src/MEDCoupling/MEDCoupling1GTUMesh.cxx

   1 // Copyright (C) 2007-2013  CEA/DEN, EDF R&D
   2 //
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   4 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
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   6 // version 2.1 of the License.
   7 //
   8 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
   9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  11 // Lesser General Public License for more details.
  12 //
  13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  16 //
  17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  18 //
  19 // Author : Anthony Geay (CEA/DEN)
  20
  21 #include "MEDCoupling1GTUMesh.hxx"
  22 #include "MEDCouplingUMesh.hxx"
  23 #include "MEDCouplingFieldDouble.hxx"
  24
  25 #include "SplitterTetra.hxx"
  26
  27 using namespace ParaMEDMEM;
  28
  29 MEDCoupling1GTUMesh::MEDCoupling1GTUMesh()
  30 {
  31 }
  32
  33 MEDCoupling1GTUMesh::MEDCoupling1GTUMesh(const char *name, const INTERP_KERNEL::CellModel& cm):_cm(&cm)
  34 {
  35   setName(name);
  36 }
  37
  38 MEDCoupling1GTUMesh::MEDCoupling1GTUMesh(const MEDCoupling1GTUMesh& other, bool recDeepCpy):MEDCouplingPointSet(other,recDeepCpy),_cm(other._cm)
  39 {
  40 }
  41
  42 MEDCoupling1GTUMesh *MEDCoupling1GTUMesh::New(const char *name, INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
  43 {
  44   if(type==INTERP_KERNEL::NORM_ERROR)
  45     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1GTUMesh::New : NORM_ERROR is not a valid type to be used as base geometric type for a mesh !");
  46   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(type);
  47   if(!cm.isDynamic())
  48     return MEDCoupling1SGTUMesh::New(name,type);
  49   else
  50     return MEDCoupling1DGTUMesh::New(name,type);
  51 }
  52
  53 MEDCoupling1GTUMesh *MEDCoupling1GTUMesh::New(const MEDCouplingUMesh *m) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
  54 {
  55   if(!m)
  56     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1GTUMesh::New : input mesh is null !");
  57   std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> gts(m->getAllGeoTypes());
  58   if(gts.size()!=1)
  59     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1GTUMesh::New : input mesh must have exactly one geometric type !");
  60   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(*gts.begin());
  61   if(!cm.isDynamic())
  62     return MEDCoupling1SGTUMesh::New(m);
  63   else
  64     return MEDCoupling1DGTUMesh::New(m);
  65 }
  66
  67 const INTERP_KERNEL::CellModel& MEDCoupling1GTUMesh::getCellModel() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
  68 {
  69   return *_cm;
  70 }
  71
  72 INTERP_KERNEL::NormalizedCellType MEDCoupling1GTUMesh::getCellModelEnum() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
  73 {
  74   return _cm->getEnum();
  75 }
  76
  77 int MEDCoupling1GTUMesh::getMeshDimension() const
  78 {
  79   return (int)_cm->getDimension();
  80 }
  81
  82 /*!
  83  * This method returns a newly allocated array containing cell ids (ascendingly sorted) whose geometric type are equal to type.
  84  * This method does not throw exception if geometric type \a type is not in \a this.
  85  * This method throws an INTERP_KERNEL::Exception if meshdimension of \b this is not equal to those of \b type.
  86  * The coordinates array is not considered here.
  87  *
  88  * \param [in] type the geometric type
  89  * \return cell ids in this having geometric type \a type.
  90  */
  91 DataArrayInt *MEDCoupling1GTUMesh::giveCellsWithType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type) const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
  92 {
  93   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
  94   if(type==getCellModelEnum())
  95     ret->alloc(getNumberOfCells(),1);
  96   else
  97     ret->alloc(0,1);
  98   ret->iota();
  99   return ret.retn();
 100 }
 101
 102 /*!
 103  * Returns nb of cells having the geometric type \a type. No throw if no cells in \a this has the geometric type \a type.
 104  */
 105 int MEDCoupling1GTUMesh::getNumberOfCellsWithType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type) const
 106 {
 107   return type==getCellModelEnum()?getNumberOfCells():0;
 108 }
 109
 110 /*!
 111  * Returns a type of a cell by its id.
 112  *  \param [in] cellId - the id of the cell of interest.
 113  *  \return INTERP_KERNEL::NormalizedCellType - enumeration item describing the cell type.
 114  *  \throw If \a cellId is invalid. Valid range is [0, \a this->getNumberOfCells() ).
 115  */
 116 INTERP_KERNEL::NormalizedCellType MEDCoupling1GTUMesh::getTypeOfCell(int cellId) const
 117 {
 118   if(cellId>=0 && cellId<getNumberOfCells())
 119     return getCellModelEnum();
 120   std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1GTUMesh::getTypeOfCell : Requesting type of cell #" << cellId << " but it should be in [0," << getNumberOfCells() << ") !";
 121   throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 122 }
 123
 124 /*!
 125  * Returns a set of all cell types available in \a this mesh.
 126  * \return std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> - the set of cell types.
 127  * \warning this method does not throw any exception even if \a this is not defined.
 128  */
 129 std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> MEDCoupling1GTUMesh::getAllGeoTypes() const
 130 {
 131   std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> ret;
 132   ret.insert(getCellModelEnum());
 133   return ret;
 134 }
 135
 136 /*!
 137  * This method expects that \a this is sorted by types. If not an exception will be thrown.
 138  * This method returns in the same format as code (see MEDCouplingUMesh::checkTypeConsistencyAndContig or MEDCouplingUMesh::splitProfilePerType) how
 139  * \a this is composed in cell types.
 140  * The returned array is of size 3*n where n is the number of different types present in \a this.
 141  * For every k in [0,n] ret[3*k+2]==-1 because it has no sense here.
 142  * This parameter is kept only for compatibility with other methode listed above.
 143  */
 144 std::vector<int> MEDCoupling1GTUMesh::getDistributionOfTypes() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 145 {
 146   std::vector<int> ret(3);
 147   ret[0]=(int)getCellModelEnum(); ret[1]=getNumberOfCells(); ret[2]=-1;
 148   return ret;
 149 }
 150
 151 /*!
 152  * This method is the opposite of MEDCouplingUMesh::checkTypeConsistencyAndContig method. Given a list of cells in \a profile it returns a list of sub-profiles sorted by geo type.
 153  * The result is put in the array \a idsPerType. In the returned parameter \a code, foreach i \a code[3*i+2] refers (if different from -1) to a location into the \a idsPerType.
 154  * This method has 1 input \a profile and 3 outputs \a code \a idsInPflPerType and \a idsPerType.
 155  *
 156  * \param [out] code is a vector of size 3*n where n is the number of different geometric type in \a this \b reduced to the profile \a profile. \a code has exactly the same semantic than in MEDCouplingUMesh::checkTypeConsistencyAndContig method.
 157  * \param [out] idsInPflPerType is a vector of size of different geometric type in the subpart defined by \a profile of \a this ( equal to \a code.size()/3). For each i,
 158  *              \a idsInPflPerType[i] stores the tuple ids in \a profile that correspond to the geometric type code[3*i+0]
 159  * \param [out] idsPerType is a vector of size of different sub profiles needed to be defined to represent the profile \a profile for a given geometric type.
 160  *              This vector can be empty in case of all geometric type cells are fully covered in ascending in the given input \a profile.
 161  *
 162  * \warning for performance reasons no deep copy will be performed, if \a profile can been used as this in output parameters \a idsInPflPerType and \a idsPerType.
 163  *
 164  * \throw if \a profile has not exactly one component. It throws too, if \a profile contains some values not in [0,getNumberOfCells()) or if \a this is not fully defined
 165  *
 166  *  \b Example1: <br>
 167  *          - Before \a this has 3 cells \a profile contains [0,1,2]
 168  *          - After \a code contains [NORM_...,nbCells,-1], \a idsInPflPerType [[0,1,2]] and \a idsPerType is empty <br>
 169  *
 170  *  \b Example2: <br>
 171  *          - Before \a this has 3 cells \a profile contains [1,2]
 172  *          - After \a code contains [NORM_...,nbCells,0], \a idsInPflPerType [[0,1]] and \a idsPerType is [[1,2]] <br>
 173
 174  */
 175 void MEDCoupling1GTUMesh::splitProfilePerType(const DataArrayInt *profile, std::vector<int>& code, std::vector<DataArrayInt *>& idsInPflPerType, std::vector<DataArrayInt *>& idsPerType) const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 176 {
 177   if(!profile)
 178     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1GTUMesh::splitProfilePerType : input profile is NULL !");
 179   if(profile->getNumberOfComponents()!=1)
 180     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1GTUMesh::splitProfilePerType : input profile should have exactly one component !");
 181   int nbTuples=profile->getNumberOfTuples();
 182   int nbOfCells=getNumberOfCells();
 183   code.resize(3); idsInPflPerType.resize(1);
 184   code[0]=(int)getCellModelEnum(); code[1]=nbTuples;
 185   idsInPflPerType.resize(1);
 186   if(profile->isIdentity() && nbTuples==nbOfCells)
 187     {
 188       code[2]=-1;
 189       idsInPflPerType[0]=const_cast<DataArrayInt *>(profile); idsInPflPerType[0]->incrRef();
 190       idsPerType.clear();
 191       return ;
 192     }
 193   code[2]=0;
 194   profile->checkAllIdsInRange(0,nbOfCells);
 195   idsPerType.resize(1);
 196   idsPerType[0]=const_cast<DataArrayInt *>(profile); idsPerType[0]->incrRef();
 197   idsInPflPerType[0]=DataArrayInt::Range(0,nbTuples,1);
 198 }
 199
 200 /*!
 201  * This method tries to minimize at most the number of deep copy.
 202  * So if \a idsPerType is not empty it can be returned directly (without copy, but with ref count incremented) in return.
 203  *
 204  * \sa MEDCouplingUMesh::checkTypeConsistencyAndContig
 205  */
 206 DataArrayInt *MEDCoupling1GTUMesh::checkTypeConsistencyAndContig(const std::vector<int>& code, const std::vector<const DataArrayInt *>& idsPerType) const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 207 {
 208   int nbOfCells=getNumberOfCells();
 209   if(code.size()!=3)
 210     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1GTUMesh::checkTypeConsistencyAndContig : invalid input code should be exactly of size 3 !");
 211   if(code[0]!=(int)getCellModelEnum())
 212     {
 213       std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1GTUMesh::checkTypeConsistencyAndContig : Mismatch of geometric type ! Asking for " << code[0] << " whereas the geometric type is \a this is " << getCellModelEnum() << " (" << _cm->getRepr() << ") !";
 214       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 215     }
 216   if(code[2]==-1)
 217     {
 218       if(code[1]==nbOfCells)
 219         return 0;
 220       else
 221         {
 222           std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1GTUMesh::checkTypeConsistencyAndContig : mismatch between the number of cells in this (" << nbOfCells << ") and the number of non profile (" << code[1] << ") !";
 223           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 224         }
 225     }
 226   if(code[2]!=0)
 227     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1GTUMesh::checkTypeConsistencyAndContig : single geo type mesh ! 0 or -1 is expected at pos #2 of input code !");
 228   if(idsPerType.size()!=1)
 229     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1GTUMesh::checkTypeConsistencyAndContig : input code points to DataArrayInt #0 whereas the size of idsPerType is not equal to 1 !");
 230   const DataArrayInt *pfl=idsPerType[0];
 231   if(!pfl)
 232     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1GTUMesh::checkTypeConsistencyAndContig : the input code points to a NULL DataArrayInt at rank 0 !");
 233   if(pfl->getNumberOfComponents()!=1)
 234     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1GTUMesh::checkTypeConsistencyAndContig : input profile should have exactly one component !");
 235   pfl->checkAllIdsInRange(0,nbOfCells);
 236   pfl->incrRef();
 237   return const_cast<DataArrayInt *>(pfl);
 238 }
 239
 240 void MEDCoupling1GTUMesh::writeVTKLL(std::ostream& ofs, const std::string& cellData, const std::string& pointData) const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 241 {
 242   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m=buildUnstructured();
 243   m->writeVTKLL(ofs,cellData,pointData);
 244 }
 245
 246 std::string MEDCoupling1GTUMesh::getVTKDataSetType() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 247 {
 248   return std::string("UnstructuredGrid");
 249 }
 250
 251 std::size_t MEDCoupling1GTUMesh::getHeapMemorySize() const
 252 {
 253   return MEDCouplingPointSet::getHeapMemorySize();
 254 }
 255
 256 bool MEDCoupling1GTUMesh::isEqualIfNotWhy(const MEDCouplingMesh *other, double prec, std::string& reason) const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 257 {
 258   if(!MEDCouplingPointSet::isEqualIfNotWhy(other,prec,reason))
 259     return false;
 260   if(!other)
 261     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1GTUMesh::isEqualIfNotWhy : input other pointer is null !");
 262   const MEDCoupling1GTUMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDCoupling1GTUMesh *>(other);
 263   if(!otherC)
 264     {
 265       reason="mesh given in input is not castable in MEDCouplingSGTUMesh !";
 266       return false;
 267     }
 268   if(_cm!=otherC->_cm)
 269     {
 270       reason="mismatch in geometric type !";
 271       return false;
 272     }
 273   return true;
 274 }
 275
 276 bool MEDCoupling1GTUMesh::isEqualWithoutConsideringStr(const MEDCouplingMesh *other, double prec) const
 277 {
 278   if(!MEDCouplingPointSet::isEqualWithoutConsideringStr(other,prec))
 279     return false;
 280   if(!other)
 281     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1GTUMesh::isEqualWithoutConsideringStr : input other pointer is null !");
 282   const MEDCoupling1GTUMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDCoupling1GTUMesh *>(other);
 283   if(!otherC)
 284     return false;
 285   if(_cm!=otherC->_cm)
 286     return false;
 287   return true;
 288 }
 289
 290 void MEDCoupling1GTUMesh::checkCoherency() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 291 {
 292   MEDCouplingPointSet::checkCoherency();
 293 }
 294
 295 DataArrayDouble *MEDCoupling1GTUMesh::getBarycenterAndOwner() const
 296 {
 297   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m=buildUnstructured();
 298   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> ret=m->getBarycenterAndOwner();
 299   return ret.retn();
 300 }
 301
 302 MEDCouplingFieldDouble *MEDCoupling1GTUMesh::getMeasureField(bool isAbs) const
 303 {
 304   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m=buildUnstructured();
 305   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingFieldDouble> ret=m->getMeasureField(isAbs);
 306   ret->setMesh(this);
 307   return ret.retn();
 308 }
 309
 310 MEDCouplingFieldDouble *MEDCoupling1GTUMesh::getMeasureFieldOnNode(bool isAbs) const
 311 {
 312   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m=buildUnstructured();
 313   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingFieldDouble> ret=m->getMeasureFieldOnNode(isAbs);
 314   ret->setMesh(this);
 315   return ret.retn();
 316 }
 317
 318 /*!
 319  * to improve perf !
 320  */
 321 int MEDCoupling1GTUMesh::getCellContainingPoint(const double *pos, double eps) const
 322 {
 323   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m=buildUnstructured();
 324   return m->getCellContainingPoint(pos,eps);
 325 }
 326
 327 MEDCouplingFieldDouble *MEDCoupling1GTUMesh::buildOrthogonalField() const
 328 {
 329   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m=buildUnstructured();
 330   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingFieldDouble> ret=m->buildOrthogonalField();
 331   ret->setMesh(this);
 332   return ret.retn();
 333 }
 334
 335 DataArrayInt *MEDCoupling1GTUMesh::getCellsInBoundingBox(const double *bbox, double eps) const
 336 {
 337   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m=buildUnstructured();
 338   return m->getCellsInBoundingBox(bbox,eps);
 339 }
 340
 341 DataArrayInt *MEDCoupling1GTUMesh::getCellsInBoundingBox(const INTERP_KERNEL::DirectedBoundingBox& bbox, double eps)
 342 {
 343   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m=buildUnstructured();
 344   return m->getCellsInBoundingBox(bbox,eps);
 345 }
 346
 347 MEDCouplingPointSet *MEDCoupling1GTUMesh::buildFacePartOfMySelfNode(const int *start, const int *end, bool fullyIn) const
 348 {
 349   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m=buildUnstructured();
 350   return m->buildFacePartOfMySelfNode(start,end,fullyIn);
 351 }
 352
 353 DataArrayInt *MEDCoupling1GTUMesh::findBoundaryNodes() const
 354 {
 355   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m=buildUnstructured();
 356   return m->findBoundaryNodes();
 357 }
 358
 359 MEDCouplingPointSet *MEDCoupling1GTUMesh::buildBoundaryMesh(bool keepCoords) const
 360 {
 361   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m=buildUnstructured();
 362   return m->buildBoundaryMesh(keepCoords);
 363 }
 364
 365 void MEDCoupling1GTUMesh::findCommonCells(int compType, int startCellId, DataArrayInt *& commonCellsArr, DataArrayInt *& commonCellsIArr) const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 366 {
 367   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m=buildUnstructured();
 368   m->findCommonCells(compType,startCellId,commonCellsArr,commonCellsIArr);
 369 }
 370
 371 int MEDCoupling1GTUMesh::getNodalConnectivityLength() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 372 {
 373   const DataArrayInt *c1(getNodalConnectivity());
 374   if(!c1)
 375     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1GTUMesh::getNodalConnectivityLength : no connectivity set !");
 376   if(c1->getNumberOfComponents()!=1)
 377     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1GTUMesh::getNodalConnectivityLength : Nodal connectivity array set must have exactly one component !");
 378   if(!c1->isAllocated())
 379     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1GTUMesh::getNodalConnectivityLength : Nodal connectivity array must be allocated !");
 380   return c1->getNumberOfTuples();
 381 }
 382
 383 /*!
 384  * This method aggregates all the meshes in \a parts to put them in a single unstructured mesh (those returned).
 385  * The order of cells is the returned instance is those in the order of instances in \a parts.
 386  *
 387  * \param [in] parts - all not null parts of single geo type meshes to be aggreagated having the same mesh dimension and same coordinates.
 388  * \return MEDCouplingUMesh * - new object to be dealt by the caller.
 389  *
 390  * \throw If one element is null in \a parts.
 391  * \throw If not all the parts do not have the same mesh dimension.
 392  * \throw If not all the parts do not share the same coordinates.
 393  * \throw If not all the parts have their connectivity set properly.
 394  * \throw If \a parts is empty.
