src/Batch/Batch_BatchManager_eSGE.cxx

   1 //  Copyright (C) 2007-2008  CEA/DEN, EDF R&D, OPEN CASCADE
   2 //
   3 //  Copyright (C) 2003-2007  OPEN CASCADE, EADS/CCR, LIP6, CEA/DEN,
   4 //  CEDRAT, EDF R&D, LEG, PRINCIPIA R&D, BUREAU VERITAS
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  16 //  You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  17 //  License along with this library; if not, write to the Free Software
  18 //  Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  19 //
  20 //  See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  21 //
  22 /*
  23  * BatchManager_eSGE.cxx : emulation of SGE client
  24  *
  25  * Auteur : Bernard SECHER - CEA DEN
  26  * Mail   : mailto:bernard.secher@cea.fr
  27  * Date   : Thu Apr 24 10:17:22 2008
  28  * Projet : PAL Salome
  29  *
  30  */
  31
  32 #include <iostream>
  33 #include <fstream>
  34 #include <sstream>
  35 #include <sys/stat.h>
  36 #include "Batch_BatchManager_eSGE.hxx"
  37 #include <stdlib.h>
  38 #ifdef WIN32
  39 # include <time.h>
  40 # include <io.h>
  41 #else
  42 #include <libgen.h>
  43 #endif
  44
  45 using namespace std;
  46
  47 namespace Batch {
  48
  49   BatchManager_eSGE::BatchManager_eSGE(const FactBatchManager * parent, const char * host, const char * protocol, const char * mpiImpl) throw(InvalidArgumentException,ConnexionFailureException) : BatchManager_eClient(parent,host,protocol,mpiImpl)
  50   {
  51     // Nothing to do
  52   }
  53
  54   // Destructeur
  55   BatchManager_eSGE::~BatchManager_eSGE()
  56   {
  57     // Nothing to do
  58   }
  59
  60   // Methode pour le controle des jobs : soumet un job au gestionnaire
  61   const JobId BatchManager_eSGE::submitJob(const Job & job)
  62   {
  63     int status;
  64     Parametre params = job.getParametre();
  65     const std::string dirForTmpFiles = params[TMPDIR];
  66     const string fileToExecute = params[EXECUTABLE];
  67     string::size_type p1 = fileToExecute.find_last_of("/");
  68     string::size_type p2 = fileToExecute.find_last_of(".");
  69     std::string fileNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1,p2-p1-1);
  70
  71     // export input files on cluster
  72     exportInputFiles(job);
  73
  74     // build batch script for job
  75     buildBatchScript(job);
  76
  77     // define name of log file
  78     string logFile="/tmp/logs/";
  79     logFile += getenv("USER");
  80     logFile += "/batchSalome_";
  81     srand ( time(NULL) );
  82     int ir = rand();
  83     ostringstream oss;
  84     oss << ir;
  85     logFile += oss.str();
  86     logFile += ".log";
  87
  88     string command;
  89
  90     // define command to submit batch
  91     command = _protocol;
  92     command += " ";
  93
  94     if(_username != ""){
  95       command += _username;
  96       command += "@";
  97     }
  98
  99     command += _hostname;
 100     command += " \"cd " ;
 101     command += dirForTmpFiles ;
 102     command += "; qsub " ;
 103     command += fileNameToExecute ;
 104     command += "_Batch.sh\" > ";
 105     command += logFile;
 106     cerr << command.c_str() << endl;
 107     status = system(command.c_str());
 108     if(status)
 109       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 110
 111     // read id of submitted job in log file
 112     char line[128];
 113     FILE *fp = fopen(logFile.c_str(),"r");
 114     fgets( line, 128, fp);
 115     fclose(fp);
 116
 117     string strjob;
 118     istringstream iss(line);
 119     iss >> strjob >> strjob >> strjob;
 120
 121     JobId id(this, strjob);
 122     return id;
 123   }
 124
 125   // Methode pour le controle des jobs : retire un job du gestionnaire
 126   void BatchManager_eSGE::deleteJob(const JobId & jobid)
