src/CCC/Batch_BatchManager_eCCC.cxx

   1 //  Copyright (C) 2007-2012  CEA/DEN, EDF R&D, OPEN CASCADE
   2 //
   3 //  Copyright (C) 2003-2007  OPEN CASCADE, EADS/CCR, LIP6, CEA/DEN,
   4 //  CEDRAT, EDF R&D, LEG, PRINCIPIA R&D, BUREAU VERITAS
   5 //
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  13 //  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
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  16 //  You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  17 //  License along with this library; if not, write to the Free Software
  18 //  Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  19 //
  20 //  See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  21 //
  22 /*
  23  * BatchManager_eCCC.cxx : emulation of CCC client for CCRT machines
  24  *
  25  * Auteur : Bernard SECHER - CEA DEN
  26  * Mail   : mailto:bernard.secher@cea.fr
  27  * Date   : Thu Apr 24 10:17:22 2010
  28  * Projet : PAL Salome
  29  *
  30  */
  31
  32 #include <stdlib.h>
  33 #include <string.h>
  34
  35 #include <iostream>
  36 #include <fstream>
  37 #include <sstream>
  38 #include <string>
  39 #include <sys/stat.h>
  40
  41 #include <stdlib.h>
  42 #include <string.h>
  43
  44 #ifdef WIN32
  45 #include <io.h>
  46 #else
  47 #include <libgen.h>
  48 #endif
  49
  50 #include <Batch_Constants.hxx>
  51 #include <Batch_NotYetImplementedException.hxx>
  52 #include <Batch_Utils.hxx>
  53
  54 #include "Batch_BatchManager_eCCC.hxx"
  55 #include "Batch_JobInfo_eCCC.hxx"
  56
  57 using namespace std;
  58
  59 namespace Batch {
  60
  61   BatchManager_eCCC::BatchManager_eCCC(const FactBatchManager * parent, const char * host,
  62                                        const char * username,
  63                                        CommunicationProtocolType protocolType, const char * mpiImpl)
  64   : BatchManager(parent, host, username, protocolType, mpiImpl)
  65   {
  66     // Nothing to do
  67   }
  68
  69   // Destructeur
  70   BatchManager_eCCC::~BatchManager_eCCC()
  71   {
  72     // Nothing to do
  73   }
  74
  75   // Methode pour le controle des jobs : soumet un job au gestionnaire
  76   const JobId BatchManager_eCCC::submitJob(const Job & job)
  77   {
  78     Parametre params = job.getParametre();
  79     const std::string workDir = params[WORKDIR];
  80     const string fileToExecute = params[EXECUTABLE];
  81     string::size_type p1 = fileToExecute.find_last_of("/");
  82     string::size_type p2 = fileToExecute.find_last_of(".");
  83     std::string fileNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1,p2-p1-1);
  84
  85     // export input files on cluster
  86     cerr << "Export des fichiers en entree" << endl;
  87     exportInputFiles(job);
  88
  89     // build batch script for job
  90     cerr << "Construction du script de batch" << endl;
  91     buildBatchScript(job);
  92     cerr << "Script envoye" << endl;
  93
  94     // define command to submit batch
  95     string subCommand = string("bash -l -c \\\"cd ") + workDir + "; ccc_msub " + fileNameToExecute + "_Batch.sh\\\"";
  96     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
  97     command += " 2>&1";
  98     cerr << command.c_str() << endl;
  99
 100     // submit job
 101     string output;
 102     int status = Utils::getCommandOutput(command, output);
 103     cout << output;
 104     if (status != 0) throw RunTimeException("Can't submit job, error was: " + output);
 105
 106     // find id of submitted job in output
 107     istringstream idfile(output);
 108     string sidj;
 109     idfile >> sidj;
 110     idfile >> sidj;
 111     idfile >> sidj;
 112     idfile >> sidj;
 113     if (sidj.size() == 0)
 114       throw RunTimeException("Error in the submission of the job on the remote host");
 115
 116     JobId id(this, sidj);
 117     return id;
 118   }
 119
 120   // Ce manager permet de faire de la reprise
 121   const Batch::JobId
 122   BatchManager_eCCC::addJob(const Batch::Job & job, const std::string reference)