 395  */
 396 MEDCouplingUMesh *MEDCoupling1GTUMesh::AggregateOnSameCoordsToUMesh(const std::vector< const MEDCoupling1GTUMesh *>& parts) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 397 {
 398   if(parts.empty())
 399     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1GTUMesh::AggregateOnSameCoordsToUMesh : input parts vector is empty !");
 400   const MEDCoupling1GTUMesh *firstPart(parts[0]);
 401   if(!firstPart)
 402     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1GTUMesh::AggregateOnSameCoordsToUMesh : the first instance in input parts is null !");
 403   const DataArrayDouble *coords(firstPart->getCoords());
 404   int meshDim(firstPart->getMeshDimension());
 405   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret(MEDCouplingUMesh::New(firstPart->getName().c_str(),meshDim)); ret->setDescription(firstPart->getDescription().c_str());
 406   ret->setCoords(coords);
 407   int nbOfCells(0),connSize(0);
 408   for(std::vector< const MEDCoupling1GTUMesh *>::const_iterator it=parts.begin();it!=parts.end();it++)
 409     {
 410       if(!(*it))
 411         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1GTUMesh::AggregateOnSameCoordsToUMesh : presence of null pointer in input vector !");
 412       if((*it)->getMeshDimension()!=meshDim)
 413         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1GTUMesh::AggregateOnSameCoordsToUMesh : all the instances in input vector must have same mesh dimension !");
 414       if((*it)->getCoords()!=coords)
 415         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1GTUMesh::AggregateOnSameCoordsToUMesh : all the instances must share the same coordinates pointer !");
 416       nbOfCells+=(*it)->getNumberOfCells();
 417       connSize+=(*it)->getNodalConnectivityLength();
 418     }
 419   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> conn(DataArrayInt::New()),connI(DataArrayInt::New());
 420   connI->alloc(nbOfCells+1,1); conn->alloc(connSize+nbOfCells,1);
 421   int *c(conn->getPointer()),*ci(connI->getPointer()); *ci=0;
 422   for(std::vector< const MEDCoupling1GTUMesh *>::const_iterator it=parts.begin();it!=parts.end();it++)
 423     {
 424       int curNbCells((*it)->getNumberOfCells());
 425       int geoType((int)(*it)->getCellModelEnum());
 426       const int *cinPtr((*it)->getNodalConnectivity()->begin());
 427       const MEDCoupling1SGTUMesh *ps(dynamic_cast<const MEDCoupling1SGTUMesh *>(*it));
 428       const MEDCoupling1DGTUMesh *pd(dynamic_cast<const MEDCoupling1DGTUMesh *>(*it));
 429       if(ps && !pd)
 430         {
 431           int nNodesPerCell(ps->getNumberOfNodesPerCell());
 432           for(int i=0;i<curNbCells;i++,ci++,cinPtr+=nNodesPerCell)
 433             {
 434               *c++=geoType;
 435               c=std::copy(cinPtr,cinPtr+nNodesPerCell,c);
 436               ci[1]=ci[0]+nNodesPerCell+1;
 437             }
 438         }
 439       else if(!ps && pd)
 440         {
 441           const int *ciinPtr(pd->getNodalConnectivityIndex()->begin());
 442           for(int i=0;i<curNbCells;i++,ci++,ciinPtr++)
 443             {
 444               *c++=geoType;
 445               c=std::copy(cinPtr+ciinPtr[0],cinPtr+ciinPtr[1],c);
 446               ci[1]=ci[0]+ciinPtr[1]-ciinPtr[0]+1;
 447             }
 448         }
 449       else
 450         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1GTUMesh::AggregateOnSameCoordsToUMesh : presence of instance which type is not in [MEDCoupling1SGTUMesh,MEDCoupling1DGTUMesh] !");
 451     }
 452   ret->setConnectivity(conn,connI,true);
 453   return ret.retn();
 454 }
 455
 456 //==
 457
 458 MEDCoupling1SGTUMesh::MEDCoupling1SGTUMesh(const MEDCoupling1SGTUMesh& other, bool recDeepCpy):MEDCoupling1GTUMesh(other,recDeepCpy),_conn(other._conn)
 459 {
 460   if(recDeepCpy)
 461     {
 462       const DataArrayInt *c(other._conn);
 463       if(c)
 464         _conn=c->deepCpy();
 465     }
 466 }
 467
 468 MEDCoupling1SGTUMesh::MEDCoupling1SGTUMesh(const char *name, const INTERP_KERNEL::CellModel& cm):MEDCoupling1GTUMesh(name,cm)
 469 {
 470 }
 471
 472 MEDCoupling1SGTUMesh::MEDCoupling1SGTUMesh()
 473 {
 474 }
 475
 476 MEDCoupling1SGTUMesh *MEDCoupling1SGTUMesh::New()
 477 {
 478   return new MEDCoupling1SGTUMesh;
 479 }
 480
 481 MEDCoupling1SGTUMesh *MEDCoupling1SGTUMesh::New(const char *name, INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 482 {
 483   if(type==INTERP_KERNEL::NORM_ERROR)
 484     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1SGTUMesh::New : NORM_ERROR is not a valid type to be used as base geometric type for a mesh !");
 485   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(type);
 486   if(cm.isDynamic())
 487     {
 488       std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1SGTUMesh::New : the input geometric type " << cm.getRepr() << " is dynamic ! Only static types are allowed here !";
 489       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 490     }
 491   return new MEDCoupling1SGTUMesh(name,cm);
 492 }
 493
 494 MEDCoupling1SGTUMesh *MEDCoupling1SGTUMesh::New(const MEDCouplingUMesh *m) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 495 {
 496   if(!m)
 497     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1SGTUMesh::New : input mesh is null !");
 498   std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> gts(m->getAllGeoTypes());
 499   if(gts.size()!=1)
 500     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1SGTUMesh::New : input mesh must have exactly one geometric type !");
 501   int geoType((int)*gts.begin());
 502   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1SGTUMesh> ret(MEDCoupling1SGTUMesh::New(m->getName().c_str(),*gts.begin()));
 503   ret->setCoords(m->getCoords()); ret->setDescription(m->getDescription().c_str());
 504   int nbCells(m->getNumberOfCells());
 505   int nbOfNodesPerCell(ret->getNumberOfNodesPerCell());
 506   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> conn(DataArrayInt::New()); conn->alloc(nbCells*nbOfNodesPerCell,1);
 507   int *c(conn->getPointer());
 508   const int *cin(m->getNodalConnectivity()->begin()),*ciin(m->getNodalConnectivityIndex()->begin());
 509   for(int i=0;i<nbCells;i++,ciin++)
 510     {
 511       if(cin[ciin[0]]==geoType)
 512         {
 513           if(ciin[1]-ciin[0]==nbOfNodesPerCell+1)
 514             c=std::copy(cin+ciin[0]+1,cin+ciin[1],c);
 515           else
 516             {
 517               std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1SGTUMesh::New(const MEDCouplingUMesh *m) : something is wrong in the input mesh at cell #" << i << " ! The size of cell is not those expected (" << nbOfNodesPerCell << ") !";
 518               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 519             }
 520         }
 521       else
 522         {
 523           std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1SGTUMesh::New(const MEDCouplingUMesh *m) : something is wrong in the input mesh at cell #" << i << " ! The geometric type is not those expected !";
 524           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 525         }
 526     }
 527   ret->setNodalConnectivity(conn);
 528   return ret.retn();
 529 }
 530
 531 MEDCoupling1SGTUMesh *MEDCoupling1SGTUMesh::clone(bool recDeepCpy) const
 532 {
 533   return new MEDCoupling1SGTUMesh(*this,recDeepCpy);
 534 }
 535
 536 /*!
 537  * This method behaves mostly like MEDCoupling1SGTUMesh::deepCpy method, except that only nodal connectivity arrays are deeply copied.
 538  * The coordinates are shared between \a this and the returned instance.
 539  *
 540  * \return MEDCouplingUMesh * - A new object instance holding the copy of \a this (deep for connectivity, shallow for coordiantes)
 541  * \sa MEDCoupling1SGTUMesh::deepCpy
 542  */
 543 MEDCouplingPointSet *MEDCoupling1SGTUMesh::deepCpyConnectivityOnly() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 544 {
 545   checkCoherency();
 546   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1SGTUMesh> ret(clone(false));
 547   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> c(_conn->deepCpy());
 548   ret->setNodalConnectivity(c);
 549   return ret.retn();
 550 }
 551
 552 void MEDCoupling1SGTUMesh::shallowCopyConnectivityFrom(const MEDCouplingPointSet *other) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 553 {
 554   if(!other)
 555     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1SGTUMesh::shallowCopyConnectivityFrom : input pointer is null !");
 556   const MEDCoupling1SGTUMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDCoupling1SGTUMesh *>(other);
 557   if(!otherC)
 558     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1SGTUMesh::shallowCopyConnectivityFrom : input pointer is not an MEDCoupling1SGTUMesh instance !");
 559   setNodalConnectivity(otherC->getNodalConnectivity());
 560 }
 561
 562 void MEDCoupling1SGTUMesh::updateTime() const
 563 {
 564   MEDCoupling1GTUMesh::updateTime();
 565   const DataArrayInt *c(_conn);
 566   if(c)
 567     updateTimeWith(*c);
 568 }
 569
 570 std::size_t MEDCoupling1SGTUMesh::getHeapMemorySize() const
 571 {
 572   std::size_t ret=0;
 573   const DataArrayInt *c(_conn);
 574   if(c)
 575     ret+=c->getHeapMemorySize();
 576   return MEDCoupling1GTUMesh::getHeapMemorySize()+ret;
 577 }
 578
 579 MEDCouplingMesh *MEDCoupling1SGTUMesh::deepCpy() const
 580 {
 581   return clone(true);
 582 }
 583
 584 bool MEDCoupling1SGTUMesh::isEqualIfNotWhy(const MEDCouplingMesh *other, double prec, std::string& reason) const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 585 {
 586   if(!other)
 587     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1SGTUMesh::isEqualIfNotWhy : input other pointer is null !");
 588   std::ostringstream oss; oss.precision(15);
 589   const MEDCoupling1SGTUMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDCoupling1SGTUMesh *>(other);
 590   if(!otherC)
 591     {
 592       reason="mesh given in input is not castable in MEDCoupling1SGTUMesh !";
 593       return false;
 594     }
 595   if(!MEDCoupling1GTUMesh::isEqualIfNotWhy(other,prec,reason))
 596     return false;
 597   const DataArrayInt *c1(_conn),*c2(otherC->_conn);
 598   if(c1==c2)
 599     return true;
 600   if(!c1 || !c2)
 601     {
 602       reason="in connectivity of single static geometric type exactly one among this and other is null !";
 603       return false;
 604     }
 605   if(!c1->isEqualIfNotWhy(*c2,reason))
 606     {
 607       reason.insert(0,"Nodal connectivity DataArrayInt differ : ");
 608       return false;
 609     }
 610   return true;
 611 }
 612
 613 bool MEDCoupling1SGTUMesh::isEqualWithoutConsideringStr(const MEDCouplingMesh *other, double prec) const
 614 {
 615   if(!other)
 616     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1SGTUMesh::isEqualWithoutConsideringStr : input other pointer is null !");
 617   const MEDCoupling1SGTUMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDCoupling1SGTUMesh *>(other);
 618   if(!otherC)
 619     return false;
 620   if(!MEDCoupling1GTUMesh::isEqualWithoutConsideringStr(other,prec))
 621     return false;
 622   const DataArrayInt *c1(_conn),*c2(otherC->_conn);
 623   if(c1==c2)
 624     return true;
 625   if(!c1 || !c2)
 626     return false;
 627   if(!c1->isEqualWithoutConsideringStr(*c2))
 628     return false;
 629   return true;
 630 }
 631
 632 void MEDCoupling1SGTUMesh::checkCoherencyOfConnectivity() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 633 {
 634   const DataArrayInt *c1(_conn);
 635   if(c1)
 636     {
 637       if(c1->getNumberOfComponents()!=1)
 638         throw INTERP_KERNEL::Exception("Nodal connectivity array is expected to be with number of components set to one !");
 639       if(c1->getInfoOnComponent(0)!="")
 640         throw INTERP_KERNEL::Exception("Nodal connectivity array is expected to have no info on its single component !");
 641       c1->checkAllocated();
 642     }
 643   else
 644     throw INTERP_KERNEL::Exception("Nodal connectivity array not defined !");
 645 }
 646
 647 void MEDCoupling1SGTUMesh::checkCoherency() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 648 {
 649   MEDCouplingPointSet::checkCoherency();
 650   checkCoherencyOfConnectivity();
 651 }
 652
 653 void MEDCoupling1SGTUMesh::checkCoherency1(double eps) const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 654 {
 655   checkCoherency();
 656   const DataArrayInt *c1(_conn);
 657   int nbOfTuples=c1->getNumberOfTuples();
 658   int nbOfNodesPerCell=(int)_cm->getNumberOfNodes();
 659   if(nbOfTuples%nbOfNodesPerCell!=0)
 660     {
 661       std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1SGTUMesh::checkCoherency1 : the nb of tuples in conn is " << nbOfTuples << " and number of nodes per cell is " << nbOfNodesPerCell << ". But " << nbOfTuples << "%" << nbOfNodesPerCell << " !=0 !";
 662       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 663     }
 664   int nbOfNodes=getNumberOfNodes();
 665   int nbOfCells=nbOfTuples/nbOfNodesPerCell;
 666   const int *w(c1->begin());
 667   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
 668     for(int j=0;j<nbOfNodesPerCell;j++,w++)
 669       {
 670         if(*w<0 || *w>=nbOfNodes)
 671           {
 672             std::ostringstream oss; oss << "At node #" << j << " of  cell #" << i << ", is equal to " << *w << " must be in [0," << nbOfNodes << ") !";
 673             throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 674           }
 675       }
 676 }
 677
 678 void MEDCoupling1SGTUMesh::checkCoherency2(double eps) const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 679 {
 680   checkCoherency1(eps);
 681 }
 682
 683 int MEDCoupling1SGTUMesh::getNumberOfCells() const
 684 {
 685   int nbOfTuples=getNodalConnectivityLength();
 686   int nbOfNodesPerCell=getNumberOfNodesPerCell();
 687   if(nbOfTuples%nbOfNodesPerCell!=0)
 688     {
 689       std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1SGTUMesh:getNumberOfCells: : the nb of tuples in conn is " << nbOfTuples << " and number of nodes per cell is " << nbOfNodesPerCell << ". But " << nbOfTuples << "%" << nbOfNodesPerCell << " !=0 !";
 690       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 691     }
 692   return nbOfTuples/nbOfNodesPerCell;
 693 }
 694
 695 int MEDCoupling1SGTUMesh::getNumberOfNodesInCell(int cellId) const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 696 {
 697   return getNumberOfNodesPerCell();
 698 }
 699
 700 int MEDCoupling1SGTUMesh::getNumberOfNodesPerCell() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 701 {
 702   checkNonDynamicGeoType();
 703   return (int)_cm->getNumberOfNodes();
 704 }
 705
 706 DataArrayInt *MEDCoupling1SGTUMesh::computeNbOfNodesPerCell() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 707 {
 708   checkNonDynamicGeoType();
 709   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
 710   ret->alloc(getNumberOfCells(),1);
 711   ret->fillWithValue((int)_cm->getNumberOfNodes());
 712   return ret.retn();
 713 }
 714
 715 DataArrayInt *MEDCoupling1SGTUMesh::computeNbOfFacesPerCell() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 716 {
 717   checkNonDynamicGeoType();
 718   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
 719   ret->alloc(getNumberOfCells(),1);
 720   ret->fillWithValue((int)_cm->getNumberOfSons());
 721   return ret.retn();
 722 }
 723
 724 DataArrayInt *MEDCoupling1SGTUMesh::computeEffectiveNbOfNodesPerCell() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 725 {
 726   checkNonDynamicGeoType();
 727   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
 728   int nbCells(getNumberOfCells());
 729   ret->alloc(nbCells,1);
 730   int *retPtr(ret->getPointer());
 731   int nbNodesPerCell(getNumberOfNodesPerCell());
 732   const int *conn(_conn->begin());
 733   for(int i=0;i<nbCells;i++,conn+=nbNodesPerCell,retPtr++)
 734     {
 735       std::set<int> s(conn,conn+nbNodesPerCell);
 736       *retPtr=(int)s.size();
 737     }
 738   return ret.retn();
 739 }
 740
 741 void MEDCoupling1SGTUMesh::getNodeIdsOfCell(int cellId, std::vector<int>& conn) const
 742 {
 743   int sz=getNumberOfNodesPerCell();
 744   conn.resize(sz);
 745   if(cellId>=0 && cellId<getNumberOfCells())
 746     std::copy(_conn->begin()+cellId*sz,_conn->begin()+(cellId+1)*sz,conn.begin());
 747   else
 748     {
 749       std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1SGTUMesh::getNodeIdsOfCell : request for cellId #" << cellId << " must be in [0," << getNumberOfCells() << ") !";
 750       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 751     }
 752 }
 753
 754 void MEDCoupling1SGTUMesh::checkNonDynamicGeoType() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 755 {
 756   if(_cm->isDynamic())
 757     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1SGTUMesh::checkNonDynamicGeoType : internal error ! the internal geo type is dynamic ! should be static !");
 758 }
 759
 760 std::string MEDCoupling1SGTUMesh::simpleRepr() const
 761 {
 762   static const char msg0[]="No coordinates specified !";
 763   std::ostringstream ret;
 764   ret << "Single static geometic type (" << _cm->getRepr() << ") unstructured mesh with name : \"" << getName() << "\"\n";
 765   ret << "Description of mesh : \"" << getDescription() << "\"\n";
 766   int tmpp1,tmpp2;
 767   double tt=getTime(tmpp1,tmpp2);
 768   ret << "Time attached to the mesh [unit] : " << tt << " [" << getTimeUnit() << "]\n";
 769   ret << "Iteration : " << tmpp1  << " Order : " << tmpp2 << "\n";
 770   ret << "Mesh dimension : " << getMeshDimension() << "\nSpace dimension : ";
 771   if(_coords!=0)
 772     {
 773       const int spaceDim=getSpaceDimension();
 774       ret << spaceDim << "\nInfo attached on space dimension : ";
 775       for(int i=0;i<spaceDim;i++)
 776         ret << "\"" << _coords->getInfoOnComponent(i) << "\" ";
 777       ret << "\n";
 778     }
 779   else
 780     ret << msg0 << "\n";
 781   ret << "Number of nodes : ";
 782   if(_coords!=0)
 783     ret << getNumberOfNodes() << "\n";
 784   else
 785     ret << msg0 << "\n";
 786   ret << "Number of cells : ";
 787   if((const DataArrayInt *)_conn)
 788     {
 789       if(_conn->isAllocated())
 790         {
 791           if(_conn->getNumberOfComponents()==1)
 792             ret << getNumberOfCells() << "\n";
 793           else
 794             ret << "Nodal connectivity array specified and allocated but with not exactly one component !" << "\n";
 795         }
 796       else
 797         ret << "Nodal connectivity array specified but not allocated !" << "\n";
 798     }
 799   else
 800     ret << "No connectivity specified !" << "\n";
 801   ret << "Cell type : " << _cm->getRepr() << "\n";
 802   return ret.str();
 803 }
 804
 805 std::string MEDCoupling1SGTUMesh::advancedRepr() const
 806 {
 807   std::ostringstream ret;
 808   ret << simpleRepr();
 809   ret << "\nCoordinates array : \n___________________\n\n";
 810   if(_coords)
 811     _coords->reprWithoutNameStream(ret);
 812   else
 813     ret << "No array set !\n";
 814   ret << "\n\nConnectivity array : \n____________________\n\n";
 815   //
 816   if((const DataArrayInt *)_conn)
 817     {
 818       if(_conn->isAllocated())
 819         {
 820           if(_conn->getNumberOfComponents()==1)
 821             {
 822              int nbOfCells=getNumberOfCells();
 823              int sz=getNumberOfNodesPerCell();
 824              const int *connPtr=_conn->begin();
 825              for(int i=0;i<nbOfCells;i++,connPtr+=sz)
 826                {
 827                  ret << "Cell #" << i << " : ";
 828                  std::copy(connPtr,connPtr+sz,std::ostream_iterator<int>(ret," "));
 829                  ret << "\n";
 830                }
 831             }
 832           else
 833             ret << "Nodal connectivity array specified and allocated but with not exactly one component !" << "\n";
 834         }
 835       else
 836         ret << "Nodal connectivity array specified but not allocated !" << "\n";
 837     }
 838   else
 839     ret << "No connectivity specified !" << "\n";
 840   return ret.str();
 841 }
 842
 843 DataArrayDouble *MEDCoupling1SGTUMesh::computeIsoBarycenterOfNodesPerCell() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 844 {
 845   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> ret=DataArrayDouble::New();
 846   int spaceDim=getSpaceDimension();
 847   int nbOfCells=getNumberOfCells();//checkCoherency()
 848   int nbOfNodes=getNumberOfNodes();
 849   ret->alloc(nbOfCells,spaceDim);
 850   double *ptToFill=ret->getPointer();
 851   const double *coor=_coords->begin();
 852   const int *nodal=_conn->begin();
 853   int sz=getNumberOfNodesPerCell();
 854   double coeff=1./(double)sz;
 855   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,ptToFill+=spaceDim)
 856     {
 857       std::fill(ptToFill,ptToFill+spaceDim,0.);
 858       for(int j=0;j<sz;j++,nodal++)
 859         if(*nodal>=0 && *nodal<nbOfNodes)
 860           std::transform(coor+spaceDim*nodal[0],coor+spaceDim*(nodal[0]+1),ptToFill,ptToFill,std::plus<double>());
 861         else
 862           {
 863             std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1SGTUMesh::computeIsoBarycenterOfNodesPerCell : on cell #" << i << " presence of nodeId #" << *nodal << " should be in [0," <<   nbOfNodes << ") !";
 864             throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 865           }
 866       std::transform(ptToFill,ptToFill+spaceDim,ptToFill,std::bind2nd(std::multiplies<double>(),coeff));
 867     }
 868   return ret.retn();
 869 }
 870
 871 void MEDCoupling1SGTUMesh::renumberCells(const int *old2NewBg, bool check) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 872 {
 873   int nbCells=getNumberOfCells();
 874   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> o2n=DataArrayInt::New();
 875   o2n->useArray(old2NewBg,false,C_DEALLOC,nbCells,1);
 876   if(check)
 877     o2n=o2n->checkAndPreparePermutation();
 878   //
 879   const int *conn=_conn->begin();
 880   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> n2o=o2n->invertArrayO2N2N2O(nbCells);
 881   const int *n2oPtr=n2o->begin();
 882   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConn=DataArrayInt::New();
 883   newConn->alloc(_conn->getNumberOfTuples(),1);
 884   newConn->copyStringInfoFrom(*_conn);
 885   int sz=getNumberOfNodesPerCell();
 886   //
 887   int *newC=newConn->getPointer();
 888   for(int i=0;i<nbCells;i++,newC+=sz)
 889     {
 890       int pos=n2oPtr[i];
 891       std::copy(conn+pos*sz,conn+(pos+1)*sz,newC);
 892     }
 893   _conn=newConn;
 894 }
 895
 896 /*!
 897  * Keeps from \a this only cells which constituing point id are in the ids specified by [\a begin,\a end).
 898  * The resulting cell ids are stored at the end of the 'cellIdsKept' parameter.
 899  * Parameter \a fullyIn specifies if a cell that has part of its nodes in ids array is kept or not.
 900  * If \a fullyIn is true only cells whose ids are \b fully contained in [\a begin,\a end) tab will be kept.
 901  *
 902  * \param [in] begin input start of array of node ids.