 127   {
 128     int status;
 129     int ref;
 130     istringstream iss(jobid.getReference());
 131     iss >> ref;
 132
 133     // define command to submit batch
 134     string command;
 135     command = _protocol;
 136     command += " ";
 137
 138     if (_username != ""){
 139       command += _username;
 140       command += "@";
 141     }
 142
 143     command += _hostname;
 144     command += " \"qdel " ;
 145     command += iss.str();
 146     command += "\"";
 147     cerr << command.c_str() << endl;
 148     status = system(command.c_str());
 149     if(status)
 150       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 151
 152     cerr << "jobId = " << ref << "killed" << endl;
 153   }
 154
 155   // Methode pour le controle des jobs : suspend un job en file d'attente
 156   void BatchManager_eSGE::holdJob(const JobId & jobid)
 157   {
 158     throw EmulationException("Not yet implemented");
 159   }
 160
 161   // Methode pour le controle des jobs : relache un job suspendu
 162   void BatchManager_eSGE::releaseJob(const JobId & jobid)
 163   {
 164     throw EmulationException("Not yet implemented");
 165   }
 166
 167
 168   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 169   void BatchManager_eSGE::alterJob(const JobId & jobid, const Parametre & param, const Environnement & env)
 170   {
 171     throw EmulationException("Not yet implemented");
 172   }
 173
 174   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 175   void BatchManager_eSGE::alterJob(const JobId & jobid, const Parametre & param)
 176   {
 177     alterJob(jobid, param, Environnement());
 178   }
 179
 180   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 181   void BatchManager_eSGE::alterJob(const JobId & jobid, const Environnement & env)
 182   {
 183     alterJob(jobid, Parametre(), env);
 184   }
 185
 186   // Methode pour le controle des jobs : renvoie l'etat du job
 187   JobInfo BatchManager_eSGE::queryJob(const JobId & jobid)
 188   {
 189     int id;
 190     istringstream iss(jobid.getReference());
 191     iss >> id;
 192
 193     // define name of log file
 194     string logFile="/tmp/logs/";
 195     logFile += getenv("USER");
 196     logFile += "/batchSalome_";
 197
 198     ostringstream oss;
 199     oss << this << "_" << id;
 200     logFile += oss.str();
 201     logFile += ".log";
 202
 203     string command;
 204     int status;
 205
 206     // define command to submit batch
 207     command = _protocol;
 208     command += " ";
 209
 210     if (_username != ""){
 211       command += _username;
 212       command += "@";
 213     }
 214
 215     command += _hostname;
 216     command += " \"qstat | grep " ;
 217     command += iss.str();
 218     command += "\" > ";
 219     command += logFile;
 220     cerr << command.c_str() << endl;
 221     status = system(command.c_str());
 222     if(status && status != 256)
 223       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 224
 225     JobInfo_eSGE ji = JobInfo_eSGE(id,logFile);
 226     return ji;
 227   }
 228
 229   // Methode pour le controle des jobs : teste si un job est present en machine
 230   bool BatchManager_eSGE::isRunning(const JobId & jobid)
 231   {
 232     throw EmulationException("Not yet implemented");
 233   }
 234
 235   void BatchManager_eSGE::buildBatchScript(const Job & job)
 236   {
 237 #ifndef WIN32
 238     //TODO porting on Win32 platform
 239     int status;
 240     Parametre params = job.getParametre();
 241     Environnement env = job.getEnvironnement();
 242     const long nbproc = params[NBPROC];
 243     const long edt = params[MAXWALLTIME];
 244     const long mem = params[MAXRAMSIZE];
 245     const string workDir = params[WORKDIR];
