev==0)
 702     ghostLevInPatchRef=0;
 703   else
 704     {
 705       ghostLevInPatchRef=(ghostLev-1)/_factors[0]+1;
 706       for(std::size_t i=0;i<_factors.size();i++)
 707         ghostLevInPatchRef=std::max(ghostLevInPatchRef,(ghostLev-1)/_factors[i]+1);
 708     }
 709   return p1->isInMyNeighborhood(p2,ghostLevInPatchRef);
 710 }
 711
 712 /*!
 713  * This method creates a new cell field array on given \a patchId patch in \a this starting from a coarse cell field on \a this \a cellFieldOnThis.
 714  * This method can be seen as a fast projection from the cell field \a cellFieldOnThis on \c this->getImageMesh() to a refined part of \a this
 715  * defined by the patch with id \a patchId.
 716  *
 717  * \param [in] patchId - The id of the patch \a cellFieldOnThis has to be put on.
 718  * \param [in] cellFieldOnThis - The array of the cell field on \c this->getImageMesh() to be projected to patch having id \a patchId.
 719  * \return DataArrayDouble * - The array of the cell field on the requested patch
 720  *
 721  * \throw if \a patchId is not in [ 0 , \c this->getNumberOfPatches() )
 722  * \throw if \a cellFieldOnThis is NULL or not allocated
 723  * \sa fillCellFieldOnPatch, MEDCouplingIMesh::SpreadCoarseToFine
 724  */
 725 DataArrayDouble *MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::createCellFieldOnPatch(int patchId, const DataArrayDouble *cellFieldOnThis) const
 726 {
 727   if(!cellFieldOnThis || !cellFieldOnThis->isAllocated())
 728     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMesh::createCellFieldOnPatch : the input cell field array is NULL or not allocated !");
 729   const MEDCouplingCartesianAMRPatch *patch(getPatch(patchId));
 730   const MEDCouplingIMesh *fine(patch->getMesh()->getImageMesh());
 731   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> ret(DataArrayDouble::New()); ret->alloc(fine->getNumberOfCells(),cellFieldOnThis->getNumberOfComponents());
 732   ret->copyStringInfoFrom(*cellFieldOnThis);
 733   MEDCouplingIMesh::SpreadCoarseToFine(cellFieldOnThis,_mesh->getCellGridStructure(),ret,patch->getBLTRRange(),getFactors());
 734   return ret.retn();
 735 }
 736
 737 /*!
 738  * This method is equivalent to MEDCouplingCartesianAMRMesh::createCellFieldOnPatch except that here instead of creating a new instance
 739  * it fills the value into the \a cellFieldOnPatch data.
 740  *
 741  * \param [in] patchId - The id of the patch \a cellFieldOnThis has to be put on.
 742  * \param [in] cellFieldOnThis - The array of the cell field on \c this->getImageMesh() to be projected to patch having id \a patchId.
 743  * \param [in,out] cellFieldOnPatch - The array of the cell field on the requested patch to be filled.
 744  *
 745  * \sa createCellFieldOnPatch, fillCellFieldComingFromPatch
 746  */
 747 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::fillCellFieldOnPatch(int patchId, const DataArrayDouble *cellFieldOnThis, DataArrayDouble *cellFieldOnPatch) const
 748 {
 749   if(!cellFieldOnThis || !cellFieldOnThis->isAllocated())
 750     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMesh::createCellFieldOnPatch : the input cell field array is NULL or not allocated !");
 751   const MEDCouplingCartesianAMRPatch *patch(getPatch(patchId));
 752   MEDCouplingIMesh::SpreadCoarseToFine(cellFieldOnThis,_mesh->getCellGridStructure(),cellFieldOnPatch,patch->getBLTRRange(),getFactors());
 753 }
 754
 755 /*!
 756  * This method is the generalization of fillCellFieldOnPatch method. This method only projects coarse to fine without considering the
 757  * potential neighbor patches covered by the ghost cells of patch with id \a patchId.
 758  *
 759  * \param [in] patchId - The id of the patch \a cellFieldOnThis has to be put on.