 903  * \param [in] end input end of array of node ids.
 904  * \param [in] fullyIn input that specifies if all node ids must be in [\a begin,\a end) array to consider cell to be in.
 905  * \param [in,out] cellIdsKeptArr array where all candidate cell ids are put at the end.
 906  */
 907 void MEDCoupling1SGTUMesh::fillCellIdsToKeepFromNodeIds(const int *begin, const int *end, bool fullyIn, DataArrayInt *&cellIdsKeptArr) const
 908 {
 909   int nbOfCells=getNumberOfCells();
 910   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellIdsKept=DataArrayInt::New(); cellIdsKept->alloc(0,1);
 911   int tmp=-1;
 912   int sz=_conn->getMaxValue(tmp); sz=std::max(sz,0)+1;
 913   std::vector<bool> fastFinder(sz,false);
 914   for(const int *work=begin;work!=end;work++)
 915     if(*work>=0 && *work<sz)
 916       fastFinder[*work]=true;
 917   const int *conn=_conn->begin();
 918   int nbNodesPerCell=getNumberOfNodesPerCell();
 919   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,conn+=nbNodesPerCell)
 920     {
 921       int ref=0,nbOfHit=0;
 922       for(int j=0;j<nbNodesPerCell;j++)
 923         if(conn[j]>=0)
 924           {
 925             ref++;
 926             if(fastFinder[conn[j]])
 927               nbOfHit++;
 928           }
 929       if((ref==nbOfHit && fullyIn) || (nbOfHit!=0 && !fullyIn))
 930         cellIdsKept->pushBackSilent(i);
 931     }
 932   cellIdsKeptArr=cellIdsKept.retn();
 933 }
 934
 935 MEDCouplingMesh *MEDCoupling1SGTUMesh::mergeMyselfWith(const MEDCouplingMesh *other) const
 936 {
 937   if(other->getType()!=SINGLE_STATIC_GEO_TYPE_UNSTRUCTURED)
 938     throw INTERP_KERNEL::Exception("Merge of umesh only available with umesh single static geo type each other !");
 939   const MEDCoupling1SGTUMesh *otherC=static_cast<const MEDCoupling1SGTUMesh *>(other);
 940   return Merge1SGTUMeshes(this,otherC);
 941 }
 942
 943 MEDCouplingUMesh *MEDCoupling1SGTUMesh::buildUnstructured() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 944 {
 945   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret=MEDCouplingUMesh::New(getName().c_str(),getMeshDimension());
 946   ret->setCoords(getCoords());
 947   const int *nodalConn=_conn->begin();
 948   int nbCells=getNumberOfCells();
 949   int nbNodesPerCell=getNumberOfNodesPerCell();
 950   int geoType=(int)getCellModelEnum();
 951   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> c=DataArrayInt::New(); c->alloc(nbCells*(nbNodesPerCell+1),1);
 952   int *cPtr=c->getPointer();
 953   for(int i=0;i<nbCells;i++,nodalConn+=nbNodesPerCell)
 954     {
 955       *cPtr++=geoType;
 956       cPtr=std::copy(nodalConn,nodalConn+nbNodesPerCell,cPtr);
 957     }
 958   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cI=DataArrayInt::Range(0,(nbCells+1)*(nbNodesPerCell+1),nbNodesPerCell+1);
 959   ret->setConnectivity(c,cI,true);
 960   return ret.retn();
 961 }
 962
 963 DataArrayInt *MEDCoupling1SGTUMesh::simplexize(int policy) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
 964 {
 965   switch(policy)
 966     {
 967     case 0:
 968       return simplexizePol0();
 969     case 1:
 970       return simplexizePol1();
 971     case (int) INTERP_KERNEL::PLANAR_FACE_5:
 972       return simplexizePlanarFace5();
 973     case (int) INTERP_KERNEL::PLANAR_FACE_6:
 974       return simplexizePlanarFace6();
 975     default:
 976       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1SGTUMesh::simplexize : unrecognized policy ! Must be :\n  - 0 or 1 (only available for meshdim=2) \n  - PLANAR_FACE_5, PLANAR_FACE_6  (only for meshdim=3)");
 977     }
 978 }
 979
 980 /// @cond INTERNAL
 981
 982 struct MEDCouplingAccVisit
 983 {
 984   MEDCouplingAccVisit():_new_nb_of_nodes(0) { }
 985   int operator()(int val) { if(val!=-1) return _new_nb_of_nodes++; else return -1; }
 986   int _new_nb_of_nodes;
 987 };
 988
 989 /// @endcond
 990
 991 /*!
 992  * Finds nodes not used in any cell and returns an array giving a new id to every node
 993  * by excluding the unused nodes, for which the array holds -1. The result array is
 994  * a mapping in "Old to New" mode.
 995  *  \param [out] nbrOfNodesInUse - number of node ids present in the nodal connectivity.
 996  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt. Its length is \a
 997  *          this->getNumberOfNodes(). It holds for each node of \a this mesh either -1
 998  *          if the node is unused or a new id else. The caller is to delete this
 999  *          array using decrRef() as it is no more needed.
1000  *  \throw If the coordinates array is not set.
1001  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
1002  *  \throw If the nodal connectivity includes an invalid id.
1003  */
1004 DataArrayInt *MEDCoupling1SGTUMesh::getNodeIdsInUse(int& nbrOfNodesInUse) const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
1005 {
1006   nbrOfNodesInUse=-1;
1007   int nbOfNodes=getNumberOfNodes();
1008   int nbOfCells=getNumberOfCells();
1009   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
1010   ret->alloc(nbOfNodes,1);
1011   int *traducer=ret->getPointer();
1012   std::fill(traducer,traducer+nbOfNodes,-1);
1013   const int *conn=_conn->begin();
1014   int nbNodesPerCell=getNumberOfNodesPerCell();
1015   for(int i=0;i<nbOfCells;i++)
1016     for(int j=0;j<nbNodesPerCell;j++,conn++)
1017       if(*conn>=0 && *conn<nbOfNodes)
1018         traducer[*conn]=1;
1019       else
1020         {
1021           std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1SGTUMesh::getNodeIdsInUse : In cell #" << i  << " presence of node id " <<  conn[j] << " not in [0," << nbOfNodes << ") !";
1022           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1023         }
1024   nbrOfNodesInUse=(int)std::count(traducer,traducer+nbOfNodes,1);
1025   std::transform(traducer,traducer+nbOfNodes,traducer,MEDCouplingAccVisit());
1026   return ret.retn();
1027 }
1028
1029 /*!
1030  * Changes ids of nodes within the nodal connectivity arrays according to a permutation
1031  * array in "Old to New" mode. The node coordinates array is \b not changed by this method.
1032  * This method is a generalization of shiftNodeNumbersInConn().
1033  *  \warning This method performs no check of validity of new ids. **Use it with care !**
1034  *  \param [in] newNodeNumbersO2N - a permutation array, of length \a
1035  *         this->getNumberOfNodes(), in "Old to New" mode.
1036  *         See \ref MEDCouplingArrayRenumbering for more info on renumbering modes.
1037  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
1038  */
1039 void MEDCoupling1SGTUMesh::renumberNodesInConn(const int *newNodeNumbersO2N)
1040 {
1041   getNumberOfCells();//only to check that all is well defined.
1042   _conn->transformWithIndArr(newNodeNumbersO2N,newNodeNumbersO2N+getNumberOfNodes());
1043   updateTime();
1044 }
1045
1046 MEDCoupling1SGTUMesh *MEDCoupling1SGTUMesh::Merge1SGTUMeshes(const MEDCoupling1SGTUMesh *mesh1, const MEDCoupling1SGTUMesh *mesh2) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
1047 {
1048   std::vector<const MEDCoupling1SGTUMesh *> tmp(2);
1049   tmp[0]=const_cast<MEDCoupling1SGTUMesh *>(mesh1); tmp[1]=const_cast<MEDCoupling1SGTUMesh *>(mesh2);
1050   return Merge1SGTUMeshes(tmp);
1051 }
1052
1053 MEDCoupling1SGTUMesh *MEDCoupling1SGTUMesh::Merge1SGTUMeshes(std::vector<const MEDCoupling1SGTUMesh *>& a) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
1054 {
1055   std::size_t sz=a.size();
1056   if(sz==0)
1057     return Merge1SGTUMeshesLL(a);
1058   for(std::size_t ii=0;ii<sz;ii++)
1059     if(!a[ii])
1060       {
1061         std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1SGTUMesh::Merge1SGTUMeshes : item #" << ii << " in input array of size "<< sz << " is empty !";
1062         throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1063       }
1064   const INTERP_KERNEL::CellModel *cm=&(a[0]->getCellModel());
1065   for(std::size_t ii=0;ii<sz;ii++)
1066     if(&(a[ii]->getCellModel())!=cm)
1067       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1SGTUMesh::Merge1SGTUMeshes : all items must have the same geo type !");
1068   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1SGTUMesh> > bb(sz);
1069   std::vector< const MEDCoupling1SGTUMesh * > aa(sz);
1070   int spaceDim=-3;
1071   for(std::size_t i=0;i<sz && spaceDim==-3;i++)
1072     {
1073       const MEDCoupling1SGTUMesh *cur=a[i];
1074       const DataArrayDouble *coo=cur->getCoords();
1075       if(coo)
1076         spaceDim=coo->getNumberOfComponents();
1077     }
1078   if(spaceDim==-3)
1079     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1SGTUMesh::Merge1SGTUMeshes : no spaceDim specified ! unable to perform merge !");
1080   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
1081     {
1082       bb[i]=a[i]->buildSetInstanceFromThis(spaceDim);
1083       aa[i]=bb[i];
1084     }
1085   return Merge1SGTUMeshesLL(aa);
1086 }
1087
1088 /*!
1089  * \throw If presence of a null instance in the input vector \a a.
1090  * \throw If a is empty
1091  */
1092 MEDCoupling1SGTUMesh *MEDCoupling1SGTUMesh::Merge1SGTUMeshesOnSameCoords(std::vector<const MEDCoupling1SGTUMesh *>& a) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
1093 {
1094   if(a.empty())
1095     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1SGTUMesh::Merge1SGTUMeshesOnSameCoords : input array must be NON EMPTY !");
1096   std::vector<const MEDCoupling1SGTUMesh *>::const_iterator it=a.begin();
1097   if(!(*it))
1098     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1SGTUMesh::Merge1SGTUMeshesOnSameCoords : null instance in the first element of input vector !");
1099   std::vector<const DataArrayInt *> ncs(a.size());
1100   int nbOfCells=(*it)->getNumberOfCells();
1101   const DataArrayDouble *coords=(*it)->getCoords();
1102   const INTERP_KERNEL::CellModel *cm=&((*it)->getCellModel());
1103   int nbNodesPerCell=(*it)->getNumberOfNodesPerCell();
1104   ncs[0]=(*it)->getNodalConnectivity();
1105   it++;
1106   for(int i=1;it!=a.end();i++,it++)
1107     {
1108       if(!(*it))
1109         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1SGTUMesh::Merge1SGTUMeshesOnSameCoords : presence of a null instance in the input vector !");
1110       if(cm!=&((*it)->getCellModel()))
1111         throw INTERP_KERNEL::Exception("Geometric types mismatches, Merge1SGTUMeshes impossible !");
1112       (*it)->getNumberOfCells();//to check that all is OK
1113       ncs[i]=(*it)->getNodalConnectivity();
1114       if(coords!=(*it)->getCoords())
1115         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1SGTUMesh::Merge1SGTUMeshesOnSameCoords : not lying on same coords !");
1116     }
1117   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1SGTUMesh> ret(new MEDCoupling1SGTUMesh("merge",*cm));
1118   ret->setCoords(coords);
1119   ret->_conn=DataArrayInt::Aggregate(ncs);
1120   return ret.retn();
1121 }
1122
1123 /*!
1124  * Assume that all instances in \a a are non null. If null it leads to a crash. That's why this method is assigned to be low level (LL)
1125  */
1126 MEDCoupling1SGTUMesh *MEDCoupling1SGTUMesh::Merge1SGTUMeshesLL(std::vector<const MEDCoupling1SGTUMesh *>& a) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
1127 {
1128   if(a.empty())
1129     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1SGTUMesh::Merge1SGTUMeshes : input array must be NON EMPTY !");
1130   std::vector<const MEDCoupling1SGTUMesh *>::const_iterator it=a.begin();
1131   int nbOfCells=(*it)->getNumberOfCells();
1132   const INTERP_KERNEL::CellModel *cm=&((*it)->getCellModel());
1133   int nbNodesPerCell=(*it)->getNumberOfNodesPerCell();
1134   it++;
1135   for(;it!=a.end();it++)
1136     {
1137       if(cm!=&((*it)->getCellModel()))
1138         throw INTERP_KERNEL::Exception("Geometric types mismatches, Merge1SGTUMeshes impossible !");
1139       nbOfCells+=(*it)->getNumberOfCells();
1140     }
1141   std::vector<const MEDCouplingPointSet *> aps(a.size());
1142   std::copy(a.begin(),a.end(),aps.begin());
1143   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> pts=MergeNodesArray(aps);
1144   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1SGTUMesh> ret(new MEDCoupling1SGTUMesh("merge",*cm));
1145   ret->setCoords(pts);
1146   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> c=DataArrayInt::New();
1147   c->alloc(nbOfCells*nbNodesPerCell,1);
1148   int *cPtr=c->getPointer();
1149   int offset=0;
1150   for(it=a.begin();it!=a.end();it++)
1151     {
1152       int curConnLgth=(*it)->getNodalConnectivityLength();
1153       const int *curC=(*it)->_conn->begin();
1154       cPtr=std::transform(curC,curC+curConnLgth,cPtr,std::bind2nd(std::plus<int>(),offset));
1155       offset+=(*it)->getNumberOfNodes();
1156     }
1157   //
1158   ret->setNodalConnectivity(c);
1159   return ret.retn();
1160 }
1161
1162 MEDCouplingPointSet *MEDCoupling1SGTUMesh::buildPartOfMySelfKeepCoords(const int *begin, const int *end) const
1163 {
1164   int ncell=getNumberOfCells();
1165   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1SGTUMesh> ret(new MEDCoupling1SGTUMesh(getName().c_str(),*_cm));
1166   ret->setCoords(_coords);
1167   std::size_t nbOfElemsRet=std::distance(begin,end);
1168   const int *inConn=_conn->getConstPointer();
1169   int sz=getNumberOfNodesPerCell();
1170   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> connRet=DataArrayInt::New(); connRet->alloc((int)nbOfElemsRet*sz,1);
1171   int *connPtr=connRet->getPointer();
1172   for(const int *work=begin;work!=end;work++,connPtr+=sz)
1173     {
1174       if(*work>=0 && *work<ncell)
1175         std::copy(inConn+(work[0])*sz,inConn+(work[0]+1)*sz,connPtr);
1176       else
1177         {
1178           std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1SGTUMesh::buildPartOfMySelfKeepCoords : On pos #" << std::distance(begin,work) << " input cell id =" << *work << " should be in [0," << ncell << ") !";
1179           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1180         }
1181     }
1182   ret->_conn=connRet;
1183   ret->copyTinyInfoFrom(this);
1184   return ret.retn();
1185 }
1186
1187 MEDCouplingPointSet *MEDCoupling1SGTUMesh::buildPartOfMySelfKeepCoords2(int start, int end, int step) const
1188 {
1189   int ncell=getNumberOfCells();
1190   int nbOfElemsRet=DataArray::GetNumberOfItemGivenBESRelative(start,end,step,"MEDCoupling1SGTUMesh::buildPartOfMySelfKeepCoords2 : ");
1191   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1SGTUMesh> ret(new MEDCoupling1SGTUMesh(getName().c_str(),*_cm));
1192   ret->setCoords(_coords);
1193   const int *inConn=_conn->getConstPointer();
1194   int sz=getNumberOfNodesPerCell();
1195   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> connRet=DataArrayInt::New(); connRet->alloc((int)nbOfElemsRet*sz,1);
1196   int *connPtr=connRet->getPointer();
1197   int curId=start;
1198   for(int i=0;i<nbOfElemsRet;i++,connPtr+=sz,curId+=step)
1199     {
1200       if(curId>=0 && curId<ncell)
1201         std::copy(inConn+curId*sz,inConn+(curId+1)*sz,connPtr);
1202       else
1203         {
1204           std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1SGTUMesh::buildPartOfMySelfKeepCoords2 : On pos #" << i << " input cell id =" << curId  << " should be in [0," << ncell << ") !";
1205           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1206         }
1207     }
1208   ret->_conn=connRet;
1209   ret->copyTinyInfoFrom(this);
1210   return ret.retn();
1211 }
1212
1213 void MEDCoupling1SGTUMesh::computeNodeIdsAlg(std::vector<bool>& nodeIdsInUse) const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
1214 {
1215   int sz((int)nodeIdsInUse.size());
1216   int nbCells(getNumberOfCells());
1217   int nbOfNodesPerCell(getNumberOfNodesPerCell());
1218   const int *w(_conn->begin());
1219   for(int i=0;i<nbCells;i++)
1220     for(int j=0;j<nbOfNodesPerCell;j++,w++)
1221       {
1222         if(*w>=0 && *w<sz)
1223           nodeIdsInUse[*w]=true;
1224         else
1225           {
1226             std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1SGTUMesh::computeNodeIdsAlg : At cell #" << i << " presence of node id #" << *w << " should be in [0," << sz << ") !";
1227             throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1228           }
1229       }
1230 }
1231
1232 MEDCoupling1SGTUMesh *MEDCoupling1SGTUMesh::buildSetInstanceFromThis(int spaceDim) const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
1233 {
1234   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1SGTUMesh> ret(new MEDCoupling1SGTUMesh(getName().c_str(),*_cm));
1235   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp1;
1236   const DataArrayInt *nodalConn(_conn);
1237   if(!nodalConn)
1238     {
1239       tmp1=DataArrayInt::New(); tmp1->alloc(0,1);
1240     }
1241   else
1242     tmp1=_conn;
1243   ret->_conn=tmp1;
1244   if(!_coords)
1245     {
1246       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> coords=DataArrayDouble::New(); coords->alloc(0,spaceDim);
1247       ret->setCoords(coords);
1248     }
1249   else
1250     ret->setCoords(_coords);
1251   return ret.retn();
1252 }
1253
1254 DataArrayInt *MEDCoupling1SGTUMesh::simplexizePol0() throw(INTERP_KERNEL::Exception)
1255 {
1256   int nbOfCells=getNumberOfCells();
1257   if(getCellModelEnum()!=INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4)
1258     return DataArrayInt::Range(0,nbOfCells,1);
1259   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConn=DataArrayInt::New(); newConn->alloc(2*3*nbOfCells,1);
1260   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New(); ret->alloc(2*nbOfCells,1);
1261   const int *c(_conn->begin());
1262   int *retPtr(ret->getPointer()),*newConnPtr(newConn->getPointer());
1263   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,c+=4,newConnPtr+=6,retPtr+=2)
1264     {
1265       newConnPtr[0]=c[0]; newConnPtr[1]=c[1]; newConnPtr[2]=c[2];
1266       newConnPtr[3]=c[0]; newConnPtr[4]=c[2]; newConnPtr[5]=c[3];
1267       retPtr[0]=i; retPtr[1]=i;
1268     }
1269   _conn=newConn;
1270   _cm=&INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(INTERP_KERNEL::NORM_TRI3);
1271   updateTime();
1272   return ret.retn();
1273 }
1274
1275 DataArrayInt *MEDCoupling1SGTUMesh::simplexizePol1() throw(INTERP_KERNEL::Exception)
1276 {
1277   int nbOfCells=getNumberOfCells();
1278   if(getCellModelEnum()!=INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4)
1279     return DataArrayInt::Range(0,nbOfCells,1);
1280   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConn=DataArrayInt::New(); newConn->alloc(2*3*nbOfCells,1);
1281   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New(); ret->alloc(2*nbOfCells,1);
1282   const int *c(_conn->begin());
1283   int *retPtr(ret->getPointer()),*newConnPtr(newConn->getPointer());
1284   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,c+=4,newConnPtr+=6,retPtr+=2)
1285     {
1286       newConnPtr[0]=c[0]; newConnPtr[1]=c[1]; newConnPtr[2]=c[3];
1287       newConnPtr[3]=c[1]; newConnPtr[4]=c[2]; newConnPtr[5]=c[3];
1288       retPtr[0]=i; retPtr[1]=i;
1289     }
1290   _conn=newConn;
1291   _cm=&INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(INTERP_KERNEL::NORM_TRI3);
1292   updateTime();
1293   return ret.retn();
1294 }
1295
1296 DataArrayInt *MEDCoupling1SGTUMesh::simplexizePlanarFace5() throw(INTERP_KERNEL::Exception)
1297 {
1298   int nbOfCells=getNumberOfCells();
1299   if(getCellModelEnum()!=INTERP_KERNEL::NORM_HEXA8)
1300     return DataArrayInt::Range(0,nbOfCells,1);
1301   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConn=DataArrayInt::New(); newConn->alloc(5*4*nbOfCells,1);
1302   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New(); ret->alloc(5*nbOfCells,1);
1303   const int *c(_conn->begin());
1304   int *retPtr(ret->getPointer()),*newConnPtr(newConn->getPointer());
1305   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,c+=8,newConnPtr+=20,retPtr+=5)
1306     {
1307       for(int j=0;j<20;j++)
1308         newConnPtr[j]=c[INTERP_KERNEL::SPLIT_NODES_5_WO[j]];
1309       retPtr[0]=i; retPtr[1]=i; retPtr[2]=i; retPtr[3]=i; retPtr[4]=i;
1310     }
1311   _conn=newConn;
1312   _cm=&INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(INTERP_KERNEL::NORM_TETRA4);
1313   updateTime();
1314   return ret.retn();
1315 }
1316
1317 DataArrayInt *MEDCoupling1SGTUMesh::simplexizePlanarFace6() throw(INTERP_KERNEL::Exception)
1318 {
1319   int nbOfCells=getNumberOfCells();
1320   if(getCellModelEnum()!=INTERP_KERNEL::NORM_HEXA8)
1321     return DataArrayInt::Range(0,nbOfCells,1);
1322   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConn=DataArrayInt::New(); newConn->alloc(6*4*nbOfCells,1);
1323   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New(); ret->alloc(6*nbOfCells,1);
1324   const int *c(_conn->begin());
1325   int *retPtr(ret->getPointer()),*newConnPtr(newConn->getPointer());
1326   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,c+=8,newConnPtr+=24,retPtr+=6)
1327     {
1328       for(int j=0;j<24;j++)
1329         newConnPtr[j]=c[INTERP_KERNEL::SPLIT_NODES_6_WO[j]];
1330       retPtr[0]=i; retPtr[1]=i; retPtr[2]=i; retPtr[3]=i; retPtr[4]=i; retPtr[5]=i;
1331     }
1332   _conn=newConn;
1333   _cm=&INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(INTERP_KERNEL::NORM_TETRA4);
1334   updateTime();
1335   return ret.retn();
1336 }
1337
1338 void MEDCoupling1SGTUMesh::reprQuickOverview(std::ostream& stream) const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
1339 {
1340   stream << "MEDCoupling1SGTUMesh C++ instance at " << this << ". Type=" << _cm->getRepr() << ". Name : \"" << getName() << "\".";
1341   stream << " Mesh dimension : " << getMeshDimension() << ".";
1342   if(!_coords)
1343     { stream << " No coordinates set !"; return ; }
1344   if(!_coords->isAllocated())
1345     { stream << " Coordinates set but not allocated !"; return ; }
1346   stream << " Space dimension : " << _coords->getNumberOfComponents() << "." << std::endl;
1347   stream << "Number of nodes : " << _coords->getNumberOfTuples() << ".";
1348   if(!(const DataArrayInt *)_conn)
1349     { stream << std::endl << "Nodal connectivity NOT set !"; return ; }
1350   if(_conn->isAllocated())
1351     {
1352       if(_conn->getNumberOfComponents()==1)
1353         stream << std::endl << "Number of cells : " << getNumberOfCells() << ".";
1354     }
1355 }
1356
1357 void MEDCoupling1SGTUMesh::checkFullyDefined() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
1358 {
1359   if(!((const DataArrayInt *)_conn) || !((const DataArrayDouble *)_coords))
1360     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1SGTUMesh::checkFullyDefined : part of this is not fully defined.");
1361 }
1362
1363 /*!
