src/Batch/Batch_BatchManager_ePBS.cxx

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   2 //
   3 //  Copyright (C) 2003-2007  OPEN CASCADE, EADS/CCR, LIP6, CEA/DEN,
   4 //  CEDRAT, EDF R&D, LEG, PRINCIPIA R&D, BUREAU VERITAS
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  16 //  You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  17 //  License along with this library; if not, write to the Free Software
  18 //  Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  19 //
  20 //  See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  21 //
  22 /*
  23  * BatchManager_ePBS.cxx : emulation of PBS client
  24  *
  25  * Auteur : Bernard SECHER - CEA DEN
  26  * Mail   : mailto:bernard.secher@cea.fr
  27  * Date   : Thu Apr 24 10:17:22 2008
  28  * Projet : PAL Salome
  29  *
  30  */
  31
  32 #include <iostream>
  33 #include <fstream>
  34 #include <sstream>
  35 #include <sys/stat.h>
  36 #include <string.h>
  37 #include <stdlib.h>
  38
  39 #include "Batch_BatchManager_ePBS.hxx"
  40 #ifdef WIN32
  41 # include <time.h>
  42 # include <io.h>
  43 #else
  44 # include <libgen.h>
  45 #endif
  46
  47 using namespace std;
  48
  49 namespace Batch {
  50
  51   BatchManager_ePBS::BatchManager_ePBS(const FactBatchManager * parent, const char * host, const char * protocol, const char * mpiImpl) throw(InvalidArgumentException,ConnexionFailureException) : BatchManager_eClient(parent,host,protocol,mpiImpl)
  52   {
  53     // Nothing to do
  54   }
  55
  56   // Destructeur
  57   BatchManager_ePBS::~BatchManager_ePBS()
  58   {
  59     // Nothing to do
  60   }
  61
  62   // Methode pour le controle des jobs : soumet un job au gestionnaire
  63   const JobId BatchManager_ePBS::submitJob(const Job & job)
  64   {
  65     int status;
  66     Parametre params = job.getParametre();
  67     const std::string dirForTmpFiles = params[TMPDIR];
  68     const string fileToExecute = params[EXECUTABLE];
  69     string::size_type p1 = fileToExecute.find_last_of("/");
  70     string::size_type p2 = fileToExecute.find_last_of(".");
  71     std::string fileNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1,p2-p1-1);
  72
  73     // export input files on cluster
  74     exportInputFiles(job);
  75
  76     // build batch script for job
  77     buildBatchScript(job);
  78
  79     // define name of log file
  80     string logFile="/tmp/logs/";
  81     logFile += getenv("USER");
  82     logFile += "/batchSalome_";
  83     srand ( time(NULL) );
  84     int ir = rand();
  85     ostringstream oss;
  86     oss << ir;
  87     logFile += oss.str();
  88     logFile += ".log";
  89
  90     string command;
  91
  92     // define command to submit batch
  93     command = _protocol;
  94     command += " ";
  95
  96     if(_username != ""){
  97       command += _username;
  98       command += "@";
  99     }
 100
 101     command += _hostname;
 102     command += " \"cd " ;
 103     command += dirForTmpFiles ;
 104     command += "; qsub " ;
 105     command += fileNameToExecute ;
 106     command += "_Batch.sh\" > ";
 107     command += logFile;
 108     cerr << command.c_str() << endl;
 109     status = system(command.c_str());
 110     if(status)
 111       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 112
 113     // read id of submitted job in log file
 114     char line[128];
 115     FILE *fp = fopen(logFile.c_str(),"r");
 116     fgets( line, 128, fp);
 117     fclose(fp);
 118
 119     string sline(line);
 120     int pos = sline.find(".");
 121     string strjob;
 122     if(pos == string::npos)
 123       strjob = sline;
 124     else
 125       strjob = sline.substr(0,pos);
 126
 127     JobId id(this, strjob);