 760  * \param [in] cellFieldOnThis - The array of the cell field on \c this->getImageMesh() to be projected to patch having id \a patchId.
 761  * \param [in,out] cellFieldOnPatch - The array of the cell field on the requested patch to be filled.
 762  * \param [in] ghostLev - The size of the ghost zone (must be >=0 !)
 763  *
 764  * \sa fillCellFieldOnPatch, fillCellFieldOnPatchGhostAdv
 765  */
 766 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::fillCellFieldOnPatchGhost(int patchId, const DataArrayDouble *cellFieldOnThis, DataArrayDouble *cellFieldOnPatch, int ghostLev) const
 767 {
 768   if(!cellFieldOnThis || !cellFieldOnThis->isAllocated())
 769     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMesh::createCellFieldOnPatchGhost : the input cell field array is NULL or not allocated !");
 770   const MEDCouplingCartesianAMRPatch *patch(getPatch(patchId));
 771   MEDCouplingIMesh::SpreadCoarseToFineGhost(cellFieldOnThis,_mesh->getCellGridStructure(),cellFieldOnPatch,patch->getBLTRRange(),getFactors(),ghostLev);
 772 }
 773
 774 /*!
 775  * This method is a refinement of fillCellFieldOnPatchGhost. fillCellFieldOnPatchGhost is first called.
 776  * Then for all other patches than those pointed by \a patchId that overlap the ghost zone of the patch impact the ghost zone adequately.
 777  *
 778  * \param [in] patchId - The id of the patch \a cellFieldOnThis has to be put on.
 779  * \param [in] cellFieldOnThis - The array of the cell field on \c this->getImageMesh() to be projected to patch having id \a patchId.
 780  * \param [in,out] cellFieldOnPatch - The array of the cell field on the requested patch to be filled.
 781  * \param [in] ghostLev - The size of the ghost zone (must be >=0 !)
 782  * \param [in] arrsOnPatches - \b WARNING arrsOnPatches[patchId] is \b NOT \b const. All others are const.
 783  *
 784  * \sa fillCellFieldOnPatchOnlyGhostAdv
 785  */
 786 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::fillCellFieldOnPatchGhostAdv(int patchId, const DataArrayDouble *cellFieldOnThis, int ghostLev, const std::vector<const DataArrayDouble *>& arrsOnPatches) const
 787 {
 788   int nbp(getNumberOfPatches());
 789   if(nbp!=(int)arrsOnPatches.size())
 790     {
 791       std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingCartesianAMRMesh::fillCellFieldOnPatchGhostAdv : there are " << nbp << " patches in this and " << arrsOnPatches.size() << " arrays in the last parameter !";
 792       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 793     }
 794   DataArrayDouble *theFieldToFill(const_cast<DataArrayDouble *>(arrsOnPatches[patchId]));
 795   // first, do as usual
 796   fillCellFieldOnPatchGhost(patchId,cellFieldOnThis,theFieldToFill,ghostLev);
 797   fillCellFieldOnPatchOnlyGhostAdv(patchId,ghostLev,arrsOnPatches);
 798 }
 799
 800 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::fillCellFieldOnPatchOnlyGhostAdv(int patchId, int ghostLev, const std::vector<const DataArrayDouble *>& arrsOnPatches) const
 801 {
 802   int nbp(getNumberOfPatches()),dim(getSpaceDimension());
 803   if(nbp!=(int)arrsOnPatches.size())
 804     {
 805       std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingCartesianAMRMesh::fillCellFieldOnPatchOnlyGhostAdv : there are " << nbp << " patches in this and " << arrsOnPatches.size() << " arrays in the last parameter !";
