src/LSF/Batch_BatchManager_eLSF.cxx

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   2 //
   3 //  Copyright (C) 2003-2007  OPEN CASCADE, EADS/CCR, LIP6, CEA/DEN,
   4 //  CEDRAT, EDF R&D, LEG, PRINCIPIA R&D, BUREAU VERITAS
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  17 //  License along with this library; if not, write to the Free Software
  18 //  Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  19 //
  20 //  See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  21 //
  22 /*
  23  * BatchManager_eLSF.cxx : emulation of LSF client
  24  *
  25  * Auteur : Bernard SECHER - CEA DEN
  26  * Mail   : mailto:bernard.secher@cea.fr
  27  * Date   : Thu Apr 24 10:17:22 2008
  28  * Projet : PAL Salome
  29  *
  30  */
  31
  32 #include <iostream>
  33 #include <fstream>
  34 #include <sstream>
  35 #include <sys/stat.h>
  36 #include <string.h>
  37 #include <stdlib.h>
  38
  39 #include "Batch_BatchManager_eLSF.hxx"
  40 #ifdef WIN32
  41 # include <time.h>
  42 # include <io.h>
  43 #else
  44 # include <libgen.h>
  45 #endif
  46
  47 using namespace std;
  48
  49 namespace Batch {
  50
  51   BatchManager_eLSF::BatchManager_eLSF(const FactBatchManager * parent, const char * host, const char * protocol, const char * mpiImpl) throw(InvalidArgumentException,ConnexionFailureException) : BatchManager_eClient(parent,host,protocol,mpiImpl)
  52   {
  53     // Nothing to do
  54   }
  55
  56   // Destructeur
  57   BatchManager_eLSF::~BatchManager_eLSF()
  58   {
  59     // Nothing to do
  60   }
  61
  62   // Methode pour le controle des jobs : soumet un job au gestionnaire
  63   const JobId BatchManager_eLSF::submitJob(const Job & job)
  64   {
  65     int status;
  66     Parametre params = job.getParametre();
  67     const std::string dirForTmpFiles = params[TMPDIR];
  68     const string fileToExecute = params[EXECUTABLE];
  69     std::string fileNameToExecute;
  70     if( fileToExecute.size() > 0 ){
  71       string::size_type p1 = fileToExecute.find_last_of("/");
  72       string::size_type p2 = fileToExecute.find_last_of(".");
  73       fileNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1,p2-p1-1);
  74     }
  75     else
  76       fileNameToExecute = "command";
  77
  78     // export input files on cluster
  79     exportInputFiles(job);
  80
  81     // build batch script for job
  82     buildBatchScript(job);
  83
  84     // define name of log file
  85     string logFile="/tmp/logs/";
  86     logFile += getenv("USER");
  87     logFile += "/batchSalome_";
  88     srand ( time(NULL) );
  89     int ir = rand();
  90     ostringstream oss;
  91     oss << ir;
  92     logFile += oss.str();
  93     logFile += ".log";
  94
  95     string command;
  96
  97     // define command to submit batch
  98     command = _protocol;
  99     command += " ";
 100
 101     if(_username != ""){
 102       command += _username;
 103       command += "@";
 104     }
 105
 106     command += _hostname;
 107     command += " \"cd " ;
 108     command += dirForTmpFiles ;
 109     command += "; bsub < " ;
 110     command += fileNameToExecute ;
 111     command += "_Batch.sh\" > ";
 112     command += logFile;
 113     cerr << command.c_str() << endl;
 114     status = system(command.c_str());
 115     if(status)
 116       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 117
 118     // read id of submitted job in log file
 119     char line[128];
 120     FILE *fp = fopen(logFile.c_str(),"r");
 121     fgets( line, 128, fp);
 122     fclose(fp);
 123
 124     string sline(line);
 125     int p10 = sline.find("<");
 126     int p20 = sline.find(">");
 127     string strjob = sline.substr(p10+1,p20-p10-1);
 128
 129     JobId id(this, strjob);
 130     return id;
 131   }
 132
 133   // Methode pour le controle des jobs : retire un job du gestionnaire
