]> SALOME platform Git repositories - tools/libbatch.git/blob - src/LSF/Batch_BatchManager_eLSF.cxx
Salome HOME
Added missing includes for newer gcc versions.
[tools/libbatch.git] / src / LSF / Batch_BatchManager_eLSF.cxx
1 //  Copyright (C) 2007-2008  CEA/DEN, EDF R&D, OPEN CASCADE
2 //
3 //  Copyright (C) 2003-2007  OPEN CASCADE, EADS/CCR, LIP6, CEA/DEN,
4 //  CEDRAT, EDF R&D, LEG, PRINCIPIA R&D, BUREAU VERITAS
5 //
6 //  This library is free software; you can redistribute it and/or
7 //  modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
8 //  License as published by the Free Software Foundation; either
9 //  version 2.1 of the License.
10 //
11 //  This library is distributed in the hope that it will be useful,
12 //  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
13 //  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
14 //  Lesser General Public License for more details.
15 //
16 //  You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
17 //  License along with this library; if not, write to the Free Software
18 //  Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
19 //
20 //  See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
21 //
22 /*
23  * BatchManager_eLSF.cxx : emulation of LSF client
24  *
25  * Auteur : Bernard SECHER - CEA DEN
26  * Mail   : mailto:bernard.secher@cea.fr
27  * Date   : Thu Apr 24 10:17:22 2008
28  * Projet : PAL Salome
29  *
30  */
31
32 #include <stdlib.h>
33 #include <string.h>
34
35 #include <iostream>
36 #include <fstream>
37 #include <sstream>
38 #include <string>
39 #include <sys/stat.h>
40
41 #ifdef WIN32
42 #include <io.h>
43 #else
44 #include <libgen.h>
45 #endif
46
47 #include "Batch_BatchManager_eLSF.hxx"
48 #include "Batch_JobInfo_eLSF.hxx"
49
50 using namespace std;
51
52 namespace Batch {
53
54   BatchManager_eLSF::BatchManager_eLSF(const FactBatchManager * parent, const char * host,
55                                        CommunicationProtocolType protocolType, const char * mpiImpl)
56   : BatchManager_eClient(parent, host, protocolType, mpiImpl)
57   {
58     // Nothing to do
59   }
60
61   // Destructeur
62   BatchManager_eLSF::~BatchManager_eLSF()
63   {
64     // Nothing to do
65   }
66
67   // Methode pour le controle des jobs : soumet un job au gestionnaire
68   const JobId BatchManager_eLSF::submitJob(const Job & job)
69   {
70     int status;
71     Parametre params = job.getParametre();
72     const std::string dirForTmpFiles = params[TMPDIR];
73     const string fileToExecute = params[EXECUTABLE];
74     std::string fileNameToExecute;
75     if( fileToExecute.size() > 0 ){
76       string::size_type p1 = fileToExecute.find_last_of("/");
77       string::size_type p2 = fileToExecute.find_last_of(".");
78       fileNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1,p2-p1-1);
79     }
80     else
81       fileNameToExecute = "command";
82
83     // export input files on cluster
84     exportInputFiles(job);
85
86     // build batch script for job
87     buildBatchScript(job);
88
89     // define name of log file (local)
90     string logFile = generateTemporaryFileName("LSF-submitlog");
91
92     // define command to submit batch
93     string subCommand = string("cd ") + dirForTmpFiles + "; bsub < " +
94                         fileNameToExecute + "_Batch.sh";
95     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
96     command += " > ";
97     command += logFile;
98     cerr << command.c_str() << endl;
99     status = system(command.c_str());
100     if(status)
101       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
102
103     // read id of submitted job in log file
104     char line[128];
105     FILE *fp = fopen(logFile.c_str(),"r");
106     fgets( line, 128, fp);
107     fclose(fp);
108
109     string sline(line);
110     int p10 = sline.find("<");
111     int p20 = sline.find(">");
112     string strjob = sline.substr(p10+1,p20-p10-1);
113
114     JobId id(this, strjob);
115     return id;
116   }
117
118   // Methode pour le controle des jobs : retire un job du gestionnaire
119   void BatchManager_eLSF::deleteJob(const JobId & jobid)
120   {
121     int status;
122     int ref;
123     istringstream iss(jobid.getReference());
124     iss >> ref;
125
126     // define command to delete batch
127     string subCommand = string("bkill ") + iss.str();
128     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
129     cerr << command.c_str() << endl;
130     status = system(command.c_str());
131     if (status)
132       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
133
134     cerr << "jobId = " << ref << "killed" << endl;
135   }
136
137   // Methode pour le controle des jobs : suspend un job en file d'attente
138   void BatchManager_eLSF::holdJob(const JobId & jobid)
139   {
140     throw EmulationException("Not yet implemented");
141   }
142
143   // Methode pour le controle des jobs : relache un job suspendu
144   void BatchManager_eLSF::releaseJob(const JobId & jobid)
145   {
146     throw EmulationException("Not yet implemented");
147   }
148
149
150   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
151   void BatchManager_eLSF::alterJob(const JobId & jobid, const Parametre & param, const Environnement & env)
152   {