 128     return id;
 129   }
 130
 131   // Methode pour le controle des jobs : retire un job du gestionnaire
 132   void BatchManager_ePBS::deleteJob(const JobId & jobid)
 133   {
 134     int status;
 135     int ref;
 136     istringstream iss(jobid.getReference());
 137     iss >> ref;
 138
 139     // define command to submit batch
 140     string command;
 141     command = _protocol;
 142     command += " ";
 143
 144     if (_username != ""){
 145       command += _username;
 146       command += "@";
 147     }
 148
 149     command += _hostname;
 150     command += " \"qdel " ;
 151     command += iss.str();
 152     command += "\"";
 153     cerr << command.c_str() << endl;
 154     status = system(command.c_str());
 155     if(status)
 156       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 157
 158     cerr << "jobId = " << ref << "killed" << endl;
 159   }
 160
 161   // Methode pour le controle des jobs : suspend un job en file d'attente
 162   void BatchManager_ePBS::holdJob(const JobId & jobid)
 163   {
 164     throw EmulationException("Not yet implemented");
 165   }
 166
 167   // Methode pour le controle des jobs : relache un job suspendu
 168   void BatchManager_ePBS::releaseJob(const JobId & jobid)
 169   {
 170     throw EmulationException("Not yet implemented");
 171   }
 172
 173
 174   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 175   void BatchManager_ePBS::alterJob(const JobId & jobid, const Parametre & param, const Environnement & env)
 176   {
 177     throw EmulationException("Not yet implemented");
 178   }
 179
 180   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 181   void BatchManager_ePBS::alterJob(const JobId & jobid, const Parametre & param)
 182   {
 183     alterJob(jobid, param, Environnement());
 184   }
 185
 186   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 187   void BatchManager_ePBS::alterJob(const JobId & jobid, const Environnement & env)
 188   {
 189     alterJob(jobid, Parametre(), env);
 190   }
 191
 192   // Methode pour le controle des jobs : renvoie l'etat du job
 193   JobInfo BatchManager_ePBS::queryJob(const JobId & jobid)
 194   {
 195     int id;
 196     istringstream iss(jobid.getReference());
 197     iss >> id;
 198
 199     // define name of log file
 200     string logFile="/tmp/logs/";
 201     logFile += getenv("USER");
 202     logFile += "/batchSalome_";
 203
 204     ostringstream oss;
 205     oss << this << "_" << id;
 206     logFile += oss.str();
 207     logFile += ".log";
 208
 209     string command;
 210     int status;
 211
 212     // define command to submit batch
 213     command = _protocol;
 214     command += " ";
 215
 216     if (_username != ""){
 217       command += _username;
 218       command += "@";
 219     }
 220
 221     command += _hostname;
 222     command += " \"qstat -f " ;
 223     command += iss.str();
 224     command += "\" > ";
 225     command += logFile;
 226     cerr << command.c_str() << endl;
 227     status = system(command.c_str());
 228     if(status && status != 153 && status != 256*153)
 229       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 230
 231     JobInfo_ePBS ji = JobInfo_ePBS(id,logFile);
 232     return ji;
 233   }
 234
 235   // Methode pour le controle des jobs : teste si un job est present en machine
 236   bool BatchManager_ePBS::isRunning(const JobId & jobid)
 237   {
 238     throw EmulationException("Not yet implemented");
 239   }
 240
 241   void BatchManager_ePBS::buildBatchScript(const Job & job) throw(EmulationException)
 242   {
 243 #ifndef WIN32 //TODO: need for porting on Windows
 244     int status;
 245     Parametre params = job.getParametre();
 246     Environnement env = job.getEnvironnement();