 134   void BatchManager_eLSF::deleteJob(const JobId & jobid)
 135   {
 136     int status;
 137     int ref;
 138     istringstream iss(jobid.getReference());
 139     iss >> ref;
 140
 141     // define command to submit batch
 142     string command;
 143     command = _protocol;
 144     command += " ";
 145
 146     if (_username != ""){
 147       command += _username;
 148       command += "@";
 149     }
 150
 151     command += _hostname;
 152     command += " \"bkill " ;
 153     command += iss.str();
 154     command += "\"";
 155     cerr << command.c_str() << endl;
 156     status = system(command.c_str());
 157     if(status)
 158       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 159
 160     cerr << "jobId = " << ref << "killed" << endl;
 161   }
 162
 163   // Methode pour le controle des jobs : suspend un job en file d'attente
 164   void BatchManager_eLSF::holdJob(const JobId & jobid)
 165   {
 166     throw EmulationException("Not yet implemented");
 167   }
 168
 169   // Methode pour le controle des jobs : relache un job suspendu
 170   void BatchManager_eLSF::releaseJob(const JobId & jobid)
 171   {
 172     throw EmulationException("Not yet implemented");
 173   }
 174
 175
 176   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 177   void BatchManager_eLSF::alterJob(const JobId & jobid, const Parametre & param, const Environnement & env)
 178   {
 179     throw EmulationException("Not yet implemented");
 180   }
 181
 182   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 183   void BatchManager_eLSF::alterJob(const JobId & jobid, const Parametre & param)
 184   {
 185     alterJob(jobid, param, Environnement());
 186   }
 187
 188   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 189   void BatchManager_eLSF::alterJob(const JobId & jobid, const Environnement & env)
 190   {
 191     alterJob(jobid, Parametre(), env);
 192   }
 193
 194   // Methode pour le controle des jobs : renvoie l'etat du job
 195   JobInfo BatchManager_eLSF::queryJob(const JobId & jobid)
 196   {
 197     int id;
 198     istringstream iss(jobid.getReference());
 199     iss >> id;
 200
 201     // define name of log file
 202     string logFile="/tmp/logs/";
 203     logFile += getenv("USER");
 204     logFile += "/batchSalome_";
 205
 206     srand ( time(NULL) );
 207     int ir = rand();
 208     ostringstream oss;
 209     oss << ir;
 210     logFile += oss.str();
 211     logFile += ".log";
 212
 213     string command;
 214     int status;
 215
 216     // define command to submit batch
 217     command = _protocol;
 218     command += " ";
 219
 220     if (_username != ""){
 221       command += _username;
 222       command += "@";
 223     }
 224
 225     command += _hostname;
 226     command += " \"bjobs " ;
 227     command += iss.str();
 228     command += "\" > ";
 229     command += logFile;
 230     cerr << command.c_str() << endl;
 231     status = system(command.c_str());
 232     if(status)
 233       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 234
 235     JobInfo_eLSF ji = JobInfo_eLSF(id,logFile);
 236     return ji;
 237   }
 238
 239
 240
 241   // Methode pour le controle des jobs : teste si un job est present en machine
 242   bool BatchManager_eLSF::isRunning(const JobId & jobid)
 243   {
 244     throw EmulationException("Not yet implemented");
 245   }
 246
 247   void BatchManager_eLSF::buildBatchScript(const Job & job)
 248   {
 249 #ifndef WIN32 //TODO: need for porting on Windows
 250     int status;
 251     Parametre params = job.getParametre();
 252     Environnement env = job.getEnvironnement();
 253     const int nbproc = params[NBPROC];
 254     const long edt = params[MAXWALLTIME];
 255     const long mem = params[MAXRAMSIZE];
 256     const string workDir = params[WORKDIR];