1364  * First step of unserialization process.
1365  */
1366 bool MEDCoupling1SGTUMesh::isEmptyMesh(const std::vector<int>& tinyInfo) const
1367 {
1368   throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1SGTUMesh::isEmptyMesh : not implemented yet !");
1369 }
1370
1371 void MEDCoupling1SGTUMesh::getTinySerializationInformation(std::vector<double>& tinyInfoD, std::vector<int>& tinyInfo, std::vector<std::string>& littleStrings) const
1372 {
1373   int it,order;
1374   double time=getTime(it,order);
1375   tinyInfo.clear(); tinyInfoD.clear(); littleStrings.clear();
1376   //
1377   littleStrings.push_back(getName());
1378   littleStrings.push_back(getDescription());
1379   littleStrings.push_back(getTimeUnit());
1380   //
1381   std::vector<std::string> littleStrings2,littleStrings3;
1382   if((const DataArrayDouble *)_coords)
1383     _coords->getTinySerializationStrInformation(littleStrings2);
1384   if((const DataArrayInt *)_conn)
1385     _conn->getTinySerializationStrInformation(littleStrings3);
1386   int sz0((int)littleStrings2.size()),sz1((int)littleStrings3.size());
1387   littleStrings.insert(littleStrings.end(),littleStrings2.begin(),littleStrings2.end());
1388   littleStrings.insert(littleStrings.end(),littleStrings3.begin(),littleStrings3.end());
1389   //
1390   tinyInfo.push_back(getCellModelEnum());
1391   tinyInfo.push_back(it);
1392   tinyInfo.push_back(order);
1393   std::vector<int> tinyInfo2,tinyInfo3;
1394   if((const DataArrayDouble *)_coords)
1395     _coords->getTinySerializationIntInformation(tinyInfo2);
1396   if((const DataArrayInt *)_conn)
1397     _conn->getTinySerializationIntInformation(tinyInfo3);
1398   int sz2((int)tinyInfo2.size()),sz3((int)tinyInfo3.size());
1399   tinyInfo.push_back(sz0); tinyInfo.push_back(sz1); tinyInfo.push_back(sz2); tinyInfo.push_back(sz3);
1400   tinyInfo.insert(tinyInfo.end(),tinyInfo2.begin(),tinyInfo2.end());
1401   tinyInfo.insert(tinyInfo.end(),tinyInfo3.begin(),tinyInfo3.end());
1402   //
1403   tinyInfoD.push_back(time);
1404 }
1405
1406 void MEDCoupling1SGTUMesh::resizeForUnserialization(const std::vector<int>& tinyInfo, DataArrayInt *a1, DataArrayDouble *a2, std::vector<std::string>& littleStrings) const
1407 {
1408   std::vector<int> tinyInfo2(tinyInfo.begin()+7,tinyInfo.begin()+7+tinyInfo[5]);
1409   std::vector<int> tinyInfo1(tinyInfo.begin()+7+tinyInfo[5],tinyInfo.begin()+7+tinyInfo[5]+tinyInfo[6]);
1410   a1->resizeForUnserialization(tinyInfo1);
1411   a2->resizeForUnserialization(tinyInfo2);
1412 }
1413
1414 void MEDCoupling1SGTUMesh::serialize(DataArrayInt *&a1, DataArrayDouble *&a2) const
1415 {
1416   int sz(0);
1417   if((const DataArrayInt *)_conn)
1418     if(_conn->isAllocated())
1419       sz=_conn->getNbOfElems();
1420   a1=DataArrayInt::New();
1421   a1->alloc(sz,1);
1422   if(sz!=0 && (const DataArrayInt *)_conn)
1423     std::copy(_conn->begin(),_conn->end(),a1->getPointer());
1424   sz=0;
1425   if((const DataArrayDouble *)_coords)
1426     if(_coords->isAllocated())
1427       sz=_coords->getNbOfElems();
1428   a2=DataArrayDouble::New();
1429   a2->alloc(sz,1);
1430   if(sz!=0 && (const DataArrayDouble *)_coords)
1431     std::copy(_coords->begin(),_coords->end(),a2->getPointer());
1432 }
1433
1434 void MEDCoupling1SGTUMesh::unserialization(const std::vector<double>& tinyInfoD, const std::vector<int>& tinyInfo, const DataArrayInt *a1, DataArrayDouble *a2,
1435                                            const std::vector<std::string>& littleStrings)
1436 {
1437   INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)tinyInfo[0]);
1438   _cm=&INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(gt);
1439   setName(littleStrings[0].c_str());
1440   setDescription(littleStrings[1].c_str());
1441   setTimeUnit(littleStrings[2].c_str());
1442   setTime(tinyInfoD[0],tinyInfo[1],tinyInfo[2]);
1443   int sz0(tinyInfo[3]),sz1(tinyInfo[4]),sz2(tinyInfo[5]),sz3(tinyInfo[6]);
1444   //
1445   _coords=DataArrayDouble::New();
1446   std::vector<int> tinyInfo2(tinyInfo.begin()+7,tinyInfo.begin()+7+sz2);
1447   _coords->resizeForUnserialization(tinyInfo2);
1448   std::copy(a2->begin(),a2->end(),_coords->getPointer());
1449   _conn=DataArrayInt::New();
1450   std::vector<int> tinyInfo3(tinyInfo.begin()+7+sz2,tinyInfo.begin()+7+sz2+sz3);
1451   _conn->resizeForUnserialization(tinyInfo3);
1452   std::copy(a1->begin(),a1->end(),_conn->getPointer());
1453   std::vector<std::string> littleStrings2(littleStrings.begin()+3,littleStrings.begin()+3+sz0);
1454   _coords->finishUnserialization(tinyInfo2,littleStrings2);
1455   std::vector<std::string> littleStrings3(littleStrings.begin()+3+sz0,littleStrings.begin()+3+sz0+sz1);
1456   _conn->finishUnserialization(tinyInfo3,littleStrings3);
1457 }
1458
1459 /*!
1460  * Checks if \a this and \a other meshes are geometrically equivalent with high
1461  * probability, else an exception is thrown. The meshes are considered equivalent if
1462  * (1) meshes contain the same number of nodes and the same number of elements of the
1463  * same types (2) three cells of the two meshes (first, last and middle) are based
1464  * on coincident nodes (with a specified precision).
1465  *  \param [in] other - the mesh to compare with.
1466  *  \param [in] prec - the precision used to compare nodes of the two meshes.
1467  *  \throw If the two meshes do not match.
1468  */
1469 void MEDCoupling1SGTUMesh::checkFastEquivalWith(const MEDCouplingMesh *other, double prec) const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
1470 {
1471   MEDCouplingPointSet::checkFastEquivalWith(other,prec);
1472   const MEDCoupling1SGTUMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDCoupling1SGTUMesh *>(other);
1473   if(!otherC)
1474     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1SGTUMesh::checkFastEquivalWith : Two meshes are not unstructured with single static geometric type !");
1475   const DataArrayInt *c1(_conn),*c2(otherC->_conn);
1476   if(c1==c2)
1477     return;
1478   if(!c1 || !c2)
1479     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1SGTUMesh::checkFastEquivalWith : presence of nodal connectivity only in one of the 2 meshes !");
1480   if((c1->isAllocated() && !c2->isAllocated()) || (!c1->isAllocated() && c2->isAllocated()))
1481     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1SGTUMesh::checkFastEquivalWith : in nodal connectivity, only one is allocated !");
1482   if(c1->getNumberOfComponents()!=1 || c1->getNumberOfComponents()!=1)
1483     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1SGTUMesh::checkFastEquivalWith : in nodal connectivity, must have 1 and only 1 component !");
1484   if(c1->getHashCode()!=c2->getHashCode())
1485     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1SGTUMesh::checkFastEquivalWith : nodal connectivity differs");
1486 }
1487
1488 MEDCouplingPointSet *MEDCoupling1SGTUMesh::mergeMyselfWithOnSameCoords(const MEDCouplingPointSet *other) const
1489 {
1490   if(!other)
1491     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1SGTUMesh::mergeMyselfWithOnSameCoords : input other is null !");
1492   const MEDCoupling1SGTUMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDCoupling1SGTUMesh *>(other);
1493   if(!otherC)
1494     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1SGTUMesh::mergeMyselfWithOnSameCoords : the input other mesh is not of type single statuc geo type unstructured !");
1495   std::vector<const MEDCoupling1SGTUMesh *> ms(2);
1496   ms[0]=this;
1497   ms[1]=otherC;
1498   return Merge1SGTUMeshesOnSameCoords(ms);
1499 }
1500
1501 void MEDCoupling1SGTUMesh::getReverseNodalConnectivity(DataArrayInt *revNodal, DataArrayInt *revNodalIndx) const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
1502 {
1503   checkFullyDefined();
1504   int nbOfNodes=getNumberOfNodes();
1505   int *revNodalIndxPtr=(int *)malloc((nbOfNodes+1)*sizeof(int));
1506   revNodalIndx->useArray(revNodalIndxPtr,true,C_DEALLOC,nbOfNodes+1,1);
1507   std::fill(revNodalIndxPtr,revNodalIndxPtr+nbOfNodes+1,0);
1508   const int *conn=_conn->begin();
1509   int nbOfCells=getNumberOfCells();
1510   int nbOfEltsInRevNodal=0;
1511   int nbOfNodesPerCell=getNumberOfNodesPerCell();
1512   for(int eltId=0;eltId<nbOfCells;eltId++)
1513     {
1514       for(int j=0;j<nbOfNodesPerCell;j++,conn++)
1515         {
1516           if(conn[0]>=0 && conn[0]<nbOfNodes)
1517             {
1518               nbOfEltsInRevNodal++;
1519               revNodalIndxPtr[conn[0]+1]++;
1520             }
1521           else
1522             {
1523               std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1SGTUMesh::getReverseNodalConnectivity : At cell #" << eltId << " presence of nodeId #" << conn[0] << " should be in [0," << nbOfNodes << ") !";
1524               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1525             }
1526         }
1527     }
1528   std::transform(revNodalIndxPtr+1,revNodalIndxPtr+nbOfNodes+1,revNodalIndxPtr,revNodalIndxPtr+1,std::plus<int>());
1529   conn=_conn->begin();
1530   int *revNodalPtr=(int *)malloc((nbOfEltsInRevNodal)*sizeof(int));
1531   revNodal->useArray(revNodalPtr,true,C_DEALLOC,nbOfEltsInRevNodal,1);
1532   std::fill(revNodalPtr,revNodalPtr+nbOfEltsInRevNodal,-1);
1533   for(int eltId=0;eltId<nbOfCells;eltId++)
1534     {
1535       for(int j=0;j<nbOfNodesPerCell;j++,conn++)
1536         {
1537           *std::find_if(revNodalPtr+revNodalIndxPtr[*conn],revNodalPtr+revNodalIndxPtr[*conn+1],std::bind2nd(std::equal_to<int>(),-1))=eltId;
1538         }
1539     }
1540 }
1541
1542 /*!
1543  * Use \a nodalConn array as nodal connectivity of \a this. The input \a nodalConn pointer can be null.
1544  */
1545 void MEDCoupling1SGTUMesh::setNodalConnectivity(DataArrayInt *nodalConn) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
1546 {
1547   if(nodalConn)
1548     nodalConn->incrRef();
1549   _conn=nodalConn;
1550   declareAsNew();
1551 }
1552
1553 /*!
1554  * \return DataArrayInt * - the internal reference to the nodal connectivity. The caller is not reponsible to deallocate it.
1555  */
1556 DataArrayInt *MEDCoupling1SGTUMesh::getNodalConnectivity() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
1557 {
1558   const DataArrayInt *ret(_conn);
1559   return const_cast<DataArrayInt *>(ret);
1560 }
1561
1562 /*!
1563  * Allocates memory to store an estimation of the given number of cells. Closer is the estimation to the number of cells effectively inserted,
1564  * less will be the needs to realloc. If the number of cells to be inserted is not known simply put 0 to this parameter.
1565  * If a nodal connectivity previouly existed before the call of this method, it will be reset.
1566  *
1567  *  \param [in] nbOfCells - estimation of the number of cell \a this mesh will contain.
1568  */
1569 void MEDCoupling1SGTUMesh::allocateCells(int nbOfCells) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
1570 {
1571   if(nbOfCells<0)
1572     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1SGTUMesh::allocateCells : the input number of cells should be >= 0 !");
1573   _conn=DataArrayInt::New();
1574   _conn->reserve(getNumberOfNodesPerCell()*nbOfCells);
1575   declareAsNew();
1576 }
1577
1578 /*!
1579  * Appends at the end of \a this a cell having nodal connectivity array defined in [ \a nodalConnOfCellBg, \a nodalConnOfCellEnd ).
1580  *
1581  * \param [in] nodalConnOfCellBg - the begin (included) of nodal connectivity of the cell to add.
1582  * \param [in] nodalConnOfCellEnd - the end (excluded) of nodal connectivity of the cell to add.
1583  * \throw If the length of the input nodal connectivity array of the cell to add is not equal to number of nodes per cell relative to the unique geometric type
1584  *        attached to \a this.
1585  * \thow If the nodal connectivity array in \a this is null (call MEDCoupling1SGTUMesh::allocateCells before).
1586  */
1587 void MEDCoupling1SGTUMesh::insertNextCell(const int *nodalConnOfCellBg, const int *nodalConnOfCellEnd) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
1588 {
1589   int sz=(int)std::distance(nodalConnOfCellBg,nodalConnOfCellEnd);
1590   int ref=getNumberOfNodesPerCell();
1591   if(sz==ref)
1592     {
1593       DataArrayInt *c(_conn);
1594       if(c)
1595         c->pushBackValsSilent(nodalConnOfCellBg,nodalConnOfCellEnd);
1596       else
1597         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1SGTUMesh::insertNextCell : nodal connectivity array is null ! Call MEDCoupling1SGTUMesh::allocateCells before !");
1598     }
1599   else
1600     {
1601       std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1SGTUMesh::insertNextCell : input nodal size (" << sz << ") does not match number of nodes per cell of this (";
1602       oss << ref << ") !";
1603       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1604     }
1605 }
1606
1607 /*!
1608  * This method builds the dual mesh of \a this and returns it.
1609  *
1610  * \return MEDCoupling1SGTUMesh * - newly object created to be managed by the caller.
1611  * \throw If \a this is not a mesh containing only simplex cells.
1612  * \throw If \a this is not correctly allocated (coordinates and connectivities have to be correctly set !).
1613  * \throw If at least one node in \a this is orphan (without any simplex cell lying on it !)