153     throw EmulationException("Not yet implemented");
154   }
155
156   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
157   void BatchManager_eLSF::alterJob(const JobId & jobid, const Parametre & param)
158   {
159     alterJob(jobid, param, Environnement());
160   }
161
162   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
163   void BatchManager_eLSF::alterJob(const JobId & jobid, const Environnement & env)
164   {
165     alterJob(jobid, Parametre(), env);
166   }
167
168   // Methode pour le controle des jobs : renvoie l'etat du job
169   JobInfo BatchManager_eLSF::queryJob(const JobId & jobid)
170   {
171     int id;
172     istringstream iss(jobid.getReference());
173     iss >> id;
174
175     // define name of log file (local)
176     string logFile = generateTemporaryFileName(string("LSF-querylog-id") + jobid.getReference());
177
178     // define command to query batch
179     string subCommand = string("bjobs ") + iss.str();
180     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
181     command += " > ";
182     command += logFile;
183     cerr << command.c_str() << endl;
184     int status = system(command.c_str());
185     if (status)
186       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
187
188     JobInfo_eLSF ji = JobInfo_eLSF(id,logFile);
189     return ji;
190   }
191
192
193
194   // Methode pour le controle des jobs : teste si un job est present en machine
195   bool BatchManager_eLSF::isRunning(const JobId & jobid)
196   {
197     throw EmulationException("Not yet implemented");
198   }
199
200   void BatchManager_eLSF::buildBatchScript(const Job & job)
201   {
202 #ifndef WIN32 //TODO: need for porting on Windows
203     Parametre params = job.getParametre();
204     Environnement env = job.getEnvironnement();
205     const int nbproc = params[NBPROC];
206     const long edt = params[MAXWALLTIME];
207     const long mem = params[MAXRAMSIZE];
208     const string workDir = params[WORKDIR];
209     const std::string dirForTmpFiles = params[TMPDIR];
210     const string fileToExecute = params[EXECUTABLE];
211     const string home = params[HOMEDIR];
212     const std::string queue = params[QUEUE];
213     std::string rootNameToExecute;
214     std::string fileNameToExecute;
215     std::string filelogtemp;
216     if( fileToExecute.size() > 0 ){
217       string::size_type p1 = fileToExecute.find_last_of("/");
218       string::size_type p2 = fileToExecute.find_last_of(".");
219       rootNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1,p2-p1-1);
220       char* basec=strdup(fileToExecute.c_str());
221       fileNameToExecute = "~/" + dirForTmpFiles + "/" + string(basename(basec));
222       free(basec);
223
224       int idx = dirForTmpFiles.find("Batch/");
225       filelogtemp = dirForTmpFiles.substr(idx+6, dirForTmpFiles.length());
226     }
227     else{
228       rootNameToExecute = "command";
229     }
230
231     ofstream tempOutputFile;
232     std::string TmpFileName = createAndOpenTemporaryFile("LSF-script", tempOutputFile);
233
234     tempOutputFile << "#! /bin/sh -f" << endl ;
235     if (queue != "")
236       tempOutputFile << "#BSUB -q " << queue << endl;
237     if( edt > 0 )
238       tempOutputFile << "#BSUB -W " << getWallTime(edt) << endl ;
239     if( mem > 0 )
240       tempOutputFile << "#BSUB -M " << mem*1024 << endl ;
241     tempOutputFile << "#BSUB -n " << nbproc << endl ;
242     if( fileToExecute.size() > 0 ){
243       tempOutputFile << "#BSUB -o " << home << "/" << dirForTmpFiles << "/output.log." << filelogtemp << endl ;
244       tempOutputFile << "#BSUB -e " << home << "/" << dirForTmpFiles << "/error.log." << filelogtemp << endl ;
245     }
246     else{
247       tempOutputFile << "#BSUB -o " << dirForTmpFiles << "/" << env["LOGFILE"] << ".output.log" << endl ;
248       tempOutputFile << "#BSUB -e " << dirForTmpFiles << "/" << env["LOGFILE"] << ".error.log" << endl ;
249     }
250     if( workDir.size() > 0 )
251       tempOutputFile << "cd " << workDir << endl ;
252     if( fileToExecute.size() > 0 ){
253       tempOutputFile << _mpiImpl->boot("",nbproc);
254       tempOutputFile << _mpiImpl->run("",nbproc,fileNameToExecute);
255       tempOutputFile << _mpiImpl->halt();
256     }
257     else{
258       tempOutputFile << "source " << env["SOURCEFILE"] << endl ;
259       tempOutputFile << env["COMMAND"];
260     }
261
262     tempOutputFile.flush();
263     tempOutputFile.close();
264 #ifdef WIN32
265     _chmod(
266 #else
267     chmod(
268 #endif
269       TmpFileName.c_str(), 0x1ED);
270     cerr << TmpFileName.c_str() << endl;
271
272     int status = _protocol.copyFile(TmpFileName, "", "",
273                                     dirForTmpFiles + "/" + rootNameToExecute + "_Batch.sh",
274                                     _hostname, _username);
275     if (status)
276       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
277
278     remove(TmpFileName.c_str());
279 #endif
280
281   }
282
283   std::string BatchManager_eLSF::getWallTime(const long edt)
284   {
285     long h, m;
286     h = edt / 60;
287     m = edt - h*60;
288     ostringstream oss;
289     if( m >= 10 )
290       oss << h << ":" << m;
291     else
292       oss << h << ":0" << m;
293     return oss.str();
294   }
295
296 }