 247     const long nbproc = params[NBPROC];
 248     const long edt = params[MAXWALLTIME];
 249     const long mem = params[MAXRAMSIZE];
 250     const string workDir = params[WORKDIR];
 251     const std::string dirForTmpFiles = params[TMPDIR];
 252     const string fileToExecute = params[EXECUTABLE];
 253     const string home = params[HOMEDIR];
 254     const std::string queue = params[QUEUE];
 255     std::string rootNameToExecute;
 256     std::string fileNameToExecute;
 257     std::string filelogtemp;
 258     if( fileToExecute.size() > 0 ){
 259       string::size_type p1 = fileToExecute.find_last_of("/");
 260       string::size_type p2 = fileToExecute.find_last_of(".");
 261       rootNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1,p2-p1-1);
 262       char* basec=strdup(fileToExecute.c_str());
 263       fileNameToExecute = "~/" + dirForTmpFiles + "/" + string(basename(basec));
 264       free(basec);
 265
 266       int idx = dirForTmpFiles.find("Batch/");
 267       filelogtemp = dirForTmpFiles.substr(idx+6, dirForTmpFiles.length());
 268     }
 269     else{
 270       rootNameToExecute = "command";
 271     }
 272
 273     std::string TmpFileName = BuildTemporaryFileName();
 274     ofstream tempOutputFile;
 275     tempOutputFile.open(TmpFileName.c_str(), ofstream::out );
 276
 277     tempOutputFile << "#! /bin/sh -f" << endl;
 278     if (queue != "")
 279       tempOutputFile << "#BSUB -q " << queue << endl;
 280     if( edt > 0 )
 281       tempOutputFile << "#PBS -l walltime=" << edt*60 << endl ;
 282     if( mem > 0 )
 283       tempOutputFile << "#PBS -l mem=" << mem << "mb" << endl ;
 284     if( fileToExecute.size() > 0 ){
 285       tempOutputFile << "#PBS -o " << home << "/" << dirForTmpFiles << "/output.log." << filelogtemp << endl ;
 286       tempOutputFile << "#PBS -e " << home << "/" << dirForTmpFiles << "/error.log." << filelogtemp << endl ;
 287     }
 288     else{
 289       tempOutputFile << "#PBS -o " << dirForTmpFiles << "/" << env["LOGFILE"] << ".output.log" << endl ;
 290       tempOutputFile << "#PBS -e " << dirForTmpFiles << "/" << env["LOGFILE"] << ".error.log" << endl ;
 291     }
 292     if( workDir.size() > 0 )
 293       tempOutputFile << "cd " << workDir << endl ;
 294     if( fileToExecute.size() > 0 ){
 295       tempOutputFile << _mpiImpl->boot("${PBS_NODEFILE}",nbproc);
 296       tempOutputFile << _mpiImpl->run("${PBS_NODEFILE}",nbproc,fileNameToExecute);
 297       tempOutputFile << _mpiImpl->halt();
 298     }
 299     else{
 300       tempOutputFile << "source " << env["SOURCEFILE"] << endl ;
 301       tempOutputFile << env["COMMAND"];
 302     }
 303
 304     tempOutputFile.flush();
 305     tempOutputFile.close();
 306 #ifdef WIN32
 307     _chmod(
 308 #else
 309     chmod(
 310 #endif
 311       TmpFileName.c_str(), 0x1ED);
 312     cerr << TmpFileName.c_str() << endl;
 313
 314     string command;
 315     if( _protocol == "rsh" )
 316       command = "rcp ";
 317     else if( _protocol == "ssh" )
 318       command = "scp ";
 319     else
 320       throw EmulationException("Unknown protocol");
 321     command += TmpFileName;
 322     command += " ";
 323     if(_username != ""){
 324       command +=  _username;
 325       command += "@";
 326     }
 327     command += _hostname;
 328     command += ":";
 329     command += dirForTmpFiles ;
 330     command += "/" ;
 331     command += rootNameToExecute ;
 332     command += "_Batch.sh" ;
 333     cerr << command.c_str() << endl;
 334     status = system(command.c_str());
 335     if(status)
 336       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 337
 338     RmTmpFile(TmpFileName);
 339 #endif
 340   }
 341
 342 }