src/Batch/Batch_BatchManager_ePBS.cxx

   1 // Copyright (C) 2005  OPEN CASCADE, EADS/CCR, LIP6, CEA/DEN,
   2 // CEDRAT, EDF R&D, LEG, PRINCIPIA R&D, BUREAU VERITAS
   3 //
   4 // This library is free software; you can redistribute it and/or
   5 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
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   7 // version 2.1 of the License.
   8 //
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  10 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  11 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  12 // Lesser General Public License for more details.
  13 //
  14 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  15 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  16 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  17 //
  18 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  19 //
  20 /*
  21  * BatchManager_ePBS.cxx : emulation of PBS client
  22  *
  23  * Auteur : Bernard SECHER - CEA DEN
  24  * Mail   : mailto:bernard.secher@cea.fr
  25  * Date   : Thu Apr 24 10:17:22 2008
  26  * Projet : PAL Salome
  27  *
  28  */
  29
  30 #include <iostream>
  31 #include <fstream>
  32 #include <sstream>
  33 #include <sys/stat.h>
  34 #include "Batch_BatchManager_ePBS.hxx"
  35 #ifdef WIN32
  36 # include <time.h>
  37 # include <io.h>
  38 #endif
  39
  40 namespace Batch {
  41
  42   BatchManager_ePBS::BatchManager_ePBS(const FactBatchManager * parent, const char * host, const char * protocol, const char * mpiImpl) throw(InvalidArgumentException,ConnexionFailureException) : BatchManager_eClient(parent,host,protocol,mpiImpl)
  43   {
  44     // Nothing to do
  45   }
  46
  47   // Destructeur
  48   BatchManager_ePBS::~BatchManager_ePBS()
  49   {
  50     // Nothing to do
  51   }
  52
  53   // Methode pour le controle des jobs : soumet un job au gestionnaire
  54   const JobId BatchManager_ePBS::submitJob(const Job & job)
  55   {
  56     int status;
  57     Parametre params = job.getParametre();
  58     const std::string dirForTmpFiles = params[TMPDIR];
  59     const string fileToExecute = params[EXECUTABLE];
  60     string::size_type p1 = fileToExecute.find_last_of("/");
  61     string::size_type p2 = fileToExecute.find_last_of(".");
  62     std::string fileNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1,p2-p1-1);
  63
  64     // export input files on cluster
  65     exportInputFiles(job);
  66
  67     // build batch script for job
  68     buildBatchScript(job);
  69
  70     // define name of log file
  71     string logFile="/tmp/logs/";
  72     logFile += getenv("USER");
  73     logFile += "/batchSalome_";
  74     srand ( time(NULL) );
  75     int ir = rand();
  76     ostringstream oss;
  77     oss << ir;
  78     logFile += oss.str();
  79     logFile += ".log";
  80
  81     string command;
  82
  83     // define command to submit batch
  84     command = _protocol;
  85     command += " ";
  86
  87     if(_username != ""){
  88       command += _username;
  89       command += "@";
  90     }
  91
  92     command += _hostname;
  93     command += " \"cd " ;
  94     command += dirForTmpFiles ;
  95     command += "; qsub " ;
  96     command += fileNameToExecute ;
  97     command += "_Batch.sh\" > ";
  98     command += logFile;
  99     cerr << command.c_str() << endl;
 100     status = system(command.c_str());
 101     if(status)
 102       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 103
 104     // read id of submitted job in log file
 105     char line[128];
 106     FILE *fp = fopen(logFile.c_str(),"r");
 107     fgets( line, 128, fp);
 108     fclose(fp);
 109
 110     string sline(line);
 111     int pos = sline.find(".");
 112     string strjob;
 113     if(pos == string::npos)
 114       strjob = sline;
 115     else
 116       strjob = sline.substr(0,pos);
 117
 118     JobId id(this, strjob);
 119     return id;
 120   }
 121
 122   // Methode pour le controle des jobs : retire un job du gestionnaire
 123   void BatchManager_ePBS::deleteJob(const JobId & jobid)
 124   {
 125     int status;
 126     int ref;
 127     istringstream iss(jobid.getReference());
 128     iss >> ref;
 129
 130     // define command to submit batch
 131     string command;
 132     command = _protocol;
 133     command += " ";
 134
 135     if (_username != ""){
 136       command += _username;
 137       command += "@";
 138     }
 139
 140     command += _hostname;
 141     command += " \"qdel " ;
 142     command += iss.str();
 143     command += "\"";
 144     cerr << command.c_str() << endl;
 145     status = system(command.c_str());
 146     if(status)
 147       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 148
 149     cerr << "jobId = " << ref << "killed" << endl;
 150   }
 151
 152   // Methode pour le controle des jobs : suspend un job en file d'attente
 153   void BatchManager_ePBS::holdJob(const JobId & jobid)
 154   {
 155     throw EmulationException("Not yet implemented");
 156   }
 157
 158   // Methode pour le controle des jobs : relache un job suspendu
 159   void BatchManager_ePBS::releaseJob(const JobId & jobid)
 160   {
 161     throw EmulationException("Not yet implemented");