 806       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 807     }
 808   DataArrayDouble *theFieldToFill(const_cast<DataArrayDouble *>(arrsOnPatches[patchId]));
 809   const MEDCouplingCartesianAMRPatch *refP(getPatch(patchId));
 810   const std::vector< std::pair<int,int> >& refBLTR(refP->getBLTRRange());//[(1,4),(2,4)]
 811   std::vector<int> dimsCoarse(MEDCouplingStructuredMesh::GetDimensionsFromCompactFrmt(refBLTR));//[3,2]
 812   std::transform(dimsCoarse.begin(),dimsCoarse.end(),_factors.begin(),dimsCoarse.begin(),std::multiplies<int>());//[12,8]
 813   std::transform(dimsCoarse.begin(),dimsCoarse.end(),dimsCoarse.begin(),std::bind2nd(std::plus<int>(),2*ghostLev));//[14,10]
 814   std::vector< std::pair<int,int> > rangeCoarse(MEDCouplingStructuredMesh::GetCompactFrmtFromDimensions(dimsCoarse));//[(0,14),(0,10)]
 815   std::vector<int> fakeFactors(dim,1);
 816   //
 817   for(int i=0;i<nbp;i++)
 818     {
 819       if(i!=patchId)
 820         if(isPatchInNeighborhoodOf(i,patchId,ghostLev))
 821           {
 822             const MEDCouplingCartesianAMRPatch *otherP(getPatch(i));
 823             const std::vector< std::pair<int,int> >& otherBLTR(otherP->getBLTRRange());//[(4,5),(3,4)]
 824             std::vector< std::pair<int,int> > tmp0,tmp1,tmp2;
 825             MEDCouplingStructuredMesh::ChangeReferenceFromGlobalOfCompactFrmt(refBLTR,otherBLTR,tmp0,false);//tmp0=[(3,4),(1,2)]
 826             ApplyFactorsOnCompactFrmt(tmp0,_factors);//tmp0=[(12,16),(4,8)]
 827             ApplyGhostOnCompactFrmt(tmp0,ghostLev);//tmp0=[(13,17),(5,9)]
 828             std::vector< std::pair<int,int> > interstRange(MEDCouplingStructuredMesh::IntersectRanges(tmp0,rangeCoarse));//interstRange=[(13,14),(5,9)]
 829             MEDCouplingStructuredMesh::ChangeReferenceFromGlobalOfCompactFrmt(otherBLTR,refBLTR,tmp1,false);//tmp1=[(-3,0),(-1,1)]
 830             ApplyFactorsOnCompactFrmt(tmp1,_factors);//tmp1=[(-12,-4),(-4,0)]
 831             MEDCouplingStructuredMesh::ChangeReferenceToGlobalOfCompactFrmt(tmp1,interstRange,tmp2,false);//tmp2=[(1,2),(1,5)]
 832             //
 833             std::vector< std::pair<int,int> > dimsFine(otherBLTR);
 834             ApplyFactorsOnCompactFrmt(dimsFine,_factors);
 835             ApplyAllGhostOnCompactFrmt(dimsFine,ghostLev);
 836             //
 837             MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> ghostVals(MEDCouplingStructuredMesh::ExtractFieldOfDoubleFrom(MEDCouplingStructuredMesh::GetDimensionsFromCompactFrmt(dimsFine),arrsOnPatches[i],tmp2));
 838             MEDCouplingIMesh::CondenseFineToCoarse(dimsCoarse,ghostVals,interstRange,fakeFactors,theFieldToFill);
 839           }
 840     }
 841 }
 842
 843 /*!
 844  * This method updates \a cellFieldOnThis part of values coming from the cell field \a cellFieldOnPatch lying on patch having id \a patchId.
 845  *
 846  * \param [in] patchId - The id of the patch \a cellFieldOnThis has to be put on.
 847  * \param [in] cellFieldOnPatch - The array of the cell field on patch with id \a patchId.
 848  * \param [in,out] cellFieldOnThis The array of the cell field on \a this to be updated only on the part concerning the patch with id \a patchId.