 123   {
 124     return JobId(this, reference);
 125   }
 126
 127   // Methode pour le controle des jobs : retire un job du gestionnaire
 128   void BatchManager_eCCC::deleteJob(const JobId & jobid)
 129   {
 130     int status;
 131     int ref;
 132     istringstream iss(jobid.getReference());
 133     iss >> ref;
 134
 135     // define command to delete batch
 136     string subCommand = string("bash -l -c \\\"ccc_mdel ") + iss.str() + string("\\\"");
 137     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
 138     cerr << command.c_str() << endl;
 139     status = system(command.c_str());
 140     if (status)
 141       throw RunTimeException("Error of connection on remote host");
 142
 143     cerr << "jobId = " << ref << "killed" << endl;
 144   }
 145
 146   // Methode pour le controle des jobs : suspend un job en file d'attente
 147   void BatchManager_eCCC::holdJob(const JobId & jobid)
 148   {
 149     throw NotYetImplementedException("BatchManager_eCCC::holdJob");
 150   }
 151
 152   // Methode pour le controle des jobs : relache un job suspendu
 153   void BatchManager_eCCC::releaseJob(const JobId & jobid)
 154   {
 155     throw NotYetImplementedException("BatchManager_eCCC::releaseJob");
 156   }
 157
 158
 159   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 160   void BatchManager_eCCC::alterJob(const JobId & jobid, const Parametre & param, const Environnement & env)
 161   {
 162     throw NotYetImplementedException("BatchManager_eCCC::alterJob");
 163   }
 164
 165   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 166   void BatchManager_eCCC::alterJob(const JobId & jobid, const Parametre & param)
 167   {
 168     alterJob(jobid, param, Environnement());
 169   }
 170
 171   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 172   void BatchManager_eCCC::alterJob(const JobId & jobid, const Environnement & env)
 173   {
 174     alterJob(jobid, Parametre(), env);
 175   }
 176
 177   // Methode pour le controle des jobs : renvoie l'etat du job
 178   JobInfo BatchManager_eCCC::queryJob(const JobId & jobid)
 179   {
 180     int id;
 181     istringstream iss(jobid.getReference());
 182     iss >> id;
 183
 184     // define command to query batch
 185     string subCommand = string("bash -l -c \\\"bjobs ") + iss.str() + string("\\\"");
 186     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
 187     cerr << command.c_str() << endl;
 188
 189     string output;
 190     int status = Utils::getCommandOutput(command, output);
 191     if (status)
 192       throw RunTimeException("Error of connection on remote host");
 193
 194     JobInfo_eCCC ji = JobInfo_eCCC(id, output);
 195     return ji;
 196   }
 197
 198
 199
 200   // Methode pour le controle des jobs : teste si un job est present en machine
 201   bool BatchManager_eCCC::isRunning(const JobId & jobid)
 202   {
 203     throw NotYetImplementedException("BatchManager_eCCC::isRunning");
 204   }
 205
 206   void BatchManager_eCCC::buildBatchScript(const Job & job)
 207   {
 208 #ifndef WIN32 //TODO: need for porting on Windows
 209     Parametre params = job.getParametre();
 210
 211     // Job Parameters
 212     string workDir       = "";
 213     string fileToExecute = "";
 214     int nbproc           = 0;
 215     int edt              = 0;
 216     int mem              = 0;
 217     string queue         = "";
 218
 219     // Mandatory parameters
 220     if (params.find(WORKDIR) != params.end())
 221       workDir = params[WORKDIR].str();
 222     else
 223       throw RunTimeException("params[WORKDIR] is not defined ! Please defined it, cannot submit this job");
 224     if (params.find(EXECUTABLE) != params.end())
 225       fileToExecute = params[EXECUTABLE].str();
 226     else
 227       throw RunTimeException("params[EXECUTABLE] is not defined ! Please defined it, cannot submit this job");
 228
 229     // Optional parameters
 230     if (params.find(NBPROC) != params.end())
 231       nbproc = params[NBPROC];
 232     if (params.find(MAXWALLTIME) != params.end())
