src/Batch/Batch_BatchManager_ePBS.cxx

   1 // Copyright (C) 2005  OPEN CASCADE, EADS/CCR, LIP6, CEA/DEN,
   2 // CEDRAT, EDF R&D, LEG, PRINCIPIA R&D, BUREAU VERITAS
   3 //
   4 // This library is free software; you can redistribute it and/or
   5 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
   6 // License as published by the Free Software Foundation; either
   7 // version 2.1 of the License.
   8 //
   9 // This library is distributed in the hope that it will be useful
  10 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  11 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  12 // Lesser General Public License for more details.
  13 //
  14 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  15 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  16 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  17 //
  18 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  19 //
  20 /*
  21  * BatchManager_ePBS.cxx : emulation of PBS client
  22  *
  23  * Auteur : Bernard SECHER - CEA DEN
  24  * Mail   : mailto:bernard.secher@cea.fr
  25  * Date   : Thu Apr 24 10:17:22 2008
  26  * Projet : PAL Salome
  27  *
  28  */
  29
  30 #include <iostream>
  31 #include <fstream>
  32 #include <sstream>
  33 #include <sys/stat.h>
  34 #include "Batch_BatchManager_ePBS.hxx"
  35
  36 namespace Batch {
  37
  38   BatchManager_ePBS::BatchManager_ePBS(const FactBatchManager * parent, const char * host, const char * protocol, const char * mpiImpl) throw(InvalidArgumentException,ConnexionFailureException) : BatchManager_eClient(parent,host,protocol,mpiImpl)
  39   {
  40     // Nothing to do
  41   }
  42
  43   // Destructeur
  44   BatchManager_ePBS::~BatchManager_ePBS()
  45   {
  46     // Nothing to do
  47   }
  48
  49   // Methode pour le controle des jobs : soumet un job au gestionnaire
  50   const JobId BatchManager_ePBS::submitJob(const Job & job)
  51   {
  52     int status;
  53     Parametre params = job.getParametre();
  54     const std::string dirForTmpFiles = params[TMPDIR];
  55     const string fileToExecute = params[EXECUTABLE];
  56     string::size_type p1 = fileToExecute.find_last_of("/");
  57     string::size_type p2 = fileToExecute.find_last_of(".");
  58     std::string fileNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1,p2-p1-1);
  59
  60     // export input files on cluster
  61     exportInputFiles(job);
  62
  63     // build batch script for job
  64     buildBatchScript(job);
  65
  66     // define name of log file
  67     string logFile="/tmp/logs/";
  68     logFile += getenv("USER");
  69     logFile += "/batchSalome_";
  70     srand ( time(NULL) );
  71     int ir = rand();
  72     ostringstream oss;
  73     oss << ir;
  74     logFile += oss.str();
  75     logFile += ".log";
  76
  77     string command;
  78
  79     // define command to submit batch
  80     command = _protocol;
  81     command += " ";
  82
  83     if(_username != ""){
  84       command += _username;
  85       command += "@";
  86     }
  87
  88     command += _hostname;
  89     command += " \"cd " ;
  90     command += dirForTmpFiles ;
  91     command += "; qsub " ;
  92     command += fileNameToExecute ;
  93     command += "_Batch.sh\" > ";
  94     command += logFile;
  95     cerr << command.c_str() << endl;
  96     status = system(command.c_str());
  97     if(status)
  98       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
  99
 100     // read id of submitted job in log file
 101     char line[128];
 102     FILE *fp = fopen(logFile.c_str(),"r");
 103     fgets( line, 128, fp);
 104     fclose(fp);
 105
 106     string sline(line);
 107     int pos = sline.find(".");
 108     string strjob;
 109     if(pos == string::npos)
 110       strjob = sline;
 111     else
 112       strjob = sline.substr(0,pos);
 113
 114     JobId id(this, strjob);
 115     return id;
 116   }
 117
 118   // Methode pour le controle des jobs : retire un job du gestionnaire
 119   void BatchManager_ePBS::deleteJob(const JobId & jobid)
 120   {
 121     int status;
 122     int ref;
 123     istringstream iss(jobid.getReference());
 124     iss >> ref;
 125
 126     // define command to submit batch
 127     string command;
 128     command = _protocol;
 129     command += " ";
 130
 131     if (_username != ""){
 132       command += _username;
 133       command += "@";
 134     }
 135
 136     command += _hostname;
 137     command += " \"qdel " ;
 138     command += iss.str();
 139     command += "\"";
 140     cerr << command.c_str() << endl;
 141     status = system(command.c_str());
 142     if(status)
 143       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 144
 145     cerr << "jobId = " << ref << "killed" << endl;
 146   }
 147
 148   // Methode pour le controle des jobs : suspend un job en file d'attente
 149   void BatchManager_ePBS::holdJob(const JobId & jobid)
 150   {
 151     throw EmulationException("Not yet implemented");
 152   }
 153
 154   // Methode pour le controle des jobs : relache un job suspendu
 155   void BatchManager_ePBS::releaseJob(const JobId & jobid)
 156   {