 849  *
 850  * \throw if \a patchId is not in [ 0 , \c this->getNumberOfPatches() )
 851  * \throw if \a cellFieldOnPatch is NULL or not allocated
 852  * \sa createCellFieldOnPatch, MEDCouplingIMesh::CondenseFineToCoarse,fillCellFieldComingFromPatchGhost
 853  */
 854 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::fillCellFieldComingFromPatch(int patchId, const DataArrayDouble *cellFieldOnPatch, DataArrayDouble *cellFieldOnThis) const
 855 {
 856   if(!cellFieldOnPatch || !cellFieldOnPatch->isAllocated())
 857       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMesh::fillCellFieldComingFromPatch : the input cell field array is NULL or not allocated !");
 858   const MEDCouplingCartesianAMRPatch *patch(getPatch(patchId));
 859   MEDCouplingIMesh::CondenseFineToCoarse(_mesh->getCellGridStructure(),cellFieldOnPatch,patch->getBLTRRange(),getFactors(),cellFieldOnThis);
 860 }
 861
 862 /*!
 863  * This method is the extension of MEDCouplingCartesianAMRMesh::fillCellFieldComingFromPatch managing the ghost cells. If this
 864  * method is called with \a ghostLev equal to 0 it behaves exactly as MEDCouplingCartesianAMRMesh::fillCellFieldComingFromPatch.
 865  *
 866  * \param [in] patchId - The id of the patch \a cellFieldOnThis has to be put on.
 867  * \param [in] cellFieldOnPatch - The array of the cell field on patch with id \a patchId.
 868  * \param [in,out] cellFieldOnThis The array of the cell field on \a this to be updated only on the part concerning the patch with id \a patchId.
 869  * \param [in] ghostLev The size of ghost zone (must be >= 0 !)
 870  *
 871  * \throw if \a patchId is not in [ 0 , \c this->getNumberOfPatches() )
 872  * \throw if \a cellFieldOnPatch is NULL or not allocated
 873  * \sa fillCellFieldComingFromPatch
 874  */
 875 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::fillCellFieldComingFromPatchGhost(int patchId, const DataArrayDouble *cellFieldOnPatch, DataArrayDouble *cellFieldOnThis, int ghostLev) const
 876 {
 877   if(!cellFieldOnPatch || !cellFieldOnPatch->isAllocated())
 878     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMesh::fillCellFieldComingFromPatchGhost : the input cell field array is NULL or not allocated !");
 879   const MEDCouplingCartesianAMRPatch *patch(getPatch(patchId));
 880   MEDCouplingIMesh::CondenseFineToCoarseGhost(_mesh->getCellGridStructure(),cellFieldOnPatch,patch->getBLTRRange(),getFactors(),cellFieldOnThis,ghostLev);
 881 }
 882
 883 /*!
 884  * This method finds all patches (located by their ids) that are in the neighborhood of patch with id \a patchId. The neighborhood size is
 885  * defined by ghostLev.
 886  *
 887  * \param [in] patchId - the id of the considered patch.
 888  * \param [in] ghostLev - the size of the neighborhood.
 889  * \return DataArrayInt * - the newly allocated array containing the list of patches in the neighborhood of the considered patch. This array is to be deallocated by the caller.
 890  */
 891 DataArrayInt *MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::findPatchesInTheNeighborhoodOf(int patchId, int ghostLev) const
 892 {
 893   int nbp(getNumberOfPatches());
 894   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret(DataArrayInt::New()); ret->alloc(0,1);
 895   for(int i=0;i<nbp;i++)
 896     {
 897       if(i!=patchId)
 898         if(isPatchInNeighborhoodOf(i,patchId,ghostLev))
 899           ret->pushBackSilent(i);
 900     }
 901   return ret.retn();
 902 }
 903
 904 MEDCouplingUMesh *MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::buildUnstructured() const
 905 {
 906   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> part(_mesh->buildUnstructured());
 907   std::vector<bool> bs(_mesh->getNumberOfCells(),false);
 908   std::vector<int> cgs(_mesh->getCellGridStructure());
 909   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> > msSafe(_patches.size()+1);
 910   std::size_t ii(0);
 911   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatch> >::const_iterator it=_patches.begin();it!=_patches.end();it++,ii++)
 912     {
 913       MEDCouplingStructuredMesh::SwitchOnIdsFrom(cgs,(*it)->getBLTRRange(),bs);
 914       msSafe[ii+1]=(*it)->getMesh()->buildUnstructured();
 915     }
 916   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> eltsOff(DataArrayInt::BuildListOfSwitchedOff(bs));
 917   msSafe[0]=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(part->buildPartOfMySelf(eltsOff->begin(),eltsOff->end(),false));
 918   std::vector< const MEDCouplingUMesh * > ms(msSafe.size());
 919   for(std::size_t i=0;i<msSafe.size();i++)
 920     ms[i]=msSafe[i];
 921   return MEDCouplingUMesh::MergeUMeshes(ms);
 922 }
 923
 924 /*!