1614  */
1615 MEDCoupling1GTUMesh *MEDCoupling1SGTUMesh::computeDualMesh() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
1616 {
1617   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm(getCellModel());
1618   if(!cm.isSimplex())
1619     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1SGTUMesh::computeDualMesh : this mesh is not a simplex mesh ! Please invoke simplexize of tetrahedrize on this before calling this method !");
1620   switch(getMeshDimension())
1621     {
1622     case 3:
1623       return computeDualMesh3D();
1624     case 2:
1625       return computeDualMesh2D();
1626     default:
1627       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1SGTUMesh::computeDualMesh : meshdimension must be in [2,3] !");
1628     }
1629 }
1630
1631 MEDCoupling1DGTUMesh *MEDCoupling1SGTUMesh::computeDualMesh3D() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
1632 {
1633   static const int DUAL_TETRA_0[36]={
1634     4,1,0, 6,0,3, 7,3,1,
1635     4,0,1, 5,2,0, 8,1,2,
1636     6,3,0, 5,0,2, 9,2,3,
1637     7,1,3, 9,3,2, 8,2,1
1638   };
1639   static const int DUAL_TETRA_1[36]={
1640     8,4,10, 11,5,8, 10,7,11,
1641     9,4,8, 8,5,12, 12,6,9,
1642     10,4,9, 9,6,13, 13,7,10,
1643     12,5,11, 13,6,12, 11,7,13
1644   };
1645   static const int FACEID_NOT_SH_NODE[4]={2,3,1,0};
1646   if(getCellModelEnum()!=INTERP_KERNEL::NORM_TETRA4)
1647     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1SGTUMesh::computeDualMesh3D : only TETRA4 supported !");
1648   checkFullyDefined();
1649   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> thisu(buildUnstructured());
1650   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> revNodArr(DataArrayInt::New()),revNodIArr(DataArrayInt::New());
1651   thisu->getReverseNodalConnectivity(revNodArr,revNodIArr);
1652   const int *revNod(revNodArr->begin()),*revNodI(revNodIArr->begin()),*nodal(_conn->begin());
1653   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> d1Arr(DataArrayInt::New()),di1Arr(DataArrayInt::New()),rd1Arr(DataArrayInt::New()),rdi1Arr(DataArrayInt::New());
1654   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> edges(thisu->explode3DMeshTo1D(d1Arr,di1Arr,rd1Arr,rdi1Arr));
1655   const int *d1(d1Arr->begin());
1656   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> d2Arr(DataArrayInt::New()),di2Arr(DataArrayInt::New()),rd2Arr(DataArrayInt::New()),rdi2Arr(DataArrayInt::New());
1657   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> faces(thisu->buildDescendingConnectivity(d2Arr,di2Arr,rd2Arr,rdi2Arr));  thisu=0;
1658   const int *d2(d2Arr->begin()),*rd2(rd2Arr->begin()),*rdi2(rdi2Arr->begin());
1659   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> edgesBaryArr(edges->getBarycenterAndOwner()),facesBaryArr(faces->getBarycenterAndOwner()),baryArr(getBarycenterAndOwner());
1660   const int nbOfNodes(getNumberOfNodes()),offset0(nbOfNodes+faces->getNumberOfCells()),offset1(offset0+edges->getNumberOfCells());
1661   edges=0; faces=0;
1662   std::vector<const DataArrayDouble *> v(4); v[0]=getCoords(); v[1]=facesBaryArr; v[2]=edgesBaryArr; v[3]=baryArr;
1663   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> zeArr(DataArrayDouble::Aggregate(v)); baryArr=0; edgesBaryArr=0; facesBaryArr=0;
1664   std::string name("DualOf_"); name+=getName();
1665   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1DGTUMesh> ret(MEDCoupling1DGTUMesh::New(name.c_str(),INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED)); ret->setCoords(zeArr);
1666   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cArr(DataArrayInt::New()),ciArr(DataArrayInt::New()); ciArr->alloc(nbOfNodes+1,1); ciArr->setIJ(0,0,0); cArr->alloc(0,1);
1667   for(int i=0;i<nbOfNodes;i++,revNodI++)
1668     {
1669       int nbOfCellsSharingNode(revNodI[1]-revNodI[0]);
1670       if(nbOfCellsSharingNode==0)
1671         {
1672           std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1SGTUMesh::computeDualMesh3D : Node #" << i << " is orphan !";
1673           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1674         }
1675       for(int j=0;j<nbOfCellsSharingNode;j++)
1676         {
1677           int curCellId(revNod[revNodI[0]+j]);
1678           const int *connOfCurCell(nodal+4*curCellId);
1679           std::size_t nodePosInCurCell(std::distance(connOfCurCell,std::find(connOfCurCell,connOfCurCell+4,i)));
1680           if(j!=0) cArr->pushBackSilent(-1);
1681           int tmp[14];
1682           //
1683           tmp[0]=d1[6*curCellId+DUAL_TETRA_0[nodePosInCurCell*9+0]-4]+offset0; tmp[1]=d2[4*curCellId+DUAL_TETRA_0[nodePosInCurCell*9+1]]+nbOfNodes;
1684           tmp[2]=curCellId+offset1; tmp[3]=d2[4*curCellId+DUAL_TETRA_0[nodePosInCurCell*9+2]]+nbOfNodes;
1685           tmp[4]=-1;
1686           tmp[5]=d1[6*curCellId+DUAL_TETRA_0[nodePosInCurCell*9+3]-4]+offset0; tmp[6]=d2[4*curCellId+DUAL_TETRA_0[nodePosInCurCell*9+4]]+nbOfNodes;
1687           tmp[7]=curCellId+offset1; tmp[8]=d2[4*curCellId+DUAL_TETRA_0[nodePosInCurCell*9+5]]+nbOfNodes;
1688           tmp[9]=-1;
1689           tmp[10]=d1[6*curCellId+DUAL_TETRA_0[nodePosInCurCell*9+6]-4]+offset0; tmp[11]=d2[4*curCellId+DUAL_TETRA_0[nodePosInCurCell*9+7]]+nbOfNodes;
1690           tmp[12]=curCellId+offset1; tmp[13]=d2[4*curCellId+DUAL_TETRA_0[nodePosInCurCell*9+8]]+nbOfNodes;
1691           cArr->insertAtTheEnd(tmp,tmp+14);
1692           int kk(0);
1693           for(int k=0;k<4;k++)
1694             {
1695               if(FACEID_NOT_SH_NODE[nodePosInCurCell]!=k)
1696                 {
1697                   const int *faceId(d2+4*curCellId+k);
1698                   if(rdi2[*faceId+1]-rdi2[*faceId]==1)
1699                     {
1700                       int tmp2[5]; tmp2[0]=-1; tmp2[1]=i;
1701                       tmp2[2]=d1[6*curCellId+DUAL_TETRA_1[9*nodePosInCurCell+3*kk+0]-8]+offset0;
1702                       tmp2[3]=d2[4*curCellId+DUAL_TETRA_1[9*nodePosInCurCell+3*kk+1]-4]+nbOfNodes;
1703                       tmp2[4]=d1[6*curCellId+DUAL_TETRA_1[9*nodePosInCurCell+3*kk+2]-8]+offset0;
1704                       cArr->insertAtTheEnd(tmp2,tmp2+5);
1705                     }
1706                   kk++;
1707                 }
1708             }
1709         }
1710       ciArr->setIJ(i+1,0,cArr->getNumberOfTuples());
1711     }
1712   ret->setNodalConnectivity(cArr,ciArr);
1713   return ret.retn();
1714 }
1715
1716 MEDCoupling1DGTUMesh *MEDCoupling1SGTUMesh::computeDualMesh2D() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
1717 {
1718   static const int DUAL_TRI_0[6]={0,2, 1,0, 2,1};
1719   static const int DUAL_TRI_1[6]={-3,+5, +3,-4, +4,-5};
1720   static const int FACEID_NOT_SH_NODE[3]={1,2,0};
1721   if(getCellModelEnum()!=INTERP_KERNEL::NORM_TRI3)
1722     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1SGTUMesh::computeDualMesh2D : only TRI3 supported !");
1723   checkFullyDefined();
1724   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> thisu(buildUnstructured());
1725   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> revNodArr(DataArrayInt::New()),revNodIArr(DataArrayInt::New());
1726   thisu->getReverseNodalConnectivity(revNodArr,revNodIArr);
1727   const int *revNod(revNodArr->begin()),*revNodI(revNodIArr->begin()),*nodal(_conn->begin());
1728   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> d2Arr(DataArrayInt::New()),di2Arr(DataArrayInt::New()),rd2Arr(DataArrayInt::New()),rdi2Arr(DataArrayInt::New());
1729   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> edges(thisu->buildDescendingConnectivity(d2Arr,di2Arr,rd2Arr,rdi2Arr));  thisu=0;
1730   const int *d2(d2Arr->begin()),*rd2(rd2Arr->begin()),*rdi2(rdi2Arr->begin());
1731   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> edgesBaryArr(edges->getBarycenterAndOwner()),baryArr(getBarycenterAndOwner());
1732   const int nbOfNodes(getNumberOfNodes()),offset0(nbOfNodes+edges->getNumberOfCells());
1733   edges=0;
1734   std::vector<const DataArrayDouble *> v(3); v[0]=getCoords(); v[1]=edgesBaryArr; v[2]=baryArr;
1735   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> zeArr(DataArrayDouble::Aggregate(v)); baryArr=0; edgesBaryArr=0;
1736   std::string name("DualOf_"); name+=getName();
1737   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1DGTUMesh> ret(MEDCoupling1DGTUMesh::New(name.c_str(),INTERP_KERNEL::NORM_POLYGON)); ret->setCoords(zeArr);
1738   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cArr(DataArrayInt::New()),ciArr(DataArrayInt::New()); ciArr->alloc(nbOfNodes+1,1); ciArr->setIJ(0,0,0); cArr->alloc(0,1);
1739   for(int i=0;i<nbOfNodes;i++,revNodI++)
1740     {
1741       int nbOfCellsSharingNode(revNodI[1]-revNodI[0]);
1742       if(nbOfCellsSharingNode==0)
1743         {
1744           std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1SGTUMesh::computeDualMesh2D : Node #" << i << " is orphan !";
1745           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1746         }
1747       std::vector< std::vector<int> > polyg;
1748       for(int j=0;j<nbOfCellsSharingNode;j++)
1749         {
1750           int curCellId(revNod[revNodI[0]+j]);
1751           const int *connOfCurCell(nodal+3*curCellId);
1752           std::size_t nodePosInCurCell(std::distance(connOfCurCell,std::find(connOfCurCell,connOfCurCell+4,i)));
1753           std::vector<int> locV(3);
1754           locV[0]=d2[3*curCellId+DUAL_TRI_0[2*nodePosInCurCell+0]]+nbOfNodes; locV[1]=curCellId+offset0; locV[2]=d2[3*curCellId+DUAL_TRI_0[2*nodePosInCurCell+1]]+nbOfNodes;
1755           polyg.push_back(locV);
1756           int kk(0);
1757           for(int k=0;k<3;k++)
1758             {
1759               if(FACEID_NOT_SH_NODE[nodePosInCurCell]!=k)
1760                 {
1761                   const int *edgeId(d2+3*curCellId+k);
1762                   if(rdi2[*edgeId+1]-rdi2[*edgeId]==1)
1763                     {
1764                       std::vector<int> locV2(2);
1765                       int zeLocEdgeIdRel(DUAL_TRI_1[2*nodePosInCurCell+kk]);
1766                       if(zeLocEdgeIdRel>0)
1767                         {  locV2[0]=d2[3*curCellId+zeLocEdgeIdRel-3]+nbOfNodes;  locV2[1]=i; }
1768                       else
1769                         {  locV2[0]=i; locV2[1]=d2[3*curCellId-zeLocEdgeIdRel-3]+nbOfNodes; }
1770                       polyg.push_back(locV2);
1771                     }
1772                   kk++;
1773                 }
1774             }
1775         }
1776       std::vector<int> zePolyg(MEDCoupling1DGTUMesh::BuildAPolygonFromParts(polyg));
1777       cArr->insertAtTheEnd(zePolyg.begin(),zePolyg.end());
1778       ciArr->setIJ(i+1,0,cArr->getNumberOfTuples());
1779     }
1780   ret->setNodalConnectivity(cArr,ciArr);
1781   return ret.retn();
1782 }
1783
1784 //==
1785
1786 MEDCoupling1DGTUMesh *MEDCoupling1DGTUMesh::New()
1787 {
1788   return new MEDCoupling1DGTUMesh;
1789 }
1790
1791 MEDCoupling1DGTUMesh *MEDCoupling1DGTUMesh::New(const char *name, INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
1792 {
1793   if(type==INTERP_KERNEL::NORM_ERROR)
1794     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1DGTUMesh::New : NORM_ERROR is not a valid type to be used as base geometric type for a mesh !");
1795   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(type);
1796   if(!cm.isDynamic())
1797     {
1798       std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1DGTUMesh::New : the input geometric type " << cm.getRepr() << " is static ! Only dynamic types are allowed here !";
1799       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1800     }
1801   return new MEDCoupling1DGTUMesh(name,cm);
1802 }
1803
1804 MEDCoupling1DGTUMesh::MEDCoupling1DGTUMesh()
1805 {
1806 }
1807
1808 MEDCoupling1DGTUMesh::MEDCoupling1DGTUMesh(const char *name, const INTERP_KERNEL::CellModel& cm):MEDCoupling1GTUMesh(name,cm)
1809 {
1810 }
1811
1812 MEDCoupling1DGTUMesh::MEDCoupling1DGTUMesh(const MEDCoupling1DGTUMesh& other, bool recDeepCpy):MEDCoupling1GTUMesh(other,recDeepCpy),_conn(other._conn)
1813 {
1814   if(recDeepCpy)
1815     {
1816       const DataArrayInt *c(other._conn);
1817       if(c)
1818         _conn=c->deepCpy();
1819       c=other._conn_indx;
1820       if(c)
1821         _conn_indx=c->deepCpy();
1822     }
1823 }
1824
1825 MEDCoupling1DGTUMesh *MEDCoupling1DGTUMesh::clone(bool recDeepCpy) const
1826 {
1827   return new MEDCoupling1DGTUMesh(*this,recDeepCpy);
1828 }
1829
1830 /*!
1831  * This method behaves mostly like MEDCoupling1DGTUMesh::deepCpy method, except that only nodal connectivity arrays are deeply copied.
1832  * The coordinates are shared between \a this and the returned instance.
1833  *
1834  * \return MEDCouplingUMesh * - A new object instance holding the copy of \a this (deep for connectivity, shallow for coordiantes)
1835  * \sa MEDCoupling1DGTUMesh::deepCpy
1836  */
1837 MEDCouplingPointSet *MEDCoupling1DGTUMesh::deepCpyConnectivityOnly() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
1838 {
1839   checkCoherency();
1840   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1DGTUMesh> ret(clone(false));
1841   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> c(_conn->deepCpy()),ci(_conn_indx->deepCpy());
1842   ret->setNodalConnectivity(c,ci);
1843   return ret.retn();
1844 }
1845
1846 void MEDCoupling1DGTUMesh::updateTime() const
1847 {
1848   MEDCoupling1GTUMesh::updateTime();
1849   const DataArrayInt *c(_conn);
1850   if(c)
1851     updateTimeWith(*c);
1852   c=_conn_indx;
1853   if(c)
1854     updateTimeWith(*c);
1855 }
1856
1857 std::size_t MEDCoupling1DGTUMesh::getHeapMemorySize() const
1858 {
1859   std::size_t ret=0;
1860   const DataArrayInt *c(_conn);
1861   if(c)
1862     ret+=c->getHeapMemorySize();
1863   c=_conn_indx;
1864   if(c)
1865     ret+=c->getHeapMemorySize();
1866   return MEDCoupling1GTUMesh::getHeapMemorySize()+ret;
1867 }
1868
1869 MEDCouplingMesh *MEDCoupling1DGTUMesh::deepCpy() const
1870 {
1871   return clone(true);
1872 }
1873
1874 bool MEDCoupling1DGTUMesh::isEqualIfNotWhy(const MEDCouplingMesh *other, double prec, std::string& reason) const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
1875 {
1876   if(!other)
1877     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1DGTUMesh::isEqualIfNotWhy : input other pointer is null !");
1878   std::ostringstream oss; oss.precision(15);
1879   const MEDCoupling1DGTUMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDCoupling1DGTUMesh *>(other);
1880   if(!otherC)
1881     {
1882       reason="mesh given in input is not castable in MEDCoupling1DGTUMesh !";
1883       return false;
1884     }
1885   if(!MEDCoupling1GTUMesh::isEqualIfNotWhy(other,prec,reason))
1886     return false;
1887   const DataArrayInt *c1(_conn),*c2(otherC->_conn);
1888   if(c1==c2)
1889     return true;
1890   if(!c1 || !c2)
1891     {
1892       reason="in connectivity of single dynamic geometric type exactly one among this and other is null !";
1893       return false;
1894     }
1895   if(!c1->isEqualIfNotWhy(*c2,reason))
1896     {
1897       reason.insert(0,"Nodal connectivity DataArrayInt differs : ");
1898       return false;
1899     }
1900   c1=_conn_indx; c2=otherC->_conn_indx;
1901   if(c1==c2)
1902     return true;
1903   if(!c1 || !c2)
1904     {
1905       reason="in connectivity index of single dynamic geometric type exactly one among this and other is null !";
1906       return false;
1907     }
1908   if(!c1->isEqualIfNotWhy(*c2,reason))
1909     {
1910       reason.insert(0,"Nodal connectivity index DataArrayInt differs : ");
1911       return false;
1912     }
1913   return true;
1914 }
1915
1916 bool MEDCoupling1DGTUMesh::isEqualWithoutConsideringStr(const MEDCouplingMesh *other, double prec) const
1917 {
1918   if(!other)
1919     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1DGTUMesh::isEqualWithoutConsideringStr : input other pointer is null !");
1920   const MEDCoupling1DGTUMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDCoupling1DGTUMesh *>(other);
1921   if(!otherC)
1922     return false;
1923   if(!MEDCoupling1GTUMesh::isEqualWithoutConsideringStr(other,prec))
1924     return false;
1925   const DataArrayInt *c1(_conn),*c2(otherC->_conn);
1926   if(c1==c2)
1927     return true;
1928   if(!c1 || !c2)
1929     return false;
1930   if(!c1->isEqualWithoutConsideringStr(*c2))
1931     return false;
1932   return true;
1933   c1=_conn_indx; c2=otherC->_conn_indx;
1934   if(c1==c2)
1935     return true;
1936   if(!c1 || !c2)
1937     return false;
1938   if(!c1->isEqualWithoutConsideringStr(*c2))
1939     return false;
1940   return true;
1941 }
1942
1943 /*!
1944  * Checks if \a this and \a other meshes are geometrically equivalent with high
1945  * probability, else an exception is thrown. The meshes are considered equivalent if
1946  * (1) meshes contain the same number of nodes and the same number of elements of the
1947  * same types (2) three cells of the two meshes (first, last and middle) are based
1948  * on coincident nodes (with a specified precision).
1949  *  \param [in] other - the mesh to compare with.
1950  *  \param [in] prec - the precision used to compare nodes of the two meshes.
1951  *  \throw If the two meshes do not match.
1952  */
1953 void MEDCoupling1DGTUMesh::checkFastEquivalWith(const MEDCouplingMesh *other, double prec) const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
1954 {
1955   MEDCouplingPointSet::checkFastEquivalWith(other,prec);
1956   const MEDCoupling1DGTUMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDCoupling1DGTUMesh *>(other);
1957   if(!otherC)
1958     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1DGTUMesh::checkFastEquivalWith : Two meshes are not unstructured with single dynamic geometric type !");
1959   const DataArrayInt *c1(_conn),*c2(otherC->_conn);
1960   if(c1!=c2)
1961     {
1962       if(!c1 || !c2)
1963         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1DGTUMesh::checkFastEquivalWith : presence of nodal connectivity only in one of the 2 meshes !");
1964       if((c1->isAllocated() && !c2->isAllocated()) || (!c1->isAllocated() && c2->isAllocated()))
1965         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1DGTUMesh::checkFastEquivalWith : in nodal connectivity, only one is allocated !");
1966       if(c1->getNumberOfComponents()!=1 || c1->getNumberOfComponents()!=1)
1967         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1DGTUMesh::checkFastEquivalWith : in nodal connectivity, must have 1 and only 1 component !");
1968       if(c1->getHashCode()!=c2->getHashCode())
1969         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1DGTUMesh::checkFastEquivalWith : nodal connectivity differs");
1970     }
1971   c1=_conn_indx; c2=otherC->_conn_indx;
1972   if(c1!=c2)
1973     {
1974       if(!c1 || !c2)
1975         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1DGTUMesh::checkFastEquivalWith : presence of nodal connectivity index only in one of the 2 meshes !");
1976       if((c1->isAllocated() && !c2->isAllocated()) || (!c1->isAllocated() && c2->isAllocated()))
1977         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1DGTUMesh::checkFastEquivalWith : in nodal connectivity index, only one is allocated !");
1978       if(c1->getNumberOfComponents()!=1 || c1->getNumberOfComponents()!=1)
1979         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1DGTUMesh::checkFastEquivalWith : in nodal connectivity index, must have 1 and only 1 component !");
1980       if(c1->getHashCode()!=c2->getHashCode())
1981         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1DGTUMesh::checkFastEquivalWith : nodal connectivity index differs");
1982     }
1983 }
1984
1985 void MEDCoupling1DGTUMesh::checkCoherencyOfConnectivity() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
1986 {
1987   const DataArrayInt *c1(_conn);
1988   if(c1)
1989     {
1990       if(c1->getNumberOfComponents()!=1)
1991         throw INTERP_KERNEL::Exception("Nodal connectivity array is expected to be with number of components set to one !");
1992       if(c1->getInfoOnComponent(0)!="")
1993         throw INTERP_KERNEL::Exception("Nodal connectivity array is expected to have no info on its single component !");
1994       c1->checkAllocated();
1995     }
1996   else
1997     throw INTERP_KERNEL::Exception("Nodal connectivity array not defined !");
1998   //
1999   int sz2=_conn->getNumberOfTuples();
2000   c1=_conn_indx;
2001   if(c1)
2002     {
2003       if(c1->getNumberOfComponents()!=1)
2004         throw INTERP_KERNEL::Exception("Nodal connectivity index array is expected to be with number of components set to one !");
2005       c1->checkAllocated();
2006       if(c1->getNumberOfTuples()<1)
2007         throw INTERP_KERNEL::Exception("Nodal connectivity index array is expected to have a a size of 1 at least !");
2008       if(c1->getInfoOnComponent(0)!="")
2009         throw INTERP_KERNEL::Exception("Nodal connectivity index array is expected to have no info on its single component !");
2010       int f=c1->front(),ll=c1->back();
2011       if(f<0 || f>=sz2)
2012         {
2013           std::ostringstream oss; oss << "Nodal connectivity index array first value (" << f << ") is expected to be exactly in [0," << sz2 << ") !";
2014           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2015         }
2016       if(ll<0 || ll>sz2)
2017         {
2018           std::ostringstream oss; oss << "Nodal connectivity index array last value (" << ll << ") is expected to be exactly in [0," << sz2 << "] !";
2019           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2020         }
2021       if(f>ll)
2022         {
2023           std::ostringstream oss; oss << "Nodal connectivity index array looks very bad (not increasing monotonic) because front (" << f << ") is greater that back (" << ll << ") !";
2024           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2025         }
2026     }
2027   else
2028     throw INTERP_KERNEL::Exception("Nodal connectivity index array not defined !");
2029   int szOfC1Exp=_conn_indx->back();
2030   if(sz2<szOfC1Exp)
2031     {
2032       std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1DGTUMesh::checkCoherencyOfConnectivity : The expected length of nodal connectivity array regarding index is " << szOfC1Exp << " but the actual size of it is " << c1->getNumberOfTuples() << " !";
2033       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2034     }
2035 }
2036
2037 /*!
2038  * If \a this pass this method, you are sure that connectivity arrays are not null, with exactly one component, no name, no component name, allocated.
2039  * In addition you are sure that the length of nodal connectivity index array is bigger than or equal to one.