 157     throw EmulationException("Not yet implemented");
 158   }
 159
 160
 161   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 162   void BatchManager_ePBS::alterJob(const JobId & jobid, const Parametre & param, const Environnement & env)
 163   {
 164     throw EmulationException("Not yet implemented");
 165   }
 166
 167   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 168   void BatchManager_ePBS::alterJob(const JobId & jobid, const Parametre & param)
 169   {
 170     alterJob(jobid, param, Environnement());
 171   }
 172
 173   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 174   void BatchManager_ePBS::alterJob(const JobId & jobid, const Environnement & env)
 175   {
 176     alterJob(jobid, Parametre(), env);
 177   }
 178
 179   // Methode pour le controle des jobs : renvoie l'etat du job
 180   JobInfo BatchManager_ePBS::queryJob(const JobId & jobid)
 181   {
 182     int id;
 183     istringstream iss(jobid.getReference());
 184     iss >> id;
 185
 186     // define name of log file
 187     string logFile="/tmp/logs/";
 188     logFile += getenv("USER");
 189     logFile += "/batchSalome_";
 190
 191     ostringstream oss;
 192     oss << this << "_" << id;
 193     logFile += oss.str();
 194     logFile += ".log";
 195
 196     string command;
 197     int status;
 198
 199     // define command to submit batch
 200     command = _protocol;
 201     command += " ";
 202
 203     if (_username != ""){
 204       command += _username;
 205       command += "@";
 206     }
 207
 208     command += _hostname;
 209     command += " \"qstat -f " ;
 210     command += iss.str();
 211     command += "\" > ";
 212     command += logFile;
 213     cerr << command.c_str() << endl;
 214     status = system(command.c_str());
 215     if(status && status != 153 && status != 256*153)
 216       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 217
 218     JobInfo_ePBS ji = JobInfo_ePBS(id,logFile);
 219     return ji;
 220   }
 221
 222   // Methode pour le controle des jobs : teste si un job est present en machine
 223   bool BatchManager_ePBS::isRunning(const JobId & jobid)
 224   {
 225     throw EmulationException("Not yet implemented");
 226   }
 227
 228   void BatchManager_ePBS::buildBatchScript(const Job & job) throw(EmulationException)
 229   {
 230     int status;
 231     Parametre params = job.getParametre();
 232     const long nbproc = params[NBPROC];
 233     const long edt = params[MAXWALLTIME];
 234     const long mem = params[MAXRAMSIZE];
 235     const string workDir = params[WORKDIR];
 236     const std::string dirForTmpFiles = params[TMPDIR];
 237     const string fileToExecute = params[EXECUTABLE];
 238     const string home = params[HOMEDIR];
 239     string::size_type p1 = fileToExecute.find_last_of("/");
 240     string::size_type p2 = fileToExecute.find_last_of(".");
 241     std::string rootNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1,p2-p1-1);
 242     std::string fileNameToExecute = "~/" + dirForTmpFiles + "/" + string(basename(fileToExecute.c_str()));
 243
 244     int idx = dirForTmpFiles.find("Batch/");
 245     std::string filelogtemp = dirForTmpFiles.substr(idx+6, dirForTmpFiles.length());
 246
 247     std::string TmpFileName = BuildTemporaryFileName();
 248     ofstream tempOutputFile;
 249     tempOutputFile.open(TmpFileName.c_str(), ofstream::out );
 250
 251     tempOutputFile << "#! /bin/sh -f" << endl;
 252     if( edt > 0 )
 253       tempOutputFile << "#PBS -l walltime=" << edt*60 << endl ;
 254     if( mem > 0 )
 255       tempOutputFile << "#PBS -l mem=" << mem << "mb" << endl ;
 256     tempOutputFile << "#PBS -o " << home << "/" << dirForTmpFiles << "/runSalome.output.log." << filelogtemp << endl ;
 257     tempOutputFile << "#PBS -e " << home << "/" << dirForTmpFiles << "/runSalome.error.log." << filelogtemp << endl ;
 258     if( workDir.size() > 0 )
 259       tempOutputFile << "cd " << workDir << endl ;
 260     tempOutputFile << _mpiImpl->boot("${PBS_NODEFILE}",nbproc);
 261     tempOutputFile << _mpiImpl->run("${PBS_NODEFILE}",nbproc,fileNameToExecute);
 262     tempOutputFile << _mpiImpl->halt();
 263     tempOutputFile.flush();
 264     tempOutputFile.close();
 265     chmod(TmpFileName.c_str(), 0x1ED);
 266     cerr << TmpFileName.c_str() << endl;
 267
 268     string command;
 269     if( _protocol == "rsh" )
 270       command = "rcp ";
 271     else if( _protocol == "ssh" )
 272       command = "scp ";
 273     else
 274       throw EmulationException("Unknown protocol");
 275     command += TmpFileName;
 276     command += " ";
 277     if(_username != ""){
 278       command +=  _username;
 279       command += "@";
 280     }
 281     command += _hostname;
 282     command += ":";
 283     command += dirForTmpFiles ;
 284     command += "/" ;
 285     command += rootNameToExecute ;
 286     command += "_Batch.sh" ;
 287     cerr << command.c_str() << endl;
 288     status = system(command.c_str());
 289     if(status)
 290       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 291
 292     RmTmpFile(TmpFileName);
 293
 294   }
 295
 296 }