src/LSF/Batch_BatchManager_eLSF.cxx

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   2 //
   3 //  Copyright (C) 2003-2007  OPEN CASCADE, EADS/CCR, LIP6, CEA/DEN,
   4 //  CEDRAT, EDF R&D, LEG, PRINCIPIA R&D, BUREAU VERITAS
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  13 //  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
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  16 //  You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  17 //  License along with this library; if not, write to the Free Software
  18 //  Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  19 //
  20 //  See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  21 //
  22 /*
  23  * BatchManager_eLSF.cxx : emulation of LSF client
  24  *
  25  * Auteur : Bernard SECHER - CEA DEN
  26  * Mail   : mailto:bernard.secher@cea.fr
  27  * Date   : Thu Apr 24 10:17:22 2008
  28  * Projet : PAL Salome
  29  *
  30  */
  31
  32 #include <cstdlib>
  33 #include <fstream>
  34 #include <sstream>
  35
  36 #include <Batch_Constants.hxx>
  37 #include <Batch_Utils.hxx>
  38 #include "Batch_BatchManager_eLSF.hxx"
  39 #include "Batch_JobInfo_eLSF.hxx"
  40
  41 using namespace std;
  42
  43 namespace Batch {
  44
  45   BatchManager_eLSF::BatchManager_eLSF(const FactBatchManager * parent, const char * host,
  46                                        const char * username,
  47                                        CommunicationProtocolType protocolType, const char * mpiImpl)
  48   : BatchManager(parent, host),
  49     BatchManager_eClient(parent, host, username, protocolType, mpiImpl)
  50
  51   {
  52     // Nothing to do
  53   }
  54
  55   // Destructeur
  56   BatchManager_eLSF::~BatchManager_eLSF()
  57   {
  58     // Nothing to do
  59   }
  60
  61   // Methode pour le controle des jobs : soumet un job au gestionnaire
  62   const JobId BatchManager_eLSF::submitJob(const Job & job)
  63   {
  64     Parametre params = job.getParametre();
  65     const std::string workDir = params[WORKDIR];
  66
  67     // export input files on cluster
  68     cerr << "Export des fichiers en entree" << endl;
  69     exportInputFiles(job);
  70
  71     // build batch script for job
  72     cerr << "Construction du script de batch" << endl;
  73     string scriptFile = buildSubmissionScript(job);
  74     cerr << "Script envoye" << endl;
  75
  76     // define command to submit batch
  77     string subCommand = string("cd ") + workDir + "; bsub < " + scriptFile;
  78     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
  79     command += " 2>&1";
  80     cerr << command.c_str() << endl;
  81
  82     string output;
  83     int status = Utils::getCommandOutput(command, output);
  84     cout << output;
  85     if (status != 0) throw EmulationException("Can't submit job, error was: " + output);
  86
  87     // read id of submitted job in output
  88     int p10 = output.find("<");
  89     int p20 = output.find(">");
  90     string strjob = output.substr(p10+1,p20-p10-1);
  91
  92     JobId id(this, strjob);
  93     return id;
  94   }
  95
  96   // Ce manager permet de faire de la reprise
  97   const Batch::JobId
  98   BatchManager_eLSF::addJob(const Batch::Job & job, const std::string reference)
  99   {
 100     return JobId(this, reference);
 101   }
 102
 103   // Methode pour le controle des jobs : retire un job du gestionnaire
 104   void BatchManager_eLSF::deleteJob(const JobId & jobid)
 105   {
 106     int status;
 107     int ref;
 108     istringstream iss(jobid.getReference());
 109     iss >> ref;
 110
 111     // define command to delete batch
 112     string subCommand = string("bkill ") + iss.str();
 113     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
 114     cerr << command.c_str() << endl;
 115     status = system(command.c_str());
 116     if (status)
 117       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 118
 119     cerr << "jobId = " << ref << "killed" << endl;
 120   }
 121
 122   // Methode pour le controle des jobs : suspend un job en file d'attente