2040  * In addition you are also sure that length of nodal connectivity is coherent with the content of the last value in the index array.
2041  */
2042 void MEDCoupling1DGTUMesh::checkCoherency() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
2043 {
2044   MEDCouplingPointSet::checkCoherency();
2045   checkCoherencyOfConnectivity();
2046 }
2047
2048 void MEDCoupling1DGTUMesh::checkCoherency1(double eps) const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
2049 {
2050   checkCoherency();
2051   const DataArrayInt *c1(_conn),*c2(_conn_indx);
2052   if(!c2->isMonotonic(true))
2053     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1DGTUMesh::checkCoherency1 : the nodal connectivity index is expected to be increasing monotinic !");
2054   //
2055   int nbOfTuples=c1->getNumberOfTuples();
2056   int nbOfNodes=getNumberOfNodes();
2057   const int *w(c1->begin());
2058   for(int i=0;i<nbOfTuples;i++,w++)
2059     {
2060       if(*w==-1) continue;
2061       if(*w<0 || *w>=nbOfNodes)
2062         {
2063           std::ostringstream oss; oss << "At pos #" << i << " of nodal connectivity array references to node id #" << *w << " must be in [0," << nbOfNodes << ") !";
2064           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2065         }
2066     }
2067 }
2068
2069 void MEDCoupling1DGTUMesh::checkCoherency2(double eps) const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
2070 {
2071   checkCoherency1(eps);
2072 }
2073
2074 int MEDCoupling1DGTUMesh::getNumberOfCells() const
2075 {
2076   checkCoherencyOfConnectivity();//do not remove
2077   return _conn_indx->getNumberOfTuples()-1;
2078 }
2079
2080 /*!
2081  * This method returns a newly allocated array containing this->getNumberOfCells() tuples and 1 component.
2082  * For each cell in \b this the number of nodes constituting cell is computed.
2083  * For each polyhedron cell, the sum of the number of nodes of each face constituting polyhedron cell is returned.
2084  * So for pohyhedrons some nodes can be counted several times in the returned result.
2085  *
2086  * \return a newly allocated array
2087  */
2088 DataArrayInt *MEDCoupling1DGTUMesh::computeNbOfNodesPerCell() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
2089 {
2090   checkCoherency();
2091   _conn_indx->checkMonotonic(true);
2092   if(getCellModelEnum()!=INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED)
2093     return _conn_indx->deltaShiftIndex();
2094   // for polyhedrons
2095   int nbOfCells=_conn_indx->getNumberOfTuples()-1;
2096   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
2097   ret->alloc(nbOfCells,1);
2098   int *retPtr=ret->getPointer();
2099   const int *ci=_conn_indx->begin(),*c=_conn->begin();
2100   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,retPtr++,ci++)
2101     *retPtr=ci[1]-ci[0]-std::count(c+ci[0],c+ci[1],-1);
2102   return ret.retn();
2103 }
2104
2105 /*!
2106  * This method returns a newly allocated array containing this->getNumberOfCells() tuples and 1 component.
2107  * For each cell in \b this the number of faces constituting (entity of dimension this->getMeshDimension()-1) cell is computed.
2108  *
2109  * \return a newly allocated array
2110  */
2111 DataArrayInt *MEDCoupling1DGTUMesh::computeNbOfFacesPerCell() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
2112 {
2113   checkCoherency();
2114   _conn_indx->checkMonotonic(true);
2115   if(getCellModelEnum()!=INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED && getCellModelEnum()!=INTERP_KERNEL::NORM_QPOLYG)
2116     return _conn_indx->deltaShiftIndex();
2117   if(getCellModelEnum()==INTERP_KERNEL::NORM_QPOLYG)
2118     {
2119       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=_conn_indx->deltaShiftIndex();
2120       ret->applyDivideBy(2);
2121       return ret.retn();
2122     }
2123   // for polyhedrons
2124   int nbOfCells=_conn_indx->getNumberOfTuples()-1;
2125   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
2126   ret->alloc(nbOfCells,1);
2127   int *retPtr=ret->getPointer();
2128   const int *ci=_conn_indx->begin(),*c=_conn->begin();
2129   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,retPtr++,ci++)
2130     *retPtr=std::count(c+ci[0],c+ci[1],-1)+1;
2131   return ret.retn();
2132 }
2133
2134 /*!
2135  * This method computes effective number of nodes per cell. That is to say nodes appearing several times in nodal connectivity of a cell,
2136  * will be counted only once here whereas it will be counted several times in MEDCoupling1DGTUMesh::computeNbOfNodesPerCell method.
2137  *
2138  * \return DataArrayInt * - new object to be deallocated by the caller.
2139  * \sa MEDCoupling1DGTUMesh::computeNbOfNodesPerCell
2140  */
2141 DataArrayInt *MEDCoupling1DGTUMesh::computeEffectiveNbOfNodesPerCell() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
2142 {
2143   checkCoherency();
2144   _conn_indx->checkMonotonic(true);
2145   int nbOfCells(_conn_indx->getNumberOfTuples()-1);
2146   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
2147   ret->alloc(nbOfCells,1);
2148   int *retPtr(ret->getPointer());
2149   const int *ci(_conn_indx->begin()),*c(_conn->begin());
2150   if(getCellModelEnum()!=INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED)
2151     {
2152       for(int i=0;i<nbOfCells;i++,retPtr++,ci++)
2153         {
2154           std::set<int> s(c+ci[0],c+ci[1]);
2155           *retPtr=(int)s.size();
2156         }
2157     }
2158   else
2159     {
2160       for(int i=0;i<nbOfCells;i++,retPtr++,ci++)
2161         {
2162           std::set<int> s(c+ci[0],c+ci[1]); s.erase(-1);
2163           *retPtr=(int)s.size();
2164         }
2165     }
2166   return ret.retn();
2167 }
2168
2169 void MEDCoupling1DGTUMesh::getNodeIdsOfCell(int cellId, std::vector<int>& conn) const
2170 {
2171   int nbOfCells(getNumberOfCells());//performs checks
2172   if(cellId>=0 && cellId<nbOfCells)
2173     {
2174       int strt=_conn_indx->getIJ(cellId,0),stp=_conn_indx->getIJ(cellId+1,0);
2175       int nbOfNodes=stp-strt;
2176       if(nbOfNodes<0)
2177         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1DGTUMesh::getNodeIdsOfCell : the index array is invalid ! Should be increasing monotonic !");
2178       conn.resize(nbOfNodes);
2179       std::copy(_conn->begin()+strt,_conn->begin()+stp,conn.begin());
2180     }
2181   else
2182     {
2183       std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1DGTUMesh::getNodeIdsOfCell : request for cellId #" << cellId << " must be in [0," << nbOfCells << ") !";
2184       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2185     }
2186 }
2187
2188 int MEDCoupling1DGTUMesh::getNumberOfNodesInCell(int cellId) const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
2189 {
2190   int nbOfCells(getNumberOfCells());//performs checks
2191   if(cellId>=0 && cellId<nbOfCells)
2192     {
2193       const int *conn(_conn->begin());
2194       int strt=_conn_indx->getIJ(cellId,0),stp=_conn_indx->getIJ(cellId+1,0);
2195       return stp-strt-std::count(conn+strt,conn+stp,-1);
2196     }
2197   else
2198     {
2199       std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1DGTUMesh::getNumberOfNodesInCell : request for cellId #" << cellId << " must be in [0," << nbOfCells << ") !";
2200       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2201     }
2202 }
2203
2204 std::string MEDCoupling1DGTUMesh::simpleRepr() const
2205 {
2206   static const char msg0[]="No coordinates specified !";
2207   std::ostringstream ret;
2208   ret << "Single dynamic geometic type (" << _cm->getRepr() << ") unstructured mesh with name : \"" << getName() << "\"\n";
2209   ret << "Description of mesh : \"" << getDescription() << "\"\n";
2210   int tmpp1,tmpp2;
2211   double tt=getTime(tmpp1,tmpp2);
2212   ret << "Time attached to the mesh [unit] : " << tt << " [" << getTimeUnit() << "]\n";
2213   ret << "Iteration : " << tmpp1  << " Order : " << tmpp2 << "\n";
2214   ret << "Mesh dimension : " << getMeshDimension() << "\nSpace dimension : ";
2215   if(_coords!=0)
2216     {
2217       const int spaceDim=getSpaceDimension();
2218       ret << spaceDim << "\nInfo attached on space dimension : ";
2219       for(int i=0;i<spaceDim;i++)
2220         ret << "\"" << _coords->getInfoOnComponent(i) << "\" ";
2221       ret << "\n";
2222     }
2223   else
2224     ret << msg0 << "\n";
2225   ret << "Number of nodes : ";
2226   if(_coords!=0)
2227     ret << getNumberOfNodes() << "\n";
2228   else
2229     ret << msg0 << "\n";
2230   ret << "Number of cells : ";
2231   bool isOK=true;
2232   try { checkCoherency(); } catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
2233     {
2234       ret << "Nodal connectivity arrays are not set or badly set !\n";
2235       isOK=false;
2236     }
2237   if(isOK)
2238     ret << getNumberOfCells() << "\n";
2239   ret << "Cell type : " << _cm->getRepr() << "\n";
2240   return ret.str();
2241 }
2242
2243 std::string MEDCoupling1DGTUMesh::advancedRepr() const
2244 {
2245   std::ostringstream ret;
2246   ret << simpleRepr();
2247   ret << "\nCoordinates array : \n___________________\n\n";
2248   if(_coords)
2249     _coords->reprWithoutNameStream(ret);
2250   else
2251     ret << "No array set !\n";
2252   ret << "\n\nNodal Connectivity : \n____________________\n\n";
2253   //
2254   bool isOK=true;
2255   try { checkCoherency1(); } catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
2256     {
2257       ret << "Nodal connectivity arrays are not set or badly set !\n";
2258       isOK=false;
2259     }
2260   if(!isOK)
2261     return ret.str();
2262   int nbOfCells=getNumberOfCells();
2263   const int *ci=_conn_indx->begin(),*c=_conn->begin();
2264   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,ci++)
2265     {
2266       ret << "Cell #" << i << " : ";
2267       std::copy(c+ci[0],c+ci[1],std::ostream_iterator<int>(ret," "));
2268       ret << "\n";
2269     }
2270   return ret.str();
2271 }
2272
2273 DataArrayDouble *MEDCoupling1DGTUMesh::computeIsoBarycenterOfNodesPerCell() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
2274 {
2275   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> ret=DataArrayDouble::New();
2276   int spaceDim=getSpaceDimension();
2277   int nbOfCells=getNumberOfCells();//checkCoherency()
2278   int nbOfNodes=getNumberOfNodes();
2279   ret->alloc(nbOfCells,spaceDim);
2280   double *ptToFill=ret->getPointer();
2281   const double *coor=_coords->begin();
2282   const int *nodal=_conn->begin(),*nodali=_conn_indx->begin();
2283   nodal+=nodali[0];
2284   if(getCellModelEnum()!=INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED)
2285     {
2286       for(int i=0;i<nbOfCells;i++,ptToFill+=spaceDim,nodali++)
2287         {
2288           std::fill(ptToFill,ptToFill+spaceDim,0.);
2289           if(nodali[0]<nodali[1])// >= to avoid division by 0.
2290             {
2291               for(int j=nodali[0];j<nodali[1];j++,nodal++)
2292                 {
2293                   if(*nodal>=0 && *nodal<nbOfNodes)
2294                     std::transform(coor+spaceDim*nodal[0],coor+spaceDim*(nodal[0]+1),ptToFill,ptToFill,std::plus<double>());
2295                   else
2296                     {
2297                       std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1DGTUMesh::computeIsoBarycenterOfNodesPerCell : on cell #" << i << " presence of nodeId #" << *nodal << " should be in [0," <<   nbOfNodes << ") !";
2298                       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2299                     }
2300                   std::transform(ptToFill,ptToFill+spaceDim,ptToFill,std::bind2nd(std::multiplies<double>(),1./(nodali[1]-nodali[0])));
2301                 }
2302             }
2303           else
2304             {
2305               std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1DGTUMesh::computeIsoBarycenterOfNodesPerCell : at cell #" << i << " the nodal index array is invalid !";
2306               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2307             }
2308         }
2309     }
2310   else
2311     {
2312       for(int i=0;i<nbOfCells;i++,ptToFill+=spaceDim,nodali++)
2313         {
2314           std::fill(ptToFill,ptToFill+spaceDim,0.);
2315           if(nodali[0]<nodali[1])// >= to avoid division by 0.
2316             {
2317               int nbOfNod=0;
2318               for(int j=nodali[0];j<nodali[1];j++,nodal++)
2319                 {
2320                   if(*nodal==-1) continue;
2321                   if(*nodal>=0 && *nodal<nbOfNodes)
2322                     {
2323                       std::transform(coor+spaceDim*nodal[0],coor+spaceDim*(nodal[0]+1),ptToFill,ptToFill,std::plus<double>());
2324                       nbOfNod++;
2325                     }
2326                   else
2327                     {
2328                       std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1DGTUMesh::computeIsoBarycenterOfNodesPerCell (polyhedron) : on cell #" << i << " presence of nodeId #" << *nodal << " should be in [0," <<   nbOfNodes << ") !";
2329                       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2330                     }
2331                 }
2332               if(nbOfNod!=0)
2333                 std::transform(ptToFill,ptToFill+spaceDim,ptToFill,std::bind2nd(std::multiplies<double>(),1./nbOfNod));
2334               else
2335                 {
2336                   std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1DGTUMesh::computeIsoBarycenterOfNodesPerCell (polyhedron) : no nodes in cell #" << i << " !";
2337                   throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2338                 }
2339             }
2340           else
2341             {
2342               std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1DGTUMesh::computeIsoBarycenterOfNodesPerCell (polyhedron)  : at cell #" << i << " the nodal index array is invalid !";
2343               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2344             }
2345         }
2346     }
2347   return ret.retn();
2348 }
2349
2350 void MEDCoupling1DGTUMesh::renumberCells(const int *old2NewBg, bool check) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
2351 {
2352   int nbCells=getNumberOfCells();
2353   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> o2n=DataArrayInt::New();
2354   o2n->useArray(old2NewBg,false,C_DEALLOC,nbCells,1);
2355   if(check)
2356     o2n=o2n->checkAndPreparePermutation();
2357   //
2358   const int *o2nPtr=o2n->getPointer();
2359   const int *conn=_conn->begin(),*conni=_conn_indx->begin();
2360   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConn=DataArrayInt::New();
2361   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newConnI=DataArrayInt::New();
2362   newConn->alloc(_conn->getNumberOfTuples(),1); newConnI->alloc(nbCells,1);
2363   newConn->copyStringInfoFrom(*_conn); newConnI->copyStringInfoFrom(*_conn_indx);
2364   //
2365   int *newC=newConn->getPointer(),*newCI=newConnI->getPointer();
2366   for(int i=0;i<nbCells;i++)
2367     {
2368       int newPos=o2nPtr[i];
2369       int sz=conni[i+1]-conni[i];
2370       if(sz>=0)
2371         newCI[newPos]=sz;
2372       else
2373         {
2374           std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1DGTUMesh::renumberCells : the index nodal array is invalid for cell #" << i << " !";
2375           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2376         }
2377     }
2378   newConnI->computeOffsets2(); newCI=newConnI->getPointer();
2379   //
2380   for(int i=0;i<nbCells;i++,conni++)
2381     {
2382       int sz=conni[1]-conni[0];
2383       int newp=o2nPtr[i];
2384       std::copy(conn+conni[0],conn+conni[1],newC+newCI[newp]);
2385     }
2386   _conn=newConn;
2387   _conn_indx=newConnI;
2388 }
2389
2390 MEDCouplingMesh *MEDCoupling1DGTUMesh::mergeMyselfWith(const MEDCouplingMesh *other) const
2391 {
2392   if(other->getType()!=SINGLE_DYNAMIC_GEO_TYPE_UNSTRUCTURED)
2393     throw INTERP_KERNEL::Exception("Merge of umesh only available with umesh single dynamic geo type each other !");
2394   const MEDCoupling1DGTUMesh *otherC=static_cast<const MEDCoupling1DGTUMesh *>(other);
2395   return Merge1DGTUMeshes(this,otherC);
2396 }
2397
2398 MEDCouplingUMesh *MEDCoupling1DGTUMesh::buildUnstructured() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
2399 {
2400   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret=MEDCouplingUMesh::New(getName().c_str(),getMeshDimension());
2401   ret->setCoords(getCoords());
2402   const int *nodalConn=_conn->begin(),*nodalConnI=_conn_indx->begin();
2403   int nbCells=getNumberOfCells();//checkCoherency
2404   int geoType=(int)getCellModelEnum();
2405   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> c=DataArrayInt::New(); c->alloc(nbCells+_conn->getNumberOfTuples(),1);
2406   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cI=DataArrayInt::New(); cI->alloc(nbCells+1);
2407   int *cPtr=c->getPointer(),*ciPtr=cI->getPointer();
2408   ciPtr[0]=0;
2409   for(int i=0;i<nbCells;i++,ciPtr++)
2410     {
2411       int sz=nodalConnI[i+1]-nodalConnI[i];
2412       if(sz>=0)
2413         {
2414           *cPtr++=geoType;
2415           cPtr=std::copy(nodalConn+nodalConnI[i],nodalConn+nodalConnI[i+1],cPtr);
2416           ciPtr[1]=ciPtr[0]+sz+1;
2417         }
2418       else
2419         {
2420           std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1DGTUMesh::buildUnstructured : Invalid for nodal index for cell #" << i << " !";
2421           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2422         }
2423     }
2424   ret->setConnectivity(c,cI,true);
2425   return ret.retn();
2426 }
2427
2428 /*!
