src/ATOMGEN/ATOMGEN_XmlParser.py

   1 # Copyright (C) 2007-2012  CEA/DEN, EDF R&D, OPEN CASCADE
   2 #
   3 # This library is free software; you can redistribute it and/or
   4 # modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
   5 # License as published by the Free Software Foundation; either
   6 # version 2.1 of the License.
   7 #
   8 # This library is distributed in the hope that it will be useful,
   9 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  10 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  11 # Lesser General Public License for more details.
  12 #
  13 # You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  14 # License along with this library; if not, write to the Free Software
  15 # Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  16 #
  17 # See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  18 #
  19
  20 import xml.dom.minidom
  21 from ATOMGEN_Data import *
  22
  23 __doc_name__  = "Atomic"
  24 __doc_tag__   = "document"
  25 __mol_tag__   = "molecule"
  26 __atom_tag__  = "atom"
  27 __name_attr__ = "name"
  28 __x_attr__    = "x"
  29 __y_attr__    = "y"
  30 __z_attr__    = "z"
  31
  32 def readXmlFile( fileName ):
  33     """
  34     Reads the atomic data from the XML file
  35     """
  36     data = []
  37     doc = xml.dom.minidom.parse( fileName )
  38     if str( doc.doctype.name ) != __doc_name__:
  39         return # wrong file format
  40     docnode = doc.getElementsByTagName( __doc_tag__ )
  41     if not docnode:
  42         return # wrong file format
  43     mols = docnode[0].getElementsByTagName( __mol_tag__ )
  44     for mol in mols:
  45         c_name = str( mol.getAttribute( __name_attr__ ) )
  46         ac =  Molecule( c_name )
  47         atoms = mol.getElementsByTagName( __atom_tag__ )
  48         for atom in atoms:
  49             a_name = str( atom.getAttribute( __name_attr__ ) )
  50             x = float( atom.getAttribute( __x_attr__ ) )
  51             y = float( atom.getAttribute( __y_attr__ ) )
  52             z = float( atom.getAttribute( __z_attr__ ) )
  53             ac.addAtom( Atom( a_name, x, y, z ) )
  54         data.append( ac )
  55     return data
  56
  57 def writeXmlFile( filename, data ):
  58     """
  59     Writes the atomic data to the XML file
  60     """
  61     if not data:
  62         raise Exception( "Bad data" )
  63     doc = xml.dom.minidom.Document()
  64     doc.appendChild(xml.dom.minidom.DocumentType( __doc_name__ ) )
  65     docnode = doc.appendChild( doc.createElement( __doc_tag__ ) )
  66     for mol in data:
  67         molnode = doc.createElement( __mol_tag__ )
  68         molnode.setAttribute( __name_attr__, mol.name )
  69         for atom in mol.atoms:
  70             atomnode = doc.createElement( __atom_tag__ )
  71             atomnode.setAttribute( __name_attr__, atom.name )
  72             atomnode.setAttribute( __x_attr__, str( atom.x ) )
  73             atomnode.setAttribute( __y_attr__, str( atom.y ) )
  74             atomnode.setAttribute( __z_attr__, str( atom.z ) )
  75             molnode.appendChild( atomnode )
  76         docnode.appendChild( molnode )
  77     file = open( filename, "w" )
  78     file.write( doc.toprettyxml() )
  79     file.close()
  80     pass