 257     const std::string dirForTmpFiles = params[TMPDIR];
 258     const string fileToExecute = params[EXECUTABLE];
 259     const string home = params[HOMEDIR];
 260     const std::string queue = params[QUEUE];
 261     std::string rootNameToExecute;
 262     std::string fileNameToExecute;
 263     std::string filelogtemp;
 264     if( fileToExecute.size() > 0 ){
 265       string::size_type p1 = fileToExecute.find_last_of("/");
 266       string::size_type p2 = fileToExecute.find_last_of(".");
 267       rootNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1,p2-p1-1);
 268       char* basec=strdup(fileToExecute.c_str());
 269       fileNameToExecute = "~/" + dirForTmpFiles + "/" + string(basename(basec));
 270       free(basec);
 271
 272       int idx = dirForTmpFiles.find("Batch/");
 273       filelogtemp = dirForTmpFiles.substr(idx+6, dirForTmpFiles.length());
 274     }
 275     else{
 276       rootNameToExecute = "command";
 277     }
 278
 279     ofstream tempOutputFile;
 280     std::string TmpFileName = createAndOpenTemporaryFile(tempOutputFile);
 281
 282     tempOutputFile << "#! /bin/sh -f" << endl ;
 283     if (queue != "")
 284       tempOutputFile << "#BSUB -q " << queue << endl;
 285     if( edt > 0 )
 286       tempOutputFile << "#BSUB -W " << getWallTime(edt) << endl ;
 287     if( mem > 0 )
 288       tempOutputFile << "#BSUB -M " << mem*1024 << endl ;
 289     tempOutputFile << "#BSUB -n " << nbproc << endl ;
 290     if( fileToExecute.size() > 0 ){
 291       tempOutputFile << "#BSUB -o " << home << "/" << dirForTmpFiles << "/output.log." << filelogtemp << endl ;
 292       tempOutputFile << "#BSUB -e " << home << "/" << dirForTmpFiles << "/error.log." << filelogtemp << endl ;
 293     }
 294     else{
 295       tempOutputFile << "#BSUB -o " << dirForTmpFiles << "/" << env["LOGFILE"] << ".output.log" << endl ;
 296       tempOutputFile << "#BSUB -e " << dirForTmpFiles << "/" << env["LOGFILE"] << ".error.log" << endl ;
 297     }
 298     if( workDir.size() > 0 )
 299       tempOutputFile << "cd " << workDir << endl ;
 300     if( fileToExecute.size() > 0 ){
 301       tempOutputFile << _mpiImpl->boot("",nbproc);
 302       tempOutputFile << _mpiImpl->run("",nbproc,fileNameToExecute);
 303       tempOutputFile << _mpiImpl->halt();
 304     }
 305     else{
 306       tempOutputFile << "source " << env["SOURCEFILE"] << endl ;
 307       tempOutputFile << env["COMMAND"];
 308     }
 309
 310     tempOutputFile.flush();
 311     tempOutputFile.close();
 312 #ifdef WIN32
 313     _chmod(
 314 #else
 315     chmod(
 316 #endif
 317       TmpFileName.c_str(), 0x1ED);
 318     cerr << TmpFileName.c_str() << endl;
 319
 320     string command;
 321     if( _protocol == "rsh" )
 322       command = "rcp ";
 323     else if( _protocol == "ssh" )
 324       command = "scp ";
 325     else
 326       throw EmulationException("Unknown protocol");
 327     command += TmpFileName;
 328     command += " ";
 329     if(_username != ""){
 330       command +=  _username;
 331       command += "@";
 332     }
 333     command += _hostname;
 334     command += ":";
 335     command += dirForTmpFiles ;
 336     command += "/" ;
 337     command += rootNameToExecute ;
 338     command += "_Batch.sh" ;
 339     cerr << command.c_str() << endl;
 340     status = system(command.c_str());
 341     if(status)
 342       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 343
 344     remove(TmpFileName.c_str());
 345 #endif
 346
 347   }
 348
 349   std::string BatchManager_eLSF::getWallTime(const long edt)
 350   {
 351     long h, m;
 352     h = edt / 60;
 353     m = edt - h*60;
 354     ostringstream oss;
 355     if( m >= 10 )
 356       oss << h << ":" << m;
 357     else
 358       oss << h << ":0" << m;
 359     return oss.str();
 360   }
 361
 362 }