 246     const std::string dirForTmpFiles = params[TMPDIR];
 247     const string fileToExecute = params[EXECUTABLE];
 248     const string home = params[HOMEDIR];
 249     const std::string queue = params[QUEUE];
 250     std::string rootNameToExecute;
 251     std::string fileNameToExecute;
 252     std::string filelogtemp;
 253     if( fileToExecute.size() > 0 ){
 254       string::size_type p1 = fileToExecute.find_last_of("/");
 255       string::size_type p2 = fileToExecute.find_last_of(".");
 256       rootNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1,p2-p1-1);
 257       fileNameToExecute = "~/" + dirForTmpFiles + "/" + string(basename((char *) fileToExecute.c_str()));
 258
 259       int idx = dirForTmpFiles.find("Batch/");
 260       filelogtemp = dirForTmpFiles.substr(idx+6, dirForTmpFiles.length());
 261     }
 262     else{
 263       rootNameToExecute = "command";
 264     }
 265
 266     ofstream tempOutputFile;
 267     std::string TmpFileName = createAndOpenTemporaryFile(tempOutputFile);
 268
 269     tempOutputFile << "#! /bin/sh -f" << endl;
 270     if (queue != "")
 271       tempOutputFile << "#$ -q " << queue << endl;
 272     tempOutputFile << "#$ -pe mpich " << nbproc << endl;
 273     if( edt > 0 )
 274       tempOutputFile << "#$ -l h_rt=" << getWallTime(edt) << endl ;
 275     if( mem > 0 )
 276       tempOutputFile << "#$ -l h_vmem=" << mem << "M" << endl ;
 277     if( fileToExecute.size() > 0 ){
 278       tempOutputFile << "#$ -o " << home << "/" << dirForTmpFiles << "/output.log." << filelogtemp << endl ;
 279       tempOutputFile << "#$ -e " << home << "/" << dirForTmpFiles << "/error.log." << filelogtemp << endl ;
 280     }
 281     else{
 282       tempOutputFile << "#$ -o " << dirForTmpFiles << "/" << env["LOGFILE"] << ".output.log" << endl ;
 283       tempOutputFile << "#$ -e " << dirForTmpFiles << "/" << env["LOGFILE"] << ".error.log" << endl ;
 284     }
 285     if( workDir.size() > 0 )
 286       tempOutputFile << "cd " << workDir << endl ;
 287     if( fileToExecute.size() > 0 ){
 288       tempOutputFile << _mpiImpl->boot("",nbproc);
 289       tempOutputFile << _mpiImpl->run("${TMPDIR}/machines",nbproc,fileNameToExecute);
 290       tempOutputFile << _mpiImpl->halt();
 291     }
 292     else{
 293       tempOutputFile << "source " << env["SOURCEFILE"] << endl ;
 294       tempOutputFile << env["COMMAND"];
 295     }
 296
 297     tempOutputFile.flush();
 298     tempOutputFile.close();
 299     chmod(TmpFileName.c_str(), 0x1ED);
 300     cerr << TmpFileName.c_str() << endl;
 301
 302     string command;
 303     if( _protocol == "rsh" )
 304       command = "rcp ";
 305     else if( _protocol == "ssh" )
 306       command = "scp ";
 307     else
 308       throw EmulationException("Unknown protocol");
 309     command += TmpFileName;
 310     command += " ";
 311     if(_username != ""){
 312       command +=  _username;
 313       command += "@";
 314     }
 315     command += _hostname;
 316     command += ":";
 317     command += dirForTmpFiles ;
 318     command += "/" ;
 319     command += rootNameToExecute ;
 320     command += "_Batch.sh" ;
 321     cerr << command.c_str() << endl;
 322     status = system(command.c_str());
 323     if(status)
 324       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 325
 326     remove(TmpFileName.c_str());
 327 #endif //WIN32
 328   }
 329
 330   std::string BatchManager_eSGE::getWallTime(const long edt)
 331   {
 332     long h, m;
 333     h = edt / 60;
 334     m = edt - h*60;
 335     ostringstream oss;
 336     if( m >= 10 )
 337       oss << h << ":" << m;
 338     else
 339       oss << h << ":0" << m;
 340     return oss.str();
 341   }
 342
 343 }