2429  * Do nothing for the moment, because there is no policy that allows to split polygons, polyhedrons ... into simplexes
2430  */
2431 DataArrayInt *MEDCoupling1DGTUMesh::simplexize(int policy) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
2432 {
2433   int nbOfCells=getNumberOfCells();
2434   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
2435   ret->alloc(nbOfCells,1);
2436   ret->iota(0);
2437   return ret.retn();
2438 }
2439
2440 void MEDCoupling1DGTUMesh::reprQuickOverview(std::ostream& stream) const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
2441 {
2442   stream << "MEDCoupling1DGTUMesh C++ instance at " << this << ". Type=" << _cm->getRepr() << ". Name : \"" << getName() << "\".";
2443   stream << " Mesh dimension : " << getMeshDimension() << ".";
2444   if(!_coords)
2445     { stream << " No coordinates set !"; return ; }
2446   if(!_coords->isAllocated())
2447     { stream << " Coordinates set but not allocated !"; return ; }
2448   stream << " Space dimension : " << _coords->getNumberOfComponents() << "." << std::endl;
2449   stream << "Number of nodes : " << _coords->getNumberOfTuples() << ".";
2450   bool isOK=true;
2451   try { checkCoherency(); } catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
2452     {
2453       stream << std::endl << "Nodal connectivity NOT set properly !\n";
2454       isOK=false;
2455     }
2456   if(isOK)
2457     stream << std::endl << "Number of cells : " << getNumberOfCells() << ".";
2458 }
2459
2460 void MEDCoupling1DGTUMesh::shallowCopyConnectivityFrom(const MEDCouplingPointSet *other) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
2461 {
2462   if(!other)
2463     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1DGTUMesh::shallowCopyConnectivityFrom : input pointer is null !");
2464   const MEDCoupling1DGTUMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDCoupling1DGTUMesh *>(other);
2465   if(!otherC)
2466     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1DGTUMesh::shallowCopyConnectivityFrom : input pointer is not an MEDCoupling1DGTUMesh instance !");
2467   setNodalConnectivity(otherC->getNodalConnectivity(),otherC->getNodalConnectivityIndex());
2468 }
2469
2470 MEDCouplingPointSet *MEDCoupling1DGTUMesh::mergeMyselfWithOnSameCoords(const MEDCouplingPointSet *other) const
2471 {
2472   if(!other)
2473     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1DGTUMesh::mergeMyselfWithOnSameCoords : input other is null !");
2474   const MEDCoupling1DGTUMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDCoupling1DGTUMesh *>(other);
2475   if(!otherC)
2476     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1DGTUMesh::mergeMyselfWithOnSameCoords : the input other mesh is not of type single statuc geo type unstructured !");
2477   std::vector<const MEDCoupling1DGTUMesh *> ms(2);
2478   ms[0]=this;
2479   ms[1]=otherC;
2480   return Merge1DGTUMeshesOnSameCoords(ms);
2481 }
2482
2483 MEDCouplingPointSet *MEDCoupling1DGTUMesh::buildPartOfMySelfKeepCoords(const int *begin, const int *end) const
2484 {
2485   checkCoherency();
2486   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1DGTUMesh> ret(new MEDCoupling1DGTUMesh(getName().c_str(),*_cm));
2487   ret->setCoords(_coords);
2488   DataArrayInt *c=0,*ci=0;
2489   MEDCouplingUMesh::ExtractFromIndexedArrays(begin,end,_conn,_conn_indx,c,ci);
2490   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cSafe(c),ciSafe(ci);
2491   ret->setNodalConnectivity(c,ci);
2492   return ret.retn();
2493 }
2494
2495 MEDCouplingPointSet *MEDCoupling1DGTUMesh::buildPartOfMySelfKeepCoords2(int start, int end, int step) const
2496 {
2497   checkCoherency();
2498   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1DGTUMesh> ret(new MEDCoupling1DGTUMesh(getName().c_str(),*_cm));
2499   ret->setCoords(_coords);
2500   DataArrayInt *c=0,*ci=0;
2501   MEDCouplingUMesh::ExtractFromIndexedArrays2(start,end,step,_conn,_conn_indx,c,ci);
2502   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cSafe(c),ciSafe(ci);
2503   ret->setNodalConnectivity(c,ci);
2504   return ret.retn();
2505 }
2506
2507 void MEDCoupling1DGTUMesh::computeNodeIdsAlg(std::vector<bool>& nodeIdsInUse) const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
2508 {
2509   int sz((int)nodeIdsInUse.size());
2510   int nbCells(getNumberOfCells());
2511   const int *w(_conn->begin()),*wi(_conn_indx->begin());
2512   for(int i=0;i<nbCells;i++,wi++)
2513     for(const int *pt=w+wi[0];pt!=w+wi[1];pt++)
2514       if(*pt!=-1)
2515         {
2516           if(*pt>=0 && *pt<sz)
2517             nodeIdsInUse[*pt]=true;
2518           else
2519             {
2520               std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1DGTUMesh::computeNodeIdsAlg : At cell #" << i << " presence of node id #" << *pt << " should be in [0," << sz << ") !";
2521               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2522             }
2523         }
2524 }
2525
2526 void MEDCoupling1DGTUMesh::getReverseNodalConnectivity(DataArrayInt *revNodal, DataArrayInt *revNodalIndx) const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
2527 {
2528   checkFullyDefined();
2529   int nbOfNodes=getNumberOfNodes();
2530   int *revNodalIndxPtr=(int *)malloc((nbOfNodes+1)*sizeof(int));
2531   revNodalIndx->useArray(revNodalIndxPtr,true,C_DEALLOC,nbOfNodes+1,1);
2532   std::fill(revNodalIndxPtr,revNodalIndxPtr+nbOfNodes+1,0);
2533   const int *conn=_conn->begin(),*conni=_conn_indx->begin();
2534   int nbOfCells=getNumberOfCells();
2535   int nbOfEltsInRevNodal=0;
2536   for(int eltId=0;eltId<nbOfCells;eltId++)
2537     {
2538       int nbOfNodesPerCell=conni[eltId+1]-conni[eltId];
2539       if(nbOfNodesPerCell>=0)
2540         {
2541           for(int j=0;j<nbOfNodesPerCell;j++)
2542             {
2543               int nodeId=conn[conni[eltId]+j];
2544               if(nodeId==-1) continue;
2545               if(nodeId>=0 && nodeId<nbOfNodes)
2546                 {
2547                   nbOfEltsInRevNodal++;
2548                   revNodalIndxPtr[nodeId+1]++;
2549                 }
2550               else
2551                 {
2552                   std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1DGTUMesh::getReverseNodalConnectivity : At cell #" << eltId << " presence of nodeId #" << conn[0] << " should be in [0," << nbOfNodes << ") !";
2553                   throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2554                 }
2555             }
2556         }
2557       else
2558         {
2559           std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1DGTUMesh::getReverseNodalConnectivity : At cell #" << eltId << "nodal connectivity is invalid !";
2560           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2561         }
2562     }
2563   std::transform(revNodalIndxPtr+1,revNodalIndxPtr+nbOfNodes+1,revNodalIndxPtr,revNodalIndxPtr+1,std::plus<int>());
2564   conn=_conn->begin();
2565   int *revNodalPtr=(int *)malloc((nbOfEltsInRevNodal)*sizeof(int));
2566   revNodal->useArray(revNodalPtr,true,C_DEALLOC,nbOfEltsInRevNodal,1);
2567   std::fill(revNodalPtr,revNodalPtr+nbOfEltsInRevNodal,-1);
2568   for(int eltId=0;eltId<nbOfCells;eltId++)
2569     {
2570       int nbOfNodesPerCell=conni[eltId+1]-conni[eltId];
2571       for(int j=0;j<nbOfNodesPerCell;j++)
2572         {
2573           int nodeId=conn[conni[eltId]+j];
2574           if(nodeId!=-1)
2575             *std::find_if(revNodalPtr+revNodalIndxPtr[nodeId],revNodalPtr+revNodalIndxPtr[nodeId+1],std::bind2nd(std::equal_to<int>(),-1))=eltId;
2576         }
2577     }
2578 }
2579
2580 void MEDCoupling1DGTUMesh::checkFullyDefined() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
2581 {
2582   if(!((const DataArrayInt *)_conn) || !((const DataArrayInt *)_conn_indx) || !((const DataArrayDouble *)_coords))
2583     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1DGTUMesh::checkFullyDefined : part of this is not fully defined.");
2584 }
2585
2586 bool MEDCoupling1DGTUMesh::isEmptyMesh(const std::vector<int>& tinyInfo) const
2587 {
2588   throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1DGTUMesh::isEmptyMesh : not implemented yet !");
2589 }
2590
2591 void MEDCoupling1DGTUMesh::getTinySerializationInformation(std::vector<double>& tinyInfoD, std::vector<int>& tinyInfo, std::vector<std::string>& littleStrings) const
2592 {
2593   int it,order;
2594   double time=getTime(it,order);
2595   tinyInfo.clear(); tinyInfoD.clear(); littleStrings.clear();
2596   //
2597   littleStrings.push_back(getName());
2598   littleStrings.push_back(getDescription());
2599   littleStrings.push_back(getTimeUnit());
2600   //
2601   std::vector<std::string> littleStrings2,littleStrings3,littleStrings4;
2602   if((const DataArrayDouble *)_coords)
2603     _coords->getTinySerializationStrInformation(littleStrings2);
2604   if((const DataArrayInt *)_conn)
2605     _conn->getTinySerializationStrInformation(littleStrings3);
2606   if((const DataArrayInt *)_conn_indx)
2607     _conn_indx->getTinySerializationStrInformation(littleStrings4);
2608   int sz0((int)littleStrings2.size()),sz1((int)littleStrings3.size()),sz2((int)littleStrings4.size());
2609   littleStrings.insert(littleStrings.end(),littleStrings2.begin(),littleStrings2.end());
2610   littleStrings.insert(littleStrings.end(),littleStrings3.begin(),littleStrings3.end());
2611   littleStrings.insert(littleStrings.end(),littleStrings4.begin(),littleStrings4.end());
2612   //
2613   tinyInfo.push_back(getCellModelEnum());
2614   tinyInfo.push_back(it);
2615   tinyInfo.push_back(order);
2616   std::vector<int> tinyInfo2,tinyInfo3,tinyInfo4;
2617   if((const DataArrayDouble *)_coords)
2618     _coords->getTinySerializationIntInformation(tinyInfo2);
2619   if((const DataArrayInt *)_conn)
2620     _conn->getTinySerializationIntInformation(tinyInfo3);
2621   if((const DataArrayInt *)_conn_indx)
2622     _conn_indx->getTinySerializationIntInformation(tinyInfo4);
2623   int sz3((int)tinyInfo2.size()),sz4((int)tinyInfo3.size()),sz5((int)tinyInfo4.size());
2624   tinyInfo.push_back(sz0); tinyInfo.push_back(sz1); tinyInfo.push_back(sz2); tinyInfo.push_back(sz3); tinyInfo.push_back(sz4);  tinyInfo.push_back(sz5);
2625   tinyInfo.insert(tinyInfo.end(),tinyInfo2.begin(),tinyInfo2.end());
2626   tinyInfo.insert(tinyInfo.end(),tinyInfo3.begin(),tinyInfo3.end());
2627   tinyInfo.insert(tinyInfo.end(),tinyInfo4.begin(),tinyInfo4.end());
2628   //
2629   tinyInfoD.push_back(time);
2630 }
2631
2632 void MEDCoupling1DGTUMesh::resizeForUnserialization(const std::vector<int>& tinyInfo, DataArrayInt *a1, DataArrayDouble *a2, std::vector<std::string>& littleStrings) const
2633 {
2634   std::vector<int> tinyInfo2(tinyInfo.begin()+9,tinyInfo.begin()+9+tinyInfo[6]);
2635   std::vector<int> tinyInfo1(tinyInfo.begin()+9+tinyInfo[6],tinyInfo.begin()+9+tinyInfo[6]+tinyInfo[7]);
2636   std::vector<int> tinyInfo12(tinyInfo.begin()+9+tinyInfo[6]+tinyInfo[7],tinyInfo.begin()+9+tinyInfo[6]+tinyInfo[7]+tinyInfo[8]);
2637   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> p1(DataArrayInt::New()); p1->resizeForUnserialization(tinyInfo1);
2638   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> p2(DataArrayInt::New()); p2->resizeForUnserialization(tinyInfo12);
2639   std::vector<const DataArrayInt *> v(2); v[0]=p1; v[1]=p2;
2640   p2=DataArrayInt::Aggregate(v);
2641   a2->resizeForUnserialization(tinyInfo2);
2642   a1->alloc(p2->getNbOfElems(),1);
2643 }
2644
2645 void MEDCoupling1DGTUMesh::serialize(DataArrayInt *&a1, DataArrayDouble *&a2) const
2646 {
2647   int sz(0);
2648   if((const DataArrayInt *)_conn)
2649     if(_conn->isAllocated())
2650       sz=_conn->getNbOfElems();
2651   if((const DataArrayInt *)_conn_indx)
2652     if(_conn_indx->isAllocated())
2653       sz+=_conn_indx->getNbOfElems();
2654   a1=DataArrayInt::New();
2655   a1->alloc(sz,1);
2656   int *work(a1->getPointer());
2657   if(sz!=0 && (const DataArrayInt *)_conn)
2658     work=std::copy(_conn->begin(),_conn->end(),a1->getPointer());
2659   if(sz!=0 && (const DataArrayInt *)_conn_indx)
2660     std::copy(_conn_indx->begin(),_conn_indx->end(),work);
2661   sz=0;
2662   if((const DataArrayDouble *)_coords)
2663     if(_coords->isAllocated())
2664       sz=_coords->getNbOfElems();
2665   a2=DataArrayDouble::New();
2666   a2->alloc(sz,1);
2667   if(sz!=0 && (const DataArrayDouble *)_coords)
2668     std::copy(_coords->begin(),_coords->end(),a2->getPointer());
2669 }
2670
2671 void MEDCoupling1DGTUMesh::unserialization(const std::vector<double>& tinyInfoD, const std::vector<int>& tinyInfo, const DataArrayInt *a1, DataArrayDouble *a2,
2672                                            const std::vector<std::string>& littleStrings)
2673 {
2674   INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)tinyInfo[0]);
2675   _cm=&INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(gt);
2676   setName(littleStrings[0].c_str());
2677   setDescription(littleStrings[1].c_str());
2678   setTimeUnit(littleStrings[2].c_str());
2679   setTime(tinyInfoD[0],tinyInfo[1],tinyInfo[2]);
2680   int sz0(tinyInfo[3]),sz1(tinyInfo[4]),sz2(tinyInfo[5]),sz3(tinyInfo[6]),sz4(tinyInfo[7]),sz5(tinyInfo[8]);
2681   //
2682   _coords=DataArrayDouble::New();
2683   std::vector<int> tinyInfo2(tinyInfo.begin()+9,tinyInfo.begin()+9+sz3);
2684   _coords->resizeForUnserialization(tinyInfo2);
2685   std::copy(a2->begin(),a2->end(),_coords->getPointer());
2686   _conn=DataArrayInt::New();
2687   std::vector<int> tinyInfo3(tinyInfo.begin()+9+sz3,tinyInfo.begin()+9+sz3+sz4);
2688   _conn->resizeForUnserialization(tinyInfo3);
2689   std::copy(a1->begin(),a1->begin()+_conn->getNbOfElems(),_conn->getPointer());
2690   _conn_indx=DataArrayInt::New();
2691   std::vector<int> tinyInfo4(tinyInfo.begin()+9+sz3+sz4,tinyInfo.begin()+9+sz3+sz4+sz5);
2692   _conn_indx->resizeForUnserialization(tinyInfo4);
2693   std::copy(a1->begin()+_conn->getNbOfElems(),a1->end(),_conn_indx->getPointer());
2694   std::vector<std::string> littleStrings2(littleStrings.begin()+3,littleStrings.begin()+3+sz0);
2695   _coords->finishUnserialization(tinyInfo2,littleStrings2);
2696   std::vector<std::string> littleStrings3(littleStrings.begin()+3+sz0,littleStrings.begin()+3+sz0+sz1);
2697   _conn->finishUnserialization(tinyInfo3,littleStrings3);
2698   std::vector<std::string> littleStrings4(littleStrings.begin()+3+sz0+sz1,littleStrings.begin()+3+sz0+sz1+sz2);
2699   _conn_indx->finishUnserialization(tinyInfo4,littleStrings4);
2700 }
2701
2702 /*!
2703  * Finds nodes not used in any cell and returns an array giving a new id to every node
2704  * by excluding the unused nodes, for which the array holds -1. The result array is
2705  * a mapping in "Old to New" mode.
2706  *  \param [out] nbrOfNodesInUse - number of node ids present in the nodal connectivity.
2707  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt. Its length is \a
2708  *          this->getNumberOfNodes(). It holds for each node of \a this mesh either -1
2709  *          if the node is unused or a new id else. The caller is to delete this
2710  *          array using decrRef() as it is no more needed.
2711  *  \throw If the coordinates array is not set.
2712  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
2713  *  \throw If the nodal connectivity includes an invalid id.
2714  */
2715 DataArrayInt *MEDCoupling1DGTUMesh::getNodeIdsInUse(int& nbrOfNodesInUse) const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
2716 {
2717   nbrOfNodesInUse=-1;
2718   int nbOfNodes=getNumberOfNodes();
2719   int nbOfCells=getNumberOfCells();//checkCoherency
2720   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
2721   ret->alloc(nbOfNodes,1);
2722   int *traducer=ret->getPointer();
2723   std::fill(traducer,traducer+nbOfNodes,-1);
2724   const int *conn=_conn->begin(),*conni(_conn_indx->begin());
2725   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,conni++)
2726     {
2727       int nbNodesPerCell=conni[1]-conni[0];
2728       for(int j=0;j<nbNodesPerCell;j++)
2729         {
2730           int nodeId=conn[conni[0]+j];
2731           if(nodeId==-1) continue;
2732           if(nodeId>=0 && nodeId<nbOfNodes)
2733             traducer[nodeId]=1;
2734           else
2735             {
2736               std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1DGTUMesh::getNodeIdsInUse : In cell #" << i  << " presence of node id " <<  nodeId << " not in [0," << nbOfNodes << ") !";
2737               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2738             }
2739         }
2740     }
2741   nbrOfNodesInUse=(int)std::count(traducer,traducer+nbOfNodes,1);
2742   std::transform(traducer,traducer+nbOfNodes,traducer,MEDCouplingAccVisit());
2743   return ret.retn();
2744 }
2745
2746 /*!
2747  * Changes ids of nodes within the nodal connectivity arrays according to a permutation
2748  * array in "Old to New" mode. The node coordinates array is \b not changed by this method.
2749  * This method is a generalization of shiftNodeNumbersInConn().
2750  *  \warning This method performs no check of validity of new ids. **Use it with care !**
2751  *  \param [in] newNodeNumbersO2N - a permutation array, of length \a
2752  *         this->getNumberOfNodes(), in "Old to New" mode.
2753  *         See \ref MEDCouplingArrayRenumbering for more info on renumbering modes.
2754  *  \throw If the nodal connectivity of cells is not defined.
2755  */
2756 void MEDCoupling1DGTUMesh::renumberNodesInConn(const int *newNodeNumbersO2N)
2757 {
2758   getNumberOfCells();//only to check that all is well defined.
2759   //
2760   int nbElemsIn=getNumberOfNodes();
2761   int nbOfTuples=_conn->getNumberOfTuples();
2762   int *pt=_conn->getPointer();
2763   for(int i=0;i<nbOfTuples;i++,pt++)
2764     {
2765       if(*pt==-1) continue;
2766       if(*pt>=0 && *pt<nbElemsIn)
2767         *pt=newNodeNumbersO2N[*pt];
2768       else
2769         {
2770           std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1DGTUMesh::renumberNodesInConn : error on tuple #" << i << " value is " << *pt << " and indirectionnal array as a size equal to " << nbElemsIn;
2771           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2772         }
2773     }
2774   _conn->declareAsNew();
2775   //
2776   updateTime();
2777 }
2778
2779 /*!
2780  * Keeps from \a this only cells which constituing point id are in the ids specified by [\a begin,\a end).
2781  * The resulting cell ids are stored at the end of the 'cellIdsKept' parameter.
2782  * Parameter \a fullyIn specifies if a cell that has part of its nodes in ids array is kept or not.
2783  * If \a fullyIn is true only cells whose ids are \b fully contained in [\a begin,\a end) tab will be kept.
2784  *
2785  * \param [in] begin input start of array of node ids.
2786  * \param [in] end input end of array of node ids.
2787  * \param [in] fullyIn input that specifies if all node ids must be in [\a begin,\a end) array to consider cell to be in.
2788  * \param [in,out] cellIdsKeptArr array where all candidate cell ids are put at the end.
2789  */
2790 void MEDCoupling1DGTUMesh::fillCellIdsToKeepFromNodeIds(const int *begin, const int *end, bool fullyIn, DataArrayInt *&cellIdsKeptArr) const
2791 {
2792   int nbOfCells=getNumberOfCells();
2793   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellIdsKept=DataArrayInt::New(); cellIdsKept->alloc(0,1);
2794   int tmp=-1;
2795   int sz=_conn->getMaxValue(tmp); sz=std::max(sz,0)+1;
2796   std::vector<bool> fastFinder(sz,false);
2797   for(const int *work=begin;work!=end;work++)
2798     if(*work>=0 && *work<sz)
2799       fastFinder[*work]=true;
2800   const int *conn=_conn->begin(),*conni=_conn_indx->begin();
2801   for(int i=0;i<nbOfCells;i++,conni++)
2802     {
2803       int ref=0,nbOfHit=0;
2804       int nbNodesPerCell=conni[1]-conni[0];
2805       if(nbNodesPerCell>=0)
2806         {
2807           for(int j=0;j<nbNodesPerCell;j++)
2808             {
2809               int nodeId=conn[conni[0]+j];
2810               if(nodeId>=0)
2811                 {
2812                   ref++;
2813                   if(fastFinder[nodeId])
2814                     nbOfHit++;
2815                 }
2816             }
2817         }
2818       else
2819         {
2820           std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1DGTUMesh::fillCellIdsToKeepFromNodeIds : invalid index array for cell #" << i << " !";
2821           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2822         }
2823       if((ref==nbOfHit && fullyIn) || (nbOfHit!=0 && !fullyIn))
2824         cellIdsKept->pushBackSilent(i);
2825     }
2826   cellIdsKeptArr=cellIdsKept.retn();
2827 }
2828
2829 void MEDCoupling1DGTUMesh::allocateCells(int nbOfCells) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
2830 {
2831   if(nbOfCells<0)
2832     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1DGTUMesh::allocateCells : the input number of cells should be >= 0 !");
2833   _conn=DataArrayInt::New();
2834   _conn->reserve(nbOfCells*3);
2835   _conn_indx=DataArrayInt::New();
2836   _conn_indx->reserve(nbOfCells+1); _conn_indx->pushBackSilent(0);
2837   declareAsNew();
2838 }
2839
2840 /*!
2841  * Appends at the end of \a this a cell having nodal connectivity array defined in [ \a nodalConnOfCellBg, \a nodalConnOfCellEnd ).
2842  *
2843  * \param [in] nodalConnOfCellBg - the begin (included) of nodal connectivity of the cell to add.
2844  * \param [in] nodalConnOfCellEnd - the end (excluded) of nodal connectivity of the cell to add.
2845  * \throw If the length of the input nodal connectivity array of the cell to add is not equal to number of nodes per cell relative to the unique geometric type
2846  *        attached to \a this.
2847  * \thow If the nodal connectivity array in \a this is null (call MEDCoupling1SGTUMesh::allocateCells before).