 233       edt = (long)params[MAXWALLTIME] * 60;
 234     if (params.find(MAXRAMSIZE) != params.end())
 235       mem = params[MAXRAMSIZE];
 236     if (params.find(QUEUE) != params.end())
 237       queue = params[QUEUE].str();
 238
 239     string::size_type p1 = fileToExecute.find_last_of("/");
 240     string::size_type p2 = fileToExecute.find_last_of(".");
 241     string rootNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1,p2-p1-1);
 242     string fileNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1);
 243
 244     // Create batch submit file
 245     ofstream tempOutputFile;
 246     std::string TmpFileName = Utils::createAndOpenTemporaryFile("LSF-script", tempOutputFile);
 247
 248     tempOutputFile << "#!/bin/bash" << endl ;
 249     if (queue != "")
 250       tempOutputFile << "#MSUB -q " << queue << endl;
 251     if( edt > 0 )
 252       tempOutputFile << "#MSUB -T " << edt << endl ;
 253     if( mem > 0 )
 254       tempOutputFile << "#MSUB -M " << mem << endl ;
 255     tempOutputFile << "#MSUB -n " << nbproc << endl ;
 256     size_t pos = workDir.find("$HOME");
 257     string baseDir;
 258     if( pos != string::npos )
 259       baseDir = getHomeDir(workDir) + workDir.substr(pos+5,workDir.length()-5);
 260     else{
 261       pos = workDir.find("~");
 262       if( pos != string::npos )
 263         baseDir = getHomeDir(workDir) + workDir.substr(pos+1,workDir.length()-1);
 264       else
 265         baseDir = workDir;
 266     }
 267     tempOutputFile << "#MSUB -o " << baseDir << "/logs/output.log." << rootNameToExecute << endl ;
 268     tempOutputFile << "#MSUB -e " << baseDir << "/logs/error.log." << rootNameToExecute << endl ;
 269
 270     tempOutputFile << "cd " << workDir << endl ;
 271
 272     // generate nodes file
 273     tempOutputFile << "bool=0" << endl;
 274     tempOutputFile << "for i in $LSB_MCPU_HOSTS; do" << endl;
 275     tempOutputFile << "  if test $bool = 0; then" << endl;
 276     tempOutputFile << "    n=$i" << endl;
 277     tempOutputFile << "    bool=1" << endl;
 278     tempOutputFile << "  else" << endl;
 279     tempOutputFile << "    for ((j=0;j<$i;j++)); do" << endl;
 280     tempOutputFile << "      echo $n >> nodesFile." << rootNameToExecute << endl;
 281     tempOutputFile << "    done" << endl;
 282     tempOutputFile << "    bool=0" << endl;
 283     tempOutputFile << "  fi" << endl;
 284     tempOutputFile << "done" << endl;
 285
 286     // Abstraction of PBS_NODEFILE - TODO
 287     tempOutputFile << "export LIBBATCH_NODEFILE=nodesFile." << rootNameToExecute << endl;
 288
 289     // Allow resource sharing in CCRT nodes
 290     tempOutputFile << "export OMPI_MCA_orte_process_binding=none" << endl;
 291
 292     // Launch the executable
 293     tempOutputFile << "./" + fileNameToExecute << endl;
 294     tempOutputFile.flush();
 295     tempOutputFile.close();
 296
 297     BATCH_CHMOD(TmpFileName.c_str(), 0x1ED);
 298     cerr << "Batch script file generated is: " << TmpFileName.c_str() << endl;
 299
 300     int status = _protocol.copyFile(TmpFileName, "", "",
 301                                     workDir + "/" + rootNameToExecute + "_Batch.sh",
 302                                     _hostname, _username);
 303     if (status)
 304       throw RunTimeException("Error of connection on remote host");
 305
 306 #endif
 307
 308   }
 309
 310   std::string BatchManager_eCCC::getHomeDir(std::string tmpdir)
 311   {
 312     std::string home;
 313
 314     string subCommand = string("echo ");
 315     subCommand += tmpdir;
 316     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
 317     cerr << command.c_str() << endl;
 318
 319     string output;
 320     int status = Utils::getCommandOutput(command, output);
 321
 322     if (status)
 323       throw RunTimeException("Error of launching home command on remote host");
 324
 325     std::istringstream file_home(output);
 326     std::getline(file_home, home);
 327     return home;
 328   }
 329
 330 }