 925  * This method returns a mesh containing as cells that there is patches at the current level.
 926  * The patches are seen like 'boxes' that is too say the refinement will not appear here.
 927  *
 928  * \return MEDCoupling1SGTUMesh * - A new object to be managed by the caller containing as cells as there are patches in \a this.
 929  */
 930 MEDCoupling1SGTUMesh *MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::buildMeshFromPatchEnvelop() const
 931 {
 932   std::vector<const MEDCoupling1SGTUMesh *> cells;
 933   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1SGTUMesh> > cellsSafe;
 934   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatch> >::const_iterator it=_patches.begin();it!=_patches.end();it++)
 935     {
 936       const MEDCouplingCartesianAMRPatch *patch(*it);
 937       if(patch)
 938         {
 939           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingIMesh> cell(patch->getMesh()->getImageMesh()->asSingleCell());
 940           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1SGTUMesh> cell1SGT(cell->build1SGTUnstructured());
 941           cellsSafe.push_back(cell1SGT); cells.push_back(cell1SGT);
 942         }
 943     }
 944   return MEDCoupling1SGTUMesh::Merge1SGTUMeshes(cells);
 945 }
 946
 947 MEDCoupling1SGTUMesh *MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::buildMeshOfDirectChildrenOnly() const
 948 {
 949   std::vector<const MEDCoupling1SGTUMesh *> patches;
 950   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1SGTUMesh> > patchesSafe;
 951   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatch> >::const_iterator it=_patches.begin();it!=_patches.end();it++)
 952       {
 953         const MEDCouplingCartesianAMRPatch *patch(*it);
 954         if(patch)
 955           {
 956             MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1SGTUMesh> patchMesh(patch->getMesh()->getImageMesh()->build1SGTUnstructured());
 957             patchesSafe.push_back(patchMesh); patches.push_back(patchMesh);
 958           }
 959       }
 960     return MEDCoupling1SGTUMesh::Merge1SGTUMeshes(patches);
 961 }
 962
 963 MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::MEDCouplingCartesianAMRMeshGen(const std::string& meshName, int spaceDim, const int *nodeStrctStart, const int *nodeStrctStop,
 964                                                                const double *originStart, const double *originStop, const double *dxyzStart, const double *dxyzStop):_father(0)
 965 {
 966   _mesh=MEDCouplingIMesh::New(meshName,spaceDim,nodeStrctStart,nodeStrctStop,originStart,originStop,dxyzStart,dxyzStop);
 967 }
 968
 969 MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::MEDCouplingCartesianAMRMeshGen(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *father, MEDCouplingIMesh *mesh):_father(father)
 970 {
 971   if(!_father)
 972     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMeshGen(MEDCouplingIMesh *mesh) constructor : empty father !");
 973   if(!mesh)
 974     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMeshGen(MEDCouplingIMesh *mesh) constructor : The input mesh is null !");
 975   mesh->checkCoherency();
 976   _mesh=mesh; _mesh->incrRef();
 977 }
 978
 979 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::checkPatchId(int patchId) const
 980 {
 981   int sz(getNumberOfPatches());
 982   if(patchId<0 || patchId>=sz)
 983     {
 984       std::ostringstream oss; oss << "MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::checkPatchId : invalid patchId (" << patchId << ") ! Must be in [0," << sz << ") !";
 985       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 986     }
 987 }
 988
 989 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::checkFactorsAndIfNotSetAssign(const std::vector<int>& factors)
 990 {