2848  */
2849 void MEDCoupling1DGTUMesh::insertNextCell(const int *nodalConnOfCellBg, const int *nodalConnOfCellEnd) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
2850 {
2851   int sz=(int)std::distance(nodalConnOfCellBg,nodalConnOfCellEnd);
2852   DataArrayInt *c(_conn),*c2(_conn_indx);
2853   if(c && c2)
2854     {
2855       int pos=c2->back();
2856       if(pos==c->getNumberOfTuples())
2857         {
2858           c->pushBackValsSilent(nodalConnOfCellBg,nodalConnOfCellEnd);
2859           c2->pushBackSilent(pos+sz);
2860         }
2861       else
2862         {
2863           std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1DGTUMesh::insertNextCell : The nodal index array (end=" << pos << ") mismatches with nodal array (length=" << c->getNumberOfTuples() << ") !";
2864           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2865         }
2866     }
2867   else
2868     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1DGTUMesh::insertNextCell : nodal connectivity array is null ! Call MEDCoupling1DGTUMesh::allocateCells before !");
2869 }
2870
2871 void MEDCoupling1DGTUMesh::setNodalConnectivity(DataArrayInt *nodalConn, DataArrayInt *nodalConnIndex) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
2872 {
2873   if(nodalConn)
2874     nodalConn->incrRef();
2875   _conn=nodalConn;
2876   if(nodalConnIndex)
2877     nodalConnIndex->incrRef();
2878   _conn_indx=nodalConnIndex;
2879   declareAsNew();
2880 }
2881
2882 /*!
2883  * \return DataArrayInt * - the internal reference to the nodal connectivity. The caller is not reponsible to deallocate it.
2884  */
2885 DataArrayInt *MEDCoupling1DGTUMesh::getNodalConnectivity() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
2886 {
2887   const DataArrayInt *ret(_conn);
2888   return const_cast<DataArrayInt *>(ret);
2889 }
2890
2891 /*!
2892  * \return DataArrayInt * - the internal reference to the nodal connectivity index. The caller is not reponsible to deallocate it.
2893  */
2894 DataArrayInt *MEDCoupling1DGTUMesh::getNodalConnectivityIndex() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
2895 {
2896   const DataArrayInt *ret(_conn_indx);
2897   return const_cast<DataArrayInt *>(ret);
2898 }
2899
2900 /*!
2901  * See the definition of the nodal connectivity pack \ref MEDCoupling1DGTUMesh::isPacked "here".
2902  * This method tries to build a new instance geometrically equivalent to \a this, by limiting at most the number of new object (nodal connectivity).
2903  * Geometrically the returned mesh is equal to \a this. So if \a this is already packed, the return value is a shallow copy of \a this.
2904  *
2905  * Whatever the status of pack of \a this, the coordinates array of the returned newly created instance is the same than those in \a this.
2906  *
2907  * \param [out] isShallowCpyOfNodalConnn - tells if the returned instance share the same pair of nodal connectivity arrays (true) or if nodal
2908  *              connectivity arrays are different (false)
2909  * \return a new object to be managed by the caller.
2910  *
2911  * \sa MEDCoupling1DGTUMesh::retrievePackedNodalConnectivity, MEDCoupling1DGTUMesh::isPacked
2912  */
2913 MEDCoupling1DGTUMesh *MEDCoupling1DGTUMesh::copyWithNodalConnectivityPacked(bool& isShallowCpyOfNodalConnn) const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
2914 {
2915   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1DGTUMesh> ret(new MEDCoupling1DGTUMesh(getName().c_str(),*_cm));
2916   DataArrayInt *nc=0,*nci=0;
2917   isShallowCpyOfNodalConnn=retrievePackedNodalConnectivity(nc,nci);
2918   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ncs(nc),ncis(nci);
2919   ret->_conn=ncs; ret->_conn_indx=ncis;
2920   ret->setCoords(getCoords());
2921   return ret.retn();
2922 }
2923
2924 /*!
2925  * This method allows to compute, if needed, the packed nodal connectivity pair.
2926  * Indeed, it is possible to store in \a this a nodal connectivity array bigger than ranges convered by nodal connectivity index array.
2927  * It is typically the case when nodalConnIndx starts with an id greater than 0, and finishes with id less than number of tuples in \c this->_conn.
2928  *
2929  * If \a this looks packed (the front of nodal connectivity index equal to 0 and back of connectivity index equal to number of tuple of nodal connectivity array)
2930  * true will be returned and respectively \a this->_conn and \a this->_conn_indx (with ref counter incremented). This is the classical case.
2931  *
2932  * If nodal connectivity index points to a subpart of nodal connectivity index the packed pair of arrays will be computed (new objects) and returned and false
2933  * will be returned.
2934  *
2935  * This method return 3 elements.
2936  * \param [out] nodalConn - a pointer that can be equal to \a this->_conn if true is returned (general case). Whatever the value of return parameter
2937  *                          this pointer can be seen as a new object, that is to managed by the caller.
2938  * \param [out] nodalConnIndx - a pointer that can be equal to \a this->_conn_indx if true is returned (general case). Whatever the value of return parameter
2939  *                              this pointer can be seen as a new object, that is to managed by the caller.
2940  * \return bool - an indication of the content of the 2 output parameters. If true, \a this looks packed (general case), if true, \a this is not packed then
2941  * output parameters are newly created objects.
2942  *
2943  * \throw if \a this does not pass MEDCoupling1DGTUMesh::checkCoherency test
2944  */
2945 bool MEDCoupling1DGTUMesh::retrievePackedNodalConnectivity(DataArrayInt *&nodalConn, DataArrayInt *&nodalConnIndx) const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
2946 {
2947   if(isPacked())//performs the checkCoherency
2948     {
2949       const DataArrayInt *c0(_conn),*c1(_conn_indx);
2950       nodalConn=const_cast<DataArrayInt *>(c0); nodalConnIndx=const_cast<DataArrayInt *>(c1);
2951       nodalConn->incrRef(); nodalConnIndx->incrRef();
2952       return true;
2953     }
2954   int bg=_conn_indx->front(),end=_conn_indx->back();
2955   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> nc(_conn->selectByTupleId2(bg,end,1));
2956   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> nci(_conn_indx->deepCpy());
2957   nci->applyLin(1,-bg);
2958   nodalConn=nc.retn(); nodalConnIndx=nci.retn();
2959   return false;
2960 }
2961
2962 /*
2963  * If \a this looks packed (the front of nodal connectivity index equal to 0 and back of connectivity index equal to number of tuple of nodal connectivity array)
2964  * true will be returned and respectively \a this->_conn and \a this->_conn_indx (with ref counter incremented). This is the classical case.
2965  * If nodal connectivity index points to a subpart of nodal connectivity index false will be returned.
2966  * \return bool - true if \a this looks packed, false is not.
2967  *
2968  * \throw if \a this does not pass MEDCoupling1DGTUMesh::checkCoherency test
2969  */
2970 bool MEDCoupling1DGTUMesh::isPacked() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
2971 {
2972   checkCoherency();
2973   return _conn_indx->front()==0 && _conn_indx->back()==_conn->getNumberOfTuples();
2974 }
2975
2976 MEDCoupling1DGTUMesh *MEDCoupling1DGTUMesh::Merge1DGTUMeshes(const MEDCoupling1DGTUMesh *mesh1, const MEDCoupling1DGTUMesh *mesh2) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
2977 {
2978   std::vector<const MEDCoupling1DGTUMesh *> tmp(2);
2979   tmp[0]=const_cast<MEDCoupling1DGTUMesh *>(mesh1); tmp[1]=const_cast<MEDCoupling1DGTUMesh *>(mesh2);
2980   return Merge1DGTUMeshes(tmp);
2981 }
2982
2983 MEDCoupling1DGTUMesh *MEDCoupling1DGTUMesh::Merge1DGTUMeshes(std::vector<const MEDCoupling1DGTUMesh *>& a) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
2984 {
2985   std::size_t sz=a.size();
2986   if(sz==0)
2987     return Merge1DGTUMeshesLL(a);
2988   for(std::size_t ii=0;ii<sz;ii++)
2989     if(!a[ii])
2990       {
2991         std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1DGTUMesh::Merge1DGTUMeshes : item #" << ii << " in input array of size "<< sz << " is empty !";
2992         throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2993       }
2994   const INTERP_KERNEL::CellModel *cm=&(a[0]->getCellModel());
2995   for(std::size_t ii=0;ii<sz;ii++)
2996     if(&(a[ii]->getCellModel())!=cm)
2997       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1DGTUMesh::Merge1DGTUMeshes : all items must have the same geo type !");
2998   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1DGTUMesh> > bb(sz);
2999   std::vector< const MEDCoupling1DGTUMesh * > aa(sz);
3000   int spaceDim=-3;
3001   for(std::size_t i=0;i<sz && spaceDim==-3;i++)
3002     {
3003       const MEDCoupling1DGTUMesh *cur=a[i];
3004       const DataArrayDouble *coo=cur->getCoords();
3005       if(coo)
3006         spaceDim=coo->getNumberOfComponents();
3007     }
3008   if(spaceDim==-3)
3009     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1DGTUMesh::Merge1DGTUMeshes : no spaceDim specified ! unable to perform merge !");
3010   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
3011     {
3012       bb[i]=a[i]->buildSetInstanceFromThis(spaceDim);
3013       aa[i]=bb[i];
3014     }
3015   return Merge1DGTUMeshesLL(aa);
3016 }
3017
3018 /*!
3019  * \throw If presence of a null instance in the input vector \a a.
3020  * \throw If a is empty
3021  */
3022 MEDCoupling1DGTUMesh *MEDCoupling1DGTUMesh::Merge1DGTUMeshesOnSameCoords(std::vector<const MEDCoupling1DGTUMesh *>& a) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
3023 {
3024   if(a.empty())
3025     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1DGTUMesh::Merge1DGTUMeshesOnSameCoords : input array must be NON EMPTY !");
3026   std::vector<const MEDCoupling1DGTUMesh *>::const_iterator it=a.begin();
3027   if(!(*it))
3028     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1DGTUMesh::Merge1DGTUMeshesOnSameCoords : null instance in the first element of input vector !");
3029   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1DGTUMesh> > objs(a.size());
3030   std::vector<const DataArrayInt *> ncs(a.size()),ncis(a.size());
3031   int nbOfCells=(*it)->getNumberOfCells();
3032   const DataArrayDouble *coords=(*it)->getCoords();
3033   const INTERP_KERNEL::CellModel *cm=&((*it)->getCellModel());
3034   bool tmp;
3035   objs[0]=(*it)->copyWithNodalConnectivityPacked(tmp);
3036   ncs[0]=objs[0]->getNodalConnectivity(); ncis[0]=objs[0]->getNodalConnectivityIndex();
3037   it++;
3038   for(int i=1;it!=a.end();i++,it++)
3039     {
3040       if(!(*it))
3041         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1DGTUMesh::Merge1DGTUMeshesOnSameCoords : presence of null instance !");
3042       if(cm!=&((*it)->getCellModel()))
3043         throw INTERP_KERNEL::Exception("Geometric types mismatches, Merge1DGTUMeshes impossible !");
3044       (*it)->getNumberOfCells();//to check that all is OK
3045       objs[i]=(*it)->copyWithNodalConnectivityPacked(tmp);
3046       ncs[i]=objs[i]->getNodalConnectivity(); ncis[i]=objs[i]->getNodalConnectivityIndex();
3047       if(coords!=(*it)->getCoords())
3048         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1DGTUMesh::Merge1DGTUMeshesOnSameCoords : not lying on same coords !");
3049     }
3050   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1DGTUMesh> ret(new MEDCoupling1DGTUMesh("merge",*cm));
3051   ret->setCoords(coords);
3052   ret->_conn=DataArrayInt::Aggregate(ncs);
3053   ret->_conn_indx=DataArrayInt::AggregateIndexes(ncis);
3054   return ret.retn();
3055 }
3056
3057 /*!
3058  * Assume that all instances in \a a are non null. If null it leads to a crash. That's why this method is assigned to be low level (LL)
3059  */
3060 MEDCoupling1DGTUMesh *MEDCoupling1DGTUMesh::Merge1DGTUMeshesLL(std::vector<const MEDCoupling1DGTUMesh *>& a) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
3061 {
3062   if(a.empty())
3063     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1DGTUMesh::Merge1DGTUMeshes : input array must be NON EMPTY !");
3064   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1DGTUMesh> > objs(a.size());
3065   std::vector<const DataArrayInt *> ncs(a.size()),ncis(a.size());
3066   std::vector<const MEDCoupling1DGTUMesh *>::const_iterator it=a.begin();
3067   std::vector<int> nbNodesPerElt(a.size());
3068   int nbOfCells=(*it)->getNumberOfCells();
3069   bool tmp;
3070   objs[0]=(*it)->copyWithNodalConnectivityPacked(tmp);
3071   ncs[0]=objs[0]->getNodalConnectivity(); ncis[0]=objs[0]->getNodalConnectivityIndex();
3072   nbNodesPerElt[0]=0;
3073   int prevNbOfNodes=(*it)->getNumberOfNodes();
3074   const INTERP_KERNEL::CellModel *cm=&((*it)->getCellModel());
3075   it++;
3076   for(int i=1;it!=a.end();i++,it++)
3077     {
3078       if(cm!=&((*it)->getCellModel()))
3079         throw INTERP_KERNEL::Exception("Geometric types mismatches, Merge1DGTUMeshes impossible !");
3080       objs[i]=(*it)->copyWithNodalConnectivityPacked(tmp);
3081       ncs[i]=objs[i]->getNodalConnectivity(); ncis[i]=objs[i]->getNodalConnectivityIndex();
3082       nbOfCells+=(*it)->getNumberOfCells();
3083       nbNodesPerElt[i]=nbNodesPerElt[i-1]+prevNbOfNodes;
3084       prevNbOfNodes=(*it)->getNumberOfNodes();
3085     }
3086   std::vector<const MEDCouplingPointSet *> aps(a.size());
3087   std::copy(a.begin(),a.end(),aps.begin());
3088   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> pts=MergeNodesArray(aps);
3089   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1DGTUMesh> ret(new MEDCoupling1DGTUMesh("merge",*cm));
3090   ret->setCoords(pts);
3091   ret->_conn=AggregateNodalConnAndShiftNodeIds(ncs,nbNodesPerElt);
3092   ret->_conn_indx=DataArrayInt::AggregateIndexes(ncis);
3093   return ret.retn();
3094 }
3095
3096 MEDCoupling1DGTUMesh *MEDCoupling1DGTUMesh::buildSetInstanceFromThis(int spaceDim) const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
3097 {
3098   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1DGTUMesh> ret(new MEDCoupling1DGTUMesh(getName().c_str(),*_cm));
3099   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp1,tmp2;
3100   const DataArrayInt *nodalConn(_conn),*nodalConnI(_conn_indx);
3101   if(!nodalConn)
3102     {
3103       tmp1=DataArrayInt::New(); tmp1->alloc(0,1);
3104     }
3105   else
3106     tmp1=_conn;
3107   ret->_conn=tmp1;
3108   //
3109   if(!nodalConnI)
3110     {
3111       tmp2=DataArrayInt::New(); tmp2->alloc(1,1); tmp2->setIJ(0,0,0);
3112     }
3113   else
3114     tmp2=_conn_indx;
3115   ret->_conn_indx=tmp2;
3116   //
3117   if(!_coords)
3118     {
3119       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> coords=DataArrayDouble::New(); coords->alloc(0,spaceDim);
3120       ret->setCoords(coords);
3121     }
3122   else
3123     ret->setCoords(_coords);
3124   return ret.retn();
3125 }
3126
3127 std::vector<int> MEDCoupling1DGTUMesh::BuildAPolygonFromParts(const std::vector< std::vector<int> >& parts) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
3128 {
3129   std::vector<int> ret;
3130   if(parts.empty())
3131     return ret;
3132   ret.insert(ret.end(),parts[0].begin(),parts[0].end());
3133   int ref(ret.back());
3134   std::size_t sz(parts.size()),nbh(1);
3135   std::vector<bool> b(sz,true); b[0]=false;
3136   while(nbh<sz)
3137     {
3138       std::size_t i(0);
3139       for(;i<sz;i++) if(b[i] && parts[i].front()==ref) { ret.insert(ret.end(),parts[i].begin()+1,parts[i].end()); nbh++; break; }
3140       if(i<sz)
3141         ref=ret.back();
3142       else
3143         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1DGTUMesh::BuildAPolygonFromParts : the input vector is not a part of a single polygon !");
3144     }
3145   if(ret.back()==ret.front())
3146     ret.pop_back();
3147   return ret;
3148 }
3149
3150 /*!
3151  * This method performs an aggregation of \a nodalConns (as DataArrayInt::Aggregate does) but in addition of that a shift is applied on the
3152  * values contained in \a nodalConns using corresponding offset specified in input \a offsetInNodeIdsPerElt.
3153  * But it also manage the values -1, that have a semantic in MEDCoupling1DGTUMesh class (separator for polyhedron).
3154  *
3155  * \param [in] nodalConns - a list of nodal connectivity arrays same size than \a offsetInNodeIdsPerElt.
3156  * \param [in] offsetInNodeIdsPerElt - a list of offsets to apply.
3157  * \return DataArrayInt * - A new object (to be managed by the caller) that is the result of the aggregation.
3158  * \throw If \a nodalConns or \a offsetInNodeIdsPerElt are empty.
3159  * \throw If \a nodalConns and \a offsetInNodeIdsPerElt have not the same size.
3160  * \throw If presence of null pointer in \a nodalConns.
3161  * \throw If presence of not allocated or array with not exactly one component in \a nodalConns.
3162  */
3163 DataArrayInt *MEDCoupling1DGTUMesh::AggregateNodalConnAndShiftNodeIds(const std::vector<const DataArrayInt *>& nodalConns, const std::vector<int>& offsetInNodeIdsPerElt) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
3164 {
3165   std::size_t sz1(nodalConns.size()),sz2(offsetInNodeIdsPerElt.size());
3166   if(sz1!=sz2)
3167     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1DGTUMesh::AggregateNodalConnAndShiftNodeIds : input vectors do not have the same size !");
3168   if(sz1==0)
3169     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1DGTUMesh::AggregateNodalConnAndShiftNodeIds : empty vectors in input !");
3170   int nbOfTuples=0;
3171   for(std::vector<const DataArrayInt *>::const_iterator it=nodalConns.begin();it!=nodalConns.end();it++)
3172     {
3173       if(!(*it))
3174         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1DGTUMesh::AggregateNodalConnAndShiftNodeIds : presence of null pointer in input vector !");
3175       if(!(*it)->isAllocated())
3176         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1DGTUMesh::AggregateNodalConnAndShiftNodeIds : presence of non allocated array in input vector !");
3177       if((*it)->getNumberOfComponents()!=1)
3178         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1DGTUMesh::AggregateNodalConnAndShiftNodeIds : presence of array with not exactly one component !");
3179       nbOfTuples+=(*it)->getNumberOfTuples();
3180     }
3181   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New(); ret->alloc(nbOfTuples,1);
3182   int *pt=ret->getPointer();
3183   int i=0;
3184   for(std::vector<const DataArrayInt *>::const_iterator it=nodalConns.begin();it!=nodalConns.end();it++,i++)
3185     {
3186       int curNbt=(*it)->getNumberOfTuples();
3187       const int *inPt=(*it)->begin();
3188       int offset=offsetInNodeIdsPerElt[i];
3189       for(int j=0;j<curNbt;j++,pt++)
3190         {
3191           if(inPt[j]!=-1)
3192             *pt=inPt[j]+offset;
3193           else
3194             *pt=-1;
3195         }
3196     }
3197   return ret.retn();
3198 }
3199
3200 MEDCoupling1DGTUMesh *MEDCoupling1DGTUMesh::New(const MEDCouplingUMesh *m) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
3201 {
3202   if(!m)
3203     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1DGTUMesh::New : input mesh is null !");
3204   std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> gts(m->getAllGeoTypes());
3205   if(gts.size()!=1)
3206     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCoupling1DGTUMesh::New : input mesh must have exactly one geometric type !");
3207   int geoType((int)*gts.begin());
3208   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1DGTUMesh> ret(MEDCoupling1DGTUMesh::New(m->getName().c_str(),*gts.begin()));
3209   ret->setCoords(m->getCoords()); ret->setDescription(m->getDescription().c_str());
3210   int nbCells(m->getNumberOfCells());
3211   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> conn(DataArrayInt::New()),connI(DataArrayInt::New());
3212   conn->alloc(m->getMeshLength()-nbCells,1); connI->alloc(nbCells+1,1);
3213   int *c(conn->getPointer()),*ci(connI->getPointer()); *ci=0;
3214   const int *cin(m->getNodalConnectivity()->begin()),*ciin(m->getNodalConnectivityIndex()->begin());
3215   for(int i=0;i<nbCells;i++,ciin++,ci++)
3216     {
3217       if(cin[ciin[0]]==geoType)
3218         {
3219           if(ciin[1]-ciin[0]>=1)
3220             {
3221               c=std::copy(cin+ciin[0]+1,cin+ciin[1],c);
3222               ci[1]=ci[0]+ciin[1]-ciin[0]-1;
3223             }
3224           else
3225             {
3226               std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1DGTUMesh::New(const MEDCouplingUMesh *m) : something is wrong in the input mesh at cell #" << i << " ! The size of cell is not >=0 !";
3227               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
3228             }
3229         }
3230       else
3231         {
3232           std::ostringstream oss; oss << "MEDCoupling1DGTUMesh::New(const MEDCouplingUMesh *m) : something is wrong in the input mesh at cell #" << i << " ! The geometric type is not those expected !";
3233           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
3234         }
3235     }
3236   ret->setNodalConnectivity(conn,connI);
3237   return ret.retn();
3238 }