 123   void BatchManager_eLSF::holdJob(const JobId & jobid)
 124   {
 125     throw EmulationException("Not yet implemented");
 126   }
 127
 128   // Methode pour le controle des jobs : relache un job suspendu
 129   void BatchManager_eLSF::releaseJob(const JobId & jobid)
 130   {
 131     throw EmulationException("Not yet implemented");
 132   }
 133
 134
 135   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 136   void BatchManager_eLSF::alterJob(const JobId & jobid, const Parametre & param, const Environnement & env)
 137   {
 138     throw EmulationException("Not yet implemented");
 139   }
 140
 141   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 142   void BatchManager_eLSF::alterJob(const JobId & jobid, const Parametre & param)
 143   {
 144     alterJob(jobid, param, Environnement());
 145   }
 146
 147   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 148   void BatchManager_eLSF::alterJob(const JobId & jobid, const Environnement & env)
 149   {
 150     alterJob(jobid, Parametre(), env);
 151   }
 152
 153   // Methode pour le controle des jobs : renvoie l'etat du job
 154   JobInfo BatchManager_eLSF::queryJob(const JobId & jobid)
 155   {
 156     int id;
 157     istringstream iss(jobid.getReference());
 158     iss >> id;
 159
 160     // define command to query batch
 161     string subCommand = string("bjobs ") + iss.str();
 162     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
 163     cerr << command.c_str() << endl;
 164
 165     string output;
 166     int status = Utils::getCommandOutput(command, output);
 167     if (status) throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 168
 169     JobInfo_eLSF ji = JobInfo_eLSF(id, output);
 170     return ji;
 171   }
 172
 173
 174
 175   // Methode pour le controle des jobs : teste si un job est present en machine
 176   bool BatchManager_eLSF::isRunning(const JobId & jobid)
 177   {
 178     throw EmulationException("Not yet implemented");
 179   }
 180
 181   std::string BatchManager_eLSF::buildSubmissionScript(const Job & job)
 182   {
 183     Parametre params = job.getParametre();
 184
 185     // Job Parameters
 186     string workDir       = "";
 187     string fileToExecute = "";
 188     int nbproc           = 0;
 189     int edt              = 0;
 190     int mem              = 0;
 191     string queue         = "";
 192
 193     // Mandatory parameters
 194     if (params.find(WORKDIR) != params.end())
 195       workDir = params[WORKDIR].str();
 196     else
 197       throw EmulationException("params[WORKDIR] is not defined ! Please defined it, cannot submit this job");
 198     if (params.find(EXECUTABLE) != params.end())
 199       fileToExecute = params[EXECUTABLE].str();
 200     else
 201       throw EmulationException("params[EXECUTABLE] is not defined ! Please defined it, cannot submit this job");
 202
 203     // Optional parameters
 204     if (params.find(NBPROC) != params.end())
 205       nbproc = params[NBPROC];
 206     if (params.find(MAXWALLTIME) != params.end())
 207       edt = params[MAXWALLTIME];
 208     if (params.find(MAXRAMSIZE) != params.end())
 209       mem = params[MAXRAMSIZE];
 210     if (params.find(QUEUE) != params.end())
 211       queue = params[QUEUE].str();
 212
 213     string::size_type p1 = fileToExecute.find_last_of("/");
 214     string::size_type p2 = fileToExecute.find_last_of(".");
 215     string rootNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1,p2-p1-1);
 216     string fileNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1);
 217
 218     // Create batch submit file
 219     ofstream tempOutputFile;
 220     std::string TmpFileName = createAndOpenTemporaryFile("LSF-script", tempOutputFile);
 221
 222     tempOutputFile << "#! /bin/sh -f" << endl ;
 223     if (params.find(NAME) != params.end())
 224       tempOutputFile << "#BSUB -J " << params[NAME] << endl;
 225     if (queue != "")
 226       tempOutputFile << "#BSUB -q " << queue << endl;
 227     if( edt > 0 )