 162   }
 163
 164
 165   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 166   void BatchManager_ePBS::alterJob(const JobId & jobid, const Parametre & param, const Environnement & env)
 167   {
 168     throw EmulationException("Not yet implemented");
 169   }
 170
 171   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 172   void BatchManager_ePBS::alterJob(const JobId & jobid, const Parametre & param)
 173   {
 174     alterJob(jobid, param, Environnement());
 175   }
 176
 177   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 178   void BatchManager_ePBS::alterJob(const JobId & jobid, const Environnement & env)
 179   {
 180     alterJob(jobid, Parametre(), env);
 181   }
 182
 183   // Methode pour le controle des jobs : renvoie l'etat du job
 184   JobInfo BatchManager_ePBS::queryJob(const JobId & jobid)
 185   {
 186     int id;
 187     istringstream iss(jobid.getReference());
 188     iss >> id;
 189
 190     // define name of log file
 191     string logFile="/tmp/logs/";
 192     logFile += getenv("USER");
 193     logFile += "/batchSalome_";
 194
 195     ostringstream oss;
 196     oss << this << "_" << id;
 197     logFile += oss.str();
 198     logFile += ".log";
 199
 200     string command;
 201     int status;
 202
 203     // define command to submit batch
 204     command = _protocol;
 205     command += " ";
 206
 207     if (_username != ""){
 208       command += _username;
 209       command += "@";
 210     }
 211
 212     command += _hostname;
 213     command += " \"qstat -f " ;
 214     command += iss.str();
 215     command += "\" > ";
 216     command += logFile;
 217     cerr << command.c_str() << endl;
 218     status = system(command.c_str());
 219     if(status && status != 153 && status != 256*153)
 220       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 221
 222     JobInfo_ePBS ji = JobInfo_ePBS(id,logFile);
 223     return ji;
 224   }
 225
 226   // Methode pour le controle des jobs : teste si un job est present en machine
 227   bool BatchManager_ePBS::isRunning(const JobId & jobid)
 228   {
 229     throw EmulationException("Not yet implemented");
 230   }
 231
 232   void BatchManager_ePBS::buildBatchScript(const Job & job) throw(EmulationException)
 233   {
 234 #ifndef WIN32 //TODO: need for porting on Windows
 235     int status;
 236     Parametre params = job.getParametre();
 237     const long nbproc = params[NBPROC];
 238     const long edt = params[MAXWALLTIME];
 239     const long mem = params[MAXRAMSIZE];
 240     const string workDir = params[WORKDIR];
 241     const std::string dirForTmpFiles = params[TMPDIR];
 242     const string fileToExecute = params[EXECUTABLE];
 243     const string home = params[HOMEDIR];
 244     string::size_type p1 = fileToExecute.find_last_of("/");
 245     string::size_type p2 = fileToExecute.find_last_of(".");
 246     std::string rootNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1,p2-p1-1);
 247     std::string fileNameToExecute = "~/" + dirForTmpFiles + "/" + string(basename(fileToExecute.c_str()));
 248
 249     int idx = dirForTmpFiles.find("Batch/");
 250     std::string filelogtemp = dirForTmpFiles.substr(idx+6, dirForTmpFiles.length());
 251
 252     std::string TmpFileName = BuildTemporaryFileName();
 253     ofstream tempOutputFile;
 254     tempOutputFile.open(TmpFileName.c_str(), ofstream::out );
 255
 256     tempOutputFile << "#! /bin/sh -f" << endl;
 257     if( edt > 0 )
 258       tempOutputFile << "#PBS -l walltime=" << edt*60 << endl ;
 259     if( mem > 0 )
 260       tempOutputFile << "#PBS -l mem=" << mem << "mb" << endl ;
 261     tempOutputFile << "#PBS -o " << home << "/" << dirForTmpFiles << "/runSalome.output.log." << filelogtemp << endl ;
 262     tempOutputFile << "#PBS -e " << home << "/" << dirForTmpFiles << "/runSalome.error.log." << filelogtemp << endl ;
 263     if( workDir.size() > 0 )
 264       tempOutputFile << "cd " << workDir << endl ;
 265     tempOutputFile << _mpiImpl->boot("${PBS_NODEFILE}",nbproc);
 266     tempOutputFile << _mpiImpl->run("${PBS_NODEFILE}",nbproc,fileNameToExecute);
 267     tempOutputFile << _mpiImpl->halt();
 268     tempOutputFile.flush();
 269     tempOutputFile.close();
 270 #ifdef WIN32
 271     _chmod(
 272 #else
 273     chmod(
 274 #endif
 275       TmpFileName.c_str(), 0x1ED);
 276     cerr << TmpFileName.c_str() << endl;
 277
 278     string command;
 279     if( _protocol == "rsh" )
 280       command = "rcp ";
 281     else if( _protocol == "ssh" )
 282       command = "scp ";
 283     else
 284       throw EmulationException("Unknown protocol");
 285     command += TmpFileName;
 286     command += " ";
 287     if(_username != ""){
 288       command +=  _username;
 289       command += "@";
 290     }
 291     command += _hostname;
 292     command += ":";
 293     command += dirForTmpFiles ;
 294     command += "/" ;
 295     command += rootNameToExecute ;
 296     command += "_Batch.sh" ;
 297     cerr << command.c_str() << endl;
 298     status = system(command.c_str());
 299     if(status)
 300       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 301
 302     RmTmpFile(TmpFileName);
 303 #endif
 304   }
 305
 306 }