 991   if(getSpaceDimension()!=(int)factors.size())
 992     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::checkFactorsAndIfNotSetAssign : invalid size of factors ! size must be equal to the spaceDimension !");
 993   if(_factors.empty())
 994     {
 995       _factors=factors;
 996     }
 997   else
 998     {
 999       if(_factors!=factors)
1000         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMesh::checkFactorsAndIfNotSetAssign : the factors ");
1001     }
1002 }
1003
1004 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::retrieveGridsAtInternal(int lev, std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatchGen> >& grids) const
1005 {
1006   if(lev==0)
1007     {
1008       const MEDCouplingCartesianAMRMesh *thisc(dynamic_cast<const MEDCouplingCartesianAMRMesh *>(this));//tony
1009       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatchGF> elt(new MEDCouplingCartesianAMRPatchGF(const_cast<MEDCouplingCartesianAMRMesh *>(thisc)));
1010       grids.push_back(DynamicCastSafe<MEDCouplingCartesianAMRPatchGF,MEDCouplingCartesianAMRPatchGen>(elt));
1011     }
1012   else if(lev==1)
1013     {
1014       for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatch> >::const_iterator it=_patches.begin();it!=_patches.end();it++)
1015         {
1016           const MEDCouplingCartesianAMRPatch *pt(*it);
1017           if(pt)
1018             {
1019               MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatch> tmp1(*it);
1020               grids.push_back(DynamicCastSafe<MEDCouplingCartesianAMRPatch,MEDCouplingCartesianAMRPatchGen>(tmp1));
1021             }
1022         }
1023     }
1024   else
1025     {
1026       for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatch> >::const_iterator it=_patches.begin();it!=_patches.end();it++)
1027         {
1028           const MEDCouplingCartesianAMRPatch *pt(*it);
1029           if(pt)
1030             pt->getMesh()->retrieveGridsAtInternal(lev-1,grids);
1031         }
1032     }
1033 }
1034
1035 /*!
1036  * \param [in,out] partBeforeFact - the part of a image mesh in compact format that will be put in refined reference.
1037  * \param [in] factors - the factors per axis.
1038  */
1039 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::ApplyFactorsOnCompactFrmt(std::vector< std::pair<int,int> >& partBeforeFact, const std::vector<int>& factors)
1040 {
1041   std::size_t sz(factors.size());
1042   if(sz!=partBeforeFact.size())
1043     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::ApplyFactorsOnCompactFrmt : size of input vectors must be the same !");
1044   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
1045     {
1046       partBeforeFact[i].first*=factors[i];
1047       partBeforeFact[i].second*=factors[i];
1048     }
1049 }
1050
1051 /*!
1052  * \param [in,out] partBeforeFact - the part of a image mesh in compact format that will be put in ghost reference.
1053  * \param [in] ghostSize - the ghost size of zone for all axis.
1054  */
1055 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::ApplyGhostOnCompactFrmt(std::vector< std::pair<int,int> >& partBeforeFact, int ghostSize)
1056 {
1057   if(ghostSize<0)
1058     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::ApplyGhostOnCompactFrmt : ghost size must be >= 0 !");
1059   std::size_t sz(partBeforeFact.size());
1060   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
1061     {
1062       partBeforeFact[i].first+=ghostSize;
1063       partBeforeFact[i].second+=ghostSize;
1064     }
1065 }
1066
1067 /*!
1068  * This method is different than ApplyGhostOnCompactFrmt
1069  *
1070  * \param [in,out] partBeforeFact - the part of a image mesh in compact format that will be put in ghost reference.
1071  * \param [in] ghostSize - the ghost size of zone for all axis.