 228       tempOutputFile << "#BSUB -W " << getWallTime(edt) << endl ;
 229     if( mem > 0 )
 230       tempOutputFile << "#BSUB -M " << mem*1024 << endl ;
 231     tempOutputFile << "#BSUB -n " << nbproc << endl ;
 232
 233     if (params.find(EXCLUSIVE) != params.end() && params[EXCLUSIVE]) {
 234       tempOutputFile << "#BSUB -x" << endl ;
 235     }
 236
 237     size_t pos = workDir.find("$HOME");
 238     string baseDir;
 239     if( pos != string::npos )
 240       baseDir = getHomeDir(workDir) + workDir.substr(pos+5,workDir.length()-5);
 241     else{
 242       pos = workDir.find("~");
 243       if( pos != string::npos )
 244         baseDir = getHomeDir(workDir) + workDir.substr(pos+1,workDir.length()-1);
 245       else
 246         baseDir = workDir;
 247     }
 248     tempOutputFile << "#BSUB -o " << baseDir << "/logs/output.log." << rootNameToExecute << endl ;
 249     tempOutputFile << "#BSUB -e " << baseDir << "/logs/error.log." << rootNameToExecute << endl ;
 250
 251     // Define environment for the job
 252     Environnement env = job.getEnvironnement();
 253     for (Environnement::const_iterator iter = env.begin() ; iter != env.end() ; ++iter) {
 254       tempOutputFile << "export " << iter->first << "=" << iter->second << endl;
 255     }
 256
 257     tempOutputFile << "cd " << workDir << endl ;
 258
 259     // generate nodes file
 260     tempOutputFile << "LIBBATCH_NODEFILE=`mktemp nodefile-XXXXXXXXXX` || exit 1" << endl;
 261     tempOutputFile << "bool=0" << endl;
 262     tempOutputFile << "for i in $LSB_MCPU_HOSTS; do" << endl;
 263     tempOutputFile << "  if test $bool = 0; then" << endl;
 264     tempOutputFile << "    n=$i" << endl;
 265     tempOutputFile << "    bool=1" << endl;
 266     tempOutputFile << "  else" << endl;
 267     tempOutputFile << "    for ((j=0;j<$i;j++)); do" << endl;
 268     tempOutputFile << "      echo $n >> $LIBBATCH_NODEFILE" << endl;
 269     tempOutputFile << "    done" << endl;
 270     tempOutputFile << "    bool=0" << endl;
 271     tempOutputFile << "  fi" << endl;
 272     tempOutputFile << "done" << endl;
 273     tempOutputFile << "export LIBBATCH_NODEFILE" << endl;
 274
 275     // Launch the executable
 276     tempOutputFile << "./" + fileNameToExecute << endl;
 277
 278     // Remove the node file
 279     tempOutputFile << "rm $LIBBATCH_NODEFILE" << endl;
 280
 281     tempOutputFile.flush();
 282     tempOutputFile.close();
 283
 284     cerr << "Batch script file generated is: " << TmpFileName.c_str() << endl;
 285
 286     string remoteFileName = rootNameToExecute + "_Batch.sh";
 287     int status = _protocol.copyFile(TmpFileName, "", "",
 288                                     workDir + "/" + remoteFileName,
 289                                     _hostname, _username);
 290     if (status)
 291       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 292     return remoteFileName;
 293   }
 294
 295   std::string BatchManager_eLSF::getWallTime(const long edt)
 296   {
 297     long h, m;
 298     h = edt / 60;
 299     m = edt - h*60;
 300     ostringstream oss;
 301     if( m >= 10 )
 302       oss << h << ":" << m;
 303     else
 304       oss << h << ":0" << m;
 305     return oss.str();
 306   }
 307
 308   std::string BatchManager_eLSF::getHomeDir(std::string tmpdir)
 309   {
 310     std::string home;
 311     int idx = tmpdir.find("Batch/");
 312     std::string filelogtemp = tmpdir.substr(idx+6, tmpdir.length());
 313     filelogtemp = "/tmp/logs" + filelogtemp + "_home";
 314
 315     string subCommand = string("echo $HOME");
 316     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username) + " > " + filelogtemp;
 317     cerr << command.c_str() << endl;
 318     int status = system(command.c_str());
 319     if (status)
 320       throw EmulationException("Error of launching home command on remote host");
 321
 322     std::ifstream file_home(filelogtemp.c_str());
 323     std::getline(file_home, home);
 324     file_home.close();
 325     return home;
 326   }
 327
 328 }