1072  */
1073 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::ApplyAllGhostOnCompactFrmt(std::vector< std::pair<int,int> >& partBeforeFact, int ghostSize)
1074 {
1075   if(ghostSize<0)
1076     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::ApplyAllGhostOnCompactFrmt : ghost size must be >= 0 !");
1077   std::size_t sz(partBeforeFact.size());
1078   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
1079     {
1080       partBeforeFact[i].first-=ghostSize;
1081       partBeforeFact[i].second+=ghostSize;
1082     }
1083 }
1084
1085 std::size_t MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
1086 {
1087   return sizeof(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen);
1088 }
1089
1090 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getDirectChildren() const
1091 {
1092   std::vector<const BigMemoryObject *> ret;
1093   if((const MEDCouplingIMesh *)_mesh)
1094     ret.push_back((const MEDCouplingIMesh *)_mesh);
1095   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatch> >::const_iterator it=_patches.begin();it!=_patches.end();it++)
1096     {
1097       if((const MEDCouplingCartesianAMRPatch*)*it)
1098         ret.push_back((const MEDCouplingCartesianAMRPatch*)*it);
1099     }
1100   return ret;
1101 }
1102
1103 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::updateTime() const
1104 {
1105   if((const MEDCouplingIMesh *)_mesh)
1106     updateTimeWith(*_mesh);
1107   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatch> >::const_iterator it=_patches.begin();it!=_patches.end();it++)
1108     {
1109       const MEDCouplingCartesianAMRPatch *elt(*it);
1110       if(!elt)
1111         continue;
1112       const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *mesh(elt->getMesh());
1113       if(mesh)
1114         updateTimeWith(*mesh);
1115     }
1116 }
1117
1118 MEDCouplingCartesianAMRMeshSub::MEDCouplingCartesianAMRMeshSub(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *father, MEDCouplingIMesh *mesh):MEDCouplingCartesianAMRMeshGen(father,mesh)
1119 {
1120 }
1121
1122 MEDCouplingCartesianAMRMesh *MEDCouplingCartesianAMRMesh::New(const std::string& meshName, int spaceDim, const int *nodeStrctStart, const int *nodeStrctStop,
1123                                                               const double *originStart, const double *originStop, const double *dxyzStart, const double *dxyzStop)
1124 {
1125   return new MEDCouplingCartesianAMRMesh(meshName,spaceDim,nodeStrctStart,nodeStrctStop,originStart,originStop,dxyzStart,dxyzStop);
1126 }
1127
1128 void MEDCouplingCartesianAMRMesh::setData(MEDCouplingDataForGodFather *data)
1129 {
1130   MEDCouplingDataForGodFather *myData(_data);
1131   if(myData==data)
1132     return ;
1133   if(myData)
1134     myData->changeGodFather(0);
1135   _data=data;
1136   if(data)
1137     data->incrRef();
1138 }
1139
1140 void MEDCouplingCartesianAMRMesh::allocData(int ghostLev) const
1141 {
1142   checkData();
1143   _data->alloc(ghostLev);
1144 }
1145
1146 void MEDCouplingCartesianAMRMesh::deallocData() const
1147 {
1148   checkData();
1149   _data->dealloc();
1150 }
1151
1152 MEDCouplingCartesianAMRMesh::MEDCouplingCartesianAMRMesh(const std::string& meshName, int spaceDim, const int *nodeStrctStart, const int *nodeStrctStop,
1153                                                          const double *originStart, const double *originStop, const double *dxyzStart, const double *dxyzStop):MEDCouplingCartesianAMRMeshGen(meshName,spaceDim,nodeStrctStart,nodeStrctStop,originStart,originStop,dxyzStart,dxyzStop)
1154 {
1155 }
1156
1157 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDCouplingCartesianAMRMesh::getDirectChildren() const
1158 {
1159   std::vector<const BigMemoryObject *> ret(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getDirectChildren());
1160   const MEDCouplingDataForGodFather *pt(_data);
1161   if(pt)
1162     ret.push_back(pt);
1163   return ret;
1164 }
1165
1166 void MEDCouplingCartesianAMRMesh::checkData() const
1167 {
1168   const MEDCouplingDataForGodFather *data(_data);
1169   if(!data)
1170     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMesh::checkData : no data set !");
1171 }
1172
1173 MEDCouplingCartesianAMRMesh::~MEDCouplingCartesianAMRMesh()
1174 {
1175   MEDCouplingDataForGodFather *data(_data);
1176   if(!data)
1177     data->changeGodFather